Транскрипция прицентромерной сателлитной ДНК в клетках аденокарциномы легкого человека и мыши тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Пономарцев Никита Вячеславович

• Пономарцев Никита Вячеславович
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Пономарцев Никита Вячеславович

Список сокращений

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Цели и задачи исследования

Научная новизна

Научная и практическая значимость работы

Основные положения, выносимые на защиту

Апробация работы

Вклад автора

Финансовая поддержка диссертации

Объем и структура диссертации

Список публикаций по теме работы

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Сателлитная ДНК

1.1.1 Центромерная и перицентромерная сателлитная ДНК мыши

1.1.2 Центромерные и перицентромерные сателлитные ДНК человека

1.2 Гетерохроматин

1.3 Транскрипция сателлитной ДНК

1.3.1 Роль транскриптов прицентромерной сатДНК в клеточной пролиферации

1.3.2 Реорганизация хроматина и транскрипция сатДНК при клеточном старении

1.3.3 Транскрипция прицентромерной сатДНК в эмбриогенезе и в ходе клеточной дифференцировки

1.3.4 Транскрипция прицентромерной сатДНК при стрессе

1.3.5 Транскрипция прицентромерной сатДНК человека при тепловом шоке

1.3.6 Транскрипция прицентромерной сатДНК при канцерогенезе

1.3 Опухолевое микроокружение

1.3.1 Макрофаги, ассоциированные с опухолью (МАО)

1.3.2 Фибробласты, ассоциированные с опухолью

1.4 Эпителиально-мезенхимный переход

Глава 2. Материалы и методы

2.1 Материалы

01213

2.1.1 Изолирование опухоли у мышей линии КгаБ

2.1.2 Культивирование клеток

2.1.3 Препараты срезов легкого человека и мыши

2.1.4 Метафазные пластинки

2.1.5 Клонирование

2.1.6 Олигонуклеотиды

2.2 Методы

2.2.1 Обработка клеток

2.2.2 Трансфекция клеток антисмысловыми олигонуклеотидами и экспрессионной плазмидой

2.2.3 Анализ БА^а1 активности

2.2.4 Оценка пролиферативной активности клеток в режиме реального времени

2.2.5 Обратная транскрипция

2.2.6 ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ)

2.2.7 Флуоресцентная in situ гибридизация и иммуноцитохимия

2.2.8 Компьютерный анализ

2.2.9 Микроскопия

2.2.10 Статистика

3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Транскрипция МаСат в опухоли, прилегающей к ней ткани и нормальном

G12D

легком мыши линии Kras

3.2 Транскрипция МаСат в клетках ткани опухоли легкого мышей линии KrasG12D

3.3 Транскрипция прицентромерной сатДНК в опухоли легкого человека 74 3.4. Анализ in silico транскрипции HS2/3 в клетках пациентов с НМРЛ

3.5 Изменение транскрипции МаСат в фибробластах мыши при переходе к ФАО-фенотипу

3.6 Изменение транскрипции HS2/3 в фибробластах человека при переходе в ФАО-фенотип

3.7 Инактивация транскриптов HS2/3 приводит к снижению маркеров фенотипа старения фибробластов

3.8 Транскрипты HS2/3 участвуют в регуляции воспалительного фенотипа фибробластов, ассоциированных с опухолью

3.9 Инактивация транскриптов HS2/3 приводит к снижению транскрипции генов транскрипционных факторов эпителиально-мезенхимного перехода

3.10 Избыточная экспрессия HS2 запускает эпителиально-мезенхимный переход в клеточных линиях A549 и HeLA

4. ОБСУЖДЕНИЕ

4.1 Уровень транскриптов прицентромерной сатДНК мыши и человека на ранних стадиях канцерогенеза выше в клетках микроокружения опухоли, а не в

опухолевых клетках

4.2 Активация транскрипции прицентромерной сатДНК происходит в фибробластах, ассоциированных с опухолью

4.3 HS2 участвует в эпителиально-мезенхимном переходе

4.4 Прицентромерная сатДНК играет важную роль в опухолевой прогрессии

Выводы

Список литературы

Список сокращений

CAP - cancer-associated Polycomb bodies, канцер-ассоциированные с Polycomb тельца

CAST - Cancer-Associated Satellite Transcript bodies, канцер-ассоциированные тельца с транкриптами сателлитов

Cdk - cyclin dependent kinase, циклин зависимая киназа

FAPa - fibroblast-activation protein, белок активации фибробластов

FGF - Fibroblast growth factor, фактор роста фибробластов

FISH - fluorescence in situ hybridization флуоресцентная in situ гибридизация

HIF-1a - Hypoxia-inducible factor-1 а, фактор индуцируемый гипоксией -1 a

HOR - High-Order Repeats, повторы высокого порядка

HS - Human Satellite, сателлит человека

HSE - Heat shock element, элементы теплового шока

HSF - heat shock factor, фактор теплового шока

IL - интерлейкин

LOX - лизилоксидаза

MEF - mouse embryonic fibroblasts, эмбриональных фибробластах мыши

MMP - Matrix metalloproteinases, матриксные металлопротеазы

PDGF - Platelet-derived growth factor, фактор роста тромбоцитов

SAHF - senescence-associated heterochromatin foci, очаги гетерохроматина ассоциированные со старением

SASP - senescence associated secretory phenotype, секреторный фенотип ассоциированный со старением

SA-P-Gal - senescence-associated P-galactosidase, Р-галактозидаза ассоциированная со старением

scRNA-seq -single cell RNA-sequence, секвенирование РНК одиночных клеток TGF р - Transforming growth factor p, трансформирующий фактор роста P TNF - tumor necrosis factor; фактор некроза опухоли aSMA - a smooth muscle actin, а-гладкомышечный актин АТ - антитело

БТШ - белки теплового шока ВКМ - внеклеточный матрикс

вФАО - воспалительные фибробласты ассоциированные с опухолью

ГХ - гетерохроматин

днкРНК- длинные некодирующие РНК

катФАО - катаболические фибробласты ассоциированные с опухолью ЛПС - липополисахариды

MHC - major histocompatibility complex, главный комплекс гистосовместимости МАО - макрофаги ассоциированные с опухолью МаСат - мажорный сателлит

миоФАО - миофибробласты ассоциированные с опухолью

МиСат - минорный сателлит

МЭП - мезенхимно-эпителиальный переход

нкРНК - некодирующая РНК НМРЛ - немелкоклеточный рак легкого ОМ - опухолевое микроокружение

протовоспФАО - протовоспалительные фибробласты ассоциированные с опухолью

ПЦР-РВ - ПЦР в реальном времени рДНК - рибосомальная ДНК сатДНК - сателлитная ДНК сатРНК- сателлитная РНК тРНК - транспортная РНК

ФАО - фибробласты ассоциированные с опухолью ХГЧ - хорионический гонадотропин человека ЭМП - эпителиально-мезенхимный переход

ЭМП-ТФ - транскрипционные факторы эпителиально-мезенхимного перехода ЯСт - ядерные стресс тельца

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Сателлитная ДНК (сатДНК) представляет собой тандемно повторяющиеся

последовательности мономеров нуклеотидов, располагающихся главным образом голова к хвосту. Эти последовательности расположены в конститутивном гетерохроматине в центромерных и прицентромерных районах хромосом. СатДНК занимает относительно большую часть генома. Например, у человека на долю центромерной и прицентромерной сатДНК приходится около 6% от генома [Altemose et al., 2022]. В прицентромерном районе основным типом сатДНК у мыши является мажорный сателлит (МаСат), тогда как у человека выделяют 3 основных типа прицентромерной сатДНК: HS1, 2, 3 (Human satellite 1, 2, 3) [Altemose et al., 2022; Komissarov et al., 2011]. СатДНК HS2 и HS3 близки друг с другом по составу и структуре последовательностей нуклеотидов, и зачастую в экспериментальных работах их рассматривают совместно. Несмотря на то, что прицентромерная сатДНК находится в транскрипционно неактивном хроматине, она может транскрибироваться. На сегодня накопилось огромное количество данных о транскрипции сатДНК как в нормальных физиологических условиях, так и при патологических процессах [Enukashvily, Ponomartsev, 2013; Saksouk, Simboeck, Dejardin, 2015; Ugarkovic et al., 2022]. Существует гипотеза, предполагающая, что транскрипция прицентромерной сатДНК может происходить при репрограммировании клетки, таким образом, транскрипты сателлитной РНК (сатРНК) могут участвовать в регуляции экспрессии генов [Probst et al., 2010]. Эта гипотеза подтверждается данными, демонстрирующими активацию транскрипции прицентромерной сатДНК при пролиферации клеток, в процессе эмбриогенеза, при клеточном старении, клеточном стрессе, а также в процессе канцерогенеза. За последнее десятилетие появилось множество работ, показывающих гиперактивацию транскрипции прицентромерной сатДНК в различных опухолях у мыши и человека [Ferreira et al., 2015; Ting et al., 2011; Ugarkovic et al., 2022]. В этих работах основное внимание исследователей было

направлено только на опухолевые клетки. Однако сформированная опухоль включает в себя, помимо опухолевых клеток, также и компоненты опухолевого микроокружения (ОМ), в состав которого входят различные стромальные, иммунные и эндотелиальные клетки, а также неклеточные компоненты (внеклеточный матрикс, внеклеточные везикулы и молекулы биологически активных веществ). ОМ формируется под действием факторов, секретируемых опухолевыми клетками. В свою очередь, клетки ОМ секретируют факторы, которые влияют на поддержание опухоли и ее прогрессию. Таким образом, компоненты ОМ и опухолевые клетки находятся в постоянном контакте друг с другом, формируя опухолевый гомеостаз, направленный на поддержание и развитие опухоли. Основными клетками ОМ являются макрофаги и фибробласты. Факторы, экспрессируемые опухолевыми клетками, запускают репрограммирование макрофагов и фибробластов, что приводит к формированию у этих клеток так называемого «фенотипа, ассоциированного с опухолью» [ОЫи^, Elyada, Tuveson, 2014]. Эти процессы также могут приводить к активации транскрипции последовательностей некодирующей ДНК, в частности, прицентромерной сатДНК. Помимо этого, транскрипты прицентромерной сатДНК могут участвовать и в межклеточном взаимодействии. Существуют работы, демонстрирующие присутствие транскриптов сатДНК вне клеток [Evdokimova et а1., 2019; Kishikawa et а1., 2016; Miyata et а1., 2021]. Также показано, что увеличение уровня сатРНК в крови коррелирует с неблагоприятным прогнозом у онкобольных [Kondratova et а!., 2014]. Все эти данные позволяют предположить, что транскрипты сатДНК играют важную роль в развитии опухоли и необходимо детальное изучение функций транскриптов сатРНК в процессе формирования опухоли.

