Принципы функционирования регуляторных элементов генома в процессе регуляции транскрипции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Максименко Оксана Геннадьевна

• Максименко Оксана Геннадьевна
• доктор наук
• 2024

Оглавление диссертации доктор наук Максименко Оксана Геннадьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ТЕРМИНОВ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень разработанности

Цель и задачи

Научная новизна. Теоретическая и практическая значимость работы

Методология и методы работы

Основные положения, выносимые на защиту

Степень достоверности и апробация результатов

Список работ, опубликованных по теме диссертации

Личный вклад автора

Описание структуры диссертации

1.ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1.СТСР как наиболее изученный белок с кластером цинковых пальцев С2Н2-типа у млекопитающих

1.2.СТСР в организации архитектуры хромосом и инсуляции у позвоночных

1.3.Другие известные С2Н2-белки позвоночных с архитектурными функциями

1.4.Дистанционные взаимодействия между энхансерами и промоторами и инсуляторы дрозофилы

1.5.Белки, определяющие функциональную активность инсуляторов йРОБОРЫЬА МЕЬАШСАБТЕР

2.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

3.РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1.Характеристика инсуляторных белков с ВТВ-доменами

3.1.1.ВТВ-домены СДР и нескольких других ТФ «ттк-группы» способны образовывать мультимеры

3.1.2.Участие в мультимеризации консервативной Ы-концевой последовательности белков «ттк-группы»

3.1.3.Способность BTB-доменов «ttk-группы» к гетеровзаимодействиям

3.1.4.Способность GAF поддерживать дистанционную активацию промотора активатором GAL4 в модельной системе у Drosophila

3.2. Взаимодействия между регуляторными элементами генома, механизмы действия инсуляторов

3.2.1. «Эффект положения» и роль инсуляторов в терминации транскрипции

Активация гена white в трансгенных линиях в большинстве случаев индуцируется транскрипцией

через трансген

Последовательности, терминирующие транскрипцию, эффективно защищают экспрессию гена

white от активирующего «эффекта положения»

Инсуляторы gypsy и scs частично защищают ген white от «эффекта положения»

3.2.2. Взаимодействие между инсуляторами в поддержании дистанционных взаимодействий:

взаимная ориентация инсуляторов определяет конфигурацию хроматиной петли

Нейтрализация действия инсуляторов зависит от относительной ориентации инсуляторов друг

относительно друга

Взаимодействие друг с другом инсуляторов способствует дистанционной стимуляции промотора гена активатором GAL4 в гетерологичной модельной системе

3.2.3. Механизмы действия инсуляторов при блокировании действия энхансеров на примере

инсулятора gypsy

Способность одной копии инсулятора gypsy блокировать энхансеры зависит от конкретной пары

«энхансер-промотор»

Блокирование активности энхансера гена white зависит от расположения двух

взаимодействующих копий инсулятора gypsy

Демонстрация физического взаимодействия энхансера с инсулятором gypsy в трансгенных линиях

дрозофилы

Прямое взаимодействие Mod(mdg4)-67.2 и Zeste может играть роль в блокировании энхансера gypsy-инсулятором

3.2.4. Взаимодействие между тремя инсуляторами - опровержение структурных моделей действия инсуляторов

3.3. Архитектурные белки дрозофилы

3.3.1. Гомолог основного архитектурного белка CTCF дрозофилы

N-концевой домен CTCF - мономер, димер или мультимер?

Взаимодействие dCTCF с белком CP190, универсальным компонентом инсуляторных комплексов

Роль C- и N-концевых доменов в функциональной активности белка dCTCF

Взаимодействие с белком СР190 не является критическим для реализации функций белка dCTCF ¡п

vivo

3.3.2. Pita и ZIPIC - типичные представители архитектурных белков, взаимодействующие с СР190

ДНК-связывающие белки Pita и ZIPIC - новые партнеры белка СР190

Изучение полногеномных профилей связывания белков Pita и ZIPIC

Функциональные свойства белков Pita и ZIPIC

CP190-взаимодействующий участок в составе Pita - роль в развитии и рекрутировании СР190 на геномные сайты

3.3.3. Opbp - специфичный промоторный фактор, взаимодействующий с СР190

Белок Opbp - новый партнер белка СР190

Геномное распределение белка Opbp

Opbp в регуляции экспрессии генов рибосомальных белков in vivo

Сайты связывания Opbp в поддержании дистанционных взаимодействий в модельной системе.

Сайты связывания Opbp как энхансер-блокирующие элементы

3.3.4. ZAF1 - наиболее просто устроенный С2Н2-белок, обладающий архитектурными свойствами ...162 Белок ZAF1 связывается в первую очередь с активными промоторами в эмбрионах дрозофилы .162 ZAD-домен белка ZAF1 в процессе блокирования энхансера и организации дистанционных взаимодействий в модельных системах

3.4. Значение ZAD-домена во взаимодействии между архитектурными белками

3.4.1.Функциональное взаимодействие сайтов связывания архитектурных белков в модельной системе

реализуется только между одинаковыми парами

3.4.2.Взаимодействия архитектурных белков, содержащих в своем составе ZAD-домены

Колокализация белков Zw5, Pita и ZIPIC на геномных сайтах

ZAD-домены эффективно образуют гомо-, но не гетеродимеры

Pita или ZIPIC способны поддерживать дистанционные взаимодействия в трансгенных линиях Drosophila

3.5. Архитектурные белки: комбинаторика сайтов связывания - организация работы границ

3.5.1.Кооперативная работа архитектурных белков

Двух сайтов dCTCF на границе Fab-8 недостаточно для блокирования активности

Pita в кооперации с dCTCF способствует активности Mcp

Для изолирующей функции границы Fub необходим сайт Su(Hw)

3.5.2. Участие СР190 в блокировании взаимодействий между регуляторными доменами

3.5.3. Формирование границы между активным и репрессионным хроматином - роль ENY2

ENY2 взаимодействует с доменом «цинковые пальцы» белка dCTCF Drosophila

ENY2 в поддержании барьерной активности dCTCF-зависимых инсуляторов

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

Список сокращений и терминов

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

гДНК - геномная ДНК

кДНК - комплементарная ДНК

РНК - рибонуклеиновая кислота

дцРНК - двуцепочечные РНК

мРНК - матричная РНК

ПЦР - полимеразная цепная реакция

кПЦР - количественная ПЦР

ОТ-ПЦР - ПЦР с обратной транскрипцией

ТФ — транскрипционный фактор

ТСС (TSS) — сайт старта транскрипции

мл - миллилитр

мкл - микролитр

мМ - миллимоль

нг - нанограмм

мкг - микрограмм

мг - миллиграмм

п.н. - пар нуклеотидов

т. п. н. - тысяча пар нуклеотидов

а. о. - аминокислотный остаток

kDa - килодальтон

3xFLAG - 3 повтора пептида DYKDDDDK, используемые как эпитоп для распознавания антителами.

3xHA - 3 повтора пептида YPYDVPDYA, используемые как эпитоп для распознавания антителами.

6xHis - участок для аффинной очистки, состоящий из 6 остатков гистидина

Abd-A - Abdominal A

Abd-B - Abdominal-B

AD - активационный домен

C2H2 - cys2-his2 -цинковые пальцы C2H2-rara

Bcl-6 - B-cell lymphoma 6 protein

BEAF32 - Boundary element-associated factor

BTB/POZ-домен - Bric-à-brac, Tramtrack, and Broad Complex/Poxvirus and zinc finger BX-C - Bithorax-комплекс

ChIP - Chromatin immunoprecipitaion, иммунопреципитация хроматина

ChIP-seq - ChIP-sequencing, иммунопреципитация хроматина с последующим глубоким

секвенированием

ChIP-qPCR -иммунопреципитация хроматина с последующей количественной ПЦР CP190 - Centrosomal protein

CRISPR - Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats CTCF - CCCTC - связывающий фактор DBD - ДНК-связывающий домен

EMSA - electrophoretic mobility shift assay, метод торможения в геле ДНК-белковых комплексов

ENY2 - белок, кодируемый геном e(y)2 e(y)2 -ген энхансер yellow 2 дрозофилы Fab - Frontabdominal

Fluc - Firefly luciferase - люцифераза светлячка GAF - GAGA-factor

GOF — gain-of-function, усиление проявления признака

GST - глутатион^-трансфераза

hsp70 - heat-shock protein

iab - infraabdominal

IgG - иммуноглобулин

input - исходный образец до иммунопреципитации

IRES - Internal Ribosome Entry Site - сайт внутренней инициации трансляции LOF — loss-of-function, ослабление функции признака Mcp - Miscadestral pigmentation

MBP - Maltose binding protein, мальтозасвязывающий белок Mod(mdg4) - Modifier of mdg4 PcG — белки группы Polycomb polyA - сигнал полиаденилирования

PRE - Polycomb group response element, регуляторный элемент, с которым связываются белки группы Polycomb

Р-элемент - транспозон Drosophila melanogaster

Rluc - Renilla Luciferase - люцифераза медузы рода Renilla

SAGA - Spt-Ada-GcnS-ацетилтрансфераза

scs, scs' - Specialized chromatin structure

Su(Hw) - Suppressor of Hairy wing

SV40 - Simian vacuolating virus 40, вирус SV40

TAD - Topologically Associating Domains - топологически ассоциированные домены

хроматина

TRX - Thioredoxin

TTK - белок Tramtrack

Ubx - ultrabithorax

wt - интактная последовательность или линия (дикий тип)

ZAD - Zinc finger associated domain, домен, ассоциированный с цинковыми пальцами

ZIPIC - Zinc finger protein interacting with CP190

ZnF - Zinc finger, ДНК-связывающий домен типа «цинковый палец»

Zw5 - Zeste-white

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Принципы функционирования регуляторных элементов генома в процессе регуляции транскрипции»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень разработанности

Значительное усложнение процессов регуляции экспрессии генов у высших эукариот привело к разнообразию клеток в результате дифференцировки тканей сложно устроенных организмов. Специализация клеток определяется слаженной работой различных репертуаров транскрипционных факторов, собирающихся на геномных регуляторных элементах и осуществляющих контроль за распространением активирующих и репрессирующих сигналов на участках хроматина. Гены, ответственные за дифференцировку клеток организма, обычно регулируются энхансерами, каждый из которых активирует промотор в течение заданного временного промежутка в определенной группе клеток. В некоторых случаях транскрипция генов развития регулируется десятками энхансеров, часть из которых может располагаться на расстояниях, достигающих сотен тысяч пар нуклеотидов от регулируемого промотора. Способность энхансеров стимулировать промоторы на больших дистанциях привела к предположению о том, что должны существовать особые транскрипционные домены, внутри которых устанавливаются взаимодействия между энхансерами и промоторами (Furlong and Levine, 2018). Считалось, что на границе таких транскрипционных доменов должны располагаться специальные регуляторные элементы, способные блокировать взаимодействия между энхансерами и промоторами, оказавшимися в соседних доменах (Geyer and Clark, 2002; West et al., 2002). Наиболее распространено было мнение о том, что границы доменов взаимодействуют либо между собой, либо с ядерными структурами, прикрепленными к ядерной оболочке. Действительно, регуляторные элементы, обладающие предсказанными свойствами, были найдены, сначала у дрозофилы, а потом у млекопитающих, и названы инсуляторами (Gerasimova and Corces, 2001). С использованием модельных систем в трансгенных линиях дрозофилы были описаны два основных свойства инсуляторов: блокировать взаимодействия между энхансерами и промоторами и защищать экспрессию трансгена от репрессии при его интеграции в гетерохроматиновые области генома (Geyer and Clark, 2002; West et al., 2002). Со временем стало понятно, что инсуляторы часто взаимодействуют друг с другом, и их влияние на экспрессию генов является более комплексным. Далеко не во всех случаях инсулятор организует преграду на пути распространения сигнала от энхансера к промотору гена, а часто - наоборот, облегчает

энхансеру взаимодействие с промотором гена (Muravyova et al., 2001). Именно этим и обусловлена часть представленной работы, направленная на детальное изучение возможностей взаимодействий инсуляторов друг с другом. В частности, особое внимание было уделено выяснению принципиальной возможности взаимодействий друг с другом гетерологичных инсуляторов, с которыми связываются разные ДНК-связывающие белки. Кроме этого, на примере хорошо описанного инсулятора из ретротранспозона gypsy проводилось исследование процесса установления взаимодействий между инсуляторами и энхансерами/промоторами генов. В работе проведено изучение механизмов, благодаря которым инсуляторы обладают способностью в определенных случаях защищать экспрессию трансгена при его интеграции в геном. Таким образом, проводимые исследования в данном направлении дают возможность раскрыть принципы работы инсуляторов в комплексе с другими регуляторными элементами генома.

Появление полногеномных методов анализа, позволяющих идентифицировать всю совокупность взаимодействий между участками хроматина in vivo, и микроскопии высокого разрешения (Rao et al., 2014; Dekker and Misteli, 2015; Boettiger et al., 2016; Boettiger and Murphy, 2020) вывело исследования по изучению пространственной организации генома на новый уровень. Оказалось, что хромосомы всех эукариот организованы в топологически-ассоциированные домены (ТАД), которые часто формируются за счет предпочтительного взаимодействия друг с другом концов, или границ, домена (Hansen et al., 2018; Zheng and Xie, 2019; Luppino et al., 2020; Sikorska and Sexton, 2020). Контакты внутри ТАДа устанавливаются с более высокой частотой по сравнению с контактами между ТАДами.

Открытие ТАДов дало основание предполагать, что их границы соответствуют инсуляторам, ограничивающим независимые регуляторные домены (Dixon et al., 2012; Nora et al., 2012; Sexton et al., 2012). Однако исследования, проведенные, прежде всего, на единичных клетках, показали, что границы ТАДов формируются как совокупность предпочтительных контактов и не представляют собой строгих физических барьеров, блокирующих любые транс-взаимодействия между регуляторными элементами, расположенными в разных ТАДах (Szabo et al., 2019; Chang et al., 2020; Luppino et al., 2020; Sikorska and Sexton, 2020). Большая часть охарактеризованных инсуляторов, взаимодействующих энхансеров и промоторов содержатся внутри одного ТАДа, что, вероятно, способствует формированию его пространственной структуры. С увеличением разрешения карт пространственных взаимодействий внутри ТАДов были обнаружены субдомены, которые обычно соответствуют локальным контактам между регуляторными

элементами (Б2аЬо й а1., 2019). В последние годы становится очевидным, что в организации границ ТАДов и в установлении локальных контактов между различными регуляторными элементами, детектируемыми внутри ТАДов, ключевую роль играют регуляторные белки, которые можно отнести к классу архитектурных, благодаря их участию в организации архитектуры хроматина в целом. У млекопитающих хорошо описан в качестве ДНК-связывающего архитектурного белка, обладающего специфичным профилем связывания в геноме, мультифункциональный белок СТСБ. Он относится к малоизученному классу белков, содержащих в своем составе кластеры цинковых пальцев С2Н2-типа, часть из которых обеспечивает связывание белка со специфичными ДНК-мотивами в геноме. Хорошо исследованный белок СТСБ млекопитающих дает общие представления о свойствах, партнерах и функциях этого класса транскрипционных факторов. СТСБ, вероятно, является родоначальником всего класса С2Н2-белков, которые в процессе эволюции могли приобретать новые домены и связываться с новыми ДНК-последовательностями. В этом плане интересно то, что СТСБ и у дрозофилы, и у млекопитающих участвует в организации границ транскрипционных доменов гомеозисных генов. На основании известных данных можно заключить, что ДНК-связывающие архитектурные белки могут быть представлены целым семейством С2Н2-белков. Так, например, у млекопитающих и дрозофилы уже описаны С2Н2-белки, связывающиеся с активными промоторами. С2Н2-белки, возможно, взаимодействуя с комплексами ремоделирования нуклеосом, способны формировать зоны открытого хроматина и одновременно участвовать в привлечении основных транскрипционных факторов на промоторы. Кроме этого С2Н2-белки, сходные по свойствам с СТСБ, могут связываться с границами ТАДов или инсуляторными элементами и участвовать в организации дистанционных взаимодействий.

