Структурно-функциональное исследование природных пептидных антибиотиков тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.06, кандидат наук Овчинникова, Татьяна Владимировна

• Овчинникова, Татьяна Владимировна
• кандидат наук
• 2011

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональное исследование природных пептидных антибиотиков»

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность исследования.

Стремительный рост числа патогенов, резистентных к антибиотикам, диктует насущную необходимость создания новых противоинфекционных лекарственных средств. В ряде случаев традиционные антибиотики уже не обеспечивают эффективного контроля над возбудителем при развитии хронических и рецидивирующих инфекционных заболеваний. Возрастающая

антибиотикорезистентность наблюдается в отношении ряда штаммов Mycobacterium tuberculosis, Enterococcus faecium и Pseudomonas aeroginosa, а также таких распространенных патогенов человека, как Staphylococcus aureus и Staphylococcus pneumoniae. Структурно-функциональное изучение природных пептидных антибиотиков показывает, что на их основе возможно создание новых антимикробных средств.

Эффективные механизмы защиты от патогенов вырабатывались многоклеточными организмами в процессе их эволюции. Лимфоцитарный иммунитет возник лишь с появлением челюстных рыб и существует менее чем у 2% видов многоклеточных организмов. Однако даже те из них, которые обладают способностью вырабатывать антитела, в первые часы встречи с патогеном могут полагаться только на защитные механизмы системы врожденного иммунитета. Эндогенные антимикробные пептиды (далее АМП) относятся к молекулярным факторам системы врожденного иммунитета, обеспечивающим выживание организмов в окружении патогенов (бактерий, грибков, простейших, вирусов). Распространенность АМП в природе и их структурное разнообразие дают основание полагать, что каждый биологический вид вырабатывает свой уникальный набор защитных пептидов, позволяющий ему успешно бороться с окружающей его патогенной микрофлорой. В настоящее время определены структуры около тысячи АМП, выделенных из различных тканей человека, позвоночных и беспозвоночных животных, растений, грибов и бактерий. Природные пептидные антибиотики обладают способностью инактивировать широкий спектр микроорганизмов. Поиск и исследование новых АМП позволяет лучше понять закономерности функционирования врожденного иммунитета у человека. По мере углубления наших знаний о пептидных антибиотиках появляется все больше сведений об их участии в процессах регуляции иммунитета и регенерации тканей.

Наряду с фундаментальными исследованиями структурно-функциональных свойств АМП важное прикладное значение имеют работы по созданию эффективных лекарственных средств на их основе. Природные пептиды могут стать прототипами новых антибиотиков широкого спектра действия, способных решить проблему резистентности к существующим противоинфекционным средствам. Подавляющее большинство АМП относятся к мембранотропным антибиотикам, поэтому развитие резистентности патогенов к ним менее вероятно из-за низкоизбирательного механизма их действия и возможно только при существенных изменениях структуры и свойств клеточной мембраны. Кроме того, многие АМП усиливают действие традиционных антибиотиков.

Известно, что длительная терапия антибиотиками в ряде случаев вызывает состояние иммунодефицита и эндотоксемию, однако многие АМП наряду с антибиотической обладают иммуномодулирующей и эндотоксин-нейтрализующей активностью. Все это создаёт предпосылки для создания новых эффективных антибиотических лекарственных средств на основе природных пептидных антибиотиков, лишенных перечисленных выше недостатков. Учитывая наличие выраженной антибиотической и иммуномодулирующей активности у природных АМП, многие зарубежные фармацевтические компании уже приступили к созданию нового класса антибиотиков на их основе, а первые из них уже проходят клинические испытания. Структурно-функциональные исследования природных пептидных антибиотиков могут внести существенный вклад в развитие этого перспективного направления медико-биологической науки, а разработка способов их получения с целью создания на их основе лекарственных средств нового поколения является одной из актуальных задач современной биотехнологии.

Диссертация выполнялась по разделам основных направлений научных исследований ИБХ РАН «Структура и функции белков и пептидов" и „Биотехнология", утвержденных Ученым Советом ИБХ РАН. Работа проводилась при поддержке РФФИ; ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009-2013 годы; ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы»; ФЦП «Национальная технологическая база» на 2007-2011 годы; целевой программы Президиума РАН «Фундаментальные науки — медицине».

Цель и задачи исследования.

Цель данной диссертационной работы состоит в исследовании структуры, биологических свойств и молекулярных механизмов действия природных пептидных антибиотиков, а также в разработке биотехнологических способов их получения. Объектами исследования являются антимикробные пептиды ареницины из целомоцитов морского червя Arenicola marina [тип — кольчатые черви (Annelida), класс - многощетинковые (Polychaeta)]; аурелин из мезоглеи сцифоидной медузы Aurélia aurita [тип - кишечнополостные (Cnidaria), класс - сцифоидные (Scyphozoa)]; буфорин из желудка азиатской жабы Bufo bufo gargarizans [тип - хордовые (Chordata), класс - земноводные (Amphibia), отряд - земноводные бесхвостые (Anura), семейство - жабы настоящие (Bufonidae)]; дефенсин и липид-траспортирующий белок из чечевицы обыкновенной Lens culinaris [отдел - покрытосеменные (Magnoliophyta), класс - двудольные (Dicotylédones), порядок - бобовоцветные (Fabales), семейство -бобовые (Fabaceae), подсемейство - мотыльковые (Faboideae)]; зервамицин и антиамебин из мицелиальных спорообразующих грибов Emericellopsis salmocynnemata и Emericellopsis minima [отдел - настоящие грибы (Eumycota), подотдел - аскомицеты (Ascomycotina), класс - эуаскомицеты (Euascomycetes)]; латероцидин и латероцин из аэробной грамположительной бактерии Brevibacillus laterosporus; лихеницидин из терморезистентной грамположительной бактерии Bacillus licheniformis.

В соответствии с поставленной целью были сформулированы следующие задачи:

1. Изучить структуру и свойства антимикробных пептидов ареницинов, аурелина, дефенсина и липид-транспортирующих белков чечевицы, зервамицина, антиамебина, латероцидина, латероцина, лихеницидина.

2. Разработать биотехнологические способы получения ареницинов, аурелина, буфорина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы в искусственных экспрессирующих системах, включая методики их выделения и очистки.

Научная новизна работы.

Все результаты, изложенные в настоящей работе, получены впервые.

1. Впервые установлена структура новых антимикробных пептидов ареницинов из целомоцитов морского кольчатого червя Arenícola marina, нового антимикробного пептида аурелина из мезоглеи сцифоидной медузы Aurelia aurita, нового дефенсина и новых липид-траспортирующих белков из семян чечевицы Lens culinaris, новых антимикробных пептидов латероцидина и латероцина из аэробных грамположительных бактерий Brevibacillus laterosporus, новой двухкомпонентной системы лантибиотиков из терморезистентных грамположительных бактерий Bacillus lichenifromis. Впервые определены полные нуклеотидные последовательности кДНК, кодирующих белки-предшественники ареницинов, аурелина, дефенсина и липид-траспортирующих белков чечевицы, лихеницидина, и соответствующие им полные аминокислотные последовательности белков-предшественников.

