Сукцессии микробных сообществ твердых многокомпонентных сред в условиях антропогенного воздействия тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.08, доктор наук Галицкая Полина Юрьевна
Галицкая Полина Юрьевна
доктор наук
2019
- Специальность ВАК РФ03.02.08
- Количество страниц 290
Оглавление диссертации доктор наук Галицкая Полина Юрьевна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ................................................................................................................5
ВВЕДЕНИЕ............................................................................................................................................7
ГЛАВА 1. Обзор литературы...........................................................................................................14
1.1 Микроорганизмы: роль в естественных и антропогенных процессах, способы изучения...............................................................................................................................................14
1.2 Применение законов классической (макро)экологии к микробным сообществам ... 17
1.3 Микробиом почв..................................................................................................................22
1.3.1 Общие сведения о микроорганизмах почв..............................................................22
1.3.2 Представление об активной, потенциально активной и спящей микрофлоре почв ..........................................................................................................................................25
1.3.3 Активность микроорганизмов, обеспечивающая свойства почвы.......................27
1.3.4 Видовой состав микрофлоры почв...............................................................................29
1.4 Микробиом нефтезагрязненных почв.............................................................................31
1.4.1 Общие сведения о нефтяном загрязнении окружающей среды..........................31
1.4.2 Влияние нефтяного загрязнения на почвы.............................................................32
1.4.3 Пути микробной аэробной трансформации углеводородов................................33
1.4.4 Методы очистки почв от нефтезагрязнений...........................................................36
1.5 Микробиом компостов.......................................................................................................38
1.5.1 Общие сведения о процессе компостирования.......................................................38
1.5.2 Стадии компостирования...........................................................................................40
1.5.3 Физико-химические параметры компостирования..............................................42
1.5.4 Микроорганизмы компостов.....................................................................................45
1.5.5 Стабильность и зрелость компостов........................................................................47
1.6 Биочар: свойства и влияние на почву.............................................................................47
1.6.1 Общая характеристика биочара...............................................................................47
1.6.2 Физико-химические свойства биочара....................................................................51
1.6.3 Влияние биочара на почвы........................................................................................56
1.6.4 Влияние биочара на урожайность сельскохозяйственных культур..................65
1.6.5 Иммобилизация микроорганизмов на биочаре......................................................69
ГЛАВА 2. Методы и материалы...................................................................................................... 71
2.1 Схемы экспериментов........................................................................................................71
2.1.1 Модельный эксперимент: внесение в почву кадмия и глюкозы........................71
2.1.2 Модельный эксперимент: загрязнение почв трех типов (дерново-подзолистая, серая лесная, чернозем) нефтепродуктами в модельном эксперименте.................................71
2.1.3 Биоремедиация нефтезагрязненной почвы............................................................72
2.1.4 Компостирование смесей из отходов........................................................................73
2.1.5 Исследование влияния биочара на микробные сообщества почв и растения . 74
2.2 Методики анализа образцов..............................................................................................79
2.2.1 Определение физико-химических характеристик почв, отходов и компостов 79
2.2.2 Определение биологических характеристик почв, отходов и компостов.........82
2.2.3 Методы молекулярной биологии, используемые для оценки микробного сообщества почв.................................................................................................................................85
2.3 Иммобилизация консорциума микроорганизмов на пироугле..................................89
2.4 Статистическая обработка результатов.........................................................................90
ГЛАВА 3 Результаты и их обсуждение..........................................................................................92
3.1 Изменения структуры и функционирования почвенных микроорганизмов и свойств почвы при одновременном воздействии стимулирующего (внесение глюкозы) и ингибирующего (внесение кадмия) факторов в модельном эксперименте............................92
3.2 Ответные реакции микробных сообществ почв, относящихся к трем разным типам (дерново-подзолистая, серая лесная, чернозем), на загрязнение нефтепродуктами в модельном эксперименте................................................................................................................115
3.3 Сукцессии микробных сообществ почв, загрязненных нефтью, в ходе их биоремедиации методами биостимуляции и биоаугментации................................................139
3.4 Изменения микробных сообществ при компостировании смесей из органических отходов различного происхождения.............................................................................................152
3.4.1 Компостирование смесей из муниципальных отходов..........................................153
3.4.2 Компостирование смесей из сельскохозяйственных отходов...............................164
3.5 Влияние биочара из куриного помета на почвенные микробные сообщества и растения.............................................................................................................................................178
3.5.1 Выбор температуры пиролиза для изготовления биочара с оптимальными свойствами........................................................................................................................................179
3.5.2 Выбор дозы внесения биочара....................................................................................196
3.5.3. Влияние внесения биочара на характеристики почвы, растения и
микроорганизмы (установленное в ходе мелкоделяночного эксперимента).......................201
ЗАКЛЮЧЕНИЕ................................................................................................................................220
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ...................................................................226
ПРИЛОЖЕНИЕ А............................................................................................................................277
ПРИЛОЖЕНИЕ Б............................................................................................................................2BB
ПРИЛОЖЕНИЕ В............................................................................................................................2B9
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
AMC - 7-амино-4-метилкумарин
AWCD - average well colour development (средняя окрашенность ячеек) C, N, P, K, Cd, Ni, S - стандартные обозначения химических элементов GI - germination index (индекс прорастания)
ISO - International Organization for Standardization (Международная организация по стандартизации)
ITS - interspace region (участок 18S рРНК гена) MUB - 4-метилумбеллиферон
NMDS (MDS) - неметрическое (метрическое) многомерное шкалирование pNP - паранитрофенол
SEM - scanning electron microscopy (сканирующая электронная микроскопия)
ГА, ЦА, ФА, АА - активности ферментов 1,4-Р-глюкозидазы, целлобиозы, кислой фосфатазы, лейцин-аминопептидазы
ГОСТ - государственный стандарт
ГХ-МС - газовая хроматография с масс-спектрометрией
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ИК - инфракрасный
КОЕ - колониеобразующие единицы
ОТЕ - операционная таксономическая единица
ПАУ - полиароматические углеводороды
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ПЦР - полимерная цепная реакция
РНК - рибонуклеиновая кислота
РОУ - растворимый органический углерод
рРНК - рибосомальная РНК
Смик — углерод микробной биомассы
Сорг - органический углерод
СПС - степень потребления углеродных субстратов ЭВМ - электронно-вычислительная машина ЯМР - ядерно-магнитный резонанс
ВВЕДЕНИЕ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Экология (по отраслям)», 03.02.08 шифр ВАК
Структура и биохимическая активность микробных сообществ нефтяных отходов при их ремедиации2019 год, кандидат наук Бикташева Лилия Рамилевна
Эколого-биохимические процессы, протекающие при трансформации органических субстратов, и возможности их практического использования для биоремедиации почв2021 год, доктор наук Беловежец Людмила Александровна
Токсиколого-микробиологические аспекты биоремедиации нефтешлама-отхода нефтехимического производства2003 год, кандидат биологических наук Никитина, Елена Владимировна
Эколого-биологические факторы и механизмы ремедиации антропогенно-нарушенных почв0 год, доктор биологических наук Терещенко, Наталья Николаевна
Биоремедиация нефтезагрязненных почв органическими компонентами отходов пищевой (пивоваренной) промышленности2015 год, кандидат наук Руденко, Елена Юрьевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Сукцессии микробных сообществ твердых многокомпонентных сред в условиях антропогенного воздействия»
Актуальность темы исследования
Обязательными компонентами всех экосистем на Земле являются продуценты, осуществляющие синтез органических веществ из неорганических, и редуценты, минерализующие органические вещества и возвращающие элементы в их круговороты. Микробы являются уникальными организмами, которые способны выполнять обе функции, причем разлагать органические соединения могут только они. Обладая высокой скоростью роста и способностью обитать при экстремальных значениях факторов среды, микроорганизмы являются идеальными драйверами многих биотехнологических процессов - от производства пищевых продуктов до утилизации отходов. Использование одного или нескольких микроорганизмов в биотехнологиях практикуется человеком в течение столетий: изучены основные параметры, лимитирующие факторы и способы управления. Значительно сложнее управлять процессами, которые осуществляют сообщества микроорганизмов, например, в случае компостирования органических отходов, биоремедиации загрязненных объектов или внесения в почву органических удобрений. Первым этапом для разработки стратегии управления такими процессами является получение информации о сукцессиях, происходящих в микробных сообществах в результате тех или иных воздействий, и о факторах, которые на них влияют [Straathof и др., 2019].
Воздействия на экосистемы приводят к сложной сети изменений внутри них: а) изменениям абиотических факторов, б) прямой элиминации или стимулированию развития одних видов, в) изменению функционирования связанных с ними других видов, г) воздействию измененных факторов и на одних и на других, и, наконец, д) к изменению абиотических параметров среды измененной биотой [Umesha, K. Singh, P. Singh, 2018]. Развитие методов оценки численности отдельных видов и групп микроорганизмов, численности специфических генов, структуры микробных сообществ, высокопроизводительных методов оценки активности и физиологических свойств микроорганизмов позволило по-новому взглянуть на функционирование и состав микробиомов естественных и антропогенно измененных экосистем. В настоящее время исследователями наполняется пул информации об ответных реакциях сообществ микроорганизмов во всей их сложности на действия отдельных биотических или абиотических факторов или их комплекса [Adams и др., 2015; Lehmann, Joseph, 2009a].
Среди естественных экосистем, наиболее сложным составом, как с точки зрения абиотических параметров, так и с точки зрения биоты, обладают почвы. Для понимания функционирования почвенной биоты, в частности, микрофлоры традиционно рассматриваются
такие аспекты, как респираторная и ферментативные активности, биомасса, физиологические характеристики, видовой состав. Исследователями характеризуются эдафические факторы, играющие значимую роль в формировании состава почвенной биоты. В последнее время интерес авторов сосредоточен на выявлении сайтов с наибольшей микробной активностью, при этом показано, что при нормальных условиях функционирования экосистем не вся микрофлора почвы находится в активном состоянии. Серия работ посвящена исследованию влияния отдельных факторов (например, поступления токсикантов) на почвенные микроорганизмы, при этом недостаточно изучено одновременное совместное влияние разнонаправленных факторов. Имеются лишь единичные публикации, касающиеся общих для различных почв паттернов изменений сообществ в ходе сукцессий при смене факторов среды. Недостаточно освещены вопросы, касающиеся обеспечения устойчивости микробных популяций в изменяющихся условиях [Ledo и др., 2019; Lehmann и др., 2011a; Piotrowska-Dlugosz, Breza-Boruta, Dlugosz, 2019b; Rousk и др., 2010; Rutgers и др., 2016].
Среди искусственных, к наиболее сложным экосистемам относятся твердые отходы, в состав которых наряду с потенциально полезными веществами входят и трудноразлагаемые и токсичные компоненты, например, нефтепродукты, тяжелые металлы, лекарственные препараты. Накопление отходов ведет к изъятию элементов из их естественных круговоротов, занятию новых площадей под полигоны отходов, распространению заболеваний и выделению токсинов при горении в случае неправильной эксплуатации. В связи с этим разработка способов переработки отходов, позволяющих использовать их полезные компоненты, крайне важна. В настоящее время достаточно хорошо изученными являются процессы анаэробной и аэробной трансформации органических отходов - сбраживание и компостирование. Имеются публикации, посвященные структуре и сукцессиям микробных сообществ в течение этих процессов. Однако как правило, они описывают микробиомы, развивающиеся при переработке отдельных видов субстратов (отходов), а не смесей из них. Имеются лишь единичные попытки обобщения и анализа информации о микробных сообществах, полученных из разных опытов по сбраживанию и компостированию. Имеющиеся в литературе результаты исследований не позволяют сделать однозначного вывода об эффективности трех методов биоремедиации -биостимуляции, ландфарминга и биоаугментации. Обсуждаются вопросы выживаемости интродуцированных штаммов и их роли в изменениях, происходящих в процессе биоремедиации в экосистемах - на уровне изменений физико-химических характеристик, интегральных микробных и растительных параметров, а также структуры микробных сообществ [Hultman и др., 2010; Insam, Bertoldi de, 2007a; Neher и др., 2013; Onwosi и др., 2017; Shrestha и др., 2011].
Новая информация о структурной организации и направленности сукцессий микробных сообществ в плотных многокомпонентых средах (почвах и отходах) станет основой для эффективного управления микробными процессами в биотехнологиях, основанных на использовании консорциумов и сообществ, а не монокультур микроорганизмов.
Целью данной работы стало выявление закономерностей изменений микробных сообществ сложных многокомпонентных сред (почв, муниципальных и сельскохозяйственных отходов) при воздействии биотических и абиотических факторов. Для достижения цели были поставлены следующие задачи:
1. Проанализировать изменения структуры и функционирования почвенных микроорганизмов и свойств почвы при одновременном воздействии стимулирующего (внесение глюкозы) и ингибирующего (внесение кадмия) факторов в модельном эксперименте.
2. Проанализировать сходства и различия ответных реакций микробных сообществ почв, относящихся к трем разным типам (дерново-подзолистая, серая лесная, чернозем), на загрязнение нефтепродуктами в модельном эксперименте.
3. Охарактеризовать сукцессии микробных сообществ почв, загрязненных нефтью, в ходе их биоремедиации методами биостимуляции и биоаугментации. Выявить закономерности взаимодействия аборигенных микроорганизмов и штаммов-интродуцентов.
4. Определить основные направления сукцессий микробных сообществ при компостировании смесей из органических отходов различного происхождения.
5. Разработать технологию термической переработки сельскохозяйственного отхода (куриного помета), а также способ применения полученного продукта - биочара - в качестве почвоулучшителя. Оценить эффекты от внесения биочара в почву с точки зрения изменения ее плодородности, физико-химических характеристик и изменений в составе и функционировании микробных сообществ.
