Влияние неинфекционных частиц вируса клещевого энцефалита на иммунный ответ и эффективность противовирусных препаратов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Тучинская Ксения Константиновна

• Тучинская Ксения Константиновна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Тучинская Ксения Константиновна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Оценка инфекционности вирусов с учетом структурной гетерогенности вирусной популяции

1.2. Разнообразие неинфекционных вирусных частиц в популяции различных вирусов и их функции

1.2.1. Дефектные интерферирующие вирусные частицы (ДИЧ)

1.2.2. Субвирусные частицы

1.3. Субвирусные частицы Л1ркау1гт и Е1аутгт

1.4. Строение флавивирусов

1.5. Строение и функции белков флавивирусов

1.6. Цикл репродукции флавивирусов

1.6.1. Прикрепление и проникновение

1.6.2. Трансляция вирусного генома

1.6.3. Процессинг вирусного полипротеина

1.6.4. Репликация флавивирусного генома

1.6.5. Сборка флавивирусных частиц и выход из клетки

1.7. Частицы, образующиеся в процессе флавивирусной инфекции

1.8. Клинические проявления при КЭ

1.9. Иммунный ответ при инфекции ВКЭ

1.9.1. Врожденный иммунный ответ

1.9.2. Адаптивный иммунный ответ

1.10. Лечение и профилактика ВКЭ

1.10.1. Вакцинорофилактика ВКЭ

1.10.2. Исследуемые препараты для экстренной терапии ВКЭ

1.10.3. Низкомолекулярные ингибиторы

ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Используемые вирусы

2.2. Используемые противовирусные соединения

2.3. Используемые в работе культуры клеток

2.4. Работа с лабораторными животными

2.4.1. Используемые в работе лабораторные животные

2.4.2. Получение гипериммунной асцитной жидкости (ИАЖ)

2.4.3. Получение материала для исследования репертуара Т-клеточных рецепторов

2.5. Вирусологические и серологические методы исследования

2.5.1. Получение зрелого, незрелого и прогретого вирусов

2.5.2. Концентрирование и очистка вирусов

2.5.3. Концентрирование и очистка вирусов для криоэлектронной микроскопии (Крио -ЭМ)

2.5.4. Титрование инфекционного вируса in vitro

2.5.5. Определение противовирусной активности соединений методом ингибирования бляшек

2.5.6. Реакция нейтрализации бляшек в культуре клеток СПЭВ

2.5.7. Титрование вируса in vivo

2.6. Молекулярно-биологические методы

2.6.1. Белковый электрофорез в ПААГ

2.6.2. Вестерн-блот

2.6.3. Иммуноферментный анализ

2.6.4. Количественная оценка белка Е в пробах вируса

2.6.5. Трансмиссионная электронная микроскопия ТЭМ и Крио-ЭМ

2.6.6. Полимеразная цепная реакция в реальном времени (ПЦР в РВ)

2.6.7. Исследование репертуара Т-клеточных рецепторов

2.6.8. Исследование количества зараженных клеток методом проточной цитометрии

2.7. Статистическая обработка полученных данных

ГЛАВА 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Факторы, влияющие на долю неинфекционных вирусных частиц в пробах ВКЭ

3.1.1. Вклад используемых методов исследования в определении доли неинфекционных ВЧ

3.1.2. Зависимость количества неинфекционных вирусных частиц от штамма и системы репродукции вируса

3.1.3. Зависимость доли неинфекционных вирусных частиц от условий хранения вирусного материала

3.1.4. Термоинактивация ВКЭ штамма ЭК-328

3.2. Незрелые вирусные частицы ВКЭ

3.2.1. Незрелые ВЧ в популяции ВКЭ

3.2.2. Получение и характеристика незрелых ВЧ ВКЭ

3.3. Влияние избыточного количества неинфекционных ВЧ в пробе на инфекционный процесс и эффективность вакцины против КЭ

3.3.1. Влияние неинфекционных ВЧ, полученных путем прогревания при +20°С, на гуморальный иммунный ответ

3.3.2. Влияние неинфекционных ВЧ, полученных путем прогревания при +20°С, на течение инфекции и эффективность вакцины КЭ

3.3.3. Влияние неинфекционных ВЧ, полученных путем прогревания при +37°С, на эффективность вакцины КЭ

3.4. Влияние незрелых ВЧ на течение и патогенез КЭ, а также на эффективность вакцины КЭ

3.4.1. Влияние незрелых ВЧ ВКЭ на течение инфекции

3.4.2. Влияние незрелых ВЧ ВКЭ на гуморальный иммунный ответ

3.4.3. Формирование Т-клеточного иммунного ответа при заражении незрелым вирусом

3.4.4. Изучение формирования защитного иммунного ответа после заражения препаратом незрелого вируса ВКЭ

3.4.5. Влияние незрелых ВЧ ВКЭ на эффективность вакцины КЭ

3.5. Характеристика бустерного ответа после вакцинации против ВКЭ в зависимости от дозы вирулентного вируса и количества неинфекционных вирусных частиц

3.6. Влияние незрелых неинфекционных ВЧ на титры НАТ в реакции нейтрализации

3.7. Спектр ИАЖ к зрелому и незрелому вирусам

3.8. Влияние избыточного количества неинфекционных ВЧ в пробе на эффективность низкомолекулярных противовирусных соединений

3.9. Влияние незрелых неинфекционных вирусных частиц на эффективность противовирусных препаратов, направленных на взаимодействие с поверхностным белком Е

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБ ОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние неинфекционных частиц вируса клещевого энцефалита на иммунный ответ и эффективность противовирусных препаратов»

Актуальность темы исследования

Представители рода Flavivirus - это РНК-содержащие вирусы, большая часть которых является арбовирусами, т.е. вирусами, переносимые членистоногими, в частности, клещами и комарами. В настоящее время флавивирусы распространены по всему миру и ежегодно поражают до 400 миллионов человек. Клиническая картина флавивирусных инфекций варьирует от бессимптомной или лихорадочной формы до тяжелых форм заболевания с поражением ЦНС или геморрагическим синдромом [1].

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) - это переносимый клещами флавивирус, который широко распространен на территории Европы и Азии. Только в Российской Федерации на эндемичных по клещевому энцефалиту (КЭ) территориях проживает более 60 миллионов человек, при этом границы его распространения постоянно расширяются [2]. ВКЭ способен вызывать тяжелое заболевание с поражением центральной нервной системы. Несмотря на наличие эффективных инактивированных цельновирионных вакцин, случаи КЭ регистрируются ежегодно, в том числе и с тяжелым течением заболевания вследствие, в первую очередь, недостаточного охвата населения вакцинацией [3, 4]. Также регистрируются единичные случаи заболевания среди вакцинированных [5-7].

Помимо генетической гетерогенности, которая способствует адаптации вирусов к разным системам репродукции [8, 9], для вирусов также характерна структурная гетерогенность. На примере разных вирусов было показано, что различные по своей структуре вирусные частицы (ВЧ), образующиеся в процессе инфекции чаще всего неинфекционные, способны вызывать активацию врожденного иммунного ответа, участвуют в формировании специфического иммунного ответа, могут индуцировать протективный иммунный ответ и даже могут быть ответственны за более тяжелое течение заболевания или же за хронизацию инфекции [10]. Количество работ по изучению подобных структур и их роли в патогенезе и иммунном ответе ограничено.

В процессе репродукции флавивирусов также образуется целый ряд различных структур: инфекционные зрелые ВЧ с полноценным геномом; ВЧ с дефектным геномом, которые, тем не менее, "одеты" в полноценную зрелую вирусную оболочку; неинфекционные ВЧ с дефектами структуры оболочки и полноценным вирусным геномом; незрелые вирионы; пустые формы без нуклеокапсида и свободный белок Е. Все эти формы поверхностного гликопротеина Е могут отличаться по своим антигенным детерминантам от зрелых инфекционных вирионов [11]. Также известно, что конформация поверхностного гликопротеина довольно подвижна и при

определенных условиях: изменение температуры или рН среды - могут открывать криптические, т.е. ранее недоступные эпитопы, а ВЧ могут приобретать «тупиковую» конформацию, теряя при этом способность к инфицированию клеток [12].

Все эти формы изучены, в основном, с точки зрения их поверхностной структуры, однако, данные по их влиянию на течение инфекции и иммунный ответ при флавивирусной инфекции ограничены и, в основном, посвящены флавивирусам, переносимым комарами. Важными мало проработанными аспектами изучения структурной гетерогенности вирусной популяции является предполагаемая возможность ее влияния на эффективность профилактических и лечебных препаратов, направленных на взаимодействие с поверхностным гликопротеином флавивирусов, и факторы, определяющие эту гетерогенность.

Степень разработанности темы

На данный момент для переносимых комарами флавивирусов показано, что помимо зрелых инфекционных вирионов в процессе инфекции также образуются незрелые неинфекционные ВЧ, частично зрелые ВЧ и пустые формы. Также подвижность белка Е делает поверхность вирионов динамичной структурой, которая изменяет морфологию ВЧ при изменении условий среды [12]. Так, после инкубации при +37°С поверхность вирионов вируса денге становится «бугристой», а часть из них переходит в неинфекционную форму [13].

Пустые формы ВЧ образуются не только в процессе инфекции, но и при трансфекции клеток плазмидой, экспрессирующей только ргМ и Е белки. Структура таких ВЧ, лишенных нуклеокапсида, изучена и для ВКЭ [14]. Структура незрелых ВЧ методом криоэлектронной микроскопии изучена только для флавивирусов, переносимых комарами: вируса денге, Зика, Западного Нила, желтой лихорадки, причем с довольно низким разрешением (9-25 А°) из-за гетерогенности этих структур [15-17]. Для вирусов денге и Зика показано, что незрелые ВЧ способны вызывать первичный иммунный ответ [18], а также ответственны за антителозависимое усиление инфекции [19, 20], что делает их важным объектом исследований. Для ВКЭ изучена только структура зрелых инфекционных ВЧ [21]. К началу нашего исследования было неизвестно, присутствуют ли незрелые формы ВЧ в популяции ВКЭ. Тем не менее, показано, что соотношение неинфекционных к инфекционным ВЧ для флавивирусов колеблется от 100 до 1000 [22]. Однако экспериментальных данных о том, от чего зависит это соотношение и как неинфекционные ВЧ влияют на течение инфекции, до нашего исследования не было получено.

Целью данной работы было изучение факторов, определяющих долю неинфекционных вирусных частиц в популяции ВКЭ, их влияние на вирулентность вирусных препаратов и формирование иммунного ответа при экспериментальном КЭ, а также влияние отдельных типов неинфекционных ВЧ на эффективность вакцинных и противовирусных низкомолекулярных препаратов.

В соответствие с поставленной целью были сформированы следующие задачи:

1. Подобрать адекватные методы оценки соотношения неинфекционных и инфекционных ВЧ в популяции ВКЭ.

2. Установить факторы, которые могут влиять на соотношение неинфекционных и инфекционных ВЧ в популяции ВКЭ.

3. Охарактеризовать неинфекционные ВЧ, полученные путем термической обработки вирусных препаратов, оценить их влияние на формирование гуморального иммунного ответа и вирулентность вируса при экспериментальном КЭ, а также на эффективность вакцины против КЭ.

4. Получить и охарактеризовать незрелые неинфекционные ВЧ и оценить их влияние на формирование иммунного ответа при экспериментальном КЭ, а также на эффективность противовирусных препаратов.

5. Оценить влияние неинфекционных ВЧ в популяции широкого спектра штаммов ВКЭ на противовирусную активность низкомолекулярных соединений.

Научная новизна работы

1. Впервые было показано, что доля неинфекционных ВЧ в популяции ВКЭ зависит от штамма вируса. Система репродукции, условия и длительность хранения вирусного материала оказывают влияние на количественное содержание неинфекционных ВЧ в популяции ВКЭ.

