Внутрииндивидуальная и межиндивидуальная генетическая вариабельность микробиоты кишечника человека в норме тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Сенина Анастасия Михайловна

• Сенина Анастасия Михайловна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Сенина Анастасия Михайловна

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Характеристика микробиоты кишечника человека

1.1.1 Генетическое и таксономическое разнообразие микробиоты кишечника

1.1.2 Устойчивость кишечных бактерий к антибиотикам

1.1.3 Продукция короткоцепочечных жирных кислот микробиотой кишечника

1.1.4 Стабильность микробиоты кишечника человека

1.2 Факторы, влияющие на микробиоту кишечника

1.2.1 Влияние возраста человека на его кишечную микробиоту

1.2.2 Влияние генетики человека на его кишечную микробиоту

1.2.3 Влияние диеты на микробиоту кишечника человека

1.2.4 Влияние образа жизни на микробиоту кишечника человека

1.2.5 Прием пробиотических, пребиотических и антимикробных препаратов

1.3 Заключение по обзору литературы

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Дизайн исследования

2.2 Анализ микробиоты кишечника

2.2.1 Выделение ДНК из образцов кала

2.2.2 Подготовка и секвенирование библиотек ампликонов гена 16S рРНК

2.2.3 Создание библиотеки фрагментов ДНК и полногеномное секвенирование

2.3 Определение количественного содержания короткоцепочечных жирных кислот

2.4 Статистический и биоинформатический анализ

2.4.1 Биоинформатическая обработка данных секвенирования

2.4.2 Статистическая обработка результатов

3 РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Анализ структуры микробного сообщества кишечника методом секвенирования ампликонов 16S рРНК

3.1.1 Индексы биоразнообразия

3.1.2 Характеристика основного таксономического состава методом секвенирования ампликонов гена 16S рРНК

3.1.3 Изменения бактериального сообщества микробиоты кишечника, связанные с сезонностью

3.2 Анализ структуры и функционального потенциала сообщества микробиоты кишечника человека методом полногеномного секвенирования

3.2.1 Характеристика структуры сообщества кишечной микробиоты

3.2.2 Представленность генов, кодирующих метаболические пути бактерий

3.2.3 Представленность генов, кодирующих пути биосинтеза короткоцепочечных жирных кислот, и определение их количеств в образцах кала здоровых добровольцев

3.2.4 Представленность генов, кодирующих устойчивость к антибиотикам

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Внутрииндивидуальная и межиндивидуальная генетическая вариабельность микробиоты кишечника человека в норме»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Кишечная микробиота человека представляет собой разнообразную и сложную экосистему, населенную тысячами видов микроорганизмов, которые адаптируются к внешним и внутренним факторам на протяжении всей жизни организма хозяина. Бактериальные клетки составляют наибольшую часть этого биоценоза [Adak, Khan, 2019]. Было показано, что у одного человека кишечные бактерии в совокупности содержат 3,3 миллиона генов, что примерно в 150 раз превышает количество генов человека [Bander et al., 2020; Afzaal et al, 2022]. Многие гены не содержатся в геноме человека, что позволяет микробиоте кишечника обеспечивать организм хозяина рядом специфических функций. Благодаря своим метаболическим способностям кишечные микроорганизмы трансформируют сложные питательные вещества, например, компоненты клеточных стенок растений (целлюлоза, пектин, гемицеллюлоза, лигнин), в простые сахара, которые ферментируются с образованием короткоцепочечных жирных кислот (КЖК) [Russell et al., 2013].

Короткоцепочечные жирные кислоты — это летучие насыщенные жирные кислоты, имеющие в своей цепи 1-6 атомов углерода. КЖК влияют на здоровье хозяина на клеточном, тканевом и органном уровнях посредством противовоспалительного действия на слизистую оболочку кишечника, ацетилирования гистонов и регуляции пролиферации клеток. Считается, что КЖК играют ключевую роль в связи между микробиотой, кишечником и мозгом (сигнальные пути микробиота-кишечник-мозг) [Boushra Dalile et al., 2019; Parada Venegas et al., 2019]. Помимо синтеза КЖК, микробиота кишечника человека участвует в регуляции кишечной и системной гормональной функции [Neuman et al., 2015], пролиферации и дифференцировке эпителиальных клеток, модификации и выведении специфических токсинов/лекарств [Haiser et al., 2013; Pant et al., 2022], регуляции роста и развития костей [Sjögren et al., 2012; Gomaa, 2020], оптимизации барьерной функции кишечника [Desai et al., 2016; Perler et al.,

2023], а также в регуляции циркадных ритмов [Matenchuk et al., 2020]. Дисбиоз микробиоты кишечника приводит к нарушению баланса метаболитов и ассоциирован с возникновением различных заболеваний, например, ожирения, воспалительных заболеваний кишечника, сахарного диабета 2 типа. Однако до сих пор неизвестно, является ли дисбиоз микробиоты кишечника их причиной или следствием [Chen et al., 2021].

Различные факторы могут оказывать влияние на состав и функционирование микробиоты кишечника человека. Данные факторы включают в себя возраст, генетику, воздействие окружающей среды, диету и прием лекарств [Gomaa, 2020; Saeed et al., 2022; Perler et al., 2023]. Многочисленные данные качественных клинических испытаний о возможности повлиять на микробиоту кишечника демонстрируют противоречивые и спорные результаты [Suez et al., 2019, Yadav et al., 2022; Alli et al., 2022; Zhang et al., 2022]. В отличие от животных моделей, люди очень неоднородны с точки зрения диеты, возрастного диапазона, генетики и состава кишечного микробиома и поэтому могут по-разному реагировать на одно и то же вмешательство [Zhang et al., 2016; Zmora et al., 2018]. Микробиота кишечника человека рассматривается как индикатор и фактор здоровья. Предполагают, что она может играть важную роль в диагностике, лечении и профилактике заболеваний человека. В связи с этим, понимание генетической стабильности микробных сообществ кишечника человека в норме имеет большое значение для дальнейшего применения данных о микробиоте в области здравоохранения [Faith et al., 2013; D^browska, Witkiewicz, 2016; Mehta et al., 2018; Chen et al., 2021]. Согласно некоторым исследованиям, состав микробиоты кишечника здоровых взрослых может быть стабильным в течение многих месяцев и даже лет [Zoetendal et al., 1998; Costello et al., 2009; Rajilic- Stojanovic et al., 2013; Ding, Schloss, 2014; David et al., 2014; Voigt et al., 2015; Mehta et al., 2018]. В других исследованиях, напротив, сообщалось о сильной изменчивости состава микробиоты кишечника во времени [Caporaso et al., 2011; Lozupone et al., 2012; Vandeputte et al., 2021; Olsson et al., 2022]. Полученные противоречивые данные, вероятно, свидетельствуют об отсутствии

унифицированных подходов к оценке стабильности и вариабельности кишечной микробиоты, учитывая сложность данной экосистемы.

Цели и задачи исследования

Цель исследования - охарактеризовать динамическую вариабельность метагенома кишечной микробиоты человека и ее метаболитов у здорового населения.

В соответствии с целью были поставлены следующие задачи:

1) Охарактеризовать внутрииндивидуальную и межиндивидуальную вариабельность микробиоты кишечника здоровых добровольцев на основе данных секвенирования гена 16S рРНК и полногеномного секвенирования, соответственно;

2) Проанализировать геномы представителей кишечной микробиоты в динамике, выявить наиболее стабильных резидентов;

3) Оценить взаимосвязь представленности функциональных генов биосинтеза короткоцепочечных жирных кислот микрофлоры с составом микробиоты кишечника и концентрацией целевых метаболитов в кале здоровых добровольцев;

4) Охарактеризовать резистом кишечной микробиоты здоровых добровольцев и его динамические изменения на протяжении периода наблюдения.

Научная новизна работы

Впервые охарактеризована внутрииндивидуальная изменчивость микробиома здоровых добровольцев Среднего Поволжья с ежегодным приростом около 10% не зависящая от сезонных факторов. Впервые охарактеризован широкий межиндивидуальный диапазон таксономического разнообразия кишечной микробиоты здоровых добровольцев (2% общих видов между всеми участниками) при схожем на 83% наборе функциональных генов.

Впервые в микробиоте здоровых добровольцев были обнаружены резидентные штаммы бактерий, характеризующиеся низкой генетической изменчивостью генома (ANI > 99,9), относящиеся к видам Bifidobacterium

pseudocatenulatum, Bacteroides uniformis, а также неклассифицированным представителям фил Firmicutes, Proteobacteria и семейства Eubacteriaceae.

Впервые охарактеризован динамический диапазон содержания короткоцепочечных жирных кислот в кале здоровых добровольцев, и выявлены сложные взаимосвязи между представленностью генов синтеза короткоцепочечных жирных кислот с абсолютными значениями этих метаболитов и представленностью 199 видов бактерий.

Впервые охарактеризованы изменения резистома здоровых людей, проживающих на территории Среднего Поволжья, и найдена устойчивость к 14 из 41 класса антибиотиков во всех исследуемых образцах. Обнаружены тенденции как увеличения, так и уменьшения представленности некоторых генов антибиотикорезистентности в микробиоте кишечника здоровых добровольцев в течение года.

Теоретическая и практическая значимость

Полученные в ходе работы результаты полногеномного профилирования нормофлоры открывают возможности для разработки диагностических генетических тестов для оценки состояния кишечной микробиоты и развития ассоциированных с ней заболеваний. Полученные в ходе работы данные о динамической структуре микробных сообществ кишечника здоровых добровольцев расширяют представления о вариабельности нормофлоры и её метаболитов. Охарактеризованный в работе диапазон внутрииндивидуальной изменчивости кишечной нормофлоры может быть применим в оценке эффективности профилактических мероприятий для достижения целей здорового долголетия.

Обнаруженные в микробиоте каждого индивидуума резидентные штаммы с высокой представленностью в сообществе и стабильностью на протяжении года открывают новые перспективы для развития аутопробиотиков, учитывая их разнообразие и генетическую стабильность. Полученные геномы некоторых неидентифицированных представителей помогут их дальнейшему изучению, оценке функциональной роли и получению в чистом виде для создания пробиотических препаратов.

Характеристика резистома людей, проживающих на территории Среднего Поволжья, и выявление динамических тенденций имеют практическое значение для понимания наличия и распространения генов устойчивости к антибиотикам в популяции.

Результаты полногеномного секвенирования кишечной микробиоты от здоровых людей, проживающих на территории Среднего Поволжья, занесенные в международную базу данных (номер проекта РЯЛКА1067295 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/1067295), расширяют возможности сравнительной метагеномики для оценки роли популяционных, географических и социокультурных факторов в формировании устойчивого сообщества микрофлоры кишечника.

Методология исследования

Для оценки вариабельности состава сообщества и функциональных генов кишечной микробиоты проводили метагеномное профилирование содержимого кишечника от здоровых добровольцев на протяжении двух лет. На основе данных полногеномного секвенирования охарактеризовали видовой состав резидентной и транзиторной части сообщества, оценили изменение резистома и функциональных генов бактерий и их взаимосвязь с абсолютным содержанием микробных метаболитов в кале.

В работе использованы современные методы молекулярной генетики, методы секвенирования нового поколения, метаболомного анализа на основе газовой хроматографии, биоинформатического и статистического анализа.

Достоверность результатов

Достоверность и обоснованность научных результатов подтверждается использованием нескольких современных методов исследования, применением методов биоинформатического и статистического анализа. Полученные результаты опубликованы в рецензируемых журналах, индексированных в российских и международных базах данных.

Основные положения, выносимые на защиту

1) При совпадении функциональных генов кишечной микробиоты между

индивидами на 81%, таксономическое разнообразие варьирует в широком диапазоне и совпадает только на 2% среди здоровых добровольцев в динамике. Внутрииндивидуальная вариабельность микробиома увеличивается с течением времени (около 10%±1 в год), но остается значимо ниже, чем межиндивидуальная (75%), что свидетельствует о наличии уникального генетического профиля микробиоты для каждого индивидуума;

2) В микробиоте здоровых добровольцев были найдены резидентные штаммы бактерий, характеризующиеся низкой генетической изменчивостью генома (ANI > 99,9), относящиеся к видам Bifidobacterium pseudocatenulatum, Bacteroides uniformis, а также неклассифицированным представителям фил Firmicutes, Proteobacteria и семейства Eubacteriaceae.

3) Гены путей синтеза короткоцепочечных жирных кислот ассоциированы с представленностью 199 видов, но не имеют прямых корреляций с абсолютным содержанием короткоцепочечных жирных кислот.

4) Кишечная микробиота здоровых добровольцев характеризуется наличием стабильного резистома к 14 из 41 класса антибиотиков и разнонаправленной динамикой как увеличения, так и уменьшения представленности генов резистентности к некоторым классам антибиотиков.

Место выполнения работы и личный вклад соискателя

Работа выполнена на кафедре генетики Института фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета. Диссертантом совместно с научным руководителем разработаны основные направления научного исследования, сформулирована цель, поставлены задачи исследовательской работы. Диссертант лично занимался подбором добровольцев, сбором биоматериала и метаданных об участниках исследования. Представленные в работе экспериментальные данные получены лично диссертантом, либо при его непосредственном участии. Автором проанализированы данные литературы, освоены методы работы, проведены статистический и биоинформатический анализ полученных результатов, сформулированы выводы. Обсуждение и подготовка статей к публикации проводились совместно с соавторами.

Связь работы с базовыми научными программами

Работа выполнена при финансовой поддержке Программы стратегического академического лидерства Казанского федерального университета (ПРИОРИТЕТ-2030) и субсидии, выделенной Казанскому федеральному университету для выполнения государственного задания в сфере научной деятельности 0671-20200058 «Мульти-омиксный подход к пониманию функционирования, адаптации и регенерации живых систем в норме и патологии» (исполнитель) и субсидии, выделенной Казанскому федеральному университету для выполнения государственного задания в сфере научной деятельности (Проект № FZSM-2022-0017).

Апробация результатов

Материалы диссертационной работы представлены на 10 международных и российских конференциях: VII Всероссийский молодежный научный форум "Open Science 2020" (Гатчина, 2020), VIII международная научно-практическая конференция молодых ученых: биофизиков, биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов, проходившей в рамках площадки открытых коммуникаций OpenBio-2021 (Новосибирск, 2021), VII Съезд биохимиков России и X Российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, 2021), 75-й Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых (Нижний Новгород, 2022), IX Международная конференция молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков (Новосибирск, 2022), IV Международная научная конференция «Микробиота человека и животных» (Санкт-Петербург, 2022), VIII молодежная школа-конференция по молекулярной биологии и генетическим технологиям института цитологии РАН (Санкт-Петербург, 2022), II Всероссийская школа-конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов» (Санкт-Петербург, 2023), X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов (Новосибирск, 2023), Всероссийская школа-конференция «Генетические технологии в исследованиях природных соединений» (Владивосток, 2023).

Публикация результатов исследования

По материалам диссертационной работы опубликовано 16 работ, в том числе 6 научных статей в международных журналах, индексируемых в базах данных Scopus и WoS, среди них 2 статьи в отечественных рецензируемых научных журналах, входящих в перечень ВАК и 10 тезисов докладов на международных и всероссийских конференциях и конгрессах.

Структура и объем диссертационной работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов исследования, результатов исследования, обсуждения результатов, выводов и списка цитируемой литературы. Текст изложен на 142 страницах, проиллюстрирован 24 рисунками, включает 14 таблиц, список литературы содержит 341 библиографических источника, среди которых 7 отечественных и 334 зарубежных источника.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Характеристика микробиоты кишечника человека

Триллионы микробов населяют кишечник человека, образуя сложное экологическое сообщество, которое влияет на нормальную физиологию и восприимчивость к болезням посредством коллективной метаболической активности и взаимодействия с хозяином [Lozupone et al., 2012]. Микробиота кишечника человека участвует в регуляции кишечной и системной гормональной функции [Neuman et al., 2015], пролиферации и дифференцировке эпителиальных клеток, модификации и выведении специфических токсинов/лекарств [Haiser et al., 2013; Pant et al., 2022], регуляции роста и развития костей [Sjögren et al., 2012; Gomaa, 2020], оптимизации барьерной функции кишечника [Desai et al., 2016; Perler et al., 2023], а также в регуляции циркадных ритмов [Matenchuk et al., 2020]. В то же время дисбиоз, характеризующийся структурным и функциональным нарушениями микробиоты, может способствовать возникновению различных нарушений, таких как ожирение [Гапонов с соавт., 2021], воспалительные заболевания кишечника [Siniagina et al., 2020; Markelova et al., 2023], неалкогольная жировая болезнь печени, атеросклероз [Schoeler, Caesar, 2019], сахарный диабет 2 типа [Chen et al., 2021], онкологические заболевания [Chen et al., 2021], заболевания нервной системы [Chen et al., 2021], такие как депрессивное расстройство, шизофрения, биполярное расстройство, расстройство аутистического спектра, синдром дефицита внимания с гиперактивностью [Góralczyk-Binkowska et al., 2022], а также сердечно-сосудистые заболевания, так как микробиота участвует в регуляции воспалительных процессов, проницаемости сосудов и артериального давления [Li et al., 2017; Robles-Vera et al., 2017; Kho, Lal, 2018; Illiano et al, 2020; Chen et al, 2021; Fan, Pedersen, 2021; Morais et al, 2021]. Однако до сих пор неизвестно, является ли дисбиоз микробиоты кишечника причиной или следствием вышеупомянутых заболеваний [Chen et al., 2021]. Взаимосвязь между диетой, разнообразием и функциями кишечного микробиома, а также его значением для здоровья человека, в

последнее время является предметом большого количества исследований [Robles-Vera et al., 2017; Kho, Lal, 2018; Zhang et al., 2018; Fernández-Navarro et al., 2019; Chen et al., 2021].

