Оценка микробиоты ротовой полости у детей с онкогематологическими заболеваниями тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Вечерковская, Мария Федоровна
Вечерковская, Мария Федоровна
кандидат наук
2015
- Специальность ВАК РФ03.02.03
- Количество страниц 160
Оглавление диссертации кандидат наук Вечерковская, Мария Федоровна
ОГЛАВЛЕНИЕ.............................................................................2
ВВЕДЕНИЕ.........................................................................................4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ............................................................26
1.1 Нормальная микрофлора ротовой полости детей.....................................26
1.2 Биоплёнки......................................................................................28
1.2.1 Организация биоплёнок..................................................................28
1.2.2 Жизненный цикл биоплёнки............................................................33
1.2.3 Роль внеклеточной ДНК в формировании биоплёнки.............................34
1.2.4 Роль некодирующих РНК в формировании биоплёнки............................35
1.2.5 Механизмы коммуникации микроорганизмов в биоплёнках.
Кворум сенсинг....................................................................................36
1.2.5.1 Основные бактериальные молекулы, участвующие в межклеточной коммуникации.........................................................................................38
1.3 Некультивируемые бактерии в составе микрофлоры ротовой полости.........41
1.3.1 Основные причины «некультивированное™»......................................45
1.3.2 Основные подходы к изолированию пока некультивированных микроорганизмов.............................................................................................46
1.4 Влияние полихимиотерапии, на микробиоту детей с онкогематологическими заболеваниями....................................................................................47
1.5 Систематизация информации в биологии. Базы данных............................49
ГЛАВА 2. ОЦЕНКА СОСТАВА МИКРОФЛОРЫ ПОЛОСТИ РТА ЗДОРОВЫХ ДЕТЕЙ И ДЕТЕЙ С ОНКОГЕМАТОЛОГИЧЕКИМИ ЗАБОЛЕВАНИЯМИ В СТАДИИ РЕМИССИИ.........................................................................52
2.1 Микроскопия.................................................................................53
2.2 Культивирование.............................................................................55
2.3 Общий спектр микроорганизмов, идентифицированных в слюне здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии..........58
2.4 Определение чувствительности идентифицированных микроорганизмов к антибиотикам и антисептикам...................................................................64
ГЛАВА 3. ВЫЯВЛЕНИЕ И ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ РАНЕЕ НЕИЗВЕСТНОЙ БАКТЕРИИ.................................................................69
3.1 Результаты предварительной генетической идентификации.......................69
3.2 Выделение чистой культуры и изучение свойств неизвестной ранее бактерии............................................................................................76
3.3 Идентификация штамма VT 162 с использованием систем Vitek 2 и Bruker Biotyper.............................................................................................80
3.4 Определение чувствительности бактерий штамма VT 162 к антибиотикам....86
3.5 Секвенирование и аннотация генома Streptococcus sp. VT 162....................87
3.6 Характеристика генома VT 162..........................................................90
3.7 Виртуальная ДНК-ДНК гибридизация и усреднённая идентичность нуклеоти-
дов...................................................................................................94
ГЛАВА 4. СОЗДАНИЕ БАЗЫ ДАННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ
ИССЛЕДОВАНИЙ..............................................................................101
ЗАКЛЮЧЕНИЕ.................................................................................106
ВЫВОДЫ........................................................................................107
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ....................................................109
ПЕРСПЕКТИВЫ НАПРАВЛЕНИЯ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ.....109
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ....................................................................110
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.....................................................................112
Благодарность...................................................................................155
Приложение № 1 Информированное согласие...........................................156
Приложение № 2 Анкета участника исследования......................................157
Приложение № 3 Анкета участника исследования......................................158
Приложение № 4 Подтверждение депонирования штамма VT 162 в коллекцию DSMZ.............................................................................................159
Приложение № 5 Свидетельство о государственной регистрации базы данных "Microbes".........................................................................................160
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Микробиология», 03.02.03 шифр ВАК
Использование аутопробиотикотерапии для коррекции микроэкологических нарушений кишечника2021 год, кандидат наук Боровкова Екатерина Андреевна
Микробиота кишечника коренного жителя Центрального федерального округа Российской Федерации как основа для создания региональных пробиотических препаратов2014 год, кандидат наук Беляева, Екатерина Андреевна
Интегральная оценка состояния микробиоценозов биотопов желудочно-кишечного тракта и методы коррекции их нарушений2016 год, доктор наук Затевалов Александр Михайлович
Сравнительная характеристика биологических свойств Porphyromonas gingivalis и Aggregatibacter actinomycetemcomitans возбудителей пародонтита2017 год, кандидат наук Губайдуллин Азат Гирфанович
Особенности формирования микробиоты недоношенных детей при длительном выхаживании в стационаре2019 год, кандидат наук Малыгина Ольга Геннадьевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Оценка микробиоты ротовой полости у детей с онкогематологическими заболеваниями»
ВВЕДЕНИЕ. Актуальность темы исследования
Современные данные указывают на огромную роль микрофлоры в качестве важнейшего «органа» гомеостаза, влияющего на развитие хозяина, его физиологию и морфогенез [1] С нарушениями состава и функционирования микрофлоры связывают развитие различных соматических заболеваний. Установлено, что колонизация слизистой ротовой полости рядом условно-патогенных и патогенных бактерий в значительной степени повышает вероятность возникновения не только местных патологических изменений, но и служит причиной формирования ряда различных соматических заболеваний. В значительной степени это связано с существованием микробных биоплёнок и наличием в их составе неизвестных науке бактерий, обозначаемых как «некультивируемые» и «пока не культивируемые». Трудности в работе с такими микробами связаны, прежде всего, с отсутствием современных программ, позволяющих суммировать и анализировать большие объемы различной информации, полученной в результате исследования микроорганизмов классическими микробиологическими, биохимическими и современными молекулярно-генетическими методами. Кроме того, необходима разработка новых экспериментальных подходов, позволяющих выделить смешанные микробные биопленки, изолировать и идентифицировать входящие в их состав различные ранее не культивируемые бактерии. Условия, необходимые для роста таких бактерий, пока считаются невоспроизводимыми в лабораторных условиях [2,3]
Несмотря на очевидную актуальность, проблема распространения условно-патогенных и патогенных бактерий при различной патологии, в том числе, у детей с онкогематологическими заболеваниями в условиях применяемой терапии остаётся практически не изученной. Поэтому оценка микробиоты здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями, выявление видового состава представителей микрофлоры, описание свойств полимикробных сообществ, которые они образуют, и определение биологических свойств бактерий, является актуальным и имеет не только теоретическое, но и практическое значение.
Степень разработанности темы исследования
В последние годы по результатам мировых и отечественных исследований расширилось представление о микрофлоре человека и многообразии её функций. С каждым годом появляются новые данные о том, какие именно микроорганизмы отвечают за определённый процесс взаимодействия микробиоты и хозяина в естественных условиях, а также о роли микробных ассоциаций в патогенезе инфекционных и не инфекционных заболеваний [4-6]. Одновременно все больше различных заболеваний связывают с нарушениям состава и функционирования микрофлоры [7]. Среди них, такие патологические состояния как сахарный диабет тип 2 [8,9]; ожирение [10,11]; атопический дерматит [12,13]; экзема [14,15]; псориаз [16]; аллергические реакции [17,18]; бронхиальная астма[19,20]; СРК [21,22]; нефролитиаз [23]; атеросклероз [24,25]; тромбозы[26]; инфаркт миокарда [27].
Одной из наиболее доступных для изучения является микрофлора ротовой полости, которая представляет собой обширную экосистему [28]. По данным культуральных и некультуральных (молекулярно-биологических) методов исследования микробное сообщество ротовой полости представлено более чем 750 видами. Показано, что бактерии доминируют среди микроорганизмов, составляющих микрофлору полости рта. Приблизительно 340 видов бактерий, обитающих в полости рта, культивированы, описаны и имеют видовое имя [29].
С пониманием важности микрофлоры в развитии организма и формировании предрасположенности к широко распространённым патологическим состояниям, возник большой интерес к изучению микрофлоры, в том числе у детей. Тем не менее, большая часть исследований носит «точечный» характер, охватывая такие хорошо известные проблемы как детский и подростковый кариес [30-32], аллергические реакции [33,34], атопический дерматит [35,36], детское и подростковое ожирение[37-39]. В то же время, микрофлора при других заболеваниях остается практически не изученной и лишь единичные работы посвящены исследованию нормальной микробиоты ротовой полости детей [40-45].
На сегодняшний день, накоплено много данных о роли микробных ассоциаций как в естественных условиях, так и в патогенезе инфекционных и не инфек-
ционных [4-6]. Вместе с тем, практически не изученными остаются особенности состава микробных сообществ у детей, в частности, недостаточно данных о составе нормальной микрофлоры здоровых детей.
Одним из актуальных направлений современной микробиологии является изучение не культивируемых или пока не культивированных бактерии, которые не способны расти в виде чистых культур в лабораторных условиях. В последние годы появляется все больше примеров выявления некультивированных бактерий при различных заболеваниях [46-50]. К настоящему моменту накопилось значительное количество данных о разнообразных подходах к выделению и идентификации бактерий, не поддающихся культивированию в обычных условиях [51-63].
Исследование микробиоты детского возраста, описание входящих в её состав микроорганизмов позволит раскрыть механизмы влияния представителей микрофлоры на организм детей и дополнить наше понимание о роли бактерий в формировании патологических состояний детского возраста.
Цель исследования
Оценка состава и свойств смешанных микробных сообществ микробиоты слюны здоровых и больных онкогематологическими заболеваниями детей, разработка алгоритма получения чистых культур пока некультивируемых бактерий и создание специальной базы данных результатов проводимых исследований.
Задачи исследования:
1. С помощью микробиологических, биохимических и молекулярно-биологических методов исследовать состав и свойства представителей микробиоты слюны (с учётом некультивируемых бактерий) здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии в возрасте от 2 до 10 лет.
2. Выявить, выделить и идентифицировать бактерии, встречающиеся только в микрофлоре детей с онкогематологическими заболеваниями.
3. Молекулярно-генетическая характеристика (с оценкой генома, генов патогенности и антибиотикоустойчивости) впервые выявленных ранее не известных бактерий с установлением их положения в систематике.
4. Разработать оригинальную электронную базу данных результатов проводимых исследований, позволяющую оперативно суммировать, сохранять и анализировать информацию о биологических особенностях микроорганизмов и их сообществах с последующей их идентификацией.
Научная новизна исследования
Установлено, что микробиота детей с онкогематологическими заболеваниями не идентична микробиоте здоровых детей и характеризуется обеднённым разнообразием культивируемых микроорганизмов - отсутствием представителей 3-х Грам-отрицательных и 2-х Грам-положительных родов, выявлением дрожжепо-добных грибов и повышенной резистентностью к различным антибиотикам.
Показано, что смешанные бактериальные сообщества, полученные из материала ротовой полости детей, обладают определённой стабильностью, воспроизводятся при пересевах и содержат культивируемые и пока не культивируемые бактерии, многие из которых не удаётся получить в виде чистых культур на использованных известных питательных средах.
В составе микрофлоры слюны детей с онкогематологическими заболеваниями в составе смешанных микробных сообществ выделены бактерии, не встречавшиеся в группе здоровых детей, которые по результатам сравнительного анализа последовательностей гена 16S рРНК, полного генома, гибридизации ДНК, данных протеомного и биохимического анализов, морфологических свойств, были идентифицированы как новый, ранее неизвестный вид рода Streptococcus.
Впервые изучен геном нового, выявленного вида стрептококков, который содержит различные гены патогенности и антибиотикоустойчивости (бета-лактамаза класса А, устойчивость к гл и ко пептидам) (геном аннотирован в NCBI № СР007628 (http://www.ncbi.nlm.nih.goV/nuccore/CP007628.l) и сиквенс гена, кодирующего 16S рРНК, № KF780584 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ICF780584).
Разработана оригинальная электронная база данных результатов проводимых исследований «Microbes», адаптированная для потребностей микробиологических исследований, которая позволяет накапливать и систематизировать дан-
ные, получаемые в ходе экспериментов, проводить их анализ с помощью нового биоинформативного алгоритма (свидетельство о государственной регистрации базы данных «Microbes» №2013620895 от 08 августа 2013г.).
Теоретическая и практическая значимость работы
Изучение состава и свойств микроорганизмов из смешанных микробных сообществ из слюны позволило получить новые данные о микрофлоре здоровых детей и детей с онкогематологическими заболеваниями, содержащей культивируемые и пока не культивируемые бактерии, что расширяет знания о микробиоте детского возраста и дополняет понимание об изменениях микрофлоры в процессе лечения с применением протоколов, включающих использование цитостатиков и противомикробных препаратов. Идентифицирован микроорганизм, ранее не описанный и прежде не поддававшийся культивированию, изучен его геном, гены па-тогенности и антибиотикоустойчивости.
Полученные результаты исследования послужили основой для использования характеристики микробиоты как патогенетического маркёра развития патологических процессов инфекционного и не инфекционного генеза.
Определены подходы к выделению и получению в виде чистых культур бактерий, не поддающихся культивированию в стандартных условиях, дополняющие характеристику микробиоты ротовой полости.
Разработанная электронная база данных результатов проводимых исследований "Microbes" позволяет оперативно суммировать, сохранять и анализировать информацию, связанную с культивированием смешанных микробных популяций с разделением отдельных их компонентов и идентификацией на основе бактериологических, бактериоскопических, биохимических и молекулярно-генетических методов.
Полученные результаты внедрены и используются в работе лаборатории иммунологии научно-исследовательского центра ГБОУ ВПО "ПСПбГМУ им. академика И.П. Павлова" МЗ РФ и кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии им. академика Д.К. Заболотного ГБОУ ВПО "ПСПбГМУ им. академика И.П. Павлова" МЗ РФ при проведении научных исследований и в учебном
процессе - в лекционном курсе и практических занятиях студентов лечебного, педиатрического и стоматологического факультетов, а также при обучении аспирантов по специальности "Микробиология" (акт о внедрении от 18 декабря 2014 года).
Методология и методы исследования
Методологической основой исследования послужили работы отечественных и зарубежных учёных в области классической микробиологии, молекулярной биологии, генетики и биоинформатики. Предметом работы стало изучение сообществ, полученных из слюны здоровых и больных онкогематологическими заболеваниями детей в возрасте от 2 до 10 лет, выделение и идентификация бактерий, не поддающихся культивированию в стандартных условиях, создание специальной базы микробиологических данных.
Научная литература, посвящённая изучению микробиоты человека, была проанализирована формально-логическими методами. В работе использованы микробиологические, масс-спектрометрические, иммунохимические, молекуляр-но-генетические, биоинформационные, электронно-микроскопические и статистические методы исследования.
Материалы исследования
Общая характеристика детей, у которых собирали материал для
исследования
Работа выполнена на кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии ПСПбГМУ им. ак. И.П. Павлова.
Материал для исследования собирали у детей двух групп.
Первую группу составили пациенты с онкогематологическими заболеваниями в стадии ремиссии, дневного стационара ИДГиТ им. P.M. Горбачёвой. Основными критериями отбора были: возраст от 2-х до 10-ти лет, отсутствие приёма антибиотиков в течение последних трёх месяцев и, по-возможности, схожие протоколы лечения основного заболевания.
Вторую группу составили ученики начальных классов школ и детских садов города Санкт-Петербурга.
После консультации с медицинским персоналом учебных заведений для исследования во вторую группу отбирались дети без хронических заболеваний, не переносившие острого инфекционного заболевания в течение, как минимум, трёх месяцев. Детей в эту группу отбирали таким образом, чтобы их возраст, пол, общее физическое развитие и образ жизни соответствовали таковому детей в первой группе.
Родителям (опекунам, законным представителям) детей, были разъяснены методика сбора материала и суть исследования, оформлено информированное согласие (см. приложение № 1). Участие в исследовании было добровольным.
Перед сбором материала, родители (опекуны, законные представители) детей заполняли анкету (см. Приложение № 2). При сборе материала у пациентов ИДГиТ им. P.M. Горбачёвой, в заполнении анкеты (см. Приложение № 3), так же принимал участие лечащий врач. Образцам присваивался идентификационный номер.
Данные о состоянии здоровья полости рта получали от лечащих врачей и медицинского персонала учебных заведений соответственно. Материал собирали у детей, у которых на момент проведения исследования по данным последнего осмотра в ходе лечения основного заболевания или профилактического осмотра не было выявлено стоматологических заболеваний. К исследованию допускались дети, проходившие в прошлом лечение по поводу заболеваний полости рта и успешно завершившие его. Из исследования исключались пациенты, проходящие ортодонтическое лечение.
