Создание прототипа ДНК-вакцины на основе обратной транскриптазы ВИЧ-1, повышение её иммуногенности тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат наук Латанова Анастасия Александровна

• Латанова Анастасия Александровна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Латанова Анастасия Александровна

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. ДНК-вакцины

1.1.1. Развитие технологии ДНК-вакцинации и её возможности

1.1.2. Представление ДНК-антигена иммунной системе

1.1.3. Пути оптимизации ДНК-вакцин для повышения их иммуногенности

1.1.3.1. Оптимизация кодируемого антигена (белка)

1.1.3.2. Оптимизация нуклеотидной последовательности антигена

1.1.3.3. Оптимизация вектора

1.1.3.4. Включение адъювантов

1.1.3.5. Схема вакцинации

1.1.3.6. Техника ДНК-вакцинации

1.1.3.7. Электропорация

1.1.4. Применение ДНК-вакцин в настоящее время

1.2. ВИЧ-1: характеристика вируса и вызываемой им инфекции, подходы к лечению

1.2.1. Строение и жизненный цикл ВИЧ-1. Обратная транскриптаза ВИЧ-1

1.2.2. Патогенез ВИЧ-1

1.2.3. Иммунный ответ на ВИЧ-1

1.2.4. Антиретровирусная терапия и лекарственная устойчивость ВИЧ-1

1.2.5. Вакцинация против ВИЧ-1. Клинические испытания ДНК-вакцин против ВИЧ-1

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2. 1. Объекты и материалы

2.1.1. Реактивы

2.1.2. Бактериальные штаммы и клеточные линии

2.1.3. Антитела

2.1.4. Ферменты

2.1.5. Праймеры

2.1.6. Пептиды

2.1.7. Среды и растворы для работы с клетками

2.2. Методы исследований

2.2.1. Клонирование фрагментов ДНК

2.2.1.1. Культивирование и хранение бактериальных штаммов

2.2.1.2. Амплификация фрагментов ДНК с помощью ПЦР

2.2.1.3. Электрофорез ДНК в агарозном геле

2.2.1.4. Выделение фрагментов ДНК из геля

2.2.1.5. Рестрикционный анализ ДНК

2.2.1.6. Лигирование фрагментов ДНК

2.2.1.7. Трансформация бактериальных клеток E. coli

2.2.1.8. Отбор положительных клонов после трансформации

2.2.1.9. Подготовка проб для секвенирования

2.2.2. Выделение плазмидной ДНК

2.2.3. Получение компетентных клеток E.coli

2.2.4. Получение гомодимеров/гетеродимеров RT в E. coli

2.2.5. Измерение активности полимеразы в белках, синтезированных в E. coli

2.2.6. Измерение активности РНКазы H в белках, синтезированных в E. coli

2.2.7. Генетические конструкции, используемые в работе

2.2.8. Работа с культурами эукариотических клеток

2.2.8.1. Культивирование

2.2.8.2.Хранение и заморозка

2.2.8.3. Трансфекция

2.2.8.4. Получение проб для вестерн-блота

2.2.8.5. Электрофорез белков в денатурирующем ПААГ

2.2.8.6. Перенос белков из ПААГ на мембрану

2.2.8.7. Иммуноокрашивание мембраны

2.2.8.8. Измерение полимеразной активности RT в лизатах клеток и культуральных жидкостях

2.2.8.9. Определение концентрации белка по методу Брэдфорд

2.2.8.10. Подсчёт накопления RT белков после вестерн-блота

2.2.8.11. Измерение времени полужизни белка с использованием циклогексимида

2.2.8.12. Изучение деградации белка с использованием ингибиторов клеточных протеаз

2.2.8.13. Флуоресцентная микроскопия

2.2.8.14. Измерение АФК (активных форм кислорода)

2.2.9. ДНК-иммунизация и in vivo электропорация мышей

2.2.10. Выделение переферических мононуклеарных клеток крови (PBMC) иммунизированных мышей

2.2.11. Выделение спленоцитов из селезёнок иммунизированных мышей

2.2.12. IFN-y Элиспот в PBMC и спленоцитах иммунизированных мышей

2.2.13. IFN-y/IL-2 Флуороспот в спленоцитах иммунизированных мышей

2.2.14. Проточная цитофлуориметрия клеток

2.2.15. Иммуноферментный анализ сывороток иммунизированных мышей

2.2.16. Регистрация in vivo биолюминесценции в иммунизированных мышах

2.2.17. Статистический анализ

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Дизайн вариантов обратной транскриптазы ВИЧ и их синтез эукариотическими

клетками

3.1.1. Дизайн вариантов RT

3.1.2. Синтез вариантов RT в клетках

3.2. Ингибирование активностей полимеразы и РНКазы H обратной транскриптазы

3.3. Характеристика обратной транскриптазы с множественными мутациями лекарственной устойчивости (RT 1.14-opt-in) в эукариотических клетках

3.3.1. Клеточная локализация RT1.14-opt-in

3.3.2. Деградация RT в клетках

3.3.3. Окислительный стресс, вызываемый при синтезе RT в клетках

3.4. Обратная транскриптаза с сигналом секреции (RT1.14-oil)

3.4.1. Дизайн гена

3.4.2. Синтез RT1.14-oil в эукариотических клетках

3.4.3. Локализация RT 1.14-oil

3.4.5. Деградация RT1.14-oil в клетках

3.4.6. Окислительный стресс в RT1.14-oil синтезирующих клетках

3.5. Иммуногенность обратной транскриптазы при ДНК-иммунизации мышей

3.5.1. Клеточный и антительный ответ у мышей, иммунизированных RT-кодирующими плазмидами

3.5.2. Иммуногенность RT c сигналом секреции

3.5.3. In vivo мониторирование иммунного ответа при иммунизации RT-кодирующими плазмидами

3.5.4. Влияние условий иммунизации на иммуногенность RT

3.5.4.1. Повторные иммунизации

3.5.4.2. Способы введения плазмид

3.5.4.3. Параметры электропорации

3.5.4.4. Добавление адъюванта - циклического ди-ГМФ

3.5.5. Влияние мутаций ЛУ на иммуногенность RT

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание прототипа ДНК-вакцины на основе обратной транскриптазы ВИЧ-1, повышение её иммуногенности»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования. Инфекция, вызываемая вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), является одной из главных проблем общественного здравоохранения. К концу 2017 года в мире насчитывалось около 37 миллионов носителей ВИЧ-1, и в течение того же года было зарегистрировано около 1,8 миллиона новых случаев заражения. Антиретровирусную терапию (АРТ) получают около 21,7 миллиона людей, живущих с ВИЧ, что составляет только 60% от ВИЧ-инфицированных во всём мире. АРТ повышает качество и продолжительность жизни, но требует пожизненного применения, строгого соблюдения режима приёма и имеет ряд побочных эффектов. Помимо этого, в ходе длительного применения АРТ её эффективность может снижаться из-за появления мутаций, придающих вирусу лекарственную устойчивость (ЛУ). При накоплении вторичных компенсаторных (адаптивных) мутаций возникают эффективно реплицирующиеся, не подавляемые АРТ варианты вируса. В настоящее время до 3 (5)% первичных инфекций приходится на лекарственно устойчивые варианты ВИЧ (ЛУ ВИЧ). Большая часть препаратов АРТ направлена на обратную транскриптазу ВИЧ (reverse transcriptase, RT), и поэтому возникающие в ней мутации ЛУ представляют особую угрозу. В связи с этим необходим новый подход к терапии ВИЧ, доступный большинству ВИЧ-пациентов и позволяющий предотвратить или, хотя бы затормозить развитие ЛУ. Одним из таких подходов может быть терапевтическая ДНК-иммунизация (вакцинация).

Степень разработанности темы исследования. ДНК-иммунизация является одним из наиболее активно разрабатываемых направлений иммунотерапии ВИЧ-1. Большинство создаваемых ДНК-вакцин против ВИЧ-1 направлено на профилактическое применение и только небольшое их число предназначено для иммунотерапии ВИЧ-инфекции. Следует отметить, что среди них нет препаратов, нацеленных на ЛУ формы вируса. Чтобы выявить параметры иммунного ответа, способные обеспечить защиту от инфекции при иммунопрофилактике или замедлить течение инфекции при иммунотерапии, в состав анти-ВИЧ ДНК-вакцин часто включают несколько генов, кодирующих как структурные, так и регуляторные белки ВИЧ. В ряде исследований у ВИЧ не-прогрессоров было показано формирование клеточного и антительного иммунного ответа к RT, являвшееся одним из факторов сдерживания инфекции. Это свидетельствует о рациональности включения RT в состав многокомпонентных ДНК-вакцин против ВИЧ. При этом необходима оптимизация RT как компонента ДНК-вакцины, с максимальным повышением её иммуногенности. Такая оптимизация требует применения ряда подходов к повышению эффективности ДНК-вакцин. Эти подходы включают оптимизацию дизайна кодируемого ДНК-вакциной антигена и вектора, а также способов его доставки и схемы иммунизации.

Цели и задачи исследования. Целью настоящего исследования является создание прототипа ДНК-вакцины на основе обратной транскриптазы (RT) ВИЧ-1, включая её лекарственно устойчивые (ЛУ) формы, и повышение его иммуногенности с применением различных подходов.

В задачи работы входило:

1. Разработать дизайн плазмид, кодирующих RT дикого типа и с мутациями лекарственной устойчивости, и получить их экспериментальные образцы.

2. Охарактеризовать свойства вариантов RT, кодируемых полученными плазмидами, в культурах клеток млекопитающих.

3. Сравнить иммуногенность вариантов RT, кодируемых полученными плазмидами, на мышиной модели.

4. Оценить влияние различных условий иммунизации на иммуногенность RT, кодируемой полученными плазмидами, на мышиной модели.

Научная новизна исследования. В данной работе современные подходы к ДНК-иммунизации были впервые системно применены для оптимизации дизайна и доставки RT антигена, с целью повышения его способности индуцировать клеточный и антительный иммунный ответ (иммуногенности). Было выявлено, что среди этих подходов наибольший вклад в иммуногенность RT внесло повышение уровня её синтеза в эукариотических клетках за счёт оптимизации нуклеотидной последовательности кодирующего её гена. Было установлено, что синтез RT вызывает окислительный стресс. Показана возможность применения лидерной последовательности неструктурного белка 1 вируса клещевого энцефалита в качестве сигнала для направления RT на секрецию, что позволило снизить уровень вызываемого RT окислительного стресса. Было выявлено, что иммунизация вариантами RT и дикого типа, и с мутациями ЛУ вызвала сходные по силе антительный и клеточный ответы. Однако при этом было показано, что использование в иммунизации RT с мутациями ЛУ приводило к частичной потере распознавания эпитопов, расположенных в участках с этими мутациями. В экспериментах in vivo был продемонстрирован эффекторный потенциал иммунного ответа на RT, в частности, его способность уничтожать RT-синтезирующие клетки в сайтах введения ДНК, кодирующей RT.

Теоретическая и практическая значимость работы. Полученные данные расширяют сведения о свойствах RT как фермента ВИЧ и вакцинного антигена. В частности, было установлено, что синтез RT индуцирует в клетках окислительный стресс, который может играть важную роль как в патогенезе вируса, так и в иммуногенности RT. В работе были созданы прототипы ДНК-вакцин на основе RT дикого типа и с мутациями ЛУ, которые обеспечивали синтез этих вариантов фермента в эукариотических клетках, а также индуцировали клеточный

и антительный ответ на RT в мышиной модели. Было продемонстрировано, что индуцируемый иммунный ответ способен уничтожать клетки, синтезирующие RT и ЛУ RT, в сайте инъекции, что особенно важно для терапевтической вакцины, которая должна элиминировать клетки, инфицированные различными, в том числе, ЛУ вариантами ВИЧ. Созданные прототипы ДНК-вакцин и подобранные условия иммунизации могут быть использованы как в доклинических испытаниях на приматах, так и в дальнейших клинических исследованиях.

Методология и методы исследования. В работе были использованы современные методы молекулярной биологии, иммунологии и вакцинологии: генная инженерия и работа с культурами эукариотических клеток, трансфекция клеток, получение рекомбинантных белков в бактериях, измерение ферментативной активности белков, флуоресцентная микроскопия, вестерн-блот, измерение активных форм кислорода в клетке, иммунизация мышей, in vivo введение ДНК методом электропорации, in vivo детекция биолюминесценции после введения мышам репортерной ДНК-конструкции, in vitro оценка иммунного ответа после иммунизации -Флуороспот и Элиспот, проточная цитофлуориметрия и иммуноферментный анализ.

Положения, выносимые на защиту.

1. Разработаны прототипы ДНК-вакцины на основе вариантов RT ВИЧ-1 субтипа В: дикого типа и с мутациями лекарственной устойчивости, ферментативно активных или инактивированных, кодируемых вирусными или оптимизированными по экспрессии синтетическими генами.

2. Оптимизация кодирующей последовательности повышает уровень синтеза RT в 5 раз. Кодируемая таким синтетическим геном RT имеет внутриклеточную локализацию, процессируется протеасомой и индуцирует в клетке окислительный стресс, так же как и RT, кодируемая вирусной последовательностью.

3. Оптимизация нуклеотидной последовательности гена, кодирующего RT в составе ДНК-вакцины, значительно повышает RT-специфический клеточный и антительный иммунный ответ. Мутации, ингибирующие ферментативную активность RT, не влияют на иммунный ответ. Мутации лекарственной устойчивости в RT приводят к изменению распознавания эпитопов в участках, несущих эти мутации.

4. Добавление сигнала секреции гетерологичного белка к RT обеспечивает её выведение из клетки, повышает её устойчивость к действию клеточных протеаз и снижает индукцию RT-специфического окислительного стресса, но не вызывает изменения силы и специфичности RT-специфического иммунного ответа

5. Для индукции RT-специфического ответа в иммунизации мышей наиболее эффективными подходами являются двукратная иммунизация с интервалом 4 недели, введение

ДНК с помощью инсулинового шприца или микроигл в сочетании с последующей электропорацией.

Степень достоверности и апробация результатов. Основные результаты работы были опубликованы в 4 статьях зарубежных профильных рецензируемых журналов и представлены на 6 международных конференциях.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. ДНК-вакцины

Вакцина - биологический препарат, вызывающий или усиливающий иммунитет к определённому заболеванию [1]. Как правило, вакцина включает в себя патоген - убитый, в ослабленной форме или его отдельные компоненты - антигены. Вводимые при вакцинации патогены или их антигены распознаются иммунной системой, и формируется иммунитет. Если в дальнейшем произойдёт заражение патогеном, иммунная система вакцинированных уже будет иметь компоненты защиты от инфекции, а также будет способна к более быстрой выработке полноценной защитной реакции.

Изобретение вакцин сыграло важнейшую роль в истории человечества, сохранив миллионы жизней. В настоящее время в клинической практике применяют вакцины против 26 инфекционных заболеваний, вызываемых вирусами, бактериями и протистами [2]. Гораздо большее количество вакцин находится на стадии разработки, доклинических и клинических исследований. Последние тридцать лет ведутся активные разработки ДНК-вакцин.

1.1.1. Развитие технологии ДНК-вакцинации и её возможности

В 1990 году Вольф с соавт. продемонстрировали возможность синтеза клетками чужеродного антигена, закодированного в инъецированной плазмидной ДНК: при внутримышечном введении мышам плазмид в миоцитах обнаружили кодируемые ими белки [3]. Позже Танг с соавт. впервые показали, что доставка в кожу золотых микрочастиц с нанесенной на них ДНК, кодирующей антиген, ведёт к образованию антиген-специфических антител [4]. Индукция иммунного ответа на хроническую вирусную инфекцию при введении ДНК впервые была продемонстрирована Ванг и соавт. [5]. В том же году Алмер и др. после внутримышечного введения мышам плазмид, кодирующих нуклеопротеин вируса гриппа, детектировали образование специфических цитотоксических лимфоцитов [6]. Эти и другие эксперименты положили начало активным испытаниям ДНК-вакцин как нового подхода к вакцинации. В 1998 году было проведено первое клиническое испытание ДНК-вакцин, в котором было показано, что доставка ДНК, кодирующей белки ВИЧ, безопасна и индуцирует ВИЧ-специфические антительный и клеточный ответы [7].

ДНК-вакцина представляет собой модифицированную бактериальную плазмиду, кодирующую антиген патогена и содержащую последовательности для его синтеза в организме млекопитающих, гены для наработки белка в Е.еоМ и селекции (Рисунок 1) [8]. ДНК-вакцины

обладают рядом преимуществ по сравнению с другими типами вакцин. После введения ДНК синтез антигена и его процессинг обеспечиваются клеточными механизмами [9], что приводит к формированию его естественной конформации и необходимым пост-трансляционным модификациям. Это способствует эффективной индукции иммунного ответа [10]. Кроме того, синтез ДНК-вакцинных антигенов продолжается длительное время, за счёт чего иммунная система активируется эффективнее, чем, например, вакцинами на основе рекомбинантных белков [11, 12]. Плазмиды не вирулентны, не вызывают аутоиммунной реакции, а кроме антигена, другие элементы плазмиды не индуцируют иммунный ответ, что позволяет проводить повторные вакцинации [13]. Кроме того, вероятность интеграции ДНК в геном меньше вероятности спонтанных мутаций [14]. Также в составе одной плазмиды можно доставить несколько антигенов [9]; плазмиды легко наработать в любом количестве, они устойчивы к действию температур (по сравнению с традиционными вакцинами), удобны в хранении и транспортировке [10]. Единственным возможным побочным эффектом ДНК-вакцинации может быть небольшое воспаление в сайте инъекции [10].

Бактериальная

ПолиА

Рисунок 1. Схема ДНК-вакцинного вектора (адаптировано по [8]). Помимо указанных на рисунке элементов, для повышения уровня синтеза антигена в плазмиду могут быть добавлены другие элементы (обозначены прямоугольниками).

1.1.2. Представление ДНК-антигена иммунной системе

ДНК-иммунизация индуцирует как врождённый, так и приобретённый (адаптивный) иммунитет. ДНК-вакцины также активируют антиген-презентирующие клетки (АПК), играющие роль посредника между врождённым и адаптивным иммунитетом.

