Оценка биоценоза кишечника у новорожденных с помощью классических и молекулярно-генетических методов исследования тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.01.08, кандидат наук Голубцова, Юлия Марковна

• Голубцова, Юлия Марковна
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Голубцова, Юлия Марковна

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Особенности формирования микрофлоры у детей раннего возраста. Современный взгляд

1.2. Свойства бифидобактерий

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Общая характеристика обследуемых больных

2.2. Бактериологические и молекулярно-генетические методы примененные для изучения видового состава бактерий кишечника новорожденного

2.2.1. Культуральные методы

2.2.2. Выделение ДНК из образцов

2.2.3. Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени (ПЦР-РВ)

2.2.4. Химико-аналитическое исследование: газожидкостная хроматография (ГЖХ)

2.2.5. Статистические методы

Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1. Микробиологический мониторинг интестинальной микрофлоры у здоровых детей

3.2. Изучение особенностей видового состава представителей порядка Bifldobacteriales у детей раннего возраста

3.3. Сравнительный анализ видового состава бифидобактерий у детей раннего возраста

3.4. Использование ПЦР-РВ в исследуемом материале

3.5. Сравнительный анализ штаммов бифидобактерий, бактеройдов, лактобацилл кишечной микрофлоры детей раннего возраста при помощи бактериологических и молекулярно-генетических методов исследования

3.5. Химико-аналитическое исследование - газожидкостная хроматография

Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ СОБСТВЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

АД - артериальное давление

ГВ - гестационный возраст

ГЖХ - газожидкостная хроматография

ГЦ пары - гуанин-цитозин пары

ДНК - дезоксирибонуклетновая кислота

ЖКТ - желудочно-кишечный тракт

КЛК - конъюгированная линолевая кислота

КЦЖК - короткоцепочечные жирные кислоты

ЛК - линолевая кислота

ЛПС - липополисахарид

НЭК - некротический энтероколит

ОРВИ - острая респираторная вирусная инфекция

ОРИТН - отделение реанимации и интенсивной терапии новорожденных ПНЖК - полиненасыщенные жирные кислоты ПЦР - полимеразная цепная реакция

ПЦР - РВ - полимеразная цепная реакция в режиме реального времени

РНК - рибонуклеиновая кислота

ХМС - хромато-масс-спектрометрия

ЧСС - частота сердечных сокращений

^ - иммуноглобулин

1Ь - интерлейкин

РРАЯ - рецепторы активирующие пролиферацию пероксисом

Р8А - полисахарид

РУУ - регуляторный пептид

2Р88 - цвиттер-ионные полисахариды

ТЬЯ - То11 - подобные рецепторы (рецепторы системы врожденного иммунитета)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Оценка биоценоза кишечника у новорожденных с помощью классических и молекулярно-генетических методов исследования»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования. Микрофлора желудочно-кишечного

тракта (ЖКТ) играет чрезвычайно важную роль в поддержании здоровья

ребенка. Желудочно-кишечный тракт является средой обитания для

многочисленного и разнообразного сообщества микроорганизмов.

Количество бактерий только в одном грамме содержимого толстой кишки 10

достигает 10 ~ микробных клеток [32]. Важно отметить, что даже незначительные изменения микробиоценоза кишечника у детей раннего возраста, особенно в период новорожденности, может явиться причиной патологического процесса [5, 56].

Исследования последнего времени показывают, что колонизируя кишечник, аутохтонные бактерии участвуют в метаболизме сложных полисахаридов, модулируют местный иммунный ответ и препятствуют заселению кишечника патогенными микроорганизмами, что особенно важно на первом месяце жизни ребенка [110].

До недавнего времени современные представления о качественном и количественном составе микрофлоры, особенностях формирования биоценоза кишечника в неонатальном периоде основывались на использовании исключительно культуральных методов исследования.

Активное внедрение молекулярно-генетических методов в практику микробиологических исследований позволило получить новую информацию о составе и свойствах микроорганизмов, колонизирующих различные анатомические области тела человека [9, 54].

В последние годы появились новые технологии секвенирования позволяющие быстро и достоверно определять не только таксономическую принадлежность выделяемых микроорганизмов, но и получить новые данные об их функциональных особенностях.

Доминирующее положение в микробиоте толстой кишки принадлежит микроорганизмам относящимся к порядкам Вас1его\йа\е8 (тип Вас1его\сЫе$,

класс Bacteroidia), Clostridiales (тип Firmicutes, класс Clostridia), далее следуют Actinobacteria (порядок Bifidobacteriales), Proteobacteria и Archea.

Бифидобактерии занимают главенствующее положение среди групп сахаролитических бактерий у детей раннего возраста, содержание их при этом достигает 1010-10п в 1 грамме фекалий [122, 129, 149, 157]. Однако, несмотря на доминирующее положение, занимаемое бактериями и приоритетную роль представителей порядка Bifidobacteriales в кишечнике детей раннего возраста, наши данные об особенностях видового состава бифидобактерий у новорожденных и детей первых месяцев жизни остаются ограниченными. Это, обусловлено недостаточной информативностью используемых для этой цели классических микробиологических методов, основанных, прежде всего, на изучении фенотипических свойств штаммов бифидобактерий. Бифидобактерии колонизируют ЖКТ, вскоре после рождения ребенка и присутствуют в нем в высоких концентрациях на протяжении всей жизни.

Новым направлением в изучении пробиотического эффекта штаммов бифидобактерий является поиск и изучение свойств штаммов, продуцентов конъюгированной линолевой кислоты (КЛК).

КЛК обладает иммуномодулирующим эффектом, является ингибитором остеокластогенеза, обладает выраженным метаболическим потенциалом, влияет на липидный обмен, а также является одним из регуляторов апоптоза и обладает противовоспалительным и антиканцерогенным эффектом.

Таким образом, использование методов генетического типирования для изучения спектра некультивируемых и труднокультивируемых групп бактерий колонизирующих кишечник детей в первые месяцы жизни, а также для идентификации и выяснения таксономической принадлежности бактерии порядка Bifidobacteriales кишечного происхождения является актуальным, имеющим как научное, так и практическое значение.

Цель исследования: изучение особенностей формирования микрофлоры у детей раннего возраста с использованием классических и

молекулярно-генетических методов исследования и способности к продукции КЛТС у штаммов бифидобактерий, выделенных из кишечника детей раннего возраста.

Задачи исследования:

1. Изучить особенности формирования микрофлоры у детей первых месяцев жизни с использованием классических бактериологических методов.

2. Подобрать нуклеотидные последовательности праймеров для детекции представителей рода Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroidales, Clostridium leptwn и С. coccoides, Prevotella, и Atopobiwn.

3. Используя молекулярно-генетические методы установить особенности формирования микрофлоры кишечника у детей первых месяцев жизни.

4. Провести сравнительный анализ информативности качественной и количественной детекции возбудителей в содержимом толстой кишки у детей раннего возраста.

5. Выделить и провести видовую идентификацию штаммов бифидобактерий колонизирующих кишечник доношенного новорожденного с помощью молекулярно-генетических методов.

6. Изучить способности выделенных штаммов к продукции КЛК.

Научная новизна. Подобраны нуклеотидные последовательности

праймеров для детекции микроорганизмов в ПЦР-РВ, представителей рода Bifidobacterium, Lactobacillus, Bacteroidales, Clostridium leptwn и С. coccoides, Prevotella, и Atopobiwn, что дало возможность быстро и эффективно детектировать труднокультивируемые и некльтивируемые группы микроорганизмов у детей раннего возраста.

Впервые проведен сравнительный мониторинг становления микрофлоры толстой кишки у новорожденных с помощью классических и молекулярно-генетических методов, который показал более высокую чувствительность, эффективность метода ПЦР-РВ по сравнению с классическим бактериологическим методом.

Впервые в ходе выполнения настоящей работы проведен анализ видового состава бифидофлоры с помощью ПЦР-РВ у доношенных новорожденных, выявлены доминирующие виды микроорганизмов порядка Bifidobacteriales у детей разного возраста (3-7 сутки жизни; 12-15 сутки жизни, 30-40 сутки жизни): В. bifidum, В. longum и В. breve.

Впервые выделен штамм бифидобактерий (В. breve), обладающий способностью к изомеризации КЛК, осуществляет пробиотический эффект.

Личный вклад Голубцовой Ю.М. в получение научных результатов.

Голубцова Ю.М. непосредственно участвовала в выполнении всех этапов настоящей работы, в том числе проводила посев клинического материала, выделение и идентификацию штаммов бактерий порядка Bifidobacteriales, выделение и анализ ДНК, а также обработку полученных данных при помощи статистических методов и методов биоинформатики.

Практическая значимость. Получены новые данные о доминирующих видах бактерий порядка Bifidobacteriales у новорожденных детей при помощи ПЦР-РВ (В. bifidum, В. longum и В. breve), что необходимо учитывать при назначении пробиотических препаратов.

Новые пробиотические штаммы бифидобактерий, продуцента КЛК, могут служить в качестве перспективного штамма для создания нового пробиотического препарата.

Положения, выносимые на защиту:

1. Микробиоценоз толстой кишки у клинически здоровых детей периода новорожденное™ характеризуется высокой концентрацией и частотой встречаемости, как облигатно анаэробных микроорганизмов, среди которых абсолютно доминирующими являются Bifidobacterium (100%), так и аллохтонных микроорганизмов относящиеся к роду: Klebsiella, Staphylococcus aureus, Clostridium leptum и С. coccoides.

2. Исследование, проведенное с помощью ПЦР-РВ, позволяет с большей эффективностью детектировать микроорганизмы представителей рода

Bifidobacterium, Bacteroides, Lactobacillus, а также труднокультивируемые группы С. leptum и С. coccoides, род Prevotella, и кластер Atopobiiim.

