Новые подходы в криоконсервации бактериальных сообществ для создания криобанка микробиоты кишечника человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Заломова Любовь Вячеславовна

• Заломова Любовь Вячеславовна
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Заломова Любовь Вячеславовна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

1.1 Состав кишечной микробиоты

1.2 Основные цели криоконсервации микробиоты кишечника человека для практического применения

1.3 Способы длительного хранения микроорганизмов микробиоты кишечника человека

1.4 Новые подходы сохранения природных микробных сообществ кишечника

человека

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Объекты исследования

2.2 Реактивы и техническое оборудование

2.3 Выделение бактериальных клеток из фекальных образцов

2.4 Подготовка бактериальных клеток к криоконсервации

2.5 Криоконсервация бактериальных клеток

2.6 Оценка жизнеспособности бактерий после криоконсервации

2.6.1 Определение живых и мертвых бактерий флуоресцентным методом

2.6.2 Микробиологическое культивирование бактериальных клеток

2.6.3 Оценка роста бактериальных клеток методом фотометрии

2.6.4 Количественная ПЦР бактериальных клеток

2.7 Исследование жизнеспособности кишечной микробиоты при инкубации вместе с криопротекторами

2.8 Регистрация процессов кристаллизации воды и криозащитных растворов методом оптической микроскопии

2.9 Фотобиомодуляция бактериальных клеток

2.10 Статистическая обработка результатов

2.11 Разработка экспериментального подхода к низкотемпературному замораживанию микробиоты кишечника человека

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Исследование жизнеспособности микробиоты кишечника человека при инкубации в растворах ДМСО, глицерина, этиленгликоля, желатина, ПВП, ПВС, ПЭГ

3.2 Сравнительный анализ криозащитной эффективности ДМСО, глицерина, этиленгликоля, желатина, ПВП, ПВС, ПЭГ при низкотемпературной криоконсервации микробиоты

3.3 Анализ криозащитного потенциала комбинированных составов: глицерин-желатин и ДМСО-желатин при низкотемпературной криоконсервации микробиоты

3.4 Анализ криозащитного потенциала фетальной сыворотки коров (ФСК) и комбинированного состава ДМСО-ФСК при низкотемпературной криоконсервации микробиоты

3.5 Исследование оптимальных режимов криоконсервации для сохранения микробиоты кишечника человека

3.5.1 Сравнение быстрого и медленного температурных режимов замораживания при криоконсервации (-80°С, -196°С) микробиоты с использованием ДМСО, глицерина, этиленгликоля, желатина, ПВП, ПВС, ПЭГ

3.5.2 Сравнительный анализ открытых (гранулы) и закрытых (криопробирки, криосоломины) способов замораживания при низкотемпературной криоконсервации микробиоты с использованием ДМСО, глицерина и желатина

3.5.3 Влияние объема замораживаемого образца на выживаемость микробиоты при низкотемпературной криоконсервации с использованием ДМСО, глицерина и желатина

3

3.5.4 Влияние множественных циклов замораживания-оттаивания, на сохранность кишечной микробиоты при низкотемпературной криоконсервации

3.6 Оценка криозащитного потенциала состава ДМСО-ФСК

3.6.1 Выживаемость Escherichia coli после низкотемпературной криоконсервации с использованием ДМСО-ФСК: сравнительный анализ трех методов оценки состояния бактериальной культуры после размораживания

3.6.2 Исследование выживаемости 6 отдельных представителей микробиоты кишечника человека после низкотемпературной криоконсервации с использованием ДМСО-ФСК: культивирование на планшете с регистрацией оптической плотности

3.6.3 Исследование выживаемости 10 групп представителей бактериальной ассоциации при низкотемпературной криоконсервации цельной микробиоты кишечника человека с использованием ДМСО-ФСК: культивирование на твердых средах

3.6.4 Исследование выживаемости цельной микробиоты кишечника человека при низкотемпературной криоконсервации с использованием ДМСО-ФСК: флуоресцентный анализ LIVE/DEAD, ПЦР анализ

3.6.5 Исследование выживаемости микробиоты кишечника человека при длительном хранении (1, 2,5 лет) при криоконсервации (-80°С, -196°С) с использованием комбинации 5% ДМСО-ФСК, а также ДМСО, глицерина, желатина

3.7 Влияние гелия на кристаллизацию растворов и выживаемость бактериальных ассоциаций микробиоты кишечника человека при действии низких температур

3.7.1 Влияние гелия на целостность структуры льда, формирующегося при

замораживании растворов 0,9% NaCl, ДМСО и глицерина, содержащих

бактериальные клетки микробиоты: оптико-микроскопическое исследование

3.7.2 Исследование выживаемости микробиоты кишечника человека при кристаллизации растворов NaCl, ДМСО, глицерина и 5% ДМСО-ФСК в атмосфере воздуха и гелия

3.7.3 Исследование выживаемости микробиоты кишечника человека при криоконсервации с использованием гелия

3.8 Влияние фотобиомодуляции на устойчивость бактерий к низкотемпературному замораживанию

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые подходы в криоконсервации бактериальных сообществ для создания криобанка микробиоты кишечника человека»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

В настоящее время микробиоте кишечника отводится важнейшая роль в поддержании здоровья человека [Jandhyala S. et al., 2015; Fuentes S. et al., 2017; Luna R. A. et al., 2015]. Симбиотическая микрофлора кишечника рассматривается интегральной частью организма и включает в себя большое разнообразие видов микроорганизмов, преимущественно анаэробных. Эти микроорганизмы выполняют ряд важных функций: продукция биологически активных соединений; обеспечение колонизационной резистентности; иммуногенная роль; участие в метаболизме белков, жиров, углеводов и нуклеиновых кислот и др. [Botero L. E. et al., 2016]. Нарушение видового состава и соотношения бактерий микробиоты кишечника связывают с развитием многих заболеваний. К таким патологиям относят диабет, ожирение, воспалительные, онкологические, сердечнососудистые заболевания, нейродегенеративные и психиатрические расстройства и др. [Matsuki T. et al., 2014; Sekirov I. et al., 2017].

Для купирования перечисленных выше патологических состояний необходимо восстановление нормального состава микробиоты. Одним из перспективных подходов является использование для этой цели собственной микробиоты человека. Собранная в молодом здоровом состоянии, и сохраненная в специализированном криобанке с помощью технологии, обеспечивающей высокую степень сохранности большинства видов микробиоценоза, микробиота может в дальнейшем использоваться самим донором двумя основными путями. Первый предусматривает культивирование из собственной микробиоты человека ключевых пробиотических штаммов: бифидобактерий и лактобацилл для изготовления биологических препаратов - аутопробиотиков. Второй путь -трансплантация сохраненной микробиоты [Ermolenko E. I. et al., 2010] либо непосредственно после расконсервации, либо после амплификации в искусственном биореакторе, имитирующем условия кишечника человека [Habib S. et al., 2021; Jin Z. et al., 2022; Mabwi H. A. et al., 2022]. Направление

6

искусственных биореакторов микробиоты в последние годы развивается особенно активно.

В свете описанных выше стратегий принципиально меняются требования к уровню консервации микробиоты. Пока требовалось обеспечить сохранность отдельной изолированной культуры/штамма с целью дальнейшего культивирования, процент жизнеспособных клеток после расконсервации был не столь важен: даже 10-30% живых бактериальных клеток, зачастую, достаточно для успешного пересева культуры. В большинстве коллекций микроорганизмов используют методы лиофилизации и замораживания при температурах -20 или -80°С. Титр жизнеспособных клеток микроорганизмов в результате лиофилизации часто оказывается низким, причем многие микроорганизмы вообще не переносят стандартные режимы лиофилизации и не могут храниться этим методом. Время хранения разных видов бактерий в холодильнике при -80°С колеблется в пределах от 6 до 40 месяцев, в течение которого требуется их обязательный пересев. С учетом мягких требований к жизнеспособности уровень разработанности криобиологической проблемы хранения бактерий остается низким, а преобладающим криопротектором является глицерин в концентрациях от 10 и выше процентов. При переходе к консервации, тем более долговременной, целого микробиоценоза описанные подходы не работают. Для микробиоценоза требуется обеспечить сохранность большинства представителей сообщества (стратегии «биореактор», «трансплантация») или сохранность пробиотических штаммов (стратегия «аутопробиотики») на уровне >80%; обеспечить сохранность минорных фракций. В противном случае это окажется иной, сильно отличающийся по своим свойствам микробиоценоз. Микробиоценозы в отличие от культур бактерий, не могут периодически пересеваться и, следовательно, исследования, направленные на обеспечение постоянство состава микробиоты на промежутке времени, измеряемом годами и десятилетиями, становятся чрезвычайно актуальными.

Степень разработанности темы

Проблема долгосрочной высокоэффективной низкотемпературной консервации сложных микробных сообществ, населяющих желудочно -кишечный тракт человека, сегодня в мире не решена. Методы криоконсервации микроорганизмов в основном разрабатывались для сохранения отдельных бактериальных культур. Эти же методы в последнее десятилетие пытались применить для консервации микробиоценозов.

В нашем обзоре 2019 г. [Smirnova D. V. et al., 2019] мы описали порядка двадцати исследований, посвященных разработке протоколов криоконсервации цельной микробиоты для последующей трансплантации, in vitro культивирования или производства персонализированных пробиотиков. В этих работах использовали в основном температурные режимы замораживания и хранения микробиоты до -20 и/или -80°С [Lauber C. L. et al., 2010; Bahl M. I. et al., 2012; Carroll I. M. et al., 2012; Fouhy C. F. et al., 2015; Gaci N. et al., 2017; Bircher L. et al., 2018]. Срок хранения биоматериала при таких температурах был ограничен несколькими месяцами, максимум 1 годом, после которого осуществляли молекулярно-генетический анализ, посев индикаторных бактерий или определяли метаболический статус. Для долгосрочного сохранения физиологических свойств кишечной микрофлоры требуется температура жидкого азота, однако таких исследований было выявлено всего одно [Шендеров Б. А. И др., 1998]. В качестве криопротектора чаще всего фигурировал глицерин (порядка 70% работ) в различных концентрациях от 10 и выше процентов, реже, ДМСО. Среди иных криозащитных агентов можно отметить вещества белково-полисахаридной природы (желатин, муцин) [Шендеров Б. А. И др., 1998], высокомолекулярные ПЭГ, ПВС [Hasan M. et al., 2018], трегалозу, бетаин, пролин [Chen M. et al., 2021]. При этом, анализируя литературу, мы не нашли каких-либо данных об использовании инертных газов или инфракрасного облучения для повышения эффективности консервации бактериальных ассоциаций и монокультур бактерий.

Для разработки эффективной и надежной технологии криоконсервации микробиоты кишечника человека с сохранением состава и соотношения входящих в микробиоценоз видов требуется провести системную работу по скринингу криозащитных составов и условий консервации, оптимальных для различных групп кишечной микрофлоры, повышающих холодовую устойчивость микроорганизмов.

Цель и задачи исследования

Цель исследования

Разработка подходов, направленных на повышение эффективности консервации симбиотических микробных сообществ для их долговременного хранения с целью использования в сфере биомедицинских технологий

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Провести сравнительный анализ широкого ряда криопротекторов (диметилсульфоксид (ДМСО), глицерин, этиленгликоль, желатин, поливинилпирролидон (ПВП), поливиниловый спирт (ПВС), полиэтиленгликоль (ПЭГ), фетальная сыворотка коров (ФСК)) для отбора перспективных агентов или их комбинаций, обеспечивающих наилучшую криозащиту кишечной микробиоты;

2. Выявить оптимальные для сохранения микробиоты режимы криоконсервации;

3. Выявить криозащитные агенты или их комбинации, обеспечивающие сохранность лакто- и бифидобактерий, используемых для изготовления пробиотических препаратов;

4. Оценить степень выживаемости целевых видов бактерий в процессе криоконсервации микробиоты с использованием выбранной перспективной криозащитной комбинации. Оценить сохранность микробиоты при долговременном хранении в течение 1-2,5 лет при -80 и -196°С;

5. Определить эффективность консервации микробиоты, включая оценку влияния газа с высокой диффузионной способностью на кристаллизацию растворов и выживаемость бактериальных ассоциаций при действии низких температур; оценку влияния фотобиомодуляции в видимой и инфракрасной области спектра на устойчивость бактерий к замораживанию.

Научная новизна

В настоящее время нарушение видового состава и сообществ бактерий связывают со многими патологиями, в связи с чем, сохранность и восстановление собственной микробиоты человека приобретает важное значение. Данная работа посвящена детальному изучению условий криоконсервации и разработке экспериментальных подходов, повышающих холодовую устойчивость сообществ микроорганизмов.