1.1.1 Генетическое и таксономическое разнообразие микробиоты кишечника

Крупномасштабные проекты, такие как Проект микробиома человека США (HMP) [Turnbaugh et al., 2007] и Европейский консорциум «Метагеномика кишечного тракта человека» (MetaHIT) [Ehrlich, MetaHIT Consortium, 2011] достигли существенного прогресса в понимании генетического и таксономического состава микробиоты. Микробиота кишечника человека состоит из бактерий, архей (в основном Methanobrevibacter smithii), эукариот (в основном дрожжей) и вирусов (в основном фагов). Большинство кишечных микроорганизмов либо безвредны, либо полезны для организма-хозяина [Lozupone et al., 2012]. По оценкам, в кишечнике каждого человека обитает от 150 до 400 видов бактерий, в основном представленные филами Bacteroidetes и Firmicutes, за которыми следуют Proteobacteria, Fusobacteria, Tenericutes, Actinobacteria и Verrucomicrobia [Jethwani, Grover, 2019; Scepanovic et al., 2019, Шакиров с соавт., 2024]. В просвете толстого кишечника преобладают бактерии родов Bacteroides, Bifidobacterium, Streptococcus, Enterobacteriaceae, Enterococcus, Clostridium, Lactobacillus и Ruminococcus, тогда как Clostridium, Lactobacillus, Enterococcus и Akkermansia связаны с его слизистой оболочкой [Adak, Khan, 2019; Gomaa, 2020]. Попытки найти основные виды бактерий микробиоты кишечника взрослого человека определили несколько основных представителей, таких как Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia intestinalis и Bacteroides uniformis, но позже было показано, что для некоторых людей они могут составлять менее 0,5% в сообществе. По мере развития методов секвенирования и анализа расширяющегося набора данных, концепция о наличии основного набора видов в микробиоте становится все менее вероятной [Lozupone et al., 2012]. Это также подтверждают данные исследований, показывающих, что у разных людей мало общих представителей в их микробных сообществах, и что у каждого человека

есть устойчивые и отличительные бактериальные штаммы [Faith et al., 2013; Knights et al, 2014; Chen et al, 2021].

Было показано, что у одного человека кишечные бактерии в совокупности содержат 3,3 миллиона генов, что примерно в 150 раз больше количества генов человека [Bander et al., 2020; Afzaal et al, 2022]. Несмотря на сильно различающиеся составы кишечной микробиоты разных людей, функциональные профили генов довольно похожи. Микробиота кишечника человека содержит пути для центрального, углеводного и аминокислотного метаболизма [Andreu et al., 2021]. Переменные функции, ограниченные отдельными видами или штаммами, — включая острова патогенности, катаболизм витаминов и лекарств, подвижность и транспортеры питательных веществ — являются возможными целями для персонализированных диет и терапевтических стратегий [Lozupone et al., 2012; Chen et al, 2021].

1.1.2 Устойчивость кишечных бактерий к антибиотикам

Открытие антибиотиков в 1928 году стало одним из величайших прорывов в медицине, которое в корне изменило терапию бактериальных инфекционных заболеваний, а также позволило проводить крупные операции, трансплантации органов и химиотерапию рака. Также благодаря антибиотикам, существенно улучшилось здоровье и благополучие животных [Сазыкин с соавт., 2021; Caneschi et al., 2023]. Противомикробные препараты в животноводстве используются для стимуляции роста животных, профилактики заболеваний при высоком риске их вспышки и терапии для лечения больных животных [Шульга с соавт., 2017]. По прогнозам, использование антимикробных препаратов в животноводстве к 2030 году увеличится на 67% в мире, а в странах БРИКС - на 99% [Сазыкин с соавт., 2021]. Многие страны используют критически важные для медицинского применения классы антибиотиков, такие как макролиды, полимиксины, аминогликозиды и цефалоспорины третьего поколения, в качестве стимуляторов роста животных [Сазыкин с соавт., 2021; Caneschi et al., 2023]. Устойчивость к антибиотикам может возникнуть в популяции восприимчивых бактерий путем накопления мутаций или путем приобретения генов устойчивости, которые

защищают клетку от антибиотиков [Van Schaik, 2015]. К механизмам резистентности относят активное выведение антибиотиков за пределы клетки (эффлюкс насосы); снижение проницаемости мембраны для антибиотиков; модификация мишени; ферментативная инактивация антибиотиков; а также продукция альтернативных мишеней и образование бактериальных биопленок [Van Schaik, 2015; Ильина с соавт., 2017; Xia et al., 2019; Сазыкин с соавт., 2021]. Всемирная организация здравоохранения считает устойчивость микроорганизмов к антимикробным препаратам «одной из десяти глобальных угроз общественному здоровью, с которыми сталкивается человечество», основываясь на прогнозах, что к 2050 году она будет являться причиной более 10 миллионов смертей в год с убытками более 100 триллионов долларов во всем мире [Xia et al., 2019; Caneschi et al., 2023].

Рисунок 1 - Глобальные прогнозы распространенности устойчивости к антимикробным препаратам (АБР) во всех странах мира. Карта окрашена в соответствии с прогнозируемой распространенностью АБР от светло-голубого цвета (низкая распространенность АБР) до темно-синего цвета (высокая распространенность АБР) [Hendriksen et al., 2019]

В настоящее время существует значительный интерес к выявлению ниш, в которых бактерии могут приобретать гены устойчивости к антибиотикам, и механизмов, посредством которых происходит горизонтальный перенос генов устойчивости. Исследования показали, что именно анаэробные комменсалы (Bacteroidets, Firmicutes и Actinobacteria) образуют основной резервуар генов устойчивости к антибиотикам [Van Schaik, 2015].

Относительный вклад различных механизмов горизонтального переноса генов устойчивости к антибиотикам от комменсалов кишечника к условно-патогенным микроорганизмам еще предстоит определить [Van Schaik, 2015]. Было показано, что конъюгация между отдаленно родственными бактериями, хотя и встречается реже, чем между близкородственными бактериями, также способствует распространению генов устойчивости к антибиотикам [Van Schaik, 2015]. Подобное явление было показано на примере гена резистентности к ванкомицину (VanB), который, как правило, распространен у кишечных комменсалов филы Firmicutes [Graham et al., 2008], которые могут служить постоянным источником генов резистентности к ванкомицину для внутрибольничного патогена Enterococcus faecium [Howden et al., 2013]. Гены устойчивости к макролидам ermB, ermF и ermG и гены устойчивости к тетрациклину tetM и tetQ также могут распространяться среди филогенетически разнообразных грамотрицательных и грамположительных кишечных бактерий [Van Schaik, 2015]. Выделяют несколько механизмов горизонтального переноса генов устойчивости к антибиотикам:

1. Трансформация, во время которой ДНК, содержащая гены устойчивости, может быть захвачена бактерией;

2. Конъюгация, перенос содержимого от одной бактериальной клетки к другой;

3. Трансдукция, перенос генов устойчивости бактериофагами и интеграция данных генов в хромосому реципиентной бактерии в процессе, называемом лизогенией [Van Schaik, 2015].

Из этих трех процессов трансформация, по-видимому, не вносит существенного вклада в горизонтальный перенос генов в кишечном тракте млекопитающих [Nordgärd et al., 2012], тогда как конъюгация и трансдукция вносят важный вклад в распространение генов устойчивости к антибиотикам в микробиоте кишечника человека и животных [Van Schaik, 2015]. Экспериментальные доказательства роли бактериофагов в горизонтальном переносе генов резистентности были получены в исследовании, в котором мышей

лечили ß-лактамным антибиотиком ампициллином или фторхинолоном ципрофлоксацином [Modi et al., 2013]. Оба вида лечения антибиотиками привели к увеличению генов резистентности к антибиотикам в метагеноме фага. Особенно интересна роль организма-хозяина в создании определенных условий в кишечнике, которые могут положительно или отрицательно влиять на горизонтальный перенос генов. Эпителиальные клетки кишечника человека могут вырабатывать белковое соединение, которое может снижать конъюгационный перенос плазмиды устойчивости к антибиотикам между штаммами E. coli. [Machado, Sommer, 2014]. Напротив, воспаление кишечника усиливает конъюгативный перенос генов между патогенными и комменсальными штаммами E. coli [Stecher et al., 2012].

Было высказано предположение, что резистом является врожденной особенностью микробиоты кишечника человека, в то время как другие факторы (например, широкое использование антибиотиков) способствуют приобретению, эволюции и распространению резистома [Xia et al., 2019, Vasilyev et al, 2020]. Исследование Moore et al. показало, что резистом 22 здоровых младенцев и детей уже содержит гены, обуславливающие устойчивость к 14 из 18 протестированных классов антибиотиков [Moore et al., 2013]. В настоящее время, проблема распространения, накопления и эволюции устойчивых к антибиотикам бактерий -это многофакторный, сложный и недостаточно изученный, вопрос, который требует дальнейших исследований [Van Schaik, 2015; Xia et al., 2019; Сазыкин с соавт., 2021].

1.1.3 Продукция короткоцепочечных жирных кислот микробиотой кишечника

Толстая кишка человека колонизирована плотным сообществом микроорганизмов, которые используют для роста разнообразные источники энергии, получаемые ими как с пищей, так и в виде промежуточных метаболитов от хозяина, перерабатывая их и продуцируя короткоцепочечные жирные кислоты [Russell et al., 2013]. Короткоцепочечные жирные кислоты — это летучие насыщенные жирные кислоты, имеющие в своей цепи 1 -6 атомов углерода и

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Сенина Анастасия Михайловна, 2024 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Гапонов, А.М. Особенности микробиома толстой кишки у пациентов с ожирением при его различных фенотипах (оригинальная статья) / А.М. Гапонов, Н.И. Волкова, Л.А. Ганенко, Ю.Л. Набока, М.И. Маркелова, М.Н. Синягина, А.М. Харченко, Д.Р. Хуснутдинова, С.А. Румянцев, А.В. Тутельян, В.В. Макаров, С.М. Юдин, А.В. Шестопалов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2021. - Т.98. №2. - С.144-155.

2. Ильин, В.К. Аутопробиотики как средство профилактики инфекционновоспалительных заболеваний у человека в искусственной среде обитания / В.К. Ильин, А.Н. Суворов, Н.В. Кирюхина, Н.А. Усанова, Л.В. Старкова, В.В. Бояринцев, А.Б. Карасева // Вестник Российской академии медицинских наук. - 2013. - Т. 68. - №. 2. - С. 56-62.

3. Ильина, Е.Н. Резистом микробиоты кишечника как источник формирования лекарственной устойчивости возбудителей инфекционных заболеваний человека / Е.Н. Ильина, Е.И. Олехнович, А.В. Павленко // Патогенез. - 2017. - Т. 15. - №. 3. - С. 20-32.

4. Сазыкин, И.С. Влияние антибиотиков, использующихся в животноводстве, на распространение лекарственной устойчивости бактерий (обзор) / И.С. Сазыкин, Л. Е. Хмелевцова, Е.Ю. Селиверстова, М. А. Сазыкина // Прикладная биохимия и микробиология. - 2021. - Т. 57. - №. 1. - С. 1-12.

5. Точилина, А.Г. Особенности генома пробиотических бифидобактерий, детерминирующие их штаммоспецифические свойства / А.Г. Точилина, И.В. Белова, Т.Н. Ильичева, В.Ю. Марченко, В.А. Жирнов, С.Б. Молодцова // Современные технологии в медицине. - 2022. - Т. 14. - №. 5. - С. 36-44.

6. Шакиров, Р.Р. Пристеночная микробиота дивертикулов при воспалительных осложнениях дивертикулярной болезни (пилотное исследование) / Р.Р. Шакиров, Ю.С. Панкратова, А.М. Сенина, Е.А. Булыгина, О.С. Карасева,

Т.В. Григорьева, Д.Р. Яруллина, О.Ю. Карпухин // Колопроктология. - 2024. -Т.23(1). -108-116 с.

7. Шульга, Н.Н. К проблеме антибиотиков в продуктах животноводства / Н.Н. Шульга, И.С. Шульга, Л.П. Плавшак // Дальневосточный аграрный вестник. - 2017. - №. 4 (44). - P. 150-156.

8. Abedini, M. Dairy product consumption and the metabolic syndrome / M. Abedini, E. Falahi, S. Roosta // Diabetes & Metabolic Syndrome: Clinical Research & Reviews. - 2015. - V. 9. - №. 1. - P. 34-37.

9. Adak, A. An insight into gut microbiota and its functionalities / A. Adak, M.R. Khan // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2019. - V. 76. - P. 473-493.

10. Adolfsson, O. Yogurt and gut function / O. Adolfsson, S.N. Meydani, R.M. Russell // The American journal of clinical nutrition. - 2004. - V. 80. - №. 2. - P. 245-256.

11. Afzaal, M. Human gut microbiota in health and disease: Unveiling the relationship / M. Afzaal, F. Saeed, Y.A. Shah, M. Hussain, R. Rabail, C.T., Socol, R.M. Aadil // Frontiers in microbiology. - 2022. - V. 13. - P. 999001.

12. Agans, R. Distal gut microbiota of adolescent children is different from that of adults / R. Agans, L. Rigsbee, H. Kenche, S. Michail, H.J. Khamis, O. Paliy // FEMS microbiology ecology. - 2011. - V. 77. - №. 2. - P. 404-412.

13. Albenberg, L.G. Diet and the intestinal microbiome: associations, functions, and implications for health and disease / L.G. Albenberg, G.D. Wu // Gastroenterology. - 2014. - V. 146. - №. 6. - P. 1564-1572.

14. Albshesh, A. Primary hypogammaglobulinemia with inflammatory bowel disease-like features: an ECCO CONFER multicentre case series / A. Albshesh, P. Eder, D.G. Ribaldone, B. Oldenburg, N.K. de Boer, G.J. Mantzaris, E.V. Savarino, G. Dragoni, R. Weisshof, M. Truyens, S. Festa, M.H. Maillard, L. Capirchio, R. Filip, E. Theodoraki, U. Kopylov // Journal of Crohn's and Colitis. - 2022. - V. 16. - №. 1. - P. 91-97.

15. Alcock, B.P. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database /B.P. Alcock, A.R. Raphenya, T.T.Y.

Lau, K.K. Tsang, M. Bouchard, A. Edalatmand, W. Huynh, A.V. Nguyen, A.A. Cheng, S. Liu, S.Y. Min, A. Miroshnichenko, H. Tran, R.E. Werfalli, J.A. Nasir, M. Oloni, D.J. Speicher, A. Florescu, B. Singh, M. Faltyn, A. Hernandez-Koutoucheva, A.N. Sharma, E. Bordeleau, A.C. Pawlowski, H.L. Zubyk, D. Dooley, E. Griffiths, F. Maguire, G.L. Winsor, R.G. Beiko, F.S. L Brinkman, W.W.L Hsiao, G.V. Domselaar, A.G. McArthur // Nucleic acids research. - 2020. - V. 48. - №. D1. - P. D517-D525.

16. Aljumaah, M.R. The gut microbiome, mild cognitive impairment, and probiotics: A randomized clinical trial in middle-aged and older adults / M.R. Aljumaah, U. Bhatia, J. Roach, J. Gunstad, M.A.A. Peril // Clinical Nutrition. - 2022. -V. 41. - №. 11. - P. 2565-2576.

17. Allen, J.M. Exercise alters gut microbiota composition and function in lean and obese humans / J.M. Allen, L.J. Mailing, G.M. Niemiro, R. Moore, M.D. Cook, B.A. White, H.D. Holscher, J.A. Woods // Med Sci Sports Exerc. - 2018. - V. 50. - №. 4. - P. 747-57.

18. Alli, S.R. The gut microbiome in depression and potential benefit of prebiotics, probiotics and synbiotics: A systematic review of clinical trials and observational studies / S.R. Alli, I. Gorbovskaya, J.C.W. Liu, N.J. Kolla, L. Brown, D.J. Müller // International journal of molecular sciences. - 2022. - V. 23. - №. 9. - P. 4494.

19. Andremont, A. Spare and repair the gut microbiota from antibiotic-induced dysbiosis: state-of-the-art / A. Andremont, J. Cervesi, P.A. Bandinelli, F. Vitry, J. de Gunzburg // Drug Discovery Today. - 2021. - V. 26. - №. 9. - P. 2159-2163.

20. Andremont, A. Too early to recommend early fecal microbiota transplantation in patients with severe Clostridium difficile infection, or not too early? / A. Andremont // Clinical Infectious Diseases. - 2018. - V. 66. - №. 5. - P. 651-652.

21. Andreu, V.P. A systematic analysis of metabolic pathways in the human gut microbiota / V.P. Andreu, H.E. Augustijn, L. Chen, A. Zhernakova, J. Fu, M.A. Fischbach, D. Dodd, M.H. Medema // bioRxiv. - 2021. - P. 2021.02. 25.432841.

22. Ang, Z. GPR41 and GPR43 in obesity and inflammation-protective or causative? / Z. Ang, J.L. Ding // Frontiers in immunology. - 2016. - V. 7. - P. 28.

23. Angelucci, F. Antibiotics, gut microbiota, and Alzheimer's disease / F. Angelucci, K. Cechova, J. Amlerova, J. Hort // Journal of neuroinflammation. - 2019. -V. 16. - №. 1. - P. 1-10.

24. Antonini, M. How the interplay between the commensal microbiota, gut barrier integrity, and mucosal immunity regulates brain autoimmunity / M. Antonini, M. Lo Conte, C. Sorini, M. Falcone // Frontiers in immunology. - 2019. - V. 10. - P. 1937.

25. Arrieta, M.C. Early infancy microbial and metabolic alterations affect risk of childhood asthma / M.C. Arrieta, L.T. Stiemsma, P.A. Dimitriu, L. Thorson, Sh. Russell, S. Yurist-Doutsch, B. Kuzeljevic, M.J. Gold, H.M. Britton, D.L. Lefebvre, P. Subbarao, P. Mandhane, A. Becker, K. M. McNagny, M.R. Sears, T.Kollmann, W.W. Mohn, S.E. Turvey, B.B. Finlay // Science translational medicine. - 2015. - V. 7. - №. 307. - P. 307ra152-307ra152.

