Регуляция транскрипции и пространственная организация гена AML1/RUNX1 человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат биологических наук Маркова, Елена Николаевна

• Маркова, Елена Николаевна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Маркова, Елена Николаевна

Список сокращений.

Введение.

1. Обзор литературы.

1.1. Общая характеристика семейства транскрипционных факторов РиЫХ.

2.2. Транскрипционный фактор РШХ1.

2.2.1. Структура транскрипционного фактора.

2.2.2. Мишени регуляции.

2.2.3. Экспрессия гена ИиЫХ1 в различных тканях.

2.3. Участие гена ШЫХ1 в транслокациях.

Постановка задачи и методические подходы.

2. Материалы и методы.

2.1. Материалы.

2.1.1. Клеточные линии.

2.1.2. Бактериальные штаммы.

2.1.3. Химические реактивы.

2.1.4. Программное обеспечение.

2.2. Методы.

2.2.1. Культивирование клеточных линий.

2.2.2. Выделение геномной ДНК из культивируемых клеток.

2.2.3: Выделение тотальной РНК из культивируемых клеток;.

2.2.4. Спектрофотометрическое определение концентрации, нуклеиновых кислот.

2.2.5. Обратная транскрипция и ПЦР в реальном времени с ТадМаппробами на матрице кДНК.

2*2-6; Приготовление генно-инженерных конструкций.

2:217. Транзиентная трансфекция:.

2.2.8. Измерение активности люциферазы . в экстрактах трансфецированных клеток:.!.

2.2:9; Задержка электрофоретической'подвижности'втеле.51?

2*2И0: ЗС-анализ: .;.:.:. 2*2!Ш Анализ способности фрагментов ДНК связываться с ядерным белковым матриксом4п?Щго\.'.'.60?

ЗкРезультатышселедований:.

3:1. Промоторы П1 и П2 гена человека дифференциально активныш разных типах клеток. .'.:.'.

3.2: Выбор потенциальных регуляторных элементов в составе гена ииЫХ1 человека?.:.

3.3: Выбранные элементы РЭ1 и РЭ2 образуют комплексы предпочтительно с белками ядерного экстракта лимфоидных клеток*.

3.4. Элемент РЭ1 является тканеспецифичным энхансером по отношению к промоторам П1 и П2 гена ШЫХ1 человека, РЭ2 не обладает активностью энхансера по отношению к тем же промоторам.

3.5. Промоторы П1 и П2, а также элементы РЭ1 и РЭ2 гена RUNX1 человека собраны в акгиваторный блок транскрипции в лимфоидных и эритроидных клетках.

3.6. Элемент РЭ2 не связывается с ядерным белковым матриксом in vitro.

4. Обсуждение результатов.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Регуляция транскрипции и пространственная организация гена AML1/RUNX1 человека»

Впервые ген RUNX1 человека был идентифицирован в 1991 году как один из участников хромосомной перестройки t(8;21), ассоциированной с острой миелоидной лейкемией (Miyoshi, Shimizu et al. 1991). Позднее, через два года было установлено, что RUNX1 кодирует белок, который относится к семейству эволюционно консервативных транскрипционных факторов, содержащих в своем составе ДНК-связывающий домен runt (Bae, Yamaguchi-Iwai et al. 1993;

Bae, Ogawa et al. 1994). В дальнейшем, в процессе изучения гена RUNX1 было установлено,- что он является участником самых разнообразных хромосомных перестроек, например: t(3;21), t(5;21), t(17;21) и t(12;21). Таким* образом, ген

RUNX1 стал известен как самая, частая мишень хромосомных повреждений, вызывающих острые формы лейкемии (Nucifora and Rowley 1995). Впервые физиологическая функция фактора RUNX1 была установлена в 1996 году в экспериментах на трансгенных мышах. Было показано, что при- повреждении обеих аллелей этого гена эмбрионы мышей погибали на ранних этапах внутриутробного развития из-за нарушения процесса дефинитивного гематопоэза в эмбриональной печени (Okuda, van Deursen et al. 1996; Sasaki, Yagi et al. 1996; Wang, Stacy et al. 1996; Wang, Stacy et al. 1996). После этого былопроведено много исследований, посвященных изучению структуры фактора

RUNX1 и его участия в регуляторных каскадах, поискам генов-мишеней регуляции (Niitsu, Yamamoto-Yamaguchi et al. 1997; Uchida, Zhang et al. 1997;

