Структурно-функциональные исследования тройного элонгационного комплекса РНК-полимеразы E. coli тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Аветисова, Екатерина Ашотовна

• Аветисова, Екатерина Ашотовна
• кандидат биологических наук
• 1998

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Аветисова, Екатерина Ашотовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Краткие сведения о транскрипционном цикле

1.1.1. Инициация

1.1.2. Элонгация

1.1.3. Терминация

1.2. Традиционные представления о структуре тройного

комплекса и механизме элонгации транскрипции

1.2.1. Величина участка ДНК, закрываемого молекулой РНК-полимеразы в элонгационном комплексе

1.2.2. Величина расплетенного участка ДНК и наличие РНК-ДНК гетеродуплекса в элонгационном комплексе

1.2.3. Положение каталитического центра относительно расплетенного участка ДНК

1.3. Природа стабильности ТЭК

1.4. Механизм факторнезависимой терминации

1.4.1. Роль вторичной структуры РНК в терминации

1.4.2. Роль олиго-Т-последовательности в терминации

1.4.3. Понятие о сайтах связывания РНК-продукта

1.4.4. Реитеративный синтез РНК на промоторе. Стабилизация инициационных комплексов,

содержащих короткие РНК

1.4.5. ДНК-РНК гетеродуплес в ТЭК

1.5. Генетические данные, свидетельствующие о роли доменов ß- и ß'- субъединиц РНКП в элонгации

1.5.1. Нарушение элонгационных и терминационных свойств

РНКП с помощью мутаций

1.5.2. Роль «цинкового пальца» в связывании РНКП с нуклеиновым кислотами

1.5.3. Значение NADF-района для элонгации

1.6. Пространственная структура РНК-полимеразы E.coli

Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Бактериальные штаммы

2.2. Плазмиды и олигонуклеотиды

2.3. Питательные среды

2.4. Компетентные клетки и трансформация бактерий

2.5. Модифицирующие реагенты

2.6. Выделение плазмидной ДНК

2.7. Неденатурирующий электрофорез ДНК и выделение фрагментов ДНК из гелей

2.8. Денатурирующий электрофорез РНК и ДНК

2.9. Денатурирующий электрофорез белков

2.10. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

2.11. Выделение РНК-полимеразы

2.12. Выделение РНК-полимеразы с заменой двух остатков

цистеина на серии в положениях 71 и 73 |3'-субъединицы

2.13. Определение активности РНК-полимеразы

2.14. Иммобилизованная транскрипция на никелевом сорбенте (реакция «шагания»)

2.15. Химические способы расщепления субъединиц РНК-полимеразы

2.15.1. Частичное расщепление по остаткам метионина

2.15.2. Частичное и исчерпывающее расщепление

по остаткам цистеина

2.15.3. Исчерпывающее расщепление по остаткам

метионина

2.16. Фотоаффинная модификация РНК-полимеразы с использованием ДНК с включенным в нее

остатком 5-йодо-2' -дезоксиуридина

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Определение ДНК- и РНК-связывающих сайтов

в РНКП

3.1.1. Получение гомогенных ТЭК с использованием иммобилизованной РНКП

3.1.2. Система анализа основных структурных компнентов РНК-полимеразы

3.2. Структурные особенности сайтов связывания

ДНК и РНК в элонгационном комплексе

3.2.1. Определение участков субъединиц РНКП, вовлеченных

в образование контактов с ДНК

3.2.2. Определение участков субъединиц РНКП, вовлеченных

в образование контактов с РНК

3.3. Структурно-функциональная модель ТЭК

3.4. Генетические данные, свидетельствующие в пользу представленной модели ТЭК

ВЫВОДЫ

ЛИТЕРАТУРА

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ АВТОРОМ

ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональные исследования тройного элонгационного комплекса РНК-полимеразы E. coli»

ВВЕДЕНИЕ

Удлинение РНК-транскрипта осуществляется в тройном

элонгационном комплексе (ТЭК), состоящем из молекулы РНК-полимеразы (РНКП), ДНК-матрицы и РНК-продукта. Во время элонгации РНКП обладает двумя на первый взгляд противоречивыми свойствами: она прочно связывает РНК-продукт и ДНК-матрицу и одновременно свободно скользит вдоль ДНК. Эти два свойства определяют исключительную процессивность РНКП, т.е. способность транскрибировать длинные участки ДНК, не теряя матрицу и транскрипт.

