Структурно-функциональные особенности лимфоцитарного фосфатазо-ассоциированного фосфопротеина LPAP тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.03.03, кандидат наук Цой Татьяна Дмитриевна

• Цой Татьяна Дмитриевна
• кандидат наук
• 2018

Оглавление диссертации кандидат наук Цой Татьяна Дмитриевна

Введение

1 Обзор литературы

1.1 Важность фосфорилирования

1.1.1 Протеинкиназы

1.1.2 Протеинфосфатазы

1.1.3 Роль фосфорилирования белка в физиологических условиях

1.1.4 Фосфорилирование и рак

1.1.5 Участие протеинкиназ и протеинфосфатаз в Т-клеточном сигналинге

1.2 Тирозиновая протеинфосфатаза СБ45

1.2.1 Исследование функций СБ45 на дефицитных

по данной молекуле линиях

1.2.2 Функции СБ45

1.3 Открытие белка ЬРЛР

1.3.1 ЬРЛР в молекулярных комплексах на поверхности клеток

1.3.2 Существование нескольких форм белка ЬРЛР, различающихся степенью фосфориливания

1.3.3 Ген белка ЬРЛР

1.3.4 Исследование функций ЬРЛР на дефицитных и нокаутных по данному белку линиях

1.4 Протеинкиназа СК2

1.4.1 Структура СК2

1.4.2 Исследование роли СК2 на нокаутных моделях

1.4.3 Функции протеинкиназы СК2

1.4.4 Ингибирование протеинкиназы СК2

2 Материалы и методы

2.1 Материалы

2.2 Методы клеточной биологии

2.3 Биохимические методы

2.4 Методы молекулярной биологии

3 Результаты

3.1 Экспрессия LPAP на клетках различного происхождения

3.2 Эпитопное картирование белка ЬРАР

3.3 Определение протеоформ белка ЬРАР

3.4 Идентификация сайтов фосфорилирования белка ЬРАР

3.5 Получение фосфоспецифических антител

3.6 Анализ фосфорилирования ЬРАР с помощью фосфоспецифических антител

3.7 Определение киназ, участвующих в фосфорилировании белка ЬРАР

4 Обсуждение и заключение

Выводы:

5 Список сокращений и условных обозначений

6 Список литературы

Благодарности

Введение

Актуальность темы исследования

На поверхности клеток представлено множество трансмембранных молекул, выполняющих различные функции. Эти молекулы принимают участие в межклеточных взаимодействиях, активации клетки через сигнальные каскады, контроле за морфологией клеток, изменении химического состава клеток и других функциях. На гемопоэтических клетках одной из самых представленных молекул является трансмембранная тирозиновая фосфатаза CD45 - общий лейкоцитарный антиген. CD45 существует на поверхности клетки в виде димера. CD45 регулирует (как негативно, так и позитивно) процесс активации клетки. CD45 взаимодействует со вспомогательной молекулой CD4 и киназой p56Ьck (Mustelin, Tasken, 2003). Присоединение некоторого неизвестного лиганда к CD45 возможно приводит к разделению димеров, что в свою очередь вызывает дефосфорилирование киназы p56Ьck и её активацию. При изучении комплекса CD45 был выделен белок с неизвестной функцией, который получил название лимфоцитарного фосфатазо-ассоциированного фосфопротеина (ЬРАР) ^сЬ^еп et а1., 1991). Он экспрессирован только в Т- и В-лимфоцитах. Существует несколько форм белка, которые, вероятно связаны с различной степенью его фосфорилирования. Фосфорилирование LPAP указывает на возможное участие этого белка в клеточном сигналинге. Если сам факт фосфорилирования LPAP является вполне установленным, то особенности этого фосфорилирования остаются во многом невыясненными. В данной работе предпринята попытка определить структурные особенности белка LPAP, установить его сайты фосфорилирования, проанализировать существующие протеоформы, их распределение при экспрессии LPAP в различных клетках и определить, какие киназы осуществляют фосфорилирование данного белка. Мы надеемся, что эта информация поможет в установлении структуры и функций белка LPAP.

Цель исследования

Определить особенности строения белка LPAP, связанные с его

функционированием.

Задачи исследования

1. Определить эпитопы белка ЬРАР.

2. Выявить протеоформы белка ЬРАР.

3. Идентифицировать сайты фосфорилирования белка ЬРАР.

4. Получить фосфоспецифические антитела.

5. Проанализировать фосфорилирование белка ЬРАР в различных типах клеток.

6. Определить киназу, участвующую в фосфорилировании белка ЬРАР.

Положения и результаты, выносимые на защиту

1. Белок LPAP характеризуется 3 антигенными эпитопами, которые выявляются моноклональными антителами.

2. LPAP существует в виде 7 протеоформ, 6 из которых представляют моно-, би- и трифосфорилированные формы белка, а одна является нефосфорилированным белком.

3. Сайтами фосфорилирования LPAP являются Ser-99, Бег-153 и Ser-172.

4. Получены антитела, которые специфически распознают LPAP, фосфорилированный по Ser-99, Бег-153 и Ser-172. Фосфоспецифические антитела являются удобным инструментом для изучения LPAP.

5. С помощью полученных фосфоспецифических антител проанализирован характер фосфорилирования белка LPAP в различных типах клеток. При экспрессии в лимфоидных клетках белок LPAP фосфорилирован по всем трем сайтам, при этом фосфорилирование по Ser-153 конститутивное. При экзогенной экспрессии белка LPAP в нелимфоидных клеточных линиях наблюдается упрощение характера фосфорилирования LPAP, которое вероятно связано с отсутствием белков-партнеров.

6. Сайт фосфорилирования Ser-153 находится в составе кислого мотива, характерного для действия протеинкиназы CK2. Было показано, что протеинкиназа CK2 фосфорилирует белок LPAP по Ser-153.

Научная новизна

Впервые для изучения белка LPAP были использованы моноклональные антитела. С помощью этих антител была проанализирована структура молекулы LPAP. Впервые был проведен таргетный протеомный анализ белка LPAP, который позволил идентифицировать 3 сайта фосфорилирования. Впервые против LPAP были получены поликлональные и моноклональные фосфоспецифические антитела. С помощью этих антител показано, что фосфорилирование белка отличается в клетках различных типов и изменяется при активации клеток с помощью форболмиристата. Впервые показано, что белок LPAP является субстратом протеинкиназы CK2, которая фосфорилирует LPAP по Ser-153.

Теоретическая и практическая значимость работы

Белок LPAP открыт в 90-х годах, однако до сих пор малоизучен. Структура данного белка не установлена. Изучение функций фосфорилированных белков и сигнальных путей, в которых они участвуют, в значительной степени зависит от наличия фосфоспецифических антител. В данной работе были получены фосфоспецифические антитела к фосфосайтам белка LPAP и сделаны первые шаги по изучению его функций. Связь данного белка с такими важными молекулами как, фосфатаза CD45, киназа Lck, корецептор CD4 и протеинкиназа CK2, свидетельствует о том, что LPAP с большой вероятностью играет важную роль в клетках и в иммунном ответе.

Полученные результаты позволяют перейти к изучению роли белка LPAP при конкретных иммунологических и онкологических заболеваниях.

Личный вклад автора

Результаты данной работы получены лично автором и при его непосредственном участии. Кроме того, автор принимала участие в планировании, подготовке и проведении экспериментов, анализе и обобщении результатов, их подготовке и оформлению для публикации статей и докладов, предоставлении результатов работы на российских и международных конференциях

Степень достоверности

Достоверность представленных в диссертации данных и сделанных выводов определяется использованием различных современных методов молекулярной биологии и биохимии.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональные особенности лимфоцитарного фосфатазо-ассоциированного фосфопротеина LPAP»

Апробация работы

Результаты данной диссертационной работы были представлены на заседания аттестационной комиссии биологического факультета МГУ, на международной конференции Human Leukocyte Differentiation Antigens (Wollongong, 2014); на международной конференции FEBS (Berlin, 2015; Jerusalem, 2017); на V Съезде Биохимиков России (Дагомыс, 2016); на XVI Всероссийском научном форуме с международным участием имени академика В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» (Санкт-Петербург, 2017); на VIII Российском симпозиуме «Белки и пептиды» (Москва, 2017); на международной конференции Biomemranes (Dolgoprudny, 2016, 2018); на форуме Биотехнология (Москва, 2018); EMBO Workshop Lymphocyte antigen receptor signaling (Siena, 2018).

Публикации

По результатам диссертационной работы опубликовано 4 статьи в российских и международных рецензируемых статьях и 11 тезисов научных докладов.

Статьи в рецензируемых журналах Scopus, WoS

1. Филатов А., Мешкова Т., Мазуров Д. Эпитопное картирование лимфоцитарного фосфатазо-ассоциированного фосфопротеина. // Биохимия. -2014. - Т. 79. - № 12. - С. 1397-1404. ИФ (импакт-фактор, WoS) 1,719.

2. Filatov A., Kruglova N., Meshkova T., Mazurov D. Lymphocyte phosphatase-associated phosphoprotein proteoforms analyzed using monoclonal antibodies. // Clinical and Translational Immunology. - 2015. - №4. - doi: 10.1038/cti.2015.22. ИФ (Scopus) N/A.

3. Kruglova N., Meshkova T., Kopylov A., Mazurov D., Filatov A. Constitutive and activation-dependent phosphorylation of lymphocyte phosphatase-associated phosphoprotein (LPAP). // PLoS ONE. - 2017. - Vol. 12. - № 8. - doi: 10.1371/journal.pone.0182468. ИФ (WoS) 3,352.

4. Цой Т., Круглова Н., Филатов А. Фосфатазо-ассоциированный фосфопротеин является субстратом протеинкиназы CK2. // Биохимия. - 2018. - Т. 83 - № 11 - С. 1700-1709. ИФ (WoS) 1,719.

