Структурные принципы взаимодействия белков-регуляторов трансляции с РНК тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, доктор наук Никулин Алексей Донатович

• Никулин Алексей Донатович
• доктор наук
• 2019

Оглавление диссертации доктор наук Никулин Алексей Донатович

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Узнавание белками одноцепочечных участков РНК

1.1. Аминоацил-тРНК-синтетазы

1.2. Домен с РНК-узнающим мотивом RRM

1.3. КН-домен

1.4. Домен «цинковые пальцы» ZnF

1.5. Pum-домен (PUF повторы)

1.6. TRAP

1.7. Домены с укладкой «ОВ-фолд»

1.8. Sm-фолд

2. Узнавание белками двуцепочечных РНК

2.1. Двуцепочечно-РНК связывающий домен dsRBD

2.2. Рибосомные белки

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

1. Материалы

1.1. Химические реактивы, ферменты и другие лабораторные материалы70

1.2. Ферменты и наборы для экспериментов

1.3. Наборы и материалы для кристаллизации

1.4. Хроматографические носители

1.5. Буферы и другие растворы

1.6. Среды для культивирования микроорганизмов

1.7. Бактериальные штаммы, векторы и плазмиды

1.8. Приборы

2. Методы генной инженерии, молекулярной биологии и микробиологии

2.1. Плазмиды, несущие ген рибосомного белка L1

2.2. Плазмиды, несущие гены белков Hfq из E. coli и P. aeruginosa

2.3. Клонирование генов SmAP белков из M. jannaschii, M. vannielii,

S. acidocaldarius

2.4. Полимеразная цепная реакция

2.5. Сайт-направленный мутагенез последовательностей ДНК для получения белка PaeHfq с заменами аминокислотных остатков

2.6. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.7. Получение компетентных клеток E. coli

2.8. Трансформация клеток E. coli плазмидной ДНК методом теплового шока

2.9. Экспрессия генов рекомбинантных белков L1 в клетках Е. coli

2.10. Экспрессия генов белков Hfq дикого типа и их мутантных форм в клетках E. coli

2.11. Экспрессия генов белков SmAP из M. jannaschii, M. vannielii,

S. acidocaldarius в клетках E. coli

3. Биохимические методы при работе с белками

3.1. Препаративное выделение и очистка рекомбинантных белков L1

3.2. Препаративное выделение и очистка белков Hfq дикого типа и мутантных форм из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. coli

3.3. Препаративное выделение и очистка белка SmAP M. jannaschii и его мутантных форм из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. coli

3.4. Препаративное выделение и очистка белка SmAP M. vannielii из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. coli

3.5. Препаративное выделение и очистка белков SmAP S. acidocaldarius из клеток штаммов-суперпрдуцентов E. coli

3.6. Спектрофотометрическое определение концентрации белков

3.7. Электрофорез белков в ПААГ в присутствии ДСН

3.8. Электрофорез белков в ПААГ в «околонативных» условиях

4. Биохимические методы при работе с РНК и нуклеотидами

4.1. Получение специфических фрагментов рРНК

4.2. Электрофорез РНК в ПААГ в денатурирующих условиях

4.3. Спектрофотометрическое определение концентраций нуклеиновых кислот

5. Физико-химические методы исследования белков

5.1. Анализ стабильности вторичной структуры белков с использованием спектров КД

5.2. Анализ термостабильности белков методом микрокалориметрии

6. Анализ взаимодействия белков с РНК и рибонуклеотидами

6.1. Определение сродства исследуемых белков к одиночным рибонуклеотидам по изменению флуоресцентной анизотропии

6.2. Определение констант ассоциации и диссоциации методом поверхностного резонанса плазмонов

6.3. Анализ взаимодействий исследуемых белков с «молекулярным маяком»

7. Кристаллизация белков, нуклеотид-белковых и РНК-белковых

комплексов

7.1. Кристаллизация комплекса SacLl со специфическим фрагментом рРНК длиной 55 нуклеотидов

7.2. Комплексы рибосомных белков L1 со специфическими фрагментами мРНК

7.3. Кристаллизация белка Hfq из P. aeruginosa дикого типа и мутантных форм

7.4. Кристаллизация SmAP белков архей

7.5. Получение кристаллов рибонуклеотид-белковых комплексов

8. Методы рентгеноструктурного анализа

8.1. Сбор и первичная обработка дифракционных данных

8.2. Определение структуры комплекса L1-рРНК методом многоволновой аномальной дифракции (MAD)

8.3. Определение структур комплексов рибосомного белка L1 с регуляторным участком мРНК методом многоволновой аномальной дифракции (MAD)

8.4. Определение структур комплексов рибосомного белка L1 с регуляторным участком мРНК методом молекулярного замещения

8.5. Определение структуры белка Hfq из P. aeruginosa

8.6. Определение структур мутантных форм белка Hfq из P. aeruginosa

8.7. Определение структур белков в комплексе с рибонуклеотидами

8.8. Определение структур SmAP белков

8.9. Анализ и построение изображений исследуемых структур

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Структурные исследования комплексов рибосомного белка L1 с

РНК

1.1. Взаимодействие рибосомного белка L1 с 23 S рРНК

1.2. Взаимодействие рибосомного белка L1 с мРНК

2. Структурные и функциональные исследования бактериального Lsm белка Hfq из Pseudomonas aeruginosa

2.1. Определение пространственной структуры белка Hfq из P. aeruginosa

2.2. Пространственная структура белка Hfq из P. aeruginosa

2.3. Термостабильность гексамера белка Hfq из P. aeruginosa

2.4. Определение вклада водородных связей, образованных консервативными аминокислотными остатками соседних мономеров белка, в стабильность белка Hfq из P. aeruginosa

2.5. Исследование рибонуклеотид-связывающих свойств белка Hfq из

P. aeruginosa

3. Разработка методики получения подходящих для кристаллизации нуклеотид-белковых комплексов

3.1. Кристаллизация и определение структур предполагаемых рибонуклеотид-белковых комплексов

3.2. Измерение равновесных констант диссоциации рибонуклеотид-белковых комплексов

4. Структурные и функциональные исследования архейных белков

SmAP

4.1. Определение пространственных структур SmAP белков

4.2. Определение сродства SmAP белков к флуоресцентно-меченым рибонуклеотидам

4.3. Определение и анализ пространственных структур комплексов SmAP белков с рибонуклеотидами

4.4. Взаимодействие SmAP белков с олиго(У) и олиго(А) РНК

4.5. Заключение

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

DMSO - диметилсульфоксид

dsRBD - двуцепочечно-РНК связывающий домен

DTT - дитиотрейтол, ^^)-1,4-бис(сульфанил)бутан-2,3-диол

GuHCl - гуанидин гидрохлорид

HEPES - 4-(2-гидроксиэтил)-1-пиперазинэтансульфоновая кислота IPTG - изопропил-1-тио-Р-0-галактопиранозид Lsm - Sm-подобные белки

MANT-АМФ - 273'-(№метил-антранилоил)-аденозин-5'-монофосфат MANT-ГТФ - 2,/3,-(N-метил-антранилоил)-гуанозин-5,-монофосфат MES - 2-(№морфолино)-этансульфоновая кислота

OB-домен (фолд) - олигонуклеотид/олигосахарид связывающий домен (фолд)

PDB (Protein Data Bank) - банк данных пространственных структур

макромолекул

PPi - пирофосфат, P2O74-

RBD - РНК-связывающий домен

RNP - рибонуклеопротеиновый домен

RRM - РНК узнающий мотив

SmAP - Sm-подобные белки архей

SCOP (Structural Classification of Proteins) - база данных по структурной

классификации белков

w/v - соотношение объем/объем

ZnF - домен типа «цинковые пальцы»

а.о. - аминокислотный остаток

АРСаза - аминоацил-тРНК синтетаза

бис-акриламид - ^№-метилен-бис-акриламид

БФС - бромфеноловый синий

Да - Дальтон

ДСН - додецилсульфат натрия дцРНК - двухцепочечная РНК мрРНК - малая регуляторная РНК мяРНК - малые ядерные РНК нт. - нуклеотид

оцРНК - одноцепочечная РНК ПААГ - полиакриламидный гель

ПААГ-ДСН - полиакриламидный гель в денатурирующих условиях в присутствии ДСН

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РНП - рибонуклеопротеин

рРНК - рибосомная РНК

РСА - рентгеноструктурный анализ

ТЕМЕД - К,К,К,К-тетраметилендиамин

ФМСФ (РМББ) - фенилметилсульфонил фторид

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

ЯМР - ядерный магнитный резонанс

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурные принципы взаимодействия белков-регуляторов трансляции с РНК»

Актуальность проблемы

Исследование регуляции экспрессии генов - одна из фундаментальных проблем молекулярной биологии. Координированный синтез множества белков определяет функциональное состояние клетки на разных этапах её жизнедеятельности и является залогом выживания организма. Определение структур РНК-белковых комплексов высокого разрешения в комбинации с данными физико-химических и биохимических исследований позволяет установить структурные принципы узнавания и взаимодействия РНК-связывающих белков-регуляторов трансляции с РНК.

Молекулы РНК отличаются от консервативной двухцепочечной ДНК большим разнообразием элементов вторичной структуры, таких как шпильки, псевдоузлы, внутренние петли и прочее, что приводит к формированию молекулами РНК уникальной пространственной укладки [1]. Наличие в этих элементах РНК большого количества открытых для внешних контактов и способных формировать водородные связи функциональных групп обеспечивает разнообразие структурных мотивов, узнаваемых белками. РНК-связывающие белки вовлечены в такие важные для жизни клеток процессы, как круговорот РНК, включая созревание пре-мРНК, сплайсинг, деградация, транспорт и локализация РНК, регуляция трансляции и пр. Исследование структурных особенностей узнаваемых белками элементов РНК, а также определение структур специфических РНК-белковых комплексов позволяет пролить свет на то, как эти процессы реализуются, а также позволяют целенаправленно и осознанно воздействовать на них.

Представленная работа посвящена исследованию взаимодействия некоторых белков-регуляторов трансляции со специфически узнаваемыми участками РНК.

Двуцепочечные РНК (дцРНК) имеют сложно организованную пространственную структуру и обычно наблюдаются в составе РНК-белковых комплексов, таких как рибосома. Исследования структуры рибосомы и процесса биосинтеза белка ведутся в Институте белка РАН на протяжении уже более 50 лет. В Лаборатории структурных исследований аппарата трансляции совместно с Группой структурных исследований рибосомных белков определены структуры большого числа рибосомных белков и их комплексов с рибосомной рРНК, которые сыграли огромную роль при расшифровке первых структур бактериальных рибосомных субчастиц и рибосом. Впоследствии эти работы послужили основой для исследований взаимодействия рибосомных белков-регуляторов трансляции со своей собственной мРНК. Сравнение структур комплексов рибосомных белков с рРНК и мРНК позволило описать принципы узнавания близких структур РНК и понять основы механизма авторегуляции трансляции рибосомными белками. Мне посчастливилось принять участие в значительной части структурно-функциональных исследований рРНК-белковых комплексов в Институте белка РАН, и в данной рукописи представлена одна из наиболее интересных и важных работ по исследованию РНК-связывающих свойств рибосомного белка Ь1. Он является универсально-консервативным и, вместе со спиралями Н76, Н77 и Н78 23 Б рРНК, формирует функционально важный подвижный участок большой рибосомной субчастицы, называемый Ы-выступом. Одновременно, белок Ь1 является регулятором трансляции Ь11 оперона E.coli и Ь1-оперона архей рода Methanococcus. Определение структур комплексов рибосомного белка Ь1 со специфическими фрагментами рРНК и мРНК позволило пролить свет на принципы узнавания белком близких по структуре молекул РНК и структурные основы механизма авторегуляции трансляции мРНК своего оперона.

Одноцепочечные РНК, как правило, не являются самостоятельными молекулами в клетках, а представляют собой функционально активные участки молекул РНК, например, регуляторные элементы мРНК. Взаимодействие с ними РНК-связывающих белков приводит к изменению уровня трансляции мРНК и количества продуцируемого в клетке белка. В Институте белка РАН также активно исследуются белки - регуляторы трансляции и транскрипции, взаимодействующие с оцРНК. Одним из таких белков является белок Hfq - host factor Qbeta replicase. Это важный регулятор экспрессии большого числа генов в бактериальных клетках, который взаимодействует как непосредственно с регуляторными участками мРНК, так и способствует взаимодействию с этими участками малых регуляторных РНК (мрРНК). Мы стали пионерами в структурно-функциональных исследованиях белка Hfq из бактерии Pseudomonas aeruginosa, исследовав не только его РНК-связывающие свойства, но и уникальную термостабильность.

