Взаимодействие α-спиральных пептидов в биомембранах: моделирование методом Монте-Карло тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Верещага, Яна Александровна

• Верещага, Яна Александровна
• кандидат физико-математических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Верещага, Яна Александровна

ГЛАВА I. ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА II. СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ТРАНСМЕМБРАННЫХ (ТМ) А-СПИРАЛЬНЫХ ДИМЕРОВ: СОВРЕМЕННОЕ СОСТОЯНИЕ ПРОБЛЕМЫ.

11.1. Общие принципы организации а-спиральных комплексов в липидном бислое.

II. 1.1 Геометрические аспекты упаковки спиралей.

II.1.2. Гидрофобная/гидрофильная организация комплексов.

II. 1.3. Особенности взаимодействия а-спиралей с границей раздела мембрана/вода.

II. 1.4. Резюме.

11.2. Перспективные а-спиральные димеры — уроки экспериментального изучения.

П.2.1. Гликофорин А человека.

Н.2.2. Рецепторы тирозин-киназы ЕгЬВ/Ыеи.

Н.2.3. ТМ сегмент белка ВМРЗ семейства ВСЬ-2.

Н.З. Методы компьютерного моделирования а-спиральных комплексов.

11.3.1. Метод молекулярной динамики в «вакууме» с отжигом.

11.3.2. Моделирование с использованием неявно заданных моделей мембраны.

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

III. 1. Разработка методики моделирования пространственной структуры а-спиральных димеров в мембранном окружении на примере димера гликофорина А (врА).

III. 1.1. Подбор оптимальных характеристик моделей, имитирующих влияние мембраны, для изучения ассоциации мономеров врА.

111.1.1.1. Моделирование в «вакууме» (мономер и димер врА).

111.1.1.2. Взаимодействие а-спиральных сегментов в мембранах разной толщины без приложенного ТМ потенциала.

Ш.1.1.3. Резюме.

III. 1.2. Моделирование с приложенным ТМ потенциалом.

III. 1.2. Влияние ТМ потенциала на ориентацию а-спиралей в комплексах.

III. 1.2.2. Энергетические особенности полученных классов олигомерных состояний 54 III. 1.2.3. Сравнительный анализ моделей димера, полученных с помощью спектроскопии ЯМР и рассчитанных методом Монте-Карло.

III. 1.2.4. Гидрофобная организация а-спиральных димерных комплексов GpA.

III. 1.2.5. Модель димера, установленная методом спектроскопии ЯМР: поведение в неявно заданном мембранном окружении.

III. 1.2.6. Энергетические аспекты димеризации.

III. 1.2.7. Влияние толщины мембраны на упаковку димерных состояний.

III. 1.2.8. Влияние степени гидрофобности мембраны на результаты моделирования.

III. 1.2.9. Мутагенез in silico, влияние точечных мутаций на димеризацию GpA.

III. 1.2.10. Резюме.

III.2. Изучение димеризации ТМ сегмента белка BNIP3 методом Монте-Карло в неявно заданной мембране.

III.2.1 Характер взаимодействия мономера BNIP3 с мембраной: роль заряженных остатков на концах.

111.2.2. Гидрофобные/гидрофильные свойства ТМ сегмента BNIP3.

111.2.3. Расчет димерных состояний BNIP3 с применением ограничений.

111.2.4. Ab initio моделирование димера BNIP3: роль остатка His 173 в димеризации.

111.2.5. Мутагенез in silico: поиск гомологов ТМ пептида BNIP3, способных к эффективной димеризации.

111.2.6. Резюме.

ГЛАВА IV. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.

IV. 1. Обзор проведенных исследований и полученных результатов.

IV.2. Научно-практическое значение работы.

IV.3. Перспективы.

ГЛАВА V. МЕТОДЫ.

V.1. Вычислительные протоколы.

V.2. Гетерогенная модель мембраны.

V.3. Метод молекулярного гидрофобного потенциала (МГП).