2. Впервые сконструированы биотехнологические системы для гетерологичной экспрессии ареницина, аурелина, буфорина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, полностью идентичных природным антимикробным пептидам. Впервые получены штаммы-продуценты, позволяющие экспрессировать гибридные белки, содержащие искомые пептидные антибиотики. Впервые разработаны способы получения, методики выделения и очистки рекомбинантных ареницина, аурелина, буфорина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, идентичных природным пептидным антибиотикам по молекулярной массе, аминокислотной последовательности и антимикробной активности.

3. Впервые разработаны биотехнологические способы получения аналогов ареницина, аурелина, зервамицина, антиамебина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, меченных стабильными изотопами.

4. Впервые проанализированы структурные особенности выделенных антимикробных пептидов и спектр их биологического действия в сравнении с другими представителями этого класса биологически активных веществ. Впервые изучены физико-химические свойства рекомбинантных ареницина, аурелина, дефенсина и липид-транспортирующего белка чечевицы, а также зервамицина, антиамебина и лихеницидина. С использованием полученных данных, предложены модели, описывающие механизмы антимикробной активности ряда исследованных пептидных антибиотиков.

Полученные сведения обогащают наши знания о природных защитных пептидах как молекулярных факторах врожденного иммунитета и могут стать основой для дальнейших исследований механизмов биологической активности этих веществ, а также могут представлять ценность для исследований в области молекулярной эволюции АМП.

Практическая значимость работы.

Полученные в ходе выполнения данной работы АМП представляют большой практический интерес в качестве прототипов антибиотиков нового поколения. Ряд полученных пептидов обладают широким спектром антимикробного действия и по своей активности не уступают лучшим мировым аналогам. Известно, что большинство АМП относятся к мембранотропным антибиотикам. Поскольку развитие резистентности патогенов к ним возможно только при значительных изменениях в структуре клеточной мембраны, природные пептидные антибиотики способны решить проблему резистентности к существующим противоинфекционным средствам. Кроме того, многие АМП усиливают действие традиционных антибиотиков и наряду с антибиотической обладают иммуномодулирующей и эндотоксин-нейтрализующей активностью, что обеспечит возможность избегать эндотоксемии и состояния иммунодефицита при длительной антибиотикотерапии. Все перечисленное создаёт предпосылки для создания новых эффективных антибиотических лекарственных средств на основе природных пептидных антибиотиков. Ряд зарубежных фармацевтических компаний уже приступили к созданию нового класса антибиотиков на основе природных АМП. Структурно-функциональные исследования природных пептидных антибиотиков могут внести значительный вклад в развитие этого направления медико-биологической науки.

Широкому применению АМП в клинической практике препятствует высокая себестоимость их производства. Проблема может быть успешно решена методами биотехнологии, применение которых является более экономически эффективным по сравнению с химическим синтезом. Разработка способов получения пептидных антибиотиков с целью создания на их основе лекарственных средств нового поколения является одной из актуальных задач современной биотехнологии.

Полученные в ходе данной работы новые АМП могут быть также использованы для решения задач сельскохозяйственной биотехнологии по повышению устойчивости растительных культур по отношению к микробным, в особенности грибковым патогенам.

Апробация работы.

Результаты исследований были представлены на IV, VI и VIII Гордоновских международных конференциях по антимикробным пептидам (Gordon Research Conferences "Antimicrobial peptides", Барга, Италия, 2003, 2007, 2011), 33-м и 36-м конгрессах Федерации европейских биохимических обществ (Афины, Греция, 2008 и Турин, Италия, 2011), XVIII международном конгрессе по биохимии и молекулярной биологии (Бирмингем, Великобритания, 2000), международной конференции "Peptaibols: Biosynthesis, Structural Diversity and Mode of Action" (Йена, Германия, 2002), международных конференциях по магнитному резонансу "EUROMAR-2009" и "EUROM AR-2010" (Гётеборг, Швеция, 2009 и Флоренция, Италия, 2010), международном симпозиуме «Nuclear magnetic resonance in condensed matter. The 4th meeting «NMR in life sciences» (Санкт-Петербург, 2007), российско-шведской конференции "NMR in Protein-Protein and Protein-DNA Recognition" (Москва, 2000), XI и XII международных конференциях "New information technology in medicine, biology, pharmacology, and ecology" (Гурзуф, Украина, 2003, 2004), IV, V и VI Московских международных конгрессах "Биотехнология: состояние и перспективы развития» (Москва, 2007, 2009, 2011), международной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященной 75-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова (Москва, 2009), международной научно-практической конференции «Биотехнология. Вода и пищевые продукты» (Москва, 2008), международной конференции «Scenarios for a coordinated approach to sustainable cooperation with the Eastern neighbors of the EU" (Москва, 2007), международной конференции по физико-химической биологии, посвященной 70-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова (Москва, 2004), международной конференции «Фармацевическая биоэтика» (Москва, 1997), рабочих совещаниях участников международного проекта INTAS (Санкт-Петербург, 2005 и Триест, Италия, 2006), симпозиуме «Результаты фундаментальных и прикладных исследований для создания новых лекарственных средств» (Москва, 2008), III съезде Биохимического общества России (Санкт-Петербург, 2002), III съезде Общества биотехнологов России (Москва, 2005), Объединенном иммунологическом форуме (Екатеринбург, 2004), III Российском симпозиуме «Белки и пептиды» (Пущино, 2007), итоговых конференциях по результатам выполнения мероприятий в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» (Москва, 2007, 2008, 2009), VIII чтениях, посвященных памяти академика Ю.А. Овчинникова (Москва, 2006), 50-й научной конференции МФТИ (Москва-Долгопрудный, 2007), научных конференциях ФИБХ РАН (Пущино, 1999, 2004), школе-конференции «Горизонты физико-химической биологии» (Пущино, 2000), XV-XXIII зимних молодежных научных школах «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии» (Москва, 2003-2011).

Публикации и патенты.

По теме диссертации опубликовано 139 работ, в том числе 46 статей в ведущих отечественных и зарубежных рецензируемых журналах, из них 15 статей в российских журналах (Биоорганическая химия, Биотехнология, Биохимия, Доклады Академии наук и др.), 28 статей в зарубежных журналах (Analytical & Bioanalytical Chemistry, Applied Magnetic Resonance, BBA - Biochimica et Biophysica Acta, Biochemical & Biophysical Research Communications, Biochemistry (USA), Bioorganic Chemistry (USA), Biochemical Journal, Biophysical Journal, Biopolymers, Chemistry & Biodiversity, FEBS Letters, JACS - Journal of the American Chemical Society, Journal of Biological Chemistry, Journal of Biomolecular NMR, Journal of Peptide Science, Protein & Peptide Letters, Proteomics и др.) и 3 статьи в сборниках научных работ. По результатам исследований получено 10 патентов на изобретение РФ и подана 1 заявка на выдачу патента РФ. В 2009 г. патент на изобретение RU 2316595 «Способ получения антимикробного пептида ареницина» вошёл в число 100 лучших изобретений России и получил диплом Федеральной службы по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам. По теме работы опубликовано также 82 тезиса докладов, в том числе 43 на международных и 39 на российских конференциях.

