Общие и целевые способы поиска белковых маркеров онкологических заболеваний методами масс-спектрометрии высокого разрешения тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат наук Глазырин Юрий Евгеньевич

• Глазырин Юрий Евгеньевич
• кандидат наук
• 2018

Оглавление диссертации кандидат наук Глазырин Юрий Евгеньевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

Введение

1. Аналитический обзор литературы

1.1. Поиск новых маркеров заболеваний для использования в диагностике и терапии

1.2. Методы масс-спектрометрии в протеомике

1.3. Биомаркеры онкологических заболеваний

1.3.1. Биомаркеры хронического лимфолейкоза человека

1.3.2. Биомаркеры рака легкого человека

1.4. Протеомное профилирование клеток крови для поиска биомаркеров онкологических заболеваний

1.5. Поиск биомаркеров с помощью аффинного обогащения аптамерами

2. Материалы и методы

2.1. Отбор и подготовка биологических проб

2.1.1. Клетки асцитной карциномы

2.1.2. Пробы лимфоцитов

2.1.3. Пробы опухолевых тканей

2.2. Выделение белков-мишеней аптамеров с помощью аффинного обогащения

2.3. Подготовка белковых проб к масс-спектрометрическому анализу

2.4. Масс-спектрометрический анализ белковых проб

2.4.1. УВЭЖХ

2.4.2. Масс-спектрометрия с помощью Orbitrap Velos Pro

2.4.3. Масс-спектрометрия с помощью Orbitrap Fusion

2.5. Идентификация белков по масс-спектрам и безметочный количественный анализ

2.5.1. Идентификация белков в программе Proteome Discoverer

2.5.2. Идентификация и количественный анализ белков в программе MaxQuant

2.6. Статистическая обработка протеомных профилей клеток

2.7. Статистическая обработка результатов аффинного обогащения с помощью аптамеров

3. Результаты и обсуждение

3.1. Протеомное профилирование лизатов клеток

3.1.1. Сравнение протеомных профилей лимфоцитов больных хроническим и острым лимфолейкозом

3.1.1.1. Первая серия экспериментов по протеомному профилированию лимфоцитов больных хроническим лимфолейкозом

3.1.1.2. Вторая серия экспериментов по протеомному профилированию лимфоцитов больных острым и хроническим лимфолейкозом

3.1.2. Сравнение протеомных профилей лимфоцитов больных раком легкого

3.2. Поиск биомаркеров с помощью аптамеров

3.2.1. Определение биомаркеров асцитной карциномы с помощью аптамеров

3.2.2. Определение биомаркеров рака легкого с помощью аптамеров

3.2.3. Итоги поиска биомаркеров с помощью аптамеров 102 3.3. Сравнение общего и целевого способов поиска биомаркеров

Заключение

Выводы

Список литературы

Благодарности

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

AptaBiD - поиск биомаркеров с помощью аптамеров

CID - диссоциация, вызванная соударением

DDA - анализ, зависимый от данных

FDR - вероятность ложного определения

FTMS - масс-спектрометрия с преобразованием Фурье

FWHH - полная ширина пика на половине его высоты

ICR - Институт исследований рака

ITMS - масс-спектрометрия ионной ловушки

LFQ - количественный анализ без использования меток

OPLS-DA - дискриминантный анализ методом ортогональных частных

наименьших квадратов

PCA-X - анализ главных компонент по координате Х

БСА - бычий сывороточный альбумин

ВАК - Высшая аттестационная комиссия

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

КК - коэффициент корреляции

КГБУЗ - Краевое государственное бюджетное учреждение здравоохранения

ККОД - Красноярский краевой онкологический диспансер

КрасГМУ - Красноярский государственный медицинский университет

миРНК - микро рибонуклеиновая кислота

МКРЛ - мелкоклеточный рак легкого

МС - масс спектрометрия

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

МСМС - тандемная масс-спектрометрия

НМКРЛ - немелкоклеточный рак легкого

об/мин - обороты в минуту

ОЛЛ - острый лимфолейкоз

ПТМ - пост-трансляционные модификации РЛ - рак легкого

США - Соединенные Штаты Америки

УВЭЖХ - ультравысокоэффективная жидкостная хроматография ХЛЛ - хронический лимфолейкоз ЦНС - центральная нервная система

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Общие и целевые способы поиска белковых маркеров онкологических заболеваний методами масс-спектрометрии высокого разрешения»

Актуальность темы исследования

Проблема поиска белковых маркеров социально-значимых заболеваний, особенно онкологических, относится к приоритетным направлениям развития биомедицинской науки (Стратегия развития медицинской науки в Российской Федерации на период до 2025 года), поскольку маркеры позволяют не только детализировать молекулярные механизмы развития патологических процессов, но и разрабатывать алгоритмы для их диагностики и контроля лечения. Поиск маркеров представляет собой сложную задачу в силу присутствия в организме сравнительно небольшого количества белков-маркеров (низкой копийности), поэтому успешность ее решения зависит, в первую очередь, от применяемых методических и технологических приемов. В работе представлено сравнение двух способов поиска маркеров онкологических заболеваний с применением масс-спектрометрии высокого разрешения - общий (полное белковое профилирование) и целевой (метод аффинного обогащения с помощью ДНК-аптамеров). Выбор онкологических заболеваний для поиска маркеров определялся их социальной значимостью.

Онкологические заболевания являются одной из лидирующих причин смертности во всем мире (Sung H.J., 2011; Arya S.K., 2011). Полагают, что одним из наиболее важных факторов высокой смертности является отсутствие чувствительных скрининговых тестов для раннего выявления онкологических заболеваний в сочетании с неэффективным лечением, особенно это актуально для рака легкого, поскольку в 54% случаев со времени постановки диагноза рак легкого дает метастазы в центральную нервную систему (ЦНС). Хронический лимфолейкоз (ХЛЛ) - один из самых распространенных видов лейкоза в странах Северной Америки и Европы, в которых на его долю приходится до 30% всех лейкозов. Ежегодная заболеваемость им составляет 3-3,5 случая на 100 000 человек, увеличиваясь для лиц старше 65 лет до 20, а старше 70 — до 50 случаев на 100 000 человек (Волкова М.А., 2001). ХЛЛ относится к группе опухолевых

заболеваний лимфоидной и кроветворной ткани - гемобластозам. Отмечается весьма гетерогенное течение ХЛЛ, проявляемое как по клиническим признакам, включающим ответы на терапию, темпы прогрессирования и выживаемость, так и по проявлению молекулярных маркеров. У ряда больных заболевание продолжает прогрессировать, несмотря на лечение, при этом даже при применении актуальной терапии продолжительность жизни больных составляет около 4-5 лет. Тогда как примерно у 15-20 % больных гематологические и клинические признаки болезни в течение нескольких лет остаются минимально выраженными и стабильными (Жевак Т.Н., 2011). Диагностические маркеры для В-ХЛЛ включают CD5, CD19, CD10, CD11c, CD20, CD22, CD79b, FMC7, CD23, а также экспрессию поверхностного иммуноглобулина (sIg). Диагностика основывается на проявлении либо отсутствии экспрессии этих маркеров, а также на интенсивности их экспрессии (Фиясь А.Т., 2011). Ни один из отмеченных маркеров в настоящее время не используется непосредственно в клинической терапии для определения прогнозного типа заболевания и выбора персональной стратегии лечения, а молекулярные механизмы, по которым экспрессия этих маркеров может влиять на развитие болезни, до сих пор до конца не изучены (Alsagaby S.A., 2014). Таким образом, поиск новых универсальных маркеров для ранней диагностики ХЛЛ все еще остается актуальным. Кроме того, для подбора и оптимизации индивидуальной терапии в случаях гетерогенного течения болезни важно выявление специальных маркеров, которые позволили бы отнести пациента к определенной прогнозной группе согласно характеру проявления заболевания.

Универсальной моделью раковой опухоли, используемой повсеместно в качестве модели для отработки технологий создания новых диагностических и терапевтических средств в онкологии, является перевиваемая мышиная асцитная карцинома Эрлиха. Ее основными характеристиками являются быстрый рост, злокачественность, отсутствие межклеточной адгезии (Эмануэль Н.М., 1977).

Биомаркеры, концентрация которых может повышаться в биологических

жидкостях (крови, моче, асцитической жидкости и др.) онкологических больных,

7

представляют собой в большинстве случаев сложные белки с углеводным либо липидным компонентом. Известные белковые биомаркеры используются в серологической лабораторной диагностике, так как их присутствие и концентрации в биологических жидкостях организма (например, в крови) коррелируют с возникновением и развитием злокачественных процессов. Биомаркеры используются для доказательства эффективности терапии, прогнозирования развития опухолевых процессов, доклинического выявления развития рецидивов, а также в уточняющей диагностике (Сергеева Н.С., 2011).

Изучением полного белкового состава комплексных биологических объектов, а также модификаций и структурно-функциональных свойств отдельных белковых молекул занимается протеомика (Арчаков А.И., 2000). Протеомный подход позволяет провести одновременную идентификацию большого количества белков в клетках либо биологических жидкостях. Количественное сравнение полных белковых профилей биологических материалов, полученных от больных, с контрольными пробами, полученными от здоровых организмов, дает возможность определить наиболее значимые отличия, позволяя выявить новые молекулярные маркеры патологического типа (Alsagaby S.A., 2014).

Для целевого поиска онкомаркеров могут использоваться различные

аффинные зонды, например, аптамеры - одноцепочечные ДНК- или РНК-

олигонуклеотиды, которые, благодаря уникальным конформациям и

пространственному расположению зарядов, имеют высокую специфичность и

сродство к заданным мишеням (Кульбачинский А.В., 2006). Аптамеры получают

из РНК- или ДНК-библиотек с применением селекции по технологии SELEX

(Ellington A.D., 1990). В лаборатории биомолекулярных и медицинских

технологий КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого путем селекции были

получены ДНК-аптамеры, специфичные к клеткам и тканям некоторых

заболеваний, в том числе - карциноме Эрлиха (в мышиной модели) и раку легкого

человека. Для выделения и идентификации непосредственных молекулярных

мишеней новых аптамеров в патологических клетках и поиска биомаркеров

8

заболеваний применяется метод аффинного обогащения белковых проб. После обогащения белковый состав высокоспецифичных проб определяется методами масс-спектрометрии. Такая методика носит название AptaBID (Berezovski M.V., 2008).

