Оценка видового разнообразия микроорганизмов, выделенных из биоптатов желудка при хронических заболеваниях тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Терещенко Василий Сергеевич

• Терещенко Василий Сергеевич
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Терещенко Василий Сергеевич

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Диагностика хеликобактерной инфекции

1.2 Культивирование Helicobacter pylori

1.3 Микробиота желудка в норме и при патологии

1.3.1 Микробное разнообразие желудочно-кишечного тракта

1.3.2 Взаимодействие между микробиотой желудка и другими микробиомами желудочно-кишечного тракта

1.3.3 Изменение микробиоты желудка при различных заболеваниях

1.3.4 Влияние лекарственных веществ на микробиоту желудка

1.4 Проблемы идентификации нормобиоты желудочного

содержимого

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1 Общий объем проведенных исследований

2.2 Дизайн исследования

2.3 Характеристика исследуемых микроорганизмов

2.4 Процедуры сбора биоптатов слизистой оболочки желудка и двенадцатиперстной кишки

2.5 Экспресс-метод определения наличия уреазной активности в биоптатах слизистой оболочки желудка и двенадцатиперстной

кишки

2.6 Метод полимеразной цепной реакции для исследования биоптатов слизистой оболочки желудка и двенадцатиперстной кишки

2.7 Метод выделения Helicobacter pylori из биопсийного материала слизистой оболочки желудка и двенадцатиперстной кишки

2.8 Методы идентификации Helicobacter pylori

2.9 Методы выделения и идентификации микробиоты, выделенной из биопсийного материала слизистой оболочки желудка и двенадцатиперстной кишки

2.10 Методы статистической обработки полученных результатов

Глава 3. Сравнение методов определения Helicobacter pylori с помощью экспресс-метода, метода полимеразной цепной реакции

и культуральным методом при хронических заболеваниях

желудка

Глава 4. Видовое разнообразие микроорганизмов, выделенных из биопсийного материала при хронических заболеваниях

желудка

Заключение и обсуждение результатов

Выводы

Практические рекомендации

Перспективы дальнейшей разработки темы

Список сокращений и условных обозначений

Список литературы

Введение

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Оценка видового разнообразия микроорганизмов, выделенных из биоптатов желудка при хронических заболеваниях»

Актуальность темы исследования

Микробиота желудка - сложная система связанных друг с другом микроорганизмов. Нарушение равновесия в данном экотопе может приводить не только к различным патологическим процессам, но также влиять на общее самочувствие пациентов [1, 2]. Состав микробиоты желудка динамичен и меняется в зависимости от многих факторов, включая использование различных лекарственных средств, хирургические вмешательства в анамнезе и наличие заболеваний желудочно-кишечного тракта [3-7].

На протяжении многих лет в научной среде циркулировало представление, что желудок стерилен вследствие наличия таких факторов агрессивной среды, как высокая кислотность желудка, наличие протеолитических ферментов, антимикробных свойств окиси азота, образующейся из нитратов слюны [8, 9]. В связи с этим считалось, что микроорганизмы, культивируемые из биоматериала желудка, не являются обитателями данного микробиома, а представляют транзиторную микробиоту, случайно попавшую в исследуемый материал, однако распространение молекулярных методов исследования опровергло эту гипотезу и положило начало более глубокому пониманию микробиома желудка [10, 11].

Действительно, микробиота желудка изучена хуже микробиоты некоторых других экотопов, однако известно, что она представлена многими группами и видами микроорганизмов от бактерий до грибов [3, 8, 12, 13]. Наиболее изученным среди них является Helicobacter pylori, что неудивительно, учитывая его ведущую роль в патогенезе многих заболеваний желудочно-кишечного тракта, включая рак желудка, а также его потенциальное участие в патологических процессах вне желудка [14-16].

H.pylori является, безусловно, доминирующим фактором, влияющим на состав микробиома желудка, однако нельзя предполагать, что это воздействие направлено

только в одну сторону. Существуют данные о влиянии сопутствующей микробиоты на H.pylori, но исследований на эту тему достаточно мало [17, 18].

Степень разработанности темы

При анализе источников литературы нами были обнаружены противоречивые данные о применении разных методов диагностики для определения H.pylori в исследуемом материале. Так, при анализе высеваемости H.pylori разными методами, исследователи получают противоречивые результаты [19-21]. Кроме того, существует достаточно малое количество исследований о влиянии сопутствующей микробиоты на культивирование H.pylori из биоптатов желудка при различных заболеваниях желудочно-кишечного тракта. Помимо условий внешней среды, практически нет данных о причинах такой разной высеваемости H.pylori. Также существует целый ряд исследований желудочного микробиома, однако в основном, ученые определяют его представителей до группы или рода [22].

Таким образом, проблема достоверного определения Helicobacter pylori и других микроорганизмов в биопсийном материале при различных поражениях желудочно-кишечного тракта сохраняет свою актуальность.

Цель исследования

Провести анализ видового разнообразия микроорганизмов, выделенных из биоптатов желудка, для оценки его влияния на результат микробиологического исследования на Helicobacter pylori с целью улучшения диагностики обусловленных им хронических заболеваний.

Задачи исследования

1. Провести сравнение методов определения Helicobacter pylori при хронических заболеваниях желудка и двенадцатиперстной кишки.

2. Оценить влияние метода идентификации Helicobacter pylori на результат исследования в зависимости от нозологической формы.

3. Проанализировать видовое разнообразие микроорганизмов, выделяемых из биоптатов при хронических заболеваниях желудка.

4. Определить видовой состав микробиоты биоптатов слизистой оболочки желудка при различных нозологических формах.

5. Оценить влияние сопутствующей флоры на результат микробиологического метода исследования на Helicobacter pylori.

Научная новизна

Впервые построены прогностические модели для методов выявления Helicobacter pylori в биопсийном материале желудка по отдельным нозологическим формам. Прогностические модели для биоптатов от пациентов с диагнозами «хронический гастрит» и «гастродуоденит» выявили снижение вероятности определения H.pylori в биоптате при использовании микробиологического метода. Использование экспресс-теста на уреазу при этих диагнозах, напротив, повышает вероятность ложноположительного результата на H.pylroi.

Проведен качественный и количественный анализ сопутствующей микробиоты при микробиологическом исследовании на Helicobacter pylori. Выявлено 569 штаммов микроорганизмов. Кроме того, определено, что количество микробов в ассоциациях составляло от 2 до 9 видов.

Впервые проанализировано видовое разнообразие микробиоты, выделенной из биоптатов желудка у пациентов с заболеваниями желудка и двенадцатиперстной кишки. Выявлено доминирование различных представителей родов Streptococcus,

Lactobacillus, Klebsiella, Corynebacterium, Acinetobacter, Rothia, Enterococcus, Neisseria, и Haemophilus.

Также, впервые произведена оценка влияния сопутствующей флоры на высеваемость хеликобактера с помощью микробиологического метода исследования. Определены микроорганизмы, достоверно влияющие на результат микробиологического исследования на H.pylori.

На основании полученных данных разработаны новые устройство и метод забора биоптатов желудка, позволяющие повысить эффективность эзофагогастродуоденоскопии для определения H.pylori в биопсийном материале.

Теоретическая и практическая значимость работы

Теоретическая значимость исследования заключается в определении значения влияния видового состава микробиоты биоптатов желудка на результаты микробиологического исследования на H.pylori. Определены наиболее значимые виды микроорганизмов, оказывающих негативное влияние на результат посева на H.pylori. Выявлены закономерности по влиянию количества видов сопутствующей микробиоты на высеваемость H.pylori.

Полученные данные позволяют разработать более эффективные подходы к культивированию H.pylori на питательных средах и повысить качество диагностики хеликобактериозов у пациентов с различными нозологическими формами.

Практическое значение диссертационного исследования состоит в том, что, учитывая микробиологические особенности H.pylori, можно повысить вероятность его выделения из биоптатов желудка с использованием дополнительного приспособления (патент РФ № 2591622) и с применением специальной техники исследования (патент РФ № 163988) [23,24].

Методология и методы исследования

Исследования, направленные на оценку видового разнообразия микробиоты биоптатов желудка, культуральных свойств полученных микроорганизмов, выделение и идентификация микробиоты методом MALDI-ToF масс-спектрометрии, анализ полученных масс-спектров проводились на базе кафедры общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии ФГБОУ ВО «Самарский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (заведующий кафедрой - з.д.н. РФ, д.м.н., проф. А.В. Жестков) [25].

