Разработка, валидация и клинические аспекты применения процедуры определения уровня внеклеточной ДНК в плазме крови тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.03.10, кандидат наук Гнеушева Александра Андреевна

• Гнеушева Александра Андреевна
• кандидат наук
• 2018

Оглавление диссертации кандидат наук Гнеушева Александра Андреевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Внеклеточные ДНК, свойства, роль

1.2 Источники внеклеточных ДНК

1.3Преаналитический этап, методы выделения и количественного определения внеклеточных ДНК

1.4 Связь внеклеточных ДНК и онкологических заболеваний

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Общая характеристика обследованных групп

2.2 Описание используемых методов определения уровня вкДНК

2.3 Оценка аналитических характеристик и диагностической эффективности теста

2.4 Методы статистической обработки данных

2.5 Методология проведения метаанализа

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

ГЛАВА 3. ОПРЕДЕЛЕНИЕ АНАЛИТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПРОЦЕДУР СОРБЦИОННОГО ВЫДЕЛЕНИЯ С ПОСЛЕДУЮЩИМ ФЛЮОРИМЕТРИЧЕСКИМ ОПРЕДЕЛЕНИЕМ УРОВНЯ вкДНК И ПРЯМОГО ФЛЮОРИМЕТРИЧЕСКОГО ОПРЕДЕЛЕНИЯ УРОВНЯ вкДНК

3.1 Аналитическая валидация процедуры сорбционного выделения с последующим флюориметрическим определением уровня вкДНК

3.2 Аналитическая валидация процедуры прямого флюориметрического метода оценки уровня вкДНК

ГЛАВА 4. ОЦЕНКА РЕГИОНАЛЬНЫХ РЕФЕРЕНТНЫХ ПРЕДЕЛОВ МЕТОДОВ, ПАРАМЕТРОВ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ВАРИАБЕЛЬНОСТИ ПОКАЗАТЕЛЕЙ, ДИАГНОСТИЧЕСКОЙ ЭФФЕКТИВНОСТИ ТЕСТОВ

4.1 Референтный предел методасорбционного выделения вкДНК с последующим флюориметрическим измерением концентрации

4.2 Референтный предел метода прямого флюориметрического измерения уровня вкДНК плазмы и сыворотки крови

4.3 Оценка параметров биологической вариабельности показателей

4.4 Оценка диагностической эффективности тестов

4.5 Расчет стоимости анализа определения уровня вкДНК

ГЛАВА 5. КЛИНИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ СОДЕРЖАНИЯ вкДНК В ПЛАЗМЕ И СЫВОРОТКЕ КРОВИ БОЛЬНЫХ ОНКОЛОГИЧЕСКИМИ ЗАБОЛЕВАНИЯМИ

5.1 Клиническая характеристика пациентов

5.2 Уровень вкДНК в плазме и сыворотке крови больных онкологическими заболеваниями

5.2.1 Зависимость уровня вкДНК от локализации и стадии опухолевого процесса

5.2.2 Изменение уровня вкДНК в ответ на терапию

5.3 Доказательства опухолевого происхождения вкДНК

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

Список литературы

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка, валидация и клинические аспекты применения процедуры определения уровня внеклеточной ДНК в плазме крови»

Актуальность темы исследования

Ежегодный рост общего уровня заболеваемости злокачественными новообразованиями [6, 20], длительная утрата трудоспособности, растущая инвалидизация населения, значительные экономические потери в связи с большой стоимостью лечения определяют высокую социальную значимость данной патологии [4].

Большая распространённость онкологических заболеваний в настоящее время, а также недостатки существующих диагностических подходов вынуждают исследователей к поиску новых биомаркеров для ранней диагностики, мониторинга течения и прогноза развития заболеваний [2, 9, 169]. Одна из диагностических перспектив связана с использованием в качестве биомаркера внеклеточной ДНК (вкДНК), которая может быть обнаружена в плазме и сыворотке крови человека [43, 87, 138, 215]. Есть основания полагать, что этот показатель можно использовать для мониторинга течения заболевания как на фоне терапии, так и в периоде ремиссии для раннего выявления возможного рецидива [30, 65, 106].

Уровень вкДНК, в связи с простотой определения, хорошей воспроизводимостью и дешевизной, может стать перспективным онкомаркером для применения в рутинной практике, но клинический потенциал этого аналита пока малоизучен.

Известно, что концентрация внеклеточной ДНК в крови онкологических больных существенно выше, чем в норме [23, 46, 98]. Оценка опухоль-специфической вкДНК в плазме это многообещающий диагностический и прогностический тест, требующий только образец крови, при этом он позволяет обойти трудности, связанные с использованием инвазивных процедур для сбора опухолевых образцов при скрининге опухолей различной локализации [111,

227]. Остается открытым вопрос о происхождении вкДНК. Соответсвие молекулярно-генетических изменений вкДНК и клеток опухоли может являться доказательством опухолевого происхождения вкДНК [208, 216]. Однако вопрос о возможности применения данного биомаркера для целей клинической лабораторной диагностики остается открытым [33]. Актуальной представляется не только проблема более полного исследования нового метода определения уровня вкДНК сыворотки и плазмы крови, но и создание оптимального протокола полной и корректной процедуры его валидации для решения вопроса о применимости данного подхода для целей клинической лабораторной диагностики [65]. Таким образом, оптимизация и валидация протокола определения уровня вкДНК в сыворотке и плазме крови, клиническая апробация данного протокола и выяснение связи вкДНК с наличием онкологических заболеваний являются весьма актуальными задачами.

Степень разработанности темы

Еще в середине XX века циркулирующие нуклеиновые кислоты были найдены в плазме крови [134]. Особый интерес к внеклеточным ДНК неизмеримо возрос после того, как выяснилось, что их количество может существенно возрастать при онкологических заболеваниях, что возможно использовать как ранний признак соответствующих патологий [7, 14, 24, 34, 52, 69, 85, 101]. Неоднозначность результатов, полученных разными авторами, объясняется многообразием протоколов определения уровня вкДНК, разными подходами к преаналитическому этапу и зачастую отсутствием корректной аналитической валидации. Кроме того, исследователи не пришли к однозначным выводам о роли и возможном применении данного биомаркера в лабораторной диагностике онкологических заболеваний. Без оценки параметров диагностической эффективности теста нельзя говорить о возможных областях

применения биомаркера (скрининг, мониторинг, выявление остаточной болезни и прогноз развития опухолевого процесса).

Цель исследования - разработка протокола метода оценки уровня циркулирующей вкДНК крови, проведение аналитической валидации разработанного метода и определение перспектив его практического применения. Задачи исследования

1. Разработать и оптимизировать протокол метода определения уровня вкДНК, подходящий для применения в практике клинико-диагностической лаборатории.

2. Изучить основные аналитические характеристики разработанного метода (линейность, сходимость, воспроизводимость, предел обнаружения, изучение стабильности биологических проб).

3. Установить референтные пределы и RCV для данного метода.

4. Определить диагностическую и экономическую эффективность разработанного метода для использования в практике клинико-диагностической лаборатории.

5. Оценить содержание вкДНК в крови больных онкологическими заболеваниями и определить наличие связи данного показателя с локализацией опухолевого процесса и проведенным лечением.

6. Изучить мутационный статус вкДНК плазмы крови и сопоставить с мутационным статусом опухоли для выявления возможных источников происхождения вкДНК.

Научная новизна

1. Проведена разработка и аналитическая валидация двух методов определения уровня вкДНК: прямого флюориметрического и с предварительной сорбционной процедурой экстракции ДНК. При этом

установлено, что обе процедуры соответствуют приемлемому для клинических исследований уровню качества измерений.

2. Исходя из параметров биологической и аналитической вариабельности уровня вкДНК сыворотки и плазмы крови, показан высокий вклад индивидуальности в вариабельность показателя.

3. Впервые выполнена оценка диагностической эффективности теста оценки уровня вкДНК в плазме и сыворотке крови, установлены референтные пределы уровня вкДНК плазмы и сыворотки крови и оптимальный порог принятия клинического решения.

4. Выявлено статистически значимое повышение уровня вкДНК плазмы и сыворотки крови у больных онкологическими заболеваниями по сравнению с уровнем вкДНК здоровых добровольцев. Прослежено снижение уровня вкДНК плазмы и сыворотки крови у большинства пациентов после хирургического вмешательства.

5. Впервые выполнен анализ данных сопоставимости мутационного статуса вкДНК и ткани опухоли, показан высокий процент соответствия, что является доказательством опухолевого происхождения вкДНК.

Теоретическая и практическая значимость работы

1. Установлено, что вкДНК как биомаркер по диагностической чувствительности и специфичности не уступает показателям эффективности других онкомаркеров, что свидетельствует о перспективности его изучения для практического применения при диагностике онкологических заболеваний.

2. Показано изменение уровня вкДНК в ответ на проведенное лечение, что позволяет рассчитывать на возможность применения вкДНК как биомаркера эффективности лечения.

3. Предварительная оценка мутационного статуса гена EGFR в вкДНК плазмы крови и образцов опухолей, взятых у пациентов с

немелкоклеточным раком легких, позволяет предположить связь вкДНК с развитием опухолевого процесса, что актуально для решения вопроса назначения дорогостоящих ингибиторов тирозинкиназы при немелкоклеточном раке легких. Методология и методы исследования

Диссертационная работа основана на исследовании образцов плазмы и сыворотки, полученных от 123 пациентов с онкологическими заболеваниями и 128 здоровых добровольцев. Для реализации поставленной цели научной работы были использованы анализ литературы и современные методы статистической обработки данных. Лабораторное исследование выполнено на высокотехнологичном оборудовании. Основные положения, выносимые на защиту

1. По аналитическим характеристикам оба метода определения уровня вкДНК (флюориметрия с сорбционной процедурой экстракции и прямой флюориметрический метод) соответствуют приемлемому для клинических исследований уровню качества измерений.

2. Определены региональные референтные пределы, значение внутрииндивидуальной, межиндивидуальной и аналитической вариабельности показателя, установлены параметры диагностической эффективности теста.

3. Показано, что уровень вкДНК выше у больных онкологическими заболеваниями по сравнению с здоровыми добровольцами, после проведения хирургического лечения у большинства больных уровень вкДНК снижается

4. Установлена связь вкДНК с опухолью исходя из соответствия мутационного статуса гена EGFR вкДНК плазмы крови и ткани опухоли больных немелкоклеточным раком легких.

Личный вклад автора

Автором произведён сбор анамнеза, образцов крови и опухолей 123 пациентов, наблюдающихся в ГБУЗ «Волгоградский областной онкологический диспансер №1» и 128 здоровых добровольцев. Диссертант самостоятельно выполнил всю экспериментальную часть. Автором проанализировано большое количество отечественных и зарубежных источников литературы по теме исследования, обоснованы цель, задачи, научная новизна и практическая значимость исследования, сформулированы основные положения, выносимые на защиту и выводы, проведена статистическая обработка. Реализация результатов работы

Отдельные положения и выводы нашли применение в учебном процессе для подготовки врачей на кафедрах теоретической биохимии с курсом клинической биохимии, клинической лабораторной диагностики с курсом клинической лабораторной диагностики ФУВ ФГБОУ ВО «ВолгГМУ» МЗ РФ, а также внедрены в клиническую практику на базе ГБУЗ "Городская клиническая больница №1 им.С.З.Фишера" г. Волжский Степень достоверности и апробация результатов

Достоверность работы подтверждается достаточным объемом клинических и лабораторных данных, полученных в результате исследования образцов 251 пациента, использованием современного оборудования, методов исследования и статистической обработки полученных результатов. Статистические методы соответствуют поставленным задачам, выводы и практические рекомендации логически вытекают из полученных результатов исследования. Результаты работы были представлены на всероссийском конкурсе «Инновационный потенциал молодежи-2012» по направлению Инновационные проекты в области медицины и фармакологии (Волгоград, 2012,Диплом III степени), на I инновационной выставке достижений молодежи в Волгоградской области по направлению медицина и фармацевтика (Волгоград 2012, Диплом I степени), на XVII Всероссийской научно-практической конференции

«Молодые ученые в медицине» (Казань, 2012, Диплом I степени), на XVII Региональной конференции молодых исследователей Волгоградской области (Волгоград, 2012, диплом II степени), на XVI форуме «Национальные дни лабораторной медицины России» (Москва, 2-3 октября 2012 г), на Всероссийской молодежной научной конференции «Современные проблемы биомедицинской инженерии» при финансовой поддержке РФФИ в рамках научного проекта № 15-38-10042 мол_г (Саратов, 2015). Также работа была отмечена грантом программы «Участник молодежного научно-инновационного конкурса» («УМНИК», 2011-2013), а также признана лучшим инновационным проектом на I инновационной выставке достижений молодежи в Волгоградской области по направлению медицина и фармацевтика.

