Создание отечественной инновационной технологической платформы для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии на основе ПЦР в реальном времени тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.00.36, доктор биологических наук Трофимов, Дмитрий Юрьевич

• Трофимов, Дмитрий Юрьевич
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Трофимов, Дмитрий Юрьевич

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. ОСНОВЫ 110J [ИМ ЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ

1.1.1. Общие сведения о ПЦР

1.1.2. Проведение ПЦР t

1.1.2.1. Эффективность ПЦР

1.1.2.2. Технология «горячего старта» при проведении ПЦР ,19 1.1.2:3 . , Реакция обратной транскрипции ; 21 1.1.2.4. Обзор оборудования для ПЦР

1.2. ДЕТЕКЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ ПЦР

1.2.1. Флуорофоры

1.2.2. Гасители флуоресценции

1.2.3. Неспецифичные системы детекции 32 1.2.3.1. Интеркалирующие красители 33 i .2.3.2. Меченые праймеры с адаитерной последовательностью

1.2.4. Специфичные системы детекции

1.2.4.1. Праймеры-пробы («скорпионы»)

1.2.4.2. «Вытесняющие пробы» {displacingprobe)

1.2.4.3. Линейные разрушаемые пробы (TaqMan)

1.2.4.4. Пробы с ИКП («молекулярные маячки», beacons)

1.2.4.5. Примыкающие пробы

1.3. АНАЛИЗ ДАННЫХ ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ

1.3.1. Связь флуоресцентного сигнала; и накопления ДНК в ПЦР

1.3.2. Пороговый метод сравнения графиков накопления ДНК (Ct)

1.3.3. Определение эффективности ПЦР 48 1.3:4. Недостатки порогового метода

1.4. • ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ 58 1.4.1. Иммуногенетика

1.4.1.1. Типирование генов тканевой совместимости

1.4.1.2. Определение полиморфизмов одиночных нуклеотидов

1.4.2. Экспрессия генов

1.4.2.1. Способы нормировки данных

1.4.2.2. Связь экспрессии генов с некоторыми заболеваниями

1.4.3. Внешняя среда, биоценозы

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.2. ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК И РНК

2.3. ОПРЕДЕЛЕНИЕ КОНЦЕНТРАЦИИ ПЛАЗМИДНОЙ ДНК

2.4. СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПО СЭНГЕРУ

2.5. РЕАКЦИЯ ВЛАСТНОЙ ТРАНСФОРМАЦИИ ЛЕЙКОЦИТОВ

2.6. РЕАКЦИЯ ОБРАТНОЙ ТРАНСКРИПЦИИ

2.7. ДИЗАЙН И СИНТЕЗ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ

2.8. ОБОРУДОВАНИЕ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ

2.9. ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ

2.10. СТАТИСТИЧЕСКАЯ ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. БАЗОВЫЙ УРОВЕНЬ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОЙ ПЛАТФОРМЫ

3.1.1. Оборудование

3.1.2. Программное обеспечение

3.1.2.1. Структура программного обеспечения

3.1.2.2. Комплекс параметров «Тест»

3.1.2.3. Алгоритмы анализа исходных данных - метод сПТ нормировки

3.1.3. Молекулярно-биологические компоненты и технологии

3.2. ПРИКЛАДНОЙ УРОВЕНЬ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОЙ ПЛАТФОРМЫ

3.2.1. Иммуногенетика

3.2.1.1. Типирование локуса НЬА БЫВ! на уровне групп аллелей

3.2.1.2. Анализ однонуклеогидных полиморфизмов (SNP) .143»

3.2.2. Экспрессия генов

3.2.2.1. Выбор нормировочных генов

3.2.2.2. Определение фактора нормализации

3.2.2.3. Системы для амплификации мРНК генов ци гокинов

3.2.2.4. Определение аналитической специфичности метода

3.2.2.5. Определение аналитической чувствительности амплификации .157 3;2.2.6. Определение эффективности амплификации;

3.2.2.7. Определение линейного диапазона тест-систем

3.2.2.8. Определение ошибки метода

3.2.3. Внешняя среда

3.2.3.1. Диагностика латентных инфекций

3.2.3.2. Оценка состояния биоценоза 163; 3.3: АПРОБАЦИЯ РАЗРАБО ТАННОЙ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОЙ

ПЛАТФОРМЫ

3.3.1. Иммуногенегика

3.3;2. Экспрессия генов

3.3.2.1. Оценка результатов РБТЛ с помощью ПЦР в реальном времени

3.3.2.2. Исследование экспрессии генов Foxp3, IL2Ra, TGFB1 и 1L10 при аллергических заболеваниях у детей

3.3.2.3. Определения цитокиновош профиля в мононуютеарных,клетках крови и синовиальной жидкости при ревматоидном артрите

3;3.3. Взаимодействие с инфекционным окружением

3.3.3.1. Количественное определение латентных вирусов;

3.3.4. Комплексный молекулярно-генетический анализ методом ПЦР в реальном времени на примере неблагоприятных факторов имплантации эмбриона в программе ЭКО

4 ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание отечественной инновационной технологической платформы для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии на основе ПЦР в реальном времени»

Актуальность работы

Одной из центральных проблем исследований в любой области знаний является выбор оптимальных инструментов исследования. Это особенно актуально в области медицины и охраны здоровья человека, где правильная диагностика играет ключевую роль в выборе стратегии и тактики лечения, а впоследствии определяет его успешность.

Открытие метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) стало одним из наиболее выдающихся событий в области молекулярной биологии за последние десятилетия и было отмечено в 1993 г. Нобелевской премией. Благодаря этому открытию' стало возможным быстрое получение исследуемых участков ДНК, находящихся в сложной смеси нуклеиновых кислот, в чистом виде и в количестве, достаточном для дальнейших манипуляций, результатом чего стало почти немедленное практическое применение метода. Это позволило поднять медицинскую диагностику на принципиально^ новый уровень. Разработка молекулярно-генетических методов, которые во многом определяют успешность исследований в различных областях биологии и медицины, является сегодня одним из наиболее быстро развивающихся направлений современной фундаментальной и прикладной науки. Особенно бурное развитие метод ПЦР получил благодаря международной программе «Геном человека». Были созданы современные лазерные технологии секвенирования. Если в недавнем прошлом для расшифровки последовательности' ДНК размером в 250 п.н. требовалась неделя, то современные секвенаторы позволяют определять десятки тысяч пар нуклеотидов в день. Это в свою очередь способствует значительному росту информационных баз данных, содержащих последовательности ДНК различных биологических объектов.

Информационные базы нуклеотидных последовательностей сегодня широко используются при разработке методов диагностики инфекционных и наследственных заболеваний, различных методов генотипирования, в исследованиях в области биологической безопасности, в частности, при определениях бактериального и вирусного загрязнения объектов и т.д.

Таким образом, сегодня появились предпосылки для осуществления комплексного подхода к оценке состояния здоровья человека с учетом факторов наследственности, текущего состояния организма, а также его взаимодействия с вирусным и микробным окружением. Такой подход позволит оценивать динамическое состояние организма человека, которое является результатом взаимодействия его генотипа, фенотипа и внешней среды и может быть реализован с применением единого инструмента исследования - ПЦР в реальном времени (полимеразная цепная реакция с детекцией кинетики накопления продуктов реакции непосредственно в ходе процесса).

Несомненным преимуществом метода ПЦР в реальном времени является его быстрота. В среднем для проведения анализа биологического материала методом ПЦР необходимо от 2-х до 4-х часов. Таким образом, с точки зрения информативности, универсальности и технологичности использования в прикладных лабораторных исследованиях, ПЦР в реальном времени может рассматриваться как универсальная основа единой технологической платформы для создания целого спектра различных молекулярно-генетических методов. Разработка такой платформы на основе отечественной приборной и компонентной базы, максимально независимой от импортной продукции, представляет собой важную задачу, решение которой способно внести значительный вклад в развитие фундаментальной и прикладной науки, а также различных аспектов биобезопасности.

Цели работы

1. Разработка на единой технологической основе ПЦР в реальном времени и с использованием приборной и компонентой базы отечественного производства инновационной платформы, позволяющей проводить комплексные молекулярно-генетические исследования, включающие: а) анализ генетической информации; б) оценку профиля экспрессии генов; в) характеристику вирусного и микробиологического окружения.

2. Создание на основе разработанной технологической платформы тест-систем для решения актуальных фундаментальных и прикладных задач современной иммунологии.

3. Апробация на клиническом материале комплексного подхода к анализу биоматериала с использованием разработанных методик, тест-систем и алгоритмов анализа результатов ПЦР в реальном времени.

Задачи работы

1. Разработка методической базы для проведения ПЦР в реальном времени, основанной на приборах и молекулярно-биологических компонентах отечественного производства.

2. Разработка алгоритмов анализа результатов ПЦР в реальном времени на базе программно-аппаратных решений отечественного производства.

3. Разработка метода детекции единичных нуклеотидных замен (single nucleotide polymorphism, SNP) с помощью ПЦР в реальном времени.

4. Разработка методики типирования локуса HLA DRB1 на уровне групп аллелей на основе технологии ПЦР в реальном времени.

5. Разработка систем для оценки профиля экспрессии генов иммунной системы человека на основе анализа соотношения мРНК исследуемых и нормировочных генов {housekeeping genes) методом количественной ОТ-ПЦР в реальном времени.

6. Разработка систем для детекции и количественной оценки латентных инфекций методом ПЦР в реальном времени.

7. Разработка методов количественной оценки состояния биоценозов различных биотопов человека.

8. Апробация разработанных методик, тест-систем и алгоритмов анализа результатов ПЦР в реальном времени на клиническом материале.

Научная новизна работы

Впервые разработан и внедрен вариант метода типирования однонуклеотидных генетических полиморфизмов с помощью определения температуры плавления примыкающих олигонуклеотидных зондов, полностью основанный на отечественных молекулярно-биологических компонентах и оборудовании.

Впервые получены данные о распределении в русской популяции 22-х генетических полиморфизмов, значимых для иммунного статуса человека.

Впервые разработан метод оценки результатов реакции бластной трансформации лейкоцитов (РБТЛ), основанный на ПЦР в реальном времени и не требующий использования радиоактивных меток.

Определены нормировочные гены и алгоритмы нормировки, оптимальные для оценки уровней экспрессии генов цитокинов и других молекул иммунной системы.

Впервые разработаны системы для определения уровней экспрессии 15-ти генов иммунной системы, полностью основанные на отечественных молекулярно-биологических компонентах и оборудовании.

Впервые разработан метод оценки состояния биоценозов различных биотопов человека на основе анализа 16Б РНК с помощью мультиплексной ПЦР в реальном времени.

Впервые разработан и апробирован метод комплексной оценки клинического биоматериала на молекулярно-генетическом уровне, позволяющий одновременно получать информацию • о бактериологическом фоне и активности генов иммунной системы.

Научно-практическая значимость

Выполненная работа является прикладным исследованием, результаты которого имеют важное значение для развития фундаментальных и прикладных аспектов иммунологии, медицины и молекулярной биологии.

Созданная в ходе работы инновационная платформа позволяет проводить комплексный молекулярно-генетический анализ биоматериала на единой технологической основе," позволяя- получать - всестороннюю информацию о генетических особенностях исследуемого объекта, активности генов иммунной системы и взаимодействии организма с вирусным и микробным окружением. Данный подход представляется перспективным как с точки зрения реализации фундаментальных научных исследований, так и для практического здравоохранения.

Особое значение имеет ориентация инновационной, платформы на отечественную технологическую и приборную базу, что позволяет эффективно решать вопрос импортозамещения в области высокотехнологичной продукции, относящейся к прикладным и фундаментальным молекулярно-генетическим исследованиям.

По результатам диссертационной работы получено 7 патентов и 2 регистрационных удостоверения:

• Патент на изобретение №2294532: «Способ стандартизации данных полимеразной цепной реакции с регистрацией накопления продуктов реакции по флуоресценции непосредственно во время реакции (ПЦР «в реальном времени»)». Авторы: Трофимов Д.Ю., Саматов Г.А., Семенов П.А. / 2007 г.

• Патент нас изобретение- №2332669: «Способу определения« генотипа-человека по полиморфизму в гене интерлейкина 1-а позиция 889(С/Т)». Авторы: Трофимов Д.Ю., Грудакова Е.Г. / 2008 г.

• Патент на изобретение №2332670: «Способ определения генотипа человека по полиморфизму в гене интерлейкина 6 позиция? 174(6/(2)». Авторы: Трофимов Д.Ю., Грудакова П.Г. / 2008 г.

