Выделение и характеристика пероксисомдефицитных мутантов метилотрофных дрожжей Hansenula polymorpha тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Курбатова, Елена Михайловна

• Курбатова, Елена Михайловна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Курбатова, Елена Михайловна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Метаболические пути метилотрофных дрожжей, связанные с образованием пероксисом.

1.1. Метаболизм метанола.

1.2. Метаболизм метиламина у Hansenula polymorpha.

Глава 2. Пероксисомы, их строение и функции.

2.1. История открытия и основные функции пероксисом.

2.2. Выделение пероксисомных мутантов и клонирование РЕХ- генов.

2.3. Транспорт пероксисомных белков.

2.4. PTS1 транспорт матриксных белков.

2.5. PTS2 транспорт белков матрикса.

2.6. Транспорт мембранных белков.

2.7. Формирование пероксисом.

2.8. Деление пероксисом.

2.9. Гомеостаз пероксисом у Н. polymorpha.

2.10. Деградация пероксисом у метилотрофных дрожжей.

2.11. Общие этапы биогенеза пероксисом и макропексофагии у Н. polymorpha.

2.12. Участие пероксисом в программах дифференцировки клеток.

2.13. Болезни человека, связанные с нарушением биогенеза пероксисом. 41 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Глава 3. Материалы и методы.

3.1. Штаммы микроорганизмов, использованные в данной работе.

3.2. Состав сред.

3.3. Условия культивирования.

3.4. Молекулярно - генетические методы.

3.4.1. Методы генетики Н. polymorpha.

3.4.2. Общие методы.

3.5. Плазмиды, использованные в работе.

3.6. Клонирование генов.

3.7. Световая и флуоресцентная микроскопия.

3.8. Биохимические методы.

3.8.1. Индукция пероксисомных ферментов.

3.8.2. Получение бесклеточного экстракта.

3.8.3. Определение активности ферментов.

3.8.4. Определение концентрации белка.

3.9. Методы компьютерного анализа.

Глава 4. РЕЗУЛЬТАТЫ.

4.1. Получение и первичная характеристика мутантов.

4.2. Общая характеристика мутантов.

4.2.1. Определение фенотипа мутантов в условиях индукции биогенеза пероксисом на среде с метанолом.

4.2.2. Определение рецессивности/доминантности мутаций.

4.2.3. Идентификация мутантов при помощи делеционных рех-тестеров.

4.2.4. Изучение "множественных" мутантов.

4.2.5. Изучение "одиночных" мутантов.

4.3. Цитологическая характеристика полученных мутантов методами флуоресцентной микроскопии.

4.4. Определение количества групп комплементации среди мутантов с дефектами пероксисом.

4.5. Свойства мутанта N47.

4.5.1. Фенотипические характеристики мутанта N47.

4.5.2. Комплементация ростовых дефектов мутанта N47 геномной библиотекой и клонирование гена РЕХА.

4.5.3. Определение нуклеотидной последовательности комплементирующего фрагмента и характеристика соответствующего белкового продукта.

4.5.4. Определение внутриклеточной локализации белка РехАр Н. polymorpha.

4.5.5. Конструирование нулевой аллели гена РЕХ А.

4.5.6. Определение активности ферментов метаболизма метанола у мутанта N47,

4.6. Свойства мутанта N102.

4.6.1. Фенотипические характеристики мутанта N102.

4.6.2. Определение активностей пероксисомных ферментов метаболизма метанола и метиламина у мутанта N102.

4.6.3. Клонирование гена, комплементирующего ростовой дефект у мутанта N102.

4.7. Свойства мутанта N163.

4.7.1. Фенотипические характеристики мутанта N163 и активности ферментов первичного метаболизма метанола.

4.7.2. Клонирование гена, комплементирующего ростовой дефект у мутанта N163.

Глава 5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

5.1. Получение мутантов и их первичная характеристика.

5.2. Комплементационный тест на аллелизм и селекция мутантов методами флуоресцентной микроскопии.

5.3. Изучение ts мутантов и клонирование новых генов. 94 ВЫВОДЫ. 99 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ABTS - 2,2'-Azino-bis-(3-ethylbenzthioazoline-6-sulfonic acid)

АОХ (AOD) - алкогольоксидаза

CAT (СТА) - каталаза

DHAS - диоксиацетонсинтаза

DTT - 1,4-дитиотрейтол (1,4-ditio-DL-threitol)

FAD - флавинадениндинуклеотид

GFP - зеленый флуоресцирующий белок (Green Fluorescent Protein) HARS - автономно реплицирующаяся последовательность Н. polymorpha ME - экстракт солода (Malt Extract) mPTS - мембранная направляющая пероксисомная последовательность (membrane

Peroxisomal Targeting Signal)

NADH - никотинамиддинуклеотидфосфат

NS - нарождающаяся пероксисома (Nascent Peroxisome)

PMP - пероксисомный мембранный белок (Peroxisomal Membrane Protein)

PTS - направляющая пероксисомная последовательность (Peroxisomal Targeting

Signal)

SDS - додецил сульфат натрия TPR - тетратрикопептидные повторы

Vps - вакуолярный сортирующий белок (Vacuole Protein Sorting)

YE - дрожжевой экстракт (Yeast Extract)

ZS - синдром Целвегера (Zellweger Syndrome)

АТФ - аденозин-5'-трифосфат

ДХИФ - дихлорфенолиндофенол

ЖК — жирные кислоты

НБП - нарушения биогенеза пероксисом (Peroxisome Biogenesis Disorders) НГ - нитрозогуанидин (N-ethyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidin) ОРС - открытая рамка считывания П - пероксисома

СЖК - среднецепочечные жирные кислоты т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов ФМСФ - фенилметилсульфонилфторид ЭДТА - этилендиаминтетраацетат ЭР - эндоплазматический ретикулум.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Выделение и характеристика пероксисомдефицитных мутантов метилотрофных дрожжей Hansenula polymorpha»

Актуальность работы. Пероксисомы - внутриклеточные органеллы, окруженные однослойной белково-липидной мембраной, присущи практически всем эукариотам. Эти органеллы, как правило, содержат ферменты р-окисления жирных кислот, Ацил-КоА оксидазы и каталазу, выполняя жизненно важную функцию - разложение Н2О2 до воды и кислорода. У дрожжей функции пероксисом существенны, в частности, для первичного метаболизма метанола или н-алканов, что делает эти органеллы привлекательными в биотехнологическом аспекте. Нарушение биогенеза этих органелл у человека вызывает развитие ряда тяжелых наследственных заболеваний, поэтому пероксисомы стали объектом повышенного внимания. Несмотря на внешнюю простоту дрожжевых клеток, строение их органелл и закономерности развития близки таковым высших эукариот. Использование дрожжей в качестве модельного объекта для исследования биогенеза пероксисом позволяет лучше понять патофизиологию пероксисомных заболеваний человека и разработать методы их терапии.

