Роль внеклеточной ДНК и липидов матрикса во взаимодействии бактерий биопленок с антибиотиками тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, кандидат биологических наук Тец, Георгий Викторович

• Тец, Георгий Викторович
• кандидат биологических наук
• 0

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Тец, Георгий Викторович

Список сокращений.

Введение.

Глава 1 Микробные сообщества. Обзор проблемы.

1.1 Микробные сообщества.

1.1.1 Биопленки.

1.1.2 Колонии.

1.1.3 Газон.

1.1.4 Колониеподобные сообщества.

1.1.5 Смешанные микробные сообщества.

1.1.6 Смешанный газон.

1.2 Регуляция свойств бактериальных биопленок.

1.3 Взаимодействие микробных сообществ с факторами окружающей среды.

1.4 Внеклеточная ДНК.

Глава 2 Материалы и методы.

2.1 Микроорганизмы.

2.2 Питательные среды.

2.3 Антибиотики.

2.4 Ферментные препараты.

2.5 Методы.

2.5.1 Получение моно-, ди-и олигонуклеотидов.

2.5.2 Определение жизнеспособности бактерий.

2.5.3 Определение минимальной подавляющей концентрации антибиотиков

2.5.4 Получение бактериальных биопленок в стеклянных флаконах.

2.5.5 Получение бактериальных биопленок в чашках

Петри.

2.5.6 Получение бактериальных биопленок в пластиковых планшетах.

2.5.7 Получение внеклеточного матрикса бактериальных сообществ.

2.5.8 Выявление мутантов устойчивых к антибиотикам.

2.5.9 Выявление передачи генов антибиотикоустойчивости.

2.5.10 Выживание антибиотикоустойчивых клонов в присутствии ДНКазы.

2.5.11 Методы выделения нуклеиновых кислот.

2.5.12 Электрофорез в агарозном геле.

2.5.13 Выделение ДНК из бактериальных клеток.

2.5.14 Извлечение ДНК из агарозного геля.

2.5.15 Измерение оптической плотности матрикса.

2.5.16 Оценка появления ДНК в матриксе и целостности клеточных мембран.

2.5.17 Электронная микроскопия.

2.5.18 Выявление генов кодирующих 16S рибосомальную

РНК в межклеточном матриксе.

2.5.19 Изучение липидного состава бактериальных сообществ.

2.5.20 Статистические методы.

Глава 3 Результаты собственных исследований.

3.1 Свойства использованных штаммов и характеристика биопленок.

3.2 Определение липидного состава матрикса микробных сообществ.

3.3 Выбор метода выделения внеклеточной ДНК из матрикса.

3.4 Сравнение внеклеточной ДНК, полученной из различных типов микробных сообществ.

3.5 Выявление фрагментов ДНК внутри бактерий биопленок.

3.6 Атомно-силовая микроскопия фрагментов ДНК бактериального матрикса.

3.7 Выявление признаков хромосомной ДНК во внеклеточном матриксе биопленок.

3.8 Оценка появления внеклеточной ДНК матрикса микробных сообществ на различных этапах роста.

3.9 Влияния экзогенных ДНКаз на внеклеточную ДНК бактериальных сообществ.

3.9.1 Влияния экзогенных ДНКаз на внеклеточную ДНК на стадии формирования биопленки.

3.9.2 Влияния олиго- моно- и динуклеотидов на формирование биопленки.

3.9.3 Формирование микробных сообществ в присутствии ДНКазы.

3.9.4 Оценка действия ДНКазы на сформированные бактериальные сообщества.

3.9.5 Оценка эффективности действия ДНКазы на различных этапах формирования биопленки.—

3.9.6 Оценка возможной роли внеклеточной ДНК в формировании и поддержании жизнедеятельности микробных сообществ.

3.9.7 Действие ДНКазы на образование отдельных компонентов бактериальной биопленки.

3.9.8 Влияние ДНКазы на частоту выявления в биопленках мутантов антибиотикоустойчивости.

3.9.9 Влияние ДНКазы на передачу между бактериями в биопленках генов устойчивости к антибиотикам.

3.9.10 Сохранение признака антибиотико-устойчивости при культивировании бактерий в присутствии ДНКазы.

3.10 Действие на бактерии биопленок антибиотиков, способных проникать в клетки эукариот.

3.10.1 Определение МПК азитромицина и левофлоксацина.

3.10.2 Влияние левофлоксацина и азитромицина на формирование биопленок.

3.10.3 Влияние левофлоксацина и азитромицина на сформированные биопленки.

3.11 Совместное действие ферментов и антибиотиков на бактерии.

3.11.1 Совместное действие на биопленки ДНКазы и антибиотиков.

3.11.2 Совместное действие антибиотиков и ферментов на бактерии в условиях планктонного роста.

3.11.3 Совместное действие антибиотиков и ферментов на бактерии при формировании биопленок.

3.11.4 Совместное действие антибиотиков и ДНКазы на бактерии сформированных биопленок.

3.11.5 Действие ДНКазы и антибиотиков на бактерии биопленок различного возраста.

3.11.6 Восстановление биопленки, после действия

ДНКазы и антибиотиков.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль внеклеточной ДНК и липидов матрикса во взаимодействии бактерий биопленок с антибиотиками»

Актуальность темы Последнее десятилетие ознаменовалось формированием новых представлений об организации жизни бактерий, особенностей их существования во внешней среде и организме человека. Основные открытия в этой области связаны с изучением бактериальных биопленок (Тец В.В., 1998; Amano A. et al., 1999; Costerton J. W. et al., 1999; Watnic P., Kotler R., 2002). Накопившиеся данные свидетельствуют об особенностях свойств бактерий, находящихся в составе сообществ, наиболее актуальным из которых для практической медицины следует считать повышенную выживаемость микроорганизмов в биопленках (Anderl J.N. et al. 2000; Lewis К., 2001). Бактерии в составе сообществ выживают в присутствии антибиотиков, взятых в количествах, значительно превосходящих минимальную подавляющую концентрацию. Возможно, антибиотики, вообще, не могут полностью уничтожить бактерии биопленок, поскольку в последних обнаружены клетки, находящиеся в силу дифференцировки в состоянии полной устойчивости практически ко всем известным препаратам (Keren I. et al., 2004; Harrison J.J. et al., 2005; Lewis K., 2005). Несмотря на свою актуальность, биопленки остаются со многом слабо изученными. Очень мало известно о структуре, составе и функциях компонентов внеклеточного матрикса бактериальных сообществ. Среди различных молекул, обнаруженных в составе матрикса, особое внимание привлекают липиды и внеклеточная ДНК. Липиды входят в состав поверхностной оболочки, отграничивающей сообщество от внешней среды, формируя мембраноподобную структуру (Tetz V.V. et al., 1993; Zhou L. et al., 1998). Такая оболочка, предположительно, может служить преградой на пути антибиотиков в биопленку (Тец В.В., 1997). Большое внимание исследователей в последние годы привлекает ДНК, которую можно обнаружить за пределами клеток эукариот (Anker P., Stoun M., 2000; Bergsmedh A. et al., 2002 Anker P. et al., 2004). Внеклеточная ДНК бактерий остается практически неизученной. Почти ничего не известно о её путях распространения и функциях. На сегодня, практически нет данных о путях экспорта ДНК в межклеточный матрикс микробных биопленок. Вместе с тем, внеклеточная ДНК в биопленках представляет особый интерес для понимания механизмов и путей горизонтального переноса генов между различными микроорганизмами. Можно предполагать, что исследование внеклеточной ДНК биопленок поможет в понимании особенностей их развития и изменчивости признаков, а также эффективности перераспределения генов, в особенности контролирующих антибиотико-устойчивость и патогенность. Возможно, внеклеточная ДНК станет новой мишенью для воздействия на микроорганизмы.

Цель работы

Целью настоящей работы являлось изучение состава фосфолипидов и содержания внеклеточной ДНК бактериальных биопленок, а так же оценка возможности повышения эффективности антибиотикотерапии за счет воздействия на компоненты матрикса микробных сообществ. В процессе выполнения были поставлены следующие задачи:

1. Изучить состав фосфолипидов матрикса и поверхностной оболочки биопленок неродственных представителей грамположи-тельных и грамотрицательных бактерий.

2. Произвести поиск и охарактеризовать внеклеточную ДНК в матриксе биопленок неродственных бактерий на различных стадиях развития сообщества.

3. Оценить связь матриксной ДНК и изучить возможность воздействовать на неё с целью изменения свойств биопленки.

4. Изучить влияние ДНКазы на активность передачи генов, интенсивность формирования и сохранение признака антибиотикоустойчиво-сти в биопленках.

5. Проверить эффективность воздействия на бактерии биопленок антибиотиков, способных преодолевать мембрану клеток эукариот.

6. Оценить эффективность совместного действия ДНКазы и антибиотиков на биопленки разного возраста неродственных грамположитель-ных и грамотрицательных бактерий.

