Технология генотипирования картофеля и его дикорастущих сородичей на основе микросателлитного анализа тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.23, кандидат биологических наук Велишаева, Назифе Серверовна

• Велишаева, Назифе Серверовна
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Велишаева, Назифе Серверовна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Ишродукция картофеля в Европу и Россию.^

1.1.1. Ишродукция картофеля в Европу.

1.1.2. Ишродукция картофеля в Россию.

1.2. Систематика картофеля.

1.3. Основные заболевания картофеля.

1.3.1. Рак картофеля.

1.3.2. Вирус скручивания листьев (вирус РЬИУ).

1.3.3. Фитофтороз картофеля.

1.3.3.1. Симптомы болезни и биология возбудителя.

1.3.3.2. Распространение и вредоносность фитофтороза.

1.4. Метод контроля качества. Сортовая идентификация.

1.5. Молекулярные маркеры в генетическом анализе растений.

1.5.1. Полиморфизм длины рестриктазных фрагментов (ИРЬР-маркеры).

1.5.2. Произвольно амплифицированная полиморфная ДНК (ЯАРО-маркеры).

1.5.3. Полиморфизм длины амплифицированных фрагментов (AFLP-маркеры).

1.5.4. Микросателлитные маркеры.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Реактивы и материалы.

2.2. Приборы и методы.

2.3. Общие методики.

2.3.1. Выращивание растительных образцов.

2.3.2. Выделение геномной растительной ДНК на силикагелевом сорбенте.

2.3.3. Выделение геномной растительной ДНК.

2.3.4. Выделение плазмидной ДНК.

2.3.5. Полимеразная цепная реакция.

2.3.6. Электрофорез в агарозном геле.

2.3.7. Электрофорез в полиакриламидном геле.

2.3.8. Визуализация ДНК в полиакриламидном геле с помощью нитрата серебра.

2.3.9. Секвенирование ДНК-матриц по Сэнгеру.

2.3.10. Приготовление стандартов длины.

2.3.11. Проведение ферментативных реакций.

2.3.12. Клонирование амплифицированных фрагментов ДНК.

2.3.13. Трансформация клеток Е coli.

2.3.14. Анализ клонов с помощью ПЦР-амплификации.

2.3.15. Анализ флуоресцентно-меченных ПЦР-фрагментов.

2.3.16. Выравнивание нуклеотидных последовательностей.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Исследование межвидовой вариабельности представителей рода Solanum методом микросателлитного анализа.

3.1.1. Выбор праймеров для анализа полиморфизма микросателлитных локусов картофеля и его дикорастущих сородичей.

3.1.2. Исследование выбранных микросателлитных локусов на представителях рода Solanum

3.1.3. Оценка генетического полиморфизма видов Solanum

3.2. Исследование внутривидовой вариабельности представителей рода Solanum методом микросателлитного анализа.

3.3. Исследование полиморфизма генома картофеля методом микросателлитного анализа.

3.4. Контроль интрогрессии генетического материала от родительских форм в гибриды.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Технология генотипирования картофеля и его дикорастущих сородичей на основе микросателлитного анализа»

Семейство Solanaceae является одним и i самых представительных семейств двудольных рааепий, ставших незаменимыми объектами в жизнедеятельности человека [Knapp S. et al, 2004]. Многие растения этого семейства являются основными овощными сельскохозяйственными культурами - картофель (Solanum tuberozum L.), томат (Solanum lycopersicum L.), баклажан (Solanum melongena L), перец {Capsicum annuum).

В настоящее время картофель является одной из важнейших сельскохозяйственных овощных культур, возделываемых практически во всех peí ионах Российской Федерации. Разнообразие зон возделывания и направлений использования кулыуры привело к необходимости создания сортов карюфеля с различными хозяйственными и биологическими особенностями, такими, как устойчивость к болезням и вредителям, устойчивость к экстремальным условиям природной среды, высокие хозяйственные показатели и др. Современная селекция имеет существенные практические результаты, однако, требования, предъявляемые к современным сортам, постоянно возрастают в связи с периодическими вспышками болезней, посюянными эколо1ическими изменениями в регионах, усиливающейся конкуренцией на рынке и т.п. Для решения этих сложных задач необходимо применять современные методы селекции, основанные па достижениях генетики и дру1их смежных наук, и использовать разнообразный хорошо изученный на ¡епетическом уровне исходный материал для селекции.