В результате, материал для исследования был собран у 20 детей в возрасте от 21-го месяца до 9-ти лет, среди них, 12 мальчиков (6 в первой и 6 во второй группе) и 8 девочек (4 в первой и 4 во второй группе).
Микробиологические методы
Материал для микробиологического исследования
Сбор материала. Нестимулированную слюну собирали в стерильные пластиковые контейнеры с широким горлышком, объёмом 15 мл., содержащие 1 мл.
тиогликолевой среды (НИЦФ РФ), в течение одной-двух минут. Материал доставляли в лабораторию в течение 1-го часа.
Штаммы бактерий
В работе использованы стандартные штаммы бактерий из международной коллекции: Staphylococcus aureus АТСС 29213, Escherichia coli АТСС 25922.
Питательные среды
Использованы: мясопептонный бульон (МПБ) (НИЦФ РФ), мясопептонный агар (МПА) (НИЦФ РФ), минимальная синтетическая среда М9 (НИЦФ РФ), бульон Мюллер-Хинтон (bioMerieux, Франция), агар Мюллер-Хинтон (bioMerieux, Франция), Шедлер бульон (bioMerieux, Франция), Шедлер агар (bioMerieux, Франция), Колумбия агар (НИЦФ РФ), бруцелла агар (bioMerieux, Франция) и трипказосоевый агар (bioMerieux, Франция). Для транспортировки собранного материала от пациентов использовали тиогликолевую транспортную среду (НИЦФ РФ), для культивирования дрожжеподобных грибов рода Candida использовали среду и агар Сабуро (bioMerieux, Франция).
Культивирование аэробных и факультативно-анаэробных
микроорганизмов
Аэробные и факультативно-анаэробные бактерии выращивали на различных средах - бруцелла, колумбийском (НИЦФ РФ) и трипказосоевом агарах (bioMerieux, Франция) с добавлением 5% дефибринированной крови барана, человека, гемолизированных эритроцитов крови барана и сыворотки крови лошади. Посевы инкубировали в течение 18-120 часов при температурах 35 °С и 37°С в обычной атмосфере и с повышенным содержанием СОг с использованием СОг инкубатора МСО-19АС (Sanyo, Япония).
Культивирование анаэробных микроорганизмов
Анаэробные микроорганизмы выращивали на 5% кровяном Шедлер или бруцелла агарах (bioMerieux, Франция) с инкубацией в течение 48 часов при температуре 35°С в газогенераторных пакетах GENbag anaer (bioMerieux, Франция).
Культивирование дрожжеподобных грибов рода Candida
Культивирование дрожжеподобных грибов рода Candida проводили на среде Сабуро (bioMerieux, Франция) при температурах 35 °С и 37°С в обычной атмосфере.
Получение чистых культур из смешанных микробных сообществ
Для получения чистых культур из смешанных микробных сообществ использовали метод истощающего титрования, а так же метод двукратных серийных разведений в изотоническом растворе хлорида натрия с последующими высевами на различные агаризованные среды и культивирования полученных засевов.
Определение морфологии колоний
Морфологию колоний оценивали с помощью биологического стереомикро-скопа МСП-1 Вариант 2 (JIOMO, Россия). Увеличение микроскопа 10х-80х, zoom-объектив 1х-4х, окуляры 10х/20.
Определение тннкториальных свойств бактерии
Для определения тинкториальных свойств бактерии окрашивали по методу Грама [64].
Световая иммерсионная микроскопия
Изучение микропрепаратов проводили при помощи световой иммерсионной микроскопии, с использованием бинокулярного микроскопа Axiostar plus (Carl Zeiss, Германия), оснащённого иммерсионным объективом A-Plan 100х/1.25, окуляр 10х (Carl Zeiss, Германия).
Электронная микроскопия
Для оценки морфологии бактериальной культуры, бактериальную суспензию инкубировали с подложкой для электронной микроскопии, контрастировали фосфорно-вольфрамовой кислотой, отмывали дистиллированной водой и просматривали на электронном микроскопе JEM-1 OOS (Jeol, Япония) при инструментальном увеличении 1000-5000х.
Для изучения ультраструктуры, бактериальную суспензию центрифугировали 15 мин. при 3000 об./мин. Осадок фиксировали 2,5% раствором глутаральде-гида, обезвоживали ацетоном в возрастающей концентрации и заливали в смесь
эпон/аралдит. Ультратонкие срезы, полученные на ультрамикротоме Ultracut (Reichert, Австрия), контрастировали уранилацетатом и цитратом свинца и просматривали на электронном микроскопе JEM-100S (JEOL, Япония) или Libral20 (Cari Zeiss, Германия) при инструментальном увеличении 2000 - 100 ОООх.
Получение макрофотографий
Фотографии колоний получали с помощью цифрового фотоаппарата Canon EOS 60D (Canon, Япония), оснащённого объективом MP-E65mm. f/2.8 1-5х (Canon, Япония). При использовании стереомикроскопа МСП-1 (JIOMO, Россия), фотографии получали с помощью цифрового фотоаппарата Canon EOS 60D (Canon, Япония), оснащённого адаптером C-mount для цифрового фотоаппарата Canon (JIOMO, Россия).
Получение микрофотографий
Микрофотографии получали при световой иммерсионной микроскопии двумя способами.
При использовании микроскопа Axiostar plus (Cari Zeiss, Германия), микрофотографии получали с помощью цифрового фотоаппарата Canon EOS 60 D (Canon, Япония), оснащённого адаптером Photo adjustment х 1.6 for Zeiss microscopes (Askania Mikroskop Technik Rathenow GmbH, Германия), соединённого с фотоаппаратом переходником Т2 adapter (Наша, Германия).
При использовании микроскопа Olympus BX51TF (Olympus, Япония), оснащённого иммерсионным объективом U-Plan FL N ЮОх/1.30, окуляр 10х (Olympus, Япония), микрофотографии получали с помощью цифровой камеры ProgRes CF (Jenoptic, Германия), соединённой с микроскопом адаптером U-TV.63XC (Olympus, Япония). При работе с камерой, использовали программу ProgRes® MAC CapturePro version 2.7.6 (Jenoptic, Германия).
Идентификация выделенных микроорганизмов
Идентификацию микроорганизмов осуществляли на основе рутинных бактериологических методов с учётом тинкториальных, морфологических, культу-ральных и биохимических свойств с использованием Справочника Берджи по си-
стематике бактерий [65], а так же по секвенированной последовательности гена 16S рибосомальной РНК.
Ориентировочная идентификация анаэробных бактерий Для ориентировочной идентификации анаэробных бактерий использовали диагностические диски: бацитрацин (10ЕД) (НИЦФ РФ), ванкомицин (5мкг) (HiMedia), генциан-виолет (1:10000) (НИЦФ РФ), желчь (25мг) (НИЦФ РФ), ка-намицин (ЮООмкг) (НИЦФ РФ), колистин (5мкг) (HiMedia), неомицин (ЮООмкг) (НИЦФ РФ), оптохин (НИЦФ РФ) пенициллин (2ЕД) (НИЦФ РФ), рифампицин (15мкг) (НИЦФ РФ), сапонин (НИЦФ) (НИЦФ РФ), эритромицин (бОмкг) (НИЦФ РФ) [66].
Определение биохимической активности микроорганизмов
Определение биохимической активности микроорганизмов проводили с помощью диагностических тест-систем STAPHYtest-24 (ErbaLaChema, Чехия) и API-Staph (BioMerieux, Франция), тест-систем АНАЭРОтест (Lachema, Чехия), системы Vitek 2 (bioMerieux, Франция). Исследования выполнялись согласно инструкции производителя соответствующих тест-систем.
Идентификация бактерии по протеому бактерналыюн клетки Идентификацию бактерий по протеому (совокупности экспрессируемых в клетке белков), проводили при помощи масс-спектрометрии MALDI-TOF с про-боподготовкой на микротитрационных планшетах AnchorChip (Bruker Corporation, США). Идентификация проводилась относительно MALDI Biotyper Database (Bruker Тахопошу Tree) (Bruker Corporation, США).
Диски с антибиотиками для определения чувствительности к антибактериальным препаратам
В работе использованы диски со следующими антибиотиками: азитромицин (15мкг.) (НИЦФ РФ), амоксициллин-клавуланат (20/10 мкг.) (HiMedia, Индия), ампициллин (Юмкг.) (HiMedia), левофлоксацин (Юмкг.) (НИЦФ РФ), клиндами-цин (2мкг.) (HiMedia), метронидазол (5мкг.) (HiMedia), оксациллин (1мкг.) (HiMedia), цефаклор (ЗОмкг.) (HiMedia), эритромицин (15мкг.) (НИЦФ РФ), ци-профлоксацин (5мкг.) (НИЦФ РФ), цефотаксим (ЗОмкг.) (НИЦФ РФ), кларитро-
мицин (15мкг.) (НИЦФ РФ), рокситромицин (ЗОмкг.) (НИЦФ РФ), амикацин (ЗОмкг.) (НИЦФ РФ), меропенем (Юмкг.) (НИЦФ РФ), левомицетин (ЗОмкг.) (НИЦФ РФ), триметоприм-сульфаметоксазол (1,25/23,75мкг.) (НИЦФ РФ), антисептик хлоргексидин (0,05%).
Тест-полскн "Е-тест" с противогрибковыми препаратами Для определения минимальной подавляющей концентрации противогрибковых препаратов в отношении дрожжеподобных грибов рода Candida использовали тест-полоски "Е-тест" с амфотерицином В, итраконазолом, флюконазолом и каспофунгином (bioMerieux, Франция).
Определение чувствительности к антимикробным препаратам Чувствительность бактерий к антибиотикам определяли на плотной питательной среде диско-диффузионным методом. На поверхность плотной питательной среды (агар Мюллер-Хинтон), засевали тест-микроб (бактериальную суспензию вносили в количестве, соответствующем стандарту мутности 0,5 по McFarland) и накладывали стандартные диски, содержащие различные антибиотики. Результат учитывали после 24-48 часовой инкубации.
Определение чувствительности дрожжеподобных грибов рода Candida к противогрибковым препаратам
Для определения чувствительности дрожжеподобных грибов рода Candida к противогрибковым препаратам культуры, изолированные в ходе исследования из биоплёнок, культивировали на среде Сабуро с добавлением декстрозы (bioMerieux, Франция). С поверхности агара отбирали пять колоний каждого штамма и готовили суспензию, соответствующую стандарту мутности 0,5 по McFarland, которую затем разводили в соотношении 1:5 в 0,9% растворе NaCl. Приготовленную таким образом суспензию заливали на среду RPMI 1640 (bioMerieux, Франция), содержащую 2% раствор глюкозы. Избыток суспензии ас-пирировали. Чашки высушивали при t 37°С в течение 15 минут. После высушивания на чашки наносили Е-диски с противогрибковыми препаратами и инкубировали в течение 24-х часов при 137°С, после чего производили учёт результата.
Оценку чувствительности микроорганизмов осуществляли согласно МУК 4.2.1890-04 и стандартам, рекомендуемым Институтом клинических и лабораторных стандартов (Clinical and Laboratory Standarts Institute, CLSI, США).
Молекулярно-биологическне методы
Отбор единичных бактериальных клеток из смешанных сообществ
Для отбора единичных бактериальных клеток из смешанных микробных сообществ применяли метод лазерной микродиссекции. Для этого из взвеси бактерий в 0,9% растворе NaCl (соответствующей стандарту мутности 0,5 по McFarland), готовили мазок на предметном стекле, имеющем толщину 1мм. Мазок фиксировали и окрашивали по методу Грама. Лазерную микродиссекцию проводили с использованием системы PALM MicroBeam (Carl Zeiss, Германия). Под контролем видеокамеры, роботизированной системе контроля лазера PALM RoboSoftware v 4.6, задавали от 300 до 500 бактериальных клеток для последующего переноса в пробирку AdhesiveCap opaque (Carl Zeiss, Германия), объёмом 500 мкл. Для переноса бактериальных клеток с предметного стекла в пробирку, лазер системы настраивали в режим LPC. При этом задавались параметры: фокус ИК-лазера - автоматический, мощность - 56/100.
В пробирки добавляли 200 мкл деионизированной воды (Millipore Direct Q5, Millipore, США). Пробирку на 30 минут оставляли при комнатной температуре, периодически встряхивая, после чего, замораживали и хранили при температуре -20°С до проведения дальнейших манипуляций.
Выделение бактериальной ДНК
Бактерии, предназначенные для выделения ДНК, помещали в стерильный эппендорф, объёмом 1 мл, содержащий 200 мкл. деионизированной воды (Millipore Direct Q5, Millipore, США), и хранили при температуре до выде-
ления ДНК.
Выделение ДНК проводили фенол-хлороформным методом [67], с добавлением протеиназы К (Amresco LLC, США) и лизоцима (Amresco LLC, США).
Преципитацию и очищение выделенной ДНК проводили этанолом.
ДНК растворяли в 100 мкл. деионизированной воды (Millipore Direct Q5, Millipore, США), и хранили при температуре -20°С до проведения дальнейших манипуляций.
Секвенирование гена 16S рибосомалыюй РНК
Амплификацию гена 16S рРНК проводили с использованием "универсальных" праймеров: прямой - 27F 5'AGAGTTTGGATCATGGCTCAG3', обратный -1492R 5'CGGTTACCTTGTTACGACTT3' [68] (Евроген, Россия).
Для постановки полимеразной цепной реакции - ПЦР, в 20 мкл. реакционной смеси добавляли 0.1 мкл. выделенной ДНК. Реакционная смесь помимо ДНК содержала 67 мМ Трис-HCl (рН 8.6), 2.5 мМ MgCl2, 16.6 мМ (NH4)2S04, 0.5 мМ каждого дНТФ, по 5 пмоль каждого из праймеров и 2.5 Е Taq ДНК полимеразы (Силекс, Россия). Матрицу денатурировали 3 мин, при 94°С, ДНК амплифициро-вали в течении 30 циклов каждый из которых включал денатурацию (94°С, 30 сек.), отжиг (58°С, 30 сек.) и синтез (72°С, 1 мин). В качестве контроля использовали реакционную смесь без добавления ДНК.
Похожие диссертационные работы по специальности «Микробиология», 03.02.03 шифр ВАК
Инновационные методы видовой идентификации лактобактерий в оценке состояния микробиоты влагалища у беременных женщин2013 год, кандидат наук Мелкумян, Алина Рантиковна
Диагностически значимые микробиологические показатели в развитии периимплантитов2023 год, кандидат наук Тунева Наталья Александровна
Микроэкологические основы коррекции "дисбиозной" микробиоты человека2013 год, доктор биологических наук Соловьева, Ирина Владленовна
Характеристика микрофлоры свободной ротовой жидкости у лиц, использующих стоматологические ортопедические конструкции, и определение влияния низкоинтенсивного электромагнитного излучения на биопленкообразование у бактерий2018 год, кандидат наук Бабикова Марина Сергеевна
Роль бифидобактерий в кишечном микробиоценозе ВИЧ-инфицированных детей2020 год, доктор наук Захарова Юлия Викторовна
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Вечерковская, Мария Федоровна, 2015 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Sommer, F., The gut microbiota — masters of host development and physiology / F. Sommer, F. Biickhed //Nature Reviews Microbiology. - 2013. - № 4. - C. 227-238.
2. Lewis, K., Persisters, Biofilms, and the Problem of Cultivability / K. Lewis // Microbiology Monographs / под ред. Epstein S.S. - Berlin: Изд-во. Springer, 2009. - № 10. - C. 203-216.
3. Epstein, S., General Model of Microbial Uncultivability / S.Epstein // Microbiology Monographs / под ред. Epstein S.S. - Berlin: Изд-во. Springer, 2009. - № 10. C. 131-159.
4. Harding, M.W., Can filamentous fungi form biofilms? / M.V. Harding, L.R.M. Lyriam, R.J. Howard, M.E. Olson // Trends in Microbiology. - 2009. - T. 17. № 11. - C. 475-480.
5. Thoulouze, M.-I., Can viruses form biofilms? / M.-I. Thoulouze, A. Alcover // Trends in Microbiology. - 2011.- T. 19, № 6. - C. 257-262.
6. Harriott, M.M., Importance of Candida-bacterial polymicrobial biofilms in disease. / M.M. Harriott, M.C. Noverr// Trends in Microbiology. - 2011. - T. 19, № 11. C. 557-563.
7. Тец, B.B., Микробы ротовой полости и соматическая патология. / В.В. Тец // Клиннко-лабораторный консилиум. - 2007. - № 14. С. 6-11.
