Роль микроРНК в развитии почечно-клеточных карцином тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат наук Климентова Елизавета Алексеевна

• Климентова Елизавета Алексеевна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Климентова Елизавета Алексеевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Эпидемиология почечно-клеточной карциномы

1.1.1 Классификация почечно-клеточных карцином

1.1.2 Этиология почечно-клеточных карцином

1.2 МикроРНК - эпигенетические регуляторы экспрессии генов

1.2.1 Секреторные микроРНК

1.2.2 Стабильность микроРНК

1.2.3 МикроРНК как биомаркеры при онкологических заболеваниях

1.2.4 Участие микроРНК в развитии почечно-клеточных карцином

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы исследования

2.2 Молекулярно-генетические методы исследования

2.2.1 Забор образцов периферической крови и биопсии

2.2.2 Выделение геномной ДНК и тотальной РНК

2.2.3 Анализ экспрессии генов микроРНК с использованием технологии OpenArray чипа на приборе Quant Studio™12K Flex Real-Time PCR

System

2.2.4 Метилчувствительная ПЦР с использованием набора EpiTect Methyl

II PCR Array

2.2.5 Анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов биогенеза и предшественников микроРНК с использованием технологии OpenArray чипа на приборе Quant Studio™12K Flex Real-Time PCR System

2.2.6 Метод дискриминации аллелей TaqMan

2.2.7 Статистическая обработка результатов

2.2.8 Дизайн исследования

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Анализ экспрессии 758 генов микроРНК в опухолевой ткани почки и

нормальной почечной паренхиме пациентов со светлоклеточным раком почки

3.2 Анализ метилирования 22 генов микроРНК в опухолевой ткани почки и нормальной почечной паренхиме пациентов со светлоклеточным раком почки

3.3 Анализ ассоциации генотипов и аллелей полиморфных вариантов генов биогенеза и предшественников микроРНК с риском развития почечно-клеточных карцином

3.4 Анализ ассоциации генотипов и аллелей полиморфных вариантов в сайтах связывания микроРНК генов УНЬ-НШ-зависимого пути с риском развития почечно-клеточных карцином

3.5 Анализ ассоциаций сочетаний аллелей и генотипов полиморфных вариантов генов биогенеза и предшественников микроРНК и полиморфных вариантов сайтов связывания микроРНК генов УНЬ-НШ1а-зависимого пути с риском развития светлоклеточного рака почки

Заключение

ВЫВОДЫ

Список сокращений и условных обозначений

Список литературы

Приложение А - Характеристика пациентов и индивидов из контрольной

группы, включенных в исследование

Приложение Б - Результаты анализа экспрессии генов микроРНК

Приложение В - Распределение частот генотипов и аллелей полиморфных локусов генов биогенеза и предшественников микроРНК... 132 Приложение Г - Распределение частот генотипов и аллелей полиморфных локусов, располагающихся в сайтах связывания микроРНК генов УНЬ-НШ-зависимого пути

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль микроРНК в развитии почечно-клеточных карцином»

Актуальность проблемы

Рак почки (РП) - это гетерогенная группа злокачественных опухолей, подавляющее большинство которых представляют собой почечно-клеточные карциномы различных морфологических типов. Ежегодно в мире регистрируют более 300 тысяч новых случаев РП (Mohammadian et al., 2017). В 2016 г. в России опухоли почки были первично диагностированы у 23 908 пациентов, а прирост показателя заболеваемости с 2006 по 2016 г. составил 43,43 %. Кроме того, согласно статистическим данным на 2016 год, рак почки вошел в группу злокачественных новообразований с низким удельным весом морфологической верификации диагноза (83,6%). В Республике Башкортостан в 2016 году показатель заболеваемости раком почки составил 641,3 на 100 тысяч населения(Каприн А.Д., Старинский В.В., 2018). Среди опухолей мочеполовой системы РП занимает третье место, а по смертности находится на первом (Mohammadian et al., 2017).

На сегодняшний день РП выявляется в основном с помощью различных методов визуализации: ультразвуковое исследование (УЗИ), компьютерная томография (КТ), магнитно-резонансная томография (МРТ) и другие. Рак почки характеризуется бессимптомным течением, поэтому, когда пациент обращается с жалобами на дискомфорт - это, как правило, уже местнораспространенный рак, не ограниченный почкой, выходящий в окружающую ткань за пределы почечной капсулы, в почечную или нижнюю полую вену. В связи с этим существует явная потребность в углубленном молекулярно-генетическом изучении патогенеза рака почки, что позволит выявить новые молекулярные маркеры для ранней диагностики ПКК, осуществлять более эффективные оценки риска, проводить отбор пациентов для более агрессивных методов лечения, а также осуществлять выбор молекул, которые будут служить новыми мишенями для лекарственных препаратов. Современные исследования указывают на большое значение в

развитии злокачественных новообразований микроРНК - малых однонитевых некодирующих РНК, которые принимают участие в посттранскрипционной регуляции генов и являются высоко перспективными диагностическими маркерами риска развития многих онкологических заболеваний, в том числе, рака почки (Saito, Jones, 2006).

Степень разработанности темы исследования

МикроРНК - короткие, длиной 19-25 нуклеотидов, некодирующие одноцепочечные РНК, функция которых, регулируя трансляцию белков тРНК и мРНК, обеспечивать деградацию их генов-мишеней. МикроРНК связывают с некоторыми физиологическими процессами, такими как дифференциация клеток, липидный обмен, деление и апоптоз. Известно, что микроРНК могут выступать как в качестве онкогенов, так и в качестве онкосупрессоров. Показано, что при снижении экспрессии супрессорных микроРНК увеличивается экспрессия белков-продуктов онкогенов, что может приводить к образованию опухоли. Дифференциальная экспрессия микроРНК играет важную роль в процессах злокачественной трансформации, причем профили экспрессии микроРНК в различных злокачественных опухолях носят специфичный характер (Melo, Esteller, 2011). Выявлено, что микроРНК могут регулировать гены фон Хиппеля -Линдау VHL, гипоксией индуцированный фактор альфа HIF, рецептор сосудисто-эндотелиального фактора роста VEGFR и другие ключевые молекулы, участвующие в патогенезе рака почки. Кроме того, последние исследования показали, что дифференциальная экспрессия микроРНК может быть полезной для определения типа почечно-клеточных карцином, а уровень некоторых микроРНК может коррелировать с прогнозом заболевания (Wang et al., 2013). К настоящему времени проведено несколько полногеномных исследований экспрессии микроРНК (Nakada et al., 2008; Laddha et al., 2013), выполненных с помощью глубокого секвенирования следующего поколения, что позволило выявить микроРНК, специфичные для канцерогенеза почки (Osanto et al., 2012).

Углубленное исследование молекулярно-генетических основ рака почки, основным объектом которого является микроРНК, с помощью высокоэффективных молекулярно-генетических методов позволит более подробно охарактеризовать генетическую основу предрасположенности к заболеванию, что может способствовать созданию эффективной системы мониторинга, разработке способов ранней диагностики и прогнозирования течения заболевания.

Цель исследования

Поиск генетических и эпигенетических маркеров риска развития светлоклеточного рака почки.

Задачи исследования

1. Изучить профиль экспрессии 758 микроРНК в парных образцах нормальной почечной паренхимы и опухолевой ткани почки у пациентов со светлоклеточным раком почки с использованием слайдов TaqMan OpenArray MicroRNA Panel.

2. Провести анализ метилирования CpG-динуклеотидов в составе CpG-островков промоторных областей генов микроРНК в образцах ДНК, выделенных из опухолевых и нормальных тканей почки пациентов с раком почки;

3. Провести анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных локусов в генах биогенеза и предшественников микроРНК (MIR196A2, PIWIL1, NSRP1, MIR27A, DDX5, XPO5, GPC1, FAM212B, DDX20, FAM57A, DROSHA, C5orf22, AGO2, RAN, AGO1, DICER1, GEMIN4, DGCR8) с помощью технологии OpenArray;

4. Провести анализ распределения частот аллелей и генотипов полиморфных локусов сайтов связывания микроРНК в генах VHL-HIFa-зависимого пути (CDCP1 rs6773576, DEC1 rs10982724, TFRC rs406271,

MAPK1 rs743409, MAPK1 rs9607241, TSC1 rs10491534, VHL rs1642742, VEGFA rs3025033).

Научная новизна

Впервые выполнено всестороннее молекулярно-генетическое исследование генов микроРНК, генов биогенеза и предшественников микроРНК в аспекте изучения патогенеза почечно-клеточных карцином в Республике Башкортостан. Показано статистически значимое повышение экспрессии микроРНК-210 в опухолевой ткани почки. В результате изучения метилирования промоторных участков генов микроРНК выявлено четыре гена микроРНК со статистически значимыми отличиями уровня метилирования в опухолевой и нормальной ткани почки. Анализ полиморфных вариантов 18 генов биогенеза и предшественников микроРНК продемонстрировал наиболее высокий уровень ассоциации с развитием светлоклеточного рака почки аллелей и генотипов полиморфного локуса rs1057035 в гене DICER. При анализе полиморфных локусов сайтов связывания микроРНК в генах VHL-HIFa-зависимого пути выявлены ассоциации с развитием светлоклеточного рака почки. При сравнении группы больных скПКК с контрольной группой с учетом тяжести заболевания, ассоциацию с риском развития светлоклеточного рака почки тяжелого течения показали генотипы и аллели полиморфного локуса rs 10491534 гена TSC1. Выявлена ассоциация аллелей и генотипов rs 1642742 гена VHL с развитием скПКК для группы индивидов старше 55 лет.