1 Обзор литературы 1.1 Важность фосфорилирования

Активность большого количества белков регулируется за счет их фосфорилирования и дефосфорилирования. Таким образом, этот механизм является важным для множества клеточных процессов.

Фосфорилирование белков - одна из самых обычных и распространенных посттрансляционных модификаций (Li et al., 2013; Sacco et al., 2012). Фосфорилирование преимущественно идет по трем гидроксиаминокислотам: серину, треонину и тирозину (Hunter, 2012). Фосфоаминокислоты действуют как новые химические соединения, тем самым изменяя свойства белковой поверхности. Связанная с белком фосфатная группа может образовывать водородные связи или солевые мостики внутри или межмолекулярно. Уникальный размер ионной оболочки и заряд ковалентно прикрепленного фосфата допускают специфическое и индуцируемое распознавание фосфопротеинов фосфоспецифически-связывающими доменами в других белках, что способствует индуцибельному белок-белковому взаимодействию. Таким образом, фосфорилирование работает как переключатель (рис. 1), который позволяет внутриклеточным сигнальным сетям передавать сигналы в ответ на внеклеточные стимулы (Hunter, 2012).

Особые свойства фосфатной группы связаны с ее компонентами, в первую очередь с фосфором. Этот элемент относится к группе V периодической таблицы Менделеева, соответственно, у него есть 5 электронов на внешнем энергетическом уровне, за счет которых он способен образовывать максимум 5 ковалентных связей (например, с 4-мя атомами кислорода, образуя ортофосфат PO43-). Фосфат имеет 3 константы кислотности pKa: 2,2, 7,2 (5,8 для эфира) и 12,4, и хорошо растворим в воде (Hunter, 2012).

Способность фосфата образовывать сложные эфиры и ангидриды, которые стабильны в воде при температуре окружающей среды, сделали его идеальным для биологических молекул. Фосфатные эфиры и ангидриды преобладают в живых организмах. Фосфатные эфиры легко образуются в физиологических условиях с

использованием аденозинтрифосфата (АТФ), фосфатного ангидрида, в виде донора фосфата и ферментного катализатора. Фосфатные эфиры химически стабильны в водном растворе при физиологическом рН, но при этом они легко гидролизуются при наличии соответствующего ферментного катализатора, образуя исходную ОН-группу и свободный фосфат. В клетках важными фосфатными эфирами являются нуклеиновые кислоты и фосфопротеины.

Константы диссоциации фосфорилирования белков варьируются от 2 до 50, и многие протеинкиназы могут осуществлять дефосфорилирование белков в присутствии достаточного количества АДФ для образования ATФ.

Рисунок 1 - Фосфосигнальная цепь (по Ardito et al., 2017, с изменениями).

Механизм фосфорилирования зависит от киназ, фосфатаз и их субстратов

Таким образом, состояние клетки зависит от соотношения АТФ/АДФ (Fukami, Lipmann, 1983; Kole, Abdel-Ghany, Racker, 1988; Rosen, Erlichman, 1975). Фосфорилирование белка может происходить по девяти из двадцати аминокислот, оно легко катализируется протеинкиназами в физиологических условиях, с использованием АТФ в виде донора фосфата (так же источниками могут служить

гуанозинтрифосфат (ГТФ) и фосфоенол пируват (PEP)). Фосфорилирование является обратимой реакцией, которая легко обращается с помощью ферментативного гидролиза белковыми фосфатазами, ускоряющими скорость реакции во много тысяч раз.

Пластичность механизма состоит в том, что протеинкиназы присоединяют фосфатную группу к полярному остатку R различных аминокислот. Это присоединение модифицирует белок с гидрофобного аполярного на гидрофильный полярный, позволяя белку менять конформацию и взаимодействовать с другими молекулами. За счет фосфорилирования могут собираться белковые комплексы, например, позволяющие передачу сигнала внутри клетки (Alberts, 2007).

Фосфорилирование белков является одной из наиболее распространенных посттрансляционных модификаций у эукариот. Преобладают фосфатные эфиры Ser, Thr и Tyr. Химически также возможно фосфорилирование шести других аминокислот: аргинин (Arg), лизин (Lys), гистидин (His), цистеин (Cys), аспартат (Asp) и глутамин (Glu), и известно много случаев, когда оно происходит. Некоторые из этих соединений энергетически неустойчивы, но используются как регуляторные молекулы.

Фосфоаминокислоты действуют как новые химические объекты, в частности, фосфатная группа с отрицательным зарядом, больше 1, химически значительно отличается от отрицательно заряженных аминокислот Asp и Glu. Водородные связи и солевые мостики, образованные внутри и межмолекулярно в случае фосфатной группы будут прочнее и устойчивее, чем в случае взаимодействия Asp или Glu с Arg (Mandell et al., 2007).

Фосфорилирование по конкретным сайтам в контексте определенной аминокислотной последовательности позволяет создавать удобную мишень для фосфозависимого связывания с другим белком. Это, возможно, является наиболее важной функцией фосфорилирования белка. Фосфозависимые белковые взаимодействия имеют решающее значение для трансдукции сигналов внутриклеточно, также фосфорилирование может вызывать изменение в

субклеточном расположении белка или создавать фосфодегрон, ведущий к убиквитин-зависимой деградации белка.

Элементы, расположенные вблизи фосфора в периодической таблице Менделеева, обладают схожими свойствами и образуют соединения, подобные фосфату. Сульфаты могут образовывать соединения, также обладающие высокой энергией гидролиза. Однако энергетика сульфирования не так благоприятна. Ортосиликат очень нестабилен в водном растворе, и обладает высокими pK (самая низкая 9,5).

Мышьяк больше похож по своим свойствам на фосфор, у них близкие pK (2,1; 6,9; 11,5), также, как и фосфор, он может образовывать моно-, ди- и триэфиры. Однако арсенаты очень нестабильны в водном растворе при физиологических условиях (Fekry, Tipton, Gates, 2011). Кроме того, у арсената есть нежелательные химические особенности, в результате которых проявляются токсичные свойства мышьяка. Для образования межмолекулярных связей за счет арсенатов важно, что связи As-O приблизительно на 10% длиннее, чем P-O, и соответственно, увеличивается радиус AsO3.

Более трети белков фосфорилируется по серину (Ser, S), треонину (Thr, T), и тирозиновым остаткам (Tyr, Y) (О-фосфорилирование) (Ardito et al., 2017). В частности, по серину происходит 86,4% фосфорилирования, 11,8% по треонину и 1,8% по тирозину (Nishi, Shaytan, Panchenko, 2014; Schwartz, Murray, 2011).

Фосфорилирование тирозина происходит относительно редко по сравнению с другими посттрансляционными модификациями и является типичным для семейства рецептора эпидермального фактора роста (EGFR), у которого есть собственный тирозинкиназный домен. Существует также фосфорилирование по остаткам гистидина и аргинина (N-фосфорилирование), аспартата и глутамата (A-фосфорилирование), однако, в обоих случаях, оно значительно менее стабильное (Arena, Benvenuti, Bardelli, 2005).

Фосфорилирование белков является крайне важным механизмом регуляции большого числа клеточных процессов, таких как синтез белков, клеточное деление, передача сигнала, клеточный рост, развитие и старение, поскольку множество

ферментов и рецепторов активируются и деактивируются за счет фосфорилирования и дефосфорилирования специфическими киназами и фосфатазами (McCance, Huether, 1994). В человеческом геноме находится около 568 протеинкиназ и 156 протеинфосфатаз. Примером важности фосфорилирования может служить белок p53, который активируется за счет фосфорилирования. Дисбаланс фосфорилирования и дефосфорилирования может привести к тому, что белок будет хронически инактивирован, и это приведет к трансформации клетки в раковую (Heinrich, Neel, Rapoport, 2002).

1.1.1 Протеинкиназы

Данные молекулы принадлежат к большому семейству киназ и отвечают за фосфорилирование. Они активируются/деактивируются разными способами: с помощью самой киназы за счет цис-фосфорилирования или аутофосфорилирования, за счет присоединения к активаторным или ингибиторным белкам, при котором происходит проверка локализации киназ по отношению к субстрату (Roskoski, 2012).

Каталитический домен протеинкиназ содержит 2 субдомена: более крупный C-концевой и меньшего размера N-концевой (рис. 2). Два субдомена соединены пептидной нитью (шарниром), за счет чего образуется расщелина между субдоменами, которая образует активный сайт с передним карманом (каталитическая роль) и задним (гидрофобным) карманом (для регулирования). Активация каталитического домена происходит через фосфорилирование петли активации или с помощью аллостерического механизма (Schwartz, Murray, 2011). Кроме того, киназы также имеют некаталитические домены, позволяющие прикреплять субстраты и другие сигнальные белки (Nishi, Shaytan, Panchenko, 2014).

Рисунок 2 - Структура протеинкиназ (по Schwarz and Murray, 2011, с изменениями). Протеинкиназа (сиреневого цвета) связана с аналогом АТФ (AMP-PNP), двумя ионами Mn2+ и пептидным субстратом (бежевый). Структурные части: N-конец, С-конец, а-С спираль, каталитическая петля, активационная петля, шарнир.

Киназы регулируют большую часть клеточных путей, особенно тех, которые отвечают за передачу (трансдукцию) сигнала (McCance, Huether, 1994). Таким образом киназы могут контролировать интенсивность передачи сигнала, его амплитуду. Порядка 518 протеинкиназ человека классифицируют в соответствии с аминокислотным остатком, который они фосфорилируют. Большинство киназ действуют как на серин, так и на треонин (серин/треониновые киназы, STK), другие действуют на тирозин (тирозинкиназы, TK), а часть действует на все три аминокислотных остатка (киназы двойной специфичности, DSK) (Miller et al., 2008). Последние могут фосфорилировать STK и TK. STK представляют собой ферменты, которые фосфорилируют ОН-группу серина или треонина. Их активация может происходить в результате различных процессов, таких как повреждение ДНК или химические сигналы, опосредованные, например,

Ca2+/кальмодулином, монофосфатом циклического аденозина

монофосфата/циклического гуанозина (cAMP/cGMP) и диацилглицерином. Существуют также следующие подсемейства протеинкиназ: AGC, CaMK, CK1, CMGC, STE, TK и TKL (Ardito et al., 2017).

