Влияние пролина на конформационную стабильность полипептидных цепей коллагенов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат физико-математических наук Рубин, Максим Андреевич

• Рубин, Максим Андреевич
• кандидат физико-математических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Рубин, Максим Андреевич

Глава 1. Обзор литературы.

Глава 2. Методы.

Молекулярная модель.

Получение статистических характеристик.

Глава 3. Термодинамический анализ механизмов влияния иминокислот пролина и оксипролина на физические характеристики коллагенов.

Расчет гидратации одно цепочечных спиральных полипептидов.

Расчет гидратации трехцепочечных спиральных полипептидов.

Глава 4. Левая спираль типа поли-1-пролин II в линкерных областях ДНКсвязывающих белков.

Глава 5. Обсуяедение результатов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние пролина на конформационную стабильность полипептидных цепей коллагенов»

Коллаген считается самым распространенным белком. Его содержание в тканях животных превышает 60%. Долгое время полагали, что фибриллярный коллаген ответственен лишь за опорные и предохранительные функции. Однако установление коллагеновых участков в Сд1-компоненте комплемента, в ацетилхолинэстеразе и, наконец, открытие различных типов коллагена показало, что для коллагенового семейства характерно большое функциональное разнообразие. Но что делает коллагены уникальными белковыми объектами, так это разнообразие тех уровней организации, на которых происходит реальное функционирование коллагеновых полипептидов.

Общепринято, что физико-химические свойства макромолекул определяются последовательностью их химических единиц. Понимание молекулярных основ функционирования макромолекул предполагает знание системы взаимодействий, приводящих к формированию различных уровней организации. А это, в свою очередь, предполагает детализацию роли каждого из элементов структуры в определении физических свойств макромолекул.

Вместе с тем в наших знаниях практически о любом из уровней организации имеются существенные пробелы. Например, количественному изучению до сих пор поддаются лишь две из трех регулярных вторичных структур - се-спираль и /З-структура. Важнейший, как ясно сегодня, третий тип структуры - левая спираль типа поли-1-пролин II - а это основа структурообразования коллагенов - до сих пор недостаточно охарактеризован количественно, прежде всего, в смысле физических характеристик, где наибольшую неясность вносит боковой радикал пролина, ответственный за само название типа структуры. Действительно, гидрофобный боковой радикал пролина - пятичленное пирролидиновое кольцо - не снижает высокую растворимость как пролина, так и пептидов с пролином и поли-1-пролина, которые значительно выше, чем это требовал бы индекс гидрофобности бокового радикала. Эти свойства пролиновых пептидов, несомненно, определили необычные явления, наблюдаемые при денатурации (плавлении) фибриллярных макромолекул коллагенов. С ростом содержания иминокислот растет энтропия денатурационного перехода, что не вяжется с ограничениями на конформационное состояние пролина - пятичленного кольца, замыкающегося С^-связью, в основной цепи полипептида. Вместе с тем именно структуры коллагенового типа являются основой многих новых материалов для промышленности и медицины.

Приведенные доводы делают очевидной большую актуальность исследований левой спирали типа поли-1-пролин II и пролина как регулятора процессов структуроо.бразования коллагенов и других белков, а также структуры и физических свойств материалов, сконструированных на основе фибриллярных коллагеновых систем. Цель и задачи исследования.

Главной целью проведённой работы было установление молекулярных механизмов влияния иминокислот, пролина и оксипролина, на термодинамические характеристики коллагенов и одноцепочечных полипептидных систем в конформации левой спирали типа поли-1-пролин II.

В задачи работы входило:

• анализ термодинамических характеристик коллагенов с различным содержанием иминокислот;

• расчет параметров переходов, включая оценку размеров кооперативных областей на основании сравнения калориметрической и Вант-гоффовской энтальпий;

• сравнительный анализ архитектуры гидратации трехспиральных макромолекул коллагенов и амино- и иминокислот;

• сравнительный анализ характеристик сеток водородных связей в коллагенах по совокупности данных термодинамического, спектрального анализа и анализа возможных типов гидратации структур;

• поиск вытянутых левоспиральных конформаций в линкерных пептидах белков, установление роли линкерных пептидов в комплексах двуспиральная ДНК-белок.