Cleary 1999). В течение последних 10-ти лет был также подробно изучен механизм образования хромосомных перестроек с участием гена RUNX1, было идентифицировано более тридцати генов-партнеров этих транслокаций (Martens 6 and Stunnenberg ; Perry, Eldor et al. 2002; Pabst and Mueller 2007; De Braekeleer, Ferec et al. 2009). Тем не менее, на сегодняшний день до сих пор остается неизученным механизм регуляции экспрессии гена RUNX1 человека в нормальных условиях, в отсутствие мутаций и нарушений его структуры. Известно, что его транскрипция осуществляется строго в определенное время и только в определенных типах клеток. Также были локализованы промоторные участки этого гена, но оказалось, что они не имеют тканевой специфичности в составе модельных конструкций с репортерным геном (Ghozi, Bernstein et al. 1996). Это в свою очередь означает, что внутри самого гена RUNX1 должны существовать специальные регуляторные элементы, за счет которых осуществляется тонкая пространственно-временная настройка его экспрессии в организмах позвоночных. Но до сих пор подобные элементы не были локализованы.

В настоящей работе мы попытались найти потенциальные тканеспецифичные энхансеры гена RUNX1 человека, используя методы биохимии, компьютерного анализа нуклеотидных последовательностей и последние литературные данные, проанализировали их влияние на промоторы этого гена и изучили пространственную организацию всего локуса в разных типах культивируемых клеток человека.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Маркова, Елена Николаевна

Выводы

1. Впервые показано, что активность промоторов П1 и П2 гена Я1ШХ1 человека в геномном контексте разных типов клеток существенно отличается, тогда как в конструкциях с репортерным геном промоторы не имеют тканевой специфичности.

2. Эволюционно консервативный элемент РЭ1 из первого интрона гена Я1ЖХ1 человека является тканеспецифичным энхансером, работающим в лимфоидных и эритроидных клетках.

3. Промоторы П1 и П2 гена Я1ШХ1 человека в лимфоидных и эритроидных клетках напрямую взаимодействуют друг с другом, энхансером РЭ1 и структурным элементом РЭ2 из интрона 5.2.

4. Элемент РЭ2 из 5.2 интрона гена Я1ШХ1 человека способен к дистанционным взаимодействиям с промоторами П1 и П2 этого гена, но не обладает активностью энхансера по отношению к этим промоторам и не является областью прикрепления к ядерному белковому матриксу.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Маркова, Елена Николаевна, 2011 год

1. Aikawa, Y., L. A. Nguyen, et al. (2006). "Roles of ШРК1 and HIPK2 in AML1-and p300-dependent transcription, hematopoiesis and blood vessel formation." EmboJ 25(17): 3955-65.

2. Bae, S. С., E. Ogawa, et al. (1994). "PEBP2 alpha B/mouse AML1 consists of multiple isoforms that possess differential transactivation potentials." Mol Cell Biol 14(5): 3242-52.

3. Bae, S. C., Y. Yamaguchi-Iwai, et al. (1993). "Isolation of PEBP2 alpha В cDNA representing the mouse homolog of human acute myeloid leukemia gene, AML1." Oncogene 8(3): 809-14.

4. Bartfeld, D., L. Shimon, et al. (2002). "DNA recognition by the RUNX1 transcription factor is mediated by an allosteric transition in the RUNT domain and by DNA bending." Structure 10(10): 1395-407.

5. Bee, Т., К. Liddiard, et al. (2009). "Alternative Runxl promoter usage in mouse developmental hematopoiesis." Blood Cells Mol Dis 43(1): 35-42.

6. Bee, T., G. Swiers, et al. "Nonredundant roles for Runxl alternative promoters reflect their activity at discrete stages of developmental hematopoiesis." Blood 115(15): 3042-50.

7. Bell, A. C., A. G. West, et al. (1999). "The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators." Cell 98(3): 387-96.

8. Bernardin, F. and A. D. Friedman (2002). "AML1 stimulates G1 to S progression via its transactivation domain." Oncogene 21(20): 3247-52.

9. Beug, H., G. Doederlein, et al. (1982). "Erythroblast cell lines transformed by a temperature-sensitive mutant of avian erythroblastosis virus: a model system to study erythroid differentiation in vitro." J Cell Physiol Suppl 1: 195-207.

