Роль фекального кальпротектина и коррекции микробиоты в диагностике и терапии острой реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток крови тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.21, кандидат наук Голощапов Олег Валерьевич

• Голощапов Олег Валерьевич
• кандидат наук
• 2021

Оглавление диссертации кандидат наук Голощапов Олег Валерьевич

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ

1.1. Современные представления о реакции трансплантат против хозяина

1.2. Причины диареи после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток

1.2.1. Постцитастатический мукозит и энтероколит на фоне нейтропении

1.2.2. Вирусная этиология диареи

1.2.3. Бактериальная и грибковая причина диареи

1.2.4. Простейшие и гельминтозы как причина диареи

1.2.5. Микроангиопатия кишечника или ишемический энтероколит

1.3. Биологические маркеры для диагностики реакции трансплантат против хозяина после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток

1.4. Фекальный кальпротектин - структура, функция, локализация

1.5. Фекальный кальпротектин при бактериальных и вирусных энтероколитах

1.6. Фекальная микробиота (терминология и методы исследования)

1.7. Фекальная микробиота у пациентов после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток

1.8. Фекальная микробиота при реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта

1.9. Методы коррекции фекальной микробиоты

1.10. Трансплантация фекальной микробиоты

1.10.1. История развития трансплантации фекальной микробиоты

1.10.2. Предполагаемые механизмы действия трансплантации фекальной микробиоты

1.10.3. Показания и противопоказания к трансплантации фекальной микробиоты

1.10.4. Выбор донора для трансплантации фекальной микробиоты

1.10.5. Подготовка фекального трансплантата

1.10.6. Подготовка реципиента к трансплантации фекальной микробиоты

1.10.7. Пути доставки фекального трансплантата

1.10.8. Безопасность и неблагоприятные явления после трансплантации фекальной микробиоты

1.10.9. Мониторинг пациентов после трансплантации фекальной микробиоты

1.10.10. Трансплантация фекальной микробиоты при реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта

1.10.11. Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Характеристика пациентов, дизайн и методы исследования

2.2. Алгоритм включения пациентов в исследование

2.3. Характеристика пациентов

2.4. Характеристика пациентов подгруппы А (трансплантация фекальной микробиоты) и подгруппы Б (плацебо)

2.5. Алгоритм включения пациентов в исследование ТФМ/плацебо

2.6. Выбор донора фекального трансплантата и протоколы проведения трансплантации фекальной микробиоты

2.7. Иммуноферментный анализ с использованием коммерческих наборов для количественного экспресс-определения кальпротектина

в образцах кала

2.8. Молекулярно-биологические методы определения состава фекальной микробиоты

2.9. Методы ведения документации и статистические методы

ГЛАВА 3. УРОВЕНЬ ФЕКАЛЬНОГО КАЛЬПРОТЕКТИНА У ПАЦИЕНТОВ ИССЛЕДУЕМЫХ ГРУПП

3.1. Диагностическая ценность и значения уровня фекального кальпротектина у пациентов с острой реакцией трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток при различных клинических ситуациях

3.2. Сравнение уровня фекального кальпротектина в группах пациентов с диареей после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток

3.3. Динамика уровня фекального кальпротектина у пациентов с острой реакцией трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток на фоне иммуносупрессивной терапии

3.4. Динамика уровня фекального кальпротектина у пациентов с острой реакцией трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток крови на фоне трансплантации фекальной микробиоты

3.5. Анализ специфичности и чувствительности метода определения фекального кальпротектина для диагностики острой реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта

3.6. Частота и причины летальности в группах исследуемых пациентов .. 124 ГЛАВА 4. ТРАНСПЛАНТАЦИЯ ФЕКАЛЬНОЙ МИКРОБИОТЫ

У ПАЦИЕНТОВ С ОСТРОЙ РЕАКЦИЕЙ ТРАНСПЛАНТАТ ПРОТИВ ХОЗЯИНА ЖЕЛУДОЧНО-КИШЕЧНОГО ТРАКТА

4.1. Динамика основных групп микроорганизмов в составе фекальной микробиоты до аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток и при развитии острой реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта

4.2. Клинический ответ у пациентов с реакцией трансплантат против

хозяина желудочно-кишечного тракта после трансплантации фекальной микробиоты

4.3. Результаты мультиплексной полимеразной цепной реакции микробиоты фекального трансплантата

4.4. Состав и динамика фекальной микробиоты исследуемых

пациентов

4.5. Bacteroides fragilis - маркер приживления фекального трансплантата

4.6. Нежелательные явления, осложнения после трансплантации фекальной микробиоты

4.7. Летальность в группах трансплантации фекальной микробиоты

и плацебо

ГЛАВА 5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль фекального кальпротектина и коррекции микробиоты в диагностике и терапии острой реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток крови»

Актуальность темы

Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток от аллогенного донора (алло-ТГСК) - эффективный метод терапии злокачественных заболеваний крови, онкологических и орфанных болезней, основанный на проведении химио-, иммуноаблативной и лучевой терапии с последующей инфузией гемопоэтических стволовых клеток (ГСК) [1, 3, 4, 13, 16, 59, 246, 427, 451].

Однако, развитие реакции «трансплантат против хозяина» лимитирует широкое использование алло-ТГСК. Реакция «трансплантат против хозяина» (РТПХ) - осложнение, которое развивается у 40-80% больных [10, 11, 13, 14, 233, 236, 328] и подразделяется на острую РТПХ и хроническую РТПХ в зависимости от сроков возникновения после трансфузии аллогенных гемопоэтических стволовых клеток. Полагают, что в основе этиологии и патогенеза острой РТПХ лежит несовместимость клеток реципиента и донора по генам HLA-системы и реакция зрелых Т-лимфоцитов донора на клетки различных органов реципиента, в первую очередь кожу, печень и кишечник. Индукция острой РТПХ многоступенчата и происходит на фоне высвобождения клетками реципиента провоспалительных цитокинов - интерлейкина-1, интерлейкина-6, интерлейкина-8, фактора некроза опухоли после назначения режима кондиционирования, что ведет к активации антигенпрезентирующих клеток (АПК), экспрессирующих HLA-антигены I и II класса. В результате представленные Т-клеткам донора костимулирующие сигналы вызывают комплекс реакций, разрушающих состояние иммунологической толерантности между клетками организма реципиента и Т-клетками донора. Провоспалительные цитокины в свою очередь вызывают активацию Т-лимфоцитов и МЫК-клеток донора, что влечет за собой повреждение тканей реципиента и дальнейшее выделение цитокинов (интерлейкин-2, интерферон-у), активирующих ТЫ-лимфоциты (Т-Ие1рег 1) [332]. Хроническая РТПХ наблюдается в более

отдаленные сроки после алло-ТГСК и по патогенезу схожа с аутоиммунными заболеваниями.

Одна из основных клинических форм острой РТПХ проявляется поражением кишечника (РТПХ ЖКТ). Изменения слизистой кишечника может быть различной степени выраженности: от эритемы и единичных эрозий до сливных язвенных дефектов и полной деэпитализации слизистой оболочки кишки. Степень тяжести острой РТПХ с поражением кишечника классифицируют от I до IV в соответствии с международными критериями на основании объема стула в течение суток, наличия болевого синдрома, пареза кишечника и выраженности кишечного кровотечения [83].

В настоящее время не существует адекватных лабораторных методов диагностики острой РТПХ с вовлечением органов ЖКТ, что снижает возможность более раннего распознавания этого тяжелого синдрома. Эффективность лечения острой РТПХ зависит от раннего начала иммуносупрессивной терапии, что зачастую происходит несвоевременно ввиду отсутствия специфических симптомов со стороны ЖКТ на фоне мукозита и инфекционных осложнений. В случае отсутствия клинического ответа на иммуносупрессивную терапию, летальность от острой РТПХ с поражением кишечника превышает 60% [34, 454].

Существующие биомаркеры острой РТПХ - растворимые рецепторы интерлейкина-2 (ИЛ-2R), фактора некроза опухоли (Т№Ш), интерлейкина-8, -12, -18, фактора роста гепатоцитов (НСЕ) - практического применения не нашли [73, 99, 149, 239, 271, 399, 412].

Основные недостатки предложенных биомаркеров связаны с низкой специфичностью и чувствительностью для острой или хронической РТПХ. Многие из них являются маркерами воспаления, их уровень значительно повышается при генерализованном инфекционном процессе. Поскольку имеется сходство в клинической картине острой и хронической РТПХ с поражением кишечника при заболеваниях, объединенных в группу воспалительных заболеваний кишечника (ВЗК), мы рассмотрели возможность использования маркера - фекального кальпротектина (ФК), определяющего не только активность течения, но и

вероятность рецидива таких заболеваний, как неспецифический язвенный колит (НЯК) и болезнь Крона, для диагностики и коррекции иммуносупрессивной терапии при острой РТПХ с поражением ЖКТ.

ФК - это белок, который впервые описал в 1980 году М.К. Fagerhol и др. [188]. Кальпротектин в большом количестве присутствует в цитоплазме нейтрофилов. Изначально он был назван Ll-протеин или Ll-антиген, в последующем получил название кальпротектин, поскольку имеет в наличии гетерокомплекс с молекулярной массой 36,6 Ша, связанный с кальцием [103].

ФК как маркер воспаления используют для дифференциальной диагностики органических и функциональных заболеваний кишечника, НЯК, болезни Крона и синдрома раздраженной кишки [26, 179, 118, 383]. Определение ФК было применено в качестве основного маркера при остром отторжении аллотрансплантата тонкой кишки. Уровень ФК в содержимом из илеостомы у пациентов с реакцией отторжения трансплантата был значительно выше, чем у пациентов с вирусным поражением кишечника [69]. Таким образом, определение ФК в фекальных образцах используется для подтверждения отторжения трансплантата, причем патофизиология реакции отторжения имеет общие черты с РТПХ ЖКТ после алло-ТГСК. В патогенезе реакции отторжения трансплантата цитотоксические лимфоциты реципиента посредством цитокинов активируют нейтрофилы против трансплантированного органа-мишени. При острой РТПХ цитотоксические Т-лимфоциты донора активируют нейтрофилы и макрофаги против собственных органов и тканей реципиента. Учитывая успешный опыт применения ФК для оценки степени поражения кишечника в гастроэнтерологической практике, мы предполагаем, что использование этого биологического маркера в гематологии позволит в более ранние сроки диагностировать острую и хроническую РТПХ (оуег1ар-синдром) с поражением кишечника у пациентов после алло-ТГСК. Согласно данным публикаций, у пациентов со стероид-резистентным течением острой РТПХ ЖКТ были отмечены значительно более высокие уровни ФК [192]. ФК показал обнадеживающие результаты при сопоставлении значений уровня этого биомаркера со степенью

поражений, выявленных при эндоскопических и гистологических исследованиях, и коррелировал с тяжестью поражения ЖКТ [151]. Поскольку обнаружена положительная связь между высоким уровнем ФК и тяжелой острой РТПХ ЖКТ, тест на ФК после алло-ТГСК может быть полезным инструментом скрининга [194]. У пациентов, устойчивых к терапии глюкокортикостероидными гормонами (ГКС), отмечали более высокий уровень ФК по сравнению с пациентами, чувствительными к кортикостероидам. Таким образом, уровень ФК может быть использован не только для диагностики острой РТПХ ЖКТ, но и для прогнозирования ответа на терапию [191, 192, 193,]. Кроме того, уровень ФК позволял отличать острую РТПХ с поражением кишечника от ЦМВ-колита [151].

В последнее время опубликованы исследования [252], где показана прямая взаимосвязь между уровнем ФК и составом кишечной микробиоты, что может повысить перспективы еще более ранней оценки эффективности терапии острой РТПХ ЖКТ после алло-ТГСК. Микробиота кишечника является существенной и необходимой частью общей микробной популяции организма человека. Фекальная микробиота (ФМ) состоит из множества микроорганизмов, составляющих динамическую биологическую экосистему, функционирующую в организме хозяина [5, 7, 426].

Количественный и качественный состав микробиоты человека после агрессивных методов полихимиотерапии (ПХТ) и алло-ТГСК вызывает большой интерес. Имеются отдельные исследования, в которых состав ФМ использовали в оценке эффективности терапии РТПХ ЖКТ после алло-ТГСК. Некоторые авторы показали, что трансплантация костного мозга сопровождается снижением разнообразия кишечной микрофлоры, истощением целых классов бактерий (например, Clostridiales), в частности - Blautia, что ассоциируется с повышением частоты инфекционных и иммунных осложнений с летальными исходами в ранние сроки [318]. Кроме того, при острой РТПХ ЖКТ отмечается потеря разнообразия кишечной микробиоты и рост оппортунистических патогенов (типа Proteobacteria и рода Enterococcus), данные изменения были связаны с повышенной смертностью после алло-ТГСК. При этом высокое содержание Lachnospiraceae и

Actinomycetaceae связывали с благоприятными исходами. У пациентов, у которых не развивалась острая РТПХ ЖКТ, средняя доля энтерококков составила 21%, по сравнению с 46% у тех, у кого впоследствии развивалась острая РТПХ с поражением кишечника, и 74% во время тяжелой степени острой РТПХ ЖКТ [432]. В настоящее время коррекция фекальной микробиоты посредством трансплантации фекальной микробиоты (ТФМ) с использованием материала от здорового донора с успехом применяется для терапии псевдомембранозного колита [70, 106, 154, 394, 408]. Однако ТФМ не часто применяется у пациентов с вторичными иммунодефицитами и у пациентов после алло-ТГСК [208, 210, 448].

Золотым стандартом оценки динамики микробиоты кишечника после ТФМ считают 16Б-секвенирование или секвенирование нового поколения (NGS - next generation sequencing) фекальных образцов. Результаты 16Б-секвенирования показывают исследователю состав ФМ согласно таксономической классификации от царства до вида. Главные недостатки этих видов исследований - дороговизна, невысокая распространенность технической возможности для секвенирования и, кроме того, отсутствие возможности наблюдения за динамикой ФМ в режиме реального времени. В большинстве случаев секвенирование ФМ используется для научных и исследовательских целей. Результаты секвенирования показывают, что представители филотипа Bacteroides составляют преобладающую часть микробиоты кишечника, кроме того, они играют важную роль в метаболических процессах. Поиск с помощью мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) отдельных групп микроорганизмов позволил бы установить те доминирующие комменсальные микроорганизмы, которые подходят для рутинного контроля динамики ФМ у пациентов после ТФМ.

Исходя из вышеизложенного, исследование, посвященное поиску биологических маркеров ранней диагностики острой РТПХ ЖКТ и ответа на терапию, а также способов биологической коррекции клинических проявлений этого осложнения, является актуальным и представляет значительный научный и практический интерес.

Цель исследования

Изучить роль фекального кальпротектина в диагностике и терапии реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта с применением коррекции фекальной микробиоты после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.

Задачи исследования

1. Оценить динамические изменения уровня фекального кальпротектина у реципиентов в раннем периоде после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.

2. Определить диагностическую значимость фекального кальпротектина при реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника, в том числе при оценке эффективности терапии.

3. Выявить особенности изменения фекальной микробиоты при реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника.

4. Оценить возможность коррекции фекальной микробиоты и ее вклад в эффективность комплексной терапии острой реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника.

5. Оценить применение мультиплексной полимеразной цепной реакции в качестве метода, подтверждающего эффективность коррекции фекальной микробиоты.

6. Определить безопасность и побочные эффекты метода биологической коррекции фекальной микробиоты при реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника.

Положения, выносимые на защиту

1. У реципиентов аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток отмечается рост фекального кальпротектина в момент приживления трансплантата с последующим снижением до исходных значений в течение 1-

2 недель при отсутствии симптомов острой реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника.

2. Фекальный кальпротектин обладает высокой чувствительностью и специфичностью в отношении диагностики реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника. Определение фекального кальпротектина в динамике можно использовать для оценки эффективности комплексной терапии острой реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника.