Личный вклад автора.

Автору принадлежит решающая роль в выборе направления и объектов исследований, разработке и проверке предложенных в работе экспериментальных подходов на всех этапах работ по выделению, изучению структуры, биотехнологическому получению аналогов и исследованию биологической активности природных пептидных антибиотиков - от постановки задачи и планирования экспериментов до анализа, обсуждения, обобщения и оформления полученных результатов. Весь экспериментальный материал получен при непосредственном участии автора и под его научным руководством, за исключением физико-химических исследований, выполненных в лаборатории биомолекулярной ЯМР-спектроскопии ИБХ РАН.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)», Овчинникова, Татьяна Владимировна

выводы

1. Установлена первичная структура новых антимикробных пептидов ареницинов из целомоцитов морского кольчатого червя Arenicola marina. Определены полные нуклеотидные последовательности кДНК, кодирующих белки-предшественники ареницинов, и соответствующие им аминокислотные последовательности препроареницинов. Показано, что ареницины не обладают структурной гомологией ни с одним из ранее известных антимикробных пептидов и могут быть названы первыми представителями нового семейства пептидных антибиотиков. В то же время, последовательности продоменов предшественников ареницинов обладают гомологией со структурой предшественников хондромодулинов позвоночных в области домена BRJCHOS. Показано, что ареницины обладают широким спектром микробицидного, в том числе антибактериального и противогрибкового действия.

2. Сконструированы биотехнологические системы для гетерологичной экспрессии ареницина в Е. coli в составе различных гибридных белков. Получен штамм-продуцец.-, позволяющий экспрессировать гибридный белкок, содержащий ареницин. Разработан способ получения, методика выделения и очистки рекомбинантного ареницина, полностью идентичного природному пептидному антибиотику, а также его аналогов, меченных стабильными изотопами '"N и i3C. С использованием полученных рекомбинантных аналогов изучены физико-химические свойства рекомбинантного ареницина. На основании полученных данных предложена модель, описывающая механизм антимикробной активности пептида.

3. Установлена первичная структура нового антимикробного пептида аурелина из мезоглеи сцифоидной медузы Aurelia aurita. Определена полная нуклеотидная последовательность кДНК, кодирующей белок-предшественник аурелина, и соответствующая ей полная аминокислотная последовательность препроаурелина. Проанализированы структурные особенности аурелина и его предшественника в сравнении с другими антимикробными пептидами беспозвоночных Показано, что аурелин является новым пептидом, не обладающим существенной гомологией ни с одним из известных ранее антимикробных пептидов. В то же время, обнаружены некоторые черты его структурного сходства с дефенсинами, а также токсинами морских анемон - блокаторами калий-селективных каналов, что может быть следствием их дивергентной эволюции от общего предшественника. Установлено, что аурелин обладает антибактериальным и противогрибковым действием.

4. Сконструирована биотехнологическая система для гетерологичной экспрессии аурелина в Е. coli в составе гибридного белка. Получен штамм-продуцент, позволяющий экспрессировать гибридный белок, содержащий аурелин. Разработан способ получения, методика выделения и очистки рекомбинантного аурелина, полностью идентичного природному пептидному антибиотику, а также его аналога, меченного стабильным изотопом 15N. С использованием полученных рекомбинантных аналогов аурелина изучены физико-химические свойства пептида.

5. Сконструирована биотехнологическая система для гетерологичной экспрессии в клеках Е. coli буфорина-2, антимикробного пептида из желудка азиатской жабы Bufo bufo gargarizans. Получен штамм-продуцент, позволяющий экспрессировать с высоким выходом гибридный белок, содержащий буфорин-2. Разработан способ получения, методика выделения и очистки генно-инженерного буфорина-2, позволяющий получать рекомбинантный пептидный антибиотик, полностью идентичный природному по молекулярной массе, аминокислотной последовательности и антимикробной активности.

6. Выделен новый дефенсин из семян чечевицы Lens culinaris и установлена его структура. Определена полная последовательность кДНК, кодирующей белок-предшественник дефенсина чечевицы, и соответствующая ему полная аминокислотная последовательность. Установлено, что дефенсин чечевицы обладает активностью против фитопатогенных грибов. Проведен сравнительный анализ структурных и биологических характеристик нового дефенсина и ранее известных дефенсинов бобовых растений.

7. Сконструирована биотехнологическая система для гетерологичной экспрессии дефенсина чечевицы в клеках Е. coli. Получен штамм-продуцент, позволяющий экспрессировать гибридный белок, содержащий дефенсин чечевицы. Разработан способ получения, методика выделения и очистки генно-инженерного дефенсина, позволяющий получать антимикробный пептид, полностью идентичный природному пептидному антибиотику, а также его аналог, меченный стабильным изотопом использованием полученных рекомбинантных аналогов дефенсина чечевицы изучены физико-химические свойства пептида, показано сходство структур дефенсина чечевицы и других растительных дефенсинов.

8. В семенах чечевицы Lens culinaris обнаружено восемь новых липид-транспортирующих белков. Разработана методика выделения и установлена структура четырех липид-транспортирующих белков из семян чечевицы Lens culinaris. Установлены структуры полноразмерных кДНК, кодирующих белки-предшественники шести изоформ липид-транспортирующих белков из семян чечевицы Lens culinaris, и соответствующие им полные аминокислотные последовательности. Показано, что липид-транспортирующие белки чечевицы обладают антибактериальной активностью и ингибируют рост фитопатогенных грибов.

9. Сконструирована биотехнологическая система для гетерологичной экспрессии в клеках Е. coli липид-транспортирующего белка Lc-LTP2 из семян чечевицы Lens culinaris. Получен штамм-продуцент, позволяющий экспрессировать гибридный белок, содержащий липид-транспортирующий белок чечевицы. Разработан способ получения, методика выделения и очистки генно-инженерного липид-транспортирующего белка, позволяющие получить антимикробный пептид, полностью идентичный природному липид-транспортирующему белку, а также его аналог, меченный стабильным изотопом ISN. С использованием полученных рекомбинантных аналогов липид-транспортирующего белка чечевицы изучены физико-химические свойства пептида, показано сходство структур Lc-LTP2 и других растительных липид-транспортирующих белков. Установлено, что липид-транспортирующий белок чечевицы Lc-LTP2 является новым пищевым аллергеном. Lc-LTP2 внесен в международную базу данных по аллергенам как Len с 3.

10. Разработаны методики выделения и очистки антимикробных пептидов зервамицина ИВ и антиамебина I из мицелиальных спорообразующих грибов Emericellopsis salmocynnemata и Emericellopsis minima, соответственно, а также биотехнологический способ получения их аналогов, меченных стабильными изотопами "С и 15N. Используя 13С,15М-меченые аналоги зервамицина IIB и антиамебина I изучены физико-химические свойства пептаиболов в мембрано-моделирующих средах. На основании полученных данных предложена модель, описывающая различия в механизмах действия зервамицина и антиамебина. Выявлена нейротропная активность зервамицинов, изучено их влияние на локомоторную и поисковую активность, а также на температуру тела лабораторных животных.