Методология исследования основывалась на комплексном подходе к оценке микробиологического разнообразия микробиоты желудка, распространенности, особенностей культивирования и идентификации, анализа масс-спектров микроорганизмов, выделенных из биоптатов желудка от пациентов с различными заболеваниями желудочно-кишечного тракта. Сбор материала и экспресс-тест на уреазу проводился на базе АО «Самарский Диагностический Центр». Первичный посев клинического материала проводился на базе Клинико-диагностической лаборатории Клиник ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России (заведующая лабораторией - д.м.н., доцент О.А. Гусякова). ПЦР-исследование биоптатов проводилось на базе Клинико-диагностической лаборатории Клиник ФГБОУ ВО Самарского Государственного Медицинского Университета Минздрава России (заведующая лабораторией - д.м.н., доцент О.А. Гусякова).

В период с 2015 по 2017 год нами было проведено исследование 822 образцов биопсийного материала, от 137 пациентов с различными заболеваниями желудочно-кишечного тракта. Всего от 137 пациентов было выделено 78 штаммов Н.ру!оп и 491 штамм других микроорганизмов. Проведена оценка культуральных свойств представителей микробиоты желудка, которые выросли на плотных питательных средах; анализ масс-спектров. Установлены возможности идентификации Н.ру!оп и других представителей микробиоты желудка, проведена их оценка при культивировании штаммов на различных питательных средах путем

сравнения масс-спектров, полученных при идентификации методом MALDI-ToF масс-спектрометрии. Дополнительно, проведен сравнительный анализ различных методов определения H.pylori в биоптатах желудка и определена вероятность получения ложноположительного и ложноотрицательного результата в зависимости от выбранного метода при различных нозологических формах. У всех штаммов микроорганизмов, растущих на питательных средах совместно с H.pylori, был проведен анализ белковых спектров, полученных при MALDI-ToF масс-спектрометрии с использованием программ flexAnalysis 3.0 и MALDI Biotyper 3.0 Offline Classification (Bruker Daltonik GmbH, Германия) [25].

При статистической обработке результатов учитывалась распространенность отдельных групп микроорганизмов в зависимости от нозологической формы и сред для первичного посева. Данные группировались с использованием пакета программ Microsoft Excel® 2013 (лицензия 2883), с помощью которого также производились вычесления. Статистический анализ проводили с использованием программы StatTech v. 2.1.0 (ООО "Статтех", Россия). Категориальные данные описывались с указанием абсолютных значений и процентных долей. Оценка видового разнообразия микроорганизмов включала расчет частоты встречаемости таксона в зависимости от отдельных нозологических форм и относительного среднего для каждого идентифицированного таксона микроорганизмов.

При сравнении двух групп по количественному показателю, распределение которого отличалось от нормального, использовался U-критерий Манна-Уитни. При значениях ожидаемого явления менее 10, сравнение процентных долей при анализе четырехпольных таблиц сопряженности выполнялось при помощи точного критерия Фишера. Для сравнения процентных долей при анализе многопольных таблиц сопряженности использовался критерий Х2 Пирсона с оценкой степени закономерности события (р). Связь между признаками считалась статистически значимой при уровнях р <0,001 или <0,005 в зависимости от используемой статистики теста. При числе исследуемых менее 50, количественные показатели оценивались на предмет соответствия нормальному распределению с помощью критерия Шапиро-Уилка. При числе исследуемых более 50 использовался

критерий Колмогорова-Смирнова. При отсутствии нормального распределения, количественные данные были описаны с помощью медианы (Me) и нижнего и верхнего квартилей (Q1 - Q3). Диагностическая значимость количественных признаков при оценке прогноза определенного исхода теста определялась с помощью анализа ROC-кривых. Для установления разделяющего значения количественного признака в точке cut-off использовалось наивысшее значение индекса Юдена. Прогностические модели вероятности того или иного исхода теста строились с использованием метода логистической регрессии. Коэффициент R2 Найджелкерка служил мерой определенности, которая указывала на часть дисперсии, которая могла быть объяснена с помощью логистической регрессии.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Использование микробиологического метода исследования биоптатов желудка при хронических заболеваниях дает наименьшее количество положительных результатов в сравнении с ПЦР исследованием и определением уреазы.

2. Построенные прогностические модели определяют выбор метода идентификации H.pylori в биоптатах желудка при исследуемых нозологических формах. При этом в сравнении с методом ПЦР, экспресс-метод с большей вероятностью дает ложноположительные результаты, а микробиологический -ложноотрицательные.

3. Наибольшее влияние на высеваемость H.pylori из биоптатов желудка оказывают следующие микроорганизмы: Streptococcus salivarius, Streptococcus vestibularis, Lactobacillus gastricus, Lactobacillus salivarius, Klebsiella pneumoniae, Neisseria flavescens.

4. Многокомпонентные ассоциации микроорганизмов, выявляемые при микробиологическом исследовании биоптатов желудка, достоверно снижают вероятность выделения H.pylori при микробиологическом методе исследования.

Степень достоверности полученных результатов

Обоснованность полученных результатов определяется достаточным количеством участников исследования, применением современных методов лабораторной диагностики. Для оценки достоверности полученных данных использовались надлежащие методы статистического анализа.

Апробация результатов

Результаты данного исследования были доложены на научно-практической конференции с международным участием «Молодые учёные - от технологий XXI века к практическому здравоохранению» Аспирантские чтения (Самара, 2016); IV Всероссийской научно-практической конференции студентов и молодых ученых с международным участием «Актуальные проблемы медицины XXI века» (Смоленск, 2016); на четвертой всероссийской молодежной научной школе-конференции с международным участием «Микробные симбиозы в природных и экспериментальных экосистемах» (Оренбург, 2021); научно-практической конференции «Актуальные вопросы бактериологии» (Самара, 2021); научно-практической конференции с международным участием «Nexus Medicus: Актуальные проблемы современной медицины», посвященной 30-летию медицинского факультета им. Т.З. Биктимирова Института медицины, экологии и физической культуры Ульяновского государственного университета (Ульяновск, 2021).

Внедрение результатов в практику

Результаты исследования используются при проведении практических занятий у обучающихся на кафедрах общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии, инфекционных болезней с эпидемиологией, факультетской терапии ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России, а также в

практической работе гастроэнтерологического отделения клиники факультетской терапии Клиник ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России.

Личное участие автора в получении научных результатов

Личное участие автора определяется непосредственным участием на всех этапах диссертационного исследования. Совместно с научным руководителем, з.д.н. РФ, д.м.н., профессором А.В. Жестковым разрабатывалась основная идея научной работы и проводилось ее планирование: формулировка научной гипотезы, определение общей концепции и методологического подхода к диссертационной работе, формулировка цели и задач, разработка дизайна исследования.

Экспериментальные исследования, обработка и интерпретация полученных данных, освещение результатов работы при помощи научных публикаций и докладов на конгрессах и конференциях осуществлялось совместно с сотрудниками кафедры общей и клинической микробиологии, иммунологии и аллергологии ФГБОУ ВО СамГМУ Министерства здравоохранения Российской Федерации (заведующий кафедрой - з.д.н. РФ, д.м.н., профессор А.В. Жестков). Анализ биоптатов с помощью метода полимеразной цепной реакции проводился в Клинико-диагностической лаборатории Клиник ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России (заведующая лабораторией - д.м.н., доцент О.А. Гусякова). Непосредственно диссертантом был проведен анализ современной литературы зарубежных и отечественных авторов по проблеме, изучаемой в работе. Также, диссертант лично проводил статистическую обработку первичных данных, написание и оформление рукописи диссертации.

Публикации по теме диссертации

По результатам исследования автором опубликовано 2 патента и 7 публикаций, в том числе 2 научных статьи в журналах, включенных в Перечень рецензируемых научных изданий Сеченовского Университета/ Перечень ВАК при

Минобрнауки России, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук; 1 статья в изданиях, индексируемых в международных базах Web of Science, Scopus, PubMed, MathSciNet, zbMATH, Chemical Abstracts, Springer, 2 статьи в иных изданиях, 2 -материалы всероссийских научных конференций.

