Определение функциональной значимости взаимодействия катенина р120 с метил-ДНК связывающим белком Каизо тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Айтхожина, Дана Сабировна
- Специальность ВАК РФ03.00.26
- Количество страниц 125
Оглавление диссертации кандидат биологических наук Айтхожина, Дана Сабировна
Используемые сокращения.
Введение.
1. Обзор литературы.
1.1 Белки MBD семейства.
1.2. Белок Канзо и его особенности.
1.3 ДНК- связывающий домен цинковые пальцы.
1.4 р120- катенин и его особенности.
1.5 Белки NF-kB и IkB семейств: роль и регуляция.
1.6 Регуляция ядерного транспорта: NLS, NES и их регуляция.
1.7 Дрожжевая другибридная система.
2. Материалы и методы.
2.1 Методики.
2.2 Полимеразная цепная реакция.
2.3 Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции.
2.4 Бактериальные штаммы и плазмиды.
2.5 Конструкции.
2.5.1 Конструкции, использованные в экспериментах по определению клеточной локализации Каизо.
2.5.2 Конструкции для поиска сигнала ядерной локализации.
2.5.3 Конструкции для дрожжевой двугибридной системы.
2.5.4 Конструкции, использованные в экспериментах по иммунопреципитации.
2.5.5 Получение конструкций, кодирующих функциональные домены Каизо с N- концевым FLAG и С- концевым НА пептидами.
2.5.6. Получение конструкций для эксперимента no in vitro фосфорилированию
Каизо.
2.6 Работа с дрожжами.
2.6.1 Культивирование дрожжей.
2.6.2 Получение дрожжевых компетентных клеток.
2.6.3 Трансформация дрожжевых компетентных клеток.
2.6.4 Маттинг.
2.7 Выделение ядерных белковых экстрактов.
2.8 Гель- фильтрационная хроматография.
2.9 Вестерн блот- гибридизация со специфическими антителами.
2.10 Иммунопреципитация и разделение белков в денатурирующем SDS- ПААГ.
2.11 Клеточные линии и трансфекции.
2.12 Иммунофлуоресцентный анализ.
2.13 Экспрессия рекомбинантных белков.
2.14 Эксперимент по задержке ДНК- белковых комплексов в геле.
2.15 Анализ статуса фосфорилирования белка Каизо.
2.15.1 Дефосфорилирование с помощью А,- фосфатазы.
2.15.2 Мечение белков 32Р in vivo.
2.15.3 Получение пептидов при помощи обработки трипсином.
2.15.4 Картирование фосфорилированных пептидов.
2.15.5 Анализ фосфорилирования аминокислот.
2.15.6 Анализ статуса фосфорилирования функциональных доменов белка
Каизо.
2.15.7. In vitro фосфорилирование Каизо.
2.16 Метилирование ДНК с помощью SssI- метилазы.
2.17 Тест на способность Каизо функционировать как метил- зависимый репрессор.
2.18 Тест на способность Каизо функционировать как метил- зависимый активатор.
3. Результаты и их обсуждение.
3.1 Каизо и р120 находятся в разных белковых комплексах в ядерных экстрактах клеток эритролейкемии человека К562.
3.2 Каизо подвергается пост- трансляционной модификации.
3.3 Каизо фосфорилирован по остаткам серина.
3.4 Каизо содержит 2 или 3 сайта фосфорилирования.
3.5 Каизо фосфорилирован по остаткам серина, расположенным в BTB/POZ домене.
3.6 МарКарКЗ киназа не фосфорилирует Каизо in vitro.
3.7 Фосфорилирование белка Каизо по остаткам серина, расположенным в BTB/POZ домене не препятствует связыванию Каизо с р120.
3.8 В дифференцированных клетках линии РС12 Каизо распределен по всей клетке.
3.9 Клеточная локализация Каизо регулируется ингибитором NF-kB (IkB).
3.10 Характеристика сигнала ядерной локализации Каизо.
3.11 Анализ взаимодействия Каизо с р120 в дрожжевой двугибридной системе.
3.12 р120 способен маскировать сигнал ядерной локализации белка Каизо.
3.13 Влияние р120 на функциональную активность белка Каизо.
3.14 Уровень и клеточная локализация катеннна р120 не изменены при генетическом нокауте Каизо.
4. Выводы.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная генетика», 03.00.26 шифр ВАК
Функциональная значимость сумоилирования метил-ДНК-связывающего белка Каизо2010 год, кандидат биологических наук Жигалова, Надежда Алексеевна
Роль метил-ДНК-связывающего белка каизо в контроле транскрипции генов позвоночных, регулируемых метилированием ДНК2006 год, кандидат биологических наук Саложин, Сергей Владимирович
Изучение локализации и функциональной значимости белка Каизо в организме взрослых мышей2016 год, кандидат наук Коростина Валерия Сергеевна
Свойства и функции Su(Hw)-зависимых инсуляторов у Drosophila melanogaster2011 год, доктор биологических наук Головнин, Антон Клеменсович
Роль лизин-специфической метилтрансферазы Set7/9 в регуляции РНК-связывающего белка Sam682018 год, кандидат наук Васильева Елена Андреевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Определение функциональной значимости взаимодействия катенина р120 с метил-ДНК связывающим белком Каизо»
Одним из ключевых направлений молекулярной биологии является исследование строения и функций белков, связанных с злокачественным перерождением клеток. Поэтому изучение взаимодействия двух белков непосредственно вовлеченных в опухолеобразование кажется вдвойне интересным.
Р", у- катенины, а также р120- это семейство многофункциональных белков, содержащих в своем составе так называемый Arm- домен, состоящий из 10 или более Arm повторов. Эти белки входят в состав мультибелковых катенин- кадхериновых комплексов, основным составляющим которых является трансмембранный гликопротеин Е-кадхерин, обеспечивающий межклеточную систему адгезии эпителиальных клеток, посредством взаимодействий своих внеклеточных доменов. Нарушение функционирования этой системы, связанное с дефектами каких- либо компонентов связывают с метастатическим фенотипом в 50% случаев карцином человека. Ключевая роль катенина р120 заключается в его способности посттрансляционно стабилизировать Е- кадхерин и влиять на силу адгезии клеток, а также регулировать динамику цитоскелета.