Несмотря на большой прогресс, достигнутый за последние годы, в вопросе изучения пространственной организации генома и, в частности, архитектурной роли СТСБ, к настоящему времени очень много вопросов остается без ответа из-за нехватки данных о других участниках, необходимых для формирования архитектуры ядра. В представленной работе проведен анализ структурно-функциональной организации СТСБ с целью определения механизмов его работы в организации дистанционных взаимодействий между удаленными друг от друга участками генома и формировании границ между различными регуляторными доменами. Одновременно в работе проведен поиск новых архитектурных белков Drosophila melanogaster, описаны их свойства и показано, что такие белки обладают

высоким уровнем функционального сходства, и в геномном контексте часто способны замещать друг друга.

Цель и задачи

Целью работы является структурно-функциональное описание архитектурных белков в контексте их связи с регуляторными элементами генома и роли в регуляции транскрипции генов.

В процессе выполнения работы были поставлены и решены следующие задачи:

1. Исследовать способность к мультимеризации инсуляторных белков, содержащих в своем составе ВТВ-домены. Оценить роль ВТВ-содержащих белков в организации дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами генома.

2. Изучить причины «эффекта положения» трансгенов и оценить способности инсуляторов в процессе защиты экспрессии генов от влияния геномного окружения.

3. Исследовать взаимодействия инсуляторов друг с другом и с другими регуляторными элементами в процессе организации дистанционных взаимодействий между энхансерами и промоторами.

4. На примере архитектурного белка dCTCF описать структурно-функциональную организацию типичного архитектурного белка.

5. Провести поиск и охарактеризовать новые архитектурные белки Drosophila melanogaster.

6. Исследовать значение ZAD-домена в организации специфичных взаимодействий между архитектурными белками.

7. Изучить комбинаторные взаимодействия архитектурных белков при формировании границ регуляторных доменов комплекса ЪШогах.

Научная новизна. Теоретическая и практическая значимость работы

В представленной работе проведен детальный анализ эффектов взаимодействий нескольких инсуляторов друг с другом в модельных системах и показано, что в зависимости от природы и взаимного расположения инсуляторов возможны как блокирование, так и наоборот, облегчение взаимодействий между энхансером и промотором. Инсуляторы не

являются инертными элементами, они способны взаимодействовать с энхансерами и промоторами и оказывать непосредственное влияние на транскрипцию генов.

В представленной работе впервые применен комплексный подход к поиску и характеристике новых архитектурных белков. В результате были описаны новые белки, сайты связывания которых обладают способностью блокировать энхансер-промоторные взаимодействия и поддерживать дистанционные взаимодействия между регуляторными доменами. В составе всех найденных архитектурных белков на К-конце присутствуют домены, способные гомодимеризоваться, что играет ключевую роль в установлении дистанционных взаимодействий. Полногеномные профили связывания архитектурных белков показали их преимущественную локализацию в промоторных областях генов в зонах открытого хроматина, что свидетельствует об их участии непосредственно в формировании активных промоторов.

Проведенные исследования расширили представления о механизмах взаимодействий инсуляторов друг с другом и их возможной роли в организации взаимодействий между регуляторными элементами генома. Детальное описание структурно-функциональной организации архитектурного белка СТСБ позволило сформулировать основные принципы строения и функционального потенциала ДНК-связывающих белков, что позволило описать новые архитектурные белки. Сформулированные в работе принципы структурно-функциональной организации архитектурных белков помогут охарактеризовать белки данного класса и в других организмах, прежде всего млекопитающих. Таким образом, представленные в работе данные могут значительно ускорить прогресс в исследованиях общих принципов и механизмов пространственной организации генома.

Методология и методы работы

В работе был использован широкий спектр современных молекулярно-биологических, генетических, биохимических и биоинформатических методов. В качестве модельных объектов исследования были выбраны плодовая мушка Drosophila melanogaster и культуры клеток (S2 и BG3). В работе широко применялись современные методы геномного редактирования и получения трансгенных линий дрозофилы. Многие эксперименты проводились в клетках Saccharomyces cerevisiae и Escherichia coli.

Основные положения, выносимые на защиту

1. ВТВ-содержащие инсуляторные белки способны формировать мультимеры, при этом данная способность ВТВ-белков не является решающей при организации дистанционных взаимодействий в модельных системах на основе трансгенных линий Drosophila melanogaster.

2. Основной причиной «эффекта положения» трансгенов, содержащих репортерный ген white, является проходящая через них транскрипция, а не активация промотора «чужим» энхансером, при этом инсуляторы только в определенном геномном контексте способны блокировать такую транскрипцию и тем самым защищать трансген.

3. Инсуляторы, содержащие в своем составе сайты связывания для одинакового ДНК-связывающего архитектурного белка, способны эффективно взаимодействовать друг с другом, что приводит к формированию хроматиновых петель, влияющих на взаимодействие друг с другом рядом расположенных энхансеров и промоторов. На примере инсулятора gypsy показано, что инсуляторы обладают способностью взаимодействовать с энхансерами и промоторами, непосредственно принимая участие в регуляции транскрипции.

4. На примере архитектурного белка dCTCF показано, что типичный архитектурный белок в своем составе содержит кластер, состоящий из цинковых пальцев С2Н2-типа, часть из которых обеспечивает специфичное связывание с длинными ДНК-последовательностями, гомодимеризующийся домен, участвующий в организации специфичных дистанционных контактов, а также дополнительные домены и неструктурированные районы, которые взаимодействуют со вспомогательными транскрипционными факторами (например, СР190), организующими работу инсуляторов и промоторов генов.

5. Найдены новые архитектурные ДНК-связывающие белки Pita, ZIPIC, Opbp, ZAF1, для которых показано взаимодействие с белком СР190, наличие димеризующегося домена и способность специфичного связывания с определенными ДНК-мотивами. В модельных системах сайты связывания данных белков продемонстрировали способность блокировать энхансеры и выполнять функцию границы на пути распространения PcG-репрессии. Полногеномные профили связывания данных белков показали их преимущественную локализацию в промоторах генов в зоне открытого хроматина.

6. N-концевые ZAD-домены в составе архитектурных белков Pita, ZIPIC, Zw5 не просто обладают гомодимеризующей активностью, но и способны поддерживать селективные дистанционные взаимодействия между удаленными друг от друга регуляторными элементами.

7. Границы регуляторных доменов в bithorax-комплексе состоят из комбинаций сайтов связывания для разных архитектурных белков. Показано, что архитектурные белки могут рекрутировать на границы белок CP190, который участвует в блокирующей функции границ.

8. Описано участие белка ENY2 в организации барьера dCTCF-зависимыми границами на пути распространения PcG-репрессии. Предложена гипотеза, постулирующая, что ENY2-содержащие комплексы обеспечивают универсальный механизм защиты генов от репрессии.

Степень достоверности и апробация результатов

Работа выполнена в соответствии с общепринятыми этическими и научными принципами. Выводы и положения, выносимые на защиту, обоснованы фактическим материалом, полученным в результате проведения экспериментов, анализа и интерпретации данных.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

Результаты работы представлены в 1 7 экспериментальных статьях, опубликованных в период с 2008 по 2021 гг. в зарубежных рецензируемых журналах квартиля Q1-2 (по Scopus), и в 2 обзорных статьях. Основные положения диссертационной работы представлены на 21 международных конференциях.

Статьи в зарубежных журналах (квартиля Q1-2 по базе Scopus):

1. Maksimenko O., Golovnin A., Georgiev P. Enhancer-promoter communication is regulated by insulator pairing in a Drosophila model bigenic locus. Mol Cell Biol. 2008;28(17):5469-77. doi: 10.1128/MCB.00461-08.

2. Kyrchanova O., Chetverina D., Maksimenko O., Kullyev A., Georgiev P. Orientation-dependent interaction between Drosophila insulators is a property of this class of regulatory elements. Nucleic Acids Res. 2008;36(22):7019-28. doi: 10.1093/nar/gkn781.

3. Chetverina D., Savitskaya E., Maksimenko O., Melnikova L., Zaytseva O., Parshikov A., Galkin A.V., Georgiev P. Red flag on the white reporter: a versatile insulator abuts the white gene in Drosophila and is omnipresent in mini-white constructs. Nucleic Acids Res. 2008;36(3):929-37. doi: 10.1093/nar/gkm992.

4. Silicheva M., Golovnin A., Pomerantseva E., Parshikov A., Georgiev P. &, Maksimenko

0.6 Drosophila mini-white model system: new insights into positive position effects and the role of transcriptional terminators and gypsy insulator in transgene shielding. Nucleic Acids Res. 2010;38(1):39-47. doi: 10.1093/nar/gkp877.

5. Bonchuk A., Denisov S., Georgiev P., Maksimenko O.& Drosophila BTB/POZ domains of "ttk group" can form multimers and selectively interact with each other. J Mol Biol. 2011;412(3):423-36. doi: 10.1016/j.jmb.2011.07.052.

6. Kyrchanova O.#, Maksimenko O. #, Stakhov V., Ivlieva T., Parshikov A., Studitsky V.M., Georgiev P. Effective blocking of the white enhancer requires cooperation between two main mechanisms suggested for the insulator function. PLoS Genet. 2013;9(7):e1003606. doi: 10.1371/journal.pgen.1003606.

7. Kyrchanova O., Leman D., Parshikov A., Fedotova A., Studitsky V., Maksimenko O. &, Georgiev P. & New properties of Drosophila scs and scs' insulators. PLoS One. 2013;8(4):e62690. doi: 10.1371/journal.pone.0062690.

8. Maksimenko O., Kyrchanova O., Bonchuk A., Stakhov V., Parshikov A., Georgiev P. Highly conserved ENY2/Sus1 protein binds to Drosophila CTCF and is required for barrier activity. Epigenetics. 2014;9(9):1261-70. doi: 10.4161/epi.32086.

9. Maksimenko O. #, Bartkuhn M. #, Stakhov V., Herold M., Zolotarev N., Jox T., Buxa M.K., Kirsch R., Bonchuk A., Fedotova A., Kyrchanova O., Renkawitz R., Georgiev P. Two new insulator proteins, Pita and ZIPIC, target CP190 to chromatin. Genome Res. 2015;25(1):89-99. doi: 10.1101/gr.174169.114.

10. Bonchuk A. #, Maksimenko O. #, Kyrchanova O., Ivlieva T., Mogila V., Deshpande G., Wolle D., Schedl P., Georgiev P. Functional role of dimerization and CP190 interacting domains of CTCF protein in Drosophila melanogaster. BMC Biol. 2015;13:63. doi: 10.1186/s12915-015-0168-7.

11. Zolotarev N., Fedotova A., Kyrchanova O., Bonchuk A., Penin A.A., Lando A.S., Eliseeva

1.A., Kulakovskiy I.V., Maksimenko O. &, Georgiev P. & Architectural proteins Pita,

Zw5,and ZIPIC contain homodimerization domain and support specific long-range interactions in Drosophila. Nucleic Acids Res. 2016;44(15):7228-41. doi: 10.1093/nar/gkw371.

12. Zolotarev N. #, Maksimenko O. #, Kyrchanova O., Sokolinskaya E., Osadchiy I., Girardot C., Bonchuk A., Ciglar L., Furlong E.E.M., Georgiev P. Opbp is a new architectural/insulator protein required for ribosomal gene expression. Nucleic Acids Res. 2017;45(21):12285-12300. doi: 10.1093/nar/gkx840.

13. Zolotarev N., Georgiev P., Maksimenko O. & Removal of extra sequences with I-Scel in combination with CRISPR/Cas9 technique for precise gene editing in Drosophila. Biotechniques. 2019;66(4):198-201. doi: 10.2144/btn-2018-0147.

14. Maksimenko O. #, Kyrchanova O. #, Klimenko N., Zolotarev N., Elizarova A., Bonchuk A., Georgiev P. Small Drosophila zinc finger C2H2 protein with an N-terminal zinc finger-associated domain demonstrates the architecture functions. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2020;1863(1):194446. doi: 10.1016/j.bbagrm.2019.194446.

15. Kyrchanova O. #, Maksimenko O. #, Ibragimov A., Sokolov V., Postika N., Lukyanova M., Schedl P., Georgiev P. The insulator functions of the Drosophila polydactyl C2H2 zinc finger protein CTCF: Necessity versus sufficiency. Sci Adv. 2020; 6(13):eaaz3152. doi: 10.1126/sciadv.aaz3152.

16. Sabirov M., Kyrchanova O., Pokholkova G.V., Bonchuk A., Klimenko N., Belova E., Zhimulev I.F., Maksimenko O. &, Georgiev P. & Mechanism and functional role of the interaction between CP190 and the architectural protein Pita in Drosophila melanogaster. Epigenetics Chromatin. 2021;14(1):16. doi: 10.1186/s13072-021-00391-x.

17. Kyrchanova O., Klimenko N., Postika N., Bonchuk A., Zolotarev N., Maksimenko O. &, Georgiev P. & Drosophila architectural protein CTCF is not essential for fly survival and is able to function independently of CP190. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2021; 1864, 194733. doi:10.1016/j.bbagrm.2021.194733.

# - авторы внесли равный вклад в работу (equally contributed) & - авторы для переписки (corresponding author)

Обзорные статьи:

1. Maksimenko O., Georgiev P. Mechanisms and proteins involved in long-distance interactions. Front Genet. 2014 Feb 18;5:28. doi: 10.3389/fgene.2014.00028.

2. Максименко О.Г., Фурсенко Д.В., Белова Е.В., Георгиев П.Г. CTCF как пример ДНК-связывающих транскрипционных факторов, содержащих кластеры цинковых пальцев С2Н2-типа. Acta Naturae. 2021; 13(1): 31-46.

Международные конференции:

1. Maksimenko O., Silicheva M., Georgiev P. Transcription through transgene is the most frequent cause of positive position effects in Drosophila melanogaster. The FEBS J., v.276, suppl.1, p.9. 8. 34th FEBS Congress "Life's Molecular Interactions", Prague, Czech Republic, July 4 - 9, 2009.

2. Maksimenko O, Silicheva M, Georgiev P. Transcription through transgene is the most frequent cause of positive position effects and terminators are effective protectors from these effects. 21st IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, Shanghai, July 30 - August 7, 2009.

3. Maksimenko O., Georgiev P. New insights in positive position effects and role of transcriptional terminators and gypsy insulator in shielding of Drosophila transgene. EMBO Conference Series on Nuclear Structure and Dynamics , L'Isle sur la Sorgue, France, September 30 - October 4, 2009.

4. Maksimenko O., Bonchuk A., Stakhov V., Georgiev P. Different domains of the Drosophila insulator proteins interact with CP190 and E(y)2 proteins mediating various functions of drosophila insulators. Conference 0zBio2010, Melbourne, September 26-October 1, 2010.

5. Maksimenko O., Bonchuk A., Georgiev P. Revision to GAGA-factor: new and well-known activities. ESF-EMBO Research Conference "Molecular Perspectives on ProteinProtein Interactions", Sant-Feliu de Guixols, 2010, 58.

6. Maksimenko O, Stakhov V, Kyrchanova O, Georgiev P. Highly conserved Eny2/Sus1 protein binds to Drosophila CTCF and is required for boundary activity of the dCTCF

dependent insulators. Spetses Summer School on Chromatin and Systems Biology, September 17-23, 2011.

7. Bonchuk A., Maksimenko O., Georgiev P. Drosophila BTB domains of GAF group can form multimers and selectively interact with each other in long-range genomic interactions. FEBS Journal 278: 136-136. 36th FEBS Congress of the Biochemistry for Tomorrows Medicine, JUN 25-30, 2011, Torino, Italy.

8. Bonchuk A., Maksimenko O., Georgiev P. Multimerization domains of insulator proteins of Drosophila melanogaster in long-range genomic interactions. FEBS Journal 279: 413414. 22nd IUBMB Congress/37th FEBS Congress, SEP 04-09, 2012, Seville, Spain.

9. Maksimenko O., Stakhov V., Kyrchanova O., Georgiev P. Eny2/Sus1 protein is the boundary component of the dCTCF-dependent insulators. Keystone Symposia "Eukaryotic transcription. Snowbird, Utah, USA. 31 March -5 April 2012.

10. Maksimenko O., Stakhov V., Kyrchanova O., Georgiev P. Eny2/Sus1 protein binds to Drosophila CTCF and is required for boundary activity of the dCTCF dependent insulators. Gordon Research Conferences "Chromatin Structure & Function". Lucca (Barga), Italy, 6 - 11 May 2012.

