Цис- и транс-действующие факторы, контролирующие экспрессию гена SUP35 дрожжей Saccharomyces cerevisiae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Рябинкова, Наталья Анатольевна

• Рябинкова, Наталья Анатольевна
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Рябинкова, Наталья Анатольевна

Введение

Глава 1. (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1 .Белковые комплексы, контролирующие структуру хроматина и транскрипцию генов 1.1. Типы структурной организации хроматина промоторных областей 7 генов дрожжей.

1.2. АТФ-зависимые комплексы реорганизации структуры хроматина 10 (ATP-Dependent Chromatin-Remodeling Complex).

1.2.1 Структура комплексов и характеристика субъедениц.

1.2.2. Характеристика активностей и механимы действия белковых 15 комплексов, осуществляющих перестройку структуры хроматина.

1.2.3. Взаимодействие с промоторами.

1.2.4. Комплексы реорганизации структуры хроматина и клеточный 21 цикл.

1.3 Белковые комплексы, модифицирующие структуру хроматина.

1.3.1 Гистонацетилтрансферазные комплексы дрожжей.

1.3.2. Гистонацетилтрансферазные комплексы человека.

1.3.3 Гистонацетилтрансферазный комплекс МБЬ БгозоркИа.

1.4 Взаимодействие комплексов модификации гистонов и комплексов АТФ-зависимой перестройки хроматина при регуляции экспрессии генов.

1.5 Транскрипционные коактиваторы не влияющие непосредственно 32 на изменение структуры хроматина при активации экспрессии генов. 1.5.1. Факторы, взаимодействующие с ТВР (ТВР associated factors').

1.5.2 Медиатор БЫВ.

1.6. Транскрипционные факторы Яар1, АЬП, 11еЬ1.

1.7 Ген ££/Р35 дрожжей & сегеушяе - его роль в контроле трансляции 41 и других клеточных процессах.

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ. 46 2.1. Штаммы и плазмиды, использованные в работе.

2.2 Среды и условия культивирования.

2.3. Генетические методы.

2.4. Молекулярно-биологические методы.

2.4.1. Сайт-направленный мутагенез.

2.4.2. Определение активности р-галактозидазы.

2.4.3. Непрямое концевое мечение.

2.4.4 Геномный футпринтинг in vivo.

2.5. Статистическая обработка результатов.

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Анализ структурной организации хроматина гена SUP35 методом "непрямого мечения концов".

3.2. Анализ мест ДНК-белкового взаимодействия in vivo в 66 промоторной области гена SUP35.

3.3. Анализ влияния промоторных мутаций на функции гена SUP

3.4 Анализ влияния промоторных мутаций на экспрессию гена SUP

3.5 Оценка количества белка гена SUP35 у промоторных мутантов.

3.6. Оценка влияния мутаций в кодонах АТГ гена SUP35 дикого типа 83 и аллели .sm/?35-ДАВИ на жизнеспособность дрожжей.

3.7. Изучение влияния компонентов комплексов SWI/SNF и SAGA на экспрессию гена SUP35.

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Цис- и транс-действующие факторы, контролирующие экспрессию гена SUP35 дрожжей Saccharomyces cerevisiae»

Обзор литературы. ВВЕДЕНИЕ. Хорошо известно, что регуляция эукариотических геиов осуществляется на нескольких уровнях: транскринционном, трансляционном и носттрансляционном. Первый из них транскрииционный, часто является онределяющим. На этом уровне в регуляцию вовлекаются многочисленные белковые факторы, взаимодействующие с регуляторными элементами ДНК. Характерным для эукариотического генома является наличие нуклеосомного и более высоких структурных уровней организации хроматина. Регуляторные изменения нрежде всего выражаются в деконденсации генетического материала, которая сонровождается модификацией гистонов, удалением нуклеосом и формированием участков с новышенной чувствительностью к разным агентам. В последние годы у эукариот обнаружены консервативные белковые комплексы, работа которых облегчает взаимодействие транскринционных факторов с ДНК. Это комплексы, осуществляющие модификацию гистонов (ацетилирование и деацетилирование), и комплексы АТФ-зависимого изменения структуры хроматина. Механизмы регуляции экснрессии генов, осуществляемые транскрипциопными активаторами, комплексами модификации гистонов и/или комплексами АТФ-зависимой перестройки структуры хоматина, являются нредметом активного изучения. Показано неносредственное взаимодействие ДНК-связывающих транскрипционных активаторов комнлексов с комнонентами комнлексов модифицикации гистонов и АТФ-зависимой нерестройки хроматина. При изучении экспрессии ряда гепов выявлепо, в одних случаях, участие и комплексов модификации гистонов, и комнлексов АТФ-зависимой перестройки хроматина; в других участие только одного из этих типов комплексов. В настоящее время механизмы действия этих комнлексов и входящих в их состав коактиваторов изучены лищь для небольшого числа генов. Регуляция транскринции генов, кодирующих компоненты аппарата трансляции, изучена недостаточно. Хорошо изучена транскрипция генов, кодирующих белки рибосомы. Данные о регуляции транскринции генов, кодирующих факторы элонгации и терминации нами был трансляции выбран ген практически SUP35 отсутствуют. S. Для исследования дрожжей cerevisiae, кодирующий эволюционно консервативный у эукариот фактор терминации трансляции eRF3. Помимо основной функции терминации трансляции, Sup35 участвует в контроле клеточного цикла. Для белка Sup35 показана способность переходить в прионпую форму. Предметом наших исследований стал анализ структуры хроматина 5регуляторной области гена для SUP35, идентификация с регуляторных последовательностей взаимодействия транскрипциоппыми в случае промоторных на эффектив1юсть активаторами, оцепка уровня экспрессии SUP35 мутаций и влияние изменения экснрессии SUP35 терминации трансляции и на другие функции продукта этого гена. В работе было оценено участие трапскринционных коактиваторов, входящих в состав комплекса ацетилирования гистонов или комнлекса АТФ-зависимой перестройки хроматина, в контроле экспрессии SUP35.Белковые комплексы, контролирующие структуру хроматина и транскрипцию генов. 1.1. Тины структурной организации хроматина нромоторных областей генов дрожжей. Принципы организации структуры хроматина привлекают внимание ученых с давних пор. К настоящему времени охарактеризована структура 5регуляторных областей для большого числа генов дрожжей, контролирующих в клетке различные процессы. Несмотря на различия в нрограммах активации транскрипции различпых генов, на сегодняшний день можно выделить общие этапы инициации транскрипции. затем Сначала сборка происходит связывание транскрипционного активатора, транскринционных коактиваторов и комплекса преипициации транскрипции. В случае если ТАТА бокс или другие регуляторные элементы находятся в составе нуклеосомы, создаются препятствия для взаимодействия транскрипционных факторов со своими сайтами узнавания. Структуру хроматина промоторных областей изученных генов можно

Заключение диссертации по теме «Генетика», Рябинкова, Наталья Анатольевна

выводы.