При ДНК-иммунизации плазмида может быть захвачена миоцитами, кератиноцитами или АПК и проникает в цитоплазму, по всей видимости, в основном, путём эндоцитоза [15]. Ещё до начала синтеза антигена молекула ДНК активирует иммунную систему. Высвобождаясь из эндосомы в цитоплазме, она запускает реакции врождённого иммунитета [10, 16] за счёт содержащихся в ней «сигналов опасности» - PAMP (патоген-ассоциированных молекулярных паттернов) [17]. Эти молекулярные паттерны распознаются PRR (паттерн-распознающими рецепторами), находящимися на поверхности многих клеток организма. TLR - Toll-like receptors (мембранно-связанные рецепторы) - относятся к одному из классов PRR и играют важную роль во врождённом иммунитете; у человека известно 13 таких рецепторов (TLR1-13) [10]. На поверхности клеток и эндоцитозных компартментов присутствуют рецепторы TLR9, которые распознают плазмидные CpG-мотивы бактериального происхождения [18]. Это приводит к запуску MyD88-зависимых сигнальных путей, активации провоспалительных генов (Рисунок 2), активации АПК, их созреванию и миграции в лимфатические узлы, где АПК активируют адаптивный иммунитет путём представления антигенов Т-клеткам и В-клеткам [17, 19]. Распознавание PAMP клетками может также индуцировать выброс тканеспецифичных факторов - цитокинов, привлекающих и активирующих АПК в сайте инъекции [17].

У мышей, нокаутных по TLR9, при ДНК-иммунизации также активируется врождённый иммунный ответ [20]. Это объясняется наличием ряда других цитозольных рецепторов для ДНК: цГАМФ синтазы, DAI, AIM2, DHX29, IFI16, DNA-PK и др., которые после взаимодействия с ДНК запускают различные сигнальные пути [10] (Рисунок 2). Сигнальный адапторный белок STING является одним из ДНК-сенсоров, запускающим транскрипцию провоспалительных генов (Рисунок 2) [21]. STING участвует в распознавании бактериальных вторичных мессенджеров - циклических динуклеотидов: ди-ГМФ, ди-АМФ и недавно открытого вторичного мессенджера млекопитающих - циклического ГМФ-АМФ (цГАМФ). Это взаимодействие также запускает синтез провоспалительных цитокинов (IFN-P), что активирует АПК и влияет на адаптивный иммунный ответ. Активно разрабатывается использование синтетических циклических динуклеотидов в качестве адъювантов к вакцинам [21].

0 СрО-мотив

ДНК-вакцина

Дендритная клетка

Рисунок 2 (адаптировано по [10]). Активация врождённого иммунного ответа при ДНК-вакцинации. Пояснения даны в тексте. Дц - двухцепочечная ДНК.

В конечном счёте, плазмида транспортируется к ядру цитоскелетом и проникает в него во время митоза или, в неделящихся клетках, пересекает ядерную оболочку через комплексы ядерных пор с участием импортинов [15]. В ядре происходит транскрипция, образованные молекулы мРНК экспортируются в цитоплазму, где при их трансляции образуются белки-антигены. В протеасомах клетки они процессируются до антигенных пептидов, которые далее в составе молекул MHC класса I экспонируются на клеточной поверхности [22]. Таким образом антиген процессируется по эндогенному пути, то есть его синтез и процессинг происходят в одной клетке [23]. Однако после синтеза антигена в клетке он может секретироваться и попасть в другие клетки путём эндоцитоза. По отношению к этим клеткам он имеет экзогенное происхождение, поэтому будет процессирован по эндосом-лизосомному пути, в лизосомах [23]; полученные при этом антигенные пептиды будут экспонироваться на клеточной поверхности в составе молекул MHC класса II [22]. АПК, в которых произошёл процессинг антигена и образование комплексов антигенных пептидов с молекулами MHC, мигрируют в лимфатические узлы и презентируют эти комплексы клеткам адаптивной иммунной системы: MHC П-комплексы - СD4+, MHC ^комплексы - CD8+ Т-лимфоцитам, которые взаимодействуют с ними через Т-клеточные рецепторы (TCR). АПК также создают определённую цитокиновую среду, которая запускает дифференциацию Т-лимфоцитов и, соответственно, антиген-специфический адаптивный иммунный ответ [17].

По описанному выше механизму иммунный ответ формируется не только при ДНК-вакцинации, но и при вирусной инфекции или инъекции живой вакциной [10]. Однако ДНК может трансфицировать разные типы клеток, что приводит к разным способам презентации ДНК-вакцинных антигенов [10, 24] (Рисунок 3).

При внутримышечном введении ДНК происходит преимущественно трансфекция миоцитов и кератиноцитов. В них идёт синтез антигенов, их процессинг по протеасомному пути и презентация CD8+ Т-клеткам в составе молекул MHC класса I. Однако при этом полноценной активации иммунного ответа не происходит, поскольку для праймирования наивных CD8+ Т-клеток нужны костимулирующие сигналы, единственным источником которых являются АПК [25].

Если ДНК вводят внутрикожно, АПК, локализующиеся в сайте иммунизации, могут трансфицироваться напрямую. Также АПК могут захватить плазмиды в лимфатических узлах. Синтезируемые при этом в АПК антигены процессируются и презентируются CD8+ Т-клеткам в составе молекул MHC класса I, а поскольку АПК обеспечивают костимулирующие сигналы, они также праймируют наивные CD8+ Т-клетки [25]. Кроме того, в АПК возможен процессинг эндогенного антигена по экзогенному пути в лизосомах, и, соответственно, его дальнейшая презентация в составе молекул MHC класса II, праймирующая CD4+ Т-клетки [26, 27].

Возможно и кросс-праймирование (кросс-презентация) АПК. Если трансфицируются соматические клетки, то синтезированные в них антигены могут секретироваться в интактном виде или выйти во внеклеточное пространство в составе апоптотических телец, образованных после гибели соматических клеток. Эти антигены могут быть захвачены АПК, процессироваться в эндосоме и презентироваться в составе MHC класса II [24]. Эти антигены также могут попасть из эндосомы в цитозоль, процессироваться протеасомой и презентироваться в составе MHC класса I, праймируя (кросс-праймируя) CD8+ Т-клетки [28]. Следовательно, АПК способны к праймированию наивных как CD4+, так и CD8+ Т-клеток.

Таким образом, при ДНК-вакцинации происходит эффективная активация и CD4+, и CD8+ Т-клеток. После активации CD4+ Т-клеток, в зависимости от цитокинового окружения, они дифференцируются в различные субтипы. Основная часть CD4+ Т-клеток дифференцируется в ТЫ и ^2-клетки (T helper, Т-хелперы), производящие преимущественно цитокины Th1 или Th2 типа, соответственно, а также в CD4+ Т-клетки памяти [23]. Активируются и другие классы CD4+ клеток, со специфическими функциями: Th17, Treg (регуляторные), Tfh (фолликулярные) [23]. CD4+ Th1 клетки преимущественно продуцируют цитокины IFN-y, IL-2 и TNF-a, способствующие уничтожению внутриклеточных патогенов, или обеспечивают активацию макрофагов и дифференцировку CD8+ Т-клеток [29]. CD4+ клетки Th2-ram продуцируют цитокины IL-4, IL-5 и IL-13, способствующие защите от

Рисунок 3 (адаптировано по [24]). Механизм презентации ДНК-антигена адаптивной иммунной системе. Пояснения даны в тексте.

внеклеточных патогенов [30], а также необходимы для функционирования самих CD4+ Т-клеток [22] и антительного ответа. Активированные СD8+ Т-клетки, в зависимости от цитокинового окружения, дифференцируются в эффекторные CD8+ Т-клетки и CD8+ Т-клетки памяти [17]. Цитотоксические эффекторные CD8+ Т-клетки способны убивать инфицированные клетки и патогены напрямую или за счёт секреции специфических противовирусных цитокинов [22]. Из существующих ранее вакцин только живые вакцины активировали этот тип клеток, в настоящее время такой способностью обладают ДНК-вакцины, а также вакцины на основе вирусных векторов [31].

ДНК-вакцины также способны индуцировать антительный ответ. Взаимодействие с белками-антигенами или антигенными пептидами на поверхности АПК в лимфатических узлах активирует В-клетки, которые далее пролиферируют в специализированных структурах -терминальных центрах. При участии ^хелперов, а также молекулярных и цитокиновых сигналов, В-клетки дифференцируются в плазматические клетки и В-клетки памяти [22]. Плазматические клетки секретируют антитела - растворимые В-клеточные рецепторы (BCR), распознающие свободный или связанный с мембраной нативный антиген без участия других клеток. Секретируемый ДНК-вакцинный антиген также может взаимодействовать с BCR, связанными с мембранами B-клеток. Тогда В-клетки выполняют функции АПК и могут презентировать антиген CD4+ Т-клеткам, которые, в свою очередь, действуют на В-клетки [24]. ДНК-вакцины могут активировать и Tfh-клетки, способствующие индукции эффективного антиген-специфического В-клеточного ответа [32].

Таким образом, ДНК-вакцины способны к активации полноценного адаптивного иммунного ответа, как клеточного, так и антительного и, в том числе, к активации Т- и В-клеток памяти, что является одной из важнейших задач вакцинации [22, 33].

1.1.3. Пути оптимизации ДНК-вакцин для повышения их иммуногенности

Несмотря на ряд выигрышных свойств ДНК-вакцин, они показали низкую иммуногенность в испытаниях на людях [9]. В связи с этим активно разрабатываются способы повышения эффективности ДНК-вакцинации.

1.1.3.1. Оптимизация кодируемого антигена (белка)

Добавление или удаление определённых последовательностей в ДНК-вакцинном антигене может перенаправить его по определённому пути процессинга и презентации или изменить его стабильность в клетке, что в конечном счёте может повлиять на иммуногенность.

Белки, синтезированные внутри клетки, процессируются до пептидов в протеасоме, куда в основном направляются после присоединения к ним молекул убиквитина. Этот процесс носит название убиквитин-зависимой протеасомной деградации [34]. Процессированный в протеасоме антиген презентируется в составе MHC класса I, что активирует CD8+ Т-клетки. Искусственно направить белок на деградацию протеасомой или усилить её возможно путём создания в белке определённого характера фосфорилирования, изменения его укладки и добавления сигнальных или убиквитин-кодирующих последовательностей [35]. Введение

коротких последовательностей в а-спиральные участки белков M1 и NS1 вируса гриппа вызвало их неправильную укладку и привело к деградации протеасомой и значительному усилению CD8+ ответа [36]. Однако, убиквитин-зависимый механизм протеасомной деградации - сложный, многостадийный процесс; убиквитин-независимая деградация идёт по более простому механизму. Антиген может быть направлен на убиквитин-независимую деградацию с помощью белка орнитиндекарбоксилазы (ODC) [37], 37 С-концевых аминокислот которого служат минимальным сигналом направления в протеасому [38]. Добавление белка ODC и его С-концевого сигнала на С-конец обратной транскриптазы ВИЧ-1 ускорило её деградацию и привело к повышению специфических антительного и клеточного иммунных ответов [39].

Путём искусственного изменения процессинга ДНК-вакцинного антигена можно также активировать CD4+ Т-клетки. Для этого антиген должен быть направлен на процессинг в эндосом-лизосомный компартмент, например, путём присоединения к нему сигналов сортинга цитоплазматических концевых фрагментов трансмембранных и лизосомассоциированных белков [40], таких как инвариантной цепи человека [41, 42] или лизосом-ассоциированного мембранного белка I [43]. Добавление к антигену сигналов секреции может также направить его на процессинг в эндосом-лизосомном компартменте [44]; секретируемые антигены могут активировать антительный ответ, а при кросс-праймировании - презентироваться в составе MHC класса I, активируя CD8+ Т-клетки [44]. Секреция антигена за счёт присоединения лидерной последовательности активатора тканевого плазминогена человека усилила антиген-специфический антительный ответ, однако привела к снижению CD8+ ответа [45, 46]. Направление антигена на аутофагию также может активировать CD4+ Т-клетки, поскольку в результате аутофагии внутриклеточные белки могут быть транспортированы на деградацию в лизосомы [47]. Так, добавление к липопротеину Mycobacterium tuberculosis последовательности лёгкой цепи-3 белка, ассоциированного с микротрубочками (LC3), направило антиген в аутофагосомы и привело к индукции TM-ответа [48].

После процессинга антигена в протеасоме антигенные пептиды переносятся белками-транспортёрами в ЭПР, где происходит их связывание с MHC класса I. Следовательно, повышение сродства антигена к ЭПР может усилить его иммуногенность. В ЭПР в большом количестве находится кальретикулин - Ca2+-связывающий белок-шаперон, ассоциированный с компонентами для представления антигенов в составе MHC класса I. Присоединение кальретикулина к белку Е7 ВПЧ-16 усилило специфический CD8+ клеточный ответ на него [49].

Следует отметить, что для направления антигена в компартменты клетки в основном используют сигналы, происходящие из «хозяйских» белков, что теоретически может вызывать аутоиммунную реакцию. Поэтому предпочтительнее использование сигналов гетерологичных

белков, в частности, вирусных. С этой целью для ДНК-вакцинного антигена на основе обратной транскриптазы ВИЧ-1 использовали домен белка EBNA-1 вируса Эпштейна-Барр для направления в лизосому [50] и сигнал секреции неструктурного белка NS1 вируса клещевого энцефалита [51].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Латанова Анастасия Александровна, 2019 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Vaccines // World Health Organization: website. - 2018. - URL: http://www.who.int/topics/vaccines/en/ (дата обращения: 13.09.2018).

2. Vaccines and diseases // World Health Organization: website. - 2018. - URL: http://www.who.int/immunization/diseases/en/ (дата обращения: 13.09.2018).

3. Wolff J. A., Malone R. W., Williams P., Chong W., Acsadi G., Jani A., Felgner P. L. Direct gene transfer into mouse muscle in vivo // Science. - 1990. - V. 247. - № 4949 Pt 1. - P. 1465-1468.

4. Tang D. C., DeVit M., Johnston S. A. Genetic immunization is a simple method for eliciting an immune response // Nature. - 1992. - V. 356. - № 6365. - P. 152-154.

5. Wang B., Ugen K. E., Srikantan V., Agadjanyan M. G., Dang K., Refaeli Y., Sato A. I., Boyer J., Williams W. V., Weiner D. B. Gene inoculation generates immune responses against human immunodeficiency virus type 1 // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1993. - V. 90. - № 9. - P. 4156-4160.

6. Ulmer J. B., Donnelly J. J., Parker S. E., Rhodes G. H., Felgner P. L., Dwarki V. J., Gromkowski S. H., Deck R. R., DeWitt C. M., Friedman A., et al. Heterologous protection against influenza by injection of DNA encoding a viral protein // Science. - 1993. - V. 259. - № 5102. - P. 1745-1749.

7. MacGregor R. R., Boyer J. D., Ugen K. E., Lacy K. E., Gluckman S. J., Bagarazzi M. L., Chattergoon M. A., Baine Y., Higgins T. J., Ciccarelli R. B., Coney L. R., Ginsberg R. S., Weiner D. B. First human trial of a DNA-based vaccine for treatment of human immunodeficiency virus type 1 infection: safety and host response // J Infect Dis. - 1998. - V. 178. - № 1. - P. 92-100.

8. Williams J. A. Improving DNA vaccine performance through vector design // Curr Gene Ther. -2014. - V. 14. - № 3. - P. 170-189.

9. Sardesai N. Y., Weiner D. B. Electroporation delivery of DNA vaccines: prospects for success // Curr Opin Immunol. - 2011. - V. 23. - № 3. - P. 421-429.

10. Li L., Petrovsky N. Molecular mechanisms for enhanced DNA vaccine immunogenicity // Expert Rev Vaccines. - 2016. - V. 15. - № 3. - P. 313-329.

11. Cristillo A. D., Weiss D., Hudacik L., Restrepo S., Galmin L., Suschak J., Draghia-Akli R., Markham P., Pal R. Persistent antibody and T cell responses induced by HIV-1 DNA vaccine delivered by electroporation // Biochem Biophys Res Commun. - 2008. - V. 366. - № 1. - P. 29-35.

12. Jalah R., Kulkarni V., Patel V., Rosati M., Alicea C., Bear J., Yu L., Guan Y., Shen X., Tomaras G. D., LaBranche C., Montefiori D. C., Prattipati R., Pinter A., Bess J., Jr., Lifson J. D., Reed S. G., Sardesai N. Y., Venzon D. J., Valentin A., Pavlakis G. N., Felber B. K. DNA and protein co-immunization improves the magnitude and longevity of humoral immune responses in macaques // PLoS One. - 2014. - V. 9. - № 3. - P. e91550.

13. Liu M. A., Ulmer J. B. Human clinical trials of plasmid DNA vaccines // Adv Genet. - 2005. - V. 55. - P. 25-40.

14. Ledwith B. J., Manam S., Troilo P. J., Barnum A. B., Pauley C. J., Griffiths T. G., 2nd, Harper L. B., Beare C. M., Bagdon W. J., Nichols W. W. Plasmid DNA vaccines: investigation of integration into host cellular DNA following intramuscular injection in mice // Intervirology. - 2000. - V. 43. - № 4-6. - P. 258-272.

15. Bai H., Lester G. M. S., Petishnok L. C., Dean D. A. Cytoplasmic transport and nuclear import of plasmid DNA // Biosci Rep. - 2017. - V. 37. - № 6.

16. Liu M. A. DNA vaccines: an historical perspective and view to the future // Immunol Rev. - 2011.

- V. 239. - № 1. - P. 62-84.

17. Desmet C. J., Ishii K. J. Nucleic acid sensing at the interface between innate and adaptive immunity in vaccination // Nat Rev Immunol. - 2012. - V. 12. - № 7. - P. 479-491.

18. Klinman D. M., Yamshchikov G., Ishigatsubo Y. Contribution of CpG motifs to the immunogenicity of DNA vaccines // J Immunol. - 1997. - V. 158. - № 8. - P. 3635-3639.

19. Hemmi H., Takeuchi O., Kawai T., Kaisho T., Sato S., Sanjo H., Matsumoto M., Hoshino K., Wagner H., Takeda K., Akira S. A Toll-like receptor recognizes bacterial DNA // Nature. - 2000. - V. 408. - № 6813. - P. 740-745.

20. Tudor D., Dubuquoy C., Gaboriau V., Lefevre F., Charley B., Riffault S. TLR9 pathway is involved in adjuvant effects of plasmid DNA-based vaccines // Vaccine. - 2005. - V. 23. - № 10. - P. 1258-1264.

21. Dubensky T. W., Jr., Kanne D. B., Leong M. L. Rationale, progress and development of vaccines utilizing STING-activating cyclic dinucleotide adjuvants // Ther Adv Vaccines. - 2013. - V. 1. - № 4.

- P. 131-143.

22. Plotkin S. A., Orenstein W. A., Offit P. A., Edwards K. M. Plotkin's vaccines. - Elsevier, 2017. -1720 p.

23. Abbas A. K., Lichtman A. H., Pillai S. Cellular and molecular immunology. - Philadelphia: Elsevier, 2018. - 567 p.

24. Kutzler M. A., Weiner D. B. DNA vaccines: ready for prime time? // Nat Rev Genet. - 2008. - V. 9. - № 10. - P. 776-788.

