Структурно-функциональная характеристика белков мембраны включения Chlamydia trachomatis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Басовский, Юрий Иванович

• Басовский, Юрий Иванович
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Басовский, Юрий Иванович

Список сокращений

Введение

Глава I. Обзор литературы

1.1. Общая характеристика хламидий

1.1.1. Классификация хламидий, вызывающих патологии у человека

1.1.2. Жизненный цикл хламидий

1.1.2.1. Инфицирование клетки. Ранние события (0-6 15 часов)

1.1.2.2. Развитие инфекции. Завершение 18 внутриклеточного цикла (6-72часа)

1.1.3. Организации промоторных областей хламидий. Сигма 19 факторы

1.2. Белки мембраны включения.

1.2.1. Гены белков мембраны включения в структуре генома 21 хламидий.

1.2.2. Экспрессионный профиль генов, кодирующих Inc-белки 22 хламидий.

1.2.3. История открытия Inc-белков.

1.2.4. Классификация Inc-белков по профилю гидрофобности.

1.2.5. Система секреции III типа у хламидий. Взаимосвязь с Inc- 28 белками.

1.2.6. Функции Inc-белков.

1.2.6.1. IncA.

1.2.6.2. IncG.

1.2.6.3. СТ229.

1.3. Взаимодействие хламидий с системой везикулярного транспорта в 41 клетке. Экзоцитозный путь.

1.3.1. Динеин-зависимый транспорт хламидийных включений в область аппарата Гольджи по системе микротрубочек.

1.3.2. Экзоцитозный путь в клетке. Взаимодействие хламидийного включения с Rab GTP-азами.

1.3.3. Локализация Inc-белков при экспрессии кодирующих их 47 генов в эукариотических клетках.

Глава II. Материалы и методы исследования.

2.1. Материалы.

2.1.1. Клеточные линии, бактериальные штаммы и плазмидные 51 векторы.

2.1.2. Реактивы.

2.1.3. Антитела и флуоресцентные красители.

2.1.4. Олигонуклеотиды.

2.2. Методы.

2.2.1. Выделение геномной ДНК С. trachomatis.

2.2.2. Выделение РНК из культуры клеток линии HeLa, 55 зараженных С. trachomatis.

2.2.3. Реакция обратной транскрипции.

2.2.4. Полимеразная цепная реакция.

2.2.5. Определение нуклеотидной последовательности 56 фрагментов генов, кодирующих Inc-белки С. trachomatis.

2.2.6. Реакция рестрикции.

2.2.7. Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля.

2.2.8. Реакция лигирования.

2.2.9. Культивирование клеточных культур Е. coli.

2.2.10. Трансформация клеток E.coli плазмидной ДНК.

2.2.11. Выделение плазмидной ДНК.

2.2.12. Поиск потенциальных промоторных областей Inc-белков.

2.2.13. Спектрофлюориметрический анализ активности 58 промоторных областей Inc-белков в клетках Е. coli.

2.2.14. Экспрессия генов incB и incC в клетках E.coli.

2.2.15. Масс-спектрометрический анализ рекомбинантных белков 60 His-IncB и His-IncC.

2.2.16. Выделение рекомбинантных белков IncB, IncC из клеток 61 E.coli.

2.2.17. Выделение цитоплазматической и мембранной фракций 61 трансфицированных клеток линии HeLa.

2.2.18 Получение антител к рекомбинантным белкам IncB, IncC

С. trachomatis.

2.2.19 Иммуноблот.

2.2.20. Окрашивание антителами к IncB, IncC незараженной и 63 зараженной С. trachomatis культуры клеток линии HeLa.

2.2.21. Трансфекция клеток линии HeLa.

2.2.22. Конфокальная микроскопия.

2.2.23. Флуоресцентное окрашивание плазматической мембраны, 64 ЭПР и аппарата Гольджи эукариотических клеток.

2.2.24. Подсчет параметров ко-локализации.

2.2.25. Дополнительное программное обеспечение.

Глава III. Результаты исследования. 67 3.1. Организация промоторных областей Inc-белков С. trachomatis.

3.1.1. Предсказание промоторных областей для генов, 67 кодирующих Inc-белки С. trachomatis штамма D. incB-incC оперон.

3.1.2. Клонирование промоторных областей Inc-белков С. trachomatis серовара D. 3.1.3. Анализ активности и сравнение "силы" промоторных 71 областей Inc-белков в клетках E.coli. 3.2. Определение локализации гидрофильных и гидрофобных доменов 72 IncC, IncG С. trachomatis в культуре клеток линии HeLa. 3.2.1. Клонирование гидрофильных(Ш) и гидрофобных^оЬ) 74 доменов IncC, IncG С. trachomatis.

3.2.2. Определение локализации рекомбинантных гидрофильных 78 и гидрофобных доменов Inc-белков С. trachomatis при экспрессии их генов в культуре клеток линии Hela.

3.2.3. Выявление ко-локализации рекомбинантных гидрофобных 83 доменов IncC, IncG С. trachomatis с эукариотическими органеллами при экспрессии кодирующих их генов в клетках линии HeLa.

3.3. Получение антител к IncB, IncC С. trachomatis.

Глава IV. Обсуждение результатов исследования.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональная характеристика белков мембраны включения Chlamydia trachomatis»

Актуальность работы. Внутриклеточные паразиты -микроорганизмы, идеально приспособленные для обитания внутри эукариотической клетки. В ходе эволюционного процесса постоянное совершенствование механизмов проникновения, выживания и размножения привело к появлению множества способов для адаптации данных микроорганизмов внутри эукариотических клеток. Одной из приоритетных задач внутриклеточных паразитов после проникновения в клетку-мишень является модулирование процессов, позволяющих избежать элиминации защитной системой клетки, ее эндосомно-лизосомного аппарата. Данная задача эффективно и специфично решается различными группами паразитов. Некоторые из них паразитируют в клетках, лишенных лизосомного аппарата (эритроциты млекопитающих; Plasmodium), другие локализуются в цитоплазме эукариотических клеток {Shigella, Listeria, Rickettsia), однако жизненный цикл большинства внутриклеточных паразитов протекает в особых мембранных везикулах, которые они формируют при проникновении в клетки-мишени (Coxiella, Salmonella, Chlamydia, Legionella). Как правило, внутри таких везикул создается комфортное жизненное пространство, благоприятствующее дальнейшему развитию паразита.

