Структурно-функциональный анализ ДНК-зависимой РНК-полимеразы бактериофага Т7 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, доктор химических наук Туницкая, Вера Леонидовна

• Туницкая, Вера Леонидовна
• доктор химических наук
• 2004

Оглавление диссертации доктор химических наук Туницкая, Вера Леонидовна

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ •

1.1. Физико-химические свойства Т7РНКП, первичная и пространственная структура фермента.

1.2. Транскрипционный цикл Т7РНКП.

1.2.1. Взаимодействие с промотором.

1.2.2. Связывание NTP и инициация транскрипции.

1.2.3. Элонгационный комплекс и удлинение РНК.

1.2.4. Неспецифические проявления активности Т7РНКП. Беспромоторные системы.

1.2.5. Терминация транскрипции.

1.3. Функциональные исследования 7РНКП. Роль отдельных аминокислотных остатков.

1.2.5. Химическая модификация и ингибиторный анализ.

1.2.6. Аффинная модификация.

1.2.7. Исследование мутантных форм Т7РНКП.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Реактивы, буферные растворы, плазмиды и ферментные препараты.

2.2. Методики, использованные в работе.

23. Расчет кинетических параметров реакций.

2.4. Конформациоиные расчеты и построение пространственных моделей.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

3.1. Аналоги нуклеотидов - субстраты и ингибиторы Т7РНКП.

3.2. Необратимые ингибиторы Т7РНКП. Аффинная модификация фермента.

3.3. Роль N-концевого домена и междоменной перемычки.

3.3.1.Изучение ограниченного протеолиза Т7РНКП.

3.3.2. Исследование мутантных форм Т7РНКП, содержащих замены аминокислотных остатков в области междоменной перемычки.

3.3.3. Мутации по остатку Lys-98.

3.4. Роль аминокислотной последовательности 563-571 в Т7РНКП.

3.5. Исследование консервативного мотива В.

3.5.1.Общая характеристика мотива В.

3.5.2. Обоснование выбора вариантов аминокислотных замен.

3.5.3. Мутации в N-концевой части мотива В.

3.5.4. Мутации в С-концевой части мотива В.

3.6. Уникальные свойства мутанта Tyr639Phe. «Двойной» и «тройной» мутанты.

3.6.1 .Утилизация дезоксирибонуклеотидов мутантной формой Т7РНКП.

3.6.2. Ошибки при транскрипции, свойственные «двойному» и «тройному» мутантам.

3.6.3. Функционирование «двойного» мутанта Т7РНКП в режиме удлинения праймера.

3.7. Взаимодействие Т7РНКП с модифицированными промоторами.

3.8. Фотоаффинная модификация Т7РНКП. 5-[3-(£)-(4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамидо)пропенил-1]-иТР (N3-TFBP-UTP).

ВЫВОДЫ.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональный анализ ДНК-зависимой РНК-полимеразы бактериофага Т7»

Бактериофаг Т7 является одним из наиболее изученных среди фагов, поражающих клетки E.coli. Ключевым ферментом жизнедеятельности бактериофага является ДНК-зависимая РНК-полимераза (Т7РНКП), которая ответственна за транскрипцию генов, кодирующих белки, определяющие созревание и упаковку фаговых частиц. Т7РНКП была впервые выделена в 1969 г. из клеток E.coli, инфицированных бактериофагом Т7. В настоящее время источником выделения рекомбинантного фермента являются штаммы E.coli, несущие плазмидные конструкции, экспрессирующие ген 1 бактериофага Т7.

Т7РНКП состоит из 883 аминокислотных остатков (98092 Да) и представляет собой односубъединичный белок, способный осуществлять полный цикл транскрипции без участия каких-либо дополнительных белковых факторов. Это делает данный фермент наиболее удобной моделью для изучения молекулярных механизмов транскрипции. Новая информация о закономерностях процесса транскрипции может быть использована при изучении других ферментов, в том числе вирусных РНК-полимераз, что имеет большое значение для поиска способов борьбы с вирусными инфекциями.

Помимо этого, вследствие доступности Т7РНКП, ее высокой транскрипционной активности и строгой специфичности к промотору, этот фермент широко используется в молекулярной биологии для синтеза заданных последовательностей РНК. Изучение закономерностей функционирования Т7РНКП, наряду с исследованием мутантных форм фермента, может привести к получению белков с измененными свойствами, являющихся более эффективными и многофункциональными молекулярно-биологическими инструментами, нежели природная Т7РНКП. В связи с этим детальное структурно-функциональное исследование Т7РНКП, в частности, установление роли отдельных аминокислотных остатков и локализация контактов между компонентами полимеразной реакции в процессе транскрипции, является актуальной научной задачей.

Целью настоящей работы являлось изучение молекулярного механизма действия и роли отдельных структурных элементов Т7РНКП на различных стадиях процесса транскрипции, в частности, установление функции отдельных аминокислотных остатков фермента в на различных стадиях ферментативной реакции, выявление контактов между компонентами транскрипционного комплекса, включая и такие, которые вследствие короткого времени существования не могут быть зафиксированы при рентгеноструктурных исследованиях. Кроме того, изучение мутантных форм Т7РНКП, обладающих новыми свойствами, может расширить возможность применения этого фермента в молекулярно-биологической практике.

Т7РНКП изучается в лаборатории энзимологии транскрипции ИМБ РАН с 1987 года. В начале нашей работы информация о функциональной топографии и механизме действия Т7РНКП была весьма ограниченной. Однако, поскольку данный фермент является перспективным объектом как с позиции исследования молекулярных основ механизма транскрипции, так и с точки зрения практического использования, в последние десятилетия этот белок был предметом пристального внимания целого ряда зарубежных лабораторий. За прошедшие годы с начала нашей работы в научной литературе появились сотни публикаций, касающихся исследований Т7РНКП, основные из них подробно рассмотрены в обзоре литературы. Вследствие этого наше исследование оказалось закономерно «встроенным» в общий поток работ по этому актуальному направлению.

Такая ситуация имела как свои достоинства, так и недостатки. С одной стороны, полученные нами результаты в ряде случаев были приоритетными и через некоторое время подтверждались независимыми исследованиями других лабораторий. Кроме того, появление в 1993 году первых данных, а в 1999-2002 году - полного цикла рентгеноструктурных исследований Т7РНКП, позволило нам соотнести результаты нашей работы с информацией, полученной принципиально иным методом, и тем самым получить дополнительные подтверждения обоснованности наших положений и выводов. С другой стороны, находясь в состоянии жесткой конкуренции с зарубежными лабораториями, в большинстве случаев лучше материально оснащенными, в некоторых случаях мы не смогли обеспечить приоритетность наших результатов — аналогичные независимо полученные данные оказывались опубликованными одновременно или чуть раньше наших.