Объем и структура диссертационной работы

Диссертация состоит из следующих глав: введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, 2 главы собственных исследований, заключение и обсуждение результатов, выводы, практические рекомендации и перспективы дальнейшей разработки темы. Текст исследования изложен на 101 странице машинописного текста, иллюстрирован 17 таблицами и 7 рисунками. Список литературы состоит из 176 источников литературы, из которых 17 -отечественных и 159 - зарубежных авторов.

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Диагностика хеликобактерной инфекции

H. pylori был впервые выделен в виде чистой культуры в 1982 году Барри Маршаллом и Робином Уорреном и отнесен к роду Campylobacter [26]. Однако уже в 1989 году группа ученых, сравнивая ДНК различных представителей рода Campylobacter, определила, что выделенный их австралийскими коллегами микроорганизм не относится к этому роду. Они предложили выделить род Helicobacter, в который вошел и H.pylori, и сходные с ним виды [27].

В настоящее время, H.pylori является одним из самых распространенных патогенных микроорганизмов среди людей [28]. Если говорить о пациентах с заболеваниями желудочно-кишечного тракта, то среди них частота встречаемости H.pylori у больных с хроническим гастритом, язвой двенадцатиперстной кишки, MALT-лимфомой и раком желудка может достигать 90%, а при язвенной болезни желудка - 75% [29-32].

При анализе результатов оценки инфицированности населения бактериологическим методом, без учета наличия антител в сыворотке крови пациента, картина распространенности складывается несколько другая. По данным микробиологического метода, степень инфицированности H.pylori при различных заболеваниях желудочно-кишечного тракта значительно ниже [20, 30]. Одна из возможных причин данного явления заключается в том, что в группу пациентов с хроническим гастритом включаются в том числе больные с атрофической формой данной патологии, когда слизистая оболочка представлена участками разной степени выраженности с малым количеством сайтов для адгезии H.pylori.

По данным некоторых авторов, распространенность колонизации H.pylori в человеческой популяции может достигать 50%. Эти данные были получены путем классического эпидемиологического анализа, однако впоследствии они были подтверждены уже с привлечением молекулярных методик [31, 32]. В тоже время при таких исследованиях нельзя ограничиваться использованием только экспресс-

тестов так как было доказано, что некоторые штаммы условно-патогенных микроорганизмов, колонизирующих слизистую оболочку желудка также могут быть уреазоположительными, что обуславливает часть ложноположительных результатов при исследовании на наличие Н.ру!оп, например, при использовании только дыхательного уреазного теста [36].

С момента выделения первых штаммов Н.ру!оп в 1982 году совершенствовались и методы диагностики патологических состояний, в которых он принимает участие. В настоящее время наиболее широко используются культуральный, молекулярно-генетический и серологический методы. Биологический и метод кожно-аллергических проб не применяются, хотя существует биологическая модель заражения монгольских пищух (ОеИо1опа раНаяг) с целью развития рака дистального отдела желудка. Хронический гастрит можно воспроизвести на мышах, но, также, только при использовании чистых культур Н.ру!оп. Если животному ввести биоптат слизистой оболочки желудка больного с инфекционным процессом, вызванным Н.ру!оп, то инфекции у экспериментального животного не будет [34, 35]. В гастроэнтерологии также принято разделять методы диагностики хеликобактериоза на инвазивные и не инвазивные, однако в нашем случае целесообразно рассмотреть их в лабораторном аспекте.

Для выделения и идентификации Н.ру!оп при верхней фиброгастродуоденоскопии прицельной биопсией с учетом топографии отбираются образцы слизистой. Места забора четко регламентированы в Сиднейской классификации 1994 года. При использовании материала для микроскопического метода исследований отбираются 4 образца: 2 из антрального отдела желудка, на расстоянии около 1,5-2 см от сфинктера (один с большой и один с малой кривизны), и 2 из тела желудка. Если планируется использование бактериологического метода исследования, то берут еще два образца: из тела и из антрального отдела желудка [36, 37]. Реализовать отбор такого количества образцов в повседневной практике достаточно сложно, так как это травматично для пациента. К тому же, для первичной диагностики хеликобактериоза достаточно

будет и меньшего количества биоптатов [21, 38-41]. Приведенная схема в первую очередь важна для контроля результатов лечения.

Для окраски мазка при микроскопическом методе исследования можно использовать несколько способов: окраска по Вортин-Стэрри, окраска по Генте (позволяет оценить все 5 критериев гастрита: и морфологические, и наличие хеликобактера). Однако, на практике окраска применяется крайне редко из-за технической сложности: она состоит из 28 этапов [42, 43].

В рутинной практике чаще ограничиваются окраской гематоксилин-эозином для одного мазка с целью оценки первых четырех морфологических критериев, а для оценки наличия H.pylori применяют окраску биоптата крезиловым фиолетовым или по Романовскому-Гимзе [47]. С помощью этого метода можно полуколичественно оценить степень обсемененности биоптата по числу клеток в поле зрения: от 0 до 20, до 50, до 100 и более 100.

Еще одна методика, успешно используемая для диагностики хеликобактериоза, - люминесцентная микроскопия. Один из вариантов этого метода использует поликлональные антитела к цельной бактериальной клетке или моноклональные к различным ее белкам. Использование методов иммуногистохимии с моноклональными антителами к белкам эпителиоцитов желудка помимо обнаружения H.pylori позволяет с высокой степенью достоверности оценить степень атрофии слизистой оболочки желудка. В дополнение к перечисленным методикам в научных целях используются трансмиссионная и сканирующая электронная микроскопии [45, 46].

Достаточно важным является то, что микроскопический метод исследования для выявления H.pylori выполняется одномоментно с гистологическим, при котором оценивается степень воспаления, активность гастрита, атрофия слизистой оболочки, наличие толстокишечной или тонкокишечной метаплазии. Однако, несмотря на широкое использование микроскопии для верификации хеликобактериоза, чувствительность этого метода не позволяет использовать его без связки с другими методами идентификации хеликобактера. Это связано с тем, что H.pylori при использовании микроскопического метода исследования можно

визуализировать только в случае обсемененности биоптата более 105 бактериальных клеток. Люминисцентный и иммуногистохимические методы позволяют повысить этот порог до 104. Однако если при первичной диагностике эти значения не столь критичны, то при оценке эффективности антихеликобактерной терапии они выходят на первое место, потому что даже неудавшаяся эрадикационная терапия приводит к резкому снижению численности популяции вплоть до 102 степени, что невозможно обнаружить микроскопически, но имеет важное прогностическое значение [45, 47].

Дополнительно к вышеописанным методам при диагностике хеликобактериоза при проведении фиброгастродуоденоскопии широко используются различные экспресс-тесты. Чаще всего используется быстрый уреазный тест: при верхней фиброгастродуоденоскопии отбирается биоптат, который помещается в систему для оценки уреазной активности. Это делается в условиях эндоскопического кабинета. Значительным преимуществом этого теста является время до получения результата: изменение окраски происходит за 10-15 минут, но он также, как и в случае микроскопического метода дает положительный результат при степени обсемененности биоптата 105 и более [51].

Дыхательный тест c радиоактивной мочевиной - метод исследования, признанный V Маастрихтским консенсусом «золотым стандартом» в 2017 году [52]. Если мочевину пометить по атому углерода и вместо изотопа 12С, в норме содержащегося у нас в организме, ввести 13С, нерадиоактивный изотоп, и подвергнуть гидролизу, то в выдыхаемом воздухе появится меченый 13С изотоп CO2. В выдыхаемом воздухе через 10 минут с помощью масс-спектрометрии или с помощью других методов обнаруживается присутствие нетрадиционного изотопа. Основным преимуществом данного теста является общая оценка уреазной активности микробиоты желудка, тогда как при использовании биопсии материал берется только из определенных точек. Однако следует учитывать уреазную активность и других микроорганизмов, колонизирующих слизистую оболочку желудка [53-55]. В России были попытки разработки тестов, определяющих повышенную концентрацию аммиака в выдыхаемом воздухе и образование

изотопа азота как показатель наличия хеликобактера, однако этот метод показал низкую воспроизводимость и достоверность [56].

