Разнообразие микроорганизмов в различных по экологическим условиям осадках оз. Байкал тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.16, кандидат биологических наук Черницына, Светлана Михайловна

• Черницына, Светлана Михайловна
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Черницына, Светлана Михайловна

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Характеристика озера Байкал

1.2. Экологические факторы, определяющие развитие И микроорганизмов в определенных районах озера

1.3. Физико-химическая характеристика донных осадков озера 13 Байкал и поровых вод

1.4. Органическое вещество донных осадков озера Байкал

1.5. История микробиологических исследований донных осадков 20 озера Байкал

1.6. Численность микроорганизмов донных осадков озера Байкал

1.7. Разнообразие микроорганизмов донных осадков озера Байкал

1.8. Исследование структуры микробных сообществ методами 26 молекулярной биологии

1.9. Биоразнообразие бесцветных серных бактерий

Глава 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Объекты исследования и методы отбора проб

2.2. Методы выделения суммарной бактериальной ДНК

2.3. Методы молекулярной микробиологии

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Сравнение стратегий методов выделения суммарной 47 бактериальной ДНК из донных осадков озера Байкал

3.2. Анализ таксономического состава поверхностных и 58 глубинных слоев донных осадков Посольской банки

3.2.1. Филогенетическое разнообразие микроорганизмов 64 поверхностного слоя осадков станции Посольская банка

3.2.2. Филогенетическое разнообразие микроорганизмов глубинного 76 слоя осадков станции Посольская банка

3.3. Исследование микробного сообщества бесцветных серных бактерий

3.3.1. Распространение и морфология бесцветных серобактерий

3.3.2. Филогенетическое положение байкальской бактерии рода 92 Thioploca

3.3.3. Сопутствующее микробное сообщество бактерии рода 96 Thioploca

3.3.4. Филогенетическое положение серной бактерии рода Thiothrix 103 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 106 ВЫВОДЫ 109 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 111 ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разнообразие микроорганизмов в различных по экологическим условиям осадках оз. Байкал»

Актуальность проблемы. Байкал - это уникальное, олиготрофное озеро, возраст которого оценивается в 20-30 млн. лет (Атлас Байкала, 1993). Его характеризуют большие глубины, низкая температура воды и постоянство химического состава вод в глубинной части. Высокая насыщенность кислородом всей толщи воды, низкая концентрация органических веществ и минерализация воды - обуславливают специфические условия жизнедеятельности организмов. 60% флоры и фауны являются эндемиками (Тимошкин, 2001).

В последние годы на Байкале открыты места приповерхностного залегания газовых гидратов и нефтепроявлений, но признаков губительного влияния газов и загрязнения вод Байкала нефтью не выявлено. Очевидно, в этих районах наблюдаются активные процессы, ключевую роль в которых играют микроорганизмы донных осадков и водной толщи.

Ранее микробиологические исследования донных отложений Байкала проводили по следующим направлениям: определение общей численности микроорганизмов и сезонной динамики (Яснитский и др., 1927; Мессинева, 1957; Младова, 1975; Романова, 1963), изучение различных физиологических групп (Никитин, 1967; Луста, Намсараев, 1988; Лаптева, 1990). В исследованиях использовали методы электронной микроскопии, биохимии и радиоизотопии (Максимов, Черных, 1979; Штевнева, Судакова, 1986; Земская и др., 1997). Однако большая часть микроорганизмов не культивируется (более 90%), поэтому при исследовании природных образцов классическими методами часть сообщества остается неизученной (Amann et al., 1995).

Использование методов молекулярной биологии позволяет идентифицировать и выявлять отдельные виды микроорганизмов в различных природных сообществах без культивирования.

Цель работы - исследование структуры микробных сообществ в осадках районов, различающихся по экологическим условиям. Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1. Подобрать эффективные методы выделения суммарной бактериальной ДНК из донных осадков озера Байкал, чтобы избежать ингибирующего действия гуминовых кислот.

2. Исследовать разнообразие микроорганизмов в донных отложениях, сформированных в голоцене и плейстоцене (на примере станции Посольская банка).

3. Исследовать разнообразие микроорганизмов в районе гидротермального источника б. Фролиха и сопоставить с мировыми базами данных.

4. Подтвердить филогенетическое положение бесцветных серных бактерий родов Thioploca и Thiothrix.

Научная новизна. Впервые проведено изучение микробных сообществ донных осадков озера Байкал, различающихся по экологическим условиям и времени формирования осадка. На основе сравнительного анализа фрагментов гена 16S рРНК установлено, что в осадках преобладают некультивируемые формы бактерий, последовательности которых имеют невысокую степень гомологии с известными в мировой базе данных. Филогенетический анализ последовательностей показал, что они в основном группируются с последовательностями альфа-, гамма-, бета- и дельта-протеобактерий, Holophaga/Acidobacteria, Planctomycetes, Actinobacteria, Firmicutes, Cyanobacteria, Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Chloroflexi. Найдены последовательности гомологичные археям, относящиеся к царствам Crenarchaeota и Euryarchaeota. Впервые подтверждено филогенетическое положение бесцветных серных бактерий родов Thioploca, Thiothrix обитающих в Байкале, а также исследовано сопутствующее микробное сообщество бактерии рода Thioploca. Впервые обнаружены бесцветные серные бактерии в районах впадения рек и местах естественных нефтепроявлений озера Байкал.

Защищаемые положения.

1. Донные осадки, сформированные в различные временные периоды и отличающиеся по экологическим условиям, характеризуются разнообразными микробными сообществами. Для современных голоценовых осадках описано более 18 филогенетических групп, для плейстоценовых глубинных - 5.