Научная новизна.

Впервые установлен молекулярный механизм влияния иминокислот на физические характеристики коллагенов. Показано, что дегидратация пептидных групп в местах расположения пролинов приводит к разделению кооперативных областей на несвязанные части. Далее в несвязанных частях бывшей кооперативной области начинают варьировать параметры №1-валентных колебаний, что выражается в уширении соответствующих полос в ИК-спектрах денатурированных коллагенов по сравнению с нативными. Последующий разрыв Н-связей, казалось, позволил бы произойти гидратации пептидных групп. Однако это не совместимо с кооперативной гидратацией олигопептидов, содержащих аминокислоты. Как следствие, на участках, где одиночная цепь имеет разрывы в кооперативной сетке Н-связей воды, а азот иминокислоты дегидратирован, увеличивается конформационная подвижность иминогруппы. Таким образом, разрушение кооперативной сетки водородных связей в одиночной после денатурации трехцепной макромолекулы коллагенов приводит к росту энтропии перехода по мере роста содержания иминокислот в коллагенах.

Впервые для интерпретации результатов термодинамических данных по плавлению коллагенов проведен расчет числа кооперативных областей в фибриллярной макромолекуле.

Впервые показано, что характер гидратации одиночной левой спирали типа поли-1-пролин II зависит от последовательности расположения пролинов в полипептидной цепи.

Анализ линкерных пептидов показал, что левая спираль типа поли-1-пролин II часто возникает на линкерных участках белков. При образовании контактов этими участками полипептидных цепей левая спираль на них часто сохраняется, при этом средняя длина участков поли-1-пролин II составляет шесть остатков, что означает некооперативность гидратации пептидных групп, то есть поверхность узнавания таких мест определяется скорее боковыми радикалами, чем профилем поверхности кооперативной сетки воды. Установлены участки контактов НК и пептидов в конформации левой спирали типа поли-1-пролин II.

Практическое значение работы. Результаты данной работы могут представлять ценность при создании системы предсказания участков взаимодействия полипептидных цепей в коллагенах разного типа и разного происхождения. Тонкая регуляция таких контактов осуществляется за счет специфики структур гидратной воды в разных последовательностях амино- и иминокислот.

Установление роли иминокислот в коллагенах допускает возможность на новой основе прогнозировать следствия мутационных замен в генах коллагенов, что позволит уже в ближайшее время начать разработку соответствующих терапевтических подходов.

Полученные новые знания о термодинамике коллагенов дадут возможность проектировать коллагеновые материалы с заданной температурной стабильностью и адгезионными свойствами.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Рубин, Максим Андреевич, 2009 год

1. Бурджанадзе Т.В., Тиктопуло Е.И. Энтальпия денатурации коллагена- нелинейная затухающая функция 4-оксипролина. Биофизика, 2001. 46:607-

2. Власов П.К., Килосанидзе Г.Т., Украинский Д.Л., Кузьмин А.В., Туманян В.Г. Есипова Н.Г. Левоспиральная конформация типа поли-Ь-пролин II в глобулярных белках. Статистика встречаемости и роль последовательности. Биофизика, 2001. 46:573-

3. Дьяконова Л.П., Маленков Г.Г. Моделирование структуры жидкой воды методом Монте Карло. Ж структ. химии, 1979. 20:854-

4. Ермаков М. Метод Монте Карло и смежные вопросы. Москва: Наука, 1971, 471 стр. 102 Есипова Н.Г. О характере некоторых водородных связей в коллагене. Биофизика, 1957, 2:461

