Роль ремоделирующего хроматин комплекса PBAF в процессе миелоидной дифференцировки клеток крови человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат наук Вирясова Галина Михайловна

• Вирясова Галина Михайловна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Вирясова Галина Михайловна

Список сокращений

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Нейтрофилы — полиморфоядерные лейкоциты человека

1.1.1. Дифференцировка нейтрофилов

1.1.2. Основные функции нейтрофилов

1.1.3. Ошибки дифференцировки клеток крови и лейкемия

1.2. Ремоделирование хроматина

1.2.1. Структура хроматина

1.2.2. Белковые комплексы, ремоделирующие хроматин

1.3. Семейство белковых комплексов SWI/SNF

1.3.1. Состав белковых комплексов SWI/SNF

1.3.2. Механизмы ремоделирования нуклеосом

1.4. Белковый комплекс PBAF в клетках человека

1.4.1. Роль комплекса PBAF в дифференцировке клеток

1.4.2. Роль комплекса PBAF в онкотрансформации клеток

1.4.3. Субъединица PHF10 белкового комплекса PBAF

Глава 2. Материалы и методы

2.1. Реактивы и материалы

2.1.1. Реактивы

2.1.2. Первичные антитела

2.1.3. Флуоресцентные метки, красители и вторичные антитела

2.1.4. Буферные растворы

2.1.5. Питательные среды

2.1.6. Последовательности праймеров

2.2. Приборы

2.2.1. Основное оборудование

2.2.2. Проточный цитометр

2.2.3. Флуоресцентный микроскоп

2.2.4. Амплификаторы

2.3. Методы

2

2.3.1. Выделение нейтрофилов человека

2.3.2. Дифференцировка клеток линии ИЬ-60

2.3.3. Выделение общей РНК

2.3.4. Синтез кДНК (обратная транскрипция)

2.3.5. Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ПЦР)

2.3.6. Электрофорез в ПААГ

2.3.7. Блот-гибридизация в варианте «вестерн» (вестерн-блоттинг)

2.3.8. Флуоресцентная микроскопия

2.3.9. Проточная цитофлуориметрия

2.3.10. Ко-иммунопреципитация субъединиц комплекса РБАБ

2.3.11. Иммунопреципитация хроматина

2.3.13. Статистическая обработка результатов

Глава 3. Результаты и обсуждение

3.1. Модель дифференцировки клеток крови по миелоидному пути

3.1.1. Подбор оптимальных клеточных линий и условий дифференцировки клеток линии ИЬ60 в нейтрофилы

3.1.2. Экспрессия генов специфических маркеров CD66 в ходе дифференцировки клеток крови по миелоидному пути

3.1.3. Снижение пролиферативной активности клеток и выход из клеточного цикла при миелоидной дифференцировке

3.1.4. Морфологические изменения ядра при развитии промиелоцитов

3.1.5. Апоптоз и некроз при дифференцировке клеток линии ИЬ60 в нейтрофилы

3.2. Количественные изменения комплекса РБАБ при дифференцировке клеток крови

3.2.1. Эффективность транскрипции генов субъединиц комплекса РБАР

3.2.2. Экспрессия генов субъединиц комплекса РБАБ

3.3. Целостность и локализация комплекса PBAF в клетках крови

3.3.1. Целостность комплекса PBAF в ходе дифференцировки

3.3.2. Локализация субъединиц комплекса PBAF в нейтрофилах

3.4. Изоформы субъединицы РИБ10 комплекса РБАБ в промиелоцитах, дифференцированых промиелоцитах и нейтрофилах

3.4.1. Изменение соотношений изоформ субъединицы PHF10 комплекса PBAF в клетках

3.4.2. Преобладание Ss-изоформы субъединицы PHF10 в нейтрофилах.. 94 3.5. Роль комплекса PBAF в активации специфических генов при

дифференцировке клеток крови по миелоидному пути

3.5.1. Взаимодействие комплекса PBAF с промоторами генов СОбб и Р21

3.5.2. Взаимодействие субъединицы PHF10 белкового комплекса PBAF c промоторами генов СБбб и Р21

Заключение

Выводы

Благодарности

Список литературы

Список сокращений

АТФ аденозинтрифосфат

а.к. аминокислота

а.о. аминокислотный остаток

ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота

н.о. нуклеотидный остаток

ОМЛ острый миелоидный лейкоз

ОПЛ острый промиелоцитарный лейкоз

ПААГ полиакриламидный гель

п.н. пара нуклеотидов

ПЦР полимеразная цепная реакция

РНК рибонуклеиновая кислота

ЭДТА динатриевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты

ATRA транс-ретиноевая кислота (all trans-retinoic acid)

BSA бычий сывороточный альбумин (bovine serum albumine)

FBS фетальная бычья сыворотка (fetal bovine serum)

HEPES №2-гидроксиэтилпиперазин-Ы'-2-этансульфоновая кислота

PBS натрий-фосфатный буфер (phosphate buffered saline)

PI пропидий йодид (propidium iodide)

Введение

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль ремоделирующего хроматин комплекса PBAF в процессе миелоидной дифференцировки клеток крови человека»

Актуальность работы

Клетки крoви прoхoдят слoжный путь развития oт oбразующихся в кoстнoм мoзге предшественникoв до пoлнoстью дифференцирoванных клетoк, таких как лимфoциты, мoнoциты, нейтрoфилы, эoзинoфилы, базoфилы и эритрoциты [1]. Нейтрoфилы являются важными клетками организма, обеспечивающими первичный неспецифический иммунный oтвет [2]. Дифференцирoвка нейтрoфилoв осуществляется в кoстнoм мoзге из гематoпoэтических ствoлoвых клетoк ш миелoиднoму пути. В хoде дифференцирoвки прoисхoдят изменения в экспрессии гешв, кoтoрые привoдят к значительнoй специализации клеток и изменению их мoрфoлoгии. При нарушениях в прoцессах дифференцирoвки вoзникают труднoизлечимые забoлевания, например, различные фoрмы лейкемий [3].

Для поддержания правильной структуры хроматина в процессе деления клеток и их дифференцировки необходима корректная работа комплексов, ремоделирующих хроматин. Комплекс PBAF, относящийся к семейству ремоделирующих комплексов SWI/SNF, осуществляет реструктурирование хроматина и является oдним из наибoлее важных мультибелкoвых кoмплексoв, кoнтрoлирующих транскрипцию генoв и влияющих на дифференцирoвку клетoк. Комплекс РБАБ сoстoит из 12 субъединиц [4]. Состав входящих в него субъединиц oтличается в разных тканях oрганизма и oпределяет «паттерн» (набор) регулируемых им генов и программу развития организма.

В настоящее время активно изучается роль ремоделирующих хроматин

комплексов в процессах дифференцировки клеток и развития организма.

несмотря на то, что дифференцировка стволовых клеток крови по

миелоидному пути в нейтрофилы исследована достаточно подробно,

существует всего несколько работ, в которых была рассмотрена роль

комплекса PBAF в этом процессе. Однако, без сомнения, функции этого

комплекса важны для миелоидной дифференцировки. В частности, было

6

показано, что доминантно-негативная экспрессия гена главной АТФазы комплекса (Вг§1) замедляет скорость дифференцировки и появление специфических белков-маркеров [5]. При отсутствии в миелобластах некоторых субъединиц комплекса ареста клеточного цикла, необходимого для дифференцировки, не происходит [6]. Несколько больше известно про участие комплекса PBAF в дифференцировке гематопоэтических плюрипотентных клеток, где этот комплекс способствует прохождению каждой стадии, при этом изменяется экспрессия генов некоторых его субъединиц [7]. Регуляция этих процессов пока изучена недостаточно. Интересно, что ремоделирующие хроматин комплексы могут способствовать активации и репрессии транскрипции одних и тех же генов на разных стадиях дифференцировки. Вероятно, это объясняется изменением состава субъединиц в комплексе в процессе развития, что было показано на примере дифференцировки предшественников нервных клеток в нейроны головного мозга мыши [8]. Альтернативные субъединицы PBAF-комплекса могут быть как гомологами и продуктами разных генов, так и изоформами одного белка, и могут выполнять различные функции. Одна из субъединиц комплекса PBAF, белок PHF10, в клетках млекопитающих представлен четырьмя изоформами, с индивидуальными свойствами и доменной структурой. Известно, что некоторые изоформы PHF10 стимулируют пролиферацию предшественников нейронов, фибробластов человека и клеточной культуры ^№093, а другие - нет. Нокаут PHF10 в клетках мыши элиминирует пул предшественников миелоцитов, но роль изоформ в этом процессе не изучалась [7], [9]. Комплекс PBAF и его субъединица PHF10 необходимы для развития клеток организма, включая клетки крови, что объясняет актуальность данного исследования.