Однако в целом нам удалось сохранить положение одной из лидирующих групп, разрабатывающих данную научную проблему. Значительная часть результатов, представленных в данной работе, в настоящее время сохраняют свою новизну и оригинальность, признанную нашими зарубежными коллегами и конкурентами.

В процессе всестороннего исследования Т7РНКП с использованием преимущественно методов аффинной модификации и исследования мутантных форм фермента, нам удалось установить ряд новых деталей механизма функционирования фермента, а также выявить неизвестные ранее контакты между отдельными аминокислотными остатками Т7РНКП и определенными положениями промотора и/или нуклеотидных субстратов. Были также исследованы впервые полученные мутантные формы фермента, обладающие новыми свойствами, не присущими Т7РНКП дикого типа.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Туницкая, Вера Леонидовна

233 ВЫВОДЫ

1. С помощью аффинной модификации Т7РНКП 5'-л-фторсульфонилбензоил-аденозином (ФСБА) было впервые показано, что на определенных стадиях транскрипционного цикла N-концевой домен фермента пространственно сближен с С-концевым доменом и принимает участие как во взаимодействии с промотором, так и в стабилизации структуры С-концевого домена. Продемонстрировано, что ДНК и РНК защищают междоменную перемычку от протеолиза. При этом ДНК, содержащая Т7 промотор, обеспечивает сохранение междоменных взаимодействий и стабилизацию N-концевого домена после протеолиза.

2. Получен ряд мутантных форм Т7РНКП, содержащих аминокислотные замены или делецию в междоменной перемычке. Показано, что такие мутации приводят к ослаблению связывания фермента с промотором и повышают способность к утилизации как двухспиральных, так и одноцепочечных неспецифических матриц.

3. Установлено, что делеция двух остатков междоменной перемычки (Lysl72 и Argl73) приводит к утрате ферментом способности к синтезу характерных удлиненных транскриптов. Данное свойство мутанта обеспечивает его преимущества перед Т7РНКП дикого типа при использовании в качестве инструмента для синтеза заданных последовательностей РНК.

4. Обнаружен неизвестный ранее высококонсервативный мотив D в структуре Т7РНКП (остатки 555-575), важный для активности фермента и участвующий в связывании с промотором.

5. Выявлена функциональная неоднородность консервативного мотива В: установлено, что N-концевая часть этого мотива (остатки 627-635) определяет пространственное расположение компонентов транскрипционного комплекса в ходе ферментативного акта, в то время как С-концевая часть мотива В (остатки 636-646) представляет собой собственно активный центр фермента, где происходит инициация синтеза и образование межнуклеотидных связей.

6. Обнаружено, что «двойная» мутация Tyr639Phe,Ser641Ala приводит к возникновению новых свойств фермента: а) Данный мутант приобретает способность к утилизации дезоксирибонуклеозид-трифосфатов. Эффективность использования dNTP мутантом тем выше, чем дальше от старта транскрипции впервые встречается заменяемый нуклеотид. По достижении длины транскриптов 20 и более нуклеотидов включение в синтезируемый продукт рибо- и дезоксирибонуклеотидных звеньев становится близким по величине. б) «Двойная» мутация приводит также к возможности функционирования фермента в режиме удлинения праймера, свойственном ДНК-полимеразам. Однако при этом фермент не переходит в процессивную конформацию, и достраиваемый фрагмент не превышает длины абортивных транскриптов (7-8 нукл.).

7. С помощью аффинной модификации с использованием модифицированного промотора впервые показан контакт между положением (+2) кодирующей цепи промотора и активным центром фермента, в частности остатком Туг639.

235 *

8. Исследована возможность фотоаффинной модификации Т7РНКП реагентами различной природы. Показано ковалентное взаимодействие между остатком 5-[3-(£^-(4-азидо-2,3,5,6-тетрафторбензамидо)пропенил-1]ЦМР (N3-TFBP-UTP) в составе РНК-продукта с пептидом 802-826 в структуре Т7РНКП, входящим в консервативный мотив С. Наиболее вероятными мишенями модификации являются остатки His811 или Asp812.

БЛАГОДАРНОСТИ

Приношу глубокую благодарность любимому шефу и научному консультанту Сергею Николаевичу Кочеткову. Искренне благодарю Владимира Олеговича Речинского и Дмитрия Алексеевича Костюка за обеспечение генноинженерных основ для выполнения представленной работы и помощь в экспериментах. Благодарю всех настоящих и бывших сотрудников лаборатории энзимологии транскрипции ИМБ РАН, и в первую очередь Дмитрия Львовича Ляхова, Екатерину Евгеньевну Русакову и Людмилу Васильевну Мемелову.

Я глубоко признательна также сотрудникам других лабораторий ИМБ, любезно предоставившим мне необходимые препараты и оказывавшим помощь на различных этапах исследования: Сергею Николаевичу Михайлову, Борису Сергеевичу Ермолинскому, Юрию Самойловичу Скоблову, Светлане Владиславовне Кочетковой, Елене Анатольевне Широковой, Виктору Васильевичу Петухову.

Благодарю Татьяну Владимировну Овчинникову, Цезия Алексеевича Егорова и Александра Мусолямова (ИБХ РАН) за проведение аминокислотного секвенирования пептидов.

Список литературы диссертационного исследования доктор химических наук Туницкая, Вера Леонидовна, 2004 год

1. Studier F.W. Bacteriophage T7. Science, 1972, v. 176, p. 367-376.

2. Studier F.W., Dunn J.J. Organization and expression of bacteriophage T7 DNA. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 1983, v. 47, p. 999 -1007.

3. Chamberlin M., McGrath J., Waskell L. New RNA polymerase from Escherichia coli infected with bacteriophage T7. Nature, 1970, v. 228, p. 227-231.

4. Davanloo P., Rosenberg A.H., Dunn J.J., Studier F.W. Cloning and expression of the gene for bacteriophage T7 RNA polymerase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, v. 81, p. 2035-2039.

5. Речинский В.О., Драган С.М., Костток Д.А., Ляхов Д.Л., Кочетков С.Н. Генетическая система отбора точечных мутантов РНК-полимеразы бактериофага Т7. Мол. биол., 1991, т. 25, с. 1588-1593.

6. Grachev М.А., Pletnev A.G. The nucleotide sequence of gene 1 of T7 phage DNA which codes for the phage-specific DNA-dependent RNA-polymerase. FEBS Lett., 1981, v. 127, p. 53-56.

7. Moffatt B.A., Dunn J.J., Studier F.W. Nucleotide sequence of the gene for bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1984, v. 173, p. 265-269.

8. Niles E., Conlon S., Summers W. Purification and physical characterization of T7 RNA polymerase from T7-infected Escherichia coli. Biochemistry, 1974, v. 13, p. 3904-3911.

9. Oakley J.L., Pascale J.A., Coleman J.E. T7 RNA polymerase: conformation, functional groups, and promoter binding. Biochemistry, 1975, v. 14, p. 4684-4691.