Научная новизна
• Получены новые данные о сукцессиях микробных сообществ в процессе компостирования смесей субстратов. Показано, что абиотические факторы компостирования (изменяющиеся вместе с его длительностью) оказывают большее влияние на структуру микробных сообществ компостов, чем исходные характеристики субстратов. Установлено, что схожесть микробных сообществ из разных субстратов, возрастает в процессе компостирования, при этом в составе зрелых сообществ все же присутствуют уникальные виды из первоначального микробного пула субстратов. Методами молекулярной биологии подтверждена закономерность, ранее установленная для культивируемых микроорганизмов: бактериальные и грибные сообщества в компостах изменяются асинхронно.
• С использованием метода секвенирования нового поколения впервые установлено, что до 83% микробного пула почв трех типов (серая лесная, дерново-подзолистая, чернозем) составляют таксоны, встречающиеся во всех трех из них, до 17% - в двух из них, и лишь 6-12% составляют уникальные для типа почвы ОТЕ. Нефтяное загрязнение приводит к изменению микробных сообществ различных почв, при этом направленность сукцессий имеет одинаковые тренды, несмотря на значительные различия их физико-химических характеристик. Доминирующими в загрязненных почвах становятся микроорганизмы почвенного пула, а не привнесенной нефти. После внесения нефти в почвах всех трех типов доминируют представители класса TM7-3 и рода Rhodococcus, обилие которых возросло с менее чем 1% (в незагрязненных почвах) до 28 и 22% соответственно.
• Получены новые знания об эффективности биоаугментации при очистке нефтезагрязненной почвы в сравнении с биостимуляцией. Показано, что микробные сообщества, осуществляющие деструкцию углеводородов нефти, изменяются однонаправленно при применении каждой из трех стратегий очистки - биостимуляции с использованием аэрирования и увлажения, с дополнительным внесением биочара, с дополнительным внесением биочара с иммобилизованными штаммами-деструкторами нефтепродуктов (Pseudomonas aeruginosa или Acinetobacter radioresistens). Выявлено, что, несмотря на схожую структуру, сообщества различаются функциональной активностью, выраженной в достоверно различающейся респираторной активности и фитотоксичности почв.
• Впервые создана технология переработки сельскохозяйственного отхода (куриного помета), позволяющая получить нетрадиционное удобрение (биочар), внесение которого позволяет сохранить устойчивость микробных сообществ почв и одновременно увеличивает продуктивность растений. В мелкоделяночном эксперименте на яровой пшенице (сорт «Йолдыз Элита») и яровом ячмене (сорт «Раушан») показано, что ответная реакция микробных сообществ почв на обработку почвы биочаром состоит в малозначительных изменениях функциональной активности, но не в изменении структуры. Показано, что эффективность применения биочара, оцененная на основании урожайности пшеницы, выше таковой при применении комплексного минерального удобрения «Диаммофоска» и пестицида «Колоссаль», а на основании урожайности ячменя - сопоставима с ней.
Теоретическая и практическая значимость
Полученные результаты вносят вклад в пул знаний об организации и функционировании микробных сообществ сложных многокомпонентных сред естественного и антропогенного происхождения - почв и отходов. Данные о разнообразии микроорганизмов в указанных средах дополняют глобальные информационные базы данных. Полученные результаты и сделанные на
их основе обобщения об особенностях влияния факторов на микроорганизмы, механизмах устойчивости микробных популяций в изменяющихся условиях, закономерностях изменений микробных сообществ в ходе сукцессий в почвах и отходах являются крупным научным достижением в области экологии микроорганизмов.
Полученные знания положены в основу биотехнологий компостирования смесей из органических отходов, рекультивации нефтезагрязненных почв, утилизации куриного помета, повышения почвенного плодородия. Разработанные в ходе выполнения работ способы и методы нашли применение в реальном секторе экономики. Получены патенты на изобретения и свидетельства о регистрации программ для ЭВМ и баз данных. Способ биоремедиации нефтезагрязненных почв внедрен на ООО «НПП «Биотех», способ утилизации куриного помета методом пиролиза и удобрения сельхозугодий биочаром - на крупных сельскохозяйственных предприятиях - ООО «Заинский Сахар», ООО «Челны-Бройлер». Таким образом, при выполнении диссертационной работы решена научная проблема, имеющая важное народнохозяйственное значение.
Материалы, полученные в ходе выполнения данной работы, используются в курсах «Методы молекулярной биологии в экологии и природопользовании», «Качество почв и биологические методы его оценки», «Биотехнологии обезвреживания органических токсикантов и рекультивация почв» магистерских программ направления «Экология и природопользование» в Институте экологии и природопользования Казанского (Приволжского) федерального университета.
Основные положения, выносимые на защиту
• Бактериальные сообщества почв разных типов (серая лесная, дерново-подзолистая, чернозем) более чем на 80% схожи по своему составу, в т. ч. по составу доминантов. Этим обусловлены схожие направления сукцессий таких сообществ при загрязнении почв углеводородами.
• Интродукция штаммов со специфическими свойствами (штаммов-деструкторов нефтепродуктов Pseudomonas aeruginosa и Acinetobacter radioresistens) в нефтезагрязненные почвы не приводит к изменениям интегральных показателей биоремедиации - общего содержания углеводородов, биомассы микроорганизмов, долговременному изменению структуры бактериальных сообществ, однако изменяет фитотоксичность почв, что, вероятно, связано с образованием менее токсичных интермедиатов в процессе трансформации углеводородов микроорганизмами.
• Сукцессии микробных сообществ в компостных смесях, состоящих из нескольких субстратов, происходят однонаправленно, имеют схожую динамику типов микроорганизмов.
При этом в составе смесей на всех стадиях процесса компостирования присутствуют уникальные для каждой смеси организмы (ОТЕ).
• Эффект от совместного внесения в почву кадмия и глюкозы на структуру микробных сообществ в основном определяется действием глюкозы, особенно это выражено в почвах с высоким содержанием органического вещества и уровнем биомассы микроорганизмов.
• Биочар из куриного помета, изготовленный в режиме slow-пиролиза, при его внесении в почву не приводит к значимым изменениям в функционировании и структуре бактериальных сообществ почв, при этом значительно увеличивает содержание биогенных элементов. Этим, в основном, обусловлено его положительное действие на повышение урожайности растений.
Апробация работы и публикации
По теме диссертации опубликовано 65 работ, в т. ч. 47 в журналах, индексируемых в базах Scopus и Web of Science, и 18 в отечественных журналах, индексируемых в базе РИНЦ и рекомендованных ВАК, издано 5 монографий, получено 7 свидетельств о государственной регистрации программ для ЭВМ и баз данных и 4 патента РФ на изобретение.
Результаты работы были представлены и обсуждены на конференциях: 27th European Biomass Conference and Exhibition (2019, Лиссабон, Португалия), International Multidisciplinary Scientific GeoConference SGEM (2014, 2016, 2017), European Geosciences Union General Assembly (2014-2018, Вена, Австрия), 4th International Conference on Environmental Management, Engineering, Planning and Economics (CEMEPE) and SECOTOX Conference (2013, остров Миконос, Греция), International Dissemination Seminar: Biomedicine, Bioeconomics and Ecology (2014, 2019, Казань, Россия), The First Global Soil Biodiversity Conference (2014, Дижон, Франция), 15th International Wastemanagement and Landfill Symposium (2015, 2017, Сардиния, Италия), ECO BIO Conference (2016, Роттердам, Нидерланды), IV Международный экологический конгресс (VI Международная научно-техническая конференция) «Экология и безопасность жизнедеятельности промышленно-транспортных комплексов» (2013, Тольятти, Россия), I Международная (XIV региональный) научная конференция «Техногенные системы и экологический риск» (2017, Обнинск, Россия).
Разработанные подходы апробированы на предприятиях реального сектора экономики. Так, способ биоремедиации нефтезагрязненных почв был применен ООО «НПП «Биотех» при устранении застарелого разлива нефти на юго-востоке Республики Татарстан в 2017 г. Метод получения и применения биочара для повышения плодородия почв был использован предприятиями ООО «Заинский Сахар», ООО «Челны-Бройлер» в 2018 и 2019 гг.
Исследования поддержаны грантами Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ): № 18-29-25054, 2018-2021 гг. (глава 3.4), № 16-04-00443, 2016-2018 гг (глава 3.4), №
15-04-04520, 2015-2017гг (глава 3.1), № 11-04-00263, 2011-2013 гг, (глава 3.3); Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технического комплекса на 2014-2020 гг.»: № 14.581.21.0024, 2017-2020 гг. (уникальный номер проекта RFMEFI58117X0024) (глава 3.5), № 14.578.21.0089, 2014-2016 гг. (глава 3.4), Российского научного фонда (РНФ): № 17-74-20183, 2017-2020 гг (глава 3.2); Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере № 6825р/9451, 2010-2011 гг, № 9952р/9451, 2012-2014 гг (глава 3.1-3.5), грантами Правительства Республики Татарстан «Алгарыш» (2010, 2012, 2015 гг), программами Fulbright (США, 2018 г) и DAAD (ФРГ, 2006, 2008, 2014, 2015 гг).
Личный вклад автора
Автором диссертации совместно с научным консультантом сформулированы цель, задачи исследований и выбраны основные направления их выполнения. Все экспериментальные результаты, изложенные в работе, получены автором лично, либо при его непосредственном участии. Лично диссертантом осуществлены обобщение и анализ полученных результатов, проведено их сравнение с имеющимся мировым уровнем, сформулированы выводы. Основная часть экспериментальной работы проведена на базе лабораторий «Экологические инновации» и OpenLab «Биоконтроль» Казанского (Приволжского) федерального университета, руководителем которых является соискатель. Часть работ выполнена на базе Института прикладной микробиологии Института им. Ю. Либиха (г. Гиссен, ФРГ), Института биоэнергетики университета г. Беркли (Калифорния, США), департамента наук об окружающей среде университета Хельсинки (Финляндия), кафедры микробиологии университета г. Тель-Авив (Израиль). Работы по секвенированию микробных сообществ выполнены на базе Междисциплинарного центра коллективного пользования, по микроскопировнию образцов - на базе Междисциплинарного центра «Аналитическая микроскопия» Казанского (Приволжского) федерального университета.
В работу частично вошли результаты планируемой к защите кандидатской диссертации Даниловой Н. В., выполненной под руководством автора.
Объем и структура работы.
Работа изложена на 290 страницах, содержит 71 рисунок и 41 таблицу, состоит из введения, обзора литературы (глава 1), описания методов и материалов (глава 2), описания и обсуждения результатов исследования (глава 3), заключения, списка литературы из 788 источников и 3 приложений.
ГЛАВА 1. Обзор литературы
1.1 Микроорганизмы: роль в естественных и антропогенных процессах, способы
изучения
Большая часть биомассы Земли представлена микроорганизмами, несмотря на их несравнимо более мелкие размеры по сравнению с представителями других таксонов [Whitman, Coleman, Wiebe, 1998]. Также микроорганизмы отличаются наибольшим биологическим разнообразием на планете [Bodelier, 2011; Rusch и др., 2007]. Они являются неотъемлемой частью круговоротов элементов, поддерживая функционирование экосистем.
Ряд функций микроорганизмов используется человеком для получения полезных продуктов, ремедиации загрязнений, утилизации отходов, повышения плодородия и др. [Bentzon-Tilia, Sonnenschein, Gram, 2016; Falkowski, Fenchel, Delong, 2008; Trejo-Perea и др., 2018; Umesha, K. Singh, P. Singh, 2018] (Таблица 1.1).
В целом, использование микроорганизмов в промышленных или сельскохозяйственных целях является основой большей части применяемых во всем мире биотехнологий [Umesha, K. Singh, P. Singh, 2018]. Последние можно разделить на две неравные группы: первая - основная - эксплуатирует свойства монокультуры микроорганизмов или нескольких отдельно применяемых монокультур, вторая же основана на эксплуатации свойств микробных консорциумов [Straathof и др., 2019]. К первой группе относятся, в частности, использование биопрепаратов для повышения урожайности в сельском хозяйстве: азотфиксаторов (Azotobacter, Beijerinkia, Nostoc, Rhizobium, Azospiillum), фосфатмобилизующих и фосфатсолюбилизующих бактерий и микромицет (Bacillus megaterium, Pseudomonas striata, Glomus sp., Gigaspora sp., Acaulospora sp.), бактерий-стимуляторов роста растений (Pseudomonas fluorescence), микроорганизмов, выделяющих биопестициды (Agrobacterium radiobacter, Bacillus subtilis, Bacilluspumilus, Streptomyces, Trichoderma sp., Burkholderia cepacia, Gliocladium catenulatum, Bacillus thuringiensis, Beauveria bassiana, Myrothecium verrucaria) [Umesha, K. Singh, P. Singh, 2018]. Для внедрения той или иной микробной биотехнологии, относящейся к первой группе, необходимо реализовать этапы, представленные на рисунке 1.1.
Ко второй группе относятся: использование консорциумов для очистки сточных вод, переработки отходов методами компостирования и сбраживания, очистка нефтезагрязненных почв и нефтешламов и ряд других. Внедрение биотехнологического процесса, основанного на использовании микробного сообщества, и управление им - значительно более сложная задача, поскольку регулируемые факторы (например, температура, влажность, рН среды, введение или исключение питательных элементов, интродукция видов) могут стимулировать
функционирование одних видов и подавлять - других. Кроме того, факторы могут изменять взаимодействия видов, входящих в состав консорциума, друг с другом. Для использования консорциумов микрорганизмов в практических целях необходима детальная информация об их структуре и функционировании.