Состояние вопроса. Биогенез пероксисом - активно исследуемый процесс. К настоящему времени, благодаря ряду работ, выполненных на мутантах дрожжей, дефектных по этому процессу (рех), выделено более 30 функционально различающихся белков - пероксинов, формирующих пероксисомную мембрану или участвующих в посттрансляционном транспорте белков матрикса этих органелл.

Одним из молекулярно-генетических подходов, разработанных для выделения и характеристики новых факторов, участвующих в биогенезе пероксисом, является создание представительных коллекций пероксисомных мутантов. Первые коллекции таких рех мутантов были получены с использованием химических мутагенов и проведением негативной селекции на метаноле при оптимальной температуре (37°С, Cregg et al., 1990; Titorenko et al., 1993). Альтернативный метод основан на использовании случайной интеграции в геном специфических линейных плазмид (RALF, RAndom integration of Linear DNA Fragments, van Dijk et al., 2001). Ортологи некоторых генов РЕХ Н. polymorpha, впервые найденные у других организмов, были выделены благодаря конструированию специфических праймеров и ПЦР. Однако, несмотря на выделение и характеристику 13 генов, кодирующих пероксины у данного вида дрожжей (van de Klei & Veenhuis, 2002), многие факторы биогенеза остаются неизвестными. Поэтому получение и характеристика мутантов, полученных с использованием новых методов проведения мутагенеза и методов селекции, отличных от использованных ранее, является важным элементом исследований биогенеза пероксисом, а также необходимым этапом для клонирования новых генов, участвующих в этом процессе.

Цель и задачи исследования. Целью данной работы было создание коллекции новых пероксисомных мутантов Н. polymorpha и поиск новых генов, участвующих в образовании и поддержании функциональной стабильности пероксисом. В связи с этим решались следующие основные задачи:

- Получение представительной коллекции мутантов, не растущих на метаноле при повышенной температуре, определение характера и количества мутаций, а также генетический анализ мутантов.

- Селекция мутантов с нарушенной морфологией пероксисом методами флуоресцентной микроскопии.

-Изучение свойств отдельных мутантов и клонирование новых генов, участвующих в образовании и поддержании функциональной стабильности пероксисом.

Научная новизна работы. С использованием химического мутагенеза по модифицированной методике и селекции мутантов при неоптимальной температуре у Н. polymorpha впервые получены температурочувствительные (ts) мутанты нового класса - не растущие на средах с метанолом только при 45°С. Комплементационный тест на аллелизм с применением делеционных мутантов по известным ЛЕХ-генам показал существенные различия спектра полученных мутантов по сравнению с известными пероксисомными мутантами. У 52 мутантов с одиночными мутациями показано отсутствие комплементации с одним или несколькими делеционными штаммами. Установлено, что только четверть мутаций локализована в известных РЕХ-генах, тогда как остальные мутанты также имели пероксисомные дефекты. Это свойство предлагается использовать в качестве дополнительного фактора селекции для поиска новых пероксисомных мутантов. Нами были впервые получены "множественные" мутанты, мутанты с гиперпролиферацией пероксисом, а также ts мутант по гену интегрального мембранного белка РехЮр, перспективный для изучения функций и закономерностей регуляции этого белка в биогенезе пероксисом. Клонированы и секвенированы три новых гена, возможно, участвующих в этом процессе.

Практическое значение работы. Полученные Muf мутанты используются для изучения регуляции первичного метаболизма метанола и клонирования новых РЕХ-генов, участвующих в биогенезе пероксисом метилотрофных дрожжей. Модифицированные нами метод анализа пероксисомных мутантов и комплементационный тест на аллелизм перспективны при изучении белков, формирующих большое количество комплексов, в частности, белков цитоскелета и клеточной стенки.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены и обсуждались на международном симпозиуме "ISSY 2001" (Львов, Украина, 2001), 5й и 8й школах-конференциях молодых ученых " Биология- наука XXIго века" (Пущино, 2001, 2004), конференции к 115-летию со дня рождения Н. И. Вавилова "Актуальные проблемы современной генетики" (Москва, 2003), международной конференции, посвященной исследованиям микротелец "Peroxisomes Now" (Харен, Голландия, 2003), конференции молодых ученых "GBB meeting of Biocentrum research groups" (Гронинген, Голландия, 2003).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 8 работ. Структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания объектов и методов исследования, изложения экспериментальных данных, их обсуждения, выводов и списка цитируемой литературы. Текст диссертации занимает 120 страниц, содержит 29 рисунков, 19 таблиц, и 241 литературных источника.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Курбатова, Елена Михайловна

выводы

1. Создана представительная коллекция из 227 не растущих на среде с метанолом мутантов метилотрофных дрожжей Hansenula polymorpha. Впервые получены 94 температурочувствительных (As) мутанта, не растущих на метаноле только при 45°С. Определены количество и характер проявления мутаций.

2. Тест на аллелизм с использованием 12 делеционных мутантов по известным у Н. polymorpha Р£Х-генам выявил отсутствие комплементации при повышенной температуре. При этом только 25% исследованных мутантов несут мутации, аллельные известным ЛЕА^генам, а спектр полученных пероксисомных мутантов отличался от описанных ранее. Показана возможность использования отсутствия комплементации в качестве дополнительного фактора селекции мутантов по пероксинам и связанных с ними белкам.

3. Анализ полученных мутантов методами флуоресцентной микроскопии выявил 43 мутанта с нарушенной структурой пероксисом, в том числе 7 новых мутантов с гиперпролиферацией пероксисом.

4. У fa-мутанта N47 при повышенной температуре выявлена быстрая деградация пероксисом. Проявления мутации комплементировались геном РЕХА, кодирующим митохондриальный белок, гомологичный белку Ygr046Wp Saccharomyces cerevisiae.

5. Энзимологический анализ fa-мутанта N102 с гиперпролиферацией пероксисом показал повышенный уровень алкогольоксидазы и аминоксидазы, но пониженный уровень других пероксисомных ферментов - каталазы и диоксиацетонсинтазы. Проявления мутации комплементировались геном РЕХВ, кодирующим белок, гомологичный вакуолярному сортирующему белку Vps8p S. cerevisiae.

6. У мутанта N163 мутация, вызывающая отсутствие роста на метаноле при 45°С и снижение активностей трех пероксисомных ферментов (алкогольоксидазы, каталазы и диоксиацетонсинтазы), комплементируется геном, кодирующим гомолог Ser/Thr фосфатазы S. cerevisiae.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Курбатова, Елена Михайловна, 2005 год

1. Быстрых Л.В., Быковская С.Д., Троценко Ю.А. (1986) Регенерация ксилулозо-5-фосфата в диоксиацетоновом цикле ассимиляции метанола у дрожжей. Биохимия. 51 (2): 302-305.

2. Пуста К.А., Троценко Ю.А. (1996) Структурно-функциональная организация и биогенез пероксисом метилотрофных дрожжей. Биохимия. 62 (2): 236-252.

