Роль межхромосомных контактов ядрышек в эпигенетической регуляции экспрессии генов человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Клушевская Елена

• Клушевская Елена
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Клушевская Елена

ОГЛАВЛЕНИЕ

Введение

1. Обзор литературы

1.1. Структура хроматина

1.1.1 Первичная структура хроматина

1.1.2 Вторичная структура хроматина

1.1.3 Третичная структура хроматина 16 1.1.4. Роль нуклеосом в образовании структуры хроматинового волокна

1.2. Функциональная активность хроматина

1.2.1. Гетерохроматин

1.2.2. Эухроматин

1.2.3. Внутриядерная локализация доменов хроматина

1.3. Методы исследования структуры хроматина

1.4. Современные представления о структуре хроматина

1.4.1. Нуклеосомные сцепления

1.4.2. Хроматиновые петли

1.4.3. Топологически ассоциированные домены

1.4.4. Хроматиновые компартменты

1.4.5. Хромосомные территории

1.5. Структурно-функциональная организация хроматина

1.6. Ядрышко

1.6.1. Структура ядрышка

1.6.2. Эпигенетическая регуляция активности генов рРНК

1.6.3. Функциональная активность ядрышка

1.6.4. Роль ядрышка в формировании микроконденсатов

1.7. Гены БиХ4 человека

2. Материалы и методы исследования 51 2.1. Объекты исследования

2.2. Методы исследования

2.2.1 Метод 4С

2.2.2. Метод RNA-Seq

2.2.3. Тепловой шок

2.2.4. Флуоресцентная in situ гибридизация FISH

2.2.5. Приготовление зонда

2.2.6. Конфокальная микроскопия

2.2.7. Анализ изображений

2.2.8. Статистическая обработка данных 60 3. Результаты и обсуждение

3.1. Кластеры генов рРНК в клетках человека НЕК293Т образуют 61 многочисленные контакты с генами, участвующими в регуляции экспрессии генов

3.2. Ядрышки образуют контакты с генами, вовлеченными в 66 дифференцировку нейронов в клетках человека НЕК293Т

3.3. Области хромосом, контактирующие с генами рРНК, обогащены 69 эпигенетическими метками

3.4. Тепловой шок влияет на архитектуру контактов кластеров генов 71 рРНК

3.5. Тепловой шок влияет на активность специфических 75 транскрипционных факторов, контактирующих с генами рРНК в клетках НЕК293Т

3.6. Область контактов ядрышек с геном ЕЛЫК1 соответствует 80 неактивному хроматину

3.7. Межхромосомные контакты ядрышек с генами ОЦХ4 человека 83 чувствительны к тепловому шоку

3.8. Гены, контактирующие с генами рРНК, часто включают 85 двухцепочечные разрывы

3.9. Гены, контактирующие с ядрышком, связаны с канцерогенезом

3.10. Почти половина генов, контактирующих с ядрышком, совпадает в 91 клетках человека НЕК293Т и К562

3.11. Исследование межхромосомных контактов кластеров генов рРНК и 93 DUX4 методом флуоресцентной in situ гибридизации (FISH)

Заключение

Список сокращений

Список литературы

Приложения

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль межхромосомных контактов ядрышек в эпигенетической регуляции экспрессии генов человека»

Введение

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Исследования последних лет свидетельствуют о том, что изменения транскрипции могут являться следствием изменения архитектуры хроматина (Bonev and Cavalli, 2016; López-Jiménez and González-Aguilera, 2022). Обнаружена прямая связь между изменениями морфологии ядра и определенными болезнями - раком, нейродегенеративными заболеваниями (Sehgal and Chaturvedi, 2023; Wang et al., 2022; van Zundert and Montecino, 2022) и другими. Понимание основных принципов организации хроматина, особенностей его архитектуры и участия в регуляции нормальной жизнедеятельности клетки (дифференцировке, развитии, гибели и др.), а также и при патологических изменениях - один из основополагающих вопросов современной биологии. Изучение структурных закономерностей генома дает нам ключ к пониманию его функциональной организации (Han et al., 2018; Lieberman-Aiden et al., 2009).

К настоящему времени повышается актуальность изучения пространственной организации и влияния на архитектуру хромосом одной из самых больших ядерных органелл - ядрышка. Значимость ядрышка и его участие в активности клетки до недавнего времени были не до конца понятны и, как следствие, недооценены. Одной из возможных причин этого, вероятно, являлась недостаточность методологического и приборного арсенала. С развитием новых, более технологичных методов исследования, функциональная значимость ядрышка и его влияние на стабильность клеточных процессов приобретает все большее подтверждение (Bersaglieri and Santoro, 2019; Cerqueira and Lemos, 2019; Tartakoff et al., 2022).

В последние годы пристальное внимание приковано к изучению эпигенетических методов регуляции экспрессии генов, таких, как например, метилирование ДНК, модификации гистонов и др. Эпигенетическая регуляция экспрессии генов является одним из ключевых механизмов, определяющим

судьбу клеток и их идентичность в процессе развития (El-Osta and Wolffe, 2000; López-Jiménez and González-Aguilera, 2022; Fritz et al., 2022).

Роль ядрышка в регуляции активности генов изучена недостаточно для формирования целостного представления о реализации генетической информации. Исследования в этой области будут способствовать пониманию основных механизмов, определяющих последовательность и активность работы генов, необходимые для развития организма.

Исследование 3D структуры ядра, внутри- и межхромосомных взаимодействий является важным с точки зрения понимания фундаментальных основ биологических процессов и может иметь практическое значение для медицины.

Цели и задачи исследования

Целью данной работы является исследование роли межхромосомных контактов генов рРНК в эпигенетической регуляции экспрессии генов человека.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Полногеномно картировать места контактов генов рРНК в хромосомах с помощью метода 4C (circular chromosome conformation capture) в клетках НЕК293Т.

2. Определить функции генов, расположенных в местах контактов генов рРНК. Выяснить присутствуют ли эпигенетические метки в местах контактов генов рРНК. Определить имеют ли гены, контактирующие с генами рРНК, двухцепочечные разрывы ДНК.

3. Выяснить существуют ли общие гены, контактирующие с генами рРНК в клетках НЕК293Т и К562, ассоциированы ли они с определенными заболеваниями.

4. Определить влияние теплового шока на формирование контактов и активность генов, контактирующих с генами рРНК.

5. Исследовать частоты образования контактов генов рРНК с генами DUX4 человека в нормальных условиях и при тепловом шоке в отдельных клетках.

Научная новизна

В данной работе с помощью метода 4С (circular chromosome conformation capture) было показано, что ядрышко образует множественные контакты с разными областями генома человека, в которых находятся гены, выполняющие регуляторные функции. В основном это гены длинных некодирующих РНК, микро РНК, гены белков, включающих «цинковые пальцы», транскрипционные факторы. Во многих случаях эти гены участвуют в процессах дифференцировки и развития. Места контактов ядрышек зачастую обогащены эпигенетическими метками. Формирование контактов генов рРНК с определенными генами может быть необходимо для достижения и поддержания дифференцированного состояния клетки.

Межхромосомные контакты кластеров генов рРНК участвуют в формировании трехмерной сети хромосомных структур, связанных с изменениями экспрессии генов, происходящими в развитии. Анализ контактов в линиях клеток человека НЕК293Т и К562 показал, что часть контактов являются общими для разных типов клеток. Как правило, это контакты с генами, тесно связанными с развитием и морфогенезом. В ходе исследования была выявлена ассоциация ряда генов, контактирующих с генами рРНК, с несколькими видами канцерогенеза.

В клетках НЕК293Т многие гены, контролирующие дифференцировку, контактируют с генами рРНК и содержат двухцепочечные разрывы ДНК. Это указывает на важную роль ядрышек в реакциях клетки на повреждение ДНК и в поддержании стабильности генома.

При тепловом шоке происходит обратимая реорганизация контактов ядрышка, а также изменение активности генов. Чувствительность определенных групп генов, образующих контакты с генами рРНК, к тепловому шоку предполагает участие ядрышка в координировании активности генов в ответ на стрессовое воздействие.

В субтеломерной области 10 хромосомы присутствуют контакты генов рРНК с геном FANK1. Контакты приходятся на область неактивного хроматина.

После теплового шока контакты исчезают, а транскрипционная активность гена FANK1 в клетках НЕК293Т повышается. В субтеломерной области 4 хромосомы, где располагаются гены DUX4, обнаружены множественные контакты ядрышек, которые почти полностью исчезают после теплового шока, но активность генов не восстанавливается.

Детальный анализ этой области, проведенный на отдельных клетках с использованием метода флуоресцентной in situ гибридизации (FISH), показал, что гены DUX4 расположены непосредственно вокруг ядрышка. Тепловой шок вызывает диссоциацию контактов - небольшое удаление генов DUX4 от ядрышек. При тепловом шоке количество контактов между генами рРНК и DUX4 снижается более чем в два раза, что согласуется с данными, полученными методом 4С.

Теоретическая и практическая значимость работы

Полученные данные расширяют представления о роли ядрышек в формировании и поддержании архитектуры ядра и регуляции активности генов в норме и при тепловом шоке. Изучение внутриядерной архитектуры является важным для медицинской практики, поскольку способствует пониманию молекулярных механизмов, лежащих в основе заболеваний.

Методология и методы исследования

В работе использованы современные молекулярно-биологические методы исследования. Полногеномное картирование межхромосомных контактов генов рРНК выполнено с помощью метода 4С. Анализ транскрипционной активности генов до и после теплового шока проведен с использованием экспериментов РНК-сек (полногеномное секвенирование РНК). Для независимого подтверждения и визуализации контактов на единичных клетках проводили флуоресцентную in situ гибридизацию (FISH) на интерфазных хромосомных препаратах. Для визуализации изображений использовали микроскопию с помощью лазерного сканирующего конфокального микроскопа Leica TCS SP5 (Leica, Германия).

Анализ изображений проводили с помощью программы ImageJ (National Institutes of Health, США).

Положения и результаты, выносимые на защиту

1. Проведено полногеномное картирование контактов кластеров генов рРНК в хромосомах клеток НЕК293Т, в результате которого обнаружено, что гены рРНК часто образуют контакты с генами, контролирующими развитие и дифференцировку. Отдельные гены, контролирующие дифференцировку и контактирующие с генами рРНК, обогащены двухцепочечными разрывами ДНК.

2. Анализ межхромосомных контактов ядрышек в клетках НЕК293Т и К562 показал, что часть контактов являются для них общими. Как правило, это контакты с генами, тесно связанными с развитием и морфогенезом.

3. Кратковременный тепловой шок вызывает реорганизацию межхромосомных контактов генов рРНК. При изменении контактов ядрышек происходит изменение транскрипционной активности соответствующих генов.

4. Чувствительность межхромосомных контактов отдельных групп генов с ядрышком к тепловому шоку свидетельствует о роли ядрышка в координировании активности генов в ответ на это стрессовое воздействие.

5. Использование флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) на единичных клетках выявило, что стресс вызывает диссоциацию контактов ядрышек.

Личный вклад автора

Основные результаты диссертационной работы получены автором и при ее непосредственном участии. Соискатель принимала участие в планировании и постановке экспериментов: 4С, РНК-сек, проведении флуоресцентной гибридизации и конфокальной микроскопии; анализе экспериментальных данных, обобщении, подготовке результатов к публикации под руководством Чурикова Н.А. на каждом этапе работы. Полногеномное картирование двухцепочечных разрывов проводилось Чуриковым Н.А., Алембековым И.Р. Компьютерная

обработка данных секвенирования осуществлялась Кравацким Ю.В. Имена соавторов указаны в соответствующих публикациях и обозначены в тексте работы.

Апробация результатов

Результаты диссертационной работы были представлены на международных и отечественных научных конференциях:

1. Клушевская Е.С., Чуриков Н.А. Анализ межхромосомных контактов ядрышек с генами DUX4 человека c помощью FISH // Гены И Клетки (2020), 15, S3, 137 - 137

2. Klushevskaya E., Bukreeva A., Tchurikov N. Analysis of inter-chromosomal contacts of rDNA genes with DUX4 genes in human cells in different physiological conditions using fluorescence in situ hybridization // FEBS Open Bio (2021), 11, 143 -144

3. Tchurikov N., Kretova O., Klushevskaya E., Kravatsky Y. Gene desert area in the 1q21.1 makes the frequent contacts with nucleoli in different human cell lines // FEBS Open Bio (2021), 11, 105 - 105

4. N. Tchurikov, E. Klushevskaya, A. Kretova, Y. Kravatsky. Pseudoautosomal region at the long arm of human Y chromosome is a hot spot of inter-chromosomal contacts of nucleoli in different cell lines // FEBS Open Bio. 2022. 12 (Suppl.1). P. 316.

5. E. Klushevskaya, A. Kretova, Y. Kravatsky, N. Tchurikov. Inter-chromosomal contacts of nucleoli with CADM2 gene are important for its expression in HEK293T cells // FEBS Open Bio. 2022. 12 (Suppl.1). P. 317.

6. Клушевская Е.С., Керемет А.М. Изучение роли механизмов разделения фаз в ядре в контактах ядрышек с генами DUX4 // Цитология. 2022. Т. 64. № 7. С. 626-627. DOI: 10.31857/S004137712207001X

7. Клушевская Е.С., Алембеков И.Р., Чуриков Н.А. Перераспределение ядрышковых белков при тепловом шоке в клетках человека // Материалы международной конференции «Хромосома». Новосибирск. 2023. С. 114 - 115.

Публикации

По теме диссертации опубликовано 6 печатных работ в рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК для публикации материалов диссертационных работ по биологии:

1. Tchurikov N.A., Fedoseeva D.M., Klushevskaya E.S., Slovohotov I.Y., Chechetkin V.R., Kravatsky Y.V., Kretova O.V. "rDNA Clusters Make Contact with Genes that Are Involved in Differentiation and Cancer and Change Contacts after Heat Shock Treatment" Cells (2019), 8, 111393. DOI: 10.3390/cells8111393.

2. Кретова О.В., Федосеева Д.М., Кравацкий Ю.В., Клушевская Е.С., Алембеков И.Р., Словохотов И.Ю., Чуриков Н.А. "Область контактов кластеров генов рРНК с геном FANK1 соответствует НЕАКТИВНОМУ хроматину" Молекулярная биология (2020), 54, 2, 262 - 266.

DOI: 10.31857/S002689842002007X.

3. Чуриков Н.А., Клушевская Е.С., Кравацкий Ю.В., Кравацкая Г.И., Федосеева Д.М., Кретова О.В. "Межхромосомные контакты генов рРНК с генами DUX в хромосоме 4 человека чувствительны к тепловому шоку" Доклады РАН. Науки о жизни (2020), 490, 1, 62 - 66 DOI: 10.7868/S2686738920010047.

4. Tchurikov N.A., Alembekov I.R., Klushevskaya E.S., Kretova A.N., Keremet A.M., Sidorova A.E., Meilakh P.B., Chechetkin V.R., Kravatskaya G.I., Kravatsky Y.V. Genes Possessing the most Frequent DNA DSBs Are Highly Associated with Development and Cancers, and Essentially Overlap with the rDNA-Contacting Genes // Int. J. Mol. Sci. 2022. 23, 137201. DOI: 10.3390/ijms23137201.

5. Tchurikov N.A., Klushevskaya E.S., Alembekov I.R., Kretova A.N., Chechetkin V.R., Kravatskaya G.I., Kravatsky Y.V. Induction of the Erythroid Differentiation of K562 Cells Is Coupled with Changes in the Inter-Chromosomal Contacts of rDNA Clusters // Int. J. Mol. Sci. 2023. 24, 9842. DOI: 10.3390/ijms24129842.

6. Klushevskaya E.S., Alembekov I.R., Kravatsky Y.V., Tchurikov N.A. Homeotic DUX4 Genes Shape Dynamic Inter-Chromosomal Contacts with Nucleoli in

Human Cells // Doklady Biochemistry and Biophysics. 2024. Vol. 517. pp. 259-263. DOI: 10.1134/S1607672924700935.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа изложена на 147 страницах и состоит из разделов: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты и обсуждение», «Заключение», «Список сокращений», «Список литературы» и «Приложения». Рукопись включает 1 таблицу, 29 рисунков и 1 приложение. Список литературы содержит 282 источника.

1. Обзор литературы

1.1. Структура хроматина

Особенностью организации генома эукариот является упаковка ДНК в хроматин, обладающий сложной динамичной структурой. ДНК высших организмов на всем протяжении связана с белковыми молекулами, в результате чего образуется дезоксирибонуклеопротеиновое волокно - основа хромосомы. При изучении состава хромосом было обнаружено, что суммарная доля белка, величина которой варьирует в зависимости от стадии клеточного цикла, может составлять до 80% от общей массы, приходясь в основном на белки гистонов (Sadgopal and Bonner, 1970; Salzman and Moore, 1966). ДНК представляет собой длинную нитевидную молекулу, обладающую отрицательным зарядом и способную к агрегации в присутствии противоположно заряженных ионов. Взаимодействие с белками препятствует спонтанному протеканию данного процесса и способствует контролируемой конденсации ДНК (Burak et al., 2003).

1.1.1. Первичная структура хроматина

В 1974 году методом электронной микроскопии было установлено, что хроматин представляет собой цепочку повторяющихся элементов - нуклеосом, разделенных линкерной ДНК (Oudet et al., 1975). Нуклеосома является элементом хроматина, включающим от 157 до 240 пар нуклеотидов (п.н.) ДНК, четыре основных гистоновых белка (H2A, H2B, H3 и H4) и линкерный гистоновый белок (H1). В эукариотических клетках геномная ДНК (примерно 147 п.н.) оборачивается в виде левозакрученный суперспирали 1,67 раз вокруг октамера гистонов (H2A, H2B, H3, H4), формируя коровую часть нуклеосомы (Richmond and Davey, 2003; Arents and Moudrianakis, 1993). С каждой коровой частицей, рядом с областью выхода ДНК, связывается молекула линкерного гистона Н1, который участвует в стабилизации как нуклеосом, так и структур хроматина более высокого порядка. Предполагается, что гистон Н1 защищает линкерную ДНК и может принимать участие в регуляции транскрипции путем конкуренции

за области связывания отдельных транскрипционных факторов (Thomas, 1999; Perisic, 2010) (рисунок 1).

Рисунок 1 - А. Структура ядра нуклеосомы (вид спереди и сбоку). Гистоны обозначены светлосерым цветом, а спираль ДНК - темно-серым цветом с розовым остовом. Основные аминокислоты (лизин и аргинин) в пределах 7 А от ДНК - синим цветом, чтобы подчеркнуть электростатические контакты между фосфатами ДНК и гистонами. Б. Схема ДНК, обернутой вокруг нуклеосомы. Приведены примеры модификаций гистоновых хвостов (Ac, ацетилирование; Me, метилирование) и вариантов гистонов (H2A.Z и H3.3). Стрелки указывают на замену канонических гистонов вариантами гистонов. (Изображение: Тан С., Университет штата Пенсильвания, США) (Jiang and Pugh, 2009).

До недавнего времени наиболее признанной можно было назвать «классическую» модель организации хроматина - «бусинки на нитке» (Kornberg, 1977). Согласно этой теории, при низкой ионной силе раствора, хроматин представлен в виде регулярно повторяющихся однородных массивов, образующих нуклеосомные нити диаметром 10-нм, которые называют первичной структурой хроматина. К понятию первичной структуры хроматина относят разнообразие последовательностей ДНК и гистонов (эпигенетические метки, вариации аминокислот, посттрансляционные модификации и др., что накладывает отпечаток на позиционирование нуклеосом и формирование вторичной и третичной структур). Специфические взаимодействия между отдельными нуклеосомами определяют порядок компактизации хроматинового волокна;

архитектурные белки хроматина, гистоновые шапероны, АТФ-зависимые факторы ремоделинга хроматина и др. предопределяют его структуру на всех уровнях (Mavrich et al., 2008; Valouev et al., 2008; Mazina and Vorobyeva, 2021; Clapier et al., 2017).

1.1.2. Вторичная структура хроматина

Массивы нуклеосом, при повышении концентрации ионов магния, складываются во вторичную структуру - «30-нм волокно», стабилизированную линкерными гистонами H1, и далее в структуры более высокого порядка (Hansen, 2002). Несмотря на большое количество исследований, посвященных изучению структурных особенностей хроматина, способ укладки «30-нм волокна» остается до конца не изученным. Для объяснения процесса формирования структуры предложены две основные модели - «модель соленоида» (спираль «one-start») и «модель зигзага» (спираль «two-start»).

«Модель соленоида» была сформулирована Финчем и Клюгом по результатам электронной микроскопии и рентгеновского дифракционного анализа. Предполагается, что хроматиновое волокно сворачивается в спираль с шагом 11 нм, на каждый виток которой приходится в среднем 6 нуклеосом, а линкерная ДНК изгибается. Возникают фибриллы спирального типа с центральной полостью, стабилизированные гистонами H1, расположенными вдоль ее оси (Finch and Klug, 1976).

«Модель зигзага». На основании данных анализа конформационных изображений раствора хроматина и электронной криомикроскопии был обнаружен зигзагообразный мотив. В этом случае нуклеосомы располагаются зигзагообразно, образуя два ряда, а линкерная ДНК пересекает ось спирали, оставаясь прямой. Различные варианты укладки нуклеосом позволяют получать разные варианты зигзагообразной формы (Bednar et al., 1998).