25. Porgador A., Irvine K. R., Iwasaki A., Barber B. H., Restifo N. P., Germain R. N. Predominant role for directly transfected dendritic cells in antigen presentation to CD8+ T cells after gene gun immunization // J Exp Med. - 1998. - V. 188. - № 6. - P. 1075-1082.

26. Casares S., Inaba K., Brumeanu T. D., Steinman R. M., Bona C. A. Antigen presentation by dendritic cells after immunization with DNA encoding a major histocompatibility complex class II-restricted viral epitope // J Exp Med. - 1997. - V. 186. - № 9. - P. 1481-1486.

27. Gurunathan S., Klinman D. M., Seder R. A. DNA vaccines: immunology, application, and optimization* // Annu Rev Immunol. - 2000. - V. 18. - P. 927-974.

28. Fonteneau J. F., Kavanagh D. G., Lirvall M., Sanders C., Cover T. L., Bhardwaj N., Larsson M. Characterization of the MHC class I cross-presentation pathway for cell-associated antigens by human dendritic cells // Blood. - 2003. - V. 102. - № 13. - P. 4448-4455.

29. O'Garra A., Robinson D. Development and function of T helper 1 cells // Adv Immunol. - 2004. -V. 83. - P. 133-162.

30. Stetson D. B., Voehringer D., Grogan J. L., Xu M., Reinhardt R. L., Scheu S., Kelly B. L., Locksley R. M. Th2 cells: orchestrating barrier immunity // Adv Immunol. - 2004. - V. 83. - P. 163189.

31. Robinson H. L., Amara R. R. T cell vaccines for microbial infections // Nat Med. - 2005. - V. 11. - № 4 Suppl. - P. S25-32.

32. Hollister K., Chen Y., Wang S., Wu H., Mondal A., Clegg N., Lu S., Dent A. The role of follicular helper T cells and the germinal center in HIV-1 gp120 DNA prime and gp120 protein boost vaccination // Hum Vaccin Immunother. - 2014. - V. 10. - № 7. - P. 1985-1992.

33. Garçon N., Stern P. L., Cunningham A. L. Understanding modern vaccines perspectives in vaccinology. - Amsterdam: Elsevier, 2011. - 199 p.

34. Hershko A., Ciechanover A. The ubiquitin system // Annu Rev Biochem. - 1998. - V. 67. - P. 425-479.

35. Starodubova E. S., Isaguliants M. G., Karpov V. L. Regulation of Immunogen Processing: Signal Sequences and Their Application for the New Generation of DNA-Vaccines // Acta Naturae. - 2010. -V. 2. - № 1. - P. 53-60.

36. Ilyinskii P. O., Meriin A. B., Gabai V. L., Zhirnov O. P., Thoidis G., Shneider A. M. Prime-boost vaccination with a combination of proteosome-degradable and wild-type forms of two influenza proteins leads to augmented CTL response // Vaccine. - 2008. - V. 26. - № 18. - P. 2177-2185.

37. Murakami Y., Matsufuji S., Kameji T., Hayashi S., Igarashi K., Tamura T., Tanaka K., Ichihara A. Ornithine decarboxylase is degraded by the 26S proteasome without ubiquitination // Nature. - 1992. -V. 360. - № 6404. - P. 597-599.

38. Murakami Y., Matsufuji S., Hayashi S., Tanahashi N., Tanaka K. Degradation of ornithine decarboxylase by the 26S proteasome // Biochem Biophys Res Commun. - 2000. - V. 267. - № 1. - P. 1-6.

39. Boberg A., Isaguliants M. Vaccination against drug resistance in HIV infection // Expert Rev Vaccines. - 2008. - V. 7. - № 1. - P. 131-145.

40. Bonifacino J. S., Glick B. S. The mechanisms of vesicle budding and fusion // Cell. - 2004. - V. 116. - № 2. - P. 153-166.

41. Grujic M., Holst P. J., Christensen J. P., Thomsen A. R. Fusion of a viral antigen to invariant chain leads to augmented T-cell immunity and improved protection in gene-gun DNA-vaccinated mice // J Gen Virol. - 2009. - V. 90. - № Pt 2. - P. 414-422.

42. van Tienhoven E. A., ten Brink C. T., van Bergen J., Koning F., van Eden W., Broeren C. P. Induction of antigen specific CD4+ T cell responses by invariant chain based DNA vaccines // Vaccine. - 2001. - V. 19. - № 11-12. - P. 1515-1519.

43. Starodubova E., Boberg A., Ivanov A., Latyshev O., Petrakova N., Kuzmenko Y., Litvina M., Chernousov A., Kochetkov S., Karpov V., Wahren B., Isaguliants M. G. Potent cross-reactive immune response against the wild-type and drug-resistant forms of HIV reverse transcriptase after the chimeric gene immunization // Vaccine. - 2010. - V. 28. - № 8. - P. 1975-1986.

44. Leifert J. A., Rodriguez-Carreno M. P., Rodriguez F., Whitton J. L. Targeting plasmid-encoded proteins to the antigen presentation pathways // Immunol Rev. - 2004. - V. 199. - P. 40-53.

45. Fioretti D., Iurescia S., Rinaldi M. Recent advances in design of immunogenic and effective naked DNA vaccines against cancer // Recent Pat Anticancer Drug Discov. - 2014. - V. 9. - № 1. - P. 66-82.

46. Wallace A., West K., Rothman A. L., Ennis F. A., Lu S., Wang S. Post-translational intracellular trafficking determines the type of immune response elicited by DNA vaccines expressing Gag antigen of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) // Hum Vaccin Immunother. - 2013. - V. 9. - № 10. - P. 2095-2102.

47. Munz C. Enhancing immunity through autophagy // Annu Rev Immunol. - 2009. - V. 27. - P. 423-449.

48. Hu D., Wu J., Zhang R., Chen L., Chen Z., Wang X., Xu L., Xiao J., Hu F., Wu C. Autophagy-targeted vaccine of LC3-LpqH DNA and its protective immunity in a murine model of tuberculosis // Vaccine. - 2014. - V. 32. - № 20. - P. 2308-2314.

49. Cheng W. F., Hung C. F., Chai C. Y., Hsu K. F., He L., Ling M., Wu T. C. Tumor-specific immunity and antiangiogenesis generated by a DNA vaccine encoding calreticulin linked to a tumor antigen // J Clin Invest. - 2001. - V. 108. - № 5. - P. 669-678.

50. Starodubova E., Krotova O., Hallengard D., Kuzmenko Y., Engstrom G., Legzdina D., Latyshev O., Eliseeva O., Karin Maltais A., Tunitskaya V., Karpov V., Brave A., Isaguliants M. Cellular immunogenicity of novel gene immunogens in mice monitored by in vivo imaging // Mol Imaging. -2012. - V. 11. - № 6. - P. 471-486.

51. Latanova A., Petkov S., Kuzmenko Y., Kilpelainen A., Ivanov A., Smirnova O., Krotova O., Korolev S., Hinkula J., Karpov V., Isaguliants M., Starodubova E. Fusion to Flaviviral Leader Peptide Targets HIV-1 Reverse Transcriptase for Secretion and Reduces Its Enzymatic Activity and Ability to Induce Oxidative Stress but Has No Major Effects on Its Immunogenic Performance in DNA-Immunized Mice // J Immunol Res. - 2017. - V. 2017. - P. 7407136.

52. Chen Y. Z., Ruan G. X., Yao X. L., Li L. M., Hu Y., Tabata Y., Gao J. Q. Co-transfection gene delivery of dendritic cells induced effective lymph node targeting and anti-tumor vaccination // Pharm Res. - 2013. - V. 30. - № 6. - P. 1502-1512.

53. Cao J., Jin Y., Li W., Zhang B., He Y., Liu H., Xia N., Wei H., Yan J. DNA vaccines targeting the encoded antigens to dendritic cells induce potent antitumor immunity in mice // BMC Immunol. -2013. - V. 14. - P. 39.

54. Ye C., Choi J. G., Abraham S., Shankar P., Manjunath N. Targeting DNA vaccines to myeloid cells using a small peptide // Eur J Immunol. - 2015. - V. 45. - № 1. - P. 82-88.

55. Lam A. P., Dean D. A. Progress and prospects: nuclear import of nonviral vectors // Gene Ther. -2010. - V. 17. - № 4. - P. 439-447.

56. Isaguliants M. G., Petrakova N. N., Zuber B., Pokrovskaya K., Gizatullin R., Kostyuk D. A., Kjerrstrom A., Winberg G., Kochetkov S. N., Hinkula J., Wahren B. DNA-encoding enzymatically active HIV-1 reverse transcriptase, but not the inactive mutant, confers resistance to experimental HIV-1 challenge // Intervirology. - 2000. - V. 43. - № 4-6. - P. 288-293.

57. Brave A., Ljungberg K., Boberg A., Rollman E., Isaguliants M., Lundgren B., Blomberg P., Hinkula J., Wahren B. Multigene/multisubtype HIV-1 vaccine induces potent cellular and humoral immune responses by needle-free intradermal delivery // Mol Ther. - 2005. - V. 12. - № 6. - P. 11971205.

58. Smith L. R., Wloch M. K., Chaplin J. A., Gerber M., Rolland A. P. Clinical Development of a Cytomegalovirus DNA Vaccine: From Product Concept to Pivotal Phase 3 Trial // Vaccines (Basel). -2013. - V. 1. - № 4. - P. 398-414.

59. Slobod K. S., Coleclough C., Bonsignori M., Brown S. A., Zhan X., Surman S., Zirkel A., Jones B. G., Sealy R. E., Stambas J., Brown B., Lockey T. D., Freiden P. J., Doherty P. C., Blanchard J. L., Martin L. N., Hurwitz J. L. HIV vaccine rationale, design and testing // Curr HIV Res. - 2005. - V. 3.

- № 2. - P. 107-112.

60. O'Rourke S. M., Schweighardt B., Phung P., Fonseca D. P., Terry K., Wrin T., Sinangil F., Berman P. W. Mutation at a single position in the V2 domain of the HIV-1 envelope protein confers neutralization sensitivity to a highly neutralization-resistant virus // J Virol. - 2010. - V. 84. - № 21. -P. 11200-11209.

61. Moise L., Cousens L., Fueyo J., De Groot A. S. Harnessing the power of genomics and immunoinformatics to produce improved vaccines // Expert Opin Drug Discov. - 2011. - V. 6. - № 1.

- P. 9-15.

62. Barouch D. H., O'Brien K. L., Simmons N. L., King S. L., Abbink P., Maxfield L. F., Sun Y. H., La Porte A., Riggs A. M., Lynch D. M., Clark S. L., Backus K., Perry J. R., Seaman M. S., Carville A., Mansfield K. G., Szinger J. J., Fischer W., Muldoon M., Korber B. Mosaic HIV-1 vaccines expand the

breadth and depth of cellular immune responses in rhesus monkeys // Nat Med. - 2010. - V. 16. - № 3. - P. 319-323.

63. Felber B. K., Valentin A., Rosati M., Bergamaschi C., Pavlakis G. N. HIV DNA Vaccine: Stepwise Improvements Make a Difference // Vaccines (Basel). - 2014. - V. 2. - № 2. - P. 354-379.

64. Karpenko L. I., Bazhan S. I., Eroshkin A. M., Lebedev L. R., Uzhachenko R. V., Nekrasova N. A., Plyasunova O. A., Belavin P. A., Seregin S. V., Danilyuk N. K., Danilenko E. D., Zaitsev B. N., Masicheva V. I., Ilyichev A. A., Sandakhchiev L. S. CombiHIVvac vaccine which contains polyepitope B and T- cell immunogens of HIV-1 // Dokl Biochem Biophys. - 2007. - V. 413. - P. 6567.

65. De Groot A. S., Marcon L., Bishop E. A., Rivera D., Kutzler M., Weiner D. B., Martin W. HIV vaccine development by computer assisted design: the GAIA vaccine // Vaccine. - 2005. - V. 23. - № 17-18. - P. 2136-2148.

66. Laddy D. J., Weiner D. B. From plasmids to protection: a review of DNA vaccines against infectious diseases // Int Rev Immunol. - 2006. - V. 25. - № 3-4. - P. 99-123.

67. Yan J., Yoon H., Kumar S., Ramanathan M. P., Corbitt N., Kutzler M., Dai A., Boyer J. D., Weiner D. B. Enhanced cellular immune responses elicited by an engineered HIV-1 subtype B consensus-based envelope DNA vaccine // Mol Ther. - 2007. - V. 15. - № 2. - P. 411-421.

68. Arenas M., Posada D. Computational design of centralized HIV-1 genes // Curr HIV Res. - 2010. - V. 8. - № 8. - P. 613-621.

69. Abdulhaqq S. A., Weiner D. B. DNA vaccines: developing new strategies to enhance immune responses // Immunol Res. - 2008. - V. 42. - № 1-3. - P. 219-232.

70. Hutnick N. A., Myles D. J., Hirao L., Scott V. L., Ferraro B., Khan A. S., Lewis M. G., Miller C. J., Bett A. J., Casimiro D., Sardesai N. Y., Kim J. J., Shiver J., Weiner D. B. An optimized SIV DNA vaccine can serve as a boost for Ad5 and provide partial protection from a high-dose SIVmac251 challenge // Vaccine. - 2012. - V. 30. - № 21. - P. 3202-3208.

71. Kozlov A. P., Akulova E. B., Makashov A. A., Matyunina E. A., Murashev B. V., Verevochkin S. V., Al-Shekhadat R. I., Masharsy A. E., Poddubnyy V. A., Zozulya O. V., Vostokova N. V. The Results of Phase II Clinical Trial of HIV Therapeutic Optimized DNA Vaccine: the Possible Reach of Viral Reservoirs // Toolkits for DNA Vaccine Design, an Update: international conference. - Moscow, Russia, November 17-21, 2016. - Abstract book, 2016. - P. 23.

72. Ramanathan M. P., Kuo Y. C., Selling B. H., Li Q., Sardesai N. Y., Kim J. J., Weiner D. B. Development of a novel DNA SynCon tetravalent dengue vaccine that elicits immune responses against four serotypes // Vaccine. - 2009. - V. 27. - № 46. - P. 6444-6453.

73. Dupuy L. C., Richards M. J., Ellefsen B., Chau L., Luxembourg A., Hannaman D., Livingston B. D., Schmaljohn C. S. A DNA vaccine for venezuelan equine encephalitis virus delivered by

intramuscular electroporation elicits high levels of neutralizing antibodies in multiple animal models and provides protective immunity to mice and nonhuman primates // Clin Vaccine Immunol. - 2011. -V. 18. - № 5. - P. 707-716.

74. Hooper J. W., Thompson E., Wilhelmsen C., Zimmerman M., Ichou M. A., Steffen S. E., Schmaljohn C. S., Schmaljohn A. L., Jahrling P. B. Smallpox DNA vaccine protects nonhuman primates against lethal monkeypox // J Virol. - 2004. - V. 78. - № 9. - P. 4433-4443.

75. Stab V., Nitsche S., Niezold T., Storcksdieck Genannt Bonsmann M., Wiechers A., Tippler B., Hannaman D., Ehrhardt C., Uberla K., Grunwald T., Tenbusch M. Protective efficacy and immunogenicity of a combinatory DNA vaccine against Influenza A Virus and the Respiratory Syncytial Virus // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 8. - P. e72217.

76. Wang G., Pan L., Zhang Y. Approaches to improved targeting of DNA vaccines // Hum Vaccin. -2011. - V. 7. - № 12. - P. 1271-1281.

77. Liu X., Deng R., Wang J., Wang X. COStar: a D-star Lite-based dynamic search algorithm for codon optimization // J Theor Biol. - 2014. - V. 344. - P. 19-30.

78. Jacobs T. M., Yumerefendi H., Kuhlman B., Leaver-Fay A. SwiftLib: rapid degenerate-codon-library optimization through dynamic programming // Nucleic Acids Res. - 2015. - V. 43. - № 5. - P. e34.

79. Weide B., Garbe C., Rammensee H. G., Pascolo S. Plasmid DNA- and messenger RNA-based anticancer vaccination // Immunol Lett. - 2008. - V. 115. - № 1. - P. 33-42.

80. Andre S., Seed B., Eberle J., Schraut W., Bultmann A., Haas J. Increased immune response elicited by DNA vaccination with a synthetic gp120 sequence with optimized codon usage // J Virol. - 1998. -V. 72. - № 2. - P. 1497-1503.

81. Angov E. Codon usage: nature's roadmap to expression and folding of proteins // Biotechnol J. -2011. - V. 6. - № 6. - P. 650-659.

82. Welch M., Villalobos A., Gustafsson C., Minshull J. You're one in a googol: optimizing genes for protein expression // J R Soc Interface. - 2009. - V. 6 Suppl 4. - P. S467-476.

83. Wang S., Farfan-Arribas D. J., Shen S., Chou T. H., Hirsch A., He F., Lu S. Relative contributions of codon usage, promoter efficiency and leader sequence to the antigen expression and immunogenicity of HIV-1 Env DNA vaccine // Vaccine. - 2006. - V. 24. - № 21. - P. 4531-4540.

84. Deml L., Bojak A., Steck S., Graf M., Wild J., Schirmbeck R., Wolf H., Wagner R. Multiple effects of codon usage optimization on expression and immunogenicity of DNA candidate vaccines encoding the human immunodeficiency virus type 1 Gag protein // J Virol. - 2001. - V. 75. - № 22. -P. 10991-11001.

85. Ramakrishna L., Anand K. K., Mohankumar K. M., Ranga U. Codon optimization of the tat antigen of human immunodeficiency virus type 1 generates strong immune responses in mice following genetic immunization // J Virol. - 2004. - V. 78. - № 17. - P. 9174-9189.

86. Dobano C., Sedegah M., Rogers W. O., Kumar S., Zheng H., Hoffman S. L., Doolan D. L. Plasmodium: mammalian codon optimization of malaria plasmid DNA vaccines enhances antibody responses but not T cell responses nor protective immunity // Exp Parasitol. - 2009. - V. 122. - № 2. -P. 112-123.

87. Mahlab S., Linial M. Speed controls in translating secretory proteins in eukaryotes--an evolutionary perspective // PLoS Comput Biol. - 2014. - V. 10. - № 1. - P. e1003294.

88. Mauro V. P., Chappell S. A. A critical analysis of codon optimization in human therapeutics // Trends Mol Med. - 2014. - V. 20. - № 11. - P. 604-613.