На основе изучения криозащитного потенциала криопротекторов с различным механизмом действия в отношении консервации микробиоты, из 8 (ДМСО, глицерин, этиленгликоль, желатин, ПВП, ПВС, ПЭГ, ФСК) определены наиболее эффективные агенты: 5% ДМСО, 5% глицерин, 10% желатин, 50-100% ФСК. Впервые ФСК, используемая только для консервации эукариотических клеток, применена к бактериальным культурам и ассоциациям с обеспечением их высокой (>80%) выживаемости при криоконсервации в жидком азоте. Получены данные о высокой эффективности ФСК при криоконсервации бифидобактерий; смеси 5% ДМСО/ФСК - при криоконсервации лактобактерий, используемых для изготовления биологических препаратов. Получены данные о преимуществе комбинации ДМСО/ФСК при криоконсервации бактериальных ассоциаций, а также отдельных бактериальных культур E. coli, E. faecalis, A. johnsoni, E. barkeri в составе кишечной микрофлоры.

Получены новые данные о долговременном хранении микробиоты кишечника. Установлено, что уровень сохранности бактериальных ассоциаций при температуре -196°C остается высоким (80-90%) и не снижается на временной

шкале 1-2,5 года, тогда как при температуре -80°С на той же временной шкале погибает свыше 90% клеток.

Впервые продемонстрировано влияние газообразного гелия на кристаллизацию бактериальных суспензий. Впервые показано, что изменение структуры льда, опосредованное насыщением замораживаемого раствора гелием, не влияет на выживаемость бактериальных ассоциаций. Впервые экспериментально доказано влияние инфракрасного облучения на устойчивость бактериальных ассоциаций к замораживанию, и выявлен эффект повышения устойчивости при облучении дозой 40 Дж/м2 на длине волны 940 нм.

Теоретическая и практическая значимость работы

С фундаментальной точки зрения, полученные экспериментальные результаты расширяют наши представления об устойчивости микробиоты кишечника человека и отдельных исследованных бактериальных культур E. coli, E. faecalis, L. plantarum, A. johnsoni, E. barkeri, B. breve к низкотемпературному замораживанию. Также полученные результаты дают важную информацию, касающейся кристаллизации растворов и влияния газовой фазы на этот процесс. Отдельно необходимо отметить данные, касающиеся влияния на микробиоценоз инфракрасного облучения, характеризующегося нелинейным характером зависимости доза-эффект.

С прикладной точки зрения, полученные результаты представляют собой готовую криобиологическую технологию для практического использования при организации криобанка донорской микробиоты кишечника человека, как источника персонализированных пробиотиков (аутопробиотиков), образцов фекальной микробиоты для трансплантации или культивирования в искусственных биореакторах. Модель криоконсервации микробиоты может быть использована для поиска доз с целью терапевтического применения инфракрасного облучения in vivo, направленного на восстановление баланса микробиоты у пациента.

Методология и методы исследования

Для достижения поставленной цели в ходе работе был использован комплекс биофизических (флуоресцентный анализ, фотобиостимуляция), криобиологических (различные техники криоконсервации, микроскопический анализ замораживаемых растворов), молекулярных (полимеразно-цепная реакция (ПЦР) и микробиологических (культивирование бактериальных клеток на дифференциально-диагностических твердых средах, культивирование на планшете в жидких средах с регистрацией оптической плотности) методов. Объектами исследования являлись природные ассоциации микроорганизмов (микробиота кишечника человека) от различных доноров, а также отдельные монокультуры, входящие в состав кишечной микробиоты из коллекции микроорганизмов ВКМ ИБФМ РАН: Escherichia coli К-802, Enterococcus faecalis B-1578, Lactobacillus plantarum B-578, Bifidobacterium breve DSM 20213, Eubacterium barkeri B-1775, Acinetobacter johnsoni B-3187.

Положения, выносимые на защиту

1. Среди изученного ряда криопротекторов, включающего ДМСО, глицерин, этиленгликоль, желатин, ПВП, ПВС, ПЭГ и ФСК, наибольшие криозащитные эффекты в отношении консервации микробиоты демонстрируют 5% ДМСО, 5% глицерин, 10% желатин, 50-100% ФСК. Растворы ДМСО и глицерина в традиционно применяемой для консервации отдельных бактериальных культур 10% концентрации снижают жизнеспособность бактериальных ассоциаций при инкубации в среде с криопротектором и при криоконсервации.

2. Фетальная сыворотка коров обеспечивает высокую >80% выживаемость бактериальных ассоциаций, >90% - пробиотических бифидо- и лактобактерий.

3. Эффективную криозащиту для отдельных культур E. coli, E. faecalis, L. plantarum, A. johnsoni, E. barkeri, B. breve и образцов цельной микробиоты с

сохранением соотношения индикаторных бактерий близким таковому в нативном материале обеспечивает двухкомпонентная комбинация 5% ДМСО/ФСК.

4. Уровень сохранности бактериальных ассоциаций при хранении в жидком азоте (-196°С) остается высоким (80-90%) и не снижается на временной шкале 1-2,5 года; при хранении при температуре -80°С на том же отрезке времени погибает свыше 90% клеток.

5. Изменение структуры льда, опосредованное насыщением замораживаемого раствора гелием, не влияет на выживаемость бактериальных ассоциаций. Облучение инфракрасным светом бактериальных суспензий в дозе 40 Дж/м2 на длине волны 940 нм повышает устойчивость бактериальных ассоциаций к низкотемпературному замораживанию.

Степень достоверности и апробация результатов

Полученные результаты данной работы статистически достоверны и воспроизводимы. Используемые в работе методы хорошо отработаны и проводились с использованием высокоточных приборов. Основные результаты диссертационного исследования представлены на конференциях: 1) международная научная конференция "Актуальные вопросы биологической физики и химии БФФХ" (Севастополь, 2021); 2) Российская конференция с международным участием «Экспериментальная и компьютерная биомедицина» памяти чл-кор. РАН В.С. Мархасина (Екатеринбург, 2021).

Личный вклад автора

Все экспериментальные данные, представленные в работе, получены автором лично, либо при его непосредственном участии. Участие автора состояло в анализе литературных данных, самостоятельном планировании и проведении экспериментов, обработке и интерпретации результатов, представлении и

апробации результатов исследований на научных конференциях, подготовке научных публикаций по выполненной работе.

Публикации

По результатам диссертационного исследования опубликовано всего 8 печатных работ, в том числе 5 статей, в рецензируемых научных изданиях, рекомендуемых ВАК, и 3 публикации в материалах конференций.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ

1.1 Состав кишечной микробиоты

Желудочно-кишечный тракт человека населен огромным количеством микроорганизмов, примерно 1013-1014 представителей, отобранных в результате эволюции. Они объединены в симбиотическое сообщество - микробиоценоз, в котором тесно взаимодействуют между собой. Значительная часть микроорганизмов кишечной микрофлоры образуют структурированные ассоциации (биоплёнки), формирующие высокогидратированный экзополисахаридно-муциновый матрикс. Микроорганизмы (бифидо- и лактобактерии), обитающие в такой биопленке, образуют микрофлору, которая называется пристеночной или мукозной [Ро1иеИоуа У. А. й а1., 2014]. В биопленке присутствует сложная разветвленная система взаимодействия между разными микробными видами. Микроорганизмы постоянной микрофлоры, заключенные в биопленку, во много раз устойчивее к воздействию неблагоприятных факторов, чем свободно живущие микробы. Слизистая кишечника также находится под защитой биологической пленки. Остальные микроорганизмы образуют просветную (полостную) микрофлору; они локализуются в просвете кишечника. Данная микрофлора является более изменчивой по составу.

Преобладающими группами микроорганизмов толстого кишечника являются бактериоды, эубактерии и ряд других. Нормальную микрофлору толстой кишки условно подразделяют на постоянную, факультативную (непостоянную) и транзиторную (случайную) (Табл. 1) [Ткаченко Е. И. и др., 2009].

Постоянную микрофлору подразделяют на облигатную и факультативную. Облигатная микрофлора представлена бифидобактериями, лактобактериями, бактероидами и др. Она составляет основу микробиоценоза кишечника; факультативная микрофлора (стрептококки, кишечная палочка, клебсиеллы, грибы и др.) включает меньшую часть микробиоценоза.

Таблица 1. Основные группы микроорганизмов, входящие в состав кишечной микрофлоры человека.

Группа Представители Содержание, %

Постоянная микрофлора (индигенная или автохтонная). Разделяют на облигатную и факультативную. Бактероиды Эубактерии Лактобактерии Бифидобактерии Пропионибактерии Актиномицеты Пептострептококки Энтерококки Кишечная палочка >90% от общего количества, доступного для культивирования. Всегда присутствуют в кишечнике.

Факультативная (непостоянная) микрофлора Клостридии Фузобактерии Стафилококки Энтеробактерии Кампилобактерии Псевдомонады Дрожжи <10% от общего количества, доступного для культивирования

Транзиторная микрофлора Синегнойная палочка Сальмонелла Патогенные энтеробактерии Не должно быть

Нарушение микроэкологического баланса в сторону увеличения факультативной (непостоянной) и транзиторной микрофлоры, помимо изменения физиологических функций, может сопровождаться снижением иммунологической резистентности, формированием патогенных клонов бактерий, транслокацией бактерий с развитием эндогенных инфекций.

По разным оценкам, в кишечнике человека обитают от 500 до 1000

различных видов бактерий, принадлежащих к разным группам [Chaplin A. V. et

al., 2015] (Рис. 1). Наибольшей численностью обладают бактерии типов

Bacteroidetes, Firmicutes [Wang X. et al., 2003; Eckburg P. B. et al., 2005]),

Actinobacteria и Proteobacteria [Sommer F., 2013]. Реже встречаются типы:

Fusobacteria, Cyanobacteria, Verrucomicrobia, Lentisphaerae, Synergistetes,

Planctomycetes, Tenericutes, Euryarchaeota [Rajilic-Stojanovic M. et al., 2014].

Помимо перечисленных распространенных типов бактерий встречаются и другие

16

представители кишечных микроорганизмов. На сегодняшний день для таких бактерий не подобраны условия культивирования in vitro, в связи с чем, они мало изучены [Beaugerie L. et al., 2004; Sears C. L., 2005]. Их существование в кишечной микробиоте можно обнаружить, например, при помощи методов молекулярного анализа.

Рисунок 1. Основные типы микроорганизмов кишечной микрофлоры человека.

Тип Firmicutes включает четыре класса бактерий, населяющих желудочно-кишечный тракт (ЖКТ) человека: Bacilli, Clostridia, Erysipelotrichi и Negativicutes. Самая высокая численность бактерий относится к классу Clostridia, включающего семейства Ruminococcaceae и Lachnospiraceae [Tap J. et al., 2009]. Среди основных представителей типа Firmicutes выделяют роды: Clostridium spp., Enterococcus spp., Lactobacillus spp., Streptoococcus spp. и др. Для их геномов характерно низкое содержание G-C пар (менее 50%) [Hawkins S. A. et al., 2008].

Бактерии типа Bacteroidetes подразделяют на 4 семейства: Bacteroidaceae, Prevotellaceae, Porphyromonadaceae и Rikenellaceae [Дудун А. А. и др., 2020]. Представители Bacteroides fragilis были впервые выделены у людей, перенесших

аппендицит. Многие бактерии типа Bacteroidetes обитают в дистальной части кишечника и отвечают за разложение неусвояемых полисахаридов. Содержание G-C пар в их геномах обычно варьирует в диапазоне 38-48% [Hawkins S. A. et al., 2008].

Тип Actinobacteria является одним из наиболее значимых компонентов кишечной микрофлоры человека и представлен единственным классом Actinobacteria. Микроорганизмы данного типа делятся на 3 порядка: Coriobacteriales, Bifidobacteriales и Actinobacteriales. Представители порядка Actinobacteriales класса Actinobacteria малочисленны и едва обнаруживаются во фракции микробиоты - обычно не более 102-103 клеток/г фекалий [Hoyles L. et al., 2012; Rajilic-Stojanovic M. et al., 2014]; Coriobacteriales представлены в микробиоте в большей степени [Palmer C. et al., 2007]. Бифидобактерии (Bifidobacteriales), относящиеся к порядку Actinobacteria, доминируют в типе Actinobacteria [Дудун А. А. и др., 2020]. Бифидобактерии используют в качестве субстрата олигосахариды, содержащиеся в материнском молоке [Marcobal A. et al., 2011]. Поэтому эта группа бактерий избирательно стимулируется у младенцев, которые находятся на грудном вскармливании. Это и приводит к их доминированию в детской микробиоте вплоть до прекращения кормления [ Benno Y. et al., 1984]. В дальнейшем бифидобактерии являются постоянной компонентой кишечной микрофлоры. Их процентное содержание меняется в течение всей жизни человека [Rajilic-Stojanovic M. et al., 2013]. В кишечнике человека чаще всего встречаются 5 видов бифидобактерий: B. bifidum, B. longum, B. infantis, B. breve и B. adolescentis [Zou Y. et al., 2019]. Условия культивирования разработаны для 20-ти видов бифидобактерий, населяющих ЖКТ человека [Palmer C. et al., 2007]. Для филлума Actinobacteria характерно высокое содержание G-C пар [Williams K. P. et al., 2013].