Таблица 1.1 - Примеры использования микроорганизмов в промышленности и сельском
хозяйстве
Группа микроорганизмов Процесс Использование в практике
Фосфатмобилизующие бактерии Перевод соединений фосфора в водорастворимую форму Повышение плодородия в сельском хозяйстве
Азотфиксирующие бактерии Фиксация атмосферного азота, перевод в доступные растениям формы Повышение плодородия в сельском хозяйстве
Гетеротрофные аэробные и анаэробные бактерии и археи Разложение органического вещества Очистка сточных вод, утилизация органических отходов (компостирование, сбраживание)
Углеводородокисляющие микроорганизмы Разложение углеводородов Выработка биосурфактантов Биоремедиация нетфезагрязненных территорий и акваторий Утилизация нефтешламов Увеличение нефтеотдачи
Супрессоры фитопатогенов (бактерии и микромицеты) Выделение ингибирующих соединений, стимуляция резистентности растений, хищничество, конкуренция Борьба с заболеваниями растений в сельском и лесном хозяйстве
Микроорганизмы, синтезирующие антибиотики Микроорганизмы выделяют антибиотики для борьбы с конкурентами (паразитами, хищниками) Производство лекарственных препаратов
Метаногенные археи и бактерии Трансформация органического вещества с получением биодизеля, биогаза Получение вторичных источников энергии
Микроорганизмы, осуществляющие спиртовое брожение Ферментация крахмала/сахаров с получением этанола Производство спирта
Лигнино-и целлюлолитические микромицеты и бактерии Ферментация древесных отходов Переработка отходов с получением биоэтанола
Бактерии, способствующие росту растений (plant growth promoting bacteria) Выделение гормонов роста и других стимуляторов роста растений в ходе симбионтного взаимодействия в ризосфере Повышение урожайности в сельском хозяйстве
Деструкторы углеводородов, продуценты биосурфактантов Утилизация углеводородов нефти Биоремедиация нефтезагрязненных почв и нефтешламов Повышение нефтеотдачи
Пул такой информации может быть создан при детальном изучении структуры микробных сообществ естественных и антропогенных экосистем в условиях действия различных факторов [Adams и др., 2015; Jiang и др., 2017; Koshlaf, S Ball, 2017; Lehmann и др., 2011c].
1. Изучение механизма биологическог о процесса.
Изоляция микробного
агента, осуществляю щего процесс
4
/• <
2. Изучение факторов, влияющих на интенсивность биологическог о процесса. Получение зависимости "фактор-ответ"
♦
* «
3.
Моделирован ие
биологическог о процесса
при направленно м изменении фактора (факторов)
*
4.Создание принципиальн ой концепции биотехнологи
ческого производства
4
*
5. Подбор условий, режимов, оборудования
для осуществлени я
биотехнологи ческого процесса
♦
6.
Мелкомасшта бное, далее -крупномасшта
бное производство
Рисунок 1.1 - Этапы внедрения биотехнологии, основанной на использовании монокультуры
микроорганизмов
В последние десятилетия представления о комплексности и структуре микробных сообществ значительно изменились, благодаря новым техникам исследований микробиома. Тем не менее, ученые лишь в начале понимания организации сложных микробных сообществ, взаимодействий их членов между собой, с биотическими и абиотическими факторами [Goodrich и др., 2017]. Представления о механизмах формирования и функционирования микробных сообществ расширят возможности рационального использования экосистемных функций, в т. ч. поддержания круговоротов элементов, микробно-растительных взаимодействий для увеличения урожайности, рекультивации почв и проч. [Sergaki и др., 2018]. Снижение стоимости секвенирования, развитие новых технологий анализа и методов биоинформатики привело к появлению т. н. омиксных технологий. Среди них выделяют четыре основных группы:
- метатаксономное секвенирование ампликонов, полученных с использованием специфических праймеров (специфических или групповых, например, к 16S рРНК гену бактерий и архей или ITS региону для эукариот);
- шотган-секвенирование полного генома или транскриптома;
- детекция отделенных или фрагментированных белков (часто в сочетании с жидкостной хроматографией) - метапротеомика;
- детекция метаболитов с использованием масс-спектрометрии или ядерно-магнитного резонанса (метаболомика) [Carvalhais и др., 2012; Fierer, 2017; Hirsch, Mauchline, Clark, 2010; Tkacz, Poole, 2015].
Пространственное и временное распространение микроорганизмов длительное время рассматривалось в парадигме гипотезы Л. Г. М. Басса Бекинга, гласящей, что «все повсюду, но среда отбирает» [Baas Becking, 1934]. Однако с появлением новых методов оценки разнообразия микроорганизмов, включая секвенирование нового поколения, было выявлено, что микроорганизмы, так же как и растения и животные, имеют выраженную биогеографическую привязку, обусловленную историей развития местообитаний и их особенностями [Fierer, Jackson, 2006; Zhou и др., 2008].
Похожие диссертационные работы по специальности «Экология (по отраслям)», 03.02.08 шифр ВАК
Активное органическое вещество как регулятор процессов трансформации азота и углерода в дерново-подзолистых почвах2013 год, кандидат наук Орлова, Ольга Владимировна
Разработка комплексных форм биопрепарата для биоремедиации загрязненных нефтяными углеводородами почв и водных сред2012 год, кандидат технических наук Шарапова, Ирина Эдмундовна
Оценка опасности и способы ремедиации нефтешламов, содержащих природные радионуклиды2013 год, кандидат биологических наук Гумерова, Раушания Ханифовна
Биологические и технологические аспекты микробной очистки сточных вод и природных объектов от поверхностно-активных веществ и нефтепродуктов2000 год, доктор биологических наук Турковская, Ольга Викторовна
Микробиологические технологии в процессах ремедиации природных и техногенных объектов2009 год, доктор биологических наук Силищев, Николай Николаевич
Список литературы диссертационного исследования доктор наук Галицкая Полина Юрьевна, 2019 год
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ
1. Abaye D.A., Brookes P.C. Relative importance of substrate type and previous soil management in synthesis of microbial biomass and substrate mineralization // Eur. J. Soil Sci. 2006. T. 57. № 2. C. 179-189.
2. Abbasian F. u gp. A Comprehensive Review of Aliphatic Hydrocarbon Biodegradation by Bacteria // Appl. Biochem. Biotechnol. 2015. T. 176. № 3. C. 670-699.
3. Abed R.M.M. u gp. Characterization of hydrocarbon-degrading bacteria isolated from oil-contaminated sediments in the Sultanate of Oman and evaluation of bioaugmentation and biostimulation approaches in microcosm experiments // Int. Biodeterior. Biodegrad. 2014. T. 89. C. 58-66.
4. Abed R.M.M., Al-Kharusi S., Al-Hinai M. Effect of biostimulation, temperature and salinity on respiration activities and bacterial community composition in an oil polluted desert soil // Int. Biodeterior. Biodegrad. 2015. T. 98. C. 43-52.
5. Abo-Elmagd M. u gp. Radiological hazards of TENORM in the wasted petroleum pipes // J. Environ. Radioact. 2010.
6. Acosta-Martinez V., Cano A., Johnson J. Simultaneous determination of multiple soil enzyme activities for soil health-biogeochemical indices // Appl. Soil Ecol. 2018.
7. Adams G.O. u gp. Bioremediation , Biostimulation and Bioaugmention: A Review // ^International J. Environ. Bioremediation Biodegrad. 2015. T. 3. № 1. C. 28-39.
8. Afzal M. u gp. Soil type affects plant colonization, activity and catabolic gene expression of inoculated bacterial strains during phytoremediation of diesel // J. Hazard. Mater. 2011. T. 186. № 2-3. C. 1568-1575.
9. Agarwal A., Liu Y. Remediation technologies for oil-contaminated sediments // Mar. Pollut. Bull. 2015. T. 101. № 2. C. 483-490.
10. Agegnehu G., Srivastava A.K., Bird M.I. The role of biochar and biochar-compost in improving soil quality and crop performance: A review // Appl. Soil Ecol. 2017. T. 119. C. 156-170.
11. Agers0 Y., Jensen L. The identification of a tetracycline resistance gene tet (M), on a Tn916-like transposon, in the Bacillus cereus group // FEMS Microbiol. Lett. 2002. T. 214. № 2. C. 251-256.
12. Agler M.T. u gp. Microbial Hub Taxa Link Host and Abiotic Factors to Plant Microbiome Variation // 2016.
13. Agnello A.C. u gp. Comparative bioremediation of heavy metals and petroleum hydrocarbons co-contaminated soil by natural attenuation, phytoremediation, bioaugmentation and bioaugmentation-assisted phytoremediation. // Sci. Total Environ. 2015. T. 563-564. C. 693-703.
14. Ak9a M.O., Namli A. Effects of poultry litter biochar on soil enzyme activities and tomato, pepper
and lettuce plants growth // Eurasian J. soil Sci. 2015. T. 4. № 3. C. 161-168.
15. Akhter A. u gp. Potential of Fusarium wilt-inducing chlamydospores, in vitro behaviour in root exudates and physiology of tomato in biochar and compost amended soil // Plant Soil. 2016. T. 406. № 1-2. C. 425-440.
16. Al-Kindi S., Abed R.M.M. Comparing Oil Degradation Efficiency and Bacterial Communities in Contaminated Soils Subjected to Biostimulation Using Different Organic Wastes // Water. Air. Soil Pollut. 2016a. T. 227. № 1.
17. Al-Kindi S., Abed R.M.M. Effect of biostimulation using sewage sludge, soybean meal, and wheat straw on oil degradation and bacterial community composition in a contaminated desert soil // Front. Microbiol. 2016b. T. 7. № MAR.
18. Al-Mutairi N., Bufarsan A., Al-Rukaibi F. Ecorisk evaluation and treatability potential of soils contaminated with petroleum hydrocarbon-based fuels // Chemosphere. 2008. T. 74. № 1. C. 142-148.
19. Alef K., Nannipieri P. Methods in applied soil microbiology and biochemistry. : Academic Press, 1995. 576 c.
20. Alexander M. How toxic are toxic chemicals in soil? // Environ. Sci. Technol. 1995. T. 29. C. 2713-2717.
21. Allison S.D., Goulden M.L. Consequences of drought tolerance traits for microbial decomposition in the DEMENT model // Soil Biol. Biochem. 2017. T. 107. C. 104-113.
22. Alvarez P.J.J., Illman W.A. Bioremediation and Natural Attenuation. : John Wiley & Sons, Inc., 2005.
23. Ameloot N. u gp. Short-term CO2 and N2O emissions and microbial properties of biochar amended sandy loam soils // Soil Biol. Biochem. 2013. T. 57. C. 401-410.
24. Amonette J., Joseph S. Characteristics of Biochar - Micro-chemical Properties // Biochar for Environmental Management: Science and Technology / nog peg. J. Lehmann, S. Joseph. London, UK: Earthscan, 2009. C. 33-52.
25. Amonette J.E. u gp. An Exploration of the Physico-chemical Diversity of a Suite of Biochars // Am. Geophys. Union, Fall Meet. 2008, Abstr. id. B31G-0379. 2008.
26. Ananyeva N.D. u gp. Microbial respiration activities of soils from different climatic regions of European Russia // Eur. J. Soil Biol. 2008. T. 44. № 2. C. 147-157.
27. Anastasi A., Varese G.C., Filipello Marchisio V. Isolation and identification of fungal communities in compost and vermicompost // Mycologia. 2005. T. 97. № 1. C. 33-44.
28. Anderson C.R. u gp. Biochar induced soil microbial community change: Implications for biogeochemical cycling of carbon, nitrogen and phosphorus // Pedobiologia (Jena). 2011a. T. 54. № 5. C. 309-320.
29. Anderson C.R. u gp. Biochar induced soil microbial community change: Implications for
biogeochemical cycling of carbon, nitrogen and phosphorus // Pedobiologia (Jena). 2011b. T. 54. № 56. C. 309-320.
30. Anderson T.-H., Domsch K.H. Soil microbial biomass: The eco-physiological approach // Soil Biol. Biochem. 2010. T. 42. № 12. C. 2039-2043.
31. Anderson T.H. Microbial eco-physiological indicators to asses soil quality // Agric. Ecosyst. Environ. 2003. T. 98. № 1-3. C. 285-293.
32. Anderson T.H., Domsch K.H. Application of eco-physiological quotients (qCO2 and qD) on microbial biomasses from soils of different cropping histories // Soil Biol. Biochem. 1990. T. 22. № 2. C. 251-255.
33. Andrews J., Schlesinger W. Soil Respiration and Global Carbon Cycle // Biogeochemistry. 2000. T. 48. № 1. C. 7-20.
34. Antonio Marcondes de Souza J. u gp. The Family Bradyrhizobiaceae // The prokaryotes: Alphaproteobacteria and betaproteobacteria / nog peg. E. Rosenberg. Berlin Heidelberg: SpringerVerlag, 2014. C. 135-154.
35. Antunes L.P. u gp. Microbial community structure and dynamics in thermophilic composting viewed through metagenomics and metatranscriptomics // Sci. Rep. 2016. T. 6.
36. Anuradha S. u gp. Candida sake - A Rare Cause of Fungal Endocarditis. Med J Malaysia: , 2008. 75-76 c.
37. Arslan E.I., Ünlü A., Topal M. Determination of the Effect of Aeration Rate on Composting of Vegetable-Fruit Wastes // Clean - Soil, Air, Water. 2011. T. 39. № 11. C. 1014-1021.
38. Asai H. u gp. Biochar amendment techniques for upland rice production in Northern Laos. 1. Soil physical properties, leaf SPAD and grain yield // F. Crop. Res. 2009. T. 111. № 1-2. C. 81-84.
