Специфичность узнавания генов-мишеней транскрипционными факторами семейства NF-kB тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Британова, Людмила Валерьевна

• Британова, Людмила Валерьевна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Британова, Людмила Валерьевна

Введение.

Обзор литературы. Классический и альтернативный NF-kB пути: роль в иммунитете и факторы, определяющие специфичность действия

1. Структурные особенности NFkB и IkB белков.

2. Функциональная роль белков NFkB семейства.

3. Сигнальные каскады, ведущие к активации NFkB.

3.1. Классический NFkB путь и его роль во врожденном иммунитете.

3.2. Стнмул-зависимая индукция кнназной активности комплекса IKK.

3.3. Альтернативный NFkB путь и его роль в адаптивном иммунитете.

3.4. Стимулы, активирующие альтернативный NFkB путь.

4. Специфичность действия факторов NFkB семейства.

4.1. Временной контроль активности NFkB.

4.2. Контроль на уровне первичной последовательности сайта связывания.

4.3. Ко-факторы транскрипции.

4.4. Ковалентные пост-трансляционные модификации факторов семейства NFkB.

4.5. Структура хроматина как фактор, модулирующий активность NFkB.

Материалы и методы исследования

Клеточные культуры, трансфекция и получение суммарных лизатов.

Плазмиды.

Гель-ретардация.

Люциферазный тест.

Отбор высокоаффинных сайтов связывания из библиотеки случайных последовательностей (Random Site Selection).

Результаты и обсуждение

1. Экспрессия полноразмерных гетеродимерных факторов

RelB/p52 и RelA/p50 в эукариотических клетках.

2. Установление оптимального консенсуса связывания фактора RelB/p52 in vitro.

2.1. Статистический анализ результатов двух независимых экспериментов.

2.2. Консенсус сайта связывания фактора RelB/p52 по суммарным данным двух независимых экспериментов.

3. Сравнимая аффинность узавания сайтов связывания фактора RelB/p52 комплексами RelB/p52 и RelA/p

4. Отсутствие связывания полноразмерных гетеродимерных комплексов NF-kB с опубликованным сайтом BLC-kB из промотора гена cxcl 13 мыши.

5. Потенциальные регуляторные цис-элементы в промоторе гена хемокина CXCL13 - мишени альтернативного NFkB пути.

5.1. Два потенциальных NF-kB-зависимых цис-элемента в промоторе гена хемокина CXCL13.

5.2. Распознавание сайта h4 транскрипционным фактором Spl

6. Активность потенциальных регуляторных цис-элементов тЗ и h4 в контексте промотора in vivo.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Специфичность узнавания генов-мишеней транскрипционными факторами семейства NF-kB»

Индуцируемые транскрипционные факторы ответственны за изменение профиля экспрессии генов, приводящее к оптимальному по силе и продолжительности клеточному ответу. Одним из ключевых факторов такого рода является NF-kB, участвующий в регуляции множества физиологических реакций. Сложная роль факторов NF-kB в иммунитете часто описывается в рамках двух сигнальных путей, т.н. классического и альтернативного, в которые вовлечены димеры NF-kB различного субъединичного состава и которые активируют различные наборы генов. Классический (или канонический) сигнальный путь активируется разнообразными рецепторами врожденного и адаптивного иммунитета, включая То11-подобные рецепторы, антигенные рецепторы лимфоцитов и рецепторы провоспалительных цитокинов, и ведет к транскрипционной активации и продукции цитокинов, хемокинов, адгезионных молекул и ряда ферментов, участвующих в воспалительных реакциях. Альтернативный NF-kB путь, прежде всего, активируется рецепторами, принадлежащими суперсемейству TNFR. Лиганды к ряду рецепторов TNFR1 семейства способны активировать оба сигнальных каскада, однако именно альтернативный NF-kB путь в первую очередь отвечает за развитие и поддержание структуры лимфоидных органов и за ответ приобретенного иммунитета. Трудно переоценить важность получения научных знаний в данной области для медицины, так как система NF-kB задействована абсолютно во всех процессах, связанных с активацией иммунитета (как врожденного, так и приобретенного). Кроме того, NF-kB является важнейшим антиапоптотическим фактором клеток млекопитающих, что обуславливает интенсивное изучение системы NF-kB в онкологическом контексте.

Альтернативный NF-kB путь был открыт недавно и еще не изучен подробно, в частности, на данный момент не известно, что определяет специфичность его действия, т.е. активацию определенного набора генов, отличающегося от такового, характерного для активации классического пути. Простым и изящным объяснением такого рода специфичности могло бы стать дифференциальное связывание различных ДНК-последовательностей димерами NF-kB разного субъединичного состава.

Ключевыми исполнительными транскрипционными факторами в классическом и альтернативном сигнальных NF-kB каскадах являются гетеродимерные комплексы RelA/p50 и RelB/p52, соответственно, причем для последнего не описан консенсус сайта связывания. Поэтому актуально определение консенсусной последовательности связывания транскрипционного фактора RelB/p52 и ее сравнение с таковой для комплекса RelA/p50. Кроме того, гены-мишени альтернативного NF-kB пути выявлены в основном исходя из анализа генетических моделей, и молекулярные аспекты регуляции их транскрипции практически не известны. Следовательно, необходимо изучение структуры регуляторных областей таких генов, в частности, гена хемокина CXCL13 (также известного как BLC).