Научно-практическая значимость работы

Результаты представленного исследования вносят вклад в понимание молекулярно-генетических механизмов развития светлоклеточного рака почки. Материалы диссертационной работы могут быть включены в курс медицинской генетики на биологических факультетах университетов, в медицинских ВУЗах и на курсах повышения квалификации медицинских работников.

Методология и методы исследования

Методология проведенного исследования состоит в использовании системного подхода на основе комплекса генетического, клинического, медико-статистического анализов, а также анализа литературных данных ведущих отечественных и зарубежных научных коллективов в области онкогенетики.

Для осуществления молекулярно - генетического исследования были выбраны следующие методы: выделение геномной ДНК-фенол-хлороформной экстракцией, выделение РНК методом сорбции на твердом носителе, полимеразная цепная реакция синтеза ДНК в реальном времени с использованием технологии ОрепАггау и TaqMan, метил-чувствительная ПЦР.

Положения, выносимые на защиту:

1. В опухолевой ткани почки у пациентов с скПКК обнаружено достоверное повышение экспрессии микроРНК-210.

2. У пациентов с скПКК в опухолевой ткани почки показано статистически значимое повышение уровня метилирования промоторной области кластера генов микроРНК-23Ь/ -24-1/ -27Ь, микроРНК-30с-1/ -30е и гена 1е1-7§ и снижение уровня метилирования гена микроРНК-301.

3. Дифференциально метилированные гены микроРНК-23Ь и микроРНК-301а продемонстрировали статистически значимое повышение уровней экспрессии, а ген микроРНК 1е1-7§ - снижение уровня экспрессии в опухолях по сравнению с нормальной тканью почки у пациентов со скПКК.

4. Генотип СС и аллель С полиморфного локуса ^1057035 в гене РНКазы III DICER1 ассоциированы с риском развития скПКК.

5. Аллель C полиморфного локуса гб 10491534 гена-супрессора опухолей TSC1, ингибирующего рост клеток, ассоциирован с риском развития скПКК тяжелого течения.

6. Сочетание аллелей полиморфных вариантов генов биогенеза и предшественников микроРНК ^6505162^ (микроРНК-423), гб2740351*^

(fam57a), rs10773771*c (piwil1), rs417309*a (DGCR8) ассоциированно со снижением риска развития светлоклеточного рака почки (0R=0.18 CI(0.06-0.52); p=0.000188; pfdr=0.013).

7. Сочетание аллелей полиморфных вариантов генов биогенеза и предшественников микроРНК rs17409893*a (C5orf22), rs3809142*t (RAN), rs4968104*a (GEMIN4), rs2740348*g (GEMIN4) ассоциировано с повышением риска развития светлоклеточной почечно-клеточной карциномы (0R=13.44 CI(3.21-56.18); p=0.000491; pfdr=0.0041).

Степень достоверности и апробация результатов

Достоверность полученных результатов подтверждается проведением исследований на репрезентативных выборках пациентов и контрольных групп, применением современных молекулярно-генетических и биоинформатических методов. Результаты исследования соответствуют данным, представленным в отечественной и зарубежной литературе. Выводы полностью и в строгой логической последовательности соответствуют поставленным задачам и отражают полученные результаты. Основные результаты исследования были представлены на Международной конференции Европейского общества генетики человека «European Human Genetics Conference» (Копенгаген, 2017), VII Съезде российского общества медицинских генететиков (Санкт - Петербург, 2015), XVII Зимней молодежной школе по биофизике и молекулярной биологии (Гатчина, 2016), Международном семинаре и практической школе «Экспрессия генов» (Москва, 2016), международной научной конференции Научного парка СПбГУ «Трансляционная биомедицина: современные методы междисциплинарных исследований в аспекте внедрения в практическую медицину» (Санкт-Петербург, 2015), всероссийской научной конференции «Актуальные вопросы фундаментальной и экспериментальной биологии» (Уфа, 2016), научно-практической конференции «Основные направления диагностики и лечения злокачественных новообразований» (Уфа, 2018), VIII Международной школе

молодых учёных по молекулярной генетике «Генетическая организация и молекулярные механизмы функционирования живых систем» (Звенигород, 2018).

Личный вклад автора в проведенные исследования

Определение темы диссертационной работы, цели и задач исследования проводились автором совместно с научным руководителем д.б.н, проф. Хуснутдиновой Э.К. Автор самостоятельно изучил отечественную и зарубежную литературу по теме диссертации, лично написал рукопись данной работы и непосредственно участвовал в подготовке материалов к публикациям и их написании. Основная часть экспериментальной работы: выделение ДНК и РНК, постановка ПЦР, анализ метилирования промоторных регионов генов микроРНК, анализ экспрессии генов микроРНК, генотипирование выполнены автором лично. Суммарный вклад автора составляет более 80%.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 35 печатных работ, из которых 7 - из перечня ВАК Российской Федерации.

Соответствие диссертации паспорту научной деятельности

Диссертационная работа "Роль микроРНК в развитии почечно-клеточных карцином" соответствует формуле специальности 03.02.07 - "Генетика". В диссертационной работе исследованы молекулярно-генетические аспекты развития светлоклеточного рака почки, а также изучена возможность их использования в качестве маркеров риска развития данного типа патологии у пациентов, проживающих на территории Республики Башкортостан.

Структура и объем работы

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка

цитированной литературы, включающего 177 работ зарубежных и отечественных авторов. Работа изложена на 161 странице, содержит 11 рисунков и 36 таблиц.

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Эпидемиология почечно-клеточной карциномы

Онкоурологические заболевания, наиболее частыми нозологическими формами которых являются рак предстательной железы (РПЖ), рак почки (РП), рак мочевого пузыря (РМП), составляют почти одну четвертую всех злокачественных новообразований человека и остаются одной из наиболее важных проблем клинической медицины, несмотря на успехи, достигнутые в хирургических, химиотерапевтических и радиологических методах лечения (Mlcochova et al., 2014). Среди опухолей мочеполовой системы рак почки занимает третье место, а по смертности находится на первом (Mohammadian et al., 2017). Рак почки - это гетерогенная группа злокачественных опухолей, подавляющее большинство которых представляют собой почечно-клеточные карциномы различных морфологических типов. Ежегодно в мире регистрируют более 300 тысяч новых случаев РП (Mohammadian et al., 2017). В глобальном масштабе заболеваемость РП широко варьируется от региона к региону. Наибольшая заболеваемость обнаружена в Чешской Республике (стандартизированный показатель 16,7 на 100 000 населения), в Литве (13,2), Словакии (12,5) и Северной Америке (11,7), а самые низкие - в Средней Африке (0,6), Западной Африке (0,7) и странах Африки южнее Сахары (0,9) (Wong et al., 2017). Уровень заболеваемости значительно выше в странах с очень высоким индексом уровня жизни (HDI) (9,1), чем в странах с высоким (4.7), средним (2.5) и низким HDI (1.0). Более высокий уровень заболеваемости в развитых странах может быть объяснен несколькими причинами. Во-первых, в развитых странах преобладают факторы риска, такие как ожирение, курение, низкая физическая активность, гипертония. Во-вторых, увеличение заболеваемости может быть связано с диагностикой ранних локализованных опухолей благодаря современным методам визуализации (ультразвуковое исследование, компьютерная томография). Кроме этого, еще одними, хотя и более спорными,

факторами прироста заболеваемости РП могут выступать профессиональные и экологические воздействия с канцерогенным эффектом (Wong et al., 2017). В Соединенных Штатах в 2017 году было зарегистрировано 63990 новых случаев РП среди взрослого населения. При этом впервые выявленные случаи РП у мужчин обнаруживались в два раза чаще, чем у женщин. Также, была отмечена тенденция к увеличению вероятности развития инвазивного рака почки с повышением возраста пациента с первично диагностированным раком почки (Siegel, Miller, Jemal, 2018). В Соединенном Королевстве на 2015 год насчитывалось 15 547 первично выявленных случаев РП, что составляло около 3% от всех новых случаев злокачественных новообразований (Kidney cancer statistics | Cancer Research UK: [сайт]. URL: http://www.cancerresearchuk.org). Таким образом, прирост заболеваемости составил порядка 50% за десятилетие. В 2016 году в России опухоли почки были первично диагностированы у 23 908 пациентов, а прирост показателя заболеваемости с 2006 до 2016 г. составил 43,43 %. Кроме того, согласно статистическим данным на 2016 год, рак почки вошел в группу злокачественных новообразований с низким удельным весом морфологической верификации диагноза (83,6%). В Республике Башкортостан в 2016 году показатель заболеваемости раком почки составил 641,3 на 100 тысяч населения (Каприн А.Д., Старинский В.В., 2018).