• •• Патент на изобретение № 2008105063: «Способ диагностики дисбаланса микробиоты различных биотопов человека и степени; его выраженности». Авторы: Липова Е.В1, Болдырева; М.Н., Трофимов Д.Ю., Бородин А.М., Скоркина Ю.А./2008 г.

• Патент на изобретение №2346986: «Способ определения? наличия «горячего старта» в полимеразной цепношреакции»! Авторы: Абрамов Д|Дц Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В. / 2009 г.

•ч Патент на изобретение (на регистрации,, заявка; №2008100303/000331): «Способ оценки степени пролиферации клеток;с помощью маркерных генов методом*1 полимеразной цепной; реакции «в реальном времени»». Авторы: Савилова А.М., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю*, Алексеев Л®;, Хаитов Р.М.

• Патент на изобретение: (на регистрации; заявка №2009101460/001805): «Способ ранней; диагностики: воспалительных заболеваний (модель ревматоидного артрита на ранней стадии) на основе- количественного определения; транскриптов: генов цитокинов методом ПЦР «в реальном времени»». Авторы: Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю. Регистрационное удостоверение №ФСР 2007/01250 от 20 ноября 2007 г. на амплификатор детектирующий ДТ-96 по ТУ 9443-002-96301278-2007 производства ООО «Научно-производственного объединения ДНК-Технология».

• Регистрационное удостоверение №ФСР 2009/04663 от 01 апреля 2009 г. на. набор реагентов для исследования биоценоза урогенитального тракта у женщин методом ПЦР в режиме реального времени (Фемофлор) по ТУ' 9398020-46482062-2008 производства ЗАО «НПФ ДНК-Технология».

Материалы диссертационной работы широко используются в учебном процессе при подготовке врачей'и лаборантов медицинских учреждений к работе с приборами и тест-системами в области молекулярной генетики.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Впервые в отечественной практике создана единая технологическая платформа на основе ПЦР в реальном времени, позволяющая получать информацию, о трёх основных аспектах состояния иммунной системы и здоровья человека в целом: а) о, генетических особенностях; б) о профиле экспрессии генов; в) о взаимодействии организма с вирусным и микробным окружением.

2. Разработанная инновационная платформа полностью основана на отечественной приборной и технологической базе.

3. В рамках апробации инновационной технологической платформы:

- получены данные об основных клинически значимых иммуногенетических параметрах русской популяции;

- разработан метод оценки результатов РБТЛ с помощью ПЦР в реальном времени;

- выявлены некоторые особенности экспрессии генов иммунной системы при аллергических заболеваниях и ревматоидном артрите;

- показана возможность комплексной молекулярно-генетической оценки профиля экспрессии генов, иммунной системы и бактериального фона в образцах клинического биоматериала.

Личный вклад автора

Автором разработаны лабораторные варианты тест-систем, обработаны и обобщены полученные результаты.

Публикации

По теме диссертации опубликованы 53 печатные работы, в том числе: 1 монография; 35 статей в научной печати, из них 23 статьи в научных изданиях, рекомендованных ВАК РФ для публикации материалов докторских и кандидатских диссертаций; 17 публикаций в материалах отечественных и международных конференций и конгрессов.

Апробация диссертации

Материалы диссертационной работы были доложены и обсуждены на следующих Всероссийских и Международных конгрессах, конференциях, съездах и симпозиумах: 13th European Histocompatibility Conference (Crete, iL

Greece, 1999), 14 European histocompatibility Conference (France, Montpellier, 2000), 12th World Congress of Medical Law (Siofok, Hungary, 1999), 5-ом конгрессе РААКИ Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии (Москва, Россия, 2002), XVI European

Histocompatibility Conference (Strasbourg, France, 2002), 15th European th

Immunology Congress EFIS (Rodes, Greece, 2003), 17 European к

Histocompatibility Conference (Baden-Baden, Germany, 2003), 12 International Congress of Immunology and 4th Annual Conference of FOCIS (Montreal, Canada, 2004), 3rd IAS Conference on HIV Pathogenesis and Treatment (Rio de Janeiro, Brazil, 2005), XIII-ом Конгрессе «Человек и лекарство» (Москва, Россия,

2006), XVI Europe Congress of Immunology (Paris, France, 2006), итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2007 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» (Москва, Россия,

2007), 21st EFI Conference (Barcelona, Spain, 2007), VIII-ом Конгрессе

Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии» (Москва, Россия, 2007).

Структура и объем работы

Диссертация изложена на 236 страницах машинописного текста, содержит 39 таблиц, 27 рисунков. Диссертация включает главы: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты и обсуждение», «Выводы», «Список литературы». Библиография включает 384 источника.

Заключение диссертации по теме «Аллергология и иммулология», Трофимов, Дмитрий Юрьевич

4. ВЫВОДЫ

1. Разработана отечественная инновационная технологическая платформа на основе ПЦР в реальном времени, позволяющая получать информацию о трёх основных аспектах функционирования иммунной системы человека и состояния здоровья в целом: а) о генетических особенностях; б) о профиле экспрессии генов; в) о взаимодействии организма с микробным и вирусным окружением.

2. Разработанная технологическая платформа не уступает зарубежным аналогам и позволяет эффективно решать фундаментальные и прикладные задачи современной иммунологии.

3. На основе созданной технологической платформы разработан и апробирован метод типирования локуса НЬА ОТ1В1 на уровне групп аллелей.

4. На базе отечественных компонентов разработана модификация метода типирования однонуклеотидных полиморфизмов с помощью ПЦР в реальном времени.

5. Впервые получены данные о частотах 22 наиболее значимых однонуклеотидных полиморфизмах генов иммунной системы в русской популяции.

6. Разработан нерадиоактивный метод оценки результатов РБТЛ, основанный на анализе количества мРНК генов СБС2 и ТОР2А методом ПЦР в реальном времени.

7. Установлено, что при обострении аллергических заболеваний повышается уровень экспрессии гена ТОБ-Р и снижается уровень экспрессии гена 1Ь-2Ыа.

8. Показано, что при использовании терапии ингаляционными глюкокортикостероидами при аллергических заболеваниях возрастает уровень экспрессии генов БохрЗ и 1Ь-2Яа.

9. Охарактеризован профиль экспрессии 10-ти основных цитокинов иммунной системы в периферической крови и синовиальной жидкости больных ревматоидным артритом.

Ю.Разработан метод комплексной молекулярно-генетической оценки профиля экспрессии генов иммунной системы и бактериального фона в образцах клинического биоматериала.

Работа выполнялась в рамках заданий ФМБА по темам: «Создание реагентов для установления генетических маркеров особенностей иммунного статуса населения, проживающего на территориях, обслуживаемых ФМБА России» (2007-2009гг.), «Разработка оригинальных тест-систем на основе молекулярно-генетических методов в интересах ФМБА России для обеспечения биобезопасности населения, в условиях возможного радиационного и/или химического поражения: скринингового НЬА-генотипирования потенциальных доноров кроветворных стволовых клеток» (2006-2008гг.), «Разработка биомедицинской технологии НЬА- типи^ования, отвечающей международным стандартам, для использования в системе ФМБА России при лечении профессиональных заболеваний» (2007-2009гг.), а также при финансовой поддержке грантов Федеральной целевой научно-технической программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники» на 2002-2006 годы (проекты ЖС-КП.5/002 и 2006-РИ-34.0/002/081) и «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы» (проекты 2007-2-2.2-04-04 и 2007-2-1.2-04-02116).

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Монография:

1. ПЦР «в реальном времени» / Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю., и др.; под ред. д.б.н. Д.В.Ребрикова; предисл. Л.А.Остермана и акад. РАН и РАСХН Е.Д.Свердлова. - М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. - 215 е.: ил. ISBN 978-5-94774-927-4.

Статьи в журналах, рекомендованных ВАК:

2. Хаитов М.Р., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Петрова Т.В., Яковлева К.П. Изучение роли респираторных вирусов в этиологии и патогенезе бронхиальной астмы. // Иммунология. - 2003. - Т.24. - №2. -С.96-99.

3. Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю. ПЦР «в реальном времени»: подходы к анализу данных. // Прикладная биохимия и микробиология. - 2006. - Т. 42. - № 5. - С.520-528.

4. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Частоты аллелей гена HLA-LMP2 в русской популяции. // Иммунология. - 2006. - №4. - С. 196197.

5. Sokolenko А.Р., Mitiushkina N.V., Buslov K.G., Bit-Sava E.M., Iyevleva

A.G., Chekmariova E.V., Kuligina E.Sh., Ulibina Y.M., Rozanov M.E., Suspitsin E.N., Matsko D.E., Chagunava O.L., Trofimov D.Y., Devilee P., Cornelisse C., Togo A.V., Semiglazov V.F., Imyanitov E.N. High frequency of BRCA1 5382insC mutation in Russian breast cancer patients. // Eur. J. Cancer. - 2006. - V.42. - №10. - P. 1380-1384.

6. Абрамов Д.Д., Дедов И.И., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Кураева Т.Л., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена CTLA4 (49A/g) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров. // Сахарный диабет. - 2007. - №3. - С.2-3.

7. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена PTPN22 (1858С/Т) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1-го типа и здоровых доноров. // Иммунология. - 2007. - Т.28. — №4. — С.200-201.

8. Алтухова В.В., Антонов В.А., Ткаченко Г.А., Зинченко О.В., Замараев

B.C., Плеханова Н.Г., Илюхин В.И., Трофимов Д.Ю. Использование полимеразной цепной реакции для обнаружения возбудителей сапа и мелиоидоза при экспериментальной инфекции. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2007. - №3. - С.22-26.

9. Донецкова А.Д., Бурменская О.В., Ярцев М.Н., Трофимов Д.Ю., Ярилин A.A. Анализ экспрессии молекулярного маркера регуляторных клеток FOXP3 в норме и при аллергопатологии у детей. // Медицинская иммунология: официальный журнал Санкт-Петербургского Регионального Отделения Российской ассоциации аллергологов и клинических иммунологов. - 2007. - Т.9. - № 2-3. - С.180.

10. Донецкова А. Д., Бурменская О. В., Ярцев M. Н., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Ярилин A.A. Регуляторные Т-клетки при аллергии у детей. // Российский аллергологический журнал. — 2007. - №.3. -прилож.1. - С.17.

11. Донецкова А. Д., Шарова Н.И.,Бурменская О.В. , Топтыгина А.П., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Ярилин A.A. Выработка цитокинов эпителиальными клетками тимуса человека. // Российский аллергологический журнал. - 2007. - № 3. - прилож. 1. - С.70.

12.Акимов B.C., Хаитов М.Р., Файзулоев Е.Б., Никонова A.A., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Соминина A.A., Зверев В.В. Подавление репродукции респираторно-синцитиального вируса методом siRNA. // Вопросы вирусологии. - 2007. - Т.52. - №2. - С.8-12.

13.Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Распределение ВИЧ-протективных аллелей генов CCR2, CCR5 и SDF1 в российских популяциях. // Иммунология, - 2007. - Т.28. - №1. —

C.10.

14.Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Распределение аллелей генов CCR5, CCR2, и SDF1 ассоциированных с устойчивостью к ВИЧ-инфекции в российских популяциях. // Доклады Академии Наук. - 2007. - Т.415. - № 6. - С.320-323.

15.Ряпис Л.А., Брико Н.И., Дмитриева Н.Ф., Ещина A.C., Пронский A.B., Филатов H.H., Иваненко A.B., Салова И.Я., Сизых Е.В., Павловский С.С., Скоркина Ю.А., Трофимов Д.Ю., Кириллов М.Ю., Соболев В.И. Комплексное типирование стрептококков группы А, выделенных в разных социально-возрастных группах населения. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2007. - № 1. — С.30-34.

16. Korobova S., Nikolaeva I., Chevalier A., Gornostaeva Yu., Trubcheninova L., Gorbunova Z., Goudima G., Pinegin В., Chernousov A., Petrova T., Trofimov

D., Sidorovich I. Analysis of the safety and the immunogenicity of the gag-env HIV1 recombinant protein-based vaccine "VICHREPOL" in healthy adults. //

Allergy. - 2007. - V.62. - S.83. - P.493.

17. Савилова A.M., Трофимов Д. Ю., Бурменская О. В., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Метод оценки результатов РБТЛ с помощью количественной полимерезной цепной реакции. // Иммунология. - 2008. - Т.29. - №3. -С.178-182.

18. Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Семенов П.А., Балуев А.Б., Гончарова Е.В., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Метод повышения точности ПЦР в реальном времени. // Доклады академии наук. - 2008. - Т.419 - №3. - С.118-121.

19. Трофимов Д. Ю., Бурменская О. В., Донецкова А. Д., Батенева Е.И., Ярилин A.A., Алексеев Л.П. Разработка тест-системы для определения уровня экспрессии мРНК Foxp3 на основе ОТ-ПЦР в режиме реального времени. // Иммунология. - 2008. - Т.29. - №3. - С.182-187.