Каизо, новый член семейства BTB/POZ домен содержащих транскрипционных факторов, был впервые охарактеризован как партнер р120 в дрожжевой двугибридной системе. У позвоночных, большинство BTB/POZ белков (HIC-1, BcI-6, PLZF, ZF5, MIZ-1) являются регуляторами транскрипции и ассоциируются либо с ростом, либо подавлением роста опухолей. Лучше всего это показано на примере Вс1-6- белка, прямо ответственного за возникновение лимфом В- клеток. Вс1-6 является транскрипционным репрессором различных генов, включая циклины D1 и D2.
Каизо также является репрессором транскрипции, причем Каизо специфически связывает метилированную ДНК посредством трех доменов «цинковые пальцы» С2Н2 типа. Как было показано мыши, с генетически удаленным геном Каизо приобретают устойчивость к возникновению рака кишечника.
Исходя из выше сказанного, возрастает важность изучения взаимодействия Каизо и катенина р120, особенно если предположить существование некоторого сигнального пути, ответственного за передачу сигналов с поверхности клетки в ядро, приводящего к выключению некоторых метилированных генов. Предположительно, не только Каизо с р 120, но и Е-кадхерин могут являться компонентами такого сигнального каскада. Таким образом, становиться понятно, что изучение подобного взаимодействия способно внести существенный вклад в понимание процессов как опухолеобразования, так и функционирования нормальной соматической/ эмбриональной клетки при транслировании эпигенетической информации.
1. Обзор литературы
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная генетика», 03.00.26 шифр ВАК
белки-регуляторы структуры хроматина HIRA и ASF1a человека: Их взаимодействие и участие в процессе старения фибробластов in vitro2005 год, кандидат биологических наук Пустовойтов, Максим Валерьевич
Влияние трансдоминантных ингибиторов на функциональную активность онкосупрессора р532003 год, кандидат биологических наук Моргункова, Анна Алексеевна
Молекулярный механизм вовлечения фактора Paip2 в процесс экспрессии генов у Drosophila melanogaster2019 год, кандидат наук Качаев Заур Мозырович
Роль фосфорилирования в регуляции изоформ PHF10 - субъединицы ремоделирующего хроматин комплекса PBAF2024 год, кандидат наук Симонов Юрий Петрович
Изучение интерактома протеинкиназы MAK-V с целью характеризации ее функциональных свойств2012 год, кандидат биологических наук Калиниченко, Светлана Викторовна
Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Айтхожина, Дана Сабировна
4. Выводы
1. Определено, что связывание с катенином р120 препятствует взаимодействию Каизо с метилированной ДНК, и подавляет активацию транскрипции с метилированных матриц конструкцией Каизо УР16 без ВТВ.
2. Установлено, что для взаимодействия Каизо с р120 необходимы второй и третий домены цинковые пальцы С2Н2 типа.
3. Охарактеризован функциональный сигнал ядерной локализации, показано, что р120 катенин может маскировать этот сигнал.
4. Показано, что при трансфекции мутированной формы 1кВа в 61% клеток белок Каизо локализован в цитоплазме.
5. Определено, что Каизо является фосфобелком, и фосфорилируется по 2-м или 3-м остаткам серина, расположенным в ВТВ домене.
Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Айтхожина, Дана Сабировна, 2006 год
1. Hung,M.S. et al. Drosophila proteins related to vertebrate DNA (5-cytosine) methyltransferases. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 96, 11940-11945 (1999).
2. Antequera,F. & Bird,A. Number of CpG islands and genes in human and mouse. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 90, 11995-11999 (1993).
3. Plath,K., Mlynarczyk-Evans,S., Nusinow,D.A. & Panning,B. Xist RNA and the mechanism ofX chromosome inactivation. Artrtu. Rev. Genet. 36, 233-278 (2002).
4. Gribnau,J., Hochedlinger,K., Hata,K., Li,E. & Jaenisch,R. Asynchronous replication timing of imprinted loci is independent of DNA methylation, but consistent with differential subnuclear localization. Genes Dev. 17, 759-773 (2003).
5. Clark,S.J., Harrison,J. & Molloy,P.L. Spl binding is inhibited by (m)Cp(m)CpG methylation. Gene 195, 67-71 (1997).
6. Hendrich,B. & Bird,A. Identification .and characterization of a family of mammalian methyl-CpG binding proteins. Mol. Cell Biol. 18, 6538-6547 (1998).
7. Ng,H.H., Jeppesen,P. & Bird,A. Active repression of methylated genes by the chromosomal protein MBD1. Mol. Cell Biol. 20, 1394-1406 (2000).
8. Fujita,N. et al. MCAF mediates MBD1-dependent transcriptional repression. Mol. Cell Biol. 23, 2834-2843 (2003).
9. Fujita,N. et al. Methyl-CpG binding domain 1 (MBD1) interacts with the Suv39hl-HP1 heterochromatic complex for DNA methylation-based transcriptional repression. J. Biol. Chem. 278, 24132-24138 (2003).
10. Reese,B-E., Bachman,K.E., Baylin,S.B. & Rountree,M.R. The methyl-CpG binding protein MBD1 interacts with the pi 50 subunit of chromatin assembly factor 1. Mo/. Cell Biol. 23, 3226-3236 (2003).
11. Hendrich,B. et al. Genomic structure and chromosomal mapping of the murine and human Mbdl, Mbd2, Mbd3, and Mbd4 genes. Mamm. Genome 10, 906-912 (1999).
