Серологические свойства V3-петли GP 120 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории бывшего СССР тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Щелканов, Михаил Юрьевич

• Щелканов, Михаил Юрьевич
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Щелканов, Михаил Юрьевич

ВВЕДЕНИЕ

ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ГЛАВА 1.1. ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ О МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ И ЭПИДЕМИОЛОГИИ ВИЧ.

§1.1.1. ВИЧ как этиологический агент СПИДа

§ 1.1.2. Морфология вириона ВИЧ

§1.1.3. Структура генома ВИЧ

§ 1.1.4. Классификация ВИЧ

ГЛАВА 1.2. ИММУНОХИМИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫ К КЛАССИФИКАЦИИ ВИЧ.

§ 1.2.1. Молекулярные основы гуморального иммунитета

§ 1.2.2. Общая схема реализации иммунохимических подходов к классификации вирусов

§ 1.2.3. Экспериментальные методы оценки ИР

§ 1.2.4. Предварительная обработка экспериментальных данных

§ 1.2.5. Меры дистантности СПИР

§ 1.2.6. Визуализация взаимных расположений СПИР в многомерном признаковом пространстве

§ 1.2.7. Методы классификации СПИР

§ 1.2.8. Оценка качества классификации

§ 1.2.9. Анализ соответствий

§ 1.2.10. Типирование ВИЧ-1 посредством иммунохимических методов

ЧАСТЬ И. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

§ II. 1. Сыворотки и ВИЧ-инфицированные пациенты

§ II.2. Коммерческие тест-системы

§ II.3. Синтетические пептиды

§ II.4. Твердофазный иммуноферментный анализ (ИФА) на основе синтетических пептидов

§11.5. Конкурентный ИФА на основе синтетических пептидов

§ II.6. Обработка результатов ИФА

§ II.7. Выделение и секвенирование нуклеиновых кислот

§ II.8. Оборудование

ЧАСТЬ III. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.

ГЛАВА III. 1.СЕРОТИПИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ВАРИАНТОВ ВИЧ-1, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ БЫВШЕГО СССР ДО 1995 Г.

§ III. 1.1. Серотипирование ВИЧ-позитивных сывороток с территории

Белоруссии

§ III. 1.2. Анализ соответствий между гено- и серотипом

§ III. 1.3. Влияние точечных аминокислотных замен на кросс-реактивность между различными субтипами ВИЧ

§ III.2.1. Серотипирование вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на юге/юго-востоке

Украины

§ III.2.2. Серотипирование вариантов ВИЧ-1 из светлогорского очага эпидемии в

Гомельской области Беларуси

§ III.2.3. Взаимосвязь между генотипом и серотипом для сывороток из Светлогорского очага эпидемии

§ III.2.4. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве

§ III.2.5. Серотипирование вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди ВИЧ-1-инфицированных внутривенных наркоманов в Твери

ГЛАВА III.4. НЕКОТОРЫЕ ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ПРОБЛЕМЫ АНАЛИЗА МНОГОМЕРНЫХ ДАННЫХ, ПОЛУЧАЕМЫХ ПРИ СЕРОТИПИРОВАНИИ ВИЧ-1-ПОЗИТИВНЫХ СЫВОРОТОК В ИФА НА ОСНОВЕ СИНТЕТИЧЕСКИХ ПЕПТИДОВ.

§ III.4.1. Определение дистантности СПИР, минимизирующих экспериментальную погрешность

§ Ш.4.2. Применение метода главных компонент для анализа эффективности панелей эпитоп-имитирующих пептидов при серотипировании ВИЧ

ВЫВОДЫ

СПИСОК НАУЧНЫХ ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Серологические свойства V3-петли GP 120 вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории бывшего СССР»

Актуальность проблемы. Вирус иммунодефицита человека (ВИЧ) является этиологическим агентом синдрома приобретенного иммунодефицита (СПИД). В настоящее время, распространение ВИЧ имеет характер пандемии и охватывает все страны мира. По данным 1ЛМАШ8, к началу 1998 г. в мире насчитывалось 30.6 млн. ВИЧ-инфицированных, и 11.7 млн. человек умерли от СПИДа. В 1997 г. было выявлено 5.8 млн. новых случаев ВИЧ-инфекции, из которых 90 % приходятся на развивающиеся страны, включая Россию и другие государства на территории бывшего СССР.

Вплоть до 1995 г. на территории бывшего СССР наблюдался низкий уровень распространения ВИЧ-инфекции. Однако уже тогда специалисты отмечали высокое разнообразие вариантов ВИЧ, что свидетельствовало о наличии, во-первых, ранней стадии инфекции в этом регионе, а во-вторых, - наличии множественных независимых проникновений вируса. Последнее вселяло особые опасения, так как после распада СССР и падения «железного занавеса» на фоне резкого ухудшения социально-экономической обстановки, снижались возможности государства контролировать и корректировать эпидемиологические процессы. И действительно, в то время, как скорость увеличения количества ВИЧ-инфицированных в США и Западной Европе, начиная с 1995 г., снижается, на Украине (с лета 1995 г.), в Беларуси (с лета 1996 г.) и в России (с 1997 г.) - напротив - наблюдается взрывообразное разрастание эпидемии. Отличительной чертой последнего времени является стремительный рост числа новых случаев ВИЧ-инфекции среди внутривенных наркоманов бывшего СССР. Сказанное иллюстрируют приведенные ниже диаграммы. Учитывая прозрачность государственных границ; определенную социально-культурную общность народов, проживающих на территории бывшего СССР; активизацию деятельности наркомафии как внутри бывшего СССР, так и на сопредельных территориях вкупе с ослаблением государственных структур, можно прогнозировать сходную динамику эпидемиологического процесса во всем регионе. Поэтому исследования (включая данную работу), направленные на воссоздание молекулярного портрета эпидемии, чрезвычайно актуальны, так как позволяют предсказать направление развития эпидемического процесса, а также разработать подходы к созданию отечественных вакцин и экспертной оценке применимости их зарубежных аналогов.

Количество новых случаев ВИЧ-инфекции, выявляемых ежегодно в РФ, 1987-1997

1 500

- ■ 1000; "

500 I

Распределение числа случаев ВИЧ-инфекции в зависимости от пути заражения. РФ, 1987-1997

Ш7-ТЭ95

Переливание крови От мете р и ребенку Нозокомиальный Гетерос ексу ал ь н ы й Гомосексуальный

Внутривенное введение наркотиков

Другой/неизвестен У

НВПМПНм

500 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500

Количество

Щ^в* — 11М & 1;¥>С РМСтЬИ* С.,* .Дп

ИтигМ Ж'! ^ НсЗГГ

Цель работы. Целью данной работы является, во-первых, изучение антигенного разнообразия ВИЧ-1 на популяционном и организменном уровне; во-вторых, установление взаимосвязи между структурой различных вариантов верхушечного эгштопа УЗ-петли 20 ВИЧ-1 и характером взаимодействия с ними ВИЧ-позитивных сывороток; в-третьих, адаптация методов многомерного анализа данных к результатам иммунохимических исследований.

Научная новизна работы. Показано, что среди внутривенных наркоманов на территории бывшего СССР циркулируют варианты ВИЧ-1 генотипа А серотипа А/С. Предложена модель функционирования верхушечного эпитопа УЗ-петли gpl20 в составе комплекса с антителами. Верифицирован ряд статистических методов -многомерное шкалирование, метод главных компонент и иерархический кластер-анализ - для их применения к иммунохимическим данным.

Научно-практическое значение работы. Так как в последние два-три года на территории бывшего СССР наибольший прирост новых случаев ВИЧ-инфекции имеет место среди внутривенных наркоманов, то исследование молекулярно-эпидемиологических характеристик вариантов ВИЧ, циркулирующих среди этой группы риска представляет несомненный практический интерес в контексте анализа подходов к разработке отечественных диагностических тест-систем на основе синтетических пептидов и анти-ВИЧ вакцин. Предложенная модель взаимодействия верхушечного эпитопа ВИЧ-1 с антителами позволяет предсказывать взаимосвязи между молекулярной структурой УЗ-имитирующих антигенов и их серологическими свойствами, что имеет ценность для разработки анти-ВИЧ вакцины и диагностических тест-систем.