20. Донецкова А. Д., Шарова Н.И., Литвина М.М., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю., Ярцев М.Н., Алексеев Л.П., Ярилин A.A. Регуляторные Т-клетки при аллергии у детей. // Медицинская иммунология. - 2008. -Т. 10. - №2-3. - С.159-166.

21. Хаитов P.M., Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Н., Шестакова М.В., Трофимов Д.Ю., Кураева Т.Л., Петеркова В.А. Иммуногенетика сахарного диабета 1-го типа. // Иммунология. - 2008. - Т.29. - №4. -С.233-236.

22. Трофимов Д.Ю., Бурменская О.В., Батенева Е.И., Алексеев Л.П., Насонов Е.Л., Александрова E.H., Новиков A.A. Разработка комплекса тест-систем на основе ОТ-ПЦР в режиме «реального времени» для определения цитокинового профиля в мононуклеарных клетках крови и синовиальной жидкости при ревматоидном артрите. // Медицинская иммунология. -2008. - Т. 10. - №6. - С.563-570.

23.Korobova S., Chevalier A., Nikolaeva I., Gudima G., Gornostaeva Y., Trubcheninova L., Chernousov A., Pinegin В., Karamov E., Pavlova T., Kornilaeva G., Petrova T., Trofimov D., Sidorovich I. Phase I clinical trials of a candidate vaccine based on fusion recombinant gag-gp41 protein in healthy HIV negative volunteers. // AIDS Research and Human Retroviruses. - 2008. -V.24. - S.l. - P.237.

24. Трофимов Д.Ю., Рагимов A.A., Абрамов Д.Д., Кадочникова В.В., Гончарова Е.В., Сергеев И.В., Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Популяционно-иммуногенетическая характеристика русской популяции в части генетических полиморфизмов, значимых для иммунного статуса человека. // Иммунология. - 2009. - в печати.

Другие публикации:

25.Alexeev L., Dedov I., Boldyreva M., Demidova I., Evseeva I., Guskova I., Trofimov D., Rakhimova D., Zilov A. , Cicinova Т., Vasilov R. Comparative analysis of the HLA markers of IDDM conducted in three ethnic from the territory of former USSR. // European J. of Immungen. - 1998. - V.25. - P.52.

26. Болдырева M.H., Евсеева И.В., Букина A.M., Грудакова Е.Г., Гуськова И.А., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Распределение аллелеей HLA в 4 этнических группах, проживающих на Европейской части России. // Russian Journal of Immunology. - 1999. - V.4. - P.96.

27.Мальков И.Г., Трофимов Д.Ю., Петрова Т.В., Павлова О.Г., Сергеев И.В., Алексеев Л.П. Создание комплекса приборов и реагентов для диагностики и мониторинга ассоциированных с иммунологической недостаточностью инфекционных заболеваний. // Аллергология, астма и клиническая иммунология. - 2001. - №1. - С.108-109.

28. Болдырева М.Н., Грудакова Е.Г., Кабдулова Д.О., Гуськова И.А., Богатова О.В., Сергеев И.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Создание ПЦР-наборов для молекулярно-генетического типирования генов главного комплекса гистосовместимости человека (HLA) разного уровня разрешения. // Аллергология, астма и клиническая иммунология. - 2001. -№1. - С.161-162.

29.Sechkin A.V., Alexeev L.P., Dolbin A.G., Boldyreva M.N., Dmitrieva N.G., Sergeev I.V., Trofimov D.Yu., Smirnov V.L. Effective use of a regional limited waiting list fro renal transplants at the selection based on HLA DRB1 genotyping. // Europ.J. of Immungen. - 2001- V.28. - №.2. - P.261.

30. Хаитов M.P., Алексеев Л.П., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Петрова Т.В., Яковлева К.П. Молекулярная диагностика вирусных инфекций при бронхиальной астме. Сообщение №2. Исследование роли респираторных вирусов в возникновении приступов бронхиальной астмы. Аспекты МНС-обусловленной предрасположенности к вирус-индуцированной бронхиальной астме. // Аллергология, астма и клиническая иммунология. -2002.-№8.-С. 17-21.

31.Khaitov M.R., Alexeev L.P. Trofimov D.Yu., Boldyreva M.N., Petrova T.V., Yakovleva K.P. HLA-associated markers of susceptibility to virus-induced bronchial asthma. // Immunology letters. - 2003. - V.87. - №1-3. - P.56.

32. Хаитов M.P., Трофимов Д.Ю., Болдырева M.H., Петрова Т.В., Яковлева К.П., Ярцев М.Н., Ильина Н.И., Алексеев Л.П., Зверев В.В., Киселев О.И.,

Гервазиева В.Б., Семенов Б.Ф. Разработка ПЦР-диагностикума для детекции респираторно-синцитиального вируса. // Физиология и патология иммунной системы. - 2004. - №2. - С.85-91.

33. Николаева И.А., Гудима Г.О., Сидорович И.Г., Шевалье А.Ф., Игнатьева Г.А., Коробова С.В., Гасанов В.А., Кисилев А.В., Истамов Х.И., Ефремов Е.Е., Карамов Э.В., Корнилаева Г.В., Павлова Т.В., Воробьева М.С., Чеканова Т.А., Петрова Т.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Разработка тест-систем для диагностики и мониторинга результатов иммунизации и лечения больных СПИДом. // Физиология и патология иммунной системы. - 2005. — №12. - С.3-11.

34. Федоров Н.А., Петрова Т.В., Елов А.А., Бурменская О.В., Трофимов Д.Ю., Жибурт Е.Б. Калибровка HCV-содержащей плазмы крови на детектирующем амплификаторе ДТ-322. // Здравоохранение и медицинская техника. — 2005. - №7. - С.27.

35. Abramov D.D., Bateneva E.I., Grudakova E.G., Trofimov D.Yu., Alexeev L.P. Polymorphism of CTLA4 (49A/G), IL18(137G/C), TNF-alpha(308G/A) and IL6(174G/C) genes in Russian population group in both patients with type 1 diabetes mellitus and healthy controls. // Tissue antigens. - 2007. - V.69. -№5. - P.470.

36. Хаитов P.M., Акимов B.C., Файзулоев Е.Б., Никонова A.A., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Зверев В.В. Использование нанобиотехнологических подходов для создания новых средств диагностики и лечения респираторно-синцитиальной вирусной инфекции. // Физиология и патология иммунной системы. - 2008. - Т. 12. - № 9.

C.12-19.

Материалы симпозиумов и конференций

37. Khaitov R., Dedov I., Boldyreva M., Trofimov D., Ruzybakiev R., Taklas N., Rahimova D., Alexeev L. HLA-markers of insulin-dependent diabetes mellitus in Uzbeck population. // 13th European Histocompatibility Conference. - 1999. - Crete. - P.50.

38. Boldyreva M., Evseeva I., Boukina A., Groudakova E., Gouskova I., Trofimov

D., Ginter E., Alexeev L. Distribution of HLA alleles in 14 ethnic groups from the European part of Russia. // 13th European Histocompatibility Conference. -1999. - Crete. - P.32.

39. Sechkin A., Boldyreva M., Dolbin A., Trofimov D., Benenson L., Groudakova

E., Dmitrieva N., Alexeev L. Three year experience in HLA DRB1 donor selection at Moscow center for organ donation. Human Immunology. // 14th European Histocompatibility Conference. - 2000. - V.61. - Suppl.l. - P.53-54.

40. Sechkin A.V., Dolbin A.G., Alexeev L.P., Trofimov D.Yu., Boldyreva M.N., Beneson L.I., Plavunov N.F. Genetic testing and organizing of donor organs' selection and their distribution for further transplantation among the clinics of Moscow region. // The 12th World Congress of Medical Law. - 1999. - Siofok.

41. Alexeev 1., Boldyreva M., Trofimov D., Dedov I., Zilov A. IDDM associated HLA markers among three population groups residing at the territory of former USSR. Human Immunology. // 14th European Histocompatibility Conference. -2000. - V.61. - Suppl.l - P.59.

42. Сергеев И.В., Трофимов Д.Ю., Грудакова Е.Г., Алексеев Л.П. Изучение полиморфизма неклассических генов HLA в русской популяции. // 5-й конгресс РААКИ Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии. - 2002. - Т.2. - С. 197. ■

43. Хаитов М.Р., Трофимов Д.Ю., Петрова Т.В., Алексеев Л.П. Разработка подходов к генетической предикции вирус-опосредованной бронхиальной астмы. // 5-й конгресс РААКИ Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии. - 2002. - Т.2. — С.201.

44. Trofimov D., Sergeev I., Groudakova E., Alexeev L. The MIC-A alleles' frequencies in healthy Russians and in type I diabetic patients. // XVI European Histocompatibility Conference. - 2002. - Strasbourg. - V.29. - №2. - P.147.

45. Alexeev L.P., Dolbin A.G., Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Minina M.G., Benenson L.I., Dmitrieva N.G. HLA-genotyping and clinical transplantology prospects in Russia. // 15th European Immunology Congress EFIS. - 2003. -Rhodes - P.283.

46. Boldyreva M.N., Trofimov D.Yu., Yankevich Т.Е., Bogatova O.V., Gouskova I.A., Philippova E.V., Sergeev I.V., Alexeev L.P. HLA-genes diversity among 5 Russian groups from different regions of Russian European part. // 17th European Histocompatibility Conference. 11 Annual Meeting. German Society of Immunogenetics. - 2003. - Baden-Baden. - P.S29.

47. Boldyreva M,, Trofimov D., Bogatova O., Goudima G., Zelov A., Kouraeva T., Petrakova V., Dedov I., Alexeev L. Genetic Markers for Type I Diabetes among 8 Population Groups from ex-USSR. // 12th International Congress of Immunology and 4th Annual Conference of FOCIS. Clinical and Investigative medicine. - 2004. - Montreal. - V.27. - №4. - P.78A.

48. Korobova S., Nikolaeva I., Chevalier A., Gornostaeva Y., Trubcheninova L., Gorbunova Z., Gudima G., Pinegin В., Trofimov D., Sidorovich I. Clinical trail of recombinant gag-env HIV1 protein based vaccine VICHREPOL in healthy adults. I I 3rd IAS Conference on HIV Pathogenesis and Treatment. - 2005. -Rio de Janeiro. - Abstract A-042-0045-04695.

49. Kofiadi I., Trofimov D., Gudima G., Alexeev L. Genetic succeptibility to HIV-1 infection in 4 populations from Russia. // Proc. XVI Eur. Congr. Immunol. -2006.- Paris. - P.129.

50.Папуашвили M.H., Петрова T.B., Бурменская O.B., Трофимов Д.Ю. Диагностическая значимость количественного определения РНК вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) при альтернативной терапии у ВИЧ-инфицированных пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме «реального времени». // Труды XIII Конгресса «Человек и лекарство». - 2006. - Т.2.

51. Насонов Е.Л., Александрова E.H., Новиков A.A., Трофимов Д.Ю., Бурменская О.В, Ребриков Д.В. Разработка комплексной технологии ранней диагностики воспалительных заболеваний на основе молекулярных маркеров иммунного ответа. // Сборник тезисов итоговой конференции по результатам выполнения мероприятий за 2007 год в рамках приоритетного направления «Живые системы» > ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы». - 2007. -С. 124-125.

52. Kofiadi I.A., Trofimov D.Yu., Rebrikov D.V. Genetic susceptibility to HIV-1 infection in Russian populations. // 21st EFI Conference. -2007. - Barcelona1.

53.Кофиади И.А., Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Анализ распространения ВИЧ-протективных аллелей среди этнических групп, проживающих на территории России и сопредельных государств. // VIII Конгресс «Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии». - 2007. - Москва.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Трофимов, Дмитрий Юрьевич, 2009 год

1. Акопян A.B., Алексеев Л.П., Хаитов P.M. Иммунологические и иммуногенетические аспекты периодической болезни 7/ Иммунология. -1998. N1. - С.4-6.

2. Александрова Ю.Н. О системе цитокинов // Педиатрия. 2007. - Т.86. -С. 125-128.

3. Болдырева М.Н., Алексеев Л .П., Хаитов P.M. и др. НЬА-генетическое разнообразие населения: России и СНГ // Иммунология: 2005. - Т.26. -С.260-263:

4. Гурцевич В;Э., Афанасьева Т.А. Гены латентной инфекции Эпштейна-Барр (ВЭБ) и их роль в возникновении неоплазий // ВИЧ/СПИД и родственные проблемы. 1998. - Т.2. - С.68-75.