1.1.2 Протеинфосфатазы

Протеинфосфатазы обладают функцией, обратной киназам. Они удаляют фосфат за счет гидролиза моноэфира фосфорной кислоты до фосфатной группы и молекулы со свободной гидроксильной группой (Barford, Jia, Tonks, 1995; Zhang, 2002). Возвращение белка в дефосфорилированное состояние происходит с более быстрой кинетикой, чем фосфорилирование. По сравнению с протеинкиназами, фосфатазы считаются более пассивными ферментами, а их различающаяся структура усложняет идентификацию, и им уделяется меньше внимания, чем протеинкиназам.

Известно порядка 226 протеинфосфатаз, которые разделяют на три семейства: фосфопротеинфосфатазы (PPP), металлозависимые протеинфосфатазы (PPM) и тирозиновые протеинфосфатазы (PTP) (Jin, Pawson, 2012).

PPP и PPM семейства ответственны за дефосфорилирование большинства фосфосеринов и фосфотреонинов, кроме того, они могут дефосфорилировать фосфотирозины (Shi, 2009), не смотря на то, что последовательность у pSer/pThr отличается от pTyr (Virshup, Shenolikar, 2009). PTP могут дефосфорилировать не только белки, в это семейство также входят аспартат-фосфатазы (Nittyla et al., 2006; Tonks, 2006).

1.1.3 Роль фосфорилирования белка в физиологических условиях

Существует несколько способов, за счет которых фосфорилирование осуществляет столь важную роль в клетке. Во-первых, фосфорилирование/дефосфорилирование действует как молекулярный переключатель (рис. 1). Например, протеинкиназа B активируется только после её фосфорилирования по аминокислотным остаткам Ser и Thr, после чего способна

регулировать выживание клеток (Case et al., 2011). С другой стороны, при фосфорилировании с помощью киназы Csk протоонкогенной тирозиновой протеинкиназы (c-Src), она инактивируется, и таким образом сдерживается ее онкогенный потенциал (Cole et al., 2003). Другим эффектом фосфорилирования является временное белок-белковое взаимодействие, что позволяет регулировать многие сигнальные пути, образовывать межмолекулярные комплексы. Для такого рода взаимодействий, сайты фосфорилирования белков сохраняются эволюционно консервативными (Nishi, Hashimoto, Panchenko, 2011). В состав белкового комплекса, например, входит гломерулярный подоцитный белок Nephl, важный белок для почечных клеток, который после фосфорилирования киназой Fyn взаимодействует с Grb2, адаптивным белком, участвующим в передаче сигнала и клеточной коммуникацией (Harita et al., 2008). Кроме того, фосфорилирование белка может регулировать процесс трансдукции сигнала, поскольку он способен инициировать субклеточную транслокацию белка.

Фосфорилирование в основном участвует в производстве и рециркуляции АТФ и, следовательно, имеет важное значение для биологических реакций, требующих затраты энергии (Fukami, Lipmann, 1983; Rosen, Erlichman, 1975). Иногда фосфорилирование белка может способствовать образованию или удалению другой посттрансляционной модификации (Hunter, 2007; Hunter, 2012). Примером подобного является фосфорилирование субстрата с последующим полиубиквитинилированием и деградацией (Xu et al., 2008).

Способы фосфорилирования и дефосфорилирования могут быть чрезвычайно сложными, поскольку киназа или фосфатаза могут одновременно иметь множество субстратов и функционировать в различных клеточных сигнальных путях. Примером таких киназ является семейство MAPK/ERK киназ (Ferrer et al., 2002). Таким образом, фосфосигнальные сети представляют собой основу многих клеточных процессов. Они состоят в основном из протеинкиназ, фосфатаз и их субстратов, фосфосвязывающих белков (Liu, Wang, Xue, 2013). Выделяют две категории фосфорилирования: функциональное (условно стабильное) и временное, которое не влияет на регуляторные функции (Landry,

Levy, Michnick, 2009; Levy, Michnick, Landry, 2012; Lienhard, 2008). Функциональное фосфорилирование зависит от того, по какому сайту происходит фосфорилирование. Часто фосфорилирование белка по одному сайту ингибирует его активность, тогда как фосфорилирование по другому сайту его активирует. Детальное исследование сетей фосфорилирования может помочь понять физиологические и патологические механизмы.

1.1.4 Фосфорилирование и рак

Фосфорилирование является одной из наиболее распространенных посттрансляционных модификаций, участвующих в регуляции множественных биологических процессов и гиперэкспрессии киназ. Мутации или дефекты в регуляторных механизмах могут приводить к аберрантной активации или дисрегуляции киназных сигнальных путей (Harsha, Pandey, 2010), и это является основой онкогенеза для множества опухолей (Hanahan, Weinberg, 2011). Кроме того, что рак возникает из-за генетических мутаций, он также возникает в результате эпигенетических изменений, которые, в основном, приводят к дисрегуляции путей передачи сигналов с последующими изменениями в нормальных клеточных механизмах. Многие ключевые регуляторные белки, контролирующие экспрессию генов, являются мишенями киназ.

Сообщалось об аберрациях киназ при различных типах рака. Например, амплификация Her2/neu, тирозинкиназы, наблюдаемая в опухолевых клетках инвазивного рака молочной железы (Slamon et al., 1987). Фосфорилирование играет ключевую роль и при раке полости рта. Фактически, фосфорилирование EGFR способствует экспрессии интерлейкина ILip, который, в свою очередь, усиливает экспрессию и секрецию CXCL1 (Lee et al., 2015). Изменение фосфопротеома также влияет на желудочно-кишечные стромальные опухоли (GIS), рак легкого, гематологические злокачественные опухоли, рак молочной железы, рак поджелудочной железы и рак предстательной железы (Ardito et al., 2017). На сегодняшний день в опухолях человека обнаружено более 1000 вариаций экспрессии протеинкиназ. Многие из этих киназ теперь считаются биомаркерами

рака, такими как EGFR для рака толстой кишки, Her2 для рака молочной железы (Ludwig, Weinstein, 2005). Когда в опухолях активируется киназа mTOR, она способна индуцировать активацию ее нисходящих эффекторов и, следовательно, увеличивает синтез белков клеточного цикла, таких как фактор, индуцируемый гипоксией, HIF-1a и циклин D, что, в свою очередь, стимулирует фактор роста эндотелия сосудов (VEGF) (Hudson et al., 2002). mTOR особенно активен при раке почки, способствуя ангиогенезу (Dancey, 2006; Thomas et al., 2006).

Сигнальные пути, регулируемые протеинкиназами, способствуют возникновению и прогрессированию почти всех видов рака. Следовательно, исследование сигнальных путей, опосредуемых киназами, и возможности их блокировки с целенаправленным лечением, могут иметь большую клинико-терапевтическую пользу, особенно потому, что многие из этих белков действуют как онкогены (Hainaut, Plymoth, 2013; Hanahan, Weinberg, 2011; Sawyers, 2009).

Раковые клетки могут обладать врожденной или приобретенной резистентностью, поскольку они способны создавать наиболее распространенные или редкие онкогенные мутации, отличающиеся от опухоли к опухоли (так называемая полигенная опухолевая биология) (Murray, Miller, 2015). Существует два основных типа резистентности к лекарственной терапии на основе ингибиторов киназ. Внутренняя (врожденная) резистентность белка-мишени возникает, когда белок-мишень изменяется для препятствия связывания с ингибитором (Daub, Specht, Ullrich, 2004), при этом может изменяться топография активного сайта (Yoshida, Zhang, Haura, 2010), нарушаться условия для взаимодействия с ингибитором (Balius, Rizzo, 2009), изменяться динамика белка (Dixit, Verkhivker, 2009), увеличиваться онкогенность (Yoshida, Zhang, Haura, 2010) и аффинность АТФ (Yun et al., 2008). Таким образом, белок не ингибируется препаратом и продолжает выполнять свою функцию в опухолевой клетке.

При внешней (приобретенной) резистентности сигнальная сеть способна восстанавливать функцию онкогенного белка в сигнальной сети (Denis, Vallee, Theoleyre, 2015; Solit et al., 2006). Раковые клетки способны иотользовать и реактивировать сигнальный путь, который препарат ингибирует (Niederst,

Engelman, 2013). Кроме того, уже во время лечения может возникать резистентность, и опухоли могут образовывать субклоны, которые способствуют рецидиву. Поэтому необходимы новые исследования сигнальной сети опухолей с особым вниманием к механизму действия лекарственных ингибиторов на протеинкиназы.

1.1.5 Участие протеинкиназ и протеинфосфатаз в Т-клеточном

сигналинге

Фосфатазы и киназы принимают участие еще в одном крайне важном клеточном процессе, а именно в передаче сигнала от Т-клеточного рецептора (TCR) в Т-лимфоцитах. Т-лимфоциты играют центральную роль в иммунном ответе и как эффекторные клетки, и как регуляторные, которые контролируют функции множества других клеток, прежде всего выполняющих защитные механизмы. Осуществление регуляторной функции происходит либо через непосредственный контакт между клетками, либо с помощью секреции различных цитокинов. Передача сигнала через Т-клеточный рецептор (TCR) приводит к активации Т-лимфоцитов. В случае лимфоцитов активация прежде всего приводит к экспрессии генов, обеспечивающих пролиферативную экспансию клона. В контексте Т-лимфоцитов в первую очередь идет речь об экспрессии генов аутокринного ростового фактора — IL-2 и его рецептора (Ярилин, 2010). Таким образом, очень важно правильное функционирование Т-клеток для поддержания гомеостаза внутри и снаружи иммунной системы. Сбои в работе приводят к таким иммунологическим заболеваниям, как аутоиммунные заболевания, аллергии и иммунодефициты. Передача сигнала от TCR внутрь происходит с помощью участия большого количества посредников, таких как тирозиновые протеинкиназы Src, Csk, Syk и Tec семейств, адаптерные белки и эффекторные ферменты (рис. 3). Таким образом, весь каскад представляет сеть тирозинового фосфорилирования. Поскольку фосфорилирование в данной цепи зависит от баланса между PTK и PTP, любой сдвиг может значительно повлиять на активацию и пролиферацию Т-лимфоцитов (Mustelin, Tasken, 2003).