2. Впервые показано, что при увеличении доли неинфекционных ВЧ наблюдается более мощный гуморальный иммунный ответ, не влияя при этом на течение заболевания.

3. Впервые установлено, что при инфицировании животных, вакцинированных цельновирионной вакциной КЭ, препаратом вируса с повышенной долей неинфекционных ВЧ, наблюдаются изменения бустерного ответа и спектра индуцируемых антител.

4. Впервые в результате изучения особенностей формирования иммунного ответа при инфицировании животных препаратом незрелого ВКЭ было установлено, что антитела к незрелому вирусу быстрее элиминируются и не обеспечивают защиту от повторного заражения ВКЭ.

5. Впервые были получены данные, свидетельствующие о том, что в ответ на

заражение препаратом незрелого вируса экспандированные клоны Т-клеток имеют как схожие со зрелым вирусом, так и отличные репертуары участков, определяющих их комплементарность (complementarity-determining regions (CDRs)).

6. Впервые в экспериментах in vitro было показано, что неинфекционные ВЧ, являясь дополнительными мишенями, могут негативно влиять на нейтрализующую активность антител и эффективность противовирусных соединений, направленных на взаимодействие с поверхностным белком Е.

Практическая и теоретическая значимость работы

Получены новые данные, имеющие важное значение для успешной разработки профилактических и лечебных препаратов, включая природу соотношения неинфекционных и инфекционных ВЧ ВКЭ и влияния неинфекционных ВЧ на течение инфекции, а также их участия в формировании иммунного ответа при КЭ. Доказана способность неинфекционных ВЧ выступать в роли дополнительных мишеней как для противовирусных препаратов, так и для нейтрализующих антител in vivo и in vitro, что повышает перспективность стандартизации методов проведения соответствующих анализов.

Методология и методы исследования

В работе были использованы классические и современные вирусологические, иммунохимические и молекулярно-генетические методы.

Положения, выносимые на защиту

1. Наличие большой доли неинфекционных вирусных частиц в популяции ВКЭ обусловлено структурным разнообразием вирусных частиц и зависит от штамма вируса.

2. Система репродукции вируса, стадия инфекции, а также условия и длительность хранения вирусного материала влияют на долю неинфекционных ВЧ в вирусном препарате.

3. Индуцируемый неинфекционными вирусными частицами антительный и Т-клеточный иммунный ответ значительно отличается от иммунного ответа, индуцируемого при заражении препаратом нативного вируса.

4. Репертуар Т-клеток при вирусной инфекции может быть изменен при заражении препаратом вируса с избыточным содержанием незрелых неинфекционных ВЧ.

5. Неинфекционные ВЧ ВКЭ способны конкурировать с инфекционными вирусными частицами при взаимодействии с антителами и противовирусными соединениями in vitro и in vivo.

6. Вирусные препараты, используемые для оценки противовирусной активности профилактических и лечебных препаратов, должны быть стандартизованы по содержанию неинфекционных вирусных частиц. Степень достоверности и апробация результатов

Достоверность полученных в ходе работы данных определяется достаточным числом исследований, длительным сроком наблюдений, комплексным подходом к проведению исследований, выполненных с использованием современных методов и статистической обработки полученных результатов. Все выводы и практические рекомендации диссертации логично вытекают из полученных результатов и соответствуют цели и задачам работы. Материалы исследования были представлены и обсуждены на следующих 9 международных и отечественных конференциях: Конференция молодых ученых и специалистов «Биология, эпидемиология и вакцинопрофилактика инфекционных заболеваний» (Москва, 2016); Конференция молодых ученых и специалистов «Фундаментальная и прикладная микробиология» (Москва, 2017); Научно-практическая конференция молодых ученых «Актуальные вопросы эпидемиологии, диагностики, лечения и профилактики инфекционных и онкологических заболеваний» (Москва, 2018); Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов 2019» (Москва, 2019); Международная научная конференция «Ломоносов 2020» (Москва, 2020); Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием «Современная иммунопрофилактика: вызовы, возможности, перспективы» (Москва, 2021); Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов 2022» (Москва, 2022).

Публикации

Основные результаты работы полностью отражены в печати. По теме диссертации опубликовано 4 печатные работы в рецензируемых научных изданиях, а также 6 тезисов - в сборниках международных конференций и 3 тезисов - в сборниках Российских конференций (библиографических базах - Web of Science, Scopus, PubMed).

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа изложена на 125 страницах и состоит из введения и 3-х глав основной части диссертации, включая: обзор литературы, материалы и методы, результаты и обсуждение, а также заключение, выводы, перспективы дальнейшей разработки темы, список сокращений и условных обозначений, список литературы, содержащий 201 источник. Работа иллюстрирована 10 таблицами и 51 рисунком.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Оценка инфекционности вирусов с учетом структурной гетерогенности вирусной

популяции

Цикл репродукции вируса нельзя рассматривать как идеально работающую фабрику, производящую только правильно организованные инфекционные вирионы. В процессе инфекции из клетки выходят разнообразные неинфекционные частицы, благодаря чему формируется структурная гетерогенность популяции.

Для многих вирусов структурную гетерогенность популяции определяют по соотношению общего числа вирусных частиц (ВЧ) (физических вирусных частиц в пробе вирусного материала) и числа инфекционных вирусных частиц. Этот показатель может значительно варьировать в зависимости от природы вируса, клеток хозяина и способа определения данного соотношения [10].

Общее количество частиц в вирусной популяции можно определять такими методами как электронная микроскопия (ЭМ) с использованием калибровочных шариков с известным диаметром [23]; по количеству белка, ассоциированного с вирионами [24]; с использованием капиллярного газ-фазового электрофореза [25] и количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени [26, 27]. Количество инфекционных ВЧ обычно определяют по количеству бляшкообразующих единиц, фокусов или цитопатическому действию в реакциях титрования вируса в чувствительных культурах клеток и при титровании вируса на чувствительных животных [10].

В ограниченном количестве работ для некоторых вирусов показано, что данная характеристика не является свойством отдельных вирусных родов и может значительно варьировать внутри рода и даже среди вариантов одного вируса (Рисунок 1) [10].

Рисунок 1 - Соотношение общего количества частиц и инфекционных вирусных частиц для различных вирусов. Viralzone и [10]. P- общее число ВЧ, определенных одним из методов (ЭМ, ПЦР в реальном времени и т.д.); Ш- количество инфекционных ВЧ, определенных по ЦПД или количеству бляшкообразующих единиц в чувствительной культуре. ss-одноцепочечная, ds-двухцепочечная, Нелинейна, агс- кольцевая.

Обычно появление различных типов частиц связано с выделением на определенных стадиях инфекции вирусных прекурсоров: незрелых вирусных частиц, капсидных белков, дефектных вирусных частиц, включающих в себя вирусную оболочку и неполный геном.

1.2. Разнообразие неинфекционных вирусных частиц в популяции различных вирусов и

их функции

1.2.1. Дефектные интерферирующие вирусные частицы (ДИЧ)

ДИЧ содержат полноценные поверхностные белки и дефектный вирусный родительский геном и требуют родительского вируса-помощника для репродукции. Геномы ДИЧ представляют собой усеченные формы вирусных геномов, генерируемые большинством РНК вирусов во время репликации. Геномы ДИЧ сохраняют концевые последовательности, которые распознаются вирусными полимеразами, последовательности для упаковки, компетентный сайт инициации на З'-конце, его комплементарную последовательность на 5'-конце (Рисунок 2) [28].

Наиболее ярким примером формирования большого количества ДИЧ является вирус везикулярного стоматита (ВВС), для которого характерно преобладающее количество ДИЧ уже после второго пассажа в культуре клеток при высокой множественности заражения [23]. Помимо ВВС показано, что ДИЧ образуются в процессе репродукции различных ДНК и РНК вирусов: вируса простого герпеса (ВПГ), желтой вены Ageratum, полиовируса, Синдбис вируса, вируса гриппа, короновируса SARS, флавивирусов денге и Западного Нила [10].

Также установлено, что популяции ВВС, которые содержат дефектные вирионы в большом количестве, менее вирулентны в экспериментах на животных, чем исходные популяции, из которой они были получены в результате длительного пассирования вируса с высокой множественностью. Предположительно, ДИЧ играют роль в хронизации инфекции. Эксперименты, подтверждающие эту теорию, были проведены на вирусах кори и гепатита С при хронической инфекции [30].

Рисунок 2 - Разные типы ДИЧ геномов. (А) Простые геномы с внутренней делецией; (В) геномы, полученные в случае, когда полимераза, несущая частично синтезированные участки, транскрибирует 5'-конец путем обратного копирования, образуя структуру сковороды с ручкой; (С) репликаза транскрибирует часть одной цепи, а затем использует вновь синтезированную нить в качестве матрицы, в результате чего образуется шпилька; (Б) мозаичные или комплексные дефектные интерферирующие (ДИ) геномы объединяют различные фрагменты генома от одного и того же вируса-помощника в неправильном порядке или из разных вирусов-помощников, или из разных сегментов РНК-хозяина; (Е) ДИ геномы с определёнными мутациями, которые были обнаружены относительно недавно [29].

Для вирусов гриппа, ВВС и вируса Сендай показано, что ДИЧ специфически мешают репродукции нормального вируса и могут стимулировать врожденный иммунный ответ, индуцируя выработку интерферона I типа и адаптивный иммунный ответ посредством активации незрелых дендритных клеток (Рисунок 3) [29].

Таким образом, ДИЧ изучены для ограниченного числа вирусов, а их влияние на активацию иммунного ответа оставляет широкое поле для дальнейших исследований. Также малоизучена их роль в процессе естественной инфекции. Открытым остается вопрос о различиях разных штаммов/вариантов одного вируса по уровню репродукции ДИЧ. Благодаря их способности ослаблять острую инфекцию и стимулировать иммунный ответ, ДИЧ активно изучаются в качестве средства противовирусной терапии и как потенциальный вакцинный препарат против вируса гриппа, ВИЧ и эпидемического паротита [31]. Для флавивирусов наличие ДИЧ показано только для вирусов денге и Зика [32, 33]. Для них были обнаружены ДИ

геномы с большой внутренней делецией, содержащие только 3' и 5'концевые последовательности [34]. Их свойства и роль в иммунном ответе не изучены.

Рисунок 3 - Стимуляция иммуной системы с помощью ДИЧ. (A) ДИЧ активируют транскрипционные факторы, NF-kB путь и высвобождение регуляторных факторов интерферона 3 (IRF3) и 7 (IRF7) путем связывания с toll-like рецепторами (TLRs) на мембране клеток или на поверхности эндосомальной мембраны, что приводит к экспрессии интерферона-1 (IFN-1) и других противовирусных провоспалительных факторов. (B) ДИЧ активируют RIG-like рецепторы (RLRs) и увеличивают высвобождение провоспалительных факторов вышеописанным способом. (C) Дендритные клетки in vivo распознают ДИЧ, происходит созревание дендритных клеток и активация иммунной системы. DC- дендритные клетки; MAVs - митохондриальный белок для передачи противовирусных сигналов; белок RIG-1 - ген, индуцируемый ретиноевой кислотой [29].

1.2.2. Субвирусные частицы

Субвирусные частицы также характерны для многих вирусов. Это понятие объединяет в себе множество различных структур и для разных вирусов подразумевает различные типы частиц. Их можно разделить на те, которые представляют собой пустые капсиды, образованные поверхностными белками вируса без нуклеиновой кислоты (пустые формы); вирусные частицы-интермедиаты, которые образуются в процессе репродукции вирусов в клетке, и клеточные структуры, содержащие вирусные белки, способные выходить из клетки в процессе репродукции вируса, например, экзосомы.