Степень разработанности проблемы

На данный момент механизм участия ремоделирующего хроматин комплекса PBAF в дифференцировке клеток крови и его роль в развитии

7

различных заболеваний остаются не до конца изученными, но такие исследования имеют большое значение как для фундаментальной науки, так и для медицины. Понимание процессов, необходимых для правильного развития клеток крови, открывает широкие возможности как для улучшения диагностики различных патологий, так и для разработки более современных методов лечения заболеваний клеток крови, например, генной терапии. В рамках данной диссертационной работы была использована модельная система дифференцировки, включающая как клеточную линию (раковые промиелоциты ИЬ-60), так и первичные клетки (нейтрофилы) человека, позволившая изучить количественный и качественный состав комплекса РБАБ, а также определить его роль в активации транскрипции генов, необходимых для развития клеток крови по миелоидному пути.

Цели и задачи работы

Целью данной работы являлось изучение субъединичного состава комплекса РБАБ семейства SWI/SNF и его роли в активации транскрипции специфических генов в ходе миелоидной дифференцировки клеток крови человека.

Были сформулированы следующие задачи работы:

1. Охарактеризовать клеточную модель для изучения роли комплекса РБАР в миелоидной дифференцировке.

2. Изучить уровень экспрессии генов субъединиц комплекса РБАР на разных стадиях миелоидной дифференцировки.

3. Определить соотношения изоформ PHF10 на разных стадиях миелоидной дифференцировки.

4. Изучить роль комплекса РБАБ и изоформ РИБ10 в регуляции транскрипции специфических миелоидных генов.

Объект исследования — ремоделирующий хроматин комплекс РБАР.

Предмет исследования — функции и субъединичный состав комплекса PBAF семейства SWI/SNF в активации транскрипции специфических генов в ходе миелоидной дифференцировки клеток крови человека.

Научная новизна

Впервые показано, что в ходе дифференцировки промиелоцитов человека в нейтрофилы эффективность экспрессии генов субъединиц комплекса PBAF, взаимодействующих с промоторами миелоидных генов, уменьшается. Изменяется также субъединичный состав комплекса PBAF: изоформы субъединицы PHF10, содержащие PHD-домен (Р-изоформы), заменяются на более короткую Ss-изоформу, в которой отсутствует домен PHD. Комплекс PBAF, включающий P-изоформы PHF10, привлекается на промоторы специфических миелоидных генов белков семейства CD66 и гена белка P21, отвечающего за выход клеток из клеточного цикла, в процессе активации их транскрипции. Доказано, что P-изоформы необходимы для начала активной транскрипции генов, ответственных за дифференцировку, тогда как Ss-изоформы характерны для клеток, уже находящихся в терминальных стадиях развития.

Теоретическая значимость работы

Определение состава и функций субъединиц комплекса PBAF в процессе дифференцировки промиелоцитов человека в нейтрофилы является новым и актуальным исследованием, выполненным на мировом уровне, и вносит вклад в понимание механизмов развития и дифференцировки клеток крови человека.

Полученные в данной работе результаты следует учитывать в дальнейших экспериментальных исследованиях клеток крови и ремоделирующих хроматин белковых комплексов и можно использовать в образовательных курсах и практикумах для студентов и аспирантов высших учебных заведений.

Практическая значимость работы

В данной диссертационной работе была выбрана и охарактеризована модель дифференцировки клеток крови по миелоидному пути in vitro, подходящая для изучения роли комплексов, ремоделирующих хроматин.

Разработана методика корректного цитофлуориметрического анализа и сравнения количества внутриклеточных белков в клетках линии HL-60 и выделенных из крови доноров нейтрофилов человека.

Методология диссертационного исследования

При проведении экспериментов использовали современные методы биохимии, молекулярной и клеточной биологии. Работу с культурой эукариотических клеток HL60 и выделение нейтрофилов человека из крови проводили в ламинарном шкафу для поддержания стерильных условий. Клетки анализировали с использованием флуоресцентного микроскопа DMR/HC5 (Leica, Швейцария) и проточных цитофлуориметров Cytoflex (Beckman Coulter, США) и FC500 (Beckman Coulter, США). Гомогенность препаратов нуклеиновых кислот проверяли методом гель-электрофореза. Спeктры поглощения водных растворов ДНК и РНК и кон^нтрацию их фрагмeнтов опрeдeляли на настольном спeктрофотомeтрe NanoDrop (Thermo Fisher Scientific, США). ПЦР в реальном времени с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) проводили на амплификаторе StepOnePlus (Applied Byosystems, США). Белки анализировали методами блот-гибридизации и ко-иммунопреципитации. Взаимодействие субъединиц комплекса PBAF c промоторами специфичных миелоидных генов оценивали методом хроматин-иммунопреципитации. Статистическую обработку данных выполняли в программах Microsoft Exel и GraphPad Prism методом ANOVA с последующим применением многопараметрического критерия Холм-Сидак.

Личный вклад автора

Основная работа (ведение клеточных линий и выделение клеток, проточная цитофлуометрия и флуоресцентная микроскопия, ПЦР и методы анализа субъединичного состава комплекса), обработка полученных данных и подготовка результатов к печати выполнены автором самостоятельно.

Планирование исследований, обсуждение и обобщение полученных данных, формулирование выводов и написание статей осуществлялись совместно с руководителями: в.н.с., д.х.н. Судьиной Г.Ф. (НИИ ФХБ имени Белозерского, МГУ имени М.В. Ломоносова) и с.н.с., к.б.н. Сошниковой Н.В. (ИБГ РАН).

Положения, выносимые на защиту

1. Разработана и охарактеризована клеточная модель миелоидной дифференцировки для изучения роли комплекса PBAF в развитии клеток крови.

2. В процессе дифференцировки промиелоцитов в зрелые нейтрофилы происходит более чем десятикратное уменьшение экспрессии генов субъединиц ремоделирующего хроматин комплекса PBAF в клетках.

3. Комплекс PBAF в ходе миелоидной дифференцировки сохраняет свою целостность и локализуется совместно с активно транскрибирующей РНК-полимеразой II на промоторах специфических миелоидных генов.

4. В процессе миелоидной дифференцировки происходит изменение соотношения изоформ субъединицы PHF10: P-изоформы меняются на S-изоформы в составе комплекса PBAF.

5. Комплекс PBAF привлекается на промоторы специфических миелоидных генов CD66a,b,d и гена р21 при их активации.

6. Изоформы субъединицы PHF10, содержащие PHD-домены, в составе комплекса PBAF привлекаются на промоторы специфических миелоидных генов в процессе их активации. В нейтрофилах Р-

изоформы в комплексе PBAF заменяются на Ss-изоформу, необходимую для поддержания стабильной транскрипции этих генов.