5. Насонов Е.Л., Гукасян Д. А., Насонова М.Б. Иммунопатология рёвматоидного артрита и остеопороз: новые данные // Остеопороз и остеопатии. 2000: г №2. - С.4-7.

6. Просекова Е.В., Деркач В.В., Шестовская Т.Н., Нетесова С.Ю., Иванова Ю.В. Аллергические заболевания у детей: особенности цитокинового и иммунного статуса /7 Иммунология 2007. — Т.28. - С. 157-161.

7. Ребриков Д.В., Трофимов Д.Ю. ПЦР «в реальном времени»: подходы к анализу данных // Прикладная биохимия? и микробиология: 2006. -Т.42. — С.520-528.

8. Симбирцев A.C. Цитокины в, иммунопатогенезе и лечении аллергии // Российский аллергологический журнал. — 2007 №1 — С.5-19

9. Трофимов Д.Ю., Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Семенов П.А., Балуев А.Б., Гончарова Е.В., Алексеев Л.П., Хаитов Р:М. Метод повышения точности ПЦР «в реальном времени» // Доклады академии наук. 2008. — Т.419. - С.421-424.

10. Хаитов Р:М. Физиология иммунной системы. М.'ВИНИТИ РАН,2005 г.

11. Хаитов P.M., Алексеев Л.П. Генетика иммунного ответа // International Journal on Immunorehabilitation. 1998. — T. 10. - C.30-37.

12. Хаитов P.M., Алексеев Л.Г1. Система генов НЬА и регуляция иммунного ответа // Аллергия, астма и клиническая иммунология: 2000. - Т.8. -С.7-16.

13. A Z of quantitative PCR // Ed.S.A.Bustin. La Jolla. CA: International University Line. 2004.- 882 p.

14. Abbas A.K. Murphy K.M., Sher A. Functional diversity of T helper lymphocytes // Nature. 1996. - V.383. - P.787-793.

15. Afonina I., Zivarts M., Kutyavin I., Lukhtanov E., Gamper H., Meyer R.B. Efficient priming of PCR with short oligonucleotides conjugated to a minor groove binder // Nucleic Acids Res. 1997. - V.25. - V.2657-2660.

16. Afonina I.A., Reed M.W., Lusby E., Shishkina I.G., Belousov Y.S. Minor groove binder-conjugated DNA probes for quantitative DNA detection by hybridization-triggered fluorescence // Biotechniques. 2002. - V.32. -P.940-944, 946-949.

17. Akkad D.A., Hoffjan S., Petrasch-Parwez E., Beygo J., Gold'R., Epplen J.T. Variation in the IL7RA and IL2RA genes in German multiple sclerosis patients // J. Autoimmun. 2009. - V.32. - V.110-115.

18. André P., Kim A., Khrapko K., Thilly W.G. Fidelity and mutational spectrum of Pfu DNA polymerase on a human mitochondrial DNA sequence // Genome Res. 1997. - V.7. - P.843-852.

19. Antony T, Subramaniam V. Molecular beacons: nucleic acid hybridization and emerging applications // J. Biomol. Struct. Dyn. 2001. - V.19. - P.497-504.

20. Apostolakis S., Baritaki S., Krambovitis E., Spandidos D. Distribution of HIV/AIDS protective SDF1, CCR5 and CCR2 gene variants within Cretan population // J. Clin. Virol. 2005. - V.34. - P.310-314. 7

21. Arnett F.C., Edworthy S.M., Bloch D.A., et al. The American Rheumatism Association 1987 revised criteria for the classification of rheumatoid arthritis // Arthritis Rheum. 1988. - V.31. — P.315-324.

22. Ashley R.L. and Wald A. Genital Herpes: review of the epidemic and potential use of type-specific serology // Clin. Microbiol. Rev. 1999. - V.12.- P.1-8.

23. Aslanidis C., Nauck M., Schmitz G. High-speed prothrombin G-A 20210 and methylenetetrahydrofolate reductase C-T 677 mutation detection using realtime fluorescence PCR and melting curves // BioTechniques. 1999. - V.27.- P.234-238.

24. Aurelian L. Herpes Simplex Virus type 2 vaccines: new ground for optimism // Clin. Diagn. Lab. Immunol. 2004. - V.ll. - P.437-445.

25. Ball T.B., Plummer F.A., HayGlass K.T. Improved mRNA quantitation in LightCycler RT-PCR. // Int. Arch. Allergy Immunol. 2003. - V.130. - P.82-86.

26. Baluk P., Yao L.-C., Feng J., Romano T., Jung S.S., Schreiter J.L., Yan L., Shealy D.J., McDonald D.M. TNF-a drives remodeling of blood vessels and lymphatics in sustained airway inflammation in mice // J. Clin. Invest. 2009.- V.119. P.2954-2964.

27. Banchereau J. and Rousset F. Functions of interleukin-4 on human B lymphocytes // Immun. Res. 1991. - V.10. - P.423-427.

28. Bar T., Stahlberg A., Muszta A., Kubista M. Kinetic Outlier Detection (KOD) in rel-time PCR. // Nucleic Acid Res. 2003. - V.31. - P.el05.

29. Barany F. The ligase chain reaction in a PCR world. // PCR Methods Appl. -1991. V.l. - P.5-16.

30. Baranzini S.E., Wang J., Gibson R.A., Galwey N., Naegelin Y., Barkhof F., Radue E.W. et al. Genome-wide association analysis of susceptibility and clinical phenotype in multiple sclerosis // Hum. Mol. Genet. 2009. - V.18. -P.767-778.

31. Barnes W.M. PCR amplification of up to 35-kb DNA with high fidelity and high yield from lambda bacteriophage templates. // Proc. Nat.l Acad. Sci. USA. 1994. - V.91. - P.2216-2220.

32. Barrett J.C., Hansoul S., Nicolae D.L., Cho J.H., Duerr R.H., Rioux J.D. et al. Genome-wide association defines more than 30 distinct susceptibility loci for Crohn's disease // Nat. Genet. 2008. - V.40. - P.955-962.

33. Bashyam H. Thl/Th2 cross-regulation and the discovery of IL-10 // J. Exp. Med. 2007. - V.204. - P.237.

34. Bates J.A., Taylor E.J.A. Scorpion ARMS primers for SNP real-time PCR detection and quantification of Pyrenophora teres. // Molecular Plant Pathology. 2001. - V.2. - P.275-280.

35. Beissert S., Schwarz A., Schwarz T. Regulatore T cells. // J. Invest. Dermatol. 2006. - V.126. - P.15-24.

36. Berthet C. and Kaldis P. Cdk2 and Cdk4 cooperatively control the expression of Cdc2 // Cell Div. 2006. - P.l 10.

37. Birch D.E., Kolmodin L., Wong J., Zangenberg G.A., Zoccoli M.A., McKinney N., Young K.K.Y. Simplified hot start PCR. // Nature. 1996. -V.381. - P.445-446.

38. Bodmer W.F. Models and mechanisms for HLA and disease association. // J.Exp.Med. 1980. - V.152. - P.353-357.

39. Bon M.A., van Oeveren-Dybicz A., van der Bergh A. Genotyping of HLA-B27 by real-time PCR without hybridization probes //Clin. Chem. 2000. -V.46. - P.1000-1002.

40. Bonnet G., Tyagi S., Libchaber A., Kramer F.R. Thermodynamic basis of the enhanced specificity of structured DNA probes. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1999. V.96. - P.6171-6176.

41. Borrow P. Mechanisms of viral clearance and persistence. //J. Viral. Hepatitis.- 1997. V.4. - P.16-24.

42. Bosse Y. and Rola-Pleszczynski M. Controversy surrounding the increased expression of TGFf31 in asthma // Respir. Res. 2007. - V.8. - P.66.

43. Brodsky F.M., Lem L., Bresnahan P.A. Antigen processing and presentation // Tissue Antigens. 1996. - V.47. - P.464-471.

44. Brookes A.J. The essence of SNPs. // Gene. -1999. V.234. - P.177-186.

45. Broude N.E. Stem-loop oligonucleotides: a robust tool for molecular biology and biotechnology // Trends Biotechnol. 2002. - V.20. - V.249-256.

46. Brown V., Warke T., Shields M., Ennis M. T cell cytokine profiles in childhood asthma // Thorax. 2003. - V.58. - P.311-316.

47. Bucher P. Regulatory elements and expression profiles. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1999. - V.9. - P.400-407.

48. Bustin S.A. Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays. // J. Mol. Endocrinol. 2000.- V.25. P.169-193.

49. Bustin S.A. Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR (RT-PCR): trends and problems. // J. Mol. Endocrinol. 2002. - V.29.1. P.23-39.

50. Bustin S.A., Benes V., Nolan T., Pfaffl M.W. Quantitative real-time RT-PCR- a perspective // J. Mol. Endocrin. 2005. - V.34. - P.597-601.

51. Bustin S.A., Dorudi S. Molecular assessment of tumour stage and disease recurrence using PCR-based assays. // Mol. Med. Today. 1998. - V.4. -P.389-396.

52. Cadwell K., Patel K.K., Komatsu M., Virgin H.W. 4th, Stappenbeck T.S. common role for Atgl6Ll, Atg5 and Atg7 in small intestinal Paneth cells and Crohn disease // Autophagy. 2009. - V.5. - P.250-252.

53. Calderaro A., Piccolo G., Gorrini C., Peruzzi S., Zerbini L., Bommezzadri S., Dettori G., Chezzi C. Comparison between two real-time PCR assays and a nested-PCR for the detection of Toxoplasma gondii // Acta Biomed. 2006. -V.77. - P.75-80.

54. Cardullo R.A., Agrawal S., Flores C., Zamecnik P.C., Wolf D.E. Detection of nuclec acid hybridization by nonradiative fluorescence reconance energy transfer. // Proc.Natl.Acad.Sci. USA. 1988. - V.85. - P.8790-8794.

55. Cavalli-Sforza L.L. The DNA, revolution in population genetics. // Trends Genet. 1998. - V.14. - P.60-65.

56. Cheeran M.C.-J., Lokensgard J.R., Schleiss M. Neuropathogenesis of Congenital Cytomegalovirus Infection: Disease Mechanisms and Prospects for Intervention. // Clin. Microbiol. Rev. 2009. - V.22. P.99-126.

57. Cheng J., Yongyou Zhang Y., Li O. Real-time PCR genotyping using displacing probes. // NAR. 2004. - V.32. - P.e61.

58. Cheng S., Fockler C., Barnes W.M., Higuchi R. Effective amplification of long targets from cloned inserts and human genomic DNA. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1994. V.91. - P.5695-5699.

59. Chou Q., Russell M., Birch D.E., Raymond J., Bloch W. Prevention of pre-PCR mis-priming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications.// NAR. 1992. - V.20. - P.1717-1723.

60. Chowers Y., Holtmeier W., Morzycka-Wroblewska E., Kagnoff M. F. Inverse PCR amplification of rare T cell receptor 5 messages from mucosal biopsy specimens // Jf Immun. Methods. 1995. - V.179. - P.261-263.

61. Christensen M.O., Larsen M.K., Barthelmes H.U., Hock R., Andersen C.L., Kjeldsen E., Knudsen B.R., Westergaard O., Boege F., Mielke C. Dynamics of human DNA topoisomerases II alpha and II beta in living cells // J. Cell Biol. 2002. - V.157. - P.31-44.

62. Chu B.C.F., Orgel L.E. Nonenzymatic sequence-specific cleavage of single-stranded DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. - V.82. - P.963-967.

63. Cline J., Braman J.C., Hogrefe H.H. PCR fidelity of pfu DNA polymerase and other thermostable DNA polymerases. // Nucleic Acids Res. 1996. - V.24. -P.3546-3551.

64. Coenen M.J., Trynka G., Heskamp S., et al. Common and different genetic background for rheumatoid arthritis and coeliac disease // Hum. Mol. Genet. -2009. V.18. - P.4195-4203.

65. Cohen J. 'Long PCR' leaps into larger DNA sequences. // Science. 1994. -V.263. — P.1564-1565.

66. Cohen J.I. The biology of Epstein-Barr virus: lessons learned from the vims and the host. // Current Opinion in Immunology. 1999. - V.ll. - P.365-370.

67. Compton J. Nucleic acid sequence-based amplification. // Nature. 1991. -V.350. - P.91-92.

68. Cooper J.P., Hagerman P.J. Analysis of fluorescence energy transfer in duplex and branched DNA molecules. // Biochemistry. 1990. - V.29. - P.9261-9268.

69. Cotton R. Detection of single base changes in nucleic acids. // Biochem. J. -1989. -V.263. -P.l-10.

70. Cruchley A.T., Williams D.M., Niedobitek G. Epstein-Barr virus: biology and disease. // Oral Dis. 1997. - V.3. - P.S153-S156.

