Пространственная и функциональная организация локуса Q22.1 хромосомы человека 16, содержащего LCAT генный кластер тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Шапошников, Сергей Александрович

• Шапошников, Сергей Александрович
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Шапошников, Сергей Александрович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1. Пространственная организация генома человека

1.1. Упаковка генетического материала в клеточном ядре

1.1.1. Нуклеосомный уровень компактизации

1.1.2. Фибрилла диаметром 30 нм

1.1.3. Петельно-доменный уровень компактизации хроматина

1.2. Структура хроматиновых петель

1. 3. Ядерный матрикс

1.4. Методы изучения доменной структуры генома

1.4.1. Экстракция при высокой ионной силе

1.4.2. LIS-экстракция

1.4.3. Элекгроэлюция

1.4.4. Связывание с ядерным матриксом (скэффолдом) in vitro

1.4.5. Расщепление топоизомеразой II ядерного матрикса

1.4.6. Флуоресцентная гибридизация in situ

1.5. Петлевые домены и функциональная активность генома

1.5.1. Петлевые домены и транскрипция

1.5.2. Петлевые домены и репликация

1.5.3. Различные типы прикрепления ДНК к ядерному матриксу

2. Картирование геномов

2.1. Физическое картирование генома

2.2. Виды физических карт генома

2.2.1. Цитогенетические карты

2.2.2. Рестрикционные карты

2.3. Вектора, используемые для создания библиотек геномов

2.3.1. Дрожжевые искусственные хромосомы - YAC вектора

2.3.2. Векторная система бактериофага Р

2.3.3. ВАС и РАС вектора

2.4. CpG островки 34 3. Локус хромосомы человека 16q22.

3.1. LCAT генный кластер

3.2. Гены-супрессоры рака молочной железы на хромосоме человека

16q22.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

1. Материалы

1.1. Реактивы

1.2. Ферменты

1.3. Питательные среды

1.4. Библиотеки генома человека

1.5. Пробы, применявшиеся при построении интеграционной карты региона хромосомы человека 16q22.

1.6. Пробы, применявшиеся для флуоресцентной гибридизации in situ

2. МЕТОДЫ

2.1. Выделение РАС ДНК

2.2. Субклонирование фрагментов ДНК РАС клонов

2.3. Приготовление геномной ДНК лимфоцитов человека, заключенной в агарозные блоки

2.4. Расщепление заключенной в агарозные блоки ДНК рестриктазами

2.5. Пульс электрофорез

2.6. Перенос ДНК на нейлоновый фильтр (блоттинг)

2.7. Радиоактивное мечение фрагментов ДНК

2.8. Гибридизация с радиоактивно меченым зондом

2.9. Программное обеспечение

2.10. Выделение лимфоцитов человека для приготовления препаратов ядерного гало и метода ДНК-комет

2.11. Электрофорез единичных клеток (метод ДНК-комет)

2.12. Флуоресцентная гибридизация in situ с препаратами ДНК-комет

2.13. Приготовление препаратов ядерного гало

2.14. Флуоресцентная гибридизация in situ с препаратами метафазных хромосом и препаратами ядерного гало

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Построение интеграционной физической и функциональной карты локуса q22.1 хромосомы человека

1.1. Картирование представленных в виде геномных библиотек участков

ДНК локуса хромосомы человека 16q22.

1.2. Построение геномной карты локуса

1.3. Локализация принадлежащих локусу CpG островков

1.4. Выявление генов и других функционально значимых элементов

1.5. Использование интеграционной карты локуса хромосомы человека 16q22.1 для выявления генов-супрессоров развития рака молочной железы и других функциональных последовательностей

1.6. Интеграционная карта локуса q22.1 хромосомы человека 16 как основа для выявления его доменной организации

2. Исследование доменной организации локуса хромосомы человека 16q22.1, содержащего LCAT генный кластер 67 2.1 Комбинирование метода ДНК-комет с флуоресцентной гибридизацией in situ в целях изучения петлевой организации хроматина