8. Shillitoe, Е., The oral microflora in obesity and type-2 diabetes / E. Shillitoe, R. Weinstock, T. Kim, H. Simon, J. Planer, S. Noonan, R. Cooney // Journal of Oral Microbiology. - 2012. - T. 4. 10.3402/jom.v4i0.19013.
9. Li, X., Systemic diseases caused by oral infection. / X. Li, K.M. Kolltveit, L. Tronstad, I. 01-sen // Clinical Microbiology Reviews. - 2000. - T. 13, № 4. - C. 547-558.
10. Turnbaugh, P.J., An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest / P.J. Turnbaugh, R.E. Ley, M.A. Mahowald, V. Margini, E.R. Mardis, J.I. Gordon // Nature. - 2006. - T. 444, № 7122. - C. 1027-1131.
11. Tilg, H., Obesity and the Microbiota / H. Tilg, A.R. Moschen, A. Kaser // YGAST. - 2009. -T. 136, № 5.-C. 1476-1483.
12. De Benedetto A., Atopic dermatitis: a disease caused by innate immune defects? / A. De Benedetto, R. Agnihothri, L.Y. McGirt, L.G. Bankova, L. A. Beck // The Journal of Investigative Dermatology. - 2009. - T. 129, № 1. - C. 14-30.
13. Neibuhr, M., Staphylococcal exotoxins are strong inducers of IL-22: A potential role in atopic dermatitis. / M. Neibuhr, H. Scharonow, M. Gathmann, D. Mamerow, T. Werfel // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2010. - T. 126, № 6. - С. 1176-1183.
14. Abrahamsson T.R., Low diversity of the gut microbiota in infants with atopic eczema / T.R. Abrahamsson, H.E. Jakobsson, A.F. Andersson, B.B. Bjorksten, L. Engstrand, M.C. Jenmalm // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2012. - T. 129, № 2. - C. 434-440.
15. Adlerberth, I., Gut microbiota and development of atopic eczema in 3 European birth cohorts /
I. Adlerberth, D.P. Strachan, P.M. Matricardi, S. Ahrne, L. Orfei, N. Aberg, M.R. Perkin, S. Tripodi, B. Hesselmar, R. Saalman, A.R. Coates, C.L. Bonanno, V. Panetta, A.E. Wold // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2007. - T. 120, № 2. - C. 343-350.
16. Fahlen, A., Comparison of bacterial microbiota in skin biopsies from normal and psoriatic skin / A. Fahlen, L. Engstrand, B.S. Baker, A. Powles, L. Fry // Archives of Dermatological Research. - 2012. - T. 304, № I. - C. 15-22.
17. Bisgaard, H., Reduced diversity of the intestinal microbiota during infancy is associated with increased risk of allergic disease at school age / H. Bisgaard, N. Li, K. Bonnelykke, B.L. Krogsgaard Chawes, T. Skov, G. Paludan-Muller, J. Stokholm, B. Smith, K.A. Krogfelt // Journal of Allergy and Clinical Immunology.- 2011. - T. 128, № 3. - C. 646-652.
18. Larsen, J.M., IL-23 and TH17-mediated inflammation in human allergic contact dermatitis / J.M. Larsen, C.M.E. Bonefeld, S.S. Poulsen, C. Geisler, L. Skov // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2009. - T. 123, № 2. - C. 486-492.
19. Penders, J., Infant antibiotic use and wheeze and asthma risk: a systematic review and metaanalysis. / J. Penders, I. Kummeling, C. Thijs // The European respiratory journal : official journal of the European Society for Clinical Respiratory Physiology. - 2011. - T. 38, № 2. - C. 295-302.
20. Huffnagle, G.B., The Microbiota and Allergies/Asthma / G.B. Huffbagle // PLoS Pathogens -2010. - T. 6, № 5. - C. el0005491.
21. Vanderpioeg, R., Influences of Intestinal Bacteria in Human Inflammatory Bowel Disease / R. Vanderploeg, R. Panaccione, S. Ghosh, K. Rioux // Infectious Disease Clinics of North America. - 2010. - T. 24, № 4. - C. 977-993.
22. Chassaing, B., The Commensal Microbiota and Enteropathogens in the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases / B. Chassaing, A.D. Michaud // YGAST. - 2011. - T. 140, № 6. -C. 1720-1728.
23. Kaufman, D.W., Oxalobacter formigenes may reduce the risk of calcium oxalate kidney stones. / D.W. Kaufman, J.P. Kelly, G.C. Curhan, T.E. Anderson, S.P. Dretler, G.M. Preminger, D.R. Cave // Journal of the American Society of Nephrology : JASN - 2008. - T. 19, № 6. -C. 1197-1203.
24. Caesar, R., Effects of gut microbiota on obesity and atherosclerosis via modulation of inflammation and lipid metabolism. / R. Caesar, F. Fak, F. Backhed // Journal of internal medicine -2010. - T. 268, № 4. - C. 320-328.
25. Wang, Z., Gut flora metabolism of phosphatidylcholine promotes cardiovascular disease. / Z. Wang, E. Klipfell, B.J. Bennett, R. Koeth, B.S. Levison, B. Dugar, A.E. Feldstein, E.B. Britt, X. Fu, Y.-M. Chung, Y. Wu, P. Schauer, J.D. Smith, H. Allayee, W.H. Wilson Tang, J.A. Di
Donato, A.J. Lusis, S.L. Hazcn// Nature. - 2011. - T. 472, № 7341. - C. 57-63.
26. Ohki, T., Detection of periodontal bacteria in thrombi of patients with acute myocardial infarction by polymerase chain reaction / T. Ohki, Y. Itabashi, T. Kohno, A. Yoshizawa, S. Nishikubo, S. Watanabe, G. Yamane, K. Ishihara // American Heart Journal. - 2012. - T. 163, № 2. -C. 164-167.
27. Ishihara, K., Correlation between detection rates of periodontopathic bacterial DNA in carotid coronary stenotic artery plaque and in dental plaque samples / K. Ishihara, A. Nabuchi, R. Ito, K. Miyachi, H.K. Kuramitsu, K. Okuda // Journal of clinical microbiology - 2004. - T. 42, № 3.-C. 1313-1315.
28. Zaura, E., Defining the healthy "core microbiome" of oral microbial communities. / E. Zaura,
B.J.F. Keijser, S.M. Huse, W. Crielaard // BMC Microbiology. - 2009. - №. 9. - C. 259-271.
29. Paster, B.J., The breadth of bacterial diversity in the human periodontal pocket and other oral sites / B.J. Paster, I. Olsen, J.A. Aas, F.E. Dewhirst // Periodontology. - 2006. - T. 42, № I. -
C. 80-87.
30. Kanasi, E., Clonal analysis of the microbiota of severe early childhood caries. / E. Kanasi, F.E. Dewhirst, N.I. Chalmers, R. Kent, A. Moore, C.V. Hughes, N. Pradhan, C.Y. Loo, A.C.R. Tanner// Caries Research. - 2010. - T. 44, № 5. - C. 485^197.
31. Tanner, A.C.R., Microbiota of severe early childhood caries before and after therapy. / A.C.R. Tanner, R.L. Kent, P. Lif Holgerson, C.V. Hughes, C.Y. Loo, E. Kanasi, N.I. Chalmers, I. Johansson // Journal of Dental Research. - 2011. - T. 90, № 11. - C. 1298-1305.
32. Gross, E.L., Bacterial 16S sequence analysis of severe caries in young permanent teeth. / E.L. Gross, E.J. Leys, S.R. Gasparovich, N.D. Firestone, J.A. Schwartzbaum, D.A. Janies, K. Asnani, A.L. Griffen // Journal of clinical microbiology. - 2010. - T. 48, № 11. - C. 4121— 4128.
33. Sjögren, Y.M., Altered early infant gut microbiota in children developing allergy up to 5 years of age / Y.M. Sjögren, M.C. Jenmalm, M.F. Böttcher, B. Björksten, E. Sverremark-Ekström // Clinical & Experimental Allergy. - 2009. - T. 39, № 4. - C. 518-526.
34. Johansson M.A., Early Colonization with a Group of Lactobacilli Decreases the Risk for Allergy at Five Years of Age Despite Allergic Heredity / M.A. Johansson, Y.M. Sjögren, J.-O. Persson, C. Nilsson, E. Sverremark-Ekström// PLoS ONE - 2011. - T. 6, № 8. - C. e230311.
35. Candela, M., Unbalance of intestinal microbiota in atopic children. / M. Candela, S. Rampelli, S. Turroni, M. Severgnini, C. Consolandi, G. De Bellis, R. Masetti, G. Ricci, A. Pession, P. Brigidi // BMC Microbiology. - 2012. - T. 12. - C. 95-104.
36. Van Nimwegen, F.A., Mode and place of delivery, gastrointestinal microbiota, and their influence on asthma and atopy / F.A. Van Nimwegen, J. Penders, E.E. Stobberingh, D.S. Postma,
G.H. Koppelman, M. Kerkhof, N.E. Reijmerink, E. Dompeling, P.A. Van Den Brandt, I. Ferreira, M. Mommers, C. Thijs // Journal of Allergy and Clinical Immunology. - 2011. - T. 28, № 5. -C. 948-955.
37. Payne, A.N., The metabolic activity of gut microbiota in obese children is increased compared with normal-weight children and exhibits more exhaustive substrate utilization. / A.N. Payne, C.Chassard, M. Zimmermann, P. Miiller, S. Stinca, C. Lacroix // Nutrition & diabetes. - 2011. - T.l. №7. - C. 12-20.
38. Vael, C., Intestinal microflora and body mass index during the first three years of life: an observational study. / C. Vael, S.L. Verhulst, V. Nelen, H. Goossens, K.N. Desager // Gut Pathogens. - 2011. - T. 3, № l.-C. 8-15.
39. Elli, M., A common core microbiota between obese individuals and their lean relatives? Evaluation of the predisposition to obesity on the basis of the fecal microflora profile / M. Elli, O. Colombo, A. Tagliabue // Medical Hypotheses. 2010. - T 75, № 4. - C. 350-352.
40. Papaioannou, W., The microbiota on different oral surfaces in healthy children. / W. Papaio-annou, S. Gizani, A.D. Haffajee, M. Quirynen, E. Mamai-Homata, L. Papagiannoulis // Oral microbiology and immunology. - 2009. - T. 24, № 3. - C. 183-1897.
41. Tanner, A.C.R., The Microbiota of Young Children from Tooth and Tongue Samples / A.C.R. Tanner, P.M. Milgrom, R. Kent, S.A. Mokeem, R.C. Page, C.A. Riedy, P. Weinstein, J. Bruss // Journal of Dental Research. - 2002. - T. 81, № 1. C. 53-57.
42. Babaahmady, K.G., Variations in the predominant cultivable microflora of dental plaque at defined subsites on approximal tooth surfaces in children. / K.G. Babaahmady, P.D. Marsh, S.J. Challacombe, H.N. Newman // Archives of oral biology. - 1997. - T. 42, № 2. - C. 101111.
43. Milnes, A.R., Predominant cultivable microorganisms on the tongue of preschool children / A.R. Milnes, G.H. Bowden, D. Gates, R. Tate // Microbial ecology in health and disease. -1993.-T. 6, № 5. - C. 229-235.
44. Kang, J.-G., Bacterial diversity in the human saliva from different ages. / J.-G. Kang, S.H. Kim, T.-Y. Ahn // Microbial ecology in health and disease. - 2006. - T. 44, № 5. - C. 572-576.
45. Kamma, J.J., Profile of subgingival microbiota in children with primary dentition. / J.J. Kam-ma, A. Diamanti-Kipioti, M. Nakou, F.J. Mitsis // Journal of periodontal research. - 2000. - T. 35, № 1. - C. 33-41.
46. Ling, Z., Molecular analysis of the diversity of vaginal microbiota associated with bacterial vaginosis. / Z. Ling, J. Kong, F. Liu, H. Zhu, X. Chen, Y. Wang, L. Li, K.E. Nelson, Y. Xia, C. Xiang // BMC Genomics. - 2010. - Vol. 11. C. 488-504.
47. Marques da Silva, R., Bacterial diversity in aortic aneurysms determined by 16S ribosomal
RNA gene analysis. // R. Marques da Silva, D.A. Caugant, E.R.K. Eribe, J.A. Aas, P.S. Lin-gaas, O. Geiran, L. Tronstad, I. Olsen / Journal of vascular surgery. - 2006. - T. 44, № 5. C. 1055-1060.
48. Kim, K.S., Mechanisms of microbial traversal of the blood-brain barrier / K.S. Kim // Nature Reviews Microbiology. - 2008. - T. 6, № 8. - C. 625-634.
49. Fenollar, F., Analysis of 525 samples to determine the usefulness of PCR amplification and sequencing of the 16S rRNA gene for diagnosis of bone and joint infections. / F. Fenollar, V. Roux, A. Stein, M. Drancourt, D. Raoult // Journal of clinical microbiology. - 2006. - T. 44, № 3.-C. 1018-1028.
50. Welinder-Olsson, C., First Case of Human "Candidatus Neoehrlichia mikurensis" Infection in a Febrile Patient with Chronic Lymphocytic Leukemia / C. Welinder-Olsson, E. Kjellin, K. Vaht, S. Jacobsson, C. Wenneras // Journal of clinical microbiology. - 2010. - T. 48, № 5. - C. 1956-1959.
51. Vartoukian, S.R., Strategies for culture of "unculturable" bacteria / S.R. Vartoukian, R.M. Palmer, W.G. Wade // FEMS Microbiology Letters. - 2010. - T.48, №5. - C. 1-7.
52. Sizova, M.V., New approaches for isolation of previously uncultivated oral bacteria. / M.V. Sizova, T. Hohmann, A. Hazen, B.J. Paster, S.R. Halem, C.M. Murphy, N.S. Panikov, S.S. Epstein // Applied and Environmental Microbiology. - 2012. - T. 78, № 1. C. 194-203.
53. Janssen, P.H., New cultivation strategies for terrestrial microorganisms. / P.H. Janssen, K. Zengler // Accessing uncultivated microorganisms: from the environment to organisms and genomes and back. / под. ред. К. Zengler ASM Press. - 2008. C. 173-192. ISBN: 1555814069
54. Puspita, I.D., Are uncultivated bacteria really uncultivable? / I.D. Puspita, Y. Kamagata, M. Tanaka, K. Asano, C.H. Nakatsu // Microbes and environments / JSME. - 2012. - T. 27, № 4. -C. 356-366.
55. Bruns, A., Cyclic AMP and acyl homoserine lactones increase the cultivation efficiency of heterotrophic bacteria from the central Baltic Sea / A.Bruns, H. Cypionka, J. Overmann // Applied and Environmental Microbiology. - 2002. - Vol. 68, № 8. - C. 3978-3987.
56. Ingham, C.J., The micro-Petri dish, a million-well growth chip for the culture and high-throughput screening of microorganisms / C.J. Ingham, A. Sprenkels, J. Bomer, D.Molenaar, A. Van Den Berg, J.E.T. Van Hylckama Vlieg, W.M. De Vos // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2007. - Vol. 104, № 46. - C. 18217-1822.
57. Kell, D.B., Bacterial dormancy and culturability: the role of autocrine growth factors. / D.B. Kell, M. Young // Current Opinion in Microbiology. - 2000. - Vol. 3, № 3. - C. 238-243.
58. Nichols, D., Short peptide induces an "uncultivable" microorganism to grow in vitro. / D.
Nichols, К. Lewis, J. Orjala, S. Mo, R. Ortenberg, P. O'Connor, C. Zhao, P. Vouros, T. Kaeberlein, S.S. Epstein // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. - T. 74, № 15. -
C.4889-4897.
59. Shah, I.M., A eukaryotic-like Ser/Thr kinase signals bacteria to exit dormancy in response to peptidoglycan fragments / I.M. Shah, M.-H. Laaberki, D.L. Popham, J. Dworkin // Cell. -2008. - T. 135, № 3. - C. 486-496.
60. Bollmann, A., Incubation of environmental samples in a diffusion chamber increases the diversity of recovered isolates. / A. Bollmann, K. Lewis, S.S. Epstein // Applied and Environmental Microbiology. - 2007. T. 73, № 20. - C. 6386-6390.
61. Aoi, Y., Hollow-fiber membrane chamber as a device for in situ environmental cultivation. / Y. Aoi, T. Kinoshita, T. Hata, H. Ohta, H. Obokata, S. Tsuneda // Applied and Environmental Microbiology. - 2009. - T. 75, № 11. - C. 3826-3833.
62. Ferrari, B.C., Cultivating previously uncultured soil bacteria using a soil substrate membrane system. / B.C. Ferrari, T. Winsley, M. Gillings, S. Binnerup // Nature protocols. - 2008. - T. 3, № 8. - C. 1261-1269.