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Британова, Людмила Валерьевна

выводы

1. При помощи гиперэкспрессии в эукариотических клетках получены функциональные гетеродимерные комплексы полноразмерных зрелых белков семейства NF-kB.

2. С помощью аффинной селекции из пула олигонуклеотидов со случайной последовательностью ДНК впервые проклонирован репрезентативный набор участков связывания гетеродимерного транскрипционного фактора RelB/p52. На основании этой выборки определена консенсусная последовательность участка связывания RelB/p52 in vitro.

3. Впервые установлено, что полноразмерные гетеродимерные комплексы RelB/p52 и RelA/p50 при связывании с ДНК in vitro демонстрируют сходные предпочтения к последовательности ДНК в участке связывания. Таким образом, различие в биологических эффектах между RelB/p52 и RelA/p50 не определяется на уровне ДНК-белкового узнавания.

4. В промоторной области гена хемокина CXCL13 мыши обнаружены два новых потенциальных регуляторных участка, связывающих транскрипционные факторы семейств NF-kB и Spl.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Понимание молекулярных основ транскрипционной специфичности таких регуляторных факторов, как белки группы Rel/NF-kB, не только является основой наших фундаментальных знаний о клеточной физиологии, но и предоставляет теоретическую базу для разработки фармакологических препаратов. Альтернативный NF-kB путь представляет собой сигнальный каскад, незаменимый для полноценного ответа адаптивного иммунитета. Так как открыт он был относительно недавно, немного известно об условиях, обеспечивающих специфичность его действия относительно классического NF-kB пути. В данной работе мы показали, что эта специфичность не объясняется собственным свойством гетеродимерного комплекса RelB/p52 узнавать консенсусный участок связывания, отличный от такового для RelA/p50. Кроме того, так как наши результаты, полученные в экспериментах с использованием полноразмерных белков, экспрессированных в эукариотических клетках, противоречат ранее полученным данным по свойствам укороченных белков, экспрессированных в бактериях, то эта работа еще раз подчеркивает важность выбора адекватной системы для изучения того или иного биологического объекта.

Анализ проксимальной области промотора гена-мишени альтернативного NF-kB пути схс113 позволил локализовать два потенциальных регуляторных элемента, содержащих участки связывания транскрипционных факторов Rel/NF-kB и Spl. Кроме того, мы показали, что гетеродимеры RelA/p50 и RelB/p52 не проявляют различий в способности к связыванию с промотором гена хемокина CXCL13 и индукции транскрипции с этого промотора в системе с геном-репортером. Этот факт согласуется с данными о сходстве консенсусных сайтов связывания комплексов RelA/p50 и RelB/p52.

Таким образом, результаты данной работы указывают направление дальнейших исследований факторов и условий, определяющих специфичность действия альтернативного NF-kB пути, в частности, специфичность эффективного привлечения комплекса RelB/p52 к промоторам генов-мишеней.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Британова, Людмила Валерьевна, 2009 год

1. Ghosh S., May M.J., Корр Е.В. 1998. NF-kappa В and Rel proteins: evolutionarily conserved mediators of immune responses. Annu Rev Immunol. 16, 225-260.

2. Hayden M.S., Ghosh S. 2008. Shared principles in NF-kappaB signaling. Cell. 132, 344362.

3. Zhong H., May M.J., Jimi E., Ghosh S. 2002. The phosphorylation status of nuclear NF-kappa В determines its association with CBP/p300 or HDAC-1. Mol Cell 9, 625-636.

4. Cramer P., Muller C.W. 1999. A firm hand on NFkappaB: structures of the IkappaBalpha-NFkappaB complex. Structure. 7, Rl-6.

5. Escalante C.R., Shen L„ Thanos D., Aggarwal A.K. 2002. Structure of NF-kappaB p50/p65 heterodimer bound to the PRDIIDNA element from the interferon-beta promoter. Structure. 10,383-391.

6. Berkowitz В., Huang D.B., Chen-Park F.E., Sigler P.B., Ghosh G. 2002. The x-ray crystal structure of the NF-kappa В p50.p65 heterodimer bound to the interferon beta -kappa В site. J Biol Chem. 277,24694-24700.

7. Fusco A.J., Huang D.B., Miller D., Wang V.Y., Vu D., Ghosh G. 2009. NF-kappaB p52:RelB heterodimer recognizes two classes of kappaB sites with two distinct modes. EMBORep.lQ, 152-159.

8. Huang D.B., Vu D., Ghosh G. 2005. NF-kappaB RelB forms an intertwined homodimer. Structure. 13, 1365-1373.

9. Fusco A.J., Savinova O.V., Talwar R., Kearns J.D., Hoffmann A., Ghosh G. 2008. Stabilization of RelB requires multidomain interactions with pl00/p52. J Biol Chem. 283, 12324-12332.

10. Lee S.H., Hannink M. 2002. Characterization of the nuclear import and export functions of Ikappa B(epsilon). J Biol Chem. 277,23358-23366.