Научная новизна работы Впервые проведено комплексное изучение состава внеклеточных фосфолипидов матрикса и поверхностной оболочки различных неродственных моно и смешанных микробных сообществ. Выполнен поиск и идентификация внеклеточной ДНК микробных биопленок. Установлено, что в составе поверхностной оболочки биопленок и внеклеточном матриксе фосфолипиды по качественному составу аналогичны мембранным, но количественно в них преобладают стабильные фракции. Показано, что в матриксе различных, неродственных микроорганизмов присутствует внеклеточная ДНК, которая содержит гены бактериальной хромосомы и плазмид. Доказано, что антибиотики, способные проникать через мембрану клеток, действуют на бактерии, находящиеся в биопленках.

Впервые установлено, что разрушение внеклеточной ДНК, приводит к невосстановимым изменениям различных свойств биопленок неродственных бактерий, сопровождающимся снижением числа антбиотико-устойчивых клеток.

Впервые доказана возможность усиления действия на биопленки неродственных микробов различных антибиотиков за счет воздействия на компонент матрикса - внеклеточную ДНК.

Предложены новые способы борьбы с инфекционными заболеваниями (патенты РФ № 2267329, № 2269358 № 2269359).

Теоретическое и практическое значение результатов исследования На основании полученных данных стало возможным использовать новые критерии выбора антибиотиков для действия на бактерии, основанные на способности препарата проникать через липидную оболочку биопленок, что позволяет повысить эффективность антибиотикотера-пии и уменьшить число осложнений.

Использование ДНКазы для воздействия на бактериальные биопленки позволяет уменьшить их биомассу, а также интенсивность образования и сохранения антибиотикоустойчивых клонов.

Выявлена новая мишень — внеклеточная ДНК матрикса биопленок для воздействия на бактерии с целью повышения эффективности анти-биотикотерапии. Использование ДНК матрикса, как дополнительной мишени при терапии, позволяет повысить эффективность действия различных антибиотиков на неродственные микробы, находящиеся в биопленках, снизить вероятность возникновения, распространения и сохранения устойчивости к лечебному агенту, сократить общую продо-ложительность терапии, уменьшить сроки пребывания больных в стационаре и снизить частоту рецидивов заболевания.

Разработаны и внедрены в клиническую практику новые эффективные схемы антимикробной терапии, включающие воздействие на внеклеточную ДНК фермента ДНКазы у больных с абсцессами и флегмонами челюстно-лицевой локализации.

Основные положения диссертации, выносимые на защиту: 1. Наличие фосфолипидов в поверхностной оболочке и матриксе бактериальных биопленок позволяет использовать новые принципы в выборе антибиотиков, активных против микробов, находящихся в составе сообществ.

2. Добавление ДНКазы на разных стадиях существования бактериальных биопленок ведет к нарушению их образования, уменьшению биомассы, снижению эффективности формирования и сохранению антибиотико-устойчивых клонов

3. Совместное применение ДНКазы и антибиотиков ведет к усилению антибактериального эффекта при действии на биопленки неродственных бактерий разного возраста.

Апробация результатов исследования Основные положения диссертации доложены и обсуждены на следующих конференциях симпозиумах и съездах:

Международная конференция «Актуальные вопросы экспериментальной и клинической медицины» Санкт-Петербургский Государственный Медицин-ский Университет им. акад. И.П. Павлова, 2006 г.

Научно-практическая конференция «Санкт-Петербургский научно-технический потенциал в решении проблем лабораторной медицины — Сделано в Санкт-Петербурге", 2007 г.

1st European Congress of Microbiology June 29 - July 3, 2003. Ljubljana, Slovenia.

43rd Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC) September 14-17, 2003. Chicago, II, USA.

Fourth International Conference on Circulating Nucleic Acids in Plasma/Serum (CNAPS-IV)) (London, 2006).

Диссертация апробирована на заседании кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии/НИЦ отдела молекулярной биологии и генетики и на проблемной комиссии «микробиология и иммунология» СПбГМУ им. акад. И.П. Павлова (2007).

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Тец, Георгий Викторович

выводы

1. Поверхностная оболочка и внеклеточный матрикс биопленок грамположительных и грамотрицательных бактерий изученных штаммов содержат большое количество липидов, аналогичных таковым у мембран микроорганизмов сообщества, причем среди фосфолипидов в минимальном количестве обнаружены нестабильные фракции и максимально представлен стабильный кар-диолипин.

2. Внеклеточный матрикс бактериальных биопленок неродственных микроорганизмов, на всех исследованных сроках роста содержит фрагменты ДНК, несущие хромосомные гены, с молекулярной массой, равной приблизительно 30 кДА, которые играют важную роль в поддержании жизнедеятельности сообществ.

3. Действие ДНКазы на этапе формирования и на уже сформированные микробные сообществ, ведет к нарушению их образования, уменьшению биомассы и снижению числа колониеобразую-щих единиц.

4. Разрушение внеклеточной ДНК в присутствии ДНКазы в биопленках различных грамположительных и грамотрицательных бактерий ведет к нарушению передачи генетической информации между клетками, снижению числа образующихся рекомбинантов и мутантов антибиотикоустойчивости, а также уменьшению их выживаемости в сообществах.

5. Антибиотики, проникающие в биопленки, снижают биомассу сообщества преимущественно за счет уменьшения количества внеклеточного матрикса и в меньшей степени за счет числа жизнеспособных бактерий, дающих рост на плотной среде.

6. Матрикс микробных сообществ представляет собой новую мишень для действия лечебных препаратов, при этом применение ДНКазы увеличивает эффективность действия неродственных антибиотиков на бактерии в биопленках разного возраста.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Настоящая работа посвящена изучению свойств бактериальных биопленок, образованных различными, неродственными грамполо-жительными и грамотрицательными микроорганизмами, находящихся в биопленках. Основное внимание в работе было уделено изучению компонентов матрикса биопленок, которые кроме самих бактерий могли оказывать влияние на их взаимодействие сообщества с факторами внешней среды и влиять на выживаемость микроорганизмов в присутствии антибиотиков. Основное внимание в работе уделено исследованию внеклеточных липидов и ДНК матрикса.

В результате проведены исследований в поверхностной оболочке, отделяющей биопленки от внешней среды, и в межклеточном матриксе выявлено содержание большого количества липидов. Обнаруженные липиды по качественному составу аналогичны таковым у мембран бактерий, образовавших сообщество. Липиды матрикса отличаются от клеточных количеством определенных компонентов и, прежде всего, низким содержанием нестабильных фосфолипидов и повышенным стабильного кардиолипина. Сравнительно высокое содержание кардиоли-пина в матриксе внеклеточного пространства биопленки можно считать важной предпосылкой стихийного образования мембраноподобной структуры повышенной прочности, которая может функционировать в качестве защитного барьера между сообществом бактериальных клеток и окружающим пространством. Существование липидсодержащего барьера между внешней и внутренней средой биопленок позволило предположить, что антибиотики, хорошо проникающие через мембрану клеток эукариот, должны быть эффективны и по отношению к бактериям, расположенным внутри биопленок. Проведенные нами исследования подтвердили данное предположение и показали, что препараты левофлоксацин и азитромицин, хорошо преодолевающие барьер мембраны клетки человека, проникают в микробные биопленки и вызывают значительное снижение их биомассы и числа КОЕ.

Другим важным, малоизученным компонентом матрикса является свободная внеклеточная ДНК. Такая ДНК в ходе настоящего исследования обнаружена в матриксе биопленок, различного возраста у неродственных бактерий. Все фрагментов внеклеточной ДНК имеют приблизительно одинаковый размер и согласно результатам идентификации в ПЦР с помощью созданного нами праймера содержат хромосомные бактериальные гены. Для штаммов, несущих плазмиду, показано, что ДНК последней также может быть обнаружена в свободном состоянии в матриксе. После электрофореза ДНК, выделенной из матрикса у содержащего плазмиду штамма в агарозном геле, регистрировали две независимые полосы, одна из которых соответствовала плазмидной нуклеиновой кислоте. Определение функциональной активности внеклеточной ДНК матрикса было проведено в условиях воздействия на неё дезокси-рибонуклезы. Использованная нами ДНКаза была предварительно проверена на наличие собственного токсического действия на различные штаммы. В результате установлено, что ДНКаза не оказывает токсического действия на бактерии, растущие диффузно. В присутствии нук-леазы в биопленках зарегистрировано уменьшение количества внеклеточной ДНК. При действии ДНКазы выявлено частичное угнетение передачи плазмидных генов, контролирующих атибиотико-устойчивость. Кроме того, показано, что при действии ДНКазы в биопленке снижается частота выявления мутантов антибиотико-устойчивости и эффективность сохранения данного признака бактериями. Важным результатов действия ДНКазы оказалось также изменение морфологии биопленки и количеств а в ней внеклеточного матрикса. Фермент, добавленный в момент засева и на разных сроках существования сообщества, снижал количество внеклеточного матрикса, изменял морфологию биопленки, но мало влиял на число КОЕ. Эффект действия ДНКазы зависел от дозы препарата. В присутствии фермента в матриксе уменьшалось содержание ДНК и в меньшей степени белков и полисахаридов. Для оценки состояния биопленки, сформированной в присутствии ДНКазы или изменившейся при её воздействия на различных сроках роста мы оценили результаты воздействия различных антибиотиков, вне зависимости от их способности проникать в биопленки. Совместное применение ДНКазы и различных, неродственных антибиотиков привело к усилению их антимикробного действия. Таким образом, на бактериальные биопленки одновременно оказывалось комплексное воздействие, при котором сам антибиотик влиял на клетки, а ДНК на компоненты матрикса. Нуклеаза повышала эффективность действия антибиотиков в биопленках различного возраста в изученных штаммах грамположительных и грамотрицательных бактерий. Изменения биопленок, возникшие под воздействие ДНКазы, не восстанавливались и биомасса оставалась сниженной минимум на протяжении 7 суток. Для сравнения уменьшение биомассы биопленок стафилококка, возникшее под влиянием антибиотиков, добавленных при формировании сообщества, через 7 суток инкубации практически возвращалось к норме. Таким образом, проведенные исследования позволили показать происхождение и состав липидов матрикса, оценить роль внеклеточной ДНК бактериальных биопленок в распространении генетической информации и поддержании свойств сообщества. На основании полученной информации разработан принципиально новый универсальный способ повышения эффективности действия антибиотиков, основанный на использовании новой внеклеточной мишени — ДНК матрикса. Новизна подхода защищена 3 патентами РФ.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Тец, Георгий Викторович, 0 год

1. Ашкинази И.Я. Эритроциты и внутреннее тромбопластино-образование. Л.: Наука, 1977. - С.50-54.

