Внутривидовое разнообразие колиформных бактерий и лактобацилл симбиотических микробных сообществ тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат биологических наук Исаева, Алина Сергеевна

• Исаева, Алина Сергеевна
• кандидат биологических наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Исаева, Алина Сергеевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность работы

Цель и задачи

Научная новизна

Практическая значимость работы

Апробация работы

Публикации

Структура диссертации

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ

1.1 Микрофлора пищеварительного тракта животных и человека

1.1.1 Семейство Enterobacteriaceae

1.1.2 Колиформные бактерии

1.2 Методы дифференциации штаммов E.coli

1.3 Мобильные генетические элементы

1.4 Микрофлора влагалища человека

1.4.1 Род Lactobacillus

1.5 Роль фаговой инфекции в микробном сообществе кишечника и влагалища

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Выделение колиформных бактерий

2.2 Внутривидовая дифференциация колиформных энтеробактерий методом ПЦР

2.2.1 Приготовление матриц для постановки ПЦР

2.2.2 Полимеразная цепная реакция

2.2.3 Детекция результатов ПЦР

2.3 Работа с ДНК колиформных бактерий

2.3.1 Переосаждение ДНК

2.3.2 Гидролиз ДНК

2

2.3.3 Выделение ДНК из агарозного геля методом "Glass milk"

2.4 Двуслойный метод высева колифагов

2.5 Оценка уровня внутривидового разнообразия популяции колиформных бактерий

2.6 Методы выделения, определения, культивирования и хранения лактобактерий

2.6.1 Выделение лактобацилл из биоматериала

2.6.2 Микроскопия препаратов лактобацилл

2.6.3 Хранение лактобацилл

2.6.4 Идентификация лактобацилл методом MALDI-TOF масс-спектрометрии

2.6.5 Дифференциация лактобацилл методом REP-PCR

2.6.6 Секвенирование гена 16S лактобацилл

2.6.7 Исследование способности лактобактерий продуцировать перекись водорода

2.6.8 Исследование способности лактобацилл к образованию биопленок

2.6.9 Поиск лизогенных штаммов лактобацилл с помощью ТТЦР и индукция

профагов

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 51 3 .1 Исследование разнообразия колиформных бактерий

3.1.1 Метод ISl-фингерпринтинга колиформных бактерий

3.1.2 Результаты ISl-фингерпринтинга колиформных бактерий

3.1.3 Воспроизводимость и чувствительность ISl-фингерпринтинга

3.1.4 Стабильность системы ISl-фингерпринтинга

3.1.5 Сравнительная характеристика методов ISl-фингерпринтинга, ВОХ-фингерпринтинга, риботипирования и фаготипирования колиформных бактерий

3.1.6 Усовершенствование системы ISl-фингепринтинга

3 .1.7 Внутривидовое разнообразие популяций колиформных бактерий

3 .2 Исследование индивидуальных популяций лактобацилл

3.2.1 Формирование коллекции клинических изолятов лактобацилл

3.2.2 Оптимизация метода масс-спектрометрии пептидов и оценка возможности его применения для видовой идентификации лактобацилл

3.2.3 Анализ коллекции клинических изолятов лактобацилл

3.2.4 Тестирование изолятов лактобацилл на способность продуцировать перекись водорода

3.2.5 Оценка возможности применения технологии прямого бактериального профилирования для внутривидовой дискриминации Lactobacillus

3.2.6 Дифференциация клинических изолятов лактобацилл методом REP-ПЦР

3.2.7 Мониторинг состояния микроценоза половых путей и видового состава индивидуальных популяций лактофлоры

3.2.8 Исследование способности лактобацилл, выделенных из половых путей, образовывать биопленки

3.2.9 Поиск лизогенных штаммов лактобацилл и индукция профагов

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Внутривидовое разнообразие колиформных бактерий и лактобацилл симбиотических микробных сообществ»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность работы. В составе микробиоценоза человека и животных имеются экологические ниши, колонизированные бактериями с весьма высокой плотностью популяций отдельных видов (или групп близких видов). Наиболее исследованными являются колиформные бактерии кишечника (преимущественно представленные Е. coli), а также лактобациллы влагалища. Под влиянием различных факторов эти, а также иные микробные популяции нормальной микрофлоры могут изменяться в качественном и количественном отношении, что зачастую приводит к нарушению устоявшегося биоценоза, снижению численности или гибели отдельных представителей, к появлению микроорганизмов, не характерных для данного биотопа, и развитию дисбиотических заболеваний [Oakley et al, 2007]. Существует множество факторов, способных влиять на состав и состояние микрофлоры, и одним из наименее изученных факторов остается фаговая инфекция. Так как бактериофаги обладают, как правило, штаммовой специфичностью [Chibani-Chenouffi et al., 2004], для изучения возможной роли фаговой инфекции в экологии отдельных видов бактерий в симбиотических микробных сообществах человека и животных необходимо иметь возможность оценки уровня внутривидового разнообразия индивидуальных популяций соответствующих микроорганизмов. Для этого необходимы современные молекулярные методы, не требующие много времени и средств, и в то же время, обладающие высокой разрешающей способностью и воспроизводимостью. Так как ряд физиологических и биохимических показателей (чувствительность к фагам, антибиотикорезистентность, продукция токсинов и др.) микроорганизмов, в том числе, медицински важных, являются признаками штаммов, необходимы системы, способные надёжно дифференцировать микробы на внутривидовом уровне.

В качестве объектов исследования мы выбрали две симбиотические

микробные системы млекопитающих, для которых имеются основания

5

предполагать значительное воздействие природных бактериофагов на структуру и динамику популяций хорошо охарактеризованных видов бактерий. Это биоценоз кишечника лошади, в котором мы исследовали разнообразие колиформных бактерий, и биоценоз влагалища человека с заселяющими его популяциями лактобацилл.

На настоящий момент данные о составе микробного сообщества влагалища человека на внутривидовом уровне ограничены. В то же время в ряде работ [Blackwell et al., 1999; Kilic et al., 2001] высказывались предположения о возможной роли фаговой инфекции в развитии такого распространённого дисбиотического расстройства, как бактериальный вагиноз [Turovskiy et al., 2011]. Предположение о фаговой этиологии части случаев бактериального вагиноза хорошо согласуется с данными об эпидемиологии этого расстройства, характерной для заболеваний, передающихся половым путем [Sprinivasan et al., 2010]. Кроме того, при разработке вагинальных пробиотических препаратов для лечения БВ [Falagas et al., 2007; Aslim et al., 2006] полагают целесообразным учитывать различную индивидуальную совместимость пациенток не только с определенными видами, но и штаммами лактобацилл, что требует данных о динамике как видового, так и штаммового состава сообщества.

Существующие методы видовой идентификации лактобацилл очень

трудоёмки и не пригодны для массового анализа, а методы дифференциации их

штаммов практически не разработаны. Представление о Lactobacillus

acidophilus как о практически единственном представителе нормальной

микрофлоры влагалища со времен Дедерлейна [Thomas S., 1928] непоколебимо

просуществовало почти столетие. Только с внедрением молекулярно-

генетических методов исследования появилась возможность на новом

методическом уровне изучать композиционные особенности состава

микробиоты влагалища, которая играет важную роль в колонизационной

резистентности этого органа как защитного барьера репродуктивной системы

человека в целом [Antonio et al., 2005; Stoyancheva et al., 2006]. Первые

6

исследования показали значительное видовое разнообразие лактофлоры и отличия её в разных этнических группах женщин и в различных регионах мира, что, по-видимому, является генетически обусловленным [Kilic et al., 2001; Song et al., 1999; Antonio et al., 1999]. Такие исследования могут стать базой для новых терапевтических стратегий в лечении влагалищных инфекций, вызванных условно-патогенными микроорганизмами, а также основой при отборе штаммов для создания пробиотических биопрепаратов.