1. Картированы два сайта гиперчувствителыюсти к ДНКазе I и микрококковой нуклеазе в промоторной области гена SUP35, и район, занятый нуклеосомами, в кодирующей части гена SUP35.

2. Анализ нуклеотидной последовательности гена SUP35 подтвердил наличие консенсус-последовательностей для связывания регуляторных белков Gcn4, Rebl (В сайт) и Abfl в промоторе гена SUP35. Дополнительно нами обнаружены консенсус-последовательности для связывания белка Mbpl и два сайта для связывания белка Rebl (сайты А и С).

3. Экспериментально подтверждено наличие сайтов связывания для белков Mbpl, Rebl (сайты А и В) и Abfl в промоторной области гена SUP35.

4. Показано влияние мутаций сайтов связывания регуляторных белков Abfl и Rebl на экспрессию гена SUP35 и на эффективность терминации трансляции.

5. Показано влияние компонентов транскрипционных комплексов SAGA (белки Gcn5, Spt20) и SWI/SNF (белок Snf2) на экспрессию гена SUP35.

6. Инактивация триплета АТП гена SUP35 летальна. Мутации триплетов АТГ]24 и АТГ254 к летальности не приводят.

БЛАГОДАРНОСТИ.

В заключение хочется поблагодарить моих коллег за внимание, помощь и поддержку при выполнении работы. Я благодарю профессора, руководителя лаборатории физиологической генетики Санкт-Петербургского государственного университета Сергея Георгиевича Инге-Вечтомова за внимание к моим научным интересам. Степченкову Елену Игоревну, Борхсениуса Андрея Сергеевича, Шумегу Андрея Романовича и Рубеля Александра Анатольевича за помощь при оформлении работы и участии в проведении отдельных экспериментов.

Заключение.

В регуляторной области гена SUP35 картированы два участка гиперчувствительности к ДНКазе I и микрококковой нуклеазе и район, занятый нуклеосомами. При геномном футпринтинге in vivo были выявлены сайты для связывания регуляторных белков Mbpl, Abfl и Rebl. Наличие трех сайтов связывания для белка Rebl и сайта связывания Abfl могут свидетельствовать о сложном механизме регуляции транскрипции гена SUP35. Изменение количества РНК гена SUP35 при делеции сайта для связывания Abfl приводит к уменьшению количества белка Sup35 и нарушению терминации трансляции, что выражается в супрессии нонсенс мутаций. Плейотропиых проявлений промоторных мутаций обнаружено не было. Делеции сайтов связывания белков Mbpl, Gcn4, Rebl(A) не имела какого либо фенотипического проявления. Нами показано, что мутаций в триплетах АТГ124 и АТГ254 гена SUP35 и совместные мутации АТГ124 и sup35-AKBV\ или АТГ254 и sup35-AP&F\ к летальности не приводят. Мутация кодона АТГ1 - стартового кодона для трансляции - приводит к летальности клеток дрожжей. Обнаружено уменьшение уровня экспрессии гена SUP35 на фоне делеций генов, кодирующих основные субъединицы комплексов SAGA и SWI/SNF, что указывает на участие этих комплексов в регуляции транскрипции гена SUP35.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Рябинкова, Наталья Анатольевна, 2006 год

1. Глотов Н.В., Животовский H.A., Хованов Н.В., Хромов-Борисов H.H. (1982). Биометрия. JL: Изд-во ЛГУ. 264 с. ® 2. Инге-Вечтомов С.Г. (1964). Реверсии к прототрофности у дрожжей,нуждающихся в аденине. Вест. ЛГУ: Сер. Биол. 2: 112-116.

2. Волков К.В., Куришко К., Инге-Вечтомов С.Г., Миронова Л.Н. (2000).

3. Полиморфизм гена SUP35 и его продукта у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Генетика. 35: 1-4.

4. Инге-Вечтомов С.Г., Л.Н. Миронова, М.Д. Тер-Аванесян. Неоднозначность трансляции: версия эукариот? (1994) Генетика, Т.30,1. С.1022-1035.

5. Инге-Вечтомов С. Г. (1971). Идентификация некоторых групп сцепления у Петергофских генетических линий дрожжей. Генетика. 7: 113-124.

6. Инге-Вечтомов С.Г. и Андрианова В.М. (1988) Каталог (указатель) Петергофской генетической коллекции дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Л., Изд-во ЛГУ. 53 с.

7. Захаров И.А., Кожина Т.Н., Кожин С.А., Федорова И.В. (1984). Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов. Л.: Наука. 144 с.

8. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. ® Методы генетической инженерии. Пер. с англ. Мир. -1984.

9. Миронова Л.Н. Генетический и эпигенетический контроль считывания стоп-кодонов у дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Автореферат докт. дисс., Санкт-Петербург, 2002.

10. Ю.Телков М.В., Сургучев А.П., Дагкесаманская А.Р., Тер-Аванесян М.Д. (1986). Выделение фрагмента ДНК, содержащего ген SUP35. Генетика. 22: 17-25.

11. П.Чернов Ю.О., Деркач И.Л., Дагкесаманская А.Р., Тихомирова В.Л., Тер-Аванееян М.Д., Инге-Вечтомов С.Г. (1988). Нонсенс-супрессия при амплификации гена, кодирующего белковый фактор трансляции // Докл. АН СССР. 301: 1227-1229.

12. Тиходеев О.Н., Гетманова Е.В., Тихомирова В.Л., Инге-Вечтомов С.Г. (1990). Неоднозначность трансляции у дрожжей: генетический контроль и модификации (В сб.: Молекулярные механизмы генетических процессов). М.: Наука. 218-228.