В качестве объекта исследования была выбрана аденокарцинома легкого, как одно из наиболее распространенных злокачественных заболеваний.

Цели и задачи исследования Целью работы являлось определение роли транскриптов прицентромерной

сателлитной ДНК в клетках опухоли и микроокружения аденокарциномы легкого

мыши и человека.

Задачи:

1. Провести количественную оценку методом ПЦР в реальном времени транскрипции прицентромерной сателлитной ДНК в аденокарциноме

G12D

легкого и прилегающей ткани у мыши линии Kras

2. Определить in situ в аденокарциноме легкого мыши и человека типы клеток, в которых присутствуют транскрипты прицентромерной сателлитной ДНК.

3. Оценить in silico количество транскриптов прицентромерной сатДНК HS2/3 в транскриптомах различных популяций клеток аденокарциномы легкого человека. Сопоставить эти данные с данными флюоресцентной гибридизации in situ.

4. Определить роль транскриптов HS2/3 в формировании признаков фенотипа фибробластов, ассоциированного с опухолью, с помощью инактивации HS2/3 антисмысловыми олигонуклеотидами в in vitro моделях индукции данного фенотипа.

5. Определить роль транскриптов HS2/3 в эпителиально-мезенхимном переходе клеток линии А549 и HeLa.

Научная новизна

В работе впервые проведен анализ транскрипции прицентромерной

сатДНК не только в опухолевых клетках, но и в компонентах опухолевого микроокружения в ткани аденокарциномы у мыши и человека. Показано, что основным источником транскриптов прицентромерной сатДНК на начальных стадиях опухолеобразования являются фибробласты,

ассоциированные с опухолью, а не собственно опухолевые клетки, как предполагалось ранее. На поздних стадиях, наоборот, опухолевые клетки могут экспрессировать повышенные количества транскриптов сателлитной ДНК. Впервые выявлена роль транскриптов ИБ2/3 человека в формировании ассоциированного с опухолью фенотипа фибробластов. Помимо этого, впервые исследована роль РНК ИБ2/3 в запуске эпителиально-мезенхимного перехода опухолевых клеток аденокарциномы легкого человека. Данный процесс играет важнейшую роль в переходе клеток опухоли к стадии инвазии, в результате которого опухолевые клетки теряют эпителиальные черты и приобретают свойства мезенхимных клеток, что позволяет им метастазировать в отдаленные ткани организма.

Научная и практическая значимость работы

Научная ценность работы заключается в получении принципиально

новых данных о механизмах формирования опухолевого окружения и факторах, регулирующих эпителиально-мезенхимный переход в опухолях эпителиального происхождения. В ходе исследования показано, что транскрипты прицентромерной сатДНК играют важную роль в развитии злокачественных новообразований, участвуя в формировании опухолевого микроокружения и активации эпителиально-мезенхимного перехода, предшествующего формированию метастазов. Инактивация сатРНК нарушает эти процессы.

Полученные данные важны с точки зрения практической значимости работы, поскольку обнаружены новые возможные мишени для противоопухолевой терапии. Кроме того, анализ распределения транскриптов сатДНК в различных типах клеток опухолевой ткани можно использовать для оценки прогноза развитя онкозаболевания.

Основные положения, выносимые на защиту

1. В опухолевом микроокружении аденокарциномы мыши и человека

прицентромерная сателлитная ДНК транскрибируется в

12

фибробластах, участвуя в активации в них фенотипа, ассоциированного с опухолью.

2. В опухолевых клетках аденокарциномы транскрипты HS2/3 участвуют в активации эпителиально-мезенхимного перехода.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Транскрипция прицентромерной сателлитной ДНК в клетках аденокарциномы легкого человека и мыши»

Апробация работы

Результаты работы опубликованы в 14 работах, включая 3 статьи. Основные

результаты исследования представлены на российских и зарубежных конференциях: 16-ой Международной Пущинская школе-конференции молодых ученых «БИОЛОГИЯ - НАУКА XXI ВЕКА» (2013), Международной конференции Хромосома (2015), 22nd Meeting of the International Society for Cellular Therapy (ISCT 2016), Форуме Биомедицина-2016, 21st International Chromosome Conference (2016), Международной конференции «Клеточная биология: проблемы и перспективы» (2017), Всероссийской конференции с международным участием «Актуальные проблемы клеточной биологии и клеточной технологии» (2019), 26th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus (2019), Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов» (2021), XXV Международной медико-биологической конференции молодых исследователей (2022), Международной конференции Хромосома 2023 (2023).

Вклад автора

Основные результаты работы получены автором лично или при его непосредственном участии. Разработка экспериментальных моделей для изучения транскрипции прицентромерной сателлитной ДНК в опухолевом микроокружении проводилась совместно с А.И. Бричкиной. Биоинформатический анализ опубликованных баз транскриптомов единичных клеток немелкоклеточного рака легких человека был выполнен совместно с А.Д. Пржибельским и Д.Д. Шафранской. Картирование in silico последовательности транскрипта HS2, клонированной в плазмиду, проводилось совместно с Д.С. Зиловым. Препараты срезов легкого мышей были получены в ресурсном центре

13

IMCB (Сингапур) и Университете Марбурга (Германия). Препараты срезов легкого человека были получены в университете Марбурга. Фибробласты человека INC-049 и INC-050 были получены в Центре клеточных технологий «Покровский» (Санкт-Петербург, Россия). Дизайн экспериментов и полученные результаты обсуждались совместно с научным руководителем Енукашвили Н.И.. Публикации готовились совместно с соавторами, указанными в перечне публикаций.

Финансовая поддержка диссертации

Работа была выполнена при поддержке средств грантов Министерства науки и

высшего образования Российской Федерации (Соглашения No075-15-2021-1075 от 28.09.2021), РНФ 19-74-20102,

гранта Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (Соглашения No075-15-2021-1063 от 28.09.2021), стипендии A * STAR Академии (Сингапур) и государственного задания АААА-А19-119020190091-5.

Объем и структура диссертации

Диссертация содержит разделы «Введение», «Обзор литературы»,

«Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение результатов», «Выводы», «Список цитируемой литературы», изложена на 135 страницах и проиллюстрирована 26 рисунками и 6 таблицами.

Список публикаций по теме работы

Статьи:

1. Enukashvily N.I., Ponomartsev N.V. Mammalian satellite DNA: a speaking dumb //Advances in protein chemistry and structural biology. - 2013. - Vol. 90. -P. 31-65.

2. Enukashvily N.I, Ponomartsev N.V, Ketkar A., Suezov R., Chubar A.V., Prjibelski A.D., Shafranskaya D.D., Elmshauser S., Keber C.U., Stefanova V.N., Akopov A.L., Klingmuller U., Pfefferle P.I., Stiewe T., Lauth M., Brichkina A.I.Pericentromeric satellite lncRNAs are induced in cancer-associated fibroblasts and regulate their functions in lung tumorigenesis //Cell Death & Disease. - 2023. - Vol. 14. - №. 1. - P. 1-15.

3. Ponomartsev N, Zilov D, Gushcha E, Travina A, Sergeev A, Enukashvily N. Overexpression of Pericentromeric HSAT2 DNA Increases Expression of EMT Markers in Human Epithelial Cancer Cell Lines //International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol. 24. - №. 8:6918. - С. 1-19.

Тезисы:

1. Пономарцев Н.В., Пржибельский А. Д., Бричкина А.И., Енукашвили Н.И. Транскрипция прицентромерной сателлитной ДНК в стромальных фибробластах аденокарциномы легкого человека и мыши: роль в канцерогенезе // Международная конференция Хромосома -2023. - 2023. -Материалы. Новосибирск, C. 157-158.

2. Пономарцев Н.В., Гуща Е.А. Транскрипты некодирующей ДНК прицентромерного сателлита 2/3 человека участвуют в формировании опухолевого провоспалительного фенотипа фибробластов при аденокарциноме легкого // В книге: Фундаментальная наука и клиническая медицина - человек и его здоровье. Материалы XXV Международной

медико-биологической конференции молодых исследователей. - 2022. - С. 713-714.

3. Пономарцев Н.В., Чубарь А.В. Транскрипция сателлитной ДНК2/3 в клеточной линии А549 при тепловом шоке // XXVIII Международная конференция студентов, аспирантов и молодых учёных. "Ломоносов". 12 - 23 апреля 2021 г. Секция Клеточная биология и гистология. https://lomonosov-msu.ru/archive/Lomonosov_2021/data/21882/125400_uid59946_report.pdf

4. Пономарцев Н.В., Кеткар А., Бричкина А.И., Енукашвили Н.И. Транскрипция перицентромерной сателлитной ДНК при немелкоклеточном раке легких человека и мыши // Гены и Клетки. - 2019. - Т. 14. - №3. - С. 114.

5. Ponomartsev N. V., Brichkina A.I., Enukashvily N. I.. Pericentromeric tandem DNA transcription in malignant cells and tumour microenvironment in mice NSLC model // Biopolymers and Cell. - 2019. - Vol. 35. - С. 189

6. Пономарцев Н.В., Бричкина А.И., Енукашвили Н.И. Транскрипция прицентромерной сателлитной ДНК в опухолевых клетках и микроокружении при немелкоклеточном раке легкого мыши // Международная конференция «Клеточная биология: проблемы и перспективы». - 2017. - Цитология. - 2017. - Т. 59 - 2017. - №11: 781- С. 782.