Кроме вышеперечисленных методов, известны также серологические методы диагностики хеликобактериоза. В настоящее время для научных и практических целей разработано большое количество тест-систем четвертого поколения, в которых на смену цельному, очищенному комплексному или фракционированному антигену пришел рекомбинантный антиген, который позволил получать тест-системы высокого качества. В рамках серологического метода диагностики применяется ИФА с антителами к комплексному антигену H.pylori и к уреазе, иммунный блотинг к CagA-белку, реакцию пассивной гемагглютинации и различные модификации иммунохроматографических тестов [56, 57]. Все они выявляют антитела к поверхностным антигенам бактериальной клетки хеликобактера. В «золотой стандарт» диагностики серологический метод не включен. С его помощью можно оценить степень инфицированности популяции, но при первичной диагностике использовать только серологический метод не рекомендовано [48].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Терещенко Василий Сергеевич, 2022 год

Список литературы

1. Lee S.H. h gp. Emotional well-being and gut microbiome profiles by enterotype // Sci. Reports 2020 101. Nature Publishing Group, 2020. T. 10, № 1. C. 1-9.

2. Park J.Y. h gp. Dysbiotic change in gastric microbiome and its functional implication in gastric carcinogenesis // Sci. Reports 2022 121. Nature Publishing Group, 2022. T. 12, № 1. C. 1-11.

3. Noto J.M., Peek Jr. R.M. The gastric microbiome, its interaction with Helicobacter pylori, and its potential role in the progression to stomach cancer // PLOS Pathog. Public Library of Science, 2017. T. 13, № 10. C. e1006573.

4. von Rosenvinge E.C. h gp. Immune status, antibiotic medication and pH are associated with changes in the stomach fluid microbiota // ISME J. ISME J, 2013. T. 7, № 7. C. 1354-1366.

5. Mailhe M. h gp. Repertoire of the gut microbiota from stomach to colon using culturomics and next-generation sequencing // BMC Microbiol. 2018 181. BioMed Central, 2018. T. 18, № 1. C. 1-11.

6. Igarashi M. h gp. Alteration in the gastric microbiota and its restoration by probiotics in patients with functional dyspepsia // BMJ open Gastroenterol. BMJ Open Gastroenterol, 2017. T. 4, № 1.

7. Lau E. h gp. Gut microbiota changes after metabolic surgery in adult diabetic patients with mild obesity: a randomised controlled trial // Diabetol. Metab. Syndr. BioMed Central Ltd, 2021. T. 13, № 1. C. 1-15.

8. Nardone G., Compare D. The human gastric microbiota: Is it time to rethink the pathogenesis of stomach diseases? // United Eur. Gastroenterol. J. Wiley-Blackwell, 2015. T. 3, № 3. C. 255.

9. Wen L., Duffy A. Factors Influencing the Gut Microbiota, Inflammation, and Type 2 Diabetes // J. Nutr. American Society for Nutrition, 2017. T. 147, № 7. C. 1468S.

10. Spiegelhauer M.R. h gp. Transient and Persistent Gastric Microbiome: Adherence of Bacteria in Gastric Cancer and Dyspeptic Patient Biopsies after Washing //

J. Clin. Med. J Clin Med, 2020. T. 9, № 6. C. 1-23.

11. Bik E.M. h gp. Molecular analysis of the bacterial microbiota in the human stomach // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. Proc Natl Acad Sci U S A, 2006. T. 103, № 3. C. 732-737.

12. Zwolinska-Wcislo M. h gp. Fungal colonization of the stomach and its clinical relevance // Mycoses. Mycoses, 1998. T. 41, № 7-8. C. 327-334.

13. Siavoshi F., Saniee P. Vacuoles of Candida yeast as a specialized niche for Helicobacter pylori // World J. Gastroenterol. World J Gastroenterol, 2014. T. 20, № 18. C. 5263-5273.

14. Peek R., Crabtree J. Helicobacter infection and gastric neoplasia // J. Pathol. J Pathol, 2006. T. 208, № 2. C. 233-248.

15. Qiang L. h gp. Extracellular vesicles from helicobacter pylori-infected cells and helicobacter pylori outer membrane vesicles in atherosclerosis // Helicobacter. Helicobacter, 2022. T. 27, № 2.

16. Tsay F.W., Hsu P.I. H. pylori infection and extra-gastroduodenal diseases // J. Biomed. Sci. BioMed Central Ltd., 2018. T. 25, № 1. C. 1-8.

17. Ryan K.A. h gp. Strain-specific inhibition of Helicobacter pylori by Lactobacillus salivarius and other lactobacilli // J. Antimicrob. Chemother. Oxford Academic, 2008. T. 61, № 4. C. 831-834.

18. Lim E.S. Purification and characterization of two bacteriocins from Lactobacillus brevis BK11 and Enterococcus faecalis BK61 showing anti-Helicobacter pylori activity // J. Korean Soc. Appl. Biol. Chem. Korean Society for Applied Biological Chemistry, 2015. T. 58, № 5. C. 703-714.

19. Aktepe O.C. h gp. Five methods for detection of Helicobacter pylori in the Turkish population // World J. Gastroenterol. Baishideng Publishing Group Inc, 2011. T. 17, № 47. C. 5172.

20. Kabir S. Detection of Helicobacter pylori in faeces by culture, PCR and enzyme immunoassay // J. Med. Microbiol. J Med Microbiol, 2001. T. 50, № 12. C. 10211029.

21. Sabbagh P. h gp. Diagnostic methods for Helicobacter pylori infection:

ideals, options, and limitations // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2018 381. Springer, 2018. Т. 38, № 1. С. 55-66.

22. Rajilic-Stojanovic M. и др. Systematic review: gastric microbiota in health and disease // Aliment. Pharmacol. Ther. Aliment Pharmacol Ther, 2020. Т. 51, № 6. С. 582-602.

23. Штейнер М.Л., Терещенко В.С. и др. Вариант сбора желудочного содержимого. // Врач. 2016. Т. 6. С. 72.

24. Штейнер М.Л., Терещенко В.С. и др. Вариант оптимизации диагностики пилорического хеликобактериоза. // Врач. 2016. Т. 7. С. 60-61.

25. Лямин А.В., Терещенко В.С. и др. Видовое разнообразие представителей рода Streptomyces, выделенных из клинического материала // Инфекция и иммунитет. 2022. Т. 12, № 2. С. 386-390.

26. Warren J.R., Marshall B. Unidentified Curved Bacilli on Gastric Epithelium in Active Chronic Gastritis // Lancet. Elsevier, 1983. Т. 321, № 8336. С. 1273-1275.

27. Vandamme P. и др. Revision of Campylobacter, Helicobacter, and Wolinella taxonomy: emendation of generic descriptions and proposal of Arcobacter gen. nov // Int. J. Syst. Bacteriol. Int J Syst Bacteriol, 1991. Т. 41, № 1. С. 88-103.

28. Eusebi L.H., Zagari R.M., Bazzoli F. Epidemiology of Helicobacter pylori infection // Helicobacter. Helicobacter, 2014. Т. 19 Suppl 1, № S1. С. 1-5.

29. Mustapha S.K. и др. Endoscopic Findings And The Frequency Of Helicobacter Pylori Among Dyspeptic Patients In Maiduguri, North-Eastern Nigeria // Highl. Med. Res. J. African Journals Online (AJOL), 2008. Т. 5, № 1.

30. Talaiezadeh A., Hajiani E., Tarshizi M.A. The relative frequency of the Helicobacter pylori infection in proximal gastric cancers // Pol. Przegl. Chir. Pol Przegl Chir, 2013. Т. 85, № 11. С. 657-662.

31. Isaacson P.G., Du M.Q. MALT lymphoma: from morphology to molecules // Nat. Rev. Cancer 2004 48. Nature Publishing Group, 2004. Т. 4, № 8. С. 644-653.

32. Shahini Shams Abadi M. и др. Frequency of virulence-associated genotypes of Helicobacter pylori and their correlation with clinical outcome and histological parameters in infected patients // Heliyon. Elsevier, 2021. Т. 7, № 7. С. e07610.

33. Лабинская А.С., Костюкова Н.Н., Иванова С.М. Руководство по медицинской микробиологии. Частная медицинская микробиология и этиологическая диагностика инфекций. Книга 2. М: БИНОМ, 2004. 1152 с.

34. Suzuki R., Shiota S., Yamaoka Y. Molecular epidemiology, population genetics, and pathogenic role of Helicobacter pylori // Infect. Genet. Evol. Infect Genet Evol, 2012. Т. 12, № 2. С. 203-213.