Согласно данным на 2016 год, средний возраст выявления рака почки среди населения России составляет около 62 лет, а средний возраст смертности от РП -66 лет, что сопоставимо с мировыми показателями (Каприн А.Д., Старинский В.В., 2018; Znaor et al., 2015).

1.1.1 Классификация почечно-клеточных карцином

Обновленная классификация ВОЗ основана на достижениях в понимании вновь выявленных характеристик молекулярно-патологической эпидемиологии опухолей почек. На сегодняшний день основными подтипами новообразований почки являются: светлоклеточная, папиллярная и хромофобная почечно-клеточная карцинома, на долю которых приходится 65-70%, 15-20% и 5-7% всех

ПКК, соответственно (Таблица 1). Названия этих подтипов основаны на их преобладающих цитоплазматических (клеточных) и окрашивающих свойствах, структурных и морфологических признаках и комбинациях этих признаков. Другие термины для почечно-клеточных карцином основаны на анатомическом положении опухоли (например, карцинома собирающих протоков и медуллярная карцинома почки), ассоциации с почечной болезнью (например, приобретенная ПКК ассоциированная с кистозной болезнью почек), патогномонических молекулярных изменениях (например, ПКК ассоциированная с недостатком сукцинатдегидрогеназы) и семейной предрасположенности (например, наследственный лейомиоматоз и ПКК-ассоциированные опухоли почек (1пашига, 2017).

Почечно-клеточный рак, как другие злокачественные опухоли, классифицируется по международной системе ТММ, согласно клиническим проявлениям. Клиническая классификация способствует правильному выбору тактики лечения, а также прогнозированию течения заболевания. С 1 января 2018 г. вступило в силу действие обновленной международной ТММ-классификации злокачественных опухолей 8-го издания, над составлением которой работали 2 ведущие организации - Американский объединенный комитет по изучению рака (AJCC) и Международный противораковый союз (ШСС) (КтсИек е1 а1., 2018). ТЫМ система для описания анатомической распространенности болезни основывается на оценке трех компонентов: Т - распространение первичной опухоли; N - отсутствие или наличие метастазов в регионарных лимфатических узлах и степень их поражения; М - отсутствие или наличие отдаленных метастазов.

Таблица 1 - Основные подтипы опухолей почек согласно классификации ВОЗ в 2016 году (Тпашига К., 2017)

Подтип почечно- клеточных карцином Клинические особенности Морфологические/ иммуногистохимические особенности клеток Молекулярные особенности

Светлоклеточная ПКК 65-70% ПКК взрослого населения Прозрачные/эозинофильные клетки с тонкой стенкой, положительные к CAIX и CD10, негативные к CK7 и AMACR Потеря функции VHL, удаление хромосомы 3p, эктопическая стабилизация HIF, генетические мутации в пути PI3K / AKT, мутации SETD2, BAP1 и MTOR

Папиллярная ПКК 1 и 2 типа 15-20% ПКК взрослого населения; тип 1 демонстрирует более благоприятный прогноз по сравнению типом 2 Папиллярная структура, пенистые макрофаги; тип 1: скудная цитоплазма; тип 2: обильная эозинофильная цитоплазма; положительные к CD10, CK7 и AMACR, отрицательные к CAIX Усиление хромосомы 7 и / или хромосомы 17, потеря хромосомы Y; тип 1: изменение MET; тип 2: блокировка CDKN2A,

Хромофобная ПКК 5-7% ПКК взрослого населения; прогноз благоприятный; синдром Берта—Хогга—Дьюба с мутациями в FLCN Четко выраженная клеточная мембрана, перинуклеарное гало, цитоплазма от бледной до эозинофильной; положительные к KIT и CK7, отрицательные к CAIX и CD10 Потеря хромосом 1, 2, 6, 10, 13 и 17, соматические мутации в митохондриальной ДНК, мутации TP53 и PTEN

Согласно клинической системе TNM классификации возможны следующие варианты состояния опухоли почки:

ТХ - первичная опухоль не может быть оценена;

Т0 - нет данных о первичной опухоли;

Т1 - опухоль не более 7 см в наибольшем измерении, ограниченная почкой;

Т1а - опухоль до 4 см;

Т1Ь - опухоль 4-7 см;

Т2 - опухоль более 7 см в наибольшем измерении, ограниченная почкой;

Т3 - опухоль распространяется в крупные вены или инвазирует надпочечник, или окружающие ткани, но не выходит за пределы фасции Герота;

Т3а - опухолевая инвазия надпочечника или паранефральной клетчатки в пределах фасции Герота;

Т3Ь - опухоль распространяется в почечную вену или нижнюю полую вену ниже диафрагмы;

Т3с - опухоль распространяется в нижнюю полую вену выше диафрагмы или инвазирует ее стенку;

Т4 - опухоль распространяется за пределы фасции Герота.

МЫХ - регионарные лимфатические узлы не могут быть оценены;

N0 - нет метастазов в регионарных лимфатические узлах;

N1 - метастаз в одном регионарном лимфатическом узле;

N2 - метастазы более чем в одном регионарном лимфатическом узле.

МХ - отдаленные метастазы не могут быть оценены;

М0 - нет отдаленных метастазов;

М1 - отдаленные метастазы.

Согласно ТМЫМ-классификации может быть определена стадия злокачественного процесса (Таблица 2).

Таблица 2 - Стадии злокачественного процесса при почечно-клеточной

карциноме

I стадия Т1 N0 М0

II стадия Т2 N0 М0

III стадия Т1 N1 М0

Т2 N1 М0

Т3 N0, N1 М0

IV стадия Т4 N0, N1 М0

Т (любая) N2 М0

Т (любая) N (любая) М1

Патологическая классификация, обозначаемая рТКМ, основана на данных обследования до лечения, дополненных или измененных в результате хирургического вмешательства и морфологического исследования. Патологическая классификация сходна с клинической, где рТ, рК и рМ категории соответствуют Т, N и М категориям.

Размер опухоли (Т) является наиболее значимым фактором прогноза при ПКК. Считается, что новообразование, выходящее за пределы капсулы Герота (Т3а) снижает выживаемость на 27%, а наличие опухолевого тромбоза почечной и нижней полой вены (Т3Ь-с) - на 40%.

В гистопатологическую характеристику опухолевого процесса включена также оценка ядерной градации по Фурману (степень злокачественности опухоли):

Ох-степень дифференциации не может быть определена;

01-высокодифференцированная опухоль;

02-умеренно дифференцированная опухоль;

03-низкодифференцированная опухоль;

04-недифференцированная опухоль.

Степень дифференцировки по Фурману является общепринятой системой гистологической классификации ПКК и служит независимым прогностическим фактором. Так, более высокая вероятность 5-летней выживаемости отмечается у пациентов с высоко- и умеренно дифференцированными опухолями.

1.1.2 Этиология почечно-клеточных карцином

На сегодняшний день выявлено большое число потенциальных этиологических факторов, которые могут способствовать развитию ПКК. Среди факторов риска развития ПКК можно выделить курение, артериальную гипертензию, ожирение, наличие других почечных патологий, сахарный диабет, прием лекарственных препаратов и профессиональные факторы. В настоящее время курение сигарет является установленным фактором риска развития светлоклеточной карциномы почек. Метаанализ, включающий 26 эпидемиологических исследований, проводимых в течение 37 лет, показал, что риск возникновения скПКК среди курильщиков примерно на 40% выше по сравнению с людьми, которые никогда не курили (Eckel-Passow et al., 2014). Несмотря на то, что курение является установленным фактором риска для скПКК, остается неясным, какие специфические соматические молекулярные изменения лежат в основе этой хорошо известной ассоциации. Идентификация конкретных изменений на клеточном уровне, которые связывают курение с развитием скПКК, может еще больше укрепить причинно-следственную связь, способствовать пониманию этиологии этого заболевания. Кроме того, современные исследования показали, что курение оказывает влияние на развитие ПКК определенных морфологических типов. Эти результаты подчеркивают различия в канцерогенных механизмах, лежащих в основе различных подтипов карциномы почек (Patel et al., 2015). Исследование факторов риска развития ПКК в Великобритании показало, что 42% случаев обусловлены курением и избыточной массой тела (47% у мужчин и 34% у женщин)(Рвгкт, Boyd, Walker, 2011). Современные данные подтверждают гипотезу о том, что ожирение может увеличить риск развития рака почки, что указывает на важную роль ожирения в инициировании и прогрессировании этого новообразования. Однако патология, лежащая в основе ассоциации между ожирением и повышенным риском развития рака почки, остается неясной. В настоящее время предложено несколько механизмов, один из которых предполагает участие инсулина и

инсулиноподобного фактора роста-1 (ЮБ-1), который, как известно, обладает сильным опухоль-стимулирующим эффектом. Кроме того, в экспериментальных моделях было показано, что перекисное окисление липидов, которое повышено у людей с ожирением, вовлечено в развитие рака почек. Было продемонстрировано, что перекисное окисление липидов проксимальных почечных канальцев является необходимым механистическим путем в химически индуцированном канцерогенезе почек. Показано, что побочные продукты перекисного окисления липидов взаимодействуют с ДНК с образованием аддуктов, которые впоследствии могут вызвать ее повреждение. Это, в свою очередь, может приводить к мутациям в протоонкогенах и/или генах-супрессорах опухоли и приводить к превращению нормальной клетки в клетку со злокачественным фенотипом (Оо1аЬек е1 а1., 2015).