Исследования внутренней организации хроматинового волокна комбинацией методов моделирования Монте-Карло сворачивания нуклеосомной цепи и метода захвата нуклеосомных взаимодействий с использованием электронной микроскопии (EMANIC) показали, что при физиологических

концентрациях одновалентных ионов линкерные гистоны способствуют образованию зигзагообразной конформации, где преобладают взаимодействия между чередующимися нуклеосомами. Присутствие двухвалентных ионов способствует дополнительному уплотнению волокна и изгибу некоторых линкерных ДНК, в результате чего образуются нуклеосомные взаимодействия, характерные для структур соленоидного типа. Предполагается, что в компактизированном хроматиновом волокне могут одновременно присутствовать оба типа структурных вариантов. Конформационная гетерогенность представляется наиболее энергетически выгодной, поскольку может опосредовать динамические переходы 30-нм волокна в самоассоциированные хромосомные формы более высокого порядка (Grigoryev et al., 2009).

Вопрос о существовании 30-нм волокна хроматина в живой клетке все еще остается открытым; при визуализации срезов ядер в большинстве исследованных клеток высших эукариот оно не определяется. Использование криоэлектронной микроскопии (cryo-EM) с последующей компьютерной обработкой изображений позволили выявить не 30-нм хроматиновые структуры в митотических хромосомах, а скорее однородную неупорядоченную текстуру. Следует отметить, что наблюдения криоэлектронной микроскопии были ограничены исследованием отдельных частей хромосом, так как толщина срезов составляла ~ 70 нм, что затрудняет наблюдение иерархических регулярных структур в хромосомах (Eltsov et al., 2008).

1.1.3. Третичная структура хроматина

При исследовании объемной структуры митотических хромосом с помощью малоуглового рассеяния рентгеновских лучей (SAXS), которое позволяет обнаруживать периодические структуры в некристаллических материалах в растворе, не было обнаружено никаких структурных особенностей размером более 11 нм даже в масштабе диаметра хромосомы (~ 1 мкм) (Joti et al., 2012). Анализ с помощью электронной микроскопии показал, что большая часть хроматина млекопитающих упакована в более высокие визуализируемые уровни -«хромонемы» от 60 до 130 нм (Belmont and Bruce, 1994).

Существует предположение, что 30-нм волокно является необходимым промежуточным продуктом укладки при сборке и поддержании конденсированных интерфазных и митотических хромосом. Подобные «волокнообразные» 30-нм структуры могут визуализироваться (либо образовываться) при выделении хроматиновых фрагментов из ядер (Langmore and Paulson, 1983). Было высказано предположение, что структура 30-нм волокна опосредует дальнейшие уровни конденсации хроматина.

Модель «последовательного спирального складывания» была предложена после критического анализа существующих методов изоляции ядер с учетом возможного их влияния на сохранение структуры нативного хроматина на разных стадиях клеточного цикла. Авторы модели постулируют образование 10-нм спирального волокна вокруг нуклеосомного остова, которое скручиваясь по спирали, образует 50-нм, 200-нм и далее 600-нм волокно, соответствующее сестринским хроматидам. Несмотря на то, что расчеты производились с учетом наблюдаемого 50-нм волокна, эта модель допускает также и возможность 30-нм соленоидной укладки. Модель предполагает различия степени растяжения и сжатия витков, что приводит к более или менее плотному скручиванию и различному размеру петель в различных физиологических или функциональных состояниях. Такая структура хроматинового волокна, по мнению авторов, облегчает фазовый переход между стадиями клеточного цикла и способствует специфическому позиционированию генетического материала (Sedat and Manuelidis, 1977).

Модель «радиальной петли» была предложена на основе электронно-микроскопического анализа обедненных гистонами хромосом. Предполагается, что каждая хромосома состоит из множества петель 10-30 цт (~30-90 кб), скрепленных у основания негистоновыми белками. В самом простом варианте этой модели молекула ДНК представляет собой множество петель, закрепленных на каркасе негистонового остова. Постулируется, что именно остов негистоновых белков является основанием для формирования каркаса метафазной хромосомы. В присутствии гистонов петли 30-нм хроматинового волокна могут быть

дополнительно упакованы. Тем не менее, главной особенностью предложенной модели, по мнению авторов, является то, что негистоновая сеть белков представляет собой самостоятельную независимую структуру укладки метафазной хромосомы. В то же время стабильность такой конструкции при разных экспериментальных условиях при полном отсутствии гистоновых белков служит дополнительным подтверждением предложенной модели (Paulson and Laemmli, 1977).

Модель «комбинированной радиальной спирально-петлевой структуры». Противники модели «радиальной петли» считали, что она противоречит классическим наблюдениям, которые предполагают, что хромосомы имеют спиральную структуру. На основе собственных наблюдений они выдвинули гипотезу, согласно которой метафазная структура хромосом достигается за счет спирального уплотнения 200-300 нм волокна, которое, в свою очередь, состоит из радиальных петель. Эти наблюдения подразумевают, что элементы каркаса, связанные с радиальными петлями, должны следовать общему спиральному направлению строения метафазной хроматиды, а не представлять собой независимую структуру, расположенную вдоль оси хромосомы, как считалось ранее. Сторонники модели «комбинированной радиальной спирально-петлевой структуры» указывают, что ни одна из предложенных ранее моделей не отражает реальную структуры метафазной хромосомы, поскольку не учитывает всех факторов уплотнения хроматинового волокна (Rattner and Lin, 1985).

Большинство моделей интерфазной структуры хромосом основано на экстраполяции этих митотических моделей. Прямая проверка или опровержение требуют трехмерных реконструкций нативных митотических хромосом, чтобы проследить сворачивание плотно упакованных отдельных 10- или 30-нм хроматиновых волокон в больших участках хромосом. Каждая из предложенных моделей должна в большей или меньшей степени представлять правдоподобный путь конденсации хромосом от G2 через профазу и обратный путь деконденсации из телофазы через G1. Альтернативный подход может заключаться в анализе изменения структуры хромосом в ходе клеточного цикла, выявлении

промежуточных конформационных изменений в процессе конденсации и деконденсации хромосом. Благодаря сочетанию световой и электронной микроскопии был визуализирован процесс деконденсации хромосом на тонких срезах. Было показано, что по мере прохождения клетки по клеточному циклу, плотно скрученные 100-130-нм волокна «хромонемы» в начале G1 фазы постепенно деконденсируются, что приводит к преобладанию волокна хромонемы 60-80 нм к началу ранней S фазы. В разных областях ядра процесс деконденсации происходит с разной скоростью, но всюду сопровождается снижением количества и плотности хроматиновых волокон, что постепенно приводит к равномерному распределению хроматина по всему ядру. Была предложена модель, в соответствии с которой 30-нм волокна хроматина складываются в 60 - 80 - нм хромонемы, которые затем уплотняются до100-130нм волокон, дающих начало конденсированному хроматину митотических хромосом (Belmont et al., 1998; Paulson and Langmore, 1983) (рисунок 2).

Рисунок 2 - Организация Groudine, 2003).

Долгое время считалось, что основной функцией упаковки ДНК является ее уплотнение, а процессы, происходящие в ядре, приурочены к освобождению спирали ДНК от гистоновых белков. Господствовала теория, согласно которой различия в структуре хроматина определяют активность генов. Взаимодействие с гистонами и образование нуклеосом выступали как факторы репрессии транскрипции, закрывая сайты связывания белков-активаторов, и, таким образом, снижая доступность ДНК, за счет чего, как предполагалось, и осуществляется регуляция экспрессии (Felsenfeld and Groudine, 2003).

l.l.4. Роль нуклеосом в образовании структуры хроматинового волокна До настоящего времени нет единого мнения относительно вариантов компактизации хроматинового волокна и образования хромосом. Показано, что особенности последовательности ДНК определяют области преимущественного расположения нуклеосом (Kaplan et al., 2009). В рамках таких представлений нуклеосомы играют роль не только структурных компонентов хромосомы, но обеспечивают баланс между упаковкой генома и его доступностью. С помощью методов MTROSY (Methyl Transverse relaxation optimized spectroscopy), ЯМР (ядерного магнитного резонанса) и FRET (Förster resonance energy transfer) выяснили, что структура нуклеосом очень динамична, сворачивание и разворачивание нуклеосомной ДНК занимает несколько миллисекунд (Kiteyski-LeBlanc et al., 2018; Koopmans et al., 2007; Poirier et al., 2009).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Клушевская Елена, 2025 год

Список литературы

1. Кретова О.В., Федосеева Д.М., Кравацкий Ю.В., Алембеков И.Р., Словохотов И.Ю., Чуриков Н.А. Гомеотические гены DUX4, контролирующие развитие эмбриона человека на стадии двух бластомеров, окружены областями, которые образуют контакты с кластерами генов рРНК // Молек. биол. 2019. Т. 53.

C. 268-273.

2. Чуриков Н.А., Клушевская Е.С., Кравацкий Ю.В., Кравацкая Г.И., Федосеева Д.М. Межхромосомные контакты генов рРНК в трех линиях клеток человека связаны с сайленсингом генов, контролирующих морфогенез // Доклады РАН. Науки о жизни 2021. T. 496. N 1. P. 70 - 74.

3. Adam M., Robert F., Larochelle M., Gaudreau L. H2A.Z is required for global chromatin integrity and for recruitment of RNA polymerase II under specific conditions // Molecular and cellular biology. 2001. V. 21. N 18. P. 6270 - 6279.

4. Ahmad K., Henikoff S. The histone variant H3.3 marks active chromatin by replication-independent nucleosome assembly // Molecular Cell. 2002. V. 9. N 6. P. 1191-1200.

5. Ahmed K., Dehghani H., Rugg-Gunn P., Fussner E., Rossant J., Bazett-Jones

D.P. Global chromatin architecture reflects pluripotency and lineage commitment in the early mouse embryo // PloS one. 2010. 5:e10531.

6. Andreini C., Banci L., Bertini I., Rosato A. Zinc through the Three Domains of Life // Journal of Proteome Research. 2006. V. 5. N 11. P. 3173-3178.

7. Andrey G., Montavon T., Mascrez B., Gonzalez F., Noordermeer D., Leleu M., Trono D., Spitz F., Duboule D. A switch between topological domains underlies HoxD genes collinearity in mouse limbs // Science. 2013. V. 340. N 6137 :1234167.

8. Arents G., Burlingame R.W., Wang B.W., Love W.E., Moudrianakis E.N. The nucleosomal core histone octamer at 3.1 A resolution: a tripartite protein assembly and a left-handed superhelix // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 10148-10152.

9. Arents G., Moudrianakis E.N. Topography of the histone octamer surface: repeating structural motifs utilized in the docking of nucleosomal DNA // PNAS. 1993. V. 90. P. 10489-10493.

10. Banani S.F., Rice A.M., Peeples W.B., Lin Y., Jain S., Parker R., Rosen M.K. Compositional control of phase-separated cellular bodies // Cell. 2016. V. 166. N 3. P. 651-666.

11. Bartel D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism and function // Cell. 2004. V. 116. N 2. P. 281-297.

12. Baur J.A., Zou Y., Shay J.W., Wright W.E. Telomere position effect in human cells // Science. 2001. V. 292. N 5524. P. 2075 - 2077.

13. Bednar J., Horowitz R.A., Grigoryev S.A., Carruthers L.M., Hansen J.C., Koster A.J., Woodcock C.L. Nucleosomes, linker DNA, and linker histone form a unique structural motif that directs the higher-order folding and compaction of chromatin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Cell Biology. 1998. V. 95. P. 14173-14178.

14. Belmont A.S., Braunfeld M.B., Sedat J.W., Agard D.A. Large-scale chromatin structural domains within mitotic and interphase chromosomes in vivo and in vitro // Chromosoma. 1998. V. 98. P. 129-143.

15. Belmont A.S., Bruce K. Visualization of G1 chromosomes: a folded, twisted, supercoiled chromonema model of interphase chromatid structure // J. Cell Biol. 1994. V. 127. N 2. P. 287-302.

16. Berry J., Weber S.C., Vaidya N., Haataja M., Brangwynne C.P. RNA transcription modulates phase transition-driven nuclear body assembly // Proceedings of the National Acadamy of Sciences. 2015. V. 112. N 38. E5237-E5245.

17. Bersaglieri C., Santoro R. Genome Organization in and around the Nucleolus // Cells. 2019. 8(6):579.

18. Bertolotti A., Lutz Y., Heard D.J., Chambon P., Tora L. hTAF(II)68, a novel RNA/ssDNA-binding protein with homology to the pro-oncoproteins TLS/FUS and EWS is associated with both TFIID and RNA polymerase II // EMBO J. 1996. V. 15. N 18. P. 5022 -5031.

19. Bettaieb A., Averill-Bates D.A. Thermotolerance induced at a mild temperature of 40 °C alleviates heat shock-induced ER stress and apoptosis in HeLa cells // / Biochimica et Biophysica Acta. 2015. N 1853. V. 1. P. 52-62.

20. Bickmore W. A., Teague, P. Influences of chromosome size, gene density and nuclear position on the frequency of constitutional translocations in the human population // Chromosome Research. 2002. V. 10. P. 707 - 715.

21. Biessmann H., Mason J.M. Genetics and Molecular Biology of Telomeres // Advances in Genetics. 1992. P. 185-249.

22. Blackledge N. P., Rose N. R., Klose R. J. Targeting Polycomb systems to regulate gene expression: modifications to a complex story // Nature Reviews Molecular Cell Biology. 2015. V. 16. N 11. P. 643-649.

23. Blomain E.S., McMahon S.B. Dynamic Regulation of Mitochondrial Transcription as a Mechanism of Cellular Adaptation // Biochim Biophys Acta. 2012. N 1819. V. 9-10. P. 1075-1079.

24. Bolte S., Cordelières F.P. A guided tour into subcellular colocalization analysis in light microscopy // Journal of Microscopy. 2006. V.6 N3. P. 213-232.

25. Bolzer A., Kreth G., Soloveil., Koehler D., Saracoglu K., Fauth C., Muller S., Eils R., Cremer C., Speicher M., Cremer T. Three dimensional maps of all chromosomes in human male fibroblast nuclei and prometaphase rosettes // PLoS Biology. 2005. V. 3. N 5. e157.

26. Bonev B. Cavalli G. Organization and function of the 3D genome // Nat. Rev. Genet. 2016. N17. P. 661-678.

27. Boon K., Caron H.N., van Asperen R., Valentijn L., Hermus M.C., van Sluis P., Roobeek I., Weis I., Voûte P.A., Schwab M., Versteeg R. N-myc enhances the expression of a large set of genes functioning in ribosome biogenesis and protein synthesis // The EMBO Journal. 2001. V. 20. N 6. P. 1383 - 1393.

28. Bosnakovski D., Gearhart M.D., Toso E.A., Ener E.T., Choi S.H., Kyba M. Low level DUX4 expression disrupts myogenesis through deregulation of myogenic gene expression // Scientific Reports. 2018. V. 8. Article number: 16957.

29. Bosnakovski D., Xu Z., Gang E.J., Galindo C.L., Liu M., Simsek T., Garner H.R., Agha-Mohammadi S., Tassin A., Coppee F., Belayew A., Perlingeiro R.R., Kyba M. An isogenetic myoblast expression screen identifies DUX4-mediated FSHD-associated molecular pathologies // TheEMBO Juornal. 2008. V. 27. N 20. P. 2766 -2779.

30. Bowman G.D. Mechanisms of ATP-dependent nucleosome sliding // Current opinion in structural biology. 2010. V. 20. N 1. P. 73-81.

31. Boyle S., Gilchrist S., Bridger J.M., Mahy N.L., Ellis J.A., Bickmore W.A. The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells // Human Molecular Genetics. 2001. V. 10. N 3. P. 211-219.

32. Brickner J.H., Walter P. Gene recruitment of the activated INO1 locus to the nuclear membrane // PLoS Biology. 2004. V. 2. N 11. e342.

33. Brocker C., Thompson D., Matsumoto A., Nebert D.W., Vasiliou V. Evolutionary divergence and functions of the human interleukin (IL) gene family // Hum. Genomics. 2010. V. 5. N 1. P. 30-55.

34. Brooks W.H., Renaudineau Y. Epigenetics and autoimmune diseases: the X chromosome-nucleolus nexus // Frontiers in Genetics. 2015. V. 6. A. 22. eCollection 2015.

35. Brown J.L., Sun M., Kassis J.A. Global changes of H3K27me3 domains and Polycombgroup protein distribution in the absence ofrecruiters Spps or Pho // PNAS. 2018. 115 (8) E1839-E1848.

36. Brown K.E, Baxter J., Graf D., Merkenschlager M., Fisher A.G. Dynamic repositioning of genes in the nucleus of lymphocytes preparing for cell division // Molecular Cell. 1999. V. 3. N 2. P. 207-217.

37. Bu S., Lv Y., Liu Y., Qiao S., Wang H. Zinc Finger Proteins in Neuro-Related Diseases Progression // Front. Neurosci. 2021, 15:760567.

38. Burak Y., Ariel G., Andelman D. Onset of DNA aggregation in presence of monovalent and multivalent counterions // Biophysical Journal. 2003. V. 85. P. 21002110.

39. Bystricky K., Heun P., Gehlen L., Langowski J., Gasser S.M. Long-range compaction and flexibility of interphase chromatin in budding yeast analyzed by highresolution imaging techniques. PNAS. 2004. Vol. 101. N47. P. 16495-16500.

40. Caburet S., Conti C., Schurra C,. Lebofsky R., Edelstein S.J., Bensimon A. Human ribosomal RNA gene arrays display a broad range of palindromic structures // Genome Res. 2005. V. 15. N 8. P. 1079-1085.

41. Capelson M., Hetzer M. W. The role of nuclear pores in gene regulation, development, and disease // EMBO Rep. 2009. V. 10. P. 697-705.

42. Carter D., Chakalova L., Osborne C.S., Dai Y.F., Fraser P. Longrange chromatin regulatory interactions in vivo // Nature genetics. 2002. V. 32. P. 623-626.

43. Cerqueira A.V. Lemos B. Ribosomal DNA and the Nucleolus as Keystones of Nuclear Architecture, Organization, and Function // Trends in Genetics. 2019. V. 35. N 10. P. 710 - 723.

44. Chakalova L., Fraser P. Organization of transcription // Cold Spring Harbor perspectives in biology. 2010. 2:a000729.

45. Chambeyron S., Bickmore W. A. Chromatin decondensation and nuclear reorganization of the HoxB locus upon induction of transcription // Genes Dev. 2004. V. 18. P. 1119-1130.

46. Chau K.F., Shannon M.L., Fame R.M., Fonseca E., Mullan H., Johnson M.B., Sendamarai A.K., Springel M.W., Laurent B., Lehtinen M.K. Downregulation of ribosome biogenesis during early forebrain Development // ELife 2018. 7: e36998.

47. Chen L.-F., Long H.K. Topology regulatory elements: From shaping genome architecture to gene regulation // Curr. Opin. Struct. Biol. 2023. 83:102723.

48. Cheng R.R., Contessoto V.G., Lieberman-Aiden E., Wolynes P.G., Di Pierro M., Onuchic J.N. Exploring chromosomal structural heterogeneity across multiple cell lines // Elife. 2020. 13:9:e60312.

49. Cheng L., Ming H., Zhu M., Wen B. Long noncoding RNAs as Organizers of Nuclear Architecture // Sci. China. Life Sci. 2016. V. 59. N 3. P. 236-244.

50. Clapier C.R., Iwasa J., Cairns B.R., Peterson C.L. Mechanisms of action and regulation of ATP-dependent chromatin-remodelling complexes // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2017. V. 18. N 7. P. 407-422.

51. Conconi A., Widmer R.M., Koller T., Sogo J.M. Two different chromatin structures coexist in ribosomal RNA genes throughout the cell cycle // Cell. 1989. N 57. V. 5. P. 753-761.

52. Copenhaver G.P., Putnam C.D., Denton M.L., Pikaard C.S. The RNA polymerase I transcription factor UBF is a sequence-tolerant HMG-box protein that can recognize structured nucleic acids // Nucleic Acids Research. 1994. V. 22. N 13. P. 2651 -2657.

53. Cremer M., von Hase J., Volm T., Brero A., Kreth G., Walter J., Fischer C., Solovei I., Cremer C., Cremer T. Non-random radial higher-order chromatin arrangements in nuclei of diploid human cells // Chromosome Res. 2001. N 9. P. 541567.

54. Cremer T., Cremer C. Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells // Nat. Rev. Genet. 2001. V. 2. P. 292-301.

55. Creyghton M.P., Cheng A.W., Welstead G.G., Kooistra T.ristan,d, Carey

B.W., Steine E.J., Hanna J., Lodato M. A., Frampton G.M., Sharp P.A., Boyer L.A., Young R.A., Jaenisch R. Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state // PNAS. 2010. V. 107. N 50. P. 21931-21936.

56. Croft J.A., Bridger J.M., Boyle S., Perry P., Teague P., Bickmore W.A. Differences in the localization and morphology of chromosomes in the human nucleus // The Journal of Cell Biology. 1999. V. 145. N 6. P. 1119-1131.

57. Csink A., Henikoff S. Genetic modification of heterochromatic association and nuclear organization in Drosophila // Nature. 1996. V. 381. N 6582. P. 529-531.

58. Cui J., Yin Y., Ma Q., Wang G., Olman V., Zhang Y., Chou W.-C., Hong

C.S., Zhang C., Cao S., Mao X., Li Y., Qin S., Zhao S., Jiang J., Hastings P., Li F., Xu Y. Comprehensive characterization of the genomic alterations in human gastric cancer // Int. J. Cancer. 2015. V. 137. N 1. P. 86 - 95.

59. Davey C. A., Sargent D. F., Luger K., Maeder A. W., Richmond T. J. Solvent Mediated Interactions in the Structure of the Nucleosome Core Particle at 1.9Ä Resolution // Journal of Molecular Biology. 2002. V. 319. N 5. P. 1097-1113.