12. Zhang,Y. et al. Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation. Genes Dev. 13, 1924-1935 (1999).
13. Ng,H.H. et al. MBD2 is a transcriptional repressor belonging to the MeCPl histone deacetylase complex. Nat. Genet. 23, 58-61 (1999).
14. Hendrich,B., Guy,J., Ramsahoye,B., Wilson,V.A. & Bird,A. Closely related proteins MBD2 and MBD3 play distinctive but interacting roles in mouse development. Genes Dev. 15,710-723 (2001).
15. Hendrich,B., Hardeland,U., Ng,H.H., Jiricny,J. & Bird,A. The thymine glycosylase MBD4 can bind to the product of deamination at methylated CpG sites. Nature 401, 301-304(1999).
16. Millar,C.B. et al. Enhanced CpG mutability and tumorigenesis in MBD4-deficient mice. Science 297, 403-405 (2002).
17. Johnston,M.V., Mullaney,B. & Blue,M.E. Neurobiology of Rett syndrome. J. Child Neurol. 18, 688-692 (2003).
18. Fuks,F. et al. The methyl-CpG-binding protein MeCP2 links DNA methylation to histone methylation. J. Biol. Chem. 278,4035-4040 (2003).
19. Jones,P.L. et al. Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription. Nat. Genet. 19, 187-191 (1998).
20. Nan,X. et al. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex. Nature 393, 386-389 (1998).
21. Daniel,J.M. & Reynolds,A.B. The catenin pl20(ctn) interacts with Kaiso, a novel BTB/POZ domain zinc finger transcription factor. Mol. Cell Biol. 19, 3614-3623 (1999).
22. Ireton,R.C. et al. A novel role for pi20 catenin in E-cadherin function. J. Cell Biol. 159, 465-476 (2002).
23. Prokhortchouk,A. et al. The pl20 catenin partner Kaiso is a DNA methylation-dependent transcriptional repressor. Genes Dev. 15, 1613-1618 (2001).
24. Yoon,H.G., Chan,D.W., Reynolds,A.B., Qin,J. & Wong,J. N-CoR mediates DNA methylation-dependent repression through a methyl CpG binding protein Kaiso. Mol. Cell 12, 723-734 (2003).
25. Prokhortchouk,A. et al. Kaiso-deficient mice show resistance to intestinal cancer. Mol. Cell Biol. 26,199-208 (2006).
26. Ruzov,A. et al. Kaiso is a genome-wide repressor of transcription that is essential for amphibian development. Development 131, 6185-6194 (2004).
27. FiIion,G.J. et al. A family of human zinc finger proteins that bind methylated DNA and repress transcription. Mol. Cell Biol. 26, 169-181 (2006).
28. Lewin B. "Genes". Oxford University Press, Oxford (1997).
29. Леднева P.K & Копытов A.M. Структурные аспекты ДНК-белкового узнавания. Отдел оперативной печати и информации Химического факультета МГУ, Москва (1999).
30. Pavletich,N.P. & Pabo,C.O. Zinc finger-DNA recognition: crystal structure of a Zif268-DNA complex at 2.1 A. Science 252, 809-817 (1991).
31. Choo,Y. Recognition of DNA methylation by zinc fingers. Nat. Struct. Biol. 5, 264-265 (1998).
32. Choo,Y. & Isalan,M. Advances in zinc finger engineering. Curr. Opin. Struct. Biol. 10, 411-416(2000).
33. Elrod-Erickson,M., Benson,T.E. & Pabo,C.O. High-resolution structures of variant Zif268-DNA complexes: implications for understanding zinc finger-DNA recognition. Structure. 6,451-464 (1998).
34. Hyre,D.E. & Klevit,R.E. A disorder-to-order transition coupled to DNA binding in the essential zinc-finger DNA-binding domain of yeast ADR1. J. Mol. Biol. 279, 929-943 (1998).
35. Laity,J.H., Dyson,H.J. & Wright,P.E. DNA-induced alpha-helix capping in conserved linker sequences is a determinant of binding affinity in Cys(2)-His(2) zinc fingers. J. Mol. Biol. 295, 719-727 (2000).
36. Nagaoka,M., Nomura, W., Shiraishi, Y. & Sugiura,Y. Significant effect of linker sequence on DNA recognition by multi-zinc finger protein. Biochem. Biophys. Res. Commun. 282,1001-1007 (2001).
37. Choo,Y. & Klug,A. A role in DNA binding for the linker sequences of the first three zinc fingers ofTFIIIA. Nucleic Acids Res. 21, 3341-3346 (1993).
38. Dovat,S. et al. A common mechanism for mitotic inactivation of C2H2 zinc finger DNA-binding domains. Genes Dev. 16,2985-2990 (2002).
39. Jantz,D. & Berg,J.M. Reduction in DNA-binding affinity of Cys2His2 zinc finger proteins by linker phosphorylation. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 101, 7589-7593 (2004).
40. Sekimata,M., Takahashi,A., Murakami-Sekimata,A. & Homma,Y. Involvement of a novel zinc finger protein, MIZF, in transcriptional repression by interacting with a methyl-CpG-binding protein, MBD2. J. Biol. Chem. 276, 42632-42638 (2001).
41. Sun,L., Liu,A. & Georgopoulos,K. Zinc finger-mediated protein interactions modulate Ikaros activity, a molecular control of lymphocyte development. EMBOJ. 15, 5358-5369(1996).
42. Georgopoulos,K., Winandy,S. & Avitahl,N. The role of the Ikaros gene in lymphocyte development and homeostasis. Annu. Rev. Immunol. 15, 155-176 (1997).
43. Merika,M. & Orkin,S.H. Functional synergy and physical interactions of the erythroid transcription factor GATA-1 with the Kruppel family proteins Spl and EKLF. Mol. Cell Biol. 15,2437-2447(1995).
44. Reynolds,A.B., Roesel,D.J., Kanner,S.B. & Parsons,J.T. Transformation-specific tyrosine phosphorylation of a novel cellular protein in chicken cells expressing oncogenic variants of the avian cellular src gene. Mol. Cell Biol. 9, 629-638 (1989).