3. У реципиентов после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с кишечной формой реакции трансплантат против хозяина отмечается выраженное нарушение состава фекальной микробиоты в виде количественного снижения общей бактериальной массы и основных доминантных групп комменсальных микроорганизмов (Bifidobacterium spp., Bacteroides fragilis group, Faecalibacterium prausnitzii).

4. Использование трансплантации фекальной микробиоты от здорового донора при реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника приводит к улучшению количественного и качественного состава микробиоты и оказывает положительное терапевтическое воздействие.

5. Использование мультиплексной полимеразной цепной реакции позволяет отслеживать эффективность коррекции фекальной микробиоты.

6. Трансплантация фекальной микробиоты обладает благоприятным профилем безопасности, частота побочных эффектов сравнима с плацебо.

Научная новизна исследования

Впервые показано, что определение фекального кальпротектина может быть использовано в качестве неинвазивного, диагностического маркера при острой реакции трансплантат против хозяина с поражением желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток крови. Впервые установлено, что показатели фекального кальпротектина коррелируют с тяжестью реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника. Впервые выявлено, что эффективная иммуносупрессивная терапия реакции

трансплантат против хозяина с поражением кишечника сопровождается снижением концентраций фекального кальпротектина. Впервые установлена возможность коррекции фекальной микробиоты с использованием материала от здорового донора взрослым и детям с реакцией трансплантат против хозяина с поражением кишечника после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток, достижения при этом терапевтического эффекта без развития серьезных нежелательных явлений.

Практическая значимость исследования

1. Разработан алгоритм диагностики реакции трансплантат против хозяина желудочно-кишечного тракта после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток с использованием нового биомаркера - фекального кальпротектина.

2. На основании выявленной корреляции между интенсивностью иммуносупрессивной терапии у пациентов с реакцией трансплантат против хозяина с поражением кишечника после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток и уровнем фекального кальпротектина возможно определить рекомендации к проведению иммуносупрессивной терапии.

3. Предложен новый метод терапии реакции трансплантат против хозяина с поражением кишечника путем введения фекальной микробиоты от здорового донора.

4. Предложен микробиологический маркер приживления фекального трансплантата и эффективности трансплантации фекальной микробиоты -Bacteroides fragШs, определяемый мультиплексной полимеразной цепной реакцией.

Внедрение результатов исследования

Основные положения диссертации внедрены в практическую и научно-исследовательскую деятельность НИИ ДОГиТ им. Р.М. Горбачевой Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего

образования «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П. Павлова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, онкогематологического отделения № 2 государственного бюджетного учреждения «Ленинградская областная клиническая больница», отделения онкогематология, химиотерапии и трансплантации костного мозга Санкт-Петербургского государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Городская клиническая больница № 31».

Методология и методы исследования

Научная методология исследования основывалась на системном подходе к изучаемой проблеме, комплексном рассмотрении патогенеза, диагностики и клинических проявлений РТПХ с поражением кишечника у пациентов после алло-ТГСК. В работе использованы клинические, статистические и общенаучные методы исследования (наблюдение, измерение, построение гипотезы).

Степень достовернoсти и апробация результатов

Результаты работы доложены:

1 - 4th Raisa Gorbacheva Memorial Meeting on Hematopoietic Stem Cell Transplantation (Saint Petersburg, Russia, September 18-20, 2010);

2 - 7-я Научная сессия Института гастроэнтерологии и клинической фармакологии СПбГМА им. И.И. Мечникова (Санкт-Петербург, 25-26 ноября 2010 г.);

3 - 13-й Международный Славяно-Балтийский научный форум «Санкт-Петербург - Гастро-2011» (Санкт-Петербург, 18-20 мая 2011 г.);

4 - 37-й Ежегодный симпозиум Европейской рабочей группы по трансплантации костного мозга (Франция, Париж, 2011);

5 - XI Межрегиональная научная конференция «Искусственное питание и инфузионная терапия больных в медицине критических состояний» (Санкт-Петербург, 2011);

6 - 14-й Международный Славяно-Балтийский форум «Санкт-Петербург -Гастро-2011» (Санкт-Петербург, 14-16 марта 2012 г.);

7 - Окружной научно-образовательный семинар по детской гематологии-онкологии по программе «Дальние регионы» для специалистов СЗФО «Проблемы антибиотикорезистентности. Трансплантация фекальной микробиоты как метод лечения полирезистентных инфекционных осложнений у пациентов после ТГСК -безопасность и эффективность» (Санкт-Петербург, 15 июня 2017 г.);

8 - Всероссийский конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXI Кашкинские чтения): «Первый опыт фекальной трансплантации в РФ» (Санкт-Петербург, 6-8 июня 2018 г.);

9 - XII Международный симпозиум памяти Р.М. Горбачевой «Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Генная и клеточная терапия»: «Первый опыт трансплантации фекальной микробиоты у лиц после ТГСК» (Санкт-Петербург, 20-22 сентября 2018 г.);

10 - V Международная конференция «Постгеном'2018. В поисках моделей персонализированной медицины»: «Эффективность трансплантации фекальной микробиоты у пациентов после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток» (Казань, с 29 октября по 2 ноября 2018 г.);

11 - XIII Российский форум «Здоровое питание с рождения: медицина, образование, пищевые технологии - 2018» «Трансплантация фекальной микробиоты: первый опыт в педиатрии» (Санкт-Петербург, 9-10 ноября 2018);

12 - X Конгресс Национального общества детских гематологов и онкологов: «Трансплантация фекальной микробиоты как метод коррекции микробного "пейзажа" после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток» (Сочи, 2527 апреля 2019 г.);

13 - II Всероссийский конгресс «Актуальные вопросы медицины критических состояний»: «Трансплантация фекальной микробиоты как метод деколонизации резистентной микрофлоры» (Санкт-Петербург, 11-14 мая 2019 г.);

14 - V Петербургский международный онкологический форум «Белые ночи -2019»: «Мнение врача-реаниматолога. Трансплантация фекальной микробиоты у

пациентов после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток. Результаты ТФМ 2015-2019» (Санкт-Петербург, 20-23 июня 2019 г.);

15 - Международная конференция «Постгеном» Открытый семинар «Секретный код микробиоты. 10 лет познания»: «Трансплантация фекальной микробиоты - частные вопросы» (Москва, 6-7 ноября 2019 г.);

16 - VI Петербургский международный онкологический форум «Белые ночи - 2020»: «Значение микробиоты кишечника при проведении химиотерапии и трансплантации гемопоэтических стволовых клеток» (Санкт-Петербург, 2528 июня 2020 г.);

17 - XIV Международный симпозиум памяти Р.М. Горбачевой «Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Генная и клеточная терапия»: «Fecal microbiota transplantation for graft-versus-host disease in children and adults» (Санкт-Петербург, 16-19 сентября 2020 г.);

18 - VI Анестезиологический научно-образовательный форум «Невские мосты»: «Трансплантация фекальной микробиоты. Результаты 2015-2020 гг.» (Санкт-Петербург, 21 ноября 2020 г.);

19 - I Объединенный конгресс НОДГО и РОДО «Актуальные проблемы и перспективы развития детской онкологии и гематологии в Российской Федерации - 2020»: «Трансплантация фекальной микробиоты после ТГСК: от донации до клинического эффекта» (Москва, 23-25 ноября 2020 г.);

20 - XXII Международный конгресс по антимикробной терапии и клинической микробиологии: «Трансплантация фекальной микробиоты. Бактерии - друзья или враги?» (Москва, 24-26 ноября 2020 г.).

Основные положения диссертации внедрены в практическую работу ИДГиТ им. Р.М. Горбачевой.

По теме диссертации опубликовано 11 печатных работ, в том числе 9 статей в журналах, рекомендованных ВАК. По теме диссертации автором также получен патент на изобретение: RU 2 728 241 C1.

Личное участие диссертанта в проведенном исследовании

Личный вклад автора состоял в создании дизайна научной работы, анализе научной литературы, посвященной применению биологических маркеров РТПХ ЖКТ и методам коррекции фекальной микробиоты. Автор принимал непосредственное участие в проведении и анализе результатов молекулярно-биологических и иммунологических исследований. Диссертантом были сформированы базы клинических и лабораторных данных по отдельным группам пациентов; оценены результаты динамики уровня фекального кальпротектина и ответы на терапию ТФМ на различных этапах терапии. Проведен статистический анализ, обобщены и интерпретированы полученные результаты; сформулированы научно обоснованные выводы, положения, выносимые на защиту и практические рекомендации; самостоятельно написаны тексты диссертации, автореферата и всех основных публикаций.

Объем и структура диссертации

Диссертация изложена на 240 страницах машинописного текста, состоит из введения, 5 глав, заключения, выводов, практических рекомендаций и списка литературы. Диссертация иллюстрирована 33 рисунками и 41 таблицей.

Список литературы содержит 484 источника: 18 на русском и 466 на иностранных языках.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ 1.1. Современные представления о реакции трансплантат против хозяина

Реакция трансплантат против хозяина (РТПХ) - осложнение, развивающееся у более чем 50% больных после различных видов аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК), при этом иммуносупрессивная терапия требуется у 35% пациентов [238]. Риск РТПХ увеличивается при трансплантации от неродственных доноров, не полностью совместимых доноров (гаплоидентичных), доноров более старшего возраста, женщин-доноров, имеется зависимость от типа трансплантата (при использовании в качестве источника ГСК пуповинной крови частота РТПХ меньше, чем при применении костного мозга или периферических стволовых клеток крови), зависит от схемы режима кондиционирования.

В настоящее время РТПХ разделяют на две основные категории - острую и хроническую, причем хроническая РТПХ - это не просто эволюция предшествующей острой РТПХ, а самостоятельная нозологическая форма [92].

Исторически сложилось, что РТПХ, классифицируемая как острая РТПХ, условно возникает до 100 дней после трансплантации, хроническая РТПХ развивается позже 100 дней после ТГСК [236, 332, 402, 469]. Однако строгая дифференциация, основанная только на сроках возникновения после алло-ТГСК, в настоящее время пересмотрена, ввиду того что клинические проявления острой РТПХ иногда возникают через 100 дней после алло-ТГСК, демонстрируя клинические признаки классической острой РТПХ, в том числе с вовлечением кишечника. Острая РТПХ с поздним началом может иметь черты overlap-синдрома, то есть сочетать в себе проявления острой и хронической РТПХ [33, 152, 471].

Классическая острая РТПХ проявляется вовлечением кожи, печени и кишечника [110, 283, 313] и, как правило, имеет персистирующее, рецидивирующее течение.

Хроническая РТПХ включает две подгруппы - классическая хроническая РТПХ без признаков, характерных для острой РТПХ, и overlap-синдром (синдром перекрытия), при котором имеется одновременное сочетание признаков хронической и острой РТПХ. Термин «overlap-синдром» относится к наличию одного или нескольких признаков острой РТПХ у пациента с диагнозом хроническая РТПХ. Проявления острой РТПХ могут присутствовать как при первичной диагностике хронической РТПХ, так развиваться после постановки диагноза хроническая РТПХ, могут рецидивировать и купироваться с или без разрешения симптомов хронической РТПХ. Таким образом, при отсутствии признаков, удовлетворяющих критериям диагностики хронической РТПХ, рецидив или новое начало характерных для острой РТПХ поражений кожи, желудочно-кишечного тракта (ЖКТ) или печени должны быть классифицированы как острая РТПХ независимо от времени, прошедшего после трансплантации [328, 329].

Патофизиология острой РТПХ была подробно разработана J.L. Ferrara и включает три этапа [221, 256].

Первый этап - повреждение тканей в результате режима кондиционирования (химиотерапия и/или облучение), которое инициирует воспалительный иммунологический каскад, затрагивающий как врожденную, так и адаптивную иммунные системы. Высвобождение провоспалительных цитокинов (ФНО-альфа, ИЛ-1 и ИЛ-6) способствует активации антигенпрезентирующих клеток хозяина, что, в свою очередь, способствует пролиферации, дифференцировке и миграции донорских T-лимфоцитов в ткани-мишени [105, 380].

Второй этап - индукция острой РТПХ на фоне высвобождения клетками реципиента провоспалительных цитокинов - интерлейкина-1, интерлейкина-6, интерлейкина-8, фактора некроза опухоли - после назначения режима кондиционирования, что ведет к экспрессии HLA-антигенов I и II класса, молекул адгезии на клетках донора и реципиента. Активация Т-клеток происходит в результате транскрипции генов цитокинов, таких как ИЛ-2 и интерферона. В третьей - эффекторной - фазе провоспалительные цитокины индуцируют активацию Т-лимфоцитов и NK-клеток донора, что приводит к повреждению

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Голощапов Олег Валерьевич, 2021 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Афанасьев, Б.В. Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток крови / Б.В. Афанасьев, JI.C. Зубаровская // Детская онкология. Руководство. - СПб., 2002. — С. 90-108.

2. Головенко, А.О. Опыт успешной трансплантации фекальной микробиоты при рецидивирующей инфекции Clostridium difficile / А.О. Головенко, О.В. Головенко, И.Л. Халиф // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. - 2016. - Т. 136, № 12. - С. 115-120.

3. Зубаровская, Л.С. Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток при гемобластозах / Л.С. Зубаровская, Л.М. Фрегатова, Б.В. Афанасьев // Клиническая онкогематология / под ред. проф. М.А. Волковой. - М., 2001.

4. Лечение острого лимфобластного лейкоза у взрослых как неразрешимая проблема / В.Г. Савченко, E.H. Паровичникова, В.Г. Исаев и др.// Тер. Арх. -2001. - Т. 73, № 7. - С. 6-15.

5. Микробиота желудочно-кишечного тракта при хроническом гастрите / А.Н. Суворов, Н.В. Барышникова, М.М. Гурова [и др.]; под ред. А.Н. Суворова, В.П. Новиковой, И.Ю. Мельниковой. - СПб.: ИнфорМед, 2014. - 210 с.

6. Опыт проведения трансплантации фекальной микробиоты у пациентки с клостридиальной инфекцией / Е.В. Шрайнер, В.В. Морозов, А.И. Хавкин [и др.] // Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. - 2018. -№ 12. - С. 80-83.

7. Осипов, Г.А. Микроэкология человека в норме и патологии по данным масс спектрометрии микробных маркеров / Г.А. Осипов, Г.Г. Родионов // Медико-биологические и социально-психологические проблемы безопасности в чрезвычайных ситуациях. - 2013. - № 2. - С. 43-53. https://doi.org/10.25016/2541-7487-2013-0-2-43-53.

8. Применение фекальной трансплантации в лечении заболеваний пищеварительного тракта (первый клинический опыт) / П.Л. Щербаков,

Н.Д. Белова, Э.В. Генерозов [и др.] // Доктор.Ру. - 2019. - № 3 (158). - С. 4046. doi: 10.31550/1727-2378-2019-158-3-40-46.

9. Применение фекальной трансплантации при лечении неклостридиального антибиотикассоциированного колита (клинический случай) / А.А. Захаренко, И.В. Шлык, А.Н. Суворов [и др.] // Колопроктология. - 2017. - № 2. - С. 7579.

10. Профилактика острой реакции «трансплантат против хозяина» после аллогенной неродственной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток: сравнение эффективности программ на основе антитимоцитарного глобулина или циклофосфамида / О.В. Пирогова, И.С. Моисеев, Е.В. Бабенко [и др.] // Клиническая онкогематология. - 2016. - Т. 9, № 4. - С. 391-397. doi: 10.21320/2500-2139-2016-9-4-391-397.

11. Результаты аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток от гаплоидентичного донора с применением неманипулированного трансплантата у детей и подростков, страдающих острыми лейкозами высокой группы риска: опыт 10 лет наблюдения / О.В. Паина, П.В. Кожокарь, А.С. Боровкова [и др.] // Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии в педиатрии. - 2018. - Т. 17, № 2. - С. 21-27. doi: 10.24287/1726-1708-2018-172-21-27.

12. Розенберг, Г.С. Несколько слов об индексе разнообразия Симпсона / Г.С. Розенберг // Самарская Лука. - 2007. - Т. 16, № 3(21). - С. 581-584.