2. Бесцветные серные бактерии широко распространены в озере Байкал и обнаружены в районе гидротермального источника бухты Фролиха, местах впадения рек и естественных нефтепроявлениях. Структура гена 16S рРНК байкальской бактерии рода Thioploca на 99% является идентичной последовательностям пресноводных представителей бактерии из других мест обитания: озер Бива и Констанц.

Практическая значимость. Для исследований оценены различные методы выделения ДНК из донных осадков озера Байкал, что особенно важно при работе с осадками различной литологии. Создан банк данных последовательностей фрагментов гена 16S рРНК, 92 последовательности зарегистрированы в базе данных NCBI, им присвоены следующие номера: DQ916135, DQ780007, DQ338566, DQ371461-DQ371460, DQ364475-DQ364473, DQ359154, DQ359155, DQ35932-DQ356934, AY833517-AY833519, AY839107-AY839135, AY739914-AY739938, DQ178146-DQ178162. Эта информация может быть использована для построения филогенетических деревьев, выяснения родственной связи между бактериями из других географических мест. Также полученные последовательности могут быть использованы для конструирования групп- и видо-специфичных праймеров и зондов для быстрого и эффективного анализа микробного сообщества донных осадков и воды.

Полученные данные расширяют представления о таксономическом составе донных осадков озера Байкал, позволяют проводить сопоставление с результатами исследования микробных сообществ других озер и океанов.

Апробация работы. Основные результаты диссертационной работы представлены и обсуждены на научно-практической конференции "Оценка современного состояния микробиологических исследований в ВосточноСибирском регионе", Иркутск, 2002; всероссийской конференции "Биоразнообразие и функционирование микробных систем Центральной Азии", Улан-Уде, 2003; международном Байкальском симпозиуме по микробиологии "Микроорганизмы в экосистемах озер, рек и водохранилищ", Иркутск, 2003; международном рабочем совещании ""Происхождение и эволюция биосферы", г. Новосибирск, 2005; Четвертой Верещагинской Байкальской конференции, Иркутск, 2005; молодежной конференции "Актуальные аспекты современной микробиологии", Москва, 2005, 2006; международном симпозиуме "Speciation in Ancient Lakes", SIAL IV, Berlin, 2006.

Публикации. По материалам опубликовано 22 научных работы, из них 3 в рецензируемых журналах.

Структура и объем работы. Диссертация изложена на 146 страницах машинописного текста и состоит из введения, трех глав, заключения, выводов, списка использованной литературы (164 источника, 65 из них зарубежных) и приложения. Диссертация содержит 34 рисунка, 12 таблиц, 3 приложения.

Заключение диссертации по теме «Экология», Черницына, Светлана Михайловна

ВЫВОДЫ

1. Проанализированы различные стратегии выделения суммарной бактериальной ДНК из донных осадков озера Байкал и выбрана наиболее эффективная методика. Она включает в себя процедуры механического воздействия, химического и ферментативного лизиса, а также использование реагентов для связывания гуминовых соединений.

2. Использование праймеров, специфичных для различных групп бактерий позволяет выявить широкий спектр последовательностей в микробном сообществе. Установлено, что современные поверхностные слои осадков озера Байкал отличаются большим микробным разнообразием, чем плейстоценовые слои.

3. В аэробном слое современных осадков получены последовательности зеленых несерных бактерий (Chloroflexi), альфа-протеобактерий, Planctomycetes, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Firmicutes (род Clostridia), Cyanobacteria (род Synechococcus), Actinobacteria (род Streptomyces)\ выявлены археи царств Crenarchaeota и Euryarchaeota. Найден кластер, занимающий промежуточное положение между кластерами ANME-1 и ANME-2, представители которых участвуют в анаэробном окислении метана. При более подробном анализе таксономического положения кластер был отнесен к кластеру некультивируемых Methanosaeta, участвующих синтезе метана.

4. Последовательности плейстоценового слоя в большинстве своем гомологичны таковым для рода Pseudomonas. Также выявлены последовательности следующих филогенетических групп: Desulfuromonales, Sphingomonadales, Planctomycetes, Burkholderiales.

5. Определено филогенетическое положение байкальской бесцветной серной бактерии рода Thioploca. Показано, что нуклеотидная последовательность группируется совместно с представителями этого рода из пресноводных озер.

6. Исследовано микробное сообщество, сопутствующее бактерии рода Thioploca. Оно характеризуется большим разнообразием, вместе с серными бесцветными бактериями развиваются микроорганизмы следующих филогенетических групп: Acidobacteria, гамма-протеобактерии (род Pseudomonas), бета-протеобактерии, Firmicutes (род Bacillus), дельта-протеобактерии (класс Desulfobacterales), Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Chloroflexi, Actinobacteria и некультивируемой группы OP8.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Наши исследования показали, что чистота экстрагированной из осадков ДНК зависит от метода ее выделения. Наиболее эффективен метод выделения, который включает процедуры механического воздействия (растирание осадка в ступке с целью разрушения клеточной стенки и отделения бактериальных клеток от частиц осадка), химический и ферментативный лизис, а также использование сорбента для связывания гуминовых соединений. ДНК, выделенная с помощью этого метода, была амплифицирована и клонирована. Использование нескольких наборов праймеров для изучения разнообразия микроорганизмов позволяет более полно охарактеризовать спектр видов бактерий в донных отложениях.

Дополнительное использование методов гибридизации in situ и денатурирующего градиентного гель-электрофореза позволили зафиксировать последовательности, не выявляемые с помощью стандартной методики клонирования. Ранее ДГГЭ не применялся для изучения микробного состава донных осадков озера Байкал.

