Роль секьюрити-белков L и 2А вируса энцефаломиокардита в развитии клеточной патологии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Ивин Юрий Юрьевич

• Ивин Юрий Юрьевич
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Ивин Юрий Юрьевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Вирус энцефаломиокардита 1 серотипа (EMCV-1). Штамм Менго

1.1.1. Общая характеристика семейства Picornaviridae

1.1.2. Особенности строения

1.1.3. Род СаЫ^кж

1.1.4. Вирус энцефаломиокардита 1 серотипа, штамм Менго

1.2. Характеристика белков L и 2А EMCV-1

1.2.1. Секьюрити-белки пикорнавирусов

1.2.2. Характеристика лидерного белка вируса энцефаломиокардита

1.2.3. Характеристика белка 2А EMCV-1

1.3. Изменение клеточной трансляции при пикорнавирусной инфекции

1.3.1. Кэп-зависимый механизм инициации трансляции и его регуляция

1.3.2. Изменение клеточной трансляции при пикорнавирусной инфекции

1.4. Модификация клеточной гибели при пикорнавирусной инфекции

1.4.1. Апоптотическая гибель

1.4.2. Некротическая гибель

1.4.3. Модификация клеточной гибели при пикорнавирусной инфекции

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Методы работы с культурами эукариотических клеток

2.1.1. Клеточные линии

2.1.2. Культивирование клеток

2.2. Методы работы с нуклеиновыми кислотами

2.2.1. Плазмидные ДНК

2.2.2. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)

2.2.3. Рестрикция ДНК

2.2.4. Аналитический электрофорез нуклеиновых кислот в агарозном геле

2.2.5. Препаративный электрофорез, выделение и очистка фрагментов ДНК

2.2.6. Лигирование фрагментов ДНК

2.2.7. Наработка плазмидных ДНК в культуре клеток бактерий

2.2.8. Выделение плазмидной ДНК в аналитических целях

2.2.9. Выделение плазмидной ДНК для препаративных целей

2.2.10. Транскрипция in vitro

2.2.11. Выделение вирусной РНК

2.2.12. Обратная транскрипция

2.2.13. Секвенирование

2.2.14. Количественный ПЦР в режиме реального времени

2.2.15. Получение плазмидных ДНК pM16.2_A2A и pM16.1_C19A/C22A_A2A, содержащих полногеномные копии мутантов A2A и Zfmut&A2A штамма Менго EMCV-1

2.2.16. Получение плазмидной ДНК pM16.2_VP2mut

2.3. Методы работы с вирусами

2.3.1. Используемые вирусы

2.3.2. Трансфекция культуры клеток BHK-21 вирусной РНК

2.3.3. Титрование вирусов методом негативных колоний

2.3.4. Клонирование методом негативных колоний

2.3.5. Получение рабочего пула вирусов

2.3.6. Заражение монослоя клеток вирусами

2.4. Экспериментальные методы изучения трансляционных процессов и клеточной гибели при вирусной инфекции

2.4.1. Флуоресцентный анализ деградации клеточной ДНК

2.4.2. Детекция проницаемости цитоплазматической мембраны

2.4.3. Оценка жизнеспособности клеток

2.4.4. Вестерн-блот гибридизация

2.4.5. Изучение уровня синтеза белков с помощью пульс-метода включения радиоактивно меченых аминокислот

2.5. Статистическая обработка

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Получение и характеристика лабораторных штаммов EMCV-1, мутантных по белкам L и 2А

3.1.1. Получение мутантных EMCV-1 и характеристика фенотипа негативных колоний

3.1.2. Генетическая характеристика полученных мутантных EMCV-1

3.1.3. Характеристика эффективности репродукции полученных мутантных штаммов EMCV-1 в различных культурах клеток

3.2. Изучение роли белков L и 2А в модификации процесса синтеза белков в зараженных клетках

3.2.1. Ингибирование синтеза белков в клетках HeLa

3.2.2. Накопление вирусных белков и их процессинг при инфекции клеток HeLa

3.2.3. Синтез белков при инфекции клеток ВНК-21

3.3. Изучение механизмов клеточной гибели при кардиовирусной инфекции и роли белков 2А и L в этом процессе

3.3.1. Культура клеток HeLa

3.3.2. Культура клеток BHK-21

3.3.3. Культура клеток ЯС

3.4. Изучение возможности ингибирования развития клеточной патологии при инфекции EMCV-1

3.4.1. Изучение кинетики гибели клеток HeLa при инфекции мутантными EMCV-1 в присутствии ингибитора каспаз QVD-OPH

3.4.2. Изучение жизнеспособности клеток при инфекции мутантными EMCV-1 в присутствии ингибитора каспаз QVD-OPH

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль секьюрити-белков L и 2А вируса энцефаломиокардита в развитии клеточной патологии»

Актуальность темы исследования

Течение вирусной инфекции в многоклеточных организмах и отдельных клетках представляет собой чрезвычайно сложный процесс, в который вовлечены многие десятки молекул-участников со стороны вируса и клеток. Будучи облигатными клеточными паразитами, вирусы способны размножаться только внутри жизнеспособных клеточных структур, используя для этого энергетические и структурные ресурсы хозяина. Вирусные инфекции - неотъемлемая часть жизни многоклеточных организмов и эволюции всего эукариотического мира. В ходе совместного существования эти части органического мира выработали множество сценариев взаимодействия. В зависимости от типа клеток размножение вирусов может вызывать их гибель, индуцируя развитие серьезных заболеваний у многоклеточных организмов, или, напротив, не приводить к существенным изменениям в жизни хозяина. Понимание закономерностей течения процессов в зараженной клетке - необходимое условие для эффективной борьбы против вирусных патогенов, вызывающих болезни.

Развитие клеточной патологии при вирусной инфекции - это результат взаимодействия клеточных защитных противовирусных систем и вирусных противозащитных инструментов [1]. В геноме клетки закодировано множество белков, главной целью которых является поиск чужеродных молекул и структур и запуск каскадов реакций, направленных на подавление размножения патогена в рамках одной клетки и распространения в соседние. Эти белки составляют основу защитной системы внутреннего клеточного иммунитета. В нее входят молекулы, вовлеченные в интерфероновый ответ, запуск апоптотической программы и многих видов индуцируемого клеточного стресса, РНКазы и многие другие белки. В ответ на реакции клеточного иммунитета и вирусы эволюционно выработали инструменты, позволяющие ограничивать действие защитных систем, модифицирующие внутриклеточную среду для собственного эффективного размножения. Такие вирусные белки были названы факторами вирулентности или секьюрити-белками [2]. Ввиду ограниченности размера вирусного генома по сравнению с клеточным, такие белки должны иметь максимально возможную функциональность, высокую вариабельность и генетическую нестабильность, что делает их интереснейшим объектом для исследования. Одним из важнейших свойств секьюрити-белков является участие в модификации клеточной смерти. От того, каким типом клеточной смерти погибнет клетка: апоптотическим, некротическим или иным, зависит потенциальное распространение инфекции и общее течение заболевания.

Семейство Picornaviridae состоит из самых многообразных групп вирусов, многие из которых способны вызывать тяжелые заболевания у человека и животных. Зачастую,

представители этого семейства - литические вирусы, инфицирование которыми приводит к гибели клеток и выходу новых вирусных частиц. К такому типу относится вирус энцефаломиокардита 1 серотипа (EMCV-1) представитель рода Cardiovirus, один из модельных представителей семейства. EMCV-1 способен инфицировать многие виды позвоночных животных, в том числе человека, обезьян, свиней, мышей, вызывая развитие миокардита, энцефаломиелита и диабета. Вспышки распространения этого вируса являются одной из важных экономических проблем свиного животноводства. В составе генома EMCV-1 выделяют по меньшей мере два секьюрити-белка: L и 2А. Изучение свойств и механизмов их взаимодействия с клеточным иммунитетом повысит уровень понимания биологии пикорнавирусов и молекулярных основ вызываемых ими заболеваний.

Степень разработанности темы исследования

Свойства секьюрити-белков пикорнавирусов изучены недостаточно. Лишь белки L и 2А представителей родов Aphtovirus, Erbovirus, Enterovirus и Cardiovirus являются функционально охарактеризованными. У остальных представителей семейства свойства белков предсказаны теоретически [2]. EMCV-1, представитель рода Cardiovirus, является одним из модельных и хорошо изученных представителей семейства. Несмотря на это, существует множество противоречивых данных относительно функциональных свойств его секьюрити-белков. Существует ряд научных работ, в которых авторы приписывают каждому из них множество функций, однако часто результаты исследований противоречат друг другу. К примеру, многие работы посвящены изучению белков L или 2А вне контекста вирусного генома с использованием in vitro подходов и различных генно-инженерных систем невирусной природы [3; 4]. Роль в подавлении клеточной трансляции, как одного из способов борьбы с иммунитетом клетки, как и антиапоптозные функции приписывают то одному секьюрити-белку L [5; 6], то другому - 2A [4; 7]. Механизм функционирования обоих белков остается неясен. Противоречия в описании функциональных свойств секьюрити-белков, видимо, связаны с различными моделями и способами изучения этих свойств, в том числе с использованием различных клеточных линий. Для более глубокого и системного изучения функций обоих белков требуется использовать подход, который основан на инактивации секьюрити-белков по отдельности и совместно путем внесения мутаций в геном EMCV-1 и последующем сравнении свойств полученных мутантов.

Целью настоящего исследования являлось изучение в рамках одной экспериментальной системы роли белков L и 2A модельного вируса энцефаломиокардита 1 серотипа в процессе гибели зараженных клеток и модификации трансляционных процессов.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи исследования:

1. получить и охарактеризовать мутантные EMCV-1 по белку 2А и по белкам L и 2А одновременно;

2. изучить трансляционную активность в клетках HeLa и ВНК-21 при инфекции мутантными EMCV-1 по L и 2А белкам;

3. изучить особенности гибели клеточных культур HeLa, ВНК-21 и ЯЛ при инфекции мутантными EMCV-1 по L и 2А белкам;

4. изучить возможность ингибирования развития патологических процессов в зараженных клетках при подавлении развития апоптоза и работы вирусных противозащитных механизмов.

Научная новизна

Впервые получен жизнеспособный EMCV-1 с функционально инактивированными обоими секьюрити-белками L и 2А, что доказало факультативную роль секьюрити-белков в размножении вируса энцефаломиокардита. С использованием двух клеточных культур разного происхождения (HeLa и ВНК-21) показано отсутствие влияния белка 2А на течение трансляционных процессов в зараженных клетках. Обнаружено постадийное ингибирование клеточной трансляции в течение инфекции, зависимое от присутствия в геноме активного белка К

Впервые с использованием нескольких клеточных линий показано, что тип клеточной смерти при инфекции EMCV-1 зависит как от активности белков L и 2А, так и от типа культуры клеток. Выявлена зависимость активности секьюрити-белков и типа клеточной смерти в трех клеточных культурах.

Впервые описана гибель клеток при кардиовирусной инфекции, сочетающая некротические и апоптотические признаки. Показана возможность ингибирования развития патологических процессов в зараженных клетках путем подавления развития апоптотической программы и нарушения работы вирусных секьюрити-белков при активном вирусном размножении.