13. Румянцев, А.Г. Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток у детей. Руководство для врачей / А.Г. Румянцев, A.A. Масчан. — М.: Медицинское информационное агентство, 2003. - 400 с.

14. Сравнительное исследование микофенолата мофетила и метотрексата в профилактике реакции «трансплантат против хозяина» при родственных и неродственных аллоТГСК у взрослых / И.С. Моисеев, Ю.А. Тараканова, А.Л. Алянский [и др.] // Клиническая онкогематология. - 2019. - Т. 12, № 1. -С. 43-50.

15. Стома, И.О. Микробиом в медицине: руководство для врачей / И.О. Стома. -М.: ГЭОТАР-Медиа, 2020. - 320 с.: ил. DOI: 10.33029/9704-5844-0-MIM-2020-1-320.

16. Трансплантация гемопоэтических стволовых клеток у детей в России: краткий обзор активности в 2015-2018 гг. / М.А. Масчан, Е.В. Скоробогатова, Л.Н. Шелихова [и др.] // Вопросы гематологии/ онкологии и иммунопатологии в педиатрии. - 2020. - Т. 19, № 2. - С. 22-29. doi: 10.24287/1726-1708-2020-192-22-29.

17. Трансплантация фекальной микробиоты: результаты пилотного исследования / О.Ю. Карпухин, М.И. Зиганшин, Э.Р. Хасанов, Б.Ш. Бикбов // Практическая медицина. - 2018. - Т. 6, № 107. - С. 35-39. doi: 10.32000/20721757-2018-16-8-35-39.

18. Фекальный кальпротектин и микробиота кишечника / В.Г. Горохова, Э.Э. Кузнецова, Е.Ю. Чашкова [и др.] // Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). - 2016. - Т. 1, № 4. - С. 145-149. https://doi.org/10.12737/23003.

19. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study / W.G. Weisburg, S.M. Barns, D.A. Pelletier, D.J. Lane // J. Bacteriol. - 1991. - Vol. 173, N 2. -P. 697-703.

20. Donor health screening for fecal microbiota transplantation: prospective evaluation of 15,317 candidate donors / Z. Kassam, N.E. Dubois, K. Ling [et al] // Gastroenterology. - 2019. - Vol. 156. - P. S-100-S-101. doi: 10.1016/S0016-5085(19)37042-8.

21. A Canadian Working Group report on fecal microbial therapy: microbial ecosystems therapeutics / E. Allen-Vercoe, G. Reid, N. Viner [et al.] // Can. J. Gastroenterol. -2012. - Vol 26. - P. 457-462.

22. A critical assessment of the "sterile womb" and "in utero colonization" hypotheses: implications for research on the pioneer infant microbiome / M.E. Perez-Munoz, M.C. Arrieta, A.E. Ramer-Tait, J. Walter // Microbiome. - 2017 Apr 28. - Vol. 5, N 1. - P. 48.

23. A distinct gut microbiota composition in patients with ankylosing spondylitis is associated with increased levels of fecal calprotectin / E. Klingberg, M.K. Magnusson, H. Strid [et al.] // Arthritis Res. Ther. - 2019. - Vol. 21. - P. 248. https://doi.org/10.1186/s13075-019-2018-4.

24. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing / J. Qin [et al.] // Nature. - 2010. - Vol. 464. - P. 59-65.

25. A pyrosequencing study in twins shows that gastrointestinal microbial profiles vary with inflammatory bowel disease phenotypes / B.P. Willing, J. Dicksved, J. Halfvarson [et al.] // Gastroenterology. - 2010 Dec. - Vol. 139, N 6. - P. 1844-1854.e1.

26. A simple method for assessing intestinal inflammation in Crohn's disease / J. Tibble, K. Teahon, B. Thjodleifsson [et al.] // Gut. - 2000 Oct. - Vol. 47, N 4. - P. 506513.

27. A study of the pharmacokinetics, antiviral activity, and tolerability of oral ganciclovir for CMV prophylaxis inmarrow transplantation / M. Boeckh, J.A. Zaia, D. Jung [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 1998. - Vol. 4, N 1. - P. 13-19.

28. A survey of diagnosis, management, and grading of chronic GVHD / S.J. Lee, G. Vogelsang, A. Gilman [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2002. - Vol. 8, N 1. - P. 32-39.

29. A Systematic Review of the Efficacy and Safety of Fecal Microbiota Transplant for Clostridium difficile Infection in Immunocompromised Patients / O. Shogbesan, D.R. Poudel, S. Victor [et al.] // Can. J. Gastroenterol. Hepatol. - 2018. - Vol. 2018. - P. 1394379. Published 2018 Sep 2. doi: 10.1155/2018/1394379.

30. Aas, J. Recurrent Clostridium difficile colitis: case series involving 18 patients treated with donor stool administered via a nasogastric tube / J. Aas, C.E. Gessert, J.S. Bakken // Clin. Infect. Dis. - 2003. - Vol. 36, N 5. - P. 580-585. doi: 10.1086/367657.

31. Accumulation and activation-induced release of preformed Fas (CD95) ligand during the pathogenesis of experimental graft-versus-host disease / C. Wasem, C. Frutschi, D. Arnold [et al.] // J. Immunol. - 2001. - Vol. 167. - P. 2936-2941.

32. Acute graft-versus-host disease biomarkers measured during therapy can predict treatment outcomes: a Blood and Marrow Transplant Clinical Trials Network study / J.E. Levine, B.R. Logan, J. Wu [et al.] // Blood. - 2012 Apr 19. - Vol. 119, N 16. -P. 3854-3860. Epub 2012 Mar 1.

33. Acute graft-versus-host disease: pathophysiology, clinical manifestations, and management / D. Couriel, H. Caldera, R. Champlin, K. Komanduri // Cancer. -2004 Nov 1. - Vol. 101, N 9. - P. 1936-1946.

34. Acute upper gastrointestinal graft-versus-host disease: clinical significance and response to immunosuppressive therapy / D.J. Weisdorf, D.C. Snover, R. Haake [et al.] // Blood. - 1990. - Vol. 76. - P. 624-629.

35. Adenovirus infection in patients undergoing bone marrow transplantation / A.F. Shields, R.C. Hackman, K.H. Fife [et al.] // New Engl. J. Med. - 1985. -Vol. 312. - P. 529-533.

36. Administration of spores of nontoxigenic Clostridium difficile strain M3 for prevention of recurrent C. difficile infection: a randomized clinical trial / D.N. Gerding, T. Meyer, C. Lee [et al.] // JAMA. - 2015. - Vol. 313, N 17. -P. 1719-1727.

37. Age-related changes in gut microbiota composition from newborn to centenarian: a cross-sectional study / T. Odamaki, K. Kato, H. Sugahara [et al.] // BMC Microbiol. - 2016 May 25. - Vol. 16. - P. 90.

38. Aggravation of different types of experimental colitis by depletion or adhesion blockade of neutrophils / A.A. Kuhl, H. Kakirman, M. Janotta [et al.] // Gastroenterology. - 2007. - Vol. 133. - P. 1882-1892.

39. Allogeneic hematopoietic stem cell transplantation and norovirus gastroenteritis: a previously unrecognized cause of morbidity / C. Roddie, J.P. Paul, R. Benjamin [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2009 Oct 1. - Vol. 49, N 7. - P. 1061-1068.

40. Alonso, C.D. Clostridium difficile infection among hematopoietic stem cell transplant recipients: beyond colitis / C.D. Alonso, K.A. Marr // Curr. Opin. Infect. Dis. - 2013. - Vol. 26. - P. 326-331.

41. Alteration of intestinal dysbiosis by fecal microbiota transplantation does not induce remission in patients with chronic active ulcerative colitis / P.K. Kump, H.P. Grochenig, S. Lackner [et al.] // Inflamm. Bowel Dis. - 2013. - Vol. 19, N 10. - P. 2155-2165. doi: 10.1097/MIB.0b013e31829ea325.

42. Analysis of rotavirus antigenemia in hematopoietic stem cell transplant recipients / K. Sugata, K. Taniguchi, A. Yui [et al.] // Transpl. Infect. Dis. - 2012 Feb. - Vol. 14, N 1. - P. 49-56. doi: 10.1111/j.1399-3062.2011.00668.x.

43. Anderson, J.L. Systematic review: faecal microbiota transplantation in the management of inflammatory bowel disease / J.L. Anderson, R.J. Edney, K. Whelan // Aliment. Pharmacol. Ther. - 2012. - Vol. 36, N 6. - P. 503-516. doi: 10.1111/j.1365-2036.2012.05220.x.

44. Antibiotic-Induced Depletion of Anti-inflammatory Clostridia Is Associated with the Development of Graft-versus-Host Disease in Pediatric Stem Cell Transplantation Patients / T.R. Simms-Waldrip, G. Sunkersett, L.A. Coughlin [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2017. - Vol. 23, N 5. - P. 820-829. doi: 10.1016/j.bbmt.2017.02.004.

45. Antibiotic-Induced Shifts in Fecal Microbiota Density and Composition during Hematopoietic Stem Cell Transplantation / S. Morjaria, J. Schluter, B.P. Taylor [et al.] // Infect. Immun. - 2019. - Vol. 87, N 9. - P. e00206-19. Published 2019 Aug 21. doi: 10.1128/IAI.00206-19.

46. Antimicrobial actions of calcium binding leucocyte L1 protein, calprotectin / M. Steinbakk, C.F. Naess-Andresen, E. Lingaas [et al.] // Lancet. - 1990 Sep 29. -Vol. 336, N 8718. - P. 763-765.

47. Assessment of disease activity in ulcerative colitis by faecal calprotectin, a novel granulocyte marker protein / A.G. R0seth, E. Aadland, J. Jahnsen, N. Raknerud // Digestion. - 1997. - Vol. 58, N 2. - P. 176-180.

48. Assessment of the neutrophil dominating protein calprotectin in feces. A methodologic study / A.G. R0seth, M.K. Fagerhol, E. Aadland, H. Schj0nsby // Scand. J. Gastroenterol. - 1992. - Vol. 27. - P. 793-798.

49. Attachment of Helicobacter pylori to human gastric epithelium mediated by blood group antigens / T. Boren, P. Falk, K.A. Roth [et al.] // Science. - 1993. - Vol. 262, N 5141. - P. 1892-1895. PMID 8018146.

50. Bacteremia as an adverse event of fecal microbiota transplantation in a patient with Crohn's disease and recurrent Clostridium difficile infection / R. Quera, R. Espinoza, C. Estay, D. Rivera // J. Crohns Colitis. - 2014. - Vol. 8, N 3. - P. 252253. doi: 10.1016/j.crohns.2013.10.002.

51. Bacteriophage transfer during faecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection is associated with treatment outcome / T. Zuo, S.H. Wong, K. Lam [et al.] // Gut. - 2018 Apr. - Vol. 67, N 4. - P. 634-643. doi: 10.1136/gutjnl-2017-313952. Epub 2017 May 24. PMID: 28539351; PMCID: PMC5868238.

52. Bacteriotherapy using fecal flora: toying with human motions / T.J. Borody, E.F. Warren, S.M. Leis [et al.] // J. Clin. Gastroenterol. - 2004. - Vol. 38, N 6. -P. 475-483.

53. Baillet, A. S100A8, S100A9 and S100A12 proteins in rheumatoid arthritis / A. Baillet // Rev. Med. Interne. - 2010 Jun. - Vol. 31, N 6. - P. 458-461. Epub 2010 Apr 15.

54. Belkaid, Y. Role of the microbiota in immunity and inflammation / Y. Belkaid, T.W. Hand // Cell. - 2014 Mar 27. - Vol. 157, N 1. - P. 121-141.

55. Binding of two nuclear complexes to a novel regulatory element within the human S100A9 promoter drives the S100A9 gene expression / C. Kerkhoff, H.A. Hofmann, J. Vormoor [et al.] // J. Biol. Chem. - 2002. - Vol. 277, N 44. - P. 41879-41887.

56. Blijlevens, N.M. Mucosal barrier injury: biology, pathology, clinical counterparts and consequences of intensive treatment for haematological malignancy: an overview / N.M. Blijlevens, J.P. Donnelly, B.E. De Pauw // Bone Marrow Transplantation. - 2000. - Vol. 25. - P. 1269-1278.

57. Blockade of antimicrobial proteins S100A8 and S100A9 inhibits phagocyte migration to the alveoli in streptococcal pneumonia / M.A. Raquil, N. Anceriz, P. Rouleau, P.A. Tessier // J. Immunol. - 2008. - Vol. 180, N 5. - P. 3366-3374.

58. Blockade of S100A8 and S100A9 suppresses neutrophil migration in response to lipopolysaccharide / K. Vandal, P. Rouleau, A.Boivin [et al.] // J. Immunol. - 2003. - Vol. 171, N 5. - P. 2602-2609.

59. Bone marrow transplantation (second of two parts) / E.D. Thomas, R. Storb, R.A. Clift [et al.] // N. Engl. J. Med. - 1975. - Vol. 292, N 17. - P. 895-902.

60. Borody, T. Bacteriotherapy in chronic fatique syndrome (CFS): a retrospective review / T. Borody, M. Torres // Am. J. Gastroenterol. - 2012. - Vol. 107. - P. S591.

61. Borody, T. Reversal of idiopathic thrombocytopenic purpura with fecal microbiota transplantation (FMT) / T. Borody, M. Torres // Am. J. Gastroenterol. - 2011. -Vol. 106. - P. 941.

62. Brandtzaeg, P. Distribution of a formalin-resistant myelomonocytic antigen (L1) in human tissues. II. Normal and aberrant occurrence in various epithelia / P. Brandtzaeg, I. Dale, M.K. Fagerhol // Am. J. Clin. Pathol. - 1987 Jun. - Vol. 87, N 6. - P. 700-707.

63. Britton, R.A. Role of the intestinal microbiota in resistance to colonization by Clostridium difficile / R.A. Britton, V.B. Young // Gastroenterology. - 2014. -Vol. 146, N 6. - 1547-1553. doi: 10.1053/j.gastro.2014.01.059

64. Calicivirus infection inpediatric small intestine transplant recipients: pathological considerations / R.A. Morotti, S.S. Kaufman, T.M. Fishbein [et al.] // Hum. Pathol. - 2004. - Vol. 35. - P. 1236-1240.

65. Calprotectin (the L1 leucocyte protein) / M.K. Fagerhol, K.B. Andersson, C.F. Naess-Andresen [et al.] // Stimulus response coupling: the role of intracellular calcium-binding proteins / V.L. Smith, J.R. Dedman (eds.). - Boca Raton: CRC Press, 1990. - P. 187-210.

66. Calprotectin in cerebrospinal fluid of the HIV infected: a diagnostic marker of opportunistic central nervous system infection? / O. Dunlop, J.N. Bruun, B. Myrvang, M.K. Fagerhol // Scand. J. Infect. Dis. - 1991. - Vol. 23, N 6. - P. 687689.

67. Calprotectin levels in oral fluids: the importance of collection site / M. Cuida, J.G. Brun, T. Tynning, R. Jonsson // Eur. J. Oral Sci. - 1995 Feb. - Vol. 103, N 1. -P. 8-10.

68. Calprotectin levels in the cerebrospinal fluid reflect disease activity in multiple sclerosis / P. Berg-Hansen, B. Vandvik, M. Fagerhol, T. Holm0y // J. Neuroimmunol. - 2009 Nov 30. - Vol. 216, N 1-2. - P. 98-102. Epub 2009 Oct 2.

69. Calprotectin: a novel noninvasive marker for intestinal allograft monitoring / D. Sudan, L. Vargas, Y. Sun [et al.] // Ann Surg. - 2007 Aug. - Vol. 246, N 2. -P. 311-315.

70. Cammarota, G. Fecal microbiota transplantation for the treatment of Clostridium difficile infection. A systematic review / G. Cammarota, G. Ianitro, A. Gasbarrini // J. Clin. Gastroenterol. - 2014. - Vol. 48 (Suppl 1). - P. 80-84.