Изучение биоразнообразия микробного сообщества донных осадков озера Байкал молекулярно-биологическими методами показало, что полученные нуклеотидные последовательности принадлежат бактериям следующих групп: аэробная зона - Holophaga/Acidobacteria, Planctomycetes, Actinobacteria, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Chloroflexi, альфа-протеобактерии, Firmicutes (род Clostridia), Cyanobacteria (вид Synechococcus), Actinobacteria (вид Streptomyces), археи царств Crenarchaeota и Euryarchaeota; анаэробная зона - Desulfuromonales (дельта-протеобактерии), Sphingomonadales (альфа-протеобактерии), Burkholderiales (бета-протеобактерии), род Pseudomonas (гамма-протеобактерии).

Впервые проведено сравнение микробных сообществ осадков, сформированных в различные временные периоды. Анализ показал, что современные поверхностные слои осадков озера Байкал отличаются большим микробным разнообразием, по сравнению с осадками, сформированными в плейстоцене. В первом случае выявлено более 13 филогенетических групп, во втором - только 5, причем среди последних большую часть составили последовательности бактерий рода Pseudomonas. Полученные данные свидетельствуют, что часть байкальских последовательностей при сравнении их с мировой базой данных показали невысокий процент гомологии (87%-96%). Это затруднило их филогенетическую идентификацию и не позволило отнести их к какой-либо группе. Возможно, эти последовательности в микробном сообществе принадлежат к новым, еще не описанным, таксонам и видам, и присущи только Байкалу.

Впервые обнаружены новые районы обитания бесцветных серных бактерий рода Thioploca, которые, как считалось ранее, приурочены только к гидротермальному венту в б. Фролиха (Намсараев и др., 1994). В 2003 г. серные бактерии рода Thioploca нами были обнаружены в дельте реки Селенги и Баргузинском мелководье, а в 2006 году в районе вента Горевой утес (900 м) и мыса Толстый (200 м), характеризующихся высоким содержанием углеводородов. Таким образом, в Байкале, как и в морских экосистемах, нитчатые серобактерии занимают достаточно обширную зону, охватывающую самые придонные слои воды, микроаэробную зону поверхностных слоев осадков и более глубокие анаэробные слои осадков.

Проведенный морфологический анализ бактерии рода Thioploca из озера Байкал свидетельствует, что наиболее однородно сообщество в Селенгинском мелководье, где отмечены морфотипы, характерные только для вида - Т. ingrica. В других районах озера Байкал очевидно существование разноразмерных сообществ, состоящих, как минимум, из двух морфотипов бесцветных серных бактерий.

Филогенетический анализ ДНК этих бактерий из различных районов показал, что байкальская бесцветная серная бактерия рода Thioploca входит в состав группы гамма-протеобактерий, попадает в кластер пресноводных видов, найденных в озерах Бива и Констанц (Kojima et al., 2003). Все проанализированные байкальские последовательности не имеют различий в структуре исследуемого гена, что позволяет идентифицировать их как один вид Thioploca ingrica. Сравнение последовательностей Thioploca из озер Бива и Констанц, показало, что их структуры отличаются друг от друга на два нуклеотида, а байкальская последовательность отличается от них лишь на одну замену в участке, где вышеуказанные последовательности не обнаруживают различий.

Также впервые было исследовано сопутствующее Thioploca микробное сообщество. Оно характеризуется большим разнообразием, вместе с серными бесцветными бактериями развиваются микроорганизмы следующих филогенетических групп: Acidobacteria, гамма-протеобактерии (род Pseudomonas), бета-протеобактерии, Firmicutes (род Bacillus), дельта-протеобактерии (класс Desulfobacterales), Bacteroidetes, Verrucomicrobia, Nitrospirae, Chloroflexi, Actinobacteria и некультивируемой группы OP8. Найденный спектр последовательностей для байкальской бактерии более широк, чем для сообщества этой бактерии из озер Бива и Констанц (Kojima et al., 2006).

Таким образом, исследованные осадки озера Байкал различаются разнообразием населяющих их микроорганизмов. Каждая экологическая зона (аэробная, микроаэрофильная, анаэробная) характеризуются своей "уникальной" структурой. Наиболее представительно сообщество аэробной зоны осадков, наименее - анаэробных, глубинных осадках, сформированных в плейстоцене. Применение различных методов исследования (клонирование, ДГГЭ, FISH) значительно расширяет список обнаруживаемых микроорганизмов.

109

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Черницына, Светлана Михайловна, 2007 год

1. Атлас и определитель пелагионтов озера Байкал // отв. ред. О.А. Тимошкин // Новосибирск: "Наука". 1995. - 694, 11. е., 239 ил. е., 30 см. -Библиогр.: с.582-608, 639-667. - 500 экз. - IBSN 5-02-030815-3.

2. Байкал. Атлас Карты. / сост. и подг. к печ. РАН. Сиб. отд. Межведомств, научн. совет по прогр. «Сибирь» в 1993 г.; преде, ред. кол-гии, гл. ред., чл.-кор. РАН Г. И. Галазий М.: ФСГК, 1993. - 160 е., цв.; 33 см. - 5000 экз., ISBN 5- 85120-009-Х.

3. Будовский, Э. И. Метод выделения транспортной ДНК из пекарских дрожжей Текст. / Э. И. Будовский, М. А. Грачев // Вопросы медицинской химии. 1964. - Т. X. - С. 431-433.

4. Верещагин, Г. Ю. Происхождение и история Байкала, его фауны и флоры Текст. / Г. Ю. Верещагин // Тр. Байкальск. лимнолог, ст. АН СССР. -1940.-Т. Х.-С. 73-239.

