Система генов транспорта кремниевой кислоты у представителей диатомовых водорослей рода Synedra Ehrenberg тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат наук Марченков Артём Михайлович
Марченков Артём Михайлович
кандидат наук
2019
- Специальность ВАК РФ03.01.07
- Количество страниц 154
Оглавление диссертации кандидат наук Марченков Артём Михайлович
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Кремний в окружающей среде
1.2. Общая характеристика диатомей
1.3. Биосилификация у диатомей
1.4. Автополимеризация кремниевой кислоты и формирование клеточной стенки диатомей
1.5. Гены, кодирующие белки транспорта кремния SIT
1.6. Гипотезы транспорта кремния в клетку диатомовых водорослей. . 23 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Объекты исследований
2.2. Выделение ДНК
2.3. Поиск генов sit-tdи sit-tri в геноме Synedra acus subsp. radians
2.4. Поиск генов мульти-sit в геноме Synedra ulna subsp. danica
2.5. Выделение суммарной РНК и синтез кДНК библиотек
2.6. Быстрая амплификация 5'-, 3'- кДНК концов (5'- и 3'- RACE-ПЦР) генов мульти-sit
2.7. Получение полноразмерных транскриптов генов sit-td и sit-tri Synedra acus subsp. radians
2.8. Подготовка химически компетентных клеток
2.9. Очистка ПЦР фрагментов и измерение концентрации ДНК
2.10. Лигирование ПЦР-продуктов и трансформация компетентных клеток Escherichia coli
2.11. Анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей
2.12. Филогенетический анализ
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Исследование генов мульти-sit у диатомеи Synedra acus subsp. radians
3.2. Обнаружение генов мульти-sit у диатомеи Synedra ulna subsp. danica
3.3. Сравнительный анализ мульти-SIT белков
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. Организация мульти-sit генов
4.2. Мульти-SIT белки и «зрелые» белки SIT диатомей
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
Приложение 1. Нуклеотидная последовательность контига
axSAfrepc37183 Synedra acus subsp. radians
Приложение 2. Структура праймеров для генов мульти-sit
Synedra acus subsp. radians
Приложение 3. Структура праймеров для генов мульти-sit
Synedra ulna subsp. danica
Приложение 4. Сравнение контига axSAf_rep_c37183, аннотированного на основе данных NGS генома Synedra acus subsp. radians, и контига axSAf_rep_c37183_cla,
уточненного с помощью метода Сэнгера
Приложение 5. Сравнение предсказанных аминокислотных последовательностей SIT-TRI, SIT-TD, SIT1'
Synedra acus subsp. radians
Приложение 6. Парное выравнивание последовательности контига axSAf_rep_c37183_cor, уточненного при помощи метода Сэнгера и
гена sitl
Приложение 7. Сравнение последовательностей фрагментов генов
sitl и sitl Synedra acus subsp. radians
Приложение 8. Матрица идентичности белков SIT: SaSIT-TD,
SaSIT-TRI, SuSITl, SuSIT2 и SuSIT3 между собой (%)
Приложение 9. Выравнивание нуклеотидных последовательностей
генов sit-td и sit-tri Synedra acus subsp. radians
Приложение 10. Выравненные аминокислотные последовательности фрагментов белков SIT, полученных разрезанием дуплицированных и
триплицированных предсказанных белков
Приложение 11 . Фрагмент выравнивания аминокислотных последовательностей предсказанных белков мульти-SIT
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
а.о. - аминокислотные остатки кДНК - комплементарная ДНК мРНК - матричная РНК ОРС - открытая рамка считывания
ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
п.н. - пары нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
СМ - световая микроскопия
СЭМ - сканирующая электронная микроскопия
ТМ - трансмембранные домены
ТЭМ - трансмиссионная электронная микроскопия
ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота
CMLD - мотив (цистеин-метионин-лейцин-аспарагиновая кислота)
DXDID - мотив (аспарагиновая кислота-любой а.о.-аспарагиновая кислота-
изолейцин-аспарагиновая кислота)
GFP - зеленый флуоресцентный белок (Green Fluorescent Protein) GXQ - мотив (глицин-любой а.о.-глутамин)
NGS - массовое параллельное секвенирование (Next Generation Sequencing)
RACE - метод определения кДНК концов (Rapid amplification of cDNA ends)
SDV - везикула отложения кремнезема (Silica Deposition Vesicle)
SIT - белок транспорта кремния (Silicon Transporter)
STV - везикула транспорта кремния (Silicon Transport Vesicle)
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная генетика», 03.01.07 шифр ВАК
Белки транспорта кремния SIT2012 год, кандидат биологических наук Петрова, Дарья Петровна
Структура и эволюция генома Synedra acus subsp. radians2018 год, кандидат наук Морозов, Алексей Анатольевич
Сравнительное исследование ультраструктуры диатомовых водорослей из разных классов методами световой и электронной микроскопии2010 год, кандидат биологических наук Бедошвили, Екатерина Джамбулатовна
Определение и анализ нуклеотидных последовательностей митохондриального и хлоропластного геномов диатомовой водоросли Synedra acus2012 год, кандидат биологических наук Галачьянц, Юрий Павлович
Половое воспроизведение, система скрещивания и биогеография представителей рода Ulnaria (Kützing) Compère (Bacillariophyta)2022 год, кандидат наук Подунай Юлия Александровна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Система генов транспорта кремниевой кислоты у представителей диатомовых водорослей рода Synedra Ehrenberg»
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы. Диатомовые водоросли (Bacillariophyta) -это одна из самых многочисленных и экологически важных групп фитопланктона. Диатомеи обеспечивают 20 % первичной продукции органического углерода Земли [Treguer et al., 1995; Treguer et al., 2018] и играют ведущую роль в биогеохимическом цикле кремния [Nelson et al., 1995]. Кремний используется диатомеями для строительства видоспецифически орнаментированных экзоскелетов из кремнезема. Биосилификация встречается и у других организмов, относящихся к разным таксонам [Müller et al., 2003]. Одной из ключевых проблем биосилификации являются механизмы захвата кремния из окружающей среды и его транспорта внутрь клетки. Наибольший прогресс в изучении данного процесса достигнут у диатомей, хотя многие вопросы остаются неизвестными. В 1997 г. было открыто семейство из пяти генов, кодирующих белки транспорта кремния (silicon transporter, SIT) у морской пеннатной шовной диатомеи Cylindrotheca fusiformis Reimann et Lewin [Hildebrand et al., 1997; Hildebrand, Dahlin, Volcani, 1998]. Второй диатомеи, у которой был обнаружен ген sit, была Synedra acus [Грачев и др., 2002]. К настоящему времени расшифровано свыше 400 генов sit из более чем 100 видов диатомей [Durkin et al., 2016]. Зачастую в геномах диатомей имеются по несколько паралогичных генов протяжённостью 1500-1800 п.н. [Hildebrand, Dahlin, Volcani, 1998; Thamatrakoln, Alverson, Hildebrand, 2006; Sapriel et al., 2009]. Гены sit идентифицированы у широкого круга организмов из разных таксонов: хризофитовых [Лихошвай и др., 2006], хоанофлагеллят [Marron et al, 2013], гаптофитовых водоро^ей [Durak et al., 2016], веслоногого рачка Calanus finmarchicus Gunnerus, многощетинковых червей, ризарий, радиолярий, инфузорий и цианобактерий [Durkin et al., 2016; Marron et al., 2016]. Белки SIT имеют 10 трансмембранных доменов
(ТМ) [Hildebrand, 2000; Thamatrakoln, Hildebrand, 2005; Sapriel et al, 2009; Durkin et al., 2016], один консервативный мотив CMLD [Грачев и др., 2002; Щербакова и др., 2005; Grachev et al., 2005] и четыре консервативных мотива GXQ [Thamatrakoln, Alverson, Hildebrand, 2006].
В результате анализа данных транскриптома диатомеи Pseudo-nitzschia multiseries (Hasle) Hasle впервые был обнаружен ген sit (мульти-sit) длиной 4548 п.н. Соответствующая ему аминокислотная последовательность имеет три слитых друг с другом «зрелых» белка SIT [Durkin et al, 2012]. Под предсказанным «зрелым» белком SIT подразумевается внутренняя наиболее консервативная часть белка SIT, содержащая все высококонсервативные а.о. , которые присутствуют у белков SIT и могут принимать непосредственное участие в транспорте кремниевой кислоты через мембрану.
В результате аннотации данных массового параллельного секвенирования ядерного генома S. acus subsp. radians (Kütz.) Skabitsch., полученных на платформах 454/Roche GS FLX и Illumina MiSeq, был идентифицирован ген sit2 [Петрова, 2012]. Так как ОРС гена sit2 была незавершенной на 5'- конце, стартовый кодон отсутствовал, это свидетельствовало о том, что данная последовательность не является полноразмерным геном. Для дальнейших структурно-функциональных исследований белков SIT необходимы данные о полноразмерных последовательностях генов, кодирующих данные белки.
Цель настоящей работы - определение полноразмерных последовательностей мульти-sit генов у пресноводных пеннатных диатомовых водорослей S. acus subsp. radians и S. ulna subsp. danica. Были поставлены следующие задачи:
1. Секвенировать полноразмерные нуклеотидные последовательности мульти-sit генов у диатомей S. acus subsp. radians и S. ulna subsp. danica.
2. Установить взаимное расположение мульти-sit генов в геномах S. acus subsp. radians и S. ulna subsp. danica.
3. Провести сравнительный анализ белков SIT, состоящих из нескольких слитых друг с другом предсказанных «зрелых» белков.
Научная новизна. Впервые определены нуклеотидные последовательности генов мульти-sit у пресноводных пеннатных бесшовных диатомовых водорослей Synedra acus subsp. radians и Synedra ulna subsp. danica. Впервые показано, что гены мульти-sit могут располагаться в одной хромосоме.
Практическая и теоретическая значимость работы. Полученные данные расширяют представления о генах sit у диатомовых водорослей. Полученные последовательности мульти-sit генов зарегистрированы в базе данных GenBank и могут быть использованы для поиска генов sit у других силифицирующих организмов и определения путей их эволюции. Полученные результаты о нуклеотидных последовательностях мульти-sit генов позволяют планировать проведение дальнейших исследований по их экспрессии в гетерологичной системе и эксперименты по идентификации и определению первичной структуры соответствующих белков в протеомах.
Основные положения диссертации, выносимые на защиту:
1. Мульти-sit гены пресноводных пеннатных диатомей рода Synedra относятся к новой малоизученной группе генов sit и потенциально способны кодировать слитые белки SIT, состоящие из нескольких «зрелых» белков.
2. В геноме диатомеи Synedra acus subsp. radians два мульти-sit гена располагаются в одной хромосоме. В геноме Synedra ulna subsp. danica - три мульти-sit гена, два из которых полностью идентичны и располагаются в одной хромосоме.
3. Мульти-SIT белки состоят из 2 или 3 слитых друг с другом «зрелых» белков SIT, на границах которых расположены консервативные мотивы
(DXDID), которые являются гипотетическими сайтами протеолиза при посттрансляционном созревании белка. Личный вклад автора. Автор принимал непосредственное участие в планировании и проведении работы. Все результаты за исключением получения моноклональных культур диатомовых водорослей получены лично автором либо при его непосредственном участии в ходе коллективных работ. Статьи по результатам проведенных работ подготовлены в соавторстве и опубликованы в рецензируемых изданиях.
Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на VI-ом Всероссийском с международным участием конгрессе молодых ученых «Симбиоз России 2013» (Иркутск, 2013), VII-ой Международной школе молодых учёных по молекулярной генетике «Геномика и биология живых систем» (Москва, 2016), IV-ой Международной конференции молодых ученых: биотехнологов, молекулярных биологов и вирусологов (Новосибирск, 2017).
Список публикаций по теме диссертации:
1. Галачьянц Ю.П., Захарова Ю.Р., Петрова Д.П., Морозов А.А., Сидоров И.А., Марченков А.М., Логачева М.Д., Маркелов М.Л., Хабудаев К.В., Лихошвай Е.В., Грачев М.А. Определение нуклеотидной последовательности полного генома бесшовной пеннатной диатомеи Synedra acus subsp. radians из озера Байкал // Доклады Академии наук. 2015. Т. 461. С. 348-352.
2. Марченков А.М., Бондарь А.А., Петрова Д.П., Хабудаев К.В., Галачьянц Ю.П., Захарова Ю.Р., Волокитина Н.А., Грачев М.А. Необычная конфигурация генов белка транспорта кремния у пресноводной пеннатной диатомеи Synedra acus subsp. radians // Доклады Академии наук. 2016. Т. 471. № 2. С. 238-240.
3. Marchenkov A.M., Petrova D.P., Morozov A.A., Zakharova Y.R., Grachev M.A., Bondar A.A. A family of silicon transporter structural genes in a pennate
diatom Synedra ulna subsp. danica (Kütz.) Skabitsch. // PLOS ONE. 2018. V. 13. No. 8. P. e0203161.
Благодарности. Автор глубоко признателен своему научному руководителю академику М.А. Грачеву за постановку цели и задач, к.х.н. А.А. Бондарю (ИХБФМ СО РАН) и к.б.н. Д.П. Петровой (ЛИН СО РАН) за неоценимую помощь во время работы, интерпретации и обсуждении результатов, к.б.н. А.А. Морозову (ЛИН СО РАН) за помощь в анализе полученных данных, ценные советы и замечания, к.б.н. Ю.Р. Захаровой и Н.А. Волокитиной (ЛИН СО РАН) за предоставления биомассы клеток, к.б.н. Ю.П. Галачьянцу (ЛИН СО РАН) за предоставление полногенномных данных S. acus subsp. radians, К.В. Хабудаеву (ЛИН СО РАН) за аннотацию генов, д.б.н. Е.В. Лихошвай за ценные замечания и помощь в оформлении диссертации. Автор выражает искреннюю благодарность сотрудникам отдела ультраструктуры клетки (ЛИН СО РАН) и ЦКП «Геномика» (ИХБФМ СО РАН).