71. Campylobacter jejuni bacteremia and Guillain-Barre syndrome in a patient with GVHD after allogeneic BMT / M.E. Hagensee, M. Benyunes, J.A. Miller, D.H. Spach // Bone Marrow Transplant. - 1994. - Vol. 13, N 3. - P. 349-351.

72. Capillary electrophoresis coupled mass spectrometry to establish polypeptide patterns in dialysis fluids / T. Kaiser, A. Hermann, J.T. Kielstein [et al.] // J. Chromatogr. A. - 2003. - Vol. 1013. - P. 157-171.

73. CCL8 is a potential molecular candidate for the diagnosis of graft-versus-host disease / T. Hori, Y. Naishiro, H. Sohma [et al.] // Blood. - 2008. - Vol. 111, N 8. -P. 4403-4412.

74. Changes in the composition of the human fecal microbiome after bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile-associated diarrhea / A. Khoruts, J. Dicksved, J.K. Jansson, M.J. Sadowsky // J. Clin. Gastroenterol. - 2010. - Vol. 44, N 5. -P. 354-360. doi: 10.1097/MCG.0b013e3181c87e02

75. Characteristics of human calicivirus enteritis in intestinal transplant recipients / S.S. Kaufman, N.K. Chatterjee, M.E. Fuschino [et al.] // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. - 2005 Mar. - Vol. 40, N 3. - P. 328-333.

76. Characterization of the 17 strains of regulatory T cell-inducing human-derived Clostridia / S. Narushima [et al.] // Gut Microbes. - 2014. - Vol. 5. - P. 333-339.

77. Choi, H.H. Fecal microbiota transplantation: current applications, effectiveness, and future perspectives / H.H. Choi // Clin. Endosc. - 2016. - Vol. 49. - P. 257-265.

78. Chronic intestinal graft-versus-host disease: clinical, histological and immunohistochemical analysis of 17 children / N. Patey-Mariaud de Serre,

D. Reijasse, V. Verkarre [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2002 Feb. - Vol. 29, N 3. - P. 223-230.

79. Circulating human leucocyte elastase in patients with inflammatory bowel disease /

E.O. Adeyemi, S. Neumann, V.S. Chadwick [et al.] // Gut. - 1985 Dec. - Vol. 26, N 12. - P. 1306-1311.

80. Citrulline: a potentially simple quantitative marker of intestinal epithelial damage following myeloablative therapy / N.M. Blijlevens, L.C. Lutgens, A.V. Schattenberg, J.P. Donnelly // Bone Marrow Transplant. - 2004. - Vol. 34. -P 193-196.

81. Clinical "cytokine storm" as revealed by monocyte intracellular flow cytometry: correlation of tumor necrosis factor alpha with severe gut graft-versus-host disease / D.H. Fowler, J. Foley, H.J. Whit-Shan [et al.] // Clin. Gastroenterol. Hepatol. -2004. - Vol. 2, N 3. - P. 237-245.

82. Clinical laboratory markers of inflammation as determinants of chronic graft-versus-host disease activity and NIH global severity / L. Grkovic, K. Baird, S.M. Steinberg [et al.] // Leukemia. - 2011. - Vol. 26, N 4. - P. 633-643.

83. Clinical manifestations of graft-versus-host disease in human recipients of marrow from HLA-matched sibling donors / H. Glucksberg, R. Storb, A. Fefer [et al.] // Transplantation. - 1974. - Vol. 18, N 4. - P. 295-304.

84. Clinical significance of alimentary tract microbes in bone marrow transplant recipients / K.Y. Yuen, P.C. Woo, R.H. Liang [et al.] // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 1998. - Vol. 30. - P. 75-81.

85. Clinicopathological manifestations and treatment of intestinal transplant-associated microangiopathy / Y. Inamoto, M. Ito, R. Suzuki [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2009. - Vol. 44, N 1. - P. 43-49.

86. Clostridium difficile infection after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation: incidence, risk factors, and outcome / L. Willems [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2012. - Vol. 18. - P. 1295-1301.

87. Clostridium septicum sepsis and neutropenic enterocolitis in a patient treated with intensive chemotherapy for acute myeloid leukemia / M.J. Pouwels, J.P. Donnelly, J.M. Raemaekers [et al.] // Ann. Hematol. - 1997. - Vol. 74. - P. 143-147.

88. Cohabiting family members share microbiota with one another and with their dogs / S.J. Song [et al.] // Elife. - 2013. - Vol. 2. - P. e00458.

89. Colonic mucosa-associated microbiota is influenced by an interaction of Crohn disease and FUT2 (Secretor) genotype / P. Rausch, A. Rehman, S. Künzel [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2011. - Vol. 108, N 47. - P. 19030-19035. doi:10.1073/pnas.1106408108. — PMID 22068912.

90. Combined stool-based multiplex PCR and microscopy for enhanced pathogen detection in patients with persistent diarrhoea and asymptomatic controls from Côte d'Ivoire / S.L. Becker, J.K. Chatigre, J.P. Gohou [et al.] // Clin. Microbiol. Infect. -2015. - Vol. 21. - P. 591.e1-591.e10.

91. Commensal microbe-derived butyrate induces the differentiation of colonic regulatory T cells / Y. Furusawa, Y. Obata, S. Fukuda [et al.] // Nature. - 2013. -Vol. 504. - P. 446-450. doi: 10.1038/nature12721

92. Comparative analysis of risk factors for acute graft-versus-host disease and for chronic graft-versus-host disease according to National Institutes of Health consensus criteria / M.E. Flowers, Y. Inamoto, P.A. Carpenter [et al.] // Blood. -2011 Mar 17. - Vol. 117, N 11. - P. 3214-3219.

93. Comparative proteomic analysis of serum from patients with systemic sclerosis and sclerodermatous GVHD. Evidence of defective function of factor H / C. Scambi, V. La Verde, L. De Franceschi [et al.] // PLoS One. - 2010 Aug 13. - Vol. 5, N 8. -P. e12162.

94. Complicated urinary tract infection is associated with uroepithelial expression of proinflammatory protein S100A8 / L. Reyes, S. Alvarez, A. Allam [et al.] // Infect. Immun. - 2009 Oct. - Vol. 77, N 10. - P. 4265-4274.

95. Consensus conference on acute GVHD grading / D. Przeptorka, D. Weisdorf, P. Martin [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 1995. - Vol. 15, N 6. - P. 825-828.

96. Crohn's disease: a role of gut microbiota and Nod2 gene polymorphisms in disease pathogenesis / L. Hrncirova, J. Krejsek, I. Splichal, T. Hrncir // Acta Medica (Hradec Kralove). - 2014. - Vol. 57, N 3. - P. 89-96. doi: 10.14712/18059694.2014.46

97. Crum-Cianflone, N.F. Fecal microbiota transplantation and successful resolution of multidrug-resistant-organism colonization / N.F. Crum-Cianflone, E. Sullivan, G. Ballon-Landa // J. Clin. Microbiol. - 2015. - Vol. 53, N 6. - P. 1986-1989.

98. CTCAE Version 5.0-Common Terminology Criteria for Adverse Events (CTCAE) Version 5.0. https://ctep.cancer.gov/protocolDevelopment/ electronic_applications/ docs/CTCAE_v5_Quick_Reference_8.5x 11.pdf

99. CXCL 10-CXCR3 interactions play an important role in the pathegenesis of acute graft-versus-host disease in the skin following allogeneic stem cell transplantation / K.P. Piper, C. Horlock, S.J. Curnow [et al.] // Blood. - 2007. - Vol. 110, N 12. -P. 3827-3832.

100. Cytokines in stools of children with inflammatory bowel disease or infective diarrhoea / S. Nicholls, S. Stephens, C.P. Braegger [et al.] // J. Clin. Pathol. - 1993 Aug. - Vol. 46, N 8. - P. 757-760.

101. Cytomegalovirus enteritis after allogeneic hematopoietic stem cell transplantion / Y.M. Yin, T. Wu, S.Q. Ji [et al.] // Zhonghua Xue Ye Xue Za Zhi. - 2011 Aug. -Vol. 32, N 8. - P. 516-520.

102. Dale, I. Plasma levels of the calcium-binding L1 leukocyte protein: standardization of blood collection and evaluation of reference intervals in healthy controls / I. Dale // Scand. J. Clin. Lab. Invest. - 1990 Dec. - Vol. 50, N 8. - P. 837-841.

103. Dale, I. Purification and Partial Characterization of a Highly Immunogenic Human Leukocyte Protein, the L1 Antigen / I. Dale, M.K. Fagerhol, I. Naesgaard // Eur. J. Biochem. - 1983. - Vol. 134, N 1. - P. 1-6.

104. Damage-associated molecular pattern S100A9 increases bactericidal activity of human neutrophils by enhancing phagocytosis / J.C. Simard, M.M. Simon, P.A. Tessier, D. Girard // J. Immunol. - 2011 Mar 15. - Vol. 186, N 6. - P. 36223631. doi: 10.4049/jimmunol.1002956. Epub 2011 Feb 16. PMID: 21325622.

105. Danger signals activating innate immunity in graft-versus-host disease / R. Zeiser, O. Penack, E. Holler, M. Idzko // J. Mol. Med. (Berl). - 2011 Sep. - Vol. 89, N 9. -P. 833-845. doi: 10.1007/s00109-011-0767-x. Epub 2011 May 15. PMID: 21573893.

106. Debast, S.B. European society of clinical microbiology and infectious diseases: update of the treatment guidance document for Clostridium difficile infection / S.B. Debast, M.P. Bauer, J.L. Kuijper // Clin. Microbiol. Infect. - 2014. - Vol. 20, N 2. - P. 1-26.

107. Decreased serum albumin as a biomarker for severe acute graft-versus-host disease after reduced-intensity allogeneic hematopoietic cell transplantation / A.R. Rezvani, B.E. Storer, R.F. Storb [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. -2011 Nov. - Vol. 17, N 11. - P. 1594-1601. Epub 2011 Jul 30.

108. Decreases in serum levels of S100A8/9 (calprotectin) correlate with improvements in total swollen joint count in patients with recent-onset rheumatoid arthritis / L. Cerezo Andrés, H. Mann, O. Pecha [et al.] // Arthritis Res. Ther. - 2011 Jul 26. - Vol. 13, N 4. - P. R122.

109. Deeg, H.J. How I treat refractory acute GVHD / H.J. Deeg // Blood. - 2007. -Vol. 109, N 10. - P. 4119-4126.

110. Deeg, H.J. The clinical spectrum of acute graft-versus-host disease / H.J. Deeg, J.H. Antin // Semin. Hematol. - 2006 Jan. - Vol. 43, N 1. - P. 24-31.

111. Definitions and potential health benefits of the Mediterranean diet: views from experts around the world / A. Trichopoulou, M.A. Martínez-González, T.Y. Tong [et al.] // BMC Med. - 2014. - Vol. 12. - P. 112. doi: 10.1186/1741-7015-12-112

112. DePeters, E.J. Rumen transfaunation / E.J. DePeters, L.W. George // Immunology Letters. - 2014. - Vol. 162, Issue 2, Part A. - P. 69-76.

113. Detection of astrovirus in premature infants with necrotizing enterocolitis / S. Bagci, A.M. Eis-Hübinger, A.R. Franz [et al.] // Pediatr. Infect. Dis J. - 2008. -Vol. 27. - P. 347-350.

114. Detection of pro- and anti-inflammatory cytokines in stools of patients with inflammatory bowel disease / T. Saiki, K. Mitsuyama, A. Toyonaga [et al.] // Scand. J. Gastroenterol. - 1998 Jun. - Vol. 33, N 6. - P. 616-622.

115. Diagnosis and management of acute graft-versus-host disease / F.L. Dignan, A. Clark, P. Amrolia [et al.] // Br. J. Haematol. - 2012. - Vol. 158. - P. 30-45.

116. Diagnosis and treatment of digestive cryptosporidiosis in allogeneic haematopoietic stem cell transplant recipients: a prospective single centre study / F. Legrand, F. Grenouillet, F. Larosa [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2011 Jun. - Vol. 46, N 6. - P. 858-862. doi: 10.1038/bmt.2010.200.

117. Diagnosis of Intestinal Graft-versus-Host Disease and Thrombotic Microangiopathy after Allogeneic Stem Cell Transplantation / M. Yamada-Fujiwara, K. Miyamura, T. Fujiwara [et al.] // Tohoku J. Exp Med. - 2012. -Vol. 227, N 1. - P. 31-37.

118. Diagnostic value of faecal calprotectin in paediatric gastroenterology clinical practice / R.B. Canani, L. Rapacciuolo, M.T. Romano [et al.] // Ann. Clin. Biochem. - 2004. - Vol. 41, N 3. - P. 230-232.

119. Diagnostic value of serum procalcitonin and C-reactive protein for infections after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation versus nontransplant setting / Y. Mori, K. Miyawaki, K. Kato [et al.] // Intern. Med. - 2011. - Vol. 50 - P. 21492155.

120. Diarrhea during the conditioning regimen is correlated with the occurrence of severe acute graft-versus-host disease through systemic release of inflammatory cytokines / D. Liu, C. Yan, L. Xu [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2010 Nov. - Vol. 16, N 11. - P. 1567-1575. Epub 2010 Sep 15.

121. Dietary predictors of fecal microbiota transplantation success / S. Thompson, H. Guetterman, A. Taylor [et al.] // J. Acad. Nutr. Diet. - 2016. - Vol. 116. -P. A76. Doi: 10.1016/j.jand.2016.06.267

122. Differential use of Fas ligand and perforin cytotoxic pathways by donor T cells in graft-versus-host disease and graft-versus-leukemia effect / C. Schmaltz, O. Alpdogan, K.J. Horndasch [et al.] // Blood. - 2001. - Vol. 97. - P. 2886-2895.

123. Diffuse herpes simplex virus colitis in a kidney transplant recipient successfully treated with acyclovir / M. Alder, M. Goldman, C. Liesnard et al. // Transplantation. - 1987. - Vol. 43. - P. 919-921.

124. Distribution of a new myelomonocytic antigen (L1) in human peripheral blood leukocytes. Immunofluorescence and immunoperoxidase staining features in comparison with lysozyme and lactoferrin / I. Dale, P. Brandtzaeg, M.K. Fagerhol, H. Scott // Am. J. Clin. Pathol. - 1985. - Vol. 84, N 1. - P. 24-34.

125. Diversity of the human intestinal microbial flora / P.B. Eckburg, [et al.] // Science. - 2005. - Vol. 308. - P. 1635-1638.

126. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota / C.A. Lozupone, J.I. Stombaugh, J.I. Gordon [et al.] // Nature. - 2012 Sep 13. - Vol. 489, N 7415. -P. 220-230.

127. Donor fecal microbiota transplantation ameliorates intestinal graft-versus-host disease in allogeneic hematopoietic cell transplant recipients / Y.F. van Lier, M. Davids, N.J.E. Haverkate [et al.] // Sci. Transl. Med. - 2020 Aug 12. - Vol. 12, N 556. - P. eaaz8926. doi: 10.1126/scitranslmed.aaz8926. PMID: 32801142.

128. Donor Nucleotide-Binding Oligomerization-Containing Protein 2 (NOD2) Single Nucleotide Polymorphism 13 Is Associated with Septic Shock after Allogeneic Stem Cell Transplantation / M. Grube, J. Brenmoehl, G. Rogler [et al.] // Biol Blood Marrow Transplant. - 2015. - Vol. 1, N8. - P. 1399-1404. doi: 10.1016/j.bbmt.2015.05.011

129. Donor recruitment for fecal microbiota transplantation / S. Paramsothy, T.J. Borody, E. Lin [et al.] // Inflamm. Bowel Dis. - 2015. - Vol. 21. - P. 16001606.

130. Donor Species Richness Determines Faecal Microbiota Transplantation Success in Inflammatory Bowel Disease / S. Vermeire, M. Joossens, K. Verbeke [et al.] // J Crohns Colitis. - 2016 Apr. - Vol. 10, N 4. - P. 387-394. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjv203. Epub 2015 Oct 29. PMID: 26519463; PMCID: PMC4946755.