63. Amanullah, A., Novel micro-bioreactor high throughput technology for cell culture process development: Reproducibility and scalability assessment of fed-batch CHO cultures / A. Amanullah, J.M. Otero, M. Mikola, A. Hsu, J. Zhang, J. Aunins, H.B. Schreyer, J.A. Hope, A.P. Russo // Biotechnology and Bioengineering. - 2010. - T. 106, № 1. - C. 57-67.
64. Герхардт, Ф., Методы общей бактериологии / Герхардт, Ф. // Москва: МИР, 1983. - Т. 13.
65. David, В., Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd ed. / B. David, C. Richard // под. ред. G. George. - Springer - 2012. - T 1-5.
66. Summanen P. Wadsworth anaerobic bacteriology manual 5th ed. / P. Summanen, E.J. Baron,
D.M. Citron, C. Strong, H.M. Wexler, S.M. Finegold // Star Publishing Co., - 1993. ISBN:089863170X
67. Миллер, Д., Эксперименты в молекулярной генетике. / под. ред. Алиханяна / Москва: Мир. - 1976.-С. 440.
68. Frank, J.A., Critical evaluation of two primers commonly used for amplification of bacterial 16S rRNA genes. / J.A. Frank, C.I. Reich, S. Sharma, J.S. Weisbaum, B.A. Wilson, G.J. Olsen // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. - T. 74, № 8. - C. 2461-2470.
69. Altschul, S.F., Basic local alignment search tool. / S.F. Altschul, W. Gish, W. Miller, E.W. Myers, D.J. Lipman// Journal of molecular biology. - 1990. - T. 215, № 3. - C. 403-410.
70. Larkin, M.A., Clustal W and Clustal X version 2.0 / M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R.
Lopez, J.D. Thompson, T.J. Gibson, D.G. Higgins // Bioinformatics. - 2007. - T. 23, № 21. -
C.2947-2948.
71. Wright, E.S., DECIPHER, a search-based approach to chimera identification for 16S rRNA sequences. / E.S. Wright, L.S. Yilmaz, D.R. Noguera // Applied and Environmental Microbiology. - 2012. - T. 78, № 3. - C. 717-725.
72. Edgar, R.C., UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. / R.C. Edgar, B.J. Haas, J.C. demente, С. Quince, R. Knight // Bioinformatics. - 2011. - T. 27, № 16. - C. 21942200.
73. Wiley, E.O., Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics. / E.O. Wiley B.S. Lieberman / John Wiley & Sons Inc., - 2011. - 412 стр.
74. Ludwig, W., ARB: a software environment for sequence data. / W. Ludwig, О. Strunk, R. " Westram, L. Richter, H. Meier, Yadhukumar, A. Buchner, Т. Lai, S. Steppi, G. Jobb, W.
Förster, I. Brettske, S. Gerber, A.W. Ginhart, О. Gross, S. Grumann, S. Hermann, R. Jost, A. König, T. Liss, R. Lüssmann, M. May, B. Nonhoff, B. Reichel, R. Strehlow, A. Stamatakis, N. Stuckmann, A. Vilbig, M. Lenke, T. Ludwig, A. Bode, K.-H. Schleifer// Nucleic Acids Research. - 2004. - Т. 32, № 4. - С. 1363-1371.
75. Guindon, S., New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phytogenies: assessing the performance of PhyML 3.0. / S. Guindon, J.-F. Dufayard, V. Lefort, M. Anisi-mova, W. Hordijk, O. Gascuel // Systematic biology. - 2010. - T. 59, № 3. - C. 307-321.
76. Zerbino, D.R., Using the Velvet de novo assembler for short-read sequencing technologies. /
D.R. Zerbino // Current protocols in bioinformatics. - 2010. - Unitl 1.51.
77. Darling, A.E., progressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement. / A.E. Darling, B. Mau, N.T. Perna// PLoS ONE. - 2010. - T. 5, № 6. C. el 11471.
78. Reichmann, P., Genome of Streptococcus oralis strain Uo5. / P. Reichmann, M. Nuhn, D. Denapaite, R. Brückner, В. Henrich, P. Maurer, M. Rieger, S. Klages, R. Reinhard, R. Hakenbeck // Journal of bacteriology. - 2011. - Т. 193, № 11. - С. 2888-2889.
79. Aziz, R.K., The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology. / R.K. Aziz, D. Bartels, A.A. Best, M. De Jongh, T. Disz, R.A. Edwards, K. Formsma, S. Gerdes, E.M. Glass, M. Kubal, F. Meyer, G.J. Olsen, R. Olson, A.L. Osterman, R.A. Overbeek, L.K. McNeil, D. Paarmann, Т. Paczian, В. Parrello, G.D. Pusch, C. Reich, R. Stevens, O. Vassieva, V. Vonstein, A. Wilke, O. Zagnitko // BMC Genomics. - 2008. - T. 9. C. 75-90.
80. Besemer, J., GeneMarkS: a self-training method for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence motifs in regulatory regions / J. Besemer, A. Lomsadze, M. Borodovsky // Nucleic Acids Research. - 2001. - T. 29, № 12. - C. 2607-2618.
81. Nawrocki, E.P., Infernal 1.1: 100-fold faster RNA homology searches. / E.P. Nawrocki, S.R.
Eddy // Bioinformatics. - 2013. - T. 29, № 22. - C. 2933-2935.
82. Bürge, S.W., Rfam 11.0: 10 years of RNA families. / S.W. Bürge, J. Daub, R. Eberhardt, J. Tate, L. Barquist, E.P. Nawrocki, S.R. Eddy, P.P. Gardner, A. Bateman // Nucleic Acids Research. - 2013. - T. 41, Database issue. - C. D226-D232.
83. Finn, R.D., Pfam: the protein families database. / R.D. Finn, A. Bateman, J. Clements, P. Cog-gill, R.Y. Eberhardt, S.R. Eddy, A. Heger, K. Hetherington, L. Holm, J. Mistiy, E.L.L. Sonnhammer, J. Tate, M. Punta // Nucleic Acids Research. - 2014. - T. 42, Database issue. -C. D222-D230.
84. UniProt Consortium. Activities at the Universal Protein Resource (UniProt). / UniProt Consortium //Nucleic Acids Research. - 2014. - T. 42, Database issue. - C. D191-D198.
85. Auch, A.F., Digital DNA-DNA hybridization for microbial species delineation by means of genome-to-genome sequence comparison. / A.F. Auch, M. von Jan, H.-P. Klenk, M. Göker // Standards in genomic sciences. - 2010. - T. 2, № 1. - C. 117—I34p.
86. Meier-Kolthoff, J., When should a DDH experiment be mandatory in microbial taxonomy? / J.P. Meier-Kolthoff, M. Göker, C. Spröer, H.-P. Klenk// Archives of Microbiology. - 2013. -T. 195, № 6.-C. 413-418.
87. Richter, M., Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. / M. Richter, R. Rossellô-Môra // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2009. - T. 106, №45. - C. 19126-19131.
88. Eaton, J.W., A high-level interactive language for numerical computations. / J.W. Eaton, D. Bateman, S. Hauberg // gnu.org. - 2011.
89. Kunz, C., Intestinal flora. / C. Kunz, S. Kuntz, S. Rudioff // Advances in experimental medicine and biology. - 2009. - T. 639. - C. 67-79.
90. Neish, A.S., Microbes in gastrointestinal health and disease / A.S. Neish // YGAST. - 2009. -T. 136, № l.-C. 65-80.
91. Xu, J., Honor thy symbionts. / J. Xu, J.I. Gordon // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2003. - T. 100, № 18. - C. 10452-10459.
92. Human Microbiome Project Consortium, Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. / Human Microbiome Project Consortium // Nature. - 2012. - T. 486, № 7402.-C. 207-214.
93. Morgan, X.C., Biodiversity and functional genomics in the human microbiome / X.C. Morgan, N. Segata, C. Huttenhower// Trends in Genetics. - 2013. - T. 29, № 1. - C. 51-58.
94. Arrieta, M.-C., The commensal microbiota drives immune homeostasis / M.-C. Arrieta, B.B. Finlay // Frontiers in immunology. - 2012. - T. 3. - C. 33-39.
95. Ivanov, I.I., Induction of intestinal Thl7 cells by segmented filamentous bacteria. / I.I. Ivanov,
K. Atarashi, N. Manel, E.L. Brodie, T. Shima, U. Karaoz, D. Wei, K.C. Goldfarb, C.A. San-tee, S.V. Lynch, T. Tanoue, A. Imaoka, K. Itoh, K. Takeda, Y. Umesaki, K. Honda, D.R. Littman // Cell. - 2009. - T. 139, № 3. - C. 485-498.
96. Gaboriau-Routhiau, V., The Key Role of Segmented Filamentous Bacteria in the Coordinated Maturation of Gut Helper T Cell Responses / V. Gaboriau-Routhiau, S. Rakotobe, E. Lecuyer, I. Mulder, A. Lan, C. Bridonneau, V. Rochet, A. Pisi, M. De Paepe, G. Brandi, G. Eberl, J. Snel, D. Kelly, N. Cerf-Bensussan // Immunity. - 2009. - T. 31, № 4. - C. 677-689.
97. Alakomi, H.-L., Lactic acid permeabilizes gram-negative bacteria by disrupting the outer membrane / H.-L. Alakomi, E. Skyttä, M. Saarela, T. Mattila-Sandholm, K. Latva-Kala, I.M. Helander // Applied and Environmental Microbiology. - 2000. - T. 66, № 5. - C. 2001-2005.
98. Kolls, J.K., Cytokine-mediated regulation of antimicrobial proteins. / J.K. Kolls, P.B. McCray, Y.R. Chan //Nature Reviews Immunology - 2008. - T. 8, № 11. - C. 829-835.
99. Hooper, L.V., Commensal Host-Bacterial Relationships in the Gut / L.V. Hooper // Science. -2001. - T. 292, № 5519. - C. 1115-1118.
100. Sekirov, I., Gut microbiota in health and disease. / I.Sekirov, S.L. Russell, L.C.M. Antunes, B.B. Finlay // Physiological reviews. - 2010. - T. 90, № 3. - C. 859-904.
101. Cash, H.L., Symbiotic Bacteria Direct Expression of an Intestinal Bactericidal Lectin / H.L. Cash // Science. - 2006. - T. 313, № 5790. - C. 1126-1130.
102. Tappenden, K.A., The physiological relevance of the intestinal microbiota - contributions to human health. / K.A. Tappenden, A.S. Deutsch // Journal of the American College of Nutrition. - 2007. - T. 26, № 6. - C. 679S-83S.
103. Li, M., Symbiotic gut microbes modulate human metabolic phenotypes. / M. Li, B. Wang, M. Zhang, M.Rantalainen, S. Wang, H. Zhou, Y. Zhang, J. Shen, X. Pang, M. Zhang, H. Wei, Y. Chen, H. Lu, J. Zuo, M. Su, Y. Qiu, W. Jia, C. Xiao, L.M. Smith, S. Yang, E. Holmes, H. Tang, G.Zhao, J.K. Nicholson, L. Li, L. Zhao // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - T. 105, № 6. - C. 2117-2122.
104. Gill, S.R., Metagenomic Analysis of the Human Distal Gut Microbiome / S.R. Gill, M. Pop, R.T. Deboy, P.B. Eckburg, P.J. Turnbaugh, B.S. Samuel, J.I. Gordon, D.A. Relman, C.M. Fra-ser-Liggett, K.E. Nelson // Science. - 2006. - T. 312, № 5778. - C. 1355-1359.
105. Kinross, J.M., Gut microbiome-host interactions in health and disease. / J.M. Kinross, A.W. Darzi, J.K. Nicholson // Genome medicine. - 2011. - T. 3, № 3. C. 141-153.
106. Sjögren, K., The gut microbiota regulates bone mass in mice. / K. Sjögren, C. Engdahl, P. Henning, U.H. Lerner, V. Tremaroli, M.K. Lagerquist, F. Bäckhed, C. Ohisson // Journal of bone and mineral research. - 2012. - T. 27, № 6. - C. 1357-1367.
107. Amaral, F.A., Commensal microbiota is fundamental for the development of inflammatory
pain. / F.A. Amaral, D. Sachs, V.V. Costa, C.T. Fagundes, D. Cisalpino, T.M. Cunha, S.H. Ferreira, F.Q. Cunha, T.A. Silva, J.R. Nicoli, L.Q. Vieira, D.G. Souza, M.M. Teixeira // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. - T. 105, № 6.-C. 2193-2197.
108. Forsythe, P., Voices from within: gut microbes and the CNS / P. Forsythe, W.A. Kunze // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2013. - T. 70, № 1. - C. 55-69.
109. Bercik, P., The intestinal microbiota affect central levels of brain-derived neurotropic factor and behavior in mice / P. Bercik, E. Denou, J. Collins, W. Jackson, J. Lu, J. Jury, Y. Deng, P. Blennerhassett, J. Macri, K.D. McCoy // YGAST. - 2011. - T. 141, № 2. - C. 599-609.
110. Diaz Heijtz, R., Normal gut microbiota modulates brain development and behavior. / R. Diaz Heijtz, S. Wang, F. Anuar, Y. Qian, B. Bjorkholm, A. Samuelsson, M.L. Hibberd, H. Forssberg, S.Pettersson // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2011. - T. 108, № 7. - C. 3047-3052.
111. Collins, S.M., The interplay between the intestinal microbiota and the brain / S.M. Collins, M. Surette, P. Bercik //Nature Reviews Microbiology. - 2012. -1. 10, № 11. - c. 735-742.
112. Бондаренко, B.M., Роль инфекционного фактора в патогенезе атеросклероза / В.М. Бондаренко, АЛ. Гинцбург, В.Г. Лиходеев // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2011. № 1.-Pp. 7-11.
113. Караулов, А.В., Роль микробиоценозов и врождённого иммунитета в мукозальных защитных реакциях и развитии воспаления / А.В. Караулов, С.С. Афанасьев, В.А. Алешкин, Е.А. Воропаева, М.С. Афанасьев, А.В. Алешкин // Физиология и патология иммунной системы. - 2013. - Т. 17, № 4. - С. 3-10.
114. Kulik, Е.М., Identification of archaeal rDNA from subgingival dental plaque by PCR amplification and sequence analysis / E.M. Kulik, H. Sandmeier, K. Hinni, J.Meyer // FEMS Microbiology Letters. - 2001. - T. 196, № 2. - C. 129-133.
115. Aas, J.A., Defining the normal bacterial flora of the oral cavity. / J.A. Aas, B.J. Paster, L.N. Stokes, I. Olsen, F.E. Dewhirst // Journal of clinical microbiology. - 2005. - T. 43, № 11. - C. 5721-5732.
116. Kreth, J., Bacterial and host interactions of oral streptococci / J. Kreth, J. Merritt, F. Qi // DNA and cell biology. - 2009. - T. 28, № 8. - C. 397-403.
117. Redanz, S., A Five-Species Transcriptome Array for Oral Mixed-Biofilm Studies / S. Redanz, K. Standar, A. Podbielski, B. Kreikemeyer// PLoS ONE - 2011. - T. 6, № 12. - C. e27827.
118. Keijser, B.J.F., Pyrosequencing analysis of the oral microflora of healthy adults. / B.J.F. Keijser, E. Zaura, S.M. Huse, J.M.B.M. van der Vossen, F.H.J. Schuren, R.C. Montijn, J.M. ten Cate, W. Crieiaard // Journal of Dental Research. - 2008. - T. 87, № 11. - C. 1016-1020.
119. Biasucci, G., Mode of delivery affects the bacterial community in the newborn gut. / G. Bi-asucci, M. Rubini, S. Riboni, L. Morelli, E. Bessi, C. Retetangos // Early Human Development. - 2010. - T. 86 Suppl 1. - C. 13-15.
120. Dominguez-Bello, M.G., Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial mi-crobiota across multiple body habitats in newborns / M.G. Dominguez-Bello, E.K. Costello, M. Contreras, M. Magris, G. Hidalgo, N. Fierer, R. Knight // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - T. 107, № 26. - C. 11971-11975.
121. Percival, R.S., Age-related microbiological changes in the salivary and plaque microflora of healthy adults. / R.S. Percival, S.J. Challacombe, P.D. Marsh // Journal of medical microbiology. -1991. - T. 35, № l.-C. 5-11.
122. Jackson, M.S., Staphylococci in the oral flora of healthy children and those receiving treatment for malignant disease / M.S. Jackson // Microbial ecology in health and disease. - 2000. -T. 12, № l.-C. 60-64.