Апробация диссертации проведена на совместном заседания проблемной комиссии кафедры кардиологии с функциональной диагностикой ФУВ с кафедрами фармакологии, клинической фармакологии и интенсивной терапий с курсами клинической фармакологии ФУВ, клинической аллергологии ФУВ, клинической и лабораторной диагностики, иммунологии и аллергологии, терапии и эндокринологии ФУВ, профессиональных болезней с курсом общей врачебной практики ФУВ, факультетской терапии, внутренних болезней педиатрического и стоматологического факультета, пропедевтики внутренних болезней, госпитальной терапии, военно-полевой терапии с курсом клинической ревматологии ФУВ, дерматовенерологии, инфекционных болезней с эпидемиологией и тропической медициной, амбулаторной и скорой медицинской помощи, психиатрии, наркологии, психотерапии с курсом психиатрии и наркологии ФУВ, неврологии, нейрохирургии с курсом медицинской генетики Волгоградского государственного медицинского университета. Протокол №2 от 19.02.2018 г. Публикации по теме диссертации

По материалам работ опубликовано 12 печатных работ, из них 3 статьи - в научных изданиях, рекомендованных Высшей аттестационной комиссией Министерства образования и науки Российской Федерации для опубликования основных результатов диссертационных исследований. Объем и структура работы

Диссертация изложена на 152 страницах машинописного текста, иллюстрирована 34 рисунками и 24 таблицами. Состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов собственных исследований и их обсуждения, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка литературы, включающего 21 отечественных и 208 зарубежных источников.

ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1 Внеклеточные ДНК, свойства, роль

Не вызывает сомнений, что основная часть ДНК находится в ядрах и

митохондриях, однако к настоящему времени уже установлено, что небольшие количества ДНК циркулируют и вне клеток, прежде всего в плазме и сыворотке крови. Особый интерес к внеклеточным ДНК неизмеримо возрос после того, как выяснилось, что ее количество может существенно возрастать при ряде заболеваний, таких как онкологические, аутоиммунные заболевания, сепсис, инфаркт миокарда, что возможно использовать как ранний признак соответствующих патологий [17]. Это придало совершенно определенное практическое значение дальнейшему изучению циркулирующих нуклеиновых кислот [5].

В 1948 году циркулирующие нуклеиновые кислоты (ДНК и РНК) были открыты в плазме Mandelep и Metais [134]. В их исследовании уровень вкДНК плазмы был примерно 1 мг/л, однако в более поздних работах уровень вкДНК варьировал от менее чем 10 нг/мл до более чем 1500 нг/мл [92,94,110, 198].

При некоторых заболеваниях, таких как рак, аутоиммунные заболевания, сепсис, инфаркт миокарда, уровень внеклеточных нуклеиновых кислот возрастает. Кроме того, часть ДНК в плазме находится в комплексе с белками, а часть - связана с клеточными мембранами [224].

Уровень вкДНК значительно возрастает при онкологических заболеваниях молочной железы [34, 150, 172], легких [23, 69, 101, 119, 180, 189], яичников [52], почек [158], простаты [30, 126, 169], поджелудочной железы [125], мочевого пузыря [202] кишечника [37, 154, 179]. Циркулирующие внеклеточные ДНК могут быть найдены у здоровых индивидуумов и у людей с неонкологическими заболеваниями, таких как системная красная волчанка, ревматоидный артрит, легочная эмболия, инфаркт миокарда [66, 181]. Кроме того, травма [112] и терапевтические процедуры могут также привести к освобождению вкДНК в кровоток. При онкологических

заболеваниях изменения в качественном или количественном составе вкДНК могут иметь важное прогностическое значение [195].

Кроме того, у пациентов, находящихся в реанимации, уровень вкДНК плазмы может быть независимым предиктором смерти или развития сепсиса [160]. При сепсисе и травме найдена положительная корреляция уровня вкДНК с исходом заболевания [128, 223].

Интересно, что при системной красной волчанке и других аутоиммунных заболеваниях, при которых нуклеосомная ДНК выполняет функцию мишени для аутоантител, корреляции между уровнем нуклеосомной ДНК и тяжестью заболевания не найдено, вместо этого обнаружена связь с уровнем антинуклеосомных антител к ДНК [27].

Jing RR и соавт. исследовали уровень вкДНК у пациентов с инфарктом миокарда [99]. Они показали, что уровень вкДНК статистически значимо выше у пациентов с инфарктом миокарда, чем у здоровых добровольцев. Кроме того, они показали, что уровень вкДНК повышается раньше, чем уровень тропонина.

В плазме наиболее вероятно ДНК циркулирует связанная с протеинами в форме мононуклеосом или/и олигонуклеосом и освобождается в ходе разрушения клеточной ДНК после гибели клетки [170].

Этот вывод поддерживается теорией и наблюдениями. Теоретически вкДНК осовобождается при деградации клеток после действия эндонуклеаз, которые режут хроматин на основные нуклеосомные элементы [103, 124]. Фрагменты вкДНК по размеру сопоставимы с несколькими нуклеосомами [40]. Эксперименты с фильтрацией показали, что циркулирующая РНК скорее всего связана с какими-либо частицами, а ДНК - нет [147].

Мононуклеосомы состоят из "core"-части (октамер из двух копий гистонов H2A, H2B, Ю и Ш), вокруг которого «накручена» ДНК. Олигонуклеосомы состоят из различного количества мононуклеосом, связанных с интактной линкерной ДНК различной длины от 15 до 100 пар

оснований. После освобождения в циркуляцию нуклеосомы защищены от деградации эндонуклеазами [133].

Циркулирующая ДНК может находиться не только в плазме и сыворотке крови, но также быть связанной с поверхностью клеток крови. Тамкович с соавторами [192] нашли, что большая часть (98%) вкДНК в крови здоровых доноров связана с поверхностью эритроцитов и лейкоцитов и концентрация связанных с клеточной поверхностью нуклеиновых кислот зависит от пола [15]. В крови онкологических пациентов внеклеточные ДНК были найдены в плазме, но не найдены связанными с клеточной поверхностью [112]. У пациентов с доброкачественными новообразованиями молочной железы, внеклеточные нуклеиновые кислоты были найдены и в плазме и связанными с клеточными поверхностями [13, 18]. Рыкова и др. нашли, что метилированная ДНК может быть детектирована и в вкДНК и в ДНК, связанной с поверхностью эритроцитов и лейкоцитов. Кроме того, циркулирующие внеклеточные ДНК, связанные с клеточной поверхностью, могут быть важным источником для ранней неинвазивной диагностики и мониторинга онкологических заболеваний [13].

У здоровых индивидуумов концентрация внеклеточных нуклеиновых кислот в крови низкая, т.к. погибшие клетки эффективно элиминируются фагоцитами. вкДНК имеет короткий период полураспада (10-15 минут) и попадает главным образом в печень [67, 130].

Накопление ДНК в крови может быть результатом активного высвобождения ДНК, вызванного массивной клеточной гибелью, неэффективным освобождение умерших клеток или комбинацией обоих процессов. Rhodes и коллеги показали [160], что увеличение вкДНК может являться не только предиктором развития сепсиса, но они показали, что пациенты, требующие ренальную поддержку имели значения уроня вкДНК значительно выше, чем пациенты с нормальной функцией почек. К сожалению,

авторы не предоставили информации о функции печени, потому что наибольшая часть вкДНК элиминируется через печень, и только небольшая часть - через почки [67, 128].

Необходимо отметить, что уровень вкДНК плазмы и сыворотки варьирует в зависимости от метода, используемого для выделения и количественного определения (таблица 1).

Таблица 1

Уровень вкДНК в зависимости от процедуры выделения_

Набор для выделения ДНК Источник Количество образцов/объем для выделения/урове нь вкДНК Автор

ChargeSwitch® gDNA Kit Сыворотка 74 образца/ 1мл/8,1 нг/мл-онкологические пациенты, 0,82 нг/мл у здоровых добровольцев) [59]

Triton/Heat/ Phenol protocol (THP) Плазма/сыв оротка 15 образцов/500 мкл/4,73 нг/мл [219]

QIAamp DNA Blood Mini Kit Плазма 45 образцов/1 мл/3,5-67,1 нг/мл [24]

QIAamp DNA Blood Mini Kit Плазма 10 здоровых доноров/3,6- 5,0нг/мл [188]

QIAamp UltraSens Virus Kit Плазма 142 образца/400-800 мкл/ у 41 здоровых индивидуумов(М 13,9нг/мл), у пациентов (М 63,5 нг/мл) [85]

Wizard Plus Mini-Prep DNA Purification System Плазма/сыв оротка/моча 7.4 ng/mL (Ме)/31.7 ng/mL (Ме)/23.7 ng/mL (Ме) [185]

NucleoSpin Plasma XS Kit Плазма 95,5 геном-эквивалентов/мл [173]

Magnetic capture hybridization (MCH) Плазма 286пг/мл [120]

Magnetic bead separation Плазма 2018.83 ± 4.09 геном-эквивалентов/мл [100]

SYBR GOLD Сыворотка 308 ±256 нг/мл 65-877 нг/мл [46, 76]

Zhong X.Y. и др. провели анализ зависимости уровня вкДНК от физиологических параметров, таких как, пол, возраст [226]. Ими были исследованы образцы плазмы и сыворотки 137 здоровых добровольцев. Данные показывают, что уровень вкДНК в сыворотке в 8 раз выше, чем в плазме. Кроме того, не было найдено значимых отличий в уровне вкДНК в зависимости от

гендерной принадлежности и возраста. Ли с соавторами [118] показали, что в сыворотке крови уровень вкДНК на 20 % выше, чем в плазме, что они связывают с разрушением ядросодержащих клеток в процессе свертывания и выходом ДНК из клеток в сыворотку. Однако, некоторые исследования показали, что общее значение концентрации связанной с клеточной поверхностью вкДНК в крови было выше у здоровых мужчин (1030 нг/мл), чем у здоровых женщин (430 нг/мл) [98, 199].

1.2 Источники внеклеточных ДНК

Концентрация вкДНК в крови здоровых индивидуумов ниже, чем у больных рядом заболеваний (таких как онкологические заболевания, сепсис, травмы, инфаркт миокарда), так как большинство погибших клеток эффективно элиминируются из кровотока путем фагоцитоза [224].

Большинство авторов сходятся во мнении, что апоптоз - один из главных источников ДНК плазмы или сыворотки [7]. Дополнительный источник внеклеточной ДНК- лизис клеток путем некроза, спонтанное освобождение вновь синтезированных нуклеиновых кислот, разрушение клеток крови, разрушение некоторых патогенов, например, бактерий или вирусов [22].