7. Ponomartsev N, Bulavin D, Enukashvily N, Brichkina A. Transcription of pericentromeric major satellite DNA in lung cancer // 21st International Chromosome Conference | 10-13 Jul 2016. Brazil. Cytogenetic and Genome Research. - ALLSCHWILERSTRASSE 10, CH-4009 BASEL, SWITZERLAND

: KARGER, - 2016. - Т. 148. - №. 2-3. - С. 146.

8. Пономарцев Н.В., Айзенштадт А.А., Пономарцев С.В, Шилина М., Лисковых М., Золина Т., Александрова Л., Галембо И.З, Гринчук Т.М., Енукашвили Н.И. Транскрипция тандемно повторяющейся ДНК прицентромерных районов хромосом в мезенхимальных стволовых клетках человека в условиях клеточного стресса и старения // Форум Биомедицина-201б. Новосибирск. - 201б. - C. 100-101.

9. Ponomartsev NV, Aizenshtadt A.A., Ponomartsev SV., Shilina MA, Liskovyh M, Zolina T.L., Aleksandrova L.V., Galembo I.A., Grinchuk T.M.,Enukashvily N.I. Tandemly repeated pericentromeric DNA early transcription in mesenchymal stem cells during cellular stress response and ageing // Cytotherapy, - 201б -Vol.18 - №б - C. 7б.

10. Пономарцев Н.В., Шилина М.А., Гринчук Т.М., Енукашвили Н.И. Деконденсация и транскрипция прицентромерной ДНК при тепловом шоке в клетках линии U-937 и первичной культуре эндометриальных мезенхимальных стволовых клеток // Материалы Международной конференции Хромосома. Новосибирск, - 2015 - С.144-14б.

11. Пономарцев Н. В., Кузнецова Т.В., Вашукова, Е.С., Енукашвили Н.И. 2013. Транскрипция прицентромерной сателлитной ДНК 3 хромосомы 1 в эмбриональных тканях человека // 16я Международная Пущинская школа-конференция молодых ученых "БИОЛОГИЯ - НАУКА XXI ВЕКА" г. Пущино, Россия, - 2013 г.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Сателлитная ДНК

Развитие методов секвенирования позволило улучшить понимание

структуры генома. Однако появление большого массива данных секвенирования привело к появлению множества новых вопросов. Так оказалось, что большую часть генома занимают повторяющиеся последовательности ДНК [Frazer, 2012]. ДНК-повторы разделяют на диспергированные, которые рассеяны по всему геному, и тандемные, организованные в виде уложенных друг за другом повторяющихся единиц-мономеров различной длины [López-Flores, Garrido-Ramos, 2012]. К диспергированным повторам относятся гены тРНК, ДНК-транспозоны и ретропозоны. К тандемным - рДНК и сателлитная ДНК (сатДНК). На основании длины и нуклеотидного состава мономеров выделяют различные типы сатДНК: большие (классические), мини- и микросателлиты. На сегодняшний день сатДНК называют тандемно-повторяющиеся последовательности мономеров ДНК, располагающиеся, как правило, «голова к хвосту».

Последовательности больших (классических) сателлитов были впервые выделены в результате градиентного ультрацентрифугирования геномной ДНК в градиенте CsCl как дополнительная фракция, которая не образуется при градиентном разделении ДНК генома бактерий [Kit, 1961; Kit, 1962]. Эта фракция ДНК и получила название сатДНК, то есть добавочной. Разделение ДНК происходит в результате различного соотношения АТ/ГЦ. Образование отдельной фракции объясняется высоким содержанием в последовательности ДНК одной из пар нуклеотидов. Следует отметить, что в эту фракцию также могут входить последовательности рибосомальной ДНК и митохондриальной ДНК. Также некоторые сатДНК по составу АТ/ГЦ не отличаются от основной ДНК [Хемлебен и др., 2003].

ДНК больших сателлитов, в отличие от мини- и микросателлитов,

располагается главным образом в центромерных и прицентромерных районах

18

хромосом [Miga, 2015] (Рис. 1 А, Б). В больших массивах сатДНК могут формироваться повторы более высокого порядка (HOR, High-Order Repeats), в которых последовательности мономеров подтипов сатДНК многократно повторяются (например, мономеры «а», «б», «в» повторяются как «абвабвабв»). HOR характеризуются большими размерами и однородностью. Как правило, с этими участками связываются белки кинетохора. В прицентромерных областях HOR на сегодня не выявлены [Altemose et al., 2022].

1.1.1 Центромерная и перицентромерная сателлитная ДНК мыши

В центромерных и прицентромерных районах хромосом у домовой мыши (Mus musculus) располагается минорная сатДНК (МиСат) и мажорная сатДНК (МаСат), соответственно. Длина мономеров МиСат составляет 120 п.н. Массивы МиСат располагаются на терминальных районах всех телоцентрических хромосом. МаСат состоит из мономеров длиной 234 п.н. и прилегает к МиСат [Guenatri et al., 2004] (Рис. 1 А). Оба надсемейства больших сатДНК не были найдены на акроцентрической Y-хромосоме. На Y-хромосоме в центромерном регионе располагается массив сатДНК, организованный в HOR. Эта последовательность получила название Ymin, и ее мономеры сильно отличаются от мономеров МиСат [Pertile et al., 2009]. Помимо этих типов повторяющихся элементов в центромерных и прицентромерных районах хромосом, обнаружены также и не сателлитные повторы: транспозоны, простые повторы, неизвестные повторяющиеся элементы [Komissarov et al., 2011; Packiaraj, Thakur, 2023].

I.1.2 Центромерные и перицентромерные сателлитные ДНК человека

В центромерных районах хромосом у человека основной сатДНК является асатДНК, длина мономеров которой составляет 171 п.н. [Waye, Willard, 1986]. У человека, в отличие от мыши, в прицентромерных районах хромосом выделяют три классических типа сатДНК. Первоначально сатДНК человека обозначали в соответствии с положением фракций в градиенте плотности цезия как сатДНК I,

II, III. Позже было предложено называть конкретные семейства повторяющихся сатДНК внутри каждой фракции арабскими цифрами, в то время как сатДНК

фракции градиента плотности цезия сохранили свои римские цифры. Так, в

прицентромерном районе у человека выделяют классические сатДНК 1, 2 и 3

(Human Satellite: HS1, HS2, HS3), располагающиеся соответственно во фракциях I,

II и III [Altemose, 2022; Prasser et al., 1986]. Самыми многочисленными

прицентромерными сатДНК в геноме человека являются HS2 и HS3. HS2 и HS3

определяют как родственные семейства с частым мотивом GGAAT (ATTCC) или

CATTC [Altemose, 2022; Miga, 2019]. HS3 содержит два типа повторяющихся

единиц: 5 п.н. GGAAT (большинство пентамеров представляют собой варианты

последовательностей, такие как CCAGT, CGATT, CCGT) и повторов 10 п.н.

CAACCCGAGT. HS2 построен на двух тандемно повторяющихся повторах

ATTCCATTCG и одном или двух повторах ATG [Altemose, 2022; Prosser et al.,

1986]. Полное прочтение массивов сатДНК долгое время являлось непосильной

задачей для исследователей, так как участки генома, содержащие

тандемноорганизованные высокоповторяющиеся последовательности, не могут

быть собраны из данных секвенирования с короткой длиной одного прочтения

(рида). Почти все, что было известно о последовательностях различных классов

сатДНК, было основано на экспериментальных работах, проводимых

классическими методами, имеющими низкое разрешение. С появлением методов

секвенирования нового поколения (NGS, New Generation Sequencing) и в их

составе технологий (PacBio, NanoPore и т.д.), позволяющих прочитывать за один

проход последовательности большой длины (до 10 000 п.н.), эта задача стала

возможной. В 2022 г Консорциумом T2T (Telomere to telomere, "От теломеры к

теломере") была произведена полная сборка всего генома человека, за

исключением Y-хромосомы [Nurk et al., 2022]. В этом же году данный коллектив

авторов опубликовал препринт, содержащий полную сборку отдельно Y

хромосомы [Rhie et al, 2022]. Анализ полученных результатов позволил создать

геномные карты центромерных и прицентромерных районов хромосом [Altemose

et al, 2022]. На долю сатДНК в данной сборке приходится 6,2% от всего генома

человека. Большую часть занимает асатДНК (2,79%). Тогда как среди

прицентромерных сатДНК большую часть в геноме занимает HS3 (1,56% от

20

генома) и Ш2 (0,94%). Ш2 и Ш3 распределены по хромосомам неравномерно (Рис. 1 В). Самые крупные массивы ИБ2 располагаются на 1 и 16 хромосоме, тогда как Ш3 - на 9 хромосоме.

А

теломера

МиСат

МаСат

Длинное плечо

Б

В

СП

<л Л

СМ

<л л

га ш н

о

Н2А1 I Н2А2 I Н2В | НЗА1 НЗА2 НЗАЗ НЗА4 | НЗА5 НЗА6 НЗВ1 НЗВ2 НЗВЗ НЗВ4 НЗВ5

Е. ■

■ ■ -

1 ■

и

□

ш

—

■ ■ ■ ас и

■

123456789 Ю111213141516171819202122Х

Хромосомы

ч£> ч£>

Рисунок 1. Расположение классических сатДНК человека и мыши на хромосоме. А - схематичное изображение телоцентрической хромосомы мыши. Следующими цветами отмечены районы хромосом и расположение на ней сатДНК: теломера - черный, длинное плечо - синий, МаСат - зеленый, МиСат -красный (Guenatri et al., 2004 с модификациями). Б - схематическое изображение хромосомы человека и расположение на ней сатДНК. Центромерный район отмечен желтым цветом; прицентромерный район отмечен зеленым цветом. В - Тепловая карта, локализации на хромосомах человека подсемейств Ш2/3 в сборке CHM13-T2T (Altemose et al., 2022 с модификациями). «Ы» указывает локализации, не описанные в работе АИешоБе е!

al., 2014. Прочерк «—» указывает на то, что массив chr1 HS3B2 удален в CHM13. Y-хромосома не включена в сборку CHM13-T2T.