123. Koenig, J.E., Succession of microbial consortia in the developing infant gut microbiome. / J.E. Koenig, A. Spor, N.Scalfone, A.D. Fricker, J. Stombaugh, R. Knight, L.T. Angenent, R.E. Ley // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2011. -T. 108 Suppl 1. - C. 4578—4585.
124. Lopez, R., Clustering of subgingival microbial species in adolescents with' periodontitis / R. Lopez, G. Dahlen, C. Retamales, V. Baelum // European Journal of Oral Sciences. - 2011. - T. 119, № 2. - C. 141-150.
125. Brook, I., Effects of exposure to smoking on the microbial flora of children and their parents / I. Brook // International journal of pediatric otorhinolaryngology. - 2010. - T. 74, № 5. - C. 447-450.
126. Agans, R., Distal gut microbiota of adolescent children is different from that of adults / R. Agans, L. Rigsbee, H. Kenche, S. Michail, H.J. Khamis, O Paliy // FEMS Microbiology Ecology. - 2011. - T. 77, № 2. - C. 404-412.
127. Tanner, A.C.R., Similarity of the oral microbiota of pre-school children with that of their caregivers in a population-based study. / A.C.R. Tanner, P.M. Milgrom, R. Kent, S.A. Mokeem, R.C. Page, S.I.A. Liao, C.A Riedy, J.B. Bruss // Oral microbiology and immunology. - 2002. - T. 17, № 6. - C. 379-387.
128. Milnes, A., Normal microbiota on the teeth of preschool children / A.R. Milnes, G.H. Bowd-en, D. Gates, R. Tate // Microbial ecology in health and disease. - 1993. - T. 6, 5. - C. 213— 227.
129. Ross, P.W., Quantitative studies on the salivary flora. / P.W. Ross // Journal of clinical pathology. - 1971. - T. 24, № 8. - C. 717-720.
130. Flemming, H.-C., The biofilm matrix / H.-C. Flemming, J. Wingender I I Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 9. - C. 623-633.
131. Vlamakis, H., Sticking together: building a biofilm the Bacillus subtilis way / H. Vlamakis, Y. Chai, P. Beauregard, R. Losick, R. Kolter // Nature Reviews Microbiology. - 2013. - Т. 11, № 3.-C. 157-168.
132. Тец B.B. Клеточные сообщества. СПб.: Издательство СПбГМУ, 1998.
133. Wade, W.G., The oral microbiome in health and disease / W.G. Wade // Pharmacological Research. - 2012. - T. 69, № l.C. 137-143.
134. Hojo, K., Bacterial Interactions in Dental Biofilm Development / K. Hojo, S. Nagaoka, T. Ohshima, N. Maeda // Journal of Dental Research. - 2009. - T. 88, № 11. - C. 982-990.
135. Siva, N., Understanding biofilms—are we getting closer? / N. Siva // The Lancet Infectious Diseases. - 2009. - T. 9, № 4. C. 216.
136. Kolenbrander, P.E., Oral microbial communities: biofilms, interactions, and genetic systems 1 / P.E. Kolenbrander // Annual Reviews in Microbiology. - 2000. -T. 54, № 1. - C. 413-437.
137. Hall-Stoodley, L., Bacterial biofilms: from the Natural environment to infectious diseases / L. Ilall-Stoodley, J.W. Costerton, P. Stoodley // Nature Reviews Microbiology. - 2004. - T. 2, № 2. - C. 95-108.
138. Афиногенова, А., Влияние бигуанидов на формирование стрептококковой биопленкина модели культуры клеток фибробластов кожи эмбриона человека / А. Афиногенова, К. Грабовская, Е. Кулешевич, А. Суворов // Инфекции в хирургии. - 2011. - Т. 9, № 1. - С. 3-11.
139. Козлов, Л.Б., Роль микробных ассоциаций в инфекционной патологии человека / Л.Б. Козлов, С.П. Сахаров // Фундаментальные исследования. - 2013. № 9-3. - С. 366-370.
140. Романова, Ю., Бактериальные биопленки как естественная форма существования бактерий в окружающей среде и организме хозяина / Ю. Романова, А. Гинцбург // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2011. № 3. - Pp. 99-109.
141. Романова, Ю.М., Биопленки патогенных бактерий и их роль в хронизации инфекционного процесса. Поиск средств борьбы с биопленками / Ю.М. Романова, Л.В. Диденко, Э.Р. Толордава, А.Л. Гинцбург// Вестник Российской академии наук. - 2011. № 10.-С. 31-39.
142. Chai, L., Extracellular signal regulation of cell differentiation in biofilms / L. Chai, H. Vlamakis, R. Kolter//MRS Bulletin. - 2011. - T. 36, № 05. - C. 374-379.
143. Романова, Ю., Образование биопленок - пример "социального" поведения бактерий / Ю. Романова, Т. Смирнова, А. Андреев, Т. Ильина, Т. Диденко, А. Гинцбург // Микробиология. - 2006. - Т. 75, № 4. С. 556.
144. Breugelrrmns, P., Architecture and spatial organization in a triple-species bacterial biofilm synergistically degrading the phenylurea herbicide linuron. / P. Breugelmans, K. Bundvig Barken, T. Tolker-Nielsen, J. Hofkens, W. Dejonghe, D. Springael // FEMS Microbiology Ecology. - 2008. - T. 64, № 2. - C. 271-282.
145. litis, G.C., Imaging biofilm architecture within porous media using synchrotron-based X-ray computed microtomography / G.C. litis, R.T. Armstrong, D.P. Jansik, B.D. Wood, D. Wildenschild // Water Resources Research. - 2011. - Vol. 47, № 2. - C. 1-5.
146. Смирнова, T.A., Изучение строения биопленок, образуемых бактериями Salmonella typhimurium на абиотических поверхностях, методами световой и трансмиссионной электронной микроскопии / Т.А Смирнова, JI.B. Диденко, И.Г. Тиганова, С.Г. Андреевская, Н.В. Алексеева, Т.В. Степанова, Ю.М. Романова // Биотехнология. - 2009. №5.-С. 16-23.
147. Смирнова, Т. А., Структурно-функциональная характеристика бактериальных биопленок / Т.А. Смирнова, JI.B. Диденко, P.P. Азизбекян, Ю.М. Романова // Микробиология. - 2010. - Т. 79, № 4. - С. 435^146.
148. Карпова, Т.Н., Природные биопленки легионелл и их роль в эпидемиологии инфекции: методы изучения и моделирования / Т.Н. Карпова, Ю.Е. Дронина, И.С. Тартаковский, Ю.М. Романова, A.JI. Гинцбург // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2008. № 2. - Pp. 13-16.
149. Карпова, Т.Н., Формирование биопленок Legionella spp. в эксперименте / Т.Н. Карпова, Ю.Е. Дронина, Н.В. Алексеева, Ю.М. Романова, И.С. Тартаковский // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2008. № 1. - Pp. 1-7.
150. Battin, Т.J., Microbial landscapes: new paths to biofilm research. / T.J. Battin, W.T. Sloan, S. Kjelleberg, H. Daims, I.M. Head, T.P. Curtis, L Eberl // Nature Reviews Microbiology. -2007.-T. 5, № l.-C. 76-81.
151. Shepard, R.N., Undirected motility of filamentous cyanobacteria produces reticulate mats / R.N. Shepard, D.Y. Sumner//Geobiology. - 2010. - T. 8, № 3. - C. 179-190.
152. Elias, S., Multi-species biofilms: living with friendly neighbors / S. Elias, E. Banin // FEMS Microbiology Reviews. - 2012. - T. 36, № 5. - C. 990-1004.
153. Hodl, I., Biophysical controls on cluster dynamics and architectural differentiation of microbial biofilms in contrasting flow environments. / I. Hodl, L. Mari, E. Bertuzzo, S. Suweis, K. Besemer, A. Rinaldo, T.J. Battin // Environmental Microbiology. - 2013. - T. 16, № 3. - C. 802-812.
154. Ильина, T.C., Биопленки как способ существования бактерий в окружающей среде и организме хозяина: феномен, генетический контроль и системы регуляции их развития /
Т.е. Ильина, Ю.М. Романова, А.Л. Гинцбург // Генетика. - 2004. - Т. 40, № 11. - С. 14451456.
155. Berk, V., Molecular architecture and assembly principles of Vibrio cholerae biofilms. / V. Berk, J.C.N. Fong, G.T. Dempsey, O.N. Develioglu, X.Zhuang, J. Liphardt, F.H. Yildiz, S. Chu // Science. - 2012. - T. 337, № 6091. - C. 236-239.
156. Романова, Ю.М., способность к формированию биопленок в искусственных системах у различных штаммов Salmonella typhimurium / Ю.М. Романова, Н.В. Алексеева, Т.А. Смирнова, А.Л. Андреев, А.Л. Гинцбург, Л.В. Диденко // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2006. № 4. - С. 38-42.
157. Xavier, J.B., Cooperation and conflict in microbial biofilms. / J.B. Xavier, K.R. Foster // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2007. - T. 104, № 3. - C. 876-881.
158. Романова, Ю.М., Биопленки Burkholderia cepacia: характеристика мутантов с измененной способностью к их образованию / Ю.М. Романова, И.Г. Тиганова, И.А. Хмель, Н.В. Алексеева, Т.В. Степанова, Н.В. Шевлягина, Л.В. Диденко, С.Н. Горячев, А.Л. Гинцбург// Молекулярная генетика микробиология и вирусология. - 2011. - Т. 3. -С. 3-10.
159. Романова, Ю.М., Влияние ннтрозоглутатиона (gsno) и глютатиона (gsh) на процессы формирования биопленок энтеробактериями / Ю.М. Романова, Н.В. Алексеева, Т.В. Степанова, И.Г. Тиганова, Э.Р. Толордава, Д.А. Стрельцова, В.Д. Микоян, С.В. Васильева // Алфавит. - 2013. - Т. 2, № 13. - С. 10-15.
160. Neu, T.R., The EPS Matrix: The "House of Biofilm Cells" / T.R. Neu, D.J. Wozniak, H.-C. Flemming // Journal of bacteriology. - 2007. - T. 189, № 22. C. 7945-7947.
161. Ortega-Morales, B.O., Characterization of extracellular polymers synthesized by tropical intertidal biofilm bacteria / B.O. Ortega-Morales, J.L. Santiago-Garcia, M.J. Chan-Bacab, X. Moppert, E. Miranda-Tello, M.L. Fardeau, J.C. Carrero, P. Bartolo-Perez, A. Valadez-Gonzalez, J. Guezennec // Journal of Applied Microbiology. - 2007. - T. 102, № 1. - C. 254264.
162. Nishimura, S., Extracellular DNA and RNA produced by a marine photosynthetic bacterium Rhodovulum sulfidophilum. / S. Nishimura, T. Tanaka, K. Fujita, M. Itaya, A. Hiraishi, Y. Kikuchi // Nucleic acids research Supplement. - 2003. № 3. - C. 279-280.
163. Стрелкова, E.A., Роль внеклеточного полимерного матрикса в устойчивости бактериальных бнопленок к экстремальным факторам среды / Е.А. Стрелкова, Н.В. Позднякова, М.В. Журина, В.К. Плакунов, С.С. Беляев // Микробиология. - 2013. - Vol. 82, №2.-С. 131-138.
164. Заднова, С.П., Роль внеклеточного экзополнеахарида в адаптации возбудителя холеры
во внешней среде / С.П. Заднова, Н.И. Смирнова // Проблемы особо опасных инфекции. -2010.№ 105.-С. 13-19.
165. Colvin, K.M., The pel polysaccharide can serve a structural and protective role in the biofilm matrix of Pseudomonas aeruginosa. / K.M. Colvin, V.D. Gordon, K. Murakami, B.R. Borlee, D.J. Wozniak, G.C.L. Wong, M.R. Parsek // PLoS Pathogens. - 2011. - T. 7, № 1. C. el001264.
166. Leid, J.G., The exopolysaccharide alginate protects Pseudomonas aeruginosa biofilm bacteria from IFN-y-mediated macrophage killing/J.G. Leid, C.J. Willson, M.E. Shirtliff, D.J. Hassett, M.R. Parsek, A.K. Jeffers // The Journal of Immunology. - 2005. - T. 175, № 11. - C. 75127518.
167. Lopez, D., Biofilms. / D. Lopez, H. Vlamakis, R. Kolter // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2010. - T. 2, № 7. C. a000398.
168. Tetz, V.V., Formation and structure of mixed bacterial communities / V.V. Tetz // APMIS. -1999. - T. 107, № 7-12. - C. 645-654.
169. Zogaj, X., The multicellular morphotypes of Salmonella typhimurium and Escherichia coli produce cellulose as the second component of the extracellular matrix. / X. Zogaj, M. Nimtz, M. Rohde, W. Bokranz, U. Römling // Molecular Microbiology. - 2001. - T. 39, № 6. - C. 1452-1463.
170. Schooling, S.R., Membrane vesicles: an overlooked component of the matrices of biofilms. / S.R. Schooling, T.J. Beveridge // Journal of bacteriology. - 2006. - T. 188, № 16. - C. 59455957.
171. Tetz, V.V., Extracellular phospholipids of isolated bacterial communities / V.V. Tetz, V.P. Korobov, N.K. Artemenko, L.M. Lemkina, N.V. Panjkova, G.V. Tetz // Biofilms. - 2004. - T. 1, № 3. - C. 149-155.
172. Ryder, C., Role of polysaccharides in Pseudomonas aeruginosa biofilm development. / C. Ryder, M. Byrd, D.J. Wozniak // Current Opinion in Microbiology. - 2007. - T. 10, № 6. - C. 644-648.
173. Borlee, B.R., Pseudomonas aeruginosauses a cyclic-di-GMP-regulated adhesin to reinforce the biofilm extracellular matrix / B.R. Borlee, A.D. Goldman, K. Murakami, R. Samudrala, D.J. Wozniak, M.R. Parsek // Molecular Microbiology. - 2010. - T. 75, № 4. - C. 827-842.
174. Pamp, S.J., The biofilm matrix: a sticky framework / S.J. Pamp, M. Gjermansen, T. Tolker-Nielsen // The Biofilm Mode of Life: Mechanisms and Adaptations. Horizon Scientific Press, 2007. - C. 37-69.
175. Romero, D., Amyloid fibers provide structural integrity to Bacillus subtilis biofilms / D. Romero, C. Aguilar, R. Losick, R. Kolter // Proceedings of the National Academy of Sciences
of the United States of America. - 2010. - T. 107, № 5. - C. 2230-2234.
176. Gloag, E.S., Self-organization of bacterial biofilms is facilitated by extracellular DNA. / E.S. Gloag, L. Turnbull, A. Huang, P. Vallotton, H. Wang, L.M. Nolan, L. Mililli, C. Hunt, J. Lu, S.R. Osvath, L.G. Monahan, R. Cavaliere, I.G. Charles, M.P. Wand, M.L. Gee, R. Prabhakar, C.B. Whitchurch // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2013. - Т. 110, № 28. - С. 11541-11546.
177. Lembre, P., Exopolysaccharides of the Biofilm Matrix: A Complex Biophysical World / P. Lembre, C. Lorentz, P. Di Martino // The Complex World Of Exopolysaccharides / под ред. Desiree N.K. INTECH. - 2012.
178. Sutherland, I.W., The biofilm matrix - an immobilized but dynamic microbial environment / I.W. Sutherland // Trends in Microbiology. - 2001. - T. 9, № 5. - C. 222-227.
179. Allesen-Holm, M., A characterization of DNA release in Pseudomonas aeruginosa cultures and biofilms. / M. Allesen-Holm, K. Bundvig Barken, L. Yang, M. Klausen, J.S. Webb, S. Kjelleberg, S. Molin, M. Givskov, T. Tolker-Nielsen // Molecular Microbiology. - 2006. - T. 59, № 4. - C. 1114-1128.
180. Molin, S., Gene transfer occurs with enhanced efficiency in biofilms and induces enhanced stabilisation of the biofilm structure / S. Molin, T. Tolker-Nielsen // Current Opinion in Biotechnology. - 2003. - T. 14, № 3. - C. 255-261.
181. Conrad, A., Fatty acids of lipid fractions in extracellular polymeric substances of activated sludge floes / A. Conrad, M. Kontro, M.M. Keinanen, A. Cadoret, P. Faure, L. Mansuy-Huault, J.-C. Block// Lipids. - 2003. - T. 38, № 10. -C. 1093-1105.
182. Absalon, C., The bacterial biofilm matrix as a platform for protein delivery. / C. Absalon, P. Ymele-Leki, P.I. Watnick // mBio. - 2012. - T. 3, № 4. - C. e00I27-12.
