Расширение функционального домена альфа-глобиновых генов кур как следствие хромосомной перестройки тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Филоненко, Елена Сергеевна

• Филоненко, Елена Сергеевна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Филоненко, Елена Сергеевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

I. Структурно-функциональная организация генома.

1. Хроматиновые домены.

2. Функциональные домены.

3. Домены открытого типа.

4. Транскрипционные домены и скелетные структуры ядра.

И. Домен альфа-глобиновых генов кур.

1. Функциональный домен альфа-глобиновых генов.

2. Структура домена альфа-глобиновых генов в контексте ближайшего геномного окружения.

3. Организация и хроматиновая конфигурация домена альфа-глобиновых генов кур.

4. Хроматиновый домен альфа-глобиновых генов кур.

III. Эволюция домена альфа-глобиновых генов.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Расширение функционального домена альфа-глобиновых генов кур как следствие хромосомной перестройки»

Изучение механизмов, контролирующих экспрессию генов высших эукариот, является одной из центральных задач молекулярной биологии. Согласно современным представлениям, активация транскрипции тканеспецифичных генов является многоэтапным процессом, начинающимся с изменения конфигурации соответствующего геномного домена и заканчивающимся сборкой пре-инициаторного комплекса комплексов) на промоторе (промоторах). Геномными доменами в течение многих лет называли протяженные участки хромосом, характеризующиеся различной (зависящей от типа клеточной дифференцировки) чувствительностью к ДНКазе I. В качестве типичных моделей изучались домены бета-глобиновых генов позвоночных животных, домен гена лизоцима кур, домен гена аполипопротеина человека. Во всех этих доменах активации расположенных в них тканеспецифичных генов предшествует изменение хроматинового статуса домена (переход из ДНКазо-устойчивой в ДНКазо-чувствительную конформацию, коррелирующий с повышением уровня ацетилирования гистонов). В течение ряда лет господствовало мнение, что весь геном построен из сходно организованных структурнофункциональных блоков, подобных домену бета-глобиновых генов. Расширение спектра изучаемых геномных моделей продемонстрировало, что эта точка зрения является упрощенной. Были открыты так называемые домены «открытого типа», которые содержат перемежающиеся, а иногда и перекрывающиеся, тканеспецифичные гены и гены домашнего хозяйства». Эта группа доменов достаточно широко представлена в геноме, и изучение принципов регуляции работы генов, расположенных в доменах «открытого типа», представляется крайне важным. Типичным примером доменов открытого типа является домен альфа-глобиновых генов. Сравнительный анализ геномов 22 видов позвоночных показал, что этот домен высоко консервативен в эволюции и включает кластер собственно альфа-глобиновых генов, расположенных в определённом порядке, и ген домашнего хозяйства C16orf35, в котором находится главный регуляторный элемент, контролирующий работу альфа-глобиновых генов. Характерной чертой доменов «открытого типа», в том числе и доменов альфа-глобиновых генов, является независимая от транскрипционного статуса тканеспецифичных генов, входящих в состав домена, высокая чувствительность хроматина к нуклеазному гидролизу. Тем не менее, активации экспрессии глобиновых генов в эритроидных клетках также предшествуют определенные регуляторные события, осуществляющиеся на уровне всего домена и заключающиеся в изменении пространственной конформации домена и спектра сайтспецифических модификаций гистонов. Значение этих изменений в настоящее время мало изучено. То же можно сказать о принципах функциональной изоляции различных генов в доменах «открытого» типа. Не изученными являются и механизмы разграничения доменов «открытого типа», которые, как правило, не содержат инсуляторных элементов.

Сравнительный геномный анализ окружения домена альфа-глобиновых генов у различных видов показал, что участок, непосредственно соседствующий с альфа-глобиновыми генами, у кур претерпел хромосомную перестройку. Несколько генов-ортологов, граничащих с кластером альфа-глобиновых генов, расположены в инвертированном порядке у курицы по сравнению с человеком и рядом других позвоночных. В результате этого на одной из границ альфа-глобинового домена произошло нарушение консервативного расположения генов и перераспределение установившихся взаимодействий удалённых регуляторных элементов, при этом у кур ген ТМЕМ8 оказался в непосредственной близости к кластеру альфа-глобиновых генов, тогда как у человека он расположен на расстоянии 170 т.п.н. от него. В настоящей работе показано, что у кур регуляторные элементы гена ТМЕМ8 вовлечены в регуляторную сеть альфа-глобиновых генов, результатом чего является приобретение геном ТМЕМ8 эритроидспецифического характера экспрессии. Таким образом, следствием эволюционной перестройки явилось расширение функциональных границ альфаглобинового домена. Данное наблюдение расширяет наши представления как о принципах работы регуляторных систем доменов «открытого» типа, так и о путях эволюции этих доменов. Именно этим и определяется актуальность темы настоящей работы.

Цели и задачи исследования. Целью настоящей работы явилось изучение структурно-функциональной организации ближайшего геномного окружения кластера альфа-глобиновых генов кур. В работе были поставлены следующие экспериментальные задачи:

1. Охарактеризовать пространственную организацию 220 т.п.н. локуса 14 хромосомы кур, содержащего кластер альфа-глобиновых генов и фланкирующие его гены домашнего хозяйства.

2. Изучить экспрессию, структуру и хроматиновую конформацию гена ТМЕМ8, расположенного в непосредственной близости к кластеру альфа-глобиновых генов кур.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

I. Структурно-функциональная организация генома

Согласно доменной гипотезе, геном состоит из структурно-функциональных единиц, которые устроены и функционируют сходным образом (Goldman, 1988; Razin & Vassetzky, 1991; Razin et al., 1993; Razin, 1996; Geyer et al., 1997; Gerasimova & Corces, 1998; Dillon & Sabbattini, 2000). Функциональной единицей является геномная область, включающая ген или группу связанных генов со всем комплексом цис-регуляторных последовательностей. Структурной же единицей можно считать хроматиновый домен, который можно определить как достаточно протяженный участок генома, в рамках которого могут происходить изменения способа упаковки хроматиновой фибриллы, не распространяющиеся на фланкирующие области (Razin et al., 2003; Разин, 2007). Разделение эукариотического генома на домены отчётливо детектируется на уровне его структурной организации: домены-петли (длиной 50-100 т.п.н.) закрепленны на ядерном матриксе - особой многокомпонентной скелетной структуре, обеспечивающей поддержание хроматиновых петель и компартментализацию различных функциональных процессов внутри ядра (Razin, 1987, 1996, 1997, 1999, 2001; Razin et al., 1995; Razin & Gromova, 1995). Участки закрепления петель на ядерном матриксе, так называемые LAR-элементы (LAR - Loop Attachement), могут обозначать границу геномного домена и содержать инсуляторы, которые ограничивают область действия позитивных регуляторных элементов (функциональная граница) и препятствуют распространению репрессивных хроматиновых структур (структурная граница). Такая точка зрения подкреплялась результатами изучения многочисленных доменов тканеспецифичных генов, для которых характерна полная колокализация доменов, картированных по функциональному и структурному принципам. Согласно доменной гипотезе организации эукариотического генома, оба типа доменов - хроматиновый (определенный по структурному принципу) и геномный (определенный по функциональному принципу) полностью колокализуются. Связь между геномными доменами (как функциональными единицами генома, находящимися под контролем определённых механизмов) и хроматиновыми доменами была чётко продемонстрирована на примере кластера бета-глобиновых генов. Было показано, что делеция 5'-концевой регуляторной области приводит к одновременному прекращению транскрипции и переходу в компактную (устойчивую к ДНКазе I) конфигурацию протяженного хроматинового домена, включающего весь кластер бета-глобиновых генов и фланкирующие последовательности ДНК.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Филоненко, Елена Сергеевна