11. Palmer S., Chen Y.H. 2008. Bcl-З, a multifaceted modulator ofNF-kappaB-mediated gene transcription Immunol Res. 42, 210-218.

12. Gerondakis S., Grumont R., Gugasyan R., Wong L., Isomura I., Ho W., Banerjee A. 2006. Unravelling the complexities of the NF-kappaB signalling pathway using mouse knockout and transgenic models. Oncogene. 25, 6781-6799.

13. Pasparakis M., Luedde Т., Schmidt-Supprian M. 2006. Dissection of the NF-kappaB signalling cascade in transgenic and knockout mice. Cell Death Differ. 13, 861-872.

14. Beg A.A., Sha W.C., Bronson R.T., Ghosh S., Baltimore D. 1995. Embryonic lethality and liver degeneration in mice lacking the RelA component of NF-kappa B. Nature. 376,167170.

15. Beg A.A., Baltimore D. 1996. An essential role for NF-kappaB in preventing TNF-alpha-induced cell death. Science. 274, 782-784.

16. Prendes M., Zheng Y., Beg A. A. 2003. Regulation of developing В cell survival by RelA-containing NF-kappa В complexes. J Immunol. 171, 3963-3969.

17. Senftleben U., Li Z.W., Baud V., Karin M. 2001. IKKbeta is essential for protecting T cells from TNFalpha-induced apoptosis. Immunity. 14, 217-230.

18. Li M., Shillinglaw W., Henzel W .J., Beg A. A. 2001. The Rela(p65) subunit of NF-kappaB is essential for inhibiting double-stranded RNA-induced cytotoxicity. J Biol Chem. 276, 1185-1194.

19. Meffert M.K., Baltimore D. 2005. Physiological functions for brain NF-kappaB. Trends Neurosci. 28,37-43.

20. Zhang J. Y., Green C.L., Tao SKhavari P.A. 2004. NF-kappaB RelA opposes epidermal proliferation driven by TNFR1 and JNK. Genes Dev. 18, 17-22.

21. Burkly L., Hession C., Ogata L., Reilly C., Marconi L.A., Olson D., Tizard R., Cate R., Lo D. 1995. Expression of relB is required for the development of thymic medulla and dendritic cells. Nature. 373, 531-536.

22. Weih D.S., Yilmaz Z.B., Weih F. 2001. Essential role of RelB in germinal center and marginal zone formation and proper expression of homing chemokines. J Immunol. 167, 1909-1919.

23. Yilmaz Z.B., Weih D.S., Sivakumar V., Weih F. 2003. RelB is required for Peyer's patch development: differential regulation of p52-RelB by lymphotoxin and TNF. Embo J. 22, 121-130.

24. Corn R.A., Hunter C., Liou H.C., Siebenlist U., Boothby M.R. 2005. Opposing roles for RelB and Bcl-3 in regulation of T-box expressed in T cells, GATA-3, and Th effector differentiation J Immunol. 175, 2102-2110.

25. Kontgen F., Grumont R.J., Strasser A., Metcalf D., Li R., Tarlinton D., Gerondakis S. 1995. Mice lacking the c-rel proto-oncogene exhibit defects in lymphocyte proliferation, humoral immunity, and interleukin-2 expression Genes Dev. 9, 1965-1977.

26. Mintern J.D., Belz G., Gerondakis S., Carbone F.R., Heath W.R. 2002. The cross-priming APC requires a Rel-dependent signal to induce CTL. J Immunol. 168,3283-3287.

27. Sha W.C., Liou H.C., Tuomanen E.I., Baltimore D. 1995. Targeted disruption of the p50 subunit of NF-kappa В leads to multifocal defects in immune responses. Cell. 80, 321-330.

28. Cariappa A., Liou H.C., Horwitz B.H., Pillai S. 2000. Nuclear factor kappa В is required for the development of marginal zone В lymphocytes. J Exp Med. 192,1175-1182.

29. Artis D., Kane C.M., Fiore J., Zaph C., Shapira S., Joyce K., Macdonald A., Hunter C., Scott P., Pearce E.J. 2005. Dendritic cell-intrinsic expression of NF-kappa B1 is required to promote optimal Th2 cell differentiation. J Immunol. 174, 7154-7159.

30. Caamano J.H., Rizzo C.A., Durham S.K., Barton D.S., Raventos-Suarez C., Snapper C.M., Bravo R. 1998. Nuclear factor (NF)-kappa B2 (pl00/p52) is required for normal splenic microarchitecture and В cell-mediated immune responses. J Exp Med. 187, 185-196.

31. Carragher D., Johal R., Button A., White A., Eliopoulos A., Jenkinson E., Anderson G., Caamano J. 2004. A stroma-derived defect in NF-kappaB2-/- mice causes impaired lymph node development and lymphocyte recruitment J Immunol. 173, 2271-2279.

32. Carmody R.J., Ruan Q., Palmer S., Hilliard В., Chen Y.H. 2007. Negative regulation of tolllike receptor signaling by NF-kappaB p50 ubiquitination blockade. Science. 317, 675-678.

