Поиск и оптимизация свойств новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе компьютерного прогноза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.09, кандидат наук Дружиловский, Дмитрий Сергеевич

• Дружиловский, Дмитрий Сергеевич
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Дружиловский, Дмитрий Сергеевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Структура и морфология вируса иммунодефицита человека

1.2. Жизненный цикл ВИЧ-1

1.2.1. Связывание с рецепторами и ко-рецепторами иммунных клеток

1.2.2. Проникновение вируса внутрь клетки

1.2.3. Обратная транскрипция и вирусная репликация

1.2.4. Регуляция вирусной репликации

1.2.5. Инкапсулирование и формирование зрелой вирусной частицы

1.3. Антиретровирусные препараты

1.3.1. Нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы ВИЧ-1 (НИОТ)

1.3.2. Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы ВИЧ-1 (ННИОТ)

1.3.3. Ингибиторы протеазы ВИЧ-1

1.3.4. Ингибиторы слияния ВИЧ-1

1.3.5. Антагонисты ко-рецепторов

1.3.6. Ингибиторы интегразы ВИЧ-1

1.3.7. Второе поколение ингибиторов интегразы ВИЧ-1

1.3.8. Посттрасляционные модификации интегразы ВИЧ-1 как мишень для новых антиретровирусных препаратов

1.3.9. Мутантные формы вируса ВИЧ и комбинированная терапия ВИЧ-1

1.4. Методы виртуального скрининга для поиска новых активных соединений

1.5. Применение методов (Q)SAR и молекулярного моделирования

для анализа ингибирования интегразы ВИЧ-1

1.6. Стратегия компьютерного конструирования лекарств (Computer-Aided Drug Design, CADD)

1.7. Компьютерные методы прогноза ADMET свойств интегразы

ВИЧ-1

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Объекты исследования

2.2. Базы данных и выборки химических соединений

2.3. Программное обеспечение, использованное в исследованиях

2.4. Экспериментальная оценка активности соединений

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Подготовка обучающей выборки

3.2. Обучение PASS и валидация компьютерного прогноза

3.3. Виртуальный скрининг и отбор новых потенциальных ингибиторов интегразы ВИЧ-1

3.4. Тестирование ингибирования интегразы ВИЧ-1 соединениями, отобранными на основе виртуального скрининга

3.5. Оптимизация анти-вич активности бензофуроксанов и бензофуразанов

3.5.1. Определение и анализ фрагментов молекул, вносящих наибольший вклад в ингибирование интегразы

3.5.2. Прогноз побочных эффектов и токсичности

3.5.3. Сравнение фармакологических профилей оригинальных и известных из литературы ингибиторов интегразы

3.5.4. Сравнение фармакокинетических характеристик оригинальных и известных из литературы ингибиторов интегразы

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Таблица 1. Прогноз спектров токсичности/побочных эффектов

для исследуемых БФКС и БФЗ

Таблица 2. Сравнение оценок ADME характеристик для 22-х

изучаемых соединений БФКС и БФЗ

Таблица 3. Оценки ADME характеристик для выборки II

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Поиск и оптимизация свойств новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 на основе компьютерного прогноза»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность работы. С момента регистрации первых случаев заболевания в 1981 году [1], к настоящему времени СПИД рассматривается в качестве одной из самых опасных пандемий. В 1986 г. начались клинические испытания первых антиретровирусных препаратов. Результатом проведенных исследований стало применение в клинике HAART - высокоактивной антиретровирусной терапии [2]. Несмотря на принимаемые профилактические меры, число людей, инфицированных ВИЧ, растет ежегодно во всем мире на 2,6 млн. человек [3]. По данным Объединенной программы ООН по СПИД (UNAIDS) [4], приведенным в ежегодном «Докладе о развитии эпидемии СПИД», всего к концу 2012 г. 34,3 млн. человек в мире были ВИЧ-инфицированными. В России на конец 2012 г. официально зарегистрировано свыше 650 тысяч больных ВИЧ-1, а согласно существующим оценкам, количество инфицированных может составлять от 860 тысяч до 1,4 миллиона человек.

Используемые в настоящее время лекарственные препараты для терапии ВИЧ/СПИД обладают значительными недостатками: существенные побочные эффекты, высокая стоимость лечения, возникновение резистентности [5]. В связи с этим, актуальной проблемой является поиск и создание новых высокоэффективных лекарственных препаратов, направленных на подавление вирусной активности в организме. Одним из наиболее актуальных направлений считается разработка ингибиторов интегразы ВИЧ-1 [6].

Интеграза ВИЧ-1 является одним из трех ферментов, необходимых для реализации жизненного цикла вируса. В ходе взаимодействия с клетками человека, интеграза (ИН) ВИЧ-1 катализирует две реакции - З'-процессинг и реакцию переноса цепи. На стадии 3'-процессинга интеграза ВИЧ-1 отщепляет ди- и тринуклеотиды с 3'-концов вирусной ДНК, заменяя их на -ОН группы, в то время как на стадии реакции переноса цепи интеграза

встраивает вирусную ДНК в хромосомную ДНК [7]. Отсутствие гомологов интегразы ВИЧ-1 в организме человека позволяет рассматривать ингибиторы интегразы ВИЧ-1 в качестве перспективных антиретровирусных веществ. Первая информация о ингибиторах интегразы ВИЧ-1 была опубликована в 1992 году [8]. Первый ингибитор интегразы ВИЧ-1, Ралтегравир, был разрешен к медицинскому применению только в конце 2007 года. Уже через год применения Ралтегравира в клинике были отмечены первые случаи возникновения резистентности к препарату [9], что указывает на необходимость поиска новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1.

В последние 20 лет в поиске и оптимизации новых физиологически активных веществ широко применяются методы компьютерного конструирования лекарств, основанные на информации о структуре белка-мишени и/или о структуре и активности известных лигандов [10,11]. В случае интегразы ВИЧ-1 применение методов, основанных на структуре белка-мишени, затруднено, поскольку пространственная структура полноразмерного белка до сих пор не установлена. Построено несколько теоретических моделей, на основе которых предпринимаются попытки моделирования фермент-лигандного взаимодействия [12, 13]. В ряде работ с использованием компьютерных методов найден ряд соединений, ингибирующих интегразу ВИЧ-1. В частности, на основе данных об известных ингибиторах интегразы были построены модели фармакофоров и с их использованием осуществлен виртуальный скрининг новых ингибиторов ИН среди коммерчески доступных образцов химических соединений [14, 15]. Поскольку для разработки лекарственного препарата, наряду со специфической активностью, необходимо обеспечить наличие адекватных фармакокинетических и фармакодинамических свойств новых соединений, компьютерное прогнозирование этих характеристик является дополнительным критерием для отбора перспективных веществ [16].

Исходя из вышесказанного, целью нашей работы явилась разработка и апробация подхода к поиску и оптимизации in silico свойств базовых структур новых соединений, ингибирующих интегразу ВИЧ-1.

Для достижения данной цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Формирование репрезентативной обучающей выборки по известным ингибиторам интегразы ВИЧ-1, протестированным в сопоставимых условиях эксперимента, и проведение процедуры обучения программы PASS.

2. Прогнозирование активности для коммерчески доступных химических соединений, отбор веществ-кандидатов (hits) и тестирование их активности in vitro.

3. Компьютерная оценка вкладов структурных элементов ингибиторов интегразы ВИЧ-1 в проявление активности и экспериментальная валидация выявленных закономерностей.

4. Сравнительная оценка фармакодинамических и фармакокинетических характеристик новых активных соединений и известных из литературы ингибиторов интегразы ВИЧ-1.

Научная новизна. Впервые сформирована репрезентативная обучающая выборка по ингибиторам интегразы ВИЧ-1, протестированных в сопоставимых условиях эксперимента, на основе которой реализована компьютерная программа для отбора in silico новых активных соединений. С использованием разработанного нами компьютерного подхода выявлены оригинальные ингибиторы интегразы из класса бензофуроксанов и бензофуразанов, активность которых была подтверждена в эксперименте in vitro. Анализ взаимосвязей «структура-активность» известных из литературы и найденных в нашей работе ингибиторов интегразы ВИЧ-1 позволил установить структурные элементы, ответственные за проявление активности,

на основе чего проведен компьютерный дизайн новых более активных соединений.

Научно-практическая значимость. Продемонстрирована

эффективность применения разработанного нами метода компьютерного прогнозирования ингибирования интегразы ВИЧ-1 для отбора новых активных соединений. Выявлены новые ингибиторы интегразы ВИЧ-1 из класса бензофуроксанов и бензофуразанов, лучшие из которых проявляют активность на уровне значений 1С50~0,5 мкМ. Расчетная оценка фармакодинамических и фармакокйнетических характеристик выявленных в работе активных веществ указывает на их преимущества по сравнению с известными в настоящее время ингибиторами интегразы ВИЧ-1, что позволяет рассматривать их в качестве базовых структур новых анти-ВИЧ препаратов.

Работа выполнена при частичной финансовой поддержке грантов МНТЦ № 3197 и Министерства образования и науки РФ (трехстороннее соглашение № 8274).