выводы

1. Охарактеризована пространственная организация 220 т.п.н. сегмента хромосомы 14 кур, содержащего кластер альфа-глобиновых генов и фланкирующие его гены домашнего хозяйства.

2. Показано, что не кодирующий глобины ген кТМЕМ8, расположенный в 3' фланкирующей области кластера альфа-глобиновых генов кур, предпочтительно экспрессируется в эритроидных клетках, и экспрессия этого гена стимулируется при терминальной эритроидной дифференцировке культивируемых эритробластов.

3. Продемонстрировано, что в интроне 7 гена кТМЕМ8 содержится эритроидспецифичный участок гиперчувствительности к ДНКазе 1, колокализующийся с эритроидспецифичным энхансером, в границах которого присутствуют три сайта связывания эритроидспецифичного транскрипционного фактора GATA1.

4. Изучена хромосомная конформация гена кТМЕМ8. Показано, что в эритроидных клетках ген кТМЕМ8 непосредственно взаимодействует с эритроидспецифичным энхансером и регуляторным элементом DHS-9, но не с главным регуляторным элементом домена альфа-глобиновых генов. Продемонстрировано, что К.ТМЕМ8 не привлекается в активный хроматиновый блок альфа-глобиновых генов. Для активации экспрессии кТМЕМ8 собирается альтернативный хроматиновый комплекс.

Заключение

Домен альфа-глобиновых генов является традиционной моделью для изучения механизмов регуляции экспрессии эукариотических генов. На протяжении 25 лет изучения домена наши представления о его структуре и функционировании становились всё более и более сложными. Современные методы молекулярной и клеточной биологии позволили подробно изучить структуру транскрипционных единиц, найти и охарактеризовать группы позитивных и негативных регуляторных элементов. Активно развивающаяся методология ЗС расширила представления о хромосомной конформации домена и о пространственном взаимодействии регуляторных элементов между собой. Сравнительный геномный анализ окружения домена альфа-глобиновых генов у различных видов позвоночных показал, что участок, непосредственно соседствующий с альфа-глобиновыми генами, у кур претерпел хромосомную перестройку. Несколько генов-ортологов, граничащих с кластером альфа-глобиновых генов, расположены в инвертированном порядке у курицы по сравнению с человеком и рядом других позвоночных. Таким образом, у кур ген ТМЕМ8 оказался в непосредственной близости к кластеру альфа-глобиновых генов, тогда как у человека он расположен на расстоянии 170 т.п.н. от него. Результатом этого могло стать перераспределение установившихся взаимодействий удалённых регуляторных элементов. Целью данной работы было подтверждение этого предположения, а также характеристика экспрессии, структуры и хроматиновой конфигурации гена ТМЕМ8.

Домены открытого типа, к которым принадлежит домен альфа-глобиновых генов кур, широко представлены в эукариотическом геноме и, по всей видимости, составляют его основную часть. Изучение структурно-функциональных особенностей этих доменов и понимание механизмов, регулирующих транскрипцию в таких доменах, позволит лучше понять общие принципы организации эукариотического генома.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Работа с культурами клеток

Куриные преэритробласты HD3 (клон А6 линии LSCC) культивировали в модифицированной Дульбекко среде Игла (DMEM), содержащей 8% фетальной бычьей сыворотки, 2% куриной сыворотки. Куриные лимфоидные клетки линии DT40 (CRL-2111, АТСС) культивировали в той же среде с добавлением 50 мкМ Р-меркаптоэтанола. Клетки линии К562 культивировали в среде RPMI 1640, содержащей 10% фетальной бычьей сыворотки. Куриные эмбриональные фибробласты (КЭФ) выделяли из 9-ти дневных эмбрионов согласно стандартному протоколу (Silim et. al., 1982) и культивировали в DMEM, содержащей 8% фетальной бычьей сыворотки, 2% куриной сыворотки. Все среды содержали 100 ед./мл пенициллина и 100 мкг/мл стрептомицина. Культивирование<; проводили при 37°С в атмосфере, содержащей 5% СОг. Индукцию дифференцировки клеток линии HD3 по эритроидному пути проводили по ранее описанной методике5 (Nicolas et al., 1991): клетки в концентрации 1 млн/мл инкубировали в присутствии 10 мМ HEPES (рН 8.0) и 20 мкМ индуктора iso-H-7 (l-(5-Isoquinolinylsulfonyl)-3-methylpiperazinei' dihydrochloride, Fluka) при 42°C в воздушной атмосфере. Для экспериментов использовали клетки после 12 часов дифференцировки. Для индукции терминальной эритроидной дифференцировки клетки линии К562 инкубировали в присутствии 10 мМ бутирата натрия (Sigma) в течение 20 часов (Lozzio et al, 1979).

2. Источники тканей и органов

Желудок, мышцы, селезёнка, мозг, жировая ткань, лёгкие, сердце, печень и кровь были выделены из 5 месячной курицы. Для выделения фракций лимфоцитов периферической крови (ЛПК) и эритроцитов к 2 мл цельной крови, содержащей гепарин, добавляли равный объём физиологического раствора (GE Healthcare) и наслаивали на 4 мл

Ficoll-Paque PLUS (GE Healthcare). После центрифугирования при 4°C в течение 30 мин. на 400g ЛПК оставались в интерфазе, в то время как эритроциты и гранулоциты образовывали осадок на дне центрифужной пробирки. Фракцию ЛПК и осадок, содержащий главным образом эритроциты, собирали и промывали 3 раза физиологическим раствором. Примеси других типов клеток в образцах ЛПК, полученных таким методом, составили: эритроцитов ~ 5%, гранулоцитов ~3% и тромбоцитов менее 1%.

3. Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH) на препаратах развёрнутого хроматина (ядерного гало)

Для выделения ядер клетки осаждали на 200g 5 мин и пермобилизировали в буфере, содержащем 10 мМ PIPES рН 6,8; 100 мМ NaCl; 300 мМ сахарозы, 3 мМ MgCl2, 0,5% Triton Х-100; ОД мМ c11so4; 1 мМ PMSF 15 мин на льду. Затем полученную суспензию осаждали на силиконовые предметные стёкла. Для получения ядерного гало препараты инкубировали в буфере, содержащем 10 мМ PIPES рН 6,8; 2 М NaCl; 10 мМ EDTA; 0,1% дигитонина; 0,05 мМ спермина, 0,125 мМ спермидина 4 мин, последовательно проводили через 10х, 5х, 2х, lx PBS и затем через 30%, 50%, 70% и 96% растворы этанола, высушивали на воздухе и фиксировали на 70°С 2 часа.

Для приготовления гибридизационных проб ДНК ВАС клона СН261-75С12 (АС 172304, GeneBank) биотинилировали, используя Biotin-Nick Translation Mix (Roche, Penzberg, Germany), согласно прилагаемому протоколу.

Препараты ядерных гало последовательно обрабатывали РНКазой А (100 мкг/мл в 2х SSC) и пепсином (0,01% в 10 mM НС1), постфиксировали 1% формальдегидом и проводили через 70, 80 и 96% этанол. Чтобы денатурировать ДНК, слайды инкубировали в 70% формамиде в 2х SSC 5 мин на 74°С и затем проводили через 70, 80 и 96% этанола и высушивали на воздухе.

Буфер для гибридизации (объём 10 мкл) содержал 60% формамида, 2х SSC, 10% декстран сульфата, 0,1% Tween-20, 10 мкг ДНК спермы лосося, 2 мкг тРНК, 0,1-1 мг геномной ДНК кур и 25-50 нг меченой биотином пробы. Перед гибридизацией буфер инкубировали 10 мин на 74°С, чтобы денатурировать ДНК. Гибридизацию проводили ночь на 37-40°С. После гибридизации образцы промывали дважды в 50% формамиде в 2х SSC на 40-42°С 20 мин.

Для выявления гибридизационных сигналов были использованы антитела мыши против биотина, конъюгированные с AlexaFluor 488 (Molecular Probes - Invitrogen, Eugene, OR, United States), и набор для амплификации сигнала (Molecular Probes - Invitrogen, Eugene, OR, United States). ДНК визуализировали, используя DAPI (0,5 мг/мл) (Vector Laboratories, USA). Препараты анализировали на флуоресцентном микроскопе DMR/HC5 (Leica, Wetzlar, Germany), оснащённом HCX PZ Fluotar 100/1.3 объективом и протоколировались с использованием камеры CCD DC 350 F (Leica, Wetzlar, Germany).

4. Картирование участков прикрепления к ядерному матриксу о

Для приготовления фракции ДНК, прикреплённой к ядерному матриксу, 3x10 клеток линий HD3 и DT40 центрифугировали и промывали 2 раза PBS. Затем клетки инкубировали 10 мин на льду в пермеабилизирующем буфере (10 мМ PIPES, (рН 7,8), 0,5% Triton Х-100, 100 мМ NaCl, 0,3 М сахарозы, 0,2 мМ PMSF и 3 мМ MgCl2). После пермеабилизации клетки отмывали 3 раза буфером для ДНКазы I (50 мМ Tris-HCl (рН 7,5), 3 мМ MgCb) и обрабатывали ДНКазой I (Sigma, St. Louis, МО, United States) на льду в 200 мкл в том же буфере 10 мин. Количество ДНКазы I подбирали таким образом, чтобы средний размер фрагментов ДНК после обработки составлял 5 т.п.н. Реакцию останавливали добавлением 0,1 М EDTA. Далее добавляли NaCI до конечной концентрации 2 М и инкубировали на льду 20 мин, чтобы экстрагировать отщепившийся хроматин. Полученные таким образом препараты отмывали от отщепившейся ДНК 3 раза буфером для ДНКазы I, растворяли в буфере, содержащем 50 мМ EDTA, 0.5% SDS и 500 мкг/мл протеиназы К. Затем образцы инкубировали ночь на 55°С и выделяли ДНК методом экстракции фенол-хлороформом.

Образцы контрольной геномной ДНК получали параллельно таким же образом, однако не отмывали от отщепившейся ДНК, а осаждали 50% изопропанолом и далее депротеинизировали и выделяли суммарную фракцию ДНК.

В исследуемой области были выбраны короткие тест-фрагменты, находящиеся на расстоянии 5 т.п.н. друг от друга. Для каждого фрагмент были выбраны праймеры и методом полуколичественного ПЦР-анализа оценивалась количество этих фрагментов в препаратах прикреплённой к матриксу ДНК и суммарной геномной ДНК, где все исследуемые фрагменты представлены в одинаковой степени. Последовательности праймеров, использованных для ПЦР-анализа, представлены в Таблице 1. Полученные результаты представляли как отношение содержания исследуемых фрагментов в препаратах геномной ДНК к содержанию этих фрагментов в препаратах прилежащей к ядерному матриксу ДНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Филоненко, Елена Сергеевна, 2009 год

1. Разин, С.В. (2007) Хроматин и регуляция транскрипции. Мол. Бгюл. 41(3), 387-394.

2. Разин, С.В. и Юдинкова Е.С. (2007) Механизмы, контролирующие активацию домена альфа-глобиновых генов в эритроидных клетках кур. Биохимия 72(5), 581-585.

3. Юдинкова, Е.С. и Разин, С.В. (1999) Участок связывания ДНК с ядерным матриксом (MAR элемент) локализован в кластере сайтов гиперчувствительности к ДНКазе I в 5'-концевой области домена альфа-глобиновых генов кур. Мол. Биол. 34(5), 821-827.

4. Юдинкова, Е.С. и Разин, С.В. (2003) Регуляторные системы геномных доменов с размытыми границами. Генетика 39, 182-186.

5. Abbott, D.; Ivanova, V., Wang, X., Bonner, W., and Ausio, J. (2001) Characterization of the stability and folding of H2A.Z chromatin particles: implications for transcriptional activation. J Biol Chem 276, 41945-41949.

6. Anguita, E., Johnson, C.A., Wood, W.G., Turner, B.M. and Higgs, D.R. (2001) Identification of a conserved erythroid specific domain of histone acetylation across the alpha-globin gene cluster. Proc Natl Acad Sci USA. 98, 12114-12119.

7. Ashe, H., Monks, J., Wijgerde, M., Eraser, P., and Proudfoot, N. (1997) Intergenic transcription and transinduction of the human beta-globin locus. Genes Dev 11, 2494-2509.

8. Barbour, V.M., Tufarelli, C., Sharpe, J.A. et al. (2000) Alphathalassemia resulting from a negative chromosomal position effect. Blood 96, 800-807.

9. Bazett-Jones, D., Mendez, E., Czarnota, G., Ottensmeyer, F. and Allfrey V. (1996) Visualization and analysis of unfolded nucleosomes associated with transcribing chromatin. Nucleic Acids Res 24, 321-329.