39. Asai T. u gp. Correlation between the Usage Volume of Veterinary Therapeutic Antimicrobials and Resistance in Escherichia coli Isolated from the Feces of Food-Producing Animals in Japan // Jpn. J. Infect. Dis. 2005. T. 58. № 10. C. 369-372.
40. Ashton I.W. u gp. Nitrogen preferences and plant-soil feedbacks as influenced by neighbors in the alpine tundra // Oecologia. 2008. T. 156. № 3. C. 625-636.
41. Atalia K.R. u gp. A Review on Composting of Municipal Solid Waste // IOSR J. Environ. Sci. 2015. T. 9. № 5. C. 20-29.
42. Atkinson C.F., Jones D.D., Gauthier J.J. Putative anaerobic activity in aerated composts // J. Ind. Microbiol. 1996. T. 16. № 3. C. 182-188.
43. Atlas R.M. Petroleum biodegradation and oil spill bioremediation // Mar. Pollut. Bull. 1995. T. 31. № 4. C. 178-182.
44. Awasthi M.K. u gp. Co-composting of gelatin industry sludge combined with organic fraction of municipal solid waste and poultry waste employing zeolite mixed with enriched nitrifying bacterial
consortium. // Bioresour. Technol. 2016. T. 213. C. 181-189.
45. Azubuike C.C., Chikere C.B., Okpokwasili G.C. Bioremediation techniques-classification based on site of application: principles, advantages, limitations and prospects // World J. Microbiol. Biotechnol. 2016.
46. Baas Becking L.G.M. Geobiologie of inleiding tot de milieukunde (eBook, 1934) [WorldCat.org]. Hague: , 1934.
47. Baath E. u gp. Microbial community structure and pH response in relation to soil organic matter quality in wood-ash fertilized, clear-cut or burned coniferous forest soils // Soil Biol.Biochem. 1995. T. 27. C. 229-240.
48. Baboshin M.A., Golovleva L.A. Aerobic bacterial degradation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) and its kinetic aspects // Microbiol. (Russian Fed. 2012. T. 81. № 6. C. 639-650.
49. Baccile N. u gp. Structural characterization of hydrothermal carbon spheres by advanced solidstate MAS 13 C NMR Investigations // J. Phys. Chem. C. 2009. T. 113. № 22. C. 9644-9654.
50. Baccile N., Falco C., Titirici M.-M. Characterization of biomass and its derived char using DC-solid state nuclear magnetic resonance // Green Chem. 2014. T. 16. № 12. C. 4839-4869.
51. Bahar S.R. B.E.I. Protocol to assay enzyme (activity and kinetic) // Agric. soil Sci. 2014. № 3. C. 42-46.
52. Bailey V.L. u gp. Reconciling apparent variability in effects of biochar amendment on soil enzyme activities by assay optimization // Soil Biol. Biochem. 2011. T. 43. № 2. C. 296-301.
53. Baker-Austin C. u gp. Co-selection of antibiotic and metal resistance // Trends Microbiol. 2006. T. 14. № 4. C. 176-182.
54. Baldrian P. Distribution of Extracellular Enzymes in Soils: Spatial Heterogeneity and Determining Factors at Various Scales // Soil Sci. Soc. Am. J. 2014. T. 78. № 1. C. 11.
55. Ball P.N. u gp. Wildfire and charcoal enhance nitrification and ammonium-oxidizing bacterial abundance in dry montane forest soils. // J. Environ. Qual. 2010. T. 39. № 4. C. 1243-53.
56. Bamforth S.M., Singleton I. Bioremediation of polycyclic aromatic hydrocarbons: Current knowledge and future directions // J. Chem. Technol. Biotechnol. 2005. T. 80. № 7. C. 723-736.
57. Barnard R.L., Osborne C.A., Firestone M.K. Responses of soil bacterial and fungal communities to extreme desiccation and rewetting // ISME J. 2013. T. 7. № 11. C. 2229-2241.
58. Baronti S. u gp. The biochar option to improve plant yields: first results from some field and pot experiments in Italy // Ital. J. Agron. 2010. T. 5. № 1. C. 3-11.
59. Barrow C.J. Biochar: Potential for countering land degradation and for improving agriculture // Appl. Geogr. 2012. T. 34. C. 21-28.
60. Bartha R., Atlas R.M. The Microbiology of Aquatic Oil Spills // Adv. Appl. Microbiol. 1977. T. 22. № C. C. 225-266.
61. Bass A.M. u gp. Soil properties, greenhouse gas emissions and crop yield under compost, biochar and co-composted biochar in two tropical agronomic systems // Sci. Total Environ. 2016. T. 550. C. 459-470.
62. Bastida F. u gp. The active microbial diversity drives ecosystem multifunctionality and is physiologically related to carbon availability in Mediterranean semi-arid soils // Mol. Ecol. 2016. T. 25. № 18. C. 4660-4673.
63. Beaton J.D., Peterson H.B., Bauer N. Some Aspects of Phosphate Adsorption by Charcoal1 // Soil Sci. Soc. Am. J. 1960. T. 24. C. 340-346.
64. Beesley L. u gp. A review of biochars' potential role in the remediation, revegetation and restoration of contaminated soils // Environ. Pollut. 2011. T. 159. № 12. C. 3269-3282.
65. Beesley L., Moreno-Jiménez E., Gomez-Eyles J.L. Effects of biochar and greenwaste compost amendments on mobility, bioavailability and toxicity of inorganic and organic contaminants in a multielement polluted soil // Environ. Pollut. 2010. T. 158. № 6. C. 2282-2287.
66. Beffa T. u gp. Isolation of Thermus strains from hot composts (60 to 80 degrees C). // Appl. Environ. Microbiol. 1996. T. 62. № 5. C. 1723-7.
67. Beilen J.B. Van u gp. Diversity of Alkane Hydroxylase Systems in the Environment // Oil Gas Sci. Technol. 2006. T. 58. № 4. C. 427-440.
68. Belonogova N. u gp. Biochar as a potential carrier for agricultural beneficial microbes. , 2018.
69. Bengtsson G. u gp. Microbial Diversity and PAH Catabolic Genes Tracking Spatial Heterogeneity of PAH Concentrations // Microb. Ecol. 2013. T. 65. № 1. C. 91-100.
70. Bentzon-Tilia M., Sonnenschein E.C., Gram L. Monitoring and managing microbes in aquaculture - Towards a sustainable industry. // Microb. Biotechnol. 2016. T. 9. № 5. C. 576-84.
71. Benyahia F., Embaby A.S. Bioremediation of crude oil contaminated desert soil: Effect of biostimulation, bioaugmentation and bioavailability in biopile treatment systems // Int. J. Environ. Res. Public Health. 2016. T. 13. № 2.
72. Beskoski V.P. u gp. Ex situ bioremediation of a soil contaminated by mazut (heavy residual fuel oil) - A field experiment // Chemosphere. 2011. T. 83. № 1. C. 34-40.
73. Bewley R.J.F., Stotzky G. Effects of cadmium and zinc on microbial activity in soil; influence of clay minerals. Part I: Metals added individually // Sci. Total Environ. 1983. T. 31. № 1. C. 41-55.
74. Bhaduri D. u gp. Restoration of carbon and microbial activity in salt-induced soil by application of peanut shell biochar during short-term incubation study // Chemosphere. 2016. T. 148. C. 86-98.
75. Bing Li; Tong Zhang; Zhaoyi Xu; Herbert Han Ping Fang. Rapid analysis of 21 antibiotics of multiple classes in municipal wastewater using ultra performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry // Anal. Chim. Acta. 2009. T. 645. № 1-2. C. 64-72.
76. Bingham I.J. u gp. Analysis of improvements in nitrogen use efficiency associated with 75 years of
spring barley breeding // Eur. J. Agron. 2012. T. 42. C. 49-58.
77. Birk J. h gp. Microbial response to charcoal amendments and fertilization of a highly weathered tropical soil // Amazonian Dark Earths: Wim Sombroek's Vision / nog peg. W.I. Woods h gp. Dordrecht: Springer Netherlands, 2009. C. 309-324.
78. Bissett A. h gp. Introducing BASE: the Biomes of Australian Soil Environments soil microbial diversity database // Gigascience. 2016. T. 5. № 1. C. 21.
79. Bissett A., Brown M. V. Alpha-diversity is strongly influenced by the composition of other samples when using multiplexed sequencing approaches // Soil Biol. Biochem. 2018.
80. Blagodatskaya E., Kuzyakov Y. Mechanisms of real and apparent priming effects and their dependence on soil microbial biomass and community structure: Critical review // Biol. Fertil. Soils. 2008. T. 45. № 2. C. 115-131.
81. Blagodatskaya E., Kuzyakov Y. Active microorganisms in soil: Critical review of estimation criteria and approaches // Soil Biol. Biochem. 2013. T. 67. C. e228-e228.
82. Blagodatskaya E.V. h gp. Priming effects in Chernozem induced by glucose and N in relation to microbial growth strategies // Appl. Soil Ecol. 2007. T. 37. № 1-2. C. 95-105.
83. Bodelier P.L.E. Toward Understanding, Managing, and Protecting Microbial Ecosystems // Front. Microbiol. 2011. T. 2.
84. Bonanomi G., Ippolito F., Scala F. A "black" future for plant pathology? Biochar as a new soil amendment for controlling plant diseases // J. Plant Pathol. 2015. T. 97. № 2. C. 223-224.
85. Bonito G., Isikhuemhen O.S., Vilgalys R. Identification of fungi associated with municipal compost using DNA-based techniques // Bioresour. Technol. 2010. T. 101. № 3. C. 1021-1027.
86. Bonner M.T.L. h gp. Relationship between microbial composition and substrate use efficiency in a tropical soil // Geoderma. 2018. T. 315. C. 96-103.
87. Borchard N. h gp. Sorption of copper (II) and sulphate to different biochars before and after composting with farmyard manure // Eur. J. Soil Sci. 2012. T. 63. № 3. C. 399-409.
88. Borzenkov I.A. h gp. The properties of hydrocarbon-oxidizing bacteria isolated from the oilfields of Tatarstan, western Siberia, and Vietnam // Microbiology. 2006. T. 75. № 1. C. 66-72.
89. Boulter J.I., Trevors J.T., Boland G.J. Microbial studies of compost: Bacterial identification, and their potential for turfgrass pathogen suppression // World J. Microbiol. Biotechnol. 2002. T. 18. № 7. C. 661-671.
90. Braak C.J.F. ter, Juggins S. Weighted averaging partial least squares regression (WA-PLS): an improved method for reconstructing environmental variables from species assemblages // Twelfth International Diatom Symposium: Proceedings of the Twelfth International Diatom Symposium / nog peg. H. van Dam. Dordrecht: Springer Netherlands, 1993. C. 485-502.
91. Brewer C.E. h gp. Characterization of biochar from fast pyrolysis and gasification systems //
Environ. Prog. Sustain. Energy. 2009. T. 28. № 3. C. 386-396.
92. Brewer C.E. u gp. Criteria to select biochars for field studies based on biochar chemical properties // Bioenergy Res. 2011. T. 4. C. 312-323.
93. Brown R.A. u gp. Production and characterization of synthetic wood chars for use as surrogates for natural sorbents // Org. Geochem. 2006. T. 37. C. 321-333.
94. Brown T.R., Wright M.M., Brown R.C. Estimating profitability of two biochar production scenarios: slow pyrolysis vs fast pyrolysis // Biofuels, Bioprod. Biorefining. 2011. T. 5. № 1. C. 5468.
95. Bruun E.W. u gp. Influence of fast pyrolysis temperature on biochar labile fraction and short-term carbon loss in a loamy soil // Biomass. Bioenergy. 2011. T. 35. C. 1182-1189.
96. Bruun E.W. u gp. Effects of slow and fast pyrolysis biochar on soil C and N turnover dynamics // Soil Biol. Biochem. 2012. T. 46. C. 73-79.
97. Bueno P. u gp. Optimizing composting parameters for nitrogen conservation in composting // Bioresour. Technol. 2008. T. 99. № 11. C. 5069-5077.
98. Bunemann E.K. u gp. Soil quality - A critical review // Soil Biol. Biochem. 2018. T. 120. C. 105125.
99. Burlage R.S., Hooper S.W., Sayler G.S. The TOL (pWW0) catabolic plasmid // Appl. Environ. Microbiol. 1989. T. 55. № 6. C. 1323-1328.
100. Burns J.H. u gp. Soil microbial community variation correlates most strongly with plant species identity, followed by soil chemistry, spatial location and plant genus // AoB Plants. 2015. T. 7. № 1.
101. Burns R.G. u gp. Soil enzymes in a changing environment: Current knowledge and future directions // Soil Biol. Biochem. 2013. T. 58. C. 216-234.
102. Butler T.A. u gp. Compost Age and Sample Storage Effects on Maturity Indicators of Biosolids Compost // J. Environ. Qual. 2001. T. 30. № 6. C. 2141-2148.
103. Butnan S. u gp. Biochar characteristics and application rates affecting corn growth and properties of soils contrasting in texture and mineralogy // Geoderma. 2015. T. 237-238. C. 105-116.
104. Cabeza I.O. u gp. Maximising municipal solid waste - Legume trimming residue mixture degradation in composting by control parameters optimization // J. Environ. Manage. 2013. T. 128. C. 266-273.
105. Caceres R., Malinska K., Marfa O. Nitrification within composting: A review // Waste Manag. 2018. T. 72. C. 119-137.
106. Cai A. u gp. Manure acts as a better fertilizer for increasing crop yields than synthetic fertilizer does by improving soil fertility // Soil Tillage Res. 2019. T. 189. C. 168-175.
107. Cai B. u gp. Comparison of phytoremediation, bioaugmentation and natural attenuation for remediating saline soil contaminated by heavy crude oil // Biochem. Eng. J. 2016. T. 112. C. 170-177.