Работа выполнена в рамках тем бюджетного финансирования № 03452014-0006 «Экспериментальные исследования геномов и протеомов», 0345 -2016-0005 «Экспериментальные исследования геномов и протеомов биоты пресноводных экосистем» и поддержана программой Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», проект № 0345-2015-0031.
Структура и объём работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и обсуждения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в которые входит 125 ссылок. Работа изложена на 154 страницах машинописного текста и содержит 29 иллюстраций, 4 таблицы и 11 приложений.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Кремний в окружающей среде
Кремний является вторым по распространенности элементом в литосфере и вместе с кислородом составляет около 50-70 % от массы всей земной коры [Ma et al., 2008]. В Мировом океане в начале фанерозоя (542 млн лет назад) концентрация кремниевой кислоты составляла около 1 мМ [Siever, 1991; Maliva, Knoll, Simonson, 2005]. По одной из гипотез, после появления диатомей в Мировом океане (около 250 млн лет назад), концентрация кремниевой кислоты начала стремительно уменьшаться [Conley et al, 2017].
Кремний доступен для живых организмов в виде ортосиликата, представляющего собой мономер ортокремниевой кислоты. Он является одним из важных биогенных элементов и широко используется диатомеями, хризофитовыми, губками, силикофлагеллятами, радиоляриями, хоанофлагеллятами, высшими растениями и другими организмами для построения оболочек клеток и придания прочности тканям и скелетам [Iler, 1979; Carlisle, 1981; Epstein, 1994; Knoll, 2003; Müller et al, 2003].
1.2. Общая характеристика диатомей
Диатомеи (Bacillariophyta) - фотосинтезирующие одноклеточные эукариотические организмы, которые являются доминирующей группой фитопланктона в Мировом океане и обеспечивают до 20 % первичной продукции Земли, что сопоставимо с ролью тропических лесов [Field et al., 1998; Ragueneau et al., 2000; Treguer et al., 1995; Treguer et al., 2018]. Они вносят существенный вклад в круговорот кремния, который в среднем оценивается в 150-210 Тмоль в год [Nelson et al., 1995].
Панцирь диатомей состоит из двух отдельных половин (створок) -верхней (эпитеки) и нижней (гипотеки), соединенных друг с другом при помощи поясковых ободков (рис. 1).
Рисунок 1. Структура панциря диатомей: А - схема поперечного сечения створки диатомеи; Б - рисунок панциря пеннатной диатомеи Navícula pelliculosa (Kützing) Hilse в разрезе; В - СЭМ панциря центрической диатомеи Thalassiosira oestrupii Proschkina-Lavrenko ex Hasle; белые точки - ареолы в центре створки. Условные обозначения: С - нижние и верхние створки; Э - эпитека; Г - гипотека; ПО -поясковые ободки; А - ареолы; ЩШ - щель шва; ЦУ - центральный узелок
[Müller et al, 2003].
Во время клеточного деления две новые створки формируются внутри клетки «спина к спине» в SDV [Reimann, 1964; Drum, Pankratz, 1964], и вновь сформировавшиеся створки становятся гипотеками двух дочерних клеток. Родительская гипотека и эпитека становятся эпитеками двух дочерних створок, поэтому эпитека - старая часть панциря. Каждая створка пронизана отверстиями (ареолами и порами), через которые происходит взаимодействие клетки с окружающей средой, а также имеются шипы и выросты, с помощью которых клетки могут соединяться в колонии [Round, Crawford, Mann, 1990].
Диатомеи населяют весьма разнообразные экосистемы: моря, океаны, пресноводные реки, озера; могут жить на поверхности льда [Horner, 1985; Bondarenko et al., 2006] и в горячих источниках при температуре от 37 до 70 °С [Nikulina, Kociolek, 2011]. В больших количествах диатомеи
присутствуют в почвах, на коре растений и в других влажных биотопах [Mann, Crawford, Round, 2016].
Размер клеток диатомей варьирует в широком диапазоне, например, клетки Cymatosirales Round & R.M. Crawford имеют размер несколько микрометров [Hasle, von Stosch, Syvertsen, 1983], а длина клетки диатомей Thalassionema Grunow и Thalassiothrix Cleve & A. Grunow может составлять 5 мм и более [Mann, Crawford, Round, 2016].
Самые древние остатки пресноводных видов диатомей (Centropyxis aculeata Ehr., Centropyxis arcelloides Ehr., Arcella vulgaris Ehr., Arcella excavata Ehr.) обнаружены в отложениях в районе города Чамбы, штат Химачал-Прадеш, Индия, они относятся к пермскому периоду; их возраст оценивается 251-299 млн лет [Farooqui et al., 2015]. Используя метод молекулярных часов (molecular clock), было установлено возможное минимальное и максимальное время возникновения диатомей, которое оценивается 190-250 млн лет назад [Sato, 2008; Medlin, 2010].
В настоящее время ведутся дискуссии по поводу количества видов диатомей. В базе данных AlgaeBase содержится информация о 15383 современных и ископаемых видов диатомей (AlgaeBase, http://www.algaebase.org/browse/taxonomy/?id=139141, 2019 02 19). Однако некоторые авторы утверждают, что эти оценки существенно занижены, и приводят в пример изученные роды Pseudo-nitzschia H. Peragallo и Skeletonema Greville, количество видов в которых оценивают до 30 тыс., а также бентосных диатомей родов Sellaphora Mereschowsky и Brachysira Kütz., количество видов в которых может достигать 80 тыс. без учета криптических. С учетом криптических общее количество видов диатомей авторы оценивают от 100 до 200 тыс. [Mann, Vanormelingen, 2013].
На основе морфологии панциря диатомеи делятся на две большие группы: центрические, имеющие радиальную симметрию (класс Coscinodiscophyceae), и пеннатные с билатеральной симметрией (классы
Fragilariophyceae - бесшовные, Bacillariophyceae - шовные) [Round, Crawford, Mann, 1990].
Используя в качестве филогенетического маркера ген малой субъединицы РНК (SSU, 18S), диатомеи разделены на три клады, которые соответствуют классам: 1 - центрические (Coscinodiscophytina), 2a -мультиполярные центрические (Mediophyceae) и 2b - пеннатные (Bacillariophytina) [Medlin, Kaczmarska, 2004]. При молекулярно-филогенетическом анализе пеннатные диатомеи не формируют монофилетическую группу [Sims, Mann, Medlin, 2006; Theriot et al., 2010]. Некоторые исследователи предполагают, что это связано с тем, что стернумподобные структуры, являющиеся основой симметрии пеннатных диатомей, формировались независимо [Kooistra et al., 2008].
1.3. Биосилификация у диатомей
Впервые доказательство того, что клетки диатомей захватывают кремний из окружающей среды, получено в середине прошлого века [Lewin, 1954; 1955]. В последующих исследованиях показано, что транспорт кремния происходит с насыщением [Paasche, 1973; Azam, Hemmingsen, Volcani, 1974; Martin-Jezequel, Hildebrand, Brzezinski, 2000], что указывает на то, что данный процесс опосредован носителями белковой природы [Müller et al., 2003]. Проведены исследования с использованием радиоактивных изотопов кремния и германия, последний является аналогом кремния и более удобен для проведения экспериментальных работ [Azam, 1974; Azam, Hemmingsen, Volcani, 1974; Azam, Volcani, 1974]. Конкурентные эксперименты показали, что транспортируются оба элемента, величина константы диссоциации фермент-субстратного комплекса составляет 4,5 и 6,8 ^M для Si и Ge соответственно. Показано, что при значении константы ингибирования 2,2 ^M для германия он значительно влияет на поглощение Si [Azam, Hemmingsen, Volcani, 1974; Azam, Volcani,
1974]. Однако в природе концентрация германия настолько низка, что не оказывает существенного влияния на транспорт кремния. Показано, что химическая форма транспортирующегося кремния для большинства диатомей имеет неионизированную форму (Si(OH)4), которая является преобладающей в морской воде при pH 8,0 [Amo, Breezinski, 1999]. Однако отмечено, что некоторые из диатомей, например Phaeodactylum tricornutum Bohlin, могут также хорошо транспортировать ионизированную форму [SiO(OH)3-] [Reidel, Nelson, 1985].
При помещении клеток диатомей в бескремниевую среду их клеточный цикл задерживается между фазами G1/S до момента репликации ДНК [Dariey, Volcani, 19б9; Breezinski, Olson, Chisholm, 1990; Breezinski, Conley, 1994]. Показано, что у Navicula pelliculosa Bréb. транспорт кремниевой кислоты регулируется во время клеточного цикла и индуцируется непосредственно перед окремнением клеточной стенки в фазе G2/M [Sullivan, 1977; Chisholm, Eppley, Azam, 1978]. Перенос кремния в клетку быстро увеличивается, а затем останавливается и имеет характеристики, соответствующие ферментативным реакциям [Sullivan, 1977].
Первые данные о наличии растворенного внутриклеточного (пула) кремния у диатомей получены Вернером (Werner) в 1966 г. [цитируется по: Martin-Jézéquel, Hildebrand, Breezinski, 2000]. Для измерения количества
31
внутриклеточного кремния используют изотопы кремния и германия (31Si и ^Ge) [Azam, Hemmingsen, Volcani, 1974; Chisholm, Eppley, Azam, 1978], а также фотометрический метод, основанный на образовании кремне-молибденового комплексного соединения при взаимодействии кремневой кислоты с молибдатом аммония [Binder Chisholm, 1980; Martin-Jézéquel, Hildebrand, Breezinski, 2000; Claquin, Martin-Jézéquel, 2005]. Например, с использованием ^Ge показано, что концентрация кремния внутри клеток N. pelliculosa составляет 438 и 680 мМ [Sullivan, 1979]. Позднее показано, что концентрация внутриклеточного кремния может варьировать от 19 мМ
для Cylindrotheca fusiformis Reimann et Lewin до 340 мМ у Stephanopyxis turris Greville, Ralfs [Martin-Jézéquel, Hildebrand, Brzezinski, 2000]. Следует отметить, что внутриклеточные концентрации значительно выше концентрации кремниевой кислоты, при которой происходит её автополимеризация (2 мМ, pH < 9) [Iler, 1979]. Авторы работ предполагают, что в клетках кремний может быть частично полимеризованным или коллоидным [Azam, Hemmingsen, Volcani, 1974; Sullivan, 1979] и экстрагироваться в процессе подготовки проб, тем самым завышая данные о концентрации внутриклеточного пула [Сафонова и др., 2007].
Факторы окружающей среды, изменяя растворенный пул кремния, могут по-разному влиять на поглощение и включение кремния в створки диатомей [Sullivan, 1980]. Свет и биогенный азот также влияют на поглощение и включение кремния, однако механизмы этого влияния точно не установлены. Известно, что низкая освещенность увеличивает размер растворенного пула кремния у Coscinodiscus granii Gough [Taylor, 1985].
В ряде работ показано влияние ионов некоторых металлов на поглощение кремния, но остается неясным, прямо или косвенно происходит это процесс. При исследовании Thalassiosira weissflogii (Grun.) Fryxell et Hasle высказано предположение, что Zn2+ непосредственно оказывает воздействие на систему поглощения кремния [De La Rocha et al., 2000]. Отмечено, что на метаболизм кремния у диатомей оказывает токсическое воздействие медь. Так, морские виды Skeletonema costatum (Grev.) Gleve и Thalassiosira pseudonana (Hust.) Hasle and Heimdal демонстрируют замедление скорости роста в присутствии меди, однако при увеличении концентрации кремния происходит уменьшение этого токсического эффекта [Morel, Rueter, Morel, 1978].
Показано, что воздействие большой концентрации меди и цинка на диатомею Asterionella japonica Cleve вызывает уменьшение скорости деления, а также заметное увеличение размера клеток, при этом в одном панцире часто можно обнаружить два протопласта. Внутриклеточная
концентрация кремния при этом не увеличивается, подтверждая уменьшение поглощения кремниевой кислоты [Fischer, Jones, Nelson, 1981]. Культивирование диатомей при повышенной концентрации алюминия не показало влияния этого металла на транспорт кремния [Thomas, Hollibraugh, Seibert, 1980; Gensemer, 1990].
1.4. Автополимеризация кремниевой кислоты и формирование
клеточной стенки диатомей
В процессе изучения морфогенеза створок у морских видов диатомей Thalassiosira eccentrica (Ehr.) Cleve; Coscinodiscus wailesii Gran and Angst; Gomphonema parvulum (Kütz.) Kütz. авторами были отмечены электронно-плотные везикулы, прилегающие к везикулам отложения кремнезема (SDV) [Dawson, 1973; Schmid, Schulz, 1979; Schmid, Volcani, 1983]. Было выдвинуто предположение, что эти везикулы переносят кремний, и они были названы везикулами транспорта кремния (STV) (рис. 2) [Schmid, Schulz, 1979].
Б 1 цт
Рисунок 2. Ультратонкие срезы клетки Thalassiosira eccentrica: А - ранняя стадия формирования ареол; Б - пузырек, соединяющийся с силикалеммой и перемещающий ее темное содержимое в SDV. Cr - крибрум, M - митохондрия, F - часть биогенного кремнезема, которая сливается с SDV. ТЭМ
[Schmid, Schulz, 1979].