131. Donor stool processing time: the effect on the intestinal microbiome and clinical outcomes of fecal microbiota transplantation in Clostridium difficile infection / S. Budree, R.J. Elliott, S. Rao [et al.] // Gastroenterology. - 2017. - Vol. 152. -P. S1006. doi: 10.1016/S0016-5085(17)33415-7

132. Donor T cell-derived TNF is required for graft-versus-host disease and graft-versus-tumor activity after bone marrow transplantation / C. Schmaltz, O. Alpdogan, S.J. Muriglan [et al.] // Blood. - 2003. - Vol. 101. - P. 2440-2445.

133. Doussiere, J. The S100A8/A9 protein as a partner for the cytosolic factors of NADPH oxidase activation in neutrophils / J. Doussiere, F. Bouzidi, P.V. Vignais // Eur. J. Biochem. - 2002 Jul. - Vol. 269, N 13. - P. 3246-3255. doi: 10.1046/j.1432-1033.2002.03002.x. PMID: 12084065.

134. Drug-Resistant E. coli Bacteremia Transmitted by Fecal Microbiota Transplant / Z. DeFilipp, P.P. Bloom, M. Torres Soto [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2019. -Vol. 381, N 21. - P. 2043-2050. doi: 10.1056/NEJMoa1910437

135. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile / E. van Nood, A. Vrieze, M. Nieuwdorp [et al.] // N. Engl. J. Med. - 2013. - Vol. 368, N 5. -P. 407-415. doi: 10.1056/NEJMoa1205037

136. DuPont, H.L. Approach to the patient with infectious colitis / H.L. DuPont // Curr. Opin. Gastroenterol. - 2012 Jan. - Vol. 28, N 1. - P. 39-46.

137. Durable coexistence of donor and recipient strains after fecal microbiota transplantation / S.S. Li, A. Zhu, V. Benes [et al.] // Science. - 2016 Apr 29. -Vol. 352, N 6285. - P. 586-589.

138. Dynamic changes in short- and long-term bacterial composition following fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium difficile infection / A. Weingarden, A. González, Y. Vázquez-Baeza [et al.] // Microbiome. - 2015. -Vol. 3. - P. 10.

139. Early human herpesvirus type 6 reactivation after allogeneic stem cell transplantation: a large-scale clinical study / R. Dulery, J. Salleron, A. Dewilde [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2012 Jul. - Vol. 18, N 7. - P. 1080-1089. doi: 10.1016/j.bbmt.2011.12.579. Epub 2011 Dec 30. PMID: 22212513.

140. Early outcomes after allogeneic stem cell transplantation for leukemia and myelodysplasia without protective isolation: a 10-year experience / J.A. Russell [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2000. - Vol. 6. - P. 109-114.

141. Effect of oral capsule- vs colonoscopy-delivered fecal microbiota transplantation on recurrent Clostridium difficile infection: a randomized clinical trial / D. Kao, B. Roach, M. Silva [et al.] // JAMA. - 2017. - Vol. 318, N 20. - P. 1985-1993.

142. Effects of human calprotectin (L1) on in vitro immunoglobulin synthesis / J.G. Brun, E. Ulvestad, M.K. Fagerhol, R. Jonsson // Scand. J. Immunol. - 1994 Dec. - Vol. 40, N 6. - P. 675-680.

143. Efficacy of antineoplastic treatment is associated with the use of antibiotics that modulate intestinal microbiota / N. Pflug, S. Kluth, J.J. Vehreschild [et al.] // Oncoimmunology. - 2016. - Vol. 5, N 6. - P. e1150399.

144. Efficacy of combined jejunal and colonic fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium difficile Infection / S.K. Dutta, M. Girotra, S. Garg [et al.] // Clin. Gastroenterol. Hepatol. - 2014. - Vol. 12, N 9. - P. 1572-1576. doi: 10.1016/j.cgh.2013.12.032

145. Efficacy of Fecal Microbiota Transplantation for Acute Graft Versus Host Disease in the Gut: A Systematic Review and Meta-Analysis: 201 / R. Tariq, F. Furqan; D. Pardi, S. Khanna // The American Journal of Gastroenterology. - October 2019 - Volume 114, Issue. - P. S123. doi: 10.14309/01.ajg.0000590336. 17703.14

146. Efficacy of sterile fecal filtrate transfer for treating patients with Clostridium difficile infection / S.J. Ott [et al.] // Gastroenterology. - 2017. - Vol. 152. -P. 799-811.e7.

147. El Hage, R. Emerging trends in "Smart Probiotics": functional consideration for the development of novel health and industrial applications / R. El Hage,

E. Hernandez-Sanabria, T. Van de Wiele // Front microbiol. - 2017. - Vol. 8. -P. 1889. DOI: 10.3389/fmicb.2017.01889.

148. Elafin is a biomarker of graft-versus-host disease of the skin / S. Paczesny, T.M. Braun, J.E. Levine [et al.] // Sci. Transl. Med. - 2010 Jan 6. - Vol. 2, N 13. -P. 13ra2.

149. Elevated interleukon-8 serum concentarations in beta-thassemia and graft-versus host disease / M. Uguccinioni, R. Malconi, S. Nesci [et al.] // Blood. - 1993. -Vol. 81, N 9. - P. 2252-2256.

150. Elevated serum calprotectin levels in HIV-infected patients: the calprotectin response during ZDV treatment is associated with clinical events / F. Müller, S.S. Fr0land, P. Aukrust [et al.] // J. Acquir Immune Defic. Syndr. - 1994 Sep. -Vol. 7, N 9. - P. 931-939.

151. Endoscopic and histological findings are predicted by fecal calprotectin in acute intestinal graft-versus-host disease / B. Adam, M. Koldehoff, M. Ditschkowski [et al.] // Dig. Dis. Sci. - 2016. - Vol. 61, N 7. - P. 2019-2026. doi: 10.1007/s10620-016-4112-7

152. Endoscopic biopsy diagnosis of acute gastrointestinal graft-versus-host disease: rectosigmoid biopsies are more sensitive than upper gastrointestinal biopsies / W.A. Ross, S. Ghosh, A.A. Dekovich [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 2008 Apr. -Vol. 103, N 4. - P. 982-989.

153. Endpoints for clinical trials testing treatment of acute graft-versus-host disease: a joint statement / P.J. Martin, C.R. Bachier, H.G. Klingemann [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2009 Jul. - Vol. 15, N 7. - P. 777-784. doi: 10.1016/j.bbmt.2009.03.012. Epub 2009 May 13. PMID: 19539208; PMCID: PMC2814363.

154. Enforcement policy regarding investigational new drug requirements for use of fecal microbiota for transplantation to treat Clostridium difficile infection not responsive to standard therapies. Food and Drug Administration. Guidance for Industry. Dept. Health and Human Services. - July 2013.

http://www.fda.gov/BiologicsBloodVaccines/GuidanceComplianceRegulatory Information/Guidances/ Vaccines/ucm361379.htm

155. Engraftment syndrome after auto-SCT: analysis of diagnostic criteria and risk factors in a large series from a single center / E. Carreras, F. Fernandez-Aviles, L. Silva [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2010. - Vol. 45. - P. 1417-1422.

156. Engraftment syndrome following autologous hematopoietic stem cell transplantation: definition of diagnostic criteria / A. Maiolino, I. Biasoli, J. Lima [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2003. - Vol. 31. - P. 393-397.

157. Engraftment syndrome in breast cancer patients after stem cell transplantation is associated with poor long-term survival / S.A. Khan, B. Gaa, B.H. Pollock [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2001. - Vol. 7. - P. 433-438.

158. Enterococcus faecalis metalloprotease compromises epithelial barrier and contributes to intestinal inflammation / N. Steck [et al.] // Gastroenterology. -2011. - Vol. 141. - P. 959-971.

159. Enterovirus infections following T-cell depleted allogeneic transplants in adults / S. Chakrabarti, H. Osman, K.E. Collingham [et al.] // Bone Marrow Transplant. -2004. - Vol. 33, N 4. - P. 425-430.

160. Epidemiology and outcomes of Clostridium difficile infections in hematopoietic stem cell transplant recipients / C.D. Alonso, S.B. Treadway, D.B. Hanna [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 54. - P. 1053-1063.

161. Epstein-Barr virus associated post-transplant lymphoproliferative disorder mimicking acute graft versus host disease / S. Prem, Z. Al-Shaibani, F.V. Michelis [et al.] // Eur. J. Haematol. - 2019 Nov. - Vol. 103, N 5. - P. 519-522. doi: 10.1111/ejh.13309. Epub 2019 Aug 27. PMID: 31389104.

162. Epstein-Barr virus-associated enteritis with multiple ulcers after stem cell transplantation: first histologically confirmed case / Y. Tashiro, M. Goto, Y. Takemoto [et al.] // Pathol. Int. - 2006 Sep. - Vol. 56, N 9. - P. 530-537.

163. Epstein-Barr virus-associated post-transplant lymphoproliferative disease after bone marrow transplantation mimicking graft-versus-host disease / A. Claviez,

M. Tiemann, H.J. Wagner [et al.] // Pediatr. Transplant. - 2000 May. - Vol. 4, N 2. - P. 151-155. doi: 10.1034/j.1399-3046.2000.00108.x. PMID: 11272609.

164. Esophageal abnormalities in chronic graft-versus-host disease in humans / G.B. McDonald, K.M. Sullivan, M.D. Schuffler [et al.] // Gastroenterology. - 1981 May. - Vol. 80, N 5 pt 1. - P. 914-921.

165. Etiologic agents of diarrhea in solid organ recipients / H. Arslan, E.K. Inci, O.K. Azap [et al.] // Transpl. Infect. Dis. - 2007 Dec. - Vol. 9, N 4. - P. 270-275.

166. Etiology and outcome of diarrhea after marrow transplantation: a prospective study / G.J. Cox, S.M. Matsui, R.S. Lo [et al.] // Gastroenterology. - 1994. -Vol. 107, N 5. - P. 1398-1407.

167. European consensus conference on faecal microbiota transplantation in clinical practice / G. Cammarota, G. Ianiro, H. Tilg [et al.] // Gut. - 2017. - Vol. 66. -P. 569-580.

168. Eversole, L.R. The distribution of the antimicrobial protein, calprotectin, in normal oral keratinocytes / L.R. Eversole, K.T. Miyasaki, R.E. Christensen // Arch Oral Biol. - 1992 Nov. - Vol. 37, N 11. - P. 963-968.

169. Evidence for airborne transmission of Norwalk-like virus (NLV) in a hotel restaurant / P.J. Marks, I.B. Vipond, D. Carlisle [et al.] // Epidemiol. Infect. - 2000. - Vol. 124. - P. 481-487.

170. Evolution of mammals and their gut microbes / R.E. Ley, M. Hamady, C. Lozupone [et al.] // Science. - 2008 Jun 20. - Vol. 320, N 5883. - P. 1647-1651.

171. Evrensel, A. Fecal microbiota transplantation and its usage in neuropsychiatric disorders / A. Evrensel // Clin. Psychopharmacol. Neurosci. - 2016. - Vol. 14, N 3. - P. 231-237.

172. Expression and role of myeloid-related protein-14 in clinical and experimental sepsis / M.A. Van Zoelen, T. Vogl, D. Foell, S.Q. Van Veen // Am. J. Respir. Crit. Care Med. - 2009 Dec 1. - Vol. 180, N 11. - P. 1098-1106.

173. Expression of calcium-binding proteins MRP8 and MRP14 is associated with distinct monocytic differentiation pathways in HL-60 cells / J. Roth, M. Goebeler,

C. van den Bos, C. Sorg // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1993 Mar 15. -Vol. 191, N 2. - P. 565-570. doi: 10.1006/bbrc.1993.1255. PMID: 8384844.

174. Ezri, J. Pediatrics. Fecal calprotectin in children: use and interpretation / J. Ezri, A. Nydegger // Rev. Med. Suisse. - 2011 Jan 12. - Vol. 7, N 277. - P. 69-70.

175. Faecal alpha-1-antitrypsin and excretion of 111indium granulocytes in assessment of disease activity in chronic inflammatory bowel diseases / W. Fischbach, W. Becker, J. Môssner [et al.] // Gut. - 1987 Apr. - Vol. 28, N 4. - P. 386-393.

176. Faecal bacteriotherapy (FB) for chronic C. difficile (Cd) syndromes / T.J. Borody, S.M. Leis, J. Chongnan [et al.] // J Gastroenterol. Hepatol. - 2003. - Vol. 18 (Suppl. 18). - P. B8.

177. Faecal calprotectin as reliable non-invasive marker to assess the severity of mucosal inflammation in children with inflammatory bowel disease / R.B. Canani, G. Terrin, L. Rapacciuolo [et al.] // Dig. Liver Dis. - 2008. - Vol. 40. - P. 547-553.

178. Faecal calprotectin concentrations in apparently healthy children aged 0-12 years in urban Kampala, Uganda: a community-based survey / E. Hestvik, J.K. Tumwine, T. Tylleskar [et al.] // BMC Pediatr. - 2011 Feb 2. - Vol. 11. - P. 9.

179. Faecal calprotectin: a marker of inflammation throughout the intestinal tract / C.B. Summerton, M.G. Longlands, K. Wiener, D.R. Shreeve // Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. - 2002 Aug. - Vol. 14, N 8. - P. 823-825.

180. Faecal calprotectin: a novel test for the diagnosis of colorectal cancer? /

A.G. Roseth, J. Kristinsson, M.K. Fagerhol [et al.] // Scand. J. Gastroenterol. -1993 Dec. - Vol. 28, N 12. - P. 1073-1076.

181. Faecal microbiota composition in adults is associated with the FUT2 gene determining the secretor status / P. Wacklin, J. Tuimala, J. Nikkilâ [et al.] // PLoS One. - 2014. - Vol. 9, N 4. - P. e94863. doi: 10.1371/journal.pone.0094863. PMID 24733310.

182. Faecal microbiota transplantation and bacteriotherapy for recurrent Clostridium difficile infection: a retrospective evaluation of 31 patients / F. Emanuelsson,

B.E. Claesson, L. Ljungstrom [et al.] // Scand. J. Infect. Dis. - 2014. - Vol. 46. -P. 89-97.

183. Faecal microbiota transplantation in recurrent Clostridium difficile infection: recommendations from the French Group of Faecal microbiota / H. Sokol, T. Galperine, N. Kapel [et al.] // Transplantation Dig. Liver Dis. - 2016. - Vol. 48. - P. 242-247.

184. Faecal S100A12 as a non-invasive marker distinguishing inflammatory bowel disease from irritable bowel syndrome / T. Kaiser, J. Langhorst, H. Wittkowski [et al.] // Gut. - 2007. - Vol. 56. - P. 1706-1713. doi: 10.1136/gut.2006.113431

185. Faecal short-chain fatty acids in patients with antibiotic-associated diarrhoea, before and after faecal enema treatment / A. Gustafsson, S. Lund-Tonnesen,

A. Berstad [et al.] // Scand. J. Gastroenterol. - 1998. - Vol. 33, N 7. - P. 721-727.

186. Faecal transplant for recurrent Clostridium difficile-associated diarrhoea: a UK case series / A.A. MacConnachie, R. Fox, D.R. Kennedy, R.A. Seaton // QJM. -2009. - Vol. 102, N 11. - P. 781-784. doi: 10.1093/qjmed/hcp118.

187. Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients / H. Sokol,

B. Pigneur, L. Watterlot [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2008. - Vol. 105, N 43. - P. 16731-16736.

188. Fagerhol, M.K. Release and quantitation of a leucocyte derived protein (Li) / M.K. Fagerhol, I. Dale, T. Anderson // Scand. J. Hernatol. - 1980. - Vol. 24. -P. 393-398.

189. Fecal bacteriotherapy for relapsing Clostridium difficile infection in a child: a proposed treatment protocol / G. Russell, J. Kaplan, M. Ferraro, I.C. Michelow // Pediatrics. - 2010. - Vol. 126, N 1. - P. e239-242. doi: 10.1542/peds.2009-3363.