33. Massoumi R., Chmielarska K., Hennecke K., Pfeifer A., Fassler R. 2006. Cyld inhibits tumor cell proliferation by blocking Bcl-3-dependent NF-kappaB signaling. Cell. 125,665677.

34. Hoffmann A., Leung Т.Н., Baltimore D. 2003. Genetic analysis of NF-kappaB/Rel transcription factors defines functional specificities. Embo J. 22, 5530-5539.

35. Bonizzi G., Karin M. 2004. The two NF-kappaB activation pathways and their role in innate and adaptive immunity. Trends Immunol. 25,280-288.

36. Dejardin E. 2006. The alternative NF-kappaB pathway йот biochemistry to biology: pitfalls and promises for future drug development Biochem Pharmacol. 72, 1161-1179.

37. Scheidereit C. 2006. IkappaB kinase complexes: gateways to NF-kappaB activation and transcription. Oncogene. 25, 6685-6705.

38. Chen Z J. 2005. Ubiquitin signalling in the NF-kappaB pathway. Nat Cell Biol. 7, 758-765.

39. Wu С., Ghosh S. 2003. Differential phosphorylation of the signal-responsive domain of I kappa В alpha and I kappa В beta by I kappa В kinases. J Biol Chem. 278, 31980-31987.

40. Hoffmann A., Levchenko A., Scott M.L., Baltimore D. 2002. The IkappaB-NF-kappaB signaling module: temporal control and selective gene activation. Science. 298,1241-1245.

41. Beg A. A., Sha W.C., Bronson R.T., Baltimore D. 1995. Constitutive NF-kappa В activation, enhanced granulopoiesis, and neonatal lethality in I kappa В alpha-deficient mice. Genes Dev. 9, 2736-2746.

42. Cheng J.D., Ryseck R.P., Attar R.M., Dambach D., Bravo R. 1998. Functional redundancy of the nuclear factor kappa В inhibitors I kappa В alpha and I kappa В beta. J Exp Med. 188, 1055-1062.

43. Delhase M., Hayakawa M., Chen Y., Karin M. 1999. Positive and negative regulation of IkappaB kinase activity through IKKbeta subunit phosphorylatioa Science. 284, 309-313.

44. Senftleben U., Cao Y., Xiao G., Greten F.R., Krahn G., Bonizzi G., Chen Y„ Hu Y., Fong A., Sun S.C., Karin M. 2001. Activation by IKKalpha of a second, evolutionary conserved, NF-kappa В signaling pathway. Science. 293,1495-1499.

45. May MJ., D'Acquisto F., Madge L.A., Glockner J., Pober J.S., Ghosh S. 2000. Selective inhibition of NF-kappaB activation by a peptide that blocks the interaction of NEMO with the IkappaB kinase complex. Science. 289, 1550-1554.

46. Poyet J.L., Srinivasula S.M., Lin J.H., Fernandes-Alnemri Т., Yamaoka S., Tsichlis P.N., Alnemri E.S. 2000. Activation of the Ikappa В kinases by RIP via IKKgamma /NEMO-mediated oligomerization. J Biol Chem. 275,37966-37977.

47. Hu Y., Baud V., Delhase M., Zhang P., Deerinck Т., Ellisman M., Johnson R., Karin M. 1999. Abnormal morphogenesis but intact IKK activation in mice lacking the IKKalpha subunit of IkappaB kinase. Science. 284, 316-320.

48. Li Q., Lu Q., Hwang J.Y., Buscher D., Lee K.F., Izpisua-Belmonte J.C., Verma I.M. 1999. IKK 1-deficient mice exhibit abnormal development of skin and skeletoa Genes Dev. 13, 1322-1328.

49. Ни Y., Baud V., Oga Т., Kim K.I., Yoshida K., Karin M. 2001. IKKalpha controls formation of the epidermis independently of NF-kappaB. Nature. 410, 710-714.

50. Cao Y., Bonizzi G., Seagroves T.N., Greten F.R., Johnson R., Schmidt E.V., Karin M. 2001. IKKalpha provides an essential link between RANK signaling and cyclin D1 expression during mammary gland development Cell. 107, 763-775.

51. Maeda S., Chang L., Li Z.W., Luo J.L., Leffert H., Karin M. 2003. IKKbeta is required for prevention of apoptosis mediated by cell-bound but not by circulating TNFalpha Immunity. 19, 725-737.

52. Maeda S., Kamata H., Luo J.L., Leffert H., Karin M. 2005. IKKbeta couples hepatocyte death to cytokine-driven compensatory proliferation that promotes chemical hepatocarcinogenesis. Cell. 121,977-990.

53. Grossmann M., O'Reilly L.A., Gugasyan R., Strasser A., Adams J.M., Gerondakis S. 2000. The anti-apoptotic activities of Rel and RelA required during B-cell maturation involve the regulation ofBcl-2 expression. EmboJ. 19, 6351-6360.

54. Chen L.W., Egan L., Li Z.W., Greten F.R., Kagnoff M.F., Karin M. 2003. The two faces of IKK and NF-kappaB inhibition: prevention of systemic inflammation but increased local injury following intestinal ischemia-reperfusion. Nat Med. 9, 575-581.