108. Campbell C.D. h gp. A Rapid Microtiter Plate Method To Measure Carbon Dioxide Evolved from Carbon Substrate Amendments so as To Determine the Physiological Profiles of Soil Microbial Communities by Using Whole Soil // Appl. Environ. Microbiol. 2003. T. 69. № 6. C. 3593-3599.
109. Camps Arbestain M., Saggar S., Leifeld J. Environmental benefits and risks of biochar application to soil // Agric. Ecosyst. Environ. 2014. T. 191. C. 1-4.
110. Cao X. h gp. Comparative study of the pyrolysis of lignocellulose and its major components: Characterization and overall distribution of their biochars and volatiles // Bioresour. Technol. 2014. T. 155. C. 21-27.
111. Caporaso J.G. h gp. QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data // Nat. Methods. 2010. T. 7. C. 335-336.
112. Cappello S. h gp. Microbial community dynamics during assays of harbour oil spill bioremediation: A microscale simulation study // J. Appl. Microbiol. 2007. T. 102. № 1. C. 184-194.
113. Cappello S. h gp. Oil-degrading bacteria from a membrane bioreactor (BF-MBR) system for treatment of saline oily waste: Isolation, identification and characterization of the biotechnological potential // Int. Biodeterior. Biodegradation. 2016. T. 110. C. 235-244.
114. Carvalhais L.C. h gp. Application of metatranscriptomics to soil environments // J. Microbiol. Methods. 2012. T. 91. № 2. C. 246-251.
115. Cassan F., Diaz-Zorita M. Azospirillum sp. in current agriculture: From the laboratory to the field // Soil Biol. Biochem. 2016. T. 103. C. 117-130.
116. Cebron A. h gp. Real-Time PCR quantification of PAH-ring hydroxylating dioxygenase (PAH-RHDa) genes from Gram positive and Gram negative bacteria in soil and sediment samples // J. Microbiol. Methods. 2008. T. 73. № 2. C. 148-159.
117. Cerqueira V.S. h gp. Comparison of bioremediation strategies for soil impacted with petrochemical oily sludge // Int. Biodeterior. Biodegradation. 2014. T. 95. C. 338-345.
118. Chaillan F. h gp. Identification and biodegradation potential of tropical aerobic hydrocarbon-degrading microorganisms // Res. Microbiol. 2004. T. 155. № 7. C. 587-595.
119. Chan K. h gp. Using poultry litter biochars as soil amendments // Soil Res. 2008. T. 46. C. 437444.
120. Chan K.Y. h gp. Agronomic values of greenwaste biochar as a soil amendment // Aust. J. Soil Res. 2007. T. 45. № 8. C. 629-634.
121. Chan M.T., Selvam A., Wong J.W.C. Reducing nitrogen loss and salinity during «struvite» food waste composting by zeolite amendment // Bioresour. Technol. 2016. T. 200. C. 838-844.
122. Chaudhary D.K., Kim J. New insights into bioremediation strategies for oil-contaminated soil in cold environments // Int. Biodeterior. Biodegradation. 2019. T. 142. C. 58-72.
123. Chefetz B., Chen Y., Hadar Y. Purification and Characterization of Laccase from Chaetomium
thermophilium and Its Role in Humification These include: Purification and Characterization of Laccase from Chaetomium thermophilium and Its Role in Humification Downloaded from http://aem.asm. // Appl. Environ. Microbiol. 1998. T. 64. № 9. C. 3175-3179.
124. Chen B., Yuan M., Qian L. Enhanced bioremediation of PAH-contaminated soil by immobilized bacteria with plant residue and biochar as carriers // J. Soils Sediments. 2012. T. 12. № 9. C. 13501359.
125. Chen C. u gp. Microbial communities of an arable soil treated for 8 years with organic and inorganic fertilizers // Biol. Fertil. Soils. 2016. T. 52. № 4. C. 455-467.
126. Chen J. u gp. Biochar soil amendment increased bacterial but decreased fungal gene abundance with shifts in community structure in a slightly acid rice paddy from Southwest China // Appl. Soil Ecol. 2013. T. 71. C. 33-44.
127. Chen L., De Haro MM., Moore A. F.C. DAIRY COMPOST PRODUCTION AND USE IN IDAHO. , 2011.
128. Chen R. u gp. N 2 O emissions and nitrogen transformation during windrow composting of dairy manure // J. Environ. Manage. 2015a. T. 160. C. 121-127.
129. Chen Z. u gp. Effect of aeration rate on composting of penicillin mycelial dreg. // J. Environ. Sci. (China). 2015b. T. 37. C. 172-8.
130. Cheng C.-H. u gp. Oxidation of black carbon by biotic and abiotic processes // Org. Geochem. 2006. T. 37. № 11. C. 1477-1488.
131. Cheng C.-H., Lehmann J., Engelhard M.H. Natural oxidation of black carbon in soils: Changes in molecular form and surface charge along a climosequence // Geochim. Cosmochim. Acta. 2008. T. 72. № 6. C. 1598-1610.
132. Chikere C., Okpokwasili G., Chikere B. African journal of biotechnology // African J. Biotechnol. 2002. T. 8. № 11.
133. Cho Y.-M. u gp. Field application of activated carbon amendment for in-situ stabilization of polychlorinated biphenyls in marine sediment // Environ. Sci. Technol. 2009. T. 43. № 10. C. 38153823.
134. Choppala G.K. u gp. The influence of biochar and black carbon on reduction and bioavailability of chromate in soils // J. Environ. Qual. 2012. T. 41. № 4. C. 1175.
135. Conti R. u gp. Comparison of chemical and physical indices of thermal stability of biochars from different biomass by analytical pyrolysis and thermogravimetry // J. Anal. Appl. Pyrolysis. 2016. T. 122. C. 160-168.
136. Cordovil C.M. d S. u gp. The Impact of Woody Biochar on Microbial Processes in Conventionally and Organically Managed Arable soils // Commun. Soil Sci. Plant Anal. 2019. T. 50. № 12. C.1387-1402.
137. Cornelissen G. и др. Biochar effect on maize yield and soil. Characteristics in five conservation farming sites in Zambia // Agronomy. 2013. Т. 3. № 2. С. 256-274.
138. Covacevich F., Marino M.A., Echeverría H.E. The phosphorus source determines the arbuscular mycorrhizal potential and the native mycorrhizal colonization of tall fescue and wheatgrass // Eur. J. Soil Biol. 2006. Т. 42. № 3. С. 127-138.
139. Coyte K.Z., Schluter J., Foster K.R. The ecology of the microbiome: Networks, competition, and stability // Science (80-. ). 2015. Т. 350. № 6261. С. 663-666.
140. Criado-Fornelio A. и др. Laboratory analysis of soil respiration using oxygen-sensitive microplates // Geoderma. 2017. Т. 305. С. 12-20.
141. Cruz-Martínez K. и др. Despite strong seasonal responses, soil microbial consortia are more resilient to long-term changes in rainfall than overlying grassland // ISME J. 2009. Т. 3. № 6. С. 738744.
142. Czeczuga B. и др. Aquatic fungi growing on dead fragments of submerged plants // Limnologica. 2005. Т. 35. № 4. С. 283-297.
143. Соколов С.Н., Хадаев И.Р. Влияние биопрепаратов на снижение остаточной концентрации углеводородов нефти в почве // Международный научно-исследовательский журнал. 2017. Т. 6. № 60. С. 130-136.
144. D'haeseleer P. и др. Proteogenomic Analysis of a Thermophilic Bacterial Consortium Adapted to Deconstruct Switchgrass // PLoS One. 2013. Т. 8. № 7.
145. Dadrasnia A. и др. Remediation of Oil Contaminated Media Using Organic Material Supplementation // Pet. Sci. Technol. 2015. Т. 33. № 9. С. 1030-1037.
146. Danon M. и др. Molecular analysis of bacterial community succession during prolonged compost curing. // FEMS Microbiol. Ecol. 2008. Т. 65. № 1. С. 133-44.
147. Dar G.H. Effects of cadmium and sewage-sludge on soil microbial biomass and enzyme activities // Bioresour. Technol. 1996. Т. 56. № 2. С. 141-145.
148. Das N., Chandran P. Microbial degradation of petroleum hydrocarbon contaminants: an overview. // Biotechnol. Res. Int. 2011. Т. 2011. С. 941810.
149. Das S.K., Varma A. Role of Enzymes in Maintaining Soil Health. , 2010. С. 25-42.
150. Dashti N. и др. Olive-pomace harbors bacteria with the potential for hydrocarbon-biodegradation, nitrogen-fixation and mercury-resistance: Promising material for waste-oil-bioremediation // J. Environ. Manage. 2015. Т. 155. С. 49-57.
151. Debertoldi M., Vallini G., Pera A. The biology of composting: A review // Waste Manag. Res. 1983. Т. 1. № 2. С. 157-176.
152. Degelmann D.M. и др. Enterobacteriaceae facilitate the anaerobic degradation of glucose by a forest soil // FEMS Microbiol. Ecol. 2009. Т. 68. № 3. С. 312-319.
153. Degens B.P., Harris J.A. Development of a physiological approach to measuring the catabolic diversity of soil microbial communities // Soil Biol. Biochem. 1997. T. 29. № 9-10. C. 1309-1320.
154. Delgado-Balbuena L. u gp. Changes in the Bacterial Community Structure of Remediated Anthracene-Contaminated Soils // PLoS One. 2016. T. 11. № 10. C. e0160991.
155. Delgado-Baquerizo M. u gp. Microbial diversity drives multifunctionality in terrestrial ecosystems // Nat. Commun. 2016. T. 7. № 1. C. 10541.
156. Delgado-Baquerizo M. u gp. Soil microbial communities drive the resistance of ecosystem multifunctionality to global change in drylands across the globe // Ecol. Lett. 2017a. T. 20. № 10. C. 1295-1305.
157. Delgado-Baquerizo M. u gp. Microbial richness and composition independently drive soil multifunctionality // Funct. Ecol. 2017b. T. 31. № 12. C. 2330-2343.
158. Delgado-Rodríguez M. u gp. Effect of aeration rate and moisture content on the emissions of selected VOCs during municipal solid waste composting // J. Mater. Cycles Waste Manag. 2012. T. 14. № 4. C. 371-378.
159. Dellagnezze B.M. u gp. Bioaugmentation strategy employing a microbial consortium immobilized in chitosan beads for oil degradation in mesocosm scale // Mar. Pollut. Bull. 2016. T. 107. № 1. C. 107-117.
160. Deluca T. u gp. Wildfire-Produced Charcoal Directly Influences Nitrogen Cycling in Ponderosa Pine Forests // Soil Sci. Soc. Am. J. 2006. T. 70. C. 448-453.
161. Demisie W., Liu Z., Zhang M. Catena Effect of biochar on carbon fractions and enzyme activity of red soil // Catena. 2014. T. 121. C. 214-221.
162. Dempster D. u gp. Decreased soil microbial biomass and nitrogen mineralisation with Eucalyptus biochar addition to a coarse textured soil // Plant Soil. 2011. T. 354. № 1-2. C. 311-324.
163. Deng S. u gp. Comparison and standardization of soil enzyme assay for meaningful data interpretation // J. Microbiol. Methods. 2017. T. 133. C. 32-34.
164. Derenne S., Largeau C. A review of some important families of refractory macromolecules: composition, origin, and fate in soils and sediments // Soil Sci. 2001. T. 166. C. 833-847.
165. Dimitri Kits K. u gp. Kinetic analysis of a complete nitrifier reveals an oligotrophic lifestyle // Nature. 2017. T. 549. № 7671. C. 269-272.
166. Ding G.-C. u gp. Mineral composition and charcoal determine the bacterial community structure in artificial soils. // FEMS Microbiol. Ecol. 2013. T. 86. № 1. C. 15-25.
167. Ding G.C. u gp. Soil type-dependent responses to phenanthrene as revealed by determining the diversity and abundance of polycyclic aromatic hydrocarbon ring-hydroxylating dioxygenase genes by using a novel PCR detection system // Appl. Environ. Microbiol. 2010. T. 76. № 14. C. 4765-4771.
168. Domene X. u gp. Ecotoxicological characterization of biochars: Role of feedstock and pyrolysis
temperature // Sci. Total Environ. 2015a. T. 512-513. C. 552-561.
169. Domeñe X. u gp. Short-term mesofauna responses to soil additions of corn stover biochar and the role of microbial biomass // Appl. Soil Ecol. 2015b. T. 89. C. 10-17.
170. Dominguez-Rosado E., Pichtel J., Coughlin M. Phytoremediation of soil contaminated with used motor oil: I. Enhanced microbial activities from laboratory and growth chamber studies // Environ. Eng. Sci. 2004. T. 21. № 2. C. 157-168.
171. Dörr de Quadros P. u gp. Oily sludge stimulates microbial activity and changes microbial structure in a landfarming soil // Int. Biodeterior. Biodegrad. 2016. T. 115. C. 90-101.
172. Downie A., Crosky A., Munroe P. Physical properties of biochar // Biochar for environmental management: science and technology / nog peg. J. Lehmann, S. Joseph. , 2009. C. 13-32.
173. Ducey T., Novak J., Johnson M. Effects of biochar blends on microbial community composition in two coastal plain soils // Agriculture. 2015. T. 5. № 4. C. 1060-1075.
174. Ducey T.F. u gp. Addition of activated switchgrass biochar to an aridic subsoil increases microbial nitrogen cycling gene abundances // Appl. Soil Ecol. 2013. T. 65. C. 65-72.
175. Durenkamp M., Luo Y., Brookes P.C. Impact of black carbon addition to soil on the determination of soil microbial biomass by fumigation extraction. , 2010. 2026-2029 c.