10. Beug, H., S. Palmieri, et al. (1982). "Hormone-dependent terminal differentiation in vitro of chicken erythroleukemia cells transformed by ts mutants of avian erythroblastosis virus." Cell 28(4): 907-19.

11. Biggs, J. R., L. F. Peterson, et al. (2006). "AML1/RUNX1 phosphorylation by cyclin-dependent kinases regulates the degradation of AML1/RUNX1 by the anaphase-promoting complex." Mol Cell Biol 26(20): 7420-9.

12. Blasquez, V. C., A. O. Sperry, et al. (1989). "Protein:DNA interactions at chromosomal loop attachment sites." Genome 31(2): 503-9.

13. Bradford, M. M. (1976). "A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding." Anal Biochem 72: 248-54.

14. Bristow, C. A. and P. Shore (2003). "Transcriptional regulation of the human MIP-1 alpha promoter by RUNX1 and MOZ." Nucleic Acids Res 31(11): 273544.

15. Busse, C. E., A. Krotkova, et al. (2005). "The TCRbeta enhancer is dispensable for the expression of rearranged TCRbeta genes in thymic DN2/DN3 populations but not at later stages." J Immunol 175(5): 3067-74.

16. Cai, S., C. C. Lee, et al. (2006). "SATB1 packages densely looped, transcriptionally active chromatin for coordinated expression of cytokine genes." Nat Genet 38(1 D: 1278-88.

17. Chan, E. M., E. M. Comer, et al. (2005). "AML1-FOG2 fusion protein in myelodysplasia." Blood 105(11): 4523-6.

18. Cleary, M. L. (1999). "A new angle on a pervasive oncogene." Nat Genet 23(2): 134-5.

19. Cockerill, P. N. and W. T. Garrard (1986). "Chromosomal loop anchorage of the kappa immunoglobulin gene occurs next to the enhancer in a region containing topoisomerase II sites." Cell 44(2): 273-82.

20. Cockerill, P. N., M. H. Yuen, et al. (1987). "The enhancer of the immunoglobulin heavy chain locus is flanked by presumptive chromosomal loop anchorage elements." J Biol Chem 262(11): 5394-7.

21. Dekker, J., K. Rippe, et al. (2002). "Capturing chromosome conformation." Science 295(5558): 1306-11.

22. Downing, J. R., M. Higuchi, et al. (2000). "Alterations of the AML1 transcription factor in human leukemia." Semin Cell Dev Biol 11(5): 347-60.

23. Drissi, H., A. Pouliot, et al. (2002). "l,25-(OH)2-vitamin D3 suppresses the bone-related Runx2/Cbfal gene promoter." Exp Cell Res 274(2): 323-33.

24. Fainaru, O., E. Woolf, et al. (2004). "Runx3 regulates mouse TGF-beta-mediated dendritic cell function and its absence results in airway inflammation." EMBO J 23(4): 969-79.

25. Felsenfeld, G., J. Boyes, et al. (1996). "Chromatin structure and gene expression." Proc Natl Acad Sci U S A 93(18): 9384-8.

26. Flint, J., C. Tufarelli, et al. (2001). "Comparative genome analysis delimits a chromosomal domain and identifies key regulatory elements in the alpha globin cluster." Hum Mol Genet 10(4): 371-82.

27. Fried, M. and D. M. Crothers (1981). "Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis." Nucleic Acids Res 9(23): 6505-25.

28. Gamou, T., E. Kitamura, et al. (1998). "The partner gene of AML1 in t(16;21) myeloid malignancies is a novel member of the MTG8(ETO) family." Blood 91(11): 4028-37.

29. Gavrilov, A. A. and S. V. Razin (2008). "Spatial configuration of the chicken alpha-globin gene domain: immature and active chromatin hubs." Nucleic Acids Res 36(14): 4629-40.

30. Ghozi, M. C., Y. Bernstein, et al. (1996). "Expression of the human acute myeloid leukemia gene AML1 is regulated by two promoter regions." Proc Natl Acad Sci U S A 93(5): 1935-40.

31. Golub, T. R., G. F. Barker, et al. (1995). "Fusion of the TEL gene on 12pl3 to the AML1 gene on 21q22 in acute lymphoblastic leukemia." Proc Natl Acad Sci USA 92(11): 4917-21.