13. Apone LM, Virbasius CM, Reese JC, Green MR.Yeast TAF(II)90 is required for cell-cycle progression through G2/M but not for general transcription activation. Genes Dev. 1996 Sep 15;10(18):2368-80.

14. Ausubel F, R. Brent, R. Kingstone, D. Moore, J. Seidman J. Smith, K. Struhl Current protocol in molecular biology, 1989, Publisched by Greene Publishing Associates and Wiley-Interscience 13.6.1-13.6.4).

15. Bean J., Siggia E and Cross F1 High Functional Overlap Between Mlul Cell-Cycle Box Binding Factor and Swi4/6 Cell-Cycle Box Binding Factor in the Gl/S Transcriptional Program in Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 2005 171:49-61

16. Belotserkovskaya R, Berger SLInterplay between chromatin modifying and remodeling complexes in transcriptional regulation. Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 1999;9(3-4):221-30.

17. Belotserkovskaya R, Sterner DE, Deng M, Sayre MH, Lieberman PM, Berger SL.Inhibition of TATA-binding protein function by SAGA subunits Spt3 and Spt8 at Gcn4-activated promoters. Mol Cell Biol. 2000 Jan;20(2):634-47.

18. Biggar SR, Crabtree GR.Continuous and widespread roles for the Swi-Snf complex in transcription. EMBO J. 1999 Apr 15;18(8):2254-64.

19. Bjorklund S, Kim YJ.Mediator of transcriptional regulation. Trends Biochem Sci. 1996 Sep;21(9):335-7.

20. Borchsenius A. S., A. A. Tchourikova and S. G. Inge-Vechtomov. Recessive mutations in SUP35 and SUP45 genes coding for translation release factors affect chromosome stability in Saccharomyces cerevisicie (2000) Curr Genet, V.37, P.285-91.

21. Bradley M. E., S. Bagriantsev, N. Vishveshwara and S. W. Liebman. Guanidine reduces stop codon read-through caused by missense mutations in SUP35 or SUP45 (2003) Yeast, V.20, P.625-32.

22. Breeden L, Nasmyth K. Cell cycle control of the yeast HO gene: cis- and transacting regulators. Cell. 1987 Feb 13;48(3):389-97.

23. Brownell JE, Allis CD.Special HATs for special occasions: linking histone acetylation to chromatin assembly and gene activation. Curr Opin Genet Dev. 1996 Apr;6(2): 176-84. Review.

24. Burns, L. and C.L. Peterson. 1997. Protein complexes for remodeling chromatin. Biochem. Biophys. Acta 1350: 159-168.

25. Cairns BR, Kim YJ, Sayre MH, Laurent BC, Kornberg RD. A multisubunit complex containing the SWI1/ADR6, SWI2/SNF2, SWI3, SNF5, and SNF6 gene products isolated from yeast. Proc Natl Acad Sci USA. 1994 Mar 1 ;91(5):1950-1954.

26. Cairns BR, Lorch Y, Li Y, Zhang M, Lacomis L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Du J, Laurent B, Kornberg RD. RSC, an essential, abundant chromatin-remodeling complex. Cell. 1996 Dec 27;87(7): 1249-60.

27. Cao Y, Cairns BR, Kornberg RD, Laurent BC. Sfhlp, a component of a novel chromatin-remodeling complex, is required for cell cycle progression. Mol Cell Biol. 1997 Jun;17(6):3323-34.

28. Chernoff Y.O., Derkach I.L., Inge-Vechtomov S.G. (1993) Multi-copy SUP35 gene induses de-novo appearance of psi-like factors in yeast Saccharomyces cerevisiae. Curr. Genet. 34: 268-270.

29. Clarke AS, Lowell JE, Jacobson SJ, Pillus L.Esalp is an essential histone acetyltransferase required for cell cycle progression. Mol Cell Biol. 1999 Apr; 19(4):2515-26.

30. Cosma, M.P., T. Tanaka, and K. Nasmyth. 1999. Ordered recruitment of transcription and chromatin re-modeling factors to a cell cycle and developmentally regulated promoter. Cell 978: 299-311.

31. Cosson B., A. Couturier, R. Le Guellec, J. Moreau, S. Chabelskaya, G. Zhouravleva and M. Philippe. Characterization of the poly(A) binding proteins expressed during oogenesis and early development of Xenopus laevis (2002c) Biol Cell, V.94, P.217-31.

32. Cote J, Peterson CL, Workman JL.Perturbation of nucleosome core structure by the SWI/SNF complex persists after its detachment, enhancing subsequent transcription factor binding. Proc Natl Acad Sci USA. 1998 Apr 28;95(9):4947-52.

33. Cote J, Quinn J, Workman JL, Peterson CL.Stimulation of GAL4 derivative binding to nucleosomal DNA by the yeast SWI/SNF complex. Science. 1994 Jul l;265(5168):53-60.

34. Cox B.S. (1965). y, cytoplasmic suppressor of super-suppressor in yeast. Heredity. 20: 505-521.

35. Czaplinski K., N. Majlesi, T. Baneijee and S. W. Peltz. Mttl is a Upfl-likehelicase that interacts with the translation termination factors and whose overexpression can modulate termination efficiency. 2000. RNA, V.6, P.730-43.

36. Dagkessamanskaya A. R., Ter-Avanesian, M. D., Mager W.H. Transcriptional regulation of SUP35 and SUP45 in Saccharomyces cerevisiae.\991. Yeast, V.13, P.1265-12745.

37. O 41.Davis DR, Stillman DJ. Altered structure of the DNA duplex recognized byyeast transcription factor Reblp. Nucleic Acids Res. 1997 Feb l;25(3):668-74.

38. Derkatch I.L., Chernov Y.O., Kushnirov V.V., Inge-Vechtomov S.G., Liebman S.W. (1996). Genesis and variability of PSI. prion factors in Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 144: 1375-1383.

39. Dhasarathy A. and M. P. Kladde. Promoter Occupancy Is a Major Determinant of Chromatin Remodeling Enzyme Requirements. MCB, 2005, p. 2698-2707 Vol. 25, No. 7/

40. Dimova D, Nackerdien Z, Furgeson S, Eguchi S, Osley MA. A role for transcriptional repressors in targeting the yeast Swi/Snf complex. Mol Cell.1999 Jul;4(l):75-83.

