Рекомбинантные геномы вакцинно-родственных штаммов полиовируса тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.06, кандидат биологических наук Короткова, Екатерина Александровна

• Короткова, Екатерина Александровна
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Короткова, Екатерина Александровна

Список сокращений

Введение

Цели и задачи исследования

Научная новизна и практическая значимость работы

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Таксономическое положение полиовируса и краткая систематика семейства Ркогпаушс1ае

1.2. Молекулярно-биологическая характеристика полиовируса

1.2.1. Структура и состав полиовирусной частицы

1.2.2. Строение генома полиовируса

1.2.3. Жизненный цикл полиовируса

1.2 3.1 Проникновение вируса в клетку

1 2 3.2. Трансляция геномной цепи РНК

1.2 3 3. Образование зрелых вирусных белков

1 2 3.4 Переключение с трансляции на репликацию РНК

1.2.3.5 Образование нуклеотид-белковой затравки для синтеза РНК

1.2.3.6 Синтез (-) цепей РНК 18 1.2.3.7. Синтез (+) цепей РНК 18 1.2.3.8 Сборка вирусных частиц

1.2.4. Функции неструктурных вирусных белков

1.2.5. Цис-элементы РНК полиовируса

1.2.5.1. Оп

1.2.5.1. 1Ш

1.2.5 1. ОгШ

1.2.5.1. ОгИ

1.3. Основные механизмы изменчивости генома полиовируса

1.3.1. Мутационная изменчивость

1.3.2. Рекомбинационная изменчивость

1.3.2.1. Репликативная модель рекомбинации

1.3.2 2. Нерепликативная модель рекомбинации

1.4. Эволюция полиовируса

1.4.1. Гетерогенность вирусной популяции

1.4.2. Негативная и позитивная селекции

1.4.3. «Нейтральная эволюция»

1.4.4. Скорость фиксации мутаций

1.5. Паралитический полиомиелит

1.5.1. Патогенез

1.5.2. История полиомиелита

1.5.3. Создание полиовирусной вакцины

1.5.4. Вакцинно-ассоциированный паралитический полиомиелит

1.6. Вакцинно-родственные штаммы полиовируса

1.6.1. Фенотипические и генетические особенности вакцинных штаммов

1.6.2. Мутационная изменчивость вакцинных штаммов полиовируса

1.6 2.1. Накопление мутаций штаммами Сэбина in vitro

1.6 2.2. Накопление мутаций штаммами Сэбина in vivo

1.6.3. Рекомбинационная изменчивость вакцинных штаммов полиовируса

1.6 3.1. Методы выявчения рекомбинантов 53 1.6 3.2 Частота выделения межтиповых рекомбинантных штаммов

1.6 3 3. Организация геномов рекомбинантных штаммов 58 1.6 3 4. Рекомбинация между вакципно-родствеиными и дикими штаммами полиовируса (или энтеровируса кластера С)

1.6.4. Сильно измененные штаммы полиовируса вакцинного происхождения

1.6 4.1. iVDPV

1.6 4.2. cVDPV

1.7. Программа ВОЗ глобальной ликвидации полиомиелита в мире

Постановка задачи

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1. Штаммы полиовируса

2.2. Молекулярные методы исследования полиовирусных штаммов

2.2.1. Подтверждение вакцинного происхождения с помощью ПЦР

2.2.2. Выделение РНК

2.2.3. Обратная транскрипция

2.2.4. Полимеразная цепная реакция

2.2.5. ПДРФ анализ

2.2.6. Определение нуклеотидной последовательности ДНК

2.3. Методы молекулярного клонирования

2.3.1. Гидролиз ДНК эндонуклеазами

2.3.2. Аналитический и препаративный электрофорез в агарозном геле

2.3.3. Очистка фрагментов ДНК

2.3.4. Лигирование

2.3.5. Трансформация культуры клеток плазмидной ДНК

2.3.6. Размножение бактериальных колоний и выделение плазмидной ДНК

2.4. Получение рекомбинантного и мутантных полиовирусов

2.4.1. Получение рекомбинантной плазмидной конструкции

2.4.2. Внесение мутаций в плазмиду pT7Sae

2.4.3. Внесение мутаций в плазмиду pVS 1 (Т7) 1С-0(Т)

2.5. Получение полноразмерных транскриптов

2.6. Трансфекция и заражение первичной культуры клеток Vero

2.7. Использованные компьютерные программы

Глава 3. Результаты 95 3.1. Исследование эпидемиологических ситуаций, связанных с рекомбинантными штаммами полиовируса вакцинного происхождения

3.1.1. Независимая эволюция полиовирусных популяций в одном организме

3.1.2. Рекомбинация - показатель родства между штаммами полиовируса

3.1.3. Длительная циркуляция вакцинно-родственных рекомбинантных штаммов полиовируса

3.1.4. Циркуляция вакцинно-родственных штаммов полиовируса в период временного прекращения вакцинации от полиомиелита

3.1.5. Рекомбинанты между штаммами вакцинного и дикого происхождения

3.2. Анализ вакцинно-родственных рекомбинантных штаммов полиовируса, исследование причины их селекции

3.2.1. Выявление рекомбинантов среди природных изолятов полиовируса

3.2.2. Определение районов рекомбинации

3.2.3. Предпочтительные схемы рекомбинации

3.2.4. «Горячие» и «холодные» районы рекомбинации

3.2.5. Вторичная структура РНК вакцинных штаммов полиовируса в районах рекомбинации

3 2.51. Вторичная структура РНК в районах горячих точек» перекреста

3.2.5 2 Положение точно определенных точек перекреста на элементах вторичной структуры

3.2.6. Возможная причина селекции рекомбинантов

3.2.7. Проверка гипотезы о селективном преимуществе рекомбинантов и о селекции против аргинина в 15-м положении белка ЗА

Глава 4. Обсуждение результатов

4.1. Значение эпидемиологического исследования природных рекомбинантов

4.1.1. Одинаковая рекомбинантная организация геномовпоказатель родства между изолятами

4.1.2. Фрагменты разного «возраста» и происхождения в составе геномов вакцинно-родственных рекомбинантных штаммов полиовируса

4.1.3. «Неопределенные» VDPV

4.1.4. Рекомбинантная организация геномов дериватов вакцины

4.2. Частота выявления рекомбинантов среди природных вакцинно-родственных изолятов полиовирусов трех серотипов

4.3. Роль рекомбинации в эволюции полиовирусных популяций

4.3.1. Влияние рекомбинации на фенотип полиовируса

4.3.2. Возможность влияния рекомбинационных перестроек генома на скорость и точность репликации

4.3.3. Вероятность количественного преобладания рекомбинантов в популяциях полиовирусов

4.3.4. Возможное влияние особенностей механизма рекомбинации на организацию геномов рекомбинантных штаммов

Выводы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Рекомбинантные геномы вакцинно-родственных штаммов полиовируса»

Полиовирус является возбудителем тяжелого заболевания человека -паралитического полиомиелита. Его история насчитывает не одно тысячелетие, однако наиболее страшный удар человечеству он нанес в первой половине XX в, вызвав множество эпидемий во всем мире. Появление полиовирусных вакцин позволило начать борьбу с этим инфекционным агентом. И в настоящее время принято считать, что полиовирус почти побежден. Однако существуют факты, заставляющие в этом усомниться.

В 1988 г. Всемирная Организация Здравоохранения провозгласила Программу глобальной ликвидации полиомиелита, главная задача которой -прекратить циркуляцию диких штаммов полиовируса во всем мире. Основным оружием в борьбе с полиовирусами дикого типа являлась и является живая вакцина, содержащая ослабленные штаммы полиовирусов всех трех серотипов, не вызывающие заболевание, но способные выработать устойчивый иммунитет к полиовирусной инфекции. Ее применение позволило остановить циркуляцию диких штаммов полиовируса в большинстве регионов мира, снизить уровень заболеваемости полиомиелитом на несколько порядков. Однако, быстро эволюционируя, вакцинные штаммы, постоянно вносимые в человеческое сообщество, в процессе репродукции в желудочно-кишечном тракте человека зачастую приобретают нейровирулентность и способность к длительной трансмиссии, характерные для диких штаммов. Эти свойства делают их эпидемически опасными. Подтверждение тому - вызванные измененными вариантами вакцины вспышки заболевания паралитическим полиомиелитом. Нельзя исключить, что в случае победы над полиовирусами дикого типа их место займут полиовирусы вакцинного происхождения. В связи с этим изучение измененных вакцинных штаммов, механизмов и законов их эволюции в настоящее время является чрезвычайно важной задачей.

Существуют два основных способа изменения полиовирусного генома -накопление мутаций и рекомбинация. Известно, что некоторые мутации играют адаптивную роль в эволюции полиовирусов, способствуя повышению их жизнеспособности. Значение же рекомбинации неясно до сих пор. Понять его, а также разобраться в некоторых вопросах, касающихся биологического смысла образования рекомбинантов, и особенностей их распространения в человеческом сообществе мы попытались в нашем исследовании.