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Взаимодействие α-спиральных пептидов в биомембранах: моделирование методом Монте-Карло»

Исключительно важная роль мембранных белков (МБ) в клетке обусловлена ихспособностью детектировать и передавать сигналы через липидный бислой, осуществлятьтранспорт ионов и различных веществ, участвовать в слиянии мембран и т.п. Кроме того,-30% всех белков, кодируемых целыми геномами, способны взаимодействовать смембранами (Wallin et al., 1998; Arkin et al., 2002). Понимание связи между структуройМБ и их функцией представляет собой одну из актуальных и интереснейщих задачструктурной биологии. Рещение указанной нроблемы имеет и большой нрактическийинтерес. В частности, МБ являются привлекательными объектами для создания новыхлекарственных нрепаратов (-50% всех представленных на рынке лекарственныхпрепаратов направлено на взаимодействие с МБ), осуществляющих коррекцию нередачисигнала через мембрану (взаимодействие с мембранными рецепторами, модификациюпроводимости ионных каналов). Указанные процессы являются ключевыми при развитииряда заболеваний. Многие такие белки содержат в своих мембранных доменах несколькоучастков нолипептидной цепи и/или функционируют в олигомерных состояниях - в виде,димеров, тримеров и т.д. Механизмы ассоциации и межбелкового узнавания, играющиеважную роль в ряде клеточных процессов (Harder et al., 2003; Ubarretxena-Belandia &Engelman, 2001), являются ключом для нонимания функционирования белковых-.:комнлексов. В связи с этим, большой интерес нредставляют задачи но изучениюдетальных молекулярных механизмов межбелковых взаимодействий в такой гетерогеннойсреде, какой является линидный бислой. Получение структурной информации о процессахолигомеризации белков в мембранах с помощью современных экспериментальныхметодов крайне затруднено из-за больших сложностей с вьщелением, очисткой,нриготовлением образцов (Liang et al., 2002). Многообещающей альтернативой в рещенииданной проблемы является применение методов компьютерного моделирования.Наиболее подходящими объектами для разработки и тестировапия таких методовявляются а-спиральные комплексы в мембранах. Эти системы достаточно стабильны исостоят из гидрофобных и/или амфифильных а-спиралей. Последние представляютнаиболее часто встречающийся структурный элемент в мембранных доменах белков,ответственный за их связывание с липидпым бислоем. Взаимодействия междумембрапосвязанными а-спиралями обеспечивают функциональную активность огромногочисла белков и пептидов. Среди них - интегральные мембранные реценторы (например,семейство рецепторов, чье действие опосредовано G-белками, рецепторы гормонов,компоненты сенсорных систем), разнообразные ионные каналы (АТФазы, калиевыеканалы, лиганд-зависимые ионные каналы) и молекулярные транснортеры, дефензины.мембрано-активные пептиды, обладающие антибактериальной, фузогенной, мембранолитической активностью и др. (Efremov et al., 2004). В настоящее время расшифрованыпространственные структуры около 50 белков, имеющих в своем составе комплексытрансмембрапных (ТМ) а-спиралей (сайтhttp://blanco.biomol.uci.edu/Membrane_Proteins_xtal.html)).Появление пространственной модели ТМ димера гликофорина А человека (GpA)стимулировало разработку теоретических методов исследования взаимодействия аспиралей в мембранных доменах белков (см. разд. П.З), т.к. появилась возможностьсравнения результатов расчетов с экспериментом. Эти работы можно разбить на тригруппы: 1) Подходы, основанные на расчетах энергии спираль-спиральныхвзаимодействий. При этом жестко фиксируется а-спиральная структура, и расчетыпроводят либо в «вакууме», либо в однород1юй среде с низкой диэлектрическойнроницаемостью (см. разд. II.3.1); 2) Методы, использующие статистические данные новзаимодействию аминокислотных остатков а-спиральных пучков в белках с известнойпространственной структурой (см. разд. П.З.З); 3) Моделирование, основанное на учетемембранного окружения неявным образом, например, с помощью обобщенной моделиБорна, с использованием энергии поверхностного натяжения и др. (см. разд. II.3.2) (Вдальнейшем термин «мембрана» будет употребляться и для математических моделей,имитирующих влияние мембранного окружения). Поскольку в настоящее времяпредпринимаются лишь первые попытки создания указанных подходов, предлагаемыеметодики характеризуются целым рядом ограничений. Так, в методах первой группы,ввиду отсутствия гетерогенного мембранного окружения, «естественным образом»стабилизирующего а-спиральную конформацию ТМ участков субъединиц, приходитсявводить искусственные ограничения, предотвращающие дестабилизацию спирали. Какбудет показано в настоящей работе, в этих случаях нет возможности выявитьспецифичность взаимодействия спираль-спираль (см. разд. III. 1.1). Кроме того,ограниченное число доступных пространственных структур делает трудновыполнимойзадачу использования статистики для предсказания спираль-спиральных контактов(методы группы 2). Наиболее перспективными являются подходы с использованиеммоделей неявно-заданной среды. С их помощью недавно были получены интересныерезультаты для ряда а-спиральных димеров (Ducarme et al., 2000; Im et al., 2003).Авторам удалось осуществить моделирование ассоциации спиралей в гетерогенноммембранном окружении без «стягивающих» межмономерных ограничений. Вместе стем, следует отметить и ряд серьезных допущений, сделанных в этих работах. Так, ТМсегменты заведомо располагали в гидрофобном слое мембраны, в ориентации «голова кголове», что не дает возможности проанализировать энергетические характеристикивстраивания пептидов в мембрану. Кроме того, авторы избегают вопроса о ролизаряженных остатков на концевых участках пептидов (Im et al., 2003),В данной работе предлагается метод моделировапия а-спиральных димерныхкомплексов в мембранном окружении, основанный на поиске наиболее энергетическивыгодных состояний системы «спираль-спираль-мембрана» методом Монте-Карло (МК).