Ультравысокоэффективная жидкостная хроматография и тандемная масс-спектрометрия (УВЭЖХ-МСМС) являются на сегодня основными методами онкопротеомики, продвигающей нас к пониманию молекулярных механизмов канцерогенеза (Jimenez C.R., 2014). Тандемная масс-спектрометрия является физико-химическим методом анализа, заключающимся в переводе молекул образца в ионизированную форму, регистрации масс первичных ионов и, затем, в последующем разделении молекул и регистрации масс образующихся при этом фрагментных ионов. Информация о молекулярной массе белка и его фрагментов позволяет сделать выводы о его составе и структуре (Демидов Е.А., 2014).

Цель работы - на примере асцитной карциномы Эрлиха, острого и хронического лимфолейкозов и рака легкого человека сравнить два метода поиска и масс-спектрометрической идентификации белковых маркеров онкологических заболеваний: 1) с помощью полного протеомного профилирования клеток крови; 2) с помощью аффинного обогащения с применением аптамеров. Задачи

1. Провести белковый анализ лизатов лимфоцитов больных онкологическими заболеваниями и здоровых добровольцев с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии высокого разрешения.

2. Провести количественное сравнение полных белковых профилей лимфоцитов больных и здоровых добровольцев для поиска и идентификации кандидатов в белковые маркеры онкологических заболеваний.

3. Выделить из тканей больных онкологическими заболеваниями белки - кандидаты в мишени аптамеров с помощью аффинного обогащения

с применением аптамеров, селективных к патологическим клеткам.

4. Провести масс-спектрометрическую идентификацию полученных с помощью аффинного обогащения белковых проб и выявить с помощью статистического анализа количественных данных белки -кандидаты в маркеры онкологических заболеваний.

5. Сравнить два способа поиска и масс-спектрометрической идентификации белковых маркеров онкологических заболеваний для оценки эффективности методов для дальнейшего использования при разработке клинических диагностических систем и терапевтических средств.

Научная новизна исследования

1. Разработана и опробована методика полного протеомного профилирования лимфоцитов, выделенных из крови человека, с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии и масс-спектрометрии высокого разрешения с применением сравнительного количественного анализа белков (без использования изотопных или химических меток) и последующей статистической обработкой полученных количественных данных.

2. Получен список новых кандидатов в белковые маркеры хронического и острого лимфолейкозов.

3. Получен список новых кандидатов в белковые маркеры двух гетерогенных типов хронического лимфолейкоза.

4. Получен список новых кандидатов в белковые маркеры рака легкого человека различного типа, содержащихся в лизатах лимфоцитов из крови больных.

5. Разработаны варианты модифицированных методов аффинного обогащения белковых проб с помощью аптамеров, селективных к клеткам онкологических заболеваний, для поиска белковых маркеров заболеваний.

6. Получены списки новых белков - кандидатов в мишени аптамеров, селективных к асцитной карциноме Эрлиха и раку легкого

человека, рассматриваемых в качестве вероятных маркеров заболеваний.

10

7. Проведено сравнение двух методов поиска и масс-спектрометрической идентификации кандидатов в белковые маркеры онкологических заболеваний, пригодных для дальнейшего использования при разработке клинических диагностических систем и терапевтических средств.

Теоретическая и практическая значимость работы

Разработаны новые и модифицированы существующие методы поиска белковых маркеров онкологических заболеваний с помощью масс-спектрометрии высокого разрешения. Их практическая эффективность проиллюстрирована на примере поиска новых маркеров асцитной карциномы Эрлиха, лимфолейкозов и рака легкого человека различного типа. Применение метода протеомного профилирования лизатов лимфоцитов с помощью сравнительного количественного анализа и статистической обработки полученных данных позволило выявить новые кандидаты в белковые маркеры острого и хронического лимфолейкозов, а также рака легкого человека. Применение метода аффинного обогащения белковых проб с помощью аптамеров позволило определить вероятные мишени новых аптамеров, селективных к опухолевым клеткам асцитной карциномы Эрлиха и рака легкого человека, полученных ранее в КрасГМУ им проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого. Показано, что два независимых метода поиска и идентификации новых белковых маркеров эффективно дополняют друг друга и могут использоваться для повышения достоверности полученных данных при разработке новых клинических диагностических систем. Положения, выносимые на защиту

1. Метод полного протеомного профилирования лизатов лимфоцитов с применением безметочного количественного анализа позволяет выявлять новые кандидаты в биомаркеры онкологических заболеваний различного типа в клетках крови онкологических больных различных исследуемых групп.

2. Способ аффинного обогащения проб с применением аптамеров и

идентификацией белков с помощью масс-спектрометрии позволяет

11

определять непосредственные молекулярные мишени аптамеров, которые являются новыми кандидатами в биомаркеры онкологических заболеваний.

3. Два метода поиска новых биомаркеров являются независимыми инструментами, дополняющими возможности каждого. Выбор оптимальной методики зависит от задач и объектов исследования.

Степень достоверности результатов

Работа выполнена с использованием современного оборудования с применением стандартных методик. Результаты работы опубликованы в рецензируемых журналах и представлены на всероссийских и международных конференциях.

Внедрение результатов исследования

Разработанные методики и полученные кандидаты в биомаркеры онкологических заболеваний используются для разработки новых диагностических систем и терапевтических средств в лаборатории биомолекулярных и медицинских технологий (БиоМеТ) в КрасГМУ им проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого (г. Красноярск, Россия), биоаналитической лаборатории молекулярных взаимодействий Университета Оттавы (г. Оттава, Канада).

Апробация результатов исследования

Полученные результаты были представлены на 7 международных и 1 российской конференциях.

Публикации

По материалам, представленным в диссертации, было опубликовано 5 печатных работ, в том числе, 3 статьи в журналах, рекомендованных ВАК РФ, 2 статьи в зарубежных журналах.

Объем и структура работы

Материал диссертации изложен на 132 страницах машинописного текста, иллюстрирован 15 рисунками, 16 таблицами. Работа состоит из введения, глав: обзор литературы; материалы и методы; результаты и обсуждения; выводов;

списка литературы. Список литературы состоит из 188 источников, из которых 24 российских и 164 зарубежных.

Личный вклад автора

Автор был полностью ответственным за настройку, эксплуатацию и обслуживание хромато-масс-спектрометрического оборудования,

использованного в КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого. Автор полностью разработал или адаптировал методы для всех масс-спектрометрических экспериментов и лично провел все масс-спектрометрические аналитические работы, включая контроль качества. Автор полностью провел всю работу по анализу и интерпретации полученных результатов, включая обработку масс-спектров, поиск по белковым базам данных, безметочный количественный анализ белков, статистическую обработку полученных количественных данных. Подготовка и очистка проб непосредственно перед анализом также была выполнена автором полностью, за исключением выделения лимфоцитов из крови (выполнено М.А. Комаровой). Настройка и обслуживание масс-спектрометрической техники, и выполнение анализов в Университете Оттавы (Канада) было проделано совместно с Г.Г. Мироновым. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей аптамеров для проверки их мульти-аффинности был выполнен Д.В. Вепринцевым с помощью написанной им программы. Опубликованные статьи по материалам исследований, касающиеся определения мишеней аптамеров, были написаны совместно с коллективом лаборатории. Статья по протеомному профилированию лимфоцитов больных ХЛЛ была написана автором самостоятельно. Весь текст диссертации был написан автором самостоятельно.

Работа была выполнена по основному плану НИР-2017 в КрасГМУ им проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого в рамках комплексной темы «Эпидемиология ХОБЛ, БА, ИЗЛ и пневмонии в Красноярском крае. Особенности клинико-функциональных, морфологических и молекулярных маркеров воспаления. Фармакоэкономические аспекты», имеющей номер государственной регистрации №АААА-А16-116091550002-2.

1. АНАЛИТИЧЕСКИЙ ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Поиск новых маркеров заболеваний для использования в диагностике и терапии

В ходе развития онкологических заболеваний в крови пациентов появляются различные маркеры - продукты распада опухоли, опухолевые клетки и микроэмболы, сигнальные молекулы и прочие биоматериалы, свидетельствующие о появлении и росте в организме злокачественного новообразования (Preedy V.R., 2015). Оценка уровня такого рода циркулирующих биомаркеров является одним из самых востребованных направлений современной диагностической онкологии, поскольку не требует инвазивных методов вмешательства в организм человека (Mishra A., 2010). Биомаркеры также могут быть использованы для оценки терапевтического эффекта, что важно при выборе стратегии дальнейшего лечения (Семенова А.И., 2011).

По природе и методам выявления онкомаркеры разделяются на следующие типы: генетические (мутации и изменение числа копийности генов, дефекты экспрессии мРНК), эпигенетические (вариации профилей метилирования ДНК), метаболические (изменение уровня метаболитов), протеомные (изменение белкового профиля экспрессии), уровень и профиль синтеза микроРНК (миРНК) (Тамкович С.Н., 2014). Поскольку канцерогенез обычно является следствием генетических изменений, то последующие трансляционные изменения в белковых продуктах могут быть индикаторами молекулярных изменений и потенциальными маркерами неоплазии (Yang F., 2015).

Серологические (белковые) онкомаркеры - это вещества, концентрация которых может повышаться в биологических жидкостях (крови, моче, асцитической жидкости и др.) онкологических больных. Они представляют собой в большинстве случаев сложные белки с углеводным либо липидным компонентом (Сергеева Н.С., 2011).

Диагностическая значимость онкомаркера характеризуется двумя показателями - чувствительностью и специфичностью. Чувствительность онкомаркера определяется частотой истинно положительных результатов диагностики в группе онкобольных (в процентах), специфичность онкомаркера определяется частотой истинно отрицательных результатов диагностики в группе здоровых людей и пациентов с незлокачественными заболеваниями (в процентах). Тем не менее, до сих пор не представлено ни одного онкомаркера, показывающего 100% чувствительность и специфичность (Сергеева Н.С., 2011). При этом иногда у здоровых людей, либо у больных другими болезнями, можно обнаружить концентрации маркеров, характерные для онкологических заболеваний (Fateh-Moghadam A., 1993). Таким образом, является актуальным поиск новых высоко специфичных маркеров, способных диагностировать дифференцированные типы заболеваний и позволяющих подобрать более эффективное направленное лечение (вплоть до персонализированного). Кроме того, увеличение числа новых и актуальных специфичных маркеров позволит применить комплексный подход к диагностике, что позволит повысить эффективность, достоверность и чувствительность современных методов.