Структура и объем работы. Диссертационная работа изложена на 256 страницах машинописного текста, включая 15 таблиц, 44 рисунков, и состоит из разделов: «Введение», «Обзор литературы» (часть I), «Материалы и методы» (часть II), «Собственные результаты» (часть III), «Выводы». Параграфы нумеруются в соответствие со следующим форматом: <Номер части (римская цифра)>.< Номер главы (арабская цифра) >.<Номер параграфа (арабская цифра)>. В каждом параграфе используется собственная нумерация формул: <Номер параграфах

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Щелканов, Михаил Юрьевич

ВЫВОДЫ

1. Показано высокое серотипическое и генетическое разнообразие вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории бывшего СССР до 1995 г. Вспышка эпидемии, зарегистрированная в 1996 г. в Светлогорске (Гомельская обл. Беларуси), вызвана высоко гомогенной разновидностью ВИЧ-1 серотипа А/С (генотипа А). Имеет место серотипическое подобие вариантов ВИЧ-1 серотипа А/С, циркулирующих в популяциях внутривенных наркоманов из очагов эпидемии в Гомельской области Беларуси (1996 г.) и в южных/юго-восточных районах Украины (1995-1996 гг.). Варианты ВИЧ-1, серотипически и генотипически подобные выявленным в Беларуси и на Украине, распространяются на территории России: показано увеличение доли серотипа А/С среди ВИЧ-1-инфицированных пациентов в Москве и среди внутривенных наркоманов в Твери.

2. Выявлены два основных типа специфичности ВИЧ-1-позитивных сывороток при взаимодействии с пептидами, имитирующими верхушечный эпитоп УЗ-петли gpl20; переключателем специфичности является "аргинин-глутаминовый триггер" 11/(3 в четвертой позиции верхушечного тетрапептида. Исследовано влияние физико-химических свойств трипептидов, фланкирующих центральный тетрапептид, на характер взаимодействия с ВИЧ-позитивными сыворотками. Предложена модель функционирования верхушечного эпитопа УЗ-петли gpl20 ВИЧ-1 в составе комплексов с антителами.

3. Показано, что серотип может включать в себя несколько генотипов. Наибольшее соответствие между гено- и серотипом имеет место для субтипа В. Серотип А/С может включать в себя генотипы А и С; при этом, сыворотки, аутологичные субтипу С, резко снижают иммунореактивность к УЗ-имитирующим пептидам при замене С>—»Я в четвертой позиции центрального тетрапептида. Данные серотипирования хорошо коррелируют с результатами генотипирования для локальных очагов эпидемии ВИЧ-1. Качество такого соответствия уменьшается в процессе распространения инфекции и потери эпидемией локальности.

4. Показана эффективность применения ряда статистических подходов (метода главных компонент, многомерного шкалирования и восходящей иерархической классификации) для серотипирования. Исследована зависимость погрешности при вычислении различных метрик дистантности спектров иммунореактивности от схемы эксперимента. Предложен метод сравнительного анализа эффективности пептидных панелей для серотипирования.

Список квалификационных работ, выполненных под научным руководством соискателя (совместно с Карамовым Э.В.):

1) Юдин А.Н. Серотипирование ВИЧ-позитивных сывороток с территории бывшего СССР // Дипломная работа. - МФТИ, факультет физико-химической биологии, кафедра молекулярной биофизики, 1997. - Оценка «отлично». - 87 с.

2) Славский А.А. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве // Курсовая работа. - МФТИ, факультет физико-химической биологии, кафедра молекулярной биофизики, 1998. - Оценка «отлично». - 34 с.

3) Бурунова В.В. Серологические свойства вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории бывшего СССР // Дипломная работа. - МГУ, биологический факультет, кафедра клеточной физиологии и иммунологии, 1998. - Оценка «отлично». - 72 с.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Щелканов, Михаил Юрьевич, 1999 год

1. Пашкова Т.А., Ярославцева Н.Г., Щелканов М.Ю., Папуашвили М.Н., Сахурия И.Б., Корнилаева Г.В., Карамов Э.В. Биологические свойства первичных изолятов ВИЧ-1 различных серотипов // Вопросы вирусологии. 1998. - N 5.

2. Щелканов М.Ю., Ярославцева Н.Г., Юдин А.Н., Мирсков Ю.А., Ерёмин В.Ф., Титов Л.П., РытикП.Г., Карамов Э.В. Анализ серологических свойств ВИЧ-1 из очага эпидемии в Гомельской области Белоруссии (1996 г.) // Вопросы вирусологии. 1998.-N 5.

3. Щелканов М.Ю., Сойнов JI.A., Залунин В.В., Славский A.A., Сахурия И.Б., Буру нова В. В., Ярославцева Н.Г., КарамовЭ.В., Хаитов P.M. Определение дистантности спектров иммунореактивности при серотипировании ВИЧ // Иммунология. 1998. - N 6.

4. Щелканов М.Ю., Юдин А.Н., Ерёмин В.Ф., Гадынская Н.И., Ярославцева Н.Г., Карамов Э.В. Увеличение серотипической гетерогенности ВИЧ-1 в Светлогорском очаге (1996) через год после начала вспышки эпидемии//Вопросы вирусологии. -Принято в печать.

5. Щелканов М.Ю., Ярославцева Н.Г., ЮдинА.Н., Буру нова В. В., Горбачёва А.П., Славский A.A., Ольшанский А.Я., Голиков В.А., Карамов Э.В. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве // Вопросы вирусологии. Принято в печать.

6. Абэяян A.B. Иммунологическая нейтрализация вируса иммунодефицита человекапервого типа // Успехи Соврем. Биол. 1997. - Т. 117. - С. 549-567.

7. Абэлян A.B., Щелканов М.Ю., Бурунова В.В., Кабдулова Д.О., Карамов Э.В.

8. Иммуноферментная система для обнаружения антител в составе комплексов с антигенами ВИЧ-1 //Бюл. Эксп. Биол. Мед. 1998. -N 8.- С. 189-195.

9. Айвазян С.А., БежаеваЗ.И., Староверов О.В. Классификация многомерныхнаблюдений. М.: Статистика, 1974. - 240 с.

10. Айвазян С.А., Бухштабер В.М., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д. Прикладнаястатистика: Классификация и снижение размерности. М.: Финансы и статистика, 1988.-247 с.

11. Айвазян С.А., Енюков И.С., Мешалкин Л.Д. Прикладная статистика: основымоделирования и первичная обработка данных. М.: Финансы и статистика, 1983.- 472 с.

12. Айвазян С.А., МиркинБ.Г.// Предисл. к кн.: Жамбю М. Иерархический кластеранализ и соответствия. М.: Финансы и статистика, 1988. - С. 5-7.

13. Альберте А., Брей Д., Льюис Дж., Рэфф М., Роберте К., Уотсон Дж. Иммуннаясистема // В кн.: Молекулярная биология клетки (в 3-х тт.). М.: Мир, 1994. - Т. 3.- С. 215-286.

14. Андреев С.М., Мещерякова Д.В. // В сб.: Итоги науки и техники. Сер. Иммунология.-М., 1992.-Т. 30.-С. 44-80.

15. Берзофски Д.А., БерковерА.Д. Взаимодействие антиген-антитело//В сб.:

16. Иммунология (в 3-х тт.) / Ред. У.Е. Пол. М.: Мир, 1989. - Т. 3. - С. 5-88.

17. Бибиков Ю.И. Курс обыкновенных дифференциальных уравнений. М.: Высшаяшкола, 1991. 303 с.

18. Браверман Э.М., Мучник И.Б. Структурные методы обработки эмпирическихданных. М.: Наука, 1983. - 464 с.

19. Букринский М.И. Строение генома и экспрессия генов вируса иммунодефицитачеловека (обзор иностранной литературы) // Вопросы вирусологии. 1987. - N 6. -С. 649-656.

20. Бухштабер В.М., МасловВ.К., ЗеленюкЕ.А. Методы анализа и построенияалгоритмов автоматической классификации на основе математических моделей // В кн.: Прикладная статистика. Ученые записки по статистике. Т. 45. -М.: Наука, 1983. - С. 126-144.