2.2. Изучение пространственной организации локуса хромосомы человека 16д22.1 с использованием комбинации флуоресцентной гибридизации ¡п situ и метода ДНК-комет

2.3. Флуоресцентная гибридизация in situ с препаратами ядерного гало

2.4. Флуоресцентная гибридизация in situ проб из региона хромосомы человека 16q22.1 с препаратами человеческих хромосом

2.5. Флуоресцентная гибридизация in situ проб из региона хромосомы человека 16q22.1 с препаратами ядерного гало

2.6. Определение позиций индивидуальных последовательностей ДНК внутри препаратов ядерного гало

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Пространственная и функциональная организация локуса Q22.1 хромосомы человека 16, содержащего LCAT генный кластер»

В последние годы все большую актуальность приобретают исследования, направленные на изучение взаимосвязи пространственной организации генетического материала в клеточном ядре и функциональной активности генома. Подобный интерес вызван как стремительным развитием молекулярно-биологических методов, позволяющих осуществлять исследования на качественно новом уровне, так и накоплением колоссального количества данных о структуре и функции различных регионов генома. Выявление закономерностей пространственной организации этих регионов в соответствии с их функциональной значимостью может оказаться ключевым в понимании общей картины реализации генетической информации в клетках эукариот.

Компактная упаковка генетического материала эукариот в ограниченном объеме клеточного ядра осуществляется в несколько этапов. Основными уровнями конденсации хроматина являются нуклеосомы, 30 нм фибрилла и петельно-доменный уровень конденсации. С точки зрения функциональной активности генома, особый интерес представляет именно третий уровень компактизации ДНК, на котором 30-нм фибрилла хромосомной ДНК образует петли, закрепленные на скелетных структурах ядра.

Считается, что существует прямая корреляция структурной организации генома в виде петель и его разделения на ряд относительно независимых функциональных доменов (Gasser et al., 1989; Cook, et al., 1991; Razin and Vassetsky, 1992). Такими доменами, прежде всего, являются единицы транскрипции - транскриптоны, и единицы репликации -репликоны. Участкам прикрепления петель к скелетным структурам ядра соответствуют различные регуляторные элементы, имеющие критическое значение для функционирования генома. Такими элементами являются промоторы, терминаторы, энхансеры, последовательности связывания с регуляторными белками, участки начала репликации, места с повышенной частотой хромосомных перестроек и т. д. Обнаружить подобные элементы, основываясь только на данных о первичной структуре участков ДНК, содержащих эти элементы, практически невозможно. В каждом конкретном случае необходимо применение соответствующих экспериментальных подходов.

Настоящая диссертационная работа посвящена изучению функциональной и пространственной организации локуса q22.1 хромосомы человека 16, содержащего LCAT генный кластер. Этот кластер генов является одним из наиболее компактных описанных в литературе кластеров генов млекопитающих и включает в себя ген протеасомной субъединицы (MECL1), химотрипсин-подобной протеазы (CTRL1), протеинсериновой киназы (PSKH1), лецитин:холестерол ацил трансферазы (LCAT) и ген SLC12A4, кодирующий KCI котранспортер. Все пять генов расположены внутри фрагмента ДНК длинной 50 тысяч пар нуклеотидов (Larsen et al., 1993, Frengen et al., 1995). Было показано, что гены, составляющие LCAT генный кластер, не имеют гомологии нуклеотидных последовательностей и не связаны между собой функционально. Тем не менее, структура кластера практически не менялась в процессе эволюции. Аналогичные кластеры генов были обнаружены в геноме у рыбы и свиньи {Frengen et al., 1997). По всей видимости, организация данного кластера генов не случайна и имеет биологическое значение. Эволюционная консервативность LCAT генного кластера поддерживает это предположение. Выявление взаимосвязей доменной структуры хроматина в районе LCAT генного кластера с функциональной активностью может способствовать объяснению биологического смысла столь компактной организации генов, составляющих LCAT генный кластер.