В настоящее время в мировом сортименте карюфеля насчитывается свыше Зтыс. сортов. Практически ежегодно в России в Государственный Реестр селекционных достижений вносятся новые сорта. Для ре1истрации новою сорта по ряду основных сортоотличительных морфологических признаков, отражающих степень выраженности при Жаков отличимости, однородности и стабильное i и (Distinctness, Uniformity and Stability (DUS)) сорюв, требуются длительные полевые испытания. В настоящее время представляется перспективным применение ДПК-техноло1ий, с помощью которых станет возможным решение различных задач современной селекции, таких как подбор родительских форм для скрещивания, контроль интрогрессии генетическою материала, паспортизация и сертификация сортов, создание «генетическою паспорта» сельскохозяйственных растений, представляющею собой основу защиты ин1еллектуальпой собственности селекционеров.

Наибольшее распространение в изучении генетическою разнообразия рааений получил подход, основанный на применении молекулярных маркеров. Использование таких молекулярных ДНК-маркеров открывает большие перспективы для де1алыюго картирования хромосом, идентификации юнов, ответственных за хозяйственно-ценные признаки культуры, а также позволяет осуществлять контроль интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды при скрещивании. Широкое применение находят методы анализа растений, основанные па амплификации произвольных или заранее выбранных последовательностей ДНК с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), проведение которой требует сравнительно небольших затрат времени. Метод ПЦР-анализа позволяет специфично копировать in vitro определенные фрагменты генома, увеличивая их количество в юометрической прогрессии, используя небольшие (hi) количества геномной ДНК. Среди ПЦР-методов наиболее широко используют метод анализа полиморфизма микросатсллитных последовательносте й.

Гипервариабельность микросателлитных последовательностей, высокая плотность и равномерность их распределения по геному, кодомипантное наследование и простота их обнаружения в автоматическом режиме делает микросателлиты незаменимыми маркерами для исследования меж- и внутривидовою разнообразия, генотипирования и популянионного анализа растений, а также для построения подробных юнетических карг.

К преимуществу метода микросателлитного анализа можно огпести возможность создания на его основе эффективной универсальной технологии, пригодной для контроля интрогрессии генетического материала при отдаленных скрещиваниях, для различения и идентификации источников, доноров, гибридов и сортов сельскохозяйственных растений. IIa момент начала наших исследований было известно достаточное количество микросателлитных локусов растений рода Solanum, однако, их применимость для решения задач по различению и идентификации картофеля была мало изучена.

Таким образом, представляется актуальным разработка удобной в эксплуатации, относительно быстрой, высокопроизводительной и надежной технологии для генотипирования растений на основе анализа полиморфизма микросателлитов.

Целью данной работы явилась разработка технологии для генотипирования картофеля и ею дикорастущих сородичей на основе микросателлитного анализа.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология», Велишаева, Назифе Серверовна

выводы

1. Разработана эффективная универсальная технология генотипирования представителей рода Solanum По результатам исследования 85 генотипов картофеля и его дикорастущих сородичей предложен оптимальный набор праймеров (20 пар праймеров), с помощью которого возможно различать и идентифицировать растения рода Solanum.

2. С помощью разработанной технологии проведено межвидовое и внутривидовое различение растений рода Solanum. Проведено генотипирование 44 сортов картофеля отечественной и зарубежной селекции. На основе анализа генотипов показана возможность различия близкородственных сортов картофеля Альтаир и Аксамит, в селекции которых участвовали одни и те же родительские формы.

3. Впервые показано, что предлагаемая технология микросателлитного анализа позволяет осуществлять контроль интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды/сорта. На основе экспериментального анализа первичных структур ряда микросателлитных локусов показана возможность контроля интрогрессии генетического материала дикого вида S bulbocastanum и сорта Ласунак в гибрид L 4-11, а также интрогрессии генетического материала родительских форм, участвовавших в селекции сорта Скороплодный.

4. С помощью разработанной технологии микросателлитного анализа проведено подтверждение сортовой подлинности экспертных образцов картофеля сорта Голубизна, полученных из различных опытно-производственных хозяйств.