3. Подгорский B.C. (1982) Физиология и метаболизм метанолусваивающих дрожжей. Киев, Наукова думка, с. 1-85.

4. Сысоев О.В., Грузман М.Б., Иванов Е.В., Троценко Ю.А. (1991). Каталаза метилотрофных дрожжей Hansenula polymorpha: очистка и свойства. Биохимия. 56 (10): 1858-1863.

5. Толсторуков И.И., Дутова Т.А., Беневоленский С.В., Соом Я.О. (1977). Гибридизация и генетический анализ метанолокисляющих дрожжей Pichia pinus МН4. Генетика. 13 (2): 322-329.

6. Троценко Ю.А. (1983) Метилотрофные эукариоты. Успехи микробиологии, 18: 18-38.

7. Abe I. & Fujiki Y. (1998). cDNA cloning and characterization of a constitutively expressed isoform of the human peroxin Pexllp. Biochem.Biophys. Res. Commun. 252: 529-533.

8. Abeliovich H. & Klionsky D.J. (2001) Autophagy in yeast: mechanistic insights and physiological function. Microbiol. Mol. Biol. Rev. (65): 463-479.

9. Adoutte A., Balavoilne G., Lartillot N., Lespinet O. et al. (2000). The new animal phylogeny: reliability and implications. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 97: 4453-4456.

10. Albertini M., Rehling P., Erdmann R., et al. (1997). Pexl4p, a peroxisomal membrane protein binding both receptors of the two PTS-dependent import pathways. Cell. 89: 83-92.

11. Allais J., Louktibi A., Barratti J. (1983). Oxidation of methanol by the yeast Pichia pastoris, purification and properties of the formate dehydrogenase. Agric. Biol. Chem. 47:1509-1516.

12. Aminova L.R., Kyslikova E., Volfova O. & Trotsenko Y.A. (1991) Characterization of catalase-negative mutants of methylotrophic yeast Hansenula polymorpha. Folia Microbiol. 36,158-163.

13. Arndt K.T., Styles C.A. & Fink G.R. (1989). A suppressor of a HIS4 transcriptional defect encodes a protein with homology to the catalytic subunit of protein phosphatases. Cell. 56: 527-537.

14. Bellu A.R., Salomons F.A., Kiel J.A.K.W., Veenhuis M. & van der Klei I.J. (2002) Removal of РехЗр is an important stage in selective peroxisome degradation in Hansenula polymorpha. J. Biol. Chem. 277:42875-42880.

15. Bellu AR., Komori M., van der Klei,I.J., et al. (2001). Peroxisome biogenesis and selective degradation converge at Pexl4p. J. Biol. Chem. 276: 44570-44574.

16. Berteaux-Lecellier V. et al. (1995). A mammalian homolog of the PAF1 gene (Zellweger syndrome) discovered as a gene involved in caryogamy in the fungus Podospora anserina. Cell. 81: 1043-1051.

17. Birdsey M., Lewin J., Cunningham A. et al. (2004). Differential enzyme targeting as an evolutionary adaptation to herbivory in Carnivora. MBE. 21 (4):632-646

18. Breitling R., Sharif O., Hartman M.L., Krisans S. (2002). Loss of compartmentalisation cases misregulation of lysine biosynthesis in peroxisome-deficient yeast cells. Eucaryotic Cells. 1(6): 978-986.

19. Brocard С., Kragler F., Simon M.M., et al. (1994). The tetratricopeptide repeat-domain of the PAS 10 protein of Saccharomyces cerevisiae is essential for binding the peroxisomal targeting signal-SKL. Biochem. Biophys. Res. Commun. 204: 1016-1022.

20. Bystrykh L.V. Sokolov A., Trotsenko Y. (1981) Purification and properties of dihydroxyacetone synthase from the methylotrophic yeast Candida boidinii. FEBS Lett 132:324-328.

21. Bystrykh L.V., de Koning W. and Harder, W. (1990) Dihydroxyacetone synthase from Candida boidinii KD1. In: Methods in Enzymology. 188: 435-445.

22. Chandoga J, Petrovic R. (2001). Peroxisomal hereditary metabolic disorders. Cas Lek Cesk. 140 (21): 651-657.

23. Chang C.C., Warren D.S., Sacksteder K.A. and Gould S.J. (1999). PEX12 interacts with PEX5 and PEX10 and acts downstream of receptor docking in peroxisomal matrix protein import. J. Cell Biol. 147: 761-774.

24. Chudzik D.M., Michels P.A, de Walque S., and Hoi W.G. (2000). Structures of type 2 peroxisomal targeting signals in two trypanosomatid aldolases. J. Mol. Biol. 300: 697-707.

25. Couderc R., Baratti J. (1980) Oxidation of methanol by the yeast Pichia pastoris. Purification and properties of alcogol oxidase. Agric. Biol. Chem. 44:2279-2289.

26. Cregg G. M., van der Klei I.J., Suiter G.J. et al. (1990). Peroxisome-deficient mutants of Hansenula Polymorpha. Yeast 6: 87-97.

27. Cregg J.M. (1993) Recent advances in the expression of foreign genes in Pichia pastoris. Bio/Technology. 11: 905-910.

28. Cregg J.M., Madden K.R., Barringer K.J., Thill G.P., Stillman C.A. (1989) Functional characterization of the two alcohol oxidase genes from the yeast Pichia pastoris. Mol Cell Biol 9: 1316-1323

29. Crespo J. & Hall M. (2002). Elucidating TOR signaling and rapamycin action: lessons from Saccharomyces cerevisiae. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66(4): 579 591.

30. Depreter M., Espeel M., & Roels F. (2003). Human peroxisomal disorders H Micr. Res. Technol. 61:203-223.

31. Didion Т., Roggenkamp R. (1992). Targeting signal of the peroxisomal catalase in the methylotrophic yeast Hansenula polymorpha. FEBS Lett 303: 113-116.

32. Distel В., Erdmann R., Gould S.J. et al. (1996). Unified nomenclature for peroxisome biogenesis factors. J. Cell Biol. 135: 1-3.

33. Dodt G., Braverman N., Wong A. et al. (1995). Mutations in the PTS1 receptor gene, PXR1, define complementation group 2 of the peroxisome biogenesis disorders. Nat. Genet. 9: 115-125.

34. Dodt G., Gould S.J. (1996). Multiple PEXgenes are required for proper subcellular distribution and stability of Pex5p, the PTS1 receptor: evidence that PTS1 protein import is mediated by a cycling receptor. J. Cell Biol. 135:1763-1774.

35. Doseff A. I. & Arndt K.T. (1995). LAS1 is an essential nuclear protein involved in cell morphogenesis and cell surgace growth. Genetics. 141: 857-871.

36. Douma A.C., Veenhuis M., de Koning W., Evers M.E., Harder W. (1985). Dihydroxyacetone synthase is localized in the peroxisomal matrix of methanol-grown Hansenula polymorpha. Arch. Microbiol. 143: 237-243.