2. Белобородова Н.В., Богданов М.Б., Черненькая Т.В. Алгоритмы антибиотикотерапии: Руководство для врачей. — М.: Медицина, 1999.- 144 с.

3. Бреслер С. Е., Молекулярная биология.- М.: Медицина, 1973.277 с.

4. Вольх М, Рансбергер К. Лечение ферментами / Пер. с англ. — М.: Мир, 1976. 240с.

5. Галебская Л.В., Немировский B.C. Ферменты и ферментные препараты. СПб.: Изд-во СПбГМУ, 2001.- 84 с.

6. Грузина В.Д. Коммуникативные сигналы бактерий // Антибиотики и химиотерапия.- 2003.-№ 48.-С. 32-39.

7. Заславская Н.В., Тец В.В. Влияние времени преинкубации на значения МПК при определении чувствительности методом Е-тестов // Клинич. микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000. -№ 2. - С. 20-21.

8. Заславская Н.В., Артеменко Н.К., Чижевская М.М. и др. Особенности выживаемости бактерий в микробных сообществах // Клинич. микробиология и антимикробная химиотерапия. 2000. -№ 2.-С. 19-20.

9. Иванов С.Д., Кованько Е.Г., Попович И.Г., Забежинский М.А. // Радиац. биология. Радиоэкология.-1999.-Т.39, № 4.-С.418-424.

10. Кнорринг Г.Ю., Ремизов А.П. К вопросу о возможностях потенцирования эффекта антибактериальных препаратов // Здравоохранение Урала. 2003. - №12. - С.5-8.

11. Кнорринг Г.Ю., Ремизов А.П. Системная энзимотерапия: новые возможности потенцирования эффекта антибактериаль-ных препаратов // Consilium provisorum. 2004. - Т.4, №2. - С.28-30.

12. Криг Н., Герхард Ф. Твердая культура. В кн. Методы общей бактериологии. М.: Мир.-1983, Т.1. С.356-363.

13. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование / Пер. с англ. М.: Мир, 1984.-231 с.

14. Миллер Д. Эксперименты в молекулярной генетике. М.: Мир, 1976.- 436 с.

15. Медведева С.Е., Пузырь А.П., Могильная О.А. Цитоархитекто-ника бактериальных колоний Институт Биофизики, Препринт. 149, Красноярск, 1991. - 35 с.

16. Методы общей бактериологии // Под ред. Ф.Герхарда М., Мир, 1983.

17. Монцевичуте-Эрингене Е.В. Упрощенные математико-статестические методы в медицинской исследовательской работе // Патол.Физиол.Экспер.Тер.-1964.-С.71-78.

18. Практическое руководство по антиинфекционной химиотерапии / Под. ред. Страчунского J1.C. М., 2002. - 386 с.

19. Соловьев М.М., Тец В.В., Бобров А.П., Артеменко K.JL, Мош-кевич И.Р., Тец Г.В. Применение фермента дезокси-рибонуклеаза у больных с абсцессами и флегмонами челюстно-лицевой области // Стоматология.-2006.- Т.85, №6.- С.40-46.

20. Рыбчин В.Н. Основы генетической инженерии.-СПб.: СПбГТУ. 1999.-521с.

21. Сингер М., Берг П. М.:Мир, 1998.-391с.

22. Тец Г.В. Внеклеточная ДНК колониеподобных сообществ // Ученые Записки Санкт-Петербургского государственного медицинского университета им. акад. И.П.Павлова.- 2003.-Т. X, № 4.-С. 38-40.

23. Тец Г.В., Артеменко K.J1. Совместное действие антибиотиков и дезоксирибонуклеазы. // Дезоксирибонуклеаза в терапии бактериальных и вирусных гепатитов / Под ред. Тец В.В., Генкин Д.Д. СПб. - 2006. - С.7-14.

24. Тец Г.В., Артеменко K.JT. Совместное действие антибиотиков и дезоксирибонуклеазы на бактерии // Антибиотики и химиотерапия. 2006.- Т.51, №6.-С.З-6.

25. Тец В.И. Санитарная микробиология.- Л.:Медгиз,1953.-434с.

26. Тец В.В., Рыбальченко О.В., Савкова Г.А. Кооперация и специализация клеток в микробных колониях. / В кн. Острые кишечные инфекции.- Вып.12, Л.-1989.-С.54-62.

27. Тец В.В. Рыбальченко О.В, Савкова Г.А. Контакты между клетками в бактериальных колониях // Микробиология. 1990. -№9. С.7—13.

28. Тец В.В., Рыбальченко О.В., Савкова Г.А. Кооперация и специализация клеток в бактериальных колониях // Острые кишечные инфекции. Л.: Изд-во ЛНИИЭМ, 1990. - С. 54-62.

29. Тец В.В. Биомембраны микробных сообществ // Ученые записки С.-Петерб. гос. мед. ун-та им. Павлова. 1997. - №4. - С. 27-30.

30. Тец В.В. Бактериальные сообщества. В кн. Клеточные сообщества под ред. В.В.Теца. СПб., 1998 С.15-73.

31. Тец В.В., Заславская Н.В. Выживаемость бактерий, растущих диффузно и образующих газон, в присутствии гента-мицина и ионов металлов // Труды РАЕН. 2000. - С. 77-82.

32. Тец В.В., Артеменко К.Л., Кнорринг Г.Ю., Заславская Н.В. Влияние экзогенных ферментов на бактерии. // Узловые вопросы борьбы с инфекцией: Рос. науч.-практ. конф. — СПб., 2004. С.4-5.

33. Тец В.В., Артеменко K.JL, Кнорринг Г.Ю., Заславская Н.В. Оценка влияния ферментов и антибактериальных препаратов на бактерии. // Узловые вопросы борьбы с инфекцией: Рос. науч.-практ. конф. СПб., 2004. - С. 3-4.

34. Тец В.В., Иванов С.Д., Тец Г.В. и др. Влияние условий культивирования на содержание ДНК бактерий и проницаемость их мембран // Вестн. РАМН 2005.- №7.- с.15-17.

35. Шлегель Г. Общая микробиология. М.: Мир, 1987. - 573 с.

36. Aas F. E., Wolfgang M., Frye S., Dunham S., Lovold C., Koomey M. Competence for natural transformation in Neisseria gonorrhoeae: components of DNA binding and uptake linked to type IV pilus expression // Mol. Microbiol.-2002.-№ 46.-P.749-760.

37. Ahmer B.M. Cell-to-cell signalling in Escherichia coli and Salmonella enterica II Molec. Microbiol. 2004. - Vol 52, № 4.- P. 933-941.

38. Al-Fattani M. A., Douglas L. J. Penetration of Candida Biofilms by Antifungal Agents // Antimicrob. Agents Chemother.-2004.-№ 48.-P. 3291-3297.

39. Amano A., Nakagawa I., Hamada S. Studying initial phase of biofilm formation: molecular interaction of host proteins and bacterial surface components // Methods Enzymol.-1999.-№ 310.-P.501-513.

40. Anderl J. N., Franklin M. S., Stewart P. S. Role of antibiotic penetration limitation in Klebsiella pneumoniae biofilm resis-tance to ampicillin and ciprofloxacin // Antimicrob. Agents Chemother.-2000.-№ 44.-P.1818-1824.

41. Anker P., Stroun M. Circulating Nucleic Acids in Plasma or Serum //Ann NY Acad. Sci.- 2000.-Vol. 906.-P.188.

42. Anker P., Zajac V., Lyautey J., Lederrey C., Dunand C., Lefort F., Mulcahy H., Heinemann J., Stroun M. Transcession of DNA from bacteria to human cells in culture: a possible role in oncogenesis // Ann. NY Acad. Sci. 2004.-№1022.-P. 195-201.

43. Balestrino D., Haagensen J. A., Rich C., Forestier C. Characterization of Type 2 Quorum Sensing in Klebsiella pneumoniae and Relationship with Biofilm Formation // J. Bacteriol.-2005.-№ 187.-P. 2870-2880.

