Влияние структурных элементов мРНК на терминацию трансляции эукариот тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Бизяев Никита Сергеевич

• Бизяев Никита Сергеевич
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Бизяев Никита Сергеевич

2.2. Цели и задачи

2.3. Научная новизна, теоретическая и практическая значимость работы

2.4. Методология и методы исследования

2.5. Положения, выносимые на защиту

2.6. Личный вклад соискателя

2.7. Степень достоверности и апробация результатов исследования

3. Обзор литературы

3.1. Трансляция эукариот

3.1.1. Общий обзор трансляции эукариот и её основные участники

3.1.2. Инициация эукариотической трансляции

3.1.3. Элонгация эукариотической трансляции

3.1.4. Терминация эукариотической трансляции

3.1.5. Рециклинг рибосом у эукариот

3.2. События на стоп кодоне, альтернативные терминации трансляции

3.2.1. Сквозное чтение стоп кодонов

3.2.2. Сдвиг рамки считывания

3.2.3. Нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD)

3.3. Преждевременная терминация трансляции на смысловых кодонах

3.4. Условия, определяющие эффективность и механизм терминации трансляции

3.5. Факторы, определяющие направление развития событий на стоп кодоне

3.5.1. тРНК, связывающиеся со стоп кодоном

3.5.2. Количество и специфичность факторов терминации eRF1 и eRF3 и их модификации

3.5.3. 5' контекст стоп кодона и связывание пептидил-тРНК с рибосомным тоннелем

3.5.4. Трансляционные факторы в составе рибосомного комплекса

3.5.5. Тип стоп кодона

3.5.6. 3' контекст стоп кодона

3.5.7. Поли(А) хвост и его пространственное сближение со стоп кодоном

3.5.8. Обобщение данных о влиянии окружения стоп кодонов на терминацию трансляции

45

4. Материалы и методы

4.1. Получение плазмид, используемых для получения модельных мРНК

4.2. Получение модельных мРНК

4.3. Валидация кэпирования мРНК

4.4. Получение аминоацилированных тРНК

4.5. Выделение белков

4.6. Вестерн-блот анализ

4.7. Валидация и выделение радиоактивномеченного гептапетида, синтезированного рибосомой

4.8. Масс-спектрометрический анализ

4.9. Анализ активности нанолюциферазы

4.10. Анализ ГТФазной активности

4.11. Гель-шифт анализ отжига антисмысловых олигонуклеотидов к мРНК

4.12. Трансляция в бесклеточной системе трансляции

4.13. Termi-Luc анализ эффективности высвобождения пептида

4.14. Реконструированная система эукариотической трансляции in vitro

4.15. Статистический анализ

5. Результаты и их обсуждение

5.1. Влияние 5' контекста стоп кодона на эффективность терминации трансляции

5.2. Влияние длины кодирующей последовательности и фактора eIF3 на эффективность терминации трансляции

5.3. Влияние типа стоп кодона и его 3' контекста на эффективность терминации трансляции и сквозное чтение

5.4. Влияние метилирования остатка глутамина GGQ мотива eRF1 на эффективность терминации трансляции

5.5. Структура 3' нетранслируемой области

5.6. Влияние длины поли(А) хвоста и фактора PABP на терминацию трансляции

5.7. Заключение

6. Выводы

7. Список сокращений и условных обозначений

8. Список литературы

9. Благодарности

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние структурных элементов мРНК на терминацию трансляции эукариот»

2. Введение

2.1. Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Процессы, происходящие в рибосоме во время терминации трансляции, являются одними из наименее изученных в эукариотическиой трансляции. Кроме того, на стоп кодоне, помимо терминации трансляции, могут протекать и другие процессы, такие как сквозное чтение, сдвиг рамки считывания, нонсенс-опосредованный распад мРНК и др. С другой стороны, в редких случаях процесс терминации трансляции может протекать и на смысловом кодоне. Таким образом, возникает вопрос о том, какие молекулярные механизмы определяют выбор события, которое произойдет на конкретном кодоне, в особенности на стоп кодоне. В различных исследованиях показано, что структурные элементы мРНК, такие как кэп, контекст стоп кодона, наличие и длина поли(А) хвоста, а также состав и модификации рибосомных комплексов и факторов трансляции, формируют окружение, определяющее вероятность протекания каждого из этих событий. Однако, в большинстве таких работ обычно изучается только влияние нокаутов и нокдаунов генов, влияющих на уровень сквозного чтения стоп кодонов в репортерных конструкциях. Поэтому глубокое понимание механизмов, определяющих цепь событий на стоп кодоне, на сегодняшний день отсутствует. Помимо этого, необходимо учитывать, что ряд факторов инициации влияют также и на терминацию трансляции. Это указывает на тесную взаимосвязь регуляции этих процессов, которая до сих пор мало изучена.

Поэтому в настоящей работе мы сфокусировались на влиянии структурных элементов мРНК на прохождение различных процессов на стоп кодоне, а также на эффективность преждевременной терминации на смысловых кодонах, с учетом влияния таких детерминант как фактор инициации трансляции эукариот 3 (еШ3), поли(А)-связывающий белок (РАВР), метилирование фактора терминации трансляции эукариот 1 (еЯЛ), а также наличие тРНК, распознающих стоп кодоны. Полученные данные позволяют выявить важные детерминанты событий, проходящих на стоп кодоне, в частности, - детерминанты, определяющие уровень терминации трансляции и сквозного чтения стоп кодонов.

2.2. Цели и задачи

Целью данной работы было изучение влияния структурных элементов мРНК и окружения стоп кодонов на эффективность терминации трансляции и сквозного чтения стоп кодонов, а также на эффективность преждевременной терминации на смысловых кодонах.

Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи:

1. Установить влияние элементов мРНК, а именно 5' и 3' контекстов стоп кодонов, типа стоп кодона, длины кодирующей последовательности, структуры 3' нетранслируемой области (3'НТО) и длины поли(А) хвоста, на эффективность терминации трансляции и сквозного чтения стоп кодонов.

2. Определить роль метилирования GGQ мотива еЯЛ, а также роль изоформ еЯР3 в направлении процессов, происходящих на стоп кодонах, в ходе регуляции трансляции структурными элементами мРНК

3. Исследовать влияние еШ3 на процессы, происходящие на стоп кодоне, в зависимости от длины кодирующей последовательности.

2.3. Научная новизна, теоретическая и практическая значимость работы

Научная новизна данной работы заключается в исследовании влияния структурных элементов мРНК эукариот на эффективность терминации трансляции и сквозного чтения стоп кодонов. В отличие от широко распространенных бесклеточных систем трансляции, использованные в работе реконструированные системы позволяют изучать влияние этих двух процессов независимо друг от друга в контролируемом белковом и нуклеотидном окружении. Мы впервые изучили непосредственную роль в терминации трансляции таких структурных элементов мРНК, как 5' контекст (последний смысловой кодон мРНК и зависимый от него остаток аминокислоты пептидил-тРНК), тип стоп кодона, 3' контекст, структура 3'НТО мРНК, длина поли(А) хвоста.

Полученные данные имеют фундаментальное значение в понимании принципов регуляции эукариотической трансляции и её ключевых детерминант. Диссертация имеет также практическое значение. Так, описание факторов, определяющих развитие событий на стоп кодоне, позволит разрабатывать более точные и специфичные подходы к супрессии терминации трансляции на преждевременных стоп кодонах, с возникновением которых связана значительная часть генетических заболеваний. В биотехнологическом плане описание механизмов

декодирования стоп кодонов позволит оптимизировать системы получения рекомбинантных белков в результате повышения уровня их синтеза и понижения количества неспецифических побочных продуктов, которые связаны с преждевременной трансляцией, деградацией из-за остановки рибосом или сквозным чтением стоп кодонов.

2.4. Методология и методы исследования

В настоящей работе мы использовали реконструированную систему трансляции эукариот, а также различные бесклеточные системы трансляции. Это позволило детально исследовать влияние каждого из компонентов окружения на эффективность различных событий, происходящих на стоп кодоне. Так, для изучения терминации трансляции при синтезе длинных полипептидов, мы использовали метод Тег^-Ьис, в ходе которого определяли скорость высвобождения нанолюциферазы из очищенных претерминационных рибосомных комплексов. Для изучения терминации трансляции и сквозного чтения при синтезе коротких пептидов, мы использовали реконструированную из отдельных компонентов систему трансляции. Положение рибосомного комплекса детектировали методом флуоресцентного ту-принт анализа, а эффективность гидролиза пептидил-тРНК определяли по скорости высвобождения радиоактивно меченного пептида. Для проверки влияния различных структурных факторов в контексте всей клетки использовали бесклеточные системы трансляции на основе лизата клеток человека или кролика. Для изучения влияния на терминацию трансляции отдельных факторов получали очищенные препараты претерминационных комплексов при ультрацентрифугировании в сахарозном градиенте. Рибосомные субъединицы и некоторые факторы выделяли в нативном виде из лизатов клеток кролика или человека. Для выявления ковалентной модификации еЯР 1, а также для анализа состава используемых препаратов, использовали методы Вестерн-блот анализа и масс-спектрометрии. В результате состав и чистота компонентов реакции тщательно контролировались, что позволил связать наблюдаемые эффекты с исследуемыми структурными факторами.

2.5. Положения, выносимые на защиту

1. Эффективность терминации трансляции и стабильность претерминационного комплекса зависят от 5' контекста стоп код она.

2. Эффективность терминации трансляции и стабильность претерминационного комплекса зависят от наличия еШ3 в рибосомном комплексе.

3. Тип стоп кодона определяет как эффективность терминации трансляции, так и эффективность сквозного чтения.

4. 3' контекст стоп кодона влияет на эффективность сквозного чтения стоп кодона независимо от терминации трансляции.

5. ^-метилирование остатка глутамина GGQ мотива eRF1 выполняет в клетке двойную роль: стимулирует терминацию трансляции в условиях её частичного подавления и препятствует преждевременной терминации трансляции на смысловых кодонах, повышая точность терминации.

6. Пространственное сближение поли(А) хвоста и стоп кодона обусловлено структурой 3'НТО и необходимо для стимулирования терминации трансляции белком PABP.

7. Длина поли(А) хвоста определяет эффективность терминации трансляции и в клетках млекопитающих имеет оптимальный размер 75 нт. В клетках млекопитающих основной изоформой является полноразмерный еКТ3а, который взаимодействует с PABP.

2.6. Личный вклад соискателя

Результаты всех представленных экспериментов, а также указанные конструкции, нуклеиновые кислоты и белки, получены автором лично или при его непосредственном участии.

2.7. Степень достоверности и апробация результатов исследования

Результаты, полученные в ходе выполнения диссертационной работы, были опубликованы в виде шести статей в рецензируемых научных журналах и представлены на международных и всероссийских конференциях:

Публикации:

1. Egorova T., Biziaev N., Shuvalov A., Sokolova E., Mukba S., Evmenov K., Zotova M., Kushchenko A., Shuvalova E., Alkalaeva E. eIF3j facilitates loading of release factors into the ribosome // Nucleic Acids Research. - 2021. - Т. 49. - №. 19. - С. 11181-11196.

2. Бизяев Н.С., Шувалов А.В., Алкалаева Е.З. HEMK-подобные метилтрансферазы в регуляции клеточных процессов // Молекулярная биология.- 2022.- Т. 56(3) .- С. 439-450

3. Бизяев Н.С., Егорова Т.В., Алкалаева Е.З. Динамика структуры мРНК эукариот в ходе трансляции // Молекулярная биология.- 2022.- Т. 56(3) .- С.451-464

4. Biziaev N., Sokolova E., Yanvarev D. V., Toropygin I. Y., Shuvalov A., Egorova T., Alkalaeva E. Recognition of 3' nucleotide context and stop codon readthrough are determined during mRNA translation elongation // Journal of Biological Chemistry. - 2022. - Т. 298. - №. 7.

5. Salman A, Biziaev N, Shuvalova E, Alkalaeva E. mRNA context and translation factors determine decoding in alternative nuclear genetic codes // BioEssays - 2024. - Т. 2024. - № 2400058.

6. Biziaev N., Shuvalov A., Salman A., Egorova T., Shuvalova E., Alkalaeva E. The Impact of mRNA Poly(A) Tail Length on Eukaryotic Translation Stages // Nucleic Acids Research. - 2024. - In press.