10. Bell, A. and Felsenfeld, G. (2000) Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. Nature 405, 482-485.

11. Bell, A.C., West, A.G. and Felsenfeld, G. (1999) The protein CTCF is required for the enhancer-blocking activity of vertebrate insulators. Cell 98, 387-396.

12. Bell, A.C., West, A.G. and Felsenfeld, G. (2001) Insulators and boundaries: versatile regulatory elements in the eukaryotic genome. Science 291, 447-450.

13. Belozerov, V.E., Majumder, P., Shen, P. and Cai, H.N. (2003) A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila. EMBO J. 22,3113-3121.

14. Berezney, R. and Coffey, D.S. (1974) Identification of a nuclear protein matrix. Biochem Biophys Res Commun 60(4), 1410-7.

15. Berezney, R. and Coffey, D.S. (1976) The nuclear protein matrix: isolation, structure, and functions. Adv Enzyme Regul. 14: 63-100.

16. Berezney, R., Mortillaro, M.J., Ma, H., Wei, X. and Samarabandu, J. (1995) The nuclear matrix: a structural milieu for genomic function. Int Rev Cytol 162A, 1-65.

17. Bi, X. and Broach, J.R. (2001) Chromosomal boundaries in S. cerevisiae. Curr. Opin. Genet. Dev. 11, 199-204.

18. Bininda-Emonds, O.R., Cardillo, M., Jones, K.E., MacPhee, R.D., Beck, R.M., Grenyer, R., Price, S.A., Vos, R.A., Gittleman, J.L. and Purvis, A. (2007) The delayed rise of present-day mammals. Nature 446, 507-512.

19. Borunova, V., Iarovaia, O., Vassetzky, Y. and Razin, S. (2005) The upstream area of the chicken alpha-globin gene domain is transcribed in both directions in the same cells. FEBS Lett. 579, 4746-4750.

20. Broders, F., and Scherrer, K. (1987) Transcription of the a-globin gene domain in normal and AEV-transformed chicken erythroblasts: mapping of giant globin-specific RNA including embryonic and adult gene. Mol Gen Genet 209, 210-220.

21. Broders, F., Zahraoui, A., and Scherrer, K. (1990) The chicken a-globin gene domain is transcribed into a 17-kilobase polycistronic RNA. Proc Natl Acad Sci USA 87, 503-507.

22. Brown, J.L., and Ingram, V.M. (1974) Structural studies on chick embryonic hemoglobins. J. Biol. Chem. 249: 3960-3972.

23. Casolari, J.M., Brown, C.R., Komili, S., West, J., Hieronymus, H. and Silver, P.A. (2004) Genome-wide localization of the nuclear transport machinery couples transcriptional status and nuclear organization. Cell 117, 427^39.

24. Chen, S. and Corces, V. (2001) The gypsy insulator of Drosophila affects chromatin structure in a directional manner. Genetics 159, 1649-1658.

25. Chiu, Y.H., Yu, Q., Sandmeier, J.J. and Bi, X. (2003) A targeted histone acetyltransferase can create a sizable region of hyperacetylated chromatin and counteract the propagation of transcriptionally silent chromatin. Genetics 165, 115—125.

26. Ciejek, E.M., Tsai, M.J. and O'Malley, B.W. (1983) Actively transcribed genes are associated with the nuclear matrix. Nature 306, 607-609.

27. Cockerill, P.N. and Garrard, W.T. (1986) Chromosomal loop anchorage of the kappa immunoglobulin gene occurs next to the enhancer in a region containing topoisomerase II sites. Cell 44(2): 273-82.

28. Cook, P.R. and Brazell, I.A. (1978). Spectrofluorometric measurement of the binding of ethidium to superhelical DNA from cell nuclei. Eur JBiochem 84(2), 465-77.

29. Cook, P.R. and Brazell, I.A. (1980) Mapping sequences in loops of nuclear DNA by their progressive detachment from the nuclear cage. Nucleic Acids Res 8(13), 2895-906.

30. Cook, P.R., Lang, J., Hayday, A., Lania, L., Fried, M., Chiswell, D.J. and Wyke, J.A. (1982) Active viral genes in transformed cells lie close to the nuclear cage. EMBOJ. 1(4), 447-52.

31. Cooper, S.J. and Hope, R.M. (1993) Evolution and expression of a beta-like globin gene of the Australian marsupial Sminthopsis crassicaudata. Proc Natl Acad Sci USA 90, 11777 11781.

32. Cooper, S.J., Murphy, R., Dolman, G., Hussey, D. and Hope, R.M. (1996) A molecular and evolutionary study of the beta-globin gene family of the Australian marsupial Sminthopsis crassicaudata. Mol Biol Evol 13, 1012-1022.

33. Crispino, J.D. (2005) GATA1 in normal and malignant hematopoiesis. Semin. Cell Dev. Biol. 16, 137-147.

34. Dillon, N. and Sabbattini, P. (2000) Functional gene expression domains: defining the functional unit of eukaryotic gene regulation. Bioessays 22, 657-665.

35. Dodgson, J.B., and Engel, J.D. (1983) The nucleotide sequence of the adult chicken alpha-globin genes. J. Biol. Chem. 258, 4623-4629.

36. Dodgson, J.B., McCune, K.C., Rusling, D.J., Krust, A. and Engel, J.D. (1981) Adult chicken alpha-globin genes alpha A and alpha D: no anemic shock alpha-globin exists in domestic chickens. Proc Natl Acad Sci USA 78, 5998-6002.

37. Donze, D. and Kamakaka, R.T. (2002) Braking the silence: how heterochromatic gene repression is stopped in its tracks. Bioessays 24, 344—349.

38. Engel, J.D. and Dodgson, J.B. (1978) Analysis of the adult and embryonic chicken globin genes in chromosomal DNA. J Biol Chem. 253, 8239-8246.

39. Engel, J.D. and Dodgson, J.B. (1980) Analysis of the closely linked adult chicken alpha-globin genes in recombinant DNAs. Proc Natl Acad Sci USA 77, 2596-2600.

40. Evans, Т., Reitman, M. and Felsenfeld, G. (1988) An erythrosyte-specific DNA-binding factor recognized sequence common to all chicken globin genes. Proc Natl Acad Sci USA 85, 59765980.

41. Faurholm, В., Millar, R. and Katz, A. (2001) The genes encoding the type II gonadotropin-releasing hormone receptor and the ribonucleoprotein RBM8A in humans overlap in two genomic loci. Genomics 78, 15-18.

42. Ferrari, S., Carmine-Simmen, K., Dusserre, Y., Muller, K., Fourel, G., Gilson, E. and Mermod, N. (2004) Chromatin domain boundaries delimited by a histone-binding protein in yeast. J. Biol. Chem. 279, 55520-55530.