26. Arumugam, M. Enterotypes of the human gut microbiome / M Arumugam, J Raes, E Pelletier, D Le Paslier, T. Yamada, D.R. Mende, G.R. Fernandes, J. Tap, T. Bruls, J.M. Batto, M. Bertalan, N. Borruel, F. Casellas, L. Fernandez, L. Gautier, T. Hansen, M. Hattori, T. Hayashi, M. Kleerebezem, K. Kurokawa, M. Leclerc, F. Levenez, C. Manichanh, H.B. Nielsen, T. Nielsen, N. Pons, J. Poulain, J. Qin, T. Sicheritz-Ponten, S.Tims, D. Torrents, E. Ugarte, E.G. Zoetendal, J. Wang, F. Guarner, O. Pedersen, W.M. de Vos, S. Brunak, J. Dore,J. Weissenbach, S.D. Ehrlich, P. Bork // nature. - 2011. - V. 473. - №. 7346. - P. 174-180.

27. Bäckhed, F. Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life / F. Bäckhed, J. Roswall, Y. Peng, Q. Feng, H. Jia, P. Kovatcheva-Datchary, Y. Li, Y. Xia, H. Xie, H. Zhong, M.T. Khan, J. Zhang, J. Li, L. Xiao, J. Al-Aama, D. Zhang, Y.S. Lee, D. Kotowska, C. Colding, V. Tremaroli, Y. Yin, S. Bergman, X. Xu, L. Madsen, K. Kristiansen, J. Dahlgren, J. Wang // Cell host & microbe. - 2015. - V. 17. - №. 5. - P. 690-703.

28. Bander, Z.A. The gut microbiota and inflammation: an overview / Z.A. Bander, M.D. Nitert, A. Mousa, N. Naderpoor // International journal of environmental research and public health. - 2020. - V.17. - №. 20. - P. 7618.

29. Beam, A. Effect of diet and dietary components on the composition of the gut microbiota / A. Beam, E. Clinger, L. Hao // Nutrients. - 2021. - V. 13. - №. 8. - P. 2795.

30. Beaumont, M. Heritable components of the human fecal microbiome are associated with visceral fat / M. Beaumont, J.K. Goodrich, M.A. Jackson, I. Yet, E.R. Davenport, S. Vieira-Silva, J. Debelius, T. Pallister, M. Mangino, J. Raes, R. Knight, A.G. Clark, R.E. Ley, T.D. Spector, J.T. Bell // Genome biology. - 2016. - V. 17. - №. 1. - P. 1-19.

31. Beghini, F. Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3 / F. Beghini, L.J. McIver, A. Blanco-Miguez, L. Dubois, F. Asnicar, S. Maharjan, A. Mailyan // elife. - 2021. - V. 10. - P. e65088.

32. Bengtsson-Palme, J. The human gut microbiome as a transporter of antibiotic resistance genes between continents / J. Bengtsson-Palme, M. Angelin, M. Huss, S. Kjellqvist, E. Kristiansson, H. Palmgren, D.G.J. Larsson, A. Johansson // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2015. - V. 59. - №. 10. - P. 6551-6560.

33. Benko, R. Prevalence and antibiotic resistance of ESKAPE pathogens isolated in the emergency department of a tertiary care teaching hospital in hungary: a 5-year retrospective survey / R. Benko, M. Gajdacs, M. Matuz, G. Bodo, A. Lazar, E. Hajdù, E. Papfalvi , P. Hannauer, P. Erdélyi, Z. Peto // Antibiotics. - 2020. - V. 9. - №. 9. - P. 624.

34. Berry, D. Making it stick: a compelling case for precision microbiome reconstitution / D. Berry // Cell Host & Microbe. - 2016. - V. 20. - №. 4. - P. 415-417.

35. Biagi, E. The gut microbiota of centenarians: signatures of longevity in the gut microbiota profile / E. Biagi, S. Rampelli, S. Turroni, S. Quercia, M. Candela, P. Brigidi // Mechanisms of ageing and development. - 2017. - V. 165. - P. 180-184.

36. Blaak, E.E. Short chain fatty acids in human gut and metabolic health / E.E. Blaak, E.E. Canfora, S. Theis, G. Frost, A.K. Groen, G. Mithieux, A. Nauta, K. Scott, B. Stahl, J. van Harsselaar, R. van Tol, E.E. Vaughan, K. Verbeke // Beneficial microbes. - 2020. - V. 11. - №. 5. - P. 411-455.

37. Bolyen, E. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2 / E. Bolyen, J.R. Rideout, M.R. Dillon, N.A. Bokulich, C.C. Abnet, G.A. Al-Ghalith, J.G. Caporaso // Nature biotechnology. - 2019. - V. 37. -№. 8. - P. 852-857.

38. Bouchard, C. The response to long-term overfeeding in identical twins / C. Bouchard, A. Tremblay, J.P. Després, A. Nadeau, P.J. Lupien, G. Thériault, J. Dussault, S. Moorjani, S. Pinault, G. Fournier // New England Journal of Medicine. - 1990. - V. 322. - №. 21. - P. 1477-1482.

39. Brand-Miller, J. Low-glycemic index diets in the management of diabetes: a meta-analysis of randomized controlled trials / J. Brand-Miller, S. Hayne, P. Petocz, S. Colagiuri // Diabetes care. - 2003. - V. 26. - №. 8. - P. 2261-2267.

40. Bressa, C. Differences in gut microbiota profile between women with active lifestyle and sedentary women / C. Bressa, M. Bailén-Andrino, J. Pérez-Santiago, R. González-Soltero, M. Pérez, M.G. Montalvo-Lominchar, J.L. Maté-Muñoz, R. Domínguez, D. Moreno, M. Larrosa // PloS one. - 2017. - V. 12. - №. 2. - P. e0171352.

41. Brown, A.J. The Orphan G protein-coupled receptors GPR41 and GPR43 are activated by propionate and other short chain carboxylic acids / Andrew J. Brown, S.M. Goldsworthy, A.A. Barnes, M.M. Eilert, L. Tcheang, D. Daniels, A.I. Muir, M.J. Wigglesworth, I. Kinghorn, N.J. Fraser, N.B. Pike, J.C. Strum, K.M. Steplewski, P.R. Murdock, J.C. Holder, F.H. Marshall, Ph.G. Szekeres, Sh. Wilson, D.M. Ignar, S.M. Foord, A.Wise, S.J. Dowell // Journal of Biological Chemistry. - 2003. - V. 278. - №. 13. - P. 11312-11319.

42. Burcham, Z.M. Detection of critical antibiotic resistance genes through routine microbiome surveillance / Z.M. Burcham, C.J. Schmidt, J.L. Pechal, C.P. Brooks, J.W. Rosch, M.E. Benbow, H.R. Jordan // PLoS One. - 2019. - V. 14. - №. 3. - P. e0213280.

43. Burdet, C. Ceftriaxone and cefotaxime have similar effects on the intestinal microbiota in human volunteers treated by standard-dose regimens /C. Burdet, N. Grall, M. Linard, A. Bridier-Nahmias, M. Benhayoun, K. Bourabha, M. Magnan, O.

Clermont, C. d'Humieres, O. Tenaillon, E. Denamur, L. Massias, S. Tubiana, L. Alavoine, A. Andremont, F. Mentre, X. Duval, // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2019. - V. 63. - №. 6. - P. 10.1128/aac. 02244-18.

44. Byrd, A.L. Gut microbiome stability and dynamics in healthy donors and patients with non-gastrointestinal cancers / A.L. Byrd, M. Liu, K.E. Fujimura, S. Lyalina, D.R. Nagarkar, B. Charbit, J. Bergstedt, E. Patin, O.J. Harrison, L. Quintana-Murci, I. Mellman, Darragh Duffy, M.L. Albert // Journal of Experimental Medicine. -2021. - V. 218. - №. 1.

45. Cahana, I. Impact of host genetics on gut microbiome: Take- home lessons from human and mouse studies / I. Cahana, F.A. Iraqi // Animal models and experimental medicine. - 2020. - V. 3. - №. 3. - P. 229-236.

46. Callahan, B.J. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data /B.J. Callahan, P.J. McMurdie, M.J. Rosen, A.W. Han, A.J.A. Johnson, S.P. Holmes // Nature methods. - 2016. - V. 13. - №. 7. - P. 581-583.

47. Campos-Perez, W. Effects of short chain fatty acids on metabolic and inflammatory processes in human health / W. Campos-Perez, E. Martinez-Lopez //Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular and Cell Biology of Lipids. - 2021. - V. 1866. - №. 5. - P. 158900.

48. Caneschi, A. The use of antibiotics and antimicrobial resistance in veterinary medicine, a complex phenomenon: A narrative review / A. Caneschi, A. Bardhi, A. Barbarossa, A. Zaghini // Antibiotics. - 2023. - V. 12. - №. 3. - P. 487.

49. Caporaso, J.G. Moving pictures of the human microbiome / J.G.Caporaso, C.L. Lauber, E.K. Costello, D. Berg-Lyons, A. Gonzalez, J. Stombaugh, D. Knights, P. Gajer, J. Ravel, N. Fierer, J.I. Gordon, R. Knight // Genome biology. - 2011. - V. 12. -№. 5. - P. 1-8.

50. Carmody, R.N. Diet dominates host genotype in shaping the murine gut microbiota / R.N. Carmody, G.K. Gerber, J.M. Luevano, D.M. Gatti, L. Somes, K.L. Svenson, P.J. Turnbaugh // Cell host & microbe. - 2015. - V. 17. - №. 1. - P. 72-84.

51. Castaner, O. The gut microbiome profile in obesity: a systematic review / O. Castaner, A. Goday, Y.M. Park, S.H. Lee, F. Magkos, S.A.T.E. Shiow, H. Schröder // International journal of endocrinology. - 2018. - V. 2018.

52. Chang, C.J. Next generation probiotics in disease amelioration / C.J. Chang, T.L. Lin, Y.L. Tsai, T.R. Wu, W.F. Lai, C.C. Lu, H.C. Lai // Journal of food and drug analysis. - 2019. - T. 27. - №. 3. - C. 615-622.

53. Chen, L. The long-term genetic stability and individual specificity of the human gut microbiome / L. Chen, D. Wang, S. Garmaeva, A. Kurilshikov, A.V. Vila, R. Gacesa, T. Sinha, E. Segal, R.K. Weersma, C. Wijmenga, A. Zhernakova, J. Fu // Cell. - 2021. - V. 184. - №. 9. - P. 2302-2315. e12.

54. Chen, Y. Role and mechanism of gut microbiota in human disease / Y. Chen, J. Zhou, L. Wang // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2021. - V. 11. - P. 86.

55. Cheng, M. Stereotypes about enterotype: the old and new ideas / M. Cheng, K. Ning // Genomics, Proteomics and Bioinformatics. - 2019. - V. 17. - №. 1. -P. 4-12.

56. Chuang, C.C. Potential mechanisms by which polyphenol-rich grapes prevent obesity-mediated inflammation and metabolic diseases / C.C. Chuang, M.K. Mcintosh // Annual review of nutrition. - 2011. - V. 31. - P. 155-176.

57. Clarke, S.F. Exercise and associated dietary extremes impact on gut microbial diversity / S.F. Clarke, E.F. Murphy, O. O'Sullivan, A.J. Lucey, M. Humphreys, A. Hogan, P. Hayes, M. O'Reilly, I.B. Jeffery, R. Wood-Martin, D.M. Kerins, E. Quigley, R.P. Ross, P.W. O'Toole, M.G. Molloy, E. Falvey, F. Shanahan, P.D. Cotter // Gut. - 2014. - V. 63. - №. 12. - P. 1913-1920.

58. Collado, M.C. Initial exploration of in utero microbial colonization / M.C. Collado, N. Segata // Nature medicine. - 2020. - V. 26. - №. 4. - P. 469-470.

59. Costello, E.K. Bacterial community variation in human body habitats across space and time / E.K. Costello, C.L. Lauber, M. Hamady, N. Fierer, J.I. Gordon, R. Knight // science. - 2009. - V. 326. - №. 5960. - P. 1694-1697.

60. Crovesy, L. Profile of the gut microbiota of adults with obesity: a systematic review / L. Crovesy, D. Masterson, E.L. Rosado // European journal of clinical nutrition. - 2020. - V. 74. - №. 9. - P. 1251-1262.

61. Cuervo, A. Red wine consumption is associated with fecal microbiota and malondialdehyde in a human population /A. Cuervo, C.G. de los Reyes-Gavilán, P. Ruas-Madiedo, P. Lopez, A. Suarez, M. Gueimonde, S. González // Journal of the American College of Nutrition. - 2015. - V. 34. - №. 2. - P. 135-141.

62. Cullen, T.W. Antimicrobial peptide resistance mediates resilience of prominent gut commensals during inflammation /T.W. Cullen, W.B. Schofield, N.A. Barry, E.E. Putnam, E.A. Rundell, M.S. Trent, P.H. Degnan, C.J. Booth, H. Yu, and A.L. Goodman // Science. - 2015. - V. 347. - №. 6218. - P. 170-175.

63. D^browska, K. Correlations of host genetics and gut microbiome composition / K. D^browska, W. Witkiewicz // Frontiers in Microbiology. - 2016. - V. 7. - P. 1357.

64. Dalile, B. The role of short-chain fatty acids in microbiota-gut-brain communication / B. Dalile, L.V. Oudenhove, B. Vervliet, K. Verbeke // Nature reviews Gastroenterology & hepatology. - 2019. - V. 16. - №. 8. - P. 461-478.

65. Davenport, E.R. Seasonal variation in human gut microbiome composition / E.R. Davenport, O. Mizrahi-Man, K. Michelini, L.B. Barreiro, C. Ober, Y. Gilad // PloS one. - 2014. - V. 9. - №. 3. - P. e90731.

66. David, L.A. Host lifestyle affects human microbiota on daily timescales / L.A. David, A.C. Materna, J. Friedman, M.I. Campos-Baptista, M.C. Blackburn, A. Perrotta, S.E. Erdman, E.J. Alm // Genome biology. - 2014. - V. 15. - №. 7. - P. 1-15.

67. Davies, M.N. Generalised anxiety disorder-a twin study of genetic architecture, genome-wide association and differential gene expression / M.N. Davies, S. Verdi, A. Burri, M. Trzaskowski, M. Lee, J.M. Hettema, R. Jansen, D.I. Boomsma, T.D. Spector // PLoS One. - 2015. - V. 10. - №. 8. - P. e0134865.

68. De Filippis, F. High-level adherence to a Mediterranean diet beneficially impacts the gut microbiota and associated metabolome / F. De Filippis, N. Pellegrini, L. Vannini, I.B. Jeffery, A. La Storia, L. Laghi, D.I. Serrazanetti, R. Di Cagno, I.

Ferrocino, C. Lazzi, S. Turroni, L. Cocolin, P. Brigidi, E. Neviani, M. Gobbetti, P.W. O'Toole, D. Ercolini // Gut. - 2016. - V. 65. - №. 11. - P. 1812-1821.

69. De Filippo, C. Diet, environments, and gut microbiota. A preliminary investigation in children living in rural and urban Burkina Faso and Italy / C. De Filippo, M. Di Paola, M. Ramazzotti, D. Albanese, G. Pieraccini, E. Banci, F. Miglietta, D. Cavalieri, P. Lionetti // Frontiers in microbiology. - 2017. - V. 8. - P. 1979.

70. De Filippo, C. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa / C. De Filippo, D. Cavalieri, M. Di Paola, M. Ramazzotti, J.B. Poullet, S. Massart, S. Collini, G. Pieraccini, P. Lionetti // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - V. 107. - №. 33. - P. 14691-14696.

71. De Schepper, S. Self-maintaining gut macrophages are essential for intestinal homeostasis /S. De Schepper, S. Verheijden, J. Aguilera-Lizarraga, M.F. Viola, W. Boesmans, N. Stakenborg, I. Voytyuk, I. Schmidt, B. Boeckx, I.D. de Casterlé, V. Baekelandt, E.G. Dominguez, M. Mack, I. Depoortere, B. De Strooper, B. Sprangers, U. Himmelreich, S. Soenen, M. Guilliams, P.V. Berghe, E. Jones, D. Lambrechts, G. Boeckxstaens // Cell. - 2018. - V. 175. - №. 2. - P. 400-415. e13.

72. de Vos, W.M. Gut microbiome and health: mechanistic insights / W.M. de Vos, H. Tilg, M. Van Hul, P.D. Cani // Gut. - 2022. - V. 71. - №. 5. - P. 1020-1032.

73. DeJong, E.N. The gut microbiota and unhealthy aging: disentangling cause from consequence / E.N. DeJong, M.G. Surette, D.M.E. Bowdish // Cell Host & Microbe. - 2020. - V. 28. - №. 2. - P. 180-189.

74. del Campo, R. Scarce evidence of yogurt lactic acid bacteria in human feces after daily yogurt consumption by healthy volunteers / R. del Campo, D. Bravo, R. Cantón, P. Ruiz-Garbajosa, R. García-Albiach, A. Montesi-Libois, F.J. Yuste, V. Abraira, F. Baquero // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - V. 71. - №. 1. - P. 547-549.

75. Del Chierico, F. Phylogenetic and metabolic tracking of gut microbiota during perinatal development / F. Del Chierico, P. Vernocchi, A. Petrucca, P. Paci, S. Fuentes, G. Pratico, G. Capuani, A. Masotti, S. Reddel, A. Russo, C. Vallone, G.

Salvatori, E. Buffone, F. Signore, G. Rigon, A. Dotta, A. Miccheli, W.M. de Vos, B. Dallapiccola, L. Putignani // PloS one. - 2015. - V. 10. - №. 9. - P. e0137347.

76. Derrien, M. The gut microbiota in the first decade of life / M. Derrien, A.S. Alvarez, W.M. de Vos // Trends in microbiology. - 2019. - V. 27. - №. 12. - P. 9971010.