Наряду с избыточной массой тела, фактором риска развития рака почки является артериальная гипертензия. Причем ожирение и гипертония, в некоторой степени, могут представлять собой общий причинный механизм развития рака почек. Ожирение связано с увеличением скорости клубочковой фильтрации и повышенным потоком почечной плазмы, что может сделать почку более восприимчивой к повреждениям и канцерогенезу. Кроме того, у пациентов с гипертонией наблюдается хроническая почечная гипоксия, вызванная повышением уровня гипоксия-индуцируемых факторов, которые, в свою очередь, могут играть роль в онкогенезе. И ожирение, и гипертония также связаны с окислительным стрессом и перекисным окислением липидов, который, как предполагается, играет роль в этиологии рака почки (БапйНрро е1 а1., 2014).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Климентова Елизавета Алексеевна, 2019 год

- № 1.

96.Liu, W. MicroRNA-23b* targets proline oxidase, a mitochondrial tumor suppressor protein in renal cancer/ W. Liu, O. Zabirnyk, H. Wang, et al. // Oncogene. - 2010. - V. 29. - № 35. - P. 4914.

97.Loginov, V.I. Methylation of 10 miRNA genes in clear cell renal cell carcinoma and their diagnostic value/ V.I. Loginov, E. V. Beresneva, T.R. Kazubskaya, et al. // Cancer Urol. - 2017. - V. 13. - № 3. - P. 27-33.

98.Ma, F. Upregulated microRNA-301a in breast cancer promotes tumor metastasis by targeting PTEN and activating Wnt/p-catenin signaling/ F. Ma, J. Zhang, L. Zhong, et al. // Gene. - 2014. - V. 535. - № 2. - P. 191-197.

99.Ma, H. Genetic variations in key microRNA processing genes and risk of head and neck cancer: a case-control study in Chinese population./ H. Ma, H. Yuan, Z. Yuan, et al. // PLoS One. - 2012. - V. 7. - № 10. - P. e47544.

100. Mao, L. miR-30 Family: A Promising Regulator in Development and Disease/ L. Mao, S. Liu, L. Hu, et al. // Biomed Res. Int. - 2018. - V. 2018. - P. 1-8.

101. Mariusdottir, E. Occupation as a risk factor for renal cell cancer: a nationwide, prospective epidemiological study/ E. Mariusdottir, J.P. Ingimarsson, E. Jonsson, et al. // Scand. J. Urol. - 2016. - V. 50. - № 3. - P. 181-185.

102. Mathew, C.G.P. The Isolation of High Molecular Weight Eukaryotic DNA / C.G.P. Mathew. // Nucleic Acids. New Jersey: Humana Press, 1984. C. 31-34.

103. Mathew, L.K. Restricted expression of miR-30c-2-3p and miR-30a-3p in clear cell renal cell carcinomas enhances HIF2a activity./ L.K. Mathew, S.S. Lee, N. Skuli, et al. // Cancer Discov. - 2014. - V. 4. - № 1. - P. 53-60.

104. Melo, S.A. A Genetic Defect in Exportin-5 Traps Precursor MicroRNAs in the Nucleus of Cancer Cells/ S.A. Melo, C. Moutinho, S. Ropero, et al. // Cancer Cell. - 2010. - V. 18. - № 4. - P. 303-315.

105. Melo, S.A., Esteller, M. Dysregulation of microRNAs in cancer: Playing with fire/ S.A. Melo, M. Esteller. // FEBS Lett. - 2011. - V. 585. - № 13. - P. 2087-2099.

106. Memczak, S. Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency/ S. Memczak, M. Jens, A. Elefsinioti, et al. // Nature. - 2013. -V. 495. - № 7441. - P. 333-338.

107. Mlcochova, H. Urine microRNAs as potential noninvasive biomarkers in urologic cancers/ H. Mlcochova, R. Hezova, M. Stanik, et al. // Urol. Oncol. Semin. Orig. Investig. - 2014. - V. 32. - № 1. - P. 41.e1-41.e9.

108. Mohammadian, M. Incidence and mortality of kidney cancer and its relationship with HDI (Human Development Index) in the world in 2012./ M. Mohammadian, R. Pakzad, F. Towhidi, et al. // Clujul Med. - 2017. - V. 90. - № 3. - P. 286-293.

109. Mohr, A.M., Mott, J.L. Overview of microRNA biology./ A.M. Mohr, J.L. Mott. // Semin. Liver Dis. - 2015. - V. 35. - № 1. - P. 3-11.

110. Moore, L.E. Von Hippel-Lindau (VHL) inactivation in sporadic clear cell renal cancer: associations with germline VHL polymorphisms and etiologic risk factors./ L.E. Moore, M.L. Nickerson, P. Brennan, et al. // PLoS Genet. - 2011. -V. 7. - № 10. - P. e1002312.

111. Morris, M.R., Latif, F. The epigenetic landscape of renal cancer/ M.R. Morris, F. Latif. // Nat. Rev. Nephrol. - 2017. - V. 13. - № 1. - P. 47-60.

112. Mullany, L.E. Impact of polymorphisms in microRNA biogenesis genes on colon cancer risk and microRNA expression levels: a population-based, case-control study/ L.E. Mullany, J.S. Herrick, R.K. Wolff, et al. // BMC Med. Genomics. - 2016. - V. 9. - № 1. - P. 21.

113. Nakada, C. Genome-wide microRNA expression profiling in renal cell carcinoma: significant down-regulation of miR-141 and miR-200c/ C. Nakada, K. Matsuura, Y. Tsukamoto, et al. // J. Pathol. - 2008. - V. 216. - № 4. - P. 418-427.

114. Noonan, E.J. miR-449a targets HDAC-1 and induces growth arrest in prostate cancer/ E.J. Noonan, R.F. Place, D. Pookot, et al. // Oncogene. - 2009. -V. 28. - № 14. - P. 1714-1724.

115. Nordentoft, I. miRNAs associated with chemo-sensitivity in cell lines and in advanced bladder cancer./ I. Nordentoft, K. Birkenkamp-Demtroder, M. Agerb^k, et al. // BMC Med. Genomics. - 2012. - V. 5. - P. 40.

116. Osanto, S. Genome-wide microRNA expression analysis of clear cell renal cell carcinoma by next generation deep sequencing./ S. Osanto, Y. Qin, H.P. Buermans, et al. // PLoS One. - 2012. - V. 7. - № 6. - P. e38298.

117. Parkin, D.M. The fraction of cancer attributable to lifestyle and environmental factors in the UK in 2010./ D.M. Parkin, L. Boyd, L.C. Walker. // Br. J. Cancer. - 2011. - V. 105 Suppl. - № Suppl 2. - P. S77-81.

118. Patel, N.H. Comparative Analysis of Smoking as a Risk Factor among Renal Cell Carcinoma Histological Subtypes/ N.H. Patel, K.M. Attwood, M. Hanzly, et al. // J. Urol. - 2015. - V. 194. - № 3. - P. 640-646.

119. Phuah, N.H. Down-Regulation of MicroRNA-210 Confers Sensitivity towards 1'S-1'-Acetoxychavicol Acetate (ACA) in Cervical Cancer Cells by Targeting SMAD4./ N.H. Phuah, M.N. Azmi, K. Awang, et al. // Mol. Cells. -2017. - V. 40. - № 4. - P. 291-298.

120. Qian, P. Pivotal Role of Reduced let-7g Expression in Breast Cancer Invasion and Metastasis/ P. Qian, Z. Zuo, Z. Wu, et al. // Cancer Res. - 2011. - V. 71. - № 20. - P. 6463-6474.

121. Reinhart, B.J. The 21-nucleotide let-7 RNA regulates developmental timing in Caenorhabditis elegans/ B.J. Reinhart, F.J. Slack, M. Basson, et al. // Nature. -2000. - V. 403. - № 6772. - P. 901-906.

122. Ren, C.-X. MicroRNA-210 and its theranostic potential/ C.-X. Ren, R.-X. Leng, Y.-G. Fan, et al. // Expert Opin. Ther. Targets. - 2016. - V. 20. - № 11. - P. 1325-1338.

123. Rice, M.A. The microRNA-23b/-27b cluster suppresses prostate cancer metastasis via Huntingtin-interacting protein 1-related./ M.A. Rice, R.A. Ishteiwy, F. Magani, et al. // Oncogene. - 2016. - V. 35. - № 36. - P. 4752-61.

124. Rohrmann, S. Meat and fish consumption and the risk of renal cell carcinoma in the European prospective investigation into cancer and nutrition/ S. Rohrmann, J. Linseisen, K. Overvad, et al. // Int. J. Cancer. - 2015. - V. 136. - № 5. - P. E423-E431.