183. Tetz, V.V., Ultrastructure of colony-like communities of bacteria / V.V. Tetz, O.V. Rybal-chenko // APMIS. - 1997. - T. 105, № 1-6. - C. 99-107.
184. Decho, A.W., Quorum sensing in natural environments: emerging views from microbial mats / A.W. Decho, R.S. Norman, P.T. Visscher // Trends in Microbiology. - 2010. - T. 18, № 2. - C. 73-80.
185. Lopez, D., Generation of multiple cell types in Bacillus subtilis. / D. Lopez, H. Vlamakis, R. Kolter // FEMS Microbiology Reviews. - 2009. - T. 33, № 1. - C. 152-163.
186. Brazelton, W.J., Physiological differentiation within a single-species biofilm fueled by serpen-tinization. / W.J. Brazelton, M.P. Mehta, D.S. Kelley, J.A. Baross // mBio. - 2011. - T. 2, № 4. -C. 00127-11.
187. Stewart, P.S., Physiological heterogeneity in biofilms / P.S. Stewart, M.J. Franklin // Nature Reviews Microbiology. - 2008. - T. 6, № 3. - C. 199-210.
188. Serra, D.O., Microanatomy at cellular resolution and spatial order of physiological differentiation in a bacterial biofilm. / D.O. Serra, A.M. Richter, G. Klauck, F. Mika, R. Hengge// mBio. - 2013. - T. 4, № 2. - C. e00103-e00l 13.
189. Lennon, J.T., Microbial seed banks: the ecological and evolutionary implications of dormancy / J.T. Lennon, S.E. Jones //Nature Reviews Microbiology. - 2011. - T. 9, № 2. - С. 119-130.
190. Kearns, D.B. A field guide to bacterial swarming motility / D.B. Kearns // Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 9. - C. 634-644.
191. Lewis, K., Persister cells, dormancy and infectious disease / K. Lewis // Nature Reviews Microbiology. - 2006. - T. 5, № 1. - C. 48-56.
192. Романова, Ю.М., персистенция бактерий Burkholderia cenocepacia in vivo в зависимости от их способности к образованию биопленок / Ю.М. Романова, Т.В, Степанова, J1.H. Нестеренко, Д.В. Балунец, A.J1. Андреев, Н.В. Шевлягина, Т.Г. Боровая, A.JI. Гинцбург //Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2009. № 4. - С. 29-33.
193. Ma, L., Assembly and development of the Pseudomonas aeruginosa biofilm matrix / L. Ma, M. Conover, H. Lu, M.R. Parsek, K. Bayles, D.J. Wozniak // PLoS Pathogens. - 2009. - T. 5, №3.-C. el000354.
194. Abee, Т., Biofilm formation and dispersal in Gram-positive bacteria / T. Abee, A.T. Kovacs, O.P. Kuipers, S. van der Veen // Current Opinion in Biotechnology. - 2011. - T. 22, № 2. - C. 172-179.
195. McDougald, D., Should we stay or should we go: mechanisms and ecological consequences for biofilm dispersal / D. McDougald, S.A. Rice, N. Barraud, P.D. Steinberg, S. Kjelleberg // Nature Reviews Microbiology. - 2011. - T. 10, № 1. - C. 39-50.
196. Wood, Т.К., Engineering biofilm formation and dispersal / Т.К. Wood, S.H. Hong, Q. Ma // Trends Biotechnology. - 2011. - T. 29, № 2. - C. 87-94.
197. Rice, K.C., The cidA murein hydrolase regulator contributes to DNA release and biofilm development in Staphylococcus aureus / K.C. Rice, E.E. Mann, J.L. Endres, E.C. Weiss, J.E. Cassat, M.S. Smeltzer, K.W. Bayles // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2007.-T. 104, № 19. - C. 8113-8118.
198. Mann, E.E., Modulation of eDNA release and degradation affects Staphylococcus aureus biofilm maturation. / E.E. Mann, K.C. Rice, B.R. Boles, J.L. Endres, D. Ranjit, L. Chandramo-han, L.H. Tsang, M.S. Smeltzer, A.R. Horswill, K.W. Bayles // PLoS ONE. - 2009. - T. 4, № 6. C. e5822.
199. Steinberger, R., Extracellular DNA in single-and multiple-species unsaturated biofilms / R. Steinberger, P. Holden // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - T. 71, № 9. C. 5404-5410.
200. Izano, E.A., Differential roles of poly-N-acetylglucosamine surface polysaccharide and extracellular DNA in Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis biofilms / E.A. Izano, M.A. Amarante, W.B. Klier, J.B. Kaplan // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. - T. 74, № 2. - C. 470-476.
201. O'Connell, D., Biofilms to die for... / D. O'Connell // Nature Reviews Microbiology. - 2007. -T. 5, № 6. - C. 398.
202. Böckelmann, U., Bacterial extracellular DNA forming a defined network-like structure. / U. Böckelmann, A. Janke, R. Kuhn, T.R. Neu, J. Wecke, J.R. Lawrence, U. Szewzyk // FEMS Microbiology Letters. - 2006. - T. 262, № 1. - C. 31-38.
203. Jurcisek, J.A., Biofilms formed by nontypeable Haemophilus influenzae in vivo contain both double-stranded DNA and type IV pilin protein. / J.A. Jurcisek, L.O. Bakaletz // Journal of bacteriology. - 2007. - T. 189, № 10. - C. 3868-3875.
204. Yang, L., Effects of iron on DNA release and biofilm development by Pseudomonas aeruginosa. / L. Yang, K.B. Barken, M.E. Skindersoe, A.B. Christensen, M. Givskov, T. Tolker-Nielsen//Microbiology (Reading, Engl.). - 2007. -T. 153, № Pt 5. - C. 1318-1328p.
205. Mulcahy, FI., Pseudomonas aeruginosa produces an extracellular deoxyribonuclease that is required for utilization of DNA as a nutrient source. / H. Mulcahy, L. Charron-Mazenod, S. Lewenza // Environmental Microbiology. - 2010. - T. 12, № 6. - C. 1621-1629.
206. Vilain, S., DNA as an adhesin: Bacillus cereus requires extracellular DNA to form biofilms. / S. Vilain, J.M. Pretorius, J. Theron, V.S. Brözel // Applied and Environmental Microbiology. -2009. - T. 75, № 9. - C. 2861-2868.
207. Mulcahy, H., Extracellular DNA chelates cations and induces antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa biofilms. / H. Mulcahy, L. Charron-Mazenod, S. Lewenza // PLoS Pathogens. - 2008. - T. 4, № 11. C. el000213.
208. Fux, C.A., Survival strategies of infectious biofilms. / C.A. Fux, J.W. Costerton, P.S. Stewart, P. Stoodley // Trends in Microbiology. - 2005. - T. 13, № 1. - C. 34-40.
209. Spoering, A.L., Quorum sensing and DNA release in bacterial biofilms / A.L. Spoering, M.S. Gilmore // Current Opinion in Microbiology. - 2006. - T. 9, № 2. - C. 133-137.
210. Thomas, C.M., Mechanisms of, and Barriers to, Horizontal Gene Transfer between Bacteria / C.M. Thomas, K.M. Nielsen // Nature Reviews Microbiology. - 2005. - T. 3, № 9. - C. 711721.
211. Whitchurch, C.B., Extracellular DNA required for bacterial biofilm formation / C.B. Whitchurch, T. Tolker-Nielsen, P.C. Ragas, J.S. Mattick // Science. - 2002. - T. 295, № 5559. -C. 1487.
212. Hymes, S.R., DNase inhibits Gardnerella vaginalis biofilms in vitro and in vivo. / S.R. Hymes,
T.M. Randis, T. Yang Sun, A.J. Ratner// The Journal of infectious diseases. - 2013. - T. 207, № 10.-C. 1491-1497.
213. Tetz, V.V., Effect of extracellular DNA destruction by DNase I on characteristics of forming biofilms. / V.V. Tetz, G.V. Tetz // DNA and cell biology. - 2010. - T. 29, № 8. - C. 399-405.
214. Nijland, R., Dispersal of biofilms by secreted, matrix degrading, bacterial DNase. / R. Nijland, M.J. Hall, J.G. Burgess // PLoS ONE. - 2010. - T. 5, № 12. C. el5668.
215. Tetz G.V., Effect of DNase and antibiotics on biofilm characteristics. / G.V. Tetz, N.K. Arte-menko, V.V. Tetz // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2009. - T. 53, № 3. - C. 12041209.
216. Lappann, M., A dual role of extracellular DNA during biofilm formation of Neisseria meningitidis. / M. Lappann, H. Claus, T. van Alen, M. Harmsen, J. Elias, S. Molin, U. Vogel // Molecular Microbiology. - 2010. - T. 75, № 6. - PCp. 1355-1371.
217. Beisel, C.L., Base pairing small RNAs and their roles in global regulatory networks / C.L. Beisel, G. Storz // FEMS Microbiology Reviews. - 2010. - T. 34, № 5. - C. 866-882.
218. Thomason, M.K., Bacterial antisense RNAs: how many are there, and what are they doing? / M.K. Thomason, G. Storz // Annual Review of Genetics. - 2010. - T. 44. - C. 167-188.
219. Gottesman, S., Bacterial small RNA regulators: versatile roles and rapidly evolving variations. / S. Gottesman, G. Storz // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2011. - T. 3, № 12. -C. a003798
220. Gripenland, J., RNAs: regulators of bacterial virulence / J. Gripenland, S. Netterling, E. Loh, T. Tiensuu, A. Toledo-Arana, J. Johansson //Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 12. - C. 857-866.
221. Chambers, J.R., Small RNAs and their role in biofilm formation / J.R. Chambers, K. Sauer // Trends in Microbiology. - 2013. -T. 21, № 1. - C. 39-49.
222. Richards, G.R., Molecular call and response: the physiology of bacterial small RNAs. / G.R. Richards, C.K. Vanderpool // Biochimica et biophysica acta. - 2011. - T. 1809, № 10. - C. 525-531.
223. Sharma, C.M., Interesting twists on small RNA themes in Pseudomonas aeruginosa. / C.M. Sharma, G. Storz // Molecular Microbiology. - 2011. - T. 80, № 4. - C. 855-859.
224. Boehm, A., The csgD mRNA as a hub for signal integration via multiple small RNAs. / A. Boehm, J. Vogel // Molecular Microbiology. - 2012. - T. 84, № 1. - C. 1-5.
225. Waters, L.S., Regulatory RNAs in bacteria. / L.S. Waters, G. Storz // Cell. - 2009. - T. 136, № 4.-C. 615-628.
226. Göpel, Y., Rewiring two-component signal transduction with small RNAs / Y. Göpel, B. Görke //Current Opinion in Microbiology. -2012. -T. 15, №2. - C. 132-139.
227. Hibbing, M.E., Bacterial competition: surviving and thriving in the microbial jungle / M.E. Hibbing, C. Fuqua, M.R. Parsek, S.B. Peterson // Nature Reviews Microbiology. - 2009. - T. 8,№ l.-C. 15-25.
228. West, S.A., Social evolution theory for microorganisms / S.A. West, A.S. Griffin, A. Gardner, S.P. Diggle //Nature Reviews Microbiology. - 2006. - T. 4, № 8. - C. 597-607.
229. Chandler, J.R., Acyl-homoserine lactone-dependent eavesdropping promotes competition in a laboratory co-culture model. / J.R. Chandler, S. Heilmann, J.E. Mittler, E.P. Greenberg // The ISME Journal. - 2012. - T. 6, № 12. - C. 2219-2228.
230. Ильина, T, Системы коммуникации у бактерий и их роль в патогенности / Т. Ильина, Ю. Романова, А. Гинцбург // Молекулярная генетика микробиология и вирусология. - 2006.
- № 3. - С. 22-29.
231. Blango, M.G., Bacterial landlines: contact-dependent signaling in bacterial populations. / M.G. Blango, M.A. Mulvey // Current Opinion in Microbiology. - 2009. - T. 12, № 2. - C. 177-181.
232. Dubey, G.P., Intercellular nanotubes mediate bacterial communication. / G.P. Dubey, S. BenYehuda // Cell. - 2011. - T. 144, № 4. - C. 590-600.
233. Shetty, A., Nanopods: a new bacterial structure and mechanism for deployment of outer membrane vesicles. / A. Shetty, S. Chen, E.I. Tocheva, G.J. Jensen, W.J. Hickey // PLoS ONE. -2011. - T. 6, №6. C.e20725.
234. Чернуха, M.10., Роль регуляторной системы «Quorum Sensing» в симбиотическом взаимодействии бактерий Burkholderia cepacia и Pseudomonas aeruginosa при смешанной инфекции / М.Ю. Чернуха, И.А. Шагинян, Ю.М. Романова, Г.В. Малеев, A.JI. Гинцбург // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2006. -№ 4. - С. 32-37.
235. Taga, М.Е., Chemical communication among bacteria. / M.E. Taga, B.L. Bassler // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2003. - T. 100 Suppl 2. - C. 14549-14554.
236. Ryan, R.P., Diffusible signals and interspecies communication in bacteria. / R.P. Ryan, J.M. Dow // Microbiology (Reading, Engl.). - 2008. - T. 154, № Pt 7. - C. 1845-1858.
237. Mashburn-Warren, L.M., Special delivery: vesicle trafficking in prokaryotes. / L.M. Mash-burn-Warren, M. Whiteley // Molecular Microbiology. - 2006. - T. 61, № 4. - C. 839-846.
238. Hardie, K.R., Establishing bacterial communities by "word of mouth": LuxS and autoinducer 2 in biofilm development. / K.R. Hardie, К. Heurlier//Nature Reviews Microbiology. - 2008.
- T. 6, № 8. - C. 635-643.
239. Ng, W.-L., Bassler B.L. Bacterial Quorum-Sensing Network Architectures / W.-L. Ng, B.L. Bassler // Annual Review of Genetics. - 2009. - T. 43, № 1. - C. 197-222.
240. Morales, D.K., Candida albicans interactions with bacteria in the context of human health and disease. / D.K. Morales, D.A. Hogan // PLoS Pathogens. - 2010. - T. 6, № 4. - C. el000886.
241. Peleg, A.Y., Medically important bacterial-fungal interactions / A.Y. Peleg, D.A. Hogan, E. Mylonakis // Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 5. - C. 340-349.
242. Mackin C. Quorum Sensing in Archaea / C. Mackin// University of Connecticut. Honors Scholar Theses. - 2011. - 57 стр.
243. Slots, J., Herpesviral-bacterial synergy in the pathogenesis of human periodontitis / J. Slots // Current opinion in infectious diseases. - 2007. - T. 20, № 3. - C. 278-283.
244. Wu, Y.-M., Correlation between infections with different genotypes of human cytomegalovirus and Epstein-Barr virus in subgingival samples and periodontal status of patients / Y.-M. Wu, J. Yan, D.M. Ojcius, L.-L. Chen, Z.-Y. Gu, J.-P. Pan // Journal of clinical microbiology. -2007. - T. 45, № 11. - C. 3665-3670.
245. Jakubovics, N.S., Role of hydrogen peroxide in competition and cooperation between Streptococcus gordonii and Actinomyces naeslundii. / N.S. Jakubovics, S.R. Gill, M.M. Vickerman, P.E. Kolenbrander// FEMS Microbiology Ecology. - 2008. - T. 66, № 3. - C. 637-644.
246. Egland, P.G., Interspecies communication in Streptococcus gordonii-Veillonella atypica biofilms: signaling in flow conditions requires juxtaposition / P.G. Egland, R.J. Palmer, P.E. Kolenbrander // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2004. - T. 101, № 48. -C. 16917-16922.
247. Straight, P.D., Interspecies chemical communication in bacterial development. / P.D. Straight, R. Kolter // Annual review of microbiology. - 2009. - T. 63. - C. 99-118.
248. González, J.E., Quorum sensing in nitrogen-fixing rhizobia. / J.E. Gonzalez, M.M. Marketon // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2003. - T. 67, № 4. - C. 574-592.
249. Visick, K.L., Vibrio fischeri lux genes play an important role in colonization and development of the host light organ. / K.L. Visick, J. Foster, J. Doino, M. McFall-Ngai, E.G. Ruby // Journal of bacteriology. - 2000. - T. 182, № 16. - C. 4578-4586.
250. Zhang, G., Streptococcus cristatus attenuates Fusobacterium nucleatum-induced cytokine expression by influencing pathways converging on nuclear factor-кВ / G. Zhang, J.D. Rudney // Molecular oral microbiology. - 2011. - T. 26, № 2. - C. 150-163.