3. Получены новые данные о доминирующих видах бактерий порядка Bifidobacteriales у новорожденных детей при помощи ПЦР-РВ. Доминирующими видами в микрофлоре кишечника детей первых месяцев жизни, находящихся на естественном вскармливании, являются В. bifidwn, В. longum и В. breve.

Внедрение в практику. Результаты исследования включены в материалы лекционного курса и практических занятий для студентов 2-3 курсов лечебного и педиатрического факультетов на кафедре микробиологии и вирусологии ГБОУ ВПО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России.

Штаммы, выделенные в ходе настоящей работы, используются сотрудниками кафедры микробиологии и вирусологии ГБОУ ВПО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России для изучения биологических свойств бактерий порядка Bifidobacteriales.

Публикация результатов. По теме диссертации опубликовано 9 печатных работ, в том числе 3 статьи в рецензируемых научных журналах, 1 руководство для врачей.

1. L.I. Kafarskaya, M.L. Shunikova, O.A. Babak, Y.N. Vorontsova, L.A. Degtyareva, Y.M. Golubtsova. «Etiology of neonatal pneumonia in neonatal intensive care unit (NICU)».//Book of Abstract XXII European Congress of Perinatal Medicine. Spain, Granada.-2010.-P.571.

2. H.H. Володин, Л.И. Кафарская, Б.А. Ефимов, M.B. Дегтярева, А.Н. Шкопоров, Е.В. Хохлова, М.Л. Шуникова, Е.В. Кулагина, JI.A. Дегтярева, Ю.М. Голубцова. «Разработка метода экспресс-диагностики перинатальных инфекций на основе количественной оценки содержания ДНК цитомегаловируса и бактерий, колонизирующих организм плода и новорожденного. ПЦР в режиме реального времени, перинатальные бактериальные инфекции, цитомегаловирусная инфекция, колонизация

кишечника у новорожденных детей».//«Вопросы практической педиатрии»,-2010.-т.5.-№. 1 .-с. 12.

3. Л.И. Кафарская, М.Л. Шуникова, O.A. Бабак, Ю.Н. Воронцова, Л.А. Дегтярева, Ю.М. Голубцова. «К вопросу об этиологии пневмоний у недоношенных новорожденных в ОРИТН. Недоношенные новорожденные, нозокомиальные пневмонии, антибактериальная терапия, антибиотикорезистентность».//«Вопросы практической педиатрии»,-2010-т.5.-№.1.-с.29.

4. Л.И. Кафарская, Б.А. Ефимов, А.Н. Шкопоров, М.Л. Шуникова, Ю.М. Голубцова. Пробиотики в педиатрической практике.//«Эффективная фармакотерапия. Гастроэнтерология»,-2011 .-№. 1 .-с.44-48.

5. Л.И Кафарская, H.H. Володин, Ю.М. Голубцова. «Формирование кишечной микрофлоры у новорожденных детей. Новорожденные дети, микробиоценоз кишечника, кишечная микрофлора».// Материалы I Международного Конгресса по перинатальной медицине, Москва, 2011.-е. 91-92.

6. Л.И. Кафарская, М.Л. Шуникова, Б.А. Ефимов, А.Н. Шкопоров, Ю.А. Сигова, Ю.М. Голубцова. «Особенности формирования микрофлоры у детей раннего возраста и пути ее коррекции с помощью пробиотиков».//«Педиатрическая фармакология»,-2011 .-т.8.-№.2.-с.94-98.

7. Б.А. Ефимов, А.Н. Шкопоров, Е.В. Хохлова, Л.И. Кафарская, Ю.М. Голубцова. «Молекулярно-генетические технологии, основанные на полимеразной цепной реакции, в диагностике перинатальных инфекций».//Справочник заведующего КДЛ,-2012.-№.4.-с. 9-20.

8. Ю.М. Голубцова, H.H. Володин, А.Н. Шкопоров, Е.А. Постникова, Л.И. Кафарская. «Молекулярно-генетические технологии в оценке особенностей микрофлоры кишечника у детей. Бифидобактерии, желудочно-кишечный тракт, микрофлора».//«Вопросы практической педиатрии»,-2012.-т.7.-№.4.-с. 27-33.

9. Е.В. Кулагина, З.А. Черная, А.Н. Шкопоров, Е.В. Хохлова, Б.А. Ефимов, Л.И. Кафарская, Ю.М. Голубцова. «Оценка влияния смеси, обогащенной штаммом бифидобактерий ВВ12, на становление микрофлоры кишечника у новорожденных».//«Вопросы современной педиатрии»,-2012.-т.11.-№.4.-с. 47-53.

Апробация работы. Основные материалы диссертации доложены и обсуждены на VII Ежегодном Конгрессе специалистов перинатальной медицины «Современная перинатология: организация, технологии и качество» (Москва, 24-25 сентября 2012 г.), на XI Всемирном конгрессе по перинатальной медицине «Глобальные изменения в заботе о здоровье матери и ребенка: применение на практике достижений доказательной медицины для улучшения качества оказываемой помощи» (Москва, 19-22 июня 2013 г.), на VIII Ежегодном Конгрессе специалистов перинатальной медицины «Современная перинатология: организация, технологии, качество» (Москва, 23-24 сентября 2013 г.). Апробация работы проведена на совместной научно-практической конференции кафедры неонатологии ФУВ, кафедры микробиологии и вирусологии ФУВ ГБОУ ВПО РНИМУ Минздрава России (15 ноября 2012 г.).

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 116 страницах машинописного текста, и включает: введение, обзор литературы, описание материалов и методов исследования, 4-х глав с изложением результатов собственных наблюдений и их обсуждением, заключения, выводов, практических рекомендаций и списка литературы. Библиография включает 22 источника отечественной, и 166 зарубежной литературы. Работа иллюстрирована 20 таблицами и 9 рисунками.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Особенности формирования микрофлоры у детей раннего возраста. Современный взгляд.

Согласно современным научным данным человек - это сложнейший организм, симбиотическое сообщество многочисленных эукариотических клеток и различных микроорганизмов (бактерий, архей, вирусов, грибов, простейших), оптимальное соотношение, функционирование и взаимодействие которых определяет его здоровье.

До недавнего времени для изучения качественных и количественных параметров микрофлоры использовались исключительно культуральные методы.

Для комплексного изучения этого симбиотического сообщества в последнее десятилетие все чаще используются разнообразные молекулярные технологии, такие как секвенирование нуклеиновых кислот, масс-спектрометрия, хроматография, биоинформационный анализ. Эти технологии существенно изменили наше представление о науках, связанных с живой природой и позволили получать информацию о человеке, как о единой интегрированной системе.

Активное внедрение молекулярно-генетических технологий в практику микробиологических исследований позволило получить новую информацию о существовании некультивируемых групп микроорганизмов и более детально изучить состав интестинальной микрофлоры у людей разного возраста [9, 22, 61]. Среди новых научных направлений, позволяющих изучать сложные биологические системы наиболее разработанными и активно используемыми следует считать геномику, транскриптомику, метаболомику.

Основным отличием при использовании метагеномного подхода является учет некультивируемых микроорганизмов наряду с культивируемыми.

Микрофлора ЖКТ представляет собой гетерогенную микробную экосистему, в составе которой содержится до 1х1014 колониеобразующих единиц бактерий [32]. Пищеварительный тракт человеческой популяции колонизирован 1000 видов бактерий, при этом у отдельного индивидуума регистрируется лишь 160-200 таких видов бактерий [122]. На протяжении многих лет для исследования микрофлоры применялись классические бактериологические методы, благодаря которым получены фундаментальные данные о составе микрофлоры тела человека, выделены и идентифицированы сотни видов микроорганизмов.

Активное использование молекулярно-генетических технологий позволило установить, что основной состав микрофлоры фекалий здоровых взрослых представлен пятью типами микроорганизмов: Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria и Verrucomicrobia [161]. Использование молекулярно-генетических методов позволило выявить преобладающие роды в микрофлоре кишечника человека: Faecali bacterium, Riiminococcus, Enbacterhim, Dorea, Bacteroides, Alistipes и Bifidobacterium [161].

Важно отметить, что Bacteroidetes и Firmicutes являются доминирующими микроорганизмами в кишечном биоценозе человека.

Применение группо- и родоспецифических праймеров для количественной детекции бактериальной ДНК (ПЦР-РВ), показало, что преобладающими группами среди микроорганизмов в интестинальной микрофлоре у взрослых людей среди Firmicutes являются группа Clostridium coccoides, подгруппа Clostridium leptum, группа Bacteroides fragilis, Bifidobacterium и Atopobium [26, 99, 100].

Кроме того, в этой экологической нише детектированы и метаногенные архебактерии среди которых преобладает Methanobrevi bacter smithii, роль которых заключается в утилизации водорода и других конечных продуктов ферментации полисахаридов [91, 92].

Несмотря на столь выраженное видовое разнообразие микроорганизмов, колонизирующих кишечник человека, микробиота имеет признаки индивидуальности и имеет различия, как на видовом, так и на штаммовом уровне.

Согласно современным данным, формирование микрофлоры новорожденного ребенка происходит из 2-х источников: материнской микрофлоры и окружающей среды [107, 108, 177].

После рождения ребенка связь его с матерью прекращается и на процесс колонизации уже воздействуют факторы окружающей среды.

Толстый кишечник новорожденного изначально стерильный, заселяется в первые часы жизни преимущественно Escherichia coli и другими представителями семейства Enterobacteriaceae, а также рода Enterococcus [102, 185].

