Особенности регуляции генной экспрессии в системе рестрикции-модификации Ssoll тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Федотова, Елена Александровна

• Федотова, Елена Александровна
• кандидат химических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат химических наук Федотова, Елена Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА I. Регуляция в системах рестрикции-модификации прокариот (Обзор литературы).

1.1. Явление рестрикции-модификации.

1.2. Распространение и роль систем рестрикции-модификации.

1.3. Молекулярная организация систем рестрикции-модификации П-го типа.

1.4. Регуляция активности генов метилтрансфераз и эндонуклеаз рестрикции в системах рестрикции-модификации Н-го типа.

1.4.1. Регуляция в системах рестрикции-модификации П-го типа, опосредованная Сб елками.

1.4.1.1. Пространственная структура С-белков.

1.4.2. Регуляция в системах рестрикции-модификации посредством метилирования ДНК.

1.4.3. Регуляция в системах рестрикции-модификации с участием С5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз.

1.5. Общая характеристика структурных и функциональных свойств ДНК-зависимой РНК-полимеразы Е. coli.

I. 6. Механизмы транскрипционной интерференции.

ГЛАВА II. Изучение особенностей регуляции в системе рестрикции-модификации SsoII (Обсуждение результатов).

II.1. Характеристика SsoII-подобной метилтрансферазы EcllSkl.

11.2. Изучение влияния метилтрансфераз SsoII и EcllSkl на транскрипцию генов ферментов рестрикции-модификации в системе SsoII in vitro.

11.3. Изучение механизма регуляции транскрипции генов в системе рестрикции-модификации SsoII.

11.4. Исследование способности метилтрансферазы Ecll8kl к димеризации при взаимодействии с регуляторным участком с помощью бифункциональных сшивающих агентов.

И.5. Свойства делецнонных производных метилтрансфераз SsoILh EcI18kI

11.5.1. Делеционное производное Д(72-379)Ес118к1.

11.5.2. M.NlaX - природный аналог делеционного мутанта A(l-70)SsoII.

II.6. Свойства мутантных форм метилтрансфераз SsoII и EcllSkl, содержащих единичные аминокислотные замены.

11.6.1 Мутантные формы метилтрансферазы Ес118к1, содержащие замены в N-концевой области белка.

II.6.2. Мутаитная форма M.SsoII, содержащая замену в области, ответственной за метилирование.

ГЛАВА III. Экспериментальная часть.

III.1. Реактивы и материалы.

111.2. Приборы и методы.

111.3. Общие методики.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности регуляции генной экспрессии в системе рестрикции-модификации Ssoll»

Системы рестрикции-модификации (Р-М) широко распространены в бактериальных клетках и содержат гены, кодирующие ферменты рестрикции (эндонуклеаза, ЭР) и модификации (метилтрансфераза, МТаза). Системы Р-М могут выступать в роли дискретных форм жизни аналогично вирусам и транспозонам [1]. Эндонуклеаза рестрикции гидрозшзует вторгающуюся ДНК, не модифицированную должным образом, то есть система Р-М выполняет функцию примитивной иммунной системы, защищающей бактерию-хозяина от проникновения чужеродной ДНК. Также в некоторых случаях было показано, что системы Р-М могут вести себя как эгоистичные мобильные элементы и вызывать перестройку генома. После закрепления системы Р-М в геномной ДНК она становится жизненно важной для бактерии. При потере клеткой системы Р-М долгоживущая (по сравнению с метилтрансферазой) эндонуклеаза рестрикции неминуемо приведет к гибели клетки [2].

