Особенности врожденного и адаптивного иммунного ответа при формировании постинфекционного и поствакцинального иммунитета при COVID-19 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Закурская Вита Яковлевна

• Закурская Вита Яковлевна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Закурская Вита Яковлевна

Оглавление

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ПРОТИВОВИРУСНОМ И ПОСТВАКЦИНАЛЬНОМ ИММУНИТЕТЕ ПРИ COVID-19 (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Объект и методы исследования. Характеристика обследованных больных COVID-19

2.2. Характеристика клинических методов диагностики

2.3. Характеристика лабораторных методов диагностики

2.4. Характеристика статистических методов

ГЛАВА 3. ОСОБЕННОСТИ ВРОЖДЕННОГО И АДАПТИВНОГО ИММУНИТЕТА У ЛИЦ, ПЕРЕНЕСШИХ ИНФЕКЦИЮ COVID-19

ГЛАВА 4. ОСОБЕННОСТИ ВРОЖДЕННОГО И АДАПТИВНОГО ИММУНИТЕТА У ЛИЦ, ПЕРЕНЕСШИХ ИНФЕКЦИЮ COVID-19 И ВАКЦИНИРОВАННЫХ ПЕПТИДНОЙ ВАКЦИНОЙ ОТ SARS-COV-2

ГЛАВА 5. ОБСУЖДЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Приложение 1 Приложение

141

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности врожденного и адаптивного иммунного ответа при формировании постинфекционного и поствакцинального иммунитета при COVID-19»

Актуальность темы и степень её разработанности

Проблема новой коронавирусной инфекции сохраняет свою актуальность для системы здравоохранения в связи с продолжающимися вспышками заболеваемости по всему миру, которые пока не удается взять под контроль [138]. По официальным данным ВОЗ, с момента объявления пандемии новой коронавирусной инфекции в марте 2020г. за неполные четыре года в мире умерло свыше 6,8 миллионов человек [172]. Актуальность проблемы во многом определена высокой мутационной изменчивостью вируса и, как следствие, снижение эффективности ранее разработанных мер диагностики, терапии и профилактики в отношении новых штаммов [60, 126]. Иммунопатогенез новой коронавирусной инфекции является актуальным предметом научных исследований по всему миру. Полное понимание механизмов взаимодействия между вирусом SARS-CoV-2 и иммунной системы человека позволит разработать эффективные меры защиты от инфицирования и патогенетически обоснованную терапию и, как следствие, взять под контроль заболеваемость СОУГО -19. Кроме того, важно оценить последствия для здоровья и иммунной системы переболевших СОУГО-19 и возможные риски, связанные с фактом болезни [9]. Также является спорным вопрос постинфекционного иммунитета к SARS-CoV-2, в особенности его длительность и эффективность [45, 71]. В различных источниках упоминается широкий временной диапазон (от 6 до 12 месяцев) серопозитивности переболевших лиц [32, 38, 101, 134]. Следовательно, выявление точных сроков сохранности специфических постинфекционных антител является актуальным.

Несмотря на широкие терапевтические меры, разработанные в отношении СОУГО-19, предпочтение всегда отдается профилактике [31, 65]. На данный момент в России разработано и зарегистрировано 4 различных типа вакцин от вируса SARS-CoV-2. Подобное разнообразие отражает отсутствие единого

мнения относительно точных механизмов развития иммунной защиты и разные подходы к формированию поствакцинального иммунитета. Сравнительный анализ силы и продолжительности иммунного ответа на вакцинацию в сравнении с характеристиками иммунного ответа на инфекцию SARSCoV-2 является важным направлением исследований в области вакцинопрофилактики и иммунотерапии COVID-19 [94, 140].

Кроме того, остается открытым вопрос об особенностях формирования «гибридного» иммунитета при COVID-19. Какова надежность гибридного иммунитета, играет ли роль последовательность инфицирования и вакцинации, что происходит с уже сформировавшимся противоинфекционным иммунитетом при последующей вакцинации, каков ландшафт иммунологической памяти в этих условиях - вот далеко не полный перечень вопросов, которые еще далеки от своего решения. Изучение механизмов развития гибридного иммунитета, ключевых отличий от постинфекционного и поствакцинального представляется наиболее актуальной проблемой. Для решения данных задач требуется дальнейшее изучение динамических изменений в иммунной системе у лиц, перенесших COVID-19, как после выздоровления, так и на фоне последующей вакцинации.

Цель исследования: выявить закономерности формирования постинфекционного и гибридного иммунитета для определения патогенетически значимых критериев оценки напряженности противоинфекционного иммунитета при СОУГО-19.

Задачи исследования:

1. Изучить параметры клеточного звена врожденного и адаптивного иммунитета у лиц, перенесших инфекцию СОУГО -19 в различной степени тяжести, в течение года с момента выздоровления.

2. Изучить особенности специфического гуморального иммунитета у лиц, перенесших инфекцию СОУГО-19 в различной степени тяжести, в течение года с момента выздоровления.

3. Изучить параметры клеточного звена врожденного и адаптивного иммунного ответов у лиц, перенесших инфекцию СОУГО-19 и вакцинированных препаратом на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2, в течение 3 месяцев с момента вакцинации.

4. Изучить особенности специфического гуморального иммунитета у лиц, перенесших инфекцию СОУГО-19 и вакцинированных препаратом на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2, в течение 3 месяцев с момента вакцинации

5. Выявить патогенетически значимые сдвиги во врожденном и адаптивном иммунном ответе, обуславливающие различия в эффективности постинфекционного и гибридного иммунитета при СOVID-19, определить их диагностическую и прогностическую значимость.

Научная новизна

1. При воздействии SARS-CoV-2 в иммунной системе отмечается нарушение механизмов аутотолерантности за счет значительного усиления экспрессии активационных маркеров на поверхности Т-лимфоцитов, ослабления процессов Т-В кооперации и антигенпрезентации.

2. Выявлено, что основным механизмы формирования гибридного иммунитета у лиц, перенесших инфекцию СОУГО -19 и вакцинированных препаратом на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2, является достаточная и адекватная активации в ответ на антигенную стимуляцию, проявляющаяся в умеренном усилении экспрессии активационных маркеров на поверхности Т-лимфоцитов, активации процессов атигепрезентации за счет Т-В клеточной кооперации через рецептор CD40.

3. Отличительной особенностью функционирования иммунной системы при формировании гибридного иммунитета по сравнению с постинфекционным является физиологическая активация Т и В лимфоцитов адаптивного иммунитета

за счет роста экспрессии молекул HLA-DR и CD25, усиление процессов межклеточной кооперации с увеличением числа клеток CD19+CD40+, приводящие к преимущественному синтезу антител к ядерному белку SARS-CoV-2.

4. Получены новые данные, демонстрирующие достаточную иммуногенность вакцин на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2, определяющиеся достоверной выработкой специфических антител к различным белкам вируса SARS-CoV-2 и позитивными сдвигами в иммунной системе.

Теоретическая значимость работы

1. Впервые показана роль клеток Т-лимфоцитов и их основных субпопуляций (CD3+, CD4+, CD4+Foxp3+, CD8+), ключевых субпопуляций В-лимфоцитов (В1, В2), экспрессии активационных маркеров (HLA-DR, CD25), маркеров межклеточной кооперации (CD40+, CD154+) в адаптивном иммунитете и роль экспрессии маркеров активации и То11-подобных рецепторов на моноцитах во врожденном у лиц, переболевших С OVID-19, в течение года с учетом степени тяжести перенесенной инфекции.

2. Впервые показана роль врожденного и адаптивного иммунного ответа в формировании гибридного иммунитета к SARS-CoVo-2, и показаны его отличия от постинфекицоного, заключающиеся в более совершенных процессах активации и межклеточной кооперации.

3. Впервые выявлены особенности формирования специфического гуморального гибридного иммунитета у лиц, вакцинированных препаратами на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2, заключающиеся в преимущественной выработке IgG к N белку вируса SARS-CoV-2.

Практическая значимость работы

1. Иммунологически обоснованы эффективность и безопасность вакцинации лиц, перенесших СОУГО-19, препаратами на основе пептидных антигенов SARS-CoV-2.

2. Показана необходимость диспансерного наблюдения за лицами, переболевшими COVID-19, с целью мониторинга возможного дебюта аутоиммунной патологии путем определения экспрессии CD3 +HLA-DR+, CD19+CD5+.

3. Разработаны рекомендации ориентировочных сроков вакцинации лиц, переболевших COVID-19, с учетом степени тяжести перенесенной инфекции. Для лиц с легким течением - через 12 месяцев с момента выздоровления. Для лиц с среднетяжелым течением требуется персонифицированный подход - вакцинация не ранее чем через год с момента выздоровления и после определения напряженности специфического гуморального иммунитета.

Методология и методы исследования

Работа отвечает требованиям биомедицинской этики, принципам методов последовательного использования научного познания, одобрена локальным независимым этическим комитетом ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России протокол № 16/21 от 14.10.2021. Методология исследования основана на базе анализа зарубежной и отечественной научной литературы, что позволило определить актуальность и степень разработанности темы, а также сформулировать цель и задачи. Для решения поставленных задач проведено открытое, проспективное когортное исследование с применением методов сравнительного анализа собственных результатов иммунологического исследования показателей поствакцинального и гибридного иммунитета.

Положения выносимые на защиту

1. Инфекция COVID-19 приводит к долгосрочным изменениям в иммунной системе переболевшего в первую очередь включающим в себя избыточный рост экспрессии активационного маркера HLA-DR на поверхности Т-лимфоцитов, дисбаланс в субпопуляционном составе В клеток с ростом числа В1 лимфоцитов, ослаблением процессов межклеточной кооперации и антигенпрезентации между Т и В клетками за счет одновременного уменьшения субпопуляции CD4+CD154+ и CD19+CD40+, ослаблением экспрессии активационного маркера HLA-DR и Toll-

подобных рецепторов на моноцитах.

2. Специфический постинфекционный гуморальный иммунитет сохраняется у лиц, перенесших COVID-19, не менее года с момента выздоровления. Напряженность иммунитета зависит от степени тяжести перенесенной инфекции и выше у лиц с более тяжелыми формами новой коронавирусной инфекции.

3. Гибридный иммунитет к SARS-CoV-2 при вакцинации препаратом на основе пептидных антигенов, характеризуется физиологической активацией Т и В лимфоцитов адаптивного иммунитета за счет роста экспрессии молекул HLA -DR и CD25, усилением процессов межклеточной кооперации с увеличением числа клеток CD19+CD40+, приводя к достоверному усилению специфического антителообразования к шиповатому и ядерному белкам вируса.

4. При формировании гибридного иммунитета, в отличие от постинфекционного, развивается умеренная активация Т-клеточного звена, усиление процессов межклеточной кооперации, а также механизмов противовирусной защиты за счет усиления клеточной цитотоксичности и выработки специфических антител к S и N белкам SARS-CoV-2.