5. Есипова Н.Г., Андреева Н.С., Миллионова М.И. Об особенностях строения коллагена. Кристаллография, 1957. 4:470-

6. Есипова Н.Г., Андреева Н.С., Гатовская Т.В., О роли воды в структуре коллагена. Биофизика, 1957,3:529-

7. Есипова Н.Г., Айзенхабер Ф., Айзенменгер Ф., Туманян В.Г. Новая трактовка термодинамической роли иминокислот в коллагене. Разрешение термодинамического парадокса. Биофизика, 1992. 37:68-

8. Есипова Н.Г., Григолава М.В., Щеголева Т.Ю., Рогуленкова В.Н., Малеев В.Я. Почему температура денатурации коллагена должна быть близка к температуре развития вида? Биофизика, 1981.26:355-

9. Есипова Н.Г., Лазарев Ю.А., Лазарева А.В., Спектральные исследования коллагена и родственных ему полипептидов. О характере основной системы водородных связей. Биофизика, 1972. 17:949-

10. Лобышев В.И., Соловей А.Б., Бульенков Н.А. Компьютерный модульный дизайн параметрических структур воды. Биофизика, 2004. 49:1011-1

11. Луговской В.А., Дашевский В.Г. Конформационый анализ кислород-содержащих гетероциклов. I. Метод расчета. Ж. структ. хим., 1972. 13:122-

13. Метод Монте Карло в статистической физике. Под ред. Х.Биндер, Москва: Мир, 1982, 400 стр. 100,

14. Мильчевский Ю.В., Жоров Б.С., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. Структура коллагена с новой сеткой водородных связей Биоорганическая химия. 1999. 25:348-

15. Мильчевский Ю.В., Раменский В.Е., Жоров Б.С, Котовская Е.С., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. Молекулярной моделирование коллагена II человека в связи с болезнями, ассоциированными с аминокислотными заменами. Аллергия, астма и клиническая иммунология, 2003. 7:27-

16. Милионова М.И. Дисперсия и температурная зависимость оптического вращения для полимера (глицил-1-пролил-1-оксипролин)п. Биофизика, 1964. 9:145-

17. Петрушенко И.Ю., Лобышев В.И. Неравновесное состояние электрохимически активированной воды и ее биологическая активность. Биофизика, 2001. 46:389-

18. Петрушенко И.Ю., Лобышев В.И. Физико-химические свойтсва водных растворов, полученных в мембранном электролизере. Биофизика, 2004. 49:22-

19. Туманян В.Г. Уточнение структуры полипептида (глицил-иминокислота-иминокислота)п как модели коллагена методом теоретического конформационного анализа. Биофизика, 1980.25:1097-1108. 93

20. Туманян В.Г., Рогуленкова В.Н., Есипова Н.Г., Айзенхабер Ф. Конформация тройной спирали коллагена как функция первичной структуры. Биофизика. 1992. 37:5-

21. Туманян В.Г., Есипова Н.Г. Исследование структуры коллагенового типа. Биофизика, 1973. 18:977-

22. Филатов И.В., Мильчевский Ю.В., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. Расчет структуры фрагментов молекулы коллагена. Биофизика, 2004. 49:1047-1

23. Филатов И.В., Мильчевский Ю.В., Есипова Н.Г., Туманян В.Г. К проблеме анализа конформаций боковых радикалов в методах молекулярной механики. О возможностях редукции библиотеки конформаций боковых радикалов в спиральных белках Биофизика, 2004.49:1044-1

24. Abraham L.C., Vorrasi J., Kaplan D.L. Impact of collagen structure on matrix trafficking by human fibroblasts. J. Biomed. Mater. Res. A 2004. 70:39-

25. Adam M., Deyl Z., Rosmus J. Changes in the stability of the collagen structure in adjuvant disease and their modifications by heavy metals. Fysiatr. Revmatol. Vestn. 1969:175-