35. Kayali S. и др. Helicobacter pylori, transmission routes and recurrence of infection: state of the art // Acta Bio Medica Atenei Parm. Mattioli 1885, 2018. Т. 89, № Suppl 8. С. 72.

36. Rajilic-Stojanovic M., de Vos W.M. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota // FEMS Microbiol. Rev. Oxford Academic, 2014. Т. 38, № 5. С. 996-1047.

37. Hubalek Z., Rudolf I. Vertebrates as Hosts and Reservoirs of Zoonotic Microbial Agents // Microb. Zoonoses Sapronoses. Nature Publishing Group, 2010. С. 83.

38. Taylor N.S., Fox J.G. Animal Models of Helicobacter-Induced Disease: Methods to Successfully Infect the Mouse // Methods Mol. Biol. NIH Public Access, 2012. Т. 921. С. 131.

39. Hassan T.M.M. и др. Helicobacter pylori chronic gastritis updated Sydney grading in relation to endoscopic findings and H. pylori IgG antibody: diagnostic methods // J. Microsc. Ultrastruct. Wolters Kluwer -- Medknow Publications, 2016. Т. 4, № 4. С. 167.

40. Dixon M.F. и др. Classification and grading of gastritis. The updated Sydney System. International Workshop on the Histopathology of Gastritis, Houston 1994 // Am. J. Surg. Pathol. Am J Surg Pathol, 1996. Т. 20, № 10. С. 1161-1181.

41. Milani M., Moaddab Y., Sharifi Y. One piece biopsy for both rapid urease test and cultivation of Helicobacter pylori // J. Microbiol. Methods. Elsevier, 2019. Т. 164. С. 105674.

42. Pichon M. и др. Where to Biopsy to Detect Helicobacter pylori and How Many Biopsies Are Needed to Detect Antibiotic Resistance in a Human Stomach // J.

Clin. Med. Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI), 2020. Т. 9, № 9. С. 113.

43. Wang Y.K. и др. Diagnosis of Helicobacter pylori infection: Current options and developments // World J. Gastroenterol. Baishideng Publishing Group Inc, 2015. Т. 21, № 40. С. 11221.

44. Nedenskov-S0rensen P. и др. Sampling efficiency in the diagnosis of Helicobacter pylori infection and chronic active gastritis. // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology (ASM), 1991. Т. 29, № 4. С. 672.

45. Farouk W.I. и др. Warthin-Starry Staining for the Detection of Helicobacter pylori in Gastric Biopsies // Malays. J. Med. Sci. School of Medical Sciences, Universiti Sains Malaysia, 2018. Т. 25, № 4. С. 92.

46. Lee J.Y., Kim N. Diagnosis of Helicobacter pylori by invasive test: histology // Ann. Transl. Med. AME Publications, 2015. Т. 3, № 1. С. 10.

47. Ahmad F., Jaffar R., Khan I. Helicobacter pylori detection in chronic gastritis: a comparison of staining methods. // J. Ayub Med. Coll. Abbottabad. 2011. Т. 23, № 2. С. 112-114.

48. Шамсутдинова Р.А. и др. Инфицирование Helicobacter pylori: методы диагностики // Вятский медицинский вестник. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Кировский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 2012. № 4.

49. Willhite D.C., Ye D., Blanke S.R. Fluorescence resonance energy transfer microscopy of the Helicobacter pylori vacuolating cytotoxin within mammalian cells // Infect. Immun. American Society for Microbiology, 2002. Т. 70, № 7. С. 3824-3832.

50. Pokhrel N. и др. Application of PCR and Microscopy to Detect Helicobacter pylori in Gastric Biopsy Specimen among Acid Peptic Disorders at Tertiary Care Centre in Eastern Nepal // Can. J. Infect. Dis. Med. Microbiol. Hindawi Limited, 2019. Т. 2019.

51. Uotani T., Graham D.Y. Diagnosis of Helicobacter pylori using the rapid urease test // Ann. Transl. Med. AME Publications, 2015. Т. 3, № 1. С. 9.

52. Malfertheiner P. и др. Management of Helicobacter pylori infection—the

Maastricht V/Florence Consensus Report // Gut. BMJ Publishing Group, 2017. Т. 66, № 1. С. 6-30.

53. Nocon M. и др. Efficacy and cost-effectiveness of the 13C-urea breath test as the primary diagnostic investigation for the detection of Helicobacter pylori infection compared to invasive and non-invasive diagnostic tests // GMS Health Technol. Assess. GMS Health Technol Assess, 2009. Т. 5. С. Doc14.

54. Ferwana M. и др. Accuracy of urea breath test in Helicobacter pylori infection: meta-analysis // World J. Gastroenterol. World J Gastroenterol, 2015. Т. 21, №2

4. С. 1305-1314.

55. Маев И.В. и др. Диагностическая значимость дыхательных тестов в диагностике инфекции Helicobacter pylori // Саратовский научно -медицинский журнал. Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Саратовский государственный медицинский университет имени В. И. Разумовского» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 2013. Т. 9, № 1.

56. Милейко В.Е. UBT-NH3 метод диагностики хеликобактериоза // Медицина-Урал. 2013. Т. 5, № 175. С. 29-33.

57. Shiota S. и др. Serum Helicobacter pylori CagA antibody as a biomarker for gastric cancer in east-Asian countries // Future Microbiol. NTH Public Access, 2010. Т.

5, № 12. С. 1885.

58. Терещенко В.С. Микробиологические особенности хеликобактерной инфекции // Аспирантский Вестник Поволжья. 2015. Т. 5-6. С. 367-371.

59. Fadilah N. и др. Multiplex PCR for detection of Helicobacter pylori infection in gastric biopsies with lower inflammatory score // Br. J. Biomed. Sci. Br J Biomed Sci, 2016. Т. 73, № 4. С. 180-187.

60. Nevoa J.C. и др. Molecular technique for detection and identification of Helicobacter pylori in clinical specimens: a comparison with the classical diagnostic method // J. Bras. Patol. e Med. Lab. Sociedade Brasileira de Patologia Clínica, , 2017. Т. 53, № 1. С. 13-19.

61. Rimbara E., Sasatsu M., Graham D. PCR detection of Helicobacter pylori in

clinical samples // Methods Mol. Biol. Methods Mol Biol, 2013. Т. 943. С. 279-287.

62. Goud E.V.S.S. и др. Identification of Helicobacter pylori in Saliva of Patients with and without Gastritis by Polymerase Chain Reaction // J. Pharm. Bioallied Sci. Wolters Kluwer -- Medknow Publications, 2019. Т. 11, № Suppl 3. С. S523.

63. Colding H. и др. Molecular methods for typing of Helicobacter pylori and their applications // FEMS Immunol. Med. Microbiol. Oxford Academic, 1999. Т. 24, № 2. С. 193-199.

64. Falsafi T. и др. Analysis of Genomic Diversity among Helicobacter pylori Strains Isolated from Iranian Children by Pulsed Field Gel Electrophoresis // Iran. J. Pediatr. Kowsar Medical Institute, 2014. Т. 24, № 6. С. 703.

65. Szymczak A. и др. Application of 16S rRNA gene sequencing in Helicobacter pylori detection // PeerJ. PeerJ Inc., 2020. Т. 2020, № 3.

66. Boyanova L. Influence of transport conditions and media on Helicobacter pylori isolation // J. Med. Microbiol. Society for General Microbiology, 2003. Т. 52, № 12. С. 1129-1130.

67. Veenendaal R.A. и др. Effect of transport medium and transportation time on culture of Helicobacter pylori from gastric biopsy specimens. // J. Clin. Pathol. BMJ Publishing Group, 1993. Т. 46, № 6. С. 561-563.

68. Megraud F., Lehours P. Helicobacter pylori detection and antimicrobial susceptibility testing // Clin. Microbiol. Rev. American Society for Microbiology, 2007. Т. 20, № 2. С. 280-322.

69. Siu L.K. и др. Evaluation of a Selective Transport Medium for Gastric Biopsy Specimens To Be Cultured for Helicobacter pylori // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology (ASM), 1998. Т. 36, № 10. С. 3048.

70. Heep M. и др. Transport and Storage of Fresh and Frozen Gastric Biopsy Specimens for Optimal Recovery of Helicobacter pylori // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology, 1999. Т. 37, № 11. С. 3764-3766.