251. Веселова, M.A., Мутанты Burkholderia cenocepacia с измененным синтезом N-ацнл-гомосеринлактонов сигнальных молекул Quorum Sensing регуляции / М.А. Веселова, В.А. Липасова, Ю.В. Зайцева, О.А. Кокшарова, М.Ю. Чернуха, Ю.М. Романова, И.А. Хмель // Генетика. - 2012. - Т. 48, № 5. - С. 608-616.
252. Nealson, К.Н., Cellular control of the synthesis and activity of the bacterial luminescent system / K.H. Nealson, T. Piatt, J.W. Hastings // Journal of bacteriology. - 1970. - T. 104, № 1. -
C. 313-322.
253. Eberhard A. et al. Structural identification of autoinducer of Photobacterium fischen lucifer-ase. I I Biochemistry. American Chemical Society, 1981. Vol. 20, № 9. Pp. 2444-24496 pp.
254. Bassler, B.L., Bacterially speaking. / B.L. Bassler, R. Losick // Cell. - 2006. - T. 125, № 2. -C.237-246.
255. Jayaraman, A., Bacterial Quorum Sensing: Signals, Circuits, and Implications for Biofilms and Disease / A. Jayaraman, T.K Wood. // Annual Review of Biomedical Engineering. - 2008. -T. 10, № l.-C. 145-167.
256. Darch, S.E., Density-dependent fitness benefits in quorum-sensing bacterial populations / S.E. Darch, S.A. West, K. Winzer, S.P. Diggle // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2012. - T. 109, № 21. - C. 8259-8263.
257. Brito, P.H., Natural genome diversity of AI-2 quorum sensing in Escherichia coli: conserved signal production but labile signal reception / P.H. Brito, E.P.C. Rocha, K.B. Xavier, I. Gordo // Genome Biology and Evolution. - 2013. - T. 5, № I. - C. 16-30.
258. Ulrich, L.E., One-component systems dominate signal transduction in prokaryotes. / L.E. Ulrich, E.V. Koonin, I.B. Zhulin // Trends in Microbiology. - 2005. - T. 13, № 2. - T. 52-56.
259. Hoyland-Kroghsbo, N.M., A quorum-sensing-induced bacteriophage defense mechanism. / N.M. Hoyland-Kroghsbo, R.B. Maerkedahl, S.L. Svenningsen // mBio. - 2013. - T. 4, № 1. -C. e00362-12.
260. Karatan, E., Signals, regulatory networks, and materials that build and break bacterial biofilms. / E. Karatan, P. Watnick // Microbiology and molecular biology reviews. - 2009. - T. 73, №2.-C. 310-347.
261. Folkesson, A., Adaptation of Pseudomonas aeruginosa to the cystic fibrosis airway: an evolutionary perspective / A, Folkesson, L. Jelsbak, L. Yang, H. Krogh Johansen, O. Ciofii, N. Hoiby, S. Molin//Nature Reviews Microbiology.-2012.-T. 10, № 12. - C. 841-851.
262. Vidal, J.E., Evidence that the Agr-like quorum sensing system regulates the toxin production, cytotoxicity and pathogenicity of Clostridium perfringens type C isolate CN3685 / J.E. Vidal, M. Ma, J. Saputo, J. Garcia, F.A. Uzal, B.A. McClane // Molecular Microbiology. - 2012. Vol. 83, № l.-C. 179-1941.
263. Swem, L.R., A quorum-sensing antagonist targets both membrane-bound and cytoplasmic receptors and controls bacterial pathogenicity / L.R. Swem, D.L. Swem, C.T. O'Loughlin, R. Gatmaitan, B. Zhao, S.M. Ulrich, B.L. Bassler // Molecular cell. - 2009. - T. 35, № 2. - C. 143-153.
264. Ventre, I., Multiple sensors control reciprocal expression of Pseudomonas aeruginosa regulatory RNA and virulence genes / I. Ventre, A.L. Goodman, I. Vallet-Gely, P. Vasseur, C.
Soscia, S. Molin, S. Blevcs, A. Lazdunski, S. Lory, A. Filloux // Proceedings of the National Academy of Sciences.-2006.-T. 103,№1.-C. 171-176.
265. Antunes, L.C.M., Quorum sensing in bacterial virulence. / L.C.M. Antunes, R.B.R. Ferreira, M.M.C. Buckner, B.B. Finlay // Microbiology (Reading, Engl.). - 2010. - T. 156, № Pt 8. - C. 2271-2282.
266. David, R., Bacterial virulence: A new pathogenicity island for Vibrio / R. David // Nature Reviews Microbiology. - 2012. - T. 10, № 6. - C. 376-377.
267. Zheng, J., Quorum sensing and a global regulator TsrA control expression of type VI secretion and virulence in Vibrio cholerae / J. Zheng, O.S. Shin, D.E. Cameron, J.J. Mekalanos // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - T. 107, № 49. - C. 21128-21133.
268. Mah, T.F., Mechanisms of biofilm resistance to antimicrobial agents. / T.F. Mah, G.A. O'Toole // Trends in Microbiology. - 2001. - T. 9, № 1. - C. 34-39.
269. Hoiby, N., Antibiotic resistance of bacterial biofilms / N. Hoiby, T. Bjarnsholt, M. Givskov, S. Molin, O. Ciofu// International journal of antimicrobial agents. - 2010. - T. 35, № 4. - C. 322332.
270. Allen, H.K., Call of the wild: antibiotic resistance genes in natural environments / H.K. Allen, J. Donato, H. Huimi Wang, K.A. Cloud-Hansen, J. Davies, J. Handelsman II Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 4. - C. 251-259.
271. Tavío, M.M., Quorum-sensing regulator sdiA and marA overexpression is involved in in vitro-selected multidnig resistance of Escherichia coli / M.M. Tavío, V.D. Aquili, J.B. Poveda, N.T. Antunes, J. Sánchez-Céspedes, J. Vila // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2010. - T. 65, № 6. - C. 1178-1186.
272. Maillard, J.-Y., Mechanisms of Bacterial Resistance to Microbicides / J.-Y. Maillard, // Russell, Hugo & Ayliffe's: Principles and Practice of Disinfection, Preservation and Sterilization, 5th Edition. / под. ред. Fraise A.P., Maillard J.-Y., Sattar S.A. - Oxford, UK - 2012. C. 108120.
273. Bridier, A., Resistance of bacterial biofilms to disinfectants: a review / A. Bridier, R. Briandet, V. Thomas, F. Dubois-Brissonnet // Biofouling. - 2011. - T. 27, № 9. - C. 1017-1032.
274. Momb, J., Enzymic Disruption of N-Aroyl-L-homoserine Lactone-Based Quorum Sensing / J. Momb, D.-W. Yoon, W. Fast // ChemBioChem. - 2010. - T. 11, № 11. - C. 1535-1537.
275. Ng, F.S., Characterization of a phosphotriesterase-like lactonase from Sulfolobus solfataricus and its immobilization for disruption of quorum sensing / F.S. Ng, D.M. Wright, S.Y. Seah // Applied and Environmental Microbiology. - 2011. - T. 77, № 4. - С. 1181-1186.
276. He, Z., Use of the quorum sensing inhibitor furanone C-30 to interfere with biofilm formation by Streptococcus mutans and its luxS mutant strain. / Z. He, Q. Wang, Y. Hu, J.P. Liang, Y.T.
Jiang, R. Ma, Z. Tang, Z. Huang // International journal of antimicrobial agents. - 2012. - T. 40, № l.-C. 30-35.
277. Köhler, T., Quorum sensing inhibition selects for virulence and cooperation in Pseudomonas aeruginosa. / T. Köhler, G.G. Perron, A. Buckling, C. van Delden // PLoS Pathogens. - 2010. -T. 6, № 5. C. el000883.
278. Boyle, K.E., Exploiting social evolution in biofilms / K.E. Boyle, S. Heilmann, D. van Ditmarsch, J.B. Xavier // Current Opinion in Microbiology. - 2013. - T. 16, № 2. - C. 1-6.
279. Hooshangi, S., From unicellular properties to multicellular behavior: bacteria quorum sensing circuitry and applications / S. Hooshangi, W.E. Bentley // Current Opinion in Biotechnology. -2008. - T. 19, № 6. - C. 550-555.
280. Boedicker, J.Q., Microfluidic confinement of single cells of bacteria in small volumes initiates high-density behavior of quorum sensing and growth and reveals its variability. / J.Q. Boedicker, M.E. Vincent, R.F. Ismagilov // Angewandte Chemie. - 2009. - T. 48, № 32. - С. 5908-5911.
281. Kolenbrander, P.E., Oral multispecies biofilm development and the key role of cell-cell distance / P.E. Kolenbrander, R.J. Palmer, S. Periasamy, N.S. Jakubovics // Nature Reviews Microbiology. - 2010. - T. 8, № 7. - C. 471—480.
282. Diggle, S.P. Evolutionary theory of bacterial quorum sensing: when is a signal not a signal? / S.P. Diggle, A. Gardner, S.A.West, A.S. Griffin // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. - 2007. - T. 362, № 1483. - C. 1241-1249.
283. Keller, L., Communication in bacteria: an ecological and evolutionary perspective / L. Keller, M.G. Surette // Nature Reviews Microbiology. - 2006. - T. 4, № 4. - C. 249-258.
284. Stacy, A.R., Rules of engagement: defining bacterial communication / A.R. Stacy, S.P. Diggle, M. Whiteley// Current Opinion in Microbiology. - 2012. - T. 15, № 2. - C. 155-161.
285. Томова, A.C., Роль фактора некроза опухоли а во взаимодействии макро- и микроорганизма / A.C. Томова, Ю.М. Романова, АЛ. Гинцбург // Вестник Российской академии наук. - 2005. № 1. - С. 24-29.
286. Wang, J., Extraction, purification and identification of bacterial signal molecules based on N-acyl homoserine lactones. / J. Wang, C. Quan, X. Wang, P. Zhao, S.i Fan // Microbial Biotechnology. - 2011. - T. 4, № 4. - C. 479-490.
287. Waters, C.M., Quorum sensing: cell-to-cell communication in bacteria. / C.M. Waters, B.L. Bassler//Annual review of cell and developmental biology. - 2005. - T. 21. - C. 319-346.
288. Winans, S.C., Chemical communication among bacteria. / S.C. Winans, B.L. Bassler // ASM Press. - 2008. 520 стр.
289. Eberl L. Quorum sensing in the genus Burkholderia // International Journal of Medical Micro-
biology. 2006. Vol. 296, № 2-3. Pp. 103-1108 pp.
290. Brader, G., Altering substrate chain length specificity of an acylhomoserine lactone synthase in bacterial communication. / G. Brader, S. Sjoblom, H. Hyytiainen, K. Sims-Huopaniemi, E. Tapio Palva // The Journal of biological chemistry. - 2005. - T. 280, №11.- C. 10403-10409.
291. Fekete, A., Dynamic regulation of N-acyl-homoserine lactone production and degradation in Pseudomonas putida IsoF / A. Fekete, C. Kuttler, M. Rothballer, B.A. Hense, D. Fischer, K. Buddrus Schiemann, M. Lucio, J. Miiller, P. Schmitt Kopplin, A. Hartmann // FEMS Microbiology Ecology. - 2010. - T. 72, № 1. - C. 22-34.
292. Decho, A.W., Chemical challenges to bacterial AHL signaling in the environment. / AAV. Decho, R.L. Frey, J.L. Ferry// Chemical reviews. - 2011. - T. 111, № 1. - C. 86-99.
293. Galloway, W.R.J.D., Quorum sensing in Gram-negative bacteria: small-molecule modulation of AHL and AI-2 quorum sensing pathways. / W.R.J.D. Galloway, J.T .Hodgkinson, S.D. Bowden, M. Welch, D.R. Spring // Chemical reviews. - 2011. - T. 111, № 1. - C. 28-67.
294. Stevens, A.M., Mechanisms and Synthetic Modulators of AHL-Dependent Gene Regulation / A.M. Stevens, Y. Queneau, L. Soulere, S. von Bodman, A. Doutheau // Chemical reviews. -2011.-T. 111, № 1. - C. 4—27.
295. Churchill, M.E.A., Structural basis of acyl-homoserine lactone-dependent signaling. / M.E.A. Churchill, L. Chen // Chemical reviews. - 2011. - T. 111, № 1. - C. 68-85.
296. Dyszel, J.L., Salmonella enterica serovar Typhimurium can detect acyl homoserine lactone production by Yersinia enterocolitica in mice. / J.L. Dyszel, J.N. Smith, D.E. Lucas, J.A. Soa-res, M.C. Swearingen, M.A. Vross, G.M. Young, B.M.M. Ahmer// Journal of bacteriology. -2010. - T. 192, № 1. - C. 29-37.
297. Ha, C., Interspecies signaling through QscR, a quorum receptor of Pseudomonas aeruginosa / C. Ha, S.J. Park, S.-J. Im, S.-J. Park, J.-H. Lee // Molecules and Cells. - 2012. - T. 33, № 1. -C. 53-59.
298. Bhargava, N., N-acyl homoserine lactone mediated interspecies interactions between A. bau-mannii and P. aeruginosa /N. Bhargava, P. Sharma, N. Capalash // Biofouling. - 2013. - T. 28, № 8.-C. 813-822.
299. Qazi, S., N-acylhomoserine lactones antagonize virulence gene expression and quorum sensing in Staphylococcus aureus. / S. Qazi, B. Middleton, S.H. Muharram, A. Cockayne, P. Hill, P. O'Shea, S.R. Chhabra, M. Camara, P. Williams // Infection and Immunity. - 2006. - T. 74, № 2.-C. 910-919.
300. Hartmann, A., Quorum Sensing of Bacteria and Trans-Kingdom Interactions of N-Acyl Homoserine Lactones with Eukaiyotes / A. Hartmann, A. Schikora // Journal of Chemical Ecology. - 2012. - T. 38, № 6. - C. 704-713.
301. Boontham, P., Significant immunomodulatory effects of Pseudomonas aeruginosa quorum-sensing signal molecules: possible link in human sepsis. / P. Boontham, A. Robins, P. Chan-dran, D. Pritchard, M. Camara, P. Williams, S. Chuthapisith, A. McKechnie, B.J. Rowlands, O. Eremin//Clinical science. - 2008. - T. 115,№ ll.-C. 343-351.
302. Chen, X., Development and characterization of rat monoclonal antibodies for N-acylated ho-moserine lactones / X. Chen, E. Kremmer, M.-F. Gouzy, E. Clausen, M. Starke, K. Wöllner, G. Pfister, A. Hartmann, P.M. Krämer// Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2010. - T. 398, № 6. - C. 2655-2667-2667.
303. Cooley, M., N-Acylhomoserine lactone-mediated quorum sensing: a twist in the tail and a blow for host immunity. / M. Cooley, S.R. Chhabra, P. Williams // Chemistry & biology. -2008.-T. 15, № ll.-C. 1141-1147.
304. Davis, B.M., The interaction of N-acylhomoserine lactone quorum sensing signaling molecules with biological membranes: implications for inter-kingdom signaling. / B.M. Davis, R. Jensen, P. Williams, P. O'Shea // PLoS ONE. - 2010. - T. 5, № 10. C. el3522.
305. Ahlgren, N.A., Aryl-homoserine lactone quorum sensing in stem-nodulating photosynthetic bradyrhizobia. / N.A. Ahlgren, C.S. Harwood, A.L. Schaefer, E. Giraud, E.P. Greenberg // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2011. -T. 108, № 17.-C. 7183-7188.
306. Schaefer, A.L., A new class of homoserine lactone quorum-sensing signals / A.L. Schaefer, E.P. Greenberg, C.M. Oliver, Y. Oda, J.J. Huang, G. Bittan-Banin, C.M. Peres, S. Schmidt, K. Juhaszova, J.R. Sufrin, C.S. Harwood //Nature. - 2008. - T. 454, № 7204. - C. 595-599.
307. Hobbs, E.C., An expanding universe of small proteins / E.C. Hobbs, F. Fontaine, X. Yin, G. Storz // Current Opinion in Microbiology. - 2011. - T. 14, № 2. - C. 167-173.
308. Novick, R.P., Autoinduction and signal transduction in the regulation of staphylococcal virulence. / R.P. Novick // Molecular Microbiology. - 2003. - T. 48, № 6. - C. 1429-1449.
309. Lyon, G.J., Peptide signaling in Staphylococcus aureus and other Gram-positive bacteria. / GJ. Lyon, R.P. Novick// Peptides. - 2004. - T. 25, № 9. - C. 1389-1403.
310. Thoendel, M., Biosynthesis of Peptide Signals in Gram-Positive Bacteria / M. Thoendel, A.R. Horswill // Advances in Applied Microbiology - 2010. - T. Volume 71, № 4. C. 91-112.