Степень достоверности, апробация результатов. Полученные данные исследования, основные положения и выводы диссертации сформированы на основании анализа достаточного объема наблюдений, продуманного дизайна и современного статистического анализа, что подтверждает высокий уровень достоверности результатов. Применяемые методы исследования соответствуют поставленным задачам. Выводы и практические рекомендации логично последуют из поставленных задач и полученных результатов исследования.

Материалы диссертации доложены на 8-й итоговой научной сессии молодых ученых РостГМУ (г. Ростов-на-Дону, 2021г.), международной научно-практической конференциях Евро-Азиатского общества по инфекционным болезням «Новое в диагностике и профилактике социально значимых инфекций» (г. Уфа, 2022г), региональной конференции РААКИ-Дон «Иммуноопосредованные заболевания в эпоху пандемии СОУГО-19: что нового в

диагностике и лечении» (г. Ростов-на-Дону, 2022г.), российской научно-практической конференции «Управляемые и другие социально значимые инфекции: диагностика, лечение и профилактика» (г. Санкт-Петербург, 2023г), региональной конференции РААКИ-Дон «Мифы и реальность в диагностике и лечении иммуноопосредованных заболеваний» (г. Ростов-на-Дону, 2023г.).

Внедрение результатов исследования. Материалы исследования внедрены в учебный процесс на кафедре клинической иммунологии и аллергологии ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России.

Публикации по теме исследования. По теме диссертационного исследования опубликовано 8 научных работ, из них 6 научных статей в изданиях, входящих в Перечень рецензируемых научных изданий высшей аттестационной комиссии, 5 публикаций - в изданиях, рецензируемых в базе SCOPUS. Количество печатных страниц - 56.

Личный вклад автора в получение результатов. Личное участие автора осуществлялось на каждом этапе исследования. Дизайн исследования и методология была разработана под руководством научного руководителя. Экспериментальная часть исследования выполнялась совместно с сотрудниками НИИ «Клиническая иммунология». Клиническое обследование, обработка первичного материала, анализ и статистическая обработка данных, написание основных глав диссертации, выводов, оформление теста проводились диссертантом самостоятельно.

Структура и объём работы. Диссертация изложена на 144 страницах машинописного текста и состоит из введения, 5 глав, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка литературы. В диссертации приведены ссылки на 177 литературных источников, включающих в себя 70 работ отечественных и 107 зарубежных авторов. Работа иллюстрирована 47 таблицами, 28 рисунками.

ГЛАВА 1. СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ПРОТИВОВИРУСНОМ И ПОСТВАКЦИНАЛЬНОМ ИММУНИТЕТЕ ПРИ

COVID-19 (ОБЗОР ЛИТРАТУРЫ)

На протяжении всей истории цивилизации инфекции были постоянным её спутником, приводя к гибели множества людей, порой меняя ход истории. И если XX век по праву считался эпохой бактериальных инфекций, то в XXI веке патогены вирусной природы приобрели главенствующую роль в структуре инфекционных заболеваний [20, 46]. Этому способствовали известные причины, такие как резкий рост численности и увеличение плотности населения планеты, научный прогресс в борьбе с бактериями - синтез антибиотиков. Кроме того, существует гипотеза, выдвинутая К.Г. Уманским (1979г.), которая гласит, что рост числа вирусных инфекций в популяции является адаптивной реакцией и фактором естественного отбора, влияющим на эволюцию человека [57]. Из-за таких свойств вирусов как быстрая изменчивость и высокая контагиозность [66] даже локальные вспышки инфекции способны в кратчайшие сроки приобретать характер эпидемии или даже пандемии. Так, уже в 2002 году во всем мире было зафиксировано более 8 тысяч случаев новой инфекции SARS, которую в 2004 году сменила эпидемия «птичьего гриппа», вызванная вирусом гриппа H5N1[7]. Вирус Зика и вспышка «свиного гриппа» H1N1 в 2009 году также привлекли внимание всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), а эпидемия лихорадки Эбола в 2014 и 2018 годах продемонстрировали всю серьезность угрозы для человечества, которую представляют собой новые вирусные инфекции.

Коронавирусы человека (HCoV) долгое время считались малозначимыми патогенами, способными вызвать у здоровых людей лишь «обычную простуду». Однако ситуация изменилась в 2002 году, когда в провинции Гуаньдун Китая впервые были описаны случаи тяжелой атипичной пневмонии, вызвавшие обеспокоенность в мире, поскольку данная болезнь распространилась во многих странах благодаря международным поездкам [98]. Новое заболевание получило название тяжелого острого респираторного синдрома (severe acute respiratory

syndrome - SARS). В качестве возбудителя был идентифицирован бета-HCoV, названный SARS-CoV. В 2012 году еще один бета-HCoV в результате мутационной изменчивости привел к вспышке ближневосточного респираторного синдрома (Middle East respiratory syndrome - MERS) [149]. Данный эпизод не вызвал такого резонанса и международной паники как SARS, однако, в очередной раз продемонстрировал потенциальную угрозу данного вирусного семейства. И в 2017 году ВОЗ поместила SARS-CoV и MERS-CoV в список приоритетных патогенов, надеясь активировать исследования и разработку контрмер против потенциально опасных новых коронавирусов.

В декабре 2019 года ВОЗ была проинформирована о вспышке атипичной пневмонии неустановленной этиологии в г. Ухань, провинция Хубэй в Китае. Уже 30 января было объявлено о чрезвычайной ситуации в области общественного здравоохранения имеющей международное значение в связи с эпидемией SARS, вызванной новым неизвестным коронавирусом. 11 февраля 2020г. ВОЗ официально назвала текущую вспышку «коронавирусной болезнью 2019» («coronavirus disease 2019» - COVID-19). Международным комитетом по таксономии вирусов новый вирус был обозначен как SARS-CoV-2 [177].

Глобальные меры, направленные на сдерживание распространения вируса, не оказали должного эффекта, и к началу марта 2020 года ВОЗ официально признала данную вспышку пандемией. По официальным данным Университета Джона Хопкинса [176] за срок чуть более чем 3 года пандемия унесла жизни свыше 6,8 миллионов человек, что делает ее одной из самых смертоносных в истории. В общей сложности за данный период было выявлено около 676 млн. случаев заражения SARS-CoV-2 (8,4% населения Земли), однако истинная распространенность вероятно больше, т.к. не все случаи были официально зарегистрированы и подтверждены.

На заседании ВОЗ в мае 2023 года генеральным директором Комитета Международных медико-санитарных правил (ММСП) было заявлено, что COVID-19 является признанной и актуальной проблемой в области здравоохранения,

которая более не представляет собой чрезвычайную ситуацию в области общественного здравоохранения, имеющую международное значение [17 2]. Данное заявление с одной стороны является сигналом о завершении пандемии COVID-19, с другой же призывает сохранять настороженность в отношении SARS-CoV-2. В связи с наличием долгосрочных рисков связанных с новым коронавирусом, был разработан стратегический план на 2023-2025гг. Таким образом, окончательные масштабы и последствия инфекции COVID-19 еще не ясны, а исследования в области её диагностики, терапии и профилактики остаются актуальными.

Вирусное семейство Coronaviridae, способное поражать большое количество различных млекопитающих и птиц, в настоящий момент подразделяют на 4 подгруппы: альфа, бета, гамма и дельта [22]. Из них инфицировать человека способны только 7 коронавирусов: два из альфа подгруппы (HCoV-229E и HCoV-NL63) и пять из бета подгруппы (HtaV-OC43, H^V-HKUl, MERS-taV, SARS-^V и SARS- ^V -2). Большинство из HCoV способны вызвать респираторные симптомы, обыкновенно протекающие в легкой форме. Однако три представителя семейства MERS- ^V, SARS- ^V и SARS-^V-2 с большой вероятностью могут вызывать тяжелые формы заболевания [93].

Вопрос происхождения SARS-CoV-2 является предметом дискуссий [161]. Результаты генетических исследований указывают на наиболее тесную связь SARS-CoV-2 с SARS-подобным штаммом летучих мышей BatCoV RaTG13 с идентичностью до 96% [69, 160]. Гомология с MERS-CoV и SARS-CoV по некоторым данным составляет 50% и 79% соответственно [22]. Таким образом, наиболее вероятным сценарием представляется развитие пандемии COVID-19 от летучих мышей, из-за эволюции их коронавируса RaTG13 в SARS-CoV-2.

Геном SARS-CoV-2 представлен одноцепочечной молекулой РНК, которая является самой большой среди всех известных РНК-вирусов. Ее диаметр достигает 60-140нм. [8]. Вирусный геном кодирует 16 неструктурных, 4 структурных и 9 вспомогательных белков. Основными структурными белками

коронавируса являются: S (spike или шиповидный), Е (envelope или капсидный), M (membrane или мембранный) и N (nucleocapsid или ядерный), которые продемонстрированы на рисунке 1.1.

Рисунок 1.1 - Структура SARS-CoV-2, демонстрирующая основные структурные белки. Адаптирован [175].

В первую очередь каждый из белков является структурной единицей вируса, но также они участвуют и в различных аспектах цикла репликации. Понимание их роли в жизненном цикле SARS-CoV-2 позволяет совершенствовать диагностические, терапевтические и профилактические подходы к COVID-19.

Одним из самых изучаемых является S (spike - шиповидный) белок, который расположен на внешнем слое мембраны вируса и состоит из двух функциональных субъединиц (рисунок 1.2) [96] . Первая субъединица (S1) разделена на N-концевой домен (N-terminal domain, NTD) и домен связывания рецептора (receptor-binding domain, RBD). Её основная функция заключается в связывании с рецептором на клетке-хозяине и стабилизации состояния вируса до момента слияния [155]. Субъединица S2 разделяется на следующие компоненты:

слитый пептид (FP), гептадный повтор 1 (И^), центральную спираль (CH), соединительный домен (СБ), гептадный повтор 2 (НК2), трансмембранный домен (ТМ), цитоплазматический хвост (СТ) [155]. Функцией Б 2 является непосредственное слияние мембран вируса и клетки-хозяина [153]. Шиповидный белок является наиболее изменчивым из всех в структуре коронавируса и подвержен частым мутационным изменениям [109, 133].

S2 субъединица

Рисунок 1.2 - Структура S белка SARS-CoV-2. А - S белок. В, С - субъединицы S белка. Адаптировано [96].

Белок М (membrane - мембранный) является трансмебранным гликопротеином, определяющим форму коронавируса [76]. Считается, что он является центральным звеном организации сборки вириона, взаимодействуя с другими структурными белками [154]. Так, взаимодействие с S белком необходимо для его включения в новые вирионы. Связывание с N белком стабилизирует нуклеокапсид, а также внутреннее ядро вирионов, что, в конечном счёте способствует завершению сборки. Вместе M и E белки составляют вирусную оболочку.