10. Gunderson S.I., Chapman K.A., Burgess R.R. Interaction of T7 RNA polymerase with T7 late promoters measured by footprinting with methidiumpropyl-EDTA-iron(II). Biochemistry, 1987, v. 26, p. 1539-1546.

11. Ikeda R.A., Richardson C.C. Enzymatic properties of a proteolytically nicked RNA.polymerase of bacteriophage T7. J. Biol. Chem., 1987, v.262, p.3790-3799.

12. Muller D.K., Martin C.T., Coleman J.E. T7 RNA polymerase interacts with its promoter from one side of DNA helix. Biochemistry, 1989, v. 28, p. 3306-3313.

13. Ikeda R.A., Richardson C.C. Interaction of the RNA polymerase of bacteriophage T7 with its promoter during binding and initiation of transcription. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1986,v. 83, p. 3614-3618.

14. Chamberlin M., Ring J. Characterization of T7-specific ribonucleic acid polymerase. I. General properties of the enzymatic reaction and the template specificity of the enzyme. J. Biol. Chem., 1973, v. 248, p. 2235-2244.

15. McAllister W.T., Carter A.D., Regulation of promoter selection by the bacteriophage T7 RNA polymerase in vitro. Nucl. Acids Res., 1980, v. 8 p. 4821-4837.

16. Coleman J. The role of Zn(II) in transcription by T7 RNA polymerase. Biochem. Biophys. Res. Com., 1974, v. 60, p. 641-648.

17. King G.C., Martin C.T. Pham T.T., Coleman J.E. Transcription by T7 RNA polymerase is not zinc-dependent and is abolished on amidomethylation of cystein-347. Biochemistry, 1986, v. 25, p. 36-40.

18. McGraw N.J., Bailey J.N., Cleaves G.R., Dembinsky D.R., Gocke C.R., Collifee L.K., Mac Wright R.C., McAllister W.T. Sequence and analysis of the gene for bacteriophage T3 RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1985, v. 13, p. 6753-6766.

19. Dietz A., Weisser H.J., Kossel H., Hausmann R. The gene for Klebsiella bacteriophage KI 1

20. DNA polymerase: sequence and comparision with the homologous gene of phages T7, T3 and SP6. Mol. Gen. Genet., 1990, v. 221, p. 283-286.

21. Kotani H., Ishizaki Y., Hiraoka N., Obayashi A. Nucleotide sequence and expression of the cloned gene of bacteriophage SP6 RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1987, v. 15, p. 26532664.

22. Masters B.S., Stohl L.L., Clayton D.A. Yeast mitochondrial RNA polymerase is homologous to those encoded by bacteriophage T3 and T7. Cell, 1987, v. 51, p.89-99.

23. Delarue M., Poch 0., Tordo N., Moras D., Argos P. An attempt to unify the structure of polymerases. Protein Eng., 1990, v. 3, p. 461-467.

24. Sousa R., Chung Y.J., Rose J.P., Wang B.-C. Crystal structure of bacteriophage T7 RNA polymerase at З.ЗА resolution. Nature, 1993, v.364, p. 593-599.

25. Steitz T.A. DNA- and RNA-dependent DNA polymerases. Curr. Opin. Struct. Biol., 1993, v.3, p.31-38.

26. Osumi-Davis P.A., de Aguillera M.C., Woody R.W., Woody A.-Y.M. Asp537, Asp 812 are essential and Lys631, His811 are catalytically significant in bacteriophage T7 RNA polymerase activity. J. Mol. Biol., 1992, v.226, p.37-45.

27. Mookhtiar K.A., Peluso P.S., Muller D.K., Dunn J.J., Coleman J.E. Processivity of T7 RNA polymerase requires the C-terminal Phe882-Ala883- COO" or "foot". Biochemistry, 1991, v. 30, p. 6305-6313.

28. Steitz T.A. DNA polymerases: structural diversity and common mechanisms. J. Biol. Chem., 1999, v. 274, p. 17395-17398.

29. Tabor S., Richardson C.C. A bacteriophage T7 RNA polymerase/promoter system for controlled exclusive expression of specific genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1985, v. 82, p. 1074-1078.

30. Grodberg J., Dunn JJ. ompT encodes the Escherichia coli outer membrane protease that cleaves T7 RNA polymerase during purification. J. Bacterid., 1988, v. 170, p.1245-1253.

31. Muller D.K., Martin C.T., Coleman J.E. Processivity of proteolitically modified forms of T7 RNA polymerase. Biochemistry, 1988, v. 27, p. 5763-5771.

32. Cheetham G.M., Jeruzalmi D., Steitz T.A. Structural basis for initiation of trans-cription from an RNA polymerase-promoter complex. Nature, 1999, v. 399, p. 80-83.

33. Yin Y.W., Steitz T.A. Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase. Science, 2002, v.298, p. 1387-1395.

34. Tahirov Т.Н., Temiakov D., Anikin M., Patlan V., McAllister W.T., Vassylyev D.G., Yokoyama S. Structure of T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution. Nature, 2002, v. 420, p. 43-50.

35. Jeruzalmi D., Steitz T.A. Structure of T7 RNA polymerase complexed to the transcryptional inhibitor T7 lysozime. EMBO J, 1998, v. 17 p. 4101-4113.

36. Zhang X, Studier F. W. Mechanism of inhibition of bacteriophage T7 RNA polymerase by T7 lysozyme. J.Mol. Biol., 1997, v. 269, p. 10-27.

37. Sousa R., Patra D., Lafer E.M., Model for the mechanism of bacteriophage T7 RNAP transcryption initiation and termination. J.Mol. Biol., 1992, v. 224, p. 319-334.

38. Пожитков A.E., Лаврик И.Н., Сергеев M.M., Кочетков С.Н. Кинетический анализ реакции, катализируемой РНК полимеразой бактериофага Т7. Мол. биол., 1998, т. 32, с. 93-97.

39. Jia Y., Patel S.S. Kinetic mechanism of transcription initiation by bacteriophage T7 RNA polymerase. Biochemistry, 1997, v.36, p. 4223-4232.

40. Chamberlin M. Bacterial DNA-dependent RNA polymerases. The Enzymes, 1982, v. XV, p. 61-86.

41. Straney D.C., Crothers D.M. Intermediates in transcription initiation from the E.coli lacUV5 promoter. Cell, 1985, v. 43, p. 449-459.

42. Buc H., McClure W. Kinetic of open complex formation between Escherichia coli RNA polymerase and the lacUV5 promoter. Evidence for a sequential mechanism involving three steps. Biochemistry, 1985, v. 24, p. 2712-2722.

43. Golomb M., Chamberlin M. Characterization of T7-specific ribonucleic acid polymerase. IV. Resolution of the major in vitro transcripts by gel electroforesis. J. Biol. Chem., 1974, v. 249, p. 2858-2863.