71. Current Protocols in Immunology. Ред. Coligan J.E., Kruisbeek A.M., Margulies D.H., Shevach E.M., Strober W. John Wiley & Sons; 2003; ISBN: 0471522767. (выделение фракции мононуклеарных клеток для РБТЛ)

72. Dang C., Jayasena S.D. Oligonucleotide inhibitors of Taq DNA polymerase facilitate detection of low copy number targets by PCR. // J. Mol. Biol. -1996. V.264. - P.268-278.

73. Danielpour D. Functions and regulation of transforming growth factor-beta (TGF-p) in the prostate // Eur. J. Cancer. 2005. - V.41. - P.846-857.

74. Dausset J. Biological importance of the MHC complex. // Developments in Immunology, Clinical Immunology and Allergology. 1981. - V.14. - P.113-120.

75. Didenko V.V. DNA probes using fluorescence resonance energy transfer (FRET): designs and applications. // Biotechniques. 2001. - V.31. - P.1106-1116,1120-1121.

76. Donahue R.E., Seehra J., Metzger M., Lefebvre D., Rock B., Carbone S., Nathan D.G., Garnick M., Sehgal P.K., Laston D., et al. Human IL-3 and GM-CSF act synergistically in stimulating hematopoiesis in primates // Science. -1988. V.241. - P.1820-1823.

77. Dupont B. Immunology of hematopoietic stem cell transplantation: a brief review of its history. // Immunological Reviews. 1997. - V.157. - P.5-12.

78. Ehlen T., Dubeau L. Detection of ras point mutations by polymerase chain reaction using mutation-specific, inosine-containing oligonucleotide primers. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1989. - V.160. - P.441-447.

79. Espy M.J., Uhl J.R., Mitchell P.S., Thorvilson J.N., Svien K.A., Wold A.D., Smith T.F. Diagnosis of Herpes Simplex Virus infections in the clinical laboratory by LightCycler PCR. // J. Clin. Microbiol. 2000. - V.38. - P.795-799.

80. Etzensperger R., McMahon R.M., Jones E.Y., Fugger L. Dissection of the multiple sclerosis associated DR2 haplotype // J. Autoimmun. 2008. - V.31.1. P.201-207.

81. Fang X., Mi Y., Li J.J., Beck T., Schuster S., Tan W. Molecular beacons: fluorogenic probes for living cell study // Cell. Biochem. Biophys. 2002. -V.37. - P.71-81.

82. Festenstein H., Awad J., Hitman G.A., Cutbush S., Groves A.V., Cassell P., Oillier W., Sachs J.A. New HLA DNA polymorphisms associated with autoimmune diseases // Nature. 1986. - V.322. - P.64-67.

83. Fiandaca M.J., Hyldig-Nielsen J.J., Gildea B.D., Coull J.M. Self-reporting PNA/DNA primers for PCR analysis // Genome Res. 2001. - V.U. - P.609-613.

84. Fitch E., Harper E., Skorcheva I., Kurtz S.E., Blauvelt A. Pathophysiology of psoriasis: recent advances on IL-23 and Thl7 cytokines // Curr. Rheumatol. Rep. 2007. - V.9. - P.461-467.

85. Fredricks D.N., Fiedler T.L., Marrazzo J.M. Molecular identification of bacteria associated with bacterial vaginosis // N .Engl. J. Med. 2005. -V.353. - P:1899-1911.

86. Fredricks D.N., Fiedler T.L., Thomas K.K., Oakley B.B., Marrazzo J.M. Targeted PCR for detection of vaginal bacteria associated with bacterial vaginosis // J. Clin-. Microbiol. 2007. - V.45. - P.3270-3276.

87. French J.I., McGregor J.A., Draper D., Parker R., McFee J. Gestational bleeding, bacterial vaginosis, and common reproductive tract infections: risk for preterm birth and benefit of treatment. // Obstet. Gynecol. 1999. - V.93. -P.715-724.

88. Gaffen S.L. Biology of recently discovered cytokines: Interleukin-17 a unique inflammatory cytokine with roles in bone biology and arthritis. // Arthritis Res. Ther. - 2004. - V.6. - P.240-247.

89. Gaffen S.L., Liu K.D. Overview of interleukin-2 function, production and clinical applications // Cytokine. 2004. - V.28. - P.109-123.

90. Ganser A., Seipelt G., Hoelzer D. The role of GM-CSF, G-CSF, interleukin-3, and erythropoietin in myelodysplastic syndromes // Am. J. Clin. Oncol. — 1991. V.14. - P.S34-S39.

91. Genome-wide association study identifies new multiple sclerosis susceptibility loci on chromosomes 12 and 20 // Nat. Genet. 2009. - V.41. -P.824-828.

92. Genome-wide association study of 14,000 cases of seven common diseases and 3,000 shared controls // Nature. 2007. - V.447. - P.661-678.

93. Gentle A., Anastasopoulos F. and McBrien N.A. High-resolution semiquantitative real-time PCR without the use of a standard curve. // Biotechniques. 2001. - V.31. - P.502, 504-506, 508.

94. Ghossein R.A. and Rosai J. Polymerase chain reaction in the detection of micrometastases and circulating tumor cells. // Cancer. 1996. - V.78. -P.10-16.

95. Gibbs R.A., Nguyen P.-N., Caskeyi C.T. Detection of single DNA base differences by competitive oligonucleotide priming // Nucleic Acids Res. -1989. V.17. - P.2437-2448.

96. Gilbert C.and Boivin G. Human Cytomegalovirus resistance to antiviral drugs. // Antimicrob. Agents Chemother. 2005. - V.49. - P.873-883.

97. Giulietti A., Overbergh L., Valckx D., Decallonne B., Bouillon R., Mathieu C. An overview of real-time quantitative PCR: applications to quantify cytokine gene expression. // Methods. 2001. - V.25. - P.386-401.

98. Goswami P.C., Roti J.L., Hunt C.R. The cell cycle-coupled expression of topoisomerase II alpha during S phase is regulated by mRNA stability and is disrupted by heat shock or ionizing radiation // Mol. Cell. Biol. 1996. -V.16. - P.1500-1508.

99. Grant S.F., Qu H.Q., Bradfield J.P., Marchand L., Kim C.E., Glessner J.T., Grabs R. et al. Follow-up analysis of genome-wide association data identifies novel loci for type 1 diabetes // Diabetes. 2009. - V.58. - P.290-295.

100. Gregersen P.K., Olsson L.M. Recent advances in the genetics of autoimmune disease // Ann. Rev. Immun. 2009. - V.27. - P.363-391.

101. Guo S., Thompson E. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles // Biometrics. 1992. - V.48. - P.361-372.

102. Gupta P.K., Roy J.K., Prasad M. Single nucleotide polymorphisms: A new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism detection with emphasis on their use in plants. // Current Science. 2001. — V.80. -P.524-535.

103. Gutierrez-Roelens I., Lauwerys B.R. Genetic susceptibility to autoimmune disorders: clues from gene association and gene expression studies // Curr. Mol. Med. 2008. - V.8. - P.551-561.

104. Hager W.D., McDaniel P.S. Treatment of serious obstetric and gynecologic infections with cefoxitin. // J. Reprod. Med. 1983. -V.28. - P.337-340.

105. Hakonarson H., Qu H.Q., Bradfield J.P., Marchand L., Kim C.E., Glessner J.T., Grabs R. et al. A novel susceptibility locus for type 1 diabetes on Chrl2ql3 identified by a genome-wide association study // Diabetes. 2008. - V.57. - P.1143-1146.

106. Hansen J. Development of registries of HLA-typed volunteer marrow donors. // Tissue Antigens. 1996. - V.47 - P.460-463.

107. Happich D., Madlener K., Schwaab R. Application of the TaqMan-PCR for genotyping of the prothrombin G20210A mutation and of the thermolabile methylenetetrahydrofolate reductase mutation. // Thromb. Haemomost. -2000. V.84. - P.144-145.

108. Hashemi F.B., Ghassemi M., Roebuck K.A., Spear G.T Activation of human immunodeficiency virus type 1 expression by Gardnerella vaginalis. // J. Infect. Dis. -1999. V.179. - P.924-930.

109. Hawkins J.R., Khripin Y., Valdes A.M., Weaver T.A. Miniaturized Sealed-Tube Allele-Specific PCR // Hum. Mutation. 2002. - V.19. - P.543-553.

110. Hemminki K., Li X., Sundquist J., Sundquist K. Familial association between type 1 diabetes and other autoimmune and related diseases // Diabetologia. -2009. V.52. - V.1820-1828.

111. Hemminki K., Li X., Sundquist K., Sundquist J. Familial association of inflammatory bowel diseases with other autoimmune and related diseases // Am J. Gastroenterol. 2009. - Epub. ahead of print.

112. Higuchi R. Simple and rapid preparation of samples for PCR. In: PCR technology: Principles and applications for DNA amplification (Erlich H, ed.). // Stockton Press, New York, NY, USA. 1989.- P.31-38.

113. Higuchi R., Dollinger G., Walsh P.S., Griffith R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. // Biotechnology. 1992. — V.10. -P.413-417.

114. Higuchi R., Fockler C., Dollinger G., Watson R. Kinetic PCR: Real time monitoring of DNA amplification reactions. // Biotechnology. — 1993. — V.ll.- P.1026-1030.

115. Hill W.E. The polymerase chain reaction: applications for the detection of foodborne pathogens. // Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 1996. - V.36. - P.123-173.

116. Himes B.E., Hunninghake G.M., Baurley J.W., Rafaels N.M., Sleiman P. et al. Genome-wide association analysis identifies PDE4D as an asthma-susceptibility gene // Am. J. Hum. Genet. 2009. - V.84. - P.581-593.

117. Hirakawa M., Tanaka Т., Hasimoto I., Kuroda M., Takagi Т., Nakamura Y. JSNP: a database of common gene variations in the Japanese population. // Nucleic Acids Res. 2002. - V.30. - P.158-162.

118. Hiratsuka M., Agatsuma Y., Mizugaki M. Rapid detection of CYP2C9*3 alleles by real-time fluorescence PCR based on SYBR Green // Mol. Genet. Metab. 1999. - V.68. - P.357-362.

119. Holland P.M., Abramson R.D., Watson R., Gelfand D.H. Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5'-3' exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase. // Proc. Natl. Acad.Sci. USA. 1991. — V.88. - P.7276-7280.

120. Holodniy M. Clinical application of reverse transcription-polymerase chain reaction for HIV infection. // Clin. Lab. Med. 1994. - V.14. - P.335-349.

121. Horn G., Graham R.R., Modrek В., Taylor K.E., Ortmann W., Gamier S., Lee A.T. et al. Association of systemic lupus erythematosus with C8orfl3-BLK and ITGAM-ITGAX // N. Engl. J. Med. 2008. - V.358. - P.900-909.

122. Horton R., Wilming L., Rand V., Lovering R.C., Bruford E.A., Khodiyar V.K., Lush M.J., Povey S., Talbot C.C.Jr. ,Wright MW, Wain H.M., Trowsdale J.3 Ziegler A., Beck S. Gene map of the extended human MHC // Nat. Rev. Genet. 2004. - V.5. - P.889-899.

123. Horton R.M., Hoppe B.L., Conti-Tronconi B.M. AmpliGrease: Hot start PCR using petroleum jelly. // BioTechniques. 1994. - V.16. - P.42-43.

124. Hsu T.M., Law S.M., Duan S., Neri B.P., Kwok P.-Y. Genotyping single-nucleotide polymorphisms by the invader assay with dual-color fluorescence polarization detection // Clin. Chem. 2001. - V.47. - P.1373-1377.

125. Huang M.M., Arnheim N., Goodman M.F. Extension of base mispairs by Taq DNA polymerase: implications for single nucleotide discrimination in PCR. // Nucleic Acids Res. 1992. - V.20. - P.4567-4573.

126. Huggett J., Dheda 1С., Bustin S., Zumla A. Real-time RT-PCR normalization; strategies and considerations // Genes and Immunity. 2005. - V.6. - P.279-284.

127. IMGT/HLA Database. URL: http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/stats.html. Дата обращения: 14.04.2009.

128. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. // Nature. 2001. - V.409. - P.860-921.

129. Ishiguro T., Saiton J., Yawata H., Yamagishi H., Iwasaki S., Mitoma Y. Homogeneous quantitative assay of hepatitis C virus RNA by polymerase chain reaction in the presence of a fluorescence intercalater. // Anal. Biochem. 1995. - V.229. - P.207-213.

130. Jackson D.G., Capra J.D. TAP2 association with insulin-dependent diabetes mellitus is secondary to HLA-DQB1 // Hum. Immunol. 1995. - V.43. -P.57-65.

