Влияние цитокинов человека на комменсальные микроорганизмы на примере лактобацилл и бифидобактерий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Веселовский Владимир Александрович

• Веселовский Владимир Александрович
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Веселовский Владимир Александрович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Бифидобактерии и лактобациллы как важный компонент микробиоты кишечника человека

1.2 Основные компоненты кишечной иммунной системы

1.2.1 Интерлейкин-6

1.2.2 Интерлейкин-8

1.2.3 Интерлейкин-10

1.2.4. Фактор некроза опухоли

1.3 Связь микробиоты и иммунитета

1.3.1 Влияние микробиоты на иммунную систему кишечника

1.3.3 Адаптация кишечной микробиоты к факторам иммунного ответа

1.4 Секвенирование РНК: революционный инструмент для транскриптомики . 29 1.4.1 Транскриптомные исследования бифидобактерий и лактобацилл

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Бактериальные штаммы и условия выращивания

2.1.1 Bifidobacterium longum

2.1.2 Lacticaseibacillus rhamnosus

2.2 Влияние цитокинов на рост культур

2.2.1 Воздействие провоспалительных цитокинов на штамм B. longum GT15

2.2.2 Воздействие провоспалительных и противовоспалительных цитокинов на штамм L. rhamnosus K32

2.3 Работа с РНК

2.3.1 Выделение РНК бактерий штамма B. longum GT15

2.3.2 Приготовление транскриптомных библиотек и РНК секвенирование бактерий штамма B. longum GT15

2.3.3 Выделение РНК бактерий рода Lacticaseibacillus

2.3.4 Приготовление транскриптомных библиотек и РНК секвенирование бактерий рода Lacticaseibacillus

2.5 Филогенетическое профилирование

2.6 Подготовка и секвенирование 5'-обогащенных библиотек для идентификации транскрипционных стартовых сайтов

2.7 Количественная ПЦР в режиме реального времени

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Профиль экспрессии генов на различных стадиях роста штамма B. longum GT15

3.2 Влияние цитокинов на штамм B. longum GT15

3.2.1 Влияние провоспалительных цитокинов на рост штамма

3.2.2 Различия в профилях транскрипции генов под воздействием цитокинов

3.2.3 Картирование ДЭГов на метаболические пути

3.2.4 Функциональная аннотация ДЭГ

3.2.5 Эволюционно стабильные группы генов и транскрипционная организация ДЭГ

3.3 Влияние цитокинов на штамм L. rhamnosus K32

3.3.1 Провоспалительные цитокины не оказывают влияние на рост штамма

3.3.2 Различные концентрации цитокинов не влияют экспрессию генов

3.3.3 Различия в профилях транскрипции генов

3.3.5 Эволюционно стабильные группы генов и транскрипционная организация ДЭГ

3.4 ДЭГ под действием TNFa у штаммов B. longum GT15 и L. rhamnosus K32

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение А - ДЭГ штамма B. longum GT15 под воздействием TNFa

Приложение Б - Общие ДЭГ под воздействием IL-6 и TNFa у штамма B. longum GT15

Приложение В - Картирование ДЭГов, под воздействием IL-6, на метаболические пути штамма B. longum GT15

Приложение Г - Картирование ДЭГов, под воздействием TNFa, на метаболические пути штамма B. longum GT15

Приложение Д - Геномные последовательности Bifidobacterium для составления филогенетического профиля

Приложение Е - Опероны B. longum GT15 на экспрессию которых влияют IL-6 и TNFa

Приложение Ж - ДЭГ штамма L. rhamnosus K32 под воздействием IL-10

Приложение З - ДЭГ штамма L. rhamnosus K32 под воздействием IL-10 относительно рекомбинантного белка GFP

Приложение И - Геномные последовательности Lacticaseibacillus для составления филогенетического профиля

БЛАГОДАРНОСТИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние цитокинов человека на комменсальные микроорганизмы на примере лактобацилл и бифидобактерий»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Микроорганизмы в составе кишечной микробиоты находятся под постоянным давлением факторов иммунной системы организма хозяина, а их выживание зависит от умения быстро отвечать и адаптироваться к изменяющимся условиям окружающей среды. Адаптивный потенциал микробных клеток заключается в способности реагировать на внешние и внутренние сигналы, в том числе на сигнальные молекулы иммунной системы, пептидные гормоны и нейромедиаторы, и отвечать на их воздействие [Lesouhaitier и др., 2009].

Микробиом играет решающую роль в обучении и развитии основных компонентов врожденной и адаптивной иммунной системы хозяина, в то время как иммунная система управляет поддержанием ключевых особенностей симбиоза хозяина и микробов [Zheng, Liwinski, Elinav, 2020]. Бифидобактерии и лактобациллы обладают ярко выраженными иммуномодулирующими свойствами и способны инициировать воспалительный процесс в присутствии патогенов, стимулируя выработку как противовоспалительных, так и провоспалительных цитокинов и других факторов иммунного ответа [Ma и др., 2021].

Воспалительные механизмы иммунной системы хозяина, направленные на элиминирование патогенных микроорганизмов, как правило, нацелены на консервативные молекулярные структуры, обнаруживаемые как у патогенов, так и у других кишечных микробов, при этом состав нормальной кишечной микробиоты может оставаться стабильным в течение многих лет, что демонстрирует высокую устойчивость микроорганизмов к факторам иммунной системы. Однако механизмы, обеспечивающие выживание бифидобактерий, лактобацилл и других микроорганизмов в условиях воспалительного процесса, и постоянство репертуара нормальной микробиоты кишечника, остаются малоизученными.

Понимание механизмов адаптации кишечных микроорганизмов, таких как Bifidobacterium longum и Lacticaseibacillus rhamnosus, может позволить лучше понять взаимодействия организма хозяина с собственной микробиотой. В

перспективе это позволит отбирать наиболее подходящие штаммы для применения в клинической практике.

Степень разработанности

Несмотря на значительное количество публикаций по исследованию роли интерлейкинов в формировании иммунного ответа in vivo или in vitro в целом, работ по изучению влияния на штаммы здоровой микробиоты кишечника человека (в том числе бифидобактерий и лактобацилл) нет.

Иммунная система хозяина нацелена на элиминирование патогенов, поэтому способность избегать негативного воздействия факторов иммунного ответа организма хозяина является важнейшей задачей микроорганизмов в борьбе за выживание. Согласно литературным данным, некоторые бактерии, преимущественно патогены, способны связывать цитокины хозяина и отвечать формированием биопленок или изменением характеристик вирулентности, а также изменением скорости роста культуры [Högbom, Ihalin, 2017]. В частности, в ряде независимых исследований было показано, что интерлейкин-1 (IL-1) [Wolfson и др., 1991], интерлейкин-2 (IL-2) [Denis, Campbell, Gregg, 1991], гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор (GM-CSF) [Denis, Campbell, Gregg, 1991], интерлейкин-6 [Umberto Meduri и др., 1999], интерферон-у (IFNy) [Hogan и др., 1993] и фактор некроза опухоли а (TNFa) [Luo и др., 1993] оказывают влияние на рост патогенных бактерий. Выраженный ответ микроорганизмов на цитокины и другие сигнальные молекулы иммунной системы указывает на существование молекулярных механизмов, обеспечивающих данную коммуникацию. Кроме того, описаны механизмы, обеспечивающие чувствительность патогенных микроорганизмов в отношении защитных пептидов врожденного иммунитета хозяина. Некоторые патогены обладают способностью распознавать антимикробные пептиды (AMP) и индуцировать механизмы модификации клеточной поверхности для повышения устойчивости к ним [Leroux, Peterson, Mougous, 2015]. Комменсальные микроорганизмы находятся в тех же

условия, что и патогенные, и подвергаются воздействию со стороны организма хозяина во время воспаления.

Среди множества кишечных бактерий, которые положительно влияют на иммунную систему, многие исследования сосредоточили свой интерес на бифидобактериях как комменсальных микроорганизмах, которые способны стимулировать и модулировать определенные пути, влияя как на врожденные, так и на адаптивные иммунные реакции хозяина [Hidalgo-Cantabrana и др., 2017; Ruiz и др., 2017a]. Бифидобактерии являются одними из первых колонизаторов кишечника младенцев человека: считается, что их взаимодействие с хозяином начинается вскоре после рождения. Исследования выявили ряд секретируемых или ассоциированных с поверхностью молекул, которые действуют как важные медиаторы для установления связи между бифидобактериями и иммунной системой хозяина и позволяют взаимодействовать с иммунными клетками, ассоциированными со слизистой оболочкой. Кроме того, побочные продукты метаболизма углеводов бифидобактерий действуют как векторы, которые прямо и косвенно запускают иммунный ответ хозяина [Alessandri и др., 2019]. Изучая B. longum subsp. longum была обнаружена их возможность синтезировать экзополисахариды (ЭПС), способные влиять на иммунный ответ хозяина, и предотвращать симптомы, связанные с заболеванием [Schiavi и др., 2016].

Лактобациллы является преобладающими микроорганизмами здоровой микробиоты кишечника. Они могут связываться с рецепторами распознавания образов (РРО), экспрессируемыми иммунными клетками и многими другими тканями, для генерации иммуномодулирующих сигналов и запуска врожденных и адаптивных иммунных реакций у хозяина, чтобы лучше реагировать на патогены [Zhang и др., 2018]. Исследования показали, что Lacticaseibacillus и их компоненты клеточной стенки, метаболиты и полипептиды обладают функцией стимуляции иммунного ответа [Gao и др., 2021].

Таким образом, показана способность комменсальных представителей кишечной микробиоты стимулировать экспрессию цитокинов в присутствии патогенов, однако механизмы, обеспечивающие выживание комменсалов в

условиях воспалительного процесса и постоянство репертуара нормальной микробиоты кишечника, остаются малоизученными.

Цель исследования:

Изучение влияния провоспалительных и противовоспалительных цитокинов на представителей комменсальной микробиоты кишечника на примере лактобацилл и бифидобактерий.

Задачи исследования:

1. Изучение профиля экспрессии генов штамма B. longum GT15 на разных стадиях роста.

2. Оценка влияния цитокинов TNFa и IL-6 на рост штамма B. longum GT15, а также TNFa, IL-6, IL-8 и IL-10 на рост штамма L. rhamnosus K32.

3. Транскриптомный анализ штаммов B. longum GT15 и L. rhamnosus K32, культивированных с добавлением в среду цитокинов, поиск дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) и их функциональная аннотация.

4. Определение эволюционно стабильных групп генов и анализ оперонной организации ДЭГ.

5. Анализ полученных данных и предсказание механизмов адаптации штаммов B. longum GT15 и L. rhamnosus K32 к воздействию цитокинов.