89. Wang Y., Ma M., Xiao X., Wang Z. Intronic splicing enhancers, cognate splicing factors and context-dependent regulation rules // Nat Struct Mol Biol. - 2012. - V. 19. - № 10. - P. 1044-1052.

90. Barouch D. H., Yang Z. Y., Kong W. P., Korioth-Schmitz B., Sumida S. M., Truitt D. M., Kishko M. G., Arthur J. C., Miura A., Mascola J. R., Letvin N. L., Nabel G. J. A human T-cell leukemia virus type 1 regulatory element enhances the immunogenicity of human immunodeficiency virus type 1 DNA vaccines in mice and nonhuman primates // J Virol. - 2005. - V. 79. - № 14. - P. 8828-8834.

91. Li L., Saade F., Petrovsky N. The future of human DNA vaccines // J Biotechnol. - 2012. - V. 162. - № 2-3. - P. 171-182.

92. Papadakis E. D., Nicklin S. A., Baker A. H., White S. J. Promoters and control elements: designing expression cassettes for gene therapy // Curr Gene Ther. - 2004. - V. 4. - № 1. - P. 89-113.

93. Kozak M. An analysis of vertebrate mRNA sequences: intimations of translational control // J Cell Biol. - 1991. - V. 115. - № 4. - P. 887-903.

94. Li C., Goudy K., Hirsch M., Asokan A., Fan Y., Alexander J., Sun J., Monahan P., Seiber D., Sidney J., Sette A., Tisch R., Frelinger J., Samulski R. J. Cellular immune response to cryptic epitopes during therapeutic gene transfer // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2009. - V. 106. - № 26. - P. 1077010774.

95. Williams J. A., Carnes A. E., Hodgson C. P. Plasmid DNA vaccine vector design: impact on efficacy, safety and upstream production // Biotechnol Adv. - 2009. - V. 27. - № 4. - P. 353-370.

96. Oliveira P. H., Prather K. L., Prazeres D. M., Monteiro G. A. Mutation detection in plasmid-based biopharmaceuticals // Biotechnol J. - 2011. - V. 6. - № 4. - P. 378-391.

97. Vandermeulen G., Marie C., Scherman D., Preat V. New generation of plasmid backbones devoid of antibiotic resistance marker for gene therapy trials // Mol Ther. - 2011. - V. 19. - № 11. - P. 19421949.

98. Luke J. M., Vincent J. M., Du S. X., Gerdemann U., Leen A. M., Whalen R. G., Hodgson C. P., Williams J. A. Improved antibiotic-free plasmid vector design by incorporation of transient expression enhancers // Gene Ther. - 2011. - V. 18. - № 4. - P. 334-343.

99. Gaspar V., de Melo-Diogo D., Costa E., Moreira A., Queiroz J., Pichon C., Correia I., Sousa F. Minicircle DNA vectors for gene therapy: advances and applications // Expert Opin Biol Ther. - 2015.

- V. 15. - № 3. - P. 353-379.

100. Jechlinger W., Azimpour Tabrizi C., Lubitz W., Mayrhofer P. Minicircle DNA immobilized in bacterial ghosts: in vivo production of safe non-viral DNA delivery vehicles // J Mol Microbiol Biotechnol. - 2004. - V. 8. - № 4. - P. 222-231.

101. Di Pasquale A., Preiss S., Tavares Da Silva F., Garcon N. Vaccine Adjuvants: from 1920 to 2015 and Beyond // Vaccines (Basel). - 2015. - V. 3. - № 2. - P. 320-343.

102. Grunwald T., Ulbert S. Improvement of DNA vaccination by adjuvants and sophisticated delivery devices: vaccine-platforms for the battle against infectious diseases // Clin Exp Vaccine Res. - 2015. -V. 4. - № 1. - P. 1 -10.

103. Petrovsky N., Aguilar J. C. Vaccine adjuvants: current state and future trends // Immunol Cell Biol. - 2004. - V. 82. - № 5. - P. 488-496.

104. Cristillo A. D., Ferrari M. G., Hudacik L., Lewis B., Galmin L., Bowen B., Thompson D., Petrovsky N., Markham P., Pal R. Induction of mucosal and systemic antibody and T-cell responses following prime-boost immunization with novel adjuvanted human immunodeficiency virus-1-vaccine formulations // J Gen Virol. - 2011. - V. 92. - № Pt 1. - P. 128-140.

105. Chen W., Kuolee R., Yan H. The potential of 3',5'-cyclic diguanylic acid (c-di-GMP) as an effective vaccine adjuvant // Vaccine. - 2010. - V. 28. - № 18. - P. 3080-3085.

106. Jiang M., Yao J., Feng G. Protective effect of DNA vaccine encoding pseudomonas exotoxin A and PcrV against acute pulmonary P. aeruginosa Infection // PLoS One. - 2014. - V. 9. - № 5. - P. e96609.

107. Sajadian A., Tabarraei A., Soleimanjahi H., Fotouhi F., Gorji A., Ghaemi A. Comparing the effect of Toll-like receptor agonist adjuvants on the efficiency of a DNA vaccine // Arch Virol. - 2014.

- V. 159. - № 8. - P. 1951-1960.

108. Saade F., Petrovsky N. Technologies for enhanced efficacy of DNA vaccines // Expert Rev Vaccines. - 2012. - V. 11. - № 2. - P. 189-209.

109. Villarreal D. O., Talbott K. T., Choo D. K., Shedlock D. J., Weiner D. B. Synthetic DNA vaccine strategies against persistent viral infections // Expert Rev Vaccines. - 2013. - V. 12. - № 5. - P. 537554.

110. Flingai S., Czerwonko M., Goodman J., Kudchodkar S. B., Muthumani K., Weiner D. B. Synthetic DNA vaccines: improved vaccine potency by electroporation and co-delivered genetic adjuvants // Front Immunol. - 2013. - V. 4. - P. 354.

111. Iyer S. S., Amara R. R. DNA/MVA Vaccines for HIV/AIDS // Vaccines (Basel). - 2014. - V. 2. - № 1. - P. 160-178.

112. Yu Y. Z., Ma Y., Xu W. H., Wang S., Sun Z. W. Combinations of various CpG motifs cloned into plasmid backbone modulate and enhance protective immunity of viral replicon DNA anthrax vaccines // Med Microbiol Immunol. - 2015. - V. 204. - № 4. - P. 481-491.

113. Takeshita F., Tanaka T., Matsuda T., Tozuka M., Kobiyama K., Saha S., Matsui K., Ishii K. J., Coban C., Akira S., Ishii N., Suzuki K., Klinman D. M., Okuda K., Sasaki S. Toll-like receptor adaptor molecules enhance DNA-raised adaptive immune responses against influenza and tumors through activation of innate immunity // J Virol. - 2006. - V. 80. - № 13. - P. 6218-6224.

114. Ullas P. T., Desai A., Madhusudana S. N. Immunogenicity and efficacy of a plasmid DNA rabies vaccine incorporating Myd88 as a genetic adjuvant // Clin Exp Vaccine Res. - 2014. - V. 3. - № 2. -P. 202-211.

115. Capitani M., Saade F., Havas K. M., Angeletti M., Concetti F., Agas D., Sabbieti M. G., Concetti A., Venanzi F. M., Petrovsky N. Plasmids encoding protein aggregation domains act as molecular adjuvants for DNA vaccines // Curr Gene Ther. - 2014. - V. 14. - № 3. - P. 161-169.

116. Suschak J. J., Williams J. A., Schmaljohn C. S. Advancements in DNA vaccine vectors, non-mechanical delivery methods, and molecular adjuvants to increase immunogenicity // Hum Vaccin Immunother. - 2017. - V. 13. - № 12. - P. 2837-2848.

117. Lin C. C., Yang H. J., Tu C. F., Lai M. D. The opposing effects of lipopolysaccharide on the antitumor therapeutic efficacy of DNA vaccine // DNA Cell Biol. - 2008. - V. 27. - № 3. - P. 151157.

118. Hirao L. A., Wu L., Satishchandran A., Khan A. S., Draghia-Akli R., Finnefrock A. C., Bett A. J., Betts M. R., Casimiro D. R., Sardesai N. Y., Kim J. J., Shiver J. W., Weiner D. B. Comparative analysis of immune responses induced by vaccination with SIV antigens by recombinant Ad5 vector or plasmid DNA in rhesus macaques // Mol Ther. - 2010. - V. 18. - № 8. - P. 1568-1576.

119. Fioretti D., Iurescia S., Fazio V. M., Rinaldi M. DNA vaccines: developing new strategies against cancer // J Biomed Biotechnol. - 2010. - V. 2010. - P. 174378.

120. Kardani K., Bolhassani A., Shahbazi S. Prime-boost vaccine strategy against viral infections: Mechanisms and benefits // Vaccine. - 2016. - V. 34. - № 4. - P. 413-423.

121. Woodland D. L. Jump-starting the immune system: prime-boosting comes of age // Trends Immunol. - 2004. - V. 25. - № 2. - P. 98-104.

122. Lu S. Heterologous prime-boost vaccination // Curr Opin Immunol. - 2009. - V. 21. - № 3. - P. 346-351.

123. Kibuuka H., Kimutai R., Maboko L., Sawe F., Schunk M. S., Kroidl A., Shaffer D., Eller L. A., Kibaya R., Eller M. A., Schindler K. B., Schuetz A., Millard M., Kroll J., Dally L., Hoelscher M., Bailer R., Cox J. H., Marovich M., Birx D. L., Graham B. S., Michael N. L., de Souza M. S., Robb M. L. A phase 1/2 study of a multiclade HIV-1 DNA plasmid prime and recombinant adenovirus serotype 5 boost vaccine in HIV-Uninfected East Africans (RV 172) // J Infect Dis. - 2010. - V. 201. - № 4. -P. 600-607.

124. Dorrell L., Williams P., Suttill A., Brown D., Roberts J., Conlon C., Hanke T., McMichael A. Safety and tolerability of recombinant modified vaccinia virus Ankara expressing an HIV-1 gag/multiepitope immunogen (MVA.HIVA) in HIV-1-infected persons receiving combination antiretroviral therapy // Vaccine. - 2007. - V. 25. - № 17. - P. 3277-3283.

125. Harari A., Bart P. A., Stohr W., Tapia G., Garcia M., Medjitna-Rais E., Burnet S., Cellerai C., Erlwein O., Barber T., Moog C., Liljestrom P., Wagner R., Wolf H., Kraehenbuhl J. P., Esteban M., Heeney J., Frachette M. J., Tartaglia J., McCormack S., Babiker A., Weber J., Pantaleo G. An HIV-1 clade C DNA prime, NYVAC boost vaccine regimen induces reliable, polyfunctional, and long-lasting T cell responses // J Exp Med. - 2008. - V. 205. - № 1. - P. 63-77.

126. Joachim A., Nilsson C., Aboud S., Bakari M., Lyamuya E. F., Robb M. L., Marovich M. A., Earl P., Moss B., Ochsenbauer C., Wahren B., Mhalu F., Sandstrom E., Biberfeld G., Ferrari G., Polonis V. R. Potent functional antibody responses elicited by HIV-I DNA priming and boosting with heterologous HIV-1 recombinant MVA in healthy Tanzanian adults // PLoS One. - 2015. - V. 10. - № 4. - P. e0118486.

127. Pal R., Wang S., Kalyanaraman V. S., Nair B. C., Whitney S., Keen T., Hocker L., Hudacik L., Rose N., Cristillo A., Mboudjeka I., Shen S., Wu-Chou T. H., Montefiori D., Mascola J., Lu S., Markham P. Polyvalent DNA prime and envelope protein boost HIV-1 vaccine elicits humoral and cellular responses and controls plasma viremia in rhesus macaques following rectal challenge with an R5 SHIV isolate // J Med Primatol. - 2005. - V. 34. - № 5-6. - P. 226-236.

128. Diehl M. C., Lee J. C., Daniels S. E., Tebas P., Khan A. S., Giffear M., Sardesai N. Y., Bagarazzi M. L. Tolerability of intramuscular and intradermal delivery by CELLECTRA((R)) adaptive constant current electroporation device in healthy volunteers // Hum Vaccin Immunother. - 2013. - V. 9. - № 10. - P. 2246-2252.

129. Bakari M., Aboud S., Nilsson C., Francis J., Buma D., Moshiro C., Aris E. A., Lyamuya E. F., Janabi M., Godoy-Ramirez K., Joachim A., Polonis V. R., Brave A., Earl P., Robb M., Marovich M., Wahren B., Pallangyo K., Biberfeld G., Mhalu F., Sandstrom E. Broad and potent immune responses

to a low dose intradermal HIV-1 DNA boosted with HIV-1 recombinant MVA among healthy adults in Tanzania // Vaccine. - 2011. - V. 29. - № 46. - P. 8417-8428.

130. Vandermeulen G., Vanvarenberg K., De Beuckelaer A., De Koker S., Lambricht L., Uyttenhove C., Reschner A., Vanderplasschen A., Grooten J., Preat V. The site of administration influences both the type and the magnitude of the immune response induced by DNA vaccine electroporation // Vaccine. - 2015. - V. 33. - № 28. - P. 3179-3185.

131. Jorritsma S. H. T., Gowans E. J., Grubor-Bauk B., Wijesundara D. K. Delivery methods to increase cellular uptake and immunogenicity of DNA vaccines // Vaccine. - 2016. - V. 34. - № 46. -P. 5488-5494.

132. Song J. M., Kim Y. C., O E., Compans R. W., Prausnitz M. R., Kang S. M. DNA vaccination in the skin using microneedles improves protection against influenza // Mol Ther. - 2012. - V. 20. - № 7. - P. 1472-1480.

133. Daugimont L., Baron N., Vandermeulen G., Pavselj N., Miklavcic D., Jullien M. C., Cabodevila G., Mir L. M., Preat V. Hollow microneedle arrays for intradermal drug delivery and DNA electroporation // J Membr Biol. - 2010. - V. 236. - № 1. - P. 117-125.

134. Choi S. O., Kim Y. C., Park J. H., Hutcheson J., Gill H. S., Yoon Y. K., Prausnitz M. R., Allen M. G. An electrically active microneedle array for electroporation // Biomed Microdevices. - 2010. -V. 12. - № 2. - P. 263-273.

135. Ciernik I. F., Krayenbuhl B. H., Carbone D. P. Puncture-mediated gene transfer to the skin // Hum Gene Ther. - 1996. - V. 7. - № 8. - P. 893-899.

136. Samuels S., Marijne Heeren A., Zijlmans H., Welters M. J. P., van den Berg J. H., Philips D., Kvistborg P., Ehsan I., Scholl S. M. E., Nuijen B., Schumacher T. N. M., van Beurden M., Jordanova E. S., Haanen J., van der Burg S. H., Kenter G. G. HPV16 E7 DNA tattooing: safety, immunogenicity, and clinical response in patients with HPV-positive vulvar intraepithelial neoplasia // Cancer Immunol Immunother. - 2017. - V. 66. - № 9. - P. 1163-1173.

137. Biojector® 2000 // iHealthNet: website. - 2018. - URL: http://www.ihealthnet.com/products/ biojector-2000/ (дата обращения: 15.06.2018).

138. Graham B. S., Enama M. E., Nason M. C., Gordon I. J., Peel S. A., Ledgerwood J. E., Plummer S. A., Mascola J. R., Bailer R. T., Roederer M., Koup R. A., Nabel G. J., Team V. R. C. S. DNA vaccine delivered by a needle-free injection device improves potency of priming for antibody and CD8+ T-cell responses after rAd5 boost in a randomized clinical trial // PLoS One. - 2013. - V. 8. -№ 4. - P. e59340.

139. Smith L. R., Wloch M. K., Ye M., Reyes L. R., Boutsaboualoy S., Dunne C. E., Chaplin J. A., Rusalov D., Rolland A. P., Fisher C. L., Al-Ibrahim M. S., Kabongo M. L., Steigbigel R., Belshe R. B., Kitt E. R., Chu A. H., Moss R. B. Phase 1 clinical trials of the safety and immunogenicity of

adjuvanted plasmid DNA vaccines encoding influenza A virus H5 hemagglutinin // Vaccine. - 2010. -V. 28. - № 13. - P. 2565-2572.

140. Gaudinski M. R., Houser K. V., Morabito K. M., Hu Z., Yamshchikov G., Rothwell R. S., Berkowitz N., Mendoza F., Saunders J. G., Novik L., Hendel C. S., Holman L. A., Gordon I. J., Cox J. H., Edupuganti S., McArthur M. A., Rouphael N. G., Lyke K. E., Cummings G. E., Sitar S., Bailer R. T., Foreman B. M., Burgomaster K., Pelc R. S., Gordon D. N., DeMaso C. R., Dowd K. A., Laurencot C., Schwartz R. M., Mascola J. R., Graham B. S., Pierson T. C., Ledgerwood J. E., Chen G. L., Vrc, teams V. R. C. s. Safety, tolerability, and immunogenicity of two Zika virus DNA vaccine candidates in healthy adults: randomised, open-label, phase 1 clinical trials // Lancet. - 2017.10.1016/S0140-6736(17)33105-7.

141. Quaak S. G., van den Berg J. H., Toebes M., Schumacher T. N., Haanen J. B., Beijnen J. H., Nuijen B. GMP production of pDERMATT for vaccination against melanoma in a phase I clinical trial // Eur J Pharm Biopharm. - 2008. - V. 70. - № 2. - P. 429-438.

142. Sullivan S. M., Doukas J., Hartikka J., Smith L., Rolland A. Vaxfectin: a versatile adjuvant for plasmid DNA- and protein-based vaccines // Expert Opin Drug Deliv. - 2010. - V. 7. - № 12. - P. 1433-1446.

143. Gargett T., Grubor-Bauk B., Miller D., Garrod T., Yu S., Wesselingh S., Suhrbier A., Gowans E. J. Increase in DNA vaccine efficacy by virosome delivery and co-expression of a cytolytic protein // Clin Transl Immunology. - 2014. - V. 3. - № 6. - P. e18.

144. Castaldello A., Brocca-Cofano E., Voltan R., Triulzi C., Altavilla G., Laus M., Sparnacci K., Ballestri M., Tondelli L., Fortini C., Gavioli R., Ensoli B., Caputo A. DNA prime and protein boost immunization with innovative polymeric cationic core-shell nanoparticles elicits broad immune responses and strongly enhance cellular responses of HIV-1 tat DNA vaccination // Vaccine. - 2006. -V. 24. - № 29-30. - P. 5655-5669.