44. Dunn J. J., Studier F.W. Complete nucleotide sequence of bacteriophage T7 DNA and locations of T7 genetic elements. J. Mol. Biol., 1983 v. 166 p. 477-535.

45. Studier F.W., Rosenberg A.H. Genetic and physical mapping of the late region of bacteriophage T7 DNA by use of cloned fragments of T7 DNA. J.Mol. Biol., 1981, v. 153, p. 503-525.

46. Chapman K.A., Wells R.D. Bacteriophage T7 late promoters: construction and in vitro transcription properties of deletion mutants. Nucl. Acids Res., 1982, v. 10, p. 6331-6340.

47. McAllister W.T., Barrett C. Hybridization mapping of restriction fragments from the early region of bacteriophage T7 DNA. Virology, 1977, v. 82, p. 275-287.

48. Максимова Т.Г., Мустаев А.А., Зайчиков Е.Ф., Баранова JI.B., Кумарев В.П., Лухтанов Е.А. Локализация остатка лизина в области связывания инициирующего субстрата РНК-полимеразы бактериофага Т7. Биоорг. химия, 1989, т. 15, с. 18-23.

49. Baklanov М.М., Golikova L.N., Malygin E.G. Effect on DNA transcription of nucleotide sequences upstream to T7 promoter. Nucl. Acids Res., 1996, v. 24 p. 3659-3660.

50. Martin C.T., Coleman J.E. Kinetic analysis of T7 RNA polymerase promoter inter-actions with small synthetic promoters. Biochemistry, 1987, v. 26, p. 2690-2696.

51. Osterman H.L., Coleman J.E. T7 ribonucleic acid polymerase promoter interactions. Biochemistry, 1981, v. 20, p. 4884-4892.

52. Chapman K.A., Gunderson S.T., Anello M., Wells R.D., Burgess R.R. Bacteriophage T7 late promoters with point mutations: quantitative footprinting and in vivo expression. Nucl. Acids Res., 1988, v. 16, p. 4511^4524.

53. Place C. Oddos J., Buc H., McAllister W.T., Buckle M. Studies of contacts between T7 RNA polymerase and its promoter reveal features in common with multisubunit RNA polymerases. Biochemistry, 1999, v. 38, p. 4948-4957.

54. Li Т., Но H.H., Maslak M., Schick C., Martin C.T. Major groove recognition elements in the middle of the T7 RNA polymerase promoter. Biochemistry, 1996, v. 35, p. 3722-3727.

55. Jorgensen E.D., Durbin R.K., Risman S.S., McAllister W.T. Specific contacts between the bacteriophage ТЗ, T7 and SP6 RNA polymerases and their promoters. J. Biol. Chem., 1991, v. 266, p. 645-651.

56. Sastry S., Ross B.M. Probing the interaction of T7 RNA polymerase with promoter. Biochemistry, 1999 v. 38, p. 4972-4981.

57. Stahl S.J., Chamberlin M.J. Transcription of T7 DNA containing modified nucleotides by bacteriophage T7 specific RNA polymerase. J. Biol. Chem., 1978, v. 253, p. 4951-4959,

58. Ikeda R.A., Ligman C.M., Warshamana S. T7 promoter contacts essential for promoter activity in vivo. Nucl. Acids Res, 1992, v. 20, p. 2517-2524.

59. Schneider T.D., Stormo G.D. Excess information at bacteriophage T7 genomic promoters detected by a random cloning technique. Nucl. Acids Res., 1989 v. 17 p. 659-674.

60. Schick C., Martin C.T. Tests of a model of specific contacts in T7 RNA polymerase-promoter interaction. Biochemistry, 1995, v. 34, p. 666-672.

61. Chapman K.A., Burgess R.R. Construction of bacteriophage T7 late promoters with point mutations and characterization by in vitro transcription properties. Nucl. Acids Res., 1987, v. 15, p. 5413-5432.

62. Oakley J.L., Strothkamp R.E., Sarris A.H., Coleman J.E. T7 RNA polymerase: promoter structure and polymerase binding. Biochemistry, 1979, v. 18, p. 528-537.

63. Strothkamp R.E., Oakley J.L., Coleman J.E. Promoter melting by T7 ribonucleic acid polymerase as detected by single-stranded endonuclease digestion. Biochemistry, 1980, v. 19, p. 1074-1080.

64. Ujvari A., Martin C.T. Identification of minimal binding element within the T7 RNA polymerase promoter. J. Mol. Biol., 1997, v. 273, p. 775-781.

65. Ujvari A., Martin C.T. Thermodinamic and kinetic measurements of promoter binding by T7 RNA polymerase. Biochemistry, 1996, v. 35, p. 14574-14582.

66. Sastry S.S., Ross B.M. A direct real-time spectroscopic investigation of the mechanism of open complex formation by T7 RNA polymerase. Biochemistry, 1996, v. 35, p. 1571515725.

67. Maslak M., Martin C.T. Kinetic analysis of T7 RNA polymerase transcription initiation from promoters containing single-stranded regions. Biochemistry, 1993, v. 32, p. 4281-4285.

68. Kukarin A., Rong M., McAllister W.T. Exposure of T7 RNA polymerase to the isolatedbinding region of the promoter allows transcription from a single-stranded template. J. Biol. Chem., 2003, v. 278, p. 2419-2424.

69. Dunn J.J., Bautz F.A., Bautz E.K.F. Different template specificities of phage T3 and T7 RNA polymerases. Nat. New Biol., 1971 v. 230 p. 94-96.

70. Beck P.J., Gonzalez S., Ward C.L., Molineux I.J. Sequence of bacteriophage T3 DNA from gene 2.5 through gene 9. J. Mol. Biol., 1989, v. 210, p. 687-701.

71. Beier H., Hausmann R. ТЗ T7 phage crosses leading to recombinant RNA polymerases. Nature, 1974, v. 251, p. 538-539.

72. Ryan Т., McConnel D.J. Physical mapping of hybrid bacteriophage T7/T3 RNA polymerase genes. Virology, 1982, v. 43, p. 844-858.

73. Raskin C.A., Diaz G.A., McAllister W.T. T7 RNA polymerase mutants with alteres promoter specificities. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, v. 90, p. 3147-3151.

74. McAllister W.T. Structure and function of the bacteriophage T7 RNA polymerase. Cell Mol. Biol. Res., 1993. v. 39, p. 385-391.

75. Joho K.E., Gross L.B., McGraw N.J., Raskin C., McAllister W.T. Identification of a region of the bacteriophage T3 and T7 RNA polymerases that determines promoter specificity.

76. J. Mol. Biol., 1990, v. 215, p. 31-39.

77. Rong M., He В., McAllister W.T., Durbin R.K. Promoter specificity determinants of T7 RNA polymerase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, v. 95, p. 515-519.