32. Graham, F. L., T. Harrison, et al. (1978). "Defective transforming capacity of adenovirus type 5 host-range mutants." Virology 86(1): 10-21.

33. Hagege, H., P. Klous, et al. (2007). "Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C-qPCR)." Nat Protoc 2(7): 1722-33.

34. Harada, Y., H. Harada, et al. (2001). "A hematopoietic-specific transmembrane protein, Art-1, is possibly regulated by AML1." Biochem Biophys Res Commun 284(3): 714-22.

35. Hromas, R., R. Shopniek, et al. (2000). "A novel syndrome of radiation-associated acute myeloid leukemia involving AML1 gene translocations." Blood 95(12): 4011-3.

36. Huang, G., P. Zhang, et al. (2008). "PU.l is a major downstream target of AML1 (RUNX1) in adult mouse hematopoiesis." Nat Genet 40(1): 51-60.

37. Hug, B. A., N. Ahmed, et al. (2004). "A chromatin immunoprecipitation screen reveals protein kinase Cbeta as a direct RUNX1 target gene." J Biol Chem 279(2): 825-30.

38. Hughes, J. R., J. F. Cheng, et al. (2005). "Annotation of cis-regulatoiy elements by identification, subclassification, and functional assessment of multispecies conserved sequences." Proc Natl Acad Sci U S A 102(28): 9830-5.

39. Huret, J. L., S. Senon, et al. (2004). "An Atlas on genes and chromosomes in oncology and haematology." Cell Mol Biol (Noisv-le-grand) 50(7): 805-7.

40. Imagama, S., A. Abe, et al. (2007). "LRP16 is fused to RUNX1 in monocytic leukemia cell line with t(ll;21)(ql3;q22)." Eur J Haematol 79(1): 25-31.

41. Ito, Y. (2004). "Oncogenic potential of the RUNX gene family: 'overview'." Oncogene 23(24): 4198-208.

42. Ji, C., S. Casinghino, et al. (1998). "CBFa(AML/PEBP2)-related elements in the TGF-beta type I receptor promoter and expression with osteoblast differentiation." J Cell Biochem 69(3): 353-63.

43. Kanno, T., Y. Kanno, et al. (1998). "Intrinsic transcriptional activation-inhibition domains of the polyomavirus enhancer binding protein 2/core binding factor alpha subunit revealed in the presence of the beta subunit." Mol Cell Biol 18(5): 2444-54.

44. Kim, J. H., S. Lee, et al. (1999). "AML1, the target of chromosomal rearrangements in human leukemia, regulates the expression of human complement receptor type 1 (CR1) gene." Int J Biochem Cell Biol 31(9): 933-40.

45. Klochkov, D., H. Rincon-Arano, et al. (2006). "A CTCF-dependent silencer located in the differentially methylated area may regulate expression of a housekeeping gene overlapping a tissue-specific gene domain." Mol Cell Biol 26(5): 1589-97.

46. Komori, T., H. Yagi, et al. (1997). "Targeted disruption of Cbfal results in a complete lack of bone formation owing to maturational arrest of osteoblasts." Cell 89(5): 755-64.

47. Krimpenfort, P., R. de Jong, et al. (1988). "Transcription of T cell receptor beta-chain genes is controlled by a downstream regulatory element." Embo J 7(3): 745-50.

48. Lam, E. Y., J. Y. Chau, et al. (2009). "Zebrafish runxl promoter-EGFP transgenics mark discrete sites of definitive blood progenitors." Blood 113(6): 1241-9.

49. Levanon, D., Y. Bernstein, et al. (1996). "A large variety of alternatively spliced and differentially expressed mRNAs are encoded by the human acute myeloid leukemia gene AML1." DNA Cell Biol 15f3): 175-85.

50. Levanon, D., D. Bettoun, et al. (2002). "The Runx3 transcription factor regulates development and survival of TrkC dorsal root ganglia neurons." EMBQ J 21(13): 3454-63.

51. Levanon, D., R. E. Goldstein, et al. (1998). "Transcriptional repression by AML1 and LEF-1 is mediated by the TLE/Groucho corepressors." Proc Natl Acad Sci U SA 95(20): 11590-5.

52. Levanon, D. and Y. Groner (2004). "Structure and regulated expression of mammalian RUNX genes." Oncogene 23(24): 4211-9.