11. Выделены новые антимикробные пептиды латероцидин и латероцин из штаммов аэробных грамположительных бактерий Brevibacillus laterosporus ВКПМ В-8287 и ВКПМ В-10531, соответственно, и установлена их первичная структура.

12. Выделен новый двухкомпонентный лантибиотик лихеницидин VK21 из штамма терморезистентных грамположительных бактерий Bacillus lichenifromis VK21 и установлена структура каждого его компонентов - пептидов Lcha и Lchß. Проанализированы структурные особенности лихеницидина VK21 в сравнении с другими лантибиотиками. Изучен спектр антибактериальной активности лихеницидина VK21 и исследован синергизм действия его компонентов — лантибиотиков Lcha и Lchß. Предложена модель, описывающая механизм антибактериальной активности двухкомпонентного лантибиотика лихеницидина VK21.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Овчинникова, Татьяна Владимировна, 2011 год

Список опубликованных работ по теме диссертации.

Статьи.

1. Shenkarev Z.O., Bafandin S.V., Trunov K.I., Paramonov A.S., Sukhanov S.V., Barsukov L.I., Arseniev A.S., Ovchinnikova T.V. Molecular mechanism of action of p-hairpin antimicrobial peptide arenicin: oligomeric structure in DPC micelles and pore formation in planar lipid bilayers // Biochemistry (USA). - 2011. - V.50. - P.6255-6265.

2. Salnikov E.S., Aisenbrey C., Balandin S.V., Zhmak M.N., Ovchinnikova T.V., Bechinger B. Structure and alignment of the membrane-associated antimicrobial peptide arenicin by oriented 15N and 31P solid-state NMR spectroscopy H Biochemisrty (USA). -2011. - V.50. - P.3784-3795.

3. Machan R., Hof M., Cheraovets Т., Zhmak M.N., Ovchinnikova T.V., Sykora J. Formation of arenicin-1 clusters in bilayers and their specific lipid interaction revealed by z-scan FCS // Analytical & Bioanalytical Chemistry. - 2011. - V.399. - P.3547-3554.

4. Novgorodov S.A., Wu B.X., Gudz T.I., Bielwaski J., Ovchinnikova T.V., Hannun Y.A., Obeid L.M. Novel pathway of ceramide production in mitochondria: thioesterase and neutral ceramidase produce ceramide from sphingosine and acyl-CoA // J. Biol. Chem. -2011. - V. 286. - P.25352-25362.

5. Shenkarev Z.O., Finkina E.I., Nurmukhamedova E.K., Balandin S.V., Mineev K.S., Nadezhdin K.D., Yakimenko Z.A., Tagaev A.A., Temirov Y.V., Arseniev A.S., Ovchinnikova T.V. Isolation, structure elucidation, and synergistic antibacterial activity of a novel two-component lantibiotic lichenieidin from Bacillus licheniformis VK21 // Biochemistry (USA). - 2010. - V.49. - P.6462-6472.

6. Stavrakoudis A., Tsoulos I.G., Shenkarev Z.O., Ovchinnikova T.V. Molecular dynamics simulation of antimicrobial peptide arenicin-2: р-hairpin stabilization by noncovalent interactions // Biopolymers. - 2009. - V.92. -No.3. - P.143-155.

7. Stegemann C., Kolobov A., Leonova Y.F., Shamova O., Ovchinnikova T.V., Kokryakov V.N., Hoffmann R. Isolation, purification and de novo sequencing of TBD-1, the first beta-defensin isolated from reptiles // Proteomics. - 2009. -V.9. - No.5. - P. 13641373.

8. Milov A.D., Samoilova R.I., Shubin A.A., Gorbunova E.Y., Mustaeva L.G., Ovchinnikova T.V., Raap J., Tsvetkov Y.D. Self-aggregation and orientation of the ionchannel forming zervamicin IIA in the membranes of ePC vesicles studied by CW EPR and ESEEM spectroscopy // Appl. Magnetic Reson.- 2009. - V.39. - P.75-84.

9. Шенкарёв 3.O., Люкманова E.H., Соложенкин О.И., Гагнвдзе И..Э, Некрасова О.В., Чупин В.В., Тагаев А.А., Якименко З.А., Овчинникова Т.В., Кирпичников В.П., Арсеньев А.С. Липид-белковые нанодиски: возможность применения для ЯМР-исследований мембранных белков и мембрано-активных пептидов // Биохимия. -2009. - Т.74. - Вып. 7. - С.933-945.

10. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Balandin S.V., Nadezhdin K.D., Paramonov A.S., Kokryakov V.N., Arseniev A.S. Molecular insight into mechanism of antimicrobial action of the р-hairpin peptide arenicin: specific oligomerization in detergent micelles// Biopolymers. - 2008. - V.89. - P.455-464.

11. Finkina E.I., Shramova E.I., Tagaev A.A., Ovchinnikova T.V. A novel defensin from the lentil Lens culinaris seeds // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2008. - V. 371. -No. 4. - P. 860-865.

12. Lyukmanova E.N., Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Sobol A.G., Ovchinnikova T.V., Chupin V.A., Kirpichnikov M.P., Blommers M.J.J., Arseniev A.S. Lipid-protein nanscale bilayers: a versatile medium for NMR investigations of membrane protein and membrane-active peptides // J. Am. Chem. Soc. -2008. - V. 130. - P.2140-214I.

13. Дьяченко И.А., Мурашев A.H., Овчинникова T.B. Особенности нейротропной активности зервамицинов IIA и IIB // Доклады Академии наук. - 2008. -Т.419. - №.3. - С.403-405.

14. Дьяченко И.А., Мурашев А.Н., Овчинникова Т.В. Исследование нейротоксичности пептаиболов зервамицинов // Токсикологический вестник. - 2008. -Т.З. - С.35-38.

15. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Nadezhdin K.D., Balandin S.V., Zhmak M.N., Kudelina I.A., Finkina E.I., Kokryakov V.N., Arseniev A.S. Recombinant expression, synthesis, purification, and solution structure of arenicin // Biochem. Biophys. Res. Commun. — 2007. - V.360. - No.l. - P.156-162.

16. Овчинникова T.B., Мурашев A.H. Ангибиотик-пептаибол зарвамицин обладает нейротропной активностью // Доклады Академии наук. - 2007. - Т.414. - №5. - С.707-709.

17. Ovchinnikova T.V., Levitskaya N.G., Voskresenskaya O.G., Yakimenko Z.A., Tagaev A.A., Ovchinnikova A.Y., Murashev A.N., Kamenskii A.A. Neuroleptic properties, of the ion channel-forming peptaibol zervamicin: locomotor activity and behavioral effects // Chemistry and Biodiversity. - 2007. - V.4. -No.6. - P. 1374-1387.

18. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Nadezhdin K.D., Bocharov E.V., Kudelina I.A., Skladnev D.A., Tagaev A.A., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Antiamoebin-I in methanol solution: rapid exchange between right-handed and left-handed Зю-helical conformations // Chemistry and Biodiversity. - 2007. - V.4. - No.6. - P.I219-1242.