21. Бухштабер В.М., МасловВ.К., ЗеленюкЕ.А. Методы построения алгоритмовэталонного типа в задачах автоматической классификации//В кн.: Машинные методы обнаружения закономерностей / Вычислительные системы. Вып. 88. -Новосибирск, 1981. - С. 65-79.

22. Вершигора А.Е. Общая иммунология. Киев: Выща школа, 1990. - 736 с.

23. Волькенштейн М.В. Биофизика. М.: Наука, 1988. - 591 с.

24. Выгодский М.Я. Справочник по высшей математике. М.: Наука, 1966. - 870 с.

25. Выханду JI.K., КрусбергХ.О. О нелинейном факторном анализе//В кн.: Труды

26. Таллинского политехнического института. Таллин: Изд-во ТПИ, 1977. - N 426.

27. Гуд И. Дж. Ботриология ботриологии//В сб.: Классификация и кластер/Ред.

28. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. - С. 66-80.

29. Дерягин Б.В., Чураев Н.В., Муллер В.М. Поверхностные силы. М.: Наука, 1987.398 с.

30. Джеске Д.Дж., Кепра Дж.Д. Иммуноглобулины: строение и функция //В сб.:

31. Иммунология (в 3-х тт.) / Ред. У.Е. Пол. М.: Мир, 1989. - Т. 1. - С. 204-252.

32. ДидэЭ. Методы анализа данных. Подход, основанный на методе динамических сгущений. М.: Финансы и статистика, 1985. - 357 с.

33. Елисеева И.И., Рукавишников В.О. Группировка, корреляция, распознаваниеобразов. М.: Статистика, 1977. - 144 с.

34. Емельянов A.B. Кандидатская диссертация на соискание ученой степени кандидатабиологических наук. Ст.-Петербург: СПГУ, 1996.

35. Еремин В.Ф., Попов С.А., Пыжова Н.С., Кучеров И.И., КюхерерК., Оли Г.,

36. РытикП.Г. Комплексный подход к диагностике ВИЧ-1-инфекции: применение полимеразной цепной реакции в качестве альтернативного подтверждающего теста // ЖМЭИ. 1996. - N 5. - С. 23-27.

37. Ермаков С.М., Жиглявский A.A. Математическая теория оптимальногоэксперимента. М.: Наука, 1987. - 320 с.

38. ЖамбюМ. Иерархический кластер-анализ и соответствия. М.: Финансы истатистика, 1988. 342 с.

39. Жуковская В.М., Мучник И.Б. Факторный анализ в социально-экономическихисследованиях. М.: Статистика, 1976. - 219 с.

40. Загоруйко Н.Г. Методы распознавания и их применение. М.: Сов. радио, 1972.206 с.

41. Загоруйко Н.Г., ЕлкинаВ.Н., Лбов Г.С., Емельянов A.M. Пакет прикладныхпрограмм ОТЭКС. М.: Финансы и статистика, 1987. - 138 с.

42. Иммунологические методы / Ред. Г. Фримель. М.: Медицина, 1987. - 472 с.

43. Иммуноферментный анализ / Ред. Т. Нго, Г. Ленхофф. М.: Мир, 1988. - 444 с.

44. Кантор Ч., Шиммел П. Конформационный анализ и силы, определяющие структурубелка//В кн.: Биофизическая химия (в 3-х тт.)/Ред. А.А.Богданов, Ю.С. Лазуркин, М.Д. Франк-Каменецкий. М.: Мир, 1984. - Т. 1. - С. 237-285.

45. Кантор Ч., Шиммел П. Размер и форма макромолекул // В кн.: Биофизическая химияв 3-х тт.)/Ред. А.А.Богданов, Ю.С. Лазуркин, М.Д. Франк-Каменецкий. М.: Мир, 1984. - Т. 2. - С. 178-222.

46. Карамов Э.В., ЛукашовВ.В., Слепушкин В.А., Чаплинскас С.А., Горбачева А.П.,

47. Руднева И.А. Модифицированный метод радиоиммунопреципитации для определения антител к ВИЧ-1 и его использование в сероэпидемиологических исследованиях // Иммунология. 1992. - N 1. - С. 15-18.

48. Карамов Э.В., СахурияИ.Б., Щелканов М.Ю., БуруноваВ.В., Ярославцева Н.Г.,

49. Павлова Т.В., Корнилаева Г.В. Новые подходы к химиотерапии ВИЧ-инфекции // ЖМЭИ. 1999. - Принято в печать.

50. Карамов Э.В., ЩелкановМ.Ю., ЮдинА.Н., Горбачёва А.П., БуруноваВ.В.,

51. Славский A.A., ЛукашовВ.В., Ярославцева Н.Г. Молекулярноэпидемиологические особенности вариантов ВИЧ-1, циркулирующих среди внутривенных наркоманов на территории бывшего СССР//ЖМЭИ. 1999. - В печати.

52. Клеммоу Ф., ДоуэртиДж. Электродинамика частиц и плазмы. М.: Мир, 1996.527 с.

53. Козлов А.П., Глебов A.B. Качество серодиагностики вируса иммунодефицитачеловека // Вопросы вирусологии. 1993. - Т. 38. - N 4. - С. 186-187.

54. Козлов А.П., Емельянов A.B., Веревочкин C.B., КарамовЭ.В. Закономерностиранней фазы эпидемии ВИЧ/СПИД//Рус. Журн. «ВИЧ, СПИД и родственные проблемы». 1997. - Т. 1. - С. 5-28.

55. Костюк П.Г., Гроздинский Д.М., Зима B.JL, МагураИ.С., Сидорик И.П., Шуба М.Ф.

56. Биофизика. Киев: Выща школа, 1988. - 503 с.

57. Краснов К.С. Молекулы и химическая связь. М.: Высшая школа, 1977. - 280 с.

58. Крускал Дж. Взаимосвязь между многомерным шкалированием и кластеранализом // В кн.: Классификация и кластер / Ред. Дж. В. Райзин. М.: Мир, 1980. -С. 20-41.

59. Кудрявцев Л.Д. Функциональные пространства//В кн.: Курс математическогоанализа (в 3-х тт.). М.: Высшая школа, 1989. - Т. 3. - С. 96-304.

60. Ландау Л.Д., Лифшиц Е.М. Статистическая физика. Часть 1 // В кн.: Теоретическаяфизика (в 10-ти тт.). М.: Наука, 1995. - Т. 5. - 680 с.

61. Лимфоциты / Ред. Дж.М. Клаус. М.: Мир, 1990. - 228 с.

62. Линас Дж.Р., Руис Дж.М. Многомерный анализ химических данных факторнымиметодами // В сб.: ЭВМ помогает химии / Ред. Г. Вернин, М. Шанон. Л.: Химия, 1990. - С, 182-304.

63. ЛоуиД.Р. Трансформация и онкогенез: ретровирусы////В сб.: Вирусология (в 3-хтт.) / Ред. Б. Филдс, Д. Найп. М.: Мир, 1989. - Т. 1. - С. 433-486.

64. ЛоулиД., Максвелл А. Факторный анализ как статистический метод. М.: Мир,1967. 182 с.

65. Лукашов В.В., Слеиушкин В.А., Горбачева А.П., Карамов Э.В. Перекрестныереакции между ВИЧ-1 и ВИЧ-2 при использовании радиоиммунопреципитации // Иммунология. 1992. - N 1. - С. 18-20.

66. Макс Э.Е. Иммуноглобулины: молекулярная генетика //В сб.: Иммунология (в 3-хтт.)/Ред. У.Е. Пол. -М.: Мир, 1989. Т. 1. - С. 255-306.

67. Мещерякова Д.В., Андреев С.М., Тарасова С.О., Сидорова М.В., ВафинаМ.Г.,

68. Папуашвили М.Н., Прокопенко В.Д., Хаитов P.M. Анализ эпитопной специфичности антител из сывороток HIV-инфицированных лиц с использованием функционально значимых фрагментов белков HIV // Иммунология. 1995. - N 2. - С. 10-13.