78. Martin C.T., Coleman J.E. T7 RNA polymerase does not interact with the 5'-phosphate of the initiating nucleotide. Biochemistry, 1989, v. 28, p. 2760-2762.

79. Basu S., Maitra U. Specific binding of monomelic bacteriophage T3 and T7 RNA polymerases to their respective cognate promoters requires the initiating ribonucleoside triphosphate (GTP). J. Mol. Biol., 1986, v. 190, p.425-437.

80. Axelrod V.D., Kramer F.R. Transcription from bacteriophage T7 and SP6 RNA polymerase promoters in the presence of З'-deoxyribonucleoside 5'-triphosphate chain terminators. Biochemistry, 1985, v. 24, p. 5716-5723.

81. Logsdon N., Lee C.G.L., Harper J.W. Selective 5'-modification of T7 RNA polymerase transcripts. Analyt. Biochem., 1992, v. 205, p. 36-41.

82. Brieba L.G., Padilla R., Sousa R. Role of T7 RNA polymerase His 784 in start site and initial transcription. Biochemistry, 2002, v.41, p. 5144-5149.

83. Kuzmine I., Gottlieb P. A., Martin C.T. Binding of the priming nucleotide in the initiation of transcription by T7 RNA polymerase. J. Biol. Chem., 2003, v. 278, p. 2819-2823.

84. Weston B.F., Kuzmine I., Martin C.T. Positioning of the start site in the initiation of transcription by bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1997, v. 272, p. 21-30.

85. Stano M.M., Levin M.K., Patel S.S. The +2 NTP binding drives open complex formation in T7 RNA polymerase. J. Biol. Chem., 2002, v. 227, p. 37292-37300.

86. Martin C.T., Muller D.K., Coleman J.E. Processivity in early stages of transcription by T7 RNA polymerase. Biochemistry, 1988, v. 27, p. 3966-3974.

87. Grachev M.A., Zaichikov E.F. Initiation by Escherichia coli RNA-polymerase: transformation of abortive to productive complex. FEBS Lett., 1980, v. 115, p. 23-26.

88. Straney D.C., Clothers D.M. A stressed intermediate in the formation of stable initiated RNA chains at the Escherichia coli lac\JV5 promoter. J. Mol. Biol., 1987, v. 193, p, 267-278.

89. Ackerman S., Bunick D., Zandomeni R., Weinman R. RNA polymerase III transcription complex generated in vitro. Nucl. Acids Res., 1983, v. 11, p. 6041-6064.

90. Yamakawa M., Furuichi Y., Nakashima K., LaFiandra A.J., Shatkun A.J. Excess synthesis of viral mRNA 5'-terminal oligonucleotides by reovirus transcriptase. J. Biol. Chem., 1981,v. 256, p. 6507-6514.

91. Ling M.-L., Risman S.S., Klement J.F., McGraw N., McAllister W.T. Abortive initiation by bacteriophage T3 and T7 polymerases under conditions of limiting substrate. Nucl. Acids Res., 1989, v. 17, p. 1605-1618.

92. Diaz G.A., Rong M., McAllister W.T., Durbin R.K. The stability of abortively cycling T7 RNA polymerase complex depends upon template conformation. Biochemistry, 1996, v. 35, p. 10837-10843.

93. Doublie S., Tabor S., Long A.M., Richardson C.C., Ellenberger T. Cristall structure of a bacteriophage T7 DNA replication complex at 2.2A resolution. Nature 1998, v. 391, p. 251-258.

94. Nath S.T., Lee M.-S., Romano L.J. Effect of carcinogenic adducts on transcription by T7 RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1987, v. 15, p. 4257-4272.

95. White R.J., Phillips D.R. Sequence-dependent termination of bacteriophage T7 RNA transcription in vitro by DNA-binding drugs. Biochemistry, 1988, v.28, p. 4277-4283.

96. Sastry S.S., Hearst J.E. Studies on the interaction of T7 RNA polymerase with a DNA template containing a site-specifically placed psoralen cross-link. I. Characterization of elongation complexes. J. Mol. Biol., 1991, v. 221, p. 1091-1110.

97. Pavco P. A., Steege D.A. Characterization of elongating T7 and SP6 RNA polymerase and their response to a readblock generated by a site-specific DNA binding protein. Nucl. Acids Res., 1991, v. 19, p. 4639-4646.

98. Patra D., Lafer E.M., Sousa R. Isolation and characterization of mutant bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1992, v. 224, p. 307-318.

99. Brieba L.G., Sousa R. T7 promoter release mediated by DNA scrunching. EMBO J., 2001, v. 20, p. 6826-6835.

100. Ma K., Temiakov D., Jiang M., Anikin M., McAllister W.T. Major conformational changes occur during the transition from an initiation complex to an elongation complex by T7 RNA polymerase. J. Biol. Chem., 2002, v. 277, p. 43206-43215.

101. Karamychev V.N., Panyutin I.G., Neumann R.D., Zhurkin V.B. DNA and RNA folds in transcription complex as evidenced by iodine-125 radioprobing. J. Biomolecular Struct, and Dynamics, Conv. 11, 2000, v. 1, p. 155-167.

102. Masukata H., Tomisava J. A mechanism of formation of persistent hybrid between elongation RNA and template DNA. Cell, 1990, v. 62, p. 331-338.

103. Baker T. A., Kornberg A. Transcriptional activation of initiation of replication from the E.coli chromosome at origin: an RNA-DNA hybrid near ori C. Cell, 1988, v. 55, p. 113-123.

104. Krasilnikova M.M., Samadashwily G.M., Krasilnikov A.S., Mirkin S.M. Transcription through a simple DNA repeat blocks replication elongation. EMBO J.,1998, v. 17, p. 5095-6002.

105. Daube S.S., von Hippel P.H. Functional transcription elongation complexes from synthetic RNA-DNA bubble duplexes. Science, 1992, v. 258, p. 1320-1324.

106. Daube S.S., von Hippel P.H. RNA displacement pathways during transcription from synthetic RNA-DNA bubble duplexes. Biochemistry 1994, v. 33, p. 340-347.

107. Sastry S.S., Hoffman P.L. The influence of RNA and DNA template structures during transcription elongation by RNA polymerases. Biochem. Biophys. Res. Comm., 1995,v. 211, p. 106-114.

108. Temiakov D., Anikin M., McAllister W.T. Characterization of T7 RNA polymerase transcription complexes assembled on nucleic acid scaffolds. J. Biol. Chem., 2002, v.277, p. 47035-47043.

109. Mentesana P.E., Chin-Bow S.T., Sousa R., McAllister W.T. Characterization of halted T7 RNA polymerase elongation complexes reveals multiple factors that contribute to stability. J. Mol. Biol., 2000, v. 302, p. 1049-62.