55. Park J.M., Greten F.R., Wong A., Westrick R.J., Arthur J.S., Otsu K., Hoffmann A., Montminy M., Karin M. 2005. Signaling pathways and genes that inhibit pathogen-induced macrophage apoptosis—CREB and NF-kappaB as key regulators. Immunity. 23, 319-329.

56. Lawrence Т., Bebien M., Liu G.Y., Nizet V., Karin M. 2005. IKKalpha limits macrophage NF-kappaB activation and contributes to the resolution of inflammation. Nature. 434, 11381143.

57. Li Z.W., Omori S.A., Labuda Т., Karin M., Rickert R.C. 2003. IKK beta is required for peripheral В cell survival and proliferatioa J Immunol. 170, 4630-4637.

58. Pasparakis M., Schmidt-Supprian M., Rajewsky K. 2002. IkappaB kinase signaling is essential for maintenance of mature В cells. J Exp Med. 196, 743-752.

59. Rudolph D., Yeh W.C., Wakeham A., Rudolph В., Nallainathan D., Potter J., Elia A .J., Мак T.W. 2000. Severe liver degeneration and lack of NF-kappaB activation in NEMO/IKKgamma-deficient mice. Genes Dev. 14, 854-862.

60. Courtois G., Gilmore T.D. 2006. Mutations in the NF-kappaB signaling pathway: implications for human disease. Oncogene. 25, 6831-6843.

61. Kim S., La Motte-Mohs R.N., Rudolph D., Zuniga-Pflucker J.C., Мак T.W. 2003. The role of nuclear factor-kappaB essential modulator (NEMO) in В cell development and survival. Proc Natl Acad Sci USA. 100,1203-1208.

62. Schmidt-Supprian M., Courtois G., Tian J., Coyle A.J., Israel A., Rajewsky K., Pasparakis M. 2003. Mature T cells depend on signaling through the IKK complex. Immunity. 19, 377389.

63. Takada H., Chen N.J., Mirtsos C., Suzuki S„ Suzuki N., Wakeham A., Мак T.W., Yeh W.C. 2003. Role of SODD in regulation of tumor necrosis factor responses. Mol Cell Biol. 23,4026-4033.

64. Endres R., Hacker G., Brosch I., Pfeffer K. 2003. Apparently normal tumor necrosis factor receptor 1 signaling in the absence of the silencer of death domains. Mol Cell Biol. 23, 6609-6617.

65. Zhang S.Q., Kovalenko A., Cantarella G., Wallach D. 2000. Recruitment of the IKK signalosome to the p55 TNF receptor: RIP and A20 bind to NEMO (IKKgamma) upon receptor stimulation. Immunity. 12,301-311.

66. Ea C.K., Deng L., Xia Z.P., Pineda G., Chen Z.J. 2006. Activation of IKK by TNFalpha requires site-specific ubiquitination of RIP 1 and polyubiquitin binding by NEMO. Mol Cell. 22,245-257.

67. Kopp E., Medzhitov R. 2003. Recognition of microbial infection by Toll-like receptors. Curr Opin Immunol. 15,396-401.

68. Windheim M., Stafford M., Peggie M., Cohen P. 2008. Interleukin-1 (IL-1) induces the Lys63-linkedpolyubiquitinationofIL-l receptor-associated kinase 1 to facilitate NEMO binding and the activation of IkappaBalpha kinase. Mol Cell Biol. 28, 1783-1791.

69. Sun L., Deng L., Ea C.K., Xia Z.P., Chen Z.J. 2004. The TRAF6 ubiquitin ligase and TAK1 kinase mediate IKK activation by BCL10 and MALT1 in T lymphocytes. Mol Cell. 14,289301.

70. Hayden M.S., West A.P., Ghosh S. 2006. SnapShot: NF-kappaB signaling pathways. Cell. 127, 1286-1287.

71. Thome M. 2004. CARMA1, BCL-10 and MALT1 in lymphocyte development and activation. Nat Rev Immunol. 4, 348-359.

72. Su H., Bidere N., Zheng L., Cubre A., Sakai K., Dale J., Salmena L., Hakem R., Straus S., Lenardo M. 2005. Requirement for caspase-8 in NF-kappaB activation by antigen receptor. Science. 307,1465-1468.

73. Lee K.Y., D'Acquisto F., Hayden M.S., Shim J.H., Ghosh S. 2005. PDK1 nucleates T cell receptor-induced signaling complex for NF-kappaB activation. Science. 308,114-118.

74. Brenner D., Golks A., Kiefer F., Krammer P.H., Arnold R. 2005. Activation or suppression of NFkappaB by HPK1 determines sensitivity to activation-induced cell death. Embo J. 24, 4279-4290.

75. Basak S., Kim H., Kearns J.D., Tergaonkar V., O'Dea E., Werner S.L., Benedict C.A., Ware C.F., Ghosh G., Verma I.M., Hoffmann A. 2007. A fourth IkappaB protein within the NF-kappaB signaling module. Cell. 128, 369-381.

76. Coope H.J., Atkinson P.G., Huhse В., Belich M., Janzen J., Holman M.J., Klaus G.G., Johnston L.H., Ley S.C. 2002. CD40 regulates the processing of NF-kappaB2 plOO to p52. Embo J. 21, 5375-5385.