Представители факультативно-анаэробных микроорганизмов в процессе жизнедеятельности утилизируют кислород, при этом снижается окислительно-восстановительный потенциал и появляются условия для роста в толстом кишечнике облигатно анаэробных микроорганизмов: Bacteroides, Bifidobacteriaceae и Clostridiaceae. Состав микробиоты отчасти зависит от способа родоразрешения, проведенного естественным путем или при помощи кесарева сечения. При этом идентичность спектра вагинальных и контаминирующих у новорожденных микроорганизмов, отмечается лишь в первые сутки жизни. Уже к концу первой недели жизни уровень бактериальной контаминации в кишечнике новорожденного достигает 109 КОЕ/ в г фекалий.

Изменение качественного и количественного состава микрофлоры кишечника у детей раннего возраста связано со многими факторами, среди которых основными являются постепенные изменения в диете при переходе от естественного вскармливания к пищевым ингредиентам, предназначенным для детского питания и продуктам, составляющим основу пищевого рациона

взрослых, а также созревание системы общего и локального иммунитета [113].

Композиционные особенности индигенной микрофлоры у детей раннего возраста, во многом, связаны с составом и биологической активностью грудного молока. К таким факторам грудного молока относят такие биоактивные агенты как различные олигосахариды, нейропептиды.

Становление микрофлоры кишечника, вопреки нашим прежним представлениям, процесс длительный, занимает около 2 лет и обуславливает созревание адаптивного иммунитета и морфокинез слизистых пищеварительного тракта [7, 17, 75].

Кишечная микрофлора представлена целым спектором различных видов бактерий и выполняет ряд значимых для организма хозяина функций.

При проведении молекулярного мониторинга формирования микрофлоры кишечника у двух здоровых новорожденных близнецов с помощью ПЦР 16S рибосомальной ДНК было показано, что в фекалиях ребенка, находившегося на грудном вскармливании, в первые сутки после рождения в небольшом количестве определялись Veillonella dispar и энтерококки. Бифидобактерии, детектировались в фекалиях уже с 3-х суток жизни. К концу первого месяца жизни детекировались Clostridium neonatal, Ruminococcus, Veillonella atypical [112, 159].

Иммунологически эффекты индигенной молочнокислой микрофлоры у детей раннего возраста ассоциированы с составом и биологической активностью грудного молока. К таким факторам грудного молока относят такие биоактивные агенты как различные гормоны (следует отметить гормон пролактин, оказывающий воздействие на кишечный эпителий, slgA-антитела), олигосахариды, нейропептиды.

В последние годы принято считать, что грудное молоко может содержать, в невысокой концентрации, непатогенные микроорганизмы, представляющие роды Streptococcus, Micrococcus, Lactobacillus, Staphylococcus, Corynebacterium и Bifidobacterium и могут служить

альтернативным источником микроорганизмов, колонизирующих пищеварительный тракт новорожденного [159]. В проведенных исследованиях было показано, что кишечник новорожденного в первые дни жизни был контаминирован микроорганизмами, содержание которых в г фекалий было выше у младенцев, находившихся на грудном вскармливании, чем у получавших искусственные смеси [80, 134]. По всей видимости источником этих бактерий являлась кожа матери и микроорганизмы, содержащиеся в грудном молоке.

Общеизвестным является тот факт, что уникальный состав и свойства грудного молока содержащего лактозу в высокой концентрации, низкое содержание казеина и фосфата кальция, способствует селективному росту бифидобактерий.

Таким образом, наиболее значимая часть облигатной микрофлоры кишечника здорового ребенка сформирована за счет бифидобактерий. В толстой кишке у детей бифидобактерии являются основной группой сахаролитических бактерий и составляют до 95% от общей популяции микроорганизмов.

Бифидобактерии (род Вг/гДоЬаМегтт) - грамположительные полиморфные палочки, неспорообразующие, неподвижные, каталазонегативные, строгие анаэробы, отличаются высоким процентным содержанием пар гуанин-цитозин (ГЦ) в геномной ДНК, относятся к семейству В1^оЬас1е>часеае, порядку В1Ас1оЬас1е1ча1е8, подклассу АсИпоЬас(ег1с1ае, классу АсНпоЬаЫепа [78, 104, 169].

Бифидобактерии способны синтезировать витамины группы К, никотиновую, фолиевую кислоты, пиридоксин и цианокобаламин, которые всасываются в кишечнике, оказывают выраженное иммуностимулирующее действие на систему местного иммунитета кишечника.

Популляционные уровни бифидобактерий у детей в норме составляют от 1010 до 101'КОЕ/г, а у взрослых Ю9-Ю10 КОЕ/г [164, 174].

Вместе с тем, научные данные о возрастных изменениях видового и штаммового состава бифидобактерий у человека до настоящего времени остаются ограниченными. Применение молекулярно-генетических технологий позволило изменить наши представления о видовом составе и количестве видов бифидобактерий, колонизирующих кишечник человека [9, 170, 171].

Данные, основанные на молекулярно-генетических методах, позволили устоновить, что часто встречающимися видами в микрофлоре кишечника взрослых людей являются Bifidobacterium adolescentis и В. longum, а у детей первых месяцев жизни, находящихся на естественном вскармливании В. infantis и В. breve [172, 173].

Результаты данного исследования свидетельствуют о значительном разнообразии и возрастной изменчивости бифидофлоры кишечника здоровых детей.

Лактобациллы относятся к порядку Lactobacillale, семейству Lactobacillaceae, роду Lactobacillus.

Лактобациллы так же, как и бифидобактерии, относятся к облигатной микрофлоре кишечника человека. У здоровых детей, находящихся на

6 7

грудном вскармливании, лактобациллы обнаруживаются в количестве 10-10

КОЕ/г. У детей, находящихся на искусственном вскармливании, уровень этих

g

микроорганизмов выше - 10 КОЕ/г. Однако частота их обнаружения в фекалиях в неонатальном периоде значительно ниже. В ряде исследований установлено, что только в 66,6% случаев кишечник детей был колонизирован лактобациллами в первом полугодии жизни [13].

Некоторые авторы указывают, что лактобациллы выявляются лишь у 4547% детей в возрасте от 1 до 6 месяцев жизни. В последующем частота их выявления возрастает, хотя и подвержена существенным колебаниям [72, 127].

Качественный и количественный состав лактобацилл, возможно, в большей степени зависит от контроля со стороны иммунной системы

организма человека по сравнению с менее иммуногенными бифидобактериями [147].

Следующей группой облигатно анаэробных неспорообразующих бактерий являются представители порядка Bacteroidales, включающего в себя анаэробные неспорообразующие грамотрицательные палочки. Эта группа бактерий за последние два десятилетия претерпела значительные таксономические изменения. В настоящее время известно, что существует несколько родов, принадлежащих к порядку Bacteroidales и ранее относившихся к роду Bacteroides.

В настоящее время порядок Bacteroidales включает 4 семейства: Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Porphyromonaceae и Rikenellaceae.

Представители порядка Bacteroidale, такие как Porphyromonas gingivalis, Prevotella, Tannerella forsythensis могут детектироваться в ротовой полости человека, у ребенка после прорезывание зубов, являются важнейшими патогенами, вызывающих периодонтальные инфекции [57].

Доминирующим в кишечнике человека являются бактероиды, относящиеся к группе Bacteroides fragilis. Это прежде всего В. vidgatus, В. thetaiotaomicron и В. distasonis, Parabacteoides distasonis. Сами представители вида В. fragilis, нередко выделяются из кишечника здорового человека, но их количество в норме не превышает 2-3% по отношению к другим видам бактероидов. В. fragilis обладают рядом факторов патогенности [42, 160].

Эти микроорганизмы способны поддерживать сложные симбиотические взаимоотношения с организмом хозяина, когда находятся в толстом кишечнике. Их роль до конца не ясна, однако, согласно современным данным, представители порядка Bacteroidales вместе с представителями ветви Firmicutes составляют преобладающую часть микрофлоры толстого кишечника здорового взрослого человека, участвуют в реализации различных метаболических путей и оказывают влияние на локальный иммунитет кишечника.

Особая роль при этом отводится капсульным полисахаридам (PSA и PSB), принадлежащих к классу бактериальных полисахаридов, известных как цвиттер-ионные полисахариды (ZPSS). ZPSS характеризуются наличием как положительных, так и отрицательных зарядов внутри каждого блока.

До недавнего времени традиционно считалось, что только пептидные молекулы могут индуцировать Т-клеточный адаптивный иммунный ответ, а углеводные компоненты традиционно относились к классическим Т-независимым антигенам, способным индуцировать ИГМ продукцию, но не способным индуцировать Т-клеточный ответ. Однако в настоящее время известно, что ZPSS обладают способностью индуцировать иммунный ответ, производимый CD4+.

Значительный интерес представляют работы последних лет, позволяющие изучить молекулярные механизмы взаимодействия PSA В. fragilis с TLR-2 рецепторов [57].

Взаимодействие PSA с TLR-2 рецепторами приводит к активации фактора транскрипции NF-кВ, являющегося компонентом эволюционно древнего сигнал-трансдукторного пути начинающегося с первичного распознавания консервативных микробных структур (РАМР) рецепторами группы PRR.