37. Dyer J.M., McNew J.A. and Goodman J.M. (1996). The sorting sequence of the peroxisomal integral membrane protein PMP47 is contained within a short hydrophilic loop. J. Cell Biol. 133: 269-280.

38. Eckert J. H. & Erdmann R. (2003). Peroxisome biogenesis. Rev Physiol Biochem Pharmacol. 147:75-121

39. Eckert J. & Jonsson (2003) A Split-ubiquitin based analysis of peroxin interaction. In: Peroxisomes now. Peroxisomal Meeting. Haren, May, 1-2. L8.

40. Eitzen G., Szilard R., Rachubinski R. (1997). Enlarged peroxisomes are present in oleic acid-grown Yarrowia lipolytica overexpressing the PEX16 gene encoding an intraperoxisomal peripheral membrane peroxin. J. Cell Biol. 137:1265-1278.

41. Elgersma Y., Elgersma-Hooisma M., Wenzel T.J. et al. (1998). A mobile PTS2 receptor for peroxisomal protein import in Pichiapastoris. J. Cell Biol. 140: 807-820.

42. Elgersma Y., Kwast L., Klein A., et al (1996). The SH3 domain of the Saccharomyces cerevisiae peroxisomal membrane protein Pexl3p functions as a docking site for Pex5p, a mobile receptor for the import PTS1-containing proteins. J. Cell Biol. 135:97-109.

43. Elgersma Y., Tabak H. (1996). Proteins involved in peroxisome biogenesis and functioning. Bioch. Bioph. Acta. 1286:269-283.

44. Erdmann R. & Blobel G. (1995). Giant peroxisomes in oleic acid induced Saccharomyces cerevisiae lacking the peroxisomal membrane protein Pmp27p. J. Cell Biol. 128: 509-523.

45. Erdmann R., Veenhuis M. and Kunau W.-H. (1997). Peroxisomes: organelles at the crossroads. Trends Cell Biol. 7: 400-407.

46. Erdmann R., Wiebel F., Flessau A. et al. (1991). PAS1, a yeast gene required for peroxisome biogenesis, encodes a member of a novel family of putative ATPases. Cell. 64: 499-510.

47. Evers M.E., TitorenkoV.I., van der Klei I.J., Harder W. & Veenhuis M. (1994) Assembly of alcohol oxidase in peroxisomes of the yeast Hansetxula polymorpha requires the cofactor flavin adenine dinucleotide. Mol. Biol. Cell. 5: 829-837.

48. Faber K.N., Haan G.J., Baerends R.J., et al. (2002). Normal. peroxisome development from vesicles induced by truncated Hansenula polymorpha РехЗр. J Biol Chem. 277:11026-11033.

49. Faber K.N., Haima, P., Harder, W., Veenhuis, M. (1994). Highly efficient electrotransformation of the yeast Hansenula polymorpha. Current Genetics. 25: 305-310

50. Faber K.N., Keizer-Gunnink I., Pluim D., Harder W., Veenhuis M. (1995) The N-terminus of amine oxidase of Hansenula polymorpha contains a peroxisomal targetingsignal. FEBS Lett 357: 115-120.

51. Footitt S., Slocombe S., Lamer V., et al. (2002). Control of germination and lipid mobilization by COMATOSE, the Arabidopsis homologue of human ALDP. EMBO J. 21:2912-2922.

52. Fransen M., Chantal B.,Grys K., et al. (2002) Analysis of mammalian peroxin interaction using a non-transcription-based bacterial two-hybrid assay. Mol.Cell. Proteomics. 1:243-252.

53. Fransen M., Brees C., Baumgart E., et al. (1995). Identification and characterization of the putative human peroxisomal C-terminal targeting signal import receptor. J. Biol. Chem. 270: 7731-7736.

54. Fransen M., Terlecky S.R. and Subramani S. (1998). Identification of a human PTS1 receptor docking protein directly required for peroxisomal protein import. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95: 8087-8092.

55. Gellissen G (2000) Heterologous protein production in methylotrophic yeasts. Appl Microbiol Biotechnol 54: 741-750

56. Gleeson M.A.G. & Sudbery P.E. (1988) Genetic analysis in the methylotrophic yeast Hansenula polymorpha. Yeast. 4: 293-303.

57. Goodman J.M., Scott C.W., Donahue P.N., Atherton J.P. (1984) Alcohol oxidase assembles post-translationally into the peroxisome of Candida boidinii. J Biol Chem 259: 8485-8493

58. Gould S. & Valle D. Peroxisome biogenesis disorders: genetics and cell biology. Trends Genet. 16: 340-345.

59. Gould S. J., Keller G., Hosken N., et al. (1989). A conserved tripeptide sorts proteins to peroxisomes. J. Cell Biol. 108: 1657-664.

60. Gould S., Kalish J., Morrell J., et al. (1996). Pexl3p is an SH3 protein of the peroxisome membrane and a docking factor for the predominantly cytoplasmic PTS1 receptor. J. Cell Biol. 135: 85-95.

61. Gould S., Valle D., & Raymond J. (2001). The peroxisome biogenesis disorders In: The metabolic and molecular bases of inherited disease. (C.R. Scriver, A.L. Beaudet, W.S. Sly, and D. Valle, editors). McGraw-Hill, New York. 3181-3217.

62. Gould S.J., Keller G.A., Schneider M., Howell S.H., Garrard L.J., Goodman J.M., Distel В., Tabak H., Subramani S. (1990) Peroxisomal protein import is conserved between yeast, plants, insects and mammals. EMBO J. 9: 85-90.

63. Gray J., Petsko G., Johnston G., Ringe D., Singer R. & Werner-Washburne M. (2004)."Sleeping Beauty": Quiescence in Saccharomyces cerevisiae. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68(2): 187 206.

64. Hanahan, D. (1983). Studies on transformation of Escherichia coli with plasmid DNA. J. Mol. Biol. 166: 557-580.

65. Hansen H., Didion Т., Thiemann A., Veenhuis M., Roggenkamp R. (1992) Targeting sequences of the two major peroxisomal proteins in methylotrophic yeast Hansenulapolymorpha. Mol.Gen Genet 235: 269-278.

66. Harder W., Trotsenko Y., Bystrykh L & Egli T. (1987) Metabolic regulation in methylotrophic yeasts. In: Microbial Growth on CI Compounds (ed by H.W. Verseveld & J.A. Duine.). MartinusNijhoff Publishers: 137-149.

67. Harris T. & Lawrence J. (2003).TOR Signaling. Science's STKE, 212: rel5 -15.

68. Hazbun T.R., et al. (2003) Assigning function to yeast proteins by integration of technologies. Mol. Cell 12(6):1353-1365.

69. Hazra P.P., Suriapranata I., Snyder W.B. and Subramani S. (2002) Peroxisome remnants in pex3delta cells and the requirement of РехЗр for interactions between the peroxisomal docking and translocation subcomplexes. Traffic 3: 560-574.

