Регуляция транскрипции генов эукариот: Композиционные элементы, базы данных и компьютерный анализ тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Кель, Ольга Валериевна

• Кель, Ольга Валериевна
• кандидат биологических наук
• 2000

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кель, Ольга Валериевна

Введение

Список сокращений

Глава 1. Современные представления о регуляции транскрипции генов эукариот.

Обзор литературы).

1.1. Принципы организации и функционирования ДНК регуляторных областей генов эукариот.

1.1.1. Строение базальных промоторов.

1.1.2. Модульная структура и свойства транскрипционных факторов.

1.1.3. Строение дистальных участков промоторов и отдаленных регуляторных областей.

1.2. Этапы транскрипции эукариотических генов.

1.2.1. Общие представления о нуклеосомной организации хроматина.

1.2.2. Ацетилирование/деацетилирование гистонов и регуляция транскрипции.

1.2.3. Мультибелковые АТФ-зависимые комплексы, модифицирующие структуру хроматина.

1.2.4. Взаимодействие факторов транскрипции с сайтами-мишенями ДНК, упакованной в нуклеосомную нить.

1.2.5. Позиционированная нуклеосома как положительный регулятор транскрипции.

1.2.6. Следующие уровни упаковки хроматина: роль линкерных гистонов и негистоновых белков HMG- 14hHMG-17.

1.2.7. Более высокие уровни упаковки хроматина: элементы MAR/SAR.

1.2.8. Характеристика факторов транскрипции общего назначения.

1.2.9. Последовательность шагов инициации транскрипции генов, считываемых

РНК полимеразой II.

1.2.10. ТФ, не входящие в состав базального комплекса, регулируют инициациацию транскрипции РНК полимеразой II.

1.2.11. Регуляция инициации транскрипции генов, считываемых

РНК полимеразами I и III.

1.2.12. Регуляция элонгации и терминация транскрипции.

1.3. Передача сигналов - механизм, связывающий активацию клеточных поверхностных рецепторов и регуляцию транскрипции генов в ядре.

1.3.1. Общие представления о путях передачи сигналов.

1.3.2. Схема путей передачи сигналов от клеточной поверхности в ядро.

1.3.3. Специализация путей передачи сигналов в конкретных типах клеток в ответ на различные сигналы.

1.3.4. Пересечение путей передачи сигналов на регуляторных областях генов.

1.3.5. Пересечение Са -зависимого и Каэ/Яа^МЕК путей передачи сигналов, обеспечивающее экспрессию интерлейкинов при иммунном ответе.

1.4. Механизмы периодической экспрессии генов в клеточном цикле высших эукариот.

1.5. Специализированные базы данных, содержащие информацию о регуляции транскрипции.

1.5.1. Общая характеристка баз данных по регуляции транскрипции.

1.5.2. Структура базы данных ШАЙБЕ АС.

1.6. Проблема поиска сайтов связывания транскрипционных факторов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Регуляция транскрипции генов эукариот: Композиционные элементы, базы данных и компьютерный анализ»

Актуальность проблемы. Изучение механизмов регуляции транскрипции генов эукариот является одной из основных проблем молекулярной генетики. Совершенствование экспериментальных технологий и стремительное нарастание количества идентифицированных белков - факторов транскрипции, и сайтов их связывания в геномах эукариот делает безусловно необходимым создание специализированных баз данных для систематизации потока информации. Количество БД, посвященных различным аспектам регуляции транскрипции, постоянно возрастает. Из баз данных, созданных ранее, TRANSFAC является на сегодня наиболее полной коллекцией информации о факторах транскрипции эукариот и сайтах их связывания (Heinemeyer et al., 1999). Необходимо упомянуть такие известные БД, как EPD (Perier et al., 1999) и TFD (Ghosh, 1999). Однако, форматы существующих баз данных, при их несомненной ценности, не отражают всех особенностей строения и функционирования областей, регулирующих транскрипцию. Поэтому разработка системы записи информации в базах данных, которая учитывает современные представления о регуляции транскрипции генов эукариот, является одной из актуальных задач молекулярной генетики. Без создания таких баз данных становятся невозможными эффективные исследования как в биоинформатике регуляторных областей, так и в экспериментальной молекулярной генетике. В частности, систематическое накопление информации о регуляции транскрипции генов, контролирующих прохождение клеточного цикла, является необходимым шагом в изучении механизмов пролиферации и дифференцировки клеток, а также возможных причин выхода этих процессов из-под контроля и развития опухолей.

Транскрипция определенных наборов генов в значительной степени зависит от воздействия внешних по отношению к клетке сигналов. Путь передачи сигнала является связующим звеном между активированными рецепторами на поверхности клетки и специфичным набором генов, экспрессия которых необходима клетке и организму. Пути передачи сигналов разветвляются и пересекаются на нескольких уровнях, образуя сеть передачи сигналов. Композиционные элементы, включающие сайты связывания различных транскрипционных факторов, создают структурную основу пересечения путей передачи сигналов на завершающем этапе - на уровне генов, экспрессия которых изменяется в ответ на эти сигналы. Поэтому накопление информации о строении и функционировании композиционных элементов в компьютерной базе данных необходимо как для изучения строения регуляторных областей транскрипции генов, так и для выяснения механизмов пересечения путей передачи сигналов.

В настоящее время значительные усилия направлены на определение нуклеотидных последовательностей генов и целых геномов. В связи с этим встает задача функциональной аннотации вновь прочитанных регуляторных последовательностей, в том числе и выявления потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов, и выяснение возможных механизмов дифференциальной экспрессии генов. На основе нахождения потенциальных сайтов становится возможным очерчивать круг генов-мишеней определенных ТФ. Однако в этом направлении делаются пока только первые шаги, которые показывают прямую зависимость функциональной аннотации генетических текстов как от качества информации, собранной в базах данных, так и от компьютерных методов анализа этой информации. Поэтому для решения задач биоинформатики в области регуляции транскрипции важно последовательное выполнение всех этапов работы - сбор первичной информации в базах данных, учитывающих современные представления о регуляции транскрипции; создание компьютерных методов поиска потенциальных регуляторных элементов; выявление новых генов-мишеней транскрипционных факторов и дополнение известных сетей межгенных взаимоотношений.

Цели и задачи исследования. Основной целью данной работы является изучение регуляции транскрипции генов эукариот методами биоинформатики, а также разработка методов функциональной аннотации регуляторных областей генов. В связи с этим поставлены следующие задачи.

1. Разработка системы записи информации в компьютерной базе данных о регуляторных областях транскрипции с учетом их блочной иерархической организации.

2. Применение разработанной системы записи для накопления информации о регуляции транскрипции группы функционально взаимосвязанных генов на примере генов, контролирующих клеточный цикл.

3. На основе собранной информации составление выборки сайтов связывания Е2Р - одного из ключевых регуляторов клеточного цикла. Использование этой выборки для нахождения потенциальных сайтов данного типа в регуляторных областях генов.

Определение новых генов-мишеней E2F и дополнение ими сети функционально взаимосвязанных генов, контролирующих прохождение клеточного цикла в различных ситуациях.

4. Разработка системы записи информации о композиционных элементах (КЭ) - парах сайтов связывания транскрипционных факторов, обеспечивающих, на основе ДНК-белковых и белок-белковых взаимодействий, пересечение внутриклеточных путей передачи сигналов.

5. На основе собранной информации составление выборки композиционных элементов NFAT/AP-1, которые обеспечивают пересечение Са - и Ras/Raf/MEK-зависимых путей передачи сигналов. Использование этой выборки для разработки компьютерного метода поиска потенциальных регуляторных элементов данного типа. Определение круга новых генов-мишеней NFAT/AP-1 и дополнение ими сети функционально взаимосвязанных генов, контролирующих ряд аспектов иммунного ответа.

Научная новизна. Разработаны системы представления информации в двух базах данных, посвященных механизмам регуляции транскрипции: БД регуляторных областей транскрипции (TRRD) и БД композиционных элементов (COMPEL). Формат базы данных TRRD применен для сбора информации о регуляции транскрипции генов, экспрессия которых изменяется периодически в клеточном цикле. Систематическое описание композиционных элементов в компьютерной базе данных позволило дополнить представления о блочной иерархической организации регуляторных областей генов. При помощи разработанных компьютерных методов выявлены закономерности строения и расположения сайтов E2F и КЭ NFAT/AP-1 в ДНК, позволяющие достоверно отличать различные группы генов. Теоретически предсказаны новые гены-мишени E2F и NFAT/AP-1 и дополнены известные сети функционально взаимосвязанных генов, контролирующих прохождение клеточного цикла и ряд аспектов иммунного ответа.

Научно-практическое значение. Собрана и систематизирована информация о регуляции транскрипции 55-ти генов позвоночных, экспрессия которых изменяется периодически в клеточном цикле. Эта информация представлена в виде базы данных CYCLE-TRRD, которая находится на сервере ИЦиГ (http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/papers/kelov/celcyc/). Собрана и систематизирована информация о 178-ми КЭ в 112-ти генах позвоночных. Эта информация представлена в виде базы данных COMPEL, находящейся на сервере ИЦиГ http://compel.bionet.nsc.ru/). Обе БД являются ценным источником сведений о механизмах регуляции дифференциальной транскрипции генов для широкого круга пользователей. Кроме того, БД могут быть использованы в научно-исследовательской работе для составления выборок регуляторных элементов, анализа регуляторных областей генов и поиска потенциальных сайтов связывания ТФ, а также для планирования экспериментов. Созданные в данной работе компьютерные методы поиска потенциальных сайтов E2F и КЭ NFAT/AP-1 являются общедоступными и могут быть применены для анализа соответствующих последовательностей ДНК (http://compel.bionet.nsc.ru/FunSite.html). Выявленные нами потенциальные регуляторные элементы и новые гены-мишени конкретных ТФ представляют интерес для планирования экспериментальной работы и уже используются в крупных исследовательских центрах (КЭ NFAT/AP-1 изучаются в лаборатории проф. Э.Серфлинга, Отделение молекулярной патологии Университета Вюрсбурга, Германия; сайты E2F - в лаборатории проф. П.Фарнхам, Университет медицинской школы Висконсина, США).

Апробация работы. Основные результаты работы были представлены на: 28-ой ежегодной Гавайской международной конференции по системным наукам (Гаваи, 1995), Третьей международной конференции по интеллектуальным системам в молекулярной биологии (Кембридж, 1995), неоднократно на Ежегодных немецких конференциях по биоинформатике (Лейпциг, 1996; Кельн, 1998; Ганновер, 1999), Первой международной конференции по биоинформатике структуры и регуляции генома (Новосибирск, 1998), Рабочем совещании «Устранение разрыва между последовательностью и функцией» (Лаборатория Колд Спринг Харбор, 1999), на семинарах группы Биоинформатики и Отдела геномных исследований Немецкого национального исследовательского центра по биотехнологии (Брауншвайг, 1996,1998) а также на отчетных сессиях Института цитологии и генетики СО РАН (1996, 1999). Базы данных TRRD и COMPEL зарегистрированы в Российском агентстве по патентам и товарным знакам (РОСПАТЕНТ) (№980064,1998 и №990002, 1999).

Публикации. По теме диссертации опубликовано 29 работ, из них 15 в рецензируемой печати, 2 свидетельства об официальной регистрации баз данных, 2 WWW-страницы.

Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, четырех глав, выводов, списка литературы, приложений I - III. Объем диссертации 128 страниц машинописного

Заключение диссертации по теме «Генетика», Кель, Ольга Валериевна

197 Выводы:

1. Разработана система записи информации в базе данных TRRD, позволяющая описывать структурно-функциональную организацию регуляторных областей транскрипции генов эукариот. Система записи учитывает блочное иерархическое строение и полифункциональность регуляторных областей генов.

2. Разработанная система записи применена для описания регуляции транскрипции группы функционально взаимосвязанных генов, контролирующих клеточный цикл (55 генов). Сформирована база данных CYCLE-TRRD, которая доступна по сети Интернет (http://wwwmgs. bionet. nsc. ru/mgs/papers/kelov/celcyc/ ).

3. Разработана система записи информации в базе данных COMPEL, позволяющая описывать строение и функционирование композиционных элементов - пар сайтов связывания транскрипционных факторов, которые, на основе ДНК-белковых и белок-белковых взаимодействий, обеспечивают появление новых особенностей регуляции транскрипции, в том числе пересечение путей передачи сигналов.

4. Разработанная система записи применена для описания 178-ти композиционных элементов в регуляторных областях 112-ти генов позвоночных. База данных COMPEL доступна по сети Интернет (http://compel.bionet.nsc.ru/).