110. Biebricher C.K., Luce R. Template-free generation of RNA species that replicate with bacteriophage T7 RNA pjlymerase. EMBO J., 1996, v. 15, p. 3458-3465.

111. Cazenave C., Uhlenbeck O.C. RNA template-directed RNA synthesis by T7 RNA polymerase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, v.91, p. 6972-6976.

112. Schenborn E.T., Mierendorf R.C., Jr. A novel transcription property of SP6 and T7 RNA polymerases: dependence on template structure. Nucl.Acids Res., 1985, v. 13, p. 6223-6236.

113. Nacheva G.A., Berzal-Hermanz A. Preventing non-desired RNA-primed RNA extension catalyzed by T7 RNA polymerase. Eur. J. Biochem., 2003, v. 270, p. 1458-1465.

114. Sastry S.S., Ross B.M. Nuclease activity of T7 RNA polymerase and the heterogeneity of transcription elongation complex. J. Biol. Chem., 1997, v. 272, p. 8644-8652.

115. Dunn J.J., Studier F.W. The transcription termination site at the end of the early region of bacteriophage T7. Nucl. Acids Res., 1980, v. 8, p. 2119-2132.

116. McAllister W.T., McCarron R.J. Hybridization of the in vitro products of bacteriophage T7 RNA polymerase to restriction fragments of T7 DNA. Virology, 1977, v. 82, p.288-298.

117. Christiansen J. The 9S RNA precursor of Escherichia coli 5S RNA has three structural domains: implications for processing. Nucl. Acids Res., 1988, v. 16, p. 7457-7476.

118. Young R.A. Transcription termination in the Escherichia coli ribosomal RNA operon rrnC. J. Biol. Chem., 1979, v. 254, p. 12725-12731.

119. Jeng S.-T., Gardner J. F., Gumport R.I. Transcription termination by bacteriophage T7 RNA polymerase at rho-independent terminators. J. Biol. Chem., 1990, v. 265, p. 3823-3830.

120. McAllister W.T., Morris C., Rosenberg A.H., Studier F.W. Utilization of bacteriophage T7 late promoters in recombinant plasmids during infection. J. Mol. Biol. 1981, v. 153,p. 527-544.

121. Jeng S.-T., Gardner J.F., Gumport R.I. Transcription termination in vitro by bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Biol. Chem., 1992, v. 267, p. 19306-19312.

122. Macdonald L.E., Zhou Y., McAllister W.T. Termination and slippage by bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1993, v. 232, p. 1030-1047.

123. Macdonald L.E., Durbin R.K., Dunn J.J., McAllister W.T. Characterization of two types of termination signal for bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1994, v. 238,p. 145-158.

124. Hartvig L., Christiansen J. Intrinsic termination of T7 RNA polymerase mediated by either RNA or DNA. EMBO J., 1996, v. 15, p. 4767-4774.

125. Arndt K.M., Chamberlin M.J. RNA chain elongation by Escherichia coli RNA polymerase: factors affecting the stability of elongating ternary complex. J. Mol. Biol., 1990,v. 213, p. 79-108.

126. Mead D.A., Skorupa E.S., Kemper B. Single-stranded DNA "blue" promoter plasmids: a versatile tandem promoter system for cloning and protein engineering. Protein Engineering, 1986, v. 1, p. 67-74.

127. Lyakhov D.L., He В., Zhang X., Studier F.W., Dunn J.J., McAllister W.T. Mutant T7 RNA polymerases with altered termination properties. J. Mol. Biol., 1997, v. 269, p. 28-40.

128. He В., Kukarin A., Temyakov D., Chin-Bow S.T., Lyakhov D.L., Rong M., Durbin R.K., McAllister W.T. Characterization of an unusial, sequence-specific termination signal for T7 RNA polymerase. J. Biol. Chem., 1998, v. 273, p. 18802-18811.

129. Lyakhov D.L., He В., Zhang X., Studier F.W., Dunn J.J., McAllister W.T. Pausing and termination by bacteriophage T7 RNA polymerase. J. Mol. Biol., 1998, v. 280, p. 201-213.

130. Zang X., Studier F.W. Isolation of transcriptionally active mutants of T7 RNA polymerase that do not support phage grouth. J. Mol. Biol. 1995, v. 250, p. 156-168.

131. Axelrod V.D., Kramer F.R. Transcription from bacteriophage T7 and SP6 RNA polymerase promoters in the presence of 3'-desoxyribonucleotide 5'-phosphate chain terminators. Biochemistry 1985, v. 24, p. 5716-5723.

132. Anderson R.A., Nakashima Y., Coleman J.E. Chemical modification of functional residues of fd gene 5 DNA-binding protein. Biochemistry, 1975, v. 14, p. 907-917.

133. Краевский А.А. Молекулярные основы поиска препаратов для лечения СПИДа. Достижения и вероятные перспективы. Мол. биол., 1999, т. 33, с. 343-352.

134. Wilmanske D., Czyz М., Studzian R., Piestrzeniewicz M.K., Gniazdovski M. Effect of anticancer drugs on transcription in vitro. Z. Naturforsch, 2001, v. 56, p. 886-891.

135. Андреева О.И., Ефимцева E.B., Падюкова Н.Ш., Кочетков С.Н., Михайлов С.Н., Диксон Г.Б.Ф., Карпейский М.Я. Взаимодействие обратной транскриптазы ВИЧ-1 и

136. РНК-полимеразы бактериофага Т7 с фосфоиатными аналогами NTP и неорганического пирофосфата. Мол. биол., 2001, т. 35, с. 844-856.

137. Colman R. F. Affinity labelling of purine nucleotide sites in proteins. Ann.Rev. Biochem., 1983, v. 52, p. 67-91.

138. Кнорре Д.Г., Кудряшова Н.В., Лаврик О.И. Химические подходы к изучению матричного биосинтеза: общие вопросы и исследование транскрипции. Успехи химии, 1997, т. 66, с. 401-413.

139. Коршун А.В., Берлин Ю.В. Введение нерадиоактивных репортерных групп всинтетические олигонуклеотиды и их детекция. Биоорг. химия, 1994, т. 20, с. 565-616.

140. Грачев М.А., Лухтанов Е.А., Мустаев А.А. Высокоселективное аффинное мечение промотора в комплексе с РНК-полимеразой E.coli алкилирующими производными инициирующих субстратов. Биоорг. химия, 1987, т. 13, с. 565-567.

141. Грачев М.А.Б Зайчиков Е.Ф., Лухтанов Е.А., Максимова Т.Г., Мустаев А.А. t Высокоселективное аффинное мечение ДНК-зависимой РНК-полимеразыбактериофага Т7. Биоорг. химия, 1987, т. 13, с. 568-570.

142. Kumar S. А., Моопеу С., Krakow J.S. Template restricted inactivation of RNA polymerase from azotobacter vinelandii with 5'-/?-fluorosulfonylbenzoyl adenosine. Fed. Proc., 1977, v. 36, p. 882.