NF-кВ являясь ДНК-связывающим белком и эффектором транскрипции активируется множеством провоспалительных стимулов и участвует в синтезе провоспалительных цитокинов, белков адгезии, необходимых для реализации иммуновоспалительной функции.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Голубцова, Юлия Марковна, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Адарченко A.A., Гудкова Е.И., Скороход Г.А., Слабко И.Н., Абаев Ю.К., Волков В.И. Микробная колонизация новорожденных в хирургическом стационаре. Н.И. Телятицкий Белорусский государственный медицинский университет, 13.09.2009 - доступно на МедОценка.ги

2. Анкирская A.C. Микробиологический мониторинг в системе профилактики внутрибольничных инфекций в отделениях реанимации и интенсивной терапии новорожденных. / A.C. Анкирская, Т.Г. Миронова // Тезисы докладов научно-практической конференции с международным участием «Роль клинической микробиологии в профилактике внутрибольничных инфекций» - М., 26-27 октября, 2004. - с. - 8 - 10

3. Всемирная гастроэнтерологическая ассоциация. Практические рекомендации. Пробиотики и пребиотики. - 2008., Опубликовано в журнале «Здоровье ребенка», 3 (24) 2010

4. Ефимов Б.А. Микроэкология кишечника человека, коррекция микрофлоры при дисбиотических состояниях: автореферат дис. ... д-ра. мед. наук: 03.00.07 / Б.А. Ефимов - М.: 2005

5. Кафарская Л.И., Постникова Е.А., Донских Е.Е., Ефимов Б.А. Особенности становления микрофлоры у детей раннего возраста. Детские инфекции, 2006; том 5,№1: 6-11

6. Кольцова Н.С., Воронкова О.Ф., Шушурина С.Е. и др. Особенности колонизации кишечника новорожденных в условиях перинатального центра // Вопросы практической педиатрии: Матер. II Ежегод. конгр. специалистов перинат. мед. «Новые технологии в перинатологии». 2007. № 5. С. 21

7. Коршунов В.М., Смеянов В.В., Ефимов Б.А. Рациональные подходы к проблеме коррекции микрофлоры кишечника. Вестник Российской академии медицинских наук, 1996. - № 2. - с. 60-65

8. Кулагина Е.В. Изучение видового состава бактерий порядка Bacteroidales в кишечнике у здоровых людей различного возраста и

характеристика плазмиды, выделенной из штамма В. iiniformis\ автореферат дис. ... канд. мед. наук: 03.02.03 /Е.В. Кулагина-М.: 2012

9. Кулагина Е.В., Шкопоров А.Н., Кафарская Л.И., Хохлова Е.В., Володин H.H., Донских Е.Е., Коршунов О.В., Ефимов Б.А. Изучение видового и штаммового разнообразия в популяциях бифидобактерий кишечной микрофлоры матерей и детей грудного возраста с помощью молекулярно-генетических методов. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2010, том 150. - № 7

10. Нетребенко O.K. Пробиотики и пребиотики в питании детей грудного возраста // Педиатрия. - 2007. - Т. 86, № 1. - С. 80-87

11. Под ред. Володина H.H. Неонатология: Национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа. 2007 - 848 с

12. Под ред. Покровского В.И. Медицинская микробиология: учебник. М.: ГЭОТАР-Медиа. 2006.- 765 с

13. Постникова Е.А., Ефимов Б.А., Володин H.H., Кафарская Л.И. Поиск перспективных штаммов бифидобактерий и лактобацилл для разработки новых биопрепаратов. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии, 2004, № 2, с.64-69

14. Сергиенко В.И. Математическая статистика в клинических исследованиях / В. И. Сергиенко, И.Б. Бондарева. - 2-е изд. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2006.-215 с

15. Сидоренко C.B., Эйделыитейн М.В. Механизмы резистентности микроорганизмов. Практическое руководство по антиинфекционой химиотерапии. Под ред. Страчунского Л.С., Белоусова Ю.Б., Козлова С.Н. М.: РЦ "Фармединфо", 2007: 19-31

16. Суханова Л.П., Скляр М.С. Детская и перинатальная смертность в России: тенденции, структура, факторы риска. №4. 27.01.2008 г. доступно на vestnik.mednet.ru

17. Хавкин А. И. Микрофлора пищеварительного тракта. - М.: Фонд социальной педиатрии, 2006. - 415 с

18. Хромова С.С., Савина М.И., Ефимов Б.А., Алейникова Н.В. Иммунный статус и микробная колонизация кишечника у здоровых детей первого года жизни. // Материалы международной Российско-Американской научно-практической конференции «Актуальные проблемы охраны материнства и детства», посвященной 75-летию Тульского Государственного Университета, Тула, 2004. - с. 199-200

19. Шабалов Н.П. Неонатология: учебное пособие. М.: МЕДпресс-информ, 2006.- 656 с

20. Шаповалова Е.Н., Пирогов А.В. Ответственный редактор Чл.-корр. РАН, профессор О.А. Шпигун. Хроматографические методы анализа. Методическое пособие для специального курса. Московский Государственный Университет имени М.В. Ломоносова. Химический факультет. Кафедра аналитической химии. Москва, 2007

21. Шилова В.П., Розанова С.М., Кырф М.В. и др. Формирование микрофлоры новорожденных в условиях родильных домов и отделений патологии новорожденных // Клинич. лаборат. диагностика. 2007. № 10. С. 37 -40

22. Шкопоров А.Н., Кафарская Л.И., Афанасьев С.С., Смеянов В.В., Кириллов М.Ю., Постникова Е.А., Максимов Ф.Е., Хохлова Е.В., Ефимов Б.А. Молекулярно-генетический анализ видового и штаммового разнообразия бифидобактерий у детей раннего возраста. Вестник Российской АМН, М.: Медицина, 2006; №1: 45-50

23. Acinas S.G., Marcelino L.A., Klepac-Ceraj V., Polz M.F. (2004) Divergence and redundancy of 16S rRNA sequences in genomes with múltiple rrn operons. J Bacteriol 186: 2629-2635

24. Ahmed Shakil, Macfarlane George Т., Fite Alemu, McBain Andrew J., Gilbert Peter and Macfarlane Sandra. Mucosa-Associated Bacterial Diversity in Relation to Human Terminal Ileum and Colonic Biopsy Samples. Appl. Environ. Microbiol. Nov. 2007, 73(22): p. 7435-7442

25. Arunachalam K.D., 1999. Role of bifidobacteria in nutrition, medicine and technology. Nutrition Research 19, 1559-1597

26. Baker G.C., Smith JJ., Cowan D.A. (2003) Review and re-analysis of domain-specific 16S primers. J Microbiol Methods 55: 541-555

27. Barrett E., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Stanton C., 2007. Rapid screening method for analyzing the conjugated linoleic acid production capabilities of bacterial cultures. Applied and Environmental Microbiology 73, 2333-2337

28. Belenguer A., Duncan S.H., Calder A.G., Holtrop G., Louis P., et al. (2006) Two routes of metabolic cross-feeding between Bifidobacterium adolescentis and butyrate-producing anaerobes from the human gut. Appl Environ Micro-biol 72: 3593-3599

29. Belury M.A., Mahon A., Banni S., 2003. The conjugated linoleic acid (CLA) isomer, tl0cl2-CLA, is inversely associated with changes in body weight and serum leptin in subjects with type 2 diabetes mellitus. Journal of Nutrition 133, 257S-260S

30. Belury M.A., Vanden Heuvel J.P., 1997. Protection against cancer and heart disease by CLA: potential mechanisms of action. Nutrition Diseases Update 1, 58-63

31. Bennet R., Eriksson M., Nord C.E. The fecal microflora of 1-3-month-old infants during treatment with eight oral antibiotics. Infection. 2002;30:158-160

32. Berg R.D. The indigenous gastrointestinal microflora. Trends Microbiol. 1996 Nov; 4(11):430-5

33. Berthelot P., F. Grattard, H. Patural, A. Ros, H. Jelassi-Saoudin, B. Pozzetto, G. Teyssier, and F. Lucht. 2001. Nosocomial colonization of premature babies with Klebsiella oxytoca: probable role of enteral feeding procedure in transmission and control of the outbreak with the use of gloves // Infect. Control Hosp. Epidemiol. 22:148-151

34. Biavati B., Castagnoli P., Crociani F., Trovatelli L.D., 1984. Species of the Bifidobacterium in the faeces of infants. Microbiologica 7, 341-345

35. Biavati B., Mattarelli P., 2001. The family Bifidobactericeae. The Prokaryotes, pp. 1-70

36. Bik E.M., Eckburg P.B., Gill S.R., Nelson K.E., Purdom E.A., et al. (2006) Molecular analysis of the bacterial microbiota in the human stomach. Proc Natl Acad Sci U S A 103: 732-737

37. Blaut M., Clavel T., 2003. Metabolic diversity of the intestinal microbiota: implications for health and disease, World Dairy Summit of the International-Dairy-Federation. American Society of Nutritional Science, Brugge, Belgium, pp. 751S-755S

38. Boland T., R. A. Latour and F. J. Sutzenberger. Molecular basis of bacterial adhesion, 2000. p. 29-41

39. D. Bossher, A. Breynaert, L. Pieters, N. Hermans. Food-based strategies to modulate the composition of the intestinal microbiota and their associated health effects. Journal of physiology and pharmacology 2009, 60, Suppl 6, 5-11. p. 5-12

40. Butel M. J. et al. Conditions of bifidobacteriaI colonization in preterm infants: a prospective analysis// J. Ped. Gastroenterol. Nutr. - 2007. - V. 44. - № 5. - P. 577 - 582

41. Caplan M.S. Probiotic and prebiotic supplementation for the prevention of neonatal necrotizing enterocolitis.// Journal of Perinatology May 2009, 29, S2-S6

42. Cerdeno-Tarraga A.M., Patrick S., Crossman L.C., Blakely G., Abratt V., Lennard N., Poxton I., Duerden B., Harris B., Quail M.A., Barron A., Clark L., Corton C., Doggett J., Holden M.T., Larke N., Line A., Lord A., Norbertczak I-L, Ormond D., Price C., Rabbinowitsch E., Woodward J., Barrell B., Parkhill J. Extensive DNA inversions in the B. fragilis genome control variable gene expression. Science. 2005 Mar 4; 307(5714):1463-5