Авторы предполагают, что STV содержат полимеры кремниевой кислоты в неконденсированной (неплотной) форме, поэтому они являются электронно-прозрачными для ТЭМ [Pickett-Heaps, Shcmid, Edgar, 1990; Gordon, Drum, 1994]. Следует отметить, что для того чтобы в везикулах кремниевая кислота находилась в растворенном состоянии, должен поддерживаться постоянно высокий уровень pH [Hildebrand, 2000].
Цитоскелет у диатомей, как и у других эукариотических организмов, играет важную роль при делении клетки, а у диатомей еще и участвует в морфогенезе створки. Показано, что ингибирование полимеризации основных белков цитоскелета, тубулина и актина, приводит к различным нарушениям морфогенеза створки [Cohn, Nash, Pickett-Heaps, 1989; van de
Meene, Pickett-Heaps, 2002; Kharitonenko, Bedoshvili, Likhoshway, 2015; Бедошвили, Гнеушева, Лихошвай, 2017]. Для многих диатомей доказана важная роль в морфогенезе створки не только микротрубочек, но и особой структуры, выполняющей роль центриолей у диатомей, -микротрубочкового центра [Pickett-Heaps, Wetherbee, Hill, 1988; Pickett-Heaps et al, 1988; Schmid, Eberwein, Hesse, 1996; Pickett-Heaps, 1998; van de Meene, Pickett-Heaps, 2002].
В настоящее время активно развивается направление по изучению белков и длинноцепочечных полиаминов, входящих в состав структур из биогенного кремнезема [Kröger, Deutzmann, Sumper, 2001; Lechner, Becker, 2015; Kotzsch et al., 2016]. Как показано в ряде работ, такие белки и полиамины способствуют осаждению кремнезема in vitro [Kröger, Sandhage, 2010; Kröger, Brunner, 2014]. Недавно открыты новые мембранные белки диатомей, вовлеченные в биоминерализацию кремния, - силацидин [Richthammer et al., 2011; Kirkham et al., 2017] и силиканин [Kotzsch et al., 2017].
1.5. Гены, кодирующие белки транспорта кремния SIT
В 1997 г. Марком Хильдебрантом (Mark Hildebrand) с соавторами была определена нуклеотидная последовательность гена sit1, кодирующего белок транспорта кремния SIT1 у морской каналошовной пеннатной диатомеи Cylindrotheca fusiformis Reimann et Lewin, с предсказанной аминокислотной последовательностью протяжённостью в 548 а.о. [Hildebrand et al., 1997]. Вскоре было обнаружено, что в геноме C. fusiformis гены sit представлены пятью паралогами sit1-5, которые были отнесены к новому семейству генов [Hildebrand, Dahlin, Volcani, 1998]. Доказательство того, что SIT выполняет функцию транспорта кремневой кислоты, было получено в экспериментах по изучению экспрессии гена в ооцитах Xenopus laevis. Авторы анализировали уровень поглощения изотопа
германия как аналога кремния [68Ge(OH)4]. Поглощение 68Ge в контроле с ооцитами было незначительным, что позволило пренебречь им как фоновым, однако в ооцитах с инъекцией мРНК наблюдалось значительное увеличение поглощения (в 84 раза выше, чем фон) [Hildebrand et al., 1997; Hildebrand, Dahlin, Volcani, 1998].
В настоящее время не определена функциональная роль каждого из белков семейства SIT C. fusiformis, однако измерения количества мРНК показывают различную экспрессию этих генов во время формирования клеточной стенки. Так, sit3 имел самый низкий уровень экспрессии по сравнению с другими паралогами: sit5 (1,2 х sit3), sit1 (7,1 x sit3), sit2 (8,6 x sit3) и sit4 (24 x sit3), за исключением sit1, наивысший уровень экспрессии которого был достигнут через 2 ч. 20 мин. после добавления кремния к культуре, синхронизированной голоданием по кремнию и отсутствием света. Отмечено, что уровень экспрессии 5, 3, 2 и 4 генов sit очень сходен и, возможно, их работа координируется. Высказано предположение, что эти гены регулируются координировано, однако sit1 не соответствует этой системе, имея более длительный период с высоким уровнем экспрессии. Авторы высказали предположение, что белки SIT C. fusiformis имеют различную внутриклеточную локализацию [Hildebrand, Dahlin, Volcani, 1998].
Оценен уровень экспрессии генов sit Thalassiosira pseudonana (Hustedt) Hasle et Heimdal на синхронизированной культуре и определено время стадий формирования створок и поясковых ободков [Thamatrakoln, Hildebrand, 2007]. На бескремниевой среде у клеток в течение 24 ч. останавливается клеточный цикл на стадии G1 . После добавления кремния в среду клеточный цикл продолжается, и в течение трех часов происходит синтез поясковых ободков. В S-фазе (3-4 ч.) синтез поясковых ободков прекращается. Деление клетки и синтез створок происходят между 4-6 ч., хотя это время может отличаться у разных синхронизированных культур. Время синтеза створок у синхронизированной культуры оценивают с
помощью флуоресцентной микроскопии, используя красители родамин 123 (Rhodamine 123) или ПДМФО (PDMPO), а также измеряют уменьшение концентрации кремниевой кислоты в среде культивирования [Hildebrand, Frigeri, Davis, 2007]. Во время синтеза поясковых ободков она оценивается от 4 фмоль х кл. -1 х ч.-1 до 20 фмоль х кл. -1 х ч.-1 во время синтеза створки и 4 фмоль х кл. -1 х ч.-1 во время второй фазы синтеза поясковых ободков. Синхронизация T. pseudonana не останавливает их клеточный цикл на одной стадии у всех клеток, как правило, 80 % клеток остаются на стадии G1, а остальные 20 % - в G2 + M [Hildebrand, Frigeri, Davis, 2007]. Уровень экспрессии белка SIT и степень поглощения кремния не коррелируют между собой. Уровень экспрессии белка SIT в двух временных периодах 0,5-2,5 ч. и 5-8 ч. существенно не различается, однако концентрация кремниевой кислоты в среде уменьшается, а также увеличивается поглощение изотопов 68Ge в 5 раз. При сравнении общего и пикового поглощения авторы предполагают, что клетки способны поглощать в 7,5 раз больше кремния, чем происходит на самом деле. На основе полученных данных выдвинуто предположение, что в клетках происходит регуляция активности белков SIT [Thamatrakoln, Hildebrand, 2007].
Для того чтобы идентифицировать другие белки кроме SIT и силаффинов, которые участвуют в формировании створок диатомей, проведен анализ транскриптома на синхронизированной культуре диатомеи T. pseudonana [Shrestha et al., 2012], авторы сравнили полученные результаты с данными о полном геноме этой диатомеи [Armbrust et al., 2004]. При использовании кластерного анализа показано, что экспрессия генов sit T. pseudonana происходит одновременно с 24 генами, включающими гены протеинкиназы, гликозилтрансферазы, хеликазы, цитратного транспортера, металопротеиназы, трипсин-подобной протеазы, гликозил-гидролазы, манозилтраснферазы и другие гены [Shrestha et al., 2012]. По мнению авторов [Shrestha et al., 2012], среди генов, экспрессирующихся одновременно с sit2 при культивировании
T. pseudonana на бескремниевой среде, является ген, подобный гену эффлюксного транспортера кремния у растений Lsi2.
Известно, что в поверхностных прибрежных водах морей и в океанах концентрация кремниевой кислоты меньше, чем в реках [Treguer et al., 1995; Katz et al., 2004], и было выдвинуто предположение, что нуклеотидные последовательности генов sit морских и пресноводных видов диатомей могут различаться. Для проверки этой гипотезы было выбрано 45 видов (26 морских и 19 пресноводных) из порядка Thalassiosirales. В результате филогенетического анализа наиболее консервативной части генов sit показано, что морские и пресноводные виды не формируют отдельные монофилетические клады [Alverson, Jansen, Theriot, 2007].
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная генетика», 03.01.07 шифр ВАК
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Марченков Артём Михайлович, 2019 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Бедошвили Е.Д., Гнеушева К.В., Лихошвай Е.В. Изменение кремнеземных створок диатомовой водоросли Synedra acus subsp. radians под действием паклитаксела // Цитология. 2017. Т. 59. № 1. С. 53-61.
2. Грачев М.А., Деникина Н.Н., Беликов С.И., Лихошвай Е.В., Усольцева М.В., Тихонова И.В., Адельшин Р.В., Клер С.А., Щербакова Т.А. Элементы активного центра белков транспорта кремниевой кислоты в диатомовых водорослях // Молекулярная биология. 2002. № 36. C. 679-681.
3. Лихошвай Е.В., Масюкова Ю.А., Щербакова Т.А., Петрова Д.П., Грачев М.А. Обнаружение гена транспорта кремниевой кислоты у хризофитовых водорослей // Доклады Академии наук. 2006. Т. 408. № 6. С. 845-849.
4. Морозов А.А. Структура и эволюция генома Synedra acus subsp. radians: дис. канд. биол. наук: 03.01.07 // Иркутск, 2018. 123 с.
5. Петрова Д.П. Белки транспорта кремния SIT: дис. канд. биол. наук: 03.01.03 // Иркутск, 2012. 137 с.
6. Петрова Д.П., Бедошвили Е.Д., Шелухина И.В., Самуков В.В., Корнева Е.С., Верещагин А.Л., Попкова Т.П., Карпышев Н.Н., Лебедева Д.В., Клименков И.В., Лихошвай Е.В., Грачев М.А. Обнаружения белка транспорта кремниевой кислоты в клетках пресноводной диатомеи Synedra acus методами иммуноблоттинга и иммуноэлектронной микроскопии // Доклады Академии наук. 2007. Т. 41. № 1. С. 113-116.
7. Поповская Г.И., Генкал С.И., Лихошвай Е.В. Диатомовые водоросли планктона озера Байкала. Атлас-определитель. 2-е изд., перераб. и доп. Новосибирск: Наука, 2011. 192 с.
8. Сафонова Т.А., Анненков В.В., Чебыкин Е.П., Даниловцева Е.Н., Лихошвай Е.В., Грачев, М.А. Нарушение морфогенеза элементов
кремнистого панциря диатомовой водоросли Synedra acus в присутствии германиевой кислоты // Биохимия. 2007. Т. 72. №. 11. С. 1548-1558.
9. Щербакова Т.А., Масюкова Ю.А., Сафонова Т.А., Петрова Д.П., Верещагин А.Л., Минаева Т.В., Адельшин Р.В., Трибой Т.И., Стоник И.В., Айздайчер Н.А., Козлов М.В., Лихошвай Е.В., Грачев М.А. Консервативный мотив CMLD в белках транспорта кремниевой кислоты у диатомовых водорослей // Молекулярная биология. 2005. № 39. C. 303-316.
10. Alverson A.J. Strong purifying selection in the silicon transporters of marine and freshwater diatoms // Limnology and Oceanography. 2007. V. 52. No. 4. P. 1420-1429.
11. Alverson A.J., Jansen R.K., Theriot E.C. Bridging the Rubicon: phylogenetic analysis reveals repeated colonizations of marine and fresh waters by thalassiosiroid diatoms // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2007. V. 45. No. 1. P. 193-210.
12. Amo Y.D., Brzezinski M.A. The chemical form of dissolved Si taken up by marine diatoms // Journal of Phycology. 1999. V. 35. Р. 1162-1170.
13. Armbrust E.V., Berges J.A., Bowler C., Green B.R., Martinez D., Putnam N.H., Zhou S., Allen A.E., Apt K.E., Bechner M., Brzezinski M.A., Chaal B. K., Chiovitti A., Davis A.K., Demarest M.S., Detter J.C., Glavina T., Goodstein D., Hadi M.Z., Hellsten U., Hildebrand M., Jenkins B.D., Jurka J., Kapitonov V.V., Kröger N., Lau W.W.Y., Lane T.W., Larimer F.W., Lippmeier J.C, Lucas S., Medina M., Montsant A., Obornik M., Parker M.S., Palenik B., Pazour G.J., Richardson P.M., Rynearson T.A., Saito M.A., Schwartz D.C., Thamatrakoln K., Valentin K., Vardi A., Wilkerson F.P., Rokhsar D.S. The genome of the diatom Thalassiosirapseudonana: ecology, evolution, and metabolism // Science. 2004. V. 306. P. 79-86.
14. Azam F. Silicic-acid uptake in diatoms studied with [68Ge] germanic acid as a tracer // Planta. 1974. V. 121. P. 205-212.
15. Azam F., Volcani B.E. Role of silicon in diatom metabolism.VI. Active transport of Germanic acid in the heterotrophic diatom Nitzschia alba // Archives of Microbiology. 1974. V. 101. P. 1-8.
16. Azam F., Hemmingsen B.B., Volcani B.E. Role of silicon in diatom metabolism V. Silicic acid transport and metabolism in the heterotrophic diatom Nitzschia alba // Archives of Microbiology. 1974. V. 97. P. 103-114.
17. Binder B.J., Chisholm S.W. Changes in the soluble silicon pool size in the marine diatom Thalassiosira weisflogii // Marine Biology Letters. 1980. V. 1. No. 4. P. 205-212.
18. Bondarenko N.A., Timoshkin O.A., Röpstorf P., Melnik N.G. The under-ice and bottom periods in the life of Aulacoseira baicalensis (K. Meyer) Simonsen, a principal Lake Baikal alga // Hydrobiologia. 2006. V. 568. P. 107-109.