19. Milov A.D., Tsvetkov Y.D., Gorbunova E.Y., Mustaeva L.G., Ovchinnikova T.V., Handgraaf J.-W., Raap J. Solvent effects on the secondary structure of the membrane-active zervamicin determined by PELDOR spectroscopy // Chemistry and Biodiversity. -2007.-V.4. -No.6.-P.1243-1255.

20. Финкина Е.И., Баландин C.B., Серебрякова M.B., Потапенко Н.А., Тагаев

A.А., Овчинникова Т.В. Выделение и первичная структура новых липид-транспортирующих белков из проращённых семян чечевицы (Lens culinaris) // Биохимия. -2007. - Т.72. - №4. - С.533-543.

21. Берлов М.Н., Кораблёва Е.С., Андреева Ю.А., Овчинникова Т.В., Кокряков

B.Н. Лактоферрин из нейтрофилов собаки: выделение, физико-химические и антимикробные свойства // Биохимия. - 2007. - Т.72. - №4. - С.551-559.

22. Ovchinnikova T.V., Balandin S.V., Aleshina G.M., Tagaev A.A., Leonova Y.F., Krasnodembsky E.G., Men'shenin A.V., Kakryakov V.N. Aurelin, a novel antimicrobial peptide from jellyfish Aurelia aurita with structural features of defensins and channel-blocking toxins//Biochem. Biophys. Res. Commun. -2006. - V.348. - No.2. - P.514-523.

23. Raap I, Hollander J., Ovchinnikova T.V., Swischeva N.V., Skladnev D.A., Kiihne S.. Trans and surface membrane bound zervamicin IIB: l3C-MAOSS-NMR at high spinning speed//J. Biomol. NMR.-2006. - V.35. - No.4. - P.285-293.

24. Шамова О.В., Орлов Д.С., Овчинникова Т.В., Сал Х.Г., Тверьянович И.А., Попова В.А., Орлов С.Б., Дюбин В.А., Кокряков В.Н. Антимикробные пептиды из лейкоцитов русского осетра (Acipenser guldenstadti) // Фундаментальные исследования. Биологические науки. - 2006. - №1. - С.10-13.

25. Rropacheva T.N., Salnikov E.S., Nguyen Н.-Н., Reissmann S., Yakimenko Z.A., Tagaev A.A., Ovchinnikova T.V., Raap J. Membrane association and activity of membered peptide antibiotics: zervamicin IIB, ampullosporin A and antioamoebin I // BBA. - 2005. -V.1715.-No.l-P.6-18.

26. Ovchinnikova T.V., Aleshina G.M., Balandin S.V., Krasnosdembskaya A.D., Markelov M.L., Frolova E.I., Leonova Y.F., Tagaev A.A., Krasnodembsky E.G., Kokryakov V.N. Purification and primary structure of two isoforms of arenicin, a novel antimicrobial peptide from marine polychaeta Arenicola marina II FEBS Lett. - 2004. -V.577. - No.1-2. - P.209-214.

27. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Balashova T.A., Yakimenko Z.A., Baru M.B., Mustaeva L.G., Raap J., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. High stability of the hinge region in the membrane-active peptide helix of zervamicin: paramagnetic relaxation enhancement studies // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2004. - V.325. - No.3- P.1099-1105.

28. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Peptaibol zervamicin IIB structure and dynamics refinement from trans-hydrogen bond J couplings // Biophys J. - 2004. - V.86. - No.6. - P. 3687-3699.

29. Мальцева A.JI., Алешина Г.М., Кокряков B.H., Овчинникова Т.В., Краснодембский Е.Г. Новые антимикробные пептиды из целомоцитов Asterias rubens // Вестник СпбГУ. - 2004. - Сер.З. - Вьш.4. - С.98-103.

30. Шенкарёв З.О., Парамонов А.С., Балашова Т.А., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С. Высокая стабильность шарнирного региона в спиральном каналообразующем антибиотике зервамицине IIB в растворе метанола по данным парамагнитного усиления ЯМР релаксации // Успехи современного естествознания. -2004. -т.2,- №6,- С. 62-63.

31. Ovchinnikova T.V., Shenkarev Z.O., Yakimenko Z.A., Swischeva N.V., Tagaev A.A., Skladnev D.A., Arseniev A.S. Biosynthetic uniform 13C,15N-labelling of zervamicin IIB. Complete 13C and 15N NMR assignment II L Pept'. Sci. - 2003. - V.9. - No. 11-12. -P.817-826.

32. Zolotarev Y.A., Dadayan A.K., Borisov Y.A., Dorokhova E.M., Kozik V.S., Vtyurin N.N., Bocharov E.V., Ziganshin R.N., Lunina N.A., Kostrov S.V., Ovchinnikova T.V., Myasoedov N.F. The effect of three-dimensional structure on the solid state isotope exchange of hydrogen in polypeptides with spillover hydrogen // Bioorg. Chem. (USA). -2003. - V.31. - No.6. - P.453-463.

33. Milov A.D., Tsvetkov Y.D, Gorbunova E.Y., Mustaeva L.G., Ovchinnikova T.V., Raap J. Self-aggregation of spin-labelled zervamicin IIA in the solvents of low polarity studies by PELDOR spectroscopy // Biopolymers. - 2002. - V.64. - No.6. - P.328-336.

34. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Efremov R.G., Yakimenko Z.A., Ovchinnikova T.V., Raap J., Arseniev A.S. Spacial structure of zervamicin IIB bound to DPC micelles. Implication for voltage-gating // Biophys. J. -2002. - V.82. - No.2. - P.762-771.

35. Крачковский С.А., Соболь А.Г., Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Якименко З.А., Азизбекян P.P., Кузнецова Н.И, Шамшина Т.Н., Арсеньев А.С. Выделение, биологические свойства и пространственная структура антибиотика лолоатина А // Биоорганическая химия. - 2002. - Т.28. - № 4. - С.298-302.

36. Складнев Д.А., Рогожкина Е.А., Кондакова Е.В., Швец В.И., Свищева Н.В., Якименко З.А., Шенкарёв З.О., Овчинникова Т.В., Раап Я. Получение изотопно модифицированного ,3С +!5N пептидного антибиотика зервамицина IIB // Биотехнология. - 2002. - Т.5. - С.33-41.

37. Bechinger В., Skladnev D.A., Ogrel A., Li X., Rogozhkina E.V., Ovchinnikova Т.V., O'Neil J.D., Raap J. 15N and 31P solid-state NMR investigation on the orientation of zervamicin IIB and alamethicin in phosphatidylcholine membranes // Biochemistry (USA). -2001. - V.40. -No.31. - P.9428-9437.

38. Korshnev D.M., Bocharov E.V., Zhuravlyova A.V., Orekhov V.Y., Ovchinnikova T.V., Billeter M., Arseniev A.S. Backbone dynamics of the channel-forming antibiotic zervamicin IIB studied by 15N NMR relaxation // FEBS Lett. - 2001. - V.495. - No. 1-2. -P.52-55.