70. Heinemann P. & Just W. (1992). Peroxisomal protein import. FEBS Lett. 300: 179-182.

71. Hettema E. & Tabak H. (2000). Transport of fatty acids and metabolites across the peroxisomal membrane. Bioch.Biophys. Acta. 1486: 18-27.

72. Hoepfner D., van den Berg M., Philippsen P. et al. (2001). A role for Vpslp, actin, and the Myo2p motor in peroxisome abundance and inheritance in Saccharomyces cerevisiae. J Cell Biol. 155: 979-990.

73. Horiguchi H., Yurimoto H., Kato N. & Sakai Y. (2001). Antioxidant system within yeast peroxisome. Biochemical and physiological characterization of CbPmp20 in the methylotrophic yeast Candida boidinii. J. Biol. Chem. 276: 14279-14288.

74. Huber C., Saffrich R., Anton M., et al. (1997). A heterotrimeric G protein-pho-pholipase A2 signaling cascade is involved in the regulation of peroxisomal motility in CHO cells. J. Cell Sci. 110: 2955-2968.

75. Huhse В., Rehling P., Albertini M., et al. (1998). Pexl7p of Saccharomyces cerevisiae is a novel peroxin and component of the peroxisomal protein translocation machinery. J. Cell Biol. 140: 49-60.

76. Jedd G. & Chua N-H. (2000). A new self-assembled peroxisomal vesicle required for efficient resealing of the plasma membrane. Nat. Cell Biol. 2: 226-231.

77. Just W. and Diestelkotter P. (1996). Protein insertion into the peroxisomal membrane. Ann. N.Y. Acad. Sci.804: 60-75.

78. Kammerer S., Holzinger A., Welsch U. & Roscher A. (1998). Cloning and characterization of the gene encoding the human peroxisomal assembly protein РехЗр. FEBS Lett. 429: 53-60.

79. Kato N., Omori Y., Tani Y., Ogata K. (1976) Alcohol oxidase of Kloeckera sp. and Hansenula polymorpha. Catalytic properties and subunit structures. Eur J Biochem 64: 341-350

80. Kato N., Sakazawa C., Nishizawa Т., Tani Y., Yamada H. (1980) Purification and characterization of S-formylglutathione hydrolase from a methylotrophic yeast, Kloeckera sp. No.2201. Biochim Biophys Acta 611: 323-332.

81. Kato N., Yoshikawa H., Tanaka K., Shimano M., Sakazawa C. (1988) Dihydroxyacetone kinase from a methylotrophic yeast, Hansenula polymorpha CBS 4732: purification, characterization and physiological role. Arch. Microbiol. 150: 155-159.

82. Kiel J.A.K.W., Hilbrands R.E., van der Klei I.J., et al. (1999). Hansenula polymorpha Pexlp and Рехбр are peroxisome-associated AAA proteins that functionally and physically interact. Yeast 15: 1059-1078.

83. Kim, J. and Klionsky, D.J. (2000) Autophagy, cytoplasm-to-vacuole targeting pathway, and pexophagy in yeast and mammalian cells. Annu. Rev. Biochem. 69: 303-342.

84. Kimura A., Takano Y., Furusawa I. and T. Okuno. (2001). Peroxisomal metabolic function is required for appressorium-mediated plant infection by Colletotrichum lagenarium. Plant Cell. 13: 1945-1957.

85. Klionsky D. (2003). Autophagy. Landes Bioscience, Georgetown, USA.

86. Klionsky D., Cregg J., Dunn W., Scott D. et al. (2003). A Unified Nomenclature for autophagy-related genes has added confusion to the Yeast Autophagy-Related Genes. Developmental Cell. 5: 539-545.

87. Koch A., Thiemann M., Grabenbauer M., et al. (2003). The dynamin-like protein DLP1 is involved in peroxisomal fission. J. Biol. Chem. 278(10): 8597-8605.

88. Roller A, Snyder W., Faber K.N., et al. (1999). Pex22p of Pichia pastoris, essential for peroxisomal matrix protein import, anchors the ubiquitin-conjugating enzyme, Pex4p, on the peroxisomal membrane. J. Cell Biol. 146: 99-112.

89. Komori M., Kiel J.A.K.W., Veenhuis M. (1999). The peroxisomal membrane protein Pexl4p of Hansenula polymorpha is phosphorylated in vivo. FEBS Lett. 457: 397399.

90. Komori M., Rasmussen S.W., Kiel J.A.K.W., et al. (1997). The Hansenula polymorpha PEX14 gene encodes a novel peroxisomal membrane protein essential for peroxisome biogenesis. EMBO J. 16: 44-53.

91. Maniatis, Т., Fritsch, E.F., Sambrook, J. (1982). Molecular cloning; A laboratorymanual.

92. Marshall P. A., Dyer J. M., Quick M. E. and Goodman J. M. (1996). Redox-sensitive homodimerization of Pexllp: a proposed mechanism to regulate peroxisomal division. J. Cell Biol. 135: 123-137.

93. Marshall P., Krimkevich Y., Lark R., et al. (1995). Pmp27 promotes peroxisomal proliferation. J Cell Biol. 129: 345-355.

94. Marzioch M., Erdmann R., Veenhuis M., and Kunau W.H. (1994). PAS7 encodes a novel yeast member of the WD-40 protein family essential for import of 3-oxoacyl-CoA thiolase, a PTS2-containing protein, into peroxisomes. EMBO J. 13: 4908-4918.

95. Masuda C.A., Ramirez J., Pena A. & Montero-Lomeli M. (2000). Regulation of monovalent ion homeostasis and pH by the Ser-Thr protein phosphatase SIT4 in Saccharomyces cerevisiae. J.Biol. Chem. 275: 30957-30961. 56: 527-537.

96. Matsumoto N., Tamura S., Fujuki Y. (2003). The pathogenic peroxin Pex26p recruits the Pexlp-Pex6p AAA ATPase complexes to peroxisomes. Nature Cell Biol. 5: 454-460.

97. McGuinness M. C., Lu J.-F., Zhang H.-P., Dong G.-X., Heinzer A. K., Watkins P. A., Powers J., & Smith K. D. (2003) Role of ALDP (ABCD1) and mitochondria in X-Linked Adrenoleukodystrophy. Mol. Cell. Biol. 23(2): 744-753.

98. McNew J. A. and Goodman J. M. (1996). The targeting and assembly of peroxisomal proteins: some old rules do not apply. Trends Biochem. Sci. 21: 54-58.

99. Miller, S.A., Dykes, D.D. and Polesky, H.F. (1990) A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucl. Acid Res. 16 (3): 1215.

100. Moyersoen J., Choe J., Fan E., Hoi W.G.J., Michels P. (2004) Biogenesis of peroxisomes and glycosomes: trypanosomatid glycosome assembly is a promising new drug target. FEMS Microb. Rev. 28(5): 603-643.

101. Motley A.M., Hettema E.H., Ketting R., et al. (2000). Caenorhabditis elegans has a single pathway to target matrix proteins to peroxisomes. EMBO Rep. 1: 40-46.