Материалы конференций:

1. Biziaev Nikita, Egorova Tatiana, Shuvalov Alexey, Shuvalova Ekaterina, Alkalaeva Elena. Effect of the mRNA structure on activation of translation termination by PABP // Translational Control Abstract Book.- September 1-September 4, 2020.- Cold Spring Harbor Laboratory.- P. 90

2. Biziaev N., Egorova T., Shuvalova E., Sokolova E., Mukba S., Evmenov K., ... Alkalaeva, E. Structural organization of 3'UTR modulates the activity of PABP in translation termination // FEBS OPEN BIO - 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA : WILEY, 2021 - Т. 11. .- С. 152-152.

3. Biziaev Nikita, Shuvalov Alexey, Shuvalova Ekaterina, Sokolova Elizaveta, Evmenov Konstantin, Toropygin Ilya, Egorova Tatiana, Alkalaeva Elena. Methylation and hydroxylation stimulate human eRF1 activity at various stages of translation termination // Protein Synthesis and Translational Control EMBL Conference.- 7 - 10 September 2021.- online acces

4. Н.С. Бизяев, Т.В. Егорова, Е.Е. Соколова, А.В. Шувалов, Е.З. Алкалаева. Влияние длины поли(А) хвоста эукариотических мРНК на эффективность терминации трансляции и сквозного чтения стоп кодонов // Сборник тезисов докладов III Объединенного научного форума физиологов, биохимиков и молекулярных биологов, Сочи.- Дагомыс, 3-8 октября 2021.-Химия и биология нуклеиновых кислот.- С. 31

5. Н.С. Бизяев, А.В. Шувалов, Т.В. Егорова, И.Ю. Торопыгин, Е.Ю. Шувалова, К.С. Евменов, Е.З. Алкалаева. Функциональное значение метилирования эукариотического фактора терминации трансляции eRF1 // IX Международная конференция молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков.-2022: C6. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово» .- Новосибирск : ИПЦ НГУ, 2022.- C 480.

6. Бизяев Н.С., Шувалов А.В., Алкалаева Е.З. Длина поли(А)-хвоста мРНК модулирует активность эукариотического комплекса факторов терминации трансляции еКШ-еКГ3 // Сборник тезисов 26-ой Пущинской школы-конференции молодых ученых с международным участием «БИОЛОГИЯ - НАУКА XXI ВЕКА». Пущино: ФИЦ ПНЦБИ РАН.- 2023.- С. 12

7. Бизяев Н.С., Шувалов А.В., Егорова Т.В., Торопыгин И.Ю., Шувалова Е.Ю., Евменов К.С., Алкалаева Е.З. Двойственная роль метилирования GGQ мотива фактора терминации трансляции еЯШ человека // Сборник тезисов конференции «Физико-химическая энзимология». Новосибирск.- августа 2023.- С. 22.

3. Обзор литературы

3.1. Трансляция эукариот

3.1.1. Общий обзор трансляции эукариот и её основные участники

Трансляция - процесс биосинтеза белка, который осуществляется рибосомой на матричной РНК (мРНК). Рибосома осуществляет последовательное и однозначное сопоставление триплета нуклеотидов мРНК (кодона) определенной тРНК, несущей конкретную аминокислоту, и соединяет аминокислоты в полипептид в соответствии с последовательностью кодонов. Матрица соответствия кодона и кодируемой им аминокислоты называется генетическим кодом. Генетический код, за редкими и точечными исключениями, является универсальным для всех живых организмов. Помимо обычных кодонов, кодирующих определенную аминокислоту (называемых смысловыми кодонами), в генетическом коде есть несмысловые кодоны UAA, UAG и UGA, которые обычно не кодируют аминокислоту и являются стоп кодонами.

Рибосома - большая молекулярная машина, образованная рибосомальными РНК (рРНК) и рибосомными белками. Транслирующая 80S рибосома эукариот состоит из 2 субъединиц (субчастиц): большой 60S и малой 40S. Основная функция 60S субъединицы - образование пептидной связи между аминокислотой и пептидом, для чего она имеет пептидил-трансферазный центр. Тогда как 40S субъединица необходима для контроля правильного связывания кодона мРНК и соответствующей ей тРНК, для чего субъединица имеет декодирующий центр. В рибосоме выделяют входной и выходной каналы для мРНК, а также выходной тоннель для синтезируемого белка. Каждая из субъединиц имеет 3 сайта связывания тРНК: E, P, A, которые расположены друг за другом от 5' к 3' направлению по ориентации транслируемой мРНК. Со стороны большой субъединицы в A сайте есть вход, а в E сайте - выход для обмена тРНК с окружением [1,2]. Поверхность рибосомы служит площадкой для динамичного связывания участников трансляции (тРНК, мРНК, факторов трансляции), конкурирующих между собой за индукцию на рибосоме определенных событий. Часто на одной мРНК находятся одновременно множество транслирующих её рибосом, что называется полисомой [3]. В такой полисоме отдельные рибосомы могут влиять на трансляцию друг друга, сталкиваясь, образуя «пробки», передавая трансляционные факторы друг другу и пр. [4,5].

Участок мРНК, кодирующий белок, обязательно начинается со старт кодона (в подавляющем большинстве это триплет AUG) и должен заканчиваться стоп кодоном. У эукариот

распространена и считается канонической моноцистронность мРНК, т.е. состояние, когда одна мРНК имеет единственную последовательность, кодирующую белок. Однако, в реальности, часто эукариотические мРНК, помимо основной кодирующей последовательности, содержат короткие открытые рамки считывания (ORF), например, перед основной кодирующей последовательностью (т.н. upstream ORF, uORF). С таких коротких рамок также может идти трансляция пептидов, которая может регулировать трансляцию основной последовательности [6-9]. Основные кодирующие последовательности с обоих концов мРНК фланкированы нетранслируемыми областями (НТО): 5'НТО перед стоп кодоном и 3'НТО за стоп кодоном, соответственно. Практически все эукариотические мРНК с 5' конца кэпированы, а с 3' конца полиаденилированы. Кэп представляет из себя 7-метилгуанозин (m7G), соединённый 5'-5'-трифосфатным мостиком с 5' концом мРНК. При этом сам нуклеотид кэпа, а также первые нуклеотиды мРНК могут нести дополнительные модификации, влияющие на функциональность кэпа [10,11]. Полиаднилирование представляет из себя протяженную поли(А) последовательность из десятков или даже сотен нуклеотидов, называемую поли(А) хвостом [1214] (Рисунок 1А). Необходимо отметить, что не все мРНК в норме полиаденилированы, например, гистоновые мРНК часто не содержат поли(А) хвоста [15,16].

В клетке мРНК, вероятно, имеет сложную третичную структуру, позволяющую пространственное сближение различных её участков между собой, что обуславливает взаимовлияние различных этапов трансляции друг на друга. Так, пространственное сближение обоих концов мРНК, зафиксированное белками, называется closed-loop структурой мРНК (Рисунок 1Б). Такая структура, по-видимому, важна для регуляции инициации и терминации трансляции у эукариот, а также рециклинга рибосом между раундами трансляции, по крайней мере в некоторых клеточных условиях [16-20]. Помимо этого, обсуждается возможность дополнительного сближения района стоп кодона и поли(А) хвоста, что приводит к возможному формированию «восьмеркообразной» closed-loop структуры (Рисунок 1Б) [21-25].

Транспортная (а точнее, трансферная) РНК (тРНК) служит адаптером между кодоном в мРНК и кодируемой им аминокислотой. тРНК за счет своего антикодона специфично связывается с кодоном, находящимся в А сайте рибосомы, и доставляет ковалентно связанную с ней аминокислоту для присоединения последней к синтезируемому белку. Аминоацилирование тРНК осуществляется ферментами, аминоацил-тРНК-синтетазами (АРСазми) [26,27]. Нуклеотиды в составе антикодона в тРНК часто модифицируются, что модулирует ряд неканонических спариваний с нуклеотидами кодона [28]. Так, за счет этого одна и та же тРНК

Рисунок 1. Структура мРНК у эукариот. (А) Схема линейного строения мРНК. (Б) Модели closed-loop структур мРНК. UAA - пример стоп кодона. Показаны белки, взаимодействие которых фиксирует данную структуру. m7G - кэп. Рисунок сделан с использованием BioRender (https://app.biorender.com).

может эффективно спариваться с разными кодонами, особенно если последние отличаются только в третьем положении кодона. Иногда, неоднозначное распознавание происходит и в первом нуклеотиде кодона. Такая неоднозначность в распознавании нуклеотидов кодона описывается гипотезой качелей (wobbling гипотезой) [29-31 ].

Трансляция модулируется и катализируется различными белками - факторами трансляции. По принципу действия их можно разделить на: 1) конкурентов с тРНК за связывание на определенном кодоне и 2) аллостерических регуляторов, не связывающих кодон. Конкуренты способны распознавать кодон в А сайте и индуцировать процессы, альтернативные продолжению синтеза белка. Например, фактор терминации трансляции 1 (eRF1) эффективно конкурируют с

некоторыми тРНК за связывание со стоп кодоном и его комплекс с регулятором, фактором терминации 3 (еКГ3), сходен по структуре с тРНК в комплексе с эукариотическим фактором элонгации 1А (eEF1A) [32-34]. Аллостерические регуляторы же не конкурируют с тРНК, а связываются с различными участками рибосомы, мРНК или тРНК и модулируют различные этапы трансляции. Среди них примечательно выделить скаффолд-белки, которые служат платформой для сборки больших регуляторных комплексов. Например, эукариотические факторы инициации трансляции 3 и 4G (еШ3 и eIF4G), образуют комплексы белков на инициирующей рибосоме и кэпе, соответственно [8,35-37]. Также стоит отметить, что среди аллостерических регуляторов есть ряд ферментов, использующих энергию гидролиза нуклеозидтрифосфатов для смещения равновесия различных трансляционных процессов. В основном, это ГТФазы (например, еШ2, еШ5В, eEF1A, eEF2, еКГ3), но встречаются и АТФазы (еШ4А, АВСЕ1) [5,6,8,38,39]. Стоит отметить, что многие эукариотические факторы трансляции выполняют в клетке множественные функции как на различных этапах трансляции [22,40], так и в других процессах [13,41], поэтому далеко не все факторы трансляции содержат упоминание своей трансляционной активности в названии и порядковый номер фактора.

В процессе трансляции можно выделить четыре этапа:

1) инициация: сборка рибосомного комплекса, поиск на мРНК рамки считывания белка (позиционирование на старт кодон) и декодирование старт кодона;

2) элонгация: последовательное включение в состав синтезируемого белка второй и последующих аминокислот, связанных с тРНК, которые кодируются последовательностью кодона в мРНК за счет кодон-антикодонового взаимодействия;

3) терминация: завершение синтеза белка на стоп кодоне и его высвобождение из рибосомы;

4) рециклинг: частичная или полная разборка рибосомного комплекса для включения рибосом в новый раунд трансляции.

Интересно отметить, что в последнее время стали появляться данные по соотношению скоростей каждого из этапов терминации у эукариот. Так в дрожжевой системе самым медленным этапом является инициация (порядка 20 с), промежуточным - терминация (порядка 4 с) и наиболее быстрым - элонгация (порядка 0,05-1,4 с/кодон) [42].