Белок Hfq принадлежит семейству Sm/Lsm белков, представители которого имеются также в археях и эукариотах. Эукариотические Sm белки входят в состав сплайсосомы и выполняют функцию каркасных белков, а Lsm (Sm-like) белки участвуют в процессинге и деградации РНК. Функция архейных Lsm белков (SmAP) не ясна, поскольку не имеется данных о вовлеченности белков SmAP в регуляцию трансляции, а развитой системы сплайсинга в археях нет. На данный момент имеются лишь данные о взаимодействии SmAP с некоторыми малыми нетранслируемыми РНК в клетках архей Haloferax volcanii и Sulfolobus solfataricus. Исследование РНК-связывающих свойств SmAP белков и сравнение с их гомологами является значимым как для исследования процессов регуляции трансляции в археях, так и с точки зрения эволюции гомологичных РНК-связывающих белков в клетках из разных доменов жизни.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы являлось исследование структурных и функциональных особенностей взаимодействия белков-регуляторов трансляции с их «мишенями» (одноцепочечными и двухцепочечными участками РНК) для установления общих принципов РНК-белкового узнавания данным классом белков.

Для достижения поставленной цели предполагалось решить следующие задачи:

1. Определить структуры комплексов рибосомного белка-регулятора Ь1 со специфически узнаваемыми фрагментами 23S рРНК и мРНК. Использовать структуру комплекса L1-23S рРНК для дополнения существующих моделей большой рибосомной субчастицы. Предложить модель дискриминации рибосомным белком Ь1 структурно-гомологичных участков на рРНК и мРНК.

2. Определить структуры ряда Ьбш белков - бактериального Нд и архейных БшАР, как в свободном состоянии, так и в комплексах с рибонуклеотидами.

3. Сравнить РНК-связывающие свойства Ьбш белков из бактерий и архей. Идентифицировать участки взаимодействия белков с РНК и установить их специфичность к последовательностям нуклеотидов РНК.

4. Провести анализ особенностей узнавания исследуемыми белками -регуляторами трансляции их «мишеней» (оцРНК и дцРНК).

Объект исследования - регуляция экспрессии генов в бактериях и археях.

Предмет исследования - взаимодействие белков-регуляторов трансляции с РНК.

Научная новизна работы и практическая значимость работы

Впервые определены структуры рибосомного белка L1 в комплексе со специфически узнаваемыми участками 23S рРНК и мРНК. Структура комплекса L1-23S рРНК использована для описания функционально важного L1-выступа большой рибосомной субчастицы. Сравнение структур рибосомного и регуляторного комплексов рибосомного белка L1 позволило на атомарном уровне объяснить механизм регуляции трансляции мРНК L1 оперона по принципу обратной связи.

Впервые определена структура белка Hfq из бактерии P. aeruginosa в свободном состоянии и в комплексе с рибонуклеотидами. Установлена уникальная термостабильность белка; предложено объяснение высокой стабильности четвертичной структуры Hfq. Проведён анализ узнавания белком оснований уридина и аденина; впервые показана способность связывания Hfq основания цитидина. Идентифицирован и описан функционально важный третий РНК-связывающий участок белка Hfq, расположенный на боковой поверхности гексамера белка, что позволило детализировать модель регуляции трансляции мРНК с участием мрРНК.

Впервые определены структуры архейных Lsm белков SmAP из Methanocaldococcus vannielii и Sulfolobus acidocaldarius; улучшено разрешение структуры SmAP белка из Methanocaldococcus jannaschii. На структурном и функциональном уровне установлено, что SmAP белки имеют только один участок специфического узнавания уридин-богатых оцРНК.

Разработана простая и эффективная методика идентификации участков взаимодействия белков с оцРНК, которая позволяет установить на атомарном уровне РНК-белковые контакты, и определить степень специфичности их взаимодействия. Данная методика может применяться

при структурно-функциональных исследованиях других оцРНК-связывающих белков.

Определение структур высокого разрешения целого ряда РНК-белковых комплексов в комбинации с данными физико-химических и биохимических исследований позволило установить структурные принципы узнавания белками-регуляторами РНК - «мишеней». Эти данные могут использоваться, в том числе, для создания химерных белков для направленной регуляции синтеза белков для медицинских и технологических целей.

Методология диссертационного исследования.

При проведении экспериментов использовали современные физические, биохимические и структурные методы. Белки нарабатывали в штаммах-продуцентах E.coli. Фрагменты РНК нарабатывали транскрипцией in vitro или синтезировали химически. Очистку белков и РНК проводили хроматографией. Чистоту препаратов проверяли электрофорезом. Свойства белков и их комплексов исследовали современными физико-химическими методами, включая поверхностный резонанс плазмонов, сканирующую микрокалориметрию, флуоресцентные методы и др. Кристаллизацию белков и их комплексов проводили методом «висячей капли». Структуры определяли кристаллографически методами многоволновой аномальной дифракции и молекулярного замещения. Определение и уточнение структур проводили в актуальных версиях программных комплексов CNS, CCP4, PHENIX.

Основные положения, выносимые на защиту

Двухдоменный рибосомный белок L1 взаимодействует с участком

23S рРНК и мРНК L11 оперона бактерий (L1 оперона архей) имеющих

пространственно-гомологичную структуру. Аминокислотные остатки

первого домена белка L1 играют определяющую роль в узнавании обоих

12

типов РНК. Консервативные, недоступные для растворителя водородные связи между атомами белка L1 и РНК, обеспечивают стабильность РНК-белковых комплексов.

Высокая термостабильность гексамерной формы белка Hfq P. aeruginosa определяется формированием общего гидрофобного ядра, закрытого от растворителя консервативными аминокислотными остатками.

Белок Hfq специфически связывает основания уридина и аденина, но не взаимодействует с гуанином. Рибонуклеотиды специфически взаимодействуют с белком Hfq в соответствующих РНК-связывающих участках и образуют контакты с атомами белка, аналогичные таковым в комплексах Hfq с РНК.

В белках SmAP - архейных гомологах белка Hfq - сохраняется только один специфический участок взаимодействия с РНК. Однако, SmAP белки сохраняют функцию способствовать взаимодействию двух комплементарных РНК.

Степень достоверности результатов

В работе использовали современные аттестованные методики измерений и приборы. Использовались реактивы от ведущих российских и международных компаний. Последовательности генов и фрагментов ДНК проверялись секвенированием и соотносились с заданными. Депонированные в банк данных пространственные структуры белков и их комплексов прошли проверку на соответствие стандартным стереохимическим параметрам и удовлетворяют необходимым статистическим критериям.

Апробация работы

Диссертация апробирована на заседании кафедры химии природных соединений Химического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова. Результаты работы представлялись в виде устных и стендовых докладов на всероссийских и международных конференциях (58 тезисов), в том числе на Международной конференции «Chemical and Biological Problems of Proteomics», Новосибирск, 2004; III Съезде Биохимического общества, г. Санкт-Петербург, 2002; 24-м Европейском Кристаллографическом конгрессе, Марракеш, 2007; INTAS Workshop on Young Scientists' Program, Томск, 2007; Ежегодной конференции RNA Society, Берлин, 2008; V Российском симпозиуме «Белки и пептиды», Петрозаводск, 2011; IV Съезде биофизиков России, Нижний Новгород, 2012; The FEBS Conference, Санкт-Петербург, 2013; VI Российском симпозиуме «Белки и пептиды», Уфа, 2013; 29-й Европейском Кристаллографическом конгрессе, Ровинь, 2015; V Съезде биохимиков России, Дагомыс, 2016; Первом Кристаллографическом конгрессе, Москва, 2016; 31-й Европейском Кристаллографическом конгрессе, Овьедо, 2018; The EMBO/EMBL Conference «The Complex Life of RNA», Гейдельберг, 2018.

Публикации

Основные результаты диссертационной работы представлены в 28 публикациях, в том числе: 21 - в международных рецензируемых журналах, индексируемых в системах Web of Science и Scopus; 4 обзора и 2 статьи на русском языке в журналах, входящих в РИНЦ; одна глава в международном сборнике статей на английском языке. В ходе работе депонированы в банк данных PDB 24 пространственные структуры белков и их комплексов с РНК и рибонуклеотидами (PDB ID 1MZP, 1U1S, 1U1T, 1U63, 1ZHO, 2HW8, 2VPL, 3M4G, 3INZ, 3QUI, 4F9T, 4J5Y, 4J6W, 4J6X, 4J6Y, 4MMK, 4MML, 4X9C, 4X9D, 5I21, 5DY9, 5MKI, 5MKL, 5MKN).

Личный вклад автора

Диссертационная работа выполнена автором лично. Получение наборов дифракционных данных с кристаллов белков и их комплексов, определение и уточнение структур, их анализ, проведены непосредственно автором. Работы по получению и кристаллизации комплексов белка Ь1 с РНК проводились совместно с сотрудниками Лаборатории структурных исследований аппарата трансляции и Группы структурных исследований рибосомных белков ИБ РАН. Исследования белков Нд и БшАР финансировались грантами РФФИ и РНФ, где автор был руководителем, организовывал и выполнял работы по проектам. Ряд исследований проводился в сотрудничестве с коллегами из зарубежных университетов, что отражено в опубликованных работах.

Структура и объем работы

Диссертация состоит из следующих глав: «Список сокращений», «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы исследования», «Результаты и обсуждение», «Выводы», «Список цитируемой литературы» (раздел состоит из 295 ссылок) и «Благодарности». Работу иллюстрируют 99 рисунков и 29 таблиц. Общий объем диссертации 254 страницы.

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Специфически узнаваемые белками участки РНК можно разделить на два типа - одноцепочечные участки, в которых большая часть нуклеотидов не образуют пары с комплементарными им основаниями и открыта для контактов с атомами белка, и двуцепочечные участки, в которых такие пары формируются и нуклеотиды практически недоступны для внешних контактов. В предлагаемом обзоре рассмотрены примеры взаимодействия РНК-связывающих белков с одноцепочечными и двухцепочечными участками РНК, проанализировано современное состояние структурных исследований взаимодействия белков с РНК и принципов РНК-белкового узнавания. Обзор не может претендовать на исчерпывающий характер, поскольку исследование РНК-белковых взаимодействий - одна из наиболее быстро растущих и динамичных областей молекулярной биологии.

1. Узнавание белками одноцепочечных участков РНК

При анализе большого разнообразия структур комплексов белков с одноцепочечными РНК (далее - оцРНК) можно выделить несколько наиболее распространенных классов консервативных РНК-узнающих белков (доменов). Это аминоацил-тРНК синтетазы, РНК-связывающий домен (RRM), КН-домен, ОВ-фолд, TRAP, «домен с цинковыми пальцами» ZF, Pum-домен (PUF повторы) и Sm-домен. Современные геномные подходы позволяют обнаруживать и другие РНК-связывающие мотивы в белках [2], однако ниже будут рассматриваться только наиболее часто встречающиеся оцРНК-связывающие мотивы белков.

1.1. Аминоацил-тРНК-синтетазы

Первой публично доступной структурой РНК-белкового комплекса, согласно БД PDB, является структура глутамил-тРНК синтетазы в комплексе с тРНК и АТФ (PDB 1GSG) опубликованная в 1989 г. [3]. До 2000

г. были определены структуры комплексов серил- (PDB 1SER) [4], аспартил- (PDB 1ASY) [5], треонил- (PDB 1QF6) [6] и изолейцил- (PDB ^Ш) [7] тРНК синтетаз с соответствующими тРНК. На начало 2016 г. в PDB имеется около 100 структур аминоацил-тРНК синтетаз в комплексах с тРНК из более чем 20 организмов. На рисунке 1 приведены структуры некоторых из них.