19. Bowler C., Allen A.E., Badger J.H., Grimwood J., Jabbari K., Kuo A., Maheswari U., Martens C., Maumus F., Otillar R.P., Rayko E., Salamov A., Vandepoele K., Beszteri B., Gruber A., Heijde M., Katinka M., Mock T., Valentin K., Verret F., Berges J.A., Brownlee C., Cadoret J.P., Chiovitti A., Choi C.J., Coesel S., De Martino A., Detter J.C., Durkin C., Falciatore A., Fournet J., Haruta M., Huysman M.J., Jenkins B.D., Jiroutova K., Jorgensen R.E., Joubert Y., Kaplan A., Kröger N., Kroth P.G., La Roche J., Lindquist E., Lommer M., Martin-Jezequel V., Lopez P.J., Lucas S., Mangogna M., McGinnis K., Medlin L.K., Montsant A., Oudot-Le Secq M.P., Napoli C., Obornik M., Parker M.S., Petit J.L., Porcel B.M., Poulsen N., Robison M., Rychlewski L., Rynearson T.A., Schmutz J., Shapiro H., Siaut M., Stanley M., Sussman M.R., Taylor A.R., Vardi A., von Dassow P., Vyverman W., Willis A., Wyrwicz L.S., Rokhsar D.S., Weissenbach J., Armbrust E.V., Green B.R., van de Peer Y., Grigoriev I.V. The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes // Nature. 2008. V. 456. P. 239-244.
20. Brzezinski M.A., Conley D.J. Silicon deposition during the cell cycle of Thalassiosira weissflogii (Bacillariophycea) determined using dual rhodamine 123 and propidium iodide staining // The Journal of Physiology. 1994. V. 30. P. 45-55.
21. Brzezinski M.A., Olson R.J., Chisholm S.W. Silicon availability and cell-cycle progression in marine diatoms // Marine Ecology Progress Series. 1990. V. 67. P. 83-96.
22. Bukhtiyarova L.N., Compère P. New taxonomical combinations in some genera of Bacillariophyta // Algology. 2006. V. 16. No. 2. P. 280-283.
23. Carlisle E.M. Silicon in bone formation. Silicon and siliceous structures in biological systems. New York: Springer, 1981. P. 69-94.
24. Chisholm S.W., Eppley F., Azam R.W. Silicic acid incorporation in marine diatoms on light: dark cycles: use as an assay for phase cell division // Limnology and Oceanography. 1978. V. 23. P. 518-529.
25. Claquin P., Martin-Jézéquel V. Regulation of the Si and C uptake and of the soluble free-silicon pool in a synchronized culture of Cylindrotheca fusiformis (Bacillariophyceae): effect on the Si/C ratio // Marine Biology. 2005. V. 146. P. 877-886.
26. Cohn S., Nash J., Pickett-Heaps J. The effects of drugs on diatom valve morphogenesis // Protoplasma. 1989. V. 149. P. 130-143.
27. Conley D.J., Frings P.J., Fontorbe G., Clymans W., Stadmark J., Hendry K.R., Marron A.O., De La Rocha C.L. Biosilicification drives a decline of dissolved Si in the oceans through geologic time // Frontiers in Marine Science. 2017. V. 4. P. 1-19.
28. Cryns V., Yuan J. Proteases to die for // Genes and Development. 1998. V. 12. No. 11. P. 1551-1570.
29. Curnow P., Senior L., Knight M.J., Thamatrakoln K., Hildebrand M., Booth P.J. Expression, purification, and reconstitution of a diatom silicon transporter // Biochemistry. 2012. V. 51. No. 18. P. 1-10.
30. Darley W.M., Volcani B.E. Role of silicon in diatom metabolism: a silicon requirement for deoxyribonucleic acid synthesis in the diatom Cylindrotheca fusiformis Reimann and Lewin // Experimental Cell Research. 1969. V. 58. P. 334-342.
31. Dawson P. Observation of some forms of Gomphonema parvulum Kutz. III. Frustule formation // Journal of Phycology. 1973. V. 9. P. 353-365.
32. De La Rocha C.L., Hutchins D.A., Brzezinski M.A., Zhang, Y. Effects of iron and zinc deficiency on elemental composition and silica production by diatoms // Marine Ecology Progress Series. 2000. V. 195. P. 71-79.
33. Drum R.W., Pankratz S. Pyrenoids, raphes, and other fine structure in diatoms // American Journal of Botany. 1964. V. 51. P. 401-418.
34.Durak G.M., Taylor A.R., Walker C.E., Probert I., Vargas C., Audic S., Schroeder D., Brownlee C., Wheeler G. A role for diatom-like silicon transporters in calcify coccolithophores // Nature Communications. 2016. V. 7. P. 1-10
35. Durkin C.A., Marchetti A., Bender S.J., Truong T., Morales R., Mock T., Armbrust E. Frustule-related gene transcription and the influence of diatom community composition on silica precipitation in an iron-limited environment // Limnology and Oceanography. 2012. V. 57. No. 6. P. 1619-1633.
36. Durkin C.A., Koester J.A., Bender S.J., Armbrust E. The evolution of silicon transporters in diatoms // Journal of Phycology. 2016. V. 52. No. 5. P. 716731.
37. Epstein E. Silicon // Annual Reviews Plant Physiology and Plant Molecular Biology. 1994. V. 50. P. 641-664.
38. Farooqui A., Aggarwal N., Jha N., Phartiyal B. Oldest record of freshwater diatom frustules in tests of permian thecamoebians: faithfulness of sedimentary record // International Journal of Current Microbiology and Applied Sciences. 2015. V. 4. No. 7. P. 472-485.
39. Field C.B., Behrenfeld M.J., Randerson J.T., Falkowski P. Primary production of the biosphere: integrating terrestrial and oceanic components // Science. 1998. V. 281. No. 5374. P. 237-240.
40. Finn R.D., Coggill P., Eberhardt R.Y., Eddy S.R., Mistry J., Mitchell A.L., Potter S.C., Punta M., Qureshi M., Sangrador-Vegas A., Salazar G.A., Tate J., Bateman A. The Pfam protein families database: towards a more sustainable future // Nucleic Acids Research. 2016. V. 44. No. 1. P. 279-285.
41. Fischer N.S, Jones G.J, Nelson D.M. Effects of copper and zinc on growth, morphology, and metabolism of Asterionella japonica (Cleve) // Journal of Experimental Marine Biology and Ecology. 1981. V. 51. P. 37-56.
42. Gensemer R.W. Role of aluminium and growth rate on changes on cell size and silica content of silica-limited populations of Asterionella ralfsii var. americana (Bacillariophyceae) // Journal of Phycology. 1990. V. 26. P. 250258.
43. Gordon R., Drum R.W. The chemical basis of diatom morphogenesis // International Review of Cytology. 1994. V. 150. P. 243-372.
44. Grachev M., Sherbakova T., Masyukova Y., Likhoshway Y. A potential zinc-binding motif in silicic acid transport proteins of diatoms // Diatom Research. 2005. V. 20. No. 2. P. 409-411.
45. Grachev M.A., Annenkov V.V., Likhoshway Y.V. Silicon nanotechnologies of pigmented heterokonts // BioEssays. 2008. V. 30. P. 328-337.
46. Hall T.A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT // Nucleic Acids Symposium Series. 1999. V. 41. P. 95-98.
47. Hasle G.R., von Stosch H.A., Syvertsen E.E. Cymatosiraceae, a new diatom family // Bacillaria. 1983.V. 6. P. 9-156.
48. Hanahan D. Studies on transformation of Escherichia coli with plasmids // Journal of Molecular Biology. 1983. V. 166. P. 557-580.
49. Hanahan D., Jessee J., Bloom F.R. Plasmid transformation of Escherichia coli and other bacteria // Methods in Enzymology. 1991. V. 204. P. 63-113.
50. Hildebrand M. Silicic acid transport and its control during cell wall silicification in diatoms // Biomineralization: From Biology to Biotechnology and Medical Application. Edited by Edmund Bäuerlein. Weinheim: Wiley-VCH, 2000. P 159-176.
51. Hildebrand M. Dahlin K., Volcani B.E. Characterization of a silicon transporter gene family in Cylindrotheca fusiformis: sequences, expression analysis, and identification of homologs in other diatoms // Molecular Genetics and Genomics. 1998. V. 260. P. 480-486.
52. Hildebrand M., Frigeri L.G., Davis A.K. Synchronized growth of Thalassiosira pseudonana (Bacillariophyceae) provides novel insights into cell-wall synthesis processes in relation to the cell cycle // Journal of Phycology. 2007. V. 43. No. 4. P. 730-740.
53. Hildebrand M., Volcani B.E., Gassman W., Schroeder J.I. A gene family of silicon transporters // Nature. 1997. V. 385. P. 688-689.
54. Horner R.A. Ecology of sea ice microalgae // Sea Ice Biota. Edited by R.A. Horner. Boca Raton: CRC Press, 1985. P. 83-103.
55. Iler R.K. The chemistry of silica: solubility, polymerization, colloid and surface properties, and biochemistry. New York: Wiley, 1979. 896 p.
56. Jacobs J.D., Ludwig J.R., Hildebrand M., Kukel A., Feng T.Y., Ord R.W., Volcani B.E. Characterization of two circular plasmids from the marine diatom Cylindrotheca fusiformis: plasmids hybridize to chloroplast and nuclear DNA // Molecular Genetics and Genomics. 1992. V. 233. P. 302-310.
57. Kang L.K., Feng C.C., Chang J., Gong G.C. Diversity and expression of diatom silicon genes during a flood eventin the East china Sea // Marine Biology. 2015. V. 39. P. 270-281.
58. Katz M.E., Finkel Z.V., Grzebyk D., Knoll A.H., Falkowski P.G. Evolutionary trajectories and biogeochemical impacts of marine eukaryotic phytoplankton // Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics. 2004. V. 35. P. 523-556.
59. Keeling P.J., Burki F., Wilcox H.M., Allam B., Allen E.E., Amaral-Zettler L.A., Armbrust E.V., Archibald J.M., Bharti A.K., Bell C.J., Beszteri B., Bidle K.D., Cameron C.T., Campbell L., Caron D.A., Cattolico R.A., Collier J.L., Coyne K., Davy S.K., Deschamps P., Dyhrman S.T., Edvardsen B., Gates R.D., Gobler C.J., Greenwood S.J., Guida S.M., Jacobi J.L., Jakobsen K.S., James E.R., Jenkins B., John U., Johnson M.D., Juhl A.R., Kamp A., Katz L.A., Kiene R., Kudryavtsev A., Leander B.S., Lin S., Lovejoy C., Lynn D., Marchetti A., McManus G., Nedelcu A.M., Menden-Deuer S., Miceli C., Mock T., Montresor M., Moran M.A., Murray S., Nadathur G., Nagai S., Ngam P.B., Palenik B., Pawlowski J., Petroni G., Piganeau G., Posewitz M.C., Rengefors K., Romano G., Rumpho M.E., Rynearson T., Schilling K.B., Schroeder D.C., Simpson A.G., Slamovits C.H., Smith D.R., Smith G.J., Smith S.R., Sosik H.M., Stief P., Theriot E., Twary S.N., Umale P.E., Vaulot D., Wawrik B., Wheeler G.L., Wilson W.H., Xu Y., Zingone A., Worden A.Z. The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): illuminating the functional diversity of eukaryotic life in the oceans through transcriptome sequencing // PLOS Biology. 2014. V. 12 No. 6. P. e1001889.
60. Kharitonenko K.V., Bedoshvili Ye.D., Likhoshway Ye.V. Changes in the micro- and nanostructure of siliceous frustule valves in the diatom Synedra acus under the effect of colchicine treatment at different stages of the cell cycle // Journal of Structural Biology. 2015. No. 190. P. 73-80.
61. Kirkham A.R., Richthammer P., Schmidt K., Wustmann M., Maeda Y., Hedrich R., Brunner E., Tanaka T., van Pee K-H., Falciatore A., Mock T. A role for the cell-wall protein silacidin in cell size of the diatom Thalassiosira pseudonana // The ISME Journal. 2017. V. 11. No. 11. P. 2452-2464.
62. Kishino H., Hasegawa M. Evaluation of the maximum likelihood estimate of the evolutionary tree topologies from DNA sequence data, and the branching order in Hominoidea // Journal of Molecular Evolution. 1989. V. 29. P. 170179.
63. Knight M.J., Senior L., Nancolas B., Ratcliffe S., Curnow P. Direct evidence of the molecular basis for biological silicon transport // Nature Communications. 2016. V. 7. P. 1-11.
64. Knoll A.H. Biomineralization and evolutionary history // Reviews in Mineralogy and Geochemistry. 2003. V. 54. No. 1. P. 329-356.
65. Kooistra W.H., Sarno D., Balzano S., Gu H., Andersen R.A., Zingone A. Global diversity and biogeography of Skeletonema species (Bacillariophyta) // Protist. 2008. V. 159. No. 2. P. 177-193.
66. Kotzsch A., Pawolski D., Milentyev A., Shevchenko A., Scheffel A., Poulsen N., Shevchenko A., Kröger N. Biochemical composition and assembly of biosilica-associated insoluble organic matrices from the diatom Thalassiosira pseudonana // Journal of Biological Chemistry. 2016. V. 291. No. 10. P. 4982-4997.
67. Kotzsch A., Gröger P., Pawolski D., Bomans P.H., Sommerdijk N.A., Schlierf M., Kröger N. Silicanin-1 is a conserved diatom membrane protein involved in silica biomineralization // BMC Biology. 2017. V. 15. No. 65. P. 1-16.
68. Kröger N., Brunner E. Complex-shaped microbial biominerals for nanotechnology // Wiley Interdisciplinary Reviews: Nanomedicine and Nanobiotechnology. 2014. V. 6. No. 6. P. 615-627.
69. Kröger N., Sandhage K.H. From diatom biomolecules to bioinspired syntheses of silica-and titania-based materials // MRS Bulletin. 2010. V. 35. No. 2. P. 122-126.
70. Kröger N., Deutzmann R., Sumper M. Silica-precipitating peptides from diatoms the chemical structure of silaffin-1a from Cylindrotheca fusiformis // Journal of Biological Chemistry. 2001. V. 276. No. 28. P. 26066-26070.