В типе Proteobacteria преобладающим семейством по разнообразию видов

является Enterobacteriaceae. Первой выделенной бактерией класса

Enterobacteriaceae является Escherichia coli. E. coli играют важную роль в

функционировании кишечника, вырабатывая необходимые для человека

18

витамины группы В, биотин, К, короткоцепочечные жирные кислоты, регулируют всасывание железа и кальция.

Основные представители типа Fusobacteria относятся к роду Fusobacterium. Известно, что бактерии этой группы часто вызывают воспалительные процессы в кишечнике, хотя Fusobacterium spp. могут быть изолированы и у здоровых людей в титре 108 клеток на 1 г фекалий [Benno Y. et al., 1989]. Бактерия Fusobacterium necrophorum является патогеном, которая провоцирует развитие аппендицита, что было показано в исследовании [Swidsinski A. et al., 2011]. Увеличение численности бактерий рода Fusobacterium spp. ассоциировано с язвенным колитом [Rajilic-Stojanovic M. et al., 2013] и колоректальным раком [Castellarin M. et al., 2012].

Археи тоже присутствуют в кишечнике человека, но их гораздо меньше в количественном отношении, чем бактерий. Преобладающей группой архей являются метаногены [Eckburg P. B. et al., 2005]. Среди грибов, обитающих в кишечнике человека, в основном, встречаются: Candida (С. glabrata, С. albicans, С. tropicalis, С. parapsilosis, С. Krusei), Saccharomyces и Cladosporium, которые способны становиться патогенными при иммунодефицитных состояниях [Hoffmann C. et al., 2013]. Из грибов методами культивирования обычно идентифицируется только Candida spp., как самый распространенный род в микробиоте кишечника [Scanlan P. D. et al., 2006]. Количество простейших (Blastocystis hominis, Chilomastix mesnili, hartmanni, Entamoeba polecki, Enteromonas hominis, Retortamonas intestinalis и Trichomonas hominis) в кишечнике человека зависит от диеты и действия внешних факторов.

По результатам исследований компании Human Microbiome Project и

европейской Metagenomics of human intestinal tract, кишечная микрофлора

взрослого человека представлена двумя доминирующими типами

бактерий: Bacteroidetes и Firmicutes [Moraes A. C. et al., 2019]. Также они ввели

термин «энтеротипы». Энтеротипами называют устойчивые кластеры на основе

микробного состава в образцах из кишечника человека. Они определяются

преобладанием тех или иных ключевых родов бактерий [Koren O. et al., 2013]. В

19

энтеротипе 1 доминируют представители рода Bacteroides, в энтеротипе 2 -

Prevotella, в энтеротипе 3 - Ruminococcus (Рис. 2).

компонент1/ микробиоты; Формируется не от национальное возраста, диеты

Определяется по доминирующему

Энтеротип

Остается стабильным на протяжении жизни; Влияет на

предрасположенность человека к заболеваниям.

Bacteroides

V Prevotella

Ruminococcus

Рисунок 2. Основные энтеротипы микробиоты кишечника человека.

Считается, что энтеротипы не зависят от пола человека, его питания, возраста, индекса массы тела [Arumugan M. et al., 2011].

Известно, что микрофлора толстого кишечника на 95% представлена облигатными (строгими) анаэробами [Воробьев А. А., 1999; Ткаченко Е. И. и др., 2009]. Преимущественно к ним относятся бактероиды, эубактерии и бифидобактерии. Микроаэрофилами являются бактерии, которые занимают промежуточное положение по отношению к кислороду, т. е. им требуются очень малые дозы кислорода при дыхании. Основные представители микроаэрофилов -это лактобактерии. В таблице 2 приведены основные семейства микроорганизмов, согласно строению их клеточных стенок и типу дыхания.

Бактерии E. coli являются основными конкурентами условно-патогенной микрофлоры в отношении заселения ими кишечника. Дыхание этих бактерий может происходить как в аэробных, так и в анаэробных условиях. Они потребляют лишний кислород в просвете кишечника, обеспечивая, таким образом, благоприятные условия существования для облигатных микроорганизмов - бифидо- и лактобактерий.

Таблица 2. Распределение основных представителей кишечной микрофлоры человека по отношению к молекулярному кислороду и строению клеточной стенки.

Строение клеточной стенки

Отношение к молекулярному кислороду rpaMno^o^HTe^bHMe rpaMOipH^Te^bHtie

Аэробы:

Acinetobacter spp.

- строгие Spirochaetales (Treponema spp., Borrelia spp.)

Streptococcus spp.

- факультативные Staphylococcus spp. Spirochaetales

Анаэробы:

- строгие Bifidobacterium spp. Eubacterium spp. Clostridium spp. Bacteroides spp. Fusobacterium spp.

- факультативные Enterococcus spp. Staphylococcus spp. Streptococcus spp. Propionibacterium spp. Escherichia coli Salmonella spp. Klebsiella spp.

Микроаэрофилы: Lactobacillus spp. Streptococcus pyogenes Campylobacter spp. Helicobacter spp.

По мере продвижения к нижним отделам кишечника снижается парциальное давление кислорода, и повышаются показатели рН. Это приводит к расселению различных групп микроорганизмов "по этажам": т.е. аэробы встречаются преимущественно в верхних отделах кишечника, а облигатные анаэробы поселяются в нижних частях кишечника.

В зависимости от метаболизма, микроорганизмы кишечной микрофлоры разделяют на 2 группы: 1) протеолитические (кишечная палочка, бактероиды, клостридии, протеи) - расщепляют белки до аминокислот и 2) сахаролитические (бифидобактерии, лактобактерии, энтерококки) - метаболизируют углеводы [Воробьев А. А., 1999].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Заломова Любовь Вячеславовна, 2023 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абросимов В. К. Растворимость и термодинамика растворения гелия в воде при парциальных давлениях газа 0.1-100 МПа в интервале температур 278-353 К. / В. К. Абросимов, Е. Ю. Лебедева // Журнал неорганической химии. - 2013. - T. 58, № 7. - C. 912-916.

2. Бари С. А. Зарождение и рост пузырьков на границе раздела лед-вода / С. А. Бари, Дж. Халлетт // J. Glaciol. - 1974. - V. 13. - P. 489-520.

3. Буслаева М. Н. Термодинамическое исследование стабилизации структуры воды неэлектролитами / М. Н. Буслаева, О. Я. Самойлов // Ж. структурной химии. -1963. - Т. 4. - С. 502-507.

4. Воробьев А. А. Микробиология и иммунология / А. А. Воробьев // М: Медицина, 1999. - 464 с.

5. Гусев М. В. Микробиология / М. В. Гусев, Л. А. Минеева // М: Изд-во Московского университета, 1985. - 376 с.

6. Дудун А. А. Роль кишечной микробиоты в лечении различных заболеваний и антибактериальные препараты /А. А. Дудун, А. П. Бонарцев, И. И. Жаркова, В. В. Воинова // Изд-во Мир науки. - 2020. - 130 с.

7. Заломова Л. В. Эффективность консервации в жидком азоте микробиоты кишечника человека в зависимости от состава криозащитной среды / Л. В. Заломова, Д. А. Решетников, С. В. Уграицкая, Л. М. Межевикина, А. В. Загайнова, В. В. Макаров, С. М. Юдин, Е. Е. Фесенко (мл.) // Биофизика. - 2020. - т. 65, №5. - С. 788-794.

8. Заломова Л. В. Фетальная сыворотка в сочетании с 5% диметилсульфоксида эффективно защищает микробиоту кишечника в процессе криоконсервации в жидком азоте / Л. В. Заломова Д. А. Решетников, С. В. Уграицкая, Л. М. Межевикина, А. В. Загайнова, В. В. Макаров, С. М. Юдин, Е. Е. Фесенко (мл.) // Биофизика. - 2021. - т. 66, №4. - С. 657-664.

9. Инструкция тест-набора LIVE/DEAD BacLight Bacterial Viability Kits L7012, Molecular Probes, 2004.

10. Кабачный В. И. Производные гетерозидов - эффективные добавки к криозащитным средам / В. И. Кабачный, Н. И. Горбунова // Проблемы криобиологии. - 2004. - № 2. - С. 28-35.

11. Кобелев А. В. Влияние газов на целостность структуры льда, формирующегося при замораживании воды и криозащитных растворов: оптико-микроскопическое исследование / А. В. Кобелев, С. В. Уграицкая, Н. В. Шишова, Л. В. Заломова, В. А. Яшин, Н. С. Пеньков, Е. Е. Фесенко (мл.) // Биофизика. - 2021. - т. 66, №5. -С. 845-855.

12. Коротаев Е. В. Влияние предварительного охлаждения на эффективность криоконсервации ГСК / Е. В. Коротаев, А. А. Степанов, В. И. Рабинович, С. В. Грицаев, Л. П. Астахова, С. А. Пономарев // Вестник гематологии. - 2014. - № 3. - С. 33.

13. Косяков В. И. Моделирование фазовых равновесий в системах гелий-вода и неон-вода / В. И. Косяков, В. А. Шестаков // Росс. Журнал физической химии. - 2002. -Т.76, № 5. - С. 815-819.

14. Криоконсервирование клеточных суспензий / Под ред. А. А. Цуцаевой. - Киев: Наукова Думка,1983. - 240 с.

15. Лавренчук Л. С. Практикум по микробиологии / Л. С. Лавренчук, А. А. Ермошин // Екатеринбург: Изд-во Уральского федерального университета. - 2019. - 112 с.

16. Лизько Н. Н. Дисбактериозы экстремальных состояний / Н. Н. Лизько // Антибиотики и медицинская биотехнология. - 1987. - Т. 32, №3. - С. 184-186.

17. Лозина-Лозинский Л. К. Реакция клеток и их белковых компонентов на экстремальные воздействия / Л. К. Лозина-Лозинский. - М.-Л., 1963. - С. 34-53.

18. Луговой В. И. Энзиматическая диагностика криоповреждений клеток лейкоконцентрата / В. И. Луговой, А. Н. Дзюба, Л. П. Кравченко // Материалы I Всесоюзного симпозиума «Консервирование крови и ее компонентов». - 27-29 сентября, Москва. 1981. - С. 64-65.

19. Макеев О. Г. Применение клатратобразующего газа для криоконсервирования

мультипотентных мезенхимальных стромальных клеток / О. Г. Макеев, А. И.

Пономарев, А. В. Коротков // Вестник уральской медицинской академической

138

науки, 2010. - № 1. - С. 52-54.

20. Москвин С. В. Основы лазерной терапии / С. В. Москвин // Москва-Тверь: Изд-во Триада. - 2016. - 896 с.

21. Пичугин Ю. И. Итоги и перспективы поиска новых эндоцеллюлярных криопротекторов. / Ю. И. Пичугин // Проблемы криобиологии. - 1993. - №2. -С. 3-10.

22. Пульвер А. Ю. Криоконсервация клеточных культур млекопитающих с использованием ксенона / А. Ю. Пульвер, А. В. Целиковский, Н. А. Пульвер И. В. Артюхов, А. Г. Перегудов // Теоретические и практические аспекты современной криобиологии. Материалы Международной заочной научно-практической конференции (24 марта 2014 г. Россия - Украина) Сыктывкар, 2014. - С. 226-232.

23. Сидякина Т. М. Консервация микроорганизмов / Т. М. Сидякина // Пущино: ОНТИ НЦБИ, 1985. - 63 с.

24. Ткаченко Е. И. Дизбиоз кишечника / Е. И. Ткаченко, А. Н. Суворов, Ю.П. Успенский // Санкт-Петербург: ИнформМед, 2009. - 276 с.

25. Тутова Э. Г. Консервация микробиологических препаратов и штаммов-продуцентов / Э. Г. Тутова // Идельчик М, НИИТЭХИМ. - 1986, - Вып. 10 - T. 197. - 84 с.

26. Тучина Е. С. Фотодинамическое воздействие красного (625 нм) и инфракрасного (805 нм) излучения на бактерии P. acnes, обработанные фотосенсибилизаторами / Е. С. Тучина, В. В. Тучин, Г. Б. Альтшулер, И. В. Ярославский // Физика. - 2008. -Т. 8.

27. Уграицкая С. В. Влияние гелия на криоконсервацию клеток линий Hela и L929 / С. В. Уграицкая, Н. В. Шишова, Е. Л. Гагаринский, Н. Э. Швирст, С. А. Каурова, М. В. Гольтяев, Л. В. Заломова, А. Л. Ковтун, Е. Е. Фесенко (мл.) // Биофизика. -2018. - т.63. - вып. 3. - с. 510-516.

28. Физическая энциклопедия: [в 5 т.] / Гл. ред. А. М. Прохоров; Редкол.: Д. М. Алексеев [и др.]. - М.: Сов. энцикл.: Большая Рос. энцикл., 1988. - C. 27.