69. Миркин Б.Г. Главные компоненты и анализ соответствий// Добавл. в кн.:

70. Жамбю М. Иерархический кластер-анализ и соответствия. М.: Финансы и статистика, 1988. - С. 45-51.

71. Миркин Б.Г. Иерархический кластер-анализ: дополнительные результаты //

72. Прилож. к кн.: Жамбю М. Иерархический кластер-анализ и соответствия. М.: Финансы и статистика, 1988. - С. 318-340.

73. Многомерный анализ: ординация, многомерное шкалирование и смежныевопросы // В кн.: Справочник по прикладной статистике (в 2-х тт.) / Ред. Э. Ллойд, У. Ледерман. М.: Финансы и статистика, 1990. - Т. 2. - С. 240-299.

74. Мосс Б. Репликация поксвирусов // В сб.: Иммунология (в 3-х тт.) / Ред. У.Е. Пол.

75. М.: Мир, 1989. Т. 3. - С. 246-286.

76. Набатов A.A., Машарский А.Э., Емельянов A.B., Верёвочкин С.В., Ченцова Н.П.,

77. Круглов Ю.В., Кобыща Ю.В., Козлов А.П. Эпидемия ВИЧ-инфекции срединаркоманов на Украине: разные субтипы ВИЧ-1 в разных городах//Русский журнал «ВИЧ, СПИД и родственные проблемы». 1997. - Т. 1. - N. 1. - С. 130-131.

78. Налимов В.В. Теория эксперимента. М.: Наука, 1971. - 82 с.

79. Натан A.A. Теория распознавания образов (статистические методы).

80. Долгопрудный: МФТИ, 1988. 84 с.

81. Николис Дж. Динамика иерархических систем. Эволюционное представление. М.:1. Мир, 1989. 486 с.

82. Новохатский A.C., Хлябич Г.Н. Теория и практика лабораторной диагностики

83. СПИД. М.: ВИНИТИ, 1992. - 178 с.

84. Остерман JI.A. Исследование биологических макромолекулэлектрофокусированием, иммуноэлектрофорезом и радиоизотопными методами. -М.: Наука, 1983.-304 с.

85. Первиков Ю.В., Эльберт Л.Б. Иммунные комплексы при вирусных инфекциях. М.:1. Медицина, 1984. 160 с.

86. Покровский В.В., Суворова З.К., Мангушев Т.Н. Инфекция, вызванная вирусомиммунодефицита второго типа, в СССР // ЖМЭИ. 1988. - V. 10. - Р. 18-20.

87. Пол У.Е. Иммунная система// В сб.: Иммунология (в 3-х тт.) / Ред. У.Е. Пол. М.:

88. Мир, 1989.-Т. 1.-С. 14-45.

89. Полак Дж., Ван Норден С. Введение в иммуноцитохимию. Современные методы ипроблемы. М.: Мир, 1987. - 74 с.

90. Pao С.Р. Кластер-анализ в применении к изучению перемешивания рас в популяциилюдей//В сб.: Классификация и кластер/Ред. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. -С. 148-167.

91. Расули A.M., РасулиШ.М., Андреев С.М., Мещерякова Д.В., Тарасова С.О.,

92. СенютаН.Б., Сыртцев A.B., ГурцевичВ.Э. Кросс-реактивность и структурная гомология иммунодоминантных пептидных фрагментов ретровирусов человека HTLV-I, HTLV-II, HIV-1 и HIV-2 //Мол. Биол. 1995. - Т. 29. - N 1. - С. 225-238.

93. Ржанинова A.A. Диссертационная работа на соискание ученой степени кандидатабиологических наук. М.: НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН, 1998.

94. Родин С.Н. Идея коэволюции. Новосибирск: Наука, 1991. - 271 с.

95. Ройт А. Иммунология. М.: Мир, 1991. - 327 с.

96. Рубин А.Б. Биофизика процессов рецепции // В сб.: Биофизика (в 2-х тт.). М.:

97. Высшая школа, 1987. Т. 2. - С. 176-186.

98. Рубин А.Б. Различные типы взаимодействий в макромолекулах // В сб.: Биофизикав 2-х тт.). М.: Высшая школа, 1987. - Т. 1. - С. 130-143.

99. Рытик П.Г., Кучеров И.И., Подольская И.А., Коржев М.О. Эпидемиологическиеособенности ВИЧ-инфекции в Беларуси на современном этапе. Русский журнал "ВИЧ, СПИД и родственные проблемы". 1997. - Т. 1. - N. 1. - С. 126.

100. Сахурия И.Б. Биологические свойства изолятов ВИЧ-1 // Кандидатская диссертацияна соискание ученой степени кандидата биологических наук. М.: НИИВ РАМН, 1998.

101. Сивухин Д.В. Термодинамика и молекулярная физика//В сб.: Общий курс физикив 5-ти тт.). М.: Наука, 1990. - Т. 2. - 592 с.

102. Сидорова Е.В. Аитигеизависимые неспецифические иммуноглобулины. Природа ивозможные механизмы образования//Успехи Соврем. Биол. 1993. - Т. 113. -С. 675-701.

103. Сиссонс Дж.П.Г., Олдстоун М.Б.А. Ответ хозяина на вирусную инфекцию // В сб.:

104. Вирусология (в 3-х тт.) / Ред. Б. Филдс, Д. Найп. М.: Мир, 1989. - Т. 2. - С. 5-34.

105. Скотт Д. Разработка прикладных систем на Visual Basic for Windows™. M., 1994.407 с.

106. Сокал P.P. Кластер-анализ и классификация: предпосылки и основныенаправления//В сб.: Классификация и кластер /Ред. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. - С. 148-167.

107. Стариков Н.С., Щелканов М.Ю., Юдин А.Н., Антонов А.А., Карамов Э.В.

108. Применение статистических подходов при серотипировании ВИЧ-позитивных сывороток с помощью эпитоп-имитирующих синтетических пептидов. Русский журнал "ВИЧ/СПИД и Родственные Проблемы". 1997. - Т. 1. - N 1. - С. 134-135.

109. Степанов В.М. Молекулярная биология. Структура и функция белков. М.: Высшаяшкола, 1996. 335 с.

110. Уинстон П. Искусственный интеллект. М.: Мир, 1980. - 519 с.

111. Ульянкина Т.И. Зарождение иммунологии. М.: Наука, 1994. - 319 с.

112. Умнов А.Е. Аналитическая геометрия и линейная алгебра. Долгопрудный: МФТИ,1997.-364 с.

113. Фазекас де Сент-Грот С. Оценка качества антител и клеточных рецепторов // В сб.:

114. Иммунологические методы /Ред. И. Лефковитц, Б. Пернис. М.: Мир, 1981. -С. 10-57.

115. Физические величины / Ред. И.С.Григорьев, Е.З. Мейлихова. М.:

116. Энергоатомиздат, 1991. 1232 с.

117. Хаитов Р. М., Игнатьева Г. А. СПИД. М.: Народная академия культуры иобщечеловеческих ценностей, 1992. 352 с.

118. Харман Г. Современный факторный анализ. М.: Статистика, 1972. - 243 с.

119. Хартиган Дж.А. Задачи, связанные с функциями распределения в кластеранализе // В кн.: Классификация и кластер / Ред. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. -С. 42-65.

120. Хаустов А.И., Гагаркин Н.И. Эпидемия ВИЧ/СПИД в Николаевскойобласти//Русский журнал "ВИЧ/СПИД и Родственные Проблемы". 1997. - Т. 1. -N 1. - С. 127.

121. Хэмминг Р.В. Теория кодирования и теория информации. М.: Радио и связь, 1983.- 87 с.

122. Шагинян В.Р., Круглов Ю.В. Анализ территориального распределения уровнейзаболеваемости гепатитом В и ВИЧ-инфекцией // Русский журнал "ВИЧ/СПИД и Родственные Проблемы". 1997. - Т. 1. - N 1. - С. 127-128.

123. Щелканов М.Ю., Пашкова Т.А., Сахурия И.Б., Папуашвили М.Н., Карамов Э.В.

124. Анализ биологических характеристик первичных изолятов ВИЧ-1 с помощью метода главных компонент // Вопросы вирусологии. 1998. - N 3. - С. 117-121.