Апробация работы

Результаты исследований в виде устных докладов были представлены на II и III Всероссийских конференциях по молекулярной онкологии, I Российско-японской конференции МГУ-Токиотех для молодых ученых «Белки, нуклеиновые кислоты и нуклеопротеиды», а также в форме стендового доклада на V Съезде физиологов СНГ, V Съезде биохимиков России. Работа была доложена на кафедре химии природных соединений Химического факультета МГУ, заседании Ученого совета НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ и межлабораторном семинаре ИБГ РАН.

Публикации

По материалам работы опубликовано 3 статьи в научных журналах в международных рецензируемых журналах, а также результаты работы опубликованы в 3 сборниках тезисов научных конференций.

Статьи по теме диссертации:

1. Viryasova G.M., Tatarskiy V.V., Sheynov A.A., Tatarskiy E.V., Sud'ina G.F., Georgieva S.G., Soshnikova N.V. PBAF lacking PHD domains maintains transcription in human neutrophils // Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research. 2019. V. 1866 (12), P. 118525. IF = 4,739.

2. Viryasova G.M., Golenkina E.A., Tatarskii V.V., Galkin I.I., Sud'ina G.F., Soshnikova N. V. An optimized permeabilization step for flow cytometry analysis of nuclear proteins in myeloid differentiation of blood cells into neutrophils // MethodsX. 2019. V. 6, P. 360-367. IF = 1,69.

3. Golenkina E.A., Viryasova G.M., Galkina S.I., Gaponova T.V., Sud'ina G.F.,

Sokolov A.V. Fine regulation of neutrophil oxidative status and apoptosis by

ceruloplasmin and its derivatives // Cells. 2018. V. 7(1), P. E8. IF = 5,656.

12

Тезисы докладов и материалы конференций:

1. Вирясова Г.М., Георгиева С.Г., Судьина Г.Ф., Сошникова Н.В. Роль изменений в ремоделирующем хроматин комплексе PBAF в процессе дифференцировки клеток крови. // III Всероссийская конференция по молекулярной онкологии, Москва, Россия, 6-8 декабря 2017. Успехи молекулярной онкологии. Т. 4, С. 67-68.

2. Вирясова Г.М., Сошникова Н.В., Георгиева С.Г., Судьина Г.Ф., Симонов Ю.П. Переключение экспрессии изоформ субъединицы PHF10 ремоделирующего хроматин комплекса PBAF в процессе дифференцировки клеток крови. // II Всероссийская конференция по молекулярной онкологии, Москва, Россия, 6-8 декабря 2016. Успехи молекулярной онкологии. Т. 3, С. 36-37.

3. Вирясова Г.М., Судьина Г.Ф., Сошникова Н.В., Георгиева С.Г. Роль ремоделирующего хроматин комплекса SWI/SNF при дифференцировке клеток крови по миелоидному пути. // V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016. Специальный выпуск журнала Acta Naturae. Т. 2, С. 7-8.

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 123 страницах машинописного текста и включает следующие разделы: Введение, Обзор литературы, Материалы и методы, Результаты и обсуждение, Заключение, Выводы и Список литературы, состоящий из 113 наименований. Работа содержит 41 рисунок и 6 таблиц.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Нейтрофилы — полиморфоядерные лейкоциты человека

1.1.1. Дифференцировка нейтрофилов

Все клетки крови образуются в ходе многоступенчатого процесса дифференцировки из полипотентных стволовых клеток (рис. 1), которые могут превратиться в любой форменный элемент крови. Каждая стволовая кроветворная клетка при своем делении превращается в две дочерние клетки, одна из которых включается в процесс дифференцировки, а вторая остается полипотентной для поддержания количества недифференцированных стволовых клеток. В результате развития и дифференцировки под воздействием таких факторов, как гормоны, клеточные медиаторы, витамины и микроэлементы, разные клетки приобретают свои морфологические и функциональные особенности [10].

Лейкопоэз — процесс образования лейкоцитов, происходящий в красном костном мозге и лимфоидной ткани. Этот процесс стимулируется специфическими ростовыми факторами, или лейкопоэтинами, которые воздействуют на определенные мишени. Важную роль в лейкопоэзе играют интерлейкины, усиливающие рост базофилов и эозинофилов. Лейкопоэз также стимулируется продуктами распада лейкоцитов и тканей, микроорганизмами, токсинами [11]. Полипотентные стволовые гемопоэтические клетки могут также циркулировать в крови вне органов кроветворения, особенно на конечных стадиях дифференцировки. Полиморфоядерные (зернистые) лейкоциты или гранулоциты образуются из меилобластов (рис. 1). Для зернистых лейкоцитов характерны следующие основные особенности: наличие в цитоплазме специфической зернистости и сегментация ядра.

Стволовая кроветворном плетка _I_

Нлстко предшественница лимфоцит опаэзо

Нлетна предшественница

мае

поэза

1 ♦г® 1 «с с? Г I •си Ь;-*- 1 1—

иица \В-лимфоцитов ница' Т-лим / фоцишоо

©

Пяазмобласт

Ф

Проплазмоцит

п о

0 с с £ ■э

1 ■

I

в

Плазмацит

колонию в культуре чувствительная чувствительная -I--клетма \ нлетяа I

©

& Ф

| Прол'имфоцит Про монацит

9

Миелобласт 7ёШ>р

*

Эритроб'ласт Мегакариобласт

льхые ДЗ" Эозинбфильиые I £ & ©

Проми^лоциты | Пронормоцит ЛронеганоДиоцит

Ш 4 а «Д»

Миелоциты \ быофцльный шгака^оцит

Метомивлоциты ц

Палочноядерные плети

т Ретину поцит

Лимфоцит Моноцит

р О

Сегментоядерные клетки

Эритроцит Тромбоциты

Рис. 1. Схема развития клеток крови человека [12].

По окраске зернистости гранулоциты подразделяются на 3 вида:

нейтрофильные, эозинофильные, базофильные. Нейтрофильные гранулоциты

составляют 65-70% от общего числа лейкоцитов. Основная функция

гранулоцитов — участие в защитных реакциях организма в соединительных

тканях. Схематично жизненный путь гранулоцитов можно разделить на три

этапа: развитие в костном мозге, кратковременная циркуляция в кровеносном

русле, пребывание в тканях. Зрелые клетки имеют ограниченную

продолжительность жизни и не способны к пролиферации. Необходимое

количество форменных элементов крови в кровяном русле обеспечивается с

15

помощью продолжающегося размножения и дифференцировки стволовых клеток. На этот механизм могут влиять различные факторы, действующие при воспалении, иммунологических реакциях и других заболеваниях.

Морфологические изменения, происходящие с лейкоцитами в ходе дифференцировки в ряду миелобласт - промиелоцит - миелоцит -нейтрофил, представлены на рис. 2.

А Б В

7 V |У% А

5 «^и О/

Рис. 2. Клетки крови под микроскопом, окраска зернистости гематоксилином и эозином [13]: А — промиелоцит, Б — нейтрофильный миелоцит (дифференцированный промиелоцит), В — нейтрофил.

Миелобласты, в сравнении с дифференцированными клетками (рис. 2В), имеют больший размер ядра, более свободную структуру хроматина и цельное ядро. В ходе превращения миелобласта в промиелоцит уменьшается размер ядра клетки и изменяется его форма. Хорошо различимы азурофильные гранулы и аппарат Гольджи слева от ядра (рис. 2А). Миелоцит продолжает уменьшаться, по сравнению со своим предшественником он имеет более конденсированный хроматин, а также почти неотличимые ядрышки, но содержит характерные гранулы, по которым опознается при микроскопическом анализе (рис. 2Б) [13]. Полностью дифференцированные нейтрофилы (рис. 2В) отличает ярко выраженная сегментарность ядра и наличие в цитоплазме азурофильных (первичных) и специфических

(вторичных) гранул, содержащих антимикробные белки и гидролитические ферменты [14]. Кроме того, для нейтрофилов характерны небольшой аппарат Гольджи, неконденсированные митохондрии и рибосомы, а также отсутствие шероховатого эндоплазматического ретикулума.