3.1.2. Инициация эукариотической трансляции

Основным и считающейся каноническим путем инициации у эукариот является путь кэп-зависимой посадки 43S преинициаторного рибосомного комплекса (43S PIC) с последующим сканированием последовательности мРНК на наличие старт кодона. 43S PIC формируется в цитозоле из 40S субъединицы рибосомы и эукариотических факторов инициации трансляции eIF1, eIF1A, eIF3, eIF5, тройного комплекса eIF2 с ГТФ и инициаторной метионилированной-тРНК (Met-тРНКi). Далее 43S PIC позиционируется на кэпированном 5' конце мРНК за счет взаимодействия с кэп-связанным комплексом eIF4F, формируя 48S PIC. eIF4F состоит кэп-связывающего eIF4E, скаффолд-белка eIF4G и РНК хеликазы eIF4A, которая может связываться со своим партнером eIF4B. После посадки на мРНК, 48S PIC осуществляет сканирование последовательности мРНК в 3' направлении в поиске старт кодона. Связывание рибосомного комплекса со старт кодоном фиксирует «закрытую» конформацию 48S PIC и прекращает дальнейшее сканирование. Это вызывает гидролиз и высвобождение eIF2-ГДФ, а также диссоциацию eIF1 и eIF5. Далее с рибосомным комплексом связывается фактор инициации eIF5B-ГТФ, который катализирует присоединение к комплексу 60S субъединицы рибосомы и формирование 80S инициаторного комплекса (80S IC). После этого гидролизуется ГТФ и факторы eIF5B-ГДФ и eIF1A покидают рибосому. В результате P сайт в 80S IC содержит Met-тРНК спаренную со старт кодоном, а А сайт остается вакантным (Рисунок 2) [6,8,38,43]. На этом заканчивается этап инициации трансляции эукариот. Необходимо отметить, что существует ряд альтернативных сценариев эукариотической инициации трансляции, относительная эффективность которых зависит от клеточных условий. Однако, по сути механизмы альтернативной инициации трансляции также направлены на образование рибосомного комплекса с занятым инициаторной тРНК P сайтом и свободным А сайтом [6-9,44-47].

В регуляции инициации трансляции также могут участвовать структурные элементы мРНК, пространственно удаленные от 5' конца мРНК и старт кодона. Так, связывание 43 S PIC с кэпом синергично стимулируется взаимодействием eIF4G с поли(А)-связывающим белком (PABP). Эти белки взаимодействуют за счет сближения концов мРНК при образовании closed-loop структуры (Рисунок 1Б) [16,20,48-53]. Кроме этого, eIF4F может быть дополнительно зафиксирован на PABP через взаимодействие последнего с eIF4B, который связан с eIF4A [16,54]. Также в связи между eIF4F комплексом на кэпе и PABP на поли(А) хвосте может участвовать взаимодействие между белками eIF4A и eIF3, которые связываются, с одной стороны, с eIF4G, а

Рисунок 2. Модель кэп-зависимой сканирующей инициации трансляции эукариот. m7G

кэп. Met-tRNAi -метионилированная инициаторная тРНК. Pi - неорганический фосфат. AUG старт кодон. Из [43] с изменениями.

с другой - с белком PAIP1, взаимодействующим с PABP [16,55,56]. Стоит отметить, что при инициации трансляции в отсутствие кэпа или поли(А) хвоста может происходит образование альтернативных closed-loop структур мРНК, модулирующих активность такой трансляции [8,16,57-59]. Всё это указывает на важность изучения взаимовлияния различных структурных элементов мРНК и связанных с ним белков на функционирование друг друга.

Отдельно необходимо отметить интеграционную и «платформенную» роли фактора инициации еШЗ. У млекопитающих данный фактор является самым большим фактором инициации и состоит из 13 субъединиц с общей молекулярной массой порядка 800 кДа. Однако, дрожжевой еШ3 лишен ряда субъединиц, характерных для ортолога млекопитающих, и, вероятно, его функциональная активность в разных этапах трансляции также может отличаться [6,36,43,60]. У млекопитающих еШ3 связывается с обращенной в раствор поверхностью тела 40S субъединицы, динамично контактируя как со входным каналом мРНК и А сайтом, так и с выходным каналом и Е сайтом, а также взаимодействует с межсубъединичным интерфейсом [6,60]. Таким образом, фактор еШ3 потенциально способен участвовать в регуляции различных этапов трансляции [6,36,40,43,60]. В свете этого, однако, остается не ясным, как конкретно модулируется такая разносторонняя активность данного фактора в различном клеточном окружении, и насколько такое многообразие функций консервативно среди эукариот в свете его различного состава у разных организмов. В частности, возникает вопрос, насколько данные об этом белке, которые получены в дрожжевых системах, применимы к человеку.

3.1.3. Элонгация эукариотической трансляции

За инициацией следует элонгация трансляции, в процессе которой последовательность кодонов мРНК транслируется в последовательность аминокислот синтезируемого белка. На данном этапе рибосома последовательно считывает каждый кодон, допуская связывание с кодонами мРНК аминоацилированных тРНК с комплементарными антикодонами, что приводит к присоединению аминокислоты на С конец синтезируемого белка. Процесс элонгации катализируется факторами элонгации eEF1А и eEF2. Данные факторы являются ГТФазами и за счет гидролиза ГТФ смещают равновесие в необходимую сторону элонгационного цикла. Так, с вакантным А сайтом малой субъединицы связывается аминоацилированная тРНК в комплексе с eEF1A и ГТФ. Гидролиз ГТФ происходит только, если антикодон тРНК спарен с кодоном в А сайте рибосомы. Далее происходит транслокация рибосомы на следующий кодон, которая катализируется связыванием с рибосомой eEF2*ГТФ. В результате последующего гидролиза ГТФ, eEF2 диссоциирует из рибосомы, изменяя при этом ее конформацию [39,61-63].

Различные кодоны читаются рибосомой с разной скоростью вследствие различных концентраций тРНК [4,61,64,65]. Это может приводить, в частности, к отбору в кодирующих последовательностях генома среди синонимичных кодонов (кодирующих одну и ту же аминокислоту), которые распознаются разными изоакцепторными тРНК (несущими одну и ту же

аминокислоту) (т.н. «codon usage bias»). Насыщение кодирующей последовательности «редкими» кодонами может приводить к «зависанию» и столкновению рибосом. Также на скорость элонгации могут влиять ряд других факторов, таких как вторичные структуры мРНК, РНК-связывающие белки и взаимодействие синтезируемого белка с рибосомным туннелем [4,61,64].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Бизяев Никита Сергеевич, 2024 год

8. Список литературы

1. Khatter H. et al. Structure of the human 80S ribosome // Nature. 2015. Vol. 520, № 7549. P. 640-645.

2. Melnikov S. et al. One core, two shells: bacterial and eukaryotic ribosomes // Nat. Struct. Mol. Biol. Nature Publishing Group, 2012. Vol. 19, № 6. P. 560-567.

3. Афонина Ж.А., Широков В.А. Трехмерная организация полирибосом - современный подход // Успехи биологической химии. 2018. Vol. 58. P. 101-118.

4. Schuller A.P., Green R. Roadblocks and resolutions in eukaryotic translation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Springer US, 2018. Vol. 19, № 8. P. 526-541.

5. Hellen C.U.T. Translation termination and ribosome recycling in eukaryotes // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2018. Vol. 10, № 10.

6. Merrick W.C., Pavitt G.D. Protein Synthesis Initiation in Eukaryotic Cells // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2018. Vol. 10, № 12. P. a033092.

7. Kwan T., Thompson S.R. Noncanonical translation initiation in eukaryotes // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2019. Vol. 11, № 4. P. 1-20.

8. Brito Querido J., Diaz-Lopez I., Ramakrishnan V. The molecular basis of translation initiation and its regulation in eukaryotes // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Springer US, 2024. Vol. 25, № 3. P. 168-186.

9. Сорокин И.И. et al. Неканонические механизмы инициации трансляции мРНК вирусов эукариот // Биохимия. 2021. Vol. 86, № 9. P. 1273-1313.

10. Ramanathan A., Robb G.B., Chan S.-H. mRNA capping: biological functions and applications // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44, № 16. P. 7511-7526.

11. Furuichi Y., Shatkin A.J. Viral and cellular mRNA capping: past and prospects. // Adv. Virus Res. 2000. Vol. 55, № January. P. 135-184.

12. Brawerman G. The Role of the Poly(A) Sequence in Mammalian Messenger RNA // Crit. Rev.

Biochem. 1981. Vol. 10, № 1. P. 1-38.

13. Passmore L.A., Coller J. Roles of mRNA poly(A) tails in regulation of eukaryotic gene expression // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Springer US, 2022. Vol. 23, № 2. P. 93-106.

14. McLaughlin C.S. et al. Polyadenylic acid sequences in yeast messenger ribonucleic acid. // J. Biol. Chem. A© 1973 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 1973. Vol. 248, № 4. P. 14661471.

15. Marzluff W.F. Histone 3' ends: essential and regulatory functions. // Gene Expr. 1992. Vol. 2, № 2. P. 93-97.

16. Fakim H., Fabian M.R.F. Communication Is Key: 5'-3' Interactions that Regulate mRNA Translation and Turnover. In: The Biology of mRNA: Function and Structure. Advances in Experimental Medicine and Biology, Volume 1203. Eds Oeffinger M., Zenklusen D., pp. 149165. Cham, Switzerland: Springer Nature Switzerland, 2019. 149-165 p.

17. Vicens Q., Kieft J.S., Rissland O.S. Revisiting the Closed-Loop Model and the Nature of mRNA 5'-3' Communication // Mol. Cell. 2018. Vol. 72, № 5. P. 805-812.

18. Ermolenko D.N., Mathews D.H. Making ends meet: New functions of mRNA secondary structure // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2021. Vol. 12, № 2. P. 1-14.

19. Wells S.E. et al. Circularization of mRNA by Eukaryotic Translation Initiation Factors // Mol. Cell. 1998. Vol. 2, № 1. P. 135-140.

20. Archer S.K. et al. Probing the closed-loop model of mRNA translation in living cells // RNA Biol. 2015. Vol. 12, № 3. P. 248-254.

21. Hoshino S. et al. The Eukaryotic Polypeptide Chain Releasing Factor (eRF3/GSPT) Carrying the Translation Termination Signal to the 3'-Poly(A) Tail of mRNA // J. Biol. Chem. 1999. Vol. 274, № 24. P. 16677-16680.

22. Ivanov A. et al. PABP enhances release factor recruitment and stop codon recognition during translation termination // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44, № 16. P. 7766-7776.

23. Uchida N. et al. A novel role of the mammalian GSPT/eRF3 associating with poly(A)-binding protein in cap/poly(A)-dependent translation // J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277, № 52. P. 5028650292.

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

34

35

36

37

Wu C. et al. Poly(A)-Binding Protein Regulates the Efficiency of Translation Termination // Cell Rep. ElsevierCompany., 2020. Vol. 33, № 7. P. 108399.

Cosson B. et al. Poly(A)-binding protein and eRF3 are associated in vivo in human and Xenopus cells // Biol. Cell. 2002. Vol. 94, № 4-5. P. 205-216.

Kisselev L.L., Wolfson A.D. Aminoacyl-tRNA Synthetases from Higher Eukaryotes // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1994. Vol. 48, № C. P. 83-142.

Hoagland M.B., Zamecnik P.C., Stephenson M.L. Intermediate reactions in protein biosynthesis. 1957. // Biochim. Biophys. Acta. 1957. Vol. 24. P. 215-216.

Suzuki T. The expanding world of tRNA modifications and their disease relevance // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Springer US, 2021. Vol. 22, № 6. P. 375-392.

Crick F.H.C. Codon-anticodon pairing: The Wobble Hypothesis // J. Mol. Biol. 1966. Vol. 19. P. 548-555.

Osawa S., Jukes T.H. Evolution of the genetic code as affected by anticodon content // Trends Genet. 1988. Vol. 4, № 7. P. 191-192.

Osawa S. et al. Recent evidence for evolution of the genetic code // Microbiol. Rev. 1992. Vol. 56, № 1. P. 229-264.

Song H. et al. The Crystal Structure of Human Eukaryotic Release Factor eRF1—Mechanism of Stop Codon Recognition and Peptidyl-tRNA Hydrolysis // Cell. 2000. Vol. 100, № 3. P. 311321.

Kisselev L.L., Buckingham R.H. Translational termination comes of age // Trends Biochem. Sci. 2000. Vol. 25, № 11. P. 561-566.

Bertram G. et al. Endless possibilities: translation termination and stop codon recognition. // Microbiology. 2001. Vol. 147, № Pt 2. P. 255-269.

Shestakova E.D. et al. Specific mechanisms of translation initiation in higher eukaryotes: the eIF4G2 story // RNA. 2023. Vol. 29, № 3. P. 282-299.

Hinnebusch A.G. eIF3: a versatile scaffold for translation initiation complexes // Trends Biochem. Sci. 2006. Vol. 31, № 10. P. 553-562.