Теоретическая и практическая значимость работы

В современном мире новые вирусные возбудители заболеваний человека и животных выявляются все чаще. Геномы практически всех известных вирусов кодируют белки, участвующие в подавлении клеточного иммунитета - секьюрити-белки. В настоящее время известно два представителя рода СаМ^ггш, к которому относится EMCV-1, вызывающие заболевания человека, слабоизученные вирус Саффолд и вирус вилюйского энцефалита. Данные

о влиянии белков L и 2А EMCV-1 на синтез клеточных и вирусных белков и выбор типа клеточной смерти при инфекции углубляет фундаментальное понимание течения процессов внутри зараженной клетки. Решение поставленных задач на модельном объекте, которым является EMCV-1, является основой для построения модели взаимодействия пикорнавирусов с клеткой, что крайне полезно для изучения белков других вирусных групп. В настоящей работе мы показали возможность подавления развития патологических процессов в зараженной клетке при сохранении размножения вируса путем ингибирования развития программы апоптоза и нарушения функционирования секьюрити-белков. Этот феномен не только доказывает фундаментальную гипотезу о природе гибели клетки при инфекции в результате взаимодействия клеточных защитных и вирусных противозащитных программ, но и имеет потенциальную практическую значимость [1]. Поскольку гибель зараженной клетки запрограммирована генетически, но является управляемой, можно влиять на развитие клеточной патологии при инфекции, путем блокирования этих программ. В ходе исследования мы блокировали апоптотическую программу, используя ингибиторы других типов гибели клеток можно достичь еще более впечатляющих результатов. Мутации активных центров секьюрити-белков можно заменить на химическую инактивацию их функций. Применение химической инактивации функций белков и программ гибели внутри клетки может привести к ингибированию развития клеточной патологии и, как следствие - возникновению нового комплексного подхода к лечению вирусных заболеваний. Изученные свойства аттенуированных вирусных мутантов EMCV-1, имеющих функционально инактивированные секьюрити-белки, являются теоретической основой для создания живых аттенуированных вакцин против кардиовирусов. Подход, используемый в исследовании, который заключается в создании вирусных мутантов по исследуемым белкам, их адаптации к клеточным культурам с целью повышения жизнеспособности, может быть применен для изучения свойств многих вирусных секьюрити-белков.

Методология и методы исследования

Для выполнения исследований и решения поставленных задач с учётом теоретической базы использовали современные лабораторные методы, включая вирусологические, иммунологические, цитологические и молекулярно-генетические, отражающие новизну научных подходов в изучаемой области. Основной научный подход работы заключался в создании мутантных вирусов энцефаломиокардита 1 серотипа с функционально инактивированными секьюрити-белками L и 2А и последующем сравнении течения инфекции нескольких клеточных линий мутантными вирусами и вирусом дикого типа.

Положения, выносимые на защиту

1. Разработана схема получения жизнеспособных мутантных вирусов EMCV-1 с функционально инактивированным белком 2А и белками L и 2А совместно.

2. При функциональной инактивации белка 2А EMCV-1 происходит активация каспазо-зависимой программы гибели зараженных клеточных культур. Гибель клетки при этом может сопровождаться одновременно некротическими и апоптотическими признаками.

3. При функциональной инактивации белка L EMCV-1 путем разрушения домена Zn-палец активация апоптотической программы гибели зараженных клеточных культур зависит от типа клеток.

4. При функциональной инактивации белка 2А EMCV-1 путем введения делеции с 11 по 125 аминокислотный остаток не происходит изменений в процессе подавления клеточной трансляции при инфекции, но нарушается процессинг капсидных белков.

5. Одновременная инактивация белков L и/или 2А EMCV-1 и ингибирование активации каспаз приводит к торможению развития программ клеточной гибели при инфекции EMCV-1.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные положения диссертации соответствуют паспорту специальности 1.5.10. Вирусология. Результаты проведенного исследования соответствуют областям исследований: пунктам 3, 4, 6 и 7 паспорта специальности 1.5.10. Вирусология.

Степень достоверности и апробация результатов

Достоверность полученных в ходе работы данных определяется достаточным числом исследований, комплексным подходом к проведению исследований, выполненных с использованием современных методов и статистической обработкой полученных результатов. Все выводы диссертации логично вытекают из полученных результатов и соответствуют цели и задачам работы. Материалы исследования были представлены и обсуждены на следующих конференциях: международная конференция Europic 2012 («Uncoupling EMCV-induced injuries from viral reproduction by mutual cell/virus disarmament», Сан-Рафаэль, Франция, 3-7 июня 2012 г.); конференция Europic 2014 («Two cardiovirus security proteins exhibit distinct antiapoptotic activities which are partly host-specific», Бланкенберг, Бельгия 9-14 марта 2014 г.); конференция Virology Africa 2020 («Cardiovirus security proteins L and 2A exhibit antiapoptotic activities which are partly host-specific», Кейптаун, ЮАР, 10-14 февраля 2020 г.).

Личное участие автора в получении результатов

Автор провёл анализ научной литературы по исследуемой области, определил цель и задачи исследования, разработал дизайн экспериментов. Результаты, представленные в настоящей работе, были получены лично автором или при его непосредственном участии. Автор лично провёл статистическую обработку и сформулировал основные положения, выносимые на защиту, и выводы диссертации. Основные публикации по материалам исследования были подготовлены лично автором или при его непосредственном участии. Личный вклад в выполнение творческой части исследования составил более 90%.

Публикации

Основные результаты диссертационного исследования полностью отражены в печати. По теме диссертации опубликовано 3 печатные работы: 1 в рецензируемом научном издании, рекомендованном ВАК, 2 в журналах, индексируемых в международных библиографических базах данных - Web of Science, Scopus, PubMed.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа изложена на 133 страницах и состоит из введения и 4-х глав основной части диссертации, включая: обзор литературы, материалы и методы, результаты, обсуждение, а также заключение, выводы, практические рекомендации, перспективы дальнейшей разработки темы, список сокращений и условных обозначений, список литературы, содержащий 192 источника. Работа иллюстрирована 7 таблицами и 44 рисунками.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Вирус энцефаломиокардита 1 серотипа (EMCV-1). Штамм Менго

1.1.1. Общая характеристика семейства Picornaviridae

Семейство Picornaviridae объединяет мелкие безоболочечные РНК-вирусы хордовых животных. Некоторые вирусы семейства могут вызывать серьезные заболевания такие, как ящур крупного рогатого скота (вирус ящура, FMDV), полиомиелит (вирус полиомиелита), гепатит (вирус гепатита А), менингиты (вирусы Коксаки) и многие другие. Среди представителей семейства встречаются одни из самых изученных вирусов. К примеру, вирус ящура — первый идентифицированный патоген животных вирусной природы, его изучение началось еще в XIX веке [8]. Вакцины против ящура и полиомиелита являются одними из первых противовирусных вакцин. В последние годы число представителей семейства Picornaviridae стремительно растет. Обнаружены пикорнавирусы широкого списка представителей хордовых различных классов: птиц, млекопитающих, костных и хрящевых рыб, амфибий и рептилий [9]. Обширный ареал хозяев представителей семейства говорит о том, что Picornaviridae - это эпидемиологически значимое семейство, не только из-за множества известных патогенов человека и сельскохозяйственных животных, но и ввиду потенциальных межвидовых переходов в будущем.

По последним данным семейство Picornaviridae включает 159 видов, разделенных на 68 родов и 5 подсемейств. Некоторые из них, наиболее изученные и важные с эпидемиологической точки зрения, представлены в Таблице 1 [9; 10].

Таблица 1 - Некоторые представители семейства Picornaviridae

Род Число видов Представители Эпидемиологическая значимость

Aphthovirus 4 Вирус ящура (Aphthovirus vesiculae, FMDV), вирус бычьего ринита А (Aphthovirus bogeli): серотипы 1 и 2, вирус бычьего ринита В (Aphthovirus reedi, BRBV-1), вирус ринита лошадей А (Aphthovirus burrowsi, ERAV-1) FMDV вызывает ящур у крупного рогатого скота [11]

Cardiovirus 6 Кардиовирус А (Cardiovirus rueckerti): вирус энцефаломиокардита (EMCV); четыре серотипа ЕМСУ-1, ЕМ№2, ЕМ№3 и ЕМ№4 Кардиовирус В (Cardiovirus ^Ши, 15 серотипов): вирус энцефаломиелита мышей Тейлера (TMEV), вирус вилюйского Вирусы Саффолд вызывает энтерит и респираторные заболевания у детей [12]

Род Число видов Представители Эпидемиологическая значимость

энцефаломиелита человека (VHEV), теравирус (TRV) и др. Кардиовирус D (Cardiovirus saffoldi): вирусы Саффолд (Saffold)

Cosavirus 5 Косавирусы A (Cosavirus asiani), B (Cosavirus bepakis), D (Cosavirus depakis), E (Cosavirus eaustrali) и F (Cosavirus fepakis) Косавирусы вызывают кишечные расстройства у детей [13]

Enterovirus 15 Энтеровирус A (Enterovirus alphacoxsackie, 25 серотипов): вирусы Коксаки A (2-8) 12, 14, 16; Энтеровирусы A71, 76, (89-92), 114, (119-121) Энтеровирус B (Enterovirus betacoxsackie, 63 серотипа): вирусы Коксаки B (1-6), A9; эховирусы (1-7), 9, (11-21), (24-27), (29-33); энтеровирусы B69, (73-75), (77-88), 93, 97, 98, 100, 101, 106, 107, (111-113) Энтеровирус C (Enterovirus coxsackiepol, 23 серотипа): вирус полиомиелита-1,-2,-3; вирусы Коксаки A1, 11, 13, 17, (19-22), 24; энтеровирусы C95, 96, 99, 102, 104, 105, 109, 113,(116-118) Энтеровирус D (Enterovirus deconjucti, 5 серотипов): энтеровирусы D68, 70, 94, 111, 120 Энтеровирус F (Enterovirus fitauri) Энтеровирус G (Enterovirus geswini): 20 серотипов энтеровирусов свиней Риновирус A (Enterovirus alpharhino), B (Enterovirus betarhino) и C (Enterovirus cerhino) Вызывают множество заболеваний человека и животных: полиомиелит, энтериты, ящуроподобное заболевание, энцефалиты, респираторные заболевания [14]

Hepatovirus 9 Гепатовирус А (Hepatovirus ahepa, вирус гепатита А) и гепатовирусы В (Hepatovirus bephopi), С (Hepatovirus cemanavi), D (Hepatovirus devoli), E (Hepatovirus erubebrufu), F (Hepatovirus fejalco), G (Hepatovirus gafrisheta), H (Hepatovirus hedgi), I (Hepatovirus ishrewi) Вызывают гепатит А (болезнь Боткина) [15], встречаются у различных позвоночных

Kobuvirus 3 Аичивирус А (Kobuvirus aichi), Аичивирус В (Kobuvirus bejaponia), Аичивирус С (Kobuvirus cebes) и др. Некоторые представители вызывают энтериты [ 16]

Род Число видов Представители Эпидемиологическая значимость

Parechovirus 6 Пареховирус A (Parechovirus ahumpari, человеческий пареховирус), Пареховирус B (Parechovirus beljungani, вирус Льюнган), Пареховирус C (Parechovirus cebokele, вирус Себокеле) и др. Могут инфицировать человека, вызывая гастроэнтериты, респираторные заболевания [17]

Геном пикорнавирусов представляет собой одноцепочечную молекулу РНК положительной полярности размером 7-9 тысяч оснований. В результате кэп-независимой IRES-контролируемой трансляции вирусного генома образуется полипротеин-предшественник, который подвергается постадийному протеолитическому расщеплению на отдельные белки, количество которых варьируется от 10 до 13 у разных представителей [2]. Структурные белки, формирующие капсид, локализованы в пределах N-концевой трети генома. Другая часть кодирует неструктурные белки, участвующие в изменении клеточной среды для оптимизации вирусной репликации, и белки напрямую ответственные за репликацию. Некоторые представители семейства перед предшественником структурных белков имеют последовательность, кодирующую неструктурный, так называемый, лидерный белок - L. Такая последовательность обнаружена, к примеру, у представителей родов Cardiovirus (EMCV-1), Aphtovirus (FMDV), Senecavirus, Teschovirus, Erbovirus, Kobuvirus, Klassevirus, Sapelovirus и некоторых других родов семейства. Полипротеин можно разделить на три участка: P1, P2 и P3. Участок P1 представляет собой предшественник капсидных белков, P2 включает белки с 2А до 2С, а P3 - предшественник белков с ЗА по 3D. Особняком стоит упомянутый L белок перед P1 (Рисунок 1).