Долгие годы основным аспектом исследования ферментов систем рестрикции-модификации (Р-М) 11-го типа являлось изучение белково-нуклеинового узнавания, связанного с выполнением их непосредственных функций - гидролиза ДНК или метилирования одного из оснований в цепи ДНК в строго определенном месте. Однако в последнее время системы Р-М все больше привлекают исследователей с точки зрения характеристики регуляции экспрессии генов, которая играет чрезвычайно важную роль при функционировании этих систем в клетках бактерий. Это связано с тем, что эндонуклеазы рестрикции представляют собой белки, потенциально опасные для экспрессирующей их клетки-хозяина. Нарушение функции специфического метилирования ДНК клетки-хозяина также может приводить к её гибели за счет расщепления собственной ДНК. В то же время, соотношение внутриклеточной активности МТазы и ЭР должно быть таким, чтобы ЭР могла гидролизовать чужеродную ДНК до того, как она будет специфически модифицирована МТазой. Поскольку многие системы Р-М определяются автономно реплицирующимися элементами — плазмидами и вирусами, можно предположить, что при их переносе из одного организма в другой регуляция экспрессии генов МТазы и ЭР должна осуществляться самой системой.

Однако, несмотря на очевидное существование регуляции экспрессии генов систем Р-М [1], на сегодняшний день крайне мало известно о возможных механизмах реализации этого процесса. Это обстоятельство определяет актуальность всестороннего изучения процесса регуляции экспрессии генов в системах рестрикции-модификации.

Исследования регуляции активности генов в системах Р-М, проведенные в последнее время, показали, что не существует универсального механизма этого процесса. Однако регуляция на уровне транскрипции, по-видимому, является определяющим механизмом координированной экспрессии генов систем Р-М. Выделяют 3 основных типа подобной регуляции систем Р-М: посредством С-белков (от английского слова «control»), посредством метилирования промоторной области системы Р-М МТазой, а также посредством взаимодействия МТаз с регуляторными последовательностями ДНК, отличными от участка метилирования. Последний тип регуляции характерен для С5-цитозиновых ДНК-метилтрансфераз [3].

Объектом нашего исследования является система Р-М И-го типа SsoII, обнаруженная в штамме Shigella sonnei 47. Эта система является уникальной среди других систем Р-М, для которых описана регуляция экспрессии генов посредством С5-цитозиновых ДНК-МТаз (Mspl, EcoRII, ScrFI, LlaJI). Показано, что помимо авторегуляторной функции -ингибирования собственного синтеза — МТаза SsoII (M.SsoII) активирует транскрипцию гена ЭР SsoII. Регуляция в этой системе осуществляется благодаря специфическому взаимодействию N-концевой области M.SsoII (1-71 а.о.) с промоторной областью генов системы Р-М SsoII [4, 5]. Основное число контактов с M.SsoII обеспечивает локализованный внутри промоторной области 15-звенный инвертированный повтор (регуляторный участок) [6]. Несмотря на активное изучение взаимодействия M.SsoII с регуляторным участком собственно механизм регуляции экспрессии генов в системе Р-М M.SsoII оставался невыясненным. Вместе с тем, всестороннее исследование этого процесса, возможно, позволит выявить закономерности регуляции экспрессии генов в прокариотических клетках и глубже понять его основные аспекты.

Целью настоящей работы являлось установление особенностей механизма регуляции в системе рестрикции-модификации SsoII. В задачи работы входило изучение in vitro транскрипции генов системы Р-М SsoII в присутствии и в отсутствие метилтрансферазы SsoII и SsoII-подобной МТазы Ecll8kl, а также оценка эффективности комплексообразования МТазы и РНК-полимеразы Е. coli с фрагментами ДНК, содержащими регуляторные элементы генов системы Р-М SsoII.

Необходимо было выяснить способен ли полипептид, представляющий собой N-концевую область M.SsoII (1-71 а.о.), выступать в роли фактора транскрипции, то есть связываться с промоторной областью генов системы Р-М SsoII и регулировать их экспрессию. Особое внимание было уделено исследованию роли отдельных аминокислотных остатков N-концевой области МТазы во взаимодействии с регуляторным участком и их влиянию на транскрипционную активность фермента.