1.1.2. Основные функции нейтрофилов

Нейтрофилы - бесцветные клетки диаметром 8-10 мкм, в среднем в 1 мкл крови содержится 4-8 тысяч клеток. Сигнальная система клетки воспринимает цитокины, что может приводить к временному изменению формы клетки, и обуславливает направленное амебовидное перемещение клетки в очаг воспаления. Цитоплазма нейтрофилов содержит многочисленные гранулы (до 200 на клетку) шаровидной формы, различающиеся по электронной плотности. Гранулы подразделяются на два типа: азурофильные и специфические. Азурофильные (неспецифические, первичные) гранулы с плотной сердцевиной диаметром 0,4-0,8 мкм возникают первыми и соответствуют лизосомам. В них содержатся катионные белки, лизоцим, миелопероксидаза и другие компоненты, что по сути является системой внутриклеточного переваривания инородных тел. Специфическая (вторичная) зернистость появляется позднее и составляет 7080% от общего количества гранул. В специфических гранулах (с прозрачным содержимым) диаметром 0,1-0,3 мкм присутствуют фосфатазы с высокой щелочной активностью, коллагеназа, лизоцим, обладающий антибактериальными свойствами, и многие другие вещества [15]. Они участвуют как во внутри-, так и во внеклеточных реакциях [16]. Например, некоторые гранулы отвечают за миграцию гранулоцита через стенку капилляров.

Полиморфоядерные лейкоциты являются важной частью неспецифического иммунного ответа организма млекопитающих [17]. Основная функция нейтрофилов заключается в уничтожении чужеродных микроорганизмов.

Нейтрофилы способны захватывать в цитоплазму бактерии и продукты распада тканей (путем фагоцитоза), а затем разрушать их своими антимикробными системами [18]. Фагоцитоз — комплексный процесс, который сопровождается образованием активных форм кислорода и азота, высвобождением цитокинов, протеолитических ферментов и синтезом липидных медиаторов воспаления, например, лейкотриенов. Нарушения в этих процессах могут привести к неконтролируемым острым и хроническим инфекциям с последующей гибелью организма. Нейтрофилы образуются в костном мозге и переходят в кровяное русло, где перемещаются к месту воспаления. Нейтрофилы поступают туда, мигрируя через слой эндотелиальных клеток, выстилающих стенки кровеносных сосудов, в процессе, известном как экстравазация (рис. 3) [19].

*1ок крови ■—

Прокатывание Активация Адгезия Тра нслцютел нал ьная

миграция

г - ■ ^^

щ

Миграиия нейтрофила пО градиенту концентрации хемокина

Рис. 3. Схема основных событий, связанных с миграцией нейтрофилов к

очагу воспаления [20]. Перемещение, похожее на перекатывание, нейтрофила

по поверхности эндотелия сосудов при участии адгезионных рецепторов

приводит к активации клетки и трансмиграции нейтрофила в ткань.

Миграция нейтрофила к очагу воспаления проходит по градиенту

концентрации хемокинов. В очаге воспаления нейтрофилы осуществляют

защитные функции, в частности, фагоцитоз (поглощение) бактерий, после

чего запускается апоптоз (программируемая гибель) клетки

18

Нейтрофилы являются короткоживущими клетками. Полупериод нахождения нейтрофилов в кровяном русле около 6-8 ч, в тканях - 4-5 дней. После фагоцитирования и деградации бактерий или иных патогенных для организма частиц нейтрофилы обычно уходят в апоптоз (программируемую клеточную смерть), продуцируя множество биологически активных веществ (например, активные формы кислорода и азота, миелопероксидазу), которые повреждают патогены, а также вызывают воспаление и направленную миграцию (хемотаксис) иммунных клеток в очаг воспаления (рис. 3) [21]. При апоптозе нейтрофилы демонстрируют типичные морфологические и биохимические изменения, характерные для такого типа клеточной смерти: активацию каспазных каскадов, уменьшение митохондриального трансмембранного потенциала, фрагментацию ДНК, экспозицию ряда маркеров на поверхность клеточной мембраны, образование апоптотических гранул [22].

1.1.3. Ошибки дифференцировки клеток крови и лейкемия

Для нормальной жизнедеятельности человека и обеспечения оптимального состава крови в организме ежесуточно образуется в среднем 2,00 10 эритроцитов, 0,45 1011 нейтрофилов, 0,01 1011 моноцитов, 1,7510 тромбоцитов. Как правило, эти показатели сохраняются постоянными, хотя в некоторых экстремальных случаях, таких как поход в горы, острая инфекция или большая кровопотеря, процессы созревания костномозговых предшественников ускоряются [13]. Высокая способность гемопоэтических клеток к пролиферации компенсируется апоптозом дифференцировавшихся из них клеток, а, в случае необходимости, и их самих.

Количество и соотношение клеток крови в организме является

критически важным. Однако так как процесс дифференцировки сопряжен с

множеством различных факторов и событий, в нем могут происходить

нарушения, приводящие к серьезным заболеваниям, например, лейкозу

(лейкемии). К лейкозам относится обширная группа онкологических

19

заболеваний крови. Злокачественный клон может происходить как их незрелых гемопоэтических клеток костного мозга (острые лейкозы), так и из их созревающих потомков (хронические лейкозы). Важно заметить, что в отличие от многих других заболеваний, острый лейкоз в хронический перейти не может, также как не может обостриться хронический [3].

Причиной возникновения острых лейкозов являются мутации стволовых клеток крови, в результате их потомки теряют способность к созреванию, но сохраняют пролиферативную активность. Точная этиология лейкозов неясна, но может быть вызвана мутациями в белках, отвечающих за метилирование ДНК и клеточный сигналинг, в транскрипционных факторах и комплексах, ремоделирующих хроматин [23]. Мутировавшая клетка не реагирует на факторы саморегуляции, то есть она может продолжать деление вместо своевременного апоптоза. В результате, такие клетки довольно быстро вытесняют нормальные гемопоэтические клетки, замещая собой весь гемопоэз. Снижение количества или полное отсутствие зрелых клеток периферической крови обуславливает изменение или прекращение соответствующих функций, что влечет за собой развитие клинических симптомов заболевания.

Степень злокачественности опухолевых клеток при острых лейкозах с течением времени возрастает за счет увеличения пролиферативной активности и развития резистентности к проводимой терапии [24]. В зависимости от затронутых клеток выделяют два вида раков крови: лимфолейкоз (преобладающий рост лимфоцитов) и миелому (развитие гранулоцитарных лейкоцитов).

Острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) является самым распространенным видом острого лейкоза у взрослых, причем заболеваемость им увеличивается с возрастом. Также он может возникнуть как вторичный рак при лечении другого онкологического заболевания.

Классификация лейкозов и выбор лечения как правило основаны на

генетической модификации, приведшей к заболеванию. Например,

20

значительная часть лейкозов обусловлена хромосомными транслокациями и инверсиями, приводящими к изменениям в белках, необходимых для развития клеток. ОМЛ может быть вызван транслокациями между хромосомами 8-21, 9-11, 6-9, 15-17, 1-22 и инверсией в 3-ей или 16-ой хромосоме [23].

Острый промиелоцитарный лейкоз (ОПЛ) является подвидом ОМЛ с аномальным количеством незрелых предшественников гранулоцитов, промиелоцитов, в крови пациента. Эта форма в 95% случаев характеризуется транслокацией между 15-ой и 17-ой хромосомами t(15;17)(q22;q21), которая приводит к образованию гена онкобелка PML/RARa из гена рецептора ретиноевой кислоты RARa (иногда используется название RARA) и гена белка острого промиелоцитарного лейкоза (PML). Схема транслокации и образования гена мутантного белка представлена на рис. 4.