1.2. Методы масс-спектрометрии в протеомике

Поиск и идентификация новых белковых маркеров онкологических заболеваний требуют применения современных методов аналитической химии, эффективных для анализа высокомолекулярных органических соединений в сложных смесях. Научная дисциплина, которая занимается исследованием структур и функций отдельных белков в организме, а также всего белкового комплекса как единого целого, называется протеомикой (Краснов Н. В., 2010). Наиболее универсальным инструментом современной протеомики на сегодняшний день является масс-спектрометрия (Aebersold R., 2003). Инструментальные возможности масс-спектрометрии, демонстрируя значительный диапазон чувствительности (до 1:5000 по интенсивности сигнала

15

при детекции ионов) (Makarov A., 2006), позволяют массово идентифицировать сложные составы многокомпонентных белковых смесей биологического происхождения, имеющие большие диапазоны концентраций (до 10 порядков в плазме крови) (Anderson N.L., 2002). Широкий динамический диапазон и чувствительность масс-спектрометрии в сочетании с высокоразрешающими методами предварительного разделения проб и современными подходами биоинформатики дает возможность за один анализ идентифицировать до 10000 белков в пробе клеточного лизата (Beck M., 2011) или до 5000 белков в пробе плазмы крови (Keshishian H., 2015). В то же время, масс-спектрометрия и биоинформатика позволяют более детально исследовать структуры отдельных белков, включая пост-трансляционные модификации (ПТМ) (Mann M., 2003), изучать межбелковые взаимодействия (Shevchenko A., 2002), а также определять первичную структуру ранее неизвестных белков (секвенирование de novo) (Taylor J.A., 2001). Причем, детальная характеристика отдельных белков с помощью методов биоинформационной пост-обработки возможна, в том числе, и с использованием универсального набора первичных данных (масс-спектров), полученных во время одного «полнопротеомного» эксперимента.

В протеомике имеют развитие два основных подхода к анализу белков: "top-down" («сверху вниз») и "bottom-up" («снизу вверх») (Resing K.A., 2005). Подход top-down, при котором изначально исследуются целые (интактные) молекулы белков, последовательно переходя к анализу фрагментов, используется сравнительно редко и, в основном, для специализированных задач из-за недостаточной селективности и повышенных требований к технике предварительного разделения и пост-обработке данных (Catherman A.D., 2014). Для анализа сложных белковых смесей биологического происхождения распространенным стандартом де-факто является подход "bottom-up", или «скорострельная» ("shotgun") протеомика (Zhang Y., 2013).

Рабочая цепочка скорострельной протеомики включает предварительный

протеолиз белков в растворе, хроматографическое разделение полученной смеси

пептидов, и последующий масс-спектрометрический анализ, осуществляемый в

16

тандемном режиме (Bogdanov B., 2005). Полученные наборы первичных и фрагментных масс-спектров обрабатываются специализированными программами, осуществляющими пост-обработку и поиск по базам данных для идентификации белков (Schmidt A., 2014).

Для ферментативного протеолиза в технологии "bottom-up" используются ферменты, специфичные для определенных связей в белковых цепях. Наиболее широко используемый для этого фермент трипсин расщепляет белки по связям между лизином либо аргинином с любой другой аминокислотой, кроме пролина и гидроксипролина (Shevchenko A., 1996). Преимуществами триптических пептидов являются довольно стабильная средняя масса (500-4000 дальтон) и длина (7-20 аминокислот), что обеспечивает достаточно эффективную ионизацию молекул со средними массами без потери информативности в слишком коротких фрагментах (Tran B.Q., 2011). Кроме того, постоянное наличие остатка основной аминокислоты на С-конце цепи, который легко протонируется во время ионизации (Wysocki V.H., 2000), вместе с дополнительным протоном, преимущественно локализованным на N-конце пептида (Unnithan A.G., 2007), обеспечивает достаточное распространение двух- и более зарядных пептидов, подходящих для последующей эффективной фрагментации и детекции дочерних ионов.

Масс-спектрометрия имеет дело с ионизированными молекулами в вакууме, поэтому важен выбор буферов и реактивов, используемых при пробоподготовке. Перед вводом в масс-спектрометр неорганические солевые буферы в рабочих растворах биологического происхождения должны быть заменены на совместимые с масс-спектрометрией летучие растворители, не снижающие эффективность ионизации тяжелых органических молекул (Gundry R.L., 2009). Для этого используется препаративная хроматография, либо ручная очистка с помощью пипеточных наконечников, заполненных хроматографической аффинной фазой (Rappsilber J., 2007). Большое распространение получили наконечники типа ZipTipC18 (Millipore Corporation, США) либо Pierce C18 Tips (Thermo Scientific, США).

Высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ) применяется для разделения сложных смесей согласно различиям в химических свойствах ее компонентов (Яшин Я.И., 2003). При этом заполненная аффинной неподвижной фазой колонка, в которую предварительно загружен анализируемый материал, промывается градиентом растворителей (подвижных фаз) (Рисунок 1). Обращённо-фазовая ВЭЖХ проводится с использованием неполярной стационарной фазы и полярных (водных) растворителей (Aguilar M.I., 2004). В скорострельной протеомике для разделения пептидов в зависимости от степени их гидрофобности и гидрофильности используются колонки, заполненные силикагелем, модифицированным цепочками алкильных групп (например, фазой С18) (Nilsson C.L., 2000). Техника ультравысокоэффективной жидкостной хроматографии (УВЭЖХ), обеспечивающая сверхвысокое разрешение, необходимое для разделения многокомпонентной пептидной смеси, отличается малыми внутренними диаметрами применяемых колонок (50 мкм и менее), малыми диаметрами частиц (2 мкм и менее, с порами 100 А и менее), высокими давлениями при создании градиентов (1000 бар и выше) и малыми потоками растворителей (менее 200 нл/мин) (Fekete S., 2014).

Рисунок 1 - Хроматография. Исследуемое вещество увлекается потоком жидкости (элюента) через колонку, наполненную порошком твердого вещества (сорбента) (Байбуртский Ф., 1998).

Органическая масс-спектрометрия использует несколько эффективных типов «мягкой» ионизации тяжелых органических молекул (Краснов Н.В., 2010). В скорострельной протеомике с использованием УВЭЖХ стандартно применяется ионизация молекул с помощью электроспрея (Fenn J.B., 1989). Ионизация на выходе жидкой фазы из хроматографа происходит при атмосферном давлении в условиях сильного электрического поля (Александров М.Л., 1984). При этом микрокапли (спрей) летучих растворителей уменьшаются в размерах, перераспределяя заряд на содержащиеся в них молекулы пептидов (Рисунок 2).

Рисунок 2 - Схема процесса ионизации электроспреем (по Banerjee S.,

2012).

Развитие протеомики связано с техническим прогрессом в масс-спектрометрии, которое, в плане работы с биологическими молекулами, оценивается такими параметрами, как разрешающая способность (Xian F., 2012) и динамический диапазон (Makarov A., 2006). Высокая разрешающая способность (до 1:450000 в единицах FWHH - соотношения ширины и высоты пика на середине его высоты) масс-анализаторов типа орбитальной ловушки последнего поколения (High Field Orbitrap) позволяет различать изотопные распределения пептидов с разными зарядами, а также определять составы изобарных или очень близких по массам пептидов, например, содержащих лизин и глютамин,

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Глазырин Юрий Евгеньевич, 2018 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Александров, М.Л. Прямая стыковка микроколоночного жидкостного хроматографа с масс-спектрометром / М.Л. Александров, Л.Н. Галль, Н.В. Краснов, В.И. Николаев, В.А. Павленко, В.А. Шкуров, Г.И. Барам, М.А. Грачев,

B.Д. Кнорре, Ю.С. Куснер // Биоорганическая химия. - 1984. - Т. 10. - № 5. - С. 710-712.

2. Артамонова, Е.В. Основные достижения в биологии, скрининге, диагностике и лечении немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ) / Е.В. Артамонова // Практическая онкология. - 2011. - Т.12. - № 1. - С. 26-35

3. Арчаков, А.И. Биоинформатика, геномика и протеомика - науки о жизни XXI столетия / А.И. Арчаков // Вопросы медицинской химии. - 2000. - Вып. 1. -

C. 4-7.

4. Байбуртский, Ф. Хроматография - простой способ анализа сложных веществ / Ф. Байбуртский // Наука и жизнь. - 1998. - № 2.

5. Веренчиков, А.Н. Тандемные масс-спектрометры в биохимии / А.Н. Веренчиков, Н.В. Краснов, Л.Н. Галь // Научное приборостроение. - 2004. - Т. 14. - № 2. - С. 4-23.

6. Вильчевская, Е.В. Особенности экспрессии антигенов СБ5, СБ19, CD23 на поверхностной мембране лимфоцитов у пациентов с установленным диагнозом В-хронических лимфолейкозов / Е.В.Вильчевская, В.В.Тютюнник, И.Л.Илюшенко, С.В.Тетюра, Е.И.Самсонова, В.Б.Карягина, Л.В. Ульянова // Международный вестник медицины. - 2008. - Т. 1. - N0 3-4. - С. 192-195.

7. Волкова, М.А. Хронический лимфолейкоз / М.А.Волкова // Клиническая онкогематология. - М., Медицина. - 2001. - С. 376-392.

8. Гапеенко, Е.В. Опухолевые маркеры, факторы роста, регуляторы ангиогенеза в диагностике и мониторинге рака молочной железы / Е.В. Гапеенко, Л.А. Державец, Н.Н. Антоненкова // Онкологический журнал. - 2013. - Т. 7. - № 3(27). - С. 86-95.

9. Демидов, Е.А. Протеомика / Е.А. Демидов, С.Е. Пельтек // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2014. - Т. 18. - № 1. - С. 166-174.

10.Долгатов, А.Ю. Экспрессия аргирофильных белков, ассоциированных с областью ядрышкового организатора (AGNOR), при раке почки: клинико-морфологические параллели / А.Ю. Долгатов, В.Я. Гервальд, И.П. Бобров, Т.М. Черданцева, А.М. Авдалян // Сибирский онкологический журнал. - 2011. - № S1. - С. 45.

11. Жевак, Т.Н. Хронический лимфолейкоз: современные концепции этиологии, патогенеза и особенностей клинического течения / Жевак Т.Н., Чеснокова Н.П., Шелехова Т.В. // Саратовский научно-медицинский журнал. -2011. - Т. 7. - № 2. - С. 376-385.

12. Краснов, Н. В. Масс-спектрометрия с мягкими методами ионизации в протеомном анализе (обзор) / Н. В. Краснов, Я. И. Лютвинский, Е. П. Подольская // Научное приборостроение. - 2010. - Т. 20. - № 4. - С. 5-20.

13. Кульбачинский, А.В. Методы отбора аптамеров к белковым мишеням / А.В. Кульбачинский // Успехи биологической химии. - 2006. - № 46. - С. 193-224

14. Левченко, Е.В. Скрининг рака легкого / Е.В. Левченко // Практическая онкология. - 2010. - Т.11. - №2. - С. 88-95

15. Пономарева, А. А. Молекулярно-генетические маркеры в диагностике рака легкого / А. А. Пономарева, Е. Ю. Рыкова, Н. В. Чердынцева, Е. Л. Чойнзонов, П. П. Лактионов, В. В. Власов // Молекулярная биология. - 2011. - Т. 45. - № 2. - С. 203-217

16. Семенова, А.И. Мониторинг эффективности лечения и выявление рецидивов с помощью биомаркеров / А.И. Семенова // Практическая онкология. -2011. - Т. 12. - №4. - С. 171-177.