60. Dekker J., Mirny L. The 3D Genome as Moderator of Chromosomal Communication // Cell. 2016. V. 164. N 6. P. 1110-1121.

61. Dekker J., Rippe K,. Dekker M., Kleckner N. Capturing chromosome conformation // Science. 2002. V. 295. P.1306-1311.

62. DiFiore J.V., Ptacek T.S., Wang Y., Li B., Simon J.M., Strahl B.D. Unique and Shared Roles for Histone H3K36 Methylation States in Transcription Regulation Functions // Cell Rep. 2020. V. 31. N 10:107751.

63. Dingwall A.K., Beek S.J., McCallum C.M., Tamkun J.W., Kalpana G.V., Goff S.P., Scott M.P. The Drosophila snr1 and brm proteins are related to yeast SWI/SNF proteins and are components of a large protein complex // Molecular Biology of the Cell. 1995. V. 6. N 7. P. 777-791.

64. Dixon J.R., Selvaraj S., Yue F., Kim A., Li Y., Shen Y., Hu M., Liu J.S., Ren B. Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions // Nature. 2012. V. 485. N 7398. P. 376-380.

65. Draker R., Ng M.K., Sarcinella E., Ignatchenko V., Kislinger T., Cheung P. A combination of H2A.Z and H4 acetylation recruits Brd2 to chromatin during transcriptional activation // PLoS Genetics. 2012. V. 8. N 11:e1003047.

66. Eisen J. A., Sweder K.S., Hanawalt P.C. Evolution of the SNF2 family of proteins: subfamilies with distinct sequences and functions // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. N 14. P. 2715-2723.

67. El-Osta A. Wolffe A.P. DNA methylation and histone deacetylation in the control of gene expression: basic biochemistry to human development and disease // Gene Expression. 2000. V. 9. P. 63-75.

68. Eltsov M., Maclellan K.M., Maeshima K., Frangakis A.S., Dubochet J. Analysis of cryo-electron microscopy images does not support the existence of 30-nm chromatin fibers in mitotic chromosomes in situ // Proc. Natl. Acad .Sci. USA. 2008. V. 105. P.19732-19737.

69. Espada J., Ballestar E., Santoro R., Fraga M.F., Villar-Garea A., Nemeth A., Lopez-Serra L., Ropero S., Aranda A., Orozco H., Moreno V., Juarranz A., Stockert J.C., Längst G., Grummt I., Bickmore W., Esteller M. Epigenetic disruption of ribosomal RNA genes and nucleolar architecture in DNA methyltransferase 1 (Dnmt1) deficient cells // Nucleic Acids Research. 2007. V. 35.N 7. P. 2191-2198.

70. Federico C., Bruno F., Ragusa D., Clements C.S., Brancato D., Henry M.P., Bridger J.M., Tosi S., Saccone S. Chromosomal Rearrangements and Altered Nuclear Organization: Recent Mechanistic Models in Cancer // Cancers. 2021.13(22):5860.

71. Feinberg A.P., Tycko B. The history of cancer epigenetics // Nat. Rev. Cancer. 2004. V. 4. N 2. P. 143-153.

72. Felsenfeld G., Groudine M. Controlling the double helix // Nature. 2003. V. 23. N 421 (6921). P. 448 - 453.

73. Finch J.T., Klug A. Solenoidal model for superstructure in chromatin // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Biochemistry. 1976. N. 6. V. 73. P. 1897-1901.

74. Flashner S., Swift M., Sowash A., Fahmy A.N., Azizkhan-Clifford J. Transcription factor Sp1 regulates mitotic chromosome assembly and segregation // Chromosoma. 2022. V. 131. N 3. P. 175-191.

75. Floutsakou I., Agrawal S., Nguyen T.T., Seoighe C., Ganley A.R.D., McStay B. The shared genomic architecture of human nucleolar organizer regions // Genome Research. 2013. V. 23. P. 2003-2012.

76. Fraser J., Williamson I., Bickmore W.A., Dostie J. An Overview of Genome Organization and How We Got There: from FISH to Hi-C // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2015. V. 79. N 3. P. 347 - 372.

77. Fraser P., Bickmore W. Nuclear organization of the genome and the potential for gene regulation // Nature. 2007 V. 447. P. 413-417.

78. French S.L., Osheim Y.N., Cioci F., Nomura M., Beyer A.L. In exponentially growing Saccharomyces cerevisiae cells, rRNA synthesis is determined by the summed RNA polymerase I loading rate rather than by the number of active genes // Molecular and Cellular Biology. 2003. V. 23. N 5. P. 1558-1568.

79. Fritz A., Dika M.El., Toor R.H., Rodriguez P.D., Foley S.J., Ullah R., Nie D., Banerjee B., Lohese D., Glass K.C., Frietze S., Ghule P.N., Heath J.L., Imbalzano A.N., van Wijnen A., Gordon J., Lian J.B., Stein J.L., Stein G.S. Epigenetic-mediated regulation of gene expression for biological control and cancer // Results Probl Cell Differ. 2022. 70: 339-373.

80. Fritz A.J., Sehgal N., Pliss A., Xu J., Berezney R. Chromosome territories and the global regulation of the genome // Genes Chromosomes Cancer. 2019. V. 58. N 7. P. 407-426.

81. Fu B., Ma H., Liu D. Essential roles of the nucleolus during early embryonic development: a regulatory hub for chromatin organization // Open Biol. 2024. 14(5):230358.

82. Gaydos L.J., Wang W., Strome, S. Gene repression. H3K27me and PRC2 transmit a memory of repression across generations and during development // Science. 2014. V. 345. N 6203. P. 1515-1518.

83. Gaszner M., Felsenfeld G. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms // Nature Reviews Genetics. 2006. V. 7. N 9. P. 703-713.

84. Ge Z., Liu H., Ji T., Liu Q., Zhang L., Zhu .P, Li L., Zhu L. Long non-coding RNA 00960 promoted the aggressiveness of lung adenocarcinoma via the miR-124a/SphK1 axis // Bioengineered. 2022. V. 13. N 1. P. 1276-1287.

85. Geng L.N., Yao Z., Snider L., Fong A.P., Cech J.N., Young J.M., van der Maarel S.M., Ruzzo W.L., Gentleman R.C., Tawil R., Tapscott S.J. DUX4 activates germline genes, retroelements, and immune mediators: implications for facioscapulohumeral dystrophy // Developmental Cell. 2012. V 22. N 1. P. 38 - 51.

86. Ghoshal K., Majumder S., Datta J., Motiwala T., Bai S., Sharma S.M., Frankel W., Jacob S.T. Role of human ribosomal RNA (rRNA) promoter methylation and of methyl-CpG-binding protein MBD2 in the suppression of rRNA gene expression // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. N 8. P. 6783 - 6793.

87. Gilbert N., Boyle S., Fiegler H., Woodfine K., Carter N.P., Bickmore W.A. Chromatin Architecture of the Human Genome: Gene-Rich Domains Are Enriched in Open Chromatin Fibers // Cell. 2004. V. 118. N 5. P. 555-566.

88. Gonzalez I.L., Sylvester J.E. Complete sequence of the 43-kb human ribosomal DNA repeat: analysis of the intergenic spacer // Genomics. 1995. V. 27. N

20. P. 320-328.

89. Graham F.L., Smiley J., Russell W.C., Nairn R. Characteristics of a human cell line transformed by DNA from human adenovirus type 5 // The Juornal of general virology. 1977. V. 36. N 1. P. 59 - 74.

90. Grigoryev S. A., Arya G., Correll S., Woodcock C. L., Schlick T. Evidence for heteromorphic chromatin fibers from analysis of nucleosome interactions // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2009. V. 106. N 32. P. 13317-13322.

91. Guelen L., Pagie L., Brasset, E., Meuleman W., Faza M. B., Talhout W., Eussen B.H, de Klein A., Wessels L., de Laat W., van Steensel B. Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions // Nature. 2008. V. 453. P. 948-951.

92. Guttman M., Amit I., Garber M., French C., Lin M.F., Feldser D., Huarte M., Zuk O., Carey B.W., Cassady J.P., Cabili M.N., Jaenisch R., Mikkelsen T.S., Jacks T., Hacohen N., Bernstein B.E., Kellis M., Regev A., Rinn J.L., Lander E.S. Chromatin signature reveals over a thousand highly conserved large non-coding RNAs in mammals // Nature. 2009. V. 458. N 7235. P. 223-227.

93. Hadjicharalambous M.R., Roux B.T., Csomor E., Feghali-Bostwick C.A., Murray L.A., Clarke D.L., Lindsay M.A. Long intergenic non-coding RNAs regulate human lung fibroblast function: Implications for idiopathic pulmonary fibrosis // Scientific Reports. 2019. 9(1):6020.

94. Hallgren J., Pietrzak M., Rempala G., Nelson P.T., Hetman M. Neurodegeneration-associated instability of ribosomal DNA // Biochim Biophys Acta. 2014. V. 1842. N 6. P. 860 - 868.

95. Han J., Zhang Z., Wang K. 3C and 3C-based techniques: the powerful tools for spatial genome organization deciphering // Molecular Cytogenetics. 2018. P. 11 -

21.

96. Hansen J.C. Conformational dynamics of the chromatin fiber in solution: determinants, mechanisms, and functions // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2002. N 31. P. 361 - 392.

97. Haring N.L., van Bree E.J., Jordaan W.S., Roels J.R.E., Sotomayor G.C., Hey T.M., White F.T.G., Galland M.D., Smidt M.P., Jacobs F.M.J. ZNF91 deletion in human embryonic stem cells leads to ectopic activation of SVA retrotransposons and up-regulation of KRAB zinc finger gene clusters // Genome Research. 2021. V. 31. N 4. P. 551 -563.

98. Harris H.L., Gu H., Olshansky M., Wang A., Farabella I., Eliaz Y., Kalluchi A., Krishna A., Jacobs M., Cauer G., Pham M., Rao S.S.P., Dudchenko O., Omer A., Mohajeri K., Kim S., Nichols M.H., Davis E.S., Gkountaroulis D., Udupa D., Aiden A.P., Corces V.G., Phanstiel D.H., Noble W.S., Nir G., Di Pierro M., Seo J.-S., Talkowski M.E., Aiden E.L., Rowley M.J. Chromatin alternates between A and B compartments at kilobase scale for subgenic organization // Nature Communications. 2023. 14: 3303.

99. Heidari N., Phanstiel D.H., He C., Grubert F., Jahanbani F., Kasowski M., Zhang M.Q., Snyder MP. Genome-wide map of regulatory interactions in the human genome // Genome Res. 2014. V. 24. N 12. P. 1905-1917.

100. Heliot L., Kaplan H., Lucas L., Klein C., Beorchia A., Doco-Fenzy M., Menager M., Thiry M., O'Donohue M.F., Ploton D. Electron tomography of metaphase nucleolar organizer regions: evidence for a twistedloop organization // Molecular Biology of the Cell. 1997. N 8. V. 11. P. 2199-2216.

101. Henderson A.S., Warburton D., Atwood K.C. Location of ribosomal DNA in the human chromosome complement // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1972. V. 69. N 11. P. 3394-3398.

102. Hepperger C., Otten S., von Hase J., Dietzel S. Preservation of large-scale chromatin structure in FISH experiments // Chromosoma. 2007. V. 116. N 2. P. 117133.

103. Hewitt J.E., Lyle R., Clark L.N., Valleley E.M., Wright T.J., Wijmenga C., van Deutekom J.C.T., Francis F., Sharpe P.T., Hofker M., Frants R.R., Williamson R.

Analysis of the tandem repeat locus D4Z4 associated with facioscapulohumeral muscular dystropothhy // Human Molecular Genetics. 1994. V. 3. N 8. P. 1287-1295.

104. Hirata Y., Takemori H., Furuta K., Kamatari Y.O., Sawada M. Ferroptosis induces nucleolar stress as revealed by live-cell imaging using thioflavin T // Curr Res. Pharmacol. Drug Discov. 2024. 8:7:100196.

105. Hirschhorn J.N., Brown S.A., Clark C.D., Winston F. Evidence that SNF2/SWI2 and SNF5 activate transcription in yeast by altering chromatin structure // Genes and Development. 1992. V. 6. N 12A. P. 2288-2298.

106. Hu G., Gong A.-Y., Wang Y., Ma S., Chen X., Chen J., Su C.-J., Shibata A., Strauss-Soukup J.K., Drescher K.M., Chen X.-M. LincRNA-Cox2 Promotes Late Inflammatory Gene Transcription in Macrophages through Modulating SWI/SNF-mediated Chromatin Remodeling // J. Immunol. 2016. V. 196. N 6. P. 2799-2808.

107. Hubert K.A., Wellikcorresponding D.M. Hox genes in development and beyond // Development. 2023. 150(1): dev192476.

108. Hult C., Adalsteinsson D., Vasquez P.A., Lawrimore J., Bennett M., York A., Cook D., Yeh E., Forest M.G., Bloom K. Enrichment of dynamic chromosomal crosslinks drive phase separation of the nucleolus // Nucleic Acids Research. 2017. V. 45. N 19. P. 11159-11173.

109. Iborra F.J., Pombo A., Jackson D.A., Cook P.R. Active RNA polymerases are localized within discrete transcription "factories" in human nuclei // Journal of Cell Science. 1996. V. 109. N 6. P. 1427-1436.

110. Ishiguro K.-i. The cohesin complex in mammalian meiosis // Genes Cells. 2019. V. 24. N 1. P. 6 - 30.

111. Jacobs J.J., Kieboom K., Marino S., DePinho R.A., van Lohuizen M. The oncogene and Polycomb-group gene bmi-1 regulates cell proliferation and senescence through the ink4a locus // Nature. 1999. V. 39. N 6715. P. 164-168.

112. Jackson D.A., Cook P.R. Transcription occurs at a nucleoskeleton // EMBO J. 1985. V. 4. P. 919-925.

113. Jana S., Jana J., Patra K., Mondal S., Bhat J., Sarkar A., Sengupta P., Biswas A., Mukherjee M., Tripathi S.P., Gangwal R., Hazra J., Sangamwar A.T., Mukherjee

G., Bhattacharjee S., Mandal D.P., Chatterjee S. LINCRNA00273 promotes cancer metastasis and its G-Quadruplex promoter can serve as a novel target to inhibit cancer invasiveness // Oncotarget. 2017. V. 8. N 66. P. 110234-110256.

114. Janssen A., Colmenares S.U., Karpen G.H. Heterochromatin: Guardian of the Genome // Annual Review of Cell and Developmental Biology. 2018. V. 34. N 1. P. 8.1-8.24.

115. Jantzen H.M., Admon A., Bell S.P., Tjian R. Nucleolar transcription factor hUBF contains a DNA-binding motif with homology to HMG protein // Nature. 1990. V. 344. N 6269. P. 830 - 836.

116. Jerkovic I., Szabo Q., Bantignies F., Cavalli G. Higher-Order Chromosomal Structures Mediate Genome Function // J. Mol. Biol. 2020. V. 432. N 3. P. 676-681.

117. Jiang C., Pugh B. F. Nucleosome positioning and gene regulation: advances through genomics // Nat. Rev. Genet. 2009. V. 10. N 3. P. 161-172.

118. Jiang D., Li T., Guo C., Tang T.-S., Liu H. Small molecule modulators of chromatin remodeling: from neurodevelopment to neurodegeneration // Cell and Bioscience. 2023. 13:10.

119. Joti Y., Hikima T., Nishino Y., Kamada F., Hihara S., Takata H., Ishikawa T., Maeshima K. Chromosomes without a 30-nm chromatin fiber // Nucleus. 2012. V. 3. N 5. P. 404-410.

120. Kaplan N., Moore I.K., Fondufe-Mittendorf Y., Gossett A.J., Tillo D., Field Y., LeProust E.M., Hughes T.R., Lieb J.D., Widom J., Segal E. The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome // Nature. 2009. V. 19. N 458 (7236). P. 362-366.

121. Karmodiya K., Krebs A.R., Oulad-Abdelghani M., Kimura H., Tora L. H3K9 and H3K14 acetylation co-occur at many gene regulatory elements, while H3K14ac marks a subset of inactive inducible promoters in mouse embryonic stem cells // BMC Genom. 2012. 13:424.

122. Kawamura-Saito M., Yamazaki Y., Kaneko K., Kawaguchi N., Kanda H., Mukai H., Gotoh T., Motoi T., Fukayama M., Aburatani H., Takizawa T., Nakamura T. Fusion between CIC and DUX4 up-regulates PEA3 family genes in Ewing-like

sarcomas with t(4;19)(q35;q13) translocation // Human Molecular Genetics. 2006. V. 15. N 13. P. 2125-2137.

123. Kennison J. A., Tamkun J. W. Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapedia mutations in Drosophila // PNAS USA. 1988. V. 85. N 21. P. 81368140.

124. Kermekchiev M., Workman J.L., Pikaard C.S. Nucleosome binding by the polymerase I transactivator upstream binding factor displaces linker histone H1 // Molecular and Cellular Biology. 1997. V. 17. N 10. P. 5833-5842.

125. Khalil A.M., Guttman M., Huarte M., Garber M., Raj A., Morales D.R., Thomas K., Presser A., Bernstein B.E., van Oudenaarden A., Regev A., Lander E.S., Rinn J.L. Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression // PNAS. 2009. V. 106. N 28. P. 11667-11672.

126. Kilchherr F., Baumgartner S., Bopp D., Frei E., Noll M. Isolation of the paired gene of Drosophila and its spatial expression during early embryogenesis // Nature. 1986. V. 321. P. 493-499.

127. Kim M., Wang P., Clow P.A., Chien I.E., Wang X., Peng J., Chai H., Liu X., Lee B., Ngan C.Y., Yue F., Milenkovic O., Chuang J.H., Wei C.-L., Casellas R., Cheng A.W., Ruan Y. Multifaceted roles of cohesin in regulating transcriptional loops // bioRxiv.2024. 27:2024.03.25.586715.

128. Kim S.-M., Dubey D.D., Huberman J.A. Early-replicating heterochromatin // Genes Development. 2003. V. 17. N 3. P. 330-335.

129. Kiteyski-LeBlanc J.L.,Yuwen T., Dyer P.N., Rudolph J., Luger K., Kay L.E. Investigating the dynamics of destabilized nucleosomes using methyl-TROSY NMR // J. American Chemical Society 2018. V. 140. N 14. P. 4774-4777.

130. Klose R.J., Bird A.P. Genomic DNA methylation: the mark and its mediators // Trends Biochem. Sci. 2006. V. 31. N 2. P. 89 - 97.

131. Klug A. The discovery of zinc fingers and their development for practical applications in gene regulation and genome manipulation // Q Rev Biophys. 2010. V. 43. N 1. P. 1-21.

132. Kolberg L., Raudvere U., Kuzmin I., Adler P., Vilo J. Peterson H. g:Profiler--interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update) // Nucleic Acids Research. 2023. V. 51. W207-W212.

133. Koopmans W.J., Brehm A., Logie C., Schmidt T., van Noort J. Single-pair FRET microscopy reveals mononucleosome dynamics // J. Fluoresc. 2007. V. 17. N 6. P. 785-795.

134. Kornberg R. D. Structure of chromatin // Annu. Rev. Biochem. 1977. V. 46. P. 931-954.

135. Kouzarides T. Chromatin Modifications and Their Function // Cell. 2007. № 128. P. 693-705.

136. Kowaljow V., Marcowycz A., Ansseau E., Condea C.B., Sauvage S., Matteotti C., Ariasa C., Corona E. D., Nunez N.G., Leo O., Wattiez R., Figlewicz D., Laoudj-Chenivesse D., Belayew A., Coppee F., Rosaag A.L. The DUX4 gene at the FSHD1A locus encodes a pro-apoptotic protein // Neuromuscular Disorders. 2007. V. 17. N 8. P. 611-623.

137. Kraushar M.L., Popovitchenko T., Volk N.L., Rasin M.R. The frontier of RNA metamorphosis and ribosome signature in neocortical development // Int. J. Dev. Neurosci. 2016. 55: 131-139.

138. Krol J., Loedige I., Filipowicz W. The widespread regulation of microRNA biogenesis, function and decay // Nature Reviews Genetics. 2010. V. 11. P. 597-610.

139. Kuleshov M.V., Jones M.R., Rouillard A.D., Fernandez N.F., Duan Q., Wang Z., Koplev S., Jenkins S.L., Jagodnik K.M., Lachmann A., McDermott M.G., Monteiro C.D., Gundersen G.W., Ma'ayan A. Enrichr: A comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update // Nucleic Acids Res. 2016. V. 44. N W1. W90-W97.

140. Küpper K., Kölbl A., Biener D., Dittrich S., von Hase J., Thormeyer T., Fiegler H., Carter N.P., Speicher M.R., Cremer T., Cremer M. Radial chromatin positioning is shaped by local gene density, not by gene expression // Chromosoma. 2007. V. 116. N 3. P. 285-306.

141. Kyrion G., Liu K., Liu C., Lustig A. J. RAP1 and telomere structure regulate telomere position effects in Saccharomyces cerevisiae // Genes Development. 1993. V. 7. P. 1146 - 1159.

142. Laity J.H., Lee B.M., Wright P.E. Zinc finger proteins: new insights into structural and functional diversity // Curr. Opin. Struct. Biol. 2001. V. 11. N 1. P. 39-46.

143. Lando D., Basu S., Stevens T.J., Riddell A., Wohlfahrt K.J., Cao Y., Boucher W., Leeb M., Atkinson L.P., Lee S.F., Hendrich B., Klenerman D., Laue E.D. Combining fluorescence imaging with Hi-C to study 3D genome architecture of the same single cell // Nature Protocols. 2018 V. 13. N 5. P. 1034-1061.