Цели и задачи исследования

Одна из целей данной работы - с помощью анализа рекомбинантных штаммов полиовируса вакцинного происхождения ответить на ряд вопросов, имеющих эпидемиологическое значение: установить или опровер!нуть родство между изолятами, определить их происхождение и «возраст».

Другая цель - исследовать причину селекции рекомбинантных штаммов (которые преобладают над нерекомбинантами среди изолятов, выделяемых от реципиентов вакцины).

В задачи работы входило: провести эпидемиологический анализ случаев трансмиссии рекомбинантных штаммов полиовируса вакцинного, а также вакцинного/дикою происхождения; проанализировать природные изоляты полиовируса, определить координаты точек перекреста выявленных рекомбинантов, установить закономерности организации геномов рекомбинантных штаммов трех серотипов. На основе полученных данных сделать предположение о причине селективно! о отбора рекомбинантов и проверить его, на конкретном примере установить, как рекомбинация без дополнительных мутаций влияет на фенотип вакцинного штамма полиовируса.

Научная новизна и практическая значимость работы

В работе было показано, что прекращение вакцинации от полиомиелита приводит к быстрому распространению и широкой циркуляции среди населения производных вакцинных штаммов. Данное наблюдение имеет важное эпидемиологическое значение при планировании стратегии завершающего этапа Программы ВОЗ глобальной ликвидации полиомиелита.

Установлены случаи появления сильно измененных штаммов вакцинного происхождения в регионе с высоким уровнем специфического иммунитета у населения.

Зафиксирован начальный этап трансмиссии вирулентного вирусного варианта.

Доказана независимая эволюция нескольких вирусных популяций в организме иммунодефицитного ребенка.

Выявлены и исследованы рекомбинанты между штаммами полиовируса вакцинного и дикого происхождения (или энтеровирусами кластера С).

На конкретном примере продемонстрировано, что только рекомбинация без дополнительных мутаций негативно отражается на фенотипе штамма Сэбин 3.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Короткова, Екатерина Александровна

Выводы

1. При помощи анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов генома, олигонуклеотидных микрочипов и определения нуклеотидной последовательности исследована рекомбинантная природа 75-ти производных вакцинных штаммов полиовируса, выделенных от больных полиомиелитом и другими заболеваниями, здоровых людей и из объектов окружающей среды.

2. Анализ генома рекомбинантов способствует эффективному выявлению родства или независимой эволюции производных вакцинных штаммов.

3. При помощи такого анализа выявлен ряд важных эпидемиологических закономерностей:

- возможность одновременной эволюции независимых линий производных вакцинных штаммов в организме человека и в человеческих популяциях, -существование внутритиповой рекомбинации (в том числе, и в капсидной области) между вариантами штаммов Сэбина,

- быстрое распространение производных вакцинных штаммов среди неиммунной популяции, а также скрытая длительная циркуляция таких производных в популяции, считавшейся адекватно иммунизированной.

4. Два последних обстоятельства служат серьезным дополнительным аргументом в пользу вероятного возникновения вспышек полиомиелита в случае планируемого Всемирной организацией здравоохранения полного прекращения иммунизации против полиомиелита после ликвидации диких штаммов полиовируса.

5. Охарактеризовано распределение мест перекреста у межтиповых рекомбинантов между производными вакцинных штаммов. Показан неслучайный характер этого распределения, которое специфично для разных пар родительских штаммов. При этом более существенный вклад в характер распределения вносит донор участка генома, расположенного с 5'-стороны от места перекреста.

6. Предпринята попытка связать локализацию «горячих точек» рекомбинации с особенностями вторичной структуры соответствующих районов РНК-партнеров. Показано, что ряд таких точек располагается в предсказанных компьютерной программой шпилечных структурах РНК.

7. Показано, что в РНК природных рекомбинантов серотипа 3 участок генома на границе областей Р2 и РЗ неизменно заменяется на соответствующий участок, происходящий от полиовирусов других серотипов. Моделирование одного из таких природных рекомбинантов при помощи гетеротипичных фрагментов вирусной РНК и сайт-специфического мутагенеза показало, что сам по себе факт межтиповой рекомбинации может не приводить к увеличению жизнеспособности вируса, выявляемой in vitro (жизнеспособность может даже ухудшаться). Однако при дальнейших пассажах этого рекомбинанта появляются клоны с повышенной жизнеспособностью. Выяснение природы факторов, обеспечивающих быстрое накопление рекомбинантов и специфическое распределение мест перекреста, требует дальнейшего изучения.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Короткова, Екатерина Александровна, 2006 год

1. ВОЗ Европейское региональное бюро (1998) Клиника, диагностика и лечение острого полиомиелита (методические рекомендации). ИПиВЭ им. Чумакова МП РАМН, М.

2. Ворошилова МК (1966) Иммунология, эпидемиология и профилактика полиомиелита и сходных с ним заболеваний. М., Медицина.

3. Грачев ВП (2005) Разработка и практическое применение вакцин для профилактики актуальных вирусных инфекций. Вопросы вирусологии 3: 32-36.

4. Кимура М (1985) Молекулярная эволюция: теория нейтральности. М., Мир.

5. Справочник фельдшера под редакцией А.А.Михайлова (1995) М., Медицина.

6. Четверин АБ (1999) Новый взгляд на рекомбинацию РНК. Мол Биол 33: 985996.

7. Чистенко ГН, Самойлович ЕО (2000) Полиомиелит. БелНИИЭМ -практическому здравоохранению 3:4-7.

8. Adzhubei АА, Adzhubei IA, Krasheninnikov IA, Neidle S (1996) Non-random usage of 'degenerate' codons is related to protein three-dimensional structure. FEBS Lett 399.78-82.

9. Agol VI (1997) Recombination and other genomic rearrangements in picornaviruses. Semin Virol 8:1-9.

10. Agol VI (2006) Molecular mechanisms of poliovirus variation and evolution. Curr Top Microbiol Immunol 299.211-259.

11. Agol VI, Drozdov SG, Ivannikova TA, Kolesnikova MS, Korolev MB, Tolskaya EA (1989) Restricted growth of attenuated poliovirus strains in cultured cells of a human neuroblastoma. J Virol 63:4034-4038.

12. Agol VI, Belov GA, Bienz K, Egger D, Kolesnikova MS, Raikhlin NT, Romanova LI, Smirnova EA, Tolskaya EA (1998) Two types of death of poliovirus-infected cells: caspase involvement in the apoptosis but not cytopathic effect. Virology 252: 343-353.

13. Agol VI, Belov GA, Bienz K, Egger D, Kolesnikova MS, Romanova LI, Sladkova LV, Tolskaya EA (2000) Competing death programs in poliovirus-infected cells: commitment switch in the middle of the infectious cycle. J Virol 74: 5534-5541.

14. Agol VI, Belov GA, Cherkasova EA, Gavrilin GV, Kolesnikova MS, Romanova LI, Tolskaya EA (2001) Some problems of molecular biology of poliovirus infection relevant to pathogenesis, viral spread and evolution. Dev Biol (Basel) 105.43-50.

15. Agut H, Kean KM, Fichot O, Morasco J, Flanegan JB, Girard M (1989) A point mutation in the poliovirus polymerase gene determines a complementable temperature-sensitive defect of RNA replication. Virology 168:302-311.

16. Alexander L, Lu HH, Wimmer E (1994) Polioviruses containing picornavirus type 1 and/or type 2 internal ribosomal entry site elements: genetic hybrids and the expression of a foreign gene. Proc Natl Acad Sci USA 91: 1406-1410.

17. Almond JW, Westrop GD, Evans DM, Dunn G, Minor PD, Magrath D, Schild GC (1987) Studies on the attenuation of the Sabin type 3 oral polio vaccine. J Virol Methods 17: 183-189.

18. Andino R, Rieckhof GE, Baltimore D (1990 a) A functional ribonucleoprotein complex forms around the 5' end of poliovirus RNA. Cell 63: 369-380.

19. Andino R, Rieckhof GE, Trono D, Baltimore D (1990 6) Substitutions in the protease (3Cpro) gene of poliovirus can suppress a mutation in the 5' noncoding region. J Virol 64: 607-612.

20. Andino R, Rieckhof GE, Achacoso PL, Baltimore D (1993) Poliovirus RNA synthesis utilizes an RNP complex formed around the 5'-end of viral RNA. EMBO J 12: 3587-3598.

21. Ansardi DC, Porter DC, Morrow CD (1991) Coinfection with recombinant vaccinia viruses expressing poliovirus PI and P3 proteins results in polyprotein processing and formation of empty capsid structures. J Virol. Apr;65(4):2088-92.

22. Ansardi DC, Pal-Ghosh R, Porter D, Morrow CD (1995) Encapsidation and serial passage of a poliovirus replicon which expresses an inactive 2A proteinase. J Virol 69: 1359-1366.

23. Arias A, Lazaro E, Escarmis C, Domingo E (2001) Molecular intermediates of fitness gain of an RNA virus: characterization of a mutant spectrum by biological and molecular cloning. J Gen Virol 82:1049-1060.

24. Arita M, Zhu SL, Yoshida H, Yoneyama T, Miyamura T, Shimizu H (2005) A Sabin 3-derived poliovirus recombinant contained a sequence homologous with indigenous human enterovirus species C in the viral polymerase coding region. J Virol 79:12650-12657.