17. Сергеева, Н.С. Общие представления о серологических биомаркерах и их месте в онкологии / Н.С. Сергеева, Н.В. Маршутина // Практическая онкология. -2011. - Т. 12. - №4. - С. 147-154.

18.Тамкович, С.Н. Современные методы диагностики рака молочной железы / С.Н. Тамкович, В.Е. Войцицкий, П.П. Лактионов // Биомедицинская химия. -2014. - Т. 60. - Вып. 2. - С. 141-160.

19.Трахтенберг, А.Х. Рак легкого / А.Х. Трахтенберг, К.И. Колбанов // Атмосфера. Пульмонология и аллергология. - 2008. - № 4. - С. 3-9

20. Фиясь, А.Т. Хронический лимфолейкоз: диагностика и лечение / А.Т. Фиясь, Б.И. Френкель // Журнал Гродненского государственного медицинского университета. - 2011. - № 4. - С. 93-97.

21. Чиссов, В.И. Состояние онкологической помощи населению России в 2009 году / В.И. Чиссов, В.В. Старинский, Г.В. Петрова. - Москва: ФГУ «МНИОИ им. П.А. Герцена Росмедтехнологий». - 2010. - 196 с.

22. Шевченко, В.Е. Картирование протеома опухолевого плеврального выпота для поиска маркеров рака яичников / Шевченко В.Е., Макаров Д.Е., Ковалев С.В., Арноцкая Н.Е., Погосян Н.Р., Жорданиа К.И. // Масс-спектрометрия. - 2012. - Т. 9. - No 3. - С. 167-174.

23. Эмануэль, Н. М. / Кинетика экспериментальных опухолевых процессов. // -Москва: Наука. - 1977.

24. Яшин, Я.И. Высокоэффективная жидкостная хроматография. Состояние и перспективы / Я.И. Яшин, А.Я. Яшин // Российский Химический Журнал (Журнал Российского химического общества им. Д. И. Менделеева). - 2003. - Т. 47. - № 1. - С. 64-79.

25. Aarbiou, J. Human neutrophil defensins induce lung epithelial cell proliferation in vitro / J. Aarbiou, M. Ertmann, S. van Wetering, P. van Noort, D. Rook, K.F. Rabe, S.V. Litvinov, J.H. van Krieken, W.I. de Boer, P.S. Hiemstra // Journal of leukocyte biology. - 2002. - Vol. 72. - N 1. - P. 167-174.

26. Aebersold, R. Mass spectrometry-based proteomics / R. Aebersold, M. Mann // Nature. - 2003. - V. 422. - N 6928. - P. 198-207.

27. Aguilar M.I. Reversed-Phase High-Performance Liquid Chromatography / M.I.

Aguilar // Methods in Molecular Biology. - 2004. - Vol. 251. HPLC of Peptides and

Proteins: Methods and Protocols. - P 9-22.

112

28. Alsagaby, S.A. Proteomics-based strategies to identify proteins relevant to chronic lymphocytic leukemia / S.A. Alsagaby, S. Khanna, K.W. Hart, G. Pratt, C. Fegan, C. Pepper, I.A. Brewis, P. Brennan // Journal of Proteome Research. - 2014. -Vol. 13. - N 11. - P. 5051-5062.

29. Ambesi, A. Anastellin, a fragment of the first type III repeat of fibronectin, inhibits extracellular signal-regulated kinase and causes G1 arrest in human microvessel endothelial cells / A. Ambesi, R.M. Klein, K.M. Pumiglia, P.J. McKeown-Longo // Cancer Research. - 2005. - Vol. 65. - P. 148-156.

30. Ambesi, A. Anastellin, the Angiostatic Fibronectin Peptide, Is a Selective Inhibitor of Lysophospholipid Signalling / A. Ambesi, P. J. McKeown-Longo // Molecular Cancer Research. - 2009. - Vol. 7. - N 2. - P. 255-265.

31. Anderson, N.L. The human plasma proteome: history, character, and diagnostic prospects / N.L. Anderson, N.G. Anderson. // Molecular and cellular proteomics. -2002. - Vol. 1. - N 11. - P. 845-867.

32. Ara, M.N. Identification and expression of troponin T, a new marker on the surface of cultured tumor endothelial cells by aptamer ligand / M.N.Ara, M. Hyodo, N. Ohga, K. Akiyama, K. Hida, Y. Hida, N. Shinohara, H. Harashima // Cancer Medecine. - 2014. - Vol. 3. - N 4. - P. 825-834.

33. Arya, S.K. Lung Cancer and Its Early Detection Using Biomarker-Based Biosensors / S.K. Arya, S. Bhansali // Chemical Reviews. - 2011. - N 111. - P. 67836809

34.Bairoch, A. The SWISS-PROT protein sequence database and its supplement TrEMBL in 2000/ A. Bairoch, R. Apweiler // Nucleic Acids Research. - 2000. - Vol. 28. - N 1. - P. 45-48.

35. Bairoch, A. The Universal Protein Resource (UniProt) / A. Bairoch, R. Apweiler // Nucleic Acids Research. - 2005. - Vol. 33. - Suppl. 1. - P. D154-D159.

36.Banerjee, S. Electrospray Ionization Mass Spectrometry: A Technique to Access the Information beyond the Molecular Weight of the Analyte / S. Banerjee, S. Mazumdar // International Journal of Analytical Chemistry. - 2012. - (8):282574.

37.Bantscheff, M. Quantitative mass spectrometry in proteomics: a critical review // M. Bantscheff, M. Schirle, G. Sweetman, J. Rick, B. Kuster // Analytical and bioanalytical chemistry. - 2007. - Vol. 389. - N 4. - P. 1017-1031.

38. Beck, M. The quantitative proteome of a human cell line // M. Beck, A. Schmidt, J. Malmstroem, M. Claassen, A. Ori, A. Szymborska, F. Herzog, O. Rinner, J. Ellenberg, R. Aebersold // Molecular systems biology [electronic resource]. - 2011 -7:549.

39.Berezovski, M.V. Aptamer-facilitated biomarker discovery (AptaBID) / M.V. Berezovski, V. Lechmann, M.U. Musheev. T.W. Mak, S. N. Krylov // Journal of American chemical society. - 2008 - № 130. - P. 9137-9143.

40. Bharti, A. Haptoglobin a-subunit and hepatocyte growth factor can potentially serve as serum tumor biomarkers in small cell lung cancer / A.Bharti, P.C.Ma, G.Mauliketal // Anticancer Research. -2004. -V.24. - N2C. -P.1031-1038.

41.Binet, J.L. A new prognostic classifi cation of chronic lymphocytic leukemia derived from a multivariate survival analysis / J.L.Binet, A.Auquier, G.Dighiero, C.Chastang, H.Piguet, J.Goasguen, G.Vaugier, G.Potron, P.Colona, F.Oberling, M.Thomas, G.Tchernia, C.Jacquillat, P.Boivin, C.Lesty, M.T.Duault, M.Monconduit, S.Belabbes, F.Gremy // Cancer. - 1981. - Vol. 48. - N 1. - P. 198-206.

42.Bogdanov, B. Proteomics by FTICR mass spectrometry: top down and bottom up / B. Bogdanov, R.D. Smith // Mass spectrometry reviews. - 2005. - Vol. 24. - N 2. - P. 168-200.

43.Bories, D. Down-regulation of a serine protease, myeloblastin, causes growth arrest and differentiation of promyelocytic leukemia cells / D. Bories, M. Raynal, D.H. Solomon, Z. Darzynkiewicz, Y.E. Cayre // Cell. - 1989. - Vol. 59. - N 6. - P. 959-968.

44.Briknarova, K. Anastellin, an FN3 fragment with fibronectin polymerization activity, resembles amyloid fibril precursors / K. Briknarova, M.E. Akerman, D.W. Hoyt, E. Ruoslahti, K.R. Ely // Journal of Molecular Biology. - 2003. - Vol. 332. - N 1. - P. 205-215.

45.Brugat, T. Telomere dysfunction-induced foci arise with the onset of telomeric deletions and complex chromosomal aberrations in resistant chronic lymphocytic

114

leukemia cells / T. Brugat, F. Nguyen-Khac, A. Grelier, H. Merle-Beral, J. Delic // Blood. - 2010. - Vol. 116. - N 2. - P. 239-249.

46. Catherman, A.D. Top Down proteomics: facts and perspectives / A.D. Catherman, O.S. Skinner, N.L. Kelleher // Biochemical and biophysical research communications. - 2014. - Vol. 445. - N 4. - P. 683-93.

47. Chan, H.P. Exhaled breath analysis: novel approach for early detection of lung cancer / H.P. Chan, C. Lewis, P.S. Thomas // Lung Cancer. -2009. - Vol. 63 -N 2. -P.164-168.

48. Chang, C.C. Relative importance of CD38 expression over myeloid-associated markers expression in predicting the clinical course of B-CLL patients / C.C.Chang,

C.Z.Liu, R.P. Cleveland // Leuk. Lymphoma. - 2003. - Vol. 44. - N 6. - P. 977-982.

49. Chen, H. W. Molecular Recognition of Small-Cell Lung Cancer Cells Using Aptamers / H. W. Chen, C. D. Medley, K. Sefah, D. Shangguan, Z. Tang, L. Meng, J. E. Smith, W. Tan. ChemMedChem. - 2008. - N 3. - P. 991-1001.

50. Cheng, Z. Mitochondria and Metabolic Homeostasis / Z. Cheng, M. Ristow // Antioxidants & Redox Signaling. - 2013. - Vol. 19. - N 3. - P. 240-242.

51. Cho, L.C. Prophylactic cranial irradiation with combined modality therapy for patients with locally advanced non-samll cell lung cancer / L.C.Cho, J.E.Dowell,

D.Garwood, A.Spangler, H.Choy // Semin. Oncol. - 2005. - V.32. - P.293-298.

52. Chung, I.H. Overexpression of lipocalin 2 in human cervical cancer enhances tumor invasion / I.H. Chung, T.I. Wu, C.J. Liao, J.Y. Hu, Y.H. Lin, P.J. Tai, C.H. Lai, K.H. Lin // Oncotarget. - 2016. - Vol. 7. - N 10. - P. 11113-11126.