В итерфазном ядре сатДНК, как правило, входит в состав гетерохроматина [Хемлебен et al., 2003].

1.2 Гетерохроматин

Роль сатДНК как структурной основы для формирования гетерохроматина

стала известна достаточно давно [Хемлебен и др., 2003]. Термин гетерохраматин был впервые введен в 1928 г Хейтцем [Heitz, 1928]. Хроматин, который неплотно упакован в интерфазе, он назвал - эухроматином, а тот который в течение всего клеточного цикла находится в конденсированном состоянии - гетерохроматином (ГХ). В настоящие время ГХ подразделяют на факультативный, образующийся в результате компактизации эухроматина при необходимости инактивации тех или иных генов, и конститутивный. Критериями конститутивного ГХ являются следующие признаки:

1. Основным морфологическим критерием является плотная упаковка хроматина в течение всего клеточного цикла [Heitz, 1928].

2. В конститутивном ГХ содержится небольшое число генов, также конститутивный ГХ может негативно влиять на транскрипцию генов находящихся в прилежащих эухроматиновых областях. Этот феномен описал Muller [Muller, 1930], как явление потери доминантной аллели, расположенной в области хромосомной перестройки после облучения. Дальнейшие исследования показали, что эухроматиновые гены после перемещения их ближе или непосредственно в ГХ инактивируются [Baker, 1968].

3. Конститутивный ГХ формируется в основном на основе ДНК высокоповторяющихся последовательностей сатДНК и транспозонных элементов.

4. Конститутивный ГХ сильно окрашивается интеркалирующими красителями, такими как DAPI или Hoechst [Schnedl et al., 1977].

5. Репликация ДНК ГХ происходит в поздней S-фазе [Gilbert, 2002]. В 1960-х годах экспериментально было показано, что транскрипционно неактивный ГХ содержит G-полосы (темное окрашивание) после окраски красителем Гимза и реплицируется в поздней S-фазе, тогда как хроматин, содержащий активно транскрибирующиеся гены, дает R-полосы (светлое окрашивание) и реплицируется в ранней S-фазе.

6. ГХ регионы обогащены HP1 (гетерохроматиновый белок 1) или его изоформами (HP1a, HP1b, HP1y) [Craig, 2005].

7. ГХ содержит характерные эпигенетические маркеры, такие как 5-метилцитозин, в образовании которых принимает участие метилтрансфераза. Метилирование цитозинов может происходить как de novo, так и за счет поддержания метилированного статуса на матричной цепи ДНК при репликации. Наиболее характерными для метилирования ДНК являются CpG сайты или CpG островки - протяженные участки ДНК с повышенным содержанием CpG динуклеотидов [Fazzari, Greally, 2004; Grewal, Elgin, 2007]. В нормальных соматических тканях большая часть (70-90%) CpG островков метилирована [Wilson, Power, Molloy, 2007]. Помимо метилирования ДНК в образовании конститутивного ГХ также вовлечены гистоновые модификации. Амино-терминальные участки гистонов могут подвергаться пострансляционным модификациям, оказывающим влияние на активность хроматина. Так, гипоацетилирование гистонов по лизину приводит к инактивации хроматина, гиперацетилирование - к активации хроматина. ГХ у высших эукариот также характеризуется метилированием гистона H3 по лизину 9 (H3K9). Показано, что H3K9 триметилирование и H3K27 монометилирование характерно для прицентромерного региона [Peters et al., 2003; Rice et al.,

2003]. Гипоацетилирование гистонов, H3K9 триметилирование и ДНК метилирование являются основными биохимическими маркерами ГХ.

8. Другим важным эпигенетическим маркером является привлечение CENP-A нуклеосом к центромерам. Этот белок был открыт в ранних экспериментах с использованием сыворотки пациентов c CREST синдромом (Calcinosis cutis - кальциноз кожи, Raynaud's phenomenon - синдром Рейно, Esophageal dysfunction - нарушение моторики пищевода, Sclerodactyly - склеродактилия и Telangiectasia - телеангиэктазии) - заболеванием, важную роль в патогенезе которого играет наличие антител (АТ) к центромерам. Данные АТ распознают CENP-A как белок 17-кДа. CENP-A формирует схожую организацию, что и гистон Н3. ГХ часто обнаруживают вблизи CENP-A хроматина, который является необходимым для формирования кинетохора [Folco et al., 2008].

Несмотря на большое количество критериев ГХ, ни один из описанных выше не является абсолютным. Также известно, что конститутивный ГХ может подвергаться деконденсации и активно транскрибироваться.

1.3 Транскрипция сателлитной ДНК

Транскрипция сатДНК показана у различных эукариотических организмов.

Так, уже к концу 60-х годов появились данные, указывающие на транскрипцию сатДНК. Harel с коллегами показал (1968), что быстро меченные РНК (rapidly labeled RNA) из печени, почек и L-клеток мыши способны гибридизоваться с последовательностями сатДНК. Cohen с коллегами также показал, что РНК из L-клеток мыши способна гибридизоваться с мышиной сатДНК [Cohen, Huh, Helleiner, 1973; Cohen, Rode, Helleiner, 1972]. Однако эти данные не были приняты всерьез, и самими авторами было высказано предположение, что полученные результаты являются артефактами. Однако чуть позже с помощью метода in situ гибридизации транскрипция сатДНК была показана на хромосомах типа ламповых щеток в ооцитах тритона Triturus cristatus [Macgregor, 1979; Varley et al, 1980]. Транскрипция сатДНК с прицентромерных районов таких хромосом была

24

подтверждена на других амфибиях [Diaz et al., 1981; Jamrich et al., 1983] и птицах [Krasikova, Vasilevskaya, Gaginskaya, 2010]. На сегодняшний день, транскрипция сатДНК показана в клетках различных видов животных [Bonaccorsi et al., 1990; Lehnertz et al., 2003; Lorite et al., 2002; Rouleux-Bonnin et al., 1996; Rouleux-Bonnin, Bigot, Bigot, 2004; Rudert et al., 1995; Valgardsdottir et al., 2008; Varadaraj, Skinner, 1994].

В клетках человека чаще всего наблюдали транскрипцию прицентромерной сатДНК HS2 и HS3, тогда как у мыши - прицентромерного МаСат. Анализ транскриптов этих сатДНК показал, что длина сатРНК варьируется от 20 н.п. до нескольких тысяч н.п. Они могут подвергаться посттранскрипционным модификациям, в частности, полиаденилированию, имеют, как правило, внутриядерную локализацию, транскрибируются с помощью РНК-полимеразы II и часто остаются в местах инициации своей транскрипции [Carone et al., 2009; Enukashvily et al., 2007; Ting et al., 2011; Valgardsdottir et al., 2005]. Предполагается, что транскрипция сатДНК, может идти как с C-богатой, так и с G-богатой цепи ДНК, но ассиметрично, т.е. с одной цепи больше, чем с другой. Доминантное транскрибирование может зависеть от типа клеток, стадии развитии организма или условий, в которых находится клетка [Enukashvily et al., 2007; Eymery, Callanan, Vourc'h, 2009; Probst et al., 2010; Rizzi et al., 2004; Valgardsdottir et al., 2005]. Транскрипция сатДНК у высших млекопитающих описана при пролиферации, клеточной дифференцировке и эмбриогенезе, клеточном старении, а также в клетках подверженных, клеточному стрессу и канцерогенезу. Далее рассмотрим накопившиеся данные о транскрипции прицентромерной сатДНК в этих процессах.

1.3.1 Роль транскриптов прицентромерной сатДНК в клеточной

пролиферации

В активно пролиферирующих клетках зачастую отмечается высокий уровень транскрипции прицентромерной сатДНК. В ранних исследованиях, проводимых на тканях мыши, транскрипция МаСат была обнаружена в миокарде

стареющих мышей [Gaubatz, Cutler, 1990], а в печени и семенниках, т.е. в органах

и клетках, способных к высокой пролиферативной активности - транскрипты у-

сателлита [Rudert et al., 1995]. Позже стало известно, что транскрипция

прицентромерной сатДНК в пролиферирующих клетках зависит от фазы

клеточного цикла. Так, Lu и Gillbert (2007) открыли цикл-зависимую активацию

транскрипции прицентромерной сатДНК в первичных эмбриональных

фибробластах мыши (mouse embryonic fibroblasts, MEF). Первая волна активации

транскрипции МаСат приходится на позднюю Gr фазу и достигает максимума в

ранней S-фазе. Транскрипты МаСат гетерогенны, и длина их варьирует от 1000 до

более 8000 нуклеотидов. Транскрипция происходит до репликации

прицентромерных районов хроматина, и во время репликации транскрипты

МаСат не детектируются. Транскрипты МаСат аккумулируются в местах

репликации прицентромерной ДНК. Авторы работы предполагают, что эти

транскрипты могут быть вовлечены в сборку комплекса репликативной вилки и

подготовки ГХ к репликации. Вторая волна активации транскрипции МаСат

происходит в М-фазе. Длина этих транскриптов составляет около 200

нуклеотидов и совпадает по времени с «очисткой» хроматина от

транскрипционных факторов и других ассоциированных с ней белков.

Предполагается, что эти транскрипты могут вовлекаться в формирование

митотического ГХ [Maison et al., 2002; Muchardt et al., 2002]. Также в работе

показано, что регуляция транскрипции МаСат во время клеточного цикла не

зависит от Suv39 1,2 - зависимой эпигенетической регуляции. Suv39 1,2 является

метилтрансферазой, участвующей в формировании конститутивного ГХ. В MEF,

нокаутных по Suv39 1,2, несмотря на общий высокий уровень транскриптов

МаСат, также наблюдается цикл-зависимая регуляция транскрипции МаСат. Эта

регуляция зависит от активации циклин-зависимых киназ (Cdk) и прохождения

клеткой рестрикционных точек пролиферации. Помимо этого показано, что РНК

МаСат, транскрибирующаяся в G1/S фазе и во время митоза имеет короткое время

жизни. У человека транскрипты центромерной асатДНК участвуют в

привлечении к хромосомам белка CENP-C, который участвует в формировании

26

кинетахора. Снижение уровня транскриптов асатДНК приводит к снижению уровня этого белка на хромосомах и остановке клеток на стадии анафазы митоза [Chan et al., 2012].