145. Mangraviti A., Tzeng S. Y., Kozielski K. L., Wang Y., Jin Y., Gullotti D., Pedone M., Buaron N., Liu A., Wilson D. R., Hansen S. K., Rodriguez F. J., Gao G. D., DiMeco F., Brem H., Olivi A., Tyler B., Green J. J. Polymeric nanoparticles for nonviral gene therapy extend brain tumor survival in vivo // ACS Nano. - 2015. - V. 9. - № 2. - P. 1236-1249.

146. Toke E. R., Lorincz O., Csiszovszki Z., Somogyi E., Felfoldi G., Molnar L., Szipocs R., Kolonics A., Malissen B., Lori F., Trocio J., Bakare N., Horkay F., Romani N., Tripp C. H., Stoitzner P., Lisziewicz J. Exploitation of Langerhans cells for in vivo DNA vaccine delivery into the lymph nodes // Gene Ther. - 2014. - V. 21. - № 6. - P. 566-574.

147. Tomizawa M., Shinozaki F., Motoyoshi Y., Sugiyama T., Yamamoto S., Sueishi M. Sonoporation: Gene transfer using ultrasound // World J Methodol. - 2013. - V. 3. - № 4. - P. 39-44.

148. Kardos T. J., Rabussay D. P. Contactless magneto-permeabilization for intracellular plasmid DNA delivery in-vivo // Hum Vaccin Immunother. - 2012. - V. 8. - № 11. - P. 1707-1713.

149. Lambricht L., Lopes A., Kos S., Sersa G., Preat V., Vandermeulen G. Clinical potential of electroporation for gene therapy and DNA vaccine delivery // Expert Opin Drug Deliv. - 2016. - V. 13. - № 2. - P. 295-310.

150. Microbes and the Tools of Genetic Engineering // Lumen learning: website. - 2018. - URL: https://courses.lumenlearning.com/microbiology/chapter/microbes-and-the-tools-of-genetic-engineering/ (дата обращения: 23.11.2018).

151. Liu J., Kjeken R., Mathiesen I., Barouch D. H. Recruitment of antigen-presenting cells to the site of inoculation and augmentation of human immunodeficiency virus type 1 DNA vaccine immunogenicity by in vivo electroporation // J Virol. - 2008. - V. 82. - № 11. - P. 5643-5649.

152. Chiarella P., Massi E., De Robertis M., Sibilio A., Parrella P., Fazio V. M., Signori E. Electroporation of skeletal muscle induces danger signal release and antigen-presenting cell recruitment independently of DNA vaccine administration // Expert Opin Biol Ther. - 2008. - V. 8. -№ 11. - P. 1645-1657.

153. Low L., Mander A., McCann K., Dearnaley D., Tjelle T., Mathiesen I., Stevenson F., Ottensmeier C. H. DNA vaccination with electroporation induces increased antibody responses in patients with prostate cancer // Hum Gene Ther. - 2009. - V. 20. - № 11. - P. 1269-1278.

154. Weiland O., Ahlen G., Diepolder H., Jung M. C., Levander S., Fons M., Mathiesen I., Sardesai N. Y., Vahlne A., Frelin L., Sallberg M. Therapeutic DNA vaccination using in vivo electroporation followed by standard of care therapy in patients with genotype 1 chronic hepatitis C // Mol Ther. -2013. - V. 21. - № 9. - P. 1796-1805.

155. Dolter K. E., Evans C. F., Ellefsen B., Song J., Boente-Carrera M., Vittorino R., Rosenberg T. J., Hannaman D., Vasan S. Immunogenicity, safety, biodistribution and persistence of ADVAX, a prophylactic DNA vaccine for HIV-1, delivered by in vivo electroporation // Vaccine. - 2011. - V. 29. - № 4. - P. 795-803.

156. Vasan S., Schlesinger S. J., Huang Y., Hurley A., Lombardo A., Chen Z., Than S., Adesanya P., Bunce C., Boaz M., Boyle R., Sayeed E., Clark L., Dugin D., Schmidt C., Song Y., Seamons L., Dally L., Ho M., Smith C., Markowitz M., Cox J., Gill D. K., Gilmour J., Keefer M. C., Fast P., Ho D. D. Phase 1 safety and immunogenicity evaluation of ADVAX, a multigenic, DNA-based clade C/B' HIV-1 candidate vaccine // PLoS One. - 2010. - V. 5. - № 1. - P. e8617.

157. Vasan S., Hurley A., Schlesinger S. J., Hannaman D., Gardiner D. F., Dugin D. P., Boente-Carrera M., Vittorino R., Caskey M., Andersen J., Huang Y., Cox J. H., Tarragona-Fiol T., Gill D. K., Cheeseman H., Clark L., Dally L., Smith C., Schmidt C., Park H. H., Kopycinski J. T., Gilmour J.,

Fast P., Bernard R., Ho D. D. In vivo electroporation enhances the immunogenicity of an HIV-1 DNA vaccine candidate in healthy volunteers // PLoS One. - 2011. - V. 6. - № 5. - P. e19252.

158. Kalams S. A., Parker S. D., Elizaga M., Metch B., Edupuganti S., Hural J., De Rosa S., Carter D. K., Rybczyk K., Frank I., Fuchs J., Koblin B., Kim D. H., Joseph P., Keefer M. C., Baden L. R., Eldridge J., Boyer J., Sherwat A., Cardinali M., Allen M., Pensiero M., Butler C., Khan A. S., Yan J., Sardesai N. Y., Kublin J. G., Weiner D. B., Network N. H. V. T. Safety and comparative immunogenicity of an HIV-1 DNA vaccine in combination with plasmid interleukin 12 and impact of intramuscular electroporation for delivery // J Infect Dis. - 2013. - V. 208. - № 5. - P. 818-829.

159. Bagarazzi M. L., Yan J., Morrow M. P., Shen X., Parker R. L., Lee J. C., Giffear M., Pankhong P., Khan A. S., Broderick K. E., Knott C., Lin F., Boyer J. D., Draghia-Akli R., White C. J., Kim J. J., Weiner D. B., Sardesai N. Y. Immunotherapy against HPV16/18 generates potent TH1 and cytotoxic cellular immune responses // Sci Transl Med. - 2012. - V. 4. - № 155. - P. 155ra138.

160. Luckay A., Sidhu M. K., Kjeken R., Megati S., Chong S. Y., Roopchand V., Garcia-Hand D., Abdullah R., Braun R., Montefiori D. C., Rosati M., Felber B. K., Pavlakis G. N., Mathiesen I., Israel Z. R., Eldridge J. H., Egan M. A. Effect of plasmid DNA vaccine design and in vivo electroporation on the resulting vaccine-specific immune responses in rhesus macaques // J Virol. - 2007. - V. 81. - № 10. - P. 5257-5269.

161. Lee S. H., Danishmalik S. N., Sin J. I. DNA vaccines, electroporation and their applications in cancer treatment // Hum Vaccin Immunother. - 2015. - V. 11. - № 8. - P. 1889-1900.

162. Tiptiri-Kourpeti A., Spyridopoulou K., Pappa A., Chlichlia K. DNA vaccines to attack cancer: Strategies for improving immunogenicity and efficacy // Pharmacol Ther. - 2016. - V. 165. - P. 32-49.

163. Wahren B. a. L. M. A. DNA vaccines: Recent Developments and the Future // Vaccines (Basel). -2014. - V. 2. - P. 785-796.

164. Trimble C. L., Morrow M. P., Kraynyak K. A., Shen X., Dallas M., Yan J., Edwards L., Parker R. L., Denny L., Giffear M., Brown A. S., Marcozzi-Pierce K., Shah D., Slager A. M., Sylvester A. J., Khan A., Broderick K. E., Juba R. J., Herring T. A., Boyer J., Lee J., Sardesai N. Y., Weiner D. B., Bagarazzi M. L. Safety, efficacy, and immunogenicity of VGX-3100, a therapeutic synthetic DNA vaccine targeting human papillomavirus 16 and 18 E6 and E7 proteins for cervical intraepithelial neoplasia 2/3: a randomised, double-blind, placebo-controlled phase 2b trial // Lancet. - 2015. - V. 386. - № 10008. - P. 2078-2088.

165. Taylor B. S., Sobieszczyk M. E., McCutchan F. E., Hammer S. M. The challenge of HIV-1 subtype diversity // N Engl J Med. - 2008. - V. 358. - № 15. - P. 1590-1602.

166. Vallari A., Holzmayer V., Harris B., Yamaguchi J., Ngansop C., Makamche F., Mbanya D., Kaptue L., Ndembi N., Gurtler L., Devare S., Brennan C. A. Confirmation of putative HIV-1 group P in Cameroon // J Virol. - 2011. - V. 85. - № 3. - P. 1403-1407.

167. Blackard J. T., Cohen D. E., Mayer K. H. Human immunodeficiency virus superinfection and recombination: current state of knowledge and potential clinical consequences // Clin Infect Dis. -2002. - V. 34. - № 8. - P. 1108-1114.

168. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. - 2013. - V. 15. - № 4. - P. 204-212.

169. Wilen C. B., Tilton J. C., Doms R. W. HIV: cell binding and entry // Cold Spring Harb Perspect Med. - 2012. - V. 2. - № 8.

170. Turner B. G., Summers M. F. Structural biology of HIV // J Mol Biol. - 1999. - V. 285. - № 1. -P. 1-32.

171. Levy J. A. HIV and the pathogenesis of AIDS. - Washington DC: ASM Press, 2007. - 644 p.

172. Julias J. G., Ferris A. L., Boyer P. L., Hughes S. H. Replication of phenotypically mixed human immunodeficiency virus type 1 virions containing catalytically active and catalytically inactive reverse transcriptase // J Virol. - 2001. - V. 75. - № 14. - P. 6537-6546.

173. Hizi A., McGill C., Hughes S. H. Expression of soluble, enzymatically active, human immunodeficiency virus reverse transcriptase in Escherichia coli and analysis of mutants // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1988. - V. 85. - № 4. - P. 1218-1222.

174. Hansen J., Schulze T., Mellert W., Moelling K. Identification and characterization of HIV-specific RNase H by monoclonal antibody // EMBO J. - 1988. - V. 7. - № 1. - P. 239-243.

175. Kohlstaedt L. A., Wang J., Friedman J. M., Rice P. A., Steitz T. A. Crystal structure at 3.5 A resolution of HIV-1 reverse transcriptase complexed with an inhibitor // Science. - 1992. - V. 256. -№ 5065. - P. 1783-1790.

176. Jacobo-Molina A., Ding J., Nanni R. G., Clark A. D., Jr., Lu X., Tantillo C., Williams R. L., Kamer G., Ferris A. L., Clark P., et al. Crystal structure of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase complexed with double-stranded DNA at 3.0 A resolution shows bent DNA // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1993. - V. 90. - № 13. - P. 6320-6324.

177. Lightfoote M. M., Coligan J. E., Folks T. M., Fauci A. S., Martin M. A., Venkatesan S. Structural characterization of reverse transcriptase and endonuclease polypeptides of the acquired immunodeficiency syndrome retrovirus // J Virol. - 1986. - V. 60. - № 2. - P. 771-775.

178. Sharaf N. G., Brereton A. E., Byeon I. L., Karplus P. A., Gronenborn A. M. NMR structure of the HIV-1 reverse transcriptase thumb subdomain // J Biomol NMR. - 2016. - V. 66. - № 4. - P. 273-280.

179. Wacleche V. S., Tremblay C. L., Routy J. P., Ancuta P. The Biology of Monocytes and Dendritic Cells: Contribution to HIV Pathogenesis // Viruses. - 2018. - V. 10. - № 2.

180. Perreau M., Levy Y., Pantaleo G. Immune response to HIV // Curr Opin HIV AIDS. - 2013. - V. 8. - № 4. - P. 333-340.

181. Killian M. S., Levy J. A. HIV/AIDS: 30 years of progress and future challenges // Eur J Immunol. - 2011. - V. 41. - № 12. - P. 3401-3411.

182. Brenchley J. M., Schacker T. W., Ruff L. E., Price D. A., Taylor J. H., Beilman G. J., Nguyen P. L., Khoruts A., Larson M., Haase A. T., Douek D. C. CD4+ T cell depletion during all stages of HIV disease occurs predominantly in the gastrointestinal tract // J Exp Med. - 2004. - V. 200. - № 6. - P. 749-759.

183. Kandathil A. J., Sugawara S., Balagopal A. Are T cells the only HIV-1 reservoir? // Retrovirology. - 2016. - V. 13. - № 1. - P. 86.

184. Vidya Vijayan K. K., Karthigeyan K. P., Tripathi S. P., Hanna L. E. Pathophysiology of CD4+ T-Cell Depletion in HIV-1 and HIV-2 Infections // Front Immunol. - 2017. - V. 8. - P. 580.

185. Mouquet H. Antibody B cell responses in HIV-1 infection // Trends Immunol. - 2014. - V. 35. -№ 11. - P. 549-561.

186. Altfeld M., Gale M., Jr. Innate immunity against HIV-1 infection // Nat Immunol. - 2015. - V. 16. - № 6. - P. 554-562.

187. Phillips R. E., Rowland-Jones S., Nixon D. F., Gotch F. M., Edwards J. P., Ogunlesi A. O., Elvin J. G., Rothbard J. A., Bangham C. R., Rizza C. R., et al. Human immunodeficiency virus genetic variation that can escape cytotoxic T cell recognition // Nature. - 1991. - V. 354. - № 6353. - P. 453459.

188. Borrow P., Lewicki H., Wei X., Horwitz M. S., Peffer N., Meyers H., Nelson J. A., Gairin J. E., Hahn B. H., Oldstone M. B., Shaw G. M. Antiviral pressure exerted by HIV-1-specific cytotoxic T lymphocytes (CTLs) during primary infection demonstrated by rapid selection of CTL escape virus // Nat Med. - 1997. - V. 3. - № 2. - P. 205-211.

189. Frost S. D., Trkola A., Gunthard H. F., Richman D. D. Antibody responses in primary HIV-1 infection // Curr Opin HIV AIDS. - 2008. - V. 3. - № 1. - P. 45-51.

190. Lichterfeld M., Yu X. G., Cohen D., Addo M. M., Malenfant J., Perkins B., Pae E., Johnston M. N., Strick D., Allen T. M., Rosenberg E. S., Korber B., Walker B. D., Altfeld M. HIV-1 Nef is preferentially recognized by CD8 T cells in primary HIV-1 infection despite a relatively high degree of genetic diversity // AIDS. - 2004. - V. 18. - № 10. - P. 1383-1392.

191. Turnbull E. L., Wong M., Wang S., Wei X., Jones N. A., Conrod K. E., Aldam D., Turner J., Pellegrino P., Keele B. F., Williams I., Shaw G. M., Borrow P. Kinetics of expansion of epitope-specific T cell responses during primary HIV-1 infection // J Immunol. - 2009. - V. 182. - № 11. - P. 7131-7145.

192. Johnson R. P., Walker B. D. Cytotoxic T lymphocytes in human immunodeficiency virus infection: responses to structural proteins // Curr Top Microbiol Immunol. - 1994. - V. 189. - P. 3563.

193. Riviere Y., Robertson M. N., Buseyne F. Cytotoxic T lymphocytes in human immunodeficiency virus infection: regulator genes // Curr Top Microbiol Immunol. - 1994. - V. 189. - P. 65-74.

194. van Baalen C. A., Pontesilli O., Huisman R. C., Geretti A. M., Klein M. R., de Wolf F., Miedema

F., Gruters R. A., Osterhaus A. D. Human immunodeficiency virus type 1 Rev- and Tat-specific cytotoxic T lymphocyte frequencies inversely correlate with rapid progression to AIDS // J Gen Virol. - 1997. - V. 78 ( Pt 8). - P. 1913-1918.

195. Huber M., Trkola A. Humoral immunity to HIV-1: neutralization and beyond // J Intern Med. -2007. - V. 262. - № 1. - P. 5-25.

196. Fan J., Liang H., Shen T., Wang S., Ji X., Yee C., Lu F., Shao Y. Early Env-specific CTLs effectively suppress viral replication in SHIV controller macaques // Cell Immunol. -2018.10.1016/j.cellimm.2018.05.001.

197. Liu Y., McNevin J., Cao J., Zhao H., Genowati I., Wong K., McLaughlin S., McSweyn M. D., Diem K., Stevens C. E., Maenza J., He H., Nickle D. C., Shriner D., Holte S. E., Collier A. C., Corey L., McElrath M. J., Mullins J. I. Selection on the human immunodeficiency virus type 1 proteome following primary infection // J Virol. - 2006. - V. 80. - № 19. - P. 9519-9529.

198. Goonetilleke N., Liu M. K., Salazar-Gonzalez J. F., Ferrari G., Giorgi E., Ganusov V. V., Keele B. F., Learn G. H., Turnbull E. L., Salazar M. G., Weinhold K. J., Moore S., B C. C. C., Letvin N., Haynes B. F., Cohen M. S., Hraber P., Bhattacharya T., Borrow P., Perelson A. S., Hahn B. H., Shaw

G. M., Korber B. T., McMichael A. J. The first T cell response to transmitted/founder virus contributes to the control of acute viremia in HIV-1 infection // J Exp Med. - 2009. - V. 206. - № 6. - P. 12531272.

199. Menendez-Arias L., Mas A., Domingo E. Cytotoxic T-lymphocyte responses to HIV-1 reverse transcriptase (review) // Viral Immunol. - 1998. - V. 11. - № 4. - P. 167-181.

200. Theze J., Chakrabarti L. A., Vingert B., Porichis F., Kaufmann D. E. HIV controllers: a multifactorial phenotype of spontaneous viral suppression // Clin Immunol. - 2011. - V. 141. - № 1. -P. 15-30.

201. Betts M. R., Nason M. C., West S. M., De Rosa S. C., Migueles S. A., Abraham J., Lederman M. M., Benito J. M., Goepfert P. A., Connors M., Roederer M., Koup R. A. HIV nonprogressors preferentially maintain highly functional HIV-specific CD8+ T cells // Blood. - 2006. - V. 107. - № 12. - P. 4781-4789.

202. Schnittman S. M., Lane H. C., Greenhouse J., Justement J. S., Baseler M., Fauci A. S. Preferential infection of CD4+ memory T cells by human immunodeficiency virus type 1: evidence for a role in the selective T-cell functional defects observed in infected individuals // Proc Natl Acad Sci U S A. -1990. - V. 87. - № 16. - P. 6058-6062.

203. Douek D. C., Brenchley J. M., Betts M. R., Ambrozak D. R., Hill B. J., Okamoto Y., Casazza J. P., Kuruppu J., Kunstman K., Wolinsky S., Grossman Z., Dybul M., Oxenius A., Price D. A., Connors M., Koup R. A. HIV preferentially infects HIV-specific CD4+ T cells // Nature. - 2002. - V. 417. - № 6884. - P. 95-98.