5. Вотинцев, К. К. Гидрохимия озера Байкал Текст. / К. К. Вотинцев ; Академ, наук СССР, Сиб. отд, вост.- сиб. филиал, труды Байк. лимн. ст. М.: Изд-во АН СССР, 1961. - Т. 20. - 302, е.; 26 см. - Библиогр.: с. 302 - 309. -1000 экз.

6. Вотинцев, К. К. Круговорот органического вещества в озере Байкал Текст. / К. К. Вотинцев, А. И. Мещерякова, Г. И. Поповская. -Новосибирск: Наука, 1975. 189 е.; 21 см. - 500 экз.

7. Вотинцев, К. К. Гидрохимия рек бассейна озера Байкал Текст. / Вотинцев К. К, И. В. Глазунов, А. П. Толмачева // Труды Лимнологической института СО АН СССР п. Листвянка. 1965. - Т. 8, № 28. - 222 с.

8. Выхристюк, Л. А. Органическое вещество донных осадков Байкала Текст. / Л. А. Выхристюк // АН СССР. Сиб. отд-е. Труды Лимнологического ин-та. Вып. 32. Новосибирск: Наука, Сиб. отд-е, 1980. - 80 с, 30 ил.с.; 20 см. - Библиогр.: с. 74-79. - 1000 экз.

9. Выхристюк, Л. А. К вопросу о преобразовании органического вещества осадков озера Байкал на стадии раннего диагенеза Текст. / Л. А. Выхристюк, Ф. И. Лазо // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах. 1975. - С. 242-246.

10. Выхристюк, Л. А. Легкогидролизуемое органическое вещество в донных отложениях озера Байкал Текст. / Л. А. Выхристюк, Ф. И. Лазо // Известия СО АН СССР. Серия биологические науки. 1972. - Т. 2. - С. 59-63.

11. Выхристюк, Л. А. О поступлении и распределении основных химических элементов в донных отложениях Байкала Текст. / Л. А. Выхристюк // Литология и полезные ископаемые. 1977. - Т. 1. - С. 54-65.

12. Голдырев, Г. С. Донные отложения авандельты р. Селенги Текст. / Г. С. Голдырев, Л. А. Выхристюк, Ф. И. Лазо // Лимнология придельтовых пространств Байкала, тр. ЛИН СО АН СССР. 1971. - Т. 12, № 32. - С. 4363.

13. Голубев, В. А. Очаги субаквальной гидротермальной разгрузки и тепловой баланс Северного Байкала Текст. / В. А. Голубев // Доклады РАН. 1993.- Т. 328, №3.-С. 315-318.

14. Гольдберг, Е. Л. Урановый сигнал влажности палеоклиматов в осадках озера Байкал Текст. / Е. Л. Гольдберг, Е. П. Чебыкин, С.С. Воробьева, М.А. Грачев // ДАН. 2005. - Т. 400. - С. 72-77.

15. Гоман, Г. А. Бактериальное восстановление сульфатов и окисление сульфидов в грунтах Байкала Текст. / Г. А. Гоман // Гидробиологический журнал.- 1975.-Т. 11, №5.-С. 18-22.

16. Горленко. М. В. Экология водных микроорганизмов Текст. / М. В. Горленко, Г. А. Дубинина, С. И. Кузнецов. М.: Наука, 1977. - 289, [2] е., 99 с. ил.; 22 см. - Библиогр.: с. 264 - 285. - 1700 экз.

17. Гранина, Jl. 3. Аномалии состава поровых вод донных осадков Байкала Текст. /Л. 3. Гранина, Е. Каллендер, И. С. Ломоносов, В. Д. Матц // Геология и геофизика. 2001. - V. 42. - Р. 362-372.

18. Гранина, Л. 3. Процессы формирования химического состава донныхосадков и поровых вод озера Байкал Текст.: дис. докт. геол. наук /

19. Гранина Либа Заламановна. М, 2007. - 250 с. Библиогр.: С. 235-250.

20. Грачев, М. А. Глубинная вода озера Байкал природный стандарт пресной воды Текст. / М. А. Грачев, В. М. Домышева, Т. В. Ходжер // Химия в интересах устойчивого развития. - 2004. - № 12. - С. 417-429.

21. Грачев, М. А. Метод выделения высокоочищенной ДНК для использования в полимеразной цепной реакции Текст. / М. А. Грачев, С. Ю. Кузнецова, Т. А. Щербакова // Молекулярная биология. 2006. - Т. 40, № 1. -С. 180-183.

22. Грачев, М. А. О современном состоянии экологической системы озера Байкал Текст. / Михаил Грачев. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2002. - 156 [3] с, 57 с. ил.; 22 см.- Библиогр.: с.141-153.- 1000 экз. - ISBN 5-7692-0481-8.

23. Грачев, М. А. Сигналы палеоклиматов верхнего плейстоцена в осадках озера Байкал Текст. / М. А. Грачев, Е. В. Лихошвай, С. С. Воробьева, О. М. Хлыстов, Е. В. Безрукова, Е. В. Вейнберг, Е. Л. Гольдберг, Л. 3. Гранина, Е.Г.

24. Дзюба, А. А. Реликтовые соленые озера дельты Селенги Текст. / А. А. Дзюба, Н. В. Кулагина // Третья Верещагинская Байкальская конференция: Тез. Докл. Иркутск. 2000. - С.76.

25. Ефремова, С. М. Метанотрофные симбиотические бактерии в тканях глубоководных байкальских губок Текст. / С. М. Ефремова, В. А. Фиалков, В. С. Кузин // Вторая Верещагинская байкальская конференция: Тез. докл. и стенд, сообщ. 1995. - С. 62.

26. Заварзин, Г. А. К понятию микрофлоры рассеяния в круговороте углерода Текст. / Г. А. Заварзин // Журнал общей биологии. 1970. - Т. 31, №4.-С. 386-393.