45. Reynolds,A.B., Herbert,L., Cleveland,J.L., Berg,S.T. & Gaut,J.R. pl20, a novel substrate of protein tyrosine kinase receptors and of p60v-src, is related to cadherin-binding factors beta-catenin, plakoglobin and armadillo. Oncogene 7, 2439-2445 (1992).
46. Hirohashi,S. & Kanai,Y. Cell adhesion system and human cancer morphogenesis. Cancer Sci. 94,575-581 (2003).
47. Angst,B.D., Marcozzi,C. & Magee,A.I. The cadherin superfamily: diversity in form and function. J. Cell Sci. 114, 629-641 (2001).
48. Chen,H., Paradies,N.E., Fedor-Chaiken,M. & Brackenbury,R. E-cadherin mediates adhesion and suppresses cell motility via distinct mechanisms. J. Cell Sci. 110,345-356 (1997).
49. Reynolds,A.B., Daniel,J.M., Mo,Y.Y., Wu,J. & Zhang,Z. The novel catenin pl20cas binds classical cadherins and induces an unusual morphological phenotype in NIH3T3 fibroblasts. Exp. Cell Res. 225, 328-337 (1996).
50. Thoreson,M.A. et al. Selective uncoupling of pl20(ctn) from E-cadherin disrupts strong adhesion. J. Cell Biol. 148, 189-202 (2000).
51. Bienz,M. beta-Catenin: a pivot between cell adhesion and Wnt signalling. Curr. Biol. 15, R64-R67 (2005).
52. Kikuchi,A. Tumor formation by genetic mutations in the components of the Wnt signaling pathway. Cancer Sci. 94, 225-229 (2003).
53. Anastasiadis,P.Z. & Reynolds,A.B. The pl20 catenin family: complex roles in adhesion, signaling and cancer .J. Cell Sci. 113, 1319-1334 (2000).
54. Reynolds,A.B. et al. Identification of a new catenin: the tyrosine kinase substrate pl20cas associates with E-cadherin complexes. Mol. Cell Biol. 14, 8333-8342 (1994).
55. Aono,S., Nakagawa,S., Reynolds,A.B. & Takeichi,M. pl20(ctn) acts as an inhibitory regulator of cadherin function in colon carcinoma cells. J. Cell Biol. 145, 551-562 (1999).
56. Ohkubo,T. & Ozawa,M. The transcription factor Snail downregulates the tight junction components independently of E-cadherin downregulation. J. Cell Sci. 117, 1675-1685 (2004).
57. Mariner,D.J. et al. Identification of Src phosphorylation sites in the catenin pl20ctn. J. Biol. Chem. 276,28006-28013 (2001).
58. Xia,X., Mariner,D.J. & Reynolds,A.B. Adhesion-associated and PKC-modulated changes in serine/threonine phosphorylation ofpl20-catenin. Biochemistry 42, 91959204 (2003).
59. Anastasiadis,P.Z. & Reynolds,A.B. Regulation of Rho GTPases by pl20-catenin. Curr. Opin. Cell Biol. 13, 604-610 (2001).
60. Kim,L. & Wong,T.W. The cytoplasmic tyrosine kinase FER is associated with the catenin-like substrate ppl20 and is activated by growth factors. Mol. Cell Biol. 15, 4553-4561 (1995).
61. Piedra,J. et al. pi20 Catenin-associated Fer and Fyn tyrosine kinases regulate beta-catenin Tyr-142 phosphorylation and beta-catenin-alpha-catenin Interaction. Mol. Cell Biol. 23, 2287-2297 (2003).
62. Xu,G. et al. Continuous association of cadherin with beta-catenin requires the nonreceptor tyrosine-kinase Fer. J. Cell Sci. 117, 3207-3219 (2004).
63. Konstantoulaki,M., Kouklis,P. & Malik,A.B. Protein kinase C modifications of VE-cadherin, pi20, and beta-catenin contribute to endothelial barrier dysregulation induced by thrombin. Am. J. Physiol Lung Cell Mol. Physiol 285, L434-L442 (2003).
64. Ratcliffe,M.J., Rubin,L.L. & Staddon,J.M. Dephosphorylation of the cadherin-associated pl00/pl20 proteins in response to activation of protein kinase C in epithelial cells. J. Biol. Chem. 212, 31894-31901 (1997).
65. Ratcliffe,M.J., Smales,C. & Staddon,J.M. Dephosphorylation of the catenins pi 20 and pi00 in endothelial cells in response to inflammatory stimuli. Biochem. J. 338,471-478 (1999).
66. Wong,E.Y. et al. Vascular endothelial growth factor stimulates dephosphorylation of the catenins pl20 and plOO in endothelial cells. Biochem. J. 346, 209-216 (2000).
67. Chen,X., Kojima,S., Borisy,G.G. & Green,K.J. pl20 catenin associates with kinesin and facilitates the transport of cadherin-catenin complexes to intercellular junctions. J. Cell Biol. 163, 547-557(2003).
68. Yanagisawa,M. et al. A novel interaction between kinesin and pi20 modulates pi20 localization and function. J. Biol. Chem. 279, 9512-9521 (2004).
69. Davis,M.A., Ireton,R.C. & Reynolds,A.B. A core function for pl20-catenin in Cadherin turnover. J. Cell Biol. 163, 525-534 (2003).
70. Le,T.L., Yap,A.S. & Stow,J.L. Recycling of E-cadherin: a potential mechanism for regulating Cadherin dynamics. J. Cell Biol. 146, 219-232 (1999).
71. Le,T.L., Joseph,S.R., Yap,A.S. & Stow,J.L. Protein kinase С regulates endocytosis and recycling of E-cadherin. Am. J. Physiol Cell Physiol 283, C489-C499 (2002).