Научная новизна

В рамках данной работы впервые изучены механизмы адаптации культур бифидобактерий и лактобацилл, в частности, штаммов Bifidobacterium longum GT15 и Lacticaseibacillus rhamnosus К32 к присутствию в среде цитокинов TNFa, IL-6, IL-8 и IL-10 как предполагаемых активаторов путей, обеспечивающих адаптацию комменсальных микроорганизмов. Впервые изучены транскрипционные профили штаммов, описаны характерные особенности воздействия на них цитокинов. На основе данных филогенетического профайлинга и транскриптомного анализа впервые проведено предсказание генных путей штамма B. longum GT15 и L. rhamnosus K32, участвующих в формировании устойчивости к факторам иммунного ответа в условиях воспалительного процесса.

Теоретическая и практическая значимость работы

Данная работа представляет новый взгляд на взаимоотношение организма хозяина и его микробиоты. Ранее микробиоту и ее отдельных представителей рассматривали как возможных создателей сигналов для изменений в организме хозяина, активации его иммунной системы. У микробиоты рассматривали преимущественно ответы на то, что оказывает прямое влияние как температура, рН и другие активные химические соединения. Результаты, полученные в рамках данной работы, говорят о том, что между в результате совместной коэволюции организма хозяина и его микробиоты появились двусторонние системы передачи сигналов, один из которых являются короткие пептидные последовательности -цитокины. Цитокины, сигнализирующие о воспалительных процессах, влияют на микробиоту давая ей возможность адаптироваться к предстоящему иммунному ответу, что может обеспечивать ее выживание. Точное понимание механизмов, обеспечивающих адаптацию представителей кишечной микробиоты к факторам иммунного ответа в условиях воспалительного процесса, позволит отбирать штаммы, эффективно выживающие в условиях воспаления для целевого применения. Отобранные штаммы впоследствии могут быть использованы для создания лекарственных средств, предназначенных для лечения заболеваний кишечника, сопряженных с воспалительным процессом, а также для разработки антимикробных агентов для лечения бактериальных инфекций с учетом данных о механизмах устойчивости для обеспечения лучшей выживаемости полезных для человека кишечных микробов.

Методология и методы исследования

В работе использовали штамм бифидобактерий В. longum БиЬвр. longum ОТ15 (СР006741) и штамм лактобацилл Ь. гкатпо8ш К32 (JNNV00000000). К экспериментальным образцам добавляли водный раствор лиофилизированных рекомбинантных человеческих цитокинов 1Ь-6, Т№а, 1Ь-8 и 1Ь-10 до конечной концентрации 0,1, 1 и 10 нг/мл. Выделение тотальной РНК, приготовление транскриптомных библиотек, секвенирование, биоинформатическая обработка

данных, транскриптомный и функциональный анализ дифференциально экспрессирующийся генов (ДЭГ), картирование ДЭГ на метаболические пути и филогенетическое профилирование проводилось по стандартной методике.

Положения, выносимые на защиту:

1. В экспоненциальной фазе роста штамма B. longum GT15 преимущественно активизируются гены связанные с быстрым ростом культуры, а в стационарной активируются гены, связанные с защитными функциями.

2. Культивирование штамма B. longum GT15 с цитокином Т№а приводит к значительным перестройкам метаболических путей штамма, и изменением экспрессии генов относящихся к защитным функциям бактериальных клеток во время воспалительного процесса.

3. Влияние цитокинов Т№а, ГЬ-6, ГЬ-8, ^-10 на характер экспрессии генов штамма L. rhamnosus К32 не является дозозависимым.

4. Цитокин ГЬ-10 активирует фосфотрансферазную систему транспорта сахаров в штамме L. rhamnosus Ю2.

Степень достоверности и апробация результатов

Результаты проведенных исследований были представлены на международных и российских конференциях, в том числе: на международной научной конференции по пробиотикам (1РС2020); на 13-ой международной мультиконференции «Биоинформатика Геномной Регуляции и Структурной/Системной Биологии» (BGRS/SB-2022); на научной конференции молодых ученых ФГБУ ФНКЦ ФХМ им. Ю.М. Лопухина ФМБА России; на Первом Российском конгрессе по медицинской микробиологии и инфектологии (РКММИ).

Автором опубликованы 3 печатных работ по теме диссертации в журналах, входящих в перечень рецензируемых научных журналов и изданий, рекомендованных ВАК Минобрнауки.

Личный вклад автора

Автор принимал личное участие на всех этапах выполнения работы: в планировании и осуществлении экспериментов, оценке и интерпретации их результатов. В процессе исследования непосредственно автором осуществлялось выделение РНК; приготовление транскриптомных библиотек, оптимизация протокола приготовления библиотек точек старта транскрипции (ТСТ) и приготовление библиотек ТСТ; секвенирование, обсчет транскриптомных данных, анализ метаболических путей и функциональная аннотация белков.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов и обсуждения, а также заключения, выводов, списка цитируемой литературы и приложений. Работа изложена на 156 страницах машинописного текста, включает 6 таблиц, 18 рисунков и 9 приложений. Список цитируемых литературных источников включает 207 наименований.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1 Бифидобактерии и лактобациллы как важный компонент микробиоты кишечника человека

Сосуществование микробиоты и человека продолжается уже давно. Изначально медицинские исследования рассматривали человеческий организм как самостоятельный многоклеточный организм и игнорировали функцию микробиоты, обитающей в нем. Ледерберг с соавторами впервые озвучили концепцию микробиоты и указали на возможность того, что эти микроорганизмы связаны со здоровьем и болезнью человека [Lederberg, 2000].

Кишечник млекопитающих населяет огромное разнообразие микроорганизмов и вирусов с общим метаболическим потенциалом, превосходящим метаболический потенциал хозяина. Считается, что состав микробного сообщества кишечника отражает совместную эволюцию хозяина и микробов для достижения сбалансированного, взаимовыгодного состояния [Fan, Pedersen, 2020]. Микробиота кишечника начинает формироваться с рождения и ее состав зависит от множества факторов: способа рождения, нозокомиальной микрофлоры в родильном отделении, питания матери, грудного вскармливания и др. [Fanaro и др., 2003; Mackie, Sghir, Gaskins, 1999]. Микробиота чрезвычайно важна для поддержания физиологического гомеостаза. Она обеспечивает синтез витаминов и незаменимых аминокислот, короткоцепочечных жирных кислот (КЖК) - бутирата, пропионата, ацетата, которые служат энергетическими субстратами для эпителиальных клеток, а также осуществляет инактивацию токсических веществ [Belkaid, Tamoutounour, 2016]. Предполагалось, что микробиота играет важную роль в ряде системных заболеваний, но только появление современных инструментов привело к новому пониманию того, как микробиота взаимодействует с иммунной системой хозяина. Изменение гомеостаза микробного сообщества, часто называемое «дисбактериозом», может приводить к воспалительным заболеваниям не только кишечника, но и других органов [Meng и др., 2020]. В настоящее время большие усилия сосредоточены на изучении потенциальной связи заболевания и микробиоты, в надежде, что это будет

способствовать разработке и реализации новых терапевтических и профилактических стратегий [Lynch, Pedersen, 2016]. Однако механизмы манифестации болезненных состояний связанных с микробиотой все еще остаются неясными. Стоит отметить, что в свете описанных в литературе ассоциаций между специфическими кишечными комменсальными бактериями, дифференцировкой Т-клеток и воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК), представляется весьма вероятным, что таксономический состав кишечной микробиоты способен влиять на врожденный иммунный тонус кишечника и модулировать устойчивость к инфекции или подверженность воспалительным заболеваниям [Belkaid, Hand, 2014]. Таким образом, после 150 лет приверженности постулатам Роберта Коха и изучения взаимодействий между конкретными бактериальными патогенами и их человеческими хозяевами, ученые сталкиваются с более сложной задачей -исследовать взаимодействие целого сообщества микробов и иммунной системы слизистой оболочки кишечника.

Бифидобактерии представляют собой грамположительные микроорганизмы, широко встречающиеся в экосистеме кишечника млекопитающих и (некоторых социальных) насекомых. Среди анаэробных комменсальных микроорганизмов бифидобактерии являются наиболее ранними колонизаторами человека. Бифидобактерии обнаруживаются в значительном количестве у 2/3 младенцев в возрасте одной недели в частности B. longum subsp. infantis [Adlerberth и др., 2007]. В процессе дальнейшего онтогенеза численность бифидобактерий сокращается с 11% у детей в возрасте от 1 до 4 лет до 3% у взрослых [Ringel-Kulka и др., 2013]. Список видов бифидобактерий с наибольшей численностью в кишечной микробиоте детей представлен такими видами как Bifidobacterium bifidum, B. infantis, B. breve и B. parvulorum; в тоже время основные виды взрослых: B. adolescentis. B. bifidum и B. longum также встречаются в обеих возрастных группах [Reuter, 2001]. Согласно другому исследованию, B. longum наиболее представлен в обеих группах, а во взрослом возрасте существенно возрастает представленность видов B. adolescentis и B. animalis subsp. lactis [Turroni и др., 2012]. Обширные исследования указывают, что некоторые штаммы бифидобактерий способствуют

укреплению здоровья за счет производства витаминов, облегчения ряда желудочно-кишечных расстройств, ингибирования энтеропатогенов за счет производства противомикробных соединений [Ruiz и др., 2017b].

В отличие от бифидобактерий, населяющих толстую кишку, лактобациллы распространены по всему пищеварительному тракту: от ротовой полости, слизистой оболочки глотки, пищевода, желудка и до кишечника [Gerald W. Tannock, 1995]. Лактобациллы составляют незначительную часть нормальной микробиоты кишечника взрослого человека, приблизительно 0,01-0,60% от всех обитателей желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), но при этом активно осуществляют регуляторные функции внутри микробного сообщества [Nelis и др., 2009]. Более того, взаимодействуя с клетками эпителия кишечника они обеспечивают процессы репарации слизистой оболочки, индуцируют образование лизоцима и активируют иммунный ответ. Наибольшей численностью в микробиоте ЖКТ отличаются виды Lacticaseibacillus gasseri, L. reuteri, L. rhamnosus, L. plantatum, L. fermentum, L. casei.

Таким образом, бифидобактерии и лактобациллы как компонент кишечной микробиоты могут оказывать положительный эффект на здоровье человека и поддерживают нормальное функционирование организма хозяина. Однако механизмы, обеспечивающие выживание микробов в условиях воспалительного процесса и постоянство репертуара нормальной микробиоты кишечника, остаются малоизученными.