Рисунок 3 - Внутриклеточные сигнальные пути и киназы, вовлеченные в активацию Т-клеток (по Mustelin and Tasken, 2003, с изменениями). Активация через TCR и CD4 (или CD8 в случае цитотоксичных Т-клеток) высвобождает Lck от ингибирования Csk (красная), что приводит к фосфорилированию TCR и рекрутированию и активации тирозинкиназы ZAP-70, которая фосфорилирует LAT (linker activation of T cells). LAT затем связывается с фосфолипазой Cy1 (PLCy1), Grb2/Sos/Ras и Gads/SLP-76 (SH2-domain-containing leukocyte protein of 76 kDa)/VAV и активирует соответствующие нисходящие пути Ca2+/IP3, Ras/Raf/ERK и RhoA, приводящие к регуляции генов, пролиферации и реорганизации актина. Все это включает активацию важных семейств тирозин-киназ: Src (SFK) (Lck) и Syk (ZAP-70), а также освобождение от ингибирования тирозин-киназы Csk. Коактивация через взаимодействие B7 c CD28 включает Tec семейство PTK (Itk), в то время как активация через Toll-рецепторный путь (TLR4) или клеточный стресс активирует ядерный фактор kB (NFkB) и путь, включающий Ser/Thr киназу (IkB киназа). PTK обозначены курсивом красным или желтым цветом, чтобы указывать на ингибирующий или активирующий эффект соответственно. NFAT (nuclear factor of activated T cells), PIP2 (фосфатидил-инозитол-бисфосфат); PKC (протеинкиназа С); CREB (cAMP-response-element-binding protein), CBP (CREB-binding protein); DAG (диацилглицерол)

Ключевое событие в Т-клеточной активации антигеном связано с фосфорилированием остатков тирозина в ITAM мотиве (immunoreceptor tyrosine-based activation motif) CD3, которые находятся на Z-цепи. Это фосфорилирование осуществляют киназы семейства Src: Lck, Fyn и, возможно, c-Yes. Как именно соотносится распознавание антигена с фосфорилированием до конца не понятно. Есть предположения, что увеличивается локальная концентрация киназ и их субстратов вследствие олигомеризации рецепторов и объединения липидных рафтов (Ishiai et al., 2000; Janes et al., 2000; Viola, 2001), или соприкосновение Lck и TCR, опосредованного CD4 или CD8 (Haughn et al., 1992; Mustellin, Altman, 1989; Rudd et al., 1988; Veillette et al., 1988), или активное исключение Csk и PTP. Возможно, все эти события происходят одновременно.

In vitro, показано, что как Lck, так и Fyn могут фосфорилировать ITAM, однако с разной эффективностью. Fyn фосфорилирует один сайт с высокой аффинностью, тогда как Lck легко фосфорилирует четыре или пять сайтов (Mustelin, Taskén, 2003). Похоже, что Lck является киназой, в большей степени ответственной за фосфорилирование ITAM, тогда как Fyn может катализировать некоторое фосфорилирование ITAM в отсутствии Lck, но недостаточное, чтобы компенсировать ее отсутствие (al-Ramadi et al., 1996; Straus and Weiss, 1992). Есть предположение, что CD45 может быть вовлечена в дефосфорилирование Z-цепей (Furukawa, 1994).

Связывание комплекса MHC-II-пептид вызывает конформационные изменения молекулы TCR и связанной с ней молекулы корецептора CD4. Такие изменения активируют тирозинкиназы, Lck и Fyn. Однако для активации киназы Lck необходимо предварительное дефосфорилирование, убирающее ингибирующий фосфат с Tyr505. Данное дефосфорилирование происходит с помощью тирозинфосфатазы CD45. Возможно, что основной целью фосфорилирования ITAM является создание сайтов привлечения для связывания с SH2-доменом киназы ZAP-70 (и может быть Syk). Бифосфорилированный ITAM связывается с ZAP-70 с настолько высокой аффинностью, что другие SH2-содержащие сигнальные молекулы исключаются (Bu, Shaw, Chan, 1995; Isakov et

al., 1995). Активация ZAP-70 фосфорилированием приводит к последующему фосфорилированию и активации белков-платформ LAT (Zhang et al., 1998) и SPL-76 (Jackman et al., 1995). Следом начинается множество событий по тирозиновому фосфорилированию. Некоторые из этих событий уникальны для T-клеток или лимфоидных клеток, тогда как другие более или менее общие для активации любых клеток млекопитающих. Возрастающее фосфорилирование субстратов PTK приводит к активации многих сигнальных путей, морфологических и функциональных изменений, прогрессированию клеточного цикла и активации многочисленных генов (рис. 3). Основная сложность в изучении биологии Т-клеток заключается в том, чтобы сделать точный вывод о вкладе каждого сигнального белка в плейотропную Т-клеточную реакцию активации, а также в понимании пространственно-временных взаимоотношений между сигнальными молекулами и путями.

Интересно, что для активности киназ Lck и Fyn играет важную роль фосфорилирование по тирозинам 394 и 417, соответственно. Такого рода аутофосфорилирование приводит к тому, что снимается внутримолекулярный блок на связывание с субстратом, открывается «активационная» петля, и, таким образом, данные киназы могут превращаться в онкогенные (Abraham, Veillette, 1990). Однако благодаря тому, что быстро происходит дефосфорилирование, стехиометрия таких событий невысокая (Oetker et al., 1994).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Цой Татьяна Дмитриевна, 2018 год

6 Список литературы

1. Кротов Г.И., Крутикова М.П., Филатов А.В. Протеомная характеристика мультимолекулярных комплексов молекулы CD4 // Российский аллергологический журнал. - 2007. - V. 3. - № 1. - P. 25-26.

2. Ярилин А.А. Иммунология // ГЭОТАР-Медиа. - 2010. - P. 752.

3. Abraham N., Veillette A. Activation of p56Lck through mutation of a regulatory carboxy-terminal tyrosine residue requires intact sites of autophosphorylation and myristylation // Molecular and cellular biology. - 1990. - V. 10. - № 10. - P. 51975206.

4. Ahmad K.A., Wang G., Unger G., Slaton J., Ahmed K. Protein kinase CK2 - a key suppressor of apoptosis // Advances in Enzyme Regulation. - 2008. - V. 48. - P. 179-187.

5. Al-Ramadi B.K., Nakamura T., Leitenberg D., Bothwell A.L.M. Deficient expression of p56(lck) in Th2 cells leads to partial TCR signaling and a dysregulation in lymphokine mRNA levels. // The Journal of Immunology. - 1996. - V. 157. - P. 4751-4761.

6. Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. Molecular Biology of The Cell // Garland Science. - 2008. - P. 1268.

7. Altin J.G., Sloan E.K. The role of CD45 and CD45-associated molecules in T cell activation // Immunology. - Cell Biology. - 1997. - V. 75. - P. 430-445.

8. Ampofo E., Kietzmann T., Zimmer A., Jakupovic M., Montemarh M., Gotz C. Phosphorylation of the von Hippel-Lindau protein (VHL) by protein kinase CK2 reduces its protein stability and affects p53 and HIF-1a mediated transcription // The International Journal of Biochemistry & Cell Bilology. - 2010. - V. 42. - P. 1729-1735.

9. Ampofo E., Sokolowsky T., Gotz C., Montenarh M. Functional interaction of protein kinase CK2 and activating transcription factor 4 (ATF4), a key player in the cellular stress response // Biochimica et Biophysica Acta. - 2013. - V. 1833. -P. 439-451.

10.Appleby M.W., Gross J.A., Cooke M.P., Levin S.D., Qian X., Perlmutter R.M.

Defective T cell receptor signaling in mice lacking the thymic isoform of p59Fyn // Cell. - 1992. - V. 70. - P. 751-763.

11.Ardito F., Giuliani M., Perrone D., Troiano G., Muzio L. Lo. The crucial role of protein phosphorylation in cell signaling and its use as targeted therapy // International Journal of Molecular Medicine. - 2017. - V. 40. - P. 271-280.

12.Arena S., Benvenuti S., Bardelli A. Genetic analysis of the kinome and phosphatome in cancer // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2005. - V. 62. -P. 2092-2099.

13.Balius T.E., Rizzo R.C. Quantitative prediction of fold resistance for inhibitors of EGFR // Biochemistry. - 2009. - V. 48. - P. 8435-8448.

14.Barford D., Jia Z., Tonks N.K. Protein tyrosine phosphatases take off // Nature Structural Biology. - 1995. - V. 2. - № 12. - P. 1043-1053.

15.Bidwai A.P., Reed J.C., Glovert C.V.C. Cloning and disruption of CKB1, the gene encoding the 38-kDa P-subunit of Saccharomyces cerevisiae casein kinase II (CKII) // Journal of Biological Chemistry. - 1995. - V. 270. - № 18. - P. 1039510404.

16.Blom N., Gammeltoft S., Brunak S. Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites // Journal of Molecular Biology. - 1999. -V. 294. - P. 1351-1362.

17.Brdika T., Pavlistova D., Leo A., Bruyns E., Korinek V., Angelisova P., Scherer J., Shevchenko A., Shevchenko A., Hilgert I., Cerny J., Drbal K., Kuramitsu Y., Kornacker B., Horejsi V., Schraven B. Phosphoprotein associated with glycosphingolipid-enriched microdomains (PAG), a novel ubiquitously expressed transmembrane adaptor protein, binds the protein tyrosine kinase Csk and is involved in regulation of T cell activation // The Journal of Experimental Medicine. - 2000. - V. 191. - № 9. - P. 1591-1604.