Регион человеческой хромосомы 16q22.1 интересен и с медицинской точки зрения, так как он вовлечен в развитие рака молочной железы и содержит гены-супрессоры, подавляющие развитие этого заболевания (Dorion-Bonnet et al., 1995, Dogget et al., 1996). Выявление новых генов в данном регионе генома может способствовать локализации генасупрессора опухоли молочной железы, что, в свою очередь, позволит повысить эффективность лечения данного ракового заболевания. С человеческой хромосомой 16 связывают развитие и других опухолей, таких, как острая миеломоноцитная лейкемия, гепатоклеточная карцинома, овариальный рак и рак простаты, опухоль Вильмса (Sato et al., 1991; Tsuda et al., 1990; Bergerheim et al., 1991; Maw et al., 1993). Идентификация новых генов внутри этой хромосомы и исследование взаимосвязи ее пространственной организации с функциональной активностью может способствовать углублению существующих знаний о канцерогенезе, молекулярные механизмы которого по-прежнему до конца не ясны.

Цели и задачи исследования

Целью настоящей работы являлось построение подробной интеграционной физической и функциональной карты региона локуса хромосомы человека 16q22.1 и использование полученной карты для изучения взаимосвязей пространственной организации этого региона с функциональной активностью.

Задачи исследования:

1. Построение детальной физической карты фрагмента хромосомы человека 16q22.1, содержащего LCAT генный кластер и гены-супрессоры развития опухоли молочной железы.

2. Выявление на карте генов и других функционально значимых элементов

3. Использование построенной карты для изучения петлевой организации хроматина внутри локуса хромосомы человека 16q22.1

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Генетика», Шапошников, Сергей Александрович

выводы

1. Построена детальная физическая карта фрагмента хромосомы человека 16q22.1 длинной 2.8 х 106 пар нуклеотидов, содержащая LCAT генный кластер и ген супрессор опухоли молочной железы.

2. В результате картирования было выявлено 68 транскриптов и уточнены позиции микросателлитных маркеров, принадлежащих локусу хромосомы 16q22.1.

3. Впервые изучена пространственная организация центральной части фрагмента хромосомы человека 16q22.1 в районе LCAT генного кластера.

4. Впервые показано, что LCAT генный кластер прикреплен к скелету ядра, что подтверждает гипотезу о тесной ассоциации с ядерным матриксом функционально активных фрагментов ДНК.

5. Предложена новая методика изучения доменной структуры генома, основанная на комбинировании флуоресцентной гибридизации in situ с методом ДНК-комет.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Настоящая диссертационная работа была посвящена изучению функциональной и пространственной организации региона хромосомы человека 16q22.1, содержащего LCAT генный кластер и один или несколько генов-супрессоров рака молочной железы. Нами была построена детальная интеграционная карта этого региона, представляющая собой важный ресурс для выявления новых генов и изучения пространственной организации региона. Данный ресурс был использован для изучения доменной организации фрагмента хромосомы человека 16q22.1 в районе LCAT генного кластера.

Полученная нами карта представляет район генома длинной 2.8 х 106 пар нуклеотидов. Ее основу составляют 152 бактериальных клона, несущих плазмидные конструкции с фрагментами ДНК локуса хромосомы человека 16q22.1. Для локализации этих клонов применяли библиотеки генома человека RPCI-1, RPCI-5 и RPCI-6 (http://www.chori.org.bacpac), сконструированные на основе РАС векторов (P1-Derived Artificial Chromosome). Структура карты была подтверждена картированием на геномной ДНК.