72. Xiao,K. et al. Mechanisms of VE-cadherin processing and degradation in microvascular endothelial cells. J. Biol. Chem. 278,19199-19208 (2003).
73. Xiao,K. et al. Cellular levels of pi 20 catenin function as a set point for Cadherin expression levels in microvascular endothelial cells. J. Cell Biol. 163, 535-545 (2003).
74. Baki,L. et al. Presenilin-1 binds cytoplasmic epithelial Cadherin, inhibits cadherin/pl20 association, and regulates stability and function of the cadherin/catenin adhesion complex. Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A 98,2381-2386 (2001).
75. Fujita,Y. et al. Hakai, a c-Cbl-like protein, ubiquitinates and induces endocytosis of the E-cadherin complex. Nat. Cell Biol. 4,222-231 (2002).
76. Kintner,C. Regulation of embryonic cell adhesion by the Cadherin cytoplasmic domain. Cell 69, 225-236(1992).
77. Nieman,M.T., Kim,J.B., Johnson,K.R. & Wheelock,M J. Mechanism of extracellular domain-deleted dominant negative cadherins. J. Cell Sci. 112, 1621-1632(1999).
78. Zhu,A.J. & Watt,F.M. Expression of a dominant negative cadherin mutant inhibits proliferation and stimulates terminal differentiation of human epidermal keratinocytes. J. Cell Sci. 109, 3013-3023 (1996).
79. Hermiston,M.L. & Gordon,J.I. Inflammatory bowel disease and adenomas in mice expressing a dominant negative N-cadherin. Science 270, 1203-1207 (1995).
80. Karayiannakis,A.J. et al. Expression of catenins and E-cadherin during epithelial restitution in inflammatory bowel disease. J. Pathol. 185, 413-418 (1998).
81. Thoreson,M.A. & Reynolds,A.B. Altered expression of the catenin pi 20 in human cancer: implications for tumor progression. Differentiation 70, 583-589 (2002).
82. Birchmeier,W. & Behrens,J. Cadherin expression in carcinomas: role in the formation of cell junctions and the prevention of invasiveness. Biochim. Biophys. Acta 1198, 1126 (1994).
83. Frixen,U.H. et al. E-cadherin-mediated cell-cell adhesion prevents invasiveness of human carcinoma cells. J. Cell Biol. 113, 173-185(1991).
84. Vleminckx,K. & Kemler,R. Cadherins and tissue formation: integrating adhesion and signaling. Bioessays 21, 211-220 (1999).
85. Anastasiadis,P.Z. et al. Inhibition of RhoA by pl20 catenin. Nat. Cell Biol. 2, 637-644 (2000).
86. Noren.N.K., Liu,B.P., Burridge.K. & Kreft,B. pl20 catenin regulates the actin cytoskeleton via Rho family GTPases. J. Cell Biol. 150, 567-580 (2000).
87. Grosheva,I., Shtutman,M., Elbaum,M. & Bershadsky,A.D. pl20 catenin affects cell motility via modulation of activity of Rho-family GTPases: a link between cell-cell contact formation and regulation of cell locomotion. J. Cell Sci. 114, 695-707 (2001).
88. Magie,C.R., Pinto-Santini,D. & Parkhurst,S.M. Rhol interacts with pl20ctn and alpha-catenin, and regulates cadherin-based adherens junction components in Drosophila. Development 129, 3771-3782 (2002).
89. Pettitt,J., Cox,E.A., Broadbent,I.D., Flett,A. & Hardin,J. The Caenorhabditis elegans pi20 catenin homologue, JAC-1, modulates cadherin-catenin function during epidermal morphogenesis. J. Cell Biol. 162,15-22 (2003).
90. Myster,S.H., Cavallo,R., Anderson,C.T., Fox,D.T. & Peifer,M. Drosophila pi20catenin plays a supporting role in cell adhesion but is not an essential adherens junction component. J. Cell Biol. 160, 433-449 (2003).
91. Espinosa,L., Santos,S., Ingles-Esteve,J., Munoz-Canoves,P. & Bigas,A. p65-NFkappaB synergizes with Notch to activate transcription by triggering cytoplasmic translocation of the nuclear receptor corepressor N-CoR. J. Cell Sci. 115, 1295-1303 (2002).
92. Espinosa,L., Ingles-Esteve,J., Robert-Moreno,A. & Bigas,A. IkappaBalpha and p65 regulate the cytoplasmic shuttling of nuclear corepressors: cross-talk between Notch and NFkappaB pathways. Mol. Biol. Cell 14, 491-502 (2003).
93. Bonizzi,G. & Karin,M. The two NF-kappaB activation pathways and their role in innate and adaptive immunity. Trends Immunol. 25, 280-288 (2004).
94. Ghosh,S., May,M.J. & Kopp,E.B. NF-kappa B and Rel proteins: evolutionarily conserved mediators of immune responses. Annu. Rev. Immunol. 16, 225-260 (1998).
95. Li,Q. & Verma,I.M. NF-kappaB regulation in the immune system. Nat. Rev. Immunol. 2, 725-734 (2002).
96. Silverman,N. & Maniatis,T. NF-kappaB signaling pathways in mammalian and insect innate immunity. Genes Dev. 15, 2321-2342 (2001).
97. Karin,M. & Ben Neriah,Y. Phosphorylation meets ubiquitination: the control of NF-kappa.B activity. Annu. Rev. Immunol. 18, 621-663 (2000).
98. Hatada,E.N. et al. The ankyrin repeat domains of the NF-kappa B precursor p 105 and the protooncogene bcl-3 act as specific inhibitors of NF-kappa B DNA binding. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 89, 2489-2493 (1992).
99. Huxford,T., Huang,D.B., Malek,S. & Ghosh,G. The crystal structure of the IkappaBalpha/NF-kappaB complex reveals mechanisms of NF-kappaB inactivation. Cell 95, 759-770(1998).