27. Заварзина, Н. Б. Изучение причин, задерживающих развитие микроорганизмов в толще иловых отложений оз. Бисерово Текст. / Н. Б. Заварзина // Микробиология. 1955. - Т. 24, № 5. - С. 31-35.

28. Земская, Т. И. Микроорганизмы донных осадков оз. Байкал и экологические условия среды Текст. / Т. И. Земская, Б. Б. Намсараев, В. В. Парфенова, Т. А. Ханаева, Л. П. Голобокова, Л. 3. Гранина // Экология. -1997.-№ 1.-С. 40-44.

29. Исаев, В. П. Природные газы Байкала Текст. / В. П. Исаев, Н. Г. Коновалова, П. В. Михеев // Геология и Геофизика. 2002. - Т. 43. - С. 638 -643.

30. Кожов, М. М. Биология озера Байкал Текст. / М. М. Кожов. М.: Изд-во АН СССР, 1962. - 316 е.; 22 см. - Библиогр.: с. 310 - 314. - 300 экз.

31. Кожов, М. М. Очерки по байкаловедению Текст. / М. М. Кожов. -Иркутск: Вост.-сиб. книж. изд-во, 1972. 256 е.; 21 см.

32. Козырева, JI. П. Видовое разнообразие микроорганизмов озера Байкал Текст. / JI. П. Козырева, JI. П. Дагурова, Т. И. Земская // Биоразнообразие Байкальской Сибири. Новосибирск: Наука. - 1999. - С. 31-36.

33. Кузнецов, С. И. Микрофлора озер и ее геохимическая деятельность Текст. / С. И. Кузнецов. АН СССР. Ин-т биол. внутр. вод. JI.: Наука. Ленингр. отд., 1970. - 440 [6] е., 202 1. с. ил.; 26 см. - Библиогр.: с. 402435.- 1250 экз.

34. Кузнецов, С. И. Микробиологическая характеристика вод и грунтов Байкала Текст. / С. И. Кузнецов // Тр. Байкальск. Лимнолог, ст. АН СССР. -1957.-Т. 15.-С. 388-396.

35. Кузнецов, С. И. Роль микроорганизмов в круговороте веществ в озерах Текст. / С. И. Кузнецов // М.: Изд-во АН СССР. 1952. - 300с.

36. Кузнецов, Ю. А. Магматические породы и магматические формации Сибири и Дальнего Востока Текст. / Ю. А. Кузнецов // Геология и геофизика. 1977.-Т. 11.-С. 98-101.

37. Лазо, Ф. И. Геохимия серы в донных отложениях озера Байкал Текст. / Ф. И. Лазо // Геохимия. 1980. - Т. 1. - С. 109-115.

38. Лаптева, Н. А. Видовая характеристика гетеротрофных бактерий в озере Байкал Текст. / Н. А. Лаптева // Микробиология. 1990. - Т. 59, вып. 3. - С. 499-506.

39. Лейбович, Л. 3. Влияние жидкой фазы донных осадков на состав байкальской воды Текст. / Л.З . Лейбович // Тез. докл. 9 конф. молодых научн. сотр. по геологии и геофизике Вост. Сибири. 1980. - С. 125-126.

40. Лисицын, А. П. Основные понятия биогеохимии океана Текст. / А. П. Лисицын // М.: Наука. 1983. - С. 3-31.

41. Луста, К. С. Целлюлозоразлагающие природные ассоциации донных осадков пресного озера Текст. / К. С. Луста, Б. Б. Намсараев // Микробиология. 1988. - Т. 57, вып. 5. - С. 835-840.

42. Максимова, Э. А. Микробиоценозы доннных отложений Байкала Текст. / Э. А. Максимова, И. А. Сергеева, В. Н. Максимов // Иркутск, 1991. С. 160.

43. Маниатис, Т. Молекулярное клонирование Текст. / Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук // Лабораторное руководство. Москва: Мир, 1984. 480, [2] с, 75 с. ил.; 22 см. - Библиогр.: с. 446-463. - 4000 экз.

44. Мессинева, М. А. Биогеохимические исследования глубоководных осадков Байкала Текст. / М. А. Мессинева // Тр. Байкальск. Лимнол. Ст. АН СССР. 1957. - Т.15. - С. 199-211.

45. Мизандронцев, И. Б. Об относительной интенсивности раннего диагенеза донных отложений озера Байкал Текст. / И.Б. Мизандронцев, Т.А. Младова // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах. Изд-во Наука.- 1975.-С. 107-115.

46. Мизандронцев, И. Б. Химический состав грунтовых растворов Байкала Текст. / И.Б. Мизандронцев // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах. Изд-во Наука, 1975. - С. 250-253.

47. Мизандронцев, И. Б. Гидродинамическая концепция Н. М. Страхова и осадкообразование в Байкале Текст. / И. Б. Мизандронцев // Позднекайнозойская история озер в СССР. 1982. - С. 11-18.

48. Мизандронцев, И. Б. Осадкообразование Текст. / И. Б. Мизандронцев // Труды ЛИН СО АН СССР. 1978. - Т. 16, № 36. - Проблемы Байкала. - С. 33-46.

49. Младова, Т. А. Микробиологическая характеристика донных отложений Байкала Текст. / Т. А. Младова // Круговорот вещества и энергии в озерных водоемах. 1975. - С. 246-250.

50. Младова, Т. А. Микроорганизмы донных отложений (авандельты р. Селенги) Текст. / Т. А. Младова // Лимнология придельтовых пространств Байкала. Селенгинский район: сб. Труды АН СССР СО Лимнологический институт. Т. 12, вып. 32. - 1971. - С. 90-95.