43. Coakley M., Johnson M.C., McGrath E., Rahman S., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Devery R., Stanton C., 2006. Intestinal bifidobacteria that produce trans-9, trans-11 conjugated linoleic acid: a fatty acid with antiproliferative activity against human colon SW480 and HT-29 cancer cells. Nutrition and Cancer International Journal 56, 95-102

44. Coakley M., Ross R.P., Nordgren M., Fitzgerald G., Devery R., Stanton C. Conjugated linoleic acid biosynthesis by human-derived Bifidobacterium species. J Appl Microbiol. 2003; 94(l):138-45

45. Cook S.I., Sellin J.H. Review article: short chain fatty acids in health and disease. Aliment Pharmacol Ther. 1998 Jun; 12(6):499-507

46. Cornaglia G., Garau J., Livermore D.M. Living with ESBLs. // Clin Microbiol Infect 2008; 14(Suppl. 1): 1-2

47. Courtney J. Robinson, Brendan J.M. Bohannan and Vincent B. Young. From Structure to Function: the Ecology of Host-Associated Microbial Communities. Microbiology and molecular biology rewiews, Sept. 2010, p. 453476

48. Dave R.I., Shah N.P. Ingredient supplementation effects on viability of probiotic bacteria in yogurt. J Dairy Sci. 1998 Nov; 81(11):2804-16

49. Davide A. Cecchini, Elisabeth Laville, Sandrine Laguerre, Patrick Robe, Marion Leclerc, Joel Dore , Bernard Henrissat, Magali Remaud-Simeon, Pierre Monsan, Gabrielle Potocki-Veronese. Functional Metagenomics Reveals Novel Pathways of Prebiotic Breakdown by Human Gut Bacteria. PLOS ONE www.plosone.org 1 September 2013| Volume8| Issue 9| e72766. p. 1-9

50. Delcenserie V., Gavini F., Beerens H., Tresse O., Franssen C., Daube G. Description of a new species, Bifidobacterium crudilactis sp. nov., isolated from raw milk and raw milk cheeses. Syst Appl Microbiol. 2007 Jul; 30(5):381-9

51. Denise Kelly, Timothy King, Rustam Aminov. Importance of microbial colonization of the gut in early life to the development of immunity. Mutation Research 622 (2007) 58-69

52. Destaillats F., Trottier J.P., Galvez J.M., Angers P. Analysis of alpha-linolenic acid biohydrogenation intermediates in milk fat with emphasis on conjugated linolenic acids. J Dairy Sci, 2005 88(9):3231-3239 23

53. Donlan Rodney M., J. William Costerton Biofilms: Survival Mechanisms of Clinically Relevant Microorganisms // Clinical Microbiology Reviews, Apr. 2002, p. 167-193 Vol. 15, No. 2

54. Eckburg P.B., Bik E.M., Bernstein C.N., Purdom E., Sargent M., Gill S.R., Nelson K.E., Relman D.A. Divercity of the human intestinal microbial flora. Science.-2005. 308, 1635-1638

55. Enck P., Zimmermann K., Rusch K., Schwiertz A., Klosterhalfen S., Frick J.S.. The effects of maturation on the colonic microflora in infancy and childhood. Gastroenterol Res Pract. 2009; 2 009:752401. Epub 2009. Sep 16

56. Erika Lindberg, Forough Nowrouzian, Ingegerd Adlerberth and Agnes E Wold. Long-Time Persistence of Superantigen-Producing Staphylococcus aureus Strains in the Intestinal Microflora of Healthy Infants. Pediatric Research (2000) 48, 741-747

57. Erin B. Troy and Dennis L. Kasper. Beneficial effects of Bacteroides fragilis polysaccharides on the immune system. Published in final edited form as: Front Biosci.; 15: 25-34

58. Fanaro S., Chierici R., Guerrini P., Vigi V. (2003) Intestinal microflora in early infancy: composition and development. Acta Paediatr Suppl 91: 48-55

59. Favier C.F., Vaughan E.E., De Vos W.M., Akkermans A.D. (2002) Molecular monitoring of succession of bacterial communities in human neonates. Appl Environ Microbiol 68: 219-226

60. Felis G.E., Dellaglio F. Taxonomy of Lactobacilli and Bifidobacteria. Curr Issues Intest Microbiol. 2007 Sep; 8(2):44-61

61. Ferrer Manuel, Beloqui Ana, Timmis Kenneth N., Golyshin Peter N. Metagenomics for Mining New Genetic Resources of Microbial Communities. J Mol Microbiol Biotechnol 2009; 16:109-123

62. Fitzpatrick et al. L.R. Effects of the probiotic formulation VSL3 on colitis in weanling rats. // J. Ped. Gastroenterol. Nutr. - 2007. - V. 44. - № 5. - P. 561-570

63. Flint H.J., Bayer Edward A., Rincon Marco T., Lamed, Raphael et al. Polysaccharide utilization by gut bacteria: potential for new insights from genomic analysis. Nature Reviews Microbiology 2008; 6, 121-131

64. Flint A., Raben A., Ersboll A.K., Hoist J.J., Astrup A., 2001. The effect of physiological levels of glucagon-like peptide-1 on appetite, gastric emptying,

energy and substrate metabolism in obesity. International journal of obesity and related metabolic disorders. Journal of the International Association for the Study of Obesity 25, 781-792

65. Francesca Bottacini, Duccio Medini, Angelo Pavesi, Francesca Turroni, Elena Foroni , David Riley, Vanessa Giubellini, Herve' Tettelin, Douwe van Sind eren and Marco Ventura. Comparative genomics of the genus Bifidobacterium. Printed in Great Britain. Microbiology (2010), 156, 3243-3254

66. Francesca Turroni, Julian R Marchesi, Elena Foroni, Miguel Gueimonde, Fergus Shanahan, Abelardo Margolles, Douwe van Sinderen and Marco Ventura. Microbiomic analysis of the bifidobacterial population in the human distal gut. The ISME Journal (2009) 3, 745-751

67. Freda M. Mcintosh, Kevin J. Shin gfield, Estelle D evillard, Wendy R. Russell and R. John Wallace. Mechanism of conjugated linoleic acid and vaccenic acid formation in human faecal suspensions and pure cultures of intestinal bacteria. Microbiology (2009), 155, 285-294

68. Fujimura S., Kato S., Hashimoto M., Takeda H., Maki F., Watanabe A. Survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from neonates and the environment in the NICU. // Acta Paediatr. 2004 Jun; 93(6):786-90 J Infect Chemother. 2004 Apr; 10(2): 131-2

69. Furrie E., Macfarlane S., Kennedy A., Cummings J.H., Walsh S.V., O' Neil D.A., Macfarlane G.T., 2005. Synbiotic therapy {Bifidobacterium longum/Synergy 1) initiates resolution of inflammation in patients with active ulcerative colitis: a randomised controlled pilot trial. Gut 54, 242-249

70. Garrity G.M., Lilburn T.G., Cole J.R., et al. The bacteria: phylum Actinobacteria: class "Actinobacteria". Taxonomy Outline of the Bacteria and Archaea, Release 7.7. Michigan State University Board of Trustees, East Lansing, MI, 2007; pp. 399-541

71. Harmsen H.J.M., Wildeboer-Veloo A.C.M., Raangs G.C., Wagendorp A.A., Klijn N., Bindels J.G., Welling G.W., 2000b. Analysis of intestinal flora development in breast-fed and formula-fed infants by using molecular

identification and detection methods. Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition 30, 61-67

72. Heilig H.G.H.J., Zoetendal E.G., Vaughan E.E., Marteau P., Akker-mans A.D.L., de Vos W.M.. Molecular diversity of Lactobacillus spp and other lactic acid bacteria in the human intestine as deter-mined by specific amplification of 16S ribosomal DNA. Appl Environ Microbiol. 2002; 68: 114-123

73. Hennessy A.A., Ross R.P., Devery R., Stanton C. Optimization of a reconstituted skim milk based medium for enhanced CLA production by bifidobacteria. J Appl Microbiol. 2009 Apr; 106(4): 1315-27

74. Hopkins M.J., Macfarlane G.T., Furrie E., Fite A., Macfarlane S. (2005) Characterisation of intestinal bacteria in infant stools using real-time PCR and northern hybridisation analyses. FEMS Microbiol Ecol 54: 77-85

75. Hopkins M.J., Sharp R., Macfarlane G.T., 2002. Variation in human intestinal microbiota with age. Digestive and Liver Disease 34, S12-S18

76. Houseknecht K.L., Heuvel J.P., Vanden M.-C., Silvia Y., Portocarrero C.P., Peck L.W., Nickel K.P., Belury M.A., 1998. Dietary conjugated linoleic acid normalizes impaired glucose tolerance in the Zucker diabetic Fatty fa/fa rat. Biochemical and Biophysical Research Communications 244, 678-682

77. Ip C., Scimeca J.A., Thompson H.J. Conjugated linoleic acid. A powerful anticarcinogen from animal fat sources. Cancer. 1994 Aug 1; 74(3 Suppl): 1050-4

78. Jian W., Dong X., 2002. Transfer of Bifidobacterium inopinatum and Bifidobacterium denticolens to Scardovia inopinata gen. nov., comb, nov., and Parascardovia denticolens gen. nov., comb, nov., respectively. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52, 809-812

79. J. Jiang, L. Bjorck and R. Fonden. Production of conjugated linoleic acid by dairy starter cultures. Journal of Applied Microbiology 1998, 85, 95-102

80. Jiang T., Mustapha, A., Savaiano, D.A., 1996. Improvement of lactose digestion in humans by ingestion of unfermented milk containing Bifidobacterium longum. Journal of Dairy Science 79, 750-757