В России ранее не проводилось систематических исследований по видовой идентификации влагалищных лактобацилл у женщин различных возрастных групп и при различном состоянии микробиоценоза влагалища. Проблема внутривидового (штаммового) разнообразия лактобацилл также практически не изучена ни в России, ни в других странах.

В качестве модельного объекта для исследования разнообразия индивидуальных популяций энтеробактерий выбрана экосистема кишечника лошади. Слепая кишка и толстый кишечник лошади содержат сложное микробное сообщество, которое играет важную роль в переваривании целлюлозы и поддержании здоровья животного [Dombek et al., 2000]. В отличие от толстого кишечника человека, где по имеющимся косвенным данным преобладают умеренные бактериофаги и влияние фаговой инфекции на популяции бактерий ограничено [Letarov and Kulikov, 2009; Clookie et al., 2011], в толстом кишечнике лошадей преобладают вирулентные бактериофаги [Letarov and Kulikov, 2009]. Это обстоятельство делает данную экосистему весьма привлекательным модельным объектом для изучения механизмов взаимодействия, взаимной адаптации и микроэволюции фагов и бактерий в микробном сообществе кишечника животных. Для успешного осуществления этих исследований прежде всего необходимы данные о внутривидовом разнообразии индивидуальных популяций колиформных бактерий и надёжные методы типирования штаммов, позволяющие дифференцировать, в том числе, и очень близкородственные изоляты, которые могут, тем не менее, различаться

по чувствительности к индигенным бактериофагам.

7

Целью данной работы является исследование внутривидового разнообразия колиформных бактерий и лактобацилл симбиотических микробных сообществ.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи.

1. Разработать надежную и удобную в использовании ПЦР-систему геномного типирования изолятов кишечной палочки и близких к ней видов и сравнить дифференцирующую способность нового метода с существующими методами типирования бактерий.

2. Исследовать внутривидовое разнообразие колиформных бактерий в индивидуальных популяциях кишечных колиформных бактерий лошадей.

3. Оценить применимость масс-спектрометрического метода МАЬШ-ТОР идентификации бактерий для целей видовой и внутривидовой дифференциации изолятов вагинальных лактобацилл и разработать на его основе методику их внутривидовой дифференциации.

4. Сформировать коллекцию изолятов лактобацилл, выделенных из биоматериала здоровых женщин и женщин с нарушением биоценоза половых путей, и охарактеризовать видовое и внутривидовое разнообразие индивидуальных популяций этих бактерий.

5. Исследовать коллекцию изолятов лактобацилл для обнаружения лизогенных штаммов.

6. Оценить изменчивость состава индивидуальных популяций лактобацилл влагалища во времени.

Научная новизна. Создана новая система геномного К-типирования колиформных бактерий. Система ^-типирования апробирована на серии полевых изолятов колиформных бактерий. Показано, что по дифференцирующей способности, производительности и воспроизводимости

новая система превосходит существующие методы геномной дифференциации изолятов энтеробактерий, основанные на ПЦР.

Применение новой системы позволило обнаружить высокое внутривидовое разнообразие колиформных бактерий, населяющих кишечник лошадей.

Разработаны и апробированы на обширной коллекции клинических изолятов подходы к внутривидовой дифференциации вагинальных лактобацилл на основе масс-спектров цельноклеточных лизатов. Анализ индивидуальных популяций лактобацилл выявил низкий уровень их внутривидового разнообразия у большинства женщин, что не было ранее показано другими исследователями.

Практическая значимость работы. 1. Дифференцирующая способность разработанной нами системы Ш-типирования изолятов энтеробактерий, сравнимая с фаготипированием, делает ее наиболее предпочтительным методом при исследовании микроэкологии бактериофагов энтеробактерий в естественных микробных системах, таких, как кишечник животных или сточные воды. 2. Дифференцирующая способность 181-системы, наряду с хорошей воспроизводимостью результатов, могут быть крайне полезны и для целого ряда других задач, например, при прослеживании эпидемиологических цепочек распространения штаммов патогенных энтеробактерий среди людей или животных. 3. Разработанный нами способ внутривидовой дифференциации лактобацилл на основе анализа их белковых спектров (МАЫЛ-ТОР) существенно превосходит описанные в литературе методы ПЦР-типирования этих бактерий по производительности, и не уступает им по разрешающей способности. 4. Полученные нами данные об уровнях внутривидового разнообразия индивидуальных симбиотических популяций колиформных бактерий и лактобацилл будут востребованы в дальнейших исследованиях по экологии подобных микробных систем, включая экологию бактериофагов, а также при разработке новых пробиотических и лечебных фаговых препаратов, и стратегий их применения.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на: I, II, Ш, V,VII Молодежных школах конференциях с международным участием «Актуальные аспекты современной микробиологии» (Москва, 2003, 2005, 2007, 2011 гг.); Международной научной конференции "Микроорганизмы и биосфера" (Москва, 2007 г.); 18-й Международной конференции «Биология фагов» (18th Evergreen international phage biology meeting) (США, Эвергрин, 2009 г.); 109 Съезд Американского общества микробиологов (The American Society for Microbiology 109th General Meeting) (США, Филадельфия, 2009 г.); Конференции и семинары по научным направлениям Программы Президиума РАН «Фундаментальные науки - медицине» (Москва, 2011 г.); Международном конгрессе по репродуктивной медицине (Москва, 2010 г.), Международная научно-практическая конференция «Бактериофаги: теоретические и практические аспекты применения в медицине, ветеринарии и пищевой промышленности» (Ульяновск, 2013 г.).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 4 работы в журналах, рекомендованных ВАК РФ, 14 тезисов и материалов конференций.

Структура диссертации. Материалы диссертации изложены на 108 страницах и включают 24 рисунка и 10 таблиц. Список литературы содержит 160 источников, из них 26 отечественных и 144 зарубежных. Работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, изложения и обсуждения результатов, заключения, выводов и списка используемой литературы.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ

1.1. Микрофлора пищеварительного тракта

Нормальная микрофлора это сообщество микроорганизмов тела здоровых животных. Это сообщество характерно совершенно здоровому организму и способствует поддержанию его здорового статуса. Вся микрофлора тела животного называется аутомикрофлорой, то есть микрофлора данного организма в норме и при патологии [Интизаров М. М., 2007]. Нормальная аутофлора животного, представляет собой специфический жизненно важный орган и выполняет ряд важных функций: защитных, метаболических, регуляторных и других [Costello et al., 2009; Berg R. D., 1996; Tancrede C., 1992].

Наибольшая концентрация микроорганизмов наблюдается в желудочно-кишечном тракте из-за наличия в нем разнообразных питательных веществ. Пищеварительный тракт животных при рождении является относительно стерильным. Отсутствие нормальной микрофлоры как биологического фактора защиты у новорожденного организма делает его уязвимым к воздействию патогенных микроорганизмов. Вскоре после рождения организм животного постепенно приобретает микроорганизмов, которые заселяют его пищеварительный тракт. В прямой кишке в 1-й день жизни обнаруживаются кишечные палочки, энтерококки, стафилококки. На третий день в организме устанавливается микробный биоценоз, представленный нормальной микрофлорой толстого кишечника [Интизаров М. М., 2007; Park et al., 2005; Berg R.D., 1996].