39. Краснодембская А.Д., Алёшина Г.М., Лодыгин П.А., Овчинникова Т.В., Краснодембский Е.Г., Кокряков В.Н. Новые антимикробные пептиды из целомоцитов пескожила Arenicola marina (Polychaeta, Annelida) // Вестник СпбГУ. - 2001. - Сер.З. - Вып.4. - №27. - С. 104-108.

40. Меныленин А.В., Алёшина Г.М., Леонова Л.Е., Краснодембский Е.Г., Овчинникова Т.В., Кокряков В.Н. Дефенсиноподобные пептиды сцифоидной медузы Aurelia aurita // Вестник СПбГУ. - 2001. - Сер.З. - Вып.4. - №27. - С.99-103.

41. Balashova Т.А., Shenkarev Z.O., Tagaev А.А., Ovchinnikova T.V., Raap J., Arseniev A.S. NMR structure of the channel-former zervamicin IIB in isotropic solvents // FEBS Lett. - 2000,- V.466. - P.333-336.

42. Кухтина B.B., Вайзе К., Осипов А.В., Старков В.Г., Титов М.И., Есипов С.Е., Овчинникова Т.В., Цетлин В.И., Уткин Ю.Н. MALDI-масс-спектрометрия для идентификации белков в яде змей // Биоорганическая химия.- 2000. - Т. 26.- №11. - С. 803-807.

43. Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Свищева Н.В., Якименко З.А., Сазыкин Ю.О. Структурно-функциональное изучение семейства антибиотиков зервамицинов из Emericellopsis salmosynnemata // Биомедицинские технологии,- 1999.- Т.П. - С 1013.

44. Овчинникова Т.В., Тагаев А.А., Мартынова Н.Ю., Рысс И.С., Сазыкин Ю.О., Быков В.А. Выделение антибиотика-каналообразователя зервамицина из гриба Emericellopsis salmosynnemata 11 Биомедицинские технологии,- 1998.- Т.8. - С.78-80.

45. Зайцева Л.Г., Зайцев В.Г., Фенюк Б.А., Павлов П.Ф., Виленская Н.Д., Овчинникова Т.В., Плужников К.А„ Гришин Е.В., Гринкевич В.А. Исследование белкового состава ядов некоторых видов тропических муравьев и их влияние на Н+-АТФазу митохондрий // Биоорганическая химия. - 1995. - Т.21. - С. 563-370.

Обзор

46. Липкин В.М., Овчинникова Т.В.. Новейшие результаты в биоорганической химии и биотехнологии // Вестник Российской академии наук, 2010, т.80, №4, с. 356360.

Патенты

47. Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Баландин С.В., Нурмухамедова Э.К., Тагаев А.А., Темиров Ю.В., Финкина Е.И., Шенкарёв З.О., Якименко З.А. Пептид LanAl, выделенный из бактерии Bacillus licheniformis VK21, обладающий антимикробным действием // Заявка № 2009139393. Приоритет изобретения 27.10.2009 г. Решение о выдаче патента от 16.08.2010 г. Патент на изобретение RU 2408732. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10.01.2011 г.

48. Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Баландин С.В., Нурмухамедова Э.К., Тагаев А.А., Темиров Ю.В., Финкина Е.И., Шенкарёв З.О., Якименко З.А. Пептид LanA2, выделенный из бактерии Bacillus licheniformis VK21, обладающий антимикробным действием // Заявка № 2009139394. Приоритет изобретения

27.10.2009 г. Решение о выдаче патента от 12.08.2010 г. Патент на изобретение RU 2408604. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10.01.2011 г.

49. Овчинникова Т.В., Финкина Е.И., Баландин С.В. Плазмидный вектор pE-Lc-LTP, штамм бактерии Escherichia coli для экспрессии липид-транспортирующих белков чечевицы Lens culinaris и способ получения указанных белков // Заявка № 2009129838. Приоритет изобретения 04.08.2009 г. Патент на изобретение RU 2415940. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений 10.04.2011 г.

50. Баландин С.В., Финкина Е.И., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Плазмидный вектор pE-Trx-Aur, штамм Escherichia coli для экспрессии антимикробного пептида аурелина и способ получения указанного пептида // Заявка № 2009143085. Приоритет изобретения 24.11.2009 г. Решение о выдаче патента от

13.10.2010 г. Патент на изобретение RU 2412999. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 27.02.2011 г.

51. Азизбекян P.P., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С., Рубин А.Б., Кузнецова Н.И., Тагаев А.А., Шенкарёв З.О., Погосян С.И., Кузин А.И., Трунов К.И., Якименко З.А. Пептидный антибиотик бактериального происхождения латероцин, подавляющий развитие микроскопических водорослей // Заявка N»2010113715. Приоритет изобретения 08.04.2010 г. Решение о выдаче патента от 26.04. 2011 г.

52. Баландин С.В., Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК pE-Trx-Lc-def, штамм Escherichia coli для экспрессии антимикробного пептида дефенсина чечевицы Lens culinaris и способ получения указанного пептида // Заявка № 2010154169. Приоритет изобретения 30.12.2010 г.

53. Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК рЕТ-KSI-Buf2, кодирующая гибридный белок, содержащий антимикробный пептид буфорин-2, штамм Escherichia coli BL21(DE3)/pET-KSI-Buf2 - продуцент указанного белка и способ получения антимикробного пептида буфорина-2 // Заявка №2007130536. Приоритет изобретения 09.08.2007 г. Решение о выдаче патента от 18.08.2008 г. Патент на изобретение RU 2347811. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений 27.02.2009 г.

54. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Рекомбинантная плазмидная ДНК pE-His8-TrxL-Ar2, кодирующая гибридный белок, содержащий антимикробный пептид ареницин морского кольчатого червя Arenicola marina, и штамм Escherichia coli BL21(DE3)/pE-His8-TrxL-Ar2 - продуцент гибридного белка, содержащего ареницин // Заявка № 2006121112. Приоритет изобретения 16.06.2006 г. Решение о выдаче патента от 02.07.2007 г. Патент на изобретение RU 2316590.

Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10.02.2008 г.

55. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Способ получения антимикробного пептида ареницина // Заявка № 2006121111. Приоритет изобретения 16.06.2006 г. Решение о выдаче патента 12.07.2007 г. Патент на изобретение RU 2316595. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10.02.2008 г.

56. Овчинникова Т.В., Алешина Г.М., Баландин С.В., Маркелов М.Л., Краснодембская А.Д., Кокряков В.Н. Пептиды ареницины, выделенные из морского кольчатого червя Arenicola marina, обладающие антимикробным действием // Заявка №2004103808. Приоритет изобретения 10.02.2004 г. Решение о выдаче патента 11.04.2005 г. Патент на изобретение RU 2261866. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 10.10.2005 г.

57. Азизбекян P.P., Овчинникова Т.В., Шамшина Т.Н., Тагаев А.А., Смирнова Т.А., Якименко З.А., Кузнецова Н.И., Арсеньев А.С., Кузин А.И., Соболь А.Г., Орлова MB. Циклодекапептидный антибиотик широкого спектра антагонистического действия латероцидин. Штамм бактерий Brevibacillus laterosporus, обладающий широким спектром антагонистического действия, - продуцент антибиотика латероцидина // Заявка № 2002129351. Приоритет изобретения 05.11.2002 г. Патент на изобретение RU 2229520. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 27.05.2004 г.