41. Dudley AM, Rougeulle C, Winston F. The Spt components of SAGA facilitate TBP binding to a promoter at a post-activator-binding step in vivo. Genes Dev. 1999 Nov 15;13(22):2940-5.

42. Dunaief JL, Strober BE, Guha S, Khavari PA, Alin K, Luban J, Begemann M, Crabtree GR, Goff SP. The retinoblastoma protein and BRG1 form a complex and cooperate to induce cell cycle arrest. Cell. 1994 Oct 7;79(1):119-30.

43. Eberharter A, Sterner DE, Schieltz D, Hassan A, Yates JR 3rd, Berger SL, Workman JL. The ADA complex is a distinct histone acetyltransferase complex in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1999 0ct;19(10):6621-31.

44. Elfring LK, Deuring R, McCallum CM, Peterson CL, Tamkun JW.1.entification and characterization of Drosophila relatives of the yeasttranscriptional activator SNF2/SWI2. Mol Cell Biol. 1994 Apr;14(4):2225-34.

45. Fascher K.D., Schmitz J., Horz W. Role of transactivating proteins in the generation of active chromatin at the PH05 promoter in S.cervisiae 1990.1. EMBO J. v.9. P.2523-2528.

46. Fedor MJ, Lue NF, Kornberg RDStatistical positioning of nucleosomes by specific protein-binding to an upstream activating sequence in yeast. J Mol Biol. 1988 Nov 5;204(1): 109-27.

47. Flanagan PM, Kelleher RJ 3rd, Sayre MH, Tschochner H, Kornberg RD.mediator required for activation of RNA polymerase II transcription in vitro. Nature. 1991 Apr 4;350(6317):436-8.

48. Gailus-Durner V, Xie J, Chintamaneni C, Vershon AK.Participation of the yeast activator Abfl in meiosis-specific expression of the HOP1 gene. Mol Cell

49. Biol. 1996 Jun;16(6):2777-86.

50. Gaudreau L, Schmid A, Blaschke D, Ptashne M, Horz WRNA polymerase II holoenzyme recruitment is sufficient to remodel chromatin at the yeast PH05 promoter. Cell. 1997 Apr 4;89(l):55-62.

51. Georgakopoulos T. Thireos G Two distinct yeast transcriptional activators require the function of the GCN5 protein to promote normal levels of transcription. EMBO J. 1992 Nov;ll(ll):4145-52.

52. Georgel PT, Tsukiyama T, Wu C. Role of histone tails in nucleosome remodeling by Drosophila NURF. EMBO J. 1997 Aug l;16(15):4717-26.

53. Grant PA, Schieltz D, Pray-Grant MG, Steger DJ, Reese JC, Yates JR 3rd, Workman JL. A subset of TAF(II)s are integral components of the SAGA complex required for nucleosome acetylation and transcriptional stimulation. Cell. 1998 Jul 10;94(l):45-53 (a).

54. Grant PA, Schieltz D, Pray-Grant MG, Yates JR 3rd, Workman JL.The ATM-related cofactor Tral is a component of the purified SAGA complex. Mol Cell. 1998 Dec;2(6):863-7 (6).

55. Grant PA, Sterner DE, Duggan LJ, Workman JL, Berger SL. The SAGA unfolds: convergence of transcription regulators in chromatin-modifying complexes. Trends Cell Biol. 1998 May;8(5): 193-7. Review (b).

56. Gregory PD, Schmid A, Zavari M, Lui L, Berger SL, Horz W.Absence of Gcn5 HAT activity defines a novel state in the opening of chromatin at the PH05 promoter in yeast. Mol Cell. 1998 Mar;l(4):495-505.

57. Guyon, J.R., G.J. Narlikar, S. Sif, and R.E. Kingston. 1999. Stable remodeling of tailless nucleosomes by the human SWI-SNF complex. Mol. Cell. Biol. 19: 2088-2097.

58. Hampsey M. Molecular genetics of the RNA polymerase II general ® transcriptional machinery. Microbiol Mol Biol Rev. 1998 Jun;62(2):465-503

59. Hardy CF, Sussel L, Shore D.A RAP 1-interacting protein involved in transcriptional silencing and telomere length regulation. Genes Dev. 1992 May;6(5):801-14.

60. Henry, N. L., A. M. Campbell, W. J. Feaver, D. Poon, P. A. Weil, and R. D. Kornberg. 1994. TFIIF-TAF-RNA polymerase II connection. Genes Dev. 8:2868-2878.

61. Holstege, F.C., E.G. Jennings, J.J. Wyrick, T.I. Lee, C.J. Hengartner, M.R. Green, T.R. Golub, E.S. Lander, and R.A. Young. 1998. Dissecting the regulatory circuitry of a eukaryotic genome. Cell 95: 717-728.

62. Hoshino S., Imai M., Kobayashi T., Uchida N., Katada T. The eukaryotic polypeptide chain Releasing factor (eRF3/GSPT) carrying the translation signal to the 3'-poly(A) tail of mRNA (1999) The Journal of Biological Chemistry, V.274, P.16677-16680.

63. Hu YF, Hao ZL, Li R. Chromatin remodeling and activation of chromosomal DNA replication by an acidic transcriptional activation domain from BRCA1. Genes Dev. 1999 Mar 15;13(6):637-42.

64. Huibregtse JM, Engelke DR.Direct sequence and footprint analysis of yeast

65. DNA by primer extension. Methods Enzymol. 1991;194:550-62.

66. Inoue H, Nojima H, Okayama H. High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids. Gene. 1990 Nov 30;96(l):23-8.

67. Iyer V, Struhl K. Mechanism of differential utilization of the his3 TR and TC TATA elements. Mol Cell Biol. 1995 Dec;15(12):7059-66.

68. Jimenez JL, Nettleton EJ, Bouchard M, Robinson CV, Dobson CM, Saibil HR.

69. The protofilament structure of insulin amyloid fibrils. Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Jul 9;99(14):9196-201. Epub 2002 Jul 1.

70. Kelleher RJ, Flanagan PM, Kornberg RD A novel mediator between activator proteins and the RNA polymerase II transcription apparatus. Cell. 1990 Jun 29;61(7): 1209-15.