Благодарности

Автор искренне признателен проф., д.б.н. Хавкину Э.Е., д.б.н. Карягиной A.C., к.б.н. Лунину В.Г., к.б.н. Ворониной O.JI., к.х.н. Сергиенко О.В., к.б.н. Хромовой JI.M. (Всероссийский НИИ картофельного хозяйства, Россия), Яковлевой Г.А. (Институт картофелеводства HAH, Беларусь) и всем коллегам из группы анализа геномов, лаборатории молекулярной диагностики и генно-инженерных конструкций и лаборатории ДНК маркеров Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН за оказанную помощь во время выполнения этой работы.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенные нами экспериментальные исследования позволили создать эффективную универсальную технологию для генотипирования картофеля и его дикорастущих сородичей. Применение техники микросателлитного анализа: оптимизированный способ выделения растительной ДНК; применение современных подходов к проведению ПЦР (использование термостабильных ферментов, обеспечивающих проведение «горячего старта» ПЦР); применение метода высокоразрешающего электрофореза в денатурирующих условиях, исключающего возникновения артефактов в ПЦР, позволяет различать растительные геномы, включая близкородственные, а также осуществлять контроль интрогрессии генетического материала родительских форм в гибриды/сорта; сравнение генетических «отпечатков пальцев» контрольных образцов с генетическими «отпечатками пальцев» экспертных образцов позволяет отслеживать и подтверждать сортовую подлинность последних. Предлагаемая в нашей работе технология анализа микросателлитов позволит в будущем приблизиться к внедрению методов контроля продуктов растениеводства: к введению в действие автоматизированной информационной системы, обеспечивающей быстрый сбор, обработку, хранение и использование данных о генетических ресурсах («генетический паспорт» растения).

По материалам работы составлены и опубликованы методические рекомендации для специалистов-биотехнологов с которыми можно ознакомится в библиотеке Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии РАСХН.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Велишаева, Назифе Серверовна, 2006 год

1. Будин К.З. Генетические основы картофеля. //JI.: Агропромиздат., 1986. 192 С.

2. Букасов С.М., Камераз А.Я. Основы селекции картофеля. // М. Л.: Сельхозиздат., 1959.-528 С.

3. Букасов С.М. Принципы систематики картофеля. // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. Ленинград, 1978. Т. 62. Выпуск 1. С. 3-34.

4. Генетика культурных растений (лен, картофель, морковь, зеленые культуры, гладиолус, яблоня, люцерна). // Под ред. д.б.н. В.А. Драгавцева, д.б.н. Т.С. Фадеевой. СПб.: ВИР, 1998.- 193 С.

5. Жуковский М.П. Культурные растения и их сородичи. //Л. Колос, 1972. С. 220-256.

6. Зайцева Н.Д. Методические указания по определению районированных сортов картофеля. // М.: Россельхозиздат., 1972. 102 С.

7. Камераз А.Я. Межвидовая и внутривидовая гибридизация картофеля. // Генетика картофеля. М.: Наука, 1973. С. 104-121.

8. Картель H.A., Просняк М.И., Корзун В.Н. Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов ДНК и его использование в генетике и селекции растений. // Сельскохозяйственная биология. 1991. № 5. С. 41-48.

9. Корзун В.Н., Плашке И., Бернер А., Картель H.A. ПДРФ-картирование гена карликовости et 1 в геноме ржи Seeale cereale L. II Генетика. 1995. Т. 31. № 9. С. 12821286.

10. Картофель России. // Под ред. Чл.-корр. РАСХН A.B. Коршунова. М.: 2003. Том 1. Селекция, семеноводство, сертификация. 411 С.

11. Костина Л.И. Родословная отечественных сортов картофеля. // Труды по прикладной ботанике, генетике и селекции. 1971. Т. 46. № 1. С. 45-62.

12. Кустарев А.И. Происхождение, эволюция, экология и селекция картофеля. // Монография. Брянск. 2001. 248 С.

13. Оганисян А.С., Кочиева Е.З., Рысков А.П. Маркирование видов и сортов картофеля с помощью метода RAPD-PCR. // Генетика. 1996. Т. 32. № 3. С. 448-451.

14. Попкова К.В. Фитофтора картофеля. // Москва: Колос, 1972. 175 С.

15. Росс X. Селекция картофеля. Проблемы и перспективы. // Пер. с англ. Лебедева В.А.; Под ред. Яшиной И.М. М.: Агропромиздат., 1989. - 183 С.

16. Чумаков А.Е., Захарова Т.И. Вредоносность болезней сельскохозяйственных культур. // Москва: Агропромиздат, 1990. 126 С.

17. Шмальц X. Селекция растений. М.: 1973. С. 109-110.