53. Cochran, D.A. Proteomic analysis of chronic lymphocytic leukemia subtypes with mutated or unmutated Ig V(H) genes / D.A. Cochran, C.A. Evans, D. Blinco, J. Burthem, F.K. Stevenson, S.J. Gaskell, A.D. Whetton // Molecular and cellular proteomics. - 2003. - Vol. 2. - N 12. - P. 1331-1341.

54. Cox, J. MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized ppb-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification / J. Cox, M. Mann // Nature biotechnology. - 2008. - V. 26. - P. 1367-1372

55. Cox, J. A practical guide to the MaxQuant computational platform for SILAC-based quantitative proteomics / J. Cox, I. Matic, M. Hilger, N. Nagaraj, M. Selbach, J.V. Olsen, M. Mann // Nature protocols. - 2009. - Vol. 4. - N 5. - P. 698-705.

56.Dai, M.S. Ribosomal Protein L23 Activates p53 by Inhibiting MDM2 Function in Response to Ribosomal Perturbation but Not to Translation Inhibition / M.S. Dai, S.X. Zeng, Y. Jin, X.-X. Sun, L. David, H. Lu // Molecular and Cellular Biology. - 2004. -Vol. 24. - N 17. - P. 7654-7668.

57. Dai, S. Discovery and identification of Serum Amyloid A protein elevated in lung cancer serum / S. Dai, X. Wang, L. Liu // Science in China, Series C. -2007. -Vol. 50. -N 3. - P. 305-311.

58.Diamandis, E.P. Mass spectrometry as a diagnostic and a cancer biomarker discovery tool: opportunities and potential limitations / E.P. Diamandis // Molecular and cellular proteomics. - 2004. - Vol. 3. - N 4. - P. 367-378.

59. Ding, G. Over-expression of lipocalin 2 promotes cell migration and invasion through activating ERK signaling to increase SLUG expression in prostate cancer / G. Ding, J. Fang, S. Tong, L. Qu, H. Jiang, Q. Ding, J. Liu // Prostate. - 2015. - Vol. 75. -N 9. - P. 957-968.

60.Droin, N. Human defensins as cancer biomarkers and antitumour molecules / N. Droin, J.B. Hendra, P. Ducoroy, E. Solary // Journal of proteomics. - 2009. - Vol. 72. -N 6. - P. 918-927.

61. Dunn, T.A. A Novel Role of Myosin VI in Human Prostate Cancer / T.A. Dunn, S. Chen, D.A. Faith, J.L. Hicks, E.A. Platz, Y. Chen, C.M. Ewing, J. Sauvageot, W.B. Isaacs, A.M. Marzo, J. LuoAm // The Journal of Pathology. - 2006. - Vol. 5. - P. 18431854.

62.Durig, J. CD38 expression is an important prognostic marker in chronic lymphocytic leukaemia / J.Durig, M.Naschar, U.Schmucker, K.Renzing-Kohler, T.Holter, A.Huttmann, U.Duhrsen // Leukemia. - 2002. - Vol. 16. - N 1. - P. 30-35.

63.Elias, J.E. Target-Decoy Search Strategy for Mass Spectrometry-Based Proteomics / J.E. Elias, S.P. Gygi // Methods in molecular biology. - 2010. - Vol. 604. - P. 55-71.

64.Ellington, A.D. In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands / A.D. Ellington, J.W. Szostak // Nature. - 1990 - № 346 - P. 818-822.

65. Eng, J.K. An approach to correlate tandem mass spectral data of peptides with amino acid sequences in a protein database / J.K. Eng, A.L. McCormack, J.R. Yates // Journal of the American Society for Mass Spectrometry. - 1994. - Vol. 5. - N 11. - P. 976-989.

66.Ericksen, B. Antibacterial activity and specificity of the six human {alpha}-defensins / B. Ericksen, Z. Wu, W. Lu, R.I. Lehrer // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2005. - Vol. 49. - N 1. - P. 269-75.

67.Falini, B. Cytoplasmic nucleophosmin in acute myelogenous leukemia with a normal karyotype / B. Falini, C. Mecucci, E. Tiacci, M. Alcalay, R. Rosati, L. Pasqualucci, R. La Starza, D. Diverio, E. Colombo, A. Santucci, B. Bigerna, R. Pacini, A. Pucciarini, A. Liso, M. Vignetti, P. Fazi, N. Meani, V. Pettirossi, G. Saglio, F. Mandelli, F. Lo-Coco, P.G Pelicci., M.F. Martelli // The New England journal of medicine. - 2005. - Vol. 352. - N 3. - P. 254-266.

68.Falini, B. Translocations and mutations involving the nucleophosmin (NPM1) gene in lymphomas and leukemias / B. Falini, I. Nicoletti, N. Bolli, M.P. Martelli, A. Liso, P. Gorello, F. Mandelli, C. Mecucci, M.F. Martelli // Haematologica. - 2007. -Vol. 92. - N 4. - P. 519-532.

69.Fan, W. Cloning, sequencing, gene organization, and localization of the human ribosomal protein RPL23A gene / W. Fan, M. Christensen, E. Eichler, X. Zhang, G. Lennon // Genomics. - 1997. - Vol. 46. - P. 234-239.

70.Farina A.R. Gelatinase B/MMP-9 in Tumour Pathogenesis and Progression / A.R. Farina, A.R. Mackay // Cancers (Basel). - 2014. - Vol. 6. - N 1. - P. 240-296.

71.Fateh-Moghadam, A. Sensible use of tumour markers / A. Fateh-Moghadam, P. Stieber // 2nd ed. - Marloffstein-Rathsberg: Hartmann Verlag. - 1993. - P. 11-31.

72.Fekete, S. Current and future trends in UHPLC / S. Fekete, J. Schappler, J.L. Veuthey, D. Guillarme // TrAC Trends in Analytical Chemistry. - 2014. - Vol. 63. - P. 2-13.

73.Fenn, J.B. Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules / J.B. Fenn, M. Mann, C.K. Meng, S.F. Wong, C.M. Whitehouse // Science. - 1989. - V. 246. - P. 64-71.

74. Geisbrecht, E.R. Myosin VI is required for E-cadherin-mediated border cell migration / E.R. Geisbrecht, D.J. Montell // Nature Cell Biology. 2002. - Vol. 4. - P. 616-620.

75. Gerke, V. Annexins: from structure to function / V. Gerke, S.E. Moss // Physiological Reviews. - 2002. - Vol. 82. - P. 331-371.

76. Ginsberg, M.S. Lung cancer / M.S.Ginsberg, R.K.Grewal, R.T. Heelan // Radiol. Clin. North. Am. -2007. -V.45. -P.21-43.

77. Gregory-Bass, R.C. Prohibitin silencing reverses stabilization of mitochondrial integrity and chemoresistance in ovarian cancer cells by increasing their sensitivity to apoptosis / R.C. Gregory-Bass, M. Olatinwo, W. Xu, R. Matthews, J.K. Stiles, K. Thomas, D. Liu, B. Tsang, W.E. Thompson // International Journal of Cancer. - 2008. -Vol. 122. - N 9. - P. 1923-1930.

78. Gundry, R.L. Preparation of Proteins and Peptides for Mass Spectrometry Analysis in a Bottom-Up Proteomics Workflow / R.L. Gundry, M.Y. White, C.I. Murray, L.A. Kane, Q. Fu, B.A. Stanley, J.E. Van Eyk // Current protocols in molecular biology. - 2009. - Unit 10.25.

79. Guo, Y. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (hnRNP K) is a tissue biomarker for detection of early hepatocellular carcinoma in patients with cirrhosis / Y. Guo, J. Zhao, J. Bi, Q. Wu, X. Wang, Q. Lai // Journal of Hematology & Oncology. -2012. - 5:37.

80. Gygi, S.P. Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags / S.P. Gygi, B. Rist, S.A. Gerber, F. Turecek, M.H. Gelb, R. Aebersold // Nature Biotechnology. - 1999. - Vol. 17. - N 10. - P. 994-999.

81.Hallek, M. Guidelines for the diagnosis and treatment of chronic lymphocytic

leukemia: a report from the International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia

updating the National Cancer Institute-Working Group 1996 guidelines / M.Hallek,

B.D.Cheson, D.Catovsky, F.Caligaris-Cappio, G.Dighiero, H.Döhner, P.Hillmen,

118

M.J.Keating, E.Montserrat, K.R.Rai, T.J. Kipps // Blood. - 2008. - Vol. 111. - N 12. -P. 5446-5456.

82. Harper, J.W. Proteome complexity and the forces that drive proteome imbalance / J.W. Harper, E.J. Bennett // Nature. - 2016. - Vol. 537. - P. 328-338.

83.Hasson, T. Myosin VI: Two distinct roles in endocytosis. / T. Hasson // Journal of Cell Science. - 2003. - Vol. 116. - P. 3453-3461.

84.Herold, T. High expression of MZB1 predicts adverse prognosis in chronic lymphocytic leukemia, follicular lymphoma and diffuse large B-cell lymphoma and is associated with a unique gene expression signature / T. Herold, M.A. Mulaw, V. Jurinovic, T. Seiler, K.H. Metzeler, A. Dufour, S. Schneider, P.M. Kakadia, K. Spiekermann, U. Mansmann, W. Hiddemann, C. Buske, M. Dreyling, S.K. Bohlander // Leukemia and lymphoma. - 2013. - Vol. 54. - N 8. - P. 1652-1657.

85. Holm, L. Removing near-neighbour redundancy from large protein sequence collections / L. Holm, C. Sander // Bioinformatics. - 1998. - Vol. 14. - N 5. - P. 423429.

86.Hou, J. Gene expression-based classification of non-small cell lung arcinomas and survival prediction / J.Hou, J.Aerts, B.den Hamer // PLoS One. -2010. -V.5. -e10312.

87. Howard, B.A. Identification and validation of a potential lung cancer serum biomarker detected by matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight spectra analysis / B.A.Howard, M.Z.Wang, M.J.Campa, C.Corro, M.C.Fitzgerald, E.F. Patz // Proteomics. -2003. -V.3. - N9. -P.1720-1724.

88.Hu, Q. The Orbitrap: a new mass spectrometer / Q. Hu, R.J. Noll, H. Li, A. Makarov, M. Hardman, R. Graham Cooks // Journal of mass spectrometry. - 2005. -Vol. 40. - N 4. - P. 430-443.

89.Indovina, P. Lung Cancer Proteomics: Recent Advances in Biomarker Discovery / P.Indovina, C.Marcelli, P.Maranta, G.Tarro // Hindawi Publishing Corporation. International Journal of Proteomics. -2011. Article ID 726869, 7 pages. doi: 10.1155/2011/726869

90. Jazii, F.R. Identification of squamous cell carcinoma associated proteins by proteomics and loss of beta tropomyosin expression in esophageal cancer / F.R. Jazii, Z. Najafi, R. Malekzadeh, T.P. Conrads, A.A. Ziaee, C. Abnet, M. Yazdznbod, A.A. Karkhane, G.H. Salekdeh // World Journal of Gastroenterology. - 2006. - Vol. 12. - N 44. - P. 7104-7112.