К примеру, в процессе риновирусной инфекции образуется два типа частиц интермедиатов: частицы А - имеют вирусную РНК и все поверхностные белки, кроме УР4, который отвечает за образование пор в клеточной мембране и проникновение генома в клетку, и частицы В - пустые аналоги частиц А, не содержащие РНК (Рисунок 4).

А ■ В '•'У':" >>рч 5

'щ• ■ ф.

Рисунок 4 - Криоэлектронная микрофотография очищенного препарата риновируса человека 2 серотипа (А). Синяя звездочка указывает на нативный (полный) вирус, а розовая звездочка - на пустую вирусную частицу. Криоэлектронная микрофотография образца А после воздействия рН 5. Зеленая звездочка указывает на (полную) А-частицу, а оранжевая звездочка - на (пустую) В-частицу (В) [35].

При этом содержание этих форм в вирусном препарате в большей степени зависит от способа получения вируса, так как они могут образовываться из нативного вируса при изменении рН среды или при нагревании, а также в процессе прикрепления вируса к рецептору во время проникновения в клетку [35, 36].

Образование субвирусных частиц характерно и для других пикорнавирусов. Они существуют в виде пустых форм-прокапсидов, состоящих из 12 пентаметров поверхностных белков УР0-УР1-УРЗ [37]. Так, например, в процессе полиовирусной инфекции выделяются прокапсиды, которые являются прекурсорами зрелых вирионов [37]. Для полиовируса показано, что такие пустые субвирусные частицы могут прикрепляться к клеткам-мишеням, тем самым конкурируя с нативными инфекционными вирионами [38].

Для реовирусов субвирусными частицами являются инфекционные интермедиаты зрелых вирионов. Они образуются в кишечнике во время протеолитического переваривания и вызывают снижение врожденного противовирусного ответа кишечных эпителиальных клеток [39].

В процессе репродукции ДНК-содержащего вируса гепатита В также образуется целый ряд субвирусных частиц, которые количественно значительно превосходят полноценные инфекционные вирионы. Во-первых, это сферы и филаменты (известные как HBc или HBcAg), содержащие только белки вирусной оболочки. Во-вторых, пустые капсиды, не содержащие геном. HBV-инфицированные клетки также секретируют растворимый димерный белковый антиген, называемый антиген гепатита Be (HBeAg). Помимо этого, в плазме крови пациентов обнаружили, хотя и на низком уровне, РНК-содержащие частицы HBV [40]

Можно предположить, что такое разнообразие вирусных частиц может давать преимущество вирусам, к примеру, для ухода от иммунной системы хозяина, когда неинфекционные ВЧ выступают в роли дополнительных мишеней для антител, либо регулируют спектр антительного ответа.

1.3. Субвирусные частицы Alphavirus и Flavivirus

Представители родов Alpha- и Flavivirus относятся к классу арбовирусов и близки по размеру (Рисунок 5). Они имеют вирионы икосаэдрической формы, содержащие мембранную оболочку и одноцепочечную РНК положительной полярности длиной около 11 тысяч оснований. Тем не менее, для Alphavirus соотношение общего числа частиц к инфекционным вирусным частицам практически равно 1:1, тогда как для Flavivirus может варьировать от 1:100 до 1:10000 и выше. Для флави- и альфавирусов характерно присутствие в популяции пустых форм без генома, в состав которых входят поверхностные белки. Ранее было показано, что они отделяются от полноценных вирионов в градиенте плотности сахарозы и были названы медленноседиментирующим гемагглютинином [41]. Пустые формы также могут образовываться в результате процесса проникновения вируса в клетку. Например, для вирусов Синдбис, Западного Нила (ВЗН) и денге показано, что они могут проникать в клетки при температурах, которые не допускают слияния мембран [42].

Рисунок 5 - Alphavirus: показана крио-ЭМ реконструкция штамма TC-83 вируса венесуэльского энцефалита лошадей (ВЭЛ), рассматриваемая вдоль строгой 5-ти кратной оси. Разрешение составляет 4,4 A. Тримеры состоят в основном из E2 с более гладкой «юбкой», состоящей из E1. Flavivirus: крио-ЭМ реконструкция вириона денге 2 штамм New Guinea C, визуализированная при 3,5°A [43] [44].

Основные отличия между альфа- и флавивирусами заключаются в процессе их созревания. Несмотря на сходную с флавивирусами структурную организацию, альфавирусы (семейство Togaviridae) имеют другой порядок генов и используют другую стратегию для репликации генома и сборки вирионов [45, 46]. Флавивирусы собираются в виде «незрелых» неинфекционных частиц в эндоплазматическом ретикулуме клетки-хозяина, которые затем протеолитически модифицируются для образования инфекционного вирусного потомства при выходе из клетки, тогда как компоненты альфавируса протеолитически модифицируются непосредственно перед сборкой в зрелые вирусы на плазматической мембране. Поэтому для альфавирусов не характерно наличие незрелых, неинфекционных вирусных частиц, которые наблюдаются в значительном количестве в популяции флавивирусов [44, 47].

Суммируя, для большинства вирусов процесс созревания включает в себя следующие этапы, которые могут приводить к появлению неинфекционных вирусных частиц:

вне клетки - рН и температура; вход и раздевание вирусных частиц;

конформационная перестройка при взаимодействии с рецептором; ДИЧ, которые образуются в процессе репродукции;

для оболочечных вирусов - протеолитическое расщепление поверхностных гликопротеинов в везикулах аппарата Гольджи либо при выходе из клетки;

• выброс белковых структур из клетки для борьбы с иммунной системой хозяина;

Эти процессы могут приводить к образованию целого ряда субвирусных частиц:

пустые формы, т.е. частицы без вирусного генома;

• незрелые формы - это ВЧ, непрошедшие все этапы созревания до нормального инфекционного вириона;

• вирусные белки, связанные и не связанные с мембранами;

• неинфекционные ВЧ, которые образуются во внеклеточном пространстве вследствие конформационных перестроек белков оболочки при изменении температуры или рН.

Таким образом, структурная гетерогенность характерна для большого числа вирусов. Благодаря способности дефектных и субвирусных частиц вызывать первичный иммунный ответ, который, в основном, связан с активацией дендритных клеток и индукцией а-интерферона а также провоспалительных цитокинов, они часто рассматриваются для использования в качестве вакцинных препаратов или адъювантов [11, 29]. Также in vitro создаются рекомбинантные субвирусные частицы. Некоторые из рекомбинантных субвирусных частиц уже активно проходят вторую фазу клинических испытаний в качестве вакцинных препаратов (против калицивируса, хепевируса), а некоторые из них уже используются (против гепадновируса, цирковируса и папиломавируса) [48].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Тучинская Ксения Константиновна, 2022 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Pierson T.C. The continued threat of emerging flaviviruses / Pierson T.C., Diamond M.S. // Nature microbiology - 2020. - Т. 5 - № 6 - С.796-812.

2. Chernokhaeva L.L. Protective immunity spectrum induced by immunization with a vaccine from the TBEV strain Sofjin / Chernokhaeva L.L., Rogova Y. V., Vorovitch M.F., Romanova L.I., KozlovskayaL.I., Maikova G.B., Kholodilov I.S., Karganova G.G. // Vaccine - 2016. - Т. 34 - № 20 - С.2354-2361.

3. Hansson K.E. Tick-borne encephalitis vaccine failures: A 10-year retrospective study supporting the rationale for adding an extra priming dose in individuals starting at age 50 years / Hansson K.E., Rosdahl A., Insulander M., Vene S., Lindquist L., Gredmark-Russ S., Askling H.H. // Clinical Infectious Diseases - 2020. - Т. 70 - № 2 - С.245-251.

4. Ruzek D. Tick-borne encephalitis in Europe and Russia: Review of pathogenesis, clinical features, therapy, and vaccines / Ruzek D., Avsic Zupanc T., Borde J., Chrdle A., Eyer L., Karganova G., Kholodilov I., Knap N., Kozlovskaya L., Matveev A., Miller A.D., Osolodkin D.I., Överby A.K., Tikunova N., Tkachev S., Zajkowska J. // Antiviral Research - 2019. - Т. 164 - № January - С.23-51.

5. Maikova G.B. Ability of inactivated vaccines based on far-eastern tick-borne encephalitis virus strains to induce humoral immune response in originally seropositive and seronegative recipients / Maikova G.B., Chernokhaeva L.L., Rogova Y. V., Kozlovskaya L.I., Kholodilov I.S., Romanenko V. V., Esyunina M.S., Ankudinova A.A., Kilyachina A.S., Vorovitch M.F., Karganova G.G. // Journal of medical virology - 2019. - Т. 91 - № 2 - С.190-200.

6. Andersson C.R. Vaccine failures after active immunisation against tick-borne encephalitis / Andersson C.R., Vene S., Insulander M., Lindquist L., Lundkvist Ä., Günther G. // Vaccine - 2010. -Т. 28 - № 16 - С.2827-2831.

7. Погодина В.В. Необычный случай летального исхода клещевого энцефалита у пациента, привитого вакцинами разных генотипов (Челябинская область) / Погодина В.В., Лучинина С.В., Степанова О.Н., Стенько Е.А., Горфинкель А.Н., Кармышева В.Я., Герасимов С.Г., Левина Л.С., Чиркова Г.Г., Карань Л.С., Колясникова Н.М., Маленко Г.В., Колесникова Л.И. // Эпидемиология и инфекционные болезни - 2015. - Т. 20 - № 1 - С.56-64.

8. Domingo E. Viral quasispecies evolution / Domingo E., Sheldon J., Perales C. // Microbiology and

molecular biology reviews: MMBR- 2012. - Т. 76 - № 2 - С.159-216.

9. Romanova L.I. Microevolution of tick-borne encephalitis virus in course of host alternation / Romanova L.I., Gmyl A.P., Dzhivanian T.I., Bakhmutov D. V., Lukashev A.N., Gmyl L. V., Rumyantsev A.A., Burenkova L.A., Lashkevich V.A., Karganova G.G. // Virology - 2007. - Т. 362 -№ 1 - С.75-84.

10. Klasse P.J.Molecular determinants of the ratio of inert to infectious virus particles / P. J. Klasse -Elsevier Inc., 2015. Вып. 1- 285-326c.

11. Rey F.A. The bright and the dark side of human antibody responses to flaviviruses: lessons for vaccine design / Rey F.A., Stiasny K., Vaney M., Dellarole M., Heinz F X. // EMBO reports - 2018. -Т. 19 - № 2 - С.206-224.

12. Dowd K.A. The many faces of a dynamic virion: Implications of viral breathing on flavivirus biology and immunogenicity / Dowd K.A., Pierson T.C. // Annual Review of Virology - 2018. - Т. 5 - С.185-207.

13. Morrone S.R. High flavivirus structural plasticity demonstrated by a non-spherical morphological variant / Morrone S.R., Chew V.S.Y., Lim X.N., Ng T.S., Kostyuchenko V.A., Zhang S., Wirawan M., Chew P L., Lee J., Tan J.L., Wang J., Tan T.Y., Shi J., Screaton G., Morais M.C., Lok S M. // Nature communications - 2020. - Т. 11 - № 1.

14. Allison S.L. Two Distinct Size Classes of Immature and Mature Subviral Particles from TickBorne Encephalitis Virus / Allison S.L., Tao Y.J., O'Riordain G., Mandl C.W., Harrison S.C., Heinz F X. // Journal of Virology - 2003. - Т. 77 - № 21 - С.11357-11366.

15. Kostyuchenko V.A. Immature and Mature Dengue Serotype 1 Virus Structures Provide Insight into the Maturation Process / Kostyuchenko V.A., Zhang Q., Tan J.L., Ng T.-S., Lok S.-M. // Journal of Virology - 2013. - Т. 87 - № 13 - С.7700-7707.