В результате компьютерного анализа нуклеотидных последовательностей полученных при картировании субклонов, были обнаружены функциональные последовательности, принадлежащие региону - CpG островки, охарактеризованные ранее гены, последовательности ДНК, кодирующие белки неизвестной функции, и кДНК. В целом, нам удалось локализовать 40 CpG островков, 29 генов и 39 кДНК. Кроме того, были уточнены позиции и взаиморасположение микросателлитных маркеров, принадлежащих локусу 16q22.1

Нанесенные на карту кодирующие последовательности ДНК интересны с точки зрения анализа функциональной активности региона и их возможного участия в процессе канцерогенеза. Детально охарактеризованные бактериальные клоны, созданные на основе РАС векторов и содержащие участки ДНК локуса хромосомы человека 16q22.1, могут быть использованы в реальных экспериментальных системах. Они являются основным ресурсом построенной карты. Вместе с данными о первичной структуре генома человека этот ресурс может быть применен для выявления функционально значимых элементов внутри локуса хромосомы 16q22.1 и идентификации генов-супрессоров развития опухоли молочной железы.

Кроме того, полученный ресурс представляет собой основу для дальнейшего исследования организации хроматина картированного региона хромосомы человека 16q22.1. Выявление пространственно-функциональных связей внутри столь важного с точки зрения канцерогенеза региона генома может позволить глубже понять природу молекулярно-генетических механизмов, нарушение нормальной функции которых ведет к развитию раковых заболеваний.

В настоящей работе олигонуклеотидные пробы и бактериальные клоны из локуса хромосомы человека 16q22.1 были использованы для картирования петлевой организации хроматина в районе LCAT генного кластера. Для этого применяли методы, основанные на флуоресцентной гибридизации ДНК in situ с препаратами ДНК-комет и препаратами ядерного гало. Было показано, что протяженный фрагмент геномной ДНК, содержащий LCAT генный кластер, прикреплен к скелетным структурам ядра. Это подтверждает гипотезу о тесной ассоциации с ядерным матриксом функционально активных регионов генома. Ассоциация LCAT генного кластера со скелетными структурами ядра поддерживает предположение о биологической целесообразности специфической организации генов внутри кластера.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Шапошников, Сергей Александрович, 2003 год

1. Alevy M. C., Tsai M. J., O'Malley B. W. (1984). DNase I sensitive domain of the gene coding for the glycolytic enzyme glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. Biochemistry 23(10), 2309-14.

2. Antequera F., Bird A. (1993). Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90, 11995-11999.

3. Bates P. F., Swift S.R. (1983). Double cos site vectors: simplified cosmid cloning. Gene 26(2-3), 137-46.

4. Berezney R., Coffey D. S. (1977). Nuclear matrix. Isolation and characterization of a framework structure from rat liver nuclei. J Cell Biol 73(3), 616-37.

5. Berezney R., Mortillaro M. J., Wei X., Samarabandu J. (1995). The nuclear matrix: a structural milieu for genomic function. Int Rev Cytol, 1-65.

6. Bergerheim U. S., Kunimi K., Collins V. P., Ekman P. (1991). Deletion mapping of chromosomes 8, 10, and 16 in human prostatic carcinoma. Genes Chromosomes Cancer 3(3), 215-20.

7. Berrios M., Osheroff N., and Fisher P. A. (1985). In situ localization of DNA topoisomerase II, a major polypeptide component of the Drosophila nuclear matrix fraction. Proc Natl Acad Sci USA 82(12), 4142-6.

8. Bird A., (1986). CpG rich islands and the function of DNA methylation Nature. Nature 6, 209-213.

9. Bird A., (1987). CpG Islands as gene markers in the vertebrate nucleus. Trends Genet. 3, 342-37.

10. Bode J., Schlake T., Rios-Ramirez M., Mielke C., Stengert M., Kay V., and Klehr-Wirth D. (1995). Scaffold/matrix-attached regions: structural properties creating transcriptionally active loci. Int Rev Cytol. 389-454.

11. Bode J., Bartsch J., Boulikas T., Iber M., Mielke C., Schubeler D., Seibler J., and Benham C. (1998). Transcription-promoting genomic sites in mammalia: their elucidation and architectural principles. Gene Therapy Mol Biol 1. 551-580.

12. Bolla Rl B. D., Shiomi Y., Hebert M. B., Schlessinger D. (1985). Localization of specific rDNA spacer sequences to the mouse L-cell nucleolar matrix. Mol Cell Biol. 5(6), 1287-94.