5. Разработан метод компьютерного поиска потенциальных композиционных элементов, учитывающий расстояние между образующими их сайтами, описываемыми весовыми матрицами. Метод применен для поиска потенциальных композиционных элементов NFAT/AP-1. Частота и расположение потенциальных элементов данного типа позволяют достоверно отличать промоторы генов, индуцируемых во время иммунного ответа, от кодирующих районов этих генов, а также от промоторов других генов.

6. Предложены критерии для нахождения новых генов-мишеней NFAT/AP-1. На основе информации, собранной в базе данных COMPEL, и потенциальных генов-мишеней NFAT/AP-1 дополнена сеть межгенных взаимоотношений, контролирующая транскрипцию генов цитокинов и их рецепторов, а также пролиферацию иммунных клеток.

7. Методами компьютерного анализа проведен поиск потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов семейства E2F, одного из ключевых регуляторов клеточного цикла. Частота и расположение потенциальных сайтов E2F позволяет достоверно отличать промоторы генов клеточного цикла от промоторов других генов.

8. Предложены критерии для нахождения новых генов-мишеней E2F. На основе информации, накопленной в базе данных CYCLE-TRRD, и вновь найденных генов-мишеней E2F дополнены сети межгенных взаимоотношений, контролирующие вход клеток в S-фазу под действием сигналов пролиферации и выход клеток в состояние покоя GO при индукции антипролиферативным сигналом.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кель, Ольга Валериевна, 2000 год

1. Ананько Е.А., Бажан С.И., Белова O.E. и Кель А.Э. Механизмы регуляции транскрипции интерферон-индуцируемых генов: описание в информационной системе IIG-TRRD. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 701-713.

2. Вингендер Э. Классификация транскрипционных факторов эукариот. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 656-670.

3. Игнатьева Е.В., Меркулова Т.И., Вишневский О.В. и Кель А.Э. Регуляция транскрипции генов липидного метаболизма: описание в базе данных TRRD. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 684-700.

4. Кель О.В. и Кель А.Э. Межгенные взаимоотношения в процессе регуляции клеточного цикла: ключевая роль транскрипционных факторов семейства E2F. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 656-670.

5. Меркулова Т.И., Меркулов В.М., и Митина P.J1. Механизмы глюкокортикоидной регуляции и регуляторные зоны генов, контролируемых глюкокортикоидами: описание в базе данных TRRD. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 714-725.

6. Подколодная O.A. и Степаненко И.Л. Механизмы транскрипционной регуляции эритроид-специфичных генов. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 671-683.

7. Пономаренко М.П., Пономаренко Ю.В., Кель А.Э., Колчанов H.A., Карас X., Вингендер Э. И Скленар X. Компьютерный анализ конформационных особенностей ДНК ТАТА-боксов промоторов эукариот. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 733-740.

8. Ратнер В.А. Блочно-модульный принцип организации и эволюции молекулярно-генетических систем управления (МГСУ). // Генетика. 1992. Т.28. Стр. 5-24.

9. Ратнер В.А. Концепция молекулярно-генетических систем управления. // Учебное пособие. Новосибирск. 1993. 118 стр.

10. Соловьев В.В. Информационная структура базы знаний по функциональным сайтам.// Теоретические исследования и банки данных по молекулярной биологии и генетике. Сборник тезисов III Всесоюзного совещания (ред. Ратнер В.А.). Новосибирск. 1988. Стр. 14-15.

11. Трифонов Э.Н. Генетическое содержание последовательностей ДНК определяется суперпозицией многих кодов. // Мол. Биология. 1997. Т. 31. Стр. 759-767.

12. Akira S., Isshiki Н., Sugita Т., Tanabe О., Kinoshita S., Nishio Y., Nakajima Т., Hirano Т., and Kishimoto T. A nuclear factor for IL-6 expression (NF-IL6) is a member of a C/EBP family. // EMBO J. 1990. V.9. P. 1897-1906.

13. Albanese C., Johnson J., Watanabe G., Eklund N., Vu D., Arnold A., and Pestell R.G. Transforming p21ras mutants and c-Ets-2 activate the cyclin D1 promoter through distinguishable regions. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 23589-23597.

14. Alland L., Muhle R., Hou H. Jr, Potes J., Chin L., Schreiber-Agus N., and DePinho R.A. Role for N-CoR and histone deacetylase in Sin3-mediated transcriptional repression. // Nature. 1997. V.387. P. 49-55.

15. Angel P. and Karin M. The role of Jun, Fos and the AP-1 complex in cell-proliferation and transformation. // Biochim. Biophys. Acta. 1991. V.1072. P. 129-157.

16. Arai K.I., Lee F., Miyajima A., Miyatake S., Arai N., and Yokota T. Cytokines: coordinators of immune and inflammatory responses. // Annu. Rev. Biochem. 1990. V.59. P. 783-836.

17. Aramburu J., Azzoni L., Rao A., and Perussia B. Activation and expression of the nuclear factors of activated T cells, NFATp and NFATc, in human natural killer cells: regulation upon CD16 ligand binding. // J. Exp. Med. 1995. V.182. P. 801-810.

18. Aso Т., Conaway J.W., and Conaway R.C. The RNA polymerase II elongation complex. // FASEB J. 1995. V.9. P. 1419-1428.

19. Ayer D.E. and Eisenman R.N. A switch from Myc:Max to Mad:Max heterocomplexes accompanies monocyte/macrophage differentiation. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 2110-2119.

20. Ayer D.E., Laherty C.D., Lawrence Q.A., Armstrong A.P., and Eisenman R.N. Mad proteins contain a dominant transcription repression domain. // Mol. Cell. Biol. 1996. v. 16. P. 5772-5781.

21. Ayer D.E., Lawrence Q.A., and Eisenman R.N. Mad-Max transcriptional repression is mediated by ternary complex formation with mammalian homologs of yeast repressor Sin3. //Cell. 1995. V.80. P. 767-776.

22. Baeuerle P.A. and Baltimore D. NF-kappa B: ten years after. // Cell. 1996. V.87. P. 13-20.

23. Baeuerle P.A. and Henkel T. Function and activation of NF-kappa В in the immune system. // Annu. Rev. Immunol. 1994. V.12. P. 141-179.

24. Bairoch A. and Apweiler R. The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement TrEMBL in 1999. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 49-54.

25. Banerji J., Olson L., and Schafftier W. A lymphocyte-specific cellular enhancer is located downstream of the joining region in immunoglobulin heavy chain genes. // Cell. 1983. V.33. P. 729-740.

26. Banerji J., Rusconi S., and Schaffner W. Expression of a beta-globin gene is enhanced by remote SV40 DNA sequences. // Cell. 1981. V.27. P. 299-308.

27. Bannister A.J. and Kouzarides T. The CBP co-activator is a histone acetyltransferase. // Nature. 1996. V.384. P. 641-643.

28. Barker W.C., Garavelli J.S., McGarvey P.B., Marzec C.R., Orcutt B.C., Srinivasarao G.Y., Yeh L.S., Ledley R.S., Mewes H.W., Pfeiffer F., Tsugita A. and Wu C. The PIR-International Protein Sequence Database. //Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 39-43.

29. Bartsch J., Truss M., Bode J., and Beato M. Moderate increase in histone acetylation activates the mouse mammary tumor virus promoter and remodels its nucleosome structure. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. P. 10741-10746.

30. Beato M. and Eisfeld K. Transcription factor access to chromatin. // Nucleic Acids Res. 1997.V.25. P. 3559-3563.

31. Beato M., Herrlich P., and Schutz G. Steroid hormone receptors: many actors in search of a plot. // Cell. 1995. V.83. P. 851-857.

32. Beg A.A. and Baldwin A.S. Jr The I kappa B proteins: multifunctional regulators of Rel/NF-kappa B transcription factors. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 2064-2070.

33. Beijersbergen R.L., Kerkhoven R.M., Zhu L., Carlee L., Voorhoeve P.M., and Bernards R. E2F-4, a new member of the E2F gene family, has oncogenic activity and assosiates with pl07 in vivo. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 2680-2690.

34. Bell B. and Tora L. Regulation of gene expression by multiple forms of TFIID and other novel TAFII-containing complexes. // Exp. Cell. Res. 1999. V.246. P. 11-19.

35. Bell S.P., Jantzen H.M., and Tjian R. Assembly of alternative multiprotein complexes directs rRNA promoter selectivity. // Genes Dev. 1990. Y.4. P. 943-954.

36. Bell S.P., Learned R.M., Jantzen H.M., and Tjian R. Functional cooperativity between transcription factors UBF1 and SL1 mediates human ribosomal RNA synthesis. // Science.1988. V.241.P. 1192-1197.

37. Bengal E., Ransone L., Scharfmann R., Dwarki V.J., Tapscott S.J., Weintraub H., and Verma I.M. Functional antagonism between c-Jun and MyoD proteins: a direct physical association. // Cell. 1992. V.68. P. 507-519.

38. Benson D.A., Boguski M.S., Lipman D.J., Ostell J., Ouellette B.F., Rapp B.A., and Wheeler D.L. GenBank. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 12-17.

39. Berg O.G. and von Hippel P.H. Selection of DNA binding sites by regulatory proteins. II. The binding specificity of cyclic AMP receptor protein to recognition sites. // J. Mol. Biol. 1988. V.200. P. 709-723.

40. Berg O.G. and von Hippel P.H. Selection of DNA binding sites by regulatory proteins. Statistical-mechanical theory and application to operators and promoters. // J. Mol. Biol. 1987. V.193. P. 723-750.

41. Bienz M. and Pelham H.R. Heat shock regulatory elements function as an inducible enhancer in the Xenopus hsp70 gene and when linked to a heterologous promoter. // Cell. 1986. V.45. P. 753-760.

42. Bjorklund S. and Kim Y.J. Mediator of transcriptional regulation. // Trends Biochem. Sci. 1996. V.21. P. 335-337.

43. Bjorklund S., Almouzni G., Davidson I., Nightingale K.P., and Weiss K. Global transcription regulators of eukaryotes. // Cell. 1999. V.96. P. 759-767.

44. Blau J., Xiao H., McCracken S., O'Hare P., Greenblatt J., and Bentley D. Three functional classes of transcriptional activation domain. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 2044-2055.

45. Blomquist P., Li Q., and Wrange O. The affinity of nuclear factor 1 for its DNA site is drastically reduced by nucleosome organization irrespective of its rotational or translational position. //J. Biol. Chem. 1996. V.271. P. 153-159.

46. Boise L.H., Petryniak B., Mao X., June C.H., Wang C.Y., Lindsten T., Bravo R., Kovary K., Leiden J.M., and Thompson C.B. The NFAT-1 DNA binding complex in activated T cells contains Fra-1 and JunB. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 1911-1919.

47. Born T.L., Frost J.A., Schoenthal A., Prendergast G.C., and Feramisco J.R. c-Myc cooperates with activated Ras to induce cdc2 promoter. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 5710-5718.

48. Brabletz T., Pietrowski I., and Serfling E. The immunosuppressives FK 506 and cyclosporin A inhibit the generation of protein factors binding to the two purine boxes of the interleukin 2 enhancer. // Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P. 61-67.

49. Brehm A., Miska E.A., McCance D.J., Reid J.L., Bannister A.J., and Kouzarides T. Retinoblastoma protein recruits histone deacetylase to repress transcription. // Nature. 1998. V.391.P. 597-601.

50. Brooks A.R., Shiftman D., Chan C.S., Brooks E.E., and Milner P.G. Functional analysis of the human cyclin D2 and cyclin D3 promoters. // J. Biol. Chem. 1996. V.271. P. 9090-9099.

51. Brott B.K., Alessandrini A., Largaespada D.A., Copeland N.G., Jenkins N.A., Crews C.M., and Erikson R.L. MEK2 is a kinase related to MEK1 and is differentially expressed in murine tissues. // Cell Growth Differ. 1993. V.4. P. 921-929.

52. Brou C., Chaudhary S., Davidson I., Lutz Y., Wu J., Egly J.M., Tora L., and Chambon P. Distinct TFIID complexes mediate the effect of different transcriptional activators. // EMBO J. 1993. V. 12. P. 489-499.

53. Bruggemeier U., Kalff M., Franke S., Scheidereit C., and Beato M. Ubiquitous transcription factor OTF-1 mediates induction of the MMTV promoter through synergistic interaction with hormone receptors. // Cell. 1991. V.64. P. 565-572.

54. Bruggemeier U., Rogge L., Winnacker E.L., and Beato M. Nuclear factor I acts as a transcription factor on the MMTV promoter but competes with steroid hormone receptors for DNA binding. // EMBO J. 1990. V.9. P. 2233-2239.

55. Bucher P. Weight matrix descriptions of four eukaryotic RNA polymerase II promoter elements derived from 502 unrelated promoter sequences. // J. Mol. Biol. 1990. V.212. P. 563-578.