Рисунок 1 - Общая схема строения генома представителей семейства Picornaviridae. Адаптировано по [2]

После синтеза полипротеин подвергается постадийному процессингу. У различных родов семейства этот процесс может отличаться. В первую очередь, различия затрагивают первичное

расщепление. Говоря упрощенно, первичный процессинг идет по границам предшественников P1, P2 и P3. Так в точности идет первичный процессинг у представителей, имеющих белок 2А, обладающий протеазной активностью (к примеру, вирус полиомиелита), которая способствует отщеплению собственного N-конца от VP1 [18]. У представителей, белок 2А которых не имеет протеазной активности, разделение P1 и Р2 идет под действием протеазы 3Cpro. У части представителей семейства в белке 2А на С-конце расположена особая аминокислотная последовательность NPG-P, при прохождении которой рибосома не образует пептидную связь между глицином (G) и пролином (P), но продолжает синтезировать дальнейшую белковую последовательность [19]. Таким образом происходит котрансляционный процессинг полипротеина, и образуется предшественник (L)P1-2A. Данный процесс происходит у вирусов родов Aquamavirus, Avihepatovirus, Avisivirus, Cardiovirus, Cosavirus, Erbovirus, Hunnivirus, Kunsagivirus, Mosavirus, Parechovirus, Pasivirus, Senecavirus и Teschovirus. Другой акт первичного процессинга включает отщепление P2 от P3 и происходит под действием протеазы 3Cpro у всех представителей семейства. Что касается отделения L от P1, то это происходит либо под действием 3Cpro (у большинства представителей), либо благодаря собственной протеолитической активности L (у родов Aphtovirus и Erbovirus) [20].

Дальнейшие акты процессинга происходят под действием протеазы 3Cpro. Протеолитический процессинг вирусного полипротеина приводит к расщеплению P1 на VP0, VP1 и VP3 [21]. Расщепление необходимо для сборки белков в пентамерные субъединицы, которые формируют икосаэдрический «про-вирион», соединенный с копией вирусной геномной РНК. Финальным этапом в созревании вируса является расщепление VP0 на VP2 и VP4, которое проходит автокаталитически [22; 23]. У некоторых представителей семейства предшественник этих белков обнаружен только нерасщепленным (VP0).

Результатом полного процессинга полипротеина является образование 10-13 белков (Рисунок 1). Основные белки представителей семейства:

• белки капсида (VP1, VP2, VP3, VP4);

• неструктурные белки, характерные для семейства Picornaviridae:

o 2САТФазу - белок, проявляющий АТФазную активность, содержащий РНК-, АТФ- и

мембраносвязыващий домен; o 3B (VPg) - праймер синтеза РНК;

o 3Cpro - протеаза, участвующая в процессинге полипротеина и расщепляющая

некоторые клеточные белки; o 3Dpo1 - РНК-зависимая РНК-полимераза;

o гидрофобные белки, связывающиеся с мембраной клетки (2B и 3А); o вариабельные секьюрити-белки 2А и L.

У некоторых представителей наблюдаются вариации в наборе белков. Например, у FMDV (род Aphtovirus) обнаружено 2 белка в лидерной области: Labpro и Lbpro [24], у EMCV-1 (род Cardiovirus) найден белок в альтернативной рамке считывания 2B* [25].

1.1.2. Особенности строения

Пикорнавирусы имеют икосаэдрический капсид диаметром ~ 30 нм, не содержащий липидной оболочки. У большинства хорошо изученных родов семейства (Enterovirus, Cardiovirus, Aphtovirus и других) капсид образован четырьмя белками: VP1, VP2, VP3 и VP4. Каждый из белков VP1, VP2 и VP3 имеет схожую структуру, состоящую из клиновидной формы восьми скрученных в Р-бочонок тяжей, которые соединены петлями различной длины. Длина и состав соединяющих петель вместе с наклоном Р-бочек определяют поверхностную топологию вирусной частицы и ответственны за специфическое связывание с рецептором и антигенные характеристики. Мономеры капсидных белков соединяются в пентамерные субъединицы, впоследствии 12 таких субъединиц формируют полный икосаэдрический капсид вируса. При сборке частицы VP1, VP2 и VP3 расположены на поверхности, а VP4 - на внутренней стороне капсида (Рисунок 2).

А Б

Рисунок 2 - Схема строения поверхности капсида пикорнавирусов (А) и схема укладки белков УР1, VP2 и "УРЗ (Б). Адаптировано по [26]

У других представителей родов Aquamavirus, Avihepatovirus, КоЬ^1гж и некоторых других капсид состоит из трех белков: VP0 (нерасщепленный предшественник VP2 и "УР4), "УР1 и "УР3 [27]. В обоих случаях капсид формируется из 60 протомеров.

На поверхности вириона у многих пикорнавирусов расположены «каньоны» - углубления на границе соединения соседних молекул капсидных белков. Посредством них происходит связывание вирусной частицы с рецептором [28]. Представители родов Aphthovirus и Cardiovirus не имеют такой структуры, ввиду другой природы вирусного рецептора.

Взаимодействие вируса с рецептором, кроме связывания частицы с клеткой, приводит к диссоциации капсида и входу геномной РНК внутрь клетки. Существует два пути проникновения пикорнавирусов в клетку. В первом случае, характерном для полиовируса и большинства риновирусов (Enterovirus), взаимодействие с рецептором индуцирует конформационный переход в структуре вирусной частицы, в результате чего образуется так называемая А-частица. Эта перестройка затрагивает внутренние белковые фрагменты капсида (белок VP4 и гидрофобный N-конец VP1), которые экспонируются на поверхность [29]. Вероятнее всего, эти молекулы участвуют в образовании поры, через которую геномная (+)-РНК достигает цитоплазмы [30].

Другую стратегию используют FMDV (род Aphtovirus), EMCV (род Cardiovirus) и некоторые риновирусы (род Enterovirus). После связывания с рецептором образование А-частицы не происходит. Вместо этого инициируется эндоцитоз. При попадании вирусных частиц в эндосомы, где происходит снижение pH, диссоциация капсида и выход РНК сначала в эндосому, а затем - в цитоплазму [31].

Представители семейства используют для попадания в клетки различные рецепторные молекулы. Вирус полиомиелита взаимодействует с трансмембранным белком CD155, имеющим четыре иммуноглобулин-подобных внеклеточных домена [32]. FMDV [33], а также вирусы коксаки группы А [34] связываются с белками интегринами, принимающими участие в межклеточных контактах. Рецепторами для EMCV-1 являются белок адгезии клеток сосудов (vascular cell adhesion molecule-1, VCAM-1)[35] в эндотелиальных клетках, а также сиаловая кислота [36], входящая в сиалогликопротеин.

1.1.3. Род Cardiovirus

Род Cardiovirus в настоящее время состоит из шести видов: Cardiovirus rueckerti, Cardiovirus theileri, Cardiovirus ranori, Cardiovirus saffoldi, Cardiovirus rudhira и Cardiovirus dhusarah [10]. Найдены несколько вирусов, являющихся кандидатами на добавление в состав представителей этого рода, к примеру, кардиовирус сурков [37], генет и коз. Вид Cardiovirus rueckerti (кардиовирус А) ранее имел название вирус энцефаломиокардита (EMCV), однако сейчас, помимо EMCV-1, включает еще 3 серотипа: EMCV-2 [38], EMCV-3 и EMCV-4, выделенные из различных млекопитающих.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Ивин Юрий Юрьевич, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Agol, V.I. Cytopathic effects: virus-modulated manifestations of innate immunity? / V.I. Agol // Trends in microbiology. - 2012. - Vol. 20. - № 12. - P. 570-6. DOI: 10.1016/j.tim.2012.09.003.

2. Agol, V.I. Viral security proteins: counteracting host defences. / V.I. Agol, A.P. Gmyl // Nature reviews. Microbiology. - 2010. - Vol. 8. - № 12. - P. 867-878. DOI: 10.1038/nrmicro2452.

3. Dvorak, C.M.T. Leader protein of encephalomyocarditis virus binds zinc, is phosphorylated during viral infection, and affects the efficiency of genome translation / C.M.T. Dvorak, D.J. Hall, M. Hill [et al.] // Virology. - 2001. - Vol. 290. - № 2. - P. 261-271. DOI: 10.1006/viro.2001.1193.

4. Aminev, A.G. Encephalomyocarditis viral protein 2A localizes to nucleoli and inhibits cap-dependent mRNA translation / A.G. Aminev, S.P. Amineva, A.C. Palmenberg // Virus Research. - 2003. - Vol. 95. - № 1-2. - P. 45-57. DOI: 10.1016/S0168-1702(03)00162-X.

5. Zoll, J. Mengovirus leader is involved in the inhibition of host cell protein synthesis / J. Zoll, J.M. Galama, F.J. van Kuppeveld, W.J. Melchers // Journal of Virology. - 1996. - Vol. 70. - № 8. -P. 4948-4952. DOI: 10.1128/jvi.70.8.4948-4952.1996.

6. Romanova, L.I. Antiapoptotic activity of the cardiovirus leader protein, a viral "security" protein. / L.I. Romanova, P. V Lidsky, M.S. Kolesnikova [et al.] // Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. -№ 14. - P. 7273-7284. DOI: 10.1128/JVI.00467-09.

7. Carocci, M. Encephalomyocarditis Virus 2A Protein Is Required for Viral Pathogenesis and Inhibition of Apoptosis / M. Carocci, N. Cordonnier, H. Huet [et al.] // Journal of Virology. - 2011. -Vol. 85. - № 20. - P. 10741-10754. DOI: 10.1128/JVI.00394-11.

8. Mahy, B.W.J. Foot-and-Mouth Disease Virus : Current Topics in Microbiology and Immunology. Vol. 288 / B.W.J. Mahy; B.W.J. Mahy ed. . - Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2005. - 1-8 p.

9. The Picornaviridae Pages. - Mode of access: https://picornaviridae.com/ (date of access: 15.02.2024). - [Electronic resource].

10. International Committee on Taxonomy of Viruses: ICTV. - Mode of access: https://ictv.global/ (date of access: 10.05.2024). - [Electronic resource].

11. Li, K. Virus-Host Interactions in Foot-and-Mouth Disease Virus Infection. / K. Li, C. Wang, F. Yang [et al.] // Frontiers in immunology. - 2021. - Vol. 12. - P. 571509. DOI: 10.3389/fimmu.2021.571509.