190. Fecal but not serum calprotectin is a potential marker of GVHD after stem cell transplantation / E. Metafuni, S. Giammarco, D.G. De Ritis [et al.] // Ann Hematol. - 2017. - Vol. 96. - P. 929-933.

191. Fecal calprotectin and alpha-1 antitrypsin predict severity and response to corticosteroids in gastrointestinal graft-versus-host disease / P. Rodriguez-Otero, R. Porcher, R. Peffault de Latour [et al.] // Blood. - 2012. - Vol. 119. - P. 59095917. doi: 10.1182/ blood-2011-12-397968.

192. Fecal calprotectin and serum albumin as markers of gastrointestinal graft versus host disease / L. Broglie, A. Rademaker, J. Galvin [et al.] // Hematol. Oncol. Stem. Cell Ther. - 2018. - Vol. 11. - P. 169-174.

193. Fecal calprotectin and a1-antitrypsin dynamics in gastrointestinal GvHD / A. O'Meara, N. Kapel, A. Xhaard [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2015. -Vol. 50. - P. 1105-1109. doi: 10.1038/ bmt.2015.109.

194. Fecal calprotectin as a biomarker of intestinal graft versus host disease after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation / F. Lorenz, S. Marklund, M. Werner [et al.] // Sci. Rep. - 2015. - Vol. 5. - P. 7920. doi: 10.1038/srep07920.

195. Fecal calprotectin in allogeneic stem cell transplantation for the diagnosis of acute intestinal graft versus host disease / M. Bastos Oreiro, C. Castilla-Llorente, A.L. de la Guia [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2012. - Vol. 47. - P. 1241-1242. doi: 10.1038/bmt.2011. 241.

196. Fecal calprotectin level measurements in small bowel allograft monitoring: a pilot study / Akpinar E., Vargas J., Kato T. [et al.] // Transplantation. - 2008 May 15. -Vol. 85, N 9. - P. 1281-1286.

197. Fecal calprotectin levels are increased in infants with necrotizing enterocolitis / O. Aydemir, C. Aydemir, Y.U. Sarikabadayi [et al.] // J. Matern. Fetal Neonatal. Med. - 2012 Nov. - Vol. 25, N 11. - P. 2237-2241. doi: 10.3109/14767058. 2012.684172. Epub 2012 May 10.

198. Fecal calprotectin levels in patients with colonic polyposis / R. Pezzilli, A. Barassi,

A.M. Morselli Labate [et al.] // Dig. Dis. Sci. - 2008 Jan. - Vol. 53, N 1. - P. 4751. Epub 2007 Apr 28.

199. Fecal enema as an adjunct in the treatment of pseudomembranous enterocolitis /

B. Eiseman, W. Silen, G.S. Bascom, A.J. Kauvar // Surgery. - 1958. - Vol. 44, N 5. - P. 854-859.

200. Fecal microbial transplant effect on clinical outcomes and fecal microbiome in active Crohn's disease / D.L. Suskind, M.J. Brittnacher, G. Wahbeh [et al.] // Inflamm Bowel Dis. - 2015. - Vol. 21, N 3. - P. 556-63. doi: 10.1097/mib.000 0000000000307.

201. Fecal microbial transplant via nasogastric tube for active pediatric ulcerative colitis / D.L. Suskind, N. Singh, H. Nielson, G. Wahbeh // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr.

- 2015. - Vol. 60, N 1. - P. 27-29. doi: 10.1097/mpg.00000 00000000544.

202. Fecal Microbial Transplantation in Early-Onset Colitis: Caution Advised / Y. Vandenplas, G. Veereman, J. van der Werff Ten Bosch [et al.] // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. - 2015. - Vol. 61, N 3. - P. e12-14. doi: 10.1097/mpg.0000 000000000281.

203. Fecal microbiota transplant for relapsing Clostridium difficile infection using a frozen inoculum from unrelated donors: a randomized, open-label, controlled pilot study / I. Youngster, J. Sauk, C. Pindar [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2014. -Vol. 58. - P. 1515-1522.

204. Fecal microbiota transplant for treatment of Clostridium difficile infection in immunocompromised patients / C.R. Kelly, C. Ihunnah, M. Fischer [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 2014. - Vol. 109. - P. 1065-1071.

205. Fecal microbiota transplant for treatment of resistant C. Difficile infection using a standardized protocol: A community hospital experience / O. Obi, D. Hampton, T. Anderson [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 2014. - Vol. 109, Suppl. 2. -P. S629.

206. Fecal microbiota transplantation (FMT) in multiple sclerosis (MS) / T. Borody, S. Leis, J. Campbell [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 2011. - Vol. 106. - P. S352.

207. Fecal Microbiota Transplantation as a Novel Therapy for Ulcerative Colitis: A Systematic Review and Meta-Analysis / D. Sun, W. Li, S. Li [et al.] // Medicine (Baltimore). 2016. - Vol. 95, N 23. - P. e3765. doi:10.1097/MD.000000000 0003765.

208. Fecal microbiota transplantation as safe and successful therapy for intestinal graft-versus-host disease / Y.F. van Lier, P.F. de Groot, E. Nur [et al.] // Blood. - 2017.

- Vol. 130. - P. 1986.

209. Fecal microbiota transplantation before or after allogeneic hematopoietic transplantation in patients with hematologic malignancies carrying multidrug-

resistance bacteria / G. Battipaglia, F. Malard, M.T. Rubio [et al.] // Haematologica. - 2019. - Vol. 104, N 8. - P. 1682-1688.

210. Fecal microbiota transplantation for patients with steroid-resistant acute graft-versus-host disease of the gut / K. Kakihana, Y. Fujioka, W. Suda [et al.] // Blood. - 2016. - Vol. 128. - P. 2083-2088.

211. Fecal microbiota transplantation for severe enterocolonic fistulizing Crohn's disease / F.M. Zhang, H.G. Wang, M. Wang [et al.] // World J. Gastroenterol. -

2013. - Vol. 19, N 41. - P. 7213-7216. doi: 10.3748/wjg.v19.i41.7213.

212. Fecal microbiota transplantation in inflammatory bowel disease: beyond the excitement / G. Ianiro, S. Bibbo, F. Scaldaferri [et al.] // Medicine (Baltimore). -

2014. - Vol. 93, N 19. - P. e97. doi: 10.1097/md.0000000000000097.

213. Fecal microbiota transplantation in patients with blood disorders inhibits gut colonization with antibiotic-resistant bacteria: results of a prospective, singlecenter study / J. Bilinski, P. Grzesiowski, N. Sorensen [et al.] // Clin. Infect. Dis. -2017. - Vol. 65, N 3. - P. 364-370.

214. Fecal microbiota transplantation in patients with cancer undergoing treatment / L.M. Blackburn, A. Bales, M. Caldwell [et al.] // Clin. J. Oncol. Nurs. - 2015. -Vol. 19. - P. 111-114.

215. Fecal microbiota transplantation in patients with slow-transit constipation: A randomized, clinical trial / H. Tian, X. Ge, Y. Nie [et al.] // PLoS One. - 2017. -Vol. 12, N 2. - P. e0171308.

216. Fecal microbiota transplantation through mid-gut for refractory Crohn's disease: Safety, feasibility and efficacy trial results / B. Cui, Q. Feng, H. Wang [et al.] // J. Gastroenterol. Hepatol. - 2014. doi: 10.1111/jgh.12727.

217. Fecal microbiota transplantation via nasogastric tube for recurrent clostridium difficile infection in pediatric patients / M.P. Kronman, H.J. Nielson, A.L. Adler [et al.] // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. - 2015. - Vol. 60, N 1. - P. 23-26. 10.1097/mpg.0000000000000545

218. Fecal transplant for recurrent Clostridium difficile infection in children with and without inflammatory bowel disease / G.H. Russell, J.L. Kaplan, I. Youngster

[et al.] // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. - 2014. - Vol. 58, N 5. - P. 588-592. doi: 10.1097/mpg.0000000000000283.

219. Fecal transplantation, through colonoscopy, is effective therapy for recurrent Clostridium difficile infection / E. Mattila, R. Uusitalo-Seppala, M. Wuorela [et al.] // Gastroenterology. - 2012. - Vol. 142, N 3. - P. 490-496. Doi: 10.1053/j.gastro.2011.11.037

220. Fecal tumor necrosis factor-alpha and calprotectin as differential diagnostic markers for severe diarrhea of small infants / N. Kapel, C. Roman, D. Caldari [et al.] // J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. - 2005 Oct. - Vol. 41, N 4. - P. 396-400.

221. Ferrara, J.L. Pathophysiologic mechanisms of acute graft-vs.-host disease / J.L. Ferrara, R. Levy, N.J. Chao // Biol. Blood Marrow Transplant. - 1999. -Vol. 5, N 6. - P. 347-356.

222. Ferrara, J.L. The pathophysiology of acute graft-versus-host disease / J.L. Ferrara, K.R. Cooke, T. Teshima // Int. J. Hematol. - 2003. - Vol.78, N 3. - P. 181-187.

223. Findings from a Randomized Controlled Trial of Fecal Transplantation for Patients with Ulcerative Colitis / N.G. Rossen, S. Fuentes, M.J. van der Spek [et al.] // Gastroenterology. - 2015. - Vol. 149, N 1. - P. 110-118.e4. doi: 10.1053/j.gastro.2015.03.045.

224. Floch, M.H. Intestinal microbiota metabolism of a prebiotic to treat hepatic encephalopathy / M.H. Floch // Clin. Gastroenterol. Hepatol. - 2015. - Vol. 13. -P. 209. doi: 10.1016/j.cgh.2014.06.008.

225. From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites / A. Koh, F. De Vadder, P. Kovatcheva-Datchary, F. Backhed // Cell. - 2016 Jun 2. - Vol. 165, N 6. - P. 1332-1345.

226. Frozen vs fresh fecal microbiota transplantation and clinical resolution of diarrhea in patients with recurrent Clostridium difficile infection: a randomized clinical trial / C.H. Lee, T. Steiner, E.O. Petrof [et al.] // JAMA. - 2016. - Vol. 315. - P. 142149.

227. Fujino, M. Intestinal thrombotic microangiopathy induced by FK506 in rats / M. Fujino, Y. Kim, M. Ito // Bone Marrow Transplant. - 2007. - Vol. 39, N 6. -P. 367-372.

228. Gastrointestinal involvement in chronic graft-versus-host disease: a clinicopathologic study / G. Akpek, W. Chinratanalab, L.A. Lee [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2003 Jan. - Vol. 9, N 1. - P. 46-51.

229. Gastrointestinal toxicity from the preparative regimen is associated with an increased risk of graft-versus-host disease / J. Goldberg, D.A. Jacobsohn, M.L. Zahurak, G.B. Vogelsang // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2005. -Vol. 11, N 2. - P. 101-107.

230. Gautreaux, M.D. T lymphocytes in host defense against bacterial translocation from the gastrointestinal tract / M.D. Gautreaux, E.A. Deitch, R.D. Berg // Infect. Immun. - 1994. - Vol. 62. - P. 2874-2884.

231. G-CSF-mediated inhibition of JNK is a key mechanism for Lactobacillus rhamnosus-induced suppression of TNF production in macrophages / S.O. Kim,

H.I. Sheikh, S.D. Ha [et al.] // Cell. Microbiol. - 2006. - Vol. 8. - P. 1958-1971.

232. Genetic Determinants of the Gut Microbiome in UK Twins / J.K. Goodrich, E.R. Davenport, M. Beaumont [et al.] // Cell Host. Microbe. - 2016 May 11. -Vol. 19, N 5. - P. 731-743.

233. Goker, H. Acute graflt-vs-host disease: pathobiology and management / H. Goker,

I.C. Haznedaroglu, N.J. Chao // Exp. Hematol. - 2001. - Vol. 29, N 3. - P. 259277. Review.

234. Gomez, L. Neutropenic enterocolitis: spectrum of the disease and comparison of definite and possible cases / L. Gomez, R. Martino, K.V. Rolston // Clin. Infect. Dis. - 1998. - Vol. 27, N 4. - P. 695-699.

235. Gorbach, S.L. Editorial response: neutropenic enterocolitis / S.L. Gorbach // Clin. Infect. Dis. - 1998. - Vol. 27, N 4. - P. 700-701.

236. Graft-versus-host disease / J.L. Ferrara, J.E. Levine, P. Reddy, E. Holler // Lancet. - 2009. - Vol. 373, N 9674. - P. 1550-1561. doi: 10.1016/S0140-6736(09)60237-3.

237. Graft-versus-host disease and survival in patients with aplastic anemia treated by marrow grafts from HLA-identical siblings. Beneficial effect of a protective environment / R. Storb [et al.] // N. Engl. J. Med. - 1983. - Vol. 308. - P. 302-307.

238. Graft-versus-leukemia reactions in allogeneic chimeras / H.J. Kolb, C. Schmid, A.J. Barrett, D.J. Schendel // Blood. - 2004. - Vol. 103. - P. 767-776.

239. Grimm, J. Soluble interleukin-2 receptor serum levels after allogeneic bone marrow transplantation as marker foe GVHD / J. Grimm, W. Zeller, A. Zander // Bone Marrow Transplantation. - 1998. - Vol. 21, N 1. - P. 29-32.

240. Growth-inhibitory and apoptosis.-inducing activities of caiprotectin derived from inflammatory exudate cells on normal fibroblasts: regulation by metal ions / S. Yui, M. Mikami, K. Tsurumaki, M. Yamazaki // J. Leukoc. Biol. - January 1997. -Vol. 61, Issue 1. - P. 50-57.

241. Gut microbiome-derived metabolites modulate intestinal epithelial cell damage and mitigate graft-versus-host disease [published correction appears in Nat. Immunol. - 2016 Sep 20. - Vol. 17, N 10. - P. 1235] / N.D. Mathewson, R. Jenq, A.V. Mathew [et al.] // Nat Immunol. - 2016. - Vol. 17, N 5. - P. 505-513. doi: 10.1038/ni.3400.

242. Gut microbiota and allogeneic transplantation / W. Wang, S. Xu, Z. Ren [et al.] // J. Transl. Med. - 2015. - Vol. 13, N 275. - P. 2-11.

243. Gut microbiota metabolism of dietary fiber influences allergic airway disease and hematopoiesis / A. Trompette, E.S. Gollwitzer, K. Yadava [et al.] // Nat. Med. -2014. - Vol. 20, N 2. - P. 159-166. doi: 10.1038/nm.3444.

244. Gut microbiota trajectory in pediatric patients undergoing hematopoietic SCT / E. Biagi [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2015. - Vol. 50, N 7. - P. 992-998. doi: 10.1038/bmt.2015.16.

245. Hall, A.B. Human genetic variation and the gut microbiome in disease / A.B. Hall, A.C. Tolonen, R.J. Xavier // Nat. Rev. Genet. - 2017 Nov. - Vol. 18, N 11. -P. 690-699.

246. Hematopoietic stem cell transplantation: a global perspective / A. Gratwohl, H. Baldomero, M. Aljurf [et al.] // JAMA. - 2010. - Vol. 303, N 16. - P. 16171624.

247. Hepatitic pattern of graft versus host disease in children / H. Melin-Aldana, K. Thormann, R. Duerst [et al.] // Pediatr. Blood Cancer. - 2006. - Vol. 49, N 5. -P. 727-730.

248. Hepatitic variant of graftversus-host disease after donor lymphocyte infusion / G. Akpek, J.K. Boitnott, L.A. Lee [et al.] // Blood. - 2002. - Vol. 100. - P. 39033907.

249. Herpes simplex infection of the jejunum occurring in the early post-transplantation period / D. Kingreen, A. Nitsche, J. Beyer, W. Siegert // Bone Marrow Transplant. - 1997 Dec. - Vol. 20, N 11. - P. 989-991.

250. Herpes simplex virus type I colitis: an unusual cause of diarrhea / L.J. Colemont, J.H. Pen, P.A. Pelckmans [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 1990. - Vol. 85. -P. 1182-1185.