143. Pandey V.N., Modak MJ. Affinity labelling of Escherichia coli DNA polymerase I by 5'-fluorosulphonyladenosine. J. Biol. Chem., 1988, v. 263, p. 6068-6073.

144. Schaffner A.R., Jorgensen E.D., McAllister W.T., Hartmann G.R. Specific labeling of the active site of T7 RNA polymerase. Nucl. Acids Res., 1987, v. 15, p. 8773-8781

145. Grachev M.A., Hartmann G.R., Maximova T.G., Mustaev A.A., Schaffner A.R., Sieber H„ Zaichikov E.F. Highly selective affinity labelling of RNA polymerase В (II) fromwheat germ. FEBS Lett., 1986, v. 200, p. 287-290.

146. Grachev M.A., Kolocheva T.I., Lukhtanov E.A., Mustaev A.A. Studies on the functional topography of Escherichia coli RNA polymerase. Highly selective affinity labelling by analogues of initiating substrates. Eur. J. Biochem., 1987, v. 163, p. 113-121.

147. Riva M., Schaffher A.R., Sentenac A., Hartmann G.R., Mustaev A.A., Zaichikov E.F., Grachev M.A. Active sites labelling of the RNA polymerase А, В and С from yeast. J. Biol. Chem., 1987, v. 262, p. 14377-14380.

148. Knoll D.A., Woody R. W., Woody A.-Y.M. Mapping of the active site of T7 RNA polymerase with 8-azidoATP. Biochim. Biophys. Acta, 1992, v. 112, p. 252-260.

149. Гриценко O.M., Громова E.C. Диальдегидсодержащие нуклеиновые кислотыи их компоненты: синтез, свойства, аффинная модификация белков. Успехи химии, 1999, т. 68, с. 267-278.

150. Ефимцева Е.В., Михайлов С.Н. Дисахаридные нуклеозиды и олигонуклеотиды наjих основе: новые инструменты исследования ферментов метаболизма нуклеиновых кислот. Биохимия, 2002, т. 67, с. 1374-1384.

151. Knorre D.G., Godovikova T.S. Photoaffmity labelling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes. FEBS Lett., 1998, v. 433, p. 9-14.

152. Hanna MM. Photoaffinity cross-linking methods for studying RNA-protein interactions. Meth. Enzymol., 1989, v. 180, p. 383-409.

153. Schuster G.B., Platz M.S. Photochemistry of phenyl azide. Adv. Photochem., 1992, v. 17, p. 69-122.

154. Кнорре Д.Г., Алексеев П.В., Биченкова E.B., Коваль В.В., Кнорре В.Д., Нордхоф Э., Годовикова Т.С. Новый подход к изучению взаимодействия аминокислот по их боковым радикалам с арилазидами. Биоорг. химия, 1998, т. 24, с. 663-669.

155. Borukhov S., Lee J., Goldfarb A. Mapping of a contact for RNA 3' terminus in the largest subunit of RNA polymerase. J. Biol. Chem., 1991, v. 266, p. 23932-23935.

156. Freund E., McGuire P.M. Identification of a nucleoside triphosphate binding site on calf thymus RNA polymerase II. Biochemistry, 1986, v. 25, p. 276-284.

157. Rush J., Konigsberg W.H. Photoaffinity labeling of the Klenow fragment with 8-azido-dATP. J. Biol. Chem., 1990, v. 265, p. 4821-4827.

158. Knorre D.G. Structural tools for the analysis of protein-nucleic acid complexes. Lilley D.M.J., Heumann H., Suck D., eds. Basel, Boston, Berlin: Birkhauser Verlag, 1992,p. 185-1931

159. Годовикова T.C., Березовский M.B., Кнорре Д.Г. Фотоаффинная модификацияаминокислотных производных олигонуклеотидов в комплементарном комплексе. Биоорг. химия, 1995, т. 21, с. 858-867.

160. Dissinger S., Hanna М.М. Active site labeling of Escherichia coli transcription elongation complexes with 5-((4-azidophenacyl)thio)uridine 5'-triphosphate. J. Biol. Chem., 1990,v. 265, p. 7662-7668.

161. Hanna M.M., Zhang Y., Reidling J.C., Thomas M.J., Jou J. Synthesis and characterization of a new photocrosslinking CTP analog and its use in photoaffinity labeling E.coli and T7 RNA polymerases. Nucl. Acids Res., 1993, v. 21, p. 2073-2079.

162. Лебедева H.A., Колпащиков Д.М., Речкунова Н.И., Ходырева С.Н., Лаврик О.И. Повышение эффективности модификации ДНК-полимераз с использованием бинарной системы фотоаффинных реагентов. Биохимия, 2002, т. 67, с. 973-981.

163. Lebedeva N.A., Kolpashchikov D.M., Rechkunova N.I., Khodyreva S.N., Lavrik O.I. A binary system of photoreagents for high-efficiency labeling of DNA polymerases. Biochem. Biophys. Res. Comm., 2001, v. 287, p. 530-535.

164. Лебедева H.A., Колпащиков Д.М., Речкунова Н.И., Ходырева С.Н., Лаврик О.И. Новая бинарная система для сенсибилизации фотоаффинного мечения ДНК-полимераз в ядерных экстрактах. Биохимия, 2003, т. 68, с. 476-481.

165. Tanner N.K., Hanna М.М., Abelson J. Binding interaction between yeast tRNA ligase and a precursor transfer ribinucleic acid containing two photoreactive uridine analogues. Biochemistry, 1988, v. 27, p. 8852-8861.

166. Rechinsky V.O., Kostyuk D.A., Lyakhov D.L., Chernov B.K., Kochetkov S.N. Random mutagenesis of the gene for bacteriopgage T7 RNA polymerase. Mol. Gen. Genet., 1993, v. 238, p. 455-458.

167. Gross L., Chen W.J., McAllister W.T. Characterization of bacteriophage T7 RNA polymerase by linker insertion mutagenesis. J. Mol. Biol., 1992, v. 228, p. 488-505.

168. Chen W.J., Gross L.G., Joho K.J., McAllister W.T. A modified kanamicyn-resistance cassete to facilitate two-codon insertion mutagenesis. Gene, 1992, v. 111, p. 143-144.

169. McAllister W.T., Carter A.D. Regulation of promoter selection by the bacteriophage T7 RNA polymerase in vitro. Nucl. Acids Res., 1980, v. 8, p. 4821-4837.

170. Ikeda R.A., Chang L.L., Warshamana G.S. Selection and characterization of a mutant T7 RNA polymerase that recognizes an expanded range of T7 promoter-like sequences. Biochemistry, 1993, v. 32, p. 9115-9124.

171. He В., Rong M., Durbin R.K., McAllister W.T. A mutant T7 RNA polymerase that is defective in RNA binding and blocked in the early stages of transcription. J. Mol. Biol., 1997, v. 265, p. 275-288.