Молекулярная масса вкДНК может указывать на ее источник [8]. Например, в процессе апоптоза образуются фрагменты примерно 180 пн, тогда как при некрозе образуются фрагменты с высокой молекулярной массой. Когда вкДНК плазмы или сыворотки разделяют гель-электрофорезом, фрагменты, как правило, образуют лестницу, а не пятно. Фрагменты 180-1000 пн формируются, как правило, в процессе апоптоза. ДНК, освобождающиеся путем некроза представляют собой пятно на электрофореграмме, размер таких фрагментов около 10000 пн [184]. Апоптоз может быть возможным источником вкДНК на основе факта, что вкДНК часто дает на электрофореграмме модель, схожую с той, что дают апоптотические клетки [71]. Однако, следует отметить, что апоптоз - это механизм, предположительно утерянный пролиферирующими опухолевыми клетками и восстановление запрограммированной клеточной гибели в злокачественных клетках требует больших усилий. Кроме того, эпителиальные клетки и макрофаги очищают ДНК-содержащие апоптотические тела без воспалительного ответа [165].

Некроз клеток может быть другим возможным механизмом, потому что высокие количества ДНК найдены в плазме пациентов с большими и прогрессирующими метастатическими опухолями [64, 121]. Некроз опухоли

происходит либо в связи с разрастанием клеток или в ответ на терапию. Внеклеточная ДНК может быть определена во всех биологических жидкостях, например, в моче, синовиальной жидкости, слюне, мокроте. Моча может быть даже лучшим источником вкДНК, чем плазма или сыворотка, т.к. там отсутствуют ферменты, разрушающие ДНК, найденные в сыворотке или плазме [26, 36, 204, 212].

Одним из механизмов появления внеклеточных ДНК может быть спонтанное разрушение опухолевых клеток при микрометастазах. Большое количество инновационных технологий, включая методы для детекции опухолевых клеток - количественная ПЦР с обратной транскрипцией, автоматизированные микроскопические системы, окрашивание специфическими флуоресцентными антителами и др. [151] позволяют определять опухолевые клетки в крови.

Эти методы применимы для различных типов опухоли и обладает чувствительностью до 1 опухолевой клетки на 107 клеток крови [153]. Количество циркулирующих опухолевых клеток, однако, не коррелирует с общим количеством свободной ДНК. Sorenson и др. [176] и Chen и др. [41] посчитали количество ДНК и количество опухолевых клеток в плазме онкологических больных. Для количества ДНК, найденной в плазме, необходимо было от 1000 до 10000 опухолевых клеток на мл, что намного больше, чем число опухолевых клеток, которые обнаружены в плазме.

При исследовании клеточных культур in vitro рядом авторов было показано, что макрофаги могут как активироваться, так и погибать в процессе освобождения ДНК [44]. Фрагменты нуклеиновых кислот также могут активно высвобождаться разными типами клеток [65, 183]. Было подсчитано, что у пациентов с опухолью весом 100 г, что соответствует 3*1010 опухолевых клеток, вплоть до 3.3% опухолевой ДНК может освобождаться в кровь каждый день [50]. В среднем, размер этой ДНК варьирует между небольшими

фрагментами от 70 до 200 пар оснований и очень длинными фрагментами приблизительно 21 т.п.н [95].

Было отмечено, однако, что после радиационной терапии, которая предполагает индукцию клеточной гибели или некроза, наблюдается первоначальное уменьшение уровня вкДНК у 40 % пациентов [180]. Данной группой ученых описано, что снижение уровня вкДНК после первого цикла терапии наблюдалось при стойкой ремиссии, напротив, повышение уровня вкДНК после проведенной терапии указывал на более тяжелое течение заболевания и худший ответ на терапию. При прогнозировании ответа на проводимую терапию, чувствительность теста оценки уровня вкДНК составила 26,9% при 100% специфичности. Оценка прогноза прогрессирования заболевания по уровню вкДНК достигнута при 35,7% чувствительности и 100% специфичности. С другой стороны, столь же вероятно, что сдерживание клеточного роста, вызванное радиотерапией, уменьшает высвобождение ДНК.

Кроме того, одним из факторов, влияющих на элиминацию ДНК плазмы крови, является активность ферментов ДНК-аз. Рядом авторов описано, что ферменты ДНК-азы I и II, которые разрушают ДНК, обладают меньшей активностью при онкологических заболеваниях [17, 18].

Существуют ингибиторы ДНК-аз как в клетках опухоли, так и в здоровых клетках, таких как тромбоциты. Повышенная активность дезоксирибонуклеаз в биологических жидкостях здоровых доноров и пониженная у онкологических больных [8] также может быть одной из причин повышения уровня вкДНК в крови больных онкологическими заболеваниями.

Спонтанное активное высвобождение ДНК опухолью также возможно [177]. Возможно, пролиферирующие опухолевые клетки высвобождают ДНК в циркуляцию, что нельзя не учитывать, т.к. активированные лимфоциты могут освобождать ДНК в условиях шуйш. При исследовании потенциальных механизмов освобождения ДНК в кровоток Sozzi и др. [177] оценили некроз,

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Гнеушева Александра Андреевна, 2018 год

Список литературы

1. Бондарь, А.А. Исследование последовательностей фрагментов внеклеточных ДНК крови здоровых доноров и онкологических больных / А.А. Бондарь, С.Н. Тамкович, И.В. Морозов // Сибирский онкологический журнал. -2009. - №51. - стр.35.

2. Власов, В.В. Уровень внеклеточных нуклеиновых кислот, связанных с поверхностью форменных элементов крови, в диагностике рака молочной железы / В.В.Власов, Н.П. Кузнецова, А.В. Стариков, П.П. Лактионов, Е.Ю.Рыкова, В.И. Пермякова, С.Н. Тамкович, О.Е. Брызгунова // Молекулярная медицина. - 2005. - №2. - стр. 46-50.

3. Гланц, С. Медико-биологическая статистика. Пер. с англ. /С.Гланц. - М., Практика, 1998. — 459 с.

4. Давыдов, М.И. Заболеваемость злокачественными новообразованиями и смертность от них в странах СНГ в 2005 г. / М.И. Давыдов, Е.М. Аксель // Вестн РАМН. - 2007.- №11. - стр. 45-49.

5. Зайцев, В.Г. Перспективы определения ДНК в сыворотке или плазме крови для диагностики и мониторинга онкологических заболеваний /В.Г.Зайцев, В.Н. Скворцов // РМЖ. - 2009 . - №13.-стр.864.

6. Каприн, А.Д. Состояние онкологической помощи населению России в 2016 году / А.Д. Каприн, В.В. Старинский, Г.В. Петрова - М.: МНИОИ им. П.А. Герцена - филиал ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России, 2017. - илл. - 236 с.

7. Ковалева, Ю. А. Определение внеклеточных ДНК крови клиническое и диагностическое значение / Ю.А. Ковалева, А. А.Хасанов, Л. М. Сингатуллина // Практическая медицина. - 2010 .- №43.-стр.63.

8. Кондратова, В.Н. Внеклеточные нуклеиновые кислоты как маркеры опухолевого роста/ В.Н. Кондратова, И.В. Ботезату, В.П. Шелепов, А.В. Лихтенштейн // Российский Биотерапевтический журнал. - 2013. - №3.- стр. 3-7.

9. Кушлинский, Н.Е. Биологические маркеры опухолей: фундаментальные клинические исследования / Н.Е.Кушлинский, М.А.Красильникова. - М.: Издательство РАМН, 2017.-632 с.

10. Маршалл, В.Д. Клиническая биохимия: Пер. с англ. / В.Д. Маршалл -Москва : Бином, 2001. - стр. 373.

11. Пасечников, В.Д. Эпидемиология рака желудка / В.Д.Пасечников // Рос. журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. - 2002. - № 3. - стр. 18-26.

12. Реброва, О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA/ О.Ю.Реброва - Москва : МедиаСфера, 2003.-стр.312.

13. Рыкова, Е.Ю. Циркулирующие внеклеточные ДНК и РНК в крови в диагностиске опухолей молочной железы / Е.Ю. Рыкова, Т.Э. Скворцова // Биомедицинская химия. - 2008 .- №1. - стр. 94-102.

14. Тамкович, С.Н. Циркулирующие нуклеиновые кислоты в крови больных раком желудка и толстой кишки / С.Н. Тамкович, О.Е. Брызгунова, Е.Ю. Рыкова, Е.В.Колесникова, П.И.Шелестюк, П.П.Лактионов, В.В. Власов // Биомедицинская химия. - 2005 . - стр. 321-328.

15. Тамкович, С.Н. Циркулирующие ДНК в крови и их использование в медицинской диагностике / С.Н.Тамкович, В.В. Власов // Молекулярная биология. - 2008 . - №1. - стр. 12-23.

16. Тамкович, С.Н. Современные методы диагностики рака молочной железы/ Тамкович, С.Н. Войцицкий В.Е., Лактионов П.П. // Биомедицинская химия. - 2014 . - №2. - стр. 141-161.

17. Тамкович, С.Н. Уровень внеклеточных нуклеиновых кислот в плазме крови здоровых доноров и больных с опухолями молочной железы / Тамкович С.Н. Лактионов П.П., Рыкова Е.Ю., Стариков А.В., Скворцова Т.Э., Кузнецова

Н.П., Пермякова В.И., Власов В.В. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2005 . - №. 4. - стр. 462-464.

18. Тамкович, С.Н. Активность дезоксирибонуклеаз в биологических жидкостях здоровых доноров и онкологических больных / Тамкович С.Н. Черепанова А.В., Брызгунова О.Е., Колесникова Е.В., Пермякова В.И., Власов В.В., Лактионов П.П. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. -2008. - № 7. - стр. 97-100.

19. Технологии лабораторные клинические. Требования к качеству клинических лабораторных исследований. Часть 2. Оценка аналитической надёжности методов исследования (точность чувствительность, специфичность) ГОСТ Р 53022.3-2008 - Москва :Стадартинформ, 2009. -стр. 23.

20. Чиссов, В.И. Состояние онкологической помощи населению Российской Федерации / Чиссов В.И. Старинский В.В., Ковалев Б.Н. и др. // Рос. онкол. журн. - 2000 . - №1. - стр. 5-12.

21. Чиссов, В.И. Злокачественные новообразования в России в 2009 году/ Чиссов В.И. Старинский В.В., Петрова Г.В. - Москва : ФГУ «МНИОИ им. П.А. Герцена Минздравсоцразвития России», 2011.-стр.59.

22. Agostini, M. Circulating cell-free DNA: A promising marker of regional lymphonode metastasis in breast cancer patients / Agostini M. Enzo M.V., Bedin C., Belardinelli V., Goldin E., del Bianco P., Maschietto E., D'Angelo E., Izzi L., Saccani A., et al. // Cancer Biomarker. - 2012 . - №5- P. 89-98.

23. Ai ,B Circulating cell-free DNA as a prognostic and predictive biomarker in non-small cell lung cancer/ Ai. B // Oncotarget. - 2016.- №7. - P. 44583-44595.

24. Altimari, A Diagnostic role of circulating free plasma DNA detection in patients with localized prostate cancer / Altimari A D'Errico Grigioni A, Benedettini E, Gabusi E, Schiavina R, Martinell A, Morselli-Labate AM, Martorana G, Grigioni WF, Fiorentino M. // Clin Pathol. - 2008 . - №129. - P.756-762.

25. Altman, D.G. Statistics with confidence 2d Ed./ Altman, D.G. - BMJ Publishing, 2000. - P. 240.

26. Alves, G. DNA release by line-1 (L1) retrotransposon. Could it be possible? / Alves G. ,Kawamura M.T., Nascimento P., Maciel C., Oliveira J.A., Teixeira A., da Carvalho M.G. // Ann. N.Y. Acad. Sci. - 2000 . - № 906. - P. 129-133.

27. Amoura, Z Circulating plasma levels of nucleosomes in patients with systemic lupus erythematosus: correlation with serum antinucleosome antibody titers and absence of clear associate/ Amoura Z, Piette JC, Chabre H, Cacoub P, Papo T, Wechsler B, Bach JF, Koutouzov S // Arthritis Rheum. - 1997. - №. 40. - P. 22172225.