Важно отметить, что РНКП на стадии инициации, узнавая определенные последовательности промотора, ведет себя как сайт-специфичный ДНК-связывающий белок. При переходе от стадии инициации к элонгации РНКП должна претерпевать значительные изменения в природе взаимодействий с матрицей и РНК. Когда транскрипционный комплекс покидает промотор, он приобретает устойчивость к воздействию высоких концентраций моновалентных солей, что указывает на неионную природу взаимодействий на стадии элонгации.

Бактериальные и эукариотические РНКП представляют собой многосубъеденичные молекулы, значительный размер и сложная организация которых делают невозможным получение кристаллографической структуры с высоким разрешением. Использвание альтернативных методов для определения структурных элементов молекулы РНКП, взаимодействующих с нуклеиновыми кислотами, и выяснение их функциональной роли дало бы возможность понять природу стабильности и процессивности ТЭК и, возможно,

объяснить механизмы регуляции транскрипции на стадии элонгации.

Цель работы и задачи исследования.

Целью работы являлось определение структурных элементов РНКП из Escherichia coii, отвечающих за стабильность и процессивность ТЭК в процессе элонгации

В работе ставились следующие задачи: 1) биохимически охарактеризовать основные элементы РНКП, отвечающие за связывание нуклеиновых кислот в ТЭК (ДНК- и РНК-связывающие сайты); 2) с помощью методов аффинной модификации локализовать участки субъединиц РНКП, вовлеченные в образование ДНК- и РНК-связывающих сайтов.

Научная новизна и практическая ценность работы.

Выявлены и охарактеризованы следующие структурно-функциональные элементы ТЭК: ДНК-связывающий сайт (ДСС), РНК/ДНК-гибрид-связывающий сайт (ГСС) и РНК-связывающий сайт (РСС). ДСС неионно взаимодействует с 9 п.о. ДНК-дуплекса сразу спереди от положения активного центра фермента. ГСС ионно взаимодействует с сегментом РНК/ДНК-гибрида длиной примерно в 6 п.о. от положения -5 до +1, считая от 3'-конца РНК. РСС образует неионные контакты с участком однонитевой РНК, длиной 9-11 нуклеотидов, сразу выходящей из РНК/ДНК-гибрида.

С помощью методов аффинной модификации и картирования РНК-белок и ДНК-белок сшивок были идентифицированы участки субъединиц РНКП, вовлеченные в образование каждого сайта. Показано, что амино-концевой район (З'-субъединицы (метионин 29 -

цистеин 58) и карбокси-концевой район р-субъединицы (метионин 1232 -метионин 1273) вовлечены в образование как РСС, так и ДСС. Карбокси-концевой район р-субъединицы (метионин 1232 - метионин 1273), вместе с тем, участвует в образовании ГСС. В состав ДСС также вовлечен амино-концевой район р-субъединицы (метионин 130 -метионин 239).

Результаты данной работы позволили предложить структурно-функциональную модель ТЭК, согласно которой совокупность взаимодействий между РНК, ДНК и белком в каждом из трех сайтов необходима и достаточна для полной стабильности и процессивности ТЭК. При этом, РСС и ДСС структурно и функционально интегрированы, т.е. нарушение одного из этих сайтов ведет к инактивации другого. Модель предполагает, что взаимодействия в ГСС являются сравнительно слабыми и достаточны лишь для поддержания целостности ТЭК в условиях низкой ионной силы.

Структура и объем работы.

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания методов исследования, изложения полученных результатов, их обсуждения и списка цитируемой литературы. Работа изложена на 86 страницах машинописного текста и содержит 13 рисунков и 1 таблицу. Библиография включает в себя 93 названия.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Аветисова, Екатерина Ашотовна

выводы

1. Биохимически охарактеризованы основные функциональные элементы РНК-полимеразы, отвечающие за стабильность и процессивность тройного элонгацинного комплекса: ДНК-связывающий сайт (ДСС) и РНК-связывающий сайт (РСС).