144. Langmore J.P., Paulson J.R. Low angle x-ray diffraction studies of chromatin structure in vivo and in isolated nuclei and metaphase chromosomes // J. Cell Biol. 1983. V. 96. N 4. P. 1120-1131.

145. Larsen D.H., Stucki M. Nucleolar responses to DNA double strand breaks // Nucleic Acids Res. 2016. V. 44. N 2. P. 538-544.

146. Learned R.M., Cordes S., Tjian R. Purification and characterization of a transcription factor that confers promoter specificity to human RNA poymerase I // Molecular and Cellular Biology. 1985. V. 5. N 6. P. 1358-1369.

147. Lee Y.S., Dutta A. MicroRNAs in cancer // Annu. Rev. Pathol. 2009. V. 4. P. 199-227.

148. Lemmers R.J.L.F., van der Vliet P.J., Vreijling J.P., Henderson D., van der Stoep N., Voermans N., van Engelen B., Baas F., Sacconi S., Tawil R., van der Maarel S.M. Cis D4Z4 repeat duplications associated with facioscapulohumeral muscular dystrophy type 2 // Human Molecular Genetics. 2018. Vol. 27. N20. P. 3488-3497.

149. Lesne A., Riposo J., Roger P., Cournac A., Mozziconacci J. 3D genome reconstruction from chromosomal contacts // Nature Methods. 2014. V. 11. N 11. P. 1141-1143.

150. Lewis E.B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila // Nature. 1978. V. 276. N 5688. P. 565-570.

151. Li J., Santoro R., Koberna K., Grummt I. The chromatin remodeling complex NoRC controls replication timing of rRNA genes // EMBO J. 2005. V. 24. N 1. P. 120-127.

152. Li X., Luo O.J., Wang P., Zheng M., Wang D., Piecuch E., Zhu J.J., Tian S.Z., Tang Z.,Li G., Ruan Y. Long-read ChIA-PET for base-pair-resolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions // Nat Protocols. 2017. V. 12. N 5. P. 899915.

153. Liao F., Zhong Q., Liang X., Zhao W., Liang T., Zhu L., Li T., Long J., Su L. A Potential Immune-Related miRNAs Regulatory Network and Corresponding Diagnostic Efficacy in Schizophrenia // Neurochemical Research. 2023. V. 48. N 9. P. 2784-2793.

154. Lieberman-Aiden E., van Berkum N.L., Williams L., Imakaev M., Ragoczy T., Telling A., Amit I., Lajoie B.R., Sabo P.J., Dorschner M.O., Sandstrom R., Bernstein B., Bender M.A., Groudine M., Gnirke A., Stamatoyannopoulos J., Mirny L.A., Lander E.S., Dekker J. Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome // Science. 2009. V. 326. N 5950. P. 289-293.

155. Liu C.L., Kaplan T., Kim M., Buratowski S., Schreiber S.L., Friedman N., Rando O.J. Single-nucleosome mapping of histone modifications in S. cerevisiae // PLoS Biology. 2005. V. 3, № 10. P. 1753-1769.

156. Liu D., Li X., Zeng B., Zhao Q., Chen H., Zhang Y., Chen Y., Wang J., Xing H.R. Exosomal microRNA-4535 of Melanoma Stem Cells Promotes Metastasis by Inhibiting Autophagy Pathway // Stem Cell Rev Rep. 2023. V 19. N 1. P. 155-169.

157. Liu Y., Zeng D., Gao Y. ZNF692 promotes the migration and response to immunotherapy of clear cell renal cell carcinoma cells by targeting metabolic pathway // Discover Oncology. 2024. 15(1):158.

158. Loewer S., Cabili M.N., Guttman M., Loh Y.-H., Thomas K., Park I.H., Garber M., Curran M., Onder T., Agarwal S., Manos P.D., Datta S., Lander E.S., Schlaeger T.M., Daley G.Q., Rinn J.L.Large intergenic non-coding RNARoR modulates reprogramming of human induced pluripotent stem cells // Nat Genet. 2010. V. 42. N 12. P. 1113-1117.

159. López-Jiménez E., González-Aguilera C. Role of Chromatin Replication in Transcriptional Plasticity, Cell Differentiation and Disease // Genes. 2022. 13(6): 1002.

160. Love M.I., Huber W., Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 // Genome Biology. 2014. 15:550.

161. Lozzio C.B., Lozzio B.B. Human chronic myelogenous leukemia cell-line with positive Philadelphia chromosome // Blood. 1975. V. 45. N 3. P. 321-334.

162. Luger K., Mader A.W., Richmond R.K., Sargent D.F., Richmond T.J. Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A°resolution // Natur e. 1997. V. 389. N 6648. P. 251-260.

163. Lyon M.F. Gene Action in the X-chromosome of the Mouse (Mus musculus L.) // Nature. 1961. V. 190. N 4773. P. 372-373.

164. Ma F., Cao Y., Du H., Braikia F.Z., Zong L., Ollikainen N., Bayer M., Qiu X., Park B., Roy R., Nandi S., Sarantopoulou D., Ziman A., Bianchi A.H., Beerman I., Zhao K., Grosschedl R., Sen R. Three-dimensional chromatin reorganization regulates B cell development during ageing // Nature Cell Biology. 2024. V. 26. P. 991-1002.

165. Maden B.E.H., Dent C.L., Farrell T.E., GARDE J., McCallum F.S., Wakeman J.A. Clones of human ribosomal DNA containing the complete 18 S-rRNA and 28 S-rRNA genes. Characterization, a detailed map of the human ribosomal transcription unit and diversity among clones // Biochemistry Journal. 1987. N 246. P. 519-527.

166. Magaña-Acosta M., Valadez-Graham V. Chromatin Remodelers in the 3D Nuclear Compartment // Front. Genet. 2020. 11:600615.

167. Mahy N.L., Perry P E., Bickmore W.A. Gene density and transcription influence the localization of chromatin outside of chromosome territories detectable by FISH // The Journal of Cell Biology. 2002. V. 159. N 5. P. 753-763.

168. Malatesta M., Gazzanelli G., Battistelli S., Martin T.E., Amalric F., Fakan S. Nucleoli undergo structural and molecular modifications during hibernation // Chromosoma. 2000. V. 109. N 7. P. 506-513.

169. Mansisidor A.R. Risca V.I. Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights // Nucleus. 2022. V. 13. N 1. P. 236-276.

170. Marilley M. Pasero P. Common DNA structural features exhibited by eukaryotic ribosomal gene promoters // Nucleic Acids Research. 1996. V. 24. N 12. P. 2204-2211.

171. Masiello I., Biggiogera M. Ultrastructural localization of 5-methylcytosine on DNA and RNA // Cellular and Molecular Life Sciences. 2017. V. 74. N 16. P. 30573064.

172. Mavrich T.N, Ioshikhes I.P., Venters B. J., Jiang C., Tomsho L.P., Qi J., Schuster S.C., Albert I., Pugh F. B. A barrier nucleosome model for statistical positioning of nucleosomes throughout the yeast genome // Genome Res. 2008. V. 18. N 7. P. 1073-1083.

173. Mazina M.Yu., Vorobyeva N.E. Chromatin Modifiers in Transcriptional Regulation: New Findings and Prospects // Acta Naturae. 2021. V. 13. N 1. P. 16-30.

174. McDermott P.J., Rothblum L.I., Smith D., Morgan H.E. Accelerated rates of ribosomal RNA synthesis during growth of contracting heart cells in culture // Journal of Biological Chemistry. 1989. V. 264. N 30. P. 18220-18227.

175. McStay B. Nucleolar organizer regions: genomic 'dark matter' requiring illumination // Genes. Dev. 2016. V. 30. P. 1598-1610.

176. Methot S.P., Padeken J., Brancati G., Zeller P., Delaney C.E., Gaidatzis D., Kohler H., van Oudenaarden A., Großhans H., Gasser S.M. H3K9me selectively blocks transcription factor activity and ensures differentiated tissue integrity // Nature Cell Biology. 2021. V. 23. P. 1163-1175.

177. Millar C.B., Xu F., Zhang K., Grunstein M. Acetylation of H2AZ Lys 14 is associated with genome-wide gene activity in yeast // Genes and Development. 2006. V. 20. N 6. P. 711 - 720.

178. Molumby M.J., Keeler A.B., Weiner J.A. Homophilic Protocadherin Cell-Cell Interactions Promote Dendrite Complexity // Cell Reports. 2016. N 15. V. 5. P. 1037-1050.

179. Montanaro L., Trere' D., Derenzini M. Nucleolus, Ribosomes, and Cancer // The American Journal of Pathology. 2008. V. 173. N 2. P. 301 - 310.

180. Murga M., Jaco I., Fan Y., Soria R., Martinez-Pastor B., Cuadrado M., Yang S.-M., Blasco M.A., Skoultchi A.I., Fernandez-Capetill O. Global chromatin compaction limits the strength of the DNA damage response // J. Cell Biol. 2007. V. 178. N 7. P. 1101-1108.

181. Nakamura R.M. Overview and Principles of In-Situ Hybridization // Clinical Biochemistry. 1990. V. 23. P. 255 - 259.

182. Nemeth A., Langst G. Genome organization in and around the nucleolus // Trends in Genetics. 2011. V. 27. N 4. P. 149-156.

183. Nora E.P., Lajoie B.R., Schulz E.G., Giorgetti L., Okamoto I., Servant N., Piolot T., van Berkum N.L., Meisig J., Sedat J., Gribnau J., Barillot E., Blüthgen N., Dekker J., Heard E. Spatial partitioning of the regulatory landscape of the X-inactivation Centre // Nature. 2012. V. 485. N 7398. P. 381-385.

184. O'Connor L., Gilmour J., Bonifer C. The Role of the Ubiquitously Expressed Transcription Factor Sp1 in Tissue-specific Transcriptional Regulation and in Disease // Yale J. Biol. Med. 2016. V. 89. N 4. P. 513-525.

185. Olson M.O.J., Dundr M., Szebeni A. The nucleolus: an old factory with unexpected capabilities // Trends in Cell Biology. 2000. V. 10. N 5. P. 189-196.

186. Ono T., Losada A., Hirano M., Myers M.P., Neuwald A.F., Hirano T. Differential contributions of condensin I and condensin II to mitotic chromosome architecture in vertebrate cells // Cell. 2003. V. 115. N 1. P. 109 - 121.

187. O'Sullivan J.M., Sontam D.M., Grierson R., Jones B. Repeated elements coordinate the spatial organization of the yeast genome // Yeast. 2009. V. 26. N 2. P. 125 - 138.

188. Oudet P., Gross-Bellard M., Chambon P. Electron microscopic and biochemical evidence that chromatin structure is a repeating unit // Cell. 1975. V. 4. P. 281-300.

189. Palmer D.K., O'Day K., Wener M.H., Andrews B.S., Margolis R.L. A 17-kD centromere protein (CENP-A) copurifies with nucleosome core particles and with histones // The Journal of Cell Biology. 1987. V. 104. N 4. P. 805-815.

190. Panov K.I, Friedrich J.K, Russell J., Zomerdijk J.C. UBF activates RNA polymerase I transcription by stimulating promoter escape // EMBO Journal. 2006. V. 25. N 14. P. 3310-3322.

191. Pardue M. L., Gall J. G. Chromosomal Localization of Mouse Satellite DNA // Science. 1970. V. 168. N 3937. P. 1356-1358.

192. Parker K.A., Bond U. Analysis of pre-rRNAs in heat-shocked HeLa cells allows identification of the upstream termination site of human polymerase I transcription // Molecular and Cellular Biology. 1989. V. 9. N 6. P. 2500-2512.

193. Parks M.M., Kurylo C.M., Dass R.A., Bojmar L., Lyden D., Vincent C. T., Blanchard S.C. Variant ribosomal RNA alleles are conserved and exhibit tissue-specific expression // Sci. Adv. 2018. 4(2):eaao0665.

194. Paulsen J., Gramstad O., Collas P. Manifold based optimization for single-cell 3D genome reconstruction // PLoS Comput. Biol. 2015. 11(8): e1004396.

195. Paulson J.R., Laemmli U. K. The structure of histone depleted chromosomes // Cell.1977. V. 12. N 3. P. 817-828.

196. Paulson J.R, Langmore J.P. Low angle x-ray diffraction studies of HeLa metaphase chromosomes: effects of histone phosphorylation and chromosome isolation procedure // J. Cell Biol. 1983. V. 96. N 4. P. 1132-1137.

197. Peng T., Hou Y., Meng H., Cao Y., Wang X., Jia L., Chen Q., Zheng Y., Sun Y., Chen H., Li T., Li C. Mapping nucleolus-associated chromatin interactions using nucleolus Hi-C reveals pattern of heterochromatin interactions // Nature Communications. 2023. 14:350.

198. Perisic O., Collepardo-Guevara R. Schlick T. Modeling studies of chromatin fiber structure as a function of DNA linker length // J. Mol. Biol. 2010. V. 403. N 5. P. 777-802.

199. Pickersgill H., Kalverda B., de Wit E., Talhout W., Fornerod M., van Steensel B. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina // Nature Genetics. 2006. V. 38. N 9. P. 1005-1014.

200. Pimpinelli S. The functional and structural organization of Drosophila heterochromatin // Chromosomes Today. 2000. V. 13. P. 29-43.

201. Poirier M.G., Oh E., Tims H.S., Widom J. Dynamics and function of compact nucleosome arrays // Nat. Struct. Mol. Biol. 2009. V. 16. P. 938-944.

202. Pope D. R., Ryba T., Dileep V., Yue F., Wu W., Denas O., Vera D.L., Wang Y., Hansen R. S., Canfield T.K., Thurman R.E., Cheng Y., Gülsoy G., Dennis J.H., Snyder M.P., Stamatoyannopoulos J.A., Taylor J., Hardison R.C., Kahveci T., Ren B., Gilbert D.M. Topologically associated domains are stable units or replication-timing regulation // Nature. 2014. V. 515. P. 402-405.

203. Rattner J.B., Lin C.C. Radial loops and helical coils coexist in metaphase chromosomes // Cell. 1985. V. 42. N 1. P. 291-296.

204. Ravanat J.L., Douki T., Cadet J. Direct and indirect effects of UV radiation on DNA and its components // J. Photochem. Photobiol. B. 2001. V. 63. N 1-3. P. 88102.

205. Reimand J., Kull M., Peterson H., Hansen J., Vilo J. g:Profiler— a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments // Nucleic Acids Res. 2007, V. 35. W193-W200.

206. Ricci M. A., Manzo C., García-Parajo M. F., Lakadamyali M., and Cosma M. P. Chromatin fibers are formed by heterogeneous groups of nucleosomes in vivo // Cell. 2015. V. 160. P. 1145-1158.

207. Richmond T. J., Davey C. A. The structure of DNA in the nucleosome core // Nature. 2003. V. 423. P. 145-150.

208. Richter K., Haslbeck M., Buchner J. The heat shock response: life on the verge of death // Molecular Cell. 2010. N 40. V. 2. P. 253-266.

209. Robson M.I., Ringel A.R., Mundlos S. Regulatory Landscaping: How Enhancer-Promoter Communication Is Sculpted in 3D // Mol. Cell. 2019. V. 74. N 6. P. 1110-1122.

210. Rodríguez-Navarro S., Fischer T., Luo M.-J., Antúnez O., Brettschneider S., Lechner J., Pérez-Ortín J.E., Reed R., Hurt E. Susi, a functional component of the SAGA histone acetylase complex and the nuclear pore-associated mRNA export machinery // Cell. 2004. V. 116. N 1. P. 75-86.

211. Rowley M.J., Corces V.G. Organizational principles of 3D genome architecture // Nat Rev Genet. 2018. V. 19. N 12. P. 789 - 800.

212. Russell J., Zomerdijk J.C.B.M. RNA-polymerase-I-directed rDNA transcription, life and works // Trends. Biochem. Sci. 2005. V. 30. N 2. P. 87 - 96.

213. Sadgopal A., Bonner J. Proteins of interphase and metaphase chromosomes compared // Biochim. Biophys. Acta. 1970. N 207. P. 227 - 239.

214. Sadoni N., Langer S., Fauth C., a Bernardi G., Cremer T., Turner B.M., Zinka D. Nuclear organization of mammalian genomes. Polar chromosome territories build up functionally distinct higher order compartments // The Journal of Cell Biology. 1999. V. 146. N 6. P. 1211-1226.

215. Salzman N.P., Moore D.E., Mendelsohn J. Isolation and characterization of human metaphase chromosomes // Proc. Nat. Acad. Sci. U.S. 1966. N 56. V.5. P. 1449 - 1456.

216. Santoro R., Grummt I. Molecular mechanisms mediating methylation-dependent silencing of ribosomal gene transcription // Mol. Cell. 2001. V. 8. N 3. P. 719-725.

217. Santoro R., Li J., Grummt I. The nucleolar remodeling complex NoRC mediates heterochromatin formation and silencing of ribosomal gene transcription // Nat. Genet. 2002. V. 32. P. 393-396.

218. Sati S., Cavalli G. Chromosome conformation capture technologies and their impact in understanding genome function // Chromosoma. 2017. V. 126. N 1. P. 33-44.

219. Savic N., Bär D., Leone, S., Fromme S.C., Weber F.A., Vollenweider E., Ferrari E., Ziegler U., Kaech A., Shakhova O., Cinelli P., Santoro R. lncRNA Maturation to Initiate Heterochromatin Formation in the Nucleolus is Required for Exit from Pluripotency in ESCs // Stem Cell 2014. V. 15. P. 720-734.

220. Schoelz J.M., Riddle N.C. Functions of HP1 proteins in transcriptional Regulation // Epigenetics & Chromatin. 2022. 15:14.

221. Schuettengruber B., Chourrout D., Vervoort M., Leblanc B., Cavalli G. Genome regulation by polycomb and trithorax proteins // Cell. 2007. V. 128. N 4. P. 735 - 745.

222. Sedat J., Manuelidis L. A direct approach to the structure of eukaryotic chromosomes // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1977. N 42. P. 331-350.

223. Sehgal P., Chaturvedi P. Chromatin and Cancer: Implications of Disrupted Chromatin Organization in Tumorigenesis and Its Diversification // Cancers. 2023. 15(2): 466.

224. Sengupta P., Roy A., Roy L., Bose D., Halder S., Jana K., Mukherjee G., Chatterjee S. Long non-coding intergenic RNA, LINC00273 induces cancer metastasis and sternness via miRNA sponging in triple negative breast cancer // International Journal of Biological Macromolecules. 2024. 274. Pt 1:132730.

225. Sexton T., Cavalli G. The role of chromosome domains in shaping the functional genome // Cell. 2015. V. 160. N 6. P. 1049-1059.

226. Sexton T., Yaffe E., Kenigsberg E., Bantignies F., Leblanc B., Hoichman M., Parrinello H., Tanay A., Cavalli G. Three-Dimensional Folding and Functional Organization Principles of the Drosophila Genome // Cell. 2012. V. 148. P. 458-472.

227. Shaw G., Morse S., Ararat M., Graham F.L. Preferential transformation of human neuronal cells by human adenoviruses and the origin of HEK 293 cells // FASEB J. 2002. N 16. V. 8. P. 869-971.

228. Shen X., Xiao H., Ranallo R., Wu W.H., Wu C. Modulation of ATPdependent chromatin-remodeling complexes by inositol polyphosphates // Science. 2003. V. 299. N 5603. P. 112-114.

229. Shimizu A., Fujimori H., Minakawa Y., Matsuno Y., Hyodo M., Murakami Y., Yoshioka K.-I. Onset of deaminase APOBEC3B induction in response to DNA double-strand breaks // Biochem. Biophys. Rep. 2018. V. 16. P. 115-121.

230. Shin Y., Berry J., Pannucci N., Haataja M.P., Toettcher J.E., Brangwynne C.P. Spatiotemporal Control of Intracellular Phase Transitions Using Light-Activated optoDroplets // Cell. 2017. V. 168. N 1 - 2. P. 159 - 171.

231. Simonis M., Klous P., Splinter E., Moshkin Y., Willemsen R., de Wit E., van Steensel B., de Laat W. Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C) // Nature Genetics. 2006. V. 38. N 11. P. 1348-1354.

232. Sirvent N., Trassard M., Ebran N., Attias R., Pedeutour F. Fusion of EWSR1 with the DUX4 facioscapulohumeral muscular dystrophy region resulting from t(4;22)(q35;q12) in a case of embryonal rhabdomyosarcoma // Cancer Genetics and Cytogenetics. 2009. V. 195. N 1. P. 12 - 18.

233. Smimov E., Molínová P., Chmúrciaková N., Vacík T., Cmarko D. Non-canonical DNA structures in the human ribosomal DNA // Histochem. Cell Biol. 2023. V. 160. N 6. P. 499 -515.

234. Spilianakis C.G., Lalioti M.D., Town T., Lee G.R., Flavell R.A. Interchromosomal associations between alternatively expressed loci // Nature. 2005. V.435. P. 637-645.

235. Statello L., Guo C.J., Chen L.L., Huarte M. Gene regulation by long non-coding RNAs and its biological functions // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2021. V. 22. N 2. P. 96-118.

236. Stempor P., Ahringer J. SeqPlots-Interactive software for exploratory data analyses: Pattern discovery and visualization in genomics // Wellcome Open Res. 2016. 15:1:14.

237. Sterner D.E., Berger S.L. Acetylation of histones and transcription-related factors // Molecular Biology Reviews. 2000. V. 64. N 2. P. 435-459.

238. Strahl B.D., Allis C. D. The language of covalent histone modifications // Nature. 2000. V. 403. N 6765. P. 41-45.

239. Strohner R., Nemeth A., Jansa P., Hofmann-Rohrer U., Santoro R., Längst G., Grummt I. NoRC—a novel member of mammalian ISWI-containing chromatin remodeling machines // EMBO J. 2001. V. 20. N 17. P. 4892-4900.