18. AgakiH., Yokozeki Y., InagakiA., NakamuraA., FujimuraT. A codominant DNA marker closely linker to rise nuclear restorer gene, Rf-1, identified with inter-SSR fingerprinting. // Genome. 1996. V. 96. P. 1205-1209.

19. Albani M.C., Wilkinson M.J. Inter simple sequence repeat polymerase chain reaction for the detection of somaclonal variation. // Plant. Breed. 1998. V. 117. P. 573-575.

20. Apuya N.R., Frazier B.L., Keim P., Roth E.J., Lark K.G. Restriction fragment length polymorphisms as genetic markers in soybean. // Theor. Appl. Genet. 1988. V. 75. P. 889901.

21. AsakuraN., NakamuraC., OhtsukaJ. RAPD markers linked to the nuclear gene from Triticum timopheevii that confers compatibility with Aegilops squarrosa cytoplasm on alloplasmic durum wheat. //Genome. 1997. V. 40. P. 201-210.

22. Ashkenazi V., Chani E., Lavi U., Levy D., Hillel J., Veilleux R.E. Development of microsatellite markers in potato and their use in phylogenetic and fingerprinting analyses. // Genome. 2001. V. 44. P. 50-62.

23. Barua U.M., Chalmers K.J., Hackett C.A. Identification of RAPD markers linked to a Rhynchosporium secalis resistance locus in barley using near-isogenic lines and bulked segregant analysis. // Heredity. 1993. V. 71. P. 177-184.

24. Beavis W.D., Grant D., Albertsen M., Fincher R. Quantitative trait loci for plant height in four maize populations and their associations with qualitative genetic loci // Theor. Appl. Genet. 1991. V. 83. P. 141-145.

25. Becker J., HeunM. Barley microsatellites: Allele variation and mapping. // Plant Mol. Boil. 1995. V. 27. P. 835-845.

26. Becker J., Vos P., Kuiper M., Salamini F., Heun M. Combined mapping of AFLP and RFLP markers in barley. //Mol. Gen. Genet. 1995. V. 249. P. 65-73.

27. Beckmann J.S., Weber J.L. Survey of human and rat microsatellites. // Genomics. 1992. V. 12. P. 627-631.

28. Bell C.J., EckerJ.R. Assignment of 30 microsatellite loci to the linkage map of Arabidopsis //Genomics. 1994. V. 19. P. 137-144.

29. Black W. A general basis for the classification of strains of phytophthora infestans. // Proc. Roy. Soc. Edinburgh, B. 1952-1953.V. 65. № 1. P. 36.

30. Blair M.W., Panaud 0., McCouch S.R. Inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification for analysis of microsatellite motif frequency and fingerprinting in rise (Oryza saliva L.). // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 98. P. 780-792.

31. BolibokH., Rakoczy-Trojanowska M. Evaluating the efficiency of SAMPL marker system in assessing genetic diversity in winter rye (Secale cereale L.). 7th Internat. Congress of Plant Mol. Boil. 2003. Barcelona. June 23-28.

32. Bonierbale M.W., Plasted R.L., Tanksley S.D. RFLP maps based on a common set of clones reveal modes of chromosomal evolution in potato and tomato. // Genetics. 1988. V. 120. P. 1095-11-3.

33. Boom R., Sol C.J.A., Salimans M.M.M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acides. // J. Clin. Microbiol. 1990. - V. 28 (3). - P. 495-503.

34. Bornet B., Goraguer F., Joly G., Branchard M. Genetic diversity in Europian and

35. Argentiniam cultivated (Solanum tuberosum subsp. tuberosum) detected by inter-simplesequence repeats (ISSRs). II Genome. 2002. V. 45. P. 481-484.

36. Botstein D., Write R.L., Skolnik M., Davis R.W. Construction of a genetic linkage map inman using restriction fragment length polymorphisms. // Am. J. Hum. Genet. 1980. V. 32.1. P. 314-331.

37. Broun P., Tanskley S.D. Characterization and molecular genetic mapping of simple repeat sequences in tomato genome. // Mol. Gen. Genet. 1996. V. 250. P. 39-49.

38. Cardie L., Ramsay L., Milbourne D., Macaulay M., Marshall D., Waugh R. Computation and experimental characterization of physically clustered simple sequence repeats in plants. // Genetics. 2000. V 156. P. 874-854.

39. Chambers G.K., MacAvoyE.S. Microsatellites: consensus and controversy. // Comp. Biochem. Physiol. 2000. V. 126. P. 455-476.