Изучение взаимодействия внутриклеточных паразитов с клеткой-хозяином было и остается одной из самых сложных задач современной молекулярной микробиологии. Это объясняется особенностями культивирования, невозможностью применения классических генетических методов к некоторым микроорганизмам (Chlamydia), а также наличием у данных микроорганизмов большого числа патоген-специфических генов, не имеющих функциональных аналогов (Кострюкова с соавт. 2006). Как правило, продукты именно этих генов используются внутриклеточными паразитами для подчинения метаболических процессов клетки-хозяина. Механизмы подобного подчинения весьма разнообразны - внутриклеточные паразиты синтезируют различные макромолекулы, искусно имитирующие, либо модифицирующие процессы перестройки цитоскелета, функционирования различных сигнальных и метаболических путей в клетке-хозяине (Hackstadt et ah, 1998, 2000, Salcedo et ah, 2005). До сегодняшнего дня расшифровка механизмов данных взаимодействий остается весьма непростой задачей.

Chlamydia trachomatis - грам-отрицательная эубактерия, облигатный внутриклеточный паразит, вызывающий ряд тяжелых заболеваний человека: трахому - поражение слизистой оболочки глаз, приводящее к слепоте, паховый лимфогранулематоз, урогенитальные хламидиозы, являющиеся одними из самых распространенных инфекций, передающихся половым путем. При этом, течение болезни в большинстве случаев практически бессимптомно, что способствует ее быстрому распространению в популяции, а также, при отсутствии должной терапии, может привести к серьезным осложнениям - сальпингитам, эктопической беременности, бесплодию, что особенно опасно для репродуктивного здоровья женщин, а также хроническим заболеваниям мочеполового тракта у мужчин: уретритам, эпидимитам, хроническому простатиту (Allan et ah, 1983).

Хламидии обладают уникальным двухфазным жизненным циклом, который позволяет им отлично адаптироваться к паразитированию внутри эукариотической клетки. Внутриклеточный цикл развития С. trachomatis протекает внутри особой мембранной вакуоли, называемой включением. Мембрана включения модифицируется уникальными хламидийными белками, наиболее интересными из которых является семейство Inc-белков (inclusion proteins, белки включения).

Inc-белки обнаружены у всех видов хламидий, причем их аналоги отсутствуют у каких-либо других известных организмов. Данные белки значительно отличаются между собой по первичной структуре, однако для всех Inc-белков характерно наличие двудольного гидрофобного домена, протяженностью 50-80 аминокислот, который, возможно, и определяет их локализацию в мембране включения (Bannantine et al., 2000). Большинство Inc-белков являются белками ранней фазы инфекции, их гены экспрессируются в течение первых двух часов после заражения. Гидрофильные домены некоторых Inc-белков располагаются на цитоплазматической поверхности мембраны включения и фосфорилируются кпназами клетки-хозяина (Rockey et al., 2002). Вышеприведенные факты делают обоснованным предположение о ключевой роли Inc-белков в жизненном цикле развития хламидий и взаимодействии с эукариотической клеткой, что и привлекает к ним внимание исследователей.

Тем не менее, механизмы патогенеза хламидийной инфекции, а так же механизмы взаимодействия с эукариотической клеткой остаются малопонятными. На сегодняшний день известны только три хламидийных белка, секретируемые в цитоплазму клетки-хозяина в процессе инфекции -специфическая протеиназа CPAF (Zhong et al., 2001), п два потенциальных эффектора системы секреции III типа у хламидий: белок, вызывающий реорганизацию актина TARP (Clifton et al., 2004) и ССА00037, функции которого неизвестны (Subtil et al., 2005), при этом сама мембрана включения непроницаема для пассивного транспорта внутрь включения метаболитов размером более 520Да (Heinzen et al., 1997). Также мало исследованы механизмы, благодаря которым хламидия избегает действия защитных систем клетки, главным образом ее эндосомно-лизосомного аппарата. Известно лишь, что маркеров, характерных для поздних эндосом, в мембране включения не обнаружено (Wyrick et al., 2000). Для транспортировки внутри инфицированной клетки хламидия использует ее транспортные системы, в том числе с участием моторного белка динеина (Clausen et al., 1997), однако роль мембраны включения в этих процессах остается невыясненной.

Таким образом, учитывая огромное клиническое значение хламидий, а также их уникальность среди всех внутриклеточных паразитов, изучение их взаимодействия с эукариотическими клетками является актуальной задачей как с научной, так и с медицинской точек зрения. Более того, именно белки мембраны включения, на основании всех вышеперечисленных фактов, могут играть ключевую роль в процессах взаимодействия паразита с клеткой.

Научная новизна и практическая значимость. В настоящей работе реализован один из походов к выявлению структурно-функциональной организации генов и белков мембраны включения семейства Inc С. trachomatis, а так же их роли в жизненном цикле хламидий. В результате показана принадлежность генов incB и гпсС С. trachomatis к одному оперону, установлена локализация промоторных областей генов incA, и оперонов incBC, incDEFG в геноме хламидий. Для промоторов данных генов предсказаны точки начала транскрипции, а так же -10 и -35 консервативные области. Проведено сравнение их активности в гетерологичной системе Е. coli с применением репортерной системы на основе GFP.

В качестве объекта для исследования структурно-функциональной характеристики белков мембраны включения нами были выбраны белки мембраны включения IncB, IncC, IncE, IncG, относящиеся к белкам ранней фазы инфекции, гены которых начинают экспрессироваться в течениие первых двух часов после заражения клетки. Основываясь на данных структурного анализа Inc-белков и предполагаемого расположения в мембране, полученных с использованием программы SOSUI, нами была определена локализация их рекомбинантных гидрофильных и гидрофобных доменов, слитых с репортерной молекулой GFP в культуре клеток линии HeLa. Полученные данные показали, что локализация полноразмерных IncC, IncG полностью определяется их гидрофобными доменами. При этом, используя метод сайт-направленного мутагенеза, лишь частично удалось добиться изменения локализации IncG в клетке.- Локализация IncC оставалась неизменной.