18.Bruyns E., Mincheva A., Bruyns R.M., Kirchgessner H., Weitz S., Lichter P., Meuer S., Schraven B. Sequence, genomic organization, and chromosomal localization of the human LPAP (PTPRCAP) and mouse CD45-AP/LSM-1 genes. // Genomics. - 1996. - V. 38. - P. 79-83.

19.Bruyns E., Kirchgessner H., Meuer S., Schraven B. Biochemical analysis of the CD45-p56(lck) complex in Jurkat T cells lacking expression of lymphocyte phosphatase-associated phosphoprotein // International Immunology. - 1998. - V. 10. - № 2. - P. 185-194.

20.Bu J.-Y., Shaw A.S., Chan A.C. Analysis of the interaction of ZAP-70 and Syk protein-tyrosine kinases with the T-cell antigen receptor by plasmon resonance // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1995. - V. 92. - № 11. - P. 5106-5110.

21.Buchou T., Vernet M., Blond O., Jensen H.H., Pointu H., Olsen B.B., Cochet C., Issinger O.-G., Boldyreff B. Disruption of the regulatory ß-subunit of protein kinase CK2 in mice leads to a cell-autonomous defect and early embryonic lethality // Molecular and cellular biology. - 2003. - V. 23. - № 3. - P. 908-915.

22.Byth K.F., Conroy L.A., Howlett S., Smith A.J.H., May J., Alexander D.R., Holmes N. CD45-null transgenic mice reveal a positive regulatory role for CD45 in early thymocyte development, in the selection of CD4+CD8 + thymocytes, and in B-cell maturation // The Journal of Experimental Medicine. - 1996. - V. 183. -P. 1707-1718.

23.Carrascal M., Ovelleiro D., Casas V., Gay M., Abian J. Phosphorylation analysis of primary human T lymphocytes using sequential IMAC and titanium oxide enrichment // Journal of Proteome Research. - 2008. - V. 7. - P. 5167-5176.

24.Case N., Thomas J., Sen B., Styner M., Xie Z., Galior K., Rubin J. Mechanical regulation of glycogen synthase kinase 3ß (GSK3ß) in mesenchymal stem cells is dependent on Akt protein serine 473 phosphorylation via mTORC2 protein // The Journal of biological chemistry. - 2011. - V. 286. - № 45. - P. 39450-39456.

25.Channavajhala P., Seldin D.C. Functional interaction of protein kinase CK2 and c-Myc in lymphomagenesis // Oncogene. - 2002. - V. 21. - P. 5280-5288.

26.Choudhary C., Olsen J. V., Brandts C., Cox J., Reddy P.N.G., Böhmer F.D., Gerke V., Schmidt-Arras D.E., Berdel W.E., Müller-Tidow C., Mann M., Serve H. Mislocalized activation of oncogenic RTKs switches downstream signaling outcomes // Molecular Cell. - 2009. - V. 36. - P. 326-339.

27.Clark E.A., Ledbetter J.A. Leukocyte cell surface enzymology: CD45 (LCA, T200) is a protein tyrosine phosphatase // Immunology Today. - 1989. - V. 10. - № 7. - P. 225-228.

28.Cole P.A., Shen K., Qiao Y., Wang D. Protein tyrosine kinases Src and Csk: a tail's tale // Current Opinion in Chemical Biology. - 2003. - V. 7. - P. 580-585.

29.Coletta A., Pinney J.W., Solis D.Y.W., Marsh J., Pettifer S.R., Attwood T.K. Low-complexity regions within protein sequences have position-dependent roles // BMC Systems Biology. - 2010. - V. 4. - № 43. - P. 1-13.

30.Cooke M.P., Abraham K.M., Forbush K.A., Perimutter R.M. Regulation of T cell receptor signaling by a Src family protein-tyrosine kinase (p59Fyn) // Cell. - 1991. - V. 65. - P. 281-291.

31.Coughlin S., Noviski M., Mueller J.L., Chuwonpad A., Raschke W.C., Weiss A., Zikherman J. An extracatalytic function of CD45 in B cells is mediated by CD22 // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - V. 112. - № 47. - P. E6515-E6524.

32.Dancey J.E. Therapeutic targets: MTOR and related pathways // Cancer Biology & Therapy. - 2006. - V. 5. - № 9. - P. 1065-1073.

33.Daub H., Specht K., Ullrich A. Strategies to overcome resistance to targeted protein kinase inhibitors // Nature Reviews Drug Discovery. - 2004. - V. 3. - P. 1001-1010.

34.Denis M.G., Vallee A., Theoleyre S. EGFR T790M resistance mutation in non small-cell lung carcinoma // Clinica Chimica Acta. - 2015. - V. 444. - P. 81-85.

35.Desagher S., Osen-Sand A., Montessuit S., Magnenat E., Vilbois F., Antonsson B., Martinou J.-C. Phosphorylation of Bid by casein kinases I and II regulates its cleavage by caspase 8 // Molecular Cell. - 2001. - V. 8. - P. 601-611.

36.Desmond M.E., Schoenwolf G.C. Evaluation of the roles of intrinsic and extrinsic factors in occlusion of the spinal neurocoel during rapid brain enlargement in the chick embryo // Journal of embryology and experimental morphology. - 1986. - V. 97. - P. 25-46.

37.Ding I., Bruyns E., Li P., Magada D., Paskind M., Rodman L., Sashadri T., Alexander D., Giese T., Schraven B. Biochemical and functional analysis of mice

deficient in expression of the CD45-associated phosphoprotein LPAP // European Journal of Immunology. - 1999. - V. 29. - P. 3956-3961.

38.Dixit A., Verkhivker G.M. Hierarchical modeling of activation mechanisms in the ABL and EGFR kinase domains: thermodynamic and mechanistic catalysts of kinase activation by cancer mutations // PLOS Computational Biology. - 2009. -V. 5. - № 8. - P. 1-22.

39.Dominguez I., Sonenshein G.E., Seldin D.C. CK2 and its role in Wnt and NF-kB signaling: linking development and cancer // Cellular and Molecular Life Sciences.

- 2009. - V. 66. - P. 1850-1857.

40.Fekry M.I., Tipton P.A., Gates K.S. Kinetic consequences of replacing the internucleotide phosphorus atoms in DNA with arsenic // ACS Chemical Biology.

- 2011. - V. 6. - P. 127-130.

41.Feng X., Becker K.P., Srtibling S.D., Peters K.G., Hannun Y.A. Regulation of receptor-mediated protein kinase C membrane trafficking by autophosphorylation // The Journal of biological chemistry. - 2000. - V. 275. - P. 17024-17034.

42.Ferrer I., Carmona M., Puig B., Domínguez I., Viñals F. Active, phosphorylation-dependent MAP kinases, MAPK/ERK, SAPK/JNK and p38, and specific transcription factor substrates are differentially expressed following systemic administration of kainic acid to the adult rat // Acta Neuropathology. - 2002. - V. 103. - P. 391-407.

43.Filatov A., Kruglova N., Meshkova T., Mazurov D. Lymphocyte phosphatase-associated phosphoprotein proteoforms analyzed using monoclonal antibodies // Clinical & Translational Immunology. - 2015. - V. 4. - P. 1-10.

44.Franchin C., Borgo C., Zaramella S., Cesaro L., Arrigoni G., Salvi M., Pinna L.A. Exploring the CK2 paradox: restless, dangerous, dispensable // Pharmaceuticals. -2017. - V. 10. - № 11. - P. 1-8.

45.Fukami Y., Lipmann F. Reversal of Rous sarcoma-specific immunoglobulin phosphorylation on tyrosine (ADP as phosphate acceptor) catalyzed by the src gene kinase // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1983. - V. 80. - P. 1872-1876.

46.Furukawa T. Specific Interaction of the CD45 Protein-Tyrosine Phosphatase with Tyrosine-Phosphorylated CD3 Chain // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1994. - V. 91. - P. 10928-10932.

47.Guerra B., Siemer S., Boldyreff B., Issinger O.G. Protein kinase CK2: evidence for a protein kinase CK2p subunit fraction, devoid of the catalytic CK2a subunit, in mouse brain and testicles // FEBS Letters. - 1999. - V. 462. - P. 353-357.

48.Guerra B., Issinger O.-G. Protein kinase CK2 in human diseases. // Current medicinal chemistry. - 2008. - V. 15. - P. 1870-1886.

49.Gunawardena J. Multisite protein phosphorylation makes a good threshold but can be a poor switch // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2005. - V. 102. - № 41. - P. 14617-14622.

50.Hainaut P., Plymoth A. Targeting the hallmarks of cancer: towards a rational approach to next-generation cancer therapy // Current Opinion. - 2013. - V. 25. -№ 1. - P. 2.

51.Han G., Ye M., Liu H., Song C., Sun D., Wu Y., Jiang X., Chen R., Wang C., Wang L., Zou H. Phosphoproteome analysis of human liver tissue by long-gradient nanoflow LC coupled with multiple stage MS analysis // Electrophoresis. - 2010. -V. 31. - P. 1080-1089.

52.Hanahan D., Weinberg R.A. Hallmarks of cancer: the next generation // Cell. -2011. - V. 144. - P. 646-674.

53.Harita Y., Kurihara H., Kosako H., Tezuka T., Sekine T., Igarashi T., Hattori S. Neph1, a component of the kidney slit diaphragm, is tyrosine-phosphorylated by the Src family tyrosine kinase and modulates intracellular signaling by binding to Grb2 // The Journal of biological chemistry. - 2008. - V. 283. - № 14. - P. 91779186.

54.Harsha H.C., Pandey A. Phosphoproteomics in cancer // Molecular oncology. -2010. - V. 4. - P. 482-495.