12. Blinkova, O. Cardioviruses Are Genetically Diverse and Cause Common Enteric Infections in South Asian Children / O. Blinkova, A. Kapoor, J. Victoria [et al.] // Journal of Virology. - 2009. -Vol. 83. - № 9. - P. 4631-4641. DOI: 10.1128/JVI.02085-08.

13. Smits, S.L. Newly Identified Viruses in Human Gastroenteritis / S.L. Smits, A.D.M.E.

Osterhaus, M.P. Koopmans // Pediatric Infectious Disease Journal. - 2016. - Vol. 35. - № 1. - P. 104107. DOI: 10.1097/INF.0000000000000950.

14. Crom, S.C.M. de. Enterovirus and parechovirus infection in children: a brief overview / S.C.M. de Crom, J.W.A. Rossen, A.M. van Furth, C.C. Obihara // European Journal of Pediatrics. - 2016. -Vol. 175. - № 8. - P. 1023-1029. DOI: 10.1007/s00431-016-2725-7.

15. Jeong, S.-H. Hepatitis A: Clinical Manifestations and Management / S.-H. Jeong, H.-S. Lee // Intervirology. - 2010. - Vol. 53. - № 1. - P. 15-19. DOI: 10.1159/000252779.

16. Reuter, G. Kobuviruses - a comprehensive review / G. Reuter, A. Boros, P. Pankovics // Reviews in Medical Virology. - 2011. - Vol. 21. - № 1. - P. 32-41. DOI: 10.1002/rmv.677.

17. Joki-Korpela, Päi. Parechoviruses, a novel group of human picornaviruses / Päi. Joki-Korpela, T. Hyypiä // Annals of Medicine. - 2001. - Vol. 33. - № 7. - P. 466-471. DOI: 10.3109/07853890109002095.

18. Toyoda, H. A second virus-encoded proteinase involved in proteolytic processing of poliovirus polyprotein / H. Toyoda, M.J.H. Nicklin, M.G. Murray [et al.] // Cell. - 1986. - Vol. 45. - № 5. - P. 761770. DOI: 10.1016/0092-8674(86)90790-7.

19. Ryan, M.D. Foot-and-mouth disease virus 2A oligopeptide mediated cleavage of an artificial polyprotein. / M.D. Ryan, J. Drew // The EMBO Journal. - 1994. - Vol. 13. - № 4. - P. 928-933. DOI: 10.1002/j.1460-2075.1994.tb06337.x.

20. Hinton, T.M. Conservation of L and 3C proteinase activities across distantly related aphthoviruses / T.M. Hinton, N. Ross-Smith, S. Warner [et al.] // Journal of General Virology. - 2002.

- Vol. 83. - № 12. - P. 3111-3121. DOI: 10.1099/0022-1317-83-12-3111.

21. Lee, W.M. Role of maturation cleavage in infectivity of picornaviruses: activation of an infectosome / W.M. Lee, S.S. Monroe, R.R. Rueckert // Journal of Virology. - 1993. - Vol. 67. - № 4.

- P. 2110-2122. DOI: 10.1128/jvi.67.4.2110-2122.1993.

22. Putnak, J.R. Picornaviral structure and assembly / J.R. Putnak, B.A. Phillips // Microbiological Reviews. - 1981. - Vol. 45. - № 2. - P. 287-315. DOI: 10.1128/mr.45.2.287-315.1981.

23. Curry, S. Dissecting the roles of VP0 cleavage and RNA packaging in picornavirus capsid stabilization: the structure of empty capsids of foot-and-mouth disease virus / S. Curry, E. Fry, W. Blakemore [et al.] // Journal of Virology. - 1997. - Vol. 71. - № 12. - P. 9743-9752. DOI: 10.1128/jvi.71.12.9743-9752.1997.

24. Flint, M. Virus-encoded proteinases of the picornavirus super-group. / M. Flint, M.D. Ryan // Journal of General Virology. - 1997. - Vol. 78. - № 4. - P. 699-723. DOI: 10.1099/0022-1317-78-4699.

25. Loughran, G. Ribosomal frameshifting into an overlapping gene in the 2B-encoding region of the cardiovirus genome. / G. Loughran, A.E. Firth, J.F. Atkins // Proceedings of the National Academy

of Sciences of the United States of America. - 2011. - Vol. 108. - № 46. - P. E1111-9. DOI: 10.1073/pnas.1102932108.

26. Knipe, D.M. Fields Virology 5th Edition / D.M. Knipe, P.M. Howley. - Lippincott Williams & Wilkins, 2006. - 3091 p.

27. Kelly, J.T. Membrane Interactions and Uncoating of Aichi Virus, a Picornavirus That Lacks a VP4. / J.T. Kelly, J. Swanson, J. Newman [et al.] // Journal of virology. - 2022. - Vol. 96. - № 7. -P. e0008222. DOI: 10.1128/jvi.00082-22.

28. Xiao, C. Interaction of Coxsackievirus A21 with Its Cellular Receptor, ICAM-1 / C. Xiao, C.M. Bator, V.D. Bowman [et al.] // Journal of Virology. - 2001. - Vol. 75. - № 5. - P. 2444-2451. DOI: 10.1128/JVI.75.5.2444-2451.2001.

29. Sena, J. De. Studies on the in vitro uncoating of poliovirus. II. Characteristics of the membrane-modified particle. / J. De Sena, B. Mandel // Virology. - 1977. - Vol. 78. - № 2. - P. 554-66. DOI: 10.1016/0042-6822(77)90130-1.

30. Danthi, P. Genome delivery and ion channel properties are altered in VP4 mutants of poliovirus. / P. Danthi, M. Tosteson, Q.-H. Li, M. Chow // Journal of virology. - 2003. - Vol. 77. - № 9. - P. 52665274. DOI: 10.1128/JVI.77.9.5266-5274.2003.

31. Berryman, S. Early events in integrin alphavbeta6-mediated cell entry of foot-and-mouth disease virus. / S. Berryman, S. Clark, P. Monaghan, T. Jackson // Journal of virology. - 2005. - Vol. 79. -№ 13. - P. 8519-34. DOI: 10.1128/JVI.79.13.8519-8534.2005.

32. Mendelsohn, C.L. Cellular receptor for poliovirus: Molecular cloning, nucleotide sequence, and expression of a new member of the immunoglobulin superfamily / C.L. Mendelsohn, E. Wimmer, V.R. Racaniello // Cell. - 1989. - Vol. 56. - № 5. - P. 855-865. DOI: 10.1016/0092-8674(89)90690-9.

33. Berinstein, A. Antibodies to the vitronectin receptor (integrin alpha V beta 3) inhibit binding and infection of foot-and-mouth disease virus to cultured cells / A. Berinstein, M. Roivainen, T. Hovi [et al.] // Journal of Virology. - 1995. - Vol. 69. - № 4. - P. 2664-2666. DOI: 10.1128/jvi.69.4.2664-2666.1995.

34. Roivainen, M. Entry of coxsackievirus A9 into host cells: specific interactions with alpha v beta 3 integrin, the vitronectin receptor. / M. Roivainen, L. Piirainen, T. Hovi [et al.] // Virology. - 1994. -Vol. 203. - № 2. - P. 357-65. DOI: 10.1006/viro.1994.1494.

35. Huber, S.A. VCAM-1 is a receptor for encephalomyocarditis virus on murine vascular endothelial cells / S.A. Huber // Journal of Virology. - 1994. - Vol. 68. - № 6. - P. 3453-3458. DOI: 10.1128/jvi.68.6.3453-3458.1994.

36. Jin, Y.M. Identification and characterization of the cell surface 70-kilodalton sialoglycoprotein(s) as a candidate receptor for encephalomyocarditis virus on human nucleated cells / Y.M. Jin, I.U. Pardoe, A.T. Burness, T.I. Michalak // Journal of Virology. - 1994. - Vol. 68. - № 11. -

P. 7308-7319. DOI: 10.1128/jvi.68.11.7308-7319.1994.

37. Luo, X. Marmota himalayana in the Qinghai-Tibetan plateau as a special host for bi-segmented and unsegmented picobirnaviruses / X. Luo, S. Lu, D. Jin [et al.] // Emerging Microbes & Infections. -2018. - Vol. 7. - № 1. - P. 1-8. DOI: 10.1038/s41426-018-0020-6.

38. Philipps, A. Isolation and molecular characterization of a second serotype of the encephalomyocarditis virus / A. Philipps, M. Dauber, M. Groth [et al.] // Veterinary Microbiology. -2012. - Vol. 161. - № 1-2. - P. 49-57. DOI: 10.1016/j.vetmic.2012.07.006.

39. Lipton, H.L. Theiler's virus infection in mice: an unusual biphasic disease process leading to demyelination / H.L. Lipton // Infection and Immunity. - 1975. - Vol. 11. - № 5. - P. 1147-1155. DOI: 10.1128/iai. 11.5.1147-1155.1975.

40. Procaccini, C. Animal models of Multiple Sclerosis / C. Procaccini, V. De Rosa, V. Pucino [et al.] // European Journal of Pharmacology. - 2015. - Vol. 759. - P. 182-191. DOI: 10.1016/j.ejphar.2015.03.042.

41. Pritchard, A.E. Nucleotide sequence identifies vilyuisk virus as a divergent Theiler's virus / A.E. Pritchard, T. Strom, H.L. Lipton // Virology. - 1992. - Vol. 191. - № 1. - P. 469-472. DOI: 10.1016/0042-6822(92)90212-8.

42. Сарманова, Е.С. Изучение этиологии вилюйского энцефаломиелита. Сообщение 1. Изучение биологических особенностей штаммов вируса, выделенного от больных людей / Е.С. Сарманова, Г.Г. Чумаченко // Вопр. мед. вирусол. - 1960. - P. 211-214.

43. Lipton, H.L. Human Vilyuisk encephalitis / H.L. Lipton // Reviews in Medical Virology. - 2008. - Vol. 18. - № 5. - P. 347-352. DOI: 10.1002/rmv.585.

44. Drappier, M. Nonstructural Protein L* Species Specificity Supports a Mouse Origin for Vilyuisk Human Encephalitis Virus / M. Drappier, F.R. Opperdoes, T. Michiels // Journal of Virology. - 2017. -Vol. 91. - № 14. DOI: 10.1128/JVI.00573-17.

45. Jones, M.S. Discovery of a Novel Human Picornavirus in a Stool Sample from a Pediatric Patient Presenting with Fever of Unknown Origin / M.S. Jones, V. V. Lukashov, R.D. Ganac, D.P. Schnurr // Journal of Clinical Microbiology. - 2007. - Vol. 45. - № 7. - P. 2144-2150. DOI: 10.1128/JCM.00174-07.

46. Jungeblut, C.W. Studies in rodent poliomyelitis / C.W. Jungeblut, M. Sanders, R.R. Feiner // Journal of Experimental Medicine. - 1942. - Vol. 75. - № 6. - P. 611-629. DOI: 10.1084/jem.75.6.611.

47. Murnane, T.G. Fatal disease of swine due to encephalomyocarditis virus. / T.G. Murnane, J.E. Craighead, H. Mondragon, A. Shelokov // Science (New York, N.Y.). - 1960. - Vol. 131. - № 3399. -P. 498-9. DOI: 10.1126/science.131.3399.498.

48. Helwig, F.C. A Filter-Passing Agent Producing Interstitial Myocarditis in Anthropoid Apes and Small Animals / F.C. Helwig, C.H. Schmidt // Science. - 1945. - Vol. 102. - № 2637. - P. 31-33. DOI:

10.1126/science.102.2637.31.