125. Ryan, B.M. Genetic variation in microRNA networks: the implications for cancer research./ B.M. Ryan, A.I. Robles, C.C. Harris. // Nat. Rev. Cancer. -2010. - V. 10. - № 6. - P. 389-402.

126. Sabry, D. Role of miRNA-210, miRNA-21 and miRNA-126 as diagnostic biomarkers in colorectal carcinoma: impact of HIF-1a-VEGF signaling pathway/ D. Sabry, S.E.M. El-Deek, M. Maher, et al. // Mol. Cell. Biochem. - 2019. - V. 454. - № 1-2. - P. 177-189.

127. Saito, Y. Specific activation of microRNA-127 with downregulation of the proto-oncogene BCL6 by chromatin-modifying drugs in human cancer cells/ Y. Saito, G. Liang, G. Egger, et al. // Cancer Cell. - 2006. - V. 9. - № 6. - P. 435443.

128. Saito, Y., Jones, P.M. Epigenetic Activation of Tumor Suppressor MicroRNAs in Human Cancer Cells/ Y. Saito, P.M. Jones. // Cell Cycle. - 2006. -V. 5. - № 19. - P. 2220-2222.

129. Sand, M. Expression Levels of the microRNA Processing Enzymes Drosha and Dicer in Epithelial Skin Cancer/ M. Sand, T. Gambichler, M. Skrygan, et al. // Cancer Invest. - 2010. - V. 28. - № 6. - P. 649-653.

130. Sanfilippo, K.M. Hypertension and obesity and the risk of kidney cancer in 2 large cohorts of US men and women./ K.M. Sanfilippo, K.M. McTigue, C.J. Fidler, et al. // Hypertens. (Dallas, Tex. 1979). - 2014. - V. 63. - № 5. - P. 934-41.

131. Shastry, B.S. SNPs: Impact on Gene Function and Phenotype / B.S. Shastry. . Humana Press, Totowa, NJ, 2009. C. 3-22.

132. Shi, S. Podocyte-selective deletion of dicer induces proteinuria and glomerulosclerosis./ S. Shi, L. Yu, C. Chiu, et al. // J. Am. Soc. Nephrol. - 2008. -V. 19. - № 11. - P. 2159-69.

133. Shi, Y. Increased expression of microRNA-301a in nonsmall-cell lung cancer and its clinical significance/ Y. Shi, Q. Zang, G. Li, et al. // J. Cancer Res. Ther. - 2016. - V. 12. - № 2. - P. 693.

134. Siegel, R.L. Cancer statistics, 2018/ R.L. Siegel, K.D. Miller, A. Jemal. // CA. Cancer J. Clin. - 2018. - V. 68. - № 1. - P. 7-30.

135. Smith, R.A. A genetic variant located in miR-423 is associated with reduced breast cancer risk./ R.A. Smith, D.J. Jedlinski, P.N. Gabrovska, et al. // Cancer Genomics Proteomics. - V. 9. - № 3. - P. 115-8.

136. Song, P. A miR-29c binding site genetic variant in the 3'-untranslated region of LAMTOR3 gene is associated with gastric cancer risk/ P. Song, W. Wang, G. Tao, et al. // Biomed. Pharmacother. - 2015. - V. 69. - P. 70-75.

137. Su, X. The polymorphism of rs6505162 in the MIR423 coding region and recurrent pregnancy loss/ X. Su, Y. Hu, Y. Li, et al. // REPRODUCTION. - 2015. - V. 150. - № 1. - P. 65-76.

138. Sumazin, P. An extensive microRNA-mediated network of RNA-RNA interactions regulates established oncogenic pathways in glioblastoma./ P. Sumazin, X. Yang, H.-S. Chiu, et al. // Cell. - 2011. - V. 147. - № 2. - P. 370-81.

139. Sun, G. SNPs in human miRNA genes affect biogenesis and function./ G. Sun, J. Yan, K. Noltner, et al. // RNA. - 2009. - V. 15. - № 9. - P. 1640-51.

140. Sung, H. Common genetic polymorphisms of microRNA biogenesis pathway genes and breast cancer survival./ H. Sung, S. Jeon, K.-M. Lee, et al. // BMC Cancer. - 2012. - V. 12. - P. 195.

141. Suzuki, H. Methylation-associated silencing of microRNA-34b/c in gastric cancer and its involvement in an epigenetic field defect/ H. Suzuki, E. Yamamoto, M. Nojima, et al. // Carcinogenesis. - 2010. - V. 31. - № 12. - P. 2066-2073.

142. Tay, Y. Coding-independent regulation of the tumor suppressor PTEN by competing endogenous mRNAs./ Y. Tay, L. Kats, L. Salmena, et al. // Cell. -2011. - V. 147. - № 2. - P. 344-57.

143. Thien, A. TSC1 Activates TGF-0-Smad2/3 Signaling in Growth Arrest and Epithelial-to-Mesenchymal Transition/ A. Thien, M.T. Prentzell, B. Holzwarth, et al. // Dev. Cell. - 2015. - V. 32. - № 5. - P. 617-630.

144. Uesugi, A. The Tumor Suppressive MicroRNA miR-218 Targets the mTOR Component Rictor and Inhibits AKT Phosphorylation in Oral Cancer/ A. Uesugi, K. -i. Kozaki, T. Tsuruta, et al. // Cancer Res. - 2011. - V. 71. - № 17. -P. 5765-5778.

145. Valera, V.A. Regulatory Effects of microRNA-92 (miR-92) on VHL Gene Expression and the Hypoxic Activation of miR-210 in Clear Cell Renal Cell Carcinoma/ V.A. Valera, B.A. Walter, W.M. Linehan, et al. // J. Cancer. - 2011. -V. 2. - P. 515.

146. Vanharanta, S. Epigenetic expansion of VHL-HIF signal output drives multiorgan metastasis in renal cancer./ S. Vanharanta, W. Shu, F. Brenet, et al. // Nat. Med. - 2013. - V. 19. - № 1. - P. 50-6.

147. Verbiest, A. Polymorphisms in the Von Hippel-Lindau Gene Are Associated With Overall Survival in Metastatic Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma Patients Treated With VEGFR Tyrosine Kinase Inhibitors/ A. Verbiest, D. Lambrechts, T. Van Brussel, et al. // Clin. Genitourin. Cancer. - 2018. - V. 16. -№ 4. - P. 266-273.

148. Volinia, S. A microRNA expression signature of human solid tumors defines cancer gene targets./ S. Volinia, G.A. Calin, C.-G. Liu, et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2006. - V. 103. - № 7. - P. 2257-61.

149. Wang, J., Li, L.-C. Small RNA and its application in andrology and urology./ J. Wang, L.-C. Li. // Transl. Androl. Urol. - 2012. - V. 1. - № 1. - P. 3343.

150. Wang, L. Gene networks and microRNAs implicated in aggressive prostate cancer./ L. Wang, H. Tang, V. Thayanithy, et al. // Cancer Res. - 2009. - V. 69. -№ 24. - P. 9490-7.

151. Wang, W.-C. Two single nucleotide polymorphisms in the von Hippel-Lindau tumor suppressor gene in Taiwanese with renal cell carcinoma/ W.-C. Wang, M.-H. Tsou, H.-J. Chen, et al. // BMC Res. Notes. - 2014. - V. 7. - № 1. -P. 638.

152. Wang, X. microRNA-200c modulates the epithelial-to-mesenchymal transition in human renal cell carcinoma metastasis/ X. Wang, X. Chen, R. Wang, et al. // Oncol. Rep. - 2013. - V. 30. - № 2. - P. 643-650.

153. Wang, Z. Genetic variant in DICER gene is associated with prognosis of hepatocellular carcinoma in a Chinese cohort/ Z. Wang, J. Wang, Q. Wang, et al. // Hepatol. Res. - 2017. - V. 47. - № 9. - P. 845-853.

154. Weber, J.A. The microRNA spectrum in 12 body fluids./ J.A. Weber, D.H. Baxter, S. Zhang, et al. // Clin. Chem. - 2010. - V. 56. - № 11. - P. 1733-41.

155. Wei, H. MicroRNA target site polymorphisms in the VHL-HIF1a pathway predict renal cell carcinoma risk./ H. Wei, H.-L. Ke, J. Lin, et al. // Mol. Carcinog. - 2014. - V. 53. - № 1. - P. 1-7.

156. Wen, J. Association of miRNA biosynthesis genes DROSHA and DGCR8 polymorphisms with cancer susceptibility: a systematic review and meta-analysis/ J. Wen, Z. Lv, H. Ding // Biosci. Rep. - 2018. - V. 38. - № 3. - P. BSR20180072.

157. Wightman, B. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans/ B. Wightman, I. Ha, G. Ruvkun. // Cell. - 1993. - V. 75. - № 5. - P. 855-862.

158. Wong, M.C.S. Incidence and mortality of kidney cancer: temporal patterns and global trends in 39 countries/ M.C.S. Wong, W.B. Goggins, B.H.K. Yip, et al. // Sci. Rep. - 2017. - V. 7. - № 1. - P. 15698.