Нормальную микрофлору, характерную только для здорового организма, подразделяют на две части:

1) облигатную (индигенную), сформировавшуюся в филогенезе и онтогенезе в процессе эволюции,

2) факультативную, или транзиторную.

В состав аутомикрофлоры время от времени могут включаться и случайно попавшие в тело животного патогенные микроорганизмы. [Интизаров М.М., 2007; Григорьев П.Я., Яковенко Э.П., 2004].

Распределение микроорганизмов по желудочно-кишечному тракту (ЖКТ) имеет определенные строгие закономерности и коррелирует с состоянием пищеварительной системы в целом. Общая численность микроорганизмов на всем протяжении пищеварительного тракта составляет ~ 1014 [Berg, 1996]. В стабильной экосистеме ЖКТ все доступные ниши заселены индигенными микроорганизмами. Любые виды микроорганизмов, попадающие в ЖКТ с водой, едой или из другого отдела ЖКТ, кожи, обычно не колонизируют непривычную нишу и проходят транзитом. Это объясняет, почему видовой состав индигенной флоры конкретной ниши остается постоянным с течением времени и, даже при резких изменениях диеты, меняется незначительно. Очень сложно, а зачастую невозможно, определить действительно ли данный организм является индигенным для данной ниши, так как существует масса ограничений при культивировании, подсчете и идентификации представителей индигенной флоры из-за того, что 95-99% из них анаэробы [Berg R.D., 1996; Tlaskalova-Hogenova et al., 2004; Hintz H.F., Cymbaluk N.F., 1994].

Постоянство состава кишечной микрофлоры у здорового животного поддерживается с участием ряда механизмов. Основными факторами, ограничивающими бактериальный рост в тонкой кишке, являются соляная кислота и кишечная моторика. На состав кишечной микрофлоры определенное влияние оказывают состояние слизистой оболочки кишечника, продукция слизи, пищеварительных ферментов, иммуноглобулинов (в частности IgA), объем десквамированного эпителия кишечника, а также компоненты корма. Свойства бактерий, помогающие им поддерживать их нормальный состав в кишечнике, относятся: конкуренция за использование питательных веществ; изменение уровня pH в просвете кишечника; выделение метаболитов (короткоцепочечные жирные кислоты, молочная кислота и др.), продукция

ферментов, колицинов; потребление кислорода аэробными бактериями [Григорьев П.Я., Яковенко Э.П., 2004].

Кислая среда желудка является первым фактором, регулирующим размножение микроорганизмов, попадающих в него с кормом [Tancrede С., 1992]. Преодолев желудочный барьер, микроорганизмы попадают в более благоприятные условия и размножаются в кишечнике при достаточном количестве питательных веществ и соответствующей температуре. Преобладающее количество микроорганизмов заселяет кишечник в виде фиксированных колоний, располагаясь послойно на слизистой оболочке. Адгезия микробных клеток к эпителию происходит с помощью поверхностных структур бактерий, содержащих гликолипиды, которые комплементарны рецепторам мембран эпителиальных клеток. Биопленка, образующаяся на поверхности слизистой оболочки кишечника, состоит из экзополисахаридного муцина бактерий и миллиардов микроколоний. В составе биопленки микроорганизмы (в большей степени лактобактерии и бифидобактерии) более устойчивы к действию неблагоприятных факторов по сравнению с тем, когда они находятся в свободном состоянии в просвете кишечника. Конкуренция мукозной флоры за взаимодействие с рецепторами эпителиальных клеток, обеспечивает колонизационную резистентность толстой кишки [Mackie R.I., Wilkins С.А., 1988; Savage D.C., 1984; Tlaskalova-Hogenova et al., 2004]. Внутри биопленок происходит деление бактерий и осуществляется взаимодействие между клетками. В состав микрофлоры толстой кишки входят также и микроорганизмы, обитающие в просвете кишечника [Григорьев П.Я., Яковенко Э.П., 2004].

Облигатная микрофлора в норме обнаруживается у всех здоровых животных. Это микроорганизмы, наиболее приспособленные к существованию в кишечнике. Около 95% состава микроорганизмов кишечника представлено анаэробной флорой (бифидобактерии, лактобактерии) - это основная микрофлора. На долю факультативных анаэробов (энтерококки, кишечные

палочки) приходится от 1 до 4% общего количества микроорганизмов (сопутствующая флора).

Транзиторная микрофлора отмечается у некоторых животных (в определенные промежутки времени). Ее наличие обусловлено поступлением бактерий из окружающей среды и состоянием иммунной системы. В ее состав входят сапрофиты и условно-патогенные микроорганизмы (протей, клебсиелла, синегнойная палочка, грибы рода Candida) [Сорокин В. В., Тимошко М. А., 1973].

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Исаева, Алина Сергеевна

выводы

1. Разработана система 1Б1 -фингерпринтинга для внутривидовой дифференциации энтеробактерий. Метод 181-фингерпринтинга по своей разрешающей способности сравним с методом специфического фаготипирования энтеробактерий.

2. С использованием системы 181-фингерпринтинга выявлен высокий уровень внутривидового разнообразия индивидуальных популяций колиформных бактерий в фекалиях лошадей, содержащих сотни различных, одновременно присутствующих К-типов.

3. Сформирована коллекция изолятов лактобацилл, выделенных из биоматериала здоровых женщин и женщин с нарушением биоценоза влагалища.

4. Установлено, что оптимизированный метод масс-спектрометрии клеточных белков (МАЫ)1-ТОР) может быть эффективно использован для идентификации и дифференциации лактобацилл. Показана высокая степень видовой и внутривидовой гомогенности индивидуальных популяций лактобацилл у обследованных пациенток.

5. В результате анализа коллекции изолятов лактобацилл с помощью ПЦР-системы установлено наличие лизогенных штаммов.

6. Выявлено относительное постоянство видового и внутривидового состава индивидуальных популяций симбиотических лактобацилл влагалища человека во времени.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведенных исследований, нами создана новая система геномного ПЦР-фингерпринтинга колиформных бактерий, по своему разрешению сравнимая с их фаготипированием. Эта система нашла применение в нашей лаборатории в работах по экологии и эволюции колифагов. В частности, с ее помощью показано исключительно высокое внутривидовое разнообразие индивидуальных популяций кишечных энтеробактерий лошадей - до 1000 одновременно присутствующих в образце IS-типов E.coli [Golomidova et al. 2007].

В составе влагалищной микробиоты женщин репродуктивного возраста было идентифицировано несколько видов лактобацилл благодаря использованию метода MALDI-TOF масс-спектрометрии. Три вида микроаэрофильных лактобацилл (L. crispatus, L. gasseri и L. jensenii) были абсолютно доминирующими (93,0%) независимо от состояния микробиоты влагалища (нормоценоз, мезоценоз или бактериальный вагиноз). Для выяснения возможного видового разнообразия лактобацилл при различном микробиологическом диагнозе у всех наблюдаемых женщин отбирали одинаковое количество первичных изолятов лактобацилл (10-15). Изучение 897 изолятов, полученных от 44 женщин показало, что индивидуальные популяции лактобацилл у большинства женщин гомогенны по видовому составу, реже содержат два (ещё реже три) различных вида лактобацилл.