Важно отметить, что вычисления проводятся без применения каких-либо ограничений.Метод МК позволяет эффективно исследовать конформационные возможностиполипептидной цепи небольшой системы, состоящей из двух а-спиральпых сегментов.Ключевым моментом в предлагаемой методике является применение модели неявнозаданной мембраны, основанной на совместном использовапии атомных параметровсольватации для воды и углеводородов, описывающих гидратированные полярные группыи ацильные цени линндов, соответственно (Efremov et al,, 2001). Данная модель обладаетвысокой вычислительной эффективностью и хорошо себя зарекомендовала при описанииосновных особенностей взаимодействия белок-мембрана. Так, применение МК метода всовокупности с неявно заданной моделью мембраны нозволило адекватно описатьособенности взаимодействия целого ряда пептидов и белков с различным типом укладкиполипептидной цепи (а-спиральные, р- и а/р-структурные) и с различным характеромсвязывания с мембраной (ТМ, периферические).Работа состоит из трех частей. В первой рассматривается, каким образом окружениес разными характеристиками влияет на ассоциацию белковых субъединиц. Вторая частьпосвящена описанию результатов моделирования структуры димера GpA в гетерогенноммембранном окружении и сравнению результатов расчетов с известнымиэкспериментальными данными. Сделан вывод о том, что разработанный нодход позволяетадекватно онисать структуру димера GpA в мембрано-подобном окружении. В третьейчасти ноказано применение разработанной методики для изучения возможных механизмовдимеризации ТМ сегмента белка BNIP3, нространственная структура которого еще неустановлена. Полученные модели комплексов хорошо согласуются с данными мутагенеза.Научная новизна.В ходе выполнения работы был впервые создан комнлекс новых вычислительныхметодик и компьютерных программ, позволяющих нолучать информацию о структуребелок-белковых комнлексов в линидном бислое. Кроме того, применение разработанныхоригинальных подходов к апализу димерных структур помогло установить ряд факторов изакономерностей, имеющих фундаментальное значение для попимания особенностейдимерной организации и функционирования белков. Среди них: механизм взаимодействияТМ а-спиральпых пептидов, взаимосвязь между гидрофобной/гидрофильной организациейпептидов и их укладкой в димере, физические принципы встраивания а-сниральныхпептидов в мембранное окружение, энергетические аспекты димеризации в «бислое» и др.Основные результаты.1. Исследована роль гетерогенного, полярпо-неполярного, растворителя примоделировании белок-белковых взаимодействий. Выводы: а) Моделирование без учетаэффектов среды не позволяет корректно описать поведение двух ТМ а-сниралей GpA; б)Присутствие второго пептида при расчете МК двух мономеров GpA в «вакууме»стабилизирует а-спиральную структуру мономеров за счет ван-дер-ваальсовыхвзаимодействий. Однако полученные конформации димерных состояний значительноотличаются от установленных в экспериментах. Кроме того, не наблюдаетсяспецифичности межспиральных контактов.2. Исследованы механизмы ассоциации пептидов в гетерогенном мембранномокружении. Выводы: а) Моделирование пептидов GpA в мембране без приложенного ТМпотенциала показало, что пептиды, сохраняя а-спиральную структуру, располагаются вТМ положении, образуя димеры как в ориентации «голова к хвосту», так и в ориентации«голова к голове». Найдена только одна группа структур с антипараллельной ориентациейпептидов хорошо коррелирующая с данными мутагенеза (GpAMKti); б) При расчете сразной толщиной мембраны наблюдается эффект подстройки димера GpAMKti подтолщину гидрофобного слоя без нарушения межспиральных контактов; в) Субъединицы вкомплексах обладают а-спиральной структурой при толщине мембраны D < ЗбА, придальнейшем увеличении толщины наблюдаются нарушения а-сниральной конформации.3. Димеры GpA в мембране с приложенным потенциалом. Выводы: а) Пептиды,сохрапяя а-спиральпую копформацию, встраиваются в мембрану в ТМ положении иобразуют димеры в ориентации «голова к голове»; б) Конформации низкоэнергетическихсостояний хорошо согласуются с данными мутагенеза; в) найдена группа состояний справой закруткой, по параметрам упаковки близкая к экспериментально установленнойдимерной структуре ((ЗрАямрУ, г) Наблюдается группа плотно унакованных димерныхструктур с левой закруткой, также хорошо согласующаяся с данными мутагенеза иудовлетворяющая ограничениям на расстояния, получеппым методом спектроскопииЯМР (MacKenzie et al., 1997); д) Исследованы энергетические аспекты встраивания аспиралей в мембрану и их олигомеризации, проведен анализ особенностей образованиялево- и нравозакрученных димерных упаковок, рассмотрено влияние мутаций на упаковкудимера и т.д. Таким образом, впервые предложена методика моделирования днмерныхкомплексов в мембранном окружении.4. Разработанная методика применена для моделирования димера с неизвестнойпространственной структурой - ТМ сегмента белка BNIP3. Выводы: а) АЬ initio поискнизкоэнергетических состояний выявил несколько возможных грунн димерных состоянийкак с правой, так и с левой закруткой. Наблюдается высокая корреляция с даннымимутагенеза; б) Сделан вывод о роли состояния ионизации остатка Hisi73 в ассоциации аспиралей; в) Предложены мутантные формы BNIP3 с потенциально более высокой, чем вбелке дикого тина, димеризационной способностью.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Верещага, Яна Александровна