Для подтверждения функциональной роли гидрофобного домена IncC в распределении полноразмерного белка в клетке были получены рекомбинантные плазмидные векторы, в составе которых ген гидрофобного домена IncC находился в одной рамке считывания с генами гидрофильных доменов IncB, IncE, IncG. После трансфекции культур клеток линии HeLa два из трех химерных белков распределялись сходно с полноразмерным IncC.

Для определения возможной сортирующей последовательности, локализованной в гидрофобном домене IncC и ответственной за специфичную локализацию белка в эукариотической клетке, данный домен был разбит на несколько участков, формирующих определенные вторичные структуры в белке. Распределение полученных составных белков в эукариотической клетке показало отсутствие их тропности к определенным клеточным органеллам, характерной для полноразмерного белка IncC. Таким образом, сопоставляя полученные данные с результатами исследования мутантных форм Inc-белков можно прийти к выводу, что по крайней мере для IncC не характерно наличие каких-либо сортирующих последовательностей, определяющих специфичную локализацию в клетке. Для специфичного распределения белка необходим полноразмерный гидрофобный домен, обладающий определенной структурой.

Так же были получены поликлональные мышиные антитела для белков ранней фазы инфекции IncB, IncC биологическая функция которых не известна. Полученные антитела могут использоваться в дальнейшем как дополнительный инструмент в исследованиях функциональной роли Inc-белков в жизненном цикле С. trachomatis.

Полученные данные по структурно-функциональной организации Inc-белков могут быть в дальнейшем использованы для определения их роли в патогенезе хламидийной инфекции, а также для поиска белков-партнеров. Расшифровка молекулярных механизмов взаимодействия с эукариотической клеткой может стать основой для разработки новых лекарственных препаратов для терапии хламидиозов.

Цель работы: Определение структурно-функциональной организация генов и белков мембраны включения С. trachomatis.

Задачи:

1. Определение структуры оперона, находящегося под контролем промотора гена incB С. trachomatis.

2. Поиск и клонирование промоторных областей генов белков мембраны включения incA, incBC, incDEFG С. trachomatis в плазмидный вектор с репортерной системой на основе гена gfp.

3. Компьютерное моделирование структуры промоторных областей генов incA, incBC, incDEFG С. trachomatis и определение их активности в клетках Е. coli.

4. Клонирование генов, кодирующих гидрофильные и гидрофобные домены белков мембраны включения IncB, IncC, IncE, IncG С. trachomatis, в составе плазмидных векторов для их экспрессии в клетках линии HeLa.

5. Определение локализации рекомбинантных гидрофильных и гидрофобных доменов белков мембраны включения IncB, IncC, IncE, IncG С. trachomatis слитых с GFP в клетках линии HeLa.

6. Выявление ко-локализации гидрофобных доменов белков мембраны включения С. trachomatis с мембранными эукариотическими органеллами в клетках линии HeLa.

7. Получение антител к рекомбинантным полноразмерным белкам IncB, IncC.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Басовский, Юрий Иванович

Выводы:

1. Установлено, что гены incB, incC С. trachomatis принадлежат к одному оперону.

2. Промоторные области генов белков мембраны включения incA, incBC, incDEFG С. trachomatis клонированы в составе плазмидного вектора с репортерной системой на основе гена gfp. Определена их транскрипционная активность в клетках Е. coli.

3. Для экспрессии в линии клеток HeLa в составе плазмидных векторов клонированы гены, кодирующие гидрофильные и гидрофобные участки белков мембраны включения IncB, IncC, IncE, IncG С. trachomatis.

4. Определена локализация рекомбинантных гидрофильных и гидрофобных доменов белков мембраны включения IncB, IncC, IncE, IncG С. trachomatis слитых с GFP в клетках линии HeLa и выявлена их ко-локализация с органеллами, составляющими экзоцитозный путь эукариотической клетки.

5. Получены поликлональные антитела к рекомбинантным полноразмерным белкам IncB, IncC С. trachomatis.

Заключение.

Chlamydia trachomatis - облигатный внутриклеточный паразит, вызывающий ряд тяжелых заболеваний человека: трахому, паховый лимфогранулематоз, урогенитальные хламидиозы, являющиеся одними из самых распространенных инфекций, передающихся половым путем. Механизмы взаимодействия данного возбудителя с клеткой-хозяином остаются практически неизвестными. По мнению большинства исследователей, ключевую роль в этом процессе могут играть уникальные белки хламидий - белки мембраны включения.

В настоящей работе применен подход по исследованию структурно-функциональных свойств генов и белков мембраны включения семейства Inc в Е. coli и эукариотических клетках HeLa.

Определена принадлежность генов incB, incC к одному оперону. • Произведен поиск промоторных областей гена incA, оперонов incBC, incDEFG rr показана гомология с высоко-консервативными -10 и -35 областями промоторов Е. coli in silico. Показана и сравнена активность этих промоторов в клетках Е. coli.

Благодаря использованию метода конфокальной микроскопии и эукариотических клеток HeLa удалось показать, что специфичная локализация рекомбинантных IncC, IncG С. trachomatis в эукариотической клетке определяется их гидрофобными доменами. Подтверждена способность гидрофобного домена IncC транспортировть к плазматической мембране не только молекулу репортера, но и гидрофильные домены IncB, IncE. Показано, что для локализации в цитоплазматической мембране необходим цельный гидрофобный домен IncC. Методом сайт-направленного мутагенеза incC, incG лишь частично удалось выявить аминокислоты, критичные для специфичного распределения белка в клетке. Полученные данные по локализации рекомбинантных гидрофобных доменов Inc-белков подтверждены определением ко-локализации полученных белков с клеточными органеллами, составляющими экзоцитозный путь в клетке.

