Частота обменов при конъюгационной рекомбинации у escherichia coli К-12 и структура белка reca тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Бахланова, Ирина Витальевна

• Бахланова, Ирина Витальевна
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Бахланова, Ирина Витальевна

Список сокращений.

ВВЕДЕНИЕ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Белок RecAB гомологичной рекомбинации.

1.1.1. Бактериальная конъюгация.

1.1.2. Гомологичная рекомбинация у бактерий.

1.1.3. Центральная роль белка RecA в гомологичной рекомбинации.

1.1.4. Структура белка RecA из Е. coli (RecAEc).

1.1.5. Частота рекомбинационных обменов на единицу длины ДНК.

1.2. SOS-система у бактерий.

1.2.1. Роль белка RecA в SOS-системе клетки.

1.2.2. Мутации гена гесА из Е. coli (гесАЕс) с конститутивным выражением SOS-функций.

1.3. RecA-подобныв белки у прокариот.

1.4. Структурно-функциональный анализ белка RecA с помощью химер.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды.

2.2. Среды.

2 3. Манипуляции с ДНК.

2.4. Статистическая обработка результатов.

2.5. Определение внутриклеточного уровня белка RecA.

2.6. Рекомбинационный тест.

2.7. Определение частоты рекомбинационных обменов.

2.8. Репарационный тест.

2.9. W-реактивация фага A.CI857.

2.10. SOS-хромотест.

2.11. Выделение и очистка белка LexA из Е. coli.

2.12. Реакция расщепления белка LexA.

2.13. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

3.1. Структурно-функциональный анализ генов гесА из

Serratia marcescens Sb и Escherichia coli K-12.

3.1.1. Клонирование гена гесА из Serratia marcescens Sb (recASm)

3.1.2. Сравнение нуклеотидных последовательностей генов recAsm и recÄEc.

3.1.3. Сравнение аминокислотных последовательностей белков RecAsm и RecAEc.

3.1.4. Функциональные характеристики гена recASm.

3.2. Повышенная частота рекомбинационных обменов (ЧРО), контролируемых белком RecA из Pseudomonas aeruginosa в клетках Е. coli.

3.2.1. Белок RecApa повышает ЧРО без индукции SOS-системы в клетках Е. coli.

3.2.2. Мутация 1ехАЗ не влияет на повышение ЧРО, контролируемых белком RecApa.

3.2.3. Белок RecAPa стимулирует расщепление белка LexAEc.

3.2.4. Белок SSB ингибирует реакцию расщепления белка LexA.

3.3. Рекомбинационные свойства химерных белков RecA (P. aeruginosa/ Е. coli).

3.3.1. Частота рекомбинационных обменов, контролируемых химерными белками.

3.3.2. Конститутивное выражение SOS-функций, контролируемых химерными белками.

3.4. Генетические и физиологические факторы, влияющие на частоту рекомбинационных обменов.

3.4.1. Генетические факторы.

3.4.2. Физиологические факторы.

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

4.1. Области белка RecA, замены аминокислот в которых не влияют на ЧРО.

4.2. Области белка RecA, замены аминокислот в которых приводят к повышению ЧРО, сопряженному с конститутивным выражением SOS-функций.

4.3. Области белка RecA, замены аминокислот в которых влияют на ЧРО в отсутствие конститутивного выражения SOS-функций.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Частота обменов при конъюгационной рекомбинации у escherichia coli К-12 и структура белка reca»

Генетическая рекомбинация относится к числу фундаментальных процессов, происходящих в живой клетке. Исследование молекулярных механизмов рекомбинации началось с открытия в 1965 гена гесА, играющего центральную роль в процессе рекомбинации у Escherichia coli (Clark & Margulies, 1965). Белок RecA участвует также и в процессах репарации, репликации, мутагенеза, клеточного деления, регуляции экспрессии ряда репарационных генов (Roca & Сох, 1997). Фундаментальная роль белка RecA в регуляции клеточных процессов определяет его консервативность в эволюции. RecA-подобные белки обнаружены во всех трех царствах живой природы: Bacteria, Eukarya и Archaea (Kowalczykowski et al., 1994).