Рис. 1. Структуры ряда комплексов аминоацил-тРНК синтетаз с тРНК, представленных в виде моделей СРК. Ориентация тРНК (красные) на всех рисунках одинаковая, что позволяет показать разнообразие относительного расположения синтетаз и связанных с ними тРНК. Показаны изолейцил-, валил-, глутамил- (I класс), фенилиаланил- и треонил-(II класс) тРНК синтетазы. Рисунок взят со страницы http://pdb101.rcsb.org/. Соответствие структур записям в БД PDB: Ile- 1FFY, Val - 1GAX, Gln - 1EUQ, Phe -1EIY, Thr - 1QF6.

Аминоацил-тРНК синтетазы (часто используют сокращения аа-тРНК синтетазы) являются ферментами, которые «читают» генетический код,

поскольку отвечают за присоединение определенной аминокислоты к соответствующей ей тРНК. Этот процесс обеспечивает правильность дальнейшего считывания генетической информации с мРНК и перевода её в аминокислотную последовательность при биосинтезе белков на рибосомах. Точность узнавания аминокислот аминоацил-тРНК синтетазами очень высока, учитывая, что некоторые аминокислоты могут отличаться заменой только единичного атома (например, серин и цистеин). Считается, что уровень ошибки узнавания не превышает одной на 104-105 образованных аминоацил-тРНК [8]. Кроме того, существуют дополнительные механизмы редактирования ошибочно синтезированных аминоацилированных тРНК, что ещё значительнее уменьшает вероятность включения неправильных аминокислот в состав синтезированных белков [9,10].

Поскольку процесс образования комплекса аминокислоты с тРНК, катализируемый синтетазой, является энергетически невыгодным, то для формирования такого соединения требуется дополнительная энергия. Она черпается за счёт расщепления АТФ, который связывается синтетазой одновременно с аминокислотой. При этом происходит образование химической связи аминокислоты с АМФ, сопровождающееся высвобождением пирофосфата. Образующиеся аминоацил-аденилаты нестабильны и взаимодействуют с узнаваемой ферментом тРНК, причём синтетаза может связать только такую тРНК, антикодон которой соответствует связанной и «заряженной» аминокислоте. Происходит перенос аминокислотного остатка на гидроксильную группу рибозы 3'-концевого аденина тРНК с образованием новой ковалентной связи и высвобождением отщепляемой молекулы АМФ. Сформированный комплекс аминокислоты и тРНК уходит из синтетазы и готов участвовать в синтезе полипептидной цепи на рибосоме.

В целом, происходящие химические реакции можно представить в виде:

1 стадия: а.о. + АТФ ^ аминоацил-АМФ + PPi (1)

2 стадия: аминоацил-АМФ + тРНК ^ аминоацил-тРНК + АМФ (2) Суммарно: а.о. + тРНК + АТФ ^ аминоацил-тРНК + АМФ + PPi (3)

Пирофосфат PPi подвергается гидролизу, что позволяет обеспечить высокую экзотермичность суммарной химической реакции.

Для каждой стандартной аминокислоты имеется специфичная аминоацил-тРНК синтетаза. Их разделяют на два класса «Тип I» и «Тип II», которые значительно различаются как по первичным, так и по третичным структурам [11-13]. Синтетазы I класса узнают 10 аминокислот: Met, Val, Ile, Leu, Cys, Glu, Gln, Arg, Trp и Tyr; синтетазы II класса узнают другие 10 аминокислот: Ala, His, Pro, Thr, Ser, Gly, Phe, Asp, Asn и Lys. Имеется исключение из этого правила - это лизил-тРНК синтетаза, которая структурно принадлежит к I классу, но узнает аминокислоту, характерную для синтетаз II класса [13]. Впервые такая синтетаза была обнаружена в архее Methanococcus maripaludis [14], позднее аналоги были найдены в большинстве архей и в некоторых бактериях [15,16], а в некоторых археях сосуществуют лизил-тРНК синтетазы первого и второго классов [17,18].

Аминоацил-тРНК синтетазы обоих классов являются мультидоменными белками и содержат аминоацилирующий (каталитический) и антикодон-связывающий домены. В синтетазах I класса аминоацилирующий домен имеет укладку по Россману с топологией а/р/а и центральным пятитяжевым р-листом (рис. 2а), а в синтетазах II класса структура домена характеризуется уникальной укладкой а + Р типа с центральным антипараллельным Р-листом, ограниченным с двух сторон а-спиралями (рис. 2б). Следует отметить, что многие синтетазы II класса в растворе являются гомодимерами, формирующихся за счет контактов консервативных аминокислотных остатков аминоацилирующего домена

[16]. Аминоацил-тРНК синтетазы I класса в растворе, как правило, существуют в виде мономеров.

Рис. 2. а) Структура глутаминил-тРНК синтетазы E. coli (класс I) в комплексе с тРНК (PDB: 1EUQ). б) Структура треонил-тРНК синтетазы E. coli (класс II) в комплексе с тРНК (PDB: 1QF6). Белки представлены в виде голубой ленточной модели, тРНК - малиновой ленточной модели с указанием оснований и рибоз. Схематические представления структур здесь и далее получены с использованием координат структур БД PDB в программе PyMol, если не указано другое. в) Схематическое сравнение ориентации тРНК (малиновая) относительно аминоацилирующего домена синтетаз первого и второго классов. Синтетазы I и II класса узнают разные стороны тРНК, при этом CCA-конец принимает разное положение в комплексах. Видны различия в укладке элементов вторичной структуры в ферментах. Рисунок взят из [19].

Различия в структуре аминоацилирующего домена приводят не только к отличиям в четвертичной структуре синтетаз, но и к расхождениям в областях связывания тРНК, которые связываются с синтетазами I и II класса с разных сторон (рис. 2в). В результате, при связывании с синтетазами II класса З'-конец тРНК сохраняет спиральную конформацию,

характерную для свободной тРНК, а при связывании с синтетазами I класса - меняет свою конформацию и формирует шпильку [19]. Различия в структуре активного центра синтетаз двух классов приводят к тому, что аминокислоты присоединяются к разным гидроксилам рибозы 3'-концевого аденозина тРНК: ферменты I класса аминоацилируют 2'-гидроксил, а ферменты II класса - З'-гидроксил (исключение - фенилаланил-тРНК синтетаза [20]).

Предполагается, что разделение аминоацил-тРНК синтетаз на два настолько отличающихся по свойствам класса позволяет узнавать тРНК с двух разных сторон и связываться с ней двум разным синтетазам одновременно, например, при модификации молекулы тРНК [19].

За выбор «правильной» тРНК отвечает второй домен синтетазы -антикодон-связывающий, который узнаёт последовательность антикодона тРНК и стабилизирует образующийся комплекс аа-тРНК синтетаза - тРНК [1З]. Несмотря на то, что последовательность антикодона является наиболее «правильным» идентификатором тРНК, синтетазы способны узнавать другие структурные особенности этой РНК. Рассмотрим наиболее характерные случаи взаимодействия аминоацил-тРНК синтетаз со своими тРНК.

Одним из наиболее популярных примеров в литературе является структура треонил-тРНК синтетазы (II класс) в комплексе с тРНКТЬг (рис. 2б). тРНК взаимодействует с двумя доменами белка: антикодон-связывающим и аминоацилирующим. Как было сказано ранее, ССА-конец тРНК при связывании с синтетазой II класса сохраняет свою конформацию и дотягивается до аминоацилирующего сайта белка, содержащим ион цинка в активном центре (рис. 3). В этом положении З'-концевой аденин тРНК готов принять треонин из располагающегося в непосредственной близости треонил-аденилата на З'-гидроксил рибозы. Антикодоновая петля тРНК

взаимодействует со вторым, антикодон-связывающим, доменом фермента, причём каждое из оснований антикодона CGU образует водородные связи с атомами боковых цепей аминокислотных остатков белка (рис. 3б).

Рис. 3. Особенности взаимодействия треонил-тРНК синтетазы из Е.еоН с тРНК11^ а) Схематическое представление структуры комплекса (PDB: 1QF6). Выделены каталитический центр фермента, редактирующий сайт синтетазы и антикодоновая петля тРНК. Адаптировано из [19]. б) Увеличенная область взаимодействия оснований нуклеотидов антикодона CGU тРНК с аминокислотными остатками синтетазы в структуре комплекса. Пунктирными линиями показаны водородные связи.

Нуклеотиды G35 и и36 располагаются на «платформе» белка, образованной гидрофобными остатками изолейцинов 11е547, 11е578, 11е582 и валина Уа1595, а их основания образуют водородные связи с атомами боковых цепей белка. Считается, что нуклеотиды G35 и и36 являются определяющими для узнавания тРНК [21]. Основание С34 направлено в противоположную сторону (рис. 3б), имеет меньше контактов с поверхностью белка и не влияет на аминоацилирование, поскольку может быть заменено на А, и или G без заметных потерь эффективности фермента [6]. Было продемонстрировано, что изменение последовательности антикодона CGU на САи, характерной для тРНКМе1 из Е.еоН, приводит к переключению связывания такой тРНК на метионил-тРНК синтетазу [21,22], а обратная модификация кодона тРНКМе1 САи на GGU приводит к связыванию модифицированной тРНК с треонил-тРНК синтетазой

несмотря на значительные различия в последовательностях и структурах тРНКМе1 и тРНКТЬг [23].

Аминоацил-тРНК синтетазы I класса имеют дополнительные РНК-белковые контакты в области изгиба тРНК, хотя большинство контактов между ними наблюдается в области антикодоновой петли и акцепторного стебля тРНК [24]. Анализ структуры комплекса глутаминил-тРНК синтетазы с тРНК°1и показал большое число контактов между нуклеотидами 32-38 антикодоновой петли тРНК и синтетазой, причём часть нуклеотидов модифицировано (рис. 4) [25]. Нуклеотиды антикодоновой петли образуют в этом комплексе значительное количество водородных связей с аминокислотными остатками белка. Поскольку глутаминил-тРНК синтетаза должна распознавать две изоакцепторные тРНК°1и с антикодонами СиО и ЦЦО, то при их связывании происходит адаптация этой области синтетазы к 34 основанию тРНК [26].

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Никулин Алексей Донатович, 2019 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Tinoco I., Bustamante C. How RNA folds // J. Mol. Biol. - 1999. - Vol. 293.

- № 2. - P. 271-281.

2. Schlundt A., Tants J.-N.N., Sattler M. Integrated structural biology to unravel molecular mechanisms of protein-RNA recognition // Methods. Elsevier Inc. - 2017. - Vol. 118-119. - № March. - P. 119-136.

3. Rould M.A. et al. Structure of E. coli glutaminyl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Gln) and ATP at 2.8 A resolution. // Science. - 1989.

- Vol. 246. - № 4934. - P. 1135-1142.

4. Biou V. et al. The 2.9 A crystal structure of T. thermophilus seryl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Ser). // Science. - 1994. - Vol. 263. - № 5152. - P. 1404-1410.

5. Ruff M. et al. Class II aminoacyl transfer RNA synthetases: crystal structure of yeast aspartyl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Asp). // Science.

- 1991. - Vol. 252. - № 5013. - P. 1682-1689.

6. Sankaranarayanan R. et al. The structure of threonyl-tRNA synthetase-tRNA(Thr) complex enlightens its repressor activity and reveals an essential zinc ion in the active site. // Cell. Elsevier - 1999. - Vol. 97. - № 3. - P. 371381.

7. Silvian L.F., Wang J., Steitz T.A. Insights into editing from an ile-tRNA synthetase structure with tRNAile and mupirocin. // Science. - 1999. - Vol. 285. - № 5430. - P. 1074-1077.

8. Loftfield R.B., Vanderjagt D. The frequency of errors in protein biosynthesis. // Biochem. J. - 1972. - Vol. 128. - № 5. - P. 1353-1356.

9. Moghal A., Mohler K., Ibba M. Mistranslation of the genetic code // FEBS Lett. - 2014. - Vol. 588. - № 23. - P. 4305-4310.

10. Yadavalli S.S., Ibba M. Selection of tRNA charging quality control mechanisms that increase mistranslation of the genetic code // Nucleic Acids Res. - 2013. - Vol. 41. - № 2. - P. 1104-1112.

11. Eriani G. et al. Partition of tRNA synthetases into two classes based on mutually exclusive sets of sequence motifs. // Nature. - 1990. - Vol. 347. -№ 6289. - P. 203-206.

12. Ibba M., Curnow A.W., Söll D. Aminoacyl-tRNA synthesis: divergent routes to a common goal. // Trends Biochem. Sci. - 1997. - Vol. 22. - № 2.