91. Jemal, A. Cancer Statistics / A. Jemal, R. Siegel, E. Ward, Y. Hao, J. Xu, T. Murray, M.J. Thun // CA: A Cancer Journal for Clinicians -2008. -V.58. - P.71-96.

92. Jiang., X. Optimization of filtering criterion for SEQUEST database searching to improve proteome coverage in shotgun proteomics / X. Jiang, X. Jiang, G. Han, M. Ye, H. Zou // BMC Bioinformatics. - 2007. - 8: 323.

93. Jimenez, C.R. Mass spectrometry-based proteomics: from cancer biology to protein biomarkers, drug targets, and clinical applications / C.R. Jimenez, H.M. Verheul // American Society of Clinical Oncology educational book / ASCO. - 2014. - P. 504510.

94. Jin, W. Polypyrimidine Tract-Binding Protein Down-Regulates Fibroblast Growth Factor Receptor 1a-Exon Inclusion / W. Jin, I.G. Bruno, T. Xie, L.J. Sanger, G.J. Cote // Cancer Research. - 2003. - Vol. 63, - P. 6154-6157.

95.Kalli, A. Evaluation and Optimization of Mass Spectrometric Settings during Data-dependent Acquisition Mode: Focus on LTQ-Orbitrap Mass Analyzers / A. Kalli, G. T. Smith, M. J. Sweredoski, S. Hess // Journal of Proteome Research. - 2013. - Vol. 12. - N 7. - P. 3071-3086.

96. Kang, M. The Haptoglobin ß chain as a supportive biomarker for human lung cancers / Kang M., Sung H.-J., Ahn J.-M. // Molecular BioSystems. -2011. - V.7. - N4. -P.1167-1175.

97.Kendrick-Jones, J. Loss of myosin VI reduces secretion and the size of the Golgi in fibroblasts from Snell's waltzer mice / J. Kendrick-Jones, F. Buss // The EMBO Journal. - 2003. - Vol. 22. - P. 569-579.

98.Keshishian, H. Multiplexed, Quantitative Workflow for Sensitive Biomarker

Discovery in Plasma Yields Novel Candidates for Early Myocardial Injury / H.

Keshishian, M.W. Burgess, M.A. Gillette, P. Mertins, K.R. Clauser, D.R. Mani, E.W.

120

Kuhn, L.A. Farrell, R.E. Gerszten, S.A. Carr // Molecular and cellular proteomics. -2015. - Vol. 14. - N 9. - P. 2375-2393.

99.Kikuchi, T. Carbone In-depth Proteomic Analysis of Nonsmall Cell Lung Cancer to Discover Molecular Targets and Candidate Biomarkers / T. Kikuchi, M. Hassanein, J.M. Amann, Q.Liu, R.J.C. Slebos, J.S.M. Rahman, J.M.Kaufman, X. Zhang, M.D. Hoeksema, B.K. Harris, M. Li, Y. Shyr, A.L. Gonzalez, L.J. Zimmerman, D.C. Liebler, P.P. Massion, D.P. // Molecular and cellular proteomics. - 2012. - Vol. 11. - N 10. -P. 916-932.

100. Koga, M. Analysis of cellular localization of SART3 tumor antigen by a newly established monoclonal antibody: heterotopic expression of SART3 on the surface of B-lineage leukemic cells / M. Koga, N. Komatsu, N. Kawamoto, S. Shichijo, K. Itoh, A. Yamada // Oncology reports. - 2004. - Vol. 11. - N 4. - P. 785-789.

101. Krendel, M. Myosins: tails (and heads) of functional diversity / M. Krendel, M.S. Mooseker // Physiology. - 2005. - Vol. 20. - P. 239-251.

102. Kroemer, G. Mitochondria in cancer / G. Kroemer// Oncogene. - 2006. -Vol. 25. - P. 4630-4632.

103. Landi, M.T. MicroRNA expression differentiates histology and predicts survival of lung cancer / M.T.Landi, Y.Zhao, M. Rotunno // Clin. Cancer. Res. -2010. -V.16. -P.430-441

104. de Las Heras-Rubio, A. Ribosomal proteins as novel players in tumorigenesis / A. de Las Heras-Rubio, L. Perucho, R. Paciucci, J. Vilardell, M. E. LLeonart // Cancer Metastasis Review. - 2014. - Vol. 33. - N 1. - P. 115-141.

105. Lecona, E. Upregulation of Annexin A1 Expression by Butyrate in Human Colon Adenocarcinoma Cells: Role of p53, NF-Y, and p38 Mitogen-Activated Protein Kinase / E. Lecona, J.I. Barrasa, N. Olmo, B. Llorente, J. Turnay, M.A. Lizarbe // Molecular and Cellular Biology. - 2008. - Vol. 8. - N 15. - P. 4665-4674.

106. Leung, R. Filamin A regulates monocyte migration through Rho small GTPases during osteoclastogenesis / R. Leung, Y. Wang, K. Cuddy, C. Sun, J. Magalhaes, M. Grynpas, M. Glogauer // Journal of Bone and Mineral Research. - 2010. - Vol. 25. - N 5. - P. 1077-1091.

107. Li, S. Aptamer BC15 Against Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein A1 Has Potential Value in Diagnosis and Therapy of Hepatocarcinoma / S. Li, W. Wang, H. Ding, H. Xu, Q. Zhao, J. Li, H. Li, W. Xia, X. Su, Y. Chen, T. Fang, N. Shao, H. Zhang // Nucleic Acid Therapeutics. - 2012. - Vol. 22. - N 6. - P. 391-398.

108. Li, X.-J. Blood-Based Proteomic Classifier for the Molecular Characterization of Pulmonary Nodules / X.-J.Li, C.Hayward, P.-Y.Fong, M.Dominguez, S.W.Hunsucker, L.W.Lee, M.McLean, S.Law, H.Butler, M.Schirm, O.Gingras et al. // Sci. Transl Med. -2013. -V.5. - N 207. -P.142.

109. Lin, J.C. RBM4 down-regulates PTB and antagonizes its activity in muscle cell-specific alternative splicing / J.C. Lin, W.Y. Tarn // The Journal of Cell Biology. -2011. - Vol. 193. - N 3. - P. 509-520.

110. Listgarten, J. Statistical and computational methods for comparative proteomic profiling using liquid chromatography-tandem mass spectrometry / J. Listgarten, A. Emili // Molecular and cellular proteomics. - 2005. - Vol. 4. - N 4. - P. 419-434.

111. Liu, L. Reduced transthyretin expression in sera of lung cancer / L.Liu, J.Liu, S. Dai // Cancer Science. -2007. -V.98. - N1. -P.1617-1624.

112. Liu, L. A combined biomarker pattern improves the discrimination of lung cancer / L.Liu, J.Liu, Y.Wang // Biomarkers. -2011. -V.16. -N1. -P.20-30.

113. Liu, Y. Upregulated expression of CAP1 is associated with tumor migration and metastasis in hepatocellular carcinoma / Y. Liu, X. Cui, B. Hu, C. Lu, X. Huang, J. Cai, S. He, L. Lv, X. Cong, G. Liu, Y. Zhang, R. Ni // Pathology, research and practice. - 2014. - Vol. 210. - N 3. - P. 169-175.

114. Lu, Z. Identification of ATP synthase beta subunit (ATPB) on the cell surface as a non-small cell lung cancer (NSCLC) associated antigen / Z.J. Lu, Q.F. Song, S.S. Jiang, Q. Song, W. Wang, G.H. Zhang, B. Kan, L.J. Chen, J.L. Yang, F. Luo, Z.Y. Qian, Y.Q. Wei, L.T. Gou. // BMC Cancer. - 2009. - 9:16.

115. Ma, Y.L. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 is identified as a

potential biomarker for colorectal cancer based on differential proteomics technology /

Y.L. Ma, J.Y. Peng, P. Zhang, L. Huang, W.J. Liu, T.Y. Shen, H.Q. Chen, Y.K. Zhou,

122

M. Zhang, Z.X. Chu, H.L. Qin // The Journal of Proteome Research. - 2009. - Vol. 8. -N 10. - P. 4525-35.

116. Maciel, C.M. Differential proteomic serum pattern of low molecular weight proteins expressed by adenocarcinoma lung cancer patients / C.M.Maciel, M.Junqueira, M.E.M. Paschoal // Journal of Experimental Therapeutics and Oncology. -2005. -V.5. - 1. -P.31-38.

117. Makarov, A. 2000. Electrostatic axially harmonic orbital trapping: A high performance technique of mass analysis / A.Makarov // Analytical Chemistry. - 2000. -Vol. 72. - N 6. - P. 1156-1162.

118. Makarov, A. Dynamic range of mass accuracy in LTQ Orbitrap hybrid mass spectrometer / A. Makarov, E. Denisov, O. Lange, S. Horning // Journal of the American Society for Mass Spectrometry. - 2006. - Vol. 17. - N 7. - P. 977-982.

119. Makarov, A. Evolution of Orbitrap Mass Spectrometry Instrumentation / S. Eliuk, A. Makarov // Annual Review of Analytical Chemistry. - 2015. - Vol. 8. - P. 61-80.

120. Mann, M. Analysis of proteins and proteomes by mass spectrometry / M. Mann, R.C. Hendrickson, A. Pandey // Annual review of biochemistry. - 2001. - Vol. 70. - P. 437-473.

121. Mann, M. Proteomic analysis of posttranslational modifications / M. Mann, O.N. Jensen // Nature Biotechnology. - 2003. - Vol. 21. - N 3. - P. 255-261.

122. Mann, M. Precision proteomics: The case for high resolution and high mass accuracy / M. Mann, N.L. Kelleher // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2008. - Vol. 105. - N. 47. - P. 18132-18138.

123. Martin, K.J. A need for basic research on fluid-based early detection biomarkers / K.J. Martin, M.V. Fournier, G.P. Reddy, A.B. Pardee // Cancer Research. -2010. -V.70. - N 13. - P.5203-5206.

124. Menetrey, J. The structure of the myosin VI motor reveals the mechanism of directionality reversal / J. Menetrey, A. Bahloul, A. L. Wells, C. M. Yengo, C.A. Morris, H.L. Sweeney, A. Houdusse // Nature. - 2005. - Vol. 435. - P. 779-785.

125. Mishra A. Cancer Biomarkers: Are We Ready for the Prime Time? / A. Mishra, M. Verma // Cancers. - 2010. - Vol. 2. - P. 190-208.