29. Худяков А. Н. Использование инертных газов для консервации клеток и тканей /

А. Н. Худяков, О. Н. Соломина, О. О. Зайцева, Т. В. Полежаева, С. В. Утемов, М.

139

Г. Князев, А. А. Костяев // Актуальные вопросы трансфузиологии и клинической медицины. - 2015. - № 1. - C. 137-140.

30. Чакчир Б. А. Фотометрические методы анализа / Б. А. Чакчир, Г. А. Алексеева // СПБ: Изд-во СПХФА. - 2002. - 44 с.

31. Четверикова Е. П. Повреждение ДНК активными формами кислорода при криоконсервации и антиоксидантные свойства криопротекторов / Е. П. Четверикова / Биофизика. - 2012. - Т. 57, №2. 368.

32. Шендеров Б. А. Патент РФ 2123044 Российская Федерация 98103006/13, 1998.03.02 Способ длительного хранения естественных симбиотических ассоциаций микроорганизмов человека и животных / Шендеров Б. А., Гахова Э. Н., Манвелова М. А.: заявитель и патентообладатель Открытое акционерное общество "Русский йогурт" - заявл. 02.03.1998 Дата; опубл. 10.12.1998.

33. Abadias M. Viability, efficacy, and storage stability of freeze-dried biocontrol agent Candida sake using different protective and rehydration media / M. Abadias M., N. Teixido, J. Usall, A. benabarre, I. Vinas // Journal of Food Protection. - 2001. - 64, №6. - P. 856-861.

34. Aguirre M. Evaluation of an optimal preparation of human standardized fecal inocula for in vitro fermentation studies / M. Aguirre, A. Eck, M. E. Koenen, P. H. M. Savelkoul, A. E. Budding, K. Venema // Microbiol. Methods. - 2015. - V. 117. - P. 7884.

35. Alang N. Weight gain after faecal micribiota transplantation / N. Alang, C. R. Kelly // Open Forum Infect. Dis. 2. 2015.

36. Albers S. V. The archaeal cell envelope / S. V. Albers, B. H. Meyer // Nat. Rev. Microbiol. - 2011. - V. 9. - P. 414-426.

37. Alexander M. T. Factors affecting the recovery of freeze-dried Saccharomyces cerevisiae / M. T. Alexander, F. P. Simione // Abstracts of the Annual Meeting of the American Society for Microbiology. - 1980. - p. 86.

38. Alsharif R. Bacterial detection and LIVE/DEAD discrimination by flow cytometry / R. Alsharif, W. Godfrey // BD Biosciences. - 2002.

39. American type culture collection methods: 1. Laboratory manual on preservation.

140

Freezing and freeze-drying as applied to algae, bacteria, fungi and protozoa. - Rockville (Maryland): ATCC. - 1980. - P. 51.

40.Amidi F. The role of antioxidants in sperm freezing: a review / F. Amidi, A. Pazhohan, M. S. Nashtael, M. Khodarahmian, S. Nekoonam // Cell Tissue Bank. - 2016. - V. 17, №4. - P 745-756.

41. Amor K. B. Multiparametric flow cytometry and cell sorting for the assessment of viable, injured, and dead bifidobacterium cells during bile salt stress / K. B. Amor, P. Breeuwer, P. Verbaarschot, F. M. Rombouts, A. D. L. Akkermans, W. M. De Vos, T. Abee // Appl Env Microbiol. - 2002. - V. 68. - P. 5209-5216.

42. Arora T. The gut microbiota and metabolic disease: current understanding and future perspectives / T. Arora T., F. Bäckhed // J. Intern. Med. - 2016. - V. 280, №4. - P.339-349.

43. Arumugan M. Enterotypes of the human gut microbiome / M. Arumugan, J. Raes, E. Pelletier [et al.] // Nature. - 2011. - V. 473, 7346:174-180.

44. Bahl M. I. Freezing fecal samples prior to DNA extraction affects the Firmicutes to Bacteroidetes ratio determined by downstream quantitative PCR analysis / M. I. Bahl, A. Bergstrom, T. R. Licht // FEMS Microbiol Lett. - 2012. - V. 329, №2. - P. 193-197.

45. Barzegari A. Imposition of encapsulated non-indigenous probiotics into intestine may disturb human core microbiome / A. Barzegari, S. Eslami, E. Ghabeli, Y. Omidi // Front. Microbiol. - 2014 a. - V. 5 393.

46. Barzegari A. Shrinkage of the human core microbiome and a proposal for launching microbiome biobanks / A. Barzegari, N. Saeedi, A. A. Saei // Future Microbiol. - 2014 b. - V. 9, №5. - P. 639-656.

47. Bassis C. M. Comparison of stool versus rectal swab samples and storage conditions on bacterial community profiles / C. M. Bassis, N. M. Moore, K. Lolans, A. M. Seekatz, R. A. Weinstein, V. B. Young, M. K. Hayden // BMC Microbiology. 2017, - V. 17. - P. 78-84.

48. Beaugerie L. Antibiotic-associated diarrhea and Clostridium difficile in the community / L. Beaugerie, A. Flahault, F. Barbut, P. Atlan, V. Lalande, P. Cousin, M. Cadihac, J.-C. Petit // Клиническая гастроэнтерология. - 2004. - V. 18, №2. - P. 337-352.

141

49. Benno Y. Comparison of fecal microflora of elderly persons in rural and urban areas of Japan / Y. Benno, K. Endo, T. Mizutani, Y. Nambo, T. Komori, T. Mitsuoka // Appl Environ Microbiol. 1989. - V. 55, №5. - P.1100-1105.

50. Benno Y. The intestinal microflora of infants: composition of fecal flora in breast-fed and bottle-fed infants / Y. Benno, K. Sawada, T. Mitsuoka // Microbiol Immunol. -1984. - V. 28, №9. - P. 975-86.

51. Bicknell B. Photobiomodulation of the microbiome: implications for metabolic and inflammatory diseases / B. Bicknell, A. Liebert, D. Johnstone, H. Kiat // Lasers Med. Sci. - 2018. - V. 34. - P. 317-327.

52. Bircher L. Cryopreservation of artificial gut microbiota produced with in vitro fermentation technology / L. Bircher, C. Schwab, A. Geinaert, C. Lacroix // Microb. Biotechnol. - 2018 a. - V. 11. - P. 163-175.

53. Bircher L. Effect of cryopreservation and lyophilization on viability and growth of strict anaerobic human gut microbes / L. Bircher, A. Geirnaert, F. Hammes, C. Lacroix, C. Schwab // Microbial Biotechnology. - V. 11, №4. - 2018 b. - P. 1-13.

54.Bissoyi A. Role of the apoptosis pathway in cryopreservation-induced cell death in mesenchymal stem cells derived from umbilical cord blood / A. Bissoyi, K. Pramanik // Biopres. and Biobanking. - 2014. - V. 12, №4.

55. Blaser M. J. What are the consequences of the disappearing human microbiota? / M. J. Blaser, S. Falkow // Nature Rev Microbiology. - 2009. - V. 7. - P. 887-894.

56. Bojanova D. P. Fecal transplants: what is being transferred? / D. P. Bojanova, S. R. Bordenstein // PLoS Biol. - 2016. - V.14, №7. - e1002503.

57. Borody T. J. Bacierioiherapy using fecal flora: toying with human motions / T. J. Borody, E. F. Warren, S. M. Leis, R. Surace, O. Ashman, S. Siarakas // J. Clin. Gastroenterol. - 2004. - V. 38, №6. - P. 475-483.

58. Botero L. E. The human microbiota: the role of microbial communities in health and disease / L. E. Botero, L. Delgado-Serrano, M. Cepeda, M. M. Zambrano// Acta Biol. Colomb. - 2015. - V. 21, №1.

59. Browne H. Culturing of 'unculturable' human microbiota reveals novel taxa and extensive sporulation / H. P. Brown, S. C. Forster, B. O. Anonye, N. Kumar, B. A.

142

Neville, M. D. Stares, D. Goulding, T. D. Lawley // Nature. - 2016. - V. 533. - P. 543543.

60. Cardona S. Storage conditions of intestinal microbiota matter in metagenomic analysis / S. Cardona, A. Eck // BMC Microbiology. - 2012. - V. 12, №1. - P. 158.

61. Carroll I. M. Characterization of the fecal microbiota using high-throughput sequencing reveals a stable microbial community during storage / I. M. Carroll, T. Ringel-Kulka, J. P. Siddle,T. R. Klaenhammer, Y. Ringel // PLOS ONE. - 2012. - V. 7, №10. - e46953.

62. Castellarin M. Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma / M. Castellarin, R. L. Warren, J. D. Freeman, L. Dreolini, M. Krzywinski, J. Strauss, R. Barnes, P. Watson, E. Allen-Vercoe, R. A. Moore, R. A. Holt // Genome Res. - 2012. - V. 22, №2. - P. 299-306.

63. Chaplin A.V. Species diversity of bifidobacteria in the intestinal microbiota studied using MALDI-TOF mass-spectrometry / A. V. Chaplin, A. G. Brzhozovsky, T. V. Parfenova, L. I. Kafarskaia, N. N. Volodin, A. N. Shkoporov, E. N. Ilina, B. A. Efimov // Bull. Russ. Acad. Med. Sci. - 2015. - V. 70.

64. Chen M. Cryopreservation of infant gut microbiota with natural cryoprotectants / M. Chen, X. Huo, W. Wang, H. Shan, P. Jiang,W. Liang, B. Liu // Biopreserv. And Biobanking. - 2021. - V. 20, - P. 138-148.

65. Choo J. M. Sample storage conditions significantly influence faecal microbiome profiles / J. M. Choo, L. E. Leong, G. B. Rogers // Sci. Reports. -2015. - V. 5:16350.

66. Cody W. L. Skim milk enhances the preservation of thawed -80°C bacterial stocks / W. L. Cody, J. W. Wilson, D. R. Hendrixson, K. S. Mciver, K. E. Hagman, C. M. Ott, C. A. Nickerson // J. Microbiol. Methods. - 2008. - V. 75. - P. 135-138.

67. Costello S. P. Fecal microbiota transplant for recurrent Clostridium difficille infection using long-term frozen stool is effective: clinical efficacy and bacterial viability data / S. P. Costello, M. A. Conlon, M. S. Vuaran, I. C. Roberts-Thomson, J. M. Andrews // Allment. Pharmacol. - 2015. - V. 42. - P. 1011-1018.

68. Criste A. Research Concerving Use of Long-Term Preservation Techniques for Microorganisms / A. Criste, M. Giuburunca, O. Negrea, S. Dan, M. Zaham // Animal Science and Biotechnologies. - 2014. - V. 47, №2. - P. 73-77.

143

69. Crowe J. H. Is vitrification involved in depression of thephase transition temperature in dry phospholipids? / J. H. Crowe, F. A. Hoekstra, K. H. N. Nguyen, L. M. Crowe // Biochimica et Biophysica Acta - 1996. - №1280. - P. 187-196.

70. Daliri E. B. M. Human microbiome restoration and safety / E. B.-M. Daliri, C. N. Tango, B. H. Lee, D.-H. Oh // International Journal of Medical Microbiology. - 2018. -V. 308. - P. 487-497

71. De Carvalho N. M. Preservation of human gut microbiota inoculums for in vitro fermentations studies / N. M. de Carvalho, D. L. Oliveira, M. A. Saleh, M. Pintado, A. R. Madureira // Fermentation. - 2021. - V. 7, №1. - P. 1-14.

72. De Groot P. F. Fecal microbiota transplantation in metabolic syndrome: history, present and future / P. F. de Groot, M. N. Frissen, N. C. Clercq, M. Nieuwdorp // Gut Microbes. - 2017. - V. 8. - P. 253-267.

73. De Freitas L. F. Proposed mechanisms of photobiomodulation or low-level light therapy / L. F. de Freitas, M. R. Hamblin // IEEE J. Sel. Top Quantum Electron. -2016. - P. 22.

74. De Weirdt R. Human faecal microbiota display variable patterns of glycerol metabolism / R. Weirdt, S. Possemiers, G. Vermeulen, T. C. W. Moerdijk-Poortvliet, H. T. S. Boschker, W. Verstraete, T. Van de Wiele // Fems Microbiology Ecology. -2010. - V. 74. - P. 601-611.

75. Deller R. C. Enhanced non-vitreous cryopreservation of immortalized and primary cells by ice-growth inhibiting polymers / R. C. Deller, J. E. Pessin, M. Vatish, D. A. Mitchell, M. I. Gibson // Biomater. Sci. Eng. - 2016. - V. 4, №7. - P. 1079-1084.

76. Desmond C. Improved survival of Lactobacillus paracasei NFBC 338 in spray-dried powders containing gum acacia / C. Desmond, R. P. Ross, N. O'Callaghan, G. Fitzgerald, C. Stanton // Journal of Applied Microbiology. - 2002. - V. 93. - P. 10031011.