28. An,Q. Detection of p16 hypermethylation in circulating plasma DNA of non-small cell lung cancer patients / An Q., Liu Y., Gao Y., Huang J., Fong X., Li L., Zhang D., Cheng S. // Cancer Lett. - 2002 . - №188. - P. 109-114.

29. Bartels, S. Molecular Analysis of Circulating Cell-Free DNA from Lung Cancer Patients in Routine Laboratory Practice: A Cross-Platform Comparison of Three Different Molecular Methods for Mutation Detection /Bartels S., Persing S, Hasemeier B, Schipper E, Kreipe H, Lehmann U.// J Mol Diagn.- 2017.-19(5):722-732.

30. Bastian, PJ Prognostic value of preoperative serum cell-free circulating DNA in men with prostate cancer undergoing radical prostatectomy / Bastian, PJ , Palapattu GS, Yegnasubramanian S, Lin X, Rogers CG, Mangold LA, Trock B, Eisenberger M, Partin AW, Nelson WG. // Clin Cancer Res. - 2007. -№ 15. - P. 5361-5367.

31. Beau-Faller, M Plasma DNA microsatellite panel as sensitive and tumor-specific marker in lung cancer patients / Beau-Faller M., Gaub M., Schneider A, Ducrocq X., Massard G., Gasser B., Chenard M., Kessler R., Anker P., Stroun M., Weitzenblum E., Pauli G., Wihlm J., Quoix E., Oudet P.:// Int J Cancer. - 2003. -№105. - P. 361-370.

32. Bhayal, A.C. Role of tumor necrosis factor-a-308 G/A promoter polymorphism in gastric cancer / Bhayal A.C., Krishnaveni D., Rangarao K.P., Bogadi V., Suman C., Jyothy A., Nallari P., Venkateshwari A. // Gastroenterol.- 2013. - №19. - P. 182186.

33. Board, R.E. Isolation and extraction of circulating tumor DNA from patients with small cell lung cancer / Board R.E., Williams V.S., Knight L., Shaw J., Greystoke A., Ranson M., Dive C., Blackhall F.H., Hughes A. // Ann. N.Y. Acad. Sci. - 2008 . -№ 1137. - P. 98-107.

34. Board, R Detection of PIK3CA mutations in circulating free DNA in patients with breast cancer / Board R., Wardley A.M., Dixon J.M., Armstrong A., Howell S., Renshaw L., Donald E., Greystoke A., Ranson M., Hughes A., Dive C. // Breast Cancer Res Treat. - 2010. - №120. - P. 461-467.

35. Brisson-Noel, A Diagnosis of tuberculosis by DNA amplification in clinical practice evaluation / Brisson-Noel A., Aznar C., Chureau C., Nguyen S., Pierre C // Lancet. - 1991. - №338. - P. 364-366.

36. Bryzgunova, O.E. Isolation and comparative study of cell-free nucleic acids from human urine / Bryzgunova O.E., Skvortsova T.E., Kolesnikova E.V., Starikov A.V., Rykova E.Y., Vlassov V.V., Laktionov P.P. // Ann.N.Y. Acad. Sci.. - 2006 . -№ 1075. - P. 334-340.

37. Cao, B. The role of cell-free DNA in predicting colorectal cancer prognosi / Cao B // Expert Rev Gastroenterol Hepatol.-2017.-№7.- P. 1-10.

38. Chiung-Yuan, Hsu Circulating cell-free DNA levels correlate with post resuscitation survival rates in out-of-hospital cardiac arrest patients / CH Huang MST Chiung-Yuan, Hsu, Huei-Wen Chen, Tzung-Dau Wang, Wei-Tien Chang // Resuscitation . - 2012. - № 83. - P. 213-218.

39. Chae, Y.K./ Concordance between genomic alterations assessed by next-generation sequencing in tumor tissue or circulating cell-free DNA//Chae YK, Davis AA, Carneiro BA, Chandra S, Mohindra N, Kalyan A, Kaplan J, Matsangou M, Pai

S, Costa R, Jovanovic B, Cristofanilli M, Platanias LC, Giles FJ/Oncotarget. -2016.-№ 4;7(40):65364-65373.

40. Chan, KC Molecular characterization of circulating EBV-DNA in the plasma of nasopharyngeal carcinoma and lymphoma patients / Chan K.C., Zhang J., Chan A.T., Lei K.I., Leung S.F., Chan L.Y., et al. // Cancer Res. - 2003. - № 63. - P. 20282032.

41. Chen, X. Detecting tumor-related alterations in plasma or serum DNA of patients diagnosed with breast cancer / Chen. X., Bonnefoi H., Diebold-Berger S., Lyautey J., Lederrey C., Faltin-Traub E., et al. // Cancer Res. - 1999. - P. 2297-2303.

42. Chiminqgi, M. Specific real-time PCR vs. fluorescent dyes for serum free DNA quantification / Chiminqgi M., Moutereau S., Pernet P., Conti M., Barbu V., Lemant J., Sacko M., Vaubourdolle M., Loric S. // Clin. Chem. Lab. Med. - 2007. -№45. - P. 993-995.

43. Chiu, R. Effects of blood-processing protocols on fetal and total DNA quantification in maternal plasma / Chiu, R., Poon L., Lau T., Leung T., Wong E., Lo Y. // Clin.Chim. - 2001 . - №47. - P. 1607-1613.

44. Choi, J. J. The role of macrophages in the in vitro generation of extracellular DNA from apoptotic and necrotic cells/ Choi J. J., Reich, Pisetsky, D. S. // Immunology. - 2005 . - № 115. - P. 55-62.

45. Cooke, S. Circulating DNA and next-generation sequencing / Cooke S., Campbell P. // Recent Results Cancer Res. - 2012 . - № 195. - P. 143-149.

46. Czeiger, D. Measurement of circulating cell-free DNA levels by a new simple fluorescent test in patients with primary colorectal cancer / Czeiger D., Shaked G, Eini H, Vered I, Belochitski O, Avriel A, Ariad S, Douvdevani A.. // Am J Clin Pathol. - 2011. - № 135. - P. 264-270.

47. Davis, L.Detection of circulating DNA by counterimmunoelectrophoresis (CIE)/ Davis L , Davis J // Arthritis Rheum. - 1999 . - P. 52-58.

48. de Kok, JB Use of real-time quantitative PCR to compare DNA isolation methods / de Kok J.B., Hendriks J.C., van Solinge W.W., Willems H.L., Mensink

E.J., et al. // Clin Chem. - 1998 .. - 49. - P. 1953-1955.

49. Dennis, Y. M. Kinetics of Plasma Epstein-Barr Virus DNA during Radiation Therapy for Nasopharyngeal Carcinoma / Dennis Y. M., Lisa Y. S., Anthony T. C. // Cancer research. - 2000 . - № 60. - P. 2351-2355.

50. Diehl, F. Detection and quantification of mutations in the plasma of patients with colorectal tumors / Diehl F. // Proc. Natl Acad. Sci.. - 2005. - №102. - P. 16368-16373.

51. Diehl, F Circulating mutant DNA to assess tumor dynamics / Diehl

F., Schmidt K., Choti M.A., Romans K., Goodman S., Li M., Thornton K., Agrawal N., Sokoll L., Szabo S.A., Kinzler K.W. // Nat Med.- 2008 . - №14. - P. 985-90.

52. Dobrzycka, B Circulating free DNA and p53 antibodies in plasma of patients with ovarian epithelial cancers / Dobrzycka B., Terlikowski S.J., Kinalski M., Kowalczuk O., Niklinska W., Chyczewski L. // Ann Oncol.. - 2011. - №22. -P. 1133-1140.

53. Domínguez G., Carballido, J., Silva, J., Silva, J. M., García, J. M., Menéndez, J., Provencio, M., España, P., & Bonilla, F. p14ARF Promoter Hypermethylation in Plasma DNA as an Indicator of Disease Recurrence in Bladder Cancer Patients // Clinical Cancer reaearch. - 2002 r. -P. 980-985.

54. Dorjgochoo, T. No association between genetic variants in angiogenesis and inflammation pathway genes and breast cancer survival among Chinese women / Dorjgochoo T., Zheng Y., Gao Y.T., Ma X., Long J., Bao P., Zhang B., Wen W., Lu W., Zheng W. // Cancer Epidemiol . - 2012 .-№5.- P.9-17.

55. Duan, H./ Comparison of EGFR mutation status between plasma and tumor tissue in non-small cell lung cancer using the Scorpion ARMS method and the possible prognostic significance of plasma EGFR mutation status/Duan H, Lu J, Lu

T, Gao J, Zhang J, Xu Y, Wang M, Wu H, Liang Z, Liu T./ Int J Clin Exp Pathol. -2015.-№1;8(10):13136-45

56. Duell, E.J. Genetic variation in CYP17A1 and pancreatic cancer in a population-based case-control study in the San Francisco Bay area / Duell E.J., Holly E.A., Kelsey K.T., Bracci P.M. // Int. J. Cancer. - 2010. -№ 126. - P. 790-795.

57. Ebert, M. Aristaless-like Homeobox-4 Gene Methylation Is a Potential Marker for Colorectal Adenocarcinomas / Ebert M., Model, F., Mooney, S., Hale, K., Lograsso, J., Tonnes-Priddy, L., Hoffmann, J., Csepregi, A., Röcken, C., & Molnar, B. // Gastroenterology. - 2006 . -P. 1418-1430.

58. Elena, Y. Extracellular DNA in breast cancer / Elena Y., Rykova P.P.,T. Skvortsova, Andrey V Starikov, Nina P Kuznetsova, Valentin V Vlassov // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2006 . - №1022. - P. 217-220.

59. Ellinger, J Cell-free circulating DNA: diagnostic value in patients with testicular germ cell cancer / Ellinger J., Wittkamp V., Albers P., Perabo F.G., Mueller S.C., von Ruecker A., Bastian P.J. // J Urol. . - 2009 . - №181. - P. 363-367.

60. Esteller, M Detection of aberrant promoter hypermethylation of tumor suppressor genes in serum DNA from non-small cell lung cancer patients / Esteller M., Sanchez-Cespedes M., Rosell R., Sidransky D., Baylin S.B., Herman J.G. // Cancer Res. - 1999. - №59. - P. 67-70.

61. Forshew, T. Noninvasive identification and monitoring of cancer mutations by targeted deep sequencing of plasma DNA / Forshew T., Murtaza M., Parkinson C., Gale D., Tsui D.W., Kaper F., Dawson S.J., Piskorz A.M., Jimenez-Linan M., Bentley D., et al. // Sci. Transl. Med.. - 2012. - doi:10.1126.

62. Foss, A.J. The detection of melanoma cells in peripheral blood by reverse transcription-polymerase chain reaction / Foss A.J. , Guille M.J., Occleston N.L., Hykin P.G., Hungerford J.L., Lightman S. // Br J Cancer. - 1995 . - P. 155-159.

63. Fraser, C.G. Biological Variation: From Principles to Practice / Fraser C.G. -AACCPress Washington, 2001. - P. 151.

64. Fujiwara, Y Plasma DNA microsatellites as tumor-specific markers and indicators of tumor progression in melanoma patients / Fujiwara Y.,Chi D.D., Wang H., Keleman P., Morton D.L., Turner R., et al. // Cancer Res. - 1999. -P. 1567-1571.

65. Gahan, P. B. Circulating nucleic acids in plasma and serum. Recent developments / Gahan P. B. Swaminathan, R. // Ann. N. Y Acad. Sci. - 2008. - № 1137. - P. 1-6.

66. Galeazzi, M. Dosage and characterization of circulating DNA: present usage and possible applications in systemic autoimmune disorders / Galeazzi M., Morozzi G., Piccini M., Chen J., Bellisai F., Fineschi S. // Autoimmune Rev. - 2003. - P. 5055.