56. Buratowski S. The basics of basal transcription by RNA polymerase II. // Cell. 1994. V.77. P. 1-3.

57. Burley S.K. and Roeder R.G. Biochemistry and structural biology of transcription factor IID (TFIID). // Annu. Rev. Biochem. 1996. V.65. P. 769-799.

58. Cairns B.R. Chromatin remodeling machines: similar motors, ulterior motives. // Trends Biochem. Sci. 1998. V.23. P. 20-25.

59. Cairns B.R., Lorch Y., Li Y., Zhang M., Lacomis L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Du J., Laurent B., and Kornberg R.D. RSC, an essential, abundant chromatin-remodeling complex. // Cell. 1996. V.87. P. 1249-1260.

60. Campbell P.M., Pimm J., Ramassar V., and Halloran P.F. Identification of a calcium-inducible, cyclosporine sensitive element in the IFN-gamma promoter that is a potential NFAT binding site. // Transplantation. 1996. V.61. P. 933-939.

61. Campbell S.L., Khosravi-Far R., Rossman K.L., Clark G.J., and Der C.J Increasingcomplexity of Ras signaling. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1395-1413.

62. Cartwright P., Muller H., Wagener C., Holm K., and Helin K. E2F-6: a novel member of the E2F family is an inhibitor of E2F-dependent transcription. // Oncogene. 1998. V.17. P. 611623.

63. Chasman D.I., Flaherty K.M., Sharp P.A., and Kornberg R.D Crystal structure of yeast TATA-binding protein and model for interaction with DNA. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V.90. P. 8174-8178.

64. Chellapan S.P., Hiebert S., Mudryj M., Horowitz J.M., and Nevins J.R. The E2F transcription factor is a cellular target for the RB protein. // Cell. 1991. V.65. P. 1053-1061.

65. Chen J.D. and Evans R.M. A transcriptional co-repressor that interacts with nuclear hormone receptors. // Nature. 1995. V.377. P. 454-457.

66. Chen J.L., Attardi L.D., Verrijzer C.P., Yokomori K., and Tjian R. Assembly of recombinant TFIID reveals differential coactivator requirements for distinct transcriptional activators. // Cell. 1994. V.79. P. 93-105.

67. Chen L., Glover J.N., Hogan P.G., Rao A., and Harrison S.C. Structure of the DNA-binding domains from NFAT, Fos and Jun bound specifically to DNA. // Nature. 1998. V.392. P. 4248.

68. Chen Q.K., Hertz G.Z., and Stormo G.D. MATRIX SEARCH 1.0: a computer program that scans DNA sequences for transcriptional elements using a database of weight matrices. // Comput. Appl. Biosci. 1995. V.l 1. P. 563-566.

69. Chin E.R., Olson E.N., Richardson J.A., Yang Q., Humphries C., Shelton J.M., Wu H., Zhu W., Bassel-Duby R., and Williams R.S. A calcineurin-dependent transcriptional pathway controls skeletal muscle fiber type. // Genes Dev. 1998. V.l2. P. 2499-2509.

70. Chrivia J.C., Kwok R.P., Lamb N., Hagiwara M., Montminy M.R., and Goodman R.H. Phosphorylated CREB binds specifically to the nuclear protein CBP. // Nature. 1993. V.365. P.855-859.

71. Comai L., Tanese N., and Tjian R. The TATA-binding protein and associated factors are integral components of the RNA polymerase I transcription factor, SL1. purificationpurification 11 Cell. 1992. V.68. P. 965-796.

72. Conaway R.C. and Conaway J.W. General initiation factors for RNA polymerase II. // Annu. Rev. Biochem. 1993. V.62. P. 161-190.

73. Cote J., Quinn J., Workman J.L., and Peterson C.L. Stimulation of GAL4 derivative binding to nucleosomal DNA by the yeast SWI/SNF complex. // Science. 1994. V.265. P. 53-60.

74. Cress W.D. and Nevins J.R. A role for a bent DNA structure in E2F-mediated transcription activation // Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 2119-2127.

75. Dalton S. Cell cycle regulation of the human cdc2 gene. // EMBO J. 1992. V.l 1. P. 17971804.

76. Dalton S. and Treisman R. Characterization of SAP-1, a protein recruited by serum response factor to the c-fos serum response element. // Cell. 1992. V.68. P. 597-612.

77. Datto M.B., Li Y., Panus J.F., Howe D.J., Xiong Y., and Wang X.-F. Transforming growth factor beta induces the cyclin-dependent kinase inhibitor p21 through a p53-independent mechanism. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P. 5545-5549.

78. DeGregori J., Kowalik T., and Nevis J.R. Cellular targets for activation by the E2F1 transcription factor include DNA synthesis- and Gl/S-Regulatory genes. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.l5. P. 4215-4224.

79. Derijard B., Hibi M., Wu I.H., Barrett T., Su B., Deng T., Karin M., and Davis R.J. JNK1: a protein kinase stimulated by UV light and Ha-Ras that binds and phosphorylates the c-Jun activation domain. // Cell. 1994. V.l6. P. 1025-1037.

80. Dhanasekaran N. and Premkumar Reddy E. Signaling by dual specificity kinases. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1447-1455.

81. Diamond M.I., Miner J.N., Yoshinaga S.K., and Yamamoto K.R. Transcription factor interactions: selectors of positive or negative regulation from a single DNA element. // Science. 1990. V.249. P. 1266-1272.

82. DiDonato J.A., Hayakawa M., Rothwarf D.M., Zandi E., and Karin M. A cytokine-responsive IkappaB kinase that activates the transcription factor NF-kappaB. // Nature. 1997. V.388. P. 548-554.

83. Dikstein R., Ruppert S., and Tjian R. TAFII250 is a bipartite protein kinase that phosphorylates the base transcription factor RAP74. // Cell. 1996. V.84. P. 781-790.

84. Ding H.F., Bustin M., and Hansen U. Alleviation of histone HI-mediated transcriptional repression and chromatin compaction by the acidic activation region in chromosomal protein

85. HMG-14. // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 5843-5855.

86. Ding H.F., Rimsky S., Batson S.C., Bustin M., and Hansen U. Stimulation of RNA polymerase II elongation by chromosomal protein HMG- 14. // Science. 1994. V.265. P. 796799.

87. Doetzlhofer A., Rotheneder H., Lagger G., Koranda M., Kurtev V., Brosch G., Wintersberger E., and Seiser C. Histone deacetylase 1 can repress transcription by binding to Spl. //Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P. 5504-5511.

88. Dowdy S.F., Hinds P.W., Louie K., Reed S.I., Arnold A., and Weinberg R.A. Physical interaction of the retinoblastoma protein with human D cyclins. // Cell. 1993. V.73. P. 499511.

89. Drapkin R. and Reinberg D. The multifunctional TFIIH complex and transcriptional control. // Trends Biochem. Sci. 1994. V.19. P. 504-508.

90. Du H., Roy A.L., and Roeder R.G. Human transcription factor USF stimulates transcription through the initiator elements of the HIV-1 and the Ad-ML promoters. // EMBO J. 1993. V.12. P. 501-511.

91. Du W., Thanos D., and Maniatis T. Mechanisms of transcriptional synergism between distinct virus- inducible enhancer elements. // Cell. 1993. V.74. P. 887-898.

92. Dunaief J.L., Strober B.E., Guha S., Khavari P.A., Alin K., Luban J., Begemann M., Crabtree G.R., and Goff S.P. The retinoblastoma protein and BRG1 form a complex and cooperate to induce cell cycle arrest. // Cell. 1994. V.19. P. 119-130.

93. Duncliffe K.N., Bert A.G., Vadas M.A., Cockerill P.N. A T cell-specific enhancer in the interleukin-3 locus is activated cooperatively by Oct and NFAT elements within a DNase I-hypersensitive site. // Immunity. 1997. V.6. P. 175-185.

94. Durfee T., Becherer K., Chen P-L., Yeh S-H., Yang Y., Kilburn A.E., Lee W.H., and Elledge S.J. The retinoblastoma protein associates with the protein phosphatase type 1 catalytic subunit. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 555-569.

95. Dynan W.S. Modularity in promoters and enhancers. // Cell. 1989. V.58. P. 1-4.

96. Dynlacht B.D., Flores O., Lees J.A., and Harlow E. Differential regulation of E2Ftransactivation by cyclin/cdk2 complexes. // Genes-Dev. 1994. V.8. P. 1772-1786.

97. Eberhard D., Tora L., Egly J.M., and Grummt I. A TBP-containing multiprotein complex (TIF-IB) mediates transcription specificity of murine RNA polymerase I. // Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P. 4180-4186.

98. Elfring L.K., Deuring R., McCallum C.M., Peterson C.L., and Tamkun J.W. Identification and characterization of Drosophila relatives of the yeast transcriptional activator SNF2/SWI2. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 2225-2234.

99. Elgin S.C. The formation and function of DNase I hypersensitive sites in the process of gene activation. // J. Biol. Chem. 1988. V.263. P. 19259-19262.

100. Emami K.H., Jain A., and Smale S.T. Mechanism of synergy between TATA and initiator: synergistic binding of TFIID following a putative TFIIA-induced isomerization. // Genes Dev. 1997. V.ll. P. 3007-3019.

101. Emili A. and Ingles C.J. Promoter-dependent photocross-linking of the acidic transcriptional activator E2F-1 to the TATA-binding protein. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 1367413680.

102. Enslen H., Raingeaud J. and Davis R.J. Selective activation of p38 mitogen-activated protein (MAP) kinase isoforms by the MAP kinase kinases MKK3 and MKK6. // J. Biol. Chem. 1998. V.273. P. 1741-1748.

103. Espanel X., Le Cam L., North S., Sardet C., Brun G. and Gillet G. Regulation of E2F-1 gene expression in avian cells. // Oncogene. 1998. V.17. P. 585-594.

104. Farnham P.J., Slansky J.E., and Kollmar R. The role of E2F in the mammalian cell cycle. // Biochim. Biophys. Acta. 1993. V.l 155. P. 125-131.

105. Felsenfeld G. Chromatin as an essential part of the transcriptional mechanism. // Nature. 1992. V.355. P. 219-224.

106. Fickett J.W. Coordinate positioning of MEF2 and myogenin binding sites. // Gene. 1996a. V.l72. P. GC19-GC32.

107. Fickett J.W. Quantitative discrimination of MEF2 sites. // Mol. Cell. Biol. 1996b. V.16. P. 437-441.

108. Fisch T.M., Prywes R., Simon M.C., and Roeder R.G. Multiple sequence elements in the c-fos promoter mediate induction by cAMP. // Genes Dev. 1989. V.3. P. 198-211.

109. Flanagan W.M., Corthesy B., Bram R.J., and Crabtree G.R. Nuclear association of a T-cell transcription factor blocked by FK-506 and cyclosporin A. // Nature. 1991. V.352. P. 803807.

110. Flemington E.K., Speck S.H., and Kaelin W.G. E2F-1-mediated transactivation is inhibited by complex formation with the retinoblastoma susceptibility gene product. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V.90. P. 6914-6918.

111. Ford E., Strubin M., and Hernandez N. The Oct-1 POU domain activates snRNA gene transcription by contacting a region in the SNAPc largest subunit that bears sequence similarities to the Oct-1 coactivator OBF-1. // Genes Dev. 1998. V.12. P. 3528-3540.

112. Forrester W.C., van Genderen C., Jenuwein T., and Grosschedl R. Dependence of enhancer-mediated transcription of the immunoglobulin mu gene on nuclear matrix attachment regions. // Science. 1994. V.265. P. 1221-1225.

113. Frankel A.D. and Kim P.S. Modular structure of transcription factors: implications for gene regulation. // Cell. 1991. V.65. P. 717-719.

114. Freeh K., Quandt K., and Werner T. Muscle actin genes: a first step towards computational classification of tissue-specific promoters. // In Silico Biology. 1998. V.01. P. 0005.

115. Freeh K., Quandt K., and Werner T. Software for the analysis of DNA sequence elements of transcription. // Comput. Appl. Biosci. 1997. V.13. P. 89-97.

116. Freedman L.P. Increasing the complexity of coactivation in nuclear receptor signaling. // Cell. 1999. V.97. P. 5-8.

117. Freytag S.O., Paielli D.L., and Gilbert J.D. Ectopic expression of the CCAAT/enhancer-binding protein alpha promotes the adipogenic program in a variety of mouse fibroblastic cells. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 1654-63.

118. Fuchs S.Y., Fried V.A., and Ronai Z. Stress-activated kinases regulate protein stability. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1483-1490.