49. Dick, G.W.A. Mengo Encephalomyelitis Virus: Isolation and Immunological Properties / G.W.A. Dick, K.C. Smithburn, A.J. Haddow // British Journal of Experimental Pathology. - 1948. -Vol. 29. - № 6. - P. 547.

50. Калайджян, А.А. Характеристика вируса энцефаломиокардита и его зоонозный потенциал (обзор литературы). Часть II. Патогенез. Круг восприимчивых организмов. / А.А. Калайджян, А.Х. Каде, П.П. Поляков, А.И. Гудманова // Кубанский научный медицинский вестник. - 2019. -Vol. 26. - № 3. - P. 117-128. DOI: https://doi.org/10.25207/1608-6228-2019-26-3-117-128.

51. Carocci, M. The encephalomyocarditis virus / M. Carocci, L. Bakkali-Kassimi // Virulence. -2012. - Vol. 3. - № 4. - P. 351-367. DOI: 10.4161/viru.20573.

52. Орлянкин, Б.Г. Инфекционные респираторные болезни свиней: этиология, диагностика и профилактика / Б.Г. Орлянкин, А.М. Мишин, Т.И. Алипер // Ветеринария Кубани. - 2010. - № 3.

- P. 5-7.

53. Scollo, A. Management of encephalomyocarditis virus infection in Italian pig farms: a case report / A. Scollo, C. Mazzoni, A. Luppi // BMC Veterinary Research. - 2023. - Vol. 19. - № 1. - P. 54. DOI: 10.1186/s12917-023-03611-6.

54. Luo, M. The Atomic Structure of Mengo Virus at 3.0 Ä Resolution / M. Luo, G. Vriend, G. Kamer [et al.] // Science. - 1987. - Vol. 235. - № 4785. - P. 182-191. DOI: 10.1126/science.3026048.

55. Hruby, D.E. Encephalomyocarditis virus RNA. III. Presence of a genome-associated protein /

D.E. Hruby, W.K. Roberts // Journal of Virology. - 1978. - Vol. 25. - № 1. - P. 413-415. DOI: 10.1128/jvi.25.1.413-415.1978.

56. Toyoda, H. Replication of poliovirus requires binding of the poly(rC) binding protein to the cloverleaf as well as to the adjacent C-rich spacer sequence between the cloverleaf and the internal ribosomal entry site. / H. Toyoda, D. Franco, K. Fujita [et al.] // Journal of virology. - 2007. - Vol. 81.

- № 18. - P. 10017-28. DOI: 10.1128/JVI.00516-07.

57. Duke, G.M. Attenuation of Mengo virus through genetic engineering of the 5' noncoding poly(C) tract. / G.M. Duke, JE. Osorio, A.C. Palmenberg // Nature. - 1990. - Vol. 343. - № 6257. -P. 474-6. DOI: 10.1038/343474a0.

58. Pevear, D.C. Analysis of the complete nucleotide sequence of the picornavirus Theiler's murine encephalomyelitis virus indicates that it is closely related to cardioviruses / D.C. Pevear, M. Calenoff,

E. Rozhon, H.L. Lipton // Journal of Virology. - 1987. - Vol. 61. - № 5. - P. 1507-1516. DOI: 10.1128/jvi.61.5.1507-1516.1987.

59. Lidsky, P. V. Nucleocytoplasmic Traffic Disorder Induced by Cardioviruses / P. V. Lidsky, S. Hato, M. V. Bardina [et al.] // Journal of Virology. - 2006. - Vol. 80. - № 6. - P. 2705-2717. DOI: 10.1128/JVI.80.6.2705-2717.2006.

60. Donnelly, M.L.L. The cleavage activities of aphthovirus and cardiovirus 2A proteins / M.L.L. Donnelly, D. Gani, M. Flint [et al.] // Journal of General Virology. - 1997. - Vol. 78. - № 1. - P. 1321. DOI: 10.1099/0022-1317-78-1-13.

61. Napthine, S. Protein-directed ribosomal frameshifting temporally regulates gene expression / S. Napthine, R. Ling, L.K. Finch [et al.] // Nature Communications. - 2017. - Vol. 8. - P. 1-11. DOI: 10.1038/ncomms15582.

62. Ito, M. Encephalomyocarditis Virus Viroporin 2B Activates NLRP3 Inflammasome / M. Ito, Y. Yanagi, T. Ichinohe // PLoS Pathogens. - 2012. - Vol. 8. - № 8. DOI: 10.1371/journal.ppat.1002857.

63. Li, L. Encephalomyocarditis virus 2C protein antagonizes interferon-ß signaling pathway through interaction with MDA5 / L. Li, H. Fan, Z. Song [et al.] // Antiviral Research. - 2019. - Vol. 161.

- P. 70-84. DOI: 10.1016/j.antiviral.2018.10.010.

64. Dorobantu, C.M. Modulation of the Host Lipid Landscape to Promote RNA Virus Replication: The Picornavirus Encephalomyocarditis Virus Converges on the Pathway Used by Hepatitis C Virus / C.M. Dorobantu, L. Albulescu, C. Harak [et al.] // PLOS Pathogens. - 2015. - Vol. 11. - № 9. -P. e1005185. DOI: 10.1371/journal.ppat.1005185.

65. Dorobantu, C.M. Mutations in Encephalomyocarditis Virus 3A Protein Uncouple the Dependency of Genome Replication on Host Factors Phosphatidylinositol 4-Kinase IIIa and Oxysterol-Binding Protein / C.M. Dorobantu, L. Albulescu, H. Lyoo [et al.] // mSphere. - 2016. - Vol. 1. - № 3. DOI: 10.1128/mSphere.00068-16.

66. Gorbalenya, A.E. Putative papain-related thiol proteases of positive-strand RNA viruses Identification of rubi- and aphthovirus proteases and delineation of a novel conserved domain associated with proteases of rubi-, a- and coronaviruses / A.E. Gorbalenya, E. V. Koonin, M.M.-C. Lai // FEBS Letters. - 1991. - Vol. 288. - № 1-2. - P. 201-205. DOI: 10.1016/0014-5793(91)81034-6.

67. Medina, M. The Two Species of the Foot-and-Mouth Disease Virus Leader Protein, Expressed individually, Exhibit the Same Activities / M. Medina, E. Domingo, J.K. Brangwyn, G.J. Belsham // Virology. - 1993. - Vol. 194. - № 1. - P. 355-359. DOI: 10.1006/viro.1993.1267.

68. Roberts, P.J. Identification of Critical Amino Acids within the Foot-and-Mouth Disease Virus Leader Protein, a Cysteine Protease / P.J. Roberts, G.J. Belsham // Virology. - 1995. - Vol. 213. - № 1.

- P. 140-146. DOI: 10.1006/viro.1995.1554.

69. Los Santos, T. de. The leader proteinase of foot-and-mouth disease virus inhibits the induction of beta interferon mRNA and blocks the host innate immune response. / T. de Los Santos, S. de Avila Botton, R. Weiblen, M.J. Grubman // Journal of virology. - 2006. - Vol. 80. - № 4. - P. 1906-14. DOI: 10.1128/JVI.80.4.1906-1914.2006.

70. Borman, A.M. elF4G and its proteolytic cleavage products: effect on initiation of protein synthesis from capped, uncapped, and IRES-containing mRNAs. / A.M. Borman, R. Kirchweger, E.

Ziegler [et al.] // RNA (New York, N.Y.). - 1997. - Vol. 3. - № 2. - P. 186-96.

71. Chen, H.H. The leader peptide of Theiler's murine encephalomyelitis virus is a zinc-binding protein / H.H. Chen, W.P. Kong, R.P. Roos // Journal of Virology. - 1995. - Vol. 69. - № 12. - P. 80768078. DOI: 10.1128/jvi.69.12.8076-8078.1995.

72. Hughes, P.J. The 2A proteins of three diverse picornaviruses are related to each other and to the H-rev107 family of proteins involved in the control of cell proliferation / P.J. Hughes, G. Stanway // Microbiology. - 2000. - Vol. 81. - № 1. - P. 201-207. DOI: 10.1099/0022-1317-81-1-201.

73. Peng, T. Human Rhinovirus Attenuates the Type I Interferon Response by Disrupting Activation of Interferon Regulatory Factor 3 / T. Peng, S. Kotla, R.E. Bumgarner, K.E. Gustin // Journal of Virology. - 2007. - Vol. 81. - № 11. - P. 6161-6161. DOI: 10.1128/JVI.00433-07.

74. Almstead, L.L. Inhibition of U snRNP assembly by a virus-encoded proteinase / L.L. Almstead, P. Sarnow // Genes & Development. - 2007. - Vol. 21. - № 9. - P. 1086-1097. DOI: 10.1101/gad.1535607.

75. Belov, G.A. Bidirectional increase in permeability of nuclear envelope upon poliovirus infection and accompanying alterations of nuclear pores. / G.A. Belov, P. V Lidsky, O. V Mikitas [et al.] // Journal of virology. - 2004. - Vol. 78. - № 18. - P. 10166-77. DOI: 10.1128/JVI.78.18.10166-10177.2004.

76. Morley, S.J. eIF4G: translation's mystery factor begins to yield its secrets. / S.J. Morley, P.S. Curtis, V.M. Pain // RNA (New York, N.Y.). - 1997. - Vol. 3. - № 10. - P. 1085-104.

77. Burgon, T.B. Bypass Suppression of Small-Plaque Phenotypes by a Mutation in Poliovirus 2A That Enhances Apoptosis / T.B. Burgon, J.A. Jenkins, S.B. Deitz [et al.] // Journal of Virology. - 2009.

- Vol. 83. - № 19. - P. 10129-10139. DOI: 10.1128/JVI.00642-09.

78. Han, R. Encephalomyocarditis Virus 2A Protein Inhibited Apoptosis by Interaction with Annexin A2 through JNK/c-Jun Pathway / R. Han, L. Liang, T. Qin [et al.] // Viruses. - 2022. - Vol. 14.

- № 2. - P. 359. DOI: 10.3390/v14020359.

79. Bacot-Davis, V.R. Solution structures of Mengovirus Leader protein, its phosphorylated derivatives, and in complex with nuclear transport regulatory protein, RanGTPase. / V.R. Bacot-Davis, J.J. Ciomperlik, H.A. Basta [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2014. - Vol. 111. - № 44. - P. 15792-15797. DOI: 10.1073/pnas.1411098111.

80. Cornilescu, C.C. NMR structure of the mengovirus Leader protein zinc-finger domain / C.C. Cornilescu, F.W. Porter, K.Q. Zhao [et al.] // FEBS Letters. - 2008. - Vol. 582. - № 6. - P. 896-900. DOI: 10.1016/j.febslet.2008.02.023.

81. Bacot-Davis, V.R. Encephalomyocarditis virus Leader protein hinge domain is responsible for interactions with Ran GTPase / V.R. Bacot-Davis, A.C. Palmenberg // Virology. - 2013. - Vol. 443. -№ 1. - P. 177-185. DOI: 10.1016/j.virol.2013.05.002.

82. Basta, H.A. Encephalomyocarditis Virus Leader Is Phosphorylated by CK2 and Syk as a

Requirement for Subsequent Phosphorylation of Cellular Nucleoporins / H.A. Basta, V.R. Bacot-Davis, J.J. Ciomperlik, A.C. Palmenberg // Journal of Virology. - 2014. - Vol. 88. - № 4. - P. 2219-2226. DOI: 10.1128/JVI.03150-13.