159. Wozniak, M.B. Alcohol consumption and the risk of renal cancers in the European prospective investigation into cancer and nutrition (EPIC)/ M.B. Wozniak, P. Brennan, D.R. Brenner, et al. // Int. J. Cancer. - 2015. - V. 137. - № 8. - P. 1953-1966.

160. Wulfken, L.M. MicroRNAs in Renal Cell Carcinoma: Diagnostic Implications of Serum miR-1233 Levels/ L.M. Wulfken, R. Moritz, C. Ohlmann, et al. // PLoS One. - 2011. - V. 6. - № 9. - P. e25787.

161. Xu, X.-D. Abnormal expression of miR-301a in gastric cancer associated with progression and poor prognosis/ X.-D. Xu, X.-J. He, H.-Q. Tao, et al. // J. Surg. Oncol. - 2013. - V. 108. - № 3. - P. 197-202.

162. Yang, H. et al. Evaluation of Genetic Variants in MicroRNA-Related Genes and Risk of Bladder Cancer/ H. Yang, C.P. Dinney, Y. Ye, et al. // Cancer Res. - 2008. - V. 68. - № 7. - P. 2530-2537.

163. Yin, J. Hsa-miR-34b/c rs4938723 T>C and hsa-miR-423 rs6505162 C>A Polymorphisms Are Associated with the Risk of Esophageal Cancer in a Chinese Population/ J. Yin, X. Wang, L. Zheng, et al. // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 11. - P. e80570.

164. Yin, Y. Expressions of 6 microRNAs in prostate cancer / Y. Yin, M. Li, H. Li, et al. // Zhonghua Nan Ke Xue. - 2010. - V. 16. - № 7. - P. 599-605.

165. Yoshino, H. microRNA-210-3p depletion by CRISPR/Cas9 promoted tumorigenesis through revival of TWIST1 in renal cell carcinoma./ H. Yoshino,

M. Yonemori, K. Miyamoto, et al. // Oncotarget. - 2017. - V. 8. - № 13. - P. 20881-20894.

166. Yun, S.J. Cell-free microRNAs in urine as diagnostic and prognostic biomarkers of bladder cancer/ S.J. Yun, P. Jeong, W.-T. Kim, et al. // Int. J. Oncol. - 2012. - V. 41. - № 5. - P. 1871-1878.

167. Zaman, M.S. Inhibition of PTEN gene expression by oncogenic miR-23b-3p in renal cancer./ M.S. Zaman, S. Thamminana, V. Shahryari, et al. // PLoS One. - 2012. - V. 7. - № 11. - P. e50203.

168. Zhang, C. High level of miR-221/222 confers increased cell invasion and poor prognosis in glioma./ C. Zhang, J. Zhang, J. Hao, et al. // J. Transl. Med. -2012a. - V. 10. - P. 119.

169. Zhang, J. Secretory miRNAs as novel cancer biomarkers/ J. Zhang, H. Zhao, Y. Gao, et al. // Biochim. Biophys. Acta - Rev. Cancer. - 2012. - V. 1826. -№ 1. - P. 32-43.

170. Zhang, X. MicroRNA-23b Inhibits the Proliferation and Migration of Heat-Denatured Fibroblasts by Targeting Smad3./ X. Zhang, J. Yang, J. Zhao, et al. // PLoS One. - 2015. - V. 10. - № 7. - P. e0131867.

171. Zhang, W. MicroRNA-301a promotes migration and invasion by targeting TGFBR2 in human colorectal cancer/ W. Zhang, T. Zhang, R. Jin, et al. // J. Exp. Clin. Cancer Res. - 2014. - V. 33. - № 1. - P. 113.

172. Zhang, Z. MicroRNA miR-210 modulates cellular response to hypoxia through the MYC antagonist MNT/ Z. Zhang, H. Sun, H. Dai, et al. // Cell Cycle. - 2009. - V. 8. - № 17. - P. 2756-2768.

173. Zhao, A. Serum miR-210 as a novel biomarker for molecular diagnosis of clear cell renal cell carcinoma/ A. Zhao, G. Li, M. Peoc'h, et al. // Exp. Mol. Pathol. - 2013. - V. 94. - № 1. - P. 115-120.

174. Zhu, W. Genetic variants in the MicroRNA biosynthetic pathway Gemin3 and Gemin4 are associated with a risk of cancer: a meta-analysis/ W. Zhu, J. Zhao, J. He, et al. // PeerJ. - 2016. - V. 4. - P. e1724.

175. Ziebarth, J.D. Integrative analysis of somatic mutations altering microRNA targeting in cancer genomes./ J.D. Ziebarth, A. Bhattacharya, Y. Cui. // PLoS One. - 2012. - V. 7. - № 10. - P. e47137.

176. Znaor, A. International Variations and Trends in Renal Cell Carcinoma Incidence and Mortality/ A. Znaor, J. Lortet-Tieulent, M. Laversanne, et al. // Eur. Urol. - 2015. - V. 67. - № 3. - P. 519-530.

177. Kidney cancer statistics | Cancer Research UK [Электронный ресурс]. URL: https://www. cancerresearchuk. org/health-professional/cancer-statistics/statistics-by-cancer-type/kidney-cancer#heading-Zero (дата обращения: 02.06.2019).

Приложение А

Характеристика пациентов и индивидов из контрольной группы, включенных в

исследование

Таблица А1 - Клинические характеристики пациентов с скПКК, включенных в

исследование экспрессии 758 микроРНК

Возраст (годы)

Диапазон; среднее 29-77; 57

Пол, п (%)

Мужчины 7 (38.9)

Женщины 11 (61.1)

Размер опухоли, ст 2.9-15.2

Отдаленные метастазы, п (%)

МО 18 (100.0)

М1 0 (0.00)

Статус метастатического поражения лимфатических узлов, п (%)

N0 17 (94.4)

N1 1 (5.6)

Возраст (годы)

Диапазон; среднее 30-81; 59,2

Пол, п (%)

Мужчины 11 (36.7)

Женщины 19 (63,3)

Размер опухоли, ст 2.8-10.6

Градация по Фурману, п (%)

1-2 17 (56.7)

3-4 13 (43.3)

Отдаленные метастазы, п (%)

МО 30 (100.0)

М1 0 (0.00)

Статус метастатического поражения

лимфатических узлов, п (%)

N0 29 (96.7)

N1 1 (3.3)

Возраст (годы)

Диапазон; среднее 37-79; 58

Пол, п (%)

Мужчины 17 (47.2)

Женщины 19 (52.8)

Размер опухоли, ст 2,4-6,5

Отдаленные метастазы, п (%)

М0 36 (100.0)

М1 0 (0.00)

Статус метастатического поражения лимфатических узлов, п (%)

N0 35 (97.2)

N1 1 (2.8)

предшественников микроРНК

Больные (п=233) Контроль (п=347) р-уа1ие Х2

Возраст (mean±SD), годы 56,01±0,71 53,6±0,66 0,0152 1,278

Пол, п (%)

Мужчины 140 (60,1) 265 (76,4) 0,0006 16,77

Женщины 93 (39,9) 82 (23,6)

Стадия по TNM, п (%)

1-11 131 (56,2) - - -

Ш-1У 102 (43,8) - - -

Этническая принадлежность, п (%)

Башкиры 39 (16,7) 82 (23,6) 0,404 0,71

Татары 87 (37,3) 161 (46,4) 0,143 4,03

Русские 107 (46,0) 104 (30,0) 0,446 0,58

Больные (п=450) Контроль (п=490) р-уа1ие Х2

Возраст (mean±SD), годы 56,74±0,61 56,46±0,45 0,736 0,935

Пол, п (%)

Мужчины 250 (55,6) 275 (56,1) 0,914 0,0124

Женщины 200 (44,6) 215 (43,9)

Стадия по ТОМ, п (%)

1-11 243 (54,0)

Ш-1У 207 (46,0)

Этническая принадлежность, п (%)

Башкиры 111 (24,7) 119 (24,3) 0,9532 0,004

Татары 159 (35,3) 221 (45,1) 0,0038 8,894

Русские 180 (40,0) 150 (30,6) 0,0042 8,6674

Таблица Б1 - Результаты анализа экспрессии генов микроРНК, полученные в ходе

валидации данных ОрепАггау

МикроРНК Опухоль (M±SEM) Нормальная ткань (M±SEM) р-уа1ие

210 3,48±0,159 2,6±0,253 0,0134

642 0,86 ± 0,416 1,24±0,447 0,5344

Таблица Б2 - Результаты анализа экспрессии генов микроРНК, продемонстрировавших дифференциальные уровни метилирования в образцах

ткани почки пациентов с скПКК

МикроРНК Опухоль (M±SE) Нормальная ткань (M±SE) р-уа1ие

27Ь 0,3906±0,01653 0,3937±0,08626 0,4222

23Ь 2,015±0,1246 0,5146±0,09712 < 0,0001

24-1 0,5901±0,03421 0,5738±0,1366 0,2655

30е 0,8288±0,1881 0,8829±0,09255 0,2592

30с 0,9518±0,1352 0,7568±0,1319 0,5267

1е1-7д 0,3318±0,05612 0,8507±0,1481 0,0178

301а 2,009±0,1702 0,8589±0,2456 0,001

и предшественников микроРНК

Таблица В1 - Распределение частот генотипов и аллелей полиморфных локусов генов биогенеза и предшественников микроРНК в общей группе пациентов