81. Jiang T., Savaiano D.A. Modification of colonic fermentation by bifidobacteria and pH in vitro. Impact on lactose metabolism, short-chain fatty acid, and lactate production. Dig Dis Sci. 1997 Nov; 42(11):2370-7

82. Kailasapathy K. Survival and therapeutic potential of probiotic organisms with reference to Lactobacillus acidophilus and Bifidobacterium spp. // J. Chin Immunol. Cell Biol. — 2000. — V. 78. — S. 1. — P. 80—88

83. Kalliomaki MA, Walker WA. Physiologic and pathologic interactions of bacteria with gastrointestinal epithelium. // Gastroenterol Clin North Am 2005; 34:383-99

84. Kien C.L., Kepner J., Grotjohn J., Ault K., McClead R.E., 1992. Stable isotope model for estimating colonic acetate production in premature infants. Gastroenterology 102, 1458-1466

85. Kim M.S., Roh S.W., Bae J.W., Bifidobacterium stercoris sp. nov., isolated from human faeces. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2010 60, 2823-2827

86. Kitajima H., Sumida Y., Tanaka R., Yuki N., Takayama PI., Fujimura M., 1997. Early administration of Bifidobacterium breve to preterm infants: randomised controlled trial. Archives of Disease in Childhood. Fetal and Neonatal Edition 76, F101-F107

87. Koeniga Jeremy E., Spora Aymé, Scalfonea Nicholas, Frickera Ashwana D., Stombaughb Jesse, Knight Rob, Angenentd Largus T. and Leya Ruth E. Succession of microbial consortia in the developing infant gut microbiome. 45784585 / PNAS / March 15, 2011 / vol. 108 / suppl. 1

88. Lammers K.M., Brigidi P., Vitali B. et.al. Immunomodulatory effects of probiotic bacteria DNA: IL-1 and IL-10 response in human peripheral blood mononuclear cells. FEMS immunol. // Med. Microbiol. 2003; 38(2), p.165-172

89. Laure C. Roger, Adele Costab ile, Diane T. Holland, Lesley Hoyles and Anne L. McCartney. Examination of faecal Bifidobacterium populations in breast-and formula-fed infants during the first 18 months of life. Microbiology (2010), 156, 3329-3341

90. Lee J.H., Karamychev V.N., Kozyavkin S.A., Mills D., Pavlov A.R., Pavlova N.V., Polouchine N.N., Richardson P.M., Shakhova V.V., Slesarev A.I., Weimer B., O'Sullivan D.J., 2008. Comparative genomic analysis of the gut bacterium Bifidobacterium longum reveals loci susceptible to deletion during pure culture growth. BMC Genomics 9

91. Ley R.E., Backhed F., Turnbaugh P., Lozupone C.A., Knight R.D., Gordon J.I. Obesity alters gut microbial ecology. Proc Natl Acad Sci USA. 2005 Aug 2; 102(31): 11070-5

92. Ley R.E., Turnbaugh P.J., Klein S., Gordon J.I.. Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature. 2006 Dec 21; 444 (7122): 1022-3

93. Liu C., Song Y., McTeague M., Vu A.W., Wexler H., Finegold S.M. Rapid identification of the species of the Bacteroides fragilis group by multiplex PCR assays using group-and species-specific primers. FEMS Microbiol Lett. 2003; 222: 9-16

94. MacDonald T.T., Gordon J.N. (2005) Bacterial regulation of intestinal immune responses. Gastroenterol Clin North Am 34: 401-^412

95. Manson Janet M., Rauch Marcus and Gilmore Michael S. The Commensal Microbiology of the Gastrointestinal Tract. CHAPTER 2. GI Microbiota and Regulation o/the Immune System, edited by Gary B. Hufihagle and Mairi C. NoveiT. ©2008 Landes Bioscience and Springer Science+ Business Media

96. Marteau P., Pochart P., Dore J., Bera-Maillet C., Bernalier A., Corthier G., 2001. Comparative study of bacterial groups within the human cecal and fecal microbiota. Applied and Environmental Microbiology 67, 4939-4942

97. Martin C.R., Walker W.A. Probiotics: role in pathophysiology and prevention in necrotizing enterocolitis. // Semin Perinatol. 2008 Apr; 32(2): 127-37

98. Marques T.M., Wall R., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Ryan C.A., Stanton, CProgramming infant gut microbiota: influence of dietary and environmental factors. Current Opinion in Biotechnology., 2010 21, 149-156

99. Matsuki T., Watanabe K., Fujimoto J., Miyamoto Y., Takada T., Matsumoto K., Oyaizu PI., Tanaka R. Development of 16S rRNA-gene-targeted group-specific primers for the detection and identification of predominant bacteria in human feces. - Appl. Environ. Microbiol. - 2002. 68(11), 5445-5451

100. Matsuki T., Watanabe K., Fujimoto J., Takada T., Tanaka R. Use of 16S rRNA gene-targeted group-specific primers for real-time PCR analysis of predominant bacteria in human feces. - Appl. Environ. Microbiol. - 2004. 70(12), 7220-7228

101. Mattarelli P., Bonaparte C., Pot B., Biavati B., 2008. Proposal to reclassify the three biotypes of Bifidobacterium longum as three subspecies: Bifidobacterium longum subsp. longum subsp. nov., Bifidobacterium longum subsp. infantis comb, nov., and Bifidobacterium longum subsp. suis comb. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2008; 58, 767772

102. Michele Straka, Wifred Dela Cruz, Camille Blackmon, Oswald Johnson, Sara Stassen, David Streitman, Stephen Golden, David Stamilio Rapid detection of group B streptococcus and Escherichia coli in amniotic fluid using real-time fluorescent PCR. //Infect Dis Obstet Gynecol. 2004 Sep-Dec; 12(3-4):109-14

103. Milcami K., Takashashi H., Kimura M., Isozaki M., Izuchi K., Shibata R., Sudo N., Matsumoto H., Koga Y., 2009. Influence of maternal bifidobacteria on the establishment of bifidobacteria colonising the gut in infants. Pediatric Research 65, 669-674

104. Moles Laura, Gomezl Marta, Heilig Hans, Bustos Gerardo, Fuentes Susana, de Vos Willem, Fernandez Leonides, Rodriguez Juan M, Jimenez Esther. Bacte rial Diversity in Mecon ium of Preterm Neonates and Evolution of Their Fecal Microbiota during the First Month of Life. PLOS ONE / www.plosone.org 1 June 2013/ Volume 8/Issue 6/ e66986

105. Moro G., Minoli I., Mosca M., Fanaro S., Jelinek J., Stahl B., Boehm G., 2002. Dosagerelated bifidogenic effects of galacto- and fructooligosaccharides in

formula-fed term infants. Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition 34, 291-295

106. Nanthakumar N., Fusunyan R.D., Sanderson I.R., Walker W.A. Inflammation in the developing human intestine: a possible pathophysiologic basis for necrotizing enterocolitis. // Proc Natl Acad Sci U S A 2000; 97: 6043-8

107. Nava Gerardo M. and Stappenbeck Thaddeus S. Diversity of the autochthonous colonic microbiota. Gut Microbes 2:2, 99-104; March/April 2011; © 2011 Landes Bioscience

108. Neish Andrew S. Microbes in Gastrointestinal Health and Disease. NIH Public Access Author Manuscript Gastroenterology. Author manuscript; available in PMC 2010 June 28. p. 4-26

109. Nieuwenhove C.P. Van, Oliszewski R., Gonzalez S.N. and Perez Chaia A.B. Conjugated linoleic acid conversion by dairy bacteria cultured in MRS broth and buffalo milk. Journal compilation 2007. The Society for Applied Microbiology, Letters in Applied Microbiology 44 (2007) 467-474

110. Noora Ottman, Hauke Smidt, Willem M. de Vos and Clara Belzer. The function of our microbiota: who is out there and what do they do? Frontiers in Cellurar and Infection Microbiology/ August 2012/volum 2/article 104/ p. 1-11

111. Oh D.K., Hong G.H., Lee Y., et al., Production of conjugated linoleic acid by isolated Bifidobacterium strains. World Journal of Microbiology & Biotechnology 2003; 19: 907-912

112. Ott S.J., Musfeldt M., Ullmann U., Hampe J., Schreiber S. Quantification of intestinal bacterial populations by real-time PCR with a universal primer set and minor groove binder probes: a global approach to the enteric flora. J Clin Microbiol. 2004; 42: 2566-2572

113. Ouwehand A., Isolauri E., Salminen S., 2002. The role of the intestinal microflora for the development of the immune system in early childhood. European Journal of Nutrition 41

114. Palmer C., Bik E.M., DiGiulio D.B., Relman D.A., Brown P. O. Development of the Human Infant Intestinal Microbiota. PLoS Biology, July 2007, volum 5, issue 7, e 177, p. 1556-1573

115. Panigrahi P., Gupta S., Gewolb I.H., Morris J.G. Occurrence of necrotizing enterocolitis may be dependent on patterns of bacterial adherence and intestinal colonization: Studies in Caco-2 tissue culture and weanling rabbit models. //Pediatr Res 1994; 36: 115-21

116. Park H.K., Shim S.S., Kim S.Y., Park J.H., Park S.E., et al. (2005) Molecular analysis of colonized bacteria in a human newborn infant gut. J Microbiol 43: 345-353

117. Penders J., Thijs C., Vink C., Stelma F.F., Snijders B., Kummeling I., Brandt P. and Stobberingh E.E. Factors Influencing the Composition of the Intestinal Microbiota in Early Infancy. Pediatrics 2006; 118; 511