204. Poropatich K., Sullivan D. J., Jr. Human immunodeficiency virus type 1 long-term non-progressors: the viral, genetic and immunological basis for disease non-progression // J Gen Virol. -2011. - V. 92. - № Pt 2. - P. 247-268.

205. Boaz M. J., Waters A., Murad S., Easterbrook P. J., Vyakarnam A. Presence of HIV-1 Gag-specific IFN-gamma+IL-2+ and CD28+IL-2+ CD4 T cell responses is associated with nonprogression in HIV-1 infection // J Immunol. - 2002. - V. 169. - № 11. - P. 6376-6385.

206. Van Braeckel E., Desombere I., Clement F., Vandekerckhove L., Verhofstede C., Vogelaers D., Leroux-Roels G. Polyfunctional CD4(+) T cell responses in HIV-1-infected viral controllers compared with those in healthy recipients of an adjuvanted polyprotein HIV-1 vaccine // Vaccine. - 2013. - V. 31. - № 36. - P. 3739-3746.

207. Pancre V., Delhem N., Yazdanpanah Y., Delanoye A., Delacre M., Depil S., Morales O., Mouton Y., Auriault C. Presence of HIV-1 Nef specific CD4 T cell response is associated with non-progression in HIV-1 infection // Vaccine. - 2007. - V. 25. - № 31. - P. 5927-5937.

208. Erdmann N., Du V. Y., Carlson J., Schaefer M., Jureka A., Sterrett S., Yue L., Dilernia D., Lakhi S., Tang J., Sidney J., Gilmour J., Allen S., Hunter E., Heath S., Bansal A., Goepfert P. A. HLA Class-II Associated HIV Polymorphisms Predict Escape from CD4+ T Cell Responses // PLoS Pathog. -2015. - V. 11. - № 8. - P. e1005111.

209. Graziosi C., Pantaleo G. New concepts in the immunopathogenesis of HIV infection // J Biol Regul Homeost Agents. - 1995. - V. 9. - № 3. - P. 73-75.

210. Hogervorst E., Jurriaans S., de Wolf F., van Wijk A., Wiersma A., Valk M., Roos M., van Gemen B., Coutinho R., Miedema F., et al. Predictors for non- and slow progression in human immunodeficiency virus (HIV) type 1 infection: low viral RNA copy numbers in serum and maintenance of high HIV-1 p24-specific but not V3-specific antibody levels // J Infect Dis. - 1995. -V. 171. - № 4. - P. 811-821.

211. Liu P., Overman R. G., Yates N. L., Alam S. M., Vandergrift N., Chen Y., Graw F., Freel S. A., Kappes J. C., Ochsenbauer C., Montefiori D. C., Gao F., Perelson A. S., Cohen M. S., Haynes B. F., Tomaras G. D. Dynamic antibody specificities and virion concentrations in circulating immune complexes in acute to chronic HIV-1 infection // J Virol. - 2011. - V. 85. - № 21. - P. 11196-11207.

212. Richman D. D., Wrin T., Little S. J., Petropoulos C. J. Rapid evolution of the neutralizing antibody response to HIV type 1 infection // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2003. - V. 100. - № 7. - P. 4144-4149.

213. Wei X., Decker J. M., Wang S., Hui H., Kappes J. C., Wu X., Salazar-Gonzalez J. F., Salazar M. G., Kilby J. M., Saag M. S., Komarova N. L., Nowak M. A., Hahn B. H., Kwong P. D., Shaw G. M. Antibody neutralization and escape by HIV-1 // Nature. - 2003. - V. 422. - № 6929. - P. 307-312.

214. Gray E. S., Madiga M. C., Hermanus T., Moore P. L., Wibmer C. K., Tumba N. L., Werner L., Mlisana K., Sibeko S., Williamson C., Abdool Karim S. S., Morris L., Team C. S. The neutralization breadth of HIV-1 develops incrementally over four years and is associated with CD4+ T cell decline and high viral load during acute infection // J Virol. - 2011. - V. 85. - № 10. - P. 4828-4840.

215. Doria-Rose N. A., Klein R. M., Daniels M. G., O'Dell S., Nason M., Lapedes A., Bhattacharya T., Migueles S. A., Wyatt R. T., Korber B. T., Mascola J. R., Connors M. Breadth of human immunodeficiency virus-specific neutralizing activity in sera: clustering analysis and association with clinical variables // J Virol. - 2010. - V. 84. - № 3. - P. 1631-1636.

216. Simek M. D., Rida W., Priddy F. H., Pung P., Carrow E., Laufer D. S., Lehrman J. K., Boaz M., Tarragona-Fiol T., Miiro G., Birungi J., Pozniak A., McPhee D. A., Manigart O., Karita E., Inwoley A., Jaoko W., Dehovitz J., Bekker L. G., Pitisuttithum P., Paris R., Walker L. M., Poignard P., Wrin T., Fast P. E., Burton D. R., Koff W. C. Human immunodeficiency virus type 1 elite neutralizers: individuals with broad and potent neutralizing activity identified by using a high-throughput neutralization assay together with an analytical selection algorithm // J Virol. - 2009. - V. 83. - № 14. - P. 7337-7348.

217. Planque S., Salas M., Mitsuda Y., Sienczyk M., Escobar M. A., Mooney J. P., Morris M. K., Nishiyama Y., Ghosh D., Kumar A., Gao F., Hanson C. V., Paul S. Neutralization of genetically diverse HIV-1 strains by IgA antibodies to the gp120-CD4-binding site from long-term survivors of HIV infection // AIDS. - 2010. - V. 24. - № 6. - P. 875-884.

218. Yates N. L., Stacey A. R., Nolen T. L., Vandergrift N. A., Moody M. A., Montefiori D. C., Weinhold K. J., Blattner W. A., Borrow P., Shattock R., Cohen M. S., Haynes B. F., Tomaras G. D. HIV-1 gp41 envelope IgA is frequently elicited after transmission but has an initial short response half-life // Mucosal Immunol. - 2013. - V. 6. - № 4. - P. 692-703.

219. Tudor D., Derrien M., Diomede L., Drillet A. S., Houimel M., Moog C., Reynes J. M., Lopalco L., Bomsel M. HIV-1 gp41-specific monoclonal mucosal IgAs derived from highly exposed but IgG-seronegative individuals block HIV-1 epithelial transcytosis and neutralize CD4(+) cell infection: an IgA gene and functional analysis // Mucosal Immunol. - 2009. - V. 2. - № 5. - P. 412-426.

220. Tay M. Z., Liu P., Williams L. D., McRaven M. D., Sawant S., Gurley T. C., Xu T. T., Dennison S. M., Liao H. X., Chenine A. L., Alam S. M., Moody M. A., Hope T. J., Haynes B. F., Tomaras G. D. Antibody-Mediated Internalization of Infectious HIV-1 Virions Differs among Antibody Isotypes and Subclasses // PLoS Pathog. - 2016. - V. 12. - № 8. - P. e1005817.

221. Gach J. S., Bouzin M., Wong M. P., Chromikova V., Gorlani A., Yu K. T., Sharma B., Gratton E., Forthal D. N. Human immunodeficiency virus type-1 (HIV-1) evades antibody-dependent phagocytosis // PLoS Pathog. - 2017. - V. 13. - № 12. - P. e1006793.

222. Richardson S. I., Chung A. W., Natarajan H., Mabvakure B., Mkhize N. N., Garrett N., Abdool Karim S., Moore P. L., Ackerman M. E., Alter G., Morris L. HIV-specific Fc effector function early in infection predicts the development of broadly neutralizing antibodies // PLoS Pathog. - 2018. - V. 14.

- № 4. - P. e1006987.

223. Kramski M., Parsons M. S., Stratov I., Kent S. J. HIV-specific antibody immunity mediated through NK cells and monocytes // Curr HIV Res. - 2013. - V. 11. - № 5. - P. 388-406.

224. Baum L. L. Role of humoral immunity in host defense against HIV // Curr HIV/AIDS Rep. -

2010. - V. 7. - № 1. - P. 11-18.

225. Chung A. W., Navis M., Isitman G., Wren L., Silvers J., Amin J., Kent S. J., Stratov I. Activation of NK cells by ADCC antibodies and HIV disease progression // J Acquir Immune Defic Syndr. -

2011. - V. 58. - № 2. - P. 127-131.

226. Wren L. H., Chung A. W., Isitman G., Kelleher A. D., Parsons M. S., Amin J., Cooper D. A., investigators A. s. c., Stratov I., Navis M., Kent S. J. Specific antibody-dependent cellular cytotoxicity responses associated with slow progression of HIV infection // Immunology. - 2013. - V. 138. - № 2.

- P. 116-123.

227. Миронов А.Н. С. М. В., Лебединская Е. В. Феномен антитело-зависимого усиления инфекции у вакцинированных и переболевших // Биопрепараты. - 2013. - Т. 2013. - № 3. - С. 12-25.

228. Carcelain G., Debre P., Autran B. Reconstitution of CD4+ T lymphocytes in HIV-infected individuals following antiretroviral therapy // Curr Opin Immunol. - 2001. - V. 13. - № 4. - P. 483488.

229. Palella F. J., Jr., Delaney K. M., Moorman A. C., Loveless M. O., Fuhrer J., Satten G. A., Aschman D. J., Holmberg S. D. Declining morbidity and mortality among patients with advanced human immunodeficiency virus infection. HIV Outpatient Study Investigators // N Engl J Med. -1998. - V. 338. - № 13. - P. 853-860.

230. Roge B. T., Barfod T. S., Kirk O., Katzenstein T. L., Obel N., Nielsen H., Pedersen C., Mathiesen L. R., Lundgren J. D., Gerstoft J. Resistance profiles and adherence at primary virological failure in three different highly active antiretroviral therapy regimens: analysis of failure rates in a randomized study // HIV Med. - 2004. - V. 5. - № 5. - P. 344-351.

231. Antiretroviral drugs used in the treatment of HIV infection // U.S. Food & Drug Administration: website. - 2018. - URL: https://www.fda.gov/ForPatients/Illness/HIVAIDS/Treatment/ ucm118915.htm (дата обращения: 25.08.2018).

232. Das K., Arnold E. HIV-1 reverse transcriptase and antiviral drug resistance. Part 1 // Curr Opin Virol. - 2013. - V. 3. - № 2. - P. 111-118.

233. Roberts J. D., Bebenek K., Kunkel T. A. The accuracy of reverse transcriptase from HIV-1 // Science. - 1988. - V. 242. - № 4882. - P. 1171-1173.

234. Preston B. D., Poiesz B. J., Loeb L. A. Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase // Science. - 1988. - V. 242. - № 4882. - P. 1168-1171.

235. Mansky L. M., Temin H. M. Lower in vivo mutation rate of human immunodeficiency virus type 1 than that predicted from the fidelity of purified reverse transcriptase // J Virol. - 1995. - V. 69. - № 8. - P. 5087-5094.

236. Endsley A. N., Salama N. N., Ho R. J. Combining drug and immune therapy: a potential solution to drug resistance and challenges of HIV vaccines? // Curr HIV Res. - 2008. - V. 6. - № 5. - P. 401410.

237. Graziani G. M., Angel J. B. Evaluating the efficacy of therapeutic HIV vaccines through analytical treatment interruptions // J Int AIDS Soc. - 2015. - V. 18. - P. 20497.

238. Wijesundara D. K., Ranasinghe C., Grubor-Bauk B., Gowans E. J. Emerging Targets for Developing T Cell-Mediated Vaccines for Human Immunodeficiency Virus (HIV)-1 // Front Microbiol. - 2017. - V. 8. - P. 2091.

239. Pitisuttithum P., Gilbert P., Gurwith M., Heyward W., Martin M., van Griensven F., Hu D., Tappero J. W., Choopanya K., Bangkok Vaccine Evaluation G. Randomized, double-blind, placebo-controlled efficacy trial of a bivalent recombinant glycoprotein 120 HIV-1 vaccine among injection drug users in Bangkok, Thailand // J Infect Dis. - 2006. - V. 194. - № 12. - P. 1661-1671.

240. Flynn N. M., Forthal D. N., Harro C. D., Judson F. N., Mayer K. H., Para M. F. Placebo-controlled phase 3 trial of a recombinant glycoprotein 120 vaccine to prevent HIV-1 infection // J Infect Dis. - 2005. - V. 191. - № 5. - P. 654-665.

241. Flynn N. M., Forthal D. N., Harro C. D., Judson F. N., Mayer K. H., Para M. F., rgp H. I. V. V. S. G. Placebo-controlled phase 3 trial of a recombinant glycoprotein 120 vaccine to prevent HIV-1 infection // J Infect Dis. - 2005. - V. 191. - № 5. - P. 654-665.

242. Graziani G. M., Angel J. B. HIV-1 Immunogen: an overview of almost 30 years of clinical testing of a candidate therapeutic vaccine // Expert Opin Biol Ther. - 2016. - V. 16. - № 7. - P. 953-966.

243. Buchbinder S. P., Mehrotra D. V., Duerr A., Fitzgerald D. W., Mogg R., Li D., Gilbert P. B., Lama J. R., Marmor M., Del Rio C., McElrath M. J., Casimiro D. R., Gottesdiener K. M., Chodakewitz J. A., Corey L., Robertson M. N., Step Study Protocol T. Efficacy assessment of a cellmediated immunity HIV-1 vaccine (the Step Study): a double-blind, randomised, placebo-controlled, test-of-concept trial // Lancet. - 2008. - V. 372. - № 9653. - P. 1881-1893.

244. Hammer S. M., Sobieszczyk M. E., Janes H., Karuna S. T., Mulligan M. J., Grove D., Koblin B. A., Buchbinder S. P., Keefer M. C., Tomaras G. D., Frahm N., Hural J., Anude C., Graham B. S., Enama M. E., Adams E., DeJesus E., Novak R. M., Frank I., Bentley C., Ramirez S., Fu R., Koup R. A., Mascola J. R., Nabel G. J., Montefiori D. C., Kublin J., McElrath M. J., Corey L., Gilbert P. B., Team H. S. Efficacy trial of a DNA/rAd5 HIV-1 preventive vaccine // N Engl J Med. - 2013. - V. 369. - № 22. - P. 2083-2092.

245. Gray G. E., Allen M., Moodie Z., Churchyard G., Bekker L. G., Nchabeleng M., Mlisana K., Metch B., de Bruyn G., Latka M. H., Roux S., Mathebula M., Naicker N., Ducar C., Carter D. K., Puren A., Eaton N., McElrath M. J., Robertson M., Corey L., Kublin J. G., team H. P. s. Safety and efficacy of the HVTN 503/Phambili study of a clade-B-based HIV-1 vaccine in South Africa: a double-blind, randomised, placebo-controlled test-of-concept phase 2b study // Lancet Infect Dis. -2011. - V. 11. - № 7. - P. 507-515.

246. Rerks-Ngarm S., Pitisuttithum P., Nitayaphan S., Kaewkungwal J., Chiu J., Paris R., Premsri N., Namwat C., de Souza M., Adams E., Benenson M., Gurunathan S., Tartaglia J., McNeil J. G., Francis D. P., Stablein D., Birx D. L., Chunsuttiwat S., Khamboonruang C., Thongcharoen P., Robb M. L., Michael N. L., Kunasol P., Kim J. H., Investigators M.-T. Vaccination with ALVAC and AIDSVAX to prevent HIV-1 infection in Thailand // N Engl J Med. - 2009. - V. 361. - № 23. - P. 2209-2220.

247. Montefiori D. C., Karnasuta C., Huang Y., Ahmed H., Gilbert P., de Souza M. S., McLinden R., Tovanabutra S., Laurence-Chenine A., Sanders-Buell E., Moody M. A., Bonsignori M., Ochsenbauer

C., Kappes J., Tang H., Greene K., Gao H., LaBranche C. C., Andrews C., Polonis V. R., Rerks-Ngarm S., Pitisuttithum P., Nitayaphan S., Kaewkungwal J., Self S. G., Berman P. W., Francis D., Sinangil F., Lee C., Tartaglia J., Robb M. L., Haynes B. F., Michael N. L., Kim J. H. Magnitude and breadth of the neutralizing antibody response in the RV144 and Vax003 HIV-1 vaccine efficacy trials // J Infect Dis. - 2012. - V. 206. - № 3. - P. 431-441.

248. Yates N. L., Liao H. X., Fong Y., deCamp A., Vandergrift N. A., Williams W. T., Alam S. M., Ferrari G., Yang Z. Y., Seaton K. E., Berman P. W., Alpert M. D., Evans D. T., O'Connell R. J., Francis D., Sinangil F., Lee C., Nitayaphan S., Rerks-Ngarm S., Kaewkungwal J., Pitisuttithum P., Tartaglia J., Pinter A., Zolla-Pazner S., Gilbert P. B., Nabel G. J., Michael N. L., Kim J. H., Montefiori

D. C., Haynes B. F., Tomaras G. D. Vaccine-induced Env V1-V2 IgG3 correlates with lower HIV-1 infection risk and declines soon after vaccination // Sci Transl Med. - 2014. - V. 6. - № 228. - P. 228ra239.

249. Chung A. W., Ghebremichael M., Robinson H., Brown E., Choi I., Lane S., Dugast A. S., Schoen M. K., Rolland M., Suscovich T. J., Mahan A. E., Liao L., Streeck H., Andrews C., Rerks-Ngarm S., Nitayaphan S., de Souza M. S., Kaewkungwal J., Pitisuttithum P., Francis D., Michael N. L., Kim J. H., Bailey-Kellogg C., Ackerman M. E., Alter G. Polyfunctional Fc-effector profiles mediated by IgG

subclass selection distinguish RV144 and VAX003 vaccines // Sci Transl Med. - 2014. - V. 6. - № 228. - P. 228ra238.

250. Pivotal Phase 2b/3 ALVAC/Bivalent gp120/MF59 HIV Vaccine Prevention Safety and Efficacy Study in South Africa (HVTN702) // ClinicalTrials.gov: website. - 2016. - URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02968849?id=NCT02968849&rank=1&load=cart (дата обращения: 10.10.2018).

251. Roman V. R., Jensen K. J., Jensen S. S., Leo-Hansen C., Jespersen S., da Silva Te D., Rodrigues

C. M., Janitzek C. M., Vinner L., Katzenstein T. L., Andersen P., Kromann I., Andreasen L. V., Karlsson I., Fomsgaard A. Therapeutic vaccination using cationic liposome-adjuvanted HIV type 1 peptides representing HLA-supertype-restricted subdominant T cell epitopes: safety, immunogenicity, and feasibility in Guinea-Bissau // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2013. - V. 29. - № 11. - P. 15041512.