67. Gauthier, V.J. Blood clearance kinetics and liver uptake of mononucleosomes in mice / Gauthier V.J., Tyler LN, Mannik M. // J Immunol. - 1996 . - №156. - P. 1151-1156.

68. Gdowicz-Klosok, A. The influence of XPD, APE1, XRCC1, and NBS1 polymorphic variants on DNA repair in cells exposed to X-rays / Gdowicz-Klosok A., Widel M, Rzeszowska-Wolny J. // Mutat Res. - 2013. - № 755. - P. 42-48.

69. Gedvilaite, V. Cell-free DNA in non-small cell lung cancer / Gedvilaite V./ Acta Med Litu.-№ 24.-P. 138-144.

70. Gevensleben, H. Noninvasive detection of HER2 amplification with plasma DNA digital PCR / Gevensleben H., Garcia-Murillas I., Graeser M.K., Schiavon G., Osin P., Parton M., Smith I.E., Ashworth A., Turner N.C. // Clin. Cancer Res. - 2013 . - № 19. - P. 3276-3284.

71. Giacona, M.B. Cell-free DNA in human blood plasma: length measurements in patients with pancreatic cancer and healthy controls / Giacona M.B., Ruben G.C., Iczkowski K.A., Roos T.B., Porter D.M., Sorenson G.D. // Pancreas. - 1998 .- P. 8997.

72. Ginkel, Joost H. Preanalytical blood sample workup for cell- free DNA analysis using Droplet Digital PCR for future molecular cancer diagnostics / Ginkel

Joost H, Daan A. van den Broek, Joyce van Kuik, Dorothe Linders, Roel de Weger, Stefan M. Willems & Manon M. H. Huibers. // Cancer Medicine.- 2017.-6(10).-P. 2297-2307

73. Goebel, G Circulating nucleic acids in plasma or serum (CNAPS) as prognostic and predictive markers in patients with solid neoplasias / Goebel G., Zitt M and Muller H.// Dis Markers. - 2005. - № 21. - P. 105-120.

74. Goessl, C Microsatellite analysis of plasma DNA from patients with clear cell renal carcinoma / Goessl C., Heicappell R., Munker R., Anker P., Stroun M., Krause H., Muller M., Miller K. // Cancer Res. - 1998 . - №58. - P. 4728-4732.

75. Goessl, C. Fluorescent methylation-specific polymerase chain reaction for DNAbased detection of prostate cancer in bodily fluids / Goessl C., Krause H., Müller M., Heicappell R., Schrader M., Sachsinge J., Miller K. // Cancer Research. -2000. - №60. - P. 5941-5945.

76. Goldshtein, H. A rapid direct fluorescent assay for cell-free DNA quantification in biological fluids / Goldshtein H., Hausmann M.J., Douvdevani A. // Ann. Clin. Biochem.- 2009 . -№ 46. - P. 488-494.

77. Gonzalez, R. Aberrant DNA methylation of the p16INK4a gene in plasma DNA of breast cancer patients / Gonzalez R., Garcia, J. M., Corbacho C., Provencio M., Espana P., Bonilla F., Silva J. M., Dominguez G., Villanueva// Br J Cancer. -1999 . - №80. - P. 1262-1264.

78. Greenblatt, MS Mutations in the p53 tumor suppressor gene: clues to cancer etiology and molecular pathogenesis / Greenblatt MS, Bennett WP, Hollstein M, Harris CC// Cancer Res. - 1994. - № 54. - P. 4855-4858.

79. Gross, HJ Model study detecting breast cancer cells in peripheral blood mononuclear cells at frequencies as low as 10-7/ Gross HJ, Verwer B, Houck D, Hoffman RA, Recktenwald D // Proc Natl Acad Sci. - 1995 . - №92. - P. 537-541.

80. Harris, E.K. On the Calculation of a "Reference Change" for Comparing Two Consecutive Measurements / Harris E.K., Yasaka T. // Clin.Chem. - 1993. - № 1. -P. 25-30.

81. Herman, J.G. Circulating methylated DNA / Herman J.G. // Ann. N. Y. Acad. Sci.- 2004. - № 1022. - P. 33-39.

82. Heyn, H. DNA methylation contributes to natural human variation/ Heyn H., Moran S., Hernando-Herraez I., Sayols S., Gomez A., Sandoval J., Monk D., Hata K., Marques-Bonet T., Wang L., et al. // Genome Res. - 2013. -№23. - P. 1363-1372.

83. Higgins JPT, Green S, editors. Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions 4.2.6 [updated September

2006].http://www.cochrane.org/resources/handbook/hbook.htm (accessed 6th October 2006).

84. Hodges, E. High definition profiling of mammalian DNA methylation by array capture and single molecule bisulfite sequencing / Hodges E ., Smith A.D., Kendall J., Xuan Z., Ravi K., Rooks M., Zhang M.Q., Ye K., Bhattacharjee A., Brizuela L., et al. // Genome Res. - 2009 . - №19. - P. 19.

85. Hohaus, S. Cell-free circulating DNA in Hodgkin's and non-Hodgkin's lymphomas / Hohaus S., Giachelia M., Massini G., Mansueto G., Vannata B., Bozzoli V., Criscuolo M., D'Alo F., Martini M., Larocca L.M., Voso M.T., Leone G. // Ann Oncol. - 2009 . - № 20. - P. 1408-1413.

86. Holdenrieder, S. Nucleosomes in serum as a marker for cell death / Holdenrieder S. , Stieber P., Bodenmuller H., Fertig G., Furst H., Schmeller N., Untch M., Seidel D. // Clin Chem Lab Med. - 2001 . - № 39. - P. 596-605.

87. Holdenrieder, S. Cell-free DNA in serum and plasma: comparison of ELISA and quantitative PCR / Holdenrieder S., Stieber P., Chan L.Y., Geiger S., Kremer A., Nagel D., Lo Y.M .// Clin Chem. - 2005. - № 51. - P. 1544-1546.

88. Holmberg, R.C. Akonni TruTip® and Qiagen® methods for extraction of fetal circulating DNA—evaluation by real-time and digital PCR / Holmberg R.C.,

Gindlesperger A., Stokes T., Lopez D., Hyman L., Freed M., Belgrader P., Harvey J., Li Z. // PLoS One. - 2013. - №8:e73068.

89. Horvath, A. Novel insights into breast cancer genetic variance through RNA sequencing / Horvath A., Pakala S.B., Mudvari P., Reddy S.D. // Sci. Rep.. - 2013. -№3.-P.2256.

90. http : //www.ebiotrade.com/buyf/productsf/qiagen/QIAamp_system.htm.

91. http://www.findpatent.ru/patent/240/2405837.html.

92. Ibanez, de Caceres Tumor cell-specific BRCA1 and RASSF1A hypermethylation in serum, plasma, and peritoneal fluid from ovarian cancer patients / Ibanez de Caceres I., Battagli C., Esteller M., Herman J.G., Dulaimi E., et al. // Cancer Res. - 2004.- № 64. - P. 6476-6481.

93. Imamura, F. Early responses of EGFR circulating tumor DNA to EGFR tyrosine kinase inhibitors in lung cancer treatment/Imamura F, Uchida J, Kukita Y, Kumagai T, Nishino K, Inoue T, Kimura M.// Oncotarget. -2016.-№ 7(44).-P. 71782-71789.

94. Iriyama, C. Using peripheral blood circulating DNAs to detect CpG global methylation status and genetic mutations in patients with myelodysplastic syndrome / Iriyama C., Tomita A., Hoshino H., Adachi-Shirahata M., Furukawa-Hibi Y., et al. // Biochem Biophys Res Comm. - 2012 . - № 419. - P. 662-669.

95. Jahr, S. DNA fragments in the blood plasma of cancer patients: quantitations and evidence for their origin from apoptotic and necrotic cells/ Jahr S. // Cancer Res. - 2001 .- № 61. - P. 1659-1665.

96. Jeronimo, C. Quantitative GSTP1 hypermethylation in bodily fluids of patients with prostate cancer / Jeronimo C.,Usadel, H., Henrique, R., Silva, C., Oliveira, J., Lopes, C.,Sidransky, D. // Urology. - 2002 . -№ 60. - P. 1131-1135.

97. Jiang, Y Dynamic monitoring of plasma circulating DNA in patients with acute myeloid leukemia and its clinical significance / Jiang Y., Pan S.Y., Xia W.Y., Chen D., Wang H., et al. // Molecular Biomarkers & Diagnosis. - 2012. - № 20. - P. 53-56.

98. Jin, D. Circulating DNA-important biomarker of cancer / Jin D., Xie S., Mo Z., Liang Y., Guo B., Yu M. // Mol. Biomarkers Diagn. - 2012. - doi: 10.4172/21559929.

99. Jing, R.R. A sensitive method to quantify human cell-free circulating DNA in blood: Relevance to myocardial infarction screening / Jing, R.R., Wang H.M., Cui M., Fang M.K., Qiu X.J., Wu X.H., Qi J., Wang Y.G., Zhang L.R., Zhu J.H., Ju S.Q. // Clin Biochem. - 2011. - № 44. - P. 1074-1079.

100. Jorgez, C.J. Quantity versus quality: optimal methods for cell-free DNA isolation from plasma of pregnant women / Jorgez, C.J., Dang D.D., Simpson J.L., Lewis D.E., Bischoff F.Z. // Genet Med. - 2006 . - № 10. - P. 615-619.

101. Jovelet, C. M. (2017, Aug 22). Crystal digital droplet PCR for detection and quantification of circulating EGFR sensitizing and resistance mutations in advanced non-small cell lung cancer / Jovelet C. M. //PLoS One.-2017.-№ 12.- P. e0183319.

102. Juulia, J. Circulating cell-free DNA is associated with mortality and inflammatory markers in nonagenarians / Juulia J., Marja J.,Terho L., Antti H., Mikko H. // The Vitality Study. Exp Gerontol. - 2012. - № 47. - P. 372-378.

103. Kerr, J.F. Apoptosis. Its significance in cancer and cancer therapy / Kerr, J.F., Winterford C.M., Harmon B.V.// Cancer. - 1994. - № 73. - P. 2013-2026.

104. Kim, J.C. The balancing act of DNA repeat expansions / Kim J.C., Mirkin S.M. // Curr. Opin. Genet. Dev. - 2013. - № 23. - P. 280-288.

105. Kirsch, C. An improved method for the isolation of free-circulating plasma DNA and cell-free DNA from other body fluids / Kirsch C., Weickmann S., Schmidt B., Fleischhacker M. // Ann. N. Y. Acad. Sci. - 2008 . - № 1137. - P. 135-139.

106. Kohler, Corina. Cell free DNA in the Circulation as a Potential Cancer Biomarker / Kohler Corina., Barekati Zeinab, Radpour Ramin // Anticancer Res. -2011. - № 31. - P. 2623-2628.

107. Kolesnikova, E.V. Circulating DNA in the blood of gastric cancer patients / Kolesnikova E.V., Tamkovich S.N., Bryzgunova O.E., Shelestyuk P.I., Permyakova

V.I., Vlassov V.V., Tuzikov A.S., Laktionov P.P., Rykova E.Y. // Ann. N.Y. Acad. Sci. - 2008 . - № 1137. - P. 226-231.

108. Kumar, S. R. Plasma DNA level in predicting therapeutic efficacy in advanced nonsmall cell lung cancer / Kumar S. R., Guleria, V. Singh, A.C. Bharti, A. Mohan and B.C. Das // Eur Respir. - 2010. -№4. - P. 885-892.

109. Kurakawa, E. Hypermethylation of p16INK4 a) and p15 (INK4b) genes in non-small cell lung cancer / Kurakawa E., Shimamoto, T., Utsumi, K., Hirano, T., Kato, H., & Ohyashiki, K. //International journal og oncology. -2001. -№19. - P. 277.

110. Kwee, S. Measurement of circulating cell-free DNA in relation to 18F-fluorocholine PET/CT imaging in chemotherapy-treated advanced prostate cancer / Kwee S., Song M.A., Cheng I., Loo L., Tiirikainen M. // Clin Transl Sci . - 2012 . -№ 3. - P. 65-70.