40. Chang C., Bowman J.L., DejohnA.W., Lander E.S., Meyerowitz E.M. Restriction fragment length polymorphism linkage map for Arabidopsis thaliana. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. V. 85. P. 6856-6860.

41. Cockerham G. General studies on resistance to potato viruses X and Y. // Heredity. 1970. V. 25. P. 309.

42. McCouch S.R., KochertG., YuZ.H., WangZ.Y., KhushG.S., Coffman W.R., Tankersly S.D. Molecular mapping of rice chromosomes. // Theor. Appl. Genet. 1988. V. 76. P. 815-829.

43. Demeke T., Lynch D.R., Kawchuk L.M., Kozub G.C., Armstrong J.D. Genetic diversity of potato determined by random amplified polymorphic DNA analysis. // Plant Cell Reports. 1996. V. 15. P. 662-667.

44. Devos K.M., Gale M.D. The use of random amplified polymorphic DNA markers in wheat. // Theor. Appl. Genet. 1992. V. 84. P. 567-572.

45. Dickinson M.J., Jones D.A., Jones J.D. Close linkage between the Cf-2/Cf-5 and Mi resistance loci in tomato. // Mol. Plant-Microbe Interactions. 1993. V. 6. P. 341-347.

46. DunnetJ. Inheritance of resistance to the Duddingston strain in the breeding line stemming from Solarium miltidissectum. II Rept. Scot. Plant Breed. Stat. 1961. V. 39.

47. Ellenby C. Resistance to the potato root eelworm. // Nature. 1948. V. 162. P. 704.

48. Fang D.Q., Roose M.L. Identification of closely related citrus cultivars with inter-simple sequence repeat markers. // Theor. Appl. Genet. 1997. V. 95. P. 408-417.

49. Gebhardt C., Mugniery D., Ritter E., Salamini F., Bonnel E. Identification of RFLP markers closely linked to the HI gene conferring resistance to Globodera rostochiensis in potato. // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 85. P. 541-544.

50. Gebhardt C., Ritter E., Debener T., Schachtschabel U., Walkemeier B., Uhring H., Salamini F. RFLP analysis and linkage mapping in Solarium tuberosum U Theor. Appl. Genet. 1989. V. 78. P. 65-75.

51. Goodfellow P.N., Seflon L., Farr C.J. Genetic Maps. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. Boil. Sci. 1993. V. 339. P. 139-146.

52. Gootlieb M., Chavko M. Silver staining of native and denatured eukaryotic DNA in agarose gels. // Analitical Biochemistry. 1987. V. 165. P. 33-37.

53. McGregor C.E., Lambert C.A., Greyling M.M., Louw J.H., Warnich L. A comparative assessment of DNA fingerprinting techniques (RAPD, ISSR, AFLP and SSR) in tetraploid potato (Solanum tuberosum L). // Euphytica. 2000. V. 113. P. 135-144.

54. Gupta M., Chyi Y.S., Romero-Severson J., Owen J.L. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simple sequence repeats. // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 89. P. 998-1006.

55. Gur-ArieR., CobenC.J., Eitan Y., Shelf I., Hallerman E.M., Kashi Y. Simple sequence repeat in Escherichia coli: abundance, distributions, composition, and polymorphism. // Genome Res. 2000. V. 10. P. 62-71.

56. Hancock J.M. The contribution of slippage-like processes to genome evolution. // J. Mol. Evol. 1995. V. 41. P. 1038-1047.

57. Hartl L., Weiss H., Zeller F.J., Jahoor A. Use of RFLP markers for the identification of alles of the Pm 3 locus conferring powdery mildew resistance in wheat (Triticum aestivum L). //Theor. Appl. Genet. 1993. V. 86. P. 959-963.

58. He C., Poysa V., Yu K. Development and characterization of simple sequence repeat (SSR) markers and their use in determining relationships among Lycopersicon esculentum cultivars. //Theor. Appl. Genet. 2003. V. 106. P. 363-373.

59. Helentjaris T. A genetic linkage map for maize based on RFLPs. // Trends Genet. 1987. V.3. P. 217-221.

60. Helentjaris T. A genetic lineage map for maize based on RFLP. // Trends in Genetics. 1992. V.3. P. 215-219.

61. Heun M. Mapping quantitative powdery mildew resistance of barley using a restrictionfragment lengh polymorphism map. // Genome. 1992. V. 35. P. 1019-1025.