Структурно-функциональный анализ белка RecA, проводимый во многих лабораториях мира, приобрел новые возможности после описания в 1992 трехмерной кристаллической структуры белка (Story et al., 1992; Story & Steitz, 1992). Эта структура в соответствии с генетическими и биохимическими данными позволила авторам определить районы белка RecA, предполагаемые для связывания с ДНК и нуклеотидными кофакторами, межмономерного взаимодействия и связывания с репрессорами. Кроме того, полученная кристаллическая структура легла в основу интерпретации данных о биохимических свойствах мутантных белков RecA.

Несмотря на очевидные успехи в изучении механизмов функционирования белка RecA, до сих пор остается открытым вопрос о его структурно-функциональной организации: каким образом осуществляется взаимодействие мономеров белка RecA и каков механизм взаимодействия белка с ДНК в нуклеопротеиновом филаменте.

Этот вопрос приобрел особую актуальность в свете данных об универсальности структуры нуклеопротеинового филамента, образуемого RecA-подобными белками. Yu и Egelman (1993а) показали идентичность организации филаментов, образуемых на ДНК белками RecA, Rad51 и UvsX. Rad51 является аналогом белка RecA в дрожжах Saccharomyces cerevisiae (Shinohara et al., 1992; Ogawa Т. et al., 1993), a UvsX - в бактериофаге Т4 (Yu & Egelman, 1993а). Тот факт, что RecA-подобные филаменты найдены у эукариот, позволяет предположить, что природа этого нуклеопротеинового комплекса и молекулярный механизм обмена нитей между гомологичными молекулами ДНК аналогичен для про- и эукариот. Таким образом, данные, полученные при изучении бактериального белка RecA, могут быть полезны для исследования механизмов рекомбинации и репарации у высших, включая и человека.

Основные усилия исследователей направлены на биохимическое исследование процесса гомологичной рекомбинации путем реконструкции ее отдельных этапов in vitro. Генетический анализ продуктов рекомбинации вносит весомый вклад в понимание механизма этого сложнейшего процесса in vivo

Целью настоящей работы является изучение молекулярных механизмов постконъюгационной рекомбинации у Escherichia coli К-12. проводимой белками RecA из Е. coli, Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa, а также химерными белками RecA (Е. coli / P. aeruginosa).

Задачи исследования включали:

1) Определение нуклеотидной последовательности гена recASm и сравнительный структурно-функциональный анализ белков RecASm и RecAEc.

2) Исследование корреляции между конститутивной экспрессией SOS-функций и частотой рекомбинационных обменов (ЧРО) при конъюгационной рекомбинации.

3) Исследование рекомбинационных свойств белка RecAPa в клетках Е. coli.

4) Поиск областей в структуре белка RecA, влияющих на ЧРО.

Определена нуклеотидная последовательность гена recASm и показано, что продукт этого гена может полностью замещать белок RecAEc в клетках Е. coli АгесА. Впервые показаны гиперрекомбиногенные свойства белка RecA из P. aeruginosa в клетках Е. coli. Показано, что они не связаны с индукцией в клетках Е. coli SOS-функций. Предполагается, что стабильность филамента белка RecA относится к свойствам, предопределяющим частоту инициирования обменов при конъюгационной рекомбинации.

Материалы диссертации опубликованы в четырех печатных работах, были доложены на семинарах в Университете г. Осака (Япония, 1996) и Висконсинском Университете США (г. Медисон, 1998) и представлены на Ежегодных отчетных конференциях, организуемых HHMI в 1996-1998 гг, а также на конференции "Генетическая рекомбинация и хромосомные перестройки" в Сноумасс Вилидж, Колорадо (США, 1999).

Заключение диссертации по теме «Генетика», Бахланова, Ирина Витальевна

ВЫВОДЫ

1. Клонирован и секвенирован ген гесА из S. marcescens Sb (recASm). Его нуклеотидная последовательность оказалась на 82.4% идентична структуре гена гесАЕс. Регуляторные последовательности "-10", "-35" и SOS-блок в гене recAsm идентичны (за исключением одного нуклеотида - замена G(-20) на С в SOS-блоке) таковым в гене гесАЕс■ Ген recASm способен полностью заменять ген гесАЕс в клетках Е. coli, компенсируя ре-комбинационный, репарационный и SOS дефекты штамма Е. coli ЛгесА.