26. Adam M., Deyl Z. Alteration in the collagen structure in collagenosis and osteoarthrosis. Reumatologia 1978. 16:75-

27. Andreeva N.S., Esipova N.G., Milionova M.I., Rogulenkova V.N., Shibnev V.A. Polypeptides with regular sequence of amino acids as model of collagen structure. In: Conformation of biopolymers, ed. Ramachandran G.N.., New York, Acad. Press, 1967. 2:469-

28. Bansal M. Stereochemical restrictions on the occurrence of amino acid residues in the collagen structure. Int. J. Pept. Protein. Res., 1977:9:224-

29. Barkers J.A., Watts R.O. Structure of Water. A Monte Carlo Calculation. Chem.Phys.Lett., 1969. 3:144-

30. Bear R.S. The structure of collagen molecule as fibril. J. Biophys. Biochem. Cytol., 1956. 2, N:363

31. Bella J., Eaton M., Brodsy, B. Berman, H.M. Crystal and molecular structure of collagen like peptide at 1.9A resolution. Science, 1994. 266:75-

32. Bhattacharjee A, Bansal M. Collagen structure: the Madras triple helix and the current scenario. IUBMB Life, 2005. 57:161-

33. Bozec L., de Groot J., Odlyha M., Nicholls В., Nesbitt S., Flanagan A., Horton M. Atomic force microscopy of collagen structure in bone and dentine revealed by osteoclastic resorption. Ultramicroscopy, 2005. 105:79-

34. Brown F.R., di Carato A., Lorenzi G.P., Blout E.R. Synthesis and structural studies of two collagen analogues: poly(L-prolyl-L-seryl-glycyl) and poly(L-prolyl-L-alanyl-glycyl). J. Mol. Biol., 1972. 63:85-

35. Byers P.H., Bonadio J.F. Lethal mutations in type I collagen: structure-function relationships in the type I collagen molecule. Birth Defects Orig. Artie Ser. 1984. 20:65-

36. Cole W.G. Collagen genes: mutations affecting collagen structure and expression. Prog. Nucleic. Acid. Res. Mol. Biol., 1994.47:29-

37. Doillon C.J., Dunn M.G., Silver F.H. Relationship between mechanical properties and collagen structure of closed and open wounds. J. Biomech. Eng. 1988. 110:352-

38. Doyle B.B., Traub W., Lorenzi .G.P., Glout E.R., Conformational investigation of the polypeptide and oligopeptides with relating sequence L-alanyl-L-prolyl-glycine. Biochemistry, 1971. 10:30523

39. Engel J., Chen H.T. Prockop D.J. Klump H. The triple helix coil inversion of collagen-like tripeptides in aqueous and nonaqueous solvent. Comparison of the thermodynamics parameters and binding of water to (L-Pro-L-Pro-Gly)n and (L-Pro-L-Hyp-Gly)n Biopolymers, 1977.16:601-

40. Engel J., Kurtz. J., Katchalski E., Berger A. Polymer of tripeptides as collagen model. II. Conformation changes of poly(L-prolyl-glycyl-L-prolyl) in solution. J. Mol. Biol., 1966. 17:255-272 94

41. Fraser R.D., MackRae T.P., Suzuki E. Chain conformation in the collagen molecule. J. Mol. Biol., 1979. 129:463-

42. Fraser R.D., Macrae T.P. Possible role of water in collagen structure. Nature, 1959. 183:179-

43. Gabuda S.P., Gaidash A.A., Viazovaia E.A. Collagen structure and the disordering of the water subsystem in fibrillar polypeptides according to 2H-NMR data. Biofizika, 2005. 50:231-

44. Griko Yu.V., Privalov P.L., Venyaminov S.Yu., Kutyshenko V.P. Thermodynamic study of the apomyoglobin structure. J. Mol. Biol., 1988, 202:127-

45. Hanagata N., Takemura Т., Monkawa A., Ikoma Т., Tanaka J. Pre-adsorbed type-I collagen structuredependent changes in osteoblastic phenotype. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006. 344:12341