Оболочечный белок Е (envelope) является наименьшим среди основных структурных протеинов [89]. На сегодняшний день в литературе отсутствует

единое мнение относительно роли данного белка в патогенезе коронавирусной инфекции. Предполагается, что он является трансмембранным белком, образующим поры с активными ионными каналами [142]. Кроме того, считается, что он необходим для сборки и выхода SARS-CoV-2 [104]. Также он может индуцировать апоптоз клеток посредством активации эндоплазматического ретикулума или взаимодействия с другими рецепторами [89, 122].

Белок N (nuclear - ядерный) отличен от других, тем, что единственный связывается с РНК коронавируса. Основной функцией является присоединение к матрице рибонуклеотида и сборка генома вирусной [82]. Помимо участия в процессах, ассоциированных с вирусным геномом, он также вовлечен в другие аспекты цикла репликации HCoV и индукции иммунного ответа хозяина на вирусную инфекцию [78, 147]. Локализация N белка в эндоплазматическом ретикулуме и аппарате Гольджи предполагает его вероятное участие в сборке вириона [78]. Важным аспектом является консервативность данного белка и малая подверженность мутационным изменениям [159].

Дополнительные белки CoV реже обсуждаются в научной литературе, чем основные. И хотя большинство из них не играют существенной роли в репликации SARS-CoV-2, они являются важными факторами вирулентности [144]. Большинство из описываемых функций этих белков связаны с механизмами уклонения SARS-CoV-2 от иммунного ответа, такими как ингибирование секреции цитокинов или противодействие действию интерферона I типа (ИФН-I). Кроме того, они способны активировать такие клеточные механизмы как аутофагия или апоптоз, митохондриальную функцию и активация воспаления [144]. Более подробное изучение их функций является перспективным направлением в современной науке.

Характерной особенностью РНК-вирусов является непрерывная мутационная изменчивость. Как и другие коронавирусы SARS-CoV-2 постоянно эволюционирует, меняя с течением времени свои антигенные свойства [151 ]. В первую очередь это происходит за счет высокой мутационной изменчивости S

белка. Результатом этого процесса является изменение свойств вируса, например его способности к распространению и связанный с этим уровень контагиозности. Закономерно меняется и эффективность методов диагностики, терапевтических подходов, а также вакцинации [170].

ВОЗ ведет беспрерывный мониторинг и оценку эволюции SARS-CoV-2 с самого начала пандемии с тем, чтобы в случае выявления значимых изменений в геноме вируса, страны были своевременно проинформированы о мерах, которые необходимо предпринять для борьбы с новыми вариантами коронавируса. Для обозначения клеточных линий SARS-CoV-2 применяются номенклатурные системы, составленные в рамках исследовательских групп GISAID, Nextstrain и Pango. Динамика ключевых изменений за время пандемии представлена в таблице 1.1 [172].

Таблица 1.1 - Варианты SARS-CoV-2 вызывающие озабоченность, циркулировавшие в популяции за весь период пандемии по данным ВОЗ

Маркировка ВОЗ Клеточная линия Pango Классификация GISAID Классификация Nextstrain Первые выявленные образцы

Альфа B.1.1.7 GRY 20I (V1) В елико британия, сентябрь 2020 г.

Бета B.1.351 GH/501Y.V2 20H (V2) Южная Африка, май 2020 г.

Гамма P.1 GR/501Y.V3 20J (V3) Бразилия, ноябрь 2020 г.

Дельта B.1.617.2 G/478K.V1 21A, 21I, 21J Индия, октябрь 2020 г.

Омикрон B.1.1.529 GR/484A 21K, 21L, 21M, 22A, 22B, 22C, 22D Несколько стран, ноябрь 2021 г

За неполные 4 года пандемии целых 5 вариантов, вызывающих озабоченность ВОЗ, сменяло друг друга в структуре COVID-19, что наглядно демонстрирует высокий мутационный потенциал вируса.

Патогенез новой коронавирусной инфекции активно изучался на протяжении пандемии, и на сегодняшний день существуют однозначные представления о его механизмах. Передача инфекции происходит путем вдыхания респираторных капель и/или частиц при контакте между людьми. Капли оседают в верхних дыхательных путях, в то время как более мелкие аэрозольные частицы могут проникать в нижние отделы и откладываться в альвеолах [135].

Начальным этапом патогенеза инфекции COVID-19 является проникновение вируса SARS-CoV-2 в клетку хозяина. Он инициируется связыванием белка S с рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 типа (АПФ2), расположенного на поверхности различных клеток человека [152]. В дыхательных путях рецептор АПФ2 широко распространен на эпителиальных клетках трахеи, бронхов, бронхиальных серозных желез и альвеол, а также на альвеолярных моноцитах и макрофагах [81]. Анализ моделей животных и баз данных человеческих транскриптомов предполагает, что экспрессия АПФ2 в нижних отделах легких относительно ограничена альвеолярными клетками II типа, но значимо выше в эпителии верхних отделов бронхов и в носовом эпителии, особенно в реснитчатых клетках [81]. Эта разница в уровне экспрессии АПФ2 в дыхательных путях отражается в градиенте инвазии SARS-CoV-2. При этом реснитчатые клетки носа являются основными мишенями для репликации SARS-CoV-2 на ранней стадии инфекции. Известно, что АПФ2 также диффузно экспрессируются на эндотелиальных клетках артерий и вен, нейронах головного мозга, иммунных клетках, тубулярных эпителиальных клетках почек, клетках слизистой оболочки кишечника и эпителиальных клетках почечных канальцев [136, 156]. Несмотря на то, что респираторный путь является доминирующим при инфекции SARS-CoV-2, самые высокие уровни экспрессии АПФ2 обнаруживаются в тонкой кишке, яичках, почках, сердечной мышце, толстой

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Закурская Вита Яковлевна, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Постановление Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 3.12.2020 № 41 «Об утверждении санитарно-эпидемиологических правил СП 3.1.3671-20 «Условия транспортирования и хранения вакцины для профилактики новой коронавирусной инфекции (COVID-19) Гам-Ковид-Вак». - URL: http://publication.pravo.gov.ru/Document/View/0001202012070056

2. Приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 03.02.2021 № 47н «О внесении изменения в календарь профилактических прививок по эпидемическим показаниям, утвержденный приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 21 марта 2014 № 125н». - URL: http://publication.pravo.gov.ru/document/0001202102090032

3. COVID-19, нарушения гемостаза и риск тромботических осложнений / А.Д. Макацария, Е.В. Слуханчук, В.О. Бицадзе [и др[и др.]. - Текст : непосредственный // Вестник Российской академии наук. - 2020. - Т. 75. - № 4. -С. 3006-317.

4. COVID-19: Этиология, клиника, лечение / М.Ю. Щелканов, Л.В. Колобухина, О.А. Бургасова [и др.]. - Текст : непосредственный // Инфекция и иммунитет. - 2020. - Т. 10. - № 3. - С. 421-445.

5. Абакушина, Е.В. Иммунологические аспекты коронавирусной болезни, вызванной SARS-CoV-2 / Е.В. Абакушина. - Текст : непосредственный // Гены и клетки. - 2020. № 3. - С. 14-21.

6. Ашыралиева, Д. О. Эпидемиологические особенности аденовирусной инфекции (обзор литературы) / Д. О. Ашыралиева. - Текст : непорседственый // Вестник Кыргызской государственной медицинской академии имени И.К. Ахунбаева. - 2013. - № 3-1. - С. 154-159.

7. Брико, Н.И. 100 лет пандемии: уроки истории. Новый этап вакцинопрофилактики / Н.И. Брико. - Текст : непосредственный // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. - 2018. - Т.17, вып. 4. - С. 68-75.

8. Бруякин, С.Д. Структурные белки коронавируса 8ЛК8-еоу-2: роль, иммуногенность, суперантигенные свойства и возможности использования для терапевтических целей / С.Д. Бруякин, Д.А. Макаревич. - Текст : непосредственный // Вестник Волгоградского государственного медицинского университета. - 2021. - Т.18. - №2. - С. 18-27.

9. Вновь диагностированные заболевания и частота их возникновения у пациентов после новой коронавирусной инфекции. Результаты международного регистра "Анализ динамики коморбидных заболеваний у пациентов, перенесших инфицирование SARS-CoV-2 (АКТИВ SARS-CoV-2)" (12 месяцев наблюдения) / Г.П. Арутюнов, Е.И. Тарловская, А.Г. Арутюнов [и др.]. - Текст : непосредственный // Российский кардиологический журнал. - 2023. - Т. 28. - № 4.

- С. 102-126.

10. Воронина, Т.А. Антиоксиданты/антигипоксанты - недостающий пазл эффективной патогенетической терапии пациентов с СОУГО-19 / Т.А. Воронина.

- Текст : непосредственный // Инфекционные болезни. - 2020. - Т. 18, вып. 2. - С. 97-102.

11. Губенко, Н.С. Связь показателей общего анализа крови с тяжестью течения СОУГО-19 у госпитализированных пациентов / Н.С. Губенко, А.А. Будко, А.Г. Плисюк, Я.А. Орлова. - Текст : непосредственный // Южно-российский журнал терапевтической практики. - 2021. - № 2. - С. 90-101.

12. Гусев, Е.Ю. Иммунологические и патофизиологические механизмы системного воспаления / Е.Ю. Гусев, В.А. Черешнев. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2012. - Т. 14. - № 1-2. - С. 9-20.

13. Диарея ассоциированная с COVID-19 / А.М. Щикота, И.В. Погонченкова, Е.А. Турова [и др.]. - Текст : непосредственный // Вопросы питания. - 2021. - № 6. - С. 18-30.

14. Динамика концентрации антител к SARS-CoV-2 в течение 12 месяцев после перенесенной инфекции COVID-19 / Н.А. Маянский, Е.А Бржозовская, С.С. Стоянова [и др.]. - Текст : непосредственный // Вестник Российского государственного медицинского университета. - 2022. - № 1. - С. 12-14.

15. Динамика специфического гуморального ответа у пациентов, перенесших COVID-19 / В.Я. Закурская, Л.П. Сизякина, М.В. Харитонова [и др.]. - Текст : непосредственный // Иммунология. - 2022. - Т43. - № 1. - С. 71-77.

16. Долгушин, И.И. Нейтрофил как «многофункциональное устройство» иммунной системы / И.И. Долгушин, Е.А. Мезенцева, А.Ю. Савочкина, Е.К. Кузнецова. - Текст : непосредственный // Инфекция и иммунитет. - 2019. - №1. -С. 9-38.

17. Закономерности эпидемического распространения SARS-CoV-2 в условиях мегаполиса / В.Г. Акимкин, С.Н. Кузин, Т.А. Семененко [и др.]. - Текст : непосредственный // Вопросы вирусологии. - 2020. - Т. 65. - № 3. - С. 203-211.