- P. 39-42.

13. O'Donoghue P., Luthey-Schulten Z. On the evolution of structure in aminoacyl-tRNA synthetases. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2003. - Vol. 67. - № 4. - P. 550-573.

14. Ibba M. et al. A euryarchaeal lysyl-tRNA synthetase: resemblance to class I synthetases. // Science. - 1997. - Vol. 278. - № 5340. - P. 1119-1122.

15. Ambrogelly A., Korencic D., Ibba M. Functional annotation of class I lysyl-tRNA synthetase phylogeny indicates a limited role for gene transfer. // J. Bacteriol. - 2002. - Vol. 184. - № 16. - P. 4594-4600.

16. Woese C.R. et al. Aminoacyl-tRNA synthetases, the genetic code, and the evolutionary process. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2000. - Vol. 64. - № 1.

- P. 202-236.

17. Galagan J.E. The Genome of M. acetivorans Reveals Extensive Metabolic and Physiological Diversity // Genome Res. - 2002. - Vol. 12. - № 4. - P. 532-542.

18. Srinivasan G. Pyrrolysine Encoded by UAG in Archaea: Charging of a UAG-Decoding Specialized tRNA // Science (80-. ). - 2002. - Vol. 296. - № 5572. - P. 1459-1462.

19. Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L. Biochemistry. 5th ed. / ed. Freeman W.H. New York - 2002.

20. Goldgur Y. et al. The crystal structure of phenylalanyl-tRNA synthetase from thermus thermophilus complexed with cognate tRNAPhe. // Structure.

- 1997. - Vol. 5. - № 1. - P. 59-68.

21. Romby P. et al. The expression of E.coli threonyl-tRNA synthetase is regulated at the translational level by symmetrical operator-repressor interactions. // EMBO J. - 1996. - Vol. 15. - № 21. - P. 5976-5987.

22. Graffe M. et al. The specificity of translational control switched with transfer RNA identity rules. // Science. - 1992. - Vol. 255. - № 5047. - P. 994-996.

23. Romby P. et al. Molecular mimicry in translational control of E. coli threonyl-tRNA synthetase gene. Competitive inhibition in tRNA aminoacylation and operator-repressor recognition switch using tRNA identity rules. // Nucleic Acids Res. - 1992. - Vol. 20. - № 21. - P. 56335640.

24. Rath V.L. et al. How glutaminyl-tRNA synthetase selects glutamine // Structure. Elsevier - 1998. - Vol. 6. - № 4. - P. 439-449.

25. Rould M.A., Perona J.J., Steitz T.A. Structural basis of anticodon loop recognition by glutaminyl-tRNA synthetase // Nature. Nature Publishing Group - 1991. - Vol. 352. - № 6332. - P. 213-218.

26. Rodriguez-Hernandez A. et al. Structural and Mechanistic Basis for Enhanced Translational Efficiency by 2-Thiouridine at the tRNA Anticodon Wobble Position // J. Mol. Biol. - 2013. - Vol. 425. - № 20. - P. 3888-3906.

27. Iacobuzio-Donahue C.A. et al. Highly Expressed Genes in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas: A Comprehensive Characterization and Comparison of the Transcription Profiles Obtained from Three Major Technologies // Cancer Res. - 2003. - Vol. 63. - № 24. - P. 8614-8622.

28. Swanson M.S. et al. Primary structure of human nuclear ribonucleoprotein particle C proteins: conservation of sequence and domain structures in heterogeneous nuclear RNA, mRNA, and pre-rRNA-binding proteins. // Mol. Cell. Biol. American Society for Microbiology (ASM) - 1987. - Vol. 7. - № 5. - P. 1731-1739.

29. Sillekens P.T.G. et al. cDNA cloning of the human U1 snRNA-associated A protein: extensive homology between U1 and U2 snRNP-specific proteins. // EMBO J. - 1987. - Vol. 6. - № 12. - P. 3841-3848.

30. Muto Y., Yokoyama S. Structural insight into RNA recognition motifs: versatile molecular Lego building blocks for biological systems. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. - 2012. - Vol. 3. - № 2. - P. 229-246.

31. Nagai K. et al. Crystal structure of the RNA-binding domain of the U1 small nuclear ribonucleoprotein A. // Nature. - 1990. - Vol. 348. - № 6301. - P. 515-520.

32. Oubridge C. et al. Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin. // Nature. - 1994. - Vol. 372. - № 6505. - P. 432-438.

33. Allain F.H.-T. et al. Structural basis of the RNA-binding specificity of human U1A protein. // EMBO J. - 1997. - Vol. 16. - № 18. - P. 5764-5772.

34. León B. et al. A Challenging Pie to Splice: Drugging the Spliceosome // Angew. Chemie Int. Ed. - 2017. - Vol. 56. - № 40. - P. 12052-12063.

35. van der Feltz C. et al. Architecture of the spliceosome // Biochemistry. American Chemical Society - 2012. - Vol. 51. - № 16. - P. 3321-3333.

36. Jessen T.H. et al. Identification of molecular contacts between the U1 A small nuclear ribonucleoprotein and U1 RNA. // EMBO J. - 1991. - Vol. 10. - № 11. - P. 3447-3456.

37. Clery A., Blatter M., Allain F.H.-T. RNA recognition motifs: boring? Not quite. // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2008. - Vol. 18. - № 3. - P. 290-298.

38. Draper D.E. Themes in RNA-protein recognition // J Mol Biol. - 1999. -Vol. 293. - № 2. - P. 255-270.

39. Messias A.C., Sattler M. Structural basis of single-stranded RNA recognition. // Acc. Chem. Res. - 2004. - Vol. 37. - № 5. - P. 279-287.

40. Mazza C. et al. Large-scale induced fit recognition of an m(7)GpppG cap analogue by the human nuclear cap-binding complex. // EMBO J. - 2002. -Vol. 21. - № 20. - P. 5548-5557.

41. Calero G. et al. Structural basis of m7GpppG binding to the nuclear cap-binding protein complex. // Nat. Struct. Biol. - 2002. - Vol. 9. - № 12. - P. 912-917.

42. Johansson C. et al. Solution structure of the complex formed by the two N-terminal RNA-binding domains of nucleolin and a pre-rRNA target. // J. Mol. Biol. - 2004. - Vol. 337. - № 4. - P. 799-816.

43. Allain F.H. et al. Molecular basis of sequence-specific recognition of pre-ribosomal RNA by nucleolin. // EMBO J. - 2000. - Vol. 19. - № 24. - P. 6870-6881.

44. Price S.R., Evans P.R., Nagai K. Crystal structure of the spliceosomal U2B"-U2A' protein complex bound to a fragment of U2 small nuclear RNA. // Nature. - 1998. - Vol. 394. - № 6694. - P. 645-650.

45. Oberstrass F.C. Structure of PTB Bound to RNA: Specific Binding and Implications for Splicing Regulation // Science (80-. ). - 2005. - Vol. 309. -№ 5743. - P. 2054-2057.

46. Handa N. et al. Structural basis for recognition of the tra mRNA precursor by the Sex- lethal protein // Nature. - 1999. - Vol. 398. - № 6728. - P. 579584.

47. Grishin N. V. KH domain: one motif, two folds // Nucleic Acids Res. Oxford University Press - 2001. - Vol. 29. - № 3. - P. 638-643.

48. Nicastro G., Taylor I.A., Ramos A. KH-RNA interactions: back in the groove // Curr. Opin. Struct. Biol. Elsevier Ltd - 2015. - Vol. 30. - P. 63-70.

49. Oddone A. et al. Structural and biochemical characterization of the yeast exosome component Rrp40 // EMBO Rep. - 2007. - Vol. 8. - № 1. - P. 6369.

50. Auweter S.D., Oberstrass F.C., Allain F.H.-T. Sequence-specific binding of single-stranded RNA: is there a code for recognition? // Nucleic Acids Res.

- 2006. - Vol. 34. - № 17. - P. 4943-4959.

51. Trabucchi M. et al. The RNA-binding protein KSRP promotes the biogenesis of a subset of microRNAs // Nature. - 2009. - Vol. 459. - № 7249.

- P. 1010-1014.

52. Lewis H.A. et al. Sequence-Specific RNA Binding by a Nova KH Domain // Cell. Cell Press - 2000. - Vol. 100. - № 3. - P. 323-332.

53. Liu Z. et al. Structural basis for recognition of the intron branch site RNA by splicing factor 1 // Science (80-. ). American Association for the Advancement of Science - 2001. - Vol. 294. - № 5544. - P. 1098-1102.

54. Backe P.H. et al. X-Ray Crystallographic and NMR Studies of the Third KH Domain of hnRNP K in Complex with Single-Stranded Nucleic Acids // Structure. - 2005. - Vol. 13. - № 7. - P. 1055-1067.

55. Ryder S.P., Massi F. Insights into the Structural Basis of RNA Recognition by Star Domain Proteins. - 2010. - P. 37-53.

56. Beuth B. et al. Structure of a Mycobacterium tuberculosis NusA-RNA complex // EMBO J. - 2005. - Vol. 24. - № 20. - P. 3576-3587.

57. Lunde B.M., Moore C., Varani G. RNA-binding proteins: modular design for efficient function // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2007. - Vol. 8. - № 6. -P. 479-490.

58. Miller J., McLachlan A.D., Klug A. Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor IIIA from Xenopus oocytes. // EMBO J. - 1985.

- Vol. 4. - № 6. - P. 1609-1614.

59. Diakun G.P., Fairall L., Klug A. EXAFS study of the zinc-binding sites in the protein transcription factor IIIA // Nature. - 1986. - Vol. 324. - № 6098.

- P. 698-699.

60. Ginsberg A.M., King B.O., Roeder R.G. Xenopus 5S gene transcription factor, TFIIIA: characterization of a cDNA clone and measurement of RNA levels throughout development. // Cell. - 1984. - Vol. 39. - № 3 Pt 2. - P. 479-489.

61. Foster M.P. et al. Domain packing and dynamics in the DNA complex of the N-terminal zinc fingers of TFIIIA. // Nat. Struct. Biol. - 1997. - Vol. 4.

- № 8. - P. 605-608.

62. Hudson B.P. et al. Recognition of the mRNA AU-rich element by the zinc finger domain of TIS11d // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2004. - Vol. 11. - № 3.

- P. 257-264.

63. Dey A. et al. Composition and sequence-dependent binding of RNA to the nucleocapsid protein of Moloney murine leukemia virus. // Biochemistry. -2005. - Vol. 44. - № 10. - P. 3735-3744.

64. D'Souza V., Summers M.F. Structural basis for packaging the dimeric genome of Moloney murine leukaemia virus // Nature. - 2004. - Vol. 431. -№ 7008. - P. 586-590.

65. Wang X. et al. Modular recognition of RNA by a human pumilio-homology domain. // Cell. - 2002. - Vol. 110. - № 4. - P. 501-512.

66. de Moor C.H., Meijer H., Lissenden S. Mechanisms of translational control by the 3' UTR in development and differentiation. // Semin. Cell Dev. Biol.

- 2005. - Vol. 16. - № 1. - P. 49-58.

67. Wickens M. et al. A PUF family portrait: 3 'UTR regulation as a way of life. // Trends Genet. - 2002. - Vol. 18. - № 3. - P. 150-157.

68. Cheong C.-G., Hall T.M.T. Engineering RNA sequence specificity of Pumilio repeats // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2006. - Vol. 103. - № 37. - P. 13635-13639.

69. Mackay J.P., Font J., Segal D.J. The prospects for designer single-stranded RNA-binding proteins. // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2011. - Vol. 18. - № 3. -P. 256-261.

70. Babitzke P. Regulation of tryptophan biosynthesis: Trp-ing the TRAP or how Bacillus subtilis reinvented the wheel. // Mol. Microbiol. - 1997. - Vol. 26. - № 1. - P. 1-9.

71. Antson A.A. et al. Structure of the trp RNA-binding attenuation protein, TRAP, bound to RNA. // Nature. - 1999. - Vol. 401. - № 6750. - P. 235242.

72. Elliott M.B., Gottlieb P.A., Gollnick P. Probing the TRAP-RNA interaction with nucleoside analogs. // RNA. - 1999. - Vol. 5. - № 10. - P. 1277-1289.

73. Theobald D.L., Mitton-Fry R.M., Wuttke D.S. Nucleic Acid Recognition by

OB-Fold Proteins // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. NIH Public Access - 2003. - Vol. 32. - № 1. - P. 115-133.

