Организация плазмидных репликонов групп несовместимости P-7 и P-9 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Соколов, Сергей Львович
- Специальность ВАК РФ03.02.07
- Количество страниц 119
Оглавление диссертации кандидат биологических наук Соколов, Сергей Львович
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ.
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Общие свойства бактериальных плазмид.
1.1.1. Репликация.
1.1.2. Конъюгация.
1.1.3. Мобилизация.
1.1.4. Интеграция и стабильность поддержания.
1.1.5. Несовместимость плазмид.
1.2. Классификация плазмид по группам несовместимости.
1.3. Плазмиды бактерий рода Pseudomonas.
1.4. Репликация и поддержание плазмид Pseudomonas.
1.5. Плазмиды биодеградации Pseudomonas.
1.6. Плазмиды деградации нафталина и толуола.
1.7. Биохимические пути и генетический контроль биодеградации нафталина.
1.8. Биохимические пути и генетический контроль биодеградации толуола.
1.9. Катаболические транспозоны псевдомонад.
1.10. Роль мобильных генетических элементов в адаптации микроорганизмов к ксенобиотикам.
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды.
2.2. Питательные среды и условия роста.
2.3. Выделение бактериальных штаммов из почвенных образцов.
2.4. Выделение ДНК из почвы.
2.5. Выделение тотальной ДНК бактерий.
2.6. Выделение плазмидной ДНК.
2.7. Конъюгационный перенос плазмид.
2.8. Полимеразная цепная реакция.
2.9. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции.;.
2.10. Электрофорез в агарозном геле.
2.11. Препаративное выделение фрагментов ДНК из агарозного геля.
2.12 Мечение ДНК методом рассеянной затравки.
2.13. ДНК-ДНК гибридизация.
2.14. Лигирование ДНК.
2.15. Приготовление компетентных клеток E.coli.
2.16 Трансформация клеток Е.coli плазмидной ДНК.
2.17. Определение нуклеотидной последовательности ДНК.
3. РЕЗУЛЬТАТЫ.
3.1. Стабильность плазмид NPL-1 hNPL-41 в штаммах P. putida при длительном культивировании.
3.2. Рестрикционный и гибридизационный анализ NPL-1 и ее производных
3.3. Клонирование иа/г-областей и>прилегающих к ним участков плазмид NPL-1 и pBS106.
3.4. Рестрикционный анализ элементов базового репликона 1псР-9 плазмид
3.5. Клонирование минирепликонов 1псР-7 и 1псР-9 плазмид деградации нафталина.
3.6. Физическое картирование минирепликонов pBS213mini и pOV17mini.
3.7. Структура oriVплазмид Р-7 и Р-9 групп несовместимости.
3.8. Филогенетический анализ RepA-белков 1псР-7 и 1псР-9 плазмид.
3.9. Экзогенная изоляция плазмид из почвенных образцов.
4. ОБСУЖДЕНИЕ.
4.1. Влияние транспозонов на экспрессию катаболических генов и структурную стабильность плазмид.
4.2. Анализ G+C-состава базовых репликонов плазмид бактерий рода
Pseudomonas.
4.3. Филогения Яер-белков 1псР-7 и 1псР-9.
4.4. Роль par-генов в функционировании репликонов 1псР-7 и 1псР-9 в клетках Е. coli.
4.5. Организация «структурного скелета» 1псР-9 плазмид.
ВЫВОДЫ.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Разнообразие генетических систем катаболизма нафталина штаммов флуоресцирующих псевдомонад2004 год, кандидат биологических наук Измалкова, Татьяна Юрьевна
Роль горизонтального переноса плазмид биодеградации в микробной деструкции полициклических ароматических углеводородов2006 год, кандидат биологических наук Ахметов, Ленар Имаметдинович
Организация базовых репликонов плазмид группы несовместимости P-72013 год, кандидат биологических наук Волкова, Ольга Викторовна
Микробные биопрепараты для очистки окружающей среды от нефтяных загрязнений в условиях умеренного и холодного климата2016 год, доктор наук Филонов Андрей Евгеньевич
Генетический и молекулярно-биологический анализ способности плазмиды RP4 наследоваться в широком круге бактериальных хозяев1985 год, кандидат биологических наук Крыстева, Росица Трыпкова
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Организация плазмидных репликонов групп несовместимости P-7 и P-9»
Актуальность проблемы
Изучение геномов микроорганизмов, в частности псевдомонад, касается не только хромосомной ДНК наиболее типичных видовых представителей, но также и разностороннего исследования мобильных генетических элементов, встречающихся у данных бактерий. Плазмиды -наиболее типичные представители мобильных генетических элементов, поскольку они реплицируются отдельно от хромосомы хозяина и встречаются у довольно широкого круга микроорганизмов, занимающих различные экологические ниши [160]. Многие плазмиды несут важные для клеток-хозяев детерминанты, такие как способность утилизировать устойчивые органические соединения, резистентность к антибиотикам или иным токсичным веществам, факторы патогенности и т.д. [151]. Но при этом некоторые гены, обнаруженные на хромосомах бактерий, могут также находиться и в составе плазмид, следовательно, генетические характеристики плазмид не являются неизменными и исключительными. Кроме того, генетические характеристики плазмид обычно не связаны с нормальными условиями окружающей среды, но чаще — с теми изменениями в окружающей среде, с которыми микроорганизмы могут столкнуться. Катаболические гены, ассоциированные с плазмидами, обычно существуют в самодостаточном виде, например, в виде единого оперона, или в составе транспозона, что дает им возможность экспрессироваться в широком круге бактериальных хозяев.
Плазмиды, по определению - автономные структуры, содержащие собственные системы репликации и стабильного поддержания, делающие их в известной степени независимыми от бактериального хозяина. Для каждой плазмиды характерен свой круг хозяев, в котором выполняются эти условия. Однако бывают ситуации, когда круг хозяев, в который возможен перенос плазмиды, и ее реальный круг хозяев, в котором функционируют системы репликации и поддержания плазмиды,, не совпадают. Тогда плазмида, попадая в бактериальную клетку, в которой/ невозможна ее автономная репликация, способна, сохранить свое существование, только? интегрировавшись в хозяйскую; хромосому, действуя, таким образом; как природный суицидный; вектор; Анализ имеющихся на сегодняшний; день бактериальных хромосомных последовательностей: ДНК показывает, что интеграция и эксцизия плазмид из бактериальной хромосомы - довольно частое событие [37]!
Детальный генетический анализ как вновь выделенных, так и уже описанных плазмид предоставит ценные сведения о; роли плазмид в адаптации бактерий,' о микроэволюции плазмид и их мозаичном строении; о значении рекомбинации; коинтеграции и; инсерции мобильных элементов (интегроны, транспозоны и IS-элементы) в генетическом разнообразии плазмид и их хозяев.
Цель и задачи работы
Целью настоящей работы являлось изучение организации; плазмидных репликонов групп несовместимости Р-7 и Р-9 на примере плазмид биодеградации ПАУ и R-плазмидбактерий родаPseudomonas.
В соответствии с целью, в работе были поставлены следующие задачи:
1. Сконструировать минирепликоны плазмид Р-7 и Р-9 групп несовместимости и изучить их структурную организацию;
2. Провести филогенетические исследования структурных элементов базовых репликонов плазмид Р-7 и Р-9 групп несовместимости (oriV, rep- и par-генов);
3. Исследовать влияние плазмидных транспозонов и IS-элементов на стабильность плазмид и функционирование деградативных генов.
4. Изучить встречаемость и распространение 1псР-7 и 1псР-9 плазмид в загрязненной и незагрязненной ксенобиотиками почве.
Научная новизна
В ходе работы впервые получены минимальные репликоны плазмид групп несовместимости Р-7 и Р-98, проведен филогенетический анализ структурных элементов базовых репликонов плазмид Р-7 и Р-9 групп несовместимости (oriV, rep- и par-генов), показана необходимость участия par-генов в процессах репликации и поддержания 1псР-95 плазмид в клетках Е. coli. Получена информация о «структурном скелете» плазмид биодеградации группы несовместимости Р-9, определены вариабельные участки у плазмид различных подгрупп 1псР-9.
На примере плазмиды NPL-1 и ее производных продемонстрировано влияние совместной экспрессии катаболических и транспозонных генов на структурную стабильность плазмид. Показано, что инверсия 4.2 т.п.н. фрагмента у плазмиды NPL-1 приводит к изменению характера экспрессии катаболических генов с индуцибельного на конститутивный.
Впервые в ходе экзогенной изоляции плазмид при двухродительском скрещивании из образцов почв, загрязненных устойчивыми органическими соединениями, наряду с плазмидами биодеградации были выделены и плазмиды устойчивости к антибиотикам, получившие распространение в почве благодаря неспецифическому загрязнению.
Практическая значимость работы
Полученные данные по структурно-функциональной организации плазмид групп несовместимости Р-7 и Р-9, их распространения, круга хозяев, а также роли в адаптации микроорганизмов к изменяющимся условиям внешней среды могут быть использованы в работах по созданию плазмидных векторов и штаммов микроорганизмов с заранее заданными свойствами, а также для разработки систем мониторинга бактериальных штаммов-деструкторов в ходе процесса биоремедиации загрязненных территорий.
Апробация работы
Материалы диссертации были представлены на российских и международных конференциях: EERO Workshop "Enzymatic and Genetic Aspects of Environmental Biotechnology", Пущино, 1995; II Открытая городская научная конференция молодых ученых города Пущино, 1997; International Symposium on Plasmid Biology, Merida, Mexico, 1998; Pseudomonas Congress, Brussels, Belgium, 2001; 3d symposium on "Mobile genetic elements" contribution to bacterial adaptability and diversity" (MECBAD), Berlin, Germany, 2001; 12th International Biodeterioration&Biodegradation Symposium (Biosorption and Bioremediation III) Prague, Czech Republic, 2002; III Пущинская школа-семинар по экологии «Экология 2004: Эстафета поколений», Пущино; "Plasmid Biology 2004" Conference, Corfu, Greece; 13th International Biodegradation&Biodeterioration Symposium, Madrid, Spain, 2005; International Conference on Environmental Biotechnology ISEB ESEB JSEB 2006, Leipzig, Germany; 4th European Bioremediation Conference, Crete, Greece, 2008.
Публикации
По материалам диссертации опубликовано 40 работ, из них 9 статей и 31 материал конференций. Структура и объем диссертации
Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов, обсуждения, выводов и списка литературы. Работа изложена на 119 страницах машинописного текста, включает 6 таблиц и 29 рисунков. Библиография включает 185 наименований, из них 15 отечественных и 170 зарубежных работ.
Похожие диссертационные работы по специальности «Генетика», 03.02.07 шифр ВАК
Генетические системы деградации салицилата у флуоресцирующих псевдомонад2009 год, кандидат биологических наук Сазонова, Олеся Ивановна
Изменение состава сообществ бактерий-деструкторов в условиях загрязнения устойчивыми органическими соединениями2013 год, кандидат биологических наук Панов, Андрей Владимирович
Разработка основ молекулярно-генетического исследования возбудителя мелиоидоза и близкородственных буркхольдерий2005 год, доктор медицинских наук Замараев, Валерий Семенович
Изучение некоторых свойств фазмиды N15 как потенциального фагового вектора2003 год, кандидат биологических наук Санькова, Татьяна Петровна
Миграция транспозонов и нереплицирующихся плазмид в клетках фототрофной азотфиксирующей бактерии Rhodopseudomonas sphaeroides1984 год, кандидат биологических наук Дубейковский, Александр Николаевич
Заключение диссертации по теме «Генетика», Соколов, Сергей Львович
ВЫВОДЫ
1. Изучены генетические структуры базовых репликонов плазмид групп несовместимости Р-7 и Р-9. Плазмиды группы несовместимости Р-9 делятся, по крайней мере, на пять подгрупп на основе структурной организации их базовых репликонов. Исследованные репликоны 1псР-7 плазмид обладают высококонсервативной организацией и не подразделяются на подгруппы.
2. Показано, что RepA белок IncP-9 плазмид мог произойти от RepA белка плазмид, реплицирующихся по типу «катящегося кольца», который включился в репликативный комплекс тета-типа, утеряв при этом свою никирующую функцию.
3. На примере минирепликона плазмиды pOV17 впервые показано, что для репликации и стабильного поддержания IncP-9 репликона в клетках Е. coli требуется наличие функционирующих IncP-9 раг-генов.
4. Катаболические и транспозонные гены могут находиться под общей регуляцией, как показано для IncP-9 плазмиды NPL-1 и ее производных. Совместная экспрессия катаболических и транспозонных генов повышает структурную нестабильность плазмид, что может увеличивать распространение катаболических генов в микробных популяциях.
5. Увеличение популяции IncP-9 плазмид резистентности к антибиотикам может вызываться не только присутствием антибиотиков в окружающей среде, но и загрязнением почвы токсическими органическими соединениями.
Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Соколов, Сергей Львович, 2010 год
1. A.M. Воронин, А.Н. Борисоглебская, И.И. Старовойтов / Мутанты плазмиды NPL-1, контролирующей окисление нафталина // Докл. АН СССР. 1977. - 235: 2. - С. 494-503.
2. A.M. Воронин, А.Е. Филонов, В.В, Балакшина, А.Н. Кулакова / Стабильность плазмид биодеградации нафталина NPL-1 и NPL-41 в популяциях Pseudomonas putida в условиях непрерывного культивирования//Микробиология. 1985. - 54: 4. - С. 610-615.
3. Т.Ю. Измалкова, О.И. Сазонова, С.Л. Соколов, И.А. Кошелева, A.M. Воронин / Плазмиды биодеградации нафталина и салицилата Р-7 группы несовместимости в штаммах флуоресцирующих псевдомонад // Микробиология. 2005. - 74: 3. - С. 342-348.
4. Т.Ю. Измалкова, О.И. Сазонова, С.Л. Соколов, И.А. Кошелева, A.M. Воронин / Разнообразие генетических систем биодеградации нафталина у штаммов Pseudomonas fluorescens // Микробиология. 2005. - 74: 1. - С. 70-78.
5. В.В. Кочетков, В.В. Балакшина, Е.А. Мордухова, A.M. Воронин / Плазмиды биодеградации нафталина в ризосферных бактериях рода Pseudomonas // Микробиология. 1997. - 66: 2. - С. 211-216
6. В.В. Кочетков, Воронин, A.M. / Сравнительное изучение плазмид, контролирующих биодеградацию нафталина культурой Pseudomonas // Микробиология. 1984. - 53: - С. 639-644
7. И.А. Кошелева, Н.В. Балашова, Т.Ю. Измалкова, А.Е. Филонов, С.Л. Соколов, А.В. Слепенькин, A.M. Воронин / Деградация фенантрена мутантными штаммами-деструкторами нафталина // Микробиология. -2000. 69: 6. - С. 783-789
8. И.А. Кошелева, C.JI. Соколов, Н.В. Балашова, А.Е. Филонов, Е.И. Мелешко, P.P. Гаязов, A.M. Воронин / Генетический контроль биодеградации нафталина штаммом Pseudomonas sp. 8909N // Генетика. -1997.-33:6.-С. 762-768
9. И.А. Кошелева, Т.В. Цой, А.Н. Кулакова, A.M. Воронин / СравнительныйIанализ организации плазмиды NPL-1, контролирующей окисление нафталина клетками Pseudomonas putida и ее производных // Генетика. -1986.-22: 10.-С. 2389-2397.
10. А.Н. Кулакова, A.M. Воронин / Мутанты плазмид биодеградации нафталина, детерминирующие окисление катехола по мета-пути // Микробиология. 1989. - 58: 2. - С. 298-304
11. Т. Маниатис, Э. Фрич, Д. Сэмбрук / Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. - 480 с.
12. В.Н. Рыбчин / Основы генетической инженерии 2-е изд. - СПб: Издательство СПбГТУ, 1999. - 522 с.
13. C.JI. Соколов, И.А. Кошелева, О.В. Мавроди, Д.В. Мавроди, A.M. Воронин / Структурная организация и экспрессия гена салицилатгидроксилазы штамма Pseudomonas putida BS814 (pBS106) // Генетика. 1998. - 34: 2. - С. 206-212.
14. C.JI. Соколов, И.А. Кошелева, А.Е. Филонов, A.M. Воронин / Влияние транспозонов на экспрессию генов биодеградации нафталина у штамма Pseudomonas putida BS202 (NPL-1) и его производных // Микробиология. -2005.-74: 1.-С. 79-86.
15. К.Е. Abremski, R.H. Hoess / Evidence for a second conserved arginine residue in the integrase family of recombination proteins // Protein Eng. 1992. - 5:1. -C. 87-91.
16. H. Allmeier, В. Cresnar, М. Greek, R. Schmitt / Complete nucleotide sequence of Tnl721: gene organization and a novel gene product with features of a chemotaxis protein // Gene. 1992. - 111: 1. - С. 11-20.
17. U. Altenschmidt, C. Eckerskorn, G. Fuchs / Evidence that enzymes of a novel aerobic 2-amino-benzoate metabolism in denitrifying Pseudomonas are coded on a small plasmid // Eur J Biochem. 1990. - 194: 2. - C. 647-653.
18. T. Aoki, S. Egusa, Y. Ogata, T. Watanabe / Detection of resistance factors in fish pathogen Aeromonas liquefaciens // J Gen Microbiol. 1971. - 65: 3. - C. 343-349.
19. S.J. Assinder, P.A. Williams / The TOL plasmids: determinants of the catabolism of toluene and the xylenes // Adv Microb Physiol. 1990. - 31: - C. 1-69.
20. F.M. Ausubel, R. Brent, R.E. Kingston, D.D. Moore, J.G. Seidman, J.A. Smith, K. Struhl / Short protocols in molecular biology Wiley New York, 1999.
21. M.I. Bahl, L.H. Hansen, S.J. Sorensen / Impact of conjugal transfer on the stability of IncP-1 plasmid pKJK5 in bacterial populations // FEMS Microbiol Lett. 2007. - 266: 2. - C. 250-256.
22. M.J. Bale, J.C. Fry, M.J. Day / Plasmid transfer between strains of Pseudomonas aeruginosa on membrane filters attached to river stones // J Gen Microbiol. 1987. - 133: 11. - C. 3099-3107.
23. S. Beil, K.N. Timmis, D.H. Pieper / Genetic and biochemical analyses of the tec operon suggest a route for evolution of chlorobenzene degradation genes // J Bacteriol. 1999. - 181: 1. - C. 341-346.
24. C.L. Bender, D.K. Malvick, R.E. Mitchell / Plasmid-mediated production of the phytotoxin coronatine in Pseudomonas syringae pv. tomato // J Bacteriol. -1989.- 171:2.-C. 807-812.
25. D.E. Berg, Howe, M.M. / Mobile DNA Washington: American Society for Microbiology, 1989.
26. F. Bolognese, C. di Lecce, E. Galli, P. Barbieri / Activation and inactivation of Pseudomonas stutzeri methylbenzene catabolism pathways mediated by a transposable element // Applied and Environmental Microbiology. 1999. - 65: 5.-C. 1876-1882.
27. A.M. Boronin / Diversity of Pseudomonas plasmids: to what extent? // FEMS Microbiol Lett. 1992. - 79: 1-3. - C. 461-467.
28. A.M. Boronin, R.P. Naumova, V.G. Grishchenkov, O.N. Ilijinskaya / Plasmids specifying epsilon-caprolactam degradation in Pseudomonas strains // FEMS Microbiology Letters. 1984. - 22: 3. - C. 167-170.
29. L.E. Bryan, S.D. Semaka, H.M, Van den Elzen, J.E. Kinnear, R.L. Whitehouse / Characteristics of R931 and other Pseudomonas aeruginosa R factors // Antimicrob Agents Chemother. 1973. - 3: 5. - C. 625-637.
30. L.E. Bryan, M.S. Shahrabadi, H.M. van den Elzen / Gentamicin resistance in Pseudomonas aeruginosa: R-factor-mediated resistance // Antimicrob Agents Chemother. 1974. - 6: 2. - C. 191-199.
31. C.E. Cerniglia / Biodegradation of polycyclic aromatic hydrocarbons // Biodegradation. 1992. - 3: 2. - C. 351-368.
32. A.M. Chakrabarty / Dissociation of a degradative plasmid aggregate in Pseudomonas // J Bacteriol. 1974. - 118: 3. - C. 815-820.
33. С. Charnock / Characterization of the cryptic plasmids of the Pseudomonas alcaligenes type strain // Plasmid. 1997. - 37: 3. - C. 189-198.
34. C.M. Chiu, C.M. Thomas / Evidence for past integration of IncP-1 plasmids into bacterial chromosomes // FEMS Microbiology Letters. 2004. - 241: 2. -C. 163-169.
35. A.M. Clennel, B. Johnston, D.E. Rawlings / Structure and function of Tn5467, a Tn21-like transposon located on the Thiobacillus ferrooxidans broad-host-range plasmid pTF-FC2 // Appl Environ Microbiol. 1995. - 61: 12. - C. 42234229.
36. C. Dahlberg, M. Hermansson / Abundance of Tn3, Tn21, and Tn501 transposase (tnpA) sequences in bacterial community DNA from marine environments // Appl Environ Microbiol. 1995. - 61: 8. - C. 3051-3056.
37. N. Datta, R.W. Hedges / Compatibility groups among fi R factors // Nature. -1971. - 234: 5326. - C. 222-223.
38. Y.V. de Peer, R. De Wachter / TREECON: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees // Bioinformatics. 1993. - 9: 2. - C. 177.
39. G. del Solar, R. Giraldo, M.J. Ruiz-Echevarria, M. Espinosa, R. Diaz-Orejas / Replication and control of circular bacterial plasmids // Microbiol Mol Biol Rev. 1998. - 62: 2. - C. 434-464.
40. J.J. Dennis, G.J. Zylstra / Complete sequence and genetic organization of pDTGl, the 83 kilobase naphthalene degradation plasmid from Pseudomonas putida strainNCIB 9816-4 // J Mol Biol. 2004. - 341: 3. - C. 753-768.
41. J J. Dennis, G.J. Zylstra / Plasposons: modular self-cloning minitransposon derivatives for rapid genetic analysis of gram-negative bacterial genomes 11 Applied and Environmental Microbiology. 1998. - 64: 7. - C. 2710-2715.
42. P.E. Dombek, t.A.K. Johnson, S.T. Zimmerley, M.J. Sadowsky / Use of repetitive DNA sequences and the PCR to differentiate Escherichia coli isolates from; human and animal sources // Applied and Environmental Microbiology. 2000. - 66: 6. - C. 2572.
43. W.A. Duetz, G. de Jong, P.A. Williams, J.G. van Andel / Competition in chemostat culture between Pseudomonas strains that use different pathways for the degradation of toluene // Appl Environ Microbiol. 1994. - 60: 8; - C. 2858-2863.
44. M. Espinosa, S. Cohen, M. Couturier, G. Del Solar, R. Diaz-Orejas, R. Giraldo, L. Janniere, C. Miller, M. Osborn, C.M. Thomas / Plasmid replication and copy number control // The Horizontal Gene Pool. 2000. - - C. 1-47.
45. C.G.T. Evans, D. Herbert, D.W. Tempest / The continuous cultivation of microorganisms // Methods in microbiology. 1970. - - C. 277-327.
46. K.P. Fong, C.B. Goh, H.M. Tan / Characterization and expression of the plasmid-borne bedD gene from Pseudomonas putida ML2, which codes for a
47. NAD+-dependent cis-benzene dihydrodiol dehydrogenase // J Bacteriol. 1996.- 178: 19.-C. 5592-5601.
48. K.P.Y. Fong, C.B.H. Goh, H.M. Tan / The genes for benzene catabolism in Pseudomonas putida ML2 are flanked by two copies of the insertion element IS 1489, forming a class-I-type catabolic transposon, Tn5542 // Plasmid. 2000.- 43:2.-C. 103-110.
49. M. Fujita, M. Kubota, M. Futai, A. Amemura h Identification and DNA sequencing of a new plasmid (pPSTl) in Pseudomonas stutzeri MO-19 // Plasmid. 1989. - 22: 3. - C. 271-274.
50. F. Fukumori, C.P. Saint / Nucleotide sequences and regulational analysis of genes involved in conversion of aniline to catechol in Pseudomonas putida UCC22 (pTDNl) // J Bacteriol. 1997. - 179: 2. - C. 399-408.
51. P. Gamas, M.G. Chandler, P. Prentki, D.J. Galas / Escherichia coli integration host factor binds specifically to the ends of the insertion sequence IS1 and to its major insertion hot-spot in pBR322 // J Mol Biol. 1987. - 195: 2. - C. 261272.
52. M.N. Gardner, S.M. Deane, D.E. Rawlings / Isolation of a new broad-host-range IncQ-like plasmid, pTC-F14, from the acidophilic bacterium Acidithiobacillus caldus and analysis of the plasmid replicon // J Bacteriol. -2001.- 183: 11.-C. 3303-3309.
53. M.J. Gibbon, A. Sesma, A. Canal, J.R. Wood, E. Hidalgo, J. Brown, A. Vivian, J. Murillo / Replication regions from plant-pathogenic Pseudomonas syringae plasmids are similar to ColE2-related replicons // Microbiology. 1999. - 145 (Pt 2): - C. 325-334.
54. A. Greated, L. Lambertsen, P.A. Williams, C.M. Thomas / Complete sequence of the IncP-9 TOL plasmid pWWO from Pseudomonas putida // Environ Microbiol. 2002. - 4: 12. - C. 856-871.
55. A. Greated, M. Titok, R. Krasowiak, R.J. Fairclough, C.M. Thomas / The replication and stable-inheritance functions of IncP-9 plasmid рМЗ // Microbiology. 2000. - 146 ( Pt 9): - C. 2249-2258.
56. N.D. Grindley, R.R. Reed / Transpositional recombination in prokaryotes // Annu Rev Biochem. 1985. - 54: - C. 863-896.
57. J. Grinsted, F. de la Cruz, R. Schmitt / The Tn21 subgroup of bacterial transposable elements // Plasmid. 1990. - 24: 3. - C. 163-189.
58. M.E. Gstalder, M. Faelen, N. Mine, E.M. Top, M. Mergeay, M. Couturier / Replication functions of new broad host range plasmids isolated from polluted soils // Res Microbiol. 2003. - 154: 7. - C. 499-509.
59. A.S. Haines, K. Jones, S.M. Batt, I.A. Kosheleva, C.M. Thomas / Sequence of plasmid pBS228 and reconstruction of the IncP-1 alpha phylogeny // Plasmid. -2007.-58-.1.-C. 76-83.
60. A.S. Haines, K. Jones, M. Cheung, C.M. Thomas / The IncP-6 plasmid Rmsl49 consists of a small mobilizable backbone with multiple large insertions // J Bacteriol. 2005. - 187: 14. - C. 4728-4738.
61. B. Hallet, D.J. Sherratt / Transposition and site-specific recombination: adapting DNA cut-and-paste mechanisms to a variety of genetic rearrangements // FEMS Microbiol Rev. 1997. - 21: 2. - C. 157-178.
62. R.W. Hedges, G.A. Jacoby / Compatibility and, molecular properties of plasmid Rms 149 in Pseudomonas aeruginosa and Escherichia coli // Plasmid. -1980.-3: l.-C. 1-6.
63. K.E. Hill, E.M. Top / Gene transfer in soil systems using microcosms // FEMS Microbiology Ecology. 1998. - 25: 4. - C. 319-329.
64. R. Holtwick, A. von Wallbrunn, H. Keweloh, F. Meinhardt / A novel rolling-circle-replicating plasmid from Pseudomonas putida P8: molecular characterization and use as vector // Microbiology. 2001. - 147: 2. - C. 337344.
65. R. Horak, M. Kivisaar / Expression of the transposase gene tnpA of Tn4652 is positively affected by integration host factor // J Bacteriol. 1998. - 180: 11. -C. 2822-2829.
66. L. Ingram, R.B. Sykes, J. Grinsted, J.R. Saunders, M.H. Richmond / A transmissible resistance element from a strain of Pseudomonas aeruginosa containing no detectable extrachromosomal DNA // J Gen Microbiol. 1972. -72: 2. - C. 269-279.
67. Y. Itoh, J.M. Watson, D. Haas, T. Leisinger / Genetic and molecular characterization of the Pseudomonas plasmid pVSl // Plasmid. 1984. - 11: 3. - C. 206-220.
68. T.Y. Izmalkova, D.V. Mavrodi, S.L. Sokolov, I.A. Kosheleva, K. Smalla, C.M. Thomas, A.M. Boronin / Molecular classification of IncP-9 naphthalene degradation plasmids // Plasmid. 2006. - 56: 1. - C. 1-10.
69. G.A. Jacoby / Properties of R plasmids determining gentamicin resistance by acetylation in Pseudomonas aeruginosa // Antimicrob Agents Chemother. -1974. -6:3.- C. 239-252.
70. G.A. Jacoby / Resistance plasmids of Pseudomonas // J.R. Sokatch The Bacteria New York: Academic Press, 1986. - C. 265-293.
71. G.A. Jacoby, L. Sutton, L. Knobel, P. Mammen / Properties of IncP-2 plasmids of Pseudomonas spp // Antimicrob Agents Chemother. 1983. - 24: 2. - C. 168-175.
72. G.A. Jacoby, R. Weiss, T.R. Korfhagen, V. Krishnapillai, A.E. Jacob, R.W. Hedges / An explanation for the apparent host specificity of Pseudomonas plasmid R91 expression // J Bacterid. 1978. - 136: 3. - С. 1159-1164.
73. V. Jencova, H. Strnad, Z. Chodora, P. Ulbrich, W.J. Hickey, V. Paces / Chlorocatechol catabolic enzymes from Achromobacter xylosoxidans A8 // Int. Biodeterior. Biodegrad. 2004. - 54: - C. 175-181.
74. C. Kehrenberg, S. Schwarz / Plasmid-borne florfenicol resistance in Pasteurella multocida //J Antimicrob Chemother. 2005. - 55: 5. - C. 773-775.
75. H. Kiyohara, K. Nagao, K. Yana / Rapid screen for bacteria degrading water-insoluble, solid hydrocarbons on agar plates // Applied and Environmental Microbiology. 1982. - 43: 2. - C. 454.
76. R. Krasowiak, K. Smalla, S. Sokolov, I. Kosheleva, Y. Sevastyanovich, M. Titok, C.M. Thomas / PCR primers for detection and characterisation of IncP-9 plasmids // FEMS Microbiology Ecology. 2002. - 42: 2. - C. 217-225.
77. S.M. Kwong, C.C. Yeo, A. Suwanto, C.L. Poh / Characterization of the endogenous plasmid from Pseudomonas alcaligenes NCIB 9867: DNA sequence and mechanism of transfer// J Bacteriol. 2000. - 182: 1. - C. 81-90.
78. P.R. Lehrbach, I. McGregor, J.M. Ward, P. Broda / Molecular relationships between pseudomonas INC P-9 degradative plasmids TOL, NAH, and SAL // Plasmid. 1983. - 10: 2. - C. 164-174.
79. T. Leisinger / Microorganisms and xenobiotic compounds // Experientia. -1983.-39: 11.-C. 1183-1191.
80. W. Li, J. Shi, X. Wang, Y. Han, W. Tong, L. Ma, B. Liu, B. Cai / Complete nucleotide sequence and organization' of the naphthalene catabolic plasmid pND6-l from Pseudomonas sp. strain ND6 // Gene, r 2004. 336: 2. - C. 231240.
81. A.K. Lilley, M.J. Bailey, M.J. Day, J.C. Fry / Diversity of mercury resistance plasmids obtained by exogenous isolation from the bacteria of sugar beet in three successive years // FEMS Microbiology Ecology. 1996. - 20: 4.
82. S. Liu, J.M. Suflita / Ecology and evolution of microbial populations for bioremediation // Trends Biotechnol. 1993. - 11: 8. - C. 344-352.
83. C. Llanes, P. Gabant, M. Couturier, Y. Michel-Briand / Cloning and characterization of the Inc А/С plasmid RA1 replicon,// J Bacteriol. 1994. 176: 11.-C. 3403-3407.
84. K.J. Malachowsky, T.J. Phelps, A.B. Teboli, D.E. Minnikin, D.C. White / Aerobic Mineralization of Trichloroethylene, Vinyl Chloride, and Aromatic Compounds by Rhodococcus Species // Appl Environ Microbiol. 1994. - 60: 2. - C. 542-548.
85. M.V. Marques, A.M. da Silva, S.L. Gomes / Genetic organization of plasmid pXF51 from the plant pathogen Xylella fastidiosa // Plasmid. 2001. - 45: 3. -C. 184-199.
86. В. Martinez, J. Tomkins, L.P. Wackett, R. Wing, M.J. Sadowsky / Complete nucleotide sequence and organization of the atrazine catabolic plasmid pADP-1 from Pseudomonas sp. strain ADP // J Bacteriol. 2001. - 183: 19. - C. 56845697.
87. C. McGowan, R. Fulthorpe, A. Wright, J.M. Tiedje / Evidence for interspecies gene transfer in the evolution of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degraders // Appl Environ Microbiol. 1998. - 64: 10. - C. 4089-4092.
88. K. Mizuuchi / Transpositional recombination: mechanistic insights from studies of mu and other elements // Annu Rev Biochem. 1992. - 61: - C. 1011-1051.
89. R.J. Moore, V. Krishnapillai / Tn7 and Tn501 Insertions into Pseudomonas aeruginosa plasmid R91-5: mapping of two transfer regions // J Bacteriol. -1982.- 149: l.-C. 276-283.
90. T.A. Muller, C. Werlen, J. Spain, J.R. Van Der Meer / Evolution of a chlorobenzene degradative pathway among bacteria in a contaminated groundwater mediated by a genomic island in Ralstonia // Environ Microbiol. -2003. 5: 3. - C. 163-173.
91. C. Nakatsu, J. Ng, R. Singh, N. Straus, C. Wyndham / Chlorobenzoate catabolic transposon Tn5271 is a composite class I element with flanking class II insertion sequences // Proceedings of the National Academy of Sciences. -1991.- 88: 19. C. 8312.
92. A. Nishi, К. Tominaga, К. Furukawa / A 90-kilobase conjugative chromosomal element coding for biphenyl and salicylate catabolism in Pseudomonas putida KF715 // J Bacteriol. 2000. - 182: 7. - C. 1949-1955.
93. R.P. Novick / Plasmid incompatibility // Microbiol Rev. 1987. - 51: 4. - C. 381-395.
94. R.P. Novick, M. Schwesinger / Indepencence of plasmid incompatibility and replication control functions in Staphylococcus aureus // Nature. 1976. - 262: 5569. - C. 623-626.
95. R.H. Olsen, G. DeBusscher, W.R. McCombie / Development of broad-host-range vectors and gene banks: self-cloning of the Pseudomonas aeruginosa РАО chromosome // J Bacteriol. 1982. - 150: 1. - C. 60-69.
96. R.H. Olsen, J J. Kukor, B. Kaphammer / A novel toluene-3-monooxygenase pathway cloned from Pseudomonas pickettii PKOl // J Bacteriol. 1994. - 176: 12.-C. 3749-3756.
97. S.R. Partridge, C.M. Collis, R.M. Hall / Class 1 integron containing a new gene cassette, aadAlO, associated with Tnl404 from R151 // Antimicrob Agents Chemother. 2002. - 46: 8. - C. 2400-2408.
98. J.M. Pemberton, AJ. Clark / Detection and characterization of plasmids in Pseudomonas aeruginosa strain РАО // J Bacteriol. 1973. - 114: 1. - C. 424433.
99. M. Peters, E. Jogi, I. Suitso, T. Punnisk, A. Nurk / Features of the replicon of plasmid pAMlO.6 of Pseudomonas fluorescens // Plasmid. 2001. - 46: 1. - C. 25-36.
100. D.E. Rawlings, R.A. Dorrington, J. Rohrer, A.-M. Clennel / A molecular analysis of a broad-host-range plasmid isolated from Thiobacillus ferrooxidans // FEMS Microbiology Reviews. 1993. - 11: 1-3.
101. D.E. Rawlings, E. Tietze / Comparative biology of IncQ and IncQ-like plasmids // Microbiol Mol Biol Rev. 2001. - 65: 4. - C. 481-496.
102. W. Reineke, D.J. Jeenes, P.A. Williams, H.J. Knackmuss / TOL plasmid pWWO in constructed halobenzoate-degrading Pseudomonas strains: prevention of meta pathway // J Bacteriol. 1982. - 150: 1. - C. 195-201.
103. H. Sagai, K. Hasuda, S. Iyobe, L.E. Bryan, B.W. Holloway, S. Mitsuhashi / Classification of R plasmids by incompatibility in Pseudomonas aeruginosa // Antimicrob Agents Chemother. 1976. - 10: 4. - C. 573-578.
104. E. Scherzinger, V. Haring, R. Lurz, S. Otto / Plasmid RSF1010 DNA replication in vitro promoted by purified RSF1010 RepA, RepB and RepC proteins//Nucleic Acids Res. 1991. - 19: 6. - C. 1203-1211.
105. P. Scholz, V. Haring, B. Wittmann-Liebold, K. Ashman, M. Bagdasarian, E. Scherzinger / Complete nucleotide sequence and gene organization of the broad-host-range plasmid RSF1010 // Gene. 1989. - 75: 2. - C. 271-288.
106. Y.R. Sevastsyanovich, M.A. Titok, R. Krasowiak, L.E.H. Bingle, C.M. Thomas / Ability of IncP-9 plasmid pM3 to replicate in Escherichia coli is dependent on both rep and par functions // Molecular Microbiology. 2005. -57: 3.-C. 819-833.
107. D.J. Sherratt / Tn3 and related transposable elements: site-specific recombination and transposition I I D.E. Berg and M.M. Howe Mobile DNA -Washington: ASM Press, 1989. C. 163-184.
108. M. Sota, H. Kawasaki, M. Tsuda / Structure of haloacetate-catabolic IncP-lbeta plasmid pUOl andf genetic mobility of its residing haloacetate-catabolic transposon//J Bacteriol. 2003. - 185: 22. - C. 6741-6745.
109. D. Springael, S. Kreps, M. Mergeay / Identification of a catabolic transposon,
110. Tn4371, carrying biphenyl and 4-chlorobiphenyl degradation genes in
111. Alcaligenes eutrophus A5 // J Bacteriol. 1993. - 175: 6. - C. 1674-1681.
112. A.O. Summers, G.A. Jacoby / Plasmid-determined resistance to boron and chromium compounds in Pseudomonas aeruginosa // Antimicrob Agents Chemother. 1978. - 13: 4. - C. 637-640.
113. M. Syvanen / Bacterial insertion sequences // R. Kucherlapati and G.R. Smith Genetic recombination Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 1988. - C. 331-356.
114. H.M. Tan / Bacterial catabolic transposons // Appl Microbiol Biotechnol. -1999.-51: l.-C. 1-12.
115. C.M. Thomas / The Horizontal Gene Pool. Bacterial Plasmids and Gene Spread Amsterdam: Harwood Academic Publishers, 2000.
116. E. Tietze / Nucleotide sequence and genetic characterization of the novel IncQ-likeplasmidpIEl 107//Plasmid. 1998. -39:3.- C. 165-181.
117. M.A. Titok, I.N. Olekhnovich, A.N. Evtushenkov / Cloning of the REP-region of plasmids from a broad circle of pM3 hosts (IncP-9) // Molekuliarnaia genetika, mikrobiologiia i virusologiia. 1991. - 8. - C. 20-22.
118. E.M. Top, У. Moenne-Loccoz, T. Pembroke, C.M. Thomas / Phenotypic traits conferred by plasmids // The horizontal gene pool. Harwood Academic Publishers, Amsterdam, The Netherlands. 2000. - - C. 249-286.
119. E.M. Top, Springael, D., Boon, N. / Catabolic mobile genetic elements and their potential use in bioaugmentation of polluted soils and waters // FEMS Microbiology Ecology. 2002. - 42: - C. 199-208.
120. M. Tsuda / Catabolic transposons in pseudomonads // Molecular Biology of Pseudomonads. 1996. - - C. 219-228.
121. Mt Tsuda, T. lino / Genetic analysis of a transposon carrying toluene degrading genes on a TOL plasmid pWWO // Molecular and General Genetics MGG. -1987.-210:2. C. 270-276.
122. M. Tsuda, T. lino / Identification and characterization of Tn4653, a transposon covering the toluene transposon Tn4651 on TOL plasmid pWWO // Mol Gen Genet. 1988. - 213: 1. - C. 72-77.
123. M. Tsuda, T. lino / Naphthalene degrading genes on plasmid NAH7 are on a defective transposon // Mol Gen Genet. 1990. - 223; 1. - C. 33-39.
124. M. Tsuda, K. Minegishi, T. lino / Toluene transposons Tn4651 and Tn4653 are class II transposons // J Bacteriol. 1989. - 171: 3. - C. 1386-1393.
125. P.M. Tuomi, J.M. Salminen, K.S. Jorgensen / The abundance of nahAc genes correlates with the 14 C-naphthalene mineralization potential in petroleum hydrocarbon-contaminated oxic soil layers // FEMS Microbiology Ecology. -2004.-51: l.-C. 99-107.
126. S.L. Turner, M.J. Bailey, A.K. Lilley, C.M. Thomas / Ecological and molecular maintenance strategies of mobile genetic elements // FEMS Microbiology Ecology. 2002. - 42: 2. - C. 177-185.
127. J.B. van Beilen, G. Eggink, H. Enequist, R. Bos, B. Witholt / DNA sequence determination and functional characterization of the OCT-plasmid-encoded alkJKL genes of Pseudomonas oleovorans // Mol Microbiol. 1992. - 6: 21. -C. 3121-3136.
128. J.R. van der Meer, R. Ravatn, V. Sentchilo / The clc element of Pseudomonas sp. strain В13 and other mobile degradative elements employing phage-like integrases // Arch Microbiol. 2001. - 175: 2. - C. 79-85.
129. J.R. van der Meer, A.J. Zehnder, W.M. de Vos / Identification of a novel composite transposable element, Tn5280, carrying chlorobenzene dioxygenase genes of Pseudomonas sp. strain P51 // J Bacteriol. 1991. - 173: 22. - C. 7077-7083.
130. E. Vedler, M. Vahter, A. Heinaru / The completely sequenced plasmid pEST4011 contains a novel IncPl backbone and a catabolic transposon harboring tfd genes for 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degradation // J Bacteriol. 2004. - 186: 21. - C. 7161-7174.
131. A.M. Warhurst, C.A. Fewson / Microbial metabolism and biotransformations of styrene // J Appl Bacteriol. 1994. - 77: 6. - C. 597-606.
132. W.G. Weisburg, S.M. Barns, D.A. Pelletier, D.J. Lane / 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study // Journal of bacteriology. 1991. - 173: 2. -C. 697-703.
133. G.M. Whited, D.T. Gibson / Separation and partial characterization of the enzymes of the toluene-4-monooxygenase catabolic pathway in Pseudomonas mendocina KR1 // J Bacteriol. 1991. - 173: 9. - C. 3017-3020.
134. G.M. Whited, D.T. Gibson / Toluene-4-monooxygenase, a three-component enzyme system that catalyzes the oxidation of toluene to p-cresol in Pseudomonas mendocina KR1 // J Bacteriol. 1991. r 173: 9. - C. 3010-3016.
135. G. Whittle, M.E. Katz, E.H. Clayton, B.F. Cheetham / Identification and characterization of a native Dichelobacter nodosus plasmid, pDNl // Plasmid. -2000.-43:3.-C. 230-234.
136. L.G. Whyte, Т.Н. Smits, D. Labbe, B. Witholt, C.W. Greer, J.B. van Beilen / Gene cloning and characterization of multiple alkane hydroxylase systems in Rhodococcus strains Q15 and NRRL B-16531 // Appl Environ Microbiol. -2002. 68: 12. - C. 5933-5942.
137. P. Wikstrom, A. Wiklund, A.C. Andersson, M. Forsman / DNA recovery and PCR quantification of catechol 2, 3-dioxygenase genes from different soil types // Journal of biotechnology. 1996. - 52: 2. - C. 107-120.
138. P.A. Williams, S.J. Assinder, P. De Marco, K.J. O'Donnell, C.L. Poh, L.E. Shaw, M.K. Winson. Catabolic gene duplications in TOL plasmids. in FEMS symposium. 1992. UK: Plenum Press.
139. M.S. Wilson, C. Bakermans, E.L. Madsen / In situ, real-time catabolic gene expression: extraction and characterization of naphthalene dioxygenase mRNA transcripts from groundwater // Appl Environ Microbiol. 1999. - 65: 1. - C. 80-87.
140. A. Wright, R.H. Olsen / Self-mobilization and organization of the genes encoding the toluene metabolic pathway of Pseudomonas mendocina KR1 // Appl Environ Microbiol. 1994. - 60: 1. - C. 235-242.
141. K.M. Yen, I.C. Gunsalus / Plasmid gene organization: naphthalene/salicylate oxidation // Proc Natl Acad Sci USA.- 1982. 79: 3. - C. 874-878.
142. K.M. Yen, I.C. Gunsalus / Regulation of naphthalene catabolic genes of plasmid NAH7//J Bacteriol. 1985.- 162:3. - C. 1008-1013.
143. K.M. Yen, C.M. Serdar / Genetics of naphthalene catabolism in pseudomonads // Crit Rev Microbiol. 1988. - 15: 3. - C. 247-268.
144. G.J. Zylstra, E. Kim, A.K. Goyal / Comparative molecular analysis of genes for polycyclic aromatic hydrocarbon degradation // Genet Eng (N Y). 1997. -19: - C. 257-269.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.