83. Zoll, J. The Mengovirus Leader Protein Suppresses Alpha/Beta Interferon Production by Inhibition of the Iron/Ferritin-Mediated Activation of NF-kB / J. Zoll, W.J.G. Melchers, J.M.D. Galama, F.J.M. van Kuppeveld // Journal of Virology. - 2002. - Vol. 76. - № 19. - P. 9664-9672. DOI: 10.1128/JVI.76.19.9664-9672.2002.

84. Hato, S. V. The mengovirus leader protein blocks interferon-alpha/beta gene transcription and inhibits activation of interferon regulatory factor 3. / S. V Hato, C. Ricour, B.M. Schulte [et al.] // Cellular microbiology. - 2007. - Vol. 9. - № 12. - P. 2921-30. DOI: 10.1111/j.1462-5822.2007.01006.x.

85. Bardina, M. V. Mengovirus-induced rearrangement of the nuclear pore complex: hijacking cellular phosphorylation machinery. / M. V Bardina, P. V Lidsky, E. V Sheval [et al.] // Journal of virology. - 2009. - Vol. 83. - № 7. - P. 3150-61. DOI: 10.1128/JVI.01456-08.

86. Wennerberg, K. The Ras superfamily at a glance / K. Wennerberg, K.L. Rossman, C.J. Der // Journal of Cell Science. - 2005. - Vol. 118. - № 5. - P. 843-846. DOI: 10.1242/jcs.01660.

87. Grein, S.G. van der. The encephalomyocarditis virus Leader promotes the release of virions inside extracellular vesicles via the induction of secretory autophagy / S.G. van der Grein, K.A.Y. Defourny, H.H. Rabouw [et al.] // Nature Communications. - 2022. - Vol. 13. - № 1. - P. 3625. DOI: 10.103 8/s41467-022-31181-y.

88. Petty, R. V. Binding Interactions between the Encephalomyocarditis Virus Leader and Protein 2A / R. V. Petty, H. a. Basta, V.R. Bacot-Davis [et al.] // Journal of Virology. - 2014. - Vol. 88. - № 22.

- P. 13503-9. DOI: 10.1128/JVI.02148-14.

89. Groppo, R. Mutational analysis of the EMCV 2A protein identifies a nuclear localization signal and an eIF4E binding site / R. Groppo, B.A. Brown, A.C. Palmenberg // Virology. - 2011. - Vol. 410.

- № 1. - P. 257-267. DOI: 10.1016/j.virol.2010.11.002.

90. Svitkin, Y. V. Rapamycin and Wortmannin Enhance Replication of a Defective Encephalomyocarditis Virus / Y. V Svitkin, H. Hahn, A.-C. Gingras [et al.] // Journal of Virology. -1998. - Vol. 72. - № 7. - P. 5811-5819. DOI: 10.1128/JVI.72.7.5811-5819.1998.

91. Medvedkina, O.A. Virus-specific proteins associated with ribosomes of Krebs-II cells infected with encephalomyocarditis virus. / O.A. Medvedkina, I. V. Scarlat, N.O. Kalinina, V.I. Agol // FEBS letters. - 1974. - Vol. 39. - № 1. - P. 4-8. DOI: 10.1016/0014-5793(74)80003-7.

92. Hill, C.H. Structural and molecular basis for Cardiovirus 2A protein as a viral gene expression switch / C.H. Hill, L. Pekarek, S. Napthine [et al.] // Nature Communications. - 2021. - Vol. 12. - № 1.

- P. 7166. DOI: 10.1038/s41467-021-27400-7.

93. Caliskan, N. Insights from structural studies of the cardiovirus 2A protein / N. Caliskan, C.H. Hill // Bioscience Reports. - 2022. - Vol. 42. - № 1. - P. 1-12. DOI: 10.1042/BSR20210406.

94. Groppo, R. Cardiovirus 2A protein associates with 40S but not 80S ribosome subunits during infection. / R. Groppo, A.C. Palmenberg // Journal of virology. - 2007. - Vol. 81. - № 23. - P. 1306774. DOI: 10.1128/JVI.00185-07.

95. Jang, S.K. Cap-Independent Translation of Picornavirus RN As: Structure and Function of the Internal Ribosomal Entry Site / S.K. Jang, T. V. Pestova, C U T. Hellen [et al.] // Enzyme. - 1990. -Vol. 44. - № 1-4. - P. 292-309. DOI: 10.1159/000468766.

96. Cowling, V.H. Regulation of mRNA cap methylation / V.H. Cowling // Biochemical Journal. -2010. - Vol. 425. - № 2. - P. 295-302. DOI: 10.1042/BJ20091352.

97. Pavitt, G.D. eIF2 independently binds two distinct eIF2B subcomplexes that catalyze and regulate guanine-nucleotide exchange / G.D. Pavitt, K.V.A. Ramaiah, S.R. Kimball, A.G. Hinnebusch // Genes & Development. - 1998. - Vol. 12. - № 4. - P. 514-526. DOI: 10.1101/gad.12.4.514.

98. Merrick, W.C. Protein Synthesis Initiation in Eukaryotic Cells. / W.C. Merrick, G.D. Pavitt // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2018. - Vol. 10. - № 12. - P. 1-22. DOI: 10.1101/cshperspect.a033092.

99. Pisarev, A. V. Assembly and Analysis of Eukaryotic Translation Initiation Complexes / A. V. Pisarev, A. Unbehaun, C U T. Hellen, T. V. Pestova. - 2007. - P. 147-177.

100. Jackson, R.J. The mechanism of eukaryotic translation initiation and principles of its regulation / R.J. Jackson, C UT. Hellen, T. V. Pestova // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2010. -Vol. 11. - № 2. - P. 113-127. DOI: 10.1038/nrm2838.

101. Villa, N. Human Eukaryotic Initiation Factor 4G (eIF4G) Protein Binds to eIF3c, -d, and -e to Promote mRNA Recruitment to the Ribosome / N. Villa, A. Do, J.W.B. Hershey, C.S. Fraser // Journal of Biological Chemistry. - 2013. - Vol. 288. - № 46. - P. 32932-32940. DOI: 10.1074/jbc.M113.517011.

102. Shatsky, I.N. Cap- and IRES-independent scanning mechanism of translation initiation as an alternative to the concept of cellular IRESs / I.N. Shatsky, S.E. Dmitriev, I.M. Terenin, D.E. Andreev // Molecules and Cells. - 2010. - Vol. 30. - № 4. - P. 285-293. DOI: 10.1007/s10059-010-0149-1.

103. Koromilas, A.E. Roles of the translation initiation factor eIF2a serine 51 phosphorylation in cancer formation and treatment / A.E. Koromilas // Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms. - 2015. - Vol. 1849. - № 7. - P. 871-880. DOI: 10.1016/j.bbagrm.2014.12.007.

104. Wek, R.C. Role of eIF2a Kinases in Translational Control and Adaptation to Cellular Stress. / R.C. Wek // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2018. - Vol. 10. - № 7. - P. 1-16. DOI: 10.1101/cshperspect.a032870.

105. Chamond, N. 40S recruitment in the absence of eIF4G/4A by EMCV IRES refines the model for

translation initiation on the archetype of Type II IRESs / N. Chamond, J. Deforges, N. Ulryck, B. Sargueil // Nucleic Acids Research. - 2014. - Vol. 42. - № 16. - P. 10373-10384. DOI: 10.1093/nar/gku720.

106. Jen, G. Shutoff of HeLa cell protein synthesis by encephalomyocarditis virus and poliovirus: a comparative study. / G. Jen, B.M. Detjen, R.E. Thach // Journal of virology. - 1980. - Vol. 35. - № 1.

- P. 150-6. DOI: 10.1128/JVI.35.1.150-156.19.

107. Strasser, A. Apoptosis Signaling / A. Strasser, L. O'Connor, V.M. Dixit // Annual Review of Biochemistry. - 2000. - Vol. 69. - № 1. - P. 217-245. DOI: 10.1146/annurev.biochem.69.1.217.

108. Hengartner, M.O. The biochemistry of apoptosis / M.O. Hengartner // Nature. - 2000. -Vol. 407. - № 6805. - P. 770-776. DOI: 10.1038/35037710.

109. Yuan, J. Alternative cell death mechanisms in development and beyond / J. Yuan, G. Kroemer // Genes & Development. - 2010. - Vol. 24. - № 23. - P. 2592-2602. DOI: 10.1101/gad.1984410.

110. Bras, M. Programmed cell death via mitochondria: Different modes of dying / M. Bras, B. Queenan, S.A. Susin // Biochemistry (Moscow). - 2005. - Vol. 70. - № 2. - P. 231-239. DOI: 10.1007/s10541-005-0105-4.

111. Ashkenazi, A. Death Receptors: Signaling and Modulation / A. Ashkenazi, V.M. Dixit // Science. - 1998. - Vol. 281. - № 5381. - P. 1305-1308. DOI: 10.1126/science.281.5381.1305.

112. Scaffidi, C. Two CD95 (APO-1/Fas) signaling pathways. / C. Scaffidi, S. Fulda, A. Srinivasan [et al.] // The EMBO journal. - 1998. - Vol. 17. - № 6. - P. 1675-87. DOI: 10.1093/emboj/17.6.1675.

113. Thorburn, A. Death receptor-induced cell killing / A. Thorburn // Cellular Signalling. - 2004. -Vol. 16. - № 2. - P. 139-144. DOI: 10.1016/j.cellsig.2003.08.007.

114. Pichlmair, A. Innate Recognition of Viruses / A. Pichlmair, C. Reis e Sousa // Immunity. - 2007.

- Vol. 27. - № 3. - P. 370-383. DOI: 10.1016/j.immuni.2007.08.012.

115. Handke, W. Live or let die: manipulation of cellular suicide programs by murine cytomegalovirus / W. Handke, E. Krause, W. Brune // Medical microbiology and immunology. - 2012.

- Vol. 201. - № 4. - P. 475-86. DOI: 10.1007/s00430-012-0264-z.

116. Brune, W. Inhibition of programmed cell death by cytomegaloviruses / W. Brune // Virus Research. - 2011. - Vol. 157. - № 2. - P. 144-150. DOI: 10.1016/j.virusres.2010.10.012.

117. Riedl, S.J. The apoptosome: signalling platform of cell death / S.J. Riedl, G.S. Salvesen // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2007. - Vol. 8. - № 5. - P. 405-413. DOI: 10.1038/nrm2153.

118. Nicholson, D. Caspase structure, proteolytic substrates, and function during apoptotic cell death / D. Nicholson // Cell Death & Differentiation. - 1999. - Vol. 6. - № 11. - P. 1028-1042. DOI: 10.1038/sj.cdd.4400598.

119. Hsu, H. The TNF receptor 1-associated protein TRADD signals cell death and NF-kB activation / H. Hsu, J. Xiong, D. V. Goeddel // Cell. - 1995. - Vol. 81. - № 4. - P. 495-504. DOI: 10.1016/0092-

8674(95)90070-5.

120. Boldin, MP. Involvement of MACH, a Novel MORT1/FADD-Interacting Protease, in Fas/APO-1- and TNF Receptor-Induced Cell Death / M P. Boldin, T.M. Goncharov, Y. V Goltseve, D. Wallach // Cell. - 1996. - Vol. 85. - № 6. - P. 803-815. DOI: 10.1016/S0092-8674(00)81265-9.