51. Намсараев, Б. Б. Бактериальное окисление метана в озере Байкал Текст. / Б. Б. Намсараев, Т. И. Земская, О.П. Дагурова, Е.А. Гайнутдинова, О.В. Шубенкова, А.В. Егорова // Труды института микробиологии им.С.Н. Виноградова. 2006 - вып. XIII. - С. 113-146.

52. Намсараев, Б. Б. Геохимическая деятельность сульфатредуцирующих бактерий в донных осадках озера Байкал Текст. / Б. Б. Намсараев, Л. Е. Дулов, Т. И. Земская, Е. Б. Карабанов // Микробиология. 1995. - Т. 64, № 3. -С. 405-410.

53. Нечаева, Н. Б. Микробиологический анализ донных отложений Байкала Текст. / Н. Б. Нечаева, А. Г. Салимовская-Родина // Тр. Байкал, лимнол. ст. -1935.-Т. 6.-С. 5-14.

54. Никитин, Д. И. Применение электронной микроскопии для изучения водной микрофлоры Текст. / Д. И. Никитин, С. И. Кузнецов // Микробиология. 1967. - Т. 36, вып. 5. - С. 108-117.

55. Погодаева, Т. В. Химический состав поровых вод осадков оз. Байкал (ст. 'Маленький'), вмещающих газовые гидраты Текст. / Т. В. Погодаева, Т. И. Земская, О. М. Хлыстов // Материалы научной конференции

56. Фундаментальные проблемы изучения и использования воды и водных ресурсов'. 2005. - С. 428-431.

57. Поповская, Г. И. Этапы изучения автотрофного пикопланктона озера Байкал Текст. / Г. И. Поповская, О. И. Белых // Гидробиологический журнал. 2003. Т.39, № 6. - С. 12-24.

58. Прангвишвили, Д. А. Молекулярная биология архебактерий Текст. / Д. А. Прангвишвили // Тбилиси: Мецниереба, 1989. 170 с.

59. Родина, А. Г. Бактерии в продуктивности каменистой литорали оз. Байкал Текст. / А. Г. Родина // Проблемы гидробиологии внутренних вод. -1954.-С. 172-201.

60. Романенко, В. И. Экология микроорганизмов пресных водоемов. Лабораторное руководство. Текст. / В. И. Романенко, С. И. Кузнецов. АН СССР. Ин-т биологии внутр. вод. Л.: Наука, Ленингр. отд., 1974. - 194 е.; 21,5 см. - Библиогр.: с. 181-188. - 1850 экз.

61. Романова, А. П. Сезонная динамика процессов круговорота азота в водной толще и грунтах литорали оз. Байкал Текст. / А. П. Романова // В кн.: Труды VI совещания по проблемам биологии внутренних вод. - Борок, 1959.-С. 159-167.

62. Романова, А. П. сезонная динамика бактериопланктона, его горизонтальное и вертикальное распределение в южной части Байкала Текст. / А. П. Романова // Изв. СО АН СССР. 1958. - № 7. - С. 28-35.

63. Романова, А. П. Микробиологическая характеристика глубоководных грунтов южной части озера Байкал Текст. / А. П. Романова // Исследованияпо микрофлоре и зоопланктону Байкала. М.: Изд-во АН СССР. - 1963. - С. 1-11.

64. Страхов, Н. М. Диагенез современных морских и озерных отложений и превращение их в осадочные породы Текст. / Н. М. Страхов // В сб. "Образование осадков в современных водоемах". Изд-во АН СССР. 1954. -С. 374-787.

65. Страхов, Н. М. Основы теории литогенеза Текст. / Н. М. Страхов // -М.: Изд-во АН СССР. 1962. - Т. 2. - 574 с.

66. Тимошкин, О. А. Аннотированный список фауны озера Байкал и его водосборного бассейна Текст. / О. А. Тимошкин, Т. Я. Ситникова, О. Т. Русинек // Том I. Озеро Байкал, кн.1. 2001. - 832 с.

67. Шишмарев, М. И. Особенности аэромии глубинных вод Байкала в период весеннего перемещения Текст. / М. И. Шишмарев, В. М. Домышева, Л. А. Горбунова // География и природные ресурсы. 1996. - № 1. - С. 64-72.

68. Штевнева, А. И. Активность бактериальных процессов в донных отложениях южной части Байкала Текст. / А. И. Штевнева, Н. Д. Судакова // Микробиология. 1986. - Т. 55, № 5. - С. 839-845.

69. Штурм, Л. Д. Микробиологические исследования иловых отложений озера Боровского Текст. / Л. Д. Штурм, М. А. Мессинева, Н. П. Федоровская // Тр. Лаборатории генезиса сапропелей. 1941. - вып. 2. - С. 115-129.

70. Экзерцев, В. А. Определение мощности микробиологически активного слоя иловых отложений Текст. / В. А. Экзерцев // Микробиология. 1948. -Т. 17, вып. 5. - С. 476-483.

71. Яснитский, В. А. Отчет о работе Байкальской лимнологической станции Текст. / В. А. Яснитский, Б. Н. Бланков, В. И. Гортиков // Известия Биол.-геогр. Института при ИГУ. Иркутск. - 1927. - Т. 3, вып.З. - С. 47-54.

72. Amann, R. J. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation Text. / R. J. Amann, W. Ludwig, K.-H. Schleifer // Microbial Rewiev. 1995. - V. 59, № 1. - P. 3496-3500.

73. Bano, N. Phylogenetic composistion of Artie Ocean archaeal assemblages and comparison with Antartic assemblages Text. / N. Bano, S. Ruffin, B. Ranson, J. T. Hollibaugh // Applied and Environmental Microbiology. 2004. - V. 70, № 2. -P. 781-789.