77. Donev T. Methods for Conservation of industrial microorganisms / T. Donev // NBIMCC - Sofia. - 2001. - 93 p.

78.Drobnis E. Z. Cold shock damage is due to lipid phase transitions in cell membranes: a demonstration using sperm as a model / E. Z. Drobnis, L. M. Crowe, T. Berger, T. J.

144

Anchordoguy, J. W. Overstreet, J. H. Crowe // J. Exp Zool. - 1993. - V. 265, №4. - P. 432-437.

79. Dubberke E. R. Clearance of vancomycin-resistant Enterococcus Concomitant with administration of a microbiota-based drug targeted at recurrent Clostridium difficile infection / E. R. Dubberke, K. M. Mullane, D. N. Gerding, C. H. Lee, T. J. Louie, H. Guthertz, C. Jones // Open Forum Infect. - 2016. - Dis. 3, - ofw133.

80. Dumont F. Cell size and water permeability as determining factors for cell viability after freezing at different cooling rates / F. Dumont, P. A. Marechal, P. Gervais // Appl. Environ. Microbiol. - 2004. - V. 70. - P. 268-272.

81. Eckburg P. B. Diversity of the human intestinal microbial flora / P. B. Eckburg, E. M. Bik, C. N. Bernstein, E. Purdom, L. Dethlefsen, M. Sargent, S. R. Gill, K. E. Nelson, D. A. Relman // Science. - 2005. - V. 308, №.5728. - 1635-8.

82. EI Hage R. Emerging trends in "smart probiotics" functional consideration for the development of novel health and industrial applications / R. EI Hage, E. Hernandez-Sanabria, T. Van de Wiele // Front. Microbiol. 2017. - V.8.

83. Eiseman B. Fecal enema as an adjunct in the treatment of pseudomembranous enterocolitis / B. Eiseman, W. Bascom // Surgery. - 1958. - V. 44. - P 854-859.

84. Ermolenko E. I. Effects of indigenous enterococci on the intestinal microbiota and the behavior of rats on correction of experimental dysbiosis / E. I. Ermolenko, I. N. Abdurasulova, M. P. Kotyleva, D. A. Svirido, A. V. Matsulevich, A. B. Karaseva, E. A. Tarasova, V. V. Sizov, A. N. Suvorov // Neurosci. Behav. Physiol. - 2018. - V. 48. - P. 496-505.

85. Ermolenko E. I. Influence of indigenous enterococci on the microbiota, bowel motility and evacuation function in the correction of experimental dysbiosis. Health - the basis of human potential: problems and solutions / E. I. Ermolenko, N. P. Erofeev, L. B. Zakharova // Beneficial Microbes. - 2016. - V. 11. - P. 769-781.

86. Ermolenko E. I. Method for producing autoprobiotic of Enterocuccus faecium being representative of indigenic host intestinal microflora / E. I. Ermolenko, A. N. Suvorov, V. I. Simanenkov // RU. - 2010.

87. Farup P. Fecal short-chain fatty acids - a diagnostic biomarker for irritable bowel syndrome? / P. Farup, K. Rudi, K. Hestad // BMC Gastroenterol. - 2016. - V. 16, №51.

88. Flores R. Assessment of the human fecal microbiota: I. Measurement and reproducibility of selected enzymatic activities / R. Flores, J. Shi, M. H. Gail, J. Ravel, J. J. Goedert // European Journal of Clinical Investigation. - 2012. - V. 42, №8. - P. 848-854.

89. Fonseca, F. Improvement of cryopreservation of Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus CFL1 with additives displaying different protective effects / F. Fonseca, C. Beal, F. Mihoub, M. Marin, G. Corrien // Int. Dairy J. - 2003. - V. 13. - P. 917-926.

90. Fonseca F. Stabilization of frozen Lactobacillus delbrueckii subsp. Bulgaricus in glycerol suspensions: freezing kinetics and storage temperature effects / F. Fonseca, M. Marin, G. Morris // Appl. Envir. Microbol. - 2006. - V. 72, №10. - P. 6474-6482.

91. Fouhy F. The effects of freezing on fecal microbiota as determined using MiSeq sequencing and culture-based investigations / F. Fouhy, J. Deane, M. C. Rea, O. O. Sullivan, R. P. Ross, G. Calaghan, B. J. Plant, C. Stanton // PLOS ONE. - 2015. - V. 10, №3. - e0119355.

92. Fu X. Effects of cryopreservation and long-term culture on biological characteristics and proteomic profiles of human umbilical cord-derived mesenchymal stem cells / X. Fu, B. Xu, J. Jiang, X. Du, X. Yu, Y. Yan, S. Li, B. M. Inglis, H. Ma, H. Wang, X. Pei, W. Si // J Clin. Proteomics. - 2020. - V. 17, №15.

93. Fuentes S. Microbial shifts and signatures of long-term remission in ulcerative colitis after fecal microbiota transplantation / S. Fuentes, N. G. Rossen, M. J. van der Spek, J. H. Hartman, L. Huuskonen, K. Korpela, J. Salojarvi, S. Aalink, W. M. de Vos, G. R. Haers, E. G. Zoetendal,C. Y. Ponsioen // J. ISME. - 2017. -V. 11: P. 1877-1889.

94. Fujisawa R. Cryopreservation in 95% serum with 5% DMSO maintains colony formation and chondrogenic abilities in human synovial mesenchymal stem cells / R. Fujisawa, M. Mizuno, H. Katano, K. Otabe, N. Ozeki, K. Tsuji, H. Koga, I. Sekiya // BMC Musculoskelet. Disord. - 2019. - V. 20, №1: 316.

95. Gaci N. Functional amplification and preservation of human gut microbiota / N. Gaci, P. P. Chaudhary, W. Tottey, M. Alric, J.-F. Brugere // Microbial. Ecology in Health and Disease. - 2017. - V. 28, №1.

96. Gant V. A. The application of flow cytometry to the study of bacterial responses to antibiotics / V. A. Gant, G. Warres, I. Philips, G. F. Savidge // J. Med. Microbiol. -1993. - V. 39, №2. - P. 147-154.

97. Giraud M. N. Membrane fluidity predicts the outcome of cryopreservation of human spermatozoa / M. N. Giraud C. Motta, D. Boucher, G. Grizard // Human Reprod. -2000. - V. 10, № 15. - P. 2160-2164.

98.Gorzelak M. Methods for improving human gut microbiome data by reducing variability through sample processing and storage of stool / M. Gorzelak, S. K. Gill, N. Tasnim, Z. Ahmadi-Vand, M. Jay, D. L. Gibson // PLoS ONE. - 2015. - V. 10, 8.: e0134802.

99.Gough E. Systematic review of intestinal microbiota transplantation (fecal bacteriotherapy) for recurrent Clostridium difficile infection / E. Gough, H. Shaikh,A. R. Manges // Clin. Infect. Diss. - 2011. - V. 53, №10. - P. 994-1002.

100.Guerin-Danan C. Storage of intestinal bacteria in samples frozen with glycerol / C. Guerin-Danan // Microb. Ecol. Health Dis. - 1999. - V. 11. - P. 180-182.

101.Gupta R. S. Protein phylogenies and signature sequences: A reappraisal of evolutionary relationships among archaebacteria, eubacteria, and eukaryotes / R. S. Gupta // J. Microbiology and Molecular Biology. - 1998. - V. 62. - P. 1435-1491.

102.Habib S. A novel, scalable, and modular bioreactor design for dynamic simulation of the digestive tract / S. Habib, A. M. Swaby, M. B. Gaisawat, S. Kubow, L. B. Agellon // Biotechnol. Bioeng. - 2021. - V. 118, № 11. - P. 4338-4346.

103.Hamilton M. J. Standardized frozen preparation for transplantation of fecal microbiota for recurrent Clostridium difficile infection / M. J. Hamilton, A. R. Weingarden, M. Sadowsky, A. Khoruts // J. Am. J. Gastroenterol. - 2012. - V. 107. - P. 761-767.

104.Hammerstedt H. Cryopreservation of mammalian sperm: what we ask them to survive / H. Hammerstedt, J. K. Graham, J. P. Nolan // Journal of andrology. - 1990. - V. 11. -P. 73-88.

105.Harsch I. Adhesion ileus after fecal microbiota transplantation in longstanding radiation colitis / I. Harsch, P. Konturek // Case Rep Gastroint Med. - 2019. - V. 6. - P. 1-4.

106.Hasan M. Ice recrystallization inhibiting polymers enable glycerol-free cryopreservation of microorganisms / M. Hasan, A. E. Fayter, M. I. Gibson // Biomacromolecules. - 2018. - V. 19, №8. - P. 3371-3376.

107.Hawkins S. A. Genome sequence of the Bacteroides fragilis phage ATCC 51477-B1 / S. A. Hawkins, A. C. Layton, S. Ripp, D. Williams, G. S. Sayler // J Virology. - 2008. -V. 97.

108.Heckly R. J. Preservation of microorganisms / R. J. Heckly // Adv. Appl. Microbial. Acad. Press Inc. - 1978. - V. 24. - P. 1-53.

109.Heylen K. Safeguarding bacterial resources promotes biotechnological innovation / K. Heylen, S. Hoefman, B. Vekeman, J. Peiren, P. De Vos // Appl. Microbiol. Biotechnol.

- 2012. - V. 94. - P. 565-574.

110.Hirsch B. E. Effectiveness of fecal-derived microbiota transfer using orally administered capsules for recurrent Clostridium difficile infection / B. E. Hirsch, N. Saraiya, K. Poeth, R. M. Schwartz, M. E. Epstein, G. Honig // BMC Infect. Dis. - 2015.

- V. 15. - P. 9.

111.Hoerr V. Laser-induced fluorescence-capillary electrophoresis and fluorescence microplate reader measurement: two methods to quantify the effect of antibiotics / V. Hoerr, W. Ziebuhr, S. Kozitskaya, E. Katzowitsch, U. Holzgrabe // Anal. Chem. - 2007.

- V. 79, №19:7510-8.

112.Hoffmann C. Archaea and fungi of the human gut microbiome: Correlations with diet and bacterial residents / C. Hoffmann, S. Dollive, S. Grunberg, J. Chen, H. Li, G. D. Wu, J. D. Lewis, F. D. Bushman // PLoS One. - 2013. - 8:e66019.

113.Holscher H. D. Dietary fiber and prebiotics and the gastrointestinal microbiota. / H. D. Holscher // Gut Microbes. - 2017. - V. 8, №2:172-184.

114.Hoyles L. Recognition of greater diversity of Bacillus species and related bacteria in human faeces / L. Hoyles, H. Honda, N. A. Logan, G. Halket, R. M. La Ragione, A. L. McCartney // Res Microbiol. - 2012. - V. 163, №1. - P. 3-13.

115.Hubalek Z. Protectants used in the cryopreservation of microorganisms / Z. Hubalek //

Cryobiology. - 2003. - V. 46. - P. 205-229. 116.Il'in V. K. Autochthonous probiotics in prevention of infectious and inflammatory diseases of a human in the altered habitats / V. K. Il'in, A. N. Suvorov, N. V. Kiriukhina, N. A. Usanova, L. V. Starkova, V. V. Boiarintsev, A. B. Karaseva // Vestnik Rossiiskoi akademii meditsinskikh nauk. - 2013. - V. 2. - P. 56-62. 117.Imaizumi K. A simple and highly effective method for slow-freezing human pluripotent stem cells using dimethyl sulfoxide, hydroxyethyl starch and ethylene glycol / K. Imaizumi, N. Nishishita, M. Muramatsu, T. Yamamoto, C. Takenaka, S. Kawamata, K. Kobayashi, S. Nishikawa, T. Akuta // PLoS One. - 2014. - V. 9, №2. e88696.

118.Imhann F. Interplay of host genetics and gut microbiota underlying the onset and clinical presentation of inflammatory bowel disease / F. Imhann, A. V. Vila, M. J. Bonder, J. Fu, D. Gevers, M. C Visschedijk, L. M. Spekhorst, R. Alberts, L. Franke, H. M. van Dullemen, R. W. F. Ter Steege, C. Huttenhower, G. Dijkstra, R. J. Xavier, E. A. M. Festen, C. Wijmenga, A. Zhernakova, R. K. Weersma // Gut. - 2018. - V. 67. - P. 108-119.

119.Irani Y. Noble gas (argon and xenon)-saturated cold storage solutions reduce ischemia-reperfusion injury in a rat model of renal transplantation / Y. Irani, J. L. Pype, A. R. Martin, C. F. Chong, L. Daniel, J. Gaudart, Z. Ibrahim, G. Magalon, M. Lemaire, J. Hardwigsen // Nephron Extra. - 2011. - V. 1, № 1. - P. 272-282.

120.Jain S. Biosynthesis of archaeal membrane ether lipids / S. Jain, A. Caforio, A. Driessen // J. Front. Microbiol. - 2014. - V. 5. - P. 641.