172. McAllister W.T., Raskin C.A., The phage RNA polymerases are related to DNA. polymerases and reverse transcriptases. Mol. Microbiol., 1993, v. 10, p. 1-6.

173. Zhang X., Studier F.W. Isolation of transcriptionally active mutants of T7 RNA polymerase that do not support phage growth. J. Mol. Biol., 1995, v. 250, p. 156-168.

174. Osumi-Davis P.A., Sreerama N., Volkin D.B., Middaugh C.R., Woody R.W., Woody A-Y. M. Bacteriophage T7 RNA polymerase and its active site mutants. Kinetic, spectroscopic and calorimetric characterization. J. Mol. Biol., 1994, v. 237, p. 5-19.'

175. Bonner G., Patra D., Lafer E.M., Sousa R. Mutations in T7 RNA polymerase that support the proposal for a common polymerase active site structure. EMBO J., 1992, v. 11, p. 37673775.

176. Bonner G., Lafer E.M., Sousa R. Characterization of a set of T7 RNA polymerase active site mutants. J. Biol. Chem., 1994, v. 269, p.25120-25128.

177. Bonner G., Lafer E.M., Sousa R. The thumb subdomain of T7 RNA polymerase functions to stabilize the ternary complex during processive transcription. J. Biol. Chem., 1994,v. 269, p. 25129-25136.

178. Izawa M., Sasaki N., Watahiki M., Ohara E., Yoneda Y., Muramatsu M., Okazaki Y., Hayashizaki Y. Recognition sites of З'-OH group by T7 RNA polymerase and its application to transcriptional sequencing. J. Biol. Chem., 1998, v. 273, p. 14242-14246.

179. Lopez P.J., Guillerez J., Sousa R., Dreyfus M. The low processiviry of T7 RNA polymerase over the initially transcribed sequence can limit productive initiation in vivo. J. Mol. Biol., 1997, v. 269, p. 41-51.

180. Wyatt J.R., Walker J.T. Deoxynucleotide-containing oligoribonucleotide duplexes: stability and susceptibility to RNase V and RNase H. Nucl. Acids Res., 1989, v. 17, p. 78337842.

181. Conrad F., Hanne A., Gaur R.K., Krupp G. Enzymatic synthesis of 2'-modified nucleic acids: identification of important phosphate and ribose moieties in RNase P substrates. Nucl. Acids Res., 1995, v. 23, p. 1845-1853.

182. Huang Y., Eckstein F., Padilla R., Sousa R. Mechanism of ribose 2'-group discrimination by an RNA polymerase. Biochemistry, 1997, v. 36, p. 8231-8242.

183. Padilla R., Sousa R. Efficient synthesis of nucleic acids heavily modified with noncanonical ribose 2'-groups using a mutant T7 RNA polymerase (RNAP). Nucl. Acids Res.,1999, v. 27, p. 1561-1563.

184. Brieba L.G.„Sousa R. Roles of histidine 784 and tyrosine 639 in ribose discrimination by

185. T7 RNA polymerase. Biochemistry, 2000, v. 39, p. 919-923.

186. Padilla R., Sousa R. A Y639/H784 T7 RNA polymerase double mutant displays superior properties for synthesizing RNAs with non-canonical NTP's. Nucl. Acids Res., 2002, v. 30,1. No. 24 el38.

187. Promega protocol and application guide. 2nd edition, Madison: Promega Corp. 1991.

188. Похолок Д.К. Взаимодействие обратной транскриптазы ВИЧ-1 и ее мутантных форм с субстратами и ингибиторами. Кандидатская диссертация, ИМБ РАН, Москва, 1995.

189. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М., Мир, 1984, 480 с.

190. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 1970, v. 227, p. 680-685.

191. Wyatt J.L., Colman R.F. Affinity labeling of rabbit muscle piruvate kinase by 5'-p-fluorosulfonylbenzoyladenosine. Biochemistry, 1977, v. 16, p. 1333-1342.202., Досон P., Эллиот Д., Эллиот У., Джонс К. Справочник биохимика. М., Мир, 1991, с. 388-390.

192. Березин И.В., Клесов А.А. Практический курс химической и ферментативной кинетики. М.: Изд. МГУ, 1976, с. 80.

193. Kitz R., Wilson J.E. Esters of methanesulfonic acid as irreversible inhibitors ofiacetylcholinesterase. J. Biol. Chem., 1962, v. 237, p. 3245-3252.

194. Scrutton M.S., Utter M.F Pyruvate carboxylase. V. Interaction of the enzyme with adenosine triphosphate. J. Biol. Chem., 1965, v.240, p. 3714-3723.

195. Klotz J.M., Hunston D.L. Properties of graphical representations of multiple classes of binding sites. Biochemistry, 1971, v. 10, p. 3065-3069.

196. Zhurkin V.B., Lysov Yu.P. Florentiev V.L., Ivanov V.I. Torsional flexibility of B-DNA as revealed by conformational analysis. Nucl. Acids Res., 1982, v. 10, p. 1811-1830.

197. Arnott S., Hukins D.W.L. Optimised parameters for A-DNA and B-DNA. Biochem. Biophys. Res. Comm., 1972, v. 47, p. 1504-1509.

198. Гордон А., Форд P. Спутник химика. M.: Мир, 1976, с. 127-131.

199. Protasevich I.I., Memelova L.V., Kochetkov S.N., Makarov A.A. The studies of cooperative regions in N7 RNA polymerase. FEBS Lett., 1994, v. 349, p. 429-432.

200. Болотина И.А., Лугаускас В.Ю. Определение вторичной структуры белков изVспектров кругового дихроизма. Мол. биол., 1985, т. 19, с. 1409-1421.

201. V бактериофага Т7 с помощью фосфат-активированных производных нуклеотидов. Мол. биол., 2002, т. 36, с. 543-550.

202. Tabor S., Richardson С.С. A single residue in DNA polymerases of the Escherichia coli DNA polymerase I family is critical for distinguishing between deoxy- and dideoxy-ribonucleotides. Proc. Natl. Acad.Sci. USA, 1995, v. 92, p. 6339-6343.

203. Chung Y.L. Structure and function of nucleic acids and Proteins. Wu F.Y.H., Wu C.W., eds. N.-Y. Raven Press, 1990, p. 55-59.

204. Gudima S.O., Kazantseva E.G., Kostyuk D.A., Shchaveleva I.L., Grishchenko O.I.,I

205. Memelova L.V., Kochetkov S.N. Deoxyribonucleotide-containing RNAs: a novel class of templates for HIV-1 reverse transcriptase. Nucl. Acids Res., 1997, v. 25, p. 4614-4618.

206. Middel|,W.R., Babasick D.M., Haugen D.A. Photochemistry of 4-thiouridineV