126. Molica, S. Intercellular adhesion molecules (ICAMs) 2 and 3 are frequently expressed in B cell chronic lymphocytic leukemia / S.Molica, A. Dattilo, A. Mannella, D. Levato // Leukemia. - 1996. - Vol. 10. - N 5. - P. 907-908.

127. Morimoto-Kamata, R. Cathepsin G induces cell aggregation of human breast cancer MCF-7 cells via a 2-step mechanism: catalytic site-independent binding to the cell surface and enzymatic activity-dependent induction of the cell aggregation / R. Morimoto-Kamata, S. Mizoguchi, T. Ichisugi, S. Yui // Mediators of inflammation. -2012. - Vol. 2012. - Article ID 456462.

128. Mulshine, J. L. Clinical practice. Lung cancer screening / J. L. Mulshine, D. C. Sullivan // The New England journal of medicine. - 2005. - № 352. - P. 27142720.

129. Myrvang, H.K. Protein interactions between surface annexin A2 and S100A10 mediate adhesion of breast cancer cells to microvascular endothelial cells / H.K. Myrvang, X. Guo, C. Li, L.V. Dekker // FEBS letters. - 2013. - Vol. 587. - N 19. - P. 3210-3215.

130. Nallapalli, R.K. Targeting filamin A reduces K-RAS-induced lung adenocarcinomas and endothelial response to tumor growth in mice / R.K. Nallapalli, M.X. Ibrahim, A.X. Zhou, S. Bandaru, S. Naresh, B. Redfors, D. Pazooki, Y. Zhang, J. Boren, Y. Cao // Molecular Cancer. - 2012. - 2;11:50.

131. Nilsson, C.L. New separation tools for comprehensive studies of protein expression by mass spectrometry / C.L. Nilsson, P. Davidsson // Mass Spectrometry Revievs. - 2000. - V. 19. - N 6. - P. 390-397.

132. Nuell, M.J. Prohibitin, an evolutionarily conserved intracellular protein that blocks DNA synthesis in normal fibroblasts and HeLa cells / M.J. Nuell, D.A. Stewart, L. Walker, V. Friedman, C.M. Wood, G.A. Owens, J.R. Smith, E.L. Schneider, R. Dell'Orco, C.K. Lumpkin // Molecular and Cellular Biology. - 1991. - Vol. 11. - P. 1372-1381.

133. Ohta, Y. FilGAP, a Rho- and ROCK-regulated GAP for Rac binds filamin A to control actin remodelling / Y. Ohta, J.H. Hartwig, T.P. Stossel // Nature Cell Biology. - 2006. - Vol. 8 - N 8. - P. 803-814.

134. Olsen, J.V. dual pressure linear ion trap Orbitrap instrument with very high sequencing speed / J.V. Olsen, J.C. Schwartz, J. Griep-Raming, M.L. Nielsen, E. Damoc, E. Denisov, O. Lange, P. Remes, D. Taylor, M. Splendore, E.R. Wouters, M. Senko, A. Makarov, M. Mann, S. Horning // Molecular and cellular proteomics. - 2009.

- Vol. 8. - N 12. - P. 2759-2769.

135. Pei, J.S. Association of X-ray repair cross-complementing-6 genotypes with childhood leukemia / J.S. Pei, Y.M. Lee, H.H. Lo, Y.N. Hsu, S.S. Lin, D.T. Bau // Anticancer Research. - 2013. - Vol. 33. - N 12. - P. 5395-5399.

136. Perretti, M. Annexin 1: an endogenous anti-inflammatory protein / M. Perretti, F. N. Gavins // News in Physiological Sciences. - 2003. - Vol. 18. - P. 60-64.

137. Perry, R.H. Orbitrap mass spectrometry: instrumentation, ion motion and applications / R.H. Perry, R.G. Cooks, R.J. Noll // Mass spectrometry reviews. - 2008.

- Vol. 27. - N 6. - P. 661-699.

138. Petrella, A. Annexin-1 downregulation in thyroid cancer correlates to the degree of tumor differentiation / A. Petrella, M. Festa, S.F. Ercolino, M. Zerilli, G. Stassi, E. Solito, L. Parente // Cancer Biology. - 2006. - Vol. 5. - P. 643-647.

139. Preedy, V.R. Biomarkers in Cancer / V.R. Preedy, V.B. Patel. Springer Netherlands, 2015. - 992 P.

140. Puri, C. Overexpression of myosin VI in prostate cancer cells enhances PSA and VEGF secretion, but has no effect on endocytosis MyoVI in secretion in LNCaP cells / C. Puri, M.V. Chibalina, S.D. Arden, A.J. Kruppa, J. Kendrick-Jones, F. Buss // Oncogene. - 2010. - Vol. 29. - N 2. - P. 188-200.

141. Rai, K.R. Clinical staging of chronic lymphocytic leukemia / K.R. Rai, A.Sawitsky, E.P.Cronkite, A.D.Chanana, R.N.Levy, B.S. Pasternack // Blood. -1975. -Vol. 46. - N 2. - P. 219-234.

142. Rappsilber, J. Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using StageTips / J. Rappsilber, M. Mann, Y. Ishihama // Nature Protocols. - 2007. - Vol. 2. - N 8. - P. 1896-1906.

143. Rassenti, L.Z. ZAP-70 compared with immunoglobulin heavy-chain gene mutation status as a predictor of disease progression in chronic lymphocytic leukemia / L.Z.Rassenti, L.Huynh, T.L.Toy, L.Chen, M.J.Keating, J.G.Gribben, D.S.Neuberg, I.W.Flinn, K.R.Rai, J.C.Byrd, N.E.Kay, A.Greaves, A.Weiss, T.J. Kipps // N. Engl. J. Med. - 2004. - Vol. 351. - N 9. - P. 893-901.

144. Relle, M. Proteinase 3/myeloblastin as a growth factor in human kidney cells / M. Relle, W.J. Mayet, D. Strand, W. Brenner, P.R. Galle, A.J. Schwarting // Nephrology. - 2003. - Vol. 16. - N 6. P 831-840.

145. Renoult, C. Binding of gelsolin domain 2 to actin. An actin interface distinct from that of gelsolin domain 1 and from ADF/cofilin / C. Renoult, L. Blondin, A. Fattoum, D. Ternent, S.K. Maciver // European journal of biochemistry. - 2001. -Vol. 268. - N 23. - P. 6165-6175.

146. Resing, K.A. Proteomics strategies for protein identification / K.A. Resing, N.G. Ahn // FEBS letters. - 2005. - Vol. 579. - N 4. - P.885-889.

147. Sadygov, R.G. Large-scale database searching using tandem mass spectra: looking up the answer in the back of the book / R.G. Sadygov, D. Cociorva, J.R. Yates 3rd // Nature Methods. - 2004. - Vol. 1. - N 3. - P. 195-202.

148. Saini, V. Identification of CBX3 and ABCA5 as putative biomarkers for tumor stem cells in osteosarcoma / V. Saini, C.D. Hose, A. Monks, K. Nagashima, B. Han, D.L. Newton, A. Millione, J. Shah, M.G. Hollingshead, K.M. Hite, M.W. Burkett, R.M. Delosh, T.E. Silvers, D.A. Scudiero, R.H. Shoemaker // PLoS One. - 2012. - Vol. 7. - N 8. - e41401.

149. Sakurai, T. Cold-inducible RNA-binding protein promotes the development of liver cancer / T. Sakurai, N. Yada, T. Watanabe, T. Arizumi, S. Hagiwara, K. Ueshima, N. Nishida, J. Fujita, M. Kudo // Cancer science. - 2015. - Vol. 106. - N 4. -P. 352-358.

150. Sanchez-Arago, M. Mitochondria-mediated energy adaption in cancer: the H(+)-ATP synthase-geared switch of metabolism in human tumors / M. Sanchez-Arago, L. Formentini, J.M. Cuezva // Antioxidants & Redox Signaling. - 2013. - Vol. 19. - N 3. - P. 285-298.

151. Schmidt, A. Bioinformatic analysis of proteomics data / A. Schmidt, I. Forne, A. Imhof // BMC Systems Biology. - 2014. - 8(Suppl 2):S3.

152. Senko, M.W. Novel parallelized quadrupole/linear ion trap/Orbitrap tribrid mass spectrometer improving proteome coverage and peptide identification rates / M.W. Senko, P.M. Remes, J.D. Canterbury, R. Mathur, Q. Song, S.M. Eliuk, C. Mullen, L. Earley, M. Hardman, J.D. Blethrow, H. Bui, A. Specht, O. Lange, E. Denisov, A. Makarov, S. Horning, V. Zabrouskov // Analytical Chemistry. - 2013. - Vol. 85. - N 24. - P. 11710-11714.

153. Shen, D. Decreased expression of annexin A1 is correlated with breast cancer development and progression as determined by a tissue microarray analysis / D. Shen, F. Nooraie, Y. Elshimali, V. Lonsberry, J. He, S. Bose, D. Chia, D. Seligson, H. R. Chang, L. Goodglick // Human Pathology. - 2006. - Vol. 37. - P. 1583-1591.

154. Shevchenko, A. Deciphering protein complexes and protein interaction networks by tandem affinity purification and mass spectrometry: analytical perspective / A. Shevchenko, D. Schaft, A. Roguev, W.W. Pijnappel, A.F. Stewart, A. Shevchenko // Molecular and cellular proteomics. - 2002. - Vol. 1. - N 3. - P. 204-212.

155. Shevchenko, A. Mass spectrometric sequencing of proteins silver-stained polyacrylamide gels / A. Shevchenko, M. Wilm, O. Vorm, M. Mann // Analytical Chemistry. - 1996. - V. 68. - N 5. - P. 850-858.

156. Siegel, R. Cancer statistics / R. Siegel, D. Naishadham, A. Jemal // CA: A Cancer Journal for Clinicians -2012. - V. 62(1). - P.10-29.

157. Simaeys, D.V. Identification of cell membrane protein stress-induced phosphoprotein 1 as a potential ovarian cancer biomarker using aptamers selected by cell systematic evolution of ligands by exponential enrichment / D. Van Simaeys, D. Turek, C. Champanhac, J. Vaizer, K. Sefah, J. Zhen, R. Sutphen, W. Tan // Analytical Chemistry. - 2014. - Vol. 86. - N 9. - P. 4521-4527.

127

158. Stuart, R.K. Randomized phase II trial of the nucleolin targeting aptamer AS1411 combined with high-dose cytarabine in relapsed/refractory acute myeloid leukemia (AML) / R.K. Stuart, K. Stockerl-Goldstein, M. Cooper, M Devetten., R. Herzig, B. Medeiros, G. Schiller, A. Wei, G. Acton, D. Rizzieri // Journal of Clinical Oncology. - 2009. - Vol. 27 - N 15S. - P. 7019.