44. Baur В., Hanselmann K., Schlimme W., Jenni B. Genetic transformation in freshwater: Escherichia coli is able to develop na-turalcompetence // Appl. Environ. Microbiol. 1996.- Vol. 62, № 10.-P. 3673-3678.

45. Bayer M.E., Easterbrook K. Tubular spinae are long distance connectors between bacteria.// J.Gen.Microbiol.-1991.-Vol.137.-P.1081-1086.

46. Beaber J., Hochhut В., Waldor M. Genomic and Functional Analyses of SXT, an Integrating Antibiotic Resistance Gene Transfer Element Derived from Vibrio cholerae II J. Bacter.- 2002. Vol. 184, № 15.- P. 4259-4269.

47. Bergey D. H., Holt J.G., Krieg N. R. Bergey's manual of determinative bacteriology-9th ed.- Williams&Wilkins.-1994.-1246 p.

48. Berenike M., Joachim R. DNA on fluid membranes : A model polymer in two dimensions // Macromolecules.- 2000.- Vol. 33, №19.-P. 7185-7194.

49. Bergsmedh A., Szeles A., Henriksson M., Bratt A., Holmgren L. Horizontal transfer of oncogenes by uptake of apoptotic bo-dies // PNAS .- 2002.- Vol. 98, №11.- P. 6407-6411.

50. Beveridge T.J. Structures of gram-negative cell walls and their derived membrane vesicles // J. Bacterid.-1999.- № 181.-P. 4725 -4733.

51. Bicknell G. R., Cohen G. M. Cleavage of DNA to Large Kilobase Pair Fragments Occurs in Some Forms of Necrosis as Well as Apop-tosis II Bioch. Biophys. Res. Commun. 1995 Vol. 6, № 1.-P.40-47.

52. Bligh E.G., Dyer W.J. A rapid method of total lipid extraction and purification // Can. J. Biochem. Physiol. 1959. - Vol. 37. -P. 911917.

53. Bockelmann U., Janke A., Kuhn R., Neu T.R., Wecke J., Lawrence J.R. Szewzyk U. Bacterial extracellular DNA forming a defined network-like structure // FEMS Microbiology Letters .- 2006.-Vol 262, № l.-P. 31-39.

54. Brooun A., Liu S., Lewis K. A dose-response study of antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa biofilms // Antimicrob. Agents Chemother.-2000.-№ 44.-P. 640-646.

55. Campanac C., Pineau L., Payard A., Baziard-Mouysset G., Roques C. Interactions between Biocide Cationic Agents and Bacterial Biofilms // Antimicrob. Agents Chemother.- 2002.-№ 46.-P. 146974.

56. Catlin B.W. Transformation of Neisseria meningitidis by deoxyri-bonucleates from cells and from culture slime // Department of Microbiology and Immunology, School of Medi-cine, Marquette University, Milwaukee, Wisconsin.-1959.-№79.-P. 579-590.

57. Chambless J.D., Hunt S.M., Stewart P.S. A Three-Dimensional Computer Model of Four Hypothetical Mechanisms Protecting Biofilms from Antimicrobials // Appl. and Env. Microbiol. 2006. - Vol 72, №3. - P. 2005-2013

58. Chen I., Dubnau D. DNA uptake during bacterial trans-formation // Nat. Rev. Microbiol. 2004.- Vol. 2.- P. 241-249.

59. Chen W., Honma K., Sharma A., Kuramitsu H.K. A universal stress protein of Porphyromonas gingivalis is involved in stress responses and biofilm formation // FEMS Microbiol. Lett. 2006. -Vol.264, №12. - P.15-21.

60. Christensen В.В., Sternberg С., Andersen J.В., Eberl L., Moller S., Givskov M., Molin S. Establishment of new genetic traits in a microbial biofilm community // Appl. Environ. Microbiol.-1998.-Vol. 64, № 6.-P.2247-55.

61. Chugani S., Whiteley M., Lee K., D'Argenio D., Manoil C., Greenberg E. QscR, a modulator of quorum-sensing signal synthesis and virulence in Pseudomonas aeruginosa II PNAS.- 2001.-Vol. 98, № 5.-P. 2752-2757.

62. Ciofu O., Beveridge T. J., Kadurugamuwa J. L., Walther-Rasmussen J., Hoiby N. Chromosomal P-lactamase is packaged into membrane vesicles secreted from Pseudomonas aeruginosa II J. An-timicrob. Chemother. 2000. - № 45.-P. 9-13.

63. Cogan N. G., Cortez R., Fauci L. Modeling physiological resistance in bacterial biofilms // Bull. Math. Biol.-2005.-№ 67.-P.831-853.

64. Costerton J.W. The bacterial glycocalyx in nature and diseases // Rev. Microbiol. 1981. - Vol.35, № 3.- P.299-324.

65. Costerton J.W., Cheng K. J., Geesey G.G., Nickel L.T., Dasgupta M., Marrie J.T. Bacterial biofilms in nature disease // Ann. Rev. Microbiol. 1987. - Vol.41, № 5. - P.435-464.

66. Costerton J. W., Lewandowski Z., Caldwell D.E., Korber D.R., Lappin-Scott M. Microbial biofilms // Annu. Rev. Microbiol. — 1995 Vol. 49 - P.711-745.

67. Costerton J. W. 1999. Introduction to biofilm // Int. J. Antimic-rob. Agents .- 1999.-№ 11.-P.217-221.

68. Costerton J. W., Stewart P. S., Greenberg E. P. Bacterial bio-films: a common cause of persistent infections // Science.- 1999.- Vol. 284.-P. 1318-1322.

69. Could L.M. Determinants of response to antibiotic therapy // J. Chemother. 1998. - Vol. 10, № 5. - P. 347-353.

70. Cowan S.E., Gilbert E., Liepmann D., Keasling J.D. Commen-sal Interactions in a Dual-Species Biofilm Exposed to Mixed Organic Compounds // Appl. Env. Micr.- 2000.-Vol 66, № 10.-P. 44814485.

71. Danese P.N., Pratt L.A., Kolter R. Exopolysaccharide produc-tion is required for development of Escherichia coli K-12 bio-film architecture // J. Bacteriol. 2000.- №. 182.- P.3593-3596.

72. D'Argenio D.A., Calfee M.W., Rainey P.B., Pesci E.C. Auto-lysis and autoaggregation in Pseudomonas aeruginosa colony morphology mutants // J. Bacteriol.-2002.-№ 184.-P. 6481-6489.

73. Das J. R., Bhakoo M., Jones M. V., Gilbert P. Changes in the bio-cide susceptibility of Staphylococcus epidermidis and Escherichia coli cells associated with rapid attachment to plastic surfaces // J. Appl. Microbiol.-1998.-№ 84.-P 858.

74. Davey M.E., O' Toole G.A., Microbial biofilms: from ecology to Molecular ganetics // Microbiol. Mol.Genet.- 2000.-Vol. 64.- P.847-867.

75. Davies D. G., Parsek M. R., Pearson J. P., Iglewski В. H., Coster-ton J. W., Greenberg E. P. The involvement of cell-to-cell signals in the development of a bacterial biofilm // Science. 1998. - №. 280. - P. - 295-298.

76. Davies D. Understanding biofilm resistance to antibacterial agents // Nat. Rev. Drug Discov. 2003.-№ 2.-P.114-122.

77. Davison J. Genetic exchange between bacteria in the environ-ment // Plasmid. 1999.- № 42.-P. 73-91.

78. Deich R. A., Hoyer L.C. Generation and release of DNA-bin-ding vesicles by Haemophilus influenzae during induction and loss of competence // J. Bacterid.-1982.-№ 152.- P.855-864.

79. De Lancy Pulcini E. Bacterial Biofilms: A Review of Current Research // Nephrologie.-2001. Vol.22, № 8.-P.439-441.

80. Dell'Anno A., Bompadre S., Danovaro R. Quantification, base composition, and fate of extracellular DNA in marine sediments // Limnol. Oceanogr. 2002.- Vol. 47.-P.899-905.

81. Denamur E., Bonacorsi S., Giraud A. High frequency of mutator strains among human uropathogenic Escherichia coli isolates // Journ. of Bacteriol.-2002.-№ 184.-P. 605-609.

82. Dillard J.P., Seifert H.S. A variable genetic island specific for Neisseria gonorrhoeae is involved in providing DNA for natural transformation and is found more often in disseminated infection isolates // Mol. Microbiol. 2001.-Vol. 41, №1 .-P.263-277.

83. Dong Y., Wang L., Xu J. Quenching quorum-sensing-dependent bacterial infection by an N-acyl homoserine lactonase // Nature.2001.-№ 411.-P.813-817.

84. Donlan R.M., Costerton W. Biofilms: survival mechanisms of clinically relevant microorganisms // Clinical Microbiol.Rev.2002.-№15.-P.167-193.

85. Doolittle W.F. Phylogenetic Classification and the Universal Tree // Science.-1999.- Vol. 284, №5423.-P. 2124 2128.

86. Dorward D., Garon C. & Judd R. Export and Intracellular Transfer of DNA via Membrane blebs of Neisseria gonorrhoeae II J. Bact.-1989.-№ 171.-P. 2499-2505.