62. Hinze K., Thompson R.D., Ritter E., Salamini F., Schulze-Lefert P. Restriction fragment lengh polymorphism-mediated targeting of ml-o resistance locus in barley (Hordeum vulgare). II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 3691-3695.

63. Hosaka K., Hanneman R.E. Random amplified polymorphic DNA markers detected in a segregating hybrids population of Solanum chacoense X S phureja. II Japan. J. Genet. 1994. V. 69. P. 53-66.

64. HuJ., QuirosC.F. Identification of broccoli and cauliflower cultivars with RAPD markers. // Plant Cell Rep. 1991. V. 10. P. 505-511.

65. Humans R.J., Spooner D.M. Geographic distribution of wild potato species. // American Journal of Botany. 2001. V. 88. № 11. P. 2101-2112.

66. Jain A., ApparandaC., BhallaP.L. Evaluation of genetic diversity and genome fingerprinting of Pandorea (Bignoniaceae) by RAPD and inter-SSR PCR. // Genome. 1999. V. 42. P. 714-719.

67. Joshi C.P., Nguyen H.T. Application of random amplified polymorphic DNA technique for the detection of polymorphism among wild and cultivated tetraploid wheats. // Genome. 1993. V. 36. P. 602-609.

68. KantetyR.V., ZengX.P., Bennetzen J.L., ZehrB.E. Assesment of genetic diversity in Dent and Popcorn (Zea mays L.) inbred lines using inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification. // Mol. Breed. 1995. V. 1. P. 365-373.

69. Karihaloo J., Brauner S., Gottlieb L.D. Random amplified polymorphic DNA variation in the eggplant, Solanum melongena L. (Solanaceae). // Theor. Appl. Genet. 1995. V. 90. P. 767-770.

70. Kawchuk L.M., Lynch D.R., Thomas J., Penner B., Sillito D., Kulcsar F. Characterization of Solanum tuberosum simple repeats and application to potato cultivar identification. // American Potato Journal. 1996. V. 73. P. 325-333.

71. Kidd K. K., Ruano G. Optimizing PCR. In: PCR 2. A practical approach. Edited by McPherson M. J., Harnes B. D., Taylor G. R. // Irl Press 1995. P. 6-28.

72. Kidwell K.K. and Osborn T.C. In: J. Beckman & T.C. Osborn (eds). Plant Genomes: Methods for Genetic and Physical Mapping. Kluever Academic Publishers Group. A.H. Dordrecht, The Netherlands. 2001. P. 1-13.

73. Kleinhofs A., Kilian A., Saghai MarorofM., BiashevR. A molecular, isozyme and morphological map of the barley (Hordeum vulgare) genome. // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 86. P.705-712.

74. Klein-Lankhorst R., Rietveld P., Machiels B., Verkerk R., Wiede R., Gebhardt C., Koornneef M., Zabel P. RFLP markers linked to the root knot nematode resistance gene Mi in tomato///Theor. Appl. Genet. 1991. V. 81. P. 661-667.

75. Klein-Lankhorst R.M., Vermunt A., Weide R. Isolation of molecular markers for tomato (Lycopersicon esculentum) using random amplified polymorphic DNA (RAPD). // Theor. Appl. Genet. 1991. V. 83. P. 108-114.

76. Knapp S., Bohs L., Nee M., Spooner D.M. Solanaceae a model for linking genomics with biodiversity. // Comparative and Functional Genomics. 2004. V. 5. P. 285-291.

77. Koller B., Lehmann A., McDermott J.M., Gessler C. Identification of apple cultivars using RAPD markers. // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 85. P. 901-904.

78. Konieczny A., Ansubel F.M. A procedure for mapping Arabiclopsis mutations using co-dominant ecotype-specific PCR-based markers. // Plant J. 1993. V. 4(2). P. 403-410.

79. Krantz F.A., Eide C.J. Resistanceof common scab of potatoes in parental clones and thear hybrid progenies. // Am. Potato J. 1948. V. 25. P. 294-300.

80. Ma Z.Q., Sorrells M.E., Tanksley S.D. RFLP markers linked to powdery mildew resistance genes Pm 1, Pm 2, Pm 3 and Pm 4 in wheat. // Genome. 1994. V. 37. P. 871-875.

81. Mace E.S., Lester R.N., Gebhardt C.G. AFLP analysis of genetic relationships among the cultivated eggplant, Solarium melongena L., and wild relatives (Solanaceae). // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 99. P. 626-633.