53. Levanon, D., V. Negreanu, et al. (1994). "AML1, AML2, and AML3, the human members of the runt domain gene-family: cDNA structure, expression,' and chromosomal localization." Genomics 23(2): 425-32.

54. Li, D., K. K. Sinha, et al. (2007). "RUNX1-RUNX1 homodimerization modulates RUNX1 activity and function." J Biol Chem 282(18): 13542-51.

55. Linggi, B:, C. Muller-Tidow, et al. (2002). "The t(8;21) fusion protein, AML1 ETO, specifically represses the transcription of the pl4(ARF) tumor suppressor in acute myeloid leukemia." Nat Med 8(7): 743-50.

56. Liu, H., M. Holm, et al. (2004). "AMLl/Runxl recruits calcineurin to regulate granulocyte macrophage colony-stimulating factor by Etsl activation." J Biol Chem 279(28): 29398-408.

57. Lozzio, C. B. and B. B. Lozzio (1975). "Human chronic myelogenous leukemia cell-line with positive Philadelphia chromosome." Blood 45(3): 321-34.

58. Lutterbach, B. and S. W. Hiebert (2000). "Role of the transcription factor AML-1 in acute leukemia and hematopoietic differentiation." Gene 245(2): 223-35.

59. Maniatis T., F. E. F., Sambrook J. (1982). "Molecular Cloning: A Laboratory Manual."

60. Marmigere, F., A. Montelius, et al. (2006). "The Runxl/AMLl transcription factor selectively regulates development and survival of TrkA nociceptive sensory neurons." Nat Neurosci 9(2): 180-7.

61. Martens, J. H. and H. G. Stunnenberg "The molecular signature of oncofusion proteins in acute myeloid leukemia." FEBS Lett 584(12): 2662-9.

62. Mikhail, F. M., L. Coignet, et al. (2004). "A novel gene, FGA7, is fused to RUNX1/AML1 in a t(4;21)(q28;q22) in a patient with T-cell acute lymphoblastic leukemia." Genes Chromosomes Cancer 39(2): 110-8.

63. Mikhail, F. M., K. A. Serry, et al. (2002). "AML1 gene over-expression in childhood acute lymphoblastic leukemia." Leukemia 16(4): 658-68.

64. Mirkovitch, J., M. E. Mirault, et al. (1984). "Organization of the higher-order chromatin loop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold." Cell 39(1): 223-32.

65. Miyoshi, H., T. Kozu, et al. (1993). "The t(8;21) translocation in acute myeloid leukemia results in production of an AML1-MTG8 fusion transcript." Embo J 12(7): 2715-21.

66. Miyoshi, H., K. Shimizu, et al. (1991). "t(8;21) breakpoints on chromosome 21 in acute myeloid leukemia are clustered within a limited region of a single gene, AML1." Proc Natl Acad Sci U S A 88(23^): 10431-4.

67. Namba, К., M. Abe, et al. (2000). "Indispensable role of the transcription factor PEBP2/CBF in angiogenic activity of a murine endothelial cell MSS31." Oncogene 19(1): 106-14.

68. Nguyen, Т. Т., L. N. Ma, et al. (2006). "Identification of novel Runxl (AML1) translocation partner genes SH3D19, YTHDf2, and ZNF687 in acute myeloid leukemia." Genes Chromosomes Cancer 45(10): 918-32.

69. Niitsu, N., Y. Yamamoto-Yamaguchi, et al. (1997). "AMLla but not AMLlb inhibits erythroid differentiation induced by sodium butyrate and enhances the megakaryocyte differentiation of K562 leukemia cells." Cell Growth Differ 8(3): 319-26.

70. North, Т. E., T. Stacy, et al. (2004). "Runxl is expressed in adult, mouse hematopoietic stem cells and differentiating myeloid and lymphoid cells, but not in maturing erythroid cells." Stem Cells 22(2): 158-68.

71. Nottingham, W. Т., A. Jarratt, et al. (2007). "Runxl-mediated hematopoietic stem-cell emergence is controlled by a Gata/Ets/SCL-regulated enhancer J' Blood 110(13): 4188-97.

72. Nucifora, G., C. R. Begy, et al. (1994). "Consistent intergenic splicing and production of multiple transcripts between AML1 at 21q22 and unrelated genes at 3q26 in (3;21)(q26;q22) translocations." Proc Natl Acad Sci U S A 91(9): 4004-8.