74. Bergey's Manual of systematic Bacteriology. Editor Garrity, G. M. -Springer, 2nd edition. 2004. 2816 P.; 28 см. - экз. - ISBN 978-0387950402.

75. Bradbury, J. P. A synthtesis of post-glacial diatom records from Lake Baikal Text. / J. P. Bradburry, Y. V.Bezrukova, G. P. Chernyaeva // Paleolimnology. -1994.-V.10.-P. 213-252.

76. Callender, E. Geochemical mass balances of major elements in Lake Baikal Text. / E. Callender, L. Granina // Limnology and Oceanography. 1997. - V. 42, № 1,-P. 148-155.

77. Chapelle, F.H. Rates of microbial metabolism in deep coastal-plain aquifers Text. / F.H. Chapelle, D.R. Lovley // Applied and Environmental Microbiology. -1990. -V. 56.-P. 1856-1874.

78. Crane, K. Hydrothermal vents in Lake Baikal Text. / K. Crane, В. Hecker, V. Golubev // Nature. 1991. - V. 350, № 6316. - P. 281.

79. Eilkelboom, D. H. Filamentous organisms observed in activated sludge Text. / D. H. Eilkelboom // Water Research. 1975. - V. 9. - P. 365-388.

80. Ekendahl, S. Carbon transformations by attached bacterial populations in granitic groundwater from deep crystalline bed-rock of the Stripa research mine Text. / S. Ekendahl, K. Pedersen // Microbiology. 1994. - V. 140. - P. 1565-73.

81. Falkner, К. K., The major and minor element geochemistry of Lake Baikal Text. / К. K. Falkner, С. I. Measures, S. E. Herbelin, J. M. Edmond, R. F. Weiss // Limnology and Oceanography. 1991. - V. 36, №3. - P. 413-423.

82. Fodde, R. Mutation detection by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) Text. / R. Fodde, M. Losekoot // Human Mutation. 1994. - V. 3. - P. 83-94.

83. Gallardo, V. A. Large benthic microbial communities in sulphide biota under Peru-Chile subsurface counter current Text. / V. A. Gallardo // Nature. 1977. -V. 286.-P. 331-332.

84. Glockner, F.-O. Bacterioplankton compositions of lakes and oceans: a first comparison based on fluorescence in situ hybridisation Text. / F.-O. Glockner, B. M. Fuchs, R. Amann // Applied and Environmental Microbiology. 1999. - V. 65, №8.-P. 3721-3726.

85. Granina, L. Oxygen, iron, and manganese at the sediment-water interface in Lake Baikal Text. / L. Granina, B. Mueller, B. Wehrli, P. Martin // Terra Nostra. -2000.-V. 9.-P. 87-94.

86. Grote, A. Der Sauerstoffhausshalt der Seen Text. / A. Grote // Die Biennengewasser. 1934. - Bd. 14. - Stuttgart.

87. Hinrichs, K. U. Methane-consuming archaebacteria in marine sediments Text. / K. U. Hinrichs, J. M. Hayes, S. P. Sylva, P. G. Brewer, E. F. DeLong // Nature. 1999. - V. 398. - P. 802-805.

88. Holben, W. E. DNA probe method for the detection of specific microorganisms in the soil bacterial community Text. / W. E. Holben, J. K. Jansson, В. K. Chelm, J. M. Tiedje // Applied Environmental Microbiology. -1988.-V. 54. P.703-711.

89. Huettel, M. Vertical Migration in the Sediment-Dwelling Sulfur Bacteria Thioploca spp. In Overcoming Diffusion Limitations Text. / M. Huettel, S. Forsret, S. Kloser, H. Fossing // Applied Environmental Microbiology. 1996. -P. 1863-1872.

90. Killworth, P. D. Modelling deep water renewal in Lake Baikal Text. / P. D. Killworth, E. C. Carmack, R. F. Weiss, R. Matear // Limnology and Oceanography. 1996.-V. 41.-P. 1521-1538.

91. Kojima, H. Community structure of bacteria associated with sheaths of freshwater and brackish Thioploca species Text. / H. Kojima, Y. Koizumi, M. Fukui // Microbial Ecology. 2006. - V. 52, № 4. - P. 765-773.

92. Maier, S. Description of Thioploca ingrica sp.nov. nom.rev. Text. / S. Maier // International Journal Systematic Bacteriology. 1984. - V. 34. - P. 344-345.

93. Marmur, J. A procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from micro-organisms Text. / J. Marmur // Journal Molecular Biology. 1961. - V. 3. -P. 208-218.

94. Martin, P. Oxygen concentration profiles in sediments of two ancient lakes: Lake Baikal (Siberia, Russia) and Lake Malawi (East Africa) Text. / P. Martin, L.Z. Granina, K. Martens, B. Goddeeris // Hydrobiologia. 1998. - V. 367. - P. 163-174.

95. Martin, P. Oxygen concentration profiles in soft sediment of Lake Baikal (Russia) near the Selenga delta Text. / P. Martin, B. Goddeeris, K. Martens // Freshwater Biology. 1993. - V. 29, № 3. - P. 343-349.

96. McHatton, S. C. High nitrate concentrations in vacuolate, autotrophic marine Beggiatoa spp. Text. / S. C. McHatton, J. P. Barry, H. W. Jannasch, D. C. Nelson // Applied Environmental Microbiology. 1996. - V. 62. - P. 954-958.

97. Miskin, I. Bacteria in post-glacial freshwater sediments / I. Miskin, G. Rhodes, K. Lawlor, J. R. Saunders, R. W. Pickup // Microbiology. 1998. - V. 144.-P. 2427-2439.