Апробация работы. Основные положения диссертации были доложены на российских и международных симпозиумах и конференциях: 3rd International Symposium "Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources", Shanghai (China), 2005; III Международный симпозиум «Компьютерное обеспечение химических исследований», Ярославль, 2006; IV Московской международный конгресс «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 2007; XIV Российский национальный конгресс «Человек и лекарство», Москва, 2007; 4rd International Symposium «Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources», Moscow (Russia), 2007; 4th International Conference "Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanobiotechnologies for Medicine", Moscow-Nizhny Novgorod-Moscow, 2008;

XVI Российский национальный конгресс «Человек и лекарство», Москва, 2009.

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 14 научных работ в российских и международных научных изданиях, в том числе 4 статьи в рецензируемых научных журналах, входящих в список ВАК, и 10 публикаций в сборниках научных конференций.

Объем и структура диссертации. Диссертация содержит: введение, обзор литературы, описание материалов и методов исследований, описание результатов и обсуждения, заключение, выводы, список литературы, включающий 186 наименований (7 - отечественных, 179 - зарубежных) и 3 приложения. Диссертационная работа изложена на 119 страницах машинописного текста и содержит 21 рисунок и 8 таблиц.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Структура и морфология вируса иммунодефицита человека

ВИЧ относится к семейству ретровирусов, подсемейству лентивирусов. Лентивирусы вызывают хронические инфекции с длинным латентным периодом, персистирующей репродукцией вируса и поражением ЦНС. Возбудители типичных лентивирусных инфекций — вирус висны, вызывающий заболевание у овец, вирус иммунодефицита обезьян и вирус кошачьего иммунодефицита.

Зрелые вирионы вируса иммунодефицита человека имеют сферическую форму, их размеры не превышают 100-120 нм в диаметре. Снаружи вирус окружен липидной мембраной, в которую встроены 72 гликопротеиновых комплекса. Каждый из этих комплексов образован тремя молекулами поверхностного гликопротеина (gpl20) и тремя молекулами гликопротеина, пронизывающего мембрану (gp41). Связь между gpl20 и gp41 довольно слабая, и поверхностный гликопротеин может спонтанно отсоединяться от вируса. Поэтому gpl20 обнаруживается в сыворотке крови [17], а также в лимфоидной ткани ВИЧ-инфицированных пациентов [18]. При отпочковывании ВИЧ-1 от клетки ее мембранные белки, в том числе HLA классов I и II, и молекулы адгезии, в частности ICAM-1 (Inter-Cellular Adhesion Molecule 1), встраиваются в липидную мембрану вируса. Изнутри к липопротеиновой оболочке прилегает матриксный белок р17. Сердцевину вируса (капсид) составляет капсидный белок р24, который окружает белково-нуклеиновый комплекс: две молекулы вирусной РНК, связанные с протеином р7 и обратной транскриптазой рбб. Вирус содержит все необходимые для репликации ферменты: обратную транскриптазу, интегразу р32 и протеазу pi 1 [19].

Репродукция большинства ретровирусов определяется тремя генами: gag, pol и env (рис. 1). Название генов произошло от кодируемых ими белков:

gag — «groupantigen» (капсидный белок), pol — «polymerase» (полимераза), env — «envelope» (белки внешней оболочки) [20]. Классическая схема генома ретровирусов записывается как 5' LTR-gag-pol-env-LTR 3'. Оба конца генома содержат длинные концевые повторы LTR [21], которые обеспечивают интеграцию в клеточный геном и вирусных белков не кодируют. Гены gag и env кодируют белки капсида и внешней оболочки, ген pol — обратную транскриптазу и другие ферменты. Среди 9000 пар нуклеотидов генома ВИЧ содержится еще шесть генов — vif, vpu, vpr, tat, rev и nef. Ранее гены nef, vif, vpr и vpu называли дополнительными, поскольку репликация in vitro возможна и без их участия. В последние годы функция этих генов и кодируемых ими белков была уточнена. Установлено, что продукты генов nef, tat и rev синтезируются в ранней фазе репликации ВИЧ.

\ р32 интегроза

pi 1 p6i протеаад обратная

транс «риггтаза

Рис. 1. Геном ВИЧ-1.

Регуляторные белки tat и rev накапливаются в ядре и связываются с определенными участками вирусной РНК: первый - с трансактивируемым регуляторным элементом (TAR) в области длинных концевых повторов, второй — с rev-чувствительным регуляторным элементом (RRE) в области гена env. Белок tat активирует транскрипцию промоторной области длинных

концевых повторов и необходим для репликации вируса почти во всех культурах клеток. Для функционирования белка tat необходимо присутствие клеточного кофактора — циклина Т1 [22]. Белки tat и rev стимулируют транскрипцию провирусной ДНК в РНК, элонгацию РНК, транспорт РНК из ядра в цитоплазму и необходимы для трансляции. Белок rev обеспечивает также транспорт компонентов вируса из ядра и переключение синтеза регуляторных белков на синтез структурных белков.

Другой вид вируса иммунодефицита человека - ВИЧ-2, является менее патогенным и передается с меньшей вероятностью, чем ВИЧ-1. Отмечено, что люди, инфицированные ВИЧ-2, обладают также слабым иммунитетом и к ВИЧ-1 [23]. Проведенные детальные исследования свойств ВИЧ-2 показали, что при определенном сходстве с ВИЧ-1, он отличается от последнего по антигенной структуре и по последовательности оснований в нуклеиновых кислотах. ВИЧ-2 более близок по своим свойствам (в том числе по антигенной структуре и составу генетического материала) к вирусу иммунодефицита обезьян (SIV/ВИО), чем к ВИЧ-1 [24].

ВИЧ-1 и ВИЧ-2 инфицируют одни и те же популяции клеток, связываются с одними и теми же СВ4-рецепторами. Проведен анализ полного генома ВИЧ-2. В целом его организация сходна с таковой у ВИЧ-1. В дополнение к классическим ретровирусным генам gag, pol и env оба вируса содержат гены vif, vpr, tat, nef и rev [25].

Одним из наиболее существенных различий между вирусами является наличие у ВИЧ-1 гена vpu, не обнаруживаемого у ВИЧ-2. В тоже время ВИЧ-2 содержит ген vpx, которого нет у ВИЧ-1. Продуктом гена vpu является белок с молекулярной массой 14-16 кД, а гена vpx — белок с молекулярной массой 12-14 кД. Продукт гена vpu участвует в процессах созревания и высвобождения вируса из клетки. Гены tat, ref и nef необходимы для вирусной репликации и экспрессии вирусного генома. Роль генов vif и vpr пока неясна. Полагают, что vif может играть роль в посттрансляционной модификации вирусных белков [26].

Наиболее консервативными участками геномов ВИЧ-1 и ВИЧ-2 являются гены gag и pol. Они имеют 57 и 59% гомологии, соответственно. Менее консервативен участок, кодирующий оболочечные белки, особенно содержащиеся в наружной части оболочки вируса (37% идентичных аминокислот). Было установлено, что большинство цистеиновых остатков в ВИЧ-1 и ВИЧ-2 стабильно, это свидетельствует о том, что третичная структура белка может иметь важное функциональное значение. Важную роль в цитопатогенности ВИЧ отводят С-концу трансмембранного белка gp41. N-конец этого белка обладает уникальной аминокислотной последовательностью, специфичной для ВИЧ-1 и ВИЧ-2. На основе этой уникальности можно осуществить дифференциацию ВИЧ-1 и ВИЧ-2. ВИЧ-2 отличается от ВИЧ-1 по обол очечным гликопротеинам и в меньшей степени -по сердцевинным антигенам. Сыворотки большинства людей, инфицированных ВИЧ-2, не реагируют с оболочечными антигенами ВИЧ-1, но дают перекрестные реакции с антигенами, кодируемыми геном gag [27].

Имеются различия в молекулярной массе белков ВИЧ-1 и ВИЧ-2. В частности, наружный оболочечный гликопротеин имеет молекулярную массу 120 кД, у ВИЧ-2 этот белок имеет молекулярную массу 140 кД. Трансмембранный белок у ВИЧ-2 — 36 кД, а у ВИЧ-1 — 41 кД. Белки кодируемые геном gag у ВИЧ-1 имеют молекулярную массу 24 и 17 кД, а у ВИЧ-2 — 26 и 15 кД.

Глобальная эпидемия ВИЧ-инфекции главным образом обусловлена распространением ВИЧ-1. ВИЧ-2 распространен преимущественно в Западной Африке. В подавляющем большинстве случаев, если не оговорено иначе, под вирусом иммунодефицита человека подразумевается ВИЧ-1.

1.2. Жизненный цикл ВИЧ-1

Жизненный цикл вируса ВИЧ-1 рассматривается в рамках двух

различных фаз развития инфекционного процесса. Начальный, достаточно

13

короткий период, характеризуется прикреплением вируса, проникновением, обратной транскрипцией, проникновением внутрь ядра клетки и интеграцией в молекулу ДНК с формированием так называемого провируса. Вторая фаза происходит в течение всего жизненного цикла инфицированной клетки, по мере того, как вирусные и клеточные белки регулируют образование других вирусных белков, а также новых инфекционных вирионов. На рис. 2 схематично представлены основные внутриклеточные этапы репликации

Рис. 2. Жизненный цикл вируса ВИЧ. (1) - связывание с рецепторами лимфоцита; (2) - проникновение вируса (РНК) внутрь клетки; (3) - обратная транскрипция и образование ДНК провируса; (4) - интеграция ДНК провируса в геном клетки-хозяина; (5) - репликация вируса с образованием РНК праймеров новых вирусных частиц; (6) - выход РНК новых вирусных частиц из ядра в цитоплазму; (7) - отпочкование, инкапсулирование и формирование новых вирусных частиц, выход в тканевую жидкость.