43. Filippova, G., Thienes, C., Penn, В., Cho, D., Hu, Y., Moore, J., Klesert, Т., Lobanenkov, V. arid Tapscott, S. (2001) CTCF-binding sites flank CTG/CAG repeats and form a methylation-sensitive insulator at the DM1 locus. Nat Genet 28, 335-343.

44. Flint, J., Tufarelli, C., Peden, J., Clark, K., Daniels, R., Hardison, R., Miller, W., Philipsen, S., Tan-Un K., McMorrow, Т., Frampton, J., Alter, В., Frischauf, A. and Higgs, D. (2001)

45. Comparative genome analysis delimits a chromosomal domain and identifies key regulatory elements in the alpha globin cluster. Hum Mol Genet 10, 371-382.

46. Forrester W., Thompson C., Elder J. and Groudine M. (1986) A developmental^ stable chromatin structure in the p-globin gene cluster. Proc Natl Acad Sci USA 83, 1359-1363.

47. Forsberg, E. and Bresnick, E. (2001) Histone acetylation beyond promoters: long-range acetylation patterns in the chromatin world. Bioessays 23, 820-30.

48. Fried, M. and Crothers, D.M. (1981). Equilibria and kinetics of lac repressor-operator interactions by polyacrylamide gel electrophoresis. Nulceic Acids Res. 9, 6505-6524.

49. Fuchs, C., Burmester, T. and Hankeln, T. (2006) The amphibian globin gene repertoire as revealed by the Xenopus genome. Cytogenet Genome Res. 112, 296-306.

50. Gavrilov, A.A. and Razin, S.V. (2008) Spatial configuration of the chicken {alpha}-globin gene domain: immature and active chromatin hubs. Nucleic Acids Res. 36, 4629-4640.

51. Gerasimova, T.I. and Corces, V.G. (1998) Polycomb and trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator. Cell 92(4), 511-21.

52. Geyer, P. (1997) The role of insulator elements in defining domains of gene expression. Curr Opin genet Dev 7, 242-248.

53. Geyer, P. and Corces, V. (1992) DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein. Genes Dev 6, 1865-1873.

54. Goh, S.H., Josleyn, ML, Lee, Y.T., Danner, R.L., Gherman, R.B., Cam, M.C.,and Miller, J.L. (2007). The human reticulocyte transcriptome. Physiol. Genomics, 30, 172-178.

55. Goh, S.H., Lee, Y.T., Bhanu, N.V., Cam, M.C., Desper, R., Martin, B.M., Moharram, R., Gherman, R.B. and Miller, J.L. (2005) A newly discovered human alphaglobin gene. Blood 106, 1466-1472.

56. Goldman, M. (1988) The chromatin domain as a unit of gene regulation. BioEssays 9, 50-55.

57. Gourdon, G., Sharp, J., Higgs, D. and Wood, W. (1995) The mouse alpha-globin locus regulatory element. Blood 86, 766-775.

58. Grewal, S.I. and Moazed, D. (2003) Heterochromatin and epigenetic control of gene expression. Science 301, 798-802.

59. Gribnau, G., Diderich, K., Pruzina, S., Calzolari, R. and Frazer, P. (2000) Intergenic transcription and developmental remodelling of chromatin subdomains in the human p-globin locus. Mol Cell Biol 5, 377-386.

60. Gribnau, J., de Boer, E., Trimborn, Т., Wijgerde, M., Milot, E., Grosveld, F. and Fraser, P. (1998) Chromatin interaction mechanism of transcriptional control in vivo. EMBOJ. 17: 60206027.

61. Grosveld, F., Dillon, N. and Higgs, D. (1993) The regulation of human globin gene expression. Baillieres Clin Haematol. 6(1), 31-55.

62. Grosveld, F., van Assendelft, G.B., Greaves, D.R. and Kollias, G. (1987) Position-independent, high-level expression of the human beta-globin gene in transgenic mice. Cell 51(6), 975-85.

63. Grunstein, M. (1997) Histone acetylation in chromatin structure and transcription. Nature 389, 349-352.

64. Hagege, H., Klous, P., Braem, C., Splinter, E., Dekker, J., Cathala, G., de Laat, W. and Forne, T. (2007) Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C-qPCR). Nat. Protoc. 2, 1722-1733.

65. Hardison, R. (1998) Hemoglobins from bacteria to man: evolution of different patterns of gene expression. J Exp Biol. 201(Pt 8), 1099-117.

66. Hardison, R.C. (2001) New views of evolution and regulation of vertebrate beta-like globin gene clusters from an orphaned gene in marsupials. Pro с Natl Acad Sci U SA 98(4), 1327-9.

67. Hardison, R.C., Sawada, I., Cheng, J.F., Shen, C.K. and Schmid, C.W. (1986) A previously undetected pseudogene in the human alpha globin gene cluster. Nucleic Acids Res. 14, 19031911.

68. Harendza, S., Pollock, A., Mertens, P. and Lovett, H. (1995) Tissue-specific enhancer-promoter interactions regulate high level constitutive expression of matrix metalloproteinase 2 by glomerular mesangial cells. J Biol Chem 270, 18786-18796.

69. Hendzel, M.J., Delcuve, G.P. and Davie, J.R. (1991) Histone deacetylase is a component of the internal nuclear matrix. J Biol Chem 266(32), 21936-42.

70. Hendzel, M.J., Sun, J.M., Chen, H.Y., Rattner, J.B. and Davie, J.R. (1994) Histone acetyltransferase is associated with the nuclear matrix. J Biol Chem 269(36), 22894-901.

71. Ho, Y., Elefant, F., Cooke, N., and Liebhaber, S. (2002) A defined locus control region determinant links chromatin domain acetylation with long-range gene activation. Mol. Cell 9, 291-302.

72. Ho, Y., Liebhaber, S.A., and Cooke, N.E. (2004) Activation of the human GH gene cluster: roles for targeted chromatin modification. Trends Endocrinol. Metab 15, 40-45.

73. Hoffmann, F.G. and Storz, J.F. (2007) The alphaD-globin gene originated via duplication of an embryonic alpha-like globin gene in the ancestor of tetrapod vertebrates. Mol Biol Evol. 24, 1982-1990.

74. Holland, R.A. and Gooley, A.A. 2nd. (1997) Characterization of the embryonic globin chains of the marsupial Tammar wallaby, Macropus eugenii. Eur J Biochem. 248, 864-871.

75. Holmgren, C., Kanduri, C., Dell, G., Ward, A., Mukhopadhya, R., Kanduri, M., Lobanenkov, V. and Ohlsson, R. (2001) CpG methylation regulates the Igf2/H19 insulator. Curr Biol 11, 1128-1130.

76. Igarashi, K., Kataoka, K., Itoh, K., Hayashi, N., Nishizawa, M. and Yamamoto, M. (1994) Regulation of transcription by dimerization of erythroid factor NF-E2 p45 with small Maf proteins. Nature 367, 568-572.