102. Mozaffar S., Ueda M., Kitatsuji K., Shimizu M., Tanaka A. (1986). Properties of catalase purified from a methanol-grown yeast, Kloeckera sp. 2201. Eur. J. Biochem. 155:527-531.

103. Mukaiyama H., Oku M., Baba M., Samizo Т., Hammond A.T., Glick B.S., Kato N. and Sakai Y. (2002) Paz2 and 13 other PAZ gene products regulate vacuolar engulfment of peroxisomes during micropexophagy. Genes & Cells 7: 75-90.

104. Nakagawa Т., Mukaiyama H., Yurimoto H., Sakai Y., Kato N. (1999) Alcohol oxidase hybrid oligomers formed in vivo and in vitro. Yeast 15: 1223-1230.

105. Neben I., Sahm H., Kura M.-R. (1980) Studies on an enzyme, S-formylglutathione hydrolase, of the dissimilatory pathway of methanol in Candida boidinii. Biochem. Biophys. Acta 614: 81-91.

106. Nishikawa M., Hagishita Т., Yurimoto H., Kato N., Sakai Y., Hatanaka T. (2000) Primary structure and expression of peroxisomal acetylspermidine oxidase in the methylotrophic yeast Candida boidinii. FEBS Lett 476: 150-154.

107. Nunnari J., and Walter P. (1996). Regulation of organelle biogenesis. Cell. 84:389.394.

108. Ogata K., Nishikawa H., Ohsugi M. (1969) A yeast capable of utilizing methanol. Agric Biol Chem 33: 1519-1520.

109. Okumoto K., Abe I. and Fujiki Y. (2000). Molecular anatomy of the peroxin Pexl2p. J. Biol. Chem. 275: 25700-25710.

110. Otzen M., Perband U., Wang D., Baerends R., Kunau W., Veenhuis M., & Van der Klei I. J. (2004) Hansenula polymorpha Pexl9p is essential for the formation of functional peroxisomal membranes. J. Biol. Chem. 279 (18): 19181-19190.

111. Petriv O.I., Pilgrim D.B, Rachubinski R.A. & Titorenko V.I. (2002). RNA interference of peroxisome-related genes in C. elegans: a new model for human peroxisomal disorders. Physiol. Genomics. 10: 79-91.

112. Pitts K.R., Yoon Y., Krueger E.W. and McNiven M.A. (1999). The dynamin-like protein DLP1 is essential for normal distribution and morphology of the endoplasmic reticulum and mitochondria in mammalian cells. Mol. Biol. Cell. 10: 4403-4417.

113. Purdue P.E. and Lazarow P.B. (2001). Peroxisome biogenesis. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17: 701-752.

114. Raymond C.K., Bukowski Т., Holderman S.D., Ching A.F.T., Vanaja E., Stamm M.R. (1998). Development of the methylotrophic yeast Pichia methanolica for the expression of the 65-kilodalton isoform of human glutamate decarboxylase. Yeast 14: 1123

115. Rehling P., Skaletz-Rorowski A., Girzalsky W., et al. (2000). Pex8p, an intraperoxisomal peroxin of Saccharomyces cerevisiae required for protein transport into peroxisomes binds the PTS1 receptor Pex5p. J. Biol.Chem. 275: 3593-3602.

116. Sahm H., Wagner F. (1973). Microbial assimilation of methanol. The ethanol and methanol-oxiding enzymes of the yeast Candida boidinii. Eur. J. Biochem. 36:250-256.

117. Sakai Y, Tani Y (1992) Cloning and sequencing of the alcohol oxidase-encoding gene (AODi) from the formaldehyde-producing asporogenous methylotrophic yeast, Candida boidinii 82. Gene 114: 67-73

118. Sakai Y, Tani Y, Kato N (1999) Biotechnological application of cellular functions of the methylotrophic yeast. J. Mol. Catal. B: Enzymatic 6: 161-173

119. Sakai Y., Koller A., Rangell L.K., Keller G.A. and Subramani S.(1998) Peroxisome degradation by microautophagy in Pichia pastoris: identification of specific steps and morphological intermediates. J. Cell Biol. 141,625-636.

120. Sakai Y., Nakagawa Т., Shimase M., Kato N. (1998) Regulation and physiological role of the DAS1 gene, encoding dihydroxyacetone synthase, in the methylotrophic yeast Candida boidinii. J. Bacteriol. 180: 5885-5890

121. Sakai Y., Saiganji A., Yurimoto H., Takabe K., Saiki H., Kato N. (1996) The absence of Pmp47, a putative yeast peroxisomal transporter, causes a defect in transport and folding of a specific matrix enzyme. J. Cell Biol. 134: 37-51

122. Salomons F.A., Kiel J.A.K.W., Faber K.N., et al. (2000) Overproduction of Pex5p stimulates import of alcohol oxidase and dihydroxyacetone synthase in a Hansenula polymorpha PEX14 null mutant. J. Biol. Chem. 275: 12603-12611.

123. Salomons F.A., van der Klei I. J., Kram, et al. (1997) Brefeldin A interferes with peroxisomal protein sorting in the yeast Hansenula polymorpha. FEBS Lett. 411: 133-139.

124. Sambrook J.E., Fritsch E.F., Maniatis T. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Press, NY.

125. Sarmiento C., Ross J.H.E., Herman E., and Murphy D.J. (1997). Expression and subcellular targeting of a soybean oleosin in transgenic rapeseed. Implications for the mechanism of oil-body formation in seeds. Plant J. 11: 783-796.

126. Schrader M., Burkhardt J.K., Baumgart E., et al. (1996). Interaction of microtubules with peroxisomes. Tubular and spherical peroxisomes in HepG2 cells and their alterations induced by microtubule-active drugs. Eur. J. Cell Biol. 69: 24-35.

127. Schrader M., Reuber B.E., Morrell J.C., et al. (1998). Expression of PEX11 mediates peroxisome proliferation in the absence of extracellular stimuli. J. Biol. Chem. 273: 29607-29614.

128. Schutte H., Flossdorf J., Sahm H., Kula M.-R. (1976). Purification and properties of formaldehyde dehydrogenase and formate dehydrogenase from Candida boidinii. Eur. J. Biochem. 62:151-160.

129. Sepulveda-Saavedra, J., van der Klei I.J., Keizer I., Lopez A.P., Harder W. and Veenhuis, M. (1992). Studies on the effects of toxin T-514 on the integrity of peroxisomes in methylotrophic yeasts. FEMS Microbiol. Lett. 91: 207-212.

130. Shen S., Suiter G., Jeffries T.W., Gregg J.M. (1998). A strong nitrogen source-regulated promoter for controlled expression of foreign genes in the yeast Pichia pastoris. Gene. 216: 93-102.