176. Edgar R.C. Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST // Bioinformatics. 2010. T. 26. № 19. C. 2460-2461.
177. Egamberdieva D. u gp. Biochar Treatment Resulted in a Combined Effect on Soybean Growth Promotion and a Shift in Plant Growth Promoting Rhizobacteria. // Front. Microbiol. 2016. T. 7. C. 209.
178. Ehrenfeld JG., Ravit B., Elgersma K. FEEDBACK IN THE PLANT-SOIL SYSTEM // Annu. Rev. Environ. Resour. 2005. T. 30. № 1. C. 75-115.
179. Ehrhardt H.M., Rehm H.J. Phenol degradation by microorganisms adsorbed on activated carbon // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1985. T. 21-21. № 1-2. C. 32-36.
180. Eichorst S.A. u gp. Community dynamics of cellulose-adapted thermophilic bacterial consortia. // Environ. Microbiol. 2013. T. 15. № 9. C. 2573-87.
181. Eilers K.G. u gp. Shifts in bacterial community structure associated with inputs of low molecular weight carbon compounds to soil // Soil Biol. Biochem. 2010. T. 42. № 6. C. 896-903.
182. Elad Y. u gp. Induction of systemic resistance in plants by biochar, a soil-applied carbon sequestering agent // Phytopathology. 2010. T. 100. № 9. C. 913-921.
183. Ellis R., Adams R.S. Contamination of Soils By Petroleum Hydrocarbons // Adv. Agron. 1961.
184. Elmer W.H., Pignatello J.J. Effect of biochar amendments on mycorrhizal associations and Fusarium crown and root rot of asparagus in replant soils // Plant Dis. 2011. T. 95. № 8. C. 960-966.
185. Epstein E. The science of composting. : Technomic Pub. Co, 1997. 487 c.
186. Ezzariai A. u gp. Human and veterinary antibiotics during composting of sludge or manure: Global perspectives on persistence, degradation, and resistance genes // J. Hazard. Mater. 2018. T. 359. № July. C. 465-481.
187. Faith D.P., Minchin P.R., Belbin L. Compositional dissimilarity as a robust measure of ecological distance // Vegetatio. 1987a. T. 69. C. 57-68.
188. Faith D.P., Minchin P.R., Belbin L. Compositional dissimilarity as a robust measure of ecological distance // Vegetatio. 1987b. T. 69. № 1-3. C. 57-68.
189. Falkowski P.G., Fenchel T., Delong E.F. The Microbial Engines That Drive Earth's Biogeochemical Cycles // Science (80-. ). 2008. T. 320. № 5879. C. 1034-1039.
190. Fan M.Y., Xie R.J., Qin G. Bioremediation of petroleum-contaminated soil by a combined system of biostimulation-bioaugmentation with yeast // Environ. Technol. (United Kingdom). 2014. T. 35. № 4. C. 391-399.
191. Fan Y. Van u gp. Efficiency of microbial inoculation for a cleaner composting technology // Clean Technol. Environ. Policy. 2018. T. 20. № 3. C. 517-527.
192. Feigl V. u gp. Influence of red mud on soil microbial communities: Application and comprehensive evaluation of the Biolog EcoPlate approach as a tool in soil microbiological studies // Sci. Total Environ. 2017. T. 595. C. 903-911.
193. Fernandez-Delgado Juarez M. u gp. Co-composting of biowaste and wood ash, influence on a microbially driven-process // Waste Manag. 2015. T. 46. C. 155-164.
194. Ferrero M. u gp. Coexistence of two distinct copies of naphthalene degradation genes in Pseudomonas strains isolated from the western Mediterranean region // Appl. Environ. Microbiol. 2002. T. 68. № 2. C. 957-962.
195. Festa S., Coppotelli B.M., Morelli I.S. Comparative bioaugmentation with a consortium and a single strain in a phenanthrene-contaminated soil: Impact on the bacterial community and biodegradation // Appl. Soil Ecol. 2016. T. 98. C. 8-19.
196. Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome // Nat. Rev. Microbiol. 2017. T. 15. № 10. C. 579-590.
197. Fierer N., Bradford M.A., Jackson R.B. Toward an ecological classification of soil bacteria // Ecology. 2007. T. 88. № 6. C. 1354-1364.
198. Fierer N., Jackson R.B. Prokaryotes: The unseen majority // PNAS. 2006. T. 95. № 12. C. 65786583.
199. Fierer N., Schimel J.P., Holden P.A. Variations in microbial community composition through two soil depth profiles // Soil Biol. Biochem. 2003. T. 35. № 1. C. 167-176.
200. Floch C. u gp. Indicators of pesticide contamination: Soil enzyme compared to functional diversity of bacterial communities via Biolog® Ecoplates // Eur. J. Soil Biol. 2011. T. 47. № 4. C.
256-263.
201. Francioli D. h gp. Mineral vs. organic amendments: Microbial community structure, activity and abundance of agriculturally relevant microbes are driven by long-term fertilization strategies // Front. Microbiol. 2016. T. 7. № SEP.
202. Franke-Whittle I.H., Klammer S.H., Insam H. Design and application of an oligonucleotide microarray for the investigation of compost microbial communities. // J. Microbiol. Methods. 2005. T. 62. № 1. C. 37-56.
203. Freedman Z., Zak D.R. Soil bacterial communities are shaped by temporal and environmental filtering: Evidence from a long-term chronosequence // Environ. Microbiol. 2015. T. 17. № 9. C. 3208-3218.
204. Frenkel O. h gp. The effect of biochar on plant diseases: what should we learn while designing biochar substrates? // J. Environ. Eng. Landsc. Manag. 2017. T. 25. № 2. C. 105-113.
205. Fuertes A.B. h gp. Chemical and structural properties of carbonaceous products obtained by pyrolysis and hydrothermal carbonisation of corn stover // Aust. J. soil Res. 2010. T. v. 48.
206. Fuhrman J.A. Microbial community structure and its functional implications // Nature. 2009. T. 459. № 7244. C. 193-199.
207. Fukuhara Y. h gp. Distribution of hydrocarbon-degrading bacteria in the soil environment and their contribution to bioremediation // Appl. Biochem. Biotechnol. 2013. T. 170. № 2. C. 329-339.
208. Furukawa K. h gp. Gene components responsible for discrete substrate specificity in the metabolism of biphenyl (bph operon) and toluene (tod operon) // J. Bacteriol. 1993. T. 175. № 16. C. 5224-5232.
209. Gale N. V., Thomas S.C. Dose-dependence of growth and ecophysiological responses of plants to biochar // Sci. Total Environ. 2019. T. 658. C. 1344-1354.
210. Galieva G.S. h gp. Monitoring Soil Bacteria with Community-Level Physiological Profiles Using BiologTM ECO-Plates in the Republic of Tatarstan (Russia) // IOP Conference Series: Earth and Environmental Science. , 2018.
211. Galitskaya P. h gp. Response of soil microorganisms to radioactive oil waste: Results from a leaching experiment // Biogeosciences. 2015a. T. 12. № 12. C. 3681-3693.
212. Galitskaya P. h gp. Oily waste containing natural radionuclides: Does it cause stimulation or inhibition of soil bacterial community? // J. Plant Nutr. Soil Sci. 2015b.
213. Galitskaya P. h gp. Response of soil microorganisms to radioactive oil waste: Results from a leaching experiment // Biogeosciences. 2015c.
214. Galitskaya P. h gp. Suppressive properties of composts are determined by their raw materials // Indian J. Sci. Technol. 2015d. T. 8. № 30.
215. Galitskaya P., Akhmetzyanova L., Selivanovskaya S. Biochar-carrying hydrocarbon decomposers
promote degradation during the early stage of bioremediation // Biogeosciences. 2016.
216. Galitskaya P.Y., Saveliev A.A., Selivanovskaya S.Y. Response of soil microbial community to the simultaneous influence of metals and an organic substance // Contemp. Probl. Ecol. 2015.
217. Galitskaya P.Y., Zvereva P.A., Selivanovskaya S.Y. The effectiveness of co-digestion of sewage sludge and phytogenic waste // World Appl. Sci. J. 2014. T. 30. № 11. C. 1689-1693.
218. Gandolfi I. u gp. Influence of compost amendment on microbial community and ecotoxicity of hydrocarbon-contaminated soils // Bioresour. Technol. 2010. T. 101. № 2. C. 568-575.
219. Gannes V. de u gp. Microbial Community Structure and Function of Soil Following Ecosystem Conversion from Native Forests to Teak Plantation Forests. // Front. Microbiol. 2016. T. 7. C. 1976.
220. Gannes V. de, Eudoxie G., Hickey W.J. Prokaryotic successions and diversity in composts as revealed by 454-pyrosequencing. // Bioresour. Technol. 2013. T. 133. C. 573-80.
221. Gannes V. De, Eudoxie G., Hickey W.J. Insights into fungal communities in composts revealed by 454-pyrosequencing: Implications for human health and safety // Front. Microbiol. 2013. T. 4. № JUN.
222. Gao M. u gp. The effect of aeration rate on forced-aeration composting of chicken manure and sawdust // Bioresour. Technol. 2010a. T. 101. № 6. C. 1899-1903.
223. Gao M. u gp. Evaluation of stability and maturity during forced-aeration composting of chicken manure and sawdust at different C/N ratios. // Chemosphere. 2010b. T. 78. № 5. C. 614-9.
224. Garcia C. u gp. Changes in Atp Content, Enzyme-Activity and Inorganic Nitrogen Species during Composting of Organic Wastes // Can J Soil Sci. 1992. T. 72. № 3. C. 243-253.
225. Garland J.L., Mills A.L. Classification and characterization of heterotrophic microbial communities on the basis of patterns of community-level sole-carbon-source utilization // Appl. Environ. Microbiol. 1991a. T. 57. № 8. C. 2351-2359.
226. Garland J.L., Mills A.L. Classification and characterization of heterotrophic microbial communities on the basis of patterns of community-level sole-carbon-source utilization. // Appl. Environ. Microbiol. 1991b. T. 57. № 8. C. 2351-9.
227. Gaspar A. u gp. Characterization of saturates, aromatics, resins, and asphaltenes heavy crude oil fractions by atmospheric pressure laser ionization fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry // Energy and Fuels. , 2012. C. 3481-3487.
228. Genesio L. u gp. Biochar increases vineyard productivity without affecting grape quality: Results from a four years field experiment in Tuscany // Agric. Ecosyst. Environ. 2015. T. 201. C. 20-25.
229. Gentry T.J., Rensing C., Pepper I.L. New approaches for bioaugmentation as a remediation technology // Crit. Rev. Environ. Sci. Technol. 2004. T. 34. № 5. C. 447-494.
230. George C., Kohler J., Rillig M.C. Biochars reduce infection rates of the root-lesion nematode Pratylenchus penetrans and associated biomass loss in carrot // Soil Biol. Biochem. 2016. T. 95. № 95.
C. 11-18.
231. German D.P. u gp. Optimization of hydrolytic and oxidative enzyme methods for ecosystem studies // Soil Biol. Biochem. 2011. T. 43. № 7. C. 1387-1397.
232. Germida J.J., Frick C.M., Farrell R.E. Phytoremediation of oil-contaminated soils // Dev. Soil Sci. 2002. T. 28. № PART 2. C. 169-186.
233. Giling D.P. u gp. A niche for ecosystem multifunctionality in global change research // Glob. Chang. Biol. 2018. T. 25. № 3. C. gcb.14528.
234. Giller K.E., Witter E., McGrath S.P. Heavy metals and soil microbes // Soil Biol. Biochem. 2009. T. 41. № 10. C. 2031-2037.
235. Gillespie I.M.M., Philp J.C. Bioremediation, an environmental remediation technology for the bioeconomy // Trends Biotechnol. 2013.
236. Gilmullina A.R. u gp. Effects of cadmium and glucose on microbial communities: Revealing of the leading factor // Int. J. Pharm. Technol. 2016. T. 8. № 4. C. 24514-24524.
237. Gioseffi E., Neergaard A. de, Schjoerring J.K. Interactions between uptake of amino acids and inorganic nitrogen in wheat plants // Biogeosciences. 2012. T. 9. № 4. C. 1509-1518.
238. Gkarmiri K. u gp. Identifying the Active Microbiome Associated with Roots and Rhizosphere Soil of Oilseed Rape. // Appl. Environ. Microbiol. 2017. T. 83. № 22. C. e01938-17.
239. Glaring M.A. u gp. Microbial Diversity in a Permanently Cold and Alkaline Environment in Greenland // 2015.
240. Glaser B., Lehmann J., Zech W. Ameliorating physical and chemical properties of highly weathered soils in the tropics with charcoal - a review // Biol. Fertil. Soils. 2002. T. 35. № 4. C. 219230.
241. Godbout J., Comeau Y., Greer C. Soil characteristics effects on introduced bacterial survival and activity. , 1995. C. 115-120.
242. Gómez-Brandón M., Lazcano C., Domínguez J. The evaluation of stability and maturity during the composting of cattle manure // Chemosphere. 2008. T. 70. № 3. C. 436-444.
243. Gomez-Eyles J.L. u gp. Effects of biochar and the earthworm Eisenia fetida on the bioavailability of polycyclic aromatic hydrocarbons and potentially toxic elements // Environ. Pollut. 2011. T. 159. № 2. C. 616-622.
244. Gomez J.D. u gp. Biochar addition rate influences soil microbial abundance and activity in temperate soils // Eur. J. Soil Sci. 2014. T. 65. № 1. C. 28-39.
245. Goodrich J.K. u gp. The Relationship Between the Human Genome and Microbiome Comes into View // Annu. Rev. Genet. 2017. T. 51. № 1. C. 413-433.