Prévôt D., Darlix J.L., Ohlmann T. Conducting the initiation of protein synthesis: The role of eIF4G // Biol. Cell. 2003. Vol. 95, № 3-4. P. 141-156.

38

39

40

41

42

43

44

45

46

47

48

49

50

51

Jackson R.J., Hellen C.U.T., Pestova T. V. The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. Nature Publishing Group, 2010. Vol. 11, № 2. P. 113-127.

Budkevich T. V. et al. Regulation of the mammalian elongation cycle by subunit rolling: A eukaryotic-specific ribosome rearrangement // Cell. Elsevier, 2014. Vol. 158, № 1. P. 121-131.

Шувалова Е.Ю. Белки с двойными функциями, участвующие в инициации и терминации трансляции эукариот: дис. ... биол. наук: 1.5.3. / - М., 2022. - 140 с.

Sasikumar A.N., Perez W.B., Kinzy T.G. The many roles of the eukaryotic elongation factor 1 complex // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2012. Vol. 3, № 4. P. 543-555.

Lawson M.R. et al. Mechanisms that ensure speed and fidelity in eukaryotic translation termination // Science (80-. ). 2021. Vol. 373, № 6557. P. 876-882.

Hinnebusch A.G. The scanning mechanism of eukaryotic translation initiation // Annu. Rev. Biochem. 2014. Vol. 83. P. 779-812.

Shatsky I.N. et al. Cap-Independent Translation: What's in a Name? // Trends Biochem. Sci. Elsevier Ltd, 2018. Vol. 43, № 11. P. 882-895.

Kochetov A. V. Alternative translation start sites and hidden coding potential of eukaryotic mRNAs // BioEssays. 2008. Vol. 30, № 7. P. 683-691.

Andreev D.E. et al. Non-AUG translation initiation in mammals // Genome Biol. BioMed Central, 2022. Vol. 23, № 1. P. 1-17.

Wright B.W. et al. The dark proteome: translation from noncanonical open reading frames // Trends Cell Biol. Elsevier Ltd, 2022. Vol. 32, № 3. P. 243-258.

Amrani N. et al. Translation factors promote the formation of two states of the closed-loop mRNP // Nature. 2008. Vol. 453, № 7199. P. 1276-1280.

Kahvejian A. et al. Mammalian poly(A)-binding protein is a eukaryotic translation initiation factor, which acts via multiple mechanisms // Genes Dev. 2005. Vol. 19, № 1. P. 104-113.

Borman A.M., Yanne M.., Kean K.M. Biochemical characterisation of cap-poly(A) synergy in rabbit reticulocyte lysates: the eIF4G-PABP interaction increases the functional affinity of eIF4E for the capped mRNA 5'-end // Nucleic Acids Res. 2000. Vol. 28, № 21. P. 4068-4075.

Gallie D.R. The cap and poly(A) tail function synergistically to regulate mRNA translational

efficiency // Genes Dev. 1991. Vol. 5, № 11. P. 2108-2116.

52. Alekhina O.M. et al. Functional cyclization of eukaryotic mRNAs // Int. J. Mol. Sci. 2020. Vol. 21, № 5. P. 1-18.

53. Safaee N. et al. Interdomain Allostery Promotes Assembly of the Poly(A) mRNA Complex with PABP and eIF4G // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2012. Vol. 48, № 3. P. 375-386.

54. Le H. et al. Translation initiation factors eIF-iso4G and eIF-4B interact with the poly(A)-binding protein and increase its RNA binding activity // J. Biol. Chem. 1997. Vol. 272, № 26. P. 16247-16255.

55. Craig A.W.B. et al. Interaction of polyadenylate-binding protein with the eIF4G homologue PAIP enhances translation // Nature. 1998. Vol. 392, № 6675. P. 520-523.

56. Martineau Y. et al. Poly(A)-Binding Protein-Interacting Protein 1 Binds to Eukaryotic Translation Initiation Factor 3 To Stimulate Translation // Mol. Cell. Biol. 2008. Vol. 28, № 21. P. 6658-6667.

57. Fabian M.R., White K.A. Analysis of a 3'-translation enhancer in a tombusvirus: A dynamic model for RNA-RNA interactions of mRNA termini // Rna. 2006. Vol. 12, № 7. P. 1304-1314.

58. Sonenberg N., Hinnebusch A.G. Regulation of Translation Initiation in Eukaryotes: Mechanisms and Biological Targets // Cell. Elsevier Inc., 2009. Vol. 136, № 4. P. 731-745.

59. Nicholson B.L., White K.A. 3' Cap-independent translation enhancers of positive-strand RNA plant viruses // Curr. Opin. Virol. Elsevier B.V., 2011. Vol. 1, № 5. P. 373-380.

60. Valasek L.S. et al. Survey and summary: Embraced by eIF3: Structural and functional insights into the roles of eIF3 across the translation cycle // Nucleic Acids Res. 2017. Vol. 45, № 19. P. 10948-10968.

61. Choi J. et al. How Messenger RNA and Nascent Chain Sequences Regulate Translation Elongation // Annu. Rev. Biochem. 2018. Vol. 87. P. 421-449.

62. Dever T.E., Green R. Phases of Translation in Eukaryotes // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. Perspect Biol. 2012. Vol. 4. P. 1-16.

63. Shao S. et al. Decoding Mammalian Ribosome-mRNA States by Translational GTPase Complexes // Cell. Elsevier, 2016. Vol. 167, № 5. P. 1229-1240.e15.

64. Knight J.R.P. et al. Control of translation elongation in health and disease // DMM Dis. Model.

Mech. 2020. Vol. 13, № 3.

65. Yang Q. et al. eRF1 mediates codon usage effects on mRNA translation efficiency through premature termination at rare codons // Nucleic Acids Res. 2019. Vol. 47, № 17. P. 9243-9258.

66. Alkalaeva E.Z. et al. In Vitro Reconstitution of Eukaryotic Translation Reveals Cooperativity between Release Factors eRF1 and eRF3 // Cell. 2006. Vol. 125, № 6. P. 1125-1136.

67. Frolova L. et al. A highly conserved eukaryotic protein family possessing properties of polypeptide chain release factor // Nature. 1994. Vol. 372, № 6507. P. 701-703.

68. Frolova L.Y., Merkulova T.I., Kisselev L.L. Translation termination in eukaryotes: Polypeptide release factor eRF1 is composed of functionally and structurally distinct domains // RNA. 2000. Vol. 6, № 3. P. S135583820099143X.

69. Kisselev L. NEW EMBO MEMBER'S REVIEW: Termination of translation: interplay of mRNA, rRNAs and release factors? // EMBO J. 2003. Vol. 22, № 2. P. 175-182.

70. Brown A. et al. Structural basis for stop codon recognition in eukaryotes // Nature. 2015. Vol. 524, № 7566. P. 493-496.

71. Matheisl S. et al. Structure of a human translation termination complex. // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 18. P. 8615-8626.

72. Frolova L., Seit-Nebi A., Kisselev L. Highly conserved NIKS tetrapeptide is functionally essential in eukaryotic translation termination factor eRF1 // Rna. 2002. Vol. 8, № 2. P. 129136.

73. Conard S.E. et al. Identification of eRF1 residues that play critical and complementary roles in stop codon recognition // Rna. 2012. Vol. 18, № 6. P. 1210-1221.

74. Kryuchkova P. et al. Two-step model of stop codon recognition by eukaryotic release factor eRF1 // Nucleic Acids Res. 2013. Vol. 41, № 8. P. 4573-4586.

75. Blanchet S. et al. New insights into stop codon recognition by eRF1 // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 6. P. 3298-3308.

76. Chavatte L. et al. The invariant uridine of stop codons contacts the conserved NIKSR loop of human eRF1 in the ribosome // EMBO J. 2002. Vol. 21, № 19. P. 5302-5311.

77. Ito K. et al. Omnipotent decoding potential resides in eukaryotic translation termination factor eRF1 of variant-code organisms and is modulated by the interactions of amino acid sequences

within domain 1 // Proc. Natl. Acad. Sci. 2002. Vol. 99, № 13. P. 8494-8499.

78. Fan-Minogue H. et al. Distinct eRF3 Requirements Suggest Alternate eRF1 Conformations Mediate Peptide Release during Eukaryotic Translation Termination // Mol. Cell. 2008. Vol. 30, № 5. P. 599-609.

79. Seit-Nebi A., Frolova L., Kisselev L. Conversion of omnipotent translation termination factor eRF1 into ciliate-like UGA-only unipotent eRF1 // EMBO Rep. 2002. Vol. 3, № 9. P. 881-886.

80. Kolosov P. et al. Invariant amino acids essential for decoding function of polypeptide release factor eRF1 // Nucleic Acids Res. 2005. Vol. 33, № 19. P. 6418-6425.

81. Cheng Z. et al. Structural insights into eRF3 and stop codon recognition by eRF1 // Genes Dev. 2009. Vol. 23, № 9. P. 1106-1118.

82. Bulygin K.N. et al. Adenine and guanine recognition of stop codon is mediated by different N domain conformations of translation termination factor eRF1 // Nucleic Acids Res. 2011. Vol. 39, № 16. P. 7134-7146.

83. Pillay S. et al. Structural characterization of eRF1 mutants indicate a complex mechanism of stop codon recognition. // Sci. Rep. 2016. Vol. 6.

84. Saito K., Ito K. Genetic analysis of L123 of the tRNA-mimicking eukaryote release factor eRF1, an amino acid residue critical for discrimination of stop codons // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 9. P. 4591-4601.

85. Wada M., Ito K. Misdecoding of rare CGA codon by translation termination factors, eRF1/eRF3, suggests novel class of ribosome rescue pathway in S. cerevisiae // FEBS J. 2019. Vol. 286, № 4. P. 788-802.

86. Wang Y. et al. Functional characterization of polypeptide release factor 1b in the ciliate Euplotes // Biosci. Rep. 2010. Vol. 30, № 6. P. 425-431.

87. Eliseev B. et al. A single amino acid change of translation termination factor eRF1 switches between bipotent and omnipotent stop-codon specificity // Nucleic Acids Res. 2011. Vol. 39, № 2. P. 599-608.

88. Mantsyzov A.B. et al. NMR solution structure and function of the C-terminal domain of eukaryotic class 1 polypeptide chain release factor // FEBS J. 2010. Vol. 277, № 12. P. 26112627.

89. Frolova L.Y. et al. Mutations in the highly conserved GGQ motif of class I polypeptide release factors abolish ability of human eRF1 to trigger peptidyl-tRNA hydrolysis // Rna. 1999. Vol. 5, № 8. P. 1014-1020.

90. Seit-Nebi A. et al. Class-1 translation termination factors: Invariant GGQ minidomain is essential for release activity and ribosome binding but not for stop codon recognition // Nucleic Acids Res. 2001. Vol. 29, № 19. P. 3982-3987.

91. Preis A. et al. Cryoelectron microscopic structures of eukaryotic translation termination complexes containing eRF1-eRF3 or eRF1-ABCE1 // Cell Rep. The Authors, 2014. Vol. 8, № 1. P. 59-65.

92. Becker T. et al. Structure of the no-go mRNA decay complex Dom34-Hbs1 bound to a stalled 80S ribosome // Nat. Struct. Mol. Biol. Nature Publishing Group, 2011. Vol. 18, № 6. P. 715720.

93. Korostelev A.A. Structural aspects of translation termination on the ribosome // Rna. 2011. Vol. 17, № 8. P. 1409-1421.

94. Loh P.G., Song H. Structural and mechanistic insights into translation termination // Curr. Opin. Struct. Biol. Elsevier Ltd, 2010. Vol. 20, № 1. P. 98-103.

95. Shaw J.J., Green R. Two Distinct Components of Release Factor Function Uncovered by Nucleophile Partitioning Analysis // Mol. Cell. 2007. Vol. 28, № 3. P. 458-467.

96. Laurberg M. et al. Structural basis for translation termination on the 70S ribosome // Nature. 2008. Vol. 454, № 7206. P. 852-857.

97. Trobro S., Aqvist J. Mechanism of the translation termination reaction on the ribosome // Biochemistry. 2009. Vol. 48, № 47. P. 11296-11303.

98. Ghelfi M.D. et al. A High-Throughput Assay for In Vitro Determination of Release Factor-Dependent Peptide Release from a Pretermination Complex by Fluorescence Anisotropy— Application to Nonsense Suppressor Screening and Mechanistic Studies // Biomolecules. 2023. Vol. 13, № 2. P. 242.