1.3.2 Реорганизация хроматина и транскрипция сатДНК при клеточном

старении

Клетки, подверженные старению, характеризуются необратимым арестом клеточного цикла, а также физиологическими и морфологическими изменениями. Клеточное старение может наступать в результате достижения реплекативного лимита, который впервые был описан Хэйфликом. Он показал, что при длительном культивировании нормальных фибробластов человека клетки перестают делиться [Hayflick, 1965]. Позже было показано, что причиной остановки пролиферации клеток при долгом культивировании является укорочение теломер, что приводит к нарушению организации хроматина в ядрах клеток. Такое старение получило название репликативного старения. Причинами клеточного старения могут являться также различные воздействия на клетку, такие как стресс или действие факторов, секретируемых другими клетками, такое старение называют преждевременным. Стареющие клетки имеют уплощенную форму и увеличенный размер. В 1995 году Dimiri с коллегами показали, что в стареющих клетках присутствует Р-галактазида, активность которой проявляется при pH 6.0, тогда как обычно оптимальная активность лизосомальной Р-галактазиды проявляется при рН 4.5. Они определили ее как новую изоформу Р-галактозидазы, связанную со старением (SA-P-Gal, senescence-associated Р-galactosidase, Р-галактозидаза ассоциированная со старением) [Dimri et al., 1995]. Однако сейчас стало известно, что SA-P-Gal активность происходит из-за оверэкспрессии и накопления эндогенной лизосомальной Р-галактозидазы, экспрессия которой не требует активации процессов старения клеток [Lee et al., 2006]. Тем не менее, активность SA-P-Gal остается одним из наиболее широко применяемых маркеров, для выявления стареющих клеток [Itahana, Campisi, Dimri, 2007; Mohamad Kamal et al., 2020]. Клеточное старение сопровождается

глобальными эпигенетическими изменениями хроматина, которые приводят к формированию в ядрах клеток очагов ГХ, связанных со старением (SAHF, senescence-associated heterochromatin foci). В результате этого процесса происходит инактивация ряда генов, отвечающих за регуляцию клеточного цикла [Narita et al., 2003; Zhang, Chen, Adams, 2007]. Формированию SAHF предшествует деконденсация конститутивного ГХ. Эти изменения в ГХ не опосредованы никакими промежуточными изменениями гистоновых модификаций. Предполагается, что эти события могут происходить из-за изменения в уровне ламина В1 и/или за счет других факторов, контролирующих высокую упорядоченность структуры хроматина [Swanson et al., 2015]. Деконденсация и транскрипция конститутивного ГХ показана на поздних пассажах стареющих первичных фибробластов [Enukashvily et al., 2007; Suzuki, Fujii, Ayusawa, 2002]. Gaubatz и Cutler [Gaubatz, Cutler, 1990] анализировали клетки из различных органов взрослых и стареющих мышей. Они нашли транскрипты прицентромерной сатДНК только в кардиомиоцитах стареющей мыши. Эти транскрипты не детектировали в молодых мышах (2-6 мес.), но были обнаружены в мышах в возрасте от 12 мес., и их уровень возрастал в два раза у мышей в возрасте 32 мес. Деконденсация, а также увеличенная экспрессия HS3 и снижение ГХ эпигенетических маркеров (таких как гистон H3K9me3) также наблюдалась в клетках пациентов с синдромом преждевременного старения [Enukashvily et al., 2007; Shumaker et al., 2006].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Пономарцев Никита Вячеславович, 2024 год

Список литературы

1. Бородкина А. В. и др., «Социальная жизнь» стареющих клеток: что такое SASP и зачем его изучать? // Acta Naturae (русскоязычная версия). 2018. Т. 10. № 1 (36). С. 4-15.

2. Хемлебен В. и др., Сателлитные ДНК // Успехи биологической химии. 2003. Т. 43. С. 267-306.

3. Ястребова, М.А. и др., Белки семейства Snail: роль в канцерогенезе и перспективы противоопухолевой терапии // Acta Naturae (русскоязычная версия). 2021. Т. 13. № 1. С. 76-90.

4. Akhmetkaliyev A. et al., EMT/MET plasticity in cancer and Go-or-Grow decisions in quiescence: the two sides of the same coin? // Mol Cancer. 2023. Т. 22. № 1. С. 90.

5. Altemose N. et al., Genomic Characterization of Large Heterochromatic Gaps in the Human Genome Assembly // PLoS Comput Biol. 2014. Т. 10. № 5. С. e1003628.

6. Altemose N. et al., Complete genomic and epigenetic maps of human centromeres // Science. 2022. Т. 376. № 6588. С. eabl4178.

7. Altemose N. A classical revival: Human satellite DNAs enter the genomics era // Seminars in Cell & Developmental Biology. 2022. Т. 128. С. 2-14.

8. Arutyunyan A. et al., Expression of cassini, a murine gamma-satellite sequence conserved in evolution, is regulated in normal and malignant hematopoietic cells // BMC Genomics. 2012. Т. 13. С. 418.

9. Baker W. K. Position-effect variegation // Advances in genetics. 1968. Т. 14. С. 133169.

10. Bakhoum S. F. et al., Chromosomal instability drives metastasis through a cytosolic DNA response // Nature. 2018. Т. 553. № 7689. С. 467-472.

11. Bersani F. et al., Pericentromeric satellite repeat expansions through RNA-derived DNA intermediates in cancer // Proc Natl Acad Sci U S A. 2015. T. 112. № 49. C. 15148-15153.

12. Bhat-Nakshatri P. et al., SLUG/SNAI2 and tumor necrosis factor generate breast cells with CD44+/CD24- phenotype // BMC Cancer. 2010. T. 10. C. 411.

13. Biffi G. et al., IL1-Induced JAK/STAT Signaling Is Antagonized by TGFp to Shape CAF Heterogeneity in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma // Cancer Discov. 2019. T. 9. № 2. C. 282-301.

14. Bouzinba-Segard H., Guais A., Francastel C. Accumulation of small murine minor satellite transcripts leads to impaired centromeric architecture and function // Proc Natl Acad Sci U S A. 2006. T. 103. № 23. C. 8709-8714.

15. Brabletz S. et al., Dynamic EMT: a multi-tool for tumor progression // The EMBO Journal. 2021. T. 40. № 18.

16. Brichkina A. et al., p38MAPK builds a hyaluronan cancer niche to drive lung tumorigenesis // Genes Dev. 2016. T. 30. № 23. C. 2623-2636.

17. Burgess D. J. Chromosome instability: Tumorigenesis via satellite link // Nat Rev Cancer. 2011. T. 11. № 3. C. 158.

18. Carone D. M. et al., A new class of retroviral and satellite encoded small RNAs emanates from mammalian centromeres // Chromosoma. 2009. T. 118. C. 113-125.

19. Chan F. L. et al., Active transcription and essential role of RNA polymerase II at the centromere during mitosis // Proc Natl Acad Sci U S A. 2012. T. 109. № 6. C. 19791984.

20. Chen X., Song E. Turning foes to friends: targeting cancer-associated fibroblasts // Nat Rev Drug Discov. 2019. T. 18. № 2. C. 99-115.

21. Cheng J. et al., FSP-1 silencing in bone marrow cells suppresses neointima

formation in vein graft // Circ Res. 2012. T. 110. № 2. C. 230-240.

118

22. Cohen A. K., Huh T. Y., Helleiner C. W. Transcription of satellite DNA in mouse L-cells // Canadian Journal of Biochemistry. 1973. T. 51. № 5. C. 529-532.

23. Cohen A. K., Rode H. N., Helleiner C. W. The time of synthesis of satellite DNA in mouse cells (L cells) // Canadian Journal of Biochemistry. 1972. T. 50. № 2. C. 229231.

24. Craig J. M. Heterochromatin—many flavours, common themes // Bioessays. 2005. T. 27. № 1. C. 17-28.

25. Davies L. C. et al., Tissue-resident macrophages // Nat Immunol. 2013. T. 14. № 10. C. 986-995.

26. Diaz M. O. et al., Transcripts from both strands of a satellite DNA occur on lampbrush chromosome loops of the newt Notophthalmus // Cell. 1981. T. 24. № 3. C. 649-659.

27. Dimri G. P. et al., A biomarker that identifies senescent human cells in culture and in aging skin in vivo // Proc Natl Acad Sci U S A. 1995. T. 92. № 20. C. 9363-9367.

28. Dobin A. et al., STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner // Bioinformatics. 2013. T. 29. № 1. C. 15-21.

29. Dobrynin M. A. et al., Human pericentromeric tandemly repeated DNA is transcribed at the end of oocyte maturation and is associated with membraneless mitochondria-associated structures // Sci Rep. 2020. T. 10. C. 19634.

30. Dvorak H. F. Tumors: wounds that do not heal. Similarities between tumor stroma generation and wound healing // N Engl J Med. 1986. T. 315. № 26. C. 1650-1659.

31. Ehrlich M. et al., Satellite DNA hypomethylation in karyotyped Wilms tumors // Cancer Genet Cytogenet. 2003. T. 141. № 2. C. 97-105.

32. Ehrlich M. DNA hypomethylation in cancer cells // Epigenomics. 2009. T. 1. № 2. C. 239-259.

33. Enukashvily N. I. et al., Human chromosome 1 satellite 3 DNA is decondensed, demethylated and transcribed in senescent cells and in A431 epithelial carcinoma cells // Cytogenet Genome Res. 2007. Т. 118. № 1. С. 42-54.

34. Enukashvily N. I. et al., Pericentromeric Non-Coding DNA Transcription Is Associated with Niche Impairment in Patients with Ineffective or Partially Effective Multiple Myeloma Treatment // Int J Mol Sci. 2022. Т. 23. № 6. С. 3359.