131. Sherman F., Fink GR, Hicks JB (1981). Methods in yeast genetics. Course instruction. Cold Spring Harbor Press, NY.

132. Shimizu N., Itoh,R., Hirono Y., et al. (1999). The peroxin Pexl4p: cDNA cloning by functional complementation on a Chinese hamster ovary cell mutant, characterization, and functional analysis. J. Biol. Chem. 274: 12593-12604.

133. Shimozawa N., Tsukamoto Т., Nagase T. et al. (2004). Identification of a new complementation group of the peroxisome biogenesis disorders and PEX14 as the mutated gene. Hum Mutat. 23(6): 552-558.

134. Small G.M., Szabo L.J., and Lazarow P.B. (1988). Acyl-CoA oxidase contains two targeting sequences each of which can mediate protein import into peroxisomes. EMBO J. 7: 1167-1173.

135. Smith J.J. and Rachubinski R.A. (2001). A role for the peroxin Pex8p in Pex20p-dependent thiolase import into peroxisomes of the yeast Yarrowia lipolytica. J. Biol. Chem. 276: 1618-1625.

136. Smith J.J., Marelli M., Christmas R.H. et al. (2002). Transcriptome profiling to identify genes involved in peroxisome assembly and function. J. Cell Biol. 158: 259-271.

137. Snyder W., Faber K., Wenzel Т., et al. (1999a). Pexl9p interacts with РехЗр and PexlOp and is essential for peroxisome biogenesis in Pichia pastoris. Mol. Biol. Cell. 10: 1745-1761.

138. Soukupova M., Sprenger C., Gorgas K. et al. (1999). Identification and characterization of the human peroxin PEX3. Eur. J. Cell Biol. 78: 357-374

139. South S. & Gould S. (1999). Peroxisome synthesis in the absence of preexisting peroxisomes. J. Cell Biol. 144: 255-266.

140. South S., Sacksteder K., Li X. et al. (2000). Inhibitors of COPI and COPII do not block РЕХЗ-mediated peroxisome synthesis. J. Cell Biol. 149: 1345-1360.

141. Stasyk O.V., van der Klei I.J., Bellu A.R., Shen S., Kiel J.A.K.W., Cregg J.M. & Veenhuis M. (1999) A Pichia pastoris VPS 15 homologue is required in selective peroxisome autophagy. Curr. Genet. 36: 262-269.

142. Stewart M., Esposito R., Gowani J. & Goodman J. (2001). Alcohol oxidase and dihydroxyacetone synthase, the abundant peroxisomal proteins of methylotrophic yeasts, assemble in different cellular compartments. J. Cell Sci. 114: 2863-2868.

143. Subramani S. (1993). Protein import into peroxisomes and biogenesis of the organelle. Annu. Rev. Cell Biol. 9: 445-478.

144. Subramani S., Koller A., & Snyder W.B. (2000). Import of peroxisomal matrix and membrane proteins. Annu. Rev. Biochem. 69: 399-418.

145. Suiter G., Looyenga 1., Veenhuis M., Harder W. (1990). Occurrence of peroxisomal membrane proteins in methylotrophic yeasts grown under different conditions. Yeast.6: 35-43.

146. Swinkels B.W., Gould S.J., Bodnar A.G., et al. (1991). A novel, cleavable peroxisomal targeting signal at the amino-terminus of the rat 3-ketoacyl-CoA thiolase. EMBO J. 10: 3255-3262.

147. Szilard R.K. & Rachubinski R.A. (2000). Tetratricopeptide repeat domain of Yarrowia lipolytica Pex5p is essential for recognition of the type 1 peroxisomal targeting signal but does not confer full biological activity on Pex5p. Biochem. J. 346: 177-184.

148. Szilard R.K., Titorenko V.I., Veenhuis M. & Rachubinski R.A. (1995). Pay32p of the yeast Yarrowia lipolytica is an intraperoxisomal component of the matrix protein translocation machinery. J. Cell Biol. 131: 1453-1469.

149. Tabak H., Murk J., Braakman I. & Geuze H.J. (2003). Peroxisomes start their life in the endoplasmic reticulum. Traffic. 4: 512-518.

150. Tam Y.Y.C., Torres-Guzman J.C., Vizeacoumar F.J., et al. (2003). Pexll-related proteins in peroxisome dynamics: A role for the novel peroxin Pex27p in controlling peroxisome size and number in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Biol. Cell. 14: 4089-4102.

151. Tamura S., Shimozawa N., Suzuki Y. et al. (1998). A cytoplasmic AAA family peroxin, Pexlp, interacts with Рехбр. Biochem. Biophys. Res. Commun. 245: 883-886.

152. Tan X., Titorenko V.I., van der Klei I.J., Suiter G.J. et al. (1995) Characterization of peroxisome-deficient mutants of Hansenula polymorpha. Curr. Genet. 28: 248-257.

153. Tan X., Waterham H. R., Veenhuis M. & Cregg J. M. (1995). The Hansenula polymorpha PER8 gene encodes a novel peroxisomal integral membrane protein involved in proliferation. J. Cell Biol. 128: 307-319.

154. Terlecky S.R., Nuttley W.M., McCollum D., et al. (1995). The Pichia pastoris peroxisomal protein PAS8p is the receptor for the C-terminal tripeptide peroxisomal targeting signal. EMBO J. 14:3627-3634.

155. Thines E., Weber R.W.S., and Talbot N.J. (2000). MAP kinase and protein kinase A-dependent mobilization of triacylglycerols and glycogen during appressorium turgor generation by Magnaporthe gwea.Plant Cell. 12: 1703-1718.

156. Titorenko V. & Rachubinski R. (2004). The peroxisome: orchestrating important developmental decisions from inside the cell. J. Cell Biol. 164: 641-645.

157. Titorenko V. I. & Rachubinski R. A. (2000). Peroxisomal membrane fusion requires two AAA family ATPases, Pexlp and Рехбр. J. Cell Biol. 150: 881-886.

158. Titorenko V. I. and Rachubinski R. A. (2001). Dynamics of peroxisome assembly and function. Trends Cell Biol. 11: 22-29.

159. Titorenko V. I., Chan H. & Rachubinski R. A (2000). Fusion of small peroxisomal vesicles in vitro reconstructs an early step in the in vivo multistep peroxisome assembly pathway of Yarrowia lipolytica. J. Cell Biol. 148: 29-43.

160. Titorenko V. I., Eitzen G. A. & Rachubinski R. A. (1996). Mutations in the PAY5 gene of the yeast Yarrowia lipolytica cause the accumulation of multiple subpopulations of peroxisomes. J. Biol. Chem. 271: 20307-20314.

161. Titorenko V. I., Smith J. J., Szilard R. K. & Rachubinski R. A. (1998). Pex20p of the yeast Yarrowia lipolytica is required for the oligomerization of thiolase in the cytosol and for its targeting to the peroxisome. J. Cell Biol. 142: 403-420.

162. Titorenko V.I., & Rachubinski R.A. (1998). Mutants of the yeast Yarrowia lipolytica defective in protein exit from the endoplasmic reticulum are also defective in peroxisome biogenesis. Mol. Cell. Biol. 18: 2789-2803.