71. Исаева Г.Ш. Проблемы совершенствования диагностики Helicobacter pylori инфекции // Казанский Медицинский Журнал. 2011. Т. 92, № 2. С. 257-261.

72. Stevenson T.H. и др. Growth of Helicobacter pylori in various liquid and

plating media // Lett. Appl. Microbiol. John Wiley & Sons, Ltd, 2000. Т. 30, № 3. С. 192-196.

73. Guaman J.F. и др. Detection of Helicobacter pylori from Human Biological Samples (Feces) by Antigenic Screening and Culture // Jundishapur J. Microbiol. 2018 117. Kowsar, 2018. Т. 11, № 7.

74. Wanibuchi K. и др. A short review, effect of dimethyl-ß-cyclodextrin on the interaction between Helicobacter pylori and steroidal compounds // Heliyon. Elsevier, 2021. Т. 7, № 4. С. e06767.

75. Olivieri R. и др. Growth of Helicobacter pylori in media containing cyclodextrins // J. Clin. Microbiol. J Clin Microbiol, 1993. Т. 31, № 1. С. 160-162.

76. Walsh E., Moran A. Influence of medium composition on the growth and antigen expression of Helicobacter pylori // J. Appl. Microbiol. J Appl Microbiol, 1997. Т. 83, № 1. С. 67-75.

77. Исаева Г.Ш. и др. Двухфазная питательная среда для субкультивирования Helicobacter pylori // Клиническая лабораторная диагностика. ОАО «Издательство «Медицина», 2013. № 6.

78. Shibayama K. и др. Usefulness of Adult Bovine Serum for Helicobacter pylori Culture Media // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology (ASM), 2006. Т. 44, № 11. С. 4255.

79. Miendje Deyi V.Y., Van den Borre C., Fontaine V. Comparative evaluation of 3 selective media for primary isolation of Helicobacter pylori from gastric biopsies under routine conditions // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. Elsevier, 2010. Т. 68, № 4. С. 474-476.

80. Исаева Г.Ш., Поздеев О.К. Отечественная хромогенная среда для выделения Helicobacter pylori // Клиническая Лабораторная Диагностика. 2009. Т. 8. С. 35-37.

81. Chomvarin C. и др. Comparison of media and antibiotic supplements for isolation of Helicobacter pylori from gastric biopsies // Southeast Asian J. Trop. Med. Public Health. Southeast Asian J Trop Med Public Health, 2006. Т. 37, № 6. С. 11631169.

82. Park S.A., Ko A., Lee N.G. Stimulation of growth of the human gastric pathogen Helicobacter pylori by atmospheric level of oxygen under high carbon dioxide tension // BMC Microbiol. BioMed Central, 2011. Т. 11. С. 96.

83. Bury-Mone S. и др. Is Helicobacter pylori a true microaerophile? // Helicobacter. Helicobacter, 2006. Т. 11, № 4. С. 296-303.

84. Henriksen T. и др. Assessment of optimal atmospheric conditions for growth of Helicobacter pylori // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 2000. Т. 19, № 9. С. 718-720.

85. Gill S.R. и др. Metagenomic Analysis of the Human Distal Gut Microbiome // Science. NIH Public Access, 2006. Т. 312, № 5778. С. 1355.

86. Swidsinski A. и др. Functional anatomy of the colonic bioreactor: Impact of antibiotics and Saccharomyces boulardii on bacterial composition in human fecal cylinders // Syst. Appl. Microbiol. Syst Appl Microbiol, 2016. Т. 39, № 1. С. 67-75.

87. Yang I., Nell S., Suerbaum S. Survival in hostile territory: the microbiota of the stomach // FEMS Microbiol. Rev. FEMS Microbiol Rev, 2013. Т. 37, № 5. С. 736761.

88. Bravo D. и др. Helicobacter pylori in human health and disease: Mechanisms for local gastric and systemic effects // World J. Gastroenterol. Baishideng Publishing Group Inc, 2018. Т. 24, № 28. С. 3071.

89. Файзуллина Р.А., Абдуллина Е.В. Факторы патогенности и вирулентности Helicobacter pylori и их роль в развитии хеликобактер-ассоциированной гастродуоденальной патологии // Практическая медицина. Общество с ограниченной ответственностью «Практика», 2011. Т. 1, № 49. С. 7478.

90. Ozbey G., Sproston E., Hanafiah A. Helicobacter pylori Infection and Gastric Microbiota // Euroasian J. Hepato-Gastroenterology. Jaypee Brothers Medical Publishing (P) Ltd., 2020. Т. 10, № 1. С. 36.

91. Iliev H.I. и др. Gastric Microbiota: Between Health and Disease // Gastrointest. Stomas. IntechOpen, 2019.

92. Bassis C.M. и др. Analysis of the upper respiratory tract microbiotas as the

source of the lung and gastric microbiotas in healthy individuals // MBio. mBio, 2015. T. 6, № 2.

93. Schulz C. h gp. The active bacterial assemblages of the upper GI tract in individuals with and without Helicobacter infection // Gut. Gut, 2018. T. 67, №2 2. C. 216225.

94. Walker M.M., Talley N.J. Review article: bacteria and pathogenesis of disease in the upper gastrointestinal tract--beyond the era of Helicobacter pylori // Aliment. Pharmacol. Ther. Aliment Pharmacol Ther, 2014. T. 39, № 8. C. 767-779.

95. Gall A. h gp. Bacterial Composition of the Human Upper Gastrointestinal Tract Microbiome Is Dynamic and Associated with Genomic Instability in a Barrett's Esophagus Cohort // PLoS One. PLoS One, 2015. T. 10, № 6.

96. Amir I. h gp. Gastric microbiota is altered in oesophagitis and Barrett's oesophagus and further modified by proton pump inhibitors // Environ. Microbiol. Environ Microbiol, 2014. T. 16, № 9. C. 2905-2914.

97. Nasrollahzadeh D. h gp. Variations of gastric corpus microbiota are associated with early esophageal squamous cell carcinoma and squamous dysplasia // Sci. Rep. Nature Publishing Group, 2015. T. 5, № 8820.

98. Chen X. h gp. Comparisons Between Bacterial Communities in Mucosa in Patients With Gastric Antrum Ulcer and a Duodenal Ulcer // Front. Cell. Infect. Microbiol. Front Cell Infect Microbiol, 2018. T. 8, № May. C. 126.

99. Babu S.D. h gp. Expression profile of mucins (MUC2, MUC5AC and MUC6) in Helicobacter pylori infected pre-neoplastic and neoplastic human gastric epithelium // Mol. Cancer. BioMed Central, 2006. T. 5. C. 10.

100. Eun C.S. h gp. Differences in gastric mucosal microbiota profiling in patients with chronic gastritis, intestinal metaplasia, and gastric cancer using pyrosequencing methods // Helicobacter. Helicobacter, 2014. T. 19, № 6. C. 407-416.

101. Jo H.J. h gp. Analysis of Gastric Microbiota by Pyrosequencing: Minor Role of Bacteria Other Than Helicobacter pylori in the Gastric Carcinogenesis // Helicobacter. Helicobacter, 2016. T. 21, № 5. C. 364-374.

102. Coker O.O. h gp. Mucosal microbiome dysbiosis in gastric carcinogenesis //

Gut. Gut, 2018. T. 67, № 6. C. 1024-1032.

103. Yang I. h gp. Different gastric microbiota compositions in two human populations with high and low gastric cancer risk in Colombia // Sci. Reports 2015 61. Nature Publishing Group, 2016. T. 6, № 1. C. 1-10.

104. Ferreira R.M. h gp. Gastric microbial community profiling reveals a dysbiotic cancer-associated microbiota // Gut. Gut, 2018. T. 67, № 2. C. 226-236.

105. Maseda D., Ricciotti E. NSAID-Gut Microbiota Interactions // Front. Pharmacol. Frontiers Media SA, 2020. T. 11.

106. Parsons B.N. h gp. Comparison of the human gastric microbiota in hypochlorhydric states arising as a result of Helicobacter pylori-induced atrophic gastritis, autoimmune atrophic gastritis and proton pump inhibitor use // PLOS Pathog. Public Library of Science, 2017. T. 13, № 11. C. e1006653.