125. Щелканов М.Ю., Сойнов Л.А., Залунин В.В., Славский A.A., Сахурия И.Б.,

126. Бурунова В.В., Ярославцева Н.Г., Карамов Э.В., Хаитов P.M. Определение дистантности спектров иммунореактивности при серотипировании ВИЧ // Иммунология. 1998. - N 6.

127. Щелканов М.Ю., Юдин А.Н., Бурунова В.В., Горбачёва А.П., Славский A.A.,

128. Папуашвили М.Н., Ярославцева Н.Г., Сидорович И.Г., Османов С., Хаитов P.M.,

129. Карамов Э.В. В популяции внутривенных наркоманов Твери циркулируют варианты ВИЧ-1 серотипа А/С // Иммунология. 1998. - N 5.

130. Щелканов М.Ю., Юдин А.Н., БуруноваВ.В., Ярославцева Н.Г., Славский A.A.,

131. Ольшанский А.Я., Николаева И.А., Сидорович И.Г., Голиков В.А., Карамов Э.В. Применение метода главных компонент для анализа эффективности панелей эпитоп-имитирующих пептидов при серотипировании ВИЧ // Иммунология. -1999. В печати.

132. Щелканов М.Ю., Юдин А.Н., Ерёмин В.Ф., Гадынская Н.И., Ярославцева Н.Г., Карамов Э.В. Увеличение серотипической гетерогенности ВИЧ-1 в Светлогорском очаге (1996) через год после начала вспышки эпидемии // Вопросы вирусологии. Принято в печать.

133. Щелканов М.Ю., Ярославцева Н.Г., Емельянов A.B., СахурияИ.Б., АбэлянА.В., Верёвочкин C.B., Козлов А.П., Карамов Э.В. Модель функционирования верхушечного эпитопа V3-петли gp 120 ВИЧ-1 в составе комплекса с антителами // Мол. Биол. 1998. - N 5.

134. ЩелкановМ.Ю., ЯрославцеваН.Г., ЮдинА.Н., БуруноваВ.В., ГорбачёваА.П., Славский A.A., Ольшанский А.Я., Голиков В.А., Карамов Э.В. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве // Вопросы вирусологии. 1988. - В печати.

135. Щелканов М.Ю., Ярославцева Н.Г., ЮдинА.Н., МирсковЮ.А., Ерёмин В.Ф., ТитовЛ.П., РытикП.Г., КарамовЭ.В. Анализ серологических свойств ВИЧ-1 из очага эпидемии в Гомельской области Белоруссии (1996 г.)//Вопросы вирусологии. 1998. - N 5.

136. Эмануэль Н.М., Кнорре Д.Г. Курс химической кинетики. М.: Высшая школа, 1984.-463 с.

137. Ярославцева Н.Г., Лукашов В.В., Папуашвили М.Н., Прокопенко В.Д., Хаитов P.M., Карамов Э.В. УЗ-серотипы ВИЧ-1, представленные на территории России // Иммунология. 1996. - N 3. - С. 17-21.

138. Alkhatib G., Combadiere С., Broder С.С., Feng Y., Kennedy P.E., Murphy P.M., Berger E.A. CC CKR5: a RANTES, MlP-lalpha, MlP-lbeta receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1 // Science. 1996. - V. 272. - P. 1955-1958.

139. Apetrei C., Necula A., Holm-Hansen C., Loussert-Ajaka I., Pandrea I., Cozmei C., Streinu-Cercel A., Pascu F.R., Negut E., Molnar G., Duca M., Pecec M., Brun-Vezinet F., Simon F. HIV-1 diversity in Romania // AIDS. 1998. - V. 12. - P. 1079-1085.

140. BaillouA., Brand D., Denis F., M'Boup S., Chout R„ Goudeau A., Barin F. High antigenic cross-reactivity of the V3 consensus sequences of HIV-1 gpl20 // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1993. - V. 9. - P. 1209-1215.

141. Barre-Sinoussi F., Chermann J.C., Rey F. and Monagnier L. Isolation of T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for aquired immune deficiency syndrome (AIDS) // Science. 1983. - V. 20. - P. 868-871.

142. BennS., Rutledge R., Folks T., Gold J., Baker L., McCormick J., PiotP., QuinnT., Martin M. Genomic heterogeneity of AIDS retroviral isolates from North America and Zaire // Science. 1985. - V. 230. - P. 949-951.

143. Benzecri J.P. L'analyse des données. Paris: Dunod, 1973 (1976, 1979). - Tome 1 - La taxinomie, Tome 2 - L'analyse des correspondences.

144. Berger E.A., Doms R.W., Fenyo E.M., Korber B.T., Littman D.R., Moore J.P., Sattentau Q.J., Schuitemaker H., Sodroski J., Weiss R.A. A new classification for HIV-1 // Nature. 1998. - V. 391. - P. 240.

145. Berger E.A. HIV entry and tropism: the chemokine receptor connection // AIDS. 1997. -V. 11. - Suppl. 1. - P. S3-S16.

146. Berzofsky J.A., Schechter A.N. The concepts of cross-reactivity and specificity in immunology // Mol. Immunol. -1981. V. 18. - P. 751-763.

147. Bhattacharya A. On a measure of divergence between two multinomial populations // Sankya. 1946. - V. 7. - P. 401-419.

148. BockH.H. On some significance tests in cluster analyses//J. Classification. 1985. -N 1. - P. 77-108.

149. Bonis L. de, Lebeaux M.O. A propos d'un crâne de canidé découvert dans le quaternaire de Cantal. Etude multidimensionnelle des caractères discriminants entre chiens et loups // Mammalia. 1974. - V. 38. - P. 717-728.

150. Boom R., Sol C.J.A., Salimans M.M.M., Jansen C.L., Wertheim-Van Dillen P.M.E., van Der Noordaa J. Rapid and simple method for purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. 1990. - V. 28. - P. 495-503.

151. Bredell H., Williamson C., Sonnenberg P., Martin D.J., Morris L. Genetic characterization of HIV type 1 from migrant workers in three South African gold mines // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. - V. 14. - P. 677-684.

152. Brodsky M.H., Warton M., Myers R.M., fnd R.D. Littman. Analysis of the site in CD4 that binds to the HIV envelope glycoprotein // J. Immunol. 1990. - V. 144. - P. 30783086.

153. Bruynooghe M. Classification ascendante hiérarchique de grands ensembles de données: un algorithme rapide fondé sur la construction des voisinages réductibles // Les Cahiers de l'analyse des données. 1978. - N 1. - P. 7-33.

154. Buck S.F. A method of estimation of missing values in Multivariate data suitable for use with an electronic computer//J. Roy. Stat. Soc. (Ser. B) 1960. - V. 22. - P. 302307.

155. Carrol J.D., Chang J.J. Analysis of individual differences in multidimensional scaling via an N-way generalization of Eckart-Young decomposition // Psychometrika. 1970. -Vol. 35.-N3.-P. 283-319.

156. Catasti P., Fontenot J.D., Bradbury E.M., Gupta G. Local and global structural properties of the HIV-MN V3 loop // J. Biol. Chem. 1995. - V. 270. - P. 2224-2232.

157. Chaix M.-L., ChappeyC., CoullinL, Rozenbaum W., LevyJ.-P., Saragosti S. Diversity of the V3 region of Paris, France//AIDS. 1993. - V. 7. -P. 1199-1204.

158. Cheingsong-Popov R., Callow D., Beddows S., Lister S, Bobkov A, Weber J. Geographic diversity of human immunodeficiency virus type 1: serological activity to env epitopes and relationship to neutralization//!. Infect. Dis. 1992. - V. 165. -P. 256-261.

159. ClavelF., MansinhoK., GuitardD., Favier V., Nina J., Santos-Ferreira M.O., Champalimand J.L., Montagnier L. Chamaret S. Human immunodeficiency virus type 2 infection associated with AIDS in West Africa//New Engl. J. Med. 1987. - V. 85. -P. 165-172.