2. С помощью методов аффинной модификации и ограниченного протеолиза идентифицированы участки субъединиц РНК-полимеразы, вовлеченные в образование РСС: район между метионином 29 и цистеином 58 в р' -субъединице и район между метионином 1243 и метионином 1304 в р-субъединице.

3. С помощью методов аффинной модификации и ограниченного протеолиза уточнена локализация района р'-субъединицы РНК-полимеразы (Мет 29- Цис 58), участвующего в формировании ДСС.

4. Показано, что мотив «цинкового пальца» в амино-концевом районе р'-субъединицы РНК-полимеразы необходим для поддержания стабильности и процессивности ТЭК.

5. Предложена структурно-функциональная модель ТЭК, основанная на пространственной интеграции ДСС и РСС, позволяющая объяснить механизмы регуляции транскрипции на стадии элонгации.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Аветисова, Екатерина Ашотовна, 1998 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

Allison, L.A., Moyle, М., Shales, A. and Ingles, C.J. (1985). Extensive homology among the largest subunits of eucaryotic and procaryotic RNA polymerases. Cell 42, 599-610.

Altmann, C.R., Solow-Cordero, D.E., and Chamberlin, M.J. (1994). RNA cleavage and chain elongation by Escherichia coli DNA-dependent RNA polymerase in a binary enzyme-RNA complex. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 91,3784-3788.

Arndt, К. M., and Chamberlin, M. J. (1990). RNA chain elongation by Escherichia coli RNA polymerase. Factors affecting the stability of elongating ternary complex J. Mol. Biol. 213, 79 - 108.

Bently, D.L., and Groudine, M. (1986). A block to elongation is largely responsible for decreased transcription of c-myc in differentiated HL60 cells. Nature 321, 702-706.

Bertrand, К., Korn,L., Lee, F. and Yanofsky, C. (1978). The attenuator of the tryptofan operon of E.coii. Heterogeneous З'-OH termini in vivo and deletion mapping of functions. J.Mol.Biol. 117, 227-247.

Borukhov, S., Sagitov, V., Josaitis, C. A., Gourse, R. L., and Goldfarb, A. (1993). Two Modes of Transcription Initiation at the rrnB P1 Promoter of Escherichia coli. J. Biol. Chem. 268, 23477-23482.

Burgess, R. R., and Jendrisak, J. J. (1975). A procedure for the rapid, large-scale purification of Escherichia co/i DNA-dependent RNA polymerase involving polymin P precipitationn and DNA-cellulose chromatography. Biochemistry 14, 4634-4638.

Bustby, S., Spassky, A., and Buc, H. (1981). Eur.J.Biochem. 118, 443451.

Carpousis, A. J., and Gralla, J. D. (1980). Cycling of ribonucleic acid polymerase to produce oligonucleotides during initiation in vitro at the lacUV5 promoter. Biochemistry 19, 3245-3253.

Carpousis, A. J., and Gralla, J. D. (1985). Interaction of RNA polymerase with lac UV5 promoter DNA during mRNA initiation and elongation. Footprinting, methylation, and rifampicin sensitivity changes accompanying transcription initiation. J. Mol. Biol. 18, 165-177.

Chamberlin, M.J., and Berg, P. (1964). Mechanisms of RNA polymerase action: characterization of the DNA-dependent synthesis of polyadenylic acid. J. Mol. Biol. 8, 708-726.

Chamberlin, M. (1995). New models for the mechanism of transcription elongation and its regulation. The Harvey Lect. 88, 1-21.

Chan, C.L., and Landick, R. (1989). The Salmonella typhymurium his operon leader region contains an RNA-hairpin dependent transcription pause site. J.Biol.Chem. 264, 20769-20804.

Chan, C.L., and Landick, R. (1994). New perspectives on RNA chain elongation and termination by E. co/i RNA polymerase. In Transcription: Mechanisms and Regulation, R. C. Conavay and J. W. Conaway, eds. (New York: Raven Press), pp. 297 - 321.

Cheng, S., Lynch, E., Leason, K., Court, D., Shapiro, B., and Friedman, D. (1992). Functional importance of sequence in the stem-loop of a transcription terminator. Science 254, 1205-1207.

Clerget, M., Weisberg, R.A., and Jin, D.J. (1995). A zinc binding region in the p' subunit of RNA polymerase is involved in antitermination of early transcription of phage HK 022. J.Mol.Biol.