240. Sun F. L., Cuaycong M. H., Elgin S. C. Long-range nucleosome ordering is associated with gene silencing in Drosophila melanogaster pericentric heterochromatin // Molecular and Cellular Biology. 2001. V. 21. N 8. P. 2867 - 2879.

241. Sylvester J.E., Whiteman D.A., Podolsky R., Pozsgay J.M., Respess J., Schmickel R.D. The human ribosomal RNA genes: structure and organization of the complete repeating unit // Hum Genetics. 1986. V. 73. N3. P. 193-198.

242. Tartakoff A., DiMario P., Hurt E., McStay B., Panse V.G., Tollervey D. The dual nature of the nucleolus // Genes & Development. 2022. V. 36. P. 765-769.

243. Tchurikov N.A., Alembekov I.R., Klushevskaya E.S., Kretova A.N., Keremet A.M., Sidorova A.E., Meilakh P.B., Chechetkin V.R., Kravatskaya G.I., Kravatsky Y.V. Genes Possessing the Most Frequent DNA DSBs Are Highly Associated with Development and Cancers, and Essentially Overlap with the rDNA-Contacting Genes // Int. J. Mol. Sci. 2022. 23(13):7201.

244. Tchurikov N.A., Fedoseeva D.M., Sosin D.V., Snezhkina A.V., Melnikova N.V., Kudryavtseva A.V., Kravatsky Y.V., Kretova O.V. Hot spots of DNA doublestrand breaks and genomic contacts of human rDNA units are involved in epigenetic regulation // Journal of Molecular Cell Biology. 2015. V. 7. N 4. P. 366-382.

245. Tchurikov, N.A.; Kretova, O.V.; Fedoseeva, D.M.; Sosin, D.V.; Grachev, S.A.; Serebraykova, M.V.; Romanenko, S.A.; Vorobieva, N.V.; Kravatsky, Y.V. DNA double strand breaks coupled with PARP1and HNRNPA2B1 binding sites flank coordinately expressed domains in human chromosomes // PLoS Genet. 2013, 9, e1003429.

246. Tchurikov N.A., Yudkin D.V., Gorbacheva M.A., Kulemzina A.I., Grischenko I.V., Fedoseeva D.M., Sosin D.V., Kravatsky Y.V., Kretova O.V. Hot spots of DNA double-strand breaks in human rDNA units are produced in vivo // Sci. Rep. 2016. 6:25866.

247. Teves S.S., Henikoff S. DNA torsion as a feedback mediator of transcription and chromatin dynamics // Nucleus. 2014. V. 5. P. 211-218.

248. Thiry M., Thiry-Blaise L. In situ hybridization at the electron microscopic level: an improved method for the precise localization of ribosomal DNA and RNA // European Journal of Cell Biology. 1989. V. 50. N 1. P. 235-243.

249. Thomas J.O. Histone H1: location and role // Current Opinion in Cell Biology. 1999. V. 11. N 3. P. 312-317.

250. Thompson B., Davidson E.A., Liu W., Nebert D.W., Bruford E.A., Zhao H., Dermitzakis E.T., Thompson D.C., Vasiliou V. Overview of PAX gene family: analysis

of human tissue-specific variant expression and involvement in human disease // Hum. Genet. 2021. V. 140. N 3. P. 381-400.

251. Thoms H.C., Stark L.A. The NF-kB Nucleolar Stress Response Pathway // Biomedicines. 2021. 9(9):1082.

252. Tiku V., Jain C., Raz Y., Nakamura S., Heestand B., Liu W., Späth M., Suchiman H. E. D., Müller R.-U., Slagboom P. E., Partridge L., Antebi A. Small nucleoli are a cellular hallmark of longevity // Nature communications. 2017. 8:16083.

253. Torrano V., Chernukhin I., Docquier F., D'Arcy V., Leon J., Klenova E., Delgado M.D. CTCF regulates growth and erythroid differentiation of human myeloid leukemia cells // The Journal of Biological Chemistry. 2005. V. 280. N 30. P. 28152-28161.

254. Uppaluri S., Weber S.C., Brangwynne C. P. Hierarchical size scaling during multicellular growth and development // Cell Reports. 2016. V. 17. N 2. P. 345-352.

255. Valouev A., Ichikawa J., Tonthat T., Stuart J., Ranade S., Peckham H., Zeng K., Malek J.A., Costa G., McKernan K., Sidow A., Fire A., Johnson S.M. A highresolution, nucleosome position map of C. elegans reveals a lack of universal sequence-dictated positioning // Genome Res. 2008. V. 18. N 7. P. 1051-1063.

256. van Bortle K., Corces V.G. Nuclear organization and genome function // Annu. Rev. Cell. Dev. Biol. 2012. V. 28. P. 163-187.

257. van de Nobelen S., Rosa-Garrido M., Leers J., Heath H., Soochit W., Joosen L., Jonkers I., Demmers J., van der Reijden M., Torrano V., Grosveld F., Delgado M.D., Renkawitz R., Galjart N., Sleutels F. CTCF regulates the local epigenetic state of ribosomal DNA repeats // Epigenetics Chromatin. 2010. V. 3. N 1:19.

258. van de Werken H.J., Landan G., Holwerda S.J., Hoichman M., Klous P., Chachik R., Splinter E., Valdes-Quezada C., Oz Y., Bouwman B.A., Verstegen Marjon. J., de Wit E., Tanay A., de Laat W. Robust 4C-seq data analysis to screen for regulatory DNA interactions // Nat Methods. 2012. V. 9. N 10. P. 969-972.

259. van der Maarel S.M., Tawil R., Tapscott S.J. Facioscapulohumeral muscular dystrophy and DUX4: breaking the silence // Trends Mol Med. 2011. V. 17. P. 252258.

260. van Koningsbruggen S., Gierlinski M., Schofield P., Martin D., Barton G.J., Ariyurek Y., den Dunnen J.T., Lamond A.I. High-resolution whole-genome sequencing reveals that specific chromatin domains from most human chromosomes associate with nucleoli // Molecular Biology of the Cell. 2010. V. 21. N 21. P. 3735 - 2748.

261. van Ruiten M.S., Rowland B.D. On the choreography of genome folding: A grand pas de deux of cohesin and CTCF // Current Opinion in Cell Biology. 2021. V. 70. P. 84 - 90.

262. van Sluis M., Gailin M.O., McCarter J.G.W., Mangan H., Grob A., McStay B. Human NORs, comprising rDNA arrays and functionally conserved distal elements, are located within dynamic chromosomal regions // Genes. Dev. 2019. V. 33. N 23-24. P. 1688-1701.

263. van Sluis M., van Vuuren C., Mangan H., McStay B. NORs on human acrocentric chromosome p-arms are active by default and can associate with nucleoli independently of rDNA // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2020. V. 117. N 19. P. 10368-10377.

264. van Zundert B., Montecino M. Epigenetic Changes and Chromatin Reorganization in Brain Function: Lessons from Fear Memory Ensemble and Alzheimer's Disease // Int J Mol Sci. 2022. 23(20): 12081.

265. Vermunt M.W., Zhang D., Blobel G.A. The interdependence of gene-regulatory elements and the 3D genome // J. Cell Biol. 2019. V. 218. N 1. P. 12-26.

266. Wallrath L. L., Elgin S. C. Position effect variegation in Drosophila is associated with an altered chromatin structure // Genes Development. 1995. V. 9. N 10. P. 1263 - 1277.

267. Wang M., Sunkel B.D., Ray W.C., Stanton B.Z. Chromatin structure in cancer // BMC Molecular and Cell Biology. 2022. 23:35.

268. Weierich C., Brero A., Stein S., von Hase J., Cremer C., Cremer T., Solovei I. Three-dimensional arrangements of centromeres and telomeres in nuclei of human and murine lymphocytes // Chromosome Res. 2003. V. 11. N 5. P. 485-502.

269. Wu Q., Maniatis T. A striking organization of a large family of human neural cadherin-like cell adhesion genes // Cell. 1999. V. 97. N 6. P. 779 - 790.

270. Xiao Z., Wang Z., Hu B., Mao Z., Zhu D., Feng Y., Zhu Y. MiR-1299 promotes the synthesis and secretion of prolactin by inhibiting FOXO1 expression in drug-resistant prolactinomas // Biochem Biophys Res Commun. 2019. V. 520. N 1. P. 79-85.

271. Xie W., Ling T., Zhou Y., Feng W., Zhu Q., Stunnenberg H.G., Grummt I. Tao W. The chromatin remodeling complex NuRD establishes the poised state of rRNA genes characterized by bivalent histone modifications and altered nucleosome positions // PNAS. 2012. V. 109. N 21. P. 8161-8166.

272. Yaffe E., Tanay A. Probabilistic modeling of Hi-C contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture // Nature genetics. 2011. V. 43. P. 1059-1065.

273. Yang H., Jiang T., Fan L., Qiu X. lncRNA LINC00960 promotes apoptosis by sponging ubiquitin ligase Nrdp1-targeting miR-183-5p // Acta Biochim. Biophys. Sin. 2023. V. 55. N 1. P. 91 - 102.

274. Yusufzai T.M., Tagami H., Nakatani Y., Felsenfeld G. CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species // Molecular Cell. 2004. V. 13. N 2. P. 291 - 298.

275. Zeman M.K., Cimprich K.A. Causes and consequences of replication stress // Nat. Cell Biol. 2014. V. 16. N 1. P. 2 - 9.

276. Zhang X., Zhang J., Zheng K., Zhang H., Pei X., Yin Z., Wen D., Kong Q. Long noncoding RNAs sustain high expression levels of exogenous octamer-binding protein 4 by sponging regulatory microRNAs during cellular reprogramming // J. Biol. Chem. 2019. V. 294. N 47. P. 17863-17874.

277. Zhang X.-Y., Xu Y.-Y., Chen W.-Y. MicroRNA-1324 inhibits cell proliferative ability and invasiveness by targeting MECP2 in gastric cancer // Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020. V. 24. N. 9. P. 4766-4774.

278. Zhao Q., Wang F., Chen Y.-X, Chen S., Yao Y.-C., Zeng Z.-L., Jiang T.-J., Wang Y.-N., Wu C.-Y., Jing Y., Huang Y.-S., Zhang J., Wang Z.-X., He M.-M., Pu H.Y., Mai Z.-J., Wu Q.-N., Long R., Zhang X., Huang T., Xu M., Qiu M.-Z., Luo H.-Y., Li Y.-H., Zhang D.-S., Jia W.-H., Chen G., Ding P.-R., Li L.-R., Lu Z.-H., Pan Z.-Z.,

Xu R.-H. Comprehensive profiling of 1015 patients' exomes reveals genomic-clinical associations in colorectal cancer // Nat. Commun. 2022. 13(1):2342.

279. Zhao Z., Dammert M.A., Hoppe S., Bierho H., Grummt I. Heat shock represses rRNA synthesis by inactivation of TIF-IA and lncRNA-dependent changes in nucleosome positioning // Nucleic Acids Research. 2016. N 44. V. 17. P. 8144-8152.

280. Zheng Z., Zheng H., Yan W. FANK1 is a testis-specific gene encoding a nuclear protein exclusively expressed during the transition from the meiotic to the haploid phase of spermatogenesis // Gene Expression Patterns. 2007. V. 7. N 7. P. 777783.

281. Zhimulev I. F., Belyaeva E. S., Fomina O. V., Protopopov M. O., Bolshakov V. N. Cytogenetic and molecular aspects of position effect variegation in Drosophila melanogaster // Chromosoma. 1986. V. 94. N 6. P. 492-504.

282. Zhu Y.-J., Deng C.-Y., Fan L., Wang Y.-Q., Zhou H., Xu H.-T. Combinatorial expression of yprotocadherins regulates synaptic connectivity in the mouse neocortex // Elife. 2024. 12:RP89532.

Приложения

Таблица 1. Список 4920 генов, контактирующих с генами рРНК. Порядок генов в списке определяется количеством контактов (от большего к меньшему, от ~18 тыс. до ~100 контактов).

CDC27P2 LINC00273 PCMTD1P2 RNA5-8SP2 IGHV1OR21-1 ROCK1P1 DUX4L16 DUX4L17 DUX4L18 DUX4L19 PABPC1P5 SLC9B1P1 CTBP2P1 VN1R7P ANKRD20A17P CDK2AP2P3 LINC00537 MIR4477A PTGER4P3 RNA5SP284 TEKT4P2 FRG2C LINC00960 DHX32 FANK1 RNU2-42P MIR3648 MIR3687 RNA5SP519 KMT2C CLUHP4 DUX4 DUX4L2 DUX4L3 DUX4L4 DUX4L5 DUX4L6 DUX4L7 DUX4L8ISM1 TASP1 CLUHP5 DUX4L10 DUX4L11 DUX4L12 DUX4L13 DUX4L14 DUX4L15 RPL23AP60 BAGE2 CYCSP41 TPTE MIR3118-3 RNA5-8SP6 CAST OR11H13P ADCY2 FRG1B MLLT10P1 RNA5SP283 SRGAP2B RANGAP1 MIR3118-2 ELP4 MACROD2 MACROD2-IT1 RN7SL864P AGGF1P3 RARRES2P1 BNIP3P2 EIF3FP1 CDH4 ANKRD30BL CDC27P1 MIR663B RNA5-8SP5 RNU6-1132P COL24A1 MIR1299 ANKRD20A14P PIEZO2 MIR4273 RN7SL92P ZNF717 SNX18P25 SLC25A15P4 CMSS1 FILIP1L MIR1324 ZNF595 ZHX3 DUX4L9 FRG2 ANKRD20A12P MIR3118-1 SNX18P15 ZPLD1 CDK2AP2P1 THSD4 BMS1P9 AGGF1P2 FRG2B RARRES2P2 BMS1P11 PLCB1 PLCB1-IT1 DRD5P1 HFM1 NKAIN1P1 ANKRD36BP2 NMD3P1 ANKRD36 PCDH9 RNU7-87P SLX4IP DHX35 hsa-mir-6723 MTATP6P1 MTATP8P1 MTND1P23 MTND2P28 OR4F16 KHDRBS2 CDK2AP2P2 PTGER4P2 AGGF1P1 RARRES2P4 CDKN2B-AS1 MTAP C2orf27A C2orf27B CMKLR1 RNA5SP518 TSPY5P C22orf34 MIR3667 NCOR1P3 DAB1 OMA1 RPS20P5 CDC42EP3 SLC9B1P2 Y RNA SLC16A12 TRIM48 GTF2I GTF2IRD2 STAG3L2 GTF2IP1 RNU6-576P PCMTD1P1 ACTR3BP6 SLC9B1P4 STXBP5L FAM19A5 MIR4535 LDB3 DSCAM DSCAM-IT1 MIR4760 AGBL1 FMNL2 ABCD1P4 CHEK2P4 GAB4 SLC25A15P5 TPTEP1 BNIP3P3 GABRB3 ABCC10 WDR47 SNORA70 GABRG3 ANKRD30BP2 RNU6-614P FGF7P2 ACTR3BP5 SLC9B1P3 ANKRD36C MAPK14 TMEM101 U3 DRD5P2 ABCG8 ZSCAN10 ACTR3BP2 ANKRD30BP1 MIR3156-3 POLR3K ANKRD20A4 RNU6-1193P NCOR1P2 RNA5SP359 DTNA ITGAM ASNSP5 PON1 PON3 YME1L1P1 ANKRD20A7P MED15P7 NF1P6 ZNF91 DUXAP8 NBEAP3 TRIM51CP TBC1D2 ARID1B GTF2IP3 PHF2P2 USP24P1 VN1R91P TMEM108 GPHN MTND1P12 DUXAP10 RNU6-458P CYCSP32 TPTE2 MIR663A NF1P4 BICD1 ACTR3BP3 PGM5P2 REXO1L10P REXO1L11P REXO1L12P REXO1L2P REXO1L9P CKS1BP5 KCTD16 ARHGAP42P4 TRAPPC8 CEP44 FRAS1 CHODL ANKRD36B ARHGAP42P3 MLLT10P2 RN7SL52P IGKV1OR22-5 ENTHD1 C21orf91 C21orf91-OT1 ANKRD20A5P RNU6-316P NCOR1P1 HAPLN3 CTBP2P4 ZNF355P PCSK2 SGCZ MIR4461 MTND4P12 MTND5P11 MTND6P4 PCBD2 ZPBP POLR3HIGHV1OR15-6IGHV3-63 IGHV3-64IGHV3-65IGHVII-62-1 IGHVII-65-1 FAM182A ANKRD20A9P ANKRD26P1 HNRNPA1L2

MRPS31P4 LINC00349 MSANTD2P1 FAM182B EZH2P1 FKSG68 RPL34P3 RPS20P1 RUNX1 SORBS2 FOXD4L5 ARHGAP42P5 GADL1 ZRANB1 EREG CNN2P12 GXYLT1P1 ZNF965P BNIP3P7 ZNF962P ASIC2 NCAM2 RNA5SP438 TLK2P1 SH3RF3 SNRPGP9 POTEH ORC3 CAMTA1 HERC2P3 GRAMD4P5 MIR3118-6 POTEB2 RNU6-749P ANKRD20A8P RNU6-1320P RNU6-721P OR4H6P OR4M2 OR4Q1P snoU13 DLX6-AS1 7SK POTEC RNU6-1021P PGM5P1 MYO18B FAM207CP IL21-AS1 POTED RNU6-286P IGKV2OR22-3 IGKV2OR22-4 IGKV3OR22-2 CCNB1IP1P2 WFDC8 IGHV1OR15-9 KRTAP19-10P PEAK1 MIR548X IGHV1OR15-3 IGHV1OR15-4 IGHV4OR15-8 SUZ12 CTBP2 ANXA8L1 LINC00842 NPY4R SAMSN1-AS1 RNU6-410P SERPINA1 SERPINA2P MTND1P17 DET1 BMS1P18 MIR3118-4 POTEB RNU6-631P LINC00898 TSHZ2 LINC00930 CCNG2 HERC2P8 PPIAP22 MIR548U PRIM2 KCNJ6 SYNDIG1 BMS1P10 BMS1P17 PTPRT ANKRD20A1 RNU6-368P RNU1-51P BMS1P14 NEK2P2 SCAMP1 NR3C2 HERC2P4 ELOVL7 DSCR10 DSCR8 KCNJ15 hsa-mir-3171 RNU6-978P PPIAP1 CROCC PWRN1 ANKRD20A2 FAM95B1 PAK7 RNU6-1269P SNX18P8 ANKRD20A3 RNU6-538P STXBP6 KCNA3 TMPRSS15 BLZF2P RAB27A HUNK CACNA1E RN7SKP147 RNU6-772P ZNF402P OR11H12 ALK RN7SL516P IGHV3-30-2 IGHV3-32 IGHV4-31 IGHVII-30-1 IGHVII-31-1 PDE6G SHISA9 IGHV1OR15-2 SLC20A1P3 HSPE1P19 HSF2BP IGLV2-8 IGLV3-7 MIR650 LINC00911 CYCSP34 TPTE2P5 STARD13 LYPD6 TPTE2P1 PSPC1P2 TPTE2P6 ANO2 NBEA NTRK3 PHF21B MIR548F1 PCDH15 MYO5BP2 HERC4 HS3ST4 MIR1185-1 MIR1185-2 MIR134 MIR154 MIR300 MIR323B MIR376A1 MIR376C MIR381 MIR381HG MIR382 MIR485 MIR487A MIR487B MIR539 MIR544A MIR548W MIR654 MIR655 MIR889 RNA5SP405 PAH SYT16 CTBP2P5 OFCC1 UNC5D CYP4F29P ZNF114P1 RNA5SP497 SYN3 TIMP3 MIR4533 PWAR6 SNHG14 SNORD109A SNORD115 SNORD116-16 SNORD116-17 SNORD116-18 SNORD116-19 SNORD116-26 SNORD116-27 SNRPN SNURF ANK3 SDK2 HCN1 ANKRD30B IGSF5 IGKV1OR2-2 DTD2 HEATR5A NOL4 KCTD1 CCDC144NL RBFOX1 snoMe28S-Am2634 LRFN5 POTEA ABCC13 CA10 DCC FSTL4 hsa-mir-4528 SLC24A3 ADAM2 RNU6-498P BCL2L13 DSCR4 DSCR4-IT1 SVEP1 MIR17HG TXNDC16 RPL8P2 CAPN3 GANC DLC1 FEM1AP1 OR4Q2 C21orf49 C21orf62 LARGE LARGE-IT1 MIR4764 SNORA76 CST9L DEC1 FGFR3P5 RN7SL609P PTPN11 VAV2 PPP2R4 RNU4-45P TBC1D22A SCARA5 C2CD2 SLC1A2 SNORD112 APBA2 PPP1R26P5 TERF1P1 CDH13 INTS4L1 MIR3182 STRADB TRAK2 ZNF112 ZNF229 ZNF285 RYR3 MIR155HG TTC28 CECR2 TMC4 POTEG RNU6-1239P LINC00365 CDR2 OR4A42P ZNF397 ZSCAN30 RIMS2 DUSP22 FAM3B TACR3 ARNT2 C12orf40 OR10Z1 AKAP13 C12orf42 RNU6-1280P CNTLN ERG FBLN1 SNX31 SNX19P1 FAM201B LINC00162 VPS13D ZBED4 GRIK1 GRIK1-AS1 LOXHD1 MGAT4C OR4A9P CRNN HMGN3P1 ZNF292 LMCD1-AS1 POTEM GPR139 RNA5SP478 ZNF863P DKKL1P1 ACAD11 FAF1 NPHP3 CTNNA2 OR4A5 RGS6 SPON1 ABCA11P ZNF721 ITGA2 TMPRSS3 UBASH3A MIR4307 THSD7B CALN1 TTLL2 GABBR2 ANKRD20A11P RNU6-954P MDM2 OCA2 ABCG1 RNA5SP492 ST6GALNAC3