121. Ho, P. Caspase-2 is resistant to inhibition by inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) and can activate caspase-7 / P. Ho, A.M. Jabbour, P.G. Ekert, C.J. Hawkins // FEBS Journal. - 2005. - Vol. 272. - № 6. - P. 1401-1414. DOI: 10.1111/j.1742-4658.2005.04573.x.

122. Cowling, V. Caspase-6 is the direct activator of caspase-8 in the cytochrome c-induced apoptosis pathway: absolute requirement for removal of caspase-6 prodomain / V. Cowling, J. Downward // Cell Death & Differentiation. - 2002. - Vol. 9. - № 10. - P. 1046-1056. DOI: 10.1038/sj.cdd.4401065.

123. Joza, N. Essential role of the mitochondrial apoptosis-inducing factor in programmed cell death / N. Joza, S.A. Susin, E. Daugas [et al.] // Nature. - 2001. - Vol. 410. - № 6828. - P. 549-554. DOI: 10.1038/35069004.

124. Li, L.Y. Endonuclease G is an apoptotic DNase when released from mitochondria / L.Y. Li, X. Luo, X. Wang // Nature. - 2001. - Vol. 412. - № 6842. - P. 95-99. DOI: 10.1038/35083620.

125. Sakahira, H. Cleavage of CAD inhibitor in CAD activation and DNA degradation during apoptosis / H. Sakahira, M. Enari, S. Nagata // Nature. - 1998. - Vol. 391. - № 6662. - P. 96-99. DOI: 10.1038/34214.

126. Enari, M. A caspase-activated DNase that degrades DNA during apoptosis, and its inhibitor ICAD / M. Enari, H. Sakahira, H. Yokoyama [et al.] // Nature. - 1998. - Vol. 391. - № 6662. - P. 4350. DOI: 10.1038/34112.

127. Fan, T.-J. Caspase Family Proteases and Apoptosis / T.-J. Fan, L.-H. Han, R.-S. Cong, J. Liang // Acta Biochimica et Biophysica Sinica. - 2005. - Vol. 37. - № 11. - P. 719-727. DOI: 10.1111/j.1745-7270.2005.00108.x.

128. Slee, E.A. Executioner Caspase-3, -6, and -7 Perform Distinct, Non-redundant Roles during the Demolition Phase of Apoptosis / E.A. Slee, C. Adrain, S.J. Martin // Journal of Biological Chemistry. -2001. - Vol. 276. - № 10. - P. 7320-7326. DOI: 10.1074/jbc.M008363200.

129. Bratton, D.L. Appearance of Phosphatidylserine on Apoptotic Cells Requires Calcium-mediated Nonspecific Flip-Flop and Is Enhanced by Loss of the Aminophospholipid Translocase / D.L. Bratton, V.A. Fadok, D A. Richter [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 1997. - Vol. 272. - № 42. -P. 26159-26165. DOI: 10.1074/jbc.272.42.26159.

130. Fadok, V.A. Loss of Phospholipid Asymmetry and Surface Exposure of Phosphatidylserine Is Required for Phagocytosis of Apoptotic Cells by Macrophages and Fibroblasts / V.A. Fadok, A. de Cathelineau, D.L. Daleke [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 2001. - Vol. 276. - № 2. -P. 1071-1077. DOI: 10.1074/jbc.M003649200.

131. Proskuryakov, S.Y.. Necrosis: a specific form of programmed cell death? / S.Y.. Proskuryakov, A G. Konoplyannikov, V.L. Gabai // Experimental Cell Research. - 2003. - Vol. 283. - № 1. - P. 1-16. DOI: 10.1016/S0014-4827(02)00027-7.

132. Berghe, T. Vanden. Regulated necrosis: the expanding network of non-apoptotic cell death pathways / T. Vanden Berghe, A. Linkermann, S. Jouan-Lanhouet [et al.] // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2014. - Vol. 15. - № 2. - P. 135-147. DOI: 10.1038/nrm3737.

133. Zhang, D.-W. RIP3, an Energy Metabolism Regulator That Switches TNF-Induced Cell Death from Apoptosis to Necrosis / D.-W. Zhang, J. Shao, J. Lin [et al.] // Science. - 2009. - Vol. 325. -№ 5938. - P. 332-336. DOI: 10.1126/science.1172308.

134. Degterev, A. Identification of RIP1 kinase as a specific cellular target of necrostatins / A. Degterev, J. Hitomi, M. Germscheid [et al.] // Nature Chemical Biology. - 2008. - Vol. 4. - № 5. -P. 313-321. DOI: 10.103 8/nchembio. 83.

135. Wertz, I.E. De-ubiquitination and ubiquitin ligase domains of A20 downregulate NF-kB signalling / I.E. Wertz, K.M. O'Rourke, H. Zhou [et al.] // Nature. - 2004. - Vol. 430. - № 7000. -P. 694-699. DOI: 10.1038/nature02794.

136. Wilson, N.S. Death receptor signal transducers: nodes of coordination in immune signaling networks / N.S. Wilson, V. Dixit, A. Ashkenazi // Nature Immunology. - 2009. - Vol. 10. - № 4. -P. 348-355. DOI: 10.1038/ni.1714.

137. Sun, L. Mixed Lineage Kinase Domain-like Protein Mediates Necrosis Signaling Downstream of RIP3 Kinase / L. Sun, H. Wang, Z. Wang [et al.] // Cell. - 2012. - Vol. 148. - № 1-2. - P. 213-227. DOI: 10.1016/j .cell.2011. 11.031.

138. Chen, W. Diverse Sequence Determinants Control Human and Mouse Receptor Interacting Protein 3 (RIP3) and Mixed Lineage Kinase domain-Like (MLKL) Interaction in Necroptotic Signaling / W. Chen, Z. Zhou, L. Li [et al.] // Journal of Biological Chemistry. - 2013. - Vol. 288. - № 23. -P. 16247-16261. DOI: 10.1074/jbc.M112.435545.

139. Vandenabeele, P. Molecular mechanisms of necroptosis: an ordered cellular explosion / P. Vandenabeele, L. Galluzzi, T. Vanden Berghe, G. Kroemer // Nature Reviews Molecular Cell Biology. - 2010. - Vol. 11. - № 10. - P. 700-714. DOI: 10.1038/nrm2970.

140. Su, Z. Cancer therapy in the necroptosis era / Z. Su, Z. Yang, L. Xie [et al.] // Cell Death & Differentiation. - 2016. - Vol. 23. - № 5. - P. 748-756. DOI: 10.1038/cdd.2016.8.

141. Feoktistova, M. cIAPs Block Ripoptosome Formation, a RIP1/Caspase-8 Containing Intracellular Cell Death Complex Differentially Regulated by cFLIP Isoforms / M. Feoktistova, P. Geserick, B. Kellert [et al.] // Molecular Cell. - 2011. - Vol. 43. - № 3. - P. 449-463. DOI: 10.1016/j.molcel.2011.06.011.

142. Takaoka, A. DAI (DLM-1/ZBP1) is a cytosolic DNA sensor and an activator of innate immune

response / A. Takaoka, Z. Wang, M.K. Choi [et al.] // Nature. - 2007. - Vol. 448. - № 7152. - P. 501505. DOI: 10.103 8/nature06013.

143. Sborgi, L. <scp>GSDMD</scp> membrane pore formation constitutes the mechanism of pyroptotic cell death / L. Sborgi, S. Rühl, E. Mulvihill [et al.] // The EMBO Journal. - 2016. - Vol. 35. - № 16. - P. 1766-1778. DOI: 10.15252/embj.201694696.

144. Man, S.M. Regulation of inflammasome activation / S.M. Man, T. Kanneganti // Immunological Reviews. - 2015. - Vol. 265. - № 1. - P. 6-21. DOI: 10.1111/imr.12296.

145. Sharma, D. The cell biology of inflammasomes: Mechanisms of inflammasome activation and regulation / D. Sharma, T.-D. Kanneganti // Journal of Cell Biology. - 2016. - Vol. 213. - № 6. - P. 617629. DOI: 10.1083/jcb.201602089.

146. Yu, P. Pyroptosis: mechanisms and diseases / P. Yu, X. Zhang, N. Liu [et al.] // Signal Transduction and Targeted Therapy. - 2021. - Vol. 6. - № 1. - P. 128. DOI: 10.1038/s41392-021-00507-5.

147. Wang, H. The emerging role of pyroptosis in pediatric cancers: from mechanism to therapy / H. Wang, X. Zhou, C. Li [et al.] // Journal of Hematology & Oncology. - 2022. - Vol. 15. - № 1. - P. 140. DOI: 10.1186/s13045-022-01365-6.

148. Roulston, A. Viruses and Apoptosis / A. Roulston, R.C. Marcellus, P.E. Branton // Annual Review of Microbiology. - 1999. - Vol. 53. - № 1. - P. 577-628. DOI: 10.1146/annurev.micro.53.1.577.

149. Barco, A. Poliovirus Protease 3Cpro Kills Cells by Apoptosis / A. Barco, E. Feduchi, L. Carrasco // Virology. - 2000. - Vol. 266. - № 2. - P. 352-360. DOI: 10.1006/viro.1999.0043.

150. Goldstaub, D. Poliovirus 2A Protease Induces Apoptotic Cell Death / D. Goldstaub, A. Gradi, Z. Bercovitch [et al.] // Molecular and Cellular Biology. - 2000. - Vol. 20. - № 4. - P. 1271-1277. DOI: 10.1128/MCB.20.4.1271-1277.2000.

151. Tolskaya, E.A. Apoptosis-inducing and apoptosis-preventing functions of poliovirus / E.A. Tolskaya, L.I. Romanova, M.S. Kolesnikova [et al.] // Journal of Virology. - 1995. - Vol. 69. - № 2. -P. 1181-1189. DOI: 10.1128/jvi.69.2.1181-1189.1995.

152. Belov, G.A. The Major Apoptotic Pathway Activated and Suppressed by Poliovirus / G.A. Belov, L.I. Romanova, E.A. Tolskaya [et al.] // Journal of Virology. - 2003. - Vol. 77. - № 1. - P. 4556. DOI: 10.1128/JVI.77.1.45-56.2003.

153. Sui, C. Inhibition of Antiviral Innate Immunity by Foot-and-Mouth Disease Virus L pro through Interaction with the N-Terminal Domain of Swine RNase L / C. Sui, D. Jiang, X. Wu [et al.] // Journal of Virology. - 2021. - Vol. 95. - № 15. - P. 1-15. DOI: 10.1128/jvi.00361-21.

154. Wang, Y. Involvement of NLRP3 inflammasome in CVB3-induced viral myocarditis / Y. Wang, B. Gao, S. Xiong // American Journal of Physiology-Heart and Circulatory Physiology. - 2014. -

Vol. 307. - № 10. - P. H1438-H1447. DOI: 10.1152/ajpheart.00441.2014.

155. Choudhury, S.M. Activation and Inhibition of the NLRP3 Inflammasome by RNA Viruses / S.M. Choudhury, X. Ma, S.W. Abdullah, H. Zheng // Journal of Inflammation Research. - 2021. -Vol. Volume 14. - P. 1145-1163. DOI: 10.2147/JIR.S295706.

156. Romanova, L.I. Variability in apoptotic response to poliovirus infection / L.I. Romanova, G.A. Belov, P. V. Lidsky [et al.] // Virology. - 2005. - Vol. 331. - № 2. - P. 292-306. DOI: 10.1016/j.virol.2004.10.038.

157. Duke, G.M. Cloning and synthesis of infectious cardiovirus RNAs containing short, discrete poly(C) tracts / G.M. Duke, A.C. Palmenberg // Journal of Virology. - 1989. - Vol. 63. - № 4. - P. 18221826. DOI: 10.1128/jvi.63.4.1822-1826.1989.