25. Arnold E, Luo M, Vriend G, Rossmann MG, Palmenberg AC, Parks GD, Nicklin MJ, Wimmer E (1987) Implications of the Picornavirus capsid structure for polyprotein processing. Proc Natl Acad Sei USA 84: 21-25.

26. Arnold J J, Cameron CE (1999) Poliovirus RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol) is sufficient for template switching in vitro. J Biol Chem 274:2706-2716.

27. Aylward RB, Cochi SL (2004) Framework for evaluating the risks of paralytic poliomyelitis after global interruption of wild poliovirus transmission. Bull World Health Organ 82:40-46.

28. Back SH, Kim YK, Kim WJ, Cho S, Oh HR, Kim JE, Jang SK (2002) Translation of polioviral mRNA is inhibited by cleavage of polypyrimidine tract-binding proteins executed by polioviral 3C(pro). J Virol 76:2529-2542.

29. Balanant J, Guillot S, Candrea A, Delpeyroux F, Crainic R (1991) The natural genomic variability of poliovirus analyzed by a restriction fragment length polymorphism assay. Virology 184:645-654.

30. Banerjee R, Echeverri A, Dasgupta A (1997) Poliovirus-encoded 2C polypeptide specifically binds to the 3'-terminaI sequences of viral negative-strand RNA. J Virol 71:9570-9578.

31. Banerjee R, Tsai W, Kim W, Dasgupta A (2001) Interaction of poliovirus-encoded 2C/2BC polypeptides with the 3' terminus negative-strand cloverleaf requires an intact stem-loop b.Virology 280:41-51.

32. Barton DJ, Morasco BJ, Flanegan JB (1999) Translating ribosomes inhibit poliovirus negative-strand RNA synthesis. J Virol 73:10104-10112.

33. Basavappa R, Syed R, Flore O, Icenogle JP, Filman DJ, Hogle JM (1994) Role and mechanism of the maturation cleavage of VP0 in poliovirus assembly: structure of the empty capsid assembly intermediate at 2.9 A resolution. Protein Sci 3: 16511669.

34. Bellmunt A, May G, Zell R, Pring-Akerblom P, Verhagen W, Heim A (1999) Evolution of poliovirus type 1 during 5.5 years of prolonged enteral replication in an immunodeficient patient. Virology 265:178-184.

35. Belnap DM, McDermott BM Jr, Filman DJ, Cheng N, Trus BL, Zuccola HJ, Racaniello VR, Hogle JM, Steven AC (2000 a) Three-dimensional structure of poliovirus receptor bound to poliovirus. Proc Natl Acad Sci USA 97:73-78.

36. Belnap DM, Filman DJ, Trus BL, Cheng N, Booy FP, Conway JF, Curry S, Hiremath CN, Tsang SK, Steven AC, Hogle JM (2000 6) Molecular tectonic model of virus structural transitions: the putative cell entry states of poliovirus. J Virol 74: 1342-1354.

37. Berstein HD, Baltimore D (1988) Poliovirus mutant that contains a cold-sensitive defect in viral RNA synthesis. J Virol 62:2922-2928.

38. Bienz K, Egger D, Troxler M, Pasamontes L (1990) Structural organization of poliovirus RNA replication is mediated by viral proteins of the P2 genomic region. J Virol 64:1156-63.

39. Bienz K, Egger D, Pfister T, Troxler M (1992) Structural and functional characterization of the poliovirus replication complex. J Virol 66: 2740-2747.

40. Blomqvist S, Bruu AL, Stenvik M, Hovi T (2003) Characterization of a recombinant type 3/type 2 poliovirus isolated from a healthy vaccinee and containing a chimeric capsid protein VP1. J Gen Virol 84: 573-580.

41. Blomqvist S, Savolainen C, Laine P, Hirttio P, Lamminsalo E, Penttila E, Joks S, Roivainen M, Hovi T (2004) Characterization of a highly evolved vaccine-derived poliovirus type 3 isolated from sewage in Estonia. J Virol 78:4876-4883.

42. Blyn LB, Chen R, Semler BL, Ehrenfeld E (1995) Host cell proteins binding to domain IV of the 5' noncoding region of poliovirus RNA. J Virol 69:4381-9.

43. Blyn LB, Towner JS, Semler BL, Ehrenfeld E (1997) Requirement of poly(rC) binding protein 2 for translation of poliovirus RNA J Virol 71: 6243-6246

44. Borman AM, Deliat FG, Kean KM (1994) Sequences within the poliovirus internal ribosome entry segment control viral RNA synthesis. EMBO J 13.3149-3157.

45. Bouchard MJ, Lam DH, Racaniello VR (1995) Determinants of attenuation and temperature sensitivity in the type 1 poliovirus Sabin vaccine. J Virol 69:4972-4978.

46. Brown B, Oberste MS, Maher K, Pallansch MA (2003) Complete genomic sequencing shows that polioviruses and members of human enterovirus species C are closely related in the noncapsid coding region. J Virol 77: 8973-8984.

47. Brown DM, Kauder SE, Cornell CT, Jang GM, Racaniello VR, Semler BL (2004) Cell-dependent role for the poliovirus 3' noncoding region in positive-strand RNA synthesis. J Virol 78: 1344-1351.

48. Burns CC, Shaw J, Campagnoli R, Jorba J, Vincent A, Quay J, Kew O (2006) Modulation of poliovirus replicative fitness in HeLa cells by deoptimization of synonymous codon usage in the capsid region. J Virol 80: 3259-3272.

49. Cammack NJ, Phillips A, Dunn G, Patel V, Minor PD (1988) Intertypic genomic rearrangements of poliovirus strains in vaccines. Virology 167: 507-514.

50. Cann AJ, Stanway G, Hughes PJ, Minor PD, Evans DM, Schild GC, Almond JW (1984) Reversion to neurovirulence of the live-attenuated Sabin type 3 oral poliovirus vaccine. Nucleic Acids Res 12: 7787-7792.

51. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (2005) Progress toward interruption of wild poliovirus transmission-worldwide, January 2004-March 2005. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 54:408-412.

52. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (2006) Resurgence of wild poliovirus type 1 transmission and consequences of importation-^ 1 countries, 20022005. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 55: 145-150.

53. Chao L (1990) Fitness of RNA virus decreased by Muller's ratchet. Nature 348: 454455.

54. Cho MW, Richards OC, Dmitrieva TM, Agol V, Ehrenfeld E (1993) RNA duplex unwinding activity of poliovirus RNA-dependent RNA polymerase 3Dpol. J Virol 67: 3010-3018.

55. Cho MW, Teterina N, Egger D, Bienz K, Ehrenfeld E (1994) Membrane rearrangement and vesicle induction by recombinant poliovirus 2C and 2BC in human cells. Virology 202:129-145.

56. Choe SS, Kirkegaard K (2004) Intracellular topology and epitope shielding of poliovirus 3A protein. J Virol 78: 5973-5982.

57. Chumakov KM, Powers LB, Noonan KE, Roninson IB, Levenbook IS (1991) Correlation between amount of virus with altered nucleotide sequence and the monkey test for acceptability of oral poliovirus vaccine. Proc Natl Acad Sei USA 88: 199-203.

58. Chumakov KM, Norwood LP, Parker ML, Dragunsky EM, Ran YX, Levenbook IS (1992) RNA sequence variants in live poliovirus vaccine and their relation to neurovirulence. J Virol 66: 966-970.

59. Clarke DK, Duarte EA, Moya A, Elena SF, Domingo E, Holland J (1993) Genetic bottlenecks and population passages cause profound fitness differences in RNA virus. J Virol 66:966-970.

60. Colbere-Garapin F, Christodoulou C, Crainic R, Pelletier I (1989) Persistent poliovirus infection of human neuroblastoma cells. Proc Natl Acad Sci USA 86: 7590-7594.

61. Collis PS, O'Donnell BJ, Barton DJ, Rogers JA, Flanegan JB (1992) Replication of poliovirus RNA and subgenomic RNA transcripts in transfected cells. J Virol 66: 6480-6488.

62. Contreras G, Dimock K, Furesz J, Gardell C, Hazlett D, Karpinski K, McCorkle G, Wu L (1992) Genetic characterization of Sabin types 1 and 3 poliovaccine virus following serial passage in the human intestinal tract. Biologicals 20: 15-26.

63. Copper PD, Steiner-Pryor A, Scotti PD, Delong D (1974) On the nature of poliovirus genetic recombinants J Gen Virol 23:41-49.

64. Crotty S, Cameron CE, Andino R (2001) RNA virus error catastrophe: direct molecular test by using ribavirin. Proc Natl Acad Sci USA 98: 6895-6890.

65. Cuervo NS, Guillot S, Romanenkova N, Cochi SL, Combiescu M, Aubert-Combiescu A, Seghier M, Caro V, Crainic R, Delpeyroux F (2001) Genomic features of intertypic recombinant Sabin poliovirus strains excreted by primary vaccinees. J Virol 75:5740-5751.