13. Boulikas T. (1995). Phosphorylation of transcription factors and control of the cell cycle. Crit Rev Eukaryot Gene Expr. 5(1), 1-77.

14. Brede G, S. J., Prydz H. (2002). PSKH1, a novel splice factor compartment-associated serine kinase. Nucleic Acids Res. 2002 Dec 1, 30(23):5301-9. 30(23), 5301-9.

15. Buongiorno-Nardelli M. M. G., Carri M. T., Marilley M. (1982). A relationship between replicón size and supercoiled loop domains in the eukaryotic genome. Nature 298(5869), 100-2.

16. Caí S., and Kohwi-Shigematsu T. (1999). Intranuclear relocalization of matrix binding sites during T cell activation detected by amplified fluorescence in situ hybridization. Methods 19(3), 394-402.

17. Church GM. G. W. (1984). Genomic sequencing. Proc Natl Acad Sci USA. 81(7), 1991-5.

18. Cockerill P. N., and Garrard W. T. (1986). Chromosomal loop anchorage sites appear to be evolutionarily conserved. FEBS Lett 204(1), 5-7.

19. Cohen D. C. I., and Weissenbache J. (1993). A firhst generation physical map of the human genome. Nature 359, 380-384.

20. Cook P. R., and Brazell I. A. (1980). Mapping sequences in loops of nuclear DNA by their progressive detachment from the nuclear cage. Nucleic Acids Res 8(13), 2895-906.

21. Cook P. R., (1976). Characterization of nuclear structures containing superhelical DNA. J Cell Sci 22(2), 303-24.

22. Cook P.R., (1999). The organization of replication and transcription. The organization of replication and transcription 284(5421), 1790-5.

23. Cook P. R., and Brazell I. A. (1975). Supercoils in human DNA. J Cell Sci. 19(2), 261-79.

24. Cook PR. B. I. (1978). Spectrofluorometric measurement of the binding of ethidium to superhelical DNA from cell nuclei.Eur J Biochem 84(2), 465-77.

25. Cross SH. B. A. (1995). CpG islands and genes. Curr Opin Genet Dev. 5(3), 30914. (1995). CpG islands and genes. Curr Opin Genet Dev. 5(3), 309-14.

26. Davie J. R. (1995). The nuclear matrix and the regulation of chromatin organization and function. IntRevCytol 162A, 191-250.

27. Davie J. R. (1997). Nuclear matrix, dynamic hlstone acetylation and transcriptionally active chromatin. Mol Biol Rep 24(3), 197-207.

28. Dillon N., and Grosveld, F. (1994). Chromatin domains as potential units of eukaryotic gene function. Curr Opin Genet Dev 4(2), 260-4.

29. Dillon N., and Sabbattini P. (2000). Functional gene expression domains: defining the functional unit of eukaryotic gene regulation. Bioessays 22(7), 657-65.

30. Dogget. (1995). An Integrated physical map of human chromosome 16. Nature 377, 335-339.

31. Dorion-Bonnet F. M. S., Hostein I., Longy M. (1995). Allelic imbalance study of 16q in human primary breast carcinomas using microsatellite markers. Genes Chromosomes Cancer. 14(3).

32. Dowdy SF. S. D., Fasching C. L, Casey G., Stanbridge EJ. (1990). Irradiation microcell-mediated chromosome transfer (XMMCT): the generation of specific chromosomal arm deletions. Genes Chromosomes Cancer 2(4), 318-27.

33. Dreyfuss G. M. M., Pinol-Roma S., Burd C. G. (1993). hnRNP proteins and the biogenesis of mRNA. Annu Rev Biochem 62, 289-321.

34. Driouch K., D.-B. F., Briffod M., Chámpeme M. H., Longy M., Lidereau R. (1997). Loss of heterozygosity on chromosome arm 16q in breast cancer metastases. Genes Chromosomes Cancer 19(3), 185-91.