121.Jandhyala S. Role of the normal gut microbiota / S. Jandhyala, R Talukdar, C Subramanya, H. Vuyyuru, M. Sasikala, D. N. Reddy // World J. Gastroenterol. - 2015. - V. 21, №29. - P. 8787-8803.

122.Jiang Z. D. Safety and preliminary efficacy of orally administered lyophilized fecal microbiota product compared with frozen product given by enema for recurrent Clostridium difficile infection: A randomized clinical trial / Z. D. Jiang, R. R. Jenq, N. J.

Ajami, J. F. Petrosino, A. A. Alexander, S. Ke, T. Iqbal, A. W. DuPont, K. Muldrew, Y. S. Shi,C. Peterson, K. A. Do, H. L. DuPont // Plos One. - 2018. - V. 13. - P. 12.

123.Jiang Z. D. Randomised clinical trial: fecal microbiota transplantation for recourrent Clostridium difficille infection - fresh, or frozen, or lyophilsed microbiota from a smoll pool of healthy donors delivered by colonoscopy / Z. P. Jiang, N. J. Ajami, J. F. Petrosino, G. Jun, C. L. Hanis, M. Shah, L. Hochman, V. Ankoma-Sey, A. W. DuPont, M. C. Wong, A. Alexander, S. Ke, H. L. DuPont // Allment. Pharmacol. - 2017. - V. 45. - P. 899-908.

124.Jin Z. The mini colon model: a benchtop multi-bioreactor system to investigate the gut microbiome / Z. Jin, A. Ng, C. F. Maurice, D. Juncker // Gut Microbes. - 2022. - V. 14, №1: 2096993.

125.Jones L. A. Microbiota restoration therapy (MRT), compositions and methods of manufacture / L. A. Jones, C. R. Jones, E. J. Hlavka, R. D. Gordon // US. 2016.

126.Kao D. Effect of oral capsule-vs colonoscopy-delivered fecal microbiota transplantation on recurrent Clostridium difficile infection a randomized clinical trial / D. Kao, B. Roach, M. Silva, P. Beck, K. Rioux, G. G. Kaplan, H. J. Chang, S. Coward, K. J. Goodman, H. P. Xu, K. Madsen, A. Mason, G. K. S. Wong, J. Jovel, J. Patterson, T. Louie // Jama-Journal of the American Medical Association. - 2017. - V. 318. - P. 1985-1993.

127.Karu T. I. Cellular and molecular mechanisms of photobiomodulation (low-power laser therapy) / T. I. Karu // IEEE Journal of Selected Topics in Quantum Electronics. - 2014. - V. 20, №2.

128.Karu T. I. Cellular mechanisms of low power laser therapy: new questions / T. I. Karu // Physics biology. - 2003.

129.Karu T. I. Photobiology of low-power laser effects / T. I. Karu // Health Phys. -1989. - V. 56. - P. 691-704.

130.Karu T. I. Stimulation of E. coli growth by laser and incoherent red light. / T. I. Karu, O. A. Tiphlova, V. S. Letokhov, V. V. Lobko // I. Nuoyo Cimento. - 1983. -V. 2. - P. 1138-1144.

131.Karu T. I. Two different mechanisms of low-intensity laser photobiological effects on Escherichia coli / T. I. Karu, O. Tiphlova, R. O. Esenaliev, V Letokhov // J of Photochemistry and Photobiology. - 1994. - V. 24, №3. -P. 155-161.

132.Kau A. L. Human nutrition, the gut microbiome and the immune system / A. L. Kau, P. P Ahern, N. W. Griffin, A. L. Goodman, J. I. Gordon // Nature. - 2011. - V. 474. - P. 327-336.

133.Kelly C. R. Effect of fecal microbiota transplantation on recurrence in multiply recurrent Clostridium difficile infection: A randomized trial / C. R. Kelly, A. Khoruts, C. Staley, M. J. Sadowsky, M. Abd, M. Alani, B. Bakow, P. Curran, J. McKenney, A. Tisch, S. E Reinert, J. T. Machan, L. J. Brandt // Ann. Intern Med. - 2016. - V. 165, № 9. - P. 609-616.

134.Kerckhof F. M. Optimized cryopreservation of mixed microbial communities for conserved functionality and diversity / F. M. Kerckhof, E. N. P. Courtens, A. A. Geirnaert, S. Hoefman, A. Ho, R. Vilchez-Vargas, D. H. Pieper, R. Jauregui, S. E. Vlaeminck, T. V. de Wiele, P. Vandamme, K. Heylen, N. Boon // PLoS ONE. -

2014. - V. 9, №6. - e99517.

135.Khan M. T. Antioxidants keep the potentially probiotic but highly oxygen-sensitive human gut bacterium Faecalibacterium prausnitzii alive at ambient air / M. T. Khan, J. M. van Dijl, H. J. M. Harmsen // PLoS One. -2014. - V. 9. e96097.

136.Kirsop B. E. Maintenance of microorganisms and cultured cells / B. E. Kirsop, A. C. Doyle // Medicine. - 1991. - V. 92.

137.Kleinhans F. W. Membrane permeability modeling: Kedem-Katchalsky is a two-parameter formalism / F. W. Kleinhans // Cryobiology. - 1989. - V. 37. - P. 271-289.

138.Kletetschka G. Dissolved gases and ice fracturing during the freezing of a multicellular organism: lessons from tardigrades. / G. Kletetschka, J. Hruba // Biores Open Access. -

2015. - V. 4, № 1. - P. 209-217.

139.Konig J. Consensus report: faecal microbiota transfer - clinical applications and procedures / J. Konig, A. Stebenhaar, C. Hogenauer, P. Arkkila, M. Nieuwdorp, T. Noren, C. Y. Ponsioen, U. Rosien, N. G. Rossen, R. Satokari, A. Stallmach, W. de Vos, J. Keller, R. J. Brummer // Allment. Pharmacol. - 2017. - V. 45. - P. 222-239.

151

140.Koopman J. P. A comparison of two media for culturing the anaerobic fecal microflora of mice / J. P. Koopman, H. M Kennis, A. Lankhorst // Z Versuchstierkd. - 1987 a. - V. 29, №3-4. P. 165-170.

141.Koren O. A Guide to Enterotypes across the Human Body: Meta-Analysis of Microbial Community Structures in Human Microbiome Datasets / O. A. Koren // PLoS Comput. Biol. ed. Eisen J.A. Public Library of Science. - 2013. - V. 9, №1.

142.Kuai L. Rapid and simple method for the most-probable number estimation of arsenic-reducing bacteria / L. Kuai, A. A. Nair, M. F. Polz // Appl. Environ. Microbiol. - 2001. - V. 67. - P. 3168-3173.

143.Kumari R. Fluctuations in butyrate-producing bacteria in ulcerative colitis patients of North India / R. Kumari, V. Ahuja, J. Paul // World J. Gastroenterol. - 2013. - V. 19. -P. 3404-3414.

144.Lang E. Maintenance of biodegradation capacities of aerobic bacteria during long-term preservation. / E. Lang, K. A. Malik // Biodegradation. - 1996. - V. 7. - P. 65-71.

145.Lauber C. L. Effect of storage conditions on the assessment of bacterial community structure in soil and human-associated samples. C. L. Lauber, N. Zhou, J. I. Gordon, R. Knight, N. Fierer // FEMS Microbiology Letters. - 2010. - V. 307, №1. - P. 80-86.

146.Lawley T. D. Intestinal colonization resistance / T. D. Lawley, A. W. Walker // Immunology. - 2012. - № 138. - P. 1-11

147.Lee C. H. Frozen as fresh fecal microbiota transplantation and clinical resolution of diarrhea in patients with recurrent Clostridium difficile infection: a randomized clinical trial / C. H. Lee, T. Steiner, E. O. Petrof, M. Smieja, D. Roscoe, A. Nematallah, J. S. Weese, S. Collins, P. Moayyedi, M. Crowther, M. J. Ropeleski, P. Jayaratne, D. Higgins, Y. Li, N. V. Rau, P. T. Kim // JAMA. - 2016. - V. 315. - P. 142-149.

148.Levine J. M. Elton revisited: a review of evidence linking diversity and invisibility / J. M. Levine, C. M. D'Antonio // Oikos. - 1999. - V. 87. - P. 15-26.

149.Li Y. Microbial community structure analysis in a hybrid membrane bioreactor via high-throughput sequencing / Y. Li, W. Chen, X. Zheng, Q. Liu, W. Xiang, J. Qu, C. Yang // Chemosphere. - 2021. - V. 282:130989.

150.Loftfield E. Comparison of collection methods for fecal samples for discovery metabolomics in epidemiological studies / E. Loftfield, E. Vogtmann, J. N. Sampson, S. C. Moore, H. Nelson, R. Knight, N. Chia, R. Sinha // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. - 2016. - V. 25, №11. - P. 1483-1490.

151.Lovelock J. E. Biophysical aspects of the freezing and thawing of living cells / J. E. Lovelock // Proc. Roy. Soc. Med. - 1954. - V. 47. - P. 60.

152.Lozupone C. A. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota / C. A. Lozupone, J. L. Stombaugh, J. I. Gordon, J. K. Jansson, R. Knight // Nature. - 2012. -V. 489, №7415. - P. 220-230.

153.Luna R. A. Gut brain axis: diet microbiota interactions and implications for modulation of anxiety and depression / R. A. Luna, J. A. Foster // Curr Opin Biotechnology. - 2015. - 32:35-41.

154.Luo C. Genome sequencing of environmental Escherichia coli expands understanding of the ecology and speciation of the model bacterial species / C. Luo, S. T. Walk, D. M. Gordon, M. Feldgarden, J. M. Tiedje, K. T. Konstantinidis // ProcAcad. Sci. U. S. A. -2011. - V. 108. - P. 7200-7205.

155.Ma Y. Ethical issues in fecal microbiota transplantation in practice / Y. Ma, J. Liu, C. Rhodes, Y. Nie, F. Zhang // Am J Bioteth. - 2017. - V. 17. - P. 34-45.

156.Maathuis A. The effect of the undigested fraction of maize products on the activity and composition of the microbiota determined in a dynamic in vitro model of the human proximal large intestine / A. Maathuis, A. Hoffman, A. Evans, L. Sanders, K. Venema // J Am. Coll. Nutr. - 2009. - V. 28. - P. 657-666.

157.Mabwi H. A. Synthetic gut microbiome: Advances and challenges / H. A. Mabwi, E. Kim, D.-G. Song, H. S. Yoon, C. Pan, E. V. G. Komba, G. Ko, K. H. Cha // Computational and Structural Biotechnol. J. - 2021. - V. 19. - P. 363-371.

158.Maitra R. D. Recent advances in nanopore sequencing / R. D. Maitra, J. Kim, W. B. Dunbar // Electrophoresis. - 2012. - V. 33, №23:3418-28.

159.Makino M. A cryopreservation method of human peripheral blood mononuclear cells for efficient production of dendritic cells. // M. Makino, M. Baba / Scand. J. Immunol. -1997. - V. 45. - P. 618-622.

160.Malik K. A. Bacterial culture collection: Their importance to biotechnology and microbiology / K. A. Malik, D. Claus // Biotech. And Genetic Engenering Rev. - 1987.

- V. 5. - P. 137-197.

161.Manrique P. Human gut phageome / P. Manrique, B. Bolduc, S. T. Walk, J. van der Oost, W. M de Vos 4, M. J. Young // Proc Natl Acad Sci USA. - 2016. - V. 113. - P. 10400-10405.

162.Marcobal A. Bacteroides in the infant gut consume milk oligosaccharides via mucus-utilization pathways / A. Marcobal, M. Barboza, E. D. Sonnenburg, N. Pudlo, E. C Martens, P. Desai, C. B. Lebrilla, B. C. Weimer, D. A. Mills, J. B. German, J. L. Sonnenburg // Cell Host Microbe. - 2011. - V. 10, №5. - P. 507-514.

163.Mathewson N. D. Gut microbiome-derived metabolites modulate intestinal epithelial cell damage and mitigate graft-versus-host disease / N. D. Mathewson, R. Jenq, A. V. Mathew, M. Koenigsknecht, A. Hanash, T. Toubai, K. Oravecz-Wilson, S.Wu, Y. Sun, C. Rossi, H. Fujiwara, J. Byun, Y. Shono, C. Lindemans, M. Calafiore, T. M. Schmidt, K. Honda, V. B. Young, S. Pennathur, M. van den Brink, P. Reddy // Nat. Immunol. -2016. - V.17. - P. 505.

164.Mattner J. Faecal microbiota transplantation / J. Mattner, F. Schmidtf, B. Siegmund // A clinical view Int. J. Med. Microbiol. - 2016. - V. 306. - P. 310-315.

165.Matsuki T. Function of the human gut microbiota. The human microbiota and microbiome / T. Matsuki, R. Tanaka // Biology - 2014. - V. 90.