46. Hansen L.K., Wilhelm J., Fassett J.T. Regulation of hepatocyte cell cycle progression and differentiation by type I collagen structure. Curr. Top. Dev. Biol., 2006. 72:205-

47. Harrington W.F., Karr G.M. Collagen structure in solution. II. Analysis of refolding kinetics in terms of nucleation and growth processes. Biochemistry, 1970. 9:3725-3

48. Harrington W.F., Rao N.V. Collagen structure in solution. I. Kinetics of helix regeneration in singlechain gelatins. Biochemistry, 1970. 9:3714-3

49. Hauschka P.V., Harrington W.F. Collagen structure in sllution. V. Kinetic mechanism of refolding of cross-linked chains. Biochemistry, 1970. 9:3754-3

50. Hauschka P.V., Harrington W.F. Collagen structure in solution.

51. Effect of cross-links on thermal stability and refolding kinetics. Biochemistry, 1970. 9:3734-3

52. Hauschka P.V., Harrington W.F. Collagen structure in solution. IV. Conformational properties of refolded cross-linked chains. Biochemistry, 1970. 9:3745-3

53. Heidemann E., Bernhardt H.W. Synthetic polypeptydes as model for collagen. Nature, 1968. 220:13261

54. Heymer G.R. Die struktur kollagernahnlicher homound heteropolytripeptide,

56. Hoeve С A., Kakivaya S.R., On the structure of absorbed water in collagen. J. Phys. Chem., 1976. 80:745-

57. Hudson BG, Reeders ST, Tryggvason K. Type IV collagen: structure, gene organization, and role in human diseases. Molecular basis of Goodpasture and Alport syndromes and diffuse leiomyomatosis. J. Biol. Chem. 1993. 268:26033-26

58. Kobayashi Y., Sakai R. Kakichi K., Isemura T. Physiochemical analysis of (Pro-Pro-Gly)n with defined molecular weight-temperature dependence of molecular weight in aqueuos solution. Biopolymers, 1970. 9:415-425. L.Ala-Kokko, S.Kontusaari, C.Baldwin, H.Kuivaniemi, D.Prockop, Biochem. J. 1989. 260:509-

59. Lakshmandram B.R., Ramamkrishnan C Sasisekharan V., Thathachari Y.T., X-ray diffraction pattern of collagen and the Fourier transform of the collagen structure. In: Collagen. New York, Willey, 1962, pp. 117-

60. Makhatadze, G.I., and P.L. Privalov. 1

61. Energetics of protein structure. Adv. Protein Chem. 47:307

62. Makarov A.A., Protasevich 1.1., Frank E.G., Grishina I.B., Bolotina I.A., EsipovaN.G. The number of cooperative regions (energetic domains) in a pepsin molecule depends on the pH of the medium. Biocim. Biophys. Acta, 1991. 1078:283-

63. Manley J.H. Electron chemistry and collagen structure. J. Ultrastruct. Res., 1969. 29:383-397. McBride D.J., Jr., Choe V., Shapiro J.R., Brodsky B. Altered collagen structure in mouse tail tendon lacking the alpha 2(1) chain. J. Mol. Biol. 1997. 270:275-

64. Metropolis N., Rosenbluth A.W., Rosenbluth M.N., Teller A.H., Teller E. Equation of State Calculation of Fast Computing Machines. J. Chem. Phys., 1953. 21:1087-1092. 95

65. Miller M.H., Sheraga H.A. Calculation of the structure of collagen model. Role of the interchain interaction in determining the triple-helical coiled-coil conformation. I. Poly(glycyl-prolyl-prolyl). Polymer Sci., 1

67. Momany F. A., McGuire R. F., Burgess A. W., Scheraga, H. A., Energy Parameters in Polypeptides VII, Geometric Parameters, Partial Charges, Non-bonded Interactions, Hydrogen Bond Interactions and Intrensic Torsional Potentials for Naturally Ocurring Amino Acids, J. Phys. Chem. 1975. 79:2361-2