251. Hetland, G. Chemotaxins C5a and fMLP induce release of calprotectin (leucocyte L1 protein) from polymorphonuclear cells in vitro / G. Hetland, G.J. Talgö, M.K. Fagerhol // Mol Pathol. - 1998. - Vol. 51, N 3. - P. 143-148.

252. Hibbard, J. Fecal calprotectin and fecal indole predict outcome of fecal microbiota transplantation in subjects with recurrent Clostridium difficile infection / J. Hibbard, Z.D. Jiang, H.L. DuPont // Anaerobe. - 2019 Apr. -Vol. 56. - P. 102105. doi: 10.1016/j.anaerobe.2019.03.006. Epub 2019 Mar 6. PMID: 30851429.

253. High alpha-1 antitrypsin clearance predicts severity of gut graft-versus-host disease (GVHD) in children / L.E. Hagen, T. Schechter, Y. Luk [et al.] // Pediatr. Transplant. - 2011. - Vol. 15, N 6. - P. 659-663.

254. High prevalence of NSAID enteropathy as shown by a simple faecal test / J.A. Tibble, G. Sigthorsson, R. Foster [et al.] // Gut. - 1999 Sep. - Vol. 45, N 3. -P. 362-366.

255. High-throughput bacterial genome sequencing: an embarrassment of choice, a world of opportunity / N.J. Loman, C. Constantinidou, J.Z. Chan [et al.] // Nat. Rev. Microbiol. - 2012 Sep. - Vol. 10, N 9. - P. 599-606.

256. Hill, G.R. The primacy of the gastrointestinal tract as a target organ of acute graft-versus-host disease: rationale for the use of cytokine shields in allogeneic bone marrow transplantation / G.R. Hill, J.L. Ferrara // Blood. - 2000. - Vol. 95, N 9. -P. 2754-2759.

257. Hohmann, E.L. Case Records of the Massachusetts General Hospital. Case 252014. A 37-year-old man with ulcerative colitis and bloody diarrhea / E.L. Hohmann, A.N. Ananthakrishnan, V. Deshpande // N. Engl. J. Med. - 2014. -Vol. 371, N 7. - P. 668-675. doi: 10.1056/NEJMcpc1400842.

258. HSC transplantation-associated intestinal thrombotic microangiopathy: clinical pathological features, diagnosis criteria and treatment / L.J. Dong, D.H. Xie, D.P. Lu [et al.] // Zhongguo Shi Yan Xue Ye Xue Za Zhi. - 2006. - Vol. 14, N 2. -P. 327-331.

259. Human genetics shape the gut microbiome / J.K. Goodrich, J.L. Waters,

A.C. Poole [et al.] // Cell. - 2014 Nov 6. - Vol. 159, N 4. - P. 789-799.

260. Human susceptibility and resistance to Norwalk virus infection / L. Lindesmith,

C. Moe, S. Marionneau [et al.] // Nat. Med. - 2003 May. - Vol. 9, N 5. - P. 548553. Epub 2003 Apr 14.

261. Husebye, E. Biological variability of fecal calprotectin in patients referred for colonoscopy without colonic inflammation or neoplasm / E. Husebye, H. T0n,

B. Johne // Am. J. Gastroenterol. - 2001 Sep. - Vol. 96, N 9. - P. 2683-2687.

262. Identification of donor microbe species that colonize and persist long term in the recipient after fecal transplant for recurrent Clostridium difficile / R. Kumar, N. Yi,

D. Zhi [et al.] // NPJ Biofilms Microbiomes. - 2017. - Vol. 3. - P. 12.

263. Identification of tumor antigens in renal cell carcinoma by serological proteome analysis / C.S. Klade, T. Voss, E. Krystek [et al.] // Proteomics. - 2001. - Vol. 1. -P. 890-898.

264. IL-22 deficiency alters colonic microbiota to be transmissible and colitogenic / L.A. Zenewicz [et al.] // J. Immunol. - 2013. - Vol. 190. - P. 5306-5312.

265. Implication of extracellular zinc exclusion by recombinant human calprotectin (MRP8 and MRP14) from target cells in its apoptosis-inducing activity / S. Yui, Y. Nakatani, M.J. Hunter [et al.] // Mediators Inflamm. - 2002 June. - Vol. 11, N 3. - P. 165-172.

266. Improvement of Insulin Sensitivity after Lean Donor Feces in Metabolic Syndrome Is Driven by Baseline Intestinal Microbiota Composition / R.S. Kootte, E. Levin, J. Salojärvi [et al.] // Cell Metab. - 2017. - Vol. 26, N 4. - P. 611-619.e6. doi: 10.1016/j.cmet.2017.09.008.

267. In Situ profiling of the three dominant phyla within the human gut using TaqMan PCR for pre-hospital diagnosis of gut dysbiosis / Y.J. Jo, S.B. Tagele, H.Q. Pham [et al.] // Int. J. Mol. Sci. - 2020. - Vol. 21, N 6. - P. 1916. doi: 10.3390/ijms21061916.

268. Increase in plasma calprotectin during long-distance running / M.K. Fagerhol, H.G. Nielsen, A. Vetlesen [et al.] // Scand. J. Clin. Lab Invest. - 2005. - Vol. 65, N 3. - P. 211-220.

269. Increased fecal eosinophil cationic protein in inflammatory bowel disease / A. Berstad, B. B0rkje, B. Riedel [et al.] // Hepatogastroenterology. - 1993 Jun. -Vol. 40, N 3. - P. 276-278.

270. Increased GVHD-related mortality with broad-spectrum antibiotic use after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation in human patients and mice / Y. Shono, M.D. Docampo, J.U. Peled [et al.] // Sci. Transl. Med. - 2016. - Vol. 8, N 339. - P. 339ra71. doi: 10.1126/scitranslmed.aaf2311.

271. Increased hepatocyte growth factor in serum in acute graft-versus host disease / T. Okamoto, H. Takatsuka, Y. Fujimori [et al.] // Bone Marrow Transplantation. -2001. - Vol. 28, N 2. - P. 197-200.

272. Increased numbers of circulating ECs are associated with systemic GVHD / Z. Yan, L. Zeng, L. Jia [et al.] // Int. J. Lab Hematol. - 2011 Oct. - Vol. 33, N 5. -P. 507-515. doi: 10.1111/j.1751-53X.2011.01322.x. Epub 2011 May 24.

273. Increasing incidence of adenovirus disease in bone marrow transplant recipients / P. Flomenberg, J. Babbitt, W.R. Drobyski [et al.] // J. Infect. Dis. - 1994. -Vol. 169, N 4. - P. 775-781.

274. Increasing risk of relapse after treatment of Clostridium difficile colitis in Quebec, Canada / J. Pepin, M.E. Alary, L. Valiquette [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2005. -Vol. 40, N 11. - P. 1591-1597. doi: 10.1086/430315.

275. Induction of the chemotactic S100 protein, CP-10, in monocyte/macrophages by lipopolysaccharide / S.P. Hu, C. Harrison, K. Xu, C.J.Cornish // NSW. - 1996. -Vol. 87, N 9. - P. 3919-3928.

276. Infectious complications in patients undergoing marrow transplantation: a prospective randomized study of the additional effect of decontamination and laminar air flow isolation among patients receiving prophylactic systemic antibiotics / F.B. Petersen [et al.] // Scand. J. Infect. Dis. - 1987. - Vol. 19. -P. 559-567.

277. Infectious gastroenteritis in bone-marrow-transplant recipients / R. Yolken, C.A. Bishop, T.R. Townsend [et al.] // New Engl. J. Med. - 1982. - Vol. 306. -P. 1009-1012.

278. Infectious gastro-enteritis: an uncommon cause of diarrhoea in adult allogeneic and autologous stem cell transplant recipients / M. Van Kraaij, A.W. Dekker, L.F. Verdonck [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2000. - Vol. 26. - P. 299-303.

279. Inflammatory bowel disease activity assessed by fecal calprotectin and lactoferrin: correlation with laboratory parameters, clinical, endoscopic and histological indexes / A. Vieira, C.B. Fang, E.G. Rolim [et al.] // BMC Res Notes. - 2009 Oct 29. - Vol. 2. - P. 221.

280. Influence of protective isolation on outcome of allogeneic bone marrow transplantation for leukemia / J.R. Passweg [et al.] // Bone Marrow Transplant. -1998. - Vol. 21. - P. 1231-1238.

281. Interaction between the gut microbiome and mucosal immune system / N. Shi, N. Li, X. Duan, H. Niu // Mil. Med. Res. - 2017. - Vol. 4. - P. 14. doi: 10.1186/s40779-017-0122-9.

282. International consensus conference on stool banking for faecal microbiota transplantation in clinical practice / G. Cammarota, G. Ianiro, C.R. Kelly [et al.] // Gut. - 2019. - Vol. 68. - P. 2111-2121.

283. Intestinal and hepatic complication of human bone marrow / G.B. McDonald, H.M. Shulman, K.M. Sullivan, G.D. Spencer // Gastroenterology. - 1986. -Vol. 90. - P. 460-477, 770-784.

284. Intestinal Blautia is associated with reduced death from graft-versus-host disease / R.R. Jenq, Y. Taur, S.M. Devlin [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2015.

- Vol. 21. - P. 1373-1383.

285. Intestinal domination and the risk of bacteremia in patients undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation / Y. Taur [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2012.

- Vol. 55. - P. 905-914.

286. Intestinal perforation secondary to haematopoietic stem cell transplant associated thrombotic microangiopathy / S. Hewamana, B. Austen, J. Murray [et al.] // Eur. J. Haematol. - 2009. - Vol. 83, N 3. - P. 277.

287. Intestinal thrombotic microangiopathy after allogeneic bone marrow transplantation: a clinical imitator of acute enteric graft-versus-host disease / T. Nishida, M. Hamaguchi, N. Hirabayashi [et al.] // Bone Marrow Transplant. -2004 Jun. - Vol. 33, N 11. - P. 1143-1150.

288. Invasive aspergillosis localised to the colon presenting as toxic megacolon / U. Mohite, J. Kell, M.A. Haj [et al.] // Eur. J. Haematol. - 2007 Mar. - Vol. 78, N 3. - P. 270-273.

289. Johansson, J.E. Colonoscopy and sigmoidoscopy are equally effective for the diagnosis of colonic acute graft-versus-host disease in patients with diarrhea after allogeneic stem cell transplantation: a prospective controlled trial / J.E. Johansson, O. Nilsson, P.O. Stotzer // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2015. - Vol. 21. -P. 2086-2090.

290. Jones, J.M. Mortality and gross pathology of secondary disease in germfree mouse radiation chimeras / J.M. Jones, R. Wilson, P.M. Bealmear // Radiat. Res. - 1971. -Vol. 45. - P. 577-588.

291. Karin, M. Chemotherapy, immunity and microbiota - a new triumvirate? / M. Karin, C. Jobin, F. Balkwill // Nature Medicine. - 2014. - Vol. 20, N 2. -P. 126-127.

292. Kassambara A. 2019. ggpubr: "ggplot2" Based Publication Ready Plots. R package version 0.2.4. https://CRAN.R-project.org/package=ggpubr.

293. Kelly, C.P. Clostridium difficile - more difficult than ever / C.P. Kelly, J.T. LaMont // N. Engl. J. Med. - 2008. - Vol. 359, N 18. - P. 1932-1940. doi: 10.1056/NEJMra0707500.

294. Kelly, S.E. Calgranulin expression in inflammatory dermatoses / S.E. Kelly, D.B. Jones, S. Fleming // J. Pathol. - 1989 Sep. - Vol. 159, N 1. - P. 17-21.

295. Kinetics of lymphocyte reconstitution after allogeneic bone marrow transplantation: markers of graft-versus-host disease / S. Zinöcker, L. Sviland, R. Dressel, B. Rolstad // Leukoc. Biol. - 2011 Jul. - Vol. 90, N 1. - P. 177-187. Epub 2011 Apr 15.

296. Kinetics of plasma cytokines after hematopoietic stem cell transplantation from unrelated donors: the ratio of plasma IL-10/sTNFR level as a potential prognostic marker in severe acute graft-versus-host disease / N. Sakata, M. Yasui, T. Okamura [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2001 Jun. - Vol. 27, N 11. - P. 1153-1161.

297. Klein, W. Das einweibminimum, die zymogene symbiose und die erzeugung von mikrobeneiweib im pansen aus stickstoffverbindungen nicht eiweibartiger nature (ein beitrag zur biologie des widerkäuers) / W. Klein, R. Müller // Z. Tierz. Züchtungsbiol. - 1941. - Vol. 48. - P. 255-276.

298. Leukocyte L1 protein and the cystic fibrosis antigen / K.B. Andersson, K. Sletten, H.B. Berntzen, M.K. Fagerhol // Nature. - 1988. - Vol. 332, N 6166. - P. 688.

299. Levine, J.E. Implications of TNF-a in the pathogenesis and management of GVHD / J.E. Levine // Int. J. Hematol. - 2011 May. - Vol. 93, N 5. - P. 571-577. Epub 2011 Mar 8.

300. Lewis, S.J. Stool form scale as a useful guide to intestinal transit time / S.J. Lewis, K.W. Heaton // Scand. J. Gastroenterol. - 1997. - Vol. 32, N 9. - P. 920-924. doi: 10.3109/00365529709011203.

301. Lloyd-Price, J. The healthy human microbiome / J. Lloyd-Price, G. Abu-Ali, C. Huttenhower // Genome Med. - 2016 Apr 27. - Vol. 8, N 1. - P. 51

302. Long-term changes of bacterial and viral compositions in the intestine of a recovered Clostridium difficile patient after fecal microbiota transplantation / F. Broecker, J. Klumpp, M. Schuppler [et al.] // Cold Spring Harb. Mol. Case Stud. - 2016 Jan. - Vol. 2, N 1. - P. a000448.

303. Long-term colonisation with donor bacteriophages following successful faecal microbial transplantation / L.A. Draper, F.J. Ryan, M.K. Smith [et al.] // Microbiome. - 2018. - Vol. 6 - P.220

304. Long-term follow-up of colonoscopic fecal microbiota transplant for recurrent Clostridium difficile infection / L.J. Brandt, O.C. Aroniadis, M. Mellow [et al.] // Am. J. Gastroenterol. - 2012 Jul. - Vol. 107, N 7. - P. 1079-1087.

305. Long-term taxonomic and functional divergence from donor bacterial strains following fecal microbiota transplantation in immunocompromised patients / E.L. Moss, S.B. Falconer, E. Tkachenko [et al.] // PLoS One. - 2017. - Vol. 12, N 8. - P. e0182585.

306. Low diversity gut microbiota dysbiosis: drivers, functional implications and recovery / M. Kriss, K.Z. Hazleton, N.M. Nusbacher [et al.] // Curr. Opin. Microbiol. - 2018 Aug. - Vol. 44. - P. 34-40.

307. Low urinary indoxyl sulfate levels early after transplantation reflect a disrupted microbiome and are associated with poor outcome / D. Weber [et al.] // Blood. -2015. - Vol. 126. - P. 1723-1728.

308. MacArthur, R. Fluctuations of Animal Populations and a Measure of Community Stability / R. MacArthur // Ecology. - Jul., 1955. - Vol. 36, N 3. - P. 533-536.

309. Mahnke, K. Heterodimers of the calcium-binding proteins MRP8 and MRP14 are expressed on the surface of human monocytes upon adherence to fibronectin and collagen. Relation to TNF-alpha, IL-6, and superoxide production / K. Mahnke, R. Bhardwaj, C. Sorg // J. Leukoc. Biol. - 1995 Jan. - Vol. 57, N 1. - P. 63-71. doi: 10.1002/jlb.57.1.63. PMID: 7829973.

310. Mandalia, A. Diverticulitis after Fecal Microbiota Transplant for C. difficile Infection / A. Mandalia, C.S. Kraft, T. Dhere // Am. J. Gastroenterol. - 2014. -Vol. 109, N 12. - P. 1956-1957. doi: 10.1038/ajg.2014.350.

311. Marchesi, J.R. The vocabulary of microbiome research: a proposal / J.R. Marchesi, J. Ravel // Microbiome. - 2015. - Vol. 3. - P. 31.