скПКК и контроле

Генотипы и аллели Больные Контроль Х2 ОЯ (95%С1) Р-уа1ие

п % п %

ге11614913

СС 92 40,71 127 37,13 0,59 1,16 (0,81-1,66) 0,441

СТ 95 42,04 161 47,08 1,2 0,81(0,57-1,16) 0,273

ТТ 39 17,26 54 15,79 0,12 1,11 (0,69-1,78) 0,721

С 279 61,73 415 60,67 0,08 1,04 (0,81-1,34) 0,762

Т 173 38,27 269 39,33 0,08 0,95 (0,74-1,23) 0,762

^11060845

оо 196 86,73 277 81,23 1,85 1,41 (0,87-2,3) 0,173

ОТ 28 12,39 63 18,48 3,29 0,62 (0,37-1,03) 0,069

ТТ 2 0,88 1 0,29 0,12 3,03 (0,21-83,84) 0,719

о 420 92,92 617 90,47 1,78 1,38 (0,87-2,20) 0,182

Т 32 7,08 65 9,53 1,78 0,72 (0,45-1,14) 0,182

ге6505162

АА 60 26,55 74 21,70 1,51 1,30 (0,86-1,96) 0,219

АС 107 47,35 155 45,45 0,12 1,07 (0,75-1,53) 0,721

СС 59 26,11 112 32,84 2,61 0,72 (0,48-1,06) 0,105

А 227 50,22 303 44,43 3,43 1,26 (0,98-1,61) 0,063

С 225 49,78 379 55,57 3,43 0,79 (0,62-1,01) 0,063

гб895819

СС 29 12,72 52 15,16 0,48 0,81 (0,48-1,36) 0,486

СТ 97 42,54 143 41,69 11,86 0,51 (0,35-0,75) 0,058

ТТ 102 44,74 148 43,15 11,7 0,52 (0,35-0,76) 0,061

С 155 33,99 247 36,01 0,40 0,91 (0,70-1,18) 0,525

Т 301 66,01 439 63,99 0,40 1,09 (0,84-1,41) 0,525

ге2257082

АА 21 9,29 39 11,30 0,39 0,80 (0,44-1,45) 0,53

АО 108 47,79 159 46,09 0,09 1,07 (0,75-1,52) 0,75

ОО 97 42,92 147 42,61 0,0005 1,01 (0,71-1,44) 1,0005

А 150 33,19 237 34,35 0,11 0,94 (0,73-1,23) 0,732

G 302 66,81 453 65,65 0,11 1,05 (0,81-1,36) 0,732

rs11584657

CC 145 64,44 218 63,37 0,02 1,04 (0,72-1,51) 0,865

CT 71 31,56 120 34,88 0,53 0,86 (0,59-1,25) 0,465

TT 9 4,00 6 1,74 1,89 2,34 (0,75-7,53) 0,169

C 361 80,22 556 80,81 0,02 0,96 (0,70-1,31) 0,865

T 89 19,78 132 19,19 0,02 1,03 (0,76-1,41) 0,865

rs197412

CC 46 20,09 81 23,55 0,76 0,81 (0,53-1,25) 0,382

CT 122 53,28 174 50,58 0,29 1,11 (0,78-1,57) 0,584

TT 61 26,64 89 25,87 0,01 1,04 (0,69-1,54) 0,915

C 214 46,72 336 48,84 0,41 0,91 (0,72-1,17) 0,521

T 244 53,28 352 51,16 0,41 1,08 (0,85-1,38) 0,521

rs2740351

AA 83 36,40 145 42,27 1,73 0,78 (0,54-1,11) 0,189

AG 103 45,18 144 41,98 0,44 1,13 (0,80-1,61) 0,504

GG 42 18,42 54 15,74 0,52 1,20 (0,75-1,92) 0,469

A 269 58,99 434 63,27 1,93 0,83 (0,65-1,07) 0,164

G 187 41,01 252 36,73 1,93 1,19 (0,93-1,53) 0,164

rs642321

CC 129 56,58 184 53,96 0,28 1,11 (0,78-1,58) 0,596

CT 81 35,53 125 36,66 0,03 0,95 (0,66-1,37) 0,853

TT 18 7,89 32 9,38 0,21 0,82 (0,43-1,57) 0,642

C 339 74,34 493 72,29 0,48 1,11 (0,84-1,46) 0,485

T 117 25,66 189 27,71 0,48 0,90 (0,68-1,18) 0,485

rs10719

AA 22 9,87 43 12,61 0,74 0,75 (0,42-1,34) 0,388

AG 94 42,15 137 40,18 0,14 1,08 (0,75-1,55) 0,704

GG 107 47,98 161 47,21 0,009 1,03 (0,72-1,46) 0,927

A 138 30,94 223 32,70 0,30 0,92 (0,70-1,20) 0,580

G 308 69,06 459 67,30 0,30 1,08 (0,83-1,41) 0,580

rs17409893

AA 105 47,73 165 48,39 0,0048 0,97 (068-1,38) 0,948

AG 95 43,18 147 43,11 0,0005 1,00 (0,70-1,43) 1,0005

GG 20 9,09 29 8,50 0,008 1,07 (0,56-2,02) 0,931

A 305 69,32 477 69,94 0,02 0,97 (0,74-1,27) 0,877

G 135 30,68 205 30,06 0,02 1,03 (0,78-1,34) 0,877

rs3864659

AA 175 77,09 257 74,71 0,30 1,13 (0,75-1,72) 0,582

AC 48 21,15 81 23,55 0,32 0,87 (0,56-1,33) 0,569

CC 4 1,76 6 1,74 0,0005 1,01 (0,23-4,08) 1,0005

A 398 87,67 595 86,48 0,24 1,11 (0,76-1,60) 0,623

C 56 12,33 93 13,52 0,24 0,90 (0,62-1,30) 0,623

rs4867329

AA 67 29,26 97 28,53 0,009 1,03 (0,70-1,52) 0,926

AC 112 48,91 162 47,65 0,04 1,05 (0,74-1,49) 0,834

CC 50 21,83 81 23,82 0,20 0,89 (0,58-1,35) 0,651

A 246 53,71 356 52,35 0,15 1,05 (0,82-1,34) 0,696

C 212 46,29 324 47,65 0,15 0,94 (0,74-1,20) 0,696

rs3809142

CC 179 78,85 268 78,59 0,0005 1,01 (0,66-1,56) 1,0005

CT 47 20,70 72 21,11 0,0006 0,97 (0,63-1,50) 0,991

TT 1 0,44 1 0,29 0,0005 1,50 (0,04-54,89) 1,0005

C 405 608 89,15 0,0005 1,00 (0,67-1,50) 1,0005

T 49 74 10,85 0,0005 0,99 (0,66-1,48) 1,0005

rs10773771

CC 37 17,29 67 19,82 0,39 0,84 (0,52-1,34) 0,529

CT 97 45,33 174 51,48 1,74 0,78 (0,54-1,11) 0,187

TT 80 37,38 97 28,70 4,14 1,48 (1,01-2,16) 0,061

C 171 39,95 308 45,56 3,13 0,79 (0,61-1,02) 0,076

T 257 60,05 368 54,44 3,13 1,25 (0,97-1,62) 0,076

rs13078

AA 2 0,87 11 3,21 2,39 0,26 (0,04-1,28) 0,121

AT 58 25,33 91 26,53 0,05 0,93 (0,62-1,40) 0,823

TT 169 73,80 241 70,26 0,68 1,19 (0,80-1,76) 0,409

A 62 13,54 113 16,47 1,60 0,79 (0,56-1,12) 0,205

T 396 86,46 573 83,53 1,60 1,26 (0,88-1,78) 0,205

rs7813

AA 82 36,12 142 42,01 1,72 0,78 (0,54-1,12) 0,189

AG 106 46,70 147 43,49 0,44 1,13 (0,80-1,61) 0,506

GG 39 17,18 49 14,50 0,55 1,22 (0,75-1,98) 0,457

A 270 59,47 431 63,76 1,94 0,83 (0,64-1,07) 0,164

G 184 40,53 245 36,24 1,94 1,19 (0,93-1,54) 0,164

rs3744741

CC 161 72,20 228 66,47 1,80 1,31 (0,89-1,92) 0,179

CT 56 25,11 105 30,61 1,74 0,76 (0,51-1,13) 0,186

TT 6 2,69 10 2,92 0,0005 0,92 (0,29-2,79) 1,0005

C 378 84,75 561 81,78 1,48 1,23 (0,88-1,73) 0,223

T 68 15,25 125 18,22 1,48 0,80 (0,57-1,12) 0,223

rs4968104

AA 10 4,37 15 4,40 0,0005 0,99 (0,40-2,39) 1,0005

AT 74 32,31 106 31,09 0,04 1,05 (0,72-1,54) 0,828

TT 145 63,32 220 64,52 0,04 0,94 (0,66-1,36) 0,839

A 94 20,52 136 19,94 0,02 1,03 (0,76-1,40) 0,869