77. Derrien, M. The gut microbiota in the first decade of life / M. Derrien, A.S. Alvarez, W.M. de Vos // Trends in microbiology. - 2019. - V. 27. - №. 12. - P. 997-1010.

78. Desai, M.S. A dietary fiber-deprived gut microbiota degrades the colonic mucus barrier and enhances pathogen susceptibility / M.S. Desai, A.M. Seekatz, N.M. Koropatkin, N. Kamada, C.A. Hickey, M. Wolter, N.A. Pudlo, S. Kitamoto, N. Terrapon, A. Muller, V.B. Young, B. Henrissat, P. Wilmes, T.S. Stappenbeck, G. Nünez, E.C. Martens // Cell. - 2016. - V. 167. - №. 5. - P. 1339-1353. e21.

79. Di Cagno, R. Use of microparticulated whey protein concentrate, exopolysaccharide-producing Streptococcus thermophilus, and adjunct cultures for making low-fat Italian Caciotta-type cheese / R. Di Cagno, I. De Pasquale, M. De Angelis, S. Buchin, C.G. Rizzello, M. Gobbetti // Journal of Dairy Science. - 2014. - V. 97. - №. 1. - P. 72-84.

80. Ding, T. Dynamics and associations of microbial community types across the human body / T. Ding, P.D. Schloss // Nature. - 2014. - V. 509. - №. 7500. - P. 357-360.

81. Dizman, N. Randomized trial assessing impact of probiotic supplementation on gut microbiome and clinical outcome from targeted therapy in metastatic renal cell carcinoma / N. Dizman, J.A. Hsu, P.G. Bergerot, J.D. Gillece, M. Folkerts, L. Reining, J. Trent, S.K. Highlander, S.K. Pal // Cancer Medicine. - 2021. -V. 10. - №. 1. - P. 79-86.

82. Djekic, D. Effects of a vegetarian diet on cardiometabolic risk factors, gut microbiota, and plasma metabolome in subjects with ischemic heart disease: a randomized, crossover study / D. Djekic, L. Shi, H. Brolin, F. Carlsson, C. Särnqvist, O.

Savolainen, Y. Cao, F. Backhed, V. Tremaroli, R. Landberg, Ole Frebert // Journal of the american heart association. - 2020. - V. 9. - №. 18. - P. e016518.

83. Drago, L. Cultivable and pyrosequenced fecal microflora in centenarians and young subjects /L. Drago, M.Toscano, V. Rodighiero, E. De Vecchi, G. Mogna // Journal of clinical gastroenterology. - 2012. - V. 46. - P. S81-S84.

84. Duncan, S.H. Human colonic microbiota associated with diet, obesity and weight loss / S.H. Duncan, G.E. Lobley, G. Holtrop, J. Ince, A.M. Johnstone, P. Louis, H.J. Flint // International journal of obesity. - 2008. - V. 32. - №. 11. - P. 1720-1724.

85. Duranti, S. Bifidobacterium adolescentis as a key member of the human gut microbiota in the production of GABA / S. Duranti, L. Ruiz, G. Lugli, H. Tames, C. Milani, L. Mancabelli, W. Mancino, G. Longhi, L. Carnevali, A. Sgoifo, A. Margolles, M. Ventura, P. Ruas-Madiedo, F. Turroni // Scientific reports. - 2020. - V. 10. - №. 1. - P. 14112.

86. Ehrlich, S.D. MetaHIT: The European Union Project on metagenomics of the human intestinal tract / S.D. Ehrlich, MetaHIT Consortium // Metagenomics of the human body. - 2011. - P. 307-316.

87. Eleftheriou, D. Mediterranean diet and its components in relation to all-cause mortality: Meta-analysis /D. Eleftheriou, V. Benetou, A. Trichopoulou, C. La Vecchia, C. Bamia // British Journal of Nutrition. - 2018. - V. 120. - №. 10. - P. 10811097.

88. Elli, M. Survival of yogurt bacteria in the human gut / M. Elli, M. Luisa Callegari, S. Ferrari, E. Bessi, D. Cattivelli, S. Soldi, L. Morelli, N.G. Feuillerat, J.M. Antoine // Applied and environmental microbiology. - 2006. - V. 72. - №. 7. - P. 51135117.

89. Erol, A. Sex and gender-related differences in alcohol use and its consequences: Contemporary knowledge and future research considerations / A. Erol, V.M. Karpyak // Drug and alcohol dependence. - 2015. - V. 156. - P. 1-13.

90. Esposito, K. Effect of a Mediterranean-style diet on endothelial dysfunction and markers of vascular inflammation in the metabolic syndrome: a randomized trial / K. Esposito, R. Marfella, M. Ciotola, C. Di Palo, F. Giugliano, G.

Giugliano, M. D'Armiento, F. D'Andrea, D. Giugliano // Jama. - 2004. - V. 292. - №. 12. - P. 1440-1446.

91. Estruch, R. Primary prevention of cardiovascular disease with a Mediterranean diet supplemented with extra-virgin olive oil or nuts / R. Estruch, E. Ros, J. Salas-Salvadó, M.I. Covas, D. Corella, F. Arós, E. Gómez-Gracia, V. Ruiz-Gutiérrez, M. Fiol, J. Lapetra, R.M. Lamuela-Raventos, L. Serra-Majem // New England journal of medicine. - 2018. - V. 378. - №. 25. - P. e34.

92. Facchin, S. Short-Chain Fatty Acids and Human Health: From Metabolic Pathways to Current Therapeutic Implications / S. Facchin, L. Bertin, E. Bonazzi, G. Lorenzon, C. De Barba, B Barberio, F. Zingone, // Life. - 2024. - V. 14. - №. 5. - P. 559.

93. Faith, J.J. The long-term stability of the human gut microbiota / J.J. Faith, J.L. Guruge, M. Charbonneau, S. Subramanian, H. Seedorf, A.L. Goodman, J.C. Clemente, R. Knight, A.C. Heath, R.L. Leibel, M. Rosenbaum, J.I. Gordon // Science. -2013. - V. 341. - №. 6141. - P. 1237439.

94. Falony, G. Population-level analysis of gut microbiome variation /G. Falony, M. Joossens, S. Vieira-Silva, J. Wang, Y. Darzi, K. Faust, A. Kurilshikov, M.J. Bonder, M. Valles-Colomer, D. Vandeputte, R.Y. Tito, S. Chaffron, L. Rymenans, C. Verspecht, L.D. Sutter, G. Lima-Mendez, K. D'hoe, K. Jonckheere, D. Homola, R. Garcia, E.F. Tigchelaar, L. Eeckhaudt, J. Fu, L. Henckaerts, A. Zhernakova, C. Wijmenga, J. Raes // Science. - 2016. - V. 352. - №. 6285. - P. 560-564.

95. Fan, Y. Gut microbiota in human metabolic health and disease / Y. Fan, O. Pedersen // Nature Reviews Microbiology. - 2021. - V. 19. - №. 1. - P. 55-71.

96. Fassarella, M. Gut microbiome stability and resilience: elucidating the response to perturbations in order to modulate gut health / M. Fassarella, E.E. Blaak, J. Penders, A. Nauta, H. Smidt, E.G. Zoetendal // Gut. - 2021. - V. 70. - №. 3. - P. 595605.

97. Fernández-Navarro, T. Exploring the interactions between serum free fatty acids and fecal microbiota in obesity through a machine learning algorithm / T. Fernández-Navarro, I. Díaz, I. Gutiérrez-Díaz, J. Rodríguez-Carrio, A. Suárez, C.G. de

los Reyes-Gavilán, M. Gueimonde, N. Salazar, S. González // Food Research International. - 2019. - V. 121. - P. 533-541.

98. Ferrario, C. Modulation of fecal Clostridiales bacteria and butyrate by probiotic intervention with Lactobacillus paracasei DG varies among healthy adults /C. Ferrario, V. Taverniti, C. Milani, W. Fiore, M. Laureati, I. De Noni, M. Stuknyte, B. Chouaia, P. Riso, S. Guglielmetti // The Journal of nutrition. - 2014. - V. 144. - №. 11. - P. 1787-1796.

99. Finucane, M.M. A taxonomic signature of obesity in the microbiome? Getting to the guts of the matter / M.M. Finucane, T.J. Sharpton, T.J. Laurent, K.S. Pollard // PloS one. - 2014. - V. 9. - №. 1. - P. e84689.

100. Flores, G.E. Temporal variability is a personalized feature of the human microbiome / G.E. Flores, J.G. Caporaso, J.B. Henley, J.R. Rideout, D. Domogala, J. Chase, J.W. Leff, Y. Vázquez-Baeza, A. Gonzalez, R. Knight, R.R. Dunn, N. Fierer // Genome biology. - 2014. - V. 15. - P. 1-13.

101. Forslund, K. Country-specific antibiotic use practices impact the human gut resistome / K. Forslund, S. Sunagawa, J.R. Kultima, D.R. Mende, M. Arumugam, A. Typas, P. Bork // Genome research. - 2013. - V. 23. - №. 7. - P. 1163-1169.

102. Forslund, K. Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota / K. Forslund, F. Hildebrand, T. Nielsen, G. Falony, E. Le Chatelier, S.i Sunagawa, E. Prifti, S. Vieira-Silva, V. Gudmundsdottir, H.K. Pedersen, M. Arumugam, K. Kristiansen, A.Y. Voigt, H. Vestergaard, R. Hercog, P.I. Costea, J.R. Kultima, J. Li, T. J0rgensen, F. Levenez, J. Dore, H.B. Nielsen, S. Brunak, J. Raes, T. Hansen, J. Wang, S.D. Ehrlich, P. Bork, O. Pedersen // Nature. -2015. - V. 528. - №. 7581. - P. 262-266.

103. Frank, D.N. Molecular-phylogenetic characterization of microbial community imbalances in human inflammatory bowel diseases / D.N. Frank, A.L. St. Amand, R.A. Feldman, E.C. Boedeker, N. Harpaz, N.R. Pace // Proceedings of the national academy of sciences. - 2007. - T. 104. - №. 34. - C. 13780-13785.

104. Franzosa, E.A. Identifying personal microbiomes using metagenomic codes / E.A. Franzosa, K. Huang, J.F. Meadow, D. Gevers, K.P. Lemon, B.J.M.

Bohannan, C. Huttenhower // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2015. - V. 112. - №. 22. - P. E2930-E2938.

105. Freedberg, D.E. Proton pump inhibitors alter specific taxa in the human gastrointestinal microbiome: a crossover trial / D.E. Freedberg, N.C. Toussaint, S.P. Chen, A.J. Ratner, S. Whittier, T.C. Wang, H.H. Wang, J.A. Abrams // Gastroenterology. - 2015. - V. 149. - №. 4. - P. 883-885. e9.

106. Freedman, S.B. Multicenter trial of a combination probiotic for children with gastroenteritis /S.B. Freedman, S. Williamson-Urquhart, B.Sc.Kin., K.J. Farion, Serge Gouin, A.R. Willan, N. Poonai, K. Hurley, P.M. Sherman, Y. Finkelstein, B.E. Lee, X.L. Pang, L. Chui, D.Schnadower, J. Xie, M. Gorelick, S. Schuh // New England Journal of Medicine. - 2018. - V. 379. - №. 21. - P. 2015-2026.

107. Frolova, M.S. Genomic reconstruction of short-chain fatty acid production by the human gut microbiota / M.S. Frolova, I.A. Suvorova, S.N. Iablokov, S.N. Petrov, D.A. Rodionov //Frontiers in Molecular Biosciences. - 2022. - V. 9. - P. 949563.

108. Gantenbein, K.V. Mediterranean diet as an antioxidant: the impact on metabolic health and overall wellbeing / K.V. Gantenbein, C. Kanaka-Gantenbein // Nutrients. - 2021. - V. 13. - №. 6. - P. 1951.

109. Garcia-Albiach, R. Molecular analysis of yogurt containing Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus and Streptococcus thermophilus in human intestinal microbiota / R. Garcia-Albiach, M.J. Pozuelo de Felipe, S. Angulo, M.I. Morosini, D. Bravo, F. Baquero, R. del Campo // The American journal of clinical nutrition. - 2008. - V. 87. - №. 1. - P. 91-96.

110. Gomaa, E.Z. Human gut microbiota/microbiome in health and diseases: a review / E.Z. Gomaa // Antonie Van Leeuwenhoek. - 2020. - V. 113. - №. 12. - P. 2019-2040.

111. Gomez, A. Gut microbiome of coexisting BaAka pygmies and bantu reflects gradients of traditional subsistence patterns / A. Gomez, K.J. Petrzelkova, M.B. Burns, C.J. Yeoman, K.R. Amato, K. Vlckova, D. Modry, A. Todd, C.A. Jost Robinson, M.J. Remis, M.G. Torralba, E. Morton, J.D. Umana, F. Carbonero, H.R. Gaskins, K.E

Nelson, B.A. Wilson, R.M. Stumpf, B.A. White, S.R. Leigh, R.Blekhman // Cell reports. - 2016. - V. 14. - №. 9. - P. 2142-2153.

112. Goodrich, J.K. Genetic determinants of the gut microbiome in UK twins / J.K. Goodrich, E.R. Davenport, M. Beaumont, M.A. Jackson, R. Knight, C. Ober, T.D. Spector, J.T. Bell, A.G. Clark, R.E. Ley // Cell host & microbe. - 2016. - V. 19. - №. 5. - P. 731-743.

113. Goodrich, J.K. Human genetics shape the gut microbiome / J.K. Goodrich, J.L. Waters, A.C. Poole, J.L. Sutter, O. Koren, R. Blekhman, M. Beaumont, W.V. Treuren, R. Knight, J.T. Bell, T.D. Spector, A.G. Clark, R.E. Ley // Cell. - 2014. - V. 159. - №. 4. - P. 789-799.

114. Goralczyk-Binkowska, A. The microbiota-gut-brain Axis in psychiatric disorders / A. Goralczyk-Binkowska, D. Szmajda-Krygier, E. Kozlowska // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - V. 23. - №. 19. - P. 11245.

115. Graham, M. High rates of fecal carriage of nonenterococcal vanB in both children and adults / M. Graham, S.A. Ballard, E.A. Grabsch, P.D.R. Johnson, M.L. Grayson // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2008. - V. 52. - №. 3. - P. 11951197.

116. Guasch-Ferre, M. Dietary polyphenols, Mediterranean diet, prediabetes, and type 2 diabetes: a narrative review of the evidence / M. Guasch-Ferre, J. Merino, Q. Sun, M. Fito, J. Salas-Salvado // Oxidative medicine and cellular longevity. - 2017. -V. 2017.

117. Guo, Y. Long-term use of ceftriaxone sodium induced changes in gut microbiota and immune system / Y. Guo, X. Yang, Y. Qi, S. Wen, Y. Liu, S. Tang, R. Huang, L. Tang // Scientific Reports. - 2017. - V. 7. - №. 1. - P. 43035.

118. Gupta, V.K. Geography, ethnicity or subsistence-specific variations in human microbiome composition and diversity / V.K. Gupta, S. Paul, C. Dutta // Frontiers in microbiology. - 2017. - V. 8. - P. 1162.

119. Haiser, H. J. Predicting and manipulating cardiac drug inactivation by the human gut bacterium Eggerthella lenta / H.J. Haiser, D.B. Gootenberg, K. Chatman, G.

Sirasani, E.P. Balskus, P.J. Turnbaugh // Science. - 2013. - V. 341. - №. 6143. - P. 295-298.

120. Hall, A.B. Human genetic variation and the gut microbiome in disease /A.B. Hall, A.C. Tolonen, R.J. Xavier // Nature Reviews Genetics. - 2017. - V. 18. -№. 11. - P. 690-699.

121. Hao, W.Z. A review of antibiotics, depression, and the gut microbiome / W.Z. Hao, X.J. Li, P.W. Zhang, J.X. Chen // Psychiatry Research. - 2020. - V. 284. -P. 112691.

122. Hempel, S. Probiotics for the prevention and treatment of antibiotic-associated diarrhea: a systematic review and meta-analysis / S. Hempel, S.J. Newberry, A.R. Maher, Z. Wang, J.N.V. Miles, R. Shanman, B. Johnsen, P.G. Shekelle // Jama. -2012. - V. 307. - №. 18. - P. 1959-1969.

123. Hendriksen, R.S. Global monitoring of antimicrobial resistance based on metagenomics analyses of urban sewage / R.S. Hendriksen, P. Munk, P. Njage, B. Van Bunnik, L. McNally, O. Lukjancenko, T. Röder, D. Nieuwenhuijse, S.K. Pedersen, J. Kjeldgaard, R.S. Kaas, P. T. L.C.Clausen, J.K. Vogt, P. Leekitcharoenphon, M.G.M. van de Schans, T. Zuidema, A.M. de R. Husman, S. Rasmussen, B. Petersen, C. Amid, G. Cochrane, T. Sicheritz-Ponten, H. Schmitt, J.R.M. Alvarez, A. Aidara-Kane, S.J. Pamp, O. Lund, T. Hald, M. Woolhouse, M.P. Koopmans, H. Vigre, T.N. Petersen, F.M. Aarestrup // Nature communications. - 2019. - V. 10. - №. 1. - P. 1124.

124. Hernández-Quiroz, F. Influence of moderate beer consumption on human gut microbiota and its impact on fasting glucose and ß-cell function / F. Hernández-Quiroz, K. Nirmalkar, L.E. Villalobos-Flores, S. Murugesan, Y. Cruz-Narváez, E. Rico-Arzate, C. Hoyo-Vadillo, A. Chavez-Carbajal, M.L. Pizano-Zárate, J. García-Mena // Alcohol. - 2020. - V. 85. - P. 77-94.

125. Hills, R.D. Gut microbiome: profound implications for diet and disease / R.D. Hills, B.A. Pontefract, H.R. Mishcon, C.A. Black, S.C. Sutton, R. Theberge // Nutrients. - 2019. - V. 11. - №. 7. - P. 1613.

126. Holling, C.S. Resilience and stability of ecological systems / C.S. Holling // Annual review of ecology and systematics. - 1973. - V. 4. - №. 1. - P. 1-23.