Darst, S., Edwards, A.M., Kubalek, E.W., and Kornberg, R.D. (1991). Three-dimensional structure of yeast RNA polymerase II at 16 A resolution. Cell 66, 121-128.

Darst, S., Kubalek, E. W., and Kornberg, R. D. (1989). Three-dimensional structure of E. co/i RNA polymerase holoenzyme determined by electron crystallography. Nature 340, 730-732.

Dieci, G., Denmat, S.H., Lukhtanov, E., Thuriaux, P., Werner, M., and Sentenac, A. (1995). A universally conserved region of the largest subunit participates in the active site of RNA polymerase III. EMBO J. 14, 3766-3776.

Eick, D. and Borncamm, G.W. (1986). Transcriptional arrest within the first exon is a fast control mechanism in the c-myc gene expression. Nucleic

Acids Res. 14, 8331-8345.

Farnham, P. J. and Piatt, T. (1980). A model for transcription termination suggested by studies on the trp attenuator in vitro using base analogs. Cell 20, 945-951.

Farnham, P. J., and Piatt, T. (1981). Rho-dependent termination: dyad simmetry in DNA causes RNA polymerase to pause during transcription in vitro. Nucleic Acids Res. 9, 563-577.

Fisher R. F., and Yanofsky C. (1983). Mutations of the (3 subunit of RNA polymerase alter both transcription pausing and transcription termination in the trp operon leader region in vitro . J. Biol. Chem. 258, 8146-8150.

Fisher R. F., and Yanofsky C. (1983). A complementary DNA oligomer releases a transcription pause complex. J. Biol. Chem. 258, 9208-9212.

Fox, C.F., Gumport, R.I. and Weiss, S.B. (1965). J. Biol. Chem. 240, 2101-2109.

Gamper, H.B., and Hearst, J.E. (1982). A topological model for transcription based on unwinding angle analysis of E.coii RNA polymerase binary, initiation and ternary complexes. Cell 29, 81-90.

Grachev, M. A., Zaychikov, E. F., Ivanova, E. M., Komarova, N. I., Kutyavin, I. V., Sidelnikova, N. P., Frolova, I. P. (1984). Oligonucleotides complementary to a promoter over the region -8....+2 as transcription primers for E. coii RNA polymerase. Nucleic. Acids Res. 12, 8509-8524.

Guo, H.-C,. and Roberts, J.W. (1990). Heterogeneous initiation due to slippage at the bacteriophage 82 late gene promotor in vitro. Biochemistry 29, 10702 - 10709.

Hanna, M.M., and Meares, C.F. (1983). Synthesis of a cleavable dinucleotide photoaffinity probe of ribonucleic acid polymerase : application to trinucleotide labeling of an Escherichia coli transcription complex. Biochemistry 22, 3546-3551.

Hanna, M.M., and Meares, C.F. (1983). Topography of transcription: pass of the leading end of nascent RNA through the Escherichia coli transcription complex. Proc. Natl. Acad. Sei. USA 80, 4238-4242.

Harley, C.B., Lawrie, J., Boyer, H.W. and Hedgpeth, J. (1990). Reiterative copying by E.coli RNA polymerase during transcription initiation of mutant pBR322 tet promoter. Nucleic. Acids Res. 18, 547-552.

Hinkle, D. C., Mangel, W. F., Chamberlin, M. J. (1972). Studies of the binding of Escherichia coli RNA polymerase to DNA. IV. The effect of rifampicin on binding and on RNA chain initiation. J. Mol. Biol. 70, 209-220.

Jacques, J.-P., and Susskind, M.M. (1990). Pseudo-templated transcription by Escherichia coli RNA polymerase at a mutant promoter. Genes & Dev. 4, 1801-1810.

Johnson, T.L., and Chamberlin, M.J. (1994). Complexes of yeast RNA-polymerase II and RNA are substrates for TFIIS-indused RNA cleavage. Cell

77, 217-224.

Johnston, D., and McClure, W. (1976). Abortive initiation of in vitro RNA synthesis on bacteriophage DNA, pp. 413-428. In R. Losick and M. Chamberlin (ed.), RNA polymerase, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.

Kainz M., and Roberts, J. (1992). Structure of RNA and DNA chains in paused transcription complexes containing Escherichia co/i RNA polymerase. Science 255, 838-841.