119. Furukawa Y., Iwase S., Kikuchi J., Nakamura M., Yamada H., and Matsuda M. Transcriptional repression of the E2F-1 gene by interferon-alpha is mediated through induction of E2F-4/pRB and E2F-4/pl30 complexes. // Oncogene. 1999. V.18. P. 2003-2014.

120. Gegonne A., Bosselut R., Bailly R.A., and Ghysdael J. Synergistic activation of the HTLV1 LTR Ets-responsive region by transcription factors Etsl and Spl. // EMBO J. 1993. V.12. P. 1169-1178.

121. Geiduschek E.P. and Tocchini-Valentini G.P. Transcription by RNA polymerase III. // Annu. Rev. Biochem. 1988. V.57. P. 873-914.

122. Geiger J.H., Hahn S., Lee S., and Sigler P.B. Crystal structure of the yeast TFIIA/TBP/DNA complex. // Science. 1996. V.272. P. 830-836.

123. Georgakopoulos T. and Thireos G. Two distinct yeast transcriptional activators require the function of the GCN5 protein to promote normal levels of transcription. // EMBO J. 1992. V.ll. P. 4145-4152.

124. Gerasimova T.I. and Corces V.G. Boundary and insulator elements in chromosomes. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1996. V.6. P. 185-192.

125. Ghosh D. Object oriented Transcription Factors Database (ooTFD). // Nucleic Acids Res. 1999.V.27. P. 315-317.

126. Gille H., Kortenjann M., Thomae O., Moomaw C., Slaughter C., Cobb M.H., and Shaw P.E. ERK phosphorylation potentiates Elk-1-mediated ternary complex formation and transactivation. // EMBO J. 1995. V.14. P. 951-962.

127. Ginisty H., Sicard H., Roger B., and Bouvet P. Structure and functions of nucleolin. // J. Cell. Sci. 1999. V.l 12. P. 761-772.

128. Ginsberg D., Vairo G., Chittenden T., Xiao Z.-X., Xu G., Wydner K.L., deCaprio J.A., Lawrence J.B., and Livingaton D.M. E2F-4, a new member of the E2F transcription factor family, interacts with pi07. // Genes Dev. 1994. V.6. P. 2665-2679.

129. Girling R., Partridge J.F., Bandara L.R., Burden N., Totty N.F., Hsuan J.J., and La Thague N.B. A new component of the transcription factor DRTF/E2F. // Nature. 1993. V.362. P. 8387.

130. Glotzer M., Murray A.W., and Kirschner M.W. Cyclin is degraded by the ubiquitin pathway. //Nature. 1991. V.349. P. 132-138.

131. Goodbourn S., Zinn K., and Maniatis T. Human beta-interferon gene expression is regulated by an inducible enhancer element. // Cell. 1985. V.41. P. 509-520.

132. Goodrich J.A., Hoey T., Thut C.J., Admon A., and Tjian R. Drosophila TAFII40 interacts with both a VP16 activation domain and the basal transcription factor TFIIB. // Cell. 1993. V.75. P. 519-530.

133. Goryachkovsky T.N., Ananko E.A., and Peltek S.E. PLANT-TRRD database. // Proceedings of the First International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'98). Novosibirsk Altai Mountains, August 24-31, 1998. P.50-53.

134. Granelli-Piperno A. and McHugh P. Characterization of a protein that regulates the DNA-binding activity of NF-AT, the nuclear factor of activated T cells. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1991. V.88. P. 11431-11434.

135. Grant P.A., Thompson C.B., and Pettersson S. IgM receptor-mediated transactivation of the IgH 3' enhancer couples a novel Elf-l-AP-1 protein complex to the developmental control of enhancer function. // EMBO J. 1995. V.14. P. 4501-4513.

136. Grilli M., Chiu J.J., and Lenardo M.J. NF-kappa B and Rel: participants in a multiform transcriptional regulatory system. // Int. Rev. Cytol. V.143. P. 1-62.

137. Grunstein M. Histone acetylation in chromatin structure and transcription. // Nature. 1997. V.389. P. 349-352.

138. Grunstein M. Histone function in transcription. // Annu. Rev. Cell. Biol. 1990. V.6.1. P. 643-678.

139. Gu Y., Rosenblatt J., and Morgan D.O. Cell cycle regulation of CDK2 activity by phosphorylation of Thrl60 and Tyrl5. // EMBO J. 1992. V.l 1. P. 3995-4005.

140. Gualberto A., LePage D., Pons G., Mader S.L., Park K., Atchison M.L., and Walsh K. Functional antagonism between YY1 and serum response factor. // Mol. Cell. Biol. 1992. V.l2. P. 4209-4214.

141. Guo K., Wang J., Andres V., Smith R.C., and Walsh K. MyoD-induced expression of p21 inhibits cyclin-dependent kinase activity upon myocyte terminal differentiation. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 3823-3829.

142. Gupta S., Barrett T., Whitmarsh A.J., Cavanagh J., Sluss H.K., Derijard B., and Davis R.J. Selective interaction of JNK protein kinase isoforms with transcription factors. // EMBO J. 1996. V.15. P. 2760-2770.

143. Gupta S., Campbell D., Derijard B., and Davis R.J. Transcription factor ATF2 regulation by the JNK signal transduction pathway. // Science. 1995. V.267. P. 389-393.

144. Gustafson T.A., Taylor A., and Kedes L. DNA bending is induced by a transcription factor that interacts with the human c-FOS and alpha-actin promoters. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S

145. A. 1989. V.86. P. 2162-2166.

146. Gutkind J.S. Cell growth control by G protein-coupled receptors: from signal transduction to signal integration. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1331-1342.

147. Gutman A. and Wasylyk B. The collagenase gene promoter contains a TPA and oncogene-responsive unit encompassing the PEA3 and AP-1 binding sites. // EMBO J. 1990. V.9. P. 2241-2246.

148. Hadzic E., Desai-Yajnik V., Helmer E., Guo S., Wu S., Koudinova N., Casanova J., Raaka

149. Hagemeier C., Cook A., and Kouzarides T. The retinoblastoma protein binds E2F residues required for activation in vivo and TBP binding in vitro. // Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P. 4998-5004.

150. Haidar M.A., Henning D., Busch H. The upstream sequence -537 to -278 is necessary for transcription of the human nucleolar antigen pi20 gene. // Mol.Cell.Biol. 1990. V.10. P. 3253-3255.

151. Halle J.P. and Meisterernst M. Gene expression: increasing evidence for a transcriptosome. // Trends Genet. 1996. V.12. P. 161-163.

152. Hamel P.A., Gill R.M., Phillips R.A., and Gallie B.L. Transcriptional Repression of the E2-containing promoters EIIaE, c-myc and RBI by the product of the RBI gene. // Mol. Cell.

153. Biol. 1992. V.12. P. 3431-3438.

154. Han J., Jiang Y., Li Z., Kravchenko V.V., and Ulevitch R.J. Activation of the transcription factor MEF2C by the MAP kinase p38 in inflammation. // Nature. 1997. V.386. P. 296-299.

155. Hardy S. and Shenk T. E2F from adenovirus-infected cells binds cooperatively to DNA containing two properly oriented and spaced recognition sites. // Mol. Cell. Biol. 1989. V.9. P. 4495-4506.

156. Hazzalin C.A., Cano E., Cuenda A., Barratt M.J., Cohen P., and Mahadevan L.C. p38/RK is essential for stress-induced nuclear responses: JNK/SAPKs and c-Jun/ATF-2 phosphorylation are insufficient. // Curr. Biol. 1996. V.6. P. 1028-1031.

157. Heix J. and Grummt I. Species specificity of transcription by RNA polymerase I. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1995. V.5. P. 652-656.

158. Helin K., Lees J.A., Vidal M., Dyson N., Harlow E., and Fattaey A. A cDNA encoding a pRB-binding protein with propeties of the transcription factor E2F. // Cell. 1992. V.70. P. 337-350.

159. Helin K., Wu C.-L., Fattaey A.R., Lees J.A., Dynlacht B.D., Ngwu C., and Harlow E. Heterodimerization of the tr. factors E2F-1 and DP-1 leads to cooperative trans-activation. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 1850-1861.

160. Henglein B., Chenivesse X., Wang J., Eick D., and Brechot C. Structure and cell cycle-regulated transcription of the human cyclin A gene. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V.91.P. 5490-5494.

161. Hernandez N. TBP, a universal eukaryotic transcription factor? // Genes Dev. 1993. V.7. P. 1291-1308.

162. Hernandez-Munain C. and Krangel M.S. c-Myb and core-binding factor/PEBP2 display functional synergy but bind independently to adjacent sites in the T-cell receptor delta enhancer. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 3090-3099.

163. Herrera J.E., Sakaguchi K., Bergel M., Trieschmann L., Nakatani Y., and Bustin M. Specific acetylation of chromosomal protein HMG-17 by PCAF alters its interaction with nucleosomes. // Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P. 3466-3473.

164. Higo K., Ugawa Y., Iwamoto M., and Korenaga T. Plant cis-acting regulatory DNA elements

165. PLACE) database: 1999. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 297-300.

166. Hijmans E.M., Voorhoeve P.M., Beijersbergen R.L., van't Veer L.J., and Bernards R. E2F-5, a new E2F family member that interacts with pl30 in vivo. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 3082-3089.

167. Hill C.S., Wynne J., and Treisman R. The Rho family GTPases RhoA, Racl, and CDC42Hs regulate transcriptional activation by SRF.//Cell. 1995.V.81.P. 1159-1170.

168. Hirano M., Osada S., Aoki T., Hirai S., Hosaka M., Inoue J., and Ohno S. MEK kinase is involved in tumor necrosis factor alpha-induced NF-kappaB activation and degradation of IkappaB-alpha. // J. Biol. Chem. 1996. V.271. P. 13234-13238.

169. Hoey T., Weinzierl R.O., Gill G., Chen J.L., Dynlacht B.D., and Tjian R. Molecular cloning and functional analysis of Drosophila TAF110 reveal properties expected of coactivators. // Cell. 1993. V.72. P. 247-260.

170. Holmes T.C., Fadool D.A., Ren R., and Levitan I.B. Association of Src tyrosine kinase with a human potassium channel mediated by SH3 domain. // Science. 1996. V.274. P. 2089-2091.

171. Holstege F.C., van der Vliet P.C., and Timmers H.T. Opening of an RNA polymerase II promoter occurs in two distinct steps and requires the basal transcription factors HE and IIH. // EMBO J. 1996. V.15. P. 1666-1677.

172. Hsiao K.-M., McMahon S.L., and Farnham P.J. Multiple DNA elements are required for the growth regulation of the mouse E2F1 promoter. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 1526-1537.

173. Hsu W., Kerppola T.K., Chen P.L., Curran T., and Chen-Kiang S. Fos and Jun repress transcription activation by NF-IL6 through association at the basic zipper region. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 268-276.

174. Hu P.P., Datto M.B., and Wang X.F. Molecular mechanisms of transforming growth factor-beta signaling. // Endocr. Rev. 1998. V.19. P. 349-363.

175. Huerta A.M., Salgado H., Thieffry D., and Collado-Vides J. RegulonDB: a database on transcriptional regulation in Escherichia coli. //Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P. 55-59.

176. Huet J. and Sentenac A. The TATA-binding protein participates in TFIIIB assembly on tRNA genes. // Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P. 6451-6454.

177. Hurlin P.J., Ayer D.E., Grandori C., and Eisenman R.N. The Max transcription factornetwork: involvement of Mad in differentiation and an approach to identification of target genes. // Cold Spring Harb. Symp. Quant. 1994. V.59. P. 109-116.

178. Imbalzano A.N., Kwon H., Green M.R., and Kingston R.E. Facilitated binding of TATA-binding protein to nucleosomal DNA. // Nature. 1994. V.370. P. 481-485.

179. Ing N.H., Beekman J.M., Tsai S.Y., Tsai M.J., and O'Malley B.W. Members of the steroid hormone receptor superfamily interact with TFIIB (S300-II). // J. Biol. Chem. 1992. V.267. P. 17617-17623.

180. Ito T., Bulger M., Pazin M.J., Kobayashi R., and Kadonaga J.T. ACF, an ISWI-containing and ATP-utilizing chromatin assembly and remodeling factor. // Cell. 1997. V.90. P. 145155.

181. Ivanov V.N., Lee R.K., Podack E.R., Malek T.R. Regulation of Fas-dependent activation-induced T cell apoptosis by cAMP signaling: a potential role for transcription factor NF-kappa B. // Oncogene. 1997. V.14. P. 2455-2464.

182. Ivey-Hoyle M., Conroy R., Huber H.E., Goodhart P.J., Oliff A., and Heimbrook D.C. Cloning and characterization of E2F-2, a novel protein with the biochemical propeties of transcription factor E2F. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 7802-7812.