11. Maksimenko O., Kyrchanova O., Bonchuk A., Stakhov V., Parshikov A., Georgiev P. Highly conserved Eny2/Sus1 protein binds to Drosophila and human CTCF and is required for barrier activity. FEBS Journal 280: 13. 38th FEBS Congress, JUL 06-11, 2013, Saint Petersburg, Russia.

12. Zolotarev N., Stakhov V., Kyrchanova O., Maksimenko O. Identification of new Drosophila proteins involved in insulator functions. FEBS Journal 280: 12-13. 38th FEBS Congress, JUL 06-11, 2013, Saint Petersburg, Russia.

13. Maksimenko O., Kyrchanova O., Bonchuk A., Stakhov V., Georgiev P. The role of Eny2/Sus1 protein in realization of barrier activity of Drosophila dCTCF - dependent insulators. EMBO Conference Series on Nuclear Structure and Dynamics, 2 - 6 October 2013, L'Isle Sur la Sorgue, France.

14. Bonchuk A., Maksimenko O., Kyrchanova O., Stakhov V., Parshikov A., Georgiev P. Highly conserved ENY2/Sus1 protein binds to Drosophila CTCF and is required for barrier activity. FEBS Journal 281: 303-303. FEBS EMBO 2014 Conference. AUG 30-SEP 04, 2014 Paris, France.

15. Zolotarev N., Maksimenko O., Bartkuhn M., Stakhov V., Herold M., Bonchuk A., Fedotova A., Kyrchanova O., Renkawitz R., Georgiev P. Two new insulator proteins, Pita

and ZFPIC, target CP190 to chromatin. FEBS Journal 281: 711-711. FEBS EMBO 2014 Conference, AUG 30-SEP 04, 2014 Paris, France.

16. Maksimenko O., Kyrchanova O., Bonchuk A., Schedl P., Georgiev P. Domain organization of CTCF protein in Drosophila melanogaster. EMBO Conference: Chromatin and Epigenetics on 6-10 May 2015, Heidelberg, Germany.

17. Zolotarev N., Maksimenko O., Bonchuk A., Kyrchanova O., Ciglar L., Girardot C., Furlong E., Georgiev P. Drosophila Opbp protein regulates divergently-paired genes with different expression levels. Febs Journal 282: 70-70. 40th FEBS Congress - The Biochemical Basis of Life, JUL 04-09, 2015, Berlin, Germany.

18. Maksimenko O., Kyrchanova O., Zolotarev N., Fedotova A., Bonchuk A., Georgiev P. ZAD domains of insulator proteins Pita, Zw5 and ZIPIC support specific distance interactions in Drosophila melanogaster. Mechanism of Eukaryotic Transcription, 25-29 Aug 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, USA.

19. Maksimenko O., Zolotarev N., Kyrchanova O., Ciglar L., Girardot C., Bonchuk A., Furlong E., Georgiev P. Opbp, a new component of specialised Drosophila insulators. Keystone Symposia Conference Chromatin and Epigenetics, 20-24 March 2016, Whistler, Canada.

20. Zolotarev N., Fedotova A., Kyrchanova O., Bonchuk A., Lando A., Kulakovskiy I., Babosha V., Maksimenko O., Georgiev P. Proteins with Zinc finger associated domain (ZAD) are involved in organisation of chromatin architecture. FEBS Journal 283: 130-130. 41st FEBS Congress on Molecular and Systems Biology for a Better Life. SEP 03-08, 2016, Kusadasi, Turkey.

21. Zolotarev N., Kyrchanova O., Maksimenko O., Bonchuk A., Sokolinskaia E., Girardot C., Ciglar L., Furlong E., Georgiev P. The Zinc finger-associated domain of ZAF1 protein is important for long distance interactions and insulation. FEBS Journal 284: 29-29. 42nd FEBS Congress - From Molecules to Cells and Back, SEP 10-14, 2017, Jerusalem, Israel.

22. Zolotarev N., Maksimenko O., Kyrchanova O., Osadchiy I., Furlong E. E. M., Georgiev P. Transcription complex assembly at the promoters of ribosomal protein genes. 2018. FEBS Open Bio 8: 99-99.

23. Osadchiy I., Maksimenko O., Georgiev P. Opbp is a new architectural protein involved in organization of the housekeeping TRF2 dependent promoters in Drosophila melanogaster. 2019. FEBS Open Bio 9: 147-147.

Личный вклад автора

Все описанные в диссертационной работе результаты получены автором самостоятельно или под его непосредственным руководством. В представленных работах автор планировал и проводил эксперименты, руководил работой соавторов работ, интерпретировал полученные результаты, осуществлял подготовку результатов к публикации. Работы по исследованию границ BX-C были проведены совместно с Ольгой Кырчановой. В работе в разные годы принимали участие сотрудники лаборатории регуляции генетических процессов и группы молекулярной организации генома ИБГ РАН Артем Бончук, Николай Золотарев, Марат Сабиров, Игорь Осадчий, Анна Федотова, Вячеслав Стахов, Александр Паршиков, Наталья Клименко, Антон Головнин, Дарья Четверина, Татьяна Ивлиева, Софья Камалян, Владимир Соколов, Елена Белова. Часть работ по характеристике новых архитектурных белков проводилась совместно с лабораториями Eileen Furlong, EMBL, Германия; Rainer Renkawitz, Гессен, Германия.

Описание структуры диссертации

Диссертационная работа состоит из глав «Введение», «Обзор литературы», «Методы», «Результаты и обсуждение», «Заключение». Работа представлена на 244 страницах, содержит 81 рисунок и 3 таблицы. Список использованной литературы содержит 339 источников.

1.Обзор литературы1

1.1.СТСГ как наиболее изученный белок с кластером цинковых пальцев

С2Н2-типа у млекопитающих

Белок позвоночных CTCF (CCCTC binding factor) хорошо исследован у человека и мыши (Ali et al., 2016; Arzate-Mejia et al., 2018). CTCF экспрессируется на всех стадиях развития организма и во всех типах клеток, необходим в процессе эмбрионального развития. Было показано, что CTCF в зависимости от контекста может выступать в роли активатора или репрессора транскрипции, принимает участие в инактивации одной из X-хромосом у млекопитающих, регулирует альтернативный сплайсинг пре-мРНК некоторых генов, контролирует импринтинг, участвует в рекомбинации и репарации, определяет активность энхансеров, промоторов и инсуляторов. Однако наиболее детально описанной функцией белка CTCF позвоночных является его ключевая роль в организации архитектуры хромосом (Merkenschlager and Nora, 2016; Braccioli and de Wit, 2019; Chen and Lei, 2019). В геноме млекопитающих присутствует от 40 000 до 80 000 сайтов связывания CTCF, при этом более 5000 сайтов являются консервативными между видами и клеточными линиями млекопитающих (Schmidt et al., 2012; Arzate-Mejia et al., 2018). Приблизительно 50% сайтов связывания CTCF находятся в межгенных областях, ~ 15% расположены вблизи промоторов и ~ 35% являются внутригенными (30% в интронах и 5% в экзонах) (Chen et al., 2012).

CTCF млекопитающих состоит из неструктурированных концевых областей и расположенного в центральной части кластера из 11 цинковых пальцев, из которых первые десять относятся к типу С2Н2, а последний - С2НС Белки, содержащие один и, реже, несколько кластеров доменов C2H2, составляют значительную часть от общего количества

1 Представлены материалы, опубликованные в обзорных статьях:

Maksimenko O., Georgiev P. Mechanisms and proteins involved in long-distance interactions. Front Genet. 2014 Feb 18;5:28. doi: 10.3389/fgene.2014.00028.

Максименко О.Г., Фурсенко Д.В., Белова Е.В., Георгиев П.Г. CTCF как пример ДНК-связывающих транскрипционных факторов, содержащих кластеры цинковых пальцев С2Н2-типа. Acta Naturae. 2021; 13(1): 31-46.

С2Н2-белков (Klug, 2010). Кластер С2Н2-доменов обычно находится в центре или на С-конце молекулы.

Классический С2Н2-домен имеет консенсусную последовательность CX2-4CX12HX2-8H. В присутствии иона цинка эта последовательность складывается в ßßa-структуру, в которой цинк тетраэдрически координируется двумя цистеинами на одном конце ß-листа и двумя гистидинами в С-концевой части a-спирали. Структура стабилизируется гидрофобными связями. В каноническом комплексе тандемные цинковые пальцы С2Н2 погружены в большую бороздку ДНК a-спиральными участками. Высоко аффинное и специфичное связывание опосредовано специфическими взаимодействиями с азотистыми основаниями и неспецифическими контактами с фосфатным остовом ДНК. Подавляющее большинство специфических контактов в комплексах «цинковый палец-ДНК» происходит из положений -1, 2, 3 и 6 a-спирали (Рис.1). Было показано, что к любому триплету ДНК можно подобрать специфично узнающий его С2Н2-домен, который будет иметь подходящие аминокислоты в ключевых позициях a-спирали (Persikov and Singh, 2014; Garton et al., 2015; Persikov et al., 2015). Поэтому уже через несколько лет после описания первой структуры С2Н2-доменов с ДНК химерные белки, состоящие из кластера С2Н2-доменов и домена Fok I, вносящего двуцепочечные разрывы в последовательность ДНК, стали активно использоваться в качестве сайт-специфичных эндонуклеаз для внесения целевых изменений в геном (Kim et al., 1996b; Durai et al., 2005).

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Максименко Оксана Геннадьевна, 2024 год

Список использованной литературы

1. Ahanger, S. H., Shouche, Y. S. and Mishra, R. K. (2013) 'Functional sub-division of the Drosophila genome via chromatin looping: the emerging importance of CP190', Nucleus 4(2): 115-22.

2. Ahmad, K. F., Melnick, A., Lax, S., Bouchard, D., Liu, J., Kiang, C. L., Mayer, S., Takahashi, S., Licht, J. D. and Prive, G. G. (2003) 'Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain', Mol Cell 12(6): 1551-64.

3. Al Chiblak, M., Steinbeck, F., Thiesen, H. J. and Lorenz, P. (2019) 'DUF3669, a "domain of unknown function" within ZNF746 and ZNF777, oligomerizes and contributes to transcriptional repression', BMC Mol Cell Biol 20(1): 60.

4. Ali, T., Kruger, M., Bhuju, S., Jarek, M., Bartkuhn, M. and Renkawitz, R. (2017) 'Chromatin binding of Gcn5 in Drosophila is largely mediated by CP190', Nucleic Acids Res 45(5): 2384-2395.

5. Ali, T., Renkawitz, R. and Bartkuhn, M. (2016) 'Insulators and domains of gene expression', Curr Opin Genet Dev 37: 17-26.

6. Arzate-Mejia, R. G., Recillas-Targa, F. and Corces, V. G. (2018) 'Developing in 3D: the role of CTCF in cell differentiation', Development 145(6).

7. Bailey, S. D., Zhang, X., Desai, K., Aid, M., Corradin, O., Cowper-Sal Lari, R., Akhtar-Zaidi, B., Scacheri, P. C., Haibe-Kains, B. and Lupien, M. (2015) 'ZNF143 provides sequence specificity to secure chromatin interactions at gene promoters', Nat Commun 2: 6186.

8. Barazandeh, M., Lambert, S. A., Albu, M. and Hughes, T. R. (2018) 'Comparison of ChlP-Seq Data and a Reference Motif Set for Human KRAB C2H2 Zinc Finger Proteins', G3 (Bethesda) 8(1): 219-229.

9. Bardwell, V. J. and Treisman, R. (1994) 'The POZ domain: a conserved protein-protein interaction motif1, Genes Dev 8(14): 1664-77.

10. Barges, S., Mihaly, J., Galloni, M., Hagstrom, K., Muller, M., Shanower, G., Schedl, P., Gyurkovics, H. and Karch, F. (2000) 'The Fab-8 boundary defines the distal limit of the bithorax complex iab-7 domain and insulates iab-7 from initiation elements and a PRE in the adjacent iab-8 domain', Development 127(4): 779-90.

11. Barkess, G. and West, A. G. (2012) 'Chromatin insulator elements: establishing barriers to set heterochromatin boundaries', Epigenomics 4(1): 67-80.

12. Baumann, D. G. and Gilmour, D. S. (2017) 'A sequence-specific core promoter-binding transcription factor recruits TRF2 to coordinately transcribe ribosomal protein genes', Nucleic Acids Res 45(18): 10481-10491.

13. Baxley, R. M., Bullard, J. D., Klein, M. W., Fell, A. G., Morales-Rosado, J. A., Duan, T. and Geyer, P. K. (2017) 'Deciphering the DNA code for the function of the Drosophila polydactyl zinc finger protein Suppressor of Hairy-wing', Nucleic Acids Res 45(8): 44634478.

14. Baxley, R. M., Soshnev, A. A., Koryakov, D. E., Zhimulev, I. F. and Geyer, P. K. (2011) 'The role of the Suppressor of Hairy-wing insulator protein in Drosophila oogenesis', Dev Biol 356(2): 398-410.

15. Bell, A. C., West, A. G. and Felsenfeld, G. (1999) 'The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators', Cell 98(3): 387-96.

16. Belozerov, V. E., Majumder, P., Shen, P. and Cai, H. N. (2003) 'A novel boundary element may facilitate independent gene regulation in the Antennapedia complex of Drosophila', EMBO J22(12): 3113-21.

17. Bender, W., Akam, M., Karch, F., Beachy, P. A., Peifer, M., Spierer, P., Lewis, E. B. and Hogness, D. S. (1983) 'Molecular Genetics of the Bithorax Complex in Drosophila melanogaster', Science 221(4605): 23-9.

18. Bender, W. and Lucas, M. (2013) 'The border between the ultrabithorax and abdominal-A regulatory domains in the Drosophila bithorax complex', Genetics 193(4): 1135-47.

19. Benson, M. and Pirrotta, V. (1988) 'The Drosophila zeste protein binds cooperatively to sites in many gene regulatory regions: implications for transvection and gene regulation', EMBO J7(12): 3907-15.

20. Bischof, J., Maeda, R. K., Hediger, M., Karch, F. and Basler, K. (2007) 'An optimized transgenesis system for Drosophila using germ-line-specific phiC31 integrases', Proc Natl AcadSci USA 104(9): 3312-7.

21. Blanton, J., Gaszner, M. and Schedl, P. (2003) 'Protein:protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo', Genes Dev 17(5): 664-75.

22. Bohla, D., Herold, M., Panzer, I., Buxa, M. K., Ali, T., Demmers, J., Kruger, M., Scharfe, M., Jarek, M., Bartkuhn, M. et al. (2014) 'A functional insulator screen identifies NURF and dREAM components to be required for enhancer-blocking', Plos One 9(9): e107765.

23. Bonchuk, A., Kamalyan, S., Mariasina, S., Boyko, K., Popov, V., Maksimenko, O. and Georgiev, P. (2020) 'N-terminal domain of the architectural protein CTCF has similar structural organization and ability to self-association in bilaterian organisms', Sci Rep 10(1): 2677.

24. Bonchuk, A., Maksimenko, O., Kyrchanova, O., Ivlieva, T., Mogila, V., Deshpande, G., Wolle, D., Schedl, P. and Georgiev, P. (2015) 'Functional role of dimerization and CP190 interacting domains of CTCF protein in Drosophila melanogaster', BMC Biol 13: 63.

25. Bowman, S. K., Deaton, A. M., Domingues, H., Wang, P. I., Sadreyev, R. I., Kingston, R. E. and Bender, W. (2014) 'H3K27 modifications define segmental regulatory domains in the Drosophila bithorax complex', Elife 3: e02833.

26. Braccioli, L. and de Wit, E. (2019) 'CTCF: a Swiss-army knife for genome organization and transcription regulation', EssaysBiochem 63(1): 157-165.

27. Brayer, K. J. and Segal, D. J. (2008) 'Keep your fingers off my DNA: protein-protein interactions mediated by C2H2 zinc finger domains', Cell Biochem Biophys 50(3): 111-31.

28. Brix, D. M., Bundgaard Clemmensen, K. K. and Kallunki, T. (2020) 'Zinc Finger Transcription Factor MZF1-A Specific Regulator of Cancer Invasion', Cells 9(1).