18. Изменение уровня антител класса IgG к коронавирусу SARS-CoV-2 (COVID-19) у населения регионов Российской Федерации в динамике у реконвалесцентов / С.В. Сметанина, А.Н. Исаев, Ю.О. Исаева [и др.]. - Текст : непосредственный // Consilium Medicum. - 2020. - Т. 22. - № 11. - С. 47-50.

19. Иммуногенетический профиль (HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1) популяции русских Челябинской области / Т.А. Суслова, М.Н. Вавилов, Д.С. Сташкевич [и др.]. - Текст : непосредственный // Гематология и трансфузиология. - 2015. - Т. 60. - № 3. - С. 28-35.

20. Инфекционные болезни и проблемы биологической безопасности / Е.С. Белозеров, Л.М. Киселева, В.И. Мидленко [и др.]. - Текст : непосредственный // Ульяновский медико-биологический журнал. - 2016. - №3. - С. 8-15.

21. Исследование полиморфизма генов НЬЛ-ОБ1и 1Ь28 у пациентов, перенесших новую коронавирусную инфекцию (СОУГО-19) различной степени тяжести / С.Н. Колюбаева, А.А. Кодратенко, Е.В. Крюков [и др.]. - Текст : непосредственный // Гены и клетки. - 2021. - т. 16. - № 3. - С. 86-90.

22. История изучения и современная классификация коронавирусов (№<1оу1га1ев: еогопаушёае) / М.Ю. Щелканов, А.Ю. Попова, В.Г. Дедков [и др.]. -Текст : непосредственный // Инфекция и иммунитет. - 2020. - Т.10, вып. 4. - С. 221-246.

23. Клиническая значимость экспрессии То112, То114, СБ14, НЬЛ-БЯ на моноцитах у пациентов с сепсисом / В.А. Лазанович, Е.В. Маркелова, Г.А. Смирнов, Т.П. Смолина. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунологи. - 2015. - Т.17. - № 4. - С. 221-228.

24. Кудрявцев, И.В. Т-хелперы и их клетки мишени при СОУГО-19 / И.В. Кудрявцев, А.С. Головкин, А.А. Тотолян. - Текст : непосредственный // Инфекция и иммунитет. - 2022. - Т. 12. - №3. - С. 409-426.

25. Кудрявцев, И.В. Т-хелперы и их клетки-мишени при СОУГО-19 / И.В. Кудрявцев, А.С. Головкин, А.А. Тотолян. - Текст : непосредственный // инфекция и иммунитет. - 2022. - № 3. - С. 409-426.

26. Курылев, А.А. Анализ эффективности вакцинации от СОУГО-19 на основании данных реальной клинической практики в Санкт-Петербурге // А.А. Курылев, А.А. Журавков, А.С. Колбин. - Текст : непосредственный // Качественная клиническая практика. - 2021. - №. 4. - С. 80-84.

27. Механизмы формирования гибридного иммунитета у лиц, переболевших СОУГО-19 и вакцинированных пептидными антигенами 8ЛКБ-СоУ-2 // Л.П.

Сизякина, И.И. Андреева, М.В. Харитонова [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2022. - Т. 24. - № 3. - С. 629-640.

28. Митьковская, Н. Коронавирусная инфекция COVID-19 и коморбидность / Н. Митьковская, Е. Григоренко, Д. Рузанов, Т. Статкевич. - Текст : непосредственный // Наука и инновации. - 2020. - №7. - С. 50-60.

29. Моноклональные антитела к рецептору интерлейкина 6 при лечении COVID19 у пациентов с хронической болезнью почек / Н.Ф. Фролова, Н.А. Томилина, С.С. Усатюк [и др.]. - Текст : непосредственный // Инфекционные болезни: новости, мнения, обучение. - 2022. - Т. 11. - № 1. - С. 77-84.

30. Нейтрофилы, лимфоциты и их соотношение как предикторы исходов у больных COVID-19 / Б.И. Кузник, Ю.Н. Смоляков, В.Х. Хавинсон [и др.]. - Текст : непосредственный // Патологическая физиология и экспериментальная терапия. - 2021. - Т. 65. - № 4. - С. 34 - 41.

31. Николаев, И.А. Экономический эффект от вакцинации как аргумент в разъяснительной работе по вакцинопрофилактике / И.А. Николаев, В.М. Черепов, О.В. Соболевская. - Текст : непосредственный // Менеджер здравоохранения. -2023. - № 1. - С. 42-49.

32. Определение порогового значения защитного уровня антител класса G к SARS-COV-2 в поздней фазе иммунного ответа у реконвалесцентов COVID -19 / Н.А. Алтухова, Н.А. Ковязина, Н.И. Давыдова [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинский алфавит. - 2022. - №6. - С. 11-16.

33. Опыт масштабирования и интенсификации промышленного производства векторной аденовирусной вакцины ГАМ-КОВИД-ВАК в лимитирующих условиях пандемии / А.Н. Морозов, И.Р. Яхин, Н.В. Стратонова [и др.]. - Текст : непосредственный // БИО препараты. Профилактика, диагностика, лечение. - 2022. - Т.22, вып. 4. - С. 382-391.

34. Опыт упреждающей терапии ингибиторами рецептора ИЛ-6 и перспективы ее применения в рамках эволюции COVID-19. Экспертный совет. Резолюция / В.П. Чуланов, Б.А. Бакиров, Н.Н. Везикова [и др.]. - Текст : непосредственный // Терапевтический архив. - 2022. - № 8. - С. 1028-1035.

35. Основные поверхностные маркеры функциональной активности Т-лимфоцитов / Л.С. Литвинова, А.А. Гуцол, Н.А. Сохоневич [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2014. - Т. 16, № 1. - С. 7-26.

36. Отдаленная динамика уровня специфических IgG-антител к S-белку коронавируса SARS-CoV-2 у вакцинированных лиц / О.М. Драпкина, С.А. Бернс, А.Ю. Горшкова [и др.]. - Текст : непосредственный // Кардиоваскулярная терапия и профилактика. - 2021. - Т. 20. - № 8. - С. 23-28

37. Патологическая анатомия COVID-19: опыт 2000 аутопсий / О.В. Зайратьянц, М.В. Самсонова, А.Л. Черняев [и др.]. - Текст : непосредственный // Судебная медицина. - 2020. - Т. 6. - № 4. - С. 10-23.

38. Платонова, Т.А. Особенности формирования гуморального иммунитета у лиц с различными клиническими проявлениями COVID-19 / Т.А. Платонова, А.А. Голубкова, Е.А. Карбовничая, С.С. Смирнова. - Текст : непосредственный // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2021. - Т.20. - № 1. - с. 20-25.

39. Распространенность возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у лиц без симптомов респираторной инфекции / С.Б. Яцышина, М.В. Мирошина, М.А. Елькина [и др.]. - Текст : непосредственный // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2021. - № 4. - С. 383-396.

40. Роль Toll-подобных рецепторов в патогенезе COVID-19 / И.А. Синякин, И.А. Андриевская, Н.А. Ишутина [и др.]. - Текст : непосредственный // Бюллетень физиологии и патологии дыхания. - 2021. - № 82. - С. 107-115.

41. Роль провоспалительных цитокинов и противовоспалительных цитокинов при бактериальной пневмонии. Обзор литературы / Е.П. Зинина, С.В.

Царенко, Д.Ю. Логунов [и др.]. - Текст : непосредственный // Вестник интенсивной терапии. - 2021. - № 1. - С. 77-89.

42. Роль ренин-ангиотензин-альдостероновой системы во взаимодействии с коронавирусом 8АКБ-СоУ-2 и в развитии стратегий профилактики и лечения новой коронавирусной инфекции (С ОУГО-19) / А.Я. Фисун, Д.В. Черкашкин, В.В. Тыренко [и др.]. - Текст : непосредственный // Артериальная гипертензия. - 2020.

- Т. 26. - № 3. - С. 248-262.

43. Садыков, В.Ф. Иммунный статус и спектр цитокинов как прогностические признаки риска тяжелого течения заболевания и эффективности терапии пациентов с коронавирусной инфекцией СОУГО-19 / В.Ф. Садыков, Р.А. Полтавцева, А.В. Чаплыгина, Н.В. Бобкова. - Текст : непосредственный // Анализ риска здоровью. - 2022. - № 4. - С. 148-158.

44. Сафонова, Э.А. Особенности иммунного статуса больных с острым коронарным синдромом, перенесших СОУГО-19, в зависимости от числа цитотоксических Т-лимфоцитов (CD8+) / Э.А. Сафонова, Л.В. Рябова, А.В. Зурочка. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2023. - № 4.

- С. 785-790.

45. Семенова, Е.В. Особенности гуморального иммунитета после перенесенного СОУГО-19 / Е.В. Семенова, В.В. Павлюк, М.А. Уварова, А.В. Иванов. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2022. - Т. 24.

- № 2. - С. 337-350.

46. Сергиев, В.П. Инфекционные болезни и цивилизация : монография / В.П. Сергиев, Н.А. Малышев, И.Д. Дрынов. - Москва : Институт Эпидемиологии и Микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи РАМН, 2000. - 207 с. -Текст : непосредственный.

47. Сизякина, Л.П. Характеристика В2-лимфоцитов у пациентов с серонегативным ревматоидным артритом суставной формы / Л.П. Сизякина, М.В.

Харитонова. - Текст : непосредственный // Иммунология. - 2018. - Т.39. - № 2-3.

- С. 134-136.

48. Синицын, Б.Ф. Механизмы аутотолерантности в происхождении лимфопении при COVID-19 / Б.Ф. Синицын, Н.Н. Каладзе. - Текст : непосредственный // Вестник физиотерапии и курортологии. - 2022. - Т. 28. - № 1. - С. 79-82.

49. Смирнов, А.Ю. Анализ смертности от коронавирусной инфекции в России / А.Ю. Смирнов. - Текст : непосредственный // Народонаселение. - 2021. -Т. 24. - № 2. - С. 76-86.

50. Соловьева, А.С. Противовирусный иммунитет / А.С. Соловьева. - Текст : непосредственный // Бюллетень физиологии и патологии дыхания. - 2015. - №56.

- С. 113-118.

51. Состояние иммунитета и его влияние на частоту развития полиорганной недостаточности у пациентов после операций на сердце / Е.А. Партылова, Ю.И. Петрищев, И.В. Кудярвцев [и др.]. - Текст : непосредственный // Общая реаниматология. - 2019. - № 4. - С. 32-41.

52. Состояние иммунной системы у пациентов с различной степенью тяжести COVID-19 / Л.В. Кречетова, Е.В. Инвияева, В.Ф. Садыков [и др.]. - Текст : непосредственный // Акушерство и гинекология. - 2021. - № 8. - С. 75-85.