87. Draghi J., Turner P. DNA secretion and gene-level secretion in bacteria // Microbiol.-2006.-№ 152.-P. 2683-2688.

88. Drenkard E. Antimicrobial resistance of P. aeruginosa biofilms // Microbes Infect.- Vol. 5, №13. P.l213-1219.

89. Dubnau D. DNA uptake in bacteria // Annu. Rev. Microbiol.-1999.-№ 53.-P.217-244.

90. Dunny G.M., Leonard B.A. Cell-cell communication in Gram-positive bacteria // Annu Rev Microbiol.-1997.-№ 51 .-P.527-564.

91. Echtfeld C.J.A., de Kruijff В., de Gier J. Differential muscibility properties of various phosphatidylcholine / lysophos-phatidylcholine mixtures // Biochim. Biophys. Acta. 1980. - Vol. 595. - P. 71-81.

92. Erin J., Schaik V., Giltner C.A., Audette G.F., Keizer D.W., Bautista D.L., Slupsky C.M., Sykes B.D., Irvin R.T. DNA Binding: a Novel Function of Pseudomonas aeruginosa Type IV Pili // J. of Bacteriology.- 2005. Vol. 187, № 4.-P. 1455-1464.

93. Federle M.J., Bassler B.L. Interspecies communication in bac-teria // J. Clin. Invest.-2003.- Vol. 112.-P.1291-1299.

94. Finkel S.E., Kolter R. DNA as a Nutrient: Novel Role for Bacterial Competence Gene Homologs // Jour, of Bact.- 2001. Vol. 183, № 21. P. 6288-6293.

95. Fredrickson A. G. Behavior of Mixed Cultures of Microorganisms // Annual Review of Microbiology.-1977. Vol. 31.-P. 63-88.

96. Frias J., Olle E., Alsina M. Periodontal pathogens produce quorum sensing signal molecules // Infect. Immun.- 2001.-№ 69.-P. 3431-3434.

97. Frost L.S. Bacterial conjugation: everybody's doin' it // Can. J. Microbiol. 1992. - Vol. 38, № 1 l.-P.1091-1096.

98. Frostegard A., Courtois S., Ramisse V., Clerc S., Bernillon D., Le Gall F., Jeannin P., Nesme X., Simonet P. Quantification ofbias related to the extraction of DNA directly from soils // Appl. Environ. Microbiol.-1999. Vol. 65.- P.5409-5420.

99. Fuqua C., Parsek M. R., Greenberg E. P. Regulation of gene expression by cell-to -cell communication: Acyl-Homoserine Lactone Quorum Sensing // Annual. Rev. Genet.- 2001.-№ 35.-P. 439-468.

100. Futai M. Orientation of membrane vesicles from Escherichia coli prepared by different procedures // J. of Membr. Biol.-1974.-Vol.15, № l.-P. 15-28.

101. Fux C.A., Costerton J.W., Stewart P.S., Stoodley P. Survival strategies of infectious biofilms // Trends Microbiol.- 2005.-Vol.13, № l.-P.34-40.

102. Ghannoum M., O'Toole G.A. Microbial biofilms. Washington D.C.: ASM Press. - 2004. - P.478.

103. Gilbert P., Das J., Foley I. Biofilm susceptibility to antimicrobials //Adv. Dent. Res.-1997.-№ 11.-P.160-167.

104. Gankema H., Wensink J., Guinee P.A.M., Jansen W.H., Witholt B. Some characteristics of the outer membrane material released by growing enterotoxigenic Escherichia coli. //Infect.Immun.-1980.-№ 29.-P. 704-713.

105. Gladue R. P., Snider M.E. Intracellular accumulation of azithromycin by cultured human fibroblasts // Antimicrob. Agents Chemother. 1990.- Vol. 34, № 6.- P. 1056-1060.

106. Goodell E.W., Schwarz U. Release of cell wall peptides into culture medium by exponentially growing Escherichia coli II J.Bacterid.- 1985.-Vol.l62:P.391-397.

107. Goodgal S.H. DNA uptake in Haemophilus transformation // Ann. Rev. Genet. 1982.-№ 16.-P.169-192.

108. Gray К. M., Garey J. R. The evolution of bacterial Luxl and LuxR quorum sensing regulators. Microbiology.-2001 .-№ 147.-P. 2379-2387.

109. Greenberg E. P. Bacterial communication: tiny teamwork // Nature.-2003.-Vol. 424.-P. 134.

110. Habash M., Reid G. Microbial biofilms: their development and significance for medical device-related infections // J. Clin. Pharmacol. 1999.- Vol. 39, № 9.-P.887-898.

111. Hall-Stoodley L., Costerton J. W., Stoodley P. Bacterial biofilms: from the natural environment to infectious diseases // Nat. Rev. Microbiol.-2004.-№ 2.-P. 95-108.

112. Hamilton, H.L., Dominguez, N.M., Schwartz, K.J., Hackett, K.T. & Dillard, J.D. Neisseria gonorrhoeae secretes chromo-somal DNA via a novel type IV secretion system. Molecular Microbiology.-2005.-№ 55.-P. 1704-1721.

113. Нага Т., Aumayr A., Ueda S. Genetic transfor-mation of Pseu-domonas aeruginosa with extracellular DNA // J. Gen. Appl. Microbiol.- 1981.-№ 27.- P. 109-114.

114. Нага Т., Ueda S. A study on the mechanism of DNA excretion from P. aeruginosa KYU-1 effect of myto-mycin С on extracellular DNA production // Agric. Biol. Chem.-1981.-№ 45.-P. 2457-2461.

115. Harris К.A., Hartley J.С. Development of broad-range 16S rDNA PCR for use in the routine diagnostic clinical micro-biology service // J. Med. Microbiol. 2003.-№ 52.-P. 685-691.

116. Harrison J.J., Ceri H., Roper N.J., Badry E.A., Sproule K.M., Turner R.J. Persister cells mediate tolerance to metal oxyanions in Escherichia coli II Microbiology.- 2005.-№ 151.-P. 3181-3195.

117. Harshey R.M. Bees aren't the only ones: swarming in Gram-negative bacteria // Mol. Micr.- 1994.- Vol.13, № 3.- P. 389.

118. Hausner M,, Wuertz S. High Rates of Conjugation in Bacterial Biofilms as Determined by Quantitative In Situ Analysis // Appl. Env. Microbiol.-1999.-Vol.65,№8.-P.3710-3713.

119. Holmgren L. Szeles A., Rajnavolgyi E., Folkman J., Klein G., Ernberg I., Falk K. Horizontal Transfer of DNA by the Uptake of Apoptotic Bodies // Blood.-1999.- Vol. 93, № 11.- P. 3956-3963.

120. Hochman A. Programmed cell death in prokaryotes // Crit. Rev. Microbiol.-1997.- №23.- P.207-214.

121. Horstman A.L., Kuehn M.J. Enterotoxigenic Escherichia coli Secretes Active Heat-labile Enterotoxin via Outer Membrane Vesicles // J. Biol. Chem.-2000.-Vol. 275, № 17.-P. 12489-12496.

122. Huber В., Riedel K., Hentzer M., Heydorn A., Gotschlich A., Givskov, M., Molin, S., Eberl, L. The сер quorum-sensing sys-tem of Burkholderia cepacia Hill controls biofilm formation and swarming motility // Microbiology.-2001.-№ 147.-P. 2517-2528.

123. Hughes F.M., Cidlowski J.A. Utilization of an in vitro assay to evaluate chromatin degradation by candidate apoptotic nuc-leases // Cell Detah and Diff. 1997.-Vol. 4, № 3.-P. 200-208.

124. Hunt S. M., Hamilton M. A., Stewart P. S. 2005. A 3D model of antimicrobial action on biofilms // Water Sci. Technol.-2005.-№ 52.-P.143-148.

125. Imran M., Jones D., Smith H. Biofilms and the plasmid maintenance question // Math. Biosci.- 2005.-Vol. 193, № 2.-P. 183-204.

126. Inglefield P., Lindblom K.A., Gottlieb A.M. Water binding and mobility in the phosphatidilcholine / cholesterol / water lamellar phase // Biochim. Biophys. Acta. 1976. - Vol. 419. - P. 196-205.

127. Inglis T.J., Millar M.R., Jones J.G. Robinson D.A. Tracheal tube biofilm as a source of bacterial colonization of the lung // J. Clin. Microbiol.-1989.-Vol. 27, № 9.-P. 2014-2018.

128. Inoue K., Kitagawa T. Effect of exogeneaus lysolecithin on liposomal membranes in relation to membrane fluidity // Biochim. Biophys. Acta. 1974. - Vol. 363. - P. 361-372.

129. Ishida H., Ishida Y., Kurosaka Y., Otani Т., Sato K., Kobayashi H. In vitro and in vivo activities of levofloxacin against biofilm-producing Pseudomonas aeruginosa II Antimicrob. Agents. Chemother. 1998. - Vol.42, №7. - P. 1641-1645.