Обнаружение нами факта видовой и внутривидовой гомогенности большинства индивидуальных популяций лактобацилл позволяет предположить, что колонизация влагалища у определённой женщины строго определённым представителем лактобацилл является не случайной, а отражает взаимное соответствие особенностей организма-хозяина (среды) и свойств микроорганизма. Например, способность адгезии к эпителию влагалища может зависеть от индивидуальных различий поверхностных белков эпителиальных клеток и штаммовых различий бактерий по набору и экспрессии адгезинов

Boris et al., 2000]. В таком случае это явление целесообразно учитывать при создании новых вагинальных пробиотиков. Возможно, окажется целесообразным проводить индивидуальный подбор пробиотического штамма с целью достижения наиболее эффективной и стойкой колонизации влагалища. Наши результаты свидетельствуют о том, что масс-спектры клеточных лизатов лактобацилл несут достаточную информацию для их внутривидовой дифференциации, однако, по нашему мнению, необходима разработка специальных алгоритмов и программ для оптимального решения этой задачи. Следует указать, что разрешающей способности REP-ПЦР может быть недостаточно для отражения внутривидовой структуры вагинальной популяции лактобацилл. Так, нами было показано, что дифференцирующая способность этого метода не позволяет различать близкородственные изоляты Е. coli, которые, тем не менее, различаются по такому экологически важному признаку, как чувствительность к бактериофагам.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Исаева, Алина Сергеевна, 2013 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Alexander, F., M. E. Davies, and A. R. Muir. Bacteriophage-like particles in the large intestine of the horse // Res. Vet. Sci. 1970. V. 11. P. 592-593.

2. Andreu A., Stapleton A.E., Fennell C.I., Hillier S.L., Stamm W.E. Hemagglutination, adherence and surface properties of vaginal Lactobacillus species //J. Infect. Dis. 1995. V. 171. P. 1237-1243.

3. Angelakis E., Million M., Henry M., Raoult D. Rapid and accurate bacterial identification in probiotics and yoghurts by MALDI-TOF mass spectrometry // Journal of food science. 2011. V. 76. № 8. P. 568-572.

4. Antonio M. A. D., Hawes S. E. and Hillier S. L. Identification of vaginal Lactobacillus species and the demographic and microbiologic characteristics of women colonized by these species // J. Inf. Diseases. 1999. Vol. 180. P. 1950-1956.

5. Antonio M.A.D, Hiller S.L. DNA Fingerprinting of Lactobacillus crispatus Stain CTV-05 by Repetitive Element Sequence-Based PCR Analysis in a Pilot Study of Vaginal Colonization // J. Clin. Microbiol. 2003. № 41. P. 1881-1887.

6. Antonio M. A. D., Rabe L.K., Hillier S.H. Colonization of the Rectum by Lactobacillus Species and Decreased Risk of Bacterial Vaginosis // The Journal of Infectious Diseases. 2005. V. 192. P. 394-398.

7. Arnold R.J, Reilly J.P. Fingerprint matching of E. coli strains with matrixassisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry of whole cells using a modified correlation approach // Rapid Commun Mass Spectrom. 1998. V.12. № 10. P.630-636.

8. Aslim B., Kilic E. Some probiotic properties of vaginall lactobacilli isolated from healthy women // Jpn. J. Infect. Dis. 2006. V. 59. P. 249-253.

9. Barberis L., Pajaro M., Godino S., Pascual M. In vitro inhibition of Gardnerella vaginalis growth by bacteriocin produced by Lactobacillus strains // Rev UNRC. 2002. V. 22. P. 63-70.

10. Berg R. D. The indigenous gastrointestinal microflora // Trends in Microbiology. 1996. Vol. 4 No. 11.

11. Bergh O., K. Y. Borsheim, G. Bratbak, and M. Heldal // High abundance of viruses found in aquatic environments. Nature. 1989. V. 340. P. 467-468.

12. Bettarel Y., Sime-Ngando T., Amblard C., Laveran C. A comparison of methods for counting viruses in aquatic systems // Applied and environmental microbiology. 2000. V. 66. № 6. P. 2283-2289.

13. Blackwell A.L. Vaginal bacterial phaginosis? // Sex. Transm. Inf. 1999. V. 75. P. 352-353.

14. Blot M. Transposable elements and adaptation of host bacteria. // Genetica. 1994. V. 93. P. 5-12.

15. Boris S., Suarez J.E., Vazquez F., Barbes C. Adherence of Human Vaginal Lactobacilli to Vaginal Epithelial Cells and Interaction with Uropathogens // Infect. Immun. 1998. V. 66. №. 5. P.1985-1989.

16. Boris S., Barbés C. Role played by lactobacilli in controlling the population of vaginal pathogens // Microbes and infection. 2000. V. 2. P. 543-546.

17. Boraside G.H., Coijn I., Comparative Bacterial Flora of Animals and Man // The Normal Microbial Flora. 1965. V. 10. №10. P. 844-852.

18. Boskey E.R., Cone R.A., Whaley K.J., Moench T. R. Origins of vaginal acidity: high D/L lactate ratio is consistent with bacteria being the primary source // Human Reproduction. 2001. V. 16. № 9. P. 1809-1813.

19. Boskey E. R., Telsch K. M., Whaley K. J., Moench T. R. and Cone R. A. Acid Production by Vaginal Flora In Vitro Is Consistent with the Rate and Extent of Vaginal Acidification // Infect. Immun. 1999. V. 67. № 10. P. 5170-5175.

20. Breitbart M., Hewson I., Felts B. Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces // Journal of Bacteriology. 2003. V. 185. № 20. P. 6220-6223.

21. Brown, S.P., Le Chat, L., De Paepe, M. and Taddei, F. Ecology of microbial invasions: amplification allows virus carriers to invade more rapidly when rare // Curr Biol. 2006. V.16. P. 2048-2052.

22. Brussow H. Phage therapy: the Escherichia coli experience // Microbiology. 2005. V. 151. P. 2133-2140.

23. Buchan A., Alber M., Hodson R. E. Strain-specific differentiation of environmental Escherichia coli isolates via denaturing gel electrophoresis (DGGE) analysis of the 16S - 23S intergenic spacer region. // FEMS Microbiology Ecology. 2001. V. 35. P. 313-321.

24. Burton J. P., Reid G. Evaluation of the bacterial vaginal flora of 20 postmenopausal women by direct (nugent score) and molecular (polymerase chain reaction and denaturing gradient gel electrophoresis) techniques // J Infect Dis. 2002. 186. P. 1770-1780.

25. Calendar R., Abedon S.T. The bacteriophages // Oxford University Press. 2006.

26. Cann A. J., Fandrich E. S., Heaphy S. Analysis of the virus population present in equine faeces indicates the presence of hundreds of uncharacterized virus genomes. // Virus Genes. 2005. V. 30. №2. P. 151 - 156.

27. Caugant D. A., B. R. Levin, and R. K. Selander. Genetic diversity and temporal variation in the E. coli population of a human host // Genetics. 1981. V. 98. P. 467490.

28. Chao A. Nonparametric estimation of the number of classes in population // Scand. J. Stat. 1984. V. 11. P. 265-270.

29. Cherpes T.L., Hillier S.L., Meyn L.A., Busch J.L., Krohn M.A. A delicate balance: risk factors for acquisition of bacterial vaginosis include sexual activity, absence of hydrogen peroxide-producing lactobacilli, black race, and positive herpes simplex virus type 2 serology // Sex Transm Dis. 2008. V. 35. P. 78-83.