Таким образом, на примере IncC показано, что взаимодействие гидрофобных доменов Inc-белков с органеллами экзоцитозного пути в клетке требует корректно свернутой полноразмерной молекулы гидрофобного домена. Отдельные специфические сигнальные мотивы для IncC не обнаружены. Полученные данные могут использоваться для характеристики структурно-функциональных взаимодействий Inc-белков с эукриотической клеткой.

Также получены поликлональные антитела к белкам ранней фазы инфекции с использованием для этой цели полноразмерных рекомбинантных белков IncB, IncC. Таким образом, получен допонительный инструмент для характеризации роли Inc-белков в жизненном цикле хламидий.

Все эти данные, возможно, в дальнейшем позволят охарактеризовать взаимодействие Inc-белков с белками-партнерами в эукариотической клетке. Понимание молекулярных механизмов таких взаимодействий будет способствовать разработке новых эффективных препаратов для терапии хламидийной инфекции.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Басовский, Юрий Иванович, 2008 год

1. Е.С. Кострюкова, В.Н. Лазарев, Г.А. Титова, Т.А. Акопиан, С.А. Левицкий, В.М. Говорун. Экспрессия генов белков мембраны включения IncB и IncC Chlamydia trachomatis в Escherichia coli. // Биохимия, 2006, Т. 71, №3, стр. 333-340.

2. Allan I., Pearce J.H. Amino acid requirements of strains of Chlamydia trachomatis and C. psittaci growing in McCoy cells: relationship with clinical syndrome and host origin // J. Gen. Microbiol., 1983, vol. 129(7), pp. 20012007.

3. Anderson D.M., Schneewind O. Yersinia enterocolitica type III secretion: an mRNA signal that couples translation and secretion of YopQ // Mol. Microbiol., 1999a, vol. 31, pp. 1139-1148.

4. Alzhanov D., Barnes J., Hruby D.E., Rockey D.D. Chlamydial development is blocked in host cells transfected with Chlamydophila caviae incA. // BMC Microbiol., 2004, vol. 4, pp. 24-34.

5. Banik U., Wang G.A., Wagner P.D., Kaufman S. Interaction of phosphorylated tryptophan hydroxylase with 14-3-3 proteins. // J. Biol. Chem. 1997, vol. 272(42), pp. 26219-26225.

6. Bannantine J.P., Griffiths R.S., Viratyosin W., Brown W.J., Rockey D.D. A secondary structure motif predictive of protein localization to the chlamydial inclusion membrane. // Cell. Microbiol., 2000, vol. 2, pp. 35-47.

7. Bannantine J.P., Rockey D.D., Hackstadt T. Tandem genes of Chlamydia psittaci that encode proteins localized to the inclusion membrane // Mol. Microbiol., 1998a., vol. 28, pp. 1017-1026.

8. Bannantine J.P., Stamm W.E., Suchland R.J., Rockey D.D. Chlamydia trachomatis IncA is localized to the inclusion membrane and is recognized by antisera from infected humans and primates // Infect. Immun., 19986, vol. 66, pp. 6017-6021.

9. BaiT F.A. A novel Rab6-interacting domain defines a family of Golgi-targeted coiled-coil proteins // Curr. Biol., 1999, vol. 9(7), pp. 381-384.

10. Bavoil P. M., R. Hsia. Type III secretion in Chlamydia: a case of de ja" vu? // Mol. Microbiol., 1998, vol. 28, pp. 859-862.

11. Bavoil P., Ohlin A., Schachter J. Role of disulfide bonding in outer membrane structure and permeability in Chlamydia trachomatis II Infect. Immun., 1984, vol. 44, pp. 479^185.

12. Beraud-Dufour S., Balch W. A journey through the exocytic pathway. // J. Cell Sci., 2002, vol. 115(Pt 9), pp. 1779-1780.

13. Birkelund S., Johnsen H., Christiansen G. Chlamydia trachomatis serovar L2 induces protein tyrosine phosphorylation during uptake by HeLa cells // Infect. Immun., 1994, vol. 62, pp. 4900-4908.

14. Boone C.W., Ford L.E., Bond H.E., Stuart D.C., Lorenz D. Isolation of plasma membrane fragments from HeLa cells. // J. Cell Biol., 1969, vol. 41(2), pp. 378-92.

15. Brunet A., Bonni A., Zigmond M.J., Lin M.Z., Juo P., Hu L.S., Anderson M.J., Arden K.C., Blenis J., Greenberg M.E. Akt promotes cell survival byphosphorylating and inhibiting a Forkhead transcription factor. // Cell. 1999, vol. 96(6), pp. 857-868.

16. Byrne G.I., Moulder J.W. Parasite-specified phagocytosis of Chlamydia psittaci and Chlamydia trachomatis by L and HeLa cells // Infect. Immun., 1978, vol. 19, pp. 598-606.

17. Caldwell H.D., Kromhout J., Schachter J. Purification and partial characterization of the major outer membrane protein of Chlamydia trachomatis II Infect. Immun., 1981, vol. 31, pp. 1161-1176.

18. Carabeo R. A., Grieshaber S. S., Fischer E. Hackstadt T. Chlamydia trachomatis induces remodeling of the actin cytoskeleton during attachment and entry into HeLa cells // Infect. Immun., 2002, vol. 70, pp. 3793-3803.

19. Carabeo R.A., Grieshaber S.S., Hasenkrug A., Dooley C., Hackstadt T. Requirement for the Rac GTPase in Chlamydia trachomatis invasion of non-phagocytic cells // Traffic, 2004, vol. 5(6), pp. 418-425.

20. Chalfie M., Tu Y., Euskirchen G., Ward W.W., Prasher D.C. Green fluorescent protein as a marker for gene expression // Science, 1994, vol. 263(5148), pp. 802-805.

21. Clausen J.D., Christiansen G., Hoist H.U., Birkelund S. Chlamydia trachomatis utilizes the host cell microtubule network during early events of infection // Mol. Microbiol., 1997, vol. 25, pp. 441-449.

22. De Matteis M.A., Morrow J.S. Spectrin tethers and mesh in the biosynthetic pathway. // J. Cell Sci., 2000, vol. 113 ( Pt 13), pp. 2331-2343.