66. Dahourou G, Guillot S, La Gall O, Crainic R (2002) Genetic recombination in wildtype poliovirus. J Gen Virol 83: 3103-3110.

67. Deitz SB, Dodd DA, Cooper S, Parham P, Kirkegaard K (2000) MHC I-dependent antigen presentation is inhibited by poliovirus protein 3A. Proc Natl Acad Sci USA 97: 13790-13795.

68. De la Torre JC, Wimmer E, Holland JJ (1990) Very high frequency of reversion to guanidine resistance in clonal pools of guanidine-dependent type 1 poliovirus. J Virol 64: 664-671.

69. Dobrikova E, Florez P, Bradrick S, Gromeier M (2003) Activity of a type 1 picomavirus internal ribosomal entry site is determined by sequences within the 3' nontranslated region. Proc Natl Acad Sci USA 100: 15125-15130.

70. Dodd DA, Giddings TH Jr, Kirkegaard K (2001) Poliovirus 3A protein limits interleukin-6 (1L-6), 1L-8, and beta interferon secretion during viral infection. J Virol 75:8158-8165.

71. Doedens JR, Kirkegaard K (1995) Inhibition of cellular protein secretion by poliovirus proteins 2B and 3A. EMBO J 14: 894-907.

72. Doedens JR, Giddings TH Jr, Kirkegaard K (1997) Inhibition of endoplasmic reticulum-to-Golgi traffic by poliovirus protein 3A: genetic and ultrastructural analysis. J Virol 71: 9054-9064.

73. Domingo E (1989) RNA virus evolution and the control of viral disease. Prog Drug Res 33: 93-133.

74. Domingo E, Escarmis C, Sevilla N, Baranowski E (1998) Population dinamics in the evolution of RNA viruses. Adv Exp Med Biol 440: 721-727.

75. Dowdle WR, De Gourville E, Kew OM, Pallansch MA, Wood DJ (2003) Polio eradication: the OPV paradox. Rev Med Virol 13:277-291.

76. Drake JW (1993) Rates of spontaneous mutation among RNA viruses. Proc Natl Acad Sci USA 90:4171-4175.

77. Driesel G, Diedrich S, Kunkel U, Schreier E (1995) Vaccine-associated cases of poliomyelitis over a 30 year period in East Germany. Eur J Epidemiol 11:647-654.

78. Duarte E, Clarke D, Moya A, Domingo E, Holland J (1992) Rapid fitness losses in mammalian RNA virus clones due to Muller's ratchet. Proc Natl Acad Sci USA 89: 6015-6019.

79. Duarte EA, Novella IS, Ledesma S, Clarke DK, Moya A, Elena SF, Domingo E, Holland JJ (1994) Subclonal components of consensus fitness in an RNA virus clone. J Virol 68:4295-4301.

80. Duggal R, Wimmer E (1999) Genetic recombination of poliovirus in vitro and in vivo: temperature-dependent alteration of crossover sites. Virology 258: 30-41.

81. Egger D, Pasamontes L, Bolten R, Boyko V, Bienz K (1996) Reversible dissociation of the poliovirus replication complex: functions and interactions of its components in viral RNA synthesis. J Virol 70: 8675-8683.

82. Egger D, Bienz K (2002) Recombination of poliovirus RNA proceeds in mixed replication complexes originating from distinct replication start sites. J Virol 76: 10960-10971.

83. Equestre M, Genovese D, Cavalieri F, Fiore L, Santoro R, Perez Bercoff R (1991) Identification of a consistent pattern of mutations in neurovirulent variants derived from the sabin vaccine strain of poliovirus type 2. J Virol 65: 2707-2710.

84. Escarmis C, Davila M, Charpentier N, Bracho A, Moya A, Domingo E (1996) Genetic lesions associated with Muller's ratchet in an RNA virus. J Mol Biol 264: 255-267.

85. Escarmis C, Davila M, Domingo E (1999) Multiple molecular pathways for fitness recovery of an RNA virus debilitated by operation of Muller's ratchet. J Mol Biol 285:495-505.

86. Escarmis C, Gomez-Mariano G, Davila M, Lazaro E, Domingo E (2002) Resistance to extinction of low fitness virus subjected to plaque-to-plaque transfers: diversification by mutation clustering. J Mol Biol 315: 647-661.

87. Evans DM, Dunn G, Minor PD, Schild GC, Cann AJ, Stanway G, Almond JW, Currey K, Maizel JV Jr (1985) Increased neurovirulence associated with a single nucleotide change in a noncoding region of the Sabin type 3 poliovaccine genome. Nature 314: 548-550.

88. Filman DJ, Syed R, Chow M, Macadam AJ, Minor PD, Hogle JM (1989) Structural factors that control conformational transitions and serotype specificity in type 3 poliovirus. EMBO J 8: 1567-1579.

89. Flanegan JB, Van Dyke TA (1979) Isolation of a soluble and template-dependent poliovirus RNA polymerase that copies virion RNA in vitro. J Virol 32: 155-161.

90. Fine PE, Oblapenko G, Sutter RW (2004) Polio control after certification: major issues outstanding. Bull WHO 82:47-52.

91. Fricks CE, Hogle JM (1990) Cell-induced conformational change in poliovirus: externalization of the amino terminus of VP1 is responsible for liposome binding. J Virol 64:1934-1945.

92. Friedrich F, Da-Silva EF, Schatzmayr HG (1996) Type 2 poliovirus recombinants isolated from vaccine-associated cases and from healthy contacts in Brazil. Acta Virol 40:27-33.

93. Furione M, Guillot S, Otelea D, Balanant J, Candrea A, Crainic R (1993) Polioviruses with natural recombinant genomes isolated from vaccine-associated paralytic poliomyelitis. Virology 196: 199-208.

94. Gamarnik AV, Andino R (1997) Two functional complexes formed by KH domain containing proteins with the 5' noncoding region of poliovirus RNA. RNA 3: 882892.

95. Gamarnik AV, Andino R (1998) Switch from translation to RNA replication in a positive-stranded RNA virus. Genes Dev 12: 2293-2304.

96. Gamarnik AV, Andino R (2000) Interactions of viral protein 3CD and poly(rC) binding protein with the 5' untranslated region of the poliovirus genome. J Virol 74: 2219-2226.

97. Gavrilin GV, Cherkasova EA, Lipskaya GY, Kew O, Agol VI (2000) Evolution of circulating wild poliovirus and of vaccine-derived poliovirus in an immunodeficient patient: a unifying model. J Virol 74: 7381-7390.

98. Georgescu MM, Delpeyroux F, Crainic R (1995) Tripartite genome organization of a natural type 2 vaccine/nonvaccine recombinant poliovirus. J Gen Virol 76: 23432348.

99. Georgescu MM, Balanant J, Ozden S, Crainic R (1997) Random selection: a model for poliovirus infection of the central nervous system. J Gen Virol 78: 1819-1828.

100. Giachetti C, Semler BL (1991) Role of a viral membrane polypeptide in strand-specific initiation of poliovirus RNA synthesis. J Virol 65:2647-2654.

101. Gmyl AP, Pilipenko EV, Maslova SV, Belov GA, Agol VI (1993) Functional and genetic plasticities of the poliovirus genome: quasi-infectious RNAs modified in the 5'-untranslated region yield a variety of pseudorevertants. J Virol 67: 6309-6316.

102. Gmyl AP, Belousov EV, Maslova SV, Chitrina EV, Chetverin AB, Agol VI (1999) Nonreplicative RNA Recombination in Polioviruses. J Virol 73: 8958-8965

103. Gmyl AP, Korshenko SA, Belousov EV, Khitrina EV, Agol VI (2003) Nonreplicative homologous RNA recombination: promiscuous joining of RNA pieces? RNA 9. 1221-1231.

104. Goodfellow I, Chaundry Y, Richardson A, Meredith J, Almond JW, Barclay W, Evans DJ (2000) Identification of a cis-acting replication element within the poliovirus coding region J Virol 74:4590-4600.

105. Gromeier M, Alexander L, Wimmer E (1996) Internal ribosomal entry site substitution eliminates neurovirulence in intergeneric poliovirus recombinants. Proc Natl Acad Sci USA 93: 2370-2375.

106. Gromeier M, Wimmer E, Gorbalelenya AE (1999 a) Genetics, pathogenesis and evolution of picornaviruses, In: Domingo E, Webster RG, Holland JJ (eds) Origin and evolution ofVViruses. Academic Press, San Diego 287-343.

107. Gromeier M, Bossert B, Arita M, Nomoto A, Wimmer E (1999 6) Dual stem loops within the poliovirus internal ribosomal entry site control neurovirulence. J Virol 73: 958-964.

108. Guillot S, Caro V, Cuervo N, Korotkova E, Combiescu M, Persu A, Combiescu AA, Delpeyroux F, Crainic R (2000) Natural genetic exchanges between vaccine and wild poliovirus strains in humans. J Virol 74: 8434-8443.

109. Haller AA, Semler BL (1995) Stem-loop structure synergy in binding cellular proteins to the 5' noncoding region of poliovirus RNA. Virology 206: 923-934.