73. Nucifora, G. and J. D. Rowley (1995). "AML1 and the 8;21 and 3;21 translocations in acute and chronic myeloid leukemia." Blood 86(1): 1-14.

74. Okuda, T., J. van Deursen, et al. (1996). "AMLl, the target of multiple chromosomal translocations in human leukemia, is essential for normal fetal liver hematopoiesis." CeU 84(2): 321-30.

75. Osato, M., N. Asou, et al. (1999). "Biallelic and heterozygous point mutations in the runt domain of the AMLl/PEBP2alphaB gene associated with myeloblastic leukemias." Blood 93(6): 1817-24.

76. Otto, F., M. Lubbert, et al. (2003). "Upstream and downstream targets of RUNX proteins." J Cell Biochem 89(1): 9-18.

77. Pabst, T. and B. U. Mueller (2007). "Transcriptional dysregulation during myeloid transformation in AML." Oncogene 26(47): 6829-37.

78. Palstra, R. J., M. Simonis, et al. (2008). "Maintenance of long-range DNA interactions after inhibition of ongoing RNA polymerase II transcription." PLoS One 3(2): el661.

79. Palstra, R. J., B. Tolhuis, et al. (2003). "The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation." Nat Genet 35(2): 190-4.

80. Paulsson, K., A. N. Bekassy, et al. (2006). "A novel and cytogenetically cryptic t(7;21)(p22;q22) in acute myeloid leukemia results in fusion of RUNX1 with the ubiquitin-specific protease gene USP42." Leukemia 20(2): 224-9.

81. Peng, Z. G., M. Y. Zhou, et al. (2008). "Physical and functional interaction of Runt-related protein 1 with hypoxia-inducible factor-1 alpha." Oncogene 27(6): 839-47.

82. Perry, C., A. Eldor, et al. (2002). "Runxl/AMLl in leukemia: disrupted association with diverse protein partners." Leuk Res 26(3): 221-8.

83. Peterson, L. F., A. Boyapati, et al. (2005). "The hematopoietic transcription factor AML1 (RUNX1) is negatively regulated by the cell cycle protein cyclin D3." Mol Cell Biol 25(23): 10205-19.

84. Pozner, A., D. Goldenberg, et al. (2000). "Transcription-coupled translation control of AML1/RUNX1 is mediated by cap- and internal ribosome entry site-dependent mechanisms." Mol Cell Biol 20(7): 2297-307.

85. Prince, M., C. Banerjee, et al. (2001). "Expression and regulation of Runx2/Cbfal and osteoblast phenotypic markers during the growth and differentiation of human osteoblasts." J Cell Biochem 80(3): 424-40.

86. Ramsey, H., D. E. Zhang, et al. (2003). "Fusion of AMLl/Runxl to copine VIII, a novel member of the copine family, in an aggressive acute myelogenous leukemia with t(12;21) translocation." Leukemia 17(8): 1665-6.

87. Razin, S. V., O. V. Iarovaia, et al. (2007). "Chromatin domains and regulation of transcription." J Mol Biol 369(3): 597-607.

88. Redondo, J. M., J. L. Pfohl, et al. (1992). "Indistinguishable nuclear factor binding to functional core sites of the T-cell receptor delta and murine leukemia virus enhancers." Mol Cell Biol 12(11): 4817-23.

89. Rennert, J., J. A. Coffman, et al. (2003). "The evolution of Runx genes I. A comparative study of sequences from phylogenetically diverse model organisms." BMC Evol Biol 3: 4.

90. Richkind, K., R. Hromas, et al. (2000). "Identification of two new translocations that disrupt the AML1 gene." Cancer Genet Cvtogenet 122(2): 141-3.

91. Romana, S. P., H. Poirel, et al. (1995). "High frequency of t(12;21) in childhood B-lineage acute lymphoblastic leukemia." Blood 86(11): 4263-9.

92. Roulston, D., R. Espinosa, 3rd, et al. (1998). "CBFA2(AML1) translocations with novel partner chromosomes in myeloid leukemias: association with prior therapy." Blood 92(8): 2879-85.

93. Roumier, C., P. Fenaux, et al. (2003). "New mechanisms of AML1 gene alteration in hematological malignancies." Leukemia 17(1): 9-16.