Избранные тезисы докладов на международных конференциях.

58. Shenkarev Z.O., Balandin S.V., Trunov K.I, Paramonov A.S., Sukhanov S.V., Barsukov L.I., Arseniev A.S., Ovchinnikova T.V. Oligomeric structure in DPC micelles and pore formation in planar lipid bilayers give the insight into molecular mechanism of antimicrobial action of beta-hairpin peptide arenicin // Abstracts of the 36th FEBS Congress "Biochemistry for Tomorrow's Medicine". - Torino, Italy. -2011. - P. 124.

59. Овчинникова Т.В. Эндогенные антимикробные пептиды как молекулярные факторы врожденного иммунитета и прототипы лекарственных средств нового поколения // Труды VI Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». - Москва. - 2011,-Т. 1. - С. 122-123.

60. Пантелеев П.В., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Получение 15N-меченного рекомбинантного антимикробного пептида аурелина // Тезисы докладов XXIII зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. - 2011. -С.156.

61. Trunov K.I., Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Baurin P.V., Balandin S.V., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Spatial structure and backbone dynamics of asymmetric dimer of (3-hairpin antimicrobial peptide arenicin-2 in membrane mimicking environment // Abstracts of the Magnetic Resonance Conference "EUROMAR 2010". - Florence, Italy.-2010.-P.407.

62. Овчинникова Т.В. Разработка лекарственных средств нового поколения на основе природных антимикробных пептидов - молекулярных факторов врожденного иммунитета // Тезисы докладов V Московского международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития». - Москва. - 2009 - Т I -С.185-187.

63. Lyukmanova E.N., Shenkarev Z.O., Nekrasova O.V., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Lipid-protein nanodiscs: possible application in high-resolution NMR investigations of membrane proteins and membrane-active peptides // Abstracts of the Magnetic Resonance Conference "EUROMAR 2009". - Goteborg, Sweden.- 2009. - P.50.

64. Мельникова Д.Н., Финкина Е.И., Баландин C.B., Овчинникова Т.В. Гетерологическая экспрессия липид-транспортирующего белка чечевицы в клетках Е. coli // Тезисы Международной научной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященная 75-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова. Москва. - 2009. - Т.2. - С.137-140.

65. Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Исследование антимикробных пептидов беспозвоночных. // Тезисы докладов XX зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. - 2008. - С.19.

66. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Структурно-функциональная характеристика PR-белков из проращенных семян чечевицы Lens cuimaris И Тезисы докладов Международной научно-практической конференции «Биотехнология. Вода и пищевые продукты». Москва. - 2008. - С.227.

67. Shenkarev Z.O., Nadezhdin K.D., Lyukmanova E.N., Ovchinnikova T.V., Skjeldal L., Arseniev A.S. The р-hairpin containing membrane-active antimicrobial peptides: from spatial structure in membrane-mimicking media to mechanisms of action // Abstracts of the 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference "Biochemistry of Cell Regulation". - Athens, Greece. - 2008. - P. 175.

68. Lyukmanova E.N., Shenkarev Z.O., Ovchinnikova T.V., Chupin V.V., Blommers M.J., Arseniev A.S. Reconstiuted high density lipoprotein particles: a promising medium for high-resolution NMR investigations of membrane proteins and membrane-active peptides. Abstracts of the 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference "Biochemistry of Cell Regulation". - Athens, Greece. - 2008. - P.171.

69. Шенкарёв 3.O., Парамонов A.C., Надеждин К.Д., Гагнидзе Н.Э., Юрченко Ю.Ю., Люкманова Е.Н., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С. Структура и динамика каналообразующего пептидного антибиотика антиамебина I в различных мембрано-моделирующих средах // Тезисы докладов XV международной конференции «Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии». Симпозиум «Достижения современной биоорганической химии и перспективы их применения». - Гурзуф, Украина. - 2007,- С.306-308.

70. Shenkarev Z.O., Paramonov A.S., Nadezhdin K.D., Gagnidze I.E., Yurchenko Y.Y., Lyukmanova E.N., Bocharov E.V., Balashova T.A., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S.. Structure and dynamics of channel forming peptide antibiotic antiamoebin I in several membrane mimicking media // Abstracts of the International symposium «Nuclear magnetic resonance in condensed matter». The 4th meeting "NMR in life sciences". - Saint-Petersburg. - 2007,-P. 118.

71. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Выделение и первичная структура нового дефенсина из проращенных семян чечевицы Lens culinaris // Тезисы докладов IV Московского международного конгресса "Биотехнология: состояние и перспективы развития. - Москва. - 2007. - С.308.

72. Баландин С.В., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Новые антимикробные пептиды морских беспозвоночных // Тезисы докладов международной конференции по физико-химической биологии, посвященной 70-летию со дня рождения академика Ю.А.Овчинникова. -Москва. -2004. -С.31.

73. Шенкарёв З.О., Парамонов А.С., Балашова Т.А., Овчинникова Т.В., Арсеньев А.С. Высокая стабильность шарнирного региона в спиральном каналообразующем антибиотике зервамицине ПВ в растворе метанола по данным парамагнитного усиления ЯМР релаксации // Тезисы трудов XII международной конференции «Новые информационные технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии». - Гурзуф, Украина. - 2004. Успехи современного естествознания. - 2004. - Т.2. - №6. - С. 62-63.

74. Баршунина Е.В., Якименко З.А., Складнев Д.А., Овчинникова Т.В. Получение N-меченого пептидного антибиотика антиамебина I // Тезисы докладов XV зимней международной молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва - 2003 -С.21.

75. Shenkarev Z.O., Balashova Т.А., Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. Structure and dynamics of peptide ion channel zervamicin IIB in membrane mimic media // Abstracts of the XI International conference on new information technology in medicine, biology, pharmacology, and ecology. - Gurzuf, Ukraine. - 2003. -P.36.

76. Ovchinnikova T.V., Yakimenko Z.A., Swischeva N.V., Skladnev D.A., Raap J. Stable isotope labelling of the peptaibol antibiotics zervamicin IIB and antiamoebin I // Proceedings of the workshop "Peptaibols: biosynthesis, structural diversity and mode of action". - Jena, Germany. - 2002. - P.35.

77. Raap J., Milov A.D., Tsvetkov Yu.D., Ovchinnikova T.V., Formaggio F., Crisma M., Toniolo C. Pecularities of trichogin GA IV bound to the gram-positive bacterial cell // Proceedings of the workshop "Peptaibols: biosynthesis, structural diversity and mode of action". - Jena, Germany. - 2002. - P.25.

78. Ovchinnikova T.V., Baru M.B, Gorbunova E.Yu., Vazhenina I.V., Mustaeva L.G., Miroshnikov A.I., Raap J. Total solid phase synthesis of the biologically active peptaibol antibiotic zervamicin // Proceedings of the 18th International congress of biochemistry and molecular biology. - Birmingham, UK. - 2000. - P.195.