130. Jabra-Rizk M.A., Meiller T.F., James C.E., Shirtliff M.E. Effect of farnesol on Staphylococcus aureus biofilm formation and antimicrobial susceptibility // Antimicrob Agents Chemother. 2006. -Vol.50, №4. - P.1463-1469.

131. Jain R., Rivera M., Lake J. Horizontal gene transfer among genomes: The complexity hypothesis // Proc. Nat. Acad. Sci. USA.-1999.-№ 96.-P. 3801-3806.

132. Jayarao B.M., Dore J.E., Oliver S.P. Restriction fragment length polymorphism analysis of 16S ribosomal DNA of Streptococcus and Enterococcus species of bovine origin // Journal of Clinical Micro-biology.-1992.-Vol. 30.-P. 2235-2240.

133. Jefferson К. K., Goldmann D. A., Pier G. B. Use of Confocal Microscopy to Analyze the Rate of Vancomycin Penetration through

134. Staphylococcus aureus Biofllms. Antimicrob // Agents Chemother.-2005.-№ 49.-P. 2467-2473.

135. Jorgensen A., Molin S., Tolker-Nielsen T. Biofllm formation by Pseudomonas aeruginosa wild-type, flagella, and type IV pili mutants // Mol. Microbiol.-2003.-№ 48.-P. 1511-1524.

136. Julien В., Kaiser A.D., Garza A. Spatial control of cell differentiation in Myxococcus xanthus II PNAS .- 2000.- Vol. 97, № 16.-P. 9098-9103.

137. Kadurugamuwa J. L., Beveridge T. J. Natural release of virulence factors in membrane vesicles by Pseudomonas aeruginosa and the effect of aminoglycoside antibiotics on their release // J. Antim-icr. Chemother.-1997.-№ 40.-P. 615-621.

138. Kadurugamuwa J. L., Beveridge T. J. Membrane vesicles derived from Pseudomonas aeruginosa and Shigella flexneri can be integrated into the surfaces of other Gram-negative bacteria // Microbiology.-1999.-№ 145.-P. 2051-2060.

139. Kane T.D., Wesley J.A., Johannigman J.A. The detection of microbial DNA in the blood // Annals of Sugery.- 1998.- Vol. 227.-P.l-9.

140. Kariyama R. Increas of cardiolipin content in S.aureus by the use of antibiotics affecting the cell wall // J. of Antibiotics. 1982. -Vol. 35. - P. 1700-1704.

141. Keren I., Kaldalu N., Spoering A., Wang Y., Lewis K. Persister cells and tolerance to antimicrobials // FEMS Microbiol Lett.-2004.-Vol. 230.-P.13-18.

142. Keren I., Shah D., Spoering A, Kaldalu N., Lewis K. Specialized persister cells and the mechanism of multidrug tolerance in Escherichia coli И J. Bacteriol.-2004.-Vol. 186.-P.8172-8180.

143. Kesty N.C., Mason K.M., Reedy M., Miller S.E., Kuehn M.J. Enterotoxigenic Escherichia coli vesicles target toxin delivery into mammalian cells // The EMBO J.- 2004.-№ 23.- P. 4538-4549.

144. Ketyi I. Biofilms produced by Pseudomonas aeruginosa and by Staphylococcus aureus on model medical devices // Acta. Microbiol. Immunol. Hung. 1995. - Vol. 42, №2. - P.221-7.

145. Kierek-Pearson K., Karatan E. Biofilm development in bacteria // Adv. Appl. Microbiol. 2005.-№ 57. - P.79-111.

146. Klausen M., Heydorn A., Ragas P., Lambertsen L., Aaes-Jorgensen A., Molin S., Tolker-Nielsen T. Biofilm formation by Pseudomonas aeruginosa wildtype, flagella, and type IV pili mutants // Mol. Microbiol. 2003.-Vol. 48.- P. 1511-1524.

147. Klotz M.G., Loewen P.C. The molecular evolution of catalatic hydroperoxidases; evidence for multiple lateral transfer of genes between prokaryota and from bacteria into eukaryota // Mol.Biol. Evol.- 2003 .-№ 20.-1098-1112.

148. Knox K.W., Vesk M., Work E. Relation Between Excreted Lipopolysaccharide Complexes and Surface Structures of a Lysine1.mited Culture of Escherichia coli II J. BacterioL-1966.-Vol 92, № 4.-P. 1206-1217.

149. Kolling G.L., Matthews K.R. Export of Virulence Genes and Shiga Toxin by Membrane Vesicles of Escherichia coli 0157:H7 // Appl. and Env. Micr. 1999.- Vol. 65, № 5.-P. 1843-1848.

150. Kondo E., Knai K. Mechanism of bactericidal activity of ly-solecithin and its biological implication // Japan. J. Med. Sci. Biol. -1985. Vol. 38. - P. 181-194.

151. Koseoglu H., Asian G., Esen N., Sen B.H., Coban II. Ultrastruc-tural stages of biofilm development of Escherichia coli on urethral catheters and effects of antibiotics on biofilm formation // Urology. 2006. - Vol. 68, №5.- P.942-946.

152. Kunisada Т., Yamada K., Oda S., Нага O. Investigation on the efficacy of povidoneiodine against antiseptic-resistant species // Dermatology.- 1997.-Vol. 195, № 2.- P.14-18.

153. LaFleur M.D., Kumamoto C.A., Lewis K. Candida albicans biofilms produce antifungal-tolerant persister cells // Antimicrob. Agents. Chemother. 2006. - Vol.50, №11. - P.3839-3846.

154. Lasa I., Del Pozo J.L., Penades J.R., Leiva J. Bacterial biofilms and infection // An. Sist. Sanit. Navar. 2005. - Vol.28, №2. -P.163-175.

155. Lasa I. Towards the identification of the common features of bacterial biofilm development // Int. Microbiol.- 2006.- Vol. 9, №1.-P.21-18.

156. Lanzafame A., Bonfiglio G., Santini L., Mattina R. In vitro Activity of Levofloxacin against Recent Gram-Negative Nosocomial Pathogens//Chemotherapy.- 2005.-№ 51.-P.44-50.

157. Leadbetter J., Greenberg E. Metabolism of aeylhomoserine lactone quorum-sensing signals by Variovorax paradoxus // J. Bacte-riol. 2000.-№ 182.-P.6921-6926.

158. Lewis K. Programmed death in bacteria // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. - Vol. 64.-P.503-514.

159. Lewis K. Riddle of biofilm resistance // Antimicrob. Agents Chemother.-2001 .-Vol. 45.-P.999-1007.

160. Lewis K. Persister cells and the riddle of biofilm survival // Bio-chemistry.-2005. № 70.-P. 267-274.

161. Li Z., Clarke A.J., Beveridge T.J. A major autolysin of Pseudo-monas aeruginosa: subcellular distribution potential role in cell growth and division, and secretion in surfacen membrane vesicles. //J.Bacteri 1996.-Vol.l78:P.2479-2488.

162. Li Y. H., Lau P. C., Lee J. H., Ellen R. P. Cvitkovitch D. G. Natural genetic transformation of Streptococcus mutans growing in biofilms// J. Bacteriol. 2001. - Vol. 183.- P. 897-908.

163. LI C., Hsu H., Wu Т., Tsao K., Sun C., Wu J. Cell-free DNA is released from tumor cells upon cell death: A study of tissue cultures of tumor cell lines // J. of Clin. Lab. Analys. 2003.-Vol. 17, № 4.-P. 103-107.

164. Lorenz M.G., Gerjets D., Wackernagel W. Release of transforming plasmid and chromosomal DNA from two cultured soil bacteria //Arch. Microbiol.-1991.-№ 156.-P. 319-326.

165. Lorenz M.J., Wackernagel W. Bacterial Gene Transfer by Natural Genetic Transformation in the Environment // Micr. Rev. 1994.-Vol.58,№3.-P. 563-602.

166. Lynch M. J., Swift S., Kirke D. F., Keevil C. W., Dodd С. E., Williams P. The regulation of biofilm development by quorum sensing in Aeromonas hydrophila // Environ. Microbiol. 2002.- Vol. 4.-P. 18-28.

167. Maeda S., Ito M., Ando Т., Ishimoto Y., Fujisawa Y., Takahashi H., Matsuda. A, Sawamura A., Kato S. Horizontal transfer of non-conjugative plasmids in a colony biofilm of Escherichia coli II FEMS Microbiol Lett. -2006.-Vol.255,№ 1.-P. 115-120.

168. Mavrodi D. V., Bonsall R. F., Delaney S. M., Soule M. J., Phillips G., Thomashow L. S. Functional Analysis of Genes for Biosynthesis of Pyocyanin and Phenazine-l-Carboxamide from Pseu-domonas aeruginosa PAOl // J. Bacteriol.-2001.-№ 183.-P. 64546465.

169. Mah T. F., O'Toole G. A. Mechanisms of biofilm resistance to antimicrobial agents // Trends Microbiol. 2001. - Vol. 9. - P.3439.

170. Mandersloof J.G., Reman F.C., van Deenen L.L.M., de Gier J. Barrier properties of lecithin / lysolecithin mixtures // Biochim. Biophys. Acta. 1975. - Vol. 382. - P. 22-26.