94. Rowley, J. D. (1973). "Identiflcaton of a translocation with quinacrine fluorescence in a patient with acute leukemia." Ann Genet 16(2): 109-12.

95. Rowley, J. D. (1998). "The critical role of chromosome translocations in human leukemias." Annu Rev Genet 32: 495-519.

96. Sakai, I., T. Tamura, et al. (2005). "Novel RUNX1 -PRDM16 fusion transcripts in a patient with acute myeloid leukemia showing t(l;21)(p36;q22)." Genes Chromosomes Cancer 44(3): 265-70.

97. Sasaki, K., H. Yagi, et al. (1996). "Absence of fetal liver hematopoiesis in mice deficient in transcriptional coactivator core binding factor beta." Proc Natl Acad Sci U S A 93(22): 12359-63.

98. Sato, M., E. Morii, et al. (1998). "Transcriptional regulation of osteopontin gene in vivo by PEBP2alphaA/CBFA 1 and ETS1 in the skeletal tissues." Oncogene 17(12): 1517-25.

99. Schneider, U., H. U. Schwenk, et al. (1977). "Characterization of EBV-genome negative "null" and "T" cell lines derived from children with acute lymphoblastic leukemia and leukemic transformed non-Hodgkin lymphoma." Int J Cancer 19(5): 621-6.

100. Simeone, A., A. Daga, et al. (1995). "Expression of runt in the mouse embryo." DevDyn 203(1): 61-70.

101. Slovak, M. L., V. Bedell, et al. (2002). "21q22 balanced chromosome aberrations in therapy-related hematopoietic disorders: report from an international workshop." Genes Chromosomes Cancer 33(4): 379-94.

102. Speck, N. A. and D. G. Gilliland (2002). "Core-binding factors in haematopoiesis and leukaemia." Nat Rev Cancer 2(7): 502-13.

103. Splinter, E., F. Grosveld, et al. (2004). "3C technology: analyzing the spatial organization of genomic loci in vivo." Methods Enzymol 375: 493-507.

104. Splinter, E., H. Heath, et al. (2006). "CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the beta-globin locus." Genes Dev 20(17): 2349-54.

105. Sroczynska, P., C. Lancrin, et al. (2009). "The differential activities of Runxl promoters define milestones during embryonic hematopoiesis." Blood 114(26): 5279-89.

106. Stewart, M., A. Terry, et al. (1997). "Proviral insertions induce the expression of bone-specific isoforms of PEBP2alphaA (CBFA1): evidence for a new myc collaborating oncogene." Proc Natl Acad Sci U S A 94(16): 8646-51.

107. Sudhakar, S., Y. Li, et al. (2001). "Translational regulation is a control point in RUNX2/Cbfal gene expression." Biochem Biophys Res Commun 289(2): 61622.

108. Tanaka, T., M. Kurokawa, et al. (1996). "The extracellular signal-regulated kinase pathway phosphorylates AML1, an acute myeloid leukemia gene product,and potentially regulates its transactivation ability." Mol Cell Biol 16(7): 396779.

109. Tanaka, T., K. Tanaka, et al. (1995). "An acute myeloid leukemia gene, AML1, regulates hemopoietic myeloid cell differentiation and transcriptional activation antagonistically by two alternative spliced forms." EMBO J 14(2): 341-50.

110. Taniuchi, I., M. Osato, et al. (2002). "Differential requirements for Runx proteins in CD4 repression and epigenetic silencing during T lymphocyte development." Cell 111(5): 621-33.

111. Theriault, F. M., H. N. Nuthall, et al. (2005). "Role for Runxl in the proliferation and neuronal differentiation of selected progenitor cells in the mammalian nervous system." J Neurosci 25(8): 2050-61.

112. Theriault, F. M., P. Roy, et al. (2004). "AMLl/Runxl is important for the development of hindbrain cholinergic branchiovisceral motor neurons and selected cranial sensory neurons." Proc Natl Acad Sci USA 101(28): 10343-8.

113. Tolhuis, B., R. J. Palstra, et al. (2002). "Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus." Mol Cell 10(6): 1453-65.

114. Tou, L., N. Quibria, et al. (2001). "Regulation of human cbfal gene transcription in osteoblasts by selective estrogen receptor modulators (SERMs)." Mol Cell Endocrinol 183(1-2): 71-9.