77. Igarashi, K., Kataoka, K., Itoh, K., Motobashi, H., Hayashi, N., Matuzaki, Y., Nakauchi, H., Nishizawa, M. and Yamamoto, M. (1995) Activity and expression of murine small maf family protein mafiC. J Biol Chem 270, 7615-7624.

78. Imaizumi, M.T., Diggelmann, H., Scherrer, K. (1973) Demonstration of Globin Messenger Sequences in Giant Nuclear Precursors of Messenger RNA of Avian Erythroblasts. Proc Natl Acad Sci USA 70, 1122-1126.

79. Imhof, A. (2003) Histone modifications: an assembly line for active chromatin? Curr Biol 13, 22-24.

80. Ishii, K., Arib, G., Lin, C., Van Houwe, G. and Laemmli, U.K. (2002) Chromatin boundaries in budding yeast: the nuclear pore connection. Cell 109, 551-562.

81. Jackson, D.A., Bartlett, J., and Cook, P.R. (1996) Sequences attaching loops of nuclear and mitochondrial DNA to underlying structures in human cells: the role of transcription units. Nucleic Acids Res. 24,1212-1219.

82. Jackson, D.A., McCready, S.J., Cook and P.R. Replication and transcription depend on attachment of DNA to the nuclear cage. J Cell Sci Suppl. (1984) 1, 59-79.

83. Jantzen, K., Fritton. H. and Igo-Klemenes, T. (1986) The DNase I sensitive domain of the chicken lysozyme gene spans 24kb. Nucl Acids Res 14, 6085-99.

84. Jarman, A., Wood, W., Sharpe, J., Gourdon, G., Ayyub, H. and Higgs, D. (1991) Characterization of the major regulatory element upstream of the human alpha-globin gene cluster. Mol Cell Biol 11, 4679-4689.

85. Jeffreys, A.J., Wilson, V., Wood, D., Simons, J.P., Kay, R.M. and Williams, J.G. (1980) Linkage of adult alpha- and beta-globin genes in X. laevis and gene duplication by tetraploidization. Cell 21, 555-564.

86. Jost, J.P. and Seldran, M. (1984) Association of transcriptionally active vitellogenin II gene with the nuclear matrix of chicken liver. EMBOJ. 3(9), 2005-8.

87. Kay, R.M., Harris, R., Patient, R.K. and Williams, J.G. (1980) Molecular cloning of cDNA sequences coding for the major alpha- and betaglobin polypeptides of adult Xenopus laevis. Nucleic Acids Res 8, 2691-2707.

88. Keplinger, В., Guo, X., Quine, J., Feng, Y., and Cavener, D. (2001) Complex organization of promoter and enhancer elements regulate the tissue-and developmental stage-specific expression of the Drosophila melanogaster Gld gene. Genetics 157, 699-716.

89. Kielman, M., Smits, R., Bernini, L. (1994) Localisation and characterization of the mouse a -globin gene locus control region. Genomics 21, 431-433.

90. Kielman, M., Smits, R., Devi, Т., Fodde, R. and Bernini, L. (1993) Homology of a 130-kb region enclosing the a -globin gene cluster, the a-locus controling region, the two non-globin genes in human and mouse. Mammalian Genome 4, 314-323.

91. Klochkov, D.B., Gavrilov, A.A., Vassetzky, Y.S. and Razin,S.V. (2009) Early replication timing of the chicken alpha-globin gene domain correlates with its open chromatin state in cells of different lineages. Genomics 93, 481—486.

92. Knezetic, J. and Felsenfeld, G. (1989) Identification and characterization of a chicken a-globin enhancer. Mol. Cell Biol. 9, 5 893-901.

93. Knezetic, J. and Felsenfeld, G. (1993) Mechanism of developmental regulation of a", the chicken embryonic a-globin gene. Mol Cell Biol 13, 4632-4639.

94. Koop, B.F. and Goodman, M. (1988) Evolutionary and developmental aspects of two hemoglobin beta-chain genes (epsilon M and beta M) of opossum. Proc Natl Acad Sci USA 85(11), 3893-3897.

95. Kooren, J., Palstra, R.J., Klous, P., Splinter, E., von Lindern, M., Grosveld, F. and de Laat, W. (2007) Beta-globin active chromatin Hub formation in differentiating erythroid cells and in p45 NF-E2 knock-out mice. J. Biol. Chem. 282, 16544-16552.

96. Krajewski, W. and Becker, P. (1998) Reconstitution of hyperacetylated, DNase I-sensitive chromatin characterized by high conformational flexibility of nucleosomal DNA. Proc Natl Acad Sci USA 95, 1540-1545.

97. Kuzmichev, A., Nishioka, K., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Reinberg, D. (2002) Histone methyltransferase activity associated with a human multiprotein complex containing the Enhancer of Zeste protein. Genes Dev. 16, 2893-2905.

98. Lauer, J., Shen, C.K. and Maniatis, T. (1980) The chromosomal arrangement of human alphalike globin genes: sequence homology and alpha-globin gene deletions. Cell, 20, 119-130.

99. Lee, M.H., Shroff, R., Cooper, S.J.and Hope, R. (1999)Evolution and molecular characterization of a beta-globin gene from the Australian Echidna Tachyglossus aculeatus (.Monotremata). Mol Phylogenet Evol. 12, 205-214.

100. Levy-Wilson, В., Kuehl, L. and Dixon, G. (1980) The release of high mobility group protein H6 and protamin gene sequences upon selective DNase I degradation of trout testis chromatin. Nucleic Acids Res 8, 2859-69.

101. Lewis, W., Lee, J.D., and Dodgson, J.B. (1991) Adult chicken alpha-globin gene expression in transfected QT6 quail cells: evidence for a negative regulatory element in the alpha D globin region. Nucleic Acids Res. 19, 5321-5329.

102. Li, X., and Noll, M. (1994) Compatibility between enhancers and promoters determines the transcriptional specificity of gooseberry and gooseberry neuro in the Drosophila embryo. EMBOJ13, 400-406.

103. Litt, M.D., Simpson, M., Gaszner, M., Allis, C.D. and Felsenfeld, G. (2001) Correlation between histone lysine methylation and developmental changes at the chicken beta-globin locus. Science 293, 2453-2455.

104. Lozzio, C.B., Lozzio, B.B., Machado, E.A., Fuhr, J.E., Lair, S.V. and Bamberger, E.G. (1979) Effects of sodium butyrate on human chronic myelogenous leukaemia cell line K562. Nature, 281, 709-710.

105. Maniatis, Т., Fritsch, E. and Sambrook, J. (1982) Molecular cloning : A laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY.

106. McCready, S.J., Akrigg, A., and Cook, P.R. (1979) Electron-microscopy of intact nuclear DNA from human cells. J Cell Sci 39, 53-62.