160. Clayton L.K., Hussey R.E., Steinbrich R., Ramachandran H., Husain Y., Reinherz E.L. Substitution of murine for human CD4 residues identifies amino acid critical for HIV-gpl20 binding. //Nature. 1988. - V. 335. - P. 363-366.

161. Cohen J. HIV "cofactor" comes in for more fire // Science. 1993. - V. 262. - P. 1971.

162. Coldrich A., Aliscouper R.F., Dieser A.A., Freimann A. Interaction of laser beam with virus particles // Brit. J. Laser Spectroscopy. 1986. - V. 12. - P. 35-43.

163. Covas D.T., Biscaro T.A., Kashima S., Duarte G., Machado A. A. High frequency of the GWG (Pro Trp) envelope variant of HIV-1 in Southeast Brazil// J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol. 1998. - V. 19. - P. 74-79.

164. Crothers D.M., Metzger H. The influence of poly valency on the binding properties of antibodies / Immunochem. 1972. - V. 9. - P. 325-340.

165. CrowlR., Ganguly K., Gordon M., CouroyR., SchaberM., Kramer R. HTLV-III env gene products synthesized in the sera of AIDS patients // Cell. 1985. - V. 41. - P. 979986.

166. Dalgleish A.G., Wilson S., Gompels M., Ludlam C., Gazzard B., Coates A.M., HabeshawJ. T-cell receptor variable gene products and early HIV-1 infection // Lancet. 1992. - V. 339. - P. 824-828.

167. De Lisi C. The effect of cell size and receptor density on ligand-receptor reaction rate constants // Mol. Immunol. -1981. V. 18. - P. 507-511.

168. De Lisi C., Wiegel F.W. Effect of nonspecific forces and finite receptor number on rate constants of ligand-cell bound-receptor interactions // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1981.-V. 78.- P. 5569-5572.

169. Delgado M., Santiago J. HIV/AIDS in a Puerto Rican/Dominican community: a collaborative project with a botanical shop // Soc. Work. 1998. - V. 43. - P. 183-186.

170. DevitoC., Levi M., Hinkula J., Fernandez Medina R.D., Libonatti O., Wigzell H. Seroreactivity to HIV-1 V3 subtypes A to H peptides of Argentinian HIV-positive sera// J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol. 1998. - V. 17. - P. 156-159.

171. Diday E. Le méthode de nuées dynamiques // Rev. Stat. App. 1971. - V. 19. - P. 19-34.

172. Diday E. Orders and overlapping clusters by pyramids. Leiden: DSWO Press, 1987. -197 p.

173. Diday E., Monreau J.V. Learning hierarchical clustering from examples // Pat. Rec. Let. 1984. -V. 2. - P. 365-378.

174. DjindjanF. Contribution de l'analyse des donées a l'étude de l'outillage de la pierre tailleé (Mémoire de maîtrise). Université de Paris X, 1976.

175. Dragic T., Litwin V., Allaway G.P., Martin S.R., Huang Y., Nagashima K.A., Cayanan C., Maddon P.J., Koup R.A., Moore J.P., Paxton W.A. HIV-1 entry into CD4+ cells is mediated by the chemokine receptor CC-CKR-5 //Nature. 1996. - V. 381. - P. 667673.

176. Drake J.M. Comparative rates of spontaneous mutations //Nature. 1969. - V. 221. -P. 1132.

177. Esposito J. J., Obijeski J.F., Nakano J.H. Serological relatedness of monkeypox, variola, and vaccinia viruses // J. Med. Virol. 1977. - V. 1. - P. 35-47.

178. FenyoE.M. Biological phenotype in vitro// In: Abstract Book of Conference on AIDS. - 1996. - Berlin, Gemany - V. 1. - P. 1-7.

179. Freimann R.K. Interactions between solvate envelopes of particles: III. Solvate envelope of influenza virions // Brit. J. Phys. Chem. 1984. - V. 34. - P. 134-143.

180. Gallo R.C. Mechanism of disease induction by HIV // J. AIDS. 1990. - V. 3. - P. 380389.

181. Gallo R.C., Montagnier L. AIDS in 1988 // Sci. American. 1988. - V. 259. - P. 41-48.

182. Gallo R.C., Sarin P.S., Gelmann E.P. Isolation of human T-cell leucemia virus in aquired immune deficiency syndrome // Science. 1983. - V. 220. - P. 865-867.

183. Gallo R.C., Wong-Staal F., Montagnier L., Haseltine W.A., Yoshida M. HIV/HTLV gene nomenclature // Nature. 1988 (a). - V. 333. - P. 504.

184. Gelderblom H.R., Ozel M., Pauli G. Morphogenesis and morphology of HIV. Structure-function relations // Arch. Virol. 1989. - V. 106. - P. 1-13.

185. Ghiara J.B., Stura E.A., Stanfield R.L., Profy A.T., Wilson I.A. Crystal structure of the principal neutralization site of HIV-1 // Science. 1994. - V. 264. - P. 82-85.

186. Gleason T.C., Staelin R. A proposal for handling missing data// Psychometrika. 1975. - V. 40. - P. 229-252.

187. Gondran M. Algèbre linéare et cheminement dans un graphe // RAIRO. 1975. - N 1. -P. 77-99.

188. GoquelC. Recherche comparative internationale sur les budget temps. Etudes et conjonctures // Revue mensuelle de l'INSEE. - 1966. - N 9.

189. Gottlieb M.S., Schroff R., Schanker H. Pneumocystis carinii pneumonii and mucosal candidiasis in previously healthy homosexual men//New England J. Med. 1981. -V. 305. - P. 1425-1430.

190. Haeffner-Cavaillon N., Weiss L. Does CD26 serve as a cofactor to CD4 for the entry of HIV ? // Transcriptase. 1994. - V. 3. - P. 20-21.

191. Hammes G.G. Relaxation spectrometry of biological systems//Adv. Protein Chem. -1968.-V. 23.-P. 1-57.

192. Hamming R.W. Coding and information theory. N.Y.: Prentice-Hall, 1980. - 127 p.

193. Harouse J.M., Bhat S., Spitalnik S.L., Laughlin M., Stefano K., Silberberg D.H., Gonzaez-Scarano F. Inhibition of entry of HIV-1 in neural cell lines by antibodies against galactosyl ceramide // Science. -1991. V. 253. - P. 320-323.

194. Hartigan J. A. Statistical theory of clustering //J. Classification. 1985. - N 1. - P. 6376.

195. Haseltine W.A. Molecular biology of the AIDS virus: ten years of discovery hope for the future // In: Science Challenging AIDS. Basel: Karger, 1992. - P. 71-106.

196. Hauber J., Perkins A., Heimer E.P. Gullen B.R. Trans-activation of HIV gene expression is mediated by nuclear events // PNAS US. 1987. - V. 84. - P. 6364-6386.

197. Hellinger E. Neue Bergründung der Theorie quadratisher Formen von unendlichvielen Veränderlichen // J. Fur reine und angew. Math. 1909. - V. 136. - P. 210-227.

198. Heremans J.F. History of the development of the secretory immunological system // In: The role of immunological factors in infectious / Ed. R.F. Beers Jr., E. Basset. 1976. -P. 381-388.

199. Hickman R.K., Vallari A., Golden A., Lund J., Hackett J. Jr, Brennan C., Devare S. Detection and differentiation of HIV-1 group O sera from HIV-1 group M and HIV-2 using recombinant antigens and peptides // J. Virol. Methods. 1998. - V. 72. - P. 4349.

200. HIV-1 diversity in Romania// AIDS. 1998. - V. 12. - P. 1079-1085.

201. Hodson F.R., Sneath P.H.A., Doran J.E. Some experiments in the numerical analysis of the archeological data // Biometrika. 1966. - P. 311 -324.

202. Hotelling H. Analysis of complex statistical variables into principal components // J. Exp. Psych. 1933. - V. 24. - P. 417-498.

203. Human retroviruses and AIDS: a compilation and analyses of nucleic acid and amino acid sequences / Ed. G. Myers, B. Korber, S. Wein-Hobson, P.F. Smith, G.N. Pavlakis. Los Alamos: Los Alamos National Laboratory, 1993.