Kao, S.Y., Caiman, A.F., Luciw, P.A., and Peterlin, B.M. (1987). Anti-termination of transcription within the long terminal repeat of HIV-1 by tat gene product. Nature 330, 489-493.

Kashlev, M., Martin, E., Polyakov, A., Severinov K., Nikiforov V., Goldfarb, A. (1993). Histidine-tagged RNA polymerase: dissection of the transcription cycle using immobilized enzyme. Gene 130, 9-14.

Kassavetis, G. A. and Chamberlin, M. J. (1981). Pausing and termination of transcription within the early region of bacteriophage T7 DNA in vitro. J. Biol. Chem. 256, 2777-2786.

Korzheva, N., Mustaev, A., Nudler, E., Nikiforov, V. and Goldfarb, A. (1998). Mechanistic model of the elongation complex of Escherichia coii RNA polymerase. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y. in press.

Krakow, J. S., Rhodes, G. T., and Jovin, M. (1976). p. 127-157. RNA polymerase: catalytic mechanisms and inhibitors. In R. Losick and M. Chamberlin (ed.), RNA polymerase, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.

Krumm, A., Meulia, T., and Groudine, M. (1993). Common mechanism for the control of eukaryotic transcription elongation. BioEssays 15, 659-665.

Kumar,S.A., and Krakow, J.S. (1975). Studies on the product binding site of the Azotobacter vinelandii ribonucleic acid polymerase. J. Biol. Chem. 250, 2878-2884.

Kuriyan, J., and O'Donnell, M. (1994). Sliding clamps of DNA polymerases. J. Mol. Biol. 234(4), 915-925.

Landick R., and Yanofsky, C. (1984). Stability of RNA secondary structure affects in vitro transcription pausing in the trp operon leader region. J. Biol. Chem. 259, 11550-11555.

Landick R., and Yanofsky, C. (1986). Transcription attenuation. In Escherichia coiiand Salmonella typhimurium, (Neidhardt, F. C., Ingraham, J. L., Low, K.B., Magasanik, B., Schaechter, M. and Umbarger, H.E., eds), pp.1241-1275, Amer. Soc. Microbiol. Washington, D. C.

Landick, R., Stewart, J. and Lee, D. N. (1990). Amino acid changes in conserved regions of the p-subunit of Escherichia coli RNA polymerase alter transcription pausing and termination. Genes and Dev. 4, 1623-1636.

Landick, R. and Turnbough, C.L.Jr. (1992). Transcriptional attenuation. In Transcription regulation (McKnight, S.L. & Yamamoto, K.R., eds). pp. 407449, Cold Spring Harbor Lab. press, Cold Spring Harbor, NY.

Lee, F. and Yanofsky, C. (1977). Transcription termination at the trp operon attenuator of Escherichia coli and Salmonella Typhimurium : RNA secondary structure and regulation of termination. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 74, 4365 - 4369.

Levin, J. R., and Chamberlin, M. J. (1987). Mapping and characterization of transcriptional pause sites in the early genetic region of bacteriophage T7. J. Mol. Biol. 196, 61-84.

Macdonald L., Zhou, Y., and McAllister, W. (1993). Termination and slippage by bacteriophage T7 RNA polymerase. J.Mol.Biol. 232, 1030-1047.

Maniatis, T., Fritch, E. F., Hayward, R. S. (1982). Molecular cloning: a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.

Martin, F. H., and Tinoco, I. Jr. (1980). DNA-RNA hybrid duplexes containing oligo(dA:rU) sequences are exceptionally unstable and may facilitate termination of transcription. Nucleic Acids Res. 8, 2295-2299.

Matsuzaki, H., Kassavetis, G.A., and Geiduschek, E.P. (1994). Analisis of RNA chain elongation and termination by Saccharomyces cerevisiaeRH/K polymerase III. J.Mol.Biol. 235, 1173-1192.

Melnikova, A.F., Beabealashvilli, R., and Mirzabekov, A.D. (1978). A

study of unwinding of DNA and shielding of the DNA grooves by RNA polymerase by using metilation with dimethylsulphate. Eur. J. Biochem. 84, 301-309.