107. Merli, C., Bergstrom, D., Cygan, J. and Blackman, R. (1996) Promoter specificity mediates the independent regulation of neighbouring genes. Genes Dev 10, 1260-1270.

108. Mirkovitch, J., Mirault, M.E., and Laemmli, U.K. (1984) Organization of the higher-order chromatin loop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold. Cell 39(1), 223-32.

109. Mito, Y., Henikoff, J. and Henikoff, S. (2005) Genome-scale profiling of histone H3.3 replacement patterns. Nat Genet 37, 1090-1097.

110. Moss, В. and Tompson, E. (1969) Adult fowl haemoglobin and its acetylation. Biochem BiophisActa 188, 348-350.

111. Motohashi, H., Shavit, A., Igarashi, K., Yamamoto, M. and Engel, D. (1997) The world according to Maf. Nucl Acids Res 25, 2953-2959.

112. Muller, M., Gerster, T. and Schaffner. W. (1988) Enhancer sequences and the regulation of gene transcription. Eur J Biochem 176, 485-495.

113. Noma, K., Allis, C.D. and Grewal, S.I. (2001) Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries. Science 293, 1150—1155.

114. Oki, M., Valenzuela, L., Chiba, Т., Ito, T. and Kamakaka, R.T. (2004) Barrier proteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. Mo I. Cell. Biol. 24, 1956-1967.

115. Orkin, S.H. (1978) The duplicated human alpha globin genes lie close together in cellular DNA. Proc Natl Acad Sci USA 75, 5950-5954.

116. Palstra, R.J., Tolhuis, В., Splinter, E., Nijmeijer, R., Grosveld, F., and de Laat, W. (2003) The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation. Nat. Genet. 35: 190-194.

117. Pasini, D., Bracken, A.P., Jensen, M.R., Lazzerini Denchi, E., Helin, K. (2004) Suzl2 is essential for mouse development and for EZH2 histone methyltransferase activity. Embo J. 23, 4061-4071.

118. Pisano, E., Cocca, E., Mazzei, F., Ghigliotti, L., di Prisco, G., Detrich, H.W. and Ozouf-Costaz, C. (2003) Mapping of alpha- and beta-globin genes on Antarctic fish chromosomes by fluorescence in situ hybridization. Chromosome Res 11, 633-640.

119. Plant, K., Routledge, S., Proudfoot, N. (2001) Intergenic transcription in the human beta-globin cluster. Mol Cell Biol 21, 6507-6514.

120. Proudfoot, N.J. and Maniatis, T. (1980)The structure of a human alphaglobin pseudogene and its relationship to alpha-globin gene duplication. Cell 21, 537-544.

121. Raisner, R. and Madhani, H. (2006) Patterning chromatin: form and function for H2A.Z variant nucleosomes. Curr Opin Genet Dev 16, 119-124.

122. Razin, S. (1987) DNA interaction with the nuclear matrix and spatial organization of replication and transcription. BioEssays 6, 19-23.

123. Razin, S. (1996) Functional architecture of chromosomal DNA domain. Crit Rev Enkaryot Gene Expr 6, 247-269.

124. Razin, S. (1997) The nuclear matrix and spatial organization of chromosomal DNA domains. "Landes Biosciences".

125. Razin, S., De Moura Gallo, C. and Scherrer, K. (1994) Characterization of the chromatin structure in the upstream area of the chicken a-globin gene domain. Mol Gen Genet, 242, 649652.

126. Razin, S., Farrell, C. and Recillas-Targa, F. (2003) Genomic domains and regulatory elements operating at the domain level. Int. Rev. Cytol 226, 63-125.

127. Razin, S., Hancock, R., larovaia O., Westergaard, O., Gromova, I. and Georgiev, G. (1993) Structural-functional organization of chromosomal DNA domain. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 58, 25-35.

128. Razin, S., Rynditch, A., Borunova, V., Ioudinkova, E., Smalko, V. and Scherrer, K. (2004) The 33 kb transcript of the chicken alpha-globin gene domain is part of the nuclear matrix. J Cell Biochem 92, 445-57.

129. Razin, S., Vassetsky, J., Kvartskhava, A., Grinenko, N. and Georgiev, G. (1991) Transcriptional enhancer in the vicinity of replication origin within 5' region of the chicken alpha-globin gene domain. J Mol Biol 217, 595-598.

130. Razin, S.V. (1999) Chromosomal DNA loops may constitute basic units of the eukaryotic genome organization and evolution. Crit Rev Eukaryotic Gene Expression 9, 279-283.

131. Razin, S.V. (2001) The nuclear matrix and chromosomal DNA loops: is their any correlation between partitioning of the genome into loops and functional domains? Cell Mol Biol Lett. 6(1), 59-69.

132. Razin, S.V. and Gromova, I.I. (1995) The channels model of nuclear matrix structure. Bioessays 17(5). 443-50.

133. Razin, S.V. and Yarovaya, O.V. (1985) Initiated complexes of RNA polymerase II are concentrated in the nuclear skeleton associated DNA. Exp Cell Res. 158(1), 273-5.

134. Razin, S.V., Farrell, C.M. and Recillas-Targa F. (2003) Genomic domains and regulatory elements operating at the domain level. Int. Rev. Cytol. 226, 63-125.

135. Razin, S.V., Gromova, I.I. and Iarovaia, O.V. (1995) Specificity and functional significance of DNA interaction with the nuclear matrix: new approaches to clarify the old questions. Int Rev Cytol. 162B, 405-48.

136. Razin, S.V., Kekelidze, M.G., Lukanidin, E.M. Scherrer, К and Georgiev G.P. (1986) Replication origins are attached to the nuclear skeleton. Nucleic Acids Res. 14(20), 8189-8207.

137. Recillas-Targa, F. (2000) The chicken a- and p- globin gene domains and their chromatin organization. Cell Mol Biol Lett 5,451-467.

138. Recillas-Targa, F. and Razin, S.V. (2001) Chromatin domains and regulation of gene expression: familiar and enigmatic clusters of chicken globin genes. Critical Reviews in Eukaryotic Gene Expression 11, 227-242.

139. Recillas-Targa, F., De Moura Gallo, С. V., Huesca, M., Scherrer, K., and Marcaud, L. (1993) Silencer and enhancer elements located at the З'-side of the chicken and duck a-globin-encoding gene domain. Gene 129, 229-ТЫ.

140. Recillas-Targa, F., Valadez-Graham, V. and Farrell, C.M. (2004) Prospects and implications of using chromatin insulators in gene therapy and transgenesis. Bioessays 26, 796-807.

141. Rincon-Arano, H., Valadez-Graham, V., Guerrero, G., Escamilla-Del-Arenal, M. and Recillas-Targa, F. (2005) YY1 and GATA-1 interaction modulate the chicken З'-side alpha-globin enhancer activity. J Mol Biol. 24;349(5), 961-75.