118. Penders J., Vink C., Driessen C., London N., Thijs C., Stobberingh E. Quantification of Bifidobacterium spp, Escherichia coli and Clostridium difficile in faecal samples of breast-fed and formula-fed infants by real-time PCR. FEMS Microbiol Lett. 2005; 243: 141-147

119. Pietz Jeff et al. Prevention of Necrotizing Enterocolitis in Preterm Infants: A 20-Year Experience, // Pediatrics. January 2007; 119: 164-170

120. Plummer S., Weaver M.A., Harris J.C., Dee P., Hunter J., 2004. Clostridium difficile pilot study: effects of probiotic supplementation on the incidence of C. difficile diarrhoea. International Microbiology 7, 59-62

121. Pol A.C., Wolfs T.F.W., Rossen J.W.A., et al. Diagnostic value of realtime polymerase chain reaction to detect viruses in young children admitted to the pediatric intensive care unit with lower respiratory tract infection. // Critical Care 2006; 10(2): 1-7

122. Qin J., Li R., Raes J., Arumugam M., Burgdorf K.S., Manichanh C., Nielsen T., Pons N., Levenez F., Yamada T., Mende D.R., Li J., Xu J., Li S., Li D., Cao J., Wang B., Liang H., Zheng H., Xie Y., Tap J., Lepage P., Bertalan M., Batto J.-M., Hansen T., Le Paslier D., Linneberg A., Nielsen H.B., Pelletier E.,

Renault P., Sicheritz-Ponten T., Turner K., Zhu H., Yu C., Jian M., Zhou Y., Zhang X., Qin N., Yang H., Wang J., Brunak S., Dore J., Guarner F., Kristiansen K., Pedersen O., Parkhill J., Weissenbach J., Bork P., Ehrlich,S.D., Wang J., 2010. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature 464, 59-65

123. Raad I. Intravascular-catheter-related infections.// Lancet. 1998.351:893898

124. Rachmilewitz D., Katakara K., Karmeli F., et al. Toll-like receptor 9 signaling mediates the anti-inflammatory effects of probiotics in murine experimental colitis. // Gastroenterology 2004; 126:520-8

125. Rakoff-Nahoum S., Paglino J., Eslami-Varzaneh F., Edberg S., Medzhitov R., 2004. Recognition of commensal microflora by Toll-like receptors is required for intestinal homeostasis. Cell 118, 229-241

126. Ramírez-Santana C., Castellote C., Castell M., Rivero M., Rodríguez-Palmero M., Franch A., et al., Long-term feeding of the cis-9,trans-11 isomer of conjugated linoleic acid reinforces the specific immune response in rats. J Nutr. 2009 Jan; 139(1):76-81

127. Ranjita Sengupta, Eric Altermann, Rachel C. Anderson, Warren C. McNabb, Paul J. Moughan, and Nicole C. Roy. The Role of Cell Surface Architecture of Lactobacilli in Host-Microbe Interactions in the Gastrointestinal Tract. Hindawi Publishing Corporation Mediators of Inflammation Volume 2013, Article ID 237921, 16 pages

128. Russell D.A., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Stanton C. Metabolic activities and probiotic potential of bi fi dobacteria. International Journal of Food Microbiology 149 (2011) 88 - 105

129. Reuter G., 2001. The Lactobacillus and Bifidobacterium microflora of the human intestine: composition and succession. Current Issues in Intestinal Microbiology 2, 43-53

130. Rinttila T., Kassinen A., Malinen E., Krogius L., Palva A. Devel-opment of an extensive set of 16S rDNA-targeted primers for quantification of pathogenic

and indigenous bacteria in faecal samples by real-time PCR. J Appl Microbiol. 2004; 97: 1166-1177

131. Roberts C.M., Fett W., Osman S., Wijey C., O' Connor J., Hoover D. Exopolysaccharide production by Bifidobacterium longum BB-79. Journal of Applied; Microbiology., 1995 78, 463-468

132. Roberfroid M.B. Introducing inulin-type fructans. Br J Nutr. 2005 Apr;93 Suppl 1:S 13-25

133. Roberfroid M.B. Prebiotic concept and health. NS British Journal of Nutrition, 2012. S1-S63

134. Rocío Martín, Esther Jime'nez, Hans Heilig, Leónides Fernandez, Maria L. Marín, Erwin G. Zoetendal and Juan M. Rodriguez. Isolation of Bifidobacteria from Breast Milk and Assessment of the Bifidobacterial Population by PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis and Quantitative Real-Time PCR. Appled and environmental microbiology, Feb. 2009, p. 965-969

135. Rosberg-Cody E., Ross R.P., Hussey S., Ryan C.A., Murphy B.P., Fitzgerald G.F., Devery R., Stanton C., 2004. Mining the microbiota of the neonatal gastrointestinal tract for conjugated linoleic acid-producing bifidobacteria. Applied and Environmental Microbiology 70, 4635—4641

136. Ruas-Madiedo P., Gueimonde M., Arigoni F., de los Reyes-Gavilan C.G., Margolles A. Bile affects the synthesis of exopolysaccharides by Bifidobacterium animalis. Applied and Environmental Microbiology 2009.75, 1204-1207

137. Ruas-Madiedo P., Moreno J.A., Salazar N., Delgado S., Mayo B., Margolles A., de los Reyes-Gavilan C.G., 2007. Screening of exopolysaccharide-producing Lactobacillus and Bifidobacterium strains isolated from the human intestinal microbiota. Applied and Environmental Microbiology 73, 4385-4388

138. Russell D.A., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Stanton C. Metabolic activities and probiotic potential of bifidobacteria. Int J Food Microbiol. 2011 Sepl; 149(1):88-105. Epub 2011 Jun 24

139. Ryan S.M., Fitzgeral G.F., van Sinderen D., 2005. Transcriptional regulation and characterization of a novel {beta}-fructofiiranosidase-encoding gene from Bifidobacterium breve UCC2003. Applied and Environmental Microbiology 71, 3475-3482

140. R. Walker, M. Buckley. Probiotic microbes: the scientific basis. A report from the American Academy of Microbiology, 2006. 05.07.2006

141. Sakata S., Kitahara M., Sakamoto M., Hayashi H., Fukuyama M., Benno, Y., 2002. Unification of Bifidobacterium infantis and Bifidobacterium suis as Bifidobacterium longum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52, 1945-1951

142. Salazar N., Gueimonde M., Hernandez-Barranco A.M., Ruas-Madiedo P., de los Reyes-Gavilan C.G., 2008. Exopolysaccharides produced by intestinal Bifidobacterium strains act as fermentable substrates for human intestinal bacteria. Applied and Environmental Microbiology 74, 4737-4745

143. Salazar N., Prieto A., Leal J.A., Mayo B., Bada-Gancedo J.C., de los Reyes-Gavilán C.G., et al., Production of exopolysaccharides by Lactobacillus and Bifidobacterium strains of human origin, and metabolic activity of the producing bacteria in milk. J Dairy Sci. 2009 Sep; 92(9):4158-68

144. Sanz Yolanda, Santacruz Arlette and Gauffin Paola. Session 8: Probiotics in the defence and metabolic balance of the organism. Gut microbiota in obesity and metabolic disorders. The 3rd International Immunonutrition Workshop was held at Platja D'Aro, Girona, Spain on 21-24 October 2009. Proceedings of the Nutrition Society (2010), 69, 434-^41

145. Scardovi V, Trovatelli LD. New species of bifidbacteria from Apis mellifica L. and Apis indica F. A contribution to the taxonomy and biochemistry of the genus Bifidobacterium. Zentralbl Bakteriol Parasitenkd Infektionskr Hyg.1969; 123(l):64-88

146. Sela D.A., Chapman J., Adeuya A., Kim J.H., Chen F., Whitehead T.R., Lapidus A., Rokhsar D.S., Lebrilla C.B., German J.B., Price N.P., Richardson P.M., Mills D.A., 2008. The genome sequence of Bifidobacterium longum subsp

infantis reveals adaptations for milk utilization within the infant microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 105, 18964-18969

147. Sengupta Ranjita, Altermann Eric, Anderson Rachel C., McNabb Warren C., Moughan Paul J. and Roy Nicole C. The Role of Cell Surface Architecture of Lactobacilli in Host-Microbe Interactions in the Gastrointestinal Tract. Hindawi Publishing Corporation Mediators of Inlammation Volume 2013, Article ID 237921, 16 pages.