74. Skordalakes E., Berger J.M. Structure of the Rho transcription terminator: mechanism of mRNA recognition and helicase loading. // Cell. - 2003. -Vol. 114. - № 1. - P. 135-146.

75. Bogden C.E. et al. The structural basis for terminator recognition by the Rho transcription termination factor. // Mol. Cell. - 1999. - Vol. 3. - № 4. - P. 487-493.

76. Ruff M. et al. Class II aminoacyl transfer RNA synthetases: crystal structure of yeast aspartyl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Asp). // Science. - 1991. - Vol. 252. - № 5013. - P. 1682-1689.

77. Cavarelli J. et al. Yeast tRNA(Asp) recognition by its cognate class II aminoacyl-tRNA synthetase. // Nature. - 1993. - Vol. 362. - № 6416. - P. 181-184.

78. Horn G. et al. Structure and function of bacterial cold shock proteins. // Cell. Mol. Life Sci. - 2007. - Vol. 64. - № 12. - P. 1457-1470.

79. Hermann H. et al. snRNP Sm proteins share two evolutionarily conserved sequence motifs which are involved in Sm protein-protein interactions. // EMBO J. - 1995. - Vol. 14. - № 9. - P. 2076-2088.

80. Pomeranz Krummel D.A. et al. Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. // Nature. - 2009. - Vol. 458. - № 7237. - P. 475480.

81. Yong J. et al. snRNAs contain specific SMN-binding domains that are essential for snRNP assembly. // Mol. Cell. Biol. - 2004. - Vol. 24. - № 7. -P. 2747-2756.

82. Pomeranz Krummel D.A. et al. Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. // Nature. Macmillan Publishers Limited. All rights reserved - 2009. - Vol. 458. - № 7237. - P. 475-480.

83. He W., Parker R. Functions of Lsm proteins in mRNA degradation and splicing // Curr. Opin. Cell Biol. - 2000. - Vol. 12. - № 3. - P. 346-350.

84. Mura C. et al. Archaeal and eukaryotic homologs of Hfq // RNA Biol. -2013. - Vol. 10. - № 4. - P. 636-651.

85. Sauer E. Structure and RNA-binding properties of the bacterial LSm protein Hfq. // RNA Biol. - 2013. - Vol. 10. - № 4. - P. 610-618.

86. Мурина В.Н., Никулин А.Д. РНК - связывающие Sm- подобные белки бактерий и архей: сходство и различие структур и функций // Успехи биологической химии. - 2011. - Vol. 51. - P. 133-164.

87. Vogel J., Luisi B.F. Hfq and its constellation of RNA. // Nat. Rev. Microbiol. - 2011. - Vol. 9. - № 8. - P. 578-589.

88. Link T.M., Valentin-Hansen P., Brennan R.G. Structure of Escherichia coli Hfq bound to polyriboadenylate RNA. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. -2009. - Vol. 106. - № 46. - P. 19292-19297.

89. Someya T. et al. Crystal structure of Hfq from Bacillus subtilis in complex with SELEX-derived RNA aptamer: insight into RNA-binding properties of bacterial Hfq // Nucleic Acids Res. - 2012. - Vol. 40. - № 4. - P. 1856-1867.

90. Masliah G., Barraud P., Allain F.H.-T.-T. RNA recognition by double-stranded RNA binding domains: a matter of shape and sequence // Cell. Mol. Life Sci. - 2012. - Vol. 70. - № 11.

91. Gleghorn M.L., Maquat L.E. 'Black sheep' that don't leave the double-stranded RNA-binding domain fold // Trends Biochem. Sci. - 2014. - Vol. 39. - № 7. - P. 328-340.

92. St Johnston D. et al. A conserved double-stranded RNA-binding domain. // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1992. - Vol. 89. - № 22. - P. 10979-10983.

93. Kharrat A. et al. Structure of the dsRNA binding domain of E. coli RNase III. // EMBO J. - 1995. - Vol. 14. - № 14. - P. 3572-3584.

94. Bycroft M. et al. NMR solution structure of a dsRNA binding domain from Drosophila staufen protein reveals homology to the N-terminal domain of ribosomal protein S5. // EMBO J. - 1995. - Vol. 14. - № 14. - P. 3563-3571.

95. Ryter J.M., Schultz S.C. Molecular basis of double-stranded RNA-protein interactions: Structure of a dsRNA-binding domain complexed with dsRNA // EMBO J. European Molecular Biology Organization - 1998. - Vol. 17. -№ 24. - P. 7505-7513.

96. Stefl R. et al. Structure and specific RNA binding of ADAR2 double-stranded RNA binding motifs. // Structure. - 2006. - Vol. 14. - № 2. - P. 345-355.

97. Spillmann S., Dohme F., Nierhaus K.H. Assembly in Vitro of the 50 S subunit from Escherichia coli ribosomes: Proteins essential for the first heat-dependent conformational change // J. Mol. Biol. - 1977. - Vol. 115. - № 3. - P. 513-523.

98. Held W.A., Nomura M. Rate determining step in the reconstitution of Escherichia coli 30S ribosomal subunits // Biochemistry. - 1973. - Vol. 12.

- № 17. - P. 3273-3281.

99. Никулин А. Д. Изучение взаимодействий рибосомных белков с рибосомными РНК // Успехи биологической химии. - 2002. - Vol. 42. -P. 61-88.

100. Никулин А.Д. Структурные особенности узнавания рибосомных РНК рибосомными белками // Успехи биологической химии. - 2018. - Vol. 58. - P. 241-284.

101. Agalarov S.C. et al. Structure of the S15,S6,S18-rRNA complex: assembly of the 30S ribosome central domain. // Science. - 2000. - Vol. 288. - №2 5463.

- P. 107-113.

102. Gregory R.J. et al. Interaction of ribosomal proteins S6, S8, S15 and S18 with the central domain of 16 S ribosomal RNA from Escherichia coli. // J. Mol. Biol. - 1984. - Vol. 178. - № 2. - P. 287-302.

103. Held W.A. et al. Assembly mapping of 30 S ribosomal proteins from Escherichia coli. Further studies. // J. Biol. Chem. - 1974. - Vol. 249. - № 10. - P. 3103-3111.

104. Lee K. et al. In vivo determination of RNA structure-function relationships: analysis of the 790 loop in ribosomal RNA. // J. Mol. Biol. - 1997. - Vol. 269. - № 5. - P. 732-743.

105. Merryman C. et al. Nucleotides in 16S rRNA protected by the association of 30S and 50S ribosomal subunits. // J. Mol. Biol. - 1999. - Vol. 285. - № 1. - P. 97-105.

106. Moazed D., Noller H.F. Binding of tRNA to the ribosomal A and P sites protects two distinct sets of nucleotides in 16 S rRNA. // J. Mol. Biol. - 1990.

- Vol. 211. - № 1. - P. 135-145.

107. Mougel M. et al. The E. coli 16S rRNA binding site of ribosomal protein S15: higher-order structure in the absence and in the presence of the protein. // Nucleic Acids Res. - 1988. - Vol. 16. - № 7. - P. 2825-2839.

108. Svensson P. et al. Interaction of ribosomal proteins, S6, S8, S15 and S18 with the central domain of 16 S ribosomal RNA. // J. Mol. Biol. - 1988. -Vol. 200. - № 2. - P. 301-308.

109. Batey R.T., Williamson J.R. Interaction of the Bacillus stearothermophilus ribosomal protein S15 with 16 S rRNA: I. Defining the minimal RNA site.

// J. Mol. Biol. - 1996. - Vol. 261. - № 4. - P. 536-549.

110. Serganov A.A. et al. The 16S rRNA binding site of Thermus thermophilus ribosomal protein S15: comparison with Escherichia coli S15, minimum site and structure. // RNA. - 1996. - Vol. 2. - № 11. - P. 1124-1138.

111. Portier C., Dondon L., Grunberg-Manago M. Translational autocontrol of the Escherichia coli ribosomal protein S15. // J. Mol. Biol. - 1990. - Vol. 211. - № 2. - P. 407-414.

112. Portier C. et al. Translational control of ribosomal protein S15. // Biochim. Biophys. Acta. - 1990. - Vol. 1050. - № 1-3. - P. 328-336.

113. Philippe C. et al. Ribosomal protein S15 from Escherichia coli modulates its own translation by trapping the ribosome on the mRNA initiation loading site. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1993. - Vol. 90. - № 10. - P. 43944398.

114. Philippe C. et al. Structural elements of rps0 mRNA involved in the modulation of translational initiation and regulation of E. coli ribosomal protein S15. // Nucleic Acids Res. - 1994. - Vol. 22. - № 13. - P. 2538-2546.

115. Philippe C. et al. Target site of Escherichia coli ribosomal protein S15 on its messenger RNA. Conformation and interaction with the protein. // J. Mol. Biol. - 1990. - Vol. 211. - № 2. - P. 415-426.

116. Benard L. et al. Mutational analysis of the pseudoknot structure of the S15 translational operator from Escherichia coli. // Mol. Microbiol. - 1994. - Vol. 14. - № 1. - P. 31-40.

117. Batey R.T., Williamson J.R. Interaction of the Bacillus stearothermophilus ribosomal protein S15 with 16 S rRNA: II. Specificity determinants of RNA-protein recognition. // J. Mol. Biol. - 1996. - Vol. 261. - № 4. - P. 550567.

118. Benard L. et al. Identification in a pseudoknot of a U*G motif essential for the regulation of the expression of ribosomal protein S15 // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1998. - Vol. 95. - № 5. - P. 2564-2567.

119. Tranque P. et al. rRNA complementarity within mRNAs: a possible basis for mRNA-ribosome interactions and translational control. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1998. - Vol. 95. - № 21. - P. 12238-12243.

120. Orr J.W., Hagerman P.J., Williamson J.R. Protein and Mg(2+)-induced conformational changes in the S15 binding site of 16 S ribosomal RNA. // J. Mol. Biol. - 1998. - Vol. 275. - № 3. - P. 453-464.

121. Batey R.T., Williamson J.R. Effects of polyvalent cations on the folding of an rRNA three-way junction and binding of ribosomal protein S15. // RNA.

- 1998. - Vol. 4. - № 8. - P. 984-997.

122. Nikulin A. et al. Crystal structure of the S15-rRNA complex. // Nat. Struct. Biol. - 2000. - Vol. 7. - № 4. - P. 273-277.

123. Serganov A. et al. Do mRNA and rRNA binding sites of E.coli ribosomal protein S15 share common structural determinants? // J. Mol. Biol. - 2002.

- Vol. 320. - № 5. - P. 963-978.

124. Serganov A. et al. Ribosomal protein S15 represses its own translation via adaptation of an rRNA-like fold within its mRNA. // EMBO J. - 2003. - Vol. 22. - № 8. - P. 1898-1908.

125. Springer M., Portier C. More than one way to skin a cat: translational autoregulation by ribosomal protein S15. // Nat. Struct. Biol. - 2003. - Vol. 10. - № 6. - P. 420-422.

126. Mathy N. et al. Specific recognition of rpsO mRNA and 16S rRNA by Escherichia coli ribosomal protein S15 relies on both mimicry and site differentiation. // Mol. Microbiol. - 2004. - Vol. 52. - № 3. - P. 661-675.

127. Ehresmann C. et al. Molecular mimicry in translational regulation: the case of ribosomal protein S15. // RNA Biol. - 2004. - Vol. 1. - № 1. - P. 66-73.

128. Mougel M. et al. Binding of Escherichia coli ribosomal protein S8 to 16 S rRNA. A model for the interaction and the tertiary structure of the RNA binding site. // J. Mol. Biol. - 1987. - Vol. 198. - № 1. - P. 91-107.

129. Geyl D., Böck A., Wittmann H.G. Cold-sensitive growth of a mutant of Escherichia coli with an altered ribosomal protein S8: analysis of revertants. // Mol. Gen. Genet. - 1977. - Vol. 152. - № 3. - P. 331-336.

130. Powers T., Noller H.F. Hydroxyl radical footprinting of ribosomal proteins on 16S rRNA. // RNA. - 1995. - Vol. 1. - № 2. - P. 194-209.

131. Moine H. et al. The RNA binding site of S8 ribosomal protein of Escherichia coli: Selex and hydroxyl radical probing studies. // RNA. - 1997. - Vol. 3. -№ 3. - P. 255-268.