131. Jobs M., Howell W.M., Stromqvist L., Mayr T., Brookes A.J. DASH-2: Flexible, Low-Cost, and High-Throughput SNP Genotyping by Dynamic Allele-Specific Hybridization on Membrane Arrays. //Genome Res. 2003. -V.13. - P.916-924.

132. Johansson M.K. Choosing reporter-quencher pairs for efficient quenching through formation of intramolecular dimers / in Fluorescent Energy Transfer Nucleic Acid Probes // 2006 V.335. - P.17-29.

133. Johnson M.P., Haupt L.M., Griffiths L.R. Locked nucleic acid (LNA) single nucleotide polymorphism (SNP) genotype analysis and validation using realtime PCR // Nucleic Acids Res. 2004. - V.32. - P.e55.

134. Jothikumar P., Hill V., Narayanan J. Design of FRET-TaqMan probes for multiplex real-time PCR using an internal positive control // Biotechniques. -2009. V.46. - P.519-524.

135. Kakuta Y., Ueki N., Kinouchi Y., Negoro K., Endo K., Nomura E., Takagi S., Takahashi S., Shimosegawa T. TNFSF15 transcripts from risk haplotype for Crohn's disease are overexpressed in stimulated T cells // Hum. Mol. Genet. -2009. V.18. - P.1089-1098.

136. Karlsen F., Steen H.B., Nesland J.M. SYBR Green I DNA staining increases the detection sensitivity of viruses by polymerase chain reaction. // J. Virol. Methods. 1995. - V.55. - P.153-156.

137. Kaur G., Singh P., Rapthap C.C., Kumar N., Vajpayee M., Sharma S.K., Wanchu A., Mehra N.K. Polymorphism in the CCR5 gene promoter and HIV-1 infection in north indians // Hum. Immun. 2007. - V.68. - P.454-461

138. Kawada J., Kimura H., Ito Y., Hoshino Y., Tanaka-Kitajima N., Ando Y., Futamura M., Morishima T. Comparison of real-time and nested PCR assays for detection of herpes simplex virus DNA // Microbiol. Immunol. 2004. -V.48. -P.411-415.

139. Keebaugh A.C., Sullivan R.T., Thomas J.W. Gene duplication and inactivation in the HPRT gene family // Genomics. 2007. - V.89. - P.134-142.

140. Kempe T., Sundquist W.I., Chow F., Hu S.L., Chemical and enzymatic biotin-labeling of oligodeoxyribonucleotides // Nucleic Acids Res. 1985. - V.13. -P.45-57.

141. Kim S.W., Kim D.-U., Kim J.K., Kang L.-W., Cho H.-S. Crystal structure of Pfu, the high fidelity DNA polymerase from Pyrococcus furiosus. // Int. J. Biol. Macromol. 2008. - V.42. - P.356-361.

142. Kim Y., Eom S.H., Wang J., Lee D.-S., Suh S.W., Steitz T.A. Crystal structure of Thermus aquaticus DNA polymerase. // Nature. 2002. - V.376. - P.612-616.

143. Kimberlin D.W. Neonatal Herpes Simplex Infection. // Clin. Microbiol. Rev. -2004.-V.17.-P.1-13.

144. Klebanoff M.A., Schwebke J.R., Zhang J., Nansel T.R., Yu K.F., Andrews W.W. Vulvovaginal symptoms in women with bacterial vaginosis. // Obstet. Gynecol. -2004. -№104. P.267-272.

145. Klein D. Quantification using real-time PCR technology: applications and limitations. // Trends Mol. Med. 2002. - V.8. - P.257-260.

146. Kleppe K., Ohtsuka E., Kleppe R., Molineux I., Khorana H.G. Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replication of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases. // J.Mol.Biol. -1971 V.56. - P.341-361.

147. Koch W.H. Technology platforms for pharmacogenomic diagnostic assays. // Nat. Rev. Drug. Discov. 2004. - V.3. - P.749-761.

148. Kong D.M., Shen H.X., Mi H.F. Detection of Hepatitis B virus DNA by duplex Scorpion primer-based PCR assay. // Chinese J. Chem. 2004. - V.22.- P.903-907.

149. Kostrikis L.G., Tyagi S., Mhlanga M.M., Ho D.D., Kramer F.R. Specrtal genotyping of human alleles. // Science. 1998. - V.279. - P.1228-1229.

150. Kozyrev S.V., Abelson A.K., Wojcik J., Zaghlool A., Linga Reddy M.V. et al. Functional variants in the B-cell gene BANK1 are associated with systemic lupus erythematosus // Nat. Genet. 2008. - V.40. - P.211-216.

151. Kragsbjerg P. Chronic active mononucleosis. // Scand. J. Infect. Dis. 1997. -V.29. - P.517-518.

152. Kruglyak L., Nickerson D.A. Variation is the spice of life. // Nat. Genet. — 2001. V.27. - P.234-236.

153. Kugathasan S., Baldassano R.N., Bradfield J.P., Sleiman P.M., Imielinski M. et al. Loci on 20ql3 and 21q22 are associated with pediatric-onset inflammatory bowel disease // Nat. Genet. 2008. - V.40. - P.1211-1215.

154. Kumagai Y., Takeuchi O., Kato H., Kumar H., Matsui K., Morii E., Aozasa K., Kawai T., Akira S. Alveolar macrophages are the primary interferon-a producer in pulmonary infection with RNA viruses // Immunity. 2007. -V.27. - P.240-252.

155. Kuzuya A., Zhou J.-M., Komiyama M. DNA, PNA, and Their Derivatives for Precise Genotyping of SNPs. // Mini-Reviews in Organic Chemistry. 2004.- V.1.-P.125-131.

156. Kwok P.-Y., Deng O., Zakeri H., Taylor S.L., Nickerson D.A. Increasing the information content of STS-based genome maps: identifying polymorphisms in mapped STSs. // Genomics. 1996. - V.31. - P.123-126.

157. Landegren U., Nilsson M., Kwok P.-Y. Reading bits of genetic information: methods for single-nucleotide polymorphism analysis. // Genome Res. 1998. - V.8. - P.769-776.

158. Larsson P.G., Carlsson B. Does pre- and postoperative metronidazole treatment lower vaginal cuff infection rate after abdominal hysterectomy among women with bacterial vaginosis? // Infect. Dis. Obstet. Gynecol. -2002. V.10 - P.133-140.

159. Latif S., Bauer-Sardina I., Ranade K., Livak K.J., Kwok P.Y. Fluorescence Polarization in Homogeneous NucleicAcid Analysis II: 5-Nuclease Assay. // Genome Research. 2001. - V.ll. - P.436-440.

160. Latorra D., Hopkins D., Campbell K., Hurley J.M. Multiplex allele-specific PCR with optimized locked nucleic acid primers // Biotechniques. 2003. -V.34. - P.1150-1152,1154,1158.

161. Lawyer F.C., Stoffel S., Saiki R.K., Myambo K., Drummond R., Gelfand D.H. Isolation, characterization, and expression in Escherichia coli of the DNA polymerase gene from Thermus aquaticus. // J. Biol. Chem. 1989. -V.264. - P.6427-6437.

162. Lay M.J., Wittwer C.T. Real-time fluorescence genotyping of factor V Leiden during rapid-cycle PCR. // Clin. Chem. 1997. - V.43. - P.2262-2267.

163. Le Q., Luan G., Guo Q., Liang J. A new class of homogeneous nucleic acid probes based on specific displacement hybridization. // Nucleic Acid Res. -2002. V.30. - P.e5.

164. Lee L.G., Connell C.R., Bloch W. Allelic discrimination by nick-translation PCR with fluorogenic probes // Nucleic Acids Res. 1993. - V.21. - P.3761-3766.

165. Lee M.T, Kaushansky K., Ralph P., Ladner M.B. Differential expression of M-CSF, G-CSF, and GM-CSF by human monocytes // J. Leukoc. Biol. -1990. V.47. - P.275-282.

166. Leitich H., Bodner-Adler B., Brunbauer M., Kaider A., Egarter C., Husslein P. Bacterial vaginosis as a risk factor for preterm delivery: a meta-analysis. // Am. J. Obstet. Gynecol. 2003. - №189. -P.139-147.

167. Lettre G., Rioux J.D. Autoimmune diseases: insights from genome-wide association studies // Hum. Mol. Genet. 2008. - V.17. - P.116-121.

168. Li J., Wang F., Mamon H., Kulke M.H., Harris L., Maher E., Wang L., Makrigiorgos G.M. Antiprimer quenching-based real-time PCR and itsapplication to the analysis of clinical cancer samples // Clin. Chem. 2006. -V.52. - P.624-633.

169. Lin M.-H., Chen T.-C., Kuo T., Tseng C.-C., Tseng C.-P. Real-Time PCR for Quantitative Detection of Toxoplasma gondii // J. Clin. Microbiol. 2000. -V.38. - P.4121-4125.

170. Liu Q., Thorland E.C., Heit J.A., Sommer S.S. Overlapping PCR for bidirectional PCR amplification of specific alleles: a rapid one-tube method for simultaneously differentiating homozygotes and heterozygotes. // Genome Res. -1997. V.7. - P.389-398.

171. Liu W., Saint D.A. A new quantitative methods of real-time reverse transcription polymerase chain reaction assay based on simulation of polymerase chain reaction kinetics // Anal. Biochem. 2002. - V.302. - P.52-59.

172. Liu W., Saint D.A. Validation of a quantitative methods for real-time PCR kinetics. // Biochem. Biophys. Res. Com. 2002. - V.294. - P.347-353.

173. Liu W.H., Kaur M., Wang G., Zhu P., Zhang Y., Makrigiorgos G.M. Inverse PCR-based RFLP scanning identifies low-level mutation signatures in colon cells and tumors // Cancer Res. 2004. - V.64. - P.2544-2551.

174. Livak K.J. SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction. // Methods Mol. Biol.- 2003. V.212. - P.129-147.

175. Livak K.J., Schmittgen N.D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method. // Methods.- 2001. V.25. - P.402-408.

176. Livengood C.H. Bacterial Vaginosis: An Overview for 2009. // Reviews In Obstetrics & Gynecology. 2009. - V.2. - P.2837.

177. Long E.O. HLA recognition by NK cells. // Plenary report at ASHI 23rd Annual Meeting. 1997. - P.43-44.

178. Lu R., Vidal G.S., Kelly J.A., et al. Genetic associations of LYN with systemic lupus erythematosus // Genes Immun. 2009. — V.10. — P.397-403.

179. Lukhtanov E.A., Kutyavin I.V., Gamper H.B., Meyer R.B. Oligodeoxyribonucleotides with conjugated dihydropyrroloindole oligopeptides: preparation and hybridization properties // Bioconjug. Chem. -1995. V.6. - P.418-426.

180. Lyon E. Mutation detection using fluorescent hybridization probes and melting curve analysis. // Expert Rev. Mol. Diagn. 2001. - V.l. - P.92-101.

181. Ma H., Shieh K.-J, Chen G. and Qiao X.T. Real-time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) // J. Am. Sci. 2006. - V.2. - P.l-15.

182. Marechal V., Arenzana-Seisdedos F., Heard J.M., Schwartz O. Opposite effects of SDF-1 on human immunodeficiency virus type 1 replication // J. virol. 1999. - V.73. - P.3608-3615.

183. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. Efficiencies of fluorescence resonance energy transfer and contact-mediated quenching in oligonucleotide probes. // Nucleid Acids Res. 2002. - V.30. - P.el22.

184. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. Genotyping SNPs with molecular beacons. // Methods Mol. Biol. 2003. - V.212. - P.lll-128.

185. Marras S.A.E., Kramer F.R., Tyagi S. Multiplex detection of single-nucleotide variations using molecular beacons // Genetic Analysis: Biomolecular EngineeringK) 1999. - V.14. - P.151-156.

186. Marrosu M.G., Sardu C., Cocco E., Costa G., Murru M.R., Mancosu C., Murru R., Lai M., Contu P. Bias in parental transmission of the HLA-DR3 allele in Sardinian multiple sclerosis // Neurology. 2004. - V.63. - P.1084-1086.

187. Marsh S.G.E. Nomenclature for factors of the HLA system, update December 2001. // Eur. J. Immunogen. 2002 .- V.29. - P.117.

188. Martell M., Gomez J., Esteban J.I., Sauleda S., Quer J., Cabot В., Esteban R., and Guardia J. High-Throughput Real-Time Reverse Transcription-PCR Quantitation of Hepatitis С Virus RNA. // J. Clin. Microbiol. 1999. - V.37.- P.327-332.