79. Shenkarev Z.O., Balashova T.A., Yakimenko Z.A, Ovchinnikova T.V., Arseniev A.S. NMR structure of the channel-former zervamicin IIB in isotropic solvents and DPC micelles: possible mechanism of the voltage activation // Abstracts of the Open Russian-Swedish conference "NMR in protein-protein and protein-DNA recognition". - Moscow -2000. - P.36.

80. Овчинникова T.B., Тагаев A.A., Мартынова Н.Ю., Сазыкин Ю.О. Исследование зервамицинов - антибиотиков группы пептаиболов // Материалы международной конференции «Фармацевическая биоэтика». - Москва - 1997 - С 66-67.

Избранные тезисы докладов на российских конференциях

81. Нурмухамедова Э.К., Баландин С.В., Овчинникова Т.В. Определение нуклеотидной последовательности и гетерологичная экспрессия генов предшественника лантибиотика LanAl и модифицирующего его фермента LanMl из штамма Bacillus licheniformis VK21 // Тезисы докладов XXII зимней молодежной

научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. - 2010. - С.110.

82. Корнева Е.А., Алёшина Г.М., Перекрест C.B., Кокряков В.Н., Баландин C.B., Финкина Е.И., Тагаев A.A., Овчинникова Т.В. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе пептидных антибиотиков животного происхождения // Тезисы итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2009 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы». Москва. - 2009. - С.42-43.

83. Мельникова Д.Н., Финкина Е.И., Баландин C.B., Овчинникова Т.В. Получение рекомбинантного липид-транспортирующего белка чечевицы обыкновенной Lens culinaris // Тезисы докладов XXI зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». -Москва.-2009.-С.66.

84. Овчинникова Т.В., Кокряков В.Н. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе природных пептидных антибиотиков - молекулярных факторов врожденного иммунитета // Тезисы докладов симпозиума «Результаты фундаментальных и прикладных исследований для создания новых лекарственных средств».- Москва. - 2008. - С. 147-148.

85. Меньшенин A.B., Алёшина Г.М., Кокряков В.Н., Корнева Е.А., Баландин C.B., Финкина Е.И., Якименко ЗА., Тагаев A.A., Овчинникова Т.В. Конструирование лекарственных средств нового поколения на основе пептидных антибиотиков животного происхождения // Тезисы итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2008 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы». - Москва. -2008.-С.126-127.

86. Овчинникова Т.В., Баландин C.B., Тагаев A.A., Финкина Е.И., Шенкарёв З.О., Якименко З.А. Создание лекарственных средств нового поколения на основе природных антимикробных пептидов // Тезисы докладов на конференции по научным направлениям Программы фундаментальных исследований РАН «Фундаментальные науки-медицине»,- Москва. -2008. - С.158-159.

87. Надеждин К.Д., Шенкарёв З.О., Баландин C.B., Овчинникова Т.В., Арсеньев A.C. Исследование пространственной структуры и механизмов специфической олигомеризацииО ß-структурного антимикробного пептида ареницина-2 // Труды 50-й научной конференции МФТИ. Часть IV «Молекулярная и биологическая физика». Москва-Долгопрудный. - 2007. - С.240-241.

88. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Новый дефенсин из семян чечевицы Lens culinary // Тезисы докладов III Российского симпозиума «Белки и пептиды». -Пущино. - 2007. - С.20.

89. Баландин C.B., Надеждин К.Д., Шенкарёв З.О., Кокряков В.Н., Арсеньев A.C., Овчинникова Т.В. Гетерологичная экспрессия и исследование пространственной структуры новых антимикробных пептидов ареницинов // Тезисы докладов XIX зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии". - Москва. - 2007. - С.23.

90. Баландин C.B., Овчинникова T.B. Получение рекомбинантных антимикробных пептидов морских беспозвоночных // Тезисы докладов XVIII зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. - 2006. - С.29.

91. Баландин C.B., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Новый антимикробный пептид аурелин из сцифоидной медузы Aurelia aurita: определение полной последовательности кДНК, кодирующей препроаурелин, и гетерологичная экспрессия в E.coli II Тезисы докладов VIII чтений, посвященных памяти академика Ю.А. Овчинникова. - Москва-Пущино. - 2006. - С.59.

92. Финкина Е.И., Баландин C.B., Овчинникова Т.В. Новый дефенсиноподобный белок из семян чечевицы обыкновенной Lens culinaris // Тезисы докладов XVIII зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. - 2006. - С.53.

93. Баландин C.B., Кокряков В.Н., Овчинникова Т.В. Структурные исследования новых антимикробных пептидов животного происхождения // Тезисы докладов XVII зимней молодежной научной школы "Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии". - Москва. - 2005. - С.31-32.

94. Кокряков В.Н., Алешина Г.М., Шамова О.В., Овчинникова Т.В. Антибиотические пептиды как эффекторные и регуляторные факторы врожденного иммунитета // Тезисы докладов объединенного иммунологического форума. -Екатеринбург. - 2004. - Russian Journal of Immunology. - 2004. - V.9 - Suppl.l. - P.73.

95. Алешина Г.М., Мальцева A.JI., Краснодембский Е.Г., Овчинникова Т.В. Антибиотические факторы морской звезды Asterias rubens II Тезисы докладов объединенного иммунологического форума. - Екатеринбург. - 2004. - Russian Journal of Immunology. - 2004. - V.9 - Suppl.l. - P.71.

96. Финкина Е.И., Овчинникова Т.В. Выделение белково-пептидных антибиотиков из семян чечевицы Ervum lens // Тезисы докладов XVI зимней молодежной научной школы «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». - Москва. -2004. - С.43.

97. Дьяченко И.А., Коршунов В.А., Мурашев А.Н., Свищева Н.В., Якименко З.А., Овчинникова Т.В. Исследование нейротропной активности антибиотика-пептаибола зервамицина // Тезисы трудов научной конференции ФИБХ РАН. - Пущино - 2004 -С.7.

98. Овчинникова Т.В., Алёшина Г.М., Потапенко H.A., Леонова Ю.Ф., Меныиенин A.B., Кокряков В.Н. Новый пептидный антибиотик из сцифоидной медузы Aurelia aurita И Тезисы докладов III съезда биохимического общества. -Санкт-Петербург. -2002. - С.556.

99. Якименко З.А., Свищева Н.В., Тагаев A.A., Овчинникова Т.В. Структурно-функциональное исследование антибиотиков-пептаиболов зервамицинов из гриба Emericellopsis salmosynnemata" II Тезисы трудов школы-конференции «Горизонты физико-химической биологии». - Пущино. - 2000. - С.111-112.

100. Горбунова Е.Ю., Бару М.Б., Важенина И.В., Мустаева Л.Г., Раап Я., Мирошников А.И., Овчинникова Т.В. Синтез биологически активных [D-Iva4] и [L-Iva ] зервамицинов IIB // Тезисы трудов отчетной конференции ФИБХ РАН -Пущино. - 1999. — С. 12-13.