183. Jacq X., Brou C., Lutz Y., Davidson I., Chambon P., and Tora L. Human TAFII30 is present in a distinct TFIID complex and is required for transcriptional activation by the estrogen receptor. // Cell. 1994. V.79. P. 107-117.

184. Jain J., Burgeon E., Badalian T.M., Hogan P.G., and Rao A. A similar DNA-binding motif in NFAT family proteins and the Rel homology region. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 41384145.

185. Jain J., McCaffrey P.G., Miner Z., Kerppola T.K., Lambert J.N., Verdine G.L., Curran T., and Rao A. The T-cell transcription factor NFATp is a substrate for calcineurin and interacts with Fos and Jun. // Nature. 1993a. V.365. P. 352-355.

186. Jain J., Miner Z., and Rao A. Analysis of the preexisting and nuclear forms of nuclear factor of activated T cells. // J. Immunol. 1993b. V.151. P. 837-848.

187. Janknecht R. and Nordheim A. Elk-1 protein domains required for direct and SRF-assisted DNA-binding. //Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P. 3317-3324.

188. Jansen-Duerr P., Meichle A., Steiner P., Pagano M., Finke K., Botz J., Wessbecher J., Draetta G., and Eilers M. Differential modulation of cyclin gene expression by MYC. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V.90. P. 3685-3689.

189. Jantzen H.M., Chow A.M., King D.S., and Tjian R. Multiple domains of the RNApolymerase I activator hUBF interact with the TATA-binding protein complex hSLl to mediate transcription. // Genes Dev. 1992. V.6. P. 1950-1963.

190. Jenkins F., Cockerill P.N., Bohmann D., and Shannon M.F. Multiple signals are required for function of the human granulocyte- macrophage colony-stimulating factor gene promoter in T cells. //J. Immunol. 1995. V.155. P. 1240-1251.

191. Jenuwein T., Forrester W.C., Fernandez-Herrero L.A., Laible G., Dull M., and Grosschedl R. Extension of chromatin accessibility by nuclear matrix attachment regions. // Nature. 1997. V.385. P. 269-272.

192. Jinno S., Suto K., Nagata A., Igarashi M., Kanaoka Y., Nojima H., and Okayama H. Cdc25A is a novel phosphatase functioning early in the cell cycle. // EMBO J. 1994. V.13. P. 15491556.

193. Johansson E., Skogman E., and Thelander L. The TATA-less promoter of mouse ribonucleotide reductase R1 gene contains a TFII-I binding initiator element essential for cell cycle-regulated transcription. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 30162-30167.

194. Johnson D.G. Regulation of E2F-1 gene expression by pl30 (Rb2) and D-type cyclin kinase activity. // Oncogene. 1995. V.ll. P. 1685-1692.

195. Johnson D.G., Ohtani K., and Nevis J.R. Autoregulatory control of E2F1 expression in response to positive and negative regulators of cell cycle progression. // Genes Dev. 1994. V.8.P. 1514-1525.

196. Johnson P.F. and McKnight S.L. Eukaryotic transcriptional regulatory proteins. // Annu. Rev. Biochem. 1989. V.58. P. 799-839.

197. Jones N.C., Rigby P.W., and Ziff E.B. Trans-acting protein factors and the regulation of eukaryotic transcription: lessons from studies on DNA tumor viruses. // Genes Dev. 1988. V.2. P. 267-281.

198. Kadonaga J.T. Eukaryotic transcription: an interlaced network of transcription factors and chromatin-modifying machines. // Cell. 1998. V.92. P. 307-313.

199. Kamachi Y. and Kondoh H. Overlapping positive and negative regulatory elements determine lens- specific activity of the delta 1-crystallin enhancer. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 5206-5215.

200. Kao H.Y., Ordentlich P., Koyano-Nakagawa N., Tang Z., Downes M., Kintner C.R., Evans R.M., and Kadesch T. A histone deacetylase corepressor complex regulates the Notch signal transduction pathway. // Genes Dev. 1998. V.12. P. 2269-2277.

201. Karin M., Haslinger A., Holtgreve H., Richards R.I., Krauter P., Westphal H.M., Beato M. Characterization of DNA sequences through which cadmium and glucocorticoid hormones induce human metallothionein-IIA gene. //Nature. 1984. V.308. P. 513-519.

202. Karlseder J., Rotheneder H., and Wintersberger E. Interaction of Spl with the growth- and cell cycle-regulated transcription factor E2F. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 1659-1667.

203. Kato J.-y., Matsushime H., Hiebert S.W., Ewen M.E., and Sherr C.J. Direct binding of cyclin D to the retinoblastoma gene product (pRb) and pRb phosphorilation by the cyclin D-depenedent kinase CDK4. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 331-342.

204. Kaufmann J. and Smale S.T. Direct recognition of initiator elements by a component of the transcription factor IID complex. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 821-829.

205. Kel A., Kel-Margoulis O., Babenko V., and Wingender E. Recognition of NFATp/AP-1 composite elements within genes induced upon the activation of immune cells. // J. Mol. Biol. 1999. V.288. P. 353-376.

206. Kellum R. and Schedl P. A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains. // Cell. 1991. V.64. P. 941-950.

207. Kerppola T.K. and Curran T. Fos-Jun heterodimers and Jun homodimers bend DNA inopposite orientations: implications for transcription factor cooperativity. // Cell. 1991. V.66. P. 317-326.

208. Kessler D.J., Duyao M.P., Spicer D.B., and Sonenshein G.E. NF-kB like factors mediate interleukin 1 induction of c-myc gene transcription in fibroblasts. // J. Exp. Med. 1992. V.176. P. 787-792.

209. Kim J.L,. Nikolov D.B., and Burley S.K. Co-crystal structure of TBP recognizing the minor groove of a TATA element. // Nature. 1993. V.365. P. 520-527.

210. Kim S.J., Onwuta U.S., Lee Y.I., Li R., Botchan M.R., and Robbins P.D. The retinoblastoma gene product regulates Spl-mediated transcription. // Mol. Cell. Biol. 1992. V.12. P. 24552463.

211. Kingston R.E., Bunker C.A., and Imbalzano A.N. Repression and activation by multiprotein complexes that alter chromatin structure. // Genes Dev. 1996. V.10. P. 905-920.

212. Kitagawa M., Higashi H., Suzuki-Takahashi I., Segawa K., Hanks S.K., Taya Y., Nishimura S., and Okuyama A. Phosphorylation of E2F-1 by cyclin A-cdk2 . // Oncogene. 1995. V.19. P. 229-236.

213. Klee C.B., Crouch T.H., and Krinks M.H. Calcineurin: a calcium- and calmodulin-binding protein of the nervous system. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. V.76. P. 6270-6273.

214. Klippel A., Kavanaugh W.M., Pot D., and Williams L.T. A specific product of phosphatidylinositol 3-kinase directly activates the protein kinase Akt through its pleckstrin homology domain. // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 338-344.

215. Knezetic J.A. and Felsenfeld G. Mechanism of developmental regulation of alpha pi, the chicken embryonic alpha-globin gene. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 4632-4639.

216. Kolchanov N.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Goryachkovskaya T.N., Busygina T.V.,

217. Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., and Romashchenko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD):its status in 1999. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 303-306.

218. Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., and Kolchanov N.A. GeneNet: a gene network database and its automated visualization. // Bioinformatics. 1998. V.14. P. 529-537.

219. Kornberg R.D. and Lorch Y. Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryote chromosome. // Cell. 1999. V.98. P. 285-294.

220. Ku D.H., Wen S.C., Engelhard A., Nicolaides N.C., Lipson K.E., Marino T.A., and Calabretta B. c-myb transactivates cdc2 expression via Myb binding sites in the 5'-flanking region of the human cdc2 gene. // J. Biol. Chem. 1993. V.268. P. 2255-2259.

221. Kumar C.C. Signaling by integrin receptors. //Oncogene. 1998. V.17. P. 1365-1373.

222. Kunsch C., Lang R.K., Rosen C.A., and Shannon M.F. Synergistic transcriptional activation of the IL-8 gene by NF-kappa B p65 (RelA) and NF-IL-6. // J. Immunol. 1994. V.153. P. 153-164.

223. Kuo M.H., Zhou J., Jambeck P., Churchill M.E., and Allis C.D. Histone acetyltransferase activity of yeast Gcn5p is required for the activation of target genes in vivo. // Genes Dev. 1998. V.12. P. 627-639.

224. Kwok R.P., Lundblad J.R., Chrivia J.C., Richards J.P., Bachinger H.P., Brennan R.G., Roberts S.G., Green M.R., and Goodman R.H. Nuclear protein CBP is a coactivator for the transcription factor CREB. //Nature. 1994. V.370. P. 223-226.

225. Kwon H., Imbalzano A.N., Khavari P.A., Kingston R.E., and Green M.R. Nucleosome disruption and enhancement of activator binding by a human // Nature. 1994. V.370. P. 47781.

226. Laherty C.D., Yang W.M., Sun J.M., Davie J.R., Seto E., and Eisenman R.N. Histone deacetylases associated with the mSin3 corepressor mediate mad transcriptional repression. //Cell. 1997. V.89. P. 349-356.

227. Lam E. W.-F. and Watson R.J. An E2F-binding site mediates cell-cycle regulated repression of mouse B-myb transcription. // EMBO J. 1993. V.12. P. 2705-2713.

228. Lammer C., Wagerer S., Saffrich R., Mertens D., Ansorge W., and Hoffmann I. The cdc25B phosphatase is essential for the G2/M phase transition in human cells. // J. Cell. Sci. 1998. V.lll . P. 2445-2453.

229. Latinis K.M., Carr L.L., Peterson E.J., Norian L.A., Eliason S.L., and Koretzky G.A. Regulation of CD95 (Fas) ligand expression by TCR-mediated signaling events. // J.1.munol. 1997a. V.158. P. 4602-4611.

230. Latinis K.M., Norian L.A., Eliason S.L., and Koretzky G.A. Two NFAT transcription factor binding sites participate in the regulation of CD95 (Fas) ligand expression in activated human T cells. // J. Biol. Chem. 1997b. V.272. P. 31427-31434.

231. Latinkic B.V. and Lau L.F. Transcriptional activation of the immediate early gene pip92 by serum growth factors requires both Ets and CArG-like elements. // J. Biol. Chem. 1994. V.269. P. 23163-23170.

232. LeClair K.P., Blanar M.A., and Sharp P.A. The p50 subunit of NF-kappa B associates with the NF-IL6 transcription factor. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V.89. P. 8145-8149.

233. Lee T.-C., Shi Y., and Schwartz R.J. Displacement of BrdUrd-induced YY1 by serum response factor activates skeletal alpha-actin transcription in embryonic myoblasts. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V.89. P. 9814-9818.

234. Lees E. Cyclin dependent kinase regulation. // Curr. Opin. Cell. Biol. 1995. V.7. P. 773-780.

235. Lees J.A., Saito M., Vidal M., Valentine M., Look T., Harlow E., Dyson N. and Helin K. The retinoblastoma protein binds to a family of E2F transcription E2F transcription factors. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 7813-7825.

236. Li H., Leo C., Schroen D.J., and Chen J.D. Characterization of receptor interaction and transcriptional repression by the corepressor SMRT. // Mol. Endocrinol. 1997. V.ll. P. 2025-2037.

237. Li J.M., Nichols M.A., Chandrasekharan S., Xiong Y., and Wang X.F. Transforming growth factor beta activates the promoter of cyclin- dependent kinase inhibitor pl5INK4B through an Spl consensus site. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 26750-26753.

238. Li Y., Slansky J.E., Myers D.J., Drinkwater N.R., Kaelin W.G., and Farnham P J. Cloning, chromosomal localization, and characterization of mouse E2F1. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 1861-1869.

239. Li-Weber M., Salgame P., Hu C., and Krammer P.H. Characterization of constitutive and inducible transcription factors binding to the P2 NF-AT site in the human interleukin-4 promoter. // Gene. 1997. V.188. P. 253-260.

240. Lilley D.M. DNA-protein interactions. HMG has DNA wrapped up. // Nature. 1992. V.357. P. 282-283.

241. Lin S.Y., Black A. R., Kostic d., Pajovic S., Hoover C.N., and Azizkhan J.C. Cell-cycle regulated association of E2F1 and Spl is related to their functional interaction. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 1668-1675.

242. Lin Y.S., Ha I., Maldonado E., Reinberg D., and Green M.R. Binding of general transcription factor TFIIB to an acidic activating region. // Nature. 1991. V.353. P. 569-571.

243. Linette G.P., Li Y., Roth K., and Korsmeyer S.J. Cross talk between cell death and cell cycle progression: BCL-2 regulates NFAT-mediated activation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.1996. V.93. P. 9545-9552.