1.2 Основные компоненты кишечной иммунной системы

Слой слизи на поверхности эпителиальных клеток является первым физическим барьером иммунной системы слизистой оболочки кишечника. Иммунная система слизистой оболочки кишечника состоит из трех различных лимфоидных структур: пейеровых бляшек, собственной пластинки и эпителия [Richards и др., 2016] (рисунок 1).

Рисунок 1 - Строение иммунной системы слизистой оболочки кишечника

В эпителии тонкого кишечника клетки Панета, расположенные в основании крипт, способны секретировать антимикробные пептиды (АМП) в ответ на бактерии или патогены в просвете кишечника и являются частью врожденной иммунной системы организма [Ayabe и др., 2004]. К АМП относятся а-дефензины, ReglII, лизоцимы и др. [Es van и др., 2005]. Слой слизи и АМП составляют слизистый барьер, предотвращающий инвазию симбиотических бактерий. Было обнаружено прямое влияние АМП на микробиом в просвете кишечника и их роль в защите слизистой оболочки хозяина [Ayabe и др., 2000; Ayabe и др., 2004; Bals и др., 1999; Cash и др., 2006; Scott и др., 2002; Stelter и др., 2011; Vaishnava и др., 2011].

Эпителиальные клетки являются вторым физическим барьером иммунной системы слизистой оболочки кишечника и непосредственно участвуют в работе кишечной иммунной системы. Эпителиальные клетки участвуют не только в непосредственной защите от микроорганизмов; они также посылают сигналы иммунной системе слизистых оболочек, продуцируя цитокины и хемокины [Kuhn, Pedraza, Demoruelle, 2014]. В ответ на раздражители врожденные лимфоидные клетки (ВЛК), локализованные в эпителиальных клетках, могут активироваться для производства цитокинов. IL-22 продуцируемый ВЛК способствует гомеостазу и заживлению во время инфекции в кишечнике [Sonnenberg и др., 2011; Zenewicz и

др., 2008]. IL-22 также способен индуцировать эпителиальные клетки для продукции ReglIIa, который связывает бактериальный пептидогликан и вызывает гибель грамположительные бактерии-мишени [Mukherjee и др., 2013]. Микробиом продуцирует метаболиты, которые способны повышать целостность кишечника и стимулировать врожденные лимфоидные клетки группы 3 к выработке IL-22 [Mcdermott, Huffnagle, 2014]. Интраэпителиальные лимфоциты, состоящие из популяций aß+ и у5+ Т-клеток, играют важную роль в защите и патогенезе воспаления. При активации этот тип клеток экспрессирует цитокины: IFN-y и фактор роста кератиноцитов для защиты эпителиальных клеток от повреждения [Boismenu, Havran, 1994; Moretto, Weiss, Khan, 2004; Wang и др., 2002].

Дендритные клетки (ДК) отвечают за способность иммунной системы эффективно распознавать и устранять экзогенные патогены. ДК обладают способностью непрерывно передавать антигены через барьер в лимфоидную ткань, ассоциированную со слизистой оболочкой, или дренировать лимфатические узлы [Rescigno и др., 2001]. Кроме того, ДК открывают плотный контакт между кишечным эпителием, чтобы фагоцитировать патогены напрямую [Rescigno и др., 2001]. В стационарном состоянии ДК регулируют иммунную толерантность кишечника, способствуя дифференцировке CD4+ Т-клеток в регуляторные Т-клетки (Treg) и активируя Treg посредством неклассического пути аутофагии [Colombo и др., 2015]. Сиерро и др. дополнительно подтвердили, что белок жгутиков Salmonella специфически индуцирует повышенную экспрессию CCL20 и приводит к миграции дендритных клеток [Sierro и др., 2001]. Провоспалительные Т-хелперные (Th) клетки играют важную роль в аутоиммунитете, устраняя патогены во время защитной реакции хозяина и вызывая воспаление тканей, что приводит к последующему разрушению тканей. Treg является основным регуляторным компонентом иммунной толерантности и воспаления. Следовательно, нарушение регуляции Treg и провоспалительных ^-клеток в кишечнике тесно связано с кишечным аутоиммунитетом, например, при ВЗК [Colombo и др., 2015]. Кроме того, секреторные клетки в слое эпителиальных клеток могут синтезировать и секретировать протеогликаны с образованием слизи

и других клеток, участвующих во вспомогательной микробной защите [Kuhn, Pedraza, Demoruelle, 2014]. Эпителиальные клетки также экспрессируют различные рецепторы распознавания образов (РРО), включая Toll-подобные рецепторы (ТПР) и белок 2, содержащий домен олигомеризации, связывающий нуклеотиды, которые также продуцируют хемокины для клеток костного мозга и лимфоцитов при противовоспалительных стимулах [Akira, Takeda, Kaisho, 2001; Gewirtz и др., 2001; Hayashi и др., 2001]. ТПР представляют собой группу важных РРО, играющих жизненно важную роль во врожденной иммунной системе [Akira, Takeda, Kaisho, 2001]. Микробы могут распознавать иммунные регуляторы, такие как хемокины, провоспалительные цитокины и противовоспалительные цитокины, через РРО, и эти регуляторы играют важную роль в аутоиммунитете и адаптивном иммунитете.

Собственная пластинка, состоящая из В- и Т-клеток, находится в нижнем слое кишечных эпителиальных клеток. Т-клетки быстро реагируют на сигнал из среды просвета и инициируют воспалительные и противовоспалительные реакции. Кишечный микробиом способствует дифференцировке наивных CD8+ T-клеток в сторону CD4+ T-клеток [Lui и др., 2015]. CD4+ T-клетки секретируют IL-17 и IL-22, которые участвуют в регуляции воспаления кишечника [Muñoz и др., 2009]. Эпителиальные клетки кишечника продуцируют IL-17, который может индуцировать экспрессию хемокинов, таких как хемокины CXC и CC [Awane и др., 1999].

Пейеровы бляшки, места созревания В-клеток, продуцирующих иммуноглобулины A (IgA), распределяются вдоль тонкого кишечника в количестве 100-200 у людей и 6-12 у мышей [Reboldi и др., 2016]. Эти участки способствуют образованию В-клеток и плазматических клеток. Активированные В-клетки в пейеровых бляшках постоянно генерируют IgA-продуцирующие плазматические клетки для Т-клеточно-зависимых и Т-независимых ответов в кишечнике [Bemark, Boysen, Lycke, 2012; Bergqvist и др., 2010]. Секретирование IgA является их основным вкладом в защиту кишечного барьера [Carasi и др., 2015]. После активации Т-клетки и В-клетки возвращаются в собственную пластинку, функционируя как часть специфического иммунного ответа [Kuhn, Pedraza,

Demoruelle, 2014]. Клетки кишечной микроскладки представляют собой эпителиальные клетки, которые в основном присутствуют в пейеровых бляшках тонкой кишки и переносят антигены в пейеровы бляшки для соответствующих иммунных ответов. Экспрессия иммуноглобулиноподобного лектина F (Siglec-F), связывающего сиаловую кислоту, была идентифицирована на М-клетках мыши в тонком кишечнике; Siglec-F участвует в транспортировке антигена в кишечнике [Gicheva и др., 2016].

Помимо эпителиальных клеток кишечника, которые образуют физический барьер и продуцируют воспалительные цитокины, хемокины и антимикробные пептиды [Huang и др., 2016; Huang, 2016], врожденный иммунитет против инфекции реализуют различные иммунные клетки, включая дендритные клетки, нейтрофилы, макрофаги, естественные киллеры (NK) и у5 Т-клетки. Интерлейкин IL-8 рекрутирует нейтрофилы из системы кровообращения в инфицированную ткань для защиты [Fleckenstein, Kopecko, 2001]. Макрофаги, имеют решающее значение для защитного иммунитета путем фагоцитоза бактерий и, наряду с дендритными клетками, являются основными источниками многих интерлейкинов, в частности IL-6 и TNFa продуцируются макрофагами [Mittrucker, Kaufmann, 2000; Tam и др., 2008]. Кроме того, дендритные клетки играют важную роль моста между врожденным и приобретенным иммунитетом через интерлейкины [Trinchieri, 2003].

1.2.1 Интерлейкин-6

Интерлейкин-6 (IL-6) представляет собой плейотропный цитокин, который не только регулирует иммунный и воспалительный ответ, но также влияет на кроветворение, метаболизм и развитие органов [Hirano, 2009]. IL-6 был открыт в 1986 году как фактор, стимулирующий В-клетки и инициирующий выработку IgG [Hirano и др., 1986].

На сегодняшний день идентифицировано десять цитокинов семейства IL-6: IL-6, онкостатин M (ОСМ), фактор ингибирования лейкемии, цилиарный нейротрофический фактор, кардиотропин-1 (КТ-1), кардиотропин подобный

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Веселовский Владимир Александрович, 2023 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Abrams G. D., Bauer H., Sprinz H. Influence of the normal flora on mucosal morphology and cellular renewal in the ileum. A comparison of germ-free and conventional mice. // Lab. Invest. 1963. Т. 12. С. 355-364.

2. Adlerberth I. и др. Gut microbiota and development of atopic eczema in 3 European birth cohorts // J. Allergy Clin. Immunol. 2007. Т. 120. № 2. С. 343-350.

3. Ahern P. P., Maloy K. J. Understanding immune-microbiota interactions in the intestine // Immunology. 2020. Т. 159. № 1. С. 4-14.

4. Akira S., Takeda K., Kaisho T. Toll-like receptors: critical proteins linking innate and acquired immunity // Nat. Immunol. 2001 28. 2001. Т. 2. № 8. С. 675-680.

5. Alcántara C. и др. Regulation of Lactobacillus casei sorbitol utilization genes requires DNA-binding transcriptional activator GutR and the conserved protein GutM // Appl. Environ. Microbiol. 2008. Т. 74. № 18. С. 5731-5740.

6. Alessandri G. и др. Bifidobacterial Dialogue With Its Human Host and Consequent Modulation of the Immune System // Front. Immunol. 2019. Т. 10. С. 490673.

7. Araki A. и др. MyD88-deficient mice develop severe intestinal inflammation in dextran sodium sulfate colitis // J. Gastroenterol. 2005. Т. 40. № 1. С. 16-23.

8. Arpaia N. и др. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation // Nat. 2013 5047480. 2013. Т. 504. № 7480. С. 451-455.

9. Averina O. V. и др. Influence of probiotics on cytokine production in the in Vitro and in Vivo Systems // Med. Immunol. 2015. Т. 17. № 5. С. 443-454.