189. Marth G.T., Korf I., Yandell M.D., Yeh R.T., Gu Z., Zakeri H., Stitziel N.O., Hillier L., Kwok P.Y., Gish W.R. A general approach to single-nucleotide polymorphism discovery. // Nat. Genet. 1999. - V.23. - V.452-456.

190. Martinez-Garcia A., Sastre I., Tenorio R., Bullido M.J. SNP genotyping with FRET probes. Optimizing the resolution of heterozygotes // Mol. Cell. Probes- 2004. V.18. - P.211-214.

191. Mattes J., Yang M., Siqueira A., Clark K., MacKenzie J., McKenzie A.N.J., Webb D.C., Matthaei, K.I., Foster P.S. IL-13 induces airways hyperreactivity independently of IL-4Ra chain in the allergic lung. // J. Immunol. 2001. -V.167. - P.1683-1692.

192. McInnes* I.B., Gracie J.A. Interleukin 15: a proinflammatory role in rheumatoid arthritis synovitis. // Immunol. Today. 1998. - V.19. - P.75-79.

193. Mclnnes I.B., Gracie J.A., Harnett M., Harnett W., Liew F.Y. New strategies to control inflammatory synovitis: interleukin 15 and beyond. // Ann. Rheum. Dis. 2003. - V.62. - P.51-54.

194. McKinzie P.B., Parsons B.L. Detection of rare K-ras codon 12 mutations using allele-specific competitive blocker PCR // Mutat. Res. 2002. - V.517.- P.209-220.

195. Mead P.B. Epidemiology of bacterial vaginosis. // Am. J. Obstet. Gynecol. -1993. V.169. - P.446-449.

196. Mhlanga M.M., Malmberg L. Using molecular beacons to detect single-nucleotide polymorphisms with real-time PCR. // Methods. 2001. - V.25. -P.463-471.

197. Middleton D., Menchaca L., Rood H., Komerofsky R. Tissue Antigens. -2003. V.61. - P.403-407. New Allele Frequency Database. URL: http://www.allelefrequencies.net. Дата обращения: 14.04.2009.

198. Miller R.D., Taillon-Miller P., Kwok P.Y. Regions of low single-nucleotide polymorphism incidence in human and orangutan xq: deserts and recent coalescences. // Genomics. 2001. - V.71. - P.78-88.

199. Miosses P.,van den Berg W. Thl/Th2 cytokine balance inarthritis. // Arthritis Rheum. 1997. - V.40. - P.2105-2115.

200. Mir K.U., Southern E.M. Sequence variation in genes and genomic DNA: methods for large-scale analysis. // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. -2000. V.l. - P.329-360.

201. Monteleone G., Sarra M., Pallone F. Interleukin-21 in T cell-mediated diseases. // Discov. Med. 2009. - V.8. - P.113-117.

202. Morrison T.B., Weis J J., Wittwer C.T. Quantification of low-copy transcripts by continuous SYBR Green I monitoring during amplification. // Biotechniques. 1998. - V.24. - P.954-958, 960,962.

203. Mouritzen P., Nielsen A.T., Pfundheller H.M., Choleva Y., Kongsbak L., Moller S. Single nucleotide polymorphism genotyping using locked nucleic acid (LNA) // Expert Rev. Mol. Diagn. 2003. - V.3. - P.27-38.

204. Mullah B., Livak K. Efficient automated synthesis of molecular beacons. // Nucleos Nucleot. 1999. - V.18. - P.1311-1312.

205. Muller P.Y., Janovjak H., Miserez A.R., Dobbie Z. Processing of gene expression data generated by quantitative real-time RT-PCR. // Biotechniques. 2002. - V.32. - P.1372-1379.

206. Mullis К., Faloona F., Scharf S., Saiki R., Horn G., Erlich H. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1986. - V.51. - Pt.l. - P.263-273.

207. Mullis K.B., Faloona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. // Methods Enzymol. 1987. - V.155. -P.335-350.

208. Murch S.H. Toll of allergy reduced by probiotics. // Lancet. 2001. V.357. -P.1057-1059.

209. Nair R.P., Duffin K.C., Helms C., Ding J., Stuart P.E., Goldgar D. et al. Genome-wide scan reveals association of psoriasis with IL-23 and NF-kappaB pathways // Nat. Genet. 2009. - V.41. - P.199-204.

210. National Center for Biotechnology Information. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Дата обращения: 14.04.2009.

211. Nazarenko I.A., Bhatnagar S.K., Hohman R.J. A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer // Nucleic Acids Res., 1997. - V.25. - P.2516-2521.

212. Newton C.R., Graham A., Heptinstall L.E., Powell S.J., Summers C., Kalsheker N., Smith J.C., Markham A.F. Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS). // Nucleic Acids Res. 1989. - V.17. - P.2503-2516.

213. Oakley B.B., Fiedler T.L., Marrazzo J.M., Fredricks D.N. Diversity of human vaginal bacterial communities and associations with clinically defined bacterial vaginosis // Appl. Environ. Microbiol. 2008. - V.74. - P.4898-4909.

214. Oguma Т., Palmer L.J., Birben E., Sonna L.A., Asano K., Lilly C.M. Role of prostanoid DP receptor variants in susceptibility to asthma. // N. Engl. J. Med. 2004. - V.351. - P.1752-1763.

215. Okano M. Epstein-Barr virus infecion and its role in the expanding spectrum of human diseases. // Acta Paediatr. -1998. V.87. - P.ll-18.

216. Okayama H., Curiel D.T., Brantly M.L., Holmes M.D., Crystal R.G. Rapid, nonradioactive detection of mutations in the human genome by allele-specific amplification. // J. Lab. Clin. Med. 1989. - V.114. - P.105-113.

217. Olerap O. HLA class I and II high resolution typing by PCR-SSP. // Sixteenth European Histocompability Conference, Strasbourg. 2002. - P.46.

218. Onderdonk A.B., Lee M.L., Lieberman E. Delaney M.L., Tuomala R.E. Quantitative microbiologic models for preterm delivery // J. Clin. Microbiol. -2003. V.41. - P.1073-1079.

219. O'Neill L.A., Dinarello C.A. The Interleukin-1 Receptor/Toll-like Receptor superfamily: signal transduction during inflammation and host defense // Immunol. Today. 2000. - V.21. - P.206-209.

220. Orou A., Fechner B., Utermann G., Menzel H.J. Allele-specific competitive blocker PCR: a one-step method with applicability to pool screening //Hum. Mutat. 1995. - V.6. - P.163-169.

221. Ortiz E., Estrada G., Lizardi P.M. PNA molecular beacons for rapid detection of PCR amplicons. // Mol. Cell Probes. 1998. - V.12. - P.219-226.

222. Oruga M., Keller C., Koo K., Mitsuhashi M. Use of the fluorescent dye YOYO-1 to quantify oligonucleotides immobilized on plastic plates. // Biotechniques. 1994. - V.16. - P.1032-1034.

223. Pähl A., Kühlbrandt U., Brune K., Röllinghoff M., and Gessner A. Quantitative Detection of Borrelia burgdorferi by Real-Time PCR. // J. Clin. Microbiol. 1999. - V.37. - P.1958-1963.

224. Paneth N.S. The problem of low birth weight. // Future Child. 1995. -V.5. -P.19-34.

225. Papp A.C., Pinsonneault J.K., Cooke G., Sadee W. Single nucleotide polymorphism genotyping using allele-specific PCR and fluorescence melting curves. // Biotechniques. 2003. - V.34. - P.1068-1072.

226. Park J.Y., Pillinger M.H. Interleukin-6 the pathogenesis of rheumatoid arthritis. // Bull. NYU Hosp. Joint. Dis. 2007. - V.65. - P.4-10.

227. Parker R.M., Barnes N.M. mRNA: detection by in Situ and northern hybridization. // Methods Mol. Biol. 1999. - V.106. - P.247-283.

228. Peirson S.N., Butler J.N., Foster R.G. Experimental validation of novel and conventional approaches to quantitative real-time PCR data analysis. // Nucleic Acids Res. 2003. - V.31. - P.e73.

229. Plenge R.M., Cotsapas C., Davies L., Price A.L., de Bakker P.I., Mailer J; et al. Two independent alleles at 6q23 associated with risk of rheumatoid arthritis // Nat. Genet. 2007. - V.39. - P.1477-1482.

230. Plenge R.M., Seielstad Mi, Padyukov L., Lee A.T., Remmers E.F., Ding B. et al. TRAF1-C5 as a risk locus for rheumatoid arthritis a genomewide study // N. Engl. J. Med. - 2007. - V.357. - P.1199-1209.

231. Poddar S.K. Symmetric vs asymmetric. PCR and molecular beacon probe in the detection of a target gene of adenovirus // Mpl. Cell. Probes 2000. -V. 14. — P.25-32.

232. Pont-Kingdon G., Lyon E. Direct molecular haplotyping by melting curve analysis of hybridization probes: beta 2-adrenergic receptor haplotypes as an example // Nucleic Acids Res. 2005. - V.33. - P.e89.

233. Pseudogene Database. URL: http://www.pseudogene.org. Дата обращения: 14.04.2009.

234. Quinlivan M.L., Ayres К., Ran H., McElwaine S., Leedham-Green M., Scott F.T., Johnson R.W., Breuer J. Effect of viral load on the outcome of Herpes Zoster. // J. Clin. MicrobioL 2007. - V.45. - P.3909-3914.

235. Ramachandran C., Melnick S.J. Multidrug resistance in human tumors-molecular diagnosis and clinical significance. // Mol. Diagn. 1999. - V.4. -P.81-94.

236. Ramakers C., Ruijter J.M., Deprez R.H., Moorman A.F. Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data. // Neurosci. Lett. 2003. - V.339. - P.62-66.

237. Rau H., Nicolay A., Donner H., Usadel K.H., Badenhoop K., Badenhoop P.D.K. Polymorphisms of TAP1 and TAP2 genes in german patients with tipe 1 diabetes mellitus // Eur. J. Immunogen. 1997. - V.24. - P.229-236.

238. Raychaudhuri S., Remmers E.F., Lee A.T. et al. Common variants at CD40 and other loci confer risk of rheumatoid arthritis // Nat. Genet. 2008. - V.40. - P.1216-1223.

239. Reischl U., Lehn N., Sanden G.N., and Loeffelholz M.J. Real-Time PCR Assay Targeting IS481 of Bordetella pertussis and Molecular Basis for Detecting Bordetella holmesii. // J. Clin. Microbiol. 2001. - V.39. - P.1963-1966.

240. Ririe K.M., Rasmussen R.P., Wittwer C.T. Product differentiation by analysis of DNA melting curves during the polymerase chain reaction. // Anal. Biochem. 1997. - V.245. - P.154-160.

241. Robinson D. Th2 cytokines in allergic disease. // Brit. Med. Bull. 2000. -V.56. - P.956-968.

242. Rodrigo A.G., Goracke P.C., Rowhanian K., Mullins J.I. Quantitation of target molecules from polymerase chain reaction-based limiting dilution assays. // AIDS Res Hum. Retroviruses. 1997. - V.13. - P.737-742.

243. Rust S., Funke H., Assman G. Mutagenically separated PCR (MS-PCR): a highly specific one step procedure for easy mutation detection // Nucleic Acids Res. 1993. - V.21. - P.3623-3629.

244. Rutledge R.G. Sigmoidal curve-fitting redefines quantitative real-time PCR with the prospective of developing automated high-throughput applications. // Nucleic Acid Res. 2004. - V.32. - P.el78.

245. Rutledge R.G., Cote C. Mathematics of quantitative kinetic PCR and the application of standard curves. // Nucleic Acid Res. — 2003. V.31. - P.e93.

246. Saccomanno C.F., Bordonaro M., Chen J.S., Nordstrom J.L. A faster ribonuclease protection assay. // Biotechniques. 1992. - V.13. - P.846-850.

247. Sadovnick A.D., Yee I.M., Guimond C., Reis J., Dyment D.A., Ebers G.C. Age of onset in concordant twins and other relative pairs with multiple sclerosis // Am. J. Epidemiol. 2009. - V.170. - P.289-296.

248. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S. J., Higuchi R., Horn G. T., Mullis K. B., Erlich H. A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. // Science. 1988. - V.239. - P.487— 491.

249. Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K.B., Horn G.T., Erlich H.A., Arnheim N. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. // Science. 1985.- V.230. — P.1350-1354.

250. Saiki R.K., Walsh P.S., Levenson C.H., Erlich H.A. Genetic analysis of amplified DNA with immobilized sequence-specific oligonucleotide probes // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1989. - V.86. - P.6230-6234.