55.Haughn L., Gratton S., Caron L., Sekaly R.P., Veillette A., Julius M. Association of tyrosine kinase p56Lck with CD4 inhibits the induction of growth through the ap T-cell receptor. // Nature. - 1992. - V. 358. - P. 328-331.

56.Heinrich R., Neel B.G., Rapoport T.A. Mathematical models of protein kinase signal transduction // Molecular Cell. - 2002. - V. 9. - P. 957-970.

57.Hudson C.C., Liu M., Chiang G.G., Otterness D.M., Loomis D.C., Kaper F., Giaccia A.J., Abraham R.T. Regulation of hypoxia-inducible factor 1a expression and function by the mammalian target of rapamycin // Molecular and cellular biology. - 2002. - V. 22. - № 20. - P. 7004-4014.

58.Hunter T. The age of crosstalk: phosphorylation, ubiquitination, and beyond // Molecular Cell. - 2007. - V. 28. - P. 730-738.

59.Hunter T. Why nature chose phosphate to modify proteins // Philosophical transaction of the royal society B. - 2012. - V. 367. - P. 2513-2516.

60.Huse M., Eck M.J., Harrison S.C. A Zn2+ ion links the cytoplasmic tail of CD4 and the N-terminal region of Lck // The Journal of biological chemistry. - 1998. -V. 273. - № 30. - P. 18729-18733.

61.Iivanainen A. V., Lindqvist C., Mustelin T., Andersson L.C. Phosphotyrosine phosphatases are involved in reversion of T lymphoblastic proliferation // European Journal of Immunology. - 1990. - V. 20. - P. 2509-2512.

62.Iliuk A.B., Martin V.A., Alicie B.M., Geahlen R.L., Tao W.A. In-depth analyses of kinase-dependent tyrosine phosphoproteomes based on metal ion-functionalized soluble nanopolymers // Molecular and cellular proteomics. - 2010. - V. 9. - P. 2162-2172.

63.Isakov N., Wange R.L., Burgess W.H., Watts J.D., Aebersold R., Samelson L.E. ZAP-70 binding specificity to T cell receptor tyrosine-based activation motifs: the tandem SH2 domains of ZAP-70 bind distinct tyrosine-based activation motifs with varying affinity // The Journal of Experimental Medicine. - 1995. - V. 181. -P. 375-380.

64.Ishiai M., Kurosaki M., Inabe K., Chan A.C., Sugamura K., Kurosaki T. Involvement of LAT, Gads, and Grb2 in compartmentation of SLP-76 to the plasma membrane // The Journal of Experimental Medicine. - 2000. - V. 192. - № 6. - P. 847-856.

65.Jackman J.K., Motto D.G., Sun Q., Tanemoto M., Turck C.W., Peltz G.A.,

Koretzky G.A., Findell P.R. Molecular cloning of SLP-76, a 76-kDa tyrosine phosphoprotein associated with Grb2 in T cells // Journal of Biological Chemistry.

- 1995. - V. 270. - № 13. - P. 7029-7032.

66.Janes P.W., Ley S.C., Magee a I., Kabouridis P.S. The role of lipid rafts in T cell antigen receptor (TCR) signalling. // Immunology. - 2000. - V. 12. - P. 23-34.

67.Jin J., Pawson T. Modular evolution of phosphorylation-based signalling systems // Philosophical transaction of the royal society B. - 2012. - V. 367. - P. 2540-2555.

68.Ju H., Lim B., Kim M., Kim Y.S., Kim W.H., Ihm C., Noh S.-M., Han D.S., Yu H.-J., Choi B.Y., Kang C. A regulatory polymorphism at position - 309 in PTPRCAP is associated with susceptibility to diffuse-type gastric cancer and gene expression // Neoplasia. - 2009. - V. 11. - № 12. - P. 1340-1347.

69.Kishihara K., Penninger J., Wallace V.A., Kündig T.M., Kawal K., Wakeham A., Timms E., Pfeffer K., Ohashi P.S., Thomas M.L., Furlonger C., Paige C.J., Mak T.W. Normal B-lymphocyte development but impaired T cell maturation in CD45-Exon6 protein tyrosine phosphatase-deficient mice // Cell. - 1993. - V. 74. - P. 143156.

70.Kitamura K., Maiti A., Ng D.H., Johnson P., Maizel A.L., Takeda A. Characterization of the interaction between CD45 and CD45-AP // The Journal of biological chemistry. - 1995. - V. 270. - № 36. - P. 21151-21157.

71.Kitamura K., Matsuda A., Motoya S., Takeda A. CD45-associated protein is a lymphocyte-specific membrane protein expressed in two distinct forms // European Journal of Immunology. - 1997. - V. 27. - P. 383-388.

72.Kleiman E., Salyakina D., Heusch M. De, Hoek K.L., Llanes J.M., Castro I., Wright J.A., Clark E.S., Dykxhoorn D.M., Capobianco E., Takeda A., Renauld J.-C., Khan W.N. Distinct transcriptomic features are associated with transitional and mature B-cell populations in the mouse spleen // Frontiers in Immunology. - 2015.

- V. 6. - P. 1-19.

73.Kole H.K., Abdel-Ghany M., Racker E. Specific dephosphorylation of phosphoproteins by protein-serine and -tyrosine kinases // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1988. - V. 85. - P. 5849-5853.

74.Koretzky G.A., Picus J., Thomas M.L., Weiss A. Tyrosine phosphatase CD45 is essential for coupling T-cell antigen receptor to the phosphatidyl inositol pathway // Nature. - 1990. - V. 346. - P. 66-68.

75.Koretzky G.A., Picus J., Schultz T., Weiss A. Tyrosine phosphatase CD45 is required for T-cell antigen receptor and CD2-mediated activation of a protein tyrosine kinase and interleukin 2 production // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1991. - V. 88. - № 6. - P. 2037-2041.

76.Krippner-Heidenreich A., Talanian R. V., Sekul R., Kraft R., Thole H., Ottleben H., Luscher B. Targeting of the transcription factor Max during apoptosis: phosphorylation-regulated cleavage by caspase-5 at an unusual glutamic acid residue in position P1. // Biochemical Journal. - 2001. - V. 358. - P. 705-715.

77.Kuenzel E.A., Mulligan J.A., Sommercorn J., Krebs E.G. Substrate specificity determinants for casein kinase II as deduced from studies with synthetic peptides. // Journal of Biological Chemistry. - 1987. - V. 262. - № 19. - P. 9136-9140.

78.Kung C., Okumura M., Seavitt J.R., Noll M.E., White L.S., Pingel J.T., Thomas M.L. CD45-associated protein is not essential for the regulation of antigen receptor-mediated signal transduction // Europian Journal of Immunology. - 1999. - V. 29. - P. 3951-3955.

79.Landry C.R., Levy E.D., Michnick S.W. Weak functional constraints on phosphoproteomes // Trends in Genetic. - 2009. - V. 25. - № 5. - P. 193-197.

80.Lee C.-H., Syu S.-H., Liu K.-J., Chu P.-Y., Yang W.-C., Lin P., Shieh W.-Y. Interleukin-1 beta transactivates epidermal growth factor receptor via the CXCL1-CXCR2 axis in oral cancer // Oncotarget. - 2015. - V. 6. - № 36. - P. 38866-38880.

81.Leitenberg D., Falahiti R., Lu D.D., Takeda A. CD45-associated protein promotes the response of primary CD4 T cells to low-potency T-cell receptor (TCR) stimulation and facilitates CD45 association with CD3/TCR and Lck // Immunology. - 2007. - V. 121. - P. 545-554.

82.Levy E.D., Michnick S.W., Landry C.R. Protein abundance is key to distinguish promiscuous from functional phosphorylation based on evolutionary information // Philosophical transaction of the royal society B. - 2012. - V. 367. - P. 2594-2606.

83.Li X., Wilmanns M., Thornton J., Kohn M. Elucidating human phosphatase-substrate networks // Science Signaling. - 2013. - V. 6. - № 275. - P. 1-15.

84.Lienhard G.E. Non-functional phosphorylations? // Trends in Biochemical Sciences. - 2008. - V. 33. - № 8. - P. 351-352.

85.Liu Z., Wang Y., Xue Y. Phosphoproteomics-based network medicine // FEBS Journal. - 2013. - V. 280. - P. 5696-5704.

86.Ludwig L.A., Weinstein J.N. Biomarkers in cancer staging, prognosis and treatment selection // Nature Reviews Cancer. - 2005. - V. 5. - P. 845-856.

87.Maira G. Di, Salvi M., Arrigoni G., Marin O., Sarno S., Brustolon F., Pinna L.A., Ruzzene M. Protein kinase CK2 phosphorylates and upregulates Akt/PKB // Cell Death & Differentiation. - 2005. - V. 12. - P. 668-677.

88.Mandell D.J., Chorny I., Groban E.S., Wong S.E., Levine E., Rapp C.S., Jacobson M.P. Strengths of hydrogen bonds involving phosphorylated amino acid side chains // Journal of the American Chemical Society. - 2007. - V. 129. - P. 820-827.

89. Manes N.P., Dong L., Zhou W., Du X., Reghu N., Kool A.C., Choi D., Bailey C.L., Petricoin E.F.I., Liotta L.A., Popov S.G. Discovery of mouse spleen signaling responses to anthrax using label-free quantitative phosphoproteomics via mass spectrometry // Molecular and cellular proteomics. - 2011. - V. 10. - № 3. - P. 111.

90.Marin O., Bustos V.H., Cesaro L., Meggio F., Pagano M.A., Antonelli M., Allende C.C., Pinna L.A., Allende J.E. A noncanonical sequence phosphorylated by casein kinase 1 in p-catenin may play a role in casein kinase 1 targeting of important signaling proteins // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2003. - V. 100. - № 18. - P. 10193-10200.