TMPRSS2 INPP5F MAS1LP1 TTLL8 ADAMTSL3 CLIC6 CHRFAM7A CCR1 CCR3 KCNQ1 KCNQ1OT1 RHOJ DNAL4 DPF3 SUN2 TMEM45B NUBPL ANKRD62P1 ANKRD62P1-PARP4P3 CBFA2T2 PARP4P3 PPP1R26P2 VWFP1 OR4K15 DNM1P50 PRSS23 ULK4P2 EGFLAM MYO5BP1 OR4H12P OR4M1 OR4N2 ATF7IP DNM1P32 GOLGA8K ULK4P1 PRDM11 EPHA6 IGHV3-47 LINC00221 TBC1D30 INADL MIR3116-2 IGHV3-41 IGHVII-40-1 TMEM117 C1orf173 GGT3P ARHGAP20 ENPP7P10 C22orf39 HIRA ZBTB20 SHC3 TRPM2 VRK2 FCRL2 GRIN3A WBSCR17 ZNF578 OR5J2 C10ORF68 CCDC7 IL4R CNTN5 GPC5 GPC5-IT1 LCE2A LCE4A MIR548AS NRXN1 CACNG3 MEG9 MIR369 MIR410 MIR656 OR4C12 C14orf177 M1AP CTNND2 RIMS1 SYT6 CTBP2P8 DNM1P28 GNG12-AS1 GOLGA8J NRXN3 RN7SL673P WLS ISX FPGTFPGT-TNNI3KIGKV1OR-1INO80 LINC00856LRRC53 S100A7L2 TNNI3K TPK1 GABRA3 MIR105-1 MIR105-2 MIR767 FAM230B DOK5 SGSM1 C14orf144 MX1 CNN2P7 GXYLT1P2 EDDM3B BCL9 SCGB2B2 CES5A INTS4L2 MDGA2 NLRP13 RPL13AP2 RPS15AP3 SCAPER FTCDNL1 GOLGA1 RNU4-82P SCAI KCNE1 RAB5A ISCA1P3 LINC00504 SNORA51 CPPED1 NKAIN2 RN7SL23P SDHAF2 ZMYM2 COL23A1 CYP4F31P FAR2P4 PLEKHB2 POTEE RN7SL646P RNU6-127P SLC9B1 SNORD56 VASH2 ADIPOR2 RNU6-230P SLC12A8 ZNF148 GGT8P MUC16 SPRR1A DOCK2 FAM196B B3GALT5 LINS EYS SAMD12 TNC FAM19A1 ABHD17AP5 PCNT GTF2IP2 LINC00923 IGSF3 ZNF688 MS4A1 OR6N1 OR8L1P OR8U1 PAX7 ANKH LINC00871 TCAIM TNR TNR-IT1 BCKDHB KRTAP19-7 LDB2 LINC00924 MTPN NOVA1-AS1 SHANK2 ABHD4 AGBL3 C7orf49 ARL2BPP8 COMT DGCR6L GPX1P2 GRIA1 RN7SL177P GLIS3 NF1P8 PARK2 BMPR1A HIGD1AP2 AGBL4 AGBL4-IT1 B3GAT2 BEND5 NRG3 ZNF732 ACSS1 AKR1C1 AKR1C2 CCDC178 PSG6 PSG7 SMYD2 DIO2 DIO2-S1 ANKRD26P3 BMS1P12 FAM230A MRPL3P1 SNX19P2 CELF2 C7orf69 CLEC16A HUS1 PKD1L1 SLC13A3 ZNF793 DLG2 AK5 NF1P1 BCL2L1 FRMD3 CCL8 MKLN1 TTC6 FGD6 TANGO2 DNAJA1P5 LINC00418 OLFM3 ZRANB2-AS2 LRRC4C NEU3 TGFBR3 CASC4P1 MRPS31P2 ANO4 ZDHHC15 LINC00159 KRTAP20-3 ZNF420 LINC00664 TRAV24 TRDV1 ZNF429 ZNF493 GRIN2A SNORD115-10 SNORD115-11 SNORD115-12 SNORD115-19 SNORD115-20 SNORD115-21 SNORD115-23 SNORD115-24 SNORD115-25 SNORD115-34 SNORD115-35 SNORD115-36 SNORD115-38 SNORD115-39 SNORD115-40 SNORD115-41 TRAV8-4 TRAV8-5 RNF152 TYW1B ANK2 CEP89 CSMD1 RTN1 GOPC ROS1 C14orf64 PIGUP1 TRPM3 KCND3 AKR1CL1 PARVB PNPLA3 SAMM50 SCN8A ANGPT4 DNAJC9 FAM149B1 FAM230C GRAMD1C NAP1L4P3 NES SORCS3 VPS26AP1 NXN POTEH-AS1 KIR2DL1 KIR2DL3 KIR2DL4 KIR2DP1 KIR2DS4 KIR3DL1 KIR3DL2 KIR3DL3 KIR3DP1 CSNK2A1 FAM83B LRP1B RNU6-352P VN2R17P ZSCAN5A ADAM20 ADAM20P1 KCNQ4 RUNX1T1 SYNE1 ARHGAP8 FAM155A FAM155A-IT1 KIAA1199 MIR1267 PRR5 PRR5-ARHGAP8 SNORA1 DPYD DPYD-IT1 ZNF840 CNTNAP4 FAM65B MEG8 RN7SKP233 SNORD113-1 SNORD113-2 PDE4DIP RN7SL143P RPS27P27 SH2D1A STAG2 SYPL2 EFCAB6 GPC6 LINC00639 TF TFP1 LINC00276 TTLL11 TTLL11-IT1 PRIMA1

SRRM4 CTXN2 CYP2C8 SLC12A1 ZNF678 FSIP1 DPP10 LRFN2 OR5D3P RNU6-250P PIK3C2B SLC35F3 LINC01090 LSM12 ATP5O CRYZL1 ITSN1 PLGRKT GRIA4 MAP2K3 MYH1 CECR7 ERCC4 CEACAMP6 DNAH14 PSG10P PSG8 HLCS HLCS-IT1 PPP4R4 RNASE11 RNASE12 LONP2 BCAN VSIG10 AFF3 LINC00470 LINC01020 MIR4677 PRR12 PSMC6 SAMD4A SDCCAG8 MYBL2 LAMA2 RNU6-400P ZNF486 CEP41 CFTRP1 LINC00478 MIR99A MIRLET7C TAOK3 YRDCP3 C17orf51 CAPN14 CC2D2A FAM189A1 KLHDC7A NDNL2 IGLVIVOR22-1 ANKHD1 ANKHD1-EIF4EBP3 ARHGAP32 EIF4EBP3 RGL1 SELO TUBGCP6 CACNA1B CHEK2 KIAA1407 MMP16 QTRTD1 NEK5 MIPOL1 NALCN-AS1 SLCO2B1 DDAH1 HBD OR4K11P RNF215 SEC14L2 GADD45A PRKD1 ZNF790 MX2 ZNF720 ADAMTSL1 MIR3152 PIP5K1P2 APBA1 LINC00861 SOD1P3 EVA1C EXOSC3P1 RPL23AP12 RPS27P16 RPS3AP1 SLIT3 LINC00674 PRDM9 RN7SKP99 SLC35F4 ZMYM5 ACIN1 C14orf119 ITPRIPL2 SYT17 PCP4 CHODL-AS1 IGHV3-43 SLC22A2 STXBP4 ACTBP8 LINC00906 RYK ZNF227 ZNF331 CELSR1 MDN1 PRB1 PRB2 FAM189A2 PLXNA4 SLC22A10 FRMD6-AS2 KCNG3 PPP1R26P3 TUBGCP5 CIZ1 KRTAP10-1 KRTAP10-5 KRTAP12-2 KRTAP12-4 NT5DC1 TSPEAR FLRT2 HOMER2P2 IGHV3-25 IGHVIII-25-1 LINC00226 NLN TOX3 GPC3 NHSL2 SLC7A8 FTLP15 RPS15AP34 SARS TTC4P1 ADARB1 CHAF1A SLC35A5 FBLN5 GALNTL6 GRAMD4 NRG1 NRG1-IT1 NRG1-IT2 RIMBP2 CPXM2 ETS2 KBTBD11 PSMB2 SHISA6 AOX1 PDE1C RAD51D RAD51L3-RFFL RFFL SLCO3A1 NPAS3 PDE1A PRR9 TAS2R1 TRAV6 CYYR1 FRMD6 HYDIN KIAA1644 RNA5SP385 RNU6-1291P ZNF337 ATP5J GABPA PCBP3 PTPRN2 TRPC4 ALDH1A2 ANKRD26P4 B3GALTL CDK6 CHCHD6 RNU6-10P ANKRD20A18P CES1P1 EWSR1 LIPI RNA5SP488 WDR64 CCDC59 WDR52 CERS3 CLVS2 SPIDR GZMH LINC00408 LINC00839 LINC01146 ROBO2 ZNF385D ZNF72P ANKRD32 BPESC1 GGT1 LINC00320 MCTP1 MRPS22 NPR3 SNRPD3 TMEM56 TMEM56-RWDD3 UNC79 ABHD17C CCDC34 LARP1B RNU6-185P ST8SIA1 THEMIS GALC ICT1 LCORL RAD23BLP TMEM178B ARFIP1 IPPK MKRN3 PRMT8 STK38L TIGD4 ASTN2 KCNMB3P1 MARK2P9 PLCE1 REV1 RPL10P3 SH3RF2 SNORA70C TMEM132D FBXL7 NOS2P3 USP32P3 DYRK4 GAB1 GALNT8 KCNA6 KYNU NDUFA9 OR4C7P GRIA3 HS1BP3 HS1BP3-IT1 KSR2 SPOCK1 GLP2R OR10T1P C14orf164 RN7SKP139 SEMA6D DRP2 MPST RALYL ARHGEF26-AS1 ATP8A2 BACH1 BACH1-IT2 BACH1-IT3 GRIK1-AS2 LINC00189 RNU6-78P AKR1B15 CFTR LINC00382 BBS9 LUC7L MYO9A RBFOX2 DNAJC2 DTX4 EGFEM1P MIR551B PMPCB SYNM ZNF257 DNAH6 LINC01035 MED13L MIR620 OR2BH1P PA2G4P3 PAPD7 RBM22P1 SCFD2 SH3TC2 SLC15A5 MAP4K3 PCTP SNORA67 BAZ1B COL8A1 MC2R TIAM1 BTNL9 ERICH1-AS1 LRRC37A7P OR4A43P PM20D1 PPM1J RHOC VWC2 COL22A1 FAM135B KL LIPE-AS1 RNU4-60P WBP11P1 CYCSP17 LDLRAD4 MIR5190 TRIM9 CTBP2P7IGHV1-3 IGHVIII-2-1 PSTPIP2 ABCA9 KIF16B SLC44A5 STEAP2-AS1 PHC1 SEZ6L ADC DNAJC15 MSL2 RGS7BP TANC2 ATF2 DNAH9 KIAA1217 MIR603 RASGRF1 DPYSL2 GRID1 INSL6 PCDH11X RN7SKP238 ZNF98 DEPDC5 FAR2 MYO3A

REEP3 SLC6A2 ATP9B GRIN2B HPSE2 IL1RAPL2 KCTD9P2 LINC00200 RPL18AP14 RTCA TET3 BPTF NME7 SLC17A3 SMTN C16orf3 GAS8 NKD1 PCDH7 C21orf2 CDH11 FAM174B MRPS6 OTUD4 SAMD5 SGCD SLC5A3 TACC2 FNDC1 GNB5 KRTAP29-1 ADAM28 BTN2A1 FGD4 LINC01053 PDZD2 PLCB4 RNU6-494P TPT1P5 DMD FAM27C FAM27E4 LINC00376 RNU1-33P GLT1D1 GLTSCR1 PTPRE LRRC49 PIK3C3 UTRN ZMYM4 NCF4 BACE2 BACE2-IT1 LINC00473 LINC00559 PDE10A PLCXD3 RFPL4AP7 RNU4ATAC8P SDIM1 SERPINA9 SNTA1 SPEF2 VPS13B ZNF536 GIMAP4 MTHFD2L ZNF90P3 CPA6 MIR4742 SAMSN1 SLC44A1 WDR26 CTNNA3 ERC1 KRT43P LRRTM3 PAMR1 SGMS2 TAF4 IGKCIGKJ4 IGKJ5 IGLV2-18 IGLV3-19 MYOM3 NELL1 TMEM173 FBXO31IGHV4-4 MPPED1 DICER1-AS1 ERCC6 FREM2 GAPDHP69 KLHL32 KLRF2 KRT18P2 MARK2P8 MTUS2 NIPA1 RAB7A RNA5SP20 RNU6-56P ROCK2 SIRPG ZZZ3 CNTN4 FIP1L1IGKV2OR2-1 IGKV2OR2-2 LNX1-AS1 LNX1-AS2 LYPD5 PDGFRA RGL2 SLC24A4 TAPBP ZNF283 ANKS1B ARID5B CST13P DOT1L GRHL2 IL1RAPL1 PHACTR1 REST RNA5SP366 RNU1-11P S100B ZNF679 ACTG1P1 CNKSR2 FRMD4A GBP4 PRKACB SNAP25-AS1 SPOCK3 TEX41 ZNF366 C2CD3 COL15A1 CSGALNACT1 EPHA3 GPATCH2IL1RNINVS APC BNIP3P1 CACNG2 CEP170 DCLK1 DCLK2 FAM8A2PIZUMO3 OR8K2P PXDN RPS3AP46 SRP19 XBP1P1 FAM111B HDAC9 LRRC71 SAMD3 TAB3 ZCCHC11 AJAP1 ATG4C BRD9 CDK8 LEMD3 OR8K3 ZDHHC11 ZDHHC11B AGT C15orf32 C6orf183 ERC2 OR5D15P PHACTR3 RCAN1 REXO1L1P REXO1L3P REXO1L8P TMEM132C UBE2R2 ATXN3L C10orf11 CST2 FHL2 FSIP2 MAGEB3 SNORA38 ATAT1 AVEN CHRM5 FBXO32 MRPS18B VTI1A WDR11 ATP6V0D1 CTDSPL PCCA PLEKHA5 PNLIPRP3 TENM2 TPH2 TRHDE KRT126P LMO7 UCHL3 VAT1L ZFYVE1 CDH2 COL16A1 COX10 KLHL25 MIR1276 OR4K13 PRDM15 PRMT3 ASXL3 BRE CDH9 DZANK1 GCNT1P1 LINC00851 MRPL33 NLGN1 PGAP3 PSPC1 RASSF3 AGGF1P4 BANP EFCAB11 ENTPD4 FAM228A FAM228B FOXN3 FRS2 LGALS14 LOXL2 SCEL DLGAP1 EEF1A1P1 KANK1 LINC00393 RNU6-1327P BMS1P15 CDC5L CEP112 DIAPH2 DIAPH2-AS1 FAM160A1 FRG1 FRMPD4 PARVG RN7SL659P SOAT1 TRIM51 ABCD1P5 AQP4-AS1 GNPTAB GREB1L HMCN1 IGHV3-75 IGHV3-76 SNORD23 BCL2A1 BPIFB1 CORO2B TFDP2 AGMO MIR600HG PRKCE PTPRM RIPK4 RN7SL163P RPL39P40 STRBP ZNF804A CYBB FTH1P27 GDI2P2 IL1R2 LANCL3 MCTP2 NEGR1 NEGR1-IT1 OR52N5 OR52U1P OTC PRRG1 PSPH RNU6-49P SGOL2 SLC39A11 SYTL5 TM4SF2 TRIM22 TRIM5 TSPAN7 XK BRF1 DIP2C GNB4 NOVA1 RPSAP55 RYR2 SEMA3D SNORA32 UBE2CP2 CES1P2 COL25A1 DACH1 EFCAB6-AS1 KCNIP4 KIAA0825 MTND6P3 NTN1 RNU1-139P RNU6-690P RPL4P2 SPAG16 TP53I11 ZNF677 C14orf37 CYP46A1 IPO8P1 KCNH1 PDXDC1 SLC22A23 TNFSF15 USP25 ZBTB8A ZBTB8B DMXL2 ENOX1 RNU1-142P SPATA7 TLN2 ZNF10 ZNF268 CD8B CPSF1P1 DCUN1D4 GPR55 OR6K4P SLC5A4 TNRC18P3 TXK CP CT49 DENND2A LRRTM4 MYCT1 OR52B4 RNF185 RNU6-1063P USP40 USP6 WSCD2 ZNF232 ANKFN1 C4orf29 CXorf22 FLNC LPIN3 MGMT TRAPPC9 ACSM2B ATRN CYCSP51 DBH

DNAJA1P4 FBXO27 hsa-mir-490 IGHVIII-26-1 MIR4290 PATE4 RPS4XP22 SARDH SMPD4P2 TNS3 TSPAN8 TUBA3C ZNF845 DUSP27 GMEB2 KCNMA1 KRTAP8-3P OR5BL1P OR9I3P OR9Q1 PCDH17 PRKCH SETD3 STT3B TLK1 ZNRF3 ZNRF3-IT1 C1orf168 C5orf64 CASP8 COL9A1 CXorf30 DPP8 FAM107B FMNL3 GTF2E1 KIF19 OR7E25P PLD5 RAPGEF5 RIN3 SDK1 TRAPPC10 TRIO ATE1 CYB5R2 CYP39A1 FTO HDAC2 HTRA1 LAMA4 LINC00907 POLR1A SLIT2 TFAP2D ZBTB34 ATP10A C3orf67 ESRRG GAREM HNRNPA1P7 MARCH10 OTX2-AS1 PWP2 RNA5SP453 SYCP2 ADORA3 CAMK1D CDH8 DYNLL2 MIR4480 NTM PDE9A RAP1A RN7SKP197 RN7SKP76 SNORD45 TMEM233 APOOP1 CACNB2 KLHL14 MARCH3 SNX30 SPTLC3 SRSF4 TIMD4 TNS1 AHRR CENPUDDX24 DISC1 DISC1-IT1 FBXL13 LCMT1 PDCD6 RN7SKP140 RNU5A-5P TM4SF1 TSNAX TSNAX-DISC1 ZSCAN5C BTF3P14 CEP152 DEFB122 DGCR2 DNAJC6 EVA1A LGR5 LST3 MECP2 OR2L13 OTUD7A RNASET2 RPS6KA2 RPS6KA2-IT1 SLCO1B1 SLCO1B3 SLCO1B7 CEP97 JAM2 KSR1P1 LINC00698 LPHN3 MAGOH2 OR5AK4P OR5AO1P RBPMSLP REG4 TMEM220 C19orf18 CHRNA7 CNBD1 FAM27B FAM27E3IGF1RIL17RA KRT25 PALMD SMAD1 ZNF606 ACTA2-AS1 BARD1 C5orf38 DSC3 E2F3 NUTF2 RNU6-141P STAMBPL1 SYT9 UVRAG C3orf33 RNU6-46P SH3BGR TTC40 ERICH2 MYRFL OR11G2 RAB3IP TMEM241 TMPRSS6 TTC3 ZNF567 ZNF850 CADM2 CCDC91 CTNNBL1 FAM110B ITPR2 NPSR1 NPSR1-AS1 OR7E83P SOD3 VCAN VCAN-AS1 ADAMTS6 FAM9B GABRG1 HADHA KCNK17 LINC00113 PGM2 PTPRG PXK SLC14A2 ABCA13 CPQ DCDC2 EYA1 OR4K1 OR5J7P OR8K5 SACS SHROOM3 SLC18B1 TRPC5 VPS37B WT1 ACSM1 ACSM3 C9orf41 CA5AP1 GBE1 KCTD8 LINC00032 MAGEC3 MBD3L1 RNASE9 RNU6-723P SPATA6 SRRM1 STK33 SYT1 BASP1 BRINP2 CACNA2D3 CLDN14 KRT2 PHF3 PRKCB RNU6-1003P SIPA1L3 SLC2A9 VCL ATF7IP2 IGLVIV-64 IGLVIV-65 KIAA2022 KRT8P25 LTBR NOX5 POLR2F PPIAP14 RN7SL99P SCNN1A SPESP1 TEAD1 TPP2 UBL3 ABT1 ATP10B ATXN10 CSMD3 DSCAM-AS1 FGF14 FGF14-IT1 FSHR GSG1L RFX4 RNU6-1241P WDPCP CCDC171 CD72 GML GRM1IGLV3-25 LINC00617 MACC1 MACC1-AS1 MIAT PPARGC1A PPL RNA5SP222 ST3GAL3 ZNF675 ACO1 ADCK1 ADH5P3 ADORA1 AEBP2 AP3B1 COPG2 FMN2 HIVEP2 HNRNPA2B1 LINC01162 MAEL MAMLD1 MIR4798 MORF4L1 NCKAP5 NFE2L3 NRIP1 PRKAR2A RGS16 RPS26P30 SKAP1 SLFN12L SORCS2 TSGA13 ZFP30 ZNF607 ZNF781 ASTN1 DPP6 HEXB HIP1 INPP5A LINC00347 LINC00922 MBOAT7 PTGFR SCNN1B STK24 WBP1L ZNF527 ASNSP1 GART KCNC1 KIAA1671 LINC00707 LINC00879 OPCML PLAC1 CILP2 GBP6 JAKMIP1 LINC00457 LINC01122 MRPS11 OR4C5 PWRN2 SMOC1 AKR1B1P1 CNIH3 DCDC1 FAM27A FAM27E2 FOXD4L2 NR2F2-AS1 PDZRN3 RNA5SP50 RNU6-278P RNU7-119P SEL1L2 SUCLA2 ZNF782 BDH2P1 FRMPD2 GALNT14 MAN2B1 SPAG17 USP46 WDR83 WDR83OS WWOX ADRBK2 ANKRD29 ATRX CBX3P4 CCDC30 CLIC5 CPHL1P LINC00353 LINC01058 OR10N1P OR4A41P OR9L1P RAD51B ACTR5 FAM221A FRMD5 PARP16 WFDC11 ABCC9 AKAP7 C15orf27 CNTN6 FSBP