10. Awane M. и др. NF-KB-Inducing Kinase Is a Common Mediator of IL-17-, TNF-a-, and IL-1p-Induced Chemokine Promoter Activation in Intestinal Epithelial Cells // J. Immunol. 1999. Т. 162. № 9. С. 5337-5344.

11. Ayabe T. и др. Secretion of microbicidal a-defensins by intestinal Paneth cells in response to bacteria // Nat. Immunol. 2000 12. 2000. Т. 1. № 2. С. 113-118.

12. Ayabe T. и др. The role of Paneth cells and their antimicrobial peptides in innate host defense // Trends Microbiol. 2004. Т. 12. № 8. С. 394-398.

13. Baggiolini M., Walz A., Kunkel S. L. Neutrophil-activating peptide-1/interleukin 8, a novel cytokine that activates neutrophils. // J. Clin. Invest. 1989. Т. 84. № 4. С. 1045-

14. Bals R. h gp. Augmentation of innate host defense by expression of a cathelicidin antimicrobial peptide // Infect. Immun. 1999. T. 67. № 11. C. 6084-6089.

15. Bang M. h gp. Transcriptional Response and Enhanced Intestinal Adhesion Ability of Lactobacillus rhamnosus GG after Acid Stress // J. Microbiol. Biotechnol. 2018. T. 28. № 10. C. 1604-1613.

16. Bartolomaeus H. h gp. Short-Chain Fatty Acid Propionate Protects From Hypertensive Cardiovascular Damage // Circulation. 2019. T. 139. № 11. C. 1407-1421.

17. Belkaid Y., Hand T. W. Role of the Microbiota in Immunity and Inflammation // Cell. 2014. T. 157. № 1. C. 121-141.

18. Belkaid Y., Tamoutounour S. The influence of skin microorganisms on cutaneous immunity // Nat. Rev. Immunol. 2016 166. 2016. T. 16. № 6. C. 353-366.

19. Bemark M., Boysen P., Lycke N. Y. Induction of gut IgA production through T cell-dependent and T cell-independent pathways // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2012. T. 1247. № 1. C. 97-116.

20. Benitez-Paez A. h gp. Microbiota diversity and gene expression dynamics in human oral biofilms // BMC Genomics. 2014. T. 15. № 1. C. 1-13.

21. Berg D. J. h gp. Interleukin-10 is a central regulator of the response to LPS in murine models of endotoxic shock and the Shwartzman reaction but not endotoxin tolerance. // J. Clin. Invest. 1995. T. 96. № 5. C. 2339-2347.

22. Bergqvist P. h gp. T Cell-Independent IgA Class Switch Recombination Is Restricted to the GALT and Occurs Prior to Manifest Germinal Center Formation // J. Immunol. 2010. T. 184. № 7. C. 3545-3553.

23. Boismenu R., Havran W. L. Modulation of Epithelial Cell Growth by Intraepithelial y5 T Cells // Science (80-. ). 1994. T. 266. № 5188. C. 1253-1255.

24. Booijink C. C. G. M. h gp. Metatranscriptome analysis of the human fecal microbiota reveals subject-specific expression profiles, with genes encoding proteins involved in carbohydrate metabolism being dominantly expressed // Appl. Environ. Microbiol. 2010. T. 76. № 16. C. 5533-5540.

25. Bottacini F. h gp. Global transcriptional landscape and promoter mapping of the gut

commensal Bifidobacterium breve UCC2003 // BMC Genomics. 2017. T. 18. № 1.

26. Byrne A. h gp. Realizing the potential of full-length transcriptome sequencing // Philos. Trans. R. Soc. B. 2019. T. 374. № 1786.

27. Cao X. Self-regulation and cross-regulation of pattern-recognition receptor signalling in health and disease // Nat. Rev. Immunol. 2015 161. 2015. T. 16. № 1. C. 35-50.

28. Carasi P. h gp. Impact of kefir derived lactobacillus kefiri on the mucosal immune response and gut microbiota // J. Immunol. Res. 2015. T. 2015.

29. Cash H. L. h gp. Symbiotic bacteria direct expression of an intestinal bactericidal lectin // Science (80-. ). 2006. T. 313. № 5790. C. 1126-1130.

30. Catanzaro M. h gp. Immune response in COVID-19: addressing a pharmacological challenge by targeting pathways triggered by SARS-CoV-2 // Signal Transduct. Target. Ther. 2020 51. 2020. T. 5. № 1. C. 1-10.

31. Cebra J. J. h gp. Development and Maintenance of the Gut-Associated Lymphoid Tissue (Galt): the Roles of Enteric Bacteriaand Viruses // Dev. Immunol. 1998. T. 6. № 1-2. C. 13.

32. Chapman T. M., Plosker G. L., Figgitt D. P. VSL#3 Probiotic Mixture // Drugs 2006 6610. 2012. T. 66. № 10. C. 1371-1387.

33. Chen F., Stappenbeck T. S. Microbiome control of innate reactivity // Curr. Opin. Immunol. 2019. T. 56. C. 107-113.

34. Chodorowska G., Glowacka A., Tomczyk M. Leukemia inhibitory factor (LIF) and its biological activity. // Ann. Univ. Mariae Curie. Sklodowska. Med. 2004. T. 59. № 2. C. 189-193.

35. Chu W. M. Tumor necrosis factor // Cancer Lett. 2013. T. 328. № 2. C. 222-225.

36. Chun E. h gp. Metabolite-Sensing Receptor Ffar2 Regulates Colonic Group 3 Innate Lymphoid Cells and Gut Immunity // Immunity. 2019. T. 51. № 5. C. 871- 884.e6.

37. Coenye T. Do results obtained with RNA-sequencing require independent verification? // Biofilm. 2021. T. 3. C. 100043.

38. Colombo B. M. h gp. Microbiota and mucosal immunity in amphibians // Front. Immunol. 2015. T. 6. № MAR. C. 111.

39. Corchete L. A. h gp. Systematic comparison and assessment of RNA-seq procedures

for gene expression quantitative analysis // Sci. Reports 2020 101. 2020. T. 10. № 1. C. 1-15.

40. Costa-Pereira A. P. Regulation of IL-6-type cytokine responses by MAPKs // Biochem. Soc. Trans. 2014. T. 42. № 1. C. 59-62.

41. Creecy J. P., Conway T. Quantitative bacterial transcriptomics with RNA-seq // Curr. Opin. Microbiol. 2015. T. 23. C. 133-140.

42. Cullen T. W. h gp. Antimicrobial peptide resistance mediates resilience of prominent gut commensals during inflammation // Science (80-. ). 2015. T. 347. № 6218. C. 170175.

43. Dams-Kozlowska H. h gp. A designer hyper interleukin 11 (H11) is a biologically active cytokine // BMC Biotechnol. 2012. T. 12. № 1. C. 1-11.

44. Denis M., Campbell D., Gregg E. O. Interleukin-2 and granulocyte-macrophage colony-stimulating factor stimulate growth of a virulent strain of Escherichia coli. // Infect. Immun. 1991. T. 59. № 5. C. 1853.

45. Dobreva I. h gp. Interleukin-8 secretion by fibroblasts induced by low density lipoproteins is p38 MAPK-dependent and leads to cell spreading and wound closure // J. Biol. Chem. 2006. T. 281. № 1. C. 199-205.

46. Eckburg P. B. h gp. Microbiology: Diversity of the human intestinal microbial flora // Science (80-. ). 2005. T. 308. № 5728. C. 1635-1638.

47. Eid J. h gp. Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules // Science (80-. ). 2009. T. 323. № 5910. C. 133-138.

48. Emms D. M., Kelly S. OrthoFinder: solving fundamental biases in whole genome comparisons dramatically improves orthogroup inference accuracy // Genome Biol. 2015. T. 16. № 1. C. 157.

49. Emrich S. J. h gp. Gene discovery and annotation using LCM-454 transcriptome sequencing // Genome Res. 2007. T. 17. № 1. C. 69-73.

50. Es J. H. van h gp. Wnt signalling induces maturation of Paneth cells in intestinal crypts // Nat. Cell Biol. 2005 74. 2005. T. 7. № 4. C. 381-386.

51. Ewels P. h gp. MultiQC: summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report // Bioinformatics. 2016. T. 32. № 19. C. 3047-3048.

52. Fan Y., Pedersen O. Gut microbiota in human metabolic health and disease // Nat. Rev. Microbiol. 2020 191. 2020. T. 19. № 1. C. 55-71.

53. Fanaro S. h gp. Intestinal microflora in early infancy: composition and development // Acta P^diatrica. 2003. T. 92. № 441. C. 48-55.

54. Feugate J. E. h gp. The cxc chemokine cCAF stimulates differentiation of fibroblasts into myofibroblasts and accelerates wound closure // J. Cell Biol. 2002. T. 156. № 1. C. 161-172.

55. Fiebiger U., Bereswill S., Heimesaat M. M. Dissecting the Interplay Between Intestinal Microbiota and Host Immunity in Health and Disease: Lessons Learned from Germfree and Gnotobiotic Animal Models // Eur. J. Microbiol. Immunol. (Bp). 2016. T. 6. № 4. C. 253-271.

56. Fiorentino D. F. h gp. Two types of mouse T helper cell. IV. Th2 clones secrete a factor that inhibits cytokine production by Th1 clones. // J. Exp. Med. 1989. T. 170. № 6. C. 2081-2095.

57. Fleckenstein J. M., Kopecko D. J. Breaching the mucosal barrier by stealth: an emerging pathogenic mechanism for enteroadherent bacterial pathogens // J. Clin. Invest. 2001. T. 107. № 1. C. 27-30.

58. Fousek K., Horn L. A., Palena C. Interleukin-8: A chemokine at the intersection of cancer plasticity, angiogenesis, and immune suppression // Pharmacol. Ther. 2021. T. 219. C. 107692.

59. Francino M. P. Early Development of the Gut Microbiota and Immune Health // Pathog. 2014, Vol. 3, Pages 769-790. 2014. T. 3. № 3. C. 769-790.

60. Frantz A. L. h gp. Targeted deletion of MyD88 in intestinal epithelial cells results in compromised antibacterial immunity associated with downregulation of polymeric immunoglobulin receptor, mucin-2, and antibacterial peptides // Mucosal Immunol. 2012. T. 5. № 5. C. 501-512.

61. Franzosa E. A. h gp. Relating the metatranscriptome and metagenome of the human gut // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014. T. 111. № 22. C. E2329-E2338.

62. Fukata M., Arditi M. The role of pattern recognition receptors in intestinal inflammation // Mucosal Immunol. 2013 63. 2013. T. 6. № 3. C. 451-463.

63. Gao D. h gp. Study of the immunoregulatory effect of Lactobacillus rhamnosus 1.0320 in immunosuppressed mice // J. Funct. Foods. 2021. T. 79. C. 104423.