82. Marczewski W., Hennig J., Gebhardt C. The Potato virus S resistance gene Ns maps to potato chromosome VIII. //Theor. Appl. Genet. 2002. V. 105. P. 564-567.

83. Martin G.B., Williams J.G.K., Tanskley S.D. Rapid identification of markers linked to Pseudomonas resistance in tomato by using random primers and near-isogenic lines. // Proc. Natl. Acad. USA. 1991. V. 88. P. 2336-2340.

84. Milbourne D., Meyer R.C., Collins A.J., Ramsay L.D., Gebhardt C., Waugh R. Isolation, characterization and mapping of simple sequence repeat loci in potato. // Mol. Gen. Genet. 1998. V. 259. P. 233-245.

85. Morgante M., Hanafer M., Powell W. Microsatellites are preferentially associated with nonrepetetive DNA in plant genomes. // Nat. Genet. 2002. V. 30. P. 194-200.

86. Morgante M., Olivieri A.M. PCR-amplified microsatellites as markers in plant genetics. // Plant J. 1993. V.3.P. 175-182.

87. Multani D.S., Lyon B.R. Genetic fingerprinting of Australian cotton cultivars with RAPD markers. // Genome. 1995. V. 35. P. 1005-1008.

88. Nei M., Li W.H. Mathematical model for studying genetic variation in terms of rectriction endonucleases. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1979. V. 76. P. 5269-5273.

89. Nunome T., Ishiguro K., Yoshida T., Hirai M. Mapping of fruit shape and color development traits in eggplant (Solarium melongena L.) based on RAPD and AFLP markers. //Breed. Sci. 2001. V. 51. P. 19-26.

90. Nunome T., Suwabe K., Iketani H., Hirai M. Identification and characterization of microsatellites in eggplant. //Plant Breeding. 2003. V. 122. P. 256-262.

91. Panaud 0., Chen X., McCouch S.R. Frequency of microsatellite sequence in rice (Oryza saliva L.). // Genome. 1995. V. 38. P. 1170-1176.

92. Paran I., Aftergoot E., Shifriss C. Variation in Capsicum annum revealed by RAPD and AFLP markers. // Euphytica. 1998. V. 99. P. 167-173.

93. Van de Peer Y., De Wacheter R. TREECON for Windows: A software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows enviroment. // Comp. Appl. Biosci. 1994. V. 10. P. 569-570.

94. Powell W., Morgante M., McDevitt R., Vendramin G.G.,Rafalski J. Polymorphic simple sequence repeat regions in chloroplast genomes: applications to the population genetics of pine. // Proc. Natl. Acad. USA. 1995. V. 92. P. 7759-7763.

95. Powell W., Machray G.C., Provan J. Polymorphism by simple sequence repeats. // Trends in plant science. 1996. V. 1. № 7. P. 215-222.

96. Prince J.P., Lackney V.K., Angeles C., Blauth J.R., Kyle M.M. A survey of DNA polymorphism within the genus Capsicum and the fingerprinting of peper cultivar. // Genome. 1995. V. 36. P. 404-417.

97. ReiterR.S., Williams J.G.K., FeldmanK.A. Global and local genome mapping in Arabidopsis thaliana by using recombinant inbred lines and random amplified polymorphic DNAs. // Proc. Natl. Acad. USA. 1992. V. 89. P. 1477-1481.

98. Roder M.S., Korzun V., Wendehake K., Plaschke J., Tixier M.-H., Leroy P., Ganal M.W. A microsatellite map of wheat. // Genetics. 1998. V. 149. P. 2007-2023.

99. Rodriguez J.M., Berke T., Engle L., Nienhuis J. Variation among and within Capsicum species revealed by RAPD markers. // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 99. P. 147-156.

100. Ross H. Inheritance of exstreme resistance to virus Y in S.stoloniferum and its hybrids with S.tuberosum. // Proc. 3rd Conf. Potato Virus Diseases, Lisse-Wageningen. 1958. P. 204.

101. Rostiana 0., Niwa M., Marubashi W. Efficiency of inter-simple sequence repeats PCR for detecting somaclonal variation among leaf-culture-regenerated plants of horseradish. // Breed. Sci. 1999. V. 49. P. 245-250.