107. Sterbini Paroni F. h gp. Effects of Proton Pump Inhibitors on the Gastric Mucosa-Associated Microbiota in Dyspeptic Patients // Appl. Environ. Microbiol. Appl Environ Microbiol, 2016. T. 82, № 22. C. 6633-6644.

108. Smith A.W., Chahal B., French G.L. The human gastric pathogen Helicobacter pylori has a gene encoding an enzyme first classified as a mucinase in Vibrio cholerae // Mol. Microbiol. Mol Microbiol, 1994. T. 13, № 1. C. 153-160.

109. Dunn B.E. h gp. Localization of Helicobacter pylori urease and heat shock protein in human gastric biopsies // Infect. Immun. Infect Immun, 1997. T. 65, № 4. C. 1181-1188.

110. Nilius M. h gp. Coccoid like forms (CLF) of Helicobacter pylori. Enzyme activity and antigenicity // Zentralbl. Bakteriol. Zentralbl Bakteriol, 1993. T. 280, № 12. C. 259-272.

111. Ribeiro M. h gp. The influence of endoscopic procedures upon the contamination of Helicobacter pylori cultures // Arq. Gastroenterol. Arq Gastroenterol, 2004. T. 41, № 2. C. 100-103.

112. Sarma A. h gp. Isolation of Helicobacter Pylori from Gastric Biopsy Specimens and Evaluation of Common Contaminants Associated with H. Pylori Cultures // Int. J. Med. Res. Prof. 2016. T. 2, № 2. C. 161-164.

113. Терещенко В.С., Лямин А.В. Сравнение методов идентификации Helicobacter pylori // Аспирантские Чтения 2016 Материалы научно-практической конференции с международным участием «Молодые учёные - от технологий XXI века к практическому здравоохранению». ФГБОУ ВО Самарский государственный медицинский университет Минздрава России. 2016. 2016. С. 300-301.

114. Лямин А.В. Диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук: Новые подходы к культивированию и идентификации кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала. ФГБОУ ВО СамГМУ Минздрава России, 2020. 241 с.

115. Поликарпова С.В. и др. Руководство по микробиологической диагностике инфекций дыхательных путей у пациентов с муковисцидозом. Самара, 2018. 139 с.

116. Tytgat G.N.J., Noach L.A., Rauws E.A.J. Is gastroduodenitis a cause of chronic dyspepsia? // Scand. J. Gastroenterol. Suppl. Scand J Gastroenterol Suppl, 1991. Т. 182, № S182. С. 33-39.

117. Терещенко В.С. Высеваемость Helicobacter pylori из биопсийного материала желудка и двенадцатиперстной кишки // Смоленский медицинский альманах. 2016. Т. 1. С. 244-246.

118. Patel S.K. и др. Diagnosis of Helicobacter pylori: What should be the gold standard? // World J. Gastroenterol. Baishideng Publishing Group Inc, 2014. Т. 20, № 36. С. 12847.

119. Hussein R.A., Al-Ouqaili M.T.S., Majeed Y.H. Detection of Helicobacter Pylori infection by invasive and non-invasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study // PLoS One. Public Library of Science, 2021. Т. 16, № 8. С. e0256393.

120. Tereschehnko V. ^mparison of methods for the diagnosis of H.pylori in gastric biopsy specimens from patients with different gastrointestinal diseases // Иммунопатология, аллергология, инфектология. 2021. Т. 4. С. 91-96.

121. Hooi J.K.Y. и др. Global Prevalence of Helicobacter pylori Infection: Systematic Review and Meta-Analysis // Gastroenterology. Gastroenterology, 2017. Т.

153, № 2. C. 420-429.

122. Wang L. h gp. Helicobacter Pylori and Autoimmune Diseases: Involving Multiple Systems // Front. Immunol. Front Immunol, 2022. T. 13.

123. Miftahussurur M., Yamaoka Y. Diagnostic Methods of Helicobacter pylori Infection for Epidemiological Studies: Critical Importance of Indirect Test Validation // Biomed Res. Int. Hindawi Limited, 2016. T. 2016.

124. Khalifehgholi M. h gp. Comparison of five diagnostic methods for Helicobacter pylori // Iran. J. Microbiol. Tehran University of Medical Sciences, 2013. T. 5, № 4. C. 396.

125. Wang W. h gp. Assessment of prevalence and risk factors of helicobacter pylori infection in an oilfield Community in Hebei, China // BMC Gastroenterol. BioMed Central Ltd., 2019. T. 19, № 1. C. 1-8.

126. Mezmale L. h gp. Review: Epidemiology of Helicobacter pylori // Helicobacter. John Wiley & Sons, Ltd, 2020. T. 25, № S1. C. e12734.

127. Ibrahim A. h gp. Sex-differences in the prevalence of Helicobacter pylori infection in pediatric and adult populations: Systematic review and meta-analysis of 244 studies // Dig. Liver Dis. Dig Liver Dis, 2017. T. 49, № 7. C. 742-749.

128. Sonnenberg A., Melton S.D., Genta R.M. Frequent occurrence of gastritis and duodenitis in patients with inflammatory bowel disease // Inflamm. Bowel Dis. Oxford Academic, 2011. T. 17, № 1. C. 39-44.

129. Borch K. h gp. Prevalence of gastroduodenitis and Helicobacter pylori infection in a general population sample: relations to symptomatology and life-style // Dig. Dis. Sci. Dig Dis Sci, 2000. T. 45, № 7. C. 1322-1329.

130. He Q. h gp. Real-Time Quantitative PCR for Detection of Helicobacter pylori // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology (ASM), 2002. T. 40, № 10. C. 3720.

131. Leonardi M. h gp. Assessment of real-time PCR for Helicobacter pylori DNA detection in stool with co-infection of intestinal parasites: A comparative study of DNA extraction methods // BMC Microbiol. BioMed Central Ltd., 2020. T. 20, № 1. C. 1-8.

132. Lehours P. h gp. Which test to use to detect Helicobacter pylori infection in patients with low-grade gastric mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma? // Am. J. Gastroenterol. Am J Gastroenterol, 2003. T. 98, № 2. C. 291-295.

133. Yu H. h gp. Prevalence and genotyping of Helicobacter pylori in endoscopic biopsy samples from a Chinese population // LaboratoriumsMedizin. De Gruyter, 2018. T. 0, № 0.

134. Coudron P.E., Kirby D.F. Comparison of rapid urease tests, staining techniques, and growth on different solid media for detection of Campylobacter pylori. // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology (ASM), 1989. T. 27, № 7. C. 1527.

135. Perez-Perez G.I. Accurate diagnosis of Helicobacter pylori. Culture, including transport // Gastroenterol. Clin. North Am. Gastroenterol Clin North Am, 2000. T. 29, № 4. C. 879-884.

136. Cover T.L. Perspectives on methodology for in vitro culture of Helicobacter pylori // Methods Mol. Biol. NIH Public Access, 2012. T. 921. C. 11.

137. Choi Y.J. h gp. Accuracy of diagnostic tests for Helicobacter pylori in patients with peptic ulcer bleeding // Helicobacter. Helicobacter, 2012. T. 17, №2 2. C. 7785.

138. Said R.M. h gp. Evaluation of a new biopsy urease test: Pronto Dry, for the diagnosis of Helicobacter pylori infection // Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. Eur J Gastroenterol Hepatol, 2004. T. 16, № 2. C. 195-199.

139. van Keeken N., van Hattum E., de Boer W.A. Validation of a new, commercially available dry rapid urease test for the diagnosis of Helicobacter pylori infection in gastric biopsies. // Neth. J. Med. 2006. T. 64, № 9. C. 329-333.

140. Mobley H.L., Hu L.T., Foxal P.A. Helicobacter pylori urease: properties and role in pathogenesis. // Scand. J. Gastroenterol. Suppl. 1991. T. 187. C. 39-46.

141. Non-H. pylori bacteria with urease activity identified in the human stomach // Nat. Clin. Pract. Gastroenterol. Hepatol. 2006 311. Nature Publishing Group, 2006. T. 3, № 11. C. 605-605.

142. Osaki T. h gp. Urease-positive bacteria in the stomach induce a false-positive reaction in a urea breath test for diagnosis of Helicobacter pylori infection // J.

Med. Microbiol. J Med Microbiol, 2008. T. 57, № Pt 7. C. 814-819.