159. Sung, H. J. Biomarkers for the lung cancer diagnosis and their advances in proteomics / H. J. Sung, J. Y. Cho // BMB reports. - 2008. - N 41. - P.615-625.

160. Sung, H.-J. Identification and validation of SAA as a potential lung cancer biomarker and its involvement in metastatic pathogenesis of lung cancer / H.-J. Sung, J.-M. Ahn, Y.-H. Yoon // Journal of Proteome Research. -2011. -V.10 (3). -P.1383-1395

161. Tabb, D.L. Repeatability and Reproducibility in Proteomic Identifications by Liquid Chromatography—Tandem Mass Spectrometry / D.L. Tabb, L. Vega-Montoto, P.A. Rudnick, A.M. Variyath, A.J.L. Ham, D.M. Bunk, L.E. Kilpatrick, D.D. Billheimer, R.K. Blackman, H.L. Cardasis, S.A. Carr, K.R. Clauser, J.D. Jaffe, K.A. Kowalski, T.A. Neubert, F.E. Regnier, B. Schilling, T.J. Tegeler, M. Wang, P. Wang, J.R. Whiteaker, L.J. Zimmerman, S.J. Fisher, B.W. Gibson, C.R. Kinsinger, M. Mesri, H. Rodriguez, S.E. Stein, P. Tempst, A.G. Paulovich, D.C. Liebler, C. Spiegelman // Journal of proteome research. 2010. Vol. 9. N 2. P. 761.

162. Tan, G.J. Cathepsins mediate tumor metastasis / G.J. Tan, Z.K. Peng, J.P. Lu, F.Q. Tang // World journal of biological chemistry [electronic resource]. - 2013. -Vol. 4. - N 4. - P 91 -101.

163. Tan, M. Overexpression of adenylate cyclase-associated protein 1 is associated with metastasis of lung cancer / M. Tan, X. Song, G. Zhang, A. Peng, X. Li, M. Li, Y. Liu, C. Wang // Oncology reports. - 2013. - Vol. 30. - N 4. - P. 1639-1644.

164. Taylor, J.A. Implementation and uses of automated de novo peptide sequencing by tandem mass spectrometry / J.A. Taylor, R.S. Johnson // Analytical Chemistry. - 2001. - V. 73. - N 11. - P. 2594-2604.

165. Tessitore A. Serum Biomarkers Identication Mass Spectrometry in High-

Mortality Tumors / A.Tessitore, A.Gaggiano, G.Cicciarelli, D.Verzella, D.Capece,

128

M.Fischietti, F. Z azzeroni, E.Alesse // International Journal of Proteomics. -2013. -ID 125858. 15 pages.

166. Tran, B.Q. Addressing trypsin bias in large scale (phospho)proteome analysis by size exclusion chromatography and secondary digestion of large post-trypsin peptides / B.Q. Tran, C. Hernandez, P. Waridel, A. Potts, J. Barblan, F. Lisacek, M. Quadroni // Journal of proteome research. - 2011. - Vol. 10. - N 2. - P. 800-811.

167. Ueda, K. A comprehensive peptidome profiling technology for the identification of early detection biomarkers for lung adenocarcinoma / K.Ueda, N.Saichi, S. Takami // PLoSOne. -2011. -V.6. - N4. - e18567.

168. Unnithan, A.G. MS/MS of protonated polyproline peptides: the influence of N-terminal protonation on dissociation / A.G. Unnithan, M.J. Myer, C.J. Veale, A.S. Danell // Journal of the American Society for Mass Spectrometry. - 2007. - Vol. 18. -N 12. - P. 2198-2203.

169. Wallace, D.C. Mitochondria and cancer / D.C. Wallace // Nature Reviews Cancer. - 2012. - Vol. 12. - P. 685-698.

170. Wang, K.L. Expression of annexin A1 in esophageal and esophagogastric junction adenocarcinomas: association with poor outcome / K.L. Wang, T.T. Wu, E. Wang, A.M. Correa, W.L. Hofstetter, S.G. Swisher, J.A Ajani., A. Rashid, S.R. Hamilton, C.T. Albarracin // Clinical Cancer Research. - 2006. - Vol. 12. - P. 45984604.

171. Wang, W. Ribosomal proteins and human diseases: pathogenesis, molecular mechanisms, and therapeutic implications / W. Wang, S. Nag, X. Zhang, M.H. Wang, H. Wang, J. Zhou, R. Zhang // Medicinal research reviews. - 2015. - Vol. 35. - N 2. - P. 225-285.

172. Wang, S. Roles of Prohibitin in Growth Control and Tumor Suppression in Human Cancers / S. Wang, D.V. Faller // Translational Oncogenomics. - 2008. - Vol. 3. P. 23-37.

173. Winston, J.S. Downregulation of gelsolin correlates with the progression to breast carcinoma / J.S. Winston, H.L. Asch, P.J. Zhang, S.B. Edge, A. Hyland // Breast Cancer Research and Treatment. - 2001. - Vol. 65. - N 1. - P. 11-21.

129

174. Wysocki, V.H. Mobile and localized protons: a framework for understanding peptide dissociation / V.H. Wysocki, G. Tsaprailis, L.L. Smith, L.A.Breci // Journal of mass spectrometry : JMS. - 2000. - Vol. 35. - N 12. - P. 13991406.

175. Xi, J. Inhibition of Filamin-A Reduces Cancer Metastatic Potential / J. Xi, J. Yue, H. Lu, N. Campbell, Q. Yang, S. Lan, B.G. Haffty, C. Yuan, Z. Shen // International Journal of Biological Sciences. - 2013. - Vol. 9. - N 1. - P. 67-77.

176. Xian, F. High Resolution Mass Spectrometry / F. Xian, C.L. Hendrickson, A.G. Marshall // Analytical Chemistry. - 2012. - Vol. 84. - N 2. - P. 708-719.

177. Xie, Y. Altered miRNA expression in sputum for diagnosis of non-small cell lung cancer / Y. Xie, N.W. Todd, Z. Liu // Lung Cancer. - 2010. - V.67. - N 2. -P.170-176.

178. Xu, S. Protein disulfide isomerase: a promising target for cancer therapy / S. Xu, S. Sankar, N. Neamati // Drug Discovery Today. - 2014. - Vol. 19. - N 3. - P. 222-240.

179. Yamazaki, K. Adenylate cyclase-associated protein 1 overexpressed in pancreatic cancers is involved in cancer cell motility / K. Yamazaki, M. Takamura, Y. Masugi, T. Mori, W. Du, T. Hibi, N. Hiraoka, T. Ohta, M. Ohki, S. Hirohashi, M. Sakamoto // Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology. -2009. - Vol. 89 - N 4. - P. 425-432.

180. Yang, F. Protein Domain-Level Landscape of Cancer-Type-Specific Somatic Mutations / F. Yang, E. Petsalaki, T. Rolland, D.E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth // PLoS computational biology. - 2015. - Vol. 11. - N 3. - e1004147.

181. Yoshida, H. Lessons from border cell migration in the Drosophila ovary: a role for myosin VI in dissemination of human ovarian cancer / H. Yoshida, W. Cheng, J. Hung, D. Montell, E. Geisbrecht, D. Rosen, J. Liu, H. Naora // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2004. - Vol. 101. - P. 8144-8149.

182. Yu, L. Early detection of lung adenocarcinoma in sputum by a panel of microRNA markers / L. Yu, N.W. Todd, L. Xing // International Journal of Cancer. -2010. - V.127. N 12. - P.2870-2878.

183. Zeng, X. Lung cancer serum biomarker discovery using glycoprotein capture and liquid chromatography mass spectrometry / X.Zeng, B.L.Hood, M.Sun // Journal of Proteome Research. -2010. -V.9. -N12. -P.6440-6449.

184. Zeng, X. Lung Cancer Serum Biomarker Discovery Using Label Free LC-MS/MS / X. Zeng, B.L. Hood, T. Zhao, T.P. Conrads, M. Sun, V. Gopalakrishnan, H. Grover, R.S.J. Day, L.Weissfeld, D.O. Wilson, J.M. Siegfried, W.L. Bigbee // J. Thorac. Oncol. -2011. -Vol. 6. N 4. - P.725-734.

185. Zhang, B. Characterization of the Role of the Malate Dehydrogenases to Lung Tumor Cell Survival / B. Zhang, J. Tornmalm, J. Widengren, H. Vakifahmetoglu-Norberg, E. Norberg // Journal of Cancer. - 2017. - Vol. 8. - N 11. - P. 2088-2096.

186. Zhang, G. Protein Quantitation Using Mass Spectrometry / G. Zhang, B.M. Ueberheide, S. Waldemarson, S. Myung, K. Molloy, J. Eriksson, B.T. Chait, T.A. Neubert, D. Fenyo // Methods in molecular biology. - 2010. - Vol. 673. - P. 211-222.

187. Zhang, Y. Protein Analysis by Shotgun/Bottom-up Proteomics / Y. Zhang, B.R. Fonslow, B. Shan, M.C. Baek, J.R. Yates III // Chemical reviews. - 2013. - Vol. 113. - N 4. - P. 2343-2394.

188. Zhuo, J. Gelsolin Induces Colorectal Tumor Cell Invasion via Modulation of the Urokinase-Type Plasminogen Activator Cascade / J. Zhuo, E.H. Tan, B. Yan, L. Tochhawng, M. Jayapal // PloS one. - 2012. - Vol. 7. - N 8. - e43594.

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает искреннюю благодарность всему коллективу лаборатории биомолекулярных и медицинских технологий КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого и ее руководителю А.С. Кичкайло, а также ее сотрудникам О.С. Коловской, Г.С. Замай, Д.В. Вепринцеву за постоянную помощь и поддержку, оказанную во время выполнения работы. Автор выражает искреннюю благодарность коллективу лаборатории биомолекулярных взаимодействий Университета Оттавы и ее руководителю проф. В.М. Березовскому, а также ее сотруднику Г.Г. Миронову за помощь в проведении масс-спектрометрических экспериментов в Канаде. Автор выражает благодарность НИИ молекулярной медицины и патобиохимии КрасГМУ им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого за предоставление масс-спектрометрического оборудования. Автор также благодарит врачей Красноярского краевого клинического онкологического диспансера им. А.И. Крыжановского А.В. Крата и А.А. Модестова за помощь в предоставлении доступа к послеоперационному материалу.

Работа выполнена при финансовой поддержке Министерства образования и науки Российской Федерации в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014 - 2020 годы» (Соглашение №14.604.21.0105).