16. Prasad V.M. Structure of the immature Zika virus at 9 Â resolution / Prasad V.M., Miller A.S., Klose T., Sirohi D., Buda G., Jiang W., Kuhn R.J., Rossmann M.G. // Nature structural & molecular biology - 2017. - Т. 24 - № 2 - С.184-186.

17. Zhang Y. Structure of Immature West Nile Virus / Zhang Y., Kaufmann B., Chipman P.R., Kuhn R.J., Rossmann M.G. // JOURNAL OF VIROLOGY - 2007. - Т. 81 - № 11 - С.6141-6145.

18. Décembre E. Sensing of Immature Particles Produced by Dengue Virus Infected Cells Induces an

Antiviral Response by Plasmacytoid Dendritic Cells / Décembre E., Assil S., Hillaire M.L.B., Dejnirattisai W., Mongkolsapaya J., Screaton G.R., Davidson A.D., Dreux M. // PLoS Pathogens -2014. - Т. 10 - № 10.

19. Morrone S.R. Structural perspectives of antibody-dependent enhancement of infection of dengue virus / Morrone S.R., Lok S M. // Current Opinion in Virology - 2019. - Т. 36 - С.1-8.

20. Richter M.K.S. Immature dengue virus is infectious in human immature dendritic cells via interaction with the receptor molecule DC-SIGN / Richter M.K.S., Silva Voorham J.M. Da, Torres Pedraza S., Hoornweg T.E., Pol D.P.I. Van De, Rodenhuis-Zybert I.A., Wilschut J., Smit J.M. // PLoS ONE - 2014. - Т. 9 - № 6.

21. Füzik T. Structure of tick-borne encephalitis virus and its neutralization by a monoclonal antibody / Füzik T., Formanovâ P., Ruzek D., Yoshii K., Niedrig M., Plevka P. // Nature Communications -2018. - Т. 9 - № 1 - С.1-11.

22. Schaar H.M. Van Der Characterization of the Early Events in Dengue Virus Cell Entry by Biochemical Assays and Single-Virus Tracking / Schaar H.M. Van Der, Rust M.J., Waarts B.-L., Ende-Metselaar H. Van Der, Kuhn R.J., Wilschut J., Zhuang X., Smit J.M. // JOURNAL OF VIROLOGY - 2007. - Т. 81 - № 21 - С.12019-12028.

23. Timm C. Quantitative Characterization of Defective Virus Emergence by Deep Sequencing / Timm C., Akpinar F., Yin J. // Journal of Virology - 2014. - Т. 88 - № 5 - С.2623-2632.

24. Sommer J.M. Quantification of adeno-associated virus particles and empty capsids by optical density measurement / Sommer J.M., Smith P.H., Parthasarathy S., Isaacs J., Vijay S., Kieran J., Powell S.K., McClelland A., Wright F. // Molecular Therapy - 2003. - Т. 7 - № 1 - С.122-128.

25. Kremser L. Capillary electrophoresis of viruses, subviral particles and virus complexes / Kremser L., Bilek G., Blaas D., Kenndler E. // Journal of Separation Science - 2007. - Т. 30 - № 11 - С.1704-1713.

26. Dueva E. V. Spectrum of antiviral activity of 4-aminopyrimidine N-oxides against a broad panel of tick-borne encephalitis virus strains / Dueva E. V., Tuchynskaya K.K., Kozlovskaya L.I., Osolodkin D.I., Sedenkova K.N., Averina E.B., Palyulin V.A., Karganova G.G. // Antiviral Chemistry and Chemotherapy - 2020. - Т. 28 - С.1-10.

27. Bae H.G. Detection of yellow fever virus: a comparison of quantitative real-time PCR and plaque

assay / Bae H.G., Nitsche A., Teichmann A., Biel S.S., Niedrig M. // Journal of virological methods -2003. - T. 110 - № 2 - C. 185-191.

28. Lopez C.B. Defective viral genomes: critical danger signals of viral infections / Lopez C.B. // Journal of Virology - 2014. - T. 88 - № 16 - C.8720-8723.

29. Yang Y. The antiviral and antitumor effects of defective interfering particles/genomes and their mechanisms / Yang Y., Lyu T., Zhou R., He X., Ye K., Xie Q., Zhu L., Chen T., Shen C., Wu Q., Zhang B., Zhao W. // Frontiers in Microbiology - 2019. - T. 10 - № AUG - C.1-14.

30. Cheroni C. Hepatitis C Virus Deletion Mutants Are Found in Individuals Chronically Infected with Genotype 1 Hepatitis C Virus in Association with Age, High Viral Load and Liver Inflammatory Activity / Cheroni C., Donnici L., Aghemo A., Balistreri F., Bianco A., Zanoni V., Pagani M., Soffredini R., D'ambrosio R., Rumi M.G., Colo mbo M., Abrignani S., Neddermann P., Francesco R. De - 2015.

31. Akpinar F. High-Throughput Single-Cell Kinetics of Virus Infections in the Presence of Defective Interfering Particles / Akpinar F., Timm A., Yin J. // Journal of virology - 2015. - T. 90 - № 3 -

C.1599-1612.

32. Rezelj V. V. Defective viral genomes as therapeutic interfering particles against flavivirus infection in mammalian and mosquito hosts / Rezelj V. V., Carrau L., Merwaiss F., Levi L.I., Erazo

D., Tran Q.D., Henrion-Lacritick A., Gausson V., Suzuki Y., Shengjuler D., Meyer B., Vallet T., Weger-Lucarelli J., Bernhauerová V., Titievsky A., Sharov V., Pietropaoli S., Diaz-Salinas M.A., Legros V., Pardigon N., Barba-Spaeth G., Brodsky L., Saleh M.C., Vignuzzi M. // Nature Communications 2021 12:1 - 2021. - T. 12 - № 1 - C.1-14.

33. Li D. Sub-genomic RNA of defective interfering (D.I.) dengue viral particles is replicated in the same manner as full length genomes / Li D., Aaskov J. // Virology - 2014. - T. 468 - C.248-255.

34. Li D. Defective interfering viral particles in acute dengue infections / Li D., Lott W.B., Lowry K., Jones A., Thu H.M., Aaskov J. // PLoS ONE - 2011. - T. 6 - № 4.

35. Pickl-Herk A. Uncoating of common cold virus is preceded by RNA switching as determined by X-ray and cryo-EM analyses of the subviral A-particle / Pickl-Herk A., Luque D., Vives-Adrián L., Querol-Audí J., Garriga D., Trus B.L., Verdaguer N., Blaas D., Castón J.R. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2013. - T. 110 - № 50 - C.20063-20068.

36. Brabec M. Conformational Changes, Plasma Membrane Penetration, and Infection by Human Rhinovirus Type 2: Role of Receptors and Low pH / Brabec M., Baravalle G., Blaas D., Fuchs R. // Journal of Virology - 2003. - Т. 77 - № 9 - С.5370-5377.

37. Halewyck H. Identification of poliovirions and subviral particles by capillary electrophoresis / Halewyck H., Oita I., Thys B., Dejaegher B., Heyden Y. Vander, Rombaut B. // Electrophoresis -2010. - Т. 31 - № 19 - С.3281-3287.

38. Basavappa R. The Poliovirus Empty Capsid Specifically Recognizes the Poliovirus Receptor and Undergoes Some, but Not All, of the Transitions Associated with Cell Entry / Basavappa R., Gómez -Yafal A., Hogle J.M. // Journal of Virology - 1998. - Т. 72 - № 9 - С.7551-7556.

39. Stanifer M.L. Reovirus intermediate subviral particles constitute a strategy to infect intestinal epithelial cells by exploiting TGF-ß dependent pro-survival signaling / Stanifer M.L., Rippert A., Kazakov A., Willemsen J., Bucher D., Bender S., Bartenschlager R., Binder M., Boulant S. // Cellular Microbiology - 2016. - Т. 18 - № 12 - С.1831-1845.

40. Hu J. Complete and incomplete hepatitis B virus particles: Formation, function, and application / Hu J., Liu K. // Viruses - 2017. - Т. 9 - № 3 - С.1-17.

41. Т.С. Грицун, В.М. Лисак, В.Н. Ляпустин, М.Б. Королев В. А. Л. Медленноседиментирующий гемагглютенин вируса клещевого энцефалита / Т.С. Грицун, В.М. Лисак, В.Н. Ляпустин, М.Б. Королев В. А. Л. // Вопросы вирусологии - 1989. - № Т 4 - С.449.

42. Vancini R. Flavivirus infection from mosquitoes in vitro reveals cell entry at the plasma membrane / Vancini R., Kramer L.D., Ribeiro M., Hernandez R., Brown D. // Virology - 2013. - Т. 435 - № 2 -С.406-414.

43. Hernandez R. Structural Differences Observed in Arboviruses of the Alphavirus and Flavivirus Genera / Hernandez R., Brown D.T., Paredes A. // Advances in Virology - 2014. - Т. 2014.

44. Pulkkinen L.I.A. Tick-borne encephalitis virus: A structural view / Pulkkinen L.I.A., Butcher S.J., Anastasina M. // Viruses - 2018. - Т. 10 - № 7 - С.1-20.

45. Zhang Y. Structures of immature flavivirus particles / Zhang Y., Corver J., Chipman P.R., Zhang W., Pletnev S. V., Sedlak D., Baker T.S., Strauss J.H., Kuhn R.J., Rossmann M G. // The EMBO Journal - 2003. - Т. 22 - № 11 - С.2604-2613.

46. Strauss J.H. Replication of the RNAs of Alpha Viruses and Flavivirus / Strauss J.H., Strauss E.G. //

RNA Genetics - 2018. - C.71-90.

47. Zhang R. 4.4 A cryo-EM structure of an enveloped alphavirus Venezuelan equine encephalitis virus / Zhang R., Hryc C.F., Cong Y., Liu X., Jakana J., Gorchakov R., Baker M.L., Weaver S.C., Chiu W. // The EMBO journal - 2011. - T. 30 - № 18 - C.3854-3863.

48. Tan M. Subviral particle as vaccine and vaccine platform / Tan M., Jiang X. // Current opinion in virology - 2014. - T. 6 - № 1 - C.24-33.

49. Junjhon J. Influence of pr-M Cleavage on the Heterogeneity of Extracellular Dengue Virus Particles / Junjhon J., Edwards T.J., Utaipat U., Bowman V.D., Holdaway H.A., Zhang W., Keelapang P., Puttikhunt C., Perera R., Chipman P.R., Kasinrerk W., Malasit P., Kuhn R.J., Sittisombut N. // Journal of Virology - 2010. - T. 84 - № 16 - C.8353-8358.

50. Rey F.A. Flavivirus structural heterogeneity: implications for cell entry / Rey F.A., Stiasny K., Heinz F X. // Current Opinion in Virology - 2017. - T. 24 - C.132-139.

51. Fibriansah G. Morphological Diversity and Dynamics of Dengue Virus Affecting Antigenicity / Fibriansah G., Lim X.N., Lok S.M. // Viruses - 2021. - T. 13 - № 8.

52. Melian E.B. Programmed ribosomal frameshift alters expression of west nile virus genes and facilitates virus replication in birds and mosquitoes / Melian E.B., Hall-Mendelin S., Du F., Owens N., Bosco-Lauth A.M., Nagasaki T., Rudd S., Brault A.C., Bowen R.A., Hall R.A., Hurk A.F. van den, Khromykh A.A. // PLoS pathogens - 2014. - T. 10 - № 11.

53. Carbaugh D.L. Flavivirus Envelope Protein Glycosylation: Impacts on Viral Infection and Pathogenesis / Carbaugh D.L., Lazear H.M. // Journal of Virology - 2020. - T. 94 - № 11.