100. Jacobs,M.D. & Harrison,S.C. Structure of an IkappaBalpha/NF-kappaB complex. Cell 95, 749-758 (1998).
101. Malek,S., Huang,D.B., Huxford,T., Ghosh,S. & Ghosh,G. X-ray crystal structure of an IkappaBbeta x NF-kappaB p65 homodimer complex. J. Biol. Chem. 278,23094-23100 (2003).
102. Ghosh,S. & Karin,M. Missing pieces in the NF-kappaB puzzle. Cell 109 Suppl, S81-S96 (2002).
103. Rothwarf,D.M. & Karin,M. The NF-kappa B activation pathway: a paradigm in information transfer from membrane to nucleus. Sci. STKE. 1999, RE1 (1999).
104. Ben Neriah,Y. Regulatory functions of ubiquitination in the immune system. Nat. Immunol. 3,20-26 (2002).
105. Alkalay,I. et al. Stimulation-dependent I kappa B alpha phosphorylation marks the NF-kappa B inhibitor for degradation via the ubiquitin-proteasome pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 92, 10599-10603 (1995).
106. DiDonato,J. et al. Mapping of the inducible IkappaB phosphorylation sites that signal its ubiquitination and degradation. Mol. Cell Biol. 16, 1295-1304 (1996).
107. Scherer,D.C., Brockman,J.A., Chen,Z., Maniatis,T. & Ballard,D.W. Signal-induced degradation of I kappa B alpha requires site-specific ubiquitination. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 92,11259-11263 (1995).
108. Ghosh,G., van Duyne,G., Ghosh,S. & Sigler,P.B. Structure of NF-kappa B p50 homodimer bound to a kappa B site. Nature 373, 303-310 (1995).
109. Muller,C.W., Rey,F.A., Sodeoka,M., Verdine,G.L. & Harrison,S.C. Structure of the NF-kappa B p50 homodimer bound to DNA. Nature 373, 311-317 (1995).
110. Zhong,H., May,M.J., Jimi,E. & Ghosh,S. The phosphorylation status of nuclear NF-kappa B determines its association with CBP/p300 or HDAC-1. Mol. Cell 9, 625-636 (2002).
111. Chen,L.F. & Greene,W.C. Shaping the nuclear action of NF-kappaB. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5, 392-401 (2004).
112. Beg,A.A., Sha,W.C„ Bronson,R.T. & Baltimore,D. Constitutive NF-kappa B activation, enhanced granulopoiesis, and neonatal lethality in I kappa B alpha-deficient mice. Genes Dev. 9,2736-2746 (1995).
113. Sha,W.C., Liou,H.C., Tuomanen,E.I. & Baltimore,D. Targeted disruption of the p50 subunit of NF-kappa B leads to multifocal defects in immune responses. Cell 80, 321-330(1995).
114. Caamano,J.H. et al. Nuclear factor (NF)-kappa B2 (pl00/p52) is required for normal splenic microarchitecture and B cell-mediated immune responses. J. Exp. Med. 187, 185-196(1998).
115. Franzoso,G. et al. Mice deficient in nuclear factor (NF)-kappa B/p52 present with defects in humoral responses, germinal center reactions, and splenic microarchitecture. J. Exp. Med. 187,147-159 (1998).
116. Paxian,S. et al. Abnormal organogenesis of Peyer's patches in mice deficient for NF-kappaBl, NF-kappaB2, and Bcl-3. Gastroenterology 122, 1853-1868 (2002).
117. Dobrzanski,P., Ryseck,R.P. & Bravo,R. Differential interactions of Rel-NF-kappa B complexes with I kappa B alpha determine pools of constitutive and inducible NF-kappa B activity. EMBOJ. 13, 4608-4616 (1994).
118. Ryseck,R.P. et al. RelB, a new Rel family transcription activator that can interact with p50-NF-kappa B. Mol. Cell Biol. 12, 674-684 (1992).
119. Dobrzanski,P., Ryseck,R.P. & Bravo,R. Both N- and C-terminal domains of RelB are required for full transactivation: role of the N-terminal leucine zipper-like motif. Mol. Cell Biol. 13,1572-1582 (1993).
120. Weih,F. et al. Multiorgan inflammation and hematopoietic abnormalities in mice with a targeted disruption of RelB, a member of the NF-kappa B/Rel family. Cell 80, 331-340 (1995).
121. Kontgen,F. et al. Mice lacking the c-rel proto-oncogene exhibit defects in lymphocyte proliferation, humoral immunity, and interleukin-2 expression. Genes Dev. 9,1965-1977(1995).
122. Klement,J.F. et al. IkappaBalpha deficiency results in a sustained NF-kappaB response and severe widespread dermatitis in mice. Mol. Cell Biol. 16, 2341-2349 (1996).
123. Kerr,L.D. et al. The proto-oncogene bcl-3 encodes an I kappa B protein. Genes Dev. 6, 2352-2363 (1992).
124. Franzoso,G. et al. Critical roles for the Bcl-3 oncoprotein in T cell-mediated immunity, splenic microarchitecture, and germinal center reactions. Immunity. 6, 479-490 (1997).
125. Schwarz,E.M., Krimpenfort,P., Berns,A. & Verma,I.M. Immunological defects in mice with a targeted disruption in Bcl-3. Genes Dev. 11, 187-197 (1997).
126. Lee,S.H. & Hannink,M. Characterization of the nuclear import and export functions of Ikappa B(epsilon). J. Biol. Chem. 277, 23358-23366 (2002).
127. Li,Z. & Nabel,G.J. A new member of the I kappaB protein family, I kappaB epsilon, inhibits RelA (p65)-mediated NF-kappaB transcription. Mol. Cell Biol. 17, 6184-6190 (1997).
128. Simeonidis,S., Liang,S., Chen,G. & Thanos,D. Cloning and functional characterization of mouse IkappaBepsilon. Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A 94, 14372-14377 (1997).