77. Dejardin E., Droin N.M., Delhase M., Haas E., Cao Y., Makris C., Li Z.W., Karin M., Ware C.F., Green D.R. 2002. The lymphotoxin-beta receptor induces different patterns of gene expression via two NF-kappaB pathways. Immunity. 17, 525-535.

78. Novack D.V., Yin L., Hagen-Stapleton A., Schreiber R.D., Goeddel D.V., Ross F.P., Teitelbaum S.L. 2003. The IkappaB function of NF-kappaB2 pi00 controls stimulated osteoclastogenesis. J Exp Med. 198, 771-781.

79. He J.Q., Zarnegar В., Oganesyan G., Saha S.K., Yamazaki S., Doyle S.E., Dempsey P.W., Cheng G. 2006. Rescue of TRAF3-null mice by pi 00 NF-kappa В deficiency. J Exp Med. 203,2413-2418.

80. P.L. 2007. Promiscuous mutations activate the noncanonical NF-kappaB pathway in multiple myeloma Cancer Cell. 12, 131-144.

81. Qu Z., Qing G., Rabson A., Xiao G. 2004. Tax deregulation of NF-kappaB2 plOO processing involves both beta-TrCP-dependent and -independent mechanisms. J Biol Chem. 279,44563-44572.

82. Matta H., Chaudhary P.M. 2004. Activation of alternative NF-kappa В pathway by human herpes virus 8-encoded Fas-associated death domain-like IL-1 beta-converting enzyme inhibitory protein (vFLIP). Proc Natl Acad Sci USA. 101, 9399-9404.

83. Ohmae Т., Hirata Y., Maeda S., Shibata W., Yanai A., Ogura K., Yoshida H., Kawabe Т., Omata M. 2005. Helicobacter pylori activates NF-kappaB via the alternative pathway in В lymphocytes. J Immunol. 175, 7162-7169.

84. Boehm Т., Scheu S., Pfeffer K., Bleul C.C. 2003. Thymic medullary epithelial cell differentiation, thymocyte emigration, and the control of autoimmunity require lympho-epithelial cross talk via LTbetaR. J Exp Med. 198, 757-769.

85. Kinoshita D., Hirota F., Kaisho Т., Kasai M., Izumi K., Bando Y., Mouri Y., Matsushima

86. A., Niki S., Han H., Oshikawa K., Kuroda N., Maegawa M., Irahara M., Takeda K., Akira S., Matsumoto M. 2006. Essential role of IkappaB kinase alpha in thymic organogenesis required for the establishment of self-tolerance. J Immunol. 176,3995-4002.

87. Zhang X., Wang H., Claudio E., Brown K., Siebenlist U. 2007. A role for the IkappaB family member Bcl-3 in the control of central immunologic tolerance. Immunity. 27,438452.

88. Kim D., Mebius R.E., MacMicking J.D., Jung S., Cupedo Т., Castellanos Y., Rho J., Wong

89. B.R., Josien R., Kim N., Rennert P.D., Choi Y. 2000. Regulation of peripheral lymph node genesis by the tumor necrosis factor family member TRANCE. J Exp Med. 192, 1467-1478.

90. Futterer A., Mink K., Luz A., Kosco-Vilbois M.H., Pfeffer К. 1998. The lymphotoxin beta receptor controls organogenesis and affinity maturation in peripheral lymphoid tissues. Immunity. 9, 59-70.

91. Shinkura R., Kitada K., Matsuda F., Tashiro K., Ikuta K., Suzuki M., Kogishi K., Serikawa Т., Honjo T. 1999. Alymphoplasia is caused by a point mutation in the mouse gene encoding Nf-kappa b-inducing kinase. Nat Genet. 22, 74-77.

92. Muller J.R., Siebenlist U. 2003. Lymphotoxin beta receptor induces sequential activation of distinct NF-kappa В factors via separate signaling pathways. J Biol Chem. 278, 1200612012.

93. Mebius R.E. 2003. Organogenesis of lymphoid tissues. Nat Rev Immunol. 3,292-303.

94. Alcamo E., Hacohen N., Schulte L.C., Rennert P.D., Hynes R.O., Baltimore D. 2002. Requirement for the NF-kappaB family member RelA in the development of secondary lymphoid organs. J Exp Med. 195,233-244.

95. Yin L., Wu L., Wesche H., Arthur C.D., White J.M., Goeddel D.V., Schreiber R.D. 2001. Defective lymphotoxin-beta receptor-induced NF-kappaB transcriptional activity in NIK-deficient mice. Science. 291,2162-2165.

96. Basak S., Shih V.F., Hoffmann A. 2008. Generation and activation of multiple dimeric transcription factors within the NF-kappaB signaling system. Mol Cell Biol. 28, 3139-3150.

97. Siebenlist U., Brown K., Claudio E. 2005. Control of lymphocyte development by nuclear factor-kappaB. Nat Rev Immunol. 5,435-445.

98. Claudio E„ Brown K., Park S., Wang H., Siebenlist U. 2002. BAFF-induced NEMO-independent processing of NF-kappa B2 in maturing В cells. Nat Immunol. 3,958-965.