99. Eyler D.E., Wehner K.A., Green R. Eukaryotic release factor 3 is required for multiple turnovers of peptide release catalysis by eukaryotic release factor 1 // J. Biol. Chem. A© 2013 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 2013. Vol. 288, № 41. P. 29530-29538.

100. Salas-Marco J., Bedwell D.M. GTP Hydrolysis by eRF3 Facilitates Stop Codon Decoding during Eukaryotic Translation Termination // Mol. Cell. Biol. 2004. Vol. 24, № 17. P. 77697778.

101. Stansfield I. et al. The products of the SUP45 (eRF1) and SUP35 genes interact to mediate translation termination in Saccharomyces cerevisiae // EMBO J. 1995. Vol. 14, № 17. P. 43654373.

102. Zhouravleva G. et al. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3. // EMBO J. 1995. Vol. 14, № 16. P. 40654072.

103. Frolova L. et al. Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRF1- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. // RNA. 1996. Vol. 2, № 4. P. 334-341.

104. Hoshino S.I. et al. Molecular cloning of a novel member of the eukaryotic polypeptide chain-releasing factors (eRF): Its identification as eRF3 interacting with eRF1 // J. Biol. Chem. A© 1998 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 1998. Vol. 273, № 35. P. 22254-22259.

105. Hauryliuk V. et al. Class-1 release factor eRF1 promotes GTP binding by class-2 release factor eRF3 // Biochimie. 2006. Vol. 88, № 7. P. 747-757.

106. Mitkevich V.A. et al. Termination of translation in eukaryotes is mediated by the quaternary eRF1*eRF3*GTP*Mg2+ complex. The biological roles of eRF3 and prokaryotic RF3 are profoundly distinct // Nucleic Acids Res. 2006. Vol. 34, № 14. P. 3947-3954.

107. Pisareva V.P. et al. Kinetic analysis of interaction of eukaryotic release factor 3 with guanine nucleotides // J. Biol. Chem. A© 2006 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 2006. Vol. 281, № 52. P.40224-40235.

108. Zeng F., Jin H. Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during Translation Termination // Sci. Rep. Springer US, 2018. Vol. 8, № 1. P. 2349.

109. Kononenko A. V. et al. Role of the individual domains of translation termination factor eRF1 in GTP binding to eRF3 // Proteins Struct. Funct. Bioinforma. 2007. Vol. 70, № 2. P. 388-393.

110. Дубовая В.И. et al. Влияние изолированных доменов фактора терминации трансляции eRF1 на GTPазную активность фактора терминации трансляции eRF3 // Мол. 2006. Vol.

40, № 2. P. 310-316.

111. Ito K., Ebihara K., Nakamura Y. The stretch of C-terminal acidic amino acids of translational release factor eRF1 is a primary binding site for eRF3 of fission yeast // Rna. 1998. Vol. 4, № 8. P. 958-972.

112. Ebihara K., Nakamura Y. C-terminal interaction of translational release factors eRF1 and eRF3 of fission yeast: G-domain uncoupled binding and the role of conserved amino acids // Rna. 1999. Vol. 5, № 6. P. 739-750.

113. Merkulova T.I. et al. C-terminal domains of human translation termination factors eRF1 and eRF3 mediate their in vivo interaction // FEBS Lett. 1999. Vol. 443, № 1. P. 41-47.

114. Taylor D. et al. Cryo-EM structure of the mammalian eukaryotic release factor eRF1-eRF3-associated termination complex // Proc. Natl. Acad. Sci. 2012. Vol. 109, № 45. P. 1841318418.

115. Kong C. et al. Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S. pombe // Mol. Cell. 2004. Vol. 14, № 2. P. 233-245.

116. Paushkin S. V. et al. Interaction between Yeast Sup45p (eRF1) and Sup35p (eRF3) Polypeptide Chain Release Factors: Implications for Prion-Dependent Regulation // Mol. Cell. Biol. 1997. Vol. 17, № 5. P. 2798-2805.

117. Frolova L.Y. et al. Functional expression of eukaryotic polypeptide chain release factors 1 and 3 by means of baculovirus/insect cells and complex formation between the factors // Eur. J. Biochem. 1998. Vol. 256, № 1. P. 36-44.

118. Saito K. et al. Omnipotent role of archaeal elongation factor 1 alpha (EF1 ) in translational elongation and termination, and quality control of protein synthesis // Proc. Natl. Acad. Sci. 2010. Vol. 107, № 45. P. 19242-19247.

119. Shuvalova E. et al. Discovery of a novel role of tumor suppressor PDCD4 in stimulation of translation termination // J. Biol. Chem. Elsevier B.V, 2021. Vol. 297, № 5. P. 101269.

120. Beznoskova P. et al. Translation Initiation Factors eIF3 and HCR1 Control Translation Termination and Stop Codon Read-Through in Yeast Cells // PLoS Genet. 2013. Vol. 9, № 11.

121. BeiBel C. et al. Translation termination depends on the sequential ribosomal entry of eRF1 and eRF3 // Nucleic Acids Res. Oxford University Press, 2019. Vol. 47, № 9. P. 4798-4813.

122. Young D.J., Guydosh N.R. Rebirth of the translational machinery: The importance of recycling ribosomes // BioEssays. 2022. Vol. 44, № 4.

123. Nurenberg-Goloub E., Tampe R. Ribosome recycling in mRNA translation, quality control, and homeostasis // Biol. Chem. 2019. Vol. 401, № 1. P. 47-61.

124. Beier H., Grimm M. Misreading of termination codons in eukaryotes by natural nonsense suppressor tRNAs // Nucleic Acids Res. 2001. Vol. 29, № 23. P. 4767-4782.

125. Roy B. et al. Nonsense suppression by near-cognate tRNAs employs alternative base pairing at codon positions 1 and 3 // Proc. Natl. Acad. Sci. 2015. Vol. 112, № 10. P. 3038-3043.

126. Drugeon G. et al. Eukaryotic release factor 1 (eRF1) abolishes readthrough and competes with suppressor tRNAs at all three termination codons in messenger RNA // Nucleic Acids Res. 1997. Vol. 25, № 12. P. 2254-2258.

127. Dabrowski M., Bukowy-Bieryllo Z., Zietkiewicz E. Translational readthrough potential of natural termination codons in eucaryotes - The impact of RNA sequence // RNA Biol. 2015. Vol. 12, № 9. P. 950-958.

128. Schueren F., Thoms S. Functional Translational Readthrough: A Systems Biology Perspective // PLoS Genet. 2016. Vol. 12, № 8. P. 1-12.

129. Loughran G. et al. Evidence of efficient stop codon readthrough in four mammalian genes // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42, № 14. P. 8928-8938.

130. Hatfield D.L., Gladyshev V.N. How Selenium Has Altered Our Understanding of the Genetic Code // Mol. Cell. Biol. 2002. Vol. 22, № 11. P. 3565-3576.

131. Turanov A.A. et al. Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon // Science (80-. ). 2009. Vol. 323, № 5911. P. 259-261.

132. Nasim M.T. et al. Eukaryotic Selenocysteine Incorporation Follows a Nonprocessive Mechanism That Competes with Translational Termination // J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275, № 20. P.14846-14852.

133. Matsufuji S. et al. Autoregulatory frameshifting in decoding mammalian ornithine decarboxylase antizyme // Cell. 1995. Vol. 80, № 1. P. 51-60.

134. Ivanov I.P., Atkins J.F. Ribosomal frameshifting in decoding antizyme mRNAs from yeast and protists to humans: Close to 300 cases reveal remarkable diversity despite underlying

conservation // Nucleic Acids Res. 2007. Vol. 35, № 6. P. 1842-1858.

135. Wang R. et al. High frequency of+1 programmed ribosomal frameshifting in Euplotes octocarinatus // Sci. Rep. Nature Publishing Group, 2016. Vol. 6, № February. P. 1-12.

136. Klobutcher L.A., Farabaugh P.J. Shifty ciliates: Frequent programmed translational frameshifting in euplotids // Cell. 2002. Vol. 111, № 6. P. 763-766.

137. Lobanov A. V. et al. Position-dependent termination and widespread obligatory frameshifting in Euplotes translation // Nat. Struct. Mol. Biol. Nature Publishing Group, 2017. Vol. 24, № 1. P. 61-68.

138. Vallabhaneni H. et al. Connection between stop codon reassignment and frequent use of shifty stop frameshifting // RNA. 2009. Vol. 15, № 5. P. 889-897.

139. Kurian L. et al. Polyamine sensing by nascent ornithine decarboxylase antizyme stimulates decoding of its mRNA // Nature. 2011. Vol. 477, № 7365. P. 490-494.

140. Amrani N., Sachs M.S., Jacobson A. Early nonsense: mRNA decay solves a translational problem // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006. Vol. 7, № 6. P. 415-425.

141. Celik A., Kervestin S., Jacobson A. NMD: At the crossroads between translation termination and ribosome recycling // Biochimie. Elsevier Ltd, 2015. Vol. 114. P. 2-9.

142. Raimondeau E., Bufton J.C., Schaffitzel C. New insights into the interplay between the translation machinery and nonsense-mediated mRNA decay factors // Biochem. Soc. Trans. 2018. Vol. 46, № 3. P. 503-512.

143. Embree C.M., Abu-Alhasan R., Singh G. Features and factors that dictate if terminating ribosomes cause or counteract nonsense-mediated mRNA decay // J. Biol. Chem. The Authors, 2022. Vol. 298, № 11. P. 102592.

144. Patro I. et al. Nonsense-Mediated mRNA Decay: Mechanistic Insights and Physiological Significance // Mol. Biotechnol. Springer US, 2023. № 0123456789.

145. Monaghan L., Longman D., Caceres J.F. Translation-coupled mRNA quality control mechanisms // EMBO J. 2023. Vol. 42, № 19. P. 1-15.

146. Shcherbik N. et al. Distinct types of translation termination generate substrates for ribosome-associated quality control // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44, № 14. P. 6840-6852.

147. Chiabudini M. et al. Release Factor eRF3 Mediates Premature Translation Termination on

148

149

150

151

152

153

154

155

156

157

158

159

160

161

Polylysine-Stalled Ribosomes in Saccharomyces cerevisiae // Mol. Cell. Biol. 2014. Vol. 34, № 21. P. 4062-4076.

Chavatte L. et al. Stop Codons and UGG Promote Efficient Binding of the Polypeptide Release Factor eRF1 to the Ribosomal A Site // J. Mol. Biol. 2003. Vol. 331, № 4. P. 745-758.

Nakamura Y. Codon usage tabulated from international DNA sequence databases: status for the year 2000 // Nucleic Acids Res. 2000. Vol. 28, № 1. P. 292-292.

Doronina V.A. et al. Site-Specific Release of Nascent Chains from Ribosomes at a Sense Codon // Mol. Cell. Biol. 2008. Vol. 28, № 13. P. 4227-4239.

Arava Y. et al. Genome-wide analysis of mRNA translation profiles in Saccharomyces cerevisiae // Proc. Natl. Acad. Sci. 2003. Vol. 100, № 7. P. 3889-3894.

Киселев Л.Л. Третий генетический код // Природа. 2006. Vol. 9. P. 3-9.

Zinshteyn B., Green R. When stop makes sense // Science (80-. ). 2016. Vol. 354, № 6316. P. 1106-1106.

Swart E.C. et al. Genetic Codes with No Dedicated Stop Codon: Context-Dependent Translation Termination // Cell. The Author(s), 2016. Vol. 166, № 3. P. 691-702.

Alkalaeva E., Mikhailova T. Reassigning stop codons via translation termination: How a few eukaryotes broke the dogma // BioEssays. 2017. Vol. 39, № 3. P. 1-6.

Nagel-Wolfrum K. et al. Targeting Nonsense Mutations in Diseases with Translational Read-Through-Inducing Drugs (TRIDs) // BioDrugs. 2016. Vol. 30, № 2. P. 49-74.

Linde L., Kerem B. Introducing sense into nonsense in treatments of human genetic diseases // Trends Genet. 2008. Vol. 24, № 11. P. 552-563.