171. Martinez J. L., Baquero F. Mutation frequencies and antibiotic resistance // Antimicrob. Agents and Chemother.-2000.-№ 44. P. 1771-1777.

172. Mayrand D., Grenier D. Biological activities of outer membrane vesicles// Can.J.Microbiol.-1989.-Vol. 35:P.607-613.

173. Merritt J., Qi F., Goodman S. D., Anderson M. H., Shi W. Mutation of luxS Affects Biofilm Formation in Streptococcus mutans II Infect. Immun.-2003.-№ 71. P. 1972-1979.

174. Miller M., Bassler B. Quorum sensing in bacteria // Annu Rev Microbiol. 2001 .-№ 55.-P. 165-199.

175. Molin S, Tolker-Nielsen T. Gene transfer occurs with enhanced efficiency in biofilms and induces enhanced stabilisation of the biofilm structure// Curr. Opin. Biotechnol.- 2003.-Vol.14, № 3.-P.255-261.

176. Moscoso M., Garcia E., Lopez R. Biofilm Formation by Streptococcus /wewmoniae: Role of Choline, Extracellular DNA, and Capsular Polysaccharide in Microbial Accretion // J. of Bacteriol. -2006.-Vol 188, № 22.- P. 7785-7795.

177. Muto Y., Goto S. Transformation by extracellular DNA produced by Pseudomonas aeruginosa II Microbiol: Immunol.-1986.-№ 30.-P. 621-628.

178. Nadkarni M. A., Martin F. E., Jacques N. A., Hunter N. Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set // Microbiology.-2002.-№ 148.-P. 257-266.

179. Nandi S., Maurer J.J., Hofacre C., Summers F.J. Gram-positive bacteria are a major reservoir of Class 1 antibiotic resistance inte-grons in poultry litter // PNAS.- 2004.-Vol. 101, № 18.-P. 71187122.

180. Niemeyer J., Gessler F. Determination of free DNA in soils // J. Plant Nutr. Soil Sci.-2002. Vol. 165.-P.121-124.

181. O'Connell H.A., Kottkamp G.S. Influences of biofilm structure and antibiotics resistance mechanisms on indirect pathogenicity in a model polymicrobial biofilm // Appl. Environ. Microbiol. 2006. -Vol.72, №7. - P.5013-5019.

182. Olson M. E., Ceri H., Morck D. W., Buret A. G.,Read R. R. Biofilm bacteria: formation and comparative susceptibility to antibiotics // Can. J. Vet. Res. 2002.-№ 66.-P. 86-92.

183. O'Toole G., Kaplan H.B., Kolter R. Biofilm formation as microbial development // Annu. Rev. Microbiol.-2000.-№ 54.-P.49-79.

184. Palchevskiy V., Finkel S. Escherichia coli Competence Gene Homologs Are Essential for Competitive Fitness and the Use of DNA as a Nutrient // Journ. of Bacteriol. 2006. - Vol. 188, № 11. - P. 3902-3910.

185. Parsek M.R., Greenberg E.P. Acyl-homoserine lactone quorum sensing in Gram-negative bacteria: A signaling mechanism involvedin associations with higher organisms // Proc. Nat. Acad. Sci.-2000.-Vol.97, №16.-P.8789-8793.

186. Pearson J.P., Van Delden C., Iglewski B.H. Active Efflux and Diffusion Are Involved in Transport of Pseudomonas aeruginosa Cell-to-Cell Signals // J. Bact. 1999.- Vol. 181, № 4.- P. 12031210.

187. Petersen F.C., Pecharki D., Scheie A., Biofilm Mode of Growth of Streptococcus intermedins Favored by a Competence-Stimulating Signaling Peptide // J. Bact. 2004.- Vol 186, № 18.- P. 6327-6331.

188. Petersen F.C., Tao L., Scheie A.A. DNA Binding-Uptake System: a Link between Cell-to-Cell Communication and Biofilm Formation //J. of Bact. 2005.-Vol.187, №13. - P. 4392-4400.

189. Renelli M., Matias V, Lo R., Beveridge T. DNA-containing membrane vesicles of Pseudomonas aeruginosa PAOl and their genetic transformation potential // Microbiology.-2004.-№150.-P. 2161-2169.

190. Rakita R.M., Jacques-Palaz K., Murray B.E. Intracellular activity of azithromycin against bacterial enteric pathogens. // Antimicrob. Agents Chemother. 1994. -Vol. 38, № 9. - P.1915-1921.

191. Ramage G., Martinez J.P., Lopez-Ribot J.L. Candida biofilms on implanted biomaterials: a clinically significant problem // FEMS Yeast Res. 2006. - Vol.6, №7. - P.979-86.

192. Rasmussen T.B., Quorum M.G. Quorum sensing inhibitors: a bargain of effects // Microbiology.- 2006.- № 152.- P. 895-904.

193. Reisner A., Haagensen J.A., Schembri M.A., Zechner E.L., Molin

194. Development and maturation of Escherichia coli K-12 biofilms // Mol. Microbiol.- 2003.-Vol. 48.-№ 4.-P.933-46.

195. Revenchon S., Bouillant M., Salmond G., Nasser W. Integration of the quorum-sensing system in the regulatory networks controlling virulence factor synthesis in Erwinia chrysanthemii II Mol Micro-biol.- 1998.-№ 29.-P.1407-1418.

196. Sat В., Hazan R., Fisher Т., Khaner H., Glaser G., Engelberg-Kulka H. Programmed Cell Death in Escherichia coli: Some Antibiotics Can Trigger mazEF Lethality // J. of Bact. -2001.-Vol 183, №6.-P. 2041-2045.

197. Shah D., Zhang Z., Khodursky A., Kaldalu N., Kurg K., Lewis K., Persisters: a distinct physiological state of E. coli II BMC Microbiology." 2006.-Vol.53, №6.-P. 1-9.

198. Shapiro J.A. The significances of bacterial colony patterns. //BioEssays.- 1995.-Vol.17, N7.-P.597-607.

199. Schauder S., Bassler B. L. The languages of bacteria // Genes & Dev.-2001 .-№ 15.-P. 1468-1480

200. Scheie A.A., Petersen F.C. The biofilm concept: consequences for future prophylaxis of oral diseases? // Crit. Rev. Oral. Biol. Med. 2004.- Vol. 15, №1.- P. 4-12.

201. Stone B. J., Kwaik Y.A. Natural competence for DNA transformation by Legionella pneumophila and its association with expression of type IV pili. //J. Bacteriol.-1999.-№ 181.-P.1395-1402.

202. Van Schaik E., Giltner C.L., Audette G.F., Keizer D.W., Bautista D.L., Slupsky C.M., Sykes B.D., Irvin R.T. DNA Binding: a Novel Function of Pseudomonas aeruginosa Type IV Pili // J. Bact.- 2005.-Vol. 187, № 4. P. 1455-1464.

203. Schooling S.R. Beveridge T.J. Membrane Vesicles: an Overlooked Component of the Matrices of Biofilms // J. Bacteriol.-2006.-Vol.188, № 16.-P. 5945-5957.

204. Siegrist H.H., Nepa M.C., Jacquet A. Susceptibility to levoflox-acin of clinical isolates of bacteria from intensive care and haema-tology/oncology patients in Switzerland: a multicentre study // J Antimicrob Chemother.- 1999.- Vol. 43, № l.-P. 51-44.

205. Skarstad K., Steen H.D., Boye E. Cell cycle parameters of slowly growing Escherichia coli B/r studied by flow cytometry // J. Bact.-1983.-Vol. 154, №2.-P. 656-662.

206. Smil V. Phosphorous in the environment: Natural Flows and Human Interferences. 2000.-Vol. 25.-P. 53-88.

207. Sorensen S.J., Bailey M., Hansen L.H., Kroer N., Wuertz S. Studying plasmid horizontal transfer in situ: a critical review // Nat. Rev. Microbiol.- 2005.-Vol. 3, № 9.-P.700-710.

208. Spoering A.L., Gilmore M.S. Quorum sensing and DNA release in bacterial biofilms // Current Opinion in Microbiology.- 2006.-№ 9.-133-137.

209. Sponza D. Т. Investigation of extracellular polymer substances (EPS) and physiochemical properties of different activated sludge floes under steady state conditions // Enzyme Microb. Technol.-2003. Vol.-32.-P.375-385.

210. Stanley N. R., Lazazzera B. A. Environmental signals and regulatory pathways that influence biofilm formation // Mol. Microbiol. 2004. -№ 52.- 917-924.

211. Steinberger R. E., Holden P.A. Extracellular DNA in Single-and Multiple-Species Unsaturated Biofilms // Applied and Environmental Microbiology.- 2005.- Vol. P. 5404-5410.

212. Steinmoen H., Teigen A., Havarstein L. Competence-Induced Cells of Streptococcus pneumoniae Lyse Competence-Deficient Cells of the Same Strain during Cocultivation // Journal of Bacteriology.- 2003.- Vol. 185, №24.-P. 7176-7183.

213. Stewart P. S. Theoretical aspects of antibiotic diffusion into microbial biofilms // Antimicrob. Agents Chemother.-1996.- № 40.-P.2517-2522.