158. Carpenter, A.E. CellProfiler: image analysis software for identifying and quantifying cell phenotypes. / A.E. Carpenter, T.R. Jones, M.R. Lamprecht [et al.] // Genome biology. - 2006. - Vol. 7.

- № 10. - P. R100. DOI: 10.1186/gb-2006-7-10-r100.

159. Li, J. Toxic mechanisms of the trichothecenes T-2 toxin and deoxynivalenol on protein synthesis. / J. Li, Y. Wang, Y. Deng [et al.] // Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association. - 2022. - Vol. 164. - P. 113044. DOI: 10.1016/j.fct.2022.113044.

160. Frolova, E.I. Alphavirus-induced transcriptional and translational shutoffs play major roles in blocking the formation of stress granules / E.I. Frolova, O. Palchevska, F. Dominguez, I. Frolov // Journal of Virology. - 2023. - Vol. 97. - № 11. - P. 1-27. DOI: 10.1128/jvi.00979-23.

161. Ивин, Ю.Ю. Роль белков L и 2А вируса энцефаломиокардита типа 1 в ингибировании синтеза клеточных белков и накоплении вирусных белков при инфекции / Ю.Ю. Ивин, А.А. Бутусова, Е.Е. Гладнева [и др.] // Вопросы вирусологии. - 2023. - Vol. 68. - № 5. - P. 428-444. DOI: 10.36233/0507-4088-195.

162. Ivin, Y. Comprehensive Elucidation of the Role of L and 2A Security Proteins on Cell Death during EMCV Infection / Y. Ivin, A. Butusova, E. Gladneva [et al.] // Viruses. - 2024. - Vol. 16. - № 2.

- P. 280. DOI: 10.3390/v16020280.

163. Mikitas, O. V. Suppression of Injuries Caused by a Lytic RNA Virus (Mengovirus) and Their Uncoupling from Viral Reproduction by Mutual Cell/Virus Disarmament / O. V. Mikitas, Y.Y. Ivin, S.A. Golyshev [et al.] // Journal of Virology. - 2012. - Vol. 86. - № 10. - P. 5574-5583. DOI: 10.1128/JVI.07214-11.

164. Parks, G.D. Proteolytic cleavage of encephalomyocarditis virus capsid region substrates by precursors to the 3C enzyme / G.D. Parks, J.C. Baker, A.C. Palmenberg // Journal of Virology. - 1989.

- Vol. 63. - № 3. - P. 1054-1058. DOI: 10.1128/jvi.63.3.1054-1058.1989.

165. Анализ последовательности белка. - Mode of access: http://molbiol.ru/scripts/01_18.html

(date of access: 18.08.2023). - [Electronic resource].

166. Zhang, Y. Plasma membrane changes during programmed cell deaths / Y. Zhang, X. Chen, C. Gueydan, J. Han // Cell Research. - 2018. - Vol. 28. - № 1. - P. 9-21. DOI: 10.1038/cr.2017.133.

167. O'Brien, J. Investigation of the Alamar Blue (resazurin) fluorescent dye for the assessment of mammalian cell cytotoxicity / J. O'Brien, I. Wilson, T. Orton, F. Pognan // European Journal of Biochemistry. - 2000. - Vol. 267. - № 17. - P. 5421-5426. DOI: 10.1046/j.1432-1327.2000.01606.x.

168. Palmenberg, A.C. Proteolytic processing of the cardioviral P2 region: Primary 2A/2B cleavage in clone-derived precursors / A.C. Palmenberg, G.D. Parks, D.J. Hall [et al.] // Virology. - 1992. -Vol. 190. - № 2. - P. 754-762. DOI: 10.1016/0042-6822(92)90913-A.

169. Habjan, M. T7 RNA polymerase-dependent and -independent systems for cDNA-based rescue of Rift Valley fever virus / M. Habjan, N. Penski, M. Spiegel, F. Weber // Journal of General Virology.

- 2008. - Vol. 89. - № 9. - P. 2157-2166. DOI: 10.1099/vir.0.2008/002097-0.

170. Pichlmair, A. RIG-I-Mediated Antiviral Responses to Single-Stranded RNA Bearing 5'-Phosphates / A. Pichlmair, O. Schulz, C P. Tan [et al.] // Science. - 2006. - Vol. 314. - № 5801. -P. 997-1001. DOI: 10.1126/science.1132998.

171. Azzinaro, P.A. Mutation of FMDV Lpro H138 residue drives viral attenuation in cell culture and in vivo in swine. / P.A. Azzinaro, G.N. Medina, D. Rai [et al.] // Frontiers in veterinary science. - 2022.

- Vol. 9. - P. 1028077. DOI: 10.3389/fvets.2022.1028077.

172. Chau, D.H.W. Coxsackievirus B3 proteases 2A and 3C induce apoptotic cell death through mitochondrial injury and cleavage of eIF4GI but not DAP5/p97/NAT1 / D.H.W. Chau, J. Yuan, H. Zhang [et al.] // Apoptosis. - 2007. - Vol. 12. - № 3. - P. 513-524. DOI: 10.1007/s10495-006-0013-0.

173. Joachims, M. Cleavage of Poly(A)-Binding Protein by Enterovirus Proteases Concurrent with Inhibition of Translation In Vitro / M. Joachims, P.C. Van Breugel, R.E. Lloyd // Journal of Virology.

- 1999. - Vol. 73. - № 1. - P. 718-727. DOI: 10.1128/JVI.73.1.718-727.1999.

174. Donnelly, N. The eIF2a kinases: Their structures and functions / N. Donnelly, A.M. Gorman, S. Gupta, A. Samali // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2013. - Vol. 70. - № 19. - P. 3493-3511. DOI: 10.1007/s00018-012-1252-6.

175. Meurs, E. Molecular cloning and characterization of the human double-stranded RNA-activated protein kinase induced by interferon / E. Meurs, K. Chong, J. Galabru [et al.] // Cell. - 1990. - Vol. 62.

- № 2. - P. 379-390. DOI: 10.1016/0092-8674(90)90374-N.

176. Cole, J. Activation of PKR: an open and shut case? / J. Cole // Trends in Biochemical Sciences.

- 2007. - Vol. 32. - № 2. - P. 57-62. DOI: 10.1016/j.tibs.2006.12.003.

177. Ng, C.S. Encephalomyocarditis Virus Disrupts Stress Granules, the Critical Platform for Triggering Antiviral Innate Immune Responses / C.S. Ng, M. Jogi, J.-S. Yoo [et al.] // Journal of Virology. - 2013. - Vol. 87. - № 17. - P. 9511-9522. DOI: 10.1128/jvi.03248-12.

178. Porter, F.W. Nucleoporin Phosphorylation Triggered by the Encephalomyocarditis Virus Leader Protein Is Mediated by Mitogen-Activated Protein Kinases / F.W. Porter, B. Brown, A.C. Palmenberg // Journal of Virology. - 2010. - Vol. 84. - № 24. - P. 12538-12548. DOI: 10.1128/JVI.01484-09.

179. Han, A.-P. Heme-regulated eIF2alpha kinase (HRI) is required for translational regulation and survival of erythroid precursors in iron deficiency / A.-P. Han // The EMBO Journal. - 2001. - Vol. 20.

- № 23. - P. 6909-6918. DOI: 10.1093/emboj/20.23.6909.

180. Berlanga, J.J. Antiviral effect of the mammalian translation initiation factor 2a kinase GCN2 against RNA viruses / J.J. Berlanga, I. Ventoso, H P. Harding [et al.] // EMBO Journal. - 2006. - Vol. 25.

- № 8. - P. 1730-1740. DOI: 10.1038/sj.emboj.7601073.

181. Krishnamoorthy, J. The eIF2a kinases inhibit vesicular stomatitis virus replication independently of eIF2a phosphorylation / J. Krishnamoorthy, Z. Mounir, J.F. Raven, A.E. Koromilas // Cell Cycle. -2008. - Vol. 7. - № 15. - P. 2346-2351. DOI: 10.4161/cc.6323.

182. Harding, H.P. Protein translation and folding are coupled by an endoplasmic-reticulum-resident kinase / H.P. Harding, Y. Zhang, D. Ron // Nature. - 1999. - Vol. 397. - № 6716. - P. 271-274. DOI: 10.1038/16729.

183. Shishova, A. Enteroviruses Manipulate the Unfolded Protein Response through Multifaceted Deregulation of the Ire1-Xbp1 Pathway / A. Shishova, I. Dyugay, K. Fominykh [et al.] // Viruses. -2022. - Vol. 14. - № 11. - P. 2486. DOI: 10.3390/v14112486.

184. Shim, J. Influenza Virus Infection, Interferon Response, Viral Counter-Response, and Apoptosis / J. Shim, J. Kim, T. Tenson [et al.] // Viruses. - 2017. - Vol. 9. - № 8. - P. 223. DOI: 10.3390/v9080223.

185. Stavrou, S. Apoptotic and Antiapoptotic Activity of L Protein of Theiler's Murine Encephalomyelitis Virus / S. Stavrou, G. Ghadge, R.P. Roos // Journal of Virology. - 2011. - Vol. 85.

- № 14. - P. 7177-7185. DOI: 10.1128/JVI.00009-11.

186. Lu, Y. Pyroptosis and Its Regulation in Diabetic Cardiomyopathy / Y. Lu, Y. Lu, J. Meng, Z. Wang // Frontiers in Physiology. - 2022. - Vol. 12. - № January. - P. 1-12. DOI: 10.3389/fphys.2021.791848.

187. Fang, Y. Pyroptosis: A new frontier in cancer / Y. Fang, S. Tian, Y. Pan [et al.] // Biomedicine and Pharmacotherapy. - 2020. - Vol. 121. - № September 2019. DOI: 10.1016/j.biopha.2019.109595.

188. Rogers, C. Cleavage of DFNA5 by caspase-3 during apoptosis mediates progression to secondary necrotic/pyroptotic cell death / C. Rogers, T. Fernandes-Alnemri, L. Mayes [et al.] // Nature Communications. - 2017. - Vol. 8. - P. 1-14. DOI: 10.1038/ncomms14128.

189. Besch, R. Proapoptotic signaling induced by RIG-I and MDA-5 results in type I interferon-independent apoptosis in human melanoma cells / R. Besch, H. Poeck, T. Hohenauer [et al.] // Journal of Clinical Investigation. - 2009. - Vol. 119. - № 8. - P. 2399-2411. DOI: 10.1172/JCI37155.

190. Bharadwaj, A. Annexin A2 Heterotetramer: Structure and Function / A. Bharadwaj, M. Bydoun, R. Holloway, D. Waisman // International Journal of Molecular Sciences. - 2013. - Vol. 14. - № 3. -P. 6259-6305. DOI: 10.3390/ijms14036259.

191. Weidman, M.K. The interaction of cytoplasmic RNA viruses with the nucleus / M.K. Weidman, R. Sharma, S. Raychaudhuri [et al.] // Virus Research. - 2003. - Vol. 95. - № 1-2. - P. 75-85. DOI: 10.1016/S0168-1702(03)00164-3.

192. Knipe, D.M. Virus-host cell interactions / D.M. Knipe, C.E. Samuel, P. Palese // Fields virology, vol 1 / D.M. Knipe, P.M. Howley eds. . - Philadelphia : Williams and Wilkins, 2001. - P. 133-170.