35. Enukashvily N. I. et al., Pericentromeric satellite lncRNAs are induced in cancer-associated fibroblasts and regulate their functions in lung tumorigenesis // Cell Death Dis. 2023. Т. 14. № 1. С. 19.

36. Enukashvily N. I., Dobrynin M. A., Chubar A. V. RNA-seeded membraneless bodies: Role of tandemly repeated RNA // Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. : Elsevier, 2021. С. 151-193.

37. Enukashvily N. I., Malashicheva A. B., Waisertreiger I. S.-R. Satellite DNA spatial localization and transcriptional activity in mouse embryonic E-14 and IOUD2 stem cells // Cytogenet Genome Res. 2009. Т. 124. № 3-4. С. 277-287.

38. Enukashvily N. I., Ponomartsev N. V. Chapter Two - Mammalian Satellite DNA: A Speaking Dumb // Advances in Protein Chemistry and Structural Biology Organisation of Chromosomes. / под ред. R. Donev. : Academic Press, 2013. С. 31-65.

39. Erler J. T. et al., Hypoxia-induced lysyl oxidase is a critical mediator of bone marrow cell recruitment to form the premetastatic niche // Cancer Cell. 2009. Т. 15. № 1. С. 35-44.

40. Evdokimova V. et al., Exosomes transmit retroelement RNAs to drive inflammation and immunosuppression in Ewing Sarcoma. : Cancer Biology, 2019.

41. Eymery A. et al., A transcriptomic analysis of human centromeric and pericentric sequences in normal and tumor cells // Nucleic Acids Research. 2009. Т. 37. № 19. С. 6340-6354.

42. Eymery A., Callanan M., Vourc'h C. The secret message of heterochromatin: new insights into the mechanisms and function of centromeric and pericentric repeat sequence transcription // Int. J. Dev. Biol. 2009. T. 53. № 2-3. C. 259-268.

43. Fazzari M. J., Greally J. M. Epigenomics: beyond CpG islands // Nature Reviews Genetics. 2004. T. 5. № 6. C. 446-455.

44. Feng J. et al., The Role of MicroRNA in the Regulation of Tumor Epithelial-Mesenchymal Transition // Cells. 2022. T. 11. № 13. C. 1981.

45. Ferreira D. et al., Satellite non-coding RNAs: the emerging players in cells, cellular pathways and cancer // Chromosome Res. 2015. T. 23. № 3. C. 479-493.

46. Folco H. D. et al., Heterochromatin and RNAi are required to establish CENP-A chromatin at centromeres // Science. 2008. T. 319. № 5859. C. 94-97.

47. Frazer K. A. Decoding the human genome // Genome Res. 2012. T. 22. № 9. C. 1599-1601.

48. Frescas D. et al., KDM2A represses transcription of centromeric satellite repeats and maintains the heterochromatic state // Cell Cycle. 2008. T. 7. № 22. C. 3539-3547.

49. Garin-Chesa P., Old L. J., Rettig W. J. Cell surface glycoprotein of reactive stromal fibroblasts as a potential antibody target in human epithelial cancers // Proc Natl Acad Sci U S A. 1990. T. 87. № 18. C. 7235-7239.

50. Gaubatz J. W., Cutler R. G. Mouse satellite DNA is transcribed in senescent cardiac muscle. // Journal of Biological Chemistry. 1990. T. 265. № 29. C. 17753-17758.

51. Georgakopoulos-Soares I. et al., EMT Factors and Metabolic Pathways in Cancer // Front Oncol. 2020. T. 10. C. 499.

52. Gil-Bernabé A. M. et al., Recruitment of monocytes/macrophages by tissue factor-mediated coagulation is essential for metastatic cell survival and premetastatic niche establishment in mice // Blood. 2012. T. 119. № 13. C. 3164-3175.

53. Gilbert D. M. Replication timing and transcriptional control: beyond cause and effect // Current opinion in cell biology. 2002. T. 14. № 3. C. 377-383.

54. Giordano M. et al., Heat Shock Affects Mitotic Segregation of Human Chromosomes Bound to Stress-Induced Satellite III RNAs // IJMS. 2020. T. 21. № 8. C. 2812.

55. Gocheva V. et al., IL-4 induces cathepsin protease activity in tumor-associated macrophages to promote cancer growth and invasion // Genes Dev. 2010. T. 24. № 3. C. 241-255.

56. Gordon S., Martinez F. O. Alternative activation of macrophages: mechanism and functions // Immunity. 2010. T. 32. № 5. C. 593-604.

57. Grewal S. I., Elgin S. C. Transcription and RNA interference in the formation of heterochromatin // Nature. 2007. T. 447. № 7143. C. 399-406.

58. Guaita S. et al., Snail induction of epithelial to mesenchymal transition in tumor cells is accompanied by MUC1 repression and ZEB1 expression // J Biol Chem. 2002. T. 277. № 42. C. 39209-39216.

59. Guenatri M. et al., Mouse centric and pericentric satellite repeats form distinct functional heterochromatin // The Journal of Cell Biology. 2004. T. 166. № 4. C. 493505.

60. Guo X. et al., MARCH8 downregulation modulates profibrotic responses including myofibroblast differentiation // Am J Physiol Cell Physiol. 2023. T. 325. № 5. C. C1190-C1200.

61. Hall L. L. et al., Demethylated HSATII DNA and HSATII RNA Foci Sequester PRC1 and MeCP2 into Cancer-Specific Nuclear Bodies // Cell Rep. 2017. T. 18. № 12. C. 2943-2956.

62. Hanley C. et al., Spatially discrete signalling niches regulate fibroblast heterogeneity in human lung cancer // bioRxiv. 2020. C. 134270- undefined.

63. Hao N.-B. et al., Macrophages in tumor microenvironments and the progression of tumors // Clin Dev Immunol. 2012. T. 2012. C. 948098.

64. Harel J. et al., RNA replication by nuclear satellite DNA in different mouse cells // Biochemical and Biophysical Research Communications. 1968. T. 33. № 4. C. 696701.

65. Hawinkels L. J. a. C. et al., Interaction with colon cancer cells hyperactivates TGF-ß signaling in cancer-associated fibroblasts // Oncogene. 2014. T. 33. № 1. C. 97-107.

66. Hayflick L. The limited in vitro lifetime of human diploid cell strain // Exp Cell Res. 1965. T. 37. C. 614-636.

67. Heitz E. Das Heterochromatin Der Moose. Bornträger // 1928.

68. Hiratsuka S. et al., Tumour-mediated upregulation of chemoattractants and recruitment of myeloid cells predetermines lung metastasis // Nat Cell Biol. 2006. T. 8. № 12. C. 1369-1375.

69. Imodoye S. O. et al., Understanding the Complex Milieu of Epithelial-Mesenchymal Transition in Cancer Metastasis: New Insight Into the Roles of Transcription Factors // Front. Oncol. 2021. T. 11. C. 762817.

70. Ishida Y. et al., Immune Mechanisms of Pulmonary Fibrosis with Bleomycin // IJMS. 2023. T. 24. № 4. C. 3149.

71. Itahana K., Campisi J., Dimri G. P. Methods to detect biomarkers of cellular senescence: the senescence-associated beta-galactosidase assay // Methods Mol Biol. 2007. T. 371. C. 21-31.

72. Jackson K. et al., DNA hypomethylation is prevalent even in low-grade breast cancers // Cancer Biol Ther. 2004. T. 3. № 12. C. 1225-1231.

73. Jamrich M. et al., Transcription of repetitive sequences on Xenopus lampbrush chromosomes. // Proceedings of the National Academy of Sciences. 1983. T. 80. № 11. C. 3364-3367.

74. Johnson L. et al., Somatic activation of the K-ras oncogene causes early onset lung cancer in mice // Nature. 2001. T. 410. № 6832. C. 1111-1116.

75. Jolly C. et al., In vivo binding of active heat shock transcription factor 1 to human chromosome 9 heterochromatin during stress // Journal of Cell Biology. 2002. T. 156. № 5. C. 775-781.

76. Jolly C. et al., Stress-induced transcription of satellite III repeats // Journal of Cell Biology. 2004. T. 164. № 1. C. 25-33.

77. Jolly C., Lakhotia S. C. Human sat III and Drosophila hsr omega transcripts: a common paradigm for regulation of nuclear RNA processing in stressed cells // Nucleic Acids Res. 2006. T. 34. № 19. C. 5508-5514.

78. Jolly C., Usson Y., Morimoto R. I. Rapid and reversible relocalization of heat shock factor 1 within seconds to nuclear stress granules // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999. T. 96. № 12. C. 6769-6774.

79. Kalluri R. The biology and function of fibroblasts in cancer // Nat Rev Cancer. 2016. T. 16. № 9. C. 582-598.

80. Kent W. J. et al., The human genome browser at UCSC // Genome Res. 2002. T. 12. № 6. C. 996-1006.

81. Kishikawa T. et al., Satellite RNAs promote pancreatic oncogenic processes via the dysfunction of YBX1 // Nat Commun. 2016. T. 7. C. 13006.

82. Kit S. Equilibrium sedimentation in density gradients of DNA preparations from animal tissues // Journal of Molecular Biology. 1961. T. 3. № 6. C. 711-IN2.

83. Kit S. Species Differences in Animal Deoxyribonucleic Acids as revealed by Equilibrium Sedimentation in Density Gradients // Nature. 1962. T. 193. № 4812. C. 274-275.

84. Knight Blandin S. et al., Progress and prospects of early detection in lung cancer // Open Biol. 2017. T. 7. № 9. C. 170070.

85. Komissarov A. S. et al., Tandemly repeated DNA families in the mouse genome // BMC Genomics. 2011. Т. 12. № 1. С. 531.

86. Kondratova V. N. et al., [Transcripts of satellite DNA in blood plasma: probable markers of tumor growth] // Mol Biol (Mosk). 2014. Т. 48. № 6. С. 999-1007.