2. Выявлена повышенная частота рекомбинационных обменов на единицу длины ДНК (ЧРО), контролируемая белком RecAPa в клетках Е. coli. Она не зависела от конститутивного выражения SOS-функций.

3. Показано отсутствие корреляции между конститутивной экспрессией SOS-функций и повышенной ЧРО в клетках Е. coli.

4. Анализ рекомбинационных свойств химерных белков RecApa/RecAec показал, что замены аминокислот, принадлежащих участкам RecA-RecA взаимодействия или прилежащих к аминокислотам, входящим в эти участки, ответственны за изменение ЧРО. Это предполагает, что стабильность филамента белка RecA относится к свойствам, предопределяющим частоту инициирования рекомбинационных обменов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Бахланова, Ирина Витальевна, 1999 год

1. Бахланова И.В., Алексеев A.A., Зайцев E.H., Зайцева Е.М., Ланцов В.А. Сравнительный анализ структуры и функций генов гесА из Serratia marcescens Sb и Escherichia coli K-12. // Генетика. 1990. - Т.26. - N.1. - стр. 511.

2. Бреслер С.Е., Ланцов В.А. Индуцированная рекомбинация у Escherichia coli К-12: рекомбиногенный эффект мутации tifl. // ДАН,- 1978,-T.238.-N.3- с.715-717.

3. Зайцев E.H., Зайцева Е.М., Бахланова И.В., ГореловВ.Н., Кузьмин Н.П., Крюков В.М., Ланцов В.А. Клонирование и характеристика гена гесА из Pseudomonas aeruginosa. II Генетика,-1986,- Т.22. N.11.- стр.2721-2727.

4. Кассандрова О.Н., Лебедев В.В. Обработка результатов измерений. // Москва: Наука. 1970.

5. Крюков В.М., Зайцев E.H., Кузьмин Н.П., Зайцева Е.М. Структура гесА-подобного гена из Pseudomonas aeruginosa. Н Препринт ЛИЯФ. 1987. -N.1264.

6. Ланцов В.А. Идеальная генотерапия: подходы и перспективы. // Молекулярная биология. -1994. Т.28. - стр.485-495.

7. Миллер Дж. Эксперименты в молекулярной генетике. // Москва: Мир. -1976.

8. Adams D.E., West SC. Unwinding of closed circular DNA by the Escherichia coli RuvA and RuvB recombination/repair proteins. // J. Mol. Biol -1995. V.247. - N.3. - p.404-417.

9. Adelberg E.A., Burns S.M. Genetic variation in the sex factor of Escherichia coli. II J.Bacteriol. 1960. - V.79. - p.321-330.

10. Adzuma K. Stable synapsis of homologous DNA molecules mediated by the Escherichia coli RecA protein involves local exchange of DNA strands. // Genes, and Develop.-1992,- V.6.- N.9.- p. 1679-1694.

11. Bakhlanova I.V., Alexseev A.A., Zaitsev E.N., Zaitseva E.M., Stepanova I.M., Lanzov V.A. Functional characteristics of the recA gene from Serratia marcescens strain Sb. // Gene.-1991.- V. 101.- p. 139-141.

12. Ball T.K., Wasmuth C.R., Braunagel S.C. and Benedik M.J. Expression of Serratia marcescens extracellular proteins requires recA. // J. Bact.- 1990.1. V. 172,- p.342-343.

13. Banks G.R., Sedgwick S.C. Direct ATP photolabeling of Escherchia coli RecA protein : identification of regions required for ATP binding. // Biochemestry. -1986. -V.25. p.5882-5889.

14. Biaho J.A. and Well R.D. Left-handed Z-DNA binding by the RecA protein of Escherichia coli. // J.Biol.Chem.- 1987,- V.262.- N.13.- p.6082-6088.