Keeling K.M. et al. Therapeutics Based on Stop Codon Readthrough // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2014. Vol. 15, № 1. P. 371-394.

Welch E.M. et al. PTC124 targets genetic disorders caused by nonsense mutations // Nature. 2007. Vol. 447, № 7140. P. 87-91.

Eggertsson G., Söll D. Transfer ribonucleic acid-mediated suppression of termination codons in Escherichia coli // Microbiol. Rev. 1988. Vol. 52, № 3. P. 354-374.

Valasek L.S. et al. Cysteine tRNA acts as a stop codon readthrough-inducing tRNA in the

human HEK293T cell line // Rna. 2023. Vol. 29, № 9. P. 1379-1387.

162. Beznoskova P. et al. Yeast applied readthrough inducing system (YARIS): an in vivo assay for the comprehensive study of translational readthrough // Nucleic Acids Res. 2019. Vol. 47, № 12. P. 6339-6350.

163. Blanchet S. et al. New insights into the incorporation of natural suppressor tRNAs at stop codons in Saccharomyces cerevisiae // Nucleic Acids Res. 2014. Vol. 42, № 15. P. 1006110072.

164. Beznoskova P. et al. Increased expression of tryptophan and tyrosine tRNAs elevates stop codon readthrough of reporter systems in human cell lines // Nucleic Acids Res. 2021. Vol. 49, № 9. P. 5202-5215.

165. Kachale A. et al. Short tRNA anticodon stem and mutant eRF1 allow stop codon reassignment // Nature. Springer US, 2023. Vol. 613, № 7945. P. 751-758.

166. Bienz M., Kubli E. Wild-type tRNATyrG reads the TMV RNA stop codon, but Q base-modified tRNATyrQ does not // Nature. 1981. Vol. 294, № 5837. P. 188-190.

167. Zerfass K., Beier H. Pseudouridine in the anticodon GyA of plant cytoplasmic tRNATyr is required for UAG and UAA suppression in the TMV-specific context // Nucleic Acids Res. 1992. Vol. 20, № 22. P. 5911-5918.

168. Weiss W.A., Friedberg E.C. Normal yeast tRNACAGGln can suppress amber codons and is encoded by an essential gene // J. Mol. Biol. 1986. Vol. 192, № 4. P. 725-735.

169. Pavlikova Z.C. et al. Ribosomal A-site interactions with near-cognate tRNAs drive stop codon readthrough // bioRxiv. 2023. P. 2023.06.19.543857.

170. Valle R.P., Morch M.D., Haenni A.L. Novel amber suppressor tRNAs of mammalian origin. // EMBO J. 1987. Vol. 6, № 10. P. 3049-3055.

171. Beznoskova P., Gunisova S., Valasek L.S. Rules of UGA-N decoding by near-cognate tRNAs and analysis of readthrough on short uORFs in yeast // RNA. 2016. Vol. 22, № 3. P. 456-466.

172. Beznoskova P. et al. Translation initiation factor eIF3 promotes programmed stop codon readthrough // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 10. P. 5099-5111.

173. Yu P. et al. Dynamic Landscapes of tRNA Transcriptomes and Translatomes in Diverse Mouse Tissues // Genomics, Proteomics Bioinforma. Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy

of Sciences and Genetics Society of China, 2023. Vol. 21, № 4. P. 834-849.

174. Feng T. et al. Optimal Translational Termination Requires C4 Lysyl Hydroxylation of eRF1 // Mol. Cell. 2014. Vol. 53, № 4. P. 645-654.

175. Соколова Е.Е. Модуляция эффективности терминации трансляции эукариот с помощью мРНК-контекстов стоп кодонов и гидроксилирования фактора eRF1: дис. ... биол. наук: 1.5.3. / - М., 2019. 147 с.

176. Graifer D., Malygin A., Karpova G. Hydroxylation of protein constituents of the human translation system: Structural aspects and functional assignments // Future Med. Chem. 2019. Vol. 11, № 4. P. 357-369.

177. Hu Y.-J., Imbalzano A.N. Global gene expression profiling of JMJD6-and JMJD4-depleted mouse NIH3T3 fibroblasts // Sci. data. 2016. Vol. 3. P. 160022.

178. Heurgue-Hamard V. et al. The Glutamine Residue of the Conserved GGQ Motif in Saccharomyces cerevisiae Release Factor eRF1 Is Methylated by the Product of the YDR140w Gene // J. Biol. Chem. 2005. Vol. 280, № 4. P. 2439-2445.

179. Liu P. et al. Deficiency in a Glutamine-Specific Methyltransferase for Release Factor Causes Mouse Embryonic Lethality // Mol. Cell. Biol. 2010. Vol. 30, № 17. P. 4245-4253.

180. Nakahigashi K. et al. HemK, a class of protein methyl transferase with similarity to DNA methyl transferases, methylates polypeptide chain release factors, and hemK knockout induces defects in translational termination // Proc. Natl. Acad. Sci. 2002. Vol. 99, № 3. P. 1473-1478.

181. Dincbas-Renqvist V. A post-translational modification in the GGQ motif of RF2 from Escherichia coli stimulates termination of translation // EMBO J. 2000. Vol. 19, № 24. P. 69006907.

182. Polevoda B., Span L., Sherman F. The Yeast Translation Release Factors Mrf1p and Sup45p (eRF1) Are Methylated, Respectively, by the Methyltransferases Mtq1p and Mtq2p // J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281, № 5. P. 2562-2571.

183. Fang Q. et al. Mammalian HEMK1 methylates glutamine residue of the GGQ motif of mitochondrial release factors // Sci. Rep. Nature Publishing Group UK, 2022. Vol. 12, № 1. P. 1-12.

184. Pierson W.E. et al. Uniformity of Peptide Release Is Maintained by Methylation of Release

Factors // Cell Rep. ElsevierCompany., 2016. Vol. 17, № 1. P. 11-18.

185. Zeng F., Jin H. Peptide release promoted by methylated RF2 and ArfA in nonstop translation is achieved by an induced-fit mechanism // RNA. 2016. Vol. 22, № 1. P. 49-60.

186. Indrisiunaite G. et al. On the pH dependence of class-1 RF-dependent termination of mRNA translation // J. Mol. Biol. Elsevier B.V., 2015. Vol. 427, № 9. P. 1848-1860.

187. Pundir S., Ge X., Sanyal S. GGQ methylation enhances both speed and accuracy of stop codon recognition by bacterial class-I release factors // J. Biol. Chem. Elsevier B.V, 2021. Vol. 296. P. 100681.

188. Kailasam S. et al. A HemK class glutamine-methyltransferase is involved in the termination of translation and essential for iron homeostasis in Arabidopsis // New Phytol. 2020. Vol. 226, № 5. P. 1361-1374.

189. Li W. et al. Selective inhibition of human translation termination by a drug-like compound // Nat. Commun. Springer US, 2020. Vol. 11, № 1. P. 4941.

190. Trobro S., Äqvist J. A Model for How Ribosomal Release Factors Induce Peptidyl-tRNA Cleavage in Termination of Protein Synthesis // Mol. Cell. 2007. Vol. 27, № 5. P. 758-766.

191. Ander M., Äqvist J. Does Glutamine Methylation Affect the Intrinsic Conformation of the Universally Conserved GGQ Motif in Ribosomal Release Factors? // Biochemistry. 2009. Vol. 48, № 15. P. 3483-3489.

192. Figaro S. et al. HemK2 protein, encoded on human chromosome 21, methylates translation termination factor eRF1 // FEBS Lett. 2008. Vol. 582, № 16. P. 2352-2356.

193. van Tran N. et al. Evolutionary insights into Trm112-methyltransferase holoenzymes involved in translation between archaea and eukaryotes // Nucleic Acids Res. 2018. Vol. 46, № 16. P. 8483-8499.

194. Polevoda B., Sherman F. Methylation of proteins involved in translation // Mol. Microbiol. 2007. Vol. 65, № 3. P. 590-606.

195. Kusevic D., Kudithipudi S., Jeltsch A. Substrate Specificity of the HEMK2 Protein Glutamine Methyltransferase and Identification of Novel Substrates // J. Biol. Chem. 2016. Vol. 291, № 12. P.6124-6133.

196. Weirich S. et al. Distinct specificities of the HEMK2 protein methyltransferase in methylation

of glutamine and lysine residues // Protein Sci. 2024. Vol. 33, № 2. P. 1-14.

197. Ren X. et al. Involvement of N-6 Adenine-Specific DNA Methyltransferase 1 ( N6AMT1 ) in Arsenic Biomethylation and Its Role in Arsenic-Induced Toxicity // Environ. Health Perspect. 2011. Vol. 119, № 6. P. 771-777.

198. Liger D. et al. Mechanism of activation of methyltransferases involved in translation by the Trm112 'hub' protein // Nucleic Acids Res. 2011. Vol. 39, № 14. P. 6249-6259.

199. Heurgué-Hamard V. et al. The Zinc Finger Protein Ynr046w Is Plurifunctional and a Component of the eRF1 Methyltransferase in Yeast // J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281, № 47. P. 36140-36148.

200. Metzger E. et al. KMT9 monomethylates histone H4 lysine 12 and controls proliferation of prostate cancer cells // Nat. Struct. Mol. Biol. Springer US, 2019. Vol. 26, № 5. P. 361-371.

201. Woodcock C.B. et al. Human HemK2/KMT9/N6AMT1 is an active protein methyltransferase, but does not act on DNA in vitro, in the presence of Trm112 // Cell Discov. Springer US, 2019. Vol. 5, № 1. P. 50.

202. Gao J. et al. Structural insight into HEMK2-TRMT112-mediated glutamine methylation // Biochem. J. 2020. Vol. 477, № 19. P. 3833-3838.

203. Lee J., Levin D.E. Intracellular mechanism by which arsenite activates the yeast stress MAPK Hog1 // Mol. Biol. Cell / ed. Lew D.J. 2018. Vol. 29, № 15. P. 1904-1915.

204. Harari F. et al. N-6-Adenine-Specific DNA Methyltransferase 1 ( N6AMT1 ) Polymorphisms and Arsenic Methylation in Andean Women // Environ. Health Perspect. 2013. Vol. 121, № 7. P. 797-803.

205. Xiao C.-L. et al. N6-Methyladenine DNA Modification in the Human Genome // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2018. Vol. 71, № 2. P. 306-318.e7.

206. Chen J. et al. Reducing N6AMT1-mediated 6mA DNA modification promotes breast tumor progression via transcriptional repressing cell cycle inhibitors // Cell Death Dis. Springer US, 2022. Vol. 13, № 3. P. 1-12.

207. Yang Z. et al. Structural Characterization and Comparative Phylogenetic Analysis of Escherichia coli HemK, a Protein (N5)-glutamine Methyltransferase // J. Mol. Biol. 2004. Vol. 340, № 4. P. 695-706.

208. Ratel D. et al. Undetectable levels of N6-methyl adenine in mouse DNA: Cloning and analysis of PRED28, a gene coding for a putative mammalian DNA adenine methyltransferase // FEBS Lett. 2006. Vol. 580, № 13. P. 3179-3184.

209. Guo Y. et al. DNA N6-methyladenine modification in hypertension // Aging (Albany. NY). 2020. Vol. 12, № 7. P. 6276-6291.

210. Fagerberg L. et al. Analysis of the Human Tissue-specific Expression by Genome-wide Integration of Transcriptomics and Antibody-based Proteomics // Mol. Cell. Proteomics. 2014. Vol. 13, № 2. P. 397-406.

211. Leetsi et al. The Common Partner of Several Methyltransferases TRMT112 Regulates the Expression of N6AMT1 Isoforms in Mammalian Cells // Biomolecules. 2019. Vol. 9, № 9. P. 422.

212. Lacoux C. et al. The catalytic activity of the translation termination factor methyltransferase Mtq2-Trm112 complex is required for large ribosomal subunit biogenesis // Nucleic Acids Res. 2020. Vol. 48, № 21. P. 12310-12325.

213. Obata F. et al. Nutritional Control of Stem Cell Division through S-Adenosylmethionine in Drosophila Intestine // Dev. Cell. Elsevier Inc., 2018. Vol. 44, № 6. P. 741-751.e3.