64. Garanina I. A., Fisunov G. Y., Govorun V. M. BAC-BROWSER: The Tool for Visualization and Analysis of Prokaryotic Genomes // Front. Microbiol. 2018. T. 9. № NOV. C. 2827.

65. Gazzinelli R. T. h gp. In the absence of endogenous IL-10, mice acutely infected with Toxoplasma gondii succumb to a lethal immune response dependent on CD4+ T cells and accompanied by overproduction of IL-12, IFN-gamma and TNF-alpha. // J. Immunol. 1996. T. 157. № 2. C. 798-805.

66. Gerald W. Tannock. Normal Microflora: An Introduction to Microbes Inhabiting the Human Body - Gerald W. Tannock - Google Books // 1995.

67. Gewirtz A. T. h gp. Cutting Edge: Bacterial Flagellin Activates Basolaterally Expressed TLR5 to Induce Epithelial Proinflammatory Gene Expression // J. Immunol. 2001. T. 167. № 4. C. 1882-1885.

68. Giannoukos G. h gp. Efficient and robust RNA-seq process for cultured bacteria and complex community transcriptomes // Genome Biol. 2012. T. 13. № 3. C. 1-13.

69. Gibbons R. J., Socransky S. S., Kapsimalis B. Establishment of human indigenous bacteria in germ-free mice // J. Bacteriol. 1964. T. 88. № 5. C. 1316-1323.

70. Gicheva N. h gp. Siglec-F is a novel intestinal M cell marker // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2016. T. 479. № 1. C. 1-4.

71. Gilmour P. S. h gp. Histone acetylation regulates epithelial IL-8 release mediated by oxidative stress from environmental particles // Am. J. Physiol. - Lung Cell. Mol. Physiol. 2003. T. 284. № 3 28-3. C. 533-540.

72. Gosalbes M. J. h gp. Metatranscriptomic Approach to Analyze the Functional Human Gut Microbiota // PLoS One. 2011. T. 6. № 3. C. e17447.

73. Gou W. h gp. Gut microbiota may underlie the predisposition of healthy individuals to COVID-19 // medRxiv. 2020. C. 2020.04.22.20076091.

74. Grainger J., Daw R., Wemyss K. Systemic instruction of cell-mediated immunity by the intestinal microbiome // F1000Research 2018 71910. 2018. T. 7. C. 1910.

75. Guo J. h gp. Transcriptome analysis of Lactobacillus paracasei SMN-LBK under

ethanol stress // J. Dairy Sci. 2020. T. 103. № 9. C. 7813-7825.

76. Hayashi F. h gp. The innate immune response to bacterial flagellin is mediated by Toll-like receptor 5 // Nat. 2001 4106832. 2001. T. 410. № 6832. C. 1099-1103.

77. Hechtman D. H. h gp. Intravascular IL-8. Inhibitor of polymorphonuclear leukocyte accumulation at sites of acute inflammation. // J. Immunol. 1991. T. 147. № 3. C. 883892.

78. Heinrich P. C. h gp. Principles of interleukin (IL)-6-type cytokine signalling and its regulation // Biochem. J. 2003. T. 374. № 1. C. 1-20.

79. Hidalgo-Cantabrana C. h gp. Bifidobacteria and Their Health-Promoting Effects // Microbiol. Spectr. 2017. T. 5. № 3.

80. Hirano T. h gp. Complementary DNA for a novel human interleukin (BSF-2) that induces B lymphocytes to produce immunoglobulin // Nat. 1986 3246092. 1986. T. 324. № 6092. C. 73-76.

81. Hirano T. Interleukin 6 and its Receptor: Ten Years Later // http://dx.doi.org/10.3109/08830189809042997. 2009. T. 16. № 3-4. C. 249-284.

82. Hogan J. S. h gp. Growth Responses of Coliform Bacteria to Recombinant Bovine Cytokines // J. Dairy Sci. 1993. T. 76. № 4. C. 978-982.

83. Hogbom M., Ihalin R. Functional and structural characteristics of bacterial proteins that bind host cytokines // https://doi.org/10.1080/21505594.2017.1363140. 2017. T. 8. № 8. C. 1592-1601.

84. Honda K., Littman D. R. The microbiota in adaptive immune homeostasis and disease // Nat. 2016 5357610. 2016. T. 535. № 7610. C. 75-84.

85. Hou Y. h gp. Transcriptomic responses of Caco-2 cells to Lactobacillus rhamnosus GG and Lactobacillus plantarum J26 against oxidative stress // J. Dairy Sci. 2019. T. 102. № 9. C. 7684-7696.

86. Huang F.-C. h gp. The differential effects of 1,25-dihydroxyvitamin D3 on Salmonella-induced interleukin-8 and human beta-defensin-2 in intestinal epithelial cells // Clin. Exp. Immunol. 2016. T. 185. № 1. C. 98-106.

87. Huang F. C. Vitamin D differentially regulates Salmonella-induced intestine epithelial autophagy and interleukin-1p expression // World J. Gastroenterol. 2016. T. 22.

№ 47. C. 10353-10363.

88. Iacob S., Iacob D. G., Luminos L. M. Intestinal microbiota as a host defense mechanism to infectious threats // Front. Microbiol. 2019. T. 10. № JAN. C. 3328.

89. Jang D. I. h gp. The Role of Tumor Necrosis Factor Alpha (TNF-a) in Autoimmune Disease and Current TNF-a Inhibitors in Therapeutics // Int. J. Mol. Sci. 2021, Vol. 22, Page 2719. 2021. T. 22. № 5. C. 2719.

90. Jorth P. h gp. Metatranscriptomics of the human oral microbiome during health and disease // MBio. 2014. T. 5. № 2.

91. Justiz Vaillant A. A., Qurie A. Interleukin // StatPearls. 2023.

92. Kang Y. h gp. Transcript amplification from single bacterium for transcriptome analysis // Genome Res. 2011. T. 21. № 6. C. 925-935.

93. Kaoutari A. El h gp. The abundance and variety of carbohydrate-active enzymes in the human gut microbiota // Nat. Rev. Microbiol. 2013 117. 2013. T. 11. № 7. C. 497504.

94. Kehl-Fie T. E., Skaar E. P. Nutritional immunity beyond iron: a role for manganese and zinc // Curr. Opin. Chem. Biol. 2010. T. 14. № 2. C. 218-224.

95. Khan R., Petersen F. C., Shekhar S. Commensal bacteria: An emerging player in defense against respiratory pathogens // Front. Immunol. 2019. T. 10. № MAY. C. 1203.

96. Kim D., Langmead B., Salzberg S. L. HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements // Nat. Methods 2015 124. 2015. T. 12. № 4. C. 357-360.

97. Koskenniemi K. h gp. Proteomics and Transcriptomics Characterization of Bile Stress Response in Probiotic Lactobacillus rhamnosus GG // Mol. Cell. Proteomics. 2011. T. 10. № 2. C. S1-S18.

98. Krasnov G. S. h gp. RPN1, a new reference gene for quantitative data normalization in lung and kidney cancer // Mol. Biol. 2011. T. 45. № 2. C. 211-220.

99. Krulwich T. A., Sachs G., Padan E. Molecular aspects of bacterial pH sensing and homeostasis // Nat. Rev. Microbiol. 2011. T. 9. № 5. C. 330-343.

100. Kubinak J. L. h gp. MyD88 signaling in T cells directs IgA-mediated control of the microbiota to promote health // Cell Host Microbe. 2015. T. 17. № 2. C. 153-163.

101. Kuhn K. A., Pedraza I., Demoruelle M. K. Mucosal immune responses to microbiota

in the development of autoimmune disease // Rheum. Dis. Clin. North Am. 2014. T. 40. № 4. C. 711-725.

102. Langmead B., Salzberg S. L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 // Nat. Methods. 2012. T. 9. № 4. C. 357-359.

103. Lazar V. h gp. Aspects of gut microbiota and immune system interactions in infectious diseases, immunopathology, and cancer // Front. Immunol. 2018. T. 9. № AUG. C. 1830.

104. LeBlanc J. G. h gp. Bacteria as vitamin suppliers to their host: a gut microbiota perspective // Curr. Opin. Biotechnol. 2013. T. 24. № 2. C. 160-168.

105. Lederberg J. Infectious History // Science (80-. ). 2000. T. 288. № 5464. C. 287293.

106. Lengeler J. W., Jahreis K. Bacterial PEP-Dependent Carbohydrate: Phosphotransferase Systems Couple Sensing and Global Control Mechanisms // Contrib. Microbiol. 2009. T. 16. C. 65-87.

107. Leroux M., Peterson S. B., Mougous J. D. Bacterial danger sensing // J. Mol. Biol. 2015. T. 427. № 23. C. 3744-3753.

108. Lesouhaitier O. h gp. Gram-negative bacterial sensors for eukaryotic signal molecules // Sensors. 2009. T. 9. № 9. C. 6967-6990.

109. Ley R. E. h gp. Evolution of mammals and their gut microbes // Science (80-. ).

2008. T. 320. № 5883. C. 1647-1651.

110. Li H. h gp. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools // Bioinformatics.

2009. T. 25. № 16. C. 2078-2079.

111. Liao Y., Smyth G. K., Shi W. featureCounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features // Bioinformatics. 2014. T. 30. № 7. C. 923-930.

112. Libertucci J., Young V. B. The role of the microbiota in infectious diseases // Nat. Microbiol. 2018 41. 2018. T. 4. № 1. C. 35-45.

113. Liu J. Z. h gp. Zinc sequestration by the neutrophil protein calprotectin enhances salmonella growth in the inflamed gut // Cell Host Microbe. 2012. T. 11. № 3. C. 227239.

114. Liu Z. S., Lin C. F., Chen P. W. Transcriptome analysis of Lactobacillus rhamnosus GG strain treated with prebiotic - bovine lactoferrin under a cold environment // J. Food Drug Anal. 2021. T. 29. № 3. C. 402-418.

115. Lobritz M. A. h gp. Antibiotic efficacy is linked to bacterial cellular respiration // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015. T. 112. № 27. C. 8173-8180.

116. Lui J. B. h gp. Cross-differentiation from the CD8 lineage to CD4T cells in the gut-associated microenvironment with a nonessential role of microbiota // Cell Rep. 2015. T. 10. № 4. C. 574-585.

117. Luo G. h gp. Tumor necrosis factor alpha binding to bacteria: evidence for a high-affinity receptor and alteration of bacterial virulence properties // Infect. Immun. 1993. T. 61. № 3. C. 830-835.