71. Le S.Q., Gascuel O. An improved general amino acid replacement matrix // Molecular Biology and Evolution. 2008. V. 25. P. 1307-1320.
72. Lechner C.C., Becker C.F.W. Silaffins in silica biomineralization and biomimetic silica precipitation // Marine Drugs. 2015. V. 13. No. 8. P. 5297-5333.
73. Lewin J.C. Silicon metabolism in diatoms. I. Evidence for the role of reduced sulfur compounds in silicon utilization // The Journal of General Physiology. 1954. V. 37. P. 589-599.
74. Lewin J.C. Silicon metabolism in diatoms. III. Respiration and silicon uptake in Navicula pelliculosa // The Journal of General Physiology. 1955. V. 39. P. 1-10.
75. Lommer M., Specht M., Roy A.S., Kraemer L., Gutowska M.A., Wolf J., Bergner S.V., Schilhabel M.B., Klostermeier U.C., Beiko R.G., Rosenstiel P., Hippler M., Laroche J. Genome and low-iron response of an oceanic diatom adapted to chronic iron limitation // Genome Biology. 2012. V. 13. P. 1-20.
76. Ma J.F., Yamaji N., Mitani N., Xu X.-Y., Su Y.-H., McGrath S.P., Zhao F.-J. Transporters of arsenite in rice and their role in arsenic accumulation in rice grain // Proceedings of the National Academy of Sciences. 2008. V. 105. P. 9931-9935.
77. Maliva R.G., Knoll A.H., Simonson B.M. Secular change in the Precambrian silica cycle: insights from chert petrology // Geological Society of America Bulletin. 2005. V. 117. No. 7. P. 835-845.
78. Mann D.G., Vanormelingen P. An inordinate fondness? The number, distributions, and origins of diatom species // Journal of Eukaryotic Microbiology. 2013. V. 60. No. 4. P. 414-420.
79. Mann D.G., Crawford R.M., Round F.E. Bacillariophyta // Handbook of the Protists. Edited by J.M. Archibald, A.G.B. Simpson, C.H. Slamovits. Cham: Springer International Publishing, 2016. 62 p.
80. Marron A.O., Alston M.J., Akam M., Caccamo M., Holland P.W.H., Walker G. A family of diatom-like silicon transporters in the siliceous loricate choanoflagellates // Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 2013. V. 280. P. 1-10.
81. Marron A.O, Ratcliffe S., Wheeler G.L., Goldstein R.E., King N, Not F., Richter D.J. The Evolution of silicon transport in eukaryotes // Molecular Biology and Evolution. 2016. V. 33. P. 3226-3248.
82. Martin-Jezequel V., Hildebrand M., Brzezinski M.A. Silicon metabolism in diatoms: implications for growth // Journal of Phycology. 2000. V. 36. P. 821-840.
83. Matz M., Shagin D., Bogdanova E., Britanova O., Lukyanov S., Diatchenko L., Chenchik A. Amplification of cDNA ends based on template-switching effect and step-out PCR // Nucleic Acids Research. 1999. V. 27. No. 6. P. 1558-1560.
84. Medlin L.K. Pursuit of a natural classification of diatoms: an incorrect comparison of published data // European Journal of Phycology. 2010. V. 45. No. 2. P. 155-166.
85. Medlin L.K., Kaczmarska I. Evolution of the diatoms: V. Morphological and cytological support of the major clades and taxonomic revision // Phicologia. 2004. V. 43. P. 245-273.
86. Morel N.M.L., Rueter J.C., Morel F.M.M. Copper toxicity to Skeletonema costatum (Bacillariophyceae) // Journal of Phycology. 1978. V. 14. No. 1. P. 43-48.
87. Müller W.E.G., Jeanteur Ph., Kostovic I., Macieira-Coelho A., Rhoads R.E. Silicon Biomeneralization. Biology-Biochemestry-Molecular Biology-Biotechnology. Berlin: Springer Verlag, 2003. 340 p.
88. Nelson D.M., Treguer P., Brzezinski M.A., Leynaert A., Queguiner B. Production and dissolution of biogenic silica in the ocean: revised global estimates, comparison with regional data and relationship to biogenic sedimentation // Global Biogeochemical Cycles. 1995. V. 9. P. 359-372.
89. Nikulina T.V., Kociolek J.P. Diatoms from hot springs from Kuril and Sakhalin Islands (Far East, Russia) // The Diatom World. Edited by J. Seckbach, P. Kociolek. Dordrecht: Springer, 2011. P. 333-363.
90. Paasche E. Silicon and the ecology of marine plankton diatoms. II. Silicate-uptake kinetics in five diatom species // Marine Biology. 1973. V. 19. P. 262269.
91. Pickett-Heaps J.D. Cell division and morphogenesis of the centric diatom Chaetoceros decipiens (Bacillariophyceae) I. Living cells // Journal of Phycology. 1998. V. 34. No. 6. P. 989-994.
92. Pickett-Heaps J. Schmid A.M.M., Edgar L.A. The cell biology of the diatom valve formation // Edited by F.E. Round, D.J. Chapman. Bristol: Biopress Ltd., 1990. 168 p.
93. Pickett-Heaps J.D., Wetherbee R., Hill D.R.A. Cell division and morphogenesis of the labiate process in the centric diatom Ditylum brightwellii // Protoplasma. 1988. V. 143. No. 2-3. P. 139-149.
94. Pickett-Heaps J.D., Cohn S., Schmid A.M.M., Tippit D.H. Valve morphogenesis in Surirella (Bacillariophyceae) // Journal of Phycology. 1988. V. 24. No. 1. P. 35-49.
95. Ragueneau O., Tréguer P., Leynaert A., Anderson R.F., Brzezinski M.A., DeMaster D.J., Dugdale R.C., Dymond J., Fischer G., François R., Heinze C., Maier-Reimer E., Martin-Jézéquel V., Nelson D.M., Quéguiner B. A review of the Si cycle in the modern ocean: recent progress and missing gaps in the application of biogenic opal as a paleoproductivity proxy // Global and Planetary Change. 2000. V. 26. P. 317-365.
96. Rath A., Glibowicka M., Nadeau V.G., Chen G., Deber C.M. Detergent binding explains anomalous SDS-PAGE migration of membrane proteins // Proceedings of the National Academy of Sciences. 2009. V. 106. No. 6. P. 1760-1765.
97. Reidel G.F, Nelson D.M. Silicon uptake by algae with no known Si requirement. II. Strong pH dependence of uptake kinetic parameters in Phaeodactylum tricornutum (Bacillariophyceae) // Journal of Phycology. 1985. V. 21. P. 168-171.
98. Reimann B.E.F. Deposition of silica inside a diatom cell // Experimental Cell Research. 1964. V. 34. P. 605-608.
99. Richthammer P., Börmel M., Brunner E., van Pee K.H. Biomineralization in diatoms: The role of silacidins // ChemBioChem. 2011. V. 12. No. 9. P. 1362-1366.
100. Ronquist F., Huelsenbeck J.P. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics. 2003. V. 19. P.1572-1574.
101. Round F.E., Crawford R.M., Mann D.G. Diatoms: Biology and Morphology of the Genera. Bristol: Cambridge University Press, 1990. 747 p.
102. Sapriel G., Quinet M., Heijde M., Jourden L., Tanty V., Luo G., Crom S.L., Lopez P.J. Genom-wide transcriptome analyses of silicon metabolism in Phaeodactylum tricornutum reveal the multilevel regulation of silicon acid transporters // PLOS ONE. 2009. V. 4. No. 10. P. e7458.
103. Sato S. Phylogeny of araphid diatoms, inferred from morphological and molecular data: PhD Dissertation / Shinya Sato. Bremerhaven, 2008. 277 p.
104. Schmid A.M.M., Schulz D. Wall morpogenesis in diatoms: deposition of silica by cytoplasmic vesicles // Protoplasma. 1979. V. 100. P. 267-288.
105. Schmid A.M.M., Volcani B.E. Wall morphogenesis in Coscinodiscus wailesii Gran and Angst. I. Valve morphology and development of its architecture // Journal of Phycology. 1983. V. 19. P. 387-402.
106. Schmid A.M.M., Eberwein R.K., Hesse M. Pattern morphogenesis in cell wall of diatoms and pollen grains: comparison // Protoplasma. 1996. V. 193. P. 144-173.
107. Shrestha R.P., Tesson B., Norden-Krichmar T., Federowicz S., Hildebrand M., Allen A.E. Whole transcriptome analysis of the silicon response of the diatom Thalassiosirapseudonana // BMC Genomics. 2012. V. 13. P. 1-16.
108. Siever R. Silica in the Oceans // Biological-Geochemical Interplay. Edited by S. Schneider, P. Boston. Cambridge: MIT Press, 1991. P. 287-295.
109. Sims P.A., Mann D.G., Medlin L.K. Evolution of the diatoms: insights from fossil, biological and molecular data // Phycologia. 2006. V. 45. No. 4. P. 361-402.
110. Sullivan C.W. Diatom mineralization of silicic acid. II. Regulation of Si(OH)4 transport rates during the cell cycle of Navicula pelliculosa // Journal of Phycology. 1977. V. 13. P. 86-91.
111. Sullivan C.W. Diatom mineralization of silicic acid IV. Kinetics of soluble Si pool formation in exponentially growing and synchronized Navicula pelliculosa // Journal of Phycology. 1979. V. 15. No. 2. P. 210-216.
112. Sullivan C.W. Diatom mineralization of silicic acid. V. Energetic and macromolecular requirements for Si(OH) mineralization events during the cell cycle of Navicula pelliculosa // Journal of Phycology. 1980. V. 16. P. 321-328.
113. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Molecular Biology and Evolution. 2013. V. 30. P. 2725-2729.
114. Taylor N.J. Silica incorporation in the diatom Coscinodiscus granii as affected by light intensity // European Journal of Phycology. 1985. V. 20. P. 365-374.
115. Thamatrakoln K., Hildebrand M. Approaches for functional characterization of diatom silicic acid transporters // Journal of Nanoscience and Nanotechnology. 2005. V. 5. P. 1-9.
116. Thamatrakoln K., Hildebrand M. Analysis of Thalassiosira pseudonana silicon transporters indicates distinct regulatory levels and transport activity through the cell cycle // Eukaryotic Cell. 2007. V. 6. No. 2. P. 271-279.
117. Thamatrakoln K., Alverson A.J., Hildebrand M. Comparative sequence analysis of diatom silicon transporters: toward a mechanistic model of silicon transport // Journal of Phycology. 2006. V. 42. No. 4. P. 822-834.
118. Theriot E.C., Ashworth M., Ruck E., Nakov T., Jansen R.K. A preliminary multigene phylogeny of the diatoms (Bacillariophyta): challenges for future research // Plant Ecology and Evolution. 2010. V. 143. No. 3. P. 278-296.
119. Thomas W.H., Hollibraugh J.T., Seibert D.L.R. Effects of heavy metals on the morphology of some marine phytoplankton // Phycologia. 1980. V. 19. P. 202-209.
120. Thompson A.S., Rhodes J.C., Pettman I., Wilson T. Culture collection of algae and protozoa: Catalogue of strains. Kendal: Titus Wilson and Son. 1988. 164 p.
121. Treguer P., Bowler C., Moriceau B., Dutkiewicz S., Gehlen M., Aumont O., Bittner L., Dugdale R., Finkel Z., Iudicone D., Jahn O., Guidi L., Lasbleiz M., Leblanc K., Levy M., Pondaven P. Influence of diatom diversity on the ocean biological carbon pump // Nature Geoscience. 2018. V. 11. No. 1. P. 27-37.
122. Treguer P., Nelson D.M., van Bennekom A.J., DeMaster D.J., Leynaert A., Queguiner B. The silica balance in the world ocean: A reestimate // Science. 1995. V. 268. P. 375-379.
123. Van de Meene A.M.L., Pickett-Heaps J.D. Valve morphogenesis in the centric diatom Proboscia alata Sundstrom // Journal of Phycology. 2002. V. 38. P. 351-363.
124. Williams D.M., Round F.E. Revision of the genus Fragilaria // Diatom Research. 1987. V. 2. No 2. P. 267-288.
125. Zuckerkandl E., Pauling L. Evolutionary divergence and convergence in proteins, in evolving genes and proteins. Edited by V. Bryson and H.J. Vogel. New York: Academic Press, 1965. 166 p.