110. Hambidge SJ, Sarnow P (1992) Translational enhancement of the poliovirus 5' noncoding region mediated by virus-encoded polypeptide 2A. Proc Natl Acad Sci USA 89:10272-10276.

111. Hanecak R, Semler BL, Anderson CW, Wimmer E (1982) Proteolytic processing of poliovirus polypeptides: antibodies to polypeptide P3-7c inhibit cleavage at glutamine-glycine pairs. Proc Natl Acad Sci USA 79: 3973-3977.

112. Harber J, Bernhardt G, Lu HH, Sgro JI, Wimmer E (1995) Canyon rim residues, including antigenic determinants, modulate serotype-specific binding to mutant of the poliovirus receptor. Virology 214: 559-570.

113. He Y, Bowman V, Mueller S, Bator C, Bella J, Peng X, Baker T, Wimmer E, Kuhn R, Rossmann M (2000) Interaction of the poliovirus receptor with poliovirus. Proc Natl Acad Sci USA 97: 79-84.

114. He Y, Mueller S, Chipman PR, Bator CM, Peng X, Bowman VD, Mukhopadhyay S, Wimmer E, Kuhn RJ, Rossmann MG (2003) Complexes of poliovirus serotypes with their common cellular receptor, CD155. J Virol 77: 4827-4835.

115. Herold J, Andino R (2001) Poliovirus RNA replication requires genome circularization through a protein-protein bridge. Molecular Cell 7: 581-591.

116. Hirst GK (1962) Genetic recombination with Newcastle disease virus, polioviruses, and influenza. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 27: 303-309.

117. Hogle JM, Chow M, Filman DJ (1985) Three-dimensional structure of poliovirus at 2.9 A resolution. Science 229: 1358-1365.

118. Hogle JM, Filman DJ (1989) The antigenic structure of poliovirus. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 323: 467-478.

119. Holland JJ, de la Torre JC, Steinhauer DA (1992) RNA virus populations as quasispecies. CurrTop Microbiol Immunol 176: 1-20.

120. Horie H, Miyazawa M, Ota Y, Wakabayashi K, Yoshida II, Doi Y, Ilashizume S (2001) Analysis of the accumulation of mutants in Sabin attenuated polio vaccine viruses passaged in Vero cells. Vaccine 19:1456-1459.

121. Hovi T, Lindholm N, Savolainen C, Stenvik M, Burns C (2004) Evolution of wildtype 1 poliovirus in two healthy siblings excreting the virus over a period of 6 months. J Gen Virol 85: 369-377.

122. Ishii T, Shiroki K, Iwai A, Nomoto A (1999) Identification of a new element for RNA replication within the internal ribosome entry site of poliovirus RNA. J Gen Virol 80:917-920

123. Ivanova 0, Eremeeva T, Karganova G, Rumyantsev A, Leshinskaya E, Lipskaya G, Cherkasova E, Korotkova E, Grachev V, Drozdov S (2001) Poliomyelitis in Russia in 1998-1999. Dev Biol (Basel) 105:219-223.

124. Izumi RE, Valdez B, Banerjee R, Srivastava M, Dasgupta A (2001) Nucleolin stimulates viral internal ribosome entry site-mediated translation. Virus Res 76: 1729.

125. Jarvis TC, Kirkegaard K (1991) The polymerase in its labyrinth: mechanisms and implications of RNA recombination. Trends Genet 7: 186-191.

126. Jarvis TC, Kirkegaard K (1992) Poliovirus RNA recombination: mechanistic studies in the absence of selection EMBOJ 11:3135-3145.

127. Joachims M, Harris KS, Etchison D (1995) Poliovirus protease 3C mediates cleavage of microtubule-associated protein 4. Virology 211:451-461.

128. Joce R, Wood D, Brown D, Begg N (1992) Paralytic poliomyelitis in England and Wales, 1985-91. BMJ 305: 79-82.

129. Johnson KL, Sarnow P (1991) Three poliovirus 2B mutants exhibit noncomplementable defects in viral RNA amplification and display dosage-dependent dominance over wild-type poliovirus. J Virol 65: 4341-4349.

130. Jore J, De Geus B, Jackson R, Pouwels P, Enger-Valk B (1988) Poliovirus protein 3CD is the active protease for processing of the precursor protein PI in vitro. J Gen Virol 69: 1627-1636.

131. Karakasiliotis I, Markoulatos P, Katsorchis T (2004) Site analysis of recombinant and mutant poliovirus isolates of Sabin origin from patients and from vaccinees. Mol Cell Probes 18:103-109.

132. Kawamura N, Kohara M, Abe S, Komatsu T, Tago K, Arita M, Nomoto A (1989) Determinants in the 5' noncoding region of poliovirus Sabin 1 RNA that influence the attenuation phenotype. J Virol 63: 1302-1309.

133. Kew OM, Nottay BK (1984) Molecular epidemiology of polioviruses. Rev Infect Dis 6 Suppl 2:S499-504.

134. Kew OM, Mulders MN, Lipskaya GY, da Silva EE, Pallansch MA (1995) Molecular epidemiology of polioviruses. Sem Virol 6:401-414.

135. Kew OM, Sutter RW, Nottay BK, McDonough MJ, Prevots DR, Quick L, Pallansch MA (1998) Prolonged replication of a type 1 vaccine-derived poliovirus in an immunodeficient patient. J Clin Microbiol 36: 2893-2899.

136. Kew OM, Wright PF, Agol VI, Delpeyroux F, Shimizu H, Nathanson N, Pallansch MA (2004) Circulating vaccine-derived polioviruses: current state of knowledge. Bull WHO 82: 16-23.

137. Kew OM, Sutter RW, de Gourville EM, Dowdle WR, Pallansch MA (2005) Vaccine-derived polioviruses and the endgame strategy for global polio eradication. Annu Rev Microbiol 59: 587-635.

138. Khetsuriani N, Prevots DR, Quick L, Elder ME, Pallansch M, Kew O, Sutter RW (2003) Persistence of vaccine-derived polioviruses among immunodeficient persons with vaccine-associated paralytic poliomyelitis. J Infect Dis 188: 1845-1852.

139. King AM (1988 a) Genetic recombination in positive strand RNA viruses, In E Domingo, JJ Holland, P Ahlquist (ed.), RNA Genetics 149-165.

140. King AM (1988 6) Preferred sites of recombination in poliovirus RNA: an analysis of 40 intertypic cross-over sequences. Nucleic Acids Res 16: 11705-11723.

141. Kirkegaard K, Baltimore D (1986) The mechanism of RNA recombination in Poliovirus. Cell 47:433-443.

142. Kitamura N, Semler BL, Rothberg PG, Larsen GR, Adler CJ, Dorner AJ, Emini EA, Hanecak R, Lee JJ, van der Werf S, Anderson CW, Wimmer E (1981) Primary structure, gene organization and polypeptide expression of poliovirus RNA. Nature 291:547-553.

143. Koike S, Taya C, Kurata T, Abe S, Ise I, Yonekawa H, Nomoto A (1991) Transgenic mice susceptible to poliovirus. Proc Natl Acad Sei U S A 88: 951-955.

144. Kuge S, Saito I, Nomoto A (1986) Primary structure of poliovirus defective-interfering particle genomes and possible generation mechanisms of the particles J Mol Biol 192:473-487.

145. Kuge S, Nomoto A (1987) Construction of viable deletion and insertion mutants of the Sabin strain of type 1 poliovirus: function of the 5' noncoding sequence in viral replication. J Virol 61:1478-1487.

146. Kuhn RJ, Tada H, Ypma-Wong MF, Semler BL, Wimmer E (1988) Mutational analysis of the genome-linked protein VPg of poliovirus. J Virol 62: 4207-4215.

147. Kuznetsov YG, Daijogo S, Zhou J, Semler BL, McPherson A (2005) Atomic force microscopy analysis of icosahedral virus RNA. J Mol Biol 347:41-52.

148. Lama J, Sanz MA, Rodrguez PL (1995) A Role for 3AB Protein in Poliovirus Genome Replication. J Biol Chem 270: 14430-14438.

149. Lama J, Sanz MA, Carrasco L (1998) Genetic analysis of poliovirus protein 3A: characterization of a non-cytopathic mutant virus defective in killing Vero cells. J Gen Virol 79: 1911-1921.

150. La Monica N, Meriam C, Racaniello VR (1986) Mapping of sequences required for mouse neurovirulence of poliovirus type 2 Lansing. J Virol 57: 515-525.

151. La Monica N, Almond JW, Racaniello VR (1987) A mouse model for poliovirus neurovirulence identifies mutations that attenuate the virus for humans. J Virol 61: 2917-2920.

152. La Monica N, Racaniello VR (1989) Differences in replication of attenuated and neurovirulent polioviruses in human neuroblastoma cell line SH-SY5Y. J Virol 63: 2357-2360.

153. Lazaro E, Escarmis C, Perez-Mercader J, Manrubia SC, Domingo E (2003) Resistance of virus to extinction on bottleneck passages: study of a decaying and fluctuating pattern of fitness loss. Proc Natl Acad Sci USA 100: 10830-10835.