53. Состояние иммунной системы у пациентов с различной степенью тяжести COVID-19 / Л.В. Кречетова, Е.В. Инвияева, В.Ф. Садыков [и др.]. - Текст : непосредственный // Акушерство и гинекология. - 2021. - № 8. - С. 75-85.

54. Субпопуляции В-лимфоцитов: функции и молекулярные маркеры / А.А. Лушова, Э.А. Жеремян, Е.А. Астахова [и др.]. - Текст : непосредственный // Иммунология. - 2019. - Т40. - № 6. - С. 63-76.

55. Субпопуляционный состав В-клеток переферической крови у больных системной красной волчанкой / А.И. Будакова, С.В. Лапин, М.К. Серебрякова [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2017. - Т. 19. -№ 2. - С. 175-184.

56. Течение COVID-19 у вакцинированных пациентов / Ю.П. Линец, С.В. Артюхов, А.Н. Казанцев [и др.]. - Текст : непосредственный // Журнал им. Н.В. Склифосовского «Неотложная медицинская помощь». - 2021. - Т. 10. - № 4. - С. 636-641.

57. Уманский, К.Г. Презумпция невиновности вирусов / К.Г. Уманский. -Текст : непосредственный // Химия и жизнь. - 1979. - № 5. - С. 77-81.

58. Федотова, Е.В. Особенности тромбозов у пациентов с новой коронавирусной инфекцией COVID-19 / Е.В. Федотова, В.А. Чупров, А.А. Чупрова [и др.]. - Текст : непосредственный // Международный научно-исследовательский журнал. — 2023. — № 1. - С. 72.

59. Хаитов, Р.М. Эпителиальные клетки дыхательных путей как равноправные участники врожденного иммунитета и потенциальные мишени для иммунотропных средств // Р.М. Хаитов, Б.В. Пинегин, М.В. Пащенков. - Текст : непосредственный // Иммунология. - 2020. - Т. 41. - № 2. - С. 107-113.

60. Хайтович, А.Б. Коронавирусные инфекции (мутации, генотипы) / А.Б. Хайтович, П.А. Ермачкова. - Текст : непосредственный // Крымский журнал экспериментальной и клинической медицины. - 2021. - Т. 11. - № 1. - С. 61-75.

61. Хайтович, А.Б. Патогенез COVID-19 / А.Б. Хайтович, П.А. Ермачкова -Текст : непосредственный // Таврический медико-биологический вестник. - 2020.

- № 4. - С. 113-132.

62. Цитокиновый шторм при COVID-19 / С.А. Костюк, В.В. Симирский, Ю.Л. Горбич [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинские новости. - 2020.

- № 10. - С. 4-8.

63. Цитокины в плазме крови больных COVID-19 в острой фазе заболевания и фазе полного выздоровления / Н.А. Арсентьева, Н.Е. Любимова, О.К. Бацунов [и др.]. - Текст : непосредственный // Медицинская иммунология. - 2021. - Т. 23. - № 2. - С. 311-326.

64. Чередеев, А.Н. CD-маркеры в практике клинико-диагностической лаборатории / А.Н. Чередеев, Н.К. Горлина, И.Г. Козлов. - Текст : непосредственный // Клиническая лабораторная диагностика. - 1999. - № 6. - С. 25-31.

65. Шамшева, О.В. Вакцинация и здоровье человека / О.В. Шамшева. -Текст : непосредственный // Детские инфекции. - 2015. - Т. 14. - № 4. - С. 6-12.

66. Широков, Е.А. Взаимосвязь глобальных изменений биосферы планеты с экспансией вирусов и пандемией COVID-19 / Е.А. Широков. - Текст : непосредственный // Клиническая медицина. - 2021. - Т. 99, вып. 5-6. - С. 375 -382.

67. Шмаров, М.М. Рекомбинантные аденовирусы человека как платформа для создания новых эффективных и безопасных вакцин / М.М. Шмаров, А.Э. Никонова, Е.С. Седова, Д.Ю. Логунов. - Текст : непосредственный // Педиатрия им. Г.Н. Сперанского. - 2020. - Т. 99, вып.6. - С. 52-56.

68. Эффективность применения блокаторов интерлейкина-6 в терапии новой коронавирусной инфекции / И.В. Демко, Н.В. Гордеева, А.Ю. Крапошина [и др.]. - Текст : непосредственный // Патологическая пульмонология. - 2023. - № 1. - С. 44-50.

69. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin / P. Zhou, X.L. Yang, X.G. Wang [et al.]. // Nature. - 2020. - Vol. 579. - P. 270273. URL: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

70. Acute SARS-cov-2 pneumonitis with cytotoxic CD8 positive T-lymphocytes: Case report and review of the literature / A. Puzyrenko, J.C. Felix, Y. Sun [et al.]. //

Pathology, research and practice. - 2021. - Vol. 220. - P. 153380 URL: https://doi.org/10.1016/j .prp.2021.153380

71. Adaptive Immune Responses and Immunity to SARS-CoV-2 / D. Primorac, K. Vrdoljak, P. Brlek [et al.]. // Frontiers in immunology. - 2022. - Vol. 13. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.848582

72. Amanna, Ian J. Contributions of humoral and cellular immunity to vaccine-induced protection in humans / I.J. Amanna, M.K. Slifka. // Virology. - 2011. - Vol. 411, №. 2. - P. 206-15. URL: https://doi.org/10.1016/j.virol.2010.12.016

73. An Update on Protective Effectiveness of Immune Responses After Recovery From COVID-19 / S. Soleimanian, S. Alyasin, N. Sepahi [et al.]. // Frontiers in Immunology. - 2022. - Vol. - 13. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.884879

74. Anaturally processed HLA-DR-bound peptide from the IL-9 receptor alpha of HTLV-1-transformed T cells serves as a T helper epitope / H. Kobayashi, T. Kumai, S. Hayashi [et al.]. // Cancer Immunology Immunotherapy. - 2012. - Vol. 61, №. 12. - P. 2215-2225. URL: https://doi.org/10.1007/s00262-012-1284-7

75. Anti-CD40 Antibodies Fused to CD40 Ligand Have Superagonist Properties. / V. Ceglia, S. Zurawski, M. Montes [et al.]. // Journal of immunology. -2021. - Vol. 207. №, 8. - P. 2060-2076. URL: https://doi.org/10.4049/jimmunol.2000704

76. Ariel, L.A. A conserved domain in the coronavirus membrane protein tail is important for virus assembly/ L.A. Ariel, J.L. Blake, G.H. Brenda // J. Virol. - 2010. -Vol. 84, №. 21. - P. 11418-11428. URL: https://doi.org/10.1128/JVI.01131-10

77. Attrition of T cell memory: selective loss of LCMV epitope-specific memory CD8 T cells following infections with heterologous viruses / L.K. Selin, M.Y. Lin, K.A. Kraemer [et al.]. // Immunity. - 1999. - Vol. 11, №. 6. - P. 733-742. URL: https://doi.org/10.1016/s1074-7613(00)80147-8

78. Bai, Z. The SARS-cov-2 Nucleocapsid Protein and Its Role in Viral Structure, Biological Functions, and a Potential Target for Drug or Vaccine Mitigation / Z. Bai, Y. Cao, W. Liu, J. Li. // Viruses. - 2021. - Vol. 13(6). - P. 1115. URL: https://doi.org/10.3390/v13061115

79. Basigin is released in extracellular vesicles derived from the renal tubular epithelium in response to albuminuria / T. Watanabe, K. Maeda, N. Kato [et al.]. // Nephrology. - 2023. - Vol. 28, №. 11. - P. 629-638. URL: https://doi.org/10.1111/nep.14227

80. Beatty, G. Cancer immunotherapy: activating innate and adaptive immunity through CD40 agonists / G.L. Beatty, Y. Li, K.B Long // Expert review of anticancer therapy. - 2017. - Vol. 17, №. 2. - P. 175-186. URL: https://doi.org/10.1080/14737140.2017.1270208

81. Beyerstedt, S. COVID-19: angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) expression and tissue susceptibility to SARS-cov-2 infection / S. Beyerstedt, E.B. Casaro, E.B. Rangel // European journal of clinical microbiology & infectious diseases : official publication of the European Society of Clinical Microbiology. - 2021. - Vol. 40, №. 5. - P. 905-919. URL: https://doi.org/10.1007/s10096-020-04138-6

82. Biochemical characterization of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein / W. Zeng, G. Liu, H. Ma [et al.]. // Biochemical and biophysical research communications. - 2020. - Vol. 527, № 3. - P. 618-623. URL: https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2020.04.136

83. Bluestone, J. A. CTLA4Ig: bridging the basic immunology with clinical application / J.A. Bluestone, E.W. St Clair, L.A. Turka // Immunity. - 2006. - Vol. 24, №. 3. - P. 233-238. URL: https://doi.org/10.1016/j.immuni.2006.03.001

84. Boykinova, O.B. Epidemiological, immunological and clinical characteristics of acute hepatitis C / O.B. Boykinova, Y.D. Stoilova, T.Z. Tsvetkova, I.G. Baltadjiev // Folia Med (Plovdiv). - 2009. - Vol. 51, №. 1. - P. 61-69. PMID: 19437900.