214. Sardana R., Johnson A.W. The methyltransferase adaptor protein Trm112 is involved in biogenesis of both ribosomal subunits // Mol. Biol. Cell / ed. Matera A.G. 2012. Vol. 23, № 21. P.4313-4322.

215. Nordquist S.K., Smith S.R., Pierce J.T. Systematic Functional Characterization of Human 21st Chromosome Orthologs in Caenorhabditis elegans // G3 Genes|Genomes|Genetics. 2018. Vol. 8, № 3. P. 967-979.

216. Liang B. et al. Predicting Diagnostic Gene Biomarkers for Non-Small-Cell Lung Cancer // Biomed Res. Int. 2016. Vol. 2016. P. 1-8.

217. Spitali P. et al. Tracking disease progression non-invasively in Duchenne and Becker muscular dystrophies // J. Cachexia. Sarcopenia Muscle. 2018. Vol. 9, № 4. P. 715-726.

218. Kallmeyer A.K., Keeling K.M., Bedwell D.M. Eukaryotic release factor 1 phosphorylation by CK2 protein kinase is dynamic but has little effect on the efficiency of translation termination in Saccharomyces cerevisiae // Eukaryot. Cell. 2006. Vol. 5, № 8. P. 1378-1387.

219. Andjelkovic N. et al. The catalytic subunit of protein phosphatase 2A associates with the translation termination factor eRF1 // EMBO J. 1996. Vol. 15, № 24. P. 7156-7167.

220. Lozupone C.A., Knight R.D., Landweber L.F. The molecular basis of nuclear genetic code change in ciliates // Curr. Biol. 2001. Vol. 11, № 2. P. 65-74.

221. Chen W. et al. Stop or Not: Genome-Wide Profiling of Reassigned Stop Codons in Ciliates // Mol. Biol. Evol. Oxford University Press, 2023. Vol. 40, № 4. P. 1-12.

222. Chauvin C. et al. Involvement of Human Release Factors eRF3a and eRF3b in Translation Termination and Regulation of the Termination Complex Formation // Mol. Cell. Biol. 2005. Vol. 25, № 14. P. 5801-5811.

223. Якобсен Ш.Г. et al. Идентификация нового фактора терминации трансляции eRF3b, обладающего in vitro и in vivo активностью eRF3 // Молекулярная биология. 2001. Vol. 35, № 4. P. 672-681.

224. Roque S. et al. Interaction between the poly(A)-binding protein Pab1 and the eukaryotic release factor eRF3 regulates translation termination but not mRNA decay in Saccharomyces cerevisiae // RNA. 2015. Vol. 21, № 1. P. 124-134.

225. Елисеева ИА, Лябин ДН, Овчинников ЛП. Поли (А)-связывающие белки: строение, функции и регуляция // Успехи биологической химии. 2013. Т. 53:3-43.8, № 13. С. 13771391.

226. Brito M. et al. Polyglycine expansions in eRF3/GSPT1 are associated with gastric cancer susceptibility // Carcinogenesis. 2005. Vol. 26, № 12. P. 2046-2049.

227. Malta-Vacas J. et al. eRF3a/GSPT1 12-GGC allele increases the susceptibility for breast cancer development. // Oncol. Rep. 2009. Vol. 21, № 6. P. 1551-1558.

228. Miri M. et al. GGCn polymorphism of eRF3a/GSPT1 gene and breast cancer susceptibility // Med. Oncol. 2012. Vol. 29, № 3. P. 1581-1585.

229. Jerbi S. et al. Studies on human eRF3-PABP interaction reveal the influence of eRF3a N-terminal glycin repeat on eRF3-PABP binding affinity and the lower affinity of eRF3a 12-GGC allele involved in cancer susceptibility // RNA Biol. Taylor & Francis, 2016. Vol. 13, № 3. P. 306-315.

230. Chauvin C., Jean-Jean O. Proteasomal degradation of human release factor eRF3a regulates

translation termination complex formation // Rna. 2008. Vol. 14, № 2. P. 240-245.

231. Hashimoto Y. et al. Translation termination factor eRF3 is targeted for caspase-mediated proteolytic cleavage and degradation during DNA damage-induced apoptosis // Apoptosis. 2012. Vol. 17, № 12. P. 1287-1299.

232. Goff S.P. Genetic reprogramming by retroviruses: Enhanced suppression of translational termination // Cell Cycle. 2004. Vol. 3, № 2. P. 121-123.

233. Inge-Vechtomov S.G., Zhouravleva G.A., Chernoff Y.O. Biological roles of prion domains. // Prion. 2007. Vol. 1, № 4. P. 228-235.

234. Gurzeler L.A. et al. Drug-induced eRF1 degradation promotes readthrough and reveals a new branch of ribosome quality control // Cell Rep. 2023. Vol. 42, № 9.

235. Coelho J.P.L. et al. The eRF1 degrader SRI-41315 acts as a molecular glue at the ribosomal decoding center // Nat. Chem. Biol. 2024.

236. Kiktev D. et al. The paradox of viable sup45 STOP mutations: A necessary equilibrium between translational readthrough, activity and stability of the protein // Mol. Genet. Genomics. 2009. Vol. 282, № 1. P. 83-96.

237. Moskalenko S.E. et al. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae // BMC Mol. Biol. 2003. Vol. 4. P. 1-14.

238. Stansfield I. et al. Depletion in the levels of the release factor eRF1 causes a reduction in the efficiency of translation termination in yeast // Mol. Microbiol. 1996. Vol. 20, № 6. P. 11351143.

239. Curran J.F. Decoding with the A:I wobble pair is inefficient // Nucleic Acids Res. 1995. Vol. 23, № 4. P. 683-688.

240. Tork S. et al. The major 5' determinant in stop codon read-through involves two adjacent adenines // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32, № 2. P. 415-421.

241. Cassan M., Rousset J.P. UAG readthrough in mammalian cells: Effect of upstream and downstream stop codon contexts reveal different signals // BMC Mol. Biol. 2001. Vol. 2.

242. Bonetti B. et al. The efficiency of translation termination is determined by a synergistic interplay between upstream and downstream sequences in Saccharomyces cerevisiae. // J. Mol. Biol. 1995. Vol. 251, № 3. P. 334-345.

243. Wangen J.R., Green R. Stop codon context influences genome-wide stimulation of termination codon readthrough by aminoglycosides // Elife. 2020. Vol. 9. P. 1-29.

244. Williams I. et al. Genome-wide prediction of stop codon readthrough during translation in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Nucleic Acids Res. 2004. Vol. 32, № 22. P. 6605-6616.

245. Mottagui-Tabar S., Tuite M.F., Isaksson L.A. The influence of 5' codon context on translation termination in Saccharomyces cerevisiae // Eur. J. Biochem. 1998. Vol. 257, № 1. P. 249-254.

246. Bohlen J. et al. DENR promotes translation reinitiation via ribosome recycling to drive expression of oncogenes including ATF4 // Nat. Commun. Springer US, 2020. Vol. 11, № 1.

247. Young D.J., Meydan S., Guydosh N.R. 40S ribosome profiling reveals distinct roles for Tma20/Tma22 (MCT-1/DENR) and Tma64 (eIF2D) in 40S subunit recycling // Nat. Commun. Springer US, 2021. Vol. 12, № 1.

248. Bjornsson a, Mottagui-Tabar S., Isaksson L. a. Structure of the C-terminal end of the nascent peptide influences translation termination. // EMBO J. 1996. Vol. 15, № 7. P. 1696-1704.

249. Meydan S., Guydosh N.R. Disome and Trisome Profiling Reveal Genome-wide Targets of Ribosome Quality Control // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2020. Vol. 79, № 4. P. 588-602.e6.

250. Schuller A.P. et al. eIF5A Functions Globally in Translation Elongation and Termination // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2017. Vol. 66, № 2. P. 194-205.e5.

251. Gutierrez E. et al. eIF5A Promotes Translation of Polyproline Motifs // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2013. Vol. 51, № 1. P. 35-45.

252. Doerfel L.K. et al. EF-P is essential for rapid synthesis of proteins containing consecutive proline residues // Science (80-. ). 2013. Vol. 339, № 6115. P. 85-88.

253. Ude S. et al. Translation Elongation Factor EF-P Alleviates Ribosome Stalling at Polyproline Stretches // Science (80-. ). 2013. Vol. 339, № 6115. P. 82-85.

254. Pavlov M.Y. et al. Slow peptide bond formation by proline and other N-alkylamino acids in translation // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009. Vol. 106, № 1. P. 50-54.

255. Wohlgemuth I. et al. Modulation of the rate of peptidyl transfer on the ribosome by the nature of substrates // J. Biol. Chem. A© 2008 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 2008. Vol. 283, № 47. P. 32229-32235.

256. Susorov D. et al. Stabilization of eukaryotic ribosomal termination complexes by deacylated tRNA // Nucleic Acids Res. 2015. Vol. 43, № 6. P. 3332-3343.

257. Andersen C.B.F. et al. Structure of eEF3 and the mechanism of transfer RNA release from the E-site // Nature. 2006. Vol. 443, № 7112. P. 663-668.

258. Ranjan N. et al. Yeast translation elongation factor eEF3 promotes late stages of tRNA translocation // EMBO J. 2021. Vol. 40, № 6. P. 1-20.

259. Lu J., Deutsch C. Electrostatics in the Ribosomal Tunnel Modulate Chain Elongation Rates // J. Mol. Biol. 2008. Vol. 384, № 1. P. 73-86.

260. Dimitrova L.N. et al. Nascent peptide-dependent translation arrest leads to Not4p-mediated protein degradation by the proteasome // J. Biol. Chem. A© 2009 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 2009. Vol. 284, № 16. P. 10343-10352.

261. Brandman O. et al. A Ribosome-Bound Quality Control Complex Triggers Degradation of Nascent Peptides and Signals Translation Stress // Cell. Elsevier Inc., 2012. Vol. 151, № 5. P. 1042-1054.

262. Mohammad M.P. et al. In vivo evidence that eIF3 stays bound to ribosomes elongating and terminating on short upstream ORFs to promote reinitiation // Nucleic Acids Res. 2017. Vol. 45, № 5. P. 2658-2674.

263. Bohlen J. et al. Selective 40S Footprinting Reveals Cap-Tethered Ribosome Scanning in Human Cells // Mol. Cell. 2020. Vol. 79, № 4. P. 561-574.e5.

264. Young D.J., Guydosh N.R. Hcr1/eIF3j Is a 60S Ribosomal Subunit Recycling Accessory Factor In Vivo // Cell Rep. ElsevierCompany., 2019. Vol. 28, № 1. P. 39-50.e4.

265. Mohammad M.P. et al. eIF4G is retained on ribosomes elongating and terminating on short upstream ORFs to control reinitiation in yeast // Nucleic Acids Res. 2021. № i. P. 1-14.

266. Loenarz C. et al. Hydroxylation of the eukaryotic ribosomal decoding center affects translational accuracy // Proc. Natl. Acad. Sci. 2014. Vol. 111, № 11. P. 4019-4024.

267. Ho A.T., Hurst L.D. Stop Codon Usage as a Window into Genome Evolution: Mutation, Selection, Biased Gene Conversion and the TAG Paradox // Genome Biol. Evol. / ed. Eyre-Walker A. Oxford University Press, 2022. Vol. 14, № 8. P. 1-15.

268. Trotta E. Selective forces and mutational biases drive stop codon usage in the human genome: A comparison with sense codon usage // BMC Genomics. BMC Genomics, 2016. Vol. 17, № 1. P. 1-12.

269. Ho A.T., Hurst L.D. Unusual mammalian usage of TGA stop codons reveals that sequence conservation need not imply purifying selection // PLoS Biology. 2022. Vol. 20, № 5. 1-33 p.

270. Sun J. et al. Relationships among stop codon usage bias, its context, isochores, and gene expression level in various eukaryotes // J. Mol. Evol. 2005. Vol. 61, № 4. P. 437-444.

271. Trotta E. Selection on codon bias in yeast: A transcriptional hypothesis // Nucleic Acids Res. 2013. Vol. 41, № 20. P. 9382-9395.

272. Ho A.T., Hurst L.D. Effective Population Size Predicts Local Rates but Not Local Mitigation of Read-through Errors // Mol. Biol. Evol. 2021. Vol. 38, № 1. P. 244-262.