вируса ВИЧ [28].

1.2.1. Связывание с рецепторами и ко-рецепторами иммунных клеток

Жизненный цикл вируса начинается с момента прикрепления вирусного белка §р120 к молекуле С04 на поверхности Т-лимфоцита. Роль СЭ4 в патогенезе ВИЧ-инфекции была впервые установлена в 1984 году [29]. Молекулы СБ4, в основном, обнаруживаются на Т-лимфоцитах, ответственных за хелперную и индьюсерную функции иммунной системы.

Кристаллографические исследования позволили установить, что, для связывания с рецептором СБ4, вирусный белок §р120 имеет специальный домен, представляющий собой своеобразную структурную деформацию молекулы. Показано [30], что конкретный участок рецептора СБ4, предназначенный для связывания с вирусом, ассоциирован с аминокислотой фенилаланином в 43-й позиции. Также была продемонстрирована роль углеводных молекул - гликозамингликанов в связывании с молекулой §р120 при участии хемокиновых рецепторов [31].

Долгое время считалось, что СБ4 является единственной молекулой, ответственной за связывание вируса с иммунными клетками. Однако в последующем, было установлено [32], что, даже несмотря на удаление СБ4-рецептора, способность Т-лимфоцитов к инфицированию вирусом ВИЧ сохранялась. Эти данные свидетельствовали о том, что, помимо С04-рецептора, существуют дополнительные клеточные факторы, необходимые для связывания и проникновения вируса, однако природа этих дополнительных факторов длительное время оставалась неустановленной.

К середине 90-х годов стало ясно, что существуют две разновидности

вируса ВИЧ. Одна из них предпочтительно связывается с Т-лимфоцитами, а

другая - с макрофагами. Такое предпочтительное связывание было

охарактеризовано, как «тропизм» вируса к Т-лимфоцитам или макрофагам, а

соответствующие разновидности вируса были названы, как Т-тропные и М-

тропные, соответственно [33]. Позднее было показано, что, помимо молекулы

С04, для связывания вируса ВИЧ необходимо присутствие вспомогательных

15

рецепторов, или так называемых ко-рецепторов. В частности, в исследованиях, проведенных в 1995-1996 годах, было установлено, что такими ко-рецепторами являются молекула СХСЯ4 (фузин) для вирусов, тропных к Т-лимфоцитам и ССЯ - для вирусов, тропных к макрофагам. Оба ко-рецептора вируса ВИЧ принадлежат к семейству так называемых трансмембранных белков в [34].

Все рецепторы различаются между собой тем, что они способны связываться со свойственными только лишь им лигандами. Как указывалось, выше, лигандом для рецептора СЭ4 является вирусный белок gpl20. Естественным лигандом Т-лимфоцитарного ко-рецептора СХСЯ4 является так называемый стромальный клеточный фактор - 8БР-1. Показано [34], что данный лиганд, вместе с антителами к рецептору СХСЯ4, способен эффективно блокировать проникновение Т-тропных вирусов. Модель связывания М-тропных и Т-тропных вирусов с ССЯ5 и СХС114 ко-рецепторами и роль соответствующих лигандов представлена на рис. 3.

Н|\/-1 тропный к макрофагам

Н1\/-1 с двойной тропностью

макрофаг

Т-лимфоцит С04+

Н1Х/-1 тропный к Т-лимфоцитам

( А/ ГА/Л

Ул/А/) 1 ~

Т-лимфоцитарная клеточная линия

Рецепторы и лиганды:

С04

ССР!5

Ьо

£7

СХСИ4

РАЫТЕЭ, М1Р-1а

Рис. 3. Модель связывания М-тропных и Т-тропных вирусов с ССЯ5 и

СХСЯ4 ко-рецепторами и роль соответствующих лигандов [35].

16

Лигандами для ко-рецептора CCR5, связывающего М-тропные вирусы, являются так называемые СС-хемокины (цитокины, участвующие в регуляции воспаления и являющиеся хемоаттрактантами). К СС-хемокинам относятся такие, как провоспалительный протеин 1а - М1Р-1а (macrophage inflammatory protein-1а), MIP-lp, и вещество называемое RANTES (regulated on activation, normal T cell expressed and secreted). Описано [36], что ко-рецептор М-тропных вирусов CCR5 способен связываться со всеми тремя р-хемокинами - RANTES, MIP-la и MIP-lp. Причем, указанные СС-хемокины способны подавлять инфицирование активированных CD4+ Т-лимфоцитов вирусом ВИЧ.

1.2.2. Проникновение вируса внутрь клетки

Для начала процесса обратной транскрипции вирус должен внедрить в клетку белок циклофилин А, который предназначен для прикрепления вирусного капсидного белка р17. При отсутствии циклофилина происходит блокирование последующего включения вируса в клетку. Циклофилин по своей природе является связывающим белком для циклоспорина - известного иммунодепрессанта, подавляющего активацию Т-лимфоцитов. Это дает ' основание полагать, что процесс внедрения вируса, в той или иной мере, ассоциирован с активацией Т-лимфоцитов [37].

1.2.3. Обратная транскрипция и вирусная репликация

После проникновения вируса внутрь клетки, происходит процесс обратной транскрипции, который характеризуется образованием молекулы ДНК (провируса) из вирусной РНК. Этот процесс происходит в цитоплазме лимфоцита и требует наличия четырех компонентов: 1) вирусной РНК; 2) транспортной РНК - праймера, на шаблоне которой строится ДНК; 3) фермента обратной транскриптазы и 4) нуклеозидов цитоплазмы [38].

Процесс обратной транскрипции завершается образованием провируса (вирусной ДНК) из вирусной РНК и, на данном этапе, молекула вирусной ДНК перемещается в ядро клетки, где встраивается в хромосому. Это явление, называемое интеграцией, происходит при участии другого вирусного белка -интегразы. Находясь в составе хромосомы, провирус может в течение длительного времени находиться в неактивном состоянии, но в конечном итоге начинает кодировать синтез вирусных белков и образовывать другие вирусные копии. Этот процесс, собственно, и называется вирусной репликацией [38]. Многократный процесс репликации приводит к формированию большого количества вирусных частиц, которые заполняют кровь и тканевые жидкости инфицированного больного. Данное явление ассоциируется с понятием вирусной нагрузки. Оценку эффективности и мониторинг антиретровирусной терапии необходимо проводить на основании определения степени вирусной нагрузки, которая обратно коррелирует со степенью подавления вирусной репликации.

1.2.4. Регуляция вирусной репликации

Интенсивность репликации вируса зависит от множества внешних факторов, таких, как наличие цитокинов, а также от степени клеточной активации. Молекулярными факторами, ответственными за регулирование вирусной репликации, являются факторы каппа-В клеточного ядра (№"-кВ). Они относятся к семейству факторов транскрипции, ведущих к каскаду процессов, способствующих экспрессии вирусного генома [39].

Уникальным свойством ВИЧ-1 является то, что экспрессия вируса

регулируется ферментами клетки-хозяина. В частности, транскрипция

провируса инициируется при помощи фермента РНК-полимеразы II. При этом

матричная РНК вируса и геномная реплика подвергаются обработке

клеточными ферментами (сращиваются, инкапсулируются, подвергаются

полиаденилированию) и транспортируются в цитоплазму, где происходит

18

синтез вирусных белков. Процесс сращивания фрагментов вирусной РНК является ключевым, поскольку он определяет тип вирусных белков, которые в последующем должны синтезироваться. Данный процесс контролируется регуляторным белком rev.

На ранней стадии инфекции активированные лимфоциты образуют матричную РНК, ответственную за кодирование регуляторных белков. Белками, кодируемыми такой матричной РНК, являются tat, rev, и nef. Белок tat усиливает активность промоторов вирусной РНК, главным образом путем удлинения РНК, в результате чего вирус способен производить большее количество вирусных антигенов. Белок rev подавляет процесс сращивания фрагментов РНК вируса. В результате накопления белков rev происходит усиление экспрессии фрагментированных частиц вирусной РНК, которые кодируют поздние вирусные белки, такие как gag, pol, env, vpu, vpr и vif. Данный процесс имеет большое значение, поскольку он определяет фазность развития инфекции.

1.2.5. Инкапсулирование и формирование зрелой вирусной частицы

Другим важным этапом жизненного цикла вируса ВИЧ является

инкапсулирование вирусной РНК [40], которое происходит за счет

специфического сигнала, исходящего из кодона, расположенного между

концом 5' генома и инициирующего кодона для белков gag. В отсутствие

такого сигнала происходит формирование зрелых вирусных частиц,

лишенных геномной РНК. Сборка вирусной частицы осуществляется на

клеточной мембране лимфоцита, при участии белков р7 и р17, кодируемых

белком gag, а также поверхностных белков gp41 и gpl20. Собранная и

инкапсулированная вирусная частица включает поверхностные белки,

клеточную мембрану и ассоциированные клеточные белки, включая матрицу,

состоящую из белка р17 и внутреннего стержня, представленного РНК,

вирусными ферментами (обратной транскриптазой и интегразой), а также

19

вирусными белками р7, р24, ург и р 6. Зрелая вирусная частица характеризуется формированием своеобразных выступов на поверхности лимфоцита. В таком виде и завершается жизненный цикл вируса ВИЧ.