Выводы:

1. Моделирование без учета мембранного окружения не позволяет корректно описать поведение ТМ a-спиралей GpA. Так, полученные конформации димерных состояний значительно отличаются от установленных в экспериментах. Не наблюдается специфичности в образовании межспиральных контактов.

2. Исследовано влияние гетерогенного окружения с разными характеристиками на ассоциацию ТМ сегментов GpA. Показано, что образование димерных комплексов, хорошо согласующихся с экспериментальными данными, возможно при следующих условиях: 1) толщина гидрофобной части мембраны должна примерно соответствовать длине гидрофобного участка мономера GpA 32Á); 2) необходим учет ТМ потенциала мембраны; 3) свойства липидного бислоя наилучшим образом аппроксимируются моделью среды «вода-циклогексан-вода».

3. На основании результатов моделирования предложены две модели пространственной структуры димера ТМ сегмента белка BNIP3. Полученные модели хорошо согласуются с данными мутагенеза.

4. На основании анализа гидрофобных/гидрофильных характеристик ТМ сегментов GpA/BNIP3 и расчетов МК предложены мутантные формы ТМ пептида BNIP3, потенциально, обладающие улучшенной димеризационной способностью. Апробация мутантных форм будет осуществлена экспериментально в нашей Лаборатории.

IV. 2. Научно-практическое значение работы.

Представленные в работе результаты дополняют существующие представления о молекулярных механизмах ассоциации белков в мембранном окружении и позволяют лучше понять основные факторы, способствующие образованию ТМ димерных комплексов.

Разработанная методика позволяет предсказывать пространственную структуру а-спиральных димерных комплексов в мембранном окружении и выявлять особенности спираль-спирального взаимодействия в мембранном окружении. В частности, созданный подход дает возможность идентифицировать а.к. остатки, важные для димеризации. Полученные результаты помогут создавать de novo пептиды, обладающие (или, наоборот, не обладающие) высокой аффинностью друг к другу, либо к заданным пептидам-мишеням.

IV. 3. Перспективы.

Основываясь на результатах выполненной работы и анализе литературных данных, можно обозначить направления дальнейших исследований и сформулировать перспективные задачи в области молекулярного моделирования олигомерных комплексов в мембранном окружении.