154. Ledinko N (1963) Genetic recombination with poliovirus type 1. Studies of crosses between a normal horse serum-resistant mutant and several guanidine-resistant mutants of the same strain. Virology 20: 107-119.

155. Lee YF, Nomoto A, Detjen BM, Wimmer E (1977) A protein covalently linked to poliovirus genome RNA. Proc Natl Acad Sci USA 74: 59-63.

156. Lee WM, Monroe SS, Rueckert RR (1993) Role of maturation cleavage in infectivity of picornaviruses: activation of an infectosome. J Virol 67: 2110-2122.

157. Li JP, Baltimore D (1988) Isolation of poliovirus 2C mutants defective in viral RNA synthesis. J Virol 62: 4016-4021.

158. Lipskaya GY, Muzychenko AR, Kutitova OK, Maslova SV, Equestre M, Drozdov SG, Bercoff RP, Agol VI (1991) Frequent isolation of intertypic poliovirus recombinants with serotype 2 specificity from vaccine-associated polio cases. J Med Virol 35:290-296

159. Liu HM, Zheng DP, Zhang LB, Oberste MS, Pallansch MA, Kew OM (2000) Molecular evolution of a type 1 wild-vaccine poliovirus recombinant during widespread circulation in China. J Virol 74:11153-11161.

160. Liu HM, Zheng DP, Zhang LB, Oberste MS, Kew OM, Pallansch MA (2003) Serial recombination during circulation of type 1 wild-vaccine recombinant polioviruses in China. J Virol 77:10994-11005.

161. Lu HH, Wimmer E (1996) Poliovirus chimeras replicating under the translational control of genetic elements of hepatitis C virus reveal unusual properties of the internal ribosomal entry site of hepatitis C virus. Proc Natl Acad Sei USA 93: 14121417.

162. Lukashev AN, Lashkevich VA, Ivanova OE, Koroleva GA, Hinkkanen AE, Ilonen J (2003) Recombination in circulating enteroviruses. J Virol 77: 10423-10431.

163. Lukashev AN, Lashkevich VA, Ivanova OE, Koroleva GA, Hinkkanen AE, Ilonen J (2005) Recombination in circulating Human enterovirus B: independent evolution of structural and non-structural genome regions.J Gen Virol 86:3281-3290.

164. Macadam AJ, Ferguson G, Arnold C, Minor PD (1991) An assembly defect as a result of an attenuating mutation in the capsid proteins of the poliovirus type 3 vaccine strain. J Virol 65: 5225-5231.

165. Macadam AJ, Ferguson G, Budison J, Stone D, Skuce R, Almond JW, Minor PD (1992) Correlation of RNA secondary structure and attenuation of Sabin vaccine strains of poliovirus in tissue culture. Virology 189:415-422.

166. Martin J, Dunn G, Hull R, Patel V, Minor P (2000 a) Evolution of the Sabin strain of type 3 poliovirus in an immunodefficient patient during the entire 637-day period of virus excretion. J Virol 74: 3001-3010.

167. Martin J, Ferguson GL, Wood DJ, Minor PD (2000 6) The vaccine origin of the 1968 epidemic of type 3 poliomyelitis in Poland. Virology 278:42-49.

168. Martin J, Odoom K, Tuite G, Dunn G, Hopewell N, Cooper G, Fitzharris C, Butler K, Hall WW, Minor PD (2004) Long-term excretion of vaccine-derived poliovirus by a healthy child. J Virol 78: 13839-13847.

169. Meerovitch K, Svitkin YV, Lee HS, Lejbkowicz F, Kenan DJ, Chan EK, Agol VI, Keene JD, Sonenberg N (1993) La autoantigen enhances and corrects aberrant translation of poliovirus RNA in reticulocyte lysate. J Virol 67: 3798-3807.

170. Mellits KH, Meredith JM, Rohll JB, Evans DJ, Almond JW (1998) Binding of a cellular factor to the 3' untranslated region of the RNA genomes of entero- and rhinoviruses plays a role in virus replication. J Gen Virol 79: 1715-1723.

171. Mendelsohn C, Wimmer E, Racaniello V (1989) Cellular receptor for poliovirus: molecular cloning, nucleotide sequence, and expression of a new member of the immunoglobulin superfamily. Cell 56: 855-865.

172. Minor PD (1980) Comparative biochemical studies of type 3 poliovirus. J Virol 34: 73-84.

173. Minor PD (1992) The molecular biology of poliovaccines. J Gen Virol 73: 30653077.

174. Minor PD (1999) Poliovirus vaccination: current understanding of poliovirus interactions in humans and implications for the eradication of poliomyelitis. Expert Reviews in Molecular Medicine.

175. Minor PD (2004) Polio eradication, cessation of vaccination and re-emergence of disease. Nature Rev Microbiol 2:473-482.

176. Minor PD, John A, Ferguson M, Icenogle JP (1986) Antigenic and molecular evolution of the vaccine strain of type 3 poliovirus during the period of excretion by the primary vaccinee. J Gen Virol 67: 693-706.

177. Minor PD, Dunn G (1988) The effect of sequences in the 5' non-coding region on the replication of polioviruses in the human gut. J Gen Virol 69: 1091-1096.

178. Mirmomeni MH, Hughes PJ, Stanway G (1997) An RNA tertiary structure in the 3' untranslated region of enteroviruses is necessary for efficient replication. J Virol 71: 2363-2370.

179. Mirzayan C, Wimmer E (1994) Biochemical studies on poliovirus polypeptide 2C: evidence for ATPase activity. Virology 199:176-187.

180. Molla A, Paul AV, Schmid M, Jang SK, Wimmer E (1993) Studies on dicistronic polioviruses implicate viral proteinase 2Apro in RNA replication. Virology 196: 739747.

181. Molla A, Harris KS, Paul AV, Shin SH, Mugavero J, Wimmer E (1994) Stimulation of poliovirus proteinase 3Cpro-related proteolysis by the genome-linked protein VPg and its precursor ЗАВ. J Biol Chem 269:27015-27020.

182. Morasco BJ, Sharma N, Parilla J, Flanegan JB (2003) Poliovirus cre(2C)-dependent synthesis of VPgpUpU is required for positive- but not negative-strand RNA synthesis. J Virol 77:5136-5144.

183. Mueller S, Wimmer E, Cello J (2005) Pohovirus and poliomyelitis: a tale of guts, brains, and an accidental event. Virus Res 111: 175-193.

184. Murray KE, Barton DJ (2003) Poliovirus CRE-dependent VPg uridylylation is required for positive-strand RNA synthesis but not for negative-strand RNA synthesis J Virol 77:4739-4750.

185. Nagy PD, Simon AE (1997) New Insights in RNA virus recombination Virology 235: 1-9.

186. Nagy PD, Zhang C, Simon AE (1998) Dissecting RNA recombination in vitro: role of RNA sequences and the viral replicase. EMBO J 17: 2392-2403.

187. Neufeld KL, Galarza JM, Richards OC, Summers DF, Ehrenfeld E (1994) Identification of terminal adenylyl transferase activity of the poliovirus polymerase 3Dpol. J Virol 68:5811-5818.

188. Neznanov N, Kondratova A, Chumakov KM, Angres B, Zhumabayeva B, Agol VI, Gudkov AV (2001) Poliovirus protein 3A inhibits tumor necrosis factor (TNF)-induced apoptosis by eliminating the TNF receptor from the cell surface. J Virol 75: 10409-10420.

189. Nkowane BM, Wassilak SGF, Orenstein WA, Bart KJ, Schönberger LB, Hinman AR, Kew OM (1987) Vaccine-associated paralytic poliomyelitis. United States: 1973 through 1984. J Am Med Assoc 257: 1335-1340.

190. Nomoto A, Omata T, Toyoda H, Kuge S, Horie H, Kataoka Y, Genba Y, Nakano Y, Imura N (1982) Complete nucleotide sequence of the attenuated poliovirus Sabin 1 strain genome. Proc Natl Acad Sei USA 79: 5793-5797.

191. Novak J, Kirkegaard K (1991) Improved method for detecting poliovirus negative strands used to demonstrate specificity of positive-strand encapsidation and the ratio of positive to negative strands in infected cells. J Virol 65: 3384-3387.

192. Novak J, Kirkegaard K (1994) Coupling between genome translation and replication in an RNA virus. Genes Dev 8:1726-1737.

193. Novella IS, Duarte EA, Elena SF, Moya A, Domingo E, Holland JJ (1995 a) Exponential increases of RNA virus fitness during large population transmissions Proc Natl Acad Sei USA 92: 5841-5844.

194. Novella IS, Elena SF, Moya A, Domingo E, Holland JJ (1995 6) Size of genetic bottlenecks leading to virus fitness loss is determined by mean initial population fitness. J Virol 69: 2869-2872.

195. Novella IS, Quer J, Domingo E, Holland JJ (1999) Exponential fitness gains of RNA virus populations are limited by bottleneck effects. J Virol 73:1668-1671.

196. Ochs K, Saleh L, Bassiii G, Sonntag VH, Zeller A, Niepmann M (2002) Interaction of Translation Initiation Factor eIF4B with the Poliovirus Internal Ribosome Entry Site. J Virol 76:2113-2122.