Приложение 1. Нуклеотидная последовательность контига axSAfrepc37183 Synedra acus subsp. radians
CAT T GACAT GAAGAC TAG CAG T G GTAAAG TAGGCGTT CAACATAGATAAAATAAT TACAAGAACAAGAAC TGTT CAGAAG G CAAT GCAGCCATGGCTTGG GAAAG G T CAAAGAACAAG TAT GAGCCAAAC TTT CAG CTTTTTCC TAAG T GAAGACAAGAG GAT GAT CAG G CAG TGTTCTTT CAATAAG TATAAAGAC C CAGAT G CAC CAC CCTC GATGCTTGTAGAATGTTAGAAGAGATGGGATCAGCAATGAGAGATGATCAGTTCATATATCATGTGATTGAAAATCTGACAAGTGGGTATGAATTACAAACAATGTT T T CATAGAAAAG GAT T GGAAG GAAAACAAAC CAG C T CAAGGGAAT G GAAT C TACAAT T T GAGAGAC TTTCCGTC CAAT C T GAGT T TAACAATAAGAG TAGAG CCTCC ACCCTGCAGTTTCCTTCTTGATATTCTGGTTCCTAATCATCTGGCTTGCAATGATGGAAGGTGGACAAGGGGCTCTCGTAGGACTTCAACCTGTTGACAAAGCACTC TATGCTGAATCTCATCCTAGAGCATTACTGAATACTAAGCTTGCTCACAACGGTGATAACATGGAGCGTTTCATTGTTGGTCGTCAATACCTTGTAGTTCTTGTAAT CACTGTAATCAACTTAATGGGATCCGCTGTAAAGGGCGCGACAGTACTTGGCCTTCCTCAGGTGATGAATGATATCTTCCTTGGTAATGGTTTGGCAATGATCTTGA CAACGATTATGGTTGGTCAGCTCACGGCCCAAGTCAACGCCGCGAATTGTATGCTTGATTTCATCAACAACTATTTCATGCTTTTCACTTCCTATGTGTCTTATGGT ATTGAGTTCTCCGGTCTTCTCCACTGTGTCTACCTGGTACAAATGATTTTCTCGAAGATCACTGGAAAGCCAATTGAATCCAATGAGCCTCCAAGGAATGCTTGCGC AGAATCTTTTCTTTTGGGGCACGAGTGATTATGTCTGTTGTCATACTTTGCTTTTGCCTAGCGGTAACTCTCGTTGCTCTTTTCGATGGCAAGACTGGAATGTGGGA TGGTGTTCCTCCATATGTATCTGTCATCATTTTATTTATTTTAATGGCAGTTGTTGGTATGATGGAGGGTATGCAAATCGCTCTCTTCGCTGTTGTGAATATGCCAG AAGAAGAATTACGAAACAGTCCTATCGCTTATGCCAATTGTCAGTTAACCTTTGCTGGTCAGAACTTGCAGGCTTTCTTGATTGGTCGTCAGATCTTCGTTGCGACA TGCATGTTCATTGTGGCCCGTATTGCTTCCCCGACATATGGAAAGGATGATGCTAATATTTTTGGCATCTCTGATGGATTCCAATCGTTCTTGAACTCTGGGCTAAC AGGAGCTGTGATAACAACTGTGATTGGATCTTTGGCATGGCGTATTATCGCATCTTCCTTCCCTCTTGCATTCCTGTCGAATCCTCTCATTTACATCATTATCCGAG TTTGCTTAGTCTTAGAATCGGTTGGTATTTGTTCGGGTGCATGGGTCCTTGGTCGCTTCAACAAACTGATTGCAGGATACCAACCGGATGAAGTATATCTCGAGGGA GCAGAAAGGCATACTTCAGCCCCTGTGACAAAGCGAGACAAGGATATTGATATTGCTATGACTACTGTGAAGTACCTTTATTCTACAGGTCTTTTAGTTTTTTCCGT TGTAATTGTGATGTCAGCCATGTTCACTCAGCAGACAAAAATCGCAAACGATGCGCATCCCGCAGTTGCATTCTTTTTGTTTTGGTTCCTCATTGTATGGCTAGCTA TGATGGAAGGTGGTCAAGGTTGCTTGATCGGTCTTAAACCTATAGACAAAAGCTTGTATAAGGATTCCCACAAGGTTACGTACACCAATTGCATGCTCGCCCACAAG GGCGACAATATGGAACGCTTTATTGTCGGACGACAGTTCCTTGTTGTTTTGGTGATCACGGTAATTAATCTTTGTGGTTCTTCGTTGAAAAATGCGAAGGTATTGGG TCTTGATGACACAGTGACTGAAATCTTTCTGGGTTCAGGAGTTGCAATGATTTTGACTACCATCATTCTTGGTCAGCTAACTGCCCAGGTTAATGCTGCAAACTGCA TGCTTGATTTTATTAACACGTACTTCATGCTCATGACAACATATGTATCGCTTGGTATTGAGTTCTCAGGACTTCTTCATGCTGTCTACTTGGTACAGATAGTCTTT TCCAAGATTACTGGAAAGCCAATTGAATCGAATGAGCCACCTCGAAGTGCAGTTCAAAACTTATTCTTCTGGGCAAGAGTATTTGTATCACTTGTGATTCTTTCATT CTCACTCGCTGTCACCATTGTAGCCCTTTTCGACCGAAAGACATCGATGTACGACGGTGTTCCCCCTTATGTTTCTGTAATAGTCTTCTTCGTTCTAATGTGCGTTG TGGGTATGATGGAAGGCATGCAAATCGCTCTATTTGCCGTGATTAATCTGCCTGAGGACGAATTGAAGAATTACTCCATGGCTAGCAAAAATTGTACGTTGGCTTTC CAAGGAACCAATCTTCAATCCTTCTTGATCGGTCGACAAATCTTTGTGGCTACATGTATGTTTGTCGTGGCACGTATCGCCTCACCAAGTTACGGAAGTGATGATGC AAATATTTTTGGAGTTTCCGATGGTTTTCAGACATTTTTGAATACGGGACTGACTGGTGCTATCATCACAACACTCATTGGATCTTTGGCGTGGCGTATCATTGCTT CCTCTTTCCCAGTGGCTTTTCTTTCAAATCCTTTGATTTATTTCATCATCAGAGTTTGTTTGCTGCTTGATGCAATCGGACTTTGCTCCGCTGCTTGGCTGCTGGCA CTCATTCACAAGCAATTAGTTGGATTTCAAATTGATGAGGTTTACATTGGTAAACCGTCAGAGCGTGCAGCTGCTGAAAAAGCTGTAGATGAAGAGCTTGCTCAAGA GTGAAAACTCAAAGTTGCTCTTTCACTCTCTTATATGTTGAAAAATAGTGGTAATTAAGATTTCAAACTTATTTTAAATTTTTAACTTCATATCGTTAAGCTTGGTT TTTATTCGGTGCATACGTTGTTGTACTAATTTC
CCAACCAAAGGTAATTGTTGGGAGAGCGAGTTATAGATATTATTTCAATGTTGTGTCTTTGCTTTTTTCTTTCTGCTTATTCTTCCTTTTTATATATTATGTACTTC AAAAGAC TTT TAGTATAAT G GAAGAAAG CAT TAAAG TTC TAAGAAG TACTT CAAAGAC TTTCTGCCTGC CAAGAAC CAAGAAGAAT G GATAAT CAT T CAT GACAAT T TCAGTCAATCAATCAAAAGAAGTGTTCTTATAGGTTTTTGTCCTAGAAAACTAAAGTTCCAAAGAAGATTGTTTTGTAAAAACTTGGAATGGTAATATGCTAAACAA TTACAAGGGCTAAGTCTGCACAAAGCATTCTTGTAAGAATCAAGGTTGAACACTTGATCTCATGTGACTATAATTAGGAATGGCAAAAAGATGATGTCTTTCTGAAT AT CTTTC CAC CATATAAGAGAAAAGAG GAT C CAGAT TCTT GAAGAG C T GATAAT G CAGT GAGAAGACAT G G GAT C TACAATAATAG G TAAT CAG TTTC TAAT T TACA GAGCAGATATTGTTCTGGGAGTTGGAATGCTTTTTGTATCTCACAAAGAATTTTTTGACCTTGATTTGTGCAATATTATCTAGACAATTATCAAAAATGCATGGATA AAG GAACAT T G GGCAC T TAT TTT GAGAT GTT GAGAGATAT CAAAT TTGT TAT TAACAT T CAACAAT TTTGCTT TAAAAT T CAAC CAAAAC CAGAAC T CAAACAT TGG AGTCTCCACGTTTACAATAGTGATTGGGCAGGAGATTCAGAGACAAGAATCAGCGTAACTGGCTTCATTGTTTTCCTGATGGATGTTCCTTTTTGTTGGAGGTCCAA CGCT CAAAGAG GAG TGT CAT TAT C CAG CAG T GAG G CAGAC TAT G T CACAATAT CAGAAG CAG T GAAG GAGAT CAAG T T CAG T TAT TAAT TAC T GCAAGGGAT T G GAA TTGAAATTGATCTTCCAATTGTTGTGAAGACCAATAATATTGGTGCGATGTTTATGGCGCAAAATGCCTTGTCCGGGGTACAAACATGTCATGTGGATACCAGGTAT CAC TAC T GAG GAGAGAGCT TAGAAGACGGAAT T TAT CAAAT TTG TAAGAT C T GAAGAGAAT GAT TCT GATAT TTT TAC GAAGAAT G T CAGCCAAGAAAT C TACAAG C ATTTAATGAATTGTATGGAAGAGTATGACAAGGGTTACGGTAACTGAACGTTTCGGATTAGGAAGGGTATTGGAAACATCCCTTGAGTGTTTTTAGTTATTTGTTTG T T TAAG G T TAT C CAT TAG G GATAT CAAAT C T TAT CTT GAGGC CAATAAAT T CAAAGATAC GGT GAGAT GTT TAT T T CAAT T TAAT CTT TAG TAAAGAT CACAAC TTT TAG T GGAAC CTCTTTCTC CAAAG TCC TAC TTTG TAG TTT GAT T GAACAT CATAGAC GACAT T T CAACAAAAG CAAGAT GAT T CAGCAT CAAG G C TAT T G GAT CACAA TCC CAAAGACAAAT GAAGACAT T GACAAGAAAG TAGAT GAAAGAAAG T GCATAAT GAATAT CTCT GATAT GAATATAAT GGC TAACAGGGAAT TAATAGTAT T CAT T GACATGAAGACTAGTAGTGGTAAAGTGGTGTTCAACATGATAAAATATTACAAGAACAAGAACTGTTCAGAAGGCAATGCAGCCATGGCTTGGGAAAGGTCAAAGAA CAAG TAT GAG C CAAAAC TTTTCAGCTTTTTCC TAAAG T GAAGACAAAGAG GA T GAT CAG G CAG TGTTCTTT CAATAAG TATAAAGAC C CAGAT G CAC CACCCTC GAT GAT T GTAGAATGTTAGAAGAGAT GGGATCAGCAAT GAGAGAT GAT CAGTT CATATAT CATGTGAT T
Приложение 2. Структура праймеров для генов мульти-sii Synedra acus subsp. radians
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в контиге (номер в базе данных GenBank KX345281.2) Участок в контиге T плавления, C°
423 F GCCTCCACCCTGCAGTTTCCT ОТ-ПЦР 423-443; 7507-7527; 8851-8871 sit-td, sit-tri, межгенный участок 69
3172 R ATCTATAACTCGCTCTCCCAACAA ОТ-ПЦР 3149-3172; 11577-11600 sit-td, sit-tri 62
454 F CTGGTTCCTAATCATCTGGCTTG Вложенная ОТ-ПЦР 454-476; 7538-7560;8882-8904; sit-td, sit-tri, межгенный участок 64
3125 R CAACAACGTATGCACCGAAT Вложенная ОТ- ПЦР, ПЦР, секвенирование 3105-3124; 11533-11552 sit-td, sit-tri 62
1241 F TTGCAGGCTTTCTTGATTGGTC 3'- RACE ПЦР, ПЦР, секвенирование 1241-1262; 8325-8346; 9669-9690 sit-td, sit-tri 66
2649 F CACCAAGTTACGGAAGTGATGAT 3'- RACE ПЦР 2649-2671; 11077-11099 sit-td, sit-tri 62
1725 F CAGCCATGTTCACTCAGCAGACA Вложенная ПЦР, 3 'RACE ПЦР, секвенирование 1725-1747; 10153-10175 sit-td, sit-tri 68
3106 F TTCGGTGCATACGTTGTTGTACTAATTTCC Вложенная ПЦР, 3 'RACE ПЦР, ПЦР, секвенирование 3106-3135; 11534-11563 sit-td, sit-tri 70
787 R GTTGACTTGGGCCGTGAG Вложенная ПЦР 5'-RACE-ПЦР, секвенирование 770-787; 7854-7871; 9198-9215 sit-td, sit-tri 63
Приложение 2; продолжение
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в контиге (номер в базе данных GenBank KX345281.2) Участок в контиге T плавления, C°
882 R CAGTGGAGAAGACCGGAGAA GSP of 5'- RACE, секвенирование 863-882; 7947-7966; 92919310 sit-td, sit-tri 63
281 F ATTGAAAATCTGACAAGTGGGTA ПЦР 5'- конца, секвенирование 281-303; 4129-4151 ъгЫй, межгенный участок 60
388 F TTTCCGTCCAATCTGAGTTTA ПЦР 5'- конца 388-408; 4236-4256 межгенный участок 60
323 F TCATAGAAAAGGATTGGAAGGAAA ПЦР 5'- конца, секвенирование 323-346; 4171-4194 (1 mismatch) межгенный участок 62
363 F GAATGGAATCTACAATTTGAGAGACTT ПЦР 5'- конца 363-389; 4211-4237 межгенный участок 61
438 F TTTCCTTCTTGATATTCTGGTTCC ПЦР 5'- конца, секвенирование 438-461; 7522-7545; 88668889 62
1956 R CGTCCGACAATAAAGCGTTCCA ПЦР 5'- конца, секвенирование 1935-1956; 10363-10384 68
2524 R CAATTCGTCCTCAGGCAGAT ПЦР 3'- конца, секвенирование 2505-2524; 10933-10952 63
3223 R AAAGGAAGAATAAGCAGAAAGAA ПЦР, секвенирование 3203-3225; 11629-11651 58
2347 F TTCATTCTCACTCGCTGTCACCA секвенирование 2347-2369; 10775-10797 68
769 F GCTCACGGCCCAAGTCAACG секвенирование 769-788; 7853-7872; 91979216 71
1339 F tatttttggcatctctgatggattc ПЦР, секвенирование 1339-1363; 8423-8447; 9767-9791 64
1210 R GGCATAAGCGATAGGACTGTTT ПЦР, секвенирование 1189-1210; 8273-8294; 9617-9638 8Н-М 62
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в контиге (номер в базе данных GenBank KX345281) Участок в контиге T плавления, C°
666 R GATCCCATTAAGTTGATTACAGT секвенирование 644-666; 7728-7750; 90729094 sit-td, sit-tri 56
2298 R ACTGCACTTCGAGGTGGC ПЦР, секвенирование 2281-2298; 10709-10726 sit-td, sit-tri 63
10 F CGTGTTTGTTTGGTTCTTGA ПЦР, секвенирование 8577-8596 (1 mismatch) sit-tri 60
10 R CTATAGGTTTAAGAACCGATCAA ПЦР, секвенирование 1840-1862; 10268-10290 (7 mismatch) sit-td, sit-tri (sitl) 57
104 F CGGTGACATTGACCGTTTGC ПЦР 8726-8745 sit-tri 67
1468 R CGACAGGAATGCAAGAGGGAAG ПЦР, секвенирование 1447-1468; 8531-8552; 9875-9896 sit-td, sit-tri 68
203 R ATCGGCTCCAGAAGTTGTTTGC ПЦР, секвенирование 8825-8846 sit-tri 67
241 R GCAGGGTGGAGGCCGAAA ПЦР, секвенирование 7502-7519; 8846-8863 sit-tri 69
402 F GAGTTTAACAATAAGAGTAGAGCCTCCA 5' RACE ПЦР, секвенирование 402-429 sit-td 63
417 R TGCAGGGTGGAGGCTCTACT 5' RACE ПЦР, секвенирование 417-436 sit-td 65
203 F GCAAACAACTTCTGGAGCCGAT ПЦР 8825-8846 sit-tri 67
825 F CTCAGCATGGCACCATTACAAC секвенирование 4693-4714 межгенный участок 65
160 R TGATCGCTTAAACTACGAGGAAA секвенирование 7000-7022 межгенный участок 62
4856 R TTATCCATTCTTCTTGGTTCTT ПЦР, секвенирование 3316-3337; 11740-11761 sit-td, sit-tri 57
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в контиге (номер в базе данных GenBank KX345281.2) Участок в контиге T плавления, C°
535 F ATCCTCTCTTTGATTATTGTCC ПЦР, секвенирование 7440-7461 sit-tri 56
361 R CATCTGGGACGTTGGTTGCTG секвенирование 7246-7266 sit-tri 68
335 R TTTCTACTTCGTTTCCCATTTTAATT секвенирование 7172-7197 межгенный участок 61
1725 R TGTCTGCTGAGTGAACATGGCTG секвенирование 1725-1747; 10153-10175 sit-td, 8Н-М 68
362 R CCTTGAGCTGGTTTGTTTTCCT секвенирование 341-362; 4189-4210 межгенный участок 64
6663R ACTTGACAGCCAATGCTATTAGTAC ПЦР, секвенирование 6639-6663 межгенный участок 60
5541F GGAGACCTCAAGGACAGAAACA ПЦР, секвенирование 5541-5562 межгенный участок 63
5056 F ATTTATGTCAGGAAGCGTAAGGTG ПЦР 5056-5079 межгенный участок 63
735F TGGCAATGATCTTGACAACG секвенирование 735-754; 7819-7838; 91639182 63
2464R ACCCACAACGCACATTAGAACG секвенирование 2443-2464; 10871-10892 66
598 F TAAGTGCTGAAAGAAACGGAAGTG секвенирование 4466-4489 межгенный участок 64
Tm праймеров рассчитана с помощью Tm calculator http://tmcalculator.neb.eom/#l/ (на Phusion High-Fidelity DNA Polymerase (GC Buffer)) с 200 нМ праймерами. Не все праймеры отмеченные в таблице, как sit-td и sit-tri находятся в ОРС данных генов.