118. Luu M. h gp. The short-chain fatty acid pentanoate suppresses autoimmunity by modulating the metabolic-epigenetic crosstalk in lymphocytes // Nat. Commun. 2019 101. 2019. T. 10. № 1. C. 1-12.

119. Lynch S. V., Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease // N. Engl. J. Med. 2016. T. 375. № 24. C. 2369-2379.

120. M Leung D. Y. h gp. Gut microbiota, probiotics, and vitamin D: Interrelated exposures influencing allergy, asthma, and obesity? // J. Allergy Clin. Immunol. 2011. T. 127. № 5. C. 1087-1094.

121. Ma X. h gp. Lactobacillus rhamnosus and Bifidobacterium longum alleviate colitis and cognitive impairment in mice by regulating IFN-y to IL-10 and TNF-a to IL-10 expression ratios // Sci. Reports 2021 111. 2021. T. 11. № 1. C. 1-16.

122. Mackie R. I., Sghir A., Gaskins H. R. Developmental microbial ecology of the neonatal gastrointestinal tract // Am. J. Clin. Nutr. 1999. T. 69. № 5.

123. Markowiak-Kopec P., Slizewska K. The Effect of Probiotics on the Production of Short-Chain Fatty Acids by Human Intestinal Microbiome // Nutrients. 2020. T. 12. № 4.

124. Matsushima K., Oppenheim J. J. Interleukin 8 and MCAF: novel inflammatory cytokines inducible by IL 1 and TNF // Cytokine. 1989. T. 1. № 1. C. 2-13.

125. May J. J. h gp. Inhibition of the D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase from Bacillus subtilis increases the bacterium's susceptibility to antibiotics that target the cell

wall // FEBS J. 2005. T. 272. № 12. C. 2993-3003.

126. Maynard C. L. h gp. Reciprocal interactions of the intestinal microbiota and immune system // Nat. 2012 4897415. 2012. T. 489. № 7415. C. 231-241.

127. Mazin P. V h gp. Transcriptome analysis reveals novel regulatory mechanisms in a genome-reduced bacterium. // Nucleic Acids Res. 2014. T. 42. № 21. C. 13254-13268.

128. Mcdermott A. J., Huffnagle G. B. The microbiome and regulation of mucosal immunity // Immunology. 2014. T. 142. № 1. C. 24-31.

129. Mehta A. K., Gracias D. T., Croft M. TNF activity and T cells // Cytokine. 2018. T. 101. C. 14-18.

130. Meng X. h gp. Gut dysbacteriosis and intestinal disease: mechanism and treatment // J. Appl. Microbiol. 2020. T. 129. № 4. C. 787-805.

131. Metges C. C. Contribution of Microbial Amino Acids to Amino Acid Homeostasis of the Host // J. Nutr. 2000. T. 130. № 7. C. 1857S-1864S.

132. Mikheyev A. S., Tin M. M. Y. A first look at the Oxford Nanopore MinION sequencer // Mol. Ecol. Resour. 2014. T. 14. № 6. C. 1097-1102.

133. Mikulic J. h gp. Secretory IgA in complex with Lactobacillus rhamnosus potentiates mucosal dendritic cell-mediated Treg cell differentiation via TLR regulatory proteins, RALDH2 and secretion of IL-10 and TGF-p // Cell. Mol. Immunol. 2016 146. 2016. T. 14. № 6. C. 546-556.

134. Mitsuyama K. h gp. IL-8 as an important chemoattractant for neutrophils in ulcerative colitis and Crohn's disease // Clin. Exp. Immunol. 2008. T. 96. № 3. C. 432436.

135. Mittrucker H. W., Kaufmann S. H. E. Immune response to infection with Salmonella typhimurium in mice // J. Leukoc. Biol. 2000. T. 67. № 4. C. 457-463.

136. Moretto M., Weiss L. M., Khan I. A. Induction of a Rapid and Strong Antigen-Specific Intraepithelial Lymphocyte Response during Oral Encephalitozoon cuniculi Infection // J. Immunol. 2004. T. 172. № 7. C. 4402-4409.

137. Morovic W. h gp. Transcriptional and functional analysis of Bifidobacterium animalis subsp. lactis exposure to tetracycline // Appl. Environ. Microbiol. 2018. T. 84. № 23.

138. Mortazavi A. h gp. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq // Nat. Methods 2008 57. 2008. T. 5. № 7. C. 621-628.

139. Mukherjee S. h gp. Antibacterial membrane attack by a pore-forming intestinal C-type lectin // Nat. 2013 5057481. 2013. T. 505. № 7481. C. 103-107.

140. Muñoz M. h gp. Interleukin (IL)-23 mediates Toxoplasma gondii-induced immunopathology in the gut via matrixmetalloproteinase-2 and IL-22 but independent of IL-17 // J. Exp. Med. 2009. T. 206. № 13. C. 3047-3059.

141. Nagasawa T. h gp. Heat shock protein 20 (HSPB6) regulates TNF-a-induced intracellular signaling pathway in human hepatocellular carcinoma cells // Arch. Biochem. Biophys. 2015. T. 565. C. 1-8.

142. Nelis D. h gp. Increasing emotional intelligence: (How) is it possible? // Pers. Individ. Dif. 2009. T. 47. № 1. C. 36-41.

143. Neumann W., Gulati A., Nolan E. M. Metal homeostasis in infectious disease: recent advances in bacterial metallophores and the human metal-withholding response // Curr. Opin. Chem. Biol. 2017. T. 37. C. 10-18.

144. Nezametdinova V. Z. h gp. Species-specific serine-threonine protein kinase Pkb2 of Bifidobacterium longum subsp. longum: Genetic environment and substrate specificity // Anaerobe. 2018. T. 51. C. 26-35.

145. Nizet V. Antimicrobial Peptide Resistance Mechanisms of Human Bacterial Pathogens // Curr. Issues Mol. Biol. 2006, Vol. 8, Pages 11-26. 2006. T. 8. № 1. C. 1126.

146. Oberg T. S. h gp. Transcriptome analysis of Bifidobacterium longum strains that show a differential response to hydrogen peroxide stress // J. Biotechnol. 2015. T. 212. C. 58-64.

147. Okonechnikov K., Conesa A., García-Alcalde F. Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data // Bioinformatics. 2016. T. 32. № 2. C. 292-294.

148. Owaga E. h gp. Th17 Cells as Potential Probiotic Therapeutic Targets in Inflammatory Bowel Diseases // Int. J. Mol. Sci. 2015, Vol. 16, Pages 20841-20858. 2015. T. 16. № 9. C. 20841-20858.

149. Passalacqua K. D. h gp. Structure and complexity of a bacterial transcriptome // J. Bacteriol. 2009. T. 191. № 10. C. 3203-3211.

150. Peng L. h gp. Whole genome and acid stress comparative transcriptome analysis of Lactiplantibacillus plantarum ZDY2013 // Arch. Microbiol. 2021. T. 203. № 6. C. 27952807.

151. Peters M. h gp. Soluble IL-6 receptor leads to a paracrine modulation of the IL-6-induced hepatic acute phase response in double transgenic mice. // J. Immunol. 1997. T. 159. № 3. C. 1474-1481.

152. Pollard M., Sharon N. Responses of the Peyer's Patches in Germ-Free Mice to Antigenic Stimulation // Infect. Immun. 1970. T. 2. № 1. C. 96-100.

153. Poole E. h gp. Human Cytomegalovirus Interleukin 10 Homologs: Facing the Immune System // Front. Cell. Infect. Microbiol. 2020. T. 10. C. 245.

154. Proudfoot N. J. Ending the message: poly(A) signals then and now // Genes Dev. 2011. T. 25. № 17. C. 1770-1782.

155. Rachmilewitz D. h gp. Toll-Like Receptor 9 Signaling Mediates the Anti-inflammatory Effects of Probiotics in Murine Experimental Colitis // Gastroenterology. 2004. T. 126. № 2. C. 520-528.

156. Reboldi A. h gp. Mucosal immunology: IgA production requires B cell interaction with subepithelial dendritic cells in Peyer's patches // Science (80-. ). 2016. T. 352. № 6287.

157. Rescigno M. h gp. Dendritic cells express tight junction proteins and penetrate gut epithelial monolayers to sample bacteria // Nat. Immunol. 2001 24. 2001. T. 2. № 4. C. 361-367.

158. Reuter G. Lactobacillus and Bifidobacterium 43 The Lactobacillus and Bifidobacterium Microflora of the Human Intestine: Composition and Succession // Issues Intest. Microbiol. 2001. T. 2. № 2. C. 43-53.

159. Richards C. D. h gp. STIMULATION OF OSTEOCLAST DIFFERENTIATION IN VITRO BY MOUSE ONCOSTATIN M, LEUKAEMIA INHIBITORY FACTOR, CARDIOTROPHIN-1 AND INTERLEUKIN 6: SYNERGY WITH DEXAMETHASONE // Cytokine. 2000. T. 12. № 6. C. 613-621.

160. Richards J. L. h gp. Dietary metabolites and the gut microbiota: an alternative approach to control inflammatory and autoimmune diseases // Clin. Transl. Immunol. 2016. T. 5. № 5. C. e82.

161. Ringel-Kulka T. h gp. Intestinal Microbiota in Healthy U.S. Young Children and Adults—A High Throughput Microarray Analysis // PLoS One. 2013. T. 8. № 5. C. e64315.

162. Robinson M. D., McCarthy D. J., Smyth G. K. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data // Bioinformatics. 2010. T. 26. № 1. C. 139-140.

163. Ruiz L. h gp. Bifidobacteria and their molecular communication with the immune system // Front. Microbiol. 2017a. T. 8. № DEC. C. 2345.

164. Ruiz L. h gp. Bifidobacteria and their molecular communication with the immune system // Front. Microbiol. 2017b. T. 8. № DEC. C. 302400.

165. Samland A. K., Sprenger G. A. Transaldolase: From biochemistry to human disease // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2009. T. 41. № 7. C. 1482-1494.

166. Scheller J., Grotzinger J., Rose-John S. Updating interleukin-6 classic- and trans-signaling // Signal Transduct. 2006. T. 6. № 4. C. 240-259.

167. Schena M. h gp. Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray // Science (80-. ). 1995. T. 270. № 5235. C. 467-470.

168. Schiavi E. h gp. The surfaceassociated exopolysaccharide of Bifidobacterium longum 35624 plays an essential role in dampening host proinflammatory responses and repressing local TH17 responses // Appl. Environ. Microbiol. 2016. T. 82. № 24. C. 71857196.

169. Schneewind O., Missiakas D. Lipoteichoic acids, phosphate-containing polymers in the envelope of gram-positive bacteria // J. Bacteriol. 2014. T. 196. № 6. C. 1133-1142.