71. Khavari PA, Peterson CL, Tamkun JW, Mendel DB, Crabtree GR. BRG1 contains a conserved domain of the SWI2/SNF2 family necessary for normalmitotic growth and transcription. Nature. 1993 Nov 11;366(6451): 170-4.

72. Kikuchi Y., Shimatake H., Kikuchi A. (1988). A yeast gene recuired for Gl-to-S transition encodes a protein containing an A-kinase target site and GTP-ase domain. EMBO J. 7: 1175-1182.

73. Kim YJ, Bjorklund S, Li Y, Sayre MH, Kornberg RD. .A multiprotein mediator of transcriptional activation and its interaction with the C-terminal repeat domain of RNA polymerase II. Cell. 1994 May 20;77(4):599-608.

74. Kingston R. and Geeta J. Narlikar ATP-dependent remodeling and acetylation as regulatorsof chromatin fluidity 1999. Genes & Development 13:2339—9 2352.1999

75. Krebs J.E., M.H. Kuo, C.D. Allis, and C.L. Peterson. 1999. Cell cycle-regulated histone acetylation required for expression of the yeast HO gene. Genes & Dev. 13: 1412-1421.

76. Krebs, J. E., C. J. Fry, M. L. Samuels, and C. L. Peterson. 2000. Global role for chromatin remodeling enzymes in mitotic gene expression. Cell 102:587-598.

77. Kruger W, Peterson CL, Sil A, Coburn C, Arents G, Moudrianakis EN, Herskowitz I. Amino acid substitutions in the structured domains of histones

78. H3 and H4 partially relieve the requirement of the yeast SWI/SNF complex for transcription. Genes Dev. 1995 Nov 15;9(22):2770-9.

79. Kundu TK, Wang Z, Roeder RG.Human TFIIIC relieves chromatin-mediated repression of RNA polymerase III transcription and contains an intrinsic histone• acetyltransferase activity. Mol Cell Biol. 1999 Feb;19(2):1605-15.

80. Kuo MH, Zhou J, Jambeck P, Churchill ME, Allis CD.Histone acetyltransferase activity of yeast Gcn5p is required for the activation of target genes in vivo. Genes Dev. 1998 Mar l;12(5):627-39.

81. Kushnirov V. V., M. D. Ter-Avanesyan, M. V. Telckov, A. P. Surguchov, V. N. Smirnov and S. G. Inge-Vechtomov. Nucleotide sequence of the SUP2 (SUP35) gene of Saccharomyces cerevisiae (1988) Gene, V.66, P.45-54.

82. Kushnirov V.V., Ter-Avanesyan M.D., Surguchov A.P., Smirnov V.N., Inge

83. Vechtomov S.G. (1987). Localization of possible functional domains in SUP2 gene product of yeast Saccharomyces cerevisiae. FEBS Lett. 215: 257-260.

84. Lascaris RF, Groot E, Hoen PB, Mager WH, Planta RJ. Different roles for abflp and a T-rich promoter element in nucleosome organization of the yeast RPS28A gene. Nucleic Acids Res. 2000 Mar 15;28(6): 1390-6.

85. Laurenson P, Rine J.Silencers, silencing, and heritable transcriptional states. Microbiol Rev. 1992 Dec;56(4):543-60.

86. Lee, M., and K. Struhl. 1997. A severly defective TATA-binding protein-TFIIB interaction does not preclude transcriptional activation in vivo. Mol. Cell. Biol.• 17:1336-1345.

87. Liebman S.W. and Sherman F. (1979). Extrachromosomal PSI+. determinant suppresses nonsense mutations in yeast. J.Bacteriol. 139: 1068-1071.

88. Lohr D. Isolation of yest nuclei and chromatin for studies of transcription related processes. Yeast apractical approch. Acad. Press. 1988. 4.P. 125-143.

89. Lorch, Y., M. Zhang, and R.D. Kornberg. 1999. Histone octamer transfer by a chromatin-remodeling complex. Cell 96: 389-392.

90. Lucchesi JC. Dosage compensation in flies and worms: the ups and downs of X-chromosome regulation. Curr Opin Genet Dev. 1998 Apr;8(2): 179-84. Review.

91. Marcus GA, Horiuchi J, Silverman N, Guarente L.ADA5/SPT20 links the ADA and SPT genes, which are involved in yeast transcription. Mol Cell Biol. 1996 Jun;16(6):3197-205.

92. Martinez E, Kundu TK, Fu J, Roeder RG.A human SPT3-TAFII31-GCN5-L acetylase complex distinct from transcription factor IID. J Biol Chem. 1998 Sep 11;273(37):23781-5. Erratum in: J Biol Chem 1998 Oct 16;273(42):27755.

93. Martinez-Garsia J.F., Estruch F., J.E. Perz-Ortin Chromatin structure of the 5'flanking region of the yeast LEU2 genes. 1989. MGG. 217:464-470.

94. McIntosh EM, Ord RW, Storms RK. Transcriptional regulation of the cell cycle-dependent thymidylate synthase gene of Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1988 Nov;8(ll):4616-24.

95. McLean M, Hubberstey AV, Bouman DJ, Pece N, Mastrangelo P, Wildeman AG. Organization of the Saccharomyces cerevisiae actin gene UAS: functional significance of reiterated REB1 binding sites and AT-rich elements. Mol Microbiol. 1995 Nov;18(4):605-14.

96. McMahon SB, Van Buskirk HA, Dugan KA, Copeland TD, Cole MD.The novel ATM-related protein TRRAP is an essential cofactor for the c-Myc and E2F oncoproteins. Cell. 1998 Aug 7;94(3):363-74.

97. Meller VH.Dosage compensation: making IX equal 2X. Trends Cell Biol. 2000 Feb;10(2):54-9. Review.

98. Miyake, T., C. M. Loch, and R. Li. 2002. Identification of a multifunctional domain in autonomously replicating sequence-binding factor 1 required for transcriptional activation, DNA replication, and gene silencing. Mol. Cell. Biol. 22:505-516.