1.3. Антиретровирусные препараты

В настоящее время для лечения ВИЧ-инфекции используют пять групп антиретровирусных препаратов: нуклеозидные и нуклеотидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ), ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ), ингибиторы протеазы (ИП), ингибиторы реакции переноса цепи интегразы, а также препараты, блокирующие проникновение ВИЧ в клетку-мишень, путем воздействия на ко-рецепторы ССЯ5 или СХСЯ4 и ингибиторы слияния ВИЧ, блокирующие прикрепление поверхностного гликопротеидом внешней оболочки — ёр!20 — к рецептору СБ4. Всего разрешено к медицинскому применению 24 препарата, в том числе комбинированные лекарственные формы. В ближайшие годы, скорее всего, будут разрешены к применению многие из разрабатываемых в настоящее время новых препаратов. Кроме того, проводятся исследования возможностей иммунотерапии ВИЧ-инфекции с использованием вакцин и цитокинов (интерферонов, интерлейкинов).

1.3.1. Нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы ВИЧ (НИОТ)

Как следует из названия, действие нуклеозидных ингибиторов обратной

транскриптазы направлено на обратную транскриптазу — фермент ВИЧ-1.

НИОТ являются конкурентными заместителями природных, эндогенных

нуклеозидов, аналогами которых они являются и от которых отличаются лишь

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Дружиловский, Дмитрий Сергеевич, 2013 год

СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Siegal F.P., Lopez С., Hammer G.S., Brown А.Е., Kornfeld S.J., Gold J., Hassett J., Hirschman S.Z., Cunningham-Rundles C., Adelsberg B.R. Severe acquired immunodeficiency in male homosexuals, manifested by chronic perianal ulcerative herpes simplex lesions. // N. Engl. J. Med. 1981. Vol. 305(24). P. 1439-44.

2. Vella S., Palmisano L. Antiretroviral therapy: state of the HAART. // Antiviral Res. 2000. Vol. 45(1). P. 1-7.

3. De Cock K.M., Jaffe H.W., Curran J.W. Reflections on 30 years of AIDS. // Emerg. Infect. Dis. 2011. Vol. 17(6). P. 1044-1048.

4. Joint United Nations Programme on HIV/AIDS: [сайт]. URL: http://www.unaids.org.

5. Thompson M.A., Aberg J.A., Hoy J.F., Telenti A., Benson C., Cahn P., Eron J.J., Gunthard H.F., Hammer S.M., Reiss P., Richman D.D., Rizzardini G., Thomas D.L., Jacobsen D.M., Volberding P.A. Antiretroviral treatment of adult HIV infection: 2012 recommendations of the International Antiviral Society-USA panel. //JAMA. 2012. Vol. 308(4). P. 387-402.

6. Karmon S.L., Markowitz M. Next-generation integrase inhibitors: where to after raltegravir? // Drugs. 2013. Vol. 3. P. 213-228.

7. Cara A., Guarnaccia F., Reitz M.S., Gallo R.C., Lori F. Self-limiting, cell type-dependent replication of an integrase-defective human immunodeficiency virus type 1 in human primary macrophages but not T lymphocytes. // Virology. 1995. Vol. 208(1). P. 242-248.

8. Cushman M., Sherman P. Inhibition of HIV-1 integration protein by aurintricarboxylic acid monomers, monomer analogs, and polymer fractions. //Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992. Vol. 185(1). P. 85-90.

9. Daar E.S. Emerging resistance profiles of newly approved antiretroviral drugs. //Top HIV Med. 2008. Vol. 16(4). P. 110-116.

10. Barreca M.L., Iraci N., De Luca L., Chimirri A. Induced-fit docking approach provides insight into the binding mode and mechanism of action of HIV-1 integrase inhibitors. // Chem. Med. Chem. 2009. Vol. 4(9). P. 1446-1456.

11. Ferro S., De Luca L., Barreca M.L., De Grazia S., Christ F., Debyser Z., Chimirri A. New chloro, fluorobenzylindole derivatives as integrase strandtransfer inhibitors (INSTIs) and their mode of action. // Bioorg. Med. Chem. 2010. Vol. 18(15). P. 5510-5518.

12. Ercan S., Pirinccioglu N. Computational design of a full-length model of HIV-1 integrase: modeling of new inhibitors and comparison of their calculated binding energies with those previously studied. // SAR and QSAR in Environ. Res. 2013. Vol. 24(7). P. 581-595.

13. Sun X.H., Guan J.Q., Tan J J., Liu C., Wang C.X. 3D-QSAR studies of quinoline ring derivatives as HIV-1 integrase inhibitors. // SAR and QSAR Environ. Res. 2012. Vol. 7-8. P. 683-703.

14. Liao C., Nicklaus M.C. Computer tools in the discovery of HIV-1 integrase inhibitors. // Future Med. Chem. 2010. Vol. 2(7). P. 1123-40.

15. Bak A., Magdziarz T., Polanski J. Pharmacophore-based database mining for probing fragmental drug-likeness of diketo acid analogues. // SAR and QSAR Environ. Res. Vol. 23(1-2). P. 185-204.

16. Moss D.M., Siccardi M., Back D.J., Owen A. Predicting intestinal absorption of raltegravir using a population-based ADME simulation. // J. Antimicrob. Chemother. 2013. Vol. 68(7). P. 1627-34.

17. Oh S.Y., Cruickshank W.W., Raina J. Identification of HIV-1 envelope glykoprotein in the serum of AIDS and ARC patients. // J. Acquired Immune Defic. Syndr. 1992. Vol. 5. P. 251.

18. Sunila I., Vaccarezza M., Pantaleo G., Fauci A.S., Orenstein J.M. Gpl20 is present on the plasma membrane of apoptotic CD4 cells prepared from lymph nodes of HIV-1-infected individuals: an immunoelectron microscopic study. //AIDS. 1997. Vol. 11. P. 27-32.

19. Gelderblom H.R., Gentile M., Scheidler A., Ozel M., Pauli G. Zur Struktur und Funktion bei HIV. // AIFO. 1993. Vol. 5. P. 231.

20. Cullen B.R. Regulation of HIV-1 gene expression. // FASEB J. 1991. Vol. 5(10). P. 2361-2368.

21. Craigie R., Bushman F.D. HIV DNA integration. // Cold Spring Harb. Perspect Med. 2012. Vol. 2(7). P. 18.

22. Wei P., Garber M.E., Fang S.M., Fischer W.H., Jones K.A. A novel CDK9-associated C-type cyclin interacts directly with HIV-1 Tat and mediates its high-affinity, loop-specific binding to TAR RNA. // Cell. 1998. Vol. 92. P. 451-462.

23. Clavel F., Guyader M., Guetard D., Salle M., Montagnier L., Alizon M. Molecular cloning and polymorphism of the human immune deficiency virus type 2. // Nature. 1986. Vol. 324(6098). P. 691-695.

24. Clavel F., Guetard D., Brun-Vezinet F., Chamaret S., Rey M.A., Santos-Ferreira M.O., Laurent A.G., Dauguet C., Katlama C., Rouzioux C. Isolation of a new human retrovirus from West African patients with AIDS. // Science. 1986. Vol. 233(4761). P. 343-346.

25. Taveira N.C., Ferreira M.O., Pereira J.M. Amplification of full-length HIV-2 envelope genes. // Mol. Cell Probes. 1996. Vol. 10(2). P. 91-98.

26. Yamaguchi J., Devare S.G., Brennan C.A. Identification of a new HIV-2 subtype based on phylogenetic analysis of full-length genomic sequence. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2000. Vol. 16(9). P. 925-930.

27. Santhosh C.V., Tamhane M.C., Mukhopadhyaya R., Mukhopadhyaya R. Full-length genome characterization of an HIV type 2 isolate from India. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2008. Vol. 24(10). P. 1315-1317.

28. Sharman A. Acquired immune deficiency syndrom. // NeiroNex. Bethesda. MD. USA. 2006. P. 305.

29. Klatzmann D., Champagne E., Chamaret S., Gruest J., Guetard D., Hercend T., Gluckman J.C., Montagnier L. T-lymphocyte T4 molecule behaves as the

receptor for human retrovirus LAV. // Nature. 1984. Vol. 312(5996). P. 767768.

30. Wyatt R., Sodroski J. The HIV-1 envelope glycoproteins: fusogens, antigens, and immunogens. // Science. 1998. Vol. 280. № 5371. P. 1884-1888.

31. Reitter J.N., Means R.E., Desrosiers R.C. A role for carbohydrates in immune evasion in AIDS. // Nat. Med. 1998. Vol. 4(6). P. 679-684.

32. Broder C.C., Berger E.A. Fusogenic selectivity of the envelope glycoprotein is a major determinant of human immunodeficiency virus type 1 tropism for CD4+ T-cell lines vs. primary macrophages. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. Vol. 92(19). P. 9004-9008.

33. Shioda T., Levy J.A., Cheng-Mayer C. Macrophage and T cell-line tropisms of HIV-1 are determined by specific regions of the envelope gpl20 gene. // Nature. 1991. Vol. 349(6305). P. 167-169.