214. Stewart P. S. A review of experimental measurements of effective diffusive permeabilities and effective diffusion coefficients in biofilms // Biotechnol. Bioeng.- 1998.- Vol. 59.-P.261-271.

215. Stewart P. S., Costerton J. W. Antibiotic resistance of bacteria in biofilms // Lancet.-2001. № 358.-P.135-138.

216. Stewart P.S. Mechanisms of antibiotic resistance in bacterial biofilms // Int. J. Med. Microbiol. 2002.;-Vol. 292.-P. 107-113.

217. Stickler D., Dolman J., Rolfe S., Chawla J. Activity of some antiseptics against urinary tract pathogens growing as biofilms on silicone surfaces // Eur. J. of Clin. Micr. & Inf. Dis. 1991.- Vol. 10, № 5.-P. 410-415.

218. Sticker D.J. Polymicrobial bacteriuria: Biofilm formation on foreign bodies and colonization of the urinary tract. In: Colonization of Mucosal Surfaces ed Nataro J.P., Cohen P.S., Mobley H.T., Weiser J.N., ASM Press, Washington DC.-2005.-P. 409-429.

219. Stoodley P., Debeer D., Lewandowski Z. Liquid Flow in Biofilm Systems // Appl. Environ. Microbiol. -1994.- Vol. 60, № 8.-P.2711-2716.

220. Stoodley P., Sauer K., Davies D.G., Costerton J.W. Biofilms as complex differentiated communities // Annu. Rev. Microbiol.-2002.-№ 56.-P.187-209.

221. Suci P.A., Mittelman M.W., Yu F.P., Geesey G.G. Investigation of ciprofloxacin penetration into Pseudomonas aeruginosa biofilms // Antimicrob. Agents. Chemother. 1994. - Vol.38, №9. - P.2125-2133.

222. Surdeau N., Laurent-Maquin D., Bouthors S., Gelle MP. Sensitivity of bacterial biofilms and planktonic cells to a new antimicrobial agent, Oxsil 320N // J. Hosp. Infect. 2006. - Vol.62, №4. -P.487-493.

223. Ta-Hsiu L., Salnikow J., Moores S., Stein W. Bovine Pancreatic Deoxyribonuclease A // J. of Biolog. Chem. 1972.- Vol. 248, №. 4.-P.1489-1495.

224. Tanabe K., Kondo Т., Onodera Y. A conspicuous adaptability to antibiotics in the Escherichia coli mutator strain, dnaQ49 // FEMS Microbiology Letters.-1999.-№ 176.-P. 191-196.

225. Thomas C.M., Nielsen K.M. Mechanisms of, and barriers to, horizontal gene transfer between bacteria // Nature Rev.-2005.-№3.-P.711-721.

226. Trotha R., Hanck Т., Konig W., Konig B. Rapid ribosequencing -an effective diagnostic tool for detecting microbial infection // Infection. 2001. -№ 29.-P. 12-16.

227. Tetz V.V. Colony-like communities of bacteria // Microbios. -1994. Vol.80, № 322. - P.63-65.

228. Tetz V.V. The effect of antimicrobial agents and mutagen on bacterial cells in colonies // Med. Microbiol. Lett. 1996. - №5. -P.426-436.

229. Tetz V.V. Mixed bacterial communities and antibiotics// Clin. Microbiol. Infect. 1997. - Suppl. 3. - P. 299.

230. Tetz V.V., Rybalchenko O.V., Savkova G.A. Surface films of Escherichia coli colonies // FEMS. Microbial. Lett. 1993. -Vol.107, № 2-3. - P.23 1-240.

231. Tetz V.V., Rybalchenko O.V., Savkova G.A. Ultrastructural features of microbial colony organization //J. Basic Microbiol. 1990. -№30.- P.597—607.

232. Tetz V.V., Rybalchenko O.V., Savkova G.A. Ultrastructure of surface film of bacterial colonies // J. Gen.Microbiol. 1993. -Vol.139, № 4. - P.855-858.

233. Tetz V.V., Rybalchenko O.V., Savkova G.A. Morpho-physiologic characteristics of Escherichia coli and Shigella flexneri 2a carrying the htpR 15 gene // J. Basic Microbiol.- 1993,- № 33.-P. 131-139.

234. Tetz V.V. The Pangenome concept: a unifying view on genetic information // Med. Sci. Monit.-2005.-Vol.l 1, №7.-P.24-29.

235. Tomlin, K. L., Malott, R. J., Ramage, G., Storey, D. G., Sokol, P. A., Ceri, H. Quorum-Sensing Mutations Affect Attachment and Stability of Burkholderia cenocepacia Biofilms // Appl. Environ. Microbiol.-2005.-№ 71.-P. 5208-5218.

236. Van Schaik E.J., Giltner C.L., Audette G.F., Keizer D.W., Bautista D.L., Slupsky C.M. DNA binding: a novel function of Pseudomonas aeruginosa type IV pili // J. Bacterid.- 2005.- № 187.-P. 1455-1464.

237. Vorachit M. Lam K., Jayanetra ., Costerton J. Resistance of Pseudomonas pseudomallei Growing as a Biofilm on Silastic Discs to Ceftazidime and Co-Trimoxazole // Antimic. Agents and Chemother. 1993. - Vol.37, № 9.-P. 2000-2002.

238. Yamasaki Y., Akiyama H., Toi Y., Arata J. A combination of roxithromycin and imipenem as an antimicrobial strategy against biofilms formed by Staphylococcus aureus // J. Antimicr. Chemo-ther.-2001.-№ 48.-P. 573-577.

239. Yaron S., Kolling L., Simon L., Matthews K. Vesicle-Mediated Transfer of Virulence Genes from Escherichia coli 0157:H7 to Other Enteric Bacteria // Appl. and Env. Microbiol.-2000.-№ 66.-P. 4414-4420.

240. Yarmolinsky M. B. Programmed cell death in bacterial populations//Science.-1995.-№ 267.-P. 836-837.

241. Uhlinger D.J., White D.C. Relationship Between Physiological Status and Formation of Extracellular Polysaccharide Glycocalyx in

242. Pseudomonas atlantica // Appl. Environ. Microbiol. 1983. - Vol. 45, № 1.-P. 64-70.

243. Wang Y., Goodman S., Redfield R., Chen C. Natural Transformation and DNA Uptake Signal Sequences in Actinobacillus actin-omycetemcomitans II J. Bacteriol.-2002.-Vol 184, № 13. P.3442-3449.

244. Wang B.Y., Chi В., Kuramitsu H.K. Genetic exchange between Treponema denticola and Streptococcus gordonii in biofilms //Oral Microbiol. Immunol.- 2002. Vol.17, № 2.-P. 108-112.

245. Wang Y., Liang S. Autoinducter -2 (AI-2) mediated quorum sensing in Escherichia coli //Dissertation.-2004.

246. Waters C.M., Bassler B.L. Quorum Sensing: Cell-to-Cell Communication in Bacteria // Ann. Rev. of Cell and Dev. Biol. 2005.-Vol. 21.- P. 319-346.

247. Watnic P., Kotler R. Biofilm, city of microbes // J. Bacter.2002.-№182.-P.2675-2679.

248. Whitehead N.A., Barnard A.M., Slater H., Simpson N.J., Salmond G.P. Quorum-sensing in Gram-negative bacteria // FEMS Microbiol Rev. -2001. Vol. 25, № 4.-P.365-404.

249. Webb J. S., Givskov M., Kjelleberg S. Bacterial biofilms: pro-karyotic adventures in multicellularity // Curr. Opin. Microbiol.2003.-№ 6. P. 578-585.

250. Webb J.S., Thompson L.S., James S., Charlton Т., Tolker-Nielsen T, Koch В., Givskov M., Kjelleberg S. Cell Death in

251. Pseudomonas aeruginosa Biofilm Development // J. of Bacter.-2003.- Vol. 185, № 15.-P. 4585-4592.

252. Wuertz S., Okabe S., Hausner M. Microbial communities and their interactions in biofilm systems: an overview // Water Sci. Technol. 2004.-Vol. 49, № 11 .-P.327-336.

253. Whitchurch C.B., Tolker-Nielsen Т., Regas P.C., Mattick J.S. Extracellular DNA required for bacterial biofilm formation // Science.-2002.-№ 295.-P.1487.

254. Woese C.R. Bacterial evolution // Microbiology and Molecular Biology Reviews. 1987.-Vol. 51, №2.-P. 221-271.

255. Xu K. D., McFeters G.A., Stewart P.S. Biofilm resistance to antimicrobial agents // Microbiology.-2000.-№ 146.-P.547-549.

256. Zhao X., Drlica K. Restricting the selection, of antibiotic-resistant mutants: a general strategy derived from fluoroquinolone studies // Clinic. Infec. Dis. 2001. - Vol. 33, №.-P. 147-156.

257. Zheng Z., Stewart P.S. Penetration of Rifampin through Staphylococcus epidermidis Biofilms Antimicrob. Agents and Chemother. 2002.-Vol 46, №3.-P. 900-903.

258. Zhou L., Srisatjaluk R., Justus D.E., Doyle R.J. On the origin of membrane vesicles in Gram-negative bacteria // FEMS Microbiol. Lett. 199 8.-Vol. 163№2.-P.223-22 8.