54. Yap S.S.L. Dengue virus glycosylation: What do we know? / Yap S.S.L., Nguyen-Khuong T., Rudd P.M., Alonso S. // Frontiers in Microbiology - 2017. - T. 8 - № JUL - C.1415.

55. Zhang X. Structures and functions of the envelope glycoprotein in flavivirus infections / Zhang X., Jia R., Shen H., Wang M., Yin Z., Cheng A. // Viruses - 2017. - T. 9 - № 11 - C.1-14.

56. Rey F.A. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution // Nature. - 1995. - T. 375. - № 6529. - 291-298c.

57. Modis Y. Structure of the dengue virus envelope protein after membrane fusion / Modis Y., Ogata S., Clements D., Harrison S C. // Nature - 2004. - T. 427 - № 6972 - C.313-319.

58. Heinz F.X. The flavivirus envelope protein E: isolation of a soluble form from tick-borne encephalitis virus and its crystallization / Heinz F.X., Mandl C.W., Holzmann H., Kunz C., Harris B.A., Rey F., Harrison S C. // Journal of Virology - 1991. - Т. 65 - № 10 - С.5579-5583.

59. Tang C.T. Generation of Monoclonal Antibodies against Dengue Virus Type 4 and Identification of Enhancing Epitopes on Envelope Protein / Tang C.T., Liao M.Y., Chiu C.Y., Shen W.F., Chiu C.Y., Cheng P.C., Chang G.J.J., Wu H.C. // PloS one - 2015. - Т. 10 - № 8.

60. Beasley D.W.C. Envelope protein glycosylation status influences mouse neuroinvasion phenotype of genetic lineage 1 West Nile virus strains / Beasley D.W.C., Whiteman M.C., Zhang S., Huang C.Y.-H., Schneider B.S., Smith D.R., Gromowski G.D., Higgs S., Kinney R.M., Barrett A.D.T. // Journal of virology - 2005. - Т. 79 - № 13 - С.8339-8347.

61. Crill W.D. Localization and characterization of flavivirus envelope glycoprotein cross-reactive epitopes / Crill W.D., Chang G.-J.J. // Journal of virology - 2004. - Т. 78 - № 24 - С.13975-13986.

62. Pierson T.C. Degrees of maturity: the complex structure and biology of flaviviruses / Pierson T.C., Diamond M.S. // Current opinion in virology - 2012. - Т. 2 - № 2 - С.168-175.

63. Modis Y. A ligand-binding pocket in the dengue virus envelope glycoprotein / Modis Y., Ogata S., Clements D., Harrison S.C. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2003. - Т. 100 - № 12 - С.6986-6991.

64. Vasilenko D.A. Tick-borne flavivirus reproduction inhibitors based on isoxazole core linked with adamantane / Vasilenko D.A., Dueva E. V., Kozlovskaya L.I., Zefirov N.A., Grishin Y.K., Butov G.M., Palyulin V.A., Kuznetsova T.S., Karganova G.G., Zefirova O.N., Osolodkin D.I., Averina E.B. // Bioorganic Chemistry - 2019. - Т. 87 - С.629-637.

65. Yamanaka A. Key Amino Acid Substitution for Infection-Enhancing Activity-Free Designer Dengue Vaccines / Yamanaka A., Konishi E. // iScience - 2019. - Т. 13 - С.125-137.

66. Jarmer J. Variation of the Specificity of the Human Antibody Responses after Tick-Borne Encephalitis Virus Infection and Vaccination / Jarmer J., Zlatkovic J., Tsouchnikas G., Vratskikh O., Strauß J., Aberle J.H., Chmelik V., Kundi M., Stiasny K., Heinz F.X. // Journal of Virology - 2014. -Т. 88 - № 23 - С.13845-13857.

67. Akey D.L. Structure-guided insights on the role of NS1 in flavivirus infection / Akey D.L., Brown W.C., Jose J., Kuhn R.J., Smith J.L. // BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and

developmental biology - 2015. - Т. 37 - № 5 - С.489-494.

68. Carpio K.L. Flavivirus ns1 and its potential in vaccine development / Carpio K.L., Barrett A.D.T. // Vaccines - 2021. - Т. 9 - № 6 - С.1-21.

69. Chen H.R. Dengue Virus Nonstructural Protein 1 Induces Vascular Leakage through Macrophage Migration Inhibitory Factor and Autophagy / Chen H.R., Chuang Y.C., Lin Y.S., Liu H.S., Liu C.C., Perng G.C., Yeh T.M. // PLoS Neglected Tropical Diseases - 2016. - Т. 10 - № 7 - С.1-19.

70. Conde J.N. The complement system in flavivirus infections / Conde J.N., Silva E.M., Barbosa A.S., Mohana-Borges R. // Frontiers in Microbiology - 2017. - Т. 8 - № FEB - С.1-7.

71. Schlesinger J.J. Protection against yellow fever in monkeys by immunization with yellow fever virus nonstructural protein NS1 / Schlesinger J.J., Brandriss M.W., Cropp C.B., Monath T.P. // Journal of virology - 1986. - Т. 60 - № 3 - С. 1153-1155.

72. Schlesinger J.J. Protection of mice against dengue 2 virus encephalitis by immunization with the dengue 2 virus non-structural glycoprotein NS1 / Schlesinger J.J., Brandriss M.W., Walsh E.E. // The Journal of general virology - 1987. - Т. 68 ( Pt 3) - № 3 - С.853-857.

73. Wu S.F. Evaluation of protective efficacy and immune mechanisms of using a non-structural protein NS1 in DNA vaccine against dengue 2 virus in mice / Wu S.F., Liao C.L., Lin Y.L., Yeh C.T., Chen L.K., Huang Y.F., Chou H.Y., Huang J.L., Shaio M.F., Sytwu H.K. // Vaccine - 2003. - Т. 21 -№ 25-26 - С.3919-3929.

74. Li A. Vesicular Stomatitis Virus and DNA Vaccines Expressing Zika Virus Nonstructural Protein 1 Induce Substantial but Not Sterilizing Protection against Zika Virus Infection / Li A., Xue M., Attia Z., Yu J., Lu M., Shan C., Liang X., Gao T.Z., Shi P.-Y., Peeples M.E., Boyaka P.N., Liu S.-L., Li J. // Journal of virology - 2020. - Т. 94 - № 17.

75. Timofeev A. V. Immunological basis for protection in a murine model of tick-borne encephalitis by a recombinant adenovirus carrying the gene encoding the NS1 non-structural protein / Timofeev A. V., Ozherelkov S. V., Pronin A. V., Deeva A. V., Karganova G.G., Elbert L.B., Stephenson J R. // The Journal of general virology - 1998. - Т. 79 ( Pt 4) - № 4 - С.689-695.

76. Perera-Lecoin M. Flavivirus entry receptors: An update / Perera-Lecoin M., Meertens L., Carnec X., Amara A. // Viruses - 2013. - Т. 6 - № 1 - С.69-88.

77. Kroschewski H. Role of heparan sulfate for attachment and entry of tick-borne encephalitis virus /

Kroschewski H., Allison S.L., Heinz F.X., Mandl C.W. // Virology - 2003. - T. 308 - № 1 - C.92-100.

78. Malygin A.A. C-terminal fragment of human laminin-binding protein contains a receptor domain for Venezuelan equine encephalitis and tick-borne encephalitis viruses / Malygin A.A., Bondarenko E.I., Ivanisenko V.A., Protopopova E. V., Karpova G.G., Loktev V.B. // Biochemistry. Biokhimiia -2009. - T. 74 - № 12 - C.1328-1336.

79. Zaitsev B.N. Force-induced globule-coil transition in laminin binding protein and its role for viral-cell membrane fusion / Zaitsev B.N., Benedetti F., Mikhaylov A.G., Korneev D. V., Sekatskii S.K., Karakouz T., Belavin P.A., Netesova N.A., Protopopova E. V., Konovalova S.N., Dietler G., Loktev V.B. // Journal of Molecular Recognition - 2014. - T. 27 - № 12 - C.727-738.

80. Cruz-Oliveira C. Receptors and routes of dengue virus entry into the host cells / Cruz-Oliveira C., Freire J.M., Concei9äo T.M., Higa L.M., Castanho M.A.R.B., Poian A T. Da // FEMS Microbiology Reviews - 2015. - T. 39 - № 2 - C.155-170.

81. Xu Q. Caveolin-1-mediated Japanese encephalitis virus entry requires a two-step regulation of actin reorganization / Xu Q., Cao M., Song H., Chen S., Qian X., Zhao P., Ren H., Tang H., Wang Y., Wei Y., Zhu Y., Qi Z. // Future microbiology - 2016. - T. 11 - № 10 - C. 1227-1248.

82. Stiasny K. Molecular mechanisms of flavivirus membrane fusion / Stiasny K., Fritz R., Pangerl K., Heinz F.X. // Amino Acids - 2011. - T. 41 - № 5 - C.1159-1163.

83. Edgil D. Dengue virus utilizes a novel strategy for translation initiation when cap-dependent translation is inhibited / Edgil D., Polacek C., Harris E. // Journal of virology - 2006. - T. 80 - № 6 -C.2976-2986.

84. Roth H. Flavivirus Infection Uncouples Translation Suppression from Cellular Stress Responses / Roth H., Magg V., Uch F., Mutz P., Klein P., Haneke K., Lohmann V., Bartenschlager R., Fackler O.T., Locker N., Stoecklin G., Ruggieri A. // mBio - 2017. - T. 8 - № 1.

85. Fernández-García L. The Internal Ribosome Entry Site of Dengue Virus mRNA Is Active When Cap-Dependent Translation Initiation Is Inhibited / Fernández-García L., Angulo J., Ramos H., Barrera A., Pino K., Vera-Otarola J., López-Lastra M. // Journal of Virology - 2021. - T. 95 - № 5.

86. Barrows N.J. Biochemistry and Molecular Biology of Flaviviruses / Barrows N.J., Campos R.K., Liao K.C., Prasanth K.R., Soto-Acosta R., Yeh S.C., Schott-Lerner G., Pompon J., Sessions O.M.,

Bradrick S.S., Garcia-Blanco M.A. // Chemical Reviews - 2018. - T. 118 - № 8 - C.4448-4482.

87. Blazevic J. Membrane Anchors of the Structural Flavivirus Proteins and Their Role in Virus Assembly / Blazevic J., Rouha H., Bradt V., Heinz F.X., Stiasny K. // Journal of Virology - 2016. - T. 90 - № 14 - C.6365-6378.

88. Elsen K. Van Den Molecular Insights into the Flavivirus Replication Complex / Elsen K. Van Den, Quek J.P., Luo D. // Viruses 2021, Vol. 13, Page 956 - 2021. - T. 13 - № 6 - C.956.

89. Duan Y. Interacts with Genome UTRs and Viral Proteins to Facilitate Flavivirus RNA Replication / Duan Y., Zeng M., Jiang B., Zhang W., Wang M., Jia R. - 2019.

90. Ferlenghi I. Molecular Organization of a Recombinant Subviral Particle from Tick-Borne Encephalitis Virus / Ferlenghi I., Clarke M., Ruttan T., Allison S.L., Schalich J., Heinz F.X., Harrison S.C., Rey F.A., Fuller S.D. // Molecular Cell - 2001. - T. 7 - C.593-602.

91. Metz S.W. Dengue virus-like particles mimic the antigenic properties of the infectious dengue virus envelope / Metz S.W., Thomas A., White L., Stoops M., Corten M., Hannemann H., Silva A.M. De // Virology Journal - 2018. - T. 15 - № 1 - C.1-10.

92. Plevka P. Mechanism for maturation-related reorganization of flavivirus glycoproteins / Plevka P., Battisti A.J., Sheng J., Rossmann M.G. // Journal of structural biology - 2014. - T. 185 - № 1 - C.27.