99. Mizzen CA, Yang XJ, Kokubo T, Brownell JE, Bannister AJ, Owen-Hughes T, Workman J, Wang L, Berger SL, Kouzarides T, Nakatani Y, Allis

100. CD.The TAF(II)250 subunit of TFIID has histone acetyltransferase activity. Cell. 1996 Dec 27;87(7): 1261-70.

101. Moqtaderi, Z., Y. Bai, D. Poon, P. A. Weil, and K. Struhl. 1996. TBP associated factors are not generally required for transcriptional activation in• yeast. Nature 383:188-191.

102. Moreira JM, Holmberg S.Transcriptional repression of the yeast CHA1 gene requires the chromatin-remodeling complex RSC. EMBO J. 1999 May 17;18(10):2836-44.

103. Moreira JM, Holmberg S.Transcriptional repression of the yeast CHA1 gene requires the chromatin-remodeling complex RSC. EMBO J. 1999 May 17;18(10):2836-44.

104. Morrow BE, Ju Q, Warner JR.A bipartite DNA-binding domain in yeast

105. Reblp. Mol Cell Biol. 1993 Feb; 13(2): 1173-82.

106. Morse RH.RAP, RAP, open up! New wrinkles for RAP1 in yeast.Trends Genet. 2000 Feb;16(2):51-3. Review.

107. Moskalenko S. E., S. V. Chabelskaya, S. G. Inge-Vechtomov, M. Philippe and G. A. Zhouravleva. Viable nonsense mutants for the essential gene SUP45 of Saccharomyces cerevisiae (2003) BMC Mol Biol, V.4, P.2.

108. Murphy DJ, Hardy S, Engel DA.Human SWI-SNF component BRG1 represses transcription of the c-fos gene.Mol Cell Biol. 1999 Apr;19(4):2724-33.

109. Myers, L.C., C.M. Gustafsson, D.A. Bushnell, M. Lui, H. Erdjument

110. Bromage, P. Tempst, and R.D. Kornberg. 1998. The Med proteins of yeast and their function through the RNA polymerase II carboxy-terminal domain. Genes & Devi 2: 45-54.

111. Natarajan K, Jackson BM, Zhou H, Winston F, Hinnebusch AG. Transcriptional activation by Gcn4p involves independent interactions with the SWI/SNF complex and the SRB/mediator. Mol Cell. 1999 Oct;4(4):657-64.

112. Natarajan K., Meyer M., Jeckson B., Slade D., Roberts C., Hinnebusch A., Marton J. Transcription profiling Shows that Gcn4p is a master Regulator of gene expression during amino acid starvation in Yeast. 2001. MCB, July, p. 4347-4368.

113. Nedospasov SA, Georgiev GP. Non-random cleavage of SV40 DNA in the compact minichromosome and free in solution by micrococcal nuclease.Biochem Biophys Res Commun. 1980 Jan 29;92(2):532-9.

114. Neef, D. W., and M. P. Kladde. 2003. Polyphosphate loss promotes SNF/ SWI- and Gcn5-dependent mitotic induction of PH05. Mol. Cell. Biol. 23:3788-3797.

115. Neely KE, Hassan AH, Wallberg AE, Steger DJ, Cairns BR, Wright AP, Workman JL. Activation domain-mediated targeting of the SWI/SNF complex to promoters stimulates transcription from nucleosome arrays. Mol Cell. 1999 Oct;4(4):649-55.

116. Neigebom L, Carlson M. Genes affecting the regulation of SUC2 gene expression by glucose repression in Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 1984 Dec;108(4):845-58.

117. Newnam G. P., Wegrzyn R. D., Lindquist S. L., Chernoff, Y. O. (1999). Antagonistic interactions between yeast chaperones Hspl04 and Hsp70 in prion curing. Mol. Cell. Biol. 19: 1325-1333.

118. Nonet ML, Young RA. Intragenic and extragenic suppressors of mutations in the heptapeptide repeat domain of Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II. Genetics. 1989 Dec; 123(4):715-24.

119. Nouranil A, Utley R, Allard S and Co"te J. Recruitment of the NuA4 complex poises the PH05 promoter for chromatin remodeling and activation.The EMBO Journal (2004) 23, 2597-2607.

120. Ogryzko VV, Kotani T, Zhang X, Schiltz RL, Howard T, Yang XJ, Howard BH, Qin J, Nakatani Y.Histone-like TAFs within the PCAF histone acetylase complex. Cell. 1998 Jul 10;94(l):35-44.

121. Ozsarac N, Straffon MJ, Dal ton HE, Dawes IW Regulation of gene expression during meiosis in Saccharomyces cerevisiae: SPR3 is controlled by both ABFI and a new sporulation control element. Mol Cell Biol. 1997 Mar; 17(3): 1152-9.

122. Packham EA, Graham IR, Chambers A The multifunctional transcription factors Abflp, Raplp and Reblp are required for full transcriptional activation of the chromosomal PGK gene in Saccharomyces cerevisiae. Mol Gen Genet. 1996 Feb 25;250(3):348-56

123. Paranjape SM, Kamakaka RT, Kadonaga JT. Role of chromatin structure in the regulation of transcription by RNA polymerase II. Annu Rev Biochem. 1994;63:265-97. Review.

124. Patino M.M., J.J. Liu, J.R. Glover, S. Lindquist. Support for the prion hypothesis for inheritance of a phenotypic trait in yeast. 1996 Science, V.273. P.622-626.

125. Paushkin S. V.,. Kushnirov, V. N. Smirnov and M. D. Ter-Avanesyan. Interaction between yeast Sup45p (eRFl) and Sup35p (eRF3) polypeptide chain release factors: implications for prion-dependent regulation (1997) Mol Cell Biol, V.17, P.2798-805.

126. Peterson C.L.Multiple Switches to turn on chromatin? Curr Opin Genet Dev. 1996 Apr;6(2): 171-5. Review.

127. Peterson CL, Herskowitz I. Characterization of the yeast SWI1, SWI2, and SWI3 genes, which encode a global activator of transcription. Cell. 1992 Feb 7;68(3):573-83. PetersonC.L/, and I. Herskowitz 1992. Cell 68:573-583.

128. Planta RJ, Goncalves PM, Mager WH. Global regulators of ribosome biosynthesis in yeast. Biochem Cell Biol. 1995 Nov-Dec;73(l l-12):825-34. Review

129. Planta RJ. Regulation of ribosome synthesis in yeast. Yeast. 1997 Dec;13(16): 1505-18. Review.

130. Pollard KJ, Peterson CL.Role for ADA/GCN5 products in antagonizing chromatin-mediated transcriptional repression. Mol Cell Biol. 1997 Nov; 17 (11):6212-22.