30. Chiaffarino F., Parazzini F., De Besi P., Lavezzari M. Risk factors for bacterial vaginosis // Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 2004. V. 117. P. 222-226.

31. Chibani-Chennoufi S., Bruttin A., Dillmann M.-L., and Brussow H. Phage-host interaction: an ecological perspective // J. Bacterid. 2004. V. 186. P. 3677-3686.

32. Clookie M., Millard A.D., Letarov A.V., Heaphy S. Phages in nature // Bacteriophage. 2011.

33. Cornax R., M. A. Morinigo, F. Gonzalez-Jaen, M. C. Alonso, and J. J. Borrego. Bacteriophages presence in human faeces of healthy subjects and patients with gastrointestinal disturbances // Zentralbl. Bakteriol. 1994. V. 281. P. 214-224.

34. Costello E.K., Lauber C.L., Hamady M., Fierer N., Gordon J.I., Knight R. Bacterial community variation in human body habitats across space and time // Science. 2009. V. 326. P. 1694-1698.

35. Daly K., Stewart C. S., Flint H. J. Bacterial diversity within the equine large intestine as revealed by molecular analysis of cloned 16S rRNA genes. // FEMS Microbiology Ecology. 2001. № 38. P. 141 - 151.

36. Damelin L.H., Paximadis M., Mavri-Damelin D., Birkhead M., Lewis D.A., Tiemessen C.T. Identification of Predominant Culturable Vaginal Lactobacillus Species and Associated Bacteriophages from Women with and without Vaginal Discharge Syndrome in South Africa // Journal of Medical Microbiology. 2010.

37. Dhillon, T. S., E. K. Dhillon, H. C. Chau, W. K. Li, and A. H. Tsang. Studies on bacteriophage distribution: virulent and temperate bacteriophage content of mammalian feces // Appl. Environ. Microbiol. 1976. V. 32. P. 68-74.

38. Diancourt L., Passet V., Chervaux C., Garault P., Smokvina T., Brisse S. Multilocus sequence typing of Lactobacillus casei reveals a clonal population structure with low levels of homologous recombination // Applied and environmental microbiology. 2007. V. 73. № 20. P. 6601-6611.

39. Dombek P. E., Johnson L. K., Zimmerly S. T. Use of repetitive DNA sequences and the PCR to differentiate Escherichia coli isolates from human and animal sources. // Applied and Environmental Microbiology. 2000. P. 2572 - 2577.

40. Eschenbach D.A, Davick P.R, Williams B.L, et al. Prevalence of hydrogen peroxide-producing Lactobacillus species in normal women and women with bacterial vaginosis // Journal of Clin. Microbiol. 1989. V. 27. № 2. P. 251-261.

41. EstimatesS (http://viceroy.eeb.uconn.edu/EstimateS).

42. Falagas M.E., Betsi G.I., Athanasiou S. Probiotics for the treatment of women with bacterial vaginosis // Clin Microbiol Infect. 2007. V. 13. P. 657-664.

43. Ferris M. J., Masztal A., Aldridge K. E., Fortenberry D., Fidel P. L. Jr and Martin D. H. Association of Atopobium vaginae, a recently described metronidazole resistant anaerobe, with bacterial vaginosis // BMC Infectious Diseases. 2004. V. 4. №5.

44. Fethers K.A., Fairley C.K., Hocking J. S., Gurrin L.G., Bradshaw C. S. Sexual risk factors and bacterial vaginosis: a systematic review and meta-analysis // CID. 2008. V. 47. P. 1426-1435.

45. Gardiner G.E., Heinemann C., Bruce A.W., Beuerman D., Reid G. Persistence of Lactobacillus fermentum RC-14 and Lactobacillus rhamnosus GG in the human vagina as demonstrated by randomly amplified polymorphic DNA // Clinical and diagnostic laboratory immunology. 2002. V. 9. № 1. P. 92-96.

46. Garg K.B., Ganguli I., Das R., Talwar G.P. Spectrum of Lactobacillus species present in healthy vagina of Indian women // Indian J Med Res. 2009. V. 129. P. 652657.

47. Golomidova A.K., Kulikov E.E., Isaeva A.S., Manykin A.A., Letarov A.V. The diversity of coliphages and coliforms in horse feces reveals a complex pattern of ecological interactions // Appl. Environ. Microbiol. 2007. V. 73. P. 5975-5981.

48. Hartl D. L., Boyd E. F. Nonrandom location of IS1 elements in the genomes of natural isolates of Escherichia coli // Molecular Biology and Evolution. 1997. V. 14 P. 725-732.

49. Havelaar A. H., K. Furuse, and W. M. Hogeboom. Bacteriophages and indicator bacteria in human and animal faeces // J. Appl. Bacteriol. 1986. V.60. P. 255-262.

50. Hawes S.E., Sharon L. Hillier S.L., Benedetti J., Stevens C.E., Koutsky L.A., Welncr-Hanssen P., Holmes K.K. Hydrogen Peroxide-Producing Lactobacilli and Acquisition of Vaginal Infections // JID. 1996. V. 174. P. 1058-1063.

51. Hayashi H., Takahashi R., Nishi T., Sakamoto M., Benno Y. Molecular analysis of jejunal, ileal, caecal and rectosigmoidal human colonic microbiota using 16S rRNA gene libraries and terminal restriction fragment length polymorphism //

Journal of medical microbiology. 2005. V.54. P. 1093-1101.

97

52. Hillier S.L., Holmes K.K., Sparling P.F., Stamm W.E. Normal vaginal flora // Sexually transmitted diseases. 4th ed. New York, NY: McGraw-Hill. 2008. P. 289 -307.

53. Hintz, H. F., and N. F. Cymbaluk. Horse nutrition // Annu. Rev. Nutr. 1994. V. 14. P.243-267.

54. Holmfeldt, K., Middelboe, M., Nybroe, O. and Riemann, L. Large variabilities in host strain susceptibility and phage host range govern interactions between lytic marin phages and their Flavobacterium hosts // Appl Environ Microbiol. 2007. V. 73. P. 6730-6739.

55. Hutchinson KB, Kip KE, Ness RB. Condom use and its association with bacterial vaginosis and bacterial vaginosis-associated vaginal microflora // Epidemiology. 2007. V. 18. P. 702-708.

56. Hutt P., Shchepetova J., Livukene K., Mikelsaar M. Antagonistic activity of probiotic lactobacilli and bifidobacteria against entero and uropathogens // J. Appl. Microbiol. 2006. V. 100. P. 1324-1332.

57. Hyman P., Abedon S.T. Bacteriophages in health and disease // AMCM. CABI. 2012. P. 296.

58. Johnson J. R., O'Bryan T. T. Improved repetitive - element PCR fingerprinting for resolving pathogenic and nonpathogenic phylogenetic groups within Escherichia coli. // Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology. Mar, 2000. P. 265 - 273.

59. Johnson J.R., Clabots C. Improved repetitive - element PCR fingerprinting of Salmonella enterica with the use of extremely elevated annealing temperatures //Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology. Mar, 2000. P. 258-264.

60. Johnson, L. K., M. B. Brown, E. A. Carruthers, J. A. Ferguson, P. A. Dombeck, and M. J. Sadowsky. 2004. Sample size, library composition, and genotypic diversity among natural populations of Escherihia coli from different animals influence accuracy of determining sources of fecal pollution // Appl. Environ. Microbiol.V.70. P. 4478-4485.