T 364 79,48 546 80,06 0,02 0,96 (0,71-1,30) 0,869

rs2740348

CC 145 64,44 250 72,67 3,96 0,68 (0,46-0,99) 0,086

CG 72 32,00 79 22,97 5,24 1,57 (1,06-2,34) 0,072

GG 8 3,56 15 4,36 0,06 0,80 (0,30-2,07) 0,796

C 364 80,53 579 84,16 2,26 0,77 (0,56-1,07) 0,132

G 88 19,47 109 15,84 2,26 1,28 (0,93-1,77) 0,132

rs7005286

CC 140 61,14 207 60,53 0,0039 1,02 (0,71-1,46) 0,954

CT 73 31,88 118 34,50 0,31 0,88 (0,61-1,28) 0,574

TT 16 6,99 17 4,97 0,68 1,43 (0,67-3,06) 0,407

C 353 77,07 532 77,78 0,04 0,96 (0,71-1,28) 0,836

T 105 22,93 152 22,22 0,04 1,04 (0,77-1,39) 0,836

rs1640299

GG 33 14,54 49 14,29 0,0005 1,02 (0,61-1,68) 1,0005

GT 111 48,90 168 48,98 0,0005 0,99 (0,70-1,41) 1,0005

тт 83 36,56 126 36,73 0,0005 0,99 (0,69-1,42) 1,0005

о 177 38,99 266 38,78 0,0005 1,00 (0,78-1,29) 0,992

т 277 61,01 420 61,22 0,0005 0,99 (0,77-1,27) 0,992

г&417309

АА 4 1,77 1 0,29 1,92 6,14 (0,64-147,8) 0,166

АО 30 13,27 60 17,54 1,55 0,71 (0,43-1,18) 0,213

ОО 192 84,96 281 82,16 0,57 1,22 (0,75-1,98) 0,449

А 38 8,41 62 9,06 0,07 0,92 (0,59-1,43) 0,783

О 414 91,59 622 90,94 0,07 1,08 (0,69-1,69) 0,783

ге720012

АА 17 7,49 13 3,83 2,92 2,03 (0,91-4,53) 0,087

АО 76 33,48 110 32,45 0,02 1,04 (0,72-1,52) 0,869

ОО 134 59,03 216 63,72 1,07 0,82 (0,57-1,17) 0,301

А 110 24,23 136 20,06 2,54 1,27 (0,94-1,71) 0,111

О 344 75,77 542 79,94 2,54 0,78 (0,58-1,05) 0,111

ге720014

сс 12 5,31 11 3,23 1,02 1,68 (0,68-4,17) 0,311

ст 82 36,28 121 35,48 0,01 1,03 (0,71-1,49) 0,917

тт 132 58,41 209 61,29 0,35 0,88 (0,62-1,26) 0,549

с 106 23,45 143 20,97 0,83 1,15 (0,85-1,55) 0,360

т 346 76,55 539 79,03 0,83 0,86 (0,64-1,16) 0,360

Таблица В2 - Распределение частот генотипов и аллелей полиморфных локусов генов биогенеза и предшественников микроРНК в группе пациентов и контроле

башкирской этнической принадлежности

Генотипы и аллели Больные Контроль Х2 ОЯ (95%с1) Р-уа1ие

п % п %

ге11614913

сс 19 50,00 25 30,86 3,28 2,24 (0,94-5,34) 0,069

ст 15 39,47 42 51,85 1,13 0,60 (0,25-1,42) 0,288

тт 4 10,53 14 17,28 0,46 0,56 (0,14-2,03) 0,493

с 53 69,74 92 56,79 3,11 1,75 (0,94-3,26) 0,077

т 23 30,26 70 43,21 3,11 0,57 (0,30-1,05) 0,077

ге11060845

ОО 30 83,33 59 72,84 0,98 1,86 (0,62-5,77) 0,321

От 6 16,67 21 25,93 0,73 0,57 (0,18-1,70) 0,391

тт 0 0,00 1 1,23 0,0005 0,0005 (0,99-39,17) 1,0005

О 66 91,67 139 85,80 1,08 1,82 (0,66-5,26) 0,298

т 6 8,33 23 14,20 1,08 0,54 (0,19-1,51) 0,298

ге6505162

АА 8 21,62 16 19,51 0,0008 1,13 (0,39-3,23) 0,985

Ас 15 40,54 31 37,80 0,0069 1,12 (0,47-2,66) 0,936

сс 14 37,84 35 42,68 0,08 0,81 (0,34-1,94) 0,767

А 31 41,89 63 38,41 0,13 1,15 (0,63-2,09) 0,715

C 43 58,11 101 61,59 0,13 0,86 (0,47-1,57) 0,715

rs8958 19

CC 5 12,82 17 20,73 0,64 0,56 (0,16-1,81) 0,422

CT 21 53,85 27 32,93 3,99 2,37 (1,01-5,59) 0,045

TT 13 33,33 38 46,34 1,33 0,57 (0,24-1,37) 0,248

C 31 28,70 61 37,20 1,73 0,68 (0,38-1,18) 0,188

T 77 71,30 103 62,80 1,73 1,47 (0,84-2,57) 0,188

rs19914 01

AA 14 36,84 38 46,34 0,61 0,67 (0,28-1,59) 0,436

AG 20 52,63 30 36,59 2,13 1,92 (0,82-4,52) 0,144

GG 4 10,53 14 17,07 0,43 0,57 (0,14-2,06) 0,509

A 48 63,16 106 64,63 0,006 0,93 (0,51-1,71) 0,939

G 28 36,84 58 35,37 0,006 1,06 (0,58-1,94) 0,939

rs2257082

AA 2 5,26 11 13,41 1,04 0,35 (0,05-1,86) 0,308

AG 17 44,74 45 54,88 0,70 0,66 (0,28-1,54) 0,402

GG 19 50,00 26 31,71 2,96 2,15 (0,91-5,11) 0,085

A 21 27,63 67 40,85 3,36 0,55 (0,29-1,03) 0,066

G 55 72,37 97 59,15 3,36 1,81 (0,96-3,41) 0,066

rs11584657

CC 22 57,89 48 58,54 0,0005 0,97 (0,41-2,28) 1,0005

CT 15 39,47 33 40,24 0,0005 0,96 (0,41-2,28) 1,0005

TT 1 2,63 1 1,22 0,0005 2,18 (0,058-82,36) 1,0005

C 59 77,63 129 78,66 0,0006 0,94 (0,46-1,91) 0,991

T 17 22,37 35 21,34 0,0006 1,06 (0,52-2,14) 0,991

rs1974 12

CC 9 23,68 29 35,37 1,14 0,56 (0,21-1,46) 0,286

CT 19 50,00 33 40,24 0,64 1,48 (0,63-3,46) 0,421

TT 10 26,32 20 24,39 0,0005 1,11 (0,41-2,90) 1,0005

C 37 48,68 91 55,49 0,71 0,76 (0,42-1,36) 0,399

T 39 51,32 73 44,51 0,71 1,31 (0,73-2,35) 0,399

rs2740351

AA 17 43,59 42 51,22 0,34 0,73 (0,31-1,69) 0,555

AG 17 43,59 24 29,27 1,82 1,86 (0,78-4,44) 0,177

GG 5 12,82 16 19,51 0,42 0,60 (0,17-1,97) 0,514

A 51 65,38 108 65,85 0,0005 0,97 (0,53-1,79) 1,0005

G 27 34,62 56 34,15 0,005 1,02 (0,55-1,87) 1,0005

rs642321

CC 19 51,35 35 43,21 0,39 1,38 (0,59-3,25) 0,532

CT 14 37,84 37 45,68 0,35 0,72 (0,30-1,72) 0,550

TT 4 10,81 9 11,11 0,0005 0,97 (0,23-3,80) 1,0005

C 52 70,27 107 66,05 0,24 1,21 (0,64-2,30) 0,622

T 22 29,73 55 33,95 0,24 0,82 (0,43-1,55) 0,622

rs10719

AA 5 13,51 11 13,41 0,0005 1,01 (0,27-3,50) 1,0005

AG 18 48,65 41 50,00 0,0005 0,94 (0,40-2,21) 1,0005

GG 14 37,84 30 36,59 0,0005 1,05 (0,43-2,53) 1,0005

A 28 37,84 63 38,41 0,0005 0,97 (0,53-1,78) 1,0005

G 46 62,16 101 61,59 0,0005 1,02 (0,56-1,87) 1,0005

rs17409893

AA 15 40,54 40 48,78 0,40 0,71 (0,30-1,68) 0,525

AG 16 43,24 33 40,24 0,01 1,13 (0,47-2,66) 0,916

GG 6 16,22 9 10,98 0,24 1,57 (0,44-5,38) 0,617

A 46 62,16 113 68,90 0,76 0,74 (0,40-1,37) 0,383

G 28 37,84 51 31,10 0,76 1,34 (0,72-2,49) 0,383