99. Hsu B.L., Harless S.M., Lindsley R.C., Hilbert D.M., Cancro M.P. 2002. Cutting edge: BLyS enables survival of transitional and mature В cells through distinct mediators. J Immunol. 168, 5993-5996.

100. Marinari В., Costanzo A., Marzano V., Piccolella E., Tuosto L. 2004. CD28 delivers a unique signal leading to the selective recruitment of RelA and p52 NF-kappaB subunits on IL-8 and Bcl-xL gene promoters. Proc Natl Acad Sci USA. 101,6098-6103.

101. Yang C.H., Murti A., Pfeffer L.M. 2005. Interferon induces NF-kappa B-inducing kinase/tumor necrosis factor receptor-associated factor-dependent NF-kappa В activation to promote cell survival. J Biol Chem. 280, 31530-31536.

102. Weih F., Caamano J. 2003. Regulation of secondary lymphoid organ development by the nuclear factor-kappaB signal transduction pathway. Immunol Rev. 195, 91-105.

103. Lomada D., Liu В., Coghlan L., Hu Y., Richie E.R. 2007. Thymus medulla formation and central tolerance are restored in IKKalpha-/- mice that express an IKKalpha transgene in keratin 5+ thymic epithelial cells. J Immunol. 178, 829-837.

104. Zhang В., Wang Z., Ding J., Peterson P., Gunning W.T., Ding H.F. 2006. NF-kappaB2 is required for the control of autoimmunity by regulating the development of medullary thymic epithelial cells. J Biol Chem. 281, 38617-38624.

105. Akiyama Т., Maeda S., Yamane S., Ogino K., Kasai M., Kajiura F., Matsumoto M., Inoue J. 2005. Dependence of self-tolerance on TRAF6-directed development of thymic stroma Science. 308,248-251.

106. Natoli G., De Santa F. 2006. Shaping alternative NF-kappaB-dependent gene expression programs: new clues to specificity. Cell Death Differ. 13,693-696.

107. Werner S.L., Barken D., Hoffmann A. 2005. Stimulus specificity of gene expression programs determined by temporal control of IKK activity. Science. 309,1857-1861.

108. Huang D.B., Chen Y.Q., Ruetsche M., Phelps C.B., Ghosh G. 2001. X-ray crystal structure of proto-oncogene product c-Rel bound to the CD28 response element of IL-2. Structure. 9, 669-678.

109. Britanova L.V., Makeev V. J., Kuprash D.V. 2008. In vitro selection of optimal RelB/p52 DNA-binding motifs. Biochem Biophys Res Commun. 365, 583-588.

110. Leung Т.Н., Hoffmann A., Baltimore D. 2004. One nucleotide in a kappaB site can determine cofactor specificity for NF-kappaB dimers. Cell. 118,453-464.

111. Chen-Park F.E., Huang D.B., Noro В., Thanos D., Ghosh G. 2002. The kappa В DNA sequence from the HIV long terminal repeat functions as an allosteric regulator of HIV transcription. J Biol Chem. 277,24701-24708.

112. Perkins N.D. 2006. Post-translational modifications regulating the activity and function of the nuclear factor kappa В pathway. Oncogene. 25, 6717-6730.

113. Chew J., Biswas S., Shreeram S., Humaidi M., Wong E.T., Dhillion M.K., Teo H., Hazra A., Fang C.C., Lopez-Collazo E., Bulavin D.V., Tergaonkar V. 2009. WIP1 phosphatase is a negative regulator of NF-kappaB signalling. Nat Cell Biol. 11, 659-666.

114. Chen L.F., Williams S.A., Mu Y., Nakano H., Duerr J.M., Buckbinder L., Greene W.C. 2005. NF-kappaB RelA phosphorylation regulates RelA acetylation. Mol Cell Biol. 25, 7966-7975.

115. Hoberg J.E., Yeung F., Mayo M.W. 2004. SMRT derepression by the IkappaB kinase alpha: a prerequisite to NF-kappaB transcription and survival. Mol Cell. 16,245-255.

116. Dong J., Jimi E., Zhong H., Hayden M.S., Ghosh S. 2008. Repression of gene expression by unphosphorylated NF-kappaB p65 through epigenetic mechanisms. Genes Dev. 22,11591173.

117. Natoli G., Saccani S., Bosisio D., Marazzi I. 2005. Interactions of NF-kappaB with chromatin: the art of being at the right place at the right time. Nat Immunol. 6,439-445.

118. Hargreaves D.C., Horng Т., Medzhitov R. 2009. Control of inducible gene expression by signal-dependent transcriptional elongation. Cell. 138, 129-145.

119. Kunsch C., Ruben S.M., Rosen C.A. 1992. Selection of optimal kappa B/Rel DNA-binding motifs: interaction of both subunits of NF-kappa В with DNA is required for transcriptional activation. Mol Cell Biol. 12, 4412-4421.

120. Crooks G.E., Hon G., Chandonia J.M., Brenner S.E. 2004. WebLogo: a sequence logo generator. Genome Res. 14, 1188-1190.