15. Bianchi M.E. and Radding C.M. Insertions, deletions and mismatches in heteroduplex DNA made by RecA protein. // Cell.- 1983,- V.35.- p.511-520.

16. Brendel V., Brocchieri L., Sandler S.J., Clark A.J. and Karlin S. Evolutionary comparisons of RecA-like proteins across all major kindoms of living organisms. //J. Mol. Evol. 1997. -V.44. - N.5. -p.528-541.

17. Brenner S.L., Mitchell RS., Morrical S.W., Neuendorf S.K., Schutte B.C. Cox M.M. RecA protein-promoted ATP hydrolysis occurs throughout recA nucleoprotein filaments. //J. Biol. Chem 1987,-V.269.-N.9,-p.4011-4016.

18. BreslerS.E., Kalinin V.L., Shelegedin V.N. Inactivation of transfecting DNA by physical and chemical agents: influence of phage lambda and host cells. // Mutation Res. 1974. - V.25. - p.235-248.

19. Bresler S.E., Krivonogov S.V., Lanzov V.A. Scale of the genetic map and genetic control of recombination after conjugation in Escherichia coli K-12: hot spots of recombination. // Mol. Gen. Genet.- 1978.- V.166.- p.337-346.

20. Bryant F.R., Riddles P.W., Lehman I.R. Studies of the mechanism of DNA pairing by the RecA protein of Escherichia coli. II Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.-1984,- V.49.- p.535-539.

21. Burnet B., Rao B.J., Jwang B., ReddyG., Radding C.M. Resolution of the three-sranded recombination intermediate made by recA protein. An essential role of ATP hydrolysis. // J. Mol. Biol. -1994. V.238. - p.540-554.

22. Clark A.J. and Margulies A.D. Isolation and characterisation of recombination-deficient mutants of Escherichia coli K12. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -1965. V.53 - p.451-459.

23. Clark A.J., Sandler S.J. Homologous genetic recombination: the pieces begin to fall into place. // Crit. Rev. Microbiol.-1994,- V.20.- N.2.- p. 125-142.

24. Connolly B. and West S.C. Genetic recombination in Escherichia coli: Holliday junctions made by RecA protein are resolved by fractionated cell-free extracts. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -1990. V.87. - p.8476-8480.

25. Connolly B., Parsons C.A., Benson F.E., Dunderdale H.J., Sharpies G.J., Lloyd R.G. and West S C. Resolution of Holliday junctions in vitro requires the Escherichia coli ruvC gene product. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1991. -V.88. - p.6063-6067.

26. Cox M.M. and Lehman I.R. Directionality and polarity in RecA proteinpromoted branch migration. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1981. V.78. - p.6018-6022.

27. Cox M.M. and Lehman I.R. Enzymes of general recombination. // Annu.Rev. Biochem.-1987.- Vol.56.- p.229-262.

28. Craig N.C., Roberts J.W. Function of nucleoside triphosphate and polynucleotide in Escherichia coli recA protein-directed cleavage of phage X repressor. // J. Biol. Chem. -1981. V.256. - p.8039-8044.

29. Defais M., Fauquet P., Radman M., Errera M. Ultraviolet reactivation and ultraviolet mutagenesis of X in different genetic systems. // Virology. -1971. -V.43. p.495.

30. DiCapua E., Schnarr M., Ruigrok R.W., Lindner P., Timmins P.A. Complexes of RecA protein in solution. A study by small angle neutron scattering. //J.Mol.Biol.- 1990. V.214.-N.2.- p.557-570.

31. Dixon D.A., Kowalczykowski S.C. The recombination hotspot, Chi, is a regulatory sequence that acts by attenuating the nuclease activity of the Escherichia coli RecBCD enzyme. // Cell.-1993- V.73.- p.87-96.

32. Dressier D. and Potter H. Molecular mechanism in genetic recombination. //Ann. Rev. Biochem.- 1982,-V.51.-p.727-761.

33. Eitner G.: Solonin A.S., Tanyashin V.I. Cloning of recA-like gene of Proteus mirabilis. // Gene.-1981.- V.14.- N.2.- p.301-308.