34. Bleul C.C., Farzan M., Choe H., Parolin C., Clark-Lewis I., Sodroski J., Springer T.A. // The lymphocyte chemoattractant SDF-1 is a ligand for LESTR/fusin and blocks HIV-1 entry. Nature. 1996. Vol. 382(6594). P. 829833.

35. Thomson M.M., Perez-Alvarez L., Najera R. Molecular epidemiology of HIV-1 genetic forms and its significance for vaccine development and therapy. // Lancet Infect Dis. 2002. Vol. 2(8). P. 461-471.

36. Cocchi F., DeVico A.L., Garzino-Demo A., Arya S.K., Gallo R.C., Lusso P. Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells. // Science. 1995. Vol. 270(5243). P. 1811-1815.

37. Sherry B., Zybarth G., Alfano M., Dubrovsky L., Mitchell R., Rich D., Ulrich P., Bucala R., Cerami A., Bukrinsky M. Role of cyclophilin A in the uptake of HIV-1 by macrophages and T lymphocytes. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. Vol. 95(4). P. 1758-1763.

38. Hu W.S., Hughes S.H. HIV-1 reverse transcription. // Cold Spring Harb.

PerspectMed. 2012. Vol. 2(10). P. 1-22.

103

39. Nabel G., Baltimore D. An inducible transcription factor activates expression of human immunodeficiency virus in T cells. // Nature. 1987. Vol. 326(6114). P. 711-713.

40. Ganser-Pornillos B.K., Yeager M., Pornillos O. Assembly and architecture of HIV. //Adv. Exp. Med. Biol. 2012. Vol. 726. P. 441-465.

41. Galli M., Ridolfo A.L., Adorni F., Gervasoni C., Ravasio L., Corsico L., Gianelli E., Piazza M., Vaccarezza M., d'Arminio Monforte A., Moroni M. Body habitus changes and metabolic alterations in protease inhibitor-naive HIV-1-infected patients treated with two nucleoside reverse transcriptase inhibitors. // J Acquir. Immune. Defic. Syndr. 2002. Vol. 29. P. 21-31.

42. Brinkman K., Smeitink J.A., Romijn J.A., Reiss P. Mitochondrial toxicity induced by nucleoside-analogue reverse-transcriptase inhibitors is a key factor in the pathogenesis of ART-related lipodystrophy. // Lancet. 1999. Vol. 354. P. 1112-1115.

43. Yarchoan R., Broder S. Development of antiretroviral therapy for the acquired immunodeficiency syndrome and related disorders. // N. Engl. J. Med. 1987. Vol. 316(9). P. 557-564.

44. Покровский B.B., Краевский A.A., Юрин О.Г., Бурова Н.В., Колесник А.Н., Воронин Е.Е., Мошкович Г.Ф., Афонина Л.Ю., Балаганин В.А., Молодов И.Б. Фосфатизид - новый отечественный противоретровирусный препарат. // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2001. № 1. С. 43-45.

45. Галегов Г.А. Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы в терапии ВИЧ-инфекции. // Антибиотики и химиотерапия. 2005. №4. С. 23-26.

46. Deeks S.G., Smith М., Holodniy М., Kahn J.O. HIV-1 protease inhibitors. A review for clinicians. // JAMA. 1997. Vol. 277. P. 145-53.

47. Ho D.D. Time to hit HIV, early and hard. // N. Engl. J. Med. 1995. Vol. 333. P. 450-451.

48. Hammer S.M., Squires K.E., Hughes M.D. A controlled trial of two nucleoside analogues plus indinavir in persons with HIV infection and CD4 cell counts of 200 per cubic millimeter or less. AIDS Clinical Trials. // N. Engl. J. Med. 1997. Vol. 337. P. 725-733.

49. Cameron D.W., Heath-Chiozzi M., Danner S., Cohen C., Kravcik S., Maurath C., Sun E., Henry D., Rode R., Potthoff A., Leonard J. Randomised placebo-controlled trial of ritonavir in advanced HIV-1 disease. // Lancet. 1998. Vol. 351. P. 543-549.

50. Stellbrink H.J., Hawkins D.A., Clumeck N., Cooper D.A., Myers R., Delfraissy J.F. Randomised, multicentre phase III study of saquinavir plus zidovudine plus zalcitabine in previously untreated or minimally pretreated HIV-infected patients. // Clin. Drug. Invest. 2000. Vol. 20. P. 295-307.

51. Este J.A., Telenti A. HIV entry inhibitors. // Lancet. 2007. Vol. 370(9581). P. 81-88.

52. Liu S., Lu H., Zhao Q., He Y., Niu J., Debnath A.K., Wu S., Jiang S. Theaflavin derivatives in black tea and catechin derivatives in green tea inhibit HIV-1 entry by targeting gp41. // Biochim. Biophys. Acta. 2005. Vol. 1723. P. 270-281.

53. Баранова E.O., Шастина H.C., Швец В.И. Полианионные ингибиторы адсорбции ВИЧ. // Биоорганическая химия. 2011. № 37(5). С. 592-608.

54. Leonard J.T., Roy К. The HIV entry inhibitors revisited. // Curr. Med. Chem. 2006. Vol. 13(8). P. 911-934.

55. Hazuda D.J., Young S.D., Guare J.P., Anthony N.J., Gomez R.P., Wai J.S., Vacca J.P., Handt L., Motzel S.L., Klein H.J., Dornadula G., Danovich R.M., Witmer M.V., Wilson K.A., Tussey L., Schleif W.A., Gabryelski L.S., Jin L., Miller M.D., Casimiro D.R., Emini E.A., Shiver J.W. Integrase Inhibitors and cellular immunity suppress retroviral replication in rhesus macaques. // Science. 2004. Vol. 305. P. 528-532.

56. Profit L. Maraviroc: the evidence for its potential in the management of HIV.

// Core Evid. 2007. Vol. 2(1). P. 1-14.

105

57. Lieberman-Blum S.S., Fung H.B., Bandres J.C. Maraviroc: a CCR5-receptor antagonist for the treatment of HIV-1 infection. // Clin. Ther. 2008. Vol. 30(7). P. 1228-1250.

58. Vermeire K., Schols D., Bell T.W. Inhibitors of HIV infection via the cellular CD4 receptor. Curr. //Med. Chem. 2006. Vol. 13(7). P. 731-743.

59. Тучная O.A., Горлачук O.B., Лившиц B.A., Каширичева И.И., Шастина Н.С., Юркевич A.M., Швец В.И. Синтез анионных производных мио-инозита и других полиолов и исследование их антивирусной активности. // Хим.-фарм. журн. 2008. № 42(1). С. 65-71.

60. Баранова Е.О., Данг Т.Ф.Л., Еремин С.В., Есипов Д.С., Шастина Н.С., Швец В.И. Синтез новых производных димерных аналогов инозитсодержащих фосфолипидов как потенциальных ингибиторов вирусной адсорбции. // Хим.-фарм. журн. 2011. № 45(3). С. 114-121.

61. Zhu К., Dobard С. & Chow S.A. Requirement for integrase during reverse transcription of human immunodeficiency virus type 1 and the effect of cysteine mutations of integrase on its interactions with reverse transcriptase. // J. Virol. 2004. Vol. 78. P. 5045-5055.

62. Brown P.O. In Retroviruses. // Cold Spring Harbor Press. 1998. P. 161-203.

63. Turlure F., Devroe E., Silver P.A. & Engelman, A. Human cell proteins and human immunodeficiency virus DNA integration. // Front. Biosci. 2004. Vol. 9. P. 3187-3208.

64. Cherepanov P., Maertens G., Proost P., Devreese В., Van Beeumen J., Engelborghs Y., De Clercq E., Debyser Z. HIV-1 integrase forms stable tetramers and associates with LEDGF/p75 protein in human cells. // J. Biol. Chem. 2002. Vol. 278. P. 372-381.

65. Violot S., Hong S.S., Rakotobe D., Petit C., Gay В., Moreau K., Billaud G., Priet S., Sire J., Schwartz O., Mouscadet J.F., Boulanger P. The human polycomb group EED protein interacts with the integrase of human immunodeficiency virus type 1. // J. Virol. 2003. Vol. 77. P. 12507-12522.

66. Parissi V., Calmels C., De Soultrait V.R., Caumont A., Fournier M., Chaignepain S., Litvak S. Functional interactions of human immunodeficiency virus type 1 integrase with human and yeast HSP60. // J. Virol. 2001. Vol. 75. P. 11344-11353.

67. Turelli P., Doucas V., Craig E., Mangeat B., Klages N., Evans R., Kalpana G., Trono D. Cytoplasmic recruitment of inil and pml on incoming HIV preintegration complexes. Interference with early steps of viral replication. // Mol. Cell. 2001. Vol. 7. P. 1245-1254.

68. Farnet C., Bushman F.D. HIV-1 cDNA integration: requirement of HMG I (Y) protein for function of preintegration complexes in vitro. // Cell. 1997 Vol. 88. P. 483-492.

69. Bukrinsky M.I., Sharova N., Dempsey M.P., Stanwick T.L., Bukrinskaya A.G., Haggerty S., Stevenson M. Active nuclear import of human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. Vol. 89. P. 6580-6584.

70. Yoder K.E., Bushman F.D. Repair of gaps in retroviral DNA integration intermediates. // J. Virol. 2000. Vol. 74. P. 11191-11200.