251. Salin H., Vujasinovic T., Mazurie A., Maitrejean S., Menini C., Mallet J., Dumas S. A novel sensitive microarray approach for differential screening using probes labelled with two different radioelements // Nucleic Acids Res. -2002. V.30. - P.el7.

252. Samaniego L.A., Neiderhiser L., DeLuca N.A. Persistence and expression of the Herpes Simplex Virus genome in the absence of immediate-early proteins. // J. Virol. 1998. - V.72. - P.3307-3320.

253. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. 2nd ed. N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, 1989.

254. Sanger F., Niclein S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1977. - V.74. - P.5463-5467.

255. Sarkar G., Cassady G., Bottema C.D.K, Sommer S.S. Characterization of polymerase chain reaction amplification of specific alleles. // Anal. Biochem.- 1990. V.186. - P.64-68.

256. Savitzky A., Golay M.J. Smoothing and differentiation of data by simplified least squares procedures. // Anal. Chem. 1964. - V.36. - P.1627-1639.

257. Schillinger U., Yousif N.M.K., Sesar L., Franz C.M.A.P. Use of group-specific and RAPD-PCR analyses for rapid differentiation of Lactobacillus strains from probiotic yogurts // Cur. Microbiol. 2003. - V.47. - P.453-456.

258. Schmittgen T.D. Real-time quantitative PCR. // Methods. 2001. - V.25. -P.383-385.

259. Schraittgen T.D., Zakrajsek B.A. Effect of experimental treatment on housekeeping gene expression: validation by real-time, quantitative RT-PCR. // J. Biochem. Biophys. Methods. 2000. - V.46. - P.69-81.

260. Selvin P.R. Fluorescence resonance energy transfer. // Methods Enzymol. -1995. V.246. - P.300-334.

261. Shibuya H., Hirohata S. Differential effects of IFN-a on the expression of various TH2 cytokines in human CD4+ T cells // J. Allrgy Clin. Immun. -2005. V.116. -P.205-212.

262. Sia I.G. and Pate R. New strategies for prevention and therapy of Cytomegalovirus infection and disease in solid-organ transplant recipients. // Clin. Microbiol. Rev. 2000. - V.13. - P.83-121.

263. Siddiqui A., Kerb R., Weale M.E., Brinkmann U., Smith A., Goldstein D.B., Wood N.W., Sisodiya S.M. Association of multidrug resistance in epilepsy with a polymorphism in the drug-transporter gene ABCB1. //N.Engl. J. Med. 2003. - V.348. - P.1442-1448.

264. Silverberg M.S., Cho J.H., Rioux J.D. et al. Ulcerative colitis-risk loci on chromosomes lp36 and 12ql5 found by genome-wide association study // Nat. Genet. 2009. - V.41. - P.216-220.

265. Simeonov A., Nikiforov T.T. Single nucleotide polymorphism genotyping using short, fluorescently labeled locked nucleic acid (LNA) probes and fluorescence polarization detection // Nucleic Acids Res. 2002. — V.30. -P.e91.

266. Simon A.K., Seipelt E., Sieper J. Divergent T-cell cytokine patterns in iflammatory arthritis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. - V.91. - P.8562-8566.

267. Smith J.S., Robinson N.J. Age-specific prevalence of infection with herpes simplex virus types 2 and 1: a global review. // J. Infect. Dis. 2002/ - V.186. - P.S3-28.

268. Solinas A., Brown L.J., McKeen C., Mellor J.M., Nicol J., Thelwell N., Brown T. Duplex Scorpion primers in SNP analysis and FRET application. // Nucleic Acid Res. 2001. - V.29. - P.e96.

269. Sommer R., Tautz D. Minimal homology requirements for PCR primers. // Nucleic Acids Res. 1989. - V.17. - P.6749.

270. Spruance S.L. Pathogenesis of herpes simplex labialis: excretion of virus in the oral cavity. // J. Clin. Microbiol. 1984. - V.19. - P.675-679.

271. Stevens J.G. Human herpesviruses: a consideration of the latent state. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1989. - V.53. - P.318-332.

272. Stevens J.G. Overview ofherpesvirus latency. // Sem. Virol. 1994. - V.5. -P.191-196.

273. Stowe R.P., Kozlova E.V., Yetman D.L., Walling D.M, Goodwin J.S., Glaser R. Chronic Herpesvirus Reactivation Occurs in Aging. // Exp. Gerontol. -2007. V.42. - P.563-570.

274. Sundqvist V.A., Linde A., Wahren B. Virus-specific immunoglobulin G subclasses in herpes simplex and varicella-zoster virus infections. // J. Clin. Microbiol. 1984. - V.20. - P.94-98.

275. Szilvasi A., Andrikovics H., Kalmar L., Bors A., Tordai A. Asymmetric PCR increases efficiency of melting peak analysis on the LightCycler // Clin. Biochem. 2005. - V.38. - P.727-730.

276. Taillon-Miller P., Gu Z., Li Q., Hillier LaD., Kwokl P.-Y. Overlapping Genomic Sequences: A Treasure Trove of Single-Nucleotide Polymorphisms. // Genome Res. 1998. - V.8. - P.748-754

277. Taillon-Miller P., Pernot E.E., Kwok P-Y. Efficient approach to unique single-nucleotide polymorphism discovery. // Genome Res. 1999. - V.9. -P.499-505.

278. Tait K.F., Gough S.C.L. The genetics of autoimmune endocrine disease // Clin. Endocrinol. 2003. - V.59. - P.l-11.

279. Teo I.A., Choi J.W., Morlese J., Taylor G., Shaunak S. LightCycler qPCR optimization for low copy number target DNA. // J. Immunol. Methods. -2002. V.270. - P.119-133.

280. Thelwell N., Millington S., Solinas A., Booth J., Brown T. Mode of action and application of Scorpion primers to mutation detection. // Nucleic Acis Res. 2000. - V.28. - P.3752-3761.

281. Thorsby E., Lie BA. HLA associated genetic predisposition to autoimmune diseases: Genes involved and possible mechanisms // Transpl. Immunol. -2005. — V.14. PH75-182.

282. Todd J.A., Walker N.M., Cooper J.D. et al. Robust associations of four new chromosome regions from genome-wide analyses of type 1 diabetes // Nat. Genet. 2007. - V.39. - P.857-864.

283. Tong H.H., Long J.P., Shannon P.A., DeMaria T.F. Expression of cytokine and chemokine genes by human middle ear epithelial cells induced by Influenza A virus and Streptococcus pneumoniae opacity variants. // Infect. Immun. 2003. - V.71. - P.4289-4296.

284. Tsourkas A., Behlkel M.A., Rose S.Dl, Bao G. Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons // Nucleic Acids Res. 2003 - V.31 -P.1319-1330.

285. Tsuji K., Aizava M., Sasazuki T. HLA 1991. Proceedings of the Eleventh International Histocompability Workshop and Conference. // Oxford University Press. -1992. Vol. I, II.

286. Tyagi S., Bratu D.P., Kramer F.R. Multicolor molecular beacons for allele discrimination. // Nat. Biotechnol. 1998. - V.16. - P.49-53.

287. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization. // Nat. Biotechnol. 1996. - V.14. - P.303-308.

288. Tyagi S., Marras S.A.E., Kramer F.R. Wavelength-shifting molecular beacons // Nat. Biotechnol. 2000. - V.18. - P.1191-1196.

289. Ulmanen I., Halonen M., Ilmarinen T., Peltonen L. Monogenic autoimmune diseases lessons of self-tolerance // Curr Opin Immunol. - 2005. - V.17. -P.609-615.

290. Valdes A.M., Thomson G., Graham J., et al. D6S265*15 marks a DRB1*15, DQB1*0602 haplotype associated with attenuated protection from type 1 diabetes mellitus // Diabetologia. 2005. - V.48. - P.2540-2543.

291. Van Kaer L., Ashton-Rickardt P.G., Eichelberger M., et al. Altered peptidase and viral-specific T cell response in LMP2 mutant mice // Immunity. 1994. - V.l. - P.533-541.

292. Van Limbergen J., Wilson D.C., Satsangi J. The genetics of Crohn's disease // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2009. - V.10. - P.89-116

293. Van Roon J.A., van Roy J.L., Duits A., Lafeber F.P., Bijlsma J.W. Proinflammatory cytokine production and cartilage damage due to rheumatoid synovial T-helper-1 activition is inhibited by interleukin-4. // Ann. Rheum. Dis. 1995. - V.54. - P.836-840.

294. Venter J.C, Adams M.D., Myers E.W., et al. The sequence of the human genome. // Science. 2001. - V.291. - P.1304-1351.

295. Walter N.G., Burke J.M. Real-time monitoring of hairpin ribozyme kinetics through base-specific quenching of fluorescein-labeled substrates. // RNA. -1997. V.3. - P.392-404.

296. Wang J., Wicker L.S., Santamaría P. IL-2 and its high-affinity receptor: Genetic control of immunoregulation and autoimmunity// Semin. Immunol. -2009. Epub. ahead of print.

297. Wang T., Brown M.J. mRNA quantification by real time TaqMan polymerase chain reaction: validation and comparison with RNase protection. // Anal. Biochem. 1999. - V.269. - P.198-201.

298. Webb D.C., Mahalingam S., Cai Y., Matthaei K.I., Donaldson D.D., Foster P. S. Antigen-specific production of interleukin (IL)-13 and IL-5 co-operate to mediate IL-4Ra-independent airway hyperreactivity. // Eur. J. Immunol. -2003. V.331 - P.3377-3385.

299. Weidmann M., Meyer-Kónig U., Hufert F.T. Rapid detection of Herpes Simplex Virus and Varicella-Zoster Virus infections by real-time PCR. // J. Clin. Microbiol. 2003. - V.41. - P.1565-1568.

300. Weiner M.P., Hudson T.J. Introduction to SNPs: discovery of markers for disease. // Biotechniques. 2002. - Suppl:4-7. - 10. -12-3.

301. Weis J.H., Tan S.S., Martin B.K., Wittwer C.T. Detection of rare mRNAs via quantitative RT-PCR. // Trends Genet. 1992. - V.8. - P.263-264.

302. Welch P.J., Wang J.Y.J. Coordinated synthesis and degradation of CDC2 in the mammalian cell cycle // PNAS. 1992. - P3093-3097.

303. Westendorp R.G.J., Langermans J.A.M., Huizinga T.W.J., Elouali A.H., Verweij C.L., Boomsma D.I., Vandenbrouke J.P. Genetic influence on cytokine production and fatal meningococcal disease. // Lancet. 1997. -V.349. - P.170-173.

304. Whitcombe D., Brownie J., Gillard H.L., McKechnie D., Theaker J., Newton C.R., Little S.A. Homogeneous fluorescence assay for PCR amplicons: its application to real-time, single-tube genotyping. // Clin. Chem. 1998. -V.44. - P.918-923.

305. Whitcombe D., Theaker J., Guy S.P., Brown T., Little S. Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence. // Nat. Biotechnol. — 1999.-V.17.-P.804-807.

306. Wilhelm J., Pingoud A., Hahn M. SoFAR: software for fully automatic evaluation of real-time PCR data. // Biotechniques. 2003. - V.34. - P.324-332.

307. Winn-Deen E.S. Direct fluorescence detection of allele-specific PCR products using novel energy-transfer labeled primers // Mol. Diagn. 1998. - V.3. -P.217-222.

308. Xu J., Wagoner G., Douglas J.C., Drew P.D. Liver X receptor agonist regulation, of Thl7 lymphocyte function in autoimmunity// Lcukoc. Biol. — 2009. V.86. - P.401 -409.

309. Yamamoto Y.r Qkubo S., Klein T.W., Onozaki K., Saito T., Friedman H. Binding; of Legionella pneumophila to macrophages increases cellular cytokine mRNA. // Infect. Immun. 1994. - V.62. - P.3947-3956.

310. Yoshida T., Deguchi T., Ito M., Maeda S.-I., Tamaki M., and Ishiko H: Quantitative detection of Mycoplasma genitalium from first-pass urine of men with Urethritis and asymptomatic men by real-time PCR. // J. Clin. Microbiol. ^ 2002:-Pil451-1455.

311. Zanelli E., Breedvcld F.C., de Vries R.R.P. HLA association with autoimmune disease: a failure to protect? // Rheumatology. 2000. - V.39. -P.l 060-1066.

312. Zhang X.J., Huang W., Yang S. et al. Psoriasis genome-wide association study identifies susceptibility variants within LCE gene cluster at lq21 // Nat; Genet. 2009. - V.41. - P,205-210:.

313. Zhou X., Bent S.J. Schneider M.G;, Davis C.C., Islam M R. Forney L.J. Characterization of vaginal microbial communities in adult healthy women using cultivation-independent methods. // Microbiology. 2004. - V.150. — P.2565-2573.i