246. Graber E. u gp. Sorption, volatilization, and efficacy of the fumigant 1,3-dichloropropene in a biochar-amended soil // Soil Sci. Soc. Am. J. T. 75. C. 1365-1373.
247. Graber E.R. u gp. Biochar impact on development and productivity of pepper and tomato grown in fertigated soilless media // Plant Soil. 2010. T. 337. № 1. C. 481-496.
248. Graber E.R. u gp. How may biochar influence severity of diseases caused by soilborne pathogens? // Carbon Manag. 2014. T. 5. № 2. C. 169-183.
249. Grandy A.S., Neff J.C., Weintraub M.N. Carbon structure and enzyme activities in alpine and forest ecosystems // Soil Biol. Biochem. 2007. T. 39. № 11. C. 2701-2711.
250. Gravel V., Dorais M., Ménard C. Organic potted plants amended with biochar: its effect on growth and Pythium colonization // Can. J. Plant Sci. 2013. T. 93. № 6. C. 1217-1227.
251. Green S.J. u gp. Similarity of bacterial communities in sawdust- and straw-amended cow manure composts. // FEMS Microbiol. Lett. 2004. T. 233. № 1. C. 115-23.
252. Grenni P., Ancona V., Barra Caracciolo A. Ecological effects of antibiotics on natural ecosystems: A review // Microchem. J. 2018. T. 136. C. 25-39.
253. Grime J.P. Evidence for the Existence of Three Primary Strategies in Plants and Its Relevance to Ecological and Evolutionary Theory // Am. Nat. 1977. T. 111. № 982. C. 1169-1194.
254. Grossman J.M. u gp. Amazonian anthrosols support similar microbial communities that differ distinctly from those extant in adjacent, unmodified soils of the same mineralogy // Microb. Ecol. 2010. T. 60. № 1. C. 192-205.
255. Grosso F. u gp. Structure and activity of soil microbial communities in three Mediterranean forests // Appl. Soil Ecol. 2018. T. 130. C. 280-287.
256. Gryndler M. u gp. Organic and mineral fertilization, respectively, increase and decrease the development of external mycelium of arbuscular mycorrhizal fungi in a long-term field experiment // Mycorrhiza. 2006. T. 16. № 3. C. 159-166.
257. Guan J. u gp. Influence of temperature on survival and conjugative transfer of multiple antibiotic-resistant plasmids in chicken manure and compost microcosms // Poult. Sci. 2007. T. 86. C. 610-613.
258. Gul S. u gp. Physico-chemical properties and microbial responses in biochar-amended soils: Mechanisms and future directions // Agric. Ecosyst. Environ. 2015. T. 206. C. 46-59.
259. Gumerova R.K. u gp. Changes of hydrocarbon and oil fractions contents in oily waste treated by different methods of bioremediation // Neft. khozyaystvo - Oil Ind. 2013.
260. Guo R. u gp. Effect of aeration rate, C/N ratio and moisture content on the stability and maturity of compost // Bioresour. Technol. 2012. T. 112. C. 171-178.
261. Gupta A. u gp. Gluconobacter oxydans: Its Biotechnological Applications JMMB Review. , 2001. 445-456 c.
262. Habtom H. u gp. Applying microbial biogeography in soil forensics // Forensic Sci. Int. Genet. 2019. T. 38. C. 195-203.
263. Hachicha S. u gp. Biological activity during co-composting of sludge issued from the OMW
evaporation ponds with poultry manure-Physico-chemical characterization of the processed organic matter // J. Hazard. Mater. 2009. T. 162. № 1. C. 402-409.
264. Hagn A. h gp. Microbial community shifts in Pythium ultimum-inoculated suppressive substrates // Biol. Fertil. Soils. 2008. T. 44. № 3. C. 481-490.
265. Hamamura N. h gp. Assessing soil microbial populations responding to crude-oil amendment at different temperatures using phylogenetic, functional gene (alkB) and physiological analyses // Environ. Sci. Technol. 2008. T. 42. № 20. C. 7580-7586.
266. Hamamura N., Arp D.J. Isolation and characterization of alkane-utilizing Nocardioides sp. strain CF8 // FEMS Microbiol. Lett. 2000. T. 186. № 1. C. 21-26.
267. Han G. h gp. Response of soil microbial community to application of biochar in cotton soils with different continuous cropping years // Sci. Rep. 2017.
268. Hansgate A.M. h gp. Molecular characterization of fungal community dynamics in the initial stages of composting. // FEMS Microbiol. Ecol. 2005. T. 51. № 2. C. 209-14.
269. Harayama S. h gp. Petroleum Biodegradation in Marine Environments // Molec. Microbiol. Biotechnol. 1999. T. 1. № 1. C. 63-70.
270. Harayama S., Rekik M. Comparison of the nucleotide sequences of the meta-cleavage pathway genes of TOL plasmid pWW0 from Pseudomonas putida with other meta-cleavage genes suggests that both single and multiple nucleotide substitutions contribute to enzyme evolution // MGG Mol. Gen. Genet. 1993. T. 239. № 1-2. C. 81-89.
271. Harbison A.B. h gp. A novel isolate and widespread abundance of the candidate alphaproteobacterial order (Ellin 329), in southern Appalachian peatlands // FEMS Microbiol. Lett. 2016. T. 363. № 15. C. fnw151.
272. Haritash A.K., Kaushik C.P. Biodegradation aspects of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs): a review. // J. Hazard. Mater. 2009. T. 169. № 1-3. C. 1-15.
273. Hassan Dar G., Mishra M.M. Influence of cadmium on carbon and nitrogen mineralization in sewage sludge amended soils // Environ. Pollut. 1994. T. 84. № 3. C. 285-290.
274. Hattori H. Influence of cadmium on decomposition of sewage sludge and microbial activities in Soils // Soil Sci. Plant Nutr. 1989. T. 35. № 2. C. 289-299.
275. He L. h gp. Interfacial sciences in unconventional petroleum production: from fundamentals to applications // Chem. Soc. Rev. 2015. T. 44. № 15. C. 5446-5494.
276. Healy M.G. h gp. Bioaccumulation of metals in ryegrass (Lolium perenne L.) following the application of lime stabilised, thermally dried and anaerobically digested sewage sludge // Ecotoxicol. Environ. Saf. 2016. T. 130. C. 303-309.
277. Heaney N. h gp. Effects of softwood biochar on the status of nitrogen species and elements of potential toxicity in soils // Ecotoxicol. Environ. Saf. 2018. T. 166. C. 383-389.
278. Hermans S.M. h gp. Bacteria as Emerging Indicators of Soil Condition. // Appl. Environ. Microbiol. 2017. T. 83. № 1. C. e02826-16.
279. Heuer H. h gp. Analysis of actinomycete communities by specific amplification of genes encoding 16S rRNA and gel-electrophoretic separation in denaturing gradients // Appl. Environ. Microbiol. 1997. T. 63. № 8. C. 3233-3241.
280. Hill P.W. h gp. Acquisition and Assimilation of Nitrogen as Peptide-Bound and D-Enantiomers of Amino Acids by Wheat // PLoS One. 2011. T. 6. № 4. C. e19220.
281. Hirsch P.R., Mauchline T.H., Clark I.M. Culture-independent molecular techniques for soil microbial ecology // Soil Biol. Biochem. 2010. T. 42. № 6. C. 878-887.
282. Ho A. h gp. Manure-associated stimulation of soil-borne methanogenic activity in agricultural soils // Biol. Fertil. Soils. 2015. T. 51. № 4. C. 511-516.
283. Ho Y. Bin h gp. Degradation of veterinary antibiotics and hormone during broiler manure composting // Bioresour. Technol. 2013. T. 131. C. 476-484.
284. Hofrichter M. Review: lignin conversion by manganese peroxidase (MnP) // Enzyme Microb. Technol. 2002. T. 30. № 4. C. 454-466.
285. Holden P.A. h gp. Assessing the role of Pseudomonas aeruginosa surface-active gene expression in hexadecane biodegradation in sand // Appl. Environ. Microbiol. 2002. T. 68. № 5. C. 2509-2518.
286. Horn H.S. The Ecology of Secondary Succession // Annu. Rev. Ecol. Syst. 1974. T. 5. № 1. C. 25-37.
287. Hu L., Cao L., Zhang R. Bacterial and fungal taxon changes in soil microbial community composition induced by short-term biochar amendment in red oxidized loam soil // World J. Microbiol. Biotechnol. 2014. T. 30. № 3. C. 1085-1092.
288. Huang G.F. h gp. Effect of C/N on composting of pig manure with sawdust // Waste Manag. 2004. T. 24. № 8. C. 805-813.
289. Huang J. h gp. Theoretical studies on pyrolysis mechanism of xylopyranose // Comput. Theor. Chem. 2012. T. 1001. C. 44-50.
290. Huhe h gp. Bacterial and fungal communities and contribution of physicochemical factors during cattle farm waste composting. // Microbiologyopen. 2017. T. 6. № 6.
291. Hultman J. h gp. Determination of fungal succession during municipal solid waste composting using a cloning-based analysis. // J. Appl. Microbiol. 2010. T. 108. № 2. C. 472-87.
292. Humayoun S.B., Bano N., Hollibaugh J.T. Depth distribution of microbial diversity in Mono Lake, a meromictic soda lake in California. // Appl. Environ. Microbiol. 2003. T. 69. № 2. C. 1030-42.
293. IBI. Standardized product definition and product testing guidelines for biochar that is used in soil // Int. Biochar Initiat. 2015. C. 1-48.
294. Igalavithana A.D. h gp. Slow pyrolyzed biochars from crop residues for soil metal(loid)
immobilization and microbial community abundance in contaminated agricultural soils // Chemosphere. 2017. T. 177. C. 157-166.
295. Innangi M. u gp. Effects of olive pomace amendment on soil enzyme activities // Appl. Soil Ecol. 2017. T. 119. C. 242-249.
296. Insam H., Bertoldi M. de. Chapter 3 Microbiology of the composting process // Waste Manag. Ser. 2007a. T. 8. C. 25-48.
297. Insam H., Bertoldi M. de. Chapter 3 Microbiology of the composting process // Waste Manag. Ser. 2007b. T. 8. C. 25-48.
298. Iqbal M.K. u gp. Optimization of process parameters for kitchen waste composting by response surface methodology // Int. J. Environ. Sci. Technol. 2015. T. 12. № 5. C. 1759-1768.
299. ISO 16072. Soil quality -- Laboratory methods for determination of microbial soil respiration // 2002. C. 19.
300. Jadhav S.U. u gp. Decolorization of brilliant blue G dye mediated by degradation of the microbial consortium of Galactomyces geotrichum and Bacillus sp. // J. Chinese Inst. Chem. Eng. 2008. T. 39. № 6. C. 563-570.
301. Jarosikova A. u gp. Transformation of arsenic-rich copper smelter flue dust in contrasting soils: A 2-year field experiment // Environ. Pollut. 2018. T. 237. C. 83-92.
302. Jams A. u gp. Activity and composition of ammonia oxidizing bacterial communities and emission dynamics of NH3 and N2O in a compost reactor treating organic household waste // J. Appl. Microbiol. 2009. T. 106. № 5. C. 1502-1511.
303. Jeffery S. u gp. A quantitative review of the effects of biochar application to soils on crop productivity using meta-analysis // Agric. Ecosyst. Environ. 2011. T. 144. № 1. C. 175-187.
304. Jeffery S. u gp. The way forward in biochar research: targeting trade-offs between the potential wins // GCB Bioenergy. 2015. T. 7. № 1. C. 1-13.
305. Jenkins J.R. u gp. Biochar alters the soil microbiome and soil function: results of next-generation amplicon sequencing across Europe // GCB Bioenergy. 2017.
306. Ji X. u gp. Antibiotic resistance gene abundances associated with antibiotics and heavy metals in animal manures and agricultural soils adjacent to feedlots in Shanghai; China // J. Hazard. Mater. 2012. T. 235-236. C. 178-185.
307. Jia J. u gp. The Dynamic Change of Microbial Communities in Crude Oil-Contaminated Soils from Oil Fields in China // Soil Sediment Contam. 2017. T. 26. № 2. C. 171-183.
308. Jian J. u gp. Measurement strategies to account for soil respiration temporal heterogeneity across diverse regions // Soil Biol. Biochem. 2018. T. 125. C. 167-177.
309. Jiang L.-L. u gp. Advances in industrial microbiome based on microbial consortium for biorefinery // Bioresour. Bioprocess. 2017. T. 4. № 1. C. 11.
310. Jiang Y. h gp. Insights into the biodegradation of weathered hydrocarbons in contaminated soils by bioaugmentation and nutrient stimulation // Chemosphere. 2016. T. 161. C. 300-307.
311. Joergensen R.G., Emmerling C. Methods for evaluating human impact on soil microorganisms based on their activity, biomass, and diversity in agricultural soils // J. Plant Nutr. Soil Sci. 2006. T. 169. № 3. C. 295-309.
312. Jones D.L. h gp. Short-term biochar-induced increase in soil CO2 release is both biotically and abiotically mediated // Soil Biol. Biochem. 2011. T. 43. № 8. C. 1723-1731.
313. Jones D.L. h gp. Biochar-mediated changes in soil quality and plant growth in a three year field trial // Soil Biol. Biochem. 2012. T. 45. C. 113-124.
314. J0rgensen K.S., Puustinen J., Suortti A.M. Bioremediation of petroleum hydrocarbon-contaminated soil by composting in biopiles // Environmental Pollution. , 2000. C. 245-254.
315. Joseph S.D. h gp. An investigation into the reactions of biochar in soil // Aust. J. Soil Res. 2010. T. 48. C. 501-515.