34. Eitner G., Adler R., Lanzov V.A., Hofemeister J. Interspecific RecA protein substitution in Escherichia coli and Proteus mirabilis. II Mol. Gen. Genet.-1982,- V. 185,- p.481 -486.

35. Emmerson P.T. Recombination of deficient mutants of Escherichia coli K12 that map between thy A and argA. // Genetics.- 1968. V.60.- p. 19-30.

36. Frank E.G., Hauser J., Levine A.S., Woodgate R. Targeting of the UmuD, UmuD', and MucA' mutagenesis proteins to DNA by RecA protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1993. V.90 - p.8169-8173.

37. Freifelder D. Studies with E.coli sex factors. // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. -1968. V.33. - p.425-431.

38. Freitag N. and McEntee K. Affinity chromatography of RecA protein and RecA nucleoprotein complexes on RecA protein agarose columns. // J. Biol. Chem. 1988.-V.263. - p. 19525-19534.

39. Gonda D.K., Shibata T. and Radding C.M. Kinetics of homologous pairing promoted by RecA protein: effects of end and internal sites in DNA. // Biochemistry.-1985,- V.24.- p.413-420.

40. Holliday R. A mechanism for gene conversion in fungi. // Genet. Res Camb.-1964,- V.5.- p.282-304.

41. Horii T., Ogawa T., Nakatani T., Hase T., Matsubara H., Ogawa H. Regulation of SOS functions: purification of E.coli LexA protein and determination of its specific site cleaved by the RecA protein. // Cell.-1981,- V.27.- p.515-522.

42. Ippen-lhler K.A. and Minkley E.G.Jr. The conjugation system of F, the fertility factor of Escherichia coli. // Annu. Rev. Genet.-1986. V.20.- p.593-624.

43. Jacob F., Wollman E.L. Sexuality and the genetics of bacteria. // Acad. Press. NY.- 1959.-p.350.

44. Kahn R., Radding C.M. Separation of the presynaptic and synaptic phases of homologous pairing promoted by RecA protein. // J. Biol. Chem.- 1984. V.259. - p.7495-7503.

45. Kim J., Heuser J. and Cox M.M. Enhanced RecA Protein binding to Z DNA represents a kinetic perturbation of a general duplex DNA binding pathway. //J. Biol. Chem.- 1989.-V. 164,-p.21848-21856.

46. Knight K.L., Aoki K.H., Ujita E.L., McEntee K. Identification of the amino acid substitutions in two mutant forms of the RecA protein from Escherichia coli: recA441 and recA629. // J. Biol. Chem. 1984. - V.259. - p. 11279-11283.

47. Kojima M., Suzuki M., Morita T., Ogawa T., Ogawa H. and Tada M. Interaction of RecA protein with pBR322 DNA modified by N-hydroxy-2-acetylaminofluorene and 4-hydroxyaminoquinoline 1-oxide. // Nucl. Acids Res -1990,- V. 18 N.9.- p.2707-2714.

48. Konforti B.B., Davis R.W. The preference for a 3' homologous end is intrinsic to RecA-promoted strand exchange. // J. Biol. Chem. 1990. - V.265. -p.6916-6920.

49. Konforti B.B., Davis R.W. ATP hydrolysis and the displaced strand are two factors that determine of RecA-promoted DNA strand exchange. // J. Mol. Biol. 1992. - V.227. - p.38-53.

50. Kowalczykowski S.C., Krupp R.A. Effects of Escherichia coli SSB protein on the single-stranded DNA-dependent ATPase activity of Escherichia coli RecA protein. // J. Mol. Biol. 1987. - V.193. - p.97-113.

51. Kowalczykowski S.C., Clow J. and Krupp R.A. Properties of the duplex DNA-dependent ATPase activity of Escherichia coli RecA protein and its role in branch migration. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA.- 1987,-Vol.84.- p.3127- 3131.

52. Kowalczykowski S.C. Biochemistry of genetic recombination: energetics and mechanism of DNA strand exchange. // Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. -1991. V.20. - p.539-575.