121. Berg O.G., von Hippel P.H. 1987. Selection of DNA binding sites by regulatory proteins. Statistical-mechanical theory and application to operators and promoters. J Mol Biol. 193, 723-750.

122. Papatsenko D.A., Makeev V.J., Lifanov A.P., Regnier M., Nazina A.G., Desplan C. 2002. Extraction of functional binding sites from unique regulatory regions: the Drosophila early developmental enhancers. Genome Res. 12, 470-481.

123. Boeva V., Clement J., Regnier M., Roytberg M.A., Makeev V.J. 2007. Exact p-value calculation for heterotypic clusters of regulatory motifs and its application in computational annotation of cis-regulatory modules. Algorithms Mol Biol. 2, 13.

124. Chen F.E., Ghosh G. 1999. Regulation of DNA binding by Rel/NF-kappaB transcription factors: structural views. Oncogene. 18, 6845-6852.

125. Chen F.E., Huang D.B., Chen Y.Q., Ghosh G. 1998. Crystal structure of p50/p65 heterodimer of transcription factor NF-kappaB bound to DNA Nature. 391,410-413.

126. Bours V., Azarenko V., Dejardin E., Siebenlist U. 1994. Human RelB (I-Rel) functions as a kappa В site-dependent transactivating member of the family of Rel-related proteins. Oncogene. 9, 1699-1702.

127. Saccani S., Pantano S., Natoli G. 2003. Modulation of NF-kappaB activity by exchange of dimers. Mol Cell. 11, 1563-1574.

128. Ansel K.M., Ngo V.N., Hyman P.L., Luther S.A., Forster R., Sedgwick J.D., Browning J.L., Lipp M., Cyster J.G. 2000. A chemokine-driven positive feedback loop organizes lymphoid follicles. Nature. 406, 309-314.

129. Finke D„ Acha-Orbea H., Mattis A., Lipp M., Kraehenbuhl J. 2002. CD4+CD3- cells induce Peyer's patch development: role of alpha4betal integrin activation by CXCR5. Immunity. 17, 363-373.

130. Forster R., Mattis A.E., Kremmer E., Wolf E., Brem G., Lipp M. 1996. A putative chemokine receptor, BLR1, directs В cell migration to defined lymphoid organs and specific anatomic compartments of the spleen. Cell. 87,1037-1047.

131. Luther S.A., Ansel K.M., Cyster J.G. 2003. Overlapping roles of CXCL13, interleukin 7 receptor alpha, and CCR7 ligands in lymph node development J Exp Med. 197, 1191-1198.

132. Croxton R., Puto L.A., de Belle I., Thomas M., Torii S., Hanaii F., Cuddy M., Reed J.C. 2006. Daxx represses expression of a subset of antiapoptotic genes regulated by nuclear factor-kappaB. Cancer Res. 66, 9026-9035.

133. Dynan W.S., Tjian R. 1983. The promoter-specific transcription factor Spl binds to upstream sequences in the SV40 early promoter. Cell. 35, 79-87.

134. Marin M., Karis A., Visser P., Grosveld F., Philipsen S. 1997. Transcription factor Spl is essential for early embryonic development but dispensable for cell growth and differentiation. Cell. 89, 619-628.

135. Bouwman P., Philipsen S. 2002. Regulation of the activity of Spl-related transcription factors. Mol Cell Endocrinol. 195, 27-38.

136. Suske G., Bruford E., Philipsen S. 2005. Mammalian SP/KLF transcription factors: bring in the family. Genomics. 85, 551-556.

137. Zhao C., Meng A. 2005. Spl-like transcription factors are regulators of embryonic development in vertebrates. Dev Growth Differ. 47,201-211.

138. Yao P.L., Lin Y.C., Sawhney P., Richburg J.H. 2007. Transcriptional regulation of FasL expression and participation of sTNF-alpha in response to Sertoli cell injury. J Biol Chem. 282, 5420-5431.

139. Zhu N.L., Li C., Huang H.H., Sebald M., Londhe V.A., Heisterkamp N., Warburton D., Bellusci S., Minoo P. 2007. TNF-alpha represses transcription of human Bone Morphogenetic Protein-4 in lung epithelial cells. Gene. 393, 70-80.

140. Yan Y., Dalmasso G., Sitaraman S., Merlin D. 2007. Characterization of the human intestinal CD98 promoter and its regulation by interferon-gamma Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol. 292, G535-545.

141. Baetu T.M., Kwon H., Sharma S., Grandvaux N., Hiscott J. 2001. Disruption of NF-kappaB signaling reveals a novel role for NF-kappaB in the regulation of TNF-related apoptosis-inducing ligand expressioa J Immunol. 167, 3164-3173.

142. Xu J., Zhou J.Y., Wu G.S. 2006. Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand is required for tumor necrosis factor alpha-mediated sensitization of human breast cancer cells to chemotherapy. Cancer Res. 66, 10092-10099.

143. Xu Y., Fang F., Dhar S.K., St Clair W.H., Kasarskis E.J., St Clair D.K. 2007. The role of a single-stranded nucleotide loop in transcriptional regulation of the human sod2 gene. J Biol Chem. 282, 15981-15994.1. Благодарно сти