61. Kili? A. O., Pavlova S. I., Ma W., Tao L. Analysis of Lactobacillus phages

and bacteriocins in American dairy products and characterization of phage isolated

98

from yogurt 11 Applied and Environmental Microbiology. 1996. V. 62. № 6. P. 21112116.

62. Kili? A. O., Pavlova S. I., Alpay S., Kili^ S. S., Tao L. Comparative study of vaginal Lactobacillus phages isolated from women in the United States and Turkey: prevalence, morphology, host range, and DNA homology // J. Clin. Diagn. Lab. Immunol. 2001. V. 8. P. 31-39.

63. Klebanoff S.J., Hillier S.L., Eschenbach D.A., Waltersdorph A.M. Control of the microbial flora of the vagina by E^Oi-generating lactobacilli // J. Infect. Dis. 1991. V. 164. № l.p. 94-100.

64. Klebanoff M.A., Nansel T.R., Brotman R.M., Zhang J., Yu K., Schwebke J.R., Andrews W.W. Personal hygienic behaviors and bacterial vaginosis // Sexually transmitted diseases. 2009. V. 36. № 12.

65. Klieve A. V., Bauchop T. Morphological diversity of ruminal bacteriophages from sheep and cattle. // Applied and Environmental Microbiology. June 1988. P. 1637- 1641.

66. Kutter E., Sulakvelidze A. Bacteriophages: biology and applications. // CRC Press USA. 2005.

67. Lebeer S., Vanderleyden J., De Keersmaecker S.C.J. Genes and molecules of lactobacilli supporting probiotic action // Microbiology and Molecular biology reviews. 2008. V. 72. № 4. P. 728-764.

68. Letarov A.V., Kulikov E.E. The bacteriophages in human- and animal body-associated microbial communities // Journal of applied microbiology. 2009. V. 107. P. 1-13.

69. Linhares I.M., Summers P.R., Larsen, B., Giraldo, P.C., Witkin S.S. Contemporary perspectives on vaginal pH and lactobacilli // Am. J. Obstet. Gynecol. 2011. V. 204. №2. P. 120.

70. Livengood C.H. Bacterial vaginosis: an overview for 2009 // Reviews in Obstetrics et Gynecology. 2009. V. 2. № 1. P. 28-37.

71. Mackie R.I., Wilkins C.I. Enumeration of anaerobic bacterial microflora of the equine gastrointestinal tract // Applied and environmental microbiology. Sept, 1988. P.2155-2160.

72. Mahillon J, Chandler M. Insertion sequences. Microbiol Mol Biol Rev. 1998. 62(3):725-74.

73. Manges A.R., Dietrich P.S., Riley L.W. Multidrug-resistant Escherichia coli clonal groups causing community-acquired pyelonephritis // Clinical infectious diseases. 2004. V. 38. P. 329-334.

74. Marrazzo J.M., Antonio M., Agnew K., Hillier S.L. Distribution of Genital Lactobacillus Strains Shared by Female Sex Partners // The Journal of Infectious Diseases. 2009. V. 199. P. 680-683.

75. Martin H.L., Richardson B.A., Nyange P.M., Lavreys L., Hillier S.L., Chohan B. Vaginal lactobacilli, microbial flora, and risk of human immunodeficiency virus type 1 and sexually transmitted disease acquisition // J. Infect. Dis. 1999. V. 180. № 6. P. 1863-1868

76. Martin R., Soberyn N., Escobedo S., Suarez J.E. Bacteriophage induction versus vaginal homeostasis: role of H202 in the selection of Lactobacillus defective prophages. International Microbiology. 2009 V. 12. P. 131-136.

77. Martin R. and Suarez J.E. Biosynthesis and Degradation of H2O2 by Vaginal Lactobacilli // Applied and environmental microbiology. 2010. V. 76. No. 2. P. 400405.

78. Martinez R.C.R., Franceschini S.A., Patta M.C., Quintana S.M. et al. Analysis of Vaginal Lactobacilli from Healthy and Infected Brazilian Women // Applied and environmental microbiology. 2008. V. 74. №. 14. P. 4539^542.

79. Massi M., Vitali B., Federici F., Mateuzzi D., Brigidi P. Identification method based on PCR combined with automated ribotyping for tracking probiotic Lactobacillus strains colonizing the human gut and vagina // Journal of applied microbiology. 2004. V. 96. P. 777-786.

80. Mazzulli T., Simor A.E., Low D.E. Reproducibility of Interpretation of Gram-Stained Vaginal Smears for the Diagnosis of Bacterial Vaginosis. Journal of clinical microbiology. 1990. V. 28. № 7. P. 1506-1508.

81. McGroarty J.A., Reid G., Detection of Lactobacillus substance that inhibits Escherichia coli // Can. J. Microbiol. 1988. V. 34. P. 974-978.

82. Muniesa, M., L. Moce-Livina, H. Katayama, and J. Jofre. Bacterial host strains that support replication of somatic coliphages // Antonie Leeuwenhoek 2003. 83. P. 305-315.

83. Nagy E., Petterson L., Mardh P. A. Antibiosis between bacteria isolated from the vagina of women with and without signs of bacterial vaginosis // APMIS. 1991. 99. P. 739-744.

84. Nansel T.R., Riggs M.A., Yu K.F., Andrews W.W., Schwebke J.R., Klebanoff M.A. The association of psychosocial stress and bacterial vaginosis in a longitudinal cohort // Am J Obstet Gynecol. 2006. V. 194. P. 381-386.

85. Nugent R.P., Krohn M.A., Hiller S.L. Reliability of diagnosing bacterial vaginosis in improved by standardized method of gram stain interpretation // J. Clin. Microbiol. 1991. Vol. 29. P. 297-301.

86. Nucleo E., Steffanoni L., Fugazza G., Migliavacca R., Giacobone E. et al.Growth in glucose-based medium and exposure to subinhibitory concentrations of imipenem induce biofilm formation in a multidrug-resistant clinical isolate of Acinetobacter baumannii // BMC Microbiology. 2009. V. 9:270.

87. Oakley B.B., Fiedler T., Marazzo J. m., Fredricks D.N. Diversity of human vaginal bacterial communities and associations with clinically defined bacterial vaginosis // Applied and Environmental Microbiology. 2008. V. 74. № 15. P. 48984909.

88. Ocana V.S., Holgado A.P.R., Nader-Macias M. E. Characterization of a Bacteriocin-Like Substance Produced by a Vaginal Lactobacillus salivarius Strain // Appl. Environ. Microbiol. 1999. V. 65. № 12. P. 5631-5635.

89. Ozutsumi Y., Hayashi H., Sakamoto M., Itabashi H., Benno Y. Culture-independent analysis of fecal microbiota in cattle // Biosci. Biotechnol. Biochem. 2005. V. 69. № 9. P. 1793-1797.

90. Park H., Shim S., Kim S., Park J., Park S., Kim H., Kang B., Kim C. Molecular analysis of colonized bacteria in human newborn infant gut // The Journal of Microbiology. 2005. V. 43. № 4. P. 345-353.

91. Pascual L.M., Daniele M.B., Pajaro C., Barberis L. Lactobacillus species isolated from the vagina; identification, hydrogen peroxide production and nonoxynol-9 resistance // Contraception. 2006. V. 73. P. 78-81.