Приложение 3. Структура праймеров для генов мульти-siï Synedra ulna subsp. danica
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в Номер в базе Участок в T
контиге данных GenBank контиге плавлен ия, C°
1233F AGGTCTGAATGACACAGTAACCGAA ПЦР, секвенирование 3359-3383; 1289112915 MF971079 sitl, sit2 66
862R GGCGGTCAATATCAGCGTCA ПЦР, секвенирование 1625-1644; 1115711176 MF971079 sitl, sit2 66
1135R CCTTATGGGCGAGTTTCGTATTC секвенирование 551-573; 1895-1917; 10083-10105; 1142711449 MF971079 sitl, sit2 64
1657F CGAAAATTAGAAAATTCACTCTCTTCC ПЦР, секвенирование 13-39; 9545-9571 MF971079 sitl, sit2 62
862R GGCGGTCAATATCAGCGTCA ПЦР, секвенирование 1625-1644; 1115711176 MF971079 sitl, sit2 63
276R GCCATCCCACATACCCGTCT ПЦР, секвенирование 1039-1059; 2383-2402; 10571-10590; 1191511934 MF971079 sitl, sit2 68
92R TCCTTCAATGCCACGTTAGCT ПЦР, секвенирование 7251-7271 MF971079 межгенный участок 62
1233F AGGTCTGAATGACACAGTAACCGAA ПЦР, секвенирование 3359-3383; 1289112915 MF971079 sitl, sit2 66
129F ACCCATTGAGTCAAACGAACCT секвенирование 911-932; 2255-2276; 10443-10464; 1178711808 MF971079 sitl, sit2 65
9288F CAAGCTAGTCTAGCATCTCATTCTGTC ПЦР 6935-6961 MF971079 sitl, sit2 65
5561R GATAAAGATCTGTGTATGACAAACTAACT AC ПЦР 4399-4429; 1393113961 MF971079 sitl, sit2 62
3531F TGAATTGGAAGTCGAGGCATAA ПЦР, секвенирование 4313-4334; 1384513866 MF971079 sitl, sit2 62
172R CAGCACCTTCGTTTCAGATGTC ПЦР 227-248; 9759-9780 MF971079 sitl, sit2 65
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в Номер в базе Участок в т
контиге данных ОепБапк контиге плавлен ия, с°
7731Б тастоалтстталстатлатшлсл секвенирование 6087-6111 МБ971079 межгенный участок 66
70Я сттсстлтслсаслстлттслатст ПЦР, секвенирование 8094-8118 МБ971079 межгенный участок 65
6000Б лалслсассслааслсллсал ПЦР, секвенирование 5310-5329 МБ971079 межгенный участок 65
80Я сттсстлталлаалтталлаллстстлт секвенирование 8820-8847 МБ971079 межгенный участок 64
5817Б 0т0тттслтстастллтсслатсл секвенирование 5052-5075 МБ971079 межгенный участок 62
3531Б таллтгоаллатсалшслтлл ПЦР, секвенирование 4313-4334; 1384513866 МБ971079 58
50Я таталаслтллаалттастлалта ПЦР, секвенирование 103-126; 9635-9658 МБ971079 62
861Я ллсатстлтатстттлтсасастт ПЦР, секвенирование 2964-2987; 1249612519 МБ971079 62
ШЮМЬБ Б таултастталтттултуллсл ПЦР 51-56
ШЮМЬБ Я таттялтялллтслласлтясл ПЦР 51-56
163Я таалсллтллтслллалалаалтал ПЦР 272-302 МБ971078 sit3 61
153Я тслллалалаалталасллтлсла ПЦР 269-292 МБ971078 sit3 62
2744Б слсттссасссстаталс ПЦР 2883-2900 МБ971078 8и3 61
2920Б тттааттссттлттатлтааст ПЦР 3059-3080 МБ971078 8и3 56
3403Б слллсаласслсстсаслст ПЦР 3542-3561 МБ971078 8и3 63
666Я алтссслттллатталттлслат ПЦР, секвенирование 1912-1934 МБ971078 8и3 56
1241Б ттаслаастттстталттаатс ПЦР, секвенирование МБ971078 8и3 66
Праймер Последовательность (5'-3') Применение Место локализации в контиге Номер в базе данных GenBank Участок в контиге T плавлен ия, C°
203F GCAAACAACTTCTGGAGCCGAT ПЦР, секвенирование 321-342 MF971078 sit3 67
2464R ACCCACAACGCACATTAGAACG ПЦР, секвенирование 3711-3732 MF971078 sit3 66
1468R CGACAGGAATGCAAGAGGGAAG секвенирование 1371-1392; 2715-2736 MF971078 sit3 68
203R ATCGGCTCCAGAAGTTGTTTGC ПЦР, секвенирование 1665-1686 MF971078 sit3 67
535F ATCCTCTCTTTGATTATTGTCC ПЦР, секвенирование 280-301 MF971078 sit3 56
423F GCCTCCACCCTGCAGTTTCCT секвенирование 1691-1711 MF971078 sit3 65
Tm праймеров рассчитана с помощью Tm calculator http://tmcalculator.neb.com/#!/ (на Phusion High-Fidelity DNA Polymerase (GC Buffer)) с 200 нМ праймерами.
Приложение 4. Сравнение контига axSAf_rep_c37183, аннотированного на основе данных NGS генома Synedra acus subsp. radians, и контига axSAf_rep_c37183_cla, уточненного с помощью метода Сэнгера. Черным
цветом выделены отличающиеся позиции
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
5 15 25 35 45 55 65 75
CATTGACATG AAGACTAGCA GTGGTAAAGT AGGCGTTCAA CATAGATAAA ATAATTACAA GAACAAGAAC TGTTCAGAAG
CATTGACATG AAGACTAGCA GTGGTAAAGT AGGCGTTCAA CATAGATAAA ATAATTACAA GAACAAGAAC TGTTCAGAAG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
85 95 105 115 125 135 145 155
GCAATGCAGC CATGGCTTGG GAAAGGTCAA AGAACAAGTA TGAGCCAAAC TTTCAGCTTT TTCCTAAGTG AAGACAAGAG
GCAAT GCAGC CATGGCTTGG GAAAGGT CAA AGAACAAGTA T GAGC CAAAC TTTCAGCTTT TTCCTAAGTG AAGACAAGAG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
165 175 185 195 205 215 225 235
GATGATCAGG CAGTGTTCTT TCAATAAGTA TAAAGACCCA GATGCACCAC CCTCGATGCT TGTAGAATGT TAGAAGAGAT
GATGATCAGG CAGTGTTCTT T CAATAAGTA TAAAGAC CCA GATGCACCAC CCTCGATGCT TGTAGAATGT TAGAAGAGAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
245 255 265 275 285 295 305 315
GGGATCAGCA ATGAGAGATG ATCAGTTCAT ATATCATGTG ATTGAAAATC TGACAAGTGG GTATGAATTA CAAACAATGT
GGGAT CAGCA ATGAGAGATG ATCAGTTCAT ATAT CAT GTG ATTGAAAATC T GACAAGT GG GTATGAATTA CAAACAATGT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
325 335 345 355 365 375 385 395
TTTCATAGAA AAGGATTGGA AGGAAAACAA ACCAGCTCAA GGGAATGGAA TCTACAATTT GAGAGACTTT CCGTCCAATC
TTTCATAGAA AAGGATTGGA AGGAAAACAA AC CAGCT CAA GGGAAT GGAA TCTACAATTT GAGAGACTTT CCGTCCAATC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
405 415 425 435 445 455 465 475
TGAGTTTAAC AATAAGAGTA GAGCCTCCAC CCTGCAGTTT CCTTCTTGAT ATTCTGGTTC CTAATCATCT GGCTTGCAAT
TGAGTTTAAC AATAAGAGTA GAGCCTCCAC CCTGCAGTTT CCTTCTTGAT ATTCTGGTTC CTAATCATCT GGCTTGCAAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
485 495 505 515 525 535 545 555
GATGGAAGGT GGACAAGGGG CTCTCGTAGG ACTTCAACCT GTTGACAAAG CACTCTATGC TGAATCTCAT CCTAGAGCAT
GATGGAAGGT GGACAAGGGG CTCTCGTAGG ACTTCAACCT GTTGACAAAG CACTCTATGC TGAATCTCAT CCTAGAGCAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
565 575 585 595 605 615 625 635
TACTGAATAC TAAGCTTGCT CACAACGGTG ATAACATGGA GCGTTTCATT GTTGGTCGTC AATACCTTGT AGTTCTTGTA TACTGAATAC TAAGCTTGCT CACAAC GGT G ATAACAT GGA GCGTTTCATT GTTGGTCGTC AATACCTTGT AGTTCTTGTA
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
645 655 665 675 685 695 705 715
ATCACTGTAA TCAACTTAAT GGGATCCGCT GTAAAGGGCG CGACAGTACT TGGCCTTCCT CAGGTGATGA ATGATATCTT
ATCACTGTAA TCAACTTAAT GGGATCCGCT GTAAAGGGCG CGACAGTACT TGGCCTTCCT CAGGTGATGA ATGATATCTT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
725 735 745 755 765 775 785 795
CCTTGGTAAT GGTTTGGCAA TGATCTTGAC AACGATTATG GTTGGTCAGC TCACGGCCCA AGTCAACGCC GCGAATTGTA
CCTTGGTAAT GGTTTGGCAA TGATCTTGAC AACGATTATG GTTGGTCAGC TCACGGCCCA AGTCAACGCC GCGAATTGTA ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
805 815 825 835 845 855 865 875
TGCTTGATTT CATCAACAAC TATTTCATGC TTTTCACTTC CTATGTGTCT TATGGTATTG AGTTCTCCGG TCTTCTCCAC
TGCTTGATTT CATCAACAAC TATTTCATGC TTTTCACTTC CTATGTGTCT TATGGTATTG AGTTCTCCGG TCTTCTCCAC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
885 895 905 915 925 935 945 955
TGTGTCTACC TGGTACAAAT GATTTTCTCG AAGATCACTG GAAAGCCAAT TGAATCCAAT GAGCCTCCAA GGAATGCTПG
TGTGTCTACC TGGTACAAAT GATTTTCTCG AAGATCACTG GAAAGCCAAT TGAATCCAAT GAGCCTCCAA GGAATGCT¡G ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
965 975 985 995 1005 1015 1025 1035
GCAGAATCT TTTCTTTTGG GgCACGAGTG ATTATGTCTG TT^CATACT TTGCTTTTGC CTAGCGGTAA CTCTCGTTGC
GCAGAATCT TTTCTTTTGG GgCACGAGTG ATTATGTCTG TT^CATACT TTGCTTTTGC CTAGCGGTAA CTCTCGTTGC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1045 1055 1065 1075 1085 1095 1105 1115
TCTTTTCGAT GGCAAGACTG GAATGTGGGA TGGTGTTCCT CCATATGTAT CTGTCATCAT TTTATTTATT TTAATGGCAG
TCTTTTCGAT GGCAAGACTG GAATGTGGGA TGGTGTTCCT CCATATGTAT CTGTCATCAT TTTATTTATT TTAATGGCAG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1125 1135 1145 1155 1165 1175 1185 1195
TTGTTGGTAT GATGGAGGGT ATGCAAATCG CTCTCTTCGC TGTTGTGAAT ATGCCAGAAG AAGAATTACG AAACAGTCCT
TTGTTGGTAT GATGGAGGGT ATGCAAATCG CTCTCTTCGC TGTTGTGAAT ATGCCAGAAG AAGAATTACG AAACAGTCCT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1205 1215 1225 1235 1245 1255 1265 1275
ATCGCTTATG CCAATTGTCA GTTAACCTTT GCTGGTCAGA ACTTGCAGGC TTTCTTGATT GGTCGTCAGA TCTTCGTTGC