1) Поскольку димеризация пептидов и белков в мембране окружении играет важную роль при передаче сигнала в клетке, в настоящее время ведутся активные исследования механизмов олигомеризации с целью последующего целенаправленного управления процессами ассоциации ТМ белковых фрагментов. Существенную помощь в понимании функционирования таких систем могут оказать методы, позволяющие предсказать возможные типы белок-белковых взаимодействий между белковыми субъединицами, а также проектировать мутантные формы белков, обладающие улучшенной димеризационной способностью. Поскольку функционирование целого ряда рецепторов сопровождается значительными конформационными перестройками, представляется чрезвычайно важным понять энергетические аспекты таких процессов и исследовать их in silico. Также, с фундаментальной точки зрения представляется важным научиться оценивать свободную энергию ассоциации пептидов в модельном мембранном окружении - это даст возможность сравнения степени димеризации различных природных и искусственных ТМ сегментов.

2) Дальнейшее совершенствование моделей сольватации с явно и неявно заданным бислоем. В первом случае основное внимание, по-видимому, будет уделяться уточнению параметров силовых полей, описывающих ван-дер-ваальсовы и электростатические взаимодействия, проблемам совместимости силовых полей, отработанных по-отдельности для «чистых бислоев» и изолированных белков. Во втором случае большое внимание будет уделено разработке дополнительных термов в выражении для потенциальной энергии, которые позволят учесть в процессах взаимодействия белок - мембрана роль таких важных явлений, как влияние внешнего электрического поля (например, при деполяризации мембраны), упругие свойства мембраны, «отклик» липидного бислоя и процессы его дестабилизации при встраивании пептидов и белков и т.д.

ГЛАВА V. Методы.

V. 1. Вычислительные протоколы.

Объект исследования: ТМ сегмент гликофорина А человека.

Расчеты проводили для ТМ сегмента гликофорина А человека из мембран эритроцитов. Аминокислотная последовательность: 86уЕРЕ1ТШРСУМАОУ1СТ1Ь 1Л5УС11Ш97. Стартовую структуру каждого мономера (А и Б) задавали в а-спиральной конформации, в полноатомном представлении. В расчетах не применяли каких-либо ограничений для поддержания а-спиральной структуры и задания положения пептидов относительно мембраны.

А В 1 )Л/\/УУ\/УУ\/Ч() 2 )

Рис.У.1 А) Модель объекта для работы в пространстве двугранных углов. Цилиндры обозначают а-спиральные участки мономеров ТМ сегментов гликофорина А. В) Геометрические параметры, использованные для характеристики взаимного расположения мономеров в димере: 0 - угол, с1 - расстояние между осями а-спиралей. Пояснения см. в тексте.

С целью изменения в ходе МК-процедуры ориентации пептидов как друг относительно друга, так и относительно бислоя, к И-концу мономера А были присоединены 10 "фиктивных" остатков, а между мономерами А и Б введены 20 "фиктивных" остатков (Рис. V.1). Атомы данных остатков имели нулевые параметры силового поля, поэтому не давали вклад в энергию системы. Атом N в первом "фиктивном" остатке помещали в начало системы координат (0, 0, 0). Стартовые конформации системы задавали случайным образом: в водном и в мембранном окружении, а также с частичным погружением в мембрану (Рис. Ш.З).

Исследование конформационного пространства методом Монте-Карло.

Исследование поверхности потенциальной энергии пептидов осуществляли методом МК в пространстве двугранных углов с помощью программы FANMEM (усовершенствованная авторами версия программы FANTOM (von Freyberg and Braun, 1991)). Цель - поиск и последующий анализ наиболее низкоэнергетических состояний системы - структура и взаимное расположение мономеров, их ориентация относительно мембраны, белок-белковые и белок-мембранные взаимодействия. Предварительно структуры подвергали энергетической минимизации: 80-150 циклов методом сопряженных градиентов. Отбор конформеров на каждом шаге МК осуществляли по критерию Метрополиса (Metropolis et al., 1953). Вычисления проводили без наложения каких-либо ограничений, если это не оговорено особо. Выбор варьируемых двугранных углов производили случайным образом (варьировали 1-2 угла), минимизацию на каждом цикле МК осуществляли методом сопряженных градиентов. В качестве начального состояния при каждом запуске программы FANMEM брали наиболее низкоэнергетический конформер, полученный в предыдущем расчете. В "вакууме" было проведено ~2-10 и 4-104 МК -итераций для одиночного мономера и двух субъединиц, соответственно. Для эффективного преодоления локальных минимумов использовали схему с подстройкой температуры, аналогично (von Freyberg & Braun, 1991). При вычислении нековалентных взаимодействий использовали сферическую отсечку с радиусом 30 А. В методе МК углы а не варьировали (за исключением углов а "фиктивных" остатков). Для учета гетерогенной мембранной среды использовали модель неявно заданной мембраны, описанной ранее (Efremov et al., 2001/2002а). Расчеты проводили при различной толщине мембраны (D): 24, 30, 34, 36, 40 А. Для каждого значения D выполняли по ~ 6-104 шагов МК. Остальные детали расчета можно найти в работе (Efremov et al., 1999а).