53. Kowalczykowski S.C., Dixon D.A., Eggleston A.K., Lauder S.D., Rehrauer W.M. Biochemistry of homologous recombination in Escherichia coli. II Microbiol. Rev. 1994,- V.58.- N.3.- p.401 -465.

54. Kowalczykowski S.C. and Eggleston A.K. Homologous pairing and DNA strand-exchange proteins. //Annu. Rev. Biochem. 1994. - V.63. - p.991-1043.

55. Kurumizaka H., Ikawa S., Ikeya T., Ogawa T., Shibata T. A chimeric RecA protein exhibits altered double-stranded DNA binding. // J. Biol. Chem-1994- V.269.- N.4.- p.3068-3075.

56. Lanzov V., Stepanova I., Vinogradskaja G. Genetic control of recombination exchange frequency in Escherichia coli K-12. // Biochimie 1991 -V.73.- p.305-312.

57. Lavery P.E., Kowalczykowski S.C. Biochemical basis of the temperature-inducible constitutive protease activity of the RecA441 protein of Ecsherichia coli. II J. Mol. Biol. -1988. V.203. - p.861-874.

58. Lavery P.E., Kowalczykowski S.C. Biochemical basis of the constitutive repressor cleavage activity of recA730 protein. A comparison to recA441 and recA803 proteins. // J. Biol. Chem.-1992. V.267.- N.29.- p.20648-20658.

59. Lindsley J.E., Cox M.M. Dissociation pathway for recA nuclear protein filaments formed on linear duplex DNA. // J. Mol. Biol. 1989. - V.205. - p.695-711.

60. Little J.W. and Mount D.W. The SOS regulatory system of Escherichia coli. //Cell. 1982. - V.29 - p.11-22.

61. Little J.W. Autodigestion of LexA and phage repressor. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1984 - V.81. - p. 1375-1379.

62. Lloyd R.G. Hyper-recombination in Escherichia coli K-12 mutants constitutive for protein X synthesis. // J. Bact.-1978.- V.134.- N.3.-p.929-935.

63. Lloyd R.G. and Sharpies G.J. Genetic analysis of recombination in prokaryotes. // Curr. Opin. Genet. Dev.- 1992. V.2.- p.683-690.

64. Madiraju M.V.V.S., Templin A., Clark A.J. Properties of a mutant recA-encoded protein reveal a possible role for Escherichia coli recF-encoded protein in genetic recombination. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. - V.85. - N18.p.6592-6596.

65. Malkov V.A., Camerini-Otero R.D. Photocross-links between single-stranded DNA and Escherichia coli RecA protein map to loops L1 (amino acid residues 157-164) and L2 (amino acid residues 195-209). // J. Biol. Chem.-1995,-V.270.- N.50.- p.30230-30233.

66. Maxam A.M., Gilbert W. A new method for DNA sequencing. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.-1977. -V.74.- p.560-564.

67. McEntee K. Spesialized transduction of recA by bacteriophage lambda. // Virology.- 1976. V.70.- p.221-228.

68. Menetski J.P., Bear D.G., Kowalczykowski S.C. Stable DNA heteroduplex formation catalysed by the Escherichia coli RecA protein in the absence of ATP hydrolysis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1990. V.87. - p.21-25.

69. Meyer R.R., Laine P.S. The single-stranded DNA-binding protein in Escherichia coli. II Microbiol. Rev. -1990. V.54. - p.342-380.

70. Miller J.H. Experiments in molecular genetics. In: Experiments in Molecular Genetics, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY. 1972.

71. Modrich P. Mechanisms and biological effects of mismatch repair. // Ann Rev. Genet. -1991. V.25. - p.229-253.

72. Namsaraev E.A., Baitin D M., Bakhlanova I.V., Alexseyev A.A., Ogawa H., Lanzov V.A. Biochemical basis of hyper-recombinogenic activity of

73. Pseudomonas aeruginosa RecA protein in Escherichia coli cells. // Mol. Microbiol. 1998. - V.27. - N.4. - p.727-738.

74. Nastri H.G. and Knight K.L. Identification of residues in the L1 region of the RecA protein which are important to recombination or coprotease activities. // J. Biol. Chem.- 1994,-V.269.-N.42.-p.26311-26322.