87. Kononenko A. V. et al., A portable BRCA1-HAC (human artificial chromosome) module for analysis of BRCA1 tumor suppressor function // Nucleic Acids Res. 2014. Т. 42. № 21. С. e164.

88. Krasikova A. V., Vasilevskaya E. V., Gaginskaya E. R. Chicken lampbrush chromosomes: transcription of tandemly repetitive DNA sequences // Russian journal of genetics. 2010. Т. 46. С. 1173-1177.

89. Kuznetzova T. V. et al., Localisation and transcription of human chromosome 1 pericentromeric heterochromatin in embryonic and extraembryonic tissues // Медицинская Генетика. 2012. Т. 11. № 4 (118). С. 19-24.

90. Lambrechts D. et al., Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment // Nat Med. 2018a. Т. 24. № 8. С. 1277-1289.

91. Lambrechts D. et al., Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment // Nature Medicine. 2018b. Т. 24. № 8.

92. Lee B. Y. et al., Senescence-associated beta-galactosidase is lysosomal beta-galactosidase // Aging Cell. 2006. Т. 5. № 2. С. 187-195.

93. Lennox K. A., Behlke M. A. Chemical modification and design of anti-miRNA oligonucleotides // Gene Ther. 2011. Т. 18. № 12. С. 1111-1120.

94. Leonova K. I. et al., p53 cooperates with DNA methylation and a suicidal interferon response to maintain epigenetic silencing of repeats and noncoding RNAs // Proc Natl Acad Sci U S A. 2013. Т. 110. № 1. С. E89-98.

95. Lewis C. E., Pollard J. W. Distinct role of macrophages in different tumor microenvironments // Cancer Res. 2006. Т. 66. № 2. С. 605-612.

125

96. Liu R. et al., Long Noncoding RNA LINC01207 Promotes Colon Cancer Cell Proliferation and Invasion by Regulating miR-3125/TRIM22 Axis // Biomed Res Int. 2020. Т. 2020. С. 1216325.

97. Lopez-Antona I. et al., Dynamic regulation of myofibroblast phenotype in cellular senescence // Aging Cell. 2022. Т. 21. № 4. С. e13580.

98. Lopez-Flores I., Garrido-Ramos M. A. The Repetitive DNA Content of Eukaryotic Genomes // Genome Dynamics / под ред. M. A. Garrido-Ramos. : S. Karger AG, 2012. С. 1-28.

99. Lu J., Gilbert D. M. Proliferation-dependent and cell cycle regulated transcription of mouse pericentric heterochromatin // J Cell Biol. 2007. Т. 179. № 3. С. 411-421.

100. Macgregor H. C. In situ hybridization of highly repetitive DNA to chromosomes of Triturus cristatus // Chromosoma. 1979. Т. 71. № 1. С. 57-64.

101. Maison C. et al., Higher-order structure in pericentric heterochromatin involves a distinct pattern of histone modification and an RNA component // Nat Genet. 2002. Т. 30. № 3. С. 329-334.

102. Mantovani A. et al., Macrophage polarization: tumor-associated macrophages as a paradigm for polarized M2 mononuclear phagocytes // Trends Immunol. 2002. Т. 23. № 11. С. 549-555.

103. Mantovani A. et al., Cancer-related inflammation // Nature. 2008. Т. 454. № 7203. С. 436-444.

104. Mantovani A., Sica A. Macrophages, innate immunity and cancer: balance, tolerance, and diversity // Curr Opin Immunol. 2010. Т. 22. № 2. С. 231-237.

105. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads // EMBnet.journal. 2011. Т. 17. № 1. С. 10-12.

106. Miga K. H. Completing the human genome: the progress and challenge of satellite

DNA assembly // Chromosome Res. 2015. Т. 23. № 3. С. 421-426.

126

107. Miga K. H. Centromeric Satellite DNAs: Hidden Sequence Variation in the Human Population // Genes. 2019. T. 10. № 5. C. 352.

108. Milliken D. et al., Analysis of chemokines and chemokine receptor expression in ovarian cancer ascites // Clin Cancer Res. 2002. T. 8. № 4. C. 1108-1114.

109. Miyata K. et al., Pericentromeric noncoding RNA changes DNA binding of CTCF and inflammatory gene expression in senescence and cancer // Proc Natl Acad Sci U S A. 2021. T. 118. № 35. C. e2025647118.

110. Miyata K. et al., Chromatin conformational changes at human satellite II contribute to the senescence phenotype in the tumor microenvironment // Proc Natl Acad Sci U S A. T. 120. № 32. C. e2305046120.

111. Mohamad Kamal N. S. et al., Aging of the cells: Insight into cellular senescence and detection Methods // European Journal of Cell Biology. 2020. T. 99. № 6. C. 151108.

112. Morcillo G. et al., HSP90 associates with specific heat shock puffs (hsr omega) in polytene chromosomes of Drosophila and Chironomus // Chromosoma. 1993. T. 102. № 9. C. 648-659.

113. Morimoto R. I. The heat shock response: systems biology of proteotoxic stress in aging and disease // Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 2011. T. 76. C. 91-99.

114. Muchardt C. et al., Coordinated methyl and RNA binding is required for heterochromatin localization of mammalian HP1alpha // EMBO Rep. 2002. T. 3. № 10. C. 975-981.

115. Muller H. J. Types of visible variations induced by X-rays in Drosophila // Journal of genetics. 1930. T. 22. C. 299-334.

116. Murray P. J., Wynn T. A. Protective and pathogenic functions of macrophage subsets // Nat Rev Immunol. 2011. T. 11. № 11. C. 723-737.

117. Narayan A. et al., Hypomethylation of pericentromeric DNA in breast adenocarcinomas // Int J Cancer. 1998. T. 77. № 6. C. 833-838.

118. Narita M. et al., Rb-mediated heterochromatin formation and silencing of E2F target genes during cellular senescence // Cell. 2003. T. 113. № 6. C. 703-716.

119. Nejati-Koshki K. et al., The Epigenetic Reader Methyl-CpG-Binding Protein 2 (MeCP2) Is an Emerging Oncogene in Cancer Biology // Cancers (Basel). 2023. T. 15. № 10. C. 2683.

120. Nurk S. et al., The complete sequence of a human genome // Science. 2022. T. 376. № 6588. C. 44-53.

121. Öhlund D., Elyada E., Tuveson D. Fibroblast heterogeneity in the cancer wound // J Exp Med. 2014. T. 211. № 8. C. 1503-1523.

122. Okada H. et al., Early role of Fsp1 in epithelial-mesenchymal transformation // Am J Physiol. 1997. T. 273. № 4. C. F563-574.

123. Okonechnikov K., Conesa A., García-Alcalde F. Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data // Bioinformatics. 2016. T. 32. № 2. C. 292-294.

124. Österreicher C. H. et al., Fibroblast-specific protein 1 identifies an inflammatory subpopulation of macrophages in the liver // Proc Natl Acad Sci U S A. 2011. T. 108. № 1. C. 308-313.

125. Ostromyshenskii D. I. et al., Mouse chromocenters DNA content: sequencing and in silico analysis // BMC Genomics. 2018. T. 19. № 1. C. 151.

126. Packiaraj J., Thakur J. DNA satellite and chromatin organization at house mouse centromeres and pericentromeres. : Genomics, 2023.

127. Peiffer R. et al., Cancer-Associated Fibroblast Diversity Shapes Tumor Metabolism in Pancreatic Cancer // Cancers. 2022. T. 15. № 1. C. 61.

128. Pertile M. D. et al., Rapid evolution of mouse Y centromere repeat DNA belies recent sequence stability // Genome Res. 2009. T. 19. № 12. C. 2202-2213.

129. Peters A. H. et al., Partitioning and plasticity of repressive histone methylation states in mammalian chromatin // Molecular cell. 2003. T. 12. № 6. C. 1577-1589.

130. Pezer Z., Ugarkovic D. Satellite DNA-associated siRNAs as mediators of heat shock response in insects // RNA Biol. 2012. T. 9. № 5. C. 587-595.

131. Phillips J. E., Corces V. G. CTCF: Master Weaver of the Genome // Cell. 2009. T. 137. № 7. C. 1194-1211.

132. Pollard J. W. Tumour-educated macrophages promote tumour progression and metastasis // Nat Rev Cancer. 2004. T. 4. № 1. C. 71-78.

133. Porokhovnik L. N. et al., The Role of Human Satellite III (1q12) Copy Number Variation in the Adaptive Response during Aging, Stress, and Pathology: A Pendulum Model // Genes. 2021. T. 12. № 10. C. 1524.

134. Porter R. L. et al., Satellite repeat RNA expression in epithelial ovarian cancer associates with a tumor-immunosuppressive phenotype // Journal of Clinical Investigation. 2022. T. 132. № 16. C. e155931.

135. Probst Aline. V. et al., A Strand-Specific Burst in Transcription of Pericentric Satellites Is Required for Chromocenter Formation and Early Mouse Development // Developmental Cell. 2010. T. 19. № 4. C. 625-638.

136. Prosser J. et al., Sequence relationships of three human satellite DNAs // Journal of Molecular Biology. 1986. T. 187. № 2. C. 145-155.

137. Qian B.-Z. et al., CCL2 recruits inflammatory monocytes to facilitate breast-tumour metastasis // Nature. 2011. T. 475. № 7355. C. 222-225.

138. Qu G. Z. et al., Frequent hypomethylation in Wilms tumors of pericentromeric DNA in chromosomes 1 and 16 // Cancer Genet Cytogenet. 1999. T. 109. № 1. C. 3439.

139. Quintero-Fabián S. et al., Role of Matrix Metalloproteinases in Angiogenesis and Cancer // Front Oncol. 2019. T. 9. C. 1370.

140. Rhie A. et al., The complete sequence of a human Y chromosome. : Genomics, 2022.

141. Rice J. C. et al., Histone methyltransferases direct different degrees of methylation to define distinct chromatin domains // Molecular cell. 2003. T. 12. № 6. C. 1591-1598.