91.Matsuda A., Motoya S., Kimura S., McInnis R., Maizel A.L., Takeda A. Disruption of lymphocyte function and signaling in CD45-associated protein-null mice // The Journal of Experimental Medicine. - 1998. - V. 187. - № 11. - P. 1863-1870.

92.Mayya V., Lundgren D.H., Hwang S.-I., Rezaul K., Wu L., Eng J.K., Rodionov V., Han D.K. Quantitative phosphoproteomic analysis of T cell receptor signaling reveals system-wide modulation of protein-protein interactions // Science

Signalling. - 2009. - V. 2. - № 84. - P. 1-16.

93.McCance K.L., Huether S.E. Pathophysiology: The Biologic Basis for Disease in Adults and Children // 1994. - P. 1577.

94.McFarland E.D.C., Thomas M.L. CD45 protein-tyrosine phosphatase associates with the WW domain-containing protein, CD45AP, through the transmembrane region // The Journal of biological chemistry. - 1995. - V. 270. - № 47. - P. 2810328107.

95.Mertins P., Qiao J.W., Patel J., Udeshi N.D., Clauser K.R., Mani D.R., Burgess M.W., Gillette M.A., Jaffe J.D., Carr S.A. Integrated proteomic analysis of post-translational modifications by serial enrichment // Nature Methods. - 2013. - P. 17.

96.Mertins P. et al. Ischemia in tumors induces early and sustained phosphorylation changes in stress kinase pathways but does not affect global protein levels // Molecular & Cellular Proteomics. - 2014. - V. 13. - № 7. - P. 1690-1704.

97.Miller L. et al. Linear motif atlas for phosphorylation-dependent signaling // Science Signaling. - 2008. - V. 1. - № 35. - P. 1-11.

98.Motoya S., Kitamura K., Matsuda A., Maizel A.L., Yamamoto H., Takeda A. Interaction between CD45-AP and protein-tyrosine kinases involved in T cell receptor signaling // The Journal of biological chemistry. - 1999. - V. 274. - № 3. -P. 1407-1414.

99.Murray B.W., Miller N. Durability of kinase-directed therapies - a network perspective on response and resistance // Molecular Cancer Therapeutics. - 2015. -V. 14. - № 9. - P. 1975-1984.

100. Mustelin T., Burn P. Regulation of src family tyrosine kinases in lymphocytes // Trends in Biochemical Science. - 1993. - V. 18. - P. 215-220.

101. Mustelin T., Tasken K. Positive and negative regulation of T-cell activation through kinases and phosphatases. // Biochemical Journal. - 2003. - V. 371. - P. 15-27.

102. Mustellin T., Altman A. Do CD4 and CD8 control T-cell activation via a specific tyrosine protein kinase? // Immunology Today. - 1989. - V. 10. - № 6. - P.

189-192.

103. Niederst M.J., Engelman J.A. Bypass mechanisms of resistance to receptor tyrosine kinase inhibition in lung cancer // Science Signaling. - 2013. - V. 6. - № 294. - P. 1-6.

104. Nishi H., Hashimoto K., Panchenko A.R. Phosphorylation in protein-protein binding: effect on stability and function // Structure. - 2011. - V. 19. - P. 18071815.

105. Nishi H., Shaytan A., Panchenko A.R. Physicochemical mechanisms of protein regulation by phosphorylation // Frontiers in Genetics. - 2014. - V. 5. - P. 1-11.

106. Nittyla T., Comparot-Moss S., Lue W.-L., Messerli G., Trevisan M., Seymour M.D.J., Gatehouse J.A., Villadsen D., Smith S.M., Chen J., Zeeman S.C., Smith A.M. Similar protein phosphatases control starch metabolism in plants and glycogen metabolism in mammals // The Journal of biological chemistry. - 2006. -V. 281. - № 17. - P. 11815-11818.

107. O Shea J.J., McVicar D.W., Bailey T.L., Burns C., Smyth M.J. Activation of human peripheral blood T-lymphocytes by pharmacological induction of protein-tyrosine phosphorylation // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1992. - V. 89. - № 21. - P. 10306-10310.

108. Oetker C., Willebrand M. Von, Marie-Cardine A., Pessa-Morikawa T., Stahls A., Fisher S., Mustelin T. Induction of hyperphosphorylationa and activation of the p56Lck protein tyrosine kinase by phenylarsine oxide, a phosphotyrosine phosphatase inhibitor // Molecular Immunology. - 1994. - V. 31. - № 17. - P. 12951302.

109. Ostergaard H.L., Shackelford D.A., Hurleyt T.R., Johnson P., Hyman R., Seftont B.M., Trowbridge I.S. Expression of CD45 alters phosphorylation of the Ick-encoded tyrosine protein kinase in murine lymphoma T-cell lines (L-CA/T200/p56kk/phosphotyrosine phosphatase/lymphocyte growth regulation) // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1989. - V. 86. - P. 8959-8963.

110. Padmanabha R., Chen-Wu J.L.-P., Hanna D.E., Glover C.V.C. Isolation,

sequencing, and disruption of the yeast CKA2 gene: casein kinase II is essential for viability in Saccharomyces cerevisiae // Molecular and cellular biology. - 1990. - V. 10. - № 8. - P. 4089-4099.

111. Pagano M.A., Andrzejewska M., Ruzzene M., Sarno S., Cesaro L., Bain J., Elliott M., Meggio F., Kazimierczuk Z., Pinna L.A. Optimization of protein kinase CK2 inhibitors derived from 4,5,6,7-tetrabromobenzimidazole // Journal of Medicinal Chemistry. - 2004. - V. 47. - P. 6239-6247.

112. Pierre F. Discovery and SAR of 5-(3-Chlorophenylamino)benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid (CX-4945), the first clinical stage inhibitor of protein kinase CK2 for the treatment of cancer // Journal of Medicinal Chemistry. - 2011. - V. 54. - P. 635-654.

113. Pingel J.T., Thomas M.L. Evidence that the leukocyte-common antigen is required for antigen-induced T lymphocyte proliferation // Cell. 1989. T. 58. C. 1055-1065.

114. Pinna L.A.. Protein kinase CK2: a challenge to canons // Journal of Cell Science. - 2002. - V. 115. - P. 3873-3878.

115. Rosen O.M., Erlichman J. Reversible autophosphorylation of a cyclic 3':5'-AMP-dependent protein kinase from bovine cardiac muscle // The Journal of biological chemistry. - 1975. - V. 250. - № 19. - P. 7788-7794.

116. Roskoski R.J. ERK1/2 MAP kinases: structure, function, and regulation // Pharmacological Research. - 2012. - V. 66. - P. 105-143.

117. Rudd C.E., Trevillyan J.M., Dasgupta J.D., Wong L.L., Schlossman S.F. The CD4 receptor is complexed in detergent lysates to a protein-tyrosine kinase (pp58) from human T-lyphocytes // Proceedings of the National Academy of Sciences. -1988. - V. 85. - № 14. - P. 5190-5194.

118. Ruzzene M., Penzo D., Pinna L.A. Protein kinase CK2 inhibitor 4,5,6,7-tetrabromobenzotriazole (TBB) induces apoptosis and caspase-dependent degradation of haematopoietic lineage cell-specific protein 1 (HS1) in Jurkat cells. // Biochemical Journal. - 2002. - V. 364. - P. 41-47.

119. Sacco F., Perfetto L., Castagnoli L., Cesareni G. The human phosphatase

interactome: an intricate family portrait // FEBS Letters. - 2012. - V. 586. - P. 27322739.

120. Sarno S., Vaglio P., Marin O., Issinger O.-G., Ruffato K., Pinna L.A. Mutational analysis of residues implicated in the interaction between protein kinase CK2 and peptide substrates // Biochemistry. - 1997. - V. 36. - P. 11717-11724.

121. Sawyers C.L. Shifting paradigms: the seeds of oncogene addiction // Nature Medicine. - 2009. - V. 15. - № 10. - P. 1158-1161.

122. Scaglioni P.P., Yung T.M., Cai L.F., Erdjument-Bromage H., Kaufman A.J., Singh B., Teruya-Feldstien J., Tempst P., Pandolfi P.P. A CK2-dependent mechanism for degradation of the PML tumor suppressor // Cell. - 2006. - V. 126. - P. 269-283.

123. Schraven B., Kirchgessner H., Gaber B., Samstag Y., Meuer S. A functional complex is formed in human T-lymphocytes between the protein tyrosine phosphatase CD45, the protein tyrosine kinase p56Lck and pp32, a possible common substrate // European Journal of Immunology. - 1991. - V. 21. - P. 24692477.

124. Schraven B., Schoenhaut D., Bruyns E., Koretzky G., Eckerskorn C., Wallich R., Kirchgessner H., Sakorafas P., Labkovsky B., Ratnofsky S., Meuer S. LPAP, a novel 32-kDa phosphoprotein that interacts with CD45 in human lymphocytes // Journal of Biological Chemistry. - 1994. - V. 269. - № 46. - P. 29102-29111.

125. Schwartz D., Gygi S.P. An iterative statistical approach to the identification of protein phosphorylation motifs from large-scale data sets // Nature Biotechnology. - 2005. - V. 23. - № 11. - P. 1391-1398.

126. Schwartz P.A., Murray B.W. Protein kinase biochemistry and drug discovery // Bioorganic Chemistry. - 2011. - V. 39. - P. 192-210.

127. Schwartzbach S.D., Skalli O., Schikorski T. High-resolution imaging of cellular proteins: methods and protocols // Humana Press. - 2016. - P. 381.

128. Schweighoffer E., Tybulewicz V.L. Signalling for B cell survival // Current Opinion in Cell Biology. - 2018. - V. 51. - P. 8-14.

129. Seldin D.C., Landesman-Bollag E., Farago M., Currier N., Lou D., Dominguez I. CK2 as a positive regulator of Wnt signalling and tumourigenesis // Molecular and cellular biochemistry. - 2005. - V. 274. - P. 63-67.

130. Shi Y. Serine/threonine phosphatases: mechanism through structure // Cell.

- 2009. - V. 139. - P. 468-484.