127. Hollister, E.B. Structure and function of the healthy pre-adolescent pediatric gut microbiome / E.B. Hollister, K. Riehle, R.A. Luna, E.M. Weidler, M. Rubio-Gonzales, T.A. Mistretta, S. Raza, H.V. Doddapaneni, G.A. Metcalf, D.M. Muzny, R.A. Gibbs, J.F. Petrosino, R.J. Shulman, J. Versalovic // Microbiome. - 2015. - V. 3. - №. 1. - P. 1-13.

128. Holmes, I. Dirichlet multinomial mixtures: generative models for microbial metagenomics / I. Holmes, K. Harris, C. Quince // PloS one. - 2012. - V. 7. -№. 2. - P. e30126.

129. Howden, B.P. Genomic insights to control the emergence of vancomycin-resistant enterococc / B.P. Howden, K.E. Holt, M.M.C. Lam, T. Seemann, S. Ballard, G.W. Coombs, S.Y.C. Tong, M.L. Grayson, P.D.R. Johnson, T.P. Stinear // MBio. -2013. - V. 4. - №. 4. - P. 10.1128/mbio. 00412-13.

130. Hric, I. The efficacy of short-term weight loss programs and consumption of natural probiotic bryndza cheese on gut microbiota composition in women / I. Hric, S. Ugrayova, A. Penesova, Z. Radikova, L. Kubanova, S. Sardzikova, E. Baranovicova, L. Klucar, G. Beke, M. Grendar, M. Kolisek, K. Soltys, V. Bielik // Nutrients. - 2021. -V. 13. - №. 6. - P. 1753.

131. Hu, Y. Metagenome-wide analysis of antibiotic resistance genes in a large cohort of human gut microbiota / Y. Hu, X.I. Yang, J. Qin, N. Lu, G. Cheng, N. Wu, Y. Pan, J. Li, L. Zhu, X. Wang, Z. Meng, F. Zhao, D. Liu, J. Ma, N. Qin, C. Xiang, Y. Xiao, L. Li, H. Yang, J. Wang, R. Yang, G.F. Gao, J. Wang, B. Zhu // Nature communications. - 2013. - V. 4. - №. 1. - P. 2151.

132. Hughes, R.L. A review of the role of the gut microbiome in personalized sports nutrition / R.L. Hughes // Frontiers in nutrition. - 2020. - V. 6. - P. 191.

133. Hutchings, M.I. Antibiotics: past, present and future / M.I. Hutchings, A.W. Truman, B. Wilkinson // Current opinion in microbiology. - 2019. - V. 51. - P. 72-80.

134. Illiano, P. The mutual interplay of gut microbiota, diet and human disease / P. Illiano, R. Brambilla, C. Parolini // The FEBS journal. - 2020. - V. 287. - №. 5. - P. 833-855.

135. Imhann, F. Proton pump inhibitors affect the gut microbiome / F. Imhann, M.J. Bonder, A. Vich Vila, J. Fu, Z. Mujagic, L. Vork, E.F. Tigchelaar, S.A. Jankipersadsing, M.C. Cenit, H.J.M. Harmsen, G. Dijkstra, L. Franke, R.J. Xavier, D. Jonkers, C. Wijmenga, R.K. Weersma, A. Zhernakova // Gut. - 2016. - V. 65. - №. 5. -P. 740-748.

136. Imhann, F. The influence of proton pump inhibitors and other commonly used medication on the gut microbiota / F. Imhann, A. Vich Vila, M. Jan Bonder, A.G. Lopez Manosalva, D.P.Y. Koonen, J. Fu, C. Wijmenga, A. Zhernakova, R.K. Weersma // Gut microbes. - 2017. - V. 8. - №. 4. - P. 351-358.

137. Jackson, M.A. Gut microbiota associations with common diseases and prescription medications in a population-based cohort / M.A. Jackson, S. Verdi, M.E. Maxan, C. M. Shin, J. Zierer, R.C.E. Bowyer, T. Martin, F.M.K. Williams, C. Menni, J.T. Bell, T.D. Spector, C.J. Steves // Nature communications. - 2018. - V. 9. - №. 1. -P. 2655.

138. Jackson, M.A. Proton pump inhibitors alter the composition of the gut microbiota /M.A. Jackson, J.K. Goodrich, M.E. Maxan, D.E. Freedberg, J.A. Abrams, A.C. Poole, J.L. Sutter, D. Welter, R.E. Ley, J.T. Bell, T.D. Spector, C.J. Steves // Gut.

- 2016. - V. 65. - №. 5. - P. 749-756.

139. Jafarnejad, S. Probiotics Reduce the Risk of Antibiotic- Associated Diarrhea in Adults (18-64 Years) but Not the Elderly (> 65 Years) A Meta- Analysis / S. Jafarnejad, S. Shab- Bidar, J.R. Speakman, K. Parastui, M. Daneshi- Maskooni, K. Djafarian // Nutrition in Clinical Practice. - 2016. - V. 31. - №. 4. - P. 502-513.

140. Jakobsson, H.E. Short-term antibiotic treatment has differing long-term impacts on the human throat and gut microbiome / H.E. Jakobsson, C. Jernberg, A.F. Andersson, M. Sjölund-Karlsson, J.K. Jansson, L. Engstrand // PloS one. - 2010. - V. 5.

- №. 3. - P. e9836.

141. Jandhyala, S.M. Role of the normal gut microbiota /S.M. Jandhyala, R. Talukdar, C. Subramanyam, H. Vuyyuru, M. Sasikala, D.N. Reddy // World journal of gastroenterology: WJG. - 2015. - V. 21. - №. 29. - P. 8787.

142. Jethwani, P. Gut microbiota in health and diseases—a review / P. Jethwani, K. Grover // Int. J. Curr. Microbiol. Appl. Sci. - 2019. - V. 8. - P. 1586-1599.

143. Jiang, Z. Dietary fruit and vegetable intake, gut microbiota, and type 2 diabetes: results from two large human cohort studies / Z. Jiang, T. Sun, Y. He, W. Gou, L. Zuo, Y. Fu, Z. Miao, M. Shuai, F. Xu, C. Xiao, Y. Liang, J. Wang, Y. Xu, L. Jing, W. Ling, H. Zhou, Y. Chen, J.S. Zheng // BMC medicine. - 2020. - V. 18. - №. 1. - P. 1-11.

144. Johnston, B.C. Probiotics for the prevention of pediatric antibiotic-associated diarrhea / B.C. Johnston, J.Z. Goldenberg, P.O. Vandvik, X.Sun, G.H. Guyatt // Cochrane Database of Systematic Reviews. - 2011. - №. 11.

145. Jones-Nelson, O. Antibacterial monoclonal antibodies do not disrupt the intestinal microbiome or its function / O. Jones-Nelson, A. Tovchigrechko, M.S. Glover, F. Fernandes, U. Rangaswamy, H. Liu, D.E. Tabor, J. Boyd, P. Warrener, J. Martinez, J.J. Hilliard, C.K. Stover, W. Yu, G. DAngelo, S. Hess, T.S. Cohen, B.R. Sellman // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2020. - V. 64. - №. 5. - P. 10.1128/aac. 02347-19.

146. Karakan, T. Gut-brain-microbiota axis: Antibiotics and functional gastrointestinal disorders / T. Karakan, C. Ozkul, E.K. Akkol, S. Bilici, E. Sobarzo-Sanchez, R. Capasso // Nutrients. - 2021. - V. 13. - №. 2. - P. 389.

147. Katz, D.L. Can we say what diet is best for health? / D.L. Katz, S. Meller // Annual review of public health. - 2014. - V. 35. - P. 83-103.

148. Kazemi, A. Effect of probiotic and prebiotic vs placebo on psychological outcomes in patients with major depressive disorder: A randomized clinical trial / A. Kazemi, A.A. Noorbala, K. Azam, M.H. Eskandari, K. Djafarian // Clinical Nutrition. -2019. - V. 38. - №. 2. - P. 522-528.

149. Kho, Z.Y. The human gut microbiome-a potential controller of wellness and disease / Z.Y. Kho, S.K. Lal // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. - P. 1835.

150. Kim, S.K. Role of probiotics in human gut microbiome-associated diseases / S.-K. Kim, R.B. Guevarra, Y.-T. Kim, J. Kwon, H. Kim, J.H. Cho, H.B. Kim, J.-H. Lee // Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2019. - T. 29(9). - P. 1335-1340.

151. Klinder, A. Impact of increasing fruit and vegetables and flavonoid intake on the human gut microbiota / A. Klinder, Q. Shen, S. Heppel, J.A. Lovegrove, I. Rowland, K.M. Tuohy // Food & function. - 2016. - V. 7. - №. 4. - P. 1788-1796.

152. Knights, D. Rethinking "enterotypes" / D. Knights, T.L. Ward, C.E. McKinlay, H. Miller, A. Gonzalez, D. McDonald, R. Knight // Cell host & microbe. -2014. - V. 16. - №. 4. - P. 433-437.

153. Koh, A. From dietary fiber to host physiology: short-chain fatty acids as key bacterial metabolites/ A. Koh, F.D. Vadder, P. Kovatcheva-Datchary, F. Bäckhed // Cell. - 2016. - V. 165. - №. 6. - P. 1332-1345.

154. Koliada, A. Seasonal variation in gut microbiota composition: cross-sectional evidence from Ukrainian population / A. Koliada, V. Moseiko, M. Romanenko, L. Piven, O. Lushchak, N. Kryzhanovska, V. Guryanov, A. Vaiserman // BMC microbiology. - 2020. - V. 20. - P. 1-9.

155. Kolodziejczyk, A.A. Diet-microbiota interactions and personalized nutrition / A.A. Kolodziejczyk, D. Zheng, E. Elinav // Nature Reviews Microbiology. -2019. - V. 17. - №. 12. - P. 742-753.

156. Koloverou, E. Adherence to Mediterranean diet and 10- year incidence (2002-2012) of diabetes: correlations with inflammatory and oxidative stress biomarkers in the ATTICA cohort study / E. Koloverou, D. B. Panagiotakos, C. Pitsavos, C. Chrysohoou, E.N. Georgousopoulou, A. Grekas, A. Christou, M. Chatzigeorgiou, I. Skoumas, D. Tousoulis, C. Stefanadis // Diabetes/metabolism research and reviews. - 2016. - V. 32. - №. 1. - P. 73-81.

157. Kopp, W. How western diet and lifestyle drive the pandemic of obesity and civilization diseases / W. Kopp // Diabetes, metabolic syndrome and obesity: targets and therapy. - 2019. - P. 2221-2236.

158. Krishnan, S. Pathways and functions of gut microbiota metabolism impacting host physiology / S. Krishnan, N. Alden, K. Lee // Current opinion in biotechnology. - 2015. - V. 36. - P. 137-145.

159. Kurilshikov, A. Host genetics and gut microbiome: challenges and perspectives / A. Kurilshikov, C. Wijmenga, J. Fu, A. Zhernakova // Trends in immunology. - 2017. - V. 38. - №. 9. - P. 633-647.

160. Lagier, J.C. The rebirth of culture in microbiology through the example of culturomics to study human gut microbiota / J.C. Lagier, P. Hugon, S. Khelaifia, P.E. Fournier, B. La Scola, D. Raoult // Clinical microbiology reviews. - 2015. - V. 28. - №. 1. - P. 237-264.

161. Lahti, L. Associations between the human intestinal microbiota, Lactobacillus rhamnosus GG and serum lipids indicated by integrated analysis of high-throughput profiling data / L. Lahti, A. Salonen, R.A. Kekkonen, J. Salojärvi, J.Jalanka-Tuovinen, A. Palva, M. Oresic, W.M. de Vos // PeerJ. - 2013. - V. 1. - P. e32.

162. Langmead, B. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 / B. Langmead, S.L. Salzberg // Nature methods. - 2012. - V. 9. - №. 4. - P. 357-359.

163. Larsson, D.G.J. Antibiotic resistance in the environment / D.G.J. Larsson, C.F. Flach // Nature Reviews Microbiology. - 2022. - V. 20. - №. 5. - P. 257-269.

164. Laursen, M.F. Infant gut microbiota development is driven by transition to family foods independent of maternal obesity / M.F. Laursen, L.B.B. Andersen, K.F. Michaelsen, C. M0lgaard, E. Trolle, M.I. Bahl, T.R. Licht // Msphere. - 2016. - V. 1. -№. 1. - P. 10.1128.

165. Le Poul, E. Functional characterization of human receptors for short chain fatty acids and their role in polymorphonuclear cell activation / E. Le Poul, C. Loison, S. Struyf, J.-Y. Springael, V.Lannoy, M.-E. Decobecq, S. Brezillon, V. Dupriez, G. Vassart, J.V. Damme, M. Parmentier, M. Detheux //Journal of Biological Chemistry. -2003. - V. 278. - №. 28. - P. 25481-25489.

166. Lee, D.K. Anti-proliferative effects of Bifidobacterium adolescentis SPM0212 extract on human colon cancer cell lines / D.K. Lee, S. Jang, M.J. Kim, J.H. Kim, M.J. Chung, K.J. Kim, N.J. Ha // BMC cancer. - 2008. - V. 8. - №. 1. - P. 1-8.

167. Leeming, E.R. Effect of diet on the gut microbiota: rethinking intervention duration / E.R. Leeming, A.J. Johnson, T.D. Spector, C.I. Le Roy // Nutrients. - 2019. -V. 11. - №. 12. - P. 2862.

168. Lehrer, R.I. a- Defensins in human innate immunity / R.I. Lehrer, W. Lu // Immunological reviews. - 2012. - V. 245. - №. 1. - P. 84-112.

169. Lew, L.C. Probiotic Lactobacillus plantarum P8 alleviated stress and anxiety while enhancing memory and cognition in stressed adults: A randomised, double-blind, placebo-controlled study / L.C. Lew, Y.Y. Hor, N.A.A. Yusoff, S.B. Choi, M.S.B. Yusoff, N.S. Roslan, A. Ahmad, J.A. M Mohammad, M.F.I.L. Abdullah, N. Zakaria, N. Wahid, Z. Sun, L.Y. Kwok, H. Zhang, M.T. Liong // Clinical Nutrition. -2019. - V. 38. - №. 5. - P. 2053-2064.

170. Li, R. Effects of oral florfenicol and azithromycin on gut microbiota and adipogenesis in mice / R. Li, H. Wang, Q. Shi, N. Wang, Z. Zhang, C. Xiong, J. Liu, Y. Chen, L. Jiang, Q. Jiang // PloS one. - 2017. - V. 12. - №. 7. - P. e0181690.

171. Li, X.S. Gut microbiota-dependent trimethylamine N-oxide in acute coronary syndromes: a prognostic marker for incident cardiovascular events beyond traditional risk factors / X.S. Li, S. Obeid, R. Klingenberg, B. Gencer, F. Mach, L. Räber, S. Windecker, N. Rodondi, D. Nanchen, O. Muller, M.X. Miranda, C.M. Matter, Y. Wu, L. Li, Z. Wang, H.S. Alamri, V. Gogonea, Y.M. Chung, W.H.W. Tang, S.L. Hazen, T.F. Lüscher // European heart journal. - 2017. - V. 38. - №. 11. - P. 814-824.

172. Liao, Y. featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features / Y. Liao, G.K. Smyth, W. Shi // Bioinformatics. -2014. - V. 30. - №. 7. - P. 923-930.

173. Ling, Z. Gut microbiota and aging / Z. Ling, X. Liu, Y. Cheng, X. Yan, S. Wu // Critical reviews in food science and nutrition. - 2022. - V. 62. - №. 13. - P. 3509-3534.

174. Liu, A. Adjunctive probiotics alleviates asthmatic symptoms via modulating the gut microbiome and serum metabolome / A. Liu, T. Ma, N. Xu, H. Jin, F. Zhao, L.-Y. Kwok, H. Zhang, S. Zhang, Zh. Sun // Microbiology spectrum. - 2021. -V. 9. - №. 2. - P. e00859-21.

175. Liu, S. The host shapes the gut microbiota via fecal microRNA / S. Liu, A.P. da Cunha, R.M. Rezende, R. Cialic, Z. Wei, L. Bry, L.E. Comstock, R. Gandhi, H.L. Weiner // Cell host & microbe. - 2016. - V. 19. - №. 1. - P. 32-43.

176. Lloyd-Price, J. Multi-omics of the gut microbial ecosystem in inflammatory bowel diseases / J. Lloyd-Price, C. Arze, A.N. Ananthakrishnan, M. Schirmer, J. Avila-Pacheco, T.W. Poon, E. Andrews, N.J. Ajami, K.S. Bonham, C.J. Brislawn, D. Casero, H. Courtney, A. Gonzalez, T.G. Graeber, A.B. Hall, K. Lake, C.J. Landers, H. Mallick, D.R. Plichta, M. Prasad, G. Rahnavard, J. Sauk, D. Shungin, Y. Vazquez-Baeza, R.A. White III, J. Braun, L.A. Denson, J.K. Jansson, R. Knight, S. Kugathasan, D.P.B. McGovern, J.F. Petrosino, T.S. Stappenbeck, H.S. Winter, C.B. Clish, E.A. Franzosa, H. Vlamakis, R.J. Xavier, C. Huttenhower // Nature. - 2019. - V. 569. - №. 7758. - P. 655-662.

177. Lopetuso, L.R. Commensal Clostridia: leading players in the maintenance of gut homeostasis / L.R. Lopetuso, F. Scaldaferri, V. Petito, A. Gasbarrini // Gut pathogens. - 2013. - V. 5. - P. 1-8.

178. Losurdo, G. Escherichia coli Nissle 1917 in ulcerative colitis treatment: systematic review and meta-analysis / G. Losurdo, A. Iannone, A. Contaldo, E. Ierardi, A. Di Leo, M. Principi // J Gastrointestin Liver Dis. - 2015. - V. 24. - №. 4. - P. 499505.