129. Grumont,R.J. & Gerondakis,S. Alternative splicing of RNA transcripts encoded by the murine pi05 NF-kappa B gene generates I kappa B gamma isoforms with different inhibitory activities. Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A 91,4367-4371 (1994).
130. Inoue,J., Kerr,L.D., Kakizuka,A. & VermaJ.M. I kappa B gamma, a 70 kd protein identical to the C-terminal half of pi 10 NF-kappa B: a new member of the I kappa B family. Cell 68, 1109-1120 (1992).
131. Marok,R. et al. Activation of the transcription factor nuclear factor-kappaB in human inflamed synovial tissue. Arthritis Rheum. 39, 583-591 (1996).
132. Biswas,D.K. et al. NF-kappa B activation in human breast cancer specimens and its role in cell proliferation and apoptosis. Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A 101, 10137-10142 (2004).
133. Gasparian,A.V. et al. The role of IKK in constitutive activation of NF-kappaB transcription factor in prostate carcinoma cells. J. Cell Sei. 115, 141-151 (2002).
134. Robe,P.A. et al. In vitro and in vivo activity of the nuclear factor-kappaB inhibitor sulfasalazine in human glioblastomas. Clin. Cancer Res. 10, 5595-5603 (2004).
135. Romieu-Mourez,R. et al. Roles of IKK kinases and protein kinase CK2 in activation of nuclear factor-kappaB in breast cancer. Cancer Res. 61, 3810-3818 (2001).
136. Greten,F.R. et al. IKKbeta links inflammation and tumorigenesis in a mouse model of colitis-associated cancer. Cell 118,285-296 (2004).
137. Gorlich,D. & Kutay,U. Transport between the cell nucleus and the cytoplasm. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 15, 607-660 (1999).
138. Fried,H. & Kutay,U. Nucleocytoplasmic transport: taking an inventory. Cell Mol. Life Sci. 60, 1659-1688 (2003).
139. Jans,D.A., Xiao,C.Y. & Lam,M.H. Nuclear targeting signal recognition: a key control point in nuclear transport? Bioessays 22, 532-544 (2000).
140. Mosammaparast,N. & Pemberton,L.F. Karyopherins: from nuclear-transport mediators to nuclear-function regulators. Trends Cell Biol. 14, 547-556 (2004).
141. Goldfarb,D.S., Corbett,A.H., Mason,D.A., Harreman,M.T. & Adam,S.A. Importin alpha: a multipurpose nuclear-transport receptor. Trends Cell Biol. 14, 505-514 (2004).
142. Weis,K. Regulating access to the genome: nucleocytoplasmic transport throughout the cell cycle. Cell 112,441-451 (2003).
143. Kohler,M. et al. Evidence for distinct substrate specificities of importin alpha family members in nuclear protein import. Mol. Cell Biol. 19, 7782-7791 (1999).
144. Mason,D.A., Fleming,R.J. & Goldfarb,D.S. Drosophila melanogaster importin alphal and alpha3 can replace importin alpha2 during spermatogenesis but not oogenesis. Genetics 161, 157-170 (2002).
145. Miyamoto,Y. et al. Differential modes of nuclear localization signal (NLS) recognition by three distinct classes of NLS receptors. J. Biol. Chem. 272,26375-26381 (1997).
146. Sekimoto.T., Imamoto,N., Nakajima,K., Hirano,T. & Yoneda,Y. Extracellular signal-dependent nuclear import of Statl is mediated by nuclear pore-targeting complex formation withNPI-1, but not Rchl. EMBOJ. 16, 7067-7077 (1997).
147. Mosammaparast,N. et al. Nuclear import of histone H2A and H2B is mediated by a network of karyopherins. J. Cell Biol. 153, 251-262 (2001).
148. Muhlhausser,P., Muller,E.C., Otto,A. & Kutay,U. Multiple pathways contribute to nuclear import of core histones. EMBO Rep. 2, 690-696 (2001).
149. Leslie,D.M. etal. Characterization of karyopherin cargoes reveals unique mechanisms of Kap 121 p-mediated nuclear import. Mol. Cell Biol. 24, 8487-8503 (2004).
150. Senger,B. et al. Mtrl Op functions as a nuclear import receptor for the mRNA-binding protein Npl3p. EMBOJ. 17, 2196-2207 (1998).
151. Pollard,V.W. et al. A novel receptor-mediated nuclear protein import pathway. Cell 86, 985-994(1996).
152. Jakel,S. & Gorlich,D. Importin beta, transportin, RanBP5 and RanBP7 mediate nuclear import of ribosomal proteins in mammalian cells. EMBOJ. 17,4491-4502 (1998).
153. Fischer,U., Huber,J., Boelens,W.C„ Mattaj,I.W. & Luhrmann,R. The HIV-1 Rev activation domain is a nuclear export signal that accesses an export pathway used by specific cellular RNAs. Cell 82,475-483 (1995).
154. Sweitzer,T.D. & Hanover,J.A. Calmodulin activates nuclear protein import: a link between signal transduction and nuclear transport. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 93, 14574-14579(1996).
155. Briggs,L.J. et al. The cAMP-dependent protein kinase site (Ser312) enhances dorsal nuclear import through facilitating nuclear localization sequence/importin interaction. J. Biol. Chem. 273, 22745-22752 (1998).
156. Drier,E.A., Huang,L.H. & Steward,R. Nuclear import of the Drosophila Rel protein Dorsal is regulated by phosphorylation. Genes Dev. 13, 556-568 (1999).
157. Riviere, Y., Blank,V., Kourilsky,P. & Israel,A. Processing of the precursor of NF-kappa B by the HIV-1 protease during acute infection. Nature 350, 625-626 (1991).
158. Craig,E., Zhang,Z.K., Davies,K.P. & Kalpana,G.V. A masked NES in INIl/hSNF5 mediates hCRMl-dependent nuclear export: implications for tumorigenesis. EMBOJ. 21,31-42(2002).