35. Driouch K. B. M., Bieche I, Chámpeme M. H., Lidereau R. (1999). Location of several putative genes possibly involved in human breast cancer progression. Cancer Res 15;58(10), 2081-6.

36. Feinberg A. P., V. B. (1984). A technique for radiolabeling DNA restriction endonuclease fragments to high specific activity. Analyt Biochem. 137, 266267.

37. Felsenfeld G. (1992). Chromatin as an essential part of the transcriptional mechanism.E., Nature 16;355(16357), 219-24.

38. Finch J. T., and Klug A. (1976). Solenoidal model for superstructure in chromatin. Proc Natl Acad Sci USA 73(6), 1897-901.

39. Foote S, V. D., Hilton A., Page DC. (1992). The human Y chromosome: overlapping DNA clones spanning the euchromatic region. Science 258(5079), 60-6.

40. Frengen E. Z. B., Howe S., Weichenhan D., Osoegawa K., Gjernes E., Jessee J., Prydz H., Huxley C., de Jong P. J. (2000). Modular bacterial artificial chromosome vectors for transfer of large inserts into mammalian cells. Genomics 1;68(2), 118-26.

41. Frengen E., B. G., Larsen F., and Prydz H. (1995). Physical linkage of the LCAT gene to the DNA marker D16S124 at human chromosome 16q22.1. Cyt. Cell Genet. 1995. V. 68. P. 194-196. 68, 194-196.

42. Frengen E., T. P. D., Brede G., Solheim J., de Jong P. J., and Prydz H. (1997). The gene cluster containing the LCAT gene is conserved between human and pig. Cytogenet Cell Genet. 76, 53-57.

43. Gardiner-Garden M., F. M. (1990). CpG Islands in the vertebrate genome. J. Mol. Biol. 196, 261-282.

44. Gasser S. M., and Laemmli U. K. (1986). Cohabitation of scaffold binding regions with upstream/enhancer elements of three developmentally regulated genes of D. melanogaster. Cell 46(4), 521-30.

45. Gasser S. M., Amati B. B., Cardenas M. E., and Hofmann, J. F. (1989). Studies on scaffold attachment sites and their relation to genome function. Int Rev Cytol 119, 57-96.

46. Gerdes M. G., C. K., Moen P.T. Jr., Lawrence J. B. (1994). Dynamic changes in the higher-level chromatin organization of specific sequences revealed by in situ hybridization to nuclear halos. J Cell Biol. 126(2), 289-304.

47. Gillen C. M., B. S., Payne J. A., Forbush B. 3rd. (1996). Molecular cloning and functional expression of the K-CI cotransporter from rabbit, rat, and human. A new member of the cation-chloride cotransporter family. J Biol Chem. 5;271(27), 16237-44.

48. Hancock R., and Boulikas T. (1982). Functional organization in the nucleus. Int Rev Cytol 79, 165-214.

49. Jackson D. A., C. P. (1985). Transcription occurs at a nucleoskeleton. EMBO J. 1985 Apr;4(4):919-25. 4(4919-25).

50. Jackson D. A., C. P. (1986). A cell-cycle-dependent DNA polymerase activity that replicates intact DNA in chromatin. J Mol Biol. 1986 5;192(1), 65-76.

51. Jackson D. A., Dickinson P., and Cook P. R. (1990). Attachment of DNA to the nucleoskeleton of HeLa cells examined using physiological conditions. Nucleic Acids Res 18(15), 4385-4393.

52. Jackson D. A., Dolle A., Robertson G., and Cook P. R. (1992). The attachments of chromatin loops to the nucleoskeleton. Cell Biol Int Rep 16(8), 687-696.

53. Jackson D. A., Bartlett J., and Cook P. R. (1996). Sequences attaching loops of nuclear and mitochondrial DNA to underlying structures in human cells: the role of transcription units. Nucleic Acids Res 24(7), 1212-1219.