102. Roy J.K., Balyan H.S., Prasad M., Gupta P.K. Use of SAMPL for a study of DNA polymorphism, genetic diversity and possible gene tagging in bread wheat. // Theor. Appl. Genet. 2002. V. 104. P. 465-472.

103. Saal B., Wricke G. Development of simple sequence repeats markers in rye (Secale cereale L). // Genome. 1999. V. 42. P. 964-972.

104. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 5463-5467.

105. SambrookJ., FritschE.F. ManiatisT. Molecular Cloning: A Laboratory Manual // Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.

106. Sanwen H., Baoxi Z., Milbourne D., Cardie L., Guimei Y., Janzhen G. Development of pepper SSR markers from sequence databases. // Euphytica. 2000. V. 117. P. 163-167.

107. Schachermayr G., Siedler H., Gale M.D., Winzeler H., Winzeler M., Keller B. Identification and localization of molecular markers linked to the Lr 9 leaf rust resistance gene of wheat. // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 88. P. 110-115.

108. Sneath P.H.A., Sokal R.P. Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification. // San Francisco: W.H. Freedman and Co. 1973.

109. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. // J. Mol. Biol. 1975. V. 98. P. 503-517.

110. Stevenson F., Schultz E., Clark C. Inheritance of immunity from virus X in the potato. // Phytopathology. 1939. V 29. P. 362.

111. Tang S., Yu J.K., Slabaugh M.B., Shintani D.K., Knapp S.J. Simple sequence repeat map of the sunflower genome. // Theor. Appl. Genet. 2002. V. 105. P. 1124-1136.

112. Taramino G., Tingey S. Simple sequence repeats for germplasm analysis and mapping in maize. // Genome. 1996. V. 39. P. 277-287.

113. Tautz D. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers.//Nucleic Acid Res. 1989. V. 17(16). P. 6463-6471.

114. Tautz D., Schlotterer C. Simple sequences. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1994. V. 4. P. 832837.

115. Toth G., Gaspari Z., Jurka J. Microsatellites in different eucariotic genomes: survey and analysis. // Genome Research. 2000. V. 10. P. 967-981.

116. Trognitz B., Ghislain M., Crissman G. Breeding potatoes with durable resistance to late blight using novee sources of resistance and noncon ventional methods of selection. // Circular. 1996. V. 22. № l.P. 6-9.

117. Vivek B.S., Simon P.W. Linkage relationships among molecular markers and storage root traits of carrot (Daucus carota L. ssp. sativus). // Theor. Appl. Genet. 1999. V. 99. P. 58-64.

118. Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Homes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., Zabeau M. ALFP: a new technique for DNA fingerprinting. // Nucleic Acid Res. 1995. V. 23. P. 4407-4414.

119. Vosman B., Arens P., Molecular characterization of GATA/GACA microsatallite repeats in tomato. // Genome. 1997. V. 40. P. 25-33.

120. WangZ., Weber J.L., ZhongG., TanksleyS.D. Survey of plant short tandem DNA repeats.//Theor. Appl. Genet. 1994. V. 88. P. 1-6.

121. Weeden N.F., Timmermann G.M., Hemmat M. Inheritance and reliability of RAPD markers. // Proc. Conf. Appl. RAPD Tech. Plant Breed. 1992. P. 12-17.

122. Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. // Nucleic Acid Res. 1990. V. 18. P. 7213-7218.

123. Williams K.J., Fisher J.M., Langridge P. Identification of RFLP markers linked to the cereal cyst nematode resistance gene (Cre) in wheat. // Theor. Appl. Genet. 1994. V. 89. P. 927-930.

124. Williams J.G.K., Kubelic A.R., Livak K.J. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. // Nucleic Acid Res. 1990. V. 18. P. 6531-6535.

125. Wolfe A.D., Xiang Q-Y., Kephard S.R. Assessing hybridization in natural populations of Penstemon (Scrophulariaceae) using hypervariable inter-simple sequence repeat markers. // Mol. Ecol. 1998. V.71.P. 1107-1125.

126. Wu K.S., Tanksley S.D. Abundance, polymorphism and genetic mapping of microsatellites in rice. // Mol. Gen. Genet. 1993. V. 241. P. 225-235.

127. Yu Y.G., et al. RFLP and microsatellite mapping of a gene for soybean mosaic virus resistance. // Phytopathology. 1994. V. 84. P. 60-64.

128. Zietkiewicz E.A., Rafalski A., Labuda D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain amplification. // Genomics. 1994. V. 20. P. 176183.