252. Mothe B., Llano A., Ibarrondo J., Daniels M., Miranda C., Zamarreno J., Bach V., Zuniga R., Perez-Alvarez S., Berger C. T., Puertas M. C., Martinez-Picado J., Rolland M., Farfan M., Szinger J. J., Hildebrand W. H., Yang O. O., Sanchez-Merino V., Brumme C. J., Brumme Z. L., Heckerman D., Allen T. M., Mullins J. I., Gomez G., Goulder P. J., Walker B. D., Gatell J. M., Clotet B., Korber B. T., Sanchez J., Brander C. Definition of the viral targets of protective HIV-1-specific T cell responses // J Transl Med. - 2011. - V. 9. - P. 208.

253. Mothe B., Hu X., Llano A., Rosati M., Olvera A., Kulkarni V., Valentin A., Alicea C., Pilkington G. R., Sardesai N. Y., Rocafort M., Crespo M., Carrillo J., Marco A., Mullins J. I., Dorrell L., Hanke T., Clotet B., Pavlakis G. N., Felber B. K., Brander C. A human immune data-informed vaccine concept elicits strong and broad T-cell specificities associated with HIV-1 control in mice and macaques // J Transl Med. - 2015. - V. 13. - P. 60.

254. Deng K., Pertea M., Rongvaux A., Wang L., Durand C. M., Ghiaur G., Lai J., McHugh H. L., Hao H., Zhang H., Margolick J. B., Gurer C., Murphy A. J., Valenzuela D. M., Yancopoulos G. D., Deeks S. G., Strowig T., Kumar P., Siliciano J. D., Salzberg S. L., Flavell R. A., Shan L., Siliciano R. F. Broad CTL response is required to clear latent HIV-1 due to dominance of escape mutations // Nature. - 2015. - V. 517. - № 7534. - P. 381-385.

255. Calarota S., Bratt G., Nordlund S., Hinkula J., Leandersson A. C., Sandstrom E., Wahren B. Cellular cytotoxic response induced by DNA vaccination in HIV-1-infected patients // Lancet. - 1998. - V. 351. - № 9112. - P. 1320-1325.

256. MacGregor R. R., Ginsberg R., Ugen K. E., Baine Y., Kang C. U., Tu X. M., Higgins T., Weiner

D. B., Boyer J. D. T-cell responses induced in normal volunteers immunized with a DNA-based vaccine containing HIV-1 env and rev // AIDS. - 2002. - V. 16. - № 16. - P. 2137-2143.

257. Mulligan M. J., Russell N. D., Celum C., Kahn J., Noonan E., Montefiori D. C., Ferrari G., Weinhold K. J., Smith J. M., Amara R. R., Robinson H. L., Network N. N. D. H. V. T. Excellent safety and tolerability of the human immunodeficiency virus type 1 pGA2/JS2 plasmid DNA priming vector vaccine in HIV type 1 uninfected adults // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2006. - V. 22. - № 7. - P. 678-683.

258. Ake J. A., Schuetz A., Pegu P., Wieczorek L., Eller M. A., Kibuuka H., Sawe F., Maboko L., Polonis V., Karasavva N., Weiner D., Sekiziyivu A., Kosgei J., Missanga M., Kroidl A., Mann P., Ratto-Kim S., Anne Eller L., Earl P., Moss B., Dorsey-Spitz J., Milazzo M., Laissa Ouedraogo G., Rizvi F., Yan J., Khan A. S., Peel S., Sardesai N. Y., Michael N. L., Ngauy V., Marovich M., Robb M. L. Safety and Immunogenicity of PENNVAX-G DNA Prime Administered by Biojector 2000 or CELLECTRA Electroporation Device With Modified Vaccinia Ankara-CMDR Boost // J Infect Dis. -2017. - V. 216. - № 9. - P. 1080-1090.

259. Goonetilleke N., Moore S., Dally L., Winstone N., Cebere I., Mahmoud A., Pinheiro S., Gillespie G., Brown D., Loach V., Roberts J., Guimaraes-Walker A., Hayes P., Loughran K., Smith C., De Bont J., Verlinde C., Vooijs D., Schmidt C., Boaz M., Gilmour J., Fast P., Dorrell L., Hanke T., McMichael A. J. Induction of multifunctional human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)-specific T cells capable of proliferation in healthy subjects by using a prime-boost regimen of DNA- and modified vaccinia virus Ankara-vectored vaccines expressing HIV-1 Gag coupled to CD8+ T-cell epitopes // J Virol. - 2006. - V. 80. - № 10. - P. 4717-4728.

260. Goepfert P. A., Elizaga M. L., Sato A., Qin L., Cardinali M., Hay C. M., Hural J., DeRosa S. C., DeFawe O. D., Tomaras G. D., Montefiori D. C., Xu Y., Lai L., Kalams S. A., Baden L. R., Frey S. E., Blattner W. A., Wyatt L. S., Moss B., Robinson H. L., National Institute of A., Infectious Diseases H. I. V. V. T. N. Phase 1 safety and immunogenicity testing of DNA and recombinant modified vaccinia Ankara vaccines expressing HIV-1 virus-like particles // J Infect Dis. - 2011. - V. 203. - № 5. - P. 610-619.

261. Nilsson C., Godoy-Ramirez K., Hejdeman B., Brave A., Gudmundsdotter L., Hallengard D., Currier J. R., Wieczorek L., Hasselrot K., Earl P. L., Polonis V. R., Marovich M. A., Robb M. L., Sandstrom E., Wahren B., Biberfeld G. Broad and potent cellular and humoral immune responses after a second late HIV-modified vaccinia virus ankara vaccination in HIV-DNA-primed and HIV-modified vaccinia virus Ankara-boosted Swedish vaccinees // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2014. - V. 30. -№ 3. - P. 299-311.

262. Mehendale S., Thakar M., Sahay S., Kumar M., Shete A., Sathyamurthi P., Verma A., Kurle S., Shrotri A., Gilmour J., Goyal R., Dally L., Sayeed E., Zachariah D., Ackland J., Kochhar S., Cox J. H., Excler J. L., Kumaraswami V., Paranjape R., Ramanathan V. D. Safety and immunogenicity of DNA

and MVA HIV-1 subtype C vaccine prime-boost regimens: a phase I randomised Trial in HIV-uninfected Indian volunteers // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 2. - P. e55831.

263. Chen Y., Wang S., Lu S. DNA Immunization for HIV Vaccine Development // Vaccines (Basel). - 2014. - V. 2. - № 1. - P. 138-159.

264. Shan L., Deng K., Shroff N. S., Durand C. M., Rabi S. A., Yang H. C., Zhang H., Margolick J. B., Blankson J. N., Siliciano R. F. Stimulation of HIV-1-specific cytolytic T lymphocytes facilitates elimination of latent viral reservoir after virus reactivation // Immunity. - 2012. - V. 36. - № 3. - P. 491-501.

265. Thorlund K., Horwitz M. S., Fife B. T., Lester R., Cameron D. W. Landscape review of current HIV 'kick and kill' cure research - some kicking, not enough killing // BMC Infect Dis. - 2017. - V. 17. - № 1. - P. 595.

266. Study to Evaluate the Safety and Effect of HIVconsv Vaccines in Combination With Histone Deacetylase Inhibitor Romidepsin on the Viral Rebound Kinetic After Treatment Interruption in Early Treated HIV-1 Infected Individuals // ClinicalTrials.gov: website. - 2015. - URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT02616874?id=NCT02968849+0R+NCT02616874&rank=2&lo ad=cart (дата обращения: 10.10.2018).

267. Jacobson J. M., Zheng L., Wilson C. C., Tebas P., Matining R. M., Egan M. A., Eldridge J., Landay A. L., Clifford D. B., Luetkemeyer A. F., Tiu J., Martinez A. L., Janik J., Spitz T. A., Hural J., McElrath J., Frahm N., Team A. A. P. The Safety and Immunogenicity of an Interleukin-12-Enhanced Multiantigen DNA Vaccine Delivered by Electroporation for the Treatment of HIV-1 Infection // J Acquir Immune Defic Syndr. - 2016. - V. 71. - № 2. - P. 163-171.

268. Vardas E., Stanescu I., Leinonen M., Ellefsen K., Pantaleo G., Valtavaara M., Ustav M., Reijonen K. Indicators of therapeutic effect in FIT-06, a Phase II trial of a DNA vaccine, GTU((R))-Multi-HIVB, in untreated HIV-1 infected subjects // Vaccine. - 2012. - V. 30. - № 27. - P. 4046-4054.

269. Lori F. DermaVir: a plasmid DNA-based nanomedicine therapeutic vaccine for the treatment of HIV/AIDS // Expert Rev Vaccines. - 2011. - V. 10. - № 10. - P. 1371-1384.

270. Rosenberg E. S., Graham B. S., Chan E. S., Bosch R. J., Stocker V., Maenza J., Markowitz M., Little S., Sax P. E., Collier A. C., Nabel G., Saindon S., Flynn T., Kuritzkes D., Barouch D. H., Team A. C. T. G. A. Safety and immunogenicity of therapeutic DNA vaccination in individuals treated with antiretroviral therapy during acute/early HIV-1 infection // PLoS One. - 2010. - V. 5. - № 5. - P. e10555.

271. Casazza J. P., Bowman K. A., Adzaku S., Smith E. C., Enama M. E., Bailer R. T., Price D. A., Gostick E., Gordon I. J., Ambrozak D. R., Nason M. C., Roederer M., Andrews C. A., Maldarelli F. M., Wiegand A., Kearney M. F., Persaud D., Ziemniak C., Gottardo R., Ledgerwood J. E., Graham B.

S., Koup R. A., Team V. R. C. S. Therapeutic vaccination expands and improves the function of the HIV-specific memory T-cell repertoire // J Infect Dis. - 2013. - V. 207. - № 12. - P. 1829-1840.

272. MacGregor R. R., Boyer J. D., Ugen K. E., Tebas P., Higgins T. J., Baine Y., Ciccarelli R. B., Ginsberg R. S., Weiner D. B. Plasmid vaccination of stable HIV-positive subjects on antiviral treatment results in enhanced CD8 T-cell immunity and increased control of viral "blips" // Vaccine. -2005. - V. 23. - № 17-18. - P. 2066-2073.

273. Isaguliants M. G., Gudima S. O., Ivanova O. V., Levi M., Hinkula J., Garaev M. M., Kochetkov S. N., Wahren B. Immunogenic properties of reverse transcriptase of HIV type 1 assessed by DNA and protein immunization of rabbits // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2000. - V. 16. - № 13. - P. 12691280.

274. Rytting A. S., Akerblom L., Albert J., Unge T., Bjorling E., Al-Khalili L., Gronowitz J. S., Kallander C. F. Monoclonal antibodies to native HIV type 1 reverse transcriptase and their interaction with enzymes from different subtypes // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2000. - V. 16. - № 13. - P. 1281-1294.

275. Inoue H., Nojima H., Okayama H. High efficiency transformation of Escherichia coli with plasmids // Gene. - 1990. - V. 96. - № 1. - P. 23-28.

276. Le Grice S. F., Gruninger-Leitch F. Rapid purification of homodimer and heterodimer HIV-1 reverse transcriptase by metal chelate affinity chromatography // Eur J Biochem. - 1990. - V. 187. -№ 2. - P. 307-314.

277. Rengan K. J. Cerenkov counting technique for beta particles: advantages and limitations // Journal of Chemical Education. - 1983. - V. 60. - № 8. - P. 682-684.

278. Isaguliants M. G., Zuber B., Boberg A., Sjostrand D., Belikov S. V., Rollman E., Zuber A. K., Rechinsky V. O., Rytting A. S., Kallander C. F., Hinkula J., Kochetkov S. N., Liu M., Wahren B. Reverse transcriptase-based DNA vaccines against drug-resistant HIV-1 tested in a mouse model // Vaccine. - 2004. - V. 22. - № 13-14. - P. 1810-1819.

279. Isaguliants M. G., Pokrovskaya K., Kashuba V. I., Pokholok D., Hinkula J., Wahren B., Kochetkov S. N. Eukaryotic expression of enzymatically active human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase // FEBS Lett. - 1999. - V. 447. - № 2-3. - P. 232-236.

280. Кузьменко Ю. В., Стародубова Е. С., Шевцова А. С., Карганова Г. Г., Тимофеев А. В., Карпов В. Л. Протективная активность генно-инженерных конструкций, несущих ген белка NS1 вируса клещевого энцефалита // Биопрепараты. - 2009. - Т. 1-2. - № 33-34. - С. 7-9.

281. Laemmli U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. - 1970. - V. 227. - № 5259. - P. 680-685.

282. Zhou P. Determining protein half-lives // Methods Mol Biol. - 2004. - V. 284. - P. 67-77.

283. Halliwell B., Gutteridge J. M. C. Free radicals in biology and medicine. - Oxford: Oxford University Press, 2007. - 944 p.

284. Roos A. K., Eriksson F., Walters D. C., Pisa P., King A. D. Optimization of skin electroporation in mice to increase tolerability of DNA vaccine delivery to patients // Mol Ther. - 2009. - V. 17. - № 9. - P. 1637-1642.

285. Jonckheere H., Anne J., De Clercq E. The HIV-1 reverse transcription (RT) process as target for RT inhibitors // Med Res Rev. - 2000. - V. 20. - № 2. - P. 129-154.

286. Miller V., Larder B. A. Mutational patterns in the HIV genome and cross-resistance following nucleoside and nucleotide analogue drug exposure // Antivir Ther. - 2001. - V. 6 Suppl 3. - P. 25-44.

287. Isaguliants M. G., Belikov S. V., Starodubova E. S., Gizatullin R. Z., Rollman E., Zuber B., Zuber A. K., Grishchenko O. I., Rytting A. S., Kallander C. F., Kochetkov S. N., Karpov V. L., Wahren B. Mutations conferring drug resistance affect eukaryotic expression of HIV type 1 reverse transcriptase // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2004. - V. 20. - № 2. - P. 191-201.

288. Starodubova E., Boberg A., Kashuba E. V., Wahren B., Karpov V., Isaguliants M. HIV-1 reverse transcriptase targeted for proteasomal degradation as a prototype vaccine against drug-resistant HIV-1 // Vaccine. - 2006. - V. 24. - № 21. - P. 4541-4547.

289. Starodubova E. S., Boberg A., Litvina M., Morozov A., Petrakova N. V., Timofeev A., Latyshev O., Tunitskaya V., Wahren B., Isaguliants M. G., Karpov V. L. HIV-1 reverse transcriptase artificially targeted for proteasomal degradation induces a mixed Th1/Th2-type immune response // Vaccine. -2008. - V. 26. - № 40. - P. 5170-5176.

290. Berkhout B., van Hemert F. J. The unusual nucleotide content of the HIV RNA genome results in a biased amino acid composition of HIV proteins // Nucleic Acids Res. - 1994. - V. 22. - № 9. - P. 1705-1711.

291. Vabret N., Bailly-Bechet M., Najburg V., Muller-Trutwin M., Verrier B., Tangy F. The biased nucleotide composition of HIV-1 triggers type I interferon response and correlates with subtype D increased pathogenicity // PLoS One. - 2012. - V. 7. - № 4. - P. e33502.

292. Wakefield J. K., Jablonski S. A., Morrow C. D. In vitro enzymatic activity of human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase mutants in the highly conserved YMDD amino acid motif correlates with the infectious potential of the proviral genome // J Virol. - 1992. - V. 66. -№ 11. - P. 6806-6812.

293. Beilhartz G. L., Gotte M. HIV-1 Ribonuclease H: Structure, Catalytic Mechanism and Inhibitors // Viruses. - 2010. - V. 2. - № 4. - P. 900-926.

294. Young K. R., Smith J. M., Ross T. M. Characterization of a DNA vaccine expressing a human immunodeficiency virus-like particle // Virology. - 2004. - V. 327. - № 2. - P. 262-272.

295. Smith J. M., Amara R. R., McClure H. M., Patel M., Sharma S., Yi H., Chennareddi L., Herndon J. G., Butera S. T., Heneine W., Ellenberger D. L., Parekh B., Earl P. L., Wyatt L. S., Moss B., Robinson H. L. Multiprotein HIV type 1 clade B DNA/MVA vaccine: construction, safety, and immunogenicity in Macaques // AIDS Res Hum Retroviruses. - 2004. - V. 20. - № 6. - P. 654-665.

296. Ivanov A. V., Valuev-Elliston V. T., Ivanova O. N., Kochetkov S. N., Starodubova E. S., Bartosch B., Isaguliants M. G. Oxidative Stress during HIV Infection: Mechanisms and Consequences // Oxid Med Cell Longev. - 2016. - V. 2016. - P. 8910396.

297. Csillag A., Boldogh I., Pazmandi K., Magyarics Z., Gogolak P., Sur S., Rajnavolgyi E., Bacsi A. Pollen-induced oxidative stress influences both innate and adaptive immune responses via altering dendritic cell functions // J Immunol. - 2010. - V. 184. - № 5. - P. 2377-2385.

298. Beck M. A., Handy J., Levander O. A. The role of oxidative stress in viral infections // Ann N Y Acad Sci. - 2000. - V. 917. - P. 906-912.

299. Dobmeyer T. S., Findhammer S., Dobmeyer J. M., Klein S. A., Raffel B., Hoelzer D., Helm E. B., Kabelitz D., Rossol R. Ex vivo induction of apoptosis in lymphocytes is mediated by oxidative stress: role for lymphocyte loss in HIV infection // Free Radic Biol Med. - 1997. - V. 22. - № 5. - P. 775-785.

300. Harari A., Petitpierre S., Vallelian F., Pantaleo G. Skewed representation of functionally distinct populations of virus-specific CD4 T cells in HIV-1-infected subjects with progressive disease: changes after antiretroviral therapy // Blood. - 2004. - V. 103. - № 3. - P. 966-972.

301. Zaunders J. J., Dyer W. B., Wang B., Munier M. L., Miranda-Saksena M., Newton R., Moore J., Mackay C. R., Cooper D. A., Saksena N. K., Kelleher A. D. Identification of circulating antigen-specific CD4+ T lymphocytes with a CCR5+, cytotoxic phenotype in an HIV-1 long-term nonprogressor and in CMV infection // Blood. - 2004. - V. 103. - № 6. - P. 2238-2247.

302. Chung A. W., Navis M., Isitman G., Centre R., Finlayson R., Bloch M., Gelgor L., Kelleher A., Kent S. J., Stratov I. Activation of NK cells by ADCC responses during early HIV infection // Viral Immunol. - 2011. - V. 24. - № 2. - P. 171-175.

303. Stratov I., Chung A., Kent S. J. Robust NK cell-mediated human immunodeficiency virus (HIV)-specific antibody-dependent responses in HIV-infected subjects // J Virol. - 2008. - V. 82. - № 11. -P. 5450-5459.