Отдельной задачей в рамках настоящего исследования стало выявление взаимосвязи между регуляторной и метилирующей функциями M.SsoII. Для этого были изучены свойства мутантных форм МТаз M.SsoII и SsoII-подобной M.Ecll8kI.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Федотова, Елена Александровна

выводы

1. Установлено, что ферменты модификации - С5-цитозиновая ДНК-метилтрансфераза SsoII и SsoII-подобная метилтрансфераза Ecll8kl - оказывают влияние на транскрипцию генов системы рестрикции-модификации SsoII in vitro.

2. Показано, что ингибирование транскрипции собственного гена SsoII-подобными метилтрансферазами обусловлено конкуренцией РНК-полимеразы и фермента модификации за участок связывания вблизи промотора гена метилтрансферазы. Активация транскрипции гена эндонуклеазы рестрикции SsoII происходит за счет исчезновения транскрипционной интерференции в результате связывания фермента модификации с регуляторным участком.

3. Впервые продемонстрировано, что наличие области белка, ответственной за метилирование, необходимо для эффективного связывания SsoII-подобных метилтрансфераз с регуляторным участком и выполнения этими ферментами функции факторов транскрипции.

4. Показано, что замена остатков Arg35 или Arg38 метилтрансферазы Ecll8kl на аланин приводит к существенному ухудшению связывания белка с регуляторным участком.

5. Впервые обнаружена взаимосвязь между функционированием двух ДНК-узнающих центров SsoII-подобных метилтрансфераз. Аминокислотные замены в регуляторной области фермента модификации Ecll8kl влияют на его способность метилировать субстрат. Существует и обратная зависимость: «выключение» каталитической функции метилтрансферазы SsoII приводит к увеличению сродства мутантной формы белка к регуляторной последовательности.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Федотова, Елена Александровна, 2009 год

1. Kobayashi I. Behaviour of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution. //Nucleic Acids Res. 2001. V. 29. P. 3742-3756.

2. Rocha E.P., Danchin A., Viari A. Evolutionary role of restriction/modification systems as revealed by comparative genome analysis. // Genome Res. 2001. V. 11 P. 946-958.

3. Нагорных M.O., Богданова E.C., Проценко A.C., Захарова М.В., Северинов К.В. Регуляция экирессии генов систем рестрикции-модификации второго типа. // Генетика. 2008. Т. 44. С. 1-10.

4. Shilov I., Tashlitsky V., Khodoun M., Vasil'ev S., Alekseev Y., Kuzubov A., Kubareva E., Karyagina A. DNA-methyltransferase SsoII interaction with own promoter region binding site. //Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 2659-2664.

5. Воробьева О.В., Васильев С.А., Карягина А.С., Орецкая Т.С., Кубарева Е.А. Анализ контактов между ДНК и белком в комплексе метилтрансфераза SsoII-промоторная область генов системы рестрикции-модификации SsoII. // Мол. биология. 2000. Т. 34. С. 1074-1080.

6. Bertani G., Weigle J.J. Host-controlled variation in bacterial viruses. // J. Bacteriol. 1953. V. 65. P. 113-121.

7. Luria S.E., Human M.L. A nonhereditary, host-induced variation of bacterial viruses. // J. Bacteriol. 1952. V. 64. P. 557-569.

8. Arber W., Dussoix D. Host specificity of DNA produced by Escherichia coli. Host controlled modification of bacteriophage lambda. // J. Mol. Biol. 1952. V. 5. P. 18-36.

9. Lepikhov К., Tchernov A., Zheleznaja L., Matvienko N., Walter J., Trautner T.A. Characterization of the type IV restriction modification system BspLUllIII from Bacillus sp. LU11. //Nucleic Acids Res. 2001. V. 15. P. 4691-4698.

10. Roberts R.J., Cheng X. Base flipping. // Annu. Rev. Biochem. 1998. V. 67. P. 181-198.

11. Pingoud A., Fuxrreiter M., Pingoud V., Wende W. Type II restriction endonucleases: structure and mechanism. // Cell. Mol. Life Sci. 2005. V. 62. P. 6^5-101.

12. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliand G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E. The protein data bank. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 235-242.

13. Roberts R.J., Vincze Т., Posfai J., Macelis D. REBASE-enzymes and genes for DNA restriction and modification. // Nucleic Acids Res. 2007. Database issue. D269-D270.

14. Kobayashi I. Restriction-modification systems as minimal forms of life. / In: Restriction endonucleases. Ed. Pingoud A. // Berlin: Springer. 2004. P. 19-62.

15. Xia Y., Burbank D.E., Van Etten J.L. Restriction endonuclease activity induced by NC-1A virus infection of a Chlorella-\ike green alga. // Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. P. 6017-6030.

16. Янулайтис А. А., Стакенас П.С., Пятрушите М.П., Битинайте Ю.Б., Климашаускас С.Й., Буткус В.В. Изучение специфичности новых рестриктаз и метилаз. Необычная модификация цитозина по 4-ому положению. // Мол. биология. 1984. Т. 18. С. 115-129.

17. Ives C.L., Nathan P.D., Brooks J.E. Regulation of the BamHI restriction-modification system by a small intergenic open reading frame, bamHIC, in both Escherichia coli and Bacillus subtilis. II J. Bacterid. 1992. V. 174. P. 7194-7201.

18. Barcus V.A., Murray N.E. Barriers to recombination: restriction. // Cambridge: Univ. Press. 1995. P. 31-58.

19. Knowle D., Lintner R., Touma Y.M., Blumenthal R.M. Nature of promoter activated by C.PvuII, an unusual regulatory protein conserved among restriction-modification systems // J. Bacterid. 2005. V. 187. P. 488-497.

20. Tao Т., Bourne J.C., Blumenthal R.M. A family of regulatory genes associated with type II restriction-modification systems. // J. Bacterid. 1991. V. 173. P. 1367-1375.

21. Ives C.L., Sohail A., Brooks J.E. The regulatory С proteins from different restriction-modification systems can cross-complement. // J. Bacterid. 1995. V. 177. P. 6313-6315.

22. McGeehan J.E., Streeter S.D., Papapanagiotou I., Fox G.C., Kneale G.G. High-resolution crystal structure of the restriction-modification controller protein C.Ahdl from Aeromonas hydrophila. II J. Mol. Biol. 2005. V. 346. P. 689-701.

23. Savvaya M.R., Zhu Z., Mersha F., Chan S.H., Dabur R., Xu S.Y., Balendiran G.K. Crystal structure of the restriction modification system control element C.BclI and mapping of its binding site. // Structure. 2005. V. 13. P. 1837-1847.

24. McGeehan J.E., Streeter S.D., Thresh S.J., Ball N., Ravelli R.B., Kneale G.G. Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes. // Nucleic Acids Res. 2008. V. 36. P. 4778-4787.

25. Bart A., Dankert J., van der Ende A. Operator sequences for the regulatory proteins of restriction-modification systems. // Mol. Microbiol. 1999. V. 31. P. 1277-1278.

26. Semenova E., Minakhin L., Bogdanova E., Nagornykh M., Vasilov A., Heyduk Т., SoloninA., Zakharova M., Severinov K. Transcription regulation of the EcoRV restriction modification system. //Nucleic Acids Res. 2005. V. 33. P. 6942-6951.

27. Cesnaviciene E., Mitkaite G, Stankevicius K., Janulaitis A., Lubys A. Espl396I restriction-modification system: structural organization and mode of regulation. // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 743-749.

28. Пташне M. Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг X. II М.: Мир. 1988. 158 С.

29. Streeter S.D., Papapanagiotou I., McGeehan J.E., Kneale G.G. DNA footprinting and biophysical characterization of the controller protein C.Ahdl suggests the basis of a genetic switch. //Nucleic Acids Res. 2004. V. 32. P. 6445-6453.

30. Moll I., Grill S., Gualerzi C.O., Blasi U. Leaderless mRNAs in bacteria: surprises in ribosomal recruitment and translational control. // Mol. Microbiol. 2002. V. 43. P. 239-246.