142. Robinson, S.I., Nelkin, B.D. and Vogelstein, B. (1982) The ovalbumin gene is associated with the nuclear matrix of chicken oviduct cells. Cell. 28(1), 99-106.

143. Saitoh, N., Bell, A.C., Recillas-Targa, F„ West, A.G., Simpson, M., Pikaart, M. and Felsenfeld, G. (2000) Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken beta-globin domain. EMBOJ. 19(10), 2315-22.

144. Sharpe, J., Chan-Thomas, P., Lida, J., Ayyub, H., Wood ,W. and Higgs, D. (1992) Analysis of the human alpha globin upstream regulatory element (HS-40) in transgenic mice. EMBO J 11, 4565-4572.

145. Shewchuk, B. and Hardison. R. (1997) CpG islands from the alpha-globin gene cluster increase gene expression in an integration-dependent manner. Mol Cell Biol 17, 5856-5866.

146. Silim, A., El Azhary, M.A. and Roy, R.S. (1982) A simple technique for preparation of chicken-embryo-skin cell cultures. Avian Dis. 26, 182-185.

147. Sjakste, N., Iarovaia, O., Razin, S., Sjakste, Т., Le Gac, V., Zhao, Z. and Scherrer, K. (2000) A novel gene is transcribed in the chicken a-globin gene domain in the direction opposite to the globin genes. Mol Gen Genet 262, 1012-1021.

148. Small, D., Nelkin, В., and Vogelstein, B. (1985) The association of transcribed genes with the nuclear matrix of Drosophila cells during heat shock. Nucleic Acids Res 13(7), 2413-31

149. Sparmann, A. and van Lohuizen, M. (2006) Polycomb silencers control cell fate, development and cancer. Nat Rev Cancer 6, 846-856.

150. Stalder, J., Larsen, A., Engel, J.D., Dolan, M., Groudine, M. and Weintraub, H. (1980) Tissue-specific DNA cleavages in the globin chromatin domain introduced by DNAase I. Cell 20, 451460.

151. Tata, G., Baker, B. and Deeley, J. (1980) Vitellogenin as a multigene family. Not all Xenopus vitellogenin genes may be in an "expressible" configuration. J Biol Chem 255, 6721-27.

152. Tolhuis, В., Palstra, R.J., Splinter, E., Grosveld, F. and de Laat,W. (2002) Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus. Mol. Cell, 10, 1453— 1465.

153. Travers, A. (1999) Chromatin modification by DNA tracking. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 13634-13637.

154. Tuan, D., Solomon, W., Li, Q. and London, T. (1985) The "p-like-globin" gene domain in human erythroid cells. Proc Natl Acad Sci USA 82, 6384-6388.

155. Tufarelli, C., Frischauf, A.M., Hardison, R., Flint, J. and Higgs, D.R. (2001) Characterization of a widely expressed gene (LUC7-LIKE; LUC7L) defining the centromeric boundary of the human alpha- 60 globin domain. Genomics 71, 307-314.

156. Verbovaia, L. and Razin, S. (1995) Analisis of the replication direction through the domain of alpha-globin encoding genes. Gene 166, 255-259.

157. Verheijen, R, Kuijpers, H, Vooijs, P, van Venrooij, W and Ramaekers, F. (1986) Protein composition of nuclear matrix preparations from HeLa cells: an immunochemical approach. J Cell Sci. 80, 103-22.

158. Verheijen, R., van Venrooij, W. and Ramaekers, F. (1988) The nuclear matrix: structure and composition. J Cell Sci. 90 ( Pt 1), 11-36.

159. Vernimmen, D., De Gobbi, M., Sloane-Stanley, J.A., Wood, W.G., and Higgs, D.R. (2007) Long-range chromosomal interactions regulate the timing of the transition between poised and active gene expression. EMBO J. 26, 2041—2051.

160. Vire', E., Brenner, С., Deplus, R., et al. (2006) The Polycomb group protein EZH2 directly controls DNA methylation. Nature 439, 871-874.

161. Vyas, P., Vickers, M., Picketts, D. and Higgs, D. (1995) Conservation of position and sequence of a novel, widely expressed gene containing the major human alpha-globin regulatory element. Genomics 29, 679-689.

162. Wasylyk, B. (1988) Enhancers and transcription factors in the control of gene expression. Biochim Biophys Acta 951, 17-35.

163. Wei, X., Somanathan. S., Samarabandu, J., and Berezney, R. (1999) Three-dimensional visualization of transcription sites and their association with splicing factor-rich nuclear speckles./. Cell Biol. 146, 543-558.

164. Weintraub, H. and Groudine, M. (1976) Chromosomal subunits in active genes have an altered conformation. Science 193(4256), 848-56.

165. Weintraub, H., Larscn, A., and Groudine, M. (1981) Alpha-Globin-gene switching during the development of chicken embryos: expression and chromosome structure. Cell 24, 333-344.

166. West, A.G., Huang, S., Gaszner, M., Litt, M.D. and Felsenfeld, G. (2004) Recruitment of histone modifications by USF proteins at a vertebrate barrier element. Mol Cell. 16(3), 453-63.

167. Wheeler, D., Hope, R„ Cooper, S.B., Dolman, G., Webb, G.C., Bottema, C.D., Gooley, A.A., Goodman, M. and Holland, R.A. (2001) An orphaned mammalian beta-globin gene of ancient evolutionary origin. Pro с Natl Acad Sci USA. 98, 1101-1106.

168. Wong, G., Passey, D. and Yu, J. (2001) Most of the human genome is transcribed. Genome Res 11, 1975-1977.

169. Wu, С. anil Gilbert, W. (1981) Tissue specific exposure of chromatin structure of the 5'terminus of the rat preproinsulin II gene. Proc Natl Acad Sci USA 78, 1577-1580.

170. Wu, C., Bingham, P.M., Livak, K.J., Holmgren, R. and Elgin,S.C. (1979) The chromatin structure of specific genes: I. Evidence for higher order domains of defined DNA sequence. Cell 16, 797-806.

171. Yagi, M., Gelinas, R., Elder, J.T. et al. (1986) Chromatin structure and developmental expression of the human alpha-globin cluster. Mol Cell Biol. 6, 1108-1116.

172. Yusufzai, T. and Felsenfeld, G. (2004) The 5' HS4 chicken beta - globin insulator is a CTCF — dependent nuclear matrix-accociated element. Proc Natl Acad Sci USA 101, 8620-8624.

173. Zeng, L. and Zhou, M. (2002) Bromodomain: an acetyl-lysine binding domain. FEBS Lett 513, 124-128.

174. Zhang, Y. and Rcinberg, D. (2001) Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalcnt modifications of the core histone tails. Genes Dev 15, 2343-2360.

175. Отдельно хочется поблагодарить дирекцию и администрацию Института биологии гена РАН за обсснечстшс олагоприятных условий для научных исследований.