111. Lacroix, J. Sensitive detection of rare cancer cells in sputum and peripheral blood samples of patients with lung cancer by preproGRP-specific RT-PCR / Lacroix J., Becker H.D., Woerner S.M., Rittgen W., Drings P., von Knebel Doeberitz M. // Int J Cancer. - 2001. - № 92. - P. 1-8.

112. Laktionov, P.P. Cell-surface-bound nucleic acids: Free and cell-surface-bound nucleic acids in blood of healthy donors and breast cancer patients / Laktionov P.P., Tamkovich S.N., Rykova E.Y., Bryzgunova O.E., Starikov A.V., et al. // Ann N Y Acad Sci. - 2004. - № 1022. - P. 221-227.

113. Laktionov, P.P. Extracellular circulating nucleic acids in human plasma in health and disease / Laktionov P.P., Tamkovich S.N., Rykova E.Y., Bryzgunova O.E., Starikov A.V., Kuznetsova N.P., et al. // Nucleic Acids. - 2004. - P. 879-883.

114. Lam, N. Y. L., T. H. Rainer, R. W. K. Chiu, and Y. M. D. Lo. 2004. EDTA is a better anticoagulant than heparin or citrate for delayed blood processing for plasma DNA analysis. Clin. Chem. 50:256-257. 23.

115. Landmark-H0yvik, H., Genome-wide association study in breast cancer survivors reveals SNPs associated with gene expression of genes belonging /

Landmark-H0yvik H., Dumeaux V., Nebdal D., Lund E., Tost J., Kamatani Y., Renault V., B0rresen-Dale A.L., Kristensen V., Edvardsen H. // Genomics. - 2013. -№ 102. - P. 278-287.

116. Lecomte, T. Detection of free- circulating tumor- associated DNA in plasma of colorectal cancer patients and its association with prognos / Lecomte T., Berger, A., Zinzindohoue, F., Micard, S., Landi, B., Blons, H.,Beaune, P., Cugnenc, P. H., & Laurent- Puig, P. // International journal of cancer. - 2002. - P. 542-548.

117. Lee, T. L. Detection of gene promoter hypermethylation in the tumor and serum of patients with gastric carcinoma / Lee T. L., Leung, W. K., Chan, M. W. Y., Ng, E. K. W., Tong, J. H. M., Lo., K. W., Chung, S. C. S., Sung, J. J. Y., & To, K. F. // Clinical Research. - 2002 . -P. 1761-1766.

118. Lee, T.H. Quantitation of genomic DNA in plasma and serum samples: higher concentrations of genomic DNA found in serum than in plasma / Lee T.H., Montalvo L., Chrebtow V., Busch M.P. // Transfusion .- 2001 . - № 41. - P. 276-282.

119. Lee, Y.J. Circulating cell-free DNA in plasma of never smokers with advanced lung adenocarcinoma receiving gefitinib or standard chemotherapy as first-line therapy / Lee Y.J., Yoon K.A., Han J.Y., et al // Clin Cancer Res.- 2011. - № 17. - P. 5179-5187.

120. Legler, T.J. Specific magnetic bead-based capture of free fetal DNA from maternal plasma / Legler T.J., Liu Z., Heermann K.H., Hempel M., Gutensohn K., Kiesewetter H., Pruss A. // Transfus Apher Sci. - 2009. - № 40. - P. 153-157.

121. Li, C.N. Cell-free DNA is released from tumor cells upon cell death: a study of tissue cultures of tumor cell lines / Li C.N., Hsu H.L., Wu T.L., Tsao K.C., Sun C.F., Wu J.T. // Clin Lab Anal. - 2003. -№17. - P. 103-107.

122. Li, L. DNA methylation in peripheral blood: A potential biomarker for cancer molecular epidemiology / Li L., Choi J.Y., Lee K.M., Sung H., Park S.K., Oze I., Pan K.F., You W.C., Chen Y.X., Fang J.Y., et al. // Epidemiol. - 2012 . - № 22. - P. 384394.

123. Li,Y. Clinical validation of a highly sensitive assay to detect EGFR mutations in plasma cell-free DNAfrom patients with advanced lung adenocarcinoma. Li Y., Xu H, Su S, Ye J, Chen J, Jin X, Lin Q, Zhang D, Ye C, Chen C.// PLoS One. 2017 Aug 22;12(8).

124. Lichtenstein, A.V. Circulating nucleic acids and apoptosis / Lichtenstein A.V., Melkonyan H.S., Tomei L.D., Umansky S.R. // Ann N Y Acad Sci. - 2001. - № 945. -P. 239-249.

125. Liggett, T. Differential methylation of cell-free circulating DNA among patients with pancreatic cancer versus chronic pancreatitis / Liggett T., Melnikov A., Yi Q.L., Replogle C., Brand R., Kaul K., Talamonti M., Abrams R.A., Levenson V. // Cancer. - 2010. - №11. - P. 1674-1680.

126. Liu, W. (2017, Jun 7). Circulating tumor cells in prostate cancer: Precision diagnosis and therapy / Liu W. // Oncol Lett. - №14.-P. 1223-1232.

127. Liu, Y. Hypermethylation of p16INK4a in Chinese lung cancer patients: Biological and clinical implications. Real-time PCR for hypermethylated genes / Liu Y., An Q., Li L., Zhang D., Huang J., Feng X., Cheng S., Gao Y. // Carcinogenesis. -2003. - № 24. - P. 1897-1901.

128. Lo,Y.M. Plasma DNA as a prognostic marker in trauma patients / Lo Y.M., Rainer T.H., Chan L.Y., Hjelm N.M., Cocks R.A. // Clin Chem. - 2000. - №46. - P. 319-323.

129. Lo,Y.M. Quantitative analysis of fetal DNA in maternal plasma and serum: implications for noninvasive prenatal diagnosis / Lo Y.M., Tein M.S., Lau T.K., Haines C.J., Leung T.N., Poon P.M., Wainscoat J.S., Johnson P.J., Chang A.M., Hjelm N.M. // Am J Hum Genet. - 1998. - № 62. - P. 768-775.

130. Lo, Y.M. Rapid clearance of fetal DNA from maternal plasma / Lo Y.M., Zhang J., Leung T.N., Lau T.K., Chang A.M., Hjelm N.M. // Am J Hum Genet. -1999. -№ 64. - P. 218-224.

131. Lofton-Day, C. DNA methylation biomarkers for blood-based colorectal cancer screening / Lofton-Day C., Model, F., De Vos, T., Tetzner, R., Distler, J., Schuster, M., Song, X., Lesche, R., Liebenberg, V., & Ebert, M. // Clinical chemistry. - 2008 . - №6.- P. 414-423.

132. Long, X.D. Genetic polymorphisms in DNA repair genes XRCC4 and XRCC5 and aflatoxin B1-related hepatocellular carcinoma / Long X.D., Zhao D., Wang C., Huang X.Y., Yao J.G., Ma Y., Wei Z.H., Liu M., Zeng L.X., Mo X.Q., et al. // Epidemiology - 2013. -№ 24. - P. 671-681.

133. Luger, K Structure and dynamic behavior of nucleosomes / Luger K. // Curr Opin Genet Dev. - 2003. - № 13. - P. 127-135.

134. Mandelep, P. Les acides nucléiques du plasma sanguin chez l'homme / Mandelep P., Metaisp P. // CR Seances Soc Biol Fil. - 1948. - № 142. - P. 241-243.

135. Mao, L. Detection of oncogene mutations in sputum precedes diagnosis of lung cancer / Mao L., Hruban R.H., Boyle J.O., Tockman M., Sidransky D. // Cancer Res. - 1994. - № 54. - P. 1634-1637.

136. Maria, Chimonidou. SOX17 Promoter Methylation in Circulating Tumor Cells and Matched Cell-Free DNA Isolated from Plasma of Patients with Breast Cancer / Maria Chimonidou., Areti Strati,Nikos Malamos,Vasilis Georgoulias, and Evi S. Lianidou // Clinical Chemistry. - 2013. - № 59. - P. 270-279.

137. Merlo, Herman. 5' CpG island methylation is associated with transcriptional silencing of the tumor suppressor p16, CDKN2/MTS1 in human cancers / Merlo, Herman JG, Mao L., Lee D.J., Gabrielson E., Burger P.C., et al. // Nat Med. - 1995. -P. 686-692.

138. Messaoudi, S. Circulating cell free DNA: Preanalytical considerations / Messaoudi, S., Rolet F., Mouliere F., Thierry A.R. // Clin. Chim. Acta.- 2013. -№424. - P. 220-230.

139. Miotto, E. Frequent aberrant methylation of the CDH4 gene promoter in human colorectal and gastric cancer / Miotto E., Sabbioni, S., Veronese, A., Calin, G.

A., Gullini, S., Liboni, A., Gramantieri, L., Bolondi, L., Ferrazzi, E., & Gafa, R. // Cancer research. - 2004. - № 64. - P. 8156.

140. Moss, T.J. Detection of neuroblastoma cells in blood / Moss T.J., Sanders D.G. // Clin Oncol. - 1990. - P. 736-740.

141. Mohrmann, L. Liquid Biopsies Using Plasma Exosomal Nucleic Acids and Plasma Cell-Free DNA Compared with Clinical Outcomes of Patients with Advanced Cancers/Mohrmann, L., Huang H.J., Hong D.S, Tsimberidou A.M, Fu S, Piha-Paul S.A., Subbiah V., Karp D.D. // Clinical Cancer Research.- 24(1).-P. 181-188.

142. Mouliere, F. High fragmentation characterizes tumour-derived circulating DNA / Mouliere F., Robert B., Arnau Peyrotte E., del Rio M., Ychou M., Molina F., Gongora C., Thierry A.R. // PLoS One. - 2011.- DOI: 10.1371.

143. Muller, H.M. DNA methylation in serum of breast cancer patients: An independent prognostic marker / Muller H.M., Widschwendter A., Fiegl H., Ivarsson L., Goebel G., Perkmann E., Marth C., Widschwendter M. // Cancer Res. - 2003. - № 63. - P. 7641-7645.

144. Nakayama, G. A highly sensitive method for the detection of p16 methylation in the serum of colorectal cancer patients / Nakayama G., Hibi K., Nakayama H., Kodera Y., Ito K., Akiyama S., Nakao A. // Anticancer Res. - 2007. - № 27. - P. 1459-1463.

145. Nakayama, G. Molecular detection of p16 promoter methylation in the serum of colorectal cancer patients / Nakayama G., Hibi, K., Taguchi, M., Takase, T., Yamazaki, T., Kasai, Y., Ito, K., Akiyama, S., & Nakao, A. // Cancer Letters. -2002. - P. 115-119.

146. Ni, J. Dynamic monitoring of EGFR mutations in circulating cell-free DNA for EGFR-mutant metastatic patients with lung cancer: Early detection of drug resistance and prognostic significance /Ni J., Weng L, Liu Y, Sun Z, Bai C, Wang Y.//Oncol Lett. - 2017.-№ 13.-P. 4549-4557

147. Ng, E.K. Presence of filterable and nonfilterable mRNA in the plasma of cancer patients and healthy individuals / Ng E.K., Tsui NB, Lam NY, Chiu RW, Yu SC, Wong SC, et al. // Clin Chem. - 2002. - №48. - P. 1212-1217.

148. Ozturk, Ozlem. Goruroglu Using Biological Variation Data for Reference Change Values in Clinical Laboratories/ Ozturk Ozlem // Biochemistry & Analytical Biochemistry. - 2012.- doi:10.4172/2161-1009.1000e106.

149. Oxnard, G.R./ Association Between Plasma Genotyping and Outcomes of Treatment With Osimertinib (AZD9291) in Advanced Non-Small-Cell Lung Cancer//Oxnard GR, Thress KS, Alden RS, Lawrance R, Paweletz CP, Cantarini M, Yang JC, Barrett JO Jänne PA/J Clin Oncol. - 2016.-№34 (28).