197. Ochs K, Zeller A, Saleh L, Bassiii G, Song Y, Sonntag A, Niepmann M (2003) Impaired binding of standard initiation factors mediates poliovirus translation attenuation. J Virol 77: 115-122.

198. Omata T, Kohara M, Kuge S, Komatsu T, Abe S, Semler BL, Kameda A, Itoh H, Arita M, Wimmer E, Nomoto A (1986) Genetic analysis of the attenuation phenotype of poliovirus type 1. J Virol 58: 348-358.

199. Oprisan G, Combiescu M, Guillot S, Саго V, Combiescu A, Delpeyroux F, Crainic R (2002) Natural genetic recombination between co-circulating heterotypic enteroviruses. J Gen Virol 83:2193-2200.

200. Page GS, Mosser AG, Hogle JM, Filman DJ, Rueckert RR, Chow M (1988) Three-dimensional structure of poliovirus serotype 1 neutralizing determinants. J Virol 62: 1781-1794.

201. Palmenberg AC, Sgro J (1997) Topological organization of picornaviral genomes: statistical prediction of RNA structural signals. Semin Virol 8:231-241.

202. Parvin JD, Moscona A, Pan WT, Leider JM, Palese P (1986) Measurement of the mutation rates of animal viruses: influenza A virus and poliovirus type 1. J Virol 59. 377-383.

203. Paul JR (1971) A history of poliomyelitis. New Haven, CT: Yale Univ Press.

204. Paul AV, Cao X, Harris KS, Lama J, Wimmer E (1994) Studies with poliovirus polymerase 3Dpol. Stimulation of poly(U) synthesis in vitro by purified poliovirus protein ЗАВ. J Biol Chem 269: 29173-29181.

205. Paul AV, van Boom JH, Filippov D, Wimmer E (1998) Protein-primed RNA synthesis by purified poliovirus RNA polymerase. Nature 393: 280-284.

206. Paul AV, Rieder E, Kim DW, van Boom JH, Wimmer E (2000) Identification of an RNA Hairpin in Poliovirus RNA That Serves as the Primary Template in the In Vitro Uridylylation of VPg. J Virol 74: 10359-10370.

207. Paul AV, Yin J, Mugavero J, Rieder E, Liu Y, Wimmer E (2003) A "slide-back" mechanism for the initiation of protein-primed RNA synthesis by the RNA polymerase of poliovirus. J Biol Chem 278: 43951-43960.

208. Pelletier J, Kaplan G, Racaniello VR, Sonenberg N (1988) Cap-independent translation of poliovirus mRNA is conferred by sequence element within the 5'-noncoding region. Mol Cel Biol 8: 1103-1112.

209. Pfeiffer JK, Kirkegaard K (2003) A single mutation in poliovirus RNA-dependent RNA polymerase confers resistance to mutagenic nucleotide analogs via increased fidelity. Proc Natl Acad Sei USA 100: 7289-7294.

210. Pfeiffer JK, Kirkegaard K (2005) Increased fidelity reduces poliovirus fitness and virulence under selective pressure in mice. PLoS Pathog 1: el 1.

211. Pilipenko EV, Gmyl AP, Maslova SV, Svitkin YV, Sinyakov AN, Agol VI (1992 a) A prokaryotic-like cis-element in the cap-independent internal initiation of translation on Picornavirus RNA. Cell 68: 119-131.

212. Pilipenko EV, Gmyl AP, Agol VI (1995) A model for rearrangements in RNA genomes. Nucleic Acids Res 23: 1870-1875.

213. Pollard SR, Dunn G, Cammack N, Minor PD, Almond JW (1989) Nucleotide sequence of a neurovirulent variant of the type 2 oral poliovirus vaccine. J Virol 63: 4949-4951.

214. Poyry T, Kinnunen L, Hovi T (1992) Genetic variation in vivo and proposed functional domains of the 5' noncoding region of poliovirus RNA. J Virol 66: 53135319.

215. Poyry TA, Hentze MW, Jackson RJ (2001) Construction of regulatable Picornavirus IRESes as a test of current models of the mechanism of internal translation initiation. RNA 7: 647-660.

216. Putnak JR, Phillips BA (1981) Differences between poliovirus empty capsids formed in vivo and those formed in vitro: a role for the morphopoietic factor. J Virol 40 173-183.

217. Racaniello VR (2006) One hundred years of poliovirus pathogenesis.Virology 344. 9-16.

218. Racaniello VR, Baltimore D (1981) Molecular cloning of poliovirus cDNA and determination of the complete nucleotide sequence of the viral genome. Proc Natl Acad Sci USA 78:4887-4891.

219. Racaniello VR, Meriam C (1986) Poliovirus temperature-sensitive mutant containing a single nucleotide deletion in the 5'-noncoding region of the viral RNA. Virology 155:498-507.

220. Ren RB, Costantini F, Gorgacz EJ, Lee JJ, Racaniello VR (1990) Transgenic mice expressing a human poliovirus receptor: a new model for poliomyelitis. Cell 63: 353362.

221. Ren RB, Moss EG, Racaniello VR (1991) Identification of two determinants that attenuate vaccine-related type 2 poliovirus. J Virol 65: 1377-1382.

222. Rezapkin GV, Chumakov KM, Lu Z, Ran Y, Dragunsky EM, Levenbook IS (1994) Microevolution of Sabin 1 strain in vitro and genetic stability of oral poliovirus vaccine. Virology 202: 370-378.

223. Rezapkin GV, Norwood LP, Taffs RE, Dragunsky EM, Levenbook IS, Chumakov KM (1995) Microevolution of type 3 Sabin strain of poliovirus in cell cultures and its implications for oral poliovirus vaccine quality control. Virology 211: 377-384.

224. Rezapkin GV, Alexander W, Dragunsky E, Parker M, Pomeroy K, Asher DM, Chumakov KM (1998) Genetic stability of Sabin 1 strain of poliovirus: implications for quality control of oral poliovirus vaccine. Virology 245: 183-187.

225. Rezapkin GV, Douthitt M, Dragunsky E, Chumakov KM (1999 a) Réévaluation of nucleotide sequences of wild-type and attenuated polioviruses of type 3. Virus Res 65:111-119.

226. Rezapkin GV, Fan L, Asher DM, Fibi MR, Dragunsky EM, Chumakov KM (1999 6) Mutations in Sabin 2 strain of poliovirus and stability of attenuation phenotype. Virology 258:152-160.

227. Rieder E, Paul AV, Kim DW, van Boom JH, Wimmer E (2000) Genetic and biochemical studies of poliovirus cis-acting replication element ere in relation to VPg uridylylation. J Virol 74: 10371-10380.

228. Robertson SE, Chan C, Kim-Farley R, Ward N (1990) Worldwide status of poliomyelitis in 1986,1987 and 1988, and plans for its global eradication by the year 2000. World Health Stat Q 43: 80-90.

229. Rodriguez PL, Carrasco L (1993) Poliovirus protein 2C has ATPase and GTPase activities. J Biol Chem 268: 8105-8110.

230. Rohll JB, Moon DH, Evans DJ, Almond JW (1995) The 3* untranslated region of picornavirus RNA: features required for efficient genome replication. J Virol 69: 7835-7844.

231. Romanova LI, Tolskaya EA, Kolesnikova MS, Agol VI (1980) Biochemical evidence for intertypic genetic recombination of polioviruses. FEBS Lett 118: 109112.

232. Romanova LI, Blinov VM, Tolskaya EA, Viktorova EG, Kolesnikova MS, Guseva EA, Agol VI (1986) The primary structure of crossover regions of intertypic poliovirus recombinants: a model of recombination between RNA genomes. Virology 155:202-213.

233. Rousset D, Rakoto-Andrianarivelo M, Razafindratsimandresy R, Randriamanalina B, Guillot S, Balanant J, Mauclere P, Delpeyroux F (2003) Recombinant vaccine-derived poliovirus in Madagascar. Emerg Infect Dis 9: 885-887.

234. Ruiz-Jarabo CM, Arias A, Baranowski E, Escarmis C, Domingo E (2000) Memory in viral quasispecies. J Virol 74: 3543-3547.

235. Sabin AB, Boulger LR (1973) History of Sabin attenuated poliovirus oral live vaccine strains. J Biol Stand 1: 115-118.

236. Sanger F, Nicklen S, Coulson AR (1977) DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 74: 5463-5467.

237. Santti J, Hyypia T, Kinnunen L, Salminen M (1999) Evidence of Recombination among Enteroviruses. J Virol 73: 8741-8749.

238. Sedivy JM, Capone JP, RajBhandary UL, Sharp PA (1987) An inducible mammalian amber suppressor: propagation of a poliovirus mutant. Cell 50: 379-389.

239. Sevilla N, Ruiz-Jarabo CM, Gomez-Mariano G, Baranowski E, Domingo E (1998) An RNA virus can adapt to the multiplicity of infection. J Gen Virol 79: 2971-2980.

240. Slobodskaya OR, Gmyl AP, Maslova SV, Tolskaya EA, Viktorova EG, Agol VI (1996) Poliovirus neurovirulence correlates with the presence of a cryptic AUG upstream of the initiator codon. Virology 221:141-150.