132. Kalurachchi K. et al. Structural features of the binding site for ribosomal protein S8 in Escherichia coli 16S rRNA defined using NMR spectroscopy. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1997. - Vol. 94. - № 6. - P. 2139-2144.

133. Wu H., Jiang L., Zimmermann R.A. The binding site for ribosomal protein

S8 in 16S rRNA and spc mRNA from Escherichia coli: minimum structural requirements and the effects of single bulged bases on S8-RNA interaction. // Nucleic Acids Res. - 1994. - Vol. 22. - № 9. - P. 1687-1695.

134. Mougel M. et al. Minimal 16S rRNA binding site and role of conserved nucleotides in Escherichia coli ribosomal protein S8 recognition. // Eur. J. Biochem. - 1993. - Vol. 215. - № 3. - P. 787-792.

135. Gregory R.J. et al. Interaction of Escherichia coli ribosomal protein S8 with its binding sites in ribosomal RNA and messenger RNA. // J. Mol. Biol. -1988. - Vol. 204. - № 2. - P. 295-307.

136. Yates J.L., Arfsten A.E., Nomura M. In vitro expression of Escherichia coli ribosomal protein genes: autogenous inhibition of translation. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1980. - Vol. 77. - № 4. - P. 1837-1841.

137. Cerretti D.P. et al. Translational regulation of the spc operon in Escherichia coli. Identification and structural analysis of the target site for S8 repressor protein. // J. Mol. Biol. - 1988. - Vol. 204. - № 2. - P. 309-329.

138. Olins P.O., Nomura M. Translational regulation by ribosomal protein S8 in Escherichia coli: structural homology between rRNA binding site and feedback target on mRNA. // Nucleic Acids Res. - 1981. - Vol. 9. - № 7. -P. 1757-1764.

139. Davies C., Ramakrishnan V., White S.W. Structural evidence for specific S8-RNA and S8-protein interactions within the 30S ribosomal subunit: ribosomal protein S8 from Bacillus stearothermophilus at 1.9 A resolution. // Structure. - 1996. - Vol. 4. - № 9. - P. 1093-1104.

140. Nevskaya N. et al. Crystal structure of ribosomal protein S8 from Thermus thermophilus reveals a high degree of structural conservation of a specific RNA binding site. // J. Mol. Biol. - 1998. - Vol. 279. - № 1. - P. 233-244.

141. Tishchenko S. et al. Detailed analysis of RNA-protein interactions within the ribosomal protein S8-rRNA complex from the archaeon Methanococcus jannaschii. // J. Mol. Biol. - 2001. - Vol. 311. - № 2. - P. 311-324.

142. Davlieva M. et al. Structure analysis of free and bound states of an RNA aptamer against ribosomal protein S8 from Bacillus anthracis. // Nucleic Acids Res. - 2014. - Vol. 42. - № 16. - P. 10795-10808.

143. Merianos H.J., Wang J., Moore P.B. The structure of a ribosomal protein S8/spc operon mRNA complex. // Rna. - 2004. - Vol. 10. - № 6. - P. 954964.

144. Nikonov S. et al. Crystal structure of the RNA binding ribosomal protein L1 from Thermus thermophilus. // EMBO J. - 1996. - Vol. 15. - № 6. - P. 13501359.

145. Trabuco L.G. et al. The Role of L1 Stalk-tRNA Interaction in the Ribosome Elongation Cycle // J. Mol. Biol. NIH Public Access - 2010. - Vol. 402. - № 4. - P. 741-760.

146. Ban N. et al. The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution. // Science. - 2000. - Vol. 289. - № 5481. - P. 905-920.

147. Selmer M. Structure of the 70S Ribosome Complexed with mRNA and tRNA // Science (80-. ). - 2006. - Vol. 313. - № 5795. - P. 1935-1942.

148. Brot N., Caldwell P., Weissbach H. Regulation of synthesis of Escherichia coli ribosomal proteins L1 and L11. // Arch. Biochem. Biophys. - 1981. -Vol. 206. - № 1. - P. 51-53.

149. Yates J.L., Nomura M. Feedback regulation of ribosomal protein synthesis in E. coli: localization of the mRNA target sites for repressor action of ribosomal protein L1. // Cell. - 1981. - Vol. 24. - № 1. - P. 243-249.

150. Hanner M. et al. Autogenous translational regulation of the ribosomal MvaL1 operon in the archaebacterium Methanococcus vannielii. // J. Bacteriol. - 1994. - Vol. 176. - № 2. - P. 409-418.

151. Mayer C. et al. MvaL1 autoregulates the synthesis of the three ribosomal proteins encoded on the MvaL1 operon of the archaeon Methanococcus vannielii by inhibiting its own translation before or at the formation of the first peptide bond. // Mol. Microbiol. - 1998. - Vol. 27. - № 2. - P. 455-468.

152. Said B., Cole J.R., Nomura M. Mutational analysis of the L1 binding site of 23S rRNA in Escherichia coli. // Nucleic Acids Res. - 1988. - Vol. 16. - № 22. - P. 10529-10545.

153. Tishchenko S. et al. Structural analysis of interdomain mobility in ribosomal L1 proteins // Acta Crystallogr. Sect. D. - 2011. - Vol. 67. - № 12. - P. 10231027.

154. Nikulin A. et al. Structure of the L1 protuberance in the ribosome. // Nat. Struct. Biol. - 2003. - Vol. 10. - № 2. - P. 104-108.

155. Brinkmann U., Mattes R.E., Buckel P. High-level expression of recombinant genes in Escherichia coli is dependent on the availability of the dnaY gene product // Gene. - 1989. - Vol. 85. - № 1. - P. 109-114.

156. Kraft A. et al. Control of ribosomal protein L1 synthesis in mesophilic and thermophilic archaea. // Genetics. - 1999. - Vol. 152. - №№ 4. - P. 1363-1372.

157. Vassilieva I.M. et al. Cloning, purification, and crystallization of a bacterial gene expression regulator - Hfq protein from Escherichia coli. // Biochemistry(Moscow). - 2002. - Vol. 67. - № 11. - P. 1293-1297.

158. Nikulin A. et al. Structure of Pseudomonas aeruginosa Hfq protein // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2005. - Vol. 61. - № 2. - P. 141146.

159. Moskaleva O. et al. The structures of mutant forms of Hfq from Pseudomonas aeruginosa reveal the importance of the conserved His57 for the protein hexamer organization // Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. - 2010. - Vol. 66. - № 7. - P. 760-764.

160. Murina V.N. et al. Effect of conserved intersubunit amino acid substitutions on Hfq protein structure and stability // Biochem. - 2014. - Vol. 79. - № 5. -P. 469-477.

161. Nikulin A. et al. Characterization of RNA-binding properties of the archaeal Hfq-like protein from Methanococcus jannaschii // J. Biomol. Struct. Dyn. Taylor & Francis - 2017. - Vol. 35. - № 8. - P. 1615-1628.

162. Sonnleitner E., Moll I., Bläsi U. Functional replacement of the Escherichia coli hfq gene by the homologue of Pseudomonas aeruginosa. // Microbiology. - 2002. - Vol. 148. - № Pt 3. - P. 883-891.

163. Леконцева Н. Структурно-функциональные исследования РНК-связывающих свойств белков семейства Lsm из архей. Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова - 2018. 124 p.

164. Mandel M., Higa A. Calcium-dependent bacteriophage DNA infection // J. Mol. Biol. - 1970. - Vol. 53. - № 1. - P. 159-162.

165. Studier F.W. et al. Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes. // Methods Enzymol. - 1990. - Vol. 185. - P. 60-89.

166. Studier F.W. et al. Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes. // Methods Enzymol. - 1990. - Vol. 185. - P. 60-89.

167. Sivashanmugam A. et al. Practical protocols for production of very high yields of recombinant proteins using Escherichia coli. // Protein Sci. - 2009. - Vol. 18. - № 5. - P. 936-948.

168. Göttle M. et al. Molecular analysis of the interaction of Bordetella pertussis

adenylyl cyclase with fluorescent nucleotides. // Mol. Pharmacol. American Society for Pharmacology and Experimental Therapeutics - 2007. - Vol. 72.

- № 3. - P. 526-535.

169. Hulme E.C., Trevethick M.A. Ligand binding assays at equilibrium: validation and interpretation // Br. J. Pharmacol. - 2010. - Vol. 161. - № 6.

- P. 1219-1237.

170. Kabsch W. Integration, scaling, space-group assignment and post-refinement. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. International Union of Crystallography - 2010. - Vol. 66. - № Pt 2. - P. 133-144.

171. Battye T.G.G. et al. iMOSFLM: a new graphical interface for diffraction-image processing with MOSFLM. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr.

- 2011. - Vol. 67. - № Pt 4. - P. 271-281.

172. Bourenkov G.P., Popov A.N. Optimization of data collection taking radiation damage into account. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. -2010. - Vol. 66. - № Pt 4. - P. 409-419.

173. Sheldrick G.M. A short history of SHELX. // Acta Crystallogr. A. - 2008. -Vol. 64. - № Pt 1. - P. 112-122.

174. Winn M.D. et al. Overview of the CCP4 suite and current developments. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2011. - Vol. 67. - № Pt 4. - P. 235242.

175. Kabsch W. XDS // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2010. - Vol. 66. - № 2. - P. 125-132.

176. Brunger A.T. et al. Crystallography & NMR system: A new software suite for macromolecular structure determination. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 1998. - Vol. 54. - № Pt 5. - P. 905-921.

177. Jones T.A. et al. Improved methods for building protein models in electron density maps and the location of errors in these models. // Acta Crystallogr. A. - 1991. - Vol. 47 ( Pt 2). - P. 110-119.

178. Nevskaya N. Ribosomal protein L1 recognizes the same specific structural motif in its target sites on the autoregulatory mRNA and 23S rRNA // Nucleic Acids Res. - 2005. - Vol. 33. - № 2. - P. 478-485.

179. Nevskaya N. et al. New insights into the interaction of ribosomal protein L1 with RNA. // J. Mol. Biol. - 2006. - Vol. 355. - № 4. - P. 747-759.

180. McCoy A.J. et al. Phaser crystallographic software. // J. Appl. Crystallogr.

International Union of Crystallography - 2007. - Vol. 40. - № Pt 4. - P. 658674.

181. Navaza J. AMoRe : an automated package for molecular replacement // Acta Crystallogr. Sect. A Found. Crystallogr. - 1994. - Vol. 50. - № 2. - P. 157163.

182. Navaza J. AMoRe : an automated package for molecular replacement // Acta Crystallogr. Sect. A Found. Crystallogr. - 1994. - Vol. 50. - № 2. - P. 157163.

183. Adams P.D. et al. PHENIX: A comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2010. - Vol. 66. - № Pt 2. - P. 213-221.

184. Emsley P., Cowtan K. Coot: model-building tools for molecular graphics. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. International Union of Crystallography - 2004. - Vol. 60. - № Pt 12 Pt 1. - P. 2126-2132.

185. Debreczeni J.É., Emsley P. Handling ligands with Coot // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. - 2012. - Vol. 68. - № 4. - P. 425-430.

186. Nielsen J.S. et al. An Hfq-like protein in archaea: crystal structure and functional characterization of the Sm protein from Methanococcus jannaschii. // RNA. - 2007. - Vol. 13. - № 12. - P. 2213-2223.

187. Törö I. et al. RNA binding in an Sm core domain: X-ray structure and functional analysis of an archaeal Sm protein complex. // EMBO J. - 2001.

- Vol. 20. - № 9. - P. 2293-2303.

188. Emsley P. et al. Features and development of Coot. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. International Union of Crystallography - 2010. - Vol. 66.

- № Pt 4. - P. 486-501.

189. DeLano W.L. PyMOL. DeLano Scientific, San Carlos, CA, 700. - 2002.

190. Garber M.B. et al. Ribosomal proteins from Thermus thermophilus for structural investigations. // Biochimie. - 1992. - Vol. 74. - № 4. - P. 327336.

191. Nikonov S. V et al. Structural studies of ribosomal proteins. // Biol. Chem.

- 1998. - Vol. 379. - № 7. - P. 795-805.

192. Lindahl M. et al. Crystal structure of the ribosomal protein S6 from Thermus thermophilus. // EMBO J. - 1994. - Vol. 13. - № 6. - P. 1249-1254.