IPO13 RAD54B RNLS SDR42E1 SNX18P9 WDR82 AMD1 COX6A1P3 DPRXP5 GGT2 RNU6-156P USP16 XRCC4 ACSM5 AMPD3 ARHGEF10 CD93 CTAGE5 CUZD1 DEPDC1 FAM24B KIF3B MIA2 NTNG1 OR2M5 PAN3 RNU6-725P RNU6ATAC33P RTCB SLC25A1P2 STARP1 TENM4 TMEM51 TOP3A UNC13C ADAM32 ASL ATF6 CATSPER2 CKMT1B CRCP DHRS7C DNAH2 GFRA2 GRIP1 HSPB8 LINC00472 LINC00507 LINC00508 LRRK2 MAPK10 MIR4452 MIR495 MIR543 MYH4 OSBPL9P4 PTK2 RN7SKP96 RNU6-554P RORB SH3PXD2B SLC1A3 SLCO1C1 STRC VRK1 B4GALT4 B4GALT4-AS1 DNAJC3-AS1 GRAMD3 IGFBP7 KCNH5 MEF2C MSNP1 NEK7 NXPH1 OR4K17 PIR PTPLAD2 SYCP1 ZC3H13 ANKRD34C ANKRD6 BOLL C8A KIF26B KXD1 LRTM1 NUSAP1 RORA ABCD1P3 HNRNPA1P61 IER2 ILDR1 IQCJ IQCJ-SCHIP1 LUZP2 MARCH11 MIR605 PRICKLE2 PRKG1 SCHIP1 SLC4A4 TMEM74 ZNF826P ANKS1A CHD7 CMA1 CRLS1 KCNB2 KIAA1210 LINC00645 MRPS31P5 MYO5BP3 OVGP1 PDZD7 PIWIL3 PTPDC1 RNA5SP465 RNF165 SFXN3 SLC39A8 SLC7A7 TPTE2P2 VPS13A WDR16 ZNF26 ZNF433 ZNF878 DPY30 FCF1P10 FOXD4L4 KCNK13 MEMO1 NSF TPRG1L WRAP73 WSB2 ZHX2 ARHGEF7 CDCA2 GLIS1 KCTD9 PDXP SH3BP1 SOX6 TECRL CDC42BPA DMBT1P1 MTMR2 RNA5SP280 SEMA4D TEK ATP1A4 FAM194A GPM6B GSK3B LINGO2 NAPEPLD NDST3 PREX2 RAB3C RNU6-1293P RPL19P12 SLC8A1 TCAM1P YTHDF2 ZNF432 ZNF841 BFSP1 CDC14A CYP4B1 IKZF2 LINC00595 MAGI3 MTND1P31 MTND2P25 PLCH2 SERPINA4 SERPINA5 SNRK WFDC9 ZNF430 AK4 C4orf22 DGKIG2E3 GPR158 IL18RAP KRT223P KRTAP10-10 LRBA OR4C9P ANKRD13A FLVCR1 MEGF11 NANOGNBP2 OGT RNF144A TGFB2 WDFY4 WDR4 CFL1P6 CLSTN2 EMB FMN1 GLB1L3 HNRNPA1P71 MFSD9 NCK2 PRAMEF12 SNTG2 VAV3 CDH10 DYNC1I1 EPHB1 IGHV4-55 IGHV7-56 LCE2B LCE2C MROH7 MROH7-TTC4 OR4C14P PLXDC2 SCMH1 SPATA13 TTC4 USP36 DACH2 FCF1P9 FUT4 GEMIN8P3 HORMAD2 MAST2 MUM1L1 NUAK2 OSGIN2 PIWIL4 PLCD3 PTP4A1P1 RIPPLY3 RNU6-436P S100A11 SEMA5A UPP2 UPP2-IT1 ACSBG1 AKAP6 BDNF CACNA2D4 KRT74 LLGL2 LSAMP MIR4713 PABPC1 PITPNC1 PRKAR1B RBMS3 RNU6-58P SAA2 SAA2-SAA4 SAA4 SAMD13 SDAD1P4 SGCG SNTB1 TATDN2P3 UOX ZDHHC17 CHST15 CPAMD8 KRTAP13-5P KRTAP15-1 LPPR1 MEDAG MOB3B MYO1D POLR3C SART3 TEX26-AS1 TMOD2 BTF3P10 CORIN DNAAF2 DNAH3 DNAJB4 EML1 GIPC2 GUSBP6 ITFG1 KIAA0040 MGAT2 MTND1P2 MTND2P4 PLEKHM2 SNX24 TOR1AIP1 ULBP1 ABI3BP ADAMTS17 EDIL3 GAGE2B HPS3 KRTAP20-2 SLC19A3 TOX2 WASF1 WDR72 ADARB2 CSMD2 DHX57 FOXK2 HEPHL1 KDM4C LRRC9 PCMTD1P3 POLE RPS17P15 SLC24A2 SNAP25 STK31 TRAP1 ZDHHC14 A2ML1-AS1 A2ML1-AS2 ATR CHST9 EVC2 EXT2 INIP LAMA3 MYO16 PNPT1P1 RAG1 RAG2 SIK2 SUMF1 ABCB5 DNM3 DNM3-IT1 FGGY FIGN MIPEP MREG MTCO3P2 NR2F2 OR10R2 PECR RNU6-157P RPS6KA5 TBXAS1 TUBB1 ZNF141 CD163 CD163L1 CST2P1 ERMP1 HSH2D KHDC1 MYH8 NR5A2 PAQR8 PML RNF180 STOML1 SYBU TRUB2 ZNF627 ARHGAP12 C1QTNF6 CKAP4 CORO2A ENTPD3-AS1 IGLV2-

23 IGLVVI-22-1 KCNH7 MRPS27 NIFK-AS1 RN7SL153P SCN11A SLX1B SLX1B-SULT1A4 SNX29P2 STK39 SULT1A4 TMEM106B ARHGAP44 BAI3 CNTNAP2 DIO3OS DTWD2 HK3 LINC00669 RBCK1 RBM19 RN7SL456P RNU6-1184P RPL21P41 ZNF510 ABCA8 BCL2 C5orf17 CASC15 EDARADD FBN1 MCFD2 MED15 MIR548Q TTC7A ALDOAP2 BIRC6 GRIK3 HSPG2 IGHV3-16IL20RA LCA5L LY86 LY86-AS1 MIR4789 NAALADL2 NLRP2 NLRP7 PLXNA2 SNAP23 TEX36 TMCC3 TRAF6 TRDC TRDV3 VPS53 ZNF610 ADAT3 BZW1 CHMP4C CTPS2 CYCSP6 GRM8 KIAA1328 KREMEN1 LINC00442 LINC00866 MXI1 NRG3-AS1 PLAUR PRLH RNU6-810P RXFP2 SCAMP4 ACVR1C ARHGAP24 ATP5A1 HECW2 KCNJ3 KRT222 MOV10L1 MTA3 SMARCE1 TMOD1 ZBED5 CDH12 CRYBB2P1 HMGB3P20 IL12RB2 KLHL33 LINC00486 RN7SL683P SIPA1L1 SKAP2 SLC30A5 TTC22 ASUN BTF3L4P1 CXADR DISP1 FAM90A13P FAM90A15P FAM90A20P FAM90A3P FAM90A4P FAM90A5P GULP1 HSF5 IGF2R KLF12 KPNB1 LINC00351 LRP2 NIPA2P2 NKAIN3 RN7SKP100 SIGLEC30P TMCO4 TMEM100 GPCPD1 LRRC4 MIR4768 NCOR1 NFIA NHS ROR1 SDHA SLC35F1 SND1 SNORA40 TMEM211 VANGL2 CACHD1 CDH6 COL27A1 DEPTOR GDAP1 HS6ST3 LINC00587 LINC01047 NR4A2 SLC30A10 TMEM132B UBE2E2 ZNF208 CD86 CDCA7L CYB561A3 EHBP1 EPHA7 GTF3C6 HIGD1AP13 IFNWP4 KIAA0195 LINC01070 LINC01094 MICAL3 MIR648 NF2 OBSCN PALLD PSD3 STK32B VWA8 ZBTB7C ATP9A DKK2 DPT GAGE2C IGHV7-34-1 ITGB1 KCNIP1 KRTAP4-11 KRTAP4-12 NF1P2 NPM1P13 OFD1P13Y RAC1P5 RPGR SLC9A9 ST13P15 SULT1C2P1 ADHFE1 C12orf55 C8orf46 CGNL1 CIRH1A DIS3L2 EFCAB2 FYN GNRHR KCNE2 LINC00693 LRRC69 MYL12A NPM1P31 PARN RAP1GDS1 RLBP1 RNASEH1 SLC26A7 SNTB2 TSPAN3 UBA6-AS1 VPS4A ADAMTS18 CENPBD1P1 CHN1 COX10-AS1 GAS7 LIN7A LRRC7 NR4A1 RBAK RBAKDN RBAK-RBAKDN RNF216P1 RPL23AP82 SMARCA4 SULT4A1 C1orf94 C2orf88 CD44 EIF4G3 HECW1 KIF6 MAST4 MAST4-AS1 NAP1L6 PMP22 RCVRN RHBDD1 RNF213 RNU7-35P RPS15AP6 THBS2 TMEM212 C14orf182 C14orf183 CASP6 CCDC18 FOXO1 HSD17B12 IGHV3-29 IGHV4-28 IGHVII-28-1 IL16 LINC00446 MIR670 MIR670HG PDE4D PYY RBBP8 RNF144B RNF219-AS1 RPS3AP41 SRGNP1 STARD5 ZBTB8OS CD1C CPNE4 ENPP2 MAP4K5 MIR5704 RN7SL766P SOGA1 SRRM1P2 SWT1 ABCB10 ACTN2 ALG6 ARHGEF3 DLEC1 DLGAP1-AS4 GABRB1 GRK5IL2RA KCND2 KLF13 LMX1A MIR4681 MME PACRG PDE4B PDS5B RNF216 RNF217 SUGCT TNMD TRMT61B UBE2CP4 WDR27 CSNK1G3 CUL5 EXOC4 FBXW8 FOCAD KCNS3 LINC01013 MAT1A MIR491 MMP27 NAV2 RFC3 RPTOR SETD7 SH2D7 SNRPD1 TEX11 WRB ABCC1 ACSL4 BRI3BP CMTR2 DHRS4-AS1 DHRS4L2 EFHC2 EML5 GRIK2 HHAT IGSF11 IGSF11-AS1 ITGA9 KRT39 LAMB4 PPP2R5A SETD5-AS1 SNORA16B SRGAP3 STXBP5-AS1 ZNF516 CELF4 EFHB FAM208B GLCCI1 LNP1 MRPL42P4 NIPAL2 RNA5SP470 RNF150 RPA3-AS1 SERPINB7 SLC5A1 SQSTM1 TPO UNC5C WDFY2 APBB2 CADPS CDHR4 DNM1P51 DOPEY2 EIF3E FEZ2 KALRN LIN28B LINC01121 MYLK3 NAMPT PLEKHH2 PLK1S1 RALBP1 RASSF8-AS1 RGS7 RNU2-27P RPS15AP1

RPS17P14 SLC1A1 SPIRE2 UBE2Q2P11 UGCG ZFPM2 ZNF451 CCDC12 DEFB116 LINC00517 MAN1C1 PHF20 PHLDB2 PLCXD2 RARB RERG RNF128 RNU4-40P RPL31P3 STRIP1 AGAP1 CCDC122 DOCK3 ETV6 FAM193A GNG4 HNRNPA1P58 NLRP12 RN7SL204P RPL12L3 RPL26P9 SLC22A25 SYNPR TBC1D4 VN1R4 ZMAT4 AUTS2 CCNE1 CLYBL DPYD-AS1 GRAP2 IPO7P2 LINC00378 MFSD12 MTOR NDFIP2 OR10J6P OR4S2 PGPEP1 RMI2 UBE2L6 ARHGAP29 ASXL1 ENAH FAM49A GUCY2F KIRREL LINC00840 MOV10 NF1P3 OFD1P12Y PPP6R2P1 RPL39P33 SAP18 SNORD27 THYN1 TMPRSS4 TTC26 VPS26B BBS2 CHRM1 CR1 CRB1 CTDSPL2 DDX21 FAT3 GABRA5 KRT18P31 MEGF9 N4BP2 NIPA2 NIPBL OGFOD1 PKP2 RANBP17 RN7SL373P SATB2 SYT10 UBXN2B ZBTB41 ZNF767 BACH1-AS1 BMPER CCDC64 CCDC88B ERMN FAAH2 FAM184B HMGB1 KRTAP9-3 KRTAP9-8 NPM1P41 OR52X1P PLCL2 PTPRD RASGEF1B RBM22P2 RWDD2B SCAF8 TBX15 TIAM2 ZNF521 ZNF621 AMPH ARHGAP6 CCDC13 HBE1 HBG2 HIGD1A HNRNPA1P53 MAP3K7CL MATN3 MCM3 MIR548AX MTFMT OR51AB1P OR51B2 OR51B8P OR51I1 OR52H2P OR52T1P PGK1 PLCL1 RN7SKP126 RN7SL83P ZFP64 ZNF483 ARL15 ARL6IP5 ATP1A1 CACNA1C CACNA1C-IT1 CACNA1C-IT2 CACNA1CIT3 CDKAL1 CEP85L COL11A1 EPM2A FAM227B FAM90A21P FAM90A22P FAM90A23P FAM90A6P FAM90A7P LINC00971 MTMR8 PLN RALGPS1 RN7SL801P ZNF233 ZNF235 ZNRF1 ADAMTS16 AXDND1 CEP128 CHCHD3 GBA3 KIAA1715 MAPK9 MICAL2 MNS1 NOL11 OR8J3 OR8K4P STX12 TEX9 ZMAT3 ZNF569 BANF2 CHD9 CTNNBIP1 EPB41L4B EVI5 EXOC6B GAS2 KLHL1 MANEAL PHGDH PSMC1P13 RNU4-59P SOX8 ZMYND11 ZNF239 ARHGEF15 CAP2 CHTF8 CREBRF CUL2 DIDO1 DIRAS2 DSG4 GRPEL2P1 HAS3 IFT88 KIAA0753 LIN9 MIXL1 MLST8 MZF1 NET1 NLGN4XNSD1 TSPAN9 ATP6V1D CDH18 DPRXP4 EIF2S1 GTF2A1L HELLS HYAL4 KMT2A KY MYRIP RNF135 RNU4-56P RNU6-1066P STON1 STON1-GTF2A1L VDR ZNF667 ADCY8 CYP4Z1 FAM19A4 FHL5 FOXO3 GDAP2 GNG5P5IGF2BP3 LRRTM1 MITF PAAF1 PXN RAB31 RPH3A SLC47A1 TRAPPC12 ZNF582-S1 ZNF583 CDK14 CLDN12 CPB1 DPH6ITLN1 LINC00448 MIR5095 MNAT1 PARD3B PIGK PJA1 PTN RBMS2 RNA5SP495 RPL21P6 SCP2 SLC27A6 SLC38A6 TBPL2 TTLL12 ZNF585A ZNF585B APTX CCDC88C CLVS1 CREB5 DYNLRB2 EDNRB KCNJ12 MSI2 MSR1 OASL RBKS RN7SL449P RNA5SP353 ROBO1 RXFP1 SEC24B SH2D4B SYNE2 TDRD3 TRAT1 BNIP3L FAP FLT1 LRRFIP1 NASP NOX4 PI4KA PRCP PRUNE2 RAB30 RBM44 SDAD1P1 SGIP1 SPRED1 ACSL5 ATAD2 ATIC CBLN4 CDH17 CENPV DNAJC25 DNAJC25-GNG10 INO80D NPLOC4 PIGL PKIB SPANXN4 TCF4 TSC22D3 TUSC3 UHMK1 ZNF573 BCO2 C10orf113 C6orf3 CATSPERB COL2A1 KCNC4 LINC00885 LRRIQ3 MALL MAP3K7 MAP7 NBAS NEBL NR3C1 NSUN3 NUMA1 RPS12P21 SDHD SIDT1 SIDT1-AS1 SPTA1 TC2N TMEM261 TRAF3IP2 ZNF277 A1CF C15orf60 DIRC1 EYA4 GABRA2 GCNT2 GTDC1 ICA1L KRT8P15 OR4C15 PLEKHA6 PTPRS SCARNA15 TMC1 TMEM138 TUFT1 XKR4 ASIP ATP6V1E1 C10orf120 CCDC170 DEFA1B DEFA3 DEFT1P2 LPP MDM1 MIR4634 PKHD1 RCHY1 RN7SKP85 SHOC2

SNORD11 STK3 SUPT3H TGM2 TMEM179 UXS1 BBOX1 BDKRB1 BDKRB2 C9orf135 CHP1 CNR2 EXD1 KDR MATN2 NSUN6 NUMB PPHLN1 RHBDL3 RN7SKP101 RNU6-249P RPL30 STAM VAPB ZNF207 5S_rRNA ADGB ARHGAP15 C18orf63 CASK CD109 CD36 CHL1 DLEU7 EDA ETFA GNAT3 KRTAP27-1 LINC00894 MAP2K4 MSRB3 NHSL1 PCOLCE2 PHKB RNF182 SNX29 ABCA12 APP CALCRL COL18A1 DGKB GREB1 KCNK2 LINC00158 METTL8 NRP1 PDZRN4 PQLC1 RN7SL674P TSNARE1 UACA ARHGEF18 C1orf87 CLIP1 CSF1 CUBNP1 ELMO1 LGR4 LINC01019 METTL15 MIR1200 NDUFAF2 OR4K4P PDSS2 RAB22A RNU1-131P RPS24P12 SEC14L6 SERPING1 A2M ADTRP CD58 CDK12 IMMP2L KAT5 LCE6A LINC00271 LINC01143 MYO3B NAP1L4P1 NSG2 OR11K2P PRELID2 RANBP10 RNASEH2C RNU7-66P RRP15 SHISA5 ST7 ST7-OT4 THRB TMEM11 TTC12 ZNF626 ZNF737 BCRP7 COMMD1 CPEB2 FAM46A FUBP1 NPEPPS SCN9A SEMA3C SLC38A7 SNTG1 TRAF3IP2-AS1 UBE2KZNF209P ADAM17 C1orf106 C5orf66 CAMK4 CYLC2 CYP3A54P FRY H2AFY LINC00536 MAP3K5 PCAT2 PKP4 RN7SL662P SMC1B SMG6 TUBAL3 ABCD3 CDC42BPG DIAPH3 HPCAL1 IGHVII-22-1 IGHVIII-22-2 ISPD KRTAP13-6P LINC00458 OR4N3P OS9 RN7SL714P RNU6-768P SLC5A8 SRIP1 TFPI TRABD2B ZER1 CCDC3 ELP3 EPHA1-AS1 ETS1 GC GPR78 GRK6 JAK2 KLHL13 MIR4300 MKKS MTND4P14 MTND5P14 NR2C2 PAPPA PAPPA-AS1 PEX5L PIK3R5 RALGPS2 RNA5SP300 TAS2R41 TPTE2P3 ANKRD30BP3 ARHGAP11B CUBNP3 DNAH5 EFEMP1 GALK2 hsa-mir-6080 MIR759 MT1HL1 OIT3 PFKFB2 PLEKHM1P PRTG RPL9P28 SHMT1 TGFB1I1 TM9SF4 U8 YOD1 CDK17 CNTN3 COMMD6 CPNE5 CXorf21 ELAVL4 GPR176 IGDCC4 PPIAP6 PSIP1 PTBP3 RNU3P3 RNU4-24P RPS23P5 SORCS1 SPATA16 TCF7L2 TEP1 TLK2 TNFRSF10B ZNF443 ZNF490 ZNF564 ZNF709 ZNF799 ACSM2A AFF2 CCT6B CD38 CYTIP EBPL ENPP7P5 H2AFZP1IGHV3-48IGHVIII-47-1ITGA11 LINC00937 MYH13 NINL PARD3 RALGAPA2 SCPEP1 SKA1 SSPN STAG1 SUSD1 THOC2 TRAF3 VDAC2P1 ZNF830 ABAT ATRNL1 DOCK9 DSCAML1 ESR1 FDXR IL18R1 IL1RL1 LINC00520 MGC4294 MT2P1 OR6C68 PACRGL PXT1 RIMS3 RN7SL743P RPL7L1P12 SGK2 SLC2A12 STARD4 TMEM186 APCDD1L-AS1 ATP2B1 DSCR3 DSCR9 FAM19A2 FLG-AS1 FOXP2 HRNR KIFAP3 MIR3666 OPHN1 POTEKP RN7SL678P RNASE3 RNU6-1225P RNU6-617P RNVU1-18 RPS3P6 S100Z ADAMTS9-AS2 BCLAF1 C9orf171 CNOT1 CPB2 CPB2-AS1 DGKZP1 FBXO47 HSPA4L IMPG1 KCNMB2 LAPTM4B LARS2 LARS2-AS1 LINC00284 LRRC20 RGS3 RNU7-177P SAMD9 SLC35F2 SNORA80 URB1 FAM102B LINC00343 LINC00395 NFAM1 PEBP4 PYGL RAPGEF1 RMRPP4 SGMS1 TRPS1 ZNF568 BAZ2B BZRAP1-AS1 CASP5 CCDC169 CCDC169-SOHLH2 CCDC88A CNOT10 COPS8P3 DENND5A HNRNPA1P68 IPP KHDRBS3 LINC00544 MIR183 MIR96 NARS2 NBPF10 NOTCH2NL RIN2 RNF43 RNU6-311P SLC30A7 SOHLH2 TNKS TUB ADORA2A-AS1 ALCAM AMY1C C15orf54 C17orf75 C5orf51 C6 CHRDL1 CNN3 CNTNAP5 GATAD2B KSR1 LGALS9 MYO5B NCF2 NPL OOSP1P2 OR5G1P RNF126 SETBP1 SMG7 STK36 TBC1D3B UPB1 ZNF248 ZNF33BP1 ZNF608 ABTB2 AK7 BMS1P13