ATCGCTTATG CCAATTGTCA GTTAACCTTT GCTGGTCAGA ACTTGCAGGC TTTCTTGATT GGTCGTCAGA TCTTCGTTGC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1285 1295 1305 1315 1325 1335 1345 1355
GACATGCATG TTCATTGTGG CCCGTATTGC TTCCCCGACA TATGGAAAGG ATGATGCTAA TATTTTTGGC ATCTCTGATG GACATGCATG TTCATTGTGG CCCGTATTGC TTCCCCGACA TATGGAAAGG ATGATGCTAA TATTTTTGGC ATCTCTGATG
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1365 1375 1385 1395 1405 1415 1425 1435
GATTCCAATC GTTCTTGAAC TCTGGGCTAA CAGGAGCTGT GATAACAACT GTGATTGGAT CTTTGGCATG GCGTATTATC
GATTCCAATC GTTCTTGAAC TCTGGGCTAA CAGGAGCTGT GATAACAACT GTGATTGGAT CTTTGGCATG GCGTATTATC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1445 1455 1465 1475 1485 1495 1505 1515
GCATCTTCCT TCCCTCTTGC ATTCCTGTCG AATCCTCTCA TTTACATCAT TATCCGAGTT TGCTTAGTCT TAGAATCGGT
GCATCTTCCT TCCCTCTTGC ATTCCTGTCG AATCCTCTCA TTTACATCAT TATCCGAGTT TGCTTAGTCT TAGAATCGGT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1525 1535 1545 1555 1565 1575 1585 1595
TGGTATTTGT TCGGGTGCAT GGGTCCTTGG TCGCTTCAAC AAACTGATTG CAGGATACCA ACCGGATGAA GTATATCTCG
TGGTATTTGT TCGGGTGCAT GGGTCCTTGG TCGCTTCAAC AAACTGATTG CAGGATACCA ACCGGATGAA GTATATCTCG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1605 1615 1625 1635 1645 1655 1665 1675
AGGGAGCAGA AAGGCATACT TCAGCCCCTG TGACAAAGCG AGACAAGGAT ATTGATATTG CTATGACTAC TGTGAAGTAC
AGGGAGCAGA AAGGCATACT TCAGCCCCTG TGACAAAGCG AGACAAGGAT ATTGATATTG CTATGACTAC TGTGAAGTAC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1685 1695 1705 1715 1725 1735 1745 1755
CTTTATTCTA CAGGTCTTTT AGTTTTTTCC GTTGTAATTG TGATGTCAGC CATGTTCACT CAGCAGACAA AAATCGCAAA
CTTTATTCTA CAGGTCTTTT AGTTTTTTCC GTTGTAATTG TGATGTCAGC CATGTTCACT CAGCAGACAA AAATCGCAAA ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1765 1775 1785 1795 1805 1815 1825 1835
CGATGCGCAT CCCGCAGTTG CATTCTTTTT GTTTTGGTTC CTCATTGTAT GGCTAGCTAT GATGGAAGGT GGTCAAGGTT
CGATGCGCAT CCCGCAGTTG CATTCTTTTT GTTTTGGTTC CTCATTGTAT GGCTAGCTAT GATGGAAGGT GGTCAAGGTT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1845 1855 1865 1875 1885 1895 1905 1915
GCTTGATCGG TCTTAAACCT ATAGACAAAA GCTTGTATAA GGATTCCCAC AAGGTTACGT ACACCAATTG CATGCTCGCC
GCTTGATCGG TCTTAAACCT ATAGACAAAA GCTTGTATAA GGATTCCCAC AAGGTTACGT ACACCAATTG CATGCTCGCC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
1925 1935 1945 1955 1965 1975 1985 1995
CACAAGGGCG ACAATATGGA ACGCTTTATT GTCGGACGAC AGTTCCTTGT TGTTTTGGTG ATCACGGTAA TTAATCTTTG
CACAAGGGC G ACAATAT GGA ACGCTTTATT GTCGGACGAC AGTTCCTTGT TGTTTTGGTG AT CAC GGTAA TTAATCTTTG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2005 2015 2025 2035 2045 2055 2065 2075
TGGTTCTTCG TTGAAAAATG CGAAGGTATT GGGTCTTGAT GACACAGTGA CTGAAATCTT TCTGGGTTCA GGAGTTGCAA TGGTTCTTCG TTGAAAAATG C GAAGGTAT T GGGTCTTGAT GACACAGT GA CTGAAATCTT TCTGGGTTCA GGAGTTGCAA
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2085 2095 2105 2115 2125 2135 2145 2155
TGATTTTGAC TACCATCATT CTTGGTCAGC TAACTGCCCA GGTTAATGCT GCAAACTGCA TGCTTGATTT TATTAACACG
TGATTTTGAC TACCATCATT CTTGGTCAGC TAACTGCCCA GGTTAATGCT GCAAACTGCA TGCTTGATTT TATTAACACG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2165 2175 2185 2195 2205 2215 2225 2235
TACTTCATGC TCATGACAAC ATATGTATCG CTTGGTATTG AGTTCTCAGG ACTTCTTCAT GCTGTCTACT TGGTACAGAT
TACTTCATGC TCATGACAAC ATATGTATCG CTTGGTATTG AGTTCTCAGG ACTTCTTCAT GCTGTCTACT TGGTACAGAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2245 2255 2265 2275 2285 2295 2305 2315
AGTCTTTTCC AAGATTACTG GAAAGCCAAT TGAATCGAAT GAGCCACCTC GAAGTGCAGT TCAAAACTTA TTCTTCTGGG
AGTCTTTTCC AAGATTACTG GAAAGCCAAT TGAATCGAAT GAGCCACCTC GAAGTGCAGT TCAAAACTTA TTCTTCTGGG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2325 2335 2345 2355 2365 2375 2385 2395
CAAGAGTATT TGTATCACTT GTGATTCTTT CATTCTCACT CGCTGTCACC ATTGTAGCCC TTTTCGACCG AAAGACATCG
CAAGAGTATT TGTATCACTT GTGATTCTTT CATTCTCACT CGCTGTCACC ATTGTAGCCC TTTTCGACCG AAAGACATCG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2405 2415 2425 2435 2445 2455 2465 2475
ATGTACGACG GTGTTCCCCC TTATGTTTCT GTAATAGTCT TCTTCGTTCT AATGTGCGTT GTGGGTATGA TGGAAGGCAT
ATGTACGACG GTGTTCCCCC TTATGTTTCT GTAATAGTCT TCTTCGTTCT AATGTGCGTT GTGGGTATGA TGGAAGGCAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2485 2495 2505 2515 2525 2535 2545 2555
GCAAATCGCT CTATTTGCCG TGATTAATCT GCCTGAGGAC GAATTGAAGA ATTACTCCAT GGCTAGCAAA AATTGTACGT
GCAAATCGCT CTATTTGCCG TGATTAATCT GCCTGAGGAC GAATTGAAGA ATTACTCCAT GGCTAGCAAA AATTGTACGT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2565 2575 2585 2595 2605 2615 2625 2635
TGGCTTTCCA AGGAACCAAT CTTCAATCCT TCTTGATCGG TCGACAAATC TTTGTGGCTA CATGTATGTT TGTCGTGGCA
TGGCTTTCCA AGGAACCAAT CTTCAATCCT TCTTGATCGG TCGACAAATC TTTGTGGCTA CATGTATGTT TGTCGTGGCA ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2645 2655 2665 2675 2685 2695 2705 2715
CGTATCGCCT CACCAAGTTA CGGAAGTGAT GATGCAAATA TTTTTGGAGT TTCCGATGGT TTTCAGACAT TTTTGAATAC
CGTATCGCCT CACCAAGTTA CGGAAGTGAT GATGCAAATA TTTTTGGAGT TTCCGATGGT TTTCAGACAT TTTTGAATAC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2725 2735 2745 2755 2765 2775 2785 2795
GGGACTGACT GGTGCTATCA TCACAACACT CATTGGATCT TTGGCGTGGC GTATCATTGC TTCCTCTTTC CCAGTGGCTT GGGACTGACT GGTGCTATCA TCACAACACT CATTGGATCT TTGGCGTGGC GTATCATTGC TTCCTCTTTC CCAGTGGCTT
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf_rep_c3 718 3_cla
axSAf_rep_c3 7183 axSAf rep c37183 cla
----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2805 2815 2825 2835 2845 2855 2865 2875
TTCTTTCAAA TCCTTTGATT TATTTCATCA TCAGAGTTTG TTTGCTGCTT GATGCAATCG GACTTTGCTC CGCTGCTTGG
TTCTTTCAAA TCCTTTGATT TATTTCATCA TCAGAGTTTG TTTGCTGCTT GATGCAATCG GACTTTGCTC CGCTGCTTGG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2885 2895 2905 2915 2925 2935 2945 2955
CTGCTGGCAC TCATTCACAA GCAATTAGTT GGATTTCAAA TTGATGAGGT TTACATTGGT AAACCGTCAG AGCGTGCAGC
CTGCTGGCAC TCATTCACAA GCAATTAGTT GGATTTCAAA TTGATGAGGT TTACATTGGT AAACCGTCAG AGCGTGCAGC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
2965 2975 2985 2995 3005 3015 3025 3035
TGCTGAAAAA GCTGTAGATG AAGAGCTTGC TCAAGAGTGA AAACTCAAAG TTGCTCTTTC ACTCTCTTAT ATGTTGAAAA
TGCTGAAAAA GCTGTAGATG AAGAGCTTGC TCAAGAGTGA AAACTCAAAG TTGCTCTTTC ACTCTCTTAT ATGTTGAAAA ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3045 3055 3065 3075 3085 3095 3105 3115
ATAGTGGTAA TTAAGATTTC AAACTTATTT TAAATTTTTA ACTTCATATC GTTAAGCTTG GTTTTTATTC GGTGCATACG
ATAGTGGTAA TTAAGATTTC AAACTTATTT TAAATTTTTA ACTTCATATC GTTAAGCTTG GTTTTTATTC GGTGCATACG ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3125 3135 3145 3155 3165 3175 3185 3195
TTGTTGTACT AATTTCCCAA CCAAAGGTAA TTGTTGGGAG AGCGAGTTAT AGATATTATT TCAATGTTGT GTCTTTGCTT
TTGTTGTACT AATTTCCCAA CCAAAGGTAA TTGTTGGGAG AGCGAGTTAT AGATATTATT TCAATGTTGT GTCTTTGCTT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3205 3215 3225 3235 3245 3255 3265 3275
TTTTCTTTCT GCTTATTCTT CCTTTTTATA TATTATGTAC TTCAAAAGAC TTTTAGTATA ATGGAAGAAA GCATTAAAGT
TTTTCTTTCT GCTTATTCTT CCTTTTTATA TATTATGTAC TTCAAAAGAC TTTTAGTATA ATGGAAGAAA GCATTAAAGT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3285 3295 3305 3315 3325 3335 3345 3355
TCTAAGAAGT ACTTCAAAGA CTTTCTGCCT GCCAAGAACC AAGAAGAATG GATAATCATT CATGACAATT TCAGTCAATC
TCTAAGAAGT ACTTCAAAGA CTTTCTGCCT GCCAAGAACC AAGAAGAATG GATAATCATT CATGACAATT TCAGTCAATC ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3365 3375 3385 3395 3405 3415 3425 3435
AATCAAAAGA AGTGTTCTTA TAGGTTTTTG TCCTAGAAAA CTAAAGTTCC AAAGAAGATT GTTTTGTAAA AACTTGGAAT
AATCAAAAGA AGTGTTCTTA TAGGTTTTTG TCCTAGAAAA CTAAAGTTCC AAAGAAGATT GTTTTGTAAA AACTTGGAAT ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----| ----|----|
3445 3455 3465 3475 3485 3495 3505 3515
GGTAATATGC TAAACAATTA CAAGGGCTAA GTCTGCACAA AGCATTCTTG TAAGAATCAA GGTTGAACAC TTGATCTCAT GGTAATATGC TAAACAATTA CAAGGGCTAA GTCTGCACAA AGCATTCTTG TAAGAATCAA GGTTGAACAC TTGATCTCAT
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.