Таким образом, в отсутствие транслокации нормальный белок RARa требует присутствия ретиноевой кислоты (ATRA) для регуляции транскрипции RAR-зависимых генов. Ретиноевая кислота является кислой формой ретинола, известного также как витамин A (1,1,5-триметилциклогексен-5-ил-6)-нонатетраен-7,9,11,13-ол). Его структурная формула изображена на рис. 5.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Вирясова Галина Михайловна, 2019 год

Список литературы

1. Doulatov S., Notta F., Laurenti E., Dick J.E. Hematopoiesis: A human perspective // Cell Stem Cell. 2012. Vol. 3, № 10(2). P. 120-136.

2. Kennedy A.D., Deleo F.R. Neutrophil apoptosis and the resolution of infection // Immunologic Res. 2009. Vol. 43, № 1-3. P. 25-61.

3. Juliusson G., Hough R. Leukemia // Progress in Tumor Research. 2016. Vol. 43. P. 87-100.

4. Hodges C., Kirkland J.G., Crabtree G.R. The many roles of BAF (mSWI/SNF) and PBAF complexes in cancer // Cold Spring Harb. Perspect. Med. 2016. Vol. 6, № 8. P. a026930.

5. Vradii D., Wagner S., Doan D.N., Nickerson J.A., Montecino M., Lian J.B., Stein J.L., Van Wijnen A.J., Imbalzano A.N., Stein G.S. Brg1, the ATPase subunit of the SWI/SNF chromatin remodeling complex, is required for myeloid differentiation to granulocytes // J. Cell. Physiol. 2006. Vol. 206, № 1. P. 112-118.

6. Müller C., Calkhoven C.F., Sha X., Leutz A. The CCAAT enhancer-binding protein _alpha (C/EBPalpha) requires a SWI/SNF complex for proliferation arrest // J. Biol. Chem. 2004. Vol. 279, № 8. P. 7353-7358.

7. Krasteva V., Crabtree G.R., Lessard J.A. The BAF45a/PHF10 subunit of SWI/SNF-like chromatin remodeling complexes is essential for hematopoietic stem cell maintenance // Exp. Hematol. 2017. Vol. 48. P. 5871.

8. Lessard J., Wu J.I., Ranish J.A., Wan M., Winslow M.M., Staahl B.T., Wu H., Aebersold R., Graef I.A., Crabtree G.R. An essential switch in subunit composition of a chromatin remodeling complex during neural development // Neuron. 2007. Vol. 55, № 2. P. 201-215.

9. Brechalov A. V., Georgieva S.G., Soshnikova N. V. Mammalian cells contain two functionally distinct PBAF complexes incorporating different isoforms of PHF10 signature subunit // Cell Cycle. 2014. Vol. 13, № 12. P. 1970-1979.

10. Coussens L.M., Pollard J.W. Leukocytes in mammary development and

cancer // Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2011. Vol. 3, № 3. P. a003285.

11. Ketley N. Wintrobe's clinical hematology // J. Clin. Pathol. 2013. Vol. 46, № 12. P. 1142.

12. Афанасьев Ю.И., Юрина Н.А., Котовский Е.Ф. Гистология, эмбриология, цитология. Москва: Медицина, 2012. 800 с.

13. Bain B. A Beginner's guide to blood cells // Wiley-Blackwell. 2004. 132 p.

14. Kobayashi S.D., DeLeo F.R. Role of neutrophils in innate immunity: A systems biology-level approach // Wiley Interdisciplinary Reviews: Systems Biology and Medicine. 2009. Vol. 1, № 3. P. 309-333.

15. Witko-Sarsat V., Rieu P., Descamps-Latscha B., Lesavre P., Halbwachs-Mecarelli L. Neutrophils: molecules, functions and pathophysiological aspects // Lab. Investig. 2000. Vol. 80, № 5. P. 617-653.

16. Brinkmann V., Reichard U., Goosmann C., Fauler B., Uhlemann Y., Weiss D.S., Weinrauch Y., Zychlinsky A. Neutrophil extracellular traps kill bacteria // Science. 2004. Vol. 303, № 5663. P. 1532-1535.

17. Schymeinsky J., Mocsai A., Walzog B. Neutrophil activation via beta2 integrins (CD11/CD18): molecular mechanisms and clinical implications. // Thromb. Haemost. 2007. Vol. 98, № 2. P. 262-273.

18. Swanson J. A. The coordination of signaling during Fc receptor-mediated phagocytosis // J. Leukoc. Biol. 2004. Vol. 76, № 6. P. 1093-1103.

19. Segal A.W. How neutrophils kill microbes // Annu. Rev. Immunol. 2005. Vol. 23. P. 197-223.

20. Zagryazhskaya A.N., Lindner S.C., Grishina Z. V., Galkina S.I., Steinhilber D., Sud'ina G.F. Nitric oxide mediates distinct effects of various LPS chemotypes on phagocytosis and leukotriene synthesis in human neutrophils // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2010. Vol. 42, № 6. P. 921-931.

21. Fialkow L., Wang Y., Downey G.P. Reactive oxygen and nitrogen species as signaling molecules regulating neutrophil function // Free Radical Biology and Medicine. 2007. Vol. 42, № 2. P. 153-164.

22. Kroemer G., Galluzzi L., Vandenabeele P., Abrams J., Alnemri E.S., Baehrecke E.H., Blagosklonny M.V., El-Deiry W.S., Golstein P., Green D.R., Hengartner M., Knight R.A., Kumar S., Lipton S.A., Malorni W.,

113

Nunez G., Peter M.E., Tschopp J., Yuan J., Piacentini M., Zhivotovsky B., Melino G. Classification of cell death: recommendations of the nomenclature committee on cell death // Cell Death and Differentiation. 2009. Vol. 16, №

1. P. 3-11.

23. Longo D.L., Dohner H., Weisdorf D.J., Bloomfield C.D. Acute Myeloid Leukemia // N. Engl. J. Med. 2015. Vol. 373, № 12. P. 1136-1152.

24. Tallman M.S., Altman J.K. How I treat acute promyelocytic leukemia // Blood. 2009. Vol. 114, № 25. P. 5126-5135.

25. Wang Z.Y., Chen Z. Acute promyelocytic leukemia: From highly fatal to highly curable // Blood. 2008. Vol. 111, № 5. P. 2505-2515.

26. Tanumihardjo S.A. Vitamin A: Biomarkers of nutrition for development // American Journal of Clinical Nutrition. 2011. Vol. 94, № 2. P. 658-665.

27. Gerster H. Vitamin A - Functions, dietary requirements and safety in humans // International Journal for Vitamin and Nutrition Research. 1997. Vol. 67, №

2. P. 71-90.

28. Guidez F., Ivins S., Zhu J., Soderstrom M., Waxman S., Zelent A. Reduced retinoic acid-sensitivities of nuclear receptor corepressor binding to PML-and PLZF-RARa underlie molecular pathogenesis and treatment of acute promyelocytic leukemia // Blood. 1998. Vol. 91, № 8. P. 2634-2642.

29. Chauchereau A., Mathieu M., De Saintignon J., Ferreira R., Pritchard L.L., Mishal Z., Dejean A., Harel-Bellan A. HDAC4 mediates transcriptional repression by the acute promyelocytic leukaemia-associated protein PLZF // Oncogene. 2004. Vol. 23, № 54. P. 8777-8784.

30. Duester G. Retinoic acid synthesis and signaling during early organogenesis // Cell. 2008. Vol. 134, № 6. P. 921-931.

31. Degos L., Wang Z.Y. All trans retinoic acid in acute promyelocytic leukemia. // Oncogene. 2001. Vol. 20, № 49. P. 7140-7145.