244. Liu Y., Yang N., and Teng C.T. COUP-TF acts as a competitive repressor for estrogen receptor-mediated activation of the mouse lactoferrin gene. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 1836-1846.

245. Lobo S.M. and Hernandez N. A 7 bp mutation converts a human RNA polymerase II snRNA promoter into an RNA polymerase III promoter. // Cell. 1989. V.58. P. 55-67.

246. Lorch Y., Cairns B.R., Zhang M., and Kornberg R.D. Activated RSC-nucleosome complex and persistently altered form of the nucleosome. // Cell. 1998. V.94. P. 29-34.

247. Lu H. and Levine A.J. Human TAFII31 protein is a transcriptional coactivator of the p53 protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1995. V.92. P. 5154-5158.

248. Lu Q., Wallrath L.L., and Elgin S.C. The role of a positioned nucleosome at the Drosophila melanogaster hsp26 promoter. // EMBO J. 1995. V.14. P. 4738-4746.

249. Lucibello F.C., Truss M., Zwicker J., Ehlert F., Beato M., and Muller R. Periodic cdc25C transcription is mediated by a novel cell cycle-regulated repression element (CDE). // EMBO J. 1995. V.14. P. 132-142.

250. Luo R.X., Postigo A.A., and Dean D.C. Rb interacts with histone deacetylase to repress transcription. // Cell. 1998. V.92. P. 463-473.

251. Maggirwar S.B., Harhaj E.W., and Sun S.C. Regulation of the interleukin-2 CD28-responsive element by NF-ATp and various NF-kappaB/Rel transcription factors. // Mol. Cell. Biol.1997. V.17. P. 2605-2614.

252. Magnaghi-Jaulin L., Groisman R., Naguibneva I., Robin P., Lorain S., Le Villain J.P., Troalen F., Trouche D., and Harel-Bellan A. Retinoblastoma protein represses transcription by recruiting a histone deacetylase. // Nature. 1998. V.391. P. 601-605.

253. Manzano-Winkler B., Novina C.D., and Roy A.L. TFII is required for transcription of the naturally TATA-less but initiator-containing Vbeta promoter. // J. Biol. Chem. 1996. V.271. P. 12076-12081.

254. Marais R., Wynne J., and Treisman R. The SRF accessory protein Elk-1 contains a growth factor-regulated transcriptional activation domain. // Cell. 1993. V.73. P. 381-393.

255. Mayol X. and Grana X. pRB, pl07 and pl30 as transcriptional regulators: role in cell growth and differentiation. // Prog. Cell Cycle Res. 1997. V. P. 157-169.

256. Mayol X., Garriga J., and Grana X. G1 cyclin/CDK-independent phosphorylation and accumulation of pi 30 during the transition from G1 to GO lead to its association with E2F-4. // Oncogene. 1996. V.13. P. 237-246.

257. McCaffrey P.G., Luo C., Kerppola T.K., Jain J., Badalian T.M., Ho A.M., Burgeon E., Lane W.S., Lambert J.N., Curran T., et al Isolation of the cyclosporin-sensitive T cell transcription factor NFATp. // Science. 1993. V.262. P. 750-754.

258. Meek D.W. and Street A.J. Nuclear protein phosphorylation and growth control. // Biochem. J. 1992. V.287.P. 1-15.

259. Mellon P.L., Clegg C.H., Correll L.A., and McKnight G.S. Regulation of transcription by cyclic AMP-dependent protein kinase. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V.86. P. 48874891.

260. Mermod N., Williams T.J., and Tjian R. Enhancer binding factors AP-4 and AP-1 act in concert to activate SV40 late transcription in vitro. // Nature. 1988. V.332. P. 557-561.

261. Milanesi L., Muselli M., Arrigo P. Hamming Clustering method for signals prediction in 5' and 3' regions of eukaryotic genes. // Comput. Appl. Biosci. 1996. V.12. P. 399-404.

262. Miller C.P., Lin J.C., and Habener J.F. Transcription of the rat glucagon gene by the cyclic AMP response element-binding protein CREB is modulated by adjacent CREB-associated proteins. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 7080-7090.

263. Miltenberger R.J., Sukow K.A., and Farnham P.J. An E-box mediated increase in cad transcription at the Gl/S-phase boundary is suppressed by inhibitory c-Myc mutants. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 2527-2535.

264. Miner J.N. and Yamamoto K.R. The basic region of AP-1 specifies glucocorticoid receptor activity at a composite response element. // Genes Dev. 1992. V.6. P. 2491-2501.

265. Mittal V.and Hernandez N. Role for the amino-terminal region of human TBP in U6 snRNAtranscription. // Science. 1997. V.275. P. 1136-1140.

266. Mittal V., Cleary M.A., Herr W., and Hernandez N. The Oct-1 POU-specific domain can stimulate small nuclear RNA gene transcription by stabilizing the basal transcription complex SNAPc. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 1955-1965.

267. Moberg K., Starz M.A., and Lees J.A. E2F-4 switches from pl30 to pl07 and pRB in response to cell cycle reentry. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 1436-1449.

268. Molkentin J.D., Lu J.R., Antos C.L., Markham B., Richardson J., Robbins J., Grant S.R., and Olson E.N. A calcineurin-dependent transcriptional pathway for cardiac hypertrophy. // Cell. 1998. V.93. P. 215-228.

269. Moodie S.A., Willumsen B.M., Weber M.J., and Wolfman A. Complexes of Ras.GTP with Raf-1 and mitogen-activated protein kinase kinase. // Science. 1993. V.260. P. 1658-1661.

270. Morgan D.O. Cyclin-dependent kinases: engines, clocks, and microprocessors. // Annu. Rev. Cell. Dev. Biol. 1997. V. 13. P. 261-291.

271. Morice W.G., Wiederrecht G., Brunn G.J., Siekierka J.J., and Abraham R.T. Rapamycin inhibition of interleukin-2-dependent p33cdk2 and p34cdc2 kinase activation in T lymphocytes. // J. Biol. Chem. 1993. V.268. P. 22737-22745.

272. Muhlethaler-Mottet A., Di Berardino W., Otten L.A., and Mach B. Activation of the MHC class II transactivator CIITA by interferon-gamma requires cooperative interaction between Statl and USF-1. // Immunity. 1998. V.8. P. 157-66.

273. Mulligan G. and Jacks T. The retinoblastoma gene family: cousins with overlapping interests. // Trends Genet. 1998. V.14. P. 223-229.

274. Murphy S., Yoon J.B., Gerster T., and Roeder R.G. Oct-1 and Oct-2 potentiate functional interactions of a transcription factor with the proximal sequence element of small nuclear RNA genes. // Mol. Cell. Biol. 1992. V.12. P. 3247-3261.

275. Nagy L., Kao H.Y., Chakravarti D., Lin R.J., Hassig C.A., Ayer D.E., Schreiber S.L., and Evans R.M. Nuclear receptor repression mediated by a complex containing SMRT, mSin3A, and histone deacetylase. // Cell. 1997. V.89. P. 373-380.

276. Nakajima K., Kusafuka T., Takeda T., Fujitani Y., Nakae K., and Hirano T. Identification of a novel interleukin-6 response element containing an Ets-binding site and a CRE-like site in the junB promoter. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 3027-3041.

277. Neuman E., Flemington E.K., Sellers W.R., and Kaelin W.G. Transcription of the E2F-1 gene is rendered cell cycle dependent by E2F DNA-binding sites within its promoter. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 6607-6615.

278. Nevins J.R. E2F: a link between the Rb tumor supressor protein and viral oncoproteins. // Science. 1992. V.258. P. 424-429.

279. Ng K.W., Ridgway P., Cohen D.R., and Tremethick D.J. The binding of a Fos/Jun heterodimer can completely disrupt the structure of a nucleosome. // EMBO J. 1997. V.16. P. 2072-2085.

280. Nikolov D.B., Chen H., Halay E.D., Usheva A.A., Hisatake K., Lee D.K., Roeder R.G., and Burley S.K. Crystal structure of a TFIIB-TBP-TATA-element ternary complex. // Nature. 1995. V.377. P. 119-128.

281. Nolan G.P. NF-AT-AP-1 and Rel-bZIP: hybrid vigor and binding under the influence. // Cell. 1994. V.77. P. 795-798.

282. Northrop J.P., Ho S.N., Chen L., Thomas D.J., Timmerman L.A., Nolan G.P., Admon A., and Crabtree G.R. NF-AT components define a family of transcription factors targeted in T-cell activation. // Nature. 1994. V.369. P. 497-502.

283. Oberg H.H., Lengl-Janssen B., Kabelitz D., and Janssen O. Activation-induced T cell death: resistance or susceptibility correlate with cell surface fas ligand expression and T helper phenotype. // Cell. Immunol. 1997. V.181. P. 93-100.

284. Oelgeschlager M., Nuchprayoon I., Luscher B., and Friedman A.D. C/EBP, c-Myb, and PU.l cooperate to regulate the neutrophil elastase promoter. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 4717-4725.

285. Ogryzko V.V., Kotani T., Zhang X., Schlitz R.L., Howard T., Yang X.J., Howard B.H., Qin J., Nakatani Y. Histone-like TAFs within the PCAF histone acetylase complex. // Cell. 1998. V.94. P. 35-44.

286. Ogryzko V.V., Schiltz R.L., Russanova V., Howard B.H., and Nakatani Y. The transcriptional coactivators p300 and CBP are histone acetyltransferases. // Cell. 1996. V.87. P. 953-959.

287. Ohkuma Y., and Roeder R.G. Regulation of TFIIH ATPase and kinase activities by TFIIE during active initiation complex formation. //Nature. 1994. V.368. P. 160-163.

288. Ohtani K., DeGregory J., and Nevins J.R. Regulation of the cyclin E gene by transcription factor E2F1. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1995. V.92. P. 12146-12150.

289. Ostlund Farrants A.K., Blomquist P., Kwon H., and Wrange O. Glucocorticoid receptor-glucocorticoid response element binding stimulates nucleosome disruption by the SWI/SNF complex. // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 895-905.

290. Paranjape S.M., Kamakaka R.T., and Kadonaga J.T. Role of chromatin structure in the regulation of transcription by RNA polymerase II. // Annu. Rev. Biochem. 1994. V.63. P. 265-297.

291. Park K., Choe J., Osifchin N.E., Templeton D.J., Robbins P.D., and Kim S.-J. The human retinoblastoma susceptibility gene promoter is positively autoregulated by its own product. // J. Biol. Chem. 1994. V.269. P. 6083-6088.

292. Parvin J.D. and Sharp P.A. DNA topology and a minimal set of basal factors for transcription by RNA polymerase II. // Cell. 1993. V.73. P. 533-540.

293. Pazin M.J., Sheridan P.L., Cannon K., Cao Z., Keck J.G., Kadonaga J.T., and Jones K.A. NF-kappa B-mediated chromatin reconfiguration and transcriptional activation of the HIV-1 enhancer in vitro. // Genes Dev. 1996. V. 10. P. 37-49.

294. Pearson A. and Greenblatt J. Modular organization of the E2F1 activation domain and its interaction with general transcription factors TBP and TFIIH. // Oncogene. 1997. V.15. P. 2643-2658.

295. Perier R.C., Junier T., Bonnard C., and Bucher P. The Eukaryotic Promoter Database (EPD): recent developments. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 307-309.

296. Perona R., Montaner S., Saniger L., Sanchez-Perez I., Bravo R., and Lacal J.C. Activation of the nuclear factor-kappaB by Rho, CDC42, and Rac-1 proteins. // Genes Dev. 1997. V.l 1. P. 463-475.

297. Polyak K., Kato J.Y., Solomon M.J., Sherr C.J., Massague J., Roberts J.M., and Koff A. p27Kipl, a cyclin-Cdk inhibitor, links transforming growth factor-beta and contact inhibition to cell cycle arrest. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 9-22.

298. Postnikov Y.V., Herrera J.E., Hock R., Scheer U., and Bustin M. Clusters of nucleosomes containing chromosomal protein HMG-17 in chromatin. // J. Mol. Biol. 1997. V.274. P. 454465.

299. Prestridge D.S. and Stormo G. SIGNAL SCAN 3.0: new database and program features. // Comput. Appl. Biosci. 1993. V.9. P. 113-5.

300. Prieschl E.E., Pendl G.G., Harrer N.E., and Baumruker T. p21ras links Fc epsilon RI to NF

301. AT family member in mast cells. // J. Immunol. 1995b. V.155. P. 4963-4970.

302. Pruss D., Bartholomew B., Persinger J., Hayes J., Arents G., Moudrianakis E.N., and Wolffe A.P. An asymmetric model for the nucleosome: a binding site for linker histones inside the DNA gyres. // Science. 1996. V.274. P. 614-617.