68. Momany F.A., Carruthers L.H., McGuire R.F., Scheraga H.A. J. Phys. Chem. 1974. 78:1596-1620 Nagarajan V., Kamitori S., Okuyama K., Structure analysis of a collagen-model peptide with a (ProHyp-Gly) sequence repeat. J Biochem. (Tokyo). 1999. 125:310-

69. Nandi PK, Grant ME, Robinson DR. Destabilization of collagen structure by amides and detergents in solution. Int. J. Pept. Protein Res., 1985. 25:206-

70. Nemethy G., Miller M.H., Scheraga H.A., Calculation of the structure of collagen models. Role of interchain interaction in determining the triple-helical coiled-coil conformation. Poly(glycyl-alanylprolyl).- Macromolecules, 1980. vl3:914-

71. Nemethy G., Pottle M.S., Scheraga H.A. Energy Parameters in Polypeptides,

72. Updating of Geometrical Parameters, Non-bonding Interactions and Hydrogen Bonding INteractions for Naturally Occuring Amino Acids, J. PHys. Chem. 1983. 87: 1883-1

73. Nemetschek T. Hierarchy of collagen structure. Verh. Anat. Ges. 1981. 75:47-

74. Neumann Т., Vollmer A., Schaffner Т., Hess O.M., Heusch G. Diastolic dysfunction and collagen structure in canine pacing-induced heart failure. J. Mol. Cell Cardiol. 1999. 31:179-

75. Neumark Т., Toth G., Marot I. Alterations of collagen structure after urea treatment. Acta Histochem., 1967.28:1-

76. Okuyama K., Arnott S., Takayanagi M., Kakudo M. Crystall and molecular structure of a collagen-like polypeptide (Pro-Pro-Gly)10. J. Mol. Biol., 1981. 152:427-

77. Okuyama K., Takana N., Ashida Т., Kakudo M., Sakakibara., Kishida Y. An X-ray study of the synthetic polypeptide (Pro-Pro-Gly). J. Mol. Biol., 1972. 72:571-

78. Okuyama K., Takayanagy M., Ashida Т., Kakudo M., A new structural model for collagen..Polymer J., 1977.9:341-

79. Okuyama K.k, Okuyama K., Arnott S., Takyanagi M., Kakudo M. J. of Mol. Biol. 1981. 162:427-

80. Panasik N.J., Eberhardt E.S., Edison A.S., Powell D.R., Raines R.T., Inductive effects on the structure of proline residues. Int. J. Pept. Protein Res. 1994. 44:262-

81. Paterlini M.G., Nemethy G., Scheraga H.A. The energy of formation of internal loops in triple-helical collagen polypeptides. Biopolymers. 1995. 35:607-

82. Privalov P.L. Therdynamic investigathion of biological macromolecules. Pure and Appl. Chem., 47:293-304 Privalov P.L. Stability of proteins. Small globular proteins. Adv. Protein Chem. 1979. 33:167-2

83. Privalov P.L. Stability of proteins. Proteins which do not present a single cooperative system. Adv. Protein Chem. 1982. 35:1-

84. Privalov P.L. Thermodynamic problems of protein structure. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989. 18:47-

85. Privalov P.L. Cold denaturation of proteins. CRC Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1990. 25:281-

86. Privalov P.L. Physical basis of the stability of the folded conformations of proteins. In Protein folding, ed. Т.Е. Creighton, 1992. 83-126. New York: Freeman and Co. Privalov P.L. Intermediate states in protein folding. J. Mol. Biol. 1996. 259:707-