23. Douglas A.L., Hatch T.P. Mutagenesis of the P2 promoter of the major outer membrane protein gene of Chlamydia trachomatis. // J. Bacterid., 1996, vol. 178(19), pp.5573-5578.

24. Emre U., Sokolovskaya N., Roblin P.M., Schachter J., Hammerschlag M.R. Detection of anti-Chlamydia pneumoniae IgE in children with reactive airway disease // J. Infect. Dis., 1995, vol. 172(1) pp. 265-267.

25. Engel J.N., Ganem D. A polymerase chain reaction-based approach to cloning sigma factors from eubacteria and its application to the isolation of a sigma-70 homolog from Chlamydia trachomatis.// J. Bacterid., 1990, vol. 172(5), pp. 2447-2455.

26. Fahr M.J., Douglas A.L., Xia W., Hatch T.P. Characterization of late gene promoters of Chlamydia trachomatis. // J. Bacteriol. 1995, vol. 177(15), pp. 4252-4260.

27. Fantl W.J., Muslin A.J., Kikuchi A., Martin J.A., MacNicol A.M., Gross R.W., Williams L.T. Activation of Raf-1 by 14-3-3 proteins. //Nature. 1994, vol. 371(6498), pp.612-614.

28. Fawaz F.S., van Ooij C., Homola E., Mutka S.C., Engel J.N. Infection with Chlamydia trachomatis alters tyrosine phosphorylation and/or localization of several host cell proteins including cortactin // Infect. Immun., 1997, vol. 65, pp. 5301-5308.

29. Feilmeier B.J., Iseminger G., Schroeder D., Webber H., Phillips G.J. Green fluorescent protein functions as a reporter for protein localization in Escherichia coli II J. Bacteriol., 2000, vol. 182(14), pp. 4068-4076.

30. Fields K.A., Fischer E.R., Hackstadt T. Inhibition of fusion of Chlamydia trachomatis inclusions at 32 degrees С correlates with restricted export of IncA // Infect. Immun., 20026, vol. 70(7), pp. 3816-3823.

31. Fields K.A., Hackstadt T. Evidence for the secretion of Chlamydia trachomatis CopN by a type III secretion mechanism Mol. Microbiol., 2000, vol. 38, pp. 1048-1060.

32. Fields K.A., Hackstadt T. The chlamydial inclusion: Escape from the Endocytic Pathway // Annu. Rev. Cell Dev. Biol., 2002a, vol. 18, pp. 221-245

33. Fields K.A., Mead D.J., Dooley C.A. Hackstadt T. Chlamydia trachomatis type III secretion: evidence for a functional apparatus during early-cycle development// Mol. Microbiol., 2003, vol. 48 (3), pp. 671-683.

34. Fischer S.F., Vier J., Kirschnek S., Klos A., Hess S., Ying S., Hacker G. Chlamydia inhibit host cell apoptosis by degradation of proapoptotic BH3-only proteins // J. Exp. Med., 2004, vol. 200(7), pp. 905-916.

35. Friis R.R. Interaction of L cells and Chlamydia psittaci: entry of the parasite and host responses to its development // J. Bacterid., 1972, vol. 110, pp. 706721.

36. Fu H., Subramanian R.R., Masters S.C. 14-3-3 Proteins: Structure, Function and Regulation // Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol., 2000, vol. 40, 617-647.

37. Gelperin D., Weigle J., Nelson K., Roseboom R., Irie K., Matsumoto K., Lemmon S. 14-3-3 proteins: potential roles in vesicular transport and ras signalling in Saccharomyces cerevisiae II Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, vol. 92, pp. 11539-11543.

38. Grayston J.T., Aldous M.B., Easton A., Wang S.P., Kuo C.C., Campbell L.A., Altman J. Evidence that Chlamydia pneumoniae causes pneumonia and bronchitis // J. Infect Dis., 1993, vol. 168(5), pp. 1231-1235.

39. Grieshaber S. S., Grieshaber N. A., Hackstadt T. Chlamydia trachomatis utilizes host cell dynein to traffic to the microtubule-organizing center in a p50 dynamitin-independent process // J. Cell. Sci., 2003, vol. 116, pp. 37933802.

40. Grystone J.T. Infections caused by Chlamydia pneumoniae strain TWAR // Clin. Infect. Dis, 1992, vol. 15(5), pp. 757-761.

41. Gu L., Wenman W.M., Remacha M., Meuser R., Coffin J., Kaul R. Chlamydia trachomatis RNA polymerase alpha subunit: sequence and structural analysis. // J. Bacterid., 1995, vol. 177(9), pp. 2594-2601.

42. Hackstadt T. Redirection of host vesicle trafficking pathways by intracellular parasites // Traffic, 2000, vol. 1, pp. 93-99.

43. Hackstadt T. The diverse habitats of obligate intracellular parasites // Curr. Opin. Microbiol., 1998, vol.1, pp. 82-87.

44. Hackstadt Т., Fischer E.R., Scidmore M.A., Rockey D.D., Heinzen R.A. Origins and functions of the chlamydial inclusion // 1997, Trends Microbiol., vol. 5, pp. 288-293.

45. Hackstadt Т., M. Scidmore-Carlson A., Dooley C. A. Chlamydia trachomatis inclusion membrane protein required for intracellular development // Mol. Biol. Cell., 1999a, 10(Suppl. S):182A.

46. Hackstadt Т., Scidmore-Carlson M.A., Shaw E.I., Fischer E.R. The Chlamydia trachomatis IncA protein is required for homotypic fusion // Cell. Microbiol., 19996, vol. l,pp. 119-130.

47. Hahn D.L., Dodge R.W., Golubjatnicov R. Association of Chlamydia pneumoniae (strain TWAR) infection with wheezing, asthmatic bronchitis, and adult-onset asthma // JAMA, 1991, vol. 266(2), pp. 225-230.

48. Hambrock A., Loffler-Walz C, Quast U. Glibenclamide binding to sulphonylurea receptor subtypes: dependence on adenine nucleotides // Br. J. Pharmacol, 2002, vol. 136(7), pp. 995-1004.

49. Hanahan D.G. Studies on transformation of Escherichia coli with plasmids // J. Mol. Biol., 1983, vol. 166(4), pp. 557-580.