131. Raithatha S and Stuart D.Meiosis-Specific Regulation of the Saccharomyces cerevisiae S-Phase Cyclin CLB5 Is Dependent on Mlul Cell Cycle Box (MCB) Elements in Its Promoter but Is Independent of MCB-Binding Factor Activity Genetics 2005 169: 1329-1342.

132. Recht J. and Oasley M.A. Mutations in both the structured domain and N-terminus of histone H2B bypass the requirement for Swi-Snf in yeast.EMBO J. 1999 Jan 4;18(l):229-40.

133. Reid JL, Iyer VR, Brown PO, Struhl K. Coordinate regulation of yeast ribosomal protein genes is associated with targeted recruitment of Esal histone acetylase. Mol Cell. 2000 Dec;6(6): 1297-307.

134. Remacle JE, Holmberg S.A REB1-binding site is required for GCN4-independent ILV1 basal level transcription and can be functionally replaced by an ABF1-binding site. Mol Cell Biol. 1992 Dec;12(12):5516-26.

135. Roberts SM, Winston F. Essential functional interactions of SAGA, a Saccharomyces cerevisiae complex of Spt, Ada, and Gcn5 proteins, with the Snf/Swi and Srb/mediator complexes. Genetics. 1997 Oct; 147(2):451-65

136. Roberts SM, Winston F. SPT20/ADA5 encodes a novel protein functionally related to the TATA-binding protein and important for transcription in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1996 Jun; 16(6):3206-13.

137. Rose M.D., Winston F., Hieter P. (1990). Methods in yeast genetics. NY: CSHL Press. 198p.

138. Sakurai H, Ohishi T, Fukasawa T. Core promoter elements are essential as selective determinants for function of the yeast transcription factor GAL11. FEBS Lett. 1996 Nov 25; 398(1): 113-9.

139. Saleh A, Schieltz D, Ting N, McMahon SB, Litchfield DW, Yates JR 3rd, Lees-Miller SP, Cole MD, Brandl CJ. Tralp is a component of the yeast Ada.Spt transcriptional regulatory complexes. J Biol Chem. 1998 Oct 9;273(41):26559-65.

140. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. (1989). Molecular cloning. NY: Cold Spring Harbor Laboratory press. 3 V.

141. Samsonova M.G. and Inge-Vechtomov S.G. (1994). Sup2 proteins: the relation to elongation factors EF-Tu (EF-la) and the role of N-terminal extention. J. Gen. Res. 1: 279-295.

142. Schmidt M.E., Brown T.A., Trumpower B.L. (1990). A rapid and simple method for preparation of RNA from Saccharomyces cerevisiae. Nucl. Acids Res. 18: 3091-3092.

143. Scott EW, Baker HV.Concerted action of the transcriptional activators REB1, RAP1, and GCR1 in the high-level expression of the glycolytic gene TPI. Mol Cell Biol. 1993 Jan;13(l):543-50.

144. Shanahan F, Seghezzi W, Parry D, Mahony D, Lees E. Cyclin E associates with BAF155 and BRG1, components of the mammalian SWI-SNF complex, and alters the ability of BRG1 to induce growth arrest.Mol Cell Biol. 1999 Feb; 19(2): 1460-9.

145. Shen, W.C. and M.R. Green. 1997. Yeast TAF(II)145 functions as a core promoter selectivity factor, not a general coactivator. Cell 90: 615-624.

146. Shore D RAP1: a protean regulator in yeast. Trends Genet. 1994 Nov; 10(11):408-12. Review.

147. Sif S, Stukenberg PT, Kirschner MW, Kingston RE. Mitotic inactivation of a human SWI/SNF chromatin remodeling complex. Genes Dev. 1998 Sep 15; 12(18):2842-51.

148. Silve S, Rhode PR, Coll B, Campbell J, Poyton RO.ABF1 is a phosphoprotein and plays a role in carbon source control of COX6 transcription in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1992 Sep; 12(9):4197-208.

149. Stansfield I., L. Eurwilaichitr, Akhmaloka and M. F. Tuite. Depletion in the levels of the release factor eRFl causes a reduction in the efficiency of translation termination in yeast (1996) Mol Microbiol, V.20, P.l 135-43.

150. Steger D. J., Workman J. L. Remodeling chromatin structures for transcription: what happens to the histons? 1996. BioEssays 18:875-884.

151. Stern M, Jensen R, Herskowitz I. Five SWI genes are required for expression of the HO gene in yeast. J Mol Biol. 1984 Oct 5; .178(4):853-68.

152. Sterner DE, Berger SL. Acetylation of histones and transcription-related factors. Microbiol Mol Biol Rev. 2000 Jun; 64(2):435-59. Review.

153. Surguchov A.P., Smirnov V.N., Ter-Avanesyan M.D., Inge-Vechtomov S.G. (1984). Ribosomal suppression in eukaryotes. Phis. Chem. Biol. 4: 147-205.

154. Surguchov A.P., Telkov M.V., Smirnov V.N. (1986). Absence of strutural homology between SUP1 and SUP2 genes of Saccharomyces cerevisiae and identification of their transcripts. FEBS Lett. 206: 147-150.

155. Ter-Avanesyan M. D., V. V. Kushnirov, A. R. Dagkesamanskaya, S. A. Didichenko, Y. O. Chernoff, S. G. Inge-Vechtomov and V. N. Smirnov.

156. Deletion analysis of the SUP35 gene of the yeast Saccharomyces cerevisiae reveals two non-overlapping functional regions in the encoded protein (1993) Mol Microbiol, V.7, P.683-92.

157. Ter-Avanesyan M.D., Dagkesamanskaya A.R., Kushnirov V.V., Smirnov V.N. (1994) The SUP35 omnipotent suppressor gene is involved in the maintenance of the non-Mendelian determinant psi+. in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics 137: 671-676.

158. Thompson CM, Young RA General requirement for RNA polymerase II holoenzymes in vivo. Proc Natl Acad Sci USA. 1995 May 9; 92(10):4587-90.