92. Pavlova S.I., Kilic A.O., Mou S.M., Tao Lin. Phage infection in vaginal lactobacilli: An in vitro study // Infectious diseases in obstetrics and gynecology. 1997. V. 5. P. 36-44.

93. Pavlova S.I. and Tao L. Induction of vaginal Lactobacillus phages by cigarette smoke benzo[a]pyrene diolepoxide // Mutat Res. 2000. V. 466. P. 57-62.

94. Pirotta M.V., Garland S.M. Her Choice: Dealing with Lactobacilli, Vaginitis, and Antibiotics // Urinary Tract Infections and the Female Pelvis. 2005. V. 7. P. 445452.

95. Poullain, V., Gandon, S., Brokhurst, M.A., Buckling, A. and Hochberg, M.E. The evolution of specificity in evolving and coevolving antagonistic interactions between a bacteria and its phage. Evolution. 2008. 62,1-11.

96. Proctor L.M. Advances in the study of marine viruses // Microsc. Res.Tech. 1997. V. 37. P. 136-161.

97. Proctor L. M., and J. A. Fuhrman // Viral mortality of marine bacteria and cyanobacteria. Nature. 1990. V. 343. P. 60-62.

98. Raabe T., Jenny E., Meyer J. A selection cartridge for rapid detection and analysis of spontaneous mutations including insertions of transposable elements in Enterobacteriaceae. //MGG.1988. V. 215. P. 176-180.

99. Rademarker J.L.W., and de Bruijn F.J. Characterization and classification of microbes by rep-PCR genomic fingerprinting and computer assisted pattern analysis.

In «DNA markers: protocols, applications, and overviews» I I Caetano-Anolles G. and Gresshoff P.M. (eds.). New York, 1997. P. 151-171.

100. Randhawa S., Brashears M.M., McMahon K.W., Fokar M., Karunasena E. Comparison of phenotypic and genotypic methods used for the species identification of Lactobacillus NP51 and development of a strain-specific PCR assay // Probiotics and Antimicro. Prot. 2010. V. 2. P. 274-283.

101. Ravel J., Gajera P., Abdob Z., Schneiderc G.M. et al. Vaginal microbiome of reproductive-age women // PNAS. 2011. V. 108. P. 4680-^687.

102. Raya R. R., Kleeman E. G, Luchansky J. B., Klaenhammer T. R. Characterization of the Temperate Bacteriophage fadh and Plasmid Transduction in Lactobacillus acidophilus ADH // Applied and Environmental Microbiology. 1989. V. 55. №9. P. 2206-2213.

103. Redondo-Lopez V., Cook R.L., Sobel J.D. Emerging role of lactobacilli in the control and maintenance of the vaginal bacterial microflora // Rev. Infect. Dis. 1990. V. 12. № 5. P. 856-872.

104. Richardson B.A., Harold L. Martin H.L., Stevens C.E., Hillier S. L., Mwatha A.K. et al. Use of Nonoxynol-9 and Changes in Vaginal Lactobacilli // Journal of Infectious Diseases. 1998. V. 178. P. 441-445.

105. Riipinen, K.A., Raisanen, L. and Alatossava, T. Integration of the group c phage JCL1032 of Lactobacillus delbrueckii subsp. Lactis and complex phage resistance of the host. J Appl Microbiol. 2007. 103, 2465-2475.

106. Rogosa M., Sharpe M.E. Species Differentiation of Human Vaginal Lactobacilli // J gen Microbiol. 1960. V. 23. P. 197-201.

107. Ronnqvist D.J., Forsgren-Brusk U.B., Hakansson E.G. Lactobacilli in the female genital tract in relation to other genital microbes and vaginal pH // Acta Obstetricia et Gynecologica. 2006. V. 85. P. 726-735.

108. Ruiz F.O., Gerbaldo G., asurmendi P., Pascual L.M., Giordano W., Barberis I.L. Antimicrobial activity, inhibition of urogenital pathogens, and synergistic interactions between Lactobacillus strains // Curr. Microbiol. 2009. V. 59. P. 497501.

109. Ryckman K.K., Simhan H.N., Krohn M.A., Williams S.M. Predicting risk of bacterial vaginosis: the role of race, smoking and corticotropin-releasing hormone-related genes // Molecular human reproduction. 2009. V. 15. № 2. P. 131-137.

110. Savage D.C. Overview of the association of microbes with epithelial surfaces // Microecol. Ther. 1984. V.14. P.169-182.

111. Sawyer S. A., D. E. Dykhuizen, R. F. DuBose, L. Green, T. Mutangadura-Mhlanga, D. F. Woiczyk, and D. L. Hartl. Distribution and abundance of insertion sequences among natural isolates of Escherichia coli // Genetics. 1987. V.115. P. 5163.

112. Schmidt F., Fiege T., Hustoft H., Kneist S., Thiede B. Shotgun mass mapping of Lactobacillus species and subspecies from caries related isolates by MALDI-MS // Proteomics. 2009. V. 9. P. 1994-2003.

113. Schwebke J.R., Desmond R.A., Oh M.K. Predictors of bacterial vaginosis in adolescent women who douche // Sex Transm Dis. 2004. V. 31. P. 433-436.

114. Servin A.L. Antagonistic activities of lactobacilli and bifidobacteria against microbial pathogens // FEMS Microbiology Reviews. 2004. V. 28. P. 405-440.

115. Seurinck S., Verstraete W., Siciliano S. D. Use of 16S - 23S rRNA intergenic spacer region PCR and repetitive extragenic palindromic PCR analyses of Escherichia coli isolates to identify nonpoint fecal sources // Applied and Environmental Microbiology, Aug. 2003. P. 4942 - 4950.

116. Shapiro J. A. Mobile genetic elements // N. Y. 1983.

117. Sobel J.D. Bacterial vaginosis // Annu. Rev. Med. 2000. V. 51. P. 349-56.

118. Sobel J.D., Schneider J., Kaye D., Levison M.E., Adherence of bacteria to vaginal epithelial cells at various times in the menstrual cycle // Infect. Immun. 1981. V. 32. P.194-197.

119. Song Y., Kato N., Matsumiya Y., Liu C., Kato H., Watanabe K. Identification of and hydrogen peroxide production by fecal and vaginal Lactobacilli isolated from Japanese women and newborn infants // Journal of Clinical Microbiology. 1999. V. 37. №. 9. P. 3062-3064.

120. Sprinivasan S., Liu C., Mitchell C.M., Fiedler T., Thomas K. K., Agnew K. J., Marrazzo J. M, Fredricks D. N. Temporal Variability of Human Vaginal Bacteria and Relationship with Bacterial Vaginosis // Vaginal Bacterial Dynamics. 2010. V. 5. № 4.

121. Steelman S. M., Chowdhary B.P., Dowd S., Suchodolski J., Janecka J.E. Pyrosequencing of 16S rRNA genes in fecal samples reveals high diversity of hindgut microflora in horses and potential links to chronic laminitis // BMC Veterinary Research. 2012. V.8:231.

122. Stephen, A. M., and J. H. Cummings. 1980. The microbial contribution to human fecal mass. J. Med. Microbiol. 13:45-56.

123. Stoyancheva G. D., Danova S. T., Boudakov I. Y. Molecular identification of vaginal lactobacilli isolated from Bulgarian women // Antonie van Leeuwenhoek. 2006. V. 90. P. 201-210.