50. Hanson M.R., Kohler R.H. GFP imaging: methodology and application to investigate cellular compartmentation in plants // J. Exp. Bot, 2001, vol. 52(356), pp. 529-539.

51. Hatch T.P, Allan I, Pearce J.H. Structural and polypeptide differences between envelopes of infective and reproductive life cycle forms of Chlamydia spp // J. Bacterid., 1984, vol. 157, pp. 13-20.

52. Hatch T.P, Miceli M, Sublett J.E. Synthesis of disulfide-bonded outer membrane proteins during the developmental cycle of Chlamydia psittaci and Chlamydia trachomatis. // J Bacterid, 1986, vol. 165(2), pp. 379-385.

53. Heinzen R. A, Hackstadt T. The Chlamydia trachomatis parasitophorous vacuolar membrane is not passively permeable to low-molecularweight compounds // Infect. Immun, 1997, vol. 65, pp. 1088-1094.

54. Heinzen R.A, Scidmore M.A, Rockey D.D, Hackstadt T. Differential interaction with endocytic and exocytic pathways distinguish parasitophorous vacuoles of Coxiella burnetii and Chlamydia trachomatis // Infect. Immun,1996, vol. 64, pp. 796-809.

55. Hirokawa N. Kinesin and dynein superfamily proteins and the mechanism of organelle transport. // Science, 1998, vol. 279(5350), pp. 519-526.

56. Ho T.D, Starnbach M.N. The Salmonella enterica serovar typhimurium-encoded type III secretion systems can translocate Chlamydia trachomatis proteins into the cytosol of host cells // Infect. Immun, 2005, vol. 73(2), pp. 905-911.

57. Hsia R.C, Pannekoek Y, Ingerowski E, Bavoil P.M. Type III secretion genes identify a putative virulence locus of Chlamydia II Mol. Microbiol,1997, vol. 25, pp. 351-359.

58. Hueck C.J. Type III protein secretion systems in bacterial pathogens of animals and plants // Microbiol. Mol. Biol. Rev., 1998, vol. 62(2), pp. 379433.

59. Huh W.K., Falvo J.V., Gerke L.C., Carroll A.S., Howson R.W., Weissman J.S., O'Shea E.K. Global analysis of protein localization in budding yeast // Nature, 2003, vol. 425, pp. 686-691.

60. Ishihama A. Promoter selectivity of prokaryotic RNA polymerases. // Trends Genet., 1988 vol. 4(10), pp. 282-286.

61. Jarhede TK, Le Henaff M, Wieslander A. Expression of foreign genes and selection of promoter sequences in Acholeplasma laidlawii. Microbiology., 1995, vol. 141 ( Pt 9), pp. 2071-2079.

62. Jones D.H., Ley S., and Aitken A. Isoforms of 14-3-3 protein can form homo- and heterodimers in vivo and in vitro: implications for function as adapter proteins. // FEBS Microbiol. Lett., 1995, vol. 368, pp. 55-58.

63. Kalman S., Mitchell W., Marathe R., Lammel C., Fan J., Hyman R.W., Olinger L., Grimwood J., Davis R.W., Stephens R.S. Comparative genomes of Chlamydia pneumoniae and C. trachomatis II Nat. Genet., 1999, vol. 21(4), pp. 385-389.

64. Kauppi A.M., Nordfelth R., Uvell H., Wolf-Watz H., Elofsson M. Targeting bacterial virulence: inhibitors of type III secretion in Yersinia. // Chem. Biol. 2003, vol. 10(3) pp.241-249.

65. Knudsen K., A. S. Madsen, P. Mygind, G. Christiansen, S. Birkelund. Identification of two novel genes encoding 97- to 99-kilodalton outer membrane proteins of Chlamydia pneumoniae II Infect. Immun., 1999, vol. 67, pp. 375-383.

66. Lambden P.R., Everson J.S., Ward M.E., Clarke I.N. Sulfur-rich proteins of Chlamydia trachomatis: developmentally regulated transcription of polycistronic mRNA from tandem promoters. // Gene. 1990, vol. 87(1), pp. 105-112.

67. Laurila A.L., Von Hertzen L., Saikku P. Chlamydia pneumoniae and chronic lung diseases // Scand. J. Infect. Dis. Suppl., 1997, vol. 104, pp. 34-36.

68. Liu H.S., Jan M.S., Chou C.K., Chen P.H., Ke N.J. Is green fluorescent protein toxic to the living cells? // Biochem. Biophys. Res. Commun., 1999, vol. 260(3), pp. 712-717.

69. Liu, D, Bienkowska J., Petosa C., Collier R.J., Fu H., Liddington R. Crystal structure of the zeta isoform of the 14-3-3 protein. // Nature 1995, vol. 376, pp. 191-194.

70. Lloyd, S.A. Targeting exported substrates to the Yersinia TTSS: different functions for different signals? // Trends Microbiol. 2001, vol. 9, pp. 367-371

71. Lonetto M., Gribskov M., Gross CA. The sigma 70 family: sequence conservation and evolutionary relationships. // J. Bacterid., 1992 vol. 174(12), pp. 3843-3849.

72. Longbottom D., J. Findlay, E. Vretou, S. M. Dunbar. Immunoelectron microscopic localisation of the OMP90 family on the outer membrane surface of Chlamydiapsittaci IIFEMS Microbiol. Lett., 1998, vol. 164, pp. 111-117.

73. Longbottom D., Russell M., Jones G.E., Lainson F.A., Herring A.J. Identification of a multigene family coding for the 90 kDa proteins of the ovine abortion subtype of Chlamydia psittaci II FEMS Microbiol. Lett., 1996, vol. 142(2-3), pp. 277-281.

74. Majeed M., Kihlstrom E. Mobilization of F-actin and clatlirin during redistribution of Chlamydia trachomatis to an intracellular site in eucaryotic cells // Infect. Immun., 1991, vol. 59, pp. 4465-4472.

75. Manders E.M.M, Verbeek F.J. Aten J.A. Measurement of co-localization of object in dual-colour confocal images // J. Microscop., 1993, vol. 169, pp. 375-382.