150. Page, K. Detection of HER2 amplification in circulating free DNA in patients with breast cancer / Page K., Hava N., Ward B., Brown J., Guttery D.S., Ruangpratheep C., Blighe K., Sharma A., Walker R.A., Coombes R.C., Shaw J.A. // Br J Cancer. - 2011 .-№ 8. - P. 1342-1348.

151. Pantel, Klaus, Circulating Tumor Cells: Liquid Biopsy of Cancer / Pantel Klaus., Catherine Alix-Panabie // Clinical Chemistry.-2013.-№ 59.-P.110-118.

152. Patel, A. DNA methylation as a cancer-specific biomarker: From molecules to populations / Patel A., Groopman J.D., Umar A. // Ann. N. Y. Acad. Sci.- 2003. -№983. - P. 286-297.

153. Peck, K. Detection and quantitation of circulating cancer cells in the peripheral blood of lung cancer patients / Peck K., Sher Y.P., Shih J.Y., Roffler S.R., Wu C.W., Yang P.C. // Cancer Res. - 1998. - №58. - P. 2761-2765.

154. Pereira, A. Clinical utility of circulating cell-free DNA in advanced colorectal cancer / Pereira A., Morelli M., Overman M., Kee B., Fogelman D., Vilar E., Shureiqi I., Raghav K., Eng C., Manuel S., Crosby S., Wolff R., Banks K., Lanman R., Talasaz A., Kopetz S., Morris V. //PLoS One.-2017.-№12.- p. e0183949.

155. Perkins, G. Multi-purpose utility of circulating plasma DNA testing in patients with advanced cancers / Perkins G., Yap T.A., Pope L., Cassidy A.M., Dukes J.P.,

Riisnaes R., Massard C., Cassier P.A., Miranda S., Clark J., et al. // PLoS One. - 2012 . - №68.-e47020.

156. Permenter, J., A. Ishwar, A. Rounsavall, M. Smith, J. Faske, C. J. Sailey, et al. 2015. Quantitative analysis of genomic DNA degradation in whole blood under various storage conditions for molecular diagnostic testing. Mol. Cell. Probes 29:449-453.

157. Rachiglio, A.M. Limits and potential of targeted sequencing analysis of liquid biopsy in patients with lung and colon carcinoma / Rachiglio A.M., Esposito Abate R., Sacco A., Pasquale R., Fenizia F., Lambiase M., Morabito A., Montanino A., Rocco G., Romano C., Nappi A., Iaffaioli R., Tatangelo F., Botti G., Ciardiello F., Maiello M., De Luca A., Normanno N.// Oncotarget. - 2016.-№11.-7(41):66595-66605.

158. Ralla, B. Nucleic acid-based biomarkers in body fluids of patients with urologic malignancies / Ralla B., Stephan C., Meller S., Dietrich D., Kristiansen G., Jung K. // Crit Rev Clin Lab Sci.- 2014. - №4. - P. 200-231.

159. Reck, M.// ctDNA Determination of EGFR Mutation Status in European and Japanese Patients with Advanced NSCLC: The ASSESS Study/ Reck M, Hagiwara K, Han B, Tjulandin S, Grohe C, Yokoi T, Morabito A, Novello SArriola E, Molinier O, McCormack R, Ratcliffe M, Normanno N/J Thorac Oncol. -2016.- №11.-P1682-9.

160. Rhodes, A. Plasma DNA concentration as a predictor of mortality and sepsis in critically ill patients / Rhodes A., Wort S.J., Thomas H., Collinson P., Bennett E.D. // Crit Care. - 2006. -№2. - P. 10.

161. Rosanna, Zanetti-Dallenbach. Positive Correlation of Cell-free DNA in Plasma/Serum in Patients with Malignant and Benign Breast Disease / Rosanna Zanetti-Dallenbach, Edward Wight, Alex Xiu-Cheng Fan // Anticancer research. -2008. - № 28. - P. 921-926.

162. Rumore, P.M. Endogenous circulating DNA in systemic lupus erythematosus. Occurrence as multimeric complexes bound to histone / Rumore P.M., Steinman C.R. // J Clin Invest . - 1990. - № 86. - P. 69-74.

163. Sanchez-Cespedes, M. Detection of chromosome 3p alterations in serum DNA of non-small cell lung cancer patients / Sanchez-Cespedes M., Monzo M, Rosell R, Pifarre A, Calvo R, Lopez-Cabrerizo MP, et al. // Ann Oncol. - 1998. - P. 113-116.

164. Sario, De. Clinical and molecular overview of inherited disorders resulting from epigenomic dysregulation/ Sario De // Med. Genet. - 2009. - № 52. - P. 363372.

165. Savill, J. Phagocyte recognition of cells undergoing apoptosis / Savill J., Fadok V., Henson P., Haslett C. // Immunol Today. - 1993. - P. 131-136.

166. Schwarzenbach, H. Genomic profiling of cell-free DNA in blood and bone marrow of prostate cancer patients / Schwarzenbach H., Chun F.K., Isbarn H., Huland H., Pantel K. // Cancer Res Clin Onco. - 2010 .-P.401-412.

167. Schwarzenbach, H. Prostate Cancer: Detection of Free Tumor-Specific DNA in Blood and Bone Marrow / Schwarzenbach H., Klaus P. // General Methods and Overviews, Lung Carcinoma and Prostate Carcinoma. - 2007.-№120.-P.481-497

168. Schwarzenbach, H. A critical evaluation of loss of heterozygosity detected in tumor tissues, blood serum and bone marrow plasma from patients with breast cancer / Schwarzenbach H., Muller V., Beeger C., Gottberg M., Stahmann N., Pantel K. // Breast Cancer Res. - 2007 . - P. 66.

169. Schwarzenbach, H. Cell-free nucleic acids as biomarkers in cancer patients / Schwarzenbach H., Hoon D.S., Pantel K. // Nat. Rev. Cancer. . - 2011. - № 11. - P. 426-437.

170. Shang, M. (2017). Extracellular Vesicles: A Brief Overview and Its Role in Precision Medicine / Shang M. // Methods Mol Biol .-2017.-№1660.- p. 1-14.

171. Sharma, V.K. Mass spectrometric based analysis, characterization and applications of circulating cell free DNA isolated from human body fluids / Sharma V.K., Vouros P., Glick J. // nt. J. Mass. Spectrom. - 2011. - №304. - P. 172-183.

172. Shaw, J.A. Microsatellite alterations plasma DNA of primary breast cancer patients / Shaw J.A., Smith B.M., Walsh T., Johnson S., Primrose L., Slade M.J., Walker R.A., Coombes R.C. // Clin Cancer Res. - 2000. - №6. - P. 1119-1124.

173. Sifakis, S. First-trimester maternal plasma cell-free fetal DNA and preeclampsia / Sifakis S., Zaravinos A., Maiz N., Spandidos D.A., Nicolaides K.H. // Am J Obstet Gynecol. - 2009 . - №201. - P. 472.

174. Silva, J. M. Presence of tumor DNA in plasma of breast cancer patients: clinicopathological correlations / Silva J. M.,Dominguez, G., Garcia, J. M., Gonzalez, R., Villanueva, M. J., Navarro, F., Provencio, M., San Martin, S., Espana, P., & Bonilla, F. // Cancer Res. - 1999 .- P. 3251-3256.

175. Slattery, M.L. Associations with growth factor genes (FGF1, FGF2, PDGFB, FGFR2, NRG2, EGF, ERBB2) with breast cancer risk and survival / Slattery M.L., John E.M., Stern M.C., Herrick J., Lundgreen A., Giuliano A.R., Hines L., Baumgartner K.B., Torres-Mejia G., Wolff R.K. // Breast Cancer res. Treat. - 2013. -№140. - P. 587-601.

176. Sorenson, G.D. Detection of mutated KRAS2 sequences in plasma from patients with pancreatic carcinoma in comparison with the CA19-9 assay / Sorenson G.D., Porter D.M., Barth R.J., Memoli V.A., Rhodes C.H., Karagas M., et al. // Int Soc Oncodev Biol Med. - 1997. - №18. - P. 66.

177. Sozzi, G. Quantification of free circulating DNA as a diagnostic marker in lung cancer / Sozzi G., Conte D., Leon M., Ciricione R., Roz L., Ratcliffe C., et al. // Clin Oncol. - 2003. - №51. - P. 3902-3908.

178. Sozzi, G. Detection of microsatellite alterations in plasma DNA of non-small cell lung cancer patients: a prospect for early diagnosis / Sozzi G., Musso K.,

Ratcliffe C., Goldstraw P., Pierotti M.A., Pastorino U. // Clin Cancer Res. - 1999. -№5. - P. 2689-2692.

179. Spindler, K.L. Quantitative cell-free DNA, KRAS, and BRAF mutations in plasma from patients with metastatic colorectal cancer during treatment with cetuximab and irinotecan / Spindler K.L., Pallisgaard N., Vogelius I., Jakobsen A. // Clin Cancer Res.- 2012. - №18. - P. 1177-1185.

180. Sriram, K.B. / Screning for activating EGFR mutations in surgically resected nonsmall cell lung cancer / Sriram K.B., M.E. Tan, S.M. Savarimuthu, C.M. Wright, V. Relan, R.E. Stockwell, B.E. Clarke, E.E. Duhig, I.A. Yang, R.V. // Eur respir. -2011. - № 38. -P. 903-910.

181. Steinman, C.R. Circulating DNA in systemic lupus erythematosus: isolation and characterization / Steinman C.R. // Arthritis Rheium. - 1992. - №73. - P. 14251430.

182. Stemmer, C. Use of magnetic beads for plasma cell-free DNA extraction: toward automation of plasma DNA analysis for molecular diagnostics / Stemmer C., Beau-Faller M., Pencreac'h E., Guerin E., Schneider A., et al. // Clim Chem. - 2003. -№ 49. - P. 1953-1955.

183. Stroun, M. The origin and mechanism of circulating DNA / Stroun M. et al // Ann. N. Y Acad. Sci. - 2000. - № 906. - P. 161-168.

184. Stroun, M. About the possible origin and mechanism of circulating DNA apoptosis and active DNA release / Stroun M., Lyautey J., Lederrey C., Olson-Sand A., Anker P. // Clin. Chim.Acta. - 2001. - P. 139-142.

185. Su, Y.H. Detection of mutated K-ras DNA in urine, plasma, and serum of patients with colorectal carcinoma or adenomatous polyps / Su Y.H., Wang M., Brenner D.E., Norton P.A., Block T.M. // Ann N Y Acad Sci.- 2008. - № 1137. - P. 197-206.

186. Sunami, E. Analysis of methylated circulating DNA in cancer patients' blood / Sunami E., Vu A.T., Nguyen S.L., Hoon D.S. // Methods Mol. Biol. - 2009 . - № 507. - P. 349-456.

187. Sung, J.S. Detection of somatic variants and EGFR mutations in cell-free DNA from non-small cell lung cancer patients by ultra-deep sequencing using the ion ampliseq cancer hotspot panel and droplet digital polymerase chain reaction/ Sung, J.S., Chong H.Y, Kwon N.J, Kim H.M, Lee J.W, Kim B, Lee SB, Park CW, Choi JY, Chang WJ, Choi YJ, Lee SY, Kang EJ, Park KH, Kim YH//Oncotarget.- 2017 N.-15;8(63):106901-106912.

188. Suzuki, N. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma / Suzuki N., Kamataki A., Yamaki J., Homma Y. // Clin Chim Acta.- 2008. - № 387. -P. 55-58.

189. Szpechcinski, A. Quantitative analysis of free-circulating DNA in plasma of patients with resectable NSCLC / Szpechcinski A., Chorostowska-Wynimko J., Kupis W., Maszkowska-Kopij K., Dancewicz M., Kowalewski J., Orlowski T. // Expert Opin Biol Ther. - 2012. - doi: 10.1517/14712598.