87. Wintrode, P.L., and P.L. Privalov. 1

88. Energetics of target peptide recognition by calmodulin. J. Mol. Biol. 273:1048-1060. 96

89. Unfolded proteins. In Encyclopedia of Molecular Biology, ed. T. Creighton, 2723-2725. New York: Wiley. Privalov P.L. Forces stabilizing protein structure. In Perspectives in Structural Biology. A volume in honor of G.N. Ramachandran, eds. M. Vijayan, N. Yathindra, and A.S. Kolaskar, 1999. 449-

90. Hyderabad, India: Universities Press (India) Ltd. Privalov P.L., I. Jelesarov, CM. Read, A.I. Dragan, and С Crane-Robinson. The energetics of HMG box interactions with DNA. Thermodynamics of the DNA bonding of the HMG box from mouse sox-5. J. Mol. Biol. 1999. 294:997-1

92. Problems and prospects in the microcalorimetry of biological macromolecules. Methods Enzymol. 323:31-

93. Privalov P.L., Tiktopulo E.I., Tischenko V.M. J. Mol. Biol. 1979. 127:203-

94. Ramachandran G.N. structure of collagen at molecular level. In: Treatise on collagen, New York, Acad. Press. 1967, 1:103-

95. Ramachandran G.N., Kartha G. Structure of collagen. Nature, 1955. 176:593-

96. Ramachandran G.N., Bansal M., Bhatnagar R.S. A hypothesis on the role of hydroxyproline in stabilizing collagen structure. Biochim. Biophys. Acta, 1973. 322:166-

97. Rich A, Crick F.H.C. The molecular structure of collagen.- J. Mol. Biol. 1961. 3:483-

98. Rich A., Crick F.H.C. The structure of collagen. Nature, 1955. 176:915-

99. Rickert W.S., Forbes W.F. Changes in collagen with age. II. Modification of collagen structure by exposure to the gaseous phase of tobacco smoke. Exp. Gerontol. 1972. 7(:99-

100. Rigby B.J., Robinson M.S. Thermal transitions in collagen and the preferred temperature range of animals. Nature, 1975. 253:277-

101. Rogulenkova V.N., Mililonova M.I., Andreeva N.S., On the close structural similarity between polyGly-L-Pro-L-Hypro and collagen. J. Mol. Biol., 1964. 9:253-

102. Rosen H., Kessler A., Levenson S.M. Collagen structure and metabolism. Surg. Forum, 1960. 11:295

103. Sakakibara S., Inouye K., Shudo K., Kishida H., Kabayashi Y., Prockop D.V., Synthesis of (Pro-HypGly)n of defined molecular weights. Evidence for the stabilization of collagen triple helix by hydroxyprolyne. Biochim. Biophys. Asta (P), 1973. 303:198-

104. Segal D.M., Traub W. Synthesis and structural investigation of poly(L-alanyl-L-prolyl-glycune). J. Mol. Biol., 1969. 43:487-

105. Seidler DG, Faiyaz-Ul-Haque M, Hansen U, Yip GW, Zaidi SH, Teebi AS, Kiesel L, Gotte M. Defective glycosylation of decorin and biglycan, altered collagen structure, and abnormal phenotype of the skin fibroblasts of an Ehlers-Danlos syndrome patient carrying the novel Arg270Cys substitution in galactosyltransferase I (beta4GalT-7). J Mol. Med. 2006. 84:583-

106. Steven K.H., Lynn E.B., Kimbery M.T., Ronald T.R., A hyperstable collagen mimic. Chemistry Biology. 1999. 6:No

107. Sugeta H., Miyadzava T. General method for calculating helical parameters of polymer chains from bond length, bond angles, and internal-rotation angles. Biopolymers, 1967. 5:673-

108. Takigawa R, Tomita K. [Crystalline structure of poly-L-prolineits relation to collagen structure]. Tanpakushitsu Kakusan Koso 1966.11:1321 -1

109. Tamura, A., and P.L. Privalov. 1997. The entropy cost of protein association. J. Mol. Biol. 273:10481

110. Tanaka T, Wada Y, Nakamura H, Doi T, Imanishi T, Kodama T. A synthetic model of collagen structure taken from bovine macrophage scavenger receptor. FEBS Lett., 1993, 334:272-