75. Nguyen T.T., Muench K.A. and Bryant F.R. Inactivation of the RecA protein by mutation of histidine 97 or lysine 248 at subunit interface. // J. Biol. Chem. -1993. -V.268. p. 3107-3113.

76. Ogawa T., Wabiko H., Tsurimoto T., Horii T., Masukata H. and Ogawa H. Characteristics of purified RecA protein and the regulation of its synthesis in vitro. II Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.- 1979. V.43.- p.909-915.

77. Ogawa H., Ogawa T., Regulation in repressor inactivation by RecA protein. II Adv. Biophys. -1990. V.26. - p.33-49.

78. Ogawa T., Shinohara A., Ogawa H., Tomizawa J.-i. Functional structures of the RecA protein found chimera analysis. // J.Mol.Biol.- 1992. V.226 - p.651-660.

79. Ogawa T., Yu X., Shinogara A., Egelman E.H. Similarity of the yeast Rad51 filament to the bacterial RecA filament. // Science. 1993,- V.259. - p. 18961899.

80. Ohman D.E., West M.A., Flynn J.L., Goldberg J.B. Method for gene replacement in Pseudomonas aeruginosa used in construction of recA mutants: rec/Hndependent instability of alginate production. // J. Bact. 1985. - V. 162. -N.3. -p. 1068-1073.

81. Pansegrau W., Lanka E. Enzymology of DNA transfer by conjugative mechanism. // Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 1996. - V.54. - p. 197-251.

82. Panyutin I.G., Hsieh P. The kinetics of spontaneous DNA branch migration. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1994. V.91. - p.2021-2025.

83. Pugh B.F. and Cox M M. Stable binding of recA protein to duplex DNA. // J. Biol. Chem.- 1987,- V.262.- N.3.- p.1326-1336.

84. Pugh B.F. and Cox M.M. General mechanism for RecA protein binding to duplex DNA. // J. Mol. Biol.- 1988,- V.203.- p.479-493.

85. Radman M. SOS repair hypothesis: phenomenology of an inducible DNA repair which is accompanied by mutagenesis. // In P.Hanawalt and R.B.Setlow (ed.).- 1975. Molecular Mechanisms for Repair of DNA, part A. Plenum Publishing Corp., New York - p.355-367.

86. Rao V.B. Direct sequencing of polymerase chain reaction-amplified DNA. //Anal. Biochem.- 1994,-V.216.-p.1-14.

87. Reddy G., Jwang B., Rao B.J., Radding C.M. Joints made by the RecA protein in the interior of linear duplex DNA: effects of single-stranded ends, length of homology, and dynamic state. // Biochemistry. 1994,- V.33. - p. 11486-11492.

88. Register J.C. III. and Griffith J. Direction of RecA protein assembly onto single strand DNA is the same as the direction of strand assimilation during strand exchange. //J. Biol. Chem. 1985. - V.260.- N.22.- p. 12308-12312.

89. Roca A.I., Cox M.M. The RecA protein: structure and function. // Crit. Rev. Biochem. & Mol. Biol. 1990,- V.25.- p.415-467.

90. Roca A.I., Cox M.M. RecA protein: structure, function and role in recombinational DNA repair. // Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 1997. - V.56-p. 129-223.

91. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Lab. Press, Cold Spring Harbor. N. Y. -1989.

92. Sandler S.J., Satin L.H., Samra H.S., Clark A.J. recA-like genes from three archaen species with putative products similar to Rad51 and Dmc1 proteins of the yeast Saccharomyces cerevisiae. II Nucl. Acids Res.-1996,- V.24.- N.11 .-p.2125-2132.

93. Sano Y., Kageyama M., The sequence and function of the recA gene and its protein in Pseudomonas aeruginosa PAO. // Mol. Gen. Genet.- 1987. V.208. -p.412-417.