204. Human retroviruses and AIDS: a compilation and analyses of nucleic amino acid sequences.// Ed. G. Myers, B. Korber, B. Hahn. Los Alamos: Los Alamos National Laboratory, 1995.

205. Hwang S.S., Boyle T.J., Lyerly H.K., Cullen B.R. Identification of the envelope V3 loop as the primary determinant of cell tropism in HIV-1 // Science. 1991. - V. 253. -P. 71-74.

206. Janda K.D. New strategies for the design of catalytic antibodies // Biotechnol. Prog. -1990.-V. 6.-P. 178-181.

207. JannK., Westphal O. Microbial polysaccharides//In: The Antigens/Ed. M. Sela. -NY: Academic Press, 1975. V. 3. - P. 1-125.

208. Javaherian K., Langlois A.J., LaRosa G.J., Profy A.T., Bolognesi D.P., Herlihy W.C., Putney S.D., Mattews T.J. Broadly neutralizing antibodies elicited by the hypervariable neutralizing determinant of HIV-1 // Science. 1990. - V. 250. - P. 15901593.

209. JennerE. An inquiry into the causes and effects of the variolae vaccine, a disease discovered in some of the Western countries of England, particularly Gloucestershire and known by the name of cow pox. L.: Sampson Low, 1798. - 75 p.

210. Jerne N.K., Henry C., Nordin A.A., Fuji H., Koros A.M.C., Lefkovits I. Plaque forming cells: methodology and theory // Transplant. Rev. 1974. - V. 18. - P. 130-191.

211. Ju S.T., Nonogaki T., Bernatowicz M.C., Matsueda G.R. The B cell immune response to an idiotype-inducing peptide epitope can be inhibited by immunodominance of a neighboring epitope // J. Immunol. 1993. - V. 150. - P. 2641-2647.

212. Kan N.C., Franchini G. and Wong-Staal F. Identification of HIV sor gene product and detection of antibodies in human sera // Science. 1986. - V. 231. - P. 1553-1555.

213. Kanter A.S., Spencer D.C., Steinberg M.H. Development of an HIV clinical and research database for South Africa // Methods Inf. Med. 1997. - V. 36. - P. 144-148.

214. KarushF., KarushS.S. Equilibrium dialysis. 3. Calculations//In: Methods in Enzymology and Immunochemistry / Ed. C.A. Williams, M.W. Chase. NY: Academic Press, 1971.-V.3.-P. 389-393.

215. Katchalsky A., Spitnik P. // J. Polym. Sei. 1947. - V. 2. - P. 432-452.

216. Katzenstein D.A., VujcicL.K., LatifA., Boulos R., Halseg N.A., QuinnT.C., Rastogi S.C., Quinnan G.V. Jr. Human immunodeficiency virus-neutralizing antibodies in sera from North Americans and Africans // J. AIDS. 1990. - V. 3. - P. 810-816.

217. Kikukawa R., Koyanagi Y., Harada S., Kobayashi N., HatanakaM., YamamotoN. Differential susceptibility to the acquired immunodeficiency syndrome retrovirus in cloned cells of human leukemic T-cell line // J. Virol. 1986. - V. 57. - P. 1159-1162.

218. KohlerH., GoudsmitJ., NaraP. Clonal dominance: cause for a limited and failing immune response to HIV-1 infection and vaccination // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1992.-V. 5.-P. 1158-1168.

219. Korber B.T.M., Mclnnes K., Smith R.F., Myers G. Mutational trends in V3 loop protein sequences observed in different genetic lineages of human immunodeficiency virus type 1 // J. Virology. 1994. - V. 68. - P. 6730-6744.

220. Kozlov A.P., Volkova G.V., Malykh A.G., Stepanova G.S., Glebov A.V. Epidemiology of HIV infection in St. Petersburg, Russia// J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1993. -V. 6.-P. 208-212.

221. Kuiken C.L., Goudsmit J. Silent mutation pattern in V3 sequences distinguishes virus according to risk group in Europe//AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1994. - V. 10. -P. 319-320.

222. KuntzI.D., Kauzmann W. Hydration of proteins and polypeptides//In: Advances in Protein Chemistry / Eds. C.B. Anfinsen, J.T. Edsall. NY: Academic Press, 1974.1. V. 28.-P. 239-291.

223. Lance J.M., Williams W.T. A general theory of classificatory sorting strategies: I. Hierarchical systems // Computer J. 1966. - V. 9. - P. 373-380.

224. Lebart L. The significance of eigenvalues issued from correspondence analysis // In: Proc. in Comp. Stat. Vienna: Physica Verlag, 1976. - P. 38-45.

225. Lermanl.C. Classification et analyse ordinale des données. Paris: Dunod, 1981. -152 p.

226. Lerner R.A., Tramontano A. Antibodies as enzymes // Biochem. Sci. 1987. - V. 12. -P. 427-430.

227. Levy J.A. Pathogenesis of HIV infection// Microbiol. Rev. 1993. - V. 57. - P. 182-289.

228. Liacopoulos P., Ben-Efraim S. Antigenic competition. Prog. Allergy. - 1975. - V. 18. -P. 97-204.

229. Ling R.F. Probability theory of cluster analysis // J. Amer. Stat. Assoc. 1973. - V. 68. -P. 159-169.

230. Loetscher M., Geiser T., O'Reilly T., Zwahlen R., Baggiolini M., Moser B. Cloning of a human seven-transmembrane domain receptor, LESTR, that is highly expressed in leukocytes // J. Biol. Chem. 1994. - V. 269. - P. 232-237.

231. Lukashov V.V., Goudsmit J. Founder virus population related to route of virus transmission: a determinant of intrahost human immunodeficiency virus type 1 evolution ? // J. Virol. 1997. - V. 71. - P. 2023-2030.

232. Lukashov V.V., Karamov E.V., Eremin V.F., Titov L.P., Goudsmit J. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. - V. 14. - P. 1299- 1303.

233. Lukashov V.V., Kuiken C.L., Goudsmit J. Intrahost human immunodeficiency virus type 1 evolution is related to length of the immunocompetent period // J. Virol. 1995. -V. 69.-P. 6911-6916.

234. Maddon P.J., Dalgleish A.G., McDougal J.S., Clapham P.R., Weiss P.A., Axel R. The T4 gene encodes the AIDS virus receptor and is exspressed in the immune system and the brain//Cell. 1986. - V. 47. - P. 333-348.

235. Mahalanobis P.C. On the generalized distance in statistics // Proc. Nat. Inst. Sci. India. -1936.-V. 2.-P. 49-55.

236. Malykh A.G., Emeljanov A.V., Volkova G.V., Verevochkin S.V., Reitz M., Farzadegan PI., Kozlov A.P. New features of HIV/AIDS epidemic in Russia. AIDS Res. Human Retrovir. 1994. - V. 10. - Supl. 1. - S143.

237. Masur H., Michelis M.A., Greene J.B. At outbreak of community-aquared Pneumocystis carinii pneumonia//New England J. Med. 1981. - V. 305. - P. 14311438.

238. MorgadoM.G., Guimaraes M.L., Gripp C.B., Costa C.I., Neves I. Jr., Veloso V.G., Linhares-Carvalho M.I., Castello-Branco L.R., Bastos F.I., Kuiken C., Castilho E.A.,

239. NisonoffA., Pressman D. Heterogeneity and average combining site constants of antibodies from individual rabbits // J. Immunol. 1958. - V. 80. - P. 417-428.

240. Nomura H., Nielsen B.W., Matsushima K. Molecular cloning of cDNAs encoding a LD78 receptor and putative leukocyte chemotactic peptide receptors // Int. Immunol. -1993.-V. 5.-P. 1239-249.

241. Nyambi P.N., Nkengasong J., Lewi P., Andries K., Janssens W., Fransen K., Heyndrickx L., Piot P., van der Groen G. Multivariate analysis of human immunodeficiency virus type 1 neutralization data// J. Virol. 1996. - V. 70. - P. 62356243.

242. OuC., TakebeY., Weniger B.G., Luo C.C., Kalish M.L., Auwanit W., Yamazaki S., Gayle H.D., Young N.L., Schochetman G. Independent introduction of two major HIV1 genotypes into distinct high risk population//Lancet. 1993. - V. 341. - P. 1 Hill 74.