32. Shen Z.X. et al. Use of arsenic trioxide (As2O3) in the treatment of acute promyelocytic leukemia (APL): II. Clinical efficacy and pharmacokinetics in relapsed patients. // Blood. 1997. Vol. 89, № 9. P. 3354-3360.

33. Chen G.Q. et al. Use of arsenic trioxide (As2O3) in the treatment of acute promyelocytic leukemia (APL): I. As2O3 exerts dose-dependent dual effects

114

on APL cells. // Blood. 1997. Vol. 89, № 9. P. 3345-3353.

34. Powell B.L., Moser B., Stock W., Gallagher R.E., Willman C.L., Stone R.M., Rowe J.M., Coutre S., Feusner J.H., Gregory J., Couban S., Appelbaum F.R., Tallman M.S., Larson R.A. Arsenic trioxide improves event-free and overall survival for adults with acute promyelocytic leukemia: North American leukemia intergroup study C9710 // Blood. 2010. Vol. 116, № 19. P. 37513757.

35. Van Gent D.C., Hoeijmakers J.H.J., Kanaar R. Chromosomal stability and the DNA double-stranded break connection // Nat. Rev. Gen. 2001. Vol. 2, № 3. P. 196-206.

36. Maeshima K., Ide S., Babokhov M. Dynamic chromatin organization without the 30-nm fiber // Curr. Opin. Cell Biol. 2019. Vol. 58. P. 95-104.

37. Коряков Д.Е. Модификации гистонов и регуляция работы хроматина // Генетика. 2006. Т. 42, № 9. С. 1170-1185.

38. Dorigo B., Schalch T., Bystricky K., Richmond T.J. Chromatin fiber folding: Requirement for the histone H4 N-terminal tail // J. Mol. Biol. 2003.

39. Luger K., Dechassa M.L., Tremethick D.J. New insights into nucleosome and chromatin structure: An ordered state or a disordered affair? // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012. Vol. 13, № 7. P. 436-447.

40. Marzluff W.F., Gongidi P., Woods K.R., Jin J., Maltais L.J. The human and mouse replication-dependent histone genes // Genomics. 2002. Vol. 80, № 5. P. 487-498.

41. Bannister A.J., Kouzarides T. Regulation of chromatin by histone modifications // Cell Research. 2011. Vol. 21, № 3. P. 381-395.

42. Saha A., Wittmeyer J., Cairns B.R. Chromatin remodelling: The industrial revolution of DNA around histones // Nat. Rev. Mol. Cell Bio. 2006. Vol. 7, № 6. P. 437-447.

43. Buscarlet M., Krasteva V., Ho L., Simon C., Hébert J., Wilhelm B., Crabtree G.R., Sauvageau G., Thibault P., Lessard J.A. Essential role of BRG, the ATPase subunit of BAF chromatin remodeling complexes, in leukemia maintenance // Blood. 2014. Vol. 123, № 11. P. 1720-1728.

44. Tang L., Nogales E., Ciferri C. Structure and function of SWI/SNF

115

chromatin remodeling complexes and mechanistic implications for transcription // Progress in Biophysics and Molecular Biology. 2010. Vol. 102, № 2-3. P. 122-128.

45. Bennett G., Peterson C.L. SWI/SNF recruitment to a DNA double-strand break by the NuA4 and Gcn5 histone acetyltransferases // DNA Repair (Amst). 2015. Vol. 30. P. 38-45.

46. Bartholomew B. Regulating the Chromatin Landscape: structural and mechanistic perspectives // Annu. Rev. Biochem. 2014. Vol. 83, № 1. P. 671-696.

47. Wilson B.G., Roberts C.W.M. SWI/SNF nucleosome remodellers and cancer // Nat. Rev. Cancer. 2011. Vol. 11, № 7. P. 481-492.

48. Разин С.В., Быстрицкий А.А. Хроматин: Упакованный геном. 4th ed. Москва: Бином. Лаборатория знаний, 2015. 172 с.

49. Mohrmann L., Verrijzer C.P. Composition and functional specificity of SWI2/SNF2 class chromatin remodeling complexes // Biochimica et Biophysica Acta - Gene Structure and Expression. 2005. Vol. 1681, № 2-3. P. 59-73.

50. Kaeser M.D., Aslanian A., Dong M.Q., Yates J.R., Emerson B.M. BRD7, a novel PBAF-specific SWI/SNF subunit, is required for target gene activation and repression in embryonic stem cells // J. Biol. Chem. 2008. Vol. 283, № 47. P. 32254-32263.

51. Harte M.T., O'Brien G.J., Ryan N.M., Gorski J.J., Savage K.I., Crawford N.T., Mullan P.B., Harkin D.P. BRD7, a subunit of SWI/SNF complexes, binds directly to BRCA1 and regulates BRCA1-dependent transcription // Cancer Res. 2010. Vol. 70, № 6. P. 2538-2547.

52. Tuoc T.C., Boretius S., Sansom S.N., Pitulescu M.E., Frahm J., Livesey F.J., Stoykova A. Chromatin regulation by BAF170 controls cerebral cortical size and thickness // Dev. Cell. 2013. Vol. 25, № 3. P. 256-269.

53. Dykhuizen E.C., Hargreaves D.C., Miller E.L., Cui K., Korshunov A., Kool M., Pfister S., Cho Y.J., Zhao K., Crabtree G.R. BAF complexes facilitate decatenation of DNA by topoisomerase IIa // Nature. 2013. Vol. 497, № 7451. P. 624-627.

54. Havas K., Flaus A., Phelan M., Kingston R., Wade P.A., Lilley D.M.J., Owen-Hughes T. Generation of superhelical torsion by ATP-dependent chromatin remodeling activities // Cell. 2000. Vol. 103, № 7. P. 1133-1142.

55. Bajpai R., Chen D.A., Rada-Iglesias A., Zhang J., Xiong Y., Helms J., Chang C.P., Zhao Y., Swigut T., Wysocka J. CHD7 cooperates with PBAF to control multipotent neural crest formation // Nature. 2010. Vol. 463, № 7283. P. 958-962.

56. Wu J.I. Diverse functions of ATP-dependent chromatin remodeling complexes in development and cancer // Acta Biochimica et Biophysica Sinica. 2012. Vol. 44, № 1. P. 54-69.

57. Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription // Nature. 2001. Vol. 414, № 6866. P. 924-928.

58. Bultman S., Gebuhr T., Yee D., La Mantia C., Nicholson J., Gilliam A., Randazzo F., Metzger D., Chambon P., Crabtree G., Magnuson T. A Brg1 null mutation in the mouse reveals functional differences among mammalian SWI/SNF complexes // Mol. Cell. 2000. Vol. 6, № 6. P. 1287-1295.

59. Klochendler-Yeivin A., Fiette L., Barra J., Muchardt C., Babinet C., Yaniv M. The murine SNF5/INI1 chromatin remodeling factor is essential for embryonic development and tumor suppression // EMBO Rep. 2000. Vol. 1, № 6. P. 500-506.

60. Bachmann C., Nguyen H., Rosenbusch J., Pham L., Rabe T., Patwa M., Sokpor G., Seong R.H., Ashery-Padan R., Mansouri A., Stoykova A., Staiger J.F., Tuoc T. mSWI/SNF (BAF) complexes are indispensable for the neurogenesis and development of embryonic olfactory epithelium // PLoS Genet. 2016. Vol. 12, № 9. P. e1006274.

61. Albini S., Coutinho P., Malecova B., Giordani L., Savchenko A., Forcales S.V., Puri P.L. Epigenetic reprogramming of human embryonic stem cells into skeletal muscle cells and generation of contractile myospheres // Cell Rep. 2013. Vol. 3, № 3. P. 661-670.