94. Schnarr M., Pouyet J., Granger-Schnarr M. and Daune M. Large-scale purification, oligomerization equilibria, and specific interaction of the LexA repressor of Escherichia coli. II Biochemistry. 1985. - V.24. - p.2812-2818.

95. Shibata T., DasGupta C., Cunningham R. and Radding C.M. Purified Escherichia coli RecA protein catalyzes homologous pairing of superhelical DNA and single-stranded fragments. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.-1979. V.76.- N.4 -p. 1638-1642.

96. Shibata T., Ikeda M., Makino O., Ikawa S., Monoclonal antibodies and mechanistic studies on RecA protein. // Biochimie. 1991. - V.73. - p.209-217

97. Shinohara A., Ogawa H., Ogawa T. Rad51 protein involved in repair and recombination in S.cerevisiae is a RecA-like protein. // Cell. 1992. - V.69. -p.457-470.

98. Skiba M.C. and Knight K.L. Functionally important residues at a subunit interface site in the RecA protein from Escherichia coli. II J. Biol. Chem. 1994. -V.369. - p.3823-3828.

99. Slelaty S.N., Rupley J.A., Little J.W. Intramolecular cleavage of LexA and phage lambda repressors: dependence of kinetics on repressor concentration, pH, temperature and solvent. // Biochemistry. 1986. - V.25. -p.6866-6875.

100. Smith G.R. Homologous recombination in procaryotes. // Microbiol. Rev. -1988. -V.52. -N.1-p.1-28.

101. Stasiak A. Three-stranded DNA structure; is this the secret of DNA homologous recombination? // Mol. Microbiol.- 1992,- V.6.- N.22.- p.3267-3276.

102. Story R.M., Weber I.T., Steitz T.A. The structure of the E.coli RecA protein monomer and polymer. // Nature.- 1992- V.355.- p.318-325.

103. Story R.M. and Steitz T.A. Structure of the RecA protein-ADP complex. // Nature. 1992. - V.355. - p.374- 376.

104. Tessman E.S., Peterson P. Plaque color method for rapid isolation of novel recA mutants of E.coli K-12: new classes of protease-constitutive recA mutants. // J.Bacteriology.-1985- V.163 N.2.- p.677-687.

105. Umlauf S.W., Cox M.M., Inman R.B. Triple-helical DNA pairing intermediates formed by recA protein. // J. Biol. Chem. 1990. - V.265. - p. 1689816912.

106. Verhoef C., De Haan P.G. Genetic recombination in Escherichia coli. II Mut. Res.-1966,-V.3.- p.101-112.

107. Walker J.K., Saraste M., Runswik M.J., Gay N.J. Distantly related sequence in the a and ß subunits of ATP syntethase, myosin, kinases, and a common nucleotide binding fold. // EMBO J. -1982. V.1. - p.945-951.

108. Walker G.C. Mutagenesis and indusible responses to deoxyribonucleic acid damage in Escherichia coli. II Microbiol. Rev.- 1984. V.48.- p.60-93.

109. Wang W.B., Tessman E.S. Location of functional regions of the Escherichia coli RecA protein by DNA sequence analysis of RecA protease-constitutive mutants. //J. Bact. 1986. - V.168.- N.2.- p.901-910.

110. Wang L., Voloshin O.N., Stasiak AI., Stasiak An. and Camerini-Otero R.D. Homologous DNA pairing domain peptides of RecA protein: intrinsic propensity to form ß-structures and filaments. // J. Mol. Biol.- 1998,- V.277.- p.1-11.

111. Weinstock G.M., McEntee K. and Lehman I.R. ATP-dependent renaturation of DNA catalyzed by the RecA protein of Escherichia coli. II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1979. -V.76. - No. 1,-p. 126-130.

112. Weinstock G.M. McEntee K. and Lehman I.R. Hydrolysis of nucleoside triphosphates catalyzed by the RecA protein in Escherichia coli. Hydrolysis of UTP. //J.Biol. Chem -1981.- V.256.- p.8856-8858.

113. Wood T.H., Walmsley R.H. Conjugation in Escherichia coli K-12 and its modification by irradiation. // Biophys. J.- 1969,- V.9.- p.391-398.