Metzger, W., Schicor, P. and Heumann, H. (1989). A cinematographic view of Escherichia coli RNA polymerase translocation. EMBO J. 8, 27452754.

Ovchinnikov, Yu.A., Monastyrskaya, G.S., Gubanov, V.V., Guryev, S.O., Salomatina, I.S., Shuvaeva, T.M., Lipkin, V.M., and Sverdlov, E.D. (1982). The primary structure of E. coli RNA polymerase. Nucleotide sequence of the rpoC gene and amino acid sequence of the beta'-subunit. Nucleic Acids Res. 10, 4035-4044.

Pavco, P.A. and Steege, D.A. (1990). Elongation by Escherichia coli RNA polymerase is blocked in vitro by a site-specific DNA binding protein. J. Biol. Chem. 265, 9960 - 9969.

Platt, T. (1986). Transcription termination and the regulation of gene expression. Annu. Rev. Biochem. 55, 339 - 372.

Platt, T. and Richardson, J.P. (1992). E.coii Rho factor: protein and enzyme of transcription termination. In Transcription regulation (McKnight, S.L. & Yamamoto, K.R., eds). pp. 365-388, Cold Spring Harbor Lab. press, Cold Spring Harbor, NY.

Polyakov, A., Severinova, E., Darst, S.A. (1995). Three-dimensional

structure of E. coli core RNA polymerase: promoter binding and elongation conformations of the enzyme. Cell 83, 365-373.

Rhodes, G., and Chamberlin, M. J. (1974). Ribonucleic acid chain elongation by Escherichia coli ribonucleic acid polymerase. I. Isolation of ternary complexes and the kinetics of elongation. J. Biol. Chem. 249, 66756683.

Reynolds, R., and Chamberlin, M.J. (1992). Parameters affecting transcription termination by Escherichia coli RNA polymerase. Constraction and analysis of hybrid terminators. J.Mol.Biol. 224, 53-63.

Reynolds, R., Bermudez, C.R.M. and Chamberlin, M.J. (1992). Parameters affecting transcription termination by Escherichia coli RNA polymerase. Analysis of 13 Rho-independent terminators. J.Mol.Biol. 224, 3151.

Rice, G. A., Kane, C. M., and Chamberlin, M. J. (1991). Footprinting analysis of mammalian RNA polymerase II along its transcript: an alternative view of transcription elongation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 4245-4249.

Roberts, J. (1969). Termination factor for RNA syntethis. Nature 224, 1168-1174.

Roberts, J. (1992). Antitermination and the control of transcription elongation. In Transcription regulation (McKnight, S.L. & Yamamoto, K.R., eds). pp. 389-407, Cold Spring Harbor Lab. press, Cold Spring Harbor, NY.

Rohrer, H., and Zillig, W. (1977). Studies on the transcription complex of Escherichia co/i RNA polymerase. Eur. J. Biochem. 79, 401-409.

a. Rosenberg, M., Court, D., Shimatake, H., Brady, C., and Wulff, D.L. (1978). The relationship between function and DNA sequence in an intercistronic regulatory region in phage X. Nature 272, 414-423.

Rosenberg, M., and Court, D. (1979). Regulatory sequences involved in the promotion and termination of RNA transcription. Annu.Rev.Gen. 13, 319353.

Rosovskaya, T. A., Chenchik, A. A., Beabealashvilli, R. S. (1982). Processive pyrophosphorolysis of RNA by Escherichia coli RNA polymerase. FEBS Lett. 137, 100-104.

Schmitz, A., and Galas, D. J. (1979). The interaction of RNA polymearse and iac repressor with the lac control region. Nucleic Acids Res. 6, 111-137.

Schultz, P., Celia, H., Riva, M., Darst, S.A., Colin, P., Kornberg, R.D., Sentenac, A., and Oudet, P. (1990). Structural study of the yeast RNA polymerase A. Electron microscopy of lipid-bound molecules and two-dimensional crystals. J Mol Biol. 216, 353-362.

Severinov, K., and Goldfarb, A. (1994). Topology of the Product Binding Site in RNA Polymerase Revealed by Transcript Slippage at the Phage X PL Promoter. J. Biol. Chem. 269, 31701-31705 .