303. Purnell B.A., Emanuel P.A., and Gilmour D.S. TFIID sequence recognition of the initiator and sequences farther downstream in Drosophila class II genes. // Genes Dev. 1994. V.8. P. 830-842.

304. Quandt K, Freeh K, Karas H, Wingender E, Werner T Matlnd and Matlnspector: new fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data. // Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P. 4878-84.

305. Queen C. and Baltimore D. Immunoglobulin gene transcription is activated by downstream sequence elements. // Cell. 1983. V.33. P. 741-748.

306. Raingeaud J., Whitmarsh A.J., Barrett T., Derijard B., and Davis R.J. MKK3- and MKK6-regulated gene expression is mediated by the p38 mitogen- activated protein kinase signal transduction pathway. //Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 1247-1255.

307. Randazzo F.M., Khavari P., Crabtree G., Tamkun J., and Rossant J. brgl: a putative murine homologue of the Drosophila brahma gene, a homeotic gene regulator. // Dev. Biol. 1994. V.161.P. 229-242.

308. Rao A., Luo C., and Hogan P.G. Transcription factors of the NFAT family: regulation and function. //Annu. Rev. Immunol. 1997. V.15. P. 707-747.

309. Raught B., Khursheed B., Kazansky A., and Rosen J. YY1 represses beta-casein gene expression by preventing the formation of a lactation-associated complex. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 1752-63.

310. Ray A., Hannink M., and Ray B.K. Concerted participation of NF-kappa B and C/EBP heteromer in lipopolysaccharide induction of serum amyloid A gene expression in liver. // J. Biol. Chem. 1995. V.270. P. 7365-7374.

311. Reines D., Conaway J.W., and Conaway R.C. The RNA polymerase II general elongation factors. // Trends Biochem. Sci. 1996. V.21. P. 351-355.

312. Renkawitz R., Schutz G., von der Ahe D., and Beato M. Sequences in the promoter region of the chicken lysozyme gene required for steroid regulation and receptor binding. // Cell. 1984. V.37. P. 503-510.

313. Resnitzky D. and Reed S.I. Different roles for cyclins D1 and E in regulation of the Gl-to-S transition. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 3463-3469.

314. Roberts J.M. Evolving ideas about eyclins. // Cell. 1999. V.98. P. 129-132.

315. Roeder R.G. The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II. // Trends Biochem. Sci. 1996. V.21. P. 327-335.

316. Rombauts S., Dehais P., Van Montagu M., and Rouze P. PlantCARE, a plant cis-acting regulatory element database. // Nucleic Acids Res. 1999. V.21. P. 295-296.

317. Rooney J.W., Hoey T., and Glimcher L.H. Coordinate and cooperative roles for NF-AT and AP-1 in the regulation of the murine IL-4 gene. // Immunity. 1995a. V.2. P. 473-483.

318. Rooney J.W., Sun Y.L., Glimcher L.H., and Hoey T. Novel NFAT sites that mediate activation of the interleukin-2 promoter in response to T-cell receptor stimulation. // Mol. Cell. Biol. 1995b. V.15. P. 6299-6310.

319. Roy A.L., Meisterernst M., Pognonec P., and Roeder R.G. Cooperative interaction of an initiator-binding transcription initiation factor and the helix-loop-helix activator USF. // Nature. 1991. V.354. P. 245-248.

320. Sadowski C.L., Henry R.W., Lobo S.M., and Hernandez N. Targeting TBP to a non-TATA box cis-regulatory element: a TBP- containing complex activates transcription from snRNA promoters through the PSE. // Genes Dev. 1993. V.7. P. 1535-1548.

321. Salgado H., Santos A., Garza-Ramos U., van Helden J., Diaz E., and Collado-Vides J. RegulonDB (version 2.0): a database on transcriptional regulation in Escherichia coli. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 59-60.

322. Saluja D., Vassallo M.F., and Tanese N. Distinct subdomains of human TAFII130 are required for interactions with glutamine-rich transcriptional activators. // Mol. Cell. Biol. 1998. V.18. P. 5734-5743.

323. Sardet C., Vidal M., Cobrinik D., Geng Y., Onufryk C., Chen A., and Weinberg R.A. E2F-4 and E2F-5, two members of the E2F family, are expressed in the early phases of the cell cycle. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P. 2403-2407.

324. Sawadogo M. and Sentenac A. RNA polymerase B (II) and general transcription factors. // Annu. Rev. Biochem. 1990. V.59. P. 711-754.

325. Schaeffer L., Roy R., Humbert S., Moncollin V., Vermeulen W., Hoeijmakers J.H., Chambon P., and Egly J.M. DNA repair helicase: a component of BTF2 (TFIIH) basic transcription factor. // Science. 1993. V.260. P. 58-63.

326. Scharenberg A.M. and Kinet J.P. PtdIns-3,4,5-P3: a regulatory nexus between tyrosine kinases and sustained calcium signals. // Cell. 1998. V.94. P. 5-8.360361.362.363.364.365.366.367.368.369.370.371.372.373.

327. Schild C., Claret F.X., Wahli W., and Wolffe A.P. A nucleosome-dependent static loop potentiates estrogen-regulated transcription from the Xenopus vitellogenin B1 promoter in vitro. // EMBO J. 1993. V.12. P. 423-433.

328. Schnapp A. and Grummt I. Transcription complex formation at the mouse rDNA promoter involves the stepwise association of four transcription factors and RNA polymerase I. // J. Biol. Chem. 1991. V.266. P. 24588-24595.

329. Schnapp G., Schnapp A., Rosenbauer H., and Grummt I. TIF-IC, a factor involved in both transcription initiation and elongation of RNA polymerase I. // EMBO J. 1994. V.13. P. 4028-4035.

330. Schule R. and Evans R.M. Cross-coupling of signal transduction pathways: zinc finger meets leucine zipper. // Trends Genet. 1991. V.7. P. 377-381.

331. Schwartzberg P.L. The many faces of Src: multiple functions of a prototypical tyrosine kinase. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1463-1468.

332. Seipel K., Georgiev O., and Schaffner W. Different activation domains stimulate transcription from remote ('enhancer') and proximal ('promoter') positions. // EMBO J. 1992. V.ll.P. 4961-4968.

333. Seledtsov I.A., Solovyev V.V., and Merkulova T.I. New elements of glucocorticoid-receptor binding sites of hormone- regulated genes. // Biochim. Biophys. Acta. 1991. V.1089. P. 367376.

334. Shao Z., Siegert J.L., Ruppert S., and Robbins P.D. Rb interacts with TAF(II)250/TFIID through multiple domains. // Oncogene. 1997. V.15. P. 385-392.

335. Sharp P.A. TATA-binding protein is a classless factor. // Cell. 1992. V.68. P. 819-821.

336. Shaw J.P., Utz P.J., Durand D.B., Toole J.J., Emmel E.A., and Crabtree G.R. Identification of a putative regulator of early T cell activation genes. // Science. 1988. V.241. P. 202-205.

337. Shaw P. Ternary complex formation over the c-fos Serum Response Element: p62(SRF) exhibits dual component specificity with contact to DNA and an extended structure in the DNA-binding domain of p67(SRF). // EMBO J. 1992. V.l 1. P. 3011-3019.

338. Shen C.H. and Stavnezer J. Interaction of stat6 and NF-kappaB: direct association and synergistic activation of interleukin-4-induced transcription. // Mol. Cell. Biol. 1998. V.l8. P. 3395-3404.

339. Sherr C.J. Mammalian G1 cyclins. // Cell. 1993. V.73. P. 1059-1065.

340. Shibasaki F., Kondo E., Akagi T., and McKeon F. Suppression of signalling through transcription factor NF-AT by interactions between calcineurin and Bcl-2. // Nature. 1997. V.386. P. 728-731.

341. Shikama N., Lyon J., and LaThangue N.B. The p300/CBP family: integrating signals with transcriptionla factors and chromatin. // Trends Cell. Biol. 1997. V.7. P. 230-236.

342. Shimizu H. and Yamamoto K. NF-kappa B and C/EBP transcription factor families synergistically function in mouse serum amyloid A gene expression induced by inflammatory cytokines. // Gene. 1994. V.149. P. 305-310.

343. Shimizu M., Ichikawa E., Inoue U., Nakamura T., Nakajima T., Nojima H., Okayama H., and Oda K. The Gl/S boundary-specific enhancer of the rat cdc2 promoter. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 2882-2892.

344. Sica A., Dorman L., Viggiano V., Cippitelli M., Ghosh P., Rice N., and Young H.A. Interaction of NF-kappaB and NFAT with the interferon-gamma promoter. // J. Biol. Chem. 1997. V.272. P. 30412-30420.

345. Siegert J.L. and Robbins P.D. Rb inhibits the intrinsic kinase activity of TATA-binding protein-associated factor TAFII250. // Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P. 846-854.

346. Simmen K.A., Bernues J., Lewis J.D., and Mattaj I.W. Cofractionation of the TATA-binding protein with the RNA polymerase III transcription factor TFIIIB. // Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P. 5889-5898.

347. Slansky J.E. and Farnham P.J. Introduction to the E2F family: protein structure and gene regulation. // Curr. Top. Microbiol. Immunol. 1996. V.208. P. 1-30.

348. Smale S.T. and Baltimore D. The "initiator" as a transcription control element. // Cell. 1989. V.57. P. 103-113.

349. Smith E.J., Leone G., DeGregori J., Jakoi L., and Nevins J.R. The accumulation of an E2F-pl30 transcriptional repressor distinguishes a GO cell state from a G1 cell state. // Mol. Cell. Biol. 1996. V.16. P. 6965-6976.

350. Staynov D.Z. and Crane-Robinson C. Footprinting of linker histones H5 and HI on the nucleosome. // EMBO J. 1988. V.7. P. 3685-3691.

351. Stein B., Cogswell P.C., and Baldwin A.S. Jr. Functional and physical associations between NF-kappa B and C/EBP family members: a Rel domain-bZIP interaction. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 3964-3974.

352. Stief A., Winter D.M., Stratling W.H., and Sippel A.E. A nuclear DNA attachment element mediates elevated and position- independent gene activity. // Nature. 1989. V.341. P. 343345.

353. Stiegler P., De Luca A., Bagella L., and Giordano A. The COOH-terminal region of pRb2/pl30 binds to histone deacetylase 1 cyclin A promoter. // Cancer Res. 1998. V.58. P. 5049-5052.

354. Stoeckert C.J. Jr, Salas F., Brunk B., and Overton G.C. EpoDB: a prototype database for the analysis of genes expressed during vertebrate erythropoiesis. // Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P. 200-203.

355. Stoesser G., Tuli M.A., Lopez R., and Sterk P. The EMBL Nucleotide Sequence Database. // Nucleic Acids Res. 1999. Y.27. P. 18-24.

356. Stranick K.S., Zambas D.N., Uss A.S., Egan R.W., Billah M.M., and Umland S.P. Identification of transcription factor binding sites important in the regulation of the human interleukin-5 gene. //J. Biol. Chem. 1997. V.272. P. 16453-16465.

357. Struhl K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms. // Genes Dev. 1998. V.12. P. 599-606.

358. Struhl K. and Moqtaderi Z. The TAFs in the HAT. // Cell. 1998. V.94. P. 1-4.

359. Svejstrup J.Q., Vichi P., and Egly J.M. The multiple roles of transcription/repair factor TFIIH. // Trends Biochem. Sci. 1996. V.21. P. 346-350.

360. Taggart A.K., Fisher T.S., and Pugh B.F. The TATA-binding protein and associated factors are components of pol III transcription factor TFIIIB. // Cell. 1992. V.71. P. 1015-1028.

361. Tamir I. and Cambier J.C. Antigen receptor signaling: integration of protein tyrosine kinase functions. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1353-1364.

362. Tan S., Conaway R.C., and Conaway J.W. Dissection of transcription factor TFIIF functional domains required for initiation and elongation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P. 6042-6046.

363. Tan S., Hunziker Y., Sargent D.F., and Richmond T.J. Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex. //Nature. 1996a. V.381. P. 127-151.

364. Tan Y., Rouse J., Zhang A., Cariati S., Cohen P., and Comb M.J. FGF and stress regulate CREB and ATF-1 via a pathway involving p38 MAP kinase and MAPKAP kinase-2. // EMBO J. 1996b. V.15. P. 4629-4642.

365. Tansey W.P., Herr W. TAFs: guilt by association? // Cell. 1997. V.88. P. 729-732.

366. Taunton J., Hassig C.A., and Schreiber S.L. A mammalian histone deacetylase related to the yeast transcriptional regulator Rpd3p. // Science. 1996. V.272. P. 408-411.