62. Wu Q., Madany P., Dobson J.R., Schnabl J.M., Sharma S., Smith T.C., van Wijnen A.J., Stein J.L., Lian J.B., Stein G.S., Muthuswami R., Imbalzano

117

A.N., Nickerson J.A. The BRG1 chromatin remodeling enzyme links cancer cell metabolism and proliferation // Oncotarget. 2016. Vol. 7, № 25. P. 38270-38281.

63. Schaniel C., Ang Y.S., Ratnakumar K., Cormier C., James T., Bernstein E., Lemischka I.R., Paddison P.J. Smarcc1/Baf155 couples self-renewal gene repression with changes in chromatin structure in mouse embryonic stem cells // Stem Cells. 2009. Vol. 27, № 12. P. 2979-2991.

64. Lei I., Gao X., Sham M., Wang Z. SWI/SNF protein component BAF250a regulates cardiac progenitor cell differentiation by modulating chromatin accessibility during second heart field development // J. Biol. Chem. 2012. Vol. 287, № 29. P. 24255-24262.

65. Jung E.M., Moffat J.J., Liu J., Dravid S.M., Gurumurthy C.B., Kim W.Y. Arid1b haploinsufficiency disrupts cortical interneuron development and mouse behavior // Nat. Neurosci. 2017. Vol. 20, № 12. P. 1694-1707.

66. Gao X., Tate P., Hu P., Tjian R., Skarnes W.C., Wang Z. ES cell pluripotency and germ-layer formation require the SWI/SNF chromatin remodeling component BAF250a // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008. Vol. 105, № 18. P. 6656-6661.

67. Akerberg B.N., Sarangam M.L., Stankunas K. Endocardial Brg1 disruption illustrates the developmental origins of semilunar valve disease // Dev. Biol. 2015.

68. Wang Z., Zhai W., Richardson J.A., Olson E.N., Meneses J.J., Firpo M.T., Kang C., Skarnes W.C., Tjian R. Polybromo protein BAF180 functions in mammalian cardiac chamber maturation // Genes Dev. 2004. Vol. 18, № 24. P. 3106-3116.

69. Huang X., Gao X., Diaz-Trelles R., Ruiz-Lozano P., Wang Z. Coronary development is regulated by ATP-dependent SWI/SNF chromatin remodeling component BAF180 // Dev. Biol. 2008. Vol. 319, № 2. P. 258266.

70. Lickert H., Takeuchi J.K., Von Both I., Walls J.R., McAuliffe F., Adamson S.L., Henkelman R.M., Wrana J.L., Rossant J., Bruneau B.G. Baf60c is essential for function of BAF chromatin remodelling complexes in heart

118

development // Nature. 2004. Vol. 432, № 7013. P. 107-112.

71. Takeuchi J.K., Bruneau B.G. Directed transdifferentiation of mouse mesoderm to heart tissue by defined factors // Nature. 2009. Vol. 459, № 7247. P. 708-711.

72. Chi T.H., Wan M., Zhao K., Taniuchi I., Chen L., Uttman D.R., Crabtree G.R. Reciprocal regulation of CD4/CD8 expression by SWI/SNF-like BAF complexes // Nature. 2002. Vol. 418, № 6894. P. 195-199.

73. Ko M., Ahn J., Lee C., Chung H., Jeon S.H., Chung H.Y., Seong R.H. E2A/HEB and Id3 proteins control the sensitivity to glucocorticoid-induced apoptosis in thymocytes by regulating the SRG3 expression // J. Biol. Chem. 2004. Vol. 279, № 21. P. 21916-21923.

74. Krosl J., Mamo A., Chagraoui J., Wilhelm B.T., Girard S., Louis I., Lessard J., Perreault C., Sauvageau G. Amutant allele of the Swi/Snf member BAF250a determines the pool size of fetal liver hemopoietic stem cell populations // Blood. 2010. Vol. 116, № 10. P. 1678-1684.

75. Dror V., Winston F. The Swi/Snf Chromatin Remodeling Complex Is Required for Ribosomal DNA and Telomeric Silencing in Saccharomyces cerevisiae // Mol. Cell. Biol. 2004. Vol. 24, № 18. P. 8227-8235.

76. Kobayashi K., Hiramatsu H., Nakamura S., Kobayashi K., Haraguchi T. Tumor suppression via inhibition of SWI/SNF complex-dependent NF-kB activation // Sci. Rep. 2017. Vol. 7, № 1. P. 11772.

77. Lu C., Allis C.D. SWI/SNF complex in cancer // Nature Genetics. 2017. Vol. 49, № 2. P. 178-179.

78. Hassan N.M.M., Painter N., Howlett C.R., Farrell A.W., Di Girolamo N., Lyons J.G., Halliday G.M. Brm inhibits the proliferative response of keratinocytes and corneal epithelial cells to ultraviolet radiation-induced damage // PLoS One. 2014. Vol. 9, № 9. P. e107931.

79. Wilson B.G., Roberts C.W.M. SWI/SNF nucleosome remodellers and cancer // Nat. Rev. Cancer. 2011. Vol. 11, № 7. P. 481-492.

80. Medina P.P., Sanchez Cespedes M. Involvement of the chromatin-remodeling factor BRG1/SMARCA4 in human cancer // Epigenetics. 2008. Vol. 3, № 2. P. 64-68.

81. Stamp J.P., Gilks C.B., Wesseling M., Eshragh S., Ceballos K., Anglesio M.S., Kwon J.S., Tone A., Huntsman D.G., Carey M.S. BAF250a expression in atypical endometriosis and endometriosis-associated ovarian cancer // Int. J. Gynecol. Cancer. 2016. Vol. 26, № 5. P. 825-832.

82. Chou A., Toon C.W., Clarkson A., Sioson L., Houang M., Watson N., Desilva K., Gill A.J. Loss of ARID1A expression in colorectal carcinoma is strongly associated with mismatch repair deficiency // Hum. Pathol. 2014. Vol. 45, № 8. P. 1697-1703.

83. Faraj S.F., Chaux A., Gonzalez-Roibon N., Munari E., Ellis C., Driscoll T., Schoenberg M.P., Bivalacqua T.J., Shih I.M., Netto G.J. ARID1A immunohistochemistry improves outcome prediction in invasive urothelial carcinoma of urinary bladder // Hum. Pathol. 2014. Vol. 45, № 11. P. 22332239.

84. Wiegand K.C., Sy K., Kalloger S.E., Li-Chang H., Woods R., Kumar A., Streutker C.J., Hafezi-Bakhtiari S., Zhou C., Lim H.J., Huntsman D.G., Clarke B., Schaeffer D.F. ARID1A/BAF250a as a prognostic marker for gastric carcinoma: A study of 2 cohorts // Hum. Pathol. 2014. Vol. 45, № 6. P. 1258-1268.

85. Gerlinger M., Horswell S., Larkin J., Rowan A.J., Salm M.P., Varela I., Fisher R., McGranahan N., Matthews N., Santos C.R., Martinez P., Phillimore B., Begum S., Rabinowitz A., Spencer-Dene B., Gulati S., Bates P.A., Stamp G., Pickering L., Gore M., Nicol D.L., Hazell S., Futreal P.A., Stewart A., Swanton C. Genomic architecture and evolution of clear cell renal cell carcinomas defined by multiregion sequencing // Nat. Genet. 2014. Vol. 46, № 3. P. 225-233.

86. Vitte J., Gao F., Coppola G., Judkins A.R., Giovannini M. Timing of Smarcb1 and Nf2 inactivation determines schwannoma versus rhabdoid tumor development // Nat. Commun. 2017. Vol. 8, № 1. P. 300.

87. Sima X., He J., Peng J., Xu Y., Zhang F., Deng L. The genetic alteration spectrum of the SWI/SNF complex: The oncogenic roles of BRD9 and ACTL6A // PLoS One. 2019. Vol. 14, № 9. P. e0222305.