29. Bronstein, R., Levkovitz, L., Yosef, N., Yanku, M., Ruppin, E., Sharan, R., Westphal, H., Oliver, B. and Segal, D. (2010) 'Transcriptional regulation by CHIP/LDB complexes', PLoS Genet 6(8): e1001063.

30. Bruno, M., Mahgoub, M. and Macfarlan, T. S. (2019) 'The Arms Race Between KRAB-Zinc Finger Proteins and Endogenous Retroelements and Its Impact on Mammals', Annu Rev Genet 53: 393-416.

31. Buchner, K., Roth, P., Schotta, G., Krauss, V., Saumweber, H., Reuter, G. and Dorn, R. (2000) 'Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila', Genetics 155(1): 141-57.

32. Bushey, A. M., Ramos, E. and Corces, V. G. (2009) 'Three subclasses of a Drosophila insulator show distinct and cell type-specific genomic distributions', Genes Dev 23(11): 1338-50.

33. Busslinger, G. A., Stocsits, R. R., van der Lelij, P., Axelsson, E., Tedeschi, A., Galjart, N. and Peters, J. M. (2017) 'Cohesin is positioned in mammalian genomes by transcription, CTCF and Wapl', Nature 544(7651): 503-507.

34. Busturia, A., Lloyd, A., Bejarano, F., Zavortink, M., Xin, H. and Sakonju, S. (2001) 'The MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleiohomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression', Development 128(11): 2163-73.

35. Cabezas, O. R., Flanagan, S. E., Stanescu, H., Garcia-Martinez, E., Caswell, R., Lango-Allen, H., Anton-Gamero, M., Argente, J., Bussell, A. M., Brandli, A. et al. (2017) 'Polycystic Kidney Disease with Hyperinsulinemic Hypoglycemia Caused by a Promoter Mutation in Phosphomannomutase 2', J Am Soc Nephrol 28(8): 2529-2539.

36. Caiafa, P. and Zlatanova, J. (2009) 'CCCTC-binding factor meets poly(ADP-ribose) polymerase-1', J Cell Physiol 219(2): 265-70.

37. Calhoun, V. C. and Levine, M. (2003) 'Long-range enhancer-promoter interactions in the Scr-Antp interval of the Drosophila Antennapedia complex', Proc Natl Acad Sci U S A 100(17): 9878-83.

38. Calhoun, V. C., Stathopoulos, A. and Levine, M. (2002) 'Promoter-proximal tethering elements regulate enhancer-promoter specificity in the Drosophila Antennapedia complex', Proc Natl Acad Sci U S A 99(14): 9243-7.

39. Chang, L. H., Ghosh, S. and Noordermeer, D. (2020) 'TADs and Their Borders: Free Movement or Building a Wall?', J Mol Biol 432(3): 643-652.

40. Chathoth, K. T. and Zabet, N. R. (2019) 'Chromatin architecture reorganization during neuronal cell differentiation in Drosophila genome', Genome Res 29(4): 613-625.

41. Chen, D. and Lei, E. P. (2019) 'Function and regulation of chromatin insulators in dynamic genome organization', Curr Opin Cell Biol 58: 61-68.

42. Chen, H., Tian, Y., Shu, W., Bo, X. and Wang, S. (2012) 'Comprehensive identification and annotation of cell type-specific and ubiquitous CTCF-binding sites in the human genome', Plos One 7(7): e41374.

43. Chen, J. D. and Pirrotta, V. (1993) 'Stepwise assembly of hyperaggregated forms of Drosophila zeste mutant protein suppresses white gene expression in vivo', EMBO J 12(5): 2061-73.

44. Chen, L. Y., Wang, J. C., Hyvert, Y., Lin, H. P., Perrimon, N., Imler, J. L. and Hsu, J. C. (2006) 'Weckle is a zinc finger adaptor of the toll pathway in dorsoventral patterning of the Drosophila embryo', Curr Biol 16(12): 1183-93.

45. Chernukhin, I., Shamsuddin, S., Kang, S. Y., Bergstrom, R., Kwon, Y. W., Yu, W., Whitehead, J., Mukhopadhyay, R., Docquier, F., Farrar, D. et al. (2007) 'CTCF interacts with and recruits the largest subunit of RNA polymerase II to CTCF target sites genome-wide', Mol Cell Biol 27(5): 1631-48.

46. Chetverina, D., Savitskaya, E., Maksimenko, O., Melnikova, L., Zaytseva, O., Parshikov, A., Galkin, A. V. and Georgiev, P. (2008) 'Red flag on the white reporter: a versatile

insulator abuts the white gene in Drosophila and is omnipresent in mini-white constructs', Nucleic Acids Res 36(3): 929-937.

47. Chung, H. R., Lohr, U. and Jackle, H. (2007) 'Lineage-specific expansion of the zinc finger associated domain ZAD', Mol Biol Evol 24(9): 1934-43.

48. Chung, H. R., Schafer, U., Jackle, H. and Bohm, S. (2002) 'Genomic expansion and clustering of ZAD-containing C2H2 zinc-finger genes in Drosophila', EMBO Rep 3(12): 1158-62.

49. Comet, I., Savitskaya, E., Schuettengruber, B., Negre, N., Lavrov, S., Parshikov, A., Juge, F., Gracheva, E., Georgiev, P. and Cavalli, G. (2006) 'PRE-mediated bypass of two Su(Hw) insulators targets PcG proteins to a downstream promoter', Dev Cell 11(1): 117-24.

50. Comet, I., Schuettengruber, B., Sexton, T. and Cavalli, G. (2011) 'A chromatin insulator driving three-dimensional Polycomb response element (PRE) contacts and Polycomb association with the chromatin fiber', Proc Natl Acad Sci U S A 108(6): 2294-9.

51. Crozatier, M., Kongsuwan, K., Ferrer, P., Merriam, J. R., Lengyel, J. A. and Vincent, A. (1992) 'Single amino acid exchanges in separate domains of the Drosophila serendipity delta zinc finger protein cause embryonic and sex biased lethality', Genetics 131(4): 90516.

52. Davidson, I. F., Bauer, B., Goetz, D., Tang, W., Wutz, G. and Peters, J. M. (2019) 'DNA loop extrusion by human cohesin', Science 366(6471): 1338-1345.

53. de Laat, W. and Grosveld, F. (2003) 'Spatial organization of gene expression: the active chromatin hub', Chromosome Res 11(5): 447-59.

54. de Wit, E., Vos, E. S., Holwerda, S. J., Valdes-Quezada, C., Verstegen, M. J., Teunissen, H., Splinter, E., Wijchers, P. J., Krijger, P. H. and de Laat, W. (2015) 'CTCF Binding Polarity Determines Chromatin Looping', Mol Cell 60(4): 676-84.

55. Del Rosario, B. C., Kriz, A. J., Del Rosario, A. M., Anselmo, A., Fry, C. J., White, F. M., Sadreyev, R. I. and Lee, J. T. (2019) 'Exploration of CTCF post-translation modifications uncovers Serine-224 phosphorylation by PLK1 at pericentric regions during the G2/M transition', Elife 8.

56. Demakov, S. A., Vatolina, T. Y., Babenko, V. N., Semeshin, V. F., Belyaeva, E. S. and Zhimulev, I. F. (2011) 'Protein composition of interband regions in polytene and cell line chromosomes of Drosophila melanogaster', BMC Genomics 12: 566.

57. Dickson, J., Gowher, H., Strogantsev, R., Gaszner, M., Hair, A., Felsenfeld, G. and West, A. G. (2010) 'VEZF1 elements mediate protection from DNA methylation', PLoS Genet 6(1): e1000804.

58. Diehl, A. G., Ouyang, N. and Boyle, A. P. (2020) 'Transposable elements contribute to cell and species-specific chromatin looping and gene regulation in mammalian genomes', Nat Commun 11(1): 1796.

59. Dixon, J. R., Selvaraj, S., Yue, F., Kim, A., Li, Y., Shen, Y., Hu, M., Liu, J. S. and Ren, B. (2012) 'Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions', Nature 485(7398): 376-80.

60. Dorsett, D. (1990) 'Potentiation of a polyadenylylation site by a downstream protein-DNA interaction', Proc Natl Acad Sci U S A 87(11): 4373-7.

61. Dorsett, D. (1999) 'Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila', Curr Opin Genet Dev 9(5): 505-14.

62. Dorsett, D. (2019) 'The Many Roles of Cohesin in Drosophila Gene Transcription', Trends Genet 35(7): 542-551.

63. Dorsett, D., Viglianti, G. A., Rutledge, B. J. and Meselson, M. (1989) 'Alteration of hsp82 gene expression by the gypsy transposon and suppressor genes in Drosophila melanogaster', Genes Dev 3(4): 454-68.

64. Dovat, S., Ronni, T., Russell, D., Ferrini, R., Cobb, B. S. and Smale, S. T. (2002) 'A common mechanism for mitotic inactivation of C2H2 zinc finger DNA-binding domains', Genes Dev 16(23): 2985-90.

65. Duan, T. and Geyer, P. K. (2018) 'Spermiogenesis and Male Fertility Require the Function of Suppressor of Hairy-Wing in Somatic Cyst Cells of Drosophila', Genetics 209(3): 757772.

66. Duan, Z., Person, R. E., Lee, H. H., Huang, S., Donadieu, J., Badolato, R., Grimes, H. L., Papayannopoulou, T. and Horwitz, M. S. (2007) 'Epigenetic regulation of protein-coding and microRNA genes by the Gfi1-interacting tumor suppressor PRDM5', Mol Cell Biol 27(19): 6889-902.

67. Durai, S., Mani, M., Kandavelou, K., Wu, J., Porteus, M. H. and Chandrasegaran, S. (2005) 'Zinc finger nucleases: custom-designed molecular scissors for genome engineering of plant and mammalian cells', Nucleic Acids Res 33(18): 5978-90.

68. Ecco, G., Imbeault, M. and Trono, D. (2017) 'KRAB zinc finger proteins', Development 144(15): 2719-2729.

69. Elbatsh, A. M. O., Haarhuis, J. H. I., Petela, N., Chapard, C., Fish, A., Celie, P. H., Stadnik, M., Ristic, D., Wyman, C., Medema, R. H. et al. (2016) 'Cohesin Releases DNA through Asymmetric ATPase-Driven Ring Opening', Mol Cell 61(4): 575-588.

70. Emerson, R. O. and Thomas, J. H. (2011) 'Gypsy and the birth of the SCAN domain', J Virol 85(22): 12043-52.

71. Espinas, M. L., Jimenez-Garcia, E., Vaquero, A., Canudas, S., Bernues, J. and Azorin, F. (1999) 'The N-terminal POZ domain of GAGA mediates the formation of oligomers that bind DNA with high affinity and specificity', J Biol Chem 274(23): 16461-9.

72. Fadda, A., Syed, N., Mackeh, R., Papadopoulou, A., Suzuki, S., Jithesh, P. V. and Kino, T. (2017) 'Genome-wide Regulatory Roles of the C2H2-type Zinc Finger Protein ZNF764 on the Glucocorticoid Receptor', Sci Rep 7: 41598.

73. Farrar, D., Rai, S., Chernukhin, I., Jagodic, M., Ito, Y., Yammine, S., Ohlsson, R., Murrell, A. and Klenova, E. (2010) 'Mutational analysis of the poly(ADP-ribosyl)ation sites of the transcription factor CTCF provides an insight into the mechanism of its regulation by poly(ADP-ribosyl)ation', Mol Cell Biol 30(5): 1199-216.

74. Farrell, C. M., West, A. G. and Felsenfeld, G. (2002) 'Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human beta-globin loci', Mol Cell Biol 22(11): 3820-31.

75. Faucheux, M., Roignant, J. Y., Netter, S., Charollais, J., Antoniewski, C. and Theodore, L. (2003) 'batman Interacts with polycomb and trithorax group genes and encodes a BTB/POZ protein that is included in a complex containing GAGA factor', Mol Cell Biol 23(4): 118195.

76. Francis, M., Cheng, H., Ma, P. and Grider, A. (2019) 'Genomic Characterization of the Zinc Transcriptional Regulatory Element Reveals Potential Functional Roles of ZNF658', Biol Trace Elem Res 192(2): 83-90.

77. Frietze, S., Lan, X., Jin, V. X. and Farnham, P. J. (2010) 'Genomic targets of the KRAB and SCAN domain-containing zinc finger protein 263', J Biol Chem 285(2): 1393-403.

78. Fudenberg, G., Imakaev, M., Lu, C., Goloborodko, A., Abdennur, N. and Mirny, L. A. (2016) 'Formation of Chromosomal Domains by Loop Extrusion', Cell Rep 15(9): 203849.

79. Fujioka, M., Emi-Sarker, Y., Yusibova, G. L., Goto, T. and Jaynes, J. B. (1999) 'Analysis of an even-skipped rescue transgene reveals both composite and discrete neuronal and early blastoderm enhancers, and multi-stripe positioning by gap gene repressor gradients', Development 126(11): 2527-38.

80. Fujioka, M., Mistry, H., Schedl, P. and Jaynes, J. B. (2016) 'Determinants of Chromosome Architecture: Insulator Pairing in cis and in trans', PLoS Genet 12(2): e1005889.

81. Fujioka, M., Wu, X. and Jaynes, J. B. (2009) 'A chromatin insulator mediates transgene homing and very long-range enhancer-promoter communication', Development 136(18): 3077-87.

82. Galli, G. G., Carrara, M., Francavilla, C., de Lichtenberg, K. H., Olsen, J. V., Calogero, R. A. and Lund, A. H. (2013) 'Genomic and proteomic analyses of Prdm5 reveal interactions with insulator binding proteins in embryonic stem cells', Mol Cell Biol 33(22): 4504-16.

83. Galli, G. G., Multhaupt, H. A., Carrara, M., de Lichtenberg, K. H., Christensen, I. B., Linnemann, D., Santoni-Rugiu, E., Calogero, R. A. and Lund, A. H. (2014) 'Prdm5 suppresses Apc(Min)-driven intestinal adenomas and regulates monoacylglycerol lipase expression', Oncogene 33(25): 3342-50.

84. Gambetta, M. C. and Furlong, E. E. M. (2018) 'The Insulator Protein CTCF Is Required for Correct Hox Gene Expression, but Not for Embryonic Development in Drosophila', Genetics 210(1): 129-136.

85. Garton, M., Najafabadi, H. S., Schmitges, F. W., Radovani, E., Hughes, T. R. and Kim, P. M. (2015) 'A structural approach reveals how neighbouring C2H2 zinc fingers influence DNA binding specificity', Nucleic Acids Res 43(19): 9147-57.

86. Gassler, J., Brandao, H. B., Imakaev, M., Flyamer, I. M., Ladstatter, S., Bickmore, W. A., Peters, J. M., Mirny, L. A. and Tachibana, K. (2017) 'A mechanism of cohesin-dependent loop extrusion organizes zygotic genome architecture', EMBO J 36(24): 3600-3618.

87. Gaszner, M., Vazquez, J. and Schedl, P. (1999) 'The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction', Genes Dev 13(16): 2098-107.

88. Gause, M., Morcillo, P. and Dorsett, D. (2001) 'Insulation of enhancer-promoter communication by a gypsy transposon insert in the Drosophila cut gene: cooperation between suppressor of hairy-wing and modifier of mdg4 proteins', Mol Cell Biol 21(14): 4807-17.

89. Georgiev, P. and Kozycina, M. (1996) 'Interaction between mutations in the suppressor of Hairy wing and modifier of mdg4 genes of Drosophila melanogaster affecting the phenotype of gypsy-induced mutations', Genetics 142(2): 425-36.

90. Gerasimova, T. I., Gdula, D. A., Gerasimov, D. V., Simonova, O. and Corces, V. G. (1995) 'A Drosophila protein that imparts directionality on a chromatin insulator is an enhancer of position-effect variegation', Cell 82(4): 587-97.

91. Gerasimova, T. I., Lei, E. P., Bushey, A. M. and Corces, V. G. (2007) 'Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila', Mol Cell 28(5): 761-72.

92. Geyer, P. K. and Corces, V. G. (1992) 'DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein', GenesDev 6(10): 1865-73.

93. Geyer, P. K., Green, M. M. and Corces, V. G. (1988) 'Mutant gene phenotypes mediated by a Drosophila melanogaster retrotransposon require sequences homologous to mammalian enhancers', Proc Natl Acad Sci U S A 85(22): 8593-7.

94. Ghirlando, R. and Felsenfeld, G. (2016) 'CTCF: making the right connections', Genes Dev 30(8): 881-91.

95. Ghosh, D., Gerasimova, T. I. and Corces, V. G. (2001) 'Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function', EMBO J 20(10): 2518-27.

96. Gittens, W. H., Johnson, D. J., Allison, R. M., Cooper, T. J., Thomas, H. and Neale, M. J. (2019) 'A nucleotide resolution map of Top2-linked DNA breaks in the yeast and human genome', Nat Commun 10(1): 4846.

97. Golfier, S., Quail, T., Kimura, H. and Brugues, J. (2020) 'Cohesin and condensin extrude DNA loops in a cell cycle-dependent manner', Elife 9.

98. Golic, K. G. and Lindquist, S. (1989) 'The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome', Cell 59(3): 499-509.

99. Golovnin, A., Biryukova, I., Romanova, O., Silicheva, M., Parshikov, A., Savitskaya, E., Pirrotta, V. and Georgiev, P. (2003) 'An endogenous Su(Hw) insulator separates the yellow gene from the Achaete-scute gene complex in Drosophila', Development 130(14): 324958.

100. Golovnin, A., Mazur, A., Kopantseva, M., Kurshakova, M., Gulak, P. V., Gilmore, B., Whitfield, W. G., Geyer, P., Pirrotta, V. and Georgiev, P. (2007) 'Integrity of the Mod(mdg4)-67.2 BTB domain is critical to insulator function in Drosophila melanogaster', Mol Cell Biol 27(3): 963-74.

101. Golovnin, A., Melnikova, L., Volkov, I., Kostuchenko, M., Galkin, A. V. and Georgiev, P. (2008) ''Insulator bodies' are aggregates of proteins but not of insulators', EMBO Rep 9(5): 440-5.

102. Golovnin, A., Volkov, I. and Georgiev, P. (2012) 'SUMO conjugation is required for the assembly of Drosophila Su(Hw) and Mod(mdg4) into insulator bodies that facilitate insulator complex formation', J Cell Sci 125(Pt 8): 2064-74.

103. Gortchakov, A. A., Eggert, H., Gan, M., Mattow, J., Zhimulev, I. F. and Saumweber, H. (2005) 'Chriz, a chromodomain protein specific for the interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes', Chromosoma 114(1): 54-66.

104. Gowher, H., Brick, K., Camerini-Otero, R. D. and Felsenfeld, G. (2012) 'Vezf1 protein binding sites genome-wide are associated with pausing of elongating RNA polymerase II', Proc Natl Acad Sci U S A 109(7): 2370-5.

105. Gratz, S. J., Ukken, F. P., Rubinstein, C. D., Thiede, G., Donohue, L. K., Cummings, A. M. and O'Connor-Giles, K. M. (2014) 'Highly specific and efficient CRISPR/Cas9-catalyzed homology-directed repair in Drosophila', Genetics 196(4): 961-71.

106. Graveley, B. R., Brooks, A. N., Carlson, J. W., Duff, M. O., Landolin, J. M., Yang, L., Artieri, C. G., van Baren, M. J., Boley, N., Booth, B. W. et al. (2011) 'The developmental transcriptome of Drosophila melanogaster', Nature 471(7339): 473-9.

107. Gruzdeva, N., Kyrchanova, O., Parshikov, A., Kullyev, A. and Georgiev, P. (2005) 'The Mcp element from the bithorax complex contains an insulator that is capable of pairwise interactions and can facilitate enhancer-promoter communication', Mol Cell Biol 25(9): 3682-9.

108. Guarente, L. and Hoar, E. (1984) 'Upstream activation sites of the CYC1 gene of Saccharomyces cerevisiae are active when inverted but not when placed downstream of the "TATA box"', Proc Natl Acad Sci U S A 81(24): 7860-4.

109. Guo, Y., Xu, Q., Canzio, D., Shou, J., Li, J., Gorkin, D. U., Jung, I., Wu, H., Zhai, Y., Tang, Y. et al. (2015) 'CRISPR Inversion of CTCF Sites Alters Genome Topology and Enhancer/Promoter Function', Cell 162(4): 900-10.

110. Haarhuis, J. H. I., van der Weide, R. H., Blomen, V. A., Yanez-Cuna, J. O., Amendola, M., van Ruiten, M. S., Krijger, P. H. L., Teunissen, H., Medema, R. H., van Steensel, B. et al. (2017) 'The Cohesin Release Factor WAPL Restricts Chromatin Loop Extension', Cell 169(4): 693-707 e14.

111. Hagege, H., Klous, P., Braem, C., Splinter, E., Dekker, J., Cathala, G., de Laat, W. and Forne, T. (2007) 'Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C-qPCR)', NatProtoc 2(7): 1722-33.

112. Hagstrom, K., Muller, M. and Schedl, P. (1997) 'A Polycomb and GAGA dependent silencer adjoins the Fab-7 boundary in the Drosophila bithorax complex', Genetics 146(4): 1365-80.

113. Hall, T. M. (2005) 'Multiple modes of RNA recognition by zinc finger proteins', Curr Opin Struct Biol 15(3): 367-73.

114. Hansen, A. S., Cattoglio, C., Darzacq, X. and Tjian, R. (2018) 'Recent evidence that TADs and chromatin loops are dynamic structures', Nucleus 9(1): 20-32.

115. Hansen, A. S., Hsieh, T. S., Cattoglio, C., Pustova, I., Saldana-Meyer, R., Reinberg, D., Darzacq, X. and Tjian, R. (2019) 'Distinct Classes of Chromatin Loops Revealed by Deletion of an RNA-Binding Region in CTCF', Mol Cell 76(3): 395-411 e13.

116. Harrison, D. A., Gdula, D. A., Coyne, R. S. and Corces, V. G. (1993) 'A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function', Genes Dev 7(10): 1966-78.

117. Hart, C. M., Zhao, K. and Laemmli, U. K. (1997) 'The scs' boundary element: characterization of boundary element-associated factors', Mol Cell Biol 17(2): 999-1009.

118. Hashimoto, H., Wang, D., Horton, J. R., Zhang, X., Corces, V. G. and Cheng, X. (2017) 'Structural Basis for the Versatile and Methylation-Dependent Binding of CTCF to DNA', Mol Cell 66(5): 711-720 e3.

119. Hazelrigg, T., Levis, R. and Rubin, G. M. (1984) 'Transformation of white locus DNA in drosophila: dosage compensation, zeste interaction, and position effects', Cell 36(2): 46981.

120. Heard, E. and Disteche, C. M. (2006) 'Dosage compensation in mammals: fine-tuning the expression of the X chromosome', Genes Dev 20(14): 1848-67.

121. Heger, P., Marin, B., Bartkuhn, M., Schierenberg, E. and Wiehe, T. (2012) 'The chromatin insulator CTCF and the emergence of metazoan diversity', Proc Natl Acad Sci U S A 109(43): 17507-12.

122. Heger, P., Marin, B. and Schierenberg, E. (2009) 'Loss of the insulator protein CTCF during nematode evolution', BMC Mol Biol 10: 84.

123. Heidari, N., Phanstiel, D. H., He, C., Grubert, F., Jahanbani, F., Kasowski, M., Zhang, M. Q. and Snyder, M. P. (2014) 'Genome-wide map of regulatory interactions in the human genome', Genome Res 24(12): 1905-17.

124. Heitzler, P., Vanolst, L., Biryukova, I. and Ramain, P. (2003) 'Enhancer-promoter communication mediated by Chip during Pannier-driven proneural patterning is regulated by Osa', Genes Dev 17(5): 591-6.

125. Helleboid, P. Y., Heusel, M., Duc, J., Piot, C., Thorball, C. W., Coluccio, A., Pontis, J., Imbeault, M., Turelli, P., Aebersold, R. et al. (2019) 'The interactome of KRAB zinc finger proteins reveals the evolutionary history of their functional diversification', EMBO J 38(18): e101220.

126. Herold, M., Bartkuhn, M. and Renkawitz, R. (2012) 'CTCF: insights into insulator function during development', Development 139(6): 1045-57.

127. Herz, H. M., Garruss, A. and Shilatifard, A. (2013) 'SET for life: biochemical activities and biological functions of SET domain-containing proteins', Trends Biochem Sci 38(12): 621-39.

128. Holdridge, C. and Dorsett, D. (1991) 'Repression of hsp70 heat shock gene transcription by the suppressor of hairy-wing protein of Drosophila melanogaster', Mol Cell Biol 11(4): 1894-900.

129. Holohan, E. E., Kwong, C., Adryan, B., Bartkuhn, M., Herold, M., Renkawitz, R., Russell, S. and White, R. (2007) 'CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex', PLoS Genet 3(7): e112.

130. Holzmann, J., Politi, A. Z., Nagasaka, K., Hantsche-Grininger, M., Walther, N., Koch, B., Fuchs, J., Durnberger, G., Tang, W., Ladurner, R. et al. (2019) 'Absolute quantification of cohesin, CTCF and their regulators in human cells', Elife 8.

131. Honda, B. M. and Roeder, R. G. (1980) 'Association of a 5S gene transcription factor with 5S RNA and altered levels of the factor during cell differentiation', Cell 22(1 Pt 1): 119-26.

132. Hoover, K. K., Gerasimova, T. I., Chien, A. J. and Corces, V. G. (1992) 'Dominant effects of suppressor of Hairy-wing mutations on gypsy-induced alleles of forked and cut in Drosophila melanogaster', Genetics 132(3): 691-7.

133. Horard, B., Tatout, C., Poux, S. and Pirrotta, V. (2000) 'Structure of a polycomb response element and in vitro binding of polycomb group complexes containing GAGA factor', Mol Cell Biol 20(9): 3187-97.

134. Hudson, N. O. and Buck-Koehntop, B. A. (2018) 'Zinc Finger Readers of Methylated DNA', Molecules 23(10).

135. Iampietro, C., Gummalla, M., Mutero, A., Karch, F. and Maeda, R. K. (2010) 'Initiator elements function to determine the activity state of BX-C enhancers', PLoS Genet 6(12): e1001260.

136. Imbeault, M., Helleboid, P. Y. and Trono, D. (2017) 'KRAB zinc-finger proteins contribute to the evolution of gene regulatory networks', Nature 543(7646): 550-554.

137. Iuchi, S. (2001) 'Three classes of C2H2 zinc finger proteins', Cell Mol Life Sci 58(4): 62535.

138. Jantz, D. and Berg, J. M. (2004) 'Reduction in DNA-binding affinity of Cys2His2 zinc finger proteins by linker phosphorylation', Proc Natl Acad Sci U S A 101(20): 7589-93.

139. Jauch, R., Bourenkov, G. P., Chung, H. R., Urlaub, H., Reidt, U., Jackle, H. and Wahl, M. C. (2003) 'The zinc finger-associated domain of the Drosophila transcription factor

grauzone is a novel zinc-coordinating protein-protein interaction module', Structure 11(11): 1393-402.

140. Kadota, M., Hara, Y., Tanaka, K., Takagi, W., Tanegashima, C., Nishimura, O. and Kuraku, S. (2017) 'CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution', Sci Rep 7(1): 4957.

141. Karch, F., Galloni, M., Sipos, L., Gausz, J., Gyurkovics, H. and Schedl, P. (1994) 'Mcp and Fab-7: molecular analysis of putative boundaries of cis-regulatory domains in the bithorax complex of Drosophila melanogaster', Nucleic Acids Res 22(15): 3138-46.

142. Karess, R. E. and Rubin, G. M. (1984) 'Analysis of P transposable element functions in Drosophila', Cell 38(1): 135-46.

143. Katsani, K. R., Hajibagheri, M. A. and Verrijzer, C. P. (1999) 'Co-operative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology', EMBO J 18(3): 698-708.

144. Kellum, R. and Schedl, P. (1991) 'A position-effect assay for boundaries of higher order chromosomal domains', Cell 64(5): 941-50.

145. Kellum, R. and Schedl, P. (1992) 'A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay', Mol Cell Biol 12(5): 2424-31.

146. Kentepozidou, E., Aitken, S. J., Feig, C., Stefflova, K., Ibarra-Soria, X., Odom, D. T., Roller, M. and Flicek, P. (2020) 'Clustered CTCF binding is an evolutionary mechanism to maintain topologically associating domains', Genome Biol 21(1): 5.

147. Kim, J., Shen, B., Rosen, C. and Dorsett, D. (1996a) 'The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of Hairy-wing protein', Mol Cell Biol 16(7): 3381-92.

148. Kim, Y., Shi, Z., Zhang, H., Finkelstein, I. J. and Yu, H. (2019) 'Human cohesin compacts DNA by loop extrusion', Science 366(6471): 1345-1349.

149. Kim, Y. G., Cha, J. and Chandrasegaran, S. (1996b) 'Hybrid restriction enzymes: zinc finger fusions to Fok I cleavage domain', Proc Natl Acad Sci U S A 93(3): 1156-60.

150. King, M. R., Matzat, L. H., Dale, R. K., Lim, S. J. and Lei, E. P. (2014) 'The RNA-binding protein Rumpelstiltskin antagonizes gypsy chromatin insulator function in a tissue-specific manner', J Cell Sci 127(Pt 13): 2956-66.

151. Kino, T., Pavlatou, M. G., Moraitis, A. G., Nemery, R. L., Raygada, M. and Stratakis, C. A. (2012) 'ZNF764 haploinsufficiency may explain partial glucocorticoid, androgen, and thyroid hormone resistance associated with 16p11.2 microdeletion', J Clin Endocrinol Metab 97(8): E1557-66.

152. Klug, A. (2010) 'The discovery of zinc fingers and their development for practical applications in gene regulation and genome manipulation', Q Rev Biophys 43(1): 1-21.

153. Kostyuchenko, M., Savitskaya, E., Koryagina, E., Melnikova, L., Karakozova, M. and Georgiev, P. (2009) 'Zeste can facilitate long-range enhancer-promoter communication and insulator bypass in Drosophila melanogaster', Chromosoma 118(5): 665-74.

154. Kuhn, E. J., Viering, M. M., Rhodes, K. M. and Geyer, P. K. (2003) 'A test of insulator interactions in Drosophila', EMBO J 22(10): 2463-71.

155. Kung, J. T., Kesner, B., An, J. Y., Ahn, J. Y., Cifuentes-Rojas, C., Colognori, D., Jeon, Y., Szanto, A., del Rosario, B. C., Pinter, S. F. et al. (2015) 'Locus-specific targeting to the X chromosome revealed by the RNA interactome of CTCF', Mol Cell 57(2): 361-75.

156. Kurshakova, M., Maksimenko, O., Golovnin, A., Pulina, M., Georgieva, S., Georgiev, P. and Krasnov, A. (2007) 'Evolutionarily conserved E(y)2/Sus1 protein is essential for the barrier activity of Su(Hw)-dependent insulators in Drosophila', Mol Cell 27(2): 332-8.

157. Kwon, S. Y., Grisan, V., Jang, B., Herbert, J. and Badenhorst, P. (2016) 'Genome-Wide Mapping Targets of the Metazoan Chromatin Remodeling Factor NURF Reveals Nucleosome Remodeling at Enhancers, Core Promoters and Gene Insulators', PLoS Genet 12(4): e1005969.

158. Kyrchanova, O., Chetverina, D., Maksimenko, O., Kullyev, A. and Georgiev, P. (2008a) 'Orientation-dependent interaction between Drosophila insulators is a property of this class of regulatory elements', Nucleic Acids Research 36(22): 7019-7028.

159. Kyrchanova, O., Maksimenko, O., Ibragimov, A., Sokolov, V., Postika, N., Lukyanova, M., Schedl, P. and Georgiev, P. (2020) 'The insulator functions of the Drosophila polydactyl C2H2 zinc finger protein CTCF: Necessity versus sufficiency', Sci Adv 6(13): eaaz3152.

160. Kyrchanova, O., Mogila, V., Wolle, D., Deshpande, G., Parshikov, A., Cleard, F., Karch, F., Schedl, P. and Georgiev, P. (2016) 'Functional Dissection of the Blocking and Bypass Activities of the Fab-8 Boundary in the Drosophila Bithorax Complex', PLoS Genet 12(7): e1006188.