179. Lozupone, C.A. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota / C.A. Lozupone, J.I. Stombaugh, J.I. Gordon, J.K. Jansson, R. Knight // Nature. - 2012. - V. 489. - №. 7415. - P. 220-230.

180. MacGowan, A. Antibiotic resistance / A. MacGowan, E. Macnaughton // Medicine. - 2017. - V. 45. - №. 10. - P. 622-628.

181. Machado, A.M.D. Human intestinal cells modulate conjugational transfer of multidrug resistance plasmids between clinical Escherichia coli isolates / A.M.D. Machado, M.O.A. Sommer // PLoS One. - 2014. - V. 9. - №. 6. - P. e100739.

182. Machiels, K.A. decrease of the butyrate-producing species Roseburia hominis and Faecalibacterium prausnitzii defines dysbiosis in patients with ulcerative colitis / K. Machiels, M. Joossens, J. Sabino, V.D. Preter, I. Arijs, V. Eeckhaut, V. Ballet, K. Claes, F.V. Immerseel, K. Verbeke, M. Ferrante, J. Verhaegen, P. Rutgeerts, S. Vermeire // Gut. - 2014. - V. 63. - №. 8. - P. 1275-1283.

183. Magne, F. The firmicutes/bacteroidetes ratio: a relevant marker of gut dysbiosis in obese patients? / F. Magne, M. Gotteland, L. Gauthier, A. Zazueta, S. Pesoa, P. Navarrete, R. Balamurugan // Nutrients. - 2020. - V. 12. - №. 5. - P. 1474.

184. Maier, L. Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria / L. Maier, M. Pruteanu, M. Kuhn, G. Zeller, A. Telzerow, E.E. Anderson, A.R. Brochado, K.C. Fernandez, H. Dose, H. Mori, K.R. Patil, P. Bork, A. Typas // Nature. -2018. - V. 555. - №. 7698. - P. 623-628.

185. Maldonado-Gomez, M.X. Stable engraftment of Bifidobacterium longum AH1206 in the human gut depends on individualized features of the resident microbiome / M.X. Maldonado-Gomez, I. Martinez, F. Bottacini, A. O'Callaghan, M. Ventura, D. van Sinderen, B. Hillmann, P. Vangay, D. Knights, R.W. Hutkins, J. Walter // Cell host & microbe. - 2016. - V. 20. - №. 4. - P. 515-526.

186. Malesza, I.J. High-fat, western-style diet, systemic inflammation, and gut microbiota: a narrative review / I.J. Malesza, M. Malesza, J. Walkowiak, N. Mussin, D. Walkowiak, R. Aringazina, J. Bartkowiak-Wieczorek, E. M^dry // Cells. - 2021. - V. 10. - №. 11. - P. 3164.

187. Mamieva, Z. Antibiotics, gut microbiota, and irritable bowel syndrome: What are the relations? / Z. Mamieva, E. Poluektova, V. Svistushkin, V. Sobolev, O. Shifrin, F. Guarner, V. Ivashkin // World Journal of Gastroenterology. - 2022. - V. 28. - №. 12. - P. 1204.

188. Marchesi, J.R. The gut microbiota and host health: a new clinical frontier / J.R. Marchesi, D.H. Adams, F. Fava, G.D.A. Hermes, G.M. Hirschfield, G. Hold, M.N. Quraishi, J. Kinross, H. Smidt, K.M. Tuohy, L.V. Thomas, E.G. Zoetendal, A. Hart // Gut. - 2016. - V. 65. - №. 2. - P. 330-339.

189. Markelova, M. Association between taxonomic composition of gut microbiota and host single nucleotide polymorphisms in Crohn's disease patients from Russia / M. Markelova, A. Senina, D. Khusnutdinova, M. Siniagina, E. Kupriyanova, G. Shakirova, A. Odintsova, R. Abdulkhakov, I. Kolesnikova, O. Shagaleeva, S. Lyamina, S. Abdulkhakov, N. Zakharzhevskaya, T. Grigoryeva // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - V.24. №9. - P. 7998.

190. Markowiak-Kopec, P. The effect of probiotics on the production of short-chain fatty acids by human intestinal microbiome / P. Markowiak-Kopec, K. Slizewska //Nutrients. - 2020. - V. 12. - №. 4. - P. 1107.

191. Matenchuk, B.A. Sleep, circadian rhythm, and gut microbiota / B.A. Matenchuk, P.J. Mandhane, A.L. Kozyrskyj // Sleep Medicine Reviews. - 2020. - V. 53. - P. 101340.

192. Mater, D.D.G. Streptococcus thermophilus and Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus survive gastrointestinal transit of healthy volunteers consuming yogurt / D.D.G Mater, L. Bretigny, O. Firmesse, M.J. Flores, A. Mogenet, J.L. Bresson, G. Corthier // FEMS Microbiology Letters. - 2005. - V. 250. - №. 2. - P. 185-187.

193. Maurice, C.F. Xenobiotics shape the physiology and gene expression of the active human gut microbiome / C.F. Maurice, H.J. Haiser, P.J. Turnbaugh // Cell. -2013. - V. 152. - №. 1. - P. 39-50.

194. McBurney, M.I. Establishing what constitutes a healthy human gut microbiome: state of the science, regulatory considerations, and future directions / M.I. McBurney, C. Davis, C.M. Fraser, B.O. Schneeman // The Journal of nutrition. - 2019. - V. 149. - №. 11. - P. 1882-1895.

195. McInnes, R.S. Horizontal transfer of antibiotic resistance genes in the human gut microbiome / R.S. Mclnnes, G.E. McCallum, L.E. Lamberte, W. van Schaik // Current opinion in microbiology. - 2020. - V. 53. - P. 35-43.

196. Mehta, R.S. Stability of the human faecal microbiome in a cohort of adult men / R.S. Mehta, G.S. Abu-Ali, D.A. Drew, J. Lloyd-Price, A. Subramanian, P. Lochhead, A.D. Joshi, K.L. Ivey, H. Khalili, G.T. Brown, C. DuLong, M. Song, L.H. Nguyen, H. Mallick, E.B. Rimm, J. Izard, C. Huttenhower, A.T. Chan // Nature microbiology. - 2018. - V. 3. - №. 3. - P. 347-355.

197. Mei, Z. The role of probiotics in vaginal health / Z. Mei, D. Li // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2022. - V. 12. - P. 963868.

198. Menni, C. Heritability analyses show visit-to-visit blood pressure variability reflects different pathological phenotypes in younger and older adults: evidence from UK twins / C. Menni, M. Mangino, F. Zhang, G. Clement, H. Snieder, S.

Padmanabhan, T.D. Spector // Journal of hypertension. - 2013. - V. 31. - №. 12. - P. 2356-2361.

199. Merenstein, D. Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 protects against antibiotic-induced functional and compositional changes in human fecal microbiome / D. Merenstein, C.M. Fraser, R.F. Roberts, T. Liu, S. Grant-Beurmann, T.P. Tan, K.H. Smith, T. Cronin, O.A. Martin, M.E. Sanders, S.C. Lucan, M.A. Kane // Nutrients. - 2021. - V. 13. - №. 8. - P. 2814.

200. Meslier, V. Mediterranean diet intervention in overweight and obese subjects lowers plasma cholesterol and causes changes in the gut microbiome and metabolome independently of energy intake / V. Meslier, M. Laiola, H.M. Roager, F. De Filippis, H. Roume, B. Quinquis, R. Giacco, I. Mennella, R. Ferracane, N. Pons, E. Pasolli, A. Rivellese, L.O. Dragsted, P. Vitaglione, S.D. Ehrlich, D. Ercolini // Gut. -2020. - V. 69. - №. 7. - P. 1258-1268.

201. Meslier, V. Mediterranean diet intervention in overweight and obese subjects lowers plasma cholesterol and causes changes in the gut microbiome and metabolome independently of energy intake / V. Meslier, M. Laiola, H.M. Roager, F. De Filippis, H. Roume, B. Quinquis, R. Giacco, I. Mennella, R. Ferracane, N. Pons, E. Pasolli, A. Rivellese, L.O. Dragsted, P. Vitaglione, S.D. Ehrlich, D. Ercolini // Gut. -2020. - V. 69. - №. 7. - P. 1258-1268.

202. Million, M. Correlation between body mass index and gut concentrations of Lactobacillus reuteri, Bifidobacterium animalis, Methanobrevibacter smithii and Escherichia coli / M. Million, E. Angelakis, M. Maraninchi, M. Henry, R. Giorgi, R. Valero, B. Vialettes, D. Raoult // International journal of obesity. - 2013. - V. 37. - №. 11. - P. 1460-1466.

203. Mitsou, E.K. Adherence to the Mediterranean diet is associated with the gut microbiota pattern and gastrointestinal characteristics in an adult population / E.K. Mitsou, A. Kakali, S. Antonopoulou, K.C. Mountzouris, M. Yannakoulia, D.B. Panagiotakos, A. Kyriacou // British Journal of Nutrition. - 2017. - V. 117. - №. 12. -P. 1645-1655.

204. Modi, S.R. Antibiotic treatment expands the resistance reservoir and ecological network of the phage metagenome / S.R Modi, H.H. Lee, C.S. Spina, J.J. Collins // Nature. - 2013. - V. 499. - №. 7457. - P. 219-222.

205. Molstad, S. Lessons learnt during 20 years of the Swedish strategic programme against antibiotic resistance / S. Molstad, S. Lofmark, K. Carlin, M. Erntell, O. Aspevall, L. Blad, H. Hanberger, K. Hedin, J. Hellman, C. Norman, G. Skoog, C. Stalsby-Lundborg, K. Tegmark Wisell, C. Ahren, O. Cars // Bulletin of the World Health Organization. - 2017. - V. 95. - №. 11. - P. 764-773.

206. Moore, A.M. Pediatric fecal microbiota harbor diverse and novel antibiotic resistance genes / A.M. Moore, S. Patel, K.J. Forsberg, B. Wang, G. Bentley, Y. Razia, X. Qin, P.I. Tarr, G. Dantas // PloS one. - 2013. - V. 8. - №. 11. - P. e78822.

207. Morais, L.H. The gut microbiota-brain axis in behaviour and brain disorders / L.H. Morais, H.L. Schreiber IV, S.K. Mazmanian // Nature Reviews Microbiology. - 2021. - V. 19. - №. 4. - P. 241-255.

208. Moreno-Indias, I. Beneficios de los polifenoles contenidos en la cerveza sobre la microbiota intestinal / I. Moreno-Indias // Nutrición Hospitalaria. - 2017. - V. 34. - p. 41-44.

209. Morita, E. Aerobic exercise training with brisk walking increases intestinal bacteroides in healthy elderly women / E. Morita, H. Yokoyama, D. Imai, R. Takeda, A. Ota, E. Kawai, T. Hisada, M. Emoto, Y. Suzuki, K. Okazaki // Nutrients. - 2019. - V. 11. - №. 4. - P. 868.

210. Morris, E.K. Choosing and using diversity indices: insights for ecological applications from the German Biodiversity Exploratories /E.K. Morris, T. Caruso, F. Buscot, M. Fischer, C. Hancock, T.S. Maier, T. Meiners, C. Müller, E. Obermaier, D. Prati, S.A. Socher, I. Sonnemann, N. Wäschke, T. Wubet, S. Wurst, M.C. Rillig // Ecology and evolution. - 2014. - V. 4. - №. 18. - P. 3514-3524.

211. Morrison, D.J. Formation of short chain fatty acids by the gut microbiota and their impact on human metabolism / D.J. Morrison, T. Preston // Gut microbes. -2016. - V. 7. - №. 3. - P. 189-200.

212. Mozaffarian, D. Changes in diet and lifestyle and long-term weight gain in women and men / D. Mozaffarian, T. Hao, E.B. Rimm, W.C. Willett, F.B. Hu // New England journal of medicine. - 2011. - V. 364. - №. 25. - P. 2392-2404.

213. Mu, C. Antibiotic effects on gut microbiota, metabolism, and beyond / C. Mu, W. Zhu // Applied microbiology and biotechnology. - 2019. - V. 103. - P. 92779285.

214. Mutlu, E.A. Colonic microbiome is altered in alcoholism / E.A. Mutlu, P.M. Gillevet, H. Rangwala, M. Sikaroodi, A. Naqvi, P.A. Engen, M. Kwasny, C.K. Lau, A. Keshavarzian // American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. - 2012. - V. 302. - №. 9. - P. G966-G978.

215. Myles, I.A. Fast food fever: reviewing the impacts of the Western diet on immunity / I.A. Myles // Nutrition journal. - 2014. - V. 13. - №. 1. - P. 1-17.

216. Neuman, H. Microbial endocrinology: the interplay between the microbiota and the endocrine system / H. Neuman, J.W. Debelius, R. Knight, O. Koren // FEMS microbiology reviews. - 2015. - V. 39. - №. 4. - P. 509-521.

217. Ni, J. Gut microbiota and IBD: causation or correlation? / J. Ni, G.D. Wu, L. Albenberg, V.T. Tomov // Nature reviews Gastroenterology & hepatology. - 2017. -V. 14. - №. 10. - P. 573-584.

218. Nicolaou, K.C. A brief history of antibiotics and select advances in their synthesis / K.C. Nicolaou, S. Rigol // The Journal of antibiotics. - 2018. - V. 71. - №. 2. - P. 153-184.

219. Nilsson, N.E. Identification of a free fatty acid receptor, FFA2R, expressed on leukocytes and activated by short-chain fatty acids / N.E. Nilsson, K. Kotarsky, Ch. Owman, B. Olde // Biochemical and biophysical research communications. - 2003. - V. 303. - №. 4. - P. 1047-1052.

220. Nogacka, A.M. Early microbiota, antibiotics and health / A.M. Nogacka, N. Salazar, S. Arboleya, M. Suárez, N. Fernández, G. Solís, C.G. de los Reyes-Gavilán, M. Gueimonde // Cellular and molecular life sciences. - 2018. - V. 75. - P. 83-91.

221. Nordgárd, L. An investigation of horizontal transfer of feed introduced DNA to the aerobic microbiota of the gastrointestinal tract of rats // BMC research notes. - 2012. - V. 5. - P. 1-11.

222. Nurk, S. metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler / S. Nurk, D. Meleshko, A. Korobeynikov, P.A. Pevzner // Genome research. - 2017. - V. 27. -№. 5. - P. 824-834.

223. O'Toole, P.W. Gut microbiota and aging / P.W. O'Toole, I.B. Jeffery // Science. - 2015. - V. 350. - №. 6265. - P. 1214-1215.

224. Odamaki, T. Age-related changes in gut microbiota composition from newborn to centenarian: a cross-sectional study / T. Odamaki, K. Kato, H. Sugahara, N. Hashikura, S. Takahashi, J. Xiao, F. Abe, R. Osawa // BMC microbiology. - 2016. - V. 16. - №. 1. - P. 1-12.

225. Olek, A. Efficacy and safety of Lactobacillus plantarum DSM 9843 (LP299V) in the prevention of antibiotic-associated gastrointestinal symptoms in children—randomized, double-blind, placebo-controlled study / A. Olek, M. Woynarowski, I.L. Ahrén, J. Kierkus, P. Socha, N. Larsson, G. Önning // The Journal of pediatrics. - 2017. - V. 186. - P. 82-86.

226. Olsson, L.M. Dynamics of the normal gut microbiota: a longitudinal one-year population study in Sweden / L.M. Olsson, F. Boulund, S. Nilsson, M.T. Khan, A. Gummesson, L. Fagerberg, L. Engstrand // Cell host & microbe. - 2022. - V. 30. - №. 5. - P. 726-739. e3.

227. Pandey, K.B. Plant polyphenols as dietary antioxidants in human health and disease / K.B. Pandey, S.I. Rizvi // Oxidative medicine and cellular longevity. -2009. - V. 2. - P. 270-278.

228. Pant, A. Human gut microbiota and drug metabolism / A. Pant, T.K. Maiti, D. Mahajan, B. Das // Microbial Ecology. - 2022. - P. 1-15.

229. Parada Venegas, D. Short chain fatty acids (SCFAs)-mediated gut epithelial and immune regulation and its relevance for inflammatory bowel diseases / D. Parada Venegas, M.K. De la Fuente, G. Landskron, M.J. González, R. Quera, G.

Dijkstra, H.J.M. Harmsen, K.N. Faber, M.A. Hermoso1 // Frontiers in immunology. -2019. - P. 277.

230. Parks, D.H. CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes / D.H. Parks, M. Imelfort, C.T. Skennerton, P. Hugenholtz, G.W. Tyson // Genome research. - 2015. - V. 25. - №. 7. -P. 1043-1055.

231. Pasolli, E. Large-scale genome-wide analysis links lactic acid bacteria from food with the gut microbiome / E. Pasolli, F. De Filippis, I.E. Mauriello, F. Cumbo, A.M. Walsh, J. Leech, P.D. Cotter, N. Segata, D. Ercolini // Nature communications. - 2020. - V. 11. - №. 1. - P. 2610.

232. Peddada, S. Seasonal change in the gut / S. Peddada // Science. - 2017. -V. 357. - №. 6353. - P. 754-755.

233. Pelto. Probiotic bacteria down- regulate the milk- induced inflammatory response in milk- hypersensitive subjects but have an immunostimulatory effect in healthy subjects /Pelto, Isolauri, Lilius, Nuutila, Salminen // Clinical & Experimental Allergy. - 1998. - V. 28. - №. 12. - P. 1474-1479.

234. Peng, L. Effects of butyrate on intestinal barrier function in a Caco-2 cell monolayer model of intestinal barrier / L. Peng, Z. He, W. Chen, I.R. Holzman, J. Lin //Pediatric research. - 2007. - V. 61. - №. 1. - P. 37-41.

235. Perler, B.K. The role of the gut microbiota in the relationship between diet and human health / B.K. Perler, E.S. Friedman, G.D. Wu // Annual Review of Physiology. - 2023. - V. 85. - P. 449-468.