273. Sharp P.M., Bulmer M. Selective differences among translation termination codons // Gene. 1988. Vol. 63, № 1. P. 141-145.

274. Belinky F. et al. Purifying and positive selection in the evolution of stop codons // Sci. Rep. Springer US, 2018. Vol. 8, № 1. P. 1-11.

275. Manuvakhova M., Keeling K., Bedwell D.M. Aminoglycoside antibiotics mediate context-dependent suppression of termination codons in a mammalian translation system // Rna. 2000. Vol. 6, № 7. P. 1044-1055.

276. Floquet C. et al. Statistical analysis of readthrough levels for nonsense mutations in mammalian cells reveals a major determinant of response to gentamicin // PLoS Genet. 2012. Vol. 8, № 3.

277. Cridge A.G. et al. Eukaryotic translational termination efficiency is influenced by the 3' nucleotides within the ribosomal mRNA channel // Nucleic Acids Res. 2018. Vol. 46, № 4. P. 1927-1944.

278. McCaughan K.K. et al. Translational termination efficiency in mammals is influenced by the base following the stop codon. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995. Vol. 92, № 12. P. 54315435.

279. Brown C.M. et al. Sequence analysis suggests that tetra-nucleotides signal the termination of protein synthesis in eukaryotes. // Nucleic Acids Res. 1990. Vol. 18, № 21. P. 6339-6345.

280. Namy O., Hatin I., Rousset J.P. Impact of the six nucleotides downstream of the stop codon on

translation termination // EMBO Rep. 2001. Vol. 2, № 9. P. 787-793.

281. Skuzeski J.M. et al. The signal for a leaky UAG stop codon in several plant viruses includes the two downstream codons // J. Mol. Biol. 1991. Vol. 218, № 2. P. 365-373.

282. Соколова Е.Е. et al. Влияние A/G-состава 3'-контекстов стоп-кодонов на терминацию трансляции у эукариот // Молекулярная биология. 2020. Vol. 54, № 5. P. 837-848.

283. Panek J. et al. A systematic computational analysis of the rRNA-3' UTR sequence complementarity suggests a regulatory mechanism influencing post-termination events in metazoan translation // RNA. 2016. Vol. 22, № 7. P. 957-967.

284. Ryabova L.A., Pooggin M.M., Hohn T. Translation reinitiation and leaky scanning in plant viruses // Virus Res. 2006. Vol. 119, № 1. P. 52-62.

285. Liang H., Cavalcanti A.R.O., Landweber L.F. Conservation of tandem stop codons in yeasts. // Genome Biol. 2005. Vol. 6, № 4.

286. Adachi M., Cavalcanti A.R.O. Tandem Stop Codons in Ciliates That Reassign Stop Codons // J. Mol. Evol. 2009. Vol. 68, № 4. P. 424-431.

287. Lai W.-J.C. et al. Intrinsically unstructured sequences in the mRNA 3' UTR reduce the ability of poly(A) tail to enhance translation // J. Mol. Biol. Elsevier Ltd, 2022. Vol. 434, № 24. P. 167877.

288. Eisen T.J. et al. The Dynamics of Cytoplasmic mRNA Metabolism // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2020. Vol. 77, № 4. P. 786-799.e10.

289. Eckmann C.R., Rammelt C., Wahle E. Control of poly(A) tail length // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2011. Vol. 2, № 3. P. 348-361.

290. Legnini I. et al. FLAM-seq: full-length mRNA sequencing reveals principles of poly(A) tail length control // Nat. Methods. Springer US, 2019. Vol. 16, № 9. P. 879-886.

291. Subtelny A.O. et al. Poly(A)-tail profiling reveals an embryonic switch in translational control // Nature. Nature Publishing Group, 2014. Vol. 508, № 1. P. 66-71.

292. Lim J. et al. MTAIL-seq reveals dynamic poly(A) tail regulation in oocyte-to-embryo development // Genes Dev. 2016. Vol. 30, № 14. P. 1671-1682.

293. NUDEL U. et al. Globin mRNA Species Containing Poly(A) Segments of Different Lengths // Eur. J. Biochem. 1976. Vol. 64, № 1. P. 115-121.

294. Gebauer F. et al. Translational control of dosage compensation in Drosophila by Sex-lethal: Cooperative silencing via the 5' and 3' UTRs of msl-2 mRNA is independent of the poly(A) tail // EMBO J. 1999. Vol. 18, № 21. P. 6146-6154.

295. Bergamini G., Preiss T., Hentze M.W. Erratum: Picornavirus IRESes and the poly(A) tail jointly promote cap-independent translation in a mammalian cell-free system (RNA (200) 6 (1781-1790)) // Rna. 2002. Vol. 8, № 6. P. 851.

296. Munroe D., Jacobson A. mRNA poly(A) tail, a 3' enhancer of translational initiation. // Mol. Cell. Biol. 1990. Vol. 10, № 7. P. 3441-3455.

297. Qi Y., Wang M., Jiang Q. PABPC1-mRNA stability, protein translation and tumorigenesis

// Front. Oncol. 2022. Vol. 12, № December. P. 1-17.

298. Mangus D.A., Evans M.C., Jacobson A. Poly(A)-binding proteins: Multifunctional scaffolds for the post-transcriptional control of gene expression // Genome Biol. 2003. Vol. 4, № 7. P. 1-14.

299. Kühn U., Wahle E. Structure and function of poly(A) binding proteins // Biochim. Biophys. Acta - Gene Struct. Expr. 2004. Vol. 1678, № 2-3. P. 67-84.

300. Xie J., Kozlov G., Gehring K. The "tale" of poly(A) binding protein: The MLLE domain and PAM2-containing proteins // Biochim. Biophys. Acta - Gene Regul. Mech. Elsevier B.V., 2014. Vol. 1839, № 11. P. 1062-1068.

301. Baer B.W., Kornberg R.D. The protein responsible for the repeating structure of cytoplasmic poly(A)-ribonucleoprotein. // J. Cell Biol. 1983. Vol. 96, № 3. P. 717-721.

302. Kühn U., Pieler T. Xenopus poly(A) binding protein: Functional domains in RNA binding and protein-protein interaction // J. Mol. Biol. 1996. Vol. 256, № 1. P. 20-30.

303. Deo R.C. et al. Recognition of polyadenylate RNA by the poly(A)-binding protein // Cell. 1999. Vol. 98, № 6. P. 835-845.

304. Kozlov G. et al. Structure and function of the C-terminal PABC domain of human poly(A)-binding protein // Proc. Natl. Acad. Sci. 2001. Vol. 98, № 8. P. 4409-4413.

305. Sachs A.B., Davis R.W., Kornberg R.D. A single domain of yeast poly(A)-binding protein is necessary and sufficient for RNA binding and cell viability. // Mol. Cell. Biol. 1987. Vol. 7, № 9. P. 3268-3276.

306. Lin J. et al. Nanopore detachment kinetics of poly(A) binding proteins from RNA molecules

reveals the critical role of C-terminus interactions // Biophys. J. Biophysical Society, 2012. Vol. 102, № 6. P. 1427-1434.

307. Webster M.W. et al. mRNA Deadenylation Is Coupled to Translation Rates by the Differential Activities of Ccr4-Not Nucleases // Mol. Cell. Elsevier Inc., 2018. Vol. 70, № 6. P. 1089-1100.e8.

308. Kini H.K. et al. Cytoplasmic poly(A) binding protein-1 binds to genomically encoded sequences within mammalian mRNAs // Rna. 2016. Vol. 22, № 1. P. 61-74.

309. Sladic R.T. et al. Human PABP binds AU-rich RNA via RNA-binding domains 3 and 4 // Eur. J. Biochem. 2004. Vol. 271, № 2. P. 450-457.

310. Machida K. et al. Dynamic interaction of poly(A)-binding protein with the ribosome // Sci. Rep. Springer US, 2018. Vol. 8, № 1. P. 17435.

311. Bi X., Goss D.J. Wheat germ poly(A)-binding protein increases the ATPase and the RNA helicase activity of translation initiation factors eIF4A, eIF4B, and eIF- iso4F // J. Biol. Chem. A© 2000 ASBMB. Currently published by Elsevier Inc; originally published by American Society for Biochemistry and Molecular Biology., 2000. Vol. 275, № 23. P. 17740-17746.

312. Preiss T., Hentze M.W. Dual function of the messenger RNA cap structure in poly(A)-tail-promoted translation in yeast // Nature. 1998. Vol. 392, № 6675. P. 516-520.

313. Cosson B. et al. Poly(A)-binding protein acts in translation termination via eukaryotic release factor 3 interaction and does not influence [PSI(+)] propagation // Mol Cell Biol. 2002. Vol. 22, № 10. P. 3301-3315.

314. Bernstein P., Peltz S.W., Ross J. The poly(A)-poly(A)-binding protein complex is a major determinant of mRNA stability in vitro. // Mol. Cell. Biol. 1989. Vol. 9, № 2. P. 659-670.

315. Ivanov P. V. et al. Interactions between UPF1, eRFs, PABP and the exon junction complex suggest an integrated model for mammalian NMD pathways // EMBO J. 2008. Vol. 27, № 5. P. 736-747.

316. Eberle A.B. et al. Posttranscriptional gene regulation by spatial rearrangement of the 3' untranslated region // PLoS Biol. 2008. Vol. 6, № 4. P. 849-859.

317. Gross J.D. et al. Ribosome loading onto the mRNA cap is driven by conformational coupling between eIF4G and eIF4E // Cell. 2003. Vol. 115, № 6. P. 739-750.

318. Von Der Haar T., Ball P.D., McCarthy J.E.G. Stabilization of eukaryotic initiation factor 4E binding to the mRNA 5'-cap by domains of eIF4G // J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275, № 39. P. 30551-30555.

319. Michel Y.M. et al. Cap-poly(A) synergy in mammalian cell-free extracts. Investigation of the requirements for poly(A)-mediated stimulation of translation initiation // J. Biol. Chem. 2000. Vol. 275, № 41. P. 32268-32276.

320. Rifo R.S. et al. Back to basics: the untreated rabbit reticulocyte lysate as a competitive system to recapitulate cap/poly(A) synergy and the selective advantage of IRES-driven translation // Nucleic Acids Res. 2007. Vol. 35, № 18. P. e121-e121.

321. Khaleghpour K. et al. Dual interactions of the translational repressor Paip2 with poly(A) binding protein // Mol.Cell Biol. 2001. Vol. 21, № 0270-7306 (Print). P. 5200-5213.

322. Bushell M. et al. Disruption of the Interaction of Mammalian Protein Synthesis Eukaryotic Initiation Factor 4B with the Poly(A)-binding Protein by Caspase- and Viral Protease-mediated Cleavages // J. Biol. Chem. 2001. Vol. 276, № 26. P. 23922-23928.

323. Ivanov A. et al. Polyadenylate-binding protein-interacting proteins PAIP1 and PAIP2 affect translation termination // J. Biol. Chem. 2019. Vol. 294, № 21. P. 8630-8639.

324. Kulak N.A. et al. Minimal, encapsulated proteomic-sample processing applied to copy-number estimation in eukaryotic cells // Nat. Methods. Nature Publishing Group, 2014. Vol. 11, № 3. P. 319-324.

325. Görlach M., Burd C.G., Dreyfuss G. The mRNA Poly(A)-Binding Protein: Localization, Abundance, and RNA-Binding Specificity // Exp. Cell Res. 1994. Vol. 211, № 2. P. 400-407.

326. Geiger T. et al. Comparative Proteomic Analysis of Eleven Common Cell Lines Reveals Ubiquitous but Varying Expression of Most Proteins // Mol. Cell. Proteomics. 2012. Vol. 11, № 3. P. M111.014050.

327. Kuyumcu-Martinez N.M., Joachims M., Lloyd R.E. Efficient Cleavage of Ribosome-Associated Poly(A)-Binding Protein by Enterovirus 3C Protease // J. Virol. 2002. Vol. 76, № 5. P. 20622074.

328. Proweller A., Butler J.S. Ribosomal Association of Poly(A)-binding Protein in Poly(A)-deficient Saccharomyces cerevisiae // J. Biol. Chem. 1996. Vol. 271, № 18. P. 10859-10865.

329

330

331

332

333

334

335

336

337

338

339

340

341

342