166.Mazur P. Cryobiology: the freezing of biological systems / P. Mazur // Science. - 1970.

- V. 168. - P. 939-949.

167.Mazur P. Equlibrium, quasi-equilibrium, and non-equilibrium freezing of mammalian embryos / P. Mazur // Cell Biophys. - 1990. - V. 17. - P. 53-92.

168.Mazur P. Freezing of living cells: mechanism of implication in injury / P. Mazur // Cell Physiol. - 1984. - V. 16, № 1. - P. 125-142.

169.Mazur P. Principles of cryobiology, in: Fuller, B., Lane, N., Benson, E. E. (Eds.), Life in the Frozen State. CRC Press, London, - 2004.

170.Mazur P. Roles of unfrozen fraction, salt concentration, and changes in cell volume in the survival of frozen human erythrocytes / P. Mazur, K. W. Cole // Cryobiology. -

154

1989. - V. 26, № 1. - P. 1-29.

171.Mazur P. Two-factors hypothesis of freezing injury-evidence from chines hamster tissue culture cells / P. Mazur, S. P. Leibo, E. H. Chu // Exp. Cell. Res. - 1972. - V. 71, № 2. - P. 345-355.

172.Meryman H. T. Cryopreservation of living cells: principles and practice / H. T. Meryman // Transfusion. - 2007. - V.47. - P. 935-945.

173.Meryman H. T. The exceeding of a minimum tolerable cell volume in hypertonic suspensions as a cause of freezing injury / H. T. Meryman // The Frozen Cell. Churchill. London. - 1970. - P. 51-63.

174.Mitchell D. E. Combining biomimetic block copolymer worms with an ice-Inhibiting polymer for the solvent-free cryopreservation of red blood cells / D. E. Mitchell, J. R. Lovett, S. P. Armes, M. I. Gibson // Angew. Chem. Int. Ed. - 2016. - V. 55, №8. - P. 2801-2804.

175.Moraes A. C. The gut microbiome in vegetarians / A. C. Moraes, S. R. Ferreira // Microbiome and Metabolome in Diagnosis. - 2019.

176.Morgan C. A. Preservation of micro-organisms by drying: A review / C. A. Morgan, N. Herman, P. A. White, G. Vesey // J. Microbiological Methods. - 2006. - V. 66, №2. -P. 183-193.

177.Morris G. J. Freezing injury: The special case of the sperm cell / G. J. Morris, E. Acton, B. J. Murray, F. Fonseca // Cryobiology. - 2012. - V. 64. - P. 71-80.

178.Moussa M. Cell inactivation and membrane damage after longterm treatments at subzero temperature in the supercooled and frozen states / M. Moussa, F. Dumont, J. M. Perrier, P. Gervais // Biotechnol. Bioeng. - 2008. - V. 101. - P. 1245-1255.

179.Muller J. Assessing genetic stability of a range of terrestrial microalage after cryopreservation using amplified fragment length polymorphism (AFLP) / J. Muller, J. G. Day, K. Harding, D. Hepperle, M. Lorenz, T. Friedl // Am. J. Bot. - 2007. - V. 94. -P. 799-808.

180.Nagai T. Evaluation of preservation techniques of microorganism resources in the MAFF Genebank. / T. Nagai, K. Tomioka, K. Takeuchi, M. Iida, M. Kawada, T. Sato // J. Research in Agricultural Engineer. - 2005. - V. 39. - P. 19-27.

155

181.Naumov S. A. Autonomous device for photostimulation of the gastrointestinal tract immunity / S. A. Naumov, V. N. Dyrin, S. M. Vovk, E. Y. Petrov, V. V. Udut, and E. V. Borodulina // Int. Society for Optical Engineering. - 2000. - V. 3907.

182.Nei T. Freezing injury to aerated and non-aerated cultured of Escherichia coli. In: Freezing and drying of microorganisms / T. Nei, T. Araki, T. Matsusaka // University of Tokyo Press. - 1969. - V. 675.

183.Nikonov E. L. Transplantation of fecal microbiota or probiotics? / E. L. Nikonov, V. A. Aksenov // Russian J. of Evidence-Based Gastroenterology. - 2017. - V. 6, №3. - P. 19-25.

184.Novik G. Cryopreservation of bifidobacteria and bacteriophages in Belarusian collection of non-pathogenic microorganisms / G. Novik, A. Sidarenka, D. Rakhuba, E. Kolomiets // Journal of Culture Collections. - 2009. - V. 6. - P. 76-84.

185.0'Dell S. J. Freezing in nematodes: the effects of variable water contents / S. J. O'Dell,

J. H. Crowe. // Cryobiology. - 1979, № 16. - P. 534-541. 186.0renstein R. Safety and durability of RBX2660 (Microbiota suspension) for recurrent Clostridium difficile infection: results of the PUNCH CD study / R. Orenstein, E. Dubberke, R. Hardi, A. Ray, K. Mullane, D. S. Pardi, M. S. Ramesh, PUNCH CD Investigators // Clin. Infect. Dis. - 2016. - V. 62. - P. 596-602. 187.0tt S. J. In vitro alterations of intestinal bacterial microbiota in fecal samples during storage / S. J. Ott, M. Musfeldt, K. N. Timmis, J. Hampe, D. F. Wenderoth, S. Schreiber // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2004. - V. 50, №4. - P. 237-245. 188.0ttman N. Action and function of Akkermansia muciniphila in microbiome ecology, health and disease / N. Ottman, S. Y. Geerlings, S. Aalvink, W. M de Vos, C. Belzer // Best Pract. Res. Clin. Gastroenterol. - 2017. - V. 31. - P. 637-642. 189.0u F. Absolute bacterial cell enumeration using flow cytometry / F. Ou, C. McGoverin,

S. Swift, F Vanholsbeeck // J Appl Microbiol. - 2017. - V. 123, №2. - P. 464-477. 190.Palmer C. Development of the human infant intestinal microbiota / C. Palmer, E. M. Bik, D. B. DiGiulio, D. A. Relman, P. O. Brown // PLoS Biol. - 2007. - V. 5, №7: e177.

191.Petrof E. O. From stool transplant to next-generation microbiota therapeultes / E. O. Petrof, A. Khoruts // Gastroenterology. - 2014. - V. 46. - P. 1573-1582.

192.Petrof E. O. Stool substitute transplant therapy for the eradication of Clostridium difficille infection "RePOPulatting the gut" / E. O. Petrof, G. B. Gloor, S. J. Vanner, Scott J Weese, D. Carter, M. C Daigneault, E. M. Brown, K. Schroeter, E. Allen-Vercoe // Microbiome. - 2013. - V.1, №1.

193.Plakash O. Practice and prospects of microbial preservation / O. Plakash, Y. Nimonkar, Y. S. Shouche // FEMS Microbiol. Lett. - 2013. - V. 339. - P. 1-9.

194.Pogozhykh D. V. Influence of factors of cryopreservation and hypothermic storage on survival and functional parameters of multipotent stromal cells of placental origin / D. Pogozhykh, V. Prokopyuk, O. Pogozhykh, T.Mueller, O. Prokopyuk // PLoS One. -2015. - V. 10, №10: e0139834.

195.Poluektova Y. A. Modern methods of studying of human gastro-intestinal microflora / Y. A. Poluektova, O. S. Lyashenko, O. S. Shifrin, A. A. Sheptulin, V. T. Ivashkin // Russ. J. Gastroenterol. Hepatol. Coloproctol. - 2014. - V. 24. - P.85-91.

196.Possemiers S. The Intestinal environment in health and disease - recent insights on the potential of intestinal bacteria to influence human health / S. C. Possemiers, J. Grootaert, J. Vermeiren, G. Gross, M. Marzorati, W.Verstraete, T. Van de Wiele // Curr. Pharm. Design. - 2009. - V 15. - P. 2051-2065.

197.Prakash S. Gut microbiota: next frontier in understanding human health and development of biotherapeutics / S. Prakash, L. Rodes, M. Coussa-Charley, C. Tomaro-Duchesneau // Biologics. - 2011. - V. 5. - P. 71-86.

198.Preininger K. M. Cryopreservation of human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes: strategies, challenges, and future directions / K. M. Preininger, M. Singh, C. Xu // Adv. Exp. Med. Biol. - 2016. - V. 951. - P. 123-135.

199.Rajilic Stojanovic M. Long-term monitoring of the human intestinal microbiota composition / M. Rajilic Stojanovic, G. H. Heilig, S. Tims, E. G Zoetendal, W. M de Vos // Environ Microbiol. - 2013. - V. 15, №4. - P. 1146-1159.

200.Rajilic-Stojanovic M. Phylogenetic analysis of dysbiosis in ulcerative colitis during remission. / M. Rajilic-Stojanovic, F. Shanahan, H. Guarner, W. M de Vos // Inflamm Bowel Dis. - 2013. - V. 19(3): - P. 481-488.

201.Rajilic-Stojanovic M. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota / M. Rajilic-Stojanovic, W. M. de Vos // FEMS Microbiol Rev. - 2014. - V. 38, №5. - P. 996-1047.

202.Ramai D. Fecal microbiota transplantation: donor relation, fresh or frozen, delivery methods, cost-effectiveness / D. Ramai, K. Zakhia, S. Ofosu, E. Ofori, M. Reddy // Ann. Gastroenterol. - 2019. - V. 32. - P. 30-38.

203.Read S. Microbial Resource Management revisited: successful parameters and new concepts / S. Read, M. Marzorati, B. C. M. Guimaraes, N. Boon // Appl. Microbiol. Biot. - 2011. - V. 90. - P. 861-871.

204.Ridlon J. M. Bile salt biotransformations by human intestinal bacteria / J. M. Ridlon, D. J. Kang, P. B. Hylemon // J Lipid. Res. - 2006. - V. 47. - P. 241-259.

205.Rodriguez-Santana E. Emerging evidence on the crystalline water-light interface in ophthalmology and therapeutic implications in photobiomodulation: first communication / E. Rodriguez-Santana, L. Santana-Blank // Photomed Laser Surg. -2014. - V. 32 - P. 240-242.

206.Roesch L. F. Influence of fecal sample storage on bacterial community diversity / L. F. Roesch, G. Casella, O. Simell, J. Krischer, C. H Wasserfall, D. Schatz, M. A. Atkinson, J. Neu, E. W. Triplett // The Open Microbiology Journal. - 2009. - V. 3. - P. 40-46.

207.Roszak D. B. Survival strategies of bacteria in the natural environment / D. B. Roszak, R. R. Colwell // Microbiol. Rev. - 1987. - V. 51, №3. - P. 365-379.

208.Sardelli L. Technological tools and strategies for culturing human gut microbiota in engineered in vitro models / L. Sardelli, S. Perottoni, M. Tunesi, L. Boeri, F. Fusco, P. Petrini, D. Albani, C. Giordano// Biotechnol. Bioeng. - 2021. - V. 118, №8. - P. 2886-2905.

209.Satokari R. Simple faecal preparation and efficacy of frozen inoculum in fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium difficile infection - an observational

cohort study / R. Satokari, E. Mattila, V. Kainulainen, P. E. T. Arkkila // Aliment. Pharmacol. Ther. - 2015 - V. 41. - P. 46-53. 210.Savitskaya M. A. Apoptosis in cryopreserved eukaryotic cells / M. A. Savitskaya, G.

Onishchenko // Biochemistry. - 2016. - V. 81. - P. 445-452. 211.Scanlan P. D. Culture-independent analyses of temporal variation of the dominantfecal microbiota and targeted bacterial subgroups in Crohn'sDisease / P. D. Scanlan, F. Shanahan, C. O'Mahony, J. R. Marchesi // J. Clin. Microbiol. - 2006 - V. 44. - Р. 3980-3988.

212. Sears C. L. A dynamic partnership: celebrating our gut flora / C. L. Sears // Анаэробы.

- 2005. - V. 11, №5. - P. 247-51. 213.Sekirov I. Gut Microbiota in Health and Disease / I. Sekirov, S. L. Russell, L. C.

Antunes, B. B. Finlay // Physiological Reviews. - 2010. - V. 90. - P. 859-904. 214.Smith B. Optimising bacterial DNA extraction from faecal samples: comparison of three methods / B. N. Smith, A. S. Li, Andersen, K. A. Krogfelt // Open Microbiol. J. -2011. - V. 5. - P. 14-17. 215.Smith D. Implementing best practices and validation of cryopreservation techniques for

microorganisms / D. Smith, M. Ryan // Sci World J. - 2012. - (1-2):805659. 216.Smith D. The ex situ conservation of microorganisms: aiming at a certified quality management. / D. Smith, J. Ryan, E. Stackebrandt // Biotechnology. - 2008. -Encyclopedia of Life Support Systems (EOLSS), Developed under the Auspices of UNESCO, EOLSSPublisher, Oxford, UK. 217.Sokol H. The intestinal microbiota in inflammatory bowel diseases: time to connect with the host / H. Sokol, P. Seksik // Current opinion in gastroenterology. - 2009. - V. 26, № 4. - P. 327-331.