85. Cancro, M.P. Memory B cells and plasma cells: The differentiative continuum of humoral immunity / M.P. Cancro, M.M. Tomayko. // Immunologycal Reviews. - 2021. - Vol. 303, № 1. - P. 72-82. URL: https://doi.org/10.1111/imr.13016

86. CD147 monoclonal antibody attenuates abdominal aortic aneurysm formation in angiotensin II-Infused apoe-/- mice // C. Xu, X. Liu, L. Yu Lee [et al.]. // International Immunopharmacology. - 2023. - Vol. 122:110526. URL: https ://doi.org/10.1016/j.intimp.2023.110526

87. CD147-spike protein is a novel route for SARS-cov-2 infection to host cells / K. Wang, W. Chen, Z. Zhang [et al.]. // Signal Transduction and Targeted Therapy. -2020. - Vol. 5. URL: https://doi.org/10.1038/s41392-020-00426-x

88. CD28 Costimulation: From Mechanism to Therapy / J.H. Esensten, Y.A. Helou, G. Chopra, A. Weiss, J.A. Bluestone. // Immunity. -2016. - Vol. 44, №. 5. - P. 973-988. URL: https://doi.org/10.1016/j.immuni.2016.04.020

89. Characterization of the SARS-cov-2 E Protein: Sequence, Structure, Viroporin, and Inhibitors. / Y. Cao, R. Yang, I. Lee [et al.]. // Protein science : a publication of the Protein Society. - 2021. - Vol. 30 (6). - P. 1114-1130. URL: https://doi.org/10.1002/pro.4075

90. Circulating CD14+ HLA-drlo/- monocytic cells as a biomarker for epithelial ovarian cancer progression / A.E. Stenzel, S.I. Abrams, J.M. Joseph [et al.]. // Am J Reprod Immunol. - 2021. Vol. 85, №. 3. - P. e13343. URL: https://doi.org/10.1111/aji.13343

91. Circulating Spike Protein Detected in Post-COVID-19 mrna Vaccine Myocarditis / L.M. Yonker, Z. Swank, Y.C. Bartsch [et al.]. // Circulation. - 2023. -Vol. 147, №. 11. - P. 867-876. URL: https ://doi. org/10.1161/CIRCULATI0N AHA. 122.061025

92. Comparative Analysis of Antimicrobial Antibodies between Mild and Severe COVID-19 / J. Qiu, A. Engelbrektson, L. Song [et al.]. // Microbiol Spectr. - 2023. -Vol. 11, №. 4. - P. e0469022. URL: https://doi.org/10.1128/spectrum.04690-22

93. Coronaviridae - Old friends, new enemy! / J.C. Leao, T.P.L.Gusmao, A.M. Zarzar [et al.]. // Oral Diseases - 2022. - Vol. 28. - P. 858-866. URL: https://doi.org/10.1111/odi.13447

94. COVID-19 and Postinfection Immunity: Limited Evidence, Many Remaining Questions / R.D. Kirkcaldy, B.A. King, J.T. Brooks [et al.]. // JAMA. - 2020. Vol. 323, №. 22. - P. 2245-2246. URL: https://doi.org/10.1001/jama.2020.7869

95. Critical Role of CD4 Help in CD154 Blockade-Resistant Memory CD8 T Cell Activation and Allograft Rejection in Sensitized Recipients / Z. Wu, Yu. Wang, Fe. Gao [et al.]. // Journal of immunology. - 2008. - Vol. 181. - P. 1096-102. URL: https://doi.org/10.4049/jimmunol.18L2.1096.

96. Cryo-EM structure of the 2019-ncov spike in the prefusion conformation / D. Wrapp, N. Wang, K.S. Corbett [et al.]. // Science. - 2020. - Vol. 367, №. 6483. - P. 1260-1263. URL: https://doi.org/10.1126/science.abb2507

97. Cytokine Storm in COVID-19: Immunopathogenesis and Therapy / C. Zanza, T. Romenskaya, A. C. Manetti [et al.]. // Medicina. - 2022. - Vol. 58, №. 2. - P. 144. URL: https://doi.org/10.3390/medicina58020144C2022).

98. De Wit, E. SARS and MERS: recent insights into emerging coronavirusis / E. De Wit, N. Van Doremalen, D. Falzarano, V.J. Munster // Nature reviews. Microbiology. - 2016. - Vol.14(8). - P. 523-534. URL: https ://doi.org/10.103 8/nrmicro.2016.81

99. Decreased B1 and B2 Lymphocytes Are Associated With Mortality in Elderly Patients With Chronic Kidney Diseases / J. Lin, W. Tang, W. Liu [et al.]. // Front. Med. (Lausanne). - 2020. - №. 7. - P. 75. URL: https://doi.org/10.3389/fmed.2020.00075.

100. Does Angiotensin II Peak in Response to SARS-cov-2? / L.L. Xavier, P.F.R. Neves, L.V. Paz [et al.]. // Front. Immunol. - 2021. - Vol. 11. - P. 577875. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.577875

101. Does infection with or vaccination against SARS-cov-2 lead to lasting immunity? / G. Milne, T. Hames, C. Scotton [et al.]. // Lancet Respir. Med. - 2021. Vol. 9, №. 12. - P. 1450-1466. URL: https://doi.org/10.1016/S2213-2600(21)00407-0

102. Duan, B. Role of B-1a cells in autoimmunity / B. Duan, L. Morel. // Autoimmun. Rev. - 2006. - Vol. 5, №. 6. - P. 403-408. URL: https://doi.org/10.1016/j.autrev.2005.10.007

103. Elevated circulating monocytes and monocyte activation in COVID-19 convalescent individuals / J. Park, L.S. Dean, B. Jiyarom [et al.]. // Frontiers in immunology. - 2023. - V. 14. - P. 1151780. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1151780

104. Enhanced binding of SARS-cov-2 Envelope protein to tight junction-associated PALS1 could play a key role in COVID-19 pathogenesis / F. De Maio, E. Lo Cascio, G. Babini [et al.]. // Microbes and Infection. - 2020. - Vol. 22, №. 10. - P. 592-597. URL: https://doi.org/10.1016/j.micinf.2020.08.006

105. Expansion of activated T lymphocytes (CD3 + HLA/DR +) detectable in early stages of HIV-1 infection / J.R. Bogner, A. Matuschke, B. Heinrich. [et al.]. // Klin Wochenschr. - 1990. - Vol. 68, №. 8. - P. 393-396. URL: https://doi.org/10.1007/BF01648577

106. Falck-Jones, S. Respiratory and systemic monocytes, dendritic cells, and myeloid-derived suppressor cells in COVID-19: Implications for disease severity / S. Falck-Jones, B. Österberg, A. Smed-Sörensen. // Journal of internal medicine. - 2023. -Vol. 293, №. 2. - P. 130-143. URL: https://doi.org/10.1111/joim.13559

107. Flexible peptide recognition by HLA-DR triggers specific autoimmune T-cell responses in autoimmune thyroiditis and diabetes / C.W. Li, R. Osman, F. Menconi.

[et al.]. // Journal of autoimmunity. - 2017. - Vol. 7. - P. 1-9. URL: https://doi.org/10.1016/jjaut.2016.09.007.

108. Frank, M.G. Exploring the immunogenic properties of SARS-cov-2 structural proteins: PAMP:TLR signaling in the mediation of the neuroinflammatory and neurologic sequelae of COVID-19 / M.G. Frank, M. Fleshner, S.F. Maier. // Brain Behav Immun. - 2023. - Vol. 111. - P. 259-269. URL: https://doi.org/10.1016/j.bbi.2023.04.009

109. Ghosh, N. A review on evolution of emerging SARS-cov-2 variants based on spike glycoprotein / N. Ghosh, S. Nandi, I. Saha. // International immunopharmacology. - 2022. - Vol. 105. URL: https://doi.org/10.1016/jintimp.2022.108565

110. Hamilton, J.A. GM-CSF in inflammation / J.A. Hamilton. // The Journal of experimental medicine. - 2020. - Vol. 217, №. 1. - P. e20190945. URL: Https://doi.org/10.1084/jem.20190945

111. HLA-DR-mediated apoptosis susceptibility discriminates differentiation stages of dendritic/monocytic APC / N. Bertho, Dr nou B., B. Laupeze [et al.]. // J. Immunology. - 2000. - Vol. 164, №. 5. - P. 2379-2385. URL: https://doi.org/10.4049/jimmunol.164.5.2379

112. Hu, B. The cytokine storm and COVID-19 / B. Hu, S. Huang, L. Yin. // Journal of medical virology. - 2021. - Vol. 93, № 1. - P. 250-256. URL: https://doi.org/10.1002/jmv.26232

113. IL-15 prolongs CD154 expression on human CD4 T cells via STAT5 binding to the CD154 transcriptional promoter / R. Lowe, A. Genin, N. Orgun [et al.]. // Genes. Immun. - 2014. - Vol. 15. - P. 137-144. URL: https://doi.org/10.1038/gene.20143

114. Imbalance of Regulatory and Cytotoxic SARS-cov-2-Reactive CD4+ T Cells in COVID-19 / B.J. Meckiff, C. Ramírez-Suástegui, V. Fajardo [et al.]. // Cell. - 2020. - Vol. 183, №. 5. - P. 1340-1353.e16. URL: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.10.001

115. Immunosuppressive CD14+HLA-drlo/neg monocytes are elevated in pancreatic cancer and "primed" by tumor-derived exosomes / N. Javeed, M.P. Gustafson, S.K. Dutta [et al.]. // Oncoimmunology. - 2016. - Vol. 6, №. 1. - P. e1252013. URL: https://doi.org/10.1080/2162402X.2016.1252013

116. Increased CD5+CD19+ B lymphocytes at the onset of type 1 diabetes in children / G. De Filippo, N. Pozzi, E. Cosentini [et al.]. // Acta Diabetol. - 1997. -Vol. 34, № 4. - P. 271-274. URL: https://doi.org/10.1007/s005920050087.

117. Increased frequency of CD14+HLA-DR-/low cells in type 2 diabetes patients with poor glycemic control / M.A. Valtierra-Alvarado, J.E. Castañeda-Delgado, G. Lugo-Villarino [et al.]. // Hum. Immunol. - 2022. - Vol. 83, № 11. - P. 789-795. URL: https://doi.org/10.1016/j.humimm.2022.08.011

118. Infectious SARS-cov-2 in Feces of Patient with Severe COVID-19 / F. Xiao, J. Sun, Y. Xu [et al.]. // Emerg. Infect. Dis. - 2020. - Vol. - 26, №. 8. - P. 1920-1922. URL: https://doi.org/10.3201/eid2608.200681

119. Intrinsic and extrinsic control of peripheral T-cell tolerance by costimulatory molecules of the CD28/B7 family / H. Bour-Jordan, J. H. Esensten, M. Martinez-Llordella [et al.]. // Immunological reviews. - 2011. - Vol. 241, №. 1. - P. 180-205. URL: https://doi.org/10.1111/j.1600-065X.2011.01011.x

120. Jackson, C.B. Mechanisms of SARS-cov-2 entry into cells / C.B. Jackson, M. Farzan, B. Chen, H. Choe. // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2022. - Vol. 23, № 1. - P. 3-20. URL: https://doi.org/10.1038/s41580-021-00418-x

121. Jarvinen, L. CD154 on the surface of CD4+CD25+ regulatory t cells contributes to skin transplant tolerance / L. Jarvinen, B. Blazar, O. Adeyi, T. Strom. //

Transplantation. - 2003. - Vol. 76, № 9. - P. 1375-1379. URL: https://doi.org/10.1097/01.TP.0000093462.16309.73

122. In Silico Screening of Drugs That Target Different Forms of E Protein for Potential Treatment of COVID-19 / G. L. Ramírez Salinas, A. López Rincón, J. García Machorro [et al.]. // Pharmaceuticals (Basel, Switzerland). - 2022. - Vol. 16, № 2. - P. 296. URL: https://doi.org/10.3390/ph16020296

123. Karmakar, J. Interplay Between Sialic Acids, Siglec-E, and Neu1 Regulates myd88- and TRIF-Dependent Pathways for TLR4-Activation During Leishmania donovani Infection / J. Karmakar, C.Mandal. // Front Immunol. - 2021. - Vol. 12. - P. 626110. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.626110

124. Kirschning, C.J. TLR2: cellular sensor for microbial and endogenous molecular patterns / C.J. Kirschning, R.R. Schumann. // Curr. Top Microbiol. Immunol.