93. Renner M. Flavivirus maturation leads to the formation of an occupied lipid pocket in the surface glycoproteins / Renner M., Dejnirattisai W., Carrique L., Martin I.S., Karia D., Ilca S.L., Ho S.F., Kotecha A., Keown J.R., Mongkolsapaya J., Screaton G.R., Grimes J.M. // Nature Communications -2021. - T. 12 - № 1 - C.1-9.

94. Zybert I.A. Functional importance of dengue virus maturation: Infectious properties of immature virions / Zybert I.A., Ende-Metselaar H. van der, Wilschut J., Smit J.M. // Journal of General Virology - 2008. - T. 89 - № 12 - C.3047-3051.

95. Raut R. Dengue type 1 viruses circulating in humans are highly infectious and poorly neutralized by human antibodies / Raut R., Corbett K.S., Tennekoon R.N., Premawansa S., Wijewickrama A., Premawansa G., Mieczkowski P., Rückert C., Ebel G.D., Silva A.D. De, Silva A.M. De // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2019. - T. 116 - № 1 - C.227-232.

96. Halstead S.B. Dengue Antibody-Dependent Enhancement: Knowns and Unknowns / Halstead S.B.

// Microbiology spectrum - 2014. - T. 2 - № 6.

97. Haslwanter D. A novel mechanism of antibody-mediated enhancement of flavivirus infection / Haslwanter D., Blaas D., Heinz F.X., Stiasny K. // PLoS Pathogens - 2017. - T. 13 - № 9 - C.1-27.

98. Heinz F.X. The Antigenic Structure of Zika Virus and Its Relation to Other Flaviviruses: Implications for Infection and Immunoprophylaxis / Heinz F.X., Stiasny K. // Microbiology and Molecular Biology Reviews - 2017. - T. 81 - № 1 - C.1-27.

99. Schalich J. Recombinant subviral particles from tick-borne encephalitis virus are fusogenic and provide a model system for studying flavivirus envelope glycoprotein functions / Schalich J., Allison S.L., Stiasny K., Mandl C.W., Kunz C., Heinz F.X. // Journal of Virology - 1996. - T. 70 - № 7 -C.4549-4557.

100. Corver J. Membrane fusion activity of tick-borne encephalitis virus and recombinant subviral particles in a liposomal model system / Corver J., Ortiz A., Allison S.L., Schalich J., Heinz F.X., Wilschut J. // Virology - 2000. - T. 269 - № 1 - C.37-46.

101. Inagaki E. Development of a serodiagnostic multi-species ELISA against tick-borne encephalitis virus using subviral particles / Inagaki E., Sakai M., Hirano M., Muto M., Kobayashi S., Kariwa H., Yoshii K. // Ticks and Tick-borne Diseases - 2016. - T. 7 - № 5 - C.723-729.

102. Konishi E. Mice immunized with a subviral particle containing the japanese encephalitis virus prM/M and E proteins are protected from lethal JEV infection / Konishi E., Pincus S., Paoletti E., Shope R.E., Burrage T., Mason P.W. // Virology - 1992. - T. 188 - № 2 - C.714-720.

103. Dowd K.A. Combined Effects of the Structural Heterogeneity and Dynamics of Flaviviruses on Antibody Recognition / Dowd K.A., Mukherjee S., Kuhn R.J., Pierson T.C. // Journal of Virology -2014. - T. 88 - № 20 - C.11726-11737.

104. Lok S.M. The Interplay of Dengue Virus Morphological Diversity and Human Antibodies / Lok S.M. // Trends in Microbiology - 2016. - T. 24 - № 4 - C.284-293.

105. Lindquist L. Tick-borne encephalitis / Lindquist L., Vapalahti O. // The Lancet - 2008. - T. 371 -№ 9627 - C. 1861-1871.

106. Gritsun T.S. Tick-borne encephalitis / Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. // Antiviral Research - 2003. - T. 57 - № 1-2 - C.129-146.

107. Deviatkin A.A. Tbev subtyping in terms of genetic distance / Deviatkin A.A., Karganova G.G., Vakulenko Y.A., Lukashev A.N. // Viruses - 2020. - Т. 12 - № 11.

108. Kubinski M. Tick-borne encephalitis virus: A quest for better vaccines against a virus on the rise / Kubinski M., Beicht J., Gerlach T., Volz A., Sutter G., Rimmelzwaan G.F. // Vaccines - 2020. - Т. 8 -№ 3 - С.1-45.

109. Blom K. Cell-Mediated Immune Responses and Immunopathogenesis of Human Tick-Borne Encephalitis Virus-Infection / Blom K., Cuapio A., Sandberg J.T., Varnaite R., Michaëlsson J., Björkström N.K., Sandberg J.K., Klingström J., Lindquist L., Gredmark Russ S., Ljunggren H.G. // Frontiers in immunology - 2018. - Т. 9.

110. Valarcher J.R. Tick-borne encephalitis / Valarcher J.R., Hägglund S., Juremalm M., Blomqvist G., Renström L., Zohari S., Leijon M., Chirico J. // OIE Revue Scientifique et Technique - 2015. - Т. 34 - № 2 - С.453-466.

111. Labuda M. Importance of Localized Skin Infection in Tick-Borne Encephalitis Virus Transmission / Labuda M., Austyn J.M., Zuffova E., Kozuch O., Fuchsberger N., Lysy J., Nuttall P.A. // Virology - 1996. - Т. 219 - № 2 - С.357-366.

112. Hermance M.E. Immune cell targets of infection at the tick-skin interface during powassan virus transmission / Hermance M.E., Santos R.I., Kelly B.C., Valbuena G., Thangamani S. // PLoS ONE -2016. - Т. 11 - № 5 - С.1-11.

113. Lieskovska J. Saliva of Ixodes ricinus enhances TBE virus replication in dendritic cells by modulation of pro-survival Akt pathway / Lieskovska J., Palenikova J., Langhansova H., Chmelar J., Kopecky J. // Virology - 2018. - Т. 514 - С.98-105.

114. Санин А.В. Разнонаправленное влияние MIF и полипренилфосфата натрия на течение экспериментальной флавивирусной инфекции у мышей / Санин А.В., Суслов А.П., Третьяков О.Ю., Зварцев Р.В., Саличев А.В., Кожевникова Т.Н., Санина В.Ю., Смирнова Е.Г., Ожерелков СВ. // ЖУРНАЛ МИКРОБИОЛОГИИ, ЭПИДЕМИОЛОГИИ И ИММУНОБИОЛОГИИ - 2011. - Т. 5 - С.56-61.

115. Weber E. Type I Interferon Protects Mice from Fatal Neurotropic Infection with Langat Virus by Systemic and Local Antiviral Responses / Weber E., Finsterbusch K., Lindquist R., Nair S., Lienenklaus S., Gekara N.O., Janik D., Weiss S., Kalinke U., Överby A.K., Kröger A. // Journal of Virology - 2014. - Т. 88 - № 21 - С. 12202-12212.

116. Veer M.J. de Functional classification of interferon-stimulated genes identified using microarrays / Veer M.J. de, Holko M., Frevel M., Walker E., Der S., Paranjape J.M., Silverman R.H., Williams B.R.G. // Journal of Leukocyte Biology - 2001. - T. 69 - № 6 - C.912-920.

117. Lindqvist R. Cell-type- and region-specific restriction of neurotropic flavivirus infection by viperin / Lindqvist R., Kurhade C., Gilthorpe J.D., Överby A.K. // Journal of neuroinflammation -2018. - T. 15 - № 1.

118. O'Sullivan T.E. Natural Killer Cell Memory / O'Sullivan T.E., Sun J.C., Lanier L.L. // Immunity - 2015. - T. 43 - № 4 - C.634-645.

119. Jost S. Control of human viral infections by natural killer cells / Jost S., Altfeld M. // Annual review of immunology - 2013. - T. 31 - C. 163-194.

120. Blom K. NK Cell Responses to Human Tick-Borne Encephalitis Virus Infection / Blom K., Braun M., Pakalniene J., Lunemann S., Enqvist M., Dailidyte L., Schaffer M., Lindquist L., Mickiene A., Michaëlsson J., Ljunggren H.-G., Gredmark-Russ S. // The Journal of Immunology - 2016. - T. 197 -№ 7 - C.2762-2771.

121. Shevtsova A.S. Lethal Experimental Tick-Borne Encephalitis Infection: Influence of Two Strains with Similar Virulence on the Immune Response / Shevtsova A.S., Motuzova O. V., Kuragina V.M., Akhmatova N.K., Gmyl L. V., Kondrat'eva Y.I., Kozlovskaya L.I., Rogova Y. V., Litov A.G., Romanova L.I., Karganova G.G. // Frontiers in microbiology - 2017. - T. 7 - № JAN.

122. Aberle J.H. Human CD4+ T helper cell responses after tick-borne encephalitis vaccination and infection / Aberle J.H., Schwaiger J., Aberle S.W., Stiasny K., Scheinost O., Kundi M., Chmelik V., Heinz F.X. // PLoS ONE - 2015. - T. 10 - № 10 - C.1-15.

123. Kaech S.M. Memory CD8+ T cell differentiation: Initial antigen encounter triggers a developmental program in naïve cells / Kaech S.M., Ahmed R. // Nature Immunology - 2001. - T. 2 -№ 5 - C.415-422.

124. Blom K. Specificity and dynamics of effector and memory CD8 T cell responses in human tickborne encephalitis virus infection / Blom K., Braun M., Pakalniene J., Dailidyte L., Béziat V., Lampen M.H., Klingström J., Lagerqvist N., Kjerstadius T., Michaëlsson J., Lindquist L., Ljunggren H.G., Sandberg J.K., Mickiene A., Gredmark-Russ S. // PLoS pathogens - 2015. - T. 11 - № 1 - C.1-20.

125. Ruzek D. CD8+ T-cells mediate immunopathology in tick-borne encephalitis / Ruzek D., Salât J.,

Palus M., Gritsun T.S., Gould E.A., Dykova I., Skallova A., Jelinek J., Kopecky J., Grubhoffer L. // Virology - 2009. - Т. 384 - № 1 - С.1-6.

126. Mamedov I.Z. Preparing unbiased T-cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling / Mamedov I.Z., Britanova O. V., Zvyagin I. V., Turchaninova M.A., Bolotin D.A., Putintseva E. V., Lebedev Y.B., Chudakov D.M. // Frontiers in immunology - 2013. -Т. 4 - № DEC.

127. Minervina A.A. Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones / Minervina A.A., Pogorelyy M. V., Komech E.A., Karnaukhov V.K., Bacher P., Rosati E., Franke A., Chudakov D.M., Mamedov I.Z., Lebedev Y.B., Mora T., Walczak A.M. // eLife - 2020. - Т. 9.

128. Pogorelyy M. V. Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins / Pogorelyy M. V., Minervina A.A., Touzel M.P., Sycheva A.L., Komech E.A., Kovalenko E.I., Karganova G.G., Egorov E.S., Komkov A.Y., Chudakov D.M., Mamedov I.Z., Mora T., Walczak A.M., Lebedev Y.B. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2018. - Т. 115 - № 50 - С.12704-12709.

129. Pierson T.C. Molecular mechanisms of antibody-mediated neutralisation of flavivirus infection / Pierson T.C., Diamond M.S. // Expert reviews in molecular medicine - 2008. - Т. 10 - № 12 - С.1-14.

130. Krylova N. V. Molecular Mechanisms of Interaction Between Human Immune Cells and Far Eastern Tick-Borne Encephalitis Virus Strains / Krylova N. V., Smolina T.P., Leonova G.N. // Viral immunology - 2015. - Т. 28 - № 5 - С.272-281.