170. Schnupf P., Gaboriau-Routhiau V., Cerf-Bensussan N. Modulation of the gut microbiota to improve innate resistance // Curr. Opin. Immunol. 2018. T. 54. C. 137-144.

171. Scott M. G. h gp. The Human Antimicrobial Peptide LL-37 Is a Multifunctional Modulator of Innate Immune Responses // J. Immunol. 2002. T. 169. № 7. C. 3883-3891.

172. Sen C. K. Cellular thiols and redox-regulated signal transduction // Curr. Top. Cell.

Regul. 2001. T. 36. № C. C. 1-30.

173. Senchenko V. N. h gp. Differential Expression of CHL1 Gene during Development of Major Human Cancers // PLoS One. 2011. T. 6. № 3. C. e15612.

174. Sender R., Fuchs S., Milo R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body // PLOS Biol. 2016. T. 14. № 8. C. e1002533.

175. Senizza A. h gp. Effects of linoleic acid on gut-derived Bifidobacterium breve DSM 20213: A transcriptomic approach // Microorganisms. 2019. T. 7. № 12.

176. Sierro F. h gp. Flagellin stimulation of intestinal epithelial cells triggers CCL20-mediated migration of dendritic cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001. T. 98. № 24. C. 13722-13727.

177. Sonnenberg G. F. h gp. CD4+ Lymphoid Tissue-Inducer Cells Promote Innate Immunity in the Gut // Immunity. 2011. T. 34. № 1. C. 122-134.

178. Stanisavljevic S. h gp. Gut-associated lymphoid tissue, gut microbes and susceptibility to experimental autoimmune encephalomyelitis // https://doi.org/10.3920/BM2015.0159. 2016. T. 7. № 3. C. 363-373.

179. Stark R., Grzelak M., Hadfield J. RNA sequencing: the teenage years // Nat. Rev. Genet. 2019 2011. 2019. T. 20. № 11. C. 631-656.

180. Stautz J. h gp. Molecular Mechanisms for Bacterial Potassium Homeostasis // J. Mol. Biol. 2021. T. 433. № 16. C. 166968.

181. Stelter C. h gp. Salmonella-Induced Mucosal Lectin RegIIIp Kills Competing Gut Microbiota // PLoS One. 2011. T. 6. № 6. C. e20749.

182. Stepankova R. h gp. Differences in development of lymphocyte subpopulations from gut-associated lymphatic tissue (GALT) of germfree and conventional rats: effect of aging // Folia Microbiol. (Praha). 1998. T. 43. № 5. C. 531-534.

183. Straus D., Walter W., Gross C. A. DnaK, DnaJ, and GrpE heat shock proteins negatively regulate heat shock gene expression by controlling the synthesis and stability of sigma 32 // Genes Dev. 1990. T. 4. № 12A. C. 2202-2209.

184. Tam M. A. h gp. Early cellular responses to Salmonella infection: dendritic cells, monocytes, and more // Immunol. Rev. 2008. T. 225. № 1. C. 140-162.

185. Tamura T. h gp. Soluble interleukin-6 receptor triggers osteoclast formation by

interleukin 6. // Proc. Natl. Acad. Sci. 1993. T. 90. № 24. C. 11924-11928.

186. Thompkins K. h gp. Temperature sensitivity and cell division defects in an Escherichia coli strain with mutations in yghB and yqjA, encoding related and conserved inner membrane proteins // J. Bacteriol. 2008. T. 190. № 13. C. 4489-4500.

187. Thursby E., Juge N. Introduction to the human gut microbiota // Biochem. J. 2017. T. 474. № 11. C. 1823-1836.

188. Tilgner H. h gp. Comprehensive transcriptome analysis using synthetic long-read sequencing reveals molecular co-association of distant splicing events // Nat. Biotechnol. 2015 337. 2015. T. 33. № 7. C. 736-742.

189. Trinchieri G. Interleukin-12 and the regulation of innate resistance and adaptive immunity // Nat. Rev. Immunol. 2003 32. 2003. T. 3. № 2. C. 133-146.

190. Tsuchihara K. h gp. Massive transcriptional start site analysis of human genes in hypoxia cells // Nucleic Acids Res. 2009. T. 37. № 7. C. 2249-2263.

191. Turnbaugh P. J. h gp. Organismal, genetic, and transcriptional variation in the deeply sequenced gut microbiomes of identical twins // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010. T. 107. № 16. C. 7503-7508.

192. Turroni F. h gp. Diversity of bifidobacteria within the infant gut microbiota // PLoS One. 2012. T. 7. № 5.

193. Umberto Meduri G. h gp. Cytokines IL-1P, IL-6, and TNF-a enhance in vitro growth of bacteria // Am. J. Respir. Crit. Care Med. 1999. T. 160. № 3. C. 961-967.

194. Vaishnava S. h gp. The antibacterial lectin RegIIIy promotes the spatial segregation of microbiota and host in the intestine // Science (80-. ). 2011. T. 334. № 6053. C. 255258.

195. Vandamme D. h gp. A comprehensive summary of LL-37, the factotum human cathelicidin peptide // Cell. Immunol. 2012. T. 280. № 1. C. 22-35.

196. Wang H.-C. h gp. Most Murine CD8+ Intestinal Intraepithelial Lymphocytes Are Partially But Not Fully Activated T Cells // J. Immunol. 2002. T. 169. № 9. C. 47174722.

197. Wang J. h gp. Genome-wide association analysis identifies variation in vitamin D receptor and other host factors influencing the gut microbiota // Nat. Genet. 2016 4811.

2016. T. 48. № 11. C. 1396-1406.

198. Wolfson 14 B h gp. Enhancement of Growth of Virulent Strains of Escherichia coli by Interleukin-1 // Science (80-. ). 1991. T. 254. № 5030. C. 430-432.

199. Wu H. J., Wu E. The role of gut microbiota in immune homeostasis and autoimmunity // https://doi.org/10.4161/gmic.19320. 2012. T. 3. № 1.

200. Yang J. h gp. Combining of transcriptome and metabolome analyses for understanding the utilization and metabolic pathways of Xylo-oligosaccharide in Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 // Food Sci. Nutr. 2019. T. 7. № 11. C. 34803493.

201. Yoder-Himes D. R. h gp. Mapping the Burkholderia cenocepacia niche response via high-throughput sequencing // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009. T. 106. № 10. C. 3976-3981.

202. Yu D. W. h gp. HSP20-mediated cardiomyocyte exosomes improve cardiac function in mice with myocardial infarction by activating Akt signaling pathway // Eur. Rev. Med. Pharmacol. Sci. 2019. T. 23. № 11. C. 4873-4881.

203. Zenewicz L. A. h gp. Innate and Adaptive Interleukin-22 Protects Mice from Inflammatory Bowel Disease // Immunity. 2008. T. 29. № 6. C. 947-957.

204. Zhang Z. H. h gp. Effect of Lactobacillus plantarum NCU116 Fermentation on Asparagus officinalis Polysaccharide: Characterization, Antioxidative, and Immunoregulatory Activities // J. Agric. Food Chem. 2018. T. 66. № 41. C. 1070310711.

205. Zheng D., Liwinski T., Elinav E. Interaction between microbiota and immunity in health and disease // Cell Res. 2020 306. 2020. T. 30. № 6. C. 492-506.

206. Zheng H. h gp. Strand-specific RNA-seq analysis of the Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus transcriptome // Mol. Biosyst. 2016. T. 12. № 2. C. 508-519.

207. Zuo F. h gp. Transcriptomic analysis of Bifidobacterium longum subsp. longum BBMN68 in response to oxidative shock // Sci. Rep. 2018. T. 8. № 1. C. 1-12.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение А - ДЭГ штамма B. longum GT15 под воздействием Т№а

Таблица А1 - ДЭГ штамма B. longum GT15, культивируемого с Т№а, по сравнению с контрольным образцом