190. Szpechcinski, A. The clinical significance of plasma DNA quantification in NSCLC / Szpechcinski A., Krystyna Maszkowska-Kopii, Zaleska Jolanta // European Respiratory Journal. - 2011.-P.125.

191. Taly, V. Multiplex picodroplet digital PCR to detect KRAS mutations in circulating DNA from the plasma of colorectal cancer patients / Taly V., Pekin D., Benhaim L., Kotsopoulos S.K., le Corre D., Li X., Atochin I., Link D.R., Griffiths A.D., Pallier K., et al. // Clin Chem. - 2013. - doi:10.1373.

192. Tamkovich, S.N. Circulating nucleic acids in blood of healthy male and female donors / Tamkovich S.N., Bryzgunova O.E., Rykova E.Y., Permyakova V.I., Vlassov V.V., et al. // Clin Chem. - 2005. - № 51. - P. 1317-1319.

193. Tan, S. H. Detection of promoter hypermethylation in serum samples of cancer patients by methylation-specific polymerase chain reaction for tumour suppressor

genes including RUNX3 / Tan S. H. , Ida H., Lau Q. C., Goh B. C., Chieng W. S., Loh M., & Ito Y. // Oncology reports. - 2007. - P. 1225-1230.

194. Thongbai, C. Hepatitis B virus genetic variation and TP53 R249S mutation in patients with hepatocellular carcinoma in Thailand / Thongbai C., Sa-Nguanmoo P., Kranokpiruk P., Poovorawan K., Poovorawan Y., Tangkijvanich P. // Asian Pac. J. Cancer Prev. - 2013. - № 14. - P. 3555-3559.

195. Tong, Y.K. Diagnostic developments involving cell-free (circulating) nucleic acids / Tong Y.K., Lo YM // Clin Chim Acta. - 2006. - № 363. - P. 187-196.

196. Tony, K.F. Single-Molecule Detection of Epidermal Growth Factor Receptor Mutations in Plasma by Microfluidics Digital PCR in Non-small Cell Lung Cancer Patient / Tony K.F., Yung K.C., Allen Chan, Tony S.K., Mok, et al. // Clin Cancer Res. - 2009. -№ 15. - P. 2076-2084.

197. Tounta, G. A multiplex PCR for non-invasive fetal RHD genotyping using cell-free fetal DNA / Tounta G., Vrettou C., Kolialexi A., Papantoniou N., Destouni A., Tsangaris G.T., Antsaklis A., Kanavakis E., Mavrou A. // In vivo. - 2011. -№ 3. -P. 411-417.

198. Tran, Thi. Elevated levels of cell-free circulating DNA in patients with acute Dengue virus infection / Tran Thi., Ngoc Ha NTH Lyre, Anni Murao, Nguyen Thi Phuong Lan, Tran Thi Thuy, Ha Manh Tuan, et al. // Plos One 6. - 2011.-doi. 25969.

199. Tsang, J.C. Circulating nucleic acids in plasma/serum / Tsang J.C., Lo Y.M. // Pathology. - 2007. - № 39. - p. 197-207.

200. Umetani, N. Increased integrity of free circulating DNA in sera of patients with colorectal or periampullary cancer: Direct quantitative PCR for ALU repeats / Umetani N., Kim J., Hiramatsu S., Reber H.A., Hines O.J., Bilchik A.J., Hoon D.S. // Clin. Chem. - 2006. -№ 52. - P. 1062-1069.

201. Usadel, H. Quantitative adenomatous polyposis coli promoter methylation analysis in tumor tissue, serum, and plasma DNA of patients / Usadel H., Brabender

J., Danenberg K. D., Jerónimo C., Harden S., Engles J., Danenberg P. V., Yang, S., & Sidransky D. // Cancer Research. - 2002. - P. 371-375.

202. Utting, M. Microsatellite analysis of free tumor DNA in urine, serum, and plasma of patients: a minimally invasive method for the detection of bladder cancer / Utting M., Werner W., Dahse R., Schubert J., Junker K. // Clin Cancer Res.. -2002. -№ 8. - P. 35-40.

203. Valenzuela, M. T. Assessing the Use of p16INK4a Promoter Gene Methylation in Serum for Detection of Bladder Cancer / Valenzuela M. T. , Galisteo R., Zuluaga A., Villalobos M., Núñez M. I., Oliver F. J., & Ruiz de, Almodóvar. J. M. // European Urology. - 2002. - №42.-P. 622-630.

204. Van der Vaart, M. A method for characterization of total circulating DNA / Van der Vaart M., Pretorius PJ. // Ann N Y Acad Sci. - 2008. - № 1137. - P. 92-97.

205. Van der Vaart, M. Characterization of circulating DNA in healthy human plasma / Van der Vaart M., Pretorius P.J. // Clin. Chim. Acta. - 2008. - № 395. - P. 186.

206. Van Nieuwenhuijze, A.E. Time between onset of apoptosis and release of nucleosomes from apoptotic cells: putative implications for systemic lupus erythematosus / Van Nieuwenhuijze A.E., van Lopik T., Smeenk R.J., Aarden L.A. // Ann Rheum Dis. - 2003. - № 62. - P. 10-14.

207. Vaneet, K. Mass spectrometric based analysis, characterization and applications of circulating cell free DNA isolated from human body fluids / Vaneet K., Sharma Paul Vouros, and James Glick // Int J Mass Spectrom. - 2011. - № 304. -P. 172-183.

208. Veldore, V.H. Validation of liquid biopsy: plasma cell-free DNA testing in clinical management of advanced non-small cell lung cancer/ Veldore V.H. , Choughule A., Routhu T., Mandloi N., Noronha V., Joshi A., Dutt A., Gupta R., Vedam R., Prabhash K.// Lung Cancer (Auckl). -2018.- №3;9:1-11. doi: 10.2147.

209. Villaflor, V/ Biopsy-free circulating tumor DNA assay identifies actionable mutations in lung cancer//Villaflor V, Won B, Nagy R, Banks K, Lanman RB, Talasaz A, Salgia R./ Oncotarget.- 2016.-№11;7(41):66880-66891.

210. Wan, R./ Comprehensive Analysis of the Discordance of EGFR Mutation Status between Tumor Tissues and Matched Circulating Tumor DNA in Advanced Non-Small Cell Lung Cancer//Wan R., Wang Z, Lee JJ, Wang S, Li Q, Tang F, Wang J, Sun Y, Bai H, Wang D, Zhao J, Duan J, Zhuo M, An T, Wu M, Chen Z, Yang Z, Wang J./ J Thorac Oncol. - 2017.-№12(9).-P. 1376-1387.

211. Wayne, Clinical and laboratory standards institute. Evaluation of the linearity of quantitative analytical methods. Proposed guideline // CLSI document EP6-P. -USA , 2004. - P. 39.

212. Widschwendter, M. Circulating methylated DNA: A new generation of tumor markers / Widschwendter M., Menon U. // Clin. Cancer Res. - 2006. - №12. - P. 7205-7208.

213. Wong, I. H. Detection of aberrant p16methylation in the plasma and serum of liver cancer patients / Wong I. H., Dennis Lo. Y., Zhang J., Liew C. T., Ng M. H., Wong N., Lai P., Lau W. Y., Hjelm N. M., & Johnson P. J. // Clinical Research. -1999 . - № 59. - P. 71.

214. Wong, I. H. Frequent p15 promoter methylation in tumor and peripheral blood from hepatocellular carcinoma patients / Wong I. H., Lo, Y. M. D., Yeo, W., Lau, W. Y., & Johnson, P. J. // Cancer Research. - 2000. - №6.- P. 3516-3521.

215. Wong, I.H. Epigenetic tumor markers in plasma and serum: Biology and applications to molecular diagnosis and disease monitoring / Wong I.H.,Lo Y.M., Johnson P.J. // Ann. N. Y. Acad. Sci. - 2001. - № 945. - P. 36-50.

216. Yu, Q. Multiplex picoliter-droplet digital PCR for quantitative assessment of EGFR mutations in circulating cell-free DNA derived from advanced non-small cell lung cancer patients/ Yu, Q., Huang F, Zhang M, Ji H, Wu S, Zhao

Y, Zhang C, Wu J, Wang B, Pan B, Zhang X, Guo W.//Mol Med Rep. -2017.-№16(2):1157-1166.

217. Xia, Peng. Simultaneous quantitative assessment of circulating cell-free mitochondrial and nuclear DNA by multiplex real-time PCR/ Xia Peng // Genet. Mol. Biol. - 2009. - № 1. - P. 32.

218. Xie, G.S. Quantification of plasma DNA as a screening tool for lung cancer / Xie G.S., Hou A.R., Li L.Y., Gao Y.N., Cheng S.J. / Chin. Med. - 2004. - № 117. - P. 1485-1488.

219. Xue, X. Optimizing the yield and utility of circulating cell-free DNA from plasma and serum / Xue X., Teare M.D.,Holen I.,Zhu Y.M.,Woll P.J .// Clin Chim Acta. - 2009. -№ 404. - P. 100-104.

220. Yang, Y./ The detection and significance of EGFR and BRAF in cell-free DNA of peripheral blood in NSCLC//Yang Y, Shen X, Li R, Shen J, Zhang H Yu L, Liu B, Wang L. /Oncotarget.- 2017.-№8(30).-P.49773-49782

221. Zardavas, D. Personalized therapy for breast cancer: A dream or a reality? / Zardavas D., Pugliano L., Piccart M. // Future Oncol. - 2013. - №9. - P. 1105-1109.

222. Zauber, P. Similarities of molecular genetic changes in synchronous and metachronous colorectal cancers are limited and related to the cancers' proximities to each other / Zauber P., Huang J., Sabbath-Solitare M., Marotta S. // Mol. Diagn.. -2013. - №15. - P. 652-660.

223. Zeerleder, S. Elevated nucleosome levels in systemic inflammation and sepsis / Zeerleder S., Zwart B., Wuillemin W.A., Aarden L.A., Groeneveld A.B., Caliezi C., van Nieuwenhuijze A.E., van Mierlo G.J., Eerenberg A.J., Lammle B., et al. // Crit Care. - 2003.-P.1947-1951.

224. Zeerleder, S. The struggle to detect circulating DNA/ Zeerleder S. // Crit care. - 2006. - № 10. - P. 142.

225. Zhang, C./ Prognostic value of plasma EGFR ctDNA in NSCLC patients treated with EGFR-TKIs//Zhang C, Wei B, Li P, Yang K, Wang Z, Ma J, Guo Y./ PLoS One. -2017. -№ 12(3) :e0173524

226. Zhong, X.Y. Is the quantity of circulatory cell-free DNA in human plasma and serum samples associated with gender, age and frequency of blood donations?/ Zhong X.Y.,Haxn S., Kiefer V., Holzgreve W. // Ann Hematol. - 2007 . - №86. - P. 139-143.

227. Zhu, Y.J. Association of mutant EGFR L858R and exon 19 concentration in circulating cell-free DNA using droplet digital PCR with response to EGFR-TKIs in NSCLC / ZhuY.J. //OncolLett.- №14.-2017.-pp. 2573-2579.

228. Zochbauer-Muller, S. 5' CpG island methylation of the FHIT gene is correlated with loss of gene expression in lung and breast cancer / Zochbauer-Muller S., Fong K.M., Maitra A., Lam S., Geradts J., Ashfaq R., et al. // Cancer Res. - 2001. -№ 61. -P. 3581-3585.

229. Zou, H. Z. Detection of aberrant 16-methylation in the serum of colorectal cancer patients / Zou H. Z., Yu, B. M., Wang, Z. W., Sun, J. Y., Cang, H., Gao, F., Li, D. H., Zhao, R., Feng, G. G., & Yi, J. // Clinical Cancer Research. - 2002. -№8.-P. 188-191.