54. Jackson D. A., I. F., Manders E. M., Cook P. R. (1998). Numbers and organization of RNA polymerases, nascent transcripts, and transcription units in HeLa nuclei. Mol Biol Cell 9(6), 1523-36.

55. Jost J. P., S. M. (1984). Association of transcriptionally active vitellogenin II gene with the nuclear matrix of chicken liver. EMBO J. 3(9), 2005-8.

56. Kas E., and Chasin L. A. (1987). Anchorage of the Chinese hamster dihydrofolate reductase gene to the nuclear scaffold occurs in an intragenic region. J Mol Biol 198(4), 677-692.

57. Maric C., and Hyrien O. (1998). Remodeling of chromatin loops does not account for specification of replication origins during Xenopus development. Chromosoma 107(3), 155-165.

58. Marsden M. P., and Laemmli U. K. (1979). Metaphase chromosome structure: evidence for a radial loop model. Cell 17(4), 849-58.

59. Mirkovitch J., Mirault M. E., and Laemmli U. K. (1984). Organization of the higherorder chromatin loop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold. Cell 39(1), 223-232.

60. Monaco A. P., L. Z. (1994). YACs, BACs, PACs and MACs: artificial chromosomes as research tools. Tibtech. 1994. V. 12. P. 280-286. 12, 280-286.

61. Nakayasu H., and Berezney, R. (1991). Nuclear matrins: identification of the major nuclear matrix proteins. Proc Natl Acad Sci USA 88(22), 10312-6.

62. Nayler O. S. W., Bourquin J. P., Stagljar I., Lindemann Lm Jasper H., Hartmann A. M., Fackelmayer F. O., Ullrich A., Stamm S. (1998). SAF-B protein couples transcription and pre-mRNA splicing to SAR/MAR elements. Nucleic Acids Res. 1;26, 3542-9.

63. Osoegawa K. T. M., Woon P. Y., Frengen E., Mammoser A. G., Catanese J. J., Hayashizaki Y., de Jong P. J. (1999). Bacterial artificial chromosome libraries for mouse sequencing and functional analysis. Genome Res. 10(1), 116-28.

64. Ostling O. J. K. (1984). Microelectrophoretic study of radiation-induced DNA damages in individual mammalian cells. Biochem Biophys Res Commun. 123(1), 291-8.

65. Singh N. P., M. M., Tice R. R„ Schneider E. L. (1988). A simple technique for quantitation of low levels of DNA damage in individual cells. Exp Cell Res. 175(1), 184-91.

66. Paulson J. R., and Laemmli U. K. (1977). The structure of histone-depleted metaphase chromosomes. Cell 12(3), 817-28.

67. Pienta K. J., and Coffey D. S. (1984). A structural analysis of the role of the nuclear matrix and DNA loops in the organization of the nucleus and chromosome. J Cell Sci Suppl 1, 123-35.

68. Pienta K. J., Partin A. W., and Coffey D. S. (1989). Cancer as a disease of DNA organization and dynamic cell structure. Cancer Res 49(10), 2525-32.

69. Razin S. V., Yarovaya O. V., and Georgiev G. P. (1985). Low ionic strength extraction of nuclease-treated nuclei destroys the attachment of transcriptionally active DNA to the nuclear skeleton. Nucleic Acids Res 13(20), 7427-7444.

70. Razin S. V., and Vassetzky Y. S. (1992). Domain organization of eukaryotic genome. Cell Biol Int Rep 16(8), 697-708.

71. Razin S. V., Vassetzky Y. S., and Hancock R. (1991). Nuclear matrix attachment regions and topoisomerase II binding and reaction sites in the vicinity of a chicken DNA replication origin. Biochem Biophys Res Commun 177(1), 265270.

72. Razin S. V., H. RM Iarovaia O., Westergaard O., Gromova I., Georgiev G. P. (1993). Structural-functional organization of chromosomal DNA domains. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1993;58:25-35 58, 25-33.