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Верещага, Яна Александровна, 2005 год

1. Adams J.M. and Cory S., Science, 281 (1998) 1322-1326. The Bcl-2 protein family: arbiters of cell survival. Review.

2. Adams P.D., Engelman D.M. and Briinger A.T., Proteins, 26 (1996) 257-261. An improved prediction for the structure of the dimeric transmembrane domain of Glycophorin A obtained through global searching.

3. Arkin I.T., Biochim. Biophys. Acta., 1565 (2002) 347-363. Structural aspects of oligomerization taking place between transmembrane a-helices of bitopic memrane proteins. Review.

4. Ashkenazi., Dixit V.M., Science, 281 (1998) 1305-1308. Death receptors: signaling and modulation. Review.

5. Baker J.B. and Cannigham, D.D., J. Supramol. Struct., 9 (1978) 69-77. Glucocorticoid-mediated alteration in growth factor binding and action: analysis of the binding change.

6. Bargman C.I. and Weinberg R.A., EMBO J., 7 (1988) 2043-2052. Oncogene activation of the neu-encoded receptor protein by point mutations and deletion.

7. Bargman C.I., Hung M.-C. and Weinberg R.A., Nature, 319 (1986a) 226-230. The neu oncogene encodes epidermal growth factor receptor-related protein.

8. Bargman C.I., Hung M.-C. and Weinberg R.A., Cell, 45 (1986b), 649-657. Multiple independent activations of the neu oncogene by a point mutations altering the transmembrane domain of pl85.

9. Barinaga M., Science, 281 (1998) 1302-1305. Stroke-damaged neurons may commit cellular suicide. Is apoptosis key in Alzheimer's disease?

10. Bechinger, В., Mol. Membr. Biol., 17 (2000) 135-142. Biophysical investigations of membrane perturbations by polypeptides using solid-state NMR spectroscopy. Review.

11. Beckstein O., Biggin,P.C., Bond P., Bright J.N., Domene C., Grottesi A., Holyoake J. and Sansom M.S., FEBS Lett., 555 (2003) 85-90. Ion channel gating: insights via molecular simulations.

12. Berman H.M, Bhat T.N., Bourne P.E., Feng Z., Gilliland G., Weissig H., Westbrook, J. Nat. Struct. Biol., 7 (2000) 957-959. An ontology for immune epitopes: application to the design of a broad scope database of immune reactivities

13. Biggin P.C., Sansom M.S., Biophys. Chem., 60 (1996) 99-110. Simulation of voltage-dependent interactions of a-helical peptides with lipid bilayers.

14. Biggin, P.C. and Sansom M.S., Biophys. Chem., 76 (1999) 161-183. Interactions of alpha -helices with lipid bilayers: a review of simulation studies.

15. Blume-Jensen P. and Hunter Т., Nature, 411 (2001) 355-365. Oncogenic kinase signaling.

16. Borner C., Martinou I., Mattmann C., Irmler M., Schaerer E., Martinou J.C., Tschopp J., J Cell Biol., 126 (1994) 1059-1068. The protein bcl-2 alpha does not require membrane attachment, but two conserved domains to suppress apoptosis.

17. Bowie J.U., Nature Struct. Biol., 4 (1997) 915-917. Helix packing angle preferences.

18. Bowie J.U., J. Mol. Biol., 272 (1997) 780-789. Helix packing in membrane proteins.

19. Boyd D., Schierle C. and Beckwith J., Protein Sci., 7 (1998) 201-205. How many membrane proteins are there?

20. Braun R., Engelman D.M., Schulten K., Biophys J., 87(2) (2004) 754-763. Molecular Dynamics Simulations of Micelle Formation around Dimeric Glycophorin A Transmembrane Helices.

21. Breed J., Biggin P.C., Kerr I.D., Smart O.S., Sansom M.S., Biochim. Biophys. Acta., 1325 (1997) 235-249. Alamethicin channels modelling via restrained molecular dynamics simulations.

22. Bretscher M.S. and Munro S., Science, 261 (1993) 1280-1281. Cholesterol and the Golgi apparatus.23.