193. Garber M. et al. Crystallization of RNA/protein complexes. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2002. - Vol. 58. - № Pt 10 Pt 1. - P. 16641669.

194. Hoggan D.B. et al. Combinatorial crystallization of an RNA-protein complex. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2003. - Vol. 59. - № Pt 3. - p. 466-473.

195. Obayashi E. et al. Crystallization of RNA-protein complexes. // Methods Mol. Biol. - 2007. - Vol. 363. - P. 259-276.

196. Nevskaya N. et al. Archaeal ribosomal protein L1: the structure provides new insights into RNA binding of the L1 protein family. // Structure. - 2000.

- Vol. 8. - № 4. - P. 363-371.

197. Nevskaya N. et al. Structure of ribosomal protein L1 from Methanococcus thermolithotrophicus. Functionally important structural invariants on the L1 surface. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2002. - Vol. 58. - № Pt 6 Pt 2. - P. 1023-1029.

198. Fedorov R. et al. Structure of ribosomal protein TL5 complexed with RNA provides new insights into the CTC family of stress proteins. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2001. - Vol. 57. - № Pt 7. - P. 968-976.

199. Perederina A. et al. Detailed analysis of RNA-protein interactions within the bacterial ribosomal protein L5/5S rRNA complex. // RNA. - 2002. - Vol. 8.

- № 12. - P. 1548-1557.

200. Yusupov M.M. et al. Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. // Science. - 2001. - Vol. 292. - № 5518. - P. 883-896.

201. Harms J. et al. High resolution structure of the large ribosomal subunit from a mesophilic eubacterium // Cell. - 2001. - Vol. 107. - № 5. - P. 679-688.

202. Agrawal R.K. et al. Visualization of tRNA movements on the Escherichia coli 70S ribosome during the elongation cycle. // J. Cell Biol. - 2000. - Vol. 150. - № 3. - P. 447-460.

203. Leontis N.B., Westhof E. Geometric nomenclature and classification of RNA base pairs. // RNA. - 2001. - Vol. 7. - № 4. - P. 499-512.

204. Kirillov S. V et al. Transit of tRNA through the Escherichia coli ribosome: cross-linking of the 3 ' end of tRNA to ribosomal proteins at the P and E sites. // FEBS Lett. - 2002. - Vol. 514. - № 1. - P. 60-66.

205. Cornish P. V et al. Following movement of the L1 stalk between three

functional states in single ribosomes. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. -2009. - Vol. 106. - № 8. - P. 2571-2576.

206. Jin H., Kelley A.C., Ramakrishnan V. Crystal structure of the hybrid state of ribosome in complex with the guanosine triphosphatase release factor 3. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2011. - Vol. 10S. - № 38. - P. 1579S-15S03.

207. Selmer M. et al. Structure of the 70S ribosome complexed with mRNA and tRNA. // Science. - 2006. - Vol. 313. - № 5795. - P. 1935-1942.

20S. Schuwirth B.S. et al. Structures of the bacterial ribosome at 3.5 A resolution. // Science. - 2005. - Vol. 310. - № 5749. - P. S27-S34.

209. Agirrezabala X. et al. Visualization of the hybrid state of tRNA binding promoted by spontaneous ratcheting of the ribosome. // Mol. Cell. - 200S. -Vol. 32. - № 2. - P. 190-197.

210. Valle M. et al. Locking and unlocking of ribosomal motions. // Cell. - 2003.

- Vol. 114. - № 1. - P. 123-134.

211. Fischer N. et al. Ribosome dynamics and tRNA movement by time-resolved electron cryomicroscopy // Nature. - 2010. - Vol. 466. - № 7304. - P. 329333.

212. Tishchenko S. V et al. Взаимодействие рибосомного белка L1 с рибосомной и матричной РНК // Молекулярная биология. - 2006. - Vol. 40. - № 4. - P. 650-657.

213. Tishchenko S. et al. Structure of the ribosomal protein L1-mRNA complex at 2.1 A resolution: common features of crystal packing of L1-RNA complexes. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2006. - Vol. 62. - № Pt 12. - P. 1545-1554.

214. Kostareva O.S. et al. Influence of Nonconserved Regions of L1 Protuberance of Thermus thermophilus Ribosome on the Affinity of L1 Protein to 23s rRNA // Mol. Biol. Pleiades Publishing, Inc - 201S. - Vol. 52.

- № 1. - P. 91-95.

215. Nevskaya N.A. et al. Identification of RNA-Recognizing Modules on the Surface of Ribosomal Proteins // Mol. Biol. - 2004. - Vol. 3S. - № 5. - P. 7S9-79S.

216. Gongadze G.M. et al. The crucial role of conserved intermolecular H-bonds inaccessible to the solvent in formation and stabilization of the TL5.5 SrRNA complex // J. Biol. Chem. American Society for Biochemistry and

Molecular Biology - 2005. - Vol. 280. - № 16. - P. 16151-16156.

217. Tishchenko S. et al. Domain I of ribosomal protein L1 is sufficient for specific RNA binding. // Nucleic Acids Res. - 2007. - Vol. 35. - № 21. - P. 7389-7395.

218. Tishchenko S. et al. Domain II of Thermus thermophilus ribosomal protein L1 hinders recognition of its mRNA. // J. Mol. Biol. - 2008. - Vol. 383. - № 2. - P. 301-305.

219. Korepanov A.P. et al. Studying the properties of domain I of the ribosomal protein 11: incorporation into ribosome and regulation of the l1 operon expression. // Protein J. - 2015. - Vol. 34. - № 2. - P. 103-110.

220. Tishchenko S. et al. Protein-RNA affinity of ribosomal protein L1 mutants does not correlate with the number of intermolecular interactions. // Acta Crystallogr. D. Biol. Crystallogr. - 2015. - Vol. 71. - № Pt 2. - P. 376-386.

221. Kostareva O. et al. Disruption of shape complementarity in the ribosomal protein L1-RNA contact region does not hinder specific recognition of the RNA target site // J. Mol. Recognit. - 2011. - Vol. 24. - № 4. - P. 524-532.

222. Franze de Fernandez M.T., Eoyang L., August J.T. Factor fraction required for the synthesis of bacteriophage Qbeta-RNA. // Nature. - 1968. - Vol. 219.

- № 5154. - P. 588-590.

223. Schuppli D. et al. Altered 3'-terminal RNA structure in phage Qbeta adapted to host factor-less Escherichia coli. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1997.

- Vol. 94. - № 19. - P. 10239-10242.

224. Senear A.W., Steitz J.A. Site-specific interaction of Qbeta host factor and ribosomal protein S1 with Qbeta and R17 bacteriophage RNAs. // J. Biol. Chem. - 1976. - Vol. 251. - № 7. - P. 1902-1912.

225. Muffler A., Fischer D., Hengge-Aronis R. The RNA-binding protein HF-I, known as a host factor for phage Qbeta RNA replication, is essential for rpoS translation in Escherichia coli. // Genes Dev. - 1996. - Vol. 10. - № 9.

- P. 1143-1151.

226. Muffler a et al. The RNA-binding protein HF-I plays a global regulatory role which is largely, but not exclusively, due to its role in expression of the sigmaS subunit of RNA polymerase in Escherichia coli. // J. Bacteriol. -1997. - Vol. 179. - № 1. - P. 297-300.

227. Majdalani N. et al. DsrA RNA regulates translation of RpoS message by an anti-antisense mechanism, independent of its action as an antisilencer of

transcription // Proc. Natl. Acad. Sci. - 1998. - Vol. 95. - № 21. - P. 1246212467.

228. Sledjeski D.D., Gupta A., Gottesman S. The small RNA, DsrA, is essential for the low temperature expression of RpoS during exponential growth in Escherichia coli. // EMBO J. - 1996. - Vol. 15. - № 15. - P. 3993-4000.

229. Zhang A. et al. The Sm-like Hfq protein increases OxyS RNA interaction with target mRNAs. // Mol. Cell. - 2002. - Vol. 9. - № 1. - P. 11-22.

230. Zhang a et al. The OxyS regulatory RNA represses rpoS translation and binds the Hfq (HF-I) protein. // EMBO J. - 1998. - Vol. 17. - № 20. - P. 6061-6068.

231. Hajnsdorf E., Régnier P., Regnier P. Host factor Hfq of Escherichia coli stimulates elongation of poly(A) tails by poly(A) polymerase I. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. National Academy of Sciences - 2000. - Vol. 97. - № 4.

- P. 1501-1505.

232. Mikulecky P.J. et al. Escherichia coli Hfq has distinct interaction surfaces for DsrA, rpoS and poly(A) RNAs. // Nat. Struct. Mol. Biol. - 2004. - Vol. 11. - № 12. - P. 1206-1214.

233. M0ller T. et al. Hfq: a bacterial Sm-like protein that mediates RNA-RNA interaction. // Mol. Cell. - 2002. - Vol. 9. - № 1. - P. 23-30.

234. Achsel T., Stark H., Lührmann R. The Sm domain is an ancient RNA-binding motif with oligo(U) specificity. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. -2001. - Vol. 98. - № 7. - P. 3685-3689.

235. Sauter C., Basquin J., Suck D. Sm-like proteins in Eubacteria: the crystal structure of the Hfq protein from Escherichia coli. // Nucleic Acids Res. -2003. - Vol. 31. - № 14. - P. 4091-4098.

236. de Fernandes M.T.F., Hayward W.S., August T.J. Bacterial Proteins Required for Replication of Phage Qbeta ribonucleic acid // J. Biol. Chem.

- 1972. - Vol. 247. - № 3. - P. 824-831.

237. Kajitani M., Ishihama a. Identification and sequence determination of the host factor gene for bacteriophage Q beta. // Nucleic Acids Res. - 1991. -Vol. 19. - № 5. - P. 1063-1066.

238. FLORENS L. et al. Thermal-Stability of the Polyheme Cytochrome C(3) Superfamily // Febs Lett. - 1995. - Vol. 373. - № 3. - P. 280-284.

239. Matsui I. et al. The molecular structure of hyperthermostable aromatic

aminotransferase with novel substrate specificity from Pyrococcus horikoshii. // J. Biol. Chem. - 2000. - Vol. 275. - № 7. - P. 4871-4879.

240. Tanaka T. et al. Hyper-thermostability of CutAl protein, with a denaturation temperature of nearly 150 °C // FEBS Lett. - 2006. - Vol. 580. - № 17. - P. 4224-4230.

241. Panja S., Woodson S.A. Hexamer to monomer equilibrium of E. coli Hfq in solution and its impact on RNA annealing. // J. Mol. Biol. Elsevier Ltd -2012. - Vol. 417. - № 5. - P. 406-412.

242. Мурина В.Н. Исследование стабильности и РНК-связывающих свойств белка Hfq из Pseudomonas aeruginosa. Институт биофизики клетки РАН - 2014. 126 p.

243. Murina V.N., Nikulin A.D. Bacterial Small Regulatory RNAs and Hfq Protein // Biochem. - 2015. - Vol. 80. - № 13. - P. 1647-1654.

244. Singleton M.R., Dillingham M.S., Wigley D.B. Structure and mechanism of helicases and nucleic acid translocases. // Annu. Rev. Biochem. - 2007. -Vol. 76. - P. 23-50.

245. Jankowsky E. RNA helicases at work: binding and rearranging. // Trends Biochem. Sci. - 2011. - Vol. 36. - № 1. - P. 19-29.

246. Rajkowitsch L., Schroeder R. Dissecting RNA chaperone activity. // RNA. - 2007. - Vol. 13. - № 12. - P. 2053-2060.

247. Hämmerle H. et al. Structural and biochemical studies on ATP binding and hydrolysis by the Escherichia coli RNA chaperone Hfq. // PLoS One / ed. Randau L. Public Library of Science - 2012. - Vol. 7. - № 11. - P. e50892.

248. Sukhodolets M. V, Garges S. Interaction of Escherichia coli RNA polymerase with the ribosomal protein S1 and the Sm-like ATPase Hfq. // Biochemistry. - 2003. - Vol. 42. - № 26. - P. 8022-8034.

249. Arluison V. et al. Sm-like protein Hfq: location of the ATP-binding site and the effect of ATP on Hfq-- RNA complexes. // Protein Sci. - 2007. - Vol. 16. - № 9. - P. 1830-1841.