148. Schell Mark A., Karmirantzou Maria, Snel Berend, Vilanova David, Berger Bernard, Pessi Gabriella, Zwahlen Marie-Camille, Desiere Frank, Bork Delley Peer, Michele, David R. Pridmore and Arigoni Fabrizio. The genome sequence of Bifidobacterium longum reflects its adaptation to the human gastrointestinal tract. 14422-14427/ PNAS/ October 29, 2002/ vol. 99/ no. 22

149. Shanahan F., 2009. Therapeutic implications of manipulating and mining the microbiota. The Journal of Physiology 587, 4175^1179

150. Schell M.A., Karmirantzou M., Snel B., Vilanova D., Berger B., Pessi G., et al., The genome sequence of Bifidobacterium longum reflects its adaptation to the human gastrointestinal tract. Proc Natl Acad Sci USA. 2002 Oct 29; 99(22): 14422-7

151. Schwaber M.J., Carmeli Y. Mortality and delay in effective therapy associated with extended-spectrum beta-lactamase production in Enterobacteriaceae bacteraemia: a systematic review and meta-analysis. // J Antimicrob Chemother 2007; 60: 913-20

152. Shiau A.L., Wu C.L. The inhibitory effect of Staphylococcus epidermidis slime on the phagocytosis of murine peritoneal macrophages is interferon-independent. //Microbiol. Immunol. 1998. 42:33-40. 31

153. Singh N., Liiger M.M., Campbell J., Short B., Campos J.M. Control of vancomycin-resistant Enterococci in the neonatal intensive care unit. // Infect Control IIosp Epidemiol. 2005 Jul; 26(7):646-9

154. Smith Birgitte, Bode Susan, Petersen Bodil L., Jensen Tim K., Pipper Christian, Kloppenborg Julie, Boye Mette, Krogfelt Karen A. and Molbak Lars. Community analysis of bacteria colonizing intestinal tissue of neonates with necrotizing enterocolitis. Smith et al. BMC Microbiology 2011, 11:73

155. Sjogren Y. M., Tomicic S., Lundberg A., Bottcher M.F., Bjorksten B., Sverremark-Ekstrom E. and Jenmalm M. C. Influence of early gut microbiota on the maturation of childhood mucosal and systemic immune responses. ORIGINAL ARTICLE Clinical Mecha nisms in Allergic Disease. Clinical & Experimental Allergy, 2009, 39, 1842-1851

156. Tap J., Mondot S., Levenez F., Pelletier E., Caron C., Furet J.P., Ugarte E., Munoz-Tamayo R., Paslier D.L.E., Nalin R., Dore J., Leclerc M., 2009. Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core. Environmental Microbiology 11, 2574-2584

157. Tannock, G.W., 1999. Identification of lactobacilli and bifidobacteria. Current Issues in Molecular Biology 1, 53-64

158. The Human Microbiome Project Consortium. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. 14 June E 2012/ Vol 486/ Nature/ 207. p. 207-214

159. Tonya L Ward, Sergey Hosid, Ilya Ioshikhes and Illimar Altosaar, Human milk metagenome: a functional capacity analysis. Ward et al. BMC Microbiology 2013, 13:116

160. Troy Erin B. and Kasper Dennis L. Beneficial effects of Bacteroides fragilis polysaccharides on the immune system. NIH Public Access Author Manuscript Front Biosci. Author manuscript; available in PMC 2011 January 01. p. 2-14

161. Tap J, Mondot S, Levenez F, Pelletier E, Caron C, Furet JP, et al., Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core. Environ Microbiol. 2009 Oct; ll(10):2574-84

162. Tumbaugh P.J., Ridaura V.K., Faith J.J., Rey F.E., Knight R., Gordon J.I., 2009. The effect of diet on the human gut microbiome: a metagenomic analysis in humanized gnotobiotic mice. Science Translational Medicine 1, 6ral4

163. Turroni Francesca, Ribbera Angela, Foroni Elena, Sinderen Douwe van, Ventur Marco. Human gut microbiota and bifidobacteria: from composition to functionality. Antonie van Leeuwenhoek (2008) 94:35-50

164. Tyakht Alexander V., Kostryukova Elena S., Popenko Anna S., Belenikin Maxim S., Pavlenko Alexander V., Larin Andrey K., Karpova Irina Y., Selezneva Oksana V., Semashko Tatyana A., Ospanova Elena A., Babenko Vladislav V., Maev Igor V., Cheremushkin Sergey V., Kucheryavyy Yuriy A., Shcherbakov Petr L., Grinevich Vladimir B., Efimov Oleg I., Sas Evgenii I., Abdulkhakov, Sayar R. Abdulkhakov Rustam A., Lyalyukova Elena A., Livzan Maria A., Vlassov Valentin V., Sagdeev Renad Z., Tsukanov Vladislav V., Osipenko Marina F., Kozlova Irina V., Tkachev Alexander V., Sergienko Valery I., Alexeev Dmitry G. & Govorun Vadim M.. Human gut microbiota community structures in urban and rural populations in Russia. Nature communications. Sep 2013. p. 1-9

165. Vaughan EE, Schut F, Heilig HG, Zoetendal EG, de Vos WM, Akkermans AD. Amolecular view of the intestinal ecosystem. Curr Issues Intest Microbiol. 2000 Mar; 1(1):1-12

166. Vaughan EE, Heilig HG, Ben-Amor K, de Vos WM. Diversity, vitality and activities of intestinal lactic acid bacteria and bifidobacteria assessed by molecular approaches. FEMS Microbiol Rev. 2005 Aug; 29(3):477-90

167. Velazquez OC, Lederer HM, Rombeau JL. Butyrate and the colonocyte. Implications for neoplasia. Dig Dis Sei. 1996 Apr; 41(4):727-39

168. Ventura Marco, Canchaya Carlos, Fitzgerald Gerald F., Gupta Radhey S, van Sinderen Douwe. Genomics as a means to understand bacterial phylogeny and ecological adaptation: the case of bifidobacteria. Antonie van Leeuwenhoek (2007) 91:351-372

169. Ventura M., van Sinderen D., Fitzgerald G.F., Zink R., 2004. Insights into the taxonomy, genetics and physiology of bifidobacteria. Antonie Van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology 86, 205-223

170. Ventura M., Lee J.-H., Canchaya C., Zink R., Leahy S., Moreno-Munoz J.A., O'Connell- Motherway M., Higgins D., Fitzgerald G.F., O'Sullivan D.J., van Sinderen D., 2005. Prophage-like elements in bifidobacteria: insights from genomics, transcription, integration, distribution, and phylogenetic analysis. Applied and Environmental Microbiology 71, 8692-8705

171. Ventura M., O'Connell-Motherway M., Leahy S., Moreno-Munoz J.A., Fitzgerald G.F., van Sinderen D., 2007. From bacterial genome to functionality; case bifidobacteria. International Journal of Food Microbiology 120, 2-12

172. Ventura M., O'Flaherty S., Claesson M.J., Turroni F., Klaenhammer T.R., van Sinderen D., O'Toole P.W., 2009a. Genome-scale analyses of health-promoting bacteria: probiogenomics. Nature Reviews Microbiology 7, 61-71

173. Ventura M., Turroni F., Canchaya C., Vaughan E.E., O' Toole P.W., van Sinderen D., 2009b. Microbial diversity in the human intestine and novel insights from metagenomics. Frontiers in Bioscience 14 3214-U3863

174. Verhelst R., Verstraelen H., Claeys G., Verschraegen G., Van Simaey L., De Ganck C., De Backer E., Temmerman M., Vaneechoutte M., 2005. Comparison between Gram stain and culture for the characterization of vaginal microflora: definition of a distinct grade that resembles grade I microflora and revised categorization of grade I microflora. BMC Microbiology 5, 61

175. Visek WJ. Diet and cell growth modulation by ammonia. Am J Clin Nutr. 1978 Oct; 31(10 Suppl):S216-S220

176. Vijay-Kumar M., Aitken J.D., Carvalho F.A., Cullender T.C., Mwangi S., Srinivasan S., Sitaraman S.V., Knight R., Ley R.E., Gewirtz A.T., 2010. Metabolic syndrome and altered gut microbiota in mice lacking Toll-like receptor 5. Science 328, 228-231

177. Ward Tonya L., Hosidl Sergey, Ioshikhes Ilya and Altosaar Illimar. Human milk metagenome: a functional capacity analysis. Ward et al. BMC Microbiology 2013, 13:116. p. 2-12

178. Wacklin Pirjo, Makivuokko Harri, Alakulppi Noora, Nikkila Janne, Tenkanen Heli, Rabina Jarkko, Partanen Jukka, Aranko Kari, Matto Jaana. Secretor Genotype (FUT2 gene) Is Strongly Associated with the Composition of Bifidobacteria in the Human Intestine. PLoS ONE/ www.plosone.org 1 May 2011/ Volume 6/ Issue 5/ e20113

179. Watanabe K., Makino H., Sasamoto M., Kudo Y., Fujimoto J., Demberel S. Bifidobacterium mongoliense sp. nov., from airag, a traditional fermented mare's milk product from Mongolia. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2009:59, 1535-1540

180. Weinstein R.A. Nosocomial Infection Update. // Emer Infect Dis 1998; 4(3):416-20

181. Wei Y.X., Zhang Z.Y., Liu C., Zhu Y.Z., Zhu Y.Q., Zheng H., Zhao G.P., Wang S., Guo X.K., 2005. Complete genome sequence of Bifidobacterium longum JDM3 01. Journal of Bacteriology 192, 4076-4077

182. Weile Jan & Knabbe Cornelius. Current applicatio ns and future trends of molecul ardiagnostics in clini cal bacteriology. Anal Bioanal Chem (2009) 394:731-742

183. W. Allan Walker. Mechanisms of Action of Probiotics CID 2008:46 (Suppl 2)87-91

184. Woodmansey E.J., McMurdo M.E.T., Macfarlane G.T., Macfarlane S., 2004. Comparison of compositions and metabolic activities of fecal microbiotas in young adults and in antibiotic-treated and non-antibiotic-treated elderly subjects. Applied and Environmental Microbiology 70, 6113-6122

185. Workshop on Enterobacter sakazakii and Other Microorganisms in Powdered Infant Formula Geneva, 2-5 February 2004

186. Yan F., Polk D.B. Probiotic bacterium prevents cytokine-induced apoptosis in intestinal epithelial cells. // J. Biol. Chem., 2002; 277:p.50959-65.

187. Yoshioka H., Fujita K., Sakata H., et al., Development of the normal intestinal flora and its clinical significance in infants and children. Bifidobacteria and Microflora 1991; 10: 11-17

188. Zeyda Maximilian, Saemann Marcus D., Stuhlmeier^j Karl M., Mascher Daniel G., Nowotny Peter N., Zlabinger Gerhard J., Waldhausl Werner and Stulnig Thomas M. Polyunsaturated Fatty Acids Block Dendritic Cell Activation and Function Independently of NF-kB Activation. The journal of biological chemistry Vol. 280, No. 14, Issue of April 8, pp. 14293-14301, 2005 by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc. Printed in U.S.A