304. Fan W. F., Mason P. W. Membrane association and secretion of the Japanese encephalitis virus NS1 protein from cells expressing NS1 cDNA // Virology. - 1990. - V. 177. - № 2. - P. 470-476.

305. Falgout B., Chanock R., Lai C. J. Proper processing of dengue virus nonstructural glycoprotein NS1 requires the N-terminal hydrophobic signal sequence and the downstream nonstructural protein NS2a // J Virol. - 1989. - V. 63. - № 5. - P. 1852-1860.

306. Isaguliants M., Smirnova O., Ivanov A. V., Kilpelainen A., Kuzmenko Y., Petkov S., Latanova A., Krotova O., Engstrom G., Karpov V., Kochetkov S., Wahren B., Starodubova E. Oxidative stress induced by HIV-1 reverse transcriptase modulates the enzyme's performance in gene immunization // Hum Vaccin Immunother. - 2013. - V. 9. - № 10. - P. 2111-2119.

307. Costantini L. M., Baloban M., Markwardt M. L., Rizzo M., Guo F., Verkhusha V. V., Snapp E. L. A palette of fluorescent proteins optimized for diverse cellular environments // Nat Commun. - 2015. - V. 6. - P. 7670.

308. Tyedmers J., Mogk A., Bukau B. Cellular strategies for controlling protein aggregation // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2010. - V. 11. - № 11. - P. 777-788.

309. Ganesan A., Siekierska A., Beerten J., Brams M., Van Durme J., De Baets G., Van der Kant R., Gallardo R., Ramakers M., Langenberg T., Wilkinson H., De Smet F., Ulens C., Rousseau F., Schymkowitz J. Structural hot spots for the solubility of globular proteins // Nat Commun. - 2016. -V. 7. - P. 10816.

310. Hallengard D., Brave A., Isaguliants M., Blomberg P., Enger J., Stout R., King A., Wahren B. A combination of intradermal jet-injection and electroporation overcomes in vivo dose restriction of DNA vaccines // Genet Vaccines Ther. - 2012. - V. 10. - № 1. - P. 5.

311. Petkov S. P., Heuts F., Krotova O. A., Kilpelainen A., Engstrom G., Starodubova E. S., Isaguliants M. G. Evaluation of immunogen delivery by DNA immunization using non-invasive bioluminescence imaging // Hum Vaccin Immunother. - 2013. - V. 9. - № 10. - P. 2228-2236.

312. Wang S., Lu S. DNA immunization // Curr Protoc Microbiol. - 2013. - V. 31. - P. 18 13 11-18 13 24.

313. Neumuller M., Karlsson A., Lennerstrand J., Kallander C. F., Sandstrom E., Holmberg V., Gronowitz J. S. HIV-1 reverse transcriptase inhibiting antibody titer in serum: relation to disease progression and to core-antibody levels // J Med Virol. - 1992. - V. 36. - № 4. - P. 283-291.

314. Sano K., Lee M. H., Morales F., Nishanian P., Fahey J., Detels R., Imagawa D. T. Antibody that inhibits human immunodeficiency virus reverse transcriptase and association with inability to isolate virus // J Clin Microbiol. - 1987. - V. 25. - № 12. - P. 2415-2417.

315. Laurence J., Saunders A., Kulkosky J. Characterization and clinical association of antibody inhibitory to HIV reverse transcriptase activity // Science. - 1987. - V. 235. - № 4795. - P. 15011504.

316. Snapper C. M., Paul W. E. Interferon-gamma and B cell stimulatory factor-1 reciprocally regulate Ig isotype production // Science. - 1987. - V. 236. - № 4804. - P. 944-947.

317. Haas G., Samri A., Gomard E., Hosmalin A., Duntze J., Bouley J. M., Ihlenfeldt H. G., Katlama C., Autran B. Cytotoxic T-cell responses to HIV-1 reverse transcriptase, integrase and protease // AIDS. - 1998. - V. 12. - № 12. - P. 1427-1436.

318. Walker B. D., Flexner C., Paradis T. J., Fuller T. C., Hirsch M. S., Schooley R. T., Moss B. HIV-1 reverse transcriptase is a target for cytotoxic T lymphocytes in infected individuals // Science. -1988. - V. 240. - № 4848. - P. 64-66.

319. Haas G., David R., Frank R., Gausepohl H., Devaux C., Claverie J. M., Pierres M. Identification of a major human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase epitope recognized by mouse CD4+ T lymphocytes // Eur J Immunol. - 1991. - V. 21. - № 6. - P. 1371-1377.

320. Alatrakchi N., Duvivier C., Costagliola D., Samri A., Marcelin A. G., Kamkamidze G., Astriti M., Agher R., Calvez V., Autran B., Katlama C. Persistent low viral load on antiretroviral therapy is associated with T cell-mediated control of HIV replication // AIDS. - 2005. - V. 19. - № 1. - P. 2533.

321. Harrer E., Harrer T., Barbosa P., Feinberg M., Johnson R. P., Buchbinder S., Walker B. D. Recognition of the highly conserved YMDD region in the human immunodeficiency virus type 1 reverse transcriptase by HLA-A2-restricted cytotoxic T lymphocytes from an asymptomatic long-term nonprogressor // J Infect Dis. - 1996. - V. 173. - № 2. - P. 476-479.

322. Martinez-Lopez A., Garcia-Valtanen P., Ortega-Villaizan Mdel M., Chico V., Medina-Gali R. M., Perez L., Coll J., Estepa A. Increasing versatility of the DNA vaccines through modification of the subcellular location of plasmid-encoded antigen expression in the in vivo transfected cells // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 10. - P. e77426.

323. Kaur M., Rai A., Bhatnagar R. Rabies DNA vaccine: no impact of MHC class I and class II targeting sequences on immune response and protection against lethal challenge // Vaccine. - 2009. -V. 27. - № 15. - P. 2128-2137.

324. Krotova O., Starodubova E., Petkov S., Kostic L., Agapkina J., Hallengard D., Viklund A., Latyshev O., Gelius E., Dillenbeck T., Karpov V., Gottikh M., Belyakov I. M., Lukashov V., Isaguliants M. G. Consensus HIV-1 FSU-A integrase gene variants electroporated into mice induce polyfunctional antigen-specific CD4+ and CD8+ T cells // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 5. - P. e62720.

325. Roos A. K., Eriksson F., Timmons J. A., Gerhardt J., Nyman U., Gudmundsdotter L., Brave A., Wahren B., Pisa P. Skin electroporation: effects on transgene expression, DNA persistence and local tissue environment // PLoS One. - 2009. - V. 4. - № 9. - P. e7226.

326. Hakamata Y., Murakami T., Kobayashi E. "Firefly rats" as an organ/cellular source for long-term in vivo bioluminescent imaging // Transplantation. - 2006. - V. 81. - № 8. - P. 1179-1184.

327. Geiben-Lynn R., Greenland J. R., Frimpong-Boateng K., van Rooijen N., Hovav A. H., Letvin N. L. CD4+ T lymphocytes mediate in vivo clearance of plasmid DNA vaccine antigen expression and potentiate CD8+ T-cell immune responses // Blood. - 2008. - V. 112. - № 12. - P. 4585-4590.

328. Klebanoff C. A., Gattinoni L., Restifo N. P. CD8+ T-cell memory in tumor immunology and immunotherapy // Immunol Rev. - 2006. - V. 211. - P. 214-224.

329. Wilson J. D., Imami N., Watkins A., Gill J., Hay P., Gazzard B., Westby M., Gotch F. M. Loss of CD4+ T cell proliferative ability but not loss of human immunodeficiency virus type 1 specificity equates with progression to disease // J Infect Dis. - 2000. - V. 182. - № 3. - P. 792-798.

330. Perez C. L., Larsen M. V., Gustafsson R., Norstrom M. M., Atlas A., Nixon D. F., Nielsen M., Lund O., Karlsson A. C. Broadly immunogenic HLA class I supertype-restricted elite CTL epitopes recognized in a diverse population infected with different HIV-1 subtypes // J Immunol. - 2008. - V. 180. - № 7. - P. 5092-5100.

331. Hosmalin A., Kumar S., Barnd D., Houghten R., Smith G. E., Hughes S. H., Berzofsky J. A. Immunization with soluble protein-pulsed spleen cells induces class I-restricted cytotoxic T lymphocytes that recognize immunodominant epitopic peptides from Plasmodium falciparum and HIV-1 // J Immunol. - 1992. - V. 149. - № 4. - P. 1311-1318.

332. Lichterfeld M., Kaufmann D. E., Yu X. G., Mui S. K., Addo M. M., Johnston M. N., Cohen D., Robbins G. K., Pae E., Alter G., Wurcel A., Stone D., Rosenberg E. S., Walker B. D., Altfeld M. Loss of HIV-1-specific CD8+ T cell proliferation after acute HIV-1 infection and restoration by vaccine-induced HIV-1-specific CD4+ T cells // J Exp Med. - 2004. - V. 200. - № 6. - P. 701-712.

333. Zimmerli S. C., Harari A., Cellerai C., Vallelian F., Bart P. A., Pantaleo G. HIV-1-specific IFN-gamma/IL-2-secreting CD8 T cells support CD4-independent proliferation of HIV-1-specific CD8 T cells // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2005. - V. 102. - № 20. - P. 7239-7244.

334. Kamphorst A. O., Ahmed R. CD4 T-cell immunotherapy for chronic viral infections and cancer // Immunotherapy. - 2013. - V. 5. - № 9. - P. 975-987.

335. Gonzalez S. M., Taborda N. A., Rugeles M. T. Role of Different Subpopulations of CD8(+) T Cells during HIV Exposure and Infection // Front Immunol. - 2017. - V. 8. - P. 936.

336. Su B., Moog C. Which Antibody Functions are Important for an HIV Vaccine? // Front Immunol. - 2014. - V. 5. - P. 289.

337. French M. A., Tjiam M. C., Abudulai L. N., Fernandez S. Antiviral Functions of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1)-Specific IgG Antibodies: Effects of Antiretroviral Therapy and Implications for Therapeutic HIV-1 Vaccine Design // Front Immunol. - 2017. - V. 8. - P. 780.

338. Isitman G., Chung A. W., Navis M., Kent S. J., Stratov I. Pol as a target for antibody dependent cellular cytotoxicity responses in HIV-1 infection // Virology. - 2011. - V. 412. - № 1. - P. 110-116.

339. Garrod T. J., Gargett T., Yu W., Major L., Burrell C. J., Wesselingh S., Suhrbier A., Grubor-Bauk B., Gowans E. J. Loss of long term protection with the inclusion of HIV pol to a DNA vaccine encoding gag // Virus Res. - 2014. - V. 192. - P. 25-33.

340. Fouts T. R., Bagley K., Prado I. J., Bobb K. L., Schwartz J. A., Xu R., Zagursky R. J., Egan M. A., Eldridge J. H., LaBranche C. C., Montefiori D. C., Le Buanec H., Zagury D., Pal R., Pavlakis G. N., Felber B. K., Franchini G., Gordon S., Vaccari M., Lewis G. K., DeVico A. L., Gallo R. C. Balance of cellular and humoral immunity determines the level of protection by HIV vaccines in rhesus macaque models of HIV infection // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2015. - V. 112. - № 9. - P. E992-999.

341. Sersa G., Miklavcic D., Cemazar M., Rudolf Z., Pucihar G., Snoj M. Electrochemotherapy in treatment of tumours // Eur J Surg Oncol. - 2008. - V. 34. - № 2. - P. 232-240.

342. Heller R., Cruz Y., Heller L. C., Gilbert R. A., Jaroszeski M. J. Electrically mediated delivery of plasmid DNA to the skin, using a multielectrode array // Hum Gene Ther. - 2010. - V. 21. - № 3. - P. 357-362.

343. Depelsenaire A. C. I., Meliga S. C., McNeilly C. L., Pearson F. E., Coffey J. W., Haigh O. L., Flaim C. J., Frazer I. H., Kendall M. A. F. Colocalization of cell death with antigen deposition in skin enhances vaccine immunogenicity // J Invest Dermatol. - 2014. - V. 134. - № 9. - P. 2361-2370.

344. Green D. R., Ferguson T., Zitvogel L., Kroemer G. Immunogenic and tolerogenic cell death // Nat Rev Immunol. - 2009. - V. 9. - № 5. - P. 353-363.

345. Yatim N., Cullen S., Albert M. L. Dying cells actively regulate adaptive immune responses // Nat Rev Immunol. - 2017. - V. 17. - № 4. - P. 262-275.

346. Lin F., Shen X., Kichaev G., Mendoza J. M., Yang M., Armendi P., Yan J., Kobinger G. P., Bello A., Khan A. S., Broderick K. E., Sardesai N. Y. Optimization of electroporation-enhanced intradermal delivery of DNA vaccine using a minimally invasive surface device // Hum Gene Ther Methods. -2012. - V. 23. - № 3. - P. 157-168.

347. Baklaushev V. P., Kilpelainen A., Petkov S., Abakumov M. A., Grinenko N. F., Yusubalieva G. M., Latanova A. A., Gubskiy I. L., Zabozlaev F. G., Starodubova E. S., Abakumova T. O., Isaguliants M. G., Chekhonin V. P. Luciferase Expression Allows Bioluminescence Imaging But Imposes Limitations on the Orthotopic Mouse (4T1) Model of Breast Cancer // Sci Rep. - 2017. - V. 7. - № 1. - P.7715.

348. Faurie C., Golzio M., Moller P., Teissie J., Rols M. P. Cell and animal imaging of electrically mediated gene transfer // DNA Cell Biol. - 2003. - V. 22. - № 12. - P. 777-783.

349. Faurie C., Phez E., Golzio M., Vossen C., Lesbordes J. C., Delteil C., Teissie J., Rols M. P. Effect of electric field vectoriality on electrically mediated gene delivery in mammalian cells // Biochim Biophys Acta. - 2004. - V. 1665. - № 1-2. - P. 92-100.

350. Next-Generation Electroporator CUY21EDIT // BEX CO., LTD: website. - 2010. - URL: http://www.bexnet.co.jp/english/product/device/in-vivo-in-vitro-electroporator/cuy21edit2.html (дата обращения: 02.11.2018).

351. Ciabattini A., Pettini E., Fiorino F., Pastore G., Andersen P., Pozzi G., Medaglini D. Modulation of Primary Immune Response by Different Vaccine Adjuvants // Front Immunol. - 2016. - V. 7. - P. 427.

352. Ogunniyi A. D., Paton J. C., Kirby A. C., McCullers J. A., Cook J., Hyodo M., Hayakawa Y., Karaolis D. K. c-di-GMP is an effective immunomodulator and vaccine adjuvant against pneumococcal infection // Vaccine. - 2008. - V. 26. - № 36. - P. 4676-4685.

353. Schmitt M., Harrer E., Goldwich A., Bauerle M., Graedner I., Kalden J. R., Harrer T. Specific recognition of lamivudine-resistant HIV-1 by cytotoxic T lymphocytes // AIDS. - 2000. - V. 14. - № 6. - P. 653-658.

354. Samri A., Haas G., Duntze J., Bouley J. M., Calvez V., Katlama C., Autran B. Immunogenicity of mutations induced by nucleoside reverse transcriptase inhibitors for human immunodeficiency virus type 1-specific cytotoxic T cells // J Virol. - 2000. - V. 74. - № 19. - P. 9306-9312.

355. Mason R. D., Bowmer M. I., Howley C. M., Gallant M., Myers J. C., Grant M. D. Antiretroviral drug resistance mutations sustain or enhance CTL recognition of common HIV-1 Pol epitopes // J Immunol. - 2004. - V. 172. - № 11. - P. 7212-7219.

356. De Groot A. S., Clerici M., Hosmalin A., Hughes S. H., Barnd D., Hendrix C. W., Houghten R., Shearer G. M., Berzofsky J. A. Human immunodeficiency virus reverse transcriptase T helper epitopes identified in mice and humans: correlation with a cytotoxic T cell epitope // J Infect Dis. - 1991. - V. 164. - № 6. - P. 1058-1065.

357. Hosmalin A., Clerici M., Houghten R., Pendleton C. D., Flexner C., Lucey D. R., Moss B., Germain R. N., Shearer G. M., Berzofsky J. A. An epitope in human immunodeficiency virus 1 reverse transcriptase recognized by both mouse and human cytotoxic T lymphocytes // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1990. - V. 87. - № 6. - P. 2344-2348.

358. Blanco-Heredia J., Lecanda A., Valenzuela-Ponce H., Brander C., Avila-Rios S., Reyes-Teran G. Identification of Immunogenic Cytotoxic T Lymphocyte Epitopes Containing Drug Resistance Mutations in Antiretroviral Treatment-Naive HIV-Infected Individuals // PLoS One. - 2016. - V. 11. -№ 1. - P. e0147571.

359. Walker B. D., Flexner C., Birch-Limberger K., Fisher L., Paradis T. J., Aldovini A., Young R., Moss B., Schooley R. T. Long-term culture and fine specificity of human cytotoxic T-lymphocyte clones reactive with human immunodeficiency virus type 1 // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1989. - V. 86. - № 23. - P. 9514-9518.

360. Beekman N. J., van Veelen P. A., van Hall T., Neisig A., Sijts A., Camps M., Kloetzel P. M., Neefjes J. J., Melief C. J., Ossendorp F. Abrogation of CTL epitope processing by single amino acid substitution flanking the C-terminal proteasome cleavage site // J Immunol. - 2000. - V. 164. - № 4. -P. 1898-1905.

361. Yan J., Corbitt N., Pankhong P., Shin T., Khan A., Sardesai N. Y., Weiner D. B. Immunogenicity of a novel engineered HIV-1 clade C synthetic consensus-based envelope DNA vaccine // Vaccine. -2011. - V. 29. - № 41. - P. 7173-7181.

362. Shin T. H., Pankhong P., Yan J., Khan A. S., Sardesai N. Y., Weiner D. B. Induction of robust cellular immunity against HPV6 and HPV11 in mice by DNA vaccine encoding for E6/E7 antigen // Hum Vaccin Immunother. - 2012. - V. 8. - № 4. - P. 470-478.

363. Latimer B., Toporovski R., Yan J., Pankhong P., Morrow M. P., Khan A. S., Sardesai N. Y., Welles S. L., Jacobson J. M., Weiner D. B., Kutzler M. A. Strong HCV NS3/4a, NS4b, NS5a, NS5b-specific cellular immune responses induced in Rhesus macaques by a novel HCV genotype 1a/1b consensus DNA vaccine // Hum Vaccin Immunother. - 2014. - V. 10. - № 8. - P. 2357-2365.