CCDC144CP DDC8 DNAH8 HDAC4 KCTD9P1 LHFPL1 LINC01043 RN7SL17P RNU6-909P SMIM2-AS1 SNORD74 SOX5 SPECC1 TIMP2 U6 AP4B1-AS1 BCL2L15 BRD4 CHCHD2P9 CWF19L2 DCK DNMT1 GHR GLRA2 KIAA0355 MAPRE2 MOB1B MS4A14 MS4A6E MS4A7 NTRK2 RNA5SP219 RNU6-552P SETD2 SRP54 TAC4 ASB17 C8orf44 C8orf44-SGK3 CACNA1I CHN2 CPNE8 EFTUD1P1 FAM171A1 FAM83G KCNK1 LATS2 LATS2-AS1 MGST1 MPZL1 NANOGP4 PAWR PCNXL4 SGK3 SLC5A10 SSXP1 CAMSAP2 CD53 DDX51 DPP9 GNG2 ITGB7 MBL1P NELL2 NOC4L POTEF RNU6-1049P SULT1B1 ADORA2A BCRP1 CDC40 CNTN4-AS2 DLEU1 EXOC6 HNRNPA1P40 LRRK1 PGM2L1 PKNOX2 POM121L9P PPFIBP1 PRAMEF26 RASGRP1 RNF220 RNU6-21P RNU6-321P SEPT7P9 SMCHD1 SPECC1L SPECC1L-ADORA2A STAU2 TTC27 UBE2W USP18 ZNF299P ARR3 ATG10 BPIFB4 C14orf39 C9orf40 CYP2AC1P FAM212B JPH3 KCTD7 OR4K6P OR5E1P PDIA6 RAB11FIP4 RABGEF1 RNU7-176P RRP7A SALL4P7 SERHL SPIN3 SPRED2 TMEM55A ZCWPW2 AMY1A CCDC144A GLI3 HNRNPKP3 KAZN LINC01101 LPPR5 MAP2K5 NCK1 OR5L2 RBPJP7 RNU6-405P RPS10P7 SEPP1 SMOC2 TDRP USP32P1 ADAM23 ARNT ATP5BP1 CASC16 CHAF1B CLDN1 COG7 DRG1 GRXCR1 KIAA1009 LYN MORC2 MORC3 MSRA OR11L1 PPA2 RN7SL568P RNU6-1266P SFI1 SPRR2B SPRR2C SPRR2E STXBP5 VWA3B DHRS3 DOCK4 LAMP5 LINC01049 NANP PRELID1P2 PXDNL SAFB2 SCGN SYNPR-AS1 TGFBR1 TMEM120B TSEN15 TTC32 USP53 ZNF337-AS1 ZNF558 ATP6V0D2 C1QTNF7 CCDC176 CYSLTR1 FCHSD2 GMDS KIAA0586 KRTAP5-8 MGLL OR7K1P PPP4R1L PRDX4 SNHG17 SOX2-OT SPG11 SVOPL TMEM41B ADAM12 ATXN1 C7orf66 DYM EPHA5 GACAT1 HTR2C LCP2 MGAM MIR1911 NFX1 OR9A4 PPFIBP2 SLC13A4 SPICE1 TAS2R38 TOP1 TRAV8-7 ACBD6 ASCC3 CHMP1B2P COBL CUX1 GLRA1 KRTAP20-1 KRTAP6-1 LINC00317 NCOA5 NFASC PSMC4 RNA5SP490 SCARNA21 SLC25A21 SLC6A17 SNX19P3 TENM3 THUMPD1 ULK4 ABLIM1 AMY1B B4GALT3 CASP12 CHCHD2P4 CHST11 CPE FAM225B HMG20A INPP4B ITGB3BP KRR1P1 MAGEA11 PPOX PTTG1IP ZBBX ZNF729 ANKUB1 C10orf90 CD96 CHRNA3 CHRNA5 DICER1 EP300 GALNT2 GLDC GZMAP1 IQSEC3 LINC00687 MBD5 METTL9 MIR1281 MIR3173 NXPH2 PCDH9-AS2 PCDHA1 PCDHA10 PCDHA11 PCDHA12 PCDHA13 PCDHA2 PCDHA3 PCDHA4 PCDHA5 PCDHA6 PCDHA7 PCDHA8 PCDHA9 PCDHAC1 PCDHAC2 PFN2 RAB2A RNU6-1005P RNU6-196P SEMA4B SLC16A7 SPARC ZNF384 ADAT2 ANKRD18A C10orf25 CEP164P1 CSRP2BP CYP4F33P ELAVL2 ERCC8 LINC00884 NUP62CL PET117 PEX3 PHF8 RNA5SP221 RSU1P2 SCARNA17 SPINT4 TBX3 TTC39B USP17L24 USP17L25 USP17L26 USP17L27 USP17L28 USP17L29 USP17L30 USP17L5 USP17L6P USP17L9P WIF1 ZNF22 ZNF474 ARMCX2 C18orf64 CACNA2D1 CASC18 CCDC73 CNTNAP3 CYP7B1 DIAPH1 DUSP23 FAM108A10P FAM209A FLT3 GCNT7 GUSBP1 HNRNPUP1 HS3ST2 IGKV1-37 IGKV2-36 IGLV4-69 IGLVI-68 MAMDC2 MIR1254-2 NOL12 PABPC1L PLAC4 PRAMENP REEP1 RNU2-5P RTFDC1 SIGLEC26P SPRR4 STX8 TCL1B TCL6 TNFRSF19 TOMM34 TRIOBP

ZNF618 ANKRD31 EIF3A FPR3 GAB2 HDHD1 IQCK KIAA1244 LINC01107 PCSK5 SCFD1 SIAH3 SV2B TP73 UPRT APOL6 CAB39 COL4A6 FAM13C GRID2 IFNGR2 MIR320B2 MIR514A1 NPC1 NVL PCED1B PIBF1 RASGRF2 RNU6-898P RRM1 TANGO6 TMEM50B TRPM7 ZNF728 ARHGEF33 BCL7C CA3 ELMO1-AS1 IGHVII-67-1 IGHVIII-67-2 IGHVIII-67-3 LINC00940 MAPK1IP1L MIR4519 MORN2 NUS1P2 OR4C10P PHYKPL PLOD2 PSMA1 SLC20A1P1 SUZ12P TERF1 TUBAP VPS39 WFDC10B ACSS3 BRD7 FHIT FLNB FLNB-AS1 FSD2 KRTAP4-3 LRRC16A ONECUT3 OR5H8P OR5K4 PAGE1 PPIAP27 PPP1R12B STK32C TTI1 UBFD1P1 ZNF345 ZNF829 C1orf167 C20orf196 C5orf47 CABIN1 CAMK2G CHRM3 CXCL13 DDX10 DYNC1I2 EFNA5 EMCN EMCN-IT2 EMCN-IT3 FAM20A FAM73A HSPE1P25 MERTKMOXD1 NF1 PKHD1L1 PPFIA2 RBMX2P1 RBMX2P3 SPATS2 SPRR2G TMEM52B UBE3C WARS2 BRD1 DAPP1 FAM129A FAM9A GPR161 GUCY2C HERC2 HLA-DQB2 LRRC16B MAGI2 MAGI2-IT1 MANSC4 OAS1 PPP6R2 RNU6-530P RNU6-917P RNU7-144P RPL39P36 SIRPB1 SIRPD TFF1 TMED8 TPT1P2 ZNF280D ZNF525 ZNF765 AKAP2 ALDH4A1 C16orf95 CCDC92 DNAH10 DNAH10OS DNAJC5 GOT2 GPR125 HNRNPA3P14 IFFO2 IGKV1-5 KCNQ5 KCNQ5-IT1 LPHN2 MGA MIR1290 MIR4695 MIR941-1 NUF2 PALM2 PALM2-AKAP2 PHKA2 PHKA2-AS1 PLD1 PTPRU RGS5 RMRPP5 SLC4A1AP SORL1 STRN3 TAS1R2 TDRD12 ZNF615 ASB13 BICC1 DLG5 ELK3 GPR126 GUSBP11 IFT80 IGSF21 LOH12CR1 MIR649 MND1 NCALD P2RX6P RPA2P1 TEAD4 TRIM59 TTC8 UBE2G2 AIFM3 ANTXR2 BID BTBD11 BTBD3 CARM1P1 CD2BP2 CNNM2 DMRT1 DSG2 ELOVL2-AS1 HPYR1 HTR4 HTR4-IT1 IFI27L2 IGF2BP1 LHFP LZTR1 MIR3198-1 PABPC1P12 PCAT1 PQLC3 RHPN2 TMEM260 WDR25 ZNF718 ATP8B4 CIT CRISP3 EIF4E EML4 FAM214A FKBP5 FRYL KANK3 LINC00575 LINC01036 MICU1 POR RELN RN7SKP86 SLC9C1 SNX20 SRD5A3-AS1 SUV420H1 TNFRSF11B TSHZ1 USP3 C1orf112 CCNYL2 CSRNP3 GRM5 HAPLN1 KIAA1324 KIRREL3 MIR517A MIR519D MIR521-2 MIR524 MROH2B NECAB1 PTPN9 PWP1 RNU6-16P RNU6-803P SELE SNUPN ST6GALNAC5 CNTN1 COL12A1 DTD1 DYNC1H1 FCRL3 FNDC3A GPATCH2L LINC00298 LINC00299 MGAT5 MRPL39 PAK1 PLS1 PLSCR4 PTK2B PTPN20B PWRN3 STAC TMPRSS4-AS1 ACYP2 ATP5F1P6 ATP8B5P C15orf26 C18orf8 DDC EFTUD1 IGHV3-60 KCNIP3 MXRA5 NDRG2 OR4C2P PSMG2 RAF1 RN7SL552P RNASE13 RNU1-77P RNU6-469P RP2 SP2 TMEM131 TMEM161A TMEM38B TNFAIP8 WDFY3 ALMS1 CCDC26 CCDC57 COLEC12 FAM108A8P FAM210A IGHV3OR16-12 LINC00604 LINC00702 MAP3K13 NLK NPHP4 RALA RN7SL435P RNU1-150P RNU6-953P YWHAQP9 ZNF215 ADCYAP1R1 AMZ2 C9orf3 DPY19L2P2 EGLN3IL1RAP LINC01029 LRRC37A5P MROH1 MRPS21 NAV3 PTGR1 SLFN5 SPCS2P4 SPTSSA ARF4 COL6A5 EDA2R FBXL17 FBXL5 FNDC3B HERC2P5 JAG1 LINC00466 LRIT3 MAML3 MAN1A1 MEOX2 NHLRC2 NMNAT1P1 OXCT1 PGM1 PPP3CA QSER1 RN7SKP253 RN7SL130P RN7SL141P RRH TBC1D12 TMEM163 TMEM178A TRIM60P13 TSHR AKNAD1 ARMC10P1 BANK1 C3orf22 CHST13 DCBLD2 EXOC5 GPR133 GPSM2 HGSNAT JRK

KIAA1598 KLF3 KLF7 MIR3118-5 MTND5P5 MYT1L NDEL1 NDUFA13 NEB RGS12 RNU6-26P RXRG SEPT9 SH3GL2 SLC7A1 SNX25 SUCLG1 TANC1 TMEM67 UBR3 YJEFN3 CAPZB CENPK CLTA DGCR10 DGCR5 DGCR9 EFCAB1 EZH2 FMO9P FSTL5 GABRR2 GRM7 HMGB3P24 KIAA0100 KLHDC8A LINC00374 LIPA MAS1 MSANTD3 MSANTD3-TMEFF1 NPFFR1 OR8A2P PER1 PRKCQ-AS1 RNA5SP487 RNF144A-AS1 SATB1 SDF2 SNORA75 STPG2 TAF1B TBC1D5 TMEFF1 TSPAN33 WWTR1 WWTR1-IT1 ZNF177 ZNF330 ZNF559 ZNF559-ZNF177 CBLB CCSER2 CDC20B DOCK10 ESR2 GSTA2 MAGEB2 MIR4439 OR8S1 PLSCR1 RERGL RN7SL194P RNF17 RPL5P35 SEC63 SLC25A48 AAGAB BMS1P16 C16orf80 C7orf76 CDRT1 CTNNA1 DGUOK DGUOK-AS1 DOK6 GPC4 IGHVII-44-2 IGHVIV-44-1 PDXK RN7SKP162 RPS24P16 SHFM1 STARD9 SUN3 TNIP1 TRAV33 TRIM16 WDR59 ZFRP1 ZNF736 AHSA1 ENPP7 FAM126B KAT7 L3MBTL3 LINC00380 MAPK4 MPRIP SNORA46 SSBP2 STIM2 TMEM135 TMEM194B WFDC10A YIPF6 ZNF540 ZNF571 ZNF571-AS1 AGGF1 ANXA4 BORA CHD6 CLDN11 DENND1A FHOD3 FREM1 ITGAE KIF13B LHFPL3 LINC00656 LUZP4 MARK2P5 MZT1 N4BP2L1 N4BP2L2 NLGN1-AS1 P2RX6 PCA3 PIGFP2 RNU6-280P RPS20 SLC7A14 SNORA16 SNORD54 TCF12 THAP7 THAP7-AS1 TRAV22 TUBA3FP ZNF734P AKIRIN2 ARHGAP5 ASAP1 BRMS1L CHST8 CTTNBP2 DCLRE1C GABRB2 GBP2 GBP7 GNE H2BFMLINC00440 SH3KBP1 SLC22A3 SLC6A10P SSUH2 ST7L VIPR2 ZNF562 AK8 CALB1 CCDC60 CLDN8 DMBT1 ENOX2 EPHB2 FAM118A GAGE12I GAGE2D HBG1 OR11H1 OSBPL5 PHACTR2 RAD51AP1 SDR39U1 TTLL9 WSCD1 ATP8A1 DEFB127 DNAJA1P1 FOXRED2 FSD1L GPR64 MAPK8IP2 NABP1 RALGAPA1P RUSC1 RUSC1-AS1 TMPRSS11E VEPH1 VSTM2B ACOX3 AGPAT4 CACNA1D CACNB4 CD300C COL21A1 DDX3X DPY19L3 EDDM3A EGFL6 LRPPRC NMNAT1P4 NSG1 RBL2 RNU1-104P SERPINB12 ARAP2 CADM3 CCZ1 CNOT7 DARC DGKH FAM46D FEM1AP4 FGFR1OP2P1 HS6ST2 OMG OR7D1P PDE11A RPL31P40 RPL7P55 SKOR1 SNORD109B SNORD115-45 SNORD115-47 SNORD115-48 VPS37A EHF FYB GJB7 KIAA1462 NSUN7 PARP8 PDE7A POLQ PTPN20A RN7SKP168 RN7SKP218 RN7SKP6 SCUBE1 SHROOM4 TPCN2 ZNF622 ARHGAP39 C1orf177 DCAF7 DNMT3B EGLN3-AS1 F7 KIAA1432 LINC00970 LINC01088 MCF2L NAA11 PNLIPRP1 RN7SKP199 RNU6-288P SHOX2 SMEK2 SOBP SPNS2 STIM1 ADK AHI1 C11orf65 CDH26 GRIK4 KCNT2 KIF9-AS1 LINC01010 MMP26 MYBPC2 OR51A8P OR51F1 OR51H2P RPA1 SMAD3 TPH1 VPS41 ABHD2 BAIAP2L1 C7orf60 CD300A CNN2P4 FXR1 IPPKP1 KIAA1257 KIDINS220 MCOLN2 NDST4 NOS1 POU5F1P6 PTGFRN RPN1 TCEB1P32 TDRD10 TMC7 TMTC1 TTC29 ZNF160 ZNF347 ZNF415 ADAMTS2 AKR1C3 BSN-AS2 BTBD9 COX5BP6 CUBN DHX15 EFCAB4B ENPP7P1 FAM85B FBXW12 FOXP1 HDX KIAA1211 LMBR1 LRCH1 MLIP MLIP-AS1 MTUS2-AS2 MYOM1 PLXNB1 PPM1D RDH10 RN7SL16P RN7SL321P RNY4P7 SLFN12 TFF3 TMPRSS12 TMTC4 TRANK1 URGCP URGCP-MRPS24 WDR33 AATF ADCY9 ANHX BCAR3 CCDC149 CDK1 CEP135 CYCSP27 FAHD2A HDAC7 HIVEP3 HTR7 ITPK1 LDLR LTB MAGT1 MCM3AP MCM3AP-AS1 MIR548AL

MRGPRG NBN PRRC2C RNA5SP186 RNVU1-17 SEPT14 SLC39A10 SV2C TAGLN3 TNF VASH1 ARHGAP22 ARHGAP22-IT1 ARMC8 BDH2 C9orf131 CDRT4 FLJ00273 FLVCR2 GPN3 HRH1 IFT43 LINC00534 LINC00972 NME9 OVCH1 OVCH1-AS1 OVOL2 PANX1 SLC9B2 SNORD17 SNX5 TTLL5 TVP23C TVP23C-CDRT4 VDAC1P1 ZFPM1 ZNF454 AKT3 ATXN8OS CHKB CHKB-CPT1B CPT1B CSPP1 CYP4Z2P GAK ILF3 NGLY1 PIGB POMC PSG1 RAPGEF4-AS1 RNU6-132P SOS1 TMC2 UCHL1-AS1 WDR93 ADAM9 ADNP2 BFSP2 BLOC1S6 BMP15 DENND1B DHRS11 GMFB LINC00521 LINC01141 MRM1 NUDT4 PCDHGA1 PCDHGA10 PCDHGA11 PCDHGA12 PCDHGA2 PCDHGA3 PCDHGA4 PCDHGA5 PCDHGA6PCDHGA7PCDHGA8 PCDHGA9 PCDHGB1 PCDHGB2 PCDHGB3 PCDHGB4 PCDHGB6 PCDHGB7 PCDHGB8P PHEX POU6F2 RBM11 RNU6-164P RNU6-540P SCAF4 SQRDL TRIM23 AFAP1 ANAPC1P1 C2orf48 CEA CEACAM5 CEACAM6 CLOCK CRYL1 DPY19L1 DPY19L2 DYRK1A GLRX3 IGLC1IGLC2IGLJ1IGLJ2IGLL5 LGR6 MAGI1 MAGI1-IT1 MAP6 MAPKAPK5P1 MIR4327 MIR4499 MS4A5 OR10AK1P OR11A1 OR5V1 RGPD1 RNA5SP125 RXFP4 SIM2 VN1R87P WRN ARID2 C17orf80 FAM104A FAM63B GYG1P1 H3F3C HS3ST5 LINC00161 LINC01057 MARK3 MIR4529 MMP20 OR1AA1P OR1E3 PAXBP1 PGBD4P7 PLEKHG1 RCAN2 RSRC1 SERTM1 SHC2 TMC5 TNRC6B ZSWIM3 BEND7 BRINP1 C21orf90 CLSTN1 COG3 CPEB1 CYP4X1 F11-AS1 FAM220A GPR39 HHLA1 KATNAL1 KCNK10 LINC00632 LRR1 LRRC37A12P MED4 OC90 OR4F14P PLCH1 PRG3 RHOH RHOQP1 RIMKLB RN7SKP60 RPL36AL SLC7A13 TSPEAR-AS1 UBQLN4 WDR95P YBX1P7 ARF1 BCL11A CALD1 CLEC4A DKFZP761J1410 DPY19L2P1 ELAVL1 ENPP7P2 EPN2 EPN2-AS1 FAM222B HMGA2 KIAA1731 MTHFS MTURN MYO6 NEK4 POU5F1P3 SDC2 SIPA1L2 SNORA25 SNORA8 SNORD6 ST20 ST20-MTHFS TAF1D UBE2E3 WDYHV1 YAF2 ZNF41 ZNF705A ZNF880 ABL1 AGO3 ANKRD30A ANP32C ATP8A2P1 BCRP6 BRSK2 CRADD DISC1FP1 DOCK1 FAM213A KIF18A LINC00993 MARCH1 MIR4490 MLTK MUC5AC PAPOLA PCDH19 PCNXL2 PCSK6 PIP5K1A PRDX2P3 PRR14L PTPRJ RPL21P11 RUFY1 SLC27A2 TMEM161BP1 TSPAN13 VN1R53P ZNF2 ZSWIM7 ANO1 CACNG6 CCDC146 CERS6 DTX2P1 DTX2P1-UPK3BP1-PMS2P11 EFCAB5 FAM101A GCLC H3F3AP4 HIAT1ISM1-AS1 LENG8 LINC00523 MCM9 OXSR1 PDIA5 PMEPA1 PMS2P11 PMS2P9 QKI RAB23 RN7SL587P SEC22A SNORA71 SPTLC2 TMEM189 TMEM189-UBE2V1 TRDN UBE2V1 UPK3B WIPF1 ZNF664 ZNF879