131. Kuivanen S. Identification of linear human B-cell epitopes of tick-borne encephalitis virus / Kuivanen S., Hepojoki J., Vene S., Vaheri A., Vapalahti O. // Virology Journal - 2014. - Т. 11 - № 1.

132. Kuhn R.J. Shake, rattle, and roll: Impact of the dynamics of flavivirus particles on their interactions with the host / Kuhn R.J., Dowd K.A., Beth Post C., Pierson T.C. // Virology - 2015. - Т. 479-480 - С.508-517.

133. Nelson S. Maturation of West Nile virus modulates sensitivity to antibody-mediated neutralization / Nelson S., Jost C.A., Xu Q., Ess J., Martin J.E., Oliphant T., Whitehead S.S., Durbin A.P., Graham B.S., Diamond M.S., Pierson T.C. // PLoS Pathogens - 2008. - Т. 4 - № 5.

134. Smit R. Review of tick-borne encephalitis and vaccines: clinical and economical aspects / Smit R., Postma M.J. // Expert review of vaccines - 2015. - Т. 14 - № 5 - С.737-747.

135. Yoshii K. Tick-borne encephalitis in Japan, Republic of Korea and China / Yoshii K., Song J.Y., Park S.B., Yang J., Schmitt H.J. // Emerging microbes & infections - 2017. - Т. 6 - № 9 - Ce82.

136. Loew-Baselli A. Safety and immunogenicity of the modified adult tick-borne encephalitis vaccine FSME-IMMUN: results of two large phase 3 clinical studies / Loew-Baselli A., Konior R., Pavlova B.G., Fritsch S., Poellabauer E., Maritsch F., Harmacek P., Krammer M., Barrett P.N., Ehrlich H.J. // Vaccine - 2006. - Т. 24 - № 24 - С.5256-5263.

137. Beran J. Long-term immunity after vaccination against tick-borne encephalitis with Encepur using the rapid vaccination schedule / Beran J., Douda P., Gniel D., Zent O. // International journal of medical microbiology : IJMM - 2004. - Т. 293 Suppl - № 37 - С.130-133.

138. Ehrlich H.J. Randomized, phase II dose-finding studies of a modified tick-borne encephalitis vaccine: evaluation of safety and immunogenicity / Ehrlich H.J., Pavlova B.G., Fritsch S., Poellabauer E.M., Loew-Baselli A., Obermann-Slupetzky O., Maritsch F., Cil I., Dorner F., Barrett P.N. // Vaccine - 2003. - Т. 22 - № 2 - С.217-223.

139. Vorovitch M.F. Comparison of the Immunogenicity and Safety of Two Pediatric TBE Vaccines Based on the Far Eastern and European Virus Subtypes / Vorovitch M.F., Maikova G.B., Chernokhaeva L.L., Romanenko V. V., Karganova G.G., Ishmukhametov A.A. // Advances in virology - 2019. - Т. 2019.

140. Erber W. Self-reported tick-borne encephalitis (TBE) vaccination coverage in Europe: Results from a cross-sectional study / Erber W., Schmitt H.J. // Ticks and tick-borne diseases - 2018. - Т. 9 -№ 4 - С.768-777.

141. Бахметьева С.В. Этиологическая расшифровка завозных случаев тропических лихорадок в дальневосточном регионе / Бахметьева С.В., Пуховская Н.М., Здановская Н.И., Иванов Л.И., Белозерова Н.Б., Уткина О.М., Журавлев Я.А., Ларичев В.Ф. - 2014. - Т. 02 - С.91-93.

142. Романенко В.В. Опыт реализации программы массовой иммунизации населения против клещевого энцефалита в Свердловской области / Романенко В.В., Есюнина М.С., Килячина А.С. // Вопросы вирусологии - 2007. - Т. 52 - № 6 - С.22-25.

143. Романенко В.В. Новая стратегия специфической профилактики клещевого энцефалита:

опыт организации массовой вакцинации населения Свердловской области / Романенко В.В., Прохорова О.Г., Злобин В.И. // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика - 2005. - Т. 3 - № 22 -С.24-27.

144. Domnich A. Immunogenicity against Far Eastern and Siberian subtypes of tick-borne encephalitis (TBE) virus elicited by the currently available vaccines based on the European subtype: Systematic review and meta-analysis / Domnich A., Panatto D., Klementievna Arbuzova E., Signori A., Avio U., Gasparini R., Amicizia D. // Human Vaccines and Immunotherapeutics - 2014. - Т. 10 - № 10 -С.2819-2833.

145. Orlinger K.K. A tick-borne encephalitis virus vaccine based on the European prototype strain induces broadly reactive cross-neutralizing antibodies in humans / Orlinger K.K., Hofmeister Y., Fritz R., Holzer G.W., Falkner F.G., Unger B., Loew-Baselli A., Poellabauer E.M., Ehrlich H.J., Barrett P.N., Kreil T.R. // The Journal of infectious diseases - 2011. - Т. 203 - № 11 - С.1556-1564.

146. Rumyantsev S.N. The origin of individual differences in the course and severity of diseases // ScientificWorldJournal. - 2006. - Т. 6. - № 1. - 1674-1704с.

147. Погодина В.В.. Клещевой энцефалит с молниеносным течением и летальным исходом у многократно вакцинированного пациента / Погодина В.В.., Левина Л.С.., Скрынник С.М.., Травина Н.С.., Карань Л.С.., Колясникова Н.М.., Кармышева В.Я., Герасимов С.Г.., Маленко Г.В.., Перминов Л.В.., Попов М.А.., Бочкова Н.Г.. // Вопросы вирусологии - 2013. - Т. 58 - № 2

- С.33-37.

148. Wiedermann U. Primary vaccine failure to routine vaccines: Why and what to do? / Wiedermann U., Garner-Spitzer E., Wagner A. // Human vaccines & immunotherapeutics - 2016. - Т. 12 - № 1 -С.239-243.

149. Barkhash A. V. Polymorphism of 2'-5'-oligoadenylate synthetase ( OAS) genes, associated with predisposition to severe forms of tick-borne encephalitis, in human populations of North Eurasia / Barkhash A. V., Babenko V.N., Kobzev V.F., Romaschenko A.G., Voevoda M.I. // Molecular biology

- 2010. - Т. 44 - № 6 - С.875-882.

150. Tuchynskaya K. Experimental assessment of possible factors associated with tick-borne encephalitis vaccine failure / Tuchynskaya K., Volok V., Illarionova V., Okhezin E., Polienko A., Belova O., Rogova A., Chernokhaeva L., Karganova G. // Microorganisms - 2021. - Т. 9 - № 6 -С.1-21.

151. Maikova G.B. Ability of inactivated vaccines based on far-eastern tick-borne encephalitis virus strains to induce humoral immune response in originally seropositive and seronegative recipients / Maikova G.B., Chernokhaeva L.L., Rogova Y. V., Kozlovskaya L.I., Kholodilov I.S., Romanenko V. V., Esyunina M.S., Ankudinova A.A., Kilyachina A.S., Vorovitch M.F., Karganova G.G. // Journal of medical virology - 2019. - Т. 91 - № 2 - С.190-200.

152. Hertzell K.B. Tick-borne encephalitis (TBE) vaccine to medically immunosuppressed patients with rheumatoid arthritis: A prospective, open-label, multi-centre study / Hertzell K.B., Pauksens K., Rombo L., Knight A., Vene S., Askling H.H. // Vaccine - 2016. - Т. 34 - № 5 - С.650-655.

153. Garner-Spitzer E. Obesity and Sex Affect the Immune Responses to Tick-Borne Encephalitis Booster Vaccination / Garner-Spitzer E., Poellabauer E.M., Wagner A., Guzek A., Zwazl I., Seidl-Friedrich C., Binder C.J., Stiasny K., Kundi M., Wiedermann U. // Frontiers in Immunology - 2020. -Т. 11 - № May - С.1-16.

154. Lenhard T. Clinical outcome and cerebrospinal fluid profiles in patients with tick-borne encephalitis and prior vaccination history / Lenhard T., Ott D., Jakob N.J., Martinez-Torres F., Grond-Ginsbach C., Meyding-Lamadé U. // Ticks and tick-borne diseases - 2018. - Т. 9 - № 4 - С.882-888.

155. Chernokhaeva L.L. Experimental Evaluation of the Protective Efficacy of Tick-Borne Encephalitis (TBE) Vaccines Based on European and Far-Eastern TBEV Strains in Mice and in Vitro / Chernokhaeva L.L., Rogova Y. V., Kozlovskaya L.I., Romanova L.I., Osolodkin D.I., Vorovitch M.F., Karganova G.G. // Frontiers in microbiology - 2018. - Т. 9 - № JUL.

156. Пеньевская Н.А. Эффективность применения препаратов иммуноглобулина для постэкспозиционной профилактики клещевого энцефалита в России (обзор полувекового опыта) / Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В. // Медицинская паразитология и паразитарные болезни - 2010. - Т. 1 - С.53-59.

157. Baykov I.K. A protective chimeric antibody to tick-borne encephalitis virus / Baykov I.K., Matveev A.L., Stronin O. V., Ryzhikov A.B., Matveev L.E., Kasakin M.F., Richter V.A., Tikunova N. V. // Vaccine - 2014. - Т. 32 - № 29 - С.3589-3594.

158. Matveev A.L. Post-exposure administration of chimeric antibody protects mice against European, Siberian, and Far-Eastern subtypes of tick-borne encephalitis virus / Matveev A.L., Kozlova I. V., Stronin O. V., Khlusevich Y.A., Doroshchenko E.K., Baykov I.K., Lisak O. V., Emelyanova L.A., Suntsova O. V., Matveeva V.A., Savinova J.S., Tikunova N. V. // PloS one - 2019. - Т. 14 - № 4.

159. Waldvogel K. Severe tick-borne encephalitis following passive immunization / Waldvogel K., Bossart W., Huisman T., Boltshauser E., Nadal D. // European journal of pediatrics - 1996. - T. 155 -№ 9 - C.775-779.

160. Bröker M. After a tick bite in a tick-borne encephalitis virus endemic area: Current positions about post-exposure treatment / Bröker M., Kollaritsch H. // Vaccine - 2008. - T. 26 - № 7 - C.863-868.

161. Phillpotts R.J. Antibody-dependent enhancement of tick-borne encephalitus virus infectivity / Phillpotts R.J., Stephenson J.R., Porterfield J.S. // Journal of General Virology - 1985. - T. 66 - № 8 -C. 1831-1837.

162. Kreil T.R. Pre- and postexposure protection by passive immunoglobulin but no enhancement of infection with a flavivirus in a mouse model / Kreil T.R., Eibl M.M. // Journal of Virology - 1997. - T. 71 - № 4 - C.2921-2927.

163. Matveev A. Characterization of neutralizing monoclonal antibody against tick-borne encephalitis virus in vivo / Matveev A., Matveev L., Stronin O., Baykov I., Emeljanova L., Khlusevich Y., Tikunova N. // Vaccine - 2020. - T. 38 - № 27 - C.4309-4315.

164. Agudelo M. Broad and potent neutralizing human antibodies to tick-borne flaviviruses protect mice from disease / Agudelo M., Palus M., Keeffe J.R., Bianchini F., Svoboda P., Salat J., Peace A., Gazumyan A., Cipolla M., Kapoor T., Guidetti F., Yao K.H., Elsterova J., Teislerova D., Chrdle A., Hönig V., Oliveira T., West A.P., Lee Y.E., Rice CM., MacDonald MR., Bjorkman P.J., Rüzek D., Robbiani D.F., Nussenzweig M.C. // The Journal of experimental medicine - 2021. - T. 218 - № 5.