131. Shimizu Y., Sugiyama H., Fujii Y., Sasaki K., Inoue K., Ogawa H., Tamaki H., Miyake S., Oji Y., Soma T., Yamagami T., Hirata M., Ikeda K., Monden T., Kishimoto T. Lineage- and differentiation stage-specific expression of LSM-1 (LPAP), a possible substrate for CD45, in human hematopoietic cells // American Journal of Hematology. - 1997. - V. 54. - P. 1-11.

132. Slamon D.J., Clark G.M., Wong S.G., Levin W.J., Ullrich A., McGuire W.L. Human breast cancer: correlation of relapse and survival with amplification of the HER-2/neu oncogene // Science. - 1987. - V. 235. - P. 177-182.

133. Solit D.B., Garraway L.A., Pratilas C.A., Sawai A., Getz G., Basso A., Ye Q., Lobo J.M., She Y., Osman I., Golub T.R., Sebolt-Leopold J., Sellers W.R., Rosen N. BRAF mutation predicts sensitivity to MEK inhibition // Nature. - 2006.

- V. 439. - P. 358-362.

134. Straus D.B., Weiss A. Genetic evidence for the involvement of the lck tyrosine kinase in signal transduction through the T cell antigen receptor // Cell. -1992. - V. 70. - P. 585-593.

135. Streuli M., Hall L.R., Saga Y., Schlossman S.F., Saito H. Differential usage of three exons generates at least five different rnRNAs encoding human leukocyte common antigens // Journal of Experimental Medicine. - 1987. - V. 166. - P. 15481566.

136. Takai S., Kozak C.A., Kitamura K., Takeda A. Assignment of the CD45-AP gene to the Centromeric end of mouse chromosome 19 and human chromosome 11q13.1-q13.3 // Genomics. - 1996. - V. 38. - P. 429-431.

137. Takeda A., Maizel A.L., Kitamura K., Ohta T., Kimura S. Molecular cloning of the CD45-associated 30-kDa protein // Journal of Biological Chemistry. - 1994.

- V. 269. - № 4. - P. 2357-2360.

138. Takeda A., Matsuda A., Paul R.M., Yaseen N.R. CD45-associated protein inhibits CD45 dimerization and up-regulates its protein tyrosine phosphatase activity // Blood. - 2004. - V. 103. - № 9. - P. 3440-3447.

139. Takeda A., Wu J.J., Maizel A.L. Evidence for monomeric and dimeric forms of CD45 associated with a 30-kDa phosphorylated protein // The Journal of biological chemistry. - 1992. - V. 267. - № 23. - P. 16651-16659.

140. Thomas G. V., Tran C., Mellinghoff I.K., Welsbie D.S., Chan E., Fueger B., Czernin J., Sawyers C.L. Hypoxia-inducible factor determines sensitivity to inhibitors of mTOR in kidney cancer // Nature Medicine. - 2006. - V. 12. - № 1. -P. 122-127.

141. Thomas M.L. The leukocyte common antigen family // Annual Review of Immunology. - 1989. - V. 7. - P. 339-369.

142. Thomas M.L., Lefranfois L. Differential expression of the leucocyte-common antigen family // Immunology Today. - 1988. - V. 9. - № 10. - P. 320326.

143. Tonks N.K. Protein tyrosine phosphatases: From genes, to function, to disease // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2006. - V. 7. - P. 833-846.

144. Trowbridge I.S., Thomas M.L. CD45: an emerging role as a protein tyrosine phosphatase required for lymphocyte activation and development // Annual Review of Immunology. - 1994. - V. 12. - P. 85-116.

145. Ubersax J.A., Ferrell J.E. Mechanisms of specificity in protein phosphorylation // Nature Reviews Mollecular Cell Biology. - 2007. - V. 8. - P. 530-541.

146. Ulges A. et al. Protein kinase CK2 enables regulatory T cells to suppress excessive TH2 responses in vivo // Nature Immunology. - 2014. - P. 1-12.

147. Varedi M.K.S., Ventura A.C., Merajver S.D., Lin X.N. Multisite phosphorylation provides an effective and flexible mechanism for switch-like protein degradation // PLoS One. - 2010. - V. 5. - № 12. - P. 1-18.

148. Vazquez F., Grossman S.R., Takahashi Y., Rokas M. V., Nakamura N., Sellers W.R. Phosphorylation of the PTEN tail acts as an inhibitory switch by

preventing its recruitment into a protein complex // The Journal of biological chemistry. - 2001. - V. 276. - № 52. - P. 48627-48630.

149. Veillette A., Bookman M.A., Horak E.M., Bolen J.B. The CD4 and CD8 T cell surface antigens are associated with the internal membrane tyrosine-protein kinase p56lck // Cell. - 1988. - V. 55. - P. 301-308.

150. Veillette A., Soussou D., Latour S., Davidson D., Gervais F.G. Interactions of CD45-associated protein with the antigen receptor signaling machinery in T-lymphocytes // The Journal of biological chemistry. - 1999. - V. 274. - № 20. - P. 14392-14399.

151. Viola A. The amplification of TCR signaling by dynamic membrane microdomains // Trends in Immunology. - 2001. - V. 22. - № 6. - P. 322-327.

152. Virshup D.M., Shenolikar S. From promiscuity to precision: protein phosphatases get a makeover // Molecular Cell. - 2009. - V. 33. - P. 537-545.

153. Walter J., Schindzielorz A., Grünberg J., Haass C. Phosphorylation of presenilin-2 regulates its cleavage by caspases and retards progression of apoptosis // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1999. - V. 96. - P. 13911396.

154. Wang Y., Johnson P. Expression of CD45 lacking the catalytic protein tyrosine phosphatase domain modulates Lck phosphorylation and T Cell activation // The Journal of biological chemistry. - 2005. - V. 280. - № 14. - P. 14318-14324.

155. Weaver C.T., Pingel J.T., Nelson J.O., Thomas M.L. CD8+ T-cell clones deficient in the expression of the CD45 protein tyrosine phosphatase have impaired responses to T-cell receptor stimuli // Molecular and cellular biology. - 1991. - V. 1. - № 9. - P. 4415-4422.

156. Wolf I., Bouquet C., Melchers F. cDNA-library testing identifies transforming genes cooperating with c-myc in (mouse) preB cells // European Journal of ImmunologyEu. - 2016. - P. 1-32.

157. Xu X., Toselli P.A., Russell L.D., Seldin D.C. Globozoospermia in mice lacking the casein kinase II alpha' catalytic subunit. // Nature Genetics. - 1999. -V. 23. - P. 118-121.

158. Xu X., Sarikas A., Dias-Santagata D.C., Dolios G., Lafontant P.J., Tsai S.C., Zhu W., Nakajima H., Nakajima H.O., Field L.J., Wang R., Pan Z.Q. The CUL7 E3 ubiquitin ligase targets insulin receptor substrate 1 for ubiquitin-dependent degradation // Molecular Cell. - 2008. - V. 30. - P. 403-414.

159. Yin X., Gu S., Jiang J.X. The development-associated cleavage of lens connexin 45.6 by caspase-3-like protease is regulated by casein kinase II-mediated phosphorylation // The Journal of biological chemistry. - 2001. - V. 276. - № 37. -P. 34567-34572.

160. Yoshida T., Zhang G., Haura E.B. Targeting epidermal growth factor receptor: Central signaling kinase in lung cancer // Biochemical Pharmacology. -2010. - V. 80. - P. 613-623.

161. Yun C.-H., Mengwasser K.E., Toms A. V., Woo M.S., Greulich H., Wong K.-K., Meyerson M., Eck M.J. The T790M mutation in EGFR kinase causes drug resistance by increasing the affinity for ATP // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - V. 105. - № 6. - P. 2070-2075.

162. Zhang W., Sloan-Lancaster J., Kitchen J., Trible R.P., Samelson L.E. LAT: The ZAP-70 tyrosine kinase substrate that links T cell receptor to cellular activation // Cell. - 1998. - V. 92. - P. 83-92.

163. Zhang Z.-Y. Protein tyrosine phosphatases: structure and function, substrate specificity, and inhibitor development // Annual Review of Pharmacology and Toxicology. - 2002. - V. 42. - P. 209-234.

164. Zhirnov O.P., Syrtzev V. V. Influenza virus pathogenicity is determined by caspase cleavage motifs located in the viral proteins // Journal of Molecular and Genetic Medicine. - 2009. - V. 3. - № 1. - P. 124-132.

165. Zhu J.W., Brdicka T., Katsumoto T.R., Lin J., Weiss A. Structurally distinct phosphatases CD45 and CD148 both regulate B Cell and macrophage immunoreceptor signaling // Immunity. - 2008. - V. 28. - P. 183-196.

Благодарности

Хочу поблагодарить моего научного руководителя, Филатова Александра Васильевича, за возможность работать над интересной темой исследования, за поддержку, терпение и помощь в планировании экспериментов, интерпретации и формулировании результатов, и при подготовке результатов к публикации. Хочу так же поблагодарить Мазурова Дмитрия Вячеславовича, за помощь в освоении молекулярных методов работы; Прилипова Алексея Геннадьевича за секвенирование образцов и помощь в работе с рекомбинантным белком ЬРАР; лабораторию Мойсеновича Михаила Михайловича за проведение конфокальной микроскопии; Копылова Артура Тиграновича за увлеченность и интерес к масс-спектрометрическому анализу белка ЬРАР.

Хочу выразить благодарность коллективу лаборатории: Романовой Альфире, Зотовой Анастасии, Кругловой Наталье и Бязровой Марии за теплые отношения, своевременное обеспечение рабочего процесса, дружескую поддержку и интересное и эффективное обсуждение рабочих моментов. Большое спасибо моей семье за поддержку в этот непростой период.

Большое спасибо Сергею Артуровичу Недоспасову и коллективу кафедры за возможность обучения и прекрасно организованный учебный процесс.