218.Sommer F. The gut microbiota - masters of host development and physiology / F.

Sommer // Nat. Rev. Microbiol. - 2013. - V. 11, №4. - P. 227-238. 219.Song S. J. Preservation methods differ in fecal microbiome stability, affecting suitability for field studies / S. J. Song, A. Amir, J. L. Metcalf, K. R. Amato, Z. Z. Xu, G. Humphrey, R. Knight // mSystems. - 2016. - V. 1, №3. - e00021-16.

220.Stielow J. B. Charcoal filter paper improves the viability of cryopreserved filamentous ectomycorrhizal and saprotrophic Basidiomycota and Ascomycota / J. B. Stielow, L. A. Vaas, M. Goker, P. Hoffmann, H. Klenk // Mycologia. - 2012. - V. 104. - P. 324-330. 221.Suez J. Post-antibiotic gut mucosal microbiome reconstitution is impaired by probiotics and improved by autologous / J. Suez, N. Zmora, G. Zilberman-Schapira, U. Mor, M. Dori-Bachash, S. Bashiardes, M. Zur, D. Regev-Lehavi, R. Ben-Zeev Brik, S. Federici, M. Horn, Y. Cohen, A. E. Moor, D. Zeevi, T. Korem, E. Kotler, A. Harmelin, S. Itzkovitz, N. Maharshak, O. Shibole, M. Pevsner-Fischer, H. Shapiro, Itai Sharon, Z. Halpern, E. Segal, E. Elinav // FMT. Cell. - 2018. - V. 174. - P. 1406-1423. 222.Sutton S. The most probable number method and its uses in enumeration, qualification,

and validation / S. Sutton // J. Valid. Techn. -2010. - V. 16. - P. 35-38. 223.Swidsinski A. Acute appendicitis is characterised by local invasion with Fusobacterium nucleatum/necrophorum / A. Swidsinski, Y. Dörffel, V. Loening-Baucke, F. Theissig, J. C Rückert, M. Ismail, W. A. Rau, D. Gaschler, M. Weizenegger, S. Kühn, J. Schilling, W. V. Dörffel // Gut. - 2011. - V. 60, №1. - P. 34-40.

224.Takahashi T. Calorimetric studies of the state of water in deeply frozen human monocytes / T. Takahashi, A. Hirsh // Biophys. J. - 1985. - V. 47, №3. - P. 373-380.

225.Tao, D., Li, P.H. Classification of plant cell cryoprotectants / D. Tao, P. H. Li // J. Theor. Biol. - 1986. - V. 123. - P 305-310.

226.Tap J. Towards the human intestinal microbiota phylogenetic core / J. Tap, S. Mondot, F. Levenez, E. Pelletier, C. Caron, J.Furet, E. Ugarte, R. Munoz-Tamayo, D. L. E. Paslier, R. Nalin, J. Dore, M. Leclerc// Microbiol. - 2009. - V. 11, №10. - P. 25742584.

227.Terveer E. M. How to: establish and run a stool bank / E. M. Terveer, Y. H. van Beurden, A. M. Goorhuis, J. F. M. L. Seegers, M. P. Bauer, E. van Nood, M. G. W. Dijkgraaf, C. J. J. Mulder, C. M. J. E. Vandenbroucke-Grauls, H. W. Verspaget, J. J. Keller, E. J. Kuijper // A Clin. Microbiol. Infect. - 2017 - V. 23. - P. 924-930.

228.ThermoFisher Scientific LIVE/DEAD BacLight Bacterial Viability Kits (L7007, L7012, L13152) Product Information. 2004. https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/LSG/manuals/mp07007.pdf

229.Toner M. Thermodynamics and kinetics of intracellular ice formation during freezing of biological cells / M. Toner, E. G. Cravalho, M. Karel // J. Applied Physics. - 1990. -V. 67. - 1582.

230.Tottey W. The human gut chip "HuGChip", an explorative phylogenetic microarray for determining gut microbiome diversity at family level / W. Tottey, J. Denonfoux, F. Jaziri, N. Parisot, M. Missaoui, D. Hill, G. Borrel, E. Peyretaillade, M. Alric, H. M. B. Harris, I. B. Jeffery, M. J. Claesson, P. W. O'Toole, P. Peyret, J. Brugere/ PLoS One. -2013. - V. 8. e62544.

231.Uzunova-Doneva T. Anabiosis and conservation of microorganisms / T. Uzunova-Doneva, T. Donev // Journal of Culture Collections. - 2004-2005. - V. 4. - P. 17-28.

232.Van den Abbeele P. Prebiotics, faecal transplants and microbial network units to stimulate biodiversity of the human gut microbiome / P. Van den Abbeele, W. Verstraete, S. Aidy, A. Geirnaert, T. V. de Wiele // Microb Biotechnol. - 2013. - V. 6. - P. 335-340.

233.Van Nood E. Duodenal infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile / van E. Nood, A. Vrieze, M. Nieuwdorp, S. Fuentes, E. G. Zoetendal, W. M. de Vos, C. E. Visser, E. J. Kuijper, J. F. W. M. Bartelsman, J. G. P. Tijssen, P. Speelman, M. G. W. Dijkgraaf, J. J. Keller // Engl. 1 Med. - 2013. - V. 368, №5. - P. 407-415.

234.Verdanova M. Evaluation of sericin as a fetal bovine serum-replacing cryoprotectant during freezing of human mesenchymal stromal cells and human osteoblast-like cells / M. Verdanova, R. Pytlik, M. Kalbacova // Biopreserv. and Biobanking. - 2014. - V. 12, №2. - P. 99-105.

235.Vermeires S. Donor species richness determines faecal microbiota transplantation on success in inflammatory bowel disease / S. Vermeires, M. Joossens, K. Verbeke, K. Machiels, J. Sabino, M. Ferrante, G. V. Assche, P. Rutgeerts, J. Raes // J. crohns colitis. - 2016. - V. 10. - P. 387-394.

236.Vieira A. T. The role of probiotics and prebiotics in inducing gut immunity / A. T. Vieira, M. M. Teixeira, F. S. Martins // Front. Immunol. - 2013. - V. 4. - P. 445.

237.Virgin H. W. The virome in mammalian physiology and disease / H. W. Virgin // Cell. -_2014. -_V. 157. -_P. 142-150.

238.Vogtmann E. Comparison of fecal collection methods for microbiota studies in Bangladesh / E. Vogtmann, J. Chen, M. G. Kibriya, Y. Chen, T. Islam, M. Eunes, A. Ahmed, J. Naher, A. Rahman, A. Amir, J. Shi, C. C. Abnet, H. Nelson, R. Knight, N. Chia, H. Ahsan, R. Sinha // Applied and Environmental microb. - 2017. - V. 83, 10.: e00361-17.

239.Vysekantsev I. P. Probability of lethal damages of cryopreserved biological during storage / I. P. Vysekantsev, T. M. Gurina, V. F. Martsenyuk, T. F. Petrenko, E. V. Kudokotseva, S. V. Koshchiy, M. I. Groshevoy // Cryo Letters. - 2005. - V. 26, № 6. -P. 401-408.

240.Waite D. W. Quantifying the impact of storage procedures for faecal bacteriotherapy in the critically endangered New Zealand Parrot, the Kakapo (Strigops habroptilus) / D. W. Waite, P. Deines, M. W. Taylor // Zoo Biology. - 2013. - V. 32, № 6. - P. 620-625.

241.Wang J Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome / J. Wang, Y. Gao, F. Zhao // Environ Microbiol. - 2015. - V. 18, №7: 2143-5.

242.Wang X. Molecular characterization of the microbial species that colonize human ileal and colonic mucosa by using 16S rDNA sequence analysis / X. Wang, S. P. Heazlewood, D. O. Krause, T. H. J. Florin// J Appl Microbiol. - 2003. - V. 95, №3 - P. 508-520.

243.Wang Y. Fecal microbiota transplantation for refractory immune checkpoint inhibitor-associated colitis / Y. Wang, D. H. Wiesnoski, B. A. Helmink, V. Gopalakrishnan, K. Choi, H. L. DuPont, Z. Jiang, H. Abu-Sbeih, C. A Sanchez, C.Chang, E. R Parra, A. Francisco-Cruz, G. S Raju, J. R Stroehlein, M. T Campbell, J. Gao, S. K Subudhi, D. M Mara, J. M Blando, A. J Lazar, J. P Allison, P. Sharma, M.T Tetzlaff, J. A Wargo, R. R Jenq // Nat. Med. - 2018. - V. 24. - P. 1804-1808.

244.Williams K. P. Proposal for a new class within the phylum Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov, with the type order Acidithiobacillales, and emended description of the class Gammaproteobacteria / K. P. Williams, D. P. Kelly // Intern. journal of systematic and evolutionary microbiology. - 2013. - V. 63. - P. 2901-2906.

245.Wolfe J. Freezing, drying, and/or vitrification of membrane-solute-water systems / J.

Wolfe, G. Bryant // Cryobiology. - 1999. - V. 39, №2:103-29.

162

246.Wu G. D. Sampling and pyrosequencing methods for characterizing bacterial communities in the human gut using 16S sequence tags / G. D. Wu, J. D. Lewis, C. Hoffmann, Y. Chen, R. Knight, K. Bittinger, J. Hwang, J. Chen, R. Berkowsky, L. Nessel, H. Li, F. D. Bushman// BMC Microbiology. - 2010. - V. 10, №1. - P. 206.

247.Xu M. Evaluating metabolic response to light exposure in Lactobacillus species via targeted metabolic profiling / M. Xu, F. Zhong, J. Zhu // Journal of microbiological methods. - 2017. - T. 133. - P. 14-19.

248.Young V. B. Studying the enteric microbiome in inflammatory bowel diseases: getting through the growing pains and moving forward / V. B. Young, S. A. Kahn, T. M. Schmidt, E. B Chang // Front Microbiol. - 2011. - V. 2. - P. 144.

249.Youngster I. Faecal microbiota transplant for relapsing Clostridium difficille infection using a frozen inoculum from unrelated donors: a randomized, open-label, controlled pilot study / I. Youngster, J. Sauk, C. Pindar, R. G. Wilson, J. L. Kaplan, M. B. Smith,

E. J. Alm, D. Gevers, G. H. Russell, E. L. Hohmann // Clin. Infect. - 2014. - Dis. 58. -P. 1515-1522.

250.Zeng G. Single-cell force spectroscopy of bacteria enabled by naturally derived proteins / G. Zeng, T. Müller, R. L. Meyer // Langmuir. - 2014. - V. 30, №14. - P. 4019-4025.

251.Zhang F. Should we standardize the 1700-year old fecal microbiota transplantation? /

F. Zhang, W. Luo, Y. Shi, Z. Fan, G. Ji // Am. J. Gastroenterol. - 2012. -V. 107, 11. -P. 1755.

252.Zharov V. P. A photobiological effect of the semiconductor laser radiation in the near IR region / V. P. Zharov, T. I. Karu, Y. O. Litvinov, O. A. Tiflova // Soviet J Quantum Electronics - 1987 - V. 14, №11: 1361.

253.Zinchenko Y. Use of Directional Solidification to Quantify the Termophysical Properties or DMSO-based Cryoprotectant Solutions // Y. Zinchenko, E. Laureano, R. B. Coger / Cell Preserv. Technol. - 2004. - № 2. - P. 276.

254.Zou Y. Reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses / Y. Zou, W. Xue, G. Luo, Z. Deng, P. Qin, R. Guo, H. Sun, Y. Xia, S. Liang, Y. Dai, D. Wan, R. Jiang, L. Su, Q. Feng, Z. Jie, T. Guo, Z. Xia, C. Liu,

163

J. Yu, Y. Lin, S. Tang, G. Huo, X. Xu, Y. Hou, X. Liu, J. Wang, H. Yang, K. Kristiansen, J. Li, H. Jia, L. Xiao // Nat Biotechnol. - 2019. - V. 37, №2. - P. 179-185.

БЛАГОДАРНОСТИ

Выражаю искреннюю благодарность своему научному руководителю к.б.н. Фесенко Евгению Евгеньевичу за всестороннюю поддержку и неоценимую профессиональную помощь на всех этапах проведенного диссертационного исследования, а также всем сотрудникам Лаборатории криобиологии и биофизики воды Института биофизики клетки РАН за создание благоприятной атмосферы для работы и моральную поддержку.

Выражаю благодарность РФФИ за финансовую поддержку в рамках научного проекта № 19-34-90187.

Выражаю благодарность ФГБУ «Центру стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью» Федерального медико-биологического агентства и к.б.н. Загайновой Анжелике Владимировне за помощь в проведении исследований.

Выражаю благодарность «Экспериментальному генетическому криобанку ИБК РАН», при помощи которого была выполнена данная работа с использованием УНУ.