111. Tiktopulo EI, Kajava AV, //Biochemistry 1998. 37:8147-8

112. Tiktopulo EI, Privalov PL, Andreeva AP, Aleksandrov V. [Mobility of collagen structure and temperature adaptation of animals]. Mol Biol (Mosk) 1979. 13:619-

113. Traub W., Yonath A. Polymers of tripeptides as collagen models.III. Structural relationship between two form of poly (L-prolyl-L-alanyl-glycine). J. Mol. Biol., 1967, 25:351-355. 97

114. Tumanyan V.G. Investigation of fibrous structures. I. Computation for collagen. Biopolymers 1970. 9:955-

115. Tumanyan V.G., Rogulenkova V.N., Esipova N.G. Modelling and Computer Method in Mol.Biol. and Genetics. Eds. V.A.Ratner, N.A.Kolchanov. New York: Nova Science Publisher. 1992, pp. 197-

116. Tumanyan V.G. Biophysika (Russian) 1960, 25:1097-1

117. Tumanyan V.G. Докторская диссертация. M., 1

118. Venugopal M.G., Ramshaw J., Braswel E., Zhu D., B.Brodsky, Electrostatic Interaction in Collagenlike Triple-Helical Peptides. Biochemistry. 1994. 33:7948-7

119. Vitagliano L., Nemethy G., Zagari A., Scheraga H.A., Stabilization of the triple- helical structure of natural collagen by side-chain interactions. Biochemistry 1993. 32:7354-7359. Yee R.Y., Englander S.N., von Hippel P.H. Nature. Native collagen has a two-bonded structure. J. Mol.Biol. 1974. 83:1-

120. Yonath A., Traub W. J. of Molecular Biology 1969. 43:461-477. 100 Zhorov B.S. Comparison of Lowest-Energy Conformations of Dimethylcurine and Methoxyverapamil: an Evidence of Ternary Association of Calcium Channel, Ca2+, and Calcium Entry Blockers. J. Membr. Biol. 1993. 135:119-

121. Zhorov B.S. Vector method for calculating derivatives of energy of deformation of valence angles and torsion energy of complex molecules according to generalized coordinates. J.Struct.Chem. 1982. 23:3-

122. Zhorov B.S. Vector method for calculating energy derivatives of atom-atom interactions of complex molecules according to generalized coordinates. J.Struct.Chem. 1981. 22:8-

123. Zhorov B.S., Ananthanarayanan V.S. Conformational Analysis of Free and Ca2+-bound forms of Verapamil and Methoxyverapamil. J.Biomol.Struct.Dynam. 1993. 11:529-

124. Zhorov B.S., Ananthanarayanan V.S. Similarity of Ca2+ bound conformations of morphine and Metenkephalin: a computational study. FEBS Letters 1994. 354:131-

125. Zhorov B.S., Brovtsyna N.B. Conformational analysis of d-tubocurarine: implications for minimal dimensions of its binding site within ion channels. J. Membr. Biol. 1993. 135:19-

126. Список работ, опубликованных по теме диссертации

127. Рубин М.А., Тиктопуло Е.И., Намиот В.А., Туманян В.Г., Есипова Н.Г. К вопросу о механизмах влияния иминокислот на физические характеристики коллагенов. Биофизика, 2008, т. 53, с. 407-410.

128. Власов П.К., Будзко А.В., Рубин М.А., Туманян В.Г., Макаров А.А., Есипова Н.Г. Левая спираль типа полипролин II в линкерных областях ДНК-связывающих белков. Биофизика, 2008, т. 53, с. 1149-1150.

129. Филатов И.В., Мильчевский Ю.В., Опарина Н.Ю., Рубин М.А., Есипова Н.Г. Расчет трехмерной структуры молекулы коллагена III человека. III съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г, Воронеж, стр. 117. 98