312. Marenholz, I. An update of the S100 nomenclature / I. Marenholz, R.C. Lovering, C.W. Heizmann // Biochim. Biophys. Acta. - 2006. - Vol. 1763, N 11. - P. 12821283.

313. McDonald, G.B. Hepatobiliary complications of hematopoietic cell transplantation, 40 years on / G.B. McDonald // Hepatology. - 2010 Apr. - Vol. 51, N 4. - P. 1450-1460.

314. Mechanism of apoptosis induced by S100A8/A9 in colon cancer cell lines: the role of ROS and the effect of metal ions / S. Ghavami, C. Kerkhoff, M. Los [et al.] // J. Leukoc. Biol. - 2004 Jul. - Vol. 76, N 1. - P. 169-175.

315. Mehta, A. A cautionary tale for probiotic use in hematopoietic SCT patientsLactobacillus acidophilus sepsis in a patient with mantle cell lymphoma undergoing hematopoietic SCT / A. Mehta, S. Rangarajan, U. Borate // Bone Marrow Transplant. - 2013. - Vol. 48. - P. 461-462.

316. Mellow, M. Colonoscopic fecal bacteriotherapy in the treatment of recurrent clostridium difficile infection-results and follow-up / M. Mellow, A. Kanatzar // Am. J. Gastroenterol. - 2010. - Vol. 105, Suppl. 1. - P. S135.

317. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T-cell generation / N. Arpaia [et al.] // Nature. - 2013. - Vol. 504. - P. 451-455.

318. Metagenomic analysis of the stool microbiome in patients receiving allogeneic stem cell transplantation: loss of diversity is associated with use of systemic antibiotics and more pronounced in gastrointestinal graft-versus-host disease / E. Holler, P. Butzhammer, K. Schmid [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. -2014. - Vol. 20, N 5. - P. 640-645. doi: 10.1016/j.bbmt.2014.01.030.

319. Microbiota as predictor of mortality in allogeneic hematopoietic-cell transplantation / J.U. Peled, A.L.C. Gomes, S.M. Devlin [et al.] // N. Engl. J. Med.

- 2020. - Vol. 382. - P. 822-834. doi: 10.1056/NEJMoa1900623.

320. Microbiota Disruption Induced by Early Use of Broad-Spectrum Antibiotics Is an Independent Risk Factor of Outcome after Allogeneic Stem Cell Transplantation / D. Weber, R.R. Jenq, J.U. Peled [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2017.

- Vol. 23, N 5. - P. 845-852. doi: 10.1016/j.bbmt.2017.02.006.

321. Microbiota transplantation restores normal fecal bile acid composition in recurrent Clostridium difficile infection / A.R. Weingarden, C. Chen, A. Bobr [et al.] // Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. - 2014. - Vol. 306. - P. G310-G319.

322. Mitigation of secondary disease of allogeneic mouse radiation chimeras by modification of the intestinal microflora / D.W. van Bekkum, J. Roodenburg, P.J. Heidt, D. van der Waaij // J. Natl Cancer Institute. - 1974. - Vol. 52. - P. 401404.

323. Multi-organism bacteremia after fecal microbiota transplantation for relapsing clostridium difficile infection / W. Sun, A. Arunachalam, S. Siddique, D. Zandman // Am. J. Gastroenterol. - 2014. - Vol. 109. - P. S420.

324. MyD88/TLR9 mediated immunopathology and gut microbiota dynamics in a novel murine model of intestinal graft-versus-host disease / M.M. Heimesaat [et al.] // Gut. - 2010. - Vol. 59. - P. 1079-1087.

325. Mylonakis, E. Clostridium difficileassociated diarrhea / E. Mylonakis, E. Ryan, S. Calderwood // Arch. Intern. Med. - 2001. - Vol. 161. - P. 525-533.

326. Naess-Andresen, C.F. Calcium binding and concomitant changes in the structure and heat stability of calprotectin (L1 protein) / C.F. Naess-Andresen, B. Egelandsdal, M.K. Fagerhol // Clin. Mol. Pathol. - 1995 Oct. - Vol. 48, N 5. -P. M278-M284.

327. Naik, H.R. Herpes simplex virus (HSV) colitis in a bone marrow transplant recipient / H.R. Naik, P.H. Chandrasekar // Bone Marrow Transplant. - 1996. -Vol. 17. - P. 285-286.

328. National Institutes of Health consensus development project on criteria for clinical trials in chronic graft-versus-host disease: I. Diagnosis and staging working group report / A.H. Filipovich, D. Weisdorf, S. Pavletic [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2005. - Vol. 11, N 12. - P. 945-956. doi: 10.1016/j.bbmt.2005.09.004.

329. National Institutes of Health Consensus Development Project on Criteria for Clinical Trials in Chronic Graft-versus-Host Disease: I. The 2014 Diagnosis and Staging Working Group report / M.H. Jagasia, H.T. Greinix, M. Arora [et al.] // Biol. Blood Marrow Transplant. - 2015. - Vol. 21, N 3. - P. 389-401.e1. doi: 10.1016/j.bbmt.2014.12.001.

330. Natural history of human calicivirus infection: a prospective cohort study / B. Rockx, M. De Wit, H. Vennema [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 35. -P. 246-253.

331. Neutrophil Extracellular Traps Contain Calprotectin, a Cytosolic Protein Complex Involved in Host Defense against Candida albicans / C.F. Urban, D. Ermert, M. Schmid [et al.] // PLoS Pathog. - 2009. - Vol. 5, N 10. - P. e1000639.

332. New perspectives on yje biology of acute GVHD / S. Pacszesny, D. Hanauer, Y. Sun, P. Reddy // Bone Marrow Transplantation. - 2010. - Vol. 45, N 1. - P. 111.

333. Nisapakultorn, K. Calprotectin Expression Inhibits Bacterial Binding to Mucosal Epithelial Cells / K. Nisapakultorn, K.F. Ross, M.C. Herzberg // Infection and Immunity. - 2001. - Vol. 69, N 6. - P. 3692-3696.

334. Nontyphoidal Salmonella infection among recipients of hematopoietic SCT / S.S. Dadwal, B. Tegtmeier, R. Nakamura [et al.] // Bone Marrow Transplant. -2011. - Vol. 46, N 6. - P. 880-883.

335. Norovirus and foodborne disease, United States, 1991-2000 / M.A. Widdowson, A. Sulka, S.N. Bulens [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2005 Jan. - Vol. 11, N 1. -P. 95-102.

336. Nosocomial rotavirus infections in adult renal transplant recipients / H. Peigue-Lafeuille, C. Henquell, M. Chambon [et al.] // J. Hosp. Infect. - 1991. - Vol. 18. -P. 67-70.

337. Oberoi, A. Strongyloides stercoralis infection in a patient undergoing allogeneic stem cell transplantation / A. Oberoi, S.R. Varghese, M.J. John // Indian J. Pathol. Microbiol. - 2010 Oct-Dec. - Vol. 53, N 4. - P. 895-896.

338. On the mechanism of apoptosis-inducing activity of human calprotectin: zinc sequestration, induction of a signaling pathway, or something else? / H. Zali, S.A. Marashi, M. Rezaei-Tavirani [et al.] // Med. Hypotheses. - 2007. - Vol. 68, N 5. - P. 1012-1015.

339. OpenBiome [Электронный ресурс] Annual report 2018 https://static1. squarespace.com/ static/50e0c29ae4b0a05702af7e6a/t/5ea039c598b6d25d07138f2 0/1587558865331/2018+OpenBiome+Annual+Report.pdf

340. Oral, capsulized, frozen fecal microbiota transplantation for relapsing Clostridium difficile infection / I. Youngster, G.H. Russell, C. Pindar [et al.] // JAMA. - 2014 Nov 5. - Vol. 312, N 17. - P. 1772-1778.

341. Outcome and clinical course of 100 patients with adenovirus infection following bone marrow transplantation / A. Baldwin, H. Kingman, M. Darville [et al.] // Bone Marrow Transplant. - 2000. - Vol. 26, № 12. - Р. 1333-1338.

342. Ozdemir, E. Hookworm infection of sigmoid colon masquerading as graft-versus-host disease in an allogeneic stem cell transplant recipient after donor lymphocyte infusion for refractory acute promyelocytic leukemia / E. Ozdemir, J.J. Molldrem // Bone Marrow Transplant. - 2006 Apr. - Vol. 37, N 8. - P. 785786.

343. P782 A new compatibility test for donor selection for faecal microbiota transplantation in ulcerative colitis / M. Ponce-Alonso, S. Garcia-Fernandez, L. Aguilera [et al.] // J. Crohn's Colitis. - 2017. - Vol. 11. - P. S480-S481. doi: 10.1093/ecco-jcc/jjx002.903.

344. PAF-acether and acetylhydrolase in stool of patients with Crohn's disease / Y. Denizot, S. Chaussade, N. Nathan [et al.] // Dig. Dis. Sci. - 1992 Mar. - Vol. 37, N 3. - P. 432-437.

345. Pathology of astrovirus associated diarrhoea in a paediatric bone marrow transplant recipient / N.J. Sebire, M. Malone, N. Shah [et al.] // J. Clin. Pathol. - 2004 Sep. -Vol. 57, N 9. - P. 1001-1003.

346. Patients with refractory cytomegalovirus (CMV) infection following allogeneic haematopoietic stem cell transplantation are at high risk for CMV disease and non-relapse mortality / J. Liu, J. Kong, Y.J. Chang [et al.] // Clin. Microbiol. Infect. -2015. - Vol. 21. - P. 1121.e9-e15.

347. Pericapillary hemorrhage as criterion of severe human digestive graft-versus-host disease / M. Ertault-Daneshpouy, C. Leboeuf, M. Lemann [et al.] // Blood. - 2004. - Vol. 103, N 12. - P. 4681-4684.

348. Petersen, C. Defining dysbiosis and its influence on host immunity and disease / C. Petersen, J.L. Round // Cell Microbiol. - 2014. - Vol. 16, N 7. - P. 1024-1033. doi: 10.1111/cmi.12308.

349. Petricoin, E.F. Use of proteomic patterns in serum to identify ovarian cancer / E.F. Petricoin, A.M. Ardekani, B.A. Hitt // Lancet. - 2002. - Vol. 359. - P. 572577.

350. Phylogeny, culturing, and metagenomics of the human gut microbiota / A.W. Walker, S.H. Duncan, P. Louis, H.J. Flint // Trends Microbiol. - 2014. -Vol. 22, N 5. - P. 267-274.

351. Pierog, A. Fecal Microbiota Transplantation in Children With Recurrent Clostridium difficile Infection / A. Pierog, A. Mencin, N.R. Reilly // Pediatr. Infect. Dis J. - 2014. - Vol. 33, N 11. - P. 1198-1200. doi: 10.1097/inf.0000000000000419.

352. Pillay, S.N. Evidence that calgranulin is produced by kidney cells and is an inhibitor of calcium oxalate crystallization / S.N. Pillay, J.R. Asplin, F.L. Coe // Am. J. Physiol. - 1998 Aug. - Vol. 275, N 2. - P. F255-261. doi: 10.1152/ajprenal.1998.275.2.F255. PMID: 9691016.

353. Pilot study on the safety and efficacy of faecal microbiota transplantation in refractory crohn's disease / S. Vermeire, M. Joossens, K. Verbeke [et al.] // Gastroenterology. - 2012. - Vol. 142, N 5, Suppl 1. - P. S360.

354. Pinn, D.M. Is fecal microbiota transplantation the answer for irritable bowel syndrome? A single-center experience / D.M. Pinn, O.C. Aroniadis, L.J. Brandt // Am. J. Gastroenterol. - 2014. - Vol. 109, N 11. - P. 1831-1832. doi: 10.1038/ajg.2014.295.

355. PMN-elastase in assessment of patients with inflammatory bowel disease / T. Andus, V. Gross, I. Caesar [et al.] // Dig. Dis. Sci. - 1993 Sep. - Vol. 38, N 9. -P. 1638-1644.

356. Precision microbiome reconstitution restores bile acid mediated resistance to Clostridium difficile / C.G. Buffie [et al.] // Nature. - 2015. - Vol. 517. - P. 205208.

357. Pre-engraftment graft-versus-host disease after allogeneic hematopoietic cell transplantation for acute leukemia / J.H. Lee, J.H. Lee, D.Y. Kim [et al.] // Eur. J. Haematol. - 2011 Aug. - Vol. 87, N 2. - P. 172-181. doi: 10.1111/j.1600-0609.2011.01646.x.

358. Prevalence of graft versus host disease and cytomegalovirus infection in patients posthaematopoietic cell transplantation presenting with gastrointestinal symptoms / A. Liu, E. Meyer, L. Johnston [et al.] // Aliment. Pharmacol. Ther. -2013. - Vol. 38. - P. 955-966.

359. Probiotic effects on experimental graft-versus-host disease: let them eat yogurt / A. Gerbitz [et al.] // Blood. - 2004. - Vol. 103. - P. 4365-4367.

360. Profiling living bacteria informs preparation of fecal microbiota transplantations / N.D. Chu, M.B. Smith, A.R. Perrotta [et al.] // PLoS One. - 2017. - Vol. 12. -P. e0170922. doi: 10.1371/journal.pone.0170922.

361. Prognostic value of apoptotic cells and infiltrating neutrophils in graft-versus-host disease of the gastrointestinal tract in humans: TNF and Fas expression / G. Socie, J.Y. Mary, M. Lemann [et al.] // Blood. - 2004. - Vol. 103. - P. 50-57.

362. Proinflammatory activities of S100: proteins S100A8, S100A9, and S100A8/A9 induce neutrophil chemotaxis / C. Ryckman, K. Vandal, P. Rouleau [et al.] // J. Immunol. - 2003. - Vol. 170. - P. 3233-3242.

363. Prospective multicenter study evaluating fecal calprotectin in adult acute bacterial diarrhea / Y.M. Shastri, D. Bergis, N. Povse [et al.] // Am. J. Med. - 2008 Dec. -Vol. 121, N 12. - P. 1099-1106.

364. Protein synthesis of the pro-inflammatory S100A8/A9 complex in plasmacytoid dendritic cells and cell surface S100A8/A9 on leukocyte subpopulations in systemic lupus erythematosus / C. Lood, M. Stenström, H. Tyden [et al.] // Arthritis Res. Ther. - 2011 Apr 14. - Vol. 13, N 2. - P. R60.

365. Proteomic patterns established with capillary electrophoresis and mass spectrometry for diagnostic purposes / E.M. Weissinger, S. Wittke, T. Kaiser [et al.] // Kidney International. - 2004. - Vol. 65. - P. 2426-2434.

366. Proteomics for clinical diagnostic and establishment of new markers and therapeutic targets: determination of proteins and peptides in urine with CE-ESI-TOFMS / S. Wittke, D. Fliser, M. Haubitz [et al.] // J. Chromatogr A. - 2003. -Vol. 1013. - P. 173-181.

367. Quantitative PCR provides a simple and accessible method for quantitative microbiota profiling / C. Jian, P. Luukkonen, H. Yki-Järvinen [et al.] // PLoS One. - 2020. - Vol. 15, N 1. - P. e0227285. doi: 10.1371/journal.pone.0227285

368. Randomised clinical trial: faecal microbiota transplantation by colonoscopy vs. vancomycin for the treatment of recurrent Clostridium difficile infection / G. Cammarota, L. Masucci, G. Ianiro [et al.] // Aliment. Pharmacol. Ther. -2015. - Vol. 41, N 9. - P. 835-843. doi: 10.1111/apt.13144.

369. Ray, A. Fecal Microbiota Transplantation for Clostridium difficile Infection: The Ochsner Experience / A. Ray, R. Smith, J. Breaux // Ochsner J. - 2014. - Vol. 14, N 4. - P. 538-544.

370. Reactivation of Human Herpes Virus-6 After Pediatric Stem Cell Transplantation: Risk Factors, Onset, Clinical Symptoms and Association With Severity of Acute Graft-Versus-Host Disease / D.H. Verhoeven, E.C. Claas, C.M. Jol-van der Zijde