159. Tikhomirova V.L., Inge-Vechtomov S.G. (1996). Sensitivity of sup35 and sup45 mutants in Saccharomyces cerevisiae to antimicrotubule drug benomyl.1. Curr. Genet. 30: 44-49.

160. Trouche D, Le Chalony C, Muchardt C, Yaniv M, Kouzarides T. RB and hbrm cooperate to repress the activation functions of E2F1. Proc Natl Acad Sci USA. 1997 Oct 14; 94(21): 11268-73.

161. Tsukiyama T, Palmer J, Landel CC, Shiloach J, Wu C. Characterization of the imitation switch subfamily of ATP-dependent chromatin-remodeling factors in Saccharomyces cerevisiae. Genes Dev. 1999 Mar 15; 13(6):686-97.

162. Tuite M.F., Mundy C.R., Cox B.R. (1981). Agents that cause a high frequency of genetic change from psi+. to [psi"] in Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 98: 691-711.

163. Uchida N., S. Hoshino, H. Imataka, N. Sonenberg and T. Katada. A novelrole of the mammalian GSPT/eRF3 associating with poly(A)-binding protein in Cap/Poly(A)-dependent translation (2002) J Biol Chem, V.277, P.50286-92.

164. Urakov V. N., I. A. Valouev, E. I. Lewitin, S. V. Paushkin, V. S. Kosorukov, V. V. Kushnirov, V. N. Smirnov and M. D. Ter-Avanesyan. Ittlp, a novel protein inhibiting translation termination in Saccharomyces cerevisiae (2001) BMC Mol Biol, V.2, P.9

165. Utley RT, Ikeda K, Grant PA, Cote J, Steger DJ, Eberharter A, John S, Workman JL.Transcriptional activators direct histone acetyltransferase complexes to nucleosomes. Nature. 1998 Jul 30;394(6692):498-502.

166. Valouev 1. A., V. V. Kushnirov and M. D. Ter-Avanesyan. Yeast polypeptide chain release factors eRFl and eRF3 are involved in cytoskeleton organization and cell cycle regulation (2002) Cell Motil Cytoskeleton, V.52, P. 161-73.

167. Vassilev A, Yamauchi J, Kotani T, Prives C, Avantaggiati ML, Qin J, Nakatani Y.The 400 kDa subunit of the PCAF histone acetylase complex belongs to the ATM superfamily. Mol Cell. 1998 Dec;2(6):869-75.

168. Vershon AK, Pierce M. Transcriptional regulation of meiosis in yeast. Curr Opin Cell Biol. 2000 Jun; 12(3):334-9. Review.

169. Vignali M, Hassan AH, Neely KE, Workman JL. ATP-dependent chromatin-remodeling complexes. Mol Cell Biol. 2000 Mar; 20(6): 1899-910. Review.

170. Walker SS, Shen WC, Reese JC, Apone LM, Green MR.Yeast TAF(II)145 required for transcription of Gl/S cyclin genes and regulated by the cellular growth state. Cell. 1997 Aug 22; 90(4):607-14.

171. Wang KL, Warner JR. Positive and negative autoregulation of REB1 transcription in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1998 Jul; 18(7):4368-76.

172. Wang L, Liu L, Berger SL.Critical residues for histone acetylation by Gcn5, functioning in Ada and SAGA complexes, are also required for transcriptional function in vivo. Genes Dev. 1998 Mar 1; 12(5):640-53.

173. Wang W, Cote J, Xue Y, Zhou S, Khavari PA, Biggar SR, Muchardt C, Kalpana GV, Goff SP, Yaniv M, Workman JL, Crabtree GR. Purification and biochemical heterogeneity of the mammalian SWI-SNF complex. EMBO J. 1996 Oct 1; 15(19):5370-82.

174. Wang W, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Cairns BR, Crabtree GR. Diversity and specialization of mammalian SWI/SNF complexes. Genes Dev. 1996 Sep 1; 10(17):2117-30 (a).

175. Wang W., K. Czaplinski, Y. Rao and S. W. Peltz. The role of Upf proteins in modulating the translation read-through of nonsense-containing transcripts (2001) EMBO J, V.20, P.880-90 (6).

176. Welch MD, Vinh DB, Okamura HH, Drubin DG.Screens for extragenic mutations that fail to complement actl alleles identify genes that are important for actin function in Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 1993 Oct; 135(2):265-74.

177. Wickner R.B., Masison D.C., Edskes H.K. (1995). PSI. and [URE3] as yeast prions. Yeast. 11: 1671-1685.

178. Winstone F and Carlsonl M Yeast SWI/SNF transcriptional activators and the SPT/SIN chromatin connection. 1992 Trends Genet 8:387-391

179. Winzeler E. A. et al. Functional characterization of the S. cerevisiae genome by gene deletion and parallel analysis Science. 1999. V. 258. P. 901-906.

180. Wu C. The 5' ends of Drosophila heat shock genes in chromatin are hypersensitive to DNase I. Nature. 1980 Aug 28; 286(5776):854-60.

181. Xie X, Kokubo T, Cohen SL, Mirza UA, Hoffmann A, Chait BT, Roeder RG, Nakatani Y, Burley SK.Structural similarity between TAFs and theheterotetrameric core of the histone octamer. Nature. 1996 Mar 28; 380(6572):316-22.

182. Yarragudi A, Miyake T, Li R, and R.H. Morse. Comparison of ABF1 and RAP1 in Chromatin Opening and Transactivator Potentiation in the Budding Yeast Saccharomyces cerevisiaeMCB, Oct. 2004, p. 9152-9164.

183. Yu J, Madison JM, Mundlos S, Winston F, Olsen BR.Characterization of a human homologue of the Saccharomyces cerevisiae transcription factor spt3 (SUPT3H). Genomics. 1998 Oct 1; 53(l):90-6.

184. Yu L, Morse RH. Chromatin opening and transactivator potentiation by RAP1 in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol. 1999 Aug; 19(8):5279-88.

185. Yu Y, Eriksson P, Stillman DJ.Architectural transcription factors and the SAGA complex function in parallel pathways to activate transcription. Mol Cell Biol. 2000 Apr;20(7):2350-7.

186. Yudkovsky,N, Colin Logie,Steven Hahn, and Craig L. Peterson Recruitment of the WI/SNF chromatin remodeling complex by transcriptional activators. Genes & Development 13:2369-237