76. Martoglio В., Dobberstein В. Signal sequences: more than just greasy peptides. // Trends Cell Biol., 1998, vol. 8(10), pp. 410-415.

77. Mathews S.A., Sriprakash K.S. The RNA polymerase of Chlamydia trachomatis has a flexible sequence requirement at the -10 and -35 boxes of its promoters. //J. Bacteriol., 1994, vol. 176(12), pp.3785-3789.

78. Melgosa M.P., Kuo C.C., Campbell L.A. Outer membrane complex proteins of Chlamydia pneumoniae // FEMS Microbiol. Lett., 1993, vol. 112, pp.199204.

79. Moran C.P. Jr., Lang N., LeGrice S.F., Lee G., Stephens M., Sonenshein A.L., Pero J., Losick R. Nucleotide sequences that signal the initiation of transcription and translation in Bacillus subtilis. // Mol. Gen. Genet., 1982, vol. 186(3), pp. 339-346.

80. Newhall W.J.V., Jones R.B. Disulfidelinked oligomers of the major outer membrane protein of chlamydiae // J. Bacteriol., 1983, vol. 154, pp. 9981001.

81. Nicholson T.L., Olinger L., Chong K., Schoolnik G., Stephens R.S. Global stage-specific gene regulation during the developmental cycle of Chlamydia trachomatis И J. Bacterid., 2003, vol. 185(10), pp. 3179-3189.

82. Nordfelth R., Kauppi A.M., Norberg H.A., Wolf-Watz H., Elofsson M. Small-molecule inhibitors specifically targeting type III secretion. // Infect. Immun. 2005, vol. 73(5), pp. 3104-3114.

83. Peeleng R.W., Brunham R.C. Chlamydiae as pathogens: new species and new issues // Emerg. Infect. Dis., 1996, vol. 2(4), pp. 307-319.

84. Pfeffer S.R. Transport-vesicle targeting: tethers before SNAREs. // Nat. Cell Biol., 1999, vol. 1(1), pp. E17-22.

85. Chlamydophila caviae (Chlamydia psittaci GPIC): examining the role of niche-specific genes in the evolution of the Chlamydiaceae II Nucleic. Acids. Res., 2003, vol. 31(8), pp. 2134-2147.

86. Rockey D.D., Heinzen R.A., Hackstadt T. Cloning and characterization of a Chlamydia psittaci gene coding for a protein localized in the inclusion membrane of infected cells //Mol. Microbiol., 1995, vol. 15, pp. 617-626.

87. Rockey D.D., Lenart J., Stephens R.S., 2000, Genome sequencing and our understanding of chlamydiae. Infect. Immun. 68(10): 5473-5479.

88. Rockey D.D., Marci A. Scidmore M. A., John P. Bannantine J. P., Wendy J. Brown W. J. Proteins in the chlamydial inclusion membrane // Microb. Infect., 2002a, vol. 4, pp. 333-340.

89. Rockey D.D., Viratyosin W., Bannantine J.P., Suchland R.J., Stamm W.E. Diversity within inc genes of clinical Chlamydia trachomatis variant isolates that occupy non-fusogenic inclusions // Microbiology, 20026, vol. 148, pp. 2497-2505.

90. Rosqvist R, Hakansson S., Forsberg A., Wolf-Watz H. Functional conservation of the secretion and translocation machinery for virulence proteins of yersiniae, salmonellae and shigellae // EMBO J., 1995, vol. 14, pp. 4187-4195.

91. Ross W., Gosink K.K., Salomon J., Igarashi K., Zou C., Ishihama A., Severinov K., Gourse R.L. A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase. // Science., 1993, vol. 262(5138), pp. 1407-1413.

92. Rzomp K. A., Scholtes L. D., Briggs B. J., Whittaker G. R., Scidmore M. A. Rab GTPases are recruited to chlamydial inclusions in both a species-dependent and species-independent manner // Infect. Immun., 2003, vol. 71, pp. 5855-5870.

93. Rzomp K.A., Moorhead A.R., Scidmore M.A. The GTPase Rab4 interacts with Chlamydia trachomatis inclusion membrane protein CT229 // Infect. Immun., 2006, vol. 74(9), pp. 5362-5373.

94. Salcedo S.P, Holden D.W. Bacterial interactions with the eukaiyotic secretoiy pathway // Curr. Opin. Microbiol, 2005, vol. 8, pp. 92-98

95. Sambrook J, Fritsch E.F, Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y, 1989.

96. Scales S.J, Chen Y.A., Yoo B.Y, Patel S.M, Doung Y.C, Scheller R.H. SNAREs contribute to the specificity of membrane fusion. // Neuron, 2000, vol. 26(2), pp. 457-464.

97. Schaumburg C.S, Tan M. Mutational analysis of the Chlamydia trachomatis dnaK promoter defines the optimal -35 promoter element. Nucleic Acids Res, 2003, vol. 31(2), pp.551-555.

98. Schramm N, Wyrick P.B. Cytoskeletal requirements in Chlamydia trachomatis infection of host cells // Infect. Immun, 1995, vol. 63, pp. 324332.

99. Scidmore M. A, Hackstadt T. Mammalian 14-3-3beta associates with the Chlamydia trachomatis inclusion membrane via its interaction with IncG // Mol. Microbiol, 2001, vol. 39(6), pp.1638-1650.

100. Scidmore M.A., Fischer E.R., Hackstadt T. Restricted fusion of Chlamydia trachomatis vesicles with endocytic compartments during the initial stages of infection // Infect. Immun., 2003, vol. 71(2), pp. 973-984.

101. Scidmore-Carlson M. A., Shaw E. I., Dooley C.A., Fischer E. R., Hackstadt T. Identification and characterization of a Chlamydia trachomatis early operon encoding four novel inclusion membrane proteins // Mol. Microbiol., 1999, vol. 33(4), pp. 753-765.

102. Shaw E.I., Dooley C.A., Fischer E.R., Scidmore M.A., Fields K.A., Hackstadt T. Three temporal classes of gene expression during the Chlamydia trachomatis developmental cycle // Mol. Microbiol., 2000, vol. 37, pp. 913— 925.