165. Berneck B.S. A Recombinant Zika Virus Envelope Protein with Mutations in the Conserved Fusion Loop Leads to Reduced Antibody Cross-Reactivity upon Vaccination / Berneck B.S., Rockstroh A., Fertey J., Grunwald T., Ulbert S. // Vaccines 2020, Vol. 8, Page 603 - 2020. - T. 8 - № 4 - C.603.

166. Sun H. Development of antibody therapeutics against flaviviruses / Sun H., Chen Q., Lai H. // International Journal of Molecular Sciences - 2018. - T. 19 - № 1.

167. Thompson B.S. A Therapeutic Antibody against West Nile Virus Neutralizes Infection by Blocking Fusion within Endosomes / Thompson B.S., Moesker B., Smit J.M., Wilschut J., Diamond M.S., Fremont D.H. // PLOS Pathogens - 2009. - T. 5 - № 5 - C.e1000453.

168. Osolodkin D.I. Inhibitors of tick-borne flavivirus reproduction from structure-based virtual screening / Osolodkin D.I., Kozlovskaya L.I., Dueva E. V., Dotsenko V. V., Rogova Y. V., Frolov K.A., Krivokolysko S.G., Romanova E.G., Morozov A.S., Karganova G.G., Palyulin V.A., Pentkovski V.M., ZefirovN.S. // ACS Medicinal Chemistry Letters - 2013. - Т. 4 - № 9 - С.869-874.

169. Dueva E. V. Interaction of Flaviviruses with Reproduction Inhibitors Binding in ß-OG Pocket: Insights from Molecular Dynamics Simulations / Dueva E. V., Osolodkin D.I., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Pentkovski V.M., Zefirov N.S. // Molecular Informatics - 2014. - Т. 33 - № 10 -С.695-708.

170. Sedenkova K.N. Synthesis and assessment of 4-aminotetrahydroquinazoline derivatives as tickborne encephalitis virus reproduction inhibitors / Sedenkova K.N., Dueva E. V., Averina E.B., Grishin Y.K., Osolodkin D.I., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Savelyev E.N., Orlinson B.S., Novakov I.A., Butov G.M., Kuznetsova T.S., Karganova G.G., Zefirov N.S. // Organic & Biomolecular Chemistry -2015. - Т. 13 - № 11 - С.3406-3415.

171. Eyer L. Nucleoside inhibitors of tick-borne encephalitis virus / Eyer L., Valdes J.J., Gil V.A., Nencka R., Hrebabecky H., Sala M., Salat J., Cerny J., Palus M., Clercq E. De, Ruzek D. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy - 2015. - Т. 59 - № 9 - С.5483-5493.

172. Lo M.K. In vitro antiviral activity of adenosine analog NITD008 against tick-borne flaviviruses / Lo M.K., Shi P.Y., Chen Y.L., Flint M., Spiropoulou C.F. // Antiviral Research - 2016. - Т. 130 -С.46-49.

173. Orlov A.A. New tools in nucleoside toolbox of tick-borne encephalitis virus reproduction inhibitors / Orlov A.A., Drenichev M.S., Oslovsky V.E., Kurochkin N.N., Solyev P.N., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Karganova G.G., Mikhailov S.N., Osolodkin D.I. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters - 2017. - Т. 27 - № 5 - С.1267-1273.

174. Kozlovskaya L.I. Selective Inhibition of Enterovirus A Species Members' Reproduction by Furano[2, 3-d]pyrimidine Nucleosides Revealed by Antiviral Activity Profiling against (+)ssRNA Viruses / Kozlovskaya L.I., Golinets A.D., Eletskaya A.A., Orlov A.A., Palyulin V.A., Kochetkov S.N., Alexandrova L.A., Osolodkin D.I. // ChemistrySelect - 2018. - Т. 3 - № 8 - С.2321-2325.

175. Sedenkova K.N. Three-component heterocyclization of gem-bromofluorocyclopropanes with NOBF4: access to 4-fluoropyrimidine N-oxides / Sedenkova K.N., Averina E.B., Grishin Y.K., Kutateladze A.G., Rybakov V.B., Kuznetsova T.S., Zefirov N.S. // The Journal of organic chemistry -

2012. - Т. 77 - № 21 - С.9893-9899.

176. Sedenkova K.N. Synthesis and assessment of 4-aminotetrahydroquinazoline derivatives as tickborne encephalitis virus reproduction inhibitors / Sedenkova K.N., Dueva E. V., Averina E.B., Grishin Y.K., Osolodkin D.I., Kozlovskaya L.I., Palyulin V.A., Savelyev E.N., Orlinson B.S., Novakov I.A., Butov G.M., Kuznetsova T.S., Karganova G.G., Zefirov N.S. // Organic and Biomolecular Chemistry - 2015. - Т. 13 - № 11 - С.3406-3415.

177. Adams R.Cell cuclture for biochemist / R. Adams - Glasgow, 1983.

178. Bell-Sakyi L. Tick cell lines: tools for tick and tick-borne disease research / Bell-Sakyi L., Zweygarth E., Blouin E.F., Gould E.A., Jongejan F. // Trends in parasitology - 2007. - Т. 23 - № 9 -С.450-457.

179. Gage G.J. Whole animal perfusion fixation for rodents / Gage G.J., Kipke D.R., Shain W. // Journal of visualized experiments : JoVE - 2012. - № 65.

180. Heinz F.X. Structural changes and functional control of the tick-borne encephalitis virus glycoprotein E by the heterodimeric association with protein prM / Heinz F.X., Stiasny K., Auer G.P., Holzmann H., Allison S.L., Mandl C.W., Kunz C. // Virology - 1994. - Т. 198 - № 1 - С.109-117.

181. Vorovitch M.F. Preparation and Characterization of Inactivated Tick-Borne Encephalitis Virus Samples for Single Particle Imaging at European XFEL / Vorovitch M.F., Samygina V.R., Pichkur E., Konarev P. V., Peters G.S., Khvatov E. V., Ivanova A.L., Tuchynskaya Ksenia K., Konyushko O.I., Fedotov A.Y., Round E., Schubert R., Bielecki J., Bean R., Sobolev E., Mancuso A.P., Armeev Grigory, Shaytan K. V, Rychev M., Molodtsov S., Kovalchuk M. V., Osolodkin D.I., Egorov A.M., Ishmukhametov A.A. - 2022.

182. Reed L.J. A simple method of estimating fifty per cent endpoints / Reed L.J., Muench H. // American Journal of Epidemiology - 1938. - Т. 27 - № 3 - С.493-497.

183. Lorenz R.J. Laboratory techniques in rabies: methods of calculation. / Lorenz R.J., Bögel K. // Monograph series. World Health Organization - 1973. - № 23 - С.321-335.

184. Ляпустин В.Н. Способ получения вирионного антигена вируса клещевого энцефалита / Ляпустин В Н., Ворович М.Ф. - 2010.

185. Nikolai N. Comparative study of non-enveloped icosahedral viruses size / Nikolai N., Ekaterina T., Evgeniy E., Mikhail K., Joseph A., Olga K. // PLoS ONE - 2015. - Т. 10 - № 11 - С.1-11.

186. Tegunov D. Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp / Tegunov D., Cramer P. // Nature methods - 2019. - Т. 16 - № 11 - С.1146-1152.

187. Punjani A. cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination / Punjani A., Rubinstein J.L., Fleet D.J., Brubaker M.A. // Nature methods - 2017. - Т. 14 - № 3 -С.290-296.

188. Gmyl A.P. Nonreplicative homologous RNA recombination: promiscuous joining of RNA pieces? / Gmyl A.P., Korshenko S.A., Belousov E. V., Khitrina E. V., Agol V.I. // RNA (New York, N.Y.) - 2003. - Т. 9 - № 10 - С.1221-1231.

189. MiLaboratories — Mouse TCR RNA Kit [Электронный ресурс]. URL: https://milaboratories.com/mouse-tcr-rna-kit (accessed: 04.07.2022).

190. Shugay M. Towards error-free profiling of immune repertoires / Shugay M., Britanova O. V., Merzlyak E.M., Turchaninova M.A., Mamedov I.Z., Tuganbaev T.R., Bolotin D.A., Staroverov D.B., Putintseva E. V., Plevova K., Linnemann C., Shagin D., Pospisilova S., Lukyanov S., Schumacher T.N., Chudakov D.M. // Nature methods - 2014. - Т. 11 - № 6 - С.653-655.

191. Bolotin D.A. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling / Bolotin D.A., Poslavsky S., Mitrophanov I., Shugay M., Mamedov I.Z., Putintseva E. V., Chudakov D.M. // Nature methods - 2015. - Т. 12 - № 5 - С.380-381.

192. Rodenhuis-Zybert I.A. A Fusion-Loop Antibody Enhances the Infectious Properties of Immature Flavivirus Particles / Rodenhuis-Zybert I.A., Moesker B., Silva Voorham J.M. da, Ende-Metselaar H. van der, Diamond M.S., Wilschut J., Smit J.M. // Journal of Virology - 2011. - Т. 85 - № 22 -С.11800-11808.

193. Mlera L. Development of a model system for tick-borne flavivirus persistence in HEK 293T cells / Mlera L., Offerdahl D.K., Martens C., Porcella S.F., Melik W., Bloom M.E. // mBio - 2015. - Т. 6 -№ 3.

194. Maldov D.G. Tick-borne encephalitis virus interaction with the target cells / Maldov D.G., Karganova G.G., Timofeev A. V. // Archives of virology - 1992. - Т. 127 - № 1-4 - С.321-325.

195. Козловская Л.И.Глюкозаминогликан-связывающие варианты вируса клещевого энцефалита / Л. И. Козловская - Москва, 2010.

196. Fang Y. Short report: Comparative thermostability of west nile, St. Louis encephalitis, and

western equine encephalomyelitis viruses during heat inactivation for serologic diagnostics / Fang Y., Brault A.C., Reisen W.K. // American Journal of Tropical Medicine and Hygiene - 2009. - Т. 80 - № 5 - С.862-863.

197. Ильинских Е.Н.Клещевой энцефалит (Encephalitis acarinarum) / Е. Н. Ильинских, А. В. Лепехин, Л. В. Лукашова, Е. В. Портнягина, Ю. В. Ковширина, Е. В. Замятина, Н. Г. Жукова -Томск, 2015.

198. Cherrier M. V. Structural basis for the preferential recognition of immature flaviviruses by a fusion-loop antibody / Cherrier M. V., Kaufmann B., Nybakken G.E., Lok S.M., Warren J.T., Chen B.R., Nelson C.A., Kostyuchenko V.A., Holdaway H.A., Chipman P.R., Kuhn R.J., Diamond M.S., Rossmann M.G., Fremont D.H. // EMBO Journal - 2009. - Т. 28 - № 20 - С.3269-3276.

199. Chiba N. Pathogenicity of tick-borne encephalitis virus isolated in Hokkaido, Japan in mouse model / Chiba N., Iwasaki T., Mizutani T., Kariwa H., Kurata T., Takashima I. // Vaccine - 1999. - Т. 17 - № 7-8 - С.779-787.

200. Izraelson M. Comparative analysis of murine T-cell receptor repertoires / Izraelson M., Nakonechnaya T.O., Moltedo B., Egorov E.S., Kasatskaya S.A., Putintseva E. V., Mamedov I.Z., Staroverov D.B., Shemiakina I.I., Zakharova M.Y., Davydov A.N., Bolotin D.A., Shugay M., Chudakov D.M., Rudensky A.Y., Britanova O. V. // Immunology - 2018. - Т. 153 - № 2 - С.133-144.

201. Ayala-Nunez N. V. How antibodies alter the cell entry pathway of dengue virus particles in macrophages / Ayala-Nunez N. V., Hoornweg T.E., Pol D.P.I. Van De, Sjollema K.A., Flipse J., Schaar H.M. Van Der, Smit J.M. // Scientific Reports - 2016. - Т. 6 - № January - С.1-15.