71. Engelman A., Cherepanov P. The structural biology of HIV-1: mechanistic and therapeutic insights. // Nat. Rev. Microbiol. 2012. Vol. 10(4). P. 279-290.

72. Ren G., Gao K., Bushman F.D., Yeager M. Single-particle image reconstruction of a tetramer of HIV integrase bound to DNA. // J. Mol. Biol. 2007. Vol. 366(1). P. 286-94.

73. Yin Z., Craigie R. Modeling the HIV-1 Intasome: A Prototype View of the Target of Integrase Inhibitors. // Viruses. 2010. Vol. 2(12). P. 2777-2781.

74. Johnson B.C., Metifiot M., Pommier Y., Hughes S.H. Molecular dynamics approaches estimate the binding energy of HIV-1 integrase inhibitors and correlate with in vitro activity. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2012. Vol. 56(1). P. 411-419.

75. Fesen M.R., Kohn K.W., Leteurtre F., Pommier Y. Inhibitors of human immunodeficiency virus integrase. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1993. Vol. 90. P. 2399-2403.

76. Hazuda D., Iwamoto M., Wenning L. Emerging pharmacology: inhibitors of human immunodeficiency virus integration. // Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2009. Vol. 49. P. 377-394.

77. Melek M., Jones J.M., O'Dea M.H., Pais G., Burke T.R. Jr., Pommier Y., Neamati N., Gellert M. Effect of HIV integrase inhibitors on the RAG1/2 recombinase. //Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2002. Vol. 99. P. 134-137.

78. Lataillade M., Kozal M.J. The hunt for HIV-1 integrase inhibitors. // AIDS Patient Care STDS. 2006. Vol. 20. P. 489-501

79. Pannecouque C., Pluymers W., Van Maele B., Tetz V., Cherepanov P., De Clercq E., Witvrouw M., Debyser Z. New class of HIV integrase inhibitors that block viral replication in cell culture. // Curr. Biol. 2002. Vol. 12. P. 11691177.

80. Mekouar K., Mouscadet J.F., Desmaele D., Subra F., Leh H., Savoure D., Auclair C., d'Angelo J. Styrylquinoline derivatives: a new class of potent HIV-1 integrase inhibitors that block HIV-1 replication in CEM cells. // J. Med. Chem. 1998. Vol. 41. P. 2846-2857.

81. Neamati N., Hong H., Mazumder A., Wang S., Sunder S., Nicklaus M.C., Milne G.W., Proksa B., Pommier Y. Depsides and depsidones as inhibitors of HIV-1 integrase: discovery of novel inhibitors through 3D database searching. // J. Med. Chem. 1997. Vol. 40. P. 942-951.

82. Pluymers W., Neamati N., Pannecouque C., Fikkert V., Marchand C., Burke TR Jr., Pommier Y., Schols D., De Clercq E., Debyser Z., Witvrouw M. Viral entry as the primary target for the anti-HIV activity of chicoric acid and its tetra-acetyl esters. //Mol. Pharmacol. 2000. Vol. 38. P. 641-648.

83. Fesen M.R., Pommier Y., Leteurtre F., Hiroguchi S., Yung J., Kohn K.W.

Inhibition of HIV-1 integrase by flavones, caffeic acid phenethyl ester (CAPE)

and related compounds. // Biochem. Pharmacol. 1994. Vol. 48. P. 595-608.

108

84. Rowley D.C., Hansen M.S., Rhodes D., Sotriffer C.A., Ni H., McCammon J.A., Bushman F.D., Fenical W. Thalassiolins A-C: new marine-derived inhibitors of HIV cDNA integrase. // Bioorg. Med. Chem. 2002. Vol. 10. P. 3619-3625.

85. Nunthaboot N., Lugsanangarm K., Kokpol S., Abd-Elazem I.S. Binding mode prediction of biologically active compounds from plant Salvia Miltiorrhiza as integrase inhibitor. //Bioinformation. 2013. Vol. 9(8). P. 426-431.

86. Cahn P., Sued O. Raltegravir: a new antiretroviral class for salvage therapy. // Lancet. 2007. Vol. 369(9569). P. 1235-1236.

87. Jones J., Taylor В., Wilkin T.J., Hammer S.M. Advances in antiretroviral therapy. // Top HIV Med. 2007. Vol. 15(2). P. 48-82.

88. Cooper D.A., Steigbigel R.T., Gatell J.M., Rockstroh J.K., Katlama C., Yeni P., Lazzarin A., Clotet В., Kumar P.N., Eron J.E., Schechter M., Markowitz M., Loutfy M.R., Lennox J.L., Zhao J., Chen J., Ryan D.M., Rhodes R.R., Killar J.A., Gilde L.R., Strohmaier K.M., Meibohm A.R., Miller M.D., Hazuda D.J., Nessly M.L. Subgroup and resistance analyses of raltegravir for resistant HIV-1 infection. //N. Engl. J. Med. 2008. Vol. 359(4). P. 355-365.

89. Kobayashi M., Nakahara K., Seki Т., Miki S., Kawauchi S., Suyama A., Wakasa-Morimoto C., Kodama M., Endoh Т., Oosugi E., Matsushita Y., Murai H., Fujishita Т., Yoshinaga Т., Garvey E., Foster S., Underwood M., Johns В., Sato A., Fujiwara Т.. Selection of diverse and clinically relevant integrase inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 mutants. // Antiviral. Res. 2008. Vol. 80(2). P. 213-222.

90. MERCK: Isentress. Highlights of prescribing information: [сайт]. URL: http://www.merck.com/product/usa/ pi_circulars/i/isentress/isentress_pi.pdf

91. Markowitz M., Nguyen B.Y., Gotuzzo E., Mendo F., Ratanasuwan W., Kovacs C., Prada G., Morales-Ramirez J.O., Crumpacker C.S., Isaacs R.D., Gilde L.R., Wan H., Miller M.D., Wenning L.A., Teppler H. Protocol 004 Part II Study Team. Rapid and durable antiretroviral effect of the HIV-1 Integrase inhibitor raltegravir as part of combination therapy in treatment-naive patients

with HIV-1 infection: results of a 48-week controlled study. // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2007. Vol. 46(2). P. 125-133.

92. Markowitz M., Nguyen B.Y., Gotuzzo E., Mendo F., Ratanasuwan W., Kovacs C., Prada G., Morales-Ramirez J.O., Crumpacker C.S., Isaacs R.D., Campbell H., Strohmaier K.M., Wan H., Danovich R.M., Teppler H.; Protocol 004 Part II Study Team. Sustained antiretroviral effect of raltegravir after 96 weeks of combination therapy in treatment-naive patients with HIV-1 infection. //J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2009. Vol. 52(3). P. 350-356.

93. Klibanov O.M. Elvitegravir, an oral HIV integrase inhibitor, for the potential treatment of HIV infection. // Curr. Opin. Investig. Drugs, 2009. Vol. 10(2). P. 190-200.

94. Sato M., Motomura T., Aramaki H., Matsuda T., Yamashita M., Ito Y., Kawakami H., Matsuzaki Y., Watanabe W., Yamataka K., Ikeda S., Kodama E., Matsuoka M., Shinkai H. Novel HIV-1 integrase inhibitors derived from quinolone antibiotics. // J. Med. Chem. 2006. Vol. 49(5). P. 1506-1508.

95. Kawaguchi I., Ishikawa T., Ishibashi M., Irie S., Kakee A. Safety and pharmacokinetics of single oral dose of JTK-303/GS 9137, a novel HIV integrase inhibitor, in HIV healthy volunteers. // Program and abstracts of the 13th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections. Denver. USA. 2006. P. 580.

96. DeJesus E., Berger D., Markowitz M., Cohen C., Hawkins T., Ruane P., Elion R., Farthing C., Zhong L., Cheng A.K., McColl D., Kearney B.P., 183-0101 Study Team. Antiviral activity, pharmacokinetics, and dose response of the HIV-1 integrase inhibitor GS-9137 (JTK-303) in treatment-naive and treatment-experienced patients. //J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 2006. Vol. 43(1). P. 1-5.

97. Shimura K., Kodama E., Sakagami Y., Matsuzaki Y., Watanabe W., Yamataka K., Watanabe Y., Ohata Y., Doi S., Sato M., Kano M., Ikeda S., Matsuoka M. Broad antiretroviral activity and resistance profile of the novel

human immunodeficiency virus integrase inhibitor elvitegravir (JTK-303/GS-9137). // J. Virol. 2008. Vol. 82. P. 764-774.

98. Lennox J.L., DeJesus E., Lazzarin A., Pollard R.B., Madruga J.V., Berger D.S., Zhao J., Xu X., Williams-Diaz A., Rodgers A.J., Barnard R.J., Miller M.D., DiNubile M.J., Nguyen B.Y., Leavitt R., Sklar P., STARTMRK investigators. Safety and efficacy of raltegravir-based versus efavirenz-based combination therapy in treatment-naive patients with HIV-1 infection: a multicentre, double-blind randomised controlled trial. // Lancet. 2009. Vol. 374(9707). P. 796-806.

99. Ramanathan S., Kakuda T.N., Mack R., West S., Kearney B.P. Pharmacokinetics of elvitegravir and etravirine following coadministration of ritonavir-boosted elvitegravir and etravirine. // Antivir. Ther. 2008. Vol. 13(8). P. 1011-1017.