103. Shor A., Kuo C.C., Patton D.L. Detection of Chlamydia pneumoniae in coronary arterial fatty streaks and atheromatous plaques // S. Afr. Med. J., 1992, vol. 82(3), pp. 158-161.

104. Sisko J.L., Spaeth K., Kumar Y., Valdivia R.H. Multifunctional analysis of Chlamydia -specific genes in a yeast expression system // Mol. Microbiol., 2006, vol. 60(1), pp. 51-66.

105. Slepenkin A., Motin V., de la Maza L. M., Peterson E. M. Interaction between components of the type III secretion system of Chlamydiaceae II J. Bacterid., 2005, vol. 187(2), pp. 473-479.

106. Stamnes M. Regulating the actin cytoskeleton during vesicular transport. // Curr. Opin. Cell Biol., 2002, vol. 14(4), pp. 428-433.

107. Subtil A., Blocker A., Dautry-Varsat A. Type III secretion system in Chlamydia species: identified members and candidates // Microbes Infect., 2000, vol. 2(4), pp. 367-369.

108. Subtil A., Parsot C., Dautry-Varsat A. Secretion of predicted Inc proteins of Chlamydia pneumoniae by a heterologous type III machinery // Mol. Microbiol., 2001, vol. 39(3), pp. 792-800.

109. Suchland R. J., Rockey D. D., Bannantine J. P. Stamm W. E. Isolates of Chlamydia trachomatis that occupy nonfusogenic inclusions lack IncA, a protein localized to the inclusion membrane // Infect. Immun., 2000, vol. 68, pp. 360-367.

110. Suchland R.J., Rockey D.D., Weeks S.K., Alzhanov D.T., Stamm W.E. Development of Secondary Inclusions in Cells Infected by Chlamydia trachomatis II Infect. Immun., 2005, vol. 73(7), pp. 3954-3962.

111. Tan M., Engel J.N. Identification of sequences necessary for transcription in vitro from the Chlamydia trachomatis rRNA PI promoter. // J. Bacteriol., 1996, vol. 178(23), pp.6975-6982.

112. Tan M., Gaal Т., Gourse R.L., Engel J.N. Mutational analysis of the Chlamydia trachomatis rRNA P1 promoter defines four regions important for transcription in vitro. // J. Bacteriol., 1998, vol. 180(9), pp.2359-2366.

113. Thorn D.H., Grayston J.T., Siskovick D.S., Wang S.P.,Weiss N.S., Daling J.R. Association of prior infection with Chlamydia pneumoniae and angiographically demonstrated coronary artery disease // JAMA, 1992, vol. 268(1), pp. 68-72.

114. Thorson J.A., Yu L.W., Hsu A.L., Shih N.Y., Graves P.R., Tanner J.W., Allen P.M., Piwnica-Worms H., Shaw A.S. 14-3-3 proteins are required formaintenance of Raf-1 phosphorylation and kinase activity. // Mol. Cell Biol. 1998, vol. 18(9), pp. 5229-5238.

115. Toh H., Miura K., Shirai M., Hattori M In silico Inference of Inclusion Membrane Protein Family in Obligate Intracellular Parasites Chlamydiae // DNA Research, 2003, vol. 10, pp. 9-17.

116. Verbeke P., Welter-Stahl L., Ying S., Hansen J., Hacker G., Darville Т., Ojcius D.M. Recruitment of BAD by the Chlamydia trachomatis vacuole correlates with host-cell survival. // PLoS Pathog., 2006, vol. (5):e45.

117. Waldo G.S., Standish B.M., Berendzen J., Terwilliger T.C. Rapid protein-folding assay using green fluorescent protein // Nat. Biotechnol., 1999, vol. 17(7), pp. 691-695.

118. Ward M.E., Murray A. Control mechanisms governing the infectivity of Chlamydia trachomatis for HeLa cells: mechanisms of endocytosis // J. Gen. Microbiol., 1984, vol. 130, pp. 1765- 1780.

119. Wright C.S. Structural comparison of the two distinct sugar binding sites in wheat germ agglutinin isolectin II // J. Mol. Biol., 1984, vol. 178(1), pp. 91104.

120. Wylie J.L., Hatch G.M., McClarty G. Host cell phospholipids are trafficked to and then modified by Chlamydia trachomatis II J. Bacterid., 1997, vol. 179, pp. 7233-7242.

121. Wyrick P.B., Choong J., Davis C.H., Knight S.T., Royal M.O., Maslow A.S., Bagnell CR. Entry of Chlamydia trachomatis into polarized human epithelial cells // Infect. Immun., 1989, vol. 57, pp. 2378-2389.

122. Wyrick P.B., Intracellular survival by Chlamydia II Cell. Microbiol., 2000, vol. 2(4), pp. 275-282.

123. Xiao В., Smerdon S.J., Jones D.H., Dodson G.G., Soneji Y., Aitken A., Gamblin S.J. Structure of a 14-3-3 protein and implications for coordination of multiple signalling pathways. // Nature, 1995, vol. 376, pp.188-191.

124. Yang F., Moss L.G., Phillips Jr. The molecular structure of green fluorescent protein//Nat. Biotechnol., 1996, vol. 14, pp. 1246-1251.

125. Yang J., Winkler K., Yoshida M., Kornbluth S. Maintenance of G2 arrest in the Xenopus oocyte: a role for 14-3-3-mediated inhibition of Cdc25 nuclear import. // EMBO J., 1999, vol. 18(8), pp. 2174-83.

126. Zerial M., McBride H. Rab proteins as membrane organizers. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2001, vol. 2(2), pp. 107-117.

127. Zha J., Harada H., Yang E., Jockel J., Korsmeyer S.J. Serine phosphorylation of death agonist BAD in response to survival factor results in binding to 14-3-3 not BCL-X(L) // Cell. 1996, vol. 87(4), pp. 619-628.

128. Zhong G., Fan P., Ji H., Dong F., Huang Y. Identification of a chlamydial protease-like activity factor responsible for the degradation of host transcription factors // J. Exp. Med., 2001, vol. 193, pp.935-942.