Особенности гуморального и клеточного иммунного ответа у больных COVID-19 и лиц, вакцинированных комбинированной векторной вакциной «Спутник V» тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Хамза Шаймаа

• Хамза Шаймаа
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Хамза Шаймаа

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Коронавирусы человека (НСоУб): биология и вирусология

1.1.1 Таксономия и филогения НСоУб

1.1.2 Происхождение и распространение НСоУб

1.1.3 Структура НСоУб

1.1.4 Общее строение генома НСоУб

1.2 Варианты и подварианты 8ЛЯ8-СоУ-2

1.3 Жизненный цикл коронавирусов

1.3.1 Прикрепление и проникновение в клетку -хозяина

1.3.2 Трансляция генома

1.3.3 Репликация и транскрипция

1.3.4 Трансляция мРНК и высвобождение вирусных частиц

1.4 Иммунный ответ против инфекции 8ЛЯ8-СоУ-2

1.4.1 Гуморальный иммунный ответ против 8ЛЯ8-СоУ-2

1.4.1.1 Динамика профиля антител в сыворотке крови при инфицировании 8ДЯ8-СоУ-2

1.4.1.2 Антитела слизистых оболочек при инфекции 8ДЯ8-СоУ-2

1.4.1.3 Перекрестно-реактивные антитела

1.4.1.4 Аутореактивные антитела при инфекции 8ДЯ8-СоУ-2

1.4.1.5 Особенности нейтрализации 8-гликопротеина и антител

1.4.2 Клеточный иммунный ответ против инфекции 8ЛЯ8-СоУ-2

1.4.2.1 Клеточный иммунный ответ на НСоУб

1.4.2.2 Клеточные иммунные реакции против 8ЛЯ8-СоУ-2 во время острой фазе инфекции

1.4.2.3 Специфичность и фенотип Т-клеточного иммунного ответа на 8ля8-соу-2

1.4.2.4 Перекрестное распознавание Т-клетками других НСоУб

2

1.4.2.5 Распознавание Т-клетками опасных вариантов вируса

SARS-CoV-2

1.5 Вакцины против SARS-CoV-2

1.5.1 Вакцина «Спутник V»

2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы и реактивы

2.1.1 Биологический материал

2.1.2 Пептиды SARS-CoV-2 и eCoVs

2.2 Методы

2.2.1 Иммуноферментный анализ (ИФА) SARS-CoV-2 для определения суммарного уровня специфических антител IgM, IgG и IgA к S-белку SARS-CoV-2

2.2.2 Иммуноферментный анализ (ИФА) для определения иммунореактивности антител к пептидам S- и N-белков SARS-CoV-2

2.2.3 Метод иммуноферментных пятен (ELISpot assay) для определения реактивности Т-клеток к S-белку SARS-CoV-2

2.2.4 Мультипараметрический иммуноферментный анализ (Multiplex analysis, мультиплексный анализ) для определения уровня цитокинов в сыворотке крови

2.2.5 3D-картирование иммуногенных эпитопов

2.2.6 Анализ консервативности аминокислотных последовательностей реактивных пептидов

2.2.7 Статистический анализ

3 РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

3.1 Анализ иммунореактивности антител к пептидам S- и N- белков эндемических коронавирусов у пациентов с COVID -19 и

конвалесцентов

3.1.1 Корреляционный анализ реактивности сыворотки крови к пептидам SARS-CoV-2 и клинико-демографических характеристик пациентов с COVID-19

3

3.1.2 Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей пептидов SARS-CoV-2 S- и N-белков эндемичных коронавирусов

3.1.3 Анализ реактивности антител с пептидами эндемических коронавирусов NL63, OC43, HKU1 и 229E

3.2 Определение иммуногенных пептидов S- и N-белков SARS-CoV-2 и уровня цитокинов в сыворотках крови пациентов с летальном исходе COVID-19

3.2.1 Анализ иммунореактивности антител IgM-SARS-CoV-2 с пептидами S- и N-белков SARS-CoV-2 в сыворотках крови пациентов в острой фазе COVID-19

3.2.2 Анализ иммунореактивности антител IgG-SARS-CoV-2 с пептидами S- и N-белков SARS-CoV-2 в сыворотках пациентов с COVID-19 в острой фазе и в фазе выздоровления

3.2.3 Анализ профиля цитокинов в сыворотках крови пациентов в острой фазе COVID-19

3.2.4 Значения иммунореактивности антител к пептидам S - и N-белков SARS-CoV-2 и уровня цитокинов в сыворотках крови пациентов с летальном исходе COVID-19

3.3 Анализ долговременного иммунного ответа, вызванного вакциной «Спутник V»

3.3.1 Суммарный уровень антител против SARS-CoV-2 в сыворотке крови конвалесцентов после COVID-19 и вакцинированных «Спутник

V»

3.3.2 Иммунореактивность ответ на пептиды S-белка SARS-CoV-2 в сыворотках крови вакцинированных «Спутник V» и конвалесцентов после COVID-19

3.3.3 Картирование пептидов распознаваемых антителами, выявленных в сыворотках вакцинированных «Спутник V» и конвалесцентов после COVID-19, на последовательности S-белка SARS-CoV-2

3.3.4 Анализ консервативности аминокислотной последовательности

4

пептидов S-белка SARS-CoV-2, распознаваемых антителами сывороток

вакцинированных «Спутник V» и конвалесцентов после COVID

3.3.5 Иммунный ответ Т-клеток на вакцину «Спутник V»

3.3.6 Анализ профиля цитокинов в сыворотках крови конвалесцентов и

вакцинированных «Спутник V»

4 ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ИССЛЕДОВАНИЯ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

а.о. Аминокислотный остаток

а.п. Аминокислотная последовательность

ВОЗ Всемирная организация здравоохранения

ЗЦ Зародышевый центр

ИФА Иммуноферментный анализ

кПЦР Количественная полимеразная цепная реакция

мРНК Матричная рибонуклеиновая кислота

НИЦЭМ им. Национальный исследовательский центр

Гамалеи эпидемиологии и микробиологии им. Гамалеи

п.о. Пар оснований

РНК Рибонуклеиновая кислота

ЭФ Экстрафолликулярная фаза

ACE2 (англ. Angiotensin-converting enzyme 2)

Ангиотензинпревращающий фермент 2 типа

BH (англ. Benjamini-Hochberg method) Метод

Бенджамини-Хохберга

CD (англ. Cluster of differentiation) Кластер

дифференцировки

COVID-19 (англ. Coronavirus disease 2019) Коронавирусная болезнь 2019 года

CTD (англ. C-terminal domain) C-концевой домен

E- белок (англ. Envelope) Белок оболочки

eCoV

ELISpot

ERGIC

EUL

FBS

FCS FP

HCoVs

HE HLA

HR1 HRP IDR

IFN-a IgM

(англ. Endemic Coronavirus) Эндемичные коронавирусы

(англ. Enzyme-Linked ImmunoSpot) Анализ методом иммуноферментных пятен

(англ. Endoplasmic-reticulum-Golgi intermediate compartment) Промежуточный компартмент эндоплазматического ретикулума и аппарата Гольджи

(англ. Emergency use listing) Список экстренного использования

(англ. Fetal bovine serum) Фетальная сыворотка крупного рогатого скота

(англ. Furin cleavage site) Сайт расщепления фурином

(англ. Fusion peptide) Пептид слияния

(англ. The human coronaviruses) Коронавирусы человека

(англ. Hemagglutinin-esterase) Гемагглютинин-эстераза

(англ. Human leukocyte antigen) Человеческий лейкоцитарный антиген

(англ. Heptad repeat 1) Гептадный повтор

(англ. Horseradish peroxidase) Пероксидаза хрена

(англ. Intrinsically disordered region) Внутренняя неорганизованная область

(англ. Interferon-alfa) Интерферон-альфа

(англ. Immunoglobulin class M) Иммуноглобулин класса М

IL-10 (англ. Interleukin-10) Интерлейкин-10

LKR (англ. Linked region) Линкерная область

M- белок (англ. Membrane) Мембранный белок

MERS (англ. Middle east respiratory syndrome)

Ближневосточный респираторный синдром

N-белок (англ. Nucleocapsid) Белок нуклеокапсида

nsps (англ. Non-structural proteins) Неструктурные белки

NTD (англ. N-terminal domain) N-концевой домен

OD (англ. Optical density) Оптическая плотность

ORF (англ. Open reading frame) Открытая рамка считывания

PBMCs (англ. Peripheral blood mononuclear cells)

Мононуклеарные клетки периферической крови

PBS-T (англ. Phosphate-buffered saline, Tween 20) Фосфатно-

солевой буфер с добавлением Твин-20

PCA (англ. Principal component analysis) Метод главных

компонентов

PHA (англ. Phytohemagglutinin) Фитогемагглютинин

PLpro (англ. Papain-like proteinase) Папаин-подобная

протеаза

RBD (англ. Receptor binding domain) Рецептор-

связывающий домен

RBM (англ. Receptor-binding motif) Рецептор-связывающий

мотив

RdRP

RTC

S-белок

(англ. RNA-dependent RNA polymerase) РНК-зависимая РНК-полимераза

(англ. Replication-transcription complex) Репликазо-транскриптазный комплекс

(англ. Spike) Шиповидный белок

SARS-CoV-2 (англ. severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2) Коронавирус, связанный с тяжелым острым респираторным синдромом тип

SD1 (англ. Subdomain 1) Субдомен

TM (англ. Transmembrane domain) Трансмембранный

домен

TMPRSS2 (англ. Transmembrane protease, serine 2) Трансмембранная сериновая протеаза 2 типа

TNF (англ. Tumor necrosis factor) Фактор некроза опухоли

VOCs (англ. Variants of concern) Варианты, вызывающие

беспокойство

VOIs (англ. Variants of interest) Варианты, вызывающие

интерес

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности гуморального и клеточного иммунного ответа у больных COVID-19 и лиц, вакцинированных комбинированной векторной вакциной «Спутник V»»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень ее разработанности

Изучение молекулярных механизмов иммунного ответа при особо опасных вирусных инфекциях является важной фундаментальной и прикладной задачей современной биологии. Острая пневмония, вспышка которой была зарегистрирована в Ухане (Китайская Народная Республика) в декабре 2019 года, быстро распространилась по всему миру, из-за чего 11 марта 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила о начале пандемии. С этого момента в мире были зарегистрированы сотни миллионов случаев СОУГО -19 и свыше 6,9 миллионов летальных исходов (по данным ВОЗ; https://covid19.who.int/, на 15 Мая 2023).

По результатам анализа нуклеотидных последовательностей генома был идентифицирован возбудитель инфекции - новый коронавирус, названный позже коронавирусом острого тяжелого респираторного синдрома (SARS-CoV-2). Вскоре после этого ВОЗ назвала новую коронавирусную инфекцию - COVID-19 (Trougakos ^ а1., 2021). В России СОУГО-19 был впервые зарегистрирован в марте 2020 года, первоначально все подтвержденные случаи были завозные, однако вскоре были быстро обнаружены и задокументированы случаи передачи возбудителя внутри страны (Logunov et а1., 2020). Хотя у части пациентов СОУГО-19 может протекать бессимптомно, в большинстве случаев заболевание характеризуется тяжелой пневмонией, острым респираторным дистресс -синдромом (Ил et а1., 2021) и может быть смертельным для пожилых пациентов, а также для больных с сопутствующими хроническими заболеваниями (Gusev et а1., 2022).

Результаты исследований средней и тяжелой форм СОУГО -19 выявили роль гуморального иммунного ответа при инфицировании SARS-CoV-2, определив шиповидный гликопротеин и нуклеокапсидный (К) белок как основные иммуногенные детерминанты. Данные об иммунном ответе при

10

COVID-19, как правило, базируются на анализе реактивности полноразмерных S- и N-белков и их пептидов (Dermaku-Sopjani & Sopjani, 2021). В результате исследований с использованием сывороток крови пациентов, а также с помощью биоинформационных подходов, были идентифицированы множественные иммуногенные эпитопы на S- и N-белках (Combadiere, 2020). В частности, были определены участки S-белка, содержащие Т-клеточные эпитопы, ассоциированные с сильным иммунным ответом (Zheng et al., 2021). Кроме того, реактивность эпитопов S- и N-белков была продемонстрирована на образцах сывороток крови, полученных от пациентов из Китая, Швейцарии, Сингапура и США. При этом было установлено, что антитела в сыворотках и плазме крови пациентов реагируют со множественными эпитопами и могут быть использованы как маркеры наличия инфекции и тяжести течения заболевания (Mir et al., 2021). Полученные результаты могут быть полезны для определения основных пептидов, задействованных в иммунном ответе к SARS-CoV-2. Идентифицированные иммуногенные участки S- и N-белков могут быть использованы при разработке субъединичных вакцин против SARS-CoV-2. Кроме того, эти данные можно использовать для сравнения иммунного ответа у инфицированных SARS-CoV-2 пациентов и вакцинированных лиц. Длительность реакции на специфичные пептиды после инфицирования остается по большей части неизвестной, поэтому идентификация пептидов, которые содержат эпитопы, вызывающие длительную циркуляцию антител, может быть использована для подбора оптимальных и долгоживущих мишеней для вакцин.

В литературе встречаются сообщения о нескольких подходах к борьбе с COVID-19 с использованием перепрофилированных или новых лекарств (Drozdzal et al., 2021). Одним из данных подходов является разработанная Национальным исследовательским центром эпидемиологии и микробиологии им. Гамалеи (НИЦЭМ) вакцина «Спутник V», которая в клинических

испытаниях продемонстрировала эффективность 91,6% (Logunov et al., 2020).

11

Данная комбинированная векторная вакцина основана на рекомбинантном аденовирусе (серотипы rAd26 и rAd5), которые экспрессируют S-белок 8ЛЯ8-СоУ-2. Выбор данного белка обоснован его важной ролью при проникновении вируса в клетку, так как он связывается с рецептором и обеспечивает слияние мембраны клетки и вируса (БюМ е а1., 2022). Однако на данный момент наши знания о том, какие конкретные иммуногенные эпитопы S-белка SARS-CoV-2 вызывают гуморальный ответ у вакцинированных лиц и как эти эпитопы соотносятся с антителами, вырабатываемыми во время инфекции, ограничены.

Таким образом, несмотря на интенсивное изучение иммунного ответа на инфицирование вирусными агентами, в настоящее время знания о продолжительности гуморального иммунного ответа при заражении БЛЯБ-CoV-2, а также о биомаркерах, позволяющих прогнозировать летальный исход при СОУГО-19 на ранних стадиях заболевания, остаются недостаточными. Кроме того, остаются неизученными многие вопросы, связанные с особенностями локализации иммуногенных эпитопов Б-белка SARS-CoV-2 и пролонгированной иммунной реакцией, опосредованной вакцинацией с применением комбинированной векторной вакцины Гам -КОВИД-Вак «Спутник V».

В связи с вышеизложенным, целью работы является оценка особенности формирования гуморального и клеточного иммунного ответа после COVID-19 и вакцинации «Спутник V» для раннего прогнозирования тяжести COVID-19 и оценки эффективности иммунного ответа после вакцинации.

В соответствии с целью были поставлены следующие задачи исследования:

1. Провести анализ иммунореактивности антител IgG с пептидами S -белка SARS-CoV-2 в сыворотке крови больных СОУГО-19, определить локализацию иммуногенных пептидов в S-белке вируса и оценить продолжительность иммунного ответа после заболевания.

2. Определить уровень антител ^М, специфичных к пептидам S- и N белков SARS-CoV-2, и уровень отдельных цитокинов в сыворотке крови больных СОУГО-19 при летальном исходе.

3. Оценить гуморальный иммунный ответ против иммуногенных эпитопов S-белка SARS-CoV-2 в сыворотке крови у лиц, вакцинированных «Спутник У», и у переболевших СОУГО-19 (конвалесцентов), определить локализацию и уровень консервативности аминокислотных последовательностей этих эпитопов.

4. Провести анализ интенсивности и длительности формируемого гуморального и Т-клеточного иммунного ответа у лиц, вакцинированных «Спутник У».

5. Сравнить иммунный ответ у лиц, вакцинированных «Спутник У», и у переболевших СОУГО-19, путем определения цитокинового профиля в сыворотке крови.

Научная новизна работы

Научная новизна данной работы заключается в комплексном подходе к идентификации иммунологических детерминант, определяющих патогенез COVID-19. Впервые был произведен анализ иммуногенной значимости пептидов, синтезированных на базе аминокислотных последовательностей S-и К-белков вируса SARS-CoV-2. Было проведено расширенное изучение гуморальной и клеточной иммунореактивности сывороток крови больных

COVID-19 по отношению к пептидам, синтезированным на основании

13

аминокислотных последовательностей данных белков SARS-CoV-2. В частности, выявлены повышенные уровни антител ^М к эпитопам на S- и N белках SЛRS-CoV-2 и про-воспалительных цитокинов в сыворотке крови пациентов с летальным исходом COVID-19 по сравнению с пациентами с нелетальным исходом.

В работе впервые исследованы фундаментальные особенности иммунного ответа при COVID-19, касающиеся его формирования при инфицировании SARS-CoV-2 и вакцинировании «Спутник V», распознавания и локализации иммуногенных эпитопов в S- и К-белках вируса, проведённых с использованием разработанной библиотеки перекрывающихся пептидов, и длительности имунного ответа у вакцинированных лиц и конвалесцентов.

Теоретическая и практическая значимость работы

Результаты определения уровня антител ^М к эпитопам на S- и N белках и про-воспалительных цитокинов могут иметь практическое применение для создания панели биомаркеров, позволяющей прогнозировать летальный исход при COVID-19.

Идентификация иммуногенных мишеней SARS-CoV-2 имеет решающее значение для улучшения диагностики, разработки стратегий борьбы с COVID-19 и оценки эффективности вакцинации. Полученные данные демонстрируют, каким образом гуморальный и цитотоксичный Т-клеточный иммунный ответ на некоторые из иммуногенных пептидов и уровень цитокинов могут коррелировать с патогенезом SARS-CoV-2.

Проведённый анализ активации гуморального и Т-клеточного иммунного ответа вакциной «Спутник V» является решающим для оценки эффективности вакцины и степени устойчивости иммунитета, вызванного вакциной. На основании полученных данных возможно принятие решений в

области общественного здравоохранения, необходимых для усиления эффективности борьбы с пандемией СОУГО-19.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Уровень антител ^М, специфичных к эпитопам на S- и К-белках SARS-CoV-2 ^3, S4, S6, N6, N8, N13, N14 и N19), и уровень провоспалительных цитокинов (ГО-1а, IL-6 и IL-18) повышается в сыворотке крови пациентов при летальным исходе СОУГО-19 по сравнению с пациентами с нелетальным исходом.

2. Суммарный уровень антител IgG, ^М и IgA к S-белку SARS-CoV-2 в сыворотке крови у лиц, вакцинированных «Спутник У», выше, чем у переболевших СОУГО-19 (конвалесцентов) на сроке 42 суток после вакцинации/инфекции. При этом у вакцинированных лиц гуморальный и Т -клеточный иммунный ответ сохраняется на высоком уровне не менее 7 месяцев (210 дней) после вакцинации.

Апробация материалов диссертации

Материалы диссертации представлены на следующих Всероссийских и Международных симпозиумах, конгрессах и конференциях: 1 -й Центральноазиатский симпозиум по геномике «Симпозиум для обучения и общения с использованием передовых исследовательских технологий» (Ташкент, Узбекистан, 2021), 75-я Всероссийская с международным участием школа-конференция молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Нижний Новгород, Россия, 2022), УШ Международная конференция «Новые представления о механизмах воспаления, аутоиммунитета и инфекций» (Казань, Россия, 2022), 56-я Ежегодная научная конференция Европейского общества клинических исследований (Бари, Италия, 2022), У Международная научно-практическая конференция «Фундаментальные и прикладные исследования по приоритетным направлениям биоэкологии и биотехнологии» (Ульяновск,

Россия, 2022), Международная научно-практическая конференция «OIC Youth Scientific Congress» (Казань, Россия, 2022), Научно-практическая конференция «Клиническая диагностика и Персонализированная медицина» (Москва, Россия, 2022), Всероссийская с международным участием школа-конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и технологии XXI века» (Казань, Россия, 2022).

Публикации результатов исследования

По материалам диссертации опубликовано 13 печатных работ, в том числе 5 статей в научных журналах, индексируемых в базе данных Scopus и Web of Science, и 8 тезисов докладов на международных и всероссийских конференциях и конгрессах.

Место выполнения работы и личный вклад диссертанта

Диссертационная работа выполнена в научно-исследовательской лаборатории «OpenLab Генные и клеточные технологии» научно -клинического центра прецизионной и регенеративной медицины ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет» (2020 -2023). Автором проведен сбор и анализ отечественной и зарубежной научной литературы по теме диссертации. Экспериментальные данные получены лично автором, либо при его непосредственном участии. Планирование экспериментов, описание, анализ и обсуждение полученных результатов выполнены лично автором под руководством научного руководителя.

Связь работы с базовыми научными программами

Работа выполнена за счет средств субсидии, выделенной в рамках государственной поддержки Казанскому (Приволжскому) федеральному университету в целях повышения его конкурентоспособности среди ведущих мировых научно-образовательных центров (5-ТОП-100). Исследование выполнено при поддержке Программы стратегического академического лидерства Казанского федерального университета (ПРИ0РИТЕТ-2030) и

16

субсидии, выделенной Казанскому федеральному университету на выполнение государственного задания в области науки (проект № 0671-20200058), а также гранта Российского научного фонда (РНФ) (проект № 22 -4402007).

Структура и объем диссертации

Материалы диссертационной работы изложены на 168 страницах машинописного текста. Работа содержит 22 рисунка и 14 таблиц. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов исследования, обсуждения результатов исследования, заключения, выводов и списка литературы. Библиография включает 269 источников литературы.

1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Коронавирусы человека (HCoVs): биология и вирусология

Коронавирусы человека (НСоУб) принадлежат к семейству коронавирусов (СоУб) и являются причиной различных респираторных заболеваний - от обычной простуды до бронхита и пневмонии. ИСоУ характеризуются быстрой эволюцией, высокой скоростью нуклеотидных замен и рекомбинации (У^еп е! а1., 2005). С начала 21 века данные вирусы ассоциируются со значительными вспышками тяжелой пневмонии со смертельным исходом (Wu е! а1., 2020).

Первая крупная вспышка короновирусной инфекции, вызванная СоУ, известным как коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoУ), началась в ноябре 2002 года в Фошане (КНР). В 2003 году заболевание быстро распространилась по всему миру, летальность у пациентов доходила до 10% (Ьее е! а1., 2003). Примерно десять лет спустя еще одна пандемия НСоУ была вызвана коронавирусом ближневосточного респираторного синдрома (MERS-CoV), который впервые был зарегистрирован в июне 2012 года в Джидде, Саудовская Аравия. Смертность от этого заболевания составила 35% (ёе Огоо! е! а1., 2013). В декабре 2019 года в китайской провинции Ухань произошла третья крупная вспышка НСоУ, вызванная новым вариантом коронавируса, классифицированным как коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2), которая в короткое время переросла в пандемию СОУГО-19 (Коронавирусная болезнь 2019 года) (7Ии е! а1., 2020). Такие вспышки заболеваний, вызванных НсоУ, представляют собой постоянную угрозу для населения и мировой экономики из-за непредсказуемого возникновения, быстрого распространения и катастрофических последствий.

Взаимоотношения между вирусом и его хозяином сложны и включают

многочисленные факторы, которые способствуют вирусной инфекции и

потенциальному патогенезу (Ыш е! а1., 2016). Реализация

противоэпидемических мероприятий в случае с SARS-CoV-2 имеет

18

решающее значение для профилактики и контроля за распространением заболевания (Cheng et al., 2020). Ряд исследователей, в частности, сотрудники Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) и Центра по контролю и профилактике заболеваний в Атланте, с начала пандемии продолжают работу по выявлению возможного происхождения SARS-CoV-2 и разработке эффективных методов лечения (Cohen, 2020). Понимание путей происхождения и патогенеза основных патогенных HCoV может дать ценные сведения для разработки потенциальных методов лечения вызванных заболеваний.

1.1.1 Таксономия и филогения HCoVs

HCoVs представляют собой оболочечные вирусы, обладающие несегментированным одноцепочечным геномом (+)-РНК. Они преимущественно инфицируют позвоночных животных (Masters, 2006).

HCoVs относятся к подсемейству Coronavirinae семейства Coronaviridae. Согласно классификации Международного комитета по таксономии вирусов (Wu et al., 2020), HCoVs делятся на четыре основных рода - AlphaCoV, BetaCoV, GammaCoV и DeltaCoV, различающиеся по генетическим и серологическим характеристикам.

Хотя открытие коронавирусов (CoVs) произошло в 1940-х годах ХХ

века, первые CoVs у человека были идентифицированы только в 1960-х годах

как инфекционные агенты, вызывающие легкие респираторные заболевания.

Эти вирусы были названы HCoV-229E и HCoV-OC43 (Mcintosh et al., 1967).

Вспышка SARS-CoV в 2002 году привела к активизации исследований новых

CoV, что привело к идентификации HCoV-NL63 в 2004 году и HCoV-HKU1 в

2005 году (van der Hoek et al., 2004). К числу других открытых на

сегодняшний день HCoV относятся MERS-CoV, SARS-CoV и SARS-CoV-2

(Kirtipal et al., 2020). Такие вирусы как HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-

NL63 и HCoV-HKU1 являются причиной примерно одной трети случаев

простудных заболеваний у человека. Однако в тяжелых случаях эти вирусы

могут вызывать бронхит и опасную для жизни пневмонию, особенно у людей

19

с ослабленным иммунитетом и детей (Walsh et al., 2013). SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2 признаны пандемическими HCoV.

С точки зрения таксономии HCoV-229E и HCoV-NL63 относятся к группе AlphaCoV, а HCoV-HKU1, HCoV-OC43, SARS-CoV и MERS-CoV - к группе BetaCoV. Обе эти группы коронавирусов в основном заражают млекопитающих, в то время как GammaCoV и DeltaCoV характерны для птиц, но иногда могут инфицировать и млекопитающих (van Boheemen et al., 2012)

Анализ нуклеотидных последовательностей генома SARS-CoV-2 выявил 88%-ю идентичность с последовательностями двух атипичных CoV, обнаруженных у летучих мышей - bat-SL-CoVZC45 и bat-SLCoVZXC21, а также отдаленное родство (примерно 79% и 50% идентичности последовательностей) с последовательностями SARS-CoV и MERS-CoV, соответственно (Zhou et al., 2020).

1.1.2 Происхождение и распространение HCoVs

В ряде исследований был сделан вывод о связи эволюции HCoV с быстрой урбанизацией и развитием птицеводства, что способствовало частому взаимодействию видов и увеличило вероятность пересечения видового барьера и геномной рекомбинации различных коронавирусов (Jones et al., 2013).

Одним из основных резервуаров CoVs в природе являются летучие мыши. Например, исследование образцов вирусов, проведенное EcoHealth Alliance, только в Китае выявило около 400 новых вариантов CoVs (Wacharapluesadee et al., 2015). Было установлено также, что по сравнению с другими наземными млекопитающими летучие мыши обладают уникальной иммунной системой, позволяющей переносить различные вирусы (Ar Gouilh et al., 2018). Хотя точный механизм переноса CoVs от летучих мышей к человеку еще не до конца изучен, переход вируса через промежуточного хозяина к человеку при прямом контакте рассматривается в качестве одного из возможных способов передачи.

Недавняя вспышка SARS-CoV-2 привлекла внимание к возможному существованию в природе скрытых зоонозных резервуаров вирусов и потенциальной угрозе распространения зоонозов. В 2019 году продовольственный рынок в Ухане, Китай, где продавались живые животные, связали со первоначальной вспышкой SARS-CoV-2. Результаты генетического анализа показали, что в качестве естественного хозяина SARS-CoV-2, вероятно, выступили летучие мыши, поскольку геном данного коронавируса на 96% идентичен геномам двух SARS-подобных CoV, обнаруженных у летучих мышей (bat-SLCoVZX45 и bat-SL-CoVZX2) (Xu et al., 2020). Однако возможный промежуточный хозяин данного вируса однозначно не установлен, как не до конца изучен и конкретный путь передачи вируса человеку. Джи и др. предположили, что промежуточными хозяевами для передачи SARS-CoV-2 от летучих мышей к человеку служили змеи, однако позже в качестве потенциальных промежуточных хозяев стали рассматриваться панголины (Manis spp.), так как геном SARS-CoV-2 на 99% идентичен геному CoV, обнаруженному у панголинов (Yi et al., 2020).

После инфицирования человека HCoV передаются внутри популяции в основном через тесный контакт между людьми. В частности, контакт на расстоянии менее 1 метра с инфицированным человеком был определен как основной фактор, способствующий передаче вируса (de Wit et al., 2016).

1.1.3 Структура HCoVs

Геномы различных HCoVs кодируют несколько станданртных коронавирусных белков, включая шиповидный белок (S), мембранный белок (M), белок оболочки (E), нуклеокапсидный белок (N) и гемагглютинин-эстеразу (НЕ). Белки S, M и E встроены в вирусную оболочку, а белок N защищает геном вирусной РНК, расположенный внутри вирусной частицы (Рисунок 1).

S-белок представляет собой сильно гликозилированный белок,

содержащий рецептор-связывающий домен (RBD), который является

наиболее изменчивой структурой CoVs (Zhou et al., 2020). RBD отвечает за

21

проникновение вируса в клетки хозяина. В СоУ были идентифицированы два различных типа шиповидных белков: тример гликопротеина-шипа обнаруженный во всех СоУ, и гемагглютинин-эстераза (НЕ), обнаруженная в таких СоУ, как ОС43-СоУ, НКШ-СоУ и Bovine-CoУ (Сш е! а1., 2019; 7ап& & So1tani, 2021). Некоторые СоУ, включая SARS-CoV и SARS-CoV-2, обладают сайтом расщепления (RRAR/S) на стыке двух субъединиц (S1 и S2) S-белка. Этот сайт обеспечивает расщепление фуриноподобной протеазой хозяина, что способствует проникновению вируса в клетку (Као е! а1., 2017). Хотя точная функция этого сайта расщепления в SARS-CoV-2 еще не до конца понятна, экспериментальные исследования с SARS-CoV и MERS-CoV показали, что вставка сайта гидролиза фурина (FCS) на стыке субъединиц S1-S2 усиливает слияние клеток, не влияя на проникновение вируса. Эффективное расщепление в сайте RRAR/S позволило MERS-CoV-подобным СоУ из летучих мышей инфицировать клетки человека (МепасИегу е! а1., 2020).

Белок М (мембранный белок) присутствует в вирионе в большем количестве, чем белок Е, и играет важнейшую роль в формировании вируса, сборке вирусных оболочек и образовании зрелых вирусных частиц. Он также участвует во внутриклеточном формировании вириона независимо от S-белка. В некоторых случаях, например, в присутствии туникамицина, СоУб продуцируют неинфекционные вирионы, лишенные шиповидных белков, но содержащие белок М в оболочке (ёе Наап е! а1., 1998; Fu е! а1., 2021).

Белок Е (белок оболочки) является структурным белком и участвует в эксцизии зрелых вирионов из клеток хозяина. Он также проявляет активность ионного канала, ингибирует стрессовый ответ клетки-хозяина и участвует в вирусном патогенезе (Сао е! а1., 2021; Ruch & МасИашег, 2012).

Белок N (нуклеокапсидный белок, К-белок) необходим для упаковки геномной РНК во время сборки вирусной частицы (Рап е! а1., 2021).

Белок НЕ (гемагглютинин-эстераза) похож на гемагглютинин вирусов

гриппа и обладает ацетил-эстеразной активностью. Недавно было показано,

22

что белок HE играет роль в проникновении через мембраны клеток хозяина (Ashour а а!., 2020).

Рисунок 1 - Структура вириона CoV (диаметр 80-120 нм). Показаны различные структурные белки S, M, E и геномная РНК, упакованная внутри вирусной частицы

белком N (Gitman et al., 2021)

1.1.4 Общее строение генома HCoVs

Коронавирусы человека (HCoVs), включая SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2, обладают самыми большими несегментированными одноцепочечными РНК-геномами [(+)РНК], размер которых варьирует от 26,2 до 31,7 тысяч нуклеотидов с содержанием G+C от 32% до 43%. Структура генома CoV представлена на Рисунке 2A.

Регионы 5'UTR и 3'UTR участвуют в меж- и внутримолекулярных взаимодействиях и необходимы для взаимодействия РНК-РНК и связывания вирусных и клеточных белков (Malone et al., 2021; D. Yang & Leibowitz, 2015). Первые две трети генома занимают рамки считывания ORFla и ORFlb, кодирующие полипротеин, который далее подвергается аутопротеолитическому процессингу при участии папаин-подобной протеазы (PLpro) и 3C-подобной основной протеазы (3CLpro или Mpro) с образованием 16 неструктурных белков (nsps). PLpro расщепляет N-концевой участок полипротеина репликазы, образуя nsp1, nsp2 и nsp3, которые необходимы для вирусной репликации (Harcourt et al., 2004). Mpro - первый белок, который аутопротеолитически расщепляет полипротеин репликазы 1ab (~790 кДа) внутри последовательности Leu-GlnjSer-Ala-Gly (где | указывает на точку расщепления), формируя зрелые вирусные белки. Далее

Mpro расщепляет аминокислотную последовательность в 11 точках, высвобождая белки nsp4-nsp16 (рисунок 2Б) (Zhang et al., 2020). Таким образом, Mpro играет ключевую роль в созревании nsps, которые имеют критическое значение для осуществления жизненного цикла вируса в клетках хозяина. По этой причине PLpro и Mpro были предложены в качестве перспективных мишеней для разработки лекарств против HcoVs (Fehr et al., 2015).

Рисунок 2 - Схема строения геномов HCoV. (А) организация генома SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2; (Б) локализация функциональных доменов в геномах HCoV. т.п.о. - тысяча пар оснований, UTR - нетранслируемые области, ORF - открытая рамка считывания, S, Е, М и N - белки HCoV (объяснение в тексте), 7a, 7b, 8, 9b, 10b и др. -неструктурные, структурные и вспомогательные белки, Plpro - папаин-подобная протеаза, 3Clpro - SC-подобная основная протеаза (Yang & Rao, 2021)

Другие рамки считывания в геноме кодируют четыре основных структурных белка: S, E, M и N, которые являются общими для всех CoVs. Вирусные структурные и вспомогательные белки транслируются с субгеномных РНК CoVs, причем рамки считывания структурных и вспомогательных белков частично перекрываются (Рисунок 2 A). Количество и функциональная активность вспомогательных белков отличаются у разных видов CoVs (Fehr et al., 2015). В частности, SARS-CoV кодирует восемь

вспомогательных белков (3a, 3b, 6, 7a, 7b, 8a, 8b и 9b), MERS-CoV кодирует пять вспомогательных белков (3, 4a, 4b, 5 и 8b), а геном SARS-CoV-2 кодирует в общей сложности 29 белков, включая 16 неструктурных, четыре структурных и девять вспомогательных белков (3, 6, 7 a, 7b, 8, 9b, 10b, 13, 14) (Рисунок 2 A) (Finkel, 2020; D. X. Liu et al., 2014). Кроме того, положение ORFlab в геноме SARS-CoV-2 (251-21541 нт) отличается от такового в SARS-CoV (265-21486 нт) и MERS-CoV (279-21514 нт) из-за изменения положения стартового кодона. Нужно отметить, что в RBD S-белка SARS-CoV-2 были идентифицированы консервативные аминокислотные замены в позициях 439, 501, 493, 485 и 486. Эти же замены также считаются важными для SARS-CoV. Геном HCoVs часто подвергается процессам рекомбинации, которые зачастую приводят к измененной вирулентности у новых штаммов (Han et al., 2022; Hilgenfeld, 2014).

1.2 Варианты и подварианты SARS-CoV-2

С момента своего появления в декабре 2019 года SARS-CoV-2 претерпел многочисленные генетические изменения, что привело к образованию более 10 вариантов вируса. Среди этих вариантов пять (Альфа, Бета, Гамма, Дельта и Омикрон) привлекли значительное внимание из-за их повышенной трансмиссивности и/или потенциала для увеличения тяжести заболевания, что привело к их обозначению ВОЗ как вариантов, вызывающих беспокойство (VOC) (Hadj Hassine, 2022). Ряд мутаций, обнаруженных в этих вариантах, были связаны со способностью новых штаммов уклоняться от врожденного иммунного ответа и защитных антител, что потенциально снижает эффективность вакцин или защиту после предыдущих инфекций (Fiolet et al., 2022). В 2022 году вариант Омикрон стал доминирующим циркулирующим вариантом, превзойдя другие варианты по количеству новых случаев COVID-19. Поэтому варианты Альфа, Бета, Гамма и Дельта были исключены из списка VOC ВОЗ в марте и июне 2022 года, (https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants, 8 Авг 2022).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Хамза Шаймаа, 2024 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Abani, O. Convalescent plasma in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised controlled, open-label, platform trial [Text] / Abani, O., Abbas, A., Abbas, F., Abbas, M., Abbasi, S., Abbass, H., Abbott, A., Abdallah, N., Abdelaziz, A., Abdelfattah, M., Abdelqader, B., Abdo, D., Abdul, B., Abdul Rasheed, A., Abdulakeem, A., Abdul-Kadir, R., Abdulle, A., Abdulmumeen, A., Abdul-Raheem, R., ... Zyengi, S. // Lancet. - 2021. - V.397. -P.2049-2059.

2. Agrawal, L. Viroinformatics-Based Analysis of SARS-CoV-2 Core Proteins for Potential Therapeutic Targets [Text] / Agrawal, L., Poullikkas, T., Eisenhower, S., Monsanto, C., Bakku, R. K., Chen, M.-H., & Kalra, R. S. // Antibodies. - 2021. - V.10. - P.3.

3. Aguilar-Bretones, M. Seasonal coronavirus-specific B cells with limited SARS-CoV-2 cross-reactivity dominate the IgG response in severe COVID-19 [Text] / Aguilar-Bretones, M., Westerhuis, B. M., Raadsen, M. P., de Bruin, E., Chandler, F. D., Okba, N. M. A., Haagmans, B. L., Langerak, T., Endeman, H., van den Akker, J. P. C., Gommers, D. A. M. P. J., van Gorp, E. C. M., GeurtsvanKessel, C. H., de Vries, R. D., Fouchier, R. A. M., Rockx, B. H. G., Koopmans, M. P. G., & van Nierop, G. P. // Journal of Clinical Investigation. -2021. - V.131. - .

4. Akrami, M. Sputnik V vaccine-related complications and its impression on inflammatory biomarkers in healthcare providers [Text] / Akrami, M., Hosamirudsari, H., Faraji, N., Behnush, B., Goudarzi, F., Hesari, E., Akbarpour, S., Najafi, A., & Nateghi, S. // Indian Journal of Medical Microbiology. - 2023. - V.43. - P.79-84.

5. Ambrosch, A. Effect of a strict hygiene bundle for the prevention of nosocomial transmission of SARS-CoV-2 in the hospital: a practical approach from the field [Text] / Ambrosch, A., Rockmann, F., Klawonn, F., & Lampl, B. //

Journal of Infection and Public Health. - 2020. - V.13. - P. 1862-1867.

126

6. Anderson, E. M. Seasonal human Coronavirus antibodies are boosted upon SARS-CoV-2 infection but not associated with protection [Text] / Anderson, E. M., Goodwin, E. C., Verma, A., Arevalo, C. P., Bolton, M. J., Weirick, M. E., Gouma, S., McAllister, C. M., Christensen, S. R., Weaver, J. E., Hicks, P., Manzoni, T. B., Oniyide, O., Ramage, H., Mathew, D., Baxter, A. E., Oldridge, D. A., Greenplate, A. R., Wu, J. E., ... Hensley, S. E. // Cell. - 2021. - V.184. -P.1858-1864 e1810.

7. Andrews, N. Covid-19 vaccine effectiveness against the Omicron (B.1.1.529) variant [Text] / Andrews, N., Stowe, J., Kirsebom, F., Toffa, S., Rickeard, T., Gallagher, E., Gower, C., Kall, M., Groves, N., O'Connell, A. -M., Simons, D., Blomquist, P. B., Zaidi, A., Nash, S., Iwani Binti Abdul Aziz, N., Thelwall, S., Dabrera, G., Myers, R., Amirthalingam, G., ... Lopez Bernal, J. // N Engl J Med. - 2022. - V.386. - P.1532-1546.

8. Ar Gouilh, M. SARS-CoV related Betacoronavirus and diverse Alphacoronavirus members found in western old-world [Text] / Ar Gouilh, M., Puechmaille, S. J., Diancourt, L., Vandenbogaert, M., Serra-Cobo, J., Lopez Roi'g, M., Brown, P., Moutou, F., Caro, V., Vabret, A., & Manuguerra, J.-C. // Virology. - 2018. - V.517. - P.88-97.

9. Ashour, H. M. Insights into the Recent 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) in Light of Past Human Coronavirus Outbreaks [Text] / Ashour, H. M., Elkhatib, W. F., Rahman, M. M., & Elshabrawy, H. A. // Pathogens. - 2020. -V.9. - P.186.

10. Atyeo, C. Distinct Early Serological Signatures Track with SARS-CoV-2 Survival [Text] / Atyeo, C., Fischinger, S., Zohar, T., Slein, M. D., Burke, J., Loos, C., McCulloch, D. J., Newman, K. L., Wolf, C., Yu, J., Shuey, K., Feldman, J., Hauser, B. M., Caradonna, T., Schmidt, A. G., Suscovich, T. J., Linde, C., Cai, Y., Barouch, D., ... Alter, G. // Immunity. - 2020. - V.53. - P.524-532.e4.

11. Barchuk, A. Gam-COVID-Vac, EpiVacCorona, and CoviVac effectiveness against lung injury during Delta and Omicron variant surges in St.

127

Petersburg, Russia: a test-negative case-control study [Text] / Barchuk, A., Bulina, A., Cherkashin, M., Berezina, N., Rakova, T., Kuplevatskaya, D., Skougarevskiy,

D., & Okhotin, A. // Respiratory Research. - 2022. - V.23. - P.276.

12. Barnes, C. O. SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies [Text] / Barnes, C. O., Jette, C. A., Abernathy, M. E., Dam, K.-M. A., Esswein, S. R., Gristick, H. B., Malyutin, A. G., Sharaf, N. G., Huey-Tubman, K. E., Lee, Y. E., Robbiani, D. F., Nussenzweig, M. C., West, A. P., & Bjorkman, P. J. // Nature. - 2020. - V.588. - P.682-687.

13. Barnett, K. C. An epithelial-immune circuit amplifies inflammasome and IL-6 responses to SARS-CoV-2 [Text] / Barnett, K. C., Xie, Y., Asakura, T., Song, D., Liang, K., Taft-Benz, S. A., Guo, H., Yang, S., Okuda, K., Gilmore, R. C., Loome, J. F., Oguin III, T. H., Sempowski, G. D., Randell, S. H., Heise, M. T., Lei, Y. L., Boucher, R. C., & Ting, J. P.-Y. // Cell Host & Microbe. - 2023. -V.31. - P.243-259.e6.

14. Bastard, P. Autoantibodies neutralizing type I IFNs are present in ~4% of uninfected individuals over 70 years old and account for ~20% of COVID-19 deaths [Text] / Bastard, P., Gervais, A., Le Voyer, T., Rosain, J., Philippot, Q., Manry, J., Michailidis, E., Hoffmann, H.-H., Eto, S., Garcia-Prat, M., Bizien, L., Parra-Martínez, A., Yang, R., Haljasmägi, L., Migaud, M., Särekannu, K., Maslovskaja, J., de Prost, N., Tandjaoui-Lambiotte, Y., ... Hamzeh-Cognasse, H. // Science Immunology. - 2021. - V.6. - .

15. Bastard, P. Autoantibodies against type I IFNs in patients with life-threatening COVID-19 [Text] / Bastard, P., Rosen, L. B., Zhang, Q., Michailidis,

E., Hoffmann, H. H., Zhang, Y., Dorgham, K., Philippot, Q., Rosain, J., Béziat, V., Manry, J., Shaw, E., Haljasmägi, L., Peterson, P., Lorenzo, L., Bizien, L., Trouillet-Assant, S., Dobbs, K., de Jesus, A. A., ... Casanovaa, J. L. // Science. -2020. - V.370. - P.eabd4584.

16. Batra, M. Role of IgG against N-protein of SARS-CoV2 in

COVID19 clinical outcomes [Text] / Batra, M., Tian, R., Zhang, C., Clarence, E.,

Sacher, C. S., Miranda, J. N., De La Fuente, J. R. O., Mathew, M., Green, D.,

128

Patel, S., Bastidas, M. V. P., Haddadi, S., Murthi, M., Gonzalez, M. S., Kambali, S., Santos, K. H. M., Asif, H., Modarresi, F., Faghihi, M., & Mirsaeidi, M. // Scientific Reports. - 2021. - V.11. - P.3455.

17. Bergamaschi, L. Longitudinal analysis reveals that delayed bystander CD8+ T cell activation and early immune pathology distinguish severe COVID-19 from mild disease [Text] / Bergamaschi, L., Mescia, F., Turner, L., Hanson, A. L., Kotagiri, P., Dunmore, B. J., Ruffieux, H., De Sa, A., Huhn, O., Morgan, M. D., Gerber, P. P., Wills, M. R., Baker, S., Calero-Nieto, F. J., Doffinger, R., Dougan, G., Elmer, A., Goodfellow, I. G., Gupta, R. K., ... Smith, K. G. C. // Immunity. -2021. - V.54. - P.1257-1275.e8.

18. Bhatt, P. R. Structural basis of ribosomal frameshifting during translation of the SARS-CoV-2 RNA genome [Text] / Bhatt, P. R., Scaiola, A., Loughran, G., Leibundgut, M., Kratzel, A., Meurs, R., Dreos, R., O'Connor, K. M., McMillan, A., Bode, J. W., Thiel, V., Gatfield, D., Atkins, J. F., & Ban, N. // Science. - 2021. - V.372. - P.1306-1313.

19. Bojkova, D. Reduced interferon antagonism but similar drug sensitivity in Omicron variant compared to Delta variant of SARS-CoV-2 isolates [Text] / Bojkova, D., Widera, M., Ciesek, S., Wass, M. N., Michaelis, M., & Cinatl, J. // Cell Res. - 2022. - V.32. - P.319-321.

20. Boppana, S. SARS-CoV-2-specific circulating T follicular helper cells correlate with neutralizing antibodies and increase during early convalescence [Text] / Boppana, S., Qin, K., Files, J. K., Russell, R. M., Stoltz, R., Bibollet-Ruche, F., Bansal, A., Erdmann, N., Hahn, B. H., & Goepfert, P. A. // PLOS Pathogens. - 2021. - V.17. - P.e1009761.

21. Boson, B. The SARS-CoV-2 envelope and membrane proteins modulate maturation and retention of the spike protein, allowing assembly of virus-like particles [Text] / Boson, B., Legros, V., Zhou, B., Siret, E., Mathieu, C., Cosset, F.-L., Lavillette, D., & Denolly, S. // Journal of Biological Chemistry. -2021. - V.296. - P.100111.

22. Cao, Y. Characterization of the <scp>SARS-CoV</scp> -2 E Protein:

129

Sequence, Structure, Viroporin, and Inhibitors [Text] / Cao, Y., Yang, R., Lee, I., Zhang, W., Sun, J., Wang, W., & Meng, X. // Protein Science. - 2021. - V.30. -P.1114-1130.

23. Cao, Y. Imprinted SARS-CoV-2 humoral immunity induces convergent Omicron RBD evolution [Text] / Cao, Y., Jian, F., Wang, J., Yu, Y., Song, W., Yisimayi, A., Wang, J., An, R., Chen, X., Zhang, N., Wang, Y., Wang, P., Zhao, L., Sun, H., Yu, L., Yang, S., Niu, X., Xiao, T., Gu, Q., ... Xie, X. S. / / Nature. - 2022. - .

24. Carson, W. E. Coadministration of interleukin-18 and interleukin-12 induces a fatal inflammatory response in mice: critical role of natural killer cell interferon-y production and STAT-mediated signal transduction [Text] / Carson, W. E., Dierksheide, J. E., Jabbour, S., Anghelina, M., Bouchard, P., Ku, G., Yu, H., Baumann, H., Shah, M. H., Cooper, M. A., Durbin, J., & Caligiuri, M. A. // Blood. - 2000. - V.96. - P.1465-1473.

25. Cascarina, S. M. A proposed role for the SARS-CoV-2 nucleocapsid protein in the formation and regulation of biomolecular condensates [Text] / Cascarina, S. M., & Ross, E. D. // The FASEB Journal. - 2020. - V.34. - P.9832-9842.

26. Cassaniti, I. SARS-CoV-2 specific T-cell immunity in COVID-19 convalescent patients and unexposed controls measured by ex vivo ELISpot assay [Text] / Cassaniti, I., Percivalle, E., Bergami, F., Piralla, A., Comolli, G., Bruno, R., Vecchia, M., Sambo, M., Colaneri, M., Zuccaro, V., Benazzo, M., Robotti, C., Calastri, A., Maiorano, E., Ferrari, A., Cambie, G., & Baldanti, F. // Clinical Microbiology and Infection. - 2021. - V.27. - P.1029-1034.

27. Cerutti, G. Potent SARS-CoV-2 neutralizing antibodies directed against spike N-terminal domain target a single supersite [Text] / Cerutti, G., Guo, Y., Zhou, T., Gorman, J., Lee, M., Rapp, M., Reddem, E. R., Yu, J., Bahna, F., Bimela, J., Huang, Y., Katsamba, P. S., Liu, L., Nair, M. S., Rawi, R., Olia, A. S., Wang, P., Zhang, B., Chuang, G.-Y., ... Shapiro, L. // Cell Host & Microbe. -2021. - V.29. - P.819-833.e7.

28. Cervia, C. Systemic and mucosal antibody responses specific to SARS-CoV-2 during mild versus severe COVID-19 [Text] / Cervia, C., Nilsson, J., Zurbuchen, Y., Valaperti, A., Schreiner, J., Wolfensberger, A., Raeber, M. E., Adamo, S., Weigang, S., Emmenegger, M., Hasler, S., Bosshard, P. P., De Cecco, E., Bächli, E., Rudiger, A., Stüssi-Helbling, M., Huber, L. C., Zinkernagel, A. S., Schaer, D. J., ... Boyman, O. // J. Allergy Clin. Immunol. - 2021. - V.147. -P.545-557 e549.

29. Chenchula, S. Current evidence on efficacy of COVID-19 booster dose vaccination against the Omicron variant: A systematic review [Text] / Chenchula, S., Karunakaran, P., Sharma, S., & Chavan, M. // Journal of Medical Virology. - 2022. - V.94. - P.2969-2976.

30. Cheng, V. C. C. Preparedness and proactive infection control measures against the emerging novel coronavirus in China [Text] / Cheng, V. C. C., Wong, S.-C., To, K. K. W., Ho, P. L., & Yuen, K.-Y. // Journal of Hospital Infection. - 2020. - V.104. - P.254-255.

31. Claro, F. Immunoglobulin G antibody response to the Sputnik V vaccine: previous SARS-CoV-2 seropositive individuals may need just one vaccine dose [Text] / Claro, F., Silva, D., Rodriguez, M., Rangel, H. R., & de Waard, J. H. // International Journal of Infectious Diseases. - 2021. - V.111. -P.261-266.

32. Cohen, J. New coronavirus threat galvanizes scientists [Text] / Cohen, J. // Science. - 2020. - V.367. - P.492-493.

33. Cohen, K. W. Longitudinal analysis shows durable and broad immune memory after SARS-CoV-2 infection with persisting antibody responses and memory B and T cells [Text] / Cohen, K. W., Linderman, S. L., Moodie, Z., Czartoski, J., Lai, L., Mantus, G., Norwood, C., Nyhoff, L. E., Edara, V. V., Floyd, K., De Rosa, S. C., Ahmed, H., Whaley, R., Patel, S. N., Prigmore, B., Lemos, M. P., Davis, C. W., Furth, S., O'Keefe, J. B., ... McElrath, M. J. // Cell Reports Medicine. - 2021. - V.2. - P.100354.

34. Combadière, B. Immunité adaptative contre le virus SARS-CoV-2

131

[Text] / Combadière, B. // Médecine/Sciences. - 2020. - V.36. - P.908-913.

35. COVID-19 Vaccines [Text] / In Drugs and Lactation Database (LactMed®), (access: 16.11.2023).

36. Cui, J. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses [Text] / Cui, J., Li, F., & Shi, Z.-L. // Nature Reviews Microbiology. - 2019. - V.17. - P.181-192.

37. da Silva Antunes, R. Differential T-Cell Reactivity to Endemic Coronaviruses and SARS-CoV-2 in Community and Health Care Workers [Text] / da Silva Antunes, R., Pallikkuth, S., Williams, E., Dawen Yu, E., Mateus, J., Quiambao, L., Wang, E., Rawlings, S. A., Stadlbauer, D., Jiang, K., Amanat, F., Arnold, D., Andrews, D., Fuego, I., Dan, J. M., Grifoni, A., Weiskopf, D., Krammer, F., Crotty, S., ... Sette, A. // The Journal of Infectious Diseases. - 2021. - V.224. - P.70-80.

38. de Groot, R. J. Commentary: Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV): Announcement of the Coronavirus Study Group [Text] / de Groot, R. J., Baker, S. C., Baric, R. S., Brown, C. S., Drosten, C., Enjuanes, L., Fouchier, R. A. M., Galiano, M., Gorbalenya, A. E., Memish, Z. A., Perlman, S., Poon, L. L. M., Snijder, E. J., Stephens, G. M., Woo, P. C. Y., Zaki, A. M., Zambon, M., & Ziebuhr, J. // Journal of Virology. - 2013. - V.87. - P.7790-7792.

39. de Haan, C. A. M. Coronavirus Particle Assembly: Primary Structure Requirements of the Membrane Protein [Text] / de Haan, C. A. M., Kuo, L., Masters, P. S., Vennema, H., & Rottier, P. J. M. // Journal of Virology. - 1998. -V.72. - P.6838-6850.

40. de Silva, T. I. The impact of viral mutations on recognition by SARS-CoV-2 specific T cells [Text] / de Silva, T. I., Liu, G., Lindsey, B. B., Dong, D., Moore, S. C., Hsu, N. S., Shah, D., Wellington, D., Mentzer, A. J., Angyal, A., Brown, R., Parker, M. D., Ying, Z., Yao, X., Turtle, L., Dunachie, S., Maini, M. K., Ogg, G., Knight, J. C., ... Young, P. // IScience. - 2021. - V.24. - P.103353.

41. de Wit, E. SARS and MERS: recent insights into emerging coronaviruses [Text] / de Wit, E., van Doremalen, N., Falzarano, D., & Munster,

132

V. J. // Nature Reviews Microbiology. - 2016. - V.14. - P.523-534.

42. Deinhardt-Emmer, S. Early postmortem mapping of SARS-CoV-2 RNA in patients with COVID-19 and the correlation with tissue damage [Text] / Deinhardt-Emmer, S., Wittschieber, D., Sanft, J., Kleemann, S., Elschner, S., Haupt, K. F., Vau, V., Häring, C., Rödel, J., Henke, A., Ehrhardt, C., Bauer, M., Philipp, M., Gaßler, N., Nietzsche, S., Löffler, B., & Mall, G. // ELife. - 2021. -V.10. - .

43. Del Valle, D. M. An inflammatory cytokine signature predicts COVID-19 severity and survival [Text] / Del Valle, D. M., Kim-Schulze, S., Huang, H.-H., Beckmann, N. D., Nirenberg, S., Wang, B., Lavin, Y., Swartz, T. H., Madduri, D., Stock, A., Marron, T. U., Xie, H., Patel, M., Tuballes, K., Van Oekelen, O., Rahman, A., Kovatch, P., Aberg, J. A., Schadt, E., ... Gnjat ic, S. // Nature Medicine. - 2020. - V.26. - P.1636-1643.

44. Dermaku-Sopjani, M. Interactions between ACE2 and SARS-CoV-2 S Protein: Peptide Inhibitors for Potential Drug Developments Against COVID-19 [Text] / Dermaku-Sopjani, M., & Sopjani, M. // Current Protein & Peptide Science. - 2021. - V.22. - P.729-744.

45. Dessau, R. B. [''R"--project for statistical computing]. [Text] / Dessau, R. B., & Pipper, C. B. // Ugeskrift for Laeger. - 2008. - V.170. - P.328-330.

46. Ding, Y. The clinical pathology of severe acute respiratory syndrome (SARS): a report from China [Text] / Ding, Y., Wang, H., Shen, H., Li, Z., Geng, J., Han, H., Cai, J., Li, X., Kang, W., Weng, D., Lu, Y., Wu, D., He, L., & Yao, K. // The Journal of Pathology. - 2003. - V.200. - P.282-289.

47. Dispinseri, S. Neutralizing antibody responses to SARS-CoV-2 in symptomatic COVID-19 is persistent and critical for survival [Text] / Dispinseri, S., Secchi, M., Pirillo, M. F., Tolazzi, M., Borghi, M., Brigatti, C., De Angelis, M. L., Baratella, M., Bazzigaluppi, E., Venturi, G., Sironi, F., Canitano, A., Marzinotto, I., Tresoldi, C., Ciceri, F., Piemonti, L., Negri, D., Cara, A., Lampasona, V., & Scarlatti, G. // Nature Communications. - 2021. - V.12. -

133

P.2670.

48. Dolinay, T. Inflammasome-regulated Cytokines Are Critical Mediators of Acute Lung Injury [Text] / Dolinay, T., Kim, Y. S., Howrylak, J., Hunninghake, G. M., An, C. H., Fredenburgh, L., Massaro, A. F., Rogers, A., Gazourian, L., Nakahira, K., Haspel, J. A., Landazury, R., Eppanapally, S., Christie, J. D., Meyer, N. J., Ware, L. B., Christiani, D. C., Ryter, S. W., Baron, R. M., & Choi, A. M. K. // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. - 2012. - V.185. - P.1225-1234.

49. Dowell, A. C. Children develop robust and sustained cross-reactive spike-specific immune responses to SARS-CoV-2 infection [Text] / Dowell, A. C., Butler, M. S., Jinks, E., Tut, G., Lancaster, T., Sylla, P., Begum, J., Bruton, R., Pearce, H., Verma, K., Logan, N., Tyson, G., Spalkova, E., Margielewska-Davies, S., Taylor, G. S., Syrimi, E., Baawuah, F., Beckmann, J., Okike, I. O., ... Ladhani, S. // Nature Immunology. - 2022. - V.23. - P.40-49.

50. Drozdzal, S. An update on drugs with therapeutic potential for SARS-CoV-2 (COVID-19) treatment [Text] / Drozdzal, S., Rosik, J., Lechowicz, K., Machaj, F., Szostak, B., Przybycinski, J., Lorzadeh, S., Kotfis, K., Ghavami, S., & Los, M. J. // Drug Resistance Updates. - 2021. - V.59. - P.100794.

51. Du, P. Role of IL-6 inhibitor in treatment of COVID-19-related cytokine release syndrome [Text] / Du, P., Geng, J., Wang, F., Chen, X., Huang, Z., & Wang, Y. //International Journal of Medical Sciences. - 2021. - V.18. -P.1356-1362.

52. Duan, K. Effectiveness of convalescent plasma therapy in severe COVID-19 patients [Text] / Duan, K., Liu, B., Li, C., Zhang, H., Yu, T., Qu, J., Zhou, M., Chen, L., Meng, S., Hu, Y., Peng, C., Yuan, M., Huang, J., Wang, Z., Yu, J., Gao, X., Wang, D., Yu, X., Li, L., ... Yang, X. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2020. - V.117. - P.9490-9496.

53. Dugan, H. L. Profiling B cell immunodominance after SARS-CoV-2 infection reveals antibody evolution to non-neutralizing viral targets [Text] / Dugan, H. L., Stamper, C. T., Li, L., Changrob, S., Asby, N. W., Halfmann, P. J.,

134

Zheng, N. Y., Huang, M., Shaw, D. G., Cobb, M. S., Erickson, S. A., Guthmiller, J. J., Stovicek, O., Wang, J., Winkler, E. S., Madariaga, M. L., Shanmugarajah, K., Jansen, M. O., Amanat, F., ... Wilson, P. C. // Immunity. - 2021. - V.54. -P.1290-1303.

54. Fehr, A. R. The nsp3 Macrodomain Promotes Virulence in Mice with Coronavirus-Induced Encephalitis [Text] / Fehr, A. R., Athmer, J., Channappanavar, R., Phillips, J. M., Meyerholz, D. K., & Perlman, S. // Journal of Virology. - 2015. - V.89. - P.1523-1536.

55. Fehr, A. R. Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis [Text] / Fehr, A. R., & Perlman, S. // Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis (pp. 1-23).

56. Finkel, Y. The coding capacity of SARS-CoV-2. Preprint at [Text] / Finkel, Y. // BioRxiv. - 2020. - .

57. Fiolet, T. Comparing COVID-19 vaccines for their characteristics, efficacy and effectiveness against SARS-CoV-2 and variants of concern: a narrative review [Text] / Fiolet, T., Kherabi, Y., MacDonald, C.-J., Ghosn, J., & Peiffer-Smadja, N. // Clinical Microbiology and Infection. - 2022. - V.28. -P.202-221.

58. Fischer, W. HIV-1 and SARS-CoV-2: Patterns in the evolution of two pandemic pathogens [Text] / Fischer, W., Giorgi, E. E., Chakraborty, S., Nguyen, K., Bhattacharya, T., Theiler, J., Goloboff, P. A., Yoon, H., Abfalterer, W., Foley, B. T., Tegally, H., San, J. E., de Oliveira, T., Gnanakaran, S., Korber, B., Wilkinson, E., Msomi, N., Iranzadeh, A., Fonseca, V., ... Williamson, C. // Cell Host & Microbe. - 2021. - V.29. - P.1093-1110.

59. Fu, Y.-Z. SARS-CoV-2 membrane glycoprotein M antagonizes the MAVS-mediated innate antiviral response [Text] / Fu, Y.-Z., Wang, S.-Y., Zheng, Z.-Q., Yi Huang, Li, W.-W., Xu, Z.-S., & Wang, Y.-Y. // Cellular & Molecular Immunology. - 2021. - V.18. - P.613-620.

60. Furman, D. New approaches to understanding the immune response to vaccination and infection [Text] / Furman, D., & Davis, M. M. // Vaccine. -

135

2015. - V.33. - P.5271-5281.

61. Galloway, S. E. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage — United States, December 29, 2020-January 12, 2021 [Text] / Galloway, S. E., Paul, P., MacCannell, D. R., Johansson, M. A., Brooks, J. T., MacNeil, A., Slayton, R. B., Tong, S., Silk, B. J., Armstrong, G. L., Biggerstaff, M., & Dugan, V. G. // MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. - 2021. - V.70. - P.95-99.

62. Gao, M. Regulatory CD4+ and CD8+ T cells are negatively correlated with CD4+/CD8+ T cell ratios in patients acutely infected with SARS-CoV-2 [Text] / Gao, M., Liu, Y., Guo, M., Wang, Q., Wang, Y., Fan, J., Shen, Y., Hou, J., Wan, Y., & Zhu, Z. // Journal of Leukocyte Biology. - 2021. - V.109. - P.91-97.

63. García, L. F. Immune Response, Inflammation, and the Clinical Spectrum of COVID-19 [Text] / García, L. F. // Frontiers in Immunology. - 2020. - V.11. - .

64. Ge, J. Antibody neutralization of SARS-CoV-2 through ACE2 receptor mimicry [Text] / Ge, J., Wang, R., Ju, B., Zhang, Q., Sun, J., Chen, P., Zhang, S., Tian, Y., Shan, S., Cheng, L., Zhou, B., Song, S., Zhao, J., Wang, H., Shi, X., Ding, Q., Liu, L., Zhao, J., Zhang, Z., ... Zhang, L. // Nat. Commun. -2021. - V.12. - P.250.

65. Gholami, S. A mathematical model of protein subunits COVID-19 vaccines [Text] / Gholami, S., Korosec, C. S., Farhang-Sardroodi, S., Dick, D. W., Craig, M., Ghaemi, M. S., Ooi, H. K., & Heffernan, J. M. // Mathematical Biosciences. - 2023. - V.358. - P.108970.

66. Gilbert, S. C. T-cell-inducing vaccines - what's the future [Text] / Gilbert, S. C. // Immunology. - 2012. - V.135. - P.19-26.

67. Gitman, M. R. Laboratory Diagnosis of SARS-CoV-2 Pneumonia [Text] / Gitman, M. R., Shaban, M. V., Paniz-Mondolfi, A. E., & Sordillo, E. M. // Diagnostics. - 2021. - V.11. - P. 1270.

68. Goel, R. R. mRNA vaccines induce durable immune memory to SARS-CoV-2 and variants of concern [Text] / Goel, R. R., Painter, M. M., Apostolidis, S. A., Mathew, D., Meng, W., Rosenfeld, A. M., Lundgreen, K. A.,

136

Reynaldi, A., Khoury, D. S., Pattekar, A., Gouma, S., Kuri-Cervantes, L., Hicks, P., Dysinger, S., Hicks, A., Sharma, H., Herring, S., Korte, S., Baxter, A. E., ... Wherry, E. J. // Science. - 2021. - V374. - .

69. González, S. Effectiveness of the first component of Gam-COVID-Vac (Sputnik V) on reduction of SARS-CoV-2 confirmed infections, hospitalisations and mortality in patients aged 60-79: a retrospective cohort study in Argentina [Text] / González, S., Olszevicki, S., Salazar, M., Calabria, A., Regairaz, L., Marín, L., Campos, P., Varela, T., Martínez, V. V. G., Ceriani, L., Garcia, E., Kreplak, N., Pifano, M., Estenssoro, E., & Marsico, F. // EClinicalMedicine. - 2021. - V.40. - P.101126.

70. Graham, C. Neutralization potency of monoclonal antibodies recognizing dominant and subdominant epitopes on SARS-CoV-2 Spike is impacted by the B.1.1.7 variant [Text] / Graham, C., Seow, J., Huettner, I., Khan, H., Kouphou, N., Acors, S., Winstone, H., Pickering, S., Galao, R. P., Dupont, L., Lista, M. J., Jimenez-Guardeño, J. M., Laing, A. G., Wu, Y., Joseph, M., Muir, L., van Gils, M. J., Ng, W. M., Duyvesteyn, H. M. E., ... Doores, K. J. // Immunity. -2021. - V.54. - P.1276-1289.e6.

71. Graichen, H. What is the difference between the first and the second/third wave of Covid-19? - German perspective [Text] / Graichen, H. // Journal of Orthopaedics. - 2021. - V.24. - P.A1-A3.

72. Grifoni, A. A Sequence Homology and Bioinformatic Approach Can Predict Candidate Targets for Immune Responses to SARS-CoV-2 [Text] / Grifoni, A., Sidney, J., Zhang, Y., Scheuermann, R. H., Peters, B., & Sette, A. // Cell Host & Microbe. - 2020. - V.27. - P.671-680.e2.

73. Grifoni, A. Targets of T cell responses to SARS-CoV-2 coronavirus in humans with COVID-19 disease and unexposed individuals [Text] / Grifoni, A., Weiskopf, D., Ramirez, S. I., Mateus, J., Dan, J. M., Moderbacher, C. R., Rawlings, S. A., Sutherland, A., Premkumar, L., Jadi, R. S., Marrama, D., de Silva, A. M., Frazier, A., Carlin, A. F., Greenbaum, J. A., Peters, B., Krammer, F., Smith, D. M., Crotty, S., & Sette, A. // Cell. - 2020. - V.181. - P.1489-1501 e1415.

137

74. Gschwandtner, M. More Than Just Attractive: How CCL2 Influences Myeloid Cell Behavior Beyond Chemotaxis [Text] / Gschwandtner, M., Derler, R., & Midwood, K. S. // Frontiers in Immunology. - 2019. - V.10. - .

75. Guo, L. Cross-reactive antibody against human coronavirus OC43 spike protein correlates with disease severity in COVID-19 patients: a retrospective study [Text] / Guo, L., Wang, Y., Kang, L., Hu, Y., Wang, L., Zhong, J., Chen, H., Ren, L., Gu, X., Wang, G., Wang, C., Dong, X., Wu, C., Han, L., Wang, Y., Fan, G., Zou, X., Li, H., Xu, J., ... Wang, J. // Emerg. Microbes Infect.

- 2021. - V.10. - P.664-676.

76. Gusev, E. SARS-CoV-2-Specific Immune Response and the Pathogenesis of COVID-19 [Text] / Gusev, E., Sarapultsev, A., Solomatina, L., & Chereshnev, V. // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. - V.23. -P.1716.

77. Hadj Hassine, I. Covid-19 vaccines and variants of concern: A review [Text] / Hadj Hassine, I. // Reviews in Medical Virology. - 2022. - V.32. -

78. Han, P. Receptor binding and complex structures of human ACE2 to spike RBD from omicron and delta SARS-CoV-2 [Text] / Han, P., Li, L., Liu, S., Wang, Q., Zhang, D., Xu, Z., Han, P., Li, X., Peng, Q., Su, C., Huang, B., Li, D., Zhang, R., Tian, M., Fu, L., Gao, Y., Zhao, X., Liu, K., Qi, J., ... Wa ng, P. // Cell.

- 2022. - V.185. - P.630-640.e10.

79. Harcourt, B. H. Identification of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Replicase Products and Characterization of Papain-Like Protease Activity [Text] / Harcourt, B. H., Jukneliene, D., Kanjanahaluethai, A., Bechill, J., Severson, K. M., Smith, C. M., Rota, P. A., & Baker, S. C. // Journal of Virology.

- 2004. - V.78. - P.13600-13612.

80. He, Y. A single amino acid substitution (R441A) in the receptor-binding domain of SARS coronavirus spike protein disrupts the antigenic structure and binding activity [Text] / He, Y., Li, J., & Jiang, S. // He, Y., Li, J., & Jiang, S. // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2006. - V.344. -

138

P.106-113.

81. Heffron, A. S. The landscape of antibody binding in SARS-CoV-2 infection [Text] / Heffron, A. S., McIlwain, S. J., Amjadi, M. F., Baker, D. A., Khullar, S., Armbrust, T., Halfmann, P. J., Kawaoka, Y., Sethi, A. K., Palmenberg, A. C., Shelef, M. A., O'Connor, D. H., & Ong, I. M. // PLOS Biology. - 2021. -V.19. - P.e3001265.

82. Henss, L. Analysis of Humoral Immune Responses in Patients With Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Infection [Text] / Henss, L., Scholz, T., von Rhein, C., Wieters, I., Borgans, F., Eberhardt, F. J., Zacharowski, K., Ciesek, S., Rohde, G., Vehreschild, M., Stephan, C., Wolf, T., Hofmann-Winkler, H., Scheiblauer, H., & Schnierle, B. S. // The Journal of Infectious Diseases. - 2021. - V.223. - P.56-61.

83. Heurich, A. TMPRSS2 and ADAM17 Cleave ACE2 Differentially and Only Proteolysis by TMPRSS2 Augments Entry Driven by the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Protein [Text] / Heurich, A., Hofmann-Winkler, H., Gierer, S., Liepold, T., Jahn, O., & Pöhlmann, S. // Journal of Virology. - 2014. - V.88. - P.1293-1307.

84. Hilgenfeld, R. From SARS to MERS: crystallographic studies on coronaviral proteases enable antiviral drug design [Text] / Hilgenfeld, R. // FEBS Journal. - 2014. - V.281. - P.4085-4096.

85. Hirano, M. Evolutionary implications of a third lymphocyte lineage in lampreys [Text] / Hirano, M., Guo, P., McCurley, N., Schorpp, M., Das, S., Boehm, T., & Cooper, M. D. // Nature. - 2013. - V.501. - P.435-438.

86. Hojyo, S. How COVID-19 induces cytokine storm with high mortality [Text] / Hojyo, S., Uchida, M., Tanaka, K., Hasebe, R., Tanaka, Y., Murakami, M., & Hirano, T. // Inflammation and Regeneration. - 2020. - V.40. -P.37.

87. Holdsworth, S. R. Cytokines [Text] / Holdsworth, S. R., & Gan, P.-Y. // Clinical Journal of the American Society of Nephrology. - 2015. - V.10. -P.2243-2254.

88. Hu, B. Characteristics of SARS-CoV-2 and COVID-19 [Text] / Hu, B., Guo, H., Zhou, P., & Shi, Z. L. // Nature Reviews Microbiology. - 2021. -V.19. - P.141-154.

89. Huang, C. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China [Text] / Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., Zhang, L., Fan, G., Xu, J., Gu, X., Cheng, Z., Yu, T., Xia, J., Wei, Y., Wu, W., Xie, X., Yin, W., Li, H., Liu, M., ... Cao, B. // The Lancet. - 2020. -V.395. - P.497-506.

90. Huang, Y. Structural and functional properties of SARS-CoV-2 spike protein: potential antivirus drug development for COVID-19 [Text] / Huang, Y., Yang, C., Xu, X., Xu, W., & Liu, S. // Acta Pharmacologica Sinica. - 2020. -V.41. - P.1141-1149.

91. Ibarrondo, F. J. Rapid Decay of Anti-SARS-CoV-2 Antibodies in Persons with Mild Covid-19 [Text] / Ibarrondo, F. J., Fulcher, J. A., Goodman-Meza, D., Elliott, J., Hofmann, C., Hausner, M. A., Ferbas, K. G., Tobin, N. H., Aldrovandi, G. M., & Yang, O. O. // New England Journal of Medicine. - 2020. -V.383. - P.1085-1087.

92. Iketani, S. Multiple pathways for SARS-CoV-2 resistance to nirmatrelvir [Text] / Iketani, S., Mohri, H., Culbertson, B., Hong, S. J., Duan, Y., Luck, M. I., Annavajhala, M. K., Guo, Y., Sheng, Z., Uhlemann, A.-C., Goff, S. P., Sabo, Y., Yang, H., Chavez, A., & Ho, D. D. // Nature. - 2023. - V.613. - P.558-564.

93. Isho, B. Persistence of serum and saliva antibody responses to SARS-CoV-2 spike antigens in COVID-19 patients [Text] / Isho, B., Abe, K. T., Zuo, M., Jamal, A. J., Rathod, B., Wang, J. H., Li, Z., Chao, G., Rojas, O. L., Bang, Y. M., Pu, A., Christie-Holmes, N., Gervais, C., Ceccarelli, D., Samavarchi-Tehrani, P., Guvenc, F., Budylowski, P., Li, A., Paterson, A., ... Gingras, A. C. // Sci. Immunol. - 2020. - V.5. - P.eabe5511.

94. Jeffers, S. A. CD209L (L-SIGN) is a receptor for severe acute respiratory syndrome coronavirus [Text] / Jeffers, S. A., Tusell, S. M., Gillim-

140

Ross, L., Hemmila, E. M., Achenbach, J. E., Babcock, G. J., Thomas, W. D., Thackray, L. B., Young, M. D., Mason, R. J., Ambrosino, D. M., Wentworth, D. E., DeMartini, J. C., & Holmes, K. V. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2004. - V.101. - P.15748-15753.

95. Jones, B. A. Zoonosis emergence linked to agricultural intensification and environmental change [Text] / Jones, B. A., Grace, D., Kock, R., Alonso, S., Rushton, J., Said, M. Y., McKeever, D., Mutua, F., Young, J., McDermott, J., & Pfeiffer, D. U. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2013. -V.110. - P.8399-8404.

96. Joshi, N. Molecular level dissection of critical spike mutations in SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOCs): a simplified review [Text] / Joshi, N., Tyagi, A., & Nigam, S. // ChemistrySelect. - 2021. - V.6. - P.7981-7998.

97. Kang, S. A SARS-CoV-2 antibody curbs viral nucleocapsid protein-induced complement hyperactivation [Text] / Kang, S., Yang, M., He, S., Wang, Y., Chen, X., Chen, Y.-Q., Hong, Z., Liu, J., Jiang, G., Chen, Q., Zhou, Z., Zhou, Z., Huang, Z., Huang, X., He, H., Zheng, W., Liao, H.-X., Xiao, F., Shan, H., & Chen, S. // Nature Communications. - 2021. - V.12. - P.2697.

98. Karattuthodi, M. S. Pharmacist-directed Sputnik V (GAM-COVID-VAC) surveillance program: a prospective observational study in Southern India [Text] / Karattuthodi, M. S., Chandrasekher, D., Panakkal, L. M., C, S., Salman, M., Megha, E, M. S., Fasil, M., A M, M., & Reji, M. // Journal of Basic and Clinical Physiology and Pharmacology. - 2023. - V.34. - P.509-517.

99. Khan, H. TMPRSS2 promotes SARS-CoV-2 evasion from NCOA7-mediated restriction [Text] / Khan, H., Winstone, H., Jimenez-Guardeno, J. M., Graham, C., Doores, K. J., Goujon, C., Matthews, D. A., Davidson, A. D., Rihn, S. J., Palmarini, M., Neil, S. J. D., & Malim, M. H. // PLOS Pathogens. - 2021. -V.17. - P.e1009820.

100. Khoshnood, S. Viral vector and nucleic acid vaccines against COVID-19: A narrative review [Text] / Khoshnood, S., Ghanavati, R., Shirani, M., Ghahramanpour, H., Sholeh, M., Shariati, A., Sadeghifard, N., & Heidary, M. //

141

Frontiers in Microbiology. - 2022. - V.13. - .

101. Kim, D. The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome [Text] / Kim, D., Lee, J.-Y., Yang, J.-S., Kim, J. W., Kim, V. N., & Chang, H. // Cell. -2020. - V.181. - P.914-921.e10.

102. Kirtipal, N. From SARS to SARS-CoV-2, insights on structure, pathogenicity and immunity aspects of pandemic human coronaviruses [Text] / Kirtipal, N., Bharadwaj, S., & Kang, S. G. // Infection, Genetics and Evolution. -2020. - V.85. - P.104502.

103. Korber, B. Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus [Text] / Korber, B., Fischer, W. M., Gnanakaran, S., Yoon, H., Theiler, J., Abfalterer, W., Hengartner, N., Giorgi, E. E., Bhattacharya, T., Foley, B., Hastie, K. M., Parker, M. D., Partridge, D. G., Evans, C. M., Freeman, T. M., de Silva, T. I., Angyal, A., Brown, R. L., Carrilero, L., ... Montefiori, D. C. // Cell. - 2020. - V.182. - P.812-27.e19.

104. Kozlov, M. Omicron's feeble attack on the lungs could make it less dangerous [Text] / Kozlov, M. // Nature. - 2022. - V.601. - P.177.

105. Kumar, N. CONVALESCENT PLASMA THERAPY IN CRITICALLY ILL PATIENTS WITH LATE STAGE COVID-19 [Text] / Kumar, N., Kumar, S., & Patel, S. // Chest. - 2020. - V.158. - P.A601.

106. Kuxdorf-Alkirata, N. Efficient calibration for robust indoor localization based on low-cost BLE sensors [Text] / Kuxdorf-Alkirata, N., Maus, G., & Bruckmann, D. // 2019 IEEE 62nd International Midwest Symposium on Circuits and Systems (MWSCAS). - 2019. - P.702-705.

107. Lawrence, D. A. Flow Cytometry Protocols, 2nd edition. Methods in Molecular Biology, Volume 263. Teresa S. Hawley and Robert G. Hawley, editors. Totowa, NJ: Humana Press, 2004, 448 pp, $99.50, softcover. ISBN 1-588-29-2355. [Text] / Lawrence, D. A. // Clinical Chemistry. - 2005. - V.51. - P.678-679.

108. Lee, N. A Major Outbreak of Severe Acute Respiratory Syndrome in Hong Kong [Text] / Lee, N., Hui, D., Wu, A., Chan, P., Cameron, P., Joynt, G. M., Ahuja, A., Yung, M. Y., Leung, C. B., To, K. F., Lui, S. F., Szeto, C. C., Chung,

142

S., & Sung, J. J. Y. // New England Journal of Medicine. - 2003. - V.348. -P.1986-1994.

109. Lei, K. C. Conservation analysis of SARS-CoV-2 spike suggests complicated viral adaptation history from bat to human [Text] / Lei, K. C., & Zhang, X. D. // Evolution, Medicine, and Public Health. - 2020. - V.2020. -P.290-303.

110. Li, C. The impact of receptor-binding domain natural mutations on antibody recognition of SARS-CoV-2 [Text] / Li, C., Tian, X., Jia, X., Wan, J., Lu, L., Jiang, S., Lan, F., Lu, Y., Wu, Y., & Ying, T. // Signal Transduction and Targeted Therapy. - 2021. - V.6. - P.132.

111. Li, Q. Immune response in COVID-19: what is next? [Text] / Li, Q., Wang, Y., Sun, Q., Knopf, J., Herrmann, M., Lin, L., Jiang, J., Shao, C., Li, P., He, X., Hua, F., Niu, Z., Ma, C., Zhu, Y., Ippolito, G., Piacentini, M., Estaquier, J., Melino, S., Weiss, F. D., ... Shi, Y. // Cell Death & Differentiation. - 2022. -V.29. - P.1107-1122.

112. Liang, T. Proteome-wide epitope mapping identifies a resource of antibodies for SARS-CoV-2 detection and neutralization [Text] / Liang, T., Cheng, M., Teng, F., Wang, H., Deng, Y., Zhang, J., Qin, C., Guo, S., Zhao, H., & Yu, X. // Signal Transduction and Targeted Therapy. - 2021. - V.6. - P.166.

113. Lim, Y. Human Coronaviruses: A Review of Virus -Host Interactions [Text] / Lim, Y., Ng, Y., Tam, J., & Liu, D. // Diseases. - 2016. - V.4. - P.26.

114. Lin, L. The disease severity and clinical outcomes of the SARS-CoV-2 variants of concern [Text] / Lin, L., Liu, Y., Tang, X., & He, D. // Front Public Health. - 2021. - V.9. - .

115. Lineburg, K. E. CD8+ T cells specific for an immunodominant SARS-CoV-2 nucleocapsid epitope cross-react with selective seasonal coronaviruses [Text] / Lineburg, K. E., Grant, E. J., Swaminathan, S., Chatzileontiadou, D. S. M., Szeto, C., Sloane, H., Panikkar, A., Raju, J., Crooks, P., Rehan, S., Nguyen, A. T., Lekieffre, L., Neller, M. A., Tong, Z. W. M., Jayasinghe, D., Chew, K. Y., Lobos, C. A., Halim, H., Burrows, J. M., ... Gras, S.

143

// Immunity. - 2021. - V.54. - P.1055-1065.e5.

116. Liu, C. Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum [Text] / Liu, C., Ginn, H. M., Dejnirattisai, W., Supasa, P., Wang, B., Tuekprakhon, A., Nutalai, R., Zhou, D., Mentzer, A. J., Zhao, Y., Duyvesteyn, H. M. E., Lopez-Camacho, C., Slon-Campos, J., Walter, T. S., Skelly, D., Johnson, S. A., Ritter, T. G., Mason, C., Costa Clemens, S. A., ... Screaton, G. R. // Cell. - 2021. - V.184. - P.4220-4236.e13.

117. Liu, D. X. Accessory proteins of SARS-CoV and other coronaviruses [Text] / Liu, D. X., Fung, T. S., Chong, K. K.-L., Shukla, A., & Hilgenfeld, R. // Antiviral Research. - 2014. - V.109. - P.97-109.

118. Liu, Li, Wei, Q. Epithelial Cells Lining Salivary Gland Ducts Are Early Target Cells of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Infection in the Upper Respiratory Tracts of Rhesus Macaques [Text] / Liu, Li, Wei, Q., Alvarez, X., Wang, H., Du, Y., Zhu, H., Jiang, H., Zhou, J., Lam, P., Zhang, L., Lackner, A., Qin, C., & Chen, Z. // Journal of Virology. - 2011. - V.85. - P.4025-4030.

119. Liu, Li, Wei, Q. Anti-spike IgG causes severe acute lung injury by skewing macrophage responses during acute SARS-CoV infection [Text] / Liu, Li, Wei, Q., Lin, Q., Fang, J., Wang, H., Kwok, H., Tang, H., Nishiura, K., Peng, J., Tan, Z., Wu, T., Cheung, K.-W., Chan, K.-H., Alvarez, X., Qin, C., Lackner, A., Perlman, S., Yuen, K.-Y., & Chen, Z. // JCI Insight. - 2019. - V.4. - .

120. Liu, Lihong, Iketani, S. Striking antibody evasion manifested by the Omicron variant of SARS-CoV-2 [Text] / Liu, Lihong, Iketani, S., Guo, Y., Chan, J. F.-W., Wang, M., Liu, L., Luo, Y., Chu, H., Huang, Y., Nair, M. S., Yu, J., Chik, K. K.-H., Yuen, T. T.-T., Yoon, C., To, K. K.-W., Chen, H., Yin, M. T., Sobieszczyk, M. E., Huang, Y., ... Ho, D. D. // Nature. - 2022. - V.602. - P.676-681.

121. Liu, Lihong, Wang, P. Potent neutralizing antibodies against multiple epitopes on SARS-CoV-2 spike [Text] / Liu, Lihong, Wang, P., Nair, M. S., Yu, J., Rapp, M., Wang, Q., Luo, Y., Chan, J. F.-W., Sahi, V., Figueroa, A., Guo, X. V.,

144

Cerutti, G., Bimela, J., Gorman, J., Zhou, T., Chen, Z., Yuen, K.-Y., Kwong, P. D., Sodroski, J. G., ... Ho, D. D. // Nature. - 2020. - V.584. - P.450-456.

122. Liu, Yafei, Soh, W. T. An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein targeted by antibodies [Text] / Liu, Yafei, Soh, W. T., Kishikawa, J., Hirose, M., Nakayama, E. E., Li, S., Sasai, M., Suzuki, T., Tada, A., Arakawa, A., Matsuoka, S., Akamatsu, K., Matsuda, M., Ono, C., Torii, S., Kishida, K., Jin, H., Nakai, W., Arase, N., ... Arase, H. // Cell. - 2021. - V.184. -P.3452-3466.e18.

123. Liu, Yu, Sawalha, A. H. COVID-19 and autoimmune diseases [Text] / Liu, Yu, Sawalha, A. H., & Lu, Q. // Curr. Opin. Rheumatol. - 2021. - V.33. -P.155-162.

124. Logunov, D. Y. Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia [Text] / Logunov, D. Y., Dolzhikova, I. V, Shcheblyakov, D. V, Tukhvatulin, A. I., Zubkova, O. V, Dzharullaeva, A. S., Kovyrshina, A. V, Lubenets, N. L., Grousova, D. M., Erokhova, A. S., Botikov, A. G., Izhaeva, F. M., Popova, O., Ozharovskaya, T. A., Esmagambetov, I. B., Favorskaya, I. A., Zrelkin, D. I., Voronina, D. V, Shcherbinin, D. N., ... Gintsburg, A. L. // The Lancet. - 2021. - V.397. - P.671-681.

125. Logunov, D. Y. Safety and immunogenicity of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine in two formulations: two open, non-randomised phase 1/2 studies from Russia [Text] / Logunov, D. Y., Dolzhikova, I. V, Zubkova, O. V, Tukhvatulin, A. I., Shcheblyakov, D. V, Dzharullaeva, A. S., Grousova, D. M., Erokhova, A. S., Kovyrshina, A. V, Botikov, A. G., Izhaeva, F. M., Popova, O., Ozharovskaya, T. A., Esmagambetov, I. B., Favorskaya, I. A., Zrelkin, D. I., Voronina, D. V, Shcherbinin, D. N., Semikhin, A. S., ... Gintsburg, A. L. // The Lancet. - 2020. - V.396. - P.887-897.

126. Lucas, C. Delayed production of neutralizing antibodies correlates with fatal COVID-19 [Text] / Lucas, C., Klein, J., Sundaram, M. E., Liu, F., Wong, P., Silva, J., Mao, T., Oh, J. E., Mohanty, S., Huang, J., Tokuyama, M., Lu, P.,

145

Venkataraman, A., Park, A., Israelow, B., Vogels, C. B. F., Muenker, M. C., Chang, C.-H., Casanovas-Massana, A., ... Iwasaki, A. // Nature Medicine. - 2021.

- V.27. - P.1178-1186.

127. Lucas, C. Longitudinal analyses reveal immunological misfiring in severe COVID-19 [Text] / Lucas, C., Wong, P., Klein, J., Castro, T. B. R., Silva, J., Sundaram, M., Ellingson, M. K., Mao, T., Oh, J. E., Israelow, B., Takahashi, T., Tokuyama, M., Lu, P., Venkataraman, A., Park, A., Mohanty, S., Wang, H., Wyllie, A. L., Vogels, C. B. F., ... Iwasaki, A. // Nature. - 2020. - V.584. -P.463-469.

128. Luis Muñoz-Carrillo, J. Cytokine Profiling Plays a Crucial Role in Activating Immune System to Clear Infectious Pathogens [Text] / Luis Muñoz-Carrillo, J., Francisco Contreras-Cordero, J., Gutiérrez-Coronado, O., Trinidad Villalobos-Gutiérrez, P., Guillermo Ramos-Gracia, L., & Elizabeth Hernández-Reyes, V. // In Immune Response Activation and ImmunomodulationIntechOpen.

129. Ma, Z. Cross-reactivity towards SARS-CoV-2: the potential role of low-pathogenic human coronaviruses [Text] / Ma, Z., Li, P., Ji, Y., Ikram, A., & Pan, Q. // The Lancet Microbe. - 2020. - V.l. - P.e151.

130. Madhi, S. A. Population Immunity and Covid-19 Severity with Omicron Variant in South Africa [Text] / Madhi, S. A., Kwatra, G., Myers, J. E., Jassat, W., Dhar, N., Mukendi, C. K., Nana, A. J., Blumberg, L., Welch, R., Ngorima-Mabhena, N., & Mutevedzi, P. C. // New England Journal of Medicine.

- 2022. - V.386. - P.1314-1326.

131. Majdoubi, A. A majority of uninfected adults show preexisting antibody reactivity against SARS-CoV-2 [Text] / Majdoubi, A., Michalski, C., O'Connell, S. E., Dada, S., Narpala, S., Gelinas, J., Mehta, D., Cheung, C., Winkler, D. F. H., Basappa, M., Liu, A. C., Görges, M., Barakauskas, V. E., Irvine, M., Mehalko, J., Esposito, D., Sekirov, I., Jassem, A. N., Goldfarb, D. M., ... Lavoie, P. M. // JCI Insight. - 2021. - V.6. - P.e146316.

132. Malone, B. CoV-er all the bases: Structural perspectives of SARS-CoV-2 RNA synthesis [Text] / Malone, B., Campbell, E. A., & Darst, S. A. // CoV-

146

er all the bases: Structural perspectives of SARS-CoV-2 RNA synthesis (pp. 1-37).

133. Masters, P. S. The Molecular Biology of Coronaviruses [Text] / Masters, P. S. // The Molecular Biology of Coronaviruses (pp. 193-292).

134. Maurice, N. J. The Ugly Duckling Turned to Swan: A Change in Perception of Bystander-Activated Memory CD8 T Cells [Text] / Maurice, N. J., Taber, A. K., & Prlic, M. // The Journal of Immunology. - 2021. - V.206. -P.455-462.

135. McCallum, M. Structural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement [Text] / McCallum, M., Czudnochowski, N., Rosen, L. E., Zepeda, S. K., Bowen, J. E., Walls, A. C., Hauser, K., Joshi, A., Stewart, C., Dillen, J. R., Powell, A. E., Croll, T. I., Nix, J., Virgin, H. W., Corti, D., Snell, G., & Veesler, D. // Science. - 2022. - V.375. - P.864-868.

136. Mcintosh, K. Recovery in tracheal organ cultures of novel viruses from patients with respiratory disease. [Text] / McIntosh, K., Dees, J. H., Becker, W. B., Kapikian, A. Z., & Chanock, R. M. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1967. - V.57. - P.933-940.

137. Menachery, V. D. Trypsin Treatment Unlocks Barrier for Zoonotic Bat Coronavirus Infection [Text] / Menachery, V. D., Dinnon, K. H., Yount, B. L., McAnarney, E. T., Gralinski, L. E., Hale, A., Graham, R. L., Scobey, T., Anthony, S. J., Wang, L., Graham, B., Randell, S. H., Lipkin, W. I., & Baric, R. S. // Journal of Virology. - 2020. - V.94. - .

138. Merad, M. Pathological inflammation in patients with COVID-19: a key role for monocytes and macrophages [Text] / Merad, M., & Martin, J. C. // Nature Reviews Immunology. - 2020. - V.20. - P.355-362.

139. Mercer, P. F. Proteinase-Activated Receptor-1, CCL2, and CCL7 Regulate Acute Neutrophilic Lung Inflammation [Text] / Mercer, P. F., Williams, A. E., Scotton, C. J., José, R. J., Sulikowski, M., Moffatt, J. D., Murray, L. A., & Chambers, R. C. // American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology. - 2014. - V.50. - P.144-157.

140. Meyerholz D.K., Perlman S. Does common cold coronavirus

147

infection protect against severe SARS-CoV-2 disease? [Text] / 135. Meyerholz D.K., Perlman S. // Journal of Clinical Investigation. - 2021- V.131, № 1.

141. Millet, J. K. Host cell entry of Middle East respiratory syndrome coronavirus after two-step, furin-mediated activation of the spike protein [Text] / Millet, J. K., & Whittaker, G. R. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2014. - V.111. - P.15214-15219.

142. Mir, N. Understanding the andromeda strain - The role of cytokine release, coagulopathy and antithrombin III in SARS-CoV2 critical illness [Text] / Mir, N., D'Amico, A., Dasher, J., Tolwani, A., & Valentine, V. // B lood Reviews. - 2021. - V.45. - P.100731.

143. Mishra, K. P. Hyperinflammation and Immune Response Generation in COVID-19 [Text] / Mishra, K. P., Singh, A. K., & Singh, S. B. // Neuroimmunomodulation. - 2020. - V.27. - P.80-86.

144. Mitsuki, Y. A single amino acid substitution in the S1 and S2 Spike protein domains determines the neutralization escape phenotype of SARS-CoV [Text] / Mitsuki, Y., Ohnishi, K., Takagi, H., Oshima, M., Yamamoto, T., Mizukoshi, F., Terahara, K., Kobayashi, K., Yamamoto, N., Yamaoka, S., & Tsunetsugu-Yokota, Y. // Microbes and Infection. - 2008. - V.10. - P.908-915.

145. Mok, C. K. P. T-cell responses to MERS coronavirus infection in people with occupational exposure to dromedary camels in Nigeria: an observational cohort study [Text] / Mok, C. K. P., Zhu, A., Zhao, J., Lau, E. H. Y., Wang, J., Chen, Z., Zhuang, Z., Wang, Y., Alshukairi, A. N., Baharoon, S. A., Wang, W., Tan, W., Liang, W., Oladipo, J. O., Perera, R. A. P. M., Kuranga, S. A., Peiris, M., & Zhao, J. // The Lancet Infectious Diseases. - 2021. - V.21. - P.385-395.

146. Montelongo-Jauregui, D. Convalescent serum therapy for COVID-19: A 19th century remedy for a 21st century disease [Text] / Montelongo-Jauregui, D., Vila, T., Sultan, A. S., & Jabra-Rizk, M. A. // PLOS Pathogens. -2020. - V.16. - P.e1008735.

147. Mudd, P. A. Distinct inflammatory profiles distinguish COVID-19

148

from influenza with limited contributions from cytokine storm [Text] / Mudd, P. A., Crawford, J. C., Turner, J. S., Souquette, A., Reynolds, D., Bender, D., Bosanquet, J. P., Anand, N. J., Striker, D. A., Martin, R. S., Boon, A. C. M., House, S. L., Remy, K. E., Hotchkiss, R. S., Prestí, R. M., O'Halloran, J. A., Powderly, W. G., Thomas, P. G., & Ellebedy, A. H. // Science Advances. - 2020. -V.6. - .

148. Muñoz-Gómez, M. J. IgG antibody levels against the SARS-CoV-2 spike protein in mother-child dyads after COVID-19 vaccination [Text] / Muñoz-Gómez, M. J., Martin-Vicente, M., Vigil-Vazquez, S., Carrasco, I., Lobo, A. H., Mas, V., Vázquez, M., Manzanares, A., Cano, O., Zamora, C., Alonso, R., Sepulveda-Crespo, D., Tarancon-Diez, L., Muñoz-Fernández, M. Á., Muñoz-Chapuli, M., Resino, S., Navarro, M. L., & Martinez, I. // Infection. - 2023. - .

149. Nao, N. Genetic Predisposition To Acquire a Polybasic Cleavage Site for Highly Pathogenic Avian Influenza Virus Hemagglutinin [Text] / Nao, N., Yamagishi, J., Miyamoto, H., Igarashi, M., Manzoor, R., Ohnuma, A., Tsuda, Y., Furuyama, W., Shigeno, A., Kajihara, M., Kishida, N., Yoshida, R., & Takada, A. // MBio. - 2017. - V.8. - .

150. Nasreen, S. Effectiveness of COVID-19 vaccines against symptomatic SARS-CoV-2 infection and severe outcomes with variants of concern in Ontario [Text] / Nasreen, S., Chung, H., He, S., Brown, K. A., Gubbay, J. B., Buchan, S. A., Fell, D. B., Austin, P. C., Schwartz, K. L., Sundaram, M. E., Calzavara, A., Chen, B., Tadrous, M., Wilson, K., Wilson, S. E., & Kwong, J. C. // Nature Microbiology. - 2022. - V.7. - P.379-385.

151. Ng, K. W. Preexisting and de novo humoral immunity to SARS-CoV-2 in humans [Text] / Ng, K. W., Faulkner, N., Cornish, G. H., Rosa, A., Harvey, R., Hussain, S., Ulferts, R., Earl, C., Wrobel, A. G., Benton, D. J., Roustan, C., Bolland, W., Thompson, R., Agua-Doce, A., Hobson, P., Heaney, J., Rickman, H., Paraskevopoulou, S., Houlihan, C. F., ... Kassiotis, G. // Science. - 2020. -V.370. - P.1339-1343.

152. Ni, L. Detection of SARS-CoV-2-Specific Humoral and Cellular

149

Immunity in COVID-19 Convalescent Individuals [Text] / Ni, L., Ye, F., Cheng, M.-L., Feng, Y., Deng, Y.-Q., Zhao, H., Wei, P., Ge, J., Gou, M., Li, X., Sun, L., Cao, T., Wang, P., Zhou, C., Zhang, R., Liang, P., Guo, H., Wang, X., Qin, C.-F., ... Dong, C. // Immunity. - 2020. - V.52. - P.971-977.e3.

153. Notarbartolo, S. Integrated longitudinal immunophenotypic, transcriptional and repertoire analyses delineate immune responses in COVID-19 patients [Text] / Notarbartolo, S. // Sci. Immunol. - 2021. - V.6. - P.eabg5021.

154. O Murchu, E. Quantifying the risk of SARS-CoV-2 reinfection over time [Text] / O Murchu, E., Byrne, P., Carty, P. G., De Gascun, C., Keogan, M., O'Neill, M., Harrington, P., & Ryan, M. // Reviews in Medical Virology. - 2022. - V.32. - .

155. Ogbe, A. T cell assays differentiate clinical and subclinical SARS-CoV-2 infections from cross-reactive antiviral responses [Text] / Ogbe, A., Kronsteiner, B., Skelly, D. T., Pace, M., Brown, A., Adland, E., Adair, K., Akhter, H. D., Ali, M., Ali, S. E., Angyal, A., Ansari, M. A., Arancibia-Carcamo, C. V., Brown, H., Chinnakannan, S., Conlon, C., de Lara, C., de Silva, T., Dold, C., ... Dunachie, S. // Nature Communications. - 2021. - V.12. - .

156. Ou, X. Identification of the Fusion Peptide-Containing Region in Betacoronavirus Spike Glycoproteins [Text] / Ou, X., Zheng, W., Shan, Y., Mu, Z., Dominguez, S. R., Holmes, K. V., & Qian, Z. // Journal of Virology. - 2016. -V.90. - P.5586-5600.

157. Palm, A. K. E. Remembrance of things past: long-term B cell memory after infection and vaccination [Text] / Palm, A. K. E., & Henry, C. // Front. Immunol. - 2019. - V.10. - P.1787.

158. Palomino, D. C. T. Chemokines and immunity [Text] / Palomino, D. C. T., & Marti, L. C. // Einstein (Sao Paulo). - 2015. - V.13. - P.469-473.

159. Pan, P. SARS-CoV-2 N protein promotes NLRP3 inflammasome activation to induce hyperinflammation [Text] / Pan, P., Shen, M., Yu, Z., Ge, W., Chen, K., Tian, M., Xiao, F., Wang, Z., Wang, J., Jia, Y., Wang, W., Wan, P., Zhang, J., Chen, W., Lei, Z., Chen, X., Luo, Z., Zhang, Q., Xu, M., ... Wu, J. //

150

Nature Communications. - 2021. - V.12. - P.4664.

160. Pang, N. Y.-L. Understanding neutralising antibodies against SARS-CoV-2 and their implications in clinical practice [Text] / Pang, N. Y.-L., Pang, A. S.-R., Chow, V. T., & Wang, D.-Y. // Military Medical Research. - 2021. - V.8. -P.47.

161. Patone, M. Mortality and critical care unit admission associated with the SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England: an observational cohort study [Text] / Patone, M., Thomas, K., Hatch, R., Tan, P. S., Coupland, C., Liao, W., Mouncey, P., Harrison, D., Rowan, K., Horby, P., Watkinson, P., & Hippisley-Cox, J. // Lancet Infect Dis. - 2021. - V.21. - P.1518-1528.

162. Peng, Y. Broad and strong memory CD4+ and CD8+ T cells induced by SARS-CoV-2 in UK convalescent individuals following COVID-19 [Text] / Peng, Y., Mentzer, A. J., Liu, G., Yao, X., Yin, Z., Dong, D., Dejnirattisai, W., Rostron, T., Supasa, P., Liu, C., Lopez-Camacho, C., Slon-Campos, J., Zhao, Y., Stuart, D. I., Paesen, G. C., Grimes, J. M., Antson, A. A., Bayfield, O. W., Hawkins, D. E. D. P., ... Knight, J. C. // Nature Immunology. - 2020. - V.21. -P.1336-1345.

163. Piccoli, L. Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology [Text] / Piccoli, L., Park, Y. J., Tortorici, M. A., Czudnochowski, N., Walls, A. C., Beltramello, M., Silacci-Fregni, C., Pinto, D., Rosen, L. E., Bowen, J. E., Acton, O. J., Jaconi, S., Guarino, B., Minola, A., Zatta, F., Sprugasci, N., Bassi, J., Peter, A., De Marco, A., ... Veesler, D. // Cell. - 2020. - V.183. -P.1024-1042.

164. Pinto, D. Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody [Text] / Pinto, D., Park, Y. J., Beltramello, M., Walls, A. C., Tortorici, M. A., Bianchi, S., Jaconi, S., Culap, K., Zatta, F., De Marco, A., Peter, A., Guarino, B., Spreafico, R., Cameroni, E., Case, J. B., Chen, R. E., Havenar-Daughton, C., Snell, G., Telenti, A., ... Corti, D. // Nature. - 2020. - V.583. - P.290-295.

165. Plante, J. A. Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness [Text] / Plante, J. A., Liu, Y., Liu, J., Xia, H., Johnson, B. A., Lokugamage, K. G., Zhang, X., Muruato, A. E., Zou, J., Fontes-Garfias, C. R., Mirchandani, D., Scharton, D., Bilello, J. P., Ku, Z., An, Z., Kalveram, B., Freiberg, A. N., Menachery, V. D., Xie, X., ... Shi, P. Y. // Nature. - 2021. - V.592. - P.116-121.

166. Premikha, M. Comparative Effectiveness of mRNA and Inactivated Whole-Virus Vaccines Against Coronavirus Disease 2019 Infection and Severe Disease in Singapore [Text] / Premikha, M., Chiew, C. J., Wei, W. E., Leo, Y. S., Ong, B., Lye, D. C., Lee, V. J., & Tan, K. B. // Clinical Infectious Diseases. -2022. - V.75. - P.1442-1445.

167. Primorac, D. Adaptive Immune Responses and Immunity to SARS-CoV-2 [Text] / Primorac, D., Vrdoljak, K., Brlek, P., Pavelic, E., Molnar, V., Matisic, V., Erceg Ivkosic, I., & Parcina, M. // Frontiers in Immunology. - 2022. -V.13. - .

168. Quadeer, A. A. Landscape of epitopes targeted by T cells in 852 individuals recovered from COVID-19: Meta-analysis, immunoprevalence, and web platform [Text] / Quadeer, A. A., Ahmed, S. F., & McKay, M. R. // Cell Reports Medicine. - 2021. - V.2. - P.100312.

169. Quiros-Fernandez, I. Immunogenic T cell epitopes of SARS-CoV-2 are recognized by circulating memory and naive CD8 T cells of unexposed individuals [Text] / Quiros-Fernandez, I., Poorebrahim, M., Fakhr, E., & Cid-Arregui, A. // EBioMedicine. - 2021. - V.72. - P.103610.

170. Raj, V. S. Dipeptidyl peptidase 4 is a functional receptor for the emerging human coronavirus-EMC [Text] / Raj, V. S., Mou, H., Smits, S. L., Dekkers, D. H. W., Müller, M. A., Dijkman, R., Muth, D., Demmers, J. A. A., Zaki, A., Fouchier, R. A. M., Thiel, V., Drosten, C., Rottier, P. J. M., Osterhaus, A. D. M. E., Bosch, B. J., & Haagmans, B. L. // Nature. - 2013. - V.495. - P.251-254.

171. Ramesh, S. Emerging SARS-CoV-2 variants: a review of its mutations, its implications and vaccine efficacy [Text] / Ramesh, S.,

152

Govindarajulu, M., Parise, R. S., Neel, L., Shankar, T., Patel, S., Lowery, P., Smith, F., Dhanasekaran, M., & Moore, T. // Vaccines. - 2021. - V.9. - P.1195.

172. Raue, H.-P. Activation of Virus-Specific CD8+ T Cells by Lipopolysaccharide-Induced IL-12 and IL-18 [Text] / Raue, H.-P., Brien, J. D., Hammarlund, E., & Slifka, M. K. // The Journal of Immunology. - 2004. - V.173. - P.6873-6881.

173. Ravichandran, S. Longitudinal antibody repertoire in "mild" versus "severe" COVID-19 patients reveals immune markers associated with disease severity and resolution [Text] / Ravichandran, S., Lee, Y., Grubbs, G., Coyle, E. M., Klenow, L., Akasaka, O., Koga, M., Adachi, E., Saito, M., Nakachi, I., Ogura, T., Baba, R., Ito, M., Kiso, M., Yasuhara, A., Yamada, S., Sakai-Tagawa, Y., Iwatsuki-Horimoto, K., Imai, M., ... Khurana, S. // Science Advances. - 2021. -V.7. - .

174. RECOVERY Collaborative Group. Tocilizumab in patients admitted to hospital with COVID-19 (RECOVERY): a randomised, controlled, open-label, platform trial. [Text] / RECOVERY Collaborative Group // Lancet (London, England). - 2021. - V.397. - P.1637-1645.

175. Rha, M.-S. Activation or exhaustion of CD8+ T cells in patients with COVID-19 [Text] / Rha, M.-S., & Shin, E.-C. // Cellular & Molecular Immunology. - 2021. - V.18. - P.2325-2333.

176. Rider, P. The transcription of the alarmin cytokine interleukin-1 alpha is controlled by hypoxia inducible factors 1 and 2 alpha in hypoxic cells [Text] / Rider, P., Kaplanov, I., Romzova, M., Bernardis, L., Braiman, A., Voronov, E., & Apte, R. N. // Frontiers in Immunology. - 2012. - V.3. - .

177. Robbiani, D. F. (a)Convergent antibody responses to SARS-CoV-2 in convalescent individuals [Text] / Robbiani, D. F., Gaebler, C., Muecksch, F., Lorenzi, J. C. C., Wang, Z., Cho, A., Agudelo, M., Barnes, C. O., Gazumyan, A., Finkin, S., Hägglöf, T., Oliveira, T. Y., Viant, C., Hurley, A., Hoffmann, H.-H., Millard, K. G., Kost, R. G., Cipolla, M., Gordon, K., ... Nussenzweig, M. C. // Nature. - 2020. - V.584. - P.437-442.

178. Rossi, A. H. Sputnik V vaccine elicits seroconversion and neutralizing capacity to SARS-CoV-2 after a single dose [Text] / Rossi, A. H., Ojeda, D. S., Varese, A., Sanchez, L., Gonzalez Lopez Ledesma, M. M., Mazzitelli, I., Alvarez Juliá, A., Oviedo Rouco, S., Pallarás, H. M., Costa Navarro, G. S., Rasetto, N. B., Garcia, C. I., Wenker, S. D., Ramis, L. Y., Bialer, M. G., de Leone, M. J., Hernando, C. E., Sosa, S., Bianchimano, L., ... Gamarnik, A. V. // Cell Reports Medicine. - 2021. - V.2. - P.100359.

179. Routhu, N. K. A modified vaccinia Ankara vector-based vaccine protects macaques from SARS-CoV-2 infection, immune pathology, and dysfunction in the lungs [Text] / Routhu, N. K., Cheedarla, N., Gangadhara, S., Bollimpelli, V. S., Boddapati, A. K., Shiferaw, A., Rahman, S. A., Sahoo, A., Edara, V. V., Lai, L., Floyd, K., Wang, S., Fischinger, S., Atyeo, C., Shin, S. A., Gumber, S., Kirejczyk, S., Cohen, J., Jean, S. M., ... Amara, R. R. // Immunity. -2021. - V.54. - P.542-556.e9.

180. Rubin, R. COVID-19 Vaccines vs Variants—Determining How Much Immunity Is Enough [Text] / Rubin, R. // JAMA. - 2021. - V.325. - P.1241.

181. Ruch, T. R. The Coronavirus E Protein: Assembly and Beyond [Text] / Ruch, T. R., & Machamer, C. E. // Viruses. - 2012. - V.4. - P.363-382.

182. Russell, C. D. The Human Immune Response to Respiratory Syncytial Virus Infection [Text] / Russell, C. D., Unger, S. A., Walton, M., & Schwarze, J. // Clinical Microbiology Reviews. - 2017. - V.30. - P.481-502.

183. Sagar, M. Recent endemic coronavirus infection is associated with less-severe COVID-19 [Text] / Sagar, M // J. Clin. Invest. - 2021. - V.131. -P.143380.

184. Sahin, U. mRNA-based therapeutics-developing a new class of drugs [Text] / Sahin, U., Karikó, K., & Türeci, Ö. // Nat Rev Drug Discov. - 2014. -V.13. - P.759-780.

185. Saletti, G. Older adults lack SARS CoV-2 cross-reactive T lymphocytes directed to human coronaviruses OC43 and NL63 [Text] / Saletti, G., Gerlach, T., Jansen, J. M., Molle, A., Elbahesh, H., Ludlow, M., Li, W., Bosch, B.-

154

J., Osterhaus, A. D. M. E., & Rimmelzwaan, G. F. // Scientific Reports. - 2020. -V.10. - P.21447.

186. Santa Cruz, A. Interleukin-6 Is a Biomarker for the Development of Fatal Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Pneumonia [Text] / Santa Cruz, A., Mendes-Frias, A., Oliveira, A. I., Dias, L., Matos, A. R., Carvalho, A., Capela, C., Pedrosa, J., Castro, A. G., & Silvestre, R. // Frontiers in Immunology. - 2021. - V.12. - .

187. Sanyal, S. How SARS-CoV-2 (COVID-19) spreads within infected hosts — what we know so far [Text] / Sanyal, S. // Emerging Topics in Life Sciences. - 2020. - V.4. - P.383-390.

188. Sati§, H. Prognostic value of interleukin-18 and its association with other inflammatory markers and disease severity in COVID-19 [Text] / Sati§, H., Özger, H. S., Aysert Yildiz, P., Hizel, K., Gulbahar, Ö., Erba§, G., Aygencel, G., Guzel Tunccan, O., Öztürk, M. A., Dizbay, M., & Tufan, A. // Cytokine. - 2021. -V.137. - P.155302.

189. Schindler, H. The Production of IFN-y by IL-12/IL-18-Activated Macrophages Requires STAT4 Signaling and Is Inhibited by IL-4 [Text] / Schindler, H., Lutz, M. B., Röllinghoff, M., & Bogdan, C. // The Journal of Immunology. - 2001. - V.166. - P.3075-3082.

190. Schmidt, M. E. The CD8 T Cell Response to Respiratory Virus Infections [Text] / Schmidt, M. E., & Varga, S. M. // Frontiers in Immunology. -2018. - V.9. - .

191. Schulert, G. S. Pathogenesis of Macrophage Activation Syndrome and Potential for Cytokine- Directed Therapies [Text] / Schulert, G. S., & Grom,

A. A. // Annual Review of Medicine. - 2015. - V.66. - P.145-159.

192. Self, W. H. Decline in SARS-CoV-2 Antibodies After Mild Infection Among Frontline Health Care Personnel in a Multistate Hospital Network — 12 States, April-August 2020 [Text] / Self, W. H., Tenforde, M. W., Stubblefield, W.

B., Feldstein, L. R., Steingrub, J. S., Shapiro, N. I., Ginde, A. A., Prekker, M. E., Brown, S. M., Peltan, I. D., Gong, M. N., Aboodi, M. S., Khan, A., Exline, M. C.,

155

Files, D. C., Gibbs, K. W., Lindsell, C. J., Rice, T. W., Jones, I. D., ... Seh gal, S. // MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report. - 2020. - V.69. - P. 1762-1766.

193. Shen, C. Treatment of 5 Critically Ill Patients With COVID-19 With Convalescent Plasma [Text] / Shen, C., Wang, Z., Zhao, F., Yang, Y., Li, J., Yuan, J., Wang, F., Li, D., Yang, M., Xing, L., Wei, J., Xiao, H., Yang, Y., Qu, J., Qing, L., Chen, L., Xu, Z., Peng, L., Li, Y., ... Liu, L. // JAMA. - 2020. - V.323. -P.1582.

194. Shi, R. A human neutralizing antibody targets the receptor-binding site of SARS-CoV-2 [Text] / Shi, R., Shan, C., Duan, X., Chen, Z., Liu, P., Song, J., Song, T., Bi, X., Han, C., Wu, L., Gao, G., Hu, X., Zhang, Y., Tong, Z., Huang, W., Liu, W. J., Wu, G., Zhang, B., Wang, L., ... Yan, J. // Nature. - 2020. -V.584. - P.120-124.

195. Shrock, E. Viral epitope profiling of COVID-19 patients reveals cross-reactivity and correlates of severity [Text] / Shrock, E., Fujimura, E., Kula, T., Timms, R. T., Lee, I. H., Leng, Y., Robinson, M. L., Sie, B. M., Li, M. Z., Chen, Y., Logue, J., Zuiani, A., McCulloch, D., Lelis, F. J. N., Henson, S., Monaco, D. R., Travers, M., Habibi, S., Clarke, W. A., ... Elledge, S. J. // Science.

- 2020. - V.370. - P.eabd4250.

196. Simmons, G. Proteolytic activation of the SARS-coronavirus spike protein: Cutting enzymes at the cutting edge of antiviral research [Text] / Simmons, G., Zmora, P., Gierer, S., Heurich, A., & Pöhlmann, S. // Antiviral Research. - 2013. - V.100. - P.605-614.

197. Skibinski, D. A. G. Induction of Human T-cell and Cytokine Responses Following Vaccination with a Novel Influenza Vaccine [Text] / Skibinski, D. A. G., Jones, L. A., Zhu, Y. O., Xue, L. W., Au, B., Lee, B., Naim, A. N. M., Lee, A., Kaliaperumal, N., Low, J. G. H., Lee, L. S., Poidinger, M., Saudan, P., Bachmann, M., Ooi, E. E., Hanson, B. J., Novotny-Diermayr, V., Matter, A., Fairhurst, A.-M., ... Connolly, J. E. // Scientific Reports. - 2018. - V.8.

- P.18007.

198. Slota, M. ELISpot for measuring human immune responses to

156

vaccines [Text] / Slota, M., Lim, J.-B., Dang, Y., & Disis, M. L. // Expert Review of Vaccines. - 2011. - V.10. - P.299-306.

199. Song, J.-W. Immunological and inflammatory profiles in mild and severe cases of COVID-19 [Text] / Song, J.-W., Zhang, C., Fan, X., Meng, F.-P., Xu, Z., Xia, P., Cao, W.-J., Yang, T., Dai, X.-P., Wang, S.-Y., Xu, R.-N., Jiang, T.-J., Li, W.-G., Zhang, D.-W., Zhao, P., Shi, M., Agrati, C., Ippolito, G., Maeurer, M., ... Zhang, J.-Y. // Nature Communications. - 2020. - V.11. - P.3410.

200. Song, Z. From SARS to MERS, Thrusting Coronaviruses into the Spotlight [Text] / Song, Z., Xu, Y., Bao, L., Zhang, L., Yu, P., Qu, Y., Zhu, H., Zhao, W., Han, Y., & Qin, C. // Viruses. - 2019. - V.11. - P.59.

201. Sookaromdee, P., & Wiwanitkit, V. Sputnik V vaccine-related complications and inflammatory biomarkers: Correspondence [Text] / Sookaromdee, P., & Wiwanitkit, V. // Indian Journal of Medical Microbiology. -2023. - V.44. - P.100357.

202. Sterlin, D. IgA dominates the early neutralizing antibody response to SARS-CoV-2 [Text] / Sterlin, D., Mathian, A., Miyara, M., Mohr, A., Anna, F., Claer, L., Quentric, P., Fadlallah, J., Devilliers, H., Ghillani, P., Gunn, C., Hockett, R., Mudumba, S., Guihot, A., Luyt, C. E., Mayaux, J., Beurton, A., Fourati, S., Bruel, T., ... Gorochov, G. // Sci. Transl. Med. - 2021. - V.13. - P.eabd2223.

203. Stoddard, C. I. Epitope profiling reveals binding signatures of SARS-CoV-2 immune response in natural infection and cross-reactivity with endemic human CoVs [Text] / Stoddard, C. I., Galloway, J., Chu, H. Y., Shipley, M. M., Sung, K., Itell, H. L., Wolf, C. R., Logue, J. K., Magedson, A., Garrett, M. E., Crawford, K. H. D., Laserson, U., Matsen, F. A., & Overbaugh, J. // Cell Reports. - 2021. - V.35. - P.109164.

204. Szabo, P. A. Longitudinal profiling of respiratory and systemic immune responses reveals myeloid cell-driven lung inflammation in severe COVID-19 [Text] / Szabo, P. A., Dogra, P., Gray, J. I., Wells, S. B., Connors, T. J., Weisberg, S. P., Krupska, I., Matsumoto, R., Poon, M. M. L., Idzikowski, E., Morris, S. E., Pasin, C., Yates, A. J., Ku, A., Chait, M., Davis-Porada, J., Guo, X.

157

V., Zhou, J., Steinle, M., ... Farber, D. L. // Immunity. - 2021. - V.54. - P.797-814.e6.

205. Tamura, K. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 [Text] / Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., & Kumar, S. // Molecular Biology and Evolution. - 2013. - V.30. - P.2725-2729.

206. Tang, T. Coronavirus membrane fusion mechanism offers a potential target for antiviral development [Text] / Tang, T., Bidon, M., Jaimes, J. A., Whittaker, G. R., & Daniel, S. // Antiviral Research. - 2020. - V.178. - P.104792.

207. Tang, Y. ggfortify: Unified Interface to Visualize Statistical Results of Popular R Packages [Text] / Tang, Y., Horikoshi, M., & Li, W. // The R Journal. - 2016. - V.8. - P.474.

208. Tarke, A. Comprehensive analysis of T cell immunodominance and immunoprevalence of SARS-CoV-2 epitopes in COVID-19 cases [Text] / Tarke, A., Sidney, J., Kidd, C. K., Dan, J. M., Ramirez, S. I., Yu, E. D., Mateus, J., da Silva Antunes, R., Moore, E., Rubiro, P., Methot, N., Phillips, E., Mallal, S., Frazier, A., Rawlings, S. A., Greenbaum, J. A., Peters, B., Smith, D. M., Crotty, S., ... Sette, A. // Cell Reports Medicine. - 2021. - V.2. - P.100204.

209. Teo, S. P. Review of COVID-19 mRNA Vaccines: BNT162b2 and mRNA-1273 [Text] / Teo, S. P. // Journal of Pharmacy Practice. - 2022. - V.35. -P.947-951.

210. Thwaites, R. S. Inflammatory profiles across the spectrum of disease reveal a distinct role for GM-CSF in severe COVID-19 [Text] / Thwaites, R. S., Sanchez Sevilla Uruchurtu, A., Siggins, M. K., Liew, F., Russell, C. D., Moore, S. C., Fairfield, C., Carter, E., Abrams, S., Short, C.-E., Thaventhiran, T., Bergstrom, E., Gardener, Z., Ascough, S., Chiu, C., Docherty, A. B., Hunt, D., Crow, Y. J., Solomon, T., ... Young, P. // Science Immunology. - 2021. - V.6. - .

211. Tian, D. The global epidemic of the SARS-CoV-2 Delta variant, key spike mutations and immune escape [Text] / Tian, D., Sun, Y., Zhou, J., & Ye, Q. // Front Immunol. - 2021. - V.12. - .

212. Trigueiro-Louro, J. Unlocking COVID therapeutic targets: A

158

structure-based rationale against SARS-CoV-2, SARS-CoV and MERS-CoV Spike [Text] / Trigueiro-Louro, J., Correia, V., Figueiredo-Nunes, I., Gíria, M., & Rebelo-de-Andrade, H. // Computational and Structural Biotechnology Journal. -2020. - V.18. - P.2117-2131.

213. Trougakos, I. P. Insights to SARS-CoV-2 life cycle, pathophysiology, and rationalized treatments that target COVID-19 clinical complications [Text] / Trougakos, I. P., Stamatelopoulos, K., Terpos, E., Tsitsilonis, O. E., Aivalioti, E., Paraskevis, D., Kastritis, E., Pavlakis, G. N., & Dimopoulos, M. A. // Journal of Biomedical Science. - 2021. - V.28. - P.9.

214. Tso, F. Y. High prevalence of pre-existing serological cross-reactivity against severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) in sub-Saharan Africa [Text] / Tso, F. Y., Lidenge, S. J., Peña, P. B., Clegg, A. A., Ngowi, J. R., Mwaiselage, J., Ngalamika, O., Julius, P., West, J. T., & Wood, C. // Int J. Infect. Dis. - 2021. - V.102. - P.577-583.

215. Tukhvatulin, A. I. An open, non-randomised, phase 1/2 trial on the safety, tolerability, and immunogenicity of single-dose vaccine "Sputnik Light" for prevention of coronavirus infection in healthy adults [Text] / Tukhvatulin, A. I., Dolzhikova, I. V., Shcheblyakov, D. V., Zubkova, O. V., Dzharullaeva, A. S., Kovyrshina, A. V., Lubenets, N. L., Grousova, D. M., Erokhova, A. S., Botikov, A. G., Izhaeva, F. M., Popova, O., Ozharovskaia, T. A., Esmagambetov, I. B., Favorskaya, I. A., Zrelkin, D. I., Voronina, D. V., Shcherbinin, D. N., Semikhin, A. S., ... Gintsburg, A. L. // The Lancet Regio nal Health - Europe. - 2021. - V.11. - P.100241.

216. Turner, M. D. Cytokines and chemokines: At the crossroads of cell signalling and inflammatory disease [Text] / Turner, M. D., Nedjai, B., Hurst, T., & Pennington, D. J. // Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research. - 2014. - V.1843. - P.2563-2582.

217. Urbanowicz, R. A. Two doses of the SARS-CoV-2 BNT162b2 vaccine enhance antibody responses to variants in individuals with prior SARS-CoV-2 infection [Text] / Urbanowicz, R. A., Tsoleridis, T., Jackson, H. J., Cusin,

159

L., Duncan, J. D., Chappell, J. G., Tarr, A. W., Nightingale, J., Norrish, A. R., Ikram, A., Marson, B., Craxford, S. J., Kelly, A., Aithal, G. P., Vijay, A., Tighe, P. J., Ball, J. K., Valdes, A. M., & Ollivere, B. J. // Science Translational Medicine. -2021. - V.13. - .

218. van Boheemen, S. Genomic Characterization of a Newly Discovered Coronavirus Associated with Acute Respiratory Distress Syndrome in Humans [Text] / van Boheemen, S., de Graaf, M., Lauber, C., Bestebroer, T. M., Raj, V. S., Zaki, A. M., Osterhaus, A. D. M. E., Haagmans, B. L., Gorbalenya, A. E., Snijder, E. J., & Fouchier, R. A. M. // MBio. - 2012. - V.3. - .

219. van de Veerdonk, F. L. Inflammasome activation and IL-1ß and IL-18 processing during infection [Text] / van de Veerdonk, F. L., Netea, M. G., Dinarello, C. A., & Joosten, L. A. B. // Trends in Immunology. - 2011. - V.32. -P.110-116.

220. van den Brink, E. N. Molecular and Biological Characterization of Human Monoclonal Antibodies Binding to the Spike and Nucleocapsid Proteins of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus [Text] / van den Brink, E. N., ter Meulen, J., Cox, F., Jongeneelen, M. A. C., Thijsse, A., Throsby, M., Marissen, W. E., Rood, P. M. L., Bakker, A. B. H., Gelderblom, H. R., Martina, B. E., Osterhaus, A. D. M. E., Preiser, W., Doerr, H. W., de Kruif, J., & Goudsmit, J. // Journal of Virology. - 2005. - V.79. - P.1635-1644.

221. van der Hoek, L. Identification of a new human coronavirus [Text] / van der Hoek, L., Pyrc, K., Jebbink, M. F., Vermeulen-Oost, W., Berkhout, R. J. M., Wolthers, K. C., Wertheim-van Dillen, P. M. E., Kaandorp, J., Spaargaren, J., & Berkhout, B. // Nature Medicine. - 2004. - V.10. - P.368-373.

222. Viana, R. Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa [Text] / Viana, R., Moyo, S., Amoako, D. G., Tegally, H., Scheepers, C., Althaus, C. L., Anyaneji, U. J., Bester, P. A., Boni, M. F., Chand, M., Choga, W. T., Colquhoun, R., Davids, M., Deforche, K., Doolabh, D., du Plessis, L., Engelbrecht, S., Everatt, J., Giandhari, J., ... de Oliveira, T. // Nature. - 2022. - V.603. - P.679-686.

223. Vijgen, L. Development of one-step, real-time, quantitative reverse transcriptase PCR assays for absolute quantitation of human coronaviruses OC43 and 229E [Text] / Vijgen, L., Keyaerts, E., Moes, E., Maes, P., Duson, G., & Van Ranst, M. // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. - V.43. - P.5452-5456.

224. Vita, R. The Immune Epitope Database (IEDB): 2018 update [Text] / Vita, R., Mahajan, S., Overton, J. A., Dhanda, S. K., Martini, S., Cantrell, J. R., Wheeler, D. K., Sette, A., & Peters, B. // Nucleic Acids Research. - 2019. - V.47. - P.D339-D343.

225. Wacharapluesadee, S. Diversity of coronavirus in bats from Eastern Thailand [Text] / Wacharapluesadee, S., Duengkae, P., Rodpan, A., Kaewpom, T., Maneeorn, P., Kanchanasaka, B., Yingsakmongkon, S., Sittidetboripat, N., Chareesaen, C., Khlangsap, N., Pidthong, A., Leadprathom, K., Ghai, S., Epstein, J. H., Daszak, P., Olival, K. J., Blair, P. J., Callahan, M. V, & Hemachudha, T. // Virology Journal. - 2015. - V.12. - P.57.

226. Walsh, E. E. Clinical Impact of Human Coronaviruses 229E and OC43 Infection in Diverse Adult Populations [Text] / Walsh, E. E., Shin, J. H., & Falsey, A. R. // Journal of Infectious Diseases. - 2013. - V.208. - P.1634-1642.

227. Waltuch, T. Features of COVID-19 post-infectious cytokine release syndrome in children presenting to the emergency department [Text] / Waltuch, T., Gill, P., Zinns, L. E., Whitney, R., Tokarski, J., Tsung, J. W., & Sanders, J. E. // The American Journal of Emergency Medicine. - 2020. - V.38. - P.2246.e3-2246.e6.

228. Wang, A. Identification of three conserved linear B cell epitopes on the SARS-CoV-2 spike protein [Text] / Wang, A., Tian, Y., Liu, H., Ding, P., Chen, Y., Liang, C., Du, Y., Jiang, D., Zhu, X., Yin, J., & Zhang, G. // Emerging Microbes & Infections. - 2022. - V.11. - P.2120-2131.

229. Wang, C. A conserved immunogenic and vulnerable site on the

coronavirus spike protein delineated by cross-reactive monoclonal antibodies

[Text] / Wang, C., van Haperen, R., Gutiérrez-Álvarez, J., Li, W., Okba, N. M. A.,

Albulescu, I., Widjaja, I., van Dieren, B., Fernandez-Delgado, R., Sola, I., Hurdiss,

161

D. L., Daramola, O., Grosveld, F., van Kuppeveld, F. J. M., Haagmans, B. L., Enjuanes, L., Drabek, D., & Bosch, B. J. // Nat. Commun. - 2021. - V.12. - .

230. Wang, E. Y. Diverse functional autoantibodies in patients with COVID-19 [Text] / Wang, E. Y., Mao, T., Klein, J., Dai, Y., Huck, J. D., Jaycox, J. R., Liu, F., Zhou, T., Israelow, B., Wong, P., Coppi, A., Lucas, C., Silva, J., Oh, J.

E., Song, E., Perotti, E. S., Zheng, N. S., Fischer, S., Campbell, M., ... Ring, A. M. // Nature. - 2021. - V.595. - P.283-288.

231. Wang, K. Longitudinal Dynamics of the Neutralizing Antibody Response to Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Infection [Text] / Wang, K., Long, Q.-X., Deng, H.-J., Hu, J., Gao, Q.-Z., Zhang, G.-J., He, C.-L., Huang, L.-Y., Hu, J.-L., Chen, J., Tang, N., & Huang, A.-L. // Clinical Infectious Diseases. - 2021. - V.73. - P.e531-e539.

232. Wang, Z. Enhanced SARS-CoV-2 neutralization by dimeric IgA [Text] / Wang, Z., Lorenzi, J. C. C., Muecksch, F., Finkin, S., Viant, C., Gaebler, C., Cipolla, M., Hoffmann, H. H., Oliveira, T. Y., Oren, D. A., Ramos, V., Nogueira, L., Michailidis, E., Robbiani, D. F., Gazumyan, A., Rice, C. M., Hatziioannou, T., Bieniasz, P. D., Caskey, M., & Nussenzweig, M. C. // Sci. Transl. Med. - 2021. - V.13. - P.eabf1555.

233. Wang, Z. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants [Text] / Wang, Z., Schmidt, F., Weisblum, Y., Muecksch, F., Barnes, C. O., Finkin, S., Schaefer-Babajew, D., Cipolla, M., Gaebler, C., Lieberman, J. A., Oliveira, T. Y., Yang, Z., Abernathy, M. E., Huey-Tubman, K. E., Hurley, A., Turroja, M., West, K. A., Gordon, K., Millard, K. G., ... Nussenzweig, M. C. // Nature. - 2021. - V.592. - P.616-622.

234. Wheatley, A. K. Evolution of immune responses to SARS-CoV-2 in mild-moderate COVID-19 [Text] / Wheatley, A. K., Juno, J. A., Wang, J. J., Selva, K. J., Reynaldi, A., Tan, H. X., Lee, W. S., Wragg, K. M., Kelly, H. G., Esterbauer, R., Davis, S. K., Kent, H. E., Mordant, F. L., Schlub, T. E., Gordon, D. L., Khoury, D. S., Subbarao, K., Cromer, D., Gordon, T. P., ... Kent, S. J. //

Nature Communications. - 2021. - V.12. - .

162

235. Whitcombe, A. L. Comprehensive analysis of SARS-CoV-2 antibody dynamics in New Zealand [Text] / Whitcombe, A. L., McGregor, R., Craigie, A., James, A., Charlewood, R., Lorenz, N., Dickson, J. M., Sheen, C. R., Koch, B., Fox-Lewis, S., McAuliffe, G., Roberts, S. A., Morpeth, S. C., Taylor, S., Webb, R. H., Jack, S., Upton, A., Ussher, J. E., & Moreland, N. J. // Clinical & Translational Immunology. - 2021. - V.10. - .

236. Wickham, H. ggplot2 [Text] / Wickham, H. // Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Statistics. - 2011. - V.3. - P.180-185.

237. Williams, T. C. SARS-CoV-2 evolution and vaccines: cause for concern? [Text] / Williams, T. C., & Burgers, W. A. // The Lancet Respiratory Medicine. - 2021. - V.9. - P.333-335.

238. Woldemeskel, B. A. SARS-CoV-2 mRNA vaccines induce broad CD4+ T cell responses that recognize SARS-CoV-2 variants and HCoV-NL63 [Text] / Woldemeskel, B. A., Garliss, C. C., & Blankson, J. N. // Journal of Clinical Investigation. - 2021. - V.131. - .

239. Wong, S. K. A 193-Amino Acid Fragment of the SARS Coronavirus S Protein Efficiently Binds Angiotensin-converting Enzyme 2 [Text] / Wong, S. K., Li, W., Moore, M. J., Choe, H., & Farzan, M. // Journal of Biological Chemistry. - 2004. - V.279. - P.3197-3201.

240. Woodruff, M. C. Extrafollicular B cell responses correlate with neutralizing antibodies and morbidity in COVID-19 [Text] / Woodruff, M. C., Ramonell, R. P., Nguyen, D. C., Cashman, K. S., Saini, A. S., Haddad, N. S., Ley, A. M., Kyu, S., Howell, J. C., Ozturk, T., Lee, S., Suryadevara, N., Case, J. B., Bugrovsky, R., Chen, W., Estrada, J., Morrison-Porter, A., Derrico, A., Anam, F. A., ... Sanz, I. // Nat. Immunol. - 2020. - V.21. - P.1506-1516.

241. Wu, C. Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods [Text] / Wu, C., Liu, Y., Yang, Y., Zhang, P., Zhong, W., Wang, Y., Wang, Q., Xu, Y., Li, M., Li, X., Zheng, M., Chen, L., & Li, H. // Acta Pharmaceutica Sinica B. - 2020. - V.10. -P.766-788.

242. Wu, D. Structural assessment of HLA-A2-restricted SARS-CoV-2 spike epitopes recognized by public and private T-cell receptors [Text] / Wu, D., Kolesnikov, A., Yin, R., Guest, J. D., Gowthaman, R., Shmelev, A., Serdyuk, Y., Dianov, D. V., Efimov, G. A., Pierce, B. G., & Mariuzza, R. A. // Nature Communications. - 2022. - V.13. - P.19.

243. Wu, L.-P. Duration of Antibody Responses after Severe Acute Respiratory Syndrome [Text] / Wu, L.-P., Wang, N.-C., Chang, Y.-H., Tian, X.-Y., Na, D.-Y., Zhang, L.-Y., Zheng, L., Lan, T., Wang, L.-F., & Liang, G.-D. // Emerging Infectious Diseases. - 2007. - V.13. - P.1562-1564.

244. Xia, S. Fusion mechanism of 2019-nCoV and fusion inhibitors targeting HR1 domain in spike protein [Text] / Xia, S., Zhu, Y., Liu, M., Lan, Q., Xu, W., Wu, Y., Ying, T., Liu, S., Shi, Z., Jiang, S., & Lu, L. // Cellular & Molecular Immunology. - 2020. - V.17. - P.765-767.

245. Xie, Y. Effect of regular intravenous immunoglobulin therapy on prognosis of severe pneumonia in patients with COVID-19 [Text] / Xie, Y., Cao, S., Dong, H., Li, Q., Chen, E., Zhang, W., Yang, L., Fu, S., & Wang, R. // Journal of Infection. - 2020. - V.81. - P.318-356.

246. Xu, W. Risk factors analysis of COVID-19 patients with ARDS and prediction based on machine learning [Text] / Xu, W., Sun, N.-N., Gao, H.-N., Chen, Z.-Y., Yang, Y., Ju, B., & Tang, L.-L. // Scientific Reports. - 2021. - V.11. - P.2933.

247. Xu, Y. Characterization of the Heptad Repeat Regions, HR1 and HR2, and Design of a Fusion Core Structure Model of the Spike Protein from Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus [Text] / Xu, Y., Zhu, J., Liu, Y., Lou, Z., Yuan, F., Liu, Y., Cole, D. K., Ni, L., Su, N., Qin, L., Li, X., Bai, Z., Bell, J. I., Pang, H., Tien, P., Gao, G. F., & Rao, Z. // Biochemistry. - 2004. - V.43. -P.14064-14071.

248. Xu, Z. Pathological findings of COVID-19 associated with acute respiratory distress syndrome [Text] / Xu, Z., Shi, L., Wang, Y., Zhang, J., Huang, L., Zhang, C., Liu, S., Zhao, P., Liu, H., Zhu, L., Tai, Y., Bai, C., Gao, T., Song, J.,

164

Xia, P., Dong, J., Zhao, J., & Wang, F.-S. // The Lancet Respiratory Medicine. -

2020. - V8. - P.420-422.

249. Yamayoshi, S. Antibody titers against SARS-CoV-2 decline, but do not disappear for several months [Text] / Yamayoshi, S., Yasuhara, A., Ito, M., Akasaka, O., Nakamura, M., Nakachi, I., Koga, M., Mitamura, K., Yagi, K., Maeda, K., Kato, H., Nojima, M., Pattinson, D., Ogura, T., Baba, R., Fujita, K., Nagai, H., Yamamoto, S., Saito, M., ... Kawaoka, Y. // EClinicalMedicine. -

2021. - V32. - P.100734.

250. Yang, D. The structure and functions of coronavirus genomic 3' and 5' ends [Text] / Yang, D., & Leibowitz, J. L. // Virus Research. - 2015. - V.206. -P.120-133.

251. Yang, H. Structural biology of SARS-CoV-2 and implications for therapeutic development [Text] / Yang, H., & Rao, Z. // Nature Reviews Microbiology. - 2021. - V.19. - P.685-700.

252. Yang, J. Persistent viral RNA positivity during the recovery period of a patient with SARS-CoV-2 infection [Text] / Yang, J., Deng, D., Wu, N., Yang, B., Li, H., & Pan, X. // Journal of Medical Virology. - 2020. - V.92. - P.1681-1683.

253. Yang, T. J. Effect of SARS-CoV-2 B.1.1.7 mutations on spike protein structure and function [Text] / Yang, T. J., Yu, P. Y., Chang, Y. C., Liang, K. H., Tso, H. C., Ho, M. R., Chen, W. Y., Lin, H. T., Wu, H. C., & Hsu, S. T. D. // Nat Struct Mol Biol. - 2021. - V.28. - P.731-739.

254. Yi, Y. COVID-19: what has been learned and to be learned about the novel coronavirus disease [Text] / Yi, Y., Lagniton, P. N. P., Ye, S., Li, E., & Xu, R.-H. // International Journal of Biological Sciences. - 2020. - V.16. - P.1753-1766.

255. Yonker, L. Circulating Spike Protein Detected in Post-COVID-19 mRNA Vaccine Myocarditis [Text] / Yonker, L. M., Swank, Z., Bartsch, Y. C., Burns, M. D., Kane, A., Boribong, B. P., Davis, J. P., Loiselle, M., Novak, T., Senussi, Y., Cheng, C.-A., Burgess, E., Edlow, A. G., Chou, J., Dionne, A.,

165

Balaguru, D., Lahoud-Rahme, M., Arditi, M., Julg, B., ... Walt, D. R. // Circulation. - 2023. - V.147. - P.867-876.

256. Yu, K. K. Q. Comorbid illnesses are associated with altered adaptive immune responses to SARS-CoV-2 [Text] / Yu, K. K. Q., Fischinger, S., Smith, M. T., Atyeo, C., Cizmeci, D., Wolf, C. R., Layton, E. D., Logue, J. K., Aguilar, M. S., Shuey, K., Loos, C., Yu, J., Franko, N., Choi, R. Y., Wald, A., Barouch, D. H., Koelle, D. M., Lauffenburger, D., Chu, H. Y., ... Seshadri, C. // JCI Insight. -2021. - V.6. - .

257. Zandi, M. Hemagglutinin-esterase cannot be considered as a candidate for designing drug against COVID-19 [Text] / Zandi, M., & Soltani, S. // Molecular Diversity. - 2021. - V.25. - P.1999-2000.

258. Zhang, Jing, Hao, Y. Serum interleukin-6 is an indicator for severity in 901 patients with SARS-CoV-2 infection: a cohort study [Text] / Zhang, Jing, Hao, Y., Ou, W., Ming, F., Liang, G., Qian, Y., Cai, Q., Dong, S., Hu, S., Wang, W., & Wei, S. // Journal of Translational Medicine. - 2020. - V.18. - P.406.

259. Zhang, Jun, Cai, Y. Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution [Text] / Zhang, Jun, Cai, Y., Xiao, T., Lu, J., Peng, H., Sterling, S. M., Walsh, R. M., Rits-Volloch, S., Zhu, H., Woosley, A. N., Yang, W., Sliz, P., & Chen, B. // Science. - 2021. - V.372. - P.525-530.

260. Zhang, L. Crystal structure of SARS-CoV-2 main protease provides a basis for design of improved a-ketoamide inhibitors [Text] / Zhang, L., Lin, D., Sun, X., Curth, U., Drosten, C., Sauerhering, L., Becker, S., Rox, K., & Hilgenfeld, R. // Science. - 2020. - V.368. - P.409-412.

261. Zhang, Y. The ORF8 protein of SARS-CoV-2 mediates immune evasion through down-regulating MHC-I [Text] / Zhang, Y., Chen, Y., Li, Y., Huang, F., Luo, B., Yuan, Y., Xia, B., Ma, X., Yang, T., Yu, F., Liu, J., Liu, B., Song, Z., Chen, J., Yan, S., Wu, L., Pan, T., Zhang, X., Li, R., ... Zhang, H. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2021. - V.118. - .

262. Zheng, S. Viral load dynamics and disease severity in patients

infected with SARS-CoV-2 in Zhejiang province, China, January-March 2020:

166

retrospective cohort study [Text] / Zheng, S., Fan, J., Yu, F., Feng, B., Lou, B., Zou, Q., Xie, G., Lin, S., Wang, R., Yang, X., Chen, W., Wang, Q., Zhang, D., Liu, Y., Gong, R., Ma, Z., Lu, S., Xiao, Y., Gu, Y., ... Liang, T. // BMJ. - 2020. -P.m1443.

263. Zheng, Y. Sustainability of SARS-CoV-2 Induced Humoral Immune Responses in COVID-19 Patients from Hospitalization to Convalescence Over Six Months [Text] / Zheng, Y., Zhang, Q., Ali, A., Li, K., Shao, N., Zhou, X., Ye, Z., Chen, X., Cao, S., Cui, J., Zhou, J., Wang, D., Hou, B., Li, M., Cui, M., Deng, L., Sun, X., Zhang, Q., Yang, Q., ... Zhang, X.-E. // Virologica Sinica. - 2021. -V.36. - P.869-878.

264. Zhou, H. Structural definition of a neutralization epitope on the N-terminal domain of MERS-CoV spike glycoprotein [Text] / Zhou, H., Chen, Y., Zhang, S., Niu, P., Qin, K., Jia, W., Huang, B., Zhang, S., Lan, J., Zhang, L., Tan, W., & Wang, X. // Nature Communications. - 2019. - V.10. - P.3068.

265. Zhou, P. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin [Text] / Zhou, P., Yang, X.-L., Wang, X.-G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H.-R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.-L., Chen, H.-D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R.-D., Liu, M.-Q., Chen, Y., Shen, X.-R., Wang, X., . Shi, Z.-L. // Nature. - 2020. - V.579. - P.270-273.

266. Zhu, N. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019 [Text] / Zhu, N., Zhang, D., Wang, W., Li, X., Yang, B., Song, J., Zhao, X., Huang, B., Shi, W., Lu, R., Niu, P., Zhan, F., Ma, X., Wang, D., Xu, W., Wu, G., Gao, G. F., & Tan, W. // New England Journal of Medicine. - 2020. -V.382. - P.727-733.

267. Zhu, W. From Variation of Influenza Viral Proteins to Vaccine Development [Text] / Zhu, W., Wang, C., & Wang, B.-Z. // International Journal of Molecular Sciences. - 2017. - V.18. - P.1554.

268. Zou, X. Single-cell RNA-seq data analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 2019-nCoV infection [Text] / Zou, X., Chen, K., Zou, J., Han, P., Hao, J., & Han, Z. //

167

Frontiers of Medicine. - 2020. - V.14. - P.185-192.

269. Zuo, J. Robust SARS-CoV-2-specific T cell immunity is maintained at 6 months following primary infection [Text] / Zuo, J., Dowell, A. C., Pearce, H., Verma, K., Long, H. M., Begum, J., Aiano, F., Amin-Chowdhury, Z., Hoschler, K., Brooks, T., Taylor, S., Hewson, J., Hallis, B., Stapley, L., Borrow, R., Linley, E., Ahmad, S., Parker, B., Horsley, A., ... Moss, P. // Nature Immunology. - 2021. - V.22. - P.620-626.