- 2002. - Vol. 270. - P. 121-144. URL: https://doi.org/10.1007/978-3-642-59430-4_8

125. Kumagai, Y. TLR9 as a key receptor for the recognition of DNA / Y Kumagai, O. Takeuchi, S. Akira. // Adv. Drug Deliv. Rev. - 2008. - Vol. 60(7). P. 795804. URL: https://doi.org/10.1016/j.addr.2007.12.004

126. Lessons learned 1 year after SARS-cov-2 emergence leading to COVID-19 pandemic / K. K. To, S. Sridhar, K. H. Chiu [et al.]. // Emerging microbes & infections.

- 2021. - Vol. 10, № 1. P. 507-535. URL: Https ://doi.org/10.1080/22221751.2021.1898291

127. Li, M.Y. Expression of the SARS-cov-2 cell receptor gene ACE2 in a wide variety of human tissues / M.Y. Li, L. Li, Y. Zhang, X.S. Wang. // Infectious diseases of poverty. - 2020. - Vol. 9, № 1. - P. 45. URL: https://doi.org/10.1186/s40249-020-00662-x

128. Long-term survival of xenogeneic pancreatic islet grafts induced by CTLA4lg / D.J. Lenschow, Y. Zeng, J.R. Thistlethwaite [et al.]. // Science (New York,

N.Y.). - 1992. - Vol. 257(5071). - P. 789-792. URL: https://doi.org/10.1126/science.1323143

129. Lu, B.L. TLR2 agonists and their structure-activity relationships / B.L. Lu, G.M. Williams, M.A. Brimble. // Org. Biomol. Chem. - 2020. - Vol. 18, № 27ro. - P. 5073-5094. URL: https://doi.org/10.1039/d0ob00942c

130. Lymphocyte Phenotyping and HLA-DR Expression over the Course of COVID-19 Infection in Patients with Different Disease Severity / Asmaa-Nafady, Alaa-Rashad, H. Nafady-Hego [et al.]. // Clin Lab. - 2022. - Vol. 68 (5). URL: https://doi.org/10.7754/Clin.Lab.2021.211017. PMID: 35536080.

131. Molecular basis and therapeutic implications of CD40/CD40L immune checkpoint / T. Tang, X. Cheng, B. Truong [et al.]. // Pharmacology & therapeutics. -2021. - Vol. 219. - P. 107709. URL: https://doi.org/10.1016/j.pharmthera.2020.107709

132. Mortezaee, K. CD8+ T Cells in SARS-cov-2 Induced Disease and Cancer-Clinical Perspectives / K. Mortezaee, J. Majidpoor. // Front Immunol. -2022. - Vol. 13. P. 864298. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.864298

133. Mutations and Evolution of the SARS-cov-2 Spike Protein / N. Magazine, T. Zhang, Y. Wu // Viruses. - 2022. - Vol. 14, №3. P. 640. URL: https://doi.org/10.3390/v1403064023

134. Negi, N. An update on host immunity correlates and prospects of reinfection in COVID-19 / N. Negi, S.P. Maurya, R. Singh, B.K. Das. // Int. Rev. Immunol. - 2022. - Vol. 41, №. 4. P.367-392. URL: https://doi.org/10.1080/08830185.2021.2019727

135. Origin, transmission, diagnosis and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) / S. Umakanthan, P. Sahu, A.V. Ranade [et al.]. // Postgraduate medical journal. - 2020. - Vol. 96. - P. 753-758. URL: https ://doi.org/10.113 6/postgradmedj -2020-138234

136. Penninger, J. M. The Role of Angiotensin Converting Enzyme 2 in Modulating Gut Microbiota, Intestinal Inflammation, and Coronavirus Infection / J.M. Penninger, M.B. Grant, J.J.Y. Sung // Gastroenterology. - 2021. - Vol. 160, № 1. - P. 39-46. URL: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.07.067

137. Peripheral blood CD3+HLADR+ cells and associated gut microbiome species predict response and overall survival to immune checkpoint blockade / J. Gorgulho, C. Roderburg, F. Beier [et al.]. // Front. Immunol. - 2023. - Vol. 29, № 14. P. 1206953. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1206953.

138. Persistent SARS-CoV-2 infection in patients seemingly recovered from COVID-19 / R. Bussani, L. Zentilin, R., Correa [et al.]. // The Journal of pathology. -2023. - Vol. 259, №. 3. - P. 254-263. URL: https://doi.org/10.1002/path.6035

139. Profiling serum cytokines in COVID-19 patients reveals IL-6 and IL-10 are disease severity predictors / H. Han, Q. Ma, C. Li [et al.]. // Emerging microbes & infections. - 2020. - Vol. 9, №. 1. - P. 1123-1130. URL: https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1770129

140. Protection against SARS-cov-2 after Covid-19 Vaccination and Previous Infection / V. Hall, S. Foulkes, F. Insalata [et al.]. // N. Engl. J. Med. - 2022. - Vol. 386, №. 13. - P. 1207-1220. URL: https://doi.org/10.1056/nejmoa2118691

141. Ramasamy, S. Critical Determinants of Cytokine Storm and Type I Interferon Response in COVID-19 Pathogenesis / S. Ramasamy, S. Subbian. // Clinical microbiology reviews. - 2021. - Vol. 34, №. 3. - P. e00299-20. URL: https://doi.org/10.1128/CMR.00299-20

142. Ravi, V. Basic virology of SARS-cov 2 / V. Ravi, S. Saxena, P. Panda [et al.]. // Indian journal of medical microbiology. - 2022. - Vol. 40 (2). - P. 182-186. URL: https://doi.org/10.1016/jijmmb.2022.02.005

143. Rea, I.M. CD69, CD25, and HLA-DR activation antigen expression on CD3+ lymphocytes and relationship to serum TNF-alpha, IFN-gamma, and sil-2R

levels in aging / I.M. Rea, S.E. Mcnerlan, H.D. Alexander. // Experimental gerontology. - 1999. - Vol. 34, №. 1. - P. 79-93. URL: https://doi.org/10.1016/s0531-5565(98)00058-8

144. Redondo, N SARS-cov-2 Accessory Proteins in Viral Pathogenesis: Knowns and Unknowns. // N. Redondo, S. Zaldivar-Lopez, J.J. Garrido, M. Montoya. // Front Immunol. - 2021. - Vol. 12. URL: https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.708264

145. Saber, M.M. TLR9: A friend or a foe / M.M. Saber, N. Monir, A.S. Awad, M.E. Elsherbiny. // Life Sci. - 2022. - Vol. 307. - P. 120874. URL: https://doi.org/10.1016Zj.lfs.2022.120874

146. SARS-cov-2 antibody dynamics and B-cell memory response over time in COVID-19 convalescent subjects / A. Achiron, M. Gurevich, R. Falb [et al.]. // Clin. Microbiol. Infect. - 2021. - Vol. 27, №. 9. - P. 1349.e1-1349.e6. URL: https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.05.008

147. SARS-cov-2 N protein promotes NLRP3 inflammasome activation to induce hyperinflammation / P. Pan, M. Shen, Z. Yu [et al.]. // Nat Commun. - 2021. - Vol. 12, № 1. - P. 4664. URL: https://doi.org 10.1038/s41467-021-25015-6

148. SARS-cov-2 spike S1 subunit induces neuroinflammatory, microglial and behavioral sickness responses: Evidence of PAMP-like properties / M.G. Frank, K.H. Nguyen, J.B. Ball [et. Al] // Brain Behav Immunology. - 2022. - Vol. 100. - P. 267277. . URL: https://doi.org 10.1016/j.bbi.2021.12.007

149. SARS-cov-2, SARS-cov, and MERS-COV: A comparative overview / A.A. Rabaan, S. H. Al-Ahmed, S. Haque [et. Al] // Le infezioni in medicina. - 2020. - Vol. 28, №. 2. - P. 174-184. URL: https://www.infezmed.it/media/journal/Vol_28_2_2020_7.pdf

150. Sette, A. Adaptive immunity to SARS-cov-2 and COVID-19 / A. Sette, S. Crotty. // Cell. - 2021. - Vol. - 184, №. 4. - P. 861-880. URL: https://doi.org10.1016/j.cell.2021.01.007

151. Sharma, A. COVID-19: A Review on the Novel Coronavirus Disease Evolution, Transmission, Detection, Control and Prevention // A. Sharma, I. Ahmad Farouk, S. K. Lal. // Viruses. - 2021. - Vol. 13, №. 2. - P. 202. URL: https://doi.org/10.3390/v13020202

152. Shukla, A.K. Angiotensin-Converting-Enzyme 2 and Renin-Angiotensin System Inhibitors in COVID-19: An Update / A.K. Shukla, M. Banerjee. // High blood pressure & cardiovascular prevention : the official journal of the Italian Society of Hypertension. - 2021. - Vol. 28, №. 2. - P. 129-139. URL: https://doi.org/10.1007/s40292-021-00439-9

153. Site-specific glycan analysis of the SARS-cov-2 spike/ Y. Watanabe, J.D. Allen, D. Wrapp [et al.]. // Science. - 2020. - Vol. 369, №. 6501. - P. 330-333. URL: https://doi.org/10.1126/science.abb9983

154. Structure of SARS-cov-2 membrane protein essential for virus assembly / Z. Zhang, N. Nomura, Y. Muramoto [et al.]. // Nature communications. - 2022. - Vol. 13, № 1. - P. 4399 URL: https://doi.org/10.1038/s41467-022-32019-3

155. Structure, function, and antigenicity of the SARS-cov-2 spike glycoprotein / A.C. Walls, Y.J. Park, M.A. Tortorici [et al.]. // Cell. - 2020. - Vol. 181, №. 2. - P. 281-292. URL: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.058

156. Suh, S.H. Angiotensin-converting enzyme 2 and kidney diseases in the era of coronavirus disease 2019 / S.H. Suh, S.K. Ma, S.W. Kim, E.H. Bae // The Korean journal of internal medicine. - 2021. Vol. 36(2). - P. 247-262. URL: https://doi.org/10.3904/kjim.2020.355(2021).