Siebenlist, U., Simpson, R. B., Gilber, W. (1980). E. coli RNA polymerase interacts homologously with two different promoters. Cell 20, 269281.

Shaaban, S.A., Bobkova, E.V., Chudzik, D.M., Hall, B.D. (1996). In vitro analysis of elongation and termination by mutant RNA polymerase with altered termination behavior. Mol. Cell. Biol. 16, 6468-6476.

Shaaban, S.A., Krupp, B.M., Hall, B.D. (1995). Termination-altering mutations in the second lägest subunit of yeast RNA polymerase III. Mol. Cell. Biol. 15, 1467-1478.

Shi, Y., Gamper, H., and Hearst, J. (1988). Interaction of T7 RNA polymerase with DNA in an elongation complex arrested at a specific psoralen adduct site. J. Biochem. 263, 527-534.

Spassky, A., Bustby, S., Danchin, A., and Buc, H. (1979). Eur.J.Biochem. 99, 187-201.

Spencer, C.A. and Groudine, M. (1990). Transcription elongation and eukaryotic gene regulation. Oncogene 5, 777-785.

Stevens, A. (1969). Studies of the ribonucleic acid polymerase from Escherichia coli V. Studies of its complexes with polyribonucleotides. J.Biol.Chem. 244, 425-429.

Straney, D. C., and Crothers, D. M. (1985). Intermediates in

transcription initiation from the E. coii /acUV5 promoter. Cell 43, 449-459.

Studier, F. W., and Rosenberg, A. H. (1981). Genetic and physical

mapping of the late region of bacteriophage 17 DNA by use of cloned fragments of T7 DNA. J. Mol. Biol. 153, 503-525.

Syroid, D.E. and Capone, J.P. (1994). RNA chain elongation and termination by mammalian RNA polymerase III. J.Mol.Biol. 244, 482-493.

Tavormina, P.L., Landick, R. and Gross, C. (1996). Isolation, purification, and in vitro characterization of recessive-lethal-mutant RNA polimerases from Escherichia coli. J. Bacteriol. 17, 5363-5271.

Telesnitsky, A., and Chamberlin, M. J. (1989). Terminator-distal sequences determine the in vitro efficiency of the early terminators of bacteriophage T3 and T7. Biochemistry 28, 5210-5218.

von Hippel, P. H., Bear, D. G., Morgan, W. D., McSwiggen, J. A. (1984). Protein-nucleic acid interactions in transcription: a molecular analysis. Annu. Rev. Biochem. 53, 389-446.

Weilbaecher, R., Hebron, C., Feng, G., and Landick, R. (1994).

Termination-altering amino acid substitutions in the ß subunit of Escherichia

coli RNA polymerase identify regions involved in RNA chain elongation. Genes Dev. 8, 2913-2927.

Wu, C. W., and Goldthwait, D. A. (1969). Studies of nucleotide binding to the ribonucleic acid polymerase by a fluorescence technique. Biochemistry 8, 4450-4457.

Xiong, X.F., and Reznikoff, W.S. (1993). Transcriptional slippage during the transcription initiation process at a mutant lac promoter in vivo. J. Mol. Biol. 231, 569-580.

Yager, T. D. and von Hippel, P. H. (1991). A thermodynamic analysis of RNA transcript elongation and termination in E.coli. Biochemistry 30, 10971118.

Yager, T. D. and von Hippel, P. H. (1987). Transcript elongation and termination in Escherichia coli and Salmonella Typhimurium, (Neidhardt, F. C., Ingraham, J. L., Low, K.B., Magasanik, B., Schaechter, M. and Umbarger, H.E., eds), pp.1241-1275, Amer. Soc. Microbiol. Washington, D. C.

Yang, M-T. and Gardner, J. F. (1989). Transcription termination directed by heteroduplex thr attenuator templates. J. Biol. Chem. 264, 2634 - 2639.

СПИСОК РАБОТ опубликованных автором по теме диссертации

1. Nudler Е., E.Avetissova, V.Markovtsov, A.Goldfarb (1996). Transcription processivity: protein-DNA interactions holding together the elongation complex. Science , 273, 211-217.

2. Nudler E., I.Gusarov, E.Avetissova, V. Kozlov, A.Goldfarb (1998). Spatial organization of transcription elongation complex in Escherichia coli. Science, 281, 424-428.