143. Liu N. h gp. Characterization of bacterial biota in the distal esophagus of Japanese patients with reflux esophagitis and Barrett's esophagus // BMC Infect. Dis. BioMed Central, 2013. T. 13, № 1. C. 1-7.

144. Pei Z.H. h gp. Bacterial biota in reflux esophagitis and Barrett's esophagus // World J. Gastroenterol. Baishideng Publishing Group Inc, 2005. T. 11, № 46. C. 7277.

145. Leszczynska K. h gp. Patient factors affecting culture of Helicobacter pylori isolated from gastric mucosal specimens // Adv. Med. Sci. Adv Med Sci, 2010. T. 55, № 2. C. 161-166.

146. Sung J. h gp. Associations among Gastric Juice pH, Atrophic Gastritis, Intestinal Metaplasia and Helicobacter pylori Infection // Gut Liver. Editorial Office of Gut and Liver, 2018. T. 12, № 2. C. 158.

147. Khosravi Y. h gp. Culturable bacterial microbiota of the stomach of helicobacter pylori positive and negative gastric disease patients // Sci. World J. Hindawi Publishing Corporation, 2014. T. 2014.

148. Li X.X. h gp. Bacterial Microbiota Profiling in Gastritis without Helicobacter pylori Infection or Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drug Use // PLoS One. Public Library of Science, 2009. T. 4, № 11. C. 7985.

149. Andersson A.F. h gp. Comparative Analysis of Human Gut Microbiota by Barcoded Pyrosequencing // PLoS One. Public Library of Science, 2008. T. 3, № 7. C. 2836.

150. Wescombe P.A. h gp. Streptococcal bacteriocins and the case for Streptococcus salivarius as model oral probiotics // Future Microbiol. Future Microbiol, 2009. T. 4, № 7. C. 819-835.

151. Sissons C.H., Hancock E.M. Urease activity in Streptococcus salivarius at low pH // Arch. Oral Biol. Arch Oral Biol, 1993. T. 38, № 6. C. 507-516.

152. Chen Y.Y.M., Anne Clancy K., Burne R.A. Streptococcus salivarius urease: genetic and biochemical characterization and expression in a dental plaque streptococcus. // Infect. Immun. American Society for Microbiology (ASM), 1996. T. 64, № 2. C. 585.

153. Khosravi Y. h gp. Streptococcus mitis induces conversion of Helicobacter

pylori to coccoid cells during co-culture in vitro // PLoS One. PLoS One, 2014. T. 9, № 11.

154. Roos S., Engstrand L., Jonsson H. Lactobacillus gastricus sp. nov., Lactobacillus antri sp. nov., Lactobacillus kalixensis sp. nov. and Lactobacillus ultunensis sp. nov., isolated from human stomach mucosa // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. Int J Syst Evol Microbiol, 2005. T. 55, № Pt 1. C. 77-82.

155. Zilberstein B. h gp. Digestive tract microbiota in healthy volunteers // Clinics (Sao Paulo). Clinics (Sao Paulo), 2007. T. 62, № 1. C. 47-54.

156. Therdtatha P. h gp. Characterization of antimicrobial substance from Lactobacillus salivarius KL-D4 and its application as biopreservative for creamy filling // Springerplus. Springerplus, 2016. T. 5, № 1.

157. Barrett E. h gp. Salivaricin P, one of a family of two-component antilisterial bacteriocins produced by intestinal isolates of Lactobacillus salivarius // Appl. Environ. Microbiol. Appl Environ Microbiol, 2007. T. 73, № 11. C. 3719-3723.

158. Messaoudi S. h gp. Identification of lactobacilli residing in chicken ceca with antagonism against Campylobacter // Int. Microbiol. Int Microbiol, 2011. T. 14, № 2. C. 103-110.

159. Messaoudi S. h gp. Purification and characterization of a new bacteriocin active against Campylobacter produced by Lactobacillus salivarius SMXD51 // Food Microbiol. Food Microbiol, 2012. T. 32, № 1. C. 129-134.

160. O'Shea E.F. h gp. Production of Multiple Bacteriocins from a Single Locus by Gastrointestinal Strains of Lactobacillus salivarius // J. Bacteriol. American Society for Microbiology (ASM), 2011. T. 193, № 24. C. 6973.

161. Vera Pingitore E. h gp. Characterization of salivaricin CRL 1328, a two-peptide bacteriocin produced by Lactobacillus salivarius CRL 1328 isolated from the human vagina // Res. Microbiol. Res Microbiol, 2009. T. 160, № 6. C. 401-408.

162. Svetoch E.A. h gp. Isolation of Lactobacillus salivarius 1077 (NRRL B-50053) and characterization of its bacteriocin, including the antimicrobial activity spectrum // Appl. Environ. Microbiol. Appl Environ Microbiol, 2011. T. 77, № 8. C. 2749-2754.

163. Stern N.J. и др. Isolation of a Lactobacillus salivarius strain and purification of its bacteriocin, which is inhibitory to Campylobacter jejuni in the chicken gastrointestinal system // Antimicrob. Agents Chemother. Antimicrob Agents Chemother, 2006. Т. 50, № 9. С. 3111-3116.

164. Flynn S. и др. Characterization of the genetic locus responsible for the production of ABP-118, a novel bacteriocin produced by the probiotic bacterium Lactobacillus salivarius subsp. salivarius UCC118 // Microbiology. Microbiology (Reading), 2002. Т. 148, № Pt 4. С. 973-984.

165. Palleja A. и др. Roux-en-Y gastric bypass surgery of morbidly obese patients induces swift and persistent changes of the individual gut microbiota // Genome Med. Genome Med, 2016. Т. 8, № 1.

166. Bodmer T., Miltner E., Bermudez L.E. Mycobacterium avium resists exposure to the acidic conditions of the stomach // FEMS Microbiol. Lett. FEMS Microbiol Lett, 2000. Т. 182, № 1. С. 45-49.

167. Лямин А.В. Редкие виды в структуре кислотоустойчивых представителей порядка Actinomycetales, выделенных из клинического материала // Клиническая лабораторная диагностика. Klinichescheskaya Laboratornaya Diagnostika, 2020. Т. 65, № 2. С. 111-115.

168. Imirzalioglu C. и др. Highly specific and quick detection of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in feces and gut tissue of cattle and humans by multiple real-time PCR assays // J. Clin. Microbiol. American Society for Microbiology1752 N St., N.W., Washington, DC, 2011. Т. 49, № 5. С. 1843-1852.

169. Majer J., Chater K.F. Streptomyces albus G produces an antibiotic complex identical to paulomycins A and B // J. Gen. Microbiol. J Gen Microbiol, 1987. Т. 133, № 9. С. 2503-2507.

170. González A. и др. New insights into paulomycin biosynthesis pathway in Streptomyces albus J1074 and generation of novel derivatives by combinatorial biosynthesis // Microb. Cell Fact. BioMed Central Ltd., 2016. Т. 15, № 1. С. 1-16.

171. Santos-Beneit F. и др. Identification of Antimicrobial Compounds in Two Streptomyces sp. Strains Isolated From Beehives // Front. Microbiol. Frontiers Media

S.A., 2022. T. 13. C. 125.

172. Kingsbury D.T. Bacteriocin Production by Strains of Neisseria meningitidis // J. Bacteriol. 1966. T. 91, № 5. C. 1696-1699.

173. Flynn J., McEntegart M.G. Bacteriocins from Neisseria gonorrhoeae and their possible role in epidemiological studies // J. Clin. Pathol. J Clin Pathol, 1972. T. 25, № 1. C. 60-61.

174. Knapp J.S., Falkow S., Holmes K.K. Reevaluation of bacteriocinogeny in Neisseria gonorrhoeae // J. Clin. Pathol. J Clin Pathol, 1975. T. 28, № 4. C. 274-278.

175. Abdellati S. h gp. Neisseria mucosa Does Not Inhibit the Growth of Neisseria gonorrhoeae // Sci 2022, Vol. 4, Page 8. Multidisciplinary Digital Publishing Institute, 2022. T. 4, № 1. C. 8.

176. Zeng B. h gp. Neisseria flavescens: A Urease-Expressing Potential Pathogen Isolated from Gastritis Patients // Curr. Microbiol. Curr Microbiol, 2018. T. 75, № 2. C. 186-193.