88. Krasteva V., Buscarlet M., Diaz-Tellez A., Bernard M.A., Crabtree G.R.,

120

Lessard J.A. The BAF53a subunit of SWI/SNF-like BAF complexes is essential for hemopoietic stem cell function // Blood. 2012. Vol. 120, № 24. P. 4720-4732.

89. Brownlee P.M., Meisenberg C., Downs J.A. The SWI/SNF chromatin remodelling complex: Its role in maintaining genome stability and preventing tumourigenesis // DNA Repair (Amst). 2015. Vol. 32. P. 127-133.

90. Tatarskiy V. V., Simonov Y.P., Shcherbinin D.S., Brechalov A. V., Georgieva S.G., Soshnikova N. V. Stability of the PHF10 subunit of PBAF signature module is regulated by phosphorylation: role of P-TrCP // Sci. Rep. 2017. Vol. 7, № 1.

91. Musselman C.A., Kutateladze T.G. Handpicking epigenetic marks with PHD fingers // Nucleic Acids Res. 2011. Vol. 39, № 21. P. 9061-9071.

92. Бречалов А.В., Валиева М.Е., Георгиева С.Г., Сошникова Н.В. Изоформы белка PHF10 подвергаются фосфорилированию в составе ремоделирующего хроматин комплекса PBAF млекопитающих // Молекулярная биология. 2016. Т. 50, № 2. С. 320-326.

93. Forcales S. V. et al. Signal-dependent incorporation of MyoD-BAF60c into Brg1-based SWI/SNF chromatin-remodelling complex // EMBO J. 2012. Vol. 31, № 2. P. 301-316.

94. Aleksandrov D.A., Zagryagskaya A.N., Pushkareva M.A., Bachschmid M., Peters-Golden M., Werz O., Steinhilber D., Sud'ina G.F. Cholesterol and its anionic derivatives inhibit 5-lipoxygenase activation in polymorphonuclear leukocytes and MonoMac6 cells // FEBS J. 2006. Vol. 273, № 3. P. 548-557.

95. Veselska R., Zitterbart K., Auer J., Neradil J. Differentiation of HL-60 myeloid leukemia cells induced by all-trans retinoic acid is enhanced in combination with caffeic acid // Int. J. Mol. Med. 2004. Vol. 14, № 2. P. 305-310.

96. Мазина М.Ю. Изучение процессов ремоделирования хроматина и репликации на инсуляторах D. melanogaster (диссертация на соискание уч. степени к.б.н.). ФГБУН Институт биологии гена РАН, 2014. 99 с.

97. Hong C.W. Current understanding in neutrophil differentiation and heterogeneity // Immune Netw. 2017. Vol. 17, № 5. P. 298-306.

121

98. de Thé H., Lavau C., Marchio A., Chomienne C., Degos L., Dejean A. The PML-RARa fusion mRNA generated by the t(15;17) translocation in acute promyelocytic leukemia encodes a functionally altered RAR // Cell. 1991. Vol. 66, № 4. P. 675-684.

99. Ozeki M., Shively J.E. Differential cell fates induced by all-trans retinoic acid-treated HL-60 human leukemia cells // J. Leukoc. Biol. 2008. Vol. 84, № 3. P. 769-779.

100. Skubitz K.M., Campbell K.D., Skubitz A.P.N. CD66a, CD66b, CD66c, and CD66d each independently stimulate neutrophils // J. Leukoc. Biol. 1996. Vol. 60, № 1. P. 106-117.

101. Lakschevitz F.S., Hassanpour S., Rubin A., Fine N., Sun C., Glogauer M. Identification of neutrophil surface marker changes in health and inflammation using high-throughput screening flow cytometry // Exp. Cell Res. 2016. Vol. 342, № 2. P. 200-209.

102. Eissa N., Kermarrec L., Hussein H., Bernstein C.N., Ghia J.E. Appropriateness of reference genes for normalizing messenger RNA in mouse 2,4-dinitrobenzene sulfonic acid (DNBS)-induced colitis using quantitative real time PCR // Sci. Rep. 2017. Vol. 7. P. 42427.

103. Stacey D.W. Cyclin D1 serves as a cell cycle regulatory switch in actively proliferating cells // Curr. Opin. Cell Biol. 2003. Vol. 15, № 2. P. 158-163.

104. Malumbres M., Barbacid M. Mammalian cyclin-dependent kinases // Trends Biochem. Sci. 2005. Vol. 30, № 11. P. 630-641.

105. Itakura A., Aslan J.E., Kusanto B.T., Phillips K.G., Porter J.E., Newton P.K., Nan X., Insall R.H., Chernoff J., McCarty O.J.T. p21-activated kinase (PAK) regulates cytoskeletal reorganization and directional migration in human neutrophils // PLoS One. 2013. Vol. 8, № 9. P. e73063.

106. Viryasova G.M., Golenkina E.A., Tatarskii V.V., Galkin I.I., Sud'ina G.F., Soshnikova N.V. An optimized permeabilization step for flow cytometry analysis of nuclear proteins in myeloid differentiation of blood cells into neutrophils // MethodsX. Elsevier B.V., 2019. Vol. 6. P. 360-367.

107. Witzel M., Petersheim D., Fan Y., Bahrami E., Racek T., Rohlfs M., Puchalka J., Mertes C., Gagneur J., Ziegenhain C., Enard W., Stray-Pedersen

122

A., Arkwright P.D., Abboud M.R., Pazhakh V., Lieschke G.J., Krawitz P.M., Dahlhoff M., Schneider M.R., Wolf E., Horny H.P., Schmidt H., Schaffer A.A., Klein C. Chromatin-remodeling factor SMARCD2 regulates transcriptional networks controlling differentiation of neutrophil granulocytes // Nat. Genet. 2017. Vol. 49, № 5. P. 742-752.

108. Brechalov A. V., Valieva M.E., Georgieva S.G., Soshnikova N. V. PHF10 isoforms are phosphorylated in the PBAF mammalian chromatin remodeling complex // Mol. Biol. 2016. Vol. 50, № 2. P. 278-283.

109. Sanchez R., Zhou M.M. The PHD finger: A versatile epigenome reader // Trends Biochem. Sci. 2011. Vol. 36, № 7. P. 364-372.

110. Musselman C.A., Kutateladze T.G. PHD fingers: epigenetic effectors and potential drug targets. // Mol. Interv. 2009. Vol. 9, № 6. P. 314-323.

111. Vu L.P., Perna F., Wang L., Voza F., Figueroa M.E., Tempst P., Erdjument-Bromage H., Gao R., Chen S., Paietta E., Deblasio T., Melnick A., Liu Y., Zhao X., Nimer S.D. PRMT4 blocks myeloid differentiation by assembling a Methyl-RUNX1-dependent repressor complex // Cell Rep. 2013. Vol. 5, № 6. P. 1625-1638.

112. Loi S., Loi S., Haibe-Kains B., Desmedt C., Lallemand F., Tutt A.M., Gillet C., Ellis P., Harris A., Bergh J., Foekens J.A., Klijn J.G., Larsimont D., Buyse M., Bontempi G., Delorenzi M., Piccart M.J., Sotiriou C. Definition of clinically distinct molecular subtypes in estrogen receptor-positive breast carcinomas through genomic grade // J. Clin. Oncol. 2007. Vol. 25, № 10. P. 1239-1246.

113. Hoyal C.R., Kammerer S., Roth R.B., Reneland R., Marnellos G., Kiechle M., Schwarz-Boeger U., Griffiths L.R., Ebner F., Rehbock J., Nelson M.R., Braun A. Genetic polymorphisms in DPF3 associated with risk of breast cancer and lymph node metastases // J. Carcinog. 2005. Vol. 4. P. 13.