236. Plaza-Diaz, J. Mechanisms of action of probiotics / J. Plaza-Diaz, F.J. Ruiz-Ojeda, M. Gil-Campos, A. Gil // Advances in nutrition. - 2019. - T. 10. - C. S49-S66.

237. Polderman, T.J.C. Meta-analysis of the heritability of human traits based on fifty years of twin studies / T.J.C. Polderman, B. Benyamin, C.A. de Leeuw, P.F. Sullivan, A. van Bochoven, P.M. Visscher, D. Posthuma // Nature genetics. - 2015. -V. 47. - №. 7. - P. 702-709.

238. Porras, D. Intestinal microbiota modulation in obesity-related nonalcoholic fatty liver disease / D. Porras, E. Nistall, S. Martínez-Flórez, J. González-Gallego, M.V. García-Mediavilla, S. Sánchez-Campos // Frontiers in physiology. -2018. - V. 9. - P. 1813.

239. Portincasa, P. Gut microbiota and short chain fatty acids: implications in glucose homeostasis / P. Portincasa, L. Bonfrate, M. Vacca, M.D. Angelis, I. Farella, E. Lanza, M. Khalil, D.Q-H Wang, M. Sperandio, A.D. Ciaula // International journal of molecular sciences. - 2022. - V. 23. - №. 3. - P. 1105.

240. Quast, C. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools / C. Quast, E. Pruesse, P. Yilmaz, J. Gerken, T. Schweer, P. Yarza, J. Peplies, F.O. Glöckner // Nucleic acids research. - 2012. - V. 41. - №. Dl. - P. D590-D596.

241. Raethong, N. Analysis of human gut microbiome: Taxonomy and metabolic functions in Thai adults / N. Raethong, M. Nakphaichit, N. Suratannon, W. Sathitkowitchai, W. Weerapakorn, S. Keawsompong, W. Vongsangnak // Genes. -2021. - V. 12. - №. 3. - P. 331.

242. Rajilic- Stojanovic, M. Long- term monitoring of the human intestinal microbiota composition /M. Rajilic-Stojanovic, H.G.H.J. Heilig, S. Tims, E.G. Zoetendal, W.M. de Vos // Environmental microbiology. - 2013. - V. 15. - №. 4. - P. 1146-1159.

243. Ramirez, J. Antibiotics as major disruptors of gut microbiota / J. Ramirez, F. Guarner, L.B. Fernandez, A. Maruy, V.L. Sdepanian, H. Cohen // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2020. - V. 10. - P. 572912.

244. Rampelli, S. Pre-obese children's dysbiotic gut microbiome and unhealthy diets may predict the development of obesity /S. Rampelli, K. Guenther, S. Turroni, M. Wolters, T. Veidebaum, Y. Kourides, D. Molnár, L. Lissner, A. Benitez-Paez, Y. Sanz, A. Fraterman, N. Michels, P. Brigidi, M. Candela, W. Ahrens // Communications biology. - 2018. - V. 1. - №. 1. - P. 222.

245. Redondo-Useros, N. Microbiota and Lifestyle: A Special Focus on Diet / N. Redondo-Useros, E. Nova, N. González-Zancada, L.E. Díaz, S. Gómez-Martínez, A. Marcos // Nutrients. - 2020. - 12. - C. 1776.

246. Reichardt, N. Phylogenetic distribution of three pathways for propionate production within the human gut microbiota / N. Reichardt, S.H. Duncan, P. Young, A. Belenguer, C. McWilliam Leitch, K.P. Scott, H.J. Flint, P. Louis // The ISME journal. -2014. - V. 8. - №. 6. - P. 1323-1335.

247. Reiche, J. Post-translational modifications of tight junction transmembrane proteins and their direct effect on barrier function / J. Reiche, O. Huber // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes. - 2020. - V. 1862. - №. 9. - P. 183330.

248. Relman, D.A. The human microbiome: ecosystem resilience and health /

D.A. Relman // Nutrition reviews. - 2012. - V. 70. - №. suppl_1. - P. S2-S9.

249. Reynolds, A. Carbohydrate quality and human health: a series of systematic reviews and meta-analyses / A. Reynolds, J. Mann, J. Cummings, N. Winter,

E. Mete, L. Te Morenga // The Lancet. - 2019. - V. 393. - №. 10170. - P. 434-445.

250. Ríos-Covián, D. Intestinal short chain fatty acids and their link with diet and human health / D. Ríos-Covián, P. Ruas-Madiedo, A. Margolles, M. Gueimonde, C. G. de los Reyes-Gavilán, N. Salazar // Frontiers in microbiology. - 2016. - V. 7. - P. 185.

251. Rivera-Piza, A. Effects of dietary fibers and prebiotics in adiposity regulation via modulation of gut microbiota / A. Rivera-Piza, S.J. Lee //Applied Biological Chemistry. - 2020. - V. 63. - №. 1. - P. 1-12.

252. Roberts, A.P. Tn 916-like genetic elements: a diverse group of modular mobile elements conferring antibiotic resistance / A.P. Roberts, P. Mullany // FEMS microbiology reviews. - 2011. - V. 35. - №. 5. - P. 856-871.

253. Roberts, J.L. Bifidobacterium adolescentis supplementation attenuates fracture-induced systemic sequelae / J.L. Roberts, G. Liu, T. Darby, L.M. Fernandes, M. Diaz-Hernandez, R.M. Jones, H. Drissi // Biomedicine & Pharmacotherapy. - 2020. -V. 132. - P. 110831.

254. Rocha, J.M. Microbiological profile of maize and rye flours, and sourdough used for the manufacture of traditional Portuguese bread / J.M. Rocha, F.X. Malcata // Food microbiology. - 2012. - V. 31. - №. 1. - P. 72-88.

255. Rocha, J.M. On the microbiological profile of traditional Portuguese sourdough / J.M. Rocha, F.X. Malcata // Journal of Food Protection. - 1999. - V. 62. -№. 12. - P. 1416-1429.

256. Roessler, A. The immune system in healthy adults and patients with atopic dermatitis seems to be affected differently by a probiotic intervention /A. Roessler, U. Friedrich, H. Vogelsang, A. Bauer, M. Kaatz, U.C. Hipler, I. Schmidt, G. Jahreis // Clinical & Experimental Allergy. - 2008. - V. 38. - №. 1. - P. 93-102.

257. Roswell, M.A. conceptual guide to measuring species diversity / M. Roswell, J. Dushoff, R. Winfree // Oikos. - 2021. - V. 130. - №. 3. - P. 321-338.

258. Rothschild, D. Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota / D. Rothschild, O. Weissbrod, E. Barkan, A. Kurilshikov, T. Korem, D. Zeevi, P.I. Costea, A. Godneva, I.N. Kalka, N. Bar, S. Shilo, D. Lador, A.V. Vila, N. Zmora, M. Pevsner-Fischer, D. Israeli, N. Kosower, G. Malka, B.C. Wolf, T. Avnit-Sagi, M. Lotan-Pompan, A. Weinberger, Z. Halpern, S. Carmi, J. Fu, C. Wijmenga, A. Zhernakova, E. Elinav, E. Segal // Nature. - 2018. - V. 555. - №. 7695. -P. 210-215.

259. Russell, W.R. Colonic bacterial metabolites and human health / W.R. Russell, Lesley Hoyles, Harry J Flint, Marc-Emmanuel Dumas // Current opinion in microbiology. - 2013. - V. 16. - №. 3. - P. 246-254.

260. Saeed, N.K. Gut microbiota in various childhood disorders: Implication and indications / N.K. Saeed, M. Al-Beltagi, A.S. Bediwy, Y. El-Sawaf, O. Toema // World Journal of Gastroenterology. - 2022. - V. 28. - №. 18. - P. 1875.

261. S^ther, S.M.M. Alcohol consumption, life satisfaction and mental health among Norwegian college and university students /S.M.M. S^ther, M. Knapstad, K.G. Askeland, J.C. Skogen // Addictive behaviors reports. - 2019. - V. 10. - P. 100216.

262. Sanders, M.E. Probiotics and prebiotics in intestinal health and disease: from biology to the clinic / M.E. Sanders, D.J. Merenstein, G. Reid, G.R. Gibson, R.A.

Rastall // Nature reviews Gastroenterology & hepatology. - 2019. - V. 16. - №. 10. - P. 605-616.

263. Sanna, S. Causal relationships among the gut microbiome, short-chain fatty acids and metabolic diseases / // Nature genetics. - 2019. - V. 51. - №. 4. - P. 600-605.

264. Savic, D. Profile of lactic acid bacteria in rye flour and sourdough / D. Savic, T. Savic, M. Krinjar, N. Jokovic // Journal of culture collections. - 2006. - V.5. -38-45 pp.

265. Scepanovic, P. A comprehensive assessment of demographic, environmental, and host genetic associations with gut microbiome diversity in healthy individuals / P. Scepanovic, F. Hodel, S. Mondot, V. Partula, A. Byrd, C. Hammer, C. Alanio, J. Bergstedt, E. Patin, M. Touvier, O. Lantz, M.L. Albert, D. Duffy, L. Quintana-Murci, J. Fellay // Microbiome. - 2019. - V. 7. - №. 1. - P. 1-15.

266. Schnadower, D. Lactobacillus rhamnosus GG versus placebo for acute gastroenteritis in children / D. Schnadower, P.I. Tarr, T.C. Casper, M.H. Gorelick, J.M. Dean, K.J. O'Connell, P. Mahajan, A.C. Levine, S.R. Bhatt, C.G. Roskind, E.C. Powell, A.J. Rogers, C. Vance, R.E. Sapien, C.S. Olsen, M. Metheney, V.P. Dickey, C. HallMoore, S.B. Freedman // New England Journal of Medicine. - 2018. - V. 379. - №. 21.

- P. 2002-2014.

267. Schoeler, M. Dietary lipids, gut microbiota and lipid metabolism / M. Schoeler, R. Caesar // Reviews in Endocrine and Metabolic Disorders. - 2019. - V. 20.

- p. 461-472.

268. Schwingshackl, L. Monounsaturated fatty acids and risk of cardiovascular disease: synopsis of the evidence available from systematic reviews and meta-analyses / L. Schwingshackl, G. Hoffmann // Nutrients. - 2012. - V. 4. - №. 12. - P. 1989-2007.

269. Senina, A. Two-Year Study on the Intra-Individual Dynamics of Gut Microbiota and Short-Chain Fatty Acids Profiles in Healthy Adults / A. Senina, M. Markelova, D. Khusnutdinova, M. Siniagina, O. Kupriyanova, G. Synbulatova, A. Kayumov, E. Boulygina, T. Grigoryeva // Microorganisms. - 2024. - T. 12. - №. 8. -C. 1712.

270. Shetty, S.A. Intestinal microbiome landscaping: insight in community assemblage and implications for microbial modulation strategies / S.A. Shetty, F. Hugenholtz, L. Lahti, H. Smidt, W.M. de Vos // FEMS microbiology reviews. - 2017. -V. 41. - №. 2. - P. 182-199.

271. Shoemaker, N.B. Evidence for extensive resistance gene transfer among Bacteroides spp. and among Bacteroides and other genera in the human colon / N.B. Shoemaker, H. Vlamakis, K. Hayes, A.A. Salyers // Applied and environmental microbiology. - 2001. - V. 67. - №. 2. - P. 561-568.

272. Simpson, H.L. dietary fibre-microbiota interactions / H.L. Simpson, B.J. Campbell //Alimentary pharmacology & therapeutics. - 2015. - V. 42. - №. 2. - P. 158179.

273. Siniagina, M. Cultivated Escherichia coli diversity in intestinal microbiota of Crohn's disease patients and healthy individuals: Whole genome data / M. Siniagina, M. Markelova, A. Laikov, E. Boulygina, D. Khusnutdinova, A. Kharchenko, T. Grigoryeva // Data in brief. - 2020. - T. 28. - C. 104948.

274. Sjögren, K. The gut microbiota regulates bone mass in mice / K. Sjögren, C. Engdahl, P. Henning, U.H. Lerner, V. Tremaroli, M.K. Lagerquist, F.Bäckhed, C. Ohlsson // Journal of bone and mineral research. - 2012. - V. 27. - №. 6. - P. 13571367.

275. Sommer, F. The resilience of the intestinal microbiota influences health and disease / F. Sommer, J.M. Anderson, R. Bharti, J. Raes, P. Rosenstiel // Nature Reviews Microbiology. - 2017. - V. 15. - №. 10. - P. 630-638.

276. Statovci, D. The impact of western diet and nutrients on the microbiota and immune response at mucosal interfaces / D. Statovci, M. Aguilera, J. MacSharry, S. Melgar // Frontiers in immunology. - 2017. - V. 8. - P. 838.

277. Stecher, B. Gut inflammation can boost horizontal gene transfer between pathogenic and commensal Enterobacteriaceae / B. Stecher, R. Denzler, L. Maier, F. Bernet, M.J. Sanders, D.J. Pickard, M. Barthel, A.M. Westendorf, K.A. Krogfelt, A.W. Walker, M. Ackermann, U. Dobrindt, N.R. Thomson, W.D. Hardt // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2012. - V. 109. - №. 4. - P. 1269-1274.

278. Strasser, B. The effects of lifestyle and diet on gut microbiota composition, inflammation and muscle performance in our aging society / B. Strasser, M. Wolters, C. Weyh, K. Krüger, A. Ticinesi // Nutrients. - 2021. - V. 13. - №. 6. - P. 2045.

279. Suez, J. Post-antibiotic gut mucosal microbiome reconstitution is impaired by probiotics and improved by autologous FMT / J. Suez, N. Zmora, G. Zilberman-Schapira, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Bashiardes, M. Zur, D. Regev-Lehavi, R.B.Z. Brik, S. Federici, M. Horn, Y. Cohen, A.E. Moor, D. Zeevi, T. Korem, E. Kotler, A. Harmelin, S. Itzkovitz, N. Maharshak, O. Shibolet, M. Pevsner-Fischer, H. Shapiro, I. Sharon, Z. Halpern, E. Segal, E. Elinav // Cell. - 2018. - V. 174. - №. 6. - P. 14061423. e16.

280. Suez, J. The pros, cons, and many unknowns of probiotics / J. Suez, N. Zmora, E. Segal, E. Elinav // Nature medicine. - 2019. - V. 25. - №. 5. - P. 716-729.

281. Sun, B. Marked variation between winter and spring gut microbiota in freeranging Tibetan Macaques (Macaca thibetana) / B. Sun, X. Wang, S. Bernstein, M.A. Huffman, D.P. Xia, Z. Gu, R. Chen, L.K. Sheeran, R.S. Wagner, J. Li // Scientific reports. - 2016. - V. 6. - №. 1. - P. 26035.

282. Suvorov, A. Autoprobiotics as an approach for restoration of personalised microbiota / A. Suvorov, A. Karaseva, M. Kotyleva, Y. Kondratenko, N. Lavrenova, A. Korobeynikov, P. Kozyrev, T. Kramskaya, G. Leontieva, I. Kudryavtsev, D. Guo, A. Lapidus, E. Ermolenko // Frontiers in microbiology. - 2018. - V.9. - С. 1869.

283. Suzuki, K. Aberrant expansion of segmented filamentous bacteria in IgA-deficient gut /K. Suzuki, B. Meek, Y. Doi, M. Muramatsu, T. Chiba, T. Honjo, S. Fagarasan // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2004. - V. 101. - №. 7. - P. 1981-1986.

284. Swanson, K.S. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of synbiotics / K.S. Swanson, G.R. Gibson, R. Hutkins, R.A. Reimer, G. Reid, K. Verbeke, K. P. Scott, H.D. Holscher, M.B. Azad, N.M. Delzenne, M.E. Sanders // Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology. - 2020. - V. 17. - №. 11. - С. 687-701.

285. Sze, M.A. Looking for a signal in the noise: revisiting obesity and the microbiome / M.A. Sze, P.D. Schloss // MBio. - 2016. - V. 7. - №. 4. - P. 10.1128/mbio. 01018-16.

286. Takeda, T. Usefulness of Bifidobacterium longum BB536 in elderly individuals with chronic constipation: A randomized controlled trial / T. Takeda, D. Asaoka, Sh. Nojiri, N. Yanagisawa, Y. Nishizaki, T. Osada, Sh. Koido, A. Nagahara, N. Katsumata, T. Odamaki, J.-Zh. Xiao, T. Ohkusa, N. Sato // The American Journal of Gastroenterology. - 2023. - V. 118. - №. 3. - P. 561.

287. Taneja, N. Antimicrobial resistance in the environment: The Indian scenario / N. Taneja, M. Sharma // Indian Journal of Medical Research. - 2019. - V. 149. - №. 2. - P. 119-128.

288. Tani, M. Seasonal variations in gut microbiota and disease course in patients with inflammatory bowel disease / M. Tani, S. Shinzaki, A. Asakura, T. Tashiro, T. Amano, Y. Otake-Kasamoto, T. Yoshihara, S. Yoshii, Y. Tsujii, Y. Hayashi, T. Inoue, D. Motooka, S. Nakamura, H. Iijima, T. Takehara // Plos one. - 2023. - V. 18. - №. 4. - P. e0283880.

289. Thaiss, C.A. Transkingdom control of microbiota diurnal oscillations promotes metabolic homeostasis / C.A. Thaiss, D. Zeevi, M. Levy, G. Zilberman-Schapira, J. Suez, A.C. Tengeler, L. Abramson, M.N. Katz, T. Korem, N. Zmora, Y. Kuperman, I. Biton, S. Gilad, A. Harmelin, H. Shapiro, Z. Halpern, E. Segal, E. Elinav // Cell. - 2014. - V. 159. - №. 3. - P. 514-529.

290. Thaker, M. The tetracycline resistome / M. Thaker, P. Spanogiannopoulos, G.D. Wright // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2010. - V. 67. - P. 419-431.

291. The, H.C. Dynamic of the human gut microbiome under infectious diarrhea / H.C. The, S.N.H. Le // Current Opinion in Microbiology. - 2022. - V. 66. -P. 79-85.