316. Junna S. h gp. Effects of wheat straw biochar on carbon mineralization and guidance for large-scale soil quality improvement in the coastal wetland // Ecol. Eng. 2014. T. 62. C. 43-47.
317. Kaczynski P. h gp. Behaviour of mesotrione in maize and soil system and its influence on soil dehydrogenase activity // Sci. Total Environ. 2016. T. 571. C. 1079-1088.
318. Kahng H.Y. h gp. Genetic and Functional Analysis of the tbc Operons for Catabolism of Alkyl-and Chloroaromatic Compounds in Burkholderia sp. Strain JS150 // Appl. Environ. Microbiol. 2001. T. 67. № 10. C. 4805-4816.
319. Kallenbach C.M., Frey S.D., Grandy A.S. Direct evidence for microbial-derived soil organic matter formation and its ecophysiological controls // Nat. Commun. 2016. T. 7. № 1. C. 13630.
320. Kambo H.S., Dutta A. A comparative review of biochar and hydrochar in terms of production, physico-chemical properties and applications // Renew. Sustain. Energy Rev. 2015. T. 45. C. 359-378.
321. Kammann C.I. h gp. Influence of biochar on drought tolerance of Chenopodium quinoa Willd and on soil-plant relations // Plant Soil. 2011. T. 345. № 1-2. C. 195-210.
322. Kang H. h gp. Changes in soil microbial community structure and function after afforestation depend on species and age: Case study in a subtropical alluvial island // Sci. Total Environ. 2018. T. 625. C.1423-1432.
323. Kang Y. h gp. Short-term thermophilic treatment cannot remove tetracycline resistance genes in pig manures but exhibits controlling effects on their accumulation and spread in soil // J. Hazard. Mater. 2017. T. 340. C. 213-220.
324. Kaplan D.L., Kaplan A.M. Biodegradation of N-nitrosodimethylamine in aqueous and soil systems. // Appl. Environ. Microbiol. 1985. T. 50. № 4. C. 1077-86.
325. Kappler A. h gp. Biochar as an Electron Shuttle between Bacteria and Fe(III) Minerals // Environ.
Sci. Technol. Lett. 2014. T. 1. № 8. C. 339-344.
326. Kasozi G.N. u gp. Catechol and Humic Acid Sorption onto a Range of Laboratory-Produced Black Carbons (Biochars) // Environ. Sci. Technol. 2010. T. 44. № 16. C. 6189-6195.
327. Kauppi S., Sinkkonen A., Romantschuk M. Enhancing bioremediation of diesel-fuel-contaminated soil in a boreal climate: Comparison of biostimulation and bioaugmentation // Int. Biodeterior. Biodegrad. 2011. T. 65. № 2. C. 359-368.
328. Kay P., Blackwell P.A., Boxall A.B.A. Fate of veterinary antibiotics in a macroporous tile drained clay soil // Environ. Toxicol. Chem. 2004. T. 23. C. 1136-1144.
329. Ke G.-R. u gp. Inoculation of food waste with the thermo-tolerant lipolytic actinomycete Thermoactinomyces vulgaris A31 and maturity evaluation of the compost. // Bioresour. Technol. 2010. T. 101. № 19. C. 7424-31.
330. Keiluweit M. u gp. Dynamic molecular structure of plant biomass-derived black carbon (biochar) // Environ. Sci. Technol. 2010. T. 44. № 4. C. 1247-1253.
331. Khan K.Y. u gp. Impact of different feedstocks derived biochar amendment with cadmium low uptake affinity cultivar of pak choi (Brassica rapa ssb. chinensis L.) on phytoavoidation of Cd to reduce potential dietary toxicity // Ecotoxicol. Environ. Saf. 2017. T. 141. C. 129-138.
332. KHAN S. u gp. Soil enzymatic activities and microbial community structure with different application rates of Cd and Pb // J. Environ. Sci. 2007. T. 19. № 7. C. 834-840.
333. Khodadad C.L.M. u gp. Taxa-specific changes in soil microbial community composition induced by pyrogenic carbon amendments // Soil Biol. Biochem. 2011a. T. 43. № 2. C. 385-392.
334. Khodadad C.L.M. u gp. Taxa-specific changes in soil microbial community composition induced by pyrogenic carbon amendments // Soil Biol. Biochem. 2011b. T. 43. № 2. C. 385-392.
335. Kim J.S. u gp. Bacterial diversity of terra preta and pristine forest soil from the Western Amazon // Soil Biol. Biochem. 2007. T. 39. № 2. C. 684-690.
336. Kim J.S., Crowley D.E. Microbial diversity in natural asphalts of the Rancho La Brea Tar Pits // Appl. Environ. Microbiol. 2007. T. 73. № 14. C. 4579-4591.
337. Kim K.H. u gp. Investigation of physicochemical properties of biooils produced from yellow poplar wood (Liriodendron tulipifera) at various temperatures and residence times // J. Anal. Appl. Pyrolysis. 2011. T. 92. № 1. C. 2-9.
338. Kim M. u gp. Changes of microbial diversity during swine manure treatment process // Polish J. Microbiol. 2018. T. 67. № 1. C. 109-112.
339. Kinney T.J. u gp. Hydrological properties of biochars produced at different temperatures // Biomass and Bioenergy. 2012. T. 41. C. 34-43.
340. Kizilkaya R. u gp. Microbiological characteristics of soils contaminated with heavy metals // Eur. J. Soil Biol. 2004. T. 40. № 2. C. 95-102.
341. Klein B., Bopp M. Effect of activated charcoal in agar on the culture of lower plants // Nature. 1971. T. 230. C. 474.
342. Knox O.G.G. h gp. Biochar increases soil pH, but is as ineffective as liming at controlling clubroot // J. Plant Pathol. 2015. T. 97. № 1. C. 149-152.
343. Koelmans A.A. h gp. Black carbon: The reverse of its dark side // Chemosphere. 2006. T. 63. № 3. C. 365-377.
344. Kohno T. h gp. Design of PCR Primers and Gene Probes for General Detection of Alcane-Degrading Bacteria // Microbes Environ. 2002. T. 17. № 3. C. 114-121.
345. Kolb S., Fermanich K., Dornbush M. Effect of charcoal quantity on microbial biomass and activity in temperate soils // Soil Sci. Am. J. 2009. T. 73. C. 1173.
346. Koljalg U. h gp. UNITE: a database providing web-based methods for the molecular identification of ectomycorrhizal fungi. // New Phytol. 2005. T. 166. № 3. C. 1063-8.
347. Kolton M. h gp. Impact of biochar application to soil on the root-associated bacterial community structure of fully developed greenhouse pepper plants. // Appl. Environ. Microbiol. 2011. T. 77. № 14. C. 4924-30.
348. Komilis D., Kletsas C. Static respiration indices to investigate compost stability: Effect of sample weight and temperature and comparison with dynamic respiration indices // Bioresour. Technol. 2012. T. 121. C. 467-470.
349. Konopka A., Lindemann S., Fredrickson J. Dynamics in microbial communities: unraveling mechanisms to identify principles // ISME J. 2014. T. 9. C. 1488-1495.
350. Konopka M.C. h gp. Respiration response imaging for real-time detection of microbial function at the single-cell level. // Appl. Environ. Microbiol. 2011. T. 77. № 1. C. 67-72.
351. Koo H. h gp. Bacterial community shift in the coastal Gulf of Mexico salt-marsh sediment microcosm in vitro following exposure to the Mississippi Canyon Block 252 oil (MC252) // 3 Biotech. 2015. T. 5. № 4. C. 379-392.
352. Koshlaf E., S Ball A. Soil bioremediation approaches for petroleum hydrocarbon polluted environments // AIMS Microbiol. 2017. T. 3. № 1. C. 25-49.
353. Kotani T. h gp. Novel acetone metabolism in a propane-utilizing bacterium, Gordonia sp. strain TY-5 // J. Bacteriol. 2007. T. 189. № 3. C. 886-893.
354. Kotas P. h gp. Soil microbial biomass, activity and community composition along altitudinal gradients in the High Arctic (Billefjorden, Svalbard) // Biogeosciences. 2018. T. 15. № 6. C. 18791894.
355. Koul B. h gp. Chemical Methods of Soil Remediation // Biotechnological Strategies for Effective Remediation of Polluted Soils. , 2018.
356. Koyama A. h gp. Soil bacterial community composition altered by increased nutrient availability
in Arctic tundra soils // Front. Microbiol. 2014. T. 5. C. 516.
357. Kulikowska D. Kinetics of organic matter removal and humification progress during sewage sludge composting // Waste Manag. 2016. T. 49. C. 196-203.
358. Kumar A. u gp. Effects of maize roots on aggregate stability and enzyme activities in soil // Geoderma. 2017. T. 306. C. 50-57.
359. Kuppusamy S. u gp. Suitability of UK and Indian source acacia wood based biochar as a best carrier material for the preparation of Azospirillum inoculum // Int. J. Biotechnol. 2011. T. 4. C. 582588.
360. Kuppusamy S. u gp. Agronomic and remedial benefits and risks of applying biochar to soil: Current knowledge and future research directions // Environ. Int. 2016. T. 87. C. 1-12.
361. Kuppusamy S., Kumutha K., Santhana Krishnan P. Influence of biochar and azospirillumapplication on the growth of maize // Madras Agric. 2011. T. 98. C. 158-164.
362. Kuramae E.E. u gp. Soil characteristics more strongly influence soil bacterial communities than land-use type // FEMS Microbiol. Ecol. 2012. T. 79. № 1. C. 12-24.
363. Kuráñ P. u gp. Biodegradation of spilled diesel fuel in agricultural soil: Effect of humates, zeolite, and bioaugmentation // Sci. World J. 2014. T. 2014.
364. Kurkela S. u gp. Cloning, nucleotide sequence and characterization of genes encoding naphthalene dioxygenase of Pseudomonas putida strain NCIB9816 // Gene. 1988. T. 73. № 2. C. 355362.
365. Kutzner H.J. Microbiology of Composting // Biotechnology: Second, Completely Revised Edition. : Wiley-VCH Verlag GmbH, 2008. C. 35-100.
366. Kuzyakov Y. Priming effects: Interactions between living and dead organic matter // Soil Biol. Biochem. 2010. T. 42. № 9. C. 1363-1371.
367. Kuzyakov Y., Blagodatskaya E. Microbial hotspots and hot moments in soil: Concept & review // Soil Biol. Biochem. 2015. T. 83. C. 184-199.
368. Kylilis N. u gp. Tools for engineering coordinated system behaviour in synthetic microbial consortia // Nat. Commun. 2018. T. 9. № 1. C. 2677.
369. Labud V., Garcia C., Hernandez T. Effect of hydrocarbon pollution on the microbial properties of a sandy and a clay soil // Chemosphere. 2007.
370. Laghari M. u gp. Recent developments in biochar as an effective tool for agricultural soil management: a review // J. Sci. Food Agric. 2016a. T. 96. № 15. C. 4840-4849.
371. Laghari M. u gp. Fast pyrolysis biochar from sawdust improves the quality of desert soils and enhances plant growth // J. Sci. Food Agric. 2016b. T. 96. № 1. C. 199-206.
372. Lai L. u gp. Soil Respiration in Different Agricultural and Natural Ecosystems in an Arid Region // PLoS One. 2012. T. 7. № 10. C. e48011.
373. Lammirato C., Miltner A., Kaestner M. Effects of wood char and activated carbon on the hydrolysis of cellobiose by P-glucosidase from Aspergillus niger // Soil Biol. Biochem. 2011. T. 43. C. 1936-1942.
374. Landi L. u gp. Influence of cadmium on the metabolic quotient, l-: d-glutamic acid respiration ratio and enzyme activity : microbial biomass ratio under laboratory conditions // Biol. Fertil. Soils. 2000. T. 32. № 1. C. 8-16.
375. Langarica-Fuentes A. u gp. An investigation of the biodiversity of thermophilic and thermotolerant fungal species in composts using culture-based and molecular techniques // Fungal Ecol. 2014a. T. 11. C. 132-144.
376. Langarica-Fuentes A. u gp. Fungal succession in an in-vessel composting system characterized using 454 pyrosequencing. // FEMS Microbiol. Ecol. 2014b. T. 88. № 2. C. 296-308.
377. Larionova A.A. u gp. Soil respiration and carbon balance of gray forest soils as affected by land use // Biol. Fertil. Soils. 1998. T. 27. № 3. C. 251-257.
378. Lauber C.L. u gp. Pyrosequencing-based assessment of soil pH as a predictor of soil bacterial community structure at the continental scale // Appl. Environ. Microbiol. 2009. T. 75. № 15. C. 51115120.
379. Lazcano C., Gómez-Brandón M., Domínguez J. Comparison of the effectiveness of composting and vermicomposting for the biological stabilization of cattle manure // Chemosphere. 2008. T. 72. № 7. C. 1013-1019.
380. Le-tien C. u gp. Modified alginate and chitosan for lactic acid bacteria immobilization // Biotechnol. Appl. Biochem. 2004.
381. Ledo A. u gp. A global, empirical, harmonised dataset of soil organic carbon changes under perennial crops // Sci. Data. 2019. T. 6. № 1. C. 57.
382. Lehmann J. u gp. Biochar effects on soil biota - A review // Soil Biol. Biochem. 2011a. T. 43. № 9. C. 1812-1836.
383. Lehmann J. u gp. Biochar effects on soil biota - A review // Soil Biol. Biochem. 2011b. T. 43. № 9. C. 1812-1836.
384. Lehmann J. u gp. Biochar effects on soil biota - A review // Soil Biol. Biochem. 2011c. T. 43. № 9. C. 1812-1836.
385. Lehmann J. u gp. Biochars and the plant-soil interface // Plant Soil. 2015. T. 395. № 1-2. C. 1-5.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.