311. Jung, K., Histidine kinases and response regulators in networks / K. Jung, L. Fried, S. Behr, R. Heermann // Current Opinion in Microbiology. - 2012. - T. 15, № 2. - C. 118-124.
312. Goulian, M., Two-component signaling circuit structure and properties / M. Goulian // Current Opinion in Microbiology.-2010.-T. 13, №2. - C. 184-189.
313. Szurmant, H., Interaction fidelity in two-component signaling./ H. Szurmant, J.A. Hoch // Current Opinion in Microbiology. - 2010. - T. 13, № 2. - C. 190-197.
314. Parashar, V., Conformational change-induced repeat domain expansion regulates Rap phosphatase quorum-sensing signal receptors. / V. Parashar, P.D. Jeffrey, M.B. Neiditch // Plos Biology. - 2013. - T. 11, № 3. C. el001512.
315. Chen, X., Structural identification of a bacterial quorum-sensing signal containing boron / X. Chen, S. Schauder, N. Potier, A. Van Dorsselaer, I. Pelczer, B.L. Bassler, F.M. Hughson // Nature. - 2002. - T. 415, № 6871. - C. 545-549.
316. De Keersmaecker, S.C.J., Let LuxS speak up in AI-2 signaling. / S.C.J. De Keersmaecker, K. Sonck, J. Vanderleyden // Trends in Microbiology. - 2006. - T. 14, № 3. - C. 114-119.
317. Beeston, A.L., pfs-dependent regulation of autoinducer 2 production in Salmonella enterica serovar Typhimurium. / A.L. Beeston, M.G. Surette // Journal of bacteriology. - 2002. - T. 184, № 13.-C. 3450-3456.
318. Liang, W., Cyclic AMP post-transcriptionally regulates the biosynthesis of a major bacterial autoinducer to modulate the cell density required to activate quorum sensing. / W.Liang, S.Z. Sultan, A.J. Silva, J.A. Benitez // FEBS Letters. - 2008. - T. 582, № 27. - C. 3744-3750.
319. Vendeville, A., Making "sense" of metabolism: autoinducer-2, LUXS and pathogenic bacteria / A. Vendeville, K. Winzer, K. Heurlier, C.M. Tang, K.R. Hardie // Nature Reviews Microbiology. - 2005. - T. 3, № 5. - C. 383-396.
320. Federle, M.J., Autoinducer-2-based chemical communication in bacteria: complexities of interspecies signaling. / M.J. Federle // Contributions to microbiology. - 2009. - T. 16. - C. 1832.
321. Herzberg, M., YdgG (TqsA) controls biofilm formation in Escherichia coli K-12 through autoinducer 2 transport. / M. Herzberg, I.K. Kaye, W. Peti, T.K. Wood // Journal of bacteriology. -2006. - T. 188, № 2. - C. 587-598.
322. Xavier, K.B., Regulation of uptake and processing of the quorum-sensing autoinducer AI-2 in Escherichia coli. / K.B. Xavier, B.L. Bassler // Journal of bacteriology. - 2005. - T. 187, № 1. -C.238-248.
323. Marques, J.C., Processing the Interspecies Quorum-sensing Signal Autoinducer-2 (AI-2) characterization of phospho-(S)-4, 5-dihydroxy-2, 3-pentanedione isomerization by LsrG protein. / J.C. Marques, P. Lamosa, C. Russell, R. Ventura, C. Maycock, M.F. Semmelhack, S.T. Miller, K.B. Xavier // The Journal of biological chemistry. - 2011. - T. 286, № 20. - C. 18331-18343.
324. Zhu, J., Mechanistic Insights into the LsrK Kinase Required for Autoinducer-2 Quorum Sensing Activation / J. Zhu, M.S. Hixon, D. Globisch, G.F. Kaufmann, K.D. Janda // Journal of the American Chemical Society. - 2013. - T. 135, № 21. - C. 7827-7830.
325. Williams, P., Quorum sensing and environmental adaptation in Pseudomonas aeruginosa: a tale of regulatory networks and multifunctional signal molecules / P. Williams, M. Cámara //
Current Opinion in Microbiology. - 2009. - T. 12, № 2. - C. 182-191.
326. Diggle, S.P., The Pseudomonas aeruginosa 4-Quinolone Signal Molecules HHQ and PQS Play Multifunctional Roles in Quorum Sensing and Iron Entrapment / S.P. Diggle, S. Matthijs, V.J. Wright, M.P. Fletcher, S.R. Chhabra, I.L. Lamont, X. Kong, R.C. Hider, P. Cornelis, M. Cámara, P. Williams // Chemistiy & biology. - 2007. - T. 14, № 1. - C. 87-96.
327. Ha, D.-G., 2-Heptyl-4-quinolone, a precursor of the Pseudomonas quinolone signal molecule, modulates swarming motility in Pseudomonas aeruginosa / D.-G. Ha, J.H. Merritt, T.H. Hampton, J.T. Hodgkinson, M. Janecek, D.R. Spring, M. Welch, G.A. O'Toole // Journal of bacteriology. - 2011. - T. 193, № 23. - C. 6770-6780.
328. Fletcher, M.P., 2-Alkyl-4(lH)-Quinolone Signalling in Pseudomonas aeruginosa. / M.P. Fletcher, S. Heeb, S.R. Chhabra, S.P. Diggle, P. Williams, M. Cámara // Pseudomonas. -Springer Netherlands. - 2010. - Chapter 2. - C. 29-57.
329. Uroz, S., Quorum Sensing and Quorum Quenching: The Yin and Yang of Bacterial Communication / S. Uroz, Y. Dessaux, P. Oger// ChemBioChem. - 2009. - T. 10, № 2. - C. 205-216.
330. Schipper, C., Metagenome-derived clones encoding two novel lactonase family proteins involved in biofilm inhibition in Pseudomonas aeruginosa / C. Schipper, C. Hornung, P. Bijten-hoorn, M. Quitschau, S. Grond, W.R. Streit // Applied and Environmental Microbiology. -2009. - T. 75, № 1. - C. 224-233.
331. Krysciak, D., involvement of multiple loci in quorum quenching of autoinducer I molecules in the nitrogen-fixing symbiont Rhizobium (Sinorhizobium) sp. strain NGR234 / D. Krysciak, C. Schmeisser, S. Preuß, J. Riethausen, M. Quitschau, S. Grond, W.R. Streit // Applied and Environmental Microbiology. - 2011. - T. 77, № 15. - C. 5089-5099.
332. Chung, J., Small-molecule inhibitor binding to an N-acyl-homoserine lactone synthase. / J. Chung, E. Goo, S. Yu, O. Choi, J. Lee, J. Kim, H. Kim, J. Igarashi, H. Suga, J. Sun Moon, I. Hwang, S. Rliee // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2011. - T. 108, № 29. - C. 12089-12094.
333. Bokhove, M., The quorum-quenching N-acyl homoserine lactone acylase PvdQ is an Ntn-hydrolase with an unusual substrate-binding pocket / M. Bokhove, P.N. Jimenez, W.J. Quax, B.W. Dijkstra // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - T. 107, № 2. - C. 686-691.
334. Fast, W., The enzymes of bacterial census and censorship. / W. Fast, P.A. Tipton // Trends in biochemical sciences. - 2012. - T. 37, № 1. - C. 7-14.
335. Wright, J.S., Transient interference with staphylococcal quorum sensing blocks abscess formation. / J.S. Wright, R. Jin, R.P. Novick // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2005. - T. 102, № 5. - C. 1691-1696.
336. Xavier, K.B., Interference with AI-2-mediated bacterial cell-cell communication. / K.B. Xavier, B.L. Bassler // Nature. - 2005. - T. 437, № 7059. - C. 750-753.
337. Hughes, D.T., The QseC adrenergic signaling cascade in enterohemorrhagic E. coli (EHEC) / D.T. Hughes, M.B. Clarke, K. Yamamoto, D.A. Rasko, V. Sperandio// PLoS Pathogens. -2009. - T. 5, № 8. C. el000553.
338. Clarke, M.B., The QseC sensor kinase: a bacterial adrenergic receptor. / M.B. Clarke, D.T. Hughes, C. Zhu, E.C. Boedeker, V. Sperandio // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2006. - T. 103, № 27. - C. 10420-10425.
339. Karavolos, M.H., Pathogen espionage: multiple bacterial adrenergic sensors eavesdrop on host communication systems / M.H. Karavolos, K. Winzer, P. Williams, C.M. Khan // Molecular Microbiology. - 2013. - T. 87, № 3. - C. 455^65.
340. Curtis, M.M., A complex relationship: the interaction among symbiotic microbes, invading pathogens, and their mammalian host. / M.M. Curtis, V. Sperandio // Mucosal Immunology. -2011.-T. 4, № 2. - C. 133-138.
341. Karavolos, M.H., Salmonella Typhi sense host neuroendocrine stress hormones and release the toxin haemolysin E. / M.H. Karavolos, D.M. Bulmer, H. Spencer, G. Rampioni, I. Schmalen, S. Baker, D. Pickard, J. Gray, M. Fookes, K. Winzer, A. Ivens, G. Dougan, P. Williams, C.M. Anjam Khan // EMBO reports. - 2011. - T. 12, № 3. - C. 252-258.
342. Ryan, R.P., Communication with a growing family: diffusible signal factor (DSF) signaling in bacteria / R.P. Ryan, J.M. Dow // Trends in Microbiology. - 2011. - T. 19, № 3. - C. 145-152.
343. Fernández-Piñar, R., Fatty acid-mediated signalling between two Pseudomonas species / R. Fernández-Piñar, M. Espinosa-Urgel, J.-F. Dubern, S. Heeb, J.L. Ramos, M. Cámara // Environmental microbiology reports. - 2012. - T. 4, № 4. - C. 417-423.
344. Davies, D.G., A fatty acid messenger is responsible for inducing dispersion in microbial bio-fílms. / D.G. Davies, C.N.H. Marques // Journal of bacteriology. - 2009. - T. 191, № 5. - C. 1393-1403.
345. Montgomery, K., Quorum Sensing in Extreme Environments / K.Montgomery, J.C. Charlesworth, R. Le Bard, P.T. Visscher, B.P. Burns // Life. - 2013. - T. 3, № 1. - C. 131-148.
346. Downie, J.A., The roles of extracellular proteins, polysaccharides and signals in the interactions of rhizobia with legume roots / J.A. Downie // FEMS Microbiology Reviews. - 2010. - T. 34, № 2. - C. 150-170.
347. Chugani, S., LuxR homolog-independent gene regulation by acyl-homoserine lactones in Pseudomonas aeruginosa / S. Chugani, E.P. Greenberg // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2010. - T. 107, № 23. - C. 10673-10678.
348. Kumar, S., Novel quorum-sensing peptides mediating interspecies bacterial cell death. / S.
Kumar, I. Kolodkin-Gal, H. Engelberg-Kulka // MBio. - 2013. - T. 4, № 3. - С. еООЗ 14-13.
349. Rath, C.M., The bacterial chemical repertoire mediates metabolic exchange within gut micro-biomes / C.M. Rath, P.C. Dorrestein // Current Opinion in Microbiology. - 2012. - T. 15, № 2. -C. 147-154.
350. Beauregard, P.B., Bacillus subtilis biofilm induction by plant polysaccharides / P.B. Beauregard, Y. Chai, H. Vlamakis, R. Losick, R. Kolter // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. - Т. 110, № 17. - С. E1621-E1630.
351. Романова, Ю.М., Механизм взаимодействия фактора некроза опухолей (ФНОальфа) макроорганизма с клетками Salmonella Entérica (ser. Typhimnrium) / Ю.М. Романова, А.С. Томова, JI.H. Шингарова, В.Г. Лунин, А.С. Карягина, И.П. Лупу, А.Л. Гинцбург // Молекулярная генетика микробиология и вирусология. - 2008. - № 4. - С. 18-23.
352. Алешкин, В.А., Модулирование бнопленок микробными потенциальными консорциумами человека: концепция расширенного пробнотического компартмента биотопа, прогностические паттерны / В.А. Алешкин, С.С. Афанасьев, А.В. Алешкин, М.В. Лахтин, А.Л. Байракова, В.М. Лахтин // Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра СО РАМН. - 2013. - № 6. С. 120-123.
353. Kim, К., A commensal symbiotic interrelationship for the growth of Symbiobacterium toebii with its partner bacterium, Geobacillus toebii / K. Kim, J.-J. Kim, R. Masui, S. Kuramitsu, M.-H. Sung // BMC research notes. - 2011. - T. 4, № 1. - C. 437- 445.
354. Mee, M.T., Engineering ecosystems and synthetic ecologies. / M.T. Mee, H.H. Wang // Molecular bioSystems. - 2012. - T. 8, № 10. - C. 2470-2483.
355. Stewart, E.J., Growing Unculturable Bacteria / E.J. Stewart// Journal of bacteriology. - 2012. -T. 194, № 16.-C. 4151-4160.
356. Wintermute, E.H., Dynamics in the mixed microbial concourse. / E.H. Wintermute, P.A. Silver// Genes & development. - 2010. - T. 24, № 23. - C. 2603-2614.
357. Jannasch, H.W., Bacterial populations in sea water as determined by different methods of enumeration / H.W. Jannasch, G.E. Jones // Limnology and Oceanography. - 1959. - T. 4, № 2. -C. 128-139.
358. Roszak, D.B., Survival strategies of bacteria in the natural environment. / D.B. Roszak, R.R. Colwell // Microbiological reviews. - 1987. - T. 51, № 3. - C. 365-379.
359. Amann, R.I., Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation. / R.I. Amann, W. Ludwig, K.H. Schleifer // Microbiological reviews. -1995. - T. 59, № 1. - C. 143-169.
360. Соколенко, A.B., Некультивируемые формы бактерий: распространение в природе, индукторы не культивируемого состояния и реверсии / А.В. Соколенко, // Современные
наукоемкие технологии. - 2006. № 2. - С. 11-15.
361. Achtman, М., Microbial diversity and the genetic nature of microbial species / M. Achtman, M. Wagner// Nature Reviews Microbiology. - 2008. - T. 6, №6. - C. 431-440.
362. Keller, M., Tapping into microbial diversity / M. Keller, K. Zengler // Nature Reviews Microbiology. - 2004. - T. 2, № 2. - C. 141-150.
363. Huse, S.M., Ironing out the wrinkles in the rare biosphere through improved OTU clustering / S.M. Huse, D.M. Welch, H.G. Morrison, M.L. Sogin // Environmental Microbiology. - 2010. -T. 12, № 7. - C. 1889-1898.
364. Pace, N.R., Mapping the tree of life: progress and prospects. / N.R. Pace, // Microbiology and molecular biology reviews. - 2009. - T. 73, № 4. - C. 565-576.
365. Rossello-Mora, R., The species concept for prokaryotes. / R. Rosselio-Mora, R. Amann // FEMS Microbiology Reviews. - 2001. - T. 25, № 1. - C. 39-67.
366. Kim, E., Prospective comparison of microbial culture and polymerase chain reaction in the diagnosis of corneal ulcer. / E. Kim, J.D. Chidambaram, M. Srinivasan, P. Lalitha, D. Wee, T.M. Lietman, J.P. Whitcher, R.N. Van Gelder//American journal of ophthalmology. - 2008. -T. 146, № 5.-C. 714-723.
367. Bittar, F., Molecular detection of multiple emerging pathogens in sputa from cystic fibrosis patients. / F. Bittar, H. Richet, J.-C. Dubus, M. Reynaud-Gaubert, N. Stremler, J. Sarles, D. Raoult, J.-M. Rolain // PLoS ONE. - 2008. - T. 3, № 8. C. e2908.
368. Han, Y.W., Uncultivated bacteria as etiologic agents of intra-amniotic inflammation leading to preterm birth. / Y.W. Han, T. Shen, P. Chung, I.A. Buhimschi, C.S. Buhimschi // Journal of clinical microbiology. - 2009. - T. 47, № 1. - C. 38-47.
369. Gevers, D., The Human Microbiome Project: a community resource for the healthy human microbiome. / D. Gevers, R. Knight, J.F. Petrosino, K. Huang, A.L. McGuire, B.W. Birren, K.E. Nelson, O. White, B.A. Methe, C. Huttenhower// PLoS Biology. - 2012. - T. 10, № 8. C. el001377.
370. Turnbaugh, P.J., The human microbiome project. / P.J. Turnbaugh, R.E. Ley, M. Hamady, C.M. Fraser-Liggett, R. Knight, J.I. Gordon // Nature. - 2007. - T. 449, № 7164. - C. 804-810.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.