31. Mruk I., Blumenthal R.M. Tuning the relative affinities for activating and repressing operators of a temporally regulated restriction-modification system. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 3983-3998.

32. Mruk I., Rajesh P., Blumenthal R.M. Regulatory circuit based on autogenous activation-repression: roles of C-boxes and spacer sequences in control of the PvuII restriction-modification system. //Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 6935-6952.

33. Wilson G.A., Young F.E. Isolation of a sequence specific endonuclease (BamI) from Bacillus amyloliquefaciens H. И Mol. Biol. 1975. V. 97. P. 123-125.

34. Железная JI.A., Кайнов Д.Е., Юнусова A.K., Матвиенко Н.И. Регуляторный С-белок системы модификации-рестрикции EcoRV. // Биохимия. 2003. Т. 68. С. 105-110:

35. Bogdanova Е., Zakharova М., Streeter S., Taylor J., Heyduk Т., Kneale G., Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Esp 13961. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 1-13.

36. Bogdanova E., Djordjevic M., Papapanagiotou I., Heyduk Т., Kneale G., Severinov K. Transcription regulation of the type II restriction-modification system AhdI. // Nuclcic Acids Res. 2008. V. 36. P. 1429-1442.

37. Murray N. Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertram and Weigle). // Microbiol. Mol. Rew. 2000. V. 64. P. 412^134.

38. McGeehan J.E., Papapanagiotou I., Streeter S.D., Kneale G.G. Cooperative binding of the C.Ahdl controller protein to the C/R promoter and its role in endonuclease gene expression. //J. Mol.Biol. 2006. V. 358. P. 523-531.

39. Lubys A., Jurenaite S., Janulaitis A. Structural organization and regulation of the plasmid-bome type II restriction-modification system Kpn2I from Klebsiella pneumoniae RFL2. //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 4228^1234.

40. Mondragon A., Harrison S.C. The phage 434 Cro/ORl complex at 2.5 A resolution. // J. Mol. Biol. 1991. V. 219. P. 321-334.

41. Aggarwal A.K., Rodgers D.W., Drottar M„ Ptashne M., Harrison S.C. Recognition of a DNA operator by the repressor of phage 434: a view at high resolution. // Science. 1988. V. 242. P. 899-907.

42. Donner A.L., Paa K., Koudelka G.B. Carboxyl-terminal domain dimer interface mutant 434 repressors have altered dimerization and DNA binding specificities. // J. Mol. Biol. 1998. V. 283. P. 931-946.

43. Rumpel S., Razeto A., Pillar C.M., Vijayan V., Taylor A., Giller K., Gilmore M.S., Becker S., Zweckstetter M. Structure and DNA-binding properties of the cytolysin regulator CylR2 from Enterococcusfaecalis. IIEMBO J. 2004. V. 23. P. 3632-42.

44. Beletskaya I.V., Zakharova M.V., Shlyapnikov M.G., Semenova L.M., Solonin A.S. DNA methylation at the CfrBI site is involved in expression control in the CfrBI restriction-modification system. //Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3817-3822.

45. Zakharova M., Minakhin L., Solonin A., Severinov K. Regulation of RNA polymerase promoter selectivity by covalent modification of DNA. // J. Mol. Biol. 2004. V. 335. P. 103-111.

46. Christensen L.L., Josephsen J. The methyltransferase from the LlaDII restriction-modification system influences the level of expression of its own gene. // J. Bacteriol. 2004. V. 186. P. 287-295.

47. Lubys A., Janulaitis A. Cloning and analysis of the plasmid-bome genes encoding the Bsp6I restriction and modification enzymes. // Gene. 1995. V. 157. P. 25-29.

48. Kita K., Kotani H., Sugisaki H., Takanami M. The Fokl restriction-modification system. I. Organization and nucleotide sequences of the restriction and modification genes. // J. Biol. Chem. 1989. V. 264. P. 5751-5756.