100. Mathias A.A., West S., Hui J., Kearney B.P. Dose-response of ritonavir on hepatic CYP3A activity and elvitegravir oral exposure. // Clin. Pharmacol. Ther. 2009. Vol. 85. P. 64-70.

101. Olender S., Wilkin T.J., Taylor B.S., Hammer S.M. Advances in antiretroviral therapy. // Top. Antivir. Med. 2012. Vol. 20(2). P. 61-86.

102. Boyd M.A., Hill A.M. Clinical management of treatment-experienced, HIV/AIDS patients in the combination antiretroviral therapy era. // Pharmacoeconomics. 2010. Vol. 28. Suppl. 1. P. 17-34.

103. Min S., Song I., Borland J., Chen S., Lou Y., Fujiwara T., Piscitelli S.C. Pharmacokinetics and safety of S/GSK1349572, a next-generation HIV integrase inhibitor, in healthy volunteers. // Antimicrob. Agents Chemother. 2010. Vol. 54(1). P. 254-258.

104. Prada N., Markowitz M. Novel integrase inhibitors for HIV. // Expert Opin. Investig. Drugs. 2010. Vol. 19(9). P. 1087-1098.

105. Walsh C.T., Garneau-Tsodikova S., Gatto G.JJr. Protein posttranslational

modifications: The chemistry of proteome diversifications. // Angew. Chem.

Int. Ed. Engl. 2005. Vol. 44. P. 7342-7372.

Ill

106. Ribet D., Cossart P. Pathogen-mediated posttranslational modifications: A re-emerging field. // Cell. 2010. Vol. 143. P. 694-702.

107. Ribet D., Cossart P. Post-translational modifications in host cells during bacterial infection. // FEBS Lett. 2010. Vol. 584. P. 2748-2758.

108. Randow F., Lehner P.J. Viral avoidance and exploitation of the ubiquitin system. // Nat. Cell Biol. 2009. Vol. 11. P. 527-534.

109. Manganaro L., Lusic M., Gutierrez M.I., Cereseto A., Del Sal G., Giacca M. Concerted action of cellular JNK and Pinl restricts HIV-1 genome integration to activated CD4+ T lymphocytes. // Nat. Med. 2010. Vol. 16. P. 329-333.

110. Tsurutani N., Kubo M., Maeda Y., Ohashi T., Yamamoto N., Kannagi M., Masuda T. Identification of critical amino acid residues in human immunodeficiency virus type 1 IN required for efficient proviral DNA formation at steps prior to integration in dividing and nondividing cells. // J. Virol. 2000. Vol. 74. P. 4795-4806.

111. Cereseto A., Manganaro L., Gutierrez M.I., Terreni M., Fittipaldi A., Lusic M., Marcello A., Giacca M. Acetylation of HIV-1 integrase by p300 regulates viral integration. // EMBO J. 2005. Vol. 24. P. 3070-3081.

112. Zheng Y., Ao Z., Wang B., Jayappa K.D., Yao X. Host protein Ku70 binds and protects HIV-1 integrase from proteasomal degradation and is required for HIV replication. // J. Biol. Chem. 2012. Vol. 286. P. 17722-17735.

113. Luo Y., Mark A. Muesing. Prospective strategies for targeting HIV-1 integrase function. // Future Med. Chem. 2010. Vol. 2(7). P. 1055-1060.

114. Vella S., Palmisano L. The Global Status of Resistance to Antiretroviral Drugs. // CID. 2005. Vol. 41. Suppl. 4. P. 239-246.

115. O'Neil P.K., Sun G., Yu H., Ron Y., Dougherty J.P., Preston B.D. Mutational analysis of HIV-1 long terminal repeats to explore the relative contribution of reverse transcriptase and RNA polymerase II to viral mutagenesis. // J. Biol. Chem. 2002. Vol. 277. P. 38053-38061.

116. Eshleman S.H., Guay L.A., Wang J., Mwatha A., Brown E.R., Musoke P.,

Mmiro F., Jackson J.B. Distinct patterns of emergence and fading of K103N

112

and Y181C in women with subtype A vs D after single-dose nevirapine: HIVNET 012 // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2005. Vol. 40. P. 24-29.

117. Youle M. Overview of boosted protease inhibitors in treatment-experienced HIV-infected patients. // J. Antimicrob. Chemother. 2007. Vol. 60. P. 11951205.

118. Julg B., Goebel F.D. HIV Genetic Diversity: Any Implications for Drug Resistance? // Infection. 2005. Vol. 33. P. 299-301.

119. Cellier C., Moreau K., Gallay K., Ballandras A., Gouet P., Ronfort C. In vitro functional analyses of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) integrase mutants give new insights into the intasome assembly. // Virology. 2013. Vol. 439(2). P. 97-104.

120. Stephenson J. The art of 'HAART: researchers probe the potential and limits of aggressive HIV treatments. // JAMA. 1997. Vol. 277(8). P. 614-616.

121. Aboulafia D.M. Regression of acquired immunodeficiency syndrome-related pulmonary Kaposi's sarcoma after highly active antiretroviral therapy. // Mayo Clin. Proc. 1998. Vol. 73(5). P. 439-443.

122. Sanchez T.W., Debnath B., Christ F., Otake H., Debyser Z., Neamati N. Discovery of novel inhibitors of LEDGF/p75-IN protein-protein interactions. // Bioorg. Med. Chem. 2013. Vol. 21(4). P. 957-963.

123. Guo D.L., Zhang X.J., Wang R.R., Zhou Y., Li Z., Xu J.Y., Chen K.X., Zheng Y.T., Liu H. Structural modifications of 5,6-dihydroxypyrimidines with anti-HIV activity. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012. Vol. 22(23). P. 7114-7118.

124. Meng X.Y., Zhang H.X., Mezei M., Cui M. Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery. // Curr. Comput. Aided Drug Des. 2011. Vol. 7(2). P. 146-157.

125. Kier L.B. Molecular orbital calculation of preferred conformations of acetylcholine, muscarine, andmuscarone. //Mol. Pharmacol. 1967. Vol. 3(5). P. 487-494.

126. Young D.C. Computational Drug Design - A Guide for Computational and Medicinal Chemists. // John Wiley & Sons Inc. 2009. New Jersey. USA. P. 307.

127. Adane L., Patel D.S., Bharatam P.V. Shape and chemical feature-based 3D pharmacophore model generation and virtual screening: identification of potential leads for P. falciparum DHFR enzyme inhibition. // Chem. Biol. Drug Des. 2010. Vol. 75. P. 115-126

128. Wolber G., Seidel T., Bendix F., Langer T. Molecule-pharmacophore superpositioning and pattern matching in computational drug design. // Drug Discov. Today. 2008. Vol. 13(1-2). P. 23-29.

129. Sakkiah S., Thangapandian S., John S., Lee K.W. Pharmacophore based virtual screening, molecular docking studies to design potent heat shock protein 90 inhibitors. //Eur. J. Med. Chem. 2011. Vol. 46(7). P. 2937-2947.

130. Hong H., Neamati N., Wang S., Nicklaus M.C., MazumderA., Zhao H., Burke T.R. Jr., Pommier Y., Milne G. W. Discovery of HIV-1 integrase inhibitors by pharmacophore searching. // J. Med. Chem. 1997. Vol. 40. P. 930.

131. Nicklaus M.C., Neamati N., Hong H., Mazumder A., Sunder S., Chen J., Milne G.W., Pommier Y.J. HIV-1 integrase pharmacophore: discovery of inhibitors through three-dimensional database searching. // Med. Chem. 1997. Vol. 40. P. 920.

132. Hazuda D.J., Felock P., Witmer M., Wolfe A., Stillmock K., Grobler J.A., Espeseth A., Gabryelski L., Schleif W., Blau C., Miller M.D. Inhibitors of strand transfer that prevent integration and inhibit HIV-1 replication in cells. // Science. 2000. Vol. 287. P. 646.

133. ZhuangL., Wai J.S., Embrey M.W., FisherT.E., EgbertsonM.S., Payne L. S., Guare J.P. Jr., Vacca J.P., Hazuda D.J., Felock P.J., Wolfe A.L., Stillmock K.A., Witmer M.V., Moyer G., Schleif W.A., Gabryelski L.J., Leonard Y.M., Lynch J.J., Jr., Michelson S.R., Young S.D. Design and synthesis of 8-hydroxy-[l,6]naphthyridines as novel inhibitors of HIV-1 integrase in vitro

and in infected cells. // J. Med. Chem. 2003. Vol. 46. P. 453.

114

134. Mustata G.I., Brigo A., Briggs J.M. HIV-1 integrase pharmacophore model derived from diverse classes of inhibitors. // Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2004. Vol. 14 P. 1447-1454.

135. Zhang X., Pais G.C., Svarovskaia E.S., Marchand C., Johnson A.A., Karki R.G., Nicklaus M.C., Pathak V.K., Pommier Y., Burke T.R. Azido-containing aryl beta-diketo acid HIV-1 integrase inhibitors. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003. Vol. 13. P. 1215.

136. Melek M., Jones J.M., O'Dea M.H., Pais G., Burke T.R. Jr., Pommier Y., Neamati N., Gellert M. Effect of HIV integrase inhibitors on the RAG1/2 recombinase. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2002. Vol. 99. P. 134-137.

137. Cramer R.D., Patterson D.E.; Bunce J.D. Comparative molecular field analysis (CoMFA). 1. Effect of shape on binding of steroids to carrier proteins. //J. Am. Chem. Soc. 1988. Vol. 110. P. 5959-5967.

138. Chen J.C., Krucinski J., Miercke L.J., Finer-Moore J.S., Tang A.H., Leavitt A.D., Stroud R.M. Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding. // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 8233-8238.

139. Wagener M., Sadowski J., Gasteiger J. Autocorrelation of molecular surface properties for modeling corticosteroid binding globulin and cytosolic Ah receptor activity by neural networks. // J. Am. Chem. Soc. 1995. Vol. 117. P. 7769-7775.

140. Silverman B.D., Piatt D.E. Comparative molecular moment analysis (CoMFA): 3D QSAR without molecular superposition. //J. Med. Chem. 1996. Vol.39. P. 2129-2140.

141. Bravi G., Gancia E., Mascagni P., Pegna M., Todeschini R., Zaliani A. MS-WHIM, new 3D theoretical descriptors derived from molecular surface properties: A comparative 3D QSAR study in a series of steroids. // J. Comput.-Aided Mol. Des. 1997. Vol. 11. P. 79-92.

142. Makhija M.T., Kulkarni V.M. QSAR of HIV-1 integrase inhibitors by genetic function approximation method. // Bioorg. Med. Chem. 2002. Vol. 10. P. 1483-1497.

143. Makhija M.T., Kulkarni V.M. Molecular electrostatic potentials as input for the aligment of HIV-1 integrase inhibitors in 3D QSAR. // J. Comput. Aided Mol. Des. 2001. Vol. 15. P. 961-978.

144. Ferguson A.M., Heritage T., Jonathon P., Pack S.E., Phillips L., Rogan J., Snaith P. J. EVA: A new theoretically based molecular descriptor for use in QSAR/QSPR analysis. // J. Comput.-Aided Mol. Des. 1997. Vol. 11. P. 143152.

145. Dhaked D.K., Verma J., Saran A., Coutinho E.C. Exploring the binding of HIV-1 integrase inhibitors by comparative residue interaction analysis (CoRIA). // J. Mol. Model. 2009. Vol. 15(3). P. 233-245.

146. Tanrikulu Y., Schneider G. Pseudoreceptor models in drug design: bridging ligand- and receptorbased virtual screening. // Nat. Rev. Drug Discov. 2008. Vol. 7(8). P. 667-677.

147. Clark D.E., Pickett S.D. Computational methods for the prediction of'drug-likeness'. // Drug Discov. Today. 2000. Vol.5 (2). P. 49-58.

148. Skjevik A.A., Teigen K., Martinez A. Overview of computational methods employed in early-stage drug discovery. // Future Med. Chem. 2009. Vol. 1(1). P. 49-63.

149. Taft C.A., Silva V.B., Silva C.H.T.P. International Invited Mini-Review: Topics in Computer-Aided Drug Design. // J. Pharm. Sci. 2008. Vol. 97(3). P. 1089-1098.

150. Smith D.A., Van de Waterbeemd H., Walker D.K. Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design. // WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. 2006. P. 116.

151. Oprea T.I. Chemoinformatics in Drug Discovery. // WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. 2004. P. 1.

152. Hou T., Wang J. Structure-ADME relationship: still a long way to go? // Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. 2008. Vol. 4(6). P. 759-770.

153. Bakhtyari N.G., Raitano G., Benfenati E., Martin T., Young D. Comparison of in silico models for prediction of mutagenicity. // J. Environ. Sci. Health C. Environ. Carcinog. Ecotoxicol. 2013. Vol. 31(1). P. 45-66.

154. Schrenk D., Merz K.H., Jochims K. Feasibility study of nonclinical safety assessments on homeopathic preparations using the example of protoanemonin in Pulsatilla pratensis L. // Regul. Toxicol. Pharmacol. 2013. Vol. 66(1). P. 104-108.

155. Yang C., Hasselgren C.H., Boyer S., Arvidson K., Aveston S., Dierkes P., Benigni R., Benz R.D., Contrera J., Kruhlak N.L., Matthews E.J., Han X., Jaworska J., Kemper R.A., Rathman J.F., Richard A.M. Understanding genetic toxicity through data mining: the process of building knowledge by integrating multiple genetic toxicity databases. // Toxicol. Mech. Methods. 2008. Vol. 18(2-3). P. 277-295.

156. Takacsne N.K. Computerized logP prediction using fragment methods. // Acta Pharm. Hung. 1998. Vol. 68(1). P. 39-48.

157. Norinder U. Bergstrom C.A.S. Prediction of ADMET properties. // Chem. Med. Chem. 2006. Vol. 1. P. 920-937.

158. Delaney J.S. Predicting aqueous solubility from structure. // Drug Discov. Today. 2005. Vol. 10. P. 289 -295.

159. Jolivette L.J., Ekins S. Methods for predicting human drug metabolism. // Adv. Clin. Chem. 2007. Vol. 43. P. 131-176.

160. Fagerholm U. Prediction of human pharmacokinetics: gastrointestinal absorption. //J. Pharm. Pharmacol. 2007. Vol. 59. P. 905 -916.

161. Hou TJ., Wang J.M., Zhang W. Recent advances in computational prediction of drug absorption and permeability in drug discovery. // Curr. Med. Chem. 2006. Vol. 13. P. 2653-2667.

162. Johnson S.R., Zheng W.F. Recent progress in the computational prediction of

aqueous solubility and absorption. // AAPS J. 2006 Vol. 8. P. 27-40.

117

163. Van de Waterbeemd H., Gifford E. ADMET in silico modelling: Towards prediction paradise? // Nat. Rev. Drug Discov. 2003. Vol. 2. P. 192-204.

164. Laoui A., Polyakov V.R. Web services as applications integration tool: QikProp case study. //J. Comput. Chem. 2011. Vol. 32(9). P. 1944-1951.

165. Geronikaki A., Druzhilovsky D., Zakharov A., Poroikov V. Computer-aided prediction for medicinal chemistry via the Internet. // SAR and QSAR Environ. Res. 2008. Vol. 19(1-2). P. 27-38.

166. Акимов Д.В. Компьютерный поиск новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1: Автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук / Акимов Д.В. Москва. 2006. 22 С.

167. European Patent: [сайт]. URL: http://ep.espacenet.com.

168. United States Patent and Trademark Office: [сайт]. URL: http://www.uspto.gov/patfl/index.html.

169. N1 AID databases: [сайт]. URL: http://appsl.niaid.nih.gov.

170. ChemlDplus: [сайт]. URL: http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus.

171. ChemBridge: [сайт]. URL: http://www.chembridge.com.

172. AsInEx: [сайт]. URL: http://www.asinex.com.

173. InterBioScreen: [сайт]. URL: http://www.ibscreen.com.

174. ChemBlock: [сайт]. URL: http://www.chemblock.com.

175. Leh H., Brodin P., Bischerour J., Deprez E., Tauc P., Brochon J.C., LeCam E., Coulaud D., Auclair C., Mouscadet J.F. Determinants of Mg2+-dependent activities of recombinant human immunodeficiency virus type 1 integrase. // Biochemistry. 2000. Vol. 39. P. 9285-9294.

176. Jensen J.H., Hoeg-Jensen Т., Padkjaer S.B. Building a BioChemformatics database. // J. Chem. Inf. Model. 2008. Vol. 48(12). P. 2404-2413.

177. Filimonov D.A and Poroikov V.V. Chemoinformatics Approaches to virtual screening. // Cambridge. UK: Royal Society of Chemistry. 2008. P. 182-210.

178. QikProp: [сайт]. URL: http://www.schrodinger.com.

179. Филимонов Д.А., Поройков B.B., Глориозова Т.А., Лагунин А.А.

Свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ PASS

118

№ 2006613275 от 15 сентября 2006 г. Москва. Федеральная служба по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам.

180. Филимонов Д.А., Поройков В.В. Прогноз спектра биологической активности органических соединений. // Рос. хим. журн. 2006. № 50(2). С. 66-75.

181. Poroikov V., Filimonov D., Lagunin A., Gloriozova Т., Zakharov A. // SAR and QSAR Environ. Res. 2007. Vol. 18. P. 101-110.

182. Poroikov V.V., Filimonov D.A., Borodina Y.V., Lagunin A.A., Kos A. Robustness of biological activity spectra predicting by computer program pass for non-congeneric sets of chemical compounds. // J. Chem. Inform. Comput. Sci. 2000. Vol. 40(6). P. 1349-1355.

183. Filz O.A., Lagunin A.A., Filimonov D.A. In Silico Fragment-Based Drug Design Using PASS approach. // SAR and QSAR Environ. Res. 2012. Vol. 23(3-4). P. 279-296.

184. Benaamane N., Nedjar-Kolli В., Bentarzi Y., Hammal L., Geronikaki A., Eleftheriou P., Lagunin A. Synthesis and in silico biological activity evaluation of new N-substituted pyrazolo-oxazin-2-one systems. // Bioorg. Med. Chem. 2008. Vol. 16(6). P. 3059-3066.

185. Janzen W. Mammalian Cells in High Throughput Screening. // Animal Cell Technology: from vaccines to genetic medicine. 1997. P. 65-71.

186. Lee F.J., Carr A. Tolerability of HIV integrase inhibitors. // Curr. Opin. HIV AIDS. 2012. Vol. 7(5). P. 422-428.