159. Beals,C.R., Clipstone,N.A., Ho,S.N. & Crabtree,G.R. Nuclear localization of NF-ATc by a calcineurin-dependent, cyclosporin-sensitive intramolecular interaction. Genes Dev. 11, 824-834 (1997).
160. Kaffman,A., Rank,N.M. & 0'Shea,E.K. Phosphorylation regulates association of the transcription factor Pho4 with its import receptor Psel/Kapl21. Genes Dev. 12,2673-2683(1998).
161. Ferrigno,P., Posas,F., Koepp,D., Saito,H. & Silver,P.A. Regulated nucleo/cytoplasmic exchange of HOG1 MAPK requires the importin beta homologs NMD5 and XPOl. EMBOJ. 17, 5606-5614 (1998).
162. Zhu,J. & McKeon,F. NF-AT activation requires suppression of Crml-dependent export by calcineurin. Nature 398,256-260 (1999).
163. Beg,A.A. et al. I kappa B interacts with the nuclear localization sequences of the subunits of NF-kappa B: a mechanism for cytoplasmic retention. Genes Dev. 6, 1899-1913(1992).
164. Stommel,J.M. et al. A leucine-rich nuclear export signal in the p53 tetramerization domain: regulation of subcellular localization and p53 activity by NES masking. EMBOJ. 18, 1660-1672 (1999).
165. Saporita,A.J. et al. Identification and characterization of a ligand-regulated nuclear export signal in androgen receptor. J. Biol. Chem. 278, 41998-42005 (2003).
166. Fineberg,K. et al. Inhibition of nuclear import mediated by the Rev-arginine rich motif • by RNA molecules. Biochemistry 42, 2625-2633 (2003).
167. Chan,C.K. & Jans,D.A. Synergy of importin alpha recognition and DNA binding by the yeast transcriptional activator GAL4. FEBS Lett. 462, 221-224 (1999).
168. Chan,C.K. & Jans,D.A. Enhancement of MSH receptor- and GAL4-mediated gene transfer by switching the nuclear import pathway. Gene Ther. 8, 166-171 (2001).
169. Tago,K., Tsukahara,F., Naruse,M., Yoshioka,T. & Takano,K. Regulation of nuclear retention of glucocorticoid receptor by nuclear Hsp90. Mol. Cell Endocrinol. 213, 131138 (2004).
170. Keegan,L., Gill,G. & Ptashne,M. Separation of DNA binding from the transcription-activating function of a eukaryotic regulatory protein. Science 231, 699-704 (1986).
171. Brent,R. & Ptashne,M. A eukaryotic transcriptional activator bearing the DNA specificity of a prokaryotic repressor. Cell 43, 729-736 (1985).
172. Triezenberg,S.J., Kingsbury,R.C. & McKnight,S.L. Functional dissection of VP 16, the trans-activator of herpes simplex virus immediate early gene expression. Genes Dev. 2, 718-729(1988).
173. Fields,S. & Song,0. A novel genetic system to detect protein-protein interactions. Nature 340, 245-246 (1989).
174. Chevray,P.M. & Nathans,D. Protein interaction cloning in yeast: identification of mammalian proteins that react with the leucine zipper of Jun. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 89, 5789-5793 (1992).
175. Dalton,S. & Treisman,R. Characterization of SAP-1, a protein recruited by serum response factor to the c-fos serum response element. Cell 68, 597-612 (1992).
176. Stutz,F., Neville,M. & Rosbash,M. Identification of a novel nuclear pore-associated protein as a functional target of the HIV-1 Rev protein in yeast. Cell 82,495-506 (1995).
177. Chien,C.T., Bartel,P.L., Sternglanz,R. & Fields,S. The two-hybrid system: a method to identify and clone genes for proteins that interact with a protein of interest. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 88, 9578-9582 (1991).
178. Gyuris,J., Golemis,E., Chertkov,H. & Brent,R. Cdil, a human G1 and S phase protein phosphatase that associates with Cdk2. Cell 75, 791-803 (1993).
179. Vojtek,A.B., Hollenberg,S.M. & Cooper,J.A. Mammalian Ras interacts directly with the serine/threonine kinase Raf. Cell 74, 205-214 (1993).
180. Golemis,E.A. & Khazak,V. Alternative yeast two-hybrid systems. The interaction trap and interaction mating. Methods Mol. Biol. 63, 197-218 (1997).
181. Chevray,P.M. & Nathans,D. Protein interaction cloning in yeast: identification of mammalian proteins that react with the leucine zipper of Jun. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 89, 5789-5793 (1992).
182. Bartel,P., Chien,C.T., Sternglanz,R. & Fields,S. Elimination of false positives that arise in using the two-hybrid system. Biotechniques 14, 920-924 (1993).
183. James,P., Halladay,J. & Craig,E.A. Genomic libraries and a host strain designed for highly efficient two-hybrid selection in yeast. Genetics 144, 1425-1436 (1996).
184. Gilbert,H.F. Molecular and cellular aspects of thiol-disulfide exchange. Adv. Enzymol. Relat Areas Mol. Biol. 63, 69-172 (1990).
185. Feng,S., Kapoor,T.M., Shirai,F., Combs,A.P. & Schreiber,S.L. Molecular basis for the binding of SH3 ligands with non-peptide elements identified by combinatorial synthesis. Chem. Biol. 3, 661-670 (1996).
186. Kadonaga,J.T. & Tjian,R. Affinity purification of sequence-specific DNA binding proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 83, 5889-5893 (1986).
187. Singh,H., LeBowitz,J.H., Baldwin,A.S., Jr. & Sharp,P.A. Molecular cloning of an enhancer binding protein: isolation by screening of an expression library with a recognition site DNA. Cell 52, 415-423 (1988).
188. Current Protocols in Molecular Biology. John Wiley&Sons, Inc., New York (1992).
189. Sambrook J, Fritsch E.F. & Maniatis T. Molecular Cloning. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York (1989).
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.