Название гена РС РБК

БЬОТ Я809925 -2,249734692 1.75270721750378е-8

БЬОТ ЯБ04520 -2,239437266 3.99389480170384е-19

БЬОТ Я803890 -2,183140252 1.50823971301873е-29

БЬОТ ЯБ04350 -2,169895646 7.98751531733858е-10

БЬОТ ЯБ04345 -2,152189261 3.42907180770112е-33

БЬОТ ЯБ04525 -2,116882461 7.06592333335372е-12

БЬОТ ЯБ08920 -2,113326144 7.22166026664034е-10

БЬОТ ЯБ08205 -2,078272485 2.15474710188541е-67

БЬОТ Я807650 -2,017614358 1.25812300362047е-19

БЬОТ ЯБ03895 -1,995009123 3.33481967418353е-16

БЬОТ ЯБ06230 -1,990253616 1.97568281051343е-41

БЬОТ ЯБ03780 -1,989175024 0.00257526322860585

БЬОТ ЯБ09480 -1,949630551 8.15916066377252е-27

БЬОТ ЯБ08055 -1,948972003 3.32992103445949е-32

БЬОТ ЯБ01390 -1,911421698 3.78521423767989е-17

БЬОТ ЯБ08165 -1,865693555 0.00475152409022585

БЬОТ ЯБ08170 -1,861538635 0.0000157199120474423

БЬОТ ЯБ09190 -1,853442964 1.89566176962809е-27

БЬОТ ЯБ04355 -1,823699445 1.8380815681756е-19

БЬОТ ЯБ09485 -1,819852454 1.19034166185939е-38

БЬОТ ЯБ09605 -1,784968894 1.10838446711421е-7

БЬОТ ЯБ02530 -1,772998774 4.92536211186518е-41

БЬОТ ЯБ05535 -1,770404636 0.00000248640878240159

БЬОТ ЯБ02130 -1,758516552 0.00479747010967985

БЬОТ ЯБ03015 -1,756342793 8.67701318827338е-11

БЬОТ ЯБ05555 -1,750379856 8.35037746062588е-16

БЬОТ Я805115 -1,736367725 1.41074732412927е-14

БЬОТ ЯБ03255 -1,732464078 1.76730316468213е-36

БЬОТ Я810665 -1,725521018 0.00107234494176277

БЬОТ ЯБ01450 -1,724099167 3.72369539268751е-36

БЬОТ ЯБ01895 -1,698892534 6.75905242181432е-13

БЬОТ ЯБ09820 -1,698778373 0.00000979453508952382

БЬОТ ЯБ06900 -1,69831213 3.02570397553462е-32

БЬОТ ЯБ01825 -1,690713023 8.05588431705941е-27

БЬОТ ЯБ03795 -1,690697599 1.51572638006786е-33

Название гена ГС

БЬОТ Я810680 -1,676588157 3.93793517114509е-9

БЬОТ Я809825 -1,671154078 0.0000208707830863248

БЬОТ Я807145 -1,66883249 0.00000228647428832386

БЬОТ ЯБ01695 -1,66875132 1.71063231406887е-30

БЬОТ ЯБ07190 -1,665785745 7.14642853713627е-37

БЬОТ Я808340 -1,659536751 2.12829692504032е-8

БЬОТ ЯБ05550 -1,659428435 4.78731349670701е-10

БЬОТ Я801115 -1,6567359 0.00151658101987188

БЬОТ ЯБ04220 -1,654470655 0.017178372571946

БЬОТ ЯБ04215 -1,654470299 0.017178372571946

БЬОТ ЯБ07150 -1,649385531 9.16878001296106е-9

БЬОТ ЯБ06930 -1,648649888 2.54901868320356е-27

БЬОТ ЯБ07335 -1,645131755 0.00000249226535728699

БЬОТ ЯБ00325 -1,640477394 5.46672838402064е-8

БЬОТ ЯБ02365 -1,635627545 1.25006303514039е-14

БЬОТ ЯБ03765 -1,627703227 6.93083916682598е-15

БЬОТ ЯБ09395 -1,625639741 1.32800766934531е-32

БЬОТ ЯБ00215 -1,624979933 0.0178576983609291

БЬОТ ЯБ08050 -1,618508185 1.55591271531267е-9

БЬОТ ЯБ08420 -1,614980563 4.89184243785216е-8

БЬОТ ЯБ02835 -1,611450194 2.86560606832855е-32

БЬОТ ЯБ02240 -1,609456128 0.00000225284229378402

БЬОТ ЯБ07045 -1,60635668 4.15842064474422е-16

БЬОТ ЯБ06915 -1,602497659 6.60595779091714е-8

БЬОТ ЯБ04730 -1,60094595 1.62124017762513е-14

БЬОТ ЯБ06895 -1,598177525 1.3423254365869е-8

БЬОТ ЯБ03485 -1,598130332 0.0000127851034416418

БЬОТ ЯБ07195 -1,597792847 2.15090253021486е-23

БЬОТ ЯБ04850 -1,597385691 6.08841244720435е-8

БЬОТ ЯБШЮ -1,59670262 0.0250187059370778

БЬОТ Я801005 -1,593349795 3.12412702440533е-14

БЬОТ ЯБ04015 -1,591678537 1.48905437874176е-11

БЬОТ ЯБ08200 -1,589583631 1.47799768151065е-27

БЬОТ ЯБ05265 -1,58838842 7.02034427348122е-8

БЬОТ ЯБ08370 -1,577475266 4.01723462788618е-26

БЬОТ ЯБ07895 -1,564129391 1.90125215118096е-26

БЬОТ ЯБ08060 -1,563675832 6.60300383345203е-10

БЬОТ ЯБ03470 -1,563010364 0.000245641047433981

БЬОТ ЯБ05540 -1,56099559 0.00000302740055355103

БЬОТ ЯБ03500 -1,559955516 1.06893781736547е-25

БЬОТ ЯБ09490 -1,555366725 5.57339147051525е-15

БЬОТ ЯБ07355 -1,555005618 0.00000406259524905803

Название гена РС РБК

БЬОТ ЯБ09390 -1,552927773 4.93261353897308е-20

БЬОТ ЯБ09195 -1,551981658 6.58369804756227е-27

БЬОТ ЯБ05605 -1,551384982 2.0403803050591е-25

БЬОТ ЯБ05770 -1,549616825 0.0265518690628622

БЬОТ ЯБ04530 -1,544274983 6.74506577881227е-8

БЬОТ Я805105 -1,544087748 2.85343051568799е-12

БЬОТ ЯБ07470 -1,542386208 0.000754507639887509

БЬОТ ЯБ08860 -1,540156355 0.0000503359992746954

БЬОТ ЯБ04035 -1,5385856 0.0313099794376682

БЬОТ ЯБ04040 -1,5385856 0.0313099794376682

БЬОТ ЯБ02600 -1,537133741 7.9001030533239е-13

БЬОТ ЯБ08915 -1,534156169 3.5488447990801е-12

БЬОТ ЯБ09775 -1,52668664 3.3495065119273е-10

БЬОТ ЯБ02275 -1,519491929 7.4520432183448е-18

БЬОТ ЯБ01440 -1,51659056 4.35390686704835е-18

БЬОТ ЯБ09425 -1,514485681 1.88951193711125е-17

БЬОТ ЯБ07290 -1,509744707 1.38401684641567е-9

БЬОТ ЯБ03425 -1,507753339 0.00000900207935971605

БЬОТ ЯБ01465 -1,505766022 6.14619422866806е-23

БЬОТ ЯБ05180 -1,500298317 0.0000168400354984733

БЬОТ ЯБ03175 -1,498815771 3.35187302569401е-20

БЬОТ ЯБ08445 -1,498656981 9.19738382703653е-27

БЬОТ ЯБ05120 -1,497923769 7.06006939238907е-10

БЬОТ Я810055 -1,496930981 1.01756105533196е-14

БЬОТ ЯБ01245 -1,490817004 1.02766044544846е-8

БЬОТ ЯБ00305 -1,490526831 1.61849891168839е-8

БЬОТ Я807010 -1,490106218 9.27310850939934е-16

БЬОТ ЯБ02770 -1,48539565 1.207155075972е-17

БЬОТ ЯБ08590 -1,483773555 0.00000406259524905803

БЬОТ ЯБ00690 -1,481036474 0.00244639239242864

БЬОТ ЯБ07140 -1,478980878 0.000020917488485654

БЬОТ ЯБ09165 -1,477385418 2.28535355815401е-14

БЬОТ ЯБ03770 -1,47573095 1.42053203477412е-10

БЬОТ ЯБ08335 -1,473213759 0.0000337156433694627

БЬОТ ЯБ02595 -1,472500145 0.00000453764759232759

БЬОТ ЯБ00925 -1,471632 2.38958615838594е-15

БЬОТ ЯБ04645 -1,46853275 5.65694112281886е-8

БЬОТ Я801080 -1,46629218 1.59290565268353е-11

БЬОТ ЯБ07350 -1,460031123 1.13583322847563е-11

БЬОТ Я802010 -1,457707162 8.30960796253376е-15

БЬОТ ЯБ04225 -1,457010302 1.22962550539109е-8

БЬОТ ЯБ06325 -1,456886126 5.40145809390266е-17

Название гена ГС

БЬОТ ЯБ02300 -1,451462269 2.21172778905641е-17

БЬОТ Я810460 -1,451300573 1.03556802028748е-15

БЬОТ ЯБ03430 -1,449821398 1.00663892678116е-13

БЬОТ ЯБ06645 -1,448842393 0.00000822593026118487

БЬОТ Я805110 -1,448767456 4.88827069435202е-9

БЬОТ ЯБ09960 -1,447813034 0.0232903213055273

БЬОТ ЯБ04930 -1,443526643 5.33872628472651е-9

БЬОТ ЯБ01370 -1,442969736 1.35515792940524е-17

БЬОТ ЯБ09475 -1,439556175 2.73023225278446е-16

БЬОТ ЯБ06935 -1,439138923 5.03373596859685е-17

БЬОТ ЯБ07170 -1,436087669 5.6699854228775е-13

БЬОТ ЯБ07515 -1,434146682 2.09170694833568е-9

БЬОТ ЯБ08065 -1,431017459 0.0370061392986259

БЬОТ ЯБ04360 -1,428894255 0.0000174470829401397

БЬОТ Я801030 -1,427653422 9.76743406003143е-16

БЬОТ Я806310 -1,427030113 7.1635669822233е-11

БЬОТ ЯБ09435 -1,42688577 2.51722908937647е-10

БЬОТ Я805410 -1,425984509 3.58290309923823е-14

БЬОТ ЯБ08985 -1,425541208 6.67237784961735е-19

БЬОТ ЯБ03705 -1,424046983 6.53510999654822е-14

БЬОТ ЯБ06720 -1,423770194 6.93345342346671е-13

БЬОТ Я810030 -1,417689086 7.57177592305748е-7

БЬОТ Я800310 -1,416558629 1.63370923019492е-14

БЬОТ ЯБ08330 -1,415184082 1.30885976967719е-8

БЬОТ ЯБ09950 -1,41372307 0.00127857199876282

БЬОТ Я810245 -1,411706475 0.000839069207077959

БЬОТ ЯБ02760 -1,410525594 6.51560572510483е-8

БЬОТ Я810735 -1,409780888 0.000242041579236652

БЬОТ ЯБ09160 -1,408409443 2.25990602303244е-17

БЬОТ Я800810 -1,40800769 2.56618052266846е-10

БЬОТ ЯБ00220 -1,406751828 1.39014554367222е-13

БЬОТ ЯБ09335 -1,405612573 0.0000320696896165399

БЬОТ ЯБ08555 -1,403201326 1.01717782494061е-14

БЬОТ ЯБ03730 -1,402928038 2.85343051568799е-12

БЬОТ ЯБ00525 -1,402106011 0.000894908617578074

БЬОТ ЯБ00320 -1,400457782 1.35642183881815е-10

БЬОТ ЯБ04940 -1,400266279 3.5033229402211е-10

БЬОТ ЯБ03390 -1,398379666 3.58290309923823е-14

БЬОТ ЯБ09420 -1,397307161 6.35022881435077е-12

БЬОТ ЯБ03465 -1,396209144 9.98058277363718е-8

БЬОТ ЯБ03355 -1,392972403 1.03977905874863е-13

БЬОТ ЯБ00170 -1,39281328 0.00146512993822668

Название гена РС РБК

БЬОТ Я806410 -1,390875108 2.25313771261404е-15

БЬОТ ЯБ08960 -1,389837561 1.29295489493717е-7

БЬОТ ЯБ07085 -1,38878809 5.81871977117082е-12

БЬОТ ЯБ04190 -1,388243585 4.40095313711492е-11

БЬОТ ЯБ06905 -1,387757618 3.15457314132523е-15

БЬОТ ЯБ02700 -1,38650174 0.00000582710414527286

БЬОТ ЯБ02740 -1,38518421 3.07860811316528е-13

БЬОТ ЯБ00270 -1,382064845 5.06729337617251е-13

БЬОТ ЯБ08345 -1,377039692 1.67802714469633е-10

БЬОТ Я800710 -1,374031283 7.10426453625965е-8

БЬОТ ЯБ02575 -1,373848004 0.00389939234490281

БЬОТ ЯБ03260 -1,373807944 9.37012423337346е-9