367. Thieffry D., Salgado H., Huerta A.M., and Collado-Vides J. Prediction of transcriptional regulatory sites in the complete genome sequence of Escherichia coli K-12. // Bioinformatics.1998. V.14. P. 391-400.

368. Thomas R.C., Edwards M.J., and Marks R. Translocation of the retinoblastoma gene product during mitosis. // Exp. Cell. Res. 1996. V.223. P. 227-232.

369. Thut C.J., Chen J.L., Klemm R., and Tjian R. p53 transcriptional activation mediated by coactivators TAFII40 and TAFII60. // Science. 1995. V.267. P. 100-104.

370. Timchenko N.A., Wilde M., and Darlington G.J. C/EBPalpha regulates formation of S-phase-specific E2F-pl07 complexes in livers of newborn mice. // Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P. 2936-2945.

371. Tjian R. and Maniatis T. Transcriptional activation: a complex puzzle with few easy pieces. // Cell. 1994. V.77. P. 5-8.

372. Treisman R. Journey to the surface of the cell: Fos regulation and the SRE. // EMBO J. 1995. V.14. P. 4905-4913.

373. Tronche F., Ringeisen F., Blumenfeld M., Yaniv M., and Pontoglio M. Analysis of thedistribution of binding sites for a tissue-specific transcription factor in the vertebrate genome. // J. Mol. Biol. 1997. V.266. P. 231-245.

374. Truss M., Bartsch J., Schelbert A., Hache R.J., and Beato M. Hormone induces binding of receptors and transcription factors to a rearranged nucleosome on the MMTV promoter in vivo. // EMBO J. 1995. V.14. P. 1737-1751.

375. Tsai E.Y., Jain J., Pesavento P.A., Rao A., and Goldfeld A.E. Tumor necrosis factor alpha gene regulation in activated T cells involves ATF-2/Jun and NFATp. // Mol. Cell. Biol. 1996a. V.16. P. 459-467.

376. Tsai E.Y., Yie J., Thanos D., and Goldfeld A.E. Cell-type-specific regulation of the human tumor necrosis factor alpha gene in B cells and T cells by NFATp and ATF-2/JUN. // Mol. Cell. Biol. 1996b. V.16. P. 5232-5244.

377. Tsukiyama T. and Wu C. Purification and properties of an ATP-dependent nucleosome remodeling factor. // Cell. 1995. V.83. P. 1011-1020.

378. Tsytsykova A.V., Tsitsikov E.N., and Geha R.S. The CD40L promoter contains nuclear factor of activated T cells-binding motifs which require AP-1 binding for activation of transcription. // J. Biol. Chem. 1996. V.271. P. 3763-3770.

379. Ura K., Hayes J.J., and Wolffe A.P. A positive role for nucleosome mobility in the transcriptional activity of chromatin templates: restriction by linker histones. // EMBO J. 1995. V.14. P. 3752-3765.

380. Usheva A. and Shenk T. TATA-binding protein-independent initiation: YY1, TFIIB, and RNA polymerase II direct basal transcription on supercoiled template DNA. // Cell. 1994. V.16. P. 1115-1121.

381. Velcich A. and Ziff E.B. Functional analysis of an isolated fos promoter element with AP-1 site homology reveals cell type-specific transcriptional properties // Mol. Cell. Biol. 1990. V.10. P. 6273-6282.

382. Verrijzer C.P. and Tjian R. TAFs mediate transcriptional activation and promoter selectivity. //Trends Biochem. Sci. 1996. V.21. P. 338-342.

383. Verrijzer C.P., Yokomori K., Chen J.L., and Tjian R. Drosophila TAFII150: similarity to yeast gene TSM-1 and specific binding to core promoter DNA. // Science. 1994. V.264. P. 933-941.

384. Vidal M. and Gaber R.F. RPD3 encodes a second factor required to achieve maximum positive and negative transcriptional states in Saccharomyces cerevisiae. // Mol. Cell. Biol. 1991. V.ll.P. 6317-6327.

385. Vidal M., Strich R., Esposito R.E., and Gaber R.F. RPD1 (SIN3/UME4) is required for maximal activation and repression of diverse yeast genes. // Mol. Cell. Biol. 1991. V.l 1. P. 6306-6316.

386. Wall G., Varga-Weisz P.D., Sandaltzopoulos R., and Becker P.B. Chromatin remodeling by GAGA factor and heat shock factor at the hypersensitive Drosophila hsp26 promoter in vitro. // EMBO J. 1995. V.l4. P. 1727-1736.

387. Wallrath L.L., Lu Q., Granok H., and Elgin S.C. Architectural variations of inducible eukaryotic promoters: preset and remodeling chromatin structures. // Bioessays. 1994. V.16. P. 165-170.

388. Walsh K. and Perlman H. Cell cycle exit upon myogenic differentiation. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1997. V.7. P. 597-602.

389. Wang H. and Stillman D.J. Transcriptional repression in Saccharomyces cerevisiae by a SIN3-LexA fusion protein. // Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P. 1805-1814.

390. Wang H., Clark I., Nicholson P.R., Herskowitz I., and Stillman D.J. The Saccharomyces cerevisiae SIN3 gene, a negative regulator of HO, contains four paired amphipathic helix motifs. // Mol. Cell. Biol. 1990. V.10. P. 5927-5936.

391. Wang L., Liu L., and Berger S.L. Critical residues for histone acetylation by Gcn5, functioning in Ada and SAGA complexes, are also required for transcriptional function in vivo. // Genes Dev. 1998. V.l2. P. 640-653.

392. Wang W., Chi T., Xue Y., Zhou S., Kuo A., and Crabtree G.R. Architectural DNA binding by a high-mobility-group/kinesin-like subunit in mammalian SWI/SNF-related complexes. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V.95. P. 492-498.

393. Wang X.Z. and Ron D. Stress-induced phosphorylation and activation of the transcription factor CHOP (GADD153) by p38 MAP Kinase. // Science. 1996. V.272. P. 1347-1349.

394. Wasserman W.W. and Fickett J.W. Identification of regulatory regions which confer muscle-specific gene expression. // J. Mol. Biol. 1998. V.278. P. 167-181.

395. Wasylyk B., Hahn S.L., and Giovane A. The Ets family of transcription factors. // Eur. J. Biochem. 1993. V.211. P. 7-18.

396. Weintraub S.J., Prater C.A., and Dean D.C. Retinoblastoma protein switches the E2F site from positive to negative element. //Nature. 1992. V.358. P. 259-261.

397. Weis L. and Reinberg D. Accurate positioning of RNA polymerase II on a natural TATA-less promoter is independent of TATA-binding-protein-associated factors and initiator-binding proteins. // Mol. Cell. Biol. 1997. V.17. P. 2973-2984.

398. Weiss A. and Littman D.R. Signal transduction by lymphocyte antigen receptors. // Cell. 1994. V.76. P. 263-274.

399. Wen S.C., Ku D.H., De Luca A., Claudio P.P., Giordano A., and Calabretta B. ets-2 regulates cdc2 kinase activity in mammalian cells: coordinated expression of cdc2 and cyclin A. // Exp. Cell. Res. 1995. V.217. P. 8-14.

400. White R.J. Control of growth and proliferation by the retinoblastoma protein. // Gene Therepy and Molecular Biology. 1998. V.l. P. 613-628.

401. Whitmarsh A.J., Shore P., Sharrocks A.D., and Davis R.J. Integration of MAP kinase signal transduction pathways at the serum response element. // Science. 1995. V.269. P. 403-407.

402. Wingender E. Compilation of transcription regulating proteins. // Nucleic Acids Res. 1988. V.16. P. 1879-1902.

403. Wingender E. Gene Regulation in Eukaryotes. // Weinheim: VCH. 1993. 430 p.

404. Winston F. and Carlson M. Yeast SNF/SWI transcriptional activators and the SPT/SIN chromatin connection. // Trends Genet. 1992. V.8. P. 387-391.

405. Wolffe A.P. Architectural transcription factors. // Science. 1994a. V.264. P. 1100-1101.

406. Wolffe A.P. Nucleosome positioning and modification: chromatin structures that Nucleosome positioning and modification: chromatin structures that potentiate transcription. // Trends Biochem. Sci. 1994b. V.l9. P. 240-244.

407. Wolffe A.P. Transcription: in tune with the histones. // Cell. 1994c. V.77. P. 13-16.

408. Wong B., Arron J., and Choi Y. T cell receptor signals enhance susceptibility to Fasmediated apoptosis. //J. Exp. Med. 1997a. V.186. P. 1939-1944.

409. Wong J., Shi Y.B., and Wolffe A.P. A role for nucleosome assembly in both silencing and activation of the Xenopus TR beta A gene by the thyroid hormone receptor. // Genes Dev. 1995. V.9. P. 2696-2711.

410. Workman J.L. and Buchman A.R. Multiple functions of nucleosomes and regulatory factors in transcription. // Trends Biochem. Sci. 1993. V.18. P. 90-95.

411. Wu C.-L., Zukerberg L.R., Ngwu C., Harlow E., and Lees J.A. In vivo assosiation of E2F and DP family proteins. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 2536-2546.

412. Wu H., Moulton K., Horvai A., Parik S., and Glass C.K. Combinatorial interactions between AP-1 and ets domain proteins contribute to the developmental regulation of the macrophage scavenger receptor gene. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 2129-2139.

413. Xiao H., Friesen J.D., and Lis J.T. Recruiting TATA-binding protein to a promoter: transcriptional activation without an upstream activator. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 5757-5761.

414. Yang S.H., Galanis A., and Sharrocks A.D. Targeting of p38 mitogen-activated protein kinases to MEF2 transcription factors. // Mol. Cell. Biol. 1999. V.19. P. 4028-4038.

415. Yang W.M., Inouye C., Zeng Y., Bearss D., and Seto E. Transcriptional repression by YY1 is mediated by interaction with a mammalian homolog of the yeast global regulator RPD3. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996a. V.93. P. 12845-12850.

416. Yang X.F., Weber G.F., and Cantor H. A novel Bcl-x isoform connected to the T cell receptor regulates apoptosis in T cells. // Immunity. 1997. V.7. P. 629-639.

417. Yang X.J., Ogryzko V.V., Nishikawa J., Howard B.H., and Nakatani Y. A p300/CBPassociated factor that competes with the adenoviral oncoprotein El A. // Nature. 1996b. V.382. P. 319-324.

418. Yaseen N.R., Park J., Kerppola T., Curran T., and Sharma S. A central role for Fos in human B- and T-cell NFAT (nuclear factor of activated T cells): an acidic region is required for in vitro assembly. // Mol. Cell. Biol. 1994. V.14. P. 6886-6895.

419. Young R.A. RNA polymerase II. // Annu. Rev. Biochem. 1991. V.60. P. 689-715.

420. Zagariya A., Mungre S., Lovis R., Birrer M., Ness S., Thimmapaya B., and Pope R. Tumor necrosis factor alpha gene regulation: enhancement of C/EBPbeta- induced activation by c-Jun. // Mol. Cell. Biol. 1998. V.18. P. 2815-24.

421. Zhang Y. and Chellappan S.P. Cloning and characterization of human DP2, a novel dimerization partner of E2F. // Oncogene. 1995. V.10. P. 2085-2093.

422. Zhu H., Joliot V., and Prywes R. Role of transcription factor TFIIF in serum response factor-activated transcription. // J. Biol. Chem. 1994. V.269. P. 3489-3497.

423. Zhu L., Zhu L., Xie E., and Chang L.-S. Differential roles of two tandem E2F sites in repression of the human pi07 promoter by retinoblastoma and pi07 proteins. // Mol. Cell. Biol. 1995. V.15. P. 3552-3562.

424. Zimmermann S., Rommel C., Ziogas A., Lovric J., Moelling K., and Radziwill G. MEK1 mediates a positive feedback on Raf-1 activity independently of Ras and Src. // Oncogene. 1997. V.15. P. 1503-1511.

425. Zohn I.M., Campbell S.L., Khosravi-Far R., Rossman K.L., and Der C.J. Rho family proteins and Ras transformation: the RHOad less traveled gets congested. // Oncogene. 1998. V.17. P. 1415-1438.

426. Zwicker J. and Muller R. Cell-cycle regulation of gene expression by transcriptional repression. // Trends Genet. 1997. V.13. P. 3-6.

427. Zwicker J., Lucibello F.C., Wolfraim L.A., Gross C., Truss M., Engeland K., and Muller R. Cell cycle regulation of the cyclin A, cdc25C and cdc2 genes is based on a common mechanism of transcriptional repression. // EMBO J. 1995. V.14. P. 4514-4522.