250. Lazar P. et al. Computational approach to ensure the stability of the favorable ATP binding site in E. coli Hfq. // J. Mol. Graph. Model. Elsevier Inc. - 2010. - Vol. 29. - № 4. - P. 573-580.

251. Murina V., Lekontseva N., Nikulin A. Hfq binds ribonucleotides in three different RNA-binding sites // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. -

2013. - Vol. 69. - № 8. - P. 1504-1513.

252. Schumacher M.A. et al. Structures of the pleiotropic translational regulator Hfq and an Hfq-RNA complex: a bacterial Sm-like protein. // EMBO J. -2002. - Vol. 21. - № 13. - P. 3546-3556.

253. Wang W. et al. Cooperation of Escherichia coli Hfq hexamers in DsrA binding // Genes Dev. - 2011. - Vol. 25. - № 19. - P. 2106-2117.

254. Horstmann N. et al. Structural mechanism of Staphylococcus aureus Hfq binding to an RNA A-tract. // Nucleic Acids Res. - 2012. - Vol. 40. - № 21.

- P. 11023-11035.

255. Sun X., Wartell R.M. Escherichia coli Hfq binds A18 and DsrA domain II with similar 2:1 Hfq6/RNA stoichiometry using different surface sites. // Biochemistry. - 2006. - Vol. 45. - № 15. - P. 4875-4887.

256. Updegrove T. et al. Effect of Hfq on RprA-rpoS mRNA pairing: Hfq-RNA binding and the influence of the 5' rpoS mRNA leader region. // Biochemistry. - 2008. - Vol. 47. - № 43. - P. 11184-11195.

257. Updegrove T.B., Wartell R.M. The influence of Escherichia coli Hfq mutations on RNA binding and sRNA^mRNA duplex formation in rpoS riboregulation. // Biochim. Biophys. Acta. Elsevier B.V. - 2011. - Vol. 1809.

- № 10. - P. 532-540.

258. Sauer E., Schmidt S., Weichenrieder O. Small RNA binding to the lateral surface of Hfq hexamers and structural rearrangements upon mRNA target recognition // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2012. - Vol. 109. - № 24. - P. 93969401.

259. Zhang A. et al. Mutations in Interaction Surfaces Differentially Impact E. coli Hfq Association with Small RNAs and Their mRNA Targets. // J. Mol. Biol. Elsevier B.V. - 2013. - Vol. 425. - № 19. - P. 3678-3697.

260. Stanek K.A. et al. Crystal structure and RNA-binding properties of an Hfq homolog from the deep-branching Aquificae: conservation of the lateral RNA-binding mode // Acta Crystallogr. Sect. D Struct. Biol. International Union of Crystallography - 2017. - Vol. 73. - № 4. - P. 294-315.

261. Thore S. et al. Crystal structures of the Pyrococcus abyssi Sm core and its complex with RNA. Common features of RNA binding in archaea and eukarya. // J. Biol. Chem. - 2003. - Vol. 278. - № 2. - P. 1239-1247.

262. Dimastrogiovanni D. et al. Recognition of the small regulatory RNA RydC by the bacterial Hfq protein // Elife. - 2014. - Vol. 3. - P. e05375.

263. Kovach A.R. et al. Recognition of U-rich RNA by Hfq from the Grampositive pathogen Listeria monocytogenes. // RNA. - 2014. - Vol. 20. - № 10. - P. 1548-1559.

264. Sauer E., Weichenrieder O. Structural basis for RNA 3'-end recognition by Hfq. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2011. - Vol. 108. - № 32. - P. 1306513070.

265. Arluison V. et al. Three-dimensional structures of fibrillar Sm proteins: Hfq and other Sm-like proteins. // J. Mol. Biol. - 2006. - Vol. 356. - № 1. - P. 86-96.

266. Obregon K. a., Hoch C.T., Sukhodolets M. V. Sm-like protein Hfq: Composition of the native complex, modifications, and interactions // Biochim. Biophys. Acta - Proteins Proteomics. Elsevier B.V. - 2015. - Vol. 1854. - № 8. - P. 950-966.

267. Nikonova E.Y. et al. Supramolecular Organization of Hfq Like Proteins // Biochem. - 2015. - Vol. 80. - № 4. - P. 441-448.

268. Di Primo C. Real time analysis of the RNAI-RNAII-Rop complex by surface plasmon resonance: from a decaying surface to a standard kinetic analysis // J. Mol. Recognit. - 2008. - Vol. 21. - № 1. - P. 37-45.

269. Castagnoli L. et al. Genetic and structural analysis of the ColE1 Rop (Rom) protein. // EMBO J. European Molecular Biology Organization - 1989. -Vol. 8. - № 2. - P. 621-629.

270. Struble E.B. et al. New crystal structures of ColE1 Rom and variants resulting from mutation of a surface exposed residue: Implications for RNA-recognition // Proteins Struct. Funct. Bioinforma. - 2008. - Vol. 72. - № 2. -P. 761-768.

271. Hopcroft N.H. et al. The interaction of RNA with TRAP: the role of triplet repeats and separating spacer nucleotides. // J. Mol. Biol. - 2004. - Vol. 338. - № 1. - P. 43-53.

272. Hopcroft N.H. et al. Specificity of TRAP-RNA interactions: crystal structures of two complexes with different RNA sequences // Acta Crystallogr. Sect. D Biol. Crystallogr. International Union of Crystallography - 2002. - Vol. 58. - № 4. - P. 615-621.

273. Lopez M.M., Makhatadze G.I. Major cold shock proteins, CspA from Escherichia coli and CspB from Bacillus subtilis, interact differently with single-stranded DNA templates. // Biochim. Biophys. Acta. - 2000. - Vol. 1479. - № 1-2. - P. 196-202.

274. Zeeb M. et al. Recognition of T-rich single-stranded DNA by the cold shock protein Bs-CspB in solution. // Nucleic Acids Res. - 2006. - Vol. 34. - № 16. - P. 4561-4571.

275. Sachs R. et al. RNA single strands bind to a conserved surface of the major cold shock protein in crystals and solution. // RNA. - 2012. - Vol. 18. - № 1. - P. 65-76.

276. Graumann P., Marahiel M. a. The major cold shock protein of Bacillus subtilis CspB binds with high affinity to the ATTGG- and CCAAT sequences in single stranded oligonucleotides. // FEBS Lett. - 1994. - Vol. 338. - № 2. - P. 157-160.

277. Max K.E. a et al. T-rich DNA single strands bind to a preformed site on the bacterial cold shock protein Bs-CspB. // J. Mol. Biol. - 2006. - Vol. 360. -№ 3. - P. 702-714.

278. Nemchinova M. et al. An Experimental Tool to Estimate the Probability of a Nucleotide Presence in the Crystal Structures of the Nucleotide-Protein Complexes // Protein J. - 2017. - Vol. 36. - № 3. - P. 157-165.

279. Nikonov O. et al. New Insights into the Interactions of the Translation Initiation Factor 2 from Archaea with Guanine Nucleotides and Initiator tRNA // J. Mol. Biol. - 2007. - Vol. 373. - № 2. - P. 328-336.

280. Arkhipova V. et al. Binding of the 5'-Triphosphate End of mRNA to the y-Subunit of Translation Initiation Factor 2 of the Crenarchaeon Sulfolobus solfataricus // J. Mol. Biol. - 2015. - Vol. 427. - № 19. - P. 3086-3095.

281. Mura C. et al. The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins ( SmAPs ) // Protein Sci. - 2003. - Vol. 12. - P. 832-847.

282. Törö I. et al. Archaeal Sm Proteins form Heptameric and Hexameric Complexes: Crystal Structures of the Sm1 and Sm2 Proteins from the Hyperthermophile Archaeoglobus fulgidus // J. Mol. Biol. - 2002. - Vol. 320. - № 1. - P. 129-142.

283. Fischer S. et al. The Archaeal Lsm Protein Binds to Small RNAs // J. Biol. Chem. - 2010. - Vol. 285. - № 45. - P. 34429-34438.

284. Maier L.-K. et al. Deletion of the Sm1 encoding motif in the lsm gene results in distinct changes in the transcriptome and enhanced swarming activity of Haloferax cells // Biochimie. - 2015. - Vol. 117. - P. 129-137.

285. Märtens B. et al. The Heptameric SmAP1 and SmAP2 Proteins of the Crenarchaeon Sulfolobus Solfataricus Bind to Common and Distinct RNA

Targets // Life. - 2015. - Vol. 5. - № 2. - P. 1264-1281.

286. Wang W. et al. Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA. // Nucleic Acids Res. - 2013. - Vol. 41. - № 11.

- P. 5938-5948.

287. Schulz E.C., Barabas O. Structure of an Escherichia coli Hfq:RNA complex at 0.97 Ä resolution. // Acta Crystallogr. Sect. F, Struct. Biol. Commun. -2014. - Vol. 70. - № Pt 11. - P. 1492-1497.

288. Wilusz C.J., Wilusz J. Lsm proteins and Hfq: Life at the 3' end. // RNA Biol. - 2013. - Vol. 10. - № 4. - P. 592-601.

289. Updegrove T.B., Zhang A., Storz G. Hfq: the flexible RNA matchmaker. // Curr. Opin. Microbiol. - 2016. - Vol. 30. - P. 133-138.

290. Panja S., Schu D.J., Woodson S. a. Conserved arginines on the rim of Hfq catalyze base pair formation and exchange // Nucleic Acids Res. - 2013. -Vol. 41. - № 15. - P. 7536-7546.

291. Märtens B. et al. The SmAP1/2 proteins of the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus interact with the exosome and stimulate A-rich tailing of transcripts // Nucleic Acids Res. Oxford University Press - 2017. - Vol. 45.

- № 13. - P. 7938-7949.

292. Märtens B. et al. The SmAP2 RNA binding motif in the 3'UTR affects mRNA stability in the crenarchaeum Sulfolobus solfataricus // Nucleic Acids Res. Oxford University Press - 2017. - Vol. 45. - № 15. - P. 89578967.

293. Sobrero P., Valverde C. The bacterial protein Hfq: much more than a mere RNA-binding factor. // Crit. Rev. Microbiol. - 2012. - Vol. 38. - № 4. - P. 276-299.

294. Murina V.N., Nikulin A.D. RNA-binding Sm-like proteins of bacteria and archaea. Similarity and difference in structure and function // Biochem. -2011. - Vol. 76. - № 13. - P. 1434-1449.

295. Hopkins J.F. et al. Effect of salt and RNA structure on annealing and strand displacement by Hfq. // Nucleic Acids Res. - 2009. - Vol. 37. - № 18. - P. 6205-6213.

БЛАГОДАРНОСТИ

Хочу выразить глубокую благодарность своим наставникам -Станиславу Владимировичу Никонову и Марии Борисовне Гарбер, которые провели меня по сложному пути становления как учёного. Неоценимую помощь на этом пути мне оказали Александр Серганов, Светлана Тищенко и Наталья Александровна Невская, которые делились со мной своими знаниями и опытом работы на непростом поприще науки, и во многом стали моими учителями.

Огромное спасибо всем сотрудникам дружного коллектива Лаборатории структурных исследований аппарата трансляции и Группы структурных исследований рибосомных белков Института белка РАН, особенно Азату Габдулхакову, Ульяне Джус, Алексею Корепанову, Екатерине Никоновой, Олегу Никонову, Елене Столбоушкиной, Сергею Байдакову, Олесе Кравченко, за прекрасную рабочую атмосферу, активные дискуссии и помощь в работе. Отдельное спасибо хочу сказать нашим молодым учёным Наташе Леконцевой, Алисе Михайлиной и Марие Фандо, которые своей энергией и бодростью поддерживают жизненную силу нашей лаборатории.

Выражаю благодарность за предоставленную возможность проведения исследований в дружественных лабораториях проф. Андерса Лильяса, проф. Бернара и Шанталь Эресман, проф. Вольфганга Пиндла, проф. Виктора Ламзина и доктора Уве Мюллера.

Благодарю сотрудников Института белка РАН В. В. Филимонова, Б. С. Мельника, В. А. Балобанова за плодотворное сотрудничество при исследованиях стабильности белков.

И конечно, этой работы не было бы без всесторонней поддержки моей семьи: родителей, жены и сыновей, которые понимали меня и помогали мне всегда и во всем.