243. Ovod V., Lagerstedt A., Ranki A. Immunological variation of immunohistochemical localization of HIV-1 Nef demonstrated with monoclonal antibodies// AIDS. 1992. -V. 6.-P. 25-34.

244. Papsidero L.D., Scheu M., Ruscetti F.W. HIV-1 neutralizing monoclonal antibodies which react with pi 7 core protein: characterization and epitipe mapping//J. Virol. -1989,- V. 63. P. 262-272.

245. Pazvaz P., Monier J.C., Sepetjian M. Intermolecular antigenic competition. Influence of the site of antigen injection // Pathol. Biol. (Paris). 1976. - V. 24. - P. 205-208.

246. Petrov R.V., Khaitov R.M., Sidorovich I.G., Pavlikov S.P., Nikolaeva I.A., Ivachenko M.E., Andreev S.M., Sklyarov L.Yu. The use of synthetic peptides in the diagnosis of HIV infections // Biomed. Sci. 1990. - V. 1. - P. 239-244.

247. Popovic M., Sarngadharan M.G., Read E., Gallo R.C. Detection, isolation and continuous production of cytopatic retroviruses (HTLV-III) from patients with AIDS and pre-AIDS // Science. 1984. - V. 224. - P. 497-500.

248. Preston B.D., Poiesz B.J., Loeb L.A. Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase // Science. -1988.-V. 242.-P. 1168-1171.

249. RatnerL., Fisher A., Jugodrinski L.L., MitsuyaH., LiouR.S., Gallo R.C., Wong-Staal F. Complete nucleotide sequences of functional clones of the AIDS virus // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1987. - V. 3. - P. 57-59.

250. Reddy M.M., Goetz R.R., Gorman J.M., Grieco M.H., Chess L., Lederman S. Human immunodeficiency virus type-1 infection of homosexual men is accompanied by a decrease in circulating B cells//J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1991. - V.4. -P. 428-434.

251. Reynolds H.Y., Thompson R.E., Devlin H.B. Development of cellular and humoral immunity in the respiratory tract of rabbits to Pseudomonas lipopolysaccharide//J. Clin. Invest. 1974. - V. 53. - P. 1351-1358.

252. Roberts J.D., Katarzyna В., Thomas A.K. The accuracy of reverse transcriptase from HIV-1. Science. 1988. - V. 242. - P. 1171-1173.

253. Robertson D.L., Sharp P.M., McCutchan F.E., Hahn B.H. Recombination in HIV-1 //Nature. 1995. - V. 374. - P. 124-126.

254. Sadaie M.R., Benter Т., Wong-Staal F. Site-directed mutagenesis of two trans-regulatorygenes (tat III, trs) of HIV-1 II Science. 1988. - V. 239. - P. 910-913.

255. Sarin P.S., Sun D.K., Thornton A.H. Neutralization of HTLV-III/LAV replication by antiserum to thymosin alpha 1 // Science 1986. - V. 232. - P. 1135-1137.

256. Shchelkanov M.Yu., Yudin A.N., Antonov A.V., SoinovL.A., ZaluninV.V., Vedenov A.A., KaramovE.V. Variability Analysis of HIV-1 gpl20 V3 Region: II. Hierarchy of taxons // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. - V. 15. - P. 231-241.

257. ShepardR.N. The analysis of proximities: multidimensional scaling with an unknown distance function. I, II // Psychometrika. 1962. - V. 27. - P. 125-140, 219-246.

258. SherefaK., Sonnerborg A., Steinbergs J., Sallberg M. Rapid grouping of HIV-1 infection in subtypes A to E by V3 peptide serotyping and its relation to sequence analysis // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994. - V. 205. - P. 1658-1664.

259. Sidorova E.V., Chernomordic L.V., Gourvich A.E. A study of the nature of non-specific immunoglobulins by immunoexchange chromatography//Immunochem. 1975. -V. 12. - P. 397-401.

260. Simon F., Loussert-Ajaka I., Damond F., Saragosti S., Barin F., Brun-Vezinet F. HIV type 1 diversity in northern Paris, France//AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1996. -V. 12.-P. 1427-1433.

261. SipsR. On the structure of catalyst surface//J. Chem. Phys. 1948. - V. 16. - P. 490495.

262. Sommerfeit M.A., Asjo B. Intercellular adhehion molecule 3, a condidate human immunodeficiency virus type 1 co-receptor on lymphoid and monocytoid cell // J. Gener. Virol. 1995. - V. 76. - P. 1345-1352.

263. Stern W., Dales S. Biogenesis of vaccinia: isolation and characterization of a surface component that elicits antibody suppressing infectivity and cell-cell fusion // Virology. -1976.-V. 75.-P. 232-241.

264. Strebel K., Klimkait T. and Martin M.A. A novel gene of HIV-1, vpu, and its 16-kilodalton product // Science. 1988. - V. 241. - P. 1221-1223.

265. Taechowisan T., Sutthent R., Louisirirotchanakul S., Puthavathana P., Wasi C. V3 peptide enzyme immunoassay for serotyping HIV-1 infected pregnant Thais//Asian Pac. J. Allergy Immunol. 1996. - V. 14. - P. 121-123.

266. Takahashi H., Nakagawa Y., Pendleton C.D., Houghten R.A., Yokomuro K., Germain R.N., Berzofsky J.A. Induction of broadly cross-reactive cytotoxic T cells recognizing an HIV-1 envelope determinants // Science. 1992. - V. 225. - P. 333-336.

267. Takahashi M., Kameyama S., Kato S., Kamahora J. The immunological relationship of the poxvirus group // Biken. J. 1959. - V. 2. - P. 27-29.

268. Thieblemont N., Delibrias C., Fischer E., Hovanessian A. Complement enhancement of HIV infection is mediated by complement receptor//Immunopharmacology. 1993. -V. 25.-P. 87-93.

269. Tucker L.R. Relations between multidimensional scaling and three-mode factor analysis // Psychometrika. 1972. - V. 37. - N 1. - P. 3-27.

270. Wain-Hobson S., Sonigo P., Danos O., Cole S., Alizon M. Nucleotide sequence of the AIDS virus, LAV // Cell. 1985. - V. 40. - P. 9-17.

271. Wei X.P., Ghosh S.K., Taylor M.E., Johnson V.A., Emini E.A., Deutsch P., Lifson J.D., Bonhoeffer S., Nowak M.A., Hahn B.H. Viral dynamics in HIV-1 infection //Nature. 1995. - V. 373. - P. 117.

272. Weiss R.A., Clapham P.R., Cheingsong-Popov R., Dangleish A.G., Carne C.A., Weller I.V.D., Tedder R.S. // Nature. 1985. - V. 316. - P. 69-72.

273. Wilson A.C., Ochman H., Prager E.M. // Trends Genet. 1987. - V. 3. - P. 241-247.

274. Wolfs T.F.W., Zwart G., Bakker M., Goudsmit J. HIV-1 genomic RNA diversification following sexual and parental virus transmission // Virology. 1992. - V. 189. -P. 103-110.

275. Wong-Staal F., ShawG.M., HahnB.H., Salahuddin S.Z., PopovicM., MarkhamP., Redfield R., Gallo R.C. Genomic diversity of human T-lymphotropic virus type III (HTLV-III) // Science. 1985. - V. 229. - P. 759-762.

276. Woodroofe G.M., FennerF. Serological relationships within the poxvirus group: An antigen common to all members of the group // Virology. 1962. - V. 16. - P. 334-341.

277. Woodwant W.A., Elliott A.C., Gray Y.L., Mattlock D.C. Directory of statistical Microcomputer Software. N. Y., 1988. - 182 p.

278. Yaroslavtseva N.G., Shchelkanov M.Yu., YudinA.N., Navruzbekov G.A., Semiletov Yu.A., Karamov E.V. The influence of single amino acid substitutions in the

279. Автор выражает благодарность коллективу группы иммунохимии лаборатории биотехнологии НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского РАМН.

280. Огромное спасибо всем моим друзьям, без моральной и материальной поддержки которых данная работа вообще имела бы мало шансов появиться.