292. Thukral, A.K. A review on measurement of Alpha diversity in biology / A.K. Thukral // Agricultural Research Journal. - 2017. - V. 54. - №. 1.

293. Tsukuda, N. Key bacterial taxa and metabolic pathways affecting gut short-chain fatty acid profiles in early life / N. Tsukuda, K. Yahagi, T. Hara, Y.

Watanabe, H. Matsumoto, H. Mori, K. Higashi, H. Tsuji, S. Matsumoto, K. Kurokawa, T. Matsuki // The ISME journal. - 2021. - V. 15. - №. 9. - P. 2574-2590.

294. Turnbaugh, P.J. The human microbiome project / P.J. Turnbaugh, R.E. Ley, M. Hamady, C.M. Fraser-Liggett, R. Knight,J.I. Gordon // Nature. - 2007. - V. 449. - №. 7164. - P. 804-810.

295. Turpin, W. Association of host genome with intestinal microbial composition in a large healthy cohort / W. Turpin, O. Espin-Garcia, W. Xu, M.S. Silverberg, D. Kevans, M.I. Smith, D.S. Guttman, A. Griffiths, R. Panaccione, A. Otley, L. Xu, K. Shestopaloff, G. Moreno-Hagelsieb, A.D. Paterson, K. Croitoru // Nature genetics. - 2016. - V. 48. - №. 11. - P. 1413-1417.

296. Ussar, S. Interactions between host genetics and gut microbiome in diabetes and metabolic syndrome / S. Ussar, S. Fujisaka, C.R. Kahn // Molecular metabolism. - 2016. - V. 5. - №. 9. - P. 795-803.

297. Van den Berghe, E. Streptococcus macedonicus ACA-DC 198 produces the lantibiotic, macedocin, at temperature and pH conditions that prevail during cheese manufacture / E. Van den Berghe, G. Skourtas, E. Tsakalidou, L. De Vuyst // International journal of food microbiology. - 2006. - V. 107. - №. 2. - P. 138-147.

298. Van Schaik, W. The human gut resistome / W. Van Schaik // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2015. - V. 370. - №. 1670. - P. 20140087.

299. Vandeputte, D. Temporal variability in quantitative human gut microbiome profiles and implications for clinical research / D. Vandeputte, L. De Commer, R.Y. Tito, G. Kathagen, J. Sabino, S. Vermeire, K. Faust, J. Raes // Nature communications. - 2021. - V. 12. - №. 1. - P. 6740.

300. Vasilyev, I.Y. Multidrug- Resistant Hypervirulent Klebsiella pneumoniae Found Persisting Silently in Infant Gut Microbiota / I.Y. Vasilyev, I.V. Nikolaeva, M.N. Siniagina, A.M. Kharchenko, G.S. Shaikhieva // International Journal of Microbiology. - 2020. - Т. 2020. - №. 1. - С. 4054393.

301. Vatanen, T. The human gut microbiome in early-onset type 1 diabetes from the TEDDY study / T. Vatanen, E.A. Franzosa, R. Schwager, S. Tripathi, T.D.

Arthur, K. Vehik, Â. Lernmark, W.A. Hagopian, M.J. Rewers, J.X. She, J. Toppari, A.G. Ziegler, B. Akolkar, J.P. Krischer, C.J. Stewart, N.J. Ajami, J.F. Petrosino, D. Gevers, H. Lähdesmäki, H. Vlamakis, C. Huttenhower, R.J. Xavier // Nature. - 2018. -V. 562. - №. 7728. - P. 589-594.

302. Vendramin, V. Whole-genome sequence of Streptococcus macedonicus strain 33MO, isolated from the curd of Morlacco cheese in the Veneto region (Italy) / V. Vendramin, L. Treu, B. Bovo, S. Campanaro, V. Corich, A. Giacomini // Genome announcements. - 2014. - V. 2. - №. 4. - P. 10.1128.

303. Venturini, C. Effects of antibiotic treatment with piperacillin/tazobactam versus ceftriaxone on the composition of the murine gut microbiota / C. Venturini, B. Bowring, A. Fajardo-Lubian, C. Devine, J. Iredell // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2021. - V. 65. - №. 2. - P. 10.1128/aac. 01504-20.

304. Vich Vila, A. Impact of commonly used drugs on the composition and metabolic function of the gut microbiota / A. Vich Vila, V. Collij, S. Sanna, T. Sinha, F. Imhann, A.R. Bourgonje, Z. Mujagic, D.M. A. E. Jonkers, A.A.M. Masclee, J. Fu, A. Kurilshikov, C. Wijmenga, A. Zhernakova, R.K. Weersma // Nature communications. -2020. - V. 11. - №. 1. - P. 362.

305. Vitellio, P. Effects of Bifidobacterium longum and Lactobacillus rhamnosus on gut microbiota in patients with lactose intolerance and persisting functional gastrointestinal symptoms: A randomised, double-blind, cross-over study / P. Vitellio, G. Celano, L. Bonfrate, M. Gobbetti, P. Portincasa, M. De Angelis // Nutrients. - 2019. - V. 11. - №. 4. - P. 886.

306. Voigt, A.Y. Temporal and technical variability of human gut metagenomes / A.Y. Voigt, P.I. Costea, J.R. Kultima, S.S. Li, G. Zeller, S. Sunagawa, P. Bork // Genome biology. - 2015. - V. 16. - №. 1. - P. 1-12.

307. Wagner, B.D. On the use of diversity measures in longitudinal sequencing studies of microbial communities / B.D. Wagner, G.K. Grunwald, G.O. Zerbe, S.K. Mikulich-Gilbertson, C.E. Robertson, E.T. Zemanick, J.K. Harris // Frontiers in microbiology. - 2018. - V. 9. - P. 1037.

308. Walker, B. Resilience, adaptability and transformability in social-ecological systems / B. Walker, C.S. Holling, S.R. Carpenter, A. Kinzig // Ecology and society. - 2004. - V. 9. - №. 2.

309. Wan, Q. Effect of ceftriaxone on the intestinal epithelium and microbiota in neonatal mice / Q. Wan, R.Y. Cheng, J.W. Guo, K. Wang, X. Shen, F.F. Pu, M. Li, F. He // Zhongguo Dang dai er ke za zhi= Chinese Journal of Contemporary Pediatrics. -2018. - V. 20. - №. 4. - P. 318-325.

310. Wang, H. Yogurt consumption is associated with better diet quality and metabolic profile in American men and women / H. Wang, K.A. Livingston, C.S. Fox, J.B. Meigs, P.F. Jacques // Nutrition Research. - 2013. - V. 33. - №. 1. - P. 18-26.

311. Wang, J. Enterotype bacteroides is associated with a high risk in patients with diabetes: a pilot study / J. Wang, W. Li, C. Wang, L. Wang, T. He, H. Hu, J. Song,

C. Cui, J. Qiao, L. Qing, L. Li, N. Zang, K. Wang, C. Wu, L. Qi, A. Ma, H. Zheng, X. Hou, F.Liu, L. Chen // Journal of Diabetes Research. - 2020. - V. 2020. - №. 1. - P. 6047145.

312. Wang, J. Short-and Long-Term Effects of Different Antibiotics on the Gut Microbiota and Cytokines Level in Mice / J. Wang, Q. Xiang, S. Gu, Y. Gu, M. Yao, W. Huang, W. Gao, L.L. Tang // Infection and Drug Resistance. - 2022. - P. 67856797.

313. Wang, Y. Probiotics and fructo-oligosaccharide intervention modulate the microbiota-gut brain axis to improve autism spectrum reducing also the hyper-serotonergic state and the dopamine metabolism disorder / Y. Wang, N. Li, J.-J. Yang,

D.-M. Zhao, B. Chen, G.-Q. Zhang, Sh. Chen, R.-F. Cao, H. Yu, Ch.-Y. Zhao, L. Zhao, Y.-Sh. Ge, Y. Liu, L.-H. Zhang, W. Hu, L. Zhang, Zh.-T. Gai // Pharmacological research. - 2020. - V. 157. - P. 104784.

314. Weersma, R.K. Interaction between drugs and the gut microbiome / R.K. Weersma, A. Zhernakova, J. Fu // Gut. - 2020. - V. 69. - №. 8. - P. 1510-1519.

315. Wei, S. Short-and long-term impacts of azithromycin treatment on the gut microbiota in children: a double-blind, randomized, placebo-controlled trial / S. Wei,

M.S. Mortensen, J. Stokholm, A.D. Brejnrod, J. Thorsen, M.A. Rasmussen, U. Trivedi,

H. Bisgaard, S.o. S0rensen // EBioMedicine. - 2018. - V. 38. - P. 265-272.

316. Whisner, C.M. Diet, physical activity and screen time but not body mass index are associated with the gut microbiome of a diverse cohort of college students living in university housing: a cross-sectional study / C.M. Whisner, J. Maldonado, B. Dente, R. Krajmalnik-Brown, M. Bruening // BMC microbiology. - 2018. - V. 18. - №.

I. - P. 1-11.

317. Wieers, G. How probiotics affect the microbiota / G. Wieers, L. Belkhir, R. Enaud, S. Leclercq, J.-M.l Philippart de Foy, I. Dequenne, Ph. de Timary, P.D. Cani // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2020. - V. 9. - P. 454.

318. Wilkins, T. Probiotics for gastrointestinal conditions: a summary of the evidence / T. Wilkins, J. Sequoia // American family physician. - 2017. - V. 96. - №. 3. - P. 170-178.

319. Williams, N.T. Probiotics / N.T. Williams // American Journal of Health-System Pharmacy. - 2010. - V. 67. - №. 6. - P. 449-458.

320. Wopereis, H. The first thousand days-intestinal microbiology of early life: establishing a symbiosis / H. Wopereis, R. Oozeer, K. Knipping, C. Belzer, J. Knol // Pediatric Allergy and Immunology. - 2014. - T. 25. - №. 5. - C. 428-438.

321. Wu, G.D. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes / G.D. Wu , J. Chen, C. Hoffmann, K. Bittinger, Y.Y. Chen, S.A. Keilbaugh, M. Bewtra, D. Knights, W.A. Walters, R. Knight, R. Sinha, E. Gilroy, K. Gupta, R. Baldassano, L. Nessel, H. Li, F.D. Bushman, J.D. Lewis // Science. - 2011. -V. 334. - №. 6052. - P. 105-108.

322. Wu, M. Potential implications of polyphenols on aging considering oxidative stress, inflammation, autophagy, and gut microbiota / M. Wu, Q. Luo, R. Nie, X. Yang, Z. Tang, H. Chen // Critical reviews in food science and nutrition. - 2021. -V. 61. - №. 13. - P. 2175-2193.

323. Wu, Y.W. MaxBin: an automated binning method to recover individual genomes from metagenomes using an expectation-maximization algorithm / Y.W. Wu,

Y.H. Tang, S.G. Tringe, B.A. Simmons, S.W. Singer // Microbiome. - 2014. - V. 2. -P. 1-18.

324. Xia, Y. Human gut resistome can be country-specific / Y. Xia, Y. Zhu, Q. Li, J. Lu // PeerJ. - 2019. - V. 7. - P. e6389.

325. Xie, H. Shotgun metagenomics of 250 adult twins reveals genetic and environmental impacts on the gut microbiome / H. Xie, R. Guo, H. Zhong, Q. Feng, Z. Lan, B. Qin, K.J. Ward, M.A. Jackson, Y. Xia, X. Chen, B. Chen, H. Xia, C. Xu, F. Li, X. Xu, J.Y. Al-Aama, H. Yang, J. Wang, K. Kristiansen, J. Wang, C.J. Steves, J.T. Bell, J. Li, T.D. Spector, H. Jia // Cell systems. - 2016. - V. 3. - №. 6. - P. 572-584.

326. Xu, Y. Dynamic balancing of intestinal short-chain fatty acids: The crucial role of bacterial metabolism / Y. Xu, Y. Zhu, X. Li, B. Sun // Trends in Food Science & Technology. - 2020. - V. 100. - P. 118-130.

327. Yadav, M.K. Probiotics, prebiotics and synbiotics: Safe options for next-generation therapeutics / M.K. Yadav, I. Kumari, B. Singh, K.K. Sharma, S.K. Tiwari // Applied microbiology and biotechnology. - 2022. - V. 106. - №. 2. - P. 505-521.

328. Yang, Y. Feed fermentation with reuteran-and levan-producing Lactobacillus reuteri reduces colonization of weanling pigs by enterotoxigenic Escherichia coli / Y. Yang, S. Galle, M.H.A. Le, R.T. Zijlstra, M.G. Gänzle // Applied and environmental microbiology. - 2015. - V. 81. - №. 17. - P. 5743-5752.

329. Yatsunenko, T. Human gut microbiome viewed across age and geography / T. Yatsunenko, F.E. Rey, M.J. Manary, I. Trehan, M.G. Dominguez-Bello, M. Contreras, M. Magris, G. Hidalgo, R.N. Baldassano, A.P. Anokhin, A.C. Heath, B. Warner, J. Reeder, J. Kuczynski, J.G. Caporaso, C.A. Lozupone, C. Lauber, J.C. Clemente, D. Knights, R. Knight, J.I. Gordon // nature. - 2012. - V. 486. - №. 7402. -P. 222-227.

330. Yu, J. Application and mechanism of probiotics in skin care: A review / J. Yu, X. Ma, X. Wang, X. Cui, K. Ding, S. Wang, C. Han // Journal of Cosmetic Dermatology. - 2022. - V. 21. - №. 3. - P. 886-894.

331. Zeng, H. Colonic inflammation accompanies an increase of ß-catenin signaling and Lachnospiraceae/Streptococcaceae bacteria in the hind gut of high-fat

diet-fed mice / H. Zeng, S.L. Ishaq, F.Q. Zhao, A.D.G. Wright // The Journal of nutritional biochemistry. - 2016. - V. 35. - P. 30-36.

332. Zeng, Z. Bacillus licheniformis reverses the environmental ceftriaxone sodium-induced gut microbial dysbiosis and intestinal inflammation in mice / Z. Zeng, W. Yue, C. Kined, P. Wang, R. Liu, J. Liu, X. Chen // Ecotoxicology and Environmental Safety. - 2023. - V. 257. - P. 114890.

333. Zhang, C. Ecological robustness of the gut microbiota in response to ingestion of transient food-borne microbes / C. Zhang, M.Derrien, F. Levenez, R. Brazeilles, S.A Ballal, J. Kim, M.C. Degivry, G. Quéré, P. Garault, J.E.T. van Hylckama Vlieg, W.S. Garrett, J. Doré, P. Veiga // The ISME journal. - 2016. - V. 10. - №. 9. - P. 2235-2245.

334. Zhang, C. Impact of a 3-months vegetarian diet on the gut microbiota and immune repertoire / C. Zhang, A. Bjorkman, K. Cai, G. Liu, C. Wang, Y. Li, H. Xia, L. Sun, K. Kristiansen, J. Wang, J. Han, L. Hammarstrom, Q. Pan-Hammarstrom // Frontiers in immunology. - 2018. - V. 9. - P. 908.

335. Zhang, T. Efficacy of probiotics for irritable bowel syndrome: a systematic review and network meta-analysis / T. Zhang, C. Zhang, J. Zhang, F. Sun, L. Duan // Frontiers in cellular and infection microbiology. - 2022. - V. 12. - P. 349.

336. Zhang, Y.L. Gut microbiota contributes to the distinction between two traditional Chinese medicine syndromes of ulcerative colitis / Y.L. Zhang, L.T. Cai, J.Y. Qi, Y.Z. Lin, Y.C. Dai, N. Jiao, Y.L. Chen, L. Zheng, B.B. Wang, L.X. Zhu, Z.P. Tang, R.X. Zhu // World Journal of Gastroenterology. - 2019. - V. 25. - №. 25. - P. 3242.

337. Zhao, L. Gut bacteria selectively promoted by dietary fibers alleviate type 2 diabetes/ L. Zhao, F/ Zhang, X. Ding, G. Wu, Y.Y. Lam, X. Wang, H. Fu, X. Xue, C. Lu, J. Ma, L. Yu, C. Xu, Zh. Ren, Y. Xu, S. Xu, H. Shen, X. Zhu, Y. Shi, Q. Shen, W. Dong, R. Liu, Y. Ling, Y. Zeng, X. Wang, Q. Zhang, J. Wang, L. Wang, Y. Wu, B. Zeng, H. Wei, M. Zhang, Y. Peng, Ch. Zhang // Science. - 2018. - V. 359. - №. 6380. -P. 1151-1156.

338. Zhu, X. The seasonal changes of the gut microbiome of the population living in traditional lifestyles are represented by characteristic species-level and functional-level SNP enrichment patterns / X. Zhu, J. Qin, C. Tan, K. Ning // BMC genomics. - 2021. - V. 22. - №. 1. - P. 1-11.

339. Zmora, N. Personalized gut mucosal colonization resistance to empiric probiotics is associated with unique host and microbiome features / N. Zmora, G. Zilberman-Schapira, J. Suez, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Bashiardes, E. Kotler, M. Zur, D. Regev-Lehavi, R.B.Z. Brik, S. Federici, Y. Cohen, R. Linevsky, D. Rothschild, A.E. Moor, S. Ben-Moshe, A. Harmelin, S. Itzkovitz, N. Maharshak, O. Shibolet, H. Shapiro, M. Pevsner-Fischer, I. Sharon, Z. Halpern, E. Segal, E. Elinav // Cell. - 2018. - V. 174. - №. 6. - P. 1388-1405. e21.

340. Zmora, N. You are what you eat: diet, health and the gut microbiota / N. Zmora, J. Suez, E. Elinav // Nature reviews Gastroenterology & hepatology. - 2019. -V. 16. - №. 1. - P. 35-56.

341. Zoetendal, E.G. Temperature gradient gel electrophoresis analysis of 16S rRNA from human fecal samples reveals stable and host-specific communities of active bacteria / E.G. Zoetendal, A.D.L. Akkermans, W.M. De Vos // Applied and environmental microbiology. - 1998. - V. 64. - №. 10. - P. 3854-3859.