163. Titorenko V.I., & Rachubinski R.A. (2001).The life cycle of the peroxisome. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2: 357-368.

164. Titorenko V.I., Keizer I., Harder W. & Veenhuis M. (1995). Isolation and characterization of mutants impaired in the selective degradation of peroxisomes in the yeast Hansenulapolymorpha. J. Bacterid. 177: 357-363.

165. Titorenko V.I., Ogrydziak D.M. & Rachubinski R.A. (1997). Four distinct secretory pathways serve protein secretion, cell surface growth, and peroxisome biogenesis in the yeast Yarrowia lipolytica. Mol. Cell. Biol. 17: 5210-5226.

166. Titorenko V.I., Waterham, H.R., Cregg, J.M., Harder, W. & Veenhuis, M. (1993) Peroxisome biogenesis in the yeast Hansenula polymorpha is controlled by a complex set of interacting gene products. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 7470-7474.

167. Tong A.H., Lesege G., Bader G. et al. (2004). Global mapping of the yeast genetic interaction network. Science. 6, 304(5659): 774-775.

168. Tsukamoto Т., Miura S., & Fujiki Y. (1991). Restoration by a 35K membrane protein of peroxisome assembly in a peroxisome-deficient mammalian cell mutant. Nature. 350: 77-81.

169. Van der Klei, Veenhuis M. (2002). Peroxisomes: flexible and dynamic organelles. Curr. Opin. in Cell Biol. 14: 500-505.

170. Veenhuis M., Komori M., Salomons F., Hilbrands R.E., Hut H., Baerends R.J.S., Kiel J.A.K.W. & van der Klei I.J. (1996) Peroxisomal remnants in peroxisome-deficient mutants of the yeast Hansenula polymorpha. FEBS Lett. 383: 114-118.

171. Veenhuis M., Suiter G., van der Klei I. & Harder W. (1989). Evidence for functional heterogeneity among microbodies in yeasts. Arch. Microbiol. 151: 105-110.

172. Veenhuis M., van Dijken J.P., Pilon S.A. & Harder W. (1978). Development of crystalline peroxisomes in methanol-grown cells of the yeast Hansenula polymorpha and its relation to environmental conditions. Arch. Microbiol. 117: 153-163.

173. Veenhuis M., Zwart K.B. & Harder W. (1981) Biogenesis and turnover of peroxisomes involved in the concurrent oxidation of methanol and methylamine in Hansenula polymorpha. Arch. Microbiol. 129: 35-41.

174. Verduyn С., Giuseppin M.L.F., Scheffers W.A., van Dijken J.P. (1989) Hydrogen peroxide metabolism in yeasts. Appl. Environ. Microbiol. 54: 2086-2090.

175. Verduyn C., van Dijken J.P. & Scheffers W.A. (1984) Colorimetric alcohol assays with alcohol oxidase. J. Microbiol. Methods 2,15-25.

176. Walter C., Gootjes J., Mooijer P.A. et al. (2001). Disorders of peroxisome biogenesis due to mutations in PEX1: phenotypes and PEX1 protein levels. Amer. J. Hum. Genet. 69: 35^*8.

177. Walton P.A., Hill P.E., and Subramani S. (1995) Import of stably folded proteins into peroxisomes. Mol. Biol. Cell. 6: 675-683.

178. Wang C.- W. & Klionsky D. J. (2003). The molecular mechanism of autophagy. Mol. Med. 9(3): 65-77.

179. Warren G.& Wickner W. (1996). Organelle Inheritance. Cell. 84: 395^*00.

180. Wendland M. & Subramani S. (1993) Presence of cytoplasmic factors functional in peroxisomal protein import implicates organelle-associated defects in several human peroxisomal disorders. J. Clin. Invest. 92: 2462-2468.

181. Wiemer E.A.C., Luers G.H., Faber K.N., et al. (1996) Isolation and characterization of Pas2p, a peroxisomal membrane protein essential for peroxisome biogenesis in the methylotrophic yeast Pichiapastoris. J. Biol. Chem. 271: 18973-18980.

182. Wiemer E.A.C., Wenzel Т., Deerinck T.J., et al. (1997) Visualization of the peroxisomal compartment in living mammalian cells: dynamic behavior and association with microtubules. J. Cell Biol. 136: 71-80.

183. Wilcke M., Hultenby K. & Alexson S. E. H. (1995) Novel peroxisomal populations in subcellular fractions from rat liver. Implications for peroxisome structure and biogenesis. J. Biol. Chem. 270: 6949-6958.

184. Will G.K., Soukupova M., Hong X., et al. (1999) Identification and characterization of the human orthologue of yeast Pexl4p. Mol. Cell Biol. 19: 2265-2277.

185. Yaffe M.P. (1999) Dynamic mitochondria. Nat. Cell Biol. 1: 149-150.

186. Yahraus Т., Braverman N., Dodt G. et al. (1996) The peroxisome biogenesis disorder group 4 gene, PXAAA1, encodes a cytoplasmic ATPase required for stability of the PTS1 receptor. EMBOJ. 15: 2914-2923.

187. Yoon Y., Pitts K.R., Dahan S. and McNiven M.A. (1998) A novel dynamin-like protein associates with cytoplasmic vesicles and tubules of the endoplasmic reticulum in mammalian cells. J. Cell Biol. 140: 779-793.

188. Yurimoto H., Lee., Yano Т., Sakai Y. & Kato N. (2003) Physiological role of S-formylglutathione hydrolase in CI metabolism of the methylotrophic yeast Candida boidinii. Microbiology. 149: 1971-1979.

189. Yurimoto H., Sakai Y. & Kato N. (2002). Methanol metabolism. In: Hansenula polymorpha: Biology and Applications (Ed. by G. Gellissen). Weinheim: Wiley-VCH. pp. 61-75.

190. Zhang J.W. & Lazarow P.B. (1995) PEB1 (PAS7) in Saccharomyces cerevisiae encodes a hydrophilic, intra-peroxisomal protein that is a member of the WD repeat family and is essential for the import of thiolase into peroxisomes. J. Cell Biol. 129: 65-80.

191. Zwart K., Veenhuis M., van Dijken P., Harder W. (1980) Development of amine oxidase containing peroxisomes in yeasts during growth of glucose in the presence of methylamine as the nitrogen source. Arch. Microbiol. 126: 117-126.1. Благодарности.

192. Автор искренне признателен своему научному руководителю д.б.н., проф. Троценко Юрию Александровичу за научное руководство и всестороннюю помощь при выполнении и написании работы.

193. Автор глубоко благодарен с.н.с. ФГУП ГосНИИ Генетики и Селекции промышленных микроорганизмов Дутовой Татьяне Анатольевне за неоценимую помощь в освоении методов классической генетики дрожжей и участии в обсуждении полученных данных.

194. Автор благодарит всех членов своей семьи за помощь и всестороннюю поддержку.