161. Kyrchanova, O., Mogila, V., Wolle, D., Magbanua, J. P., White, R., Georgiev, P. and Schedl, P. (2015) 'The boundary paradox in the Bithorax complex', Mech Dev 138 Pt 2: 122-132.

162. Kyrchanova, O., Sabirov, M., Mogila, V., Kurbidaeva, A., Postika, N., Maksimenko, O., Schedl, P. and Georgiev, P. (2019) 'Complete reconstitution of bypass and blocking

functions in a minimal artificial Fab-7 insulator from Drosophila bithorax complex', Proc Natl Acad Sci U S A 116(27): 13462-13467.

163. Kyrchanova, O., Toshchakov, S., Parshikov, A. and Georgiev, P. (2007) 'Study of the functional interaction between Mcp insulators from the Drosophila bithorax complex: effects of insulator pairing on enhancer-promoter communication', Mol Cell Biol 27(8): 3035-43.

164. Kyrchanova, O., Toshchakov, S., Podstreshnaya, Y., Parshikov, A. and Georgiev, P. (2008b) 'Functional interaction between the Fab-7 and Fab-8 boundaries and the upstream promoter region in the Drosophila Abd-B gene', Mol Cell Biol 28(12): 4188-95.

165. Kyrchanova, O., Zolotarev, N., Mogila, V., Maksimenko, O., Schedl, P. and Georgiev, P. (2017) 'Architectural protein Pita cooperates with dCTCF in organization of functional boundaries in Bithorax complex', Development 144(14): 2663-2672.

166. Ladurner, R., Bhaskara, V., Huis in 't Veld, P. J., Davidson, I. F., Kreidl, E., Petzold, G. and Peters, J. M. (2014) 'Cohesin's ATPase activity couples cohesin loading onto DNA with Smc3 acetylation', Curr Biol 24(19): 2228-37.

167. Lambert, S. A., Jolma, A., Campitelli, L. F., Das, P. K., Yin, Y., Albu, M., Chen, X., Taipale, J., Hughes, T. R. and Weirauch, M. T. (2018) 'The Human Transcription Factors', Cell 172(4): 650-665.

168. Lambert, S. A., Yang, A. W. H., Sasse, A., Cowley, G., Albu, M., Caddick, M. X., Morris, Q. D., Weirauch, M. T. and Hughes, T. R. (2019) 'Similarity regression predicts evolution of transcription factor sequence specificity', Nat Genet 51(6): 981-989.

169. Lambertsson, A. (1998) 'The minute genes in Drosophila and their molecular functions', Adv Genet 38: 69-134.

170. Lankenau, D. H., Corces, V. G. and Engels, W. R. (1996) 'Comparison of targeted-gene replacement frequencies in Drosophila melanogaster at the forked and white loci', Mol Cell Biol 16(7): 3535-44.

171. Laundrie, B., Peterson, J. S., Baum, J. S., Chang, J. C., Fileppo, D., Thompson, S. R. and McCall, K. (2003) 'Germline cell death is inhibited by P-element insertions disrupting the dcp-1/pita nested gene pair in Drosophila', Genetics 165(4): 1881-8.

172. Layat, E., Probst, A. V. and Tourmente, S. (2013) 'Structure, function and regulation of Transcription Factor IIIA: From Xenopus to Arabidopsis', Biochim Biophys Acta 1829(3-4): 274-82.

173. Lehmann, M. (2004) 'Anything else but GAGA: a nonhistone protein complex reshapes chromatin structure', Trends Genet 20(1): 15-22.

174. Lei, E. P. and Corces, V. G. (2006) 'RNA interference machinery influences the nuclear organization of a chromatin insulator', Nat Genet 38(8): 936-41.

175. Levis, R., Hazelrigg, T. and Rubin, G. M. (1985) 'Separable cis-acting control elements for expression of the white gene of Drosophila', EMBO J4(13A): 3489-99.

176. Levis, R., O'Hare, K. and Rubin, G. M. (1984) 'Effects of transposable element insertions on RNA encoded by the white gene of Drosophila', Cell 38(2): 471-81.

177. Lhoumaud, P., Hennion, M., Gamot, A., Cuddapah, S., Queille, S., Liang, J., Micas, G., Morillon, P., Urbach, S., Bouchez, O. et al. (2014) 'Insulators recruit histone methyltransferase dMes4 to regulate chromatin of flanking genes', EMBO J 33(14): 1599613.

178. Li, J. and Gilmouor r, D. S. (2013) 'Distinct mechanisms of transcriptional pausing orchestrated by GAGA factand M1BP, a novel transcription factor', EMBO J32(13): 182941.

179. Li, L., Lyu, X., Hou, C., Takenaka, N., Nguyen, H.Q., Ong, C.T., Cubenas-Potts, C., Hu, M., Lei, E.P., Bosco, G. et al. (2015) Widespread rearrangement of 3D chromatin organization underlies polycomb-mediated stress-induced silencing. Molecular cell, 58, 216-231.

180. Li, Y., Haarhuis, J. H. I., Sedeno Cacciatore, A., Oldenkamp, R., van Ruiten, M. S., Willems, L., Teunissen, H., Muir, K. W., de Wit, E., Rowland, B. D. et al. (2020) 'The structural basis for cohesin-CTCF-anchored loops', Nature 578(7795): 472-476.

181. Liu, Y., Zhang, X., Blumenthal, R. M. and Cheng, X. (2013) 'A common mode of recognition for methylated CpG', Trends Biochem Sci 38(4): 177-83.

182. Luo, H., Wang, F., Zha, J., Li, H., Yan, B., Du, Q., Yang, F., Sobh, A., Vulpe, C., Drusbosky, L. et al. (2018) 'CTCF boundary remodels chromatin domain and drives aberrant HOX gene transcription in acute myeloid leukemia', Blood 132(8): 837-848.

183. Luo, H., Yu, Q., Liu, Y., Tang, M., Liang, M., Zhang, D., Xiao, T. S., Wu, L., Tan, M., Ruan, Y. et al. (2020) 'LATS kinase-mediated CTCF phosphorylation and selective loss of genomic binding', Sci Adv 6(8): eaaw4651.

184. Luzhin, A. V., Flyamer, I. M., Khrameeva, E. E., Ulianov, S. V., Razin, S. V. and Gavrilov, A. A. (2019) 'Quantitative differences in TAD border strength underly the TAD hierarchy in Drosophila chromosomes', J Cell Biochem 120(3): 4494-4503.

185. Mackeh, R., Marr, A. K., Fadda, A. and Kino, T. (2018) 'C2H2-Type Zinc Finger Proteins: Evolutionarily Old and New Partners of the Nuclear Hormone Receptors', Nucl Recept Signal 15: 1550762918801071.

186. MacPherson, M. J., Beatty, L. G., Zhou, W., Du, M. and Sadowski, P. D. (2009) 'The CTCF insulator protein is posttranslationally modified by SUMO', Mol Cell Biol 29(3): 714-25.

187. Maeda, R. K. and Karch, F. (2015) 'The open for business model of the bithorax complex in Drosophila', Chromosoma 124(3): 293-307.

188. Maeda, T. (2016) 'Regulation of hematopoietic development by ZBTB transcription factors', Int JHematol 104(3): 310-23.

189. Mahmoudi, T., Katsani, K. R. and Verrijzer, C. P. (2002) 'GAGA can mediate enhancer function in trans by linking two separate DNA molecules', Embo Journal 21(7): 17751781.

190. Maksimenko, O., Bartkuhn, M., Stakhov, V., Herold, M., Zolotarev, N., Jox, T., Buxa, M. K., Kirsch, R., Bonchuk, A., Fedotova, A. et al. (2015) 'Two new insulator proteins, Pita and ZIPIC, target CP190 to chromatin', Genome Res 25(1): 89-99.

191. Maksimenko, O., Kyrchanova, O., Klimenko, N., Zolotarev, N., Elizarova, A., Bonchuk, A. and Georgiev, P. (2020) 'Small Drosophila zinc finger C2H2 protein with an N-terminal zinc finger-associated domain demonstrates the architecture functions', Biochim Biophys Acta Gene RegulMech 1863(1): 194446.

192. Mallin, D. R., Myung, J. S., Patton, J. S. and Geyer, P. K. (1998) 'Polycomb group repression is blocked by the Drosophila suppressor of Hairy-wing [su(Hw)] insulator', Genetics 148(1): 331-9.

193. Marina, R. J., Sturgill, D., Bailly, M. A., Thenoz, M., Varma, G., Prigge, M. F., Nanan, K. K., Shukla, S., Haque, N. and Oberdoerffer, S. (2016) 'TET-catalyzed oxidation of intragenic 5-methylcytosine regulates CTCF-dependent alternative splicing', EMBO J 35(3): 335-55.

194. Marino, M. M., Rega, C., Russo, R., Valletta, M., Gentile, M. T., Esposito, S., Baglivo, I., De Feis, I., Angelini, C., Xiao, T. et al. (2019) 'Interactome mapping defines BRG1, a component of the SWI/SNF chromatin remodeling complex, as a new partner of the transcriptional regulator CTCF', J Biol Chem 294(3): 861-873.

195. Marygold, S. J., Roote, J., Reuter, G., Lambertsson, A., Ashburner, M., Millburn, G. H., Harrison, P. M., Yu, Z., Kenmochi, N., Kaufman, T. C. et al. (2007) 'The ribosomal protein genes and Minute loci of Drosophila melanogaster', Genome Biol 8(10): R216.

196. Matharu, N. K., Hussain, T., Sankaranarayanan, R. and Mishra, R. K. (2010) 'Vertebrate homologue of Drosophila GAGA factor', J Mol Biol 400(3): 434-47.

197. Matthews, J. M. and Visvader, J. E. (2003) 'LIM-domain-binding protein 1: a multifunctional cofactor that interacts with diverse proteins', EMBO Rep 4(12): 1132-7.

198. Matthews, N. E. and White, R. (2019) 'Chromatin Architecture in the Fly: Living without CTCF/Cohesin Loop Extrusion?: Alternating Chromatin States Provide a Basis for Domain Architecture in Drosophila', Bioessays: e1900048.

199. Matzat, L. H., Dale, R. K., Moshkovich, N. and Lei, E. P. (2012) 'Tissue-specific regulation of chromatin insulator function', PLoS Genet 8(11): e1003069.

200. Melnikova, L., Elizar'ev, P., Erokhin, M., Molodina, V., Chetverina, D., Kostyuchenko, M., Georgiev, P. and Golovnin, A. (2019) 'The same domain of Su(Hw) is required for enhancer blocking and direct promoter repression', Sci Rep 9(1): 5314.

201. Melnikova, L., Juge, F., Gruzdeva, N., Mazur, A., Cavalli, G. and Georgiev, P. (2004) 'Interaction between the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila', Proc Natl Acad Sci U S A 101(41): 14806-11.

202. Melnikova, L., Kostuchenko, M., Silicheva, M. and Georgiev, P. (2008) 'Drosophila gypsy insulator and yellow enhancers regulate activity of yellow promoter through the same regulatory element', Chromosoma 117(2): 137-45.

203. Melnikova, L., Kostyuchenko, M., Molodina, V., Parshikov, A., Georgiev, P. and Golovnin, A. (2017) 'Multiple interactions are involved in a highly specific association of the Mod(mdg4)-67.2 isoform with the Su(Hw) sites in Drosophila', Open Biol 7(10).

204. Melnikova, L., Kostyuchenko, M., Molodina, V., Parshikov, A., Georgiev, P. and Golovnin, A. (2018) 'Interactions between BTB domain of CP190 and two adjacent regions in Su(Hw) are required for the insulator complex formation', Chromosoma 127(1): 59-71.

205. Merkenschlager, M. and Nora, E. P. (2016) 'CTCF and Cohesin in Genome Folding and Transcriptional Gene Regulation', Annu Rev Genomics Hum Genet 17: 17-43.

206. Merkenschlager, M. and Odom, D. T. (2013) 'CTCF and cohesin: linking gene regulatory elements with their targets', Cell 152(6): 1285-97.

207. Mihaly, J., Hogga, I., Gausz, J., Gyurkovics, H. and Karch, F. (1997) 'In situ dissection of the Fab-7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element', Development 124(9): 1809-20.

208. Mishra, K., Chopra, V. S., Srinivasan, A. and Mishra, R. K. (2003) 'Trl-GAGA directly interacts with lola like and both are part of the repressive complex of Polycomb group of genes', Mech Dev 120(6): 681-9.

209. Mishra, R. K., Mihaly, J., Barges, S., Spierer, A., Karch, F., Hagstrom, K., Schweinsberg, S. E. and Schedl, P. (2001) 'The iab-7 polycomb response element maps to a nucleosome-

free region of chromatin and requires both GAGA and pleiohomeotic for silencing activity', Mol Cell Biol 21(4): 1311-8.

210. Modolell, J., Bender, W. and Meselson, M. (1983) 'Drosophila melanogaster mutations suppressible by the suppressor of Hairy-wing are insertions of a 7.3-kilobase mobile element', Proc Natl Acad Sci U S A 80(6): 1678-82.

211. Mohan, M., Bartkuhn, M., Herold, M., Philippen, A., Heinl, N., Bardenhagen, I., Leers, J., White, R. A., Renkawitz-Pohl, R., Saumweber, H. et al. (2007) 'The Drosophila insulator proteins CTCF and CP190 link enhancer blocking to body patterning', EMBO J 26(19): 4203-14.

212. Moon, H., Filippova, G., Loukinov, D., Pugacheva, E., Chen, Q., Smith, S. T., Munhall, A., Grewe, B., Bartkuhn, M., Arnold, R. et al. (2005) 'CTCF is conserved from Drosophila to humans and confers enhancer blocking of the Fab-8 insulator', EMBO Rep 6(2): 165-70.

213. Moqtaderi, Z. and Struhl, K. (2004) 'Genome-wide occupancy profile of the RNA polymerase III machinery in Saccharomyces cerevisiae reveals loci with incomplete transcription complexes', Mol Cell Biol 24(10): 4118-27.

214. Morales, C. and Losada, A. (2018) 'Establishing and dissolving cohesion during the vertebrate cell cycle', Curr Opin Cell Biol 52: 51-57.

215. Morcillo, P., Rosen, C., Baylies, M. K. and Dorsett, D. (1997) 'Chip, a widely expressed chromosomal protein required for segmentation and activity of a remote wing margin enhancer in Drosophila', Genes Dev 11(20): 2729-40.

216. Morris, J. F., Hromas, R. and Rauscher, F. J., 3rd (1994) 'Characterization of the DNA-binding properties of the myeloid zinc finger protein MZF1: two independent DNA-binding domains recognize two DNA consensus sequences with a common G-rich core', Mol Cell Biol 14(3): 1786-95.

217. Moses, K. and Rubin, G. M. (1991) 'Glass encodes a site-specific DNA-binding protein that is regulated in response to positional signals in the developing Drosophila eye', Genes Dev 5(4): 583-93.

218. Mourad, R. and Cuvier, O. (2018) 'TAD-free analysis of architectural proteins and insulators', Nucleic Acids Res 46(5): e27.

219. Munoz, S., Minamino, M., Casas-Delucchi, C. S., Patel, H. and Uhlmann, F. (2019) 'A Role for Chromatin Remodeling in Cohesin Loading onto Chromosomes', Mol Cell 74(4): 664-673 e5.

220. Murawska, M. and Brehm, A. (2012) 'Immunostaining of Drosophila polytene chromosomes to investigate recruitment of chromatin-binding proteins', Methods Mol Biol 809: 267-77.

221. Myslinski, E., Gerard, M. A., Krol, A. and Carbon, P. (2006) 'A genome scale location analysis of human Staf/ZNF143-binding sites suggests a widespread role for human Staf/ZNF143 in mammalian promoters', J Biol Chem 281(52): 39953-62.

222. Myslinski, E., Krol, A. and Carbon, P. (1998) 'ZNF76 and ZNF143 are two human homologs of the transcriptional activator Staf, J Biol Chem 273(34): 21998-2006.

223. Nakahashi, H., Kwon, K. R., Resch, W., Vian, L., Dose, M., Stavreva, D., Hakim, O., Pruett, N., Nelson, S., Yamane, A. et al. (2013) 'A genome-wide map of CTCF multivalency redefines the CTCF code', Cell Rep 3(5): 1678-89.

224. Namciu, S. J., Blochlinger, K. B. and Fournier, R. E. (1998) 'Human matrix attachment regions insulate transgene expression from chromosomal position effects in Drosophila melanogaster', Mol Cell Biol 18(4): 2382-91.

225. Nanavaty, V., Abrash, E. W., Hong, C., Park, S., Fink, E. E., Li, Z., Sweet, T. J., Bhasin, J. M., Singuri, S., Lee, B. H. et al. (2020) 'DNA Methylation Regulates Alternative Polyadenylation via CTCF and the Cohesin Complex', Mol Cell 78(4): 752-764 e6.

226. Narendra, V., Rocha, P. P., An, D., Raviram, R., Skok, J. A., Mazzoni, E. O. and Reinberg, D. (2015) 'CTCF establishes discrete functional chromatin domains at the Hox clusters during differentiation', Science 347(6225): 1017-21.

227. Negre, N., Brown, C. D., Ma, L., Bristow, C. A., Miller, S. W., Wagner, U., Kheradpour, P., Eaton, M. L., Loriaux, P., Sealfon, R. et al. (2011) 'A cis-regulatory map of the Drosophila genome', Nature 471(7339): 527-31.

228. Negre, N., Brown, C. D., Shah, P. K., Kheradpour, P., Morrison, C. A., Henikoff, J. G., Feng, X., Ahmad, K., Russell, S., White, R. A. et al. (2010) 'A comprehensive map of insulator elements for the Drosophila genome', PLoS Genet 6(1): e1000814.

229. Ngondo-Mbongo, R. P., Myslinski, E., Aster, J. C. and Carbon, P. (2013) 'Modulation of gene expression via overlapping binding sites exerted by ZNF143, Notch1 and THAP11', Nucleic Acids Res 41(7): 4000-14.

230. Nishana, M., Ha, C., Rodriguez-Hernaez, J., Ranjbaran, A., Chio, E., Nora, E. P., Badri, S. B., Kloetgen, A., Bruneau, B. G., Tsirigos, A. et al. (2020) 'Defining the relative and combined contribution of CTCF and CTCFL to genomic regulation', Genome Biol 21(1): 108.

231. Nishiyama, T. (2019) 'Cohesion and cohesin-dependent chromatin organization', Curr Opin Cell Biol 58: 8-14.

232. Noll, L., Peterson, F. C., Hayes, P. L., Volkman, B. F. and Sander, T. (2008) 'Heterodimer formation of the myeloid zinc finger 1 SCAN domain and association with promyelocytic leukemia nuclear bodies', LeukRes 32(10): 1582-92.

233. Noordermeer, D. and Feil, R. (2020) 'Differential 3D chromatin organization and gene activity in genomic imprinting', Curr Opin Genet Dev 61: 17-24.

234. Nora, E. P., Goloborodko, A., Valton, A. L., Gibcus, J. H., Uebersohn, A., Abdennur, N., Dekker, J., Mirny, L. A. and Bruneau, B. G. (2017) 'Targeted Degradation of CTCF Decouples Local Insulation of Chromosome Domains from Genomic Compartmentalization', Cell 169(5): 930-944 e22.

235. Ogo, O. A., Tyson, J., Cockell, S. J., Howard, A., Valentine, R. A. and Ford, D. (2015) 'The zinc finger protein ZNF658 regulates the transcription of genes involved in zinc homeostasis and affects ribosome biogenesis through the zinc transcriptional regulatory element', Mol Cell Biol 35(6): 977-87.

236. Okumura, K., Sakaguchi, G., Naito, K., Tamura, T. and Igarashi, H. (1997) 'HUB1, a novel Kruppel type zinc finger protein, represses the human T cell leukemia virus type I long terminal repeat-mediated expression', Nucleic Acids Res 25(24): 5025-32.

237. Oliver, D., Sheehan, B., South, H., Akbari, O. and Pai, C. Y. (2010) 'The chromosomal association/dissociation of the chromatin insulator protein Cp190 of Drosophila melanogaster is mediated by the BTB/POZ domain and two acidic regions', BMC Cell Biol 11: 101.

238. Owens, N., Papadopoulou, T., Festuccia, N., Tachtsidi, A., Gonzalez, I., Dubois, A., Vandormael-Pournin, S., Nora, E. P., Bruneau, B. G., Cohen-Tannoudji, M. et al. (2019) 'CTCF confers local nucleosome resiliency after DNA replication and during mitosis', Elife 8.

239. Pagans, S., Ortiz-Lombardia, M., Espinas, M. L., Bernues, J. and Azorin, F. (2002) 'The Drosophila transcription factor tramtrack (TTK) interacts with Trithorax-like (GAGA) and represses GAGA-mediated activation', Nucleic Acids Res 30(20): 4406-13.

240. Page, A. R., Kovacs, A., Deak, P., Torok, T., Kiss, I., Dario, P., Bastos, C., Batista, P., Gomes, R., Ohkura, H. et al. (2005) 'Spotted-dick, a zinc-finger protein of Drosophila required for expression of Orc4 and S phase', EMBO J24(24): 4304-15.

241. Pai, C. Y., Lei, E. P., Ghosh, D. and Corces, V. G. (2004) 'The centrosomal protein CP190 is a component of the gypsy chromatin insulator', Mol Cell 16(5): 737-48.

242. Parelho, V., Hadjur, S., Spivakov, M., Leleu, M., Sauer, S., Gregson, H. C., Jarmuz, A., Canzonetta, C., Webster, Z., Nesterova, T. et al. (2008) 'Cohesins functionally associate with CTCF on mammalian chromosome arms', Cell 132(3): 422-33.

243. Parkhurst, S. M., Harrison, D. A., Remington, M. P., Spana, C., Kelley, R. L., Coyne, R. S. and Corces, V. G. (1988) 'The Drosophila su(Hw) gene, which controls the phenotypic effect of the gypsy transposable element, encodes a putative DNA-binding protein', Genes Dev 2(10): 1205-15.

244. Parnell, T. J., Viering, M. M., Skjesol, A., Helou, C., Kuhn, E. J. and Geyer, P. K. (2003) 'An endogenous suppressor of hairy-wing insulator separates regulatory domains in Drosophila', Proc Natl Acad Sci U S A 100(23): 13436-41.

245. Pavlaki, I., Docquier, F., Chernukhin, I., Kita, G., Gretton, S., Clarkson, C. T., Teif, V. B. and Klenova, E. (2018) 'Poly(ADP-ribosyl)ation associated changes in CTCF-chromatin binding and gene expression in breast cells', Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech 1861(8): 718-730.

246. Payre, F., Buono, P., Vanzo, N. and Vincent, A. (1997) 'Two types of zinc fingers are required for dimerization of the serendipity delta transcriptional activator', Mol Cell Biol 17(6): 3137-45.

247. Pena-Hernandez, R., Marques, M., Hilmi, K., Zhao, T., Saad, A., Alaoui-Jamali, M. A., del Rincon, S. V., Ashworth, T., Roy, A. L., Emerson, B. M. et al. (2015) 'Genome-wide targeting of the epigenetic regulatory protein CTCF to gene promoters by the transcription factor TFII-I', Proc Natl Acad Sci U S A 112(7): E677-86.

248. Persikov, A. V. and Singh, M. (2014) 'De novo prediction of DNA-binding specificities for Cys2His2 zinc finger proteins', Nucleic Acids Res 42(1): 97-108.

249. Persikov, A. V., Wetzel, J. L., Rowland, E. F., Oakes, B. L., Xu, D. J., Singh, M. and Noyes, M. B. (2015) 'A systematic survey of the Cys2His2 zinc finger DNA-binding landscape', Nucleic Acids Res 43(3): 1965-84.

250. Peterson, F. C., Hayes, P. L., Waltner, J. K., Heisner, A. K., Jensen, D. R., Sander, T. L. and Volkman, B. F. (2006) 'Structure of the SCAN domain from the tumor suppressor protein MZF1', J Mol Biol 363(1): 137-47.

251. Petrascheck, M., Escher, D., Mahmoudi, T., Verrijzer, C. P., Schaffner, W. and Barberis, A. (2005) 'DNA looping induced by a transcriptional enhancer in vivo', Nucleic Acids Res 33(12): 3743-50.

252. Pirrotta, V. (1988) 'Vectors for P-mediated transformation in Drosophila', Biotechnology 10: 437-56.

253. Pirrotta, V., Steller, H. and Bozzetti, M. P. (1985) 'Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene', EMBO J 4(13A): 3501-8.

254. Platt, R. N., 2nd, Vandewege, M. W. and Ray, D. A. (2018) 'Mammalian transposable elements and their impacts on genome evolution', Chromosome Res 26(1-2): 25-43.

255. Plevock, K. M., Galletta, B. J., Slep, K. C. and Rusan, N. M. (2015) 'Newly Characterized Region of CP190 Associates with Microtubules and Mediates Proper Spindle Morphology in Drosophila Stem Cells', Plos One 10(12): e0144174.

256. Pokholkova, G. V., Demakov, S. A., Andreenkov, O. V., Andreenkova, N. G., Volkova, E. I., Belyaeva, E. S. and Zhimulev, I. F. (2018) 'Tethering of CHROMATOR and dCTCF proteins results in decompaction of condensed bands in the Drosophila melanogaster polytene chromosomes but does not affect their transcription and replication timing', Plos One 13(4): e0192634.

257. Port, F., Chen, H. M., Lee, T. and Bullock, S. L. (2014) 'Optimized CRISPR/Cas tools for efficient germline and somatic genome engineering in Drosophila', Proc Natl Acad Sci U S A 111(29): E2967-76.

258. Postika, N., Metzler, M., Affolter, M., Muller, M., Schedl, P., Georgiev, P. and Kyrchanova, O. (2018) 'Boundaries mediate long-distance interactions between enhancers and promoters in the Drosophila Bithorax complex', PLoS Genet 14(12): e1007702.

259. Pugacheva, E. M., Kubo, N., Loukinov, D., Tajmul, M., Kang, S., Kovalchuk, A. L., Strunnikov, A. V., Zentner, G. E., Ren, B. and Lobanenkov, V. V. (2020) 'CTCF mediates chromatin looping via N-terminal domain-dependent cohesin retention', Proc Natl Acad Sci USA 117(4): 2020-2031.

260. Qian, S., Varjavand, B. and Pirrotta, V. (1992) 'Molecular analysis of the zeste-white interaction reveals a promoter-proximal element essential for distant enhancer-promoter communication', Genetics 131(1): 79-90.

261. Raab, J. R., Chiu, J., Zhu, J., Katzman, S., Kurukuti, S., Wade, P. A., Haussler, D. and Kamakaka, R. T. (2012) 'Human tRNA genes function as chromatin insulators', EMBO J 31(2): 330-50.

262. Ramirez, F., Bhardwaj, V., Arrigoni, L., Lam, K. C., Gruning, B. A., Villaveces, J., Habermann, B., Akhtar, A. and Manke, T. (2018) 'High-resolution TADs reveal DNA sequences underlying genome organization in flies', Nat Commun 9(1): 189.

263. Rao, S. S., Huntley, M. H., Durand, N. C., Stamenova, E. K., Bochkov, I. D., Robinson, J. T., Sanborn, A. L., Machol, I., Omer, A. D., Lander, E. S. et al. (2014) 'A 3D map of the

human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping', Cell 159(7): 1665-80.

264. Rao, S. S. P., Huang, S. C., Glenn St Hilaire, B., Engreitz, J. M., Perez, E. M., Kieffer-Kwon, K. R., Sanborn, A. L., Johnstone, S. E., Bascom, G. D., Bochkov, I. D. et al. (2017) 'Cohesin Loss Eliminates All Loop Domains', Cell 171(2): 305-320 e24.

265. Ren, G. and Zhao, K. (2019) 'CTCF and cellular heterogeneity', Cell Biosci 9: 83.

266. Rizkallah, R., Alexander, K. E. and Hurt, M. M. (2011) 'Global mitotic phosphorylation of C2H2 zinc finger protein linker peptides', Cell Cycle 10(19): 3327-36.

267. Rohrmoser, M., Kluge, M., Yahia, Y., Gruber-Eber, A., Maqbool, M. A., Forne, I., Krebs, S., Blum, H., Greifenberg, A. K., Geyer, M. et al. (2019) 'MIR sequences recruit zinc finger protein ZNF768 to expressed genes', Nucleic Acids Res 47(2): 700-715.

268. Roseman, R. R., Pirrotta, V. and Geyer, P. K. (1993) 'The su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects', EMBO J 12(2): 435-42.

269. Roseman, R. R., Swan, J. M. and Geyer, P. K. (1995) 'A Drosophila insulator protein facilitates dosage compensation of the X chromosome min-white gene located at autosomal insertion sites', Development 121(11): 3573-82.

270. Rosonina, E., Akhter, A., Dou, Y., Babu, J. and Sri Theivakadadcham, V. S. (2017) 'Regulation of transcription factors by sumoylation', Transcription 8(4): 220-231.

271. Ryan, R. F. and Darby, M. K. (1998) 'The role of zinc finger linkers in p43 and TFIIIA binding to 5S rRNA and DNA', Nucleic Acids Res 26(3): 703-9.

272. Saldana-Meyer, R., Gonzalez-Buendia, E., Guerrero, G., Narendra, V., Bonasio, R., Recillas-Targa, F. and Reinberg, D. (2014) 'CTCF regulates the human p53 gene through direct interaction with its natural antisense transcript, Wrap53', Genes Dev 28(7): 723-34.

273. Sathyan, K. M., McKenna, B. D., Anderson, W. D., Duarte, F. M., Core, L. and Guertin, M. J. (2019) 'An improved auxin-inducible degron system preserves native protein levels and enables rapid and specific protein depletion', Genes Dev 33(19-20): 1441-1455.

274. Savitsky, M., Kim, M., Kravchuk, O. and Schwartz, Y. B. (2016) 'Distinct Roles of Chromatin Insulator Proteins in Control of the Drosophila Bithorax Complex', Genetics 202(2): 601-17.

275. Schaub, M., Krol, A. and Carbon, P. (2000) 'Structural organization of Staf-DNA complexes', Nucleic Acids Res 28(10): 2114-21.

276. Schaub, M., Myslinski, E., Krol, A. and Carbon, P. (1999) 'Maximization of selenocysteine tRNA and U6 small nuclear RNA transcriptional activation achieved by flexible utilization of a Staf zinc finger', J Biol Chem 274(35): 25042-50.

277. Schmidt, D., Schwalie, P. C., Wilson, M. D., Ballester, B., Goncalves, A., Kutter, C., Brown, G. D., Marshall, A., Flicek, P. and Odom, D. T. (2012) 'Waves of retrotransposon expansion remodel genome organization and CTCF binding in multiple mammalian lineages', Cell 148(1-2): 335-48.

278. Schmitges, F. W., Radovani, E., Najafabadi, H. S., Barazandeh, M., Campitelli, L. F., Yin, Y., Jolma, A., Zhong, G., Guo, H., Kanagalingam, T. et al. (2016) 'Multiparameter functional diversity of human C2H2 zinc finger proteins', Genome Res 26(12): 1742-1752.

279. Schumacher, C., Wang, H., Honer, C., Ding, W., Koehn, J., Lawrence, Q., Coulis, C. M., Wang, L. L., Ballinger, D., Bowen, B. R. et al. (2000) 'The SCAN domain mediates selective oligomerization', J Biol Chem 275(22): 17173-9.

280. Schuster, C., Myslinski, E., Krol, A. and Carbon, P. (1995) 'Staf, a novel zinc finger protein that activates the RNA polymerase III promoter of the selenocysteine tRNA gene', EMBO J 14(15): 3777-87.

281. Schwalie, P. C., Ward, M. C., Cain, C. E., Faure, A. J., Gilad, Y., Odom, D. T. and Flicek, P. (2013) 'Co-binding by YY1 identifies the transcriptionally active, highly conserved set of CTCF-bound regions in primate genomes', Genome Biol 14(12): R148.

282. Schwartz, Y. B. and Cavalli, G. (2017) 'Three-Dimensional Genome Organization and Function in Drosophila', Genetics 205(1): 5-24.