241. Stanway G (1990) Structure, function and evolution of picornaviruses. J Gen Virol 71 2483-2501.

242. Stanway G, Hovi T, Knowles NJ, Hyypia T (2002) Molecular and biological basis of picornavirus taxonomy. Molecular biology of Picornaviruses: 17-24.

243. Steinhauer DA, Holland JJ (1987) Rapid evolution of RNA viruses Annu Rev Microbiol 41:409-433.

244. Steinhauer DA, de la Torre JC, Meier E, Holland JJ (1989) Extreme heterogeneity in populations of vesicular stomatitis virus. J Virol May 63: 2072-2080.

245. Sutter RW, Caceres VM, Mas Lago P (2004) The role of routine polio immunization in the post-certification era. Bull World Health Organ 82: 31-39.

246. Svitkin YV, Maslova SV, Agol VI (1985) The genomes of attenuated and virulent poliovirus strains differ in their in vitro translation efficiencies. Virology 147: 243252.

247. Svitkin YV, Pestova TV, Maslova SV, Agol VI (1988) Point mutations modify the response of poliovirus RNA to a translation initiation factor: a comparison of neurovirulent and attenuated strains. Virology 166: 394-404.

248. Svitkin YV, Cammack N, Minor PD, Almond JW (1990) Translation deficiency of the Sabin type 3 poliovirus genome: association with an attenuating mutation C472----U. Virology 175: 103-109.

249. Svitkin YV, Meerovitch K, Lee HS, Dholakia JN, Kenan DJ, Agol VI, Sonenberg N (1994) Internal translation initiation on poliovirus RNA: further characterization of La function in poliovirus translation in vitro. J Virol 68: 1544-1550.

250. Taffs RE, Chumakov KM, Rezapkin GV, Lu Z, Douthitt M, Dragunsky EM, Levenbook IS (1995) Genetic stability and mutant selection in Sabin 2 strain of oral poliovirus vaccine grown under different cell culture conditions. Virology 209: 366373.

251. Takeda N, Kuhn RJ, Yang CF, Takegami T, Wimmer E (1986) Initiation of poliovirus plus-strand RNA synthesis in a membrane complex of infected HeLa cells. J Virol 60:43-53.

252. Takegami T, Semler BL, Anderson CW, Wimmer E (1983) Membrane fractions active in poliovirus RNA replication contain VPg precursor polypeptides. Virology 128: 33-47.

253. Tatem JM, Weeks-Levy C, Georgiu A, DiMichele SJ, Gorgacz EJ, Racaniello VR, Cano FR, Mento SJ (1992) A mutation present in the amino terminus of Sabin 3 poliovirus VP1 protein is attenuating. J Virol 66: 3194-3197.

254. Teterina NL, Kean KM, Gorbalenya AE, Agol VI, Girard M (1992) Analysis of the functional significance of amino acid residues in the putative NTP-binding pattern of the poliovirus 2C protein. J Gen Virol 73: 1977-1986.

255. Teterina NL, Zhou WD, Cho MW, Ehrenfeld E (1995) Inefficient complementation activity of poliovirus 2C and 3D proteins for rescue of lethal mutations. J Virol 69: 4245-4254.

256. Teterina NL, Rinaudo MS, Ehrenfeld E (2003) Strand-specific RNA synthesis defects in a poliovirus with a mutation in protein 3A. J Virol 77: 12679-12691.

257. Todd S, Towner JS, Brown DM, Semler BL (1997) Replication-competent picornaviruses with complete genomic RNA 3' noncoding region deletions. J Virol 71:8868-8874.

258. Tolskaya EA, Romanova LI, Kolesnikova MS, Agol VI (1983) Intertypic recombination in poliovirus: genetic and biochemical studies. Virology 124: 121132.

259. Towner JS, Ho TV, Semler BL (1996) Determinants of membrane association for poliovirus protein ЗАВ. J Biol Chem 271:26810-26818.

260. Toyoda H, Nicklin M, Murray M, Anderson C, Dunn J, Studier F, Wimmer E (1986) A second virus-encoded proteinase involved in proteolytic processing of poliovirus polyprotein. Cell 45: 761-770.

261. Trono D, Andino R, Baltimore D (1988) An RNA sequence of hundreds of nucleotides at the 5' end of poliovirus RNA is involved in allowing viral protein synthesis. J Virol 62:2291-2299.

262. Van Dyke ТА, Flanegan JB (1980) Identification of poliovirus polypeptide P63 as a soluble RNA-dependent RNA polymerase. J Virol 35: 732-740.

263. Ventoso I, Barco A, Carrasco L (1998) Mutational analysis of poliovirus 2Apro. Distinct inhibitory functions of 2apro on translation and transcription. J Biol Chem 273:27960-27967.

264. Vignuzzi M, Stone JK, Arnold JJ, Cameron CE, Andino R (2006) Quasispecies diversity determines pathogenesis through cooperative interactions in a viral population. Nature 439: 344-348.

265. Waggoner S, Sarnow P (1998) Viral ribonucleoprotein complex formation and nucleolar-cytoplasmic relocalization of nucleolin in poliovirus-infected cells. J Virol 72: 6699-6709.

266. Wang J, Bakkers JM, Galama JM, Bruins Slot HJ, Pilipenko EV, Agol VI, Melchers WJ (1999) Structural requirements of the higher order RNA kissing element in the enteroviral 3'UTR. Nucleic Acids Res 27: 485-490.

267. Ward CD, Stokes MA, Flanegan JB (1988) Direct measurement of the pohovirus RNA polymerase error frequency in vitro. J Virol 62: 558-562.

268. Ward CD, Flanegan JB (1992) Determination of the poliovirus RNA polimerase error frequency at eight sites in the viral genome. J Virol 66: 3784-3793.

269. Weeks-Levy C, Tatem JM, DiMichele SJ, Waterfield W, Georgiu AF, Mento SJ (1991) Identification and characterization of a new base substitution in the vaccine strain of Sabin 3 poliovirus. Virology 185: 934-937.

270. Wells VR, Plotch SJ, DeStefano JJ (2001) Determination of the mutation rate of poliovirus RNA-dependent RNA polymerase. Virus Res 74: 119-132.

271. Wessels E, Duijsings D, Notebaart RA, Melchers WJ, van Kuppeveld FJ (2005) A proline-nch region in the coxsackievirus 3A protein is required for the protein to inhibit endoplasmic reticulum-to-golgi transport. J Virol 79: 5163-5173.

272. Westrop GD, Wareham KA, Evans DM, Dunn G, Minor PD, Magrath DI, Taffs F, Marsden S, Skinner MA, Schild GC, Almond JW (1989) Genetic basis of attenuation of the Sabin type 3 oral poliovirus vaccine. J Virol 63:1338-1344.

273. Witwer C, Rauscher S, Hofacker IL, Stadler PF (2001) Conserved RNA secondary structures in Picornaviridae genomes. Nucleic Acids Res 29: 5079-5089.

274. Wood DJ, Sutter RW, Dowdle WR (2000) Stopping poliovirus vaccination after eradication: issues and challenges. Bull World Health Organ78: 347-357.

275. Yalamanchili P, Harris K, Wimmer E, Dasgupta A (1996) Inhibition of basal transcription by poliovirus: a virus- encoded protease (3Cpro) inhibits formation of TBP-TATA box complex in vitro. J Virol 70: 2922-2929.

276. Yalamanchili P, Banerjee R, Dasgupta A (1997) Poliovirus-encoded protease 2APro cleaves the TATA-binding protein but does not inhibit host cell RNA polymerase II transcription in vitro. J Virol 71: 6881-6886.

277. Yang CF, Naguib T, Yang SJ, Nasr E, Jorba J, Ahmed N, Campagnoli R, van der Avoort H, Shimizu H, Yoneyama T, Miyamura T, Pallansch M, Kew 0 (2003) Circulation of endemic type 2 vaccine-derived poliovirus in Egypt from 1983 to 1993. J Virol 77:366-377.

278. Yang Y, Rijnbrand R, Watowich S, Lemon SM (2004) Genetic evidence for an interaction between a picornaviral cis-acting RNA replication element and 3CD protein. J Biol Chem 279: 12659-12667.

279. Yin J, Paul AV, Wimmer E, Rieder E (2003) Functional dissection of a poliovirus cis-acting replication element PV-cre(2C).: analysis of single- and dual-cre viral genomes and proteins that bind specifically to PV-cre RNA. J Virol 77: 5152-5166.

280. Yogo Y, Wimmer E (1972) Polyadenylic acid at the 3'-terminus of poliovirus RNA. Proc Natl Acad Sci USA 69:1877-1882.

281. Ypma-Wong MF, Dewalt PG, Johnson VH, Lamb JG, Semler BL (1988) Protein 3CD is the major poliovirus proteinase responsible for cleavage of the PI capsid precursor.Virology 166: 265-270.

282. Zheng DP, Zhang LB, Fang ZY, Yang CF, Mulders M, Pallansch MA, Kew OM (1993) Distribution of wild type 1 poliovirus genotypes in China J Infect Dis 168: 1361-1367.