73. Robinson S. I., Nelkin B. D., and Vogelstein B. (1982). The ovalbumin gene is associated with the nuclear matrix of chicken oviduct cells. Ce//28(1), 99-106.

74. Sato T., A. F., Sakamoto G., Kasumi F., and Nakamura Y. (1991). Accumulation of genetic alteretions and progression of primary breast cancer. Cancer Res. 51, 5794-5799.

75. Shizuya H. B. B„ Kim U. J., Mancino V., Slepak T., Tachiiri Y., Simon M. (1992). Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using an F-factor-based vector. Proc Natl Acad Sci USA. 89, 8794-7.

76. Small D., Nelkin B., and Vogelstein B. (1982). Nonrandom distribution of repeated DNA sequences with respect to supercoiled loops and the nuclear matrix. Proc Natl Acad Sci USA 79(19), 5911-5915.

77. Southern E. (1984). DNA sequences and chromosome structure. J Cell Sci Suppl. 1,31-41.

78. Subirana J. A., Munoz-Guerra S., Aymami J., Radermacher M., and Frank J. (1985). The layered organization of nucleosomes in 30 nm chromatin fibers. Chromosoma 91(5), 377-90.

79. Thomas J. O. (1984). The higher order structure of chromatin and histone H1. J Cell SciSupp11, 1-20.

80. Thorburn A. K. J. (1993). Attachment of vitellogenin genes to the nucleoskeleton accompanies their activation. Biochem Biophys Res Commun. 191(1), 30813.

81. Tsuda H., Z. W., Shimosato Y., Yokota J., Terada M., Sugimura T., Miyamura T., and Hirohashi S. (1990). Allele lose on chromosome 16 associated with progression of human hepatocellular carcinoma. Proc. Natl. Acad. Sci, USA 87, 6791-6794.

82. Valgardsdottir R., B. G., Eide L. G., Frengen E., Prydz H. (2002). Cloning and characterization of MDDX28, a putative dead-box helicase with mitochondrial and nuclear localization. J Biol Chem. 2001 276(34), 32056-63.

83. Vassetzky Y. S., Jr., R. S., Georgiev G. P. (1989). DNA fragments which specifically bind to isolated nuclear matrix in vitro interact with matrix-associated DNA topoisomerase ll. Biochem Biophys Res Commun. 159(3), 1263-8.

84. Vassetzky Y. S., Bogdanova A. N., and Razin S. V. (2000). Analysis of the chicken DNA fragments that contain structural sites of attachment to the nuclear matrix: DNA-matrix interactions and replication. J Cell Biochem 79(1), 1-14.

85. Venter J. C., S. H., Hood L. (1996). A new strategy for genome sequencing. Nature 381(6581), 364-6.

86. Venter J. C., A. M., Sutton G. G., Kerlavage A. R., Smith H. O., Hunkapiller M. (1998). Shotgun sequencing of the human genome. Science 280(5369), 1540-2.

87. Wei X., Somanatans., S. Samarabandu., J., and Berezney R. (1999). Three-dimensional visualization of transcription sites and their association with splicing factor-rich nuclear speckles. J Cell Biol 146(3), 543-58.

88. Wendy A., Bickmore., and Adrian Т., Summer S. (1989). Mammalian chromosome banding an expression of genome organisation. TIG. 5(5), 144-148.

89. Woodcock C. L., Grigoryev S. A., Horowitz R. A., and Whitaker N. (1993). A chromatin folding model that incorporates linker variability generates fibers resembling the native structures. Proc Natl Acad Sci USA 90(19), 9021-5.

90. Разин С.В., Ржешовска-Вопьны Й., Моро Ж., Шеррер К. (1985). Локализация участков прикрепления ДНК к ядерному скелету в генах альфа-глобина цыпленка в функционально активных и функционально неактивных ядрах. Мол. Биол. 19 (2), 456-66.

91. Яровая О.В., Хенкок Р., Разин С.В. (1993). Доменная организация кластера рибосомных генов млекопитающих. Докл. Акад. Наук 330 (1), 120-2.