157. T Lymphocytes from Chagasic Patients Are Activated but Lack Proliferative Capacity and downregulate CD28 and CD3Z / N.A. Giraldo, N.I. Bola, A. Cuellar [et al.]. // Tropical Diseases. - 2013. - Vol. 7, №. 1. - P. E2038. URL: https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002038

158. The CD40-TRAF6 axis controls affinity maturation and the generation of long-lived plasma cells / C. Ahonen, E. Manning, L.D. Erickson [et al.]. // Nature immunology. - 2002. - Vol. 3, №. 5. - P. 451-456. URL: https://doi.org/10.1038/ni792

159. The Impact of Evolving SARS-cov-2 Mutations and Variants on COVID-19 Vaccines / G. Mclean, J. Kamil, B. Lee [et al.]. // Mbio. - 2021. - Vol. 13, № 2. URL: https://doi.org/10.1128/mbio.02979-21

160. The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2 / J.E. Pekar, A. Magee, E. Parker [et al.]. // Science. - 2022. - Vol. 377. - P. 960-966. URL: https://doi.org/10.1126/science.abp8337

161. The origins of SARS-cov-2: A critical review / E.C. Holmes, S.A. Goldstein, A.L. Rasmussen [et al.]. // Cell. - 2021. - Vol. 184 (19). - P. 4848-4856. URL: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.08.017

162. The role of IL-6 and IL-6 blockade in COVID-19 / N. Potere, A. Batticciotto, A. Vecchie [et al.]. // Expert review of clinical immunology. -2021. - Vol. 17, № 6. P. 601-618. URL: https://doi.org/10.1080/1744666X.2021.1919086

163. The role of type I interferon in the treatment of COVID-19 / F. Sodeifian, M. Nikfarjam, N. Kian, K. Mohamed, N. Rezaei. // Journal of medical virology. - 2022. -Vol. 94, № 1. - P. 63-81. URL: https://doi.org/10.1002/jmv.27317

164. The unique ORF8 protein from SARS-cov-2 binds to human dendritic cells and induces a hyper-inflammatory cytokine storm / M. Hamdorf, T. Imhof, B. Bailey-Elkin [et al.]. // Journal of molecular cell biology. - 2023. URL: https://doi.org/10.1093/jmcb/mjad062

165. TLR2 - promiscuous or specific? A critical re-evaluation of a receptor expressing apparent broad specificity / U. Zahringer, B. Lindner, S. Inamura, H.A. Heine // Clinical Immunobiology. - 2008. - Vol. 213(3-4). - P. 205-224. URL: https://doi.org/10.1016/jimbio.2008.02.005

166. Ulrich, H. CD147 as a Target for COVID-19 Treatment: Suggested Effects of Azithromycin and Stem Cell Engagement // H. Ulrich, M.M. Pillat. // Stem Cell Review Report. - 2020. - Vol. 16, №. 3. - Р. 434-440. URL: https://doi.org/10.1007/s12015-020-09976-7.

167. Vignali, D.A. IL-12 family cytokines: immunological playmakers / D.A. Vignali, V.K. Kuchroo. // Nature immunology - 2012. - Vol. 13, №. 8. - Р. 722-728. URL: https://doi.org/10.1038/ni.2366

168. Welsh, R.M. Heterologous immunity between viruses / R.M. Welsh, J.W. Che, M.A. Brehm, L.K. Selin. // Immunological reviews. - 2021. - Vol. 235, №. 1. - Р. 244-66. URL: https://doi.org/10.1111/j.0105-2896.2010.00897

169. Wherry, E. J. Molecular and cellular insights into T cell exhaustion. / Wherry, E. J., Kurachi, M. // Nature reviews. Immunology. - 2015. - Vol. 15. № 8. - P. 486-499. URL: https://doi.org/10.1038/nri3862

170. Xia, X. Domains and Functions of Spike Protein in Sars-Cov-2 in the Context of Vaccine Design / X. Xia. // Viruses. - 2021. - Vol. 13, № 1. - Р. 109. URL: Https://doi.org/10.3390/v13010109(2021).

171. Zuiani, A. Antibody Dynamics and Durability in Coronavirus Disease-19 / А. Zuiani, D.R. Wesemann. // Clinics in laboratory medicine. - 2022. - Vol. 42, № 1. -Р. 85-96. URL: https://doi.org/10.1016/j.cll.2021.10.004

172. ВОЗ : официальный сайт. - Женева. - 2021. - URL: https://www.who.int/publications (дата обращения: 05.05.23). - Текст : электронный.

173. Спутник V : [сайт] / учредитель АО «Управляющая компания Российского Фонда Прямых Инвестиций». - Москва. - 2020. - URL: https://sputnikvaccine.com/rus/about-vaccine (дата обращения: 10.05.23). - Текст : электронный.

174. Стопкоронавирус.рф— официальный интернет-ресурс для информирования населения по вопросам коронавируса (COVID-19). : [сайт] / учредитель АНО «Национальные приоритеты». - 2021. - URL: вакцина.стопкоронавирус.рф (дата обращения: 10.05.23). - Текст : электронный.

175. Encyclopaedia Britannica : [сайт]. - 2023. - - URL: https:// www.britannica.com (дата обращения: 11.06.23). - Текст : электронный.

176. The Johns Hopkins Coronavirus Resource Center : [сайт]. - 2020. - URL: https://coronavirus.jhu.edu/map.html (дата обращения: 20.09.2023). - Текст : электронный.

177. Internetional Committee on Taxonomy of Viruses: [сайт]. - 2023. - URL: https://ictv.global/taxonomy (дата обращения:10.09.2023). - Текст : электронный.

ПРИЛОЖЕНИЕ

Приложение 1.

Индивидуальная регистрационная карта

Пациент_

Дата рождения_Пол_Адрес_

Конт.тел._

Диагноз_

Сопутствующие заболевания:_

Жалобы_

Анамнез заболевания_

Анамнез жизни.

Наличие в семье в разных поколениях заболеваний:

аллергических_

лимфопролиферативных_

аутоиммунных_

хронических часто рецидивирующих инфекционных_

факты ранних смертей от тяжелых инфекций__

отставание в росте и развитии в грудном возрасте__

нарушение пищеварения в детском возрасте__

прививки_

осложнения при вакцинации_

Иммунологический анамнез.

¡.Перенесенные острые респираторные заболевания:

а) количество

б) средняя длительность

в) применение антибиотиков

г) длительность/эффективность

2.Патология ЛОР-органов:

а) ангины

б) хронический тонзиллит ремиссия/обострение (количество)

в) хронический синусит ремиссия/обострение (количество)

г) хронический отит ремиссия/обострение (количество)

142

д) хронический фарингит ремиссия/обострение (количество)

З.Хронический бронхит ремиссия/обострение (количество)

4. Пневмония

5. Хронический пиелонефрит ремиссия/обострение (количество)

6. Хронический энтероколит ремиссия/обострение (количество)

7. Хронический фурункулез ремиссия/обострение (количество)

8. Глубокие абсцессы кожи или внутренних органов

9. Кандидоз кожи и слизистых

10.Герпетическая инфекция

а) количество обострений

б) средняя длительность

11. Менингит

12. Остеомиелит

13. Сепсис

14. Потребность во в/в введении а/б

15. Длительное (>2 месяцев) применение а/б с мин. эффектом

16.Субфебрилитет

Аллергологический синдром

поллиноз

атопический дерматит

бронхиальная астма

лекарственная аллергия

другие проявления

Лимфопролиферативный синдром

состояние лимфоузлов

изменения в формуле крови

гепатоспленомегалия

другие проявления

Аутоиммунный синдром

наличие РФ, аутоантител, ускор. СОЭ

другие проявления

применение иммунотропных препаратов

Дата опроса:

Контактные данные пациента Фамилия: Имя: Отчество:

Мобильный телефон:

Город:

Пол Мужской 1 Женский

Причина опроса Перенес СОУГО-19 Контакт с больным СОУГО-19 1 1 Другое

Другое (описать):

Дата рождения Дата: / / (дд/мм/гггг)

Контакт (за 14 дней) Был ли контакт с людьми с подтверждённым диагнозом СОУГО -19 или с людьми с подозрением? Да Нет НЕИЗВЕСТНО

Вероятный источник инфекции • Заражение во время поездки зарубеж • Заражение в другом регионе • Заражение локально - Работник здравоохранения • Заражение локально - Контакт с человеком с подтверждённым диагнозом - другое • Заражение локально - Контакт с человеком с подтверждённым диагнозом - дома • Заражение локально - Источник неизвестен • Выясняется

КЛИНИЧЕСКАЯ КАРТИНА

Дата

проявления

первых

симптомов

Были ли симптомы?

Да

Нет I Неизвестно

Если да, дата начала:

/ /

(дд/мм/гггг)

Сколько длились симптомы: (дни)

1

Симптом ы Острый респираторный дистресс синдром □ Да □ Нет □ Неизвестно Подтверждено на рентгене? □ Да □ Нет □ Неизвестно

Боли в суставах _ Да Нет Неизв

Кашель □ Да □Нет Неизв

Конъюнктивит I Да □Нет □ Неизв

Диарея(понос) □ Да □Нет □ Неизв Дата начала диареи: /

Утомляемость □ Да □Нет Неизв

Лихорадка(температура) I Да □Нет □ Неизв Максимальная:

Дата макс. темп.: / /

Есть ли лихорадка при обращении? □ Да □ Нет □ Неизв

Озноб или дрожь □ Да □Нет Неизв

Головная боль □ Да □Нет Неизв

Недомогание □ Да □Нет Неизв

Боли в мышцах □ Да □Нет Неизв

Тошнота □ Да □Нет Неизв

Пневмония □ Да □Нет Неизв Подтверждено на рент.? □ Да [ Нет

Пневмонит Да Нет Неизв

Насморк Да Нет Неизв

Потеря вкуса и обоняния 1 Да Нет Неизв

Болит горло 1 Да 1Нет Неизв

Одышка Да Нет Неизв

Рвота Да Нет Неизв

Другие симптомы 1 Да Нет Неизв

Если да, опишите:

Клинические заметки:

Был ли госпитализирован? 1 Да Нет Неизв

- Дата поступления: / / Дата выписки: / /

Направлен в реанимацию/отделение интенсивной терапии? 1 Да Нет Неизв

- Кол-во дней в реанимации/ отделении интенсивной терапии:

Проводилась оксигенотерапия (кислород)? Да Нет 11111 1Неизв

Проводилась интубация Да 1 1 Неизв Нет

Проводилась ИВЛ? Да Нет Неизв

Хронические заболевания и Заболевание, не представляющее риск С Нет □ Д1 С С Неизвестно

анамнез болезни Заболевание сердца (не лёгкая гип □ Д1 ертония) С Нет С Неизвестно

Хроническое заболевание лёгких С Да С Нет С Неизвестно

Диабет Неизвестно С Да С Нет □

Заболевание, угнетающее иммунитет С Да Неизвестно С Нет С

Заболевание печени Неизвестно С Да С Нет □

Нарушение обмена веществ I Да С Нет С Неизвестно

Неврологическое расстройство С Да С Нет □ Неизвестно

Ожирение С Да С Нет С Неизвестно

Заболевание почек С Да С Нет □ Неизвестно

Другие заболевания, представляющие риск? С Да Неизвестно С Нет □

Если да, опишите:

Заметки о принимаемых препаратах и других болезнях: