Определение роли dCTCF в организации дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами bithorax-комплекса Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.07, кандидат биологических наук Ивлиева, Татьяна Александровна

• Ивлиева, Татьяна Александровна
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Ивлиева, Татьяна Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Регуляция транскрипции в biihorax-KommQK.ce Drosophila melanogaster.

1.1.1. Структура ВХ-С.

1.1.2. Фазы регуляции ВХ-С.

1.1.3. Границы регуляторной области ВХ-С.

1.1.3.1. Fab-7.

1.1.3.2. Fab-8.

1.1.3.3. Мер.

1.1.3.4. Fab-6.

1.1.4. Дистанционные взаимодействия между регуляторными элементами ВХ-С.

1.1.4.1. Элемент PTS (Promotor Targeting Sequence).

1.1.4.2. Элемент PTE (Promoter Tetherig Element).

1.1.4.3. Коммуникаторная роль инсуляторов.

1.2. Белки, участвующие в поддержании дистанционных взаимодействий.

1.2.1. CTCF.

1.2.1.1. CTCF как транскрипционный фактор.

1.2.1.2. Инсуляторная роль CTCF.

1.2.1.3. CTCF и дистанционные взаимодействия.

1.2.2. Гомолог CTCF у дрозофилы.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Генетические методы.

2.1.1. Линии Drosophila melanogaster.

2.1.2. Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

2.1.3. Фенотипический анализ экспрессии генов yellow и white в трансгенных линиях.

2.1.4. Генетические скрещивания.

2.2. Биохимические методы.

2.2.1. Выделение ДНК из дрозофилы.

2.2.2. Саузерн-блот-анализ.

2.2.3. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР).

2.2.4. Молекулярное клонирование.

2.2.5. Трансформация бактериальных клеток плазмидами.

2.2.6. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса.

2.2.7. Выделение фрагментов ДНК из агарозного геля.

2.2.8. Создание конструкций.

2.2.9. Метод торможения ДНК-белковых комплексов в геле (EMSA).

2.2.10. Иммунопреципитация хроматина.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Исследование границ Fab-3, Fab-4 и Fab-6 на способность блокировать взаимодействие между энхансерами и промоторами.

3.2. Fab-3, Fab-4 и Fab-6 способны поддерживать дистанционные взаимодействия.

3.3. Способность границ Мер, Fab-6, PTS/F8 к дистанционным взаимодействиям не зависит от dCTCF.

3.4. Изучение роли dCTCF во взаимодействиях между предпромоторной областью remAbd-B и границами PTS/Fab-8 и Fab-7.

3.5. Участок предпромоторной области гена Abd-B селективно взаимодействует с границами своей регуляторной области.

4. ОБСУЖДЕНИЕ.

4.1. Свойства новых границ Fab-3, Fab-4 и Fab-6.

4.2. Роль dCTCF в поддержании дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами в 6 zY/zorax-комплексе Drosophila melanogaster

4.3. Селективность дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами в bithorax-комплексе.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Определение роли dCTCF в организации дистанционных взаимодействий между регуляторными элементами bithorax-комплекса Drosophila melanogaster»

Для обеспечения морфологического и функционального разнообразия клеток, формирующегося в ходе, развития многоклеточного организма, необходимы точные и высокоэффективные механизмы регуляции экспрессии генов. Геномы эукариотических организмов могут содержать десятки тысяч генов, для каждого из которых существует программа реализации генетической информации, характеризующаяся определенным временем, местом и уровнем экспрессии. Одним из важнейших механизмов, обеспечивающих правильную работу генов, является регуляция транскрипции. За счет взаимодействия белковых факторов с промоторами генов и другими г/мс-регуляторными элементами ДНК (энхансерами или сайленсерами) происходит активация или репрессия транскрипции, соответственно.

Считается, что скоординированная транскрипция обеспечивается, в частности, путем организации генов в независимые хроматиновые домены с определенными паттернами экспрессии (Dillon & Sabbattini, 2000, Spellman & Rubin, 2002). Существует предположение о том, что в этом процессе важную роль играют инсуляторы — z/wc-регуляторные элементы, которые обладают двумя основными свойствами: (1) они блокируют активирующее действие энхансера, если расположены между ним и промотором, а также (2) являются барьерами, предотвращающими распространение репрессионного хроматина (Cai & Levine, 1995, Gerasimova & Corees, 1996, Kuhn & Geyer, 2003). В последнее время появляется все больше данных, свидетельствующих о том, что энхансеры и промоторы сближены в пространстве, а инсуляторы играют ключевую роль в обеспечении этих взаимодействий (Cleard et al., 2006).

Удобной моделью для изучения регуляции транскрипции является bithorax-комплекс (ВХ-С) Drosophila melanogaster. Гены ВХ-С: Ultrabithorax (Ubx), abdominal А (abd-A) и Abdominal В (.Abd-B), - отвечают за формирование части третьего грудного и всех брюшных сегментов. Эти гены регулируются тканеспецифичными энхансерами (abx/bx, bxd/pbx, iab-2 - iab-8), расположенными в порядке следования сегментов, которые они контролируют. Энхансеры отделены друг от друга регуляторными границами. В составе трех изученных ранее границ (Мер, Fab-7 и PTS/Fab-8) были найдены инсуляторы. Было показано, что инсуляторная активность границы PTS/Fab-8 зависит от наличия сайтов связывания белка dCTCF, который является гомологом инсуляторного белка позвоночных - CTCF (Moon et al., 2005). Недавно сайты связывания dCTCF были картированы между /об-доменами bithorax-комплекса (Holohan et al., 2007, Smith et al., 2009). Это позволило предположить существование новых инсуляторов в bithorax-комплексе (Fab-3, Fab-4 и Fab-6).

Для CTCF позвоночных была показана роль в установлении взаимодействий между удаленными участками генома (Kurukuti et al., 2006, Murrell et al., 2004, Splinter et al., 2006). Участие dCTCF в дистанционных взаимодействиях было продемонстрировано ранее в нашей лаборатории (Kyrchanova et al., 2008). Можно предположить, что dCTCF играет важную роль в установлении взаимодействий между регуляторными элементами в локусе ВХ-С. Исследование данного вопроса является важным для понимания механизмов регуляции транскрипции генов.

Целью работы стало определение роли dCTCF в функционировании границ локуса bithorax Drosophila melanogaster. Мы протестировали фрагменты границ

РаЬ-З, РаЬ-4 и РаЬ-6, содержащие сайты связывания <1СТСР, на способность к инсуляции. Кроме этого, мы изучили способность различных регуляторных элементов ВХ-С к поддержанию дистанционных взаимодействий и роль с1СТСР в этом процессе.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Ивлиева, Татьяна Александровна

выводы

1. Впервые показано, что в модельной системе на основе генов yellow и white фрагменты границ Fab-3, Fab-4 и Fab-6, содержащие сайты связывания dCTCF, не проявляют свойств инсуляторов, a Fab-4 и Fab-б обладают свойствами сайленсеров.

2. Продемонстрировано, что фрагменты границ Fab-3, Fab-4 и Fab-6 способны поддерживать дистанционные взаимодействия.

3. Установлено, что способность границ Мер, Fab-6, PTS/F8 к дистанционным взаимодействиям не зависит от dCTCF.

4. Выявлена селективность взаимодействия предпромоторной области гена Abd-B с фрагментами границ своей регуляторной области

5. Показано, что dCTCF не участвует в селективных взаимодействиях предпромоторной области тепа. Abd-B с границами Fab-6, Fab-7 и PTS/F8.

6. Установлено, что в поддержание специфических взаимодействий между регуляторными элементами ВХ-С, помимо dCTCF, вовлечены пока не идентифицированные белки.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Ивлиева, Татьяна Александровна, 2011 год

1. Akbari O.S., Bae Е., Johnsen Н., Villaluz A., Wong D. and Drewell R.A. A novel promoter-tethering element regulates enhancer-driven gene expression at the bithorax complex in the Drosophila embryo. Development. 2008. 135(1): 123-31.

2. Akbari O.S., Schiller B.J., Goetz S.E., Но M.C., Bae E. and Drewell R.A. The abdominal-B promoter tethering element mediates promoter-enhancer specificity at the Drosophila bithorax complex. Fly (Austin). 2007. 1(6): 337-9.

3. Bantignies F., Grimaud C., Lavrov S., Gabut M. and Cavalli G. Inheritance of Poly comb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev. 2003. 17(19): 2406-20.

4. Barski A., Cuddapah S., Cui K., Roh T.Y., Schones D.E., Wang Z., Wei G., Chepelev I. and Zhao K. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome. Cell. 2007. 129(4): 823-37.

5. Bartolomei M.S., Zemel S. and Tilghman S.M. Parental imprinting of the mouse HI9 gene. Nature. 1991.351(6322): 153-5.

6. Beachy P.A., Helfand S.L. and Hogness D.S. Segmental distribution of bithorax complex proteins during Drosophila development. Nature. 1985. 313(6003): 545-51.

7. Bell A.C., West A.G. and Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators. Cell. 1999. 98(3): 387-96.

8. Bonchuk A., Denisov S., Georgiev P. and Maksimenko O. Drosophila BTB/POZ Domains of "ttk Group" Can Form Multimers and Selectively Interact with Each Other. J Mol Biol. 2011. 412(3): 423-36.

9. Boulet A.M., Lloyd A. and Sakonju S. Molecular definition of the morphogenetic and regulatory functions and the cis-regulatory elements of the Drosophila Abd-B homeotic gene. Development. 1991. 111(2): 393-405.

10. Busturia A., Lloyd A., Bejarano F., Zavortink M., Xin H. and Sakonju S. The MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleiohomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression. Development. 2001. 128(11): 2163-73.

11. Cai H. and Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo. Nature. 1995. 376(6540): 533-6.

12. Cai H.N. and Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. Science. 2001. 291(5503): 493-5.

13. Capelson M. and Corces V.G. The ubiquitin ligase dTopors directs the nuclear organization of a chromatin insulator. Mol Cell. 2005. 20(1): 105-16.

14. Casanova J., Sánchez-Herrero E. and Morata G. Identification and characterization of a parasegment specific regulatory element of the abdominal-B gene of Drosophila. Cell. 1986. 47(4): 627-36.

15. Casares F., Bender W., Merriam J. and Sánchez-Herrero E. Interactions of Drosophila Ultrabithorax regulatory regions with native and foreign promoters. Genetics. 1997. 145(1): 123-37.

16. Celniker S.E., Sharma S., Keelan D.J. and Lewis E.B. The molecular genetics of the bithorax complex of Drosophila: cis-regulation in the Abdominal-B domain. EMBO J. 1990. 9(13): 4277-86.

17. Chen Q., Lin L., Smith S., Lin Q. and Zhou J. Multiple Promoter Targeting Sequences exist in Abdominal-B to regulate long-range gene activation. Dev Biol. 2005. 286(2): 629-36.

18. Cleard F., Moshkin Y., Karch F. and Maeda R.K. Probing long-distance regulatory interactions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification. Nat Genet. 2006. 38(8): 931-5.

19. Cuddapah S., Jothi R., Schones D.E., Roh T.Y., Cui K. and Zhao K. Global analysis of the insulator binding protein CTCF in chromatin barrier regions reveals demarcation of active and repressive domains. Genome Res. 2009. 19(1): 24-32.

20. DeChiara T.M., Robertson E.J. and Efstratiadis A. Parental imprinting of the mouse insulin-like growth factor II gene. Cell. 1991. 64(4): 849-59.

21. Delorenzi M. and Bienz M. Expression of Abdominal-B homeoproteins in Drosophila embryos. Development. 1990. 108(2): 323-9.

22. Dillon N. and Sabbattini P. Functional gene expression domains: defining the functional unit of eukaryotic gene regulation. Bioessays. 2000. 22(7): 657-65.

23. Ebert A., Lein S., Schotta G. and Reuter G. Ilistone modification and the control of heterochromatic gene silencing in Drosophila. Chromosome Res. 2006.14(4): 377-92.

24. Estrada B., Casares F., Busturia A. and Sánchez-Herrero E. Genetic and molecular characterization of a novel iab-8 regulatory domain in the Abdominal-B gene of Drosophila melanogaster. Development. 2002. 129(22): 5195-204.

25. Farrell C.M., West A.G. and Felsenfeld G. Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human beta-globin loci. Mol Cell Biol. 2002. 22(11): 3820-31.

26. Fedoriw A.M., Stein P., Svoboda P., Schultz R.M. and Bartolomei M.S. Transgenic RNAi reveals essential function for CTCF in H19 gene imprinting. Science. 2004. 303(5655): 238-40.

27. Galloni M., Gyurkovics H., Schedl P. and Karch F. The bluetail transposon: evidence for independent cis-regulatory domains and domain boundaries in the bithorax complex. EMBO J. 1993.12(3): 1087-97.

28. Gerasimova T.I. and Corces V.G. Boundary and insulator elements in chromosomes. Curr Opin Genet Dev. 1996. 6(2): 185-92.

29. Gerasimova T.I., Lei E.P., Bushey A.M. and Corces V.G. Coordinated control of dCTCF and gypsy chromatin insulators in Drosophila. Mol Cell1. 2007. 28(5): 761-72.

30. Geyer P.K. and Corces V.G. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein. Genes Dev. 1992. 6(10): 1865-73.

31. Geyer P.K. and Corces V.G. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster. Genes Dev. 1987.1(9): 996-1004.

32. Ghosh D., Gerasimova T.I. and Corces V.G. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function. EMBO J. 2001. 20(10): 251827.

33. Golic K.G. and Lindquist S. The FLP recombinase of yeast catalyzes site-specific recombination in the Drosophila genome. Cell. 1989. 59(3): 499-509.

34. Grimaud C., Bantignies F., Pal-Bhadra M., Ghana P., Bhadra U. and Cavalli G. RNAi components are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements. Cell. 2006. 124(5): 957-71.

35. Gyurkovics H., Gausz J., Kummer J. and Karch F. A new homeotic mutation in the Drosophila bithorax complex removes a boundary separating two domains of regulation. EMBO J. 1990. 9(8): 2579-85.

36. Hagstrom K., Muller M. and Schedl P. A Polycomb and GAGA dependent silencer adjoins the Fab-7 boundary in the Drosophila bithorax complex. Genetics. 1997. 146(4): 1365-80.

37. Hartenstein V. Atlas of Drosophila development // Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1993.

38. Hendrickson J.E. and Sakonju S. Cis and trans interactions between the iab regulatory regions and abdominal-A and abdominal-B in Drosophila melanogaster. Genetics. 1995. 139(2): 835-48.

39. Lamka M.L., Boulet A.M. and Sakonju S. Ectopic expression of UBX and ABD-B proteins during Drosophila embryogenesis: competition, not a functional hierarchy, explains phenotypic suppression. Development. 1992.116(4): 841-54.

40. Lei E.P. and Corces V.G. RNA interference machinery influences the nuclear organization of a chromatin insulator. Nat Genet. 2006. 38(8): 936-41.

41. Lewis E.B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature. 1978. 276(5688): 565-70.

42. Lin Q., Chen Q., Lin L. and Zhou J. The Promoter Targeting Sequence mediates epigenetically heritable transcription memory. Genes Dev. 2004. 18(21): 2639-51.

43. Lin Q., Wu D. and Zhou J. The promoter targeting sequence facilitates and restricts a distant enhancer to a single promoter in the Drosophila embryo. Development. 2003. 130(3): 519-26.

44. Maeda R.K. and Karch F. Making connections: boundaries and insulators in Drosophila. Curr Opin Genet Dev. 2007. 17(5): 394-9.

45. Maeda R.K. and Karch F. The ABC of the BX-C: the bithorax complex explained. Development. 2006.133(8): 1413-22.

46. Maeda R.K. and Karch F. The bithorax complex of Drosophila an exceptional Hox cluster. Curr Top Dev Biol. 2009. 88: 1-33.

47. Mahmoudi T., Katsani K.R. and Verrijzer C.P. GAGA can mediate enhancer function in trans by linking two separate DNA molecules. EMBO J. 2002. 21(7): 1775-81.

48. Majumder P., Gomez J.A. and Boss J.M. The human major histocompatibility complex class II HLA-DRB1 and HLA-DQA1 genes are separated by a CTCF-binding enhancer-blocking element. J Biol Chem. 2006. 281(27): 18435-43.

49. Majumder P., Gomez J.A., Chadwick B.P. and Boss J.M. The insulator factor CTCF controls MHC class II gene expression and is required for the formation of long-distance chromatin interactions. J Exp Med. 2008. 205(4): 785-98.

50. McGinnis W. and Krumlauf R. Homeobox genes and axial patterning. Cell. 1992. 68(2): 283-302.

51. Melnikova L., Juge F., Gruzdeva N., Mazur A., Cavalli G. and Georgiev P. Interaction between the GAGA factor and Mod(mdg4) proteins promotes insulator bypass in Drosophila. Proc Natl Acad Sci USA. 2004. 101(41): 14806-11.

52. Mihaly J., Barges S., Sipos L., Maeda R., Cleard F., Hogga I., Bender W., Gyurkovics H. and Karch F. Dissecting the regulatory landscape of the Abd-B gene of the bithorax complex. Development. 2006. 133(15): 2983-93.

53. Mihaly J., Hogga I., Barges S., Galloni M., Mishra R.K., Hagstrom K., Muller M., Schedl P., Sipos L., Gausz J., Gyurkovics H. and Karch F. Chromatin domain boundaries in the Bithorax complex. Cell Mol Life Sci. 1998. 54(1): 60-70.

54. Mihaly J., Hogga I., Gausz J., Gyurkovics H. and Karch F. In situ dissection of the Fab-7 region of the bithorax complex into a chromatin domain boundary and a Polycomb-response element. Development. 1997. 124(9): 1809-20.

55. Modolell J., Bender W. and Meselson M. Drosophila melanogaster mutations suppressible by the suppressor of Hairy-wing are insertions of a 7.3-kilobase mobile element Proc Natl Acad Sci U S A. 1983. 80(6): 1678-82.

56. Morata G., Macias A., Urquia N. and Gonzalez-Reyes A. Homoeotic genes. Semin Cell Biol. 1990. 1(3): 219-27.

57. Muller M., Hagstrom K., Gyurkovics H., Pirrotta V. and Schedl P. The mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions. Genetics. 1999. 153(3): 1333-56.

58. Mullis K.B. and Faloona F.A. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. Methods Enzymol. 1987. 155: 335-50.

59. Muravyova E., Golovnin A., Gracheva E., Parshikov A., Belenkaya T., Pirrotta V. and Georgiev P. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. Science. 2001.291(5503): 495-8.

60. Murrell A., Heeson S. and Reik W. Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Igf2 and H19 into parent-specific chromatin loops. Nat Genet. 2004. 36(8): 889-93.

61. Ohlsson R., Renkawitz R. and Lobanenkov V. CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet. 2001. 17(9): 520-7.

62. Pai C.Y., Lei E.P., Ghosh D. and Corces V.G. The centrosomai protein CP190 is a component of the gypsy chromatin insulator. Mol Cell. 2004. 16(5): 737-48.

63. Palstra R.J., Tolhuis B., Splinter E., Nijmeijer R., Grosveld F. and de Laat W. The beta-globin nuclear compartment in development and erythroid differentiation. Nat Genet. 2003.35(2): 190-4.

64. Paro R. Imprinting a determined state into the chromatin of Drosophila. Trends Genet. 1990. 6(12): 416-21.

65. Perez-Lluch S., Cuartero S., Azorin F. and Espinas M.L. Characterization of new regulatory elements within the Drosophila bithorax complex. Nucleic Acids Res. 2008. 36(21): 6926-33.

66. Phillips J.E. and Corces V.G. CTCF: master weaver of the genome. Cell. 2009. 137(7): 1194-211.

67. Pirrotta V. PcG complexes and chromatin silencing. Curr Opin Genet Dev. 1997. 7(2): 249-58.

68. Pirrotta V. Vectors for P-mediated transformation in Drosophila. Biotechnology. 1988. 10: 437-56.

69. Pirrotta V., Steller H. and Bozzetti M.P. Multiple upstream regulatory elements control the expression of the Drosophila white gene. EMBO J. 1985. 4(13A): 3501-8.

70. Rodin S., Kyrchanova O., Pomerantseva E., Parshikov A. and Georgiev P. New properties ofDrosophila fab-7 insulator. Genetics. 2007.177(1): 113-21.

71. Rodin S.A. and Georgiev P.G. Study of the properties of the Fab-7 insulator in Drosophila melanogaster. Dokl Biochem Biophys. 2005. 404: 332-5.

72. Rubin G.M. and Spradling A.C. Genetic transformation ofDrosophila with transposable element vectors. Science. 1982. 218(4570): 348-53.

73. Saitoh N., Bell A.C., Recillas-Targa F., West A.G., Simpson ML, Pikaart M. and Felsenfeld G. Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken beta-globin domain. EMBO J. 2000.19(10): 2315-22.

74. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular cloning: a Laboratory Manual, Ed.2. // Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY 1989.

75. Sánchez-Herrero E. Control of the expression of the bithorax complex genes abdominal-A and abdominal-B by cis-regulatory regions in Drosophila embryos. Development. 1991. 111(2): 437-49.

76. Schweinsberg S., Hagstrom K., Gohl D., Schedl P., Kumar R.P., Mishra R. and Karch F. The enhancer-blocking» activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorax complex requires GAGA-factor-binding sites. Genetics. 2004. 168(3): 1371-84.

77. Siegal M.L. and Hartl D.L. Application of Cre/loxP in Drosophila. Site-specific recombination and transgene coplacement. Methods Mol Biol. 2000. 136: 487-95.

78. Sipos L., Mihaly J., Karch F., Schedl P., Gausz J. and Gyurkovics H. Transvection in the Drosophila Abd-B domain: extensive upstream sequences are involved in anchoring distant cis-regulatory regions to the promoter. Genetics. 1998.149(2): 1031-50.

79. Spellman P.T. and Rubin G.M. Evidence for large domains of similarly expressed genes in the Drosophila genome. J Biol. 2002. 1(1): 5.

80. Splinter E., Heath H., Kooren J., Palstra R.J., Klous P., Grosveld F., Galjart N. and de Laat W. CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the beta-globin locus. Genes Dev. 2006. 20(17): 2349-54.

81. Spradling A.C. and Rubin G.M. Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes. Science. 1982. 218(4570): 341-7.

82. Valadez-Graham V., Razin S.V. and Recillas-Targa F. CTCF-dependent enhancer blockers at the upstream region of the chicken alpha-globin gene domain. Nucleic Acids Res. 2004. 32(4): 1354-62.

83. Vazquez J., Muller M., Pirrotta V. and Sedat J.W. The Mcp element mediates stable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila. Mol Biol Cell. 2006. 17(5): 2158-65.

84. Vostrov A.A. and Quitschke W.W. The zinc finger protein CTCF binds to the APBbeta domain of the amyloid beta-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. J Biol Chem. 1997. 272(52): 33353-9.

85. Yoon Y.S., Jeong S., Rong Q., Park K.Y., Chung J.H. and Pfeifer K. Analysis of the H19ICR insulator. Mol Cell Biol. 2007. 27(9): 3499-510.

86. Yusufzai T.M., Tagami H., Nakatani Y. and Felsenfeld G. CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. Mol Cell. 2004. 13(2): 291-8.

87. Zavortink M. and Sakonju S. The morphogenetic and regulatory functions of the Drosophila Abdominal-B gene are encoded in overlapping RNAs transcribed from separate promoters. Genes Dev. 1989. 3(12A): 1969-81.

88. Zhong X.P. and Krangel M.S. Enhancer-blocking activity within the DNase I hypersensitive site 2 to 6 region between the TCR alpha and Dadl genes. J Immunol. 1999. 163(1): 295-300.

89. Zhou J., Barolo S., Szymanski P. and Levine M. The Fab-7 element of the bithorax complex attenuates enhancer-promoter interactions in the Drosophila embryo. Genes Dev. 1996. 10(24): 3195-201.

90. Zhou J. and Levine M. A novel cis-regulatory element, the PTS, mediates an anti-insulator activity in the Drosophila embryo. Cell. 1999. 99(6): 567-75.