115. Uchida, H., J. Zhang, et al. (1997). "AML1A and AML1B can transactivate the human IL-3 promoter." J Immunol 158(5): 2251-8.

116. Vernimmen, D., M. De Gobbi, et al. (2007). "Long-range chromosomaliinteractions regulate the timing of the transition between poised and active gene expression." Embo J 26(8): 2041-51.

117. Wang, L., L. J. Di, et al. (2009). "Inter-MAR association contributes to transcriptionally active looping events in human beta-globin gene cluster." PLoS One 4(2): e4629.

118. Wang, Q., T. Stacy, et al. (1996). "Disruption of the Cbfa2 gene causes necrosis and hemorrhaging in the central nervous system and blocks definitive hematopoiesis." Proc Natl Acad Sci U S A 93(8): 3444-9.

119. Wang, Q., T. Stacy, et al. (1996). "The CBFbeta subunit is essential for CBFalpha2 (AML1) function in vivo." Cell 87(4): 697-708.

120. Wang, X., C. Blagden, et al. (2005). "Runxl prevents wasting," myofibrillar disorganization, and autophagy of skeletal muscle." Genes Dev 19(14): 1715-22.

121. Wee, H. J., G. Huang, et al. (2002). "Serine phosphorylation of RUNX2 with novel potential functions as negative regulatory mechanisms." EMBO Rep 3(10): 967-74.

122. Wen, J., S. Huang, et al. (2005). "SATB1 family protein expressed during early erythroid differentiation modifies globin gene expression." Blood 105(8): 33309.

123. Westendorf, J. J. and S. W. Hiebert (1999). "Mammalian runt-domain proteins and their roles in hematopoiesis, osteogenesis, and leukemia." J Cell Biochem SuppI 32-33:51-8.

124. Westendorf, J. J., C. M. Yamamoto, et al. (1998). "The t(8;21) fusion product, AML-1-ETO, associates with C/EBP-alpha, inhibits C/EBP-alpha-dependent transcription, and blocks granulocytic differentiation." Mol Cell Biol 18(1): 32233.

125. Woolf, E., C. Xiao, et al. (2003). "Runx3 and Runxl are required for CD8 T cell development during thymopoiesis." Proc Natl Acad Sci U S A 100(13): 7731-6.

126. Xiao, G., D. Jiang, et al. (2000). "MAPK pathways activate and phosphorylate the osteoblast-specific transcription factor, Cbfal." J Biol Chem 275(6): 4453-9.

127. Xiao, Z. S., L. G. Simpson, et al. (2003). "IRES-dependent translational control of Cbfal/Runx2 expression." J Cell Biochem 88(3): 493-505.

128. Yamaguchi, Y., M. Kurokawa, et al. (2004). "AML1 is functionally regulated through p300-mediated acetylation on specific lysine residues." J Biol Chem 279(15): 15630-8.

129. Zhang, L., F. B. Fried, et al. (2008). "Cyclin-dependent kinase phosphorylation of RUNX1/AML1 on 3 sites increases transactivation potency and stimulates cell proliferation." Blood 111(3): 1193-200.

130. Zhang, Y., N. Emmanuel, et al. (2004). "PRDX4, a member of the peroxiredoxin family, is fused to AML1 (RUNX1) in an acute myeloid leukemia patient with a t(X;21)(p22;q22)." Genes Chromosomes Cancer 40(4): 365-70.

131. Zhang, Y., P. Strissel, et al. (2002). "Genomic DNA breakpoints in AML1/RUNX1 and ETO cluster with topoisomerase II DNA cleavage and DNase I hypersensitive sites in t(8;21) leukemia." Proc Natl Acad Sci U S A 99(5): 3070-5.

132. Zhang, Y. W., S. C. Bae, et al. (1997). "A novel transcript encoding an N-terminally truncated AML1/PEBP2 alphaB protein interferes with transactivation and blocks granulocytic differentiation of 32Dcl3 myeloid cells." Mol Cell Biol 17(7): 4133-45.

133. Zhou, Y. X., X. Xu, et al. (2000). "A Pro250Arg substitution in mouse Fgfrl causes increased expression of Cbfal and premature fusion of calvarial sutures." Hum Mol Genet 9(13): 2001-8.

134. Zhu, X., J. E. Yeadon, et al. (1994). "AML1 is expressed in skeletal muscle and is regulated by innervation." Mol Cell Biol 14(12): 8051-7.