142. Rizzi N. et al., Transcriptional Activation of a Constitutive Heterochromatic Domain of the Human Genome in Response to Heat Shock^D // Molecular Biology of the Cell. 2004. T. 15. C. 9.

143. Roberts E. W. et al., Depletion of stromal cells expressing fibroblast activation protein-a from skeletal muscle and bone marrow results in cachexia and anemia // J Exp Med. 2013. T. 210. № 6. C. 1137-1151.

144. Roninson I. B., Broude E. V., Chang B.-D. If not apoptosis, then what? Treatment-induced senescence and mitotic catastrophe in tumor cells // Drug Resistance Updates. 2001. T. 4. № 5. C. 303-313.

145. Rudert F. et al., Transcripts from opposite strands of y satellite DNA are differentially expressed during mouse development // Mammalian Genome. 1995. T. 6. C. 76-83.

146. Saito Y. et al., Expression of mRNA for DNA methyltransferases and methyl-CpG-binding proteins and DNA methylation status on CpG islands and pericentromeric satellite regions during human hepatocarcinogenesis // Hepatology. 2001. T. 33. № 3. C. 561-568.

147. Saksouk N., Simboeck E., Déjardin J. Constitutive heterochromatin formation and transcription in mammals // Epigenetics Chromatin. 2015. T. 8. C. 3.

148. Sánchez-Tilló E. et al., ZEB1 represses E-cadherin and induces an EMT by recruiting the SWI/SNF chromatin-remodeling protein BRG1 // Oncogene. 2010. Т. 29. № 24. С. 3490-3500.

149. Sandqvist A. et al., Heterotrimerization of heat-shock factors 1 and 2 provides a transcriptional switch in response to distinct stimuli // Mol Biol Cell. 2009. Т. 20. № 5. С. 1340-1347.

150. Santenard A. et al., Heterochromatin formation in the mouse embryo requires critical residues of the histone variant H3.3 // Nat Cell Biol. 2010. Т. 12. № 9. С. 853862.

151. Sarge K. D., Murphy S. P., Morimoto R. I. Activation of Heat Shock Gene Transcription by Heat Shock Factor 1 Involves Oligomerization, Acquisition of DNA-Binding Activity, and Nuclear Localization and Can Occur in the Absence of Stress // MOL. CELL. BIOL. 1993. Т. 13. С. 16.

152. Savagner P. Chapter Eight - Epithelial-Mesenchymal Transitions: From Cell Plasticity to Concept Elasticity // Current Topics in Developmental Biology Cellular Adhesion in Development and Disease. / под ред. A. S. Yap. : Academic Press, 2015. С. 273-300.

153. Schnedl W. et al., DIPI and DAPI: fluorescence banding with only negligible fading // Human genetics. 1977. Т. 36. С. 167-172.

154. Senthebane D. A. et al., The Role of Tumor Microenvironment in Chemoresistance: To Survive, Keep Your Enemies Closer // Int J Mol Sci. 2017. Т. 18. № 7. С. 1586.

155. Shumaker D. K. et al., Mutant nuclear lamin A leads to progressive alterations of epigenetic control in premature aging // Proc Natl Acad Sci U S A. 2006. Т. 103. № 23. С. 8703-8708.

156. Sica A., Mantovani A. Macrophage plasticity and polarization: in vivo veritas // J Clin Invest. 2012. T. 122. № 3. C. 787-795.

157. Smurova K., De Wulf P. Centromere and Pericentromere Transcription: Roles and Regulation ... in Sickness and in Health // Front Genet. 2018. T. 9. C. 674.

158. Solovyov A. et al., Global Cancer Transcriptome Quantifies Repeat Element Polarization between Immunotherapy Responsive and T Cell Suppressive Classes // Cell Reports. 2018. T. 23. № 2. C. 512-521.

159. Suzuki T., Fujii M., Ayusawa D. Demethylation of classical satellite 2 and 3 DNA with chromosomal instability in senescent human fibroblasts // Experimental Gerontology. 2002. T. 37. № 8-9. C. 1005-1014.

160. Swanson E. C. et al., Unfolding the story of chromatin organization in senescent cells // Nucleus. 2015. T. 6. № 4. C. 254-260.

161. Takasugi M., Yoshida Y., Ohtani N. Cellular senescence and the tumour microenvironment // Molecular Oncology. 2022. T. 16. № 18. C. 3333-3351.

162. Tamaki S. Overexpression of satellite RNAs in heterochromatin induces chromosomal instability and reflects drug sensitivity in mouse cancer cells // Scientific Reports. 2022. C. 9.

163. Tanne A. et al., Distinguishing the immunostimulatory properties of noncoding RNAs expressed in cancer cells // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2015. T. 112. № 49. C. 15154-15159.

164. Tilman G. et al., Cancer-linked satellite 2 DNA hypomethylation does not regulate Sat2 non-coding RNA expression and is initiated by heat shock pathway activation // Epigenetics. 2012. T. 7. № 8. C. 903-913.

165. Ting D. T. et al., Aberrant Overexpression of Satellite Repeats in Pancreatic and Other Epithelial Cancers // Science. 2011. T. 331. № 6017. C. 593-596.

166. Ugarkovic B. et al., Satellite DNAs in Health and Disease // Genes (Basel). 2022. T. 13. № 7. C. 1154.

167. Valgardsdottir R. et al., Structural and Functional Characterization of Noncoding Repetitive RNAs Transcribed in Stressed Human Cells^D // Molecular Biology of the Cell. 2005. T. 16. C. 8.

168. Valgardsdottir R. et al., Transcription of Satellite III non-coding RNAs is a general stress response in human cells // Nucleic Acids Research. 2008. T. 36. № 2. C. 423434.

169. Van Ginderachter J. A. et al., Classical and alternative activation of mononuclear phagocytes: picking the best of both worlds for tumor promotion // Immunobiology. 2006. T. 211. № 6-8. C. 487-501.

170. Varley J. M. et al., Cytological evidence of transcription of highly repeated DNA sequences during the lampbrush stage in Triturus cristatus carnifex // Chromosoma. 1980. T. 80. C. 289-307.

171. Vong S., Kalluri R. The role of stromal myofibroblast and extracellular matrix in tumor angiogenesis // Genes Cancer. 2011. T. 2. № 12. C. 1139-1145.

172. Walton E. L., Francastel C., Velasco G. Dnmt3b Prefers Germ Line Genes and Centromeric Regions: Lessons from the ICF Syndrome and Cancer and Implications for Diseases // Biology (Basel). 2014. T. 3. № 3. C. 578-605.

173. Wang H. et al., Role of histone H2A ubiquitination in Polycomb silencing // Nature. 2004. T. 431. № 7010. C. 873-878.

174. Wang X. M. et al., Fibroblast activation protein increases apoptosis, cell adhesion, and migration by the LX-2 human stellate cell line // Hepatology. 2005. T. 42. № 4. C. 935-945.

175. Waye J. S., Willard H. F. Structure, Organization, and Sequence of Alpha Satellite DNA from Human Chromosome 17: Evidence for Evolution by Unequal Crossing-Over

and an Ancestral Pentamer Repeat Shared with the Human X Chromosome // MOL. CELL. BIOL. 1986. T. 6.

176. Widschwendter M. et al., DNA hypomethylation and ovarian cancer biology // Cancer Res. 2004. T. 64. № 13. C. 4472-4480.

177. Wilson A. S., Power B. E., Molloy P. L. DNA hypomethylation and human diseases // Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Reviews on Cancer. 2007. T. 1775. № 1. C. 138-162.

178. Wong Ky et al., Cancer-associated fibroblasts in nonsmall cell lung cancer: From molecular mechanisms to clinical implications // International journal of cancer. 2022. T. 151. № 8.

179. Wong N. et al., Hypomethylation of chromosome 1 heterochromatin DNA correlates with q-arm copy gain in human hepatocellular carcinoma // Am J Pathol. 2001. T. 159. № 2. C. 465-471.

180. Wu X. et al., IL-6 secreted by cancer-associated fibroblasts promotes epithelialmesenchymal transition and metastasis of gastric cancer via JAK2/STAT3 signaling pathway // Oncotarget. 2017. T. 8. № 13. C. 20741-20750.

181. Wu Y. et al., CCL3-CCR5 axis regulates intratumoral accumulation of leukocytes and fibroblasts and promotes angiogenesis in murine lung metastasis process // J Immunol. 2008. T. 181. № 9. C. 6384-6393.

182. Wyckoff J. B. et al., Direct Visualization of Macrophage-Assisted Tumor Cell Intravasation in Mammary Tumors // Cancer Research. 2007. T. 67. № 6. C. 26492656.

183. Yamamura Y. et al., Akt-Girdin signaling in cancer-associated fibroblasts contributes to tumor progression // Cancer Res. 2015. T. 75. № 5. C. 813-823.

184. Yandim C., Karakülah G. Expression dynamics of repetitive DNA in early human embryonic development // BMC Genomics. 2019. T. 20. C. 439.

185. Zeisberg M., Neilson E. G. Biomarkers for epithelial-mesenchymal transitions // J Clin Invest. 2009. T. 119. № 6. C. 1429-1437.

186. Zhang J., Lu Y., Pienta K. J. Multiple roles of chemokine (C-C motif) ligand 2 in promoting prostate cancer growth // J Natl Cancer Inst. 2010. T. 102. № 8. C. 522-528.

187. Zhang R., Chen W., Adams P. D. Molecular dissection of formation of senescence-associated heterochromatin foci // Mol Cell Biol. 2007. T. 27. № 6. C. 2343-2358.

188. Zhou W. et al., Histone H2A monoubiquitination represses transcription by inhibiting RNA polymerase II transcriptional elongation // Mol Cell. 2008. T. 29. № 1. C. 69-80.

189. Zhu Q. et al., BRCA1 tumour suppression occurs via heterochromatin-mediated silencing // Nature. 2011. T. 477. № 7363. C. 179-184.

190. Zhu Q. et al., Heterochromatin-Encoded Satellite RNAs Induce Breast Cancer // Molecular Cell. 2018. T. 70. № 5. C. 842- 853.e7.