283. Schwartz, Y. B., Linder-Basso, D., Kharchenko, P. V., Tolstorukov, M. Y., Kim, M., Li, H. B., Gorchakov, A. A., Minoda, A., Shanower, G., Alekseyenko, A. A. et al. (2012) 'Nature and function of insulator protein binding sites in the Drosophila genome', Genome Res 22(11): 2188-98.

284. Schwendemann, A. and Lehmann, M. (2002) 'Pipsqueak and GAGA factor act in concert as partners at homeotic and many other loci', Proc Natl Acad Sci U S A 99(20): 12883-8.

285. Scott, K. C., Taubman, A. D. and Geyer, P. K. (1999) 'Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength', Genetics 153(2): 787-98.

286. Scott, K. S. and Geyer, P. K. (1995) 'Effects of the su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes', EMBO J 14(24): 6258-67.

287. Shimojima, T., Okada, M., Nakayama, T., Ueda, H., Okawa, K., Iwamatsu, A., Handa, H. and Hirose, S. (2003) 'Drosophila FACT contributes to Hox gene expression through physical and functional interactions with GAGA factor', Genes Dev 17(13): 1605-16.

288. Shukla, S., Kavak, E., Gregory, M., Imashimizu, M., Shutinoski, B., Kashlev, M., Oberdoerffer, P., Sandberg, R. and Oberdoerffer, S. (2011) 'CTCF-promoted RNA polymerase II pausing links DNA methylation to splicing', Nature 479(7371): 74-9.

289. Siegal, M. L. and Hartl, D. L. (2000) 'Application of Cre/loxP in Drosophila. Site-specific recombination and transgene coplacement', Methods Mol Biol 136: 487-95.

290. Sigrist, C. J. and Pirrotta, V. (1997) 'Chromatin insulator elements block the silencing of a target gene by the Drosophila polycomb response element (PRE) but allow trans interactions between PREs on different chromosomes', Genetics 147(1): 209-21.

291. Smith, D. R., Jackson, I. J. and Brown, D. D. (1984) 'Domains of the positive transcription factor specific for the Xenopus 5S RNA gene', Cell 37(2): 645-52.

292. Smith, P. A. and Corces, V. G. (1995) 'The suppressor of Hairy-wing protein regulates the tissue-specific expression of the Drosophila gypsy retrotransposon', Genetics 139(1): 215-28.

293. Soshnev, A. A., Baxley, R. M., Manak, J. R., Tan, K. and Geyer, P. K. (2013) 'The insulator protein Suppressor of Hairy-wing is an essential transcriptional repressor in the Drosophila ovary', Development 140(17): 3613-23.

294. Soshnev, A. A., He, B., Baxley, R. M., Jiang, N., Hart, C. M., Tan, K. and Geyer, P. K. (2012) 'Genome-wide studies of the multi-zinc finger Drosophila Suppressor of Hairy-wing protein in the ovary', Nucleic Acids Res 40(12): 5415-31.

295. Spana, C., Harrison, D. A. and Corces, V. G. (1988) 'The Drosophila melanogaster suppressor of Hairy-wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon', Genes Dev 2(11): 1414-23.

296. Spradling, A. C., Stern, D. M., Kiss, I., Roote, J., Laverty, T. and Rubin, G. M. (1995) 'Gene disruptions using P transposable elements: an integral component of the Drosophila genome project', Proc Natl Acad Sci U S A 92(24): 10824-30.

297. Srinivasan, M., Fumasoni, M., Petela, N. J., Murray, A. and Nasmyth, K. A. (2020) 'Cohesion is established during DNA replication utilising chromosome associated cohesin rings as well as those loaded de novo onto nascent DNAs', Elife 9.

298. Stead, M. A., Trinh, C. H., Garnett, J. A., Carr, S. B., Baron, A. J., Edwards, T. A. and Wright, S. C. (2007) 'A beta-sheet interaction interface directs the tetramerisation of the Miz-1 POZ domain', J Mol Biol 373(4): 820-6.

299. Stigler, J., Camdere, G. O., Koshland, D. E. and Greene, E. C. (2016) 'Single-Molecule Imaging Reveals a Collapsed Conformational State for DNA-Bound Cohesin', Cell Rep 15(5): 988-998.

300. Struhl, K. (1984) 'Genetic properties and chromatin structure of the yeast gal regulatory element: an enhancer-like sequence', Proc Natl Acad Sci U S A 81(24): 7865-9.

301. Szabo, Q., Bantignies, F. and Cavalli, G. (2019) 'Principles of genome folding into topologically associating domains', Sci Adv 5(4): eaaw1668.

302. Thomas, S., Li, X. Y., Sabo, P. J., Sandstrom, R., Thurman, R. E., Canfield, T. K., Giste, E., Fisher, W., Hammonds, A., Celniker, S. E. et al. (2011) 'Dynamic reprogramming of chromatin accessibility during Drosophila embryo development', Genome Biol 12(5): R43.

303. Torrano, V., Navascues, J., Docquier, F., Zhang, R., Burke, L. J., Chernukhin, I., Farrar,

D., Leon, J., Berciano, M. T., Renkawitz, R. et al. (2006) 'Targeting of CTCF to the nucleolus inhibits nucleolar transcription through a poly(ADP-ribosyl)ation-dependent mechanism', J Cell Sci 119(Pt 9): 1746-59.

304. Udvardy, A., Maine, E. and Schedl, P. (1985) 'The 87A7 chromomere. Identification of novel chromatin structures flanking the heat shock locus that may define the boundaries of higher order domains', J Mol Biol 185(2): 341-58.

305. Ulianov, S. V., Khrameeva, E. E., Gavrilov, A. A., Flyamer, I. M., Kos, P., Mikhaleva,

E. A., Penin, A. A., Logacheva, M. D., Imakaev, M. V., Chertovich, A. et al. (2016) 'Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains', Genome Res 26(1): 70-84.

306. Uuskula-Reimand, L., Hou, H., Samavarchi-Tehrani, P., Rudan, M. V., Liang, M., Medina-Rivera, A., Mohammed, H., Schmidt, D., Schwalie, P., Young, E. J. et al. (2016) 'Topoisomerase II beta interacts with cohesin and CTCF at topological domain borders', Genome Biol 17(1): 182.

307. Van Bortle, K., Phanstiel, D. H. and Snyder, M. P. (2017) 'Topological organization and dynamic regulation of human tRNA genes during macrophage differentiation', Genome Biol 18(1): 180.

308. Vatolina, T. Y., Boldyreva, L. V., Demakova, O. V., Demakov, S. A., Kokoza, E. B., Semeshin, V. F., Babenko, V. N., Goncharov, F. P., Belyaeva, E. S. and Zhimulev, I. F. (2011) 'Identical functional organization of nonpolytene and polytene chromosomes in Drosophila melanogaster', Plos One 6(10): e25960.

309. Vazquez, J. and Schedl, P. (1994) 'Sequences required for enhancer blocking activity of scs are located within two nuclease-hypersensitive regions', EMBO J 13(24): 5984-93.

310. Vazquez, J. and Schedl, P. (2000) 'Deletion of an insulator element by the mutation facet-strawberry in Drosophila melanogaster', Genetics 155(3): 1297-311.

311. Vian, L., Pekowska, A., Rao, S. S. P., Kieffer-Kwon, K. R., Jung, S., Baranello, L., Huang, S. C., El Khattabi, L., Dose, M., Pruett, N. et al. (2018) 'The Energetics and Physiological Impact of Cohesin Extrusion', Cell 175(1): 292-294.

312. Vietri Rudan, M., Barrington, C., Henderson, S., Ernst, C., Odom, D. T., Tanay, A. and Hadjur, S. (2015) 'Comparative Hi-C reveals that CTCF underlies evolution of chromosomal domain architecture', Cell Rep 10(8): 1297-309.

313. Vogelmann, J., Le Gall, A., Dejardin, S., Allemand, F., Gamot, A., Labesse, G., Cuvier, O., Negre, N., Cohen-Gonsaud, M., Margeat, E. et al. (2014) 'Chromatin insulator factors involved in long-range DNA interactions and their role in the folding of the Drosophila genome', PLoS Genet 10(8): e1004544.

314. Wagner, S., Hess, M. A., Ormonde-Hanson, P., Malandro, J., Hu, H., Chen, M., Kehrer, R., Frodsham, M., Schumacher, C., Beluch, M. et al. (2000) 'A broad role for the zinc finger protein ZNF202 in human lipid metabolism', J Biol Chem 275(21): 15685-90.

315. Wallace, J. A. and Felsenfeld, G. (2007) 'We gather together: insulators and genome organization', Curr Opin Genet Dev 17(5): 400-7.

316. Wang, A. J., Han, Y., Jia, N., Chen, P. and Minden, M. D. (2020) 'NPM1c impedes CTCF functions through cytoplasmic mislocalization in acute myeloid leukemia', Leukemia 34(5): 1278-1290.

317. Wang, Q., Sun, Q., Czajkowsky, D. M. and Shao, Z. (2018) 'Sub-kb Hi-C in D. melanogaster reveals conserved characteristics of TADs between insect and mammalian cells', Nat Commun 9(1): 188.

318. Wen, Z., Huang, Z. T., Zhang, R. and Peng, C. (2018) 'ZNF143 is a regulator of chromatin loop', Cell Biol Toxicol 34(6): 471-478.

319. Wendt, K. S., Yoshida, K., Itoh, T., Bando, M., Koch, B., Schirghuber, E., Tsutsumi, S., Nagae, G., Ishihara, K., Mishiro, T. et al. (2008) 'Cohesin mediates transcriptional insulation by CCCTC-binding factor', Nature 451(7180): 796-801.

320. West, A. G. and Fraser, P. (2005) 'Remote control of gene transcription', Hum Mol Genet 14 Spec No 1: R101-11.

321. West, A. G., Huang, S., Gaszner, M., Litt, M. D. and Felsenfeld, G. (2004) 'Recruitment of histone modifications by USF proteins at a vertebrate barrier element', Mol Cell 16(3): 453-63.

322. White, R. J. (2011) 'Transcription by RNA polymerase III: more complex than we thought', Nat Rev Genet 12(7): 459-63.

323. Wolfe, S. A., Nekludova, L. and Pabo, C. O. (2000) 'DNA recognition by Cys2His2 zinc finger proteins', Annu Rev Biophys Biomol Struct 29: 183-212.

324. Wolle, D., Cleard, F., Aoki, T., Deshpande, G., Schedl, P. and Karch, F. (2015) 'Functional Requirements for Fab-7 Boundary Activity in the Bithorax Complex', Mol Cell Biol 35(21): 3739-52.

325. Wutz, G., Varnai, C., Nagasaka, K., Cisneros, D. A., Stocsits, R. R., Tang, W., Schoenfelder, S., Jessberger, G., Muhar, M., Hossain, M. J. et al. (2017) 'Topologically associating domains and chromatin loops depend on cohesin and are regulated by CTCF, WAPL, and PDS5 proteins', EMBO J36(24): 3573-3599.

326. Xiao, H., Sandaltzopoulos, R., Wang, H. M., Hamiche, A., Ranallo, R., Lee, K. M., Fu, D. and Wu, C. (2001) 'Dual functions of largest NURF subunit NURF301 in nucleosome sliding and transcription factor interactions', Mol Cell 8(3): 531-43.

327. Xiao, T., Wallace, J. and Felsenfeld, G. (2011) 'Specific sites in the C terminus of CTCF interact with the SA2 subunit of the cohesin complex and are required for cohesin-dependent insulation activity', Mol Cell Biol 31(11): 2174-83.

328. Xiao, T., Wongtrakoongate, P., Trainor, C. and Felsenfeld, G. (2015) 'CTCF Recruits Centromeric Protein CENP-E to the Pericentromeric/Centromeric Regions of Chromosomes through Unusual CTCF-Binding Sites', Cell Rep 12(10): 1704-14.

329. Xu, D., Ma, R., Zhang, J., Liu, Z., Wu, B., Peng, J., Zhai, Y., Gong, Q., Shi, Y., Wu, J. et al. (2018) 'Dynamic Nature of CTCF Tandem 11 Zinc Fingers in Multivalent Recognition of DNA As Revealed by NMR Spectroscopy', JPhys Chem Lett 9(14): 4020-4028.

330. Yang, P., Wang, Y. and Macfarlan, T. S. (2017a) 'The Role of KRAB-ZFPs in Transposable Element Repression and Mammalian Evolution', Trends Genet 33(11): 871881.

331. Yang, Y., Zhang, R., Singh, S. and Ma, J. (2017b) 'Exploiting sequence-based features for predicting enhancer-promoter interactions', Bioinformatics 33(14): i252-i260.

332. Yao, H., Brick, K., Evrard, Y., Xiao, T., Camerini-Otero, R. D. and Felsenfeld, G. (2010) 'Mediation of CTCF transcriptional insulation by DEAD-box RNA-binding protein p68 and steroid receptor RNA activator SRA', Genes Dev 24(22): 2543-55.

333. Yin, M., Wang, J., Wang, M., Li, X., Zhang, M., Wu, Q. and Wang, Y. (2017) 'Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites', Cell Res 27(11): 1365-1377.

334. Zhang, H., Emerson, D. J., Gilgenast, T. G., Titus, K. R., Lan, Y., Huang, P., Zhang, D., Wang, H., Keller, C. A., Giardine, B. et al. (2019) 'Chromatin structure dynamics during the mitosis-to-G1 phase transition', Nature 576(7785): 158-162.

335. Zhimulev, I. F., Zykova, T. Y., Goncharov, F. P., Khoroshko, V. A., Demakova, O. V., Semeshin, V. F., Pokholkova, G. V., Boldyreva, L. V., Demidova, D. S., Babenko, V. N. et al. (2014) 'Genetic organization of interphase chromosome bands and interbands in Drosophila melanogaster', Plos One 9(7): e101631.

336. Zlatanova, J. and Caiafa, P. (2009) 'CTCF and its protein partners: divide and rule?', J Cell Sci 122(Pt 9): 1275-84.

337. Zollman, S., Godt, D., Prive, G. G., Couderc, J. L. and Laski, F. A. (1994) 'The BTB domain, found primarily in zinc finger proteins, defines an evolutionarily conserved family that includes several developmentally regulated genes in Drosophila', Proc Natl Acad Sci USA 91(22): 10717-21.

338. Zolotarev, N., Fedotova, A., Kyrchanova, O., Bonchuk, A., Penin, A. A., Lando, A. S., Eliseeva, I. A., Kulakovskiy, I. V., Maksimenko, O. and Georgiev, P. (2016) 'Architectural proteins Pita, Zw5,and ZIPIC contain homodimerization domain and support specific longrange interactions in Drosophila', Nucleic Acids Res 44(15): 7228-41.

339. Zolotarev, N., Maksimenko, O., Kyrchanova, O., Sokolinskaya, E., Osadchiy, I., Girardot, C., Bonchuk, A., Ciglar, L., Furlong, E. E. M. and Georgiev, P. (2017) 'Opbp is a new architectural/insulator protein required for ribosomal gene expression', Nucleic Acids Res 45(21): 12285-12300.

Благодарности

Автор выражает глубокую признательность за всестороннюю поддержку на всех этапах работы и бесценную передачу опыта научному консультанту академику Павлу Георгиевичу Георгиеву, который не просто открыл для автора очень интересную область исследований, но и все эти годы давал возможность развиваться в самых разных направлениях, поддерживал во многих начинаниях и помог становлению научного типа мышления. Глубокую благодарность автор выражает коллеге и другу Ольге Кырчановой, которая за эти годы стала самым близким единомышленником и незаменимым помощником во многих проектах. На всех этапах выполнения работы автору повезло работать в коллективе Отдела регуляции генетических процессов, благодаря которому удалось выполнить много амбициозных проектов и опубликовать статьи в высокорейтинговых международных журналах. Всем сотрудникам Отдела автор выражает благодарность за помощь на самых разных этапах выполнения работы. Особую благодарность автор приносит Артему Бончуку, Николаю Золотареву, Марату Сабирову, Игорю Осадчему, Анне Федотовой, принявшим активное участие в реализации представленной работы. Кроме этого, автор благодарит весь коллектив ИБГ РАН за создание уникальной атмосферы, в которой приятно и продуктивно работается.