124. Suarez V., Zago M., Quiberoni A., Carminati D., Giraffa G., Reinheimer J. Lysogeny in Lactobacillus delbrueckii strains and characterization of two new temperate prolate-headed bacteriophages // Journal of Applied Microbiology. 2008. V. 2008. P. 1402-1411.

125. Suau A., Bonnet R., Sutren M., Godon J., Gibson G.R., Collins M.D., Dore J. Direct analysis of genes encoding 16S rRNA from complex communities reveals many novel molecular species within the human gut // Applied and environmental microbiology. Nov. 1999. P. 4799-4807.

126. Swain, R.A., Nolan, J.V. and Klieve, A.V. Natural variability and diurnal fluctuations within the bacteriophage population in rumen // Appl Environ Microbiol. 1996. V.62. P. 994-997.

127. Tagg J.R., Dajani A.S.,Wannamaker L.W., Bacteriocins of gram-positive bacteria//Bacterial. Rev. 1976. V. 40. P. 722-756.

128. Tancrede C. Role of human microflora in health and disease // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect.Dis. 1992. V. 11. №. 11. P. 1012-1015.

129. Tlaskalova-Hogenova H. et al. Commencial bacteria (normal microflora), mucosal immunity and chronic inflammatory and autoimmune diseases // Immunology Letters. 2004. V.93. P. 97-108.

130. Thomas S. Doderlein's Bacillus: Lactobacillus acidophilus // J. Infect. Dis. 1928. V.43. P. 219-227.

131. Turovskiy Y., Noll K. S., Chikindas M. L. The etiology of bacterial vaginosis //J. Appl. Microbiol. 2011. V. 110. № 5. P. 1105-1128.

132. Vallor A.C., Antonio M.A.D., Hawes S.E., Hillier S.I. Factors associated with acquisition of, or persistent colonization by, vaginal Lactobacilli: role of hydrogen peroxide production // The Journal of Infectious Diseases. 2001. V. 184. P. 14311436.

133. Vasquez A., Jakobsson T., Ahrne S., Forsum U., Molin G. Vaginal Lactobacillus flora of healthy Swedish women // Journal of clinical Microbiology. 2002. V. 40. № 8. P. 2746-2749.

134. Ventura M., Canchaya C., Bernini V., Altermann E., Barrangou R. Comparative Genomics and Transcriptional Analysis of Prophages Identified in the Genomes of Lactobacillus gasseri, Lactobacillus salivarius, and Lactobacillus casei // Applied and Environmental Microbiology. 2006. V. 72. № 5. P. 3130-3146.

135. Verhelst R, Verstraelen H, Claeys G, Verschraegen G, Delanghe J, Van Simaey L, De Ganck C, Temmerman M, Vaneechoutte M: Cloning of 16S rRNA genes amplified from normal and disturbed vaginal microflora suggests a strong association between Atopobium vaginae, Gardnerella vaginalis and bacterial vaginosis // BMC Microbiol. 2004. V. 4:16

136. Verstraelen H.,Verhelst R., Vaneechoutte M., Temmerman M. The epidemiology of bacterial vaginosis in relation to sexual behavior // BMC Infectious Diseases. 2010. V. 10. № 81.

137. Villion M., Moineau S. Bacteriophages of Lactobacillus // Frontiers in Bioscience. 2009. V. 14. P. 1661-1683.

138. Vizvaryova M., Valkova D. Transposons - the useful genetic tools // Biologia.

Bratislava. 2004. V. 59. № 3. P. 309-318.

106

139. Volz J., Kostrzewa M., Rupf S., Eschrich K. Direct MALDI-TOF-MS analysis of microorganisms // Bruker Saxonia Analytik. Application Note #MT-51.1999.

140. Weinbauer, M. 2004. Ecology of procaryotic viruses. FEMS Microbiol. Rev. 28:127-181.

141. Weitz, J.S., Hatman, H. and Levin, S.A. Coevolution arms races between bacteria and bacteriophage. Proc Natl Acad Sci USA. 2005. 102, 9535-9540.

142. Woods C. R., Versalovic J., Koeuth Т., Lupski J. R. Whole - cell repetitive element sequence - based polymerase chain reaction allows rapid assessment of clonal relationships of bacterial isolates // Journal of clinical microbiology. July 1993. P. 1927-1931.

143. Yang H., Vinopal R. Т., Grasso D., Smets B. F. High diversity among environmental Escherichia coli isolates from a bovine feedlot. // Applied and Environmental Microbiology. 2004. P. 1528 - 1536.

144. Zago M., Suarez V., Reinheimer J.A., Carminati D., Giraffa G. Spread and variability of integrase gene in Lactobacillus delbrueckii spp. lactis strains and phages isolated from whey starter cultures // Journal of Applied Microbiology. 2007. V. 102. P. 344-351.

145. Анкирская A.C., Муравьёва B.B. Лабораторная диагностика оппортунистических инфекций влагалища // Consilium medicum. 2005. Т. 7. № 3. С. 206-210.

146. Бельмер С. В., Малкоч А. В. Кишечная микрофлора и значение пребиотиков для ее функционирования // Лечащий врач. 2006. № 4.

147. Венцковский Б.М., Товстановская В.А., Янковский Д.С., Дымент Г.С. Микроэкологические аспекты репродуктивного здоровья женщины и современные подходы к его поддержанию // Здоровье женщины. 2002. Т. 3. № 11.

148. Григорьев П.Я., Яковенко Э.П. Нарушение нормального состава кишечного биоценоза и методы его коррекции // РМЖ. 2004. № 2. С. 84-89.

149. Интизаров М.М. Микрофлора тела животных // Ветеринарная медицина. www.allvet.ru. 2007.

150. Кира Е.Ф. Бактериальный вагиноз // Санкт-Петербург:. Нева-Люкс. 2001.

151. Куликов Е. Е., Исаева А.С., Роткина А. С., Маныкин А. А., Летаров А. В. Разнообразие и динамика бактериофагов в фекалиях лошадей. // Микробиология. 2007. Т. 76. № 2. С. 1-8.

152. Митрохин С.Д. Значение энтеробактерий в инфекционной патологии человека // Инфекции и антимикробная терапия. 2005. Т. 7. № 2.

153. Сидоренко С.В. Микроорганизмы семейства Enterobacteriaceae: клиническое значение и этиотропная терапия // Consilium Medicum. 2004. Т. 6. №1.

154. Сингер М., Берг П. Гены и геномы. // Москва. МИР. 1998.

155. Сорокин В. В., Тимошко М. А. Нормальная микрофлора кишечника животных // Кишинев. ШТИИНЦА. 1973.

156. Тараканов Б. В. Феномен бактериофагии в рубце жвачных. // Москва. Научный мир. 2006.

157. Уварова Е.В., Султанова Ф.Ш. Влагалище как микроэкосистема в норме и при воспалительных процессах гениталий различной этиологии (обзор литературы) // Гинекология. 2002. Т. 4. № 4.

158. Хесин Р. Б. Непостоянство генома // Москва, 1984.

159. Цветков А.С., Янов С.Н. Использование методов ПЦР для видовой и штаммовой дифференциации пробиотических лактобактерий // «Проблемы и перспективы современной медицины, биологии и экологии» сборник научных трудов. 2010. Т. 1. № 4.

160. Яковлев С.В. Госпитальные инфекции, вызванные резистентными грамотрицательными микроорганизмами: клиническое значение и современные возможности терапии // Инфекции и антимикробная терапия. 2004. Т. 6. №4.