98. Mortimer, С. H. The exchange of dissolved substances between mud and water in lake Text. / С. H. Mortimer // The Journal of Ecology. 1941. - V. 29, № 2.-P. 280-329.

99. Odintsova, E. V. Chemolithoautotrophic growth of Thiothrix ramosa Text. / A. P. Wood, D. P. Kelly//Arch. Microbiology. 1993. -V. 160. - P. 152-157.

100. Ogram, A. The extraction and purification of microbial DNA from sediments. / A. Ogram, G. S. Sayler, T. Barkay // Journal Microbiology Methods.- 1987.-V. 7.-P. 57-66.

101. Purdy, K. J. Analysis of the sulfate-reducing bacterial and methanogenic archaeal populations in contrasting Antarctic sediments Text. / K. J. Purdy, D. B. Nedwell, Т. M. Embley II Applied Environmental Microbiology. 2003. - V. 69. -P. 3181-3191.

102. Rochelle, P. A. DNA extraction for 16S rRNA gene analysis to determine genetic diversity in deep sediment communities Text. / P. A. Rochelle, J. C. Fry, R. J. Parkes, A. J. Weightman // FEMS Microbiology Letters. 1992. - V.100. -P.59-66.

103. Roose-Amsaleg C. L., Garnier-Sillam E., Harry M. Extraction and purification of microbial DNA from soil and sediment samples Text. / C. L. Roose-Amsaleg, E. Garnier-Sillam, M. Harry // Applied Soil Ecology. 2001. - V. 18.-P. 47-60.

104. Rothfuss, F. Survival and activity of bacteria in a deep, aged lake sediment (Lake Constance) Text. / F. Rothfuss, M. Bender, R. Conrad II Microbial ecology.- 1997. -V. 33, №1.-P. 69-77.

105. Sambrook, J. Molecular cloning. A laboratory manual Text. / J. Sambrook, E. F. Frisch, Maniatis T. // New York, Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor1.boratory Press. 1989. - 350, 2. с ил. 27,5 см. - Библиогр.: с. 342-348. - экз. -ISBN 0-87969-309-6.

106. Schippers, A. Prokaiyotic cells of the deep sub-seafloor biosphere identified as living bacteria Text. / A. Schippers, Lev N. Neretin, J. Kallmeyer, T.G. Ferdelman, B. A. Cragg, R. J. Parkers, Bo B. Jorgensen // Nature. 2005. - V. 433. -P. 861-864.

107. Schulz, H. N. Big bacteria Text. / H. N. Schulz, В. B. Jorgensen // Annual Review Microbiology. -2001. V. 55. - P. 105-137.

108. Schulz, H. N. Dense populations of a giant sulfur bacterium in Namibian shelf sediments Text. / Schulz H. N., Brinkhoff T. G., Ferdelman T. G., Marine M. H., Teske A. // Science. 1999. - V. 284. - P.493-495.

109. Skerman, V. B. D. Approved lists of bacterial names Text. /V. B. D. Skermann, V. Mc Gowan, P. H. A. Sneath // International Journal Systematic Bacteriology. 1980. - V. 30. - P. 225-420.

110. Steffan, R. J. Recovery of DNA from soil and sediments Text. / R. J. Steffan, J. Goksoyr, A. K. Bej, R. M. Atlas // Applied and Environmental Microbiology. -1988.-V. 54. P.2908-2915.

111. Tebbe, С. C. Interference of humic acids and DNA extracted directly from soil in detection and transformation of recombinant DNA from bacteria and yeast Text. / С. C. Tebbe, W. Vahjen // Applied and Environmental Microbiology. -1988.-V. 59. P.2657-2665.

112. Teske, A. Phylogeny of Thioploca and related filamentous sulfide-oxidizing bacteria Text. / A. Teske, N. B. Ramsing, J. Kuver, H. Fossing // Systematic Applied Microbiology. -1995. V. 18. - P. 517-526.

113. Tsai, Y.-L. Rapid method for separation of bacterial DNA from humic substances in sediments for polymerase chain reaction Text. / Y.-L. Tsai, В. H. Olson [Text] // Applied Environmental Microbiology. 1992. - V. 58. - P. 22922295.

114. Urbach, E. Unusual bacterioplankton community structure in ultra-oligotrophic Crater Lake Text. / E. Urbach, K. L. Vergin, L.Young, A. Morse, G.

115. Larson, S.J. Giovannoni 11 Limnological Oceanography. -2001. V. 46,3.-P. 557-572.

116. Vologina, E. G. New results of high resolution studies of surface sediments of Lake Baikal Text. / E. G. Vologina, M. Sturm, S. S. Vorobyova, L. Z. Granina // Terra Nostra. 2000. - V. 9. - P. 115-131.

117. Williams, D. F. Lake Baikal record of continental climate response to orbital insolation during the past 5 million years Text. / D. F. Williams // Science. 1997. -V. 278.-P. 1114-1117.

118. Williams, Т. M. Filamentous sulfur bacteria of activated sludge: characterization of Thiothrix, Beggiatoa, and Eikelboom type 02IN strains Text. / Т. M. Williams, R. F. Unz // Applied and Environmental Microbiology. 1985. -V. 49, № 4. - P. 887-98.

119. Woese, C. R. Bacterial evolution Text. / C. R. Woese // Microbial Reviews. -1987.-V. 51, №2.-P. 221-271.

120. Zhou, J. DNA recovery from soils of diverse composition Text. / J. Zhou, M. A. Bruns, J. M. Tiedje // Applied and Environmental Microbiology. 1996. - V. 62.- P. 316-322.