49. Som S., Friedman S. Autogenous regulation of the EcoRlI methylase gene at the trancriptional level: effect of 5-azacytidine. // EMBO J. 1993. V. 12. P. 4297-4303.

50. Friedman S., Som S. Indaction of EcoRII methylase: evidence for autogenous control. // J. Bacteriol. 1993. V. 175. P. 6293-6298.

51. Som S., Freidman S. Regulation of EcoRII methyltransferase: effect of mutations on gene expression and in vitro binding to the promoter region. // Nucleic Acids Res. 1994. V. 24. P. 5347-5353.

52. Som S., Friedman S. Characterization of the intergenic region which regulates the Mspl restriction-modification system. // J. Bacteriol. 1997. V. 179. P. 964-967.

53. Butler D., Fitzgerald G.F. Transcriptional analysis and regulation of expression of the ScrFI restriction-modification system of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC503 // J. Bacteriol. 2001. V. 183. P. 4668-4673.

54. O'Driscoll J., Glynn F., Cahalane O., O'Connell-Motherway M., Fitzgerald G.F., Van Sinderen D. Lactococcal plasmid pNP40 encodes a novel, temperature-sensitive restriction-modification system // Appl. Environ. Microbiol. 2004. V. 70. P. 5546-5556.

55. O'Driscoll J., Fitzgerald G.F., van Sinderen D. A dichotomous epigenetic mechanism governs expression of the LlaJI restriction/modification system // Mol. Microbiol. 2005. V. 57. P. 1532-1544.

56. Gross C.A., Chan C., Dombroski A., Gruber Т., Sharp M., Tupy J., Young B. The functional and regulatory roles of sigma factors in transcription. // Cold Spring Harbor Symp. Quant Biol. 1998. V. 63. P. 141-155.

57. Maeda H., Fujita N., Ishihama A. Competition among seven Escherichia coli a subunits: relative binding affinities to the core RNA polymerase. // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3497-3503.

58. Lewin B. Genes IX. Oxford University Press. NY. 2007. 912 P.

59. Shearwin K.E., Callen B.P., Egan J.B. Transcriptional interference a crash course. // Trends Genet. 2005. V. 21. P. 339-345.

60. Dodd I.B., Egan J.B. Action at a distance in CI repressor regulation of the bacteriophage 186 genetic switch. // Mol. Microbiol. 2002. V. 45. P. 697-710.

61. Callen B.P., Shearwin K.E., Egan J.B. Transcriptional interference between convergent promoters caused by elongation over the promoter. 11 Mol. Cell. 2004. V. 14. P. 647-656.

62. Martens J.A., Laprade L., Winston F. Intergenic transcription is required to repress the Saccharomyces cerevisiae SER3 gene. //Nature. 2004. V. 429. P. 571-574.

63. Sneppen K., Dodd I.B., Shearwin K.E., Palmer A.C., Schubert R.A., Callen B.P., Egan J.B. A mathematical model for transcriptional interference by RNA polymerase traffic in Escherichia coli. II J. Mol. Biol. 2005. V. 346. P. 399-409.

64. Карягина A.C. Структурно-функциональная характеристика систем рестрикции-модификации ДНК штамма Shigella sonnei 47. // Дисс. докт. биол. наук. ВНИИ РАСХН. Москва. 1997. 331 С.

65. Никольская И.И., Карташова И.М., Лопатина Н.Г. Ферменты новой системы хозяйской специфичности Sso47II. //Молекулярн. генетика. 1983. Т.12. С. 5-10.

66. Karyagina A.S., Lunin V.G., Degtyarenko K.N., Uvarov V.Yu., Nikolskaya I.I. Analysis of the nucleotide and derived amino acid sequences of the SsoII restriction endonuclease and methyltransferase. //Gene. 1993. V. 124. P. 13-19.

67. Kumar S., Cheng X., Klimasauskas S., Mi S., Posfai J.,Roberts R.J., Wilson G.G. The DNA (cytosine-5) methyltransferases. //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 1-10.

68. Jeltsch A. Beyond Watson and Crick: DNA methylation and molecular enzymology of DNA methyltransferases. // Chembiochem. 2002. V. 3. P. 274-293.

69. Леднева P.K., Копылов A.M. Структурные аспекты ДНК-белкового узнаваиия. М.: МГУ. 1999. 119 С.

70. Karyagina A.S., Alexeevski А.У., Golovin A.V., Spirin S.A., Vorob'eva O.V., Kubareva E.A. Computer modelling of complex of (C5-cytosine)-DNA methyltransferase SsoII with target and regulatory DNAs. // Biophysics. 2003. V. 48. Supp. 1. P. 45-55.

71. Denjmukhametov M.M., Brevnov M.G., Zakharova M.V., Repyk A.V., Solonin A.S., Petrauskene O.V., Gromova E.S. The Ecll8kl restriction-modification system: cloning, expression, properties of the purified enzymes. // FEBS Lett. 1998. V. 433. P. 233-236.

72. Варфаломеев С.Д., Гуревич К.Г. Биокинетика. // М.: Фаир-пресс. 1998. 720 С.

73. Protsenko A., Zakharova M., Nagornykh M., Solonin A., Severinov K. Transcription regulation of restriction-modification system Ecll8kl. // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 5322-5330.

74. Harley C.B., Reynolds R. Analysis of Escherichia coli promoter sequences. // Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. P. 2343-2361.

75. Mitchell J.E., Zheng D., Busby S.J., Minchin S.D. Identification and analysis of 'extended-10' promoters m Escherichia coli. //Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 4689-4695.

76. Manelyte L. Structural and functional analysis of MutS, a mismatch repair protein from Escherichia coli. II Dr. rer. nat. Institute of Biochemistry. Justus-Liebig University Giessen. Giessen. 2006. 124 P.

77. Karyagina A.S., Lunin V.G., Levtchenko I.Ya., Labbe D., Drousseau R., Lau P.C.K., Nikolskaya I.I. The SsoII and NlaX DNA methyltransferases: overproduction and functional analysis. // Gene. 1995. V. 157. P. 93-96.

78. Kubareva E.A., Walter J., Karyagina A.S., Vorob'eva O.V., Lau P.C.K., Trautner T. Determination of methylation site of DNA-methyltransferase NlaX by a hybrid method. // BioTechniques. 2002. V.33. P. 526-531.

79. Филькенштейн A.B., Птицын О.Б. Физика белка. / М.: Книжный дом «Университет». 2002. 376 С.

80. Cheng X., Kumar S., Posfai J., Pflugrath J.W. Roberts R.J. Crystal structure of the Hhal DNA methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-methionine. // Cell. 1993. V. 74. P. 299307.

81. Kirsch R.D., Joly E. An improved PCR-mutagenesis strategy for two-site mutagenesis or sequence swapping between related genes. //Nucleic Acids Res. 1998. V. 26. P. 1848-1850.

82. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 5463-5467.

83. Судьина A.E. Эндонуклеазы рестрикции SsoII, PspGI и Mbol: изучение свойств и определение ДНК-связывающих мотивов. // Дис. уч. ст. к. х. н. Москва. МГУ. 2004. 152 С.

84. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of the bacteriophage T4. //Nature. 1970. V. 227. P. 680-685.

85. Bradford M.M. A Rapid and Sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding. //Anal. Biochem. 1976. V. 72. P. 248-254.

86. Perez A., Marchan I., Svozil D., Sponer J., Cheatham Т.Е., Laughton C.A. Orozco M. Refinement of the AMBER force field for nucleic acids: improving the description of alpha/gamma conformers. // Biophys. J. 2007. V. 92. P. 3817-3829.

87. Wang W. Biomolecular simulations: recent developments in force fields, simulations of enzyme catalysis